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G A 690.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-9.780e-01;ClippingRankSum=2.39;DP=310;ExcessHet=3.0103;FS=0.893;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=56.07;MQRankSum=0.104;QD=7.85;ReadPosRankSum=-4.560e-01;SOR=0.749 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:41,0:41:99:.:.:0,720 0:26,0:26:99:.:.:0,360 0:22,0:22:99:.:.:0,675 0/1:65,23:88:99:0|1:895417_G_C:723,0,3532 0:36,0:36:99:.:.:0,450 0:17,0:17:99:.:.:0,180 0:12,0:12:99:.:.:0,135 0:17,0:17:99:.:.:0,180 0:22,0:22:99:.:.:0,405 0:27,0:27:99:.:.:0,315 Chromosome 895452 . A G 203.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-4.800e-02;ClippingRankSum=0.767;DP=306;ExcessHet=3.0103;FS=2.988;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=56.91;MQRankSum=-2.258e+00;QD=2.42;ReadPosRankSum=-9.880e-01;SOR=0.961 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:41,0:41:99:.:.:0,720 0:26,0:26:99:.:.:0,360 0:22,0:22:99:.:.:0,675 0/1:74,10:84:99:0|1:895417_G_C:236,0,3994 0:36,0:36:99:.:.:0,450 0:17,0:17:99:.:.:0,180 0:12,0:12:99:.:.:0,135 0:17,0:17:99:.:.:0,180 0:22,0:22:99:.:.:0,405 0:27,0:27:99:.:.:0,315 Chromosome 985332 . G GC 10063.8 PASS AC=11;AF=1.00;AN=11;DP=272;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=11;MLEAF=1.00;MQ=59.97;QD=34.24;SOR=1.121 GT:AD:DP:GQ:PL 1:0,37:37:99:1387,0 1:0,24:24:99:886,0 1:0,30:30:99:1118,0 1/1:0,21:21:63:780,63,0 1:0,47:47:99:1763,0 1:0,20:20:99:742,0 1:0,18:18:99:668,0 1:0,21:21:99:783,0 1:0,23:23:99:859,0 1:0,30:30:99:1103,0 Chromosome 1174915 . CAAAAA C 174.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.91;ClippingRankSum=-1.101e+00;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=5.358;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-2.700e-02;QD=5.62;ReadPosRankSum=-3.518e+00;SOR=2.206 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:6,0:6:99:.:.:0,131 0:12,0:12:99:.:.:0,135 0:8,0:8:99:.:.:0,225 0/1:26,5:31:99:0|1:1174915_CAAAAA_C:216,0,1351 0:15,0:15:99:.:.:0,180 0:6,0:6:99:.:.:0,180 0:9,0:9:99:.:.:0,178 0:11,0:11:99:.:.:0,121 0:6,0:6:99:.:.:0,130 0:16,0:16:99:.:.:0,135 Chromosome 1174921 . T TGTATCA 177.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=2.63;ClippingRankSum=1.01;DP=135;ExcessHet=3.0103;FS=5.479;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-1.440e-01;QD=6.12;SOR=2.406 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:6,0:6:99:.:.:0,131 0:12,0:12:99:.:.:0,135 0:8,0:8:99:.:.:0,225 0/1:24,5:29:99:0|1:1174915_CAAAAA_C:219,0,1309 0:15,0:15:99:.:.:0,180 0:6,0:6:99:.:.:0,180 0:26,0:26:51:.:.:0,51 0:11,0:11:99:.:.:0,121 0:6,0:6:99:.:.:0,130 0:16,0:16:99:.:.:0,135 Chromosome 1174931 . G C 54.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-7.360e-01;ClippingRankSum=-1.356e+00;DP=110;ExcessHet=3.0103;FS=10.414;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=58.84;MQRankSum=-5.030e-01;QD=2.27;ReadPosRankSum=-2.208e+00;SOR=1.421 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:6,0:6:99:.:.:0,131 0:12,0:12:99:.:.:0,135 0:8,0:8:99:.:.:0,225 0/1:20,4:24:87:0|1:1174931_G_C:87,0,1103 0:15,0:15:99:.:.:0,180 0:6,0:6:99:.:.:0,180 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0:11,0:11:99:.:.:0,121 0:6,0:6:99:.:.:0,130 0:16,0:16:99:.:.:0,135 Chromosome 1174961 . A ATTTTT 72.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.85;ClippingRankSum=-5.030e-01;DP=105;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=58.54;MQRankSum=-1.509e+00;QD=3.81;ReadPosRankSum=1.05;SOR=1.179 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:6,0:6:99:.:.:0,131 0:12,0:12:99:.:.:0,135 0:8,0:8:99:.:.:0,225 0/1:16,3:19:99:0|1:1174931_G_C:114,0,883 0:15,0:15:99:.:.:0,180 0:6,0:6:99:.:.:0,180 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0:11,0:11:99:.:.:0,121 0:6,0:6:99:.:.:0,130 0:16,0:16:99:.:.:0,135 Chromosome 1425210 . C T 12459.8 PASS AC=11;AF=1.00;AN=11;DP=392;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=11;MLEAF=1.00;MQ=59.98;QD=32.11;SOR=0.958 GT:AD:DP:GQ:PL 1:0,71:71:99:2337,0 1:0,35:35:99:1035,0 1:0,51:51:99:1612,0 1/1:0,35:35:99:1126,104,0 1:0,61:61:99:1898,0 1:0,24:24:99:810,0 1:0,17:17:99:535,0 1:0,29:29:99:907,0 1:0,34:34:99:1162,0 1:0,31:31:99:1063,0 Chromosome 1661843 . G GCACCATCCAT 62.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-1.282e+00;ClippingRankSum=-9.580e-01;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=0.175;QD=1.13;ReadPosRankSum=0.931;SOR=0.455 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:4,0:4:99:.:.:0,131 0:8,0:8:99:.:.:0,134 0:3,0:3:99:.:.:0,122 0/1:49,6:55:99:0|1:1661843_G_GCACCATCCAT:104,0,3080 0:7,0:7:99:.:.:0,240 0:4,0:4:99:.:.:0,111 0:12,0:12:99:.:.:0,166 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,118 0:4,0:4:99:.:.:0,123 Chromosome 2550313 . G C 135.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=2.93;ClippingRankSum=-7.900e-01;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=2.127;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=0.374;QD=2.12;ReadPosRankSum=-2.260e+00;SOR=1.585 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:10,0:10:99:.:.:0,123 0:4,0:4:99:.:.:0,104 0:3,0:3:99:.:.:0,122 0/1:60,4:64:99:0|1:2550274_TG_T:168,0,3497 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:12,0:12:99:.:.:0,322 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:10,0:10:99:.:.:0,116 0:6,0:6:99:.:.:0,126 0:4,0:4:99:.:.:0,109 Chromosome 2550315 . T TC 132.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=3.15;ClippingRankSum=-3.400e-01;DP=122;ExcessHet=3.0103;FS=15.447;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=0.432;QD=1.98;ReadPosRankSum=-3.762e+00;SOR=3.045 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:10,0:10:99:.:.:0,123 0:4,0:4:99:.:.:0,104 0:3,0:3:99:.:.:0,122 0/1:58,9:67:99:0|1:2550274_TG_T:174,0,3413 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:12,0:12:99:.:.:0,322 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:10,0:10:99:.:.:0,116 0:6,0:6:99:.:.:0,126 0:4,0:4:99:.:.:0,109 Chromosome 2633381 . A G 168.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.95;ClippingRankSum=0.529;DP=103;ExcessHet=3.0103;FS=13.753;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.67;MQRankSum=1.10;QD=2.34;ReadPosRankSum=-3.623e+00;SOR=2.899 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:3,0:3:99:.:.:0,113 0:3,0:3:99:.:.:0,119 0:4,0:4:99:.:.:0,135 0/1:62,10:72:99:0|1:2633381_A_G:201,0,2937 0:4,0:4:99:.:.:0,104 0:3,0:3:99:.:.:0,122 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,100 Chromosome 3070868 . T TAGC 127.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.35;ClippingRankSum=1.45;DP=196;ExcessHet=3.0103;FS=11.494;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=58.95;MQRankSum=-6.180e-01;QD=1.99;ReadPosRankSum=-3.418e+00;SOR=2.033 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:55,9:64:99:0|1:3070868_T_TAGC:169,0,2729 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3070871 . C T 131.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=2.38;ClippingRankSum=0.013;DP=191;ExcessHet=3.0103;FS=17.820;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.16;MQRankSum=0.723;QD=2.15;ReadPosRankSum=-2.195e+00;SOR=3.597 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:56,5:61:99:0|1:3070868_T_TAGC:164,0,2774 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3070897 . CTGA C 278.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.94;ClippingRankSum=-7.300e-01;DP=179;ExcessHet=3.0103;FS=2.448;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-7.720e-01;QD=5.68;ReadPosRankSum=-2.064e+00;SOR=1.015 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:46,3:49:99:0|1:3070868_T_TAGC:320,0,2365 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3070903 . TACC T 230.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=3.35;ClippingRankSum=-3.790e-01;DP=186;ExcessHet=3.0103;FS=17.101;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=0.357;QD=4.11;ReadPosRankSum=-4.039e+00;SOR=4.047 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:47,9:56:99:0|1:3070868_T_TAGC:272,0,2429 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3070909 . T C 330.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-2.429e+00;ClippingRankSum=8.000e-03;DP=193;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-9.120e-01;QD=5.24;ReadPosRankSum=-4.414e+00;SOR=0.815 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:48,15:63:99:0|1:3070868_T_TAGC:363,0,2347 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3094666 . G GATGTGGACCTTAAGCACGTGTA 98.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=0.064;ClippingRankSum=0.191;DP=166;ExcessHet=3.0103;FS=12.020;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=0.191;QD=2.73;ReadPosRankSum=-3.842e+00;SOR=2.227 GT:AD:DP:GQ:PL 0:27,0:27:99:0,162 0:11,0:11:99:0,119 0:16,0:16:99:0,156 0/1:30,6:36:99:140,0,1621 0:24,0:24:99:0,151 0:4,0:4:99:0,100 0:7,0:7:99:0,106 0:12,0:12:99:0,158 0:13,0:13:99:0,226 0:16,0:16:99:0,125 Chromosome 3106167 . T TCTA 132.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.56;ClippingRankSum=-2.230e-01;DP=158;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.51;MQRankSum=-2.364e+00;QD=4.73;ReadPosRankSum=0.706;SOR=0.350 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:26,2:28:99:0|1:3106122_CCAA_C:174,0,1860 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,141 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3106170 . A G 99.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.10;ClippingRankSum=-6.180e-01;DP=161;ExcessHet=3.0103;FS=8.321;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.94;MQRankSum=0.403;QD=3.21;ReadPosRankSum=-2.497e+00;SOR=2.777 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:27,0:27:99:.:.:0,162 0:11,0:11:99:.:.:0,119 0:16,0:16:99:.:.:0,156 0/1:26,5:31:99:0|1:3106122_CCAA_C:132,0,1863 0:24,0:24:99:.:.:0,151 0:4,0:4:99:.:.:0,141 0:7,0:7:99:.:.:0,106 0:12,0:12:99:.:.:0,158 0:13,0:13:99:.:.:0,226 0:16,0:16:99:.:.:0,125 Chromosome 3231465 . C T 30940.8 PASS AC=11;AF=1.00;AN=11;DP=951;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=11;MLEAF=1.00;MQ=59.99;QD=32.57;SOR=0.886 GT:AD:DP:GQ:PL 1:0,144:144:99:4789,0 1:0,77:77:99:2398,0 1:0,130:130:99:4286,0 1/1:0,77:77:99:2577,230,0 1:0,129:129:99:4244,0 1:0,70:70:99:2395,0 1:0,54:54:99:1685,0 1:0,81:81:99:2645,0 1:0,82:82:99:2664,0 1:0,106:106:99:3283,0 Chromosome 3447980 . TCC T 32522.8 PASS AC=11;AF=1.00;AN=11;DP=801;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=11;MLEAF=1.00;MQ=60.33;QD=29.09;SOR=1.048 GT:AD:DP:GQ:PL 1:0,108:108:99:4766,0 1:0,76:76:99:3340,0 1:0,95:95:99:4193,0 1/1:0,50:50:99:2212,151,0 1:0,87:87:99:3792,0 1:0,49:49:99:2150,0 1:0,43:43:99:1895,0 1:0,68:68:99:3011,0 1:0,76:76:99:3318,0 1:0,92:92:99:3880,0 Chromosome 3786104 . A G 884.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-2.070e-01;ClippingRankSum=-8.200e-02;DP=154;ExcessHet=3.0103;FS=9.352;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=58.25;MQRankSum=-1.048e+00;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.69;SOR=0.214 GT:AD:DP:GQ:PL 0:3,0:3:99:0,114 0:5,0:5:99:0,115 0:5,0:5:99:0,127 0/1:84,29:113:99:917,0,4123 0:8,0:8:99:0,135 0:4,0:4:99:0,128 0:4,0:4:99:0,116 0:4,0:4:99:0,125 0:4,0:4:99:0,140 0:4,0:4:99:0,128 Chromosome 3786115 . T A 859.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=0.929;ClippingRankSum=-1.525e+00;DP=149;ExcessHet=3.0103;FS=7.843;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=57.94;MQRankSum=-4.520e-01;QD=7.96;ReadPosRankSum=0.726;SOR=0.224 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:3,0:3:99:.:.:0,114 0:5,0:5:99:.:.:0,115 0:5,0:5:99:.:.:0,127 0/1:80,28:108:99:0|1:3786115_T_A:892,0,4457 0:8,0:8:99:.:.:0,135 0:4,0:4:99:.:.:0,128 0:4,0:4:99:.:.:0,116 0:4,0:4:99:.:.:0,125 0:4,0:4:99:.:.:0,140 0:4,0:4:99:.:.:0,128 Chromosome 4696640 . GT G 98.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.54;ClippingRankSum=-3.780e-01;DP=138;ExcessHet=3.0103;FS=17.555;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.98;MQRankSum=1.34;QD=1.02;ReadPosRankSum=-1.001e+00;SOR=3.255 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:5,0:5:99:.:.:0,100 0:5,0:5:99:.:.:0,108 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0/1:86,10:96:99:0|1:4696640_GT_G:140,0,3615 0:4,0:4:99:.:.:0,122 0:5,0:5:99:.:.:0,108 0:4,0:4:99:.:.:0,131 0:4,0:4:99:.:.:0,131 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,122 Chromosome 4696642 . CGAATCGTCGCACCG C 81.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.67;ClippingRankSum=-1.302e+00;DP=143;ExcessHet=3.0103;FS=16.965;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.95;MQRankSum=-3.010e-01;QD=0.81;ReadPosRankSum=-8.740e-01;SOR=3.217 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:5,0:5:99:.:.:0,100 0:5,0:5:99:.:.:0,108 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0/1:91,10:101:99:0|1:4696640_GT_G:123,0,3826 0:4,0:4:99:.:.:0,122 0:5,0:5:99:.:.:0,108 0:4,0:4:99:.:.:0,131 0:4,0:4:99:.:.:0,131 0:4,0:4:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,122 Chromosome 4696687 . G C 410.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.52;ClippingRankSum=0.345;DP=104;ExcessHet=3.0103;FS=11.558;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=58.81;MQRankSum=0.951;QD=6.62;ReadPosRankSum=1.24;SOR=1.680 GT:AD:DP:GQ:PL 0:5,0:5:99:0,100 0:5,0:5:99:0,108 0:7,0:7:99:0,135 0/1:48,14:62:99:443,0,1890 0:4,0:4:99:0,122 0:5,0:5:99:0,108 0:4,0:4:99:0,131 0:4,0:4:99:0,131 0:4,0:4:99:0,100 0:4,0:4:99:0,122 Chromosome 4696691 . C G 261.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.09;ClippingRankSum=-1.243e+00;DP=107;ExcessHet=3.0103;FS=2.780;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=58.30;MQRankSum=0.245;QD=4.02;ReadPosRankSum=2.00;SOR=0.905 GT:AD:DP:GQ:PL 0:5,0:5:99:0,100 0:5,0:5:99:0,108 0:7,0:7:99:0,135 0/1:53,12:65:99:294,0,2141 0:4,0:4:99:0,122 0:5,0:5:99:0,108 0:4,0:4:99:0,131 0:4,0:4:99:0,131 0:4,0:4:99:0,100 0:4,0:4:99:0,122 Chromosome 4886432 . G T 26342.8 PASS AC=11;AF=1.00;AN=11;BaseQRankSum=1.47;ClippingRankSum=0.543;DP=837;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=11;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=0.336;QD=31.51;ReadPosRankSum=-2.380e-01;SOR=0.745 GT:AD:DP:GQ:PL 1:0,160:160:99:4865,0 1:0,80:80:99:2542,0 1:0,104:104:99:3159,0 1/1:1,50:51:99:1559,140,0 1:0,118:118:99:3776,0 1:0,56:56:99:1835,0 1:0,54:54:99:1925,0 1:0,70:71:99:2082,0 1:0,76:76:99:2484,0 1:1,66:67:99:2141,0 Chromosome 4980005 . TTTTTTGGGG T 69.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=0.322;ClippingRankSum=0.322;DP=262;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.67;ReadPosRankSum=-9.370e-01;SOR=0.818 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:80,0:80:99:.:.:0,128 0:41,0:41:99:.:.:0,374 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0/1:5,3:8:99:0|1:4979981_T_C:111,0,247 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:24,0:24:99:.:.:0,156 0:16,0:16:99:.:.:0,123 0:42,0:42:99:.:.:0,160 0:5,0:5:99:.:.:0,140 0:33,0:33:99:.:.:0,147 Chromosome 5218581 . C T 24096.8 PASS AC=11;AF=1.00;AN=11;BaseQRankSum=1.69;ClippingRankSum=0.00;DP=765;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=11;MLEAF=1.00;MQ=60.00;MQRankSum=-9.900e-01;QD=31.71;ReadPosRankSum=-5.770e-01;SOR=0.295 GT:AD:DP:GQ:PL 1:0,109:109:99:3704,0 1:1,83:84:99:2570,0 1:0,90:90:99:2699,0 1/1:0,50:50:99:1641,149,0 1:0,128:128:99:3908,0 1:0,55:55:99:1688,0 1:0,40:40:99:1281,0 1:0,68:68:99:2036,0 1:0,75:75:99:2460,0 1:0,61:61:99:2135,0 Chromosome 5299536 . C CCAA 51.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.36;ClippingRankSum=0.538;DP=127;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.31;MQRankSum=-6.010e-01;QD=1.77;ReadPosRankSum=-2.396e+00;SOR=0.536 GT:AD:DP:GQ:PL 0:7,0:7:99:0,135 0:9,0:9:99:0,135 0:13,0:13:99:0,180 0/1:25,4:29:93:93,0,1018 0:22,0:22:99:0,300 0:7,0:7:99:0,135 0:4,0:4:99:0,107 0:9,0:9:99:0,116 0:15,0:15:99:0,168 0:12,0:12:99:0,210 Chromosome 5367137 . G A 210.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.58;ClippingRankSum=-8.590e-01;DP=183;ExcessHet=3.0103;FS=6.681;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.91;MQRankSum=-1.375e+00;QD=2.36;ReadPosRankSum=-3.670e+00;SOR=1.354 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:9,0:9:99:.:.:0,135 0:13,0:13:99:.:.:0,180 0/1:77,12:89:99:0|1:5367137_G_A:243,0,3146 0:22,0:22:99:.:.:0,300 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:4,0:4:99:.:.:0,107 0:9,0:9:99:.:.:0,116 0:11,0:11:99:.:.:0,188 0:12,0:12:99:.:.:0,210 Chromosome 5367140 . C G 210.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-8.700e-01;ClippingRankSum=0.870;DP=177;ExcessHet=3.0103;FS=4.052;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.90;MQRankSum=-8.530e-01;QD=2.54;ReadPosRankSum=-2.189e+00;SOR=1.901 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:9,0:9:99:.:.:0,135 0:13,0:13:99:.:.:0,180 0/1:77,6:83:99:0|1:5367137_G_A:243,0,3146 0:22,0:22:99:.:.:0,300 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:4,0:4:99:.:.:0,107 0:9,0:9:99:.:.:0,116 0:11,0:11:99:.:.:0,188 0:12,0:12:99:.:.:0,210 Chromosome 5493354 . A G 72.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.04;ClippingRankSum=0.208;DP=126;ExcessHet=3.0103;FS=4.709;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-6.750e-01;QD=2.26;ReadPosRankSum=-3.322e+00;SOR=1.963 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:9,0:9:99:.:.:0,135 0:13,0:13:99:.:.:0,180 0/1:27,5:32:99:0|1:5493354_A_G:105,0,1540 0:22,0:22:99:.:.:0,300 0:7,0:7:99:.:.:0,135 0:4,0:4:99:.:.:0,107 0:9,0:9:99:.:.:0,116 0:11,0:11:99:.:.:0,188 0:12,0:12:99:.:.:0,210 Chromosome 6223011 . GCGCTCACTTGTAGTGAGCGGGCTTGCCCCGCGCTGGGGGGCGAAGCCGCCCCAAAATCAGGCGACTCGGCTTTACCTGAAACTATGTGGTGCCTTTATTGGGGCGGCTTCGCCCCCCAGCGCGGGGCAAGCC G 1709.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=3.20;ClippingRankSum=0.972;DP=275;ExcessHet=3.0103;FS=12.498;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.91;MQRankSum=0.516;QD=9.71;ReadPosRankSum=-3.830e+00;SOR=1.509 GT:AD:DP:GQ:PL 0:14,0:14:99:0,157 0:13,0:13:99:0,179 0:5,0:5:99:0,167 0/1:90,86:176:99:1751,0,4520 0:20,0:20:99:0,300 0:5,0:5:99:0,112 0:8,0:8:99:0,108 0:17,0:17:99:0,116 0:9,0:9:99:0,189 0:4,0:4:99:0,120 Chromosome 6356311 . T G 111.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=2.54;ClippingRankSum=1.81;DP=119;ExcessHet=3.0103;FS=17.620;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.51;MQRankSum=0.473;QD=1.39;ReadPosRankSum=-2.466e+00;SOR=3.254 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0/1:70,10:80:99:0|1:6356311_T_G:144,0,3333 0:6,0:6:99:.:.:0,115 0:3,0:3:99:.:.:0,109 0:4,0:4:99:.:.:0,141 0:4,0:4:99:.:.:0,106 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,120 Chromosome 6356313 . G T 192.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=0.875;ClippingRankSum=0.125;DP=112;ExcessHet=3.0103;FS=2.380;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=59.54;MQRankSum=-1.959e+00;QD=2.64;ReadPosRankSum=1.46;SOR=1.037 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:6,0:6:99:.:.:0,135 0/1:70,3:73:99:0|1:6356311_T_G:225,0,3369 0:6,0:6:99:.:.:0,115 0:3,0:3:99:.:.:0,109 0:4,0:4:99:.:.:0,141 0:4,0:4:99:.:.:0,106 0:3,0:3:99:.:.:0,100 0:4,0:4:99:.:.:0,120 Chromosome 6588853 . A ATTTTG 83.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=-2.485e+00;ClippingRankSum=0.894;DP=141;ExcessHet=3.0103;FS=0.000;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-1.994e+00;QD=1.32;ReadPosRankSum=-4.331e+00;SOR=0.892 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:3,0:3:99:.:.:0,104 0:5,0:5:99:.:.:0,102 0:14,0:14:99:.:.:0,148 0/1:54,9:63:99:0|1:6588853_A_ATTTTG:125,0,3453 0:11,0:11:99:.:.:0,111 0:8,0:8:99:.:.:0,110 0:9,0:9:99:.:.:0,174 0:10,0:10:99:.:.:0,150 0:7,0:7:99:.:.:0,102 0:11,0:11:99:.:.:0,301 Chromosome 6588854 . C A 92.41 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=0.506;ClippingRankSum=-3.530e-01;DP=136;ExcessHet=3.0103;FS=9.373;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-1.151e+00;QD=1.59;ReadPosRankSum=-2.716e+00;SOR=3.258 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:3,0:3:99:.:.:0,104 0:5,0:5:99:.:.:0,102 0:14,0:14:99:.:.:0,148 0/1:54,4:58:99:0|1:6588853_A_ATTTTG:125,0,3453 0:11,0:11:99:.:.:0,111 0:8,0:8:99:.:.:0,110 0:9,0:9:99:.:.:0,174 0:10,0:10:99:.:.:0,150 0:7,0:7:99:.:.:0,102 0:11,0:11:99:.:.:0,301 Chromosome 6687401 . G GCT 200.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=1.75;ClippingRankSum=0.946;DP=150;ExcessHet=3.0103;FS=40.537;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-1.116e+00;QD=2.90;ReadPosRankSum=-5.037e+00;SOR=4.798 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:3,0:3:99:.:.:0,104 0:5,0:5:99:.:.:0,102 0:14,0:14:99:.:.:0,148 0/1:59,10:69:99:0|1:6687401_G_GCT:242,0,3559 0:11,0:11:99:.:.:0,111 0:8,0:8:99:.:.:0,110 0:9,0:9:99:.:.:0,174 0:10,0:10:99:.:.:0,150 0:7,0:7:99:.:.:0,102 0:11,0:11:99:.:.:0,301 Chromosome 6687403 . CGG C 200.37 PASS AC=1;AF=0.091;AN=11;BaseQRankSum=0.776;ClippingRankSum=-9.290e-01;DP=147;ExcessHet=3.0103;FS=40.537;MLEAC=1;MLEAF=0.091;MQ=60.00;MQRankSum=-4.350e-01;QD=2.90;ReadPosRankSum=-5.037e+00;SOR=4.798 GT:AD:DP:GQ:PGT:PID:PL 0:3,0:3:99:.:.:0,104 0:5,0:5:99:.:.:0,102 0:14,0:14:99:.:.:0,148 0/1:59,10:69:99:0|1:6687401_G_GCT:242,0,3559 0:11,0:11:99:.:.:0,111 0:8,0:8:99:.:.:0,110 0:9,0:9:99:.:.:0,174 0:10,0:10:99:.:.:0,150 0:7,0:7:99:.:.:0,102 0:11,0:11:99:.:.:0,301