#NEXUS [!This data set was downloaded from TreeBASE, a relational database of phylogenetic knowledge. TreeBASE has been supported by the NSF, Harvard University, Yale University, SDSC and UC Davis. Please do not remove this acknowledgment from the Nexus file. [COI = 1-1460, ND2 = 1461-1948, cyt b = 1949-3088, IRBP = 3089-3923, Bfib = 3924-4352] Generated on August 31, 2015; 20:37 GMT TreeBASE (cc) 1994-2008 Study reference: Spradling T., Demastes J.W., Hafner D.J., Cervantes F.A., Milbach P.L., & Hafner M. 2015. Systematic revision of the pocket gopher genus Orthogeomys. Journal of Mammalogy, . TreeBASE Study URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/study/TB2:S17734] BEGIN TAXA; TITLE Taxa; DIMENSIONS NTAX=34; TAXLABELS Cratogeomys_planiceps Geomys_breviceps Orthogeomys_cavator_18 Orthogeomys_cavator_19 Orthogeomys_cherriei_20 Orthogeomys_cherriei_21 Orthogeomys_cherriei_22 Orthogeomys_cuniculus_4 Orthogeomys_dariensis_27 Orthogeomys_grandis_1 Orthogeomys_grandis_2 Orthogeomys_grandis_3 Orthogeomys_grandis_6 Orthogeomys_grandis_7 Orthogeomys_heterodus_28 Orthogeomys_hispidus_10 Orthogeomys_hispidus_11 Orthogeomys_hispidus_12 Orthogeomys_hispidus_13 Orthogeomys_hispidus_14 Orthogeomys_hispidus_15 Orthogeomys_hispidus_16 Orthogeomys_hispidus_8 Orthogeomys_hispidus_9 Orthogeomys_lanius_17 Orthogeomys_matagalpae_23 Orthogeomys_matagalpae_24 Orthogeomys_matagalpae_25 Orthogeomys_thaeleri_26 Orthogeomys_underwoodi_29 Orthogeomys_underwoodi_30 Pappogeomys_bulleri Thomomys_bottae Zygogeomys_trichopus ; END; BEGIN CHARACTERS; [! TreeBASE Matrix URI: http://purl.org/phylo/treebase/phylows/matrix/TB2:M31721] TITLE 'Matrix in file "orthoallnames.txt"'; LINK TAXA = Taxa; DIMENSIONS NCHAR=4352; FORMAT DATATYPE=DNA SYMBOLS= "A C G T" MISSING=- GAP= ?; MATRIX [ 10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 230 240 250 260 270 280 290 300 310 320 330 340 350 360 370 380 390 400 410 420 430 440 450 460 470 480 490 500 510 520 530 540 550 560 570 580 590 600 610 620 630 640 650 660 670 680 690 700 710 720 730 740 750 760 770 780 790 800 810 820 830 840 850 860 870 880 890 900 910 920 930 940 950 960 970 980 990 1000 1010 1020 1030 1040 1050 1060 1070 1080 1090 1100 1110 1120 1130 1140 1150 1160 1170 1180 1190 1200 1210 1220 1230 1240 1250 1260 1270 1280 1290 1300 1310 1320 1330 1340 1350 1360 1370 1380 1390 1400 1410 1420 1430 1440 1450 1460 1470 1480 1490 1500 1510 1520 1530 1540 1550 1560 1570 1580 1590 1600 1610 1620 1630 1640 1650 1660 1670 1680 1690 1700 1710 1720 1730 1740 1750 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. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .] Cratogeomys_planiceps 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Geomys_breviceps 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Thomomys_bottae 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Orthogeomys_cuniculus_4, 22 Orthogeomys_lanius_17, 23 Orthogeomys_thaeleri_26, 24 Orthogeomys_matagalpae_23, 25 Orthogeomys_grandis_1, 26 Orthogeomys_hispidus_10, 27 Orthogeomys_hispidus_9, 28 Orthogeomys_matagalpae_25, 29 Orthogeomys_matagalpae_24, 30 Cratogeomys_planiceps, 31 Geomys_breviceps, 32 Pappogeomys_bulleri, 33 Thomomys_bottae, 34 Zygogeomys_trichopus; TREE nuclearDNA = [&R] 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