#NEXUS begin taxa; dimensions ntax=37; taxlabels Bellardia_trixago Parentucellia_latifolia Parentucellia_viscosa Melampyrum_sylvaticum Lathraea_squamaria Rhinanthus_alectorolophus Brandisia_hancei Lindenbergia_muraria Lindenbergia_philippensis Phtheirospermum_tenuisectum Pterygiella_cylindrica Pterygiella_duclouxii Radamaea_montana Rehmannia_piasezkii Triaenophora_shennongjiaensis Mimulus_guttatus Paulownia_fargesii Triphysaria_versicolor Boschniakia_himalaica Pedicularis_densispica Pedicularis_elwesii Euphrasia_stricta Cistanche_phelypaea Cistanche_tubulosa Buchnera_americana Buchnera_hispida Striga_bilabiata Striga_gesnerioides Striga_hermonthica Schwalbea_americana Orobanche_caryophyllacea Orobanche_flava Orobanche_gracilis Phelipanche_aegyptiaca Epifagus_virginiana Bungea_trifida Phelipanche_arenaria ; end; begin characters; dimensions nchar=642; format datatype=dna missing=? gap=-; matrix Bellardia_trixago ??????????????????????????????????????TTTTGGTCATGGGACTAGAAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGCAAAGCGTAAAGGTATTCATATTATAAATCTTACGAGAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCGATTTGGTTTTTGATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAAATAAAGCAGCTGATTCAGTAGTATGGGCTGCAATAAAGGCCCGGTGCCATTGTGTTAATAAAAAGTGGCTCGGCGGGATGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAACGAGACTTCATAAGTTCAGGGACTTGAGAATGGAACAAAAAACGGGAAGACTCAACCGCCTTCCTAAAAGAGATGCGGCTGTGGTGAAAAGACAATTATCGCACTTGCAAACGTATCTGGGCGGGATTAAATATATGACAGGGTTGCCCGATATTGTAATCATCGTGGATCAGCATGAAGAATATACGGCTCTGCGAGAATGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCCAATCTTGCAGATATTTCGATTCCGGCTAATGATGACGCTATATCTTCAATCC????????????????? 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Cistanche_tubulosa ?????????????????????????????????????????????CATGGTATTAGGAAATGGAATCCTAAAATAGCACCTTATATCTCTGCAAAGCGTAAAGGTATTCATATTACAAATCTTACGAGAACTGCTCGTTTTTTATTCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTGATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAGTTCTTGATTGTTGGTACAAAAAATAAAGCAGCCGATTCGGTAGCATGGGCTGCAATAAAGGCCCGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGCTTGGCGGAATGTTAACGAATTGGTCTACTACAGAAACGCGACTTCATAGGTTTAGGGACTTGAGAATGGAACAAAAAATGGGAAGACTCAACCGTCTTCCGAGAAGAGATTCAGCTGTGGTGAAAAGGCAATTATATCGCTTGCAAACATATCTGGGCGGGATTAAATATATGACAAGGTTACCCGATATTGTAATCATTGTTGATCAACATGAAGAATATACGGCTCTACGAGAGTGTATTACCCTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGATCCCGATCTTGCAGATATTTCGATTCCGGCGAATGATGATGCTATATCTTCAATTCG???????????????? Buchnera_americana ?????????????????????????????????????????????????????????????????????AAAATGGCACCTTATATCTCTGCAAAGCATAAAGGTATTCATATTACAAATCTTACGAGAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCGATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAGAAGAAAGCAGCTGATTTAGTAGCATGGGCTGCAATAAAGGCTCGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGCTCGGCGGAATGTTAACGAATTGGTCCATTACAGAAACGAAACTTCATAAGTTCAGGGACTTGAGAATAGAACAAAGGGCGGGAAGACTAAACCGCCTTCCGAAAAGAGATGCGGCTGTGGTGAAAAGACAATTATCCCGCTTGCAAAGATATCTGGGCGGGATTAAATATATGACAGGGTTACCCGATATTGTAATCATTCTTGATCAGCATGAAGAATATAAGGCTCTCCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCTGACCTTGCAGATTTTTCGATTCCGGCGAATGATGACGGTAGATCTTCAATCCGCTTAATTCTTAATAAA Buchnera_hispida ????????????????????????????????????????????????????????????????????TAAAATGGCACCTTATATCTCTGCAAAGCATAAAGGTATTCATATTACAAATCTTACGAGAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCGATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAGAATAAAGCAGCTGATTTAGTAGCATGGGCTGCAATAAAGGCTCGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGCTCGGCGGAATGTTAACGAATTGGTCCATTACAGAAACGAAACTTCATAAGTTCAGGGACTTGAGAATAGAACAAAGGGCGGGAAGACTAAACCGCCTTCCGAAAAGAGATGCGGCTGTGGTGAAAAGACAATTATCCCGCTTGCAAAGATATCTAGGCGGGGTTAAATATATGACAGGGTTACCTGATATTGTAATCATTCTTGATCAGCATGAAGAATATAAGGCTCTCCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCTGACCTTGCAGATTTTTCGATTCCGGCGAATGATGACGGTAGATCTTCAATCCGCTTAATTCTTAATAAA Striga_bilabiata ???????????????????????????????????????????????????????????????????????????GCACCTTATATCTCTGGAAAGCGTAAAGGTAATCATATTACAAATCTTATAAGAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGCGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACACAAAAGAAAGAAGCTGATTCAGTAGCATGGGCTGCAATAAAGGCTCGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGCTCGGCGGAATGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAACGAGACTTCATAAGTTGAAGGACTTAAGAATGAAACAAAGAGCGGGAAGACTAAGCCGCCTTTCGAAAAGAGATGCGGCTGTGGCGAAAAGACAATTATCCCGCTTGCAAACATACCTGGGCGGGATTAAATATATGAAAAGGTTACCCGATGTTGTAATAATTCTTGATCAGCATAAAGAATATACGGCGCTGCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCTGACCTTGCAGATTTTTCGATTCCGGCGAATGATGATAGTAGATCTTCAATCCGCTTAATTCTTAATAAA Striga_gesnerioides ?????????????????????????????AGGATTTCATTTTGGGCACAACATTAGGAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGGAAAGCGTAAAGGTAATCATATTACAAATCTTATAAGAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGCGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACACAAAAGAAAGAAGCTGATTCAGTAGCACGGGCTGCAATAAAGGCTCGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGCTCGGCGGAATGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAACGAGACTTCATAAGTTGAGGGACTTAAAAATAGAACAAAGAGCGGGAAGACTAAGCCGCCTTCCGAAAAGAGATGCGGCTGTGGTGAAAAGACAATTATCCCGCTTGCAAACATACCTGGGCGGGATTAAATATATGACAAGGTTACCCGATGTTGTAATCATTCTTGATCAGCATAAAGAATATACGGCGCTGCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCTGACCTTGCAGATTTTTCGATTCCGGCGAATGATGATAGTAGATCTGCAATCCGCTTAATTCTTAATAAA Striga_hermonthica AACATCAACTTAGAAGAGATGCTGAAGGCAGGAGTTCATTTTGGGCACAACATTAGGAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGGAAAGCGTAAAGGTAATCATATTACAAATCTTATAAGAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGCGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACACAAAAGAAAGAAGCTGATTCAGTAGCATGGGCTGCAATAAAGGCTCGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGCTCGGCGGGATGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAACAAGACTTCATAAGTTGAGGGACTTAAGAATAGAACAAAGGGCGGGAAGACTAAGCCGCCTTCCGAAAAGAGATGCGGCTGTGGTGAAAAGACAATTATCCCGCTTGCAAACATATCTGGGCGGGATTAAATATATGACAAGGTTACCCGATGTTGTAATCATTCTTGATCAGCGTAAAGAATATACGGCGCTGCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCTGACCTTGCAGATTTTTCGATTCCGGCGAATGATGATAGTAGATCTTCAATCCGCTTAATTCTTAATAAA Schwalbea_americana ?????????????????????????????????????????GGGGCATGGTACTAGGAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATTTCTGCAAAACGTAAAGGTATTCATATTACAAATCTTACGAGAACCGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCGATTTGGTTTTTCATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAACAAAAAAAGCAGCCGGTTCAGTAGCATGGGCTGCAATAAAGGCCCGGTGTCATTGTGTTAATCAAAAATGGTTCGGCGGGATGTTAACGAACTGGTCCAATACAGAACGGAGACTTCGTAAGTTCAGGGACTTAAGAATGGAACAAAAAACAGGAAGGCTCAACCGCCTTCCGGAAAAAGATGCGGCTGTGGTGACAAGACAATTATCCCGCCTGCAAACATATCTGGGCGGGATTAAATATATGACAGGGGTACCCGATATTGTAATCATCGTTGATCAGCATAACGAATATACGGCTCTGCGCGAATGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGACCCCGACCTTGCAGATCTTCCGATTCCGGCGAATGATGACGCGATATCTTCAATCCACTTTATTCTTAATACA Orobanche_caryophyllacea ?????????????????????????????AGGAGTTCATTTTGGGCATGGTATTAAAAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGCCAAGCACAAGGATATTCATATTATAAATSTTATAAAAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTGATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAAAGCAAACAGCTAATTCAGTAGCATGCGCTGCAATAAAAGCCCGGTGTCATTGTGTTAATAAAAAATGGCTTGGCGGGACGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAAGTAGACTTAATCAATTCAGGGATTTGAGAATAGAACAAAAAATGGGAAGGTTCAAACGCCTTCCGAAAAGAGATGCGGCTGTGTGTAAAAGACAATTATCCCGTCTGCAAACATATATGGGAGGGATTAAATATATGACAGGGTTACCCGATATTGTAATCATCGTTGATCAGCATGAAGAATATACGGCTCTGCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGATCCCGATCTTGCARATTTTTCGATTCCGGCGAATGATGACTCTATATTTTCAATCCGCTTAATTCTTA????? Orobanche_flava ???????????????????????????????????????TTTGGGCATGGTATTAGAAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATATCTGCCAAGCGCAAGGGTATTCATATTACAAATCTTATAAAAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTGATGCAGCAAGTAGGAGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAAAGCAAGTAGCTAATTCAGTAGCATGCGCTGCAATAAAAGCCCGGTGTCATTGTGTTAATAAAAAATGGCTTGGCGGGACGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAAGGAGACTTCATCAGTTCAGGGATTTGAGAATAGAACAAAAAATGGGAAGGTTCAAACGCCTTACGAAAAGAGATGCGGCTGTGGGTAAAAGACAATTATCCCGTCTGCAAACATATCTGGGAGGGATTAAATATATGACAGGGTTACCCGATATTGTAATCATCGTTGATCAGCATGAAGAATATACGGCTCTGCAAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGATCCCGATCTTGCAGATCTTTCGATTCCGGCG?????????????????????????????????????????? Orobanche_gracilis ???????????????????????????????????????TTTGGACATGGTATTAGAAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGCCAAGCGCAAGGGTATTCATATTACAAATCTTATAAAAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTGATGCAGCACGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAAAGAAAGCAGCCAATTCAGTAACATGCGCTGCAATAAAAGCCCGGTGTCATTGTGTTAATAAAAAATGGCTTGGCGGGACGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAAGTAGACTTCATCAGTTCAGGGATTTAAGAATAGAACAAAAAATGGGAAGGTTCAAACGCCTTACGAAAAGAGATGCGGCTGTGGGTAAAAGACAATTATCCCGTCTGCAAACATATTTTGGCGGGATTAAATATATGACAGGGTTACCCGATATTGTAATCATCGTTGATCAGCATGAAGAATATACGGCTCTGCGAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACGATTTGTTTAATCGATACAAATTGTGATCCCTATCTTGCAGATCTTTCGATTCCGGCG?????????????????????????????????????????? Phelipanche_aegyptiaca ?????????????????????????????????????????????????????????AAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGCTAAACGCAAGGGTATTCATATTACAAATCTTATAAAAACTGCTCGTTTTTTATCCGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTGATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAAAGCAAGCAGCTAATTCAGTAGCATGCGCTGCAATAAAAGCCCGGTGTCATTGTGTTAATAAAAAATGGCTTGGCGGGACGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAAGTAGACTTCATCAGTTCAGGGATTTGAGAATAGAACAAAAAATGGGAAGGTTCAAACGCTGTCCGAAAAGAGATAAGGCTGTGGTTAAAAGACAATTATCCCGTCTGCAAACATATCTGGGCGGGATTAAATATATGACAGGGTTACCCGATATTGTAATCATCGTTGATCAGCATGAAGAATATACCGCTCTGCAAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTGTTT??????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????????? Epifagus_virginiana ???????TATGGGAAGAGATGAATGGGGCAGGAGTTTCTTTTGGGCATGGTACTAGAAAATGGAATCCAAAAATGGCACCTTATATCTCTGTAAAGCATAAAGGTATTCATTTTACAAATCTTACGAAAACTGCTCGTTTTTTATCTGAAGCCTGTGATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGATACAAAAAATAAAGCAGCTGATTCAGCAGCATGGGCTGCAATAAAGGCCCGGTGTCATTGTGTTAATAAAAAATGGCCCGGAGGGATGTTAACGAATTGGTCCACTACAGAAACGCGACTTCATAAGTTAAGGGACTTGATAATGGAACAAAAAGCAGGAAGACTCAACCGCCTTAAAAAAAAGGATGAGGCTGCCGTGAAAAGACAATTAGCTCGATTGCAAACATATCTAGGTGGTATAAAATATATGACAAGGTTACCAGACATCGTAATCATCGTTGATCAGCACGAAGAATATAAGGCTCTGCACGAGTGTATCACCATAGGAATTCCTACAATTGGTTTAATCGATACAAATTGTGATCCCGATCTAGCAGATATTTCTATTCCAGCGAATGATGACGCTATTTCTTCAATACGTTTAATTCTTAACAAA Bungea_trifida ?????????????????????????????AAAAGTTCATTTGGGGCGTGAGACTAAGAAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCGGCAGAGAAAAATGGTTTTCATATTATAAATCTTATGAAAACCGCCCTTTTTTTATCCAAAGCCTGCGATTTGCTTTTTTATGAAGCAAGGGCGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAACTGGGATAGCTCATTTAGTAGCACGGGCTGCAATAAAGGCCCGGTGTCATTGTGTTAGTAAAAAATGGTTCAGCGGGCTGTTAACGAATTGGTCCGCTACAGAAAAGAGACTTCAGCAGTTCAGGGACTTGAGAATGGAACAAAAAACGGGAAGGCTCAACGACCTTCCGAAAAAAGATGCGGCTGTGGCGAAAAGACAATTATCCCGCCTGCATAGAGAGCTGGGCGGGATTAAATATATGACAAGGTTACCCGATATTGTAATCATCATTGATCAGCATAAAGCCTATACGGCTCTGCGAGAATGTAGCATTTTGGGAATTCAAACAATTGGTTTAATCGATACGGATTGTGACCCCGACCTTCCAGATCTTCCGATTCCGGCCAATGATGACGCTGGATGTTCAGTCAGCTACATTCTTAACAAA Phelipanche_arenaria ???????????????????????????????????????TTTGGACATCGTTCTAAGGAATGGAATCCTAAAATGGCACCTTATATCTCTGCCGAGCGTAAGCATATGCATATTATAAATCTTACGAAAACTGCTCGTTTTTTATACGAAGCCTGCAATTTGGTTTTTTATGCAGCAAGTAGGGGAAAACAATTCTTGATTGTTGGTACAAAAAGAAGCACAGTCAATTTAGTGGAACAGGCTGCAAAAAAGGCCGGGTGTCATTTTGTTAATAAAAAATGGACCGGCGGGATGTTAACAAATTGGTCCATTACAAAAGCGAGACTTCAAAAATTTAAGGATTTAATAATAGAACAAGAAGCTGGAAGGATCGACTGCCTTTCGAAAAAAGATGCGGCTGTAGTTAAAAGACAACTATCTCACTTTCAAAAAAATTTGGGCGGGATTAGAAATATGAGCGAATTGCCCGATATTGTAATCATCCTTTGTCAAAATGAAGAATATAAGGCTCTGCAAGAGTGTATCACTTTGGGAATTCCAACAATTTCTTTAATTGATACAAATTCTGATCCCGATCTTGCAGATATTTCGATTCCGGCC?????????????????????????????????????????? ; end; begin mrbayes; charset Subset1 = 1-642\3 2-642\3; charset Subset2 = 3-642\3; partition PartitionFinder = 2:Subset1, Subset2; set partition=PartitionFinder; lset applyto=(1) nst=6 rates=gamma ngammacat=4; lset applyto=(2) nst=6 rates=gamma ngammacat=4; prset applyto=(all) ratepr=variable; unlink statefreq=(all) revmat=(all) shape=(all); link topology=(all) brlens=(all); mcmcp nruns=4 nchains=1 ngen=2000000 samplefreq=1000 printfreq=5000 diagnfreq=20000 filename=rps2_mcneal_out2gplus_37; end; begin trees; tree ML = [&R] (((((Schwalbea_americana:0.04869,Bungea_trifida:0.143569)[&label=73]:0.019401,(Radamaea_montana:0.007197,((Buchnera_hispida:0.00755,Buchnera_americana:1.0E-6)[&label=97]:0.016086,(Striga_hermonthica:0.006735,(Striga_gesnerioides:0.006498,Striga_bilabiata:0.013584)[&label=93]:0.003074)[&label=100]:0.040908)[&label=95]:0.027706)[&label=73]:0.009956)[&label=20]:0.002015,((Triphysaria_versicolor:0.012696,(Pedicularis_elwesii:0.005514,Pedicularis_densispica:0.006943)[&label=100]:0.019782)[&label=41]:0.005041,((Pterygiella_duclouxii:1.0E-6,(Phtheirospermum_tenuisectum:0.004296,Pterygiella_cylindrica:1.0E-6)[&label=44]:1.0E-6)[&label=61]:0.002116,(Brandisia_hancei:0.003443,((((Rehmannia_piasezkii:0.003689,Triaenophora_shennongjiaensis:0.00751)[&label=95]:0.007642,(Mimulus_guttatus:0.007097,Paulownia_fargesii:0.009151)[&label=85]:0.003489)[&label=80]:0.005317,(Lindenbergia_muraria:0.004571,Lindenbergia_philippensis:0.007189)[&label=69]:0.002326)[&label=67]:0.006856,(((Phelipanche_aegyptiaca:0.018103,((Orobanche_caryophyllacea:0.019693,Orobanche_flava:0.011259)[&label=41]:0.001919,Orobanche_gracilis:0.021865)[&label=39]:0.001922)[&label=100]:0.04251,Phelipanche_arenaria:0.190763)[&label=39]:0.013747,(Boschniakia_himalaica:0.029447,((Cistanche_phelypaea:0.005519,Cistanche_tubulosa:1.0E-6)[&label=100]:0.052991,Epifagus_virginiana:0.109579)[&label=25]:0.005472)[&label=8]:1.0E-6)[&label=15]:0.003032)[&label=9]:1.0E-6)[&label=5]:1.0E-6)[&label=4]:1.0E-6)[&label=13]:0.001779)[&label=95]:0.014133,((Lathraea_squamaria:0.010543,Rhinanthus_alectorolophus:0.019004)[&label=73]:0.00515,Melampyrum_sylvaticum:0.011617)[&label=45]:1.0E-6)[&label=97]:0.009698,(Parentucellia_latifolia:0.006863,(Bellardia_trixago:0.001805,Parentucellia_viscosa:1.0E-6)[&label=72]:0.001783)[&label=81]:0.002299,Euphrasia_stricta:0.023174); end;