Master SNP report format from "SNP discovery in black cottonwood (Populus trichocarpa) by population transcriptome resequencing" Geraldes, Armando, Pang, Johnson, Thiessen, Nina, Cezard, Timothee, Moore, Richard, Zhao, Yongjun, Tam, Angela, Wang, Shucai, Friedmann, Michael, Birol, Inanc, Jones, Steven, Cronk, Quentin, Douglas, Carl (Molecular Ecology Resources) 1) scaffold 2) position in scaffold (in bp) 3) reference base 4) gene ids (list separated by ";") 5) transcript ids (list separated by ";" (semi-colon)) 6) region type (list separated by ";" (semi-colon)) 7) ls (distance in bp to the closest upstream (left) snp) 8) rs (distance in bp to the closest downstream (right) snp ) 9) lb ( distance in bp to the closest upstream (left) exon boundary) 10) rb( distance in bp to the closest downstream (right) exon boundary) 11) snp info for each library, formatted as follows library_name:snpQual20orHigher/A:+1:(+ strand coverage),C:+1:(+ strand coverage),G:+1:(+ strand coverage),T:+1:(+ strand coverage), A:-1:(- strand coverage),C:-1:(- strand coverage),G:-1:(- strand coverage),T:-1:(- strand coverage)/b:+1:(+ strand alternative base),b:-1:(- strand alternative base)/[homoR|heterA|homoA](ratio)/LC:(dist),RC:(dist)/JN:(ratio)/2(?)(2 means more than 2 bases have read suuport at this position or empty two or less bases have support) regarding: [homoR|heterA|homoA](ratio) homoA if the ratio of reads with alternative base to the total number of reads =>0.82  homoR if ratio ... =<0.18  0.82>heterA>0.18  regarding: LC:(dist),RC:(dist) is the number of bases to the left (upstream) and to the right (downstream) of the position untill 6X coverage ends, up to a maximum of 50 bp regarding: JN:(ratio) is the ratio of reads covering this position that are junction mapped to the total number of reads covering this position examples: scaffold_1 22799 T NA NA intergenic 0 8815 283 51277 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:3,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:9,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:12,RC:29/JN:0.0/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:12,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:30,RC:30/JN:0.0/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:5,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:9,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:21,RC:27/JN:0.0/ PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:7,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:17,RC:26/JN:0.0/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:4,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:4,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:2,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:2,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:5,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:1,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:4,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:4,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:8,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:22,RC:20/JN:0.0/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:4,G:+1:0,T:+1:3,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:C;b:-1:NA/heterA(0.57)/LC:9,RC:20/JN:0.0/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:1,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:1,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:3,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ scaffold_1 31614 C NA NA intergenic 8815 9028 9098 42462 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:9,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:18,RC:33/JN:0.0/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:4,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:4,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:15,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:20,RC:34/JN:0.0/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:5,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:6,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:4,RC:26/JN:0.0/ PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:8,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:16,RC:31/JN:0.0/ PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:5,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:10,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:17,RC:32/JN:0.0/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:145,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:49,RC:38/JN:0.0/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:23,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:20,RC:36/JN:0.0/ PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:1,C:+1:93,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.01)/LC:25,RC:37/JN:0.0/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:27,G:+1:18,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.40)/LC:26,RC:35/JN:0.0/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:9,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:18,RC:31/JN:0.0/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:86,G:+1:0,T:+1:1,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.01)/LC:26,RC:36/JN:0.0/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:20,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:19,RC:34/JN:0.0/ scaffold_1 40642 T NA NA intergenic 9028 30841 18126 33434 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:50/JN:0.0/ PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:7,G:+1:0,T:+1:5,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:C;b:-1:NA/heterA(0.58)/LC:32,RC:48/JN:0.0/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ scaffold_1 71483 T NA NA intergenic 30841 40 48967 2593 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:2,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:4,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NC;b:-1:NC/homoR(NA)/LC:0,RC:0/JN:0.0/ PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:11,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:C;b:-1:NA/homoA(1.00)/LC:50,RC:34/JN:0.0/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:1,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:10,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:C;b:-1:NA/homoA(1.00)/LC:23,RC:50/JN:0.0/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:4,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.0/ ... scaffold_1 74360 A POPTR_0001s00220 POPTR_0001s00220.1 cds 2823 12 1 274 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:7,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:2,RC:10/JN:1.00/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:2,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:1,C:+1:0,G:+1:3,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.75/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:3,C:+1:0,G:+1:2,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.60/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:9,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/homoA(0.82)/LC:2,RC:18/JN:0.91/ PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:3,C:+1:0,G:+1:4,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.57)/LC:2,RC:15/JN:0.86/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:3,C:+1:0,G:+1:2,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.60/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:5,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:2,RC:13/JN:1.00/ PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:1,C:+1:0,G:+1:3,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.75/ PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:1,C:+1:0,G:+1:1,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:3,C:+1:0,G:+1:4,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.57)/LC:2,RC:14/JN:1.00/ PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:5,C:+1:0,G:+1:6,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.55)/LC:2,RC:15/JN:0.91/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:9,C:+1:0,G:+1:27,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.75)/LC:2,RC:50/JN:1.00/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:0,C:+1:0,G:+1:14,T:+1:1,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/homoA(0.93)/LC:2,RC:32/JN:1.00/ PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:9,C:+1:0,G:+1:20,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.69)/LC:2,RC:31/JN:0.97/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:5,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:2,RC:5/JN:1.00/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:6,C:+1:0,G:+1:15,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:G;b:-1:NA/heterA(0.71)/LC:2,RC:41/JN:1.00/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:6,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:2,RC:10/JN:1.00/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:8,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:2,RC:16/JN:1.00/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:7,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:2,RC:14/JN:1.00/ scaffold_1 74372 C POPTR_0001s00220 POPTR_0001s00220.1 cds 12 3 13 262 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:3,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:0,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.67/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.60/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:7,C:+1:2,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:14,RC:6/JN:0.89/ PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:4,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/heterA(0.57)/LC:14,RC:3/JN:0.86/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:3,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.60/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:5,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/homoA(0.83)/LC:14,RC:1/JN:1.00/ PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:0.67/ PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:1,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:4,C:+1:2,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/heterA(NA)/LC:14,RC:2/JN:1.00/ PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:5,C:+1:5,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/heterA(0.50)/LC:14,RC:3/JN:0.90/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:20,C:+1:12,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/heterA(0.62)/LC:14,RC:50/JN:0.91/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:10,C:+1:2,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/homoA(0.83)/LC:14,RC:20/JN:0.92/ PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:14,C:+1:7,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/heterA(0.67)/LC:14,RC:19/JN:0.95/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:2,C:+1:2,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:14,C:+1:8,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/heterA(0.64)/LC:14,RC:29/JN:0.91/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:4,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(NA)/LC:1,RC:1/JN:1.00/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:7,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/homoA(0.88)/LC:14,RC:4/JN:1.00/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:5,C:+1:1,G:+1:0,T:+1:0,A:-1:NA,C:-1:NA,G:-1:NA,T:-1:NA/b:+1:A;b:-1:NA/homoA(0.83)/LC:14,RC:2/JN:1.00/ ... scaffold_1 113089 A POPTR_0001s00250 POPTR_0001s00250.1 3UTR 207 34 207 141 PT0002:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:0,T:-1:546/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0003:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:1,G:-1:0,T:-1:492/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0004:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:1,T:-1:229/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0005:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:1,G:-1:0,T:-1:504/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0006:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:1,G:-1:2,T:-1:384/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.01)/LC:50,RC:50/JN:0.0/2 PT0007:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:1,G:-1:0,T:-1:417/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0008:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:1,T:-1:254/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0009:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:1,G:-1:1,T:-1:316/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.01)/LC:50,RC:50/JN:0.0/2 PT0010:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:1,C:-1:1,G:-1:5,T:-1:597/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.01)/LC:50,RC:50/JN:0.0/2 PT0011:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:1,G:-1:0,T:-1:315/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0012:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:1,C:-1:1,G:-1:4,T:-1:570/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.01)/LC:50,RC:50/JN:0.0/2 PT0013:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:3,G:-1:0,T:-1:725/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0014:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:0,T:-1:123/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0015:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:1,C:-1:0,G:-1:1,T:-1:440/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/2 PT0016:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:0,T:-1:146/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0017:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:2,T:-1:434/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0018:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:0,T:-1:27/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0019:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:1,T:-1:302/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0020:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:0,G:-1:0,T:-1:78/b:+1:NA;b:-1:NA/homoR(0.00)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ PT0021:snpQual20orHigher/A:+1:NA,C:+1:NA,G:+1:NA,T:+1:NA,A:-1:0,C:-1:105,G:-1:0,T:-1:86/b:+1:NA;b:-1:C/heterA(0.55)/LC:50,RC:50/JN:0.0/ ...