#NEXUS [This file generates branch lengths for 4 partitions - morph, codon 1, codon 2, codon 3] BEGIN DATA; DIMENSIONS NTAX=46 NCHAR=41401; FORMAT DATATYPE=mixed(standard:1-4541, DNA:4542-41401) MISSING=? 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Bos_taurus 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Canis_lupus 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Castor_canadensis 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Cavia_porcellus 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Cynocephalus_volans 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Dasypus_novemcinctus 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Didelphis_virginiana 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Echinops_telfairi 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Equus_caballus 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Erinaceus_europaeus 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Felis_silvestris 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Galeopterus_variegatus 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Hippopotamus_amphibius 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Homo_sapiens 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Lemur_catta 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Loxodonta_africana 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Manis_pentadactyla 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Myotis_lucifugus 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Nycteris_thebaica 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Ornithorhynchus_anatinus 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Orycteropus_afer 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Oryctolagus_cuniculus 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Pteronotus_parnellii 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Pteropus_giganteus 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Ptilocercus_lowii 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Rattus_norvegicus 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Rhinopoma_hardwickii 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Saimiri_sciureus 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Solenodon_paradoxus 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Talpa_europaea 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Tarsius_syrichta 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Trichechus_manatus 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Tursiops_truncatus 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Erinaceus_europaeus Sorex_araneus Solenodon_paradoxus Talpa_europaea Lama_glama Sus_scrofa Bos_taurus Hippopotamus_amphibius Caperea_marginata Tursiops_truncatus Equus_caballus Manis_pentadactyla Canis_lupus Felis_silvestris Pteropus_giganteus Rhinopoma_hardwickii Myotis_lucifugus Pteronotus_parnellii Nycteris_thebaica Saccopteryx_bilineata; CONSTRAINT DosReisNode44 = Ornithorhynchus_anatinus Tachyglossus_aculeatus; [tree fixed to Dos Reis et al 2012 Biology Letters topology] PRSET topologypr = constraints ( DosReisNode1, DosReisNode2, DosReisNode3, DosReisNode4, DosReisNode5, DosReisNode6, DosReisNode7, DosReisNode8, DosReisNode9, DosReisNode10, DosReisNode11, DosReisNode12, DosReisNode13, DosReisNode14, DosReisNode15, DosReisNode16, DosReisNode17, DosReisNode18, DosReisNode19, DosReisNode20, DosReisNode21, DosReisNode22, DosReisNode23, DosReisNode24, DosReisNode25, DosReisNode26, DosReisNode27, DosReisNode28, DosReisNode29, DosReisNode30, DosReisNode31, DosReisNode32, DosReisNode33, 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