#NEXUS [!order ((((((((((((((((((((((Pphoc Pspin) Ddelp) Ttrun) Ceutr) Lobsc) Lalbi) Lpero) Gmela) Iniag) Mperu) Meuro) Kbrev) Ksim) Pcato) Bovin) Camel) Mnova) Erobu) (Bmyst Bphys)) Pecar) Zcavi) Dleuc) gap cost = 3 (U's converted to T's) cost matrix: A C G T A 0 3 1 3 C 3 0 3 1 G 1 3 0 3 T 3 1 3 0 ] begin data; dimensions ntax=24 nchar=1380; format datatype=dna matchchar=. interleave gap=-; options gapmode=newstate; matrix Pphoc ???TAAACCTAAATAGTCCTA-AAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Pspin TCGTAAACCTAAATAGTCCTA-AAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Ddelp TCGTAAACTTAAATAATCCCA-AAACAAGATTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Ttrun TCGTAAACTTAAATAATCCTA-AAACAAGATTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Ceutr CCGTAAACTTAAATAGTCCTA-AAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Lobsc TCGTAAACTTAAATAGTCCTA-AAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Lalbi TCGTAAACTTAAATAGTCCTA-AAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Lpero TCGTAAACTTAAATAGTCCTA-AAACAAGACTATTCGCCAGAGTACTATCGGCAACAGCC Gmela 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