. Sequence file : [COX_all.phy] . Model of nucleotides substitution : HKY85 . Initial tree : [BioNJ] . Data Nb of Likelihood Discrete Number of Gamma shape Proportion of Transition/ Nucleotides frequencies set taxa loglk gamma model categories parameter invariant transversion f(A) f(C) f(G) f(T) #1 1006 -26351.50090 Yes 4 0.459 0.000 5.175 0.18462 0.16617 0.21413 0.43508 #2 1006 -26847.07303 Yes 4 0.502 0.000 5.320 0.21917 0.17684 0.18253 0.42146 #3 1006 -25163.00469 Yes 4 0.457 0.000 6.179 0.19808 0.14923 0.23476 0.41793 #4 1006 -30512.89407 Yes 4 0.547 0.000 7.408 0.22931 0.14478 0.23062 0.39529 #5 1006 -29440.33719 Yes 4 0.473 0.000 6.108 0.21407 0.11952 0.24480 0.42160 #6 1006 -28621.04978 Yes 4 0.509 0.000 7.293 0.22175 0.14151 0.20768 0.42906 #7 1006 -26839.92632 Yes 4 0.427 0.000 8.308 0.20111 0.15517 0.19494 0.44879 #8 1006 -24857.88783 Yes 4 0.455 0.000 5.046 0.22887 0.16613 0.21740 0.38760 #9 1006 -26954.95683 Yes 4 0.509 0.000 5.489 0.24155 0.15991 0.19204 0.40650 #10 1006 -27936.28708 Yes 4 0.498 0.000 6.437 0.20868 0.14075 0.21253 0.43804 #11 1006 -27230.16625 Yes 4 0.533 0.000 5.339 0.22726 0.18460 0.23066 0.35748 #12 1006 -27786.69114 Yes 4 0.489 0.000 5.265 0.22077 0.17064 0.21920 0.38939 #13 1006 -28059.66633 Yes 4 0.497 0.000 6.860 0.21797 0.14726 0.19781 0.43697 #14 1006 -27348.14117 Yes 4 0.511 0.000 6.862 0.26288 0.13333 0.18575 0.41803 #15 1006 -28086.10892 Yes 4 0.511 0.000 5.325 0.20295 0.15047 0.24169 0.40489 #16 1006 -28587.22030 Yes 4 0.516 0.000 7.348 0.19219 0.12822 0.25519 0.42441 #17 1006 -29961.49842 Yes 4 0.510 0.000 6.768 0.19790 0.13496 0.23439 0.43275 #18 1006 -27426.10534 Yes 4 0.519 0.000 5.802 0.22664 0.16552 0.21028 0.39756 #19 1006 -27001.67318 Yes 4 0.502 0.000 5.203 0.21087 0.17673 0.19911 0.41329 #20 1006 -25637.68212 Yes 4 0.457 0.000 5.917 0.23596 0.14577 0.19860 0.41967 #21 1006 -27396.14047 Yes 4 0.531 0.000 5.759 0.21805 0.17732 0.22625 0.37839 #22 1006 -27541.16358 Yes 4 0.549 0.000 5.920 0.21169 0.13995 0.25538 0.39298 #23 1006 -30224.00910 Yes 4 0.492 0.000 6.271 0.22436 0.13487 0.22339 0.41738 #24 1006 -28154.22957 Yes 4 0.501 0.000 7.596 0.23659 0.14019 0.20306 0.42015 #25 1006 -30148.18407 Yes 4 0.482 0.000 6.485 0.21820 0.14602 0.21271 0.42307 #26 1006 -29471.37087 Yes 4 0.519 0.000 6.015 0.21002 0.15764 0.22720 0.40513 #27 1006 -25923.66692 Yes 4 0.461 0.000 7.180 0.20611 0.13786 0.21845 0.43758 #28 1006 -26896.05135 Yes 4 0.543 0.000 5.795 0.21650 0.16811 0.21753 0.39786 #29 1006 -25526.24368 Yes 4 0.487 0.000 6.191 0.22399 0.15960 0.23296 0.38345 #30 1006 -25432.93178 Yes 4 0.518 0.000 5.735 0.20812 0.16701 0.23159 0.39328 #31 1006 -28813.87871 Yes 4 0.522 0.000 5.762 0.24145 0.14693 0.20839 0.40323 #32 1006 -31241.09366 Yes 4 0.509 0.000 6.713 0.22767 0.12582 0.24530 0.40121 #33 1006 -27470.30028 Yes 4 0.508 0.000 5.980 0.23661 0.14107 0.21475 0.40757 #34 1006 -25496.11684 Yes 4 0.500 0.000 7.128 0.23063 0.14936 0.20989 0.41012 #35 1006 -25601.67239 Yes 4 0.515 0.000 6.612 0.20582 0.14157 0.21993 0.43268 #36 1006 -27832.90726 Yes 4 0.490 0.000 6.128 0.21779 0.14128 0.21459 0.42634 #37 1006 -26883.67446 Yes 4 0.434 0.000 5.434 0.22033 0.15490 0.24598 0.37879 #38 1006 -26877.44731 Yes 4 0.525 0.000 6.308 0.22589 0.14726 0.22623 0.40062 #39 1006 -27867.02781 Yes 4 0.522 0.000 7.432 0.22819 0.11044 0.27471 0.38665 #40 1006 -28787.31329 Yes 4 0.512 0.000 5.840 0.21328 0.20411 0.19299 0.38962 #41 1006 -31308.62865 Yes 4 0.477 0.000 7.680 0.22859 0.13841 0.19300 0.44000 #42 1006 -27691.49805 Yes 4 0.540 0.000 6.962 0.22910 0.13100 0.20448 0.43542 #43 1006 -27163.33620 Yes 4 0.494 0.000 6.169 0.24361 0.14082 0.22300 0.39258 #44 1006 -27443.72365 Yes 4 0.510 0.000 5.466 0.18418 0.18414 0.19036 0.44132 #45 1006 -27018.06110 Yes 4 0.518 0.000 5.473 0.24437 0.15637 0.20976 0.38950 #46 1006 -30003.21264 Yes 4 0.505 0.000 5.846 0.25420 0.15303 0.21587 0.37690 #47 1006 -26895.09474 Yes 4 0.530 0.000 6.327 0.19253 0.15778 0.23128 0.41841 #48 1006 -28030.53287 Yes 4 0.481 0.000 5.313 0.22751 0.14273 0.22205 0.40771 #49 1006 -30615.92544 Yes 4 0.488 0.000 6.706 0.25243 0.12047 0.20837 0.41872 #50 1006 -30721.77496 Yes 4 0.518 0.000 6.348 0.23139 0.15424 0.20754 0.40683 #51 1006 -25969.95018 Yes 4 0.473 0.000 7.001 0.18125 0.16741 0.21388 0.43745 #52 1006 -26800.59624 Yes 4 0.454 0.000 7.860 0.22350 0.11846 0.20837 0.44966 #53 1006 -29068.20009 Yes 4 0.478 0.000 6.509 0.22339 0.12829 0.22562 0.42271 #54 1006 -24674.92329 Yes 4 0.474 0.000 6.253 0.24106 0.13700 0.18092 0.44102 #55 1006 -29069.23036 Yes 4 0.500 0.000 5.765 0.22316 0.16774 0.21268 0.39642 #56 1006 -26846.40541 Yes 4 0.462 0.000 6.505 0.19623 0.14863 0.22853 0.42661 #57 1006 -28811.28235 Yes 4 0.467 0.000 6.674 0.18757 0.14553 0.22669 0.44021 #58 1006 -26875.86167 Yes 4 0.471 0.000 5.415 0.18673 0.18624 0.20185 0.42518 #59 1006 -31274.74954 Yes 4 0.476 0.000 8.646 0.21040 0.10889 0.23886 0.44185 #60 1006 -25734.49407 Yes 4 0.508 0.000 5.701 0.19030 0.17408 0.19834 0.43728 #61 1006 -28520.06476 Yes 4 0.538 0.000 6.087 0.26131 0.16286 0.22683 0.34900 #62 1006 -24565.89966 Yes 4 0.504 0.000 4.867 0.22243 0.19287 0.22809 0.35661 #63 1006 -25645.64626 Yes 4 0.503 0.000 5.857 0.21556 0.14410 0.22503 0.41531 #64 1006 -28833.39697 Yes 4 0.442 0.000 8.270 0.22049 0.14554 0.22740 0.40657 #65 1006 -26824.52645 Yes 4 0.537 0.000 4.990 0.18192 0.18061 0.23764 0.39983 #66 1006 -28329.84492 Yes 4 0.496 0.000 6.716 0.22909 0.13161 0.21902 0.42027 #67 1006 -27018.75606 Yes 4 0.538 0.000 5.974 0.21683 0.16952 0.21802 0.39562 #68 1006 -28140.20948 Yes 4 0.456 0.000 6.122 0.24843 0.14217 0.21333 0.39606 #69 1006 -25812.52710 Yes 4 0.498 0.000 4.963 0.21359 0.20160 0.16773 0.41708 #70 1006 -27767.92783 Yes 4 0.502 0.000 5.471 0.23203 0.17155 0.20681 0.38962 #71 1006 -25420.24157 Yes 4 0.513 0.000 5.527 0.21153 0.18967 0.16591 0.43289 #72 1006 -27602.02381 Yes 4 0.511 0.000 6.001 0.20025 0.13079 0.21815 0.45080 #73 1006 -27502.64071 Yes 4 0.524 0.000 6.080 0.23686 0.13663 0.23665 0.38986 #74 1006 -27735.60080 Yes 4 0.524 0.000 5.979 0.22653 0.18005 0.21736 0.37607 #75 1006 -28284.57457 Yes 4 0.466 0.000 5.448 0.22563 0.16770 0.19544 0.41123 #76 1006 -26003.90572 Yes 4 0.442 0.000 6.351 0.20698 0.16523 0.21369 0.41409 #77 1006 -30673.18525 Yes 4 0.491 0.000 6.178 0.23663 0.15616 0.20751 0.39969 #78 1006 -26297.91607 Yes 4 0.464 0.000 6.357 0.20714 0.16721 0.22630 0.39935 #79 1006 -29383.80499 Yes 4 0.503 0.000 6.038 0.23597 0.16026 0.20113 0.40264 #80 1006 -25418.73380 Yes 4 0.456 0.000 5.905 0.21130 0.16164 0.19924 0.42781 #81 1006 -27008.02930 Yes 4 0.517 0.000 6.468 0.22010 0.16580 0.21237 0.40173 #82 1006 -26976.58021 Yes 4 0.467 0.000 7.066 0.20094 0.13466 0.18688 0.47753 #83 1006 -26584.25069 Yes 4 0.452 0.000 7.217 0.19131 0.13100 0.20239 0.47530 #84 1006 -26258.20443 Yes 4 0.489 0.000 6.469 0.18854 0.16327 0.22019 0.42801 #85 1006 -24818.75021 Yes 4 0.447 0.000 6.123 0.23226 0.16346 0.18937 0.41490 #86 1006 -29694.29638 Yes 4 0.472 0.000 6.627 0.18708 0.16760 0.21385 0.43147 #87 1006 -29112.51523 Yes 4 0.521 0.000 6.097 0.21292 0.15382 0.21879 0.41446 #88 1006 -28692.75702 Yes 4 0.488 0.000 6.113 0.25657 0.13189 0.23053 0.38102 #89 1006 -28997.30603 Yes 4 0.508 0.000 7.695 0.19024 0.16482 0.21568 0.42926 #90 1006 -26175.76796 Yes 4 0.507 0.000 7.226 0.20370 0.14988 0.20246 0.44396 #91 1006 -26506.15711 Yes 4 0.491 0.000 5.746 0.22163 0.14002 0.22443 0.41392 #92 1006 -28584.45988 Yes 4 0.460 0.000 5.951 0.20181 0.14958 0.19012 0.45849 #93 1006 -29422.57641 Yes 4 0.473 0.000 6.438 0.20540 0.15393 0.21784 0.42283 #94 1006 -26868.97752 Yes 4 0.511 0.000 5.952 0.18869 0.15613 0.24049 0.41469 #95 1006 -25041.85553 Yes 4 0.470 0.000 7.100 0.21529 0.15544 0.20256 0.42670 #96 1006 -29264.38093 Yes 4 0.516 0.000 5.680 0.19855 0.17375 0.20914 0.41856 #97 1006 -27258.37807 Yes 4 0.479 0.000 7.017 0.22790 0.14580 0.18585 0.44045 #98 1006 -28131.42723 Yes 4 0.422 0.000 4.762 0.21704 0.16929 0.18318 0.43049 #99 1006 -27197.78496 Yes 4 0.530 0.000 6.509 0.21339 0.15185 0.23103 0.40372 #100 1006 -27041.20776 Yes 4 0.498 0.000 5.424 0.23150 0.16698 0.22219 0.37932 #101 1006 -26262.68885 Yes 4 0.489 0.000 7.252 0.20467 0.15021 0.24411 0.40101 #102 1006 -28913.37790 Yes 4 0.493 0.000 6.187 0.20831 0.14015 0.20813 0.44341 #103 1006 -26927.43180 Yes 4 0.468 0.000 6.899 0.21733 0.15956 0.19973 0.42337 #104 1006 -27252.57940 Yes 4 0.531 0.000 6.262 0.23766 0.15068 0.21703 0.39462