##fileformat=VCFv4.2 ##fileDate=20201019 ##source=freeBayes v1.3.1-dirty ##reference=reference.fasta ##contig= ##phasing=none ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##INFO= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT LotcorV045_P LotcorV147_P dDocent_Contig_1 4 . T A 1737.96 . 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AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=635;QR=4328;RO=109;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=239.701;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:75,6:75:2962:6:244:0,-2.0446,-244.352 0/1:44:34,10:34:1366:10:391:-22.2962,0,-109.955 dDocent_Contig_23 107 . N T 122.115 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=0.25;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=132;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:132:-12.2066,-1.20412,0 dDocent_Contig_27 7 . T A 63.0403 . AB=0.0571429;ABP=181.878;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1X7M;DP=105;DPB=106.333;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=223;QR=3484;RO=89;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=196.271;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:47,6,1:47:1841:6,1:230,35:-4.73922,0,-149.6,-16.0442,-148.559,-167.135 0|1:50:42,0,5:42:1643:0,5:0,188:-2.75108,-15.3943,-150.491,0,-135.09,-133.585 dDocent_Contig_28 114 . C T 1913.7 . AB=0.0891089;ABP=299.234;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M1X3M;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=615;QR=2732;RO=82;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=181.071;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=181.071;SRR=82;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:130:55,0,9,55:55:1861:0,9,55:0,306,1867:-134.891,-151.447,-302.331,-126.624,-277.509,-274.799,0,-150.911,-126.087,-134.354 0|0:72:27,5,9,25:27:871:5,9,25:161,309,815:-57.6675,-52.8151,-121.545,-40.7007,-97.957,-108.229,0,-57.252,-45.1376,-62.7068 dDocent_Contig_29 15 . G A 6727.58 . AB=0.103359;ABP=531.845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X3M;DP=387;DPB=387;DPRA=0;EPP=81.4005;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=59.775;MQMR=45.8182;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.45;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1598;QR=3911;RO=99;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=217.986;RPR=40;RUN=1;SAF=39;SAP=81.4005;SAR=1;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:201:46,113,19,23:46:1827:113,19,23:4444,754,913:-351.68,0,-99.9676,-303.949,-72.4006,-432.224,-290.379,-58.8283,-362.794,-417.45 0|1:186:53,104,8,17:53:2084:104,8,17:4110,311,685:-322.266,0,-119.421,-314.464,-126.969,-462.785,-281.758,-94.2556,-408.73,-427.371 dDocent_Contig_30 107 . N T 539.796 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=590;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:358:-32.5124,-3.61236,0 1/1:8:0,8:0:0:8:232:-21.166,-2.40824,0 dDocent_Contig_31 7 . C T 1839.97 . AB=0.193798;ABP=423.232;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=516;DPB=516;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=906.343;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3778;QR=15944;RO=416;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=906.343;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=416;SRP=906.343;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:258:201,57:201:7714:57:2149:-115.976,0,-616.405 0/1:258:215,43:215:8230:43:1629:-69.2094,0,-662.816 dDocent_Contig_33 98 . N G 691.701 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=2X;DP=22;DPB=22.5;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.964;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=765;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:22:0,22:0:0:22:765:-69.1701,-6.62266,0 dDocent_Contig_34 107 . N T 514.191 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.1914;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0,18:0:0:18:568:-51.4191,-5.41854,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_35 36 . G C 468.261 . AB=0.0449438;ABP=163.089;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X1M;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=23;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=2231;RO=58;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=128.956;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:22,1,5,11:22:859:1,5,11:41,201,440:-29.6182,-32.8636,-103.17,-19.6761,-86.9058,-88.7779,0,-67.2262,-54.0372,-67.2922 0|0:50:36,3,2,9:36:1372:3,2,9:36,80,354:-18.3963,-27.7366,-139.35,-22.6317,-133.662,-134.603,0,-111.132,-106.08,-109.963 dDocent_Contig_36 38 . G T 238.273 . AB=0.0604396;ABP=613.886;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=4M1X;DP=364;DPB=358.8;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=687.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=882;QR=12389;RO=315;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=687.024;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=315;SRP=687.024;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:166:148,16,1:148:5829:16,1:616,41:-5.99041,0,-474.675,-47.1575,-476.107,-526.37 0|1:198:167,10,21:167:6560:10,21:380,841:-19.0253,-38.1523,-574.654,0,-508.38,-533.21 dDocent_Contig_38 146 . A G 35.59 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=5;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=141;QR=1099;RO=32;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:877:4:141:-4.00197,0,-70.1992 0/0:6:6,0:6:222:0:0:0,-1.80618,-20.3358 dDocent_Contig_39 98 . N G 142.975 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.87368;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:156:-14.2963,-1.80618,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_40 9 . A T 4365.29 . AB=0.205882;ABP=79.6505;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1M1X7M;DP=184;DPB=169.333;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=1201;RO=31;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=70.3259;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:102:14,67,21:14:546:67,21:2619,798:-231.657,-20.5517,-45.267,-170.432,0,-208.99 0|0:82:17,65,0:17:655:65,0:2562,0:-206.06,0,-34.5978,-211.178,-54.1648,-264.956 dDocent_Contig_41 98 . N T 90.2834 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=90;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:30:-2.99957,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69918,-0.60206,0 dDocent_Contig_44 7 . C T 25257.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=754;CIGAR=1X;DP=773;DPB=773;DPRA=0;EPP=1640.3;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28813;QR=730;RO=19;RPL=0;RPP=1640.3;RPPR=44.2683;RPR=754;RUN=1;SAF=754;SAP=1640.3;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:426:13,413:13:500:413:15762:-1372.48,-82.891,0 1/1:347:6,341:6:230:341:13051:-1152.96,-83.3905,0 dDocent_Contig_45 170 . C T 122.389 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=2587;RO=65;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:32,2:32:1268:2:72:0,-3.39978,-107.552 0/1:40:33,7:33:1319:7:274:-12.9836,0,-106.926 dDocent_Contig_46 98 . N A 66.6651 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_51 100 . C T 109.667 . AB=0.13;ABP=240.83;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=73.366;EPPR=771.808;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=47.825;MQMR=58.5249;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.417127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1445;QR=13257;RO=362;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=789.083;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=73.366;SAR=38;SRF=2;SRP=771.808;SRR=360;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:200:174,26:174:6389:26:939:-11.4104,0,-511.887 0/0:204:188,14:188:6868:14:506:0,-15.3724,-571.675 dDocent_Contig_53 25 . T C 2653.13 . AB=0.843137;ABP=107.326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=106.433;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.1395;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.755814;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3357;QR=640;RO=16;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=37.7539;RPR=86;RUN=1;SAF=75;SAP=106.433;SAR=11;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:9,41:9:353:41:1589:-126.865,0,-17.0785 0/1:52:7,45:7:287:45:1768:-139.637,0,-10.5517 dDocent_Contig_59 203 . C T 27497.7 . AB=0.351413;ABP=254.034;AC=4;AF=1;AN=4;AO=460;CIGAR=1X6M;DP=1309;DPB=1311.43;DPRA=0;EPP=1001.89;EPPR=205.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=44.85;MQMR=57.6907;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979381;PAO=0.5;PQA=13;PQR=0;PRO=0;QA=18097;QR=3766;RO=97;RPL=460;RPP=1001.89;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1001.89;SAR=460;SRF=1;SRP=205.047;SRR=96;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:702:49,300,70,243:49:1936:300,70,243:11027,2703,9579:-1470,-594.642,-663.521,-1262.78,-531.856,-1400.9,-730.918,0,-668.131,-816.957 1|1:607:48,256,50,217:48:1830:256,50,217:9604,1856,8518:-1280.95,-518.248,-586.644,-1143.57,-511.872,-1273.97,-631.7,0,-625.324,-711.836 dDocent_Contig_61 107 . N A 673.171 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=739;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:63:-5.87931,-0.90309,0 1/1:22:0,22:0:0:22:676:-61.1319,-6.62266,0 dDocent_Contig_62 145 . G A 52.1687 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X4M;DP=37;DPB=37;DPRA=1.3125;EPP=13.8677;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=1086;RO=30;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=68.1545;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:16,0,0:16:587:0,0:0,0:0,-4.81648,-53.1589,-4.81648,-53.1589,-53.1589 0|1:21:14,2,5:14:499:2,5:81,131:-5.96152,-3.45601,-43.5861,0,-33.9351,-39.1152 dDocent_Contig_63 125 . T C 141.799 . AB=0.128342;ABP=227.369;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=348.328;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.1667;MQMR=56.5706;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.766871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=5336;RO=163;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=356.96;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=1;SRP=348.328;SRR=162;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:70,13:70:2234:13:452:-14.2227,0,-169.592 0/1:104:93,11:93:3102:11:381:-1.04938,0,-244.316 dDocent_Contig_64 26 . C A 19000.4 . AB=0.797315;ABP=575.023;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=594;CIGAR=1X;DP=745;DPB=745;DPRA=0;EPP=1292.86;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23635;QR=6081;RO=151;RPL=0;RPP=1292.86;RPPR=330.903;RPR=594;RUN=1;SAF=594;SAP=1292.86;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:398:75,323:75:3026:323:12863:-1036.93,0,-152.611 0/1:347:76,271:76:3055:271:10772:-864.298,0,-170.567 dDocent_Contig_65 90 . G A 1312.87 . AB=0.37013;ABP=25.5711;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=265;DPB=265;DPRA=1.38739;EPP=126.784;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1979;QR=6896;RO=208;RPL=57;RPP=126.784;RPPR=454.677;RPR=0;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=208;SRP=454.677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:111:111,0:111:3707:0:0:0,-33.4143,-333.857 0/1:154:97,57:97:3189:57:1979:-132.032,0,-240.89 dDocent_Contig_66 21 . G A 45091.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1300;CIGAR=1X;DP=1347;DPB=1347;DPRA=0;EPP=2825.92;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51994;QR=1837;RO=46;RPL=0;RPP=2825.92;RPPR=102.898;RPR=1300;RUN=1;SAF=1300;SAP=2825.92;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:738:13,725:13:526:725:29070:-2565.94,-174.475,0 1/1:609:33,575:33:1311:575:22924:-1942.93,-64.8824,0 dDocent_Contig_68 7 . T A 34.9246 . AB=0.107143;ABP=78.0812;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=1.51351;EPP=16.0391;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=3319;RO=87;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=191.928;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:50,6:50:1898:6:227:-3.93601,0,-154.209 0/0:37:37,0:37:1421:0:0:0,-11.1381,-128.168 dDocent_Contig_69 194 . C T 493.252 . AB=0.333333;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=2.45455;EPP=42.0968;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=2287;RO=58;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:36,18:36:1427:18:730:-49.7689,0,-112.418 0/0:22:22,0:22:860:0:0:0,-6.62266,-77.7024 dDocent_Contig_74 38 . G A 154.385 . AB=0.119658;ABP=150.021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=1.72059;EPP=33.4109;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=6749;RO=171;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=374.332;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:103,14:103:4078:14:564:-15.8822,0,-331.781 0/0:68:68,0:68:2671:0:0:0,-20.47,-240.511 dDocent_Contig_76 30 . A T 500.495 . AB=0.472222;ABP=3.25157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=760;RO=19;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=44.2683;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:11,16:11:442:16:640:-49.8056,0,-32.0077 0/1:9:8,1:8:318:1:41:-1.3853,0,-26.2774 dDocent_Contig_77 24 . A G 93.0535 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X7M;DP=47;DPB=47.75;DPRA=0.62069;EPP=11.6962;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1609;RO=41;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=92.0407;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:12,2,4:12:471:2,4:80,162:-9.74905,-6.7729,-44.8973,0,-32.1381,-37.5253 0|0:29:29,0,0:29:1138:0,0:0,0:0,-8.72987,-102.714,-8.72987,-102.714,-102.714 dDocent_Contig_78 8 . T A 1192.47 . AB=0.116279;ABP=112.998;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=1372;RO=35;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=79.0118;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:14,8,20:14:552:8,20:300,784:-60.2663,-39.9163,-82.9261,0,-20.8671,-39.4088 0|0:44:21,2,21:21:820:2,21:79,810:-60.1687,-59.9885,-126.796,0,-60.9016,-61.0813 dDocent_Contig_80 77 . A T 119.645 . AB=0.11811;ABP=163.887;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=257;DPB=257;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=517.649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=8860;RO=237;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=517.649;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=237;SRP=517.649;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:112,15:112:4195:15:559:-12.4082,0,-339.402 0/0:130:125,5:125:4665:5:194:0,-21.3011,-402.083 dDocent_Contig_81 21 . A G 170.972 . 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AB=0.342282;ABP=35.2035;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.784314;PAIREDR=0.55102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1902;QR=3553;RO=98;RPL=26;RPP=3.05288;RPPR=6.20103;RPR=25;RUN=1;SAF=26;SAP=3.05288;SAR=25;SRF=43;SRP=6.20103;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:45,20:45:1601:20:767:-49.7848,0,-124.779 0/1:84:53,31:53:1952:31:1135:-77.1628,0,-150.629 dDocent_Contig_85 107 . N T 57.1768 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_86 8 . C T 3617.71 . AB=0.447099;ABP=10.1324;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954198;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5006;QR=6130;RO=160;RPL=0;RPP=287.473;RPPR=350.446;RPR=131;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:86,60:86:3313:60:2285:-161.531,0,-253.973 0/1:145:74,71:74:2817:71:2721:-201.428,0,-210.054 dDocent_Contig_87 56 . T C 8232.43 . AB=0.69;ABP=128.435;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=276;CIGAR=1X;DP=400;DPB=400;DPRA=0;EPP=602.337;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10497;QR=4711;RO=123;RPL=276;RPP=602.337;RPPR=270.101;RPR=0;RUN=1;SAF=276;SAP=602.337;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:240:73,166:73:2776:166:6311:-495.798,0,-177.934 0/1:160:50,110:50:1935:110:4186:-328.634,0,-126.214 dDocent_Contig_88 28 . T C 36.3039 . AB=0.166667;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=592;RO=16;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=37.7539;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:366:2:81:-4.07337,0,-29.664 0/0:6:6,0:6:226:0:0:0,-1.80618,-20.7012 dDocent_Contig_89 107 . N C 124.078 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=127;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:92:-8.58429,-0.90309,0 dDocent_Contig_91 12 . A T 174.988 . AB=0.461538;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0.288889;EPP=16.0391;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=2110;RO=52;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=115.927;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:45,0:45:1827:0:0:0,-13.5463,-164.631 0/1:13:7,6:7:283:6:242:-18.2436,0,-21.9296 dDocent_Contig_92 11 . T C 109.674 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0.921053;EPP=16.0391;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=2712;RO=67;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=148.499;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1542:0:0:0,-11.4391,-139.014 0/1:35:29,6:29:1170:6:243:-11.7121,0,-95.0421 dDocent_Contig_93 23 . C A 6802.82 . AB=0.274052;ABP=459.304;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=282;CIGAR=1X;DP=1029;DPB=1029;DPRA=0;EPP=615.366;EPPR=1625.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998661;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11017;QR=29911;RO=747;RPL=0;RPP=615.366;RPPR=1625.1;RPR=282;RUN=1;SAF=282;SAP=615.366;SAR=0;SRF=747;SRP=1625.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:577:446,131:446:17899:131:5069:-282.426,0,-1435.69 0/1:452:301,151:301:12012:151:5948:-399.044,0,-944.138 dDocent_Contig_94 11 . T A 3007.44 . AB=0.37415;ABP=43.4558;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4334;QR=7357;RO=184;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=402.561;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:150:99,51:99:3943:51:2024:-137.207,0,-309.707 0/1:144:85,59:85:3414:59:2310:-164.725,0,-263.949 dDocent_Contig_95 38 . T A 621.599 . AB=0.195876;ABP=80.9371;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.732143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=741;QR=2201;RO=56;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=124.613;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:21,10,6:21:823:10,6:388,244:-25.5422,0,-64.648,-11.7303,-47.5285,-77.5965 0|0:60:35,9,15:35:1378:9,15:353,588:-37.8062,-19.3169,-129.962,0,-84.3281,-108.838 dDocent_Contig_97 7 . T C 194.199 . AB=0.0638298;ABP=158.34;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M2X1M3X3M1D1M;DP=94;DPB=93.5385;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=25.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=2933;RO=75;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=165.871;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:10,3,0:10:392:3,0:113,0:-1.76796,0,-31.7247,-4.77826,-32.6278,-37.1596 0|0:81:65,3,12:65:2541:3,12:116,466:-18.8202,-33.7582,-241.763,0,-204.379,-205.422 dDocent_Contig_98 11 . T A 147.233 . AB=0.140845;ABP=82.5596;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978022;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=3674;RO=91;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=200.614;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:61,10:61:2458:10:402:-15.1669,0,-199.983 0/0:31:30,1:30:1216:1:40:0,-5.33625,-105.715 dDocent_Contig_99 23 . C T 476.847 . AB=0.126685;ABP=452.107;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=654;DPB=654;DPRA=1.31095;EPP=105.07;EPPR=1321.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1773;QR=24113;RO=607;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=1321.09;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=607;SRP=1321.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:371:324,47:324:12906:47:1773:-48.1284,0,-1048.93 0/0:283:283,0:283:11207:0:0:0,-85.1915,-1007.9 dDocent_Contig_100 30 . A G 3167.95 . AB=0.17037;ABP=130.419;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=10M1X1M1D2X;DP=135;DPB=134;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=888;QR=658;RO=17;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=39.9253;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:65:11,3,4,0,46:11:433:3,4,0,46:119,152,0,1831:-147.489,-141.004,-175.72,-138.337,-164.16,-172.752,-150.8,-176.623,-173.956,-186.42,0,-25.8435,-23.1781,-35.6435,-21.7961 1|0:70:6,20,0,5,39:6:225:20,0,5,39:769,0,202,1550:-170.494,-109.186,-121.59,-172.301,-127.611,-190.727,-155.646,-110.957,-174.073,-172.568,-44.6914,0,-63.1169,-46.46,-51.3767 dDocent_Contig_102 97 . T G 367.436 . AB=0.137931;ABP=399.267;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=937;DPB=937;DPRA=0.590832;EPP=107.241;EPPR=1933.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1574;QR=29644;RO=889;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=1933.45;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=889;SRP=1933.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:348:300,48:300:10056:48:1574:-37.1872,0,-800.323 0/0:589:589,0:589:19588:0:0:0,-177.307,-1762.69 dDocent_Contig_104 8 . A T 17194.7 . AB=0.644128;ABP=205.815;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=724;CIGAR=2M1X3M1X;DP=1124;DPB=1160;DPRA=0;EPP=1575.16;EPPR=521.992;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=41.884;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.725138;PAIREDR=0.945607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27914;QR=9122;RO=239;RPL=0;RPP=1575.16;RPPR=521.992;RPR=724;RUN=1;SAF=724;SAP=1575.16;SAR=0;SRF=239;SRP=521.992;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:642:143,73,389:143:5466:73,389:2831,15010:-931.837,-742.289,-1168.84,0,-215.923,-331.41 0|1:482:96,28,335:96:3656:28,335:1097,12904:-788.825,-727.508,-1018.98,0,-209.688,-199.057 dDocent_Contig_105 98 . N T 63.7657 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=26;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.35745,-0.60206,0 dDocent_Contig_107 31 . T C 2765.41 . AB=0.535294;ABP=4.84966;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8462;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.89011;PAIREDR=0.658228;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3651;QR=3090;RO=79;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=174.557;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:32,61:32:1260:61:2440:-191.647,0,-85.6806 0/1:77:47,30:47:1830:30:1211:-86.0832,0,-141.748 dDocent_Contig_108 28 . T C 5852.12 . AB=0.350081;ABP=123.462;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=216;CIGAR=1X;DP=617;DPB=617;DPRA=0;EPP=472.048;EPPR=871.599;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976852;PAIREDR=0.9575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8578;QR=15997;RO=400;RPL=0;RPP=472.048;RPPR=871.599;RPR=216;RUN=1;SAF=216;SAP=472.048;SAR=0;SRF=400;SRP=871.599;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:321:197,123:197:7860:123:4897:-344.192,0,-610.548 0/1:296:203,93:203:8137:93:3681:-242.209,0,-642.756 dDocent_Contig_110 9 . T C 7178.22 . AB=0.442142;ABP=19.8458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=256;CIGAR=1X2M1X;DP=579;DPB=579;DPRA=0;EPP=558.907;EPPR=697.881;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=52.9609;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10050;QR=12448;RO=320;RPL=0;RPP=558.907;RPPR=697.881;RPR=256;RUN=1;SAF=256;SAP=558.907;SAR=0;SRF=320;SRP=697.881;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:282:182,100:182:7067:100:3924:-259.985,0,-550.932 0|1:297:138,156:138:5381:156:6126:-459.026,0,-395.313 dDocent_Contig_111 45 . A G 56.0256 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1.30769;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1073;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:515:0:0:0,-3.91339,-46.6946 0/1:17:14,3:14:558:3:123:-6.34728,0,-45.4437 dDocent_Contig_112 137 . A G 220.244 . AB=0.257143;ABP=20.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=448;QR=2580;RO=64;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1529:2:82:0,-4.26152,-130.07 0/1:35:26,9:26:1051:9:366:-22.7691,0,-84.3448 dDocent_Contig_114 1 . N G 67.5949 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74038,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_115 18 . G T 871.43 . AB=0.282443;ABP=56.8661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X3M1X3M1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=49.5405;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.189189;PAIREDR=0.419355;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1447;QR=3619;RO=93;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=204.957;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:56:41,14:41:1588:14:555:-32.8623,0,-126.223 0|1:75:52,23:52:2031:23:892:-55.4691,0,-160.43 dDocent_Contig_118 17 . T G 42365 . AB=0.818624;ABP=1451.82;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1345;CIGAR=1X;DP=1643;DPB=1643;DPRA=0;EPP=2923.64;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52627;QR=11772;RO=297;RPL=0;RPP=2923.64;RPPR=647.938;RPR=1345;RUN=1;SAF=1345;SAP=2923.64;SAR=0;SRF=297;SRP=647.938;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:811:160,650:160:6360:650:25486:-2047.55,0,-327.931 0/1:832:137,695:137:5412:695:27141:-2190.14,0,-236.475 dDocent_Contig_119 32 . G A 542.759 . AB=0.244681;ABP=56.2345;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=2789;RO=71;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=157.185;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:41,4:41:1645:4:159:-1.14561,0,-134.734 0/1:49:30,19:30:1144:19:763:-54.2401,0,-88.5007 dDocent_Contig_120 98 . N C 239.635 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:8:0,8:0:0:8:223:-20.3439,-2.40824,0 dDocent_Contig_122 44 . T C 2852.28 . AB=0.747967;ABP=68.7018;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3589;QR=1067;RO=31;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=70.3259;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:7,30:7:228:30:1200:-97.1372,0,-9.69515 0/1:86:24,62:24:839:62:2389:-189.28,0,-49.9292 dDocent_Contig_123 8 . T G 4291.24 . AB=0.479365;ABP=4.17531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=151;CIGAR=1X3M1X;DP=315;DPB=315;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5810;QR=6033;RO=155;RPL=0;RPP=330.903;RPPR=339.589;RPR=151;RUN=1;SAF=151;SAP=330.903;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:119:60,58:60:2345:58:2257:-167.416,0,-175.321 0|1:196:95,93:95:3688:93:3553:-262.897,0,-275.026 dDocent_Contig_124 11 . G A 318.597 . AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=1.61364;EPP=35.5824;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=596;QR=4026;RO=100;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=220.158;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1768:0:0:0,-13.2453,-159.335 0/1:71:56,15:56:2258:15:596:-32.6045,0,-182.003 dDocent_Contig_125 19 . G C 34.0322 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0.461538;EPP=9.52472;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986301;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=2916;RO=73;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=161.528;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2087:0:0:0,-15.6536,-188.013 0/1:24:21,3:21:829:3:122:-4.14777,0,-67.7021 dDocent_Contig_126 1 . N G 74.2242 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_127 77 . C A 92.6937 . AB=0.125;ABP=90.9549;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.588235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=541;QR=4607;RO=119;RPL=9;RPP=5.49198;RPPR=8.28388;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=5.49198;SAR=5;SRF=68;SRP=8.28388;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:56,5:56:2190:5:193:0,-0.621874,-179.561 0/1:72:63,9:63:2417:9:348:-10.0049,0,-196.04 dDocent_Contig_128 105 . C T 53.7427 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=1.07143;EPP=11.6962;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5556;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=2178;RO=54;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1139:0:0:0,-8.42884,-102.762 0/1:30:26,4:26:1039:4:164:-6.119,0,-84.7401 dDocent_Contig_129 67 . C A 24972.5 . AB=0.530082;ABP=15.4217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=837;CIGAR=3M1X;DP=1579;DPB=1641.75;DPRA=0;EPP=1820.53;EPPR=1058.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32216;QR=17850;RO=486;RPL=837;RPP=1820.53;RPPR=1058.35;RPR=0;RUN=1;SAF=837;SAP=1820.53;SAR=0;SRF=486;SRP=1058.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:828:223,140,461:223:8134:140,461:5304,17784:-1393.13,-1025.43,-1647.73,0,-229.61,-525.677 0|1:751:263,111,376:263:9716:111,376:4190,14432:-1105.31,-841.097,-1602.35,0,-451.28,-681.482 dDocent_Contig_130 115 . A G 436.473 . AB=0.220779;ABP=55.1538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X1M;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=18.4661;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=1056;RO=34;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=76.8404;RPR=17;RUN=1;SAF=14;SAP=18.4661;SAR=3;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:21,16,2:21:650:16,2:548,68:-8.60507,0,-47.3198,-9.38832,-46.6177,-61.0475 0|1:38:13,10,15:13:406:10,15:332,495:-36.2307,-31.8399,-61.4392,0,-24.418,-28.2073 dDocent_Contig_131 107 . N G 92.4217 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41407,-0.60206,0 dDocent_Contig_132 8 . T C 220.633 . AB=0.117021;ABP=122.765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=4X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972603;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=426;QR=2810;RO=73;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=161.528;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:32,8,2:32:1234:8,2:307,81:-15.5541,0,-98.9099,-18.5042,-94.6379,-119.234 0|0:51:41,3,6:41:1576:3,6:119,243:-7.69765,-10.2465,-138.703,0,-119.566,-127.557 dDocent_Contig_143 13 . G C 2619.42 . AB=0.0766488;ABP=2623;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1M8I2M1X;DP=1683;DPB=2500;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=2550.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=28;MQM=32.7984;MQMR=55.7792;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994885;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5058;QR=44804;RO=1173;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=2550.15;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=1173;SRP=2550.15;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:702:486,103,56:486:18585:103,56:4029,2208:-117.771,0,-1465.15,-119.311,-1351.4,-1598.6 0|1:981:687,138,73:687:26219:138,73:5365,2850:-145.36,0,-2038.96,-166.103,-1894.44,-2224.63 dDocent_Contig_149 7 . T C 615.337 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=80;DPB=85.7143;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=24.1;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1558;QR=1512;RO=39;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=87.6977;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:17,12:17:665:12:465:-15.6391,0,-51.4566 0|1:51:22,28:22:847:28:1093:-47.0831,0,-61.378 dDocent_Contig_150 7 . T C 678.247 . AB=0.581395;ABP=7.95924;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=86;DPB=93;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=21;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1963;QR=1295;RO=34;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=76.8404;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:16,16:16:597:16:629:-20.627,0,-44.3241 0|1:53:18,34:18:698:34:1334:-48.3861,0,-47.2816 dDocent_Contig_151 7 . T C 1016.22 . AB=0.544554;ABP=4.75178;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=101;DPB=109.286;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2150;QR=1700;RO=44;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=98.5551;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:15,15:15:580:15:581:-27.0604,0,-43.3104 0|1:69:29,40:29:1120:40:1569:-75.7496,0,-80.3288 dDocent_Contig_152 7 . T C 648.731 . AB=0.45;ABP=5.18177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=100;DPB=106.429;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1747;QR=2154;RO=55;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=122.441;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:31,24:31:1214:24:930:-36.2061,0,-92.9933 0|1:45:24,21:24:940:21:817:-29.8554,0,-71.3664 dDocent_Contig_153 7 . T C 603.788 . AB=0.389474;ABP=13.0905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=95;DPB=100.571;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1418;QR=2069;RO=54;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=120.27;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:34:25,8:25:957:8:307:-9.43042,0,-76.41 0|1:61:29,29:29:1112:29:1111:-52.1369,0,-82.6954 dDocent_Contig_154 7 . T C 310.278 . AB=0.294872;ABP=31.5178;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=78;DPB=81.2857;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=26.7391;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=897;QR=2042;RO=53;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=118.098;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:16,12:16:614:12:470:-20.6715,0,-47.1671 0|1:50:37,11:37:1428:11:427:-11.5447,0,-114.135 dDocent_Contig_155 7 . T C 921.067 . AB=0.482353;ABP=3.24022;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=85;DPB=91.1429;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=33;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1605;QR=1631;RO=43;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=96.3836;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:21,17:21:799:17:666:-37.6812,0,-60.5721 0|1:46:22,24:22:832:24:939:-55.614,0,-61.352 dDocent_Contig_156 12 . A C 7692.03 . AB=0.0917808;ABP=2116.28;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=134;CIGAR=1M1I1M1X2M1X3M1X3M2X1M1D2X;DP=1460;DPB=1472.11;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=103;MQM=39;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=2;PQA=63;PQR=0;PRO=0;QA=5234;QR=2197;RO=57;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=126.784;RPR=134;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:628:21,43,72,45,62,65,65,42:21:817:43,72,45,62,65,65,42:1681,2743,1719,2363,2506,2460,1601:-357.26,-237.309,-291.509,-138.619,-79.4909,-184.089,-233.262,-174.133,-75.4435,-286.859,-169.951,-110.823,-12.1331,-106.776,-218.432,-157.818,-98.6901,0,-94.6427,-31.3322,-205.395,-162.891,-103.763,-5.07291,-99.7155,-36.4051,-24.2721,-210.468,-232.256,-173.128,-74.4376,-169.08,-105.77,-93.6367,-98.7096,-286.757 1|0:832:36,91,74,52,76,84,56,57:36:1380:91,74,52,76,84,56,57:3553,2698,1977,2835,3289,2111,2190:-413.131,-157.167,-243.035,-203.629,-50.0891,-294.614,-274.23,-120.69,-167.152,-371.838,-193.468,-39.928,-86.3893,-156.991,-283.851,-153.54,0,-46.4614,-117.063,-36.3003,-241.515,-251,-97.4603,-143.922,-214.523,-133.761,-93.8327,-347.404,-244.198,-90.6577,-137.119,-207.72,-126.958,-87.0302,-184.491,-340.3 dDocent_Contig_158 7 . T C 531.653 . AB=0.426667;ABP=6.51361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=75;DPB=79.5714;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=26.8125;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1252;QR=1599;RO=42;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=94.2121;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:9,24:9:345:24:939:-48.0854,0,-21.472 0|1:42:33,8:33:1254:8:313:-6.26834,0,-100.415 dDocent_Contig_160 7 . T C 2261.27 . AB=0.508876;ABP=3.12594;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=169;DPB=181.429;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=38.7907;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3365;QR=3170;RO=82;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=181.071;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:77:37,39:37:1423:39:1526:-102.543,0,-105.162 0|1:92:45,47:45:1747:47:1839:-124.773,0,-129.785 dDocent_Contig_161 12 . A C 7613.76 . AB=0.115238;ABP=1353.18;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1M1I1M1X2M1X3M1X3M2X1M1D2X;DP=1050;DPB=1056.21;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=86.5;MQM=50.9504;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=39;PRO=1;QA=4726;QR=1734;RO=45;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=100.727;RPR=121;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:516:12,60,83,34,53,56,25,17:12:458:60,83,34,53,56,25,17:2353,3193,1333,2043,2207,968,685:-412.963,-224.555,-244.066,-154.447,0,-167.034,-307.738,-153.291,-83.1822,-335.076,-248.92,-94.4735,-24.3652,-177.656,-270.539,-235.038,-80.5907,-10.4824,-163.773,-104.956,-255.753,-337.058,-182.61,-112.502,-265.793,-206.976,-193.093,-367.105,-360.115,-205.668,-135.56,-288.851,-230.033,-216.151,-318.17,-392.571 1|0:534:33,61,46,23,24,84,54,29:33:1276:61,46,23,24,84,54,29:2373,1751,887,946,3294,2073,1182:-349.602,-165.883,-252.322,-215.931,-127.081,-306.886,-287.293,-198.443,-248.491,-385.172,-281.706,-192.855,-242.904,-314.266,-379.284,-88.8503,0,-50.0485,-121.41,-115.823,-168.366,-189.385,-100.535,-150.583,-221.945,-216.358,-23.5027,-277.932,-262.02,-173.169,-223.218,-294.58,-288.993,-96.137,-196.672,-358.093 dDocent_Contig_163 7 . T C 617.459 . AB=0.319588;ABP=30.4335;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X3M1I1M2X4M;DP=97;DPB=98.7273;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=39.5484;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.83871;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1043;QR=2397;RO=62;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=137.642;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:22,11:22:855:11:424:-27.6246,0,-67.2037 0|1:61:40,20:40:1542:20:619:-35.3097,0,-120.605 dDocent_Contig_166 7 . T C 5120.01 . AB=0.552894;ABP=15.1853;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=277;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=501;DPB=540.571;DPRA=0;EPP=604.508;EPPR=485.077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=26.9134;MQMR=59.8604;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10787;QR=8656;RO=222;RPL=0;RPP=604.508;RPPR=485.077;RPR=277;RUN=1;SAF=277;SAP=604.508;SAR=0;SRF=222;SRP=485.077;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:270:120,149:120:4710:149:5780:-274.85,0,-341.848 0|1:231:102,128:102:3946:128:5007:-238.339,0,-285.562 dDocent_Contig_167 7 . T C 2062.33 . AB=0.0735294;ABP=110.434;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=54.6;MQMR=59.7692;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=2484;RO=65;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=144.156;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:68:23,5,36:23:873:5,36:194,1465:-113.963,-105.574,-175.579,0,-56.2187,-60.6974 0|0:74:42,0,32:42:1611:0,32:0,1283:-93.4582,-106.101,-238.321,0,-132.613,-122.98 dDocent_Contig_169 10 . C T 1436.39 . AB=0.329412;ABP=45.9799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=99.951;EPPR=107.317;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.4286;MQMR=56.0439;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.622807;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2209;QR=4511;RO=114;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=250.558;RPR=56;RUN=1;SAF=53;SAP=99.951;SAR=3;SRF=94;SRP=107.317;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:48,32:48:1931:32:1272:-90.3548,0,-148.672 0/1:90:66,24:66:2580:24:937:-54.4727,0,-201.424 dDocent_Contig_170 10 . C T 158.613 . AB=0.13388;ABP=429.141;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=636;DPB=636;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=1199.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=30.8732;MQMR=44.6519;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.619718;PAIREDR=0.420959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2809;QR=22470;RO=563;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=1225.55;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=560;SRP=1199.63;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:366:316,49:316:12598:49:1946:-16.305,0,-879.163 0/0:270:247,22:247:9872:22:863:0,-30.8281,-691.844 dDocent_Contig_174 122 . C G 349.98 . AB=0.223529;ABP=59.443;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0.674603;EPP=44.2683;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=675;QR=6751;RO=191;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=417.762;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=417.762;SRR=191;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:65,19:65:2305:19:675:-35.4417,0,-182.074 0/0:126:126,0:126:4446:0:0:0,-37.9298,-400.315 dDocent_Contig_175 33 . C T 207.912 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X;DP=59;DPB=59;DPRA=1.68182;EPP=22.5536;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.632653;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=1932;RO=49;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=109.412;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:21,0:21:827:0:0:0,-6.32163,-74.644 0|1:37:28,9:28:1105:9:359:-21.5359,0,-88.6072 dDocent_Contig_176 20 . G T 260.242 . AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.387755;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=3959;RO=98;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=215.815;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:64,2:64:2586:2:80:0,-12.2764,-225.27 0/1:45:34,11:34:1373:11:444:-26.7689,0,-110.275 dDocent_Contig_177 188 . A T 269.309 . AB=0.131579;ABP=182.214;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=292;DPB=292;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=574.108;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969582;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1131;QR=10453;RO=263;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=574.108;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=574.108;SRR=263;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:131,20:131:5169:20:807:-27.3746,0,-419.52 0/0:140:132,8:132:5284:8:324:0,-12.6154,-445.869 dDocent_Contig_178 117 . G T 52.929 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.04348;EPP=13.8677;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=29;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.463415;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=1381;RO=41;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=92.0407;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:18,5:18:614:5:173:-5.73659,0,-48.4796 0|0:23:23,0:23:767:0:0:0,-6.92369,-69.3405 dDocent_Contig_180 7 . G T 4396.32 . AB=0.596958;ABP=24.4856;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.9936;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974522;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5837;QR=3479;RO=106;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=233.186;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:54,81:54:1830:81:2986:-226.729,0,-124.315 0/1:128:52,76:52:1649:76:2851:-214.091,0,-110.121 dDocent_Contig_181 209 . N G 505.976 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:220:-20.1552,-1.80618,0 1/1:9:0,9:0:0:9:331:-30.1407,-2.70927,0 dDocent_Contig_183 28 . A T 101.257 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=1.08333;EPP=11.6962;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=851;RO=21;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=48.6112;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:483:0:0:0,-3.61236,-43.8216 0/1:13:9,4:9:368:4:160:-10.8704,0,-29.572 dDocent_Contig_185 16 . T A 1380.95 . AB=0.560976;ABP=5.65844;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1815;QR=1359;RO=36;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=81.1833;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:24,28:24:914:28:1104:-83.9987,0,-66.9171 0/1:30:12,18:12:445:18:711:-55.285,0,-31.3577 dDocent_Contig_186 98 . N A 102.704 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:111:-10.2656,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_187 15 . T G 3129.13 . AB=0.691781;ABP=49.6523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=213.729;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980198;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3974;QR=1685;RO=45;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=100.727;RPR=101;RUN=1;SAF=100;SAP=213.729;SAR=1;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:17,52:17:639:52:2022:-161.404,0,-37.0705 0/1:77:28,49:28:1046:49:1952:-152.697,0,-71.2512 dDocent_Contig_188 56 . G A 1914.08 . AB=0.234973;ABP=226.304;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=366;DPB=366;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=611.023;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3359;QR=11079;RO=280;RPL=86;RPP=189.757;RPPR=611.023;RPR=0;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=280;SRP=611.023;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:203:177,26:177:6950:26:1018:-30.8077,0,-564.104 0/1:163:103,60:103:4129:60:2341:-161.789,0,-322.518 dDocent_Contig_189 98 . N T 157.992 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=166;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.12867,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:112:-10.3574,-1.20412,0 dDocent_Contig_190 20 . C A 7043.45 . AB=0.440647;ABP=20.0228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=245;CIGAR=1X;DP=556;DPB=556;DPRA=0;EPP=535.021;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9702;QR=12359;RO=310;RPL=0;RPP=535.021;RPPR=676.167;RPR=245;RUN=1;SAF=245;SAP=535.021;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:287:148,139:148:5901:139:5538:-411.855,0,-444.48 0/1:269:162,106:162:6458:106:4164:-293.679,0,-499.887 dDocent_Contig_191 58 . A C 490.005 . AB=0.38;ABP=9.26414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=857;QR=2941;RO=78;RPL=9;RPP=5.3706;RPPR=3.45573;RPR=14;RUN=1;SAF=9;SAP=5.3706;SAR=14;SRF=37;SRP=3.45573;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:31,19:31:1187:19:713:-49.4439,0,-92.0661 0/0:51:47,4:47:1754:4:144:0,-2.03891,-144.798 dDocent_Contig_192 8 . C T 2820.67 . AB=0.766667;ABP=77.1299;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3543;QR=1075;RO=28;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=63.8115;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:12,64:12:458:64:2459:-198.636,0,-18.6908 0/1:44:16,28:16:617:28:1084:-84.6193,0,-42.6241 dDocent_Contig_193 88 . A C 268.562 . AB=0.315789;ABP=14.2105;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=2.375;EPP=29.068;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=1466;RO=42;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:562:0:0:0,-4.81648,-50.9103 0/1:38:26,12:26:904:12:430:-27.601,0,-70.2364 dDocent_Contig_194 16 . G A 3616.19 . AB=0.590909;ABP=17.2236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4690;QR=3214;RO=81;RPL=0;RPP=257.073;RPPR=178.9;RPR=117;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:121:50,71:50:1974:71:2851:-220.264,0,-141.432 0/1:77:31,46:31:1240:46:1839:-142.543,0,-88.6947 dDocent_Contig_195 42 . T C 35819 . AB=0.647123;ABP=346.126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1181;CIGAR=1X;DP=1825;DPB=1825;DPRA=0;EPP=2567.52;EPPR=1397.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45952;QR=25277;RO=642;RPL=0;RPP=2567.52;RPPR=1397.1;RPR=1181;RUN=1;SAF=1181;SAP=2567.52;SAR=0;SRF=642;SRP=1397.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:931:249,680:249:9824:680:26505:-2103.39,0,-603.642 0/1:894:393,501:393:15453:501:19447:-1479.69,0,-1120.51 dDocent_Contig_197 8 . T C 545.901 . AB=0.188679;ABP=136.863;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X1M1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=38.0434;EPPR=195.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.433333;PAIREDR=0.79845;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1144;QR=4912;RO=129;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=283.13;RPR=30;RUN=1;SAF=26;SAP=38.0434;SAR=4;SRF=118;SRP=195.733;SRR=11;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:96:79,17:79:3015:17:648:-29.7568,0,-242.615 0|1:63:50,13:50:1897:13:496:-26.0216,0,-152.013 dDocent_Contig_198 123 . A C 10450.1 . AB=0.82516;ABP=433.717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=387;CIGAR=1X;DP=469;DPB=469;DPRA=0;EPP=817.514;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9276;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13191;QR=2826;RO=81;RPL=0;RPP=843.37;RPPR=178.9;RPR=387;RUN=1;SAF=3;SAP=817.514;SAR=384;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:171:41,130:41:1447:130:4455:-349.672,0,-79.0502 0/1:298:40,257:40:1379:257:8736:-696.526,0,-34.6477 dDocent_Contig_201 21 . G A 444.782 . AB=0.264706;ABP=35.7101;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.826087;PAIREDR=0.741071;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=4441;RO=112;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=246.215;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:50,18:50:1961:18:723:-44.9214,0,-156.201 0/0:67:62,5:62:2480:5:199:0,-1.88116,-205.052 dDocent_Contig_202 77 . T A 43471 . 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AB=0.282051;ABP=19.1015;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=431;QR=1120;RO=28;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=63.8115;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:14,8:14:568:8:313:-21.9117,0,-44.8395 0/1:17:14,3:14:552:3:118:-5.88538,0,-44.9044 dDocent_Contig_206 20 . T C 8498 . AB=0.842767;ABP=327.529;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=268;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=584.965;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977612;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10522;QR=1825;RO=50;RPL=0;RPP=584.965;RPPR=111.584;RPR=268;RUN=1;SAF=268;SAP=584.965;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:13,116:13:476:116:4525:-368.359,0,-4.34471 0/1:189:37,152:37:1349:152:5997:-482.629,0,-64.7942 dDocent_Contig_207 33 . C T 8869.65 . AB=0.500763;ABP=3.01362;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=328;CIGAR=1X2M5D1X;DP=655;DPB=472.778;DPRA=0;EPP=715.253;EPPR=697.881;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=39.9787;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13010;QR=12531;RO=320;RPL=0;RPP=715.253;RPPR=697.881;RPR=328;RUN=1;SAF=328;SAP=715.253;SAR=0;SRF=320;SRP=697.881;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:332:201,129:201:7843:129:5095:-324.877,0,-605.973 0|1:323:119,199:119:4688:199:7915:-563.277,0,-325.756 dDocent_Contig_209 66 . G A 5018.81 . AB=0.741228;ABP=118.251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=169;CIGAR=1X2M1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994083;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6343;QR=1936;RO=57;RPL=169;RPP=369.989;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=169;SAP=369.989;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:131:26,103:26:878:103:3876:-310.033,0,-40.401 0|1:97:31,66:31:1058:66:2467:-193.036,0,-66.3214 dDocent_Contig_210 17 . G A 1672.08 . AB=0.206107;ABP=297.85;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=680.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977564;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3180;QR=11937;RO=312;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=680.51;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=312;SRP=680.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:145,35:145:5539:35:1378:-70.1028,0,-444.298 0/1:213:167,46:167:6398:46:1802:-98.2935,0,-511.599 dDocent_Contig_211 16 . T G 149.742 . AB=0.142857;ABP=18.5208;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1I2M;DP=25;DPB=26.8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=33;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=611;RO=16;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=37.7539;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:10,0,1:10:385:0,1:0,39:-0.585235,-3.59553,-35.2024,0,-31.9961,-31.6951 0|0:14:6,2,6:6:226:2,6:66,213:-15.5897,-12.6133,-30.5417,0,-13.7998,-16.7708 dDocent_Contig_212 22 . C T 86.2976 . AB=0.0978261;ABP=261.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=641.423;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94898;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1040;QR=11792;RO=294;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=641.423;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=294;SRP=641.423;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:136:128,8:128:5150:8:324:0,-11.4109,-433.822 0/1:184:166,18:166:6642:18:716:-9.37449,0,-542.087 dDocent_Contig_213 40 . C T 212.22 . AB=0.136364;ABP=53.5464;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X1M2X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=693;RO=20;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=46.4397;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:13,3,4,0:13:451:3,4,0:104,140,0:-7.47945,-2.94081,-38.6969,0,-28.2083,-35.4576,-11.3928,-39.6,-36.6617,-48.0533 0|0:24:7,3,5,7:7:242:3,5,7:104,172,213:-14.9305,-8.58041,-27.349,-3.06233,-14.2793,-21.2305,0,-11.211,-5.6964,-17.5574 dDocent_Contig_214 107 . N A 111.492 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=52.8;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=0.2;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,5:0:0:5:131:-11.1468,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_215 19 . T G 19116.2 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=22;CIGAR=1M3D1X12M;DP=703;DPB=590.412;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=879;QR=2522;RO=64;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=141.985;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:396:29,22,340:29:1141:22,340:879,13019:-1068,-1004.33,-1091.56,-8.48143,-29.9402,0 0|0:307:35,0,272:35:1381:0,272:0,10411:-844.069,-854.605,-968.236,0,-114.024,-32.1442 dDocent_Contig_216 12 . C T 54.232 . AB=0.103896;ABP=107.946;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.839161;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=5703;RO=143;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=313.531;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:76:74,2:74:2966:2:81:0,-15.1925,-259.338 0/1:77:69,8:69:2737:8:322:-6.16793,0,-223.262 dDocent_Contig_219 11 . C T 657.824 . AB=0.468085;ABP=3.42611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=2.47368;EPP=50.7827;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=893;QR=1779;RO=44;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=98.5551;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:770:0:0:0,-5.71957,-69.6195 0/1:47:25,22:25:1009:22:893:-66.5271,0,-76.9553 dDocent_Contig_220 10 . C T 9955.66 . AB=0.17238;ABP=954.887;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=176;CIGAR=4M1X2M1X1M;DP=1021;DPB=1002.22;DPRA=0;EPP=385.189;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=24;MQM=59.4375;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0.710227;PAIREDR=0.896552;PAO=0.555556;PQA=22;PQR=22;PRO=0.555556;QA=6894;QR=1122;RO=29;RPL=0;RPP=385.189;RPPR=65.983;RPR=176;RUN=1;SAF=176;SAP=385.189;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:473:17,17,41,58,54,87,29,32,67:17:659:17,41,58,54,87,29,32,67:606,1600,2269,2103,3427,1078,1246,2649:-440.059,-395.791,-444.815,-313.812,-318.568,-355.611,-258.638,-263.394,-181.414,-295.319,-272.346,-277.102,-195.122,-139.948,-310.232,-163.255,-168.011,-86.0317,-30.8573,-44.5656,-191.207,-357.295,-362.051,-280.072,-224.898,-238.606,-129.516,-402.707,-342.782,-347.538,-265.559,-210.385,-224.093,-115.002,-309.042,-387.29,-227.78,-232.537,-150.557,-95.3827,-109.091,0,-194.041,-179.527,-261.753 1|1:548:12,39,56,96,28,89,23,49,79:12:463:39,56,96,28,89,23,49,79:1414,2106,3813,1049,3467,825,1898,3123:-556.696,-444.94,-471.222,-389.006,-311.661,-410.171,-246.409,-169.064,-113.129,-255.533,-474.401,-397.055,-341.121,-198.524,-503.994,-275.878,-198.532,-142.598,0,-227.993,-287.109,-493.952,-416.607,-360.673,-218.076,-446.068,-247.545,-525.051,-404.413,-327.068,-271.134,-128.536,-356.529,-158.005,-376.08,-427.685,-303.871,-226.526,-170.592,-27.9935,-255.986,-57.4627,-275.538,-185.999,-318.112 dDocent_Contig_221 169 . A G 57.0076 . AB=0.0571429;ABP=62.6327;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X1M1X3M1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=56;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=2026;RO=52;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:27,2,0,2,3:27:1065:2,0,2,3:72,0,24,114:-1.29002,-3.51576,-90.6692,-9.41783,-91.2712,-97.1411,-8.4342,-90.2477,-96.1165,-95.5144,0,-81.9214,-87.7913,-86.7683,-86.8882 0|0:33:25,0,4,3,0:25:961:0,4,3,0:0,160,91,0:-5.54127,-13.067,-91.9743,0,-78.9426,-77.7384,-6.084,-84.9612,-71.9305,-84.0581,-13.067,-91.9743,-78.9426,-84.9612,-91.9743 dDocent_Contig_222 209 . N G 562.898 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=614;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.28,-0.90309,0 1/1:13:0,13:0:0:13:493:-44.7039,-3.91339,0 dDocent_Contig_224 23 . C G 38.2323 . AB=0.105263;ABP=54.4399;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X7M;DP=57;DPB=57;DPRA=2;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=57.2857;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1899;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:19,0,0:19:720:0,0:0,0:0,-5.71957,-65.1238,-5.71957,-65.1238,-65.1238 0|1:38:30,4,4:30:1179:4,4:154,164:-4.56788,-4.62216,-97.9177,0,-85.5825,-93.4058 dDocent_Contig_225 173 . A C 189.181 . 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AB=0.246667;ABP=170.243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=715;DPB=715;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=1347.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9789;MQMR=59.9968;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974152;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3807;QR=24799;RO=619;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=1347.15;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=619;SRP=1347.15;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:300:225,74:225:9003:74:2991:-178.861,0,-719.309 0/0:415:394,21:394:15796:21:816:0,-51.1834,-1346.6 dDocent_Contig_229 98 . N A 192.982 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.4286;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.28649,-0.30103,0 1/1:6:0,6:0:0:6:172:-15.6909,-1.80618,0 dDocent_Contig_235 14 . C A 82.7449 . AB=0.0922509;ABP=394.364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=526;DPB=526;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=1060.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1565;QR=19437;RO=487;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=1060.52;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=487;SRP=1060.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:271:246,25:246:9807:25:1000:-8.71819,0,-800.418 0/0:255:241,14:241:9630:14:565:0,-25.5701,-814.897 dDocent_Contig_237 38 . A G 139.387 . AB=0.142857;ABP=80.5629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0.666667;EPP=24.725;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=6428;RO=165;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=361.303;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:60,10:60:2333:10:390:-14.3824,0,-189.076 0/0:105:105,0:105:4095:0:0:0,-31.6081,-368.555 dDocent_Contig_238 28 . C T 34.9548 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.923077;EPP=9.52472;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.914894;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1854;RO=47;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=105.07;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1039:0:0:0,-7.82678,-93.7982 0/1:24:21,3:21:815:3:123:-4.24007,0,-66.4277 dDocent_Contig_239 44 . A T 1471.07 . AB=0.314286;ABP=55.4358;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2305;QR=8147;RO=204;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=445.991;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:175:120,55:120:4783:55:2223:-147.55,0,-377.695 0/0:86:84,2:84:3364:2:82:0,-18.1089,-295.026 dDocent_Contig_240 39 . G A 36.7402 . AB=0.096;ABP=180.22;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=7865;RO=199;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=435.133;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:113,12:113:4452:12:460:-4.11762,0,-362.998 0/0:90:86,4:86:3413:4:162:0,-12.1257,-292.251 dDocent_Contig_242 71 . T G 1477.31 . AB=0.378378;ABP=22.0254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2143;QR=3526;RO=92;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:59,21:59:2260:21:800:-48.2413,0,-179.535 0/1:68:33,35:33:1266:35:1343:-100.678,0,-93.7619 dDocent_Contig_243 51 . A G 173.945 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M2X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2264;RO=57;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:25,0,3:25:998:0,3:0,116:-2.3887,-9.91445,-92.1217,0,-82.595,-81.6919 0|1:43:32,8,2:32:1266:8,2:314,78:-16.1893,0,-101.776,-19.4115,-97.7727,-122.995 dDocent_Contig_245 39 . G A 876.769 . AB=0.410256;ABP=8.46682;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8478;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.847826;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1241;QR=1804;RO=46;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=102.898;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:12,23:12:477:23:878:-68.775,0,-32.7431 0/1:43:34,9:34:1327:9:363:-20.0904,0,-106.722 dDocent_Contig_247 81 . C T 139.98 . AB=0.149254;ABP=74.6041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=459;QR=4859;RO=126;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=276.616;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:69,2:69:2614:2:75:0,-14.253,-228.322 0/1:67:57,10:57:2245:10:384:-14.7428,0,-182.059 dDocent_Contig_248 16 . T C 391.214 . 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AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.540541;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=2959;RO=74;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=163.699;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:42,1:42:1672:1:41:0,-8.84972,-146.615 0/1:37:32,5:32:1287:5:197:-6.96668,0,-104.957 dDocent_Contig_250 122 . T G 855.325 . AB=0.44;ABP=5.35549;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.515152;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1207;QR=1498;RO=42;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=94.2121;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:24,11:24:873:11:398:-25.6264,0,-68.355 0/1:40:18,22:18:625:22:809:-61.0945,0,-44.5266 dDocent_Contig_251 7 . T C 1206.68 . AB=0.419048;ABP=8.98702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.967213;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1698;QR=2313;RO=61;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=135.47;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:27,15:27:1031:15:581:-39.9898,0,-80.4552 0/1:63:34,29:34:1282:29:1117:-81.8664,0,-96.7036 dDocent_Contig_252 161 . C A 310.038 . AB=0.366667;ABP=7.64277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.909091;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=2028;RO=51;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1314:0:0:0,-9.93399,-118.523 0/1:30:18,11:18:714:11:447:-31.7485,0,-55.7607 dDocent_Contig_255 22 . T A 1194.4 . AB=0.382609;ABP=16.7755;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1718;QR=2788;RO=71;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=157.185;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:39,13:39:1550:13:517:-31.2237,0,-124.089 0/1:63:32,31:32:1238:31:1201:-89.4047,0,-92.7371 dDocent_Contig_257 1 . N G 139.767 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=18.1111;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:140:-2.95719,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:173:-10.7146,-1.50515,0 dDocent_Contig_258 107 . N A 166.01 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35.5;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-8.92302,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-7.36734,-0.90309,0 dDocent_Contig_266 1 . N G 1173.81 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=73.366;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.7;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.05;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1342;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=2;SAP=73.366;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0,30:0:0:30:1001:-86.3317,-9.0309,0 1/1:10:0,10:0:0:10:341:-30.7478,-3.0103,0 dDocent_Contig_279 1 . N G 259.521 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11.4;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=856;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:402:-15.2593,-3.61236,0 1/1:13:0,13:0:0:13:454:-10.3918,-3.91339,0 dDocent_Contig_280 25 . C T 329.009 . AB=0.413793;ABP=4.88226;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.70588;EPP=29.068;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=1351;RO=34;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=76.8404;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:663:0:0:0,-5.11751,-59.9914 0/1:29:17,12:17:688:12:467:-33.6456,0,-53.5195 dDocent_Contig_282 131 . G A 123.853 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.44;EPP=18.2106;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.722222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=259;QR=1973;RO=54;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1057:7:259:-12.829,0,-84.6054 0/0:25:25,0:25:916:0:0:0,-7.52575,-82.7601 dDocent_Contig_283 133 . A G 36.4976 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=472;RO=13;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=31.2394;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:5:5,0:5:185:0:0:0,-1.50515,-17.01 0/1:10:8,2:8:287:2:78:-4.39317,0,-23.1652 dDocent_Contig_284 55 . T C 1412.25 . AB=0.156364;ABP=567.135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=550;DPB=550;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=1010.57;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997845;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3417;QR=18520;RO=464;RPL=86;RPP=189.757;RPPR=1010.57;RPR=0;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=464;SRP=1010.57;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:206,23:206:8220:23:903:-12.6419,0,-670.398 0/1:321:258,63:258:10300:63:2514:-129.772,0,-829.702 dDocent_Contig_285 99 . A G 537.9 . AB=0.456522;ABP=3.76559;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=862;RO=24;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=55.1256;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:12,9:12:426:9:320:-22.7115,0,-32.2523 0/1:24:12,12:12:436:12:435:-32.2669,0,-32.3576 dDocent_Contig_287 153 . C A 116.889 . AB=0.1875;ABP=30.1537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=4.57143;EPP=16.0391;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1296;RO=33;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=74.6689;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:280:0:0:0,-2.10721,-25.5716 0/1:32:26,6:26:1016:6:241:-12.4333,0,-82.1034 dDocent_Contig_288 98 . N T 40.3482 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=3.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=22;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=7;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-4.01566,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_289 13 . T C 7789.98 . AB=0.0395634;ABP=1352.77;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=3M1X6M;DP=733;DPB=733;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17.5;MQM=40.1379;MQMR=59.6056;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1145;QR=2798;RO=71;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=157.185;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:352:32,59,52,29,105,22,19:32:1273:59,52,29,105,22,19:1876,2042,1148,4060,872,747:-329.884,-203.862,-290.756,-205.209,-174.213,-294.211,-251.575,-220.577,-221.924,-347.501,-30.9928,0,-1.34389,-47.7085,-104.044,-273.078,-242.079,-243.425,-289.792,-69.2111,-371.111,-282.577,-251.578,-252.925,-299.292,-78.711,-320.793,-381.513 1|0:381:39,42,98,21,118,20,10:39:1525:42,98,21,118,20,10:1330,3809,824,4377,794,398:-450.293,-365.493,-478.231,-205.703,-234.55,-301.586,-399.135,-427.978,-268.19,-518.196,-130.941,-159.789,0,-193.428,-220.805,-400.448,-429.29,-269.502,-462.933,-194.74,-519.809,-431.852,-460.694,-300.905,-494.336,-226.144,-495.649,-554.223 dDocent_Contig_290 7 . T C 1003.25 . AB=0.244541;ABP=132.815;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X3M;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=36.9821;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.392857;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2010;QR=6268;RO=164;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=359.132;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:96:68,2,26:68:2600:2,26:76,949:-50.3812,-64.9989,-277.774,0,-207.517,-205.541 0|1:133:96,7,30:96:3668:7,30:266,1061:-51.1326,-59.5822,-358.471,0,-280.537,-291.948 dDocent_Contig_292 98 . N T 386.974 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.8571;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:167:-11.1977,-1.50515,0 1/1:9:0,9:0:0:9:312:-27.1973,-2.70927,0 dDocent_Contig_293 7 . C T 330.915 . AB=0.121176;ABP=1062.53;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=850;DPB=850;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=1620.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=32.4369;MQMR=35.8993;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.00970874;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3940;QR=28602;RO=745;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=1620.76;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=745;SRP=1620.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:358:313,45:313:12033:45:1726:-22.4996,0,-731.845 0/1:492:432,58:432:16569:58:2214:-11.7803,0,-1013.18 dDocent_Contig_294 46 . C A 908.448 . AB=0.21466;ABP=138.085;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=357;DPB=357;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=684.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930233;PAIREDR=0.977707;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1736;QR=12647;RO=314;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=684.853;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=314;SRP=684.853;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:166:164,2:164:6585:2:82:0,-42.1913,-584.569 0/1:191:150,41:150:6062:41:1654:-91.5896,0,-487.818 dDocent_Contig_295 14 . C T 3934.3 . AB=0.371795;ABP=58.6891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=390;DPB=390;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.3448;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.689655;PAIREDR=0.991837;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5808;QR=9813;RO=245;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=535.021;RPR=145;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:175:122,53:122:4886:53:2124:-136.586,0,-386.938 0/1:215:123,92:123:4927:92:3684:-258.032,0,-378.573 dDocent_Contig_296 10 . T A 45.4704 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=6255;RO=156;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=341.76;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1086:4:155:-4.99072,0,-88.6951 0/0:138:129,9:129:5169:9:348:0,-9.86857,-433.384 dDocent_Contig_297 7 . T C 985.138 . AB=0.293706;ABP=55.8697;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X2M1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1579;QR=3851;RO=101;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=222.329;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:90:70,20:70:2680:20:769:-42.4433,0,-214.299 0|1:53:31,22:31:1171:22:810:-57.259,0,-89.7318 dDocent_Contig_298 19 . T A 139.057 . AB=0.181818;ABP=41.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.679012;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=369;QR=3241;RO=81;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=178.9;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=6.48466;SAR=3;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:45,2:45:1808:2:63:0,-8.16477,-156.948 0/1:44:36,8:36:1433:8:306:-14.6504,0,-115.981 dDocent_Contig_299 10 . G T 3804.39 . AB=0.18591;ABP=878.747;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=190;CIGAR=1X;DP=1022;DPB=1022;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=1809.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997596;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7659;QR=33075;RO=832;RPL=0;RPP=415.59;RPPR=1809.68;RPR=190;RUN=1;SAF=190;SAP=415.59;SAR=0;SRF=832;SRP=1809.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:534:468,66:468:18554:66:2670:-79.6591,0,-1507.6 0/1:488:364,124:364:14521:124:4989:-301.968,0,-1158.87 dDocent_Contig_300 19 . T A 3258.51 . AB=0.482456;ABP=3.61984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1M1I2M5X2M1X;DP=228;DPB=239.818;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4363;QR=4247;RO=108;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=237.529;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:118:55,63:55:2166:63:2489:-188.652,0,-159.616 0|1:110:53,47:53:2081:47:1874:-138.388,0,-157.006 dDocent_Contig_302 10 . C T 39353.5 . AB=0.898032;ABP=772.251;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1154;CIGAR=1X;DP=1229;DPB=1229;DPRA=0;EPP=2508.89;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46388;QR=3006;RO=75;RPL=0;RPP=2508.89;RPPR=165.871;RPR=1154;RUN=1;SAF=1154;SAP=2508.89;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:670:18,652:18:737:652:26224:-2291.09,-135.038,0 0/1:559:57,502:57:2269:502:20164:-1644.71,0,-36.0927 dDocent_Contig_303 47 . A G 793.592 . AB=0.45;ABP=4.31318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.62963;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1088;QR=1304;RO=33;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=74.6689;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:14,17:14:546:17:681:-52.2875,0,-40.146 0/1:29:19,10:19:758:10:407:-28.2601,0,-59.8112 dDocent_Contig_304 9 . T C 3620.92 . AB=0.0631068;ABP=344.543;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=2X4M;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=30.6154;MQMR=58.4019;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=340;QR=4200;RO=107;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=235.358;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:248:72,52,43,64,0:72:2840:52,43,64,0:2040,1692,2508,0:-143.019,0,-213.727,-33.5985,-98.2927,-250.028,-94.5981,-159.28,-192.87,-304.671,-164.693,-229.381,-262.972,-323.937,-394.051 0|1:206:35,53,61,38,13:35:1360:53,61,38,13:1987,2368,1446,340:-220.262,-72.7426,-167.291,-47.5603,0,-139.703,-186.033,-138.487,-113.309,-285.081,-205.782,-158.23,-133.051,-271.509,-312.361 dDocent_Contig_305 55 . C A 10919.1 . AB=0.725773;ABP=217.744;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=352;CIGAR=1X;DP=485;DPB=485;DPRA=0;EPP=767.369;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988636;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13774;QR=5246;RO=133;RPL=352;RPP=767.369;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=352;SAP=767.369;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:259:71,188:71:2802:188:7358:-583.921,0,-174.324 0/1:226:62,164:62:2444:164:6416:-509.182,0,-152.084 dDocent_Contig_324 22 . C T 1889.53 . AB=0.688679;ABP=35.7872;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.4521;MQMR=40.3939;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2900;QR=1310;RO=33;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=74.6689;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:22,33:22:883:33:1308:-82.2571,0,-53.1623 0/1:51:11,40:11:427:40:1592:-107.885,0,-14.0927 dDocent_Contig_339 98 . N A 2019.75 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=54.3919;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2265;QR=0;RO=0;RPL=74;RPP=163.699;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:58:0,56:0:0:56:1698:-150.487,-16.8577,0 1/1:18:0,18:0:0:18:567:-51.1876,-5.41854,0 dDocent_Contig_350 10 . G T 986.944 . AB=0.36;ABP=20.0346;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1437;QR=2510;RO=64;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=141.985;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:40,8:40:1583:8:325:-15.1702,0,-128.259 0/1:52:24,28:24:927:28:1112:-84.7126,0,-68.0646 dDocent_Contig_351 58 . G A 19543.8 . AB=0.905045;ABP=483.241;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=603;CIGAR=1X;DP=658;DPB=658;DPRA=0;EPP=1312.41;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998342;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23760;QR=2161;RO=55;RPL=603;RPP=1312.41;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=603;SAP=1312.41;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:337:32,305:32:1269:305:11978:-975.806,0,-13.0286 1/1:321:23,298:23:892:298:11782:-979.016,-16.0538,0 dDocent_Contig_352 27 . C T 49.3175 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=1.125;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.451613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1240;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:642:0:0:0,-4.81648,-58.1154 0/1:18:15,3:15:598:3:119:-5.67647,0,-48.7404 dDocent_Contig_353 90 . A G 9107.33 . AB=0.823821;ABP=370.065;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=332;CIGAR=1X;DP=403;DPB=403;DPRA=0;EPP=723.939;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11477;QR=2453;RO=71;RPL=332;RPP=723.939;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=332;SAP=723.939;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:177:37,140:37:1282:140:4829:-381.512,0,-62.4009 0/1:226:34,192:34:1171:192:6648:-530.41,0,-37.6633 dDocent_Contig_354 47 . T C 10718.9 . AB=0.860825;ABP=441.782;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=334;CIGAR=1X;DP=388;DPB=388;DPRA=0;EPP=728.282;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13227;QR=2147;RO=54;RPL=0;RPP=728.282;RPPR=120.27;RPR=334;RUN=1;SAF=334;SAP=728.282;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:145:18,127:18:710:127:5077:-413.158,0,-20.5735 0/1:243:36,207:36:1437:207:8150:-659.923,0,-56.436 dDocent_Contig_355 8 . C T 810.085 . AB=0.128748;ABP=681.8;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=1076;DPB=1076;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=1961.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.8938;MQMR=58.3621;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0530973;PAIREDR=0.585848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4352;QR=37072;RO=961;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=2089.8;RPR=113;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=946;SRP=1961.54;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:567:494,73:494:19059:73:2800:-81.4522,0,-1535.18 0/0:509:467,40:467:18013:40:1552:0,-13.063,-1471.64 dDocent_Contig_357 98 . N A 50.5305 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03393,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_358 10 . T C 178.504 . AB=0.0952381;ABP=32.8939;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M3X3M;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=22;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=1147;RO=29;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=65.983;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:17,0,2,2,3:17:674:0,2,2,3:0,80,82,104:-2.76057,-7.87808,-63.3761,-1.27651,-56.785,-56.1829,-1.09456,-56.6061,-50.0147,-56.004,0,-55.4735,-48.8831,-48.7041,-54.5704 0|0:21:12,2,0,0,6:12:473:2,0,0,6:44,0,0,240:-16.2483,-17.0889,-55.3972,-19.8606,-55.9993,-58.7982,-19.8606,-55.9993,-58.7982,-58.7982,0,-36.2281,-39.0193,-39.0193,-37.2132 dDocent_Contig_359 40 . A T 47.1681 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=8M1X2M;DP=93;DPB=91.9091;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.975904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=3136;RO=83;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=183.243;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:43:38,5,0:38:1432:5,0:197,0:-5.1605,0,-116.211,-16.5996,-117.716,-133.924 0|0:50:45,1,3:45:1704:1,3:36,102:0,-10.6054,-150.025,-5.282,-142.055,-144.089 dDocent_Contig_360 23 . G A 47.0627 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=58;DPB=58;DPRA=1.23077;EPP=11.6962;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=2125;RO=54;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:28,4:28:1096:4:160:-5.14996,0,-89.2928 0|0:26:26,0:26:1029:0:0:0,-7.82678,-92.9074 dDocent_Contig_361 36 . G A 934.139 . AB=0.207547;ABP=160.504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=2X;DP=330;DPB=330;DPRA=1.79661;EPP=98.5551;EPPR=621.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.992982;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1754;QR=11178;RO=285;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=621.88;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=285;SRP=621.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:118:118,0:118:4594:0:0:0,-35.5215,-413.428 0|1:212:167,44:167:6584:44:1754:-94.1586,0,-528.385 dDocent_Contig_362 19 . G C 1165.8 . AB=0.180147;ABP=244.714;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=5M1I2M1X;DP=272;DPB=281.375;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1941;QR=7708;RO=195;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=426.447;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:127:86,23,17:86:3407:23,17:881,675:-46.4019,0,-273.503,-16.7168,-224.86,-292.035 0|1:145:109,3,32:109:4301:3,32:120,1266:-71.3663,-94.293,-447.274,0,-343.992,-344.245 dDocent_Contig_363 98 . N G 4401.95 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=151;CIGAR=2X;DP=152;DPB=152.5;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=31;PQR=0;PRO=0;QA=4885;QR=0;RO=0;RPL=151;RPP=330.903;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=151;SAP=330.903;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:68:0,67:0:0:67:2173:-195.563,-20.169,0 1|1:84:0,84:0:0:84:2712:-244.331,-25.2865,0 dDocent_Contig_364 31 . A G 241.703 . AB=0.196721;ABP=51.7438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=2.34615;EPP=29.068;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.653333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=477;QR=2916;RO=75;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=165.871;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1042:0:0:0,-7.82678,-94.0735 0/1:61:49,12:49:1874:12:477:-24.915,0,-150.498 dDocent_Contig_365 89 . G A 96.5349 . AB=0.177778;ABP=43.5927;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=263;QR=1213;RO=37;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:699:6:196:-9.53274,0,-54.7815 0/1:17:15,2:15:514:2:67:-1.24554,0,-41.4687 dDocent_Contig_367 146 . T G 131.552 . AB=0.166667;ABP=49.335;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=1.2973;EPP=20.3821;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.935065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=3075;RO=77;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=170.214;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1477:0:0:0,-11.1381,-133.173 0/1:48:40,8:40:1598:8:311:-13.8999,0,-129.604 dDocent_Contig_368 30 . G A 776.497 . AB=0.195;ABP=164.611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.832298;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1537;QR=6327;RO=161;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=352.617;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:74,7:74:2893:7:280:-1.18813,0,-236.089 0/1:119:87,32:87:3434:32:1257:-77.5781,0,-273.301 dDocent_Contig_369 47 . T C 176.337 . AB=0.104651;ABP=119.765;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=3M1X3M;DP=86;DPB=79.1429;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.828125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=2520;RO=64;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:25,4,3:25:987:4,3:152,121:-4.92517,0,-80.0037,-2.46674,-71.2327,-82.7917 0|0:54:39,8,6:39:1533:8,6:312,243:-13.8962,0,-123.678,-5.59252,-106.047,-129.883 dDocent_Contig_371 107 . N T 179.056 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46336,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:142:-13.1291,-1.20412,0 dDocent_Contig_372 16 . A G 98.838 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=871;RO=22;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=50.7827;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:317:1:41:-1.3853,0,-26.1849 0/1:18:14,4:14:554:4:163:-9.63989,0,-44.7836 dDocent_Contig_374 99 . N C 132.321 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X6I8X;DP=4;DPB=17.4444;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=45;PQA=1450;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:4:0,4:0:0:4:158:-13.2272,-1.20412,0 dDocent_Contig_380 11 . C T 9131.44 . AB=0.312445;ABP=349.191;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=354;CIGAR=1X;DP=1133;DPB=1133;DPRA=0;EPP=771.712;EPPR=1694.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13955;QR=31091;RO=779;RPL=0;RPP=771.712;RPPR=1694.59;RPR=354;RUN=1;SAF=354;SAP=771.712;SAR=0;SRF=779;SRP=1694.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:573:380,193:380:15174:193:7570:-508.488,0,-1191.95 0/1:560:399,161:399:15917:161:6385:-405.845,0,-1262.65 dDocent_Contig_381 94 . G A 460.711 . AB=0.388889;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.935065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=831;QR=2609;RO=77;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:33,21:33:1114:21:694:-46.5141,0,-84.306 0/0:48:44,4:44:1495:4:137:0,-1.78123,-122.175 dDocent_Contig_383 196 . G A 484.776 . AB=0.214286;ABP=82.4241;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1074;QR=8932;RO=233;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=508.963;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=508.963;SRR=233;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:149:145,4:145:5575:4:156:0,-30.4362,-487.307 0/1:112:88,24:88:3357:24:918:-49.2223,0,-268.549 dDocent_Contig_384 1 . N G 131.39 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:143:-13.1341,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_386 8 . C T 17850.1 . AB=0.850534;ABP=302.913;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=550;CIGAR=1X;DP=601;DPB=601;DPRA=0;EPP=1197.32;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21133;QR=1958;RO=51;RPL=0;RPP=1197.32;RPPR=113.755;RPR=550;RUN=1;SAF=550;SAP=1197.32;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:320:9,311:9:342:311:11952:-1044.05,-65.195,0 0/1:281:42,239:42:1616:239:9181:-741.408,0,-61.1157 dDocent_Contig_388 10 . A G 28018 . AB=0.861111;ABP=206.887;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=816;CIGAR=1X;DP=862;DPB=862;DPRA=0;EPP=1774.93;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993873;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32610;QR=1852;RO=46;RPL=0;RPP=1774.93;RPPR=102.898;RPR=816;RUN=1;SAF=816;SAP=1774.93;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:25,155:25:1013:155:6202:-503.731,0,-37.2774 1/1:682:21,661:21:839:661:26408:-2298.52,-129.482,0 dDocent_Contig_389 127 . A C 69.6955 . AB=0.0983607;ABP=259.422;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=2M1I3X2M;DP=416;DPB=425.429;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=756.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1211;QR=12128;RO=347;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=756.511;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=756.511;SRR=347;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:183:140,14,18:140:4871:14,18:472,611:-7.41325,-11.3048,-403.162,0,-357.825,-390.656 0|0:233:207,5,17:207:7257:5,17:172,600:0,-48.3428,-637.388,-13.4249,-590.033,-598.884 dDocent_Contig_390 144 . C T 86.5869 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=1.35897;EPP=20.3821;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=2885;RO=84;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=185.414;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=185.414;SRR=84;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1344:0:0:0,-11.7402,-121.257 0/1:53:45,8:45:1541:8:278:-9.40342,0,-123.022 dDocent_Contig_392 82 . T C 2366.2 . AB=0.634921;ABP=22.9327;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6625;PAIREDR=0.934783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3058;QR=1738;RO=46;RPL=36;RPP=4.74748;RPPR=3.19912;RPR=44;RUN=1;SAF=36;SAP=4.74748;SAR=44;SRF=24;SRP=3.19912;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:22,43:22:826:43:1661:-130.17,0,-55.0964 0/1:61:24,37:24:912:37:1397:-107.639,0,-64.0362 dDocent_Contig_393 10 . G A 81.7264 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=177;QR=647;RO=16;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:246:3:109:-6.86588,0,-17.8944 0/1:12:10,2:10:401:2:68:-2.49131,0,-30.0161 dDocent_Contig_394 102 . T G 1007.89 . AB=0.363636;ABP=19.0002;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.793651;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1457;QR=2545;RO=63;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=81.1833;SAR=36;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:20,27:20:810:27:1090:-84.2361,0,-59.0677 0/1:52:43,9:43:1735:9:367:-17.7417,0,-140.713 dDocent_Contig_395 86 . C T 255.684 . AB=0.210526;ABP=30.668;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.1875;EPP=3.0103;EPPR=3.18402;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=302;QR=1878;RO=50;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=24;SRP=3.18402;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:30,0,2:30:1127:0,2:0,78:0,-9.0309,-101.332,-2.22949,-94.9194,-94.3173 0|0:38:20,8,10:20:751:8,10:302,393:-26.3129,-7.59058,-66.6846,0,-36.7621,-58.5022 dDocent_Contig_396 33 . C T 56.7211 . AB=0.104839;ABP=171.194;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=273;DPB=273;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=541.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991935;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=921;QR=9939;RO=248;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=541.535;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=248;SRP=541.535;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:111,13:111:4465:13:479:-6.11581,0,-364.445 0/0:149:137,12:137:5474:12:442:0,-4.73463,-452.369 dDocent_Contig_397 81 . T G 83.6937 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.577778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=181;QR=1719;RO=45;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:928:0:0:0,-7.52575,-83.8012 0/1:25:20,5:20:791:5:181:-9.1141,0,-63.9817 dDocent_Contig_399 8 . T C 414.777 . AB=0.234568;ABP=52.5788;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=105.14;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3871;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.790323;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=737;QR=2374;RO=62;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=137.642;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=58;SRP=105.14;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:30,7:30:1164:7:273:-13.7999,0,-93.9199 0/1:44:32,12:32:1210:12:464:-28.8662,0,-95.0075 dDocent_Contig_401 14 . A T 185.018 . AB=0.111554;ABP=331.975;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=478;DPB=478;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=941.086;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1728;QR=16353;RO=432;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=941.086;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=432;SRP=941.086;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:227:209,18:209:7920:18:678:0,-6.98097,-651.24 0/1:251:223,28:223:8433:28:1050:-19.2466,0,-683.168 dDocent_Contig_402 9 . C T 183.29 . AB=0.106719;ABP=342.902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=2X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.5556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.927602;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1048;QR=8563;RO=221;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=482.906;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:141:121,16:121:4665:16:625:-14.9545,0,-378.231 0|1:112:100,11:100:3898:11:423:-4.56292,0,-317.089 dDocent_Contig_403 35 . C T 31.0057 . AB=0.106383;ABP=129.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=2X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=47.5556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=6983;RO=179;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=391.704;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:107:97,8:97:3792:8:310:0,-4.08461,-313.383 0|1:94:82,10:82:3191:10:379:-3.84495,0,-259.187 dDocent_Contig_404 62 . A G 225.631 . AB=0.0740741;ABP=45.5551;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M1X1M4I17M;DP=43;DPB=47.1;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=770;RO=22;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:7,3,2,0,4:7:243:3,2,0,4:95,50,0,154:-10.58,-5.07864,-23.9336,-8.83394,-20.977,-27.9818,-12.6872,-24.8367,-28.5839,-32.448,0,-12.1737,-15.9258,-19.7879,-18.5838 0|0:27:15,7,0,2,0:15:527:7,0,2,0:221,0,78,0:-13.1715,0,-40.7611,-17.6869,-42.8683,-60.5846,-11.266,-36.4532,-54.1695,-53.5674,-17.6869,-42.8683,-60.5846,-54.1695,-60.5846 dDocent_Contig_405 7 . T A 789.428 . AB=0.37037;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.867925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1267;QR=4079;RO=106;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=233.186;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:55,3:55:2109:3:114:0,-6.82752,-179.407 0/1:81:51,30:51:1970:30:1153:-79.6875,0,-153.155 dDocent_Contig_407 80 . T C 149.872 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=2198;RO=64;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:14,7:14:469:7:238:-15.4309,0,-36.2087 0/0:52:50,2:50:1729:2:63:0,-9.67012,-149.915 dDocent_Contig_409 138 . A C 33.1075 . AB=0.12;ABP=34.3664;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.609756;EPP=9.52472;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=2541;RO=63;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:22,3:22:890:3:121:-3.75424,0,-72.8823 0/0:41:41,0:41:1651:0:0:0,-12.3422,-148.817 dDocent_Contig_410 17 . T C 3519.6 . AB=0.756944;ABP=85.5866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4402;QR=1411;RO=35;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=79.0118;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:13,45:13:531:45:1796:-144.388,0,-30.6766 0/1:86:22,64:22:880:64:2606:-208.761,0,-53.6208 dDocent_Contig_411 28 . A G 78.8336 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=2.125;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1749;RO=45;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1156:5:202:-8.32706,0,-94.0839 0/0:16:16,0:16:593:0:0:0,-4.81648,-53.6971 dDocent_Contig_412 7 . T A 130.695 . AB=0.166667;ABP=49.335;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.33333;EPP=20.3821;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=2880;RO=75;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=165.871;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:35,0:35:1339:0:0:0,-10.536,-120.532 0/1:48:40,8:40:1541:8:310:-13.8143,0,-124.513 dDocent_Contig_413 8 . T C 1520.77 . AB=0.0410959;ABP=403.602;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=2M2X5M1X3M2X;DP=219;DPB=217.467;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13;MQM=25.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1716;RO=44;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:101:21,5,7,8,2,20,8,14,12:21:830:5,7,8,2,20,8,14,12:197,62,187,54,784,307,565,479:-58.1358,-48.2525,-115.063,-62.7233,-114.83,-128.925,-51.6584,-103.767,-118.234,-117.562,-60.7432,-112.854,-127.319,-116.256,-128.455,0,-52.1164,-66.5869,-55.5222,-64.607,-62.3006,-39.2573,-91.3696,-105.836,-94.7731,-103.859,-43.1213,-105.165,-17.8697,-69.9844,-84.4527,-73.3889,-82.4745,-21.7341,-60.9894,-81.9745,-25.0297,-77.1436,-91.6112,-80.5477,-89.6334,-28.8939,-68.1487,-46.7626,-89.7355 0|0:118:23,7,0,3,7,21,9,6,31:23:886:7,0,3,7,21,9,6,31:277,0,110,177,825,365,244,1239:-95.1292,-79.2603,-149.901,-102.053,-152.008,-174.801,-93.5142,-143.47,-166.262,-165.359,-90.1338,-140.088,-162.879,-154.341,-160.772,-34.2152,-84.1717,-106.964,-98.4256,-95.0449,-100.643,-71.9494,-121.906,-144.698,-136.159,-132.777,-76.8608,-141.989,-81.9244,-131.88,-154.673,-146.134,-142.752,-86.8359,-124.57,-152.867,0,-49.958,-72.7512,-64.2123,-60.8328,-4.91113,-42.6467,-52.6221,-63.4193 dDocent_Contig_414 10 . G A 215.697 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.948454;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=3878;RO=97;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=213.643;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:50,4:50:2002:4:162:0,-1.28887,-165.405 0/1:58:47,11:47:1876:11:438:-22.3125,0,-151.585 dDocent_Contig_415 8 . T A 11548.8 . AB=0.846442;ABP=281.357;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=372;CIGAR=1X;DP=419;DPB=419;DPRA=0;EPP=810.798;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997312;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13963;QR=1814;RO=47;RPL=0;RPP=810.798;RPPR=105.07;RPR=372;RUN=1;SAF=372;SAP=810.798;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:267:41,226:41:1587:226:8456:-680.481,0,-62.7215 1/1:152:6,146:6:227:146:5507:-474.841,-24.9634,0 dDocent_Contig_416 110 . A G 421.017 . AB=0.404255;ABP=6.75262;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=631;QR=978;RO=28;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=63.8115;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:21,11:21:731:11:359:-22.9939,0,-56.4793 0|1:15:7,8:7:247:8:272:-20.2963,0,-18.058 dDocent_Contig_417 98 . N T 123.951 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=127;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77109,-0.90309,0 dDocent_Contig_418 51 . T A 3921.77 . AB=0.528689;ABP=4.7546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.806202;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5184;QR=4530;RO=115;RPL=129;RPP=283.13;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:30,51:30:1158:51:2050:-160.302,0,-80.1019 0/1:163:85,78:85:3372:78:3134:-233.063,0,-254.472 dDocent_Contig_419 20 . T C 3360.55 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=229;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=500.277;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7601;QR=465;RO=15;RPL=0;RPP=500.277;RPPR=35.5824;RPR=229;RUN=1;SAF=0;SAP=500.277;SAR=229;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:102:8,94:8:260:94:3076:-253.363,-6.98679,0 1/1:142:7,135:7:205:135:4525:-388.709,-24.0085,0 dDocent_Contig_421 148 . G A 484.21 . AB=0.2625;ABP=42.2054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X2M1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.728814;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=2339;RO=59;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:26,7:26:1019:7:271:-14.8204,0,-82.0767 0|1:47:33,14:33:1320:14:540:-34.7891,0,-104.921 dDocent_Contig_422 16 . G A 66.9824 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1984;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:881:4:162:-7.14018,0,-71.7741 0/0:30:28,2:28:1103:2:81:0,-1.34517,-91.8623 dDocent_Contig_424 38 . C G 201.508 . AB=0.257143;ABP=20.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=382;QR=2378;RO=59;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=131.127;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,9:26:1045:9:342:-20.5945,0,-83.8054 0/0:35:33,1:33:1333:1:40:0,-6.48412,-116.379 dDocent_Contig_425 57 . G C 1779.88 . AB=0.637363;ABP=17.9243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.827586;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2289;QR=1309;RO=33;RPL=58;RPP=128.956;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:14,23:14:549:23:903:-70.4359,0,-38.6146 0/1:54:19,35:19:760:35:1386:-108.741,0,-52.4661 dDocent_Contig_426 1 . N G 77.9879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_427 13 . C T 6612.21 . AB=0.0618557;ABP=164.751;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M1X;DP=237;DPB=237;DPRA=0;EPP=8.80089;EPPR=57.5966;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1169;RO=29;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=65.983;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=8.80089;SAR=1;SRF=28;SRP=57.5966;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:140:16,0,124:16:646:0,124:0,4976:-405.561,-410.378,-463.633,0,-53.658,-16.3302 0|0:97:13,6,78:13:523:6,78:232,3162:-256.848,-241.71,-283.005,0,-24.0648,-19.6322 dDocent_Contig_428 34 . T C 25005.9 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79353,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_430 38 . A C 1014.45 . AB=0.717391;ABP=21.8927;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1287;QR=519;RO=13;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=31.2394;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:8,20:8:318:20:773:-61.4508,0,-20.5575 0/1:18:5,13:5:201:13:514:-41.1823,0,-13.052 dDocent_Contig_431 23 . T A 18109.7 . AB=0.145688;ABP=938.576;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=125;CIGAR=1X1M1X;DP=858;DPB=858;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4843;QR=6319;RO=165;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=361.303;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:398:80,81,237:80:3053:81,237:3157,9402:-758.852,-523.461,-749.521,-9.03653,0,-188.136 0|0:460:85,44,330:85:3266:44,330:1686,13106:-1053.3,-940.537,-1195.38,0,-129.733,-168.749 dDocent_Contig_432 9 . T C 1744.14 . AB=0.225627;ABP=237.753;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=359;DPB=359;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=606.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975309;PAIREDR=0.928058;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3146;QR=10580;RO=278;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=606.68;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=278;SRP=606.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:192:153,39:153:5806:39:1510:-78.3745,0,-464.707 0/1:167:125,42:125:4774:42:1636:-97.2281,0,-379.42 dDocent_Contig_433 33 . A G 357.44 . AB=0.361111;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=1989;RO=50;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=111.584;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:27,1:27:1082:1:41:0,-4.33427,-93.574 0/1:36:23,13:23:907:13:522:-36.4887,0,-71.1018 dDocent_Contig_436 34 . C T 898.757 . AB=0.245033;ABP=88.2729;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=259;DPB=259;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.981567;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1677;QR=8650;RO=217;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=474.22;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:114,37:114:4553:37:1506:-90.3194,0,-364.241 0/0:108:103,5:103:4097:5:171:0,-16.7972,-352.996 dDocent_Contig_438 14 . T A 598.544 . AB=0.130952;ABP=400.493;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=619.708;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1773;QR=11439;RO=284;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=619.708;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=284;SRP=619.708;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:149,16:149:6038:16:645:-8.71179,0,-493.472 0/1:171:135,28:135:5401:28:1128:-52.3311,0,-436.447 dDocent_Contig_439 19 . A C 155.783 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.901639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=4814;RO=122;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=267.93;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:46,9:46:1840:9:358:-16.022,0,-149.251 0/0:77:76,1:76:2974:1:41:0,-19.0847,-263.669 dDocent_Contig_441 15 . T C 4097.1 . AB=0.032967;ABP=1382.25;AC=0;AF=0;AN=4;AO=24;CIGAR=4M1X1M;DP=728;DPB=850;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=1132.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=20538;RO=520;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=1132.18;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=520;SRP=1132.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:350:258,68,22:258:10188:68,22:2604,875:-135.999,0,-817.828,-141.626,-766.263,-973.304 0|0:378:262,113,2:262:10350:113,2:4312,82:-274.899,0,-817.729,-347.001,-844.977,-1198.07 dDocent_Contig_442 28 . T C 56.8433 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M2X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=59.0033;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=15;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.535714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=2206;RO=56;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=124.613;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=47;SRP=59.0033;SRR=9;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:35,3,2:35:1385:3,2:109,82:0,-7.55337,-120.618,-3.66398,-114.752,-117.269 0|0:25:21,0,4:21:821:0,4:0,151:-6.42905,-12.7507,-80.2573,0,-67.8859,-66.6818 dDocent_Contig_443 14 . T A 237.377 . AB=0.22;ABP=37.059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.28205;EPP=26.8965;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=3142;RO=78;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=172.385;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:39,11:39:1572:11:432:-24.1814,0,-126.662 0/0:39:39,0:39:1570:0:0:0,-11.7402,-141.531 dDocent_Contig_444 74 . C A 186.488 . AB=0.174603;ABP=60.9507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.605263;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=4512;RO=114;RPL=7;RPP=3.17734;RPPR=250.558;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=3.17734;SAR=6;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:52,11:52:2066:11:419:-19.0925,0,-167.172 0/0:64:62,2:62:2446:2:77:0,-11.9577,-212.997 dDocent_Contig_445 15 . G A 2139.31 . AB=0.140884;ABP=1219.51;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X2M1X;DP=1086;DPB=1086;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=2013.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=58.5556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928105;PAIREDR=0.99784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6030;QR=36589;RO=926;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=2013.79;RPR=153;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=926;SRP=2013.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:481:410,67:410:16177:67:2606:-90.432,0,-1311.02 0|1:605:516,86:516:20412:86:3424:-124.687,0,-1653.93 dDocent_Contig_447 26 . C T 109.325 . AB=0.101124;ABP=248.997;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=722;QR=6385;RO=160;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=350.446;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:101,11:101:4030:11:443:-6.508,0,-328.966 0/1:66:59,7:59:2355:7:279:-5.61296,0,-192.235 dDocent_Contig_448 9 . T G 9450.55 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=4;AF=1;AN=4;AO=180;CIGAR=4X2M1X;DP=360;DPB=381.714;DPRA=0;EPP=393.875;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=46.5111;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.0454545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6931;QR=876;RO=22;RPL=0;RPP=393.875;RPPR=50.7827;RPR=180;RUN=1;SAF=180;SAP=393.875;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:193:9,73,111:9:358:73,111:2863,4298:-538.321,-308.617,-316.121,-202.92,0,-198.984 1|1:167:13,79,69:13:518:79,69:3080,2633:-407.922,-163.626,-182.508,-205.54,0,-227.429 dDocent_Contig_449 7 . T C 1725.8 . AB=0.564516;ABP=7.49334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.4286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2674;QR=2067;RO=54;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=120.27;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:23,47:23:881:47:1787:-114.669,0,-58.5383 0/1:54:31,23:31:1186:23:887:-59.0994,0,-90.7806 dDocent_Contig_450 107 . N T 1061.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1169;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:257:-23.4426,-2.40824,0 1/1:26:0,26:0:0:26:912:-82.3958,-7.82678,0 dDocent_Contig_451 19 . C A 4841.11 . AB=0.185185;ABP=1141.91;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=245;CIGAR=1X;DP=1323;DPB=1323;DPRA=0;EPP=535.021;EPPR=2343.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9820;QR=43007;RO=1078;RPL=0;RPP=535.021;RPPR=2343.86;RPR=245;RUN=1;SAF=245;SAP=535.021;SAR=0;SRF=1078;SRP=2343.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:705:543,162:543:21598:162:6465:-369.346,0,-1729.72 0/1:618:535,83:535:21409:83:3355:-115.953,0,-1738.9 dDocent_Contig_452 25 . T C 228.031 . AB=0.192982;ABP=49.6779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=1;EPP=26.8965;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.61165;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=4155;RO=103;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=226.672;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:46,11:46:1846:11:445:-23.2468,0,-149.185 0/0:57:57,0:57:2309:0:0:0,-17.1587,-207.957 dDocent_Contig_453 50 . A T 98.3103 . AB=0.0897436;ABP=117.04;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X;DP=98;DPB=98.6667;DPRA=3.9;EPP=18.2106;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=3108;RO=80;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:78:62,7,9:62:2425:7,9:274,352:-10.2745,-6.41143,-203.667,0,-176.836,-196.654 0|0:20:18,0,1:18:683:0,1:0,37:0,-5.41854,-61.4741,-2.33163,-58.4472,-58.1462 dDocent_Contig_454 40 . T C 38518.3 . AB=0.390751;ABP=182.356;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=676;CIGAR=1X1M1X;DP=1730;DPB=1730;DPRA=0;EPP=1470.93;EPPR=550.221;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26682;QR=9937;RO=252;RPL=0;RPP=1470.93;RPPR=550.221;RPR=676;RUN=1;SAF=676;SAP=1470.93;SAR=0;SRF=252;SRP=550.221;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:838:154,311,363:154:6063:311,363:12309,14239:-1638.78,-672.122,-1077.24,-514.282,0,-903.746 1|0:892:98,365,428:98:3874:365,428:14373,16785:-2214.24,-1061.4,-1270.31,-863.551,0,-1053.5 dDocent_Contig_455 8 . C T 2724.19 . AB=0.468599;ABP=4.78314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.927835;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3727;QR=4225;RO=110;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=241.872;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:45,55:45:1706:55:2123:-161.194,0,-123.691 0/1:107:65,42:65:2519:42:1604:-112.413,0,-194.694 dDocent_Contig_456 16 . T C 284.09 . AB=0.384615;ABP=6.01695;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M2X1M1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.5455;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=926;RO=25;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=57.2971;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:11,10,5:11:413:10,5:391,190:-28.8428,0,-30.8193,-16.5779,-18.2483,-48.8973 0|0:15:14,1,0:14:513:1,0:41,0:0,-0.591873,-42.5843,-4.21442,-42.8854,-46.1173 dDocent_Contig_457 107 . N C 93.8914 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:102:-9.37948,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_458 31 . G A 39.7177 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.576923;EPP=9.52472;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.789474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=99;QR=1470;RO=38;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=85.5263;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1007:0:0:0,-7.82678,-90.9302 0/1:15:12,3:12:463:3:99:-4.71645,0,-37.504 dDocent_Contig_459 141 . C T 55.5396 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=34;DPB=34;DPRA=0.478261;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=913;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:23,0:23:674:0:0:0,-6.92369,-60.9433 0|1:11:8,3:8:239:3:103:-6.29869,0,-18.4937 dDocent_Contig_460 193 . A G 23939.5 . AB=0.874259;ABP=1028.63;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=737;CIGAR=1X;DP=843;DPB=843;DPRA=0;EPP=1603.39;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29458;QR=4192;RO=106;RPL=737;RPP=1603.39;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1603.39;SAR=737;SRF=0;SRP=233.186;SRR=106;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:440:53,387:53:2101:387:15423:-1254.39,0,-56.8254 0/1:403:53,350:53:2091:350:14035:-1140.75,0,-67.0564 dDocent_Contig_461 25 . G A 909.674 . AB=0.111932;ABP=1241.75;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=947;DPB=947;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=1827.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4185;QR=32925;RO=840;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=1827.05;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=840;SRP=1827.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:479:419,59:419:16483:59:2316:-64.6153,0,-1338.22 0/1:468:421,47:421:16442:47:1869:-27.5405,0,-1337.66 dDocent_Contig_462 19 . T G 37650.2 . AB=0.823529;ABP=1285.84;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1162;CIGAR=1X;DP=1411;DPB=1411;DPRA=0;EPP=2526.26;EPPR=541.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998279;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46611;QR=9990;RO=248;RPL=0;RPP=2526.26;RPPR=541.535;RPR=1162;RUN=1;SAF=1162;SAP=2526.26;SAR=0;SRF=248;SRP=541.535;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:654:113,541:113:4557:541:21665:-1751.05,0,-213.162 0/1:757:135,621:135:5433:621:24946:-2015.16,0,-261.085 dDocent_Contig_463 78 . G C 203.168 . AB=0.142857;ABP=119.339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.566667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=582;QR=3415;RO=90;RPL=7;RPP=3.15506;RPPR=5.42305;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=3.15506;SAR=8;SRF=50;SRP=5.42305;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:55,11:55:2065:11:424:-18.6438,0,-166.205 0/1:39:35,4:35:1350:4:158:-2.8598,0,-110.035 dDocent_Contig_464 98 . N A 303.205 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.3333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=344;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:186:-16.8371,-2.10721,0 1/1:5:0,5:0:0:5:158:-13.1808,-1.50515,0 dDocent_Contig_465 108 . C G 903.234 . AB=0.639344;ABP=13.2981;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.0256;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1222;QR=614;RO=22;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=50.7827;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:11,29:11:314:29:899:-68.4668,0,-16.4992 0/1:21:11,10:11:300:10:323:-23.0451,0,-20.947 dDocent_Contig_466 26 . C A 71.9044 . AB=0.107143;ABP=153.152;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.3125;PAIREDR=0.290503;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=7154;RO=179;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=391.704;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:79,4:79:3155:4:152:0,-10.9392,-269.979 0/1:112:100,12:100:3999:12:459:-7.93517,0,-326.17 dDocent_Contig_467 63 . G A 1271.05 . AB=0.422018;ABP=8.76769;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1781;QR=2395;RO=62;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:37,27:37:1438:27:1051:-75.6166,0,-110.418 0/1:45:25,19:25:957:19:730:-52.6766,0,-73.0872 dDocent_Contig_468 20 . T C 1000.33 . AB=0.216981;ABP=150.507;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1827;QR=6499;RO=166;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=363.475;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:85,24:85:3301:24:958:-53.7087,0,-264.367 0/1:103:81,22:81:3198:22:869:-47.5131,0,-256.903 dDocent_Contig_470 98 . N C 1609.27 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1778;QR=0;RO=0;RPL=54;RPP=120.27;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0,30:0:0:30:1000:-90.3035,-9.0309,0 1/1:24:0,24:0:0:24:778:-70.3221,-7.22472,0 dDocent_Contig_472 209 . N G 426.493 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.0326;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:12:0,12:0:0:12:470:-42.6492,-3.61236,0 dDocent_Contig_473 8 . T C 82.669 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.984848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=2531;RO=66;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=146.327;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:42,2:42:1603:2:78:0,-5.84185,-137.135 0/1:29:24,5:24:928:5:193:-9.01162,0,-75.1058 dDocent_Contig_474 156 . T G 221.626 . AB=0.0877193;ABP=87.1644;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=5M1X6M;DP=87;DPB=87.9167;DPRA=1.9;EPP=13.8677;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2744;RO=71;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=157.185;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:30,0,0:30:1140:0,0:0,0:0,-9.0309,-102.887,-9.0309,-102.887,-102.887 0|0:57:41,11,5:41:1604:11,5:429,204:-22.9074,0,-128.55,-18.4126,-115.028,-148.785 dDocent_Contig_475 78 . T A 1447.21 . AB=0.158345;ABP=713.745;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=701;DPB=701;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=1284.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998305;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3960;QR=21346;RO=590;RPL=111;RPP=244.044;RPPR=1284.18;RPR=0;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=590;SRP=1284.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:289:220,69:220:7961:69:2438:-132.663,0,-629.469 0/1:412:370,42:370:13385:42:1522:-13.2459,0,-1080.34 dDocent_Contig_476 12 . C A 287.344 . AB=0.297297;ABP=16.2152;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989247;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=520;QR=3694;RO=93;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=204.957;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:26,11:26:1022:11:444:-29.1781,0,-81.1336 0/0:70:67,3:67:2672:3:76:0,-13.984,-233.513 dDocent_Contig_477 107 . N C 81.8053 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=84;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:43:-3.96586,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89448,-0.60206,0 dDocent_Contig_478 15 . G A 90.6999 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=3117;RO=79;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=174.557;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:44,1:44:1751:1:41:0,-9.45178,-153.705 0/1:41:35,6:35:1366:6:242:-9.81472,0,-110.857 dDocent_Contig_479 99 . N A 591.76 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=20;CIGAR=1I2X;DP=21;DPB=34.5;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.35;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=7;PQA=226;PQR=0;PRO=0;QA=654;QR=0;RO=0;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:12:0,11:0:0:11:363:-32.6917,-3.31133,0 1|1:9:0,9:0:0:9:291:-26.1832,-2.70927,0 dDocent_Contig_481 26 . T C 3144.91 . AB=0.75188;ABP=76.3016;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3948;QR=1282;RO=33;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=74.6689;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:9,45:9:337:45:1787:-144.792,0,-14.4157 0/1:79:24,55:24:945:55:2161:-170.887,0,-61.5741 dDocent_Contig_483 12 . T C 397.955 . AB=0.0441989;ABP=329.631;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=2X1M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=268.197;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=40;MQMR=44.3615;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.630769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=5181;RO=130;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=285.302;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=128;SRP=268.197;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:75:61,6,4:61:2440:6,4:242,157:-0.27175,0,-177.95,-6.72022,-167.845,-185.26 0|1:106:69,23,4:69:2741:23,4:890,160:-40.4727,0,-178.164,-49.1313,-172.978,-233.012 dDocent_Contig_484 7 . T C 35927.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1114;CIGAR=1X;DP=1153;DPB=1153;DPRA=0;EPP=2422.03;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=54.3788;MQMR=56.7895;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.582585;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42902;QR=1448;RO=38;RPL=0;RPP=2422.03;RPPR=85.5263;RPR=1114;RUN=1;SAF=1114;SAP=2422.03;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:532:21,511:21:816:511:19706:-1639.09,-87.4013,0 1/1:621:17,603:17:632:603:23196:-1953.35,-129.544,0 dDocent_Contig_485 7 . T C 33844.5 . AB=0.839817;ABP=1317.95;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1101;CIGAR=1X;DP=1311;DPB=1311;DPRA=0;EPP=2393.8;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.7039;MQMR=57.6173;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980018;PAIREDR=0.938776;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42336;QR=7446;RO=196;RPL=0;RPP=2393.8;RPPR=428.619;RPR=1101;RUN=1;SAF=1101;SAP=2393.8;SAR=0;SRF=196;SRP=428.619;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:610:90,520:90:3385:520:19947:-1603.59,0,-109.909 0/1:701:106,581:106:4061:581:22389:-1782.05,0,-150.994 dDocent_Contig_486 7 . T C 2824.35 . AB=0.463602;ABP=6.01375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=257.144;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42.2066;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.867769;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4662;QR=5104;RO=134;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=293.988;RPR=121;RUN=1;SAF=120;SAP=257.144;SAR=1;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:60,52:60:2287:52:1991:-132.518,0,-172.333 0/1:149:74,69:74:2817:69:2671:-151.105,0,-210.351 dDocent_Contig_488 42 . C T 1659.47 . AB=0.222222;ABP=123.648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X2M1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.654762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1566;QR=3350;RO=84;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=185.414;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:82:43,21,18:43:1710:21,18:817,733:-54.1828,0,-134.463,-6.65034,-80.3134,-142.029 0|0:98:41,19,38:41:1640:19,38:749,1521:-112.953,-63.6784,-193.05,0,-73.4777,-123.656 dDocent_Contig_489 112 . A G 63.4232 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=1.125;EPP=9.52472;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=433;RO=14;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=33.4109;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:239:0:0:0,-2.40824,-21.8043 0/1:9:6,3:6:194:3:105:-7.08689,0,-15.0696 dDocent_Contig_491 110 . T C 255.264 . AB=0.181818;ABP=90.0666;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.963504;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=813;QR=4667;RO=137;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=300.502;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=300.502;SRR=137;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:81,18:81:2758:18:616:-25.9606,0,-218.671 0/0:62:56,6:56:1909:6:197:0,-0.611392,-154.036 dDocent_Contig_495 38 . G A 1332.96 . AB=0.162667;ABP=373.66;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=61;CIGAR=1X2M1X;DP=375;DPB=375;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=576.279;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2389;QR=10528;RO=264;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=576.279;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=264;SRP=576.279;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:204:149,24,29:149:5927:24,29:958,1170:-51.5947,-17.548,-498.314,0,-409.094,-479.265 0|1:171:115,37,19:115:4601:37,19:1431,766:-82.8894,0,-367.866,-54.3631,-315.864,-427.66 dDocent_Contig_496 117 . T A 504.63 . AB=0.298077;ABP=39.8418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X4M;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=56.9032;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=884;QR=1616;RO=61;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=135.47;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:53:28,4,3,16:28:710:4,3,16:112,81,446:-26.923,-27.336,-81.5946,-28.964,-76.4115,-83.5249,0,-47.4716,-49.1008,-50.6727 0|1:51:33,0,1,15:33:906:0,1,15:0,17,438:-24.7285,-34.6624,-106.271,-33.439,-105.045,-104.744,0,-71.7661,-70.5401,-67.2506 dDocent_Contig_497 60 . T C 5630.72 . AB=0.581818;ABP=15.8022;AC=4;AF=1;AN=4;AO=128;CIGAR=1X1M;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.976562;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5043;QR=810;RO=21;RPL=128;RPP=280.959;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:121:8,31,82:8:305:31,82:1197,3261:-339.355,-243.477,-259.161,-73.2775,0,-73.6091 1|1:99:13,39,46:13:505:39,46:1509,1782:-224.905,-104.874,-134.625,-82.4655,0,-110.11 dDocent_Contig_498 26 . G A 113.084 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=1961;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,5:16:634:5:196:-11.6897,0,-51.0722 0/1:37:34,3:34:1327:3:122:-0.234383,0,-108.557 dDocent_Contig_499 40 . T A 915.964 . AB=0.245399;ABP=94.785;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9919;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.575;PAIREDR=0.869919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1569;QR=4320;RO=123;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=270.101;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:45,10:45:1597:10:394:-19.2608,0,-127.451 0/1:108:78,30:78:2723:30:1175:-73.524,0,-212.763 dDocent_Contig_500 107 . N G 159.351 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=166;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:131:-12.1139,-1.20412,0 dDocent_Contig_501 57 . A C 126.309 . AB=0.109677;ABP=208.123;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=288;DPB=288;DPRA=1.16541;EPP=39.9253;EPPR=591.479;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=660;QR=10224;RO=271;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=591.479;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=271;SRP=591.479;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:138,17:138:5200:17:660:-13.0746,0,-421.336 0/0:133:133,0:133:5024:0:0:0,-40.037,-452.161 dDocent_Contig_503 8 . T G 787.398 . AB=0.16129;ABP=311.92;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=690;DPB=690;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=1331.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=57.4281;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.470588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2918;QR=23555;RO=612;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=1331.95;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=612;SRP=1331.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:310:260,50:260:10028:50:1914:-79.1835,0,-807.167 0/0:380:352,26:352:13527:26:1004:0,-23.5079,-1122.3 dDocent_Contig_504 98 . N C 50.5279 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03367,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_505 18 . A T 213.283 . AB=0.070922;ABP=453.968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X3M1D1M;DP=282;DPB=278.5;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=513.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.7957;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.693617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=751;QR=9327;RO=235;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=513.306;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=235;SRP=513.306;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:132:109,7,16:109:4318:7,16:260,643:-20.1935,-31.7372,-382.507,0,-331.628,-348.088 0|1:150:126,13,9:126:5009:13,9:491,364:-2.3174,0,-408.502,-10.2193,-382.403,-419.938 dDocent_Contig_506 162 . T C 73.4001 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0.909091;EPP=9.52472;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=699;RO=18;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:439:0:0:0,-3.31133,-39.8647 0/1:10:7,3:7:260:3:119:-8.08471,0,-20.7422 dDocent_Contig_507 24 . A T 200.923 . AB=0.101974;ABP=421.333;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=497;DPB=497;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=980.173;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=58.9302;MQMR=59.9489;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0697674;PAIREDR=0.1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1731;QR=17948;RO=450;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=980.173;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=450;SRP=980.173;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:193:180,12:180:7155:12:488:0,-13.9265,-599.347 0/1:304:270,31:270:10793:31:1243:-20.837,0,-879.555 dDocent_Contig_509 53 . C T 650.006 . AB=0.402985;ABP=8.4876;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1177;QR=4423;RO=114;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:40,27:40:1510:27:948:-65.4443,0,-115.963 0/0:80:74,6:74:2913:6:229:0,-3.10677,-241.302 dDocent_Contig_510 10 . G A 129.374 . AB=0.170732;ABP=41.6201;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=1.05128;EPP=18.2106;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.835616;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=2929;RO=73;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=161.528;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1574:0:0:0,-11.7402,-141.89 0/1:41:34,7:34:1355:7:285:-13.6822,0,-109.865 dDocent_Contig_511 113 . G C 311.361 . AB=0.123077;ABP=83.2212;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=6M2D6M1X21M;DP=65;DPB=58.3056;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1344;RO=35;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=79.0118;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:18,5,4,3:18:695:5,4,3:174,144,105:-8.72568,0,-55.5927,-2.39379,-45.3528,-58.2913,-5.60374,-48.5594,-50.9565,-61.7992 0|0:34:17,3,3,9:17:649:3,3,9:105,95,349:-23.5979,-20.1724,-72.532,-21.0779,-65.7957,-73.4336,0,-44.7532,-45.6561,-50.5859 dDocent_Contig_512 13 . T C 1113.47 . AB=0.212766;ABP=171.415;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2030;QR=7424;RO=185;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=404.733;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:112,36:112:4490:36:1471:-88.0746,0,-359.459 0/1:87:73,14:73:2934:14:559:-24.4605,0,-237.957 dDocent_Contig_513 68 . G A 4866.85 . AB=0.134545;ABP=322.027;AC=0;AF=0;AN=4;AO=37;CIGAR=1X3M1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1414;QR=2199;RO=63;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:133:38,23,70:38:1297:23,70:887,2572:-198.801,-137.395,-235.702,0,-32.3601,-84.1449 0|0:142:25,14,101:25:902:14,101:527,3636:-289.073,-253.416,-322.815,0,-30.4188,-43.2002 dDocent_Contig_514 6 . C A 241.222 . AB=0.163043;ABP=93.7401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=2X3M1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.585714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=2681;RO=70;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=155.013;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:33,4,9:33:1273:4,9:152,339:-17.844,-15.3111,-118.655,0,-92.0807,-101.837 0|1:45:37,1,6:37:1408:1,6:38,227:-7.4666,-15.4907,-130.672,0,-112.364,-113.672 dDocent_Contig_515 47 . G A 98.9311 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=253.012;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7724;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.642276;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=4872;RO=123;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=253.012;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:57,4:57:2244:4:164:0,-3.21293,-186.98 0/1:75:66,9:66:2628:9:365:-10.6378,0,-213.891 dDocent_Contig_516 98 . N T 85.7678 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:50:-4.74869,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_517 131 . T C 43.9849 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=2.2;EPP=9.52472;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1138;RO=29;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:734:3:123:-4.84213,0,-59.7534 0/0:10:10,0:10:404:0:0:0,-3.0103,-36.7189 dDocent_Contig_519 17 . T G 37977.4 . AB=0.715147;ABP=602.878;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1067;CIGAR=1X1M;DP=1492;DPB=1492;DPRA=0;EPP=2319.97;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.952202;PAIREDR=0.993421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42045;QR=6031;RO=152;RPL=0;RPP=2319.97;RPPR=333.074;RPR=1067;RUN=1;SAF=1067;SAP=2319.97;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:676:99,167,410:99:3923:167,410:6565,16149:-1515.72,-1005.55,-1278.16,-217.095,0,-416.551 1|1:816:53,106,657:53:2108:106,657:4163,25896:-2283.21,-1956.78,-2098.43,-168.819,0,-144.6 dDocent_Contig_521 43 . C T 815.208 . AB=0.455882;ABP=4.1599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=3.08035;EPPR=10.1116;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.451613;PAIREDR=0.594595;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1139;QR=1391;RO=37;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=83.3548;RPR=31;RUN=1;SAF=16;SAP=3.08035;SAR=15;SRF=24;SRP=10.1116;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:22,20:22:824:20:727:-53.1091,0,-61.8291 0/1:26:15,11:15:567:11:412:-29.6002,0,-43.5388 dDocent_Contig_522 18 . G A 2187.3 . AB=0.31058;ABP=94.3233;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3416;QR=7758;RO=201;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=439.476;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:112,43:112:4329:43:1589:-96.4891,0,-342.84 0/1:137:89,48:89:3429:48:1827:-123.43,0,-267.46 dDocent_Contig_523 20 . T A 9671.85 . AB=0.759312;ABP=206.849;AC=4;AF=1;AN=4;AO=265;CIGAR=1X2M;DP=349;DPB=349;DPRA=0;EPP=578.45;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10483;QR=926;RO=24;RPL=0;RPP=578.45;RPPR=55.1256;RPR=265;RUN=1;SAF=265;SAP=578.45;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:169:15,40,114:15:574:40,114:1566,4532:-450.265,-326.026,-361.079,-81.6684,0,-94.4453 1|1:180:9,19,151:9:352:19,151:733,5951:-518.108,-460.632,-483.851,-31.2501,0,-14.7369 dDocent_Contig_524 98 . N A 2126.07 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=63;CIGAR=6X11I4X;DP=64;DPB=134.6;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.31746;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=68;PQR=0;PRO=0;QA=2360;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:33:0,33:0:0:33:1241:-111.649,-9.93399,0 1|1:31:0,30:0:0:30:1119:-100.657,-9.0309,0 dDocent_Contig_525 107 . N A 148.034 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:122:-11.2814,-1.20412,0 dDocent_Contig_526 25 . A G 920.634 . AB=0.444444;ABP=5.18177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=3X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.7778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1251;QR=1507;RO=39;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=87.6977;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:22,3,34:22:853:3,34:108,1182:-89.4634,-87.2728,-156.464,0,-61.294,-59.8679 0|1:22:17,3,2:17:654:3,2:109,69:-3.78804,0,-52.8209,-3.30715,-48.1226,-56.412 dDocent_Contig_528 58 . G A 745.696 . AB=0.269565;ABP=56.0509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.83871;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1219;QR=3207;RO=84;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:61,19:61:2338:19:734:-42.2928,0,-186.513 0/1:35:23,12:23:869:12:485:-33.4652,0,-67.9722 dDocent_Contig_529 36 . C G 106.202 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=2;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1251;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:19,5:19:764:5:199:-11.0638,0,-61.8565 0/0:12:12,0:12:487:0:0:0,-3.61236,-44.1817 dDocent_Contig_530 52 . T A 9256.7 . AB=0.725061;ABP=183.834;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=298;CIGAR=1M1D2X;DP=411;DPB=335.75;DPRA=0;EPP=650.109;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11670;QR=4064;RO=109;RPL=298;RPP=650.109;RPPR=239.701;RPR=0;RUN=1;SAF=298;SAP=650.109;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:246:57,187:57:2130:187:7295:-582.592,0,-118.229 0|1:165:52,111:52:1934:111:4375:-344.266,0,-124.826 dDocent_Contig_532 7 . T A 3178.2 . AB=0.604396;ABP=20.2389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.963636;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4148;QR=2716;RO=72;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=159.356;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:44,68:44:1661:68:2558:-196.71,0,-116.037 0/1:70:28,42:28:1055:42:1590:-122.299,0,-74.1832 dDocent_Contig_533 41 . T C 160.539 . AB=0.116564;ABP=211.165;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=292;DPB=292;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=519.716;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=883;QR=10615;RO=269;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=587.136;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=261;SRP=519.716;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:144,19:144:5708:19:725:-16.4976,0,-464.474 0/0:129:125,4:125:4907:4:158:0,-24.2335,-426.957 dDocent_Contig_535 49 . C T 40.4255 . AB=0.05;ABP=73.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.888889;EPP=7.35324;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=30.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=2958;RO=76;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:45:43,0,2:43:1675:0,2:0,80:0,-12.9443,-150.591,-5.95456,-144,-143.398 0|0:40:33,2,5:33:1283:2,5:77,180:-4.78724,-9.97561,-114.827,0,-100.755,-104.008 dDocent_Contig_536 86 . A G 237.193 . AB=0.423077;ABP=4.34659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=3.71429;EPP=26.8965;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=720;RO=22;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:15,11:15:488:11:352:-24.1627,0,-36.4059 0/0:7:7,0:7:232:0:0:0,-2.10721,-21.2052 dDocent_Contig_537 47 . G A 898.533 . AB=0.168919;ABP=284.832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.96748;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1995;QR=9636;RO=246;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=537.193;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:120,34:120:4700:34:1352:-75.5849,0,-376.578 0/1:142:126,16:126:4936:16:643:-15.4568,0,-401.412 dDocent_Contig_538 20 . T C 4755.54 . AB=0.83815;ABP=174.833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.951724;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5874;QR=1127;RO=28;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=63.8115;RPR=145;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:9,75:9:359:75:3038:-248.204,0,-7.38401 0/1:89:19,70:19:768:70:2836:-228.538,0,-42.6498 dDocent_Contig_540 35 . T A 776.563 . AB=0.0298507;ABP=131.646;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M2I2M1X4M1X1M6I4M2I1M1X;DP=141;DPB=204.062;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=24;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=552;RO=14;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=33.4109;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:74:7,30,2,0:7:280:30,2,0:1165,70,0:-53.2419,0,-14.0572,-50.1109,-17.8501,-72.5892,-55.3491,-23.0881,-73.1913,-78.4289 0|0:67:7,15,0,2:7:272:15,0,2:592,0,48:-25.6028,0,-17.8509,-27.71,-22.3663,-50.0734,-24.5341,-19.1916,-46.8978,-46.2957 dDocent_Contig_555 107 . N T 43.4439 . 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AB=0.142857;ABP=49.5419;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=1.44828;EPP=16.0391;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.630769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=2473;RO=65;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=144.156;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1104:0:0:0,-8.72987,-99.6616 0/1:42:36,6:36:1369:6:232:-8.60567,0,-110.852 dDocent_Contig_560 174 . T C 101.833 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.54167;EPP=16.0391;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=2168;RO=55;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:948:0:0:0,-7.22472,-85.6219 0/1:37:31,6:31:1220:6:241:-10.928,0,-98.9354 dDocent_Contig_562 7 . T C 2881.9 . AB=0.257732;ABP=250.267;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=485;DPB=485;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=784.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992;PAIREDR=0.902778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4833;QR=13741;RO=360;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=784.74;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=360;SRP=784.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:191:131,60:131:5007:60:2313:-150.886,0,-393.154 0/1:294:229,65:229:8734:65:2520:-138.492,0,-697.308 dDocent_Contig_563 157 . G T 32.6483 . AB=0.130435;ABP=30.2953;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=1.27778;EPP=9.52472;EPPR=21.525;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.605263;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=1483;RO=38;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=69.0688;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=10;SRP=21.525;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:20,3:20:781:3:114:-3.70829,0,-63.6912 0/0:18:18,0:18:702:0:0:0,-5.41854,-63.5095 dDocent_Contig_564 123 . G A 193.941 . AB=0.24;ABP=32.3686;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=1440;RO=38;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=85.5263;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:741:5:145:-5.81084,0,-59.4839 0/1:25:18,7:18:699:7:244:-14.7717,0,-55.7176 dDocent_Contig_565 7 . T C 1596.82 . AB=0.411765;ABP=12.2071;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=2X5M;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.589286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2117;QR=1635;RO=42;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=94.2121;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:81:28,18,5,30:28:1090:18,5,30:696,194,1124:-83.616,-34.875,-119.044,-76.104,-108.522,-164.185,0,-32.4179,-73.6435,-80.5526 0|1:55:14,11,3,26:14:545:11,3,26:432,116,993:-77.2541,-45.9342,-87.4166,-71.9402,-81.1995,-115.83,0,-9.25751,-35.2628,-36.9638 dDocent_Contig_567 49 . T A 5952.84 . AB=0.829694;ABP=219.219;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=190;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7392;QR=1529;RO=39;RPL=0;RPP=415.59;RPPR=87.6977;RPR=190;RUN=1;SAF=190;SAP=415.59;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:20,31:20:776:31:1195:-92.4811,0,-54.8102 0/1:178:19,159:19:753:159:6197:-503.991,0,-14.511 dDocent_Contig_568 27 . C T 40.9744 . AB=0.130435;ABP=30.2953;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=1.76923;EPP=9.52472;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.8485;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1281;RO=33;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=74.6689;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:20,3:20:760:3:123:-4.5411,0,-60.6784 0/0:13:13,0:13:521:0:0:0,-3.91339,-45.6 dDocent_Contig_569 56 . A G 743.691 . 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AB=0.883152;ABP=472.261;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=325;CIGAR=1X;DP=368;DPB=368;DPRA=0;EPP=708.739;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981538;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12317;QR=1571;RO=43;RPL=0;RPP=708.739;RPPR=96.3836;RPR=325;RUN=1;SAF=0;SAP=708.739;SAR=325;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:20,165:20:732:165:6205:-502.683,0,-10.5188 0/1:183:23,160:23:839:160:6112:-494.915,0,-20.7436 dDocent_Contig_573 8 . C T 182.805 . AB=0.10728;ABP=352.651;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=686;DPB=686;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=1384.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.5918;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.55102;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1878;QR=24564;RO=636;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=1384.07;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=636;SRP=1384.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:425:403,21:403:15559:21:797:0,-56.0299,-1327.52 0/1:261:233,28:233:9005:28:1081:-19.0252,0,-731.586 dDocent_Contig_574 23 . C A 3654.67 . 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T C 441.442 . AB=0.104425;ABP=770.939;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=1087;DPB=1087;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=2220.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999021;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2667;QR=37174;RO=1021;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=2220.08;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=1021;SRP=2220.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:522:515,7:515:18631:7:280:0,-131.567,-1650.54 0/1:565:506,59:506:18543:59:2387:-44.8889,0,-1498.06 dDocent_Contig_581 63 . C A 40.7928 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0.888889;EPP=7.35324;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=596;RO=15;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:8:6,2:6:236:2:73:-4.52286,0,-19.2039 0|0:9:9,0:9:360:0:0:0,-2.70927,-32.7642 dDocent_Contig_582 66 . G A 2390.84 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.963415;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3213;QR=3121;RO=82;RPL=82;RPP=181.071;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:31,16:31:1198:16:611:-41.1722,0,-93.9604 0/1:117:51,66:51:1923:66:2602:-199.1,0,-138.073 dDocent_Contig_583 107 . N T 104.755 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_584 107 . N T 3332.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3697;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=0;RPR=109;RUN=1;SAF=0;SAP=239.701;SAR=109;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:569:-51.5282,-5.11751,0 1/1:93:0,92:0:0:92:3128:-281.411,-27.6948,0 dDocent_Contig_585 16 . T C 2411.08 . AB=0.151316;ABP=163.528;AC=4;AF=1;AN=4;AO=23;CIGAR=1X8M;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=923;QR=757;RO=19;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=44.2683;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:76:9,0,38,20,2,7:9:356:0,38,20,2,7:0,1517,804,79,278:-159.192,-161.902,-191.199,-36.9607,-66.2579,-54.8187,-95.6458,-124.944,0,-118.923,-155.401,-184.698,-59.7572,-118.443,-184.096,-139.019,-168.317,-43.3755,-102.061,-161.816,-166.209 1|1:76:10,12,20,12,4,16:10:401:12,20,12,4,16:469,801,484,158,645:-83.1043,-47.5591,-76.9859,-20.1249,-14.6095,-47.144,-46.2175,-40.7016,-13.2672,-75.6447,-73.1136,-67.5975,-40.1637,-66.2562,-104.949,-32.9503,-27.4346,0,-26.0927,-52.9891,-61.1736 dDocent_Contig_586 58 . C T 658.795 . AB=0.471698;ABP=3.37904;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=915;QR=1076;RO=28;RPL=10;RPP=5.18177;RPPR=28.1373;RPR=15;RUN=1;SAF=10;SAP=5.18177;SAR=15;SRF=23;SRP=28.1373;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:15,11:15:578:11:422:-30.5004,0,-44.5289 0/1:27:13,14:13:498:14:493:-36.5676,0,-37.0333 dDocent_Contig_587 12 . T C 3607.44 . AB=0.88;ABP=159.791;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.736364;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4436;QR=577;RO=15;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=35.5824;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:7,48:7:278:48:1935:-157.788,0,-8.83358 0/1:70:8,62:8:299:62:2501:-204.145,0,-6.18939 dDocent_Contig_588 15 . A C 31.916 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=846;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:402:1:36:-0.286945,0,-33.2274 0/1:13:11,2:11:444:2:82:-3.86629,0,-36.4026 dDocent_Contig_589 12 . T C 3891.44 . AB=0.554113;ABP=8.8855;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5108;QR=3935;RO=102;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=224.5;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:139:74,64:74:2847:64:2550:-187.678,0,-214.445 0/1:92:28,64:28:1088:64:2558:-202.654,0,-70.5225 dDocent_Contig_590 11 . G A 181.113 . AB=0.1;ABP=114.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=126.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.868852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=2401;RO=61;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=135.47;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=60;SRP=126.927;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:50:42,2,6:42:1660:2,6:78,236:-6.76978,-13.0023,-149.004,0,-130.196,-134.801 0|1:30:19,6,5:19:741:6,5:223,186:-12.5298,0,-59.1157,-3.02912,-45.7055,-62.4455 dDocent_Contig_591 44 . G T 42.3204 . AB=0.0512821;ABP=71.2168;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=12M1X8M;DP=58;DPB=58;DPRA=2.05263;EPP=7.35324;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12;QR=1427;RO=42;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=94.2121;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:27,4,3,2:27:915:4,3,2:155,115,12:-4.67376,0,-73.1086,-3.3191,-64.8664,-76.7076,-12.3621,-73.8496,-77.1472,-85.9891 0|0:19:15,1,0,0:15:512:1,0,0:38,0,0:0,-1.32484,-42.7861,-4.51545,-43.0871,-46.2079,-4.51545,-43.0871,-46.2079,-46.2079 dDocent_Contig_592 209 . N C 69.4136 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-6.92225,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_594 7 . T C 1479.93 . AB=0.482955;ABP=3.45446;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=176;DPB=188.143;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.6471;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978022;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3306;QR=3516;RO=91;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=200.614;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:65:40,25:40:1533:25:969:-40.7021,0,-118.671 0|1:111:51,60:51:1983:60:2337:-108.479,0,-145.285 dDocent_Contig_595 7 . T C 571.354 . AB=0.376344;ABP=15.362;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1M1X3M1I1M2X;DP=93;DPB=93.625;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1373;QR=1987;RO=52;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=115.927;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:26,17:26:990:17:667:-27.9768,0,-76.1813 0|1:44:26,18:26:997:18:706:-30.347,0,-76.7945 dDocent_Contig_596 7 . T C 853.162 . AB=0.491803;ABP=3.0459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X3M1I1M2X4M3X;DP=61;DPB=62.0714;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=46;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1168;QR=969;RO=25;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=57.2971;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:16,9,1:16:623:9,1:351,39:-23.5269,0,-48.6595,-25.3216,-48.3498,-76.2657 0|1:32:9,21,2:9:346:21,2:817,75:-62.9777,0,-22.1042,-59.8571,-22.5988,-87.66 dDocent_Contig_599 7 . T C 1414.48 . AB=0.682243;ABP=33.8777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=107;DPB=117.429;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.7808;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2868;QR=1313;RO=34;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=76.8404;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:8,36:8:307:36:1413:-73.6563,0,-14.7447 0|1:63:26,37:26:1006:37:1455:-68.9799,0,-71.8847 dDocent_Contig_600 7 . T C 912.355 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=102;DPB=109.286;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1992;QR=1933;RO=50;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=111.584;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:20,20:20:770:20:777:-35.9245,0,-57.1954 0|1:61:30,31:30:1163:31:1215:-56.4995,0,-86.6007 dDocent_Contig_601 7 . T C 1061.37 . AB=0.486842;ABP=3.12459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X3M1I1M2X4M3X4M2X1M1D3M1X;DP=76;DPB=74.4615;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.7027;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.783784;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1430;QR=1318;RO=34;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=76.8404;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:18,17,4:18:706:17,4:647,159:-47.451,0,-52.9376,-39.7755,-44.9632,-96.638 0|1:36:16,20,0:16:612:20,0:783,0:-59.8741,0,-44.5792,-64.6906,-50.5998,-114.904 dDocent_Contig_602 7 . T C 68.2224 . AB=0.52459;ABP=3.33068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=61;DPB=65.7143;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=9;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1263;QR=1089;RO=28;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=63.8115;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:10,8:10:389:8:314:-1.03161,0,-29.8039 0|1:42:18,24:18:700:24:949:-6.87928,0,-50.6883 dDocent_Contig_603 98 . N T 256.77 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=20;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.611111;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=617;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:409:-13.5143,-3.61236,0 1/1:6:0,6:0:0:6:208:-11.8611,-1.80618,0 dDocent_Contig_604 7 . T C 297.78 . AB=0.592593;ABP=5.02092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=27;DPB=29.5714;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=24.725;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=617;QR=392;RO=10;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=24.725;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=10;SRP=24.725;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:5,7:5:197:7:272:-13.4907,0,-14.4942 0|1:15:5,9:5:195:9:345:-17.4758,0,-13.5191 dDocent_Contig_605 10 . C T 1633.41 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1M1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.3889;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2183;QR=2106;RO=54;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=120.27;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:26,23:26:1028:23:936:-69.7897,0,-77.7554 0|1:59:28,31:28:1078:31:1247:-94.7396,0,-75.7169 dDocent_Contig_606 10 . C T 1796.56 . AB=0.442029;ABP=7.03854;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.6753;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2465;QR=3109;RO=77;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=170.214;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:23,21:23:933:21:852:-63.7451,0,-71.0261 0/1:94:54,40:54:2176:40:1613:-117.099,0,-162.127 dDocent_Contig_607 10 . C T 797.429 . AB=0.231638;ABP=113.731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=67.8897;EPPR=27.4756;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=54.3659;MQMR=32.0667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878049;PAIREDR=0.259259;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1619;QR=5339;RO=135;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=296.159;RPR=41;RUN=1;SAF=38;SAP=67.8897;SAR=3;SRF=87;SRP=27.4756;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:68,17:68:2698:17:673:-25.3218,0,-119.354 0/1:91:67,24:67:2641:24:946:-55.6096,0,-131.538 dDocent_Contig_609 7 . T C 363.668 . AB=0.415094;ABP=6.32897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=53;DPB=56.4286;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=844;QR=1150;RO=30;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=68.1545;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:12,12:12:460:12:449:-21.7385,0,-34.5248 0|1:29:18,10:18:690:10:395:-15.8168,0,-53.8981 dDocent_Contig_611 7 . T C 312.656 . AB=0.566667;ABP=4.16842;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=30;DPB=32.4286;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=495;RO=13;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=31.2394;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:8,5:8:305:5:195:-8.38225,0,-23.8967 0|1:17:5,12:5:190:12:478:-24.0718,0,-12.3492 dDocent_Contig_612 13 . G T 57.501 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1M1I2M3D1M1X1M2X1M1X;DP=55;DPB=53.7692;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=302;QR=1847;RO=47;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=105.07;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:19,1:19:739:1:37:0,-3.36191,-64.1763 0|1:35:28,7:28:1108:7:265:-6.49481,0,-89.4786 dDocent_Contig_613 7 . T C 345.987 . AB=0.271186;ABP=29.8409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=59;DPB=61.2857;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.790698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=1668;RO=43;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=96.3836;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:29,3:29:1126:3:120:-0.724217,0,-92.0068 0|1:27:14,13:14:542:13:513:-35.1741,0,-40.9969 dDocent_Contig_614 37 . G C 1849.68 . AB=0.488372;ABP=3.1618;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.893939;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2494;QR=2609;RO=66;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=146.327;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:32,30:32:1266:30:1199:-89.518,0,-95.549 0/1:67:34,33:34:1343:33:1295:-96.6381,0,-100.962 dDocent_Contig_616 32 . G A 30.1014 . AB=0.12;ABP=34.3664;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.657895;EPP=9.52472;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=2372;RO=60;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=133.299;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1522:0:0:0,-11.4391,-137.224 0/1:25:22,3:22:850:3:121:-3.75445,0,-69.2787 dDocent_Contig_617 107 . N A 1289.75 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=51;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=37.0653;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1431;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=0;SAP=113.755;SAR=51;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:52:0,51:0:0:51:1431:-128.975,-15.3525,0 dDocent_Contig_618 7 . T A 177.196 . AB=0.204545;ABP=36.372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0.88;EPP=22.5536;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=3277;RO=85;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=187.585;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:35,9:35:1354:9:345:-18.1633,0,-108.899 0/0:50:50,0:50:1923:0:0:0,-15.0515,-173.312 dDocent_Contig_619 8 . C T 2546.85 . AB=0.387097;ABP=30.4689;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3667;QR=5837;RO=152;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=333.074;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:150:92,58:92:3537:58:2208:-153.788,0,-273.297 0/1:98:60,38:60:2300:38:1459:-102.085,0,-177.713 dDocent_Contig_620 98 . N A 190.602 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.87368;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:208:-19.059,-1.80618,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_621 42 . A G 221.395 . AB=0.346154;ABP=8.35546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.52941;EPP=3.25157;EPPR=3.26577;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.647059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=334;QR=1222;RO=34;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=76.8404;RPR=9;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=16;SRP=3.26577;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:17,9:17:600:9:334:-22.5832,0,-46.4963 0/0:17:17,0:17:622:0:0:0,-5.11751,-56.3063 dDocent_Contig_622 109 . G A 347.05 . AB=0.119588;ABP=612.639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=1021;DPB=1021;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=2085.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2118;QR=32857;RO=959;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=2085.45;RPR=61;RUN=1;SAF=0;SAP=135.47;SAR=61;SRF=0;SRP=2085.45;SRR=959;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:536:532,3:532:18177:3:105:0,-151.605,-1625.88 0/1:485:427,58:427:14680:58:2013:-35.4497,0,-1175.06 dDocent_Contig_623 7 . T G 113.902 . AB=0.132867;ABP=170.426;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=357;DPB=357;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=706.567;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1011;QR=12297;RO=324;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=706.567;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=324;SRP=706.567;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:214:202,12:202:7683:12:405:0,-27.6546,-654.543 0/1:143:122,19:122:4614:19:606:-12.1349,0,-372.627 dDocent_Contig_624 22 . G C 832.051 . AB=0.175097;ABP=238.653;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=468;DPB=468;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=904.171;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.867925;PAIREDR=0.653012;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2111;QR=16563;RO=415;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=904.171;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=415;SRP=904.171;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:211:203,8:203:8109:8:321:0,-34.259,-700.097 0/1:257:212,45:212:8454:45:1790:-83.9499,0,-683.014 dDocent_Contig_625 20 . T G 1630.28 . AB=0.155624;ABP=671.546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=649;DPB=649;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=1192.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990099;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3991;QR=21819;RO=548;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=1192.98;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=548;SRP=1192.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:346:297,49:297:11760:49:1934:-70.109,0,-953.43 0/1:303:251,52:251:10059:52:2057:-94.1074,0,-813.427 dDocent_Contig_626 43 . A T 69.3948 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:73:-6.92036,-0.60206,0 dDocent_Contig_630 33 . T G 145.162 . AB=0.192982;ABP=49.6779;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.7273;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=1535;RO=46;RPL=5;RPP=3.20771;RPPR=102.898;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=3.20771;SAR=6;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:800:7:203:-9.21102,0,-62.9754 0/1:26:22,4:22:735:4:159:-6.49359,0,-58.6344 dDocent_Contig_631 165 . T C 58.9992 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.957447;EPP=16.0391;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=3340;RO=86;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=189.757;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1822:0:0:0,-14.1484,-164.194 0/1:45:39,6:39:1518:6:238:-6.64465,0,-123.318 dDocent_Contig_632 107 . N A 188.188 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.6667;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.87368;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=209;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:209:-18.8176,-1.80618,0 dDocent_Contig_633 133 . A G 259.606 . AB=0.440594;ABP=9.20222;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=48.3117;EPPR=289.955;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=10.8414;MQMR=18.112;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.142857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5583;QR=10079;RO=259;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=565.422;RPR=145;RUN=1;SAF=100;SAP=48.3117;SAR=45;SRF=222;SRP=289.955;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:202:146,56:146:5639:56:2108:0,-6.85371,-141.386 0/1:202:113,89:113:4440:89:3475:-26.7053,0,-81.7975 dDocent_Contig_634 14 . C A 31.409 . AB=0.153846;ABP=16.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.3;EPP=7.35324;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=828;RO=21;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=48.6112;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:11,2:11:445:2:79:-3.58424,0,-36.4923 0/0:10:10,0:10:383:0:0:0,-3.0103,-34.8105 dDocent_Contig_635 11 . C A 1482.37 . AB=0.261538;ABP=99.3235;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=51;CIGAR=2X1M1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=59.0392;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.764151;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1992;QR=4212;RO=106;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=233.186;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:102:64,15,20:64:2549:15,20:589,802:-46.8145,-17.6837,-223.056,0,-161.494,-203.873 0|1:93:42,36,10:42:1663:36,10:1403,406:-102.611,0,-126.029,-81.7665,-103.38,-215.629 dDocent_Contig_637 103 . C T 35.2012 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=94.907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.64;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1960;RO=50;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=2;SRP=94.907;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:21,3:21:818:3:120:-3.96259,0,-66.7018 0/0:31:29,2:29:1142:2:82:0,-1.55225,-95.282 dDocent_Contig_638 29 . T C 424.559 . AB=0.265625;ABP=33.5466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=3M1X11M;DP=64;DPB=64.8;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=1731;RO=44;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=98.5551;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:19,2,2:19:745:2,2:81,81:-0.959592,0,-60.6502,0,-54.5719,-60.6502 0|1:41:25,0,15:25:986:0,15:0,606:-42.4283,-49.954,-131.074,0,-81.1111,-76.5957 dDocent_Contig_639 209 . N G 77.9879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_642 20 . T A 1005.32 . AB=0.391304;ABP=12.4515;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.861111;PAIREDR=0.763636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1432;QR=2179;RO=55;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=122.441;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:29,17:29:1142:17:671:-46.8679,0,-89.2189 0/1:46:26,19:26:1037:19:761:-54.8525,0,-79.6719 dDocent_Contig_643 159 . G A 48.2569 . AB=0.119403;ABP=87.3088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.949153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=2236;RO=59;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:1250:5:164:-3.93957,0,-101.634 0/1:30:27,3:27:986:3:119:-2.06411,0,-79.9878 dDocent_Contig_644 57 . T A 338.545 . AB=0.115094;ABP=685.033;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=970;DPB=970;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=1887.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3595;QR=30248;RO=868;RPL=102;RPP=224.5;RPPR=1887.85;RPR=0;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=868;SRP=1887.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:530:469,61:469:16224:61:2151:-34.2979,0,-1300.28 0/0:440:399,41:399:14024:41:1444:0,-2.207,-1131.65 dDocent_Contig_645 72 . G A 46.0653 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.888889;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=1501;RO=47;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=80.6751;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=44;SRP=80.6751;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:869:0:0:0,-8.12781,-78.5125 0/1:24:20,4:20:632:4:136:-5.35125,0,-49.9582 dDocent_Contig_646 132 . A G 46515.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1428;CIGAR=1M1I1M1X;DP=1481;DPB=1958;DPRA=0;EPP=3103.87;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53575;QR=1856;RO=49;RPL=0;RPP=3103.87;RPPR=109.412;RPR=1428;RUN=1;SAF=0;SAP=3103.87;SAR=1428;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:765:28,736:28:1075:736:27640:-2389.05,-133.158,0 1|1:716:21,692:21:781:692:25935:-2262.17,-144.305,0 dDocent_Contig_647 87 . T A 236.926 . AB=0.171717;ABP=95.6817;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.780488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=2780;RO=82;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=3.11623;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=3.13803;SAR=9;SRF=40;SRP=3.11623;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:35,8:35:1174:8:284:-12.9594,0,-93.0138 0/1:56:47,9:47:1606:9:316:-11.9216,0,-127.964 dDocent_Contig_649 7 . T C 127.379 . AB=0.145161;ABP=70.8163;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.604396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=469;QR=3478;RO=91;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=200.614;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:53,9:53:2031:9:351:-13.1799,0,-164.362 0/0:41:38,3:38:1447:3:118:0,-1.35596,-119.524 dDocent_Contig_650 145 . C T 399.711 . AB=0.56;ABP=3.79203;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.19048;EPP=33.4109;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=1253;RO=32;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=72.4974;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:11,14:11:447:14:529:-40.4148,0,-33.0603 0/0:21:21,0:21:806:0:0:0,-6.32163,-72.8334 dDocent_Contig_651 14 . G A 2483.79 . AB=0.189427;ABP=573.553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=681;DPB=681;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=1201.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5047;QR=21385;RO=552;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=1201.66;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=552;SRP=1201.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:475:364,111:364:14117:111:4335:-247.165,0,-1126.76 0/1:206:188,18:188:7268:18:712:-2.39752,0,-591.902 dDocent_Contig_652 19 . T C 5723.44 . AB=0.407692;ABP=41.4955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=212;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=463.362;EPPR=671.824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.8726;MQMR=55.724;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95283;PAIREDR=0.782468;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8526;QR=12332;RO=308;RPL=0;RPP=463.362;RPPR=671.824;RPR=212;RUN=1;SAF=212;SAP=463.362;SAR=0;SRF=308;SRP=671.824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:283:161,122:161:6432:122:4912:-337.541,0,-489.365 0/1:237:147,90:147:5900:90:3614:-235.991,0,-451.653 dDocent_Contig_657 96 . T G 161.451 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=1598;RO=47;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:26,8:26:901:8:274:-14.7589,0,-71.1715 0/1:24:21,3:21:697:3:105:-2.57144,0,-55.815 dDocent_Contig_658 39 . A C 131.85 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=2.125;EPP=16.0391;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=750;RO=19;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=44.2683;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:311:0:0:0,-2.40824,-28.3492 0/1:17:11,6:11:439:6:208:-13.9296,0,-34.7477 dDocent_Contig_659 15 . T G 63225.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1872;CIGAR=1X;DP=1965;DPB=1965;DPRA=0;EPP=4068.01;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999466;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74001;QR=3675;RO=92;RPL=0;RPP=4068.01;RPPR=202.786;RPR=1872;RUN=1;SAF=1872;SAP=4068.01;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:941:22,918:22:878:918:36332:-3187.27,-204.023,0 1/1:1024:70,954:70:2797:954:37669:-3134.99,-56.4233,0 dDocent_Contig_660 121 . T A 562.821 . AB=0.251534;ABP=90.4154;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X1M1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.3902;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1175;QR=3894;RO=121;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=265.758;RPR=41;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=265.758;SRR=121;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:87:71,16:71:2233:16:459:-15.3982,0,-175.038 0|1:76:50,25:50:1661:25:716:-42.0723,0,-127.144 dDocent_Contig_661 56 . G A 6228.06 . AB=0.745247;ABP=140.408;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=196;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=428.619;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7813;QR=2649;RO=67;RPL=196;RPP=428.619;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=196;SAP=428.619;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:175:52,123:52:2040:123:4894:-387.678,0,-131.114 0/1:88:15,73:15:609:73:2919:-236.316,0,-28.6569 dDocent_Contig_663 7 . T C 936.227 . AB=0.151515;ABP=72.629;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X2M1X1M1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=25.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=387;QR=701;RO=18;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=42.0968;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:10,5,4,4:10:382:5,4,4:194,156,159:-10.1053,-3.07514,-32.9033,-0.272094,-21.5857,-30.4404,0,-21.3148,-18.5419,-30.1701 0|0:43:8,5,3,27:8:319:5,3,27:193,119,1066:-84.6028,-77.1195,-101.887,-77.2128,-93.5961,-102.587,0,-16.4508,-16.5109,-18.1892 dDocent_Contig_664 90 . A G 86.8602 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=3287;RO=93;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=4.45795;SAR=4;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,5:16:568:5:168:-9.12972,0,-45.1303 0/0:78:77,1:77:2719:1:31:0,-20.3809,-241.855 dDocent_Contig_665 7 . T C 5503.09 . AB=0.412955;ABP=35.5208;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=494;DPB=494;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=608.882;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.9314;MQMR=57.1131;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.230392;PAIREDR=0.469965;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7802;QR=10710;RO=283;RPL=0;RPP=445.991;RPPR=617.537;RPR=204;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=282;SRP=608.882;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:253:139,108:139:5235:108:4106:-292.9,0,-391.467 0/1:241:144,96:144:5475:96:3696:-258.598,0,-418.474 dDocent_Contig_666 158 . A G 61.9736 . AB=0.137255;ABP=61.2994;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=16.9077;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=5359;RO=142;RPL=9;RPP=16.9077;RPPR=311.359;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=311.359;SRR=142;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:101:98,3:98:3658:3:116:0,-19.5866,-318.5 0/1:51:44,7:44:1701:7:244:-6.94209,0,-137.99 dDocent_Contig_667 122 . A G 1454.65 . AB=0.670588;ABP=24.4951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1907;QR=910;RO=28;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=63.8115;RPR=57;RUN=1;SAF=0;SAP=126.784;SAR=57;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:22,30:22:701:30:1006:-75.1907,0,-47.7336 0/1:33:6,27:6:209:27:901:-71.4624,0,-9.21706 dDocent_Contig_668 37 . A T 3390.68 . AB=0.61326;ABP=23.1774;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4418;QR=4485;RO=112;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=246.215;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:181:69,111:69:2774:111:4377:-339.512,0,-195.397 0/0:44:43,1:43:1711:1:41:0,-9.15075,-150.118 dDocent_Contig_669 98 . N A 2338.82 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2589;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=176.728;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:38:0,38:0:0:38:1234:-111.348,-11.4391,0 1/1:42:0,42:0:0:42:1355:-122.233,-12.6433,0 dDocent_Contig_671 1 . N G 68.5549 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83637,-0.60206,0 dDocent_Contig_673 98 . N G 696.644 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=766;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,1:0:0:1:25:-2.33987,-0.30103,0 1/1:22:0,22:0:0:22:741:-67.0034,-6.62266,0 dDocent_Contig_676 13 . C T 81.5586 . AB=0.157895;ABP=60.9543;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33;MQMR=59.7395;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.991597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=478;QR=4804;RO=119;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=261.416;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:74:71,3:71:2870:3:121:0,-14.2843,-249.38 0|1:57:48,9:48:1934:9:357:-8.90059,0,-157.093 dDocent_Contig_677 19 . A G 170.138 . AB=0.163934;ABP=62.8504;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=1975;RO=51;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=113.755;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:762:6:239:-13.7862,0,-61.0675 0/1:35:31,4:31:1213:4:163:-4.416,0,-98.9155 dDocent_Contig_678 12 . A G 1016.94 . AB=0.38835;ABP=14.1628;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=2X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=44.7;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.786885;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1550;QR=2430;RO=61;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=135.47;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:33,15:33:1321:15:577:-35.4497,0,-104.323 0|1:54:28,25:28:1109:25:973:-67.4326,0,-83.7333 dDocent_Contig_679 149 . T A 173.255 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.793103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=1159;RO=29;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:548:5:205:-13.1154,0,-43.9376 0/1:18:15,3:15:611:3:116:-5.39848,0,-49.9089 dDocent_Contig_680 46 . A T 107.294 . AB=0.111111;ABP=156.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=485.077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=555;QR=8663;RO=222;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=485.077;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=222;SRP=485.077;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:119:118,1:118:4569:1:40:0,-31.8269,-407.189 0/1:117:104,13:104:4094:13:515:-11.4741,0,-333.255 dDocent_Contig_681 12 . A G 8290.26 . AB=0.280475;ABP=813.387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=543;CIGAR=1X4M;DP=1936;DPB=1936;DPRA=0;EPP=1182.12;EPPR=2424.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=30.9503;MQMR=36.9587;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998206;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16246;QR=43880;RO=1115;RPL=0;RPP=1182.12;RPPR=2424.2;RPR=543;RUN=1;SAF=543;SAP=1182.12;SAR=0;SRF=1115;SRP=2424.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1069:599,73,310:599:23648:73,310:2879,9471:-503.959,-594.773,-2167.12,0,-1504.85,-1501.03 0|1:867:516,49,233:516:20232:49,233:1895,6775:-326.256,-403.511,-1832.1,0,-1365.29,-1373.23 dDocent_Contig_682 20 . C A 695.052 . AB=0.32381;ABP=31.3222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=4M1X;DP=105;DPB=106.2;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40.5588;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.352941;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1366;QR=2694;RO=68;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=150.67;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:28,3,14:28:1121:3,14:122,559:-26.2925,-24.6411,-116.147,0,-82.2789,-88.1283 0|1:60:40,0,20:40:1573:0,20:0,807:-44.4011,-56.4423,-185.858,0,-129.777,-123.757 dDocent_Contig_683 76 . T G 17399.5 . AB=0.865672;ABP=314.276;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=529;CIGAR=1X;DP=579;DPB=579;DPRA=0;EPP=1151.72;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994329;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20795;QR=1956;RO=49;RPL=529;RPP=1151.72;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=529;SAP=1151.72;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:311:14,297:14:546:297:11669:-999.99,-44.139,0 0/1:268:35,232:35:1410:232:9126:-740.4,0,-46.6879 dDocent_Contig_684 128 . A T 415.84 . AB=0.4;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1.66667;EPP=42.0968;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=614;QR=2045;RO=54;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=120.27;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:27,18:27:1034:18:614:-42.0277,0,-79.8218 0/0:27:27,0:27:1011:0:0:0,-8.12781,-91.3026 dDocent_Contig_685 35 . C T 645.738 . AB=0.377049;ABP=11.0198;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.304348;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=927;QR=1532;RO=38;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=85.5263;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:19,6:19:760:6:233:-13.8117,0,-61.1955 0/1:36:19,17:19:772:17:694:-51.9505,0,-58.9624 dDocent_Contig_686 107 . N G 62.873 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_687 11 . T A 5032.31 . AB=0.428571;ABP=12.6268;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X2M1X1M1X2M1X;DP=217;DPB=217;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3553;QR=1073;RO=27;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=61.6401;RPR=93;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:126:11,54,60:11:441:54,60:2060,2418:-328.649,-162.965,-183.044,-132.653,0,-150.929 1|0:91:16,39,33:16:632:39,33:1493,1335:-175.771,-58.0713,-98.3337,-70.5103,0,-112.585 dDocent_Contig_688 52 . A G 1577.75 . 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AB=0.492063;ABP=3.04477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1200;QR=1095;RO=32;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:12,13:12:437:13:490:-36.9124,0,-32.14 0/1:38:20,18:20:658:18:710:-52.7911,0,-48.0788 dDocent_Contig_694 87 . T C 108.515 . AB=0.122137;ABP=165.473;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=628;QR=5339;RO=160;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=350.446;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:115,16:115:3864:16:560:-11.2952,0,-308.542 0/0:47:45,2:45:1475:2:68:0,-7.69053,-126.578 dDocent_Contig_696 26 . T C 51.7897 . 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AB=0.310345;ABP=21.1309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X3M1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=639;QR=1386;RO=40;RPL=13;RPP=10.7311;RPPR=3.0103;RPR=5;RUN=1;SAF=13;SAP=10.7311;SAR=5;SRF=20;SRP=3.0103;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:18,8:18:612:8:284:-18.0765,0,-47.5701 0|1:32:22,10:22:774:10:355:-22.6565,0,-60.3483 dDocent_Contig_698 175 . G T 207.463 . 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A G 340.273 . AB=0.361111;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=5.14286;EPP=31.2394;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=1161;RO=30;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:249:0:0:0,-2.10721,-22.7489 0/1:36:23,13:23:912:13:503:-34.7717,0,-71.5499 dDocent_Contig_702 22 . T A 12606.9 . AB=0.858093;ABP=505.333;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=387;CIGAR=1X;DP=451;DPB=451;DPRA=0;EPP=843.37;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15539;QR=2570;RO=64;RPL=0;RPP=843.37;RPPR=141.985;RPR=387;RUN=1;SAF=387;SAP=843.37;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:187:21,166:21:829:166:6662:-542.973,0,-18.6287 0/1:264:43,221:43:1741:221:8877:-718.903,0,-77.4311 dDocent_Contig_704 49 . G A 86.037 . 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AB=0.142857;ABP=80.5629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=2416;RO=60;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:892:5:205:-10.7072,0,-72.4579 0/1:43:38,5:38:1524:5:202:-5.6172,0,-124.447 dDocent_Contig_710 49 . T G 108.974 . AB=0.110465;ABP=229.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X2M1X;DP=352;DPB=352;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=710.91;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.56;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=926;QR=12679;RO=326;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=710.91;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=326;SRP=710.91;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:180:173,6:173:6705:6:225:0,-33.4898,-582.681 0|1:172:153,19:153:5974:19:701:-11.6421,0,-485.762 dDocent_Contig_711 98 . N C 186.084 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=3X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:128:-11.8373,-1.20412,0 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_712 199 . T A 500.969 . AB=0.558824;ABP=4.03217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=781;QR=2295;RO=60;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:45,3:45:1723:3:106:0,-4.5608,-145.434 0/1:34:15,19:15:572:19:675:-50.8416,0,-41.5847 dDocent_Contig_713 76 . T A 1092.65 . AB=0.512821;ABP=3.12166;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1481;QR=1240;RO=38;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:24,24:24:785:24:896:-66.5049,0,-56.5052 0/1:30:14,16:14:455:16:585:-43.9485,0,-32.2319 dDocent_Contig_714 70 . T G 1366.31 . AB=0.230769;ABP=232.184;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=364;DPB=364;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=549.575;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.88172;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2740;QR=9560;RO=279;RPL=84;RPP=185.414;RPPR=608.851;RPR=0;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=272;SRP=549.575;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:85,50:85:2913:50:1643:-107.512,0,-221.774 0/1:229:194,34:194:6647:34:1097:-30.3078,0,-529.64 dDocent_Contig_715 37 . T G 997.972 . AB=0.6;ABP=7.78754;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1299;QR=880;RO=22;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=50.7827;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:15,29:15:603:29:1154:-90.8967,0,-41.3625 0/1:11:7,4:7:277:4:145:-10.089,0,-21.9866 dDocent_Contig_716 47 . A T 1181.17 . AB=0.396552;ABP=13.7928;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1818;QR=5976;RO=149;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=326.56;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:82:79,3:79:3182:3:112:0,-14.2382,-275.993 0/1:116:70,46:70:2794:46:1706:-118.861,0,-216.644 dDocent_Contig_717 41 . T C 983.591 . AB=0.216346;ABP=148.374;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1795;QR=6514;RO=163;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=356.96;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:68,24:68:2683:24:963:-59.2742,0,-213.902 0/1:116:95,21:95:3831:21:832:-40.2733,0,-309.861 dDocent_Contig_718 11 . T C 3912.56 . AB=0.177855;ABP=1036.91;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X2M1X;DP=1147;DPB=1147;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=1987.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8109;QR=36476;RO=914;RPL=0;RPP=445.991;RPPR=1987.74;RPR=204;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=914;SRP=1987.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:633:499,126:499:19893:126:5002:-261.545,0,-1600.21 0|1:514:415,78:415:16583:78:3107:-130.899,0,-1342.38 dDocent_Contig_719 45 . A G 1350.2 . AB=0.186732;ABP=349.939;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=541;DPB=541;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=991.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988372;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3250;QR=17351;RO=455;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=991.03;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=455;SRP=991.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:407:331,76:331:12650:76:2865:-135.464,0,-1015.27 0/0:134:124,10:124:4701:10:385:0,-5.33568,-388.049 dDocent_Contig_720 46 . G A 259.436 . AB=0.0983051;ABP=829.922;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=1151;DPB=1151;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=2337.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2945;QR=41688;RO=1075;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=2337.34;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=1075;SRP=2337.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:590:531,58:531:20528:58:2264:-26.3873,0,-1668.5 0/0:561:544,17:544:21160:17:681:0,-107.259,-1841.22 dDocent_Contig_721 155 . G T 40.6276 . AB=0.0939597;ABP=216.383;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=643.595;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=11458;RO=295;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=643.595;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=643.595;SRR=295;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:168:160,8:160:6246:8:285:0,-24.5947,-535.942 0/1:149:135,14:135:5212:14:548:-4.80745,0,-424.106 dDocent_Contig_722 28 . G A 1354.14 . AB=0.564103;ABP=5.79424;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1969;QR=3954;RO=99;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=217.986;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:34,44:34:1362:44:1768:-135.857,0,-99.3554 0/0:70:65,5:65:2592:5:201:0,-2.60158,-214.935 dDocent_Contig_724 57 . T A 88.7435 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=95;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86469,-0.90309,0 dDocent_Contig_725 35 . A T 55.1492 . AB=0.103896;ABP=107.946;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=1.97436;EPP=20.3821;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.564815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=4330;RO=108;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=237.529;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1567:0:0:0,-11.7402,-141.263 0/1:77:69,8:69:2763:8:323:-6.25965,0,-225.6 dDocent_Contig_726 28 . G C 1249.39 . AB=0.443299;ABP=5.71904;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1719;QR=2187;RO=54;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=120.27;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:17,26:17:689:26:1034:-80.4031,0,-49.3942 0/1:54:37,17:37:1498:17:685:-45.7247,0,-118.805 dDocent_Contig_727 155 . G A 60.2002 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.576923;EPP=9.52472;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1491;RO=38;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=85.5263;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1022:0:0:0,-7.82678,-92.2655 0/1:15:12,3:12:469:3:121:-6.76475,0,-38.041 dDocent_Contig_728 98 . N A 454.222 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,13:0:0:13:408:-36.9051,-3.91339,0 1/1:3:0,3:0:0:3:88:-8.21126,-0.90309,0 dDocent_Contig_729 168 . T G 129.522 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0.875;EPP=18.2106;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=262;QR=2646;RO=68;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:28,7:28:1087:7:262:-13.3959,0,-87.58 0/0:40:40,0:40:1559:0:0:0,-12.0412,-140.544 dDocent_Contig_730 51 . C A 2722.04 . AB=0.418972;ABP=17.4381;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992908;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3862;QR=5503;RO=141;RPL=106;RPP=233.186;RPPR=309.188;RPR=0;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:53,58:53:2064:58:2113:-156.991,0,-152.545 0/1:142:88,48:88:3439:48:1749:-116.402,0,-268.33 dDocent_Contig_731 7 . T C 26716.9 . AB=0.884653;ABP=1317.71;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=905;CIGAR=1X;DP=1023;DPB=1023;DPRA=0;EPP=1968.19;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.9989;MQMR=58.5;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.644199;PAIREDR=0.90678;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34749;QR=4509;RO=118;RPL=0;RPP=1968.19;RPPR=259.244;RPR=905;RUN=1;SAF=905;SAP=1968.19;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:465:60,405:60:2286:405:15528:-1183.43,0,-64.4404 0/1:558:58,500:58:2223:500:19221:-1489.44,0,-32.2174 dDocent_Contig_732 22 . A T 189.628 . AB=0.129032;ABP=151.231;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=1.55;EPP=37.7539;EPPR=411.247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.893617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=7316;RO=188;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=411.247;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=188;SRP=411.247;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:80,0:80:3110:0:0:0,-24.0824,-279.997 0/1:124:108,16:108:4206:16:630:-19.7076,0,-341.197 dDocent_Contig_736 58 . T G 1373.02 . AB=0.368421;ABP=25.8679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=2X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2039;QR=3536;RO=95;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:57,15:57:2148:15:532:-26.5294,0,-171.873 0|1:80:38,41:38:1388:41:1507:-111.961,0,-101.261 dDocent_Contig_737 9 . T A 5296.37 . AB=0.525281;ABP=4.98658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=187;CIGAR=1X;DP=356;DPB=356;DPRA=0;EPP=409.076;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.983957;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7086;QR=6481;RO=169;RPL=0;RPP=409.076;RPPR=369.989;RPR=187;RUN=1;SAF=187;SAP=409.076;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:186:74,112:74:2839:112:4248:-326.407,0,-199.695 0/1:170:95,75:95:3642:75:2838:-204.418,0,-276.72 dDocent_Contig_739 52 . C A 1193.79 . AB=0.295181;ABP=63.4976;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X1M2X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1887;QR=4531;RO=116;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:75:57,18:57:2182:18:678:-38.769,0,-173.987 0|1:91:59,31:59:2349:31:1209:-81.7982,0,-184.274 dDocent_Contig_743 21 . T A 1903.05 . AB=0.209302;ABP=34.5724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=428;RO=11;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=26.8965;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:4,0,36:4:156:0,36:0,1377:-106.547,-107.751,-119.673,0,-11.9266,-1.08952 1|0:43:7,9,27:7:272:9,27:343,1045:-84.8578,-60.5976,-78.698,-5.55435,0,-18.2393 dDocent_Contig_744 1 . N A 489.37 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.625;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=539;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:294:-26.611,-2.70927,0 1/1:7:0,7:0:0:7:245:-22.0245,-2.10721,0 dDocent_Contig_745 36 . C A 812.622 . AB=0.519231;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=1.44444;EPP=61.6401;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1082;QR=2459;RO=61;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=135.47;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1464:0:0:0,-10.8371,-132.001 0/1:52:25,27:25:995:27:1082:-82.0069,0,-74.1889 dDocent_Contig_746 64 . T A 3963.74 . AB=0.75;ABP=94.2121;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=126;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=276.616;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992063;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4976;QR=1660;RO=42;RPL=126;RPP=276.616;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=126;SAP=276.616;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:25,73:25:1006:73:2859:-227.922,0,-61.3339 0/1:70:17,53:17:654:53:2117:-169.64,0,-38.1143 dDocent_Contig_747 98 . N T 338.977 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.33942;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=373;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:11:0,11:0:0:11:373:-33.8977,-3.31133,0 dDocent_Contig_748 9 . T C 646.547 . AB=0.414286;ABP=7.47733;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=42.621;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.3793;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1105;QR=1583;RO=41;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=92.0407;RPR=29;RUN=1;SAF=26;SAP=42.621;SAR=3;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:23,15:23:885:15:563:-34.0064,0,-68.5296 0/1:32:18,14:18:698:14:542:-31.8368,0,-53.5212 dDocent_Contig_749 53 . G A 39.5908 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=3.1875;EPP=16.0391;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=219;QR=2404;RO=61;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:639:0:0:0,-4.81648,-57.843 0/1:51:45,6:45:1765:6:219:-4.70376,0,-143.72 dDocent_Contig_750 7 . C T 1742.63 . AB=0.850829;ABP=196.511;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=320.271;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=17.013;MQMR=54.3333;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.012987;PAIREDR=0.740741;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5893;QR=1049;RO=27;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=61.6401;RPR=154;RUN=1;SAF=152;SAP=320.271;SAR=2;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:17,74:17:662:74:2832:-76.6267,0,-32.5234 0/1:90:10,80:10:387:80:3061:-98.2078,0,-0.183906 dDocent_Contig_751 70 . T G 146.107 . AB=0.0689655;ABP=190.206;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.851064;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=299;QR=3734;RO=94;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:54:45,4,5:45:1786:4,5:148,191:-2.13178,-3.5757,-149.405,0,-134.939,-145.54 0|0:62:49,4,9:49:1948:4,9:151,346:-13.6585,-16.0345,-175.214,0,-148.016,-157.682 dDocent_Contig_752 20 . A G 761.067 . AB=0.315217;ABP=30.2953;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.4483;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.689655;PAIREDR=0.730159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1160;QR=2481;RO=63;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=139.813;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:33,15:33:1329:15:595:-39.4359,0,-105.421 0/1:44:30,14:30:1152:14:565:-37.8593,0,-90.6994 dDocent_Contig_754 86 . T C 99.4366 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.875;EPP=13.8677;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=185;QR=1443;RO=40;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:851:0:0:0,-7.22472,-76.9023 0/1:21:16,5:16:592:5:185:-10.6884,0,-47.2969 dDocent_Contig_755 11 . C A 542.395 . AB=0.227273;ABP=74.0767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=976;QR=3412;RO=85;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=187.585;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:53,9:53:2121:9:359:-14.0098,0,-172.397 0/1:48:32,16:32:1291:16:617:-41.4181,0,-102.007 dDocent_Contig_756 98 . N A 98.0583 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_757 13 . T A 1150.3 . AB=0.34127;ABP=30.5846;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1706;QR=3313;RO=83;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=183.243;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:43,10:43:1696:10:380:-18.5914,0,-136.915 0/1:73:40,33:40:1617:33:1326:-97.6267,0,-123.783 dDocent_Contig_758 47 . T A 4366.85 . AB=0.26492;ABP=332.774;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=687;DPB=687;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=862.178;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7162;QR=20158;RO=505;RPL=0;RPP=398.218;RPPR=862.178;RPR=182;RUN=1;SAF=182;SAP=398.218;SAR=0;SRF=505;SRP=1099.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:332:243,89:243:9666:89:3513:-216.282,0,-769.408 0/1:355:262,93:262:10492:93:3649:-221.591,0,-836.718 dDocent_Contig_760 107 . N T 62.873 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_761 20 . G A 46976.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1438;CIGAR=1X;DP=1565;DPB=1565;DPRA=0;EPP=3125.59;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999305;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57167;QR=4914;RO=126;RPL=0;RPP=3125.59;RPPR=276.616;RPR=1438;RUN=1;SAF=1438;SAP=3125.59;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:759:57,701:57:2235:701:27832:-2301.09,-27.2676,0 1/1:806:69,737:69:2679:737:29335:-2396.28,-1.39445,0 dDocent_Contig_762 15 . T C 161.324 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.744186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=1735;RO=43;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=96.3836;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:651:3:117:-5.18901,0,-53.2036 0/1:33:27,6:27:1084:6:241:-12.1318,0,-87.914 dDocent_Contig_764 192 . C A 906.446 . AB=0.382353;ABP=15.2727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=1.88889;EPP=71.2168;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.3846;MQMR=59.2564;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.863248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1354;QR=4162;RO=117;RPL=37;RPP=71.2168;RPPR=257.073;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=257.073;SRR=117;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:1930:0:0:0,-16.2556,-173.072 0/1:102:63,39:63:2232:39:1354:-91.3893,0,-170.244 dDocent_Contig_765 7 . C T 29400.6 . AB=0.140559;ABP=1328.33;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=166;CIGAR=1X2M1X;DP=1181;DPB=1181;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6351;QR=5401;RO=141;RPL=0;RPP=363.475;RPPR=309.188;RPR=166;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:614:92,84,437:92:3538:84,437:3219,17473:-1411.51,-1175.02,-1440.19,0,-26.2755,-158.916 1|0:567:49,82,436:49:1863:82,436:3132,17482:-1529.74,-1287.52,-1415.62,-104.187,0,-125.723 dDocent_Contig_766 30 . A T 493.983 . AB=0.166667;ABP=170.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=303;DPB=303;DPRA=1.34884;EPP=65.983;EPPR=597.994;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1136;QR=10900;RO=274;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=597.994;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=274;SRP=597.994;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:129:129,0:129:5155:0:0:0,-38.8329,-463.808 0/1:174:145,29:145:5745:29:1136:-50.143,0,-464.483 dDocent_Contig_767 16 . T C 154.196 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.8;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1574;RO=39;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:562:6:239:-15.8633,0,-44.9021 0/0:25:25,0:25:1012:0:0:0,-7.52575,-91.3743 dDocent_Contig_768 13 . G C 428.784 . AB=0.355556;ABP=11.1654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=632;QR=1163;RO=29;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=65.983;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:14,12:14:569:12:470:-34.8195,0,-43.7257 0/1:19:15,4:15:594:4:162:-9.24739,0,-48.0765 dDocent_Contig_769 16 . C T 62.4157 . AB=0.115385;ABP=69.8248;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.968421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=3803;RO=95;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=209.3;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:46,6:46:1830:6:244:-6.68527,0,-149.249 0/0:50:49,1:49:1973:1:41:0,-10.9569,-173.661 dDocent_Contig_770 42 . T C 140.803 . AB=0.142857;ABP=88.3181;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=3X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.575758;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=497;QR=3882;RO=99;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=217.986;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:34,2:34:1336:2:79:0,-3.72452,-113.021 0|1:77:65,11:65:2546:11:418:-14.825,0,-206.175 dDocent_Contig_771 8 . T G 6044.89 . AB=0.331469;ABP=179.404;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=237;CIGAR=1X;DP=715;DPB=715;DPRA=0;EPP=517.649;EPPR=1038.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995781;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9119;QR=18296;RO=477;RPL=0;RPP=517.649;RPPR=1038.8;RPR=237;RUN=1;SAF=237;SAP=517.649;SAR=0;SRF=477;SRP=1038.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:317:186,131:186:7113:131:5057:-359.708,0,-544.614 0/1:398:291,106:291:11183:106:4062:-245.969,0,-886.343 dDocent_Contig_772 8 . C T 1746.88 . AB=0.619565;ABP=14.4341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=2X3M1X4M5D2M3X2M2X1M1X;DP=92;DPB=77.6154;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=35;PRO=1;QA=2221;QR=869;RO=22;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=50.7827;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:8,5,24:8:318:5,24:199,930:-73.9835,-60.0041,-84.6831,0,-9.7962,-18.9582 0|1:50:14,0,33:14:551:0,33:0,1291:-101.893,-106.107,-151.433,0,-45.2921,-35.3581 dDocent_Contig_773 13 . A G 48.2226 . 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AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0.580645;EPP=9.52472;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=1816;RO=46;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:595:3:117:-5.49184,0,-48.4694 0/0:31:31,0:31:1221:0:0:0,-9.33193,-110.172 dDocent_Contig_779 55 . G A 28399.2 . 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AB=0.263889;ABP=72.7387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X5M2X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1433;QR=3052;RO=82;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:70:29,0,11,29:29:1090:0,11,29:0,415,1085:-80.1092,-88.839,-178.139,-54.8302,-144.131,-140.82,0,-89.2992,-55.2909,-80.5694 0|1:74:53,5,6,9:53:1962:5,6,9:187,224,348:-12.6441,-13.2825,-172.29,-10.2558,-155.455,-168.963,0,-145.209,-142.183,-157.814 dDocent_Contig_783 124 . A G 545.544 . 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AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.514706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=2604;RO=68;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=150.67;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1035:4:154:-4.90153,0,-84.126 0/0:43:41,2:41:1569:2:78:0,-5.54082,-134.078 dDocent_Contig_786 10 . T A 29072.6 . 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AB=0.302752;ABP=39.8456;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=3X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.848485;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1309;QR=2939;RO=75;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=165.871;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:27,12:27:1060:12:470:-30.4966,0,-83.5506 0|1:69:48,21:48:1879:21:839:-55.0543,0,-148.565 dDocent_Contig_788 146 . A T 149.152 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=304;QR=1176;RO=32;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=72.4974;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:25,7:25:961:7:263:-14.3931,0,-77.1638 0/1:8:7,1:7:215:1:41:-1.68633,0,-17.2376 dDocent_Contig_789 42 . A G 66.0442 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=2922;RO=73;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=161.528;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:867:4:161:-7.04812,0,-70.5112 0/0:52:51,1:51:2055:1:41:0,-11.559,-181.041 dDocent_Contig_792 12 . C T 1619.58 . AB=0.466102;ABP=4.18805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2201;QR=2516;RO=63;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=139.813;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:42,5:42:1674:5:205:-4.6866,0,-136.732 0/1:71:21,50:21:842:50:1996:-158.46,0,-54.7204 dDocent_Contig_793 38 . T C 342.676 . AB=0.333333;ABP=12.42;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.532258;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=2476;RO=62;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=137.642;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:37,1:37:1474:1:41:0,-7.34457,-128.815 0/1:39:25,13:25:1002:13:515:-35.0124,0,-78.801 dDocent_Contig_794 9 . T G 10786.6 . AB=0.878109;ABP=502.211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=353;CIGAR=1X;DP=402;DPB=402;DPRA=0;EPP=709.945;EPPR=73.2828;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.2238;MQMR=57.1702;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98017;PAIREDR=0.914894;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13445;QR=1802;RO=47;RPL=0;RPP=769.54;RPPR=105.07;RPR=353;RUN=1;SAF=346;SAP=709.945;SAR=7;SRF=43;SRP=73.2828;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:246:24,222:24:924:222:8513:-685.578,0,-8.86444 0/1:156:23,131:23:878:131:4932:-394.272,0,-30.0331 dDocent_Contig_795 16 . T C 3594.2 . 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AB=0.100823;ABP=675.648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=895;DPB=895;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=1803.16;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2518;QR=31893;RO=829;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=1803.16;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=829;SRP=1803.16;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:486:437,49:437:16779:49:1871:-22.339,0,-1362.94 0/0:409:392,17:392:15114:17:647:0,-64.5553,-1300.94 dDocent_Contig_797 14 . C T 168.033 . 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AB=0.386364;ABP=7.94546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=661;QR=1040;RO=27;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=61.6401;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:14,9:14:527:9:357:-25.5684,0,-40.8445 0/1:21:13,8:13:513:8:304:-21.3934,0,-40.197 dDocent_Contig_800 17 . C A 3992.48 . AB=0.311741;ABP=155.084;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=494;DPB=494;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=741.311;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6100;QR=13708;RO=340;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=741.311;RPR=154;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=340;SRP=741.311;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:206:168,38:168:6776:38:1502:-73.4106,0,-547.487 0/1:288:172,116:172:6932:116:4598:-327.026,0,-536.823 dDocent_Contig_801 22 . G A 1841.98 . AB=0.477273;ABP=3.60252;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6825;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.985507;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2496;QR=2726;RO=69;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=152.842;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:32,18:32:1241:18:686:-47.0028,0,-96.9076 0/1:82:37,45:37:1485:45:1810:-138.384,0,-109.209 dDocent_Contig_802 33 . G A 127.041 . AB=0.138889;ABP=84.5612;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=387;QR=2457;RO=62;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=137.642;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,6:31:1226:6:223:-9.27863,0,-99.4751 0/1:35:31,4:31:1231:4:164:-4.61385,0,-100.526 dDocent_Contig_806 26 . G A 3241.01 . AB=0.556701;ABP=8.42779;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4259;QR=3359;RO=86;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=189.757;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:45,54:45:1769:54:2131:-162.179,0,-129.631 0/1:95:41,54:41:1590:54:2128:-163.11,0,-114.731 dDocent_Contig_807 55 . A C 446.184 . AB=0.309091;ABP=20.4216;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=722;QR=5336;RO=136;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:38,17:38:1521:17:681:-45.0621,0,-120.576 0/0:99:98,1:98:3815:1:41:0,-25.7074,-339.286 dDocent_Contig_808 41 . T A 304.864 . 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AB=0.346154;ABP=8.35546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.85714;EPP=22.5536;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=1246;RO=31;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=70.3259;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:17,9:17:690:9:362:-25.1174,0,-54.6017 0/0:14:14,0:14:556:0:0:0,-4.21442,-50.3812 dDocent_Contig_814 131 . C G 34.1033 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.18;EPP=7.35324;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=2107;RO=56;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=124.613;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:50:49,0:49:1834:0:0:0,-14.7505,-165.205 0|1:9:7,2:7:273:2:73:-4.15489,0,-22.2283 dDocent_Contig_815 137 . A T 59.6689 . AB=0.0410959;ABP=136.541;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=6M1X2M;DP=73;DPB=73.8889;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40;MQMR=46.2903;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=2121;RO=62;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=137.642;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:52:43,8,1:43:1464:8,1:250,35:-6.3638,0,-115.072,-16.5625,-114.738,-133.772 0|1:21:19,0,2:19:657:0,2:0,70:-0.101704,-5.82127,-58.7281,0,-53.2453,-52.6433 dDocent_Contig_816 1 . N G 149.718 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:162:-14.967,-1.20412,0 dDocent_Contig_817 27 . C A 124.647 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1D2M1X;DP=29;DPB=27.8;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=876;RO=23;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=52.9542;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:13,5:13:494:5:198:-12.7792,0,-39.3855 0|1:11:10,1:10:382:1:39:-0.585235,0,-31.4241 dDocent_Contig_818 41 . G A 115.932 . AB=0.142857;ABP=65.0524;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=4759;RO=120;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=263.587;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:48,8:48:1873:8:317:-12.0369,0,-151.921 0/0:77:72,5:72:2886:5:199:0,-4.89095,-241.553 dDocent_Contig_819 44 . G T 931.61 . 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AB=0.704545;ABP=34.9902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.629032;PAIREDR=0.730769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2491;QR=1057;RO=26;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=59.4686;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:9,23:9:365:23:931:-74.4603,0,-23.5819 0/1:56:17,39:17:692:39:1560:-123.78,0,-45.7507 dDocent_Contig_823 14 . G C 231.975 . 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AB=0.61465;ABP=74.7104;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=386;CIGAR=1X;DP=628;DPB=628;DPRA=0;EPP=841.199;EPPR=526.335;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15100;QR=9527;RO=241;RPL=386;RPP=841.199;RPPR=526.335;RPR=0;RUN=1;SAF=386;SAP=841.199;SAR=0;SRF=241;SRP=526.335;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:250:89,160:89:3523:160:6221:-484.675,0,-242.082 0/1:378:152,226:152:6004:226:8879:-684.865,0,-426.382 dDocent_Contig_825 49 . C A 120.526 . AB=0.107595;ABP=214.33;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=1.75556;EPP=39.9253;EPPR=504.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=9103;RO=231;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=504.62;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=231;SRP=504.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:90:90,0:90:3550:0:0:0,-27.0927,-319.51 0/1:158:141,17:141:5553:17:667:-12.7973,0,-452.045 dDocent_Contig_826 19 . G A 1495.33 . AB=0.592593;ABP=9.04217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1939;QR=1338;RO=33;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=74.6689;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:11,25:11:448:25:1004:-79.8169,0,-29.8389 0/1:45:22,23:22:890:23:935:-70.9046,0,-66.8597 dDocent_Contig_828 29 . T G 20303.8 . AB=0.862069;ABP=366.245;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=620;CIGAR=1X;DP=685;DPB=685;DPRA=0;EPP=1349.32;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24490;QR=2612;RO=65;RPL=0;RPP=1349.32;RPPR=144.156;RPR=620;RUN=1;SAF=620;SAP=1349.32;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:366:21,345:21:836:345:13651:-1152.03,-34.6261,0 0/1:319:44,275:44:1776:275:10839:-878.787,0,-64.0221 dDocent_Contig_829 15 . T C 2669.61 . AB=0.508571;ABP=3.12198;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.41573;PAIREDR=0.395349;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3560;QR=3283;RO=86;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=189.757;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:31,51:31:1169:51:2032:-158.387,0,-80.8179 0/1:93:55,38:55:2114:38:1528:-109.762,0,-162.482 dDocent_Contig_830 36 . T G 2850.52 . AB=0.343234;ABP=67.6886;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X3M;DP=303;DPB=303;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4118;QR=6989;RO=175;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=383.018;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:162:102,0,58:102:4088:0,58:0,2278:-156.658,-187.363,-524.165,0,-336.83,-319.371 0|1:141:73,21,46:73:2901:21,46:838,1840:-129.582,-82.5412,-315.033,0,-169.797,-224.967 dDocent_Contig_831 144 . G A 78.8673 . AB=0.114943;ABP=115.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945312;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=5028;RO=128;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=280.959;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=280.959;SRR=128;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:51,2:51:2017:2:80:0,-8.3628,-174.136 0/1:87:77,10:77:3011:10:383:-8.63146,0,-244.895 dDocent_Contig_832 28 . T C 50376.2 . 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AB=0.227848;ABP=53.8337;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.886364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=752;QR=5256;RO=132;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=289.645;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:72:71,1:71:2823:1:41:0,-17.5796,-250.085 0/1:79:61,18:61:2433:18:711:-40.5269,0,-195.33 dDocent_Contig_834 15 . C T 29649.9 . AB=0.0761851;ABP=2767.6;AC=0;AF=0;AN=4;AO=135;CIGAR=1X2M2X;DP=1772;DPB=1771.8;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=1355.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=59.7481;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5360;QR=24401;RO=623;RPL=0;RPP=296.159;RPPR=1355.84;RPR=135;RUN=1;SAF=135;SAP=296.159;SAR=0;SRF=623;SRP=1355.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:959:361,64,510:361:14110:64,510:2536,20315:-1564.08,-1465.29,-2605.99,0,-952.498,-1006.43 0|0:813:262,71,454:262:10291:71,454:2824,17994:-1402.1,-1248.45,-2073.47,0,-613.87,-709.715 dDocent_Contig_836 12 . T G 1023.88 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.794118;PAIREDR=0.911765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1371;QR=1355;RO=34;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=76.8404;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:15,9:15:598:9:362:-25.7193,0,-46.9333 0/1:44:19,25:19:757:25:1009:-77.8568,0,-55.2067 dDocent_Contig_837 16 . T C 231.146 . AB=0.132812;ABP=152.91;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.294118;PAIREDR=0.288288;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=4312;RO=111;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=244.044;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:49,7:49:1889:7:287:-9.34755,0,-153.375 0/1:72:62,10:62:2423:10:403:-14.9555,0,-196.562 dDocent_Contig_838 84 . G A 47.3586 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=1.375;EPP=9.52472;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=91;QR=525;RO=16;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:251:3:91:-5.17939,0,-19.5854 0/0:8:8,0:8:274:0:0:0,-2.40824,-24.9931 dDocent_Contig_839 45 . A G 998.847 . AB=0.138783;ABP=599.133;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=920;DPB=920;DPRA=1.33503;EPP=161.528;EPPR=1840.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2874;QR=33148;RO=846;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=1840.08;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=846;SRP=1840.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:394:394,0:394:15473:0:0:0,-118.606,-1391.49 0/1:526:452,73:452:17675:73:2874:-100.629,0,-1431.3 dDocent_Contig_840 48 . G A 765.85 . AB=0.168539;ABP=87.9417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=6M1X;DP=89;DPB=85.5714;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0666667;PAIREDR=0.541667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=1849;RO=48;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=107.241;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:24,18,3:24:924:18,3:651,123:-45.9778,0,-70.5315,-43.0404,-65.7928,-118.028 0|1:42:24,5,12:24:925:5,12:186,474:-31.7956,-23.8015,-98.2471,0,-60.746,-72.356 dDocent_Contig_841 162 . C T 48.4921 . AB=0.101266;ABP=112.106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=309.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96732;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=6081;RO=153;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=309.699;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=335.246;SRR=153;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:71,8:71:2820:8:319:-5.2929,0,-230.125 0/0:84:82,2:82:3261:2:81:0,-17.6008,-285.857 dDocent_Contig_842 31 . G A 12408.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=367;CIGAR=1X;DP=386;DPB=386;DPRA=0;EPP=799.941;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14550;QR=751;RO=19;RPL=0;RPP=799.941;RPPR=44.2683;RPR=367;RUN=1;SAF=367;SAP=799.941;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:189:10,179:10:402:179:7069:-599.353,-20.3552,0 1/1:197:9,188:9:349:188:7481:-641.167,-27.5406,0 dDocent_Contig_843 11 . T G 69.9978 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=6.48466;EPPR=187.683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.910112;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=3443;RO=89;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=196.271;RPR=10;RUN=1;SAF=7;SAP=6.48466;SAR=3;SRF=88;SRP=187.683;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:49,7:49:1883:7:266:-7.44324,0,-152.832 0/0:43:40,3:40:1560:3:115:0,-2.21926,-129.923 dDocent_Contig_844 66 . T C 350.92 . AB=0.363636;ABP=10.1169;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=965;RO=28;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:9,9:9:317:9:289:-20.8982,0,-23.4494 0/1:26:19,7:19:648:7:254:-15.3822,0,-50.8076 dDocent_Contig_845 72 . G C 3177.91 . AB=0.737589;ABP=72.1432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.759615;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4011;QR=1454;RO=37;RPL=60;RPP=8.35546;RPPR=3.06899;RPR=44;RUN=1;SAF=60;SAP=8.35546;SAR=44;SRF=19;SRP=3.06899;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:20,48:20:800:48:1850:-146.26,0,-51.8487 0/1:73:17,56:17:654:56:2161:-172.72,0,-37.2139 dDocent_Contig_846 127 . C T 653.41 . AB=0.42623;ABP=5.89373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.771429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=936;QR=1316;RO=35;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:22,16:22:805:16:569:-40.0869,0,-61.3186 0/1:23:13,10:13:511:10:367:-26.4426,0,-39.4137 dDocent_Contig_848 98 . N G 181.207 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.299,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50862,-0.60206,0 dDocent_Contig_849 94 . A T 634.725 . AB=0.448276;ABP=4.35811;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=1.31818;EPP=59.4686;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=904;QR=2576;RO=76;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1506:0:0:0,-13.2453,-135.833 0/1:58:32,26:32:1070:26:904:-64.2173,0,-79.143 dDocent_Contig_850 98 . N C 112.412 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:45:-4.27369,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_851 48 . C A 19053.3 . AB=0.822539;ABP=700.593;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=635;CIGAR=1X;DP=772;DPB=772;DPRA=0;EPP=1381.9;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988976;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23775;QR=5231;RO=137;RPL=0;RPP=1381.9;RPPR=300.502;RPR=635;RUN=1;SAF=635;SAP=1381.9;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:361:82,279:82:3117:279:10380:-825.217,0,-171.996 0/1:411:55,356:55:2114:356:13395:-1081.3,0,-66.7577 dDocent_Contig_853 98 . N A 266.251 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=2X;DP=9;DPB=17;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.95312;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=7;PQA=239;PQR=0;PRO=0;QA=296;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:9:0,9:0:0:9:296:-26.625,-2.70927,0 dDocent_Contig_854 10 . T C 25887.1 . AB=0.688127;ABP=370.672;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=823;CIGAR=1X;DP=1196;DPB=1196;DPRA=0;EPP=1790.13;EPPR=812.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32806;QR=14494;RO=373;RPL=0;RPP=1790.13;RPPR=812.97;RPR=823;RUN=1;SAF=823;SAP=1790.13;SAR=0;SRF=373;SRP=812.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:484:184,300:184:7160:300:11983:-931.926,0,-498.453 0/1:712:189,523:189:7334:523:20823:-1657.97,0,-445.471 dDocent_Contig_856 18 . G A 6110.43 . AB=0.859091;ABP=249.413;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=189;CIGAR=1X4M;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=413.419;EPPR=42.4916;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.1799;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7535;QR=876;RO=22;RPL=0;RPP=413.419;RPPR=50.7827;RPR=189;RUN=1;SAF=189;SAP=413.419;SAR=0;SRF=21;SRP=42.4916;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:96:11,82:11:437:82:3244:-263.383,0,-11.3059 0|1:124:11,107:11:439:107:4291:-348.848,0,-3.94192 dDocent_Contig_857 12 . G A 14205.7 . AB=0.32533;ABP=444.505;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=542;CIGAR=1X;DP=1666;DPB=1666;DPRA=0;EPP=1179.95;EPPR=2443.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99911;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21384;QR=43646;RO=1124;RPL=0;RPP=1179.95;RPPR=2443.75;RPR=542;RUN=1;SAF=542;SAP=1179.95;SAR=0;SRF=1124;SRP=2443.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:795:547,248:547:21246:248:9873:-648.656,0,-1671.25 0/1:871:577,294:577:22400:294:11511:-773.103,0,-1752.13 dDocent_Contig_858 121 . A G 54.3282 . AB=0.119205;ABP=193.194;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=398;DPB=398;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=825.998;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=577;QR=12027;RO=379;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=825.998;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=825.998;SRR=379;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:133,18:133:4136:18:567:-5.87651,0,-326.999 0/0:247:246,1:246:7891:1:10:0,-73.3544,-709.321 dDocent_Contig_859 19 . T C 14276.1 . AB=0.375185;ABP=186.229;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=508;CIGAR=1X;DP=1354;DPB=1354;DPRA=0;EPP=1106.12;EPPR=1837.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0.99645;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20421;QR=33691;RO=845;RPL=0;RPP=1106.12;RPPR=1837.9;RPR=508;RUN=1;SAF=508;SAP=1106.12;SAR=0;SRF=845;SRP=1837.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:602:504,98:504:20044:98:3968:-175.868,0,-1621.06 0/1:752:341,410:341:13647:410:16453:-1252.93,0,-1000.72 dDocent_Contig_861 25 . T C 786.155 . AB=0.292453;ABP=42.6704;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0.757143;EPP=70.3259;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1230;QR=8049;RO=215;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=469.877;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:75,31:75:2778:31:1230:-79.0592,0,-218.296 0/0:140:140,0:140:5271:0:0:0,-42.1442,-474.382 dDocent_Contig_862 87 . T A 376.01 . AB=0.0634921;ABP=107.275;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0.851351;EPP=11.6962;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=34.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=3790;RO=110;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=3.32615;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=57;SRP=3.32615;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:74:68,0,6:68:2314:0,6:0,194:0,-20.47,-208.194,-4.49795,-192.546,-190.74 0|0:63:42,4,17:42:1476:4,17:140,623:-38.3457,-42.1797,-161.106,0,-111.387,-115.09 dDocent_Contig_863 26 . C T 439.575 . 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AB=0.134831;ABP=106.094;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=1.7451;EPP=29.068;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.52381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=476;QR=5008;RO=126;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=18.5208;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=78;SRP=18.5208;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:51,0:51:2040:0:0:0,-15.3525,-183.787 0/1:89:75,12:75:2968:12:476:-16.6006,0,-240.619 dDocent_Contig_868 26 . G A 17745.4 . 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AB=0.141304;ABP=105.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.64557;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=532;QR=3163;RO=79;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=174.557;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:43,7:43:1716:7:286:-11.0633,0,-139.604 0/1:42:36,6:36:1447:6:246:-9.87686,0,-117.832 dDocent_Contig_870 59 . T C 409.957 . AB=0.307692;ABP=19.7139;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0.5;EPP=37.7539;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=5536;RO=140;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=307.016;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:104:104,0:104:4118:0:0:0,-31.3071,-370.595 0/1:52:36,16:36:1418:16:634:-41.7404,0,-112.214 dDocent_Contig_871 76 . A G 130.916 . AB=0.294118;ABP=9.26925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0.586207;EPP=13.8677;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.439024;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1610;RO=41;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,5:12:461:5:203:-13.5353,0,-36.7186 0/0:29:29,0:29:1149:0:0:0,-8.72987,-103.693 dDocent_Contig_874 10 . T G 393.549 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=2X1M1X3M9I2M;DP=47;DPB=58.4444;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1172;RO=30;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=68.1545;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:17,0,5,0:17:660:0,5,0:0,200,0:-11.6787,-16.7962,-71.0162,0,-54.6156,-53.1104,-16.7962,-71.0162,-54.6156,-71.0162 0|0:25:13,2,0,10:13:512:2,0,10:78,0,398:-28.8647,-26.3678,-67.8836,-32.7781,-68.4857,-74.8968,0,-35.7124,-42.1235,-39.1132 dDocent_Contig_875 22 . T G 1877.15 . AB=0.121233;ABP=1822.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=177;CIGAR=1X;DP=1460;DPB=1460;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=2789.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6981;QR=50933;RO=1283;RPL=0;RPP=387.361;RPPR=2789.01;RPR=177;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=1283;SRP=2789.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:667:577,90:577:22884:90:3534:-117.33,0,-1856.9 0/1:793:706,87:706:28049:87:3447:-71.5739,0,-2283.29 dDocent_Contig_876 24 . T A 9513.43 . 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AB=0.205882;ABP=105.197;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1126;QR=4336;RO=108;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=237.529;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:61,14:61:2445:14:561:-28.2537,0,-197.607 0/1:61:47,14:47:1891:14:565:-32.8292,0,-152.029 dDocent_Contig_881 28 . G A 107.69 . 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AB=0.106383;ABP=66.2602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0.94;EPP=13.8677;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.684783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=3486;RO=92;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=202.786;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:42,5:42:1594:5:195:-3.77579,0,-129.576 0/0:50:50,0:50:1892:0:0:0,-15.0515,-170.523 dDocent_Contig_884 21 . G A 33.8512 . AB=0.108108;ABP=52.3673;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.12121;EPP=11.6962;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=2641;RO=66;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=146.327;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:33,4:33:1317:4:162:-3.82864,0,-107.659 0/0:33:33,0:33:1324:0:0:0,-9.93399,-119.419 dDocent_Contig_885 9 . G A 1444 . AB=0.6;ABP=10.3933;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1895;QR=1315;RO=34;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=76.8404;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:16,14:16:619:14:531:-39.103,0,-47.0191 0/1:55:18,37:18:696:37:1364:-106.486,0,-46.4177 dDocent_Contig_886 21 . T C 3982.73 . AB=0.769697;ABP=107.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4987;QR=1307;RO=38;RPL=0;RPP=278.787;RPPR=85.5263;RPR=127;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:16,79:16:563:79:3079:-248.612,0,-22.3989 0/1:70:22,48:22:744:48:1908:-150.85,0,-46.1928 dDocent_Contig_888 8 . C T 1602.23 . AB=0.764706;ABP=44.396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.807692;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2014;QR=618;RO=16;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=37.7539;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:8,22:8:308:22:852:-67.9714,0,-19.0513 0/1:38:8,30:8:310:30:1162:-93.4399,0,-16.8244 dDocent_Contig_889 98 . N G 1139.95 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6122;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1258;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:239:-21.7391,-3.0103,0 1/1:39:0,39:0:0:39:1019:-91.9548,-11.7402,0 dDocent_Contig_890 107 . N T 190.799 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1|1:5:0,5:0:0:5:167:-15.3596,-1.50515,0 dDocent_Contig_893 42 . G A 972.5 . AB=0.382979;ABP=14.1911;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1401;QR=2324;RO=58;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=128.956;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:33,16:33:1313:16:630:-42.2794,0,-103.676 0/1:45:25,20:25:1011:20:771:-56.1591,0,-77.738 dDocent_Contig_894 99 . T G 108.713 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=1.42857;EPP=11.6962;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=522;RO=13;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:6,4:6:239:4:155:-11.3147,0,-18.8747 0/0:7:7,0:7:283:0:0:0,-2.10721,-25.8436 dDocent_Contig_896 9 . G A 1582.21 . AB=0.543689;ABP=4.71796;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2109;QR=1771;RO=47;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=105.07;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:13,33:13:498:33:1252:-99.1212,0,-31.3179 0/1:57:34,23:34:1273:23:857:-60.2879,0,-97.7001 dDocent_Contig_898 132 . A T 2360.18 . AB=0.717949;ABP=51.2838;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3021;QR=1275;RO=33;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=74.6689;RPR=84;RUN=1;SAF=0;SAP=185.414;SAR=84;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:10,39:10:382:39:1393:-110.891,0,-19.9834 0/1:68:23,45:23:893:45:1628:-126.315,0,-60.219 dDocent_Contig_900 10 . T C 401.201 . AB=0.451613;ABP=3.64073;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=2.06667;EPP=33.4109;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.6875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=1243;RO=32;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=72.4974;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:575:0:0:0,-4.51545,-52.0893 0/1:31:17,14:17:668:14:554:-40.8648,0,-51.1199 dDocent_Contig_901 147 . T C 151.998 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=2.10526;EPP=20.3821;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=1952;RO=51;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=113.755;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:760:0:0:0,-5.71957,-68.7206 0/1:40:32,8:32:1192:8:307:-15.9446,0,-95.5077 dDocent_Contig_902 1 . N G 77.0485 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_903 88 . T G 1473.62 . AB=0.435714;ABP=8.03571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.949367;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2112;QR=2851;RO=79;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:31,39:31:1117:39:1347:-100.454,0,-79.7667 0/1:70:48,22:48:1734:22:765:-48.0969,0,-135.271 dDocent_Contig_905 52 . C A 8829.91 . AB=0.350109;ABP=181.375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=320;CIGAR=2X;DP=914;DPB=914;DPRA=0;EPP=697.881;EPPR=1175.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996875;PAIREDR=0.998148;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12715;QR=21429;RO=540;RPL=320;RPP=697.881;RPPR=1175.61;RPR=0;RUN=1;SAF=320;SAP=697.881;SAR=0;SRF=540;SRP=1175.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:372:228,120:228:9068:120:4723:-319.845,0,-710.44 0|1:542:312,200:312:12361:200:7992:-564.334,0,-957.143 dDocent_Contig_907 48 . A C 278.205 . AB=0.165049;ABP=103.383;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=659;QR=3342;RO=86;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=189.757;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:57,10:57:2240:10:397:-15.9195,0,-181.607 0/1:36:29,7:29:1102:7:262:-13.0894,0,-88.6327 dDocent_Contig_908 16 . G A 425.511 . AB=0.26087;ABP=37.2818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.56;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=710;QR=1965;RO=50;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=111.584;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:21,9:21:850:9:365:-24.1842,0,-67.7805 0/1:39:29,9:29:1115:9:345:-19.5553,0,-88.7792 dDocent_Contig_909 48 . G A 21322.6 . AB=0.585012;ABP=80.9121;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=726;CIGAR=1X;DP=1241;DPB=1241;DPRA=0;EPP=1579.5;EPPR=1121.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996117;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27874;QR=20050;RO=515;RPL=0;RPP=1579.5;RPPR=1121.32;RPR=726;RUN=1;SAF=726;SAP=1579.5;SAR=0;SRF=515;SRP=1121.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:704:282,422:282:10963:422:16221:-1246.96,0,-774.089 0/1:537:233,304:233:9087:304:11653:-886.486,0,-655.657 dDocent_Contig_910 16 . G C 148.643 . AB=0.0954774;ABP=568.706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=1.59839;EPP=85.5263;EPPR=1323.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1502;QR=24101;RO=608;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=1323.27;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=608;SRP=1323.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:249:248,0:248:9799:0:0:0,-74.6554,-880.92 0/1:398:360,38:360:14302:38:1502:-15.609,0,-1166.32 dDocent_Contig_911 24 . G A 866.833 . AB=0.138158;ABP=521.592;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=2X;DP=456;DPB=456;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=832.513;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.418848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2467;QR=14934;RO=382;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=832.513;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=382;SRP=832.513;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:251:213,32:213:8303:32:1238:-37.5855,0,-672.801 0|1:205:169,31:169:6631:31:1229:-50.2862,0,-535.967 dDocent_Contig_913 43 . A G 50.7983 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=76.3609;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=3043;RO=77;RPL=8;RPP=14.8328;RPPR=76.3609;RPR=1;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1670:6:233:-5.5203,0,-124.678 0/0:38:35,3:35:1373:3:120:0,-1.08196,-104.565 dDocent_Contig_914 10 . T C 10226.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=820;CIGAR=1M1X;DP=1134;DPB=1136.5;DPRA=0;EPP=1783.62;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=15.6134;MQMR=19.1972;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.00487805;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32272;QR=2681;RO=71;RPL=0;RPP=1783.62;RPPR=157.185;RPR=820;RUN=1;SAF=820;SAP=1783.62;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:720:46,44,75,512:46:1726:44,75,512:1714,2927,20132:-636.736,-612.972,-658.581,-587.936,-609.179,-624.213,-95.2653,-116.518,-91.4859,0 1|1:414:25,21,27,308:25:955:21,27,308:820,1057,12140:-385.607,-370.079,-400.143,-373.568,-386.901,-401.826,-56.3194,-69.6617,-73.1614,0 dDocent_Contig_915 97 . G T 835.483 . AB=0.134228;ABP=176.16;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=2X1M7I2M2X2M;DP=149;DPB=180.889;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=155.131;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=26.25;MQMR=59.973;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.027027;PAO=7;PQA=178;PQR=1062;PRO=35;QA=525;QR=2858;RO=74;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=1;SRP=155.131;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:69:23,22,14:23:885:22,14:870,399:-64.046,0,-66.0875,-43.0618,-44.8022,-111.538 0|0:80:51,12,6:51:1973:12,6:464,126:-20.6907,0,-158.59,-28.1184,-154.277,-188.448 dDocent_Contig_916 32 . T C 474.862 . AB=0.179856;ABP=126.753;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.28;PAIREDR=0.175439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=998;QR=4506;RO=114;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=250.558;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:61,12:61:2427:12:484:-21.9368,0,-196.606 0/1:66:53,13:53:2079:13:514:-26.7378,0,-167.432 dDocent_Contig_919 67 . A G 49.9156 . AB=0.116279;ABP=58.0041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0.767857;EPP=13.8677;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925532;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=3680;RO=94;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:38,5:38:1470:5:200:-5.43525,0,-119.6 0/0:56:56,0:56:2210:0:0:0,-16.8577,-199.078 dDocent_Contig_920 7 . C T 2385.22 . AB=0.480663;ABP=3.59816;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.747126;PAIREDR=0.797872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3263;QR=3580;RO=94;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=207.129;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:46,38:46:1732:38:1439:-104.501,0,-130.848 0/1:97:48,49:48:1848:49:1824:-135.209,0,-137.369 dDocent_Contig_921 40 . G A 138.863 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.66667;EPP=5.80219;EPPR=47.552;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.463415;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=259;QR=1571;RO=41;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=92.0407;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=5.80219;SAR=2;SRF=35;SRP=47.552;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:669:0:0:0,-5.41854,-60.5347 0/1:30:23,7:23:902:7:259:-14.631,0,-72.4583 dDocent_Contig_924 14 . G A 40758.5 . AB=0.89793;ABP=1929.94;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1258;CIGAR=1X;DP=1401;DPB=1401;DPRA=0;EPP=2734.72;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.6407;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993641;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50281;QR=5329;RO=135;RPL=0;RPP=2734.72;RPPR=296.159;RPR=1258;RUN=1;SAF=1258;SAP=2734.72;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:752:71,681:71:2812:681:27277:-2214.05,0,-26.811 0/1:649:64,577:64:2517:577:23004:-1862.99,0,-33.3124 dDocent_Contig_925 78 . C G 542.598 . AB=0.342466;ABP=18.746;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.729167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=853;QR=1637;RO=48;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=107.241;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:22,20:22:759:20:683:-49.1456,0,-55.9867 0/1:31:26,5:26:878:5:170:-6.30263,0,-69.9981 dDocent_Contig_927 98 . N T 57.1809 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69897,-0.60206,0 dDocent_Contig_928 54 . G C 2070.34 . AB=0.560976;ABP=6.98251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2719;QR=2071;RO=54;RPL=69;RPP=152.842;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:23,35:23:860:35:1367:-105.841,0,-60.2467 0/1:65:31,34:31:1211:34:1352:-102.382,0,-89.708 dDocent_Contig_930 128 . G T 129.237 . AB=0.205128;ABP=32.4644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=1074;RO=31;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=70.3259;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:483:6:209:-13.1305,0,-37.7782 0/1:19:17,2:17:591:2:69:-0.833093,0,-47.7978 dDocent_Contig_931 139 . G C 36.2495 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=844;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:11,2:11:449:2:82:-3.86629,0,-36.8525 0/1:11:10,1:10:395:1:41:-0.783237,0,-32.595 dDocent_Contig_932 84 . C T 791.418 . AB=0.346939;ABP=22.9524;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.890625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1213;QR=2266;RO=64;RPL=16;RPP=3.26577;RPPR=3.0103;RPR=18;RUN=1;SAF=16;SAP=3.26577;SAR=18;SRF=32;SRP=3.0103;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:29,13:29:1039:13:458:-28.9113,0,-81.1814 0/1:56:35,21:35:1227:21:755:-51.4189,0,-93.8733 dDocent_Contig_934 22 . A G 8501.45 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=601;CIGAR=1X1M1X3M2X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=1308.07;EPPR=45.4803;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=18.6173;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23428;QR=1626;RO=43;RPL=0;RPP=1308.07;RPPR=96.3836;RPR=601;RUN=1;SAF=601;SAP=1308.07;SAR=0;SRF=36;SRP=45.4803;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:319:25,291:25:957:291:11354:-396.21,-9.00757,0 1|1:328:18,310:18:669:310:12074:-453.633,-38.2066,0 dDocent_Contig_936 91 . C T 46.2453 . AB=0.142857;ABP=103.829;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=1.51667;EPP=31.2394;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=4573;RO=138;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=302.673;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:60,0:60:1995:0:0:0,-18.0618,-179.821 0/1:91:78,13:78:2578:13:361:-5.36925,0,-204.878 dDocent_Contig_937 119 . A C 2496.06 . AB=0.859813;ABP=123.334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.826087;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3138;QR=504;RO=15;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=35.5824;RPR=92;RUN=1;SAF=0;SAP=202.786;SAR=92;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:9,48:9:302:48:1654:-131.992,0,-10.3477 0/1:50:6,44:6:202:44:1484:-118.802,0,-3.45908 dDocent_Contig_939 33 . G A 208.625 . AB=0.177419;ABP=59.0483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=2021;RO=51;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:22,3:22:871:3:119:-3.56926,0,-71.1738 0/1:37:29,8:29:1150:8:325:-18.4813,0,-92.642 dDocent_Contig_943 75 . C T 119.346 . AB=0.195652;ABP=40.0197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=76;DPB=76;DPRA=1.53333;EPP=3.25157;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=288;QR=2605;RO=67;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:37,9:37:1457:9:288:-12.3783,0,-117.541 0|0:30:30,0:30:1148:0:0:0,-9.0309,-103.606 dDocent_Contig_944 18 . G T 719.537 . AB=0.346154;ABP=19.0458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.62963;PAIREDR=0.411765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1066;QR=2036;RO=51;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=113.755;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:21,9:21:830:9:367:-24.3644,0,-65.98 0/1:48:30,18:30:1206:18:699:-48.7778,0,-94.3661 dDocent_Contig_945 8 . T C 18291.6 . AB=0.0582524;ABP=526.757;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X1M1X;DP=612;DPB=612;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=890;QR=1855;RO=49;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=109.412;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:303:7,5,290:7:265:5,290:194,11633:-1021.91,-1008.08,-1028.3,-65.5632,-71.3475,0 0|0:309:42,18,248:42:1590:18,248:696,9956:-807.695,-763.171,-888.096,0,-73.1692,-55.685 dDocent_Contig_946 113 . C A 86.801 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=1.625;EPP=11.6962;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=141;QR=570;RO=17;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=39.9253;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:298:4:141:-9.12364,0,-23.2273 0/0:8:8,0:8:272:0:0:0,-2.40824,-24.8104 dDocent_Contig_947 9 . G C 2412.5 . AB=0.169935;ABP=147.789;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=2X3M;DP=153;DPB=103.2;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.902439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=992;QR=1584;RO=41;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=92.0407;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:65:18,30,16:18:687:30,16:1107,602:-85.1022,0,-47.33,-41.199,-7.04403,-92.7455 0|0:88:23,53,10:23:897:53,10:2004,390:-157.336,0,-57.7777,-132.199,-41.6735,-202.925 dDocent_Contig_948 72 . G A 37.6091 . AB=0.106667;ABP=103.796;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=1.44231;EPP=20.3821;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92437;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=4385;RO=119;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:1891:0:0:0,-15.6536,-170.442 0/1:75:67,8:67:2494:8:297:-4.50556,0,-202.101 dDocent_Contig_949 25 . T C 1876.76 . AB=0.303887;ABP=97.5499;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=283;DPB=283;DPRA=0;EPP=47.5507;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.686;MQMR=59.7665;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0348837;PAIREDR=0.208122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3335;QR=7200;RO=197;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=430.79;RPR=86;RUN=1;SAF=64;SAP=47.5507;SAR=22;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:138:85,53:85:3086:53:2061:-131.87,0,-236.176 0/1:145:112,33:112:4114:33:1274:-56.9944,0,-326.707 dDocent_Contig_950 19 . T C 22636.6 . AB=0.868586;ABP=945.851;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=694;CIGAR=1X;DP=799;DPB=799;DPRA=0;EPP=1510.01;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998559;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27862;QR=4213;RO=105;RPL=0;RPP=1510.01;RPPR=231.015;RPR=694;RUN=1;SAF=694;SAP=1510.01;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:401:42,359:42:1691:359:14409:-1174.94,0,-31.6919 0/1:398:63,335:63:2522:335:13453:-1089.9,0,-107.3 dDocent_Contig_952 25 . G C 130.547 . AB=0.333333;ABP=6.62942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.714286;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=1201;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:10,5:10:398:5:196:-13.4984,0,-31.6633 0/0:21:21,0:21:803:0:0:0,-6.32163,-72.5762 dDocent_Contig_953 90 . C A 135.78 . AB=0.125926;ABP=167.093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=892;QR=7437;RO=217;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=474.22;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:107:99,8:99:3382:8:285:0,-6.21558,-278.617 0/1:135:118,17:118:4055:17:607:-14.3227,0,-324.52 dDocent_Contig_954 153 . G A 82.2678 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=1070;RO=30;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,5:16:555:5:153:-7.74753,0,-43.9514 0/1:16:14,2:14:515:2:68:-1.64094,0,-41.8749 dDocent_Contig_955 20 . G C 1537.48 . AB=0.30102;ABP=70.4146;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6788;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.525424;PAIREDR=0.0145985;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2371;QR=5509;RO=137;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=300.502;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:55,12:55:2194:12:483:-23.6513,0,-176.724 0/1:129:82,47:82:3315:47:1888:-131.285,0,-259.552 dDocent_Contig_956 1 . N G 77.9879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_957 90 . G A 4355.67 . AB=0.173383;ABP=1750.58;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=327;CIGAR=1X;DP=1886;DPB=1886;DPRA=0;EPP=713.082;EPPR=3379.65;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11148;QR=51838;RO=1555;RPL=327;RPP=713.082;RPPR=3379.65;RPR=0;RUN=1;SAF=327;SAP=713.082;SAR=0;SRF=1555;SRP=3379.65;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:843:670,173:670:22342:173:5861:-273.874,0,-1756.65 0/1:1043:885,154:885:29496:154:5287:-162.881,0,-2340.93 dDocent_Contig_958 7 . G T 370.875 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=428;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:38:-3.58758,-0.30103,0 1/1:10:0,10:0:0:10:390:-33.1797,-3.0103,0 dDocent_Contig_959 17 . A T 904.827 . AB=0.0330969;ABP=803.965;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1M1X5M;DP=423;DPB=403;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=548.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=58.0714;MQMR=57.1036;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.900398;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=9720;RO=251;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=548.05;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=251;SRP=548.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:246:147,27,28,5,16,10:147:5682:27,28,5,16,10:979,1075,199,630,393:-43.9907,-8.33124,-463.951,0,-383.838,-455.325,-71.8551,-455.693,-447.367,-534.103,-37.0733,-420.912,-412.586,-484.441,-496.011,-55.917,-439.755,-431.429,-503.284,-468.503,-516.66 0|0:177:104,1,25,9,8,12:104:4038:1,25,9,8,12:32,962,344,297,471:-47.6805,-76.4098,-400.282,0,-321.604,-316.657,-51.0319,-372.629,-296.228,-372.498,-54.835,-376.431,-300.031,-351.055,-376.601,-40.245,-361.845,-285.444,-336.469,-340.271,-360.81 dDocent_Contig_960 8 . C T 11231.9 . AB=0.433555;ABP=26.0957;AC=4;AF=1;AN=4;AO=261;CIGAR=1X2M;DP=602;DPB=602;DPRA=0;EPP=569.765;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=57.5057;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.923372;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9856;QR=2657;RO=69;RPL=0;RPP=569.765;RPPR=152.842;RPR=261;RUN=1;SAF=261;SAP=569.765;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:281:30,122,123:30:1160:122,123:4667,4670:-541.231,-285.611,-344.171,-169.326,0,-227.603 1|1:321:39,142,138:39:1497:142,138:5435,5186:-583.145,-297.523,-377.661,-174.42,0,-255.784 dDocent_Contig_962 39 . T C 181.87 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0.460526;EPP=20.3821;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.864078;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=4116;RO=103;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=226.672;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:27,8:27:1095:8:320:-18.6307,0,-88.2972 0/0:76:76,0:76:3021:0:0:0,-22.8783,-271.957 dDocent_Contig_963 8 . T G 2683.41 . AB=0.121212;ABP=332.021;AC=0;AF=0;AN=4;AO=32;CIGAR=1X3M1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=232.752;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.6875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.96875;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1180;QR=4827;RO=125;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=274.444;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=120;SRP=232.752;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:152:76,9,19,47:76:2935:9,19,47:348,695,1817:-126.277,-122.64,-360.979,-92.3766,-306.908,-327.705,0,-214.544,-184.28,-226.912 0|0:112:49,0,13,50:49:1892:0,13,50:0,485,1925:-143.252,-158.002,-313.386,-118.304,-273.687,-269.774,0,-155.392,-115.695,-140.341 dDocent_Contig_964 95 . G C 7265.51 . AB=0.24953;ABP=872.145;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=398;CIGAR=1X;DP=1595;DPB=1595;DPRA=0;EPP=867.256;EPPR=2602.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13418;QR=40367;RO=1197;RPL=398;RPP=867.256;RPPR=2602.26;RPR=0;RUN=1;SAF=398;SAP=867.256;SAR=0;SRF=1197;SRP=2602.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:911:631,280:631:21240:280:9452:-576.488,0,-1637.06 0/1:684:566,118:566:19127:118:3966:-151.252,0,-1515.28 dDocent_Contig_966 7 . G T 6537.87 . AB=0.467836;ABP=7.61992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=240;CIGAR=1X;DP=513;DPB=513;DPRA=0;EPP=524.164;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0.992537;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8979;QR=8535;RO=268;RPL=0;RPP=524.164;RPPR=584.965;RPR=240;RUN=1;SAF=240;SAP=524.164;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:192:104,88:104:3211:88:3318:-240.965,0,-231.368 0/1:321:164,152:164:5324:152:5661:-414.01,0,-383.782 dDocent_Contig_967 88 . C T 1585.35 . AB=0.403727;ABP=15.9717;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=1.80899;EPP=144.156;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989189;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2302;QR=6467;RO=185;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=404.733;RPR=0;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:96,65:96:3360:65:2302:-158.978,0,-254.154 0/0:89:89,0:89:3107:0:0:0,-26.7917,-279.858 dDocent_Contig_968 34 . T C 3982.04 . AB=0.598214;ABP=21.778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=2X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.291;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.537313;PAIREDR=0.865169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5206;QR=3434;RO=89;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=196.271;RPR=134;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:116:44,72:44:1697:72:2823:-218.163,0,-118.039 0|1:108:45,62:45:1737:62:2383:-181.229,0,-123.942 dDocent_Contig_970 79 . A G 262.965 . AB=0.305556;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.44;EPP=26.8965;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=417;QR=1933;RO=50;RPL=7;RPP=4.78696;RPPR=3.18402;RPR=4;RUN=1;SAF=7;SAP=4.78696;SAR=4;SRF=26;SRP=3.18402;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:972:0:0:0,-7.52575,-87.7808 0/1:36:25,11:25:961:11:417:-27.0412,0,-75.9641 dDocent_Contig_972 145 . A G 147.742 . AB=0.35;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.11111;EPP=18.2106;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.2857;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=1066;RO=31;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=70.3259;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:606:0:0:0,-5.41854,-54.8546 0/1:20:13,7:13:460:7:238:-15.5189,0,-35.7142 dDocent_Contig_974 46 . C A 786.405 . AB=0.13544;ABP=514.404;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=956;DPB=956;DPRA=0.863548;EPP=133.299;EPPR=1946.48;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2362;QR=35847;RO=895;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=1946.48;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=895;SRP=1946.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:513:512,0:512:20538:0:0:0,-154.127,-1846.4 0/1:443:383,60:383:15309:60:2362:-79.3852,0,-1243.25 dDocent_Contig_975 11 . G T 130.993 . AB=0.136986;ABP=86.5674;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=4596;RO=116;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=254.901;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:53,3:53:2126:3:119:0,-5.76228,-180.42 0/1:73:63,10:63:2470:10:394:-13.844,0,-200.466 dDocent_Contig_976 54 . C T 55.7309 . AB=0.106796;ABP=141.331;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.928177;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=533;QR=6807;RO=181;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=396.047;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:94:90,4:90:3368:4:124:0,-16.8364,-291.81 0/1:103:91,11:91:3439:11:409:-6.31781,0,-278.831 dDocent_Contig_977 22 . T A 701.172 . AB=0.235294;ABP=75.4353;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=7M1X3M;DP=119;DPB=120.636;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1090;QR=2794;RO=71;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=157.185;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:27,8,7:27:1073:8,7:317,279:-17.9617,0,-85.9318,-3.11378,-65.3645,-89.3483 0|1:76:44,10,21:44:1721:10,21:394,811:-53.3437,-34.1709,-172.663,0,-109.084,-135.178 dDocent_Contig_978 107 . N G 2268.79 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2515;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=0;RPR=77;RUN=1;SAF=0;SAP=170.214;SAR=77;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:74:0,74:0:0:74:2432:-219.13,-22.2762,0 1/1:4:0,3:0:0:3:83:-7.4431,-0.90309,0 dDocent_Contig_979 98 . N T 111.484 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50886,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31935,-0.60206,0 dDocent_Contig_980 173 . T C 470.197 . AB=0.368421;ABP=11.5819;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=1428;RO=36;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:15,11:15:610:11:390:-27.612,0,-47.411 0/1:31:21,10:21:818:10:329:-20.5961,0,-64.5987 dDocent_Contig_981 20 . T A 2142.36 . AB=0.440994;ABP=7.87925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1M2D1M1X13M;DP=161;DPB=156.278;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.971831;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2800;QR=1840;RO=50;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=111.584;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:79:21,39,1,10:21:776:39,1,10:1525,38,393:-119.109,0,-51.7671,-122.313,-60.3898,-185.489,-93.0992,-31.1648,-153.461,-153.568 0|1:82:29,32,6,0:29:1064:32,6,0:1275,242,0:-96.3153,0,-77.3745,-85.0917,-67.0508,-170.262,-105.045,-87.0074,-172.068,-192.02 dDocent_Contig_982 124 . A G 423.985 . AB=0.409091;ABP=6.16881;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=624;QR=868;RO=26;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=59.4686;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:13,12:13:429:12:416:-30.2469,0,-31.4016 0/1:19:13,6:13:439:6:208:-13.34,0,-34.1134 dDocent_Contig_983 30 . G A 82.3766 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1066;RO=27;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:13,2:13:505:2:81:-3.17028,0,-41.2779 0/1:17:14,3:14:561:3:122:-6.25498,0,-45.7134 dDocent_Contig_984 50 . G T 972.765 . AB=0.221106;ABP=137.456;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.795455;PAIREDR=0.832258;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1753;QR=6164;RO=155;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=339.589;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:57,8:57:2269:8:304:-8.14664,0,-184.805 0/1:134:98,36:98:3895:36:1449:-90.3183,0,-310.209 dDocent_Contig_986 11 . C T 53.0694 . AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=341;QR=2996;RO=76;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=168.042;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:43,4:43:1690:4:151:0,-0.191451,-138.364 0/1:38:33,5:33:1306:5:190:-6.02722,0,-106.368 dDocent_Contig_987 14 . G T 910.255 . AB=0.336538;ABP=27.1471;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1365;QR=2700;RO=69;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=152.842;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:32,15:32:1274:15:585:-38.8449,0,-100.781 0/1:57:37,20:37:1426:20:780:-53.3691,0,-111.43 dDocent_Contig_988 98 . N T 60.0275 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_989 33 . T C 146.408 . AB=0.119658;ABP=150.021;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.873786;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=4051;RO=103;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=226.672;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:57,9:57:2272:9:368:-13.6174,0,-184.782 0/1:51:46,5:46:1779:5:191:-2.20434,0,-144.98 dDocent_Contig_990 13 . G A 1274.54 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X1M1X3M;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=1334;RO=34;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=76.8404;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:53:21,6,3,22:21:827:6,3,22:237,120,888:-66.8877,-53.708,-119.933,-63.3243,-111.854,-130.453,0,-48.5326,-58.1497,-61.4128 0|0:33:13,0,0,20:13:507:0,0,20:0,0,793:-61.7543,-65.6677,-107.339,-65.6677,-107.339,-107.339,0,-42.0639,-42.0639,-36.0433 dDocent_Contig_991 57 . T C 13565 . AB=0.315469;ABP=488.664;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=518;CIGAR=1X;DP=1642;DPB=1642;DPRA=0;EPP=1127.83;EPPR=2441.57;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996438;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20594;QR=44686;RO=1123;RPL=518;RPP=1127.83;RPPR=2441.57;RPR=0;RUN=1;SAF=518;SAP=1127.83;SAR=0;SRF=1123;SRP=2441.57;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:817:573,244:573:22810:244:9705:-626.898,0,-1805 0/1:825:550,274:550:21876:274:10889:-730.794,0,-1718.52 dDocent_Contig_992 8 . A T 653.151 . AB=0.162162;ABP=259.772;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=259;DPB=259;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.930876;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1598;QR=8282;RO=217;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=474.22;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:101,15:101:3871:15:582:-17.8036,0,-313.574 0/1:143:116,27:116:4411:27:1016:-48.7,0,-354.008 dDocent_Contig_994 43 . T A 1591.84 . AB=0.638554;ABP=16.8502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2053;QR=852;RO=30;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=68.1545;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:14,38:14:396:38:1459:-115.905,0,-20.2615 0/1:31:16,15:16:456:15:594:-44.4676,0,-31.9838 dDocent_Contig_995 19 . C G 49.5358 . AB=0.111111;ABP=144.88;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=569.765;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=10379;RO=261;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=569.765;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=261;SRP=569.765;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:167:166,1:166:6585:1:41:0,-46.1774,-588.283 0/1:108:95,12:95:3794:12:422:-5.6983,0,-308.87 dDocent_Contig_996 98 . N A 605.108 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=664;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,11:0:0:11:262:-23.7492,-3.31133,0 1/1:14:0,14:0:0:14:402:-36.4605,-4.21442,0 dDocent_Contig_999 1 . N G 77.0485 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_1000 87 . T A 5373.11 . AB=0.259892;ABP=559.852;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=289;CIGAR=1X2M1X;DP=1112;DPB=1112;DPRA=0;EPP=630.566;EPPR=1770.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=59.9975;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997543;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9675;QR=27482;RO=814;RPL=289;RPP=630.566;RPPR=1770.59;RPR=0;RUN=1;SAF=289;SAP=630.566;SAR=0;SRF=814;SRP=1770.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:472:298,170:298:10045:170:5661:-368.499,0,-762.917 0|1:640:516,119:516:17437:119:4014:-170.001,0,-1377.66 dDocent_Contig_1001 12 . A T 1347.3 . AB=0.7;ABP=23.8564;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.761905;PAIREDR=0.722222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1704;QR=728;RO=18;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=42.0968;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:10,25:10:404:25:1015:-81.1061,0,-26.1844 0/1:25:8,17:8:324:17:689:-54.8123,0,-22.0031 dDocent_Contig_1002 107 . N G 89.6747 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=96;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:96:-8.95781,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1003 63 . G A 198.869 . AB=0.219512;ABP=31.0276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.87234;EPP=22.5536;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.696203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=3108;RO=79;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1263:9:359:-20.3306,0,-101.599 0/0:47:47,0:47:1845:0:0:0,-14.1484,-166.248 dDocent_Contig_1005 15 . T A 264.737 . AB=0.280899;ABP=40.1205;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X2M1X3M1X1M1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=24.24;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=972;QR=2364;RO=63;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=139.813;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:37,12:37:1385:12:463:-9.81105,0,-110.186 0|1:40:26,13:26:979:13:509:-17.8511,0,-76.292 dDocent_Contig_1006 11 . A G 131.672 . AB=0.19774;ABP=143.469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25.5714;MQMR=56.6901;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.314286;PAIREDR=0.43662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1381;QR=5651;RO=142;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=311.359;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:62,16:62:2447:16:632:-0.283355,0,-196.288 0/1:99:80,19:80:3204:19:749:-13.8427,0,-252.734 dDocent_Contig_1007 45 . T G 8409.36 . AB=0.239316;ABP=900.794;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=364;CIGAR=1X;DP=1521;DPB=1521;DPRA=0;EPP=793.426;EPPR=2515.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999136;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14452;QR=46143;RO=1157;RPL=0;RPP=793.426;RPPR=2515.4;RPR=364;RUN=1;SAF=364;SAP=793.426;SAR=0;SRF=1157;SRP=2515.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:760:534,226:534:21186:226:8993:-580.047,0,-1676.17 0/1:761:623,138:623:24957:138:5459:-262.077,0,-2014.8 dDocent_Contig_1008 62 . T C 34.62 . AB=0.103896;ABP=107.946;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=2589;RO=68;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:22,3:22:837:3:116:-3.29195,0,-68.1257 0/1:52:46,5:46:1752:5:185:-1.30134,0,-142.233 dDocent_Contig_1010 15 . G A 4565.64 . AB=0.83237;ABP=169.009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5662;QR=1140;RO=29;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=65.983;RPR=144;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:21,82:21:827:82:3226:-259.424,0,-43.7427 0/1:70:8,62:8:313:62:2436:-198.328,0,-7.46152 dDocent_Contig_1011 22 . A C 6623 . AB=0.687697;ABP=100.014;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=218;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=476.391;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.8211;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.550459;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8435;QR=3901;RO=98;RPL=0;RPP=476.391;RPPR=215.815;RPR=218;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:44,90:44:1765:90:3499:-274.605,0,-118.723 0/1:183:54,128:54:2136:128:4936:-388.883,0,-137.281 dDocent_Contig_1012 16 . A G 507.147 . AB=0.28;ABP=34.5401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X2M1X2M1X2M1X1M1X;DP=101;DPB=101;DPRA=2.88462;EPP=48.6112;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=803;QR=2763;RO=71;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=157.185;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:23,2,0:23:888:2,0:76,0:0,-0.504315,-73.0972,-6.92369,-73.6992,-79.9326 0|1:75:48,5,21:48:1875:5,21:181,803:-51.4473,-51.1258,-203.765,0,-139.387,-147.837 dDocent_Contig_1013 27 . C T 46.0718 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.23529;EPP=9.52472;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1389;RO=35;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=79.0118;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:702:3:122:-5.05086,0,-57.1792 0/0:17:17,0:17:687:0:0:0,-5.11751,-62.1601 dDocent_Contig_1014 12 . G A 751.704 . AB=0.531915;ABP=3.42611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.88;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=998;QR=878;RO=22;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=50.7827;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:13,23:13:526:23:919:-72.1728,0,-36.8501 0/1:11:9,2:9:352:2:79:-4.18591,0,-28.7232 dDocent_Contig_1015 69 . A T 243.808 . AB=0.2;ABP=49.9141;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.567901;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=3249;RO=81;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1:33:1322:1:41:0,-6.14045,-115.148 0/1:60:48,12:48:1927:12:476:-25.1256,0,-155.566 dDocent_Contig_1016 44 . T C 239.476 . AB=0.215686;ABP=38.8183;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=482;QR=3875;RO=98;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=215.815;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:58,1:58:2287:1:41:0,-13.6662,-201.91 0/1:51:40,11:40:1588:11:441:-24.6923,0,-127.807 dDocent_Contig_1017 95 . C T 2451.16 . AB=0.517588;ABP=3.54498;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.834951;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3396;QR=3250;RO=96;RPL=103;RPP=226.672;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:46,31:46:1559:31:1040:-70.7265,0,-117.42 0/1:122:50,72:50:1691:72:2356:-175.578,0,-115.748 dDocent_Contig_1018 46 . G C 1034.93 . AB=0.35514;ABP=22.513;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=1.28916;EPP=85.5263;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1510;QR=5984;RO=151;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=330.903;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:69,38:69:2743:38:1510:-103.937,0,-214.777 0/0:83:82,0:82:3241:0:0:0,-24.6845,-291.397 dDocent_Contig_1020 59 . T A 12478.9 . AB=0.694444;ABP=192.17;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=400;CIGAR=1X;DP=576;DPB=576;DPRA=0;EPP=871.599;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9975;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15814;QR=6979;RO=176;RPL=400;RPP=871.599;RPPR=385.189;RPR=0;RUN=1;SAF=400;SAP=871.599;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:277:99,178:99:3930:178:7015:-547.672,0,-270.313 0/1:299:77,222:77:3049:222:8799:-701.41,0,-184.481 dDocent_Contig_1021 107 . N C 71.007 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:76:-7.09104,-0.90309,0 dDocent_Contig_1022 75 . G A 82.4234 . AB=0.0833333;ABP=93.4883;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X4M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=148;QR=1511;RO=46;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:17,0,3,2:17:568:0,3,2:0,81,70:-1.22831,-6.34582,-52.351,0,-45.9739,-45.0708,-0.630374,-46.6534,-40.2769,-46.0513 0|1:37:29,6,2,0:29:943:6,2,0:207,67,0:-8.09479,0,-74.3006,-11.4011,-70.68,-86.8986,-16.8247,-76.1068,-87.5006,-92.927 dDocent_Contig_1023 98 . N A 86.6707 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93868,-0.60206,0 dDocent_Contig_1025 24 . T C 443.123 . AB=0.11831;ABP=452.236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=355;DPB=355;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=682.681;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1686;QR=12361;RO=313;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=682.681;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=313;SRP=682.681;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:140,23:140:5497:23:924:-34.3975,0,-445.505 0/1:192:173,19:173:6864:19:762:-11.1032,0,-559.671 dDocent_Contig_1026 1 . N G 180.003 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=1X4M;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=34.5;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,7,1:0:0:7,1:231,34:-13.7525,-2.79803,-0.690816,-11.2518,0,-10.9507 1|1:2:0,1,1:0:0:1,1:34,35:-5.21452,-2.89801,-2.59698,-2.62265,0,-2.32162 dDocent_Contig_1027 53 . T A 508.31 . AB=0.289855;ABP=29.4771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1032;QR=4838;RO=126;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=276.616;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:49,20:49:1893:20:797:-51.2747,0,-149.826 0/0:83:77,6:77:2945:6:235:0,-3.46567,-243.665 dDocent_Contig_1028 28 . C A 4797.51 . AB=0.0594966;ABP=739.547;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=1X1M1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1013;QR=7025;RO=180;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=393.875;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:197:73,12,40,72:73:2858:12,40,72:477,1606,2842:-211.835,-194.538,-425.913,-101.476,-297.191,-324.423,0,-195.712,-102.649,-213.31 0|0:240:107,14,25,93:107:4167:14,25,93:536,1004,3663:-269.104,-257.335,-595.549,-218.583,-517.032,-553.486,0,-298.447,-259.695,-314.431 dDocent_Contig_1029 36 . T G 62.6734 . AB=0.103896;ABP=107.946;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=3803;RO=95;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=209.3;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:69,8:69:2784:8:328:-6.71103,0,-227.477 0/0:27:26,1:26:1019:1:39:0,-4.23125,-88.095 dDocent_Contig_1030 106 . T A 99.5475 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.840909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1687;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:25,1:25:971:1:39:0,-3.93022,-83.8065 0/1:24:19,5:19:716:5:195:-10.6995,0,-57.5437 dDocent_Contig_1031 18 . C A 5308.6 . AB=0.731602;ABP=110.634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=169;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6683;QR=2513;RO=62;RPL=0;RPP=369.989;RPPR=137.642;RPR=169;RUN=1;SAF=169;SAP=369.989;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:16,101:16:645:101:3970:-322.079,0,-23.1639 0/1:114:46,68:46:1868:68:2713:-209.969,0,-133.998 dDocent_Contig_1033 34 . G A 9294.47 . AB=0.80274;ABP=293.577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=293;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=639.252;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996587;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11565;QR=2859;RO=72;RPL=0;RPP=639.252;RPPR=159.356;RPR=293;RUN=1;SAF=293;SAP=639.252;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:40,145:40:1589:145:5705:-457.606,0,-87.5638 0/1:180:32,148:32:1270:148:5860:-473.029,0,-60.3845 dDocent_Contig_1034 98 . N A 266.134 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=2X;DP=10;DPB=173.5;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.6;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=327;PQA=6259;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:242:-21.6523,-2.40824,0 1|1:2:0,2:0:0:2:55:-4.6503,-0.60206,0 dDocent_Contig_1041 8 . A G 1907.81 . AB=0.638889;ABP=81.4246;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=299;CIGAR=1X4M;DP=468;DPB=468.2;DPRA=0;EPP=576.461;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=10.9699;MQMR=18;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.214047;PAIREDR=0.983607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3055;QR=2375;RO=61;RPL=0;RPP=652.281;RPPR=135.47;RPR=299;RUN=1;SAF=290;SAP=576.461;SAR=9;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:221:37,39,136:37:1439:39,136:1500,1286:-72.4862,0,-36.9514,-39.7756,-4.78802,-47.4789 1|1:247:24,48,163:24:936:48,163:1838,1769:-119.483,-42.7184,-59.86,-52.4332,0,-34.9404 dDocent_Contig_1053 101 . C T 127.46 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=108.895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=3306;RO=84;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=10;SRP=108.895;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1169:7:263:-13.1897,0,-94.6515 0/0:59:55,4:55:2137:4:155:0,-3.43641,-178.197 dDocent_Contig_1054 9 . G A 1315.68 . AB=0.428571;ABP=7.97367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=1.51351;EPP=107.241;EPPR=244.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1842;QR=5186;RO=138;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=302.673;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=131;SRP=244.956;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:74,0:74:2789:0:0:0,-22.2762,-251.199 0/1:112:64,48:64:2397:48:1842:-132.312,0,-182.23 dDocent_Contig_1056 10 . C T 681.581 . AB=0.208861;ABP=119.335;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=281;DPB=281;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1412;QR=9872;RO=245;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=535.021;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:123:120,3:120:4855:3:121:0,-25.7465,-425.539 0/1:158:125,33:125:5017:33:1291:-68.9028,0,-403.836 dDocent_Contig_1057 114 . C T 56.331 . AB=0.123288;ABP=92.9925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=371;QR=4421;RO=130;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=285.302;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=285.302;SRR=130;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:64,9:64:2156:9:308:-6.07679,0,-172.333 0/0:68:66,2:66:2265:2:63:0,-14.4866,-198.134 dDocent_Contig_1058 12 . T G 498.511 . AB=0.191176;ABP=59.3408;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X6M;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=55.5429;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.885714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=526;QR=1335;RO=35;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=79.0118;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:13,5,5:13:492:5,5:197,204:-12.9252,-0.66394,-33.951,0,-18.6036,-33.2975 0|1:45:22,14,8:22:843:14,8:545,322:-38.0696,0,-62.0698,-18.1499,-39.7379,-82.0377 dDocent_Contig_1059 107 . N C 130.64 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=142;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:142:-13.0615,-1.50515,0 dDocent_Contig_1061 8 . T A 1215.03 . AB=0.420561;ABP=8.8753;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977778;PAIREDR=0.983871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1714;QR=2377;RO=62;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=137.642;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:21,37:21:810:37:1408:-109.541,0,-55.7656 0/1:49:41,8:41:1567:8:306:-13.1505,0,-126.55 dDocent_Contig_1062 37 . C T 43.1202 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1364;RO=34;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:756:3:122:-4.74983,0,-61.7408 0/0:16:15,1:15:608:1:40:0,-0.820801,-51.0626 dDocent_Contig_1063 33 . C A 1245.48 . AB=0.518519;ABP=3.25157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1661;QR=1545;RO=39;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=87.6977;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:26,15:26:1016:15:605:-42.446,0,-79.388 0/1:40:13,27:13:529:27:1056:-83.2901,0,-35.9157 dDocent_Contig_1065 107 . N A 97.1269 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70302,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1066 98 . N A 134.335 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.60997,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_1067 17 . T A 8018.77 . AB=0.843537;ABP=304.387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=248;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=541.535;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9909;QR=1852;RO=46;RPL=0;RPP=541.535;RPPR=102.898;RPR=248;RUN=1;SAF=248;SAP=541.535;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:26,108:26:1043:108:4325:-348.856,0,-53.8184 0/1:160:20,140:20:809:140:5584:-454.21,0,-24.9602 dDocent_Contig_1068 21 . A G 248.504 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=1288;RO=32;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=72.4974;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:921:4:155:-6.19398,0,-75.0693 0/1:16:9,7:9:367:7:270:-19.8449,0,-28.5788 dDocent_Contig_1070 11 . T C 3292.25 . AB=0.470339;ABP=4.81373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4458;QR=4899;RO=124;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=272.273;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:54,63:54:2150:63:2526:-191.864,0,-158.074 0/1:118:70,48:70:2749:48:1932:-138.55,0,-212.015 dDocent_Contig_1071 153 . G A 823.614 . AB=0.453125;ABP=4.23175;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.896552;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1135;QR=1361;RO=35;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=79.0118;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:11,13:11:442:13:499:-38.0156,0,-32.9111 0/1:40:24,16:24:919:16:636:-45.5343,0,-70.9608 dDocent_Contig_1073 46 . T C 691.141 . AB=0.168103;ABP=224.987;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1550;QR=7696;RO=193;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=422.104;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:100,16:100:4028:16:633:-22.3866,0,-327.571 0/1:116:93,23:93:3668:23:917:-47.9159,0,-295.221 dDocent_Contig_1074 10 . C T 3963.13 . AB=0.286213;ABP=230.484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=164;CIGAR=1X;DP=573;DPB=573;DPRA=0;EPP=359.132;EPPR=884.628;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0914634;PAIREDR=0.0566502;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6326;QR=16115;RO=406;RPL=0;RPP=359.132;RPPR=884.628;RPR=164;RUN=1;SAF=164;SAP=359.132;SAR=0;SRF=406;SRP=884.628;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:182:139,42:139:5547:42:1602:-89.8309,0,-444.463 0/1:391:267,122:267:10568:122:4724:-307.671,0,-832.975 dDocent_Contig_1076 140 . A G 1882.68 . AB=0.538462;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=4.03448;EPP=139.813;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2490;QR=3290;RO=83;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=183.243;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=183.243;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1173:0:0:0,-8.72987,-105.846 0/1:117:54,63:54:2117:63:2490:-189.012,0,-155.484 dDocent_Contig_1077 14 . G A 593.705 . AB=0.123487;ABP=511.55;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X3M;DP=413;DPB=413;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=739.139;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=52.9804;MQMR=58.233;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.687316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2023;QR=13333;RO=339;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=739.139;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=339;SRP=739.139;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:213:176,13,22:176:6905:13,22:503,886:-18.5822,-34.4786,-594.662,0,-527.043,-557.515 0|1:200:163,5,29:163:6428:5,29:195,1137:-41.9767,-75.9603,-594.475,0,-504.944,-511.299 dDocent_Contig_1078 20 . T A 9728.68 . AB=0.569149;ABP=26.4345;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=321;CIGAR=1X;DP=564;DPB=564;DPRA=0;EPP=700.053;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996885;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12716;QR=9671;RO=242;RPL=0;RPP=700.053;RPPR=528.507;RPR=321;RUN=1;SAF=321;SAP=700.053;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:265:150,114:150:6023:114:4486:-323.804,0,-461.959 0/1:299:92,207:92:3648:207:8230:-650.252,0,-238.337 dDocent_Contig_1079 107 . N A 87.8127 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77161,-0.90309,0 dDocent_Contig_1080 4 . T A 198.268 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=11I1X3M2X;DP=6;DPB=19;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=70;PQR=74;PRO=2;QA=217;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:187:-16.8221,-1.50515,0 1|1:1:0,1:0:0:1:30:-2.68297,-0.30103,0 dDocent_Contig_1081 16 . T C 3403.09 . AB=0.703947;ABP=57.9257;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.915888;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4299;QR=1778;RO=45;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=100.727;RPR=107;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:20,41:20:774:41:1648:-130.186,0,-51.6088 0/1:91:25,66:25:1004:66:2651:-211.312,0,-63.2617 dDocent_Contig_1082 11 . C A 35.8839 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-3.56916,-0.60206,0 dDocent_Contig_1083 59 . G A 260.638 . AB=0.197368;ABP=63.4687;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.704918;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=549;QR=2157;RO=61;RPL=9;RPP=4.31318;RPPR=5.89373;RPR=6;RUN=1;SAF=9;SAP=4.31318;SAR=6;SRF=35;SRP=5.89373;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:25,3:25:875:3:114:-2.20314,0,-70.6339 0/1:48:36,12:36:1282:12:435:-25.0416,0,-101.23 dDocent_Contig_1084 99 . N A 63.1487 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27.3333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:39:-3.89656,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:75:-2.08722,-0.60206,0 dDocent_Contig_1086 39 . T C 19365.1 . AB=0.601744;ABP=95.8029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=621;CIGAR=1X;DP=1032;DPB=1032;DPRA=0;EPP=1351.49;EPPR=895.485;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25003;QR=16434;RO=411;RPL=0;RPP=1351.49;RPPR=895.485;RPR=621;RUN=1;SAF=621;SAP=1351.49;SAR=0;SRF=411;SRP=895.485;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:476:127,349:127:5079:349:14045:-1119.65,0,-313.679 0/1:556:284,272:284:11355:272:10958:-818.053,0,-853.775 dDocent_Contig_1087 46 . G C 783.178 . AB=0.0714286;ABP=70.0157;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.87234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=1829;RO=47;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=105.07;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:19,3,20:19:738:3,20:117,807:-60.8141,-56.9185,-116.645,0,-51.0186,-54.6152 0|0:36:28,0,8:28:1091:0,8:0,324:-18.6921,-27.121,-116.773,0,-90.0529,-87.6446 dDocent_Contig_1088 11 . C T 1633.28 . AB=0.36875;ABP=26.9508;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.474576;PAIREDR=0.524752;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2357;QR=4073;RO=101;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=222.329;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:45,12:45:1824:12:477:-26.1185,0,-147.203 0/1:103:56,47:56:2249:47:1880:-138.398,0,-171.562 dDocent_Contig_1089 118 . T C 756.642 . AB=0.290076;ABP=53.1531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.894737;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1285;QR=3148;RO=93;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=204.957;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=204.957;SRR=93;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:52,8:52:1757:8:271:-6.6585,0,-140.35 0/1:71:41,30:41:1391:30:1014:-70.1941,0,-104.112 dDocent_Contig_1090 8 . C T 1004.52 . AB=0.440476;ABP=5.59539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1403;QR=1800;RO=47;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=105.07;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:33,16:33:1263:16:606:-40.1239,0,-99.2103 0/1:35:14,21:14:537:21:797:-61.5169,0,-38.1366 dDocent_Contig_1091 35 . A G 128.807 . AB=0.205882;ABP=28.557;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=262;QR=1084;RO=27;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=61.6401;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:12,2:12:478:2:74:-2.8096,0,-39.1553 0/1:20:15,5:15:606:5:188:-11.2577,0,-48.858 dDocent_Contig_1092 137 . G A 99.9036 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.85714;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1369;RO=35;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:562:0:0:0,-4.21442,-50.9198 0/1:26:21,5:21:807:5:202:-10.7351,0,-65.1105 dDocent_Contig_1093 10 . C A 1555.26 . AB=0.533981;ABP=4.04333;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1M13I3M1X;DP=103;DPB=246;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.5636;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2089;QR=1811;RO=48;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=107.241;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:11,25:11:397:25:936:-73.3811,0,-25.2298 0|1:67:37,30:37:1414:30:1153:-83.3337,0,-107.369 dDocent_Contig_1094 107 . N T 660.215 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.2709;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:21:0,21:0:0:21:730:-66.0215,-6.32163,0 dDocent_Contig_1095 118 . G A 5108.85 . AB=0.763441;ABP=171.194;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=213;CIGAR=1X;DP=279;DPB=279;DPRA=0;EPP=465.534;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5399;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995305;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6619;QR=2159;RO=66;RPL=0;RPP=465.534;RPPR=146.327;RPR=213;RUN=1;SAF=0;SAP=465.534;SAR=213;SRF=0;SRP=146.327;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:18,115:18:594:115:3584:-282.704,0,-13.7337 0/1:146:48,98:48:1565:98:3035:-229.369,0,-97.1772 dDocent_Contig_1096 44 . A G 173.619 . AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=2574;RO=65;RPL=5;RPP=3.25157;RPPR=144.156;RPR=4;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:46,2:46:1819:2:82:0,-6.66976,-156.15 0/1:26:19,7:19:755:7:284:-18.1066,0,-60.4443 dDocent_Contig_1097 7 . C T 11424.6 . AB=0.0309478;ABP=990.988;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=3X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=43.6875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.4375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=3886;RO=102;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=224.5;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:288:47,222,4:47:1788:222,4:8447,154:-678.693,0,-79.8343,-683.144,-136.969,-828.588 0|1:229:55,155,12:55:2098:155,12:5874,445:-464.959,0,-125.478,-448.208,-138.834,-616.715 dDocent_Contig_1099 56 . T A 504.185 . AB=0.19403;ABP=111.973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.37037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1014;QR=4297;RO=108;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:51,11:51:2018:11:422:-19.6629,0,-163.154 0/1:72:57,15:57:2279:15:592:-31.944,0,-183.599 dDocent_Contig_1100 77 . C A 21188.1 . AB=0.787986;ABP=614.606;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=669;CIGAR=1X2M;DP=849;DPB=849;DPRA=0;EPP=1455.73;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26180;QR=4223;RO=108;RPL=669;RPP=1455.73;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=669;SAP=1455.73;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:442:38,0,401:38:1497:0,401:0,15743:-1283.36,-1294.8,-1417.94,0,-123.264,-2.55093 0|1:407:70,68,268:70:2726:68,268:2629,10437:-836.638,-641.799,-845.333,0,-8.09524,-143.331 dDocent_Contig_1101 14 . G A 137.616 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.959459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=2867;RO=74;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=163.699;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:31,6:31:1201:6:240:-10.8373,0,-97.2439 0|1:48:43,5:43:1666:5:202:-4.11264,0,-135.742 dDocent_Contig_1103 12 . T A 7787.45 . AB=0.673913;ABP=99.688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=248;CIGAR=1X3M;DP=368;DPB=368;DPRA=0;EPP=541.535;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.96371;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9813;QR=3621;RO=92;RPL=0;RPP=541.535;RPPR=202.786;RPR=248;RUN=1;SAF=248;SAP=541.535;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:128:22,2,103:22:888:2,103:80,4056:-327.096,-327.128,-399.73,0,-66.7022,-42.2871 0|1:240:70,24,145:70:2733:24,145:929,5757:-452.838,-397.604,-615.028,0,-148.346,-181.004 dDocent_Contig_1104 61 . T A 12382.8 . AB=0.393178;ABP=113.424;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=438;CIGAR=1X4M;DP=1114;DPB=1114;DPRA=0;EPP=954.115;EPPR=886.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16612;QR=15585;RO=407;RPL=438;RPP=954.115;RPPR=886.8;RPR=0;RUN=1;SAF=438;SAP=954.115;SAR=0;SRF=407;SRP=886.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:549:191,132,225:191:7326:132,225:5101,8512:-640.217,-278.761,-840.291,0,-182.312,-533.531 0|1:565:216,135,213:216:8259:135,213:5172,8100:-599.253,-239.845,-876.848,0,-253.211,-613.521 dDocent_Contig_1105 112 . A T 176.079 . AB=0.212766;ABP=36.6912;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=3771;RO=107;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=235.358;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=235.358;SRR=107;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:37,10:37:1315:10:354:-18.0516,0,-104.503 0/0:76:70,6:70:2456:6:213:0,-3.36186,-201.777 dDocent_Contig_1106 107 . N G 121.923 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=125;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60401,-0.60206,0 dDocent_Contig_1107 188 . C T 1431.98 . AB=0.174468;ABP=435.623;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=470;DPB=470;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=845.542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3171;QR=15104;RO=388;RPL=82;RPP=181.071;RPPR=845.542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=181.071;SAR=82;SRF=0;SRP=845.542;SRR=388;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:188:141,47:141:5467:47:1793:-104.995,0,-435.296 0/1:282:247,35:247:9637:35:1378:-39.3923,0,-781.879 dDocent_Contig_1108 98 . N A 124.769 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98344,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17329,-0.60206,0 dDocent_Contig_1110 104 . N C 128.575 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=4X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1111 141 . T C 847.874 . AB=0.317757;ABP=33.8777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=12.2071;EPPR=37.8745;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.444444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1304;QR=2442;RO=72;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=159.356;RPR=34;RUN=1;SAF=23;SAP=12.2071;SAR=11;SRF=19;SRP=37.8745;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:40,11:40:1333:11:437:-24.3307,0,-104.889 0/1:56:32,23:32:1109:23:867:-61.6452,0,-83.4089 dDocent_Contig_1112 69 . T G 183.649 . AB=0.095;ABP=857.832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=1218;DPB=1218;DPRA=0.970874;EPP=126.784;EPPR=2506.72;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2204;QR=41649;RO=1153;RPL=57;RPP=126.784;RPPR=2506.72;RPR=0;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=1153;SRP=2506.72;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:618:615,0:615:22215:0:0:0,-185.133,-1998.32 0/1:600:538,57:538:19434:57:2204:-19.1097,0,-1568.86 dDocent_Contig_1113 32 . C T 1200.45 . AB=0.44898;ABP=5.22609;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0.604938;EPP=98.5551;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1667;QR=8419;RO=216;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=472.048;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=216;SRP=472.048;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:162:162,0:162:6350:0:0:0,-48.7669,-571.269 0/1:98:54,44:54:2069:44:1667:-120.79,0,-156.906 dDocent_Contig_1114 168 . G C 141.135 . 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AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.45455;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=873;RO=24;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:484:3:122:-6.55601,0,-39.0847 0/0:11:11,0:11:389:0:0:0,-3.31133,-35.3396 dDocent_Contig_1118 22 . G A 7710.98 . AB=0.482375;ABP=4.46466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=260;CIGAR=1X;DP=539;DPB=539;DPRA=0;EPP=550.355;EPPR=517.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984615;PAIREDR=0.924731;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10387;QR=10991;RO=279;RPL=0;RPP=567.593;RPPR=608.851;RPR=260;RUN=1;SAF=258;SAP=550.355;SAR=2;SRF=268;SRP=517.073;SRR=11;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:262:115,147:115:4583:147:5841:-446.617,0,-333.535 0/1:277:164,113:164:6408:113:4546:-325.67,0,-493.109 dDocent_Contig_1119 1 . N G 620.623 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=679;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:450:-40.8311,-3.91339,0 1/1:7:0,7:0:0:7:229:-20.9298,-2.10721,0 dDocent_Contig_1120 28 . T C 3647.72 . AB=0.584541;ABP=15.8608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.7674;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4755;QR=3082;RO=86;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=189.757;RPR=121;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:35,41:35:1247:41:1614:-122.624,0,-86.3987 0/1:131:51,80:51:1835:80:3141:-243.337,0,-125.964 dDocent_Contig_1121 56 . T C 2299.25 . AB=0.73;ABP=48.9587;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.90411;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2897;QR=1002;RO=27;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:18,47:18:657:47:1893:-151.002,0,-39.8789 0/1:35:9,26:9:345:26:1004:-80.1109,0,-20.8686 dDocent_Contig_1122 7 . T C 848.885 . AB=0.442857;ABP=4.99565;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.741935;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1183;QR=1489;RO=39;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=87.6977;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:676:8:311:-20.5275,0,-53.344 0/1:44:21,23:21:813:23:872:-65.5494,0,-60.2502 dDocent_Contig_1123 19 . C A 58.4026 . AB=0.108108;ABP=101.724;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=2641;RO=66;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=146.327;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:27,3:27:1090:3:117:-1.8788,0,-89.3505 0/1:44:39,5:39:1551:5:200:-5.13422,0,-126.581 dDocent_Contig_1124 50 . A G 352.156 . AB=0.28;ABP=24.0302;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=3295;RO=83;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:47,1:47:1870:1:41:0,-10.3549,-164.417 0/1:50:36,14:36:1425:14:563:-35.9603,0,-113.453 dDocent_Contig_1126 20 . T G 35410 . AB=0.848325;ABP=600.548;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1072;CIGAR=1X;DP=1195;DPB=1195;DPRA=0;EPP=2330.83;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999067;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42751;QR=4893;RO=123;RPL=0;RPP=2330.83;RPPR=270.101;RPR=1072;RUN=1;SAF=1072;SAP=2330.83;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:567:86,481:86:3431:481:19184:-1554.29,0,-138.149 1/1:628:37,591:37:1462:591:23567:-1987.15,-57.2172,0 dDocent_Contig_1127 19 . A C 661.004 . AB=0.578947;ABP=5.06748;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=867;QR=629;RO=16;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=37.7539;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:9,15:9:351:15:591:-46.2974,0,-24.7221 0/1:14:7,7:7:278:7:276:-20.9915,0,-21.1757 dDocent_Contig_1128 135 . A G 375.289 . AB=0.128931;ABP=383.332;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=532;DPB=532;DPRA=1.48598;EPP=92.0407;EPPR=1069.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1483;QR=19148;RO=491;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=1069.2;RPR=41;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=1069.2;SRR=491;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:318:277,41:277:10810:41:1483:-37.9726,0,-876.493 0/0:214:214,0:214:8338:0:0:0,-64.4204,-749.998 dDocent_Contig_1129 19 . T C 398.074 . AB=0.541667;ABP=3.37221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=2.66667;EPP=31.2394;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=527;QR=790;RO=20;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=46.4397;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:347:0:0:0,-2.70927,-31.5826 0/1:24:11,13:11:443:13:527:-40.552,0,-32.9994 dDocent_Contig_1130 13 . T C 340.191 . AB=0.16129;ABP=126.574;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=211.806;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=4185;RO=104;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=228.843;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=102;SRP=211.806;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:39,7:39:1572:7:286:-12.2674,0,-127.866 0/1:78:65,13:65:2613:13:512:-22.9401,0,-211.814 dDocent_Contig_1131 58 . T G 2002.61 . AB=0.367442;ABP=35.8248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X3M1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0.992537;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2949;QR=5188;RO=134;RPL=79;RPP=174.557;RPPR=293.988;RPR=0;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:98:58,40:58:2207:40:1489:-104.786,0,-169.328 0|1:117:76,39:76:2981:39:1460:-96.6632,0,-233.406 dDocent_Contig_1132 82 . G A 35626.3 . 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G C 423.455 . AB=0.212121;ABP=74.2741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=2884;RO=78;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:36,10:36:1356:10:378:-20.5229,0,-108.48 0/1:53:42,11:42:1528:11:429:-23.0111,0,-121.83 dDocent_Contig_1135 45 . G A 12625.1 . AB=0.736648;ABP=267.142;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=400;CIGAR=1X;DP=543;DPB=543;DPRA=0;EPP=871.599;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9975;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15860;QR=5450;RO=141;RPL=0;RPP=871.599;RPPR=309.188;RPR=400;RUN=1;SAF=400;SAP=871.599;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:247:70,175:70:2694:175:6948:-551.205,0,-168.781 0/1:296:71,225:71:2756:225:8912:-712.49,0,-159.082 dDocent_Contig_1136 110 . C T 497.171 . AB=0.238636;ABP=55.2243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.835821;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=852;QR=2695;RO=67;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=148.499;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:40,11:40:1622:11:447:-25.2335,0,-130.852 0/1:37:27,10:27:1073:10:405:-25.6719,0,-85.717 dDocent_Contig_1137 107 . N C 120.07 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=133;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.0022,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1138 14 . T A 428.429 . AB=0.25;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8889;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.592593;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=722;QR=2178;RO=54;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=120.27;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:26,10:26:1056:10:403:-25.7919,0,-84.4766 0/1:36:28,8:28:1122:8:319:-18.2395,0,-90.4182 dDocent_Contig_1139 15 . C T 39.5276 . AB=0.0833333;ABP=39.2015;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=81.4005;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=1561;RO=40;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=89.8692;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=39;SRP=81.4005;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:21,0,3:21:824:0,3:0,121:-4.05548,-10.3771,-78.1302,0,-68.1546,-67.2515 0|0:24:19,2,2:19:737:2,2:64,81:-0.967285,-1.56591,-61.4954,0,-55.4321,-59.9777 dDocent_Contig_1140 13 . C T 109.055 . AB=0.128571;ABP=86.8912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=2435;RO=61;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=135.47;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1398:6:240:-9.63231,0,-113.728 0/1:29:26,3:26:1037:3:120:-2.45744,0,-84.8902 dDocent_Contig_1141 33 . G A 198.085 . AB=0.266667;ABP=17.1973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=877;RO=22;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=50.7827;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:11,2:11:440:2:82:-3.86629,0,-36.0401 0/1:17:11,6:11:437:6:243:-17.1305,0,-34.5652 dDocent_Contig_1142 24 . C T 6954.73 . AB=0.0652742;ABP=631.711;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=49;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1001;QR=4011;RO=103;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=226.672;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:153:55,0,3,95:55:2154:0,3,95:0,120,3647:-282.756,-299.312,-476.433,-289.554,-466.675,-465.772,0,-177.115,-167.357,-148.517 0|0:230:48,24,22,135:48:1857:24,22,135:936,881,5216:-413.905,-351.625,-496.929,-356.743,-432.542,-502.648,0,-75.7967,-80.9129,-111.887 dDocent_Contig_1143 77 . G A 80.5961 . AB=0.114754;ABP=160.282;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=3755;RO=108;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:47,7:47:1619:7:255:-7.04624,0,-129.745 0/1:68:61,7:61:2136:7:248:-2.19415,0,-172.044 dDocent_Contig_1145 15 . T G 22546.9 . AB=0.800454;ABP=694.582;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=706;CIGAR=1X1M;DP=882;DPB=882;DPRA=0;EPP=1536.07;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.991501;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27859;QR=4816;RO=120;RPL=0;RPP=1536.07;RPPR=263.587;RPR=706;RUN=1;SAF=706;SAP=1536.07;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:475:58,1,416:58:2338:1,416:40,16322:-1324.68,-1338.84,-1531.25,0,-189.419,-67.4858 0|1:407:62,54,290:62:2478:54,290:2097,11537:-931.201,-777.585,-965.433,0,-31.8328,-116.811 dDocent_Contig_1146 18 . T A 10139.7 . AB=0.802139;ABP=151.286;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=311;CIGAR=1X4M;DP=384;DPB=384;DPRA=0;EPP=678.338;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12386;QR=1224;RO=31;RPL=0;RPP=678.338;RPPR=70.3259;RPR=311;RUN=1;SAF=311;SAP=678.338;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:187:17,14,150:17:681:14,150:564,5975:-486.881,-445.511,-497.402,0,-9.61675,-10.9505 1|1:197:14,9,161:14:543:9,161:351,6411:-527.533,-502.9,-544.793,-3.86244,-19.6172,0 dDocent_Contig_1147 1 . N G 22196.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=719;CIGAR=1X;DP=719;DPB=719;DPRA=0;EPP=1529.75;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8804;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24671;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1564.3;RPPR=0;RPR=719;RUN=1;SAF=4;SAP=1529.75;SAR=715;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:336:0,336:0:0:336:11511:-1035.52,-101.146,0 1/1:383:0,383:0:0:383:13160:-1183.81,-115.294,0 dDocent_Contig_1150 43 . T C 343.526 . AB=0.1875;ABP=84.4405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=15.074;EPPR=21.8297;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.410256;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=3009;RO=78;RPL=6;RPP=7.35324;RPPR=124.279;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=7.35324;SAR=6;SRF=58;SRP=43.2104;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:41,7:41:1601:7:277:-10.8491,0,-129.879 0/1:48:37,11:37:1408:11:431:-24.692,0,-112.538 dDocent_Contig_1151 16 . T A 171.74 . AB=0.117647;ABP=218.88;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=372;DPB=372;DPRA=0.841584;EPP=46.4397;EPPR=767.369;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=761;QR=14052;RO=352;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=767.369;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=352;SRP=767.369;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:150,20:150:5968:20:761:-17.6177,0,-485.731 0/0:202:202,0:202:8084:0:0:0,-60.8081,-727.112 dDocent_Contig_1153 35 . G C 39.3076 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.344828;EPP=7.35324;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=1480;RO=37;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=83.3548;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1158:0:0:0,-8.72987,-104.498 0/1:10:8,2:8:322:2:81:-4.67543,0,-26.338 dDocent_Contig_1154 36 . G A 346.549 . AB=0.172185;ABP=143.955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=0.904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=896;QR=4238;RO=125;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=274.444;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:51,10:51:1754:10:342:-12.7484,0,-139.782 0/1:90:74,16:74:2484:16:554:-23.0949,0,-196.725 dDocent_Contig_1156 46 . C A 166.074 . AB=0.166667;ABP=55.1256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X14M;DP=54;DPB=56.7333;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=1586;RO=40;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:21,2,0,4:21:833:2,0,4:79,0,158:-6.67902,-6.50005,-74.4712,-13.0006,-75.0733,-81.5738,0,-62.0729,-68.5734,-67.3692 0|1:27:19,1,2,5:19:753:1,2,5:40,80,204:-11.1168,-13.542,-75.2156,-10.2478,-68.9264,-71.6195,0,-58.6831,-55.3879,-60.4732 dDocent_Contig_1157 152 . C T 106.248 . AB=0.110092;ABP=146.945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=3837;RO=97;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=213.643;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=213.643;SRR=97;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:44,4:44:1752:4:162:-0.517516,0,-143.45 0/1:61:53,8:53:2085:8:325:-11.2568,0,-169.467 dDocent_Contig_1159 98 . N C 170.352 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:111:-10.2642,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_1160 26 . G A 48817.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1454;CIGAR=1X2M1X;DP=1537;DPB=1537;DPRA=0;EPP=3160.33;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57075;QR=2782;RO=72;RPL=0;RPP=3160.33;RPPR=159.356;RPR=1454;RUN=1;SAF=1454;SAP=3160.33;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:715:23,689:23:907:689:27070:-2352.31,-132.786,0 1|1:822:49,765:49:1875:765:30005:-2529.15,-76.4161,0 dDocent_Contig_1161 8 . T C 30.4678 . AB=0.153846;ABP=16.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=25;DPB=25;DPRA=1.08333;EPP=7.35324;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=881;RO=23;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=52.9542;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:11,2:11:418:2:78:-3.49008,0,-34.0577 0|0:12:12,0:12:463:0:0:0,-3.61236,-42.0212 dDocent_Contig_1164 107 . N A 160.961 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=175;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:175:-16.0937,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1165 8 . T A 44.6524 . AB=0.09375;ABP=48.8827;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M7D1M;DP=52;DPB=49.4545;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.761905;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1627;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:17,1,1:17:654:1,1:39,39:0,-1.91328,-55.2939,-1.91328,-52.3889,-55.2939 0|0:32:25,3,4:25:973:3,4:116,155:-5.20887,-3.20671,-82.2699,0,-70.4391,-78.763 dDocent_Contig_1166 12 . C T 99.9618 . AB=0.114943;ABP=115.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.814103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=6246;RO=156;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=341.76;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:77,10:77:3087:10:403:-10.4399,0,-251.709 0/0:81:79,2:79:3159:2:81:0,-16.6977,-276.695 dDocent_Contig_1167 28 . T C 480.076 . AB=0.0885609;ABP=401.479;AC=0;AF=0;AN=4;AO=24;CIGAR=2X;DP=271;DPB=271;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.541667;PAIREDR=0.476415;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=964;QR=8498;RO=212;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=463.362;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:139:115,11,12:115:4607:11,12:436,488:-5.64514,-4.37658,-380.606,0,-343.664,-375.938 0|0:132:97,13,22:97:3891:13,22:528,883:-43.5508,-29.2013,-345.869,0,-277.029,-313.955 dDocent_Contig_1169 95 . T C 253.972 . AB=0.166667;ABP=101.45;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=1.0625;EPP=4.1599;EPPR=10.5085;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.729282;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=628;QR=6671;RO=181;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=396.047;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=4.1599;SAR=7;SRF=103;SRP=10.5085;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:96:96,0:96:3521:0:0:0,-28.8989,-317.028 0/1:102:85,17:85:3150:17:628:-26.1419,0,-252.95 dDocent_Contig_1170 33 . T C 19507.3 . AB=0.361211;ABP=329.1;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=704;CIGAR=1X;DP=1949;DPB=1949;DPRA=0;EPP=1531.73;EPPR=2704.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28229;QR=49490;RO=1244;RPL=0;RPP=1531.73;RPPR=2704.32;RPR=704;RUN=1;SAF=704;SAP=1531.73;SAR=0;SRF=1244;SRP=2704.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:849:562,286:562:22366:286:11447:-774.055,0,-1755.68 0/1:1100:682,418:682:27124:418:16782:-1177.86,0,-2107.61 dDocent_Contig_1172 121 . T A 41.1038 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=758;RO=19;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:320:1:41:-1.3853,0,-26.4575 0/1:13:11,2:11:438:2:82:-3.86629,0,-35.8619 dDocent_Contig_1173 24 . G A 9126.83 . AB=0.215707;ABP=1343.86;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=412;CIGAR=1X;DP=1910;DPB=1910;DPRA=0;EPP=897.657;EPPR=3253.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997996;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16553;QR=59563;RO=1497;RPL=0;RPP=897.657;RPPR=3253.7;RPR=412;RUN=1;SAF=412;SAP=897.657;SAR=0;SRF=1497;SRP=3253.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:959:822,136:822:32764:136:5455:-202.121,0,-2657.12 0/1:951:675,276:675:26799:276:11098:-711.751,0,-2123.29 dDocent_Contig_1175 44 . G A 1315.6 . AB=0.251082;ABP=127.329;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=2X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2234;QR=6197;RO=169;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=369.989;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:89,21:89:3265:21:802:-38.983,0,-260.496 0|1:118:80,37:80:2932:37:1432:-93.7658,0,-228.683 dDocent_Contig_1178 26 . G A 405.759 . AB=0.242857;ABP=43.2136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=2134;RO=53;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=118.098;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1173:4:164:-5.21591,0,-95.912 0/1:37:24,13:24:961:13:526:-36.5484,0,-75.6541 dDocent_Contig_1179 23 . A T 32.5333 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.423077;EPP=7.35324;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=1335;RO=35;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=79.0118;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:981:0:0:0,-7.82678,-88.5922 0/1:11:9,2:9:354:2:77:-3.99781,0,-28.9092 dDocent_Contig_1181 20 . G C 684.095 . AB=0.27451;ABP=48.0577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1107;QR=2977;RO=74;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=163.699;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:28,16:28:1123:16:622:-43.0567,0,-88.106 0/1:58:46,12:46:1854:12:485:-26.5412,0,-149.604 dDocent_Contig_1182 177 . G A 577.592 . AB=0.136808;ABP=354.753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=532;DPB=532;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=1064.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1712;QR=19460;RO=489;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=1064.86;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=96.3836;SAR=43;SRF=0;SRP=1064.86;SRR=489;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:307:265,42:265:10540:42:1671:-58.2029,0,-855.47 0/0:225:224,1:224:8920:1:41:0,-63.6372,-798.15 dDocent_Contig_1183 144 . T C 109.554 . AB=0.122581;ABP=194.786;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=436;DPB=436;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=882.457;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1038;QR=13864;RO=405;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=882.457;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=882.457;SRR=405;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:135,19:135:4637:19:642:-11.3991,0,-370.815 0/0:281:270,11:270:9227:11:396:0,-48.612,-794.476 dDocent_Contig_1184 17 . G A 40.7872 . AB=0.117647;ABP=46.1843;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.78947;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.877551;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1925;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:760:0:0:0,-5.71957,-68.7224 0/1:34:30,4:30:1165:4:163:-4.82341,0,-94.8935 dDocent_Contig_1185 59 . G A 10377.6 . AB=0.794393;ABP=325.2;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=340;CIGAR=1M1X5M;DP=428;DPB=422.714;DPRA=0;EPP=741.311;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12772;QR=1655;RO=46;RPL=340;RPP=741.311;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=340;SAP=741.311;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:214:23,13,176:23:837:13,176:473,6655:-538.588,-506.886,-571.337,0,-29.7403,-15.3855 0|1:214:23,24,164:23:818:24,164:894,6117:-500.365,-434.112,-493.545,-6.53206,0,-23.818 dDocent_Contig_1186 97 . C A 79.663 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0.342857;EPP=13.8677;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.651685;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=3118;RO=89;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:19,5:19:670:5:170:-8.40999,0,-53.4003 0/0:70:70,0:70:2448:0:0:0,-21.0721,-220.576 dDocent_Contig_1187 35 . G T 179.51 . AB=0.186441;ABP=53.3958;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0.710843;EPP=4.78696;EPPR=25.703;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.450382;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=4979;RO=131;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=287.473;RPR=11;RUN=1;SAF=7;SAP=4.78696;SAR=4;SRF=84;SRP=25.703;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:48,11:48:1791:11:398:-18.3947,0,-143.668 0/0:83:83,0:83:3188:0:0:0,-24.9855,-287.033 dDocent_Contig_1188 98 . N T 50.5326 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03414,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1189 24 . T G 345.252 . AB=0.136126;ABP=222.67;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.963636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1028;QR=6567;RO=165;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=361.303;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:77,13:77:3058:13:515:-19.6043,0,-248.213 0/1:101:88,13:88:3509:13:513:-16.1093,0,-285.44 dDocent_Contig_1192 98 . N T 50.0463 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.5;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-4.98551,-0.60206,0 dDocent_Contig_1194 8 . T C 121.31 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=3017;RO=79;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=174.557;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:47,1:47:1822:1:39:0,-10.576,-160.354 0/1:39:32,7:32:1195:7:271:-12.8757,0,-96.1023 dDocent_Contig_1195 16 . G A 3091.56 . AB=0.864865;ABP=131.362;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3815;QR=602;RO=15;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=35.5824;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:7,41:7:281:41:1618:-131.405,0,-11.2125 0/1:63:8,55:8:321:55:2197:-178.939,0,-10.2919 dDocent_Contig_1196 61 . T A 311.987 . AB=0.458333;ABP=3.37221;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=518;RO=13;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:6:5,1:5:197:1:35:-1.69245,0,-16.2978 0/1:18:8,10:8:321:10:397:-30.6708,0,-23.8396 dDocent_Contig_1197 68 . G C 97.5277 . AB=0.117647;ABP=110.945;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=1.0241;EPP=24.725;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.8101;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943038;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=6125;RO=158;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=346.103;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:83,0:83:3215:0:0:0,-24.9855,-284.579 0/1:85:75,10:75:2910:10:397:-10.4975,0,-231.643 dDocent_Contig_1198 13 . T A 7245.05 . AB=0.224363;ABP=961.867;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=326;CIGAR=1X;DP=1453;DPB=1453;DPRA=0;EPP=710.91;EPPR=2450.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12929;QR=44965;RO=1127;RPL=0;RPP=710.91;RPPR=2450.26;RPR=326;RUN=1;SAF=326;SAP=710.91;SAR=0;SRF=1127;SRP=2450.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:685:507,178:507:20238:178:7060:-428.87,0,-1613.52 0/1:768:620,148:620:24727:148:5869:-296.823,0,-1992.08 dDocent_Contig_1199 13 . T C 6248.2 . AB=0.175781;ABP=470.488;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=90;CIGAR=2X3M1X2M1X;DP=512;DPB=512;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3525;QR=7040;RO=181;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=396.047;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:240:41,107,59,20:41:1594:107,59,20:4228,2303,787:-393.894,-58.3315,-157.106,-216.921,0,-330.145,-341.502,-124.582,-283.172,-466.466 0|0:272:140,85,31,9:140:5446:85,31,9:3335,1222,363:-232.115,0,-421.933,-173.72,-346.981,-611.912,-244.336,-417.598,-591.321,-689.151 dDocent_Contig_1200 28 . A T 521.752 . AB=0.264368;ABP=44.9671;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.782609;PAIREDR=0.71875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=876;QR=2500;RO=64;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=141.985;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:37,4:37:1443:4:159:-2.3501,0,-117.785 0/1:46:27,19:27:1057:19:717:-51.0082,0,-81.5695 dDocent_Contig_1204 14 . T C 165.596 . AB=0.195122;ABP=36.112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.803922;EPP=20.3821;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.373494;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=3288;RO=83;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=183.243;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:32,8:32:1232:8:321:-17.0033,0,-98.9152 0|0:51:51,0:51:2056:0:0:0,-15.3525,-185.221 dDocent_Contig_1205 7 . C T 1812.24 . AB=0.0555556;ABP=157.426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X8M1X2M2X1M;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=14;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=709;RO=18;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=42.0968;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:90:10,3,25,5,8,4,6,13:10:395:3,25,5,8,4,6,13:111,926,186,319,154,235,511:-82.2612,-76.1916,-107.794,-9.52415,-32.95,-34.5037,-70.049,-93.4748,-26.8077,-101.049,-58.9983,-82.4244,-15.7567,-76.2818,-89.0961,-72.6281,-96.054,-29.3865,-89.9114,-78.861,-103.93,-65.9495,-89.3755,-22.708,-83.2329,-72.1824,-85.8121,-96.6492,-43.2409,-66.6672,0,-60.5246,-49.4738,-63.1037,-56.4251,-71.8337 1|0:95:8,6,25,0,0,12,16,6:8:314:6,25,0,0,12,16,6:226,935,0,0,462,633,237:-100.151,-84.0411,-108.06,-26.2732,-33.5804,-44.5721,-102.559,-109.866,-52.0979,-128.384,-102.559,-109.866,-52.0979,-128.384,-128.384,-64.9044,-72.2114,-14.4442,-90.7294,-90.7294,-87.117,-50.4607,-57.7679,0,-76.286,-76.286,-38.6311,-71.4696,-83.0565,-90.3634,-32.5954,-108.881,-108.881,-71.2267,-56.7831,-107.075 dDocent_Contig_1206 98 . N T 81.276 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:87:-8.11794,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1207 65 . T C 643.815 . AB=0.21519;ABP=114.333;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1250;QR=4915;RO=124;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=272.273;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:61,19:61:2396:19:707:-39.8631,0,-191.71 0/1:78:63,15:63:2519:15:543:-25.7067,0,-203.372 dDocent_Contig_1208 24 . T G 1666.67 . AB=0.264706;ABP=133.81;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2769;QR=7839;RO=200;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=437.305;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:111,53:111:4377:53:2041:-134.522,0,-344.524 0/1:108:89,19:89:3462:19:728:-33.3337,0,-279.128 dDocent_Contig_1209 29 . T C 1025.27 . AB=0.41573;ABP=8.49998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=85.7331;EPPR=227.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.890756;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1643;QR=4558;RO=119;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=261.416;RPR=42;RUN=1;SAF=41;SAP=85.7331;SAR=1;SRF=115;SRP=227.84;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:52,37:52:1990:37:1439:-102.971,0,-152.521 0/0:72:67,5:67:2568:5:204:0,-2.93013,-212.537 dDocent_Contig_1210 61 . A T 459.199 . AB=0.0540541;ABP=66.922;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=63;DPB=63;DPRA=1.42308;EPP=7.35324;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.930233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=1484;RO=43;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=3.46479;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=23;SRP=3.46479;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:25,0,1:25:829:0,1:0,31:0,-7.52575,-74.5958,-4.72733,-72.1082,-71.8072 0|0:37:18,2,17:18:655:2,17:74,636:-46.6646,-46.03,-98.9174,0,-47.435,-48.3717 dDocent_Contig_1212 9 . G A 15208.6 . AB=0.772446;ABP=419.503;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=499;CIGAR=3M1X;DP=646;DPB=654.75;DPRA=0;EPP=1086.58;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18970;QR=4251;RO=112;RPL=0;RPP=1086.58;RPPR=246.215;RPR=499;RUN=1;SAF=499;SAP=1086.58;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:312:70,4,238:70:2643:4,238:151,9054:-721.515,-730.212,-945.63,0,-204.247,-144.978 0|1:334:42,31,261:42:1608:31,261:1188,9916:-800.531,-715.671,-838.304,0,-34.4606,-53.3953 dDocent_Contig_1213 151 . G A 559.299 . AB=0.179487;ABP=72.6088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=2X1M1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=502;QR=1403;RO=41;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:22,9,13:22:752:9,13:295,465:-31.311,-14.1089,-72.4269,0,-37.2163,-57.1325 0|1:32:19,12,1:19:651:12,1:391,37:-25.8073,0,-49.2081,-28.4964,-49.7921,-81.052 dDocent_Contig_1214 49 . G T 393.987 . AB=0.101156;ABP=959.161;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=1483;DPB=1483;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=2885.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2799;QR=55751;RO=1410;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=2885.1;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=1410;SRP=3064.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:791:789,1:789:31215:1:41:0,-234.129,-2802.5 0/1:692:621,70:621:24536:70:2758:-40.1435,0,-1997.99 dDocent_Contig_1216 196 . A T 8320.74 . AB=0.787402;ABP=94.1267;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=264;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0;EPP=576.279;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9926;QR=1284;RO=34;RPL=264;RPP=576.279;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=576.279;SAR=264;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:27,100:27:1036:100:3744:-298.841,0,-55.3161 1/1:171:7,164:7:248:164:6182:-533.677,-28.8182,0 dDocent_Contig_1217 167 . G T 3024.93 . AB=0.0634921;ABP=107.275;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=149;QR=894;RO=24;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:74:9,0,56,8:9:337:0,56,8:0,2235,314:-181.395,-184.104,-211.702,0,-27.6082,-10.7505,-158.385,-185.982,-1.86826,-183.573 0|0:63:15,4,39,5:15:557:4,39,5:149,1541,201:-122.283,-114.605,-158.972,0,-33.3742,-33.8291,-110.615,-143.992,-29.3816,-154.682 dDocent_Contig_1218 93 . C A 518 . AB=0.245455;ABP=64.917;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X2M1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.774648;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=917;QR=2422;RO=71;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:25,10,0,2:25:854:10,0,2:339,0,70:-19.9548,0,-66.2901,-27.4805,-69.3004,-96.7892,-21.7832,-63.6043,-91.0933,-90.4912 0|1:73:46,17,6,4:46:1568:17,6,4:578,208,139:-33.0337,0,-122.101,-29.973,-110.311,-155.39,-35.579,-115.917,-145.895,-161.598 dDocent_Contig_1219 7 . T C 1519.8 . AB=0.245487;ABP=158.862;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956731;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2623;QR=7949;RO=208;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=454.677;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=208;SRP=454.677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:99,16:99:3762:16:613:-20.8904,0,-304.079 0/1:162:109,52:109:4187:52:2010:-132.278,0,-328.052 dDocent_Contig_1221 82 . G A 25364.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=824;CIGAR=1X;DP=858;DPB=858;DPRA=0;EPP=1792.3;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6723;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992718;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29555;QR=1231;RO=34;RPL=824;RPP=1792.3;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=824;SAP=1792.3;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:410:17,393:17:608:393:14058:-1201.95,-68.3724,0 1/1:448:17,431:17:623:431:15497:-1334.16,-78.4567,0 dDocent_Contig_1222 53 . C T 254.826 . AB=0.175258;ABP=91.8616;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=1.61667;EPP=39.9253;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=609;QR=4862;RO=140;RPL=9;RPP=3.13803;RPPR=4.56135;RPR=8;RUN=1;SAF=9;SAP=3.13803;SAR=8;SRF=75;SRP=4.56135;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:80,17:80:2773:17:609:-25.9263,0,-220.53 0/0:60:60,0:60:2089:0:0:0,-18.0618,-188.208 dDocent_Contig_1223 7 . T C 384.815 . AB=0.308642;ABP=28.7731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=30.68;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.04;PAIREDR=0.982143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=952;QR=2124;RO=56;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=124.613;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:23,13:23:891:13:487:-24.9708,0,-69.672 0/1:45:33,12:33:1233:12:465:-14.6992,0,-97.7143 dDocent_Contig_1225 125 . G T 135.569 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.86667;EPP=16.0391;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.891892;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1502;RO=37;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:891:6:245:-14.0006,0,-72.0687 0/0:15:15,0:15:611:0:0:0,-4.51545,-55.3275 dDocent_Contig_1228 93 . G C 64.3479 . AB=0.132353;ABP=82.8438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X3M1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=2919;RO=91;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:33,3:33:1054:3:95:0,-1.97234,-86.2915 0|1:68:58,9:58:1865:9:303:-7.1791,0,-147.718 dDocent_Contig_1235 98 . N C 4286.08 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=138;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=302.673;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4753;QR=0;RO=0;RPL=138;RPP=302.673;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=138;SAP=302.673;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:135:0,135:0:0:135:4649:-418.599,-40.6391,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_1236 31 . A G 388.586 . AB=0.340909;ABP=12.6832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.62069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=584;QR=1150;RO=29;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=65.983;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:518:3:122:-6.55601,0,-42.1464 0/1:28:16,12:16:632:12:462:-33.491,0,-48.7813 dDocent_Contig_1237 155 . N G 144.221 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:156:-14.4173,-1.20412,0 dDocent_Contig_1238 107 . N C 61.6581 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:17:-1.61469,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:45:-4.22594,-0.60206,0 dDocent_Contig_1240 98 . N C 88.9815 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=90;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:64:-5.97301,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:26:-2.59983,-0.30103,0 dDocent_Contig_1241 48 . A G 116.272 . AB=0.11828;ABP=120.713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.817073;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=3224;RO=82;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=181.071;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1118:4:163:-5.12444,0,-90.9678 0/1:60:53,7:53:2106:7:282:-7.69116,0,-171.664 dDocent_Contig_1242 27 . G A 2512.25 . AB=0.0588235;ABP=146.711;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M2X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1731;RO=45;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:13,5,0,42:13:499:5,0,42:198,0,1570:-124.657,-112.271,-151.726,-128.571,-153.231,-169.53,0,-24.685,-40.9923,-28.349 0|0:85:32,5,5,43:32:1232:5,5,43:199,200,1672:-127.756,-121.003,-220.649,-120.913,-205.679,-220.559,0,-84.7566,-84.6665,-88.199 dDocent_Contig_1243 9 . G A 751.609 . AB=0.144186;ABP=475.866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=430;DPB=430;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=802.112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.1452;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.725806;PAIREDR=0.997283;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2364;QR=14089;RO=368;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=802.112;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=368;SRP=802.112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:206,23:206:7935:23:872:-6.13764,0,-645.01 0/1:201:162,39:162:6154:39:1492:-70.2117,0,-493.301 dDocent_Contig_1244 21 . T A 2907.82 . AB=0.505208;ABP=3.05554;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3882;QR=3794;RO=95;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=209.3;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:53,62:53:2109:62:2471:-187.912,0,-155.37 0/1:77:42,35:42:1685:35:1411:-104.058,0,-128.694 dDocent_Contig_1245 47 . G C 279.505 . AB=0.110032;ABP=411.17;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1349;QR=10906;RO=275;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=600.165;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:191:175,16:175:6935:16:647:-1.06737,0,-566.337 0/1:118:100,18:100:3971:18:702:-27.9789,0,-321.854 dDocent_Contig_1246 118 . A G 3980.84 . AB=0.37243;ABP=119.91;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=308;CIGAR=1X;DP=827;DPB=827;DPRA=0;EPP=671.824;EPPR=1125.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=26.5844;MQMR=46.1122;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.899351;PAIREDR=0.0522244;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10439;QR=17767;RO=517;RPL=0;RPP=671.824;RPPR=1125.66;RPR=308;RUN=1;SAF=0;SAP=671.824;SAR=308;SRF=0;SRP=1125.66;SRR=517;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:333:223,108:223:7607:108:3642:-125.569,0,-578.913 0/1:494:294,200:294:10160:200:6797:-273.704,0,-755.449 dDocent_Contig_1247 11 . C A 116.729 . AB=0.416667;ABP=3.73412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=4M1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=21;MQMR=43.6;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=175;QR=172;RO=5;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=13.8677;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=13.8677;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:4,0,2,5:4:137:0,2,5:0,65,175:-6.60517,-7.80929,-18.2384,-2.83841,-13.2813,-12.6793,0,-10.4135,-5.46653,-8.90839 0|1:7:1,6,0,0:1:35:6,0,0:208,0,0:-6.19843,0,-1.29549,-6.49946,-3.10167,-9.28791,-6.49946,-3.10167,-9.28791,-9.28791 dDocent_Contig_1249 36 . T C 11361.9 . AB=0.844907;ABP=449.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=365;CIGAR=1X;DP=432;DPB=432;DPRA=0;EPP=795.598;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985075;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14088;QR=2584;RO=67;RPL=0;RPP=795.598;RPPR=148.499;RPR=365;RUN=1;SAF=365;SAP=795.598;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:19,165:19:747:165:6360:-516.835,0,-12.1648 0/1:248:48,200:48:1837:200:7728:-620.542,0,-90.8842 dDocent_Contig_1250 9 . G A 134.093 . AB=0.126126;ABP=137.779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=49.0556;MQMR=40.113;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99435;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=6854;RO=177;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=387.361;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:96,14:96:3745:14:529:-13.853,0,-226.391 0/0:85:81,4:81:3109:4:152:0,-11.8805,-195.813 dDocent_Contig_1251 36 . G A 137.214 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=1;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=849;RO=21;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:524:0:0:0,-3.91339,-47.5041 0/1:13:8,5:8:325:5:200:-14.4662,0,-25.7062 dDocent_Contig_1252 7 . C T 8905.46 . AB=0.791908;ABP=131.052;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=289;CIGAR=1X;DP=338;DPB=338;DPRA=0;EPP=630.566;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.436;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.858131;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11008;QR=1852;RO=48;RPL=0;RPP=630.566;RPPR=107.241;RPR=289;RUN=1;SAF=289;SAP=630.566;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:35,137:35:1353:137:5233:-417.072,0,-70.0038 1/1:165:13,152:13:499:152:5775:-473.917,-4.41247,0 dDocent_Contig_1253 75 . T A 53660.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1752;CIGAR=1X;DP=1812;DPB=1812;DPRA=0;EPP=3807.43;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998858;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61757;QR=2109;RO=59;RPL=1752;RPP=3807.43;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=1752;SAP=3807.43;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:995:36,958:36:1276:958:33750:-2921.29,-184.176,0 1/1:817:23,794:23:833:794:28007:-2444.49,-170.648,0 dDocent_Contig_1254 12 . G A 19180.9 . AB=0.392529;ABP=177.572;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=683;CIGAR=1X;DP=1740;DPB=1740;DPRA=0;EPP=1486.13;EPPR=2296.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978038;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27165;QR=42093;RO=1056;RPL=0;RPP=1486.13;RPPR=2296.09;RPR=683;RUN=1;SAF=683;SAP=1486.13;SAR=0;SRF=1056;SRP=2296.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:855:454,400:454:18101:400:15969:-1178.79,0,-1370.43 0/1:885:602,283:602:23992:283:11196:-740.486,0,-1890.78 dDocent_Contig_1255 21 . A C 1055.73 . AB=0.310606;ABP=44.1367;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.8293;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1627;QR=3575;RO=91;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=200.614;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:43,7:43:1722:7:280:-10.5196,0,-140.151 0/1:82:48,34:48:1853:34:1347:-96.2423,0,-142.299 dDocent_Contig_1256 42 . A G 371.126 . AB=0.2125;ABP=60.4457;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.84127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=2483;RO=63;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=139.813;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:868:6:242:-13.7283,0,-70.0023 0/1:52:41,11:41:1615:11:443:-24.5727,0,-129.933 dDocent_Contig_1257 144 . G A 83.9161 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=949;RO=24;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=55.1256;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:601:3:118:-5.58304,0,-49.0106 0/1:11:9,2:9:348:2:77:-3.99687,0,-28.3653 dDocent_Contig_1258 7 . T G 83.3996 . AB=0.212121;ABP=50.5195;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X2M;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=28.1;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.653333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=423;QR=2846;RO=75;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=165.871;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:33,1,6:33:1247:1,6:39,111:0,-8.7059,-110.8,-3.35854,-104.547,-103.961 0|1:66:42,9,14:42:1599:9,14:319,312:-9.08467,-9.46682,-138.054,0,-119.097,-127.115 dDocent_Contig_1259 15 . T C 3214.68 . AB=0.446215;ABP=9.31709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.767857;PAIREDR=0.841727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4421;QR=5361;RO=139;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=304.845;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=139;SRP=304.845;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:55,30:55:2100:30:1157:-78.8149,0,-163.627 0/1:166:84,82:84:3261:82:3264:-243.841,0,-243.632 dDocent_Contig_1260 18 . G C 731.259 . AB=0.278846;ABP=47.1914;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.551724;PAIREDR=0.68;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1166;QR=2993;RO=75;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=165.871;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:1197:9:368:-21.7452,0,-96.2674 0/1:65:45,20:45:1796:20:798:-52.5692,0,-142.283 dDocent_Contig_1261 16 . G A 57709.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1673;CIGAR=1X;DP=1720;DPB=1720;DPRA=0;EPP=3635.88;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66036;QR=1848;RO=47;RPL=0;RPP=3635.88;RPPR=105.07;RPR=1673;RUN=1;SAF=1673;SAP=3635.88;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:887:16,871:16:642:871:34380:-3033.14,-208.898,0 1/1:833:31,802:31:1206:802:31656:-2737.5,-141.94,0 dDocent_Contig_1262 17 . T C 156.136 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.42857;EPP=18.2106;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.681818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=1710;RO=44;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=98.5551;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:811:0:0:0,-6.32163,-73.3133 0/1:30:23,7:23:899:7:278:-16.3583,0,-72.1929 dDocent_Contig_1263 18 . G C 676.134 . AB=0.192308;ABP=152.675;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.2286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1367;QR=5870;RO=147;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=322.217;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:44,18:44:1761:18:707:-45.2063,0,-140.041 0/1:120:103,17:103:4109:17:660:-23.5955,0,-333.657 dDocent_Contig_1264 31 . T G 59.1089 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2314;RO=58;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=128.956;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:35,1:35:1387:1:39:0,-6.94052,-121.191 0/1:27:23,4:23:927:4:160:-6.65562,0,-75.605 dDocent_Contig_1266 44 . C T 497.284 . AB=0.198529;ABP=110.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=6.95112;EPPR=8.76769;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.724771;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1013;QR=4132;RO=109;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=239.701;RPR=27;RUN=1;SAF=17;SAP=6.95112;SAR=10;SRF=63;SRP=8.76769;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:46,16:46:1725:16:596:-35.3125,0,-136.835 0/1:74:63,11:63:2407:11:417:-15.6043,0,-194.534 dDocent_Contig_1267 32 . C T 67.9773 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8649;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=2980;RO=74;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=163.699;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:1289:5:200:-7.24143,0,-105.135 0/0:43:42,1:42:1691:1:41:0,-8.84972,-148.297 dDocent_Contig_1268 8 . A T 1466.59 . AB=0.156352;ABP=632.822;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=614;DPB=614;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=1127.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3691;QR=19769;RO=518;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=1127.83;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=518;SRP=1127.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:360:322,38:322:12337:38:1455:-22.8544,0,-1001.45 0/1:254:196,58:196:7432:58:2236:-124.993,0,-592.277 dDocent_Contig_1269 141 . C T 1696.48 . AB=0.598291;ABP=12.8283;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2283;QR=1506;RO=47;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=105.07;RPR=70;RUN=1;SAF=0;SAP=155.013;SAR=70;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:11,36:11:374:36:1148:-89.4585,0,-19.8393 0/1:70:36,34:36:1132:34:1135:-81.3783,0,-81.0886 dDocent_Contig_1270 52 . C A 11390.7 . AB=0.507874;ABP=3.42066;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=387;CIGAR=1X;DP=762;DPB=762;DPRA=0;EPP=843.37;EPPR=817.312;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15226;QR=14902;RO=375;RPL=387;RPP=843.37;RPPR=817.312;RPR=0;RUN=1;SAF=387;SAP=843.37;SAR=0;SRF=375;SRP=817.312;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:446:295,151:295:11718:151:5976:-403.387,0,-919.551 0/1:316:80,236:80:3184:236:9250:-736.872,0,-191.508 dDocent_Contig_1271 124 . A G 447.559 . AB=0.333333;ABP=15.3153;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.852941;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=1353;RO=34;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:16,10:16:640:10:396:-28.1716,0,-50.1088 0/1:25:18,7:18:713:7:277:-17.7728,0,-56.9721 dDocent_Contig_1272 7 . T C 1359.06 . AB=0.323353;ABP=48.2731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.574074;PAIREDR=0.60177;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2075;QR=4342;RO=113;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=248.387;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:49,18:49:1884:18:692:-42.4445,0,-149.638 0/1:100:64,36:64:2458:36:1383:-94.6496,0,-191.322 dDocent_Contig_1273 7 . T C 1547.17 . AB=0.195652;ABP=262.076;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X10M;DP=322;DPB=322;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=58.0476;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.920635;PAIREDR=0.977099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2397;QR=5071;RO=131;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=287.473;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:155:69,5,24,6,8,25,10:69:2660:5,24,6,8,25,10:176,907,237,306,942,375:-55.6134,-62.3333,-279.251,-2.03973,-206.413,-213.24,-56.8809,-261.253,-200.962,-273.499,-51.5066,-255.879,-195.587,-250.428,-267.522,0,-204.372,-144.081,-198.921,-193.546,-210.898,-45.6728,-250.045,-189.753,-244.594,-239.219,-187.713,-261.086 0|1:167:62,17,22,12,7,38,4:62:2411:17,22,12,7,38,4:650,847,455,273,1455,157:-100.29,-65.899,-258.911,-49.4077,-194.482,-240.914,-81.6503,-226.724,-210.233,-276.167,-96.5977,-241.672,-225.181,-257.423,-292.62,0,-145.074,-128.583,-160.826,-175.773,-186.69,-106.042,-251.116,-234.625,-266.867,-281.815,-185.217,-302.967 dDocent_Contig_1274 1 . N A 4680.94 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=151;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5192;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=330.903;RPPR=0;RPR=151;RUN=1;SAF=0;SAP=330.903;SAR=151;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:57:0,57:0:0:57:1964:-177.038,-17.1587,0 1/1:94:0,94:0:0:94:3228:-290.754,-28.2968,0 dDocent_Contig_1275 44 . T A 62.2854 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.482759;EPP=9.52472;EPPR=81.4005;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1565;RO=40;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=81.4005;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1144:0:0:0,-8.72987,-103.24 0/1:14:11,3:11:421:3:120:-6.97327,0,-34.0224 dDocent_Contig_1276 52 . C G 1431.77 . AB=0.0666667;ABP=100.871;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=4X5M;DP=93;DPB=92.2222;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1257;RO=33;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:33:13,2,0,17:13:484:2,0,17:81,0,674:-51.5796,-48.8125,-87.8172,-55.493,-88.4192,-95.0997,0,-32.9283,-39.612,-34.4945 0|0:60:20,5,4,31:20:773:5,4,31:200,162,1203:-92.7859,-82.3301,-144.31,-85.4467,-132.456,-147.728,0,-46.9986,-50.1151,-54.1437 dDocent_Contig_1277 34 . T C 2114.11 . AB=0.666667;ABP=29.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X4M;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2696;QR=1030;RO=27;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=61.6401;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:14,3,38:14:533:3,38:120,1421:-112.098,-106.425,-149.241,0,-33.8131,-32.2626 0|1:53:13,6,34:13:497:6,34:218,1275:-100.502,-86.6173,-125.592,0,-22.998,-30.5568 dDocent_Contig_1279 126 . T C 7860.69 . AB=0.564626;ABP=8.34296;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=283;CIGAR=1X;DP=355;DPB=355;DPRA=0;EPP=617.537;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.9717;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9607;QR=2429;RO=72;RPL=0;RPP=617.537;RPPR=159.356;RPR=283;RUN=1;SAF=0;SAP=617.537;SAR=283;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:208:8,200:8:261:200:6789:-577.16,-38.8058,0 0/1:147:64,83:64:2168:83:2818:-209.353,0,-151.137 dDocent_Contig_1280 65 . A G 141.199 . AB=0.2;ABP=38.1882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=1245;RO=36;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:618:4:139:-6.23003,0,-49.3157 0/1:23:18,5:18:627:5:174:-9.07826,0,-49.8293 dDocent_Contig_1281 50 . T G 27276.3 . AB=0.745748;ABP=619.893;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=877;CIGAR=1X;DP=1176;DPB=1176;DPRA=0;EPP=1907.39;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34278;QR=11603;RO=297;RPL=877;RPP=1907.39;RPPR=647.938;RPR=0;RUN=1;SAF=877;SAP=1907.39;SAR=0;SRF=297;SRP=647.938;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:656:183,471:183:7158:471:18478:-1464.45,0,-446.749 0/1:520:114,406:114:4445:406:15800:-1264.37,0,-243.491 dDocent_Contig_1282 68 . T G 21711 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=56;CIGAR=1X3M1X;DP=875;DPB=875;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2078;QR=2027;RO=52;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:377:22,27,324:22:860:27,324:996,11275:-936.915,-862.085,-924.666,-26.8184,-16.0916,0 0|0:498:30,29,433:30:1167:29,433:1082,14883:-1233.89,-1154.33,-1241.51,-34.4269,-41.7614,0 dDocent_Contig_1283 15 . C T 317.173 . AB=0.220588;ABP=49.1222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=585;QR=2120;RO=53;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=118.098;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:25,11:25:987:11:431:-28.3056,0,-78.2913 0/1:32:28,4:28:1133:4:154:-4.60009,0,-92.6183 dDocent_Contig_1284 149 . T A 114.099 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=8M1X7M;DP=31;DPB=31.125;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.652174;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=871;RO=23;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:12:9,2,0:9:341:2,0:81,0:-3.97319,0,-27.3382,-6.68246,-27.9403,-34.6234 0|1:19:14,0,4:14:530:0,4:0,156:-8.62499,-12.8394,-56.2862,0,-43.4601,-42.256 dDocent_Contig_1285 107 . N T 66.6644 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1286 26 . A G 36.5199 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=55.0667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1166;RO=30;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=68.1545;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:744:3:115:-4.09557,0,-59.4715 0/0:11:11,0:11:422:0:0:0,-3.31133,-33.3756 dDocent_Contig_1287 134 . G C 79.5607 . AB=0.578947;ABP=4.03889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=15;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=505;QR=919;RO=26;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=59.4686;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:18,4:18:637:4:126:0,-0.60245,-49.5244 0/1:19:8,11:8:282:11:379:-8.69114,0,-19.0827 dDocent_Contig_1288 17 . G C 1233.72 . AB=0.488095;ABP=3.1137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.560976;PAIREDR=0.581395;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1658;QR=1718;RO=43;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=96.3836;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:11,25:11:443:25:1011:-80.4469,0,-29.3877 0/1:48:32,16:32:1275:16:647:-44.1134,0,-100.566 dDocent_Contig_1289 25 . T C 228.752 . AB=0.310345;ABP=12.0706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=807;RO=20;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=46.4397;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:564:4:154:-8.81313,0,-45.683 0/1:11:6,5:6:243:5:202:-15.2505,0,-18.9366 dDocent_Contig_1290 43 . T C 76.9052 . AB=0.12963;ABP=67.3502;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=5.49198;EPPR=12.4858;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.439394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=4927;RO=132;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=289.645;RPR=14;RUN=1;SAF=5;SAP=5.49198;SAR=9;SRF=78;SRP=12.4858;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:47,7:47:1777:7:267:-8.13421,0,-143.916 0/0:92:85,7:85:3150:7:246:0,-5.21468,-261.145 dDocent_Contig_1293 57 . C T 922.158 . AB=0.340206;ABP=24.5235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.848485;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1290;QR=1664;RO=42;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:22,0,11,14:22:867:0,11,14:0,426,565:-39.9614,-46.584,-117.908,-11.5975,-82.9166,-79.6053,0,-71.3294,-36.338,-67.115 0|1:50:20,4,7,19:20:797:4,7,19:160,270,725:-53.4429,-46.2814,-110.716,-37.2928,-89.75,-100.823,0,-52.456,-43.4689,-59.9168 dDocent_Contig_1294 36 . C T 188.066 . AB=0.35;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=1.66667;EPP=18.2106;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=997;RO=25;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=57.2971;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:479:0:0:0,-3.61236,-43.4584 0/1:20:13,7:13:518:7:280:-19.5513,0,-40.9457 dDocent_Contig_1295 27 . G A 5756.68 . AB=0.564179;ABP=14.9955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=189;CIGAR=1X1M1X;DP=335;DPB=335;DPRA=0;EPP=413.419;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7481;QR=5036;RO=129;RPL=0;RPP=413.419;RPPR=283.13;RPR=189;RUN=1;SAF=189;SAP=413.419;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:174:76,89,9:76:2961:89,9:3547,342:-269.227,0,-216.565,-264.063,-215.314,-504.698 0|1:161:53,100,1:53:2075:100,1:3934,41:-307.63,0,-140.498,-320.2,-167.217,-490.508 dDocent_Contig_1297 145 . G A 9245.12 . AB=0.679435;ABP=141.722;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=337;CIGAR=9M1X8M;DP=496;DPB=488.889;DPRA=0;EPP=734.797;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11832;QR=4152;RO=124;RPL=0;RPP=734.797;RPPR=272.273;RPR=337;RUN=1;SAF=0;SAP=734.797;SAR=337;SRF=0;SRP=272.273;SRR=124;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:290:66,0,16,206:66:2213:0,16,206:0,491,7224:-568.034,-587.901,-767.132,-548.543,-727.773,-722.957,0,-179.251,-139.895,-117.239 0|1:206:58,13,0,131:58:1939:13,0,131:450,0,4608:-357.667,-338.555,-491.628,-375.127,-495.541,-532.113,0,-120.423,-156.998,-117.563 dDocent_Contig_1298 107 . N C 53.419 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:45:-4.27369,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_1299 9 . T C 2117.52 . AB=0.585366;ABP=10.7958;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=56.9028;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2849;QR=1730;RO=44;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=98.5551;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:34,3,37:34:1339:3,37:120,1458:-104.501,-109.729,-218.989,0,-105.311,-99.1778 0|1:49:10,3,35:10:391:3,35:119,1391:-108.44,-106.445,-137.691,0,-27.2996,-21.7489 dDocent_Contig_1300 175 . A G 521.446 . AB=0.461538;ABP=3.51141;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=715;QR=826;RO=21;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:14,14:14:547:14:552:-41.5859,0,-41.1425 0/1:11:7,4:7:279:4:163:-11.7471,0,-22.1696 dDocent_Contig_1302 97 . T G 170.649 . AB=0.264706;ABP=19.3602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=643;RO=25;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:345:6:205:-12.7647,0,-25.2725 0/1:14:11,3:11:298:3:104:-5.48867,0,-22.8727 dDocent_Contig_1303 35 . A C 3434.29 . AB=0.102041;ABP=205.223;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=1X1M1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=562;QR=921;RO=24;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=55.1256;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:87:10,9,68:10:380:9,68:322,2687:-218.118,-194.887,-223.334,0,-4.93472,-10.7005 0|0:60:14,6,40:14:541:6,40:240,1588:-126.499,-110.943,-153.56,0,-24.6427,-32.3758 dDocent_Contig_1305 38 . T C 20716.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=595;CIGAR=1X;DP=614;DPB=614;DPRA=0;EPP=1295.04;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23808;QR=766;RO=19;RPL=0;RPP=1295.04;RPPR=44.2683;RPR=595;RUN=1;SAF=595;SAP=1295.04;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:301:10,291:10:397:291:11644:-1011.05,-54.5218,0 1/1:313:9,304:9:369:304:12164:-1060.3,-60.6469,0 dDocent_Contig_1306 12 . G C 71.0702 . AB=0.4;ABP=4.31318;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.384615;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=22;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1919;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:356:6:243:-7.55072,0,-27.8829 0/0:39:39,0:39:1563:0:0:0,-11.7402,-140.903 dDocent_Contig_1307 190 . G A 60.6678 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0.7;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.903226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1181;RO=31;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:11,3:11:399:3:115:-6.51047,0,-32.0234 0/0:20:20,0:20:782:0:0:0,-6.0206,-70.7004 dDocent_Contig_1308 33 . G C 2072.96 . AB=0.405556;ABP=16.956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2913;QR=4272;RO=107;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=235.358;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:79,47:79:3154:47:1874:-130.939,0,-246.002 0/1:54:28,26:28:1118:26:1039:-77.5451,0,-84.6488 dDocent_Contig_1309 8 . T C 34.5049 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=1144;RO=30;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=68.1545;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:421:0:0:0,-3.31133,-38.2419 0/1:22:19,3:19:723:3:116:-4.19504,0,-58.7759 dDocent_Contig_1310 15 . A G 962.527 . AB=0.507937;ABP=3.04477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.71875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1286;QR=1238;RO=31;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=70.3259;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:19,28:19:761:28:1127:-87.5658,0,-54.6644 0/1:16:12,4:12:477:4:159:-9.87527,0,-38.4617 dDocent_Contig_1311 107 . N A 117.488 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:86:-8.025,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_1312 121 . C T 87.6402 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1M1I4M1X7M;DP=29;DPB=29.6154;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=718;RO=21;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=48.6112;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:14:10,4:10:342:4:94:-4.47906,0,-26.8969 0|1:15:11,4:11:376:4:108:-5.47334,0,-29.6546 dDocent_Contig_1314 25 . C T 345.33 . AB=0.219178;ABP=53.0137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=2270;RO=57;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=126.784;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:39,5:39:1562:5:198:-4.94969,0,-127.569 0/1:29:18,11:18:708:11:435:-30.7718,0,-55.3125 dDocent_Contig_1315 37 . C A 51565.4 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=69;CIGAR=1X2M1X;DP=1610;DPB=1610;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.985507;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2688;QR=2006;RO=51;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=113.755;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:814:7,13,791:7:282:13,791:490,31516:-2807.81,-2769.77,-2789.1,-214.859,-197.964,0 0|0:796:44,56,695:44:1724:56,695:2198,27849:-2348.43,-2180.91,-2305.81,-67.4547,-28.4531,0 dDocent_Contig_1317 24 . C T 124.098 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.16;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.479167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1920;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:1005:0:0:0,-7.52575,-90.7439 0/1:29:23,6:23:915:6:239:-13.1546,0,-73.92 dDocent_Contig_1318 110 . A G 71.1323 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0.513514;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=32;MQMR=51.6078;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.54902;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1718;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:487:5:164:-7.55692,0,-35.0992 0/0:37:37,0:37:1231:0:0:0,-11.1381,-110.076 dDocent_Contig_1319 18 . C A 32964.9 . AB=0.781197;ABP=404.792;AC=4;AF=1;AN=4;AO=947;CIGAR=1X10M;DP=1183;DPB=1214.64;DPRA=0;EPP=2059.39;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.995776;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37729;QR=1632;RO=41;RPL=0;RPP=2059.39;RPPR=92.0407;RPR=947;RUN=1;SAF=947;SAP=2059.39;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:585:27,58,6,457:27:1074:58,6,457:2302,238,18197:-1591.24,-1409.86,-1480.83,-1579.78,-1478.7,-1666.4,-101.076,0,-169.914,-51.934 1|1:598:14,28,41,490:14:558:28,41,490:1105,1631,19532:-1705.7,-1618.99,-1656.51,-1575.63,-1530.65,-1609.23,-101.554,-56.5831,-13.2189,0 dDocent_Contig_1320 54 . T G 716.038 . AB=0.258333;ABP=63.8839;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9773;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.870968;PAIREDR=0.897727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1204;QR=3513;RO=88;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:37,15:37:1484:15:591:-37.8723,0,-118.144 0/1:68:51,16:51:2029:16:613:-34.9199,0,-162.218 dDocent_Contig_1321 39 . G A 44.6083 . AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=371;QR=3915;RO=100;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=220.158;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:46,3:46:1773:3:113:0,-4.21166,-149.27 0/1:61:54,7:54:2142:7:258:-5.20554,0,-174.607 dDocent_Contig_1322 14 . A T 204.018 . AB=0.4;ABP=4.74748;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1;EPP=20.3821;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=298;QR=1286;RO=32;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=72.4974;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:814:0:0:0,-6.0206,-73.5745 0/1:20:12,8:12:472:8:298:-21.1465,0,-36.8081 dDocent_Contig_1323 75 . C T 775.595 . AB=0.309278;ABP=33.6572;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1192;QR=2596;RO=67;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:32,22:32:1226:22:884:-63.6132,0,-94.3494 0/1:43:35,8:35:1370:8:308:-15.1348,0,-110.618 dDocent_Contig_1325 49 . G C 7852.66 . AB=0.711816;ABP=138.236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=247;CIGAR=1X;DP=347;DPB=347;DPRA=0;EPP=539.364;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9902;QR=3971;RO=100;RPL=0;RPP=539.364;RPPR=220.158;RPR=247;RUN=1;SAF=247;SAP=539.364;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:44,151:44:1742:151:6067:-487.076,0,-98.2949 0/1:152:56,96:56:2229:96:3835:-299.378,0,-155.022 dDocent_Contig_1326 24 . T A 603.386 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=3.94093;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=821;QR=814;RO=21;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=48.6112;RPR=21;RUN=1;SAF=12;SAP=3.94093;SAR=9;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:273:3:121:-8.18244,0,-21.9258 0/1:32:14,18:14:541:18:700:-53.3445,0,-39.4003 dDocent_Contig_1327 32 . A G 947.55 . AB=0.135802;ABP=96.33;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992424;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=426;QR=5167;RO=132;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=289.645;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:81:43,11,26:43:1671:11,26:426,1030:-71.8336,-49.7903,-183.781,0,-102.317,-129.48 0|0:104:89,0,15:89:3496:0,15:0,612:-24.1098,-50.9015,-338.424,0,-287.928,-283.412 dDocent_Contig_1328 55 . C G 156.927 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=1.33333;EPP=16.0391;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=1152;RO=29;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:556:6:242:-16.1363,0,-44.3603 0/0:15:15,0:15:596:0:0:0,-4.51545,-53.973 dDocent_Contig_1331 88 . A T 219.801 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.8;EPP=22.5536;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=664;RO=19;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:350:0:0:0,-3.0103,-31.8375 0/1:18:9,9:9:314:9:309:-22.7248,0,-23.1794 dDocent_Contig_1332 11 . G A 300.348 . AB=0.166667;ABP=101.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.235294;PAIREDR=0.494118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=680;QR=3307;RO=85;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=187.585;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:45,5:45:1751:5:197:-3.05432,0,-142.784 0|1:52:40,12:40:1556:12:483:-28.1678,0,-124.647 dDocent_Contig_1333 98 . N T 168.657 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=176;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:140:-12.9449,-1.20412,0 dDocent_Contig_1335 21 . C G 348.235 . AB=0.272727;ABP=27.6861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=1585;RO=40;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=89.8692;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:863:4:164:-7.32312,0,-70.1489 0/1:29:18,11:18:722:11:412:-28.6888,0,-56.5755 dDocent_Contig_1337 98 . N G 128.751 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,4:0:0:4:68:-6.19896,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_1338 17 . G A 14978.4 . AB=0.0686567;ABP=544.394;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1M1D3M1X;DP=755;DPB=668;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=504.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=896;QR=8974;RO=231;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=504.62;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=231;SRP=504.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:420:131,0,287:131:5075:0,287:0,11041:-866.922,-906.357,-1323.24,0,-416.864,-330.468 0|0:335:100,23,211:100:3899:23,211:896,8071:-632.101,-588.566,-902.117,0,-246.834,-256.955 dDocent_Contig_1339 26 . G A 567.114 . AB=0.162562;ABP=203.781;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1315;QR=6744;RO=170;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=372.161;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:80,10:80:3149:10:394:-8.72303,0,-256.409 0/1:113:90,23:90:3595:23:921:-49.1768,0,-289.567 dDocent_Contig_1340 98 . N T 183.837 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:6:0,6:0:0:6:160:-14.664,-1.80618,0 dDocent_Contig_1341 14 . C T 1514.15 . AB=0.0588235;ABP=204.191;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=2X1M1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=53.7143;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=1657;RO=42;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=94.2121;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:7,24,5,2,2:7:267:24,5,2,2:926,204,78,82:-73.9218,0,-14.6687,-59.1941,-5.05366,-79.5879,-70.3296,-16.1972,-75.3933,-91.6255,-69.2595,-15.1224,-74.3234,-85.4582,-90.556 0|0:79:35,28,11,5,0:35:1390:28,11,5,0:1086,425,198,0:-78.6815,0,-106.011,-54.5632,-79.7866,-165.689,-72.9198,-98.1426,-152.703,-185.852,-89.2175,-114.439,-169,-187.358,-203.655 dDocent_Contig_1342 14 . T C 8981.27 . AB=0.373589;ABP=125.985;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=331;CIGAR=1X;DP=886;DPB=886;DPRA=0;EPP=721.768;EPPR=1208.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12960;QR=21664;RO=555;RPL=0;RPP=721.768;RPPR=1208.18;RPR=331;RUN=1;SAF=331;SAP=721.768;SAR=0;SRF=555;SRP=1208.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:473:302,171:302:11811:171:6707:-461.031,0,-919.947 0/1:413:253,160:253:9853:160:6253:-438.285,0,-761.962 dDocent_Contig_1343 19 . T G 4487.42 . AB=0.625;ABP=34.4966;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X2M;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944828;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5747;QR=3081;RO=78;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=172.385;RPR=145;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:71:29,42:29:1158:42:1679:-129.963,0,-83.13 0|1:161:49,103:49:1923:103:4068:-319.967,0,-127.129 dDocent_Contig_1345 78 . T G 3709.8 . AB=0.413333;ABP=27.4756;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=173;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=378.675;EPPR=1032.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5997;QR=16795;RO=474;RPL=173;RPP=378.675;RPPR=1032.29;RPR=0;RUN=1;SAF=173;SAP=378.675;SAR=0;SRF=474;SRP=1032.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:272:254,18:254:9048:18:614:0,-26.3023,-758.715 0/1:375:220,155:220:7747:155:5383:-371.725,0,-584.373 dDocent_Contig_1346 44 . T C 317.715 . AB=0.217391;ABP=50.8771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.574074;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=589;QR=2104;RO=54;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=120.27;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:928:8:305:-18.1646,0,-74.1888 0/1:37:30,7:30:1176:7:284:-14.7953,0,-94.9905 dDocent_Contig_1347 63 . A T 63.2105 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0.7;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1237;RO=31;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:800:0:0:0,-6.0206,-72.317 0/1:14:11,3:11:437:3:121:-7.06578,0,-35.4679 dDocent_Contig_1348 30 . G A 33903.4 . AB=0.847512;ABP=1310;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1056;CIGAR=1X;DP=1246;DPB=1246;DPRA=0;EPP=2296.09;EPPR=415.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998106;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41890;QR=7618;RO=190;RPL=0;RPP=2296.09;RPPR=415.59;RPR=1056;RUN=1;SAF=1056;SAP=2296.09;SAR=0;SRF=190;SRP=415.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:662:77,585:77:3044:585:23181:-1885.05,0,-74.7509 0/1:584:113,471:113:4574:471:18709:-1506.48,0,-235.753 dDocent_Contig_1349 51 . G A 359.316 . AB=0.117808;ABP=466.105;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=802;DPB=802;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=1607.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2372;QR=27543;RO=739;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=1607.73;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=739;SRP=1607.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:437:418,19:418:15626:19:749:0,-63.816,-1337.69 0/1:365:321,43:321:11917:43:1623:-36.6763,0,-962.272 dDocent_Contig_1350 98 . N C 930.726 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=34;CIGAR=6X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.6176;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.323529;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1299;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:10:0,10:0:0:10:386:-26.8651,-3.0103,0 1|1:24:0,24:0:0:24:913:-65.9064,-7.22472,0 dDocent_Contig_1352 11 . G A 151.178 . AB=0.170213;ABP=47.41;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=1.56667;EPP=20.3821;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.710145;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=2752;RO=69;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=152.842;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:39,8:39:1549:8:326:-15.5615,0,-125.501 0/0:30:30,0:30:1203:0:0:0,-9.0309,-108.545 dDocent_Contig_1353 76 . C A 1577.51 . AB=0.36612;ABP=31.5005;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.716418;PAIREDR=0.573913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2369;QR=3948;RO=115;RPL=41;RPP=10.3026;RPPR=26.1412;RPR=26;RUN=1;SAF=41;SAP=10.3026;SAR=26;SRF=75;SRP=26.1412;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:67,23:67:2281:23:812:-46.2155,0,-178.361 0/1:92:48,44:48:1667:44:1557:-112.724,0,-122.612 dDocent_Contig_1354 28 . G C 11182.5 . AB=0.735537;ABP=236.237;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=356;CIGAR=1X;DP=484;DPB=484;DPRA=0;EPP=776.054;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991573;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14019;QR=4413;RO=112;RPL=0;RPP=776.054;RPPR=246.215;RPR=356;RUN=1;SAF=356;SAP=776.054;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:211:59,146:59:2375:146:5734:-453.79,0,-151.784 0/1:273:53,210:53:2038:210:8285:-665.651,0,-104.047 dDocent_Contig_1355 80 . C T 501.501 . AB=0.226804;ABP=65.8935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.590909;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=887;QR=2982;RO=75;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1159:5:202:-8.32685,0,-94.3549 0/1:63:46,17:46:1823:17:685:-43.0117,0,-145.314 dDocent_Contig_1356 8 . T C 1085.05 . AB=0.358974;ABP=23.2217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.4286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.826667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1612;QR=2901;RO=75;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=165.871;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:32,27:32:1230:27:1044:-75.6938,0,-93.2311 0/1:58:43,15:43:1671:15:568:-33.9991,0,-133.189 dDocent_Contig_1357 18 . T A 615.826 . AB=0.263158;ABP=49.2969;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.931034;PAIREDR=0.896825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1167;QR=4779;RO=126;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=276.616;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:56,4:56:2149:4:160:0,-3.27837,-178.811 0/1:95:70,25:70:2630:25:1007:-62.3273,0,-208.263 dDocent_Contig_1359 98 . N T 717.302 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=23;CIGAR=2X;DP=23;DPB=112.5;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=179;PQA=6277;PQR=0;PRO=0;QA=794;QR=0;RO=0;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:7:0,7:0:0:7:245:-22.0409,-2.10721,0 1|1:16:0,16:0:0:16:549:-49.388,-4.81648,0 dDocent_Contig_1360 10 . T G 564.655 . AB=0.117526;ABP=619.265;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=916;DPB=916;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=1809.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3294;QR=33369;RO=832;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=1809.68;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=832;SRP=1809.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:431:404,27:404:16230:27:1038:0,-36.0333,-1365.65 0/1:485:428,57:428:17139:57:2256:-57.2102,0,-1395.08 dDocent_Contig_1361 107 . N T 57.1829 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69918,-0.60206,0 dDocent_Contig_1362 28 . T A 6403.24 . AB=0.769231;ABP=166.706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=200;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=437.305;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7998;QR=2370;RO=60;RPL=0;RPP=437.305;RPPR=133.299;RPR=200;RUN=1;SAF=200;SAP=437.305;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:41,114:41:1623:114:4544:-362.221,0,-99.6438 0/1:105:19,86:19:747:86:3454:-279.291,0,-35.9419 dDocent_Contig_1363 64 . T A 273.955 . AB=0.173554;ABP=115.012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.380952;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=715;QR=3333;RO=100;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:40,9:40:1324:9:305:-13.029,0,-104.702 0/1:72:60,12:60:2009:12:410:-15.5549,0,-159.409 dDocent_Contig_1364 98 . N C 141.79 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:112:-10.3578,-1.20412,0 dDocent_Contig_1365 46 . G A 682.543 . AB=0.185484;ABP=109.553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X1M;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=920;QR=2861;RO=74;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=163.699;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:53:33,9,11:33:1264:9,11:359,436:-25.9504,-6.31751,-107.312,0,-74.1326,-100.39 0|1:71:41,17,12:41:1597:17,12:678,484:-43.4923,0,-126.123,-15.9363,-91.3414,-143.567 dDocent_Contig_1366 94 . A G 1620.2 . AB=0.447552;ABP=6.42695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.921875;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2285;QR=2864;RO=79;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:55,31:55:1987:31:1118:-75.0388,0,-153.21 0/1:57:24,33:24:877:33:1167:-88.1698,0,-62.0936 dDocent_Contig_1367 9 . C T 4249.03 . AB=0.134328;ABP=80.8268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=833;RO=21;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=48.6112;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:67:5,9,53:5:200:9,53:351,2071:-181.094,-153.748,-167.514,-12.3668,0,-12.8912 0|0:92:16,0,76:16:633:0,76:0,3029:-244.997,-249.814,-301.909,0,-52.4915,-29.6132 dDocent_Contig_1368 10 . T C 184.59 . 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T G 384.638 . AB=0.19685;ABP=104.386;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.696078;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=858;QR=3362;RO=102;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=224.5;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1148:6:210:-6.90023,0,-91.2728 0/1:86:67,19:67:2214:19:648:-32.752,0,-173.639 dDocent_Contig_1371 58 . G C 34933.6 . 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AB=0.230769;ABP=27.5646;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1.18182;EPP=22.5536;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=2140;RO=63;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=139.813;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1119:0:0:0,-9.93399,-101.014 0/1:39:30,9:30:1021:9:309:-16.4032,0,-80.4586 dDocent_Contig_1387 43 . G C 830.304 . AB=0.426829;ABP=6.82362;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X1M1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0285714;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1201;QR=1507;RO=45;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=100.727;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:23,15:23:772:15:512:-34.8793,0,-58.2736 0|1:43:22,20:22:735:20:689:-49.3395,0,-53.4719 dDocent_Contig_1388 16 . C A 353.127 . AB=0.150685;ABP=157.75;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=886;QR=4944;RO=124;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=272.273;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:56,8:56:2233:8:326:-10.444,0,-181.867 0/1:82:68,14:68:2711:14:560:-26.0571,0,-219.424 dDocent_Contig_1389 53 . T A 5752.92 . AB=0.312763;ABP=220.124;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=223;CIGAR=1X;DP=713;DPB=713;DPRA=0;EPP=487.249;EPPR=1067.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8791;QR=19391;RO=490;RPL=223;RPP=487.249;RPPR=1067.03;RPR=0;RUN=1;SAF=223;SAP=487.249;SAR=0;SRF=490;SRP=1067.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:393:261,132:261:10280:132:5179:-347.695,0,-806.258 0/1:320:229,91:229:9111:91:3612:-228.786,0,-723.12 dDocent_Contig_1390 53 . T C 222.793 . AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0.318841;EPP=24.725;EPPR=367.868;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9767;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.848837;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=6823;RO=172;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=376.504;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=171;SRP=367.868;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:138:138,0:138:5479:0:0:0,-41.5421,-492.945 0/1:44:34,10:34:1344:10:399:-23.024,0,-107.968 dDocent_Contig_1391 9 . C T 3509.31 . AB=0.208333;ABP=623.689;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=175;CIGAR=1X;DP=840;DPB=840;DPRA=0;EPP=383.018;EPPR=1447.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995489;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6719;QR=25526;RO=665;RPL=0;RPP=383.018;RPPR=1447.04;RPR=175;RUN=1;SAF=175;SAP=383.018;SAR=0;SRF=665;SRP=1447.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:434:337,97:337:12948:97:3713:-203.635,0,-1034.1 0/1:406:328,78:328:12578:78:3006:-148.484,0,-1009.25 dDocent_Contig_1392 60 . G A 11379.1 . AB=0.456497;ABP=17.5579;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=404;CIGAR=1X;DP=885;DPB=885;DPRA=0;EPP=880.285;EPPR=1047.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997525;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15623;QR=18567;RO=481;RPL=404;RPP=880.285;RPPR=1047.49;RPR=0;RUN=1;SAF=404;SAP=880.285;SAR=0;SRF=481;SRP=1047.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:486:329,157:329:12682:157:6072:-400.044,0,-994.375 0/1:399:152,247:152:5885:247:9551:-739.056,0,-409.411 dDocent_Contig_1393 21 . T G 691.517 . AB=0.124535;ABP=661.782;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=538;DPB=538;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=1025.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.946921;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2575;QR=18523;RO=471;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=1025.77;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=471;SRP=1025.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:303:261,42:261:10232:42:1609:-53.8377,0,-829.071 0/1:235:210,25:210:8291:25:966:-16.5025,0,-675.028 dDocent_Contig_1395 32 . G A 967.333 . AB=0.119165;ABP=1028.46;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=814;DPB=814;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=1559.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3806;QR=28086;RO=717;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=1559.96;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=717;SRP=1559.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:399:361,38:361:14168:38:1475:-12.8871,0,-1154.06 0/1:415:356,59:356:13918:59:2331:-85.0347,0,-1126.79 dDocent_Contig_1397 8 . C T 4852.75 . AB=0.636719;ABP=44.5736;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=163;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=356.96;EPPR=196.365;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=50.1398;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.354839;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6258;QR=3599;RO=93;RPL=0;RPP=356.96;RPPR=204.957;RPR=163;RUN=1;SAF=163;SAP=356.96;SAR=0;SRF=92;SRP=196.365;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:36,88:36:1394:88:3370:-266.108,0,-75.3155 0/1:132:57,75:57:2205:75:2888:-220.355,0,-146.551 dDocent_Contig_1398 24 . T C 694.497 . AB=0.329114;ABP=23.0483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=3X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1020;QR=1675;RO=44;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=98.5551;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:19,17,6:19:707:17,6:677,241:-50.024,0,-52.7138,-35.8843,-37.9658,-91.918 0|1:37:25,9,2:25:968:9,2:343,82:-20.6141,0,-76.8153,-21.3656,-72.7545,-100.286 dDocent_Contig_1399 36 . T C 6623.77 . AB=0.43097;ABP=25.195;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=231;CIGAR=1X;DP=536;DPB=536;DPRA=0;EPP=504.62;EPPR=665.309;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9167;QR=12149;RO=305;RPL=0;RPP=504.62;RPPR=665.309;RPR=231;RUN=1;SAF=231;SAP=504.62;SAR=0;SRF=305;SRP=665.309;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:146,162:146:5822:162:6430:-485.753,0,-431.066 0/1:228:159,69:159:6327:69:2737:-177.812,0,-500.559 dDocent_Contig_1400 13 . T C 26823.2 . AB=0.836327;ABP=495.25;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=830;CIGAR=1X;DP=950;DPB=950;DPRA=0;EPP=1805.33;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32931;QR=4513;RO=120;RPL=0;RPP=1805.33;RPPR=263.587;RPR=830;RUN=1;SAF=830;SAP=1805.33;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:501:82,419:82:3098:419:16623:-1343.96,0,-128.167 1/1:449:38,411:38:1415:411:16308:-1338.8,-7.5352,0 dDocent_Contig_1401 8 . T A 8085.75 . AB=0.265708;ABP=632.854;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=351;CIGAR=1X;DP=1321;DPB=1321;DPRA=0;EPP=765.197;EPPR=2109.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997151;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13418;QR=37252;RO=970;RPL=0;RPP=765.197;RPPR=2109.34;RPR=351;RUN=1;SAF=351;SAP=765.197;SAR=0;SRF=970;SRP=2109.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:625:469,156:469:17989:156:5961:-348.298,0,-1429.93 0/1:696:501,195:501:19263:195:7457:-461.466,0,-1523.11 dDocent_Contig_1402 82 . C T 1235.02 . AB=0.635135;ABP=14.748;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=3.42611;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0851064;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1626;QR=939;RO=27;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=3.42611;SAR=22;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:12,22:12:419:22:750:-57.5784,0,-27.8095 0/1:40:15,25:15:520:25:876:-67.1125,0,-35.088 dDocent_Contig_1404 98 . N A 41.6734 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:45:-4.16245,-1.20412,0 dDocent_Contig_1405 31 . T C 86.8727 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=93;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:93:-8.6776,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1406 98 . N A 63.0561 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:36:-3.41987,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:27:-2.56496,-0.60206,0 dDocent_Contig_1410 129 . G A 552.092 . AB=0.526316;ABP=3.23888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=746;QR=690;RO=18;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=42.0968;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:9,11:9:347:11:403:-30.5895,0,-25.5691 0/1:18:9,9:9:343:9:343:-25.8081,0,-25.8088 dDocent_Contig_1411 41 . G A 189.388 . AB=0.266667;ABP=17.1973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0.967742;EPP=20.3821;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=315;QR=2084;RO=53;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=118.098;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1214:0:0:0,-9.33193,-109.534 0/1:30:22,8:22:870:8:315:-19.6835,0,-69.5716 dDocent_Contig_1413 14 . G A 790.324 . AB=0.230769;ABP=101.228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1407;QR=4582;RO=119;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=261.416;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:53,23:53:2032:23:891:-57.2153,0,-159.786 0/1:79:66,13:66:2550:13:516:-23.0055,0,-205.874 dDocent_Contig_1414 158 . A C 535.091 . AB=0.207692;ABP=99.4905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=2X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=16.6021;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1035;QR=3943;RO=103;RPL=20;RPP=16.6021;RPPR=226.672;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=226.672;SRR=103;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:82:67,15:67:2576:15:579:-27.7638,0,-207.325 0|1:48:36,12:36:1367:12:456:-26.9337,0,-108.853 dDocent_Contig_1417 77 . T C 1402.46 . AB=0.223642;ABP=210.646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=8M1X4M;DP=313;DPB=311.308;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2493;QR=7521;RO=205;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=448.162;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=205;SRP=448.162;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:128:79,9,36:79:2888:9,36:348,1259:-78.6084,-73.8039,-307.085,0,-207.38,-225.125 0|1:185:126,20,34:126:4633:20,34:776,1234:-62.8261,-36.9934,-409.768,0,-315.026,-368.546 dDocent_Contig_1418 56 . A T 126.67 . 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AB=0.352083;ABP=367.89;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=676;CIGAR=1X1M;DP=1920;DPB=1920;DPRA=0;EPP=1470.93;EPPR=2330.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.988166;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27212;QR=41761;RO=1072;RPL=0;RPP=1470.93;RPPR=2330.83;RPR=676;RUN=1;SAF=676;SAP=1470.93;SAR=0;SRF=1072;SRP=2330.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:905:630,29,236:630:24588:29,236:1156,9439:-587.837,-682.295,-2694.72,0,-1925.97,-1950.12 0|1:1015:442,116,440:442:17173:116,440:4614,17773:-1332.11,-1085.3,-2461.41,0,-1031.16,-1278.58 dDocent_Contig_1423 121 . T C 72.7071 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=177;QR=895;RO=28;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=63.8115;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:447:4:142:-7.71067,0,-35.1176 0/0:15:14,1:14:448:1:35:0,-1.01682,-37.1273 dDocent_Contig_1425 13 . G C 39.805 . AB=0.103448;ABP=82.2316;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=4028;RO=102;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=224.5;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:52,6:52:2055:6:239:-4.42415,0,-167.678 0/0:53:50,3:50:1973:3:122:0,-4.5821,-166.407 dDocent_Contig_1426 9 . C T 2213.4 . AB=0.751938;ABP=145.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=194;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=20.8763;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.170103;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7457;QR=2455;RO=64;RPL=0;RPP=424.276;RPPR=141.985;RPR=194;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:19,89:19:736:89:3424:-107.932,0,-34.06 0/1:150:45,105:45:1719:105:4033:-114.596,0,-109.813 dDocent_Contig_1427 17 . T C 34.0127 . AB=0.101695;ABP=84.3117;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=1.37209;EPP=16.0391;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.520833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=3856;RO=96;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=211.472;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1738:0:0:0,-12.9443,-156.637 0/1:59:53,6:53:2118:6:243:-4.14582,0,-173.026 dDocent_Contig_1429 26 . T A 37707.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1078;CIGAR=1X;DP=1099;DPB=1099;DPRA=0;EPP=2343.86;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992579;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42782;QR=841;RO=21;RPL=0;RPP=2343.86;RPPR=48.6112;RPR=1078;RUN=1;SAF=1078;SAP=2343.86;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:531:10,521:10:400:521:20634:-1819.01,-123.489,0 1/1:568:11,557:11:441:557:22148:-1951.43,-130.94,0 dDocent_Contig_1430 14 . C T 1059.17 . AB=0.27044;ABP=75.7888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.953488;PAIREDR=0.836207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1715;QR=4635;RO=116;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=254.901;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:58,24:58:2334:24:952:-61.2952,0,-185.526 0/1:77:58,19:58:2301:19:763:-45.8104,0,-184.064 dDocent_Contig_1431 8 . C T 4247.1 . AB=0.506711;ABP=3.12689;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=151;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.940397;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5725;QR=5608;RO=147;RPL=0;RPP=330.903;RPPR=322.217;RPR=151;RUN=1;SAF=151;SAP=330.903;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:75,90:75:2873:90:3420:-258.269,0,-209.077 0/1:133:72,61:72:2735:61:2305:-167.63,0,-206.295 dDocent_Contig_1432 9 . C T 33.3229 . AB=0.108696;ABP=64.1892;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.512195;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=3146;RO=82;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=181.071;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:41,2:41:1571:2:78:0,-5.54082,-134.249 0/1:46:41,5:41:1575:5:195:-4.07682,0,-128.169 dDocent_Contig_1433 89 . T G 613.949 . AB=0.333333;ABP=23.2774;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=969;QR=1911;RO=56;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=124.613;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:34,17:34:1174:17:589:-37.9843,0,-90.6139 0/1:33:22,11:22:737:11:380:-24.599,0,-56.7062 dDocent_Contig_1434 16 . A G 620.803 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X2M1X1M9I2M;DP=55;DPB=83.8;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=607;RO=16;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=37.7539;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:25:7,0,3,10,2:7:260:0,3,10,2:0,117,371,81:-28.2567,-30.3639,-51.6363,-20.7415,-42.0158,-41.1127,0,-21.2767,-11.6529,-18.2664,-23.6798,-44.9539,-35.3325,-14.5914,-44.3518 0|0:30:9,4,2,12,3:9:347:4,2,12,3:140,79,460,121:-35.012,-26.3375,-53.624,-31.2188,-48.3265,-59.1102,0,-17.1134,-21.9927,-24.883,-27.7435,-44.852,-49.7356,-18.517,-55.3347 dDocent_Contig_1435 124 . A G 258.726 . 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T C 29477.6 . AB=0.869757;ABP=540.965;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=894;CIGAR=1X;DP=990;DPB=990;DPRA=0;EPP=1944.31;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35793;QR=3820;RO=96;RPL=0;RPP=1944.31;RPPR=211.472;RPR=894;RUN=1;SAF=894;SAP=1944.31;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:537:37,500:37:1484:500:20052:-1669.15,-27.8539,0 0/1:453:59,394:59:2336:394:15741:-1279.05,0,-74.0338 dDocent_Contig_1438 9 . C T 6135.06 . AB=0.0744681;ABP=594.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X9M;DP=376;DPB=376;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.392857;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1051;QR=2486;RO=64;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=141.985;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:174:34,16,70,22,14,14:34:1315:16,70,22,14,14:600,2681,827,542,509:-209.797,-170.894,-274.086,0,-58.8741,-86.9403,-152.279,-211.15,-40.2592,-253.665,-180.246,-239.117,-68.2277,-220.502,-284.04,-178.474,-237.344,-66.4546,-218.73,-246.696,-282.268 0|1:202:30,8,133,6,6,14:30:1171:8,133,6,6,14:311,5048,223,231,542:-404.898,-388.371,-482.227,0,-70.7092,-56.2299,-395.68,-466.386,-78.0194,-490.138,-397.483,-468.189,-79.8242,-475.498,-491.94,-369.404,-440.11,-51.7418,-447.419,-449.222,-461.453 dDocent_Contig_1440 10 . G C 13577.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=403;CIGAR=1X;DP=431;DPB=431;DPRA=0;EPP=878.114;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16125;QR=1024;RO=26;RPL=0;RPP=878.114;RPPR=59.4686;RPR=403;RUN=1;SAF=403;SAP=878.114;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:270:21,248:21:827:248:9932:-818.462,-6.64385,0 1/1:161:5,155:5:197:155:6193:-539.003,-30.4667,0 dDocent_Contig_1441 5 . T C 796.964 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X14I3M1X3M;DP=26;DPB=69.75;DPRA=1.88889;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=55.4667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:9:0,9,0:0:0:9,0:337,0:-29.6094,-2.70927,0,-29.6094,-2.70927,-29.6094 1|1:17:0,1,15:0:0:1,15:37,554:-49.7848,-46.8637,-46.5627,-4.51545,-1.58476,0 dDocent_Contig_1442 107 . N A 57.1636 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1D14M;DP=3;DPB=2.89474;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1|1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50886,-0.60206,0 dDocent_Contig_1443 23 . G A 2684.06 . AB=0.825243;ABP=97.6485;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9412;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.517647;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3336;QR=680;RO=17;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=39.9253;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:8,33:8:325:33:1280:-103.126,0,-17.2768 0/1:62:9,52:9:355:52:2056:-166.469,0,-13.547 dDocent_Contig_1444 16 . T C 2050.13 . AB=0.66;ABP=25.2462;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.7879;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2656;QR=1322;RO=34;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=76.8404;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:14,37:14:541:37:1485:-118.545,0,-33.6724 0/1:49:20,29:20:781:29:1171:-87.6565,0,-55.8492 dDocent_Contig_1445 10 . G C 1086.4 . AB=0.134907;ABP=689.565;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=593;DPB=593;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=1112.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3196;QR=20407;RO=511;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=1112.63;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=511;SRP=1112.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:270:247,23:247:9832:23:929:-2.63464,0,-802.96 0/1:323:264,57:264:10575:57:2267:-107.191,0,-854.046 dDocent_Contig_1446 27 . A G 631.127 . AB=0.22;ABP=105.156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.939394;PAIREDR=0.974138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1207;QR=4434;RO=116;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=254.901;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:51,15:51:1954:15:524:-27.5942,0,-156.201 0/1:84:65,18:65:2480:18:683:-36.7069,0,-198.31 dDocent_Contig_1447 35 . A G 123.196 . AB=0.120879;ABP=116.619;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=3209;RO=80;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=176.728;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:34,6:34:1358:6:241:-10.0251,0,-110.44 0/1:51:46,5:46:1851:5:205:-3.48248,0,-151.443 dDocent_Contig_1448 68 . C T 89.2835 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=1;EPP=20.3821;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.897959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=3484;RO=98;RPL=4;RPP=3.0103;RPPR=4.4284;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=45;SRP=4.4284;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:1892:0:0:0,-15.9546,-170.544 0/1:53:45,8:45:1592:8:281:-9.67308,0,-127.602 dDocent_Contig_1449 106 . N A 1762.25 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=68;CIGAR=2X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.2941;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2223;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=0;RPR=68;RUN=1;SAF=0;SAP=150.67;SAR=68;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:32:0,32:0:0:32:1066:-80.9094,-9.63296,0 1|1:36:0,36:0:0:36:1157:-95.0146,-10.8371,0 dDocent_Contig_1459 7 . C A 1527.89 . AB=0.768519;ABP=70.6476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X3M;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=29.0723;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2262;QR=679;RO=18;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=42.0968;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:11,3,26:11:427:3,26:114,780:-53.411,-49.9354,-84.1516,0,-28.403,-27.3401 0|1:68:7,3,57:7:252:3,57:111,1482:-100.566,-95.4693,-115.138,0,-13.4352,-3.46957 dDocent_Contig_1460 13 . G A 2231.59 . AB=0.270833;ABP=156.28;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9121;MQMR=43.9837;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989011;PAIREDR=0.95102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3612;QR=9603;RO=245;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=535.021;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:85,20:85:3329:20:793:-40.0595,0,-233.59 0/1:231:160,71:160:6274:71:2819:-184.288,0,-388.151 dDocent_Contig_1463 55 . T C 68.7474 . AB=0.104762;ABP=145.48;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.848649;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=6608;RO=185;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=404.733;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:95:91,4:91:3197:4:162:0,-13.6309,-272.962 0/1:105:94,11:94:3411:11:432:-7.61947,0,-275.558 dDocent_Contig_1464 27 . A G 64.028 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.837838;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1422;RO=37;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=83.3548;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:575:1:41:0,-0.721913,-47.9824 0/1:26:22,4:22:847:4:162:-7.14018,0,-68.7152 dDocent_Contig_1465 159 . G A 2884.06 . AB=0.640719;ABP=31.7335;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=218.311;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3766;QR=2221;RO=57;RPL=105;RPP=218.311;RPPR=126.784;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=235.358;SAR=107;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:25,35:25:1009:35:1220:-91.9353,0,-72.9494 0/1:106:32,72:32:1212:72:2546:-197.659,0,-77.6625 dDocent_Contig_1467 70 . A T 291.243 . AB=0.295455;ABP=19.0002;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=23.2217;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.903226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=476;QR=1177;RO=31;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=23.2217;SAR=1;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:19,11:19:733:11:396:-26.9351,0,-57.2612 0/1:14:12,2:12:444:2:80:-3.37716,0,-36.0839 dDocent_Contig_1468 98 . N G 923.479 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.7368;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1018;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:459:-41.5702,-5.11751,0 1/1:22:0,21:0:0:21:559:-50.4767,-6.32163,0 dDocent_Contig_1469 81 . T G 1265.52 . AB=0.746032;ABP=36.1339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.893617;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1623;QR=523;RO=16;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:9,10:9:293:10:343:-25.4823,0,-20.9691 0/1:44:7,37:7:230:37:1280:-102.258,0,-7.77712 dDocent_Contig_1470 210 . T C 122.017 . AB=0.0526316;ABP=69.0688;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=3X10M;DP=66;DPB=59.3077;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=7;MQMR=52.9744;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.384615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14;QR=1444;RO=39;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:23,6,0,2,2:23:839:6,0,2,2:198,0,14,76:-9.11813,0,-65.2279,-16.0418,-67.0341,-83.0405,-15.8791,-66.8545,-82.8578,-82.2557,-10.3342,-61.3362,-77.3429,-77.1611,-76.7408 0|0:28:16,0,3,0,0:16:605:0,3,0,0:0,111,0,0:-4.27189,-9.08837,-56.4435,0,-47.3619,-46.4588,-9.08837,-56.4435,-47.3619,-56.4435,-9.08837,-56.4435,-47.3619,-56.4435,-56.4435 dDocent_Contig_1471 21 . T A 7997.94 . AB=0.703601;ABP=132.992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=254;CIGAR=1X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=554.564;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10110;QR=4299;RO=107;RPL=0;RPP=554.564;RPPR=235.358;RPR=254;RUN=1;SAF=254;SAP=554.564;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:187:60,127:60:2429:127:5020:-395.396,0,-162.454 0/1:174:47,127:47:1870:127:5090:-405.586,0,-116.126 dDocent_Contig_1472 209 . N G 77.0485 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1473 8 . T A 193.11 . AB=0.136;ABP=146.866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.537037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=4152;RO=108;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=237.529;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:54,10:54:2068:10:370:-14.3789,0,-167.087 0/1:61:54,7:54:2084:7:268:-6.12057,0,-169.428 dDocent_Contig_1476 194 . C T 3219.43 . AB=0.215517;ABP=492.265;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=696;DPB=696;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=1188.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5916;QR=21083;RO=546;RPL=150;RPP=328.731;RPPR=1188.63;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=328.731;SAR=150;SRF=0;SRP=1188.63;SRR=546;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:335:264,71:264:10209:71:2807:-151.905,0,-817.379 0/1:361:282,79:282:10874:79:3109:-171.227,0,-869.343 dDocent_Contig_1477 55 . G A 390.388 . AB=0.173228;ABP=120.8;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.681818;PAIREDR=0.790476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=864;QR=4157;RO=105;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:57,12:57:2254:12:462:-21.1471,0,-182.247 0/1:58:48,10:48:1903:10:402:-19.0801,0,-154.001 dDocent_Contig_1478 13 . C T 39.2069 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.697674;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=3447;RO=86;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=189.757;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:50,4:50:2024:4:162:0,-1.28866,-167.372 0/1:41:36,5:36:1423:5:185:-4.66336,0,-115.977 dDocent_Contig_1479 107 . N G 103.622 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:112:-10.3573,-1.20412,0 dDocent_Contig_1481 49 . T C 438.325 . AB=0.288136;ABP=26.0132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=2.03448;EPP=39.9253;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.887324;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=2777;RO=71;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=157.185;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1135:0:0:0,-8.72987,-102.442 0/1:59:42,17:42:1642:17:689:-44.5772,0,-130.272 dDocent_Contig_1482 17 . C T 77.5054 . AB=0.127273;ABP=69.3784;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.982301;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=4510;RO=113;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=248.387;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1911:7:271:-8.19423,0,-155.637 0/0:68:65,3:65:2599:3:120:0,-9.28235,-222.846 dDocent_Contig_1483 10 . C T 187.571 . AB=0.175439;ABP=55.1637;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=2.71429;EPP=24.725;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.720588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=2741;RO=68;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=150.67;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:47,10:47:1893:10:400:-19.2008,0,-153.406 0/0:21:21,0:21:848:0:0:0,-6.32163,-76.6314 dDocent_Contig_1484 4 . T C 54 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X7I2M1X1M;DP=9;DPB=20.4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=23;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:9:0,3:0:0:3:69:-5.39034,-0.90309,0 dDocent_Contig_1485 28 . A T 5893.54 . AB=0.516209;ABP=3.92546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=207;CIGAR=3X3M2X;DP=401;DPB=401;DPRA=0;EPP=452.505;EPPR=413.419;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=54.2126;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961353;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8085;QR=6153;RO=189;RPL=0;RPP=452.505;RPPR=413.419;RPR=207;RUN=1;SAF=207;SAP=452.505;SAR=0;SRF=0;SRP=413.419;SRR=189;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:258:124,129:124:4028:129:5029:-375.634,0,-286.478 0|1:143:65,78:65:2125:78:3056:-214.909,0,-148.48 dDocent_Contig_1486 71 . T G 111.004 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.47368;EPP=16.0391;EPPR=83.5666;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=218;QR=1417;RO=41;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=40;SRP=83.5666;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:749:6:218:-11.5441,0,-59.2893 0/0:19:19,0:19:668:0:0:0,-5.71957,-60.432 dDocent_Contig_1488 156 . T C 3036.45 . AB=0.288546;ABP=179.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4901;QR=12047;RO=323;RPL=0;RPP=287.473;RPPR=704.396;RPR=131;RUN=1;SAF=0;SAP=287.473;SAR=131;SRF=0;SRP=704.396;SRR=323;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:255:189,66:189:7066:66:2441:-143.128,0,-559.081 0/1:199:134,65:134:4981:65:2460:-161.705,0,-388.42 dDocent_Contig_1489 49 . A G 684.651 . 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AB=0.55102;ABP=4.11819;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X3M;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.703704;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1070;QR=675;RO=17;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=39.9253;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:6,5,11:6:239:5,11:198,427:-33.2649,-18.7716,-36.9512,0,-3.38639,-16.371 0|1:27:11,0,16:11:436:0,16:0,643:-50.0754,-53.3868,-89.2731,0,-36.2845,-31.468 dDocent_Contig_1492 98 . N G 187.976 . 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AB=0.876761;ABP=353.168;AC=4;AF=1;AN=4;AO=481;CIGAR=1X3M;DP=525;DPB=525;DPRA=0;EPP=1047.49;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18751;QR=653;RO=17;RPL=481;RPP=1047.49;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1047.49;SAR=481;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:284:9,26,249:9:361:26,249:1020,9688:-847.464,-766.291,-788.21,-54.1282,0,-8.91872 1|1:241:8,1,232:8:292:1,232:29,9063:-788.582,-788.682,-812.226,-45.9263,-67.5386,0 dDocent_Contig_1496 10 . C A 132.386 . AB=0.125;ABP=130.041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.5714;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=557;QR=5107;RO=127;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=278.787;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,1:36:1460:1:41:0,-7.06468,-127.569 0/1:104:91,13:91:3647:13:516:-13.9834,0,-296.937 dDocent_Contig_1497 60 . T C 118.67 . AB=0.0953895;ABP=897.426;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=1155;DPB=1155;DPRA=1.19582;EPP=133.299;EPPR=2378.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998172;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2239;QR=40216;RO=1094;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=2378.6;RPR=0;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=1094;SRP=2378.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:526:526,0:526:19258:0:0:0,-158.342,-1732.38 0/1:629:568,60:568:20958:60:2239:-12.6117,0,-1696.14 dDocent_Contig_1498 33 . T C 6182.56 . AB=0.465934;ABP=7.59664;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=212;CIGAR=1X;DP=455;DPB=455;DPRA=0;EPP=463.362;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8403;QR=8998;RO=242;RPL=0;RPP=463.362;RPPR=528.507;RPR=212;RUN=1;SAF=212;SAP=463.362;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:232:83,149:83:3099:149:5939:-464.463,0,-209.234 0/1:223:159,63:159:5899:63:2464:-154.982,0,-463.946 dDocent_Contig_1499 21 . C A 115.187 . AB=0.138889;ABP=84.5612;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=372;QR=2380;RO=61;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=135.47;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:48,6:48:1876:6:216:-3.40731,0,-152.724 0|1:17:13,4:13:504:4:156:-9.29931,0,-40.5848 dDocent_Contig_1500 114 . A G 954.693 . AB=0.194444;ABP=265.758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=324;DPB=324;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=569.765;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2151;QR=8822;RO=261;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=569.765;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=569.765;SRR=261;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:123,37:123:4145:37:1270:-66.4322,0,-325.08 0/1:164:138,26:138:4677:26:881:-30.2256,0,-371.742 dDocent_Contig_1503 45 . C T 142.929 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=4.3;EPP=20.3821;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=1759;RO=45;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=100.727;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:390:0:0:0,-3.0103,-35.4529 0/1:43:35,8:35:1369:8:307:-15.0376,0,-110.528 dDocent_Contig_1504 104 . N A 258.457 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=4X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1|1:7:0,7:0:0:7:241:-22.0265,-2.10721,0 dDocent_Contig_1505 10 . C T 1042.53 . AB=0.0549451;ABP=159.571;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2M1X1M1D1M1X;DP=184;DPB=175.571;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.44;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=4904;RO=125;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=274.444;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:93:61,2,0,30:61:2393:2,0,30:80,0,1196:-80.0634,-91.836,-288.024,-98.4262,-288.627,-295.217,0,-190.197,-196.787,-187.756 0|0:91:64,8,5,14:64:2511:8,5,14:287,203,544:-25.3778,-22.0377,-226.134,-27.8953,-211.799,-232.909,0,-183.908,-189.779,-202.309 dDocent_Contig_1506 51 . T C 5121.78 . AB=0.742991;ABP=112.761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=9M1X1M;DP=214;DPB=191.909;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6322;QR=929;RO=24;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=55.1256;RPR=159;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:102:8,8,80:8:308:8,80:289,3220:-262.988,-241.817,-264.694,0,-1.7179,-1.20788 0|1:112:16,15,79:16:621:15,79:530,3102:-250.306,-211.989,-258.495,0,-7.91388,-27.2614 dDocent_Contig_1507 35 . T C 34.93 . AB=0.0916031;ABP=192.79;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=1.81944;EPP=29.068;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=478;QR=7651;RO=191;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=417.762;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:119,12:119:4748:12:478:-3.93656,0,-387.791 0/0:72:72,0:72:2903:0:0:0,-21.6742,-261.358 dDocent_Contig_1508 98 . N T 141.787 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:112:-10.3576,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_1510 109 . A G 3505.15 . AB=0.818182;ABP=138.431;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=126;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=9.05882;EPP=276.616;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4416;QR=1553;RO=45;RPL=0;RPP=276.616;RPPR=100.727;RPR=126;RUN=1;SAF=0;SAP=276.616;SAR=126;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:576:0:0:0,-5.11751,-52.1589 0/1:154:28,126:28:977:126:4416:-351.26,0,-41.8824 dDocent_Contig_1511 82 . T A 346.918 . AB=0.211111;ABP=68.251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.352113;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=692;QR=2554;RO=71;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:28,12:28:1003:12:440:-27.9033,0,-78.5409 0/1:50:43,7:43:1551:7:252:-7.97694,0,-124.824 dDocent_Contig_1512 13 . G A 3578.88 . 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AB=0.25;ABP=26.8965;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.3387;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.774194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=2447;RO=62;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:33,11:33:1292:11:435:-26.2526,0,-101.903 0/0:30:29,1:29:1155:1:40:0,-5.03522,-99.8911 dDocent_Contig_1514 26 . T C 135.569 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.55556;EPP=16.0391;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1489;RO=40;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=89.8692;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:796:6:245:-14.0006,0,-63.5231 0/0:18:18,0:18:693:0:0:0,-5.41854,-62.7024 dDocent_Contig_1515 16 . T G 343.019 . 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AB=0.565061;ABP=74.7801;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1103;CIGAR=1M1X12M;DP=1952;DPB=1856.57;DPRA=0;EPP=2398.14;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=16;MQM=59.9864;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.99728;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43370;QR=5460;RO=141;RPL=0;RPP=2398.14;RPPR=309.188;RPR=1103;RUN=1;SAF=1103;SAP=2398.14;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:891:36,200,21,49,577:36:1399:200,21,49,577:7793,733,1921,22695:-2381.37,-1751.77,-1806.51,-2332.6,-1807.11,-2441.23,-2234.24,-1708.75,-2289.58,-2334.44,-525.489,0,-580.839,-482.476,-466.749 1|1:1061:105,301,82,17,526:105:4061:301,82,17,526:11758,2821,676,20675:-2301.74,-1366.81,-1609.75,-2104.32,-1471.33,-2413.19,-2277.69,-1644.7,-2382.21,-2606.13,-633.001,0,-737.526,-910.896,-808.211 dDocent_Contig_1519 91 . T A 633.689 . AB=0.257812;ABP=68.2223;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1138;QR=3296;RO=95;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:42,5:42:1457:5:175:-1.94529,0,-117.28 0/1:81:53,28:53:1839:28:963:-62.5986,0,-141.412 dDocent_Contig_1520 55 . G A 123.034 . AB=0.170732;ABP=41.6201;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=1.24242;EPP=18.2106;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.402985;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=2549;RO=67;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1260:0:0:0,-9.93399,-113.675 0/1:41:34,7:34:1289:7:278:-13.0481,0,-103.934 dDocent_Contig_1521 41 . A T 139.328 . AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=91.3725;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.788462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=294;QR=2035;RO=52;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=91.3725;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:22,7:22:853:7:253:-14.3765,0,-68.3553 0/0:31:30,1:30:1182:1:41:0,-5.23736,-102.574 dDocent_Contig_1522 107 . C A 39.1286 . AB=0.130435;ABP=30.2953;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.35294;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.783784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1486;RO=37;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:20,3:20:804:3:121:-4.35651,0,-65.7532 0/0:17:17,0:17:682:0:0:0,-5.11751,-61.7091 dDocent_Contig_1524 12 . C T 744.111 . AB=0.412698;ABP=7.18091;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1043;QR=1486;RO=37;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=83.3548;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:724:4:163:-8.43577,0,-58.8629 0/1:41:19,22:19:762:22:880:-67.1637,0,-56.5548 dDocent_Contig_1525 7 . C T 3646.66 . AB=0.751553;ABP=91.5012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4593;QR=1426;RO=37;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=83.3548;RPR=121;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:20,73:20:771:73:2775:-221.55,0,-41.3304 0/1:65:17,48:17:655:48:1818:-144.304,0,-39.7196 dDocent_Contig_1526 20 . A T 40.2908 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.666667;EPP=9.52472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=2069;RO=52;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=115.927;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:746:3:119:-4.47273,0,-60.8387 0/0:33:33,0:33:1323:0:0:0,-9.93399,-119.333 dDocent_Contig_1527 15 . C T 526.523 . AB=0.333333;ABP=17.4868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=2X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=791;QR=1581;RO=40;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=89.8692;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:21,9:21:824:9:360:-23.7311,0,-65.436 0|1:30:19,11:19:757:11:431:-30.1097,0,-59.4217 dDocent_Contig_1528 8 . T C 804.342 . AB=0.234177;ABP=99.9844;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X1M1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.486486;PAIREDR=0.214876;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1428;QR=4627;RO=121;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=265.758;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:79:50,29:50:1898:29:1117:-77.0497,0,-147.281 0|1:79:71,8:71:2729:8:311:-4.57294,0,-222.011 dDocent_Contig_1529 93 . T G 361.115 . AB=0.188525;ABP=105.817;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.434783;PAIREDR=0.464646;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=815;QR=3500;RO=99;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=217.986;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:34,11:34:1199:11:387:-21.6202,0,-94.6691 0/1:77:65,12:65:2301:12:428:-15.6797,0,-184.172 dDocent_Contig_1531 12 . C T 606.996 . AB=0.42;ABP=5.78978;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1429;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=849;QR=1167;RO=29;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=65.983;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:567:5:204:-13.0245,0,-45.6524 0/1:31:15,16:15:600:16:645:-48.8636,0,-45.0067 dDocent_Contig_1532 209 . N G 219.772 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.87368;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:240:-21.976,-1.80618,0 dDocent_Contig_1533 7 . T C 2505.35 . AB=0.052381;ABP=733.949;AC=0;AF=0;AN=4;AO=22;CIGAR=1X3M1X1M;DP=420;DPB=420;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=582.793;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.88015;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=850;QR=10346;RO=267;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=582.793;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=267;SRP=582.793;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:221:139,14,6,49:139:5402:14,6,49:540,245,1980:-121.405,-118.904,-558.584,-143.031,-542.582,-585.122,0,-399.56,-423.689,-429.155 0|0:199:128,8,10,51:128:4944:8,10,51:310,404,2049:-130.319,-143.383,-547.009,-135.543,-516.11,-538.568,0,-380.577,-372.737,-390.692 dDocent_Contig_1534 34 . A T 272.532 . AB=0.0692308;ABP=212.541;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=5M1X18M;DP=130;DPB=128.958;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=2715;RO=70;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=155.013;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:37,5,5,10,5:37:1433:5,5,10,5:146,195,405,199:-22.2784,-21.7973,-138.017,-17.3827,-123.494,-133.613,0,-106.123,-101.717,-114.737,-17.0233,-123.136,-118.73,-101.359,-133.254 0|0:60:33,6,2,4,4:33:1282:6,2,4,4:199,81,161,164:-6.16222,0,-103.558,-9.41171,-98.6838,-114.176,-2.81629,-92.0929,-101.506,-106.983,-2.54743,-91.8248,-101.238,-94.6473,-106.715 dDocent_Contig_1535 21 . G A 2593.02 . AB=0.221811;ABP=366.666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=541;DPB=541;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=915.029;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4701;QR=16215;RO=420;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=915.029;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=420;SRP=915.029;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:276:229,47:229:8847:47:1863:-84.808,0,-712.794 0/1:265:191,73:191:7368:73:2838:-175.682,0,-583.004 dDocent_Contig_1536 129 . A T 40.4781 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.45455;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=822;RO=24;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:361:0:0:0,-3.31133,-32.8039 0/1:16:13,3:13:461:3:103:-4.79248,0,-37.0099 dDocent_Contig_1538 24 . G A 1846.44 . AB=0.616162;ABP=14.6134;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.540984;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2391;QR=1462;RO=37;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=83.3548;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:25,32:25:988:32:1241:-94.3875,0,-71.6488 0/1:41:12,29:12:474:29:1150:-91.4445,0,-30.667 dDocent_Contig_1539 10 . C T 2034.91 . AB=0.107143;ABP=528.507;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X2M;DP=392;DPB=392.667;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=190.371;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=56.7619;MQMR=55.1139;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.649789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1658;QR=8975;RO=237;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=517.649;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=190;SRP=190.371;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:187:112,45,22:112:4325:45,22:1761,862:-110.62,0,-334.87,-74.129,-278.208,-415.923 0|1:205:125,41,20:125:4650:41,20:1612,796:-94.0587,0,-361.675,-66.2754,-308.604,-434.278 dDocent_Contig_1540 7 . T C 65.1216 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.77778;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44;MQMR=54;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=1716;RO=45;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:699:0:0:0,-5.41854,-63.2441 0/1:32:27,5:27:1017:5:193:-7.25688,0,-67.5789 dDocent_Contig_1541 64 . A T 2791.38 . AB=0.536723;ABP=5.08363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=2X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.578947;PAIREDR=0.679012;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3702;QR=2752;RO=81;RPL=95;RPP=209.3;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:90:43,46:43:1450:46:1809:-135.932,0,-103.69 0|1:87:38,49:38:1302:49:1893:-144.395,0,-91.2913 dDocent_Contig_1542 94 . T G 670.724 . AB=0.175084;ABP=275.351;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1745;QR=7650;RO=245;RPL=52;RPP=115.927;RPPR=535.021;RPR=0;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:137,19:137:4295:19:631:-10.1417,0,-339.812 0/1:141:108,33:108:3355:33:1114:-58.1191,0,-259.744 dDocent_Contig_1543 28 . T C 34204.7 . AB=0.824031;ABP=1179.47;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1063;CIGAR=1X;DP=1290;DPB=1290;DPRA=0;EPP=2311.29;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42373;QR=8958;RO=227;RPL=0;RPP=2311.29;RPPR=495.935;RPR=1063;RUN=1;SAF=1063;SAP=2311.29;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:650:112,538:112:4417:538:21430:-1731.22,0,-201.805 0/1:640:115,525:115:4541:525:20943:-1690.44,0,-215.95 dDocent_Contig_1546 45 . G A 1131.72 . AB=0.535211;ABP=3.7749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1501;QR=1329;RO=33;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=74.6689;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:8,23:8:321:23:904:-72.333,0,-19.9262 0/1:40:25,15:25:1008:15:597:-42.0277,0,-78.9744 dDocent_Contig_1547 20 . C T 594.711 . AB=0.164179;ABP=134.271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X3M;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.351064;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=887;QR=3698;RO=94;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=207.129;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:56:41,10,5:41:1609:10,5:395,202:-20.1551,0,-129.303,-15.8409,-115.659,-146.658 0|1:78:53,7,17:53:2089:7,17:282,685:-40.5044,-33.2158,-202.968,0,-148.613,-166.74 dDocent_Contig_1548 7 . A T 2127.57 . AB=0.0700637;ABP=255.081;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X4M;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=47.7273;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=395;QR=2728;RO=71;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=157.185;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:68:34,29,5:34:1295:29,5:1110,165:-80.9267,0,-97.5618,-79.1831,-94.3114,-183.898 0|1:89:37,46,6:37:1433:46,6:1757,230:-133.019,0,-103.878,-125.28,-98.8487,-241.198 dDocent_Contig_1549 33 . A G 65.2174 . AB=0.118644;ABP=77.5396;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=3.25157;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.4875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=3206;RO=80;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=176.728;RPR=9;RUN=1;SAF=5;SAP=3.25157;SAR=4;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:28,2:28:1106:2:78:0,-1.6276,-92.4162 0/1:59:52,7:52:2100:7:274:-7.26555,0,-171.417 dDocent_Contig_1550 193 . A T 283.451 . AB=0.323529;ABP=12.2071;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=1.41667;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=1816;RO=47;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:916:0:0:0,-7.22472,-82.7485 0/1:34:23,11:23:900:11:433:-29.0898,0,-71.0799 dDocent_Contig_1553 115 . C G 3245.01 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M2D1M;DP=115;DPB=76.6667;DPRA=0.513158;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:76:0,0,76:0:0:0,76:0,2436:-219.495,-219.495,-219.495,-22.8783,-22.8783,0 0|0:39:0,3,36:0:0:3,36:105,1164:-104.705,-96.1596,-95.2565,-10.8371,-1.94401,0 dDocent_Contig_1556 8 . C T 6201.15 . AB=0.184816;ABP=1389.63;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=297;CIGAR=1X3M1I3M1X;DP=1607;DPB=1653.88;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=2480.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=59.9731;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984224;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11725;QR=44712;RO=1141;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=2480.66;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=1141;SRP=2480.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:835:572,169,47:572:22447:169,47:6687,1867:-378.161,0,-1795.21,-396.663,-1692.4,-2228.6 0|1:772:569,128,40:569:22265:128,40:5038,1611:-243.142,0,-1792.11,-281.651,-1697.87,-2100.26 dDocent_Contig_1560 40 . C G 762.961 . AB=0.253968;ABP=69.2574;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.553191;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1275;QR=3751;RO=94;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=207.129;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:41,13:41:1632:13:509:-29.8983,0,-130.854 0/1:72:53,19:53:2119:19:766:-47.5863,0,-169.22 dDocent_Contig_1561 27 . G A 6737.95 . AB=0.788104;ABP=196.949;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=212;CIGAR=1X;DP=269;DPB=269;DPRA=0;EPP=463.362;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8400;QR=2276;RO=57;RPL=0;RPP=463.362;RPPR=126.784;RPR=212;RUN=1;SAF=212;SAP=463.362;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:24,85:24:957:85:3357:-269.382,0,-53.6161 0/1:160:33,127:33:1319:127:5043:-405.601,0,-70.805 dDocent_Contig_1563 98 . N T 159.873 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:82:-7.65196,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:86:-8.02461,-0.90309,0 dDocent_Contig_1564 18 . T C 55233 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1599;CIGAR=1X;DP=1672;DPB=1672;DPRA=0;EPP=3475.19;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998749;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64273;QR=2832;RO=73;RPL=0;RPP=3475.19;RPPR=161.528;RPR=1599;RUN=1;SAF=1599;SAP=3475.19;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:889:43,846:43:1674:846:34040:-2909.39,-116.711,0 1/1:783:30,753:30:1158:753:30233:-2613.61,-131.199,0 dDocent_Contig_1565 53 . T G 4293.15 . AB=0.778409;ABP=121.504;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=137;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5369;QR=1552;RO=39;RPL=137;RPP=300.502;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:12,72:12:486:72:2832:-229.721,0,-18.8051 0/1:92:27,65:27:1066:65:2537:-200.782,0,-68.521 dDocent_Contig_1567 33 . T C 330.756 . AB=0.197531;ABP=67.377;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.647059;PAIREDR=0.942029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=682;QR=5471;RO=138;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=302.673;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:73,1:73:2892:1:39:0,-18.3797,-256.474 0/1:81:65,16:65:2579:16:643:-33.8203,0,-207.859 dDocent_Contig_1568 107 . N C 55.3076 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:12:-1.19999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_1571 63 . C G 1035.83 . AB=0.336134;ABP=30.765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.55;PAIREDR=0.632911;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1555;QR=2986;RO=79;RPL=21;RPP=3.22745;RPPR=3.25768;RPR=19;RUN=1;SAF=21;SAP=3.22745;SAR=19;SRF=38;SRP=3.25768;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:39,19:39:1472:19:755:-50.8128,0,-115.293 0/1:61:40,21:40:1514:21:800:-53.9586,0,-118.156 dDocent_Contig_1572 107 . N A 57.1768 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_1573 23 . C T 492.089 . AB=0.201754;ABP=91.0883;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1197;QR=7007;RO=177;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=387.361;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:93:86,7:86:3387:7:264:0,-3.88212,-280.752 0/1:114:91,23:91:3620:23:933:-49.9536,0,-291.513 dDocent_Contig_1574 38 . T G 1130.39 . AB=0.209486;ABP=188.478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2109;QR=7986;RO=200;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=437.305;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:98,36:98:3915:36:1422:-87.891,0,-311.99 0/1:119:102,17:102:4071:17:687:-26.3361,0,-330.542 dDocent_Contig_1576 67 . C A 1322.14 . AB=0.239748;ABP=189.503;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=526.335;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=0.991701;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2536;QR=8363;RO=241;RPL=76;RPP=168.042;RPPR=526.335;RPR=0;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=241;SRP=526.335;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:119,34:119:4078:34:1150:-57.7447,0,-321.15 0/1:164:122,42:122:4285:42:1386:-75.6579,0,-336.456 dDocent_Contig_1577 9 . C T 139.974 . AB=0.116788;ABP=177.758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5625;MQMR=55.438;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=0.495868;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=619;QR=4657;RO=121;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=265.758;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:45,5:45:1738:5:194:-2.76891,0,-140.319 0/1:87:76,11:76:2919:11:425:-12.4148,0,-234.357 dDocent_Contig_1578 98 . N T 90.4774 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=90;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31935,-0.60206,0 dDocent_Contig_1579 51 . T C 3785.63 . AB=0.628866;ABP=30.9932;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=122;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=267.93;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4865;QR=2872;RO=72;RPL=122;RPP=267.93;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=122;SAP=267.93;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:45,39:45:1792:39:1567:-115.982,0,-136.214 0/1:110:27,83:27:1080:83:3298:-263.77,0,-64.3744 dDocent_Contig_1580 78 . C T 131.025 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.28571;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=1683;RO=42;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:841:0:0:0,-6.32163,-76.0017 0/1:27:21,6:21:842:6:240:-13.8473,0,-67.966 dDocent_Contig_1581 176 . T C 28248.3 . AB=0.14557;ABP=1382.2;AC=0;AF=0;AN=4;AO=184;CIGAR=1X2M1X;DP=1264;DPB=1264;DPRA=0;EPP=402.561;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7103;QR=3926;RO=101;RPL=184;RPP=402.561;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=402.561;SAR=184;SRF=0;SRP=222.329;SRR=101;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:608:88,256,91,171:88:3426:256,91,171:10092,3479,6762:-1078.65,-274.901,-479.38,-819.72,-271.027,-1073.87,-548.698,0,-544.823,-778.765 0|0:656:13,286,93,262:13:500:286,93,262:11369,3624,10403:-1747.37,-815.29,-770.239,-1453.46,-558.51,-1466.51,-894.956,0,-638.176,-857.129 dDocent_Contig_1582 52 . C T 85.2295 . AB=0.142857;ABP=49.5419;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.84;EPP=16.0391;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.616279;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=3396;RO=86;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:36,6:36:1425:6:236:-8.96665,0,-115.86 0/0:50:50,0:50:1971:0:0:0,-15.0515,-177.593 dDocent_Contig_1583 34 . T A 16886.5 . AB=0.0610998;ABP=1646.09;AC=0;AF=0;AN=4;AO=60;CIGAR=2M1I3M1X2M;DP=982;DPB=1081.62;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2355;QR=7224;RO=184;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=402.561;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:496:85,214,34,159:85:3327:214,34,159:8524,1338,6205:-912.755,-236.472,-445.6,-828.278,-399.956,-1091.59,-428.324,0,-591.807,-654.008 0|0:486:99,226,26,123:99:3897:226,26,123:8907,1017,4802:-777.081,-74.1474,-326.684,-723.272,-311.105,-1036.01,-412.167,0,-649.124,-695.708 dDocent_Contig_1584 37 . G A 481.128 . AB=0.239437;ABP=44.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.647059;PAIREDR=0.457143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=1393;RO=35;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=79.0118;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:10,5,4:10:403:5,4:203,163:-13.7313,0,-31.7093,-3.2936,-19.7658,-35.3051 0|1:52:25,13,13:25:990:13,13:517,522:-35.499,-0.450526,-78.0291,0,-38.9244,-77.5809 dDocent_Contig_1585 13 . G A 2952.99 . AB=0.604651;ABP=19.3721;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.5865;MQMR=54.4412;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4162;QR=2709;RO=68;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=150.67;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:45,46:45:1801:46:1844:-126.046,0,-133.413 0/1:81:23,58:23:908:58:2318:-170.442,0,-55.8802 dDocent_Contig_1586 48 . C T 109.333 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=3.89863;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.920455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=3492;RO=88;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=177.123;RPR=10;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=43;SRP=3.109;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1455:2:81:0,-4.05444,-123.507 0/1:59:51,8:51:2037:8:323:-11.678,0,-165.754 dDocent_Contig_1587 7 . T C 119.518 . AB=0.184211;ABP=35.9253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X1M1X3M2X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=1157;RO=30;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:11,4:11:426:4:152:-9.13056,0,-33.7705 0|1:22:19,3:19:731:3:114:-4.00956,0,-59.4895 dDocent_Contig_1588 107 . N G 456.763 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=497;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:278:-25.358,-2.40824,0 1/1:7:0,7:0:0:7:219:-20.0168,-2.10721,0 dDocent_Contig_1589 14 . T C 837.322 . AB=0.233766;ABP=97.8219;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=1;EPP=81.1833;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1451;QR=10883;RO=272;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=593.651;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:154:154,0:154:6179:0:0:0,-46.3586,-555.855 0/1:154:118,36:118:4704:36:1451:-84.4769,0,-376.907 dDocent_Contig_1590 70 . A C 111.813 . AB=0.15;ABP=66.8516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.72043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=3377;RO=93;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:51,9:51:1847:9:326:-11.625,0,-148.438 0/0:44:42,2:42:1530:2:74:0,-6.21944,-130.962 dDocent_Contig_1592 67 . T C 10193.2 . AB=0.880223;ABP=453.812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=316;CIGAR=1X;DP=359;DPB=359;DPRA=0;EPP=689.196;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12545;QR=1678;RO=43;RPL=316;RPP=689.196;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=316;SAP=689.196;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:27,156:27:1069:156:6209:-503.485,0,-41.4117 0/1:176:16,160:16:609:160:6336:-517.013,0,-2.15826 dDocent_Contig_1593 107 . N G 64.6301 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.4439,-0.60206,0 dDocent_Contig_1594 12 . T A 1794.59 . AB=0.14625;ABP=872.566;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=1443;DPB=1443;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=2858.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5119;QR=50776;RO=1315;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=2858.5;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=1315;SRP=2858.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:643:632,11:632:24332:11:440:0,-153.607,-2148.32 0/1:800:683,117:683:26444:117:4679:-180.204,0,-2137.31 dDocent_Contig_1595 77 . C T 142.96 . AB=0.416667;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.6;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1054;RO=27;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:777:0:0:0,-6.0206,-70.2505 0/1:12:7,5:7:277:5:203:-15.0407,0,-21.6854 dDocent_Contig_1596 11 . G A 104.01 . AB=0.120482;ABP=106.849;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.958904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=2891;RO=73;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=161.528;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:45,5:45:1772:5:195:-2.8689,0,-144.637 0/1:33:28,5:28:1119:5:203:-8.71886,0,-91.0575 dDocent_Contig_1598 11 . G C 357.241 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=1.30769;EPP=33.4109;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.934211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=572;QR=3031;RO=76;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=168.042;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1551:0:0:0,-11.7402,-139.826 0/1:51:37,14:37:1480:14:572:-36.4689,0,-118.089 dDocent_Contig_1600 10 . A G 249.213 . AB=0.210526;ABP=44.4969;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=2729;RO=68;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=150.67;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,1:23:924:1:40:0,-3.22904,-79.4693 0/1:57:45,12:45:1805:12:472:-25.666,0,-145.503 dDocent_Contig_1601 36 . T A 38053.5 . AB=0.538705;ABP=19.4833;AC=4;AF=1;AN=4;AO=682;CIGAR=1X1M;DP=1266;DPB=1266;DPRA=0;EPP=1483.95;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26815;QR=1709;RO=43;RPL=0;RPP=1483.95;RPPR=96.3836;RPR=682;RUN=1;SAF=682;SAP=1483.95;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:666:27,248,389:27:1071:248,389:9817,15343:-1973.86,-1174.08,-1187.58,-719.745,0,-690.802 1|1:600:16,290,293:16:638:290,293:11504,11472:-1832.69,-890.597,-855.84,-894.361,0,-858.701 dDocent_Contig_1603 98 . N C 59.0761 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88849,-0.60206,0 dDocent_Contig_1604 19 . A T 58.1132 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=1.6;EPP=9.52472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=889;RO=23;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=52.9542;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:378:0:0:0,-3.0103,-34.3624 0/1:16:13,3:13:511:3:122:-6.55601,0,-41.5182 dDocent_Contig_1605 1 . N G 62.873 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1607 11 . G A 153.916 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.807692;EPP=16.0391;EPPR=75.5163;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.122;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=1644;RO=41;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=75.5163;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:602:6:242:-15.8353,0,-48.195 0/0:26:26,0:26:1042:0:0:0,-7.82678,-93.931 dDocent_Contig_1608 99 . N A 701.464 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=22;CIGAR=4X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.0455;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=826;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:14:0,14:0:0:14:524:-44.698,-4.21442,0 1|1:8:0,8:0:0:8:302:-25.1472,-2.40824,0 dDocent_Contig_1609 13 . G A 2489.88 . AB=0.488636;ABP=3.20771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=51.814;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.488372;PAIREDR=0.449438;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3437;QR=3558;RO=89;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=196.271;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:40,37:40:1606:37:1480:-107.136,0,-121.589 0/1:99:49,49:49:1952:49:1957:-143.04,0,-145.997 dDocent_Contig_1613 98 . N T 311.287 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 1/1:8:0,8:0:0:8:266:-24.2652,-2.40824,0 dDocent_Contig_1616 25 . T A 45.0528 . AB=0.111111;ABP=97.59;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=300.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.736264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=7192;RO=182;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=398.218;RPR=16;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=10;SRF=170;SRP=300.86;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:64,8:64:2521:8:292:-4.94897,0,-205.359 0/0:126:118,8:118:4671:8:284:0,-12.029,-394.402 dDocent_Contig_1617 107 . N G 130.549 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:5:0,4:0:0:4:101:-9.23369,-1.20412,0 dDocent_Contig_1618 17 . C T 824.044 . AB=0.337079;ABP=23.5295;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.40678;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1219;QR=2311;RO=59;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=131.127;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:33,9:33:1302:9:366:-20.6613,0,-104.801 0/1:47:26,21:26:1009:21:853:-62.9315,0,-76.9396 dDocent_Contig_1619 98 . N G 40.0786 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_1620 62 . G A 986.222 . AB=0.336;ABP=32.2123;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1520;QR=3115;RO=83;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:63,22:63:2334:22:785:-45.376,0,-184.7 0/1:40:20,20:20:781:20:735:-54.4347,0,-58.5711 dDocent_Contig_1621 15 . C T 92.2614 . AB=0.0614657;ABP=709.591;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=2X;DP=907;DPB=907;DPRA=0.873967;EPP=59.4686;EPPR=1770.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997543;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1046;QR=32618;RO=814;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=1770.59;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=814;SRP=1770.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:484:454,0,30:454:18178:0,30:0,1190:0,-136.668,-1634.1,-38.3239,-1536.16,-1527.12 0|0:423:360,26,36:360:14440:26,36:1046,1437:-9.97086,-32.1661,-1214.03,0,-1103.52,-1178.85 dDocent_Contig_1622 72 . T G 584.095 . AB=0.333333;ABP=20.3821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.791667;PAIREDR=0.93617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=895;QR=1882;RO=47;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,7:24:968:7:262:-14.339,0,-77.8316 0/1:40:23,17:23:914:17:633:-45.2589,0,-70.522 dDocent_Contig_1623 12 . A T 296.747 . AB=0.149068;ABP=175.231;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9583;MQMR=55.3139;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.284672;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=874;QR=5361;RO=137;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=300.502;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:76,15:76:2989:15:554:-22.8033,0,-237.258 0/1:70:61,9:61:2372:9:320:-8.0598,0,-187.432 dDocent_Contig_1624 91 . G A 2119.65 . AB=0.59854;ABP=14.5651;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97561;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2820;QR=1852;RO=55;RPL=82;RPP=181.071;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:32,39:32:1090:39:1348:-100.248,0,-77.0342 0/1:66:23,43:23:762:43:1472:-112.905,0,-49.021 dDocent_Contig_1625 8 . T A 8756.36 . AB=0.36;ABP=168.998;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=351;CIGAR=1X;DP=975;DPB=975;DPRA=0;EPP=713.973;EPPR=1262.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=55.2251;MQMR=55.295;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.535613;PAIREDR=0.81;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13384;QR=22935;RO=600;RPL=0;RPP=765.197;RPPR=1305.89;RPR=351;RUN=1;SAF=345;SAP=713.973;SAR=6;SRF=595;SRP=1262.83;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:470:295,165:295:11271:165:6275:-408.606,0,-831.606 0/1:505:305,186:305:11664:186:7109:-468.219,0,-849.726 dDocent_Contig_1626 31 . A G 300.697 . AB=0.25;ABP=31.2394;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.871795;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=1539;RO=39;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=87.6977;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:13,2:13:512:2:79:-2.98179,0,-41.9069 0/1:37:26,11:26:1027:11:434:-28.2751,0,-81.5846 dDocent_Contig_1627 32 . G A 2360.11 . AB=0.78125;ABP=68.9688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2951;QR=820;RO=21;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=48.6112;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:10,44:10:395:44:1752:-141.645,0,-19.6529 0/1:42:11,31:11:425:31:1199:-95.5545,0,-25.9559 dDocent_Contig_1628 20 . A C 9147.99 . AB=0.052;ABP=438.833;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M1X1M1X3M1X1M1X2M1X;DP=460;DPB=460;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13;MQM=19;MQMR=59.9306;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=2831;RO=72;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=159.356;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:250:36,13,19,0,158:36:1404:13,19,0,158:510,728,0,6248:-496.269,-488.849,-600.338,-447.761,-544.907,-557.446,-507.106,-604.251,-563.165,-622.51,0,-97.2002,-56.0874,-115.448,-67.8851 0|0:210:36,0,17,11,135:36:1427:0,17,11,135:0,656,439,5309:-419.718,-430.555,-548.02,-379.016,-496.481,-491.364,-394.86,-512.325,-460.786,-509.013,0,-117.486,-65.9459,-81.7872,-76.8465 dDocent_Contig_1630 32 . T C 21211.1 . AB=0.891738;ABP=470.867;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=639;CIGAR=1X;DP=689;DPB=689;DPRA=0;EPP=1390.58;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99687;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25218;QR=1890;RO=50;RPL=0;RPP=1390.58;RPPR=111.584;RPR=639;RUN=1;SAF=639;SAP=1390.58;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:338:12,326:12:448:326:12841:-1114.14,-61.0828,0 0/1:351:38,313:38:1442:313:12377:-1007.42,0,-24.3845 dDocent_Contig_1631 14 . G A 613.46 . AB=0.285714;ABP=36.513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.541667;PAIREDR=0.516667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=968;QR=2397;RO=60;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=133.299;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:25,10:25:1014:10:407:-26.4545,0,-81.0162 0/1:49:35,14:35:1383:14:561:-36.0799,0,-109.973 dDocent_Contig_1632 130 . C T 150.946 . AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=2.36364;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.733333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=259;QR=1131;RO=30;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:409:0:0:0,-3.31133,-37.1553 0/1:26:19,7:19:722:7:259:-15.8393,0,-57.4845 dDocent_Contig_1634 7 . A T 817.018 . AB=0.135189;ABP=584.468;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=503;DPB=503;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=945.429;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.632353;PAIREDR=0.645161;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2595;QR=16578;RO=434;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=945.429;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=434;SRP=945.429;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:209:187,21:187:7169:21:791:-8.78264,0,-582.36 0/1:294:247,47:247:9409:47:1804:-74.1076,0,-758.02 dDocent_Contig_1635 52 . T A 3005.1 . AB=0.309829;ABP=150.021;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=468;DPB=468;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965944;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4912;QR=10939;RO=323;RPL=145;RPP=317.874;RPPR=704.396;RPR=0;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=323;SRP=704.396;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:120,23:120:4129:23:755:-25.2057,0,-328.756 0/1:325:203,122:203:6810:122:4157:-276.493,0,-515.16 dDocent_Contig_1636 14 . T C 569.134 . AB=0.204082;ABP=152.089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X1M2X3M1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=31.175;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.325;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1578;QR=3169;RO=80;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=176.728;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:46,16,10,21,14:46:1818:16,10,21,14:599,372,822,549:-34.1127,0,-144.821,-18.8531,-120.534,-165.475,-3.64307,-105.314,-124.161,-146.94,-2.80441,-104.491,-123.34,-108.119,-148.229 0|1:83:34,11,2,19,10:34:1351:11,2,19,10:340,66,756,405:-23.9531,-8.53503,-116.494,-29.178,-114.797,-139.842,0,-85.6155,-106.247,-105.535,-0.766238,-86.4009,-107.04,-77.8532,-109.039 dDocent_Contig_1637 29 . C T 212.168 . AB=0.212121;ABP=50.5195;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=1.01538;EPP=8.59409;EPPR=25.7458;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.57265;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=458;QR=4464;RO=117;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=257.073;RPR=14;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=76;SRP=25.7458;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:52,14:52:1970:14:458:-21.6605,0,-157.656 0/0:65:65,0:65:2494:0:0:0,-19.5669,-224.638 dDocent_Contig_1638 66 . C A 126.916 . AB=0.105882;ABP=232.369;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1260;QR=12310;RO=310;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=676.167;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:152,18:152:5993:18:711:-13.1351,0,-487.984 0/0:173:158,14:158:6317:14:549:0,-2.38465,-518.521 dDocent_Contig_1639 10 . A G 1736.04 . AB=0.0808081;ABP=154.114;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X4M;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=719;RO=18;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=42.0968;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:8,0,0,7,0,31:8:322:0,0,7,0,31:0,0,282,0,1210:-97.0483,-99.4565,-125.997,-99.4565,-125.997,-125.997,-76.2096,-102.752,-102.752,-100.644,-99.4565,-125.997,-125.997,-102.752,-125.997,0,-26.5509,-26.5509,-3.29737,-26.5509,-17.219 0|0:52:10,5,6,1,5,25:10:397:5,6,1,5,25:194,240,41,198,982:-77.7444,-64.8165,-95.9943,-60.9834,-77.7285,-91.8606,-77.3702,-94.115,-90.2823,-109.752,-64.4581,-81.2031,-77.3702,-93.7569,-95.6361,0,-16.7458,-12.9115,-29.2983,-16.3867,-25.1571 dDocent_Contig_1640 41 . A T 1880.89 . AB=0.225092;ABP=180.903;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X7M;DP=271;DPB=271;DPRA=0;EPP=88.4809;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.901639;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2412;QR=5862;RO=151;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=330.903;RPR=61;RUN=1;SAF=55;SAP=88.4809;SAR=6;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:19,3,14,2:19:739:3,14,2:118,516,73:-36.4802,-32.4887,-92.3266,0,-51.0397,-56.534,-36.2358,-87.2663,-54.7855,-96.3725 0|1:228:132,0,19,59:132:5123:0,19,59:0,694,2339:-152.797,-192.533,-613.424,-135.853,-556.741,-551.021,0,-420.904,-364.221,-403.143 dDocent_Contig_1641 50 . T A 173.348 . AB=0.116438;ABP=189.578;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.837209;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=5202;RO=129;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=283.13;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:47,5:47:1910:5:201:-2.81696,0,-156.438 0/1:94:82,12:82:3292:12:485:-15.7044,0,-268.037 dDocent_Contig_1642 121 . T G 649.072 . AB=0.613636;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=905;QR=3889;RO=118;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=259.244;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=259.244;SRR=118;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:17,27:17:552:27:870:-65.3509,0,-36.7437 0/0:102:101,1:101:3337:1:35:0,-27.2064,-297.059 dDocent_Contig_1643 32 . C T 70.1693 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=2708;RO=68;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=150.67;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:836:4:162:-7.44121,0,-68.0285 0/0:51:47,4:47:1872:4:163:0,-0.294102,-153.626 dDocent_Contig_1644 10 . A C 633.08 . AB=0.44;ABP=4.57376;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=876;QR=1113;RO=28;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=63.8115;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:16,14:16:635:14:555:-41.2607,0,-48.4548 0/1:20:12,8:12:478:8:321:-23.2357,0,-37.3481 dDocent_Contig_1645 75 . G A 46.9616 . AB=0.0976744;ABP=305.289;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=899.828;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.414634;PAIREDR=0.997579;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1487;QR=14921;RO=413;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=899.828;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=413;SRP=899.828;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:239:219,20:219:7888:20:711:0,-7.63121,-645.587 0/1:215:194,21:194:7033:21:776:-5.44088,0,-568.261 dDocent_Contig_1646 137 . A G 1697.61 . AB=0.585586;ABP=10.0725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2264;QR=1585;RO=46;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=102.898;RPR=65;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:24,25:24:835:25:874:-64.2236,0,-60.7171 0/1:62:22,40:22:750:40:1390:-106.726,0,-49.149 dDocent_Contig_1647 103 . G T 217.414 . AB=0.183333;ABP=55.2704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.469388;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=1974;RO=49;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:25,6:25:1007:6:243:-12.9157,0,-81.5936 0/1:29:24,5:24:967:5:204:-10.0142,0,-78.5909 dDocent_Contig_1648 83 . C G 256.76 . AB=0.333333;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=1763;RO=56;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:24,12:24:690:12:407:-26.1197,0,-51.531 0/0:34:32,1:32:1073:1:35:0,-6.66529,-93.4867 dDocent_Contig_1650 28 . T C 439.065 . AB=0.190476;ABP=107.861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=915;QR=4054;RO=102;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=224.5;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:80,13:80:3170:13:486:-16.0719,0,-257.374 0/1:33:22,11:22:884:11:429:-29.0231,0,-69.9339 dDocent_Contig_1652 174 . G A 178.595 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.615385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=1550;RO=39;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:24,2:24:941:2:79:0,-0.329148,-77.4927 0/1:22:15,7:15:609:7:276:-18.5863,0,-48.5255 dDocent_Contig_1654 56 . T A 3003.04 . AB=0.261759;ABP=244.088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=489;DPB=489;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=784.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4983;QR=14276;RO=360;RPL=128;RPP=280.959;RPPR=784.74;RPR=0;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=360;SRP=784.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:166:119,47:119:4739:47:1816:-113.694,0,-376.464 0/1:323:241,81:241:9537:81:3167:-187.798,0,-760.449 dDocent_Contig_1655 98 . N T 160.044 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1656 98 . N C 79.2552 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,3:0:0:3:86:-7.91586,-0.90309,0 dDocent_Contig_1658 98 . N T 233.026 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.56683;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=255;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:7:0,7:0:0:7:255:-23.302,-2.10721,0 dDocent_Contig_1659 69 . G C 385.783 . AB=0.124138;ABP=358.862;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=290;DPB=290;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=552.393;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1405;QR=9753;RO=253;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=552.393;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=253;SRP=552.393;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:130,13:130:4949:13:487:-1.10732,0,-402.298 0/1:147:123,23:123:4804:23:918:-38.5741,0,-387.966 dDocent_Contig_1660 39 . T A 104.342 . AB=0.125;ABP=90.9549;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.84127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=2462;RO=63;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=139.813;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:687:5:190:-10.8399,0,-55.5371 0/1:50:46,4:46:1775:4:163:-0.00692765,0,-144.92 dDocent_Contig_1661 182 . T C 1108.55 . AB=0.254054;ABP=100.21;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1857;QR=5421;RO=138;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=302.673;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=0;SRP=302.673;SRR=138;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:88,15:88:3436:15:590:-22.4292,0,-278.272 0/1:82:50,32:50:1985:32:1267:-89.6143,0,-154.161 dDocent_Contig_1662 27 . T G 896.932 . AB=0.23494;ABP=104.311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.512821;PAIREDR=0.653543;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1558;QR=5068;RO=127;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=278.787;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:58,17:58:2332:17:692:-40.0312,0,-187.456 0/1:91:69,22:69:2736:22:866:-50.8504,0,-218.961 dDocent_Contig_1665 51 . G A 1532.48 . AB=0.0735294;ABP=110.434;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1M2I9M1X2M;DP=107;DPB=117.538;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=975;RO=25;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=57.2971;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:11,0,14,5,8,0:11:421:0,14,5,8,0:0,529,183,310,0:-40.0434,-43.3548,-77.9073,0,-34.5595,-30.345,-28.4039,-62.957,-19.6089,-61.4518,-17.8831,-52.4396,-9.08685,-37.4887,-50.0313,-43.3548,-77.9073,-34.5595,-62.957,-52.4396,-77.9073 0|0:68:14,5,39,1,0,5:14:554:5,39,1,0,5:134,1449,29,0,184:-114.393,-108.065,-152.163,0,-35.1053,-33.8996,-116.3,-151.361,-43.3332,-161.603,-118.607,-153.668,-45.6398,-161.904,-164.212,-103.563,-138.625,-30.5926,-146.861,-149.168,-147.663 dDocent_Contig_1667 40 . C A 28260.5 . AB=0.893849;ABP=1361.12;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=901;CIGAR=1X;DP=1008;DPB=1008;DPRA=0;EPP=1959.51;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34812;QR=4259;RO=106;RPL=0;RPP=1959.51;RPPR=233.186;RPR=901;RUN=1;SAF=901;SAP=1959.51;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:533:49,483:49:1994:483:18762:-1526.72,0,-19.0832 0/1:475:57,418:57:2265:418:16050:-1300.52,0,-61.0144 dDocent_Contig_1669 16 . T A 11352.7 . AB=0.661765;ABP=126.656;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=360;CIGAR=1X;DP=544;DPB=544;DPRA=0;EPP=784.74;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14455;QR=7385;RO=184;RPL=0;RPP=784.74;RPPR=402.561;RPR=360;RUN=1;SAF=360;SAP=784.74;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:285:58,227:58:2323:227:9123:-734.702,0,-123.429 0/1:259:126,133:126:5062:133:5332:-401.753,0,-377.467 dDocent_Contig_1670 8 . T G 31.2622 . AB=0.0967742;ABP=46.79;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M2X1M2X3M9I4M;DP=68;DPB=69.8;DPRA=0.837838;EPP=9.52472;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1898;RO=49;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=109.412;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:21,3:21:820:3:120:-3.5696,0,-66.5124 0|0:37:28,0:28:1078:0:0:0,-8.42884,-96.9304 dDocent_Contig_1671 14 . T A 547.933 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1I3X;DP=66;DPB=72.25;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.1667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.707317;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=1607;RO=41;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:17,4,6:17:670:4,6:157,235:-14.2008,-6.40541,-60.3242,0,-42.2101,-53.3161 0|1:39:24,15,0:24:937:15,0:591,0:-41.7809,0,-72.8996,-49.0056,-77.4151,-126.028 dDocent_Contig_1672 43 . G A 7477.72 . AB=0.791667;ABP=215.815;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=228;CIGAR=1X1M;DP=288;DPB=288;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9058;QR=1877;RO=48;RPL=0;RPP=498.106;RPPR=107.241;RPR=228;RUN=1;SAF=228;SAP=498.106;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:137:6,11,120:6:237:11,120:442,4763:-407.192,-372.575,-388.766,-16.9272,0,-0.303025 0|1:151:42,0,108:42:1640:0,108:0,4295:-341.255,-353.898,-488.715,0,-135.121,-102.61 dDocent_Contig_1673 18 . G A 187.766 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0.777778;EPP=18.2106;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=1620;RO=41;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=92.0407;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1054:0:0:0,-8.12781,-95.1493 0/1:21:14,7:14:566:7:283:-19.5214,0,-44.9615 dDocent_Contig_1674 115 . A C 73.5729 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=171;QR=669;RO=20;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=46.4397;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:267:2:70:-3.6371,0,-21.3458 0/1:15:12,3:12:402:3:101:-4.90832,0,-31.9875 dDocent_Contig_1675 42 . G A 3657.51 . AB=0.7;ABP=62.0743;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8992;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.529412;PAIREDR=0.490196;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4642;QR=2011;RO=51;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=113.755;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:25,54:25:997:54:2118:-167.03,0,-66.2447 0/1:91:26,65:26:1014:65:2524:-199.91,0,-64.1602 dDocent_Contig_1676 13 . C A 756.959 . AB=0.0625;ABP=56.2114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M2X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=1031;RO=26;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=59.4686;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:12,10,0:12:473:10,0:393,0:-29.104,0,-36.2974,-32.7163,-39.3077,-71.6309 0|1:32:14,16,2:14:558:16,2:632,81:-47.7803,0,-41.1289,-45.3144,-39.2654,-90.665 dDocent_Contig_1677 10 . A T 5315.47 . AB=0.030303;ABP=445.662;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X7M1X2M2X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=22.7143;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=784;RO=20;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=46.4397;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=3.32051;SAR=3;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:111:11,0,6,10,82:11:429:0,6,10,82:0,138,382,3155:-255.716,-259.027,-294.29,-250.044,-285.305,-283.499,-227.879,-263.142,-254.159,-260.132,0,-35.2868,-26.3308,-4.12295,-10.6023 0|0:120:9,7,1,7,88:9:355:7,1,7,88:277,21,273,3406:-277.017,-256.928,-284.031,-278.409,-284.82,-307.318,-257.286,-263.697,-285.178,-284.389,0,-6.41254,-27.9014,-6.77156,-2.7239 dDocent_Contig_1680 114 . G C 590.922 . AB=0.590909;ABP=7.74806;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23.0256;MQMR=49.1111;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1352;QR=942;RO=27;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=61.6401;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:19,30:19:664:30:1040:-48.2169,0,-33.6164 0/1:17:8,9:8:278:9:312:-12.0638,0,-20.0451 dDocent_Contig_1681 98 . N A 65.7178 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1682 31 . G A 102.448 . AB=0.0994764;ABP=269.146;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=337;DPB=337;DPRA=1.30822;EPP=44.2683;EPPR=292.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.484277;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=754;QR=12297;RO=318;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=63.3472;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=262;SRP=292.786;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:191:172,19:172:6577:19:754:-10.6885,0,-534.26 0|0:146:146,0:146:5720:0:0:0,-43.9504,-514.668 dDocent_Contig_1683 136 . T A 47.5881 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=176;QR=1263;RO=37;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=83.3548;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:531:1:35:0,-1.61888,-44.6039 0/1:25:21,4:21:732:4:141:-5.50259,0,-58.6752 dDocent_Contig_1684 79 . C T 66.2118 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0.769231;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=709;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:250:3:108:-7.06487,0,-19.8364 0/0:13:13,0:13:459:0:0:0,-3.91339,-41.6449 dDocent_Contig_1685 45 . A T 830.252 . AB=0.722222;ABP=18.4519;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=4;EPP=59.4686;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1048;QR=746;RO=19;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=44.2683;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:352:0:0:0,-2.70927,-32.0382 0/1:36:10,26:10:394:26:1048:-83.7699,0,-24.9774 dDocent_Contig_1687 199 . T A 433.091 . AB=0.201754;ABP=91.0883;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1M1D1X;DP=114;DPB=106.333;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=868;QR=3459;RO=91;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=200.614;SRR=91;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:60,9:60:2288:9:343:-10.4555,0,-185.373 0|1:45:31,14:31:1171:14:525:-34.0421,0,-92.1414 dDocent_Contig_1689 8 . T G 45.7589 . AB=0.109375;ABP=87.8334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.375;MQMR=57.7748;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.225225;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=4279;RO=111;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=244.044;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:57,7:57:2203:7:266:-5.01957,0,-177.26 0/0:55:54,1:54:2076:1:37:0,-12.8674,-183.251 dDocent_Contig_1690 21 . G A 654.8 . AB=0.206667;ABP=115.116;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.645161;PAIREDR=0.638655;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1235;QR=4697;RO=119;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=261.416;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:69,15:69:2700:15:608:-29.7714,0,-217.834 0/1:66:50,16:50:1997:16:627:-36.897,0,-160.059 dDocent_Contig_1691 59 . T A 48497.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1449;CIGAR=1X;DP=1526;DPB=1526;DPRA=0;EPP=3149.47;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56970;QR=3029;RO=76;RPL=1449;RPP=3149.47;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=1449;SAP=3149.47;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:821:57,764:57:2284:764:30043:-2495.61,-41.425,0 1/1:705:19,685:19:745:685:26927:-2353.83,-144.964,0 dDocent_Contig_1692 16 . T A 191.736 . AB=0.347826;ABP=7.63648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=565;RO=15;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=35.5824;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:6,6:6:230:6:237:-16.5556,0,-16.0717 0/1:11:9,2:9:335:2:82:-3.80629,0,-25.3322 dDocent_Contig_1693 14 . T C 44.6952 . AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=1.2;EPP=13.8677;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=2840;RO=72;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=159.356;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1475:5:191:-4.9132,0,-120.351 0/0:35:35,0:35:1365:0:0:0,-10.536,-123.103 dDocent_Contig_1694 25 . G A 454.043 . AB=0.142857;ABP=274.444;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=533;DPB=533;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=1040.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981481;PAIREDR=0.991632;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2073;QR=18579;RO=478;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=1040.97;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=478;SRP=1040.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:245:210,35:210:8159:35:1326:-45.848,0,-660.167 0/0:288:268,19:268:10420:19:747:0,-19.083,-869.662 dDocent_Contig_1695 209 . G A 80.9568 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0.809524;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=1342;RO=34;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:842:0:0:0,-6.32163,-76.0929 0/1:17:13,4:13:500:4:151:-8.8404,0,-40.2244 dDocent_Contig_1696 132 . T A 90.3654 . AB=0.170213;ABP=47.41;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M1X2M1X2M6I1X;DP=47;DPB=51.3636;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=34.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=306;QR=1280;RO=39;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=87.6977;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:28,5:28:941:5:195:-5.4967,0,-75.0637 0|1:14:11,3:11:339:3:111:-4.72823,0,-26.5952 dDocent_Contig_1697 47 . C T 114.278 . AB=0.162791;ABP=45.4803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=1.26471;EPP=18.2106;EPPR=146.452;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=2837;RO=70;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=146.452;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1387:0:0:0,-10.235,-125.078 0/1:43:36,7:36:1450:7:275:-12.1725,0,-117.802 dDocent_Contig_1698 107 . N G 145.035 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:127:-11.6817,-1.50515,0 dDocent_Contig_1700 106 . N A 69.5042 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=4X1M5I2M1X2M1X;DP=2;DPB=2.90909;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:73:-6.9313,-0.60206,0 dDocent_Contig_1701 95 . C T 155.02 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X2M2X;DP=5;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=140;PQR=7;PRO=1;QA=172;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:172:-15.4995,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1703 54 . T A 18878.6 . AB=0.738012;ABP=423.715;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=631;CIGAR=1X;DP=855;DPB=855;DPRA=0;EPP=1373.21;EPPR=487.249;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23860;QR=7689;RO=223;RPL=631;RPP=1373.21;RPPR=487.249;RPR=0;RUN=1;SAF=631;SAP=1373.21;SAR=0;SRF=223;SRP=487.249;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:416:163,253:163:5562:253:9510:-730.302,0,-375.435 0/1:439:60,378:60:2127:378:14350:-1158.75,0,-59.7555 dDocent_Contig_1705 13 . G A 80.1083 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0.9;EPP=9.52472;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=608;RO=16;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=37.7539;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:381:0:0:0,-3.0103,-34.6433 0/1:9:6,3:6:227:3:123:-8.75552,0,-18.0834 dDocent_Contig_1706 15 . T C 11138.7 . AB=0.264877;ABP=826.036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=454;CIGAR=1X;DP=1714;DPB=1714;DPRA=0;EPP=988.859;EPPR=2739.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18135;QR=49861;RO=1260;RPL=0;RPP=988.859;RPPR=2739.07;RPR=454;RUN=1;SAF=454;SAP=988.859;SAR=0;SRF=1260;SRP=2739.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:871:641,230:641:25340:230:9173:-562.812,0,-2016.23 0/1:843:619,224:619:24521:224:8962:-552.244,0,-1951.03 dDocent_Contig_1707 14 . C A 17383.7 . AB=0.753463;ABP=405.894;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=544;CIGAR=1X;DP=722;DPB=722;DPRA=0;EPP=1184.29;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21757;QR=7092;RO=177;RPL=0;RPP=1184.29;RPPR=387.361;RPR=544;RUN=1;SAF=544;SAP=1184.29;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:373:32,340:32:1271:340:13622:-1112.89,0,-2.58347 0/1:349:145,204:145:5821:204:8135:-626.66,0,-418.614 dDocent_Contig_1708 25 . C T 769.015 . AB=0.421875;ABP=6.40323;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X3M;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.7778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.703704;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1077;QR=1372;RO=35;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=79.0118;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:23,0,8:23:898:0,8:0,317:-19.3308,-26.2545,-100.07,0,-74.2075,-71.7993 0|1:33:12,2,19:12:474:2,19:80,760:-58.7591,-55.7812,-94.1812,0,-32.4083,-33.2796 dDocent_Contig_1709 19 . T A 869.207 . 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G A 1135.61 . AB=0.0631068;ABP=344.543;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=2M1X1M;DP=206;DPB=180.5;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.900709;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=5437;RO=141;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=309.188;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:118:77,37,3:77:2933:37,3:1381,116:-89.8545,0,-229.419,-103.507,-231.031,-343.176 0|0:88:64,14,10:64:2504:14,10:538,391:-24.8951,0,-201.664,-12.0134,-173.734,-214.887 dDocent_Contig_1711 23 . G A 54.6939 . AB=0.107692;ABP=89.9026;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=1.44444;EPP=18.2106;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=4147;RO=103;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=226.672;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:58,7:58:2329:7:279:-5.91308,0,-190.2 0/0:45:45,0:45:1818:0:0:0,-13.5463,-163.825 dDocent_Contig_1712 18 . C T 488.875 . AB=0.247191;ABP=52.4174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=2X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.3182;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=851;QR=2633;RO=67;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=148.499;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:30,16:30:1183:16:618:-41.78,0,-92.9083 0|1:43:37,6:37:1450:6:233:-8.29597,0,-117.81 dDocent_Contig_1713 47 . A G 335.012 . AB=0.333333;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=48.9587;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.76;PAIREDR=0.652778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=696;QR=2650;RO=72;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=159.356;RPR=25;RUN=1;SAF=1;SAP=48.9587;SAR=24;SRF=42;SRP=7.35324;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:30,4:30:1068:4:108:0,-0.247618,-86.4203 0/1:63:42,21:42:1582:21:588:-34.2244,0,-123.665 dDocent_Contig_1714 70 . T A 7608.52 . 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AB=0.104294;ABP=446.39;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=653;DPB=653;DPRA=0.996942;EPP=76.8404;EPPR=1347.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1313;QR=24360;RO=619;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=1347.15;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=619;SRP=1347.15;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:326:292,34:292:11439:34:1313:-20.2956,0,-930.653 0/0:327:327,0:327:12921:0:0:0,-98.4368,-1161.99 dDocent_Contig_1718 57 . G T 140.343 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=1323;RO=34;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:17,6:17:651:6:226:-13.7767,0,-52.0034 0/1:19:17,2:17:672:2:75:-1.40053,0,-55.0932 dDocent_Contig_1719 137 . A G 278.864 . AB=0.123762;ABP=251.375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=991;QR=6563;RO=177;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=387.361;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=387.361;SRR=177;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:142:124,18:124:4636:18:711:-21.5649,0,-374.521 0/1:60:53,7:53:1927:7:280:-7.50997,0,-155.591 dDocent_Contig_1720 52 . C T 852.802 . AB=0.182573;ABP=213.931;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=241;DPB=241;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=0.923858;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1760;QR=7865;RO=197;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=430.79;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:95,34:95:3817:34:1358:-83.6427,0,-304.692 0/1:112:102,10:102:4048:10:402:-2.82414,0,-330.588 dDocent_Contig_1721 26 . G A 5360.24 . AB=0.715481;ABP=99.4001;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=171;CIGAR=1X;DP=239;DPB=239;DPRA=0;EPP=374.332;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6767;QR=2722;RO=68;RPL=0;RPP=374.332;RPPR=150.67;RPR=171;RUN=1;SAF=171;SAP=374.332;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:42,72:42:1679:72:2871:-224.182,0,-117.019 0/1:125:26,99:26:1043:99:3896:-313.031,0,-56.5341 dDocent_Contig_1722 24 . G A 56.7094 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=999;RO=25;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:558:0:0:0,-4.21442,-50.5623 0/1:14:11,3:11:441:3:114:-6.41567,0,-35.8283 dDocent_Contig_1723 77 . T C 751.681 . AB=0.382716;ABP=12.6881;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=1.06579;EPP=70.3259;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1111;QR=4587;RO=126;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=276.616;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:76:76,0:76:2757:0:0:0,-22.8783,-248.36 0/1:81:50,31:50:1830:31:1111:-75.9128,0,-140.591 dDocent_Contig_1724 12 . T C 431.821 . 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AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=2.21429;EPP=11.6962;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.780488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=1448;RO=41;RPL=2;RPP=3.0103;RPPR=3.06326;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=20;SRP=3.06326;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:961:4:144:-3.98145,0,-77.4748 0/0:14:14,0:14:487:0:0:0,-4.21442,-44.1594 dDocent_Contig_1727 36 . G A 492.848 . 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AB=0.506173;ABP=3.22477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=328;CIGAR=1X;DP=648;DPB=648;DPRA=0;EPP=715.253;EPPR=687.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12634;QR=12393;RO=315;RPL=0;RPP=715.253;RPPR=687.024;RPR=328;RUN=1;SAF=0;SAP=715.253;SAR=328;SRF=0;SRP=687.024;SRR=315;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:371:234,133:234:9217:133:5084:-346.76,0,-718.312 0/1:277:81,195:81:3176:195:7550:-595.636,0,-202.423 dDocent_Contig_1729 11 . T A 6124.94 . AB=0.668966;ABP=74.9235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=194;CIGAR=1X;DP=290;DPB=290;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7789;QR=3830;RO=96;RPL=0;RPP=424.276;RPPR=211.472;RPR=194;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:150:46,104:46:1832:104:4166:-329.744,0,-119.932 0/1:140:50,90:50:1998:90:3623:-283.939,0,-137.856 dDocent_Contig_1730 34 . T A 735.874 . AB=0.123552;ABP=640.618;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=1067;DPB=1067;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=2085.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4268;QR=38272;RO=959;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=2085.45;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=959;SRP=2085.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:549:505,44:505:20192:44:1711:0,-11.0475,-1661.32 0/1:518:454,64:454:18080:64:2557:-74.3321,0,-1469.78 dDocent_Contig_1731 37 . T G 11114.6 . AB=0.350471;ABP=229.649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=409;CIGAR=1X;DP=1167;DPB=1167;DPRA=0;EPP=891.143;EPPR=1642.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16267;QR=27127;RO=755;RPL=0;RPP=891.143;RPPR=1642.47;RPR=409;RUN=1;SAF=409;SAP=891.143;SAR=0;SRF=755;SRP=1642.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:584:355,229:355:12736:229:9072:-640.147,0,-970.12 0/1:583:400,180:400:14391:180:7195:-472.504,0,-1120.09 dDocent_Contig_1732 46 . C T 178.351 . AB=0.2;ABP=38.1882;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=434;QR=3698;RO=93;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=204.957;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:57,2:57:2257:2:81:0,-10.075,-195.618 0/1:45:36,9:36:1441:9:353:-18.5798,0,-116.392 dDocent_Contig_1733 55 . T C 315.296 . AB=0.0319149;ABP=181.903;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M2X3M;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=11;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=2679;RO=68;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:64:49,1,4,10:49:1930:1,4,10:11,161,402:-18.4184,-32.7563,-191.223,-19.8916,-178.254,-177.479,0,-158.397,-145.554,-155.814 0|0:30:19,2,3,6:19:749:2,3,6:22,120,242:-14.2997,-19.2097,-80.2233,-10.113,-70.9398,-70.8812,0,-60.8756,-51.8276,-59.9111 dDocent_Contig_1735 89 . G T 672.748 . AB=0.329897;ABP=27.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=2I1M1X1M1X;DP=97;DPB=113;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1078;QR=2256;RO=65;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:10,18:10:334:18:598:-45.7067,0,-21.9547 0|1:69:55,14:55:1922:14:480:-22.7566,0,-152.489 dDocent_Contig_1736 18 . G T 35.9461 . AB=0.111111;ABP=50.3001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0.765957;EPP=11.6962;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.924051;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=3188;RO=79;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=174.557;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1302:4:161:-4.03819,0,-106.603 0/0:47:47,0:47:1886:0:0:0,-14.1484,-169.942 dDocent_Contig_1737 139 . G A 62.9263 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.773585;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=249;QR=1933;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:977:5:178:-6.73552,0,-78.6113 0/0:28:26,2:26:956:2:71:0,-1.68694,-79.6127 dDocent_Contig_1740 107 . N A 62.9713 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:6:-0.599999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31942,-0.60206,0 dDocent_Contig_1741 40 . C A 50314.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1470;CIGAR=1X;DP=1532;DPB=1532;DPRA=0;EPP=3195.07;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58300;QR=2336;RO=60;RPL=0;RPP=3195.07;RPPR=133.299;RPR=1470;RUN=1;SAF=1470;SAP=3195.07;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:883:48,833:48:1879:833:33028:-2800.3,-95.9984,0 1/1:649:12,637:12:457:637:25272:-2230.87,-153.909,0 dDocent_Contig_1742 67 . C G 1316.32 . AB=0.311765;ABP=55.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X1M1X3M4D1M1X;DP=170;DPB=147.75;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1935;QR=2961;RO=84;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:86:42,6,29:42:1491:6,29:224,1068:-74.6951,-68.9961,-188.673,0,-103.14,-112.753 0|1:84:42,10,24:42:1470:10,24:365,867:-58.1251,-40.9437,-157.536,0,-89.783,-112.383 dDocent_Contig_1743 39 . A T 71.8139 . AB=0.116667;ABP=79.5909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.698113;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=2103;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:24,3:24:943:3:122:-3.24468,0,-77.0306 0/1:33:29,4:29:1160:4:163:-5.12444,0,-94.7483 dDocent_Contig_1744 15 . A G 80.0608 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1M1D7M1X2M1X;DP=27;DPB=26.7692;DPRA=4.4;EPP=26.8965;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=15.3636;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=1.5;PQA=59.5;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=478;RO=12;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=29.068;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:5:5,0,0:5:200:0,0:0,0:0,-1.50515,-18.3801,-1.50515,-18.3801,-18.3801 0|1:22:7,4,11:7:278:4,11:146,169:-8.74646,0,-21.7826,-2.05149,-14.1803,-21.6388 dDocent_Contig_1745 8 . T C 446.943 . AB=0.652174;ABP=7.63648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1;EPP=35.5824;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=578;QR=1198;RO=31;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=70.3259;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:886:0:0:0,-6.92369,-80.0591 0/1:23:8,15:8:312:15:578:-45.439,0,-21.5212 dDocent_Contig_1746 88 . A G 1423.66 . AB=0.487603;ABP=3.17181;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.169492;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1993;QR=2126;RO=62;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:53,21:53:1820:21:731:-43.8348,0,-141.8 0/1:47:9,38:9:306:38:1262:-99.72,0,-13.7199 dDocent_Contig_1747 22 . A T 31.8353 . AB=0.0351438;ABP=590.494;AC=0;AF=0;AN=4;AO=29;CIGAR=1X1M1X2M7D1X;DP=591;DPB=575.385;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=1067.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=19.7586;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1158;QR=19095;RO=490;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=1067.03;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=490;SRP=1067.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:313:259,11,26:259:10088:11,26:438,994:-3.62695,-64.7406,-890.557,0,-812.317,-821.37 0|0:278:231,18,16:231:9007:18,16:720,614:0,-43.778,-778.701,-19.102,-733.723,-754.724 dDocent_Contig_1748 9 . A G 516.205 . AB=0.255556;ABP=49.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.565217;PAIREDR=0.343284;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=880;QR=2559;RO=67;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=148.499;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:30,11:30:1142:11:418:-25.6283,0,-90.7378 0/1:49:37,12:37:1417:12:462:-27.1807,0,-113.061 dDocent_Contig_1749 68 . C T 2265.36 . AB=0.347826;ABP=53.8983;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.927273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3371;QR=6299;RO=165;RPL=88;RPP=194.1;RPPR=361.303;RPR=0;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:67,46:67:2564:46:1761:-124.717,0,-196.903 0/1:140:98,42:98:3735:42:1610:-103.008,0,-294.068 dDocent_Contig_1750 51 . G A 786.98 . AB=0.298077;ABP=39.8418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1228;QR=2813;RO=73;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:16,8:16:610:8:318:-21.7607,0,-47.9931 0/1:80:57,23:57:2203:23:910:-58.1257,0,-174.378 dDocent_Contig_1751 50 . T C 42.9803 . AB=0.113636;ABP=60.0608;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.651685;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=3571;RO=89;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:50,2:50:1997:2:82:0,-7.87388,-172.145 0/1:44:39,5:39:1574:5:199:-5.04274,0,-128.648 dDocent_Contig_1752 76 . G A 6082.17 . AB=0.257143;ABP=540.915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=270;CIGAR=1X;DP=1050;DPB=1050;DPRA=0;EPP=589.308;EPPR=1696.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10283;QR=29181;RO=780;RPL=270;RPP=589.308;RPPR=1696.76;RPR=0;RUN=1;SAF=270;SAP=589.308;SAR=0;SRF=780;SRP=1696.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:538:390,148:390:14657:148:5628:-344.536,0,-1156.53 0/1:512:390,122:390:14524:122:4655:-264.869,0,-1152.44 dDocent_Contig_1753 98 . N A 66.6644 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1755 22 . T C 43609.2 . AB=0.881579;ABP=1925.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1340;CIGAR=1X;DP=1520;DPB=1520;DPRA=0;EPP=2912.78;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991045;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53605;QR=7120;RO=178;RPL=0;RPP=2912.78;RPPR=389.532;RPR=1340;RUN=1;SAF=1340;SAP=2912.78;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:837:83,753:83:3337:753:30085:-2453.09,0,-48.6113 0/1:683:95,587:95:3783:587:23520:-1909.02,0,-134.835 dDocent_Contig_1756 21 . T A 66.3653 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=2502;RO=64;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:396:3:118:-7.08023,0,-32.0838 0/0:56:54,2:54:2106:2:74:0,-9.8318,-182.711 dDocent_Contig_1757 37 . C G 184.706 . AB=0.368421;ABP=5.8675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=1.1875;EPP=18.2106;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=1108;RO=28;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=63.8115;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:636:0:0:0,-4.81648,-57.5751 0/1:19:12,7:12:472:7:273:-19.2154,0,-37.1113 dDocent_Contig_1758 68 . G A 4427.34 . AB=0.883436;ABP=211.165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5474;QR=704;RO=19;RPL=144;RPP=315.702;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:9,86:9:337:86:3290:-267.621,0,-2.0801 0/1:68:10,58:10:367:58:2184:-176.292,0,-12.8983 dDocent_Contig_1759 50 . C A 9417.72 . AB=0.786096;ABP=268.905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=294;CIGAR=1X;DP=374;DPB=374;DPRA=0;EPP=641.423;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823129;PAIREDR=0.075;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11733;QR=3237;RO=80;RPL=294;RPP=641.423;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=294;SAP=641.423;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:52,95:52:2106:95:3767:-294.79,0,-145.459 0/1:227:28,199:28:1131:199:7966:-648.17,0,-33.7376 dDocent_Contig_1760 46 . G A 23182 . AB=0.481769;ABP=7.83998;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=806;CIGAR=1X;DP=1673;DPB=1673;DPRA=0;EPP=1617;EPPR=675.826;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9045;MQMR=57.612;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.0161663;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31394;QR=34174;RO=866;RPL=16;RPP=1617;RPPR=1883.51;RPR=790;RUN=1;SAF=806;SAP=1753.22;SAR=0;SRF=692;SRP=675.826;SRR=174;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:660:318,341:318:12565:341:13262:-993.829,0,-928.823 0/1:1013:548,465:548:21609:465:18132:-1325.56,0,-1632.95 dDocent_Contig_1761 15 . G A 12663.4 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1257;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0,19:0:0:19:642:-58.0985,-5.71957,0 1/1:19:0,19:0:0:19:615:-55.6558,-5.71957,0 dDocent_Contig_1764 98 . N A 190.876 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:166:-15.2676,-1.50515,0 dDocent_Contig_1765 45 . A C 1094.9 . 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T C 98.0099 . AB=0.181818;ABP=32.0291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=2348;RO=61;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=135.47;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:34,1:34:1307:1:39:0,-6.81247,-114.196 0/1:33:27,6:27:1041:6:234:-10.5457,0,-84.0632 dDocent_Contig_1771 34 . G A 1889.67 . AB=0.649485;ABP=21.8372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2431;QR=1295;RO=34;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=76.8404;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:17,31:17:648:31:1202:-94.0187,0,-44.2049 0/1:49:17,32:17:647:32:1229:-96.137,0,-43.8113 dDocent_Contig_1772 18 . C A 14363.1 . AB=0.520652;ABP=6.41857;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=479;CIGAR=1X;DP=920;DPB=920;DPRA=0;EPP=1043.15;EPPR=960.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9979;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997912;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19062;QR=17613;RO=441;RPL=0;RPP=1043.15;RPPR=960.63;RPR=479;RUN=1;SAF=479;SAP=1043.15;SAR=0;SRF=441;SRP=960.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:476:227,249:227:9057:249:9870:-744.415,0,-671.298 0/1:444:214,230:214:8556:230:9192:-693.078,0,-635.905 dDocent_Contig_1773 7 . T C 1056.17 . AB=0.246575;ABP=43.7328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=694;QR=1123;RO=30;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=68.1545;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:9,1,13:9:337:1,13:39,502:-38.5161,-38.0192,-65.3139,0,-24.3791,-23.6732 0|1:50:21,24,5:21:786:24,5:910,192:-68.2889,0,-57.1347,-58.8484,-48.5963,-121.708 dDocent_Contig_1774 28 . G A 1418.05 . 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AB=0.452055;ABP=4.46786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1330;QR=1610;RO=40;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=89.8692;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:26,15:26:1045:15:603:-42.2661,0,-81.9965 0/1:32:14,18:14:565:18:727:-56.1225,0,-41.5595 dDocent_Contig_1776 36 . T C 6293.14 . 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AB=0.368421;ABP=5.8675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=1.46154;EPP=18.2106;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=216;QR=859;RO=25;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=57.2971;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:453:0:0:0,-3.91339,-41.1027 0/1:19:12,7:12:406:7:216:-14.0217,0,-31.1456 dDocent_Contig_1778 61 . G C 209.651 . AB=0.164384;ABP=74.4309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.934426;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=482;QR=2407;RO=61;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:885:4:158:-6.47155,0,-71.8197 0/1:46:38,8:38:1522:8:324:-15.682,0,-123.374 dDocent_Contig_1779 22 . G A 54.0068 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0.42029;EPP=11.6962;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=3707;RO=94;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=207.129;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2746:0:0:0,-20.7711,-247.248 0/1:29:25,4:25:961:4:161:-6.1454,0,-78.0529 dDocent_Contig_1780 18 . T C 64.2286 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0.809524;EPP=16.0391;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.803738;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=4319;RO=107;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=235.358;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:62,0:62:2497:0:0:0,-18.6639,-224.444 0/1:51:45,6:45:1822:6:246:-7.16759,0,-148.829 dDocent_Contig_1783 20 . T C 2894.55 . 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AB=0.174757;ABP=97.6485;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=725;QR=3354;RO=85;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=187.585;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:46,12:46:1804:12:482:-26.2711,0,-145.12 0/1:45:39,6:39:1550:6:243:-8.70183,0,-126.2 dDocent_Contig_1785 14 . G A 1228.54 . 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AB=0.703911;ABP=67.6571;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=410;CIGAR=1X;DP=480;DPB=480;DPRA=0;EPP=893.314;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990244;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16287;QR=2738;RO=70;RPL=0;RPP=893.314;RPPR=155.013;RPR=410;RUN=1;SAF=410;SAP=893.314;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:301:17,284:17:657:284:11278:-954.81,-31.1579,0 0/1:179:53,126:53:2081:126:5009:-396.809,0,-133.602 dDocent_Contig_1789 12 . T C 57713.4 . 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AB=0.0630631;ABP=187.077;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=5M2X1M2X1M1X;DP=212;DPB=211.167;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=54.5714;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=269;QR=5201;RO=136;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=298.331;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:111:64,8,24,7,6:64:2430:8,24,7,6:308,941,269,237:-55.9366,-50.2679,-247.108,0,-174.313,-192.024,-53.1808,-227.495,-177.227,-250.323,-55.6984,-230.013,-179.745,-232.927,-253.142 0|1:101:72,2,21,0,0:72:2771:2,21,0,0:80,826,0,0:-46.202,-61.3946,-288.292,0,-221.052,-221.212,-67.8762,-288.894,-227.533,-295.375,-67.8762,-288.894,-227.533,-295.375,-295.375 dDocent_Contig_1791 171 . C T 299.659 . AB=0.333333;ABP=13.1438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6429;MQMR=58.1071;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=1066;RO=28;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:20,3:20:760:3:120:-4.26421,0,-58.999 0/1:19:8,11:8:306:11:359:-26.89,0,-22.1803 dDocent_Contig_1793 7 . T A 4245.38 . AB=0.0547945;ABP=505.721;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=2X4M1X2M1X1M1X;DP=292;DPB=293.333;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=1084;RO=28;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=63.8115;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:137:12,14,66,13,7,8:12:468:14,66,13,7,8:501,2419,482,259,309:-194.223,-159.378,-193.635,-0.961335,-0.981897,-19.5673,-158.4,-158.415,0,-192.959,-176.648,-176.663,-18.2482,-175.685,-213.013,-172.464,-172.478,-14.0627,-171.5,-189.749,-208.528 0|0:155:16,21,77,3,9,13:16:616:21,77,3,9,13:690,2867,107,332,507:-231.455,-184.082,-228.338,-1.59781,0,-29.0011,-227.551,-225.939,-43.4601,-277.226,-209.121,-207.51,-25.0292,-250.979,-256.99,-194.597,-192.986,-10.5032,-236.456,-218.026,-241.263 dDocent_Contig_1795 10 . T A 33107 . AB=0.109776;ABP=1653.67;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=137;CIGAR=1X2M1X;DP=1248;DPB=1248;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.722628;PAIREDR=0.970297;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5380;QR=3982;RO=101;RPL=0;RPP=300.502;RPPR=222.329;RPR=137;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:701:72,61,555:72:2843:61,555:2407,21831:-1773.94,-1597.58,-1813.14,0,-35.8838,-66.8495 1|0:547:29,76,432:29:1139:76,432:2973,16973:-1537.95,-1302.25,-1373.05,-150.755,0,-114.382 dDocent_Contig_1796 12 . C G 767.379 . AB=0.325843;ABP=26.4573;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.413793;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1156;QR=2418;RO=60;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=133.299;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:18,13:18:721:13:517:-37.5428,0,-55.8834 0/1:58:42,16:42:1697:16:639:-40.3835,0,-135.485 dDocent_Contig_1797 59 . G A 2848.54 . AB=0.681481;ABP=41.6303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967391;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3625;QR=1693;RO=43;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:34,37:34:1345:37:1461:-110.376,0,-99.9341 0/1:64:9,55:9:348:55:2164:-175.666,0,-12.4095 dDocent_Contig_1798 59 . A G 512.824 . AB=0.221154;ABP=73.2491;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0.901235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=923;QR=3231;RO=81;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:41,6:41:1628:6:245:-8.28106,0,-132.599 0/1:57:40,17:40:1603:17:678:-44.1898,0,-127.347 dDocent_Contig_1800 39 . T A 387.148 . AB=0.138462;ABP=224.4;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1088;QR=6690;RO=168;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=367.818;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:93,10:93:3693:10:395:-4.89993,0,-301.378 0/1:92:75,17:75:2997:17:693:-35.0033,0,-242.124 dDocent_Contig_1801 17 . C G 84.6016 . AB=0.102941;ABP=189.246;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=491.592;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=707;QR=8876;RO=225;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=491.592;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=225;SRP=491.592;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:122,14:122:4796:14:550:-8.90386,0,-390.64 0/0:108:103,4:103:4080:4:157:0,-17.9318,-352.734 dDocent_Contig_1803 33 . G A 111.315 . AB=0.0986547;ABP=315.011;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=426;DPB=426;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=878.114;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990074;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=910;QR=15829;RO=403;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=878.114;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=403;SRP=878.114;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:223:201,22:201:7838:22:871:-11.5752,0,-637.917 0/0:203:202,1:202:7991:1:39:0,-57.2125,-714.898 dDocent_Contig_1804 34 . A G 132.559 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1974;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1106:0:0:0,-8.42884,-99.8249 0/1:28:22,6:22:868:6:245:-14.0006,0,-70.0053 dDocent_Contig_1805 23 . T C 3546.17 . AB=0.852713;ABP=142.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=2X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918182;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4381;QR=769;RO=19;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=44.2683;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:12,39:12:485:39:1559:-125.19,0,-28.6484 0|1:78:7,71:7:284:71:2822:-230.611,0,-2.45345 dDocent_Contig_1806 29 . A C 326.66 . AB=0.1;ABP=58.6;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=3M4X1M1X3M8D3M1X;DP=77;DPB=70.3333;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=2209;RO=56;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=124.613;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:32,4,4:32:1256:4,4:152,158:-3.37624,-0.550961,-102.645,0,-90.8467,-102.107 0|0:37:24,12,0:24:953:12,0:459,0:-30.4206,0,-74.8419,-37.6453,-78.4543,-116.111 dDocent_Contig_1808 7 . C T 2661.75 . AB=0.704;ABP=48.1943;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.772727;PAIREDR=0.405405;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3383;QR=1427;RO=37;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=83.3548;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:18,43:18:694:43:1646:-130.042,0,-44.4306 0/1:64:19,45:19:733:45:1737:-137.321,0,-47.0349 dDocent_Contig_1809 12 . A G 307.935 . AB=0.27907;ABP=21.2406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989247;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=3622;RO=93;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=204.957;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:31,12:31:1206:12:487:-31.2372,0,-95.8632 0/0:64:62,2:62:2416:2:81:0,-11.5802,-209.912 dDocent_Contig_1810 55 . A T 800.426 . AB=0.428571;ABP=6.1124;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=9M1X5M;DP=70;DPB=64.8;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1114;QR=1287;RO=33;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:16,6,17:16:632:6,17:215,631:-46.825,-34.1163,-84.3288,0,-34.5153,-46.9163 0|1:31:17,0,13:17:655:0,13:0,483:-34.406,-39.5235,-93.3136,0,-53.7968,-49.8834 dDocent_Contig_1811 98 . N G 100.848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:108:-10.0752,-0.90309,0 dDocent_Contig_1812 10 . G A 175.988 . AB=0.0555556;ABP=95.6598;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1X1M1X3M5I1M1X3M5I5M;DP=144;DPB=161.824;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=40.3389;GTI=0;LEN=1;MEANALT=20;MQM=60;MQMR=57.9048;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=820;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=20;SRP=40.3389;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:54:7,3,2,2:7:271:3,2,2:116,53,79:-7.42135,0,-21.3595,-5.36598,-18.0996,-27.0257,-3.02685,-15.761,-21.1264,-24.6874 0|0:90:14,0,0,5:14:549:0,0,5:0,0,190:-11.3656,-15.5801,-58.5687,-15.5801,-58.5687,-58.5687,0,-42.9884,-42.9884,-41.4833 dDocent_Contig_1814 9 . G T 1453.18 . AB=0.0714286;ABP=47.6806;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=3M2X1M1X2M1I1M1X2M6I1X4M;DP=119;DPB=141.667;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=659;RO=17;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=39.9253;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:9,1,6,2,2:9:345:1,6,2,2:30,237,78,71:-15.3154,-15.667,-43.6816,0,-25.9596,-26.5114,-12.0643,-38.0226,-22.3577,-39.7791,-12.5577,-38.515,-22.8507,-34.9136,-40.2715 0|0:91:8,13,42,0,0:8:314:13,42,0,0:444,1636,0,0:-131.191,-98.9854,-120.9,-8.77641,0,-21.9639,-133.599,-124.813,-34.6071,-159.427,-133.599,-124.813,-34.6071,-159.427,-159.427 dDocent_Contig_1815 60 . G T 778.992 . AB=0.388889;ABP=10.7311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.892857;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1112;QR=1718;RO=44;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:13,19:13:511:19:755:-58.6385,0,-36.7001 0/1:40:31,9:31:1207:9:357:-20.4491,0,-96.8643 dDocent_Contig_1816 52 . T G 1973.39 . AB=0.48951;ABP=3.14697;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.728571;PAIREDR=0.887324;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2676;QR=2806;RO=71;RPL=69;RPP=146.452;RPPR=157.185;RPR=1;RUN=1;SAF=69;SAP=146.452;SAR=1;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:26,31:26:1025:31:1184:-89.6844,0,-75.388 0/1:86:45,39:45:1781:39:1492:-108.843,0,-134.819 dDocent_Contig_1817 10 . G A 215.771 . AB=0.183333;ABP=55.2704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=2M1X;DP=60;DPB=59;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=439;QR=1766;RO=46;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=102.898;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:17,3,3:17:658:3,3:112,119:-4.68991,-0.648451,-53.7904,0,-44.8962,-53.1616 0|1:37:29,0,8:29:1108:0,8:0,320:-18.0294,-26.7592,-117.657,0,-91.293,-88.8848 dDocent_Contig_1819 28 . A G 65.4638 . AB=0.136364;ABP=53.5464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=225;QR=1515;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:682:3:118:-4.98098,0,-55.691 0/1:24:21,3:21:833:3:107:-2.75168,0,-68.0608 dDocent_Contig_1820 12 . T A 363.196 . AB=0.173554;ABP=115.012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=276;DPB=276;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1123;QR=9648;RO=247;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=539.364;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=247;SRP=539.364;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:155:147,8:147:5717:8:310:0,-18.3996,-486.134 0/1:121:100,21:100:3931:21:813:-37.0643,0,-317.394 dDocent_Contig_1821 14 . T G 26407 . AB=0.64291;ABP=241.961;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=866;CIGAR=1X;DP=1347;DPB=1347;DPRA=0;EPP=1883.51;EPPR=1047.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33887;QR=19086;RO=481;RPL=0;RPP=1883.51;RPPR=1047.49;RPR=866;RUN=1;SAF=866;SAP=1883.51;SAR=0;SRF=481;SRP=1047.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:633:156,477:156:6175:477:18733:-1494,0,-364.99 0/1:714:325,389:325:12911:389:15154:-1147.88,0,-946.169 dDocent_Contig_1822 60 . T C 1887.58 . AB=0.472973;ABP=3.94932;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.74359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=2891;RO=78;RPL=34;RPP=3.13438;RPPR=4.79202;RPR=36;RUN=1;SAF=34;SAP=3.13438;SAR=36;SRF=35;SRP=4.79202;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:38,20:38:1421:20:741:-49.5583,0,-110.717 0/1:90:40,50:40:1470:50:1858:-140.388,0,-105.494 dDocent_Contig_1823 15 . C T 7686.96 . AB=0.0544872;ABP=540.895;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X1M1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=43.0588;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=680;QR=1898;RO=48;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=107.241;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:157:33,3,117:33:1296:3,117:122,4573:-364.193,-364.068,-469.748,0,-96.5148,-71.3537 0|0:155:15,14,125:15:602:14,125:558,5013:-405.692,-370.704,-416.092,0,-10.1445,-12.0049 dDocent_Contig_1824 78 . C T 831.205 . AB=0.388235;ABP=12.2327;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1214;QR=1818;RO=52;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:19,10:19:665:10:353:-23.368,0,-51.4412 0/1:56:33,23:33:1153:23:861:-60.9409,0,-87.2023 dDocent_Contig_1825 23 . C T 2582.03 . AB=0.757009;ABP=64.4001;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975309;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3235;QR=1022;RO=26;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=59.4686;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:15,46:15:577:46:1867:-149.865,0,-33.8935 0/1:46:11,35:11:445:35:1368:-109.526,0,-26.5583 dDocent_Contig_1826 91 . A G 16101.7 . AB=0.515176;ABP=5.51478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=645;CIGAR=1X;DP=1252;DPB=1252;DPRA=0;EPP=1403.61;EPPR=1321.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22092;QR=20832;RO=607;RPL=645;RPP=1403.61;RPPR=1321.09;RPR=0;RUN=1;SAF=645;SAP=1403.61;SAR=0;SRF=607;SRP=1321.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:538:299,239:299:10245:239:8161:-572.611,0,-760.105 0/1:714:308,406:308:10587:406:13931:-1038.74,0,-737.888 dDocent_Contig_1827 24 . G T 372.389 . AB=0.05;ABP=319.611;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1M3I7M1X;DP=365;DPB=391;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=624.051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=338;QR=11256;RO=286;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=624.051;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=286;SRP=624.051;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:185:140,0,0,21,22:140:5492:0,0,21,22:0,0,824,829:-25.7667,-67.9109,-519.553,-67.9109,-519.553,-519.553,-0.133968,-451.79,-451.79,-445.468,0,-451.644,-451.644,-383.881,-445.022 0|0:180:146,9,17,6,0:146:5764:9,17,6,0:338,685,226,0:-12.5248,-28.7972,-500.369,0,-446.616,-469.18,-37.965,-484.566,-455.786,-510.441,-56.4752,-503.078,-474.298,-512.248,-530.76 dDocent_Contig_1828 50 . A T 82.8664 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0.704918;EPP=16.0391;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=3850;RO=98;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:61,0:61:2381:0:0:0,-18.3628,-214.452 0/1:43:37,6:37:1469:6:240:-9.03136,0,-119.512 dDocent_Contig_1829 107 . N C 52.435 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22438,-0.60206,0 dDocent_Contig_1830 81 . A G 1902.44 . AB=0.313725;ABP=79.8634;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=479;DPB=479;DPRA=1.13839;EPP=176.728;EPPR=867.256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2971;QR=15116;RO=398;RPL=80;RPP=176.728;RPPR=867.256;RPR=0;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=398;SRP=867.256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:224:224,0:224:8490:0:0:0,-67.4307,-763.877 0/1:255:174,80:174:6626:80:2971:-190.989,0,-519.673 dDocent_Contig_1831 40 . T A 37.0416 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.6;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.555556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1435;RO=36;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:21,3:21:829:3:122:-4.14777,0,-67.6929 0/0:15:15,0:15:606:0:0:0,-4.51545,-54.8766 dDocent_Contig_1832 27 . C A 10117.6 . AB=0.0376963;ABP=1775.86;AC=0;AF=0;AN=4;AO=36;CIGAR=1X2M1X;DP=955;DPB=955;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=1206.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1431;QR=21994;RO=554;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=1206.01;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=554;SRP=1206.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:467:217,28,221:217:8632:28,221:1111,8738:-653.691,-627.558,-1329.82,0,-619.233,-644.161 0|0:488:337,8,141:337:13362:8,141:320,5597:-359.258,-434.346,-1531.76,0,-1073.46,-1057.37 dDocent_Contig_1834 8 . T G 390.646 . AB=0.22093;ABP=61.1856;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.578947;PAIREDR=0.835821;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=727;QR=2580;RO=67;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=148.499;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:33,9:33:1270:9:341:-18.4018,0,-101.947 0/1:44:34,10:34:1310:10:386:-21.8513,0,-104.943 dDocent_Contig_1836 31 . G A 943.318 . AB=0.306452;ABP=43.3577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1469;QR=3403;RO=86;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=189.757;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:44,27:44:1724:27:1052:-73.6005,0,-134.007 0/1:53:42,11:42:1679:11:417:-21.9197,0,-135.377 dDocent_Contig_1837 19 . G A 88.3931 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=993;RO=25;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=57.2971;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:512:3:122:-6.55601,0,-41.6094 0/1:14:12,2:12:481:2:81:-3.47131,0,-39.4264 dDocent_Contig_1839 16 . G A 161.847 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0.990476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=4176;RO=105;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=231.015;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:62,3:62:2462:3:121:0,-8.28675,-210.45 0/1:52:43,9:43:1714:9:358:-16.9295,0,-138.83 dDocent_Contig_1840 27 . T G 4055.28 . AB=0.825806;ABP=145.921;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992188;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5034;QR=1036;RO=27;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=61.6401;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:13,64:13:498:64:2513:-203.152,0,-21.9815 0/1:78:14,64:14:538:64:2521:-203.565,0,-25.2767 dDocent_Contig_1842 9 . A T 2034.16 . AB=0.72043;ABP=42.2602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=1.5;EPP=148.499;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2575;QR=3340;RO=87;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=191.928;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:25,67:25:968:67:2575:-203.86,0,-59.3494 0/0:62:62,0:62:2372:0:0:0,-18.6639,-213.691 dDocent_Contig_1844 111 . A G 158.359 . AB=0.368421;ABP=5.8675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=2.375;EPP=18.2106;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=582;RO=20;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=46.4397;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:216:0:0:0,-2.40824,-19.7051 0/1:19:12,7:12:366:7:244:-16.5805,0,-27.5168 dDocent_Contig_1846 107 . N G 526.126 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.4983;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=581;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:17:0,17:0:0:17:581:-52.6126,-5.11751,0 dDocent_Contig_1847 69 . C T 215.525 . AB=0.202899;ABP=55.9124;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.4667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.623932;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=3996;RO=117;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=23.2217;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=75;SRP=23.2217;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:62,1:62:2100:1:35:0,-15.4663,-185.771 0/1:69:55,14:55:1896:14:475:-22.2972,0,-150.151 dDocent_Contig_1848 12 . C T 79.2679 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.869565;EPP=11.6962;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1545;RO=39;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=87.6977;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:907:0:0:0,-6.92369,-81.9404 0/1:20:16,4:16:638:4:159:-8.67152,0,-51.7345 dDocent_Contig_1849 128 . C T 122.396 . AB=0.16092;ABP=89.8942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=2.28947;EPP=33.4109;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.5;MQMR=58.6306;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.936937;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=456;QR=3799;RO=111;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=244.044;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=244.044;SRR=111;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1287:0:0:0,-11.4391,-112.637 0/1:87:73,14:73:2512:14:456:-12.9843,0,-200.097 dDocent_Contig_1850 162 . A G 172.918 . AB=0.138298;ABP=109.828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=1.08046;EPP=31.2394;EPPR=3.83753;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=511;QR=6556;RO=168;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=3.83753;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=367.818;SRR=168;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:87:87,0:87:3444:0:0:0,-26.1896,-310.008 0/1:94:81,13:81:3112:13:511:-18.0365,0,-251.88 dDocent_Contig_1853 97 . G A 164.678 . AB=0.163934;ABP=62.8504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1.29787;EPP=24.725;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.755102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=3619;RO=98;RPL=3;RPP=6.48466;RPPR=3.80798;RPR=7;RUN=1;SAF=3;SAP=6.48466;SAR=7;SRF=52;SRP=3.80798;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:51,10:51:1880:10:388:-16.9115,0,-151.074 0/0:47:47,0:47:1739:0:0:0,-14.1484,-156.754 dDocent_Contig_1855 91 . T C 4643.12 . AB=0.249169;ABP=496.483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=225;CIGAR=1X;DP=903;DPB=903;DPRA=0;EPP=491.592;EPPR=1475.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8189;QR=24483;RO=678;RPL=225;RPP=491.592;RPPR=1475.27;RPR=0;RUN=1;SAF=225;SAP=491.592;SAR=0;SRF=678;SRP=1475.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:522:392,130:392:14175:130:4724:-268.15,0,-1118.28 0/1:381:286,95:286:10308:95:3465:-197.351,0,-812.89 dDocent_Contig_1857 131 . T C 322.149 . AB=0.545455;ABP=3.40511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.29412;EPP=29.068;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=1006;RO=27;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=61.6401;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:633:0:0:0,-5.11751,-57.3045 0/1:22:10,12:10:373:12:436:-32.9597,0,-27.2972 dDocent_Contig_1858 11 . C A 142.885 . AB=0.163265;ABP=51.2702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=1632;RO=41;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=92.0407;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:19,6:19:769:6:242:-14.6318,0,-62.0043 0/1:24:22,2:22:863:2:81:-0.461014,0,-70.7531 dDocent_Contig_1859 22 . A T 299.933 . AB=0.115523;ABP=358.669;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=2X;DP=632;DPB=632;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=1268.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1902;QR=22937;RO=583;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=1268.98;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=583;SRP=1268.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:355:338,16:338:13229:16:637:0,-49.3084,-1132.07 0|1:277:245,32:245:9708:32:1265:-30.7381,0,-789.774 dDocent_Contig_1860 31 . G A 129.223 . AB=0.163934;ABP=62.8504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.982143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=569;QR=4123;RO=112;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=246.215;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:61,6:61:2237:6:217:0,-0.291331,-181.686 0/1:61:51,10:51:1886:10:352:-13.6475,0,-151.634 dDocent_Contig_1862 57 . T C 2365.98 . AB=0.773196;ABP=65.8935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2961;QR=869;RO=22;RPL=75;RPP=165.871;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:9,32:9:364:32:1277:-102.852,0,-20.7819 0/1:56:13,43:13:505:43:1684:-134.935,0,-28.9295 dDocent_Contig_1863 41 . C T 198.33 . AB=0.285714;ABP=14.1779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0.717949;EPP=20.3821;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2351;RO=58;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=128.956;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,8:19:766:8:316:-20.2767,0,-60.7318 0/0:39:39,0:39:1585:0:0:0,-11.7402,-142.879 dDocent_Contig_1864 34 . C G 445.023 . AB=0.168919;ABP=143.921;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=995;QR=4921;RO=123;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=270.101;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:62,15:62:2476:15:601:-31.2497,0,-199.805 0/1:71:61,10:61:2445:10:394:-14.441,0,-198.824 dDocent_Contig_1865 209 . N G 118.223 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 dDocent_Contig_1866 99 . N T 71.6048 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.14137,-0.60206,0 dDocent_Contig_1871 12 . T C 2520.79 . AB=0.480447;ABP=3.60473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976744;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3408;QR=3741;RO=93;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=204.957;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:21,33:21:850:33:1282:-99.3867,0,-60.5537 0/1:125:72,53:72:2891:53:2126:-153.881,0,-222.657 dDocent_Contig_1873 99 . N G 250.369 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=10;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.25998;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=63;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:278:-25.0366,-2.40824,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1875 8 . C T 1700.15 . AB=0.228571;ABP=226.982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=350;DPB=350;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=489.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.925;MQMR=59.8148;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0.955556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3067;QR=10350;RO=270;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=589.308;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=258;SRP=489.71;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:133,40:133:5090:40:1542:-86.9622,0,-405.946 0/1:177:137,40:137:5260:40:1525:-84.2411,0,-420.1 dDocent_Contig_1876 1 . N G 425.628 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0714;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:408:-37.0284,-3.61236,0 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22366,-0.60206,0 dDocent_Contig_1877 8 . C T 1599.12 . AB=0.345946;ABP=41.1461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=33.5466;EPPR=232.163;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.9531;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.892562;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2404;QR=4628;RO=121;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=265.758;RPR=64;RUN=1;SAF=47;SAP=33.5466;SAR=17;SRF=117;SRP=232.163;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:64,41:64:2455:41:1538:-106.947,0,-189.547 0/1:80:57,23:57:2173:23:866:-54.153,0,-171.703 dDocent_Contig_1878 18 . G A 134.489 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.772152;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=3105;RO=79;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=174.557;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1292:7:284:-13.8926,0,-104.506 0/0:49:46,3:46:1813:3:118:0,-3.74889,-152.379 dDocent_Contig_1882 98 . N G 4648.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=167;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=365.646;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48.6946;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988024;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5361;QR=0;RO=0;RPL=167;RPP=365.646;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=167;SAP=365.646;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:103:0,103:0:0:103:3349:-286.605,-31.0061,0 1/1:64:0,64:0:0:64:2012:-177.944,-19.2659,0 dDocent_Contig_1888 27 . T G 34029.5 . AB=0.598341;ABP=144.804;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1010;CIGAR=2M1X3M;DP=1688;DPB=1685.83;DPRA=0;EPP=2196.2;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=41.4267;MQMR=49.9464;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.131683;PAIREDR=0.0982143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32450;QR=4386;RO=112;RPL=0;RPP=2196.2;RPPR=246.215;RPR=1010;RUN=1;SAF=1010;SAP=2196.2;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:899:45,34,224,562:45:1772:34,224,562:644,8749,18469:-1977.4,-1952.24,-2076.87,-1295.68,-1391.85,-1363.12,-560.427,-656.603,0,-526.119 1|1:789:67,46,185,448:67:2614:46,185,448:836,7274,13981:-1426.75,-1398.38,-1589.81,-864.285,-1021.03,-1013.87,-377.386,-534.148,0,-447.802 dDocent_Contig_1889 10 . G A 513.134 . AB=0.2625;ABP=42.2054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.7627;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.932203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=2335;RO=59;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=131.127;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:25,8:25:987:8:319:-19.1432,0,-79.1918 0/1:47:34,13:34:1348:13:524:-33.3586,0,-102.092 dDocent_Contig_1891 36 . G A 56.7766 . AB=0.153846;ABP=43.6001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=3.32051;EPPR=3.42391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=3105;RO=84;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=185.414;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=3.32051;SAR=3;SRF=44;SRP=3.42391;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:33,6:33:1168:6:195:-6.12136,0,-93.6697 0/0:52:51,1:51:1937:1:9:0,-14.7536,-173.654 dDocent_Contig_1892 14 . T C 350.052 . AB=0.11828;ABP=356.12;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=279;DPB=279;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99187;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1328;QR=9745;RO=246;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=537.193;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:123,13:123:4835:13:518:-6.02588,0,-394.115 0/1:143:123,20:123:4910:20:810:-30.1678,0,-398.745 dDocent_Contig_1894 69 . T A 1451.35 . AB=0.0512821;ABP=139.423;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X3M;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.779221;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=2953;RO=77;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=4.39215;RPR=3;RUN=1;SAF=1;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=42;SRP=4.39215;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:65:29,0,0,34:29:1121:0,0,34:0,0,1322:-99.936,-108.666,-200.739,-108.666,-200.739,-200.739,0,-92.0979,-92.0979,-81.8628 0|0:78:48,7,4,19:48:1832:7,4,19:266,131,740:-46.3875,-39.0252,-187.218,-50.2662,-178.75,-199.357,0,-128.503,-139.74,-144.595 dDocent_Contig_1896 50 . G T 400.25 . AB=0.302632;ABP=28.7251;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=785;QR=3983;RO=101;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:48,3:48:1897:3:81:0,-7.79354,-163.377 0/1:76:53,23:53:2086:23:704:-40.7698,0,-165.056 dDocent_Contig_1897 10 . G A 75.3868 . AB=0.1;ABP=183.677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=2.36364;EPP=31.2394;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947674;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=6848;RO=172;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=376.504;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:55,0:55:2186:0:0:0,-16.5566,-196.914 0/1:130:117,13:117:4662:13:523:-8.28341,0,-380.361 dDocent_Contig_1899 18 . T C 4069.15 . AB=0.348018;ABP=94.0973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=645.766;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981013;PAIREDR=0.898649;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6050;QR=11130;RO=296;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=645.766;RPR=158;RUN=1;SAF=158;SAP=346.103;SAR=0;SRF=296;SRP=645.766;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:53,41:53:1952:41:1545:-111.007,0,-147.618 0/1:360:243,117:243:9178:117:4505:-297.097,0,-717.365 dDocent_Contig_1900 47 . T G 218.165 . AB=0.0927505;ABP=1354.27;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=938;DPB=938;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=1833.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3388;QR=34038;RO=851;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=1833.6;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=851;SRP=1850.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:285:255,30:255:10171:30:1170:-19.7804,0,-828.946 0/1:653:596,57:596:23867:57:2218:-3.22377,0,-1949.36 dDocent_Contig_1901 113 . A G 320.292 . AB=0.423077;ABP=4.34659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=1154;RO=29;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=65.983;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:546:1:41:0,-0.420883,-45.3811 0/1:26:15,11:15:608:11:447:-32.7593,0,-47.2313 dDocent_Contig_1902 65 . T G 19664.8 . AB=0.582956;ABP=82.2707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=773;CIGAR=1X;DP=1326;DPB=1326;DPRA=0;EPP=1681.56;EPPR=1203.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26300;QR=19020;RO=553;RPL=773;RPP=1681.56;RPPR=1203.83;RPR=0;RUN=1;SAF=773;SAP=1681.56;SAR=0;SRF=553;SRP=1203.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:691:343,348:343:11837:348:11849:-858.353,0,-857.274 0/1:635:210,425:210:7183:425:14451:-1109.31,0,-455.423 dDocent_Contig_1903 15 . T G 785.194 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=876;RO=22;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=50.7827;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:9,0,15:9:359:0,15:0,599:-47.0173,-49.7265,-79.2923,0,-29.9644,-25.4489 0|0:28:13,4,11:13:517:4,11:160,444:-32.6906,-23.4248,-64.785,0,-29.3851,-39.2544 dDocent_Contig_1904 81 . G A 70.0398 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=180;QR=812;RO=24;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:14,2:14:452:2:74:-2.2094,0,-36.169 0/1:13:10,3:10:360:3:106:-5.97562,0,-28.8296 dDocent_Contig_1905 39 . A G 31300.7 . AB=0.0517007;ABP=1286.04;AC=0;AF=0;AN=4;AO=38;CIGAR=2X;DP=1435;DPB=1435;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=849.885;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1469;QR=15124;RO=390;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=849.885;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=390;SRP=849.885;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:700:234,0,465:234:9044:0,465:0,18303:-1435.41,-1505.85,-2248.58,0,-743.029,-603.05 0|0:735:156,38,541:156:6080:38,541:1469,21196:-1695.85,-1622.17,-2110.43,0,-379.066,-336.849 dDocent_Contig_1906 24 . G A 12005.2 . AB=0.634584;ABP=99.4513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=389;CIGAR=1X;DP=613;DPB=613;DPRA=0;EPP=847.713;EPPR=489.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15411;QR=8883;RO=224;RPL=0;RPP=847.713;RPPR=489.42;RPR=389;RUN=1;SAF=389;SAP=847.713;SAR=0;SRF=224;SRP=489.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:355:147,208:147:5795:208:8277:-637.615,0,-414.5 0/1:258:77,181:77:3088:181:7134:-564.093,0,-200.323 dDocent_Contig_1907 75 . G T 184.413 . AB=0.219512;ABP=31.0276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=440;QR=4017;RO=106;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1208:9:343:-18.885,0,-96.6721 0/0:77:74,3:74:2809:3:97:0,-14.1309,-243.939 dDocent_Contig_1908 41 . A T 46.8075 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6216;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.581081;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=2920;RO=74;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=163.699;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:46,3:46:1803:3:117:0,-3.84064,-151.562 0/1:32:28,4:28:1117:4:163:-5.42547,0,-91.1821 dDocent_Contig_1911 98 . N G 97.1275 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1912 11 . T C 37158.8 . AB=0.801913;ABP=1162.1;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1174;CIGAR=1X5M;DP=1464;DPB=1464.17;DPRA=0;EPP=2543.64;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=56.6942;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.962521;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44877;QR=3889;RO=99;RPL=0;RPP=2552.32;RPPR=217.986;RPR=1174;RUN=1;SAF=1173;SAP=2543.64;SAR=1;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:755:44,61,604:44:1746:61,604:2402,23023:-1913.29,-1728.95,-1854.31,-53.8554,0,-15.7591 1|1:709:55,67,570:55:2143:67,570:2621,21854:-1803.78,-1604.85,-1760.81,-39.3657,0,-43.907 dDocent_Contig_1913 105 . N T 96.1968 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=3X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1914 21 . G C 654.179 . AB=0.0740741;ABP=88.0998;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X4M;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.594203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=2654;RO=69;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=152.842;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:32,16,10,0:32:1237:16,10,0:635,381,0:-42.6529,0,-96.7856,-21.0463,-70.3595,-119.626,-52.2859,-101.602,-122.636,-153.878 0|1:54:37,2,11,4:37:1417:2,11,4:80,427,143:-23.9534,-28.499,-144.181,0,-109.7,-112.98,-23.4411,-133.127,-104.636,-138.513 dDocent_Contig_1915 11 . T G 64971.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1867;CIGAR=1X1M4D1M;DP=1924;DPB=856;DPRA=0;EPP=4057.15;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997858;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74434;QR=2164;RO=55;RPL=0;RPP=4057.15;RPPR=122.441;RPR=1867;RUN=1;SAF=1867;SAP=4057.15;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1003:40,961:40:1577:961:38282:-3299.68,-159.543,0 1|1:921:15,906:15:587:906:36152:-3197.18,-224.081,0 dDocent_Contig_1916 21 . A T 56.163 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=1400;RO=35;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:12,2:12:483:2:82:-3.56526,0,-39.6072 0/1:26:23,3:23:917:3:119:-3.23844,0,-75.0093 dDocent_Contig_1917 122 . C T 134.102 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=579;RO=17;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=39.9253;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:231:1:35:-1.09039,0,-18.7046 0/1:16:10,6:10:348:6:199:-13.4199,0,-26.8395 dDocent_Contig_1918 13 . G A 4721.9 . AB=0.480363;ABP=4.119;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=331;DPB=331;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981132;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6366;QR=6780;RO=171;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=374.332;RPR=159;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:169:68,101:68:2699:101:4037:-312.437,0,-192.163 0/1:162:103,58:103:4081:58:2329:-160.941,0,-318.452 dDocent_Contig_1919 35 . A G 72.0045 . AB=0.130435;ABP=57.5803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.526316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=2995;RO=76;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=168.042;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1410:2:82:0,-3.65946,-119.377 0/1:46:40,6:40:1585:6:238:-7.94517,0,-129.044 dDocent_Contig_1920 40 . G A 189.968 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.847458;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=2356;RO=59;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=131.127;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:973:8:319:-19.4405,0,-78.2346 0/0:36:35,1:35:1383:1:41:0,-6.74251,-120.633 dDocent_Contig_1921 16 . T C 177.176 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=705;RO=18;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=42.0968;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:281:3:123:-8.45449,0,-22.6514 0/1:15:11,4:11:424:4:162:-10.4515,0,-33.9854 dDocent_Contig_1923 38 . T A 384.803 . AB=0.232877;ABP=48.2543;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0.316017;EPP=39.9253;EPPR=626.223;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=11359;RO=287;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=626.223;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=287;SRP=626.223;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:56,17:56:2215:17:673:-38.924,0,-177.555 0/0:231:231,0:231:9144:0:0:0,-69.5379,-822.42 dDocent_Contig_1924 13 . G A 728.571 . AB=0.195767;ABP=154.956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986755;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1449;QR=5982;RO=151;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=330.903;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:69,19:69:2759:19:738:-40.2451,0,-221.932 0/1:101:82,18:82:3223:18:711:-33.8004,0,-259.63 dDocent_Contig_1925 10 . C T 4954.42 . AB=0.696035;ABP=78.7823;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.7911;MQMR=53.0725;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0379747;PAIREDR=0.231884;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6322;QR=2719;RO=69;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=152.842;RPR=158;RUN=1;SAF=158;SAP=346.103;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:28,79:28:1114:79:3143:-249.934,0,-62.3648 0/1:120:41,79:41:1605:79:3179:-246.696,0,-101.19 dDocent_Contig_1926 7 . T A 437.595 . AB=0.153153;ABP=118.998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X5M1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=59.3378;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.352941;PAIREDR=0.608108;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=2885;RO=74;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=163.699;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:56:36,3,12,3:36:1408:3,12,3:114,459,118:-26.8262,-28.426,-143.222,0,-106.462,-112.087,-28.0012,-134.465,-106.039,-142.8 0|0:55:38,0,5,9:38:1477:0,5,9:0,191,359:-18.1217,-29.5608,-150.709,-13.8921,-135.038,-133.533,0,-121.156,-105.485,-118.447 dDocent_Contig_1927 195 . C T 456.92 . AB=0.171053;ABP=145.87;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=344;DPB=344;DPRA=0.791667;EPP=11.3621;EPPR=6.94353;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.807692;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1021;QR=12496;RO=318;RPL=8;RPP=11.3621;RPPR=6.94353;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=693.539;SRR=318;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:192:192,0:192:7511:0:0:0,-57.7978,-675.667 0/1:152:126,26:126:4985:26:1021:-46.4367,0,-402.805 dDocent_Contig_1928 12 . C A 624.31 . AB=0.142405;ABP=353.992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=591.479;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977778;PAIREDR=0.95941;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1757;QR=10864;RO=271;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=591.479;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=271;SRP=591.479;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:230:204,26:204:8174:26:1015:-22.4109,0,-665.958 0/1:86:67,19:67:2690:19:742:-41.2084,0,-216.33 dDocent_Contig_1930 172 . A G 32133.6 . AB=0.807322;ABP=428.774;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1010;CIGAR=1X;DP=1168;DPB=1168;DPRA=0;EPP=2196.2;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39575;QR=5936;RO=153;RPL=1010;RPP=2196.2;RPPR=335.246;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=2196.2;SAR=1010;SRF=0;SRP=335.246;SRR=153;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:649:54,591:54:2092:591:23114:-1889.87,-6.09651,0 0/1:519:99,419:99:3844:419:16461:-1323.94,0,-189.66 dDocent_Contig_1931 33 . T G 33.6702 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0.445946;EPP=11.6962;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=4150;RO=103;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=226.672;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:74,0:74:2989:0:0:0,-22.2762,-269.085 0/1:33:29,4:29:1161:4:152:-4.11156,0,-94.8292 dDocent_Contig_1932 42 . T A 1453.67 . AB=0.191667;ABP=300.285;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X3M1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=558.907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996094;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2718;QR=9921;RO=256;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=558.907;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=256;SRP=558.907;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:164:118,31,0,10:118:4615:31,0,10:1221,0,404:-64.9374,0,-370.106,-100.459,-379.438,-479.888,-67.1486,-346.131,-446.581,-443.571 0|1:196:138,38,16,0:138:5306:38,16,0:1497,610,0:-81.618,0,-424.12,-73.1352,-385.531,-503.87,-123.16,-435.559,-508.687,-558.714 dDocent_Contig_1933 21 . G A 178.512 . AB=0.166667;ABP=60.9162;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=4236;RO=107;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=235.358;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:50,10:50:1948:10:400:-18.2949,0,-157.464 0/0:60:57,3:57:2288:3:121:0,-6.7816,-194.804 dDocent_Contig_1935 12 . A G 1939.61 . AB=0.666667;ABP=25.4488;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X4M;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.532258;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2461;QR=1034;RO=26;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=59.4686;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:15,5,18:15:598:5,18:191,702:-53.1887,-42.0368,-89.7822,0,-33.5941,-43.8405 0|1:55:11,0,44:11:436:0,44:0,1759:-141.961,-145.272,-181.159,0,-36.2831,-23.0378 dDocent_Contig_1936 98 . N T 88.5896 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=90;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:70:-6.53215,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:20:-1.99996,-0.30103,0 dDocent_Contig_1938 12 . T A 23446.2 . AB=0.671443;ABP=252.441;AC=4;AF=1;AN=4;AO=656;CIGAR=1X2M;DP=977;DPB=977;DPRA=0;EPP=1427.5;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.993902;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26104;QR=4134;RO=103;RPL=0;RPP=1427.5;RPPR=226.672;RPR=656;RUN=1;SAF=656;SAP=1427.5;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:497:61,31,82,314:61:2453:31,82,314:1221,3278,12495:-1078.23,-996.148,-1188.97,-826.597,-928.304,-1004.07,-67.8436,-169.552,0,-175.474 1|1:480:42,4,91,342:42:1681:4,91,342:163,3622,13609:-1267.57,-1266.77,-1404.04,-981.992,-1107.02,-1093.07,-159.746,-284.775,0,-195.27 dDocent_Contig_1939 26 . A G 612.537 . AB=0.296296;ABP=32.2045;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=2266;RO=57;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=126.784;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:29,15:29:1146:15:591:-40.2751,0,-90.1764 0/1:37:28,9:28:1120:9:366:-22.167,0,-89.9432 dDocent_Contig_1940 8 . A T 7594.14 . AB=0.743284;ABP=175.231;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=249;CIGAR=1X;DP=335;DPB=335;DPRA=0;EPP=543.707;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.759036;PAIREDR=0.732558;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9571;QR=3282;RO=86;RPL=0;RPP=543.707;RPPR=189.757;RPR=249;RUN=1;SAF=249;SAP=543.707;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:40,104:40:1519:104:4002:-316.914,0,-93.6368 0/1:191:46,145:46:1763:145:5569:-443.689,0,-101.431 dDocent_Contig_1941 107 . N G 101.911 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_1942 107 . N C 62.9427 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.27515,-0.60206,0 dDocent_Contig_1943 192 . A G 23259.3 . AB=0.689239;ABP=338.328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=743;CIGAR=1X;DP=1078;DPB=1078;DPRA=0;EPP=1616.41;EPPR=728.282;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995962;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29488;QR=13260;RO=334;RPL=743;RPP=1616.41;RPPR=728.282;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1616.41;SAR=743;SRF=0;SRP=728.282;SRR=334;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:578:190,387:190:7481:387:15373:-1208.31,0,-498.811 0/1:500:144,356:144:5779:356:14115:-1118.81,0,-369.378 dDocent_Contig_1944 33 . C T 522.777 . AB=0.258427;ABP=48.1232;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.26087;PAIREDR=0.30303;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=884;QR=2649;RO=66;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=146.327;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1299:9:344:-18.9757,0,-104.827 0/1:48:34,14:34:1350:14:540:-34.4905,0,-107.314 dDocent_Contig_1946 15 . G A 352.115 . AB=0.28;ABP=24.0302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1M1X;DP=50;DPB=52;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.2143;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.214286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=562;QR=1214;RO=32;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=72.4974;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:20,2,6:20:748:2,6:78,237:-13.4359,-13.046,-73.6602,0,-54.8041,-59.411 0|1:22:12,2,8:12:466:2,8:82,325:-22.964,-19.8069,-57.4846,0,-31.499,-35.862 dDocent_Contig_1947 15 . A G 33.6536 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=1.83333;EPP=7.35324;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=596;RO=15;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=35.5824;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:357:2:75:-3.80826,0,-29.18 0/0:6:6,0:6:239:0:0:0,-1.80618,-21.8839 dDocent_Contig_1948 31 . C A 381.544 . AB=0.105431;ABP=849.524;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=1231;DPB=1231;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=2443.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9982;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998221;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4101;QR=44848;RO=1124;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=2443.75;RPR=107;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=1124;SRP=2443.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:626:560,66:560:22351:66:2521:-38.598,0,-1821.2 0/0:605:564,41:564:22497:41:1580:0,-39.6881,-1880.35 dDocent_Contig_1949 78 . T C 2946.04 . AB=0.302222;ABP=155.901;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=136;CIGAR=1X;DP=450;DPB=450;DPRA=0;EPP=298.331;EPPR=684.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4786;QR=11117;RO=314;RPL=136;RPP=298.331;RPPR=684.853;RPR=0;RUN=1;SAF=136;SAP=298.331;SAR=0;SRF=314;SRP=684.853;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:296:178,118:178:6321:118:4148:-284.402,0,-479.886 0/1:154:136,18:136:4796:18:638:-11.3901,0,-385.446 dDocent_Contig_1950 23 . C G 75.2618 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=2.2;EPP=9.52472;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=56.7692;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=522;RO=13;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=31.2394;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:318:3:121:-7.96866,0,-23.5768 0/0:5:5,0:5:204:0:0:0,-1.50515,-18.744 dDocent_Contig_1951 26 . C A 4920.17 . AB=0.296687;ABP=241.414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=664;DPB=664;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=986.687;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994924;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7659;QR=18132;RO=453;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=986.687;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=453;SRP=986.687;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:360:239,120:239:9588:120:4729:-317.396,0,-754.153 0/1:304:214,77:214:8544:77:2930:-175.809,0,-680.448 dDocent_Contig_1953 11 . A G 17469.5 . AB=0.35324;ABP=150.243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=278;CIGAR=1M1I2M1X;DP=787;DPB=956;DPRA=0;EPP=606.68;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10884;QR=4135;RO=108;RPL=0;RPP=606.68;RPPR=237.529;RPR=278;RUN=1;SAF=278;SAP=606.68;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:387:5,150,231:5:195:150,231:5880,8651:-1174.47,-692.441,-663.315,-467.502,0,-413.992 1|0:400:103,128,167:103:3940:128,167:5004,6303:-573.669,-193.272,-478.036,-88.1121,0,-361.131 dDocent_Contig_1955 49 . T C 185.241 . AB=0.0689655;ABP=49.8093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X9M;DP=45;DPB=44.4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.4118;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=1335;RO=34;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:10,0,6,0:10:395:0,6,0:0,240,0:-17.1592,-20.1695,-52.6709,0,-32.8991,-31.0929,-20.1695,-52.6709,-32.8991,-52.6709 0|1:29:24,3,0,2:24:940:3,0,2:119,0,81:-2.54977,0,-75.8151,-9.77449,-76.7181,-86.4985,-3.09179,-70.0378,-79.8183,-79.2163 dDocent_Contig_1957 134 . G T 90.9833 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.692308;EPP=18.2106;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=223;QR=2758;RO=81;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=178.9;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1022:7:223:-9.54203,0,-81.4553 0/0:52:52,0:52:1736:0:0:0,-15.6536,-156.508 dDocent_Contig_1958 107 . N C 60.9749 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07837,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1960 30 . T G 3200.65 . AB=0.612717;ABP=22.1017;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4145;QR=2585;RO=66;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=146.327;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:29,60:29:1117:60:2343:-183.84,0,-73.6141 0/1:83:37,46:37:1468:46:1802:-137.413,0,-107.384 dDocent_Contig_1961 8 . C T 2302.08 . AB=0.321678;ABP=82.0033;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=286;DPB=286;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978261;PAIREDR=0.948454;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3522;QR=7400;RO=194;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=424.276;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:171:118,53:118:4499:53:2022:-130.741,0,-353.497 0/1:115:76,39:76:2901:39:1500:-100.656,0,-226.645 dDocent_Contig_1962 33 . A G 713.732 . AB=0.321429;ABP=26.2761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1078;QR=2270;RO=57;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=126.784;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:26,24:26:1050:24:959:-71.5606,0,-79.7382 0/1:34:31,3:31:1220:3:119:-0.859995,0,-99.8346 dDocent_Contig_1963 36 . G A 187.19 . AB=0.178571;ABP=53.2644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=1825;RO=46;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=102.898;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:833:7:277:-16.8704,0,-66.8549 0/1:28:25,3:25:992:3:123:-3.03595,0,-81.1466 dDocent_Contig_1964 196 . A T 39.5977 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=2.5;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=946;RO=25;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:305:0:0:0,-2.40824,-27.8087 0/1:20:17,3:17:641:3:115:-4.70429,0,-52 dDocent_Contig_1966 11 . T G 2417.72 . AB=0.124851;ABP=2049.35;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=209;CIGAR=1X;DP=1674;DPB=1674;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=3182.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999317;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8297;QR=58455;RO=1464;RPL=0;RPP=456.848;RPPR=3182.05;RPR=209;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=1464;SRP=3182.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:828:740,87:740:29576:87:3451:-61.5844,0,-2410.09 0/1:846:724,122:724:28879:122:4846:-181.376,0,-2341.81 dDocent_Contig_1967 10 . A G 276.98 . AB=0.275;ABP=20.5992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=1049;RO=27;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:14,0,2:14:538:0,2:0,81:-2.86925,-7.08367,-51.223,0,-44.5413,-43.9392 0|1:24:13,2,9:13:511:2,9:79,363:-26.0155,-23.4294,-64.8521,0,-35.5278,-39.3198 dDocent_Contig_1968 109 . G A 96.0855 . AB=0.117647;ABP=24.5973;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=8M1I7M1X18M;DP=35;DPB=26.5882;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=845;RO=23;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=52.9542;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:9,2,5:9:321:2,5:67,105:-5.20916,-2.4556,-28.1174,0,-20.8157,-24.7377 0|0:18:14,0,4:14:524:0,4:0,119:-5.58705,-9.80147,-52.7756,0,-43.2886,-42.0845 dDocent_Contig_1969 35 . A C 1344.27 . AB=0.242678;ABP=140.467;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1M1D1M1X;DP=239;DPB=224.5;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2300;QR=7068;RO=181;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=396.047;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:126:96,30:96:3707:30:1186:-69.083,0,-295.771 0|1:113:85,28:85:3361:28:1114:-66.5329,0,-268.556 dDocent_Contig_1970 109 . G A 46.5392 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.958333;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.930233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=130;QR=1418;RO=43;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:636:4:130:-5.09761,0,-50.6315 0/0:24:24,0:24:782:0:0:0,-7.22472,-70.6822 dDocent_Contig_1971 201 . G A 88.5731 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=2;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.83871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=183;QR=1135;RO=31;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:438:0:0:0,-3.61236,-39.7633 0/1:24:19,5:19:697:5:183:-9.60203,0,-55.837 dDocent_Contig_1972 1 . N G 9073.16 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=294;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=641.423;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10074;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=641.423;RPPR=0;RPR=294;RUN=1;SAF=0;SAP=641.423;SAR=294;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:162:0,162:0:0:162:5520:-496.96,-48.7669,0 1/1:132:0,132:0:0:132:4554:-410.054,-39.736,0 dDocent_Contig_1973 50 . T A 3413.63 . AB=0.176195;ABP=974.741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=1067;DPB=1067;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=1911.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7374;QR=34708;RO=879;RPL=188;RPP=411.247;RPPR=1911.73;RPR=0;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=879;SRP=1911.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:576:458,118:458:18048:118:4666:-246.497,0,-1449.51 0/1:491:421,70:421:16660:70:2708:-96.0547,0,-1350.32 dDocent_Contig_1974 36 . C T 32.7007 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0.588235;EPP=7.35324;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=1007;RO=25;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=57.2971;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:684:0:0:0,-5.11751,-61.8899 0/1:10:8,2:8:323:2:74:-4.01456,0,-26.4278 dDocent_Contig_1975 8 . T C 190.285 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0.809524;EPP=24.725;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=3991;RO=104;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=228.843;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:41,10:41:1571:10:383:-19.4722,0,-126.306 0/0:63:63,0:63:2420:0:0:0,-18.9649,-218.005 dDocent_Contig_1976 38 . A T 82.2482 . AB=0.0864461;ABP=1394.94;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=1679;DPB=1679;DPRA=1.2628;EPP=178.9;EPPR=3473.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3233;QR=63561;RO=1598;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=3473.02;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=1598;SRP=3473.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:742:742,0:742:29599:0:0:0,-223.364,-2661.22 0/1:937:856,81:856:33962:81:3233:-8.96954,0,-2771.44 dDocent_Contig_1977 20 . A G 190.437 . AB=0.158537;ABP=86.0559;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=2X2M1X1M2I6M;DP=82;DPB=84.1667;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.6923;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=497;QR=2697;RO=69;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=152.842;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:7,4:7:272:4:159:-11.381,0,-21.535 0|1:71:62,9:62:2425:9:338:-8.85108,0,-197.061 dDocent_Contig_1978 27 . G A 1073.42 . AB=0.271605;ABP=76.4114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1741;QR=4656;RO=118;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=259.244;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:59,35:59:2332:35:1399:-97.8712,0,-181.743 0/1:68:59,9:59:2324:9:342:-10.6596,0,-188.841 dDocent_Contig_1979 50 . C G 594.737 . AB=0.403846;ABP=7.18621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=840;QR=1229;RO=31;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:13,12:13:515:12:482:-36.2064,0,-39.1693 0/1:27:18,9:18:714:9:358:-24.4558,0,-56.4577 dDocent_Contig_1984 124 . T A 33.4761 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0.37931;EPP=7.35324;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=1467;RO=38;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1117:0:0:0,-8.72987,-100.833 0/1:11:9,2:9:350:2:78:-4.09214,0,-28.55 dDocent_Contig_1985 98 . N C 219.36 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=3X;DP=7;DPB=7.66667;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.56683;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:7:0,7:0:0:7:240:-21.9354,-2.10721,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1986 27 . T G 77.3976 . AB=0.114286;ABP=93.4676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=1.09375;EPP=20.3821;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.579365;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=5051;RO=126;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=276.616;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:62,8:62:2509:8:321:-8.18345,0,-204.867 0/0:64:64,0:64:2542:0:0:0,-19.2659,-228.904 dDocent_Contig_1987 107 . N C 4839.28 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=165;CIGAR=1X1M1D1M;DP=165;DPB=123.75;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5368;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=0;RPR=165;RUN=1;SAF=0;SAP=361.303;SAR=165;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:83:0,83:0:0:83:2624:-236.41,-24.9855,0 1|1:82:0,82:0:0:82:2744:-247.216,-24.6845,0 dDocent_Contig_1992 73 . C G 1471.3 . AB=0.251908;ABP=143.079;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2518;QR=7501;RO=196;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=428.619;RPR=0;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=196;SRP=428.619;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:118,16:118:4527:16:600:-13.9955,0,-367.131 0/1:128:78,50:78:2974:50:1918:-134.322,0,-229.288 dDocent_Contig_1993 8 . T C 322.308 . AB=0.302326;ABP=17.6046;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0.651515;EPP=31.2394;EPPR=194.462;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=3690;RO=96;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=211.472;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=94;SRP=194.462;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:30,13:30:1151:13:503:-32.6745,0,-90.947 0/0:66:66,0:66:2539:0:0:0,-19.868,-228.706 dDocent_Contig_1994 17 . T C 86.6554 . AB=0.129032;ABP=77.1206;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0.837838;EPP=20.3821;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=308;QR=5036;RO=128;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=280.959;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:74,0:74:2909:0:0:0,-22.2762,-261.922 0/1:62:54,8:54:2127:8:308:-9.41027,0,-172.953 dDocent_Contig_1995 107 . N C 33.441 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:35:-3.32479,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_1996 107 . N T 332.67 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:257:-23.444,-2.40824,0 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51695,-0.90309,0 dDocent_Contig_1997 27 . G A 94.5646 . AB=0.125;ABP=81.1833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=428;QR=4045;RO=102;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=224.5;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:56,8:56:2223:8:320:-9.90016,0,-180.976 0/0:49:46,3:46:1822:3:108:0,-4.67736,-154.117 dDocent_Contig_1998 156 . A G 4474.93 . AB=0.554307;ABP=9.85003;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993243;PAIREDR=0.991597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5876;QR=4696;RO=119;RPL=0;RPP=324.388;RPPR=261.416;RPR=148;RUN=1;SAF=0;SAP=324.388;SAR=148;SRF=0;SRP=261.416;SRR=119;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:121:61,60:61:2397:60:2398:-179.55,0,-179.457 0/1:146:58,88:58:2299:88:3478:-269.132,0,-163.13 dDocent_Contig_1999 98 . N A 66.6651 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_2000 18 . T C 115.614 . AB=0.120482;ABP=106.849;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=2X;DP=117;DPB=117;DPRA=2.44118;EPP=24.725;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=4306;RO=107;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=235.358;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:83:73,10:73:2938:10:407:-12.0051,0,-239.526 0|0:34:34,0:34:1368:0:0:0,-10.235,-123.376 dDocent_Contig_2001 90 . T C 844.053 . AB=0.397849;ABP=11.4393;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1255;QR=1929;RO=56;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:21,13:21:725:13:437:-29.4187,0,-55.3361 0/1:59:35,24:35:1204:24:818:-56.175,0,-90.904 dDocent_Contig_2002 49 . G A 36835 . AB=0.761252;ABP=911.829;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1167;CIGAR=1X;DP=1533;DPB=1533;DPRA=0;EPP=2528.44;EPPR=797.769;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46111;QR=14425;RO=366;RPL=1;RPP=2528.44;RPPR=797.769;RPR=1166;RUN=1;SAF=1167;SAP=2537.12;SAR=0;SRF=366;SRP=797.769;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:674:121,553:121:4675:553:21771:-1754.72,0,-217.783 0/1:859:245,614:245:9750:614:24340:-1929.96,0,-618.29 dDocent_Contig_2004 119 . T C 290.822 . AB=0.224138;ABP=41.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.844444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=1806;RO=45;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:20,2:20:796:2:81:-1.06307,0,-65.3287 0/1:36:25,11:25:1010:11:440:-29.114,0,-80.3569 dDocent_Contig_2005 10 . A C 230.414 . AB=0.137931;ABP=135.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=3961;RO=100;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=220.158;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:50,7:50:1977:7:286:-8.95611,0,-160.973 0/1:59:50,9:50:1984:9:363:-15.2737,0,-160.996 dDocent_Contig_2008 13 . C T 4370.67 . AB=0.0673267;ABP=824.167;AC=0;AF=0;AN=4;AO=34;CIGAR=1X2M;DP=505;DPB=505;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=498.106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=59.9386;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1314;QR=8794;RO=228;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=498.106;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=228;SRP=498.106;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:225:109,21,4,71,13:109:4177:21,4,71,13:808,132,2675,507:-184.554,-151.456,-487.925,-206.729,-483.609,-548.313,0,-276.881,-332.152,-321.416,-175.691,-452.572,-507.843,-301.115,-514.567 0|0:280:119,18,18,98,21:119:4617:18,18,98,21:675,669,3585,807:-253.702,-234.526,-608.405,-235.333,-559.633,-609.212,0,-324.304,-325.111,-349.799,-223.278,-547.579,-548.387,-313.057,-596.255 dDocent_Contig_2009 36 . A T 71.0967 . AB=0.0949367;ABP=228.184;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=369;DPB=369;DPRA=0.748815;EPP=35.5824;EPPR=771.712;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997175;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=14157;RO=354;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=771.712;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=354;SRP=771.712;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:211:211,0:211:8464:0:0:0,-63.5173,-761.274 0/1:158:143,15:143:5693:15:612:-7.8544,0,-464.62 dDocent_Contig_2010 15 . G A 234.165 . AB=0.202899;ABP=55.9124;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=18.4661;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.5882;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.647059;PAIREDR=0.975207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=4806;RO=121;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=265.758;RPR=17;RUN=1;SAF=14;SAP=18.4661;SAR=3;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:55,14:55:2188:14:547:-23.8602,0,-176.324 0/0:69:66,3:66:2618:3:98:0,-13.9611,-228.943 dDocent_Contig_2011 22 . G A 1913.07 . AB=0.303279;ABP=85.0279;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X1M1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.351351;PAIREDR=0.307229;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2945;QR=6511;RO=166;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=363.475;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:81,26:81:3167:26:1014:-58.9459,0,-252.52 0|1:135:85,48:85:3344:48:1931:-133.549,0,-260.59 dDocent_Contig_2012 13 . T C 431.424 . AB=0.136364;ABP=306.227;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=511;DPB=511;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=991.049;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7115;MQMR=53.0719;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.87146;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1997;QR=16973;RO=459;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=999.716;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=458;SRP=991.049;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:247:231,16:231:8486:16:629:0,-17.4133,-676.238 0/1:264:228,36:228:8487:36:1368:-43.8871,0,-649.134 dDocent_Contig_2013 83 . T A 306.242 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0.796875;EPP=33.4109;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.762376;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=3700;RO=101;RPL=8;RPP=3.63072;RPPR=7.84774;RPR=6;RUN=1;SAF=8;SAP=3.63072;SAR=6;SRF=58;SRP=7.84774;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:37,14:37:1354:14:512:-31.0679,0,-106.806 0/0:64:64,0:64:2346:0:0:0,-19.2659,-211.386 dDocent_Contig_2014 8 . C T 541.979 . AB=0.222222;ABP=81.4246;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.725275;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=999;QR=3502;RO=91;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=200.614;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:45,10:45:1736:10:388:-18.7214,0,-139.939 0/1:62:46,16:46:1766:16:611:-36.665,0,-140.53 dDocent_Contig_2015 28 . T C 1827.57 . AB=0.417219;ABP=11.9982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0.886364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2543;QR=3061;RO=88;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=194.1;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:38,29:38:1324:29:1164:-84.8682,0,-99.2765 0/1:84:50,34:50:1737:34:1379:-99.0768,0,-131.308 dDocent_Contig_2016 11 . G C 684.062 . AB=0.211921;ABP=111.857;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.78125;PAIREDR=0.957983;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1271;QR=4707;RO=119;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=261.416;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:57,19:57:2272:19:763:-46.114,0,-181.765 0/1:75:62,13:62:2435:13:508:-23.4805,0,-196.712 dDocent_Contig_2017 60 . G A 2455.49 . AB=0.109589;ABP=99.6557;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=1859;RO=48;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:73:24,8,41:24:921:8,41:316,1609:-125.091,-106.312,-179.491,0,-49.576,-63.2402 0|0:64:24,0,40:24:938:0,40:0,1563:-121.646,-128.871,-205.984,0,-77.5031,-65.4619 dDocent_Contig_2018 11 . G C 295.53 . AB=0.105528;ABP=540.946;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=494;DPB=494;DPRA=4.14583;EPP=94.2121;EPPR=984.516;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1662;QR=17994;RO=452;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=984.516;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=452;SRP=984.516;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:398:356,42:356:14174:42:1662:-29.9967,0,-1154.78 0/0:96:96,0:96:3820:0:0:0,-28.8989,-343.805 dDocent_Contig_2019 22 . C T 1758.29 . AB=0.413333;ABP=12.7964;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=519.821;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2473;QR=9317;RO=238;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=519.821;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=238;SRP=519.821;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:151:150,1:150:5870:1:11:0,-44.3555,-527.049 0/1:150:88,62:88:3447:62:2462:-176.574,0,-265.133 dDocent_Contig_2020 56 . G A 3769.71 . AB=0.78;ABP=105.156;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=117;CIGAR=1X4M;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4622;QR=649;RO=17;RPL=117;RPP=257.073;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:102:10,11,81:10:381:11,81:417,3201:-263.327,-232.15,-260.09,-2.9343,0,-9.80416 0|1:48:7,5,36:7:268:5,36:183,1421:-114.833,-101.99,-122.476,0,-7.05644,-11.1657 dDocent_Contig_2022 7 . C T 2763.62 . AB=0.633333;ABP=26.1727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X1M1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9158;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989474;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3581;QR=2057;RO=54;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=120.27;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:7,44:7:270:44:1658:-134.135,0,-9.31313 0|1:99:47,51:47:1787:51:1923:-143.415,0,-131.196 dDocent_Contig_2023 32 . G T 97.1874 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=1991;RO=50;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=111.584;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:869:5:199:-10.1602,0,-70.3951 0/0:30:28,2:28:1122:2:82:0,-1.25122,-93.4859 dDocent_Contig_2025 35 . C G 339.694 . AB=0.175926;ABP=101.531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=744;QR=3578;RO=89;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=196.271;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:43,10:43:1749:10:394:-19.8605,0,-141.662 0/1:55:46,9:46:1829:9:350:-15.2974,0,-148.263 dDocent_Contig_2026 23 . C A 3592.07 . AB=0.19582;ABP=733.545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=178;CIGAR=1X;DP=909;DPB=909;DPRA=0;EPP=389.532;EPPR=1590.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7044;QR=29055;RO=731;RPL=0;RPP=389.532;RPPR=1590.36;RPR=178;RUN=1;SAF=178;SAP=389.532;SAR=0;SRF=731;SRP=1590.36;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:512:392,120:392:15534:120:4763:-274.45,0,-1242.73 0/1:397:339,58:339:13521:58:2281:-85.9449,0,-1096.36 dDocent_Contig_2027 106 . N A 100.848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:108:-10.0752,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2028 79 . T G 22013.7 . AB=0.0492212;ABP=2835.81;AC=0;AF=0;AN=4;AO=79;CIGAR=2M3X3M;DP=1605;DPB=1276.75;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=650.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=14;MQM=59.7722;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2969;QR=11179;RO=298;RPL=79;RPP=174.557;RPPR=650.109;RPR=0;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=298;SRP=650.109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:818:151,118,5,428,17,21,51:151:5660:118,5,428,17,21,51:4498,176,16149,656,749,1917:-1277.9,-956.858,-1384.91,-1309.05,-1406.12,-1771.11,0,-97.0692,-449.258,-334.732,-1269.49,-1366.56,-1718.74,-409.698,-1727.94,-1262.31,-1359.38,-1711.57,-402.527,-1672.01,-1719.56,-1166.31,-1263.38,-1615.57,-306.523,-1576.01,-1568.84,-1614.53 0|0:787:147,46,40,317,121,52,28:147:5519:46,40,317,121,52,28:1703,1483,11838,4594,1915,1052:-924.651,-829.94,-1268.18,-847.668,-1160.79,-1287.71,0,-313.127,-330.855,-356.662,-592.27,-905.396,-923.124,-75.456,-1007.93,-812.312,-1125.44,-1143.17,-295.499,-887.768,-1248.75,-882.729,-1195.86,-1213.58,-365.916,-958.186,-1178.23,-1326.39 dDocent_Contig_2030 30 . T C 101.559 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.551724;EPP=9.52472;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=1393;RO=35;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=79.0118;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:8,3,4:8:318:3,4:112,158:-10.5995,-3.84783,-29.126,0,-17.0287,-24.9874 0|0:29:27,0,1:27:1075:0,1:0,32:0,-8.12781,-96.6869,-5.58432,-94.1112,-93.8102 dDocent_Contig_2031 11 . C G 232.39 . AB=0.212766;ABP=70.3721;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=29;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.690141;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=808;QR=2864;RO=71;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=157.185;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:47,11:47:1901:11:444:-10.8352,0,-153.416 0/1:33:24,9:24:963:9:364:-13.5922,0,-77.0309 dDocent_Contig_2032 146 . C G 155.055 . AB=0.375;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=1.6;EPP=16.0391;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=794;RO=20;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=46.4397;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:397:0:0:0,-3.0103,-36.0893 0/1:16:10,6:10:397:6:230:-16.2502,0,-31.2732 dDocent_Contig_2033 18 . A T 805.863 . AB=0.538462;ABP=3.67845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.178571;PAIREDR=0.541667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1075;QR=958;RO=24;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=55.1256;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:10,19:10:405:19:735:-57.7466,0,-28.0805 0/1:23:14,9:14:553:9:340:-24.0282,0,-43.1876 dDocent_Contig_2035 36 . T C 66.7903 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1.05714;EPP=13.8677;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.776119;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=2686;RO=67;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=148.499;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1392:0:0:0,-10.536,-125.531 0/1:37:32,5:32:1294:5:202:-7.42376,0,-105.585 dDocent_Contig_2036 11 . C A 4628.57 . AB=0.0948905;ABP=393.59;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=1X2M1X1M;DP=274;DPB=267.8;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1035;QR=2510;RO=63;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=139.813;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:142:35,15,10,81,1:35:1400:15,10,81,1:597,405,3271,41:-259.115,-220.495,-331.302,-236.255,-302.422,-348.569,0,-66.1671,-81.9272,-90.9402,-266.267,-332.434,-348.195,-111.939,-381.29 0|0:132:28,11,21,65,7:28:1110:11,21,65,7:438,831,2591,281:-204.931,-177.293,-265.347,-144.969,-200.269,-230.013,0,-55.299,-22.9753,-71.7983,-190.206,-245.505,-213.181,-68.2113,-279.464 dDocent_Contig_2037 30 . C A 34.1084 . AB=0.111111;ABP=50.3001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0.72;EPP=11.6962;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=3245;RO=82;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=181.071;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1245:4:159:-3.85436,0,-101.479 0/0:50:50,0:50:2000:0:0:0,-15.0515,-180.191 dDocent_Contig_2038 53 . G A 26764.3 . AB=0.712521;ABP=479.26;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=865;CIGAR=1X;DP=1214;DPB=1214;DPRA=0;EPP=1881.33;EPPR=760.854;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33839;QR=13331;RO=349;RPL=865;RPP=1881.33;RPPR=760.854;RPR=0;RUN=1;SAF=865;SAP=1881.33;SAR=0;SRF=349;SRP=760.854;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:587:179,408:179:6820:408:15939:-1256.69,0,-436.901 0/1:627:170,457:170:6511:457:17900:-1420.93,0,-397.078 dDocent_Contig_2040 16 . T A 190.535 . AB=0.148148;ABP=90.1105;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.889764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=569;QR=5131;RO=127;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=278.787;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:58,2:58:2347:2:82:0,-10.2821,-203.596 0/1:81:69,12:69:2784:12:487:-19.7982,0,-226.271 dDocent_Contig_2041 67 . A T 153.217 . AB=0.15493;ABP=76.4428;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0.586777;EPP=26.8965;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.910112;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=6543;RO=178;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=389.532;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:58,11:58:2125:11:404:-15.7654,0,-170.584 0/0:121:120,0:120:4418:0:0:0,-36.1236,-397.641 dDocent_Contig_2042 82 . T C 97.9575 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1150;RO=30;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:307:3:117:-7.59905,0,-24.6803 0/1:25:22,3:22:843:3:117:-3.38463,0,-68.6671 dDocent_Contig_2043 145 . A T 45.5078 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=838;RO=24;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=55.1256;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:419:1:35:0,-0.414761,-34.5459 0/1:15:12,3:12:419:3:105:-5.28071,0,-33.529 dDocent_Contig_2044 8 . A T 13911.4 . AB=0.132497;ABP=844.127;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=2X2M;DP=717;DPB=713.5;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=46.6947;MQMR=58.973;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.663158;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3124;QR=2874;RO=74;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=163.699;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:307:38,35,32,191:38:1477:35,32,191:1355,1202,7322:-589.401,-489.556,-597.672,-503.035,-510.402,-612.053,0,-7.36568,-20.848,-61.1555 1|0:410:36,36,63,248:36:1397:36,63,248:1388,1922,9527:-802.925,-699.853,-803.798,-667.011,-667.885,-762.827,-31.9388,-32.8127,0,-72.0754 dDocent_Contig_2045 15 . T G 662.204 . AB=0.198758;ABP=129.913;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=347;DPB=347;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=654.452;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1844;QR=12111;RO=300;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=654.452;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=300;SRP=654.452;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:128,32:128:5164:32:1276:-66.6641,0,-416.162 0/0:186:172,14:172:6947:14:568:0,-4.52901,-573.41 dDocent_Contig_2046 36 . G T 187.468 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=2X2M2I1X2M1X1M2X;DP=5;DPB=5.90909;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:117:-10.8717,-0.90309,0 1|1:2:0,2:0:0:2:80:-7.55965,-0.60206,0 dDocent_Contig_2047 12 . T C 4784.33 . AB=0.578358;ABP=17.3031;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=155;CIGAR=1X;DP=268;DPB=268;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6224;QR=4516;RO=113;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=248.387;RPR=155;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:145:36,109:36:1405:109:4369:-349.497,0,-83.058 0/1:123:77,46:77:3111:46:1855:-130.125,0,-243.022 dDocent_Contig_2049 33 . T A 10273.9 . AB=0.527559;ABP=6.36155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=268;CIGAR=1X2M10I8M;DP=508;DPB=901.818;DPRA=0;EPP=584.965;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10529;QR=2903;RO=74;RPL=0;RPP=584.965;RPPR=163.699;RPR=268;RUN=1;SAF=268;SAP=584.965;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:203:33,83,82:33:1294:83,82:3250,2984:-393.928,-136.617,-218.052,-160.826,0,-242.555 1|0:305:41,185,65:41:1609:185,65:7279,2237:-634.649,-48.1837,-124.838,-466.453,0,-579.215 dDocent_Contig_2050 117 . T A 691.073 . AB=0.111913;ABP=1090.12;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=831;DPB=831;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=1605.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3555;QR=27833;RO=738;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=1605.56;RPR=93;RUN=1;SAF=0;SAP=204.957;SAR=93;SRF=0;SRP=1605.56;SRR=738;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:411:356,55:356:13405:55:2103:-65.7707,0,-1082.17 0/1:420:382,38:382:14428:38:1452:-4.52497,0,-1171.45 dDocent_Contig_2051 23 . A G 587.325 . AB=0.117526;ABP=619.265;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=1046;DPB=1046;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=2122.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2807;QR=39073;RO=976;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=2122.37;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=976;SRP=2122.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:485:428,57:428:17121:57:2278:-59.1762,0,-1393.5 0/0:561:548,13:548:21952:13:529:0,-120.921,-1925.8 dDocent_Contig_2053 83 . T C 4937.6 . AB=0.235795;ABP=643.274;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=297;CIGAR=1X;DP=1755;DPB=1755;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=3166.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996633;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10705;QR=52062;RO=1457;RPL=297;RPP=647.938;RPPR=3166.85;RPR=0;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=1457;SRP=3166.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:699:651,48:651:22993:48:1680:0,-58.9356,-1917.32 0/1:1056:806,249:806:29069:249:9025:-494.505,0,-2297.56 dDocent_Contig_2054 14 . G A 5495.11 . AB=0.861592;ABP=331.218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=249;CIGAR=1X;DP=289;DPB=289;DPRA=0;EPP=543.707;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=31.5863;MQMR=45.2105;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.610442;PAIREDR=0.710526;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9680;QR=1518;RO=38;RPL=0;RPP=543.707;RPPR=85.5263;RPR=249;RUN=1;SAF=249;SAP=543.707;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:24,120:24:956:120:4679:-250.761,0,-28.1505 0/1:143:14,129:14:562:129:5001:-299.937,0,-2.99319 dDocent_Contig_2055 98 . N T 3857.21 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=241;CIGAR=2X;DP=241;DPB=921.5;DPRA=0;EPP=526.335;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29.3071;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.502075;PAIREDR=0;PAO=1361;PQA=20065;PQR=0;PRO=0;QA=6214;QR=0;RO=0;RPL=241;RPP=526.335;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=241;SAP=526.335;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:118:0,118:0:0:118:3060:-186.96,-35.5215,0 1|1:123:0,123:0:0:123:3154:-198.459,-37.0267,0 dDocent_Contig_2056 28 . A G 393.5 . AB=0.232877;ABP=48.2543;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=727;QR=8074;RO=201;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=439.476;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:146:145,1:145:5816:1:41:0,-39.8558,-519.129 0/1:73:56,17:56:2258:17:686:-40.0948,0,-181.399 dDocent_Contig_2057 98 . N C 347.144 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.33942;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=382;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:11:0,11:0:0:11:382:-34.7143,-3.31133,0 dDocent_Contig_2059 49 . A T 17360.4 . AB=0.498392;ABP=3.02426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=310;CIGAR=1M1D3M2X;DP=622;DPB=499.857;DPRA=0;EPP=676.167;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12172;QR=1555;RO=40;RPL=0;RPP=676.167;RPPR=89.8692;RPR=310;RUN=1;SAF=310;SAP=676.167;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:270:14,134,120:14:545:134,120:5321,4705:-775.936,-342.11,-346.563,-393.252,0,-401.919 0|1:352:26,134,190:26:1010:134,190:5320,7467:-961.29,-531.18,-573.827,-354.958,0,-380.746 dDocent_Contig_2060 66 . G A 92.0547 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.516129;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=2477;RO=62;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:24,5:24:964:5:200:-9.64916,0,-78.3305 0/0:40:38,2:38:1513:2:82:0,-4.26152,-128.631 dDocent_Contig_2061 98 . N T 78.3709 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:33:-3.13491,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:47:-4.38656,-0.90309,0 dDocent_Contig_2062 18 . T A 89.1362 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2512;RO=62;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=137.642;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:1012:5:200:-9.34902,0,-82.343 0/0:40:37,3:37:1500:3:122:0,-0.668707,-123.865 dDocent_Contig_2064 21 . G A 1151.85 . AB=0.306122;ABP=51.0043;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=443.819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1853;QR=7999;RO=203;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=443.819;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=203;SRP=443.819;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:102,45:102:4013:45:1774:-115.629,0,-316.923 0/0:103:101,2:101:3986:2:79:0,-23.5088,-351.237 dDocent_Contig_2065 45 . C T 722.668 . AB=0.322581;ABP=28.4375;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=5.45321;EPPR=11.6375;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.774775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1190;QR=4037;RO=111;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=218.69;RPR=32;RUN=1;SAF=19;SAP=5.45321;SAR=13;SRF=48;SRP=7.41193;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:48,2:48:1726:2:71:0,-8.31042,-148.852 0/1:93:63,30:63:2311:30:1119:-73.0116,0,-180.218 dDocent_Contig_2066 98 . N A 228.791 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:6:0,6:0:0:6:208:-19.0596,-1.80618,0 dDocent_Contig_2067 10 . A T 317.016 . AB=0.151515;ABP=142.248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.839286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=799;QR=4524;RO=112;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=246.215;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:65,10:65:2628:10:399:-13.6894,0,-214.062 0/1:57:47,10:47:1896:10:400:-19.2007,0,-153.681 dDocent_Contig_2069 198 . T A 219.848 . AB=0.229167;ABP=33.5919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=410;QR=1394;RO=37;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1087:8:297:-15.9455,0,-86.9947 0/1:11:8,3:8:307:3:113:-7.22764,0,-24.6804 dDocent_Contig_2070 111 . C T 143.379 . AB=0.388889;ABP=4.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.947368;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=1023;RO=30;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:11,7:11:380:7:221:-14.7816,0,-29.1141 0/0:19:19,0:19:643:0:0:0,-5.71957,-58.1883 dDocent_Contig_2073 42 . A G 332.132 . AB=0.134884;ABP=251.962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=506;DPB=506;DPRA=0.738832;EPP=65.983;EPPR=1038.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1090;QR=18852;RO=477;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=1038.8;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=477;SRP=1038.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:215:186,29:186:7412:29:1090:-33.6569,0,-601.986 0/0:291:291,0:291:11440:0:0:0,-87.5997,-1028.86 dDocent_Contig_2074 15 . T C 391.494 . AB=0.368421;ABP=8.7247;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=952;RO=24;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=55.1256;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:630:7:284:-19.0101,0,-50.1066 0/1:15:8,7:8:322:7:283:-21.3277,0,-24.8318 dDocent_Contig_2075 98 . N G 39.1313 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2076 147 . G A 36.0622 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=709;RO=22;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=50.7827;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,3:9:304:3:82:-4.03834,0,-24.0761 0/0:15:13,2:13:405:2:42:0,-0.526754,-32.762 dDocent_Contig_2077 142 . A T 282.097 . AB=0.319149;ABP=16.3625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=477;QR=1012;RO=32;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=72.4974;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:494:6:182:-10.0563,0,-38.1273 0/1:25:16,9:16:518:9:295:-19.3418,0,-39.402 dDocent_Contig_2078 12 . G A 105.292 . AB=0.14;ABP=59.2949;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.837838;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=336;QR=2944;RO=74;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=163.699;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:43,7:43:1723:7:285:-10.9729,0,-140.238 0/0:33:31,2:31:1221:2:51:0,-5.09415,-105.32 dDocent_Contig_2079 137 . A G 140.626 . AB=0.204545;ABP=36.372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.897059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=2304;RO=68;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=150.67;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1128:2:69:0,-3.98339,-95.2739 0/1:44:35,9:35:1176:9:308:-14.8073,0,-92.8937 dDocent_Contig_2080 8 . C T 1836.16 . AB=0.180385;ABP=509.656;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=571;DPB=571;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=1019.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3958;QR=17982;RO=468;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=1019.26;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=468;SRP=1019.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:249:217,32:217:8364:32:1226:-35.6767,0,-677.562 0/1:322:251,71:251:9618:71:2732:-149.128,0,-768.363 dDocent_Contig_2081 97 . T C 1500.84 . AB=0.291667;ABP=102.536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=579;DPB=579;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=1025.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3587;QR=16233;RO=471;RPL=108;RPP=237.529;RPPR=1025.77;RPR=0;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=471;SRP=1025.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:315:284,31:284:9799:31:1031:0,-1.73091,-788.835 0/1:264:187,77:187:6434:77:2556:-150.828,0,-499.72 dDocent_Contig_2082 26 . C T 684.077 . AB=0.213115;ABP=46.6177;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=1M1X8M;DP=61;DPB=56.2;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.791667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=528;QR=960;RO=24;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=55.1256;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:13,10,5:13:523:10,5:395,203:-28.583,0,-40.0895,-15.7505,-26.3566,-57.3519 0|0:33:11,14,8:11:437:14,8:540,325:-41.0132,0,-31.7577,-17.5115,-9.16272,-51.0855 dDocent_Contig_2083 23 . T C 3453.61 . AB=0.662651;ABP=41.155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.982143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4402;QR=2252;RO=56;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=124.613;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:27,46:27:1073:46:1825:-142.488,0,-74.8828 0/1:93:29,64:29:1179:64:2577:-204.062,0,-78.3873 dDocent_Contig_2084 55 . A T 111.146 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.95;EPP=13.8677;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=1338;RO=34;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:540:5:188:-11.5583,0,-43.2176 0/0:20:20,0:20:798:0:0:0,-6.0206,-72.1362 dDocent_Contig_2085 16 . G A 3227.21 . AB=0.548223;ABP=6.9895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4254;QR=3482;RO=89;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=196.271;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:50,50:50:1945:50:1966:-147.032,0,-145.146 0/1:97:39,58:39:1537:58:2288:-176.877,0,-109.369 dDocent_Contig_2086 20 . C T 60.7718 . AB=0.128205;ABP=49.8362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0.696429;EPP=13.8677;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=3654;RO=90;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=198.443;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2277:0:0:0,-16.8577,-205.079 0/1:39:34,5:34:1377:5:202:-6.82191,0,-112.436 dDocent_Contig_2087 1 . N G 149.718 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:162:-14.967,-1.20412,0 dDocent_Contig_2088 179 . T C 313.212 . AB=0.44;ABP=3.79203;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=1.25;EPP=26.8965;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.676471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=1349;RO=34;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:790:0:0:0,-6.0206,-71.4172 0/1:25:14,11:14:559:11:436:-32.0659,0,-43.125 dDocent_Contig_2089 30 . G C 1911.29 . AB=0.327935;ABP=66.5281;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=96;CIGAR=1M1I6M1X7M1X;DP=430;DPB=436;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=695.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3465;QR=12318;RO=319;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=695.71;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=319;SRP=695.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:183:163,15:163:6276:15:538:0,-5.17815,-515.984 0|1:247:156,81:156:6042:81:2927:-191.874,0,-471.927 dDocent_Contig_2090 77 . G A 493.316 . AB=0.17619;ABP=194.265;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.891892;PAIREDR=0.942197;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1254;QR=5911;RO=173;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:98,11:98:3349:11:364:-0.266676,0,-268.828 0/1:101:75,26:75:2562:26:890:-50.0095,0,-200.434 dDocent_Contig_2091 98 . N G 34638.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1040;CIGAR=1X;DP=1040;DPB=1040;DPRA=0;EPP=2261.34;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9962;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38502;QR=0;RO=0;RPL=1040;RPP=2261.34;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1040;SAP=2261.34;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:586:0,586:0:0:586:21717:-1953.56,-176.404,0 1/1:454:0,454:0:0:454:16785:-1509.96,-136.668,0 dDocent_Contig_2094 31 . C T 98.8975 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1376;RO=34;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=76.8404;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,1:23:931:1:41:0,-3.13015,-79.9976 0/1:15:11,4:11:445:4:164:-10.6344,0,-35.8903 dDocent_Contig_2095 98 . N C 154.533 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:168:-15.4509,-1.50515,0 dDocent_Contig_2097 19 . T C 18855.2 . AB=0.0813397;ABP=1275.76;AC=0;AF=0;AN=4;AO=68;CIGAR=1M2D8M1X6M;DP=836;DPB=788.333;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.970588;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2435;QR=1333;RO=35;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=79.0118;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:453:19,0,36,328,42:19:715:0,36,328,42:0,1256,12290,1574:-1071.21,-1076.93,-1135.51,-974.792,-1033.37,-1022.53,-70.3435,-128.925,-26.7885,-30.1872,-948.013,-1006.59,-904.452,0,-993.949 0|0:383:16,31,32,251,36:16:618:31,32,251,36:1139,1179,9355,1291:-815.495,-727.199,-768.624,-723.899,-681.544,-765.024,-54.5178,-12.1642,-8.86461,-29.7186,-715.032,-672.677,-669.378,0,-754.952 dDocent_Contig_2098 122 . T G 150.207 . AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=259;QR=676;RO=19;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=44.2683;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:356:3:111:-6.44053,0,-28.4681 0/1:13:9,4:9:320:4:148:-9.76858,0,-25.2292 dDocent_Contig_2100 19 . T C 79.7872 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=11M1X1M;DP=49;DPB=48.6923;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=1569;RO=40;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=89.8692;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:26,0,2,2:26:1021:0,2,2:0,50,71:0,-7.82678,-91.8602,-3.98305,-87.9763,-87.3742,-2.02182,-86.0778,-82.1947,-85.4758 0|0:18:14,4,0,0:14:548:4,0,0:153,0,0:-8.72307,0,-44.2461,-12.9375,-45.4503,-58.0036,-12.9375,-45.4503,-58.0036,-58.0036 dDocent_Contig_2101 19 . T C 114.981 . AB=0.125;ABP=22.5536;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M1D9M1X1M;DP=24;DPB=23.4615;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=669;RO=17;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=39.9253;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:8:8,0,0:8:319:0,0:0,0:0,-2.40824,-29.078,-2.40824,-29.078,-29.078 0|0:16:9,2,5:9:350:2,5:74,183:-12.2426,-8.89666,-37.0709,0,-22.7264,-27.2719 dDocent_Contig_2102 57 . T A 40903.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1221;CIGAR=1X;DP=1263;DPB=1263;DPRA=0;EPP=2654.38;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995905;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47115;QR=1627;RO=42;RPL=1221;RPP=2654.38;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=1221;SAP=2654.38;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:708:36,672:36:1397:672:26009:-2212.96,-87.1441,0 1/1:555:6,549:6:230:549:21106:-1877.05,-146.01,0 dDocent_Contig_2103 51 . A T 208.033 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.93617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=1840;RO=47;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:23,3:23:906:3:121:-3.45342,0,-74.0247 0|1:32:24,8:24:934:8:309:-18.5379,0,-74.739 dDocent_Contig_2105 26 . G A 655.342 . AB=0.369231;ABP=12.665;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.878049;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=951;QR=1651;RO=41;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=92.0407;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:10,10:10:406:10:395:-29.8878,0,-30.88 0/1:45:31,14:31:1245:14:556:-36.8348,0,-98.7752 dDocent_Contig_2106 7 . C T 9190.42 . AB=0.38796;ABP=100.814;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=348;CIGAR=1X;DP=897;DPB=897;DPRA=0;EPP=758.683;EPPR=1192.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13228;QR=21124;RO=548;RPL=0;RPP=758.683;RPPR=1192.98;RPR=348;RUN=1;SAF=348;SAP=758.683;SAR=0;SRF=548;SRP=1192.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:507:287,219:287:11048:219:8306:-594.626,0,-841.171 0/1:390:261,129:261:10076:129:4922:-325.604,0,-789.069 dDocent_Contig_2108 18 . T G 3964.81 . AB=0.524038;ABP=4.05428;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X3M1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.981651;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4308;QR=2059;RO=52;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=115.927;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:118:38,66,13:38:1498:66,13:2590,519:-201.547,0,-103.369,-170.244,-80.4952,-289.571 1|0:90:14,43,33:14:561:43,33:1718,1279:-196.123,-58.8232,-92.1012,-95.2876,0,-131.572 dDocent_Contig_2109 11 . T C 3706.53 . AB=0.661111;ABP=43.5927;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991597;PAIREDR=0.983607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4730;QR=2405;RO=61;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=135.47;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:28,81:28:1099:81:3216:-256.705,0,-66.391 0/1:71:33,38:33:1306:38:1514:-115.136,0,-96.4389 dDocent_Contig_2110 98 . N G 75.3678 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:5:-0.499999,-0.30103,0 dDocent_Contig_2112 172 . A C 364.847 . AB=0.197917;ABP=79.1023;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.894737;PAIREDR=0.74026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=732;QR=3079;RO=77;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:35,10:35:1401:10:384:-21.3566,0,-112.797 0/1:51:42,9:42:1678:9:348:-16.3165,0,-135.885 dDocent_Contig_2113 138 . A T 8325.42 . AB=0.264861;ABP=641.258;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=352;CIGAR=1X;DP=1329;DPB=1329;DPRA=0;EPP=767.369;EPPR=2122.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13716;QR=36456;RO=976;RPL=0;RPP=767.369;RPPR=2122.37;RPR=352;RUN=1;SAF=0;SAP=767.369;SAR=352;SRF=0;SRP=2122.37;SRR=976;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:686:475,211:475:17671:211:8263:-536.76,0,-1382.95 0/1:643:501,141:501:18785:141:5453:-296.971,0,-1495.97 dDocent_Contig_2114 8 . G A 1686.03 . AB=0.21447;ABP=277.059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=734;DPB=734;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=1390.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.915789;PAIREDR=0.909233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3629;QR=24497;RO=639;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=1390.58;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=639;SRP=1390.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:387:304,83:304:11646:83:3171:-169.047,0,-931.173 0/0:347:335,12:335:12851:12:458:0,-62.8882,-1114.47 dDocent_Contig_2115 11 . T C 39958.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1211;CIGAR=1X;DP=1305;DPB=1305;DPRA=0;EPP=2632.66;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995045;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48161;QR=3716;RO=94;RPL=0;RPP=2632.66;RPPR=207.129;RPR=1211;RUN=1;SAF=1211;SAP=2632.66;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:672:54,618:54:2122:618:24609:-2021.53,-11.1189,0 1/1:633:40,593:40:1594:593:23552:-1974.01,-46.8511,0 dDocent_Contig_2116 12 . G A 33281.6 . AB=0.720327;ABP=621.148;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1056;CIGAR=1X;DP=1466;DPB=1466;DPRA=0;EPP=2296.09;EPPR=893.314;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.91;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41956;QR=16300;RO=410;RPL=0;RPP=2296.09;RPPR=893.314;RPR=1056;RUN=1;SAF=1056;SAP=2296.09;SAR=0;SRF=410;SRP=893.314;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:704:157,547:157:6238:547:21706:-1739.38,0,-349.261 0/1:762:253,509:253:10062:509:20250:-1589.96,0,-675.539 dDocent_Contig_2117 1 . N G 77.0485 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_2118 68 . A G 1134.14 . AB=0.385321;ABP=15.4614;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.738095;PAIREDR=0.61194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1631;QR=2589;RO=67;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:18,16:18:699:16:626:-46.4387,0,-53.0029 0/1:75:49,26:49:1890:26:1005:-68.1634,0,-147.744 dDocent_Contig_2119 17 . A G 88.4821 . AB=0.294118;ABP=9.26925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.8333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=1242;RO=32;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=72.4974;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:779:1:39:0,-2.42507,-66.5336 0/1:17:12,5:12:463:5:190:-9.59279,0,-36.8967 dDocent_Contig_2120 25 . G A 697.348 . AB=0.444444;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=1.92857;EPP=55.1256;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.9474;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.719298;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=2266;RO=57;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=126.784;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:30,24:30:1198:24:957:-70.1785,0,-91.5004 0/0:28:27,0:27:1068:0:0:0,-8.12781,-96.0036 dDocent_Contig_2121 17 . G A 6639.95 . AB=0.33782;ABP=172.756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=251;CIGAR=1X;DP=743;DPB=743;DPRA=0;EPP=548.05;EPPR=1071.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995935;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9878;QR=19643;RO=492;RPL=0;RPP=548.05;RPPR=1071.37;RPR=251;RUN=1;SAF=251;SAP=548.05;SAR=0;SRF=492;SRP=1071.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:376:293,83:293:11735:83:3259:-180.205,0,-942.123 0/1:367:199,168:199:7908:168:6619:-484.978,0,-600.833 dDocent_Contig_2122 54 . C T 2389.94 . AB=0.327338;ABP=74.997;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=278;DPB=278;DPRA=0;EPP=151.935;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.538462;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3595;QR=7303;RO=186;RPL=88;RPP=175.416;RPPR=406.904;RPR=3;RUN=1;SAF=82;SAP=130.173;SAR=9;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:145:102,42:102:3984:42:1675:-107.219,0,-314.789 0/1:133:84,49:84:3319:49:1920:-132.964,0,-258.741 dDocent_Contig_2123 27 . C A 3974.79 . AB=0.453988;ABP=6.00773;AC=4;AF=1;AN=4;AO=74;CIGAR=1X4M;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2973;QR=794;RO=20;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=46.4397;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:88:13,25,50:13:518:25,50:1001,2008:-201.355,-122.805,-157.933,-39.8113,0,-67.4139 1|1:75:7,43,24:7:276:43,24:1730,965:-197.312,-56.8373,-66.5994,-119.896,0,-135.377 dDocent_Contig_2125 73 . C A 2595.29 . AB=0.1643;ABP=485.584;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=2M1X;DP=493;DPB=454.667;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=643.595;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.901235;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3124;QR=11379;RO=295;RPL=81;RPP=178.9;RPPR=643.595;RPR=0;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=295;SRP=643.595;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:263:193,35,34:193:7395:35,34:1316,1322:-50.5396,-0.828556,-597.146,0,-499.05,-596.629 0|1:230:102,80,47:102:3984:80,47:2946,1802:-210.147,0,-303.446,-92.9616,-179.646,-406.349 dDocent_Contig_2127 21 . C A 10499.3 . AB=0.0520134;ABP=2080.89;AC=0;AF=0;AN=4;AO=62;CIGAR=3M1D6M1X;DP=1192;DPB=973.545;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=756.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=19.5;MQM=59.7258;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=2.25;PQA=90.75;PQR=0;PRO=0;QA=2358;QR=13720;RO=347;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=756.511;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=347;SRP=756.511;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:599:215,32,12,1,35,214,50:215:8510:32,12,1,35,214,50:1259,471,41,1388,8222,1983:-610.05,-571.216,-1261.98,-636.04,-1232.88,-1332.82,-671.388,-1268.23,-1333.05,-1371.48,-560.532,-1157.37,-1222.2,-1257.54,-1250.39,0,-596.838,-661.661,-697.009,-586.154,-635.973,-511.545,-1108.39,-1173.21,-1208.56,-1097.7,-537.168,-1196.89 0|0:593:132,0,39,61,93,150,29:132:5210:0,39,61,93,150,29:0,1561,2317,3614,5850,1165:-441.07,-480.806,-909.491,-352.212,-780.898,-769.157,-291.029,-719.714,-591.121,-701.351,-183.99,-612.675,-484.082,-422.899,-584.679,0,-428.686,-300.092,-238.909,-131.87,-383.531,-384.805,-813.491,-684.897,-623.714,-516.675,-332.685,-804.761 dDocent_Contig_2128 8 . G T 5228.51 . AB=0.0555556;ABP=126.543;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1624;RO=43;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:148:36,0,112:36:1360:0,112:0,4205:-333.992,-344.829,-456.302,0,-111.85,-78.1343 0|0:72:7,4,61:7:264:4,61:155,2341:-190.046,-179.419,-199.85,0,-8.89169,-3.26674 dDocent_Contig_2131 186 . G A 663.457 . AB=0.205298;ABP=116.919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=13.4334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1248;QR=4484;RO=120;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=13.4334;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=263.587;SRR=120;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:82,16:82:3082:16:649:-29.2411,0,-248.005 0/1:53:38,15:38:1402:15:599:-38.2931,0,-110.505 dDocent_Contig_2132 98 . N C 387.515 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=422;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:336:-30.4937,-3.91339,0 1/1:4:0,4:0:0:4:86:-7.95433,-1.20412,0 dDocent_Contig_2133 65 . A T 151.424 . AB=0.125;ABP=139.813;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=2;EPP=33.4109;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=6088;RO=154;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=337.417;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:98,14:98:3868:14:544:-15.5861,0,-314.44 0/0:56:56,0:56:2220:0:0:0,-16.8577,-199.982 dDocent_Contig_2134 98 . N T 114.648 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:99:-9.23746,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:19:-1.89997,-0.30103,0 dDocent_Contig_2136 98 . N T 212.316 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:35:-3.32495,-0.60206,0 1/1:6:0,6:0:0:6:192:-17.5953,-1.80618,0 dDocent_Contig_2137 107 . N C 157.292 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=171;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:171:-15.7267,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2139 46 . T C 11334.4 . AB=0.84153;ABP=188.416;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=347;CIGAR=1X;DP=386;DPB=386;DPRA=0;EPP=756.511;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13621;QR=1559;RO=39;RPL=0;RPP=756.511;RPPR=87.6977;RPR=347;RUN=1;SAF=347;SAP=756.511;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:203:10,193:10:400:193:7570:-644.598,-24.7519,0 0/1:183:29,154:29:1159:154:6051:-489.29,0,-49.4985 dDocent_Contig_2140 110 . A C 477.49 . AB=0.264706;ABP=52.06;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=878;QR=2555;RO=75;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=165.871;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:39,11:39:1324:11:347:-16.485,0,-104.404 0/1:52:36,16:36:1231:16:531:-32.4524,0,-95.4394 dDocent_Contig_2141 98 . N T 33.4418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:35:-3.32487,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2143 114 . T C 663.776 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=890;QR=895;RO=22;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:10,11:10:405:11:445:-34.0839,0,-30.4886 0/1:23:12,11:12:490:11:445:-33.4822,0,-37.5274 dDocent_Contig_2145 98 . N A 111.486 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41407,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41438,-0.60206,0 dDocent_Contig_2146 7 . C T 15942.4 . AB=0.605531;ABP=69.4662;AC=4;AF=1;AN=4;AO=416;CIGAR=1X4M;DP=687;DPB=687;DPRA=0;EPP=906.343;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.997596;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15722;QR=2288;RO=60;RPL=0;RPP=906.343;RPPR=133.299;RPR=416;RUN=1;SAF=416;SAP=906.343;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:343:13,19,96,213:13:504:19,96,213:728,3672,8030:-914.032,-858.196,-893.885,-616.623,-598.282,-629.133,-259.913,-241.573,0,-237.202 1|1:344:47,14,68,203:47:1784:14,68,203:542,2576,7692:-681.394,-651.017,-793.089,-484.348,-586.11,-610.165,-64.9075,-166.668,0,-150.085 dDocent_Contig_2148 107 . N C 154.272 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:97:-9.05117,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:65:-6.06534,-0.90309,0 dDocent_Contig_2149 38 . A G 171.373 . AB=0.210526;ABP=30.668;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=1177;RO=30;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=68.1545;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:13,6:13:521:6:241:-16.3467,0,-41.5184 0/1:19:17,2:17:656:2:81:-1.96616,0,-53.6484 dDocent_Contig_2151 8 . C G 18260.9 . AB=0.709427;ABP=395.017;AC=4;AF=1;AN=4;AO=730;CIGAR=1X2M;DP=1029;DPB=1029;DPRA=0;EPP=1588.19;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=31.8315;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.924658;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22184;QR=2547;RO=66;RPL=0;RPP=1588.19;RPPR=146.327;RPR=730;RUN=1;SAF=730;SAP=1588.19;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:589:43,119,413:43:1660:119,413:4538,12321:-986.692,-748.561,-849.079,-114.664,0,-126.699 1|1:440:23,96,317:23:887:96,317:3660,9863:-840.584,-646.967,-690.914,-127.607,0,-105.042 dDocent_Contig_2152 7 . T G 69.2685 . AB=0.134831;ABP=106.094;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=2901;RO=77;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=170.214;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:991:6:165:-5.48233,0,-79.867 0/1:57:51,6:51:1910:6:216:-2.63012,0,-154.977 dDocent_Contig_2153 93 . G A 53.044 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=3773;RO=112;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=246.215;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:66,9:66:2223:9:311:-5.74809,0,-177.763 0/0:48:46,2:46:1550:2:70:0,-7.80204,-133.143 dDocent_Contig_2154 21 . C G 261.301 . AB=0.185185;ABP=72.7387;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.269663;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=799;QR=7054;RO=178;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=389.532;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:118:112,6:112:4432:6:233:0,-14.1825,-377.488 0/1:81:66,15:66:2622:15:566:-26.8748,0,-211.724 dDocent_Contig_2155 40 . G A 7070.84 . AB=0.248227;ABP=701.716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=315;CIGAR=1X;DP=1269;DPB=1269;DPRA=0;EPP=687.024;EPPR=2074.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998952;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12117;QR=37113;RO=954;RPL=0;RPP=687.024;RPPR=2074.59;RPR=315;RUN=1;SAF=315;SAP=687.024;SAR=0;SRF=954;SRP=2074.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:804:547,257:547:21250:257:9898:-648.337,0,-1669.02 0/1:465:407,58:407:15863:58:2219:-59.9353,0,-1286.66 dDocent_Contig_2157 19 . G C 275.761 . AB=0.547945;ABP=4.46786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X3M1I5M;DP=73;DPB=77.7778;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=16.85;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=674;QR=1109;RO=29;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=65.983;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:19,21,1:19:722:21,1:357,37:-14.254,0,-52.8741,-16.9371,-56.1692,-75.9461 0|1:31:10,19,2:10:387:19,2:317,78:-14.5105,0,-26.0654,-11.0852,-25.3728,-42.3566 dDocent_Contig_2159 107 . N T 97.1275 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_2160 98 . N A 1811.47 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2003;QR=0;RO=0;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:41:0,41:0:0:41:1289:-116.294,-12.3422,0 1/1:23:0,23:0:0:23:714:-64.5518,-6.92369,0 dDocent_Contig_2161 27 . G A 194.212 . AB=0.141414;ABP=113.58;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=3254;RO=85;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=187.585;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:40,8:40:1526:8:322:-14.8978,0,-123.134 0/1:51:45,6:45:1728:6:230:-5.7118,0,-140.405 dDocent_Contig_2162 18 . T C 17906 . AB=0.655172;ABP=184.965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=570;CIGAR=1X;DP=870;DPB=870;DPRA=0;EPP=1240.75;EPPR=652.281;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22835;QR=11879;RO=299;RPL=0;RPP=1240.75;RPPR=652.281;RPR=570;RUN=1;SAF=570;SAP=1240.75;SAR=0;SRF=299;SRP=652.281;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:411:129,281:129:5122:281:11328:-895.152,0,-337.315 0/1:459:170,289:170:6757:289:11507:-896.641,0,-469.656 dDocent_Contig_2163 7 . T A 549.938 . AB=0.310811;ABP=26.0162;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.478261;PAIREDR=0.588235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=864;QR=1908;RO=51;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=113.755;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:31,15:31:1138:15:554:-36.3474,0,-88.8636 0/1:28:20,8:20:770:8:310:-19.8349,0,-61.1973 dDocent_Contig_2164 166 . A G 314.459 . AB=0.168224;ABP=105.313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=2.60976;EPP=42.0968;EPPR=268.197;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=712;QR=5165;RO=130;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=268.197;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=285.302;SRR=130;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:41,0:41:1649:0:0:0,-12.3422,-148.633 0/1:107:89,18:89:3516:18:712:-32.1907,0,-284.267 dDocent_Contig_2165 24 . T C 197.595 . AB=0.14;ABP=115.579;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.651163;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=3442;RO=86;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=189.757;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:46,5:46:1827:5:197:-2.75275,0,-149.286 0/1:49:40,9:40:1615:9:362:-18.193,0,-130.824 dDocent_Contig_2166 11 . C A 109.489 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.791667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1880;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:670:5:196:-11.3926,0,-54.0048 0/0:32:31,1:31:1210:1:38:0,-5.83569,-105.377 dDocent_Contig_2167 39 . T C 6779.2 . AB=0.811538;ABP=222.195;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=211;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=461.191;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.943128;PAIREDR=0.816327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8416;QR=1961;RO=49;RPL=0;RPP=461.191;RPPR=109.412;RPR=211;RUN=1;SAF=211;SAP=461.191;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:23,105:23:924:105:4190:-338.541,0,-44.9334 0/1:132:26,106:26:1037:106:4226:-340.567,0,-53.8849 dDocent_Contig_2168 81 . G A 36.1258 . 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A G 237.139 . AB=0.154639;ABP=103.502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987805;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=3287;RO=82;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=181.071;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1325:7:281:-13.621,0,-107.471 0/1:57:49,8:49:1962:8:312:-11.2814,0,-159.611 dDocent_Contig_2174 74 . A T 72.5443 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0.626506;EPP=20.3821;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.4488;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.929134;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=4576;RO=127;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=278.787;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:44,8:44:1589:8:256:-7.69813,0,-123.777 0/0:83:83,0:83:2987:0:0:0,-24.9855,-263.326 dDocent_Contig_2177 63 . A T 299.669 . AB=0.34375;ABP=9.79615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0.666667;EPP=26.8965;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=2729;RO=69;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:815:11:441:-30.4106,0,-64.0311 0/0:48:48,0:48:1914:0:0:0,-14.4494,-172.464 dDocent_Contig_2181 115 . G C 1415.5 . 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AB=0.181818;ABP=41.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=1.46667;EPP=20.3821;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=2609;RO=66;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=146.327;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,8:36:1424:8:320:-15.9208,0,-115.167 0/0:30:30,0:30:1185:0:0:0,-9.0309,-106.929 dDocent_Contig_2183 97 . G T 84.287 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=2852;RO=84;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:37,7:37:1254:7:242:-8.87239,0,-99.9145 0/0:48:47,1:47:1598:1:34:0,-11.0505,-140.711 dDocent_Contig_2184 18 . T A 132.033 . AB=0.138462;ABP=76.807;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=2.6;EPP=22.5536;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=3274;RO=81;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=178.9;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:56,9:56:2261:9:365:-13.647,0,-184.079 0/0:25:25,0:25:1013:0:0:0,-7.52575,-91.4637 dDocent_Contig_2185 38 . A G 1011.7 . AB=0.314516;ABP=40.0654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.564103;PAIREDR=0.670588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1545;QR=3322;RO=85;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=187.585;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:45,16:45:1761:16:636:-39.2089,0,-140.353 0/1:63:40,23:40:1561:23:909:-63.1499,0,-121.771 dDocent_Contig_2187 13 . C T 1207.9 . AB=0.436709;ABP=8.5077;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X1M1X1M1X1M1X3M2X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=35.3478;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.42029;PAIREDR=0.560976;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2635;QR=3247;RO=82;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=181.071;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:79:45,32:45:1775:32:1235:-62.2783,0,-136.605 0|1:79:37,37:37:1472:37:1400:-59.6998,0,-110.094 dDocent_Contig_2188 15 . G A 971.388 . AB=0.673913;ABP=15.095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.903226;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1239;QR=604;RO=15;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=35.5824;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:9,12:9:359:12:478:-37.0422,0,-26.3513 0/1:25:6,19:6:245:19:761:-61.285,0,-14.9037 dDocent_Contig_2189 21 . T G 57.7215 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=219;QR=1942;RO=52;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=115.927;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1086:5:179:-6.21582,0,-87.8068 0/0:24:23,1:23:856:1:40:0,-3.22904,-73.3628 dDocent_Contig_2190 70 . G A 222.389 . AB=0.129252;ABP=178.515;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.515625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=744;QR=5095;RO=128;RPL=8;RPP=4.03889;RPPR=9.79615;RPR=11;RUN=1;SAF=8;SAP=4.03889;SAR=11;SRF=74;SRP=9.79615;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:62:56,6:56:2231:6:235:-2.85496,0,-182.303 0|1:85:72,13:72:2864:13:509:-20.5707,0,-232.278 dDocent_Contig_2191 62 . T A 287.811 . AB=0.25;ABP=29.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=1421;RO=36;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:22,2:22:863:2:82:-0.554958,0,-70.7551 0/1:24:14,10:14:558:10:403:-29.4042,0,-43.338 dDocent_Contig_2192 31 . G A 41.3111 . AB=0.0868597;ABP=668.675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=992;DPB=992;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=2031.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.948276;PAIREDR=0.964668;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2318;QR=37462;RO=934;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=2031.17;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=934;SRP=2031.17;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:449:410,39:410:16484:39:1550:-4.57477,0,-1347.05 0/0:543:524,19:524:20978:19:768:0,-94.0188,-1816.77 dDocent_Contig_2193 137 . A T 305.227 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.6;EPP=29.068;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=986;RO=27;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=61.6401;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:556:0:0:0,-4.51545,-50.3776 0/1:24:12,12:12:430:12:424:-31.2674,0,-31.8116 dDocent_Contig_2194 47 . G A 744.318 . AB=0.190955;ABP=168.097;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1M1I1M1X1M1X1M3X1M1X;DP=311;DPB=314.455;DPRA=1.77679;EPP=85.5263;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1494;QR=10570;RO=269;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=587.136;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:112:110,0:110:4306:0:0:0,-33.1133,-387.277 0|1:199:159,38:159:6264:38:1494:-75.1765,0,-504.052 dDocent_Contig_2195 32 . T A 3010.9 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=738;CIGAR=1X;DP=759;DPB=759;DPRA=0;EPP=1605.56;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99729;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29165;QR=842;RO=21;RPL=0;RPP=1605.56;RPPR=48.6112;RPR=738;RUN=1;SAF=738;SAP=1605.56;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:403:11,392:11:437:392:15474:-1351.79,-81.6317,0 1/1:356:10,346:10:405:346:13691:-1194.38,-70.3566,0 dDocent_Contig_2198 39 . T C 233.305 . 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AB=0.162162;ABP=76.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=1.08824;EPP=29.068;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.906977;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=4926;RO=129;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=283.13;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:68,0:68:2590:0:0:0,-20.47,-233.293 0/1:74:61,12:61:2336:12:465:-19.8372,0,-188.09 dDocent_Contig_2201 7 . A T 1115.08 . AB=0.361345;ABP=22.882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.881579;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1643;QR=2877;RO=76;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=168.042;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:34,28:34:1280:28:1062:-77.2225,0,-96.8274 0/1:57:42,15:42:1597:15:581:-35.4742,0,-126.841 dDocent_Contig_2202 97 . T G 595.816 . AB=0.727273;ABP=17.8158;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.83333;EPP=55.1256;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=774;QR=885;RO=27;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:9,24:9:289:24:774:-60.0253,0,-16.3901 0/0:18:18,0:18:596:0:0:0,-5.41854,-53.9521 dDocent_Contig_2204 8 . A G 10159.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=309;CIGAR=1X;DP=323;DPB=323;DPRA=0;EPP=673.995;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993528;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11836;QR=542;RO=14;RPL=0;RPP=673.995;RPPR=33.4109;RPR=309;RUN=1;SAF=309;SAP=673.995;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:172:9,163:9:347:163:6220:-528.155,-20.1873,0 1/1:151:5,146:5:195:146:5616:-487.486,-27.5313,0 dDocent_Contig_2205 153 . A G 1414.66 . AB=0.505155;ABP=3.03269;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1903;QR=1871;RO=48;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=107.241;RPR=49;RUN=1;SAF=0;SAP=109.412;SAR=49;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:19,15:19:719:15:568:-41.2078,0,-54.7871 0/1:63:29,34:29:1152:34:1335:-101.446,0,-84.9984 dDocent_Contig_2206 74 . C T 687.932 . AB=0.18593;ABP=173.509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.675676;PAIREDR=0.765432;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1436;QR=6401;RO=162;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=354.789;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:79,26:79:3108:26:1020:-60.4921,0,-248.207 0/1:94:83,11:83:3293:11:416:-9.48952,0,-268.151 dDocent_Contig_2207 9 . T G 708.157 . AB=0.275229;ABP=50.8425;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1157;QR=2870;RO=79;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=174.557;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:35,8:35:1257:8:311:-15.41,0,-100.474 0/1:66:44,22:44:1613:22:846:-56.5941,0,-125.576 dDocent_Contig_2208 107 . N T 46.7451 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,3:0:0:3:51:-4.66484,-0.90309,0 dDocent_Contig_2209 7 . T C 690.518 . 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AB=0.414634;ABP=15.9862;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=325;DPB=325;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995708;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3035;QR=7947;RO=233;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=508.963;RPR=91;RUN=1;SAF=0;SAP=200.614;SAR=91;SRF=0;SRP=508.963;SRR=233;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:120:114,6:114:3913:6:203:0,-17.5211,-333.781 0/1:205:119,85:119:4034:85:2832:-193.642,0,-301.785 dDocent_Contig_2212 7 . T A 23929.7 . AB=0.68838;ABP=353.168;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=782;CIGAR=1X2M1X;DP=1136;DPB=1136;DPRA=0;EPP=1701.1;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=59.7519;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.98977;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30009;QR=8447;RO=220;RPL=0;RPP=1701.1;RPPR=480.734;RPR=782;RUN=1;SAF=782;SAP=1701.1;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:544:94,390,54:94:3618:390,54:14958,2068:-1197.34,0,-179.656,-1055.92,-127.345,-1336.72 0|1:592:126,392,59:126:4829:392,59:15051,2246:-1196.82,0,-278.327,-1050.54,-212.114,-1429.11 dDocent_Contig_2213 7 . T C 134.36 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=1114;RO=29;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=65.983;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:766:6:234:-13.6043,0,-61.4413 0/1:10:9,1:9:348:1:39:-0.886264,0,-28.6701 dDocent_Contig_2214 133 . C T 2760.73 . AB=0.703125;ABP=48.8827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.911111;PAIREDR=0.815789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3504;QR=1523;RO=38;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=85.5263;RPR=90;RUN=1;SAF=0;SAP=198.443;SAR=90;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:13,69:13:524:69:2694:-217.901,0,-22.8219 0/1:46:25,21:25:999:21:810:-59.3607,0,-76.3584 dDocent_Contig_2215 98 . N A 1084.68 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1195;QR=0;RO=0;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:27:0,27:0:0:27:862:-77.8734,-8.12781,0 1/1:10:0,10:0:0:10:333:-30.2935,-3.0103,0 dDocent_Contig_2216 31 . C G 249.106 . AB=0.152381;ABP=113.218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5625;PAIREDR=0.613636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=3539;RO=88;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=194.1;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:39,4:39:1559:4:162:-2.02267,0,-127.604 0/1:62:49,12:49:1980:12:471:-24.065,0,-159.722 dDocent_Contig_2217 26 . T G 318.492 . AB=0.128571;ABP=254.653;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1852;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1062;QR=7313;RO=183;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=400.39;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:162:148,14:148:5909:14:565:-2.42491,0,-482.823 0/1:48:35,13:35:1404:13:497:-30.6082,0,-112.165 dDocent_Contig_2218 10 . G T 206.908 . AB=0.211538;ABP=40.5935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.536585;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=1578;RO=41;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=92.0407;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:21,3:21:816:3:118:-3.77779,0,-66.5382 0/1:28:20,8:20:762:8:291:-18.1013,0,-60.4772 dDocent_Contig_2219 23 . T G 604.941 . AB=0.606061;ABP=6.23461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=498;RO=13;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=31.2394;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:273:4:150:-10.5536,0,-21.6244 0/1:22:6,16:6:225:16:638:-51.1289,0,-13.9838 dDocent_Contig_2221 27 . G T 294.024 . AB=0.333333;ABP=12.42;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.1538;MQMR=55.4615;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.615385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=986;RO=26;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=59.4686;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:13,10:13:494:10:372:-25.2403,0,-37.8803 0|1:16:13,3:13:492:3:109:-5.35046,0,-35.0734 dDocent_Contig_2222 27 . T G 542.208 . AB=0.423077;ABP=7.01917;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27.3636;MQMR=53.9556;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1174;QR=1687;RO=45;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=100.727;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:26,24:26:978:24:863:-43.4753,0,-69.0094 0/1:28:19,9:19:709:9:311:-11.9339,0,-53.2447 dDocent_Contig_2223 22 . T G 590.365 . AB=0.152941;ABP=269.795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=255;DPB=255;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990741;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1515;QR=8091;RO=216;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=472.048;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=216;SRP=472.048;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:89,23:89:3300:23:896:-47.2302,0,-263.414 0/1:143:127,16:127:4791:16:619:-12.9947,0,-388.149 dDocent_Contig_2224 98 . N T 80.1375 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:37:-3.51483,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17869,-0.60206,0 dDocent_Contig_2226 209 . N G 261.891 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:157:-14.5083,-1.20412,0 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 dDocent_Contig_2227 9 . T G 310.252 . AB=0.197674;ABP=71.2854;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=371;DPB=371;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=760.854;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7273;MQMR=59.9943;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.988539;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=831;QR=13082;RO=349;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=760.854;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=349;SRP=760.854;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:285:280,5:280:10482:5:194:0,-67.9607,-925.233 0/1:86:69,17:69:2600:17:637:-31.7699,0,-208.311 dDocent_Contig_2228 30 . C T 65.6358 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.09091;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7619;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=1569;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:20,4:20:726:4:154:-7.00728,0,-58.4204 0/0:22:22,0:22:843:0:0:0,-6.62266,-76.1693 dDocent_Contig_2231 86 . G A 5815.53 . AB=0.877551;ABP=124.347;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=217;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=474.22;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7227;QR=819;RO=25;RPL=217;RPP=474.22;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=217;SAP=474.22;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:12,86:12:385:86:2815:-224.093,0,-5.45963 1/1:144:13,131:13:434:131:4412:-357.904,-3.96646,0 dDocent_Contig_2232 191 . C T 197.117 . AB=0.149425;ABP=95.8844;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=2917;RO=74;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:35,7:35:1385:7:275:-12.4713,0,-112.261 0/1:45:39,6:39:1532:6:240:-8.4288,0,-124.57 dDocent_Contig_2233 63 . C A 12728.4 . AB=0.838428;ABP=230.825;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=398;CIGAR=1X;DP=452;DPB=452;DPRA=0;EPP=867.256;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15595;QR=2156;RO=54;RPL=398;RPP=867.256;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=398;SAP=867.256;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:37,192:37:1486:192:7470:-603.053,0,-65.048 1/1:223:17,206:17:670:206:8125:-670.226,-6.50698,0 dDocent_Contig_2234 107 . N C 101.911 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_2235 8 . C G 8247.8 . AB=0.671924;ABP=84.396;AC=4;AF=1;AN=4;AO=213;CIGAR=1X2M;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=465.534;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8135;QR=879;RO=23;RPL=0;RPP=465.534;RPPR=52.9542;RPR=213;RUN=1;SAF=213;SAP=465.534;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:93:13,23,57:13:499:23,57:840,2194:-203.569,-139.18,-173.216,-27.3292,0,-51.1378 1|1:224:10,58,156:10:380:58,156:2162,5941:-622.399,-456.145,-469.849,-138.084,0,-122.291 dDocent_Contig_2236 128 . C G 197.807 . AB=0.25641;ABP=23.1103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X4M;DP=80;DPB=80;DPRA=0.95122;EPP=24.725;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=2141;RO=62;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=137.642;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:34,6,0:34:1186:6,0:215,0:0,-3.64731,-98.5402,-10.235,-100.346,-106.861 0|1:39:28,1,10:28:955:1,10:35,354:-20.5254,-27.8376,-105.011,0,-76.5302,-74.6479 dDocent_Contig_2237 107 . N T 2459.33 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2723;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=0;RPR=82;RUN=1;SAF=0;SAP=181.071;SAR=82;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:91:-8.49155,-0.90309,0 1/1:79:0,79:0:0:79:2632:-237.135,-23.7814,0 dDocent_Contig_2240 113 . G T 358.669 . AB=0.347826;ABP=12.2627;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=2X;DP=76;DPB=76;DPRA=1.53333;EPP=37.7539;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=557;QR=2045;RO=60;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=133.299;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:30,0:30:1014:0:0:0,-9.0309,-91.565 0|1:46:30,16:30:1031:16:557:-36.6116,0,-79.253 dDocent_Contig_2241 41 . T G 565.507 . AB=0.236364;ABP=69.4179;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1002;QR=3346;RO=84;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=185.414;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:59,14:59:2361:14:547:-27.5888,0,-190.669 0/1:37:25,12:25:985:12:455:-30.1503,0,-77.8059 dDocent_Contig_2243 1 . N G 156.371 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:170:-15.6347,-1.50515,0 dDocent_Contig_2244 11 . C T 59.9622 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=922;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:487:3:117:-6.39476,0,-39.6662 0/1:12:11,1:11:435:1:37:-0.0854694,0,-35.8902 dDocent_Contig_2248 15 . A T 197.673 . AB=0.192308;ABP=45.7716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=52.6;MQMR=59.5854;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=1595;RO=41;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=92.0407;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,4:16:629:4:161:-8.17853,0,-50.51 0/1:31:25,6:25:966:6:242:-12.7772,0,-77.8879 dDocent_Contig_2249 129 . T C 1450.31 . AB=0.208333;ABP=304.483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976471;PAIREDR=0.996904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2983;QR=11654;RO=323;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=704.396;RPR=85;RUN=1;SAF=0;SAP=187.585;SAR=85;SRF=0;SRP=704.396;SRR=323;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:149,46:149:5348:46:1625:-87.8298,0,-422.724 0/1:213:174,39:174:6306:39:1358:-58.3893,0,-503.479 dDocent_Contig_2250 20 . G A 10235.8 . AB=0.228528;ABP=1277.49;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=455;CIGAR=1X;DP=1991;DPB=1991;DPRA=0;EPP=991.03;EPPR=3329.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18053;QR=60829;RO=1532;RPL=0;RPP=991.03;RPPR=3329.71;RPR=455;RUN=1;SAF=455;SAP=991.03;SAR=0;SRF=1532;SRP=3329.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1071:779,290:779:31026:290:11475:-709.784,0,-2467.38 0/1:920:753,165:753:29803:165:6578:-314.984,0,-2402.88 dDocent_Contig_2251 70 . A G 163.756 . AB=0.172414;ABP=57.0725;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0.644444;EPP=24.725;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.811594;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=5142;RO=138;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=4.58383;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=74;SRP=4.58383;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:48,10:48:1771:10:377:-16.8193,0,-142.179 0/0:90:90,0:90:3371:0:0:0,-27.0927,-303.516 dDocent_Contig_2252 16 . C A 14864.5 . AB=0.323104;ABP=472.412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=558;CIGAR=1X;DP=1727;DPB=1727;DPRA=0;EPP=1214.69;EPPR=2539.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998208;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22324;QR=46829;RO=1168;RPL=0;RPP=1214.69;RPPR=2539.29;RPR=558;RUN=1;SAF=558;SAP=1214.69;SAR=0;SRF=1168;SRP=2539.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:896:546,349:546:21889:349:13979:-987.208,0,-1698.28 0/1:831:622,209:622:24940:209:8345:-500.431,0,-1992.16 dDocent_Contig_2253 98 . N C 137.988 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=9X1I2X2M1X;DP=6;DPB=6.5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=30;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=7;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:120:-8.15774,-0.90309,0 1|1:3:0,2:0:0:2:80:-5.32556,-0.60206,0 dDocent_Contig_2254 107 . N T 64.1015 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,2:0:0:2:69:-6.39104,-0.60206,0 dDocent_Contig_2255 138 . C T 93.5738 . AB=0.148148;ABP=61.0771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0.947368;EPP=20.3821;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.932039;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=289;QR=3681;RO=103;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=226.672;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=226.672;SRR=103;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:2027:0:0:0,-17.1587,-182.694 0/1:54:46,8:46:1654:8:289:-10.1021,0,-132.89 dDocent_Contig_2256 63 . C A 308.071 . AB=0.179775;ABP=82.2812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.287671;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=2911;RO=73;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1386:6:245:-10.0872,0,-112.661 0/1:48:38,10:38:1525:10:400:-21.9083,0,-123.045 dDocent_Contig_2257 15 . A G 284.684 . AB=0.140741;ABP=154.354;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956897;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=773;QR=4687;RO=116;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=254.901;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:61,12:61:2453:12:487:-22.2059,0,-198.936 0/1:62:55,7:55:2234:7:286:-7.45096,0,-182.553 dDocent_Contig_2258 25 . G C 3303.9 . AB=0.596774;ABP=18.1406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4302;QR=2906;RO=75;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=165.871;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:59,22:59:2263:22:842:-51.713,0,-179.494 0/1:105:16,89:16:643:89:3460:-279.866,0,-26.5972 dDocent_Contig_2260 52 . T C 1807.93 . AB=0.155245;ABP=741.156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=715;DPB=715;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=1312.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4407;QR=22538;RO=603;RPL=111;RPP=244.044;RPPR=1312.41;RPR=0;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=603;SRP=1312.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:409:354,55:354:13162:55:2182:-73.4391,0,-1060.86 0/1:306:249,56:249:9376:56:2225:-108.542,0,-751.615 dDocent_Contig_2262 185 . A T 63.6616 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.3;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=770;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:372:3:115:-6.80982,0,-29.9042 0/0:10:10,0:10:398:0:0:0,-3.0103,-36.1783 dDocent_Contig_2264 50 . T G 6062.23 . AB=0.719101;ABP=114.341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=192;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7642;QR=2989;RO=75;RPL=192;RPP=419.933;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=192;SAP=419.933;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:36,72:36:1428:72:2869:-225.8,0,-96.2599 0/1:159:39,120:39:1561:120:4773:-381.612,0,-92.864 dDocent_Contig_2266 205 . C A 155.145 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=1.5625;EPP=18.2106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=257;QR=1234;RO=34;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:652:7:257:-15.9582,0,-51.4855 0/0:16:16,0:16:582:0:0:0,-4.81648,-52.7152 dDocent_Contig_2267 17 . A C 3366.38 . AB=0.0655738;ABP=302.994;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=1X3M1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=466;QR=2241;RO=59;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=131.127;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:76:25,10,41:25:960:10,41:387,1578:-122.01,-97.7473,-173.541,0,-47.013,-66.4596 0|0:107:34,2,71:34:1281:2,71:79,2752:-215.816,-219.55,-323.911,0,-98.4468,-83.5756 dDocent_Contig_2268 98 . N C 284.286 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:201:-18.419,-1.80618,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_2269 98 . N C 116.03 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,1:0:0:1:18:-1.61498,-0.30103,0 1/1:4:0,3:0:0:3:106:-9.6583,-0.90309,0 dDocent_Contig_2271 27 . G C 28719.1 . AB=0.822785;ABP=431.972;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=860;CIGAR=1X;DP=969;DPB=969;DPRA=0;EPP=1870.48;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34497;QR=4284;RO=108;RPL=0;RPP=1870.48;RPPR=237.529;RPR=860;RUN=1;SAF=860;SAP=1870.48;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:495:24,470:24:961:470:18839:-1607.11,-62.3269,0 0/1:474:84,390:84:3323:390:15658:-1265.25,0,-156.443 dDocent_Contig_2272 98 . N G 16764.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=593;CIGAR=1X;DP=595;DPB=595;DPRA=0;EPP=1290.69;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18625;QR=0;RO=0;RPL=593;RPP=1290.69;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=593;SAP=1290.69;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:271:0,269:0:0:269:8454:-760.664,-80.9771,0 1/1:324:0,324:0:0:324:10171:-915.483,-97.5337,0 dDocent_Contig_2274 98 . N G 64.7699 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2276 88 . G T 301.332 . AB=0.25;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=2X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=545;QR=1407;RO=44;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:17,7,0:17:558:7,0:244,0:-15.0753,0,-43.3095,-20.1928,-45.4167,-65.2671 0|1:40:27,9,4:27:849:9,4:301,132:-16.2463,0,-65.5395,-13.7032,-57.5744,-80.7464 dDocent_Contig_2277 74 . T A 305.11 . AB=0.227848;ABP=53.8337;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0.681034;EPP=42.0968;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=6048;RO=177;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=387.361;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:116:116,0:116:3959:0:0:0,-34.9195,-356.513 0/1:79:61,18:61:2089:18:608:-31.2557,0,-164.496 dDocent_Contig_2278 107 . N A 396.46 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:272:-24.8116,-2.40824,0 1/1:5:0,5:0:0:5:158:-14.532,-1.50515,0 dDocent_Contig_2280 34 . G A 4831.63 . AB=0.156413;ABP=1969.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=300;CIGAR=1X;DP=1918;DPB=1918;DPRA=0;EPP=654.452;EPPR=3516.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11801;QR=64356;RO=1618;RPL=0;RPP=654.452;RPPR=3516.45;RPR=300;RUN=1;SAF=300;SAP=654.452;SAR=0;SRF=1618;SRP=3516.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:813:657,156:657:26062:156:6142:-307.851,0,-2098.54 0/1:1105:961,144:961:38294:144:5659:-176.501,0,-3110.21 dDocent_Contig_2281 10 . C A 324.276 . AB=0.28;ABP=24.0302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=533;QR=1364;RO=36;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=81.1833;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:24,12:24:889:12:462:-31.0875,0,-69.4741 0/1:14:12,2:12:475:2:71:-2.52501,0,-38.8877 dDocent_Contig_2282 11 . G A 139.605 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.902439;EPP=18.2106;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=2787;RO=71;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=157.185;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:41,0:41:1602:0:0:0,-12.3422,-144.409 0/1:37:30,7:30:1185:7:283:-14.7053,0,-95.7939 dDocent_Contig_2283 1 . N G 65.7178 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_2284 51 . A G 648.547 . AB=0.327586;ABP=17.986;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=4M1X;DP=58;DPB=54;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=767;QR=762;RO=19;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=44.2683;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:9,11,8:9:359:11,8:425,320:-32.1815,0,-26.2532,-8.52659,-3.20556,-35.689 0|1:30:10,9,11:10:403:9,11:361,447:-33.8614,-7.12993,-37.6367,0,-3.47532,-29.9073 dDocent_Contig_2285 31 . C A 724.065 . AB=0.295918;ABP=38.4629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1139;QR=2658;RO=68;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=150.67;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:12,15:12:472:15:586:-44.9513,0,-34.7031 0|1:71:56,14:56:2186:14:553:-28.6436,0,-175.467 dDocent_Contig_2286 112 . A G 265.443 . AB=0.185185;ABP=95.9815;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=870;QR=4971;RO=151;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=330.903;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=330.903;SRR=151;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:63,6:63:2036:6:209:0,-1.62002,-164.361 0/1:108:88,20:88:2935:20:661:-27.2881,0,-231.892 dDocent_Contig_2287 46 . G A 476.245 . AB=0.140426;ABP=266.923;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.950495;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1321;QR=7993;RO=202;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=441.648;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:90,21:90:3553:21:836:-42.1389,0,-286.386 0/1:124:112,12:112:4440:12:485:-6.67409,0,-362.211 dDocent_Contig_2288 14 . G A 17973.8 . AB=0.0682493;ABP=548.656;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X2M1X;DP=683;DPB=683;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=901;QR=2778;RO=71;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=157.185;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:337:33,23,260,19:33:1289:23,260,19:901,10229,716:-831.461,-767.306,-866.337,0,-31.8676,-27.6912,-782.738,-814.605,-47.3046,-882.974 0|0:346:38,0,301,4:38:1489:0,301,4:0,11892,157:-967.107,-978.546,-1100.98,0,-122.441,-31.8314,-965.634,-1088.07,-109.529,-1086.87 dDocent_Contig_2289 52 . C A 1256.43 . AB=0.0823529;ABP=131.791;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=1394;RO=36;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:54:18,5,31:18:686:5,31:198,1226:-95.4651,-84.5874,-139.342,0,-39.9538,-46.9212 0|0:31:18,2,11:18:708:2,11:80,446:-31.3659,-30.1951,-87.8219,0,-51.6395,-54.919 dDocent_Contig_2290 20 . A G 31.2378 . AB=0.0958904;ABP=106.557;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=1.46;EPP=18.2106;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=4695;RO=116;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=254.901;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:2023:0:0:0,-15.0515,-182.253 0/1:73:66,7:66:2672:7:283:-3.86819,0,-218.616 dDocent_Contig_2292 8 . C T 49.418 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=1.55882;EPP=16.0391;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=3134;RO=81;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=178.9;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1821:6:233:-5.38549,0,-148.183 0/0:34:34,0:34:1313:0:0:0,-10.235,-118.457 dDocent_Contig_2293 82 . A G 1285.41 . AB=0.505618;ABP=3.0347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1732;QR=1685;RO=44;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:22,11:22:838:11:425:-28.6699,0,-65.8086 0/1:56:22,34:22:847:34:1307:-101.06,0,-59.6951 dDocent_Contig_2294 9 . T A 1583.77 . AB=0.416667;ABP=11.6962;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.566667;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2248;QR=3161;RO=84;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=185.414;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:37,35:37:1394:35:1322:-97.5922,0,-104.07 0/1:72:47,25:47:1767:25:926:-61.9732,0,-137.614 dDocent_Contig_2296 42 . G T 204.57 . AB=0.16;ABP=78.317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=2511;RO=63;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=139.813;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1390:6:243:-9.90537,0,-113.011 0/1:34:28,6:28:1121:6:240:-11.7401,0,-90.9388 dDocent_Contig_2297 98 . N A 481.44 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=0;RO=0;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:128:-11.8373,-1.20412,0 1/1:14:0,14:0:0:14:397:-36.0032,-4.21442,0 dDocent_Contig_2298 74 . G A 80.6033 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=3923;RO=104;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=228.843;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:54,2:54:2068:2:71:0,-10.1166,-179.614 0/1:58:50,8:50:1855:8:288:-8.80505,0,-149.74 dDocent_Contig_2300 51 . C T 126.299 . AB=0.123711;ABP=122.307;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=164.123;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=3103;RO=82;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=164.123;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:30,6:30:1154:6:239:-11.0473,0,-93.3019 0/1:61:52,6:52:1949:6:225:-2.76895,0,-157.765 dDocent_Contig_2301 10 . C T 158.496 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=3873;RO=98;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=215.815;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:43,9:43:1699:9:351:-16.2933,0,-137.493 0/0:57:55,2:55:2174:2:76:0,-9.9439,-188.627 dDocent_Contig_2302 27 . A G 221.614 . AB=0.347826;ABP=7.63648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.15;EPP=20.3821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=1385;RO=35;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=79.0118;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:15,8:15:581:8:324:-22.6051,0,-45.7009 0/0:20:20,0:20:804:0:0:0,-6.0206,-72.6742 dDocent_Contig_2303 33 . C G 99.0714 . AB=0.333333;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=1160;RO=29;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=65.983;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:834:1:40:0,-2.70166,-71.4502 0/1:12:8,4:8:326:4:157:-10.6518,0,-26.0975 dDocent_Contig_2304 13 . T C 651.487 . AB=0.10259;ABP=1380.3;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=1004;DPB=1004;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=1959.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4091;QR=36270;RO=901;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=1959.51;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=901;SRP=1959.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:525:468,57:468:18877:57:2259:-45.4375,0,-1539.22 0/1:479:433,46:433:17393:46:1832:-20.8997,0,-1419.72 dDocent_Contig_2306 134 . A C 878.581 . AB=0.178683;ABP=289.08;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=714;DPB=714;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=1368.87;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3099;QR=23801;RO=629;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=1368.87;RPR=85;RUN=1;SAF=0;SAP=187.585;SAR=85;SRF=0;SRP=1368.87;SRR=629;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:395:367,28:367:13920:28:1050:0,-24.1059,-1157.39 0/1:319:262,57:262:9881:57:2049:-88.6029,0,-792.931 dDocent_Contig_2307 24 . T A 2141.83 . AB=0.327869;ABP=65.805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.939024;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3204;QR=6538;RO=164;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=359.132;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:70,38:70:2791:38:1538:-106.145,0,-218.78 0/1:136:94,42:94:3747:42:1666:-109.227,0,-296.299 dDocent_Contig_2308 108 . A G 525.441 . AB=0.152913;ABP=434.121;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=756.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.6667;MQMR=57.3689;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.809798;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1997;QR=9421;RO=347;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=756.511;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=756.511;SRR=347;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:194,41:194:5213:41:1316:-44.9127,0,-394.032 0/1:176:153,22:153:4208:22:681:-8.81981,0,-319.543 dDocent_Contig_2312 98 . N A 17656.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=717;CIGAR=2X;DP=719;DPB=747.5;DPRA=0;EPP=1559.96;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40.7127;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969317;PAIREDR=0;PAO=57;PQA=1335;PQR=0;PRO=0;QA=23995;QR=0;RO=0;RPL=717;RPP=1559.96;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=717;SAP=1559.96;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:397:0,397:0:0:397:13297:-959.467,-119.509,0 1|1:322:0,320:0:0:320:10698:-805.838,-96.3296,0 dDocent_Contig_2313 40 . T C 22467.3 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1864;CIGAR=1X;DP=1909;DPB=1909;DPRA=0;EPP=4050.63;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998391;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74035;QR=1810;RO=45;RPL=0;RPP=4050.63;RPPR=100.727;RPR=1864;RUN=1;SAF=1864;SAP=4050.63;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:964:36,928:36:1451:928:36782:-3176.16,-159.355,0 1/1:945:9,936:9:359:936:37253:-3316.61,-251.802,0 dDocent_Contig_2317 107 . N T 119.189 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=125;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:111:-10.2661,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:14:-1.33,-0.60206,0 dDocent_Contig_2318 40 . G A 428.242 . AB=0.129771;ABP=314.94;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=498.106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.911765;PAIREDR=0.95614;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1358;QR=8936;RO=228;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=498.106;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=228;SRP=498.106;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:110,14:110:4328:14:559:-13.3255,0,-352.169 0/1:138:118,20:118:4608:20:799:-30.6871,0,-373.118 dDocent_Contig_2319 13 . G A 120.335 . AB=0.12987;ABP=94.6352;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985075;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=2692;RO=67;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=148.499;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:48,5:48:1938:5:198:-2.24279,0,-158.66 0/1:24:19,5:19:754:5:198:-10.9723,0,-60.9591 dDocent_Contig_2320 119 . T G 165.06 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.893617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=1611;RO=47;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:614:7:244:-14.7743,0,-48.0567 0/1:33:29,4:29:997:4:139:-2.9187,0,-80.1076 dDocent_Contig_2322 112 . G A 62.3566 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0.863636;EPP=16.0391;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=2554;RO=76;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=168.042;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:44,0:44:1486:0:0:0,-13.2453,-134.032 0|1:38:32,6:32:1068:6:201:-6.98039,0,-84.9821 dDocent_Contig_2323 12 . C T 40.2469 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=34;DPB=34;DPRA=0.478261;EPP=7.35324;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1271;RO=32;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=72.4974;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:9,2:9:361:2:82:-4.46835,0,-29.5431 0|0:23:23,0:23:910:0:0:0,-6.92369,-82.2065 dDocent_Contig_2324 17 . T A 30765.3 . AB=0.904863;ABP=676.438;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=929;CIGAR=1X;DP=994;DPB=994;DPRA=0;EPP=2020.31;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36616;QR=2620;RO=65;RPL=0;RPP=2020.31;RPPR=144.156;RPR=929;RUN=1;SAF=929;SAP=2020.31;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:521:20,501:20:811:501:19736:-1701.42,-83.5308,0 0/1:473:45,428:45:1809:428:16880:-1375.56,0,-20.6349 dDocent_Contig_2326 52 . T C 59.2741 . 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AB=0.761616;ABP=297.282;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=377;CIGAR=1X;DP=495;DPB=495;DPRA=0;EPP=821.655;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13846;QR=4227;RO=118;RPL=377;RPP=821.655;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=377;SAP=821.655;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:243:65,178:65:2281:178:6396:-502.544,0,-132.392 0/1:252:53,199:53:1946:199:7450:-594.501,0,-99.5206 dDocent_Contig_2329 107 . N A 65.7178 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2330 11 . G A 1572.61 . AB=0.761194;ABP=42.7126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1978;QR=640;RO=16;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=37.7539;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:8,21:8:318:21:832:-66.4674,0,-20.2568 0/1:38:8,30:8:322:30:1146:-91.982,0,-17.9094 dDocent_Contig_2331 45 . T A 2967.32 . 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AB=0.182609;ABP=103.634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989362;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=818;QR=3707;RO=94;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=207.129;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:44,11:44:1756:11:438:-23.2189,0,-141.706 0/1:60:50,10:50:1951:10:380:-16.4847,0,-157.735 dDocent_Contig_2333 44 . T C 10958.3 . 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AB=0.146552;ABP=254.751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=548;DPB=548;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=1114.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1306;QR=19360;RO=512;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=1114.8;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=512;SRP=1114.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:232:197,34:197:7421:34:1266:-44.6028,0,-598.113 0/0:316:315,1:315:11939:1:40:0,-91.1298,-1070 dDocent_Contig_2336 130 . N G 230.572 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-15.0584,-1.20412,0 dDocent_Contig_2337 33 . G A 11414 . 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AB=0.824219;ABP=236.749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=211;CIGAR=2X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=461.191;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966825;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8271;QR=1803;RO=45;RPL=0;RPP=461.191;RPPR=100.727;RPR=211;RUN=1;SAF=211;SAP=461.191;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:127:28,99:28:1116:99:3906:-313.316,0,-62.4973 0|1:129:17,112:17:687:112:4365:-353.996,0,-23.3274 dDocent_Contig_2339 98 . N C 55.153 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:59:-5.50564,-0.90309,0 dDocent_Contig_2340 98 . N G 257.175 . 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AB=0.653614;ABP=139.107;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=434;CIGAR=1X;DP=664;DPB=664;DPRA=0;EPP=945.429;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17062;QR=8934;RO=230;RPL=0;RPP=945.429;RPPR=502.449;RPR=434;RUN=1;SAF=434;SAP=945.429;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:349:141,208:141:5501:208:8164:-629.274,0,-389.918 0/1:315:89,226:89:3433:226:8898:-705.477,0,-214.221 dDocent_Contig_2350 107 . N A 104.755 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_2352 52 . A G 56.246 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=1.2;EPP=16.0391;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.719512;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=3050;RO=82;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=5.65844;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=46;SRP=5.65844;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1553:6:224:-6.06829,0,-125.589 0/0:40:40,0:40:1497:0:0:0,-12.0412,-134.996 dDocent_Contig_2355 36 . T C 451.625 . AB=0.421053;ABP=5.06748;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=874;RO=22;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=50.7827;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:12,8:12:467:8:315:-22.693,0,-36.3507 0/1:18:10,8:10:407:8:319:-23.6579,0,-31.5721 dDocent_Contig_2356 49 . T C 1267.26 . AB=0.415094;ABP=9.64763;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=81.9729;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.83871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1769;QR=2470;RO=62;RPL=2;RPP=81.9729;RPPR=137.642;RPR=42;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:42,17:42:1683:17:680:-43.7665,0,-133.926 0/1:47:20,27:20:787:27:1089:-84.1478,0,-56.9975 dDocent_Contig_2357 141 . T A 50.8507 . AB=0.111111;ABP=85.7675;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=2236;RO=56;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1269:4:149:-2.93456,0,-103.641 0/1:27:24,3:24:967:3:123:-3.33698,0,-79.2013 dDocent_Contig_2358 12 . G A 15033 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=516;CIGAR=1X;DP=550;DPB=550;DPRA=0;EPP=1123.49;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35.9767;MQMR=28.4118;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20476;QR=1356;RO=34;RPL=0;RPP=1123.49;RPPR=76.8404;RPR=516;RUN=1;SAF=516;SAP=1123.49;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:313:25,288:25:992:288:11449:-826.32,-34.3304,0 1/1:237:9,228:9:364:228:9027:-676.683,-54.1651,0 dDocent_Contig_2362 8 . G A 992.242 . AB=0.0888889;ABP=69.0713;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=2935;RO=78;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=172.385;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:76:48,0,28:48:1786:0,28:0,1086:-75.1663,-89.6158,-235.789,0,-146.555,-138.127 0|0:45:30,4,11:30:1149:4,11:153,418:-25.2463,-21.7212,-114.818,0,-81.7439,-90.9877 dDocent_Contig_2363 134 . G A 1140.12 . AB=0.171745;ABP=340.876;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=781;DPB=781;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=1562.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2519;QR=28353;RO=718;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=1562.13;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=1562.13;SRR=718;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:420:419,1:419:16554:1:38:0,-122.635,-1484.74 0/1:361:299,62:299:11799:62:2481:-114.756,0,-952.408 dDocent_Contig_2364 156 . G T 246.107 . AB=0.190476;ABP=72.911;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.88;PAIREDR=0.94702;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=851;QR=5213;RO=151;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=330.903;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=330.903;SRR=151;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:92:83,9:83:2856:9:292:0,-1.09983,-230.684 0/1:84:68,16:68:2357:16:559:-25.3523,0,-187.1 dDocent_Contig_2365 8 . A G 2824.6 . AB=0.306452;ABP=124.052;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=372;DPB=372;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=563.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4391;QR=9919;RO=258;RPL=0;RPP=250.558;RPPR=563.25;RPR=114;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=258;SRP=563.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:116,64:116:4455:64:2455:-166.967,0,-346.823 0/1:192:142,50:142:5464:50:1936:-116.681,0,-433.941 dDocent_Contig_2366 31 . C G 1655.18 . AB=0.688312;ABP=26.7273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=14M1X;DP=77;DPB=77.1333;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.698113;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2099;QR=790;RO=20;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=46.4397;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:7,0,31:7:277:0,31:0,1236:-99.6715,-101.779,-124.576,0,-22.7941,-13.4621 0|1:38:13,2,22:13:513:2,22:81,863:-67.0351,-64.2684,-105.878,0,-35.5212,-35.5788 dDocent_Contig_2367 43 . G A 215.677 . AB=0.23913;ABP=30.2009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=12.2071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42.1818;MQMR=59;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=1345;RO=34;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=28.557;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=30;SRP=46.1843;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:401:6:234:-14.978,0,-31.6325 0/1:30:24,5:24:944:5:184:-7.77813,0,-76.1041 dDocent_Contig_2369 9 . T A 249.576 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0.670103;EPP=31.2394;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.168919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=500;QR=5580;RO=148;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=324.388;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:97:97,0:97:3661:0:0:0,-29.1999,-329.624 0/1:65:51,13:51:1919:13:500:-25.7023,0,-153.312 dDocent_Contig_2370 22 . T C 5812.95 . AB=0.169239;ABP=1788.55;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=318;CIGAR=1X;DP=1879;DPB=1879;DPRA=0;EPP=693.539;EPPR=3392.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996855;PAIREDR=0.999359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12763;QR=61185;RO=1561;RPL=0;RPP=693.539;RPPR=3392.68;RPR=318;RUN=1;SAF=318;SAP=693.539;SAR=0;SRF=1561;SRP=3392.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:953:764,189:764:29990:189:7578:-394.736,0,-2409.78 0/1:926:797,129:797:31195:129:5185:-187.748,0,-2526.21 dDocent_Contig_2371 7 . T C 463.632 . AB=0.0600858;ABP=394.668;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M1X2M2X4M1X;DP=233;DPB=233.154;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=26.5;MQM=12.7857;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=2660;RO=68;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=150.67;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:112:39,6,6,7,0,12,8:39:1528:6,6,7,0,12,8:238,185,73,0,386,312:-16.6289,-10.2901,-134.191,-14.6067,-122.239,-138.505,-25.4822,-133.108,-137.422,-149.072,-28.3691,-135.998,-140.312,-151.18,-154.07,0,-107.638,-111.952,-122.822,-125.71,-122.098,-2.70848,-110.347,-114.661,-125.53,-128.42,-100.059,-126.011 0|0:121:29,2,12,7,12,9,4:29:1132:2,12,7,12,9,4:80,249,106,481,209,146:-30.9223,-33.5932,-126.081,-23.5182,-110.551,-112.996,-34.0286,-121.06,-110.986,-125.01,0,-87.0409,-76.966,-87.4752,-89.4866,-25.5416,-112.575,-102.501,-113.01,-78.9896,-115.923,-27.7218,-114.756,-104.681,-115.189,-81.1703,-106.704,-119.609 dDocent_Contig_2372 13 . A G 58.6887 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33;MQMR=58.9583;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=175;QR=958;RO=24;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=55.1256;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:477:1:35:0,-0.825748,-40.1939 0/1:16:12,4:12:481:4:140:-6.60779,0,-38.2667 dDocent_Contig_2373 98 . N T 100.658 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:84:-7.83844,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:19:-1.89997,-0.30103,0 dDocent_Contig_2374 15 . G A 84.4433 . AB=0.105769;ABP=143.404;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=609;QR=8360;RO=211;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=461.191;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:123:118,5:118:4660:5:163:0,-22.043,-404.341 0/1:104:93,11:93:3700:11:446:-9.18906,0,-301.705 dDocent_Contig_2375 56 . T C 1326.64 . AB=0.284946;ABP=77.7276;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981132;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2103;QR=5259;RO=133;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:83,26:83:3279:26:1013:-58.6466,0,-262.369 0/1:77:50,27:50:1980:27:1090:-75.206,0,-155.215 dDocent_Contig_2376 10 . A T 358.84 . AB=0.361111;ABP=9.04217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=905;RO=23;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=52.9542;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:437:6:242:-17.0394,0,-34.5686 0/1:19:12,7:12:468:7:282:-20.033,0,-36.7512 dDocent_Contig_2377 81 . G C 128.25 . AB=0.123711;ABP=122.307;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=1.05435;EPP=29.068;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.514124;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=6605;RO=177;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=3.31701;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=91;SRP=3.31701;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:85,12:85:3181:12:468:-13.2687,0,-257.215 0/0:92:92,0:92:3424:0:0:0,-27.6948,-308.29 dDocent_Contig_2378 26 . T A 22025.6 . AB=0.867257;ABP=929.691;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=686;CIGAR=1X1M1X;DP=791;DPB=791;DPRA=0;EPP=1492.64;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9971;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998542;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27152;QR=4145;RO=105;RPL=0;RPP=1492.64;RPPR=231.015;RPR=686;RUN=1;SAF=686;SAP=1492.64;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:465:56,409:56:2231:409:16151:-1312.48,0,-60.9909 0|1:326:49,277:49:1914:277:11001:-891.269,0,-74.3337 dDocent_Contig_2379 98 . N A 50.5326 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03414,-0.60206,0 dDocent_Contig_2381 54 . G A 5139.2 . 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AB=0.55144;ABP=8.59536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.813433;PAIREDR=0.889908;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5407;QR=4341;RO=109;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=239.701;RPR=134;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:48,51:48:1934:51:2060:-155.777,0,-144.453 0/1:144:61,83:61:2407:83:3347:-257.926,0,-173.427 dDocent_Contig_2384 184 . N G 476.868 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.7257;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=526;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:13:0,13:0:0:13:526:-47.6868,-3.91339,0 dDocent_Contig_2385 52 . T G 612.332 . 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AB=0.378378;ABP=7.76406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=779;RO=23;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:13,9:13:438:9:333:-23.6995,0,-33.1214 0/1:15:10,5:10:341:5:185:-12.4946,0,-26.5043 dDocent_Contig_2387 13 . T C 51.5972 . AB=0.109091;ABP=76.0113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.384615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=5530;RO=143;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=313.531;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1868:6:242:-5.60067,0,-151.789 0/0:103:94,9:94:3662:9:328:0,-1.15301,-299.8 dDocent_Contig_2388 47 . T A 2549.63 . 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AB=0.127451;ABP=125.975;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.197279;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=603;QR=5676;RO=147;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=322.217;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:58,2:58:2260:2:82:0,-10.2821,-195.813 0/1:102:89,13:89:3416:13:521:-16.5326,0,-276.832 dDocent_Contig_2390 9 . G A 247.15 . AB=0.0574713;ABP=150.995;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M2X3M1X;DP=170;DPB=170;DPRA=1.04819;EPP=13.8677;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=52;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=5608;RO=146;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=320.045;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:83:79,4,0:79:3047:4,0:148,0:0,-11.8727,-261.262,-23.7814,-262.466,-274.019 0|1:87:67,15,5:67:2561:15,5:568,193:-25.4597,0,-205.608,-29.8613,-194.359,-238.489 dDocent_Contig_2391 209 . N G 77.9879 . 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AB=0.221053;ABP=67.2173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=787;QR=2846;RO=74;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:44,5:44:1654:5:168:-0.697745,0,-134.37 0/1:46:30,16:30:1192:16:619:-42.1908,0,-93.7115 dDocent_Contig_2395 16 . A G 1791.79 . 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AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=1.84615;EPP=9.52472;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1373;RO=34;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=76.8404;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:531:0:0:0,-3.91339,-48.1364 0/1:24:21,3:21:842:3:122:-4.14777,0,-68.8668 dDocent_Contig_2397 68 . G A 351.382 . AB=0.262295;ABP=32.9481;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0.673267;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=635;QR=3827;RO=101;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:56,1:56:2128:1:36:0,-13.5604,-188.148 0/1:61:45,16:45:1699:16:599:-35.8829,0,-134.804 dDocent_Contig_2398 7 . C T 6135.9 . AB=0.813084;ABP=94.1107;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=435.133;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.346734;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7524;QR=1007;RO=26;RPL=0;RPP=435.133;RPPR=59.4686;RPR=199;RUN=1;SAF=199;SAP=435.133;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:17,87:17:658:87:3298:-265.377,0,-27.9484 1/1:121:9,112:9:349:112:4226:-348.657,-4.65387,0 dDocent_Contig_2399 50 . T C 400.202 . AB=0.106667;ABP=708.507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=954;DPB=954;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=1920.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998867;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2810;QR=34979;RO=883;RPL=71;RPP=157.185;RPPR=1920.42;RPR=0;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=883;SRP=1920.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:429:414,15:414:16399:15:603:0,-74.5331,-1420.05 0/1:525:469,56:469:18580:56:2207:-40.7649,0,-1512.7 dDocent_Contig_2400 89 . G A 19614.4 . 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AB=0.670588;ABP=24.4951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2232;QR=1080;RO=28;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=63.8115;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:12,24:12:444:24:939:-73.9785,0,-29.4619 0/1:49:16,33:16:636:33:1293:-101.898,0,-42.8242 dDocent_Contig_2404 188 . A G 166.105 . AB=0.25;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.744681;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=1845;RO=47;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:21,0,7:21:804:0,7:0,279:-17.0514,-23.3731,-89.3346,0,-66.3558,-64.2486 0|0:29:26,2,1:26:1041:2,1:81,40:0,-1.14432,-86.3009,-4.53335,-83.6079,-89.9864 dDocent_Contig_2405 9 . G A 290.514 . AB=0.315789;ABP=14.2105;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978022;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=3503;RO=91;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=200.614;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:26,12:26:997:12:451:-29.4951,0,-78.6006 0/0:69:65,4:65:2506:4:154:0,-6.53761,-211.505 dDocent_Contig_2406 12 . T C 305.116 . AB=0.423077;ABP=4.34659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=431;QR=579;RO=15;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=35.5824;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:273:3:114:-7.6208,0,-21.9258 0/1:16:8,8:8:306:8:317:-24.0792,0,-23.0819 dDocent_Contig_2407 122 . C G 372.577 . AB=0.223301;ABP=71.5066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=1.90741;EPP=52.9542;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=760;QR=4412;RO=134;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=293.988;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=293.988;SRR=134;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:80,23:80:2626:23:760:-37.7014,0,-205.585 0/0:54:54,0:54:1786:0:0:0,-16.2556,-161.017 dDocent_Contig_2408 126 . G T 829.548 . AB=0.397727;ABP=11.0053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.828571;PAIREDR=0.90566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1222;QR=1826;RO=53;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=118.098;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:29,14:29:995:14:499:-32.3015,0,-76.9168 0/1:45:24,21:24:831:21:723:-51.8418,0,-61.562 dDocent_Contig_2409 39 . T A 96.9936 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=924;RO=23;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=52.9542;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:408:1:41:-0.783237,0,-33.7693 0/1:17:13,4:13:516:4:163:-9.94092,0,-41.6666 dDocent_Contig_2410 70 . A T 407.591 . AB=0.211111;ABP=68.251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.315789;PAIREDR=0.619718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=2799;RO=71;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:44,4:44:1740:4:160:-0.333987,0,-142.374 0/1:42:27,15:27:1059:15:597:-41.4267,0,-82.9545 dDocent_Contig_2411 125 . A C 110.939 . AB=0.145455;ABP=63.0614;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.723404;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=1837;RO=47;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:21,5:21:811:5:196:-10.1855,0,-65.4664 0/1:29:26,3:26:1026:3:116:-2.08712,0,-83.8994 dDocent_Contig_2412 11 . G A 121.772 . AB=0.15;ABP=66.8516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.62963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=376;QR=4099;RO=108;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=237.529;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:51,9:51:1924:9:337:-12.6209,0,-155.346 0/0:58:57,1:57:2175:1:39:0,-13.5632,-192.078 dDocent_Contig_2413 19 . T C 30878 . AB=0.570859;ABP=79.6372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1003;CIGAR=1X;DP=1757;DPB=1757;DPRA=0;EPP=2181;EPPR=1640.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998006;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40238;QR=29644;RO=754;RPL=0;RPP=2181;RPPR=1640.3;RPR=1003;RUN=1;SAF=1003;SAP=2181;SAR=0;SRF=754;SRP=1640.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:905:473,432:473:18576:432:17253:-1278.91,0,-1398.06 0/1:852:281,571:281:11068:571:22985:-1810.07,0,-739.013 dDocent_Contig_2414 27 . G A 4440 . AB=0.481132;ABP=3.99361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6008;QR=6518;RO=165;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=361.303;RPR=153;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:45,106:45:1786:106:4144:-327.488,0,-115.5 0/1:167:120,47:120:4732:47:1864:-117.701,0,-375.528 dDocent_Contig_2415 23 . A G 876.471 . AB=0.537037;ABP=3.6537;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X4M;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1158;QR=891;RO=23;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=52.9542;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:6,0,16:6:224:0,16:0,634:-50.7657,-52.5719,-70.9033,0,-18.7106,-13.8941 0|1:32:17,2,13:17:667:2,13:81,524:-38.0698,-36.5079,-90.7528,0,-48.1613,-50.9284 dDocent_Contig_2417 45 . T C 74.8148 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1850;RO=46;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=102.898;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:27,1:27:1096:1:41:0,-4.33427,-94.8292 0/1:23:19,4:19:754:4:164:-8.22621,0,-61.2561 dDocent_Contig_2418 14 . G T 663.129 . AB=0.421053;ABP=6.09608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=933;QR=1310;RO=33;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=74.6689;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:9,15:9:344:15:581:-45.3964,0,-24.0879 0/1:33:24,9:24:966:9:352:-22.105,0,-77.3073 dDocent_Contig_2419 21 . G C 43.0542 . AB=0.0943396;ABP=154.522;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X3M1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.471204;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=7508;RO=191;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=417.762;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:107:101,6,0:101:3967:6,0:239,0:0,-10.325,-335.159,-30.404,-336.965,-356.646 0|1:106:90,10,6:90:3541:10,6:391,239:-5.05012,0,-288.253,-12.4592,-271.582,-301.923 dDocent_Contig_2420 55 . T G 21847.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=658;CIGAR=1X;DP=694;DPB=694;DPRA=0;EPP=1431.84;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.8359;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99696;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25732;QR=1381;RO=35;RPL=658;RPP=1431.84;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=658;SAP=1431.84;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:373:19,354:19:746:354:13798:-1173.45,-44.8196,0 1/1:321:16,304:16:635:304:11934:-1010.99,-38.9448,0 dDocent_Contig_2421 1 . N G 52.4084 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22172,-0.60206,0 dDocent_Contig_2422 103 . T C 42.1387 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=1.61538;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.677419;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1236;RO=31;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:512:0:0:0,-3.91339,-46.4251 0/1:21:18,3:18:724:3:121:-4.95857,0,-59.1622 dDocent_Contig_2423 29 . C A 196.187 . AB=0.411765;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=3938;RO=98;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=215.815;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:89:88,1:88:3539:1:38:0,-22.9944,-314.744 0/1:17:10,7:10:399:7:279:-20.3634,0,-31.1518 dDocent_Contig_2424 14 . G A 20857.9 . AB=0.481651;ABP=7.47278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=735;CIGAR=1X;DP=1526;DPB=1526;DPRA=0;EPP=1599.04;EPPR=1716.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28311;QR=30366;RO=789;RPL=0;RPP=1599.04;RPPR=1716.3;RPR=735;RUN=1;SAF=735;SAP=1599.04;SAR=0;SRF=789;SRP=1716.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:718:363,354:363:13963:354:13614:-1008.28,0,-1039.62 0/1:808:426,381:426:16403:381:14697:-1078.7,0,-1232.05 dDocent_Contig_2426 43 . T G 4109.01 . AB=0.693122;ABP=64.2366;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.89313;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5208;QR=2321;RO=58;RPL=0;RPP=287.473;RPPR=128.956;RPR=131;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:25,62:25:1014:62:2477:-196.881,0,-65.3631 0/1:102:33,69:33:1307:69:2731:-215.209,0,-87.1873 dDocent_Contig_2428 19 . A C 252.988 . AB=0.183099;ABP=64.9431;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X2M1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4375;PAIREDR=0.509434;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=641;QR=4193;RO=106;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=233.186;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:51:48,3:48:1906:3:118:0,-4.35033,-160.751 0|1:71:58,13:58:2287:13:523:-26.0435,0,-184.636 dDocent_Contig_2430 62 . A C 509.279 . AB=0.30303;ABP=25.2514;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98374;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1033;QR=4879;RO=123;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=270.101;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:46,20:46:1844:20:788:-51.3715,0,-146.298 0/0:83:77,6:77:3035:6:245:0,-2.55602,-250.818 dDocent_Contig_2431 17 . A T 141.202 . AB=0.151515;ABP=72.629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.214286;PAIREDR=0.578512;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=4841;RO=121;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=265.758;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:65,4:65:2604:4:137:0,-8.10753,-221.823 0/1:66:56,10:56:2237:10:382:-14.865,0,-181.628 dDocent_Contig_2432 22 . A G 126.277 . AB=0.142857;ABP=72.8076;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0.732558;EPP=22.5536;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=5387;RO=140;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=307.016;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:54,9:54:2079:9:352:-13.0714,0,-168.353 0/0:86:86,0:86:3308:0:0:0,-25.8886,-297.822 dDocent_Contig_2433 49 . T C 62.8769 . AB=0.118644;ABP=77.5396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.538462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=2064;RO=52;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=115.927;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1082:4:158:-5.26673,0,-88.3358 0/1:28:25,3:25:982:3:114:-2.20187,0,-80.2428 dDocent_Contig_2435 98 . N G 116.23 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:90:-8.39828,-0.90309,0 dDocent_Contig_2436 38 . G C 1300.6 . AB=0.184066;ABP=318.59;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=364;DPB=364;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2670;QR=11590;RO=297;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=647.938;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=297;SRP=647.938;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:209:172,37:172:6751:37:1457:-68.4652,0,-544.395 0/1:155:125,30:125:4839:30:1213:-62.7833,0,-388.759 dDocent_Contig_2437 44 . G T 1289.2 . AB=0.494624;ABP=3.03365;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=94.401;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1754;QR=1866;RO=47;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=94.401;SAR=1;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:19,30:19:763:30:1169:-90.7506,0,-54.241 0/1:44:28,16:28:1103:16:585:-39.3574,0,-86.3053 dDocent_Contig_2439 9 . G A 3857.9 . AB=0.435294;ABP=15.3749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=340;DPB=340;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=411.292;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7162;MQMR=56;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.141892;PAIREDR=0.869792;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5433;QR=7320;RO=192;RPL=0;RPP=324.388;RPPR=419.933;RPR=148;RUN=1;SAF=148;SAP=324.388;SAR=0;SRF=191;SRP=411.292;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:94,71:94:3577:71:2592:-183.812,0,-268.144 0/1:175:98,77:98:3743:77:2841:-203.166,0,-267.606 dDocent_Contig_2440 102 . N C 133.363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=6X1M8I2M;DP=4;DPB=7.55556;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:146:-13.3314,-1.20412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2441 1 . N T 41.9148 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=10;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-2.45873,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-1.3991,-0.90309,0 dDocent_Contig_2442 36 . T C 6857.42 . AB=0.904762;ABP=331.73;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=209;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980861;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8405;QR=879;RO=22;RPL=0;RPP=456.848;RPPR=50.7827;RPR=209;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:12,99:12:471:99:3952:-322.253,0,-9.32335 0/1:120:10,110:10:408:110:4453:-364.561,0,-0.956985 dDocent_Contig_2443 160 . G T 1710.45 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2514;QR=2406;RO=64;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=141.985;SAR=64;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:35,30:35:1345:30:1183:-79.5618,0,-93.1002 0/1:63:29,34:29:1061:34:1331:-92.672,0,-70.3642 dDocent_Contig_2444 8 . A G 564.516 . AB=0.512821;ABP=3.06598;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.15;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=727;RO=19;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=44.2683;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:13,11:13:496:11:414:-30.3847,0,-37.7617 0/1:15:6,9:6:231:9:349:-27.2553,0,-16.6425 dDocent_Contig_2445 132 . A G 92.6943 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1.07407;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.843137;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2044;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1082:0:0:0,-8.12781,-97.6649 0/1:29:24,5:24:962:5:204:-10.0142,0,-78.1475 dDocent_Contig_2446 15 . G A 1217.93 . AB=0.65;ABP=14.7363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.74359;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1560;QR=847;RO=21;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=48.6112;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:8,15:8:322:15:605:-47.8654,0,-22.4242 0/1:37:13,24:13:525:24:955:-75.1164,0,-36.4595 dDocent_Contig_2448 7 . T C 14153.4 . AB=0.358718;ABP=333.115;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=683;CIGAR=1X;DP=1904;DPB=1904;DPRA=0;EPP=1486.13;EPPR=2623.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=58.0044;MQMR=59.3505;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985359;PAIREDR=0.931234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22162;QR=45915;RO=1207;RPL=0;RPP=1486.13;RPPR=2623.98;RPR=683;RUN=1;SAF=683;SAP=1486.13;SAR=0;SRF=1207;SRP=2623.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:930:606,315:606:23049:315:10285:-646.308,0,-1783.79 0/1:974:601,368:601:22866:368:11877:-770.219,0,-1763.94 dDocent_Contig_2450 11 . T C 276.913 . AB=0.184211;ABP=68.8402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=724;QR=4728;RO=127;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=278.787;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:76:62,14:62:2320:14:563:-28.135,0,-186.151 0|0:72:65,4:65:2408:4:161:0,-6.2983,-202.071 dDocent_Contig_2452 22 . C T 165.533 . AB=0.110577;ABP=276.992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=57.8;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0869565;PAIREDR=0.466667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=876;QR=7143;RO=180;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=393.875;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:96,10:96:3824:10:393:-3.41354,0,-306.827 0/1:99:84,13:84:3319:13:483:-14.3278,0,-264.665 dDocent_Contig_2453 29 . A C 241.302 . AB=0.346154;ABP=8.35546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.08333;EPP=22.5536;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=1611;RO=41;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=92.0407;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:17,9:17:677:9:356:-24.5739,0,-53.4303 0/0:24:24,0:24:934:0:0:0,-7.22472,-84.3575 dDocent_Contig_2454 74 . A G 2808.93 . AB=0.457831;ABP=6.85616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.177778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3961;QR=4775;RO=135;RPL=114;RPP=250.558;RPPR=180.347;RPR=0;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=120;SRP=180.347;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:80,48:80:2824:48:1692:-114.036,0,-215.846 0/1:121:55,66:55:1951:66:2269:-168.046,0,-139.426 dDocent_Contig_2455 8 . G A 407.061 . AB=0.583333;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=615;QR=1530;RO=40;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=89.8692;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1156:2:78:0,-2.22949,-96.9354 0/1:24:10,14:10:374:14:537:-41.4506,0,-26.786 dDocent_Contig_2457 92 . A G 86.6641 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=1.08333;EPP=20.3821;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=3071;RO=91;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:43,8:43:1426:8:272:-9.11011,0,-112.925 0/0:48:48,0:48:1645:0:0:0,-14.4494,-148.338 dDocent_Contig_2458 18 . A C 52.093 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=955;RO=24;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:357:0:0:0,-2.70927,-32.4929 0/1:18:15,3:15:598:3:122:-5.95395,0,-48.7387 dDocent_Contig_2459 24 . A T 116.452 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=1892;RO=48;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=107.241;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:23,2:23:905:2:76:0,-0.311076,-74.5404 0/1:31:25,6:25:987:6:237:-12.3712,0,-79.7948 dDocent_Contig_2460 48 . G A 1914.98 . AB=0.224543;ABP=255.428;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3417;QR=11723;RO=297;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=647.938;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=297;SRP=647.938;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:175,43:175:6862:43:1708:-88.32,0,-551.683 0/1:165:122,43:122:4861:43:1709:-104.366,0,-387.728 dDocent_Contig_2461 46 . T C 1521.81 . AB=0.343558;ABP=37.6606;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=226.753;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2243;QR=4270;RO=107;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=226.753;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:47,39:47:1860:39:1563:-115.019,0,-141.725 0/1:77:60,17:60:2410:17:680:-38.3502,0,-193.867 dDocent_Contig_2462 107 . N C 83.2754 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93894,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:34:-3.05902,-0.30103,0 dDocent_Contig_2463 8 . A G 1017.78 . AB=0.116098;ABP=1315.15;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=1025;DPB=1025;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=1970.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.4625;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97479;PAIREDR=0.960265;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4564;QR=34531;RO=906;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=1970.36;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=906;SRP=1970.36;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:503:430,73:430:16425:73:2815:-102.105,0,-1322.44 0/1:522:476,46:476:18106:46:1749:-0.531619,0,-1417.07 dDocent_Contig_2464 98 . N A 629.217 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.5385;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=691;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:451:-40.862,-4.81648,0 1/1:11:0,10:0:0:10:240:-21.7586,-3.0103,0 dDocent_Contig_2465 14 . T C 1155.81 . AB=0.148936;ABP=204.264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1M1X8M;DP=188;DPB=179.7;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1134;QR=3005;RO=76;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=168.042;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:100:40,4,9,0,28,14:40:1574:4,9,0,28,14:157,355,0,1125,565:-80.6672,-79.7962,-208.07,-63.6564,-180.222,-190.425,-92.7084,-209.274,-193.134,-222.186,0,-116.567,-100.427,-129.48,-121.051,-46.1311,-162.697,-146.557,-175.61,-82.9019,-171.395 0|1:88:36,11,9,11,2,14:36:1431:11,9,11,2,14:421,349,429,82,569:-36.1019,-12.3914,-126.9,-18.5846,-101.857,-133.695,-12.9447,-96.2169,-102.41,-127.453,-40.1699,-123.443,-129.636,-123.995,-157.388,0,-83.2763,-89.4697,-83.8291,-111.055,-113.61 dDocent_Contig_2466 15 . T G 10204.8 . AB=0.316134;ABP=361.545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=386;CIGAR=1X;DP=1221;DPB=1221;DPRA=0;EPP=841.199;EPPR=1814.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998801;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15446;QR=33575;RO=834;RPL=0;RPP=841.199;RPPR=1814.02;RPR=386;RUN=1;SAF=386;SAP=841.199;SAR=0;SRF=834;SRP=1814.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:713:484,228:484:19489:228:9094:-603.192,0,-1537.58 0/1:508:350,158:350:14086:158:6352:-418.477,0,-1113.7 dDocent_Contig_2467 21 . T C 1390.98 . AB=0.775862;ABP=41.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1746;QR=515;RO=13;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=31.2394;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:7,14:7:269:14:550:-43.5133,0,-18.2438 0/1:37:6,31:6:246:31:1196:-96.7733,0,-11.382 dDocent_Contig_2468 19 . T G 171.347 . AB=0.205128;ABP=32.4644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=3750;RO=93;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=204.957;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:62,4:62:2502:4:164:0,-4.71808,-210.16 0/1:39:31,8:31:1248:8:325:-17.8795,0,-100.848 dDocent_Contig_2470 35 . T A 8764.29 . AB=0.359909;ABP=152.679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=316;CIGAR=1X;DP=878;DPB=878;DPRA=0;EPP=689.196;EPPR=1223.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9804;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12694;QR=22581;RO=562;RPL=0;RPP=689.196;RPPR=1223.38;RPR=316;RUN=1;SAF=316;SAP=689.196;SAR=0;SRF=562;SRP=1223.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:403:301,102:301:12085:102:4095:-247.207,0,-965.432 0/1:475:261,214:261:10496:214:8599:-630.411,0,-800.905 dDocent_Contig_2471 90 . G T 164.343 . AB=0.264706;ABP=19.3602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0.459459;EPP=22.5536;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=3420;RO=99;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=217.986;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:74,0:74:2558:0:0:0,-22.2762,-230.481 0/1:34:25,9:25:862:9:301:-17.1791,0,-67.6617 dDocent_Contig_2472 51 . C T 32.6516 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=1573;RO=39;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:806:1:37:0,-2.6238,-69.1599 0/1:22:19,3:19:767:3:114:-4.00956,0,-62.7282 dDocent_Contig_2473 10 . G A 510.72 . AB=0.3;ABP=27.3308;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.809524;PAIREDR=0.734694;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=1933;RO=49;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=109.412;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:20,7:20:772:7:279:-17.353,0,-61.6611 0/1:43:29,14:29:1161:14:528:-34.9074,0,-91.8249 dDocent_Contig_2474 42 . G T 91.7293 . AB=0.684211;ABP=8.61041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=13;MQMR=13;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=524;RO=14;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=33.4109;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:6,13:6:225:13:483:-9.57145,0,-1.41786 0/0:9:8,1:8:299:1:40:0,-1.41009,-8.16061 dDocent_Contig_2475 48 . T C 3946.02 . AB=0.311111;ABP=156.413;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=495;DPB=495;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=732.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6049;QR=12731;RO=340;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=732.651;RPR=154;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=340;SRP=741.311;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:246:165,80:165:6186:80:3167:-211.264,0,-482.818 0/1:249:175,74:175:6545:74:2882:-184.527,0,-513.995 dDocent_Contig_2476 107 . N A 135.197 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36284,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 dDocent_Contig_2479 98 . N A 60.0288 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98377,-0.60206,0 dDocent_Contig_2480 14 . G A 6865.29 . AB=0.209884;ABP=1142.01;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=327;CIGAR=1X;DP=1558;DPB=1558;DPRA=0;EPP=713.082;EPPR=2676.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12857;QR=48848;RO=1231;RPL=0;RPP=713.082;RPPR=2676.09;RPR=327;RUN=1;SAF=327;SAP=713.082;SAR=0;SRF=1231;SRP=2676.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:828:621,207:621:24627:207:8118:-481.013,0,-1965.06 0/1:730:610,120:610:24221:120:4739:-206.704,0,-1958.02 dDocent_Contig_2481 9 . G A 2065.34 . AB=0.407407;ABP=17.0847;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2934;QR=4288;RO=112;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=246.215;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:70,44:70:2693:44:1671:-116.337,0,-208.239 0/1:75:42,33:42:1595:33:1263:-91.3855,0,-121.24 dDocent_Contig_2483 12 . G A 972.917 . AB=0.226415;ABP=37.4671;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=1103;RO=28;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=63.8115;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:53:22,12,19:22:863:12,19:489,769:-56.7824,-23.0626,-90.4127,0,-30.6125,-65.2397 0|0:19:6,0,13:6:240:0,13:0,523:-41.6977,-43.5039,-63.2735,0,-20.1698,-16.2565 dDocent_Contig_2484 58 . G A 2990.54 . AB=0.691275;ABP=50.3601;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X3M;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.757282;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3818;QR=1556;RO=40;RPL=43;RPP=9.10307;RPPR=3.22745;RPR=60;RUN=1;SAF=43;SAP=9.10307;SAR=60;SRF=19;SRP=3.22745;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:20,4,42:20:792:4,42:160,1530:-118.894,-111.731,-175.724,0,-52.0027,-52.5404 0|1:83:20,2,61:20:764:2,61:79,2288:-181.348,-180.867,-242.936,0,-56.155,-44.2943 dDocent_Contig_2486 164 . A C 351.353 . AB=0.481481;ABP=3.09072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0.818182;EPP=31.2394;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=482;QR=1727;RO=47;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:14,13:14:493:13:482:-35.579,0,-36.5536 0/0:33:33,0:33:1234:0:0:0,-9.93399,-111.34 dDocent_Contig_2487 12 . A G 6754.68 . AB=0.693038;ABP=105.289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=219;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=478.563;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.3151;MQMR=53.0825;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.178082;PAIREDR=0.587629;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8750;QR=3852;RO=97;RPL=0;RPP=478.563;RPPR=213.643;RPR=219;RUN=1;SAF=219;SAP=478.563;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:44,112:44:1762:112:4480:-349.216,0,-106.664 0/1:160:53,107:53:2090:107:4270:-327.441,0,-129.226 dDocent_Contig_2488 24 . A T 189.943 . AB=0.125;ABP=22.5536;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M6I2M3D1M1X2M4D1M;DP=32;DPB=31.8667;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=783;RO=20;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=46.4397;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:11,2,3:11:427:2,3:81,94:-3.67831,-0.859825,-35.4143,0,-28.9999,-34.193 0|0:16:9,0,6:9:356:0,6:0,240:-16.4752,-19.1844,-48.492,0,-29.3575,-27.5513 dDocent_Contig_2489 31 . G T 69.7884 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.5714;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=1406;RO=35;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:723:4:152:-7.42195,0,-57.5806 0/0:18:17,1:17:683:1:36:0,-1.82026,-56.9232 dDocent_Contig_2491 29 . A T 71.6222 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0.654545;EPP=13.8677;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=3356;RO=86;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=189.757;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:55,0:55:2149:0:0:0,-16.5566,-193.591 0/1:36:31,5:31:1207:5:204:-7.90695,0,-98.0694 dDocent_Contig_2492 25 . G A 134.316 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2858;RO=72;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=159.356;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:44,8:44:1755:8:324:-13.8753,0,-142.514 0/0:29:28,1:28:1103:1:41:0,-4.6353,-95.4657 dDocent_Contig_2493 9 . G T 38.4438 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1335;RO=36;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:726:3:117:-4.28772,0,-59.0476 0/0:18:17,1:17:609:1:33:0,-2.1194,-51.8273 dDocent_Contig_2494 7 . T A 170.736 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.542373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=2229;RO=59;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=131.127;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:32,2:32:1203:2:78:0,-2.83155,-101.164 0/1:35:27,8:27:1026:8:311:-17.8183,0,-82.1119 dDocent_Contig_2495 9 . G A 2967.87 . AB=0.660131;ABP=37.0868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3815;QR=1937;RO=51;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=113.755;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:23,41:23:865:41:1542:-119.786,0,-58.9009 0/1:89:28,60:28:1072:60:2273:-178.19,0,-70.1752 dDocent_Contig_2496 9 . G A 79.0656 . AB=0.277778;ABP=10.7311;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M3I2M1X2M3X;DP=41;DPB=43.1111;DPRA=0.782609;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=34;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=35;PRO=1;QA=164;QR=1353;RO=35;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:12,5:12:457:5:164:-8.35026,0,-36.1033 0|0:23:23,0:23:896:0:0:0,-6.92369,-80.9538 dDocent_Contig_2498 142 . T C 126.652 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=3.2;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=627;RO=16;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:430:5:195:-13.1077,0,-34.2346 0/0:5:5,0:5:197:0:0:0,-1.50515,-18.1058 dDocent_Contig_2499 32 . T A 188.687 . AB=0.164384;ABP=74.4309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=62.8504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=52.377;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.557377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=459;QR=2396;RO=61;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=135.47;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=51;SRP=62.8504;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1138:8:312:-17.3051,0,-74.4272 0/1:36:32,4:32:1258:4:147:-2.74994,0,-95.6247 dDocent_Contig_2500 12 . G A 345.581 . AB=0.216667;ABP=44.8473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=1421;RO=36;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=81.1833;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:30,6,4:30:1189:6,4:240,161:-10.7375,0,-96.0585,-6.4987,-84.5952,-103.162 1|0:20:6,7,7:6:232:7,7:279,278:-25.0089,-3.83819,-20.7812,-3.933,0,-20.8753 dDocent_Contig_2502 121 . C T 378.221 . AB=0.267327;ABP=50.5032;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=915;QR=4232;RO=130;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=285.302;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=285.302;SRR=130;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:74,27:74:2439:27:760:-38.2657,0,-189.364 0/0:61:56,5:56:1793:5:155:0,-4.10565,-147.385 dDocent_Contig_2505 31 . A G 88.9345 . AB=0.118421;ABP=99.1265;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955224;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=2694;RO=67;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=148.499;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:40,4:40:1607:4:156:-1.1688,0,-131.62 0/1:32:27,5:27:1087:5:201:-8.83814,0,-88.4833 dDocent_Contig_2506 77 . T G 15246.5 . AB=0.456539;ABP=23.2062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=562;CIGAR=1X;DP=1231;DPB=1231;DPRA=0;EPP=1223.38;EPPR=1455.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21079;QR=25463;RO=669;RPL=562;RPP=1223.38;RPPR=1455.73;RPR=0;RUN=1;SAF=562;SAP=1223.38;SAR=0;SRF=669;SRP=1455.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:721:373,348:373:14235:348:13016:-953.873,0,-1063.46 0/1:510:296,214:296:11228:214:8063:-571.964,0,-856.567 dDocent_Contig_2507 37 . C T 86.8282 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.93662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=5599;RO=142;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=311.359;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:66:62,4,0:62:2436:4,0:160,0:0,-5.08397,-204.617,-18.6639,-205.821,-219.002 0|0:91:80,0,10:80:3163:0,10:0,403:-9.42755,-33.5099,-293.816,0,-260.598,-257.587 dDocent_Contig_2508 35 . A G 423.536 . AB=0.172932;ABP=126.588;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=4309;RO=109;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=239.701;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:36,9:36:1426:9:365:-19.2597,0,-114.641 0/1:87:73,14:73:2883:14:557:-24.2823,0,-233.377 dDocent_Contig_2509 8 . G T 657.446 . AB=0.313953;ABP=28.866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943262;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1179;QR=5418;RO=141;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=309.188;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:86:82,4:82:3146:4:156:0,-11.4713,-268.873 0/1:86:59,27:59:2272:27:1023:-66.4893,0,-178.808 dDocent_Contig_2510 66 . G C 347.097 . AB=0.325;ABP=13.6505;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=970;RO=25;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:18,0,9:18:704:0,9:0,363:-24.9065,-30.325,-88.1968,0,-58.2706,-55.5613 0|1:13:7,2,4:7:266:2,4:77,159:-10.9916,-6.78085,-27.9778,0,-15.4829,-20.602 dDocent_Contig_2511 7 . T G 686.125 . AB=0.354167;ABP=20.744;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1088;QR=2276;RO=61;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=135.47;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,6:29:1117:6:197:-7.51299,0,-90.2957 0/1:61:32,28:32:1159:28:891:-62.2879,0,-86.4125 dDocent_Contig_2512 15 . G C 72.5526 . AB=0.122807;ABP=73.4498;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.72;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=1995;RO=50;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=111.584;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:21,3:21:833:3:119:-3.87029,0,-68.058 0/1:33:29,4:29:1162:4:157:-4.57319,0,-94.9254 dDocent_Contig_2513 7 . A T 31022.6 . AB=0.193382;ABP=1113.58;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=263;CIGAR=1X1M1X;DP=1360;DPB=1360;DPRA=0;EPP=574.108;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9886;QR=6963;RO=186;RPL=0;RPP=574.108;RPPR=406.904;RPR=263;RUN=1;SAF=263;SAP=574.108;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:720:63,171,486:63:2344:171,486:6444,18498:-1834.44,-1325.34,-1465.72,-336.215,0,-381.763 0|0:640:123,92,421:123:4619:92,421:3442,15932:-1269.01,-1024.18,-1374.87,0,-96.5323,-251.658 dDocent_Contig_2514 108 . A C 8673.99 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=316;CIGAR=1X;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=689.196;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10085;QR=448;RO=14;RPL=0;RPP=689.196;RPPR=33.4109;RPR=316;RUN=1;SAF=0;SAP=689.196;SAR=316;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:197:6,191:6:204:191:6023:-523.552,-40.609,0 1/1:133:8,125:8:244:125:4062:-343.546,-17.7791,0 dDocent_Contig_2515 98 . N C 73.4991 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:32:-3.03997,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.98958,-0.60206,0 dDocent_Contig_2516 13 . A G 31.301 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.411765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=1355;RO=34;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:512:1:33:0,-0.915285,-43.1245 0/1:24:21,3:21:843:3:119:-3.86978,0,-68.956 dDocent_Contig_2517 30 . C T 59.3145 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1545;RO=40;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=89.8692;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:18,1:18:689:1:39:0,-1.82301,-58.4257 0/1:27:22,5:22:856:5:161:-6.67559,0,-69.2138 dDocent_Contig_2518 98 . N G 20357 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=673;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=1464.41;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22616;QR=0;RO=0;RPL=673;RPP=1464.41;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=673;SAP=1464.41;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:298:0,298:0:0:298:10092:-908.298,-89.7069,0 1/1:375:0,375:0:0:375:12524:-1127.11,-112.886,0 dDocent_Contig_2520 20 . G C 269.545 . AB=0.184211;ABP=68.8402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.885246;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=2463;RO=61;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=135.47;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,5:29:1170:5:203:-8.08384,0,-95.0187 0/1:41:32,9:32:1293:9:356:-20.0591,0,-104.291 dDocent_Contig_2521 107 . N C 272.085 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.64627;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:10:0,10:0:0:10:335:-27.2084,-3.0103,0 dDocent_Contig_2525 57 . T A 5871.37 . AB=0.455752;ABP=10.6969;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=206;CIGAR=1X;DP=452;DPB=452;DPRA=0;EPP=450.334;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8050;QR=9718;RO=245;RPL=206;RPP=450.334;RPPR=535.021;RPR=0;RUN=1;SAF=206;SAP=450.334;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:129,64:129:5143:64:2505:-167.093,0,-404.242 0/1:258:116,142:116:4575:142:5545:-421.233,0,-334.011 dDocent_Contig_2526 68 . G T 44.7614 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=1160;RO=30;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:621:3:114:-4.91241,0,-50.5105 0/0:15:14,1:14:539:1:38:0,-0.718181,-45.0566 dDocent_Contig_2527 153 . T C 152.719 . AB=0.157895;ABP=60.9543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=1851;RO=48;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=107.241;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1222:4:161:-4.03782,0,-99.4218 0/1:21:16,5:16:629:5:204:-12.4224,0,-50.6227 dDocent_Contig_2529 8 . A G 43975 . 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AB=0.055794;ABP=402.347;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=2M1X4M3X5M;DP=233;DPB=233.467;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13.5;MQM=40.6923;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.859375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=411;QR=2253;RO=64;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:118:34,7,12,0,7,44:34:1191:7,12,0,7,44:168,375,0,253,1582:-118.862,-117.986,-212.793,-100.626,-186.43,-193.93,-129.097,-214.901,-197.542,-226.015,-108.443,-194.248,-176.89,-205.362,-203.255,0,-85.8287,-68.4667,-96.9394,-76.2838,-83.6941 0|0:115:30,1,1,6,8,49:30:1062:1,1,6,8,49:24,36,216,280,1780:-136.358,-143.802,-230.009,-142.721,-227.642,-228.929,-127.764,-212.686,-211.605,-212.467,-122.609,-207.531,-206.45,-191.494,-206.71,0,-84.9366,-83.8555,-68.897,-63.742,-71.773 dDocent_Contig_2532 11 . G T 301.647 . 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AB=0.298246;ABP=23.1631;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=623;QR=1574;RO=40;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:7,5:7:277:5:189:-13.763,0,-21.6881 0|1:45:33,12:33:1297:12:434:-25.8414,0,-103.462 dDocent_Contig_2535 112 . A G 920.89 . AB=0.423913;ABP=7.63648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.871795;PAIREDR=0.716981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1337;QR=1792;RO=53;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=118.098;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:19,21:19:659:21:720:-53.0781,0,-47.5933 0/1:52:34,18:34:1133:18:617:-40.1993,0,-86.6129 dDocent_Contig_2536 83 . C A 2174.2 . 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AB=0.123684;ABP=470.425;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=2X1M1X;DP=380;DPB=380;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1812;QR=1261;RO=33;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=74.6689;RPR=47;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:164:19,23,122:19:717:23,122:899,4800:-404.21,-336.036,-387.862,-15.1551,0,-37.1759 1|0:216:14,24,176:14:544:24,176:913,7000:-602.269,-531.617,-569.089,-30.1688,0,-21.8903 dDocent_Contig_2538 7 . T C 255.104 . AB=0.338462;ABP=17.7429;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X2M;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=42.4916;EPPR=72.7387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=31.2727;MQMR=55.9722;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.318182;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=1361;RO=36;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=81.1833;RPR=22;RUN=1;SAF=21;SAP=42.4916;SAR=1;SRF=35;SRP=72.7387;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:14,4,3,12:14:523:4,3,12:146,19,233:-11.2041,-14.0302,-49.1636,-15.2899,-50.2439,-50.7208,0,-35.0631,-36.3157,-32.8171 0|1:32:22,0,0,10:22:838:0,0,10:0,0,291:-15.4947,-22.1174,-90.9289,-22.1174,-90.9289,-90.9289,0,-69.1203,-69.1203,-66.11 dDocent_Contig_2539 30 . T A 28754.4 . AB=0.571515;ABP=76.6189;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=947;CIGAR=1X;DP=1657;DPB=1657;DPRA=0;EPP=2059.39;EPPR=1540.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998944;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37536;QR=28324;RO=708;RPL=0;RPP=2059.39;RPPR=1540.41;RPR=947;RUN=1;SAF=947;SAP=2059.39;SAR=0;SRF=708;SRP=1540.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:864:308,556:308:12286:556:21992:-1717.38,0,-844.763 0/1:793:400,391:400:16038:391:15544:-1159.25,0,-1203.59 dDocent_Contig_2540 16 . C A 195.296 . AB=0.151261;ABP=128.718;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.2778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=712;QR=4039;RO=101;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=222.329;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:1120:6:236:-11.3755,0,-90.8494 0/1:85:73,12:73:2919:12:476:-9.34253,0,-237.215 dDocent_Contig_2541 47 . G A 236.266 . AB=0.292683;ABP=18.3165;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=33.8935;EPPR=350.653;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.988095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=5710;RO=168;RPL=2;RPP=26.6552;RPPR=350.653;RPR=16;RUN=1;SAF=17;SAP=33.8935;SAR=1;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:29,12:29:988:12:401:-24.0703,0,-76.8876 0/0:145:139,6:139:4722:6:199:0,-25.4132,-406.932 dDocent_Contig_2542 33 . T C 452.288 . 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AB=0.897628;ABP=1103.03;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=719;CIGAR=1X;DP=801;DPB=801;DPRA=0;EPP=1564.3;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6634;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984701;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28460;QR=3199;RO=82;RPL=0;RPP=1564.3;RPPR=181.071;RPR=719;RUN=1;SAF=719;SAP=1564.3;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:417:42,375:42:1644:375:14798:-1202.39,0,-22.6615 0/1:384:40,344:40:1555:344:13662:-1111.77,0,-24.5972 dDocent_Contig_2545 37 . A G 596.923 . AB=0.272727;ABP=42.4916;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=963;QR=2542;RO=64;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=141.985;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:57,16:57:2266:16:644:-36.3198,0,-182.138 0/1:15:7,8:7:276:8:319:-24.5609,0,-20.6904 dDocent_Contig_2546 27 . C T 149.402 . AB=0.113208;ABP=209.628;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=703;QR=5380;RO=141;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=309.188;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:79,10:79:3022:10:385:-8.2134,0,-245.306 0/1:70:62,8:62:2358:8:318:-7.91527,0,-191.323 dDocent_Contig_2547 19 . A G 997.447 . AB=0.435897;ABP=5.79424;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1375;QR=1758;RO=44;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=98.5551;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:19,31:19:757:31:1252:-97.8961,0,-53.3995 0/1:28:25,3:25:1001:3:123:-3.03595,0,-81.9584 dDocent_Contig_2548 7 . C T 7614.18 . AB=0.0526316;ABP=234.215;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M;DP=355;DPB=355;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.988889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=3443;RO=90;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=198.443;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:222:55,166,0:55:2101:166,0:6306,0:-494.538,0,-122.406,-511.095,-172.377,-683.482 0|1:133:35,91,7:35:1342:91,7:3484,272:-268.068,0,-82.7509,-256.252,-87.792,-364.296 dDocent_Contig_2549 156 . C G 249.678 . AB=0.185714;ABP=63.067;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=4543;RO=120;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=263.587;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=263.587;SRR=120;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:63,3:63:2366:3:114:0,-9.23876,-202.473 0/1:70:57,13:57:2177:13:516:-25.7125,0,-175.054 dDocent_Contig_2550 26 . C T 70.0726 . AB=0.112903;ABP=83.705;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=1.21569;EPP=18.2106;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.584906;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=4279;RO=106;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=233.186;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:55,7:55:2223:7:286:-7.45096,0,-181.561 0/0:51:51,0:51:2056:0:0:0,-15.3525,-185.222 dDocent_Contig_2552 12 . C T 220.397 . AB=0.0952381;ABP=32.8939;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=1629;RO=41;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=92.0407;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:29,0,2,4:29:1159:0,2,4:0,82,162:-4.68267,-13.4125,-108.908,-6.62613,-102.139,-101.537,0,-95.5485,-88.7791,-94.3444 0|0:21:12,2,0,7:12:470:2,0,7:80,0,270:-18.5454,-15.5644,-53.6129,-22.1577,-54.2149,-60.8061,0,-32.0483,-38.6397,-36.5325 dDocent_Contig_2553 30 . T A 1063.28 . AB=0.614035;ABP=9.44853;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.828571;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1378;QR=872;RO=22;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=50.7827;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:10,24:10:383:24:949:-75.4776,0,-24.5779 0/1:23:12,11:12:489:11:429:-32.0386,0,-37.4374 dDocent_Contig_2554 47 . G C 1191.09 . AB=0.148649;ABP=558.438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=518;DPB=518;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=960.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.87013;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3064;QR=17367;RO=441;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=960.63;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=441;SRP=960.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:248:211,37:211:8284:37:1487:-59.4203,0,-670.471 0/1:270:230,40:230:9083:40:1577:-60.8776,0,-735.667 dDocent_Contig_2555 98 . N C 84.893 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17977,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.98934,-0.60206,0 dDocent_Contig_2557 7 . A T 53088.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=87;CIGAR=1X1M;DP=1788;DPB=1788;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=58.0575;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3285;QR=1380;RO=36;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=81.1833;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:953:11,888,49:11:424:888,49:33803,1833:-2884.82,-232.495,0,-2738.3,-117.498,-2758.37 1|1:835:25,753,38:25:956:753,38:28776,1452:-2423.74,-148.23,0,-2312.69,-108.094,-2379.7 dDocent_Contig_2558 8 . A G 29769.3 . AB=0.801995;ABP=1035.2;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1045;CIGAR=1X4M;DP=1303;DPB=1303;DPRA=0;EPP=2186.17;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=50.689;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.972249;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35659;QR=3121;RO=80;RPL=0;RPP=2272.2;RPPR=176.728;RPR=1045;RUN=1;SAF=1035;SAP=2186.17;SAR=10;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:658:39,56,548:39:1522:56,548:2175,18645:-1516.78,-1354.21,-1462.47,-49.1896,0,-9.34113 1|1:645:41,80,497:41:1599:80,497:3074,17014:-1461.33,-1224.92,-1332.28,-117.305,0,-99.1318 dDocent_Contig_2559 98 . N G 308.655 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,6:0:0:6:168:-15.298,-1.80618,0 1/1:7:0,7:0:0:7:167:-15.2655,-2.10721,0 dDocent_Contig_2560 105 . N G 5098.31 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=171;CIGAR=2X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=374.332;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5656;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=374.332;RPPR=0;RPR=171;RUN=1;SAF=0;SAP=374.332;SAR=171;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:103:0,103:0:0:103:3400:-306.229,-31.0061,0 1|1:68:0,68:0:0:68:2256:-203.301,-20.47,0 dDocent_Contig_2561 53 . G C 56.1045 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.855422;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2993;RO=83;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:59,1:59:2116:1:37:0,-14.364,-186.991 0/1:28:24,4:24:877:4:160:-6.35517,0,-70.8171 dDocent_Contig_2562 55 . T C 1634.67 . AB=0.423841;ABP=10.6176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.62069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2328;QR=3261;RO=87;RPL=29;RPP=4.23175;RPPR=5.03202;RPR=35;RUN=1;SAF=29;SAP=4.23175;SAR=35;SRF=39;SRP=5.03202;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:51,42:51:1899:42:1519:-108.986,0,-143.162 0/1:58:36,22:36:1362:22:809:-55.6691,0,-105.399 dDocent_Contig_2563 64 . C T 205.627 . AB=0.297297;ABP=16.2152;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.48;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=1737;RO=51;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:865:0:0:0,-7.52575,-78.1673 0/1:37:26,11:26:872:11:357:-21.3075,0,-67.6499 dDocent_Contig_2564 75 . G A 305.092 . AB=0.184211;ABP=101.755;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=415.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1039;QR=6447;RO=190;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=415.59;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=190;SRP=415.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:97,9:97:3292:9:314:0,-3.31127,-267.919 0/1:114:93,21:93:3155:21:725:-31.2539,0,-249.873 dDocent_Contig_2565 9 . T G 30185 . AB=0.680908;ABP=428.845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1020;CIGAR=1M1D1M2X;DP=1498;DPB=1293.6;DPRA=0;EPP=2217.91;EPPR=1034.46;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38576;QR=18247;RO=475;RPL=0;RPP=2217.91;RPPR=1034.46;RPR=1020;RUN=1;SAF=1020;SAP=2217.91;SAR=0;SRF=475;SRP=1034.46;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:620:173,444:173:6633:444:16799:-1325.13,0,-410.849 0|1:878:302,576:302:11614:576:21777:-1694.55,0,-780.488 dDocent_Contig_2566 98 . N T 75.0741 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:3:0,2:0:0:2:41:-3.77898,-0.60206,0 dDocent_Contig_2568 90 . G A 30056.8 . AB=0.0949868;ABP=2163;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=144;CIGAR=1X3M1X;DP=1516;DPB=1516.8;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=45.8958;MQMR=57.2069;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.451389;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=17.5;PRO=0.5;QA=4883;QR=2942;RO=87;RPL=144;RPP=315.702;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:723:43,51,77,533:43:1452:51,77,533:1725,2484,18320:-1449.04,-1330.05,-1425.84,-1261.69,-1240.89,-1349.65,-89.1593,-68.3685,0,-39.8509 1|0:793:44,93,82,549:44:1490:93,82,549:3158,2630,18712:-1557.83,-1330.69,-1423.5,-1364.1,-1244.52,-1460.22,-119.575,0,-33.412,-75.1214 dDocent_Contig_2569 8 . A G 2551.69 . AB=0.345763;ABP=63.9661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X4M;DP=295;DPB=295;DPRA=0;EPP=215.9;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=52.3431;MQMR=59.6866;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.509804;PAIREDR=0.932836;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3700;QR=5141;RO=134;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=293.988;RPR=102;RUN=1;SAF=101;SAP=215.9;SAR=1;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:147:67,29,49:67:2562:29,49:1136,1775:-122.178,-54.6042,-254.569,0,-120.953,-193.938 0|1:148:67,24,53:67:2579:24,53:906,1925:-134.179,-84.1942,-288.722,0,-141.608,-195.8 dDocent_Contig_2571 78 . T C 38.1897 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.857143;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=1257;RO=36;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:746:0:0:0,-6.32163,-67.4655 0/1:18:15,3:15:511:3:107:-4.56363,0,-40.8952 dDocent_Contig_2572 40 . G A 100.993 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.636364;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1284;RO=32;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:877:0:0:0,-6.62266,-79.2424 0/1:14:10,4:10:407:4:163:-10.844,0,-32.776 dDocent_Contig_2573 98 . N A 94.3344 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42377,-0.90309,0 dDocent_Contig_2574 23 . T A 31200.5 . AB=0.393471;ABP=117.748;AC=4;AF=1;AN=4;AO=458;CIGAR=1X2M;DP=1164;DPB=1164;DPRA=0;EPP=997.545;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18129;QR=3732;RO=95;RPL=0;RPP=997.545;RPPR=209.3;RPR=458;RUN=1;SAF=458;SAP=997.545;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:621:36,343,239:36:1418:343,239:13481,9478:-1761.42,-663.478,-676.868,-992.138,0,-1036.84 1|1:543:59,265,219:59:2314:265,219:10409,8651:-1359.82,-521.524,-632.037,-665.77,0,-790.131 dDocent_Contig_2575 126 . T C 85.2017 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=451;RO=13;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=31.2394;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:233:3:117:-7.90008,0,-18.2781 0/1:7:6,1:6:218:1:39:-1.78935,0,-17.8603 dDocent_Contig_2577 8 . C G 3119.38 . AB=0.675325;ABP=44.1273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.932692;PAIREDR=0.86;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3989;QR=1922;RO=50;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=111.584;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:22,42:22:852:42:1613:-126.17,0,-57.7367 0/1:90:28,62:28:1070:62:2376:-186.957,0,-69.5118 dDocent_Contig_2578 29 . C T 32.8716 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=69.0688;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.526316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1484;RO=38;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=85.5263;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=69.0688;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:20,1:20:778:1:39:0,-2.79482,-66.4575 0/1:21:18,3:18:706:3:111:-4.0316,0,-57.5435 dDocent_Contig_2579 12 . A G 8948.07 . AB=0.260714;ABP=420.771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=219;CIGAR=2X5M;DP=840;DPB=840;DPRA=0;EPP=478.563;EPPR=145.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=16.5;MQM=42.7671;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.799087;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7841;QR=3169;RO=81;RPL=0;RPP=478.563;RPPR=178.9;RPR=219;RUN=1;SAF=219;SAP=478.563;SAR=0;SRF=77;SRP=145.872;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:404:30,89,63,31,19,110,17:30:1166:89,63,31,19,110,17:3492,2451,1225,657,4094,685:-490.72,-223.75,-292.768,-299.389,-119.197,-376.233,-401.097,-220.905,-296.544,-487.574,-448.313,-268.122,-343.76,-445.468,-538.402,-180.19,0,-75.6372,-177.345,-224.561,-242.885,-443.877,-263.685,-339.324,-441.032,-488.247,-220.124,-534.568 0|1:436:51,97,57,23,27,109,39:51:2003:97,57,23,27,109,39:3844,2258,914,1020,3747,1523:-405.276,-121.33,-256.873,-235.38,-100.824,-382.964,-347.156,-212.6,-326.65,-504.974,-337.979,-203.424,-317.474,-429.249,-494.593,-134.552,0,-114.047,-225.821,-216.644,-266.48,-295.492,-160.936,-274.987,-386.762,-377.585,-174.158,-448.494 dDocent_Contig_2581 34 . A C 54.1386 . AB=0.0881356;ABP=872.321;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=52;CIGAR=1M1I3M1X;DP=1084;DPB=1094.6;DPRA=1.19433;EPP=115.927;EPPR=2217.91;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2034;QR=40041;RO=1020;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=2217.91;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=1020;SRP=2217.91;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:590:536,52:536:21056:52:2034:-5.85755,0,-1716.12 0|0:494:484,0:484:18985:0:0:0,-145.699,-1707.01 dDocent_Contig_2582 15 . C T 99.7795 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.76087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1861;RO=46;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=102.898;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:19,5:19:771:5:192:-10.4216,0,-62.4853 0/0:28:27,1:27:1090:1:40:0,-4.43316,-94.3889 dDocent_Contig_2583 26 . C T 410.929 . AB=0.211111;ABP=68.251;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=1.36364;EPP=44.2683;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=759;QR=5495;RO=137;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=300.502;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:71,19:71:2831:19:759:-41.5366,0,-227.792 0/0:66:66,0:66:2664:0:0:0,-19.868,-239.871 dDocent_Contig_2584 17 . T C 2320.77 . AB=0.445714;ABP=7.48974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X3M1X6M1X;DP=175;DPB=174.5;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3006;QR=1728;RO=45;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=100.727;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:107:31,5,0,7,50:31:1177:5,0,7,50:192,0,277,1938:-149.883,-143.455,-238.462,-159.215,-239.967,-255.727,-136.416,-217.168,-232.928,-230.821,0,-80.7572,-96.5173,-73.7167,-81.4658 0|1:68:14,5,7,6,28:14:551:5,7,6,28:198,250,237,1068:-83.3827,-71.3008,-115.126,-67.2266,-96.2602,-110.449,-68.0935,-97.1279,-93.053,-111.618,0,-29.0344,-24.9627,-25.8272,-36.9016 dDocent_Contig_2585 74 . G A 575.621 . AB=0.352113;ABP=16.4979;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=883;QR=1711;RO=46;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:786:16:571:-40.5732,0,-59.9249 0/1:34:25,9:25:925:9:312:-18.1773,0,-73.3289 dDocent_Contig_2588 10 . A G 404.087 . AB=0.275862;ABP=28.3192;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=648;QR=1645;RO=42;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=94.2121;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:941:6:241:-13.0354,0,-75.9628 0/1:28:18,10:18:704:10:407:-28.5618,0,-55.2584 dDocent_Contig_2589 107 . N A 33.3233 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,2:0:0:2:36:-3.31301,-0.60206,0 dDocent_Contig_2590 107 . N G 66.6651 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_2592 54 . T C 7422.14 . AB=0.826855;ABP=265.62;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=234;CIGAR=1X;DP=283;DPB=283;DPRA=0;EPP=511.135;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9208;QR=1904;RO=49;RPL=234;RPP=511.135;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=234;SAP=511.135;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:21,112:21:802:112:4413:-357.088,0,-32.4544 0/1:150:28,122:28:1102:122:4795:-386.314,0,-54.3173 dDocent_Contig_2595 38 . T C 18272.9 . AB=0.588177;ABP=71.5582;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=597;CIGAR=1X;DP=1015;DPB=1015;DPRA=0;EPP=1299.38;EPPR=906.343;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23732;QR=16268;RO=416;RPL=0;RPP=1299.38;RPPR=906.343;RPR=597;RUN=1;SAF=597;SAP=1299.38;SAR=0;SRF=416;SRP=906.343;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:507:193,313:193:7509:313:12404:-962.769,0,-522.736 0/1:508:223,284:223:8759:284:11328:-865.715,0,-634.823 dDocent_Contig_2596 98 . N G 460.324 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,14:0:0:14:471:-42.7125,-4.21442,0 1/1:1:0,1:0:0:1:30:-2.99957,-0.30103,0 dDocent_Contig_2599 48 . A T 253.981 . AB=0.19697;ABP=55.6521;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.830189;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=2130;RO=53;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=118.098;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:921:4:160:-6.6562,0,-75.0679 0/1:39:30,9:30:1209:9:348:-19.9303,0,-97.3433 dDocent_Contig_2600 7 . T A 456.298 . AB=0.244186;ABP=51.8937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.047619;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=2475;RO=65;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=144.156;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,9:19:710:9:346:-23.0704,0,-55.7968 0/1:58:46,12:46:1765:12:454:-23.7479,0,-141.646 dDocent_Contig_2601 81 . T C 6558.39 . AB=0.201963;ABP=1496.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=391;CIGAR=1X;DP=1936;DPB=1936;DPRA=0;EPP=852.056;EPPR=3357.94;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997411;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13774;QR=54421;RO=1545;RPL=391;RPP=852.056;RPPR=3357.94;RPR=0;RUN=1;SAF=391;SAP=852.056;SAR=0;SRF=1545;SRP=3357.94;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1098:892,206:892:31421:206:7262:-323.115,0,-2496.47 0/1:838:653,185:653:23000:185:6512:-333.912,0,-1817.18 dDocent_Contig_2602 27 . C A 112.931 . AB=0.140351;ABP=67.0497;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=1;EPP=20.3821;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=4108;RO=106;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=233.186;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:49,8:49:1853:8:317:-11.7368,0,-149.825 0/0:57:57,0:57:2255:0:0:0,-17.1587,-203.129 dDocent_Contig_2604 7 . T G 373.271 . AB=0.432432;ABP=4.47751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9;MQMR=59.3485;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=2466;RO=66;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=146.327;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:751:16:540:-37.7692,0,-56.7589 0/0:50:45,4:45:1715:4:147:0,-1.38742,-140.842 dDocent_Contig_2606 110 . A T 1559.87 . AB=0.235897;ABP=239.289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=390;DPB=390;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3042;QR=9610;RO=297;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=647.938;RPR=92;RUN=1;SAF=0;SAP=202.786;SAR=92;SRF=0;SRP=647.938;SRR=297;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:204:171,33:171:5499:33:1116:-39.3333,0,-433.662 0/1:186:126,59:126:4111:59:1926:-117.842,0,-314.433 dDocent_Contig_2607 107 . N C 130.69 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:100:-9.24786,-1.20412,0 dDocent_Contig_2608 17 . T G 14440.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=437;CIGAR=1X;DP=477;DPB=477;DPRA=0;EPP=951.944;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17406;QR=1347;RO=34;RPL=0;RPP=951.944;RPPR=76.8404;RPR=437;RUN=1;SAF=437;SAP=951.944;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:268:20,246:20:797:246:9833:-812.317,-8.27217,0 1/1:209:14,191:14:550:191:7573:-631.396,-12.1503,0 dDocent_Contig_2609 25 . G A 193.311 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M6D1M;DP=69;DPB=63;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=2329;RO=60;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=133.299;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:39,1:39:1501:1:40:0,-8.04552,-131.355 0|1:29:21,8:21:828:8:316:-20.0758,0,-66.1097 dDocent_Contig_2611 17 . A C 207.777 . AB=0.0716253;ABP=581.597;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=2X2M1X;DP=363;DPB=358.2;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=41;MQMR=59.9215;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1042;QR=11530;RO=293;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=639.252;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:187:150,17,6,14:150:5908:17,6,14:682,240,566:-7.05986,0,-480.882,-32.4425,-466.23,-516.647,-6.56879,-440.36,-472.812,-488.368 0|0:176:143,9,18,6:143:5622:9,18,6:360,705,239:-14.9062,-30.3292,-490.024,0,-434.785,-456.994,-38.3588,-473.141,-442.82,-498.963 dDocent_Contig_2613 13 . C A 457.255 . AB=0.470588;ABP=3.26577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=721;RO=18;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=42.0968;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:9,12:9:358:12:475:-36.7802,0,-26.2614 0/1:13:9,4:9:363:4:152:-10.1338,0,-29.1202 dDocent_Contig_2614 19 . C T 596.174 . AB=0.291139;ABP=32.9436;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=932;QR=2225;RO=56;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=124.613;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:33,10:33:1300:10:404:-23.7758,0,-104.323 0/1:36:23,13:23:925:13:528:-37.03,0,-72.7161 dDocent_Contig_2615 9 . C T 31.7188 . AB=0.130435;ABP=30.2953;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.547619;EPP=9.52472;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=2401;RO=62;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=137.642;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:20,3:20:770:3:113:-3.61528,0,-62.704 0/0:42:42,0:42:1631:0:0:0,-12.6433,-147.052 dDocent_Contig_2616 98 . N T 131.765 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46369,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:90:-8.3974,-0.90309,0 dDocent_Contig_2617 159 . C A 38.5497 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=1.11111;EPP=7.35324;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=618;RO=17;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:278:2:77:-4.29853,0,-22.339 0/0:9:9,0:9:340:0:0:0,-2.70927,-30.9539 dDocent_Contig_2620 11 . G A 15239.8 . AB=0.737327;ABP=321.496;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=480;CIGAR=1X;DP=651;DPB=651;DPRA=0;EPP=1045.32;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19138;QR=6747;RO=170;RPL=0;RPP=1045.32;RPPR=372.161;RPR=480;RUN=1;SAF=480;SAP=1045.32;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:359:59,299:59:2364:299:11886:-960.748,0,-104.734 0/1:292:111,181:111:4383:181:7252:-564.42,0,-306.528 dDocent_Contig_2621 46 . G A 11313.4 . 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AB=0.82069;ABP=132.535;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4520;QR=977;RO=26;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=59.4686;RPR=119;RUN=1;SAF=0;SAP=261.416;SAR=119;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:14,61:14:533:61:2279:-182.747,0,-25.7367 0/1:70:12,58:12:444:58:2241:-180.826,0,-19.2268 dDocent_Contig_2624 16 . T C 10120.1 . AB=0.547697;ABP=15.0248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=333;CIGAR=1X;DP=608;DPB=608;DPRA=0;EPP=726.111;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13298;QR=11081;RO=275;RPL=0;RPP=726.111;RPPR=600.165;RPR=333;RUN=1;SAF=333;SAP=726.111;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:315:136,179:136:5477:179:7098:-543.657,0,-397.917 0/1:293:139,154:139:5604:154:6200:-469.538,0,-415.946 dDocent_Contig_2625 10 . T A 8109.47 . AB=0.522772;ABP=5.28497;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=264;CIGAR=1X3M;DP=505;DPB=505;DPRA=0;EPP=576.279;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.984848;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10430;QR=6084;RO=153;RPL=0;RPP=576.279;RPPR=335.246;RPR=264;RUN=1;SAF=264;SAP=576.279;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:242:63,52,127:63:2503:52,127:2057,5014:-393.575,-243.261,-433.664,0,-36.7794,-167.826 0|1:263:90,36,137:90:3581:36,137:1427,5416:-418.561,-328.198,-612.202,0,-177.386,-253.599 dDocent_Contig_2626 41 . C T 726.087 . AB=0.302083;ABP=35.6729;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=1.23077;EPP=65.983;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1133;QR=5830;RO=145;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=317.874;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:78:78,0:78:3143:0:0:0,-23.4803,-282.932 0/1:96:67,29:67:2687:29:1133:-73.3534,0,-213.044 dDocent_Contig_2627 29 . G C 66.8721 . 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AB=0.0740741;ABP=215.734;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X3M1X;DP=269;DPB=269;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=1655;RO=42;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=94.2121;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:134:21,0,112:21:826:0,112:0,4515:-365.95,-372.271,-440.215,0,-68.0629,-34.3475 0|0:135:21,10,104:21:829:10,104:393,4147:-335.162,-309.16,-374.363,0,-35.8916,-36.9085 dDocent_Contig_2629 19 . T A 217.759 . AB=0.127517;ABP=182.572;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=7.84211;EPP=44.2683;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=745;QR=5947;RO=149;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=326.56;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:769:0:0:0,-5.71957,-69.5306 0/1:149:130,19:130:5178:19:745:-22.5206,0,-421.024 dDocent_Contig_2630 69 . A T 134.175 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.770833;EPP=18.2106;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.428571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=2870;RO=77;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:48:47,0:47:1742:0:0:0,-14.1484,-156.894 0|1:37:30,7:30:1128:7:277:-14.1622,0,-90.6753 dDocent_Contig_2631 164 . C G 97.5372 . 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AB=0.174107;ABP=209.649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.7949;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1527;QR=7346;RO=185;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=404.733;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:112,17:112:4445:17:654:-20.3377,0,-361.174 0/1:95:73,22:73:2901:22:873:-50.1293,0,-232.602 dDocent_Contig_2633 144 . G A 579.399 . 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C T 546.897 . AB=0.463415;ABP=3.48696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=36.0395;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=750;QR=890;RO=22;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=50.7827;RPR=19;RUN=1;SAF=18;SAP=36.0395;SAR=1;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:9,13:9:363:13:506:-39.2589,0,-26.4114 0/1:19:13,6:13:527:6:244:-16.6193,0,-42.0561 dDocent_Contig_2651 7 . T A 203.616 . AB=0.309524;ABP=16.2459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29.125;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=2600;RO=69;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=152.842;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:29,13:29:1108:13:495:-20.8053,0,-87.3809 0/0:43:40,3:40:1492:3:117:0,-4.68834,-126.297 dDocent_Contig_2653 59 . G T 232.667 . AB=0.444444;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=30;MQMR=16.8361;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=624;QR=2451;RO=61;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=135.47;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:46,4:46:1856:4:156:0,-4.14186,-61.0436 0/1:27:15,12:15:595:12:468:-24.0114,0,-11.9798 dDocent_Contig_2654 125 . T G 355.012 . AB=0.361702;ABP=10.8184;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=966;RO=30;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=68.1545;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:13,12:13:411:12:411:-29.7934,0,-29.7673 0/1:22:17,5:17:555:5:147:-6.89629,0,-43.6343 dDocent_Contig_2655 16 . T C 220.976 . AB=0.208333;ABP=38.4777;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=2778;RO=70;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=155.013;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:38,10:38:1510:10:407:-22.5412,0,-121.694 0/0:34:32,2:32:1268:2:81:0,-2.54929,-106.7 dDocent_Contig_2656 133 . C A 780.9 . AB=0.108863;ABP=1382.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=1038;DPB=1038;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=2007.28;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4343;QR=36056;RO=923;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=2007.28;RPR=113;RUN=1;SAF=0;SAP=248.387;SAR=113;SRF=0;SRP=2007.28;SRR=923;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:612:554,56:554:21637:56:2155:-10.4146,0,-1761.9 0/1:426:369,57:369:14419:57:2188:-68.8637,0,-1168.5 dDocent_Contig_2657 11 . T G 56161.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1700;CIGAR=1X;DP=1809;DPB=1809;DPRA=0;EPP=3694.51;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66708;QR=4240;RO=108;RPL=0;RPP=3694.51;RPPR=237.529;RPR=1700;RUN=1;SAF=1700;SAP=3694.51;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:947:73,874:73:2881:874:34327:-2827.01,-25.678,0 1/1:862:35,826:35:1359:826:32381:-2788.88,-137.023,0 dDocent_Contig_2660 128 . C T 593.239 . AB=0.254098;ABP=67.0865;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=286;DPB=286;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=462.972;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.8494;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974895;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1606;QR=8089;RO=239;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=521.992;RPR=47;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=7;SRP=462.972;SRR=232;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:164:148,16:148:4999:16:534:0,-0.992052,-399.641 0/1:122:91,31:91:3090:31:1072:-60.0646,0,-229.888 dDocent_Contig_2661 42 . G A 116.697 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=2.11111;EPP=13.8677;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.695652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=878;RO=23;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=52.9542;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:536:5:194:-12.1133,0,-42.8639 0/0:9:9,0:9:342:0:0:0,-2.70927,-31.1356 dDocent_Contig_2662 170 . G A 312.934 . AB=0.215385;ABP=48.7448;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=2047;RO=51;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:22,7:22:879:7:286:-17.3849,0,-70.6872 0/1:36:29,7:29:1168:7:284:-15.0969,0,-94.5604 dDocent_Contig_2663 23 . T C 1129 . AB=0.454545;ABP=4.58955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.225;PAIREDR=0.458333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1555;QR=1917;RO=48;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=107.241;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:28,27:28:1119:27:1043:-77.5992,0,-84.4361 0/1:33:20,13:20:798:13:512:-36.4892,0,-62.2061 dDocent_Contig_2666 107 . N C 183.152 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:40:-3.7987,-0.60206,0 1/1:6:0,6:0:0:6:155:-14.2051,-1.80618,0 dDocent_Contig_2667 14 . G C 131.375 . AB=0.142857;ABP=80.5629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=44.8473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=385;QR=2289;RO=60;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=133.299;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=47;SRP=44.8473;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:886:6:228:-12.1521,0,-71.3258 0/1:41:37,4:37:1403:4:157:-2.16566,0,-114.205 dDocent_Contig_2668 105 . N T 36.1603 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=2X9I2X2M1X2M1X;DP=5;DPB=9.5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:75:-1.32941,-0.60206,0 1|1:3:0,3:0:0:3:112:-1.95909,-0.90309,0 dDocent_Contig_2669 26 . T C 1999.69 . AB=0.165447;ABP=667.007;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=683;DPB=683;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=1240.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.955752;PAIREDR=0.987719;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4516;QR=22614;RO=570;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=1240.75;RPR=113;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=570;SRP=1240.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:323:264,59:264:10481:59:2349:-114.33,0,-845.378 0/1:360:306,54:306:12133:54:2167:-86.8281,0,-982.737 dDocent_Contig_2670 23 . A G 230.127 . AB=0.0735294;ABP=110.434;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X;DP=68;DPB=67;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=56.9767;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=1659;RO=43;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=96.3836;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:21,1,3,4,0:21:806:1,3,4,0:28,117,155,0:-5.56162,-9.67554,-73.5064,-2.25484,-64.1881,-65.5003,0,-61.9224,-54.5176,-62.9333,-11.8833,-73.8075,-66.4034,-64.1374,-76.0231 0|0:38:22,3,2,2,8:22:853:3,2,2,8:114,74,21,307:-18.6383,-15.8981,-84.4556,-19.2001,-79.3039,-88.0533,-24.4909,-84.5707,-87.867,-93.3187,0,-60.1517,-63.4491,-68.7191,-67.0961 dDocent_Contig_2671 39 . T C 54.7419 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=1.59091;EPP=13.8677;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.826923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=1620;RO=52;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=115.927;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:30,5:30:947:5:179:-5.91789,0,-74.9862 0/0:22:22,0:22:673:0:0:0,-6.62266,-60.8602 dDocent_Contig_2673 17 . T A 139.348 . AB=0.125;ABP=120.27;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=595;QR=7134;RO=180;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=393.875;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:84,12:84:3327:12:477:-14.3785,0,-270.585 0/0:99:96,3:96:3807:3:118:0,-18.7992,-331.632 dDocent_Contig_2674 9 . C G 256.073 . AB=0.119342;ABP=308.848;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1101;QR=8135;RO=214;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=467.705;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:94,9:94:3596:9:349:-0.764801,0,-292.757 0/1:140:120,20:120:4539:20:752:-25.8615,0,-366.428 dDocent_Contig_2675 67 . T C 170.606 . AB=0.0972222;ABP=1321.94;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=1876;DPB=1876;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=3809.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99943;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4382;QR=58397;RO=1753;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=3809.6;RPR=0;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=1753;SRP=3809.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:936:845,91:845:28081:91:3323:-17.5043,0,-2244.98 0/0:940:908,29:908:30316:29:1059:0,-186.55,-2632.21 dDocent_Contig_2676 15 . G T 1344.74 . AB=0.478723;ABP=3.37991;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.288889;PAIREDR=0.326531;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1815;QR=1959;RO=49;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=109.412;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:24,24:24:950:24:970:-73.1472,0,-71.3526 0/1:46:25,21:25:1009:21:845:-62.5152,0,-77.2571 dDocent_Contig_2677 131 . G A 1877.45 . AB=0.492537;ABP=3.07512;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2541;QR=2649;RO=68;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=150.67;RPR=66;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:42,30:42:1632:30:1163:-83.2945,0,-125.442 0/1:62:26,36:26:1017:36:1378:-105.639,0,-73.1574 dDocent_Contig_2678 27 . G A 2240.74 . AB=0.14466;ABP=1132.65;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=149;CIGAR=1X;DP=1030;DPB=1030;DPRA=0;EPP=326.56;EPPR=1916.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5946;QR=34224;RO=881;RPL=0;RPP=326.56;RPPR=1916.08;RPR=149;RUN=1;SAF=149;SAP=326.56;SAR=0;SRF=881;SRP=1916.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:547:486,61:486:18853:61:2425:-53.7318,0,-1530.72 0/1:483:395,88:395:15371:88:3521:-171.53,0,-1236.95 dDocent_Contig_2679 209 . N G 2161.15 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2578;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:31:0,31:0:0:31:1180:-99.3079,-9.33193,0 1/1:35:0,35:0:0:35:1398:-116.506,-10.5361,0 dDocent_Contig_2680 98 . N A 124.947 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77091,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_2681 16 . G A 384.576 . AB=0.13242;ABP=260.027;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=438;DPB=438;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=854.227;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992347;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1815;QR=15532;RO=392;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=854.227;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=392;SRP=854.227;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:219:202,17:202:7994:17:650:0,-7.09976,-660.238 0/1:219:190,29:190:7538:29:1165:-39.2024,0,-612.116 dDocent_Contig_2682 1 . N G 66.6651 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_2684 24 . A G 336.688 . AB=0.309524;ABP=16.2459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.466667;PAIREDR=0.465753;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=2929;RO=73;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=161.528;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:44,2:44:1768:2:81:0,-6.16165,-151.649 0/1:42:29,13:29:1161:13:519:-34.4135,0,-92.1268 dDocent_Contig_2685 8 . G A 267.785 . AB=0.115854;ABP=423.429;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=328;DPB=328;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=624.081;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.1579;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.944828;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1466;QR=11006;RO=290;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=632.737;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=289;SRP=624.081;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:174,21:174:6580:21:809:-9.47676,0,-533.415 0/1:133:116,17:116:4426:17:657:-18.4902,0,-358.363 dDocent_Contig_2686 120 . G A 51.3615 . AB=0.0625;ABP=56.2114;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=2.13333;EPP=7.35324;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=29;MQMR=59.025;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=1355;RO=40;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=89.8692;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:15:15,0,0:15:515:0,0:0,0:0,-4.51545,-46.6769,-4.51545,-46.6769,-46.6769 0|0:32:25,2,5:25:840:2,5:70,173:-5.88087,-8.97804,-75.8636,0,-63.0954,-66.0293 dDocent_Contig_2687 33 . C A 164.522 . AB=0.146667;ABP=84.3392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0.806452;EPP=26.8965;EPPR=285.841;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.3057;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.585987;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=6228;RO=157;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=343.931;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=150;SRP=285.841;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:93:93,0:93:3686:0:0:0,-27.9958,-324.78 0/1:75:64,11:64:2542:11:438:-17.1969,0,-203.271 dDocent_Contig_2688 209 . N G 183.824 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:200:-18.3799,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2689 33 . G A 416.727 . AB=0.167832;ABP=140.056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=948;QR=4620;RO=118;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=259.244;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:72,11:72:2810:11:444:-15.3309,0,-228.04 0/1:60:46,13:46:1810:13:504:-27.5302,0,-144.947 dDocent_Contig_2690 86 . C T 86.9773 . AB=0.177778;ABP=43.5927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=2693;RO=80;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:43,3:43:1449:3:102:0,-4.33058,-121.186 0/1:45:37,8:37:1244:8:252:-9.44245,0,-98.7094 dDocent_Contig_2691 75 . T G 3248.61 . AB=0.0909091;ABP=50.9801;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3995;QR=1392;RO=37;RPL=106;RPP=233.186;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:30,3:30:1119:3:116:-0.883715,0,-91.071 1/1:110:7,103:7:273:103:3879:-324.287,-8.17529,0 dDocent_Contig_2692 19 . C T 102.914 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.92308;EPP=13.8677;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.757576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1329;RO=33;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=74.6689;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:522:0:0:0,-3.91339,-47.3269 0/1:25:20,5:20:807:5:202:-11.0361,0,-65.4203 dDocent_Contig_2693 104 . N T 178.763 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=4X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1|1:5:0,5:0:0:5:155:-14.2557,-1.50515,0 dDocent_Contig_2694 97 . T G 1445.77 . AB=0.380734;ABP=29.9445;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2343;QR=4355;RO=135;RPL=83;RPP=183.243;RPPR=296.159;RPR=0;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:78,56:78:2503:56:1602:-104.1,0,-185.189 0/1:84:57,27:57:1852:27:741:-41.6655,0,-141.671 dDocent_Contig_2696 19 . T C 1457.72 . AB=0.42735;ABP=8.37402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X2M;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.86;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2010;QR=2404;RO=62;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=137.642;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:21,4,13:21:821:4,13:162,521:-36.598,-29.5603,-95.849,0,-54.1265,-63.5737 0|1:79:41,1,37:41:1583:1,37:41,1489:-110.363,-119.321,-249.016,0,-126.597,-118.844 dDocent_Contig_2697 148 . T C 127.13 . AB=0.0995671;ABP=324.736;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.951923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=920;QR=8087;RO=208;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=454.677;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=454.677;SRR=208;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:108,10:108:4229:10:398:-0.655824,0,-345.082 0/1:113:100,13:100:3858:13:522:-13.3093,0,-313.235 dDocent_Contig_2698 20 . T C 317.34 . AB=0.229508;ABP=41.7764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.388889;PAIREDR=0.681818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=701;QR=3536;RO=88;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=194.1;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:41,4:41:1654:4:140:0,-0.610422,-136.15 0/1:61:47,14:47:1882:14:561:-32.4693,0,-151.216 dDocent_Contig_2700 8 . A G 25001.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=779;CIGAR=1X;DP=827;DPB=827;DPRA=0;EPP=1694.59;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.751;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997433;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29617;QR=1792;RO=47;RPL=0;RPP=1694.59;RPPR=105.07;RPR=779;RUN=1;SAF=779;SAP=1694.59;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:421:19,401:19:726:401:15211:-1302.49,-61.153,0 1/1:406:28,378:28:1066:378:14406:-1197.41,-25.9734,0 dDocent_Contig_2701 42 . G C 367.348 . AB=0.142105;ABP=214.397;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0;EPP=3.09072;EPPR=3.49285;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1047;QR=6363;RO=162;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=354.789;RPR=27;RUN=1;SAF=13;SAP=3.09072;SAR=14;SRF=78;SRP=3.49285;SRR=84;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:72,17:72:2816:17:662:-33.0223,0,-226.7 0/1:100:90,10:90:3547:10:385:-4.90096,0,-289.199 dDocent_Contig_2702 15 . T G 61673.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1771;CIGAR=1X;DP=1814;DPB=1814;DPRA=0;EPP=3848.69;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998871;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70282;QR=1682;RO=42;RPL=0;RPP=3848.69;RPPR=94.2121;RPR=1771;RUN=1;SAF=1771;SAP=3848.69;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:905:5,900:5:199:900:35844:-3204.4,-254.145,0 1/1:909:37,871:37:1483:871:34438:-2962.63,-140.031,0 dDocent_Contig_2703 7 . C T 7709.14 . AB=0.317073;ABP=289.009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=312;CIGAR=1X;DP=984;DPB=984;DPRA=0;EPP=680.51;EPPR=1460.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11869;QR=25738;RO=671;RPL=0;RPP=680.51;RPPR=1460.07;RPR=312;RUN=1;SAF=312;SAP=680.51;SAR=0;SRF=671;SRP=1460.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:487:343,143:343:13172:143:5439:-343.096,0,-1038.48 0/1:497:328,169:328:12566:169:6430:-429.006,0,-980.793 dDocent_Contig_2704 97 . T C 10222.1 . AB=0.301578;ABP=566.586;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=497;CIGAR=1X;DP=1648;DPB=1648;DPRA=0;EPP=1082.23;EPPR=2500.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16882;QR=37757;RO=1150;RPL=497;RPP=1082.23;RPPR=2500.2;RPR=0;RUN=1;SAF=497;SAP=1082.23;SAR=0;SRF=1150;SRP=2500.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:750:495,254:495:16266:254:8617:-549.794,0,-1238.03 0/1:898:655,243:655:21491:243:8265:-473.6,0,-1663.61 dDocent_Contig_2706 68 . T A 138.133 . AB=0.122642;ABP=134.118;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=3680;RO=93;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1918:7:278:-8.83371,0,-156.267 0/1:51:45,6:45:1762:6:235:-6.16798,0,-143.444 dDocent_Contig_2707 22 . T G 31501.2 . AB=0.810903;ABP=495.846;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=968;CIGAR=2X;DP=1113;DPB=1113;DPRA=0;EPP=2105;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38319;QR=5594;RO=140;RPL=0;RPP=2105;RPPR=307.016;RPR=968;RUN=1;SAF=968;SAP=2105;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:526:33,492:33:1322:492:19409:-1626.06,-39.1865,0 0|1:587:107,476:107:4272:476:18910:-1524.51,0,-208.537 dDocent_Contig_2708 80 . C T 875.881 . AB=0.603175;ABP=8.83536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=7;EPP=85.5263;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1189;QR=1147;RO=34;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:304:0:0:0,-2.70927,-27.6886 0/1:63:25,38:25:843:38:1189:-88.3328,0,-57.2154 dDocent_Contig_2709 7 . A T 1794.25 . AB=0.242515;ABP=195.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=334;DPB=334;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=535.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851852;PAIREDR=0.70751;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3118;QR=9540;RO=253;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=552.393;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=251;SRP=535.158;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:133,37:133:5024:37:1417:-76.6334,0,-401.032 0/1:164:120,44:120:4516:44:1701:-103.98,0,-357.15 dDocent_Contig_2711 18 . A C 34.2277 . AB=0.153846;ABP=16.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1.18182;EPP=7.35324;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=878;RO=22;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=50.7827;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:11,2:11:436:2:82:-3.86629,0,-35.681 0/0:11:11,0:11:442:0:0:0,-3.31133,-40.1354 dDocent_Contig_2712 68 . T A 6714.44 . AB=0.464143;ABP=8.61633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=233;CIGAR=1X;DP=502;DPB=502;DPRA=0;EPP=508.963;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9154;QR=10616;RO=269;RPL=233;RPP=508.963;RPPR=587.136;RPR=0;RUN=1;SAF=233;SAP=508.963;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:261:134,127:134:5296:127:5036:-374.563,0,-397.925 0/1:241:135,106:135:5320:106:4118:-298.07,0,-406.122 dDocent_Contig_2713 49 . G T 175.473 . 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AB=0.222973;ABP=101.666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.606061;PAIREDR=0.695652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1153;QR=3986;RO=115;RPL=21;RPP=8.34028;RPPR=9.82684;RPR=12;RUN=1;SAF=21;SAP=8.34028;SAR=12;SRF=67;SRP=9.82684;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:65,25:65:2268:25:875:-51.9749,0,-177.294 0/1:58:50,8:50:1718:8:278:-7.89814,0,-137.443 dDocent_Contig_2715 209 . N G 77.9879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_2717 156 . T A 646.18 . AB=0.0652174;ABP=78.5398;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=10M1X6M;DP=84;DPB=85.3529;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1407;RO=37;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:46:16,3,4,17,3:16:609:3,4,17,3:105,140,591,119:-43.2259,-39.4993,-88.5577,-36.6515,-78.071,-85.4092,0,-41.4237,-38.5768,-44.8472,-38.2421,-79.663,-76.8155,-40.1664,-87.3025 0|0:38:21,1,1,10,0:21:798:1,1,10,0:35,32,354,0:-22.5805,-26.0516,-91.2372,-26.3229,-88.9606,-91.5074,0,-62.7021,-62.9726,-62.5398,-28.9021,-91.5382,-91.8084,-65.5501,-94.3861 dDocent_Contig_2720 9 . C T 3630.87 . 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AB=0.145161;ABP=70.8163;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=370;QR=4712;RO=118;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=259.244;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:53,9:53:2125:9:354:-13.5507,0,-172.768 0/0:66:65,1:65:2587:1:16:0,-18.268,-231.365 dDocent_Contig_2723 145 . C T 384.531 . AB=0.395349;ABP=7.10075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=577;QR=837;RO=26;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=59.4686;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:13,14:13:418:14:477:-35.1276,0,-29.8008 0/1:16:13,3:13:419:3:100:-4.51389,0,-33.2042 dDocent_Contig_2724 98 . N T 76.2086 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_2725 52 . A C 2086.19 . AB=0.402778;ABP=8.92153;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=5M2X;DP=137;DPB=136;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1157;QR=1944;RO=51;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:32,0,29,11:32:1194:0,29,11:0,1157,436:-85.6519,-95.2848,-193.009,0,-97.7183,-88.9885,-59.3976,-157.12,-61.8244,-153.808 0|0:65:19,7,0,39:19:750:7,0,39:253,0,1575:-124.156,-109.238,-168.841,-129.875,-170.948,-191.588,0,-41.1023,-61.7373,-49.9971 dDocent_Contig_2726 37 . T A 2370.82 . AB=0.227571;ABP=297.613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=457;DPB=457;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=769.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985836;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4172;QR=14101;RO=353;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=769.54;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=353;SRP=769.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:234:162,72:162:6485:72:2874:-188.319,0,-512.928 0/1:223:191,32:191:7616:32:1298:-49.952,0,-617.913 dDocent_Contig_2727 40 . G A 2267.11 . AB=0.421875;ABP=13.1891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3169;QR=4408;RO=111;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=244.044;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:101,51:101:4004:51:1978:-132.467,0,-314.596 0/1:40:10,30:10:404:30:1191:-95.4326,0,-24.6789 dDocent_Contig_2728 98 . N G 103.164 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:76:-7.09164,-0.90309,0 dDocent_Contig_2730 73 . C G 418.179 . AB=0.435897;ABP=4.40227;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=601;QR=839;RO=22;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:8,14:8:296:14:500:-38.7021,0,-20.3697 0/1:17:14,3:14:543:3:101:-4.30418,0,-44.0983 dDocent_Contig_2732 7 . T C 13674.4 . AB=0.0856031;ABP=386.347;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=2X2M;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=854;QR=1816;RO=47;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=105.07;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:257:21,210,22:21:813:210,22:8053,854:-658.028,-3.3856,-6.95582,-594.178,0,-654.343 0|0:263:26,227,0:26:1003:227,0:8749,0:-710.602,0,-14.0382,-718.429,-82.372,-800.797 dDocent_Contig_2733 60 . A G 132.744 . AB=0.147059;ABP=76.5849;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=380;QR=2172;RO=58;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:35,4:35:1273:4:154:-2.49271,0,-103.09 0/1:29:23,6:23:899:6:226:-11.9663,0,-72.4852 dDocent_Contig_2735 209 . N G 179.097 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:146:-13.4926,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 dDocent_Contig_2737 165 . G T 3516 . AB=0.497976;ABP=3.01909;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=133;CIGAR=1X;DP=370;DPB=370;DPRA=0;EPP=291.816;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5100;QR=9027;RO=229;RPL=133;RPP=291.816;RPPR=500.277;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=291.816;SAR=133;SRF=0;SRP=500.277;SRR=229;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:123:113,10:113:4414:10:381:0,-2.38638,-362.591 0/1:247:116,123:116:4613:123:4719:-352.345,0,-342.777 dDocent_Contig_2738 23 . A T 906.13 . AB=0.278689;ABP=54.9121;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X2M;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1354;QR=2879;RO=74;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=163.699;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:35,5,26:35:1330:5,26:180,1026:-73.8915,-69.7502,-177.284,0,-94.3841,-101.238 0|1:56:39,9,8:39:1549:9,8:360,328:-17.9093,0,-124.797,-2.57221,-100.432,-127.679 dDocent_Contig_2739 27 . G A 31675.5 . AB=0.887125;ABP=741.085;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=967;CIGAR=1X;DP=1062;DPB=1062;DPRA=0;EPP=2102.82;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38291;QR=3630;RO=93;RPL=0;RPP=2102.82;RPPR=204.957;RPR=967;RUN=1;SAF=967;SAP=2102.82;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:567:63,503:63:2474:503:19865:-1615.46,0,-52.0128 1/1:495:30,464:30:1156:464:18426:-1552.53,-44.5008,0 dDocent_Contig_2740 22 . A T 24301.6 . 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G C 141.058 . AB=0.149254;ABP=74.6041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=579;QR=4636;RO=120;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=263.587;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:63,5:63:2431:5:193:0,-2.73912,-201.259 0/1:67:57,10:57:2205:10:386:-14.8504,0,-178.5 dDocent_Contig_2744 7 . A T 1601.48 . AB=0.308057;ABP=70.5318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8615;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.527397;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2492;QR=5584;RO=146;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=320.045;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:51,52:51:1948:52:1987:-148.065,0,-144.556 0/1:108:95,13:95:3636:13:505:-13.2712,0,-294.852 dDocent_Contig_2745 86 . C G 317.866 . AB=0.117534;ABP=662.439;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=1073;DPB=1073;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=2198.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2097;QR=34280;RO=1011;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=2198.37;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=1011;SRP=2198.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:519:458,61:458:15526:61:2091:-32.2303,0,-1240.96 0/0:554:553,1:553:18754:1:6:0,-166.171,-1687 dDocent_Contig_2746 12 . T C 148.343 . AB=0.0714286;ABP=70.0157;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.72549;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2019;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:24,1,1,2:24:940:1,1,2:41,41,79:0,-3.83817,-80.8206,-3.83817,-77.7368,-80.8206,-0.731183,-74.6204,-74.6204,-77.4031 0|0:42:27,5,7,3:27:1079:5,7,3:188,287,121:-15.5718,-8.31188,-95.6765,0,-73.4912,-86.7789,-13.7238,-87.2073,-78.9113,-101.699 dDocent_Contig_2748 15 . G C 1548.86 . AB=0.2625;ABP=120.596;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=380.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2525;QR=6857;RO=174;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=380.846;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:62,28:62:2428:28:1116:-73.6316,0,-191.587 0/1:150:112,35:112:4429:35:1409:-82.4425,0,-353.947 dDocent_Contig_2749 35 . T C 309.653 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M1X1M2X2M1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=17;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:10:0,4,6:0:0:4,6:125,171:-17.5676,-12.765,-11.5609,-5.00933,0,-3.20315 1|1:9:0,9,0:0:0:9,0:299,0:-13.8404,-2.70927,0,-13.8404,-2.70927,-13.8404 dDocent_Contig_2750 53 . G A 318.513 . AB=0.352941;ABP=9.39698;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.791045;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=2642;RO=67;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=6.93191;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=3.17734;SAR=7;SRF=39;SRP=6.93191;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:45,1:45:1772:1:35:0,-10.3487,-156.215 0/1:34:22,12:22:870:12:472:-32.596,0,-68.3802 dDocent_Contig_2751 75 . G T 11239.3 . AB=0.441292;ABP=33.6064;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=451;CIGAR=1X;DP=1022;DPB=1022;DPRA=0;EPP=982.344;EPPR=1242.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15919;QR=21658;RO=571;RPL=451;RPP=982.344;RPPR=1242.92;RPR=0;RUN=1;SAF=451;SAP=982.344;SAR=0;SRF=571;SRP=1242.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:428:272,156:272:10340:156:5503:-366.558,0,-801.402 0/1:594:299,295:299:11318:295:10416:-758.556,0,-839.392 dDocent_Contig_2752 10 . A G 1115.28 . AB=0.357143;ABP=22.8638;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.611111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1620;QR=2852;RO=72;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=159.356;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:33,9:33:1309:9:364:-20.4817,0,-105.431 0/1:70:39,31:39:1543:31:1256:-92.2347,0,-118.038 dDocent_Contig_2753 146 . G A 2003.86 . AB=0.738636;ABP=46.5385;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2528;QR=913;RO=23;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=52.9542;RPR=65;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:17,23:17:669:23:899:-69.1744,0,-48.4957 0/1:48:6,42:6:244:42:1629:-132.4,0,-7.88938 dDocent_Contig_2754 16 . T G 8435.95 . AB=0.379182;ABP=105.328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=306;CIGAR=1X;DP=807;DPB=807;DPRA=0;EPP=667.481;EPPR=1090.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992016;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12090;QR=19906;RO=501;RPL=0;RPP=667.481;RPPR=1090.92;RPR=306;RUN=1;SAF=306;SAP=667.481;SAR=0;SRF=501;SRP=1090.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:478:251,227:251:9981:227:8949:-661.048,0,-753.753 0/1:329:250,79:250:9925:79:3141:-183.735,0,-793.587 dDocent_Contig_2756 81 . T C 42.4926 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=292;QR=2923;RO=76;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1357:5:182:-4.69289,0,-110.373 0/0:44:41,3:41:1566:3:110:0,-2.9849,-130.948 dDocent_Contig_2757 40 . C T 457.498 . AB=0.0875;ABP=121.247;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X4M;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.660377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=2042;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:16,8,2:16:636:8,2:323,75:-21.8338,0,-49.9745,-20.514,-46.2432,-72.2706 0|1:54:37,11,5:37:1406:11,5:440,201:-25.1044,0,-111.953,-19.6783,-98.6979,-133.442 dDocent_Contig_2758 87 . G A 776.617 . AB=0.135135;ABP=1029.82;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=888;DPB=888;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=1668.53;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994785;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3838;QR=25049;RO=767;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=1668.53;RPR=0;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=767;SRP=1668.53;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:497:424,72:424:13861:72:2312:-58.936,0,-1098.03 0/1:391:343,48:343:11188:48:1526:-19.9141,0,-889.232 dDocent_Contig_2759 18 . T C 41436.3 . 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AB=0.430769;ABP=5.71629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.864865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1116;QR=1416;RO=37;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=83.3548;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:12,16:12:451:16:627:-48.3316,0,-32.4912 0/1:37:25,12:25:965:12:489:-33.2232,0,-76.0073 dDocent_Contig_2761 98 . N T 3916.18 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4342;QR=0;RO=0;RPL=128;RPP=280.959;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:0,81:0:0:81:2726:-245.587,-24.3834,0 1/1:47:0,47:0:0:47:1616:-145.73,-14.1484,0 dDocent_Contig_2763 9 . C T 129.948 . AB=0.145161;ABP=70.8163;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=2X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.845361;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=419;QR=3709;RO=97;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=213.643;RPR=11;RUN=1;SAF=10;SAP=19.0002;SAR=1;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:52:49,2,1:49:1852:2,1:76,39:0,-8.52406,-159.714,-11.5413,-157.11,-163.042 0|1:62:48,9,5:48:1857:9,5:343,156:-13.7395,0,-149.911,-16.2286,-140.639,-167.27 dDocent_Contig_2764 7 . T G 128.851 . AB=0.158537;ABP=86.0559;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=33.8502;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.371981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=458;QR=7884;RO=207;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=452.505;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:69,13:69:2605:13:419:-13.3288,0,-136.904 0/0:139:138,1:138:5279:1:39:0,-37.9466,-282.998 dDocent_Contig_2765 8 . A G 12784.7 . AB=0.0390977;ABP=1230.04;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=2X6M;DP=665;DPB=665;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=978;QR=759;RO=20;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=46.4397;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:318:10,102,76,106,8:10:378:102,76,106,8:3951,2836,4017,305:-619.905,-298.364,-298.641,-396.281,-102.713,-404.386,-293.573,0,-97.9247,-292.647,-597.894,-304.325,-402.243,-299.535,-626.469 1|1:347:10,98,83,123,18:10:381:98,83,123,18:3804,3115,4654,673:-659.757,-350.269,-352.02,-412.717,-131.47,-418.984,-281.252,0,-62.455,-275.477,-607.658,-326.411,-388.86,-257.395,-633.492 dDocent_Contig_2766 16 . T A 14388 . AB=0.793333;ABP=451.434;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=476;CIGAR=1X;DP=600;DPB=600;DPRA=0;EPP=1036.63;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18013;QR=4784;RO=124;RPL=0;RPP=1036.63;RPPR=272.273;RPR=476;RUN=1;SAF=476;SAP=1036.63;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:318:63,255:63:2392:255:9632:-770.831,0,-119.73 0/1:282:61,221:61:2392:221:8381:-669.154,0,-130.563 dDocent_Contig_2767 23 . T C 63.1443 . AB=0.102564;ABP=217.04;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X2M1X;DP=411;DPB=411;DPRA=0;EPP=17.8158;EPPR=797.769;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=43.7273;MQMR=58.7213;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.956284;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1258;QR=14582;RO=366;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=797.769;RPR=33;RUN=1;SAF=24;SAP=17.8158;SAR=9;SRF=366;SRP=797.769;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:156:133,16:133:5286:16:612:-6.75813,0,-423.949 0|0:255:233,17:233:9296:17:646:0,-21.0317,-768.251 dDocent_Contig_2768 147 . T A 269.608 . AB=0.222222;ABP=39.2015;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=1667;RO=42;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=94.2121;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:25,7:25:999:7:284:-16.301,0,-80.5761 0/1:22:17,5:17:668:5:201:-11.8482,0,-53.8246 dDocent_Contig_2769 7 . T C 4050.99 . AB=0.665049;ABP=51.7525;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=137;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5199;QR=2636;RO=69;RPL=0;RPP=300.502;RPPR=152.842;RPR=137;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:27,105:27:1036:105:3989:-319.374,0,-53.8124 0/1:74:42,32:42:1600:32:1210:-86.9133,0,-121.992 dDocent_Contig_2771 73 . C A 682.225 . AB=0.296703;ABP=35.6778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1068;QR=2461;RO=64;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:45,24:45:1738:24:951:-65.1233,0,-135.894 0/1:22:19,3:19:723:3:117:-4.28755,0,-58.7739 dDocent_Contig_2772 106 . N G 699.718 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=23;CIGAR=2X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.6572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=774;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:23:0,23:0:0:23:774:-69.9718,-6.92369,0 dDocent_Contig_2774 25 . T C 20143.7 . AB=0.739683;ABP=160.19;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=598;CIGAR=1X;DP=695;DPB=695;DPRA=0;EPP=1301.55;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24026;QR=3851;RO=96;RPL=0;RPP=1301.55;RPPR=211.472;RPR=598;RUN=1;SAF=598;SAP=1301.55;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:380:14,365:14:562:365:14669:-1268.1,-63.5784,0 0/1:315:82,233:82:3289:233:9357:-746.708,0,-201.244 dDocent_Contig_2775 173 . C G 788.476 . AB=0.435484;ABP=5.25182;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1089;QR=1410;RO=35;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:15,19:15:603:19:763:-58.7552,0,-44.3724 0/1:28:20,8:20:807:8:326:-21.2808,0,-64.5177 dDocent_Contig_2776 31 . G C 44097.5 . 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AB=0.181818;ABP=41.702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M2X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=1202;RO=35;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:14,4:14:481:4:137:-6.91721,0,-37.8691 0|1:25:21,4:21:721:4:134:-4.86513,0,-57.6847 dDocent_Contig_2779 34 . C T 1533.23 . AB=0.615385;ABP=13.5336;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=71.4117;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2015;QR=890;RO=35;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=79.0118;RPR=56;RUN=1;SAF=49;SAP=71.4117;SAR=7;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:22,30:22:567:30:1116:-85.0639,0,-35.6269 0/1:39:13,26:13:323:26:899:-69.4475,0,-17.5739 dDocent_Contig_2780 26 . C T 195.256 . AB=0.209302;ABP=34.5724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=5.375;EPP=22.5536;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=1678;RO=42;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=94.2121;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:318:0:0:0,-2.40824,-28.9846 0/1:43:34,9:34:1360:9:365:-20.2702,0,-109.707 dDocent_Contig_2781 15 . G A 2895.06 . AB=0.583851;ABP=12.8426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=190.127;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851064;PAIREDR=0.970149;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3764;QR=2673;RO=67;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=148.499;RPR=94;RUN=1;SAF=92;SAP=190.127;SAR=2;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:41,31:41:1655:31:1227:-89.0292,0,-127.5 0/1:89:26,63:26:1018:63:2537:-201.666,0,-65.1162 dDocent_Contig_2782 45 . T C 2338.11 . 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AB=0.146199;ABP=188.932;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=1X2M1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.96;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=974;QR=1471;RO=38;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:80:18,13,49:18:692:13,49:516,1920:-152.447,-115.387,-168.278,0,-14.3163,-42.0489 0|0:91:20,12,59:20:779:12,59:458,2338:-186.42,-154.876,-215.288,0,-26.4667,-46.2697 dDocent_Contig_2786 33 . G A 17367.6 . 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AB=0.309091;ABP=20.4216;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X2M1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.529412;PAIREDR=0.473684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=1510;RO=38;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=85.5263;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:26,13:26:1035:13:512:-34.6832,0,-81.7067 0|1:16:12,4:12:475:4:157:-9.6907,0,-38.2849 dDocent_Contig_2788 39 . T G 61.8589 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.125;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4894;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1889;RO=47;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=105.07;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:963:0:0:0,-7.22472,-86.9678 0/1:27:23,4:23:926:4:163:-6.93062,0,-74.959 dDocent_Contig_2789 85 . A G 184.908 . AB=0.583333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=2.4;EPP=18.2106;EPPR=24.725;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=250;QR=348;RO=10;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=24.725;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=10;SRP=24.725;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:5:5,0:5:175:0:0:0,-1.50515,-16.0937 0/1:12:5,7:5:173:7:250:-19.2343,0,-12.2976 dDocent_Contig_2790 58 . A G 39.4954 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0.818182;EPP=7.35324;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=682;RO=18;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:400:0:0:0,-3.31133,-36.3295 0/1:9:7,2:7:282:2:78:-4.6942,0,-23.0439 dDocent_Contig_2791 24 . A T 772.485 . AB=0.2;ABP=143.722;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=3.39623;EPP=81.1833;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1466;QR=7838;RO=197;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=430.79;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2114:0:0:0,-15.9546,-190.44 0/1:180:144,36:144:5724:36:1466:-77.9932,0,-460.779 dDocent_Contig_2792 12 . T A 61.3154 . AB=0.115385;ABP=69.8248;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=1.04;EPP=16.0391;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.8333;MQMR=59.8958;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.989583;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=3880;RO=96;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=211.472;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:46,6:46:1853:6:243:-6.57524,0,-151.277 0/0:50:50,0:50:2027:0:0:0,-15.0515,-182.61 dDocent_Contig_2794 10 . T A 40277.9 . 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AB=0.253968;ABP=36.1339;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.827273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=4435;RO=110;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=241.872;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:63,1:63:2525:1:41:0,-15.1714,-223.293 0/1:63:47,16:47:1910:16:640:-38.9677,0,-153.127 dDocent_Contig_2797 107 . N C 545.55 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=596;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:260:-23.7183,-2.40824,0 1/1:11:0,11:0:0:11:336:-30.5355,-3.31133,0 dDocent_Contig_2798 28 . C T 266.264 . 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AB=0.203252;ABP=97.0898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=984;QR=3927;RO=98;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:54,11:54:2172:11:437:-20.1178,0,-176.084 0/1:58:44,14:44:1755:14:547:-32.1104,0,-140.705 dDocent_Contig_2802 18 . G C 2677.71 . 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AB=0.167376;ABP=680.513;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=118;CIGAR=1X;DP=1260;DPB=1260;DPRA=1.27027;EPP=259.244;EPPR=2482.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4562;QR=43973;RO=1142;RPL=118;RPP=259.244;RPPR=2482.83;RPR=0;RUN=1;SAF=118;SAP=259.244;SAR=0;SRF=1142;SRP=2482.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:705:587,118:587:22555:118:4562:-198.353,0,-1816.18 0/0:555:555,0:555:21418:0:0:0,-167.072,-1926.16 dDocent_Contig_2805 18 . G A 5790.55 . AB=0.786957;ABP=167.513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=181;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=396.047;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.983425;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7216;QR=1910;RO=49;RPL=0;RPP=396.047;RPPR=109.412;RPR=181;RUN=1;SAF=181;SAP=396.047;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:30,86:30:1170:86:3467:-277.141,0,-70.6443 0/1:114:19,95:19:740:95:3749:-303.103,0,-32.5998 dDocent_Contig_2806 129 . C T 595.54 . AB=0.206061;ABP=126.837;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.653846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1217;QR=4471;RO=130;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=285.302;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=285.302;SRR=130;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:71,13:71:2447:13:464:-16.8113,0,-195.208 0/1:81:59,21:59:2024:21:753:-43.9312,0,-158.278 dDocent_Contig_2807 18 . T C 138.146 . AB=0.116667;ABP=156.171;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=9132;RO=246;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=537.193;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:105,14:105:3933:14:554:-14.2583,0,-318.135 0/0:142:141,1:141:5199:1:10:0,-41.7463,-466.926 dDocent_Contig_2808 8 . G C 206.388 . AB=0.272727;ABP=17.8158;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=2.2;EPP=22.5536;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=344;QR=1481;RO=39;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=87.6977;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:553:0:0:0,-4.51545,-50.1032 0/1:33:24,9:24:928:9:344:-21.3835,0,-73.9012 dDocent_Contig_2809 12 . G C 757.89 . AB=0.457627;ABP=3.93042;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X1M1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1045;QR=1253;RO=32;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=72.4974;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:15,14:15:589:14:536:-39.8505,0,-44.6142 0|1:30:17,13:17:664:13:509:-37.127,0,-51.061 dDocent_Contig_2811 40 . C A 1885.81 . AB=0.310638;ABP=76.2028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2889;QR=6512;RO=162;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=354.789;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:62,13:62:2486:13:519:-24.4775,0,-201.301 0/1:160:100,60:100:4026:60:2370:-165.292,0,-314.142 dDocent_Contig_2813 66 . C T 85.9279 . AB=0.142857;ABP=88.3181;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.787879;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=2273;RO=66;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=146.327;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=146.327;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:37,7:37:1274:7:219:-6.76924,0,-101.712 0/1:33:29,4:29:999:4:140:-3.0108,0,-80.2854 dDocent_Contig_2814 23 . A T 1366.46 . AB=0.253112;ABP=130.605;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1M3D2M2X;DP=241;DPB=218.125;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918033;PAIREDR=0.982558;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2313;QR=6674;RO=172;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=376.504;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:110:93,16:93:3637:16:598:-20.94,0,-294.199 0|1:131:79,45:79:3037:45:1715:-116.894,0,-235.754 dDocent_Contig_2815 120 . A C 980.214 . AB=0.235772;ABP=152.189;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=460;DPB=460;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=843.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2154;QR=12979;RO=387;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=843.37;RPR=65;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=843.37;SRR=387;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:214:202,7:202:6696:7:243:0,-41.0516,-580.557 0/1:246:185,58:185:6283:58:1911:-98.7661,0,-492.113 dDocent_Contig_2816 7 . G T 979.271 . AB=0.212014;ABP=206.875;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=283;DPB=283;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2035;QR=7276;RO=220;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=480.734;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:111,21:111:3700:21:650:-18.9167,0,-293.293 0/1:150:109,39:109:3576:39:1385:-80.1989,0,-277.284 dDocent_Contig_2817 10 . T C 18172.8 . AB=0.101463;ABP=1512.29;AC=0;AF=0;AN=4;AO=111;CIGAR=1X2M1X;DP=1094;DPB=1094;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=825.998;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997361;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4399;QR=14833;RO=379;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=825.998;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=379;SRP=825.998;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:558:183,75,287:183:7145:75,287:2975,11394:-882.829,-693.035,-1257.77,0,-342.425,-500.914 0|0:536:196,36,304:196:7688:36,304:1424,12082:-935.637,-877.454,-1498.83,0,-515.029,-540.702 dDocent_Contig_2819 8 . G A 1003.32 . AB=0.29927;ABP=50.957;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.84375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1579;QR=3686;RO=96;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=211.472;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:50,13:50:1910:13:497:-26.1116,0,-153.179 0/1:74:46,28:46:1776:28:1082:-75.4091,0,-137.817 dDocent_Contig_2820 22 . C A 4210.16 . 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AB=0.121739;ABP=145.931;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=4041;RO=101;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=222.329;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:51,7:51:2048:7:281:-8.20244,0,-167.044 0/1:57:50,7:50:1993:7:272:-7.68279,0,-162.401 dDocent_Contig_2824 36 . G A 5399.64 . AB=0.818627;ABP=182.902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=167;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=357.012;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958084;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6694;QR=1475;RO=37;RPL=0;RPP=365.646;RPPR=83.3548;RPR=167;RUN=1;SAF=166;SAP=357.012;SAR=1;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:10,101:10:398:101:4065:-332.41,0,-2.76451 0/1:93:27,66:27:1077:66:2629:-208.74,0,-69.2262 dDocent_Contig_2825 18 . A G 110.125 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0.657143;EPP=13.8677;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.773585;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2027;RO=53;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=118.098;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:677:5:200:-11.4562,0,-54.3242 0/0:35:35,0:35:1350:0:0:0,-10.536,-121.77 dDocent_Contig_2827 42 . T A 433.882 . AB=0.148936;ABP=53.3238;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X2M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=936;RO=24;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=55.1256;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:12,2,8:12:467:2,8:81,303:-21.2012,-18.1292,-55.9127,0,-31.6845,-35.9577 0|0:25:12,5,8:12:469:5,8:201,327:-23.3754,-10.4261,-47.4682,0,-21.9826,-36.1418 dDocent_Contig_2828 126 . C G 1430.66 . AB=0.15194;ABP=979.508;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=141;CIGAR=1X;DP=928;DPB=928;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=1709.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4699;QR=26055;RO=786;RPL=0;RPP=309.188;RPPR=1709.79;RPR=141;RUN=1;SAF=0;SAP=309.188;SAR=141;SRF=0;SRP=1709.79;SRR=786;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:495:444,50:444:14898:50:1681:-2.73853,0,-1191.87 0/1:433:342,91:342:11157:91:3018:-141.514,0,-873.775 dDocent_Contig_2829 33 . T G 10119.8 . AB=0.645545;ABP=95.9278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=326;CIGAR=1X3M;DP=505;DPB=505;DPRA=0;EPP=710.91;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12890;QR=6183;RO=158;RPL=0;RPP=710.91;RPPR=346.103;RPR=326;RUN=1;SAF=326;SAP=710.91;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:299:51,16,232:51:1993:16,232:614,9153:-737.689,-702.652,-861.68,0,-113.462,-94.0115 0|1:206:107,0,94:107:4190:0,94:0,3737:-275.48,-307.69,-652.2,0,-344.55,-316.253 dDocent_Contig_2830 28 . G A 202.304 . AB=0.177419;ABP=59.0483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.901961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=2013;RO=51;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:1248:5:200:-7.54246,0,-101.754 0/1:26:20,6:20:765:6:237:-13.8764,0,-61.3344 dDocent_Contig_2831 38 . A G 763.825 . AB=0.29703;ABP=39.1513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1190;QR=2745;RO=70;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=155.013;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:32,24:32:1247:24:949:-68.7499,0,-95.5479 0/1:44:38,6:38:1498:6:241:-8.82098,0,-121.816 dDocent_Contig_2832 83 . G A 87.3994 . AB=0.277778;ABP=10.7311;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=907;RO=27;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:466:1:35:0,-1.01682,-38.759 0/1:18:13,5:13:441:5:162:-9.48092,0,-34.5976 dDocent_Contig_2833 97 . C A 2053.89 . AB=0.135861;ABP=2190.14;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=258;CIGAR=1X;DP=1899;DPB=1899;DPRA=0;EPP=563.25;EPPR=3564.23;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8640;QR=51674;RO=1640;RPL=258;RPP=563.25;RPPR=3564.23;RPR=0;RUN=1;SAF=258;SAP=563.25;SAR=0;SRF=1640;SRP=3564.23;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1045:891,154:891:28051:154:5161:-150.093,0,-2209.66 0/1:854:749,104:749:23623:104:3479:-56.485,0,-1868.96 dDocent_Contig_2834 11 . G T 827.251 . AB=0.19802;ABP=163.011;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X3M;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=320.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.925;PAIREDR=0.974026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1583;QR=5835;RO=154;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=337.417;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=152;SRP=320.271;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:85:69,5,11:69:2619:5,11:198,444:-15.8358,-20.3129,-233.539,0,-198.44,-211.426 0|1:117:85,2,29:85:3216:2,29:80,1139:-68.0777,-87.0747,-350.078,0,-257.002,-254.862 dDocent_Contig_2835 27 . T C 651.382 . AB=0.205479;ABP=113.012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=299;DPB=299;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=565.422;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976834;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1611;QR=10257;RO=259;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=565.422;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=259;SRP=565.422;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:116,30:116:4564:30:1214:-65.5819,0,-366.734 0/0:153:143,10:143:5693:10:397:0,-9.97042,-476.089 dDocent_Contig_2836 8 . A G 290.005 . AB=0.0992806;ABP=972.359;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=1406;DPB=1406;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=2869.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999242;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3267;QR=50355;RO=1320;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=2869.35;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=1320;SRP=2869.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:711:694,16:694:26420:16:614:0,-158.512,-2320.7 0/1:695:626,69:626:23935:69:2653:-29.7452,0,-1943.59 dDocent_Contig_2837 27 . G A 39.533 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=2.5;EPP=6.91895;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=1476;RO=37;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=83.3548;RPR=5;RUN=1;SAF=1;SAP=6.91895;SAR=4;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:1000:5:146:-4.39694,0,-81.2645 0/0:12:12,0:12:476:0:0:0,-3.61236,-43.1895 dDocent_Contig_2838 64 . T A 17251 . AB=0.779006;ABP=492.539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=564;CIGAR=1X;DP=724;DPB=724;DPRA=0;EPP=1227.72;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21590;QR=5777;RO=151;RPL=564;RPP=1227.72;RPPR=330.903;RPR=0;RUN=1;SAF=564;SAP=1227.72;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:386:96,288:96:3659:288:10997:-873.328,0,-213.442 0/1:338:55,276:55:2118:276:10593:-852.961,0,-90.8418 dDocent_Contig_2839 12 . G A 241.864 . AB=0.164706;ABP=86.0116;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=2789;RO=71;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=157.185;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1261:4:160:-3.94672,0,-102.922 0/1:49:39,10:39:1528:10:398:-21.4279,0,-123.012 dDocent_Contig_2840 79 . C A 1550.63 . AB=0.147952;ABP=817.926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=138;CIGAR=1X;DP=1335;DPB=1335;DPRA=0;EPP=302.673;EPPR=2600.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999164;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5250;QR=45616;RO=1196;RPL=138;RPP=302.673;RPPR=2600.09;RPR=0;RUN=1;SAF=138;SAP=302.673;SAR=0;SRF=1196;SRP=2600.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:757:645,112:645:24663:112:4259:-155.507,0,-1990.35 0/0:578:551,26:551:20953:26:991:0,-84.3906,-1795.13 dDocent_Contig_2841 98 . N A 207.545 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=220;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:150:-13.7952,-1.50515,0 dDocent_Contig_2842 43 . T G 97.9179 . AB=0.153846;ABP=43.6001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.876712;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=2765;RO=73;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=161.528;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:33,6:33:1233:6:240:-10.2355,0,-99.5162 0/0:41:40,1:40:1532:1:37:0,-8.6444,-134.441 dDocent_Contig_2843 25 . T A 2356.51 . AB=0.15493;ABP=957.632;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=206;CIGAR=1X;DP=1913;DPB=1913;DPRA=0;EPP=450.334;EPPR=3709.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0.995899;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8202;QR=67915;RO=1707;RPL=0;RPP=450.334;RPPR=3709.71;RPR=206;RUN=1;SAF=206;SAP=450.334;SAR=0;SRF=1707;SRP=3709.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:990:927,63:927:36913:63:2486:0,-74.1324,-3094.9 0/1:923:780,143:780:31002:143:5716:-236.396,0,-2509.55 dDocent_Contig_2846 108 . G A 129.197 . AB=0.15942;ABP=72.5289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.724138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=380;QR=1940;RO=58;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=128.956;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1184:5:175:-4.0525,0,-94.8209 0/1:29:23,6:23:756:6:205:-10.0555,0,-59.6175 dDocent_Contig_2848 151 . A C 758.147 . AB=0.244444;ABP=79.5909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0.871287;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1301;QR=4059;RO=101;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=222.329;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=222.329;SRR=101;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:38,11:38:1509:11:445:-25.6558,0,-121.299 0/1:86:63,22:63:2550:22:856:-51.3473,0,-203.626 dDocent_Contig_2849 98 . N G 963.176 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.2818;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1067;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:34:0,34:0:0:34:1067:-96.3176,-10.235,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2851 118 . A G 204.236 . AB=0.104167;ABP=68.3354;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=2X9M1X;DP=48;DPB=52.5833;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=30.6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=13.75;PQA=462.75;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=537;RO=16;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=6.91895;SAR=1;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:5,0,3,3,1,8:5:170:0,3,3,1,8:0,82,102,32,204:-14.3624,-15.8676,-29.6558,-9.81451,-23.5974,-22.6943,-8.41127,-22.1971,-16.1424,-21.294,-13.563,-27.3503,-21.2931,-19.8923,-27.0492,0,-13.7578,-7.72368,-6.31742,-11.458,-11.3496 0|1:26:11,2,4,2,4,3:11:367:2,4,2,4,3:67,136,67,121,71:-7.2474,-7.62208,-36.7032,0,-26.7405,-28.4828,-5.63881,-32.3818,-24.7631,-34.7277,-1.98892,-28.7204,-21.1022,-26.7431,-30.4618,-5.10402,-31.8369,-24.2191,-29.86,-26.1997,-33.88 dDocent_Contig_2852 136 . C T 1343.92 . AB=0.54;ABP=4.40004;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.703704;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1834;QR=1590;RO=46;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=102.898;RPR=54;RUN=1;SAF=0;SAP=120.27;SAR=54;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:15,38:15:506:38:1278:-99.3603,0,-29.9024 0/1:47:31,16:31:1084:16:556:-36.22,0,-83.7187 dDocent_Contig_2853 11 . C T 89.6286 . AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0.638554;EPP=18.2106;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.782946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=5190;RO=129;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=283.13;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:83,0:83:3348:0:0:0,-24.9855,-301.361 0/1:53:46,7:46:1842:7:281:-9.70759,0,-150.032 dDocent_Contig_2854 31 . A G 32.7638 . AB=0.125;ABP=32.3252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.774194;EPP=9.52472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=2068;RO=52;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=115.927;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1242:0:0:0,-9.33193,-112.052 0/1:24:21,3:21:826:3:121:-4.02088,0,-67.4223 dDocent_Contig_2855 98 . N A 86.8772 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=93;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:93:-8.67806,-0.90309,0 dDocent_Contig_2856 30 . G C 31.9459 . AB=0.12;ABP=34.3664;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.925926;EPP=9.52472;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1904;RO=48;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=107.241;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:26,0:26:1032:0:0:0,-7.82678,-92.8023 0/1:25:22,3:22:872:3:123:-3.93904,0,-71.2568 dDocent_Contig_2857 107 . N A 96.8724 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_2858 12 . C T 83.4091 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=2836;RO=72;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=159.356;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:884:5:184:-8.7846,0,-71.7416 0/0:53:50,3:50:1952:3:123:0,-4.4898,-164.412 dDocent_Contig_2860 98 . N G 63.8216 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_2861 8 . G T 239.072 . AB=0.206897;ABP=46.29;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=620;QR=3952;RO=103;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=226.672;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:57,4:57:2196:4:156:0,-3.94554,-183.446 0/1:58:46,12:46:1756:12:464:-24.6519,0,-140.834 dDocent_Contig_2862 47 . T A 893.492 . AB=0.450704;ABP=4.50892;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1236;QR=1560;RO=39;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=87.6977;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:21,19:21:842:19:727:-53.712,0,-64.0521 0/1:31:18,13:18:718:13:509:-36.8256,0,-55.6112 dDocent_Contig_2864 8 . A G 8571.86 . AB=0.580709;ABP=31.7524;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=295;CIGAR=1X;DP=508;DPB=508;DPRA=0;EPP=519.931;EPPR=448.325;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.820339;PAIREDR=0.948357;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11237;QR=8169;RO=213;RPL=0;RPP=643.595;RPPR=465.534;RPR=295;RUN=1;SAF=280;SAP=519.931;SAR=15;SRF=211;SRP=448.325;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:306:114,192:114:4386:192:7307:-565.381,0,-302.688 0/1:202:99,103:99:3783:103:3930:-292.994,0,-279.775 dDocent_Contig_2865 23 . G A 37.5978 . AB=0.104167;ABP=68.3354;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=1.2973;EPP=13.8677;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=3150;RO=80;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=176.728;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:43,5:43:1682:5:203:-4.20341,0,-137.158 0/0:37:37,0:37:1468:0:0:0,-11.1381,-132.374 dDocent_Contig_2866 92 . T C 23525.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=820;CIGAR=1X;DP=857;DPB=857;DPRA=0;EPP=1783.62;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27313;QR=1168;RO=35;RPL=820;RPP=1783.62;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=820;SAP=1783.62;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:432:22,410:22:744:410:13786:-1173.39,-62.7691,0 1/1:425:13,410:13:424:410:13527:-1178.89,-89.1324,0 dDocent_Contig_2867 46 . T A 777.63 . AB=0.244898;ABP=86.1024;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=359;DPB=359;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1907;QR=12214;RO=309;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=673.995;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:212:198,14:198:7827:14:546:0,-14.3337,-654.575 0/1:147:111,36:111:4387:36:1361:-78.5078,0,-350.527 dDocent_Contig_2868 49 . T C 514.47 . AB=0.327586;ABP=17.986;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.870588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=889;QR=3396;RO=85;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=187.585;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:39,19:39:1546:19:767:-51.8907,0,-121.919 0/0:49:46,3:46:1850:3:122:0,-3.37798,-155.329 dDocent_Contig_2869 147 . A G 7258.04 . AB=0.86692;ABP=310.558;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991228;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8956;QR=1257;RO=34;RPL=0;RPP=498.106;RPPR=76.8404;RPR=228;RUN=1;SAF=0;SAP=498.106;SAR=228;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:21,104:21:763:104:4051:-326.956,0,-31.3511 0/1:138:13,124:13:494:124:4905:-400.037,0,-3.45214 dDocent_Contig_2870 11 . C A 128.027 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.78;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=2013;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:28,2:28:1129:2:79:0,-1.53366,-94.3928 0/1:28:22,6:22:884:6:240:-13.5463,0,-71.4392 dDocent_Contig_2871 23 . G A 808.852 . AB=0.244755;ABP=83.9318;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=1.76543;EPP=79.0118;EPPR=413.419;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=7515;RO=189;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=413.419;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=189;SRP=413.419;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:108,35:108:4315:35:1379:-81.3289,0,-345.251 0/0:81:81,0:81:3200:0:0:0,-24.3834,-288.079 dDocent_Contig_2872 13 . C A 318.577 . AB=0.122363;ABP=296.581;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X1M1X6M3X;DP=237;DPB=237;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1123;QR=7735;RO=197;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=430.79;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:117:106,0,10:106:4162:0,10:0,393:-0.399215,-32.3084,-374.604,0,-342.28,-339.27 0|1:120:91,9,19:91:3573:9,19:351,730:-32.5141,-31.057,-322.215,0,-265.013,-288.143 dDocent_Contig_2873 8 . G A 56.3455 . AB=0.10084;ABP=167.695;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=1.27957;EPP=29.068;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=7616;RO=200;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=437.305;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:93:93,0:93:3539:0:0:0,-27.9958,-318.634 0/1:119:107,12:107:4077:12:465:-6.37927,0,-331.201 dDocent_Contig_2875 7 . T C 455.921 . AB=0.25974;ABP=41.6174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1M2X5M;DP=77;DPB=73.25;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=2025;RO=52;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=115.927;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:23,5,11:23:904:5,11:183,407:-26.3583,-18.3274,-91.197,0,-59.4302,-71.0699 0|1:38:29,0,9:29:1121:0,9:0,350:-20.4222,-29.1521,-121.223,0,-92.4592,-89.7499 dDocent_Contig_2876 8 . G A 948.592 . AB=0.271523;ABP=71.4764;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1565;QR=4205;RO=110;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=241.872;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:62,28:62:2357:28:1070:-69.5142,0,-185.25 0/1:61:48,13:48:1848:13:495:-26.5334,0,-148.205 dDocent_Contig_2877 13 . G A 1199.88 . AB=0.15213;ABP=521.208;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=762;DPB=762;DPRA=0;EPP=181.903;EPPR=1453.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.946809;PAIREDR=0.964072;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3744;QR=26528;RO=668;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=1453.55;RPR=94;RUN=1;SAF=91;SAP=181.903;SAR=3;SRF=668;SRP=1453.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:493:418,75:418:16571:75:2986:-120.431,0,-1341.68 0/0:269:250,19:250:9957:19:758:0,-12.4366,-826.96 dDocent_Contig_2878 32 . T C 46.1806 . AB=0.0970149;ABP=192.026;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=2X;DP=276;DPB=276;DPRA=0.943662;EPP=31.2394;EPPR=556.868;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.635;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980989;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=10384;RO=263;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=539.892;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=261;SRP=556.868;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:142:142,0:142:5635:0:0:0,-42.7463,-505.211 0|1:134:121,13:121:4749:13:504:-5.36278,0,-387.017 dDocent_Contig_2879 16 . G C 177.397 . AB=0.123077;ABP=163.432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.921053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=637;QR=4480;RO=114;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=250.558;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:57,9:57:2233:9:363:-13.1665,0,-181.284 0/1:64:57,7:57:2247:7:274:-5.76164,0,-183.145 dDocent_Contig_2881 98 . N T 1216.94 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1342;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:393:-35.682,-3.61236,0 1/1:28:0,28:0:0:28:949:-85.7111,-8.42884,0 dDocent_Contig_2882 97 . T A 3683.18 . 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AB=0.676887;ABP=118.242;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=287;CIGAR=1X;DP=424;DPB=424;DPRA=0;EPP=626.223;EPPR=291.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11486;QR=5451;RO=137;RPL=0;RPP=626.223;RPPR=291.88;RPR=287;RUN=1;SAF=287;SAP=626.223;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:245:87,158:87:3487:158:6335:-496.129,0,-240.109 0/1:179:50,129:50:1964:129:5151:-409.56,0,-123.078 dDocent_Contig_2884 14 . G A 264.908 . 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AB=0.169082;ABP=199.901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=1.17614;EPP=79.0118;EPPR=758.683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1386;QR=13830;RO=348;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=758.683;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=348;SRP=758.683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:176:176,0:176:7002:0:0:0,-52.9813,-629.853 0/1:207:172,35:172:6828:35:1386:-62.6818,0,-551.897 dDocent_Contig_2886 70 . T G 34410.2 . 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AB=0.706667;ABP=30.8341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1901;QR=808;RO=22;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:6,36:6:220:36:1278:-102.669,0,-7.5122 0/1:33:16,17:16:588:17:623:-46.4712,0,-43.3235 dDocent_Contig_2891 29 . A T 47270.6 . AB=0.12312;ABP=2217.56;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=221;CIGAR=1X3M1I4M;DP=1795;DPB=2001.38;DPRA=0;EPP=482.906;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.929577;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8710;QR=5622;RO=142;RPL=0;RPP=482.906;RPPR=311.359;RPR=221;RUN=1;SAF=221;SAP=482.906;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:891:52,122,707:52:2068:122,707:4818,27567:-2475.53,-2094.74,-2228.28,-226.178,0,-183.62 1|0:904:90,99,704:90:3554:99,704:3892,27415:-2252.72,-1959.68,-2222.32,-27.6883,0,-108.205 dDocent_Contig_2893 151 . A T 400.405 . AB=0.177419;ABP=115.086;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=865;QR=3413;RO=102;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=224.5;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=224.5;SRR=102;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:67,11:67:2225:11:428:-15.3927,0,-177.008 0/1:46:35,11:35:1188:11:437:-25.8361,0,-93.3588 dDocent_Contig_2894 44 . T A 2393.63 . AB=0.388393;ABP=27.2455;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977011;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3417;QR=5402;RO=137;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=300.502;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:44,47:44:1736:47:1840:-138.425,0,-129.067 0/1:133:93,40:93:3666:40:1577:-102.127,0,-289.922 dDocent_Contig_2895 150 . G A 279.339 . AB=0.174419;ABP=82.1933;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.859155;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=603;QR=2835;RO=71;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=157.185;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:48,6:48:1916:6:242:-5.90191,0,-156.379 0/1:32:23,9:23:919:9:361:-23.2204,0,-73.3768 dDocent_Contig_2896 17 . T A 1004.56 . AB=0.109972;ABP=1420.78;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=191;CIGAR=1X;DP=1984;DPB=1984;DPRA=0;EPP=417.762;EPPR=3896.46;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7572;QR=71513;RO=1793;RPL=0;RPP=417.762;RPPR=3896.46;RPR=191;RUN=1;SAF=191;SAP=417.762;SAR=0;SRF=1793;SRP=3896.46;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1073:955,118:955:38192:118:4711:-100.899,0,-3110.64 0/0:911:838,73:838:33321:73:2861:0,-16.6317,-2738.23 dDocent_Contig_2897 89 . A G 1141.7 . AB=0.607595;ABP=10.954;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1572;QR=3235;RO=98;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:67,1:67:2198:1:34:0,-17.0711,-194.682 0/1:79:31,48:31:1037:48:1538:-114.915,0,-69.852 dDocent_Contig_2898 29 . C A 383.616 . AB=0.253968;ABP=36.1339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=1855;RO=47;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=105.07;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:705:8:319:-21.2495,0,-55.9475 0/1:37:29,8:29:1150:8:323:-18.3005,0,-92.6369 dDocent_Contig_2900 98 . N G 37.2354 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:39:-3.70435,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2901 107 . N T 237.906 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=255;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:106:-9.88916,-0.90309,0 1/1:6:0,5:0:0:5:149:-13.5943,-1.50515,0 dDocent_Contig_2903 21 . A T 565.387 . AB=0.0677966;ABP=98.7391;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1M1I2M1X;DP=59;DPB=65.25;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.575758;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=1297;RO=33;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=74.6689;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:19,2,9:19:749:2,9:78,355:-23.4906,-22.7994,-83.8206,0,-55.216,-58.9179 0|0:29:14,2,12:14:548:2,12:79,467:-34.2365,-31.9462,-76.4164,0,-38.6338,-41.5251 dDocent_Contig_2904 20 . G T 106.802 . 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AB=0.809434;ABP=443.795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=429;CIGAR=1X;DP=530;DPB=530;DPRA=0;EPP=934.572;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.72;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17061;QR=3655;RO=100;RPL=0;RPP=934.572;RPPR=220.158;RPR=429;RUN=1;SAF=429;SAP=934.572;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:314:52,261:52:1896:261:10422:-842.981,0,-76.5806 0/1:216:48,168:48:1759:168:6639:-532.199,0,-93.544 dDocent_Contig_2906 23 . C A 68.7942 . 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AB=0.0910624;ABP=864.367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=1166;DPB=1166;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=2372.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3021;QR=43311;RO=1091;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=2372.09;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=1091;SRP=2372.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:593:539,54:539:21395:54:2178:-17.6784,0,-1745.22 0/0:573:552,21:552:21916:21:843:0,-96.3083,-1894.4 dDocent_Contig_2910 38 . C T 138.605 . AB=0.125;ABP=139.813;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989796;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=534;QR=3925;RO=98;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=215.815;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:53,7:53:2127:7:283:-7.7807,0,-173.549 0/1:52:45,7:45:1798:7:251:-7.26819,0,-146.379 dDocent_Contig_2911 146 . A T 31.0997 . AB=0.108108;ABP=52.3673;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0.860465;EPP=11.6962;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=3027;RO=76;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:33,4:33:1302:4:159:-3.55333,0,-106.31 0/0:43:43,0:43:1725:0:0:0,-12.9443,-155.469 dDocent_Contig_2912 30 . C A 217.668 . AB=0.380952;ABP=5.59539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=2.33333;EPP=20.3821;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=846;RO=22;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=50.7827;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:13,8:13:479:8:313:-22.2104,0,-37.1115 0/0:9:9,0:9:367:0:0:0,-2.70927,-33.3953 dDocent_Contig_2913 39 . T C 4877.48 . AB=0.163594;ABP=1709.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=284;CIGAR=1X;DP=1736;DPB=1736;DPRA=0;EPP=619.708;EPPR=3149.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11236;QR=49936;RO=1449;RPL=0;RPP=619.708;RPPR=3149.47;RPR=284;RUN=1;SAF=284;SAP=619.708;SAR=0;SRF=1449;SRP=3149.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:956:767,187:767:26348:187:7392:-377.653,0,-2083.24 0/1:780:682,97:682:23588:97:3844:-111.283,0,-1887.53 dDocent_Contig_2914 55 . G A 853.606 . AB=0.179775;ABP=240.823;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=478.563;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1848;QR=8680;RO=219;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=478.563;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=219;SRP=478.563;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:120,28:120:4736:28:1064:-51.4975,0,-381.61 0/1:119:99,20:99:3944:20:784:-35.0515,0,-319.13 dDocent_Contig_2915 74 . C T 347.653 . AB=0.158621;ABP=149.787;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.877049;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=877;QR=4785;RO=122;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=267.93;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:47,10:47:1827:10:365:-16.0202,0,-147.488 0/1:88:75,13:75:2958:13:512:-19.9335,0,-239.841 dDocent_Contig_2916 31 . C A 643.451 . AB=0.301205;ABP=31.5011;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=998;QR=2267;RO=58;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=128.956;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:23,13:23:886:13:516:-35.9508,0,-69.2135 0/1:47:35,12:35:1381:12:482:-29.5828,0,-110.412 dDocent_Contig_2917 29 . A T 48.8537 . AB=0.386364;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=12.3684;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.735849;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=2116;RO=53;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=118.098;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:26,2:26:1030:2:64:0,-5.97103,-90.5349 0/1:44:27,17:27:1086:17:570:-5.6301,0,-84.7809 dDocent_Contig_2918 98 . N G 52.847 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=4.48739;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,4:0:0:4:58:-5.27984,-1.20412,0 dDocent_Contig_2919 38 . T C 99.6092 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.581921;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=595;QR=7068;RO=177;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=387.361;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:85:82,3:82:3263:3:122:0,-14.2151,-282.353 0/1:107:95,12:95:3805:12:473:-10.7057,0,-310.232 dDocent_Contig_2920 16 . T C 7651.77 . AB=0.584112;ABP=29.3115;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=250;CIGAR=1X;DP=428;DPB=428;DPRA=0;EPP=545.878;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9949;QR=7106;RO=178;RPL=0;RPP=545.878;RPPR=389.532;RPR=250;RUN=1;SAF=250;SAP=545.878;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:75,56:75:3008:56:2226:-161.08,0,-231.371 0/1:297:103,194:103:4098:194:7723:-605.286,0,-279.39 dDocent_Contig_2921 10 . G A 1431.13 . AB=0.137773;ABP=995.657;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=871;DPB=871;DPRA=0;EPP=102.102;EPPR=1336.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.625;MQMR=59.1505;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0.70972;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4593;QR=28496;RO=751;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=1633.79;RPR=120;RUN=1;SAF=97;SAP=102.102;SAR=23;SRF=715;SRP=1336.08;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:428:360,68:360:13611:68:2611:-102.571,0,-1085.34 0/1:443:391,52:391:14885:52:1982:-41.7298,0,-1198.13 dDocent_Contig_2927 8 . G A 667.519 . AB=0.08;ABP=41.3151;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.3448;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.586207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=1068;RO=29;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=65.983;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:25:13,0,2,10:13:476:0,2,10:0,74,398:-28.8798,-32.7932,-71.4874,-26.7442,-65.4345,-64.8325,0,-38.7044,-32.6501,-35.6941 0|0:32:16,2,0,14:16:592:2,0,14:78,0,535:-39.0605,-37.4643,-85.2797,-43.877,-85.8818,-92.2945,0,-41.9922,-48.4062,-44.1918 dDocent_Contig_2928 107 . N G 397.357 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=431;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:275:-25.0848,-2.40824,0 1/1:5:0,5:0:0:5:156:-14.3484,-1.50515,0 dDocent_Contig_2929 84 . A T 368.421 . AB=0.243243;ABP=45.3834;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1119;QR=6723;RO=185;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=404.733;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:56,18:56:2053:18:658:-37.2761,0,-162.757 0/0:141:129,12:129:4670:12:461:0,-0.604845,-378.595 dDocent_Contig_2930 8 . A G 22792.8 . AB=0.793617;ABP=706.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=746;CIGAR=1X;DP=940;DPB=940;DPRA=0;EPP=1622.93;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9879;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.927835;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28497;QR=7450;RO=194;RPL=0;RPP=1622.93;RPPR=424.276;RPR=746;RUN=1;SAF=746;SAP=1622.93;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:501:111,390:111:4254:390:14893:-1188.86,0,-232.119 0/1:439:83,356:83:3196:356:13604:-1091.61,0,-155.634 dDocent_Contig_2931 199 . A G 7930.48 . AB=0.659367;ABP=93.6785;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=271;CIGAR=1X;DP=411;DPB=411;DPRA=0;EPP=591.479;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99631;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10199;QR=5040;RO=140;RPL=271;RPP=591.479;RPPR=307.016;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=591.479;SAR=271;SRF=0;SRP=307.016;SRR=140;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:56,141:56:2023:141:5298:-417.526,0,-123.018 0/1:214:84,130:84:3017:130:4901:-376.71,0,-207.298 dDocent_Contig_2934 33 . C T 186.686 . AB=0.15942;ABP=72.5289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=2323;RO=58;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=128.956;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:1124:6:240:-11.7401,0,-91.2078 0/1:35:30,5:30:1199:5:203:-8.11701,0,-97.6503 dDocent_Contig_2935 98 . N A 1245.01 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.9149;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:24:0,23:0:0:23:714:-64.1709,-6.92369,0 1/1:25:0,24:0:0:24:665:-60.0291,-7.22472,0 dDocent_Contig_2936 10 . G A 179.938 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2494;RO=63;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=139.813;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:653:7:281:-18.4375,0,-51.8613 0/0:47:46,1:46:1841:1:41:0,-10.0538,-161.807 dDocent_Contig_2937 35 . T C 1971.85 . AB=0.287197;ABP=116.686;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=289;DPB=289;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995146;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3165;QR=8188;RO=206;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=450.334;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:122,31:122:4845:31:1208:-62.9477,0,-389.901 0/1:136:84,52:84:3343:52:1957:-135.425,0,-259.982 dDocent_Contig_2938 98 . N A 75.3095 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79353,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:14:-1.39999,-0.30103,0 dDocent_Contig_2940 94 . T G 14645.9 . AB=0.885714;ABP=410.068;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=623;CIGAR=1X;DP=692;DPB=692;DPRA=0;EPP=1355.84;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99679;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18358;QR=2193;RO=69;RPL=623;RPP=1355.84;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=623;SAP=1355.84;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:315:36,279:36:1167:279:8286:-651.066,0,-10.5015 1/1:377:33,344:33:1026:344:10072:-813.967,-20.8596,0 dDocent_Contig_2941 7 . T A 47.4589 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.940741;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=5149;RO=135;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=296.159;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:101:99,2:99:3767:2:78:0,-23.0006,-331.733 0/1:41:36,5:36:1382:5:194:-5.49061,0,-112.32 dDocent_Contig_2942 53 . G C 2524.05 . AB=0.206655;ABP=429.794;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=118;CIGAR=1X;DP=571;DPB=571;DPRA=0;EPP=259.244;EPPR=984.516;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997788;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4723;QR=17821;RO=452;RPL=118;RPP=259.244;RPPR=984.516;RPR=0;RUN=1;SAF=118;SAP=259.244;SAR=0;SRF=452;SRP=984.516;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:281:227,54:227:8936:54:2158:-109.802,0,-719.156 0/1:290:225,64:225:8885:64:2565:-143.791,0,-711.967 dDocent_Contig_2943 103 . C T 239.244 . AB=0.25641;ABP=23.1103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=401;QR=1159;RO=29;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:750:3:123:-4.84213,0,-61.1951 0/1:17:10,7:10:409:7:278:-20.2707,0,-32.0531 dDocent_Contig_2944 26 . T A 1051.2 . AB=0.114604;ABP=1275.06;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=141;CIGAR=1X;DP=1659;DPB=1659;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=3294.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5579;QR=58805;RO=1516;RPL=0;RPP=309.188;RPPR=3294.96;RPR=141;RUN=1;SAF=141;SAP=309.188;SAR=0;SRF=1516;SRP=3294.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:986:872,113:872:33691:113:4470:-105.564,0,-2733.05 0/0:673:644,28:644:25114:28:1109:0,-102.605,-2158.34 dDocent_Contig_2945 1 . N G 50.2795 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-5.00883,-0.60206,0 dDocent_Contig_2946 27 . A C 52.7919 . AB=0.112903;ABP=83.705;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=5019;RO=126;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=276.616;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:55,7:55:2211:7:267:-5.72288,0,-180.495 0/0:72:71,1:71:2808:1:40:0,-17.6785,-248.841 dDocent_Contig_2948 7 . C T 3323.62 . AB=0.451128;ABP=8.52878;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=266;DPB=266;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993151;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4591;QR=5581;RO=146;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=320.045;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:35,42:35:1344:42:1615:-122.436,0,-98.0648 0/1:189:111,78:111:4237:78:2976:-211.115,0,-324.515 dDocent_Contig_2949 8 . G A 484.696 . AB=0.382979;ABP=8.60069;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=778;QR=1960;RO=52;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=115.927;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:23,2:23:854:2:78:0,-0.122277,-69.7694 0/1:47:29,18:29:1106:18:700:-49.1858,0,-85.6947 dDocent_Contig_2950 17 . T C 56670.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1652;CIGAR=1X;DP=1721;DPB=1721;DPRA=0;EPP=3590.28;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65510;QR=2475;RO=68;RPL=0;RPP=3590.28;RPPR=150.67;RPR=1652;RUN=1;SAF=1652;SAP=3590.28;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:866:46,819:46:1673:819:32549:-2775.66,-109.965,0 1/1:855:22,833:22:802:833:32961:-2891.06,-184.879,0 dDocent_Contig_2951 7 . A T 3886.66 . 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G A 159.394 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=1.26829;EPP=22.5536;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.988095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=3237;RO=84;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=185.414;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:43,9:43:1685:9:352:-16.3831,0,-136.217 0/0:41:41,0:41:1552:0:0:0,-12.3422,-139.91 dDocent_Contig_2954 64 . T C 1589 . 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AB=0.313433;ABP=23.2666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=1820;RO=46;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=102.898;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:29,13:29:1139:13:511:-33.6882,0,-90.1473 0/1:25:17,8:17:681:8:324:-22.0031,0,-54.0955 dDocent_Contig_2956 101 . N A 813.098 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=4X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=19.7366;PAIRED=0.961538;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:26:0,26:0:0:26:900:-81.3098,-7.82678,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_2957 67 . T A 377.491 . 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AB=0.128205;ABP=96.662;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0.962963;EPP=24.725;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.903448;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=5837;RO=145;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=317.874;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:78,0:78:3131:0:0:0,-23.4803,-281.45 0/1:78:67,10:67:2706:10:403:-13.0417,0,-220.056 dDocent_Contig_2960 95 . T A 278.111 . AB=0.238095;ABP=40.5458;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=1.16667;EPP=35.5824;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=3451;RO=102;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=224.5;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:48,15:48:1617:15:521:-28.2548,0,-126.85 0/0:54:54,0:54:1834:0:0:0,-16.2556,-165.342 dDocent_Contig_2961 96 . G A 6157.62 . 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AB=0.262295;ABP=32.9481;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.755556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=1763;RO=45;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=100.727;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:14,12:14:564:12:466:-34.4507,0,-43.2753 0/1:35:31,4:31:1199:4:164:-4.61385,0,-97.6491 dDocent_Contig_2964 21 . G A 46.8075 . 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C A 232.827 . AB=0.115607;ABP=447.07;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=346;DPB=346;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.163399;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1422;QR=10269;RO=306;RPL=24;RPP=6.48466;RPPR=418.599;RPR=16;RUN=1;SAF=24;SAP=6.48466;SAR=16;SRF=274;SRP=418.599;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:173,21:173:5815:21:748:-9.24202,0,-465.1 0/1:152:133,19:133:4454:19:674:-15.2291,0,-355.293 dDocent_Contig_2969 14 . T G 1627.26 . AB=0.462185;ABP=4.48836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2213;QR=2580;RO=64;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=141.985;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:58,42:58:2338:42:1688:-122.038,0,-180.455 0/1:19:6,13:6:242:13:525:-41.8766,0,-16.4369 dDocent_Contig_2970 22 . C T 367.323 . AB=0.254237;ABP=33.963;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=692;QR=2925;RO=74;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=163.699;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1200:2:82:0,-1.85328,-100.495 0/1:59:44,15:44:1725:15:610:-37.4765,0,-137.7 dDocent_Contig_2974 16 . G C 867.801 . AB=0.266187;ABP=69.0137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.4865;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1478;QR=3955;RO=102;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=224.5;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:26,30:26:1017:30:1196:-87.1372,0,-74.9746 0/1:83:76,7:76:2938:7:282:-0.389642,0,-239.575 dDocent_Contig_2975 98 . N A 434.83 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=14;DPB=15.5;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=72;PQR=0;PRO=0;QA=477;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:139:-12.517,-1.20412,0 1|1:10:0,10:0:0:10:338:-30.6626,-3.0103,0 dDocent_Contig_2977 40 . C A 53729.5 . AB=0.866006;ABP=2234.73;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1661;CIGAR=1X;DP=1918;DPB=1918;DPRA=0;EPP=3609.83;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66193;QR=10197;RO=254;RPL=0;RPP=3609.83;RPPR=554.564;RPR=1661;RUN=1;SAF=1661;SAP=3609.83;SAR=0;SRF=254;SRP=554.564;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1026:142,883:142:5722:883:35184:-2854.32,0,-205.798 0/1:892:112,778:112:4475:778:31009:-2519.82,0,-134.502 dDocent_Contig_2978 107 . N A 1259.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1389;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=0;RPR=41;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:34:0,34:0:0:34:1145:-103.349,-10.235,0 1/1:7:0,7:0:0:7:244:-22.3001,-2.10721,0 dDocent_Contig_2979 17 . G A 1864.43 . AB=0.0526316;ABP=69.0688;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=1902;RO=48;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=107.241;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:10,2,26:10:393:2,26:78,1036:-82.3072,-78.9065,-110.629,0,-25.9172,-24.5015 0|0:74:38,0,36:38:1509:0,36:0,1421:-105.324,-116.764,-240.994,0,-124.625,-113.788 dDocent_Contig_2980 76 . G A 452.335 . AB=0.25;ABP=52.9542;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=816;QR=2431;RO=69;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:27,13:27:963:13:454:-29.1502,0,-74.946 0/1:52:42,10:42:1468:10:362:-17.2717,0,-116.757 dDocent_Contig_2981 60 . T C 3825.67 . AB=0.582569;ABP=15.9196;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992126;PAIREDR=0.901099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4990;QR=3581;RO=91;RPL=127;RPP=278.787;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:36,73:36:1422:73:2866:-225.231,0,-95.4168 0/1:109:55,54:55:2159:54:2124:-158.524,0,-161.682 dDocent_Contig_2983 121 . C T 14973.5 . AB=0.901408;ABP=301.114;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=531;CIGAR=1X;DP=565;DPB=565;DPRA=0;EPP=1156.06;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17812;QR=1193;RO=34;RPL=0;RPP=1156.06;RPPR=76.8404;RPR=531;RUN=1;SAF=0;SAP=1156.06;SAR=531;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:352:13,339:13:455:339:11375:-982.447,-64.6794,0 0/1:213:21,192:21:738:192:6437:-515.341,0,-2.6243 dDocent_Contig_2984 26 . T C 584.608 . AB=0.314286;ABP=23.9805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=889;QR=1886;RO=48;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=107.241;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:29,12:29:1154:12:483:-31.4785,0,-91.8021 0/1:29:19,10:19:732:10:406:-28.1707,0,-57.4624 dDocent_Contig_2985 51 . T A 2206.44 . AB=0.292208;ABP=118.521;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=543;DPB=543;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=971.487;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995516;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3767;QR=17690;RO=446;RPL=97;RPP=213.643;RPPR=971.487;RPR=0;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=446;SRP=971.487;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:218,90:218:8580:90:3486:-221.088,0,-679.015 0/0:235:228,7:228:9110:7:281:0,-45.0801,-793.703 dDocent_Contig_2986 43 . T G 903.274 . AB=0.373737;ABP=16.7191;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=5.88603;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.702703;PAIREDR=0.919355;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1341;QR=2280;RO=62;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=137.642;RPR=37;RUN=1;SAF=15;SAP=5.88603;SAR=22;SRF=31;SRP=3.0103;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:15,22:15:572:22:823:-63.2458,0,-40.6779 0/1:62:47,15:47:1708:15:518:-28.27,0,-135.302 dDocent_Contig_2988 19 . A T 46.8075 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.643678;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=3497;RO=87;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=191.928;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:59,4:59:2368:4:159:0,-4.27314,-198.575 0/1:32:28,4:28:1129:4:163:-5.42547,0,-92.2579 dDocent_Contig_2989 98 . N G 2754.62 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3051;QR=0;RO=0;RPL=93;RPP=204.957;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:53:0,53:0:0:53:1719:-154.987,-15.9546,0 1/1:40:0,40:0:0:40:1332:-120.174,-12.0412,0 dDocent_Contig_2991 52 . G A 567.269 . AB=0.247312;ABP=54.5886;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=2X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=878;QR=1779;RO=47;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:16,9,8,9:16:606:9,8,9:356,278,333:-24.4931,0,-46.9737,-6.73338,-27.1028,-53.9969,-2.07119,-22.4432,-29.1697,-49.0384 0|1:51:31,14,5,0:31:1173:14,5,0:522,181,0:-33.4204,0,-91.9671,-27.9788,-81.4103,-122.625,-42.7523,-96.1815,-124.13,-138.901 dDocent_Contig_2992 21 . T C 3323.89 . AB=0.699346;ABP=55.8211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4214;QR=1725;RO=46;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=102.898;RPR=107;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:34,51:34:1264:51:2031:-157.396,0,-88.459 0/1:68:12,56:12:461:56:2183:-176.182,0,-21.3707 dDocent_Contig_2993 98 . N T 44.8394 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.4648,-0.60206,0 dDocent_Contig_2994 14 . A C 2355.51 . AB=0.418367;ABP=14.3551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.292683;PAIREDR=0.307018;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3281;QR=4477;RO=114;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=250.558;RPR=82;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:38,47:38:1494:47:1901:-145.7,0,-109.11 0/1:111:76,35:76:2983:35:1380:-91.0397,0,-235.151 dDocent_Contig_2996 24 . C G 548.01 . AB=0.116279;ABP=607.942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=891;DPB=891;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=1787.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997567;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2674;QR=32739;RO=822;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=1787.96;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=822;SRP=1787.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:473:418,55:418:16617:55:2194:-55.2447,0,-1351.81 0/0:418:404,12:404:16122:12:480:0,-82.0724,-1406.13 dDocent_Contig_2997 44 . A C 484.667 . AB=0.192;ABP=106.008;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.708333;PAIREDR=0.841584;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=962;QR=3993;RO=101;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=222.329;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:47,17:47:1886:17:676:-41.9031,0,-150.677 0/1:61:54,7:54:2107:7:286:-7.75199,0,-171.445 dDocent_Contig_2998 39 . A G 36754.6 . AB=0.133703;ABP=2312.86;AC=0;AF=0;AN=4;AO=265;CIGAR=3M1D1M1X4M2D6M;DP=1982;DPB=1723.94;DPRA=0;EPP=578.45;EPPR=897.657;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9498;QR=15944;RO=412;RPL=0;RPP=578.45;RPPR=897.657;RPR=265;RUN=1;SAF=265;SAP=578.45;SAR=0;SRF=412;SRP=897.657;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:1009:181,723,92:181:7008:723,92:26623,3302:-2122.11,0,-358.049,-1907.32,-306.421,-2455.3 0|0:973:231,547,173:231:8936:547,173:19890,6196:-1554.54,0,-569.326,-1118.92,-228.834,-1800.82 dDocent_Contig_2999 20 . C A 19093.2 . AB=0.00954654;ABP=878.445;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1M1I9M1X1M;DP=764;DPB=820;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=3303;RO=85;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=187.585;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:345:19,19,298:19:737:19,298:690,10968:-920.179,-869.568,-924.396,-29.1502,-33.3826,0 0|0:419:66,4,336:66:2566:4,336:155,12348:-989.584,-996.718,-1206.38,0,-198.174,-109.762 dDocent_Contig_3000 90 . T C 61.1304 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=5M1X1M4D1M;DP=24;DPB=25;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=740;RO=19;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=44.2683;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:10:8,2,0:8:307:2,0:81,0:-4.67543,0,-24.9789,-7.08367,-25.5809,-32.2643 0|0:14:11,0,2:11:433:0,2:0,73:-2.62314,-5.93447,-41.5653,0,-35.6053,-35.0032 dDocent_Contig_3001 28 . T C 7761.85 . AB=0.306186;ABP=319.499;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=297;CIGAR=1X;DP=970;DPB=970;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=1416.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11822;QR=25877;RO=651;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=1416.64;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=651;SRP=1416.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:444:276,152:276:10952:152:6031:-413.333,0,-855.72 0/1:526:375,145:375:14925:145:5791:-364.04,0,-1185.17 dDocent_Contig_3002 20 . T G 58.3114 . AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.76;EPP=13.8677;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.759036;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=3270;RO=83;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=183.243;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1966:0:0:0,-15.0515,-177.156 0/1:38:33,5:33:1304:5:196:-6.57587,0,-106.194 dDocent_Contig_3003 16 . T A 265.193 . AB=0.218182;ABP=40.9518;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=1;EPP=29.068;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.6224;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.479592;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=3931;RO=98;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=215.815;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:55,0:55:2223:0:0:0,-16.5566,-191.729 0/1:55:43,12:43:1708:12:483:-27.2641,0,-137.383 dDocent_Contig_3004 29 . T C 236.233 . AB=0.3;ABP=13.4334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.891892;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=1481;RO=37;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=83.3548;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:648:1:41:0,-1.02294,-54.5589 0/1:30:21,9:21:833:9:367:-24.3644,0,-66.2476 dDocent_Contig_3005 62 . T C 95.9208 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=262;QR=1517;RO=38;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:23,5:23:924:5:182:-8.30219,0,-75.0361 0/1:17:15,2:15:593:2:80:-2.47428,0,-48.5871 dDocent_Contig_3008 1 . N G 973.477 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1071;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0,21:0:0:21:723:-65.3906,-6.32163,0 1/1:10:0,10:0:0:10:348:-31.656,-3.0103,0 dDocent_Contig_3011 21 . G C 95.0833 . AB=0.333333;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1M4I1X;DP=53;DPB=61;DPRA=0.292683;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.75;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.265306;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1920;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:41,0:41:1606:0:0:0,-12.3422,-144.79 0|1:12:8,4:8:314:4:150:-10.2531,0,-25.0122 dDocent_Contig_3012 32 . G A 775.526 . AB=0.388889;ABP=10.7311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1108;QR=1681;RO=44;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=98.5551;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:20,4:20:758:4:164:-7.92518,0,-61.3172 0/1:48:24,24:24:923:24:944:-70.8159,0,-68.9258 dDocent_Contig_3013 21 . G A 2809.6 . AB=0.846154;ABP=111.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3478;QR=642;RO=16;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=37.7539;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:8,55:8:320:55:2196:-178.848,0,-10.2019 0/1:41:8,33:8:322:33:1282:-103.301,0,-17.0061 dDocent_Contig_3015 42 . G A 142.166 . AB=0.26087;ABP=14.4341;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=2.09091;EPP=16.0391;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.607143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1075;RO=28;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=63.8115;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:435:0:0:0,-3.31133,-39.5057 0/1:23:17,6:17:640:6:239:-14.9613,0,-50.9994 dDocent_Contig_3016 56 . G A 1058.42 . AB=0.666667;ABP=15.3153;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=1.21429;EPP=76.8404;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1352;QR=2374;RO=59;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1694:0:0:0,-12.6433,-152.682 0/1:51:17,34:17:680:34:1352:-106.586,0,-46.1753 dDocent_Contig_3017 8 . A G 2724.71 . AB=0.421053;ABP=15.3534;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=4X2M1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953271;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3723;QR=4167;RO=107;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=235.358;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:105:55,5,45:55:2131:5,45:193,1737:-126.086,-126.793,-300.348,0,-159.211,-161.515 0|1:123:52,20,51:52:2036:20,51:768,1986:-147.573,-100.191,-261.583,0,-104.382,-152.064 dDocent_Contig_3018 12 . G C 11874.9 . AB=0.87027;ABP=223.315;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=358;CIGAR=1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0;EPP=780.397;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14352;QR=1472;RO=37;RPL=0;RPP=780.397;RPPR=83.3548;RPR=358;RUN=1;SAF=358;SAP=780.397;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:210:13,197:13:522:197:7901:-663.319,-15.8897,0 0/1:185:24,161:24:950:161:6451:-524.616,0,-30.1117 dDocent_Contig_3020 175 . C T 153.017 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1M2X2M1X2M4D4M1X;DP=28;DPB=30.8824;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=10.6667;PQA=417.667;PQR=1359.67;PRO=34.6667;QA=98;QR=779;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:6,5,0:6:238:5,0:194,0:-13.0265,0,-18.0827,-14.8327,-19.5878,-34.4241 0|1:17:14,0,3:14:541:0,3:0,98:-3.46324,-7.67766,-52.0801,0,-44.3747,-43.4716 dDocent_Contig_3021 56 . A G 726.166 . AB=0.510638;ABP=3.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0.594937;EPP=55.1256;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=969;QR=3885;RO=101;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:79:78,0:78:2980:0:0:0,-23.4803,-268.079 0/1:47:23,24:23:905:24:969:-73.3613,0,-67.61 dDocent_Contig_3022 12 . C A 636.075 . AB=0.171569;ABP=194.142;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1395;QR=6754;RO=169;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=369.989;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:88,16:88:3511:16:637:-26.3575,0,-284.707 0/1:100:81,19:81:3243:19:758:-38.4384,0,-261.829 dDocent_Contig_3023 16 . A G 56.0253 . AB=0.1;ABP=141.985;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=217;DPB=217;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956311;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=8128;RO=206;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=450.334;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:117:116,1:116:4576:1:41:0,-31.1259,-407.688 0/1:100:90,10:90:3552:10:401:-6.34726,0,-289.611 dDocent_Contig_3025 18 . C T 191.176 . AB=0.174603;ABP=60.9507;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1M1D3M1X;DP=63;DPB=61.1667;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.686275;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=428;QR=2024;RO=51;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:31,7:31:1231:7:265:-12.7697,0,-99.6313 0|1:25:20,4:20:793:4:163:-7.53633,0,-64.1912 dDocent_Contig_3026 175 . C A 78.4924 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0.529412;EPP=9.52472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=898;RO=23;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:224:3:118:-8.29293,0,-17.8068 0/0:17:17,0:17:674:0:0:0,-5.11751,-60.9884 dDocent_Contig_3028 78 . A G 199.734 . AB=0.290323;ABP=14.8483;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.641509;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=1908;RO=53;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1118:2:74:0,-2.90811,-93.9005 0/1:31:22,9:22:790:9:330:-20.7181,0,-62.0896 dDocent_Contig_3030 114 . C A 138.194 . AB=0.113065;ABP=520.585;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=754;DPB=754;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=1503.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42.9194;MQMR=51.2663;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.0173661;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2081;QR=23304;RO=691;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=1503.5;RPR=62;RUN=1;SAF=0;SAP=137.642;SAR=62;SRF=0;SRP=1503.5;SRR=691;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:398:352,45:352:11859:45:1509:-14.2631,0,-939.801 0/0:356:339,17:339:11445:17:572:0,-56.221,-966.166 dDocent_Contig_3031 15 . A T 180.332 . AB=0.242424;ABP=22.0271;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0.578947;EPP=20.3821;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.963415;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=315;QR=3270;RO=82;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=181.071;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:2293:0:0:0,-17.1587,-206.518 0/1:33:25,8:25:977:8:315:-18.7779,0,-78.2954 dDocent_Contig_3032 98 . N C 40.0906 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9899,-0.60206,0 dDocent_Contig_3034 11 . T C 23962.7 . AB=0.587375;ABP=89.1487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=763;CIGAR=2M1X1M;DP=1299;DPB=1300.5;DPRA=0;EPP=1659.84;EPPR=656.623;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=56.308;MQMR=59.4784;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.365662;PAIREDR=0.564784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30408;QR=11684;RO=301;RPL=0;RPP=1659.84;RPPR=656.623;RPR=763;RUN=1;SAF=763;SAP=1659.84;SAR=0;SRF=301;SRP=656.623;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:537:126,88,307:126:4893:88,307:3493,12275:-966.25,-716.839,-1090.43,0,-112.732,-307.661 0|1:762:175,95,456:175:6791:95,456:3764,18133:-1431.21,-1174.33,-1701.92,0,-246.633,-418.921 dDocent_Contig_3035 36 . C A 45822.2 . AB=0.795693;ABP=1378.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1441;CIGAR=1X;DP=1811;DPB=1811;DPRA=0;EPP=3132.1;EPPR=797.769;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57033;QR=14626;RO=366;RPL=0;RPP=3132.1;RPPR=797.769;RPR=1441;RUN=1;SAF=1441;SAP=3132.1;SAR=0;SRF=366;SRP=797.769;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:792:189,602:189:7514:602:23676:-1890.4,0,-437.348 0/1:1019:177,839:177:7112:839:33357:-2693.01,0,-333.57 dDocent_Contig_3036 7 . C T 7152.9 . AB=0.78;ABP=207.302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=234;CIGAR=1X;DP=300;DPB=300;DPRA=0;EPP=511.135;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991453;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8963;QR=2537;RO=66;RPL=0;RPP=511.135;RPPR=146.327;RPR=234;RUN=1;SAF=234;SAP=511.135;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:210:39,171:39:1499:171:6540:-525.294,0,-71.9649 0/1:90:27,63:27:1038:63:2423:-191.184,0,-66.6358 dDocent_Contig_3037 37 . C T 925.105 . AB=0.173077;ABP=147.831;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=4M1X;DP=156;DPB=167.6;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1002;QR=3791;RO=97;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=213.643;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:84:45,24,12:45:1745:24,12:948,453:-64.4888,0,-136.153,-40.9116,-106.254,-180.657 0|1:72:52,5,15:52:2046:5,15:189,549:-29.21,-30.225,-197.041,0,-153.694,-163.816 dDocent_Contig_3038 98 . N G 2318.08 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2568;QR=0;RO=0;RPL=82;RPP=181.071;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:42:0,42:0:0:42:1300:-117.281,-12.6433,0 1/1:41:0,40:0:0:40:1268:-114.226,-12.0412,0 dDocent_Contig_3039 32 . G A 856.694 . AB=0.217822;ABP=72.8629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X4M1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=856;QR=2254;RO=58;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=128.956;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:26,16,5:26:1018:16,5:614,199:-42.5547,0,-78.8851,-33.9923,-67.3147,-116.199 0|1:54:32,4,17:32:1236:4,17:162,657:-44.3031,-40.5747,-140.877,0,-88.1322,-96.3747 dDocent_Contig_3041 98 . N T 137.987 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.18053;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:150:-13.7963,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3042 13 . C A 37110.3 . AB=0.756034;ABP=875.884;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1159;CIGAR=1X;DP=1533;DPB=1533;DPRA=0;EPP=2519.75;EPPR=815.141;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46420;QR=15009;RO=374;RPL=0;RPP=2519.75;RPPR=815.141;RPR=1159;RUN=1;SAF=1159;SAP=2519.75;SAR=0;SRF=374;SRP=815.141;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:701:238,463:238:9532:463:18522:-1454.4,0,-646.249 0/1:832:136,696:136:5477:696:27898:-2257.82,0,-242.281 dDocent_Contig_3044 34 . T A 6120.95 . AB=0.410985;ABP=39.3496;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=217;CIGAR=1X;DP=528;DPB=528;DPRA=0;EPP=474.22;EPPR=678.338;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8581;QR=12324;RO=311;RPL=0;RPP=474.22;RPPR=678.338;RPR=217;RUN=1;SAF=217;SAP=474.22;SAR=0;SRF=311;SRP=678.338;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:321:205,116:205:8102:116:4603:-317.577,0,-632.116 0/1:207:106,101:106:4222:101:3978:-295.706,0,-317.636 dDocent_Contig_3045 77 . G T 80.8882 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=3.8;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=218;QR=1503;RO=42;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1154:6:218:-8.53248,0,-92.714 0/0:10:10,0:10:349:0:0:0,-3.0103,-31.7424 dDocent_Contig_3046 98 . N A 59.0761 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88849,-0.60206,0 dDocent_Contig_3048 69 . T A 87.5604 . AB=0.117647;ABP=110.945;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=1.23188;EPP=24.725;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993056;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=386;QR=5386;RO=144;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=315.702;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2569:0:0:0,-20.7711,-231.402 0/1:85:75,10:75:2817:10:386:-9.50077,0,-228.089 dDocent_Contig_3049 68 . T C 706.649 . AB=0.336735;ABP=25.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=2X2M2X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.69697;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1119;QR=2288;RO=65;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=4.64726;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=29;SRP=4.64726;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:40,15:40:1429:15:514:-30.0299,0,-112.347 0|1:43:25,18:25:859:18:605:-41.8235,0,-64.6755 dDocent_Contig_3050 1 . N G 104.525 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:112:-10.4428,-0.90309,0 dDocent_Contig_3052 133 . G T 132.493 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.83871;EPP=16.0391;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.843137;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=2040;RO=51;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=113.755;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:794:6:235:-13.693,0,-63.9494 0/0:31:31,0:31:1246:0:0:0,-9.33193,-112.413 dDocent_Contig_3053 12 . T C 1462.04 . AB=0.390977;ABP=16.7412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8765;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.91358;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2076;QR=2930;RO=81;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=178.9;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:45,15:45:1618:15:600:-36.2755,0,-127.831 0/1:73:36,37:36:1312:37:1476:-111.117,0,-96.3669 dDocent_Contig_3054 201 . C T 2085.28 . AB=0.609756;ABP=15.8802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2735;QR=1763;RO=48;RPL=75;RPP=165.871;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=165.871;SAR=75;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:22,35:22:810:35:1263:-96.812,0,-56.0677 0/1:66:26,40:26:953:40:1472:-112.905,0,-66.2206 dDocent_Contig_3057 63 . G T 55.2504 . AB=0.13125;ABP=191.983;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=448;DPB=448;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=856.399;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29.4364;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0727273;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2167;QR=15451;RO=393;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=856.399;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=393;SRP=856.399;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:139,21:139:5401:21:815:-5.96872,0,-437.809 0/0:288:254,34:254:10050:34:1352:0,-3.31772,-820.506 dDocent_Contig_3059 98 . N T 154.562 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:89:-8.30401,-0.90309,0 dDocent_Contig_3060 160 . T A 207.053 . AB=0.189189;ABP=65.1027;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=1.21311;EPP=33.4109;EPPR=93.4764;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=4586;RO=121;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=93.4764;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=265.758;SRR=121;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:60,14:60:2263:14:479:-21.149,0,-181.567 0/0:61:61,0:61:2323:0:0:0,-18.3628,-209.254 dDocent_Contig_3061 98 . N A 788.136 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=865;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0,15:0:0:15:521:-47.2196,-4.51545,0 1/1:10:0,10:0:0:10:344:-31.2929,-3.0103,0 dDocent_Contig_3062 8 . A G 32908.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=982;CIGAR=1X;DP=1011;DPB=1011;DPRA=0;EPP=2135.4;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.8635;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.798371;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37450;QR=848;RO=22;RPL=0;RPP=2135.4;RPPR=50.7827;RPR=982;RUN=1;SAF=982;SAP=2135.4;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:459:15,437:15:578:437:16688:-1447.78,-84.089,0 1/1:552:7,545:7:270:545:20762:-1842.74,-141.503,0 dDocent_Contig_3063 75 . G A 232.9 . AB=0.384615;ABP=6.01695;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=2.88889;EPP=24.725;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=872;RO=25;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:16,10:16:560:10:347:-23.7336,0,-42.8975 0/0:9:9,0:9:312:0:0:0,-2.70927,-28.412 dDocent_Contig_3064 33 . T G 563.702 . AB=0.175439;ABP=159.471;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.964539;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1204;QR=5083;RO=141;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=309.188;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:71,10:71:2510:10:407:-12.6072,0,-201.721 0/1:90:70,20:70:2573:20:797:-44.9515,0,-204.664 dDocent_Contig_3065 108 . C A 1237.42 . AB=0.588235;ABP=9.90792;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48.0167;MQMR=56.7619;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.3;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1939;QR=1442;RO=42;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=94.2121;RPR=60;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:16,19:16:544:19:620:-41.9436,0,-33.8547 0/1:67:26,41:26:898:41:1319:-82.9864,0,-60.8756 dDocent_Contig_3066 15 . G A 7683.93 . AB=0.412844;ABP=46.1608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=270;CIGAR=1X;DP=654;DPB=654;DPRA=0;EPP=589.308;EPPR=836.856;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994792;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10742;QR=15252;RO=384;RPL=0;RPP=589.308;RPPR=836.856;RPR=270;RUN=1;SAF=270;SAP=589.308;SAR=0;SRF=384;SRP=836.856;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:394:323,71:323:12823:71:2804:-133.866,0,-1034.56 0/1:260:61,199:61:2429:199:7938:-635.715,0,-140.486 dDocent_Contig_3067 16 . G A 104.934 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.650794;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=2444;RO=63;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=139.813;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:38,7:38:1465:7:268:-10.9371,0,-118.57 0/0:26:25,1:25:979:1:39:0,-3.93022,-84.5188 dDocent_Contig_3068 18 . T C 9647.03 . AB=0.306581;ABP=407.894;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=382;CIGAR=1X;DP=1246;DPB=1246;DPRA=0;EPP=832.513;EPPR=1876.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14907;QR=33665;RO=863;RPL=0;RPP=832.513;RPPR=1876.99;RPR=382;RUN=1;SAF=382;SAP=832.513;SAR=0;SRF=863;SRP=1876.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:681:468,212:468:18260:212:8291:-540.733,0,-1437.07 0/1:565:395,170:395:15405:170:6616:-425.158,0,-1215.4 dDocent_Contig_3069 54 . C T 66.6629 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.617647;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=1843;RO=49;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:34,0,0:34:1284:0,0:0,0:0,-10.235,-115.854,-10.235,-115.854,-115.854 0|1:21:15,4,2:15:559:4,2:146,73:-7.41102,0,-44.5602,-5.9622,-39.801,-51.1238 dDocent_Contig_3070 7 . T A 83.5162 . AB=0.0930233;ABP=683.489;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=1093;DPB=1093;DPRA=0.762903;EPP=98.5551;EPPR=2276.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999045;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1676;QR=39595;RO=1047;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=2276.54;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=1047;SRP=2276.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:620:620,0:620:23499:0:0:0,-186.639,-2113.66 0/1:473:427,44:427:16096:44:1676:-9.09634,0,-1305.91 dDocent_Contig_3071 98 . N G 77.1559 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_3072 30 . C A 5629.43 . AB=0.57508;ABP=18.3355;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=180;CIGAR=1X4M;DP=313;DPB=313;DPRA=0;EPP=393.875;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7169;QR=3436;RO=87;RPL=0;RPP=393.875;RPPR=191.928;RPR=180;RUN=1;SAF=180;SAP=393.875;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:139:42,4,18,75:42:1669:4,18,75:154,706,3001:-234.57,-234.57,-370.773,-189.155,-313.918,-321.142,0,-124.768,-79.3521,-114.834 0|1:174:45,9,14,105:45:1767:9,14,105:342,541,4168:-329.561,-315.066,-457.678,-298.679,-415.958,-439.786,0,-117.292,-100.904,-113.726 dDocent_Contig_3075 98 . N C 54536.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1912;CIGAR=1M1D11M1X;DP=1984;DPB=1844.21;DPRA=0;EPP=4154.87;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999477;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=17.5;PQR=68.5;PRO=2.5;QA=60609;QR=0;RO=0;RPL=1912;RPP=4154.87;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1912;SAP=4154.87;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1007:0,989:0:0:989:31204:-2807.64,-297.719,0 1|1:977:0,923:0:0:923:29405:-2645.73,-277.851,0 dDocent_Contig_3076 98 . N A 562.893 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.8846;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0,19:0:0:19:622:-56.2893,-5.71957,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3078 138 . T G 2975.98 . AB=0.0348432;ABP=542.39;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X2M;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=40;MQMR=59.5643;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=332;QR=5198;RO=140;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=307.016;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=307.016;SRR=140;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:160:75,3,8,71:75:2804:3,8,71:104,296,2626:-180.976,-195.399,-421.908,-180.763,-400.021,-405.767,0,-219.277,-204.642,-206.057 0|0:127:65,7,0,49:65:2394:7,0,49:228,0,1820:-117.811,-119.568,-313.217,-137.378,-315.324,-333.135,0,-177.954,-195.763,-181.013 dDocent_Contig_3080 98 . N A 258.713 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=14.4545;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.227273;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=729;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:287:-11.4409,-2.70927,0 1/1:13:0,13:0:0:13:442:-14.1293,-3.91339,0 dDocent_Contig_3081 67 . T C 60.2526 . AB=0.0949721;ABP=258.067;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=6176;RO=162;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=354.789;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:76,9:76:2867:9:351:-6.35841,0,-232.578 0/1:94:86,8:86:3309:8:316:-0.507955,0,-269.618 dDocent_Contig_3083 7 . A T 3234.43 . AB=0.711409;ABP=60.8531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.801887;PAIREDR=0.878049;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4096;QR=1560;RO=41;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=92.0407;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:12,57:12:457:57:2206:-177.874,0,-20.575 0/1:79:29,49:29:1103:49:1890:-146.757,0,-75.9837 dDocent_Contig_3084 46 . G A 327.896 . AB=0.259259;ABP=30.1939;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=709;QR=3500;RO=88;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=194.1;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:40,14:40:1604:14:546:-33.2235,0,-128.335 0/0:52:48,4:48:1896:4:163:0,-0.595132,-155.777 dDocent_Contig_3085 19 . G A 285.904 . AB=0.189873;ABP=69.0066;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.703125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=587;QR=2552;RO=64;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=141.985;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1172:5:203:-8.41804,0,-95.5227 0/1:45:35,10:35:1380:10:384:-21.3608,0,-110.911 dDocent_Contig_3086 35 . C A 142.362 . AB=0.0932039;ABP=743.255;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=908;DPB=908;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=1835.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2433;QR=33722;RO=844;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=1835.73;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=844;SRP=1835.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:393:378,14:378:15063:14:545:0,-69.0225,-1305.09 0/1:515:466,48:466:18659:48:1888:-14.9809,0,-1522.59 dDocent_Contig_3087 41 . T A 49785 . AB=0.814545;ABP=1657.3;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1568;CIGAR=1X2M1X;DP=1925;DPB=1925;DPRA=0;EPP=3407.88;EPPR=741.311;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61777;QR=13424;RO=340;RPL=0;RPP=3407.88;RPPR=741.311;RPR=1568;RUN=1;SAF=1568;SAP=3407.88;SAR=0;SRF=340;SRP=741.311;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1016:178,825:178:7054:825:32558:-2625.19,0,-332.258 0|1:909:162,743:162:6370:743:29219:-2354.5,0,-300.245 dDocent_Contig_3088 36 . C A 31732.4 . AB=0.526112;ABP=9.1341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=544;CIGAR=1X3M2I3M;DP=1034;DPB=1325.43;DPRA=0;EPP=1184.29;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.998162;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21473;QR=520;RO=13;RPL=0;RPP=1184.29;RPPR=31.2394;RPR=544;RUN=1;SAF=544;SAP=1184.29;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:569:5,282,278:5:199:282,278:11164,10864:-1793.93,-876.636,-808.132,-902.407,0,-835.107 1|0:465:8,262,173:8:321:262,173:10309,6824:-1380.5,-534.964,-482.544,-821.506,0,-795.877 dDocent_Contig_3089 189 . A G 3229.9 . AB=0.536232;ABP=5.3706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981982;PAIREDR=0.989583;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4290;QR=3762;RO=96;RPL=111;RPP=244.044;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=244.044;SAR=111;SRF=0;SRP=211.472;SRR=96;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:57,61:57:2235:61:2346:-175.802,0,-165.819 0/1:89:39,50:39:1527:50:1944:-148.376,0,-110.888 dDocent_Contig_3092 109 . G A 438.576 . AB=0.169014;ABP=205.691;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1206;QR=5892;RO=177;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=387.361;RPR=36;RUN=1;SAF=0;SAP=81.1833;SAR=36;SRF=0;SRP=387.361;SRR=177;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:89,22:89:2892:22:745:-33.9474,0,-227.104 0/1:102:88,14:88:3000:14:461:-11.0987,0,-239.543 dDocent_Contig_3093 107 . N C 180.545 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.87368;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:197:-18.0533,-1.80618,0 dDocent_Contig_3094 22 . A T 132.34 . AB=0.140625;ABP=74.8046;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.623853;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=401;QR=4350;RO=109;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=239.701;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:55,9:55:2211:9:362:-13.6777,0,-179.892 0/0:55:54,1:54:2139:1:39:0,-12.6601,-188.787 dDocent_Contig_3095 96 . G A 949.313 . AB=0.114504;ABP=2201.22;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=195;CIGAR=1X;DP=1703;DPB=1703;DPRA=0;EPP=426.447;EPPR=3273.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999336;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6754;QR=52205;RO=1506;RPL=195;RPP=426.447;RPPR=3273.25;RPR=0;RUN=1;SAF=195;SAP=426.447;SAR=0;SRF=1506;SRP=3273.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:892:780,112:780:26967:112:3885:-81.3348,0,-2157.84 0/1:811:726,83:726:25238:83:2869:-14.7849,0,-2027.16 dDocent_Contig_3096 14 . C A 7942.22 . AB=0.843284;ABP=140.17;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=242;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=528.507;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9643;QR=1201;RO=30;RPL=0;RPP=528.507;RPPR=68.1545;RPR=242;RUN=1;SAF=242;SAP=528.507;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:138:9,129:9:359:129:5152:-430.869,-8.86977,0 0/1:134:21,113:21:842:113:4491:-363.797,0,-35.7535 dDocent_Contig_3097 24 . T G 941.424 . AB=0.443038;ABP=5.23675;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1314;QR=1662;RO=42;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=94.2121;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:16,20:16:635:20:751:-57.0648,0,-46.6466 0/1:43:26,15:26:1027:15:563:-38.266,0,-79.9873 dDocent_Contig_3098 8 . G A 977.799 . AB=0.15493;ABP=443.605;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=881;DPB=881;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=1761.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2688;QR=30915;RO=810;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=1761.9;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=810;SRP=1761.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:426:360,66:360:13760:66:2514:-98.2236,0,-1109.55 0/0:455:450,5:450:17155:5:174:0,-120.971,-1527.1 dDocent_Contig_3099 19 . T G 4216.97 . AB=0.652381;ABP=45.3644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=137;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985401;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5398;QR=2914;RO=73;RPL=0;RPP=300.502;RPPR=161.528;RPR=137;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:17,78:17:684:78:3077:-248.431,0,-33.2931 0/1:115:56,59:56:2230:59:2321:-174.454,0,-166.257 dDocent_Contig_3100 16 . G A 1106.48 . AB=0.218341;ABP=160.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2002;QR=7109;RO=179;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=391.704;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:89,22:89:3524:22:871:-45.286,0,-283.772 0/1:118:90,28:90:3585:28:1131:-66.5501,0,-287.152 dDocent_Contig_3101 89 . A T 359.959 . AB=0.454545;ABP=3.60252;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=578;QR=1415;RO=44;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:26,2:26:789:2:63:0,-2.4452,-65.306 0/1:33:18,15:18:626:15:515:-36.7405,0,-46.7311 dDocent_Contig_3102 6 . T C 205.308 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33.7143;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:234:-17.2612,-1.80618,0 1/1:1:0,1:0:0:1:39:-2.94855,-0.30103,0 dDocent_Contig_3103 22 . A G 2921.93 . AB=0.3;ABP=135.036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=2M1X;DP=380;DPB=380;DPRA=0;EPP=241.948;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=56.1667;MQMR=59.2979;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.77193;PAIREDR=0.950355;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3846;QR=4809;RO=141;RPL=0;RPP=250.558;RPPR=309.188;RPR=114;RUN=1;SAF=1;SAP=241.948;SAR=113;SRF=0;SRP=309.188;SRR=141;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:186:65,31,9,4,76:65:2209:31,9,4,76:1042,299,144,2539:-184.454,-120.703,-288.917,-184.622,-278.849,-359.456,-192.27,-286.498,-350.415,-368.611,0,-94.2346,-158.154,-165.801,-154.674 0|1:194:76,50,12,15,38:76:2600:50,12,15,38:1655,399,535,1307:-108.927,0,-195.62,-103.44,-182.305,-310.497,-88.1891,-167.057,-270.495,-294.346,-29.1554,-108.024,-211.462,-196.214,-228.389 dDocent_Contig_3105 118 . T G 180.85 . AB=0.193548;ABP=53.5846;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=87.0897;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=53.84;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.86;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=414;QR=1675;RO=50;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=111.584;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=3;SRP=87.0897;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:486:5:174:-9.98135,0,-36.9177 0/1:42:35,7:35:1189:7:240:-9.29211,0,-82.5086 dDocent_Contig_3106 147 . T C 73.0043 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.857143;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=1309;RO=34;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,0:20:755:0:0:0,-6.0206,-67.8698 0/1:18:14,4:14:554:4:146:-8.04516,0,-44.7838 dDocent_Contig_3109 40 . C T 92.5804 . AB=0.333333;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=2.4;EPP=11.6962;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=493;RO=13;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=31.2394;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:8,4:8:303:4:144:-9.70052,0,-24.0165 0/0:5:5,0:5:190:0:0:0,-1.50515,-17.4667 dDocent_Contig_3110 48 . T G 138.366 . AB=0.126638;ABP=280.286;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=324.543;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=32.1935;MQMR=59.5831;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1233;QR=11332;RO=295;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=324.543;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=295;SRP=643.595;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:200,29:200:7674:29:1151:-14.2803,0,-621.369 0/0:97:95,2:95:3658:2:82:0,-24.4176,-324.497 dDocent_Contig_3111 98 . N G 1897.61 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.9242;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2200;QR=0;RO=0;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:48:0,48:0:0:48:1583:-138.955,-14.4494,0 1/1:18:0,18:0:0:18:617:-50.5046,-5.41854,0 dDocent_Contig_3112 46 . C A 123.618 . AB=0.136364;ABP=78.8144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=1;EPP=22.5536;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=4951;RO=123;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=270.101;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:57,9:57:2291:9:359:-12.8055,0,-186.48 0/0:66:66,0:66:2660:0:0:0,-19.868,-239.517 dDocent_Contig_3113 70 . T A 766.567 . AB=0.1133;ABP=1057.68;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=1593;DPB=1593;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=3240.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999329;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3929;QR=59016;RO=1491;RPL=102;RPP=224.5;RPPR=3240.68;RPR=0;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=1491;SRP=3240.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:812:720,92:720:28530:92:3572:-77.1004,0,-2320.78 0/0:781:771,10:771:30486:10:357:0,-202.64,-2708.57 dDocent_Contig_3115 20 . G A 539.684 . AB=0.127119;ABP=430.533;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=354;DPB=354;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.266667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1790;QR=12255;RO=309;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=673.995;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:151,22:151:5968:22:872:-26.7161,0,-484.847 0/1:181:158,23:158:6287:23:918:-28.4407,0,-511.108 dDocent_Contig_3116 7 . C T 2701.26 . AB=0.531073;ABP=4.49475;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904255;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3601;QR=3148;RO=83;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=183.243;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:44,46:44:1650:46:1771:-132.552,0,-121.666 0/1:87:39,48:39:1498:48:1830:-138.762,0,-108.903 dDocent_Contig_3117 8 . G A 102.228 . AB=0.121739;ABP=145.931;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=2X3M5X3M1X3M2X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=194.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=43.5714;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.26087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=547;QR=3545;RO=92;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=202.786;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=91;SRP=194.194;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:33,0,5:33:1258:0,5:0,197:-0.672801,-10.6068,-113.85,0,-103.174,-101.669 0|1:74:59,4,9:59:2287:4,9:158,350:-10.8141,-18.3685,-205.073,0,-177.754,-185.259 dDocent_Contig_3118 63 . C T 590.517 . AB=0.354839;ABP=20.0318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.683333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=974;QR=2083;RO=60;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:28,7:28:993:7:209:-8.56943,0,-79.1448 0/1:58:32,26:32:1090:26:765:-51.6707,0,-80.9377 dDocent_Contig_3119 18 . G A 3808.3 . AB=0.029703;ABP=585.115;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M2X;DP=303;DPB=303;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=348.274;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=48;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.842767;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=341;QR=6115;RO=159;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=348.274;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=159;SRP=348.274;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:119:54,57,8:54:2073:57,8:2221,303:-166.245,0,-153.003,-157.943,-145.604,-325.686 0|1:184:105,77,1:105:4042:77,1:3010,38:-215.774,0,-308.82,-244.3,-328.918,-575.858 dDocent_Contig_3120 13 . T C 16950.7 . AB=0.789238;ABP=489.138;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=528;CIGAR=1X;DP=669;DPB=669;DPRA=0;EPP=1149.55;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998106;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21101;QR=4838;RO=141;RPL=0;RPP=1149.55;RPPR=309.188;RPR=528;RUN=1;SAF=528;SAP=1149.55;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:339:90,249:90:3067:249:9929:-790.928,0,-174.196 0/1:330:51,279:51:1771:279:11172:-905.334,0,-60.3169 dDocent_Contig_3121 98 . N T 32.4925 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:34:-3.22989,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3122 21 . C T 680.005 . AB=0.26087;ABP=60.1295;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1146;QR=3357;RO=85;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=187.585;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:48,18:48:1885:18:690:-42.5569,0,-149.993 0/1:49:37,12:37:1472:12:456:-26.632,0,-117.979 dDocent_Contig_3123 111 . A T 348.691 . AB=0.207792;ABP=60.1172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.639344;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=2443;RO=61;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:25,10:25:989:10:409:-26.6345,0,-78.7716 0/1:42:36,6:36:1454:6:241:-9.42304,0,-118.461 dDocent_Contig_3124 16 . G C 406.071 . AB=0.124204;ABP=388.177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=691;DPB=691;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=1377.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2201;QR=24820;RO=633;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=1377.55;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=633;SRP=1377.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:377:358,18:358:14034:18:694:0,-50.8047,-1199.32 0/1:314:275,39:275:10786:39:1507:-41.3518,0,-875.56 dDocent_Contig_3125 98 . N G 119.076 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07855,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50886,-0.60206,0 dDocent_Contig_3126 56 . G A 398.632 . AB=0.19802;ABP=83.0108;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=786;QR=3221;RO=81;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:35,15:35:1373:15:587:-38.1142,0,-108.779 0/1:51:46,5:46:1848:5:199:-2.93603,0,-151.177 dDocent_Contig_3127 38 . A G 1314.34 . AB=0.251497;ABP=92.5868;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X3M1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1635;QR=7077;RO=180;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=393.875;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:167:102,42,23:102:4030:42,23:1635,902:-103.663,0,-318.974,-60.1946,-257.446,-384.89 0|0:95:78,0,16:78:3047:0,16:0,637:-28.96,-52.4404,-302.917,0,-250.465,-245.648 dDocent_Contig_3128 98 . N G 47.6828 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.10109;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:50:-4.74916,-0.60206,0 dDocent_Contig_3129 9 . G A 17316.9 . AB=0.347112;ABP=386.13;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=655;CIGAR=1M1I1M1X1M2X2M4I2M;DP=1887;DPB=2218.9;DPRA=0;EPP=1425.32;EPPR=2634.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25522;QR=46754;RO=1212;RPL=0;RPP=1425.32;RPPR=2634.83;RPR=655;RUN=1;SAF=655;SAP=1425.32;SAR=0;SRF=1212;SRP=2634.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:923:591,326:591:22769:326:12722:-867.878,0,-1771.38 0|1:964:621,329:621:23985:329:12800:-865.003,0,-1870.82 dDocent_Contig_3130 38 . C T 813.321 . AB=0.373494;ABP=14.5479;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1221;QR=6068;RO=160;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=350.446;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:52,31:52:1942:31:1183:-81.7758,0,-150.029 0/0:109:108,1:108:4126:1:38:0,-29.015,-367.615 dDocent_Contig_3131 10 . A G 76.8877 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=4I1X2M1X1M1X3M1X;DP=6;DPB=8.4;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=14;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.87368;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=220;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:6:0,6:0:0:6:220:-7.68755,-1.80618,0 dDocent_Contig_3132 20 . C T 417.007 . AB=0.357143;ABP=10.4553;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=282;DPB=282;DPRA=0.175;EPP=35.5824;EPPR=531.849;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.1348;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977528;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=10756;RO=267;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=582.793;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=261;SRP=531.849;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:27,15:27:1083:15:605:-42.1444,0,-79.64 0/0:240:240,0:240:9673:0:0:0,-72.2472,-866.401 dDocent_Contig_3133 18 . T A 937.085 . AB=0.0537634;ABP=163.863;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=2X1M1X1M3X6M2X2M;DP=203;DPB=224.5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=25;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=125;QR=1255;RO=32;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=72.4974;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:93:13,8,6,13,24,5,0,12,7:13:511:8,6,13,24,5,0,12,7:315,240,316,713,125,0,413,280:-46.5295,-34.2758,-73.9153,-37.8039,-63.6858,-78.0452,-29.3277,-55.2108,-58.738,-67.4613,0,-25.8876,-29.4145,-20.9442,-34.8261,-42.0538,-67.9353,-71.463,-62.9875,-33.6644,-82.5956,-50.4429,-76.3235,-79.8514,-71.3747,-42.0508,-84.1007,-92.4896,-17.0878,-42.9722,-46.5001,-38.0247,-8.69912,-50.7498,-59.1384,-55.5261,-27.3663,-53.2493,-56.7773,-48.3009,-18.9752,-61.0269,-69.4159,-36.0628,-67.3087 0|1:110:19,0,0,35,20,0,7,0,8:19:744:0,0,35,20,0,7,0,8:0,0,821,611,0,262,0,314:-48.3674,-54.0869,-115.283,-54.0869,-115.283,-115.283,0,-61.193,-61.193,-50.6569,-10.5334,-71.7332,-71.7332,-17.6627,-65.7126,-54.0869,-115.283,-115.283,-61.193,-71.7332,-115.283,-34.1162,-95.3144,-95.3144,-41.2274,-51.7645,-95.3144,-93.2072,-54.0869,-115.283,-115.283,-61.193,-71.7332,-115.283,-95.3144,-115.283,-28.2517,-89.451,-89.451,-35.3627,-45.9002,-89.451,-69.4818,-89.451,-87.0427 dDocent_Contig_3135 44 . T G 3669.63 . AB=0.634921;ABP=32.8939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4719;QR=2748;RO=69;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=152.842;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:41,61:41:1643:61:2380:-183.661,0,-117.394 0/1:87:28,59:28:1105:59:2339:-184.49,0,-73.5428 dDocent_Contig_3136 23 . T A 28824.2 . AB=0.793561;ABP=398.235;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=877;CIGAR=1X;DP=1018;DPB=1018;DPRA=0;EPP=1907.39;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35131;QR=5681;RO=141;RPL=0;RPP=1907.39;RPPR=309.188;RPR=877;RUN=1;SAF=877;SAP=1907.39;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:490:32,458:32:1298:458:18331:-1531.18,-30.4232,0 0/1:528:109,419:109:4383:419:16800:-1351.68,0,-235.457 dDocent_Contig_3137 75 . A G 1126.01 . AB=0.473684;ABP=3.58174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.62;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1575;QR=1748;RO=50;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:12,16:12:425:16:566:-42.8419,0,-30.1582 0/1:67:38,29:38:1323:29:1009:-70.9479,0,-99.198 dDocent_Contig_3138 25 . T C 2524.44 . AB=0.178231;ABP=663.992;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=166;CIGAR=1X;DP=1597;DPB=1597;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=3110.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6663;QR=56885;RO=1431;RPL=0;RPP=363.475;RPPR=3110.39;RPR=166;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=1431;SRP=3110.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:735:604,131:604:23976:131:5270:-252.888,0,-1934.55 0/0:862:827,35:827:32909:35:1393:0,-133.864,-2833.24 dDocent_Contig_3139 50 . C T 318.027 . AB=0.288889;ABP=20.4303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=509;QR=1283;RO=32;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:878:5:192:-9.51764,0,-71.2039 0/1:18:10,8:10:405:8:317:-23.4735,0,-31.3915 dDocent_Contig_3140 70 . T G 650.098 . AB=0.322222;ABP=27.7168;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.896552;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1027;QR=1999;RO=60;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:23,11:23:748:11:379:-24.2071,0,-57.3837 0/1:56:37,18:37:1251:18:648:-41.9911,0,-96.2323 dDocent_Contig_3142 82 . T C 9138.34 . AB=0.457259;ABP=14.7044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=337;CIGAR=1X;DP=737;DPB=737;DPRA=0;EPP=734.797;EPPR=871.599;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12633;QR=14988;RO=400;RPL=337;RPP=734.797;RPPR=871.599;RPR=0;RUN=1;SAF=337;SAP=734.797;SAR=0;SRF=400;SRP=871.599;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:331:221,110:221:8115:110:3989:-259.534,0,-630.654 0/1:406:179,227:179:6873:227:8644:-655.488,0,-496.229 dDocent_Contig_3143 195 . A T 816.89 . AB=0.348837;ABP=20.0791;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1201;QR=2252;RO=56;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:31,23:31:1248:23:917:-66.5769,0,-96.3336 0/1:32:25,7:25:1004:7:284:-16.3005,0,-81.0191 dDocent_Contig_3145 7 . G A 23068.8 . AB=0.0510288;ABP=2130.3;AC=0;AF=0;AN=4;AO=62;CIGAR=2X;DP=1215;DPB=1215;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=517.649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2304;QR=7510;RO=237;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=517.649;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=237;SRP=517.649;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:578:110,34,416:110:3513:34,416:1280,14012:-1102.12,-1030.35,-1303.04,0,-178.03,-157.691 0|0:637:127,28,462:127:3997:28,462:1024,15377:-1205.95,-1160.51,-1473.42,0,-237.676,-182.28 dDocent_Contig_3146 12 . A T 1955.82 . AB=0.847222;ABP=78.4086;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=61;CIGAR=7X;DP=82;DPB=82;DPRA=7.2;EPP=135.47;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2417;QR=825;RO=21;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=48.6112;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:11,61:11:441:61:2417:-196.026,0,-18.3723 0|0:10:10,0:10:384:0:0:0,-3.0103,-34.9143 dDocent_Contig_3147 12 . C T 1420.41 . AB=0.0569948;ABP=332.005;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=3M5I3M1X;DP=417;DPB=485.857;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=9450;RO=246;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=537.193;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:193:111,0,10,4,13,35,11:111:4287:0,10,4,13,35,11:0,394,158,517,1377,432:-79.8548,-113.269,-465.358,-80.8542,-432.943,-429.933,-100.267,-452.356,-419.941,-451.152,-70.7002,-422.789,-390.374,-409.787,-418.876,0,-352.088,-319.672,-339.086,-309.519,-341.552,-77.7386,-429.827,-397.412,-416.825,-387.258,-316.557,-426.516 0|1:224:135,14,0,0,32,18,0:135:5163:14,0,0,32,18,0:548,0,0,1264,715,0:-63.3745,-58.9537,-478.388,-104.014,-482.602,-527.663,-104.014,-482.602,-527.663,-527.663,0,-378.587,-423.648,-423.648,-414.015,-45.149,-423.737,-468.798,-468.798,-364.783,-463.38,-104.014,-482.602,-527.663,-527.663,-423.648,-468.798,-527.663 dDocent_Contig_3148 179 . G A 789.932 . AB=0.163701;ABP=279.05;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=281;DPB=281;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=513.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1824;QR=9107;RO=235;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=513.306;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=102.898;SAR=46;SRF=0;SRP=513.306;SRR=235;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:145:128,17:128:5012:17:674:-17.3424,0,-407.346 0/1:136:107,29:107:4095:29:1150:-62.8392,0,-327.61 dDocent_Contig_3149 141 . G T 66.4565 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1.18182;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=837;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:405:3:118:-7.08933,0,-32.8967 0/0:11:11,0:11:432:0:0:0,-3.31133,-39.2311 dDocent_Contig_3150 1 . N G 113.822 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=3.79424;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3151 12 . T C 396.968 . AB=0.0869565;ABP=71.1757;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=2202;RO=56;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=124.613;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:46:28,4,14:28:1106:4,14:158,565:-38.1533,-33.5825,-123.373,0,-77.9988,-86.786 0|0:32:28,0,4:28:1096:0,4:0,161:-5.24231,-13.6712,-103.77,0,-90.4991,-89.2949 dDocent_Contig_3152 137 . T A 1019.13 . AB=0.493333;ABP=3.03925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=74.9036;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.864865;PAIREDR=0.868421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1417;QR=1395;RO=38;RPL=36;RPP=74.9036;RPPR=85.5263;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:18,12:18:642:12:455:-32.2657,0,-49.065 0/1:45:20,25:20:753:25:962:-73.3466,0,-54.5499 dDocent_Contig_3153 9 . A T 1299.65 . AB=0.312139;ABP=56.0419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2057;QR=4563;RO=119;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=261.416;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:29,28:29:1102:28:1085:-80.7956,0,-82.3245 0/1:116:90,26:90:3461:26:972:-52.868,0,-276.703 dDocent_Contig_3155 65 . A C 500.184 . AB=0.244898;ABP=58.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=917;QR=2817;RO=74;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:40,17:40:1505:17:637:-40.4875,0,-118.546 0/1:41:34,7:34:1312:7:280:-13.2299,0,-106.008 dDocent_Contig_3156 52 . T C 1813.44 . AB=0.453237;ABP=5.65044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2515;QR=3045;RO=76;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:34,27:34:1368:27:1084:-79.4839,0,-105.012 0/1:78:42,36:42:1677:36:1431:-105.559,0,-127.671 dDocent_Contig_3157 16 . T A 5244.55 . AB=0.911602;ABP=269.358;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.927273;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6466;QR=649;RO=16;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=37.7539;RPR=165;RUN=1;SAF=165;SAP=361.303;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:8,80:8:325:80:3098:-252.414,0,-3.12899 0/1:93:8,85:8:324:85:3368:-275.191,0,-1.53361 dDocent_Contig_3158 68 . A C 1919.52 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.611111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2649;QR=2592;RO=72;RPL=30;RPP=7.35324;RPPR=12.7819;RPR=42;RUN=1;SAF=30;SAP=7.35324;SAR=42;SRF=27;SRP=12.7819;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:23,46:23:845:46:1680:-130.702,0,-55.5964 0/1:75:49,26:49:1747:26:969:-64.9492,0,-134.923 dDocent_Contig_3159 20 . C G 189.493 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=2.45455;EPP=20.3821;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=1187;RO=30;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=68.1545;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:427:0:0:0,-3.31133,-38.7706 0/1:27:19,8:19:760:8:319:-20.9493,0,-60.5909 dDocent_Contig_3160 26 . C A 77.2673 . 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AB=0.734848;ABP=129.482;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=194;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974227;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7515;QR=2281;RO=70;RPL=194;RPP=424.276;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:29,87:29:978:87:3406:-271.68,0,-53.3958 0/1:148:41,107:41:1303:107:4109:-325.249,0,-72.9978 dDocent_Contig_3162 7 . T G 20971 . 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G A 463.133 . AB=0.367347;ABP=10.4997;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=1.88462;EPP=42.0968;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=697;QR=2170;RO=57;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:998:0:0:0,-7.82678,-90.1313 0/1:49:31,18:31:1172:18:697:-48.3133,0,-91.0223 dDocent_Contig_3168 19 . G A 96.7506 . 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AB=0.229508;ABP=41.7764;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.489362;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=1824;RO=47;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:23,3:23:910:3:122:-3.54571,0,-74.3784 0/1:35:24,11:24:914:11:442:-29.5983,0,-72.0199 dDocent_Contig_3170 22 . T C 691.225 . AB=0.266667;ABP=52.6646;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1172;QR=5837;RO=147;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=322.217;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:77,28:77:3049:28:1135:-70.8215,0,-242.902 0/0:71:70,1:70:2788:1:37:0,-17.6753,-247.338 dDocent_Contig_3172 15 . G A 367.785 . AB=0.133641;ABP=255.992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=217;DPB=217;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=411.247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1168;QR=7502;RO=188;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=411.247;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=188;SRP=411.247;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:93,10:93:3693:10:405:-5.80285,0,-301.371 0/1:114:95,19:95:3809:19:763:-34.6746,0,-308.497 dDocent_Contig_3174 85 . A G 9374.05 . 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AB=0.628205;ABP=14.1461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=100.904;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0408163;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1954;QR=1120;RO=29;RPL=2;RPP=92.7497;RPPR=65.983;RPR=47;RUN=1;SAF=48;SAP=100.904;SAR=1;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:15,22:15:593:22:867:-67.1968,0,-42.5685 0/1:41:14,27:14:527:27:1087:-84.447,0,-35.4171 dDocent_Contig_3180 127 . N G 32.1705 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=4X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.4066;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:5:0,5:0:0:5:169:-3.21665,-1.50515,0 dDocent_Contig_3182 107 . N A 85.3159 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=88;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:57:-5.31946,-0.90309,0 1/1:2:0,1:0:0:1:31:-2.90948,-0.30103,0 dDocent_Contig_3183 29 . T G 5464.05 . AB=0.654412;ABP=59.3408;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=178;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=389.532;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7021;QR=3772;RO=94;RPL=0;RPP=389.532;RPPR=207.129;RPR=178;RUN=1;SAF=178;SAP=389.532;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:181:67,114:67:2689:114:4493:-349.826,0,-187.635 0/1:91:27,64:27:1083:64:2528:-200.277,0,-70.3628 dDocent_Contig_3184 83 . T C 5578.44 . 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AB=0.237921;ABP=817.958;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=325;CIGAR=1X;DP=1366;DPB=1366;DPRA=0;EPP=708.739;EPPR=2263.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998079;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12965;QR=41513;RO=1041;RPL=0;RPP=708.739;RPPR=2263.51;RPR=325;RUN=1;SAF=325;SAP=708.739;SAR=0;SRF=1041;SRP=2263.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:701:489,212:489:19428:212:8498:-553.281,0,-1535.9 0/1:665:552,113:552:22085:113:4467:-201.783,0,-1785.53 dDocent_Contig_3188 159 . T C 3437.12 . AB=0.226496;ABP=459.131;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=702;DPB=702;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=1104.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6121;QR=20038;RO=515;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=1104.01;RPR=159;RUN=1;SAF=0;SAP=348.274;SAR=159;SRF=0;SRP=1121.32;SRR=515;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:405:314,75:314:12157:75:2813:-135.806,0,-975.942 0/1:297:201,84:201:7881:84:3308:-211.605,0,-622.764 dDocent_Contig_3189 39 . T G 29919.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=855;CIGAR=1X;DP=877;DPB=877;DPRA=0;EPP=1859.62;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=57.7143;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99883;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34097;QR=831;RO=21;RPL=0;RPP=1859.62;RPPR=48.6112;RPR=855;RUN=1;SAF=855;SAP=1859.62;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:460:9,451:9:360:451:18032:-1588.61,-105.712,0 1/1:417:12,404:12:471:404:16065:-1402.99,-83.7227,0 dDocent_Contig_3190 7 . T C 538.508 . AB=0.338462;ABP=17.7429;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.590909;PAIREDR=0.511628;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=849;QR=1621;RO=43;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=96.3836;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:18,11:18:678:11:420:-29.4212,0,-52.6219 0/1:36:25,11:25:943:11:429:-28.1286,0,-74.3445 dDocent_Contig_3191 167 . A G 5903.16 . AB=0.557423;ABP=13.2351;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=357;DPB=357;DPRA=0;EPP=435.133;EPPR=312.239;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7794;QR=6111;RO=158;RPL=199;RPP=435.133;RPPR=312.239;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=435.133;SAR=199;SRF=0;SRP=346.103;SRR=158;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:61,104:61:2336:104:4028:-312.855,0,-160.739 0/1:192:97,95:97:3775:95:3766:-281.159,0,-281.973 dDocent_Contig_3192 17 . A T 387.66 . AB=0.13245;ABP=180.194;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X2M;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=802;QR=4459;RO=112;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=246.215;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:97:69,0,18,9:69:2734:0,18,9:0,720,339:-38.5707,-59.3418,-284.368,0,-225.058,-219.639,-31.5762,-256.602,-197.291,-253.893 0|0:54:43,4,2,5:43:1725:4,2,5:157,82,204:-3.89147,-3.92949,-144.847,-10.066,-139.283,-151.592,0,-129.22,-135.362,-140.626 dDocent_Contig_3194 25 . G A 2722.49 . AB=0.385496;ABP=32.8473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.960396;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3938;QR=6452;RO=161;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=352.617;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:69,47:69:2784:47:1830:-129.994,0,-215.741 0/1:146:92,54:92:3668:54:2108:-145.954,0,-286.176 dDocent_Contig_3195 10 . T C 27505.8 . AB=0.814423;ABP=896.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=847;CIGAR=1X1M;DP=1040;DPB=1040;DPRA=0;EPP=1842.25;EPPR=348.274;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.992916;PAIREDR=0.968553;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34004;QR=6352;RO=159;RPL=0;RPP=1842.25;RPPR=348.274;RPR=847;RUN=1;SAF=847;SAP=1842.25;SAR=0;SRF=159;SRP=348.274;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:582:84,0,498:84:3335:0,498:0,19961:-1619.55,-1644.84,-1919.36,0,-274.917,-125.004 0|1:458:75,33,349:75:3017:33,349:1314,14043:-1134.73,-1049.11,-1287.81,0,-140.44,-143.575 dDocent_Contig_3196 9 . T C 98.6226 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.1818;MQMR=59.9595;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.864865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=428;QR=2816;RO=74;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=163.699;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:51,5:51:1958:5:195:-0.907374,0,-159.596 0/1:29:23,6:23:858:6:233:-11.8451,0,-68.8065 dDocent_Contig_3197 15 . A C 1398.74 . AB=0.69697;ABP=25.2514;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X1M;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=25.858;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1804;QR=645;RO=16;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=37.7539;RPR=46;RUN=1;SAF=34;SAP=25.858;SAR=12;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:9,1,16:9:363:1,16:37,631:-49.2286,-48.9122,-78.5364,0,-26.928,-25.1352 0|1:40:7,3,30:7:282:3,30:111,1173:-94.344,-87.3722,-109.714,0,-14.1947,-14.2349 dDocent_Contig_3199 13 . T C 11267.5 . AB=0.0633737;ABP=1779.79;AC=0;AF=0;AN=4;AO=68;CIGAR=1X2M1X;DP=1073;DPB=1073;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=1145.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=58.8764;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951311;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2599;QR=20872;RO=534;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=1162.58;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=532;SRP=1145.27;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:517:268,46,196:268:10442:46,196:1788,7685:-482.535,-416.281,-1257.83,0,-708.453,-796.375 0|0:556:266,22,258:266:10430:22,258:811,10159:-647.918,-661.684,-1508.3,0,-786.94,-775.578 dDocent_Contig_3200 191 . C T 141.693 . AB=0.128713;ABP=123.946;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.829545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=528;QR=3539;RO=88;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=194.1;SRR=88;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:39,6:39:1574:6:242:-8.61118,0,-128.348 0/1:56:49,7:49:1965:7:286:-9.25714,0,-160.186 dDocent_Contig_3201 38 . T C 47.0121 . AB=0.117647;ABP=89.3583;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=1.78947;EPP=3.0103;EPPR=13.7347;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.683673;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=298;QR=3470;RO=98;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=215.815;RPR=8;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=38;SRP=13.7347;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1367:0:0:0,-11.4391,-123.32 0/1:68:60,8:60:2103:8:298:-6.7012,0,-169.053 dDocent_Contig_3202 18 . T A 4769.66 . AB=0.199657;ABP=917.375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=233;CIGAR=1X;DP=1167;DPB=1167;DPRA=0;EPP=508.963;EPPR=2028.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9247;QR=37294;RO=933;RPL=0;RPP=508.963;RPPR=2028.99;RPR=233;RUN=1;SAF=233;SAP=508.963;SAR=0;SRF=933;SRP=2028.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:681:515,166:515:20575:166:6596:-388.356,0,-1644.97 0/1:486:418,67:418:16719:67:2651:-92.309,0,-1356.94 dDocent_Contig_3203 34 . C T 92.5898 . AB=0.173913;ABP=45.4956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=6.13722;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.87;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=342;QR=3683;RO=100;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=220.158;RPR=10;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=44;SRP=6.13722;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:38,8:38:1414:8:272:-10.9579,0,-113.685 0/0:64:62,2:62:2269:2:70:0,-12.6185,-197.782 dDocent_Contig_3204 10 . T C 1485.63 . AB=0.550562;ABP=4.98658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.755102;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1983;QR=1604;RO=40;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=89.8692;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:12,22:12:488:22:894:-70.5296,0,-34.0365 0/1:55:28,27:28:1116:27:1089:-81.7329,0,-84.1642 dDocent_Contig_3205 98 . N G 63.6413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_3206 11 . G A 800.972 . AB=0.284483;ABP=49.8093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1319;QR=3316;RO=83;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=183.243;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:40,15:40:1619:15:601:-37.8314,0,-129.382 0/1:61:43,18:43:1697:18:718:-45.9648,0,-134.584 dDocent_Contig_3207 19 . A T 136.771 . AB=0.181818;ABP=41.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=3322;RO=84;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=185.414;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,8:36:1424:8:314:-15.376,0,-115.172 0/0:49:48,1:48:1898:1:33:0,-11.4513,-167.728 dDocent_Contig_3208 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_3210 60 . A T 558.871 . AB=0.206349;ABP=50.1967;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=495;QR=1037;RO=28;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:16,11,2:16:579:11,2:411,76:-28.8305,0,-43.9305,-27.4131,-41.0069,-74.0619 0|1:34:12,10,11:12:458:10,11:383,419:-30.7553,-2.93397,-37.5003,0,-6.14221,-34.2643 dDocent_Contig_3211 1 . N G 75.9287 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59179,-0.60206,0 dDocent_Contig_3212 23 . C A 892.628 . AB=0.235294;ABP=106.475;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=669.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9035;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1942;QR=12363;RO=311;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=661.078;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=310;SRP=669.68;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:190:181,9:181:7199:9:362:0,-24.2513,-614.378 0/1:170:130,40:130:5164:40:1580:-91.2628,0,-413.451 dDocent_Contig_3213 91 . C A 261.653 . AB=0.428571;ABP=4.25114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=1073;RO=32;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:526:1:35:0,-1.61888,-44.1527 0/1:28:16,12:16:547:12:403:-28.1653,0,-41.1252 dDocent_Contig_3214 111 . T C 173.146 . AB=0.333333;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.35;EPP=22.5536;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=298;QR=1270;RO=38;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=85.5263;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:18,9:18:626:9:298:-19.0135,0,-48.5386 0/0:20:20,0:20:644:0:0:0,-6.0206,-58.2629 dDocent_Contig_3215 98 . N A 50.8718 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=3X;DP=2;DPB=2.33333;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:57:-5.08609,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3216 15 . T C 413.548 . AB=0.212766;ABP=70.3721;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.662162;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=2976;RO=74;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=163.699;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1161:8:323:-18.3008,0,-93.6304 0/1:57:45,12:45:1815:12:484:-26.7529,0,-146.393 dDocent_Contig_3217 9 . T C 46171.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1443;CIGAR=1X;DP=1557;DPB=1557;DPRA=0;EPP=3136.44;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995842;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55555;QR=4214;RO=110;RPL=0;RPP=3136.44;RPPR=241.872;RPR=1443;RUN=1;SAF=1443;SAP=3136.44;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:808:64,743:64:2462:743:28637:-2353.79,-21.5377,0 1/1:749:46,700:46:1752:700:26918:-2263.06,-66.9327,0 dDocent_Contig_3218 33 . T A 427.888 . AB=0.215686;ABP=74.6263;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.6125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=850;QR=3107;RO=80;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=176.728;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1442:5:187:-4.54672,0,-117.401 0/1:60:43,17:43:1665:17:663:-41.9404,0,-132.031 dDocent_Contig_3219 48 . T G 1028.88 . AB=0.338983;ABP=29.5832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.525;PAIREDR=0.307692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1572;QR=3081;RO=78;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:45,23:45:1764:23:889:-59.8385,0,-138.513 0/1:50:33,17:33:1317:17:683:-46.7486,0,-103.74 dDocent_Contig_3220 26 . A G 162.389 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.617021;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=1888;RO=47;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=105.07;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1167:8:319:-17.9378,0,-94.1718 0/0:19:18,1:18:721:1:41:0,-1.625,-61.1218 dDocent_Contig_3222 7 . T C 2291 . AB=0.494565;ABP=3.05751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X4M;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=51.6154;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.252747;PAIREDR=0.876543;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3238;QR=3108;RO=81;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=178.9;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:103:39,7,57:39:1499:7,57:266,2022:-148.675,-139.533,-260.501,0,-102.199,-105.918 0|1:81:42,5,34:42:1609:5,34:185,1216:-84.1238,-86.3706,-216.936,0,-121.763,-121.922 dDocent_Contig_3224 22 . A G 1007.79 . AB=0.0888889;ABP=69.0713;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X2M;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.552632;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1494;RO=38;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=85.5263;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:20,7,0,22:20:781:7,0,22:282,0,871:-65.6579,-48.4335,-110.52,-71.6785,-112.628,-135.872,0,-40.941,-64.1875,-57.5649 0|0:45:18,9,4,14:18:713:9,4,14:362,158,539:-38.8202,-14.4002,-70.3808,-31.2365,-60.0879,-88.7197,0,-28.8479,-45.6819,-54.4688 dDocent_Contig_3225 96 . T G 887.193 . AB=0.411765;ABP=8.75832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.914286;PAIREDR=0.64;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1304;QR=1867;RO=50;RPL=18;RPP=3.07234;RPPR=5.78978;RPR=17;RUN=1;SAF=18;SAP=3.07234;SAR=17;SRF=29;SRP=5.78978;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:30,19:30:1127:19:723:-50.6405,0,-86.9772 0/1:36:20,16:20:740:16:581:-41.7778,0,-56.0884 dDocent_Contig_3226 179 . G A 222.577 . AB=0.188406;ABP=61.1995;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=511;QR=2167;RO=56;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1439:6:236:-8.66539,0,-116.803 0/1:26:19,7:19:728:7:275:-17.2913,0,-57.9993 dDocent_Contig_3229 76 . T C 19276.8 . AB=0.603595;ABP=101.54;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=638;CIGAR=1X;DP=1057;DPB=1057;DPRA=0;EPP=1388.41;EPPR=912.857;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25014;QR=15090;RO=419;RPL=638;RPP=1388.41;RPPR=912.857;RPR=0;RUN=1;SAF=638;SAP=1388.41;SAR=0;SRF=419;SRP=912.857;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:545:261,284:261:9318:284:11090:-833.344,0,-674.404 0/1:512:158,354:158:5772:354:13924:-1098.03,0,-365.35 dDocent_Contig_3230 13 . G A 588.592 . AB=0.132124;ABP=456.747;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=1080.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.6867;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.948365;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2533;QR=23058;RO=581;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=1264.64;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=559;SRP=1080.78;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:261:246,15:246:9725:15:568:0,-27.1179,-789.632 0/1:386:335,51:335:13333:51:1965:-60.8592,0,-1061 dDocent_Contig_3231 47 . G A 161.244 . AB=0.428571;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=2.33333;EPP=16.0391;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=559;RO=14;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=33.4109;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:245:0:0:0,-1.80618,-22.414 0/1:14:8,6:8:314:6:244:-18.1244,0,-24.4067 dDocent_Contig_3232 21 . G C 675.904 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_3234 59 . C A 55573.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1688;CIGAR=1X;DP=1773;DPB=1773;DPRA=0;EPP=3668.46;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65041;QR=3236;RO=84;RPL=1688;RPP=3668.46;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=1688;SAP=3668.46;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:861:26,835:26:1014:835:32015:-2787.44,-167.629,0 1/1:912:58,853:58:2222:853:33026:-2769.63,-74.475,0 dDocent_Contig_3236 29 . G A 21735.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=636;CIGAR=1X;DP=666;DPB=666;DPRA=0;EPP=1384.07;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998428;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25377;QR=1202;RO=30;RPL=0;RPP=1384.07;RPPR=68.1545;RPR=636;RUN=1;SAF=636;SAP=1384.07;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:365:19,346:19:759:346:13833:-1175.29,-41.2441,0 1/1:301:11,290:11:443:290:11544:-997.94,-50.3841,0 dDocent_Contig_3237 8 . C A 10233.5 . AB=0.260718;ABP=861.378;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=450;CIGAR=1X;DP=1726;DPB=1726;DPRA=0;EPP=980.173;EPPR=2773.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17190;QR=49125;RO=1276;RPL=0;RPP=980.173;RPPR=2773.81;RPR=450;RUN=1;SAF=450;SAP=980.173;SAR=0;SRF=1276;SRP=2773.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1022:743,279:743:28637:279:10620:-647.774,0,-2267.92 0/1:704:533,171:533:20488:171:6570:-379.278,0,-1630.85 dDocent_Contig_3238 61 . C A 186.643 . AB=0.4375;ABP=3.55317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.45455;EPP=18.2106;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=812;RO=20;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:448:0:0:0,-3.31133,-40.676 0/1:16:9,7:9:364:7:279:-20.6643,0,-28.3085 dDocent_Contig_3239 13 . G C 15478.1 . AB=0.408055;ABP=99.6441;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=537;CIGAR=1X;DP=1316;DPB=1316;DPRA=0;EPP=1169.09;EPPR=1694.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21658;QR=31181;RO=779;RPL=0;RPP=1169.09;RPPR=1694.59;RPR=537;RUN=1;SAF=537;SAP=1169.09;SAR=0;SRF=779;SRP=1694.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:678:377,301:377:15112:301:12117:-885.523,0,-1154.78 0/1:638:402,236:402:16069:236:9541:-665.99,0,-1252.86 dDocent_Contig_3240 12 . C T 427.224 . AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=224.582;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=59.6321;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=4223;RO=106;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=233.186;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=105;SRP=224.582;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:73:70,2,0:70:2777:2,0:75,0:0,-14.9255,-242.929,-21.0721,-243.531,-249.674 0|0:61:36,7,17:36:1446:7,17:279,675:-44.7224,-32.5833,-148.355,0,-94.901,-112.76 dDocent_Contig_3241 7 . T G 52138.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1851;CIGAR=1X;DP=1916;DPB=1916;DPRA=0;EPP=4022.41;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58783;QR=829;RO=58;RPL=0;RPP=4022.41;RPPR=128.956;RPR=1851;RUN=1;SAF=1851;SAP=4022.41;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:882:21,856:21:308:856:27024:-2403.39,-236.3,0 1/1:1034:37,995:37:521:995:31759:-2810.13,-263.745,0 dDocent_Contig_3242 69 . A G 1477.91 . AB=0.461538;ABP=4.51363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=55.0476;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.873016;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2068;QR=2116;RO=63;RPL=54;RPP=120.27;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:37,31:37:1234:31:1207:-88.4436,0,-85.3689 0/1:49:26,23:26:882:23:861:-63.0468,0,-61.1016 dDocent_Contig_3243 11 . C T 146.866 . AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.16;EPP=18.2106;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.87234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1909;RO=47;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=105.07;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:22,7:22:891:7:275:-16.3856,0,-71.7665 0/0:25:25,0:25:1018:0:0:0,-7.52575,-91.9109 dDocent_Contig_3244 68 . T C 142 . AB=0.11976;ABP=212.733;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=332;DPB=332;DPRA=1.01212;EPP=46.4397;EPPR=678.338;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=735;QR=10634;RO=311;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=678.338;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=311;SRP=678.338;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:165:164,0:164:5586:0:0:0,-49.3689,-502.761 0/1:167:147,20:147:5048:20:735:-16.2,0,-404.156 dDocent_Contig_3245 30 . G C 1348.49 . AB=0.234615;ABP=162.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2403;QR=7910;RO=199;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=435.133;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:93,36:93:3679:36:1419:-89.1262,0,-292.314 0/1:131:106,25:106:4231:25:984:-49.422,0,-341.322 dDocent_Contig_3247 86 . T A 7739.17 . AB=0.217827;ABP=1314.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=413;CIGAR=1X;DP=1896;DPB=1896;DPRA=0;EPP=899.828;EPPR=3205.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9872;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997579;PAIREDR=0.998651;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14982;QR=53885;RO=1483;RPL=413;RPP=899.828;RPPR=3223.3;RPR=0;RUN=1;SAF=413;SAP=899.828;SAR=0;SRF=1481;SRP=3205.96;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1021:823,198:823:29955:198:7184:-339.217,0,-2387.47 0/1:875:660,215:660:23930:215:7798:-438.399,0,-1889.45 dDocent_Contig_3248 94 . G T 43.1509 . AB=0.152542;ABP=64.8789;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=3202;RO=100;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:50,9:50:1612:9:261:-6.01404,0,-127.601 0/0:53:50,3:50:1590:3:91:0,-7.46328,-134.884 dDocent_Contig_3249 52 . G T 731.651 . AB=0.214724;ABP=118.232;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.546875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1392;QR=5075;RO=128;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=280.959;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:62,13:62:2450:13:517:-24.2977,0,-198.076 0/1:88:66,22:66:2625:22:875:-52.5664,0,-209.898 dDocent_Contig_3252 14 . A G 106.556 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=242.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.550847;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=4683;RO=118;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=259.244;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=116;SRP=242.167;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:60,9:60:2372:9:364:-12.3533,0,-192.873 0/0:63:58,5:58:2311:5:204:0,-0.220857,-189.412 dDocent_Contig_3253 31 . G A 795.828 . AB=0.203593;ABP=130.451;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=4M1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968085;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1355;QR=3722;RO=94;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=207.129;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:87:46,3,9,23:46:1805:3,9,23:121,358,914:-61.3929,-65.2655,-212.8,-45.7643,-184.226,-191.492,0,-138.461,-118.96,-141.512 0|1:80:48,10,8,11:48:1917:10,8,11:394,303,441:-21.8889,-3.92252,-158.806,-11.5063,-136.982,-166.988,0,-125.481,-133.062,-154.585 dDocent_Contig_3254 16 . T C 11261.7 . AB=0.128429;ABP=964.783;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X3M;DP=802;DPB=802;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=700.053;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4093;QR=12783;RO=321;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=700.053;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=321;SRP=700.053;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:450:179,195,75:179:7123:195,75:7709,2971:-580.457,0,-527.778,-389.829,-341.968,-953.731 0|1:352:142,181,28:142:5660:181,28:7193,1122:-549.409,0,-411.595,-499.718,-373.644,-957.373 dDocent_Contig_3256 48 . C T 119.68 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2976;RO=75;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=165.871;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:43,2:43:1732:2:81:0,-5.86062,-148.408 0/1:40:32,7:32:1244:7:284:-13.968,0,-100.278 dDocent_Contig_3257 107 . N T 108.522 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60384,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:53:-4.94651,-0.90309,0 dDocent_Contig_3258 35 . T A 590.108 . AB=0.0512821;ABP=71.2168;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2M1X3M1X2M;DP=60;DPB=47.7778;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.735294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=1325;RO=34;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=76.8404;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:9,11,0:9:358:11,0:444,0:-33.8955,0,-26.1638,-36.6048,-29.4751,-66.0795 0|0:39:25,11,2:25:967:11,2:441,77:-28.8143,0,-76.1077,-30.0203,-73.0971,-108.833 dDocent_Contig_3259 60 . T A 17536.8 . AB=0.107505;ABP=662.684;AC=0;AF=0;AN=4;AO=53;CIGAR=1X2M1X3M1X10M;DP=947;DPB=891.833;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=27;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2085;QR=3973;RO=111;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:454:54,0,220,136:54:1932:0,220,136:0,8519,5097:-943.352,-959.608,-1117.14,-259.874,-417.411,-351.185,-542.218,-699.753,0,-658.813 0|0:493:57,53,151,165:57:2041:53,151,165:2085,5834,6319:-814.03,-659.679,-810.159,-352.096,-347.019,-473.076,-312.667,-307.589,0,-429.431 dDocent_Contig_3260 14 . G C 2373.82 . AB=0.29052;ABP=127.648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=2X;DP=327;DPB=327;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3755;QR=8764;RO=226;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=493.763;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:209:170,34:170:6563:34:1369:-61.7055,0,-528.754 0|1:118:56,61:56:2201:61:2386:-179.376,0,-162.755 dDocent_Contig_3261 8 . C A 686.512 . AB=0.242424;ABP=79.0776;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X1M1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.5938;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1240;QR=3823;RO=99;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=217.986;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:78:58,19:58:2241:19:737:-42.9871,0,-178.338 0|1:54:41,13:41:1582:13:503:-29.3631,0,-126.391 dDocent_Contig_3264 36 . A G 65.854 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.72093;EPP=13.8677;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=2636;RO=68;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=150.67;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1663:0:0:0,-12.9443,-149.912 0/1:31:25,5:25:973:5:196:-8.5854,0,-78.4404 dDocent_Contig_3265 53 . G C 556.226 . AB=0.140575;ABP=354.227;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X2M1X;DP=313;DPB=313;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1699;QR=10445;RO=269;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=587.136;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:150:127,23:127:4964:23:896:-35.7987,0,-401.559 0|1:163:142,21:142:5481:21:803:-23.5229,0,-444.139 dDocent_Contig_3266 35 . A C 689.65 . AB=0.134367;ABP=452.393;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=708;DPB=708;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=1418.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2195;QR=25925;RO=652;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=1418.81;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=652;SRP=1418.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:321:317,3:317:12633:3:114:0,-85.8628,-1125.51 0/1:387:335,52:335:13292:52:2081:-70.965,0,-1078.83 dDocent_Contig_3267 7 . T C 301.549 . AB=0.143617;ABP=210.409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=2X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=59.9068;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1045;QR=6186;RO=161;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=352.617;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:99,10:99:3802:10:386:-0.154365,0,-309.459 0|1:79:62,17:62:2384:17:659:-32.1519,0,-190.989 dDocent_Contig_3268 18 . C T 173.578 . AB=0.0169492;ABP=959.636;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=2X;DP=788;DPB=788;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=1460.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=58.4784;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.387481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=986;QR=26921;RO=671;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=1460.07;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=671;SRP=1460.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:316:268,17,28:268:10764:17,28:669,1116:0,-25.6057,-904.889,-16.18,-845.47,-892.074 0|0:472:403,8,59:403:16157:8,59:317,2342:-19.3578,-114.569,-1440.3,0,-1301.98,-1310.32 dDocent_Contig_3269 57 . G A 560.776 . AB=0.112782;ABP=176.222;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=1M1X1M;DP=133;DPB=160;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.901099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=590;QR=3537;RO=91;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:69:49,16,4:49:1888:16,4:620,164:-36.1568,0,-150.166,-37.3665,-141.444,-191.166 0|0:64:42,11,11:42:1649:11,11:440,426:-23.6082,0,-132.304,-1.26674,-100.626,-133.561 dDocent_Contig_3270 9 . T A 116.482 . AB=0.152542;ABP=64.8789;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0833333;PAIREDR=0.409091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=461;QR=3402;RO=88;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=194.1;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:38,3:38:1474:3:116:0,-1.52453,-122.117 0/1:59:50,9:50:1928:9:345:-13.6481,0,-156 dDocent_Contig_3271 86 . T A 379.552 . AB=0.25974;ABP=41.6174;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.671533;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=877;QR=4983;RO=137;RPL=19;RPP=17.6895;RPPR=22.4268;RPR=6;RUN=1;SAF=19;SAP=17.6895;SAR=6;SRF=86;SRP=22.4268;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:85:80,5:80:2903:5:179:0,-9.12907,-244.969 0/1:77:57,20:57:2080:20:698:-39.9552,0,-164.266 dDocent_Contig_3272 14 . T C 6107.24 . AB=0.739464;ABP=133.007;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=193;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=422.104;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7700;QR=2583;RO=68;RPL=0;RPP=422.104;RPPR=150.67;RPR=193;RUN=1;SAF=193;SAP=422.104;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:48,112:48:1826:112:4498:-356.587,0,-116.413 0/1:101:20,81:20:757:81:3202:-257.836,0,-38.0467 dDocent_Contig_3273 98 . N T 228.592 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:107:-9.98217,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-12.5756,-1.20412,0 dDocent_Contig_3275 7 . T G 13316.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=471;CIGAR=1X;DP=496;DPB=496;DPRA=0;EPP=1025.77;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15029;QR=232;RO=18;RPL=0;RPP=1025.77;RPPR=42.0968;RPR=471;RUN=1;SAF=471;SAP=1025.77;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:264:9,255:9:107:255:8153:-723.963,-69.7231,0 1/1:232:9,216:9:125:216:6876:-607.375,-56.594,0 dDocent_Contig_3276 41 . C T 581.928 . AB=0.411765;ABP=6.45911;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=850;QR=1177;RO=30;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=68.1545;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:16,19:16:629:19:769:-58.9942,0,-46.4058 0/1:16:14,2:14:548:2:81:-2.86925,0,-44.8387 dDocent_Contig_3277 165 . G T 328.356 . AB=0.172414;ABP=111.135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=30.8051;EPPR=113.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=786;QR=3812;RO=96;RPL=18;RPP=30.8051;RPPR=113.846;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=211.472;SRR=96;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:65,7:65:2592:7:279:-3.80662,0,-211.739 0/1:44:31,13:31:1220:13:507:-32.7246,0,-96.8325 dDocent_Contig_3278 18 . T C 30678.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=893;CIGAR=1X;DP=940;DPB=940;DPRA=0;EPP=1942.14;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35958;QR=1833;RO=47;RPL=0;RPP=1942.14;RPPR=105.07;RPR=893;RUN=1;SAF=893;SAP=1942.14;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:480:25,455:25:992:455:18348:-1560.14,-54.9176,0 1/1:460:22,438:22:841:438:17610:-1507.4,-62.4812,0 dDocent_Contig_3279 9 . T C 186.698 . AB=0.241379;ABP=53.5532;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1M8I2M1X1M1X;DP=164;DPB=239.333;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=16.3462;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.115385;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=964;QR=1167;RO=31;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=70.3259;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:77:20,5,0:20:756:5,0:186,0:0,-2.14671,-62.6377,-6.0206,-64.1428,-68.0191 0|1:87:11,21,3:11:411:21,3:778,60:-20.6698,0,-27.3435,-20.2936,-29.9807,-53.0582 dDocent_Contig_3281 46 . G A 32352.2 . AB=0.855688;ABP=1297.5;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1008;CIGAR=1X;DP=1178;DPB=1178;DPRA=0;EPP=2191.85;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39964;QR=6672;RO=169;RPL=0;RPP=2191.85;RPPR=369.989;RPR=1008;RUN=1;SAF=1008;SAP=2191.85;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:520:106,414:106:4171:414:16318:-1310.82,0,-218.839 0/1:658:63,594:63:2501:594:23646:-1928.1,0,-27.2102 dDocent_Contig_3282 134 . C T 1935.34 . AB=0.240997;ABP=213.354;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=597.994;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3394;QR=10597;RO=274;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=597.994;RPR=87;RUN=1;SAF=0;SAP=191.928;SAR=87;SRF=0;SRP=597.994;SRR=274;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:130,67:130:5012:67:2618:-176.453,0,-391.68 0/1:164:144,20:144:5585:20:776:-20.7796,0,-453.12 dDocent_Contig_3283 9 . T A 108.08 . AB=0.102703;ABP=256.65;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=2X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=558.907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=53.7692;MQMR=58.0195;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.628906;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=999;QR=9964;RO=256;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=558.907;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=256;SRP=558.907;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:119:103,7,9:103:4020:7,9:276,362:0,-8.82351,-336.18,-27.4079,-334.543,-353.884 0|1:185:153,19,13:153:5944:19,13:723,528:-12.808,0,-469.541,-53.5419,-469.839,-524.615 dDocent_Contig_3284 28 . T G 1880.16 . AB=0.0538922;ABP=291.686;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.728261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=3653;RO=92;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=202.786;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:61:27,8,26:27:1057:8,26:325,1054:-78.7857,-60.1079,-144.599,0,-60.0866,-79.0686 0|0:106:65,1,40:65:2596:1,40:41,1608:-112.929,-129.112,-342.615,0,-210.412,-201.755 dDocent_Contig_3286 98 . N T 57.8776 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:9:-0.899997,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:48:-4.55869,-0.60206,0 dDocent_Contig_3287 46 . G T 295.217 . AB=0.363636;ABP=8.34028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X14M;DP=33;DPB=32.8667;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=691;RO=18;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:11,0,8:11:421:0,8:0,311:-22.6283,-25.9396,-60.4854,0,-34.9317,-32.5234 0|1:14:7,2,4:7:270:2,4:78,154:-10.5924,-6.2691,-27.8771,0,-15.8247,-21.0404 dDocent_Contig_3288 25 . A T 954.439 . AB=0.409639;ABP=8.89682;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.323529;PAIREDR=0.428571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1372;QR=1956;RO=49;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=109.412;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:23,9:23:906:9:356:-22.7667,0,-72.2108 0/1:51:26,25:26:1050:25:1016:-76.3762,0,-79.437 dDocent_Contig_3289 7 . T C 28876.9 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=56;CIGAR=1X1M1X;DP=1033;DPB=1033;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2154;QR=2533;RO=66;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=146.327;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:592:42,31,511:42:1618:31,511:1200,19704:-1626.38,-1540.45,-1663.97,-20.9645,-55.2465,0 0|0:441:24,25,389:24:915:25,389:954,14938:-1261.01,-1189.97,-1257.51,-42.0384,-38.8332,0 dDocent_Contig_3290 9 . T C 135.286 . AB=0.112299;ABP=247.156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3735;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.843373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=809;QR=6343;RO=166;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=363.475;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:66,8:66:2512:8:308:-5.80601,0,-202.458 0/1:113:100,13:100:3831:13:501:-11.4215,0,-310.873 dDocent_Contig_3291 75 . A C 44.576 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.443038;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2949;RO=79;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1335:5:198:-6.15655,0,-108.395 0/0:47:44,3:44:1614:3:116:0,-3.3307,-134.703 dDocent_Contig_3292 195 . C T 35.9726 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=1.16667;EPP=7.35324;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=427;RO=11;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=26.8965;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=26.8965;SRR=11;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,2:5:189:2:78:-5.29609,0,-15.2672 0/0:6:6,0:6:238:0:0:0,-1.80618,-21.7939 dDocent_Contig_3294 87 . G A 17288.7 . AB=0.461738;ABP=22.6183;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=712;CIGAR=2X;DP=1542;DPB=1542;DPRA=0;EPP=1549.1;EPPR=1787.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24390;QR=28056;RO=822;RPL=712;RPP=1549.1;RPPR=1787.96;RPR=0;RUN=1;SAF=712;SAP=1549.1;SAR=0;SRF=822;SRP=1787.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:683:303,377:303:10344:377:12895:-955.437,0,-725.925 0|1:859:519,335:519:17712:335:11495:-777.129,0,-1336.46 dDocent_Contig_3295 107 . N C 80.0029 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:45:-4.19919,-0.90309,0 dDocent_Contig_3296 42 . T C 241.705 . AB=0.36;ABP=7.26639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.76087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=1830;RO=46;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=102.898;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:16,9:16:624:9:367:-25.8695,0,-48.9654 0/0:31:30,1:30:1206:1:41:0,-5.23736,-104.72 dDocent_Contig_3298 15 . T C 12056.1 . AB=0.673504;ABP=155.975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=394;CIGAR=1X;DP=585;DPB=585;DPRA=0;EPP=858.57;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9898;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15401;QR=7491;RO=191;RPL=0;RPP=858.57;RPPR=417.762;RPR=394;RUN=1;SAF=394;SAP=858.57;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:309:115,194:115:4497:194:7534:-584.728,0,-311.683 0/1:276:76,200:76:2994:200:7867:-624.578,0,-186.483 dDocent_Contig_3299 183 . A G 2009.45 . AB=0.747126;ABP=49.1603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2559;QR=873;RO=22;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:8,23:8:315:23:896:-71.6074,0,-19.3808 0/1:56:14,42:14:558:42:1663:-133.036,0,-33.7024 dDocent_Contig_3300 12 . C T 6124.31 . AB=0.715328;ABP=113.359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=196;CIGAR=1X2M1X;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=428.619;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.959184;PAIREDR=0.38961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7763;QR=3067;RO=77;RPL=0;RPP=428.619;RPPR=170.214;RPR=196;RUN=1;SAF=196;SAP=428.619;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:144:35,108:35:1388:108:4288:-342.448,0,-81.7404 0|1:130:42,88:42:1679:88:3475:-273.682,0,-112.21 dDocent_Contig_3303 9 . T C 303.273 . AB=0.234375;ABP=42.2325;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=584;QR=1867;RO=49;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=109.412;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:25,8:25:964:8:312:-18.5109,0,-77.14 0/1:31:24,7:24:903:7:272:-15.5153,0,-72.2508 dDocent_Contig_3304 11 . T C 648.697 . AB=0.320513;ABP=24.8364;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0.924528;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1015;QR=2072;RO=53;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=118.098;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1140:7:286:-15.2777,0,-92.0537 0/1:42:24,18:24:932:18:729:-53.291,0,-71.5479 dDocent_Contig_3305 83 . C A 14942.9 . AB=0.619522;ABP=127.589;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=622;CIGAR=1X;DP=1004;DPB=1004;DPRA=0;EPP=1353.67;EPPR=821.655;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.09;MQMR=59.9788;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.35209;PAIREDR=0.771883;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20006;QR=12053;RO=377;RPL=622;RPP=1353.67;RPPR=821.655;RPR=0;RUN=1;SAF=622;SAP=1353.67;SAR=0;SRF=377;SRP=821.655;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:177,255:177:5593:255:8219:-609.221,0,-373.158 0/1:569:200,367:200:6460:367:11787:-888.764,0,-410.578 dDocent_Contig_3307 10 . G A 323.127 . AB=0.172727;ABP=105.346;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.210526;PAIREDR=0.593407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=760;QR=3546;RO=91;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=200.614;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:881:4:162:-6.83915,0,-71.4661 0/1:83:68,15:68:2665:15:598:-29.1725,0,-215.008 dDocent_Contig_3308 31 . T A 670.255 . AB=0.179104;ABP=182.789;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1452;QR=6257;RO=164;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=359.132;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:96,18:96:3658:18:729:-31.2177,0,-294.591 0/1:86:68,18:68:2599:18:723:-39.5068,0,-208.194 dDocent_Contig_3309 36 . A G 1068.66 . AB=0.660377;ABP=14.851;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1546;QR=2609;RO=65;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=144.156;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:47,4:47:1891:4:162:0,-0.385574,-155.427 0/1:53:18,35:18:718:35:1384:-108.865,0,-48.9901 dDocent_Contig_3310 18 . G A 17760.5 . AB=0.463746;ABP=18.1253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=614;CIGAR=1X;DP=1324;DPB=1324;DPRA=0;EPP=1336.29;EPPR=1544.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24221;QR=28336;RO=710;RPL=0;RPP=1336.29;RPPR=1544.76;RPR=614;RUN=1;SAF=614;SAP=1336.29;SAR=0;SRF=710;SRP=1544.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:522:197,325:197:7904:325:12773:-991.602,0,-553.779 0/1:802:513,289:513:20432:289:11448:-788.149,0,-1595.76 dDocent_Contig_3311 77 . T C 2094.02 . AB=0.17203;ABP=757.919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=1514;DPB=1514;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=2930.16;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5991;QR=48996;RO=1348;RPL=165;RPP=361.303;RPPR=2930.16;RPR=0;RUN=1;SAF=165;SAP=361.303;SAR=0;SRF=1348;SRP=2930.16;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:706:680,26:680:24732:26:940:0,-127.61,-2140.1 0/1:808:668,139:668:24264:139:5051:-211.402,0,-1939.61 dDocent_Contig_3312 17 . G C 32386.3 . AB=0.879218;ABP=1409.48;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=990;CIGAR=1X;DP=1126;DPB=1126;DPRA=0;EPP=2152.77;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39831;QR=5365;RO=135;RPL=0;RPP=2152.77;RPPR=296.159;RPR=990;RUN=1;SAF=990;SAP=2152.77;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:549:77,471:77:3061:471:18958:-1539.31,0,-110.29 0/1:577:58,519:58:2304:519:20873:-1703.02,0,-33.8201 dDocent_Contig_3314 7 . T A 784.475 . AB=0.538462;ABP=3.67845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.964286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1079;QR=901;RO=24;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=55.1256;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:13,9:13:498:9:345:-24.786,0,-38.544 0/1:30:11,19:11:403:19:734:-57.3605,0,-27.5791 dDocent_Contig_3316 98 . T C 392.613 . AB=0.533333;ABP=3.29983;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=482;RO=14;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=33.4109;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:233:4:144:-10.0023,0,-17.9832 0/1:19:7,12:7:249:12:426:-32.958,0,-17.036 dDocent_Contig_3317 7 . T A 70.0023 . AB=0.134615;ABP=63.3104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=3468;RO=92;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=202.786;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:47,3:47:1781:3:113:0,-4.51625,-150.008 0/1:52:45,7:45:1687:7:270:-9.00023,0,-136.432 dDocent_Contig_3318 128 . A G 81.3303 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.918367;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1717;RO=49;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:26,1:26:881:1:41:0,-4.03324,-75.5008 0/1:28:23,5:23:836:5:202:-10.133,0,-67.1324 dDocent_Contig_3319 98 . N G 85.1467 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:75:-6.99884,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:12:-1.19999,-0.30103,0 dDocent_Contig_3320 135 . C A 42.1929 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0.82;EPP=13.8677;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.848837;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=3430;RO=86;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=189.757;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:2002:0:0:0,-15.0515,-180.378 0/1:41:36,5:36:1428:5:202:-6.21926,0,-116.43 dDocent_Contig_3321 127 . T A 2654.59 . AB=0.57754;ABP=12.7761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3610;QR=2727;RO=79;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=174.557;RPR=108;RUN=1;SAF=0;SAP=237.529;SAR=108;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:18,75:18:621:75:2522:-199.24,0,-28.2185 0/1:94:61,33:61:2106:33:1088:-69.9182,0,-161.52 dDocent_Contig_3322 29 . C T 143.73 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=2.3;EPP=18.2106;EPPR=51.1168;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=255;QR=1011;RO=26;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=59.4686;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=25;SRP=51.1168;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:372:0:0:0,-3.0103,-33.8202 0/1:23:16,7:16:639:7:255:-16.373,0,-50.9193 dDocent_Contig_3326 10 . G A 352.926 . AB=0.40625;ABP=5.45321;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=57.0667;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=596;QR=1752;RO=45;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=100.727;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:28,1,2:28:1096:1,2:40,81:0,-5.13541,-94.9325,-1.74638,-88.5535,-91.2468 0|1:32:17,2,13:17:656:2,13:74,515:-37.2926,-36.3599,-85.0272,0,-43.2243,-45.366 dDocent_Contig_3327 12 . C A 61586.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1800;CIGAR=1X;DP=1884;DPB=1884;DPRA=0;EPP=3911.66;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71903;QR=3398;RO=84;RPL=0;RPP=3911.66;RPPR=185.414;RPR=1800;RUN=1;SAF=1800;SAP=3911.66;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:933:22,911:22:893:911:36364:-3188.71,-200.185,0 1/1:951:62,889:62:2505:889:35539:-2969.6,-60.6996,0 dDocent_Contig_3328 13 . G T 127.784 . AB=0.160714;ABP=59.0033;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=1857;RO=46;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=102.898;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:572:5:202:-12.8419,0,-46.102 0/1:37:32,4:32:1285:4:161:-3.63043,0,-104.666 dDocent_Contig_3329 189 . C T 341.649 . AB=0.225352;ABP=49.5287;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.836364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=2203;RO=55;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:31,7:31:1235:7:281:-14.2225,0,-99.9665 0/1:33:24,9:24:968:9:369:-23.6415,0,-77.4828 dDocent_Contig_3330 46 . C T 95.2969 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=1146;RO=29;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=65.983;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:409:1:40:-0.684349,0,-33.8592 0/1:24:19,5:19:737:5:204:-11.5193,0,-59.4218 dDocent_Contig_3331 107 . N C 17156.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=567;CIGAR=1X;DP=567;DPB=567;DPRA=0;EPP=1234.24;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19059;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1234.24;RPPR=0;RPR=567;RUN=1;SAF=0;SAP=1234.24;SAR=567;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:208:0,208:0:0:208:6964:-626.88,-62.6142,0 1/1:359:0,359:0:0:359:12095:-1088.51,-108.07,0 dDocent_Contig_3333 38 . G C 463.385 . AB=0.185185;ABP=119.224;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=28.1125;EPPR=201.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.68;PAIREDR=0.794393;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=4255;RO=107;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=235.358;RPR=25;RUN=1;SAF=21;SAP=28.1125;SAR=4;SRF=103;SRP=201.913;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:45,8:45:1777:8:327:-13.8455,0,-144.183 0/1:82:62,17:62:2478:17:667:-36.192,0,-198.996 dDocent_Contig_3334 30 . G A 3733.01 . AB=0.208238;ABP=649.235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=874;DPB=874;DPRA=0;EPP=7.78277;EPPR=4.43745;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0659341;PAIREDR=0.0536513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7049;QR=26447;RO=671;RPL=0;RPP=398.218;RPPR=1460.07;RPR=182;RUN=1;SAF=81;SAP=7.78277;SAR=101;SRF=346;SRP=4.43745;SRR=325;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:424:354,66:354:13803:66:2550:-102.843,0,-1114.48 0/1:450:317,116:317:12644:116:4499:-274.156,0,-1006.31 dDocent_Contig_3335 9 . T A 2747.95 . AB=0.81982;ABP=101.626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.648352;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3460;QR=767;RO=20;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=46.4397;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:13,36:13:495:36:1351:-107.121,0,-30.1452 0/1:62:7,55:7:272:55:2109:-171.374,0,-6.18337 dDocent_Contig_3336 27 . A T 136.818 . AB=0.173913;ABP=45.4956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=1.4375;EPP=20.3821;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.771429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=2762;RO=70;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=155.013;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1260:0:0:0,-9.63296,-113.675 0/1:46:38,8:38:1502:8:324:-15.6818,0,-121.579 dDocent_Contig_3337 5 . T C 67.2301 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X2I3M1X1M1X;DP=2;DPB=2.57143;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:71:-6.72193,-0.60206,0 dDocent_Contig_3338 96 . C A 182.989 . AB=0.145038;ABP=146.377;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973214;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=675;QR=3956;RO=112;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=246.215;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:45,10:45:1599:10:359:-16.097,0,-127.644 0/1:76:67,9:67:2357:9:316:-5.90086,0,-189.508 dDocent_Contig_3339 33 . G A 916.084 . AB=0.254777;ABP=85.0145;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1577;QR=4582;RO=117;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=257.073;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:76,11:76:2971:11:427:-12.5925,0,-241.323 0/1:70:41,29:41:1611:29:1150:-82.7149,0,-124.166 dDocent_Contig_3340 1 . N G 250.457 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:7:0,7:0:0:7:239:-21.8436,-2.10721,0 dDocent_Contig_3341 98 . N A 692.75 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=759;QR=0;RO=0;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:206:-18.8767,-1.80618,0 1/1:16:0,16:0:0:16:553:-50.0973,-4.81648,0 dDocent_Contig_3343 98 . N G 49.4003 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93894,-0.60206,0 dDocent_Contig_3344 21 . C T 3907.99 . AB=0.141361;ABP=216.394;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X1M;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1062;QR=807;RO=20;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=46.4397;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:92:13,29,34,15:13:526:29,34,15:1141,1368,589:-159.311,-69.3741,-104.015,-50.4784,0,-83.6156,-114.786,-64.3078,-45.4123,-153.642 1|0:99:7,25,55,12:7:281:25,55,12:992,2173,473:-235.187,-155.634,-171.263,-58.5041,0,-65.1024,-198.382,-139.877,-42.7476,-217.924 dDocent_Contig_3345 8 . C T 591.404 . AB=0.293478;ABP=37.093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=3X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=133.434;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=43.7037;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.65625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1041;QR=2464;RO=64;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=141.985;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=63;SRP=133.434;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:30,5:30:1152:5:193:-6.59665,0,-93.4449 0|1:57:34,22:34:1312:22:848:-56.2427,0,-101.276 dDocent_Contig_3347 107 . N T 247.394 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=30;CIGAR=2X7I4M;DP=30;DPB=65;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=12;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:30:0,30:0:0:30:360:-24.7394,-9.0309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3350 158 . T A 33.07 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=176;QR=1051;RO=27;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:10,2:10:388:2:61:-2.17744,0,-31.6605 0|1:20:17,3:17:663:3:115:-4.70339,0,-53.9833 dDocent_Contig_3351 107 . N C 660.044 . AB=0.315789;ABP=14.2105;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X11M;DP=38;DPB=35.9167;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=350;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:20:0,10,7:0:0:10,7:230,211:-34.5749,-16.9147,-13.9044,-17.6728,0,-15.5656 1|1:18:0,12,5:0:0:12,5:306,139:-35.1286,-11.193,-7.58067,-24.1147,0,-22.6096 dDocent_Contig_3352 98 . N A 152.362 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60384,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33053,-0.90309,0 dDocent_Contig_3353 29 . T G 449.885 . AB=0.247423;ABP=56.7598;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=858;QR=2808;RO=73;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=161.528;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:27,11:27:1022:11:395:-24.4454,0,-80.8407 0|1:59:46,13:46:1786:13:463:-24.2421,0,-143.217 dDocent_Contig_3354 20 . T C 227.859 . AB=0.346154;ABP=8.35546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.04;EPP=22.5536;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=1605;RO=42;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=94.2121;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:17,9:17:629:9:355:-24.4849,0,-49.105 0/0:25:25,0:25:976:0:0:0,-7.52575,-88.1413 dDocent_Contig_3355 10 . G C 7726.86 . AB=0.754658;ABP=184.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=243;CIGAR=1X;DP=322;DPB=322;DPRA=0;EPP=530.678;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995885;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9706;QR=3165;RO=79;RPL=0;RPP=530.678;RPPR=174.557;RPR=243;RUN=1;SAF=243;SAP=530.678;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:51,107:51:2050:107:4269:-336.595,0,-137.124 0/1:164:28,136:28:1115:136:5437:-439.791,0,-51.2703 dDocent_Contig_3356 9 . T A 107.179 . AB=0.147059;ABP=76.5849;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=2225;RO=58;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=128.956;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:33,4:33:1272:4:149:-2.63422,0,-103.632 0/1:31:25,6:25:953:6:230:-11.735,0,-76.7525 dDocent_Contig_3357 19 . T A 176.681 . AB=0.159574;ABP=97.6311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=3021;RO=79;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=174.557;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:55,12:55:2091:12:431:-18.955,0,-168.236 0/1:27:24,3:24:930:3:112:-2.31868,0,-75.8839 dDocent_Contig_3358 18 . A T 12977 . AB=0.0554951;ABP=1580.2;AC=0;AF=0;AN=4;AO=51;CIGAR=1X2M2X;DP=919;DPB=919;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=821.655;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.135279;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2033;QR=14903;RO=377;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=821.655;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=377;SRP=821.655;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:374:146,9,23,193:146:5782:9,23,193:360,922,7624:-583.201,-597.496,-1070.67,-571.409,-1017.63,-1040.37,0,-446.273,-420.189,-417.83 0|0:545:231,42,20,240:231:9121:42,20,240:1673,786,9566:-718.197,-649.968,-1387.81,-749.49,-1362.21,-1493.95,0,-612.749,-712.272,-678.269 dDocent_Contig_3359 24 . T A 41335.5 . AB=0.124459;ABP=1134.89;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=148;CIGAR=1X3M1X;DP=1445;DPB=1445;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5795;QR=3576;RO=91;RPL=0;RPP=324.388;RPPR=200.614;RPR=148;RUN=1;SAF=148;SAP=324.388;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:521:21,33,464:21:817:33,464:1283,18531:-1592.37,-1493.28,-1550.48,-72.5336,-34.2499,0 1|0:924:70,115,737:70:2759:115,737:4512,29387:-2542.88,-2192.91,-2385.27,-144.068,0,-149.189 dDocent_Contig_3360 137 . C A 36.7256 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0.888889;EPP=7.35324;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=569;RO=15;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=35.5824;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:222:2:82:-5.37144,0,-17.9284 0/0:9:9,0:9:347:0:0:0,-2.70927,-31.5896 dDocent_Contig_3361 39 . T C 88.7792 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=3673;RO=94;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=207.129;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:41,7:41:1589:7:274:-10.5769,0,-128.796 0/0:56:53,3:53:2084:3:103:0,-7.25106,-178.149 dDocent_Contig_3362 162 . A T 106.211 . AB=0.12766;ABP=116.204;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=14.5915;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.329268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=3255;RO=82;RPL=10;RPP=14.5915;RPPR=181.071;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=181.071;SRR=82;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:47,5:47:1858:5:186:-1.44289,0,-151.769 0/1:42:35,7:35:1397:7:276:-12.5647,0,-113.341 dDocent_Contig_3363 7 . T C 278.594 . AB=0.242857;ABP=43.2136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=36.2941;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=1971;RO=53;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=118.098;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:18,10:18:674:10:377:-22.2906,0,-52.5611 0/1:42:35,7:35:1297:7:273:-9.26779,0,-104.372 dDocent_Contig_3364 10 . G A 47594.9 . AB=0.803341;ABP=1486.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1491;CIGAR=1X1M1X;DP=1856;DPB=1856;DPRA=0;EPP=3240.68;EPPR=793.426;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9732;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59203;QR=14363;RO=364;RPL=0;RPP=3240.68;RPPR=793.426;RPR=1491;RUN=1;SAF=1491;SAP=3240.68;SAR=0;SRF=364;SRP=793.426;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:827:141,686:141:5580:686:27248:-2201.06,0,-253.107 0|1:1029:223,805:223:8783:805:31955:-2562.13,0,-480.164 dDocent_Contig_3365 22 . A C 214.529 . AB=0.076087;ABP=146.611;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=3M1X5M;DP=147;DPB=135.333;DPRA=1.67273;EPP=18.2106;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.772358;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=250;QR=4848;RO=123;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=270.101;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:54,0,0:54:2109:0,0:0,0:0,-16.2556,-189.768,-16.2556,-189.768,-189.768 0|0:92:69,15,7:69:2739:15,7:542,250:-23.4529,0,-220.991,-23.8436,-205.128,-247.24 dDocent_Contig_3366 98 . N A 56.4345 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:44:-4.06997,-1.20412,0 1/1:3:0,2:0:0:2:14:-1.26,-0.60206,0 dDocent_Contig_3368 107 . N G 477.959 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 1/1:16:0,16:0:0:16:490:-44.3941,-4.81648,0 dDocent_Contig_3370 47 . T C 7950.2 . AB=0.800633;ABP=251.08;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=253;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=552.393;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980237;PAIREDR=0.968254;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9933;QR=2445;RO=63;RPL=0;RPP=552.393;RPPR=139.813;RPR=253;RUN=1;SAF=253;SAP=552.393;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:168:24,144:24:920:144:5646:-457.444,0,-32.5313 0/1:148:39,109:39:1525:109:4287:-341.275,0,-92.9585 dDocent_Contig_3371 54 . G A 1299.93 . AB=0.128085;ABP=1025.44;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=151;CIGAR=1X;DP=1689;DPB=1689;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=3340.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5953;QR=60706;RO=1537;RPL=151;RPP=330.903;RPPR=3340.56;RPR=0;RUN=1;SAF=151;SAP=330.903;SAR=0;SRF=1537;SRP=3340.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:838:796,42:796:31501:42:1642:0,-104.254,-2684.32 0/1:851:741,109:741:29205:109:4311:-131.993,0,-2369.98 dDocent_Contig_3373 12 . T C 175.046 . AB=0.235294;ABP=23.7032;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=3.4;EPP=20.3821;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=1409;RO=36;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=81.1833;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:26,8:26:1012:8:323:-19.2036,0,-81.1365 0/0:10:10,0:10:397:0:0:0,-3.0103,-36.086 dDocent_Contig_3374 11 . T C 53.2312 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=2.16667;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.617647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1353;RO=34;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:483:0:0:0,-3.61236,-43.8218 0/1:26:22,4:22:870:4:164:-7.32312,0,-70.7795 dDocent_Contig_3375 18 . T A 2065.94 . AB=0.228856;ABP=259.719;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=766;DPB=766;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=1405.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4745;QR=25848;RO=646;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=1405.78;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=646;SRP=1405.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:364:337,27:337:13439:27:1085:0,-11.6362,-1110.54 0/1:402:309,92:309:12409:92:3660:-208.594,0,-995.048 dDocent_Contig_3376 32 . G A 353.751 . AB=0.09375;ABP=48.8827;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=1159;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:12,0,8:12:412:0,8:0,280:-19.5177,-23.1301,-56.5671,0,-33.7841,-31.3759 0|0:32:19,3,10:19:747:3,10:116,315:-19.5564,-15.7312,-76.3229,0,-51.922,-58.4391 dDocent_Contig_3377 15 . C T 282.129 . AB=0.255319;ABP=27.4509;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.9529;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.658824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=3454;RO=85;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=187.585;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:50,3:50:2034:3:122:0,-4.5821,-170.201 0/1:47:35,12:35:1420:12:489:-30.2129,0,-111.645 dDocent_Contig_3378 64 . G T 768.57 . AB=0.666667;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=3;EPP=68.1545;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1020;QR=1172;RO=30;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=59.7581;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=29;SRP=59.7581;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:15,30:15:575:30:1020:-78.556,0,-38.5306 0/0:15:15,0:15:597:0:0:0,-4.51545,-54.0658 dDocent_Contig_3379 55 . A T 504.187 . AB=0.0502092;ABP=422.995;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=4M1X2M;DP=498;DPB=515.143;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=951.944;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988558;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=637;QR=16945;RO=437;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=951.944;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=437;SRP=951.944;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:259:248,2,5:248:9577:2,5:75,196:0,-68.5096,-854.433,-58.5163,-838.919,-843.557 0|0:239:189,37,12:189:7368:37,12:1339,441:-52.4187,0,-594.502,-73.2718,-569.602,-675.287 dDocent_Contig_3380 1 . N G 104.45 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:112:-10.4444,-0.90309,0 dDocent_Contig_3381 124 . T C 48.9622 . AB=0.272727;ABP=12.8806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.625;MQMR=59.0769;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=1336;RO=39;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=87.6977;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:16,6:16:537:6:207:-6.59517,0,-42.0263 0|0:25:23,2:23:799:2:66:0,-2.25413,-66.5786 dDocent_Contig_3382 12 . T C 401.869 . AB=0.265625;ABP=33.5466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.659574;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=693;QR=1901;RO=47;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=105.07;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:607:2:82:-2.66217,0,-49.8497 0/1:47:32,15:32:1294:15:611:-41.1789,0,-102.575 dDocent_Contig_3384 13 . T C 7767.31 . AB=0.690476;ABP=108.895;AC=4;AF=1;AN=4;AO=232;CIGAR=1X2M;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=506.792;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.784483;PAIREDR=0.767442;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9112;QR=1662;RO=43;RPL=0;RPP=506.792;RPPR=96.3836;RPR=232;RUN=1;SAF=232;SAP=506.792;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:161:19,27,113:19:747:27,113:1077,4430:-385.792,-302.816,-356.133,-27.2547,0,-54.6819 1|1:175:24,28,119:24:915:28,119:1115,4682:-394.638,-310.048,-376.672,-16.7737,0,-55.9987 dDocent_Contig_3385 17 . C A 5012.54 . AB=0.631783;ABP=41.9285;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=163;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=356.96;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6473;QR=3690;RO=94;RPL=0;RPP=356.96;RPPR=207.129;RPR=163;RUN=1;SAF=163;SAP=356.96;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:39,76:39:1514:76:3011:-236.064,0,-101.485 0/1:142:55,87:55:2176:87:3462:-268.888,0,-153.27 dDocent_Contig_3386 11 . T C 20761.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=628;CIGAR=1X;DP=674;DPB=674;DPRA=0;EPP=1366.69;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992038;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24767;QR=1677;RO=42;RPL=0;RPP=1366.69;RPPR=94.2121;RPR=628;RUN=1;SAF=628;SAP=1366.69;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:292:22,268:22:884:268:10606:-874.001,-7.81358,0 1/1:382:20,360:20:793:360:14161:-1201.82,-43.0867,0 dDocent_Contig_3387 43 . A T 454.803 . AB=0.102459;ABP=1007.83;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=1247;DPB=1247;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=2387.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3247;QR=46048;RO=1165;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=2387.27;RPR=82;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=1165;SRP=2532.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:515:508,7:508:20048:7:272:0,-130.188,-1777.88 0/1:732:657,75:657:26000:75:2975:-47.4803,0,-2117.38 dDocent_Contig_3388 25 . G A 743.514 . AB=0.287037;ABP=45.5551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1220;QR=2874;RO=74;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=163.699;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:42,20:42:1665:20:781:-51.542,0,-131.02 0/1:44:32,11:32:1209:11:439:-26.5084,0,-95.7242 dDocent_Contig_3390 57 . T A 6690.97 . AB=0.815094;ABP=231.539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=216;CIGAR=1X;DP=265;DPB=265;DPRA=0;EPP=472.048;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8362;QR=1982;RO=49;RPL=216;RPP=472.048;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=216;SAP=472.048;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:19,110:19:763:110:4271:-345.549,0,-30.1595 0/1:136:30,106:30:1219:106:4091:-327.248,0,-69.0384 dDocent_Contig_3392 35 . T A 115.485 . AB=0.11194;ABP=178.284;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=682.681;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=850;QR=12472;RO=313;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=682.681;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=313;SRP=682.681;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:118,15:118:4696:15:592:-13.2475,0,-382.191 0/0:202:195,7:195:7776:7:258:0,-37.2408,-675.858 dDocent_Contig_3393 16 . A G 6162.16 . AB=0.0303514;ABP=1202.33;AC=0;AF=0;AN=4;AO=19;CIGAR=1X2M1X;DP=626;DPB=626;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=825.998;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.976253;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=713;QR=14900;RO=379;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=825.998;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=379;SRP=825.998;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:298:159,15,119:159:6248:15,119:574,4707:-339.491,-340.254,-849.612,0,-466.782,-478.06 0|0:328:220,4,104:220:8652:4,104:139,4204:-280.424,-335.355,-1045.79,0,-700.396,-680.385 dDocent_Contig_3394 11 . T C 14111.8 . AB=0.519293;ABP=5.02118;AC=4;AF=1;AN=4;AO=323;CIGAR=2M1X;DP=622;DPB=691.667;DPRA=0;EPP=704.396;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=59.9133;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12897;QR=2672;RO=68;RPL=0;RPP=704.396;RPPR=150.67;RPR=323;RUN=1;SAF=323;SAP=704.396;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:313:46,102,2,153:46:1802:102,2,153:4043,80,6152:-669.89,-358.791,-476.26,-677.148,-500.376,-824.722,-176.773,0,-318.361,-278.893 1|1:309:22,84,20,170:22:870:84,20,170:3353,790,6745:-744.99,-483.506,-529.817,-686.605,-490.096,-752.182,-196.508,0,-203.099,-216.933 dDocent_Contig_3395 40 . T G 454.258 . AB=0.146919;ABP=231.488;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=386;DPB=386;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=749.997;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1576;QR=13703;RO=344;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=749.997;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=344;SRP=749.997;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:211:178,31:178:7093:31:1224:-47.1248,0,-574.713 0/0:175:166,9:166:6610:9:352:0,-20.6414,-562.581 dDocent_Contig_3396 7 . T C 2345.5 . AB=0.627907;ABP=21.3416;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.8765;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851852;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3097;QR=1716;RO=48;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=107.241;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:25,38:25:860:38:1459:-111.548,0,-58.7347 0/1:66:23,43:23:856:43:1638:-126.702,0,-57.4927 dDocent_Contig_3397 19 . C T 1991.47 . AB=0.665105;ABP=104.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=284;CIGAR=1X3M1X;DP=427;DPB=427;DPRA=0;EPP=619.708;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=12.9718;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.787234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11247;QR=5520;RO=141;RPL=0;RPP=619.708;RPPR=309.188;RPR=284;RUN=1;SAF=284;SAP=619.708;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:166:46,119:46:1813:119:4696:-89.257,0,-113.316 0|1:261:95,165:95:3707:165:6551:-113.589,0,-255.058 dDocent_Contig_3398 54 . T A 5351.92 . AB=0.870466;ABP=233.085;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5357;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988095;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6670;QR=991;RO=25;RPL=168;RPP=367.818;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:14,90:14:541:90:3578:-289.032,0,-17.7186 0/1:89:11,78:11:450:78:3092:-249.859,0,-14.0641 dDocent_Contig_3399 83 . A C 65.0719 . AB=0.1875;ABP=30.1537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=2.66667;EPP=3.0103;EPPR=14.2105;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=1326;RO=38;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=26;SRP=14.2105;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:412:0:0:0,-3.61236,-37.4087 0/1:32:26,6:26:914:6:198:-8.50719,0,-72.9417 dDocent_Contig_3400 8 . C T 1056.04 . AB=0.29932;ABP=54.4314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X1M1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.681818;PAIREDR=0.281553;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1699;QR=3961;RO=103;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=226.672;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:77:59,18:59:2270:18:696:-39.7944,0,-181.337 0|1:70:44,26:44:1691:26:1003:-69.5089,0,-131.378 dDocent_Contig_3401 13 . A G 188.353 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=217;QR=876;RO=22;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:7,5,7:7:280:5,7:177,275:-20.534,-8.24118,-29.8047,0,-8.69473,-20.9846 0|0:17:15,1,1:15:596:1,1:40,40:0,-1.22037,-49.9833,-1.22037,-46.9891,-49.9833 dDocent_Contig_3403 62 . G A 30.7565 . AB=0.12963;ABP=67.3502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.702128;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=1704;RO=47;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=105.07;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:865:4:141:-4.60819,0,-69.741 0/1:26:23,3:23:839:3:105:-1.96919,0,-68.0069 dDocent_Contig_3404 11 . T C 1611.38 . AB=0.679487;ABP=24.8364;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.886792;PAIREDR=0.68;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2086;QR=1012;RO=25;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=57.2971;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:19,23:19:767:23:914:-69.9202,0,-56.7057 0/1:36:6,30:6:245:30:1172:-94.9172,0,-11.5924 dDocent_Contig_3405 112 . G A 184.442 . AB=0.282051;ABP=19.1015;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=369;QR=929;RO=28;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=63.8115;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:21,9:21:684:9:299:-18.2025,0,-52.8343 0/1:9:7,2:7:245:2:70:-3.93813,0,-19.682 dDocent_Contig_3406 37 . G C 16974.2 . AB=0.688917;ABP=249.147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=547;CIGAR=1X;DP=794;DPB=794;DPRA=0;EPP=1190.81;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21570;QR=9533;RO=244;RPL=0;RPP=1190.81;RPPR=532.85;RPR=547;RUN=1;SAF=547;SAP=1190.81;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:426:166,258:166:6499:258:10222:-791.388,0,-456.706 0/1:368:78,289:78:3034:289:11348:-909.732,0,-162.305 dDocent_Contig_3407 98 . N G 328.449 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=3X;DP=11;DPB=20.3333;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.2298;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=15;PQA=480;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:11:0,11:0:0:11:365:-32.8449,-3.31133,0 dDocent_Contig_3408 60 . G A 442.519 . AB=0.116751;ABP=505.668;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=848;DPB=848;DPRA=0;EPP=53.3958;EPPR=1707.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.661017;PAIREDR=0.998733;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2306;QR=29586;RO=789;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=1716.3;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=53.3958;SAR=11;SRF=788;SRP=1707.63;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:394:348,46:348:13173:46:1826:-45.9508,0,-1066.28 0/0:454:441,13:441:16413:13:480:0,-93.1397,-1432.74 dDocent_Contig_3410 98 . N G 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3411 32 . G T 169.142 . AB=0.209302;ABP=34.5724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=3116;RO=78;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=172.385;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:44,1:44:1769:1:41:0,-9.45178,-155.331 0/1:43:34,9:34:1347:9:350:-18.9142,0,-108.545 dDocent_Contig_3412 7 . T C 849.359 . AB=0.492063;ABP=3.04477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.903226;PAIREDR=0.625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1188;QR=1233;RO=32;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=72.4974;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:16,16:16:621:16:612:-45.7858,0,-46.5973 0/1:31:16,15:16:612:15:576:-42.8491,0,-46.0837 dDocent_Contig_3413 64 . G T 461.643 . AB=0.53125;ABP=3.28173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=654;QR=506;RO=14;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:7,13:7:257:13:498:-38.7573,0,-17.0761 0/1:11:7,4:7:249:4:156:-11.106,0,-19.4432 dDocent_Contig_3414 145 . C T 1692.2 . AB=0.483871;ABP=3.29049;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.984375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2330;QR=2530;RO=64;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=141.985;RPR=60;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:33,28:33:1286:28:1060:-77.3141,0,-97.6381 0/1:63:31,32:31:1244:32:1270:-95.6053,0,-93.257 dDocent_Contig_3415 35 . T C 8872.57 . AB=0.11588;ABP=600.23;AC=0;AF=0;AN=4;AO=54;CIGAR=1X1M1X;DP=466;DPB=466;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2125;QR=4568;RO=116;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=254.901;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:247:57,40,146:57:2231:40,146:1581,5756:-456.367,-343.425,-514.813,0,-53.3261,-139.477 0|0:219:59,14,139:59:2337:14,139:544,5497:-434.589,-407.653,-595.786,0,-147.658,-150.511 dDocent_Contig_3416 143 . A G 736.466 . AB=0.422535;ABP=6.71098;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=459.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1436;QR=7817;RO=210;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=459.02;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=459.02;SRR=210;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:178:169,9:169:6304:9:361:0,-20.7292,-534.401 0/1:71:41,30:41:1513:30:1075:-75.6466,0,-115.055 dDocent_Contig_3417 13 . T C 148.173 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=2X3M1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=572;RO=15;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=35.5824;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:8,4:8:299:4:157:-10.8964,0,-23.647 0|1:10:7,3:7:273:3:114:-7.61979,0,-21.9264 dDocent_Contig_3418 84 . T C 1284.05 . AB=0.585366;ABP=8.20065;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.529412;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1735;QR=1210;RO=34;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:17,19:17:603:19:675:-50.2391,0,-43.7635 0/1:46:17,29:17:607:29:1060:-81.8654,0,-41.1146 dDocent_Contig_3419 18 . G A 911.902 . AB=0.228261;ABP=121.025;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8095;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.838028;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1663;QR=5492;RO=142;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=311.359;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:56,19:56:2176:19:731:-43.522,0,-173.458 0/1:109:86,23:86:3316:23:932:-51.3672,0,-265.72 dDocent_Contig_3420 27 . T C 4137.58 . AB=0.476974;ABP=4.41033;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5652;QR=6194;RO=158;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=346.103;RPR=145;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:74,84:74:2899:84:3253:-245.285,0,-213.471 0/1:146:84,61:84:3295:61:2399:-172.173,0,-252.739 dDocent_Contig_3421 17 . T C 599.687 . AB=0.255319;ABP=51.8915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1M2D1M1X1M1X13M;DP=94;DPB=93.1;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=969;QR=2135;RO=54;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=120.27;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:16,2,9,3,2:16:633:2,9,3,2:74,362,98,78:-25.042,-23.8079,-75.3085,0,-46.0723,-49.414,-21.9624,-68.0087,-44.2229,-73.156,-23.4458,-69.499,-45.7111,-67.6479,-74.9478 0|1:62:38,6,15,0,1:38:1502:6,15,0,1:242,607,0,41:-38.6257,-30.1136,-151.912,0,-103.665,-119.1,-50.0649,-153.718,-123.615,-173.667,-46.6801,-150.333,-120.231,-170.283,-169.982 dDocent_Contig_3423 117 . T C 55.0436 . AB=0.1875;ABP=30.1537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=255;QR=1470;RO=46;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=102.898;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:20,2:20:648:2:68:0,-0.164784,-52.1691 0/1:32:26,6:26:822:6:187:-7.50288,0,-64.6396 dDocent_Contig_3424 15 . C T 11720.2 . AB=0.0441989;ABP=1962.73;AC=0;AF=0;AN=4;AO=48;CIGAR=1X1M1X2M1X3M1X3M1X;DP=1086;DPB=1086;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=21;MQM=21.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=9;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1885;QR=2228;RO=56;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=124.613;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:491:38,88,38,31,17,55,47,16,77,27:38:1508:88,38,31,17,55,47,16,77,27:3488,1404,1213,261,2189,1846,614,3043,1070:-400.72,-126.259,-223.911,-299.934,-138.176,-412.636,-362.643,-200.887,-374.559,-477.452,-398.301,-236.544,-410.216,-472.925,-517.323,-267.22,-105.462,-279.136,-341.846,-377.503,-374.804,-263.341,-101.583,-275.257,-337.967,-373.624,-242.544,-373.335,-362.062,-200.305,-373.978,-436.687,-472.344,-341.264,-337.386,-481.387,-161.76,0,-173.676,-236.387,-272.044,-140.963,-137.083,-235.805,-262.723,-324.218,-162.46,-336.134,-398.843,-434.5,-303.42,-299.541,-398.262,-197.96,-440.231 0|0:595:18,29,24,17,43,42,70,71,187,20:18:720:29,24,17,43,42,70,71,187,20:1108,897,672,645,1653,2769,2756,7451,794:-774.869,-689.604,-740.187,-708.491,-677.12,-760.579,-752.465,-721.094,-739.981,-806.66,-746.583,-715.212,-734.099,-778.073,-792.95,-688.98,-657.61,-676.497,-720.471,-714.589,-735.649,-554.374,-523.003,-541.89,-585.864,-579.983,-522.379,-592.614,-554.228,-522.857,-541.744,-585.719,-579.838,-522.234,-387.626,-592.167,-166.752,-135.38,-154.268,-198.244,-192.367,-134.759,-0.145321,0,-169.773,-715.11,-683.739,-702.627,-746.6,-740.718,-683.115,-548.509,-548.363,-160.887,-768.402 dDocent_Contig_3426 114 . C A 254.751 . AB=0.0645161;ABP=105.14;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=2X1M1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=4882;RO=146;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=320.045;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=320.045;SRR=146;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:43,4,15:43:1440:4,15:128,496:-27.1741,-29.8074,-145.219,0,-106.314,-112.111 0|0:115:103,10,1:103:3442:10,1:337,35:0,-3.66487,-279.362,-28.1566,-279.525,-306.534 dDocent_Contig_3427 9 . T G 546.999 . AB=0.298701;ABP=30.1114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=1.32759;EPP=52.9542;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.241071;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=884;QR=4324;RO=112;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=246.215;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:58,0:58:2227:0:0:0,-17.4597,-200.652 0/1:77:54,23:54:2097:23:884:-56.6999,0,-165.777 dDocent_Contig_3428 56 . G A 301.496 . AB=0.175258;ABP=91.8616;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.611111;PAIREDR=0.659722;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=713;QR=5749;RO=144;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=315.702;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:64,1:64:2560:1:35:0,-16.0683,-227.036 0/1:97:80,17:80:3189:17:678:-32.1496,0,-257.869 dDocent_Contig_3429 27 . T A 2603.39 . AB=0.31761;ABP=94.895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990099;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3993;QR=8637;RO=217;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=474.22;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:114,43:114:4507:43:1719:-107.676,0,-358.305 0/1:161:103,58:103:4130:58:2274:-156.363,0,-323.194 dDocent_Contig_3430 54 . T C 41.1967 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.54545;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=901;RO=24;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:404:0:0:0,-3.31133,-36.702 0/1:17:13,3:13:497:3:119:-6.11964,0,-40.1593 dDocent_Contig_3431 17 . T C 455.154 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=111;CIGAR=1X1M2X1M1X1M1X3M;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=7.09009;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.990991;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=787;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=0;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:37:0,4,33:0:0:4,33:162,241:-14.0277,-12.7099,-11.5058,-9.93399,-8.54869,0 1|1:79:0,1,78:0:0:1,78:40,546:-31.1866,-30.8575,-30.5565,-23.4803,-23.0815,0 dDocent_Contig_3432 107 . N G 102.493 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_3433 31 . C A 72.9774 . AB=0.15;ABP=45.5712;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=3438;RO=85;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=187.585;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:51,4:51:2066:4:163:0,-1.49822,-171.059 0/1:40:34,6:34:1372:6:233:-9.29767,0,-111.693 dDocent_Contig_3434 79 . T A 5184.91 . AB=0.564841;ABP=15.6824;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=196;CIGAR=1X;DP=347;DPB=347;DPRA=0;EPP=411.424;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933673;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6956;QR=4858;RO=150;RPL=196;RPP=428.619;RPPR=328.731;RPR=0;RUN=1;SAF=194;SAP=411.424;SAR=2;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:48,87:48:1548:87:3075:-236.245,0,-98.8764 0/1:211:102,109:102:3310:109:3881:-285.945,0,-234.608 dDocent_Contig_3435 67 . G A 157.205 . AB=0.100304;ABP=459.541;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=612;DPB=612;DPRA=1.16254;EPP=74.6689;EPPR=1260.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.920553;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1291;QR=21105;RO=579;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=1260.29;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=579;SRP=1260.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:329:296,33:296:10638:33:1291:-17.4195,0,-858.094 0/0:283:283,0:283:10467:0:0:0,-85.1915,-941.652 dDocent_Contig_3436 46 . T G 919.349 . AB=0.393258;ABP=11.8182;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1353;QR=2115;RO=54;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=120.27;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:20,8:20:777:8:317:-20.467,0,-61.8169 0/1:61:34,27:34:1338:27:1036:-75.1668,0,-102.314 dDocent_Contig_3437 21 . C A 3288.05 . AB=0.465021;ABP=5.59283;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=126;CIGAR=1X;DP=401;DPB=401;DPRA=0;EPP=276.616;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5009;QR=10937;RO=275;RPL=0;RPP=276.616;RPPR=600.165;RPR=126;RUN=1;SAF=126;SAP=276.616;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:158:145,13:145:5717:13:520:0,-0.416557,-467.206 0/1:243:130,113:130:5220:113:4489:-330.804,0,-396.492 dDocent_Contig_3438 10 . C T 451.714 . AB=0.288462;ABP=23.2217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=977;RO=24;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=55.1256;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:8,9,7:8:327:9,7:357,284:-26.9707,0,-24.276,-5.95401,-3.56566,-30.8361 0|1:28:16,4,8:16:650:4,8:162,324:-21.8996,-13.3577,-65.7653,0,-40.2538,-51.2036 dDocent_Contig_3439 107 . N T 113.751 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:123:-11.3748,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3440 115 . G A 154.583 . AB=0.32;ABP=10.0459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=1110;RO=32;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=72.4974;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:15,2:15:518:2:42:0,-1.29508,-43.1258 0/1:25:17,8:17:592:8:275:-17.4582,0,-46.0821 dDocent_Contig_3441 82 . C G 135.983 . AB=0.258065;ABP=18.771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.96875;EPP=20.3821;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.927273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=1880;RO=55;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:793:8:270:-15.2973,0,-62.3571 0/0:32:32,0:32:1087:0:0:0,-9.63296,-98.1362 dDocent_Contig_3442 7 . T G 28161.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=995;CIGAR=1X;DP=1041;DPB=1041;DPRA=0;EPP=2163.63;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9457;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99397;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31924;QR=621;RO=42;RPL=0;RPP=2163.63;RPPR=94.2121;RPR=995;RUN=1;SAF=995;SAP=2163.63;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:423:18,402:18:290:402:12814:-1126.48,-100.312,0 1/1:618:24,593:24:331:593:19110:-1689.37,-155.92,0 dDocent_Contig_3443 66 . G C 52.5548 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M;DP=44;DPB=44;DPRA=1.09524;EPP=11.6962;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.789474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=1374;RO=38;RPL=2;RPP=3.0103;RPPR=3.9246;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=21;SRP=3.9246;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:21,0,0:21:771:0,0:0,0:0,-6.32163,-69.7037,-6.32163,-69.7037,-69.7037 0|1:23:17,2,4:17:603:2,4:76,151:-7.25548,-6.14035,-54.6415,0,-42.8646,-47.8949 dDocent_Contig_3444 168 . A G 1216.99 . AB=0.451613;ABP=4.90158;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=2.44737;EPP=94.2121;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1683;QR=3508;RO=89;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=0;SRP=196.271;SRR=89;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1480:0:0:0,-11.4391,-133.44 0/1:93:51,42:51:2028:42:1683:-123.699,0,-154.72 dDocent_Contig_3445 28 . T A 363.854 . AB=0.257576;ABP=36.701;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=656;QR=1759;RO=48;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=107.241;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:39,12:39:1418:12:462:-26.4664,0,-112.457 0/1:14:9,5:9:341:5:194:-13.618,0,-26.8318 dDocent_Contig_3448 10 . C A 4234.16 . AB=0.8;ABP=131.996;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.886364;PAIREDR=0.848485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5295;QR=1321;RO=33;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=74.6689;RPR=132;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:16,67:16:641:67:2691:-217.315,0,-33.0367 0/1:82:17,65:17:680:65:2604:-209.8,0,-36.8422 dDocent_Contig_3449 25 . G A 374.988 . AB=0.11838;ABP=409.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=321;DPB=321;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=583.285;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6579;MQMR=57.364;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=0.865724;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1525;QR=11136;RO=283;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=617.537;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=279;SRP=583.285;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:131,16:131:5100:16:643:-13.9525,0,-410.359 0/1:174:152,22:152:6036:22:882:-27.2453,0,-480.372 dDocent_Contig_3450 38 . G T 52.5037 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0.555556;EPP=9.52472;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1467;RO=39;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=87.6977;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:456:3:123:-6.94934,0,-36.8696 0/0:27:27,0:27:1011:0:0:0,-8.12781,-91.2902 dDocent_Contig_3451 98 . N C 64.5902 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_3453 26 . C T 98.1026 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.86667;EPP=16.0391;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=1507;RO=37;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:613:0:0:0,-4.51545,-55.5068 0/1:28:22,6:22:894:6:221:-11.8103,0,-72.3373 dDocent_Contig_3455 70 . T C 2292.1 . AB=0.743119;ABP=58.9705;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2946;QR=1029;RO=28;RPL=81;RPP=178.9;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:17,27:17:628:27:987:-75.9003,0,-43.6111 0/1:65:11,54:11:401:54:1959:-157.009,0,-16.8676 dDocent_Contig_3456 107 . N T 106.993 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:75:-6.99797,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_3457 57 . G A 1336.9 . AB=0.352113;ABP=29.9855;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.54;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1995;QR=3581;RO=92;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:41,37:41:1607:37:1488:-110.682,0,-121.38 0/1:64:51,13:51:1974:13:507:-26.7068,0,-158.59 dDocent_Contig_3461 31 . C A 345.152 . AB=0.265625;ABP=33.5466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=631;QR=1880;RO=47;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=105.07;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:434:6:232:-16.1281,0,-34.2943 0/1:47:36,11:36:1446:11:399:-22.0861,0,-116.24 dDocent_Contig_3462 185 . T A 211.167 . AB=0.363636;ABP=6.56362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=1.57143;EPP=20.3821;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=1109;RO=28;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:14,8:14:550:8:323:-22.8157,0,-43.219 0/0:14:14,0:14:559:0:0:0,-4.21442,-50.6536 dDocent_Contig_3464 52 . T G 22135.3 . AB=0.801546;ABP=309.457;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=681;CIGAR=1X;DP=783;DPB=783;DPRA=0;EPP=1481.78;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26940;QR=4040;RO=101;RPL=681;RPP=1481.78;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=681;SAP=1481.78;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:388:76,311:76:3034:311:12303:-989.839,0,-156.554 1/1:395:25,370:25:1006:370:14637:-1225.39,-28.072,0 dDocent_Contig_3465 13 . C T 454.702 . AB=0.15566;ABP=221.346;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=2X2M1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.848485;PAIREDR=0.977143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1242;QR=6931;RO=175;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=383.018;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:132:112,18:112:4435:18:678:-21.9538,0,-359.737 0|1:80:63,15:63:2496:15:564:-27.2154,0,-200.91 dDocent_Contig_3466 18 . T C 17104.2 . AB=0.85443;ABP=692.604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=540;CIGAR=1X;DP=632;DPB=632;DPRA=0;EPP=1175.61;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.5222;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988889;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21318;QR=3399;RO=91;RPL=0;RPP=1175.61;RPPR=200.614;RPR=540;RUN=1;SAF=540;SAP=1175.61;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:45,109:45:1634:109:4305:-341.051,0,-100.951 0/1:478:46,431:46:1765:431:17013:-1373.07,0,-15.1765 dDocent_Contig_3467 9 . T C 96.2687 . AB=0.0970874;ABP=438.717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=608.851;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992832;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1169;QR=10710;RO=279;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=608.851;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=279;SRP=608.851;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:166,19:166:6401:19:740:-11.2405,0,-520.309 0/1:124:113,11:113:4309:11:429:-1.63793,0,-350.552 dDocent_Contig_3468 54 . G A 142.153 . AB=0.104072;ABP=303.921;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=763.026;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1324;QR=13833;RO=350;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=763.026;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=350;SRP=763.026;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:162:152,10:152:6012:10:408:0,-11.6863,-503.773 0/1:221:198,23:198:7821:23:916:-16.2153,0,-636.97 dDocent_Contig_3469 39 . A G 63.1946 . AB=0.107143;ABP=115.617;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=1.01205;EPP=22.5536;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=6227;RO=158;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=346.103;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:75,9:75:2994:9:366:-8.01843,0,-244.26 0/0:83:83,0:83:3233:0:0:0,-24.9855,-291.057 dDocent_Contig_3470 163 . G A 59.9793 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0.878049;EPP=13.8677;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.861111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=2888;RO=72;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:41,0:41:1639:0:0:0,-12.3422,-147.74 0/1:36:31,5:31:1249:5:205:-7.99793,0,-101.842 dDocent_Contig_3471 37 . C A 2150.1 . AB=0.200758;ABP=413.682;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=528;DPB=528;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=910.706;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4192;QR=16802;RO=422;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=902.082;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=421;SRP=910.706;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:122,39:122:4830:39:1526:-89.1241,0,-386.143 0/1:367:300,67:300:11972:67:2666:-129.585,0,-966.139 dDocent_Contig_3472 98 . N A 1144.18 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=40;CIGAR=2X;DP=40;DPB=42;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=32.3311;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=1272;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:40:0,40:0:0:40:1272:-114.418,-12.0412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3473 23 . G A 49196.1 . AB=0.738182;ABP=816.057;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1218;CIGAR=1X15M;DP=1650;DPB=1673.44;DPRA=0;EPP=2647.86;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.998358;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47797;QR=1850;RO=47;RPL=0;RPP=2647.86;RPPR=105.07;RPR=1218;RUN=1;SAF=1218;SAP=2647.86;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:784:20,184,570:20:787:184,570:7101,22434:-2357.68,-1780.59,-1789.94,-518.398,0,-411.551 1|1:866:27,183,648:27:1063:183,648:7019,25363:-2565.63,-1997.71,-2030.07,-488.611,0,-380.994 dDocent_Contig_3474 31 . G A 54.5384 . AB=0.107527;ABP=127.438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=1.1625;EPP=24.725;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.631902;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=6467;RO=163;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=356.96;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:80,0:80:3166:0:0:0,-24.0824,-285.023 0/1:93:83,10:83:3301:10:390:-7.45384,0,-269.141 dDocent_Contig_3475 18 . T C 542.706 . 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AB=0.186292;ABP=489.393;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=106;CIGAR=7M1X;DP=1283;DPB=923.75;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4050;QR=8299;RO=217;RPL=106;RPP=233.186;RPPR=474.22;RPR=0;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:714:147,565,0:147:5605:565,0:21722,0:-1739.04,0,-289.857,-1783.29,-459.939,-2243.09 1|1:569:70,390,106:70:2694:390,106:14894,4050:-1311.92,-111.112,-214.893,-1000.7,0,-1189.97 dDocent_Contig_3478 20 . G A 15437.3 . AB=0.551613;ABP=24.5289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=513;CIGAR=1X;DP=930;DPB=930;DPRA=0;EPP=1116.98;EPPR=908.514;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20318;QR=16283;RO=417;RPL=0;RPP=1116.98;RPPR=908.514;RPR=513;RUN=1;SAF=513;SAP=1116.98;SAR=0;SRF=417;SRP=908.514;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:397:143,254:143:5592:254:10021:-781.784,0,-383.614 0/1:533:274,259:274:10691:259:10297:-765.645,0,-801.081 dDocent_Contig_3479 39 . G A 2096.33 . AB=0.588235;ABP=11.0575;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X4M;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2757;QR=1814;RO=46;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=102.898;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:30,0,31:30:1189:0,31:0,1206:-90.4545,-99.4854,-197.352,0,-98.2594,-88.9275 0|1:58:16,3,39:16:625:3,39:118,1551:-122.878,-117.988,-168.459,0,-41.6667,-39.6338 dDocent_Contig_3480 19 . T C 1094.83 . AB=0.251366;ABP=101.272;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985401;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1863;QR=5500;RO=137;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=300.502;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:51,35:51:2028:35:1418:-101.977,0,-156.816 0/1:97:86,11:86:3472:11:445:-11.2053,0,-283.308 dDocent_Contig_3481 107 . N G 302.782 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:200:-18.3268,-1.80618,0 1/1:4:0,4:0:0:4:126:-11.6502,-1.20412,0 dDocent_Contig_3482 32 . G A 1287.87 . AB=0.297143;ABP=65.5611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2051;QR=4956;RO=123;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=270.101;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:29,20:29:1178:20:780:-55.7611,0,-91.5428 0/1:126:94,32:94:3778:32:1271:-76.7247,0,-302.084 dDocent_Contig_3483 141 . C A 310.967 . AB=0.245614;ABP=35.049;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=569;QR=1642;RO=43;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=96.3836;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:20,4:20:765:4:160:-7.55908,0,-61.9515 0/1:33:23,10:23:877:10:409:-27.2366,0,-69.3133 dDocent_Contig_3485 60 . G C 6650.08 . AB=0.709459;ABP=115.809;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=210;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0;EPP=459.02;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8421;QR=3366;RO=86;RPL=210;RPP=459.02;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=210;SAP=459.02;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:33,111:33:1309:111:4449:-356.998,0,-74.7317 0/1:152:53,99:53:2057:99:3972:-311.71,0,-139.564 dDocent_Contig_3486 15 . T C 8283.07 . AB=0.0257937;ABP=987.428;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=2X2M2X1M1X2M1D1M1X1M1X1M2X3M1X1M1X;DP=504;DPB=594.458;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=497;QR=6654;RO=172;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=376.504;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:185:68,102,10:68:2640:102,10:3471,383:-254.673,0,-186.278,-243.706,-185.551,-457.641 0|1:319:104,199,3:104:4014:199,3:7489,114:-577.334,0,-269.866,-599.292,-320.422,-928.035 dDocent_Contig_3487 82 . T G 3459.24 . 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AB=0.375;ABP=47.5255;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=123;CIGAR=2X;DP=328;DPB=328;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4779;QR=8199;RO=205;RPL=0;RPP=270.101;RPPR=448.162;RPR=123;RUN=1;SAF=123;SAP=270.101;SAR=0;SRF=205;SRP=448.162;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:145:82,63:82:3298:63:2482:-179.893,0,-253.222 0|1:183:123,60:123:4901:60:2297:-151.828,0,-385.891 dDocent_Contig_3489 91 . T C 5942.95 . AB=0.789474;ABP=196.614;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=210;CIGAR=1X4M;DP=266;DPB=266;DPRA=0;EPP=459.02;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7484;QR=1393;RO=40;RPL=210;RPP=459.02;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=210;SAP=459.02;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:126:23,11,91:23:802:11,91:381,3260:-258.95,-234.909,-296.825,0,-34.2649,-37.8363 0|1:140:17,4,119:17:591:4,119:139,4224:-339.044,-332.86,-379.708,0,-36.7514,-12.23 dDocent_Contig_3490 49 . G C 344.018 . AB=0.173913;ABP=109.224;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.778947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=3772;RO=95;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=209.3;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:44,9:44:1732:9:360:-16.8092,0,-140.156 0/1:62:51,11:51:2040:11:440:-21.2916,0,-165.12 dDocent_Contig_3491 29 . A T 248.585 . AB=0.268293;ABP=22.1298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=1187;RO=30;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=68.1545;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,4:17:663:4:161:-8.55364,0,-53.6722 0/1:20:13,7:13:524:7:285:-20.0038,0,-41.4858 dDocent_Contig_3492 11 . T G 1948.02 . AB=0.2;ABP=104.635;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=1M1X1M;DP=130;DPB=197;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1033;QR=1473;RO=37;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=83.3548;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:15,28,6:15:601:28,6:1059,243:-82.2692,0,-41.0815,-66.7427,-29.4718,-114.458 0|0:81:22,39,20:22:872:39,20:1497,790:-116.232,0,-60.0347,-57.8578,-6.78269,-123.616 dDocent_Contig_3493 1 . N G 845.91 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=41.3151;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.08;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=929;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=2;SAP=41.3151;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:111:-10.3539,-0.90309,0 1/1:22:0,22:0:0:22:818:-73.9358,-6.62266,0 dDocent_Contig_3496 32 . A T 101.111 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.952381;EPP=13.8677;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8611;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1426;RO=36;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=81.1833;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:607:5:194:-11.8101,0,-48.9477 0/0:21:21,0:21:819:0:0:0,-6.32163,-74.0227 dDocent_Contig_3497 16 . T G 8919.78 . AB=0.443642;ABP=22.1017;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=307;CIGAR=1X;DP=692;DPB=692;DPRA=0;EPP=669.652;EPPR=839.027;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12272;QR=15497;RO=385;RPL=0;RPP=669.652;RPPR=839.027;RPR=307;RUN=1;SAF=307;SAP=669.652;SAR=0;SRF=385;SRP=839.027;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:304:162,142:162:6512:142:5683:-419.757,0,-494.272 0/1:388:223,165:223:8985:165:6589:-475.92,0,-691.286 dDocent_Contig_3498 30 . G A 1603.08 . AB=0.529412;ABP=3.7767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=2X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2139;QR=1539;RO=40;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=89.8692;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:15,17,3:15:581:17,3:686,117:-52.0457,0,-42.6034,-46.9466,-38.1039,-93.7591 0|1:67:25,37,4:25:958:37,4:1453,160:-111.962,0,-67.4545,-106.306,-65.4104,-183.707 dDocent_Contig_3501 16 . G A 3697.45 . AB=0.242515;ABP=387.686;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=162;CIGAR=1X;DP=668;DPB=668;DPRA=0;EPP=354.789;EPPR=1101.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6382;QR=20205;RO=506;RPL=0;RPP=354.789;RPPR=1101.78;RPR=162;RUN=1;SAF=162;SAP=354.789;SAR=0;SRF=506;SRP=1101.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:345:276,69:276:11052:69:2730:-141.962,0,-890.048 0/1:323:230,93:230:9153:93:3652:-231.482,0,-726.001 dDocent_Contig_3502 121 . C T 63.7171 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=1.45455;EPP=16.0391;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.64;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=3024;RO=75;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1686:6:246:-8.07068,0,-137.513 0/0:33:33,0:33:1338:0:0:0,-9.93399,-119.901 dDocent_Contig_3503 63 . G A 188.546 . AB=0.164384;ABP=74.4309;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=651;QR=5275;RO=134;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=293.988;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:78:73,5:73:2874:5:179:0,-7.02534,-242.317 0/1:73:61,12:61:2401:12:472:-20.8546,0,-194.264 dDocent_Contig_3505 107 . N T 30.6632 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X3M1X2M1X1M1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=96;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:96:-3.0654,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3506 44 . C T 1223.02 . AB=0.193443;ABP=251.975;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=617;DPB=617;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=1160.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9325;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3349;QR=21451;RO=533;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=1160.41;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=533;SRP=1160.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:312:288,24:288:11563:24:948:0,-8.29884,-954.13 0/1:305:245,59:245:9888:59:2401:-124.302,0,-797.32 dDocent_Contig_3509 28 . T C 234.436 . AB=0.23913;ABP=30.2009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=1281;RO=35;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=79.0118;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:583:2:82:-2.36114,0,-47.3781 0/1:28:19,9:19:698:9:364:-24.6959,0,-54.7185 dDocent_Contig_3510 28 . T C 314.553 . AB=0.253731;ABP=38.3048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=1888;RO=50;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=111.584;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:844:4:155:-6.49866,0,-68.456 0/1:41:28,13:28:1044:13:452:-28.6556,0,-81.914 dDocent_Contig_3512 202 . T A 74.4711 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=218;QR=914;RO=25;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:14,2:14:509:2:73:-2.11482,0,-41.3316 0|1:15:11,4:11:405:4:145:-8.89017,0,-32.2818 dDocent_Contig_3513 19 . T A 44182 . AB=0.805119;ABP=1393.06;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1384;CIGAR=1X;DP=1719;DPB=1719;DPRA=0;EPP=3008.33;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999277;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54933;QR=13300;RO=333;RPL=0;RPP=3008.33;RPPR=726.111;RPR=1384;RUN=1;SAF=1384;SAP=3008.33;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:761:91,669:91:3643:669:26517:-2155.32,0,-99.0025 0/1:958:242,715:242:9657:715:28416:-2266.57,0,-580.201 dDocent_Contig_3514 209 . N G 114.653 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 dDocent_Contig_3516 107 . N G 123.911 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:134:-12.3909,-1.20412,0 dDocent_Contig_3517 66 . A G 61.3288 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0.862069;EPP=22.5536;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.644737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=334;QR=5754;RO=152;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=28.2108;RPR=3;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=97;SRP=28.2108;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:66,9:66:2463:9:334:-7.83185,0,-199.289 0/0:87:86,0:86:3291:0:0:0,-25.8886,-296.222 dDocent_Contig_3518 36 . T C 1194.2 . AB=0.409091;ABP=10.9066;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1729;QR=2344;RO=65;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=144.156;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:24,31:24:886:31:1180:-89.9249,0,-63.4987 0/1:55:41,14:41:1458:14:549:-33.1944,0,-114.932 dDocent_Contig_3519 77 . G A 345.189 . AB=0.155844;ABP=161.443;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=387;DPB=387;DPRA=0.660944;EPP=55.1256;EPPR=791.255;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99449;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=914;QR=13698;RO=363;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=791.255;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=363;SRP=791.255;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:130,24:130:4927:24:914:-36.2179,0,-397.1 0/0:233:233,0:233:8771:0:0:0,-70.14,-789.143 dDocent_Contig_3520 91 . G A 23792 . AB=0.587589;ABP=106.097;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=909;CIGAR=1X;DP=1547;DPB=1547;DPRA=0;EPP=1976.88;EPPR=1384.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9978;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31651;QR=22240;RO=636;RPL=909;RPP=1976.88;RPPR=1384.07;RPR=0;RUN=1;SAF=909;SAP=1976.88;SAR=0;SRF=636;SRP=1384.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:692:302,388:302:10554:388:13543:-1010.9,0,-741.993 0/1:855:334,521:334:11686:521:18108:-1372,0,-794.261 dDocent_Contig_3521 98 . N C 135.972 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_3522 30 . A G 116.455 . AB=0.13253;ABP=100.36;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=1.22059;EPP=26.8965;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=422;QR=5378;RO=140;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=307.016;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:72,11:72:2797:11:422:-13.3445,0,-226.888 0/0:68:68,0:68:2581:0:0:0,-20.47,-232.458 dDocent_Contig_3523 15 . C T 86.7167 . AB=0.134615;ABP=63.3104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0.525253;EPP=18.2106;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=5806;RO=144;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=315.702;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:45,7:45:1798:7:285:-10.3706,0,-146.365 0/0:99:99,0:99:4008:0:0:0,-29.802,-360.679 dDocent_Contig_3524 131 . G A 61.5177 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0.590278;EPP=26.8965;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995413;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=7408;RO=218;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=476.391;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=476.391;SRR=218;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:74,11:74:2549:11:368:-7.85074,0,-204.083 0/0:144:144,0:144:4859:0:0:0,-43.3483,-437.493 dDocent_Contig_3525 24 . C T 215.653 . AB=0.263158;ABP=21.525;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1M1I1X;DP=38;DPB=43;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=1133;RO=28;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=63.8115;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:14,2:14:567:2:80:-2.7751,0,-46.5564 0|1:22:14,8:14:566:8:319:-22.4542,0,-44.6599 dDocent_Contig_3526 78 . A G 40.8893 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.652174;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=1645;RO=46;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:755:4:144:-5.78787,0,-60.7507 0/0:27:25,2:25:890:2:43:0,-4.04445,-76.3342 dDocent_Contig_3527 1 . N G 5437.56 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=177;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6033;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=387.361;RPPR=0;RPR=177;RUN=1;SAF=0;SAP=387.361;SAR=177;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:97:0,97:0:0:97:3300:-297.232,-29.1999,0 1/1:80:0,80:0:0:80:2733:-246.223,-24.0824,0 dDocent_Contig_3528 9 . T C 2553.62 . AB=0.481481;ABP=3.57327;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967033;PAIREDR=0.959184;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3505;QR=3774;RO=98;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=215.815;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:33,35:33:1264:35:1350:-101.311,0,-93.5802 0/1:121:65,56:65:2510:56:2155:-157.75,0,-189.674 dDocent_Contig_3529 60 . T C 68.4715 . AB=0.0967742;ABP=221.909;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=6.73913;EPP=35.5824;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=613;QR=6501;RO=163;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=356.96;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:892:0:0:0,-6.92369,-80.5775 0/1:155:140,15:140:5609:15:613:-8.84715,0,-457.96 dDocent_Contig_3531 10 . A G 433.616 . AB=0.311475;ABP=21.8416;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=1679;RO=42;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=94.2121;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:22,15:22:886:15:556:-39.2269,0,-68.9098 0/1:24:20,4:20:793:4:163:-7.83371,0,-64.4631 dDocent_Contig_3532 145 . G A 41.9736 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.27273;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1811;RO=46;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:933:4:155:-5.8963,0,-75.8472 0/0:22:22,0:22:878:0:0:0,-6.62266,-79.3326 dDocent_Contig_3533 16 . T G 1748.55 . AB=0.637363;ABP=17.9243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2282;QR=1311;RO=33;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=74.6689;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:9,20:9:359:20:793:-62.9595,0,-23.9424 0/1:62:24,38:24:952:38:1489:-115.595,0,-67.3214 dDocent_Contig_3534 14 . A T 49.3062 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.903226;EPP=11.6962;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.0727;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=2211;RO=55;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=122.441;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:968:4:163:-6.62959,0,-78.564 0/0:31:31,0:31:1243:0:0:0,-9.33193,-111.441 dDocent_Contig_3535 47 . C A 5107.47 . AB=0.220561;ABP=728.737;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=236;CIGAR=1X;DP=1070;DPB=1070;DPRA=0;EPP=515.478;EPPR=1803.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9294;QR=33172;RO=833;RPL=0;RPP=515.478;RPPR=1803.17;RPR=236;RUN=1;SAF=236;SAP=515.478;SAR=0;SRF=833;SRP=1811.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:466:328,138:328:13106:138:5432:-348.456,0,-1038.29 0/1:604:505,98:505:20066:98:3862:-165.99,0,-1622.66 dDocent_Contig_3536 98 . N C 134.98 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=2X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:4:0,4:0:0:4:146:-13.4977,-1.20412,0 dDocent_Contig_3537 9 . T A 2080.45 . AB=0.686275;ABP=33.7515;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X2M;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2675;QR=1062;RO=27;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=61.6401;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:15,0,31:15:590:0,31:0,1185:-93.1006,-97.616,-146.153,0,-48.9261,-39.5941 0|1:56:12,5,39:12:472:5,39:199,1490:-118.643,-106.797,-144.121,0,-23.3832,-27.0977 dDocent_Contig_3538 14 . C T 56.8538 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.21429;EPP=13.8677;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2295;RO=57;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=126.784;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1130:0:0:0,-8.42884,-101.982 0/1:34:29,5:29:1165:5:195:-7.68538,0,-94.8944 dDocent_Contig_3539 19 . T G 70.5929 . AB=0.142857;ABP=49.5419;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.652778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=2839;RO=72;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=159.356;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1431:2:82:0,-3.65946,-121.267 0/1:42:36,6:36:1408:6:237:-9.05929,0,-114.326 dDocent_Contig_3540 98 . A G 86.0988 . AB=0.173913;ABP=45.4956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.864865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=1249;RO=37;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=83.3548;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:343:4:141:-8.82268,0,-26.9871 0/1:32:27,4:27:906:4:140:-3.47903,0,-72.4191 dDocent_Contig_3541 13 . T C 146.385 . AB=0.107345;ABP=240.044;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=284;DPB=284;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=565.422;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1008;QR=10438;RO=259;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=565.422;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=259;SRP=565.422;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:177:158,19:158:6360:19:770:-16.3375,0,-518.836 0/0:107:101,6:101:4078:6:238:0,-10.4184,-345.184 dDocent_Contig_3543 98 . N T 122.07 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=132;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:132:-12.2067,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3544 13 . T A 2460.51 . AB=0.389344;ABP=28.9612;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X1M1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=294.523;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=52.7684;MQMR=50.6575;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.968421;PAIREDR=0.527397;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3734;QR=5671;RO=146;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=320.045;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=143;SRP=294.523;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:85:45,39:45:1750:39:1530:-104.885,0,-124.097 0|1:159:101,56:101:3921:56:2204:-144.865,0,-277.737 dDocent_Contig_3546 63 . G T 271.028 . AB=0.147059;ABP=150.159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.439655;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=4617;RO=116;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:44,13:44:1741:13:503:-28.4496,0,-139.759 0/1:79:72,7:72:2876:7:285:-2.24304,0,-235.167 dDocent_Contig_3547 86 . T A 49.3769 . AB=0.123457;ABP=102.764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0.698276;EPP=24.725;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=341;QR=6410;RO=187;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=409.076;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:71,10:71:2451:10:341:-6.63665,0,-196.47 0/0:116:116,0:116:3959:0:0:0,-34.9195,-356.521 dDocent_Contig_3548 13 . A T 3051.52 . AB=0.38141;ABP=41.1224;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X1M1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=336.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=48.6975;MQMR=56.4628;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.87234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4568;QR=7340;RO=188;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=411.247;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=179;SRP=336.816;SRR=9;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:153:94,58:94:3667:58:2250:-152.545,0,-268.339 0|1:159:94,61:94:3673:61:2318:-156.307,0,-272.543 dDocent_Contig_3549 20 . G A 5525.82 . AB=0.0762332;ABP=350.845;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=1142;RO=30;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=68.1545;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:121:8,11,99:8:301:11,99:432,3825:-322.562,-289.438,-310.785,-10.8855,0,-5.7389 0|0:102:22,6,74:22:841:6,74:218,2921:-233.719,-222.546,-289.739,0,-51.2226,-46.7409 dDocent_Contig_3551 1 . N G 116.075 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.30914,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 dDocent_Contig_3552 17 . A T 142.12 . AB=0.125;ABP=130.041;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.901099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=3635;RO=91;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=200.614;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:38,8:38:1522:8:326:-15.8623,0,-123.37 0/1:58:53,5:53:2113:5:205:-1.37527,0,-172.888 dDocent_Contig_3553 150 . T A 149.697 . AB=0.461538;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M2D2X;DP=27;DPB=24.6;DPRA=0.928571;EPP=16.0391;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=835;RO=21;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=48.6112;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:14,0:14:555:0:0:0,-4.21442,-50.2933 0|1:13:7,6:7:280:6:228:-16.9697,0,-21.6584 dDocent_Contig_3554 24 . A T 25423 . AB=0.0926724;ABP=671.693;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X1M1I2M;DP=901;DPB=1113.25;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2305;QR=2049;RO=52;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=115.927;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:437:24,17,394:24:958:17,394:645,15219:-1282.25,-1236.59,-1310.37,-39.684,-65.7187,0 1|0:464:28,43,389:28:1091:43,389:1660,14910:-1261.75,-1133.86,-1210.58,-46.6568,0,-19.2218 dDocent_Contig_3556 98 . N G 25436.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=851;CIGAR=1X;DP=851;DPB=851;DPRA=0;EPP=1850.93;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.8472;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994125;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28378;QR=0;RO=0;RPL=851;RPP=1850.93;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=851;SAP=1850.93;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:340:0,340:0:0:340:11395:-1020.01,-102.35,0 1/1:511:0,511:0:0:511:16983:-1523.33,-153.826,0 dDocent_Contig_3558 44 . G A 283.461 . AB=0.143791;ABP=171.633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969466;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=860;QR=5241;RO=131;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=287.473;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:69,10:69:2771:10:390:-11.6745,0,-225.714 0/1:74:62,12:62:2470:12:470:-20.3706,0,-200.171 dDocent_Contig_3559 95 . A G 167.353 . AB=0.363636;ABP=6.56362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=2;EPP=20.3821;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=846;RO=25;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:389:0:0:0,-3.31133,-35.3486 0/1:22:14,8:14:457:8:278:-18.7353,0,-34.8193 dDocent_Contig_3560 7 . T G 23065.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=799;CIGAR=1X;DP=827;DPB=827;DPRA=0;EPP=1738.02;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.819775;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25934;QR=299;RO=23;RPL=0;RPP=1738.02;RPPR=52.9542;RPR=799;RUN=1;SAF=799;SAP=1738.02;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:405:11,393:11:159:393:12565:-1116.11,-107.275,0 1/1:422:12,406:12:140:406:13369:-1190.14,-113.329,0 dDocent_Contig_3561 22 . T C 41170.2 . AB=0.822823;ABP=605.871;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1153;CIGAR=1X3M;DP=1292;DPB=1292;DPRA=0;EPP=2506.72;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45924;QR=1498;RO=38;RPL=0;RPP=2506.72;RPPR=85.5263;RPR=1153;RUN=1;SAF=1153;SAP=2506.72;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:626:11,9,605:11:445:9,605:360,24145:-2130.51,-2104.17,-2138.15,-145.43,-152.47,0 1|1:666:27,91,548:27:1053:91,548:3530,21779:-1988.21,-1706.35,-1765.5,-203.438,0,-125.026 dDocent_Contig_3562 97 . T G 309.834 . AB=0.428571;ABP=4.25114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970874;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=3832;RO=103;RPL=10;RPP=3.0103;RPPR=3.53736;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=3.0103;SAR=10;SRF=49;SRP=3.53736;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:16,12:16:611:12:453:-32.6822,0,-46.8945 0/0:95:87,8:87:3221:8:302:0,-1.06467,-262.504 dDocent_Contig_3564 84 . G A 39.1855 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=840;RO=25;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,4:17:567:4:129:-5.60697,0,-45.0251 0/1:9:8,1:8:273:1:34:-0.689641,0,-22.1933 dDocent_Contig_3566 32 . T C 800.643 . AB=0.205882;ABP=156.291;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97619;PAIREDR=0.950617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1606;QR=5965;RO=162;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=354.789;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:93,13:93:3422:13:518:-15.0581,0,-276.222 0/1:98:69,29:69:2543:29:1088:-68.7052,0,-199.57 dDocent_Contig_3568 9 . G A 24276.7 . AB=0.0741338;ABP=1957.95;AC=0;AF=0;AN=4;AO=92;CIGAR=2X7M;DP=1241;DPB=1241;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17;MQM=59.7717;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3554;QR=1516;RO=39;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=87.6977;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:667:30,83,196,34,46,225:30:1164:83,196,34,46,225:3169,7553,1323,1778,8971:-1253.56,-1003.15,-1073.8,-643.09,-479.291,-679.722,-1154.39,-990.589,-630.526,-1239.79,-1116.6,-952.799,-592.736,-1104.03,-1198.39,-523.865,-360.065,0,-511.301,-473.511,-551.767 0|0:574:9,77,162,36,46,214:9:352:77,162,36,46,214:2996,6238,1385,1776,8475:-1177.81,-939.884,-945.644,-668.415,-456.715,-648.588,-1067.2,-855.498,-584.029,-1085.3,-1034.68,-822.975,-551.506,-950.289,-1049.77,-483.171,-271.47,0,-398.785,-366.261,-447.69 dDocent_Contig_3569 5 . T A 68.3772 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=7I1X1M1X1M1X1M1X;DP=2;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83664,-0.60206,0 dDocent_Contig_3571 13 . C T 1747.8 . AB=0.333333;ABP=53.678;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=1.06061;EPP=155.013;EPPR=734.797;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2665;QR=13498;RO=337;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=734.797;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=337;SRP=734.797;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:198:197,0:197:7882:0:0:0,-59.3029,-708.776 0/1:210:140,70:140:5616:70:2665:-176.78,0,-442.017 dDocent_Contig_3572 127 . T G 1147.87 . AB=0.584416;ABP=7.77626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1567;QR=1143;RO=32;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=72.4974;RPR=45;RUN=1;SAF=0;SAP=100.727;SAR=45;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:11,20:11:390:20:695:-53.538,0,-26.1069 0/1:46:21,25:21:753:25:872:-64.948,0,-54.2481 dDocent_Contig_3573 126 . A T 442.229 . AB=0.3125;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=739;QR=1700;RO=44;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=98.5551;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:20,12:20:767:12:464:-32.4787,0,-59.7247 0/1:32:24,8:24:933:8:275:-15.4432,0,-74.653 dDocent_Contig_3575 63 . T A 9905.6 . AB=0.871795;ABP=190.314;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=323;CIGAR=1X;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=704.396;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98452;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11858;QR=997;RO=27;RPL=323;RPP=704.396;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=323;SAP=704.396;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:195:8,187:8:308:187:6859:-589.175,-30.6187,0 0/1:156:19,136:19:689:136:4999:-403.084,0,-15.4399 dDocent_Contig_3576 9 . G A 243.232 . AB=0.176471;ABP=80.2892;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985612;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=5287;RO=139;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=304.845;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=139;SRP=304.845;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:69,5:69:2639:5:185:0,-5.26918,-220.694 0/1:85:70,15:70:2648:15:573:-26.3232,0,-212.929 dDocent_Contig_3577 15 . G T 57.4814 . 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AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.875;EPP=18.2106;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=265;QR=1552;RO=39;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=87.6977;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:633:0:0:0,-4.81648,-57.3017 0/1:30:23,7:23:919:7:265:-15.1733,0,-73.9853 dDocent_Contig_3579 45 . T A 61883.5 . 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AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.5455;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=1083;RO=34;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=11;RUN=1;SAF=1;SAP=19.0002;SAR=10;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:602:8:274:-17.1663,0,-46.6657 0/1:19:16,3:16:481:3:89:-2.58044,0,-37.8579 dDocent_Contig_3582 29 . A G 90.2388 . AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=1.15;EPP=18.2106;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=269;QR=3140;RO=79;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=174.557;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:39,7:39:1549:7:269:-10.7228,0,-125.805 0/0:40:40,0:40:1591:0:0:0,-12.0412,-143.423 dDocent_Contig_3583 5 . T C 150.613 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=12I3M1X;DP=56;DPB=92;DPRA=1.94737;EPP=22.5536;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.5556;MQMR=58.4091;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=1616;RO=44;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:18,0,0:18:665:0,0:0,0:0,-5.41854,-59.699,-5.41854,-59.699,-59.699 0|1:37:26,2,9:26:951:2,9:73,307:-17.0613,-18.9208,-95.9632,0,-71.664,-74.9176 dDocent_Contig_3584 99 . N T 909.345 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1001;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:74:-6.90455,-0.90309,0 1/1:28:0,28:0:0:28:927:-83.7287,-8.42884,0 dDocent_Contig_3585 111 . A G 39.9719 . AB=0.136364;ABP=53.5464;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.763158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2556;RO=76;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=168.042;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:38,3:38:1264:3:104:0,-2.63914,-104.352 0/1:44:38,6:38:1292:6:210:-5.99714,0,-103.334 dDocent_Contig_3587 57 . A T 87.1456 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.875;EPP=13.8677;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=182;QR=1444;RO=40;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,5:16:579:5:182:-10.4135,0,-46.123 0/0:24:24,0:24:865:0:0:0,-7.22472,-78.1708 dDocent_Contig_3588 107 . N A 85.0177 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_3589 130 . C T 971.621 . AB=0.288889;ABP=72.6904;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1716;QR=4305;RO=128;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=280.959;RPR=52;RUN=1;SAF=0;SAP=115.927;SAR=52;SRF=0;SRP=280.959;SRR=128;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:45,14:45:1504:14:454:-23.411,0,-117.889 0/1:121:83,38:83:2801:38:1262:-77.4501,0,-215.913 dDocent_Contig_3590 14 . T C 585.251 . AB=0.392857;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=40.5458;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.637255;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1094;QR=4099;RO=102;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=224.5;RPR=28;RUN=1;SAF=25;SAP=40.5458;SAR=3;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:34,22:34:1372:22:853:-60.2228,0,-106.879 0/0:74:68,6:68:2727:6:241:0,-0.211034,-223.479 dDocent_Contig_3591 9 . G A 230.038 . AB=0.220339;ABP=43.0905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.630435;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=486;QR=1742;RO=46;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=102.898;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:20,3:20:766:3:114:-3.70853,0,-62.3431 0/1:36:26,10:26:976:10:372:-22.99,0,-77.309 dDocent_Contig_3592 98 . N G 32.134 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:12:-0.986667,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:20:-1.89999,-0.60206,0 dDocent_Contig_3593 48 . A T 250.087 . AB=0.19697;ABP=55.6521;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=2.64;EPP=31.2394;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.653846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=3104;RO=78;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=172.385;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:1001:0:0:0,-7.52575,-90.387 0/1:66:53,13:53:2103:13:517:-27.0087,0,-169.59 dDocent_Contig_3594 31 . A T 63.3787 . AB=0.0980392;ABP=360.877;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=565;DPB=565;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=1171.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996283;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=975;QR=21280;RO=538;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=1171.26;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=538;SRP=1171.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:255:229,25:229:9099:25:937:-8.03684,0,-741.806 0/0:310:309,1:309:12181:1:38:0,-89.522,-1091.66 dDocent_Contig_3595 107 . N T 184.026 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:91:-8.49097,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_3596 38 . G T 1692.71 . 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AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1711;RO=45;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:558:3:112:-5.02609,0,-45.127 0/1:33:30,3:30:1153:3:120:-1.25332,0,-94.1212 dDocent_Contig_3601 11 . G A 249.901 . AB=0.37037;ABP=6.95112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=502;QR=2208;RO=55;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=122.441;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:17,10:17:671:10:383:-26.6889,0,-52.5845 0/0:41:38,3:38:1537:3:119:0,-1.24773,-127.47 dDocent_Contig_3602 9 . G A 8837.4 . AB=0.778667;ABP=255.949;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=292;CIGAR=1X;DP=375;DPB=375;DPRA=0;EPP=637.08;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11115;QR=3187;RO=83;RPL=0;RPP=637.08;RPPR=183.243;RPR=292;RUN=1;SAF=292;SAP=637.08;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:47,154:47:1799:154:5855:-466.406,0,-101.656 0/1:174:36,138:36:1388:138:5260:-421.033,0,-72.8234 dDocent_Contig_3603 7 . T C 154.286 . AB=0.181818;ABP=51.3749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=1704;RO=45;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=100.727;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:23,3:23:872:3:117:-3.0836,0,-70.971 0/1:29:22,7:22:832:7:271:-16.0264,0,-66.4686 dDocent_Contig_3604 209 . N G 111.879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:120:-11.1873,-0.90309,0 dDocent_Contig_3605 84 . G A 2124.96 . AB=0.635659;ABP=23.6309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97561;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2827;QR=1539;RO=47;RPL=82;RPP=181.071;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:18,50:18:550:50:1718:-134.439,0,-29.3208 0/1:61:29,32:29:989:32:1109:-81.7565,0,-70.9577 dDocent_Contig_3606 26 . G A 456.181 . AB=0.116667;ABP=79.5909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X4M1X3M;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=22.5536;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=33;MQMR=32.7778;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=216;QR=358;RO=9;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=22.5536;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=9;SRP=22.5536;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:6,0,2,5,4,2,9:6:238:0,2,5,4,2,9:0,81,34,127,30,317:-23.4409,-25.2471,-39.8149,-20.031,-34.6011,-33.999,-24.8845,-39.4414,-34.2304,-37.9363,-16.0967,-30.668,-25.453,-30.3017,-29.4638,-23.6902,-38.2564,-33.0429,-37.8888,-29.1107,-37.6543,0,-14.5888,-9.36896,-14.2284,-5.43105,-13.0311,-11.8795 1|1:30:3,7,0,2,3,6,7:3:120:7,0,2,3,6,7:270,0,13,89,90,108:-25.838,-4.51252,-4.46421,-26.7411,-6.57142,-28.7958,-26.6358,-6.46267,-28.6881,-28.0861,-20.1809,0,-22.2351,-22.1283,-21.332,-22.0637,-1.87769,-24.112,-24.0097,-17.5523,-22.3059,-20.9672,-0.777322,-23.0142,-22.913,-16.4547,-18.3484,-20.907 dDocent_Contig_3607 70 . C A 9466.07 . AB=0.890909;ABP=222.013;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=307;CIGAR=1X;DP=341;DPB=341;DPRA=0;EPP=669.652;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11651;QR=1255;RO=33;RPL=307;RPP=669.652;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=307;SAP=669.652;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:18,147:18:697:147:5573:-451.889,0,-13.394 1/1:176:15,160:15:558:160:6078:-496.416,-2.46851,0 dDocent_Contig_3609 41 . T A 1514.28 . AB=0.724638;ABP=33.2536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1948;QR=771;RO=19;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=44.2683;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:13,24:13:525:24:935:-73.3066,0,-36.4591 0/1:32:6,26:6:246:26:1013:-81.8205,0,-12.8872 dDocent_Contig_3610 54 . C A 1119.35 . AB=0.409524;ABP=10.476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.604651;PAIREDR=0.983871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1629;QR=2356;RO=62;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:1058:6:220:-9.91722,0,-85.2872 0/1:71:34,37:34:1298:37:1409:-105.716,0,-95.7316 dDocent_Contig_3611 71 . C T 96.8411 . AB=0.133333;ABP=73.0765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.827068;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=5294;RO=133;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:51,8:51:2043:8:322:-11.3831,0,-166.109 0/0:84:82,2:82:3251:2:80:0,-17.6947,-285.072 dDocent_Contig_3612 109 . A G 41.3848 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=133;QR=458;RO=14;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=33.4109;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:7:6,1:6:205:1:32:-1.0921,0,-16.6781 0|1:11:8,3:8:253:3:101:-6.1124,0,-19.7674 dDocent_Contig_3613 43 . T G 239.775 . AB=0.177215;ABP=74.504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M1X;DP=129;DPB=129;DPRA=1.58;EPP=33.4109;EPPR=3.08649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.780702;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=549;QR=4210;RO=114;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=58;SRP=3.08649;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:50:50,0:50:1840:0:0:0,-15.0515,-165.849 0|1:79:64,14:64:2370:14:549:-25.9775,0,-189.73 dDocent_Contig_3614 98 . N G 488.97 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=18;DPB=30;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.4706;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=24;PQA=799;PQR=0;PRO=0;QA=540;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:14:0,14:0:0:14:447:-40.2232,-4.21442,0 1|1:4:0,3:0:0:3:93:-8.37255,-0.90309,0 dDocent_Contig_3615 119 . A G 232.295 . AB=0.25;ABP=26.8965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.878788;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=1305;RO=33;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=74.6689;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:517:5:201:-13.0524,0,-41.4581 0/1:26:20,6:20:788:6:237:-13.8761,0,-63.4116 dDocent_Contig_3616 18 . G T 51.9329 . AB=0.05;ABP=73.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X1M;DP=68;DPB=68;DPRA=1.42857;EPP=7.35324;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.542373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=2283;RO=59;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=131.127;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:32,5,2:32:1227:5,2:200,73:-6.89226,0,-99.2487,-10.5635,-94.7914,-110.667 0|0:28:27,0,0:27:1056:0,0:0,0:0,-8.12781,-94.9488,-8.12781,-94.9488,-94.9488 dDocent_Contig_3617 115 . A T 2911.82 . AB=0.741497;ABP=77.4756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3762;QR=1296;RO=38;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=85.5263;RPR=109;RUN=1;SAF=0;SAP=239.701;SAR=109;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:10,55:10:341:55:1918:-153.331,0,-11.4533 0/1:82:28,54:28:955:54:1844:-141.55,0,-61.5747 dDocent_Contig_3618 32 . G A 377.8 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=4M1X1M;DP=47;DPB=50;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=985;RO=25;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=57.2971;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:8,6,0:8:305:6,0:190,0:-13.1967,0,-23.5895,-15.605,-25.3957,-40.6565 0|0:33:17,12,4:17:680:12,4:412,163:-28.2822,0,-52.3972,-19.9364,-42.5609,-74.781 dDocent_Contig_3619 69 . C T 895.459 . AB=0.0441989;ABP=329.631;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=20.75;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.585366;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=4127;RO=123;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=24.6368;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=79;SRP=24.6368;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:95:55,6,34:55:1844:6,34:204,1140:-75.885,-83.1437,-230.688,0,-140.162,-139.232 0|0:86:68,2,16:68:2283:2,16:67,473:-17.3598,-34.8768,-219.238,0,-182.105,-180.248 dDocent_Contig_3620 98 . N G 81.6456 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=84;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:76:-7.02929,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:8:-0.799998,-0.30103,0 dDocent_Contig_3621 14 . T C 2152.46 . AB=0.626087;ABP=18.8904;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2812;QR=1711;RO=43;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=96.3836;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:23,36:23:913:36:1442:-112.265,0,-64.7124 0/1:56:20,36:20:798:36:1370:-106.68,0,-55.2804 dDocent_Contig_3622 9 . G A 780.601 . AB=0.332031;ABP=65.7455;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=22.3059;MQMR=49.8383;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.929412;PAIREDR=0.101796;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3205;QR=6341;RO=167;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=365.646;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:123:77,46:77:2913:46:1747:-45.0329,0,-191.88 0/1:133:90,39:90:3428:39:1458:-36.7262,0,-260.342 dDocent_Contig_3623 7 . T A 6883.75 . AB=0.70997;ABP=129.763;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=235;CIGAR=1X;DP=331;DPB=331;DPRA=0;EPP=513.306;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8795;QR=3641;RO=96;RPL=0;RPP=513.306;RPPR=211.472;RPR=235;RUN=1;SAF=235;SAP=513.306;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:53,148:53:2006:148:5530:-437.196,0,-120.274 0/1:130:43,87:43:1635:87:3265:-254.878,0,-108.279 dDocent_Contig_3624 147 . T C 2253.73 . AB=0.255155;ABP=205.047;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=388;DPB=388;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=630.566;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3838;QR=10894;RO=289;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=630.566;RPR=99;RUN=1;SAF=0;SAP=217.986;SAR=99;SRF=0;SRP=630.566;SRR=289;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:68,13:68:2585:13:524:-23.1244,0,-208.437 0/1:307:221,86:221:8309:86:3314:-205.947,0,-655.08 dDocent_Contig_3625 44 . G A 373.018 . AB=0.208791;ABP=70.0396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=752;QR=2837;RO=72;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=159.356;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:844:7:273:-16.5059,0,-67.845 0/1:63:51,12:51:1993:12:479:-24.4949,0,-160.596 dDocent_Contig_3626 148 . T C 5414.41 . AB=0.42539;ABP=24.7202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=191;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=417.762;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7560;QR=10141;RO=257;RPL=0;RPP=417.762;RPPR=561.079;RPR=191;RUN=1;SAF=0;SAP=417.762;SAR=191;SRF=0;SRP=561.079;SRR=257;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:206:130,76:130:5117:76:2976:-205.909,0,-398.416 0/1:243:127,115:127:5024:115:4584:-339.23,0,-378.785 dDocent_Contig_3627 73 . C A 5395.89 . AB=0.816143;ABP=196.602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.934066;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6779;QR=1511;RO=41;RPL=182;RPP=398.218;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=182;SAP=398.218;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:26,58:26:955:58:2168:-170.07,0,-60.9713 0/1:139:15,124:15:556:124:4611:-373.219,0,-8.53193 dDocent_Contig_3628 11 . T C 486.489 . AB=0.162011;ABP=180.622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=917.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1747;QR=16560;RO=421;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=917.2;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=421;SRP=917.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:150,29:150:5910:29:1155:-50.3478,0,-477.851 0/0:286:271,15:271:10650:15:592:0,-32.4819,-904.247 dDocent_Contig_3629 7 . T C 7045.23 . AB=0.154321;ABP=339.294;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=4X2M1X6M;DP=324;DPB=324;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=45.04;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1906;QR=1799;RO=46;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=102.898;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:133:15,0,30,88:15:580:0,30,88:0,1145,3462:-324.277,-328.792,-376.431,-237.1,-284.738,-275.707,-44.0453,-91.6889,0,-65.1983 0|0:191:31,19,20,119:31:1219:19,20,119:737,761,4773:-383.945,-337.055,-431.609,-332.348,-376.4,-426.601,0,-44.0649,-39.3556,-64.4616 dDocent_Contig_3631 41 . T C 20295.8 . AB=0.848238;ABP=780.374;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=626;CIGAR=1X;DP=738;DPB=738;DPRA=0;EPP=1362.35;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996805;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25081;QR=4508;RO=112;RPL=0;RPP=1362.35;RPPR=246.215;RPR=626;RUN=1;SAF=626;SAP=1362.35;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:403:45,358:45:1797:358:14370:-1170.86,0,-40.632 0/1:335:67,268:67:2711:268:10711:-862.424,0,-143.252 dDocent_Contig_3632 9 . G A 992.38 . AB=0.445783;ABP=5.12945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1414;QR=1763;RO=46;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=102.898;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:18,13:18:691:13:495:-35.5643,0,-53.192 0/1:52:28,24:28:1072:24:919:-67.3726,0,-81.1314 dDocent_Contig_3633 21 . T G 255.737 . AB=0.275;ABP=20.5992;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.75;MQMR=59.9222;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=0.566667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=3617;RO=90;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=198.443;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:29,11:29:1166:11:433:-27.2726,0,-93.1542 0/0:67:61,5:61:2451:5:205:0,-1.44243,-201.893 dDocent_Contig_3634 63 . T C 299.874 . AB=0.101695;ABP=246.914;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.858209;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=4425;RO=134;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=67;SRP=3.0103;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:99:74,8,17:74:2469:8,17:266,580:-24.7943,-25.5489,-223,0,-178.342,-194.749 0|1:78:60,10,8:60:1956:10,8:333,261:-8.89203,0,-154.918,-5.88161,-136.853,-161.395 dDocent_Contig_3636 8 . C T 1018.39 . AB=0.347826;ABP=26.1412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.575;PAIREDR=0.613333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1550;QR=2893;RO=75;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=165.871;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:33,17:33:1272:17:662:-44.8656,0,-99.7199 0/1:65:42,23:42:1621:23:888:-60.6726,0,-126.588 dDocent_Contig_3637 7 . T G 43310.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1521;CIGAR=1X;DP=1577;DPB=1577;DPRA=0;EPP=3305.82;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48898;QR=757;RO=51;RPL=0;RPP=3305.82;RPPR=113.755;RPR=1521;RUN=1;SAF=1521;SAP=3305.82;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:654:25,626:25:348:626:20297:-1794.61,-164.625,0 1/1:923:26,895:26:409:895:28601:-2536.11,-240.53,0 dDocent_Contig_3640 107 . N T 67.4314 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 dDocent_Contig_3643 106 . N G 229.736 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 1|1:5:0,5:0:0:5:140:-12.8761,-1.50515,0 dDocent_Contig_3644 107 . N G 55.4822 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.06929,-0.60206,0 dDocent_Contig_3650 18 . G T 474.907 . AB=0.174497;ABP=140.134;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=444.183;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3628;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.637209;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1377;QR=8468;RO=215;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=469.877;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=212;SRP=444.183;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:101:92,9:92:3610:9:332:0,-0.184804,-294.736 0/1:149:123,26:123:4858:26:1045:-49.4893,0,-391.373 dDocent_Contig_3652 98 . N A 105.834 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=2X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=11.2;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:32:-1.29484,-0.30103,0 1|1:9:0,9:0:0:9:293:-8.97559,-2.70927,0 dDocent_Contig_3654 67 . T A 6155.08 . AB=0.243449;ABP=679.322;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=288;CIGAR=1X;DP=1183;DPB=1183;DPRA=0;EPP=628.394;EPPR=1946.48;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10837;QR=34025;RO=895;RPL=288;RPP=628.394;RPPR=1946.48;RPR=0;RUN=1;SAF=288;SAP=628.394;SAR=0;SRF=895;SRP=1946.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:496:371,125:371:14132:125:4656:-269.778,0,-1121.93 0/1:687:524,163:524:19893:163:6181:-349.429,0,-1582.49 dDocent_Contig_3655 7 . T C 146.317 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X4M;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=43;MQMR=59.4074;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=336;QR=1038;RO=27;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=61.6401;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:9,6,4,6:9:345:6,4,6:111,156,234:-15.9642,-12.1654,-38.6091,-9.58162,-31.3482,-36.6574,0,-21.7977,-19.2273,-26.507 0|1:22:18,0,0,3:18:693:0,0,3:0,0,102:-2.26138,-7.67992,-64.6194,-7.67992,-64.6194,-64.6194,0,-56.896,-56.896,-55.9929 dDocent_Contig_3656 18 . G C 142.582 . AB=0.22449;ABP=35.3165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.8182;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=1481;RO=38;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=85.5263;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:20,8:20:773:8:264:-15.3159,0,-61.4566 0/1:21:18,3:18:708:3:96:-2.5887,0,-57.7213 dDocent_Contig_3657 107 . N T 508.295 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=571;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:339:-29.9444,-3.0103,0 1/1:7:0,7:0:0:7:232:-20.584,-2.10721,0 dDocent_Contig_3658 79 . G A 120.156 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951807;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=2985;RO=83;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:34,8:34:1204:8:289:-13.7146,0,-96.0141 0/0:50:49,1:49:1781:1:37:0,-11.3537,-156.868 dDocent_Contig_3659 9 . G A 113.145 . 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AB=0.785714;ABP=171.765;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=478;CIGAR=1X;DP=546;DPB=546;DPRA=0;EPP=1040.97;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19015;QR=2712;RO=68;RPL=0;RPP=1040.97;RPPR=150.67;RPR=478;RUN=1;SAF=478;SAP=1040.97;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:238:51,187:51:2018:187:7477:-600.893,0,-110.168 1/1:308:17,291:17:694:291:11538:-974.809,-29.9296,0 dDocent_Contig_3663 12 . T C 1142.78 . AB=0.333333;ABP=34.8586;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=2X;DP=203;DPB=203;DPRA=1.85915;EPP=98.5551;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1731;QR=6310;RO=158;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=346.103;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:71:70,0:70:2781:0:0:0,-21.0721,-249.996 0|1:132:88,44:88:3529:44:1731:-116.278,0,-277.91 dDocent_Contig_3664 7 . T G 7424.9 . AB=0.595506;ABP=45.3174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=318;CIGAR=1X;DP=534;DPB=534;DPRA=0;EPP=693.539;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10072;QR=7920;RO=214;RPL=0;RPP=693.539;RPPR=467.705;RPR=318;RUN=1;SAF=318;SAP=693.539;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:210:80,128:80:3003:128:3938:-291.608,0,-207.49 0/1:324:134,190:134:4917:190:6134:-454.581,0,-345.026 dDocent_Contig_3665 32 . C T 282.86 . AB=0.15873;ABP=130.472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=247;DPB=247;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=491.592;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=828;QR=9064;RO=225;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=491.592;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=225;SRP=491.592;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:106,20:106:4268:20:751:-29.9849,0,-346.129 0/0:121:119,2:119:4796:2:77:0,-29.1155,-424.207 dDocent_Contig_3666 9 . G C 9892.07 . AB=0.566667;ABP=26.1727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=340;CIGAR=1X;DP=600;DPB=600;DPRA=0;EPP=741.311;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13040;QR=9831;RO=257;RPL=0;RPP=741.311;RPPR=561.079;RPR=340;RUN=1;SAF=340;SAP=741.311;SAR=0;SRF=257;SRP=561.079;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:234:105,128:105:4011:128:4883:-368.965,0,-290.553 0/1:366:152,212:152:5820:212:8157:-623.941,0,-413.788 dDocent_Contig_3667 7 . T G 19703.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=696;CIGAR=1X;DP=723;DPB=723;DPRA=0;EPP=1514.36;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.103448;PAIREDR=0.0869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22226;QR=329;RO=23;RPL=0;RPP=1514.36;RPPR=52.9542;RPR=696;RUN=1;SAF=696;SAP=1514.36;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:324:9,314:9:139:314:10119:-897.912,-84.6831,0 1/1:399:14,382:14:190:382:12107:-1072.17,-102.087,0 dDocent_Contig_3668 16 . T C 165.637 . AB=0.177778;ABP=43.5927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=4M1X;DP=69;DPB=66;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.957447;PAO=0.333333;PQA=11.3333;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=1861;RO=47;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=105.07;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:22,1,0,1:22:877:1,0,1:40,0,37:0,-3.36651,-75.2631,-6.62266,-75.5641,-78.8331,-3.63549,-72.5384,-75.8074,-75.5063 0|1:45:25,7,3,8:25:984:7,3,8:287,114,317:-18.5629,-2.42672,-81.2633,-16.7432,-74.023,-96.7786,0,-57.2795,-71.5915,-78.5306 dDocent_Contig_3669 60 . C A 1038.55 . AB=0.217778;ABP=158.671;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1941;QR=6961;RO=176;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=385.189;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:75,33:75:2951:33:1308:-85.4695,0,-233.18 0/1:117:101,16:101:4010:16:633:-22.0839,0,-325.672 dDocent_Contig_3671 29 . T C 876.359 . AB=0.146608;ABP=498.738;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=457;DPB=457;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=849.885;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.4627;MQMR=51.9333;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.102564;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2542;QR=15491;RO=390;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=849.885;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=390;SRP=849.885;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:171,31:171:6760:31:1178:-45.4653,0,-515.18 0/1:255:219,36:219:8731:36:1364:-45.8695,0,-640.816 dDocent_Contig_3672 84 . T G 178.085 . AB=0.189189;ABP=65.1027;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.883333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=2161;RO=60;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:943:4:140:-3.91368,0,-76.158 0/1:44:34,10:34:1218:10:339:-17.5911,0,-96.6802 dDocent_Contig_3673 98 . N G 258.64 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=4.09604;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 1/1:7:0,7:0:0:7:235:-21.4673,-2.10721,0 dDocent_Contig_3674 96 . T C 16331.8 . AB=0.117424;ABP=1345.51;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=2D4X5I5X;DP=1056;DPB=1494.82;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=21.5;MQM=59.9516;MQMR=0;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=0.0322581;PAIREDR=0;PAO=814;PQA=26981;PQR=75.5;PRO=2.5;QA=4712;QR=0;RO=0;RPL=124;RPP=272.273;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=272.273;SAR=124;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:559:0,30,139,145,61,53,45,44:0:0:30,139,145,61,53,45,44:1122,5174,5405,2329,2032,1643,1673:-865.947,-774.435,-765.404,-442.444,-350.936,-400.601,-423.482,-331.973,0,-379.832,-674.869,-583.359,-251.373,-232.41,-656.507,-699.17,-607.659,-275.673,-256.71,-508.094,-683.215,-731.717,-640.206,-308.219,-289.256,-540.641,-564.941,-718.17,-728.739,-637.228,-305.241,-286.278,-537.663,-561.964,-594.51,-715.494 0|1:497:0,38,118,136,63,47,30,21:0:0:38,118,136,63,47,30,21:1409,4394,5029,2383,1774,1102,801:-770.93,-655.65,-644.21,-411.288,-296.017,-375.767,-359.593,-244.324,0,-318.653,-575.612,-460.335,-215.986,-164.294,-556.647,-625.548,-510.271,-265.918,-214.225,-430.235,-611.4,-680.85,-565.571,-321.215,-269.522,-485.535,-535.47,-671.819,-705.221,-589.942,-345.584,-293.89,-509.905,-559.841,-615.142,-698.9 dDocent_Contig_3675 45 . A T 382.101 . AB=0.0564972;ABP=305.409;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=2X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=16.9077;EPPR=204.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=0.935714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=5302;RO=140;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=241.5;RPR=10;RUN=1;SAF=9;SAP=16.9077;SAR=1;SRF=135;SRP=265.138;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:108:85,6,17:85:3200:6,17:235,661:-28.7188,-34.9814,-295.35,0,-242.845,-257.053 0|0:69:55,4,9:55:2102:4,9:157,361:-13.1902,-16.8367,-188.073,0,-159.532,-169.736 dDocent_Contig_3676 21 . C G 673.558 . AB=0.396825;ABP=8.83536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=1.34043;EPP=57.2971;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=978;QR=3415;RO=85;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=187.585;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1890:0:0:0,-14.1484,-170.296 0/1:63:38,25:38:1525:25:978:-69.3558,0,-118.52 dDocent_Contig_3678 61 . T C 9757.36 . AB=0.421376;ABP=46.7172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=343;CIGAR=1X;DP=814;DPB=814;DPRA=0;EPP=747.825;EPPR=1025.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13612;QR=18343;RO=471;RPL=343;RPP=747.825;RPPR=1025.77;RPR=0;RUN=1;SAF=343;SAP=747.825;SAR=0;SRF=471;SRP=1025.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:492:285,207:285:11076:207:8255:-594.38,0,-848.045 0/1:322:186,136:186:7267:136:5357:-385.055,0,-556.771 dDocent_Contig_3679 98 . N T 12057.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=410;CIGAR=2X;DP=410;DPB=410;DPRA=0;EPP=893.314;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13390;QR=0;RO=0;RPL=410;RPP=893.314;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=410;SAP=893.314;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:124:0,124:0:0:124:4057:-365.354,-37.3277,0 1|1:286:0,286:0:0:286:9333:-840.059,-86.0946,0 dDocent_Contig_3680 22 . A G 378.374 . AB=0.280702;ABP=26.8203;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5625;PAIREDR=0.560976;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=1632;RO=41;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=92.0407;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,9:19:753:9:358:-24.1515,0,-59.6615 0/1:29:22,7:22:879:7:286:-17.3849,0,-70.6894 dDocent_Contig_3681 9 . C T 1452.27 . AB=0.137778;ABP=259.427;AC=0;AF=0;AN=4;AO=31;CIGAR=1X2M3X1M1X2M1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=42.3871;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.558824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1205;QR=2685;RO=68;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=150.67;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:99:22,16,2,16,9,30:22:865:16,2,16,9,30:613,80,626,362,1218:-93.843,-54.0603,-120.394,-93.8752,-118.62,-164.425,-48.995,-73.7416,-113.557,-115.331,-70.6323,-95.378,-135.194,-90.3144,-139.076,0,-24.7503,-64.5657,-19.6837,-41.3218,-62.1255 0|0:126:46,15,15,21,2,19:46:1820:15,15,21,2,19:592,562,837,82,761:-55.0827,-23.0708,-168.344,-22.9063,-126.835,-168.179,0,-103.931,-103.767,-143.47,-62.1626,-166.092,-165.928,-143.024,-211.35,-6.23638,-110.168,-110.003,-87.099,-149.261,-150.308 dDocent_Contig_3683 10 . T G 23671.3 . AB=0.897531;ABP=1114.85;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=727;CIGAR=1X;DP=810;DPB=810;DPRA=0;EPP=1581.67;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994498;PAIREDR=0.939759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29077;QR=3300;RO=83;RPL=0;RPP=1581.67;RPPR=183.243;RPR=727;RUN=1;SAF=727;SAP=1581.67;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:394:39,355:39:1577:355:14207:-1158.92,0,-23.5566 0/1:416:44,372:44:1723:372:14870:-1211.91,0,-30.0639 dDocent_Contig_3684 42 . T A 63367.4 . 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AB=0.180723;ABP=76.5003;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.955882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=585;QR=2617;RO=68;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=150.67;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:37,4:37:1413:4:156:-2.07506,0,-115.108 0/1:42:31,11:31:1204:11:429:-26.3224,0,-96.012 dDocent_Contig_3686 133 . A T 7306.69 . 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AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=1.71429;EPP=13.8677;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=2059;RO=52;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=115.927;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:840:0:0:0,-6.32163,-75.9123 0/1:36:31,5:31:1219:5:203:-7.81598,0,-99.144 dDocent_Contig_3693 12 . C T 1116.85 . AB=0.578125;ABP=6.40323;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.810811;PAIREDR=0.851852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1489;QR=1065;RO=27;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=61.6401;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:12,27:12:467:27:1092:-86.8235,0,-30.6359 0/1:25:15,10:15:598:10:397:-28.5601,0,-46.6343 dDocent_Contig_3694 26 . A T 35.8195 . AB=0.111111;ABP=62.1226;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=2800;RO=71;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=157.185;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:39,5:39:1536:5:204:-5.2808,0,-125.05 0/0:33:32,1:32:1264:1:40:0,-5.93831,-110.035 dDocent_Contig_3696 66 . T C 951.4 . AB=0.552239;ABP=4.59839;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.810811;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1315;QR=1046;RO=30;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:15,20:15:533:20:711:-53.7808,0,-37.7675 0/1:32:15,17:15:513:17:604:-45.0581,0,-36.8598 dDocent_Contig_3697 192 . C G 60.9615 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=1189;RO=31;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:543:1:40:0,-0.519771,-45.2196 0/1:21:17,4:17:646:4:156:-8.09549,0,-52.1502 dDocent_Contig_3698 25 . T G 126.159 . AB=0.169811;ABP=53.2;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=350;QR=1740;RO=44;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:782:6:230:-13.2365,0,-62.8649 0/1:27:24,3:24:958:3:120:-3.05988,0,-78.3912 dDocent_Contig_3699 21 . T C 16140.6 . 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AB=0.213115;ABP=46.6177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.589744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=555;QR=2608;RO=78;RPL=9;RPP=3.55317;RPPR=3.45573;RPR=7;RUN=1;SAF=9;SAP=3.55317;SAR=7;SRF=41;SRP=3.45573;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:30,3:30:970:3:104:0,-0.230898,-77.8951 0/1:61:48,13:48:1638:13:451:-22.5589,0,-129.345 dDocent_Contig_3704 22 . T G 750.077 . 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T A 359.475 . AB=0.121311;ABP=382.918;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=717;DPB=717;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=1464.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1714;QR=26784;RO=673;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=1464.41;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=673;SRP=1464.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:412:405,7:405:16116:7:275:0,-98.9078,-1424.07 0/1:305:268,37:268:10668:37:1439:-37.9475,0,-867.601 dDocent_Contig_3707 20 . T A 238.372 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.877551;EPP=26.8965;EPPR=123.353;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=3056;RO=81;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=178.9;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=74;SRP=123.353;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:49,0:49:1853:0:0:0,-14.7505,-167.007 0/1:43:32,11:32:1203:11:427:-25.8372,0,-95.6037 dDocent_Contig_3708 138 . G A 71.4986 . AB=0.119658;ABP=150.021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.4145;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=596;QR=6282;RO=193;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=422.104;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=422.104;SRR=193;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:103,14:103:3372:14:486:-8.84883,0,-252.895 0/0:93:90,3:90:2910:3:110:0,-17.7352,-251.857 dDocent_Contig_3709 50 . T C 33539.3 . AB=0.765172;ABP=465.964;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1042;CIGAR=1X;DP=1254;DPB=1254;DPRA=0;EPP=2265.68;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41231;QR=8419;RO=211;RPL=1042;RPP=2265.68;RPPR=461.191;RPR=0;RUN=1;SAF=1042;SAP=2265.68;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:496:34,462:34:1373:462:18293:-1521.11,-25.4852,0 0/1:758:177,580:177:7046:580:22938:-1834.52,0,-405.854 dDocent_Contig_3712 54 . T C 139.665 . AB=0.137255;ABP=119.589;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=5526;RO=143;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=313.531;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:55,5:55:2136:5:170:0,-2.43645,-176.806 0/1:102:88,14:88:3390:14:515:-15.9665,0,-274.487 dDocent_Contig_3713 25 . A G 148.176 . AB=0.139535;ABP=100.07;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.416667;PAIREDR=0.648649;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=2919;RO=74;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=163.699;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:40,7:40:1570:7:282:-11.6037,0,-127.394 0/1:39:34,5:34:1349:5:203:-6.91289,0,-109.936 dDocent_Contig_3714 63 . T A 326.35 . AB=0.393939;ABP=6.23461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=781;RO=20;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:339:6:229:-16.4548,0,-26.3433 0/1:18:11,7:11:442:7:277:-19.8792,0,-34.7175 dDocent_Contig_3715 114 . A G 1493.12 . AB=0.416149;ABP=12.8426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970149;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2232;QR=3004;RO=94;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=207.129;RPR=67;RUN=1;SAF=0;SAP=148.499;SAR=67;SRF=0;SRP=207.129;SRR=94;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:35,38:35:1115:38:1273:-92.8919,0,-78.6615 0/1:88:59,29:59:1889:29:959:-60.1193,0,-143.788 dDocent_Contig_3716 137 . A C 889.962 . AB=0.188755;ABP=212.527;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1856;QR=7781;RO=202;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=441.648;RPR=47;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=0;SRP=441.648;SRR=202;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:83,21:83:3166:21:831:-43.8001,0,-253.778 0/1:145:119,26:119:4615:26:1025:-48.8951,0,-371.701 dDocent_Contig_3718 98 . N C 104.487 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_3721 53 . G A 514.53 . AB=0.11146;ABP=838.277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=637;DPB=637;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=1225.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2735;QR=22187;RO=563;RPL=71;RPP=157.185;RPPR=1225.55;RPR=0;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=563;SRP=1225.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:309:266,41:266:10401:41:1571:-48.964,0,-842.802 0/1:328:297,30:297:11786:30:1164:-6.18794,0,-961.078 dDocent_Contig_3722 66 . T A 33.2407 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M6D7M1X5M;DP=93;DPB=90.6;DPRA=1.325;EPP=16.0391;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.439024;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=220;QR=3251;RO=82;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:53:43,6,3:43:1709:6,3:220,114:-5.02283,0,-138.909,-8.61628,-131.367,-148.44 0|0:40:39,0,0:39:1542:0,0:0,0:0,-11.7402,-138.636,-11.7402,-138.636,-138.636 dDocent_Contig_3724 25 . T A 610.5 . AB=0.46;ABP=3.70517;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1M1D5M1X;DP=50;DPB=47.125;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6087;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=879;QR=1070;RO=27;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=61.6401;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:14,17:14:559:17:649:-49.4036,0,-41.3218 0|1:19:13,6:13:511:6:230:-15.3453,0,-40.617 dDocent_Contig_3726 107 . N G 94.4569 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1D1M;DP=4;DPB=3.25;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,1:0:0:1:32:-2.87439,-0.30103,0 1|1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26836,-0.60206,0 dDocent_Contig_3728 13 . C T 193.905 . AB=0.141414;ABP=113.58;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=840;QR=7047;RO=176;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=385.189;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:98:91,7:91:3635:7:275:0,-4.38604,-302.052 0/1:99:85,14:85:3412:14:565:-21.3905,0,-277.317 dDocent_Contig_3729 98 . N G 627.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,14:0:0:14:417:-37.8186,-4.21442,0 1/1:14:0,13:0:0:13:273:-24.6305,-3.91339,0 dDocent_Contig_3731 131 . T A 143.894 . 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G A 11240.1 . AB=0.554412;ABP=20.497;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=377;CIGAR=1X;DP=680;DPB=680;DPRA=0;EPP=812.993;EPPR=660.966;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14812;QR=11933;RO=303;RPL=1;RPP=812.993;RPPR=660.966;RPR=376;RUN=1;SAF=377;SAP=821.655;SAR=0;SRF=303;SRP=660.966;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:185,250:185:7275:250:9811:-751.483,0,-523.481 0/1:245:118,127:118:4658:127:5001:-376.227,0,-345.399 dDocent_Contig_3736 68 . C T 50.6487 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.578947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=664;RO=19;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:284:3:108:-6.76384,0,-22.592 0/0:11:11,0:11:380:0:0:0,-3.31133,-34.5318 dDocent_Contig_3737 25 . G A 85.4837 . AB=0.142857;ABP=57.2971;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=3243;RO=82;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=181.071;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:40,2:40:1576:2:80:0,-5.05147,-134.487 0/1:49:42,7:42:1667:7:277:-10.5484,0,-135.509 dDocent_Contig_3738 27 . C T 924.257 . AB=0.423529;ABP=7.3277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.694444;PAIREDR=0.836735;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1345;QR=1870;RO=49;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=109.412;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:15,12:15:602:12:452:-32.8992,0,-46.3894 0/1:58:34,24:34:1268:24:893:-63.2255,0,-96.91 dDocent_Contig_3740 66 . C A 1177.62 . AB=0.206081;ABP=225.117;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=513.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2333;QR=8896;RO=235;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=513.306;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=235;SRP=513.306;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:140:100,40:100:3804:40:1532:-96.0066,0,-300.324 0/1:156:135,21:135:5092:21:801:-25.4547,0,-411.328 dDocent_Contig_3741 98 . N T 40.0877 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:18:-1.79997,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:20:-1.89999,-0.60206,0 dDocent_Contig_3742 167 . C T 3319.96 . AB=0.283096;ABP=203.657;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=139;CIGAR=1X;DP=491;DPB=491;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=765.197;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997151;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5367;QR=13886;RO=351;RPL=139;RPP=304.845;RPPR=765.197;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=304.845;SAR=139;SRF=0;SRP=765.197;SRR=351;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:239:149,89:149:5897:89:3441:-238.01,0,-458.794 0/1:252:202,50:202:7989:50:1926:-97.6851,0,-642.724 dDocent_Contig_3746 50 . T C 27541.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=821;CIGAR=1X;DP=861;DPB=861;DPRA=0;EPP=1785.79;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32237;QR=1606;RO=40;RPL=821;RPP=1785.79;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=821;SAP=1785.79;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:531:19,512:19:764:512:20029:-1732.01,-90.7659,0 1/1:330:21,309:21:842:309:12208:-1021.81,-23.2481,0 dDocent_Contig_3747 139 . C T 38.9557 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1781;RO=46;RPL=1;RPP=6.91895;RPPR=102.898;RPR=4;RUN=1;SAF=1;SAP=6.91895;SAR=4;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:852:1:39:0,-4.15683,-74.2296 0/1:28:24,4:24:929:4:155:-5.89552,0,-75.4888 dDocent_Contig_3748 8 . C T 267.526 . AB=0.151515;ABP=142.248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.982143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=772;QR=4298;RO=112;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=246.215;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:58,11:58:2212:11:428:-18.1043,0,-178.529 0/1:63:54,9:54:2086:9:344:-12.3473,0,-169.004 dDocent_Contig_3749 38 . A G 58.3371 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.961538;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1858;RO=47;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=105.07;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:821:4:163:-7.53268,0,-66.6803 0/0:26:26,0:26:1037:0:0:0,-7.82678,-93.6236 dDocent_Contig_3750 19 . C A 251.982 . AB=0.416667;ABP=4.45795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=526;RO=14;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=33.4109;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:8,4:8:294:4:161:-11.2629,0,-23.1951 0/1:12:6,6:6:232:6:232:-17.6342,0,-17.636 dDocent_Contig_3751 167 . C T 910.375 . AB=0.26875;ABP=77.3289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.511628;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1581;QR=4549;RO=117;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=96.3836;SAR=43;SRF=0;SRP=257.073;SRR=117;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:61,12:61:2368:12:416:-15.781,0,-191.294 0/1:87:56,31:56:2181:31:1165:-78.9555,0,-170.279 dDocent_Contig_3752 77 . T A 1233.65 . AB=0.23301;ABP=194.332;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=142.467;EPPR=517.649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2468;QR=8051;RO=237;RPL=72;RPP=159.356;RPPR=517.649;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=142.467;SAR=2;SRF=237;SRP=517.649;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:213:165,48:165:5573:48:1637:-83.4992,0,-437.616 0/1:96:72,24:72:2478:24:831:-43.5647,0,-194.385 dDocent_Contig_3753 44 . T A 86.2913 . AB=0.104839;ABP=171.194;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=408.893;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=57.0701;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.85514;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=8549;RO=214;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=408.893;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:103,2:103:4090:2:82:0,-24.2313,-344.488 0/1:124:111,13:111:4459:13:529:-10.6291,0,-353.503 dDocent_Contig_3754 10 . T C 2532.98 . AB=0.191395;ABP=560.557;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=674;DPB=674;DPRA=0;EPP=274.512;EPPR=886.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.093;MQMR=56.411;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96124;PAIREDR=0.888073;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5150;QR=21463;RO=545;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=1186.46;RPR=129;RUN=1;SAF=128;SAP=274.512;SAR=1;SRF=508;SRP=886.903;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:390:330,60:330:13046:60:2417:-100.266,0,-1024.11 0/1:284:215,69:215:8417:69:2733:-156.731,0,-624.705 dDocent_Contig_3755 18 . A T 205.152 . AB=0.110132;ABP=302.702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9801;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1003;QR=8041;RO=201;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=439.476;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:81,14:81:3263:14:562:-22.2054,0,-265.02 0/1:131:120,11:120:4778:11:441:-0.609182,0,-390.492 dDocent_Contig_3756 58 . C A 40.7762 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=1832;RO=47;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:975:4:157:-5.77655,0,-79.3168 0/0:23:22,1:22:857:1:40:0,-2.92801,-73.4413 dDocent_Contig_3757 14 . C T 283.711 . AB=0.09375;ABP=94.755;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X4M;DP=121;DPB=121;DPRA=1.12281;EPP=16.0391;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=3730;RO=95;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=209.3;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:57:53,2,0:53:2073:2,0:70,0:0,-10.2109,-180.176,-15.9546,-180.778,-186.471 0|1:64:42,13,6:42:1657:13,6:522,238:-30.3711,0,-132.419,-23.4245,-116.741,-157.949 dDocent_Contig_3759 107 . N G 205.356 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=218;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:89:-8.30488,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:129:-11.9292,-1.20412,0 dDocent_Contig_3760 93 . T C 5204.96 . AB=0.596542;ABP=31.1018;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=207;CIGAR=1X;DP=347;DPB=347;DPRA=0;EPP=452.505;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6980;QR=4510;RO=140;RPL=207;RPP=452.505;RPPR=307.016;RPR=0;RUN=1;SAF=207;SAP=452.505;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:67,88:67:2209:88:2957:-219.714,0,-152.417 0/1:192:73,119:73:2301:119:4023:-304.481,0,-149.545 dDocent_Contig_3761 26 . A C 170.023 . AB=0.209302;ABP=34.5724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.883117;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=3006;RO=77;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=170.214;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:43,2:43:1671:2:82:0,-5.76667,-142.848 0/1:43:34,9:34:1335:9:351:-19.0023,0,-107.465 dDocent_Contig_3762 32 . T A 77.3141 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.677419;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=1224;RO=31;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=70.3259;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:12,2:12:465:2:81:-3.47131,0,-37.9816 0/1:23:19,4:19:759:4:161:-7.95179,0,-61.7082 dDocent_Contig_3763 44 . G A 2091.3 . AB=0.324111;ABP=70.9954;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.255952;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3200;QR=6670;RO=168;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=367.818;RPR=82;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:76,40:76:3026:40:1551:-104.914,0,-237.508 0/1:137:92,42:92:3644:42:1649:-107.915,0,-287.265 dDocent_Contig_3764 10 . G A 2548.41 . AB=0.8;ABP=81.1833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3202;QR=769;RO=20;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=46.4397;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:11,47:11:412:47:1892:-153.02,0,-19.9556 0/1:42:9,33:9:357:33:1310:-105.52,0,-19.846 dDocent_Contig_3765 107 . N C 59.8311 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93931,-0.60206,0 dDocent_Contig_3767 11 . T C 5571.61 . AB=0.86;ABP=228.149;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6900;QR=1053;RO=28;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=63.8115;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:11,89:11:429:89:3581:-292.207,0,-8.86231 0/1:100:17,83:17:624:83:3319:-268.654,0,-26.3803 dDocent_Contig_3770 144 . C T 390.175 . AB=0.0540541;ABP=66.922;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M2X2M1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.770833;EPP=7.35324;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=56;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=2365;RO=63;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=139.813;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:20,2,15:20:744:2,15:78,570:-40.7164,-40.3402,-100.626,0,-54.4796,-56.3615 0|0:48:43,0,3:43:1621:0,3:0,114:0,-12.9443,-145.769,-3.61,-136.42,-135.517 dDocent_Contig_3771 10 . G A 76.234 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.444444;EPP=11.6962;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.708333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=1915;RO=48;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=107.241;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:476:4:153:-9.32237,0,-38.3695 0/0:36:36,0:36:1439:0:0:0,-10.8371,-129.763 dDocent_Contig_3772 8 . C T 468.779 . AB=0.108108;ABP=52.3673;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=148;QR=1242;RO=32;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:24,4,8:24:930:4,8:148,319:-19.0953,-14.2118,-89.4274,0,-64.3557,-74.0538 0|0:18:8,0,10:8:312:0,10:0,406:-31.4815,-33.8897,-59.5297,0,-26.0367,-23.0264 dDocent_Contig_3774 3 . A G 86.9363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=4I1X1M1X;DP=3;DPB=7;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=34.3333;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:104:-8.69309,-0.90309,0 dDocent_Contig_3776 9 . C T 2320.79 . AB=0.482558;ABP=3.46479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X3M;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.73494;PAIREDR=0.853333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3151;QR=2953;RO=75;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=165.871;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:18,6,42:18:707:6,42:237,1594:-125.275,-111.189,-167.535,0,-38.6433,-45.5033 0|1:106:57,6,41:57:2246:6,41:239,1557:-110.503,-107.978,-290.96,0,-165.094,-172.433 dDocent_Contig_3777 16 . T G 1934.23 . AB=0.0571429;ABP=241.5;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.25;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2482;RO=62;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=137.642;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:79:39,35,5:39:1569:35,5:1359,199:-97.7776,0,-118.775,-93.1451,-112.941,-220.958 0|1:61:23,35,3:23:913:35,3:1366,123:-99.3447,0,-64.6125,-96.1322,-65.014,-170.399 dDocent_Contig_3779 83 . G T 149.765 . AB=0.347826;ABP=7.63648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=289;QR=885;RO=26;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:368:1:27:0,-0.912577,-30.7441 0/1:23:15,8:15:517:8:262:-16.9762,0,-39.934 dDocent_Contig_3780 115 . A G 176.331 . AB=0.294118;ABP=15.5282;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=1173;RO=34;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:24,10:24:829:10:325:-19.3304,0,-64.6929 0/0:11:10,1:10:344:1:32:0,-0.112017,-28.0936 dDocent_Contig_3781 1 . N G 42.9924 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X3M1X3M1X;DP=2;DPB=25.2222;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=24;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=92;PQA=3550;PQR=36;PRO=1;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:80:-4.29813,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3782 7 . T A 6371.72 . 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AB=0.411765;ABP=5.30951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=706;RO=20;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:7,12:7:250:12:419:-32.3249,0,-17.1272 0/1:15:13,2:13:456:2:69:-2.03721,0,-36.8587 dDocent_Contig_3784 22 . A G 353.77 . AB=0.545455;ABP=3.40511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=2.44444;EPP=29.068;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=763;RO=19;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=44.2683;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:362:0:0:0,-2.70927,-32.9435 0/1:22:10,12:10:401:12:485:-37.377,0,-29.8266 dDocent_Contig_3785 56 . C T 45.4775 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=2078;RO=58;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1129:6:193:-6.2467,0,-90.4572 0/0:28:26,1:26:949:1:36:0,-4.78945,-82.2135 dDocent_Contig_3786 54 . G A 1658.51 . AB=0.41358;ABP=13.5192;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.910448;PAIREDR=0.957895;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2419;QR=3372;RO=95;RPL=67;RPP=148.499;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:41,28:41:1456:28:1006:-70.0808,0,-110.557 0/1:93:54,39:54:1916:39:1413:-99.4696,0,-144.709 dDocent_Contig_3787 107 . N G 7314.34 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=248;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=541.535;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8119;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=541.535;RPPR=0;RPR=248;RUN=1;SAF=0;SAP=541.535;SAR=248;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:138:0,138:0:0:138:4550:-409.7,-41.5421,0 1/1:110:0,110:0:0:110:3569:-321.432,-33.1133,0 dDocent_Contig_3788 9 . C T 85.3028 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.4;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.685185;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=2074;RO=54;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:962:0:0:0,-7.52575,-86.8948 0/1:35:29,6:29:1112:6:230:-10.5303,0,-89.8445 dDocent_Contig_3790 59 . T A 156.373 . AB=0.137615;ABP=127.342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=3389;RO=94;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:43,10:43:1565:10:366:-17.3332,0,-125.177 0/1:56:51,5:51:1824:5:185:-0.152335,0,-147.574 dDocent_Contig_3791 20 . C T 307.01 . AB=0.153846;ABP=138.31;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6455;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=803;QR=4366;RO=110;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=241.872;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:59,15:59:2381:15:603:-32.3332,0,-192.154 0/1:56:51,5:51:1985:5:200:-1.52135,0,-161.548 dDocent_Contig_3792 32 . A C 255.85 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=451;QR=1285;RO=32;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=72.4974;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:12,9:12:488:9:369:-27.2538,0,-37.9497 0/1:22:20,2:20:797:2:82:-1.15702,0,-65.4212 dDocent_Contig_3793 25 . T C 426.209 . AB=0.102564;ABP=859.127;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=1479;DPB=1479;DPRA=0.729825;EPP=141.985;EPPR=3071.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996461;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2579;QR=56222;RO=1413;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=3071.3;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=1413;SRP=3071.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:855:855,0:855:33992:0:0:0,-257.381,-3056.23 0/1:624:558,64:558:22230:64:2579:-44.6209,0,-1811.2 dDocent_Contig_3795 15 . G A 1405.76 . AB=0.108348;ABP=2253.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=183;CIGAR=1X;DP=1689;DPB=1689;DPRA=0;EPP=400.39;EPPR=3271.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7253;QR=60051;RO=1505;RPL=0;RPP=400.39;RPPR=3271.08;RPR=183;RUN=1;SAF=183;SAP=400.39;SAR=0;SRF=1505;SRP=3271.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:964:878,85:878:34945:85:3377:-13.684,0,-2851.52 0/1:725:627,98:627:25106:98:3876:-130.591,0,-2039.03 dDocent_Contig_3796 23 . G C 231.726 . AB=0.22;ABP=37.059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=1;EPP=26.8965;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.842697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=3469;RO=89;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=196.271;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1953:0:0:0,-15.0515,-175.973 0/1:50:39,11:39:1516:11:443:-25.1726,0,-121.632 dDocent_Contig_3797 34 . A G 1589.94 . AB=0.626506;ABP=14.5479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X2M;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.634615;PAIREDR=0.722222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2044;QR=716;RO=18;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=42.0968;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:11,8,28:11:434:8,28:314,1108:-87.8771,-65.3662,-98.6669,0,-9.88845,-27.2816 0|1:36:7,5,24:7:282:5,24:200,936:-74.8155,-60.4458,-82.1869,0,-6.77099,-16.0203 dDocent_Contig_3798 145 . G A 160.237 . AB=0.258065;ABP=18.771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.34783;EPP=20.3821;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=300;QR=1745;RO=46;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:869:0:0:0,-6.92369,-78.5211 0/1:31:23,8:23:876:8:300:-18.0237,0,-69.8277 dDocent_Contig_3799 66 . A C 527.068 . 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AB=0.712707;ABP=74.141;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5154;QR=2098;RO=52;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=115.927;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:35,41:35:1422:41:1624:-123.513,0,-105.348 0/1:105:17,88:17:676:88:3530:-286.117,0,-29.5619 dDocent_Contig_3802 149 . G T 406.771 . AB=0.170213;ABP=136.209;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0.905172;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=958;QR=4612;RO=116;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=254.901;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=254.901;SRR=116;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:70,13:70:2784:13:514:-21.6191,0,-225.673 0/1:58:46,11:46:1828:11:444:-22.757,0,-147.172 dDocent_Contig_3803 17 . T C 736.575 . AB=0.326087;ABP=27.1797;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1160;QR=2388;RO=62;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=137.642;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:21,20:21:823:20:791:-59.162,0,-62.0443 0/1:51:41,10:41:1565:10:369:-18.1945,0,-125.743 dDocent_Contig_3804 209 . N G 321.853 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:156:-14.4173,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:190:-17.4667,-1.50515,0 dDocent_Contig_3805 14 . T A 522.254 . AB=0.285714;ABP=33.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=58.0909;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.681818;PAIREDR=0.98;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=864;QR=1992;RO=50;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=111.584;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:24,2,7:24:950:2,7:80,279:-15.7555,-16.506,-94.0894,0,-71.7145,-76.0824 0|1:44:26,0,15:26:1042:0,15:0,585:-40.1688,-47.9956,-133.849,0,-85.846,-81.3305 dDocent_Contig_3806 91 . G A 9475.25 . AB=0.421268;ABP=55.6674;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=412;CIGAR=1X;DP=978;DPB=978;DPRA=0;EPP=897.657;EPPR=1229.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995146;PAIREDR=0.99292;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13835;QR=18700;RO=565;RPL=412;RPP=897.657;RPPR=1229.89;RPR=0;RUN=1;SAF=412;SAP=897.657;SAR=0;SRF=565;SRP=1229.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:569:280,288:280:9100:288:9620:-694.789,0,-648.023 0/1:409:285,124:285:9600:124:4215:-256.435,0,-740.927 dDocent_Contig_3807 10 . C A 2124.6 . AB=0.107955;ABP=237.973;AC=0;AF=0;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=35.0526;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=756;QR=8307;RO=209;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=456.848;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:142:110,0,31:110:4370:0,31:0,1246:-69.7966,-102.91,-462.679,0,-360.002,-350.67 0|0:176:99,19,54:99:3937:19,54:756,2140:-146.363,-124.488,-442.913,0,-272.501,-307.928 dDocent_Contig_3808 75 . G A 826.649 . AB=0.210744;ABP=178.882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1762;QR=6462;RO=191;RPL=51;RPP=113.755;RPPR=417.762;RPR=0;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:101,32:101:3377:32:1104:-59.6317,0,-264.123 0/1:109:90,19:90:3085:19:658:-26.7321,0,-245.083 dDocent_Contig_3809 10 . C T 168.66 . AB=0.235294;ABP=23.7032;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.30769;EPP=20.3821;EPPR=69.8248;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=48.1154;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.596154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2020;RO=52;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=115.927;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=46;SRP=69.8248;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:26,8:26:1003:8:316:-18.565,0,-69.2954 0/0:26:26,0:26:1017:0:0:0,-7.82678,-83.5945 dDocent_Contig_3810 11 . G T 60.8472 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.642857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1126;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:322:3:119:-7.78368,0,-26.0365 0/0:21:20,1:20:804:1:40:0,-2.32595,-68.679 dDocent_Contig_3811 18 . G C 99.534 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0.513514;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=1950;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:510:5:189:-11.6524,0,-40.4974 0/0:37:37,0:37:1440:0:0:0,-11.1381,-129.859 dDocent_Contig_3812 45 . G A 28893.9 . AB=0.86157;ABP=552.608;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=886;CIGAR=1X;DP=979;DPB=979;DPRA=0;EPP=1418.63;EPPR=154.069;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998871;PAIREDR=0.98913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34818;QR=3687;RO=92;RPL=63;RPP=1418.63;RPPR=154.069;RPR=823;RUN=1;SAF=886;SAP=1926.93;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:495:26,469:26:1046:469:18467:-1566.17,-54.5792,0 0/1:484:66,417:66:2641:417:16351:-1324.92,0,-92.3271 dDocent_Contig_3813 39 . C A 942.562 . AB=0.147806;ABP=469.526;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=853;DPB=853;DPRA=1.03095;EPP=141.985;EPPR=1714.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2514;QR=31282;RO=788;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=1714.13;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=788;SRP=1714.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:433:368,64:368:14641:64:2514:-95.9552,0,-1186.15 0/0:420:420,0:420:16641:0:0:0,-126.433,-1496.4 dDocent_Contig_3814 60 . C G 389.136 . AB=0.355556;ABP=11.1654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1M8D6M1X6M;DP=45;DPB=34.1818;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=580;QR=529;RO=16;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:9,6,5,2,0:9:291:6,5,2,0:214,178,65,0:-14.7388,0,-21.654,-2.93771,-8.94247,-24.8927,-12.2096,-18.2181,-21.1559,-35.0662,-17.4481,-23.4602,-26.3978,-35.6683,-40.9101 0|1:23:7,10,3,0,2:7:238:10,3,0,2:366,99,0,14:-27.8735,0,-16.3444,-21.9747,-11.341,-40.3841,-29.9807,-19.3547,-41.2872,-49.2916,-29.3587,-18.7382,-40.6578,-48.6582,-48.0561 dDocent_Contig_3815 106 . N G 147.856 . 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AB=0.122449;ABP=63.6786;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=5508;RO=142;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=311.359;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:100:99,1:99:3833:1:39:0,-26.2064,-341.168 0/1:49:43,6:43:1675:6:233:-6.58961,0,-136.257 dDocent_Contig_3818 187 . T A 70.4236 . AB=0.111111;ABP=109.412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=4682;RO=117;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=257.073;SRR=117;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:72,9:72:2886:9:364:-8.74132,0,-235.46 0/0:46:45,1:45:1796:1:40:0,-9.8517,-157.848 dDocent_Contig_3819 11 . C T 137.719 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5577;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.288462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=2093;RO=52;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=115.927;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:611:6:238:-15.4709,0,-48.9491 0/0:38:37,1:37:1482:1:41:0,-7.34457,-129.52 dDocent_Contig_3820 40 . C A 2989.3 . AB=0.578947;ABP=12.2676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3930;QR=2876;RO=72;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=159.356;RPR=99;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:30,44:30:1214:44:1750:-135.448,0,-87.2544 0/1:97:42,55:42:1662:55:2180:-167.182,0,-120.602 dDocent_Contig_3821 95 . G A 142.072 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=1.59375;EPP=24.725;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.739726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=2676;RO=73;RPL=8;RPP=10.8276;RPPR=3.27802;RPR=2;RUN=1;SAF=8;SAP=10.8276;SAR=2;SRF=38;SRP=3.27802;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1158:0:0:0,-9.63296,-104.504 0/1:51:41,10:41:1518:10:347:-16.2072,0,-121.526 dDocent_Contig_3822 21 . G A 9687.94 . AB=0.346958;ABP=217.028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=365;CIGAR=1X;DP=1052;DPB=1052;DPRA=0;EPP=795.598;EPPR=1494.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14331;QR=27078;RO=687;RPL=0;RPP=795.598;RPPR=1494.81;RPR=365;RUN=1;SAF=365;SAP=795.598;SAR=0;SRF=687;SRP=1494.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:544:345,199:345:13532:199:7802:-538.048,0,-1053.21 0/1:508:342,166:342:13546:166:6529:-434.445,0,-1065.29 dDocent_Contig_3823 39 . G A 167.335 . AB=0.195652;ABP=40.0197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.932432;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=2964;RO=74;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=163.699;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:37,3:37:1473:3:122:0,-0.668707,-121.449 0/1:46:37,9:37:1491:9:358:-18.733,0,-120.586 dDocent_Contig_3825 107 . N G 96.8056 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07866,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_3826 35 . T A 1305.22 . AB=0.223048;ABP=182.225;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=269;DPB=269;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2385;QR=8406;RO=209;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=456.848;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:72,28:72:2911:28:1096:-68.8209,0,-231.967 0/1:169:137,32:137:5495:32:1289:-65.4004,0,-443.48 dDocent_Contig_3827 37 . T G 1895.02 . AB=0.592593;ABP=11.0528;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2502;QR=1757;RO=44;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=98.5551;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:20,23:20:796:23:899:-68.2735,0,-59.0113 0/1:65:24,41:24:961:41:1603:-124.928,0,-67.2226 dDocent_Contig_3831 16 . G C 6351.81 . AB=0.231928;ABP=210.242;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=77;CIGAR=1X1M1X2M3X3M2X1M1X2M1X;DP=332;DPB=332;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=42.7532;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.792208;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3000;QR=1870;RO=48;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=107.241;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:169:20,13,49,83:20:782:13,49,83:507,1911,3209:-336.706,-301.051,-361.433,-199.244,-221.864,-248.788,-79.1742,-101.796,0,-118.488 0|0:163:28,6,28,98:28:1088:6,28,98:231,1089,3782:-302.175,-291.637,-379.237,-246.414,-316.851,-327.388,0,-70.4693,-25.2683,-59.939 dDocent_Contig_3832 43 . T G 162.733 . AB=0.151899;ABP=86.1585;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=21.1059;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=2616;RO=66;RPL=1;RPP=21.1059;RPPR=146.327;RPR=11;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1332:7:280:-13.5306,0,-108.098 0/1:39:33,5:33:1284:5:199:-6.44174,0,-103.975 dDocent_Contig_3833 13 . A G 709.06 . AB=0.631579;ABP=8.7247;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=6M1X2M;DP=38;DPB=37.7778;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=55.4583;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=952;QR=470;RO=12;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=29.068;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:6,0,15:6:234:0,15:0,597:-47.649,-49.4552,-68.6871,0,-19.6236,-15.1081 0|1:17:6,2,9:6:236:2,9:77,355:-26.9559,-22.4404,-41.2538,0,-13.0996,-16.7106 dDocent_Contig_3834 68 . T A 171.761 . AB=0.177419;ABP=59.0483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=431;QR=1770;RO=51;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:15,4:15:523:4:161:-9.15533,0,-41.6737 0/1:43:36,7:36:1247:7:270:-11.7198,0,-99.5693 dDocent_Contig_3835 8 . C T 1265.19 . AB=0.197183;ABP=59.5603;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=1993;RO=51;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=113.755;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:27,0,25,18:27:1061:0,25,18:0,1003,735:-74.5054,-82.6333,-169.899,0,-87.261,-79.7353,-21.984,-109.25,-26.6087,-103.831 0|0:71:24,14,14,19:24:932:14,14,19:544,546,763:-55.712,-57.1696,-129.532,-18.0294,-88.8774,-90.4473,0,-70.8729,-31.75,-70.9316 dDocent_Contig_3836 22 . T G 1190.59 . AB=0.390909;ABP=14.3809;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1725;QR=2610;RO=67;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=148.499;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:48,22:48:1870:22:879:-58.3462,0,-147.445 0/1:40:19,21:19:740:21:846:-64.412,0,-54.8811 dDocent_Contig_3837 108 . G T 6022.02 . AB=0.674556;ABP=92.4647;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=338;DPB=338;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.960526;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7858;QR=3598;RO=110;RPL=0;RPP=498.106;RPPR=241.872;RPR=228;RUN=1;SAF=0;SAP=498.106;SAR=228;SRF=0;SRP=241.872;SRR=110;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:62,89:62:2012:89:3062:-230.368,0,-135.892 0/1:187:48,139:48:1586:139:4796:-375.533,0,-86.7311 dDocent_Contig_3838 79 . A T 787.704 . 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AB=0.0979021;ABP=203.834;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.899225;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=5115;RO=129;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=283.13;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:64,8:64:2563:8:320:-7.49314,0,-209.131 0/1:71:65,6:65:2552:6:243:-0.87484,0,-208.45 dDocent_Contig_3841 16 . T A 1371.24 . AB=0.458333;ABP=3.73412;AC=2;AF=1;AN=2;AO=22;CIGAR=1X3M2X1M1X1M1X1M;DP=48;DPB=48.8182;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=3;ODDS=127.605;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=869;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:48:0,21,4,22:0:0:21,4,22:822,149,869:-139.124,-71.5354,-65.2138,-126.931,-59.3437,-125.727,-67.6102,0,-55.4181,-60.9876 dDocent_Contig_3842 28 . C T 61.7237 . AB=0.151515;ABP=37.8197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0.702128;EPP=13.8677;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2967;RO=75;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=165.871;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1850:0:0:0,-14.1484,-166.704 0/1:33:28,5:28:1117:5:197:-8.17237,0,-90.8804 dDocent_Contig_3843 13 . T A 34304.3 . AB=0.214656;ABP=1093.53;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=331;CIGAR=1X3M1X3M1X;DP=1542;DPB=1542;DPRA=0;EPP=721.768;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12955;QR=4006;RO=103;RPL=0;RPP=721.768;RPPR=226.672;RPR=331;RUN=1;SAF=331;SAP=721.768;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:860:56,197,467,121:56:2177:197,467,121:7708,18403,4840:-1951.92,-1335.04,-1454.63,-454.85,0,-493.158,-1570.1,-1115.25,-235.06,-1712.57 1|0:682:47,134,374,96:47:1829:134,374,96:5247,14769,3791:-1482.21,-1064.92,-1174.89,-281.128,0,-318.85,-1184.44,-903.308,-119.513,-1305.84 dDocent_Contig_3844 105 . N A 6971.88 . 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AB=0.151639;ABP=260.205;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X1M1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=419.933;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=32.6757;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.297297;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1482;QR=7590;RO=192;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=419.933;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=192;SRP=419.933;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:125:96,22,7:96:3791:22,7:884,287:-21.8782,0,-305.427,-36.0087,-297.285,-345.918 0|1:119:96,15,7:96:3799:15,7:598,283:-7.09918,0,-308.233,-20.6304,-297.382,-331.245 dDocent_Contig_3846 34 . G A 3369.18 . AB=0.821705;ABP=118.974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4212;QR=930;RO=23;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=52.9542;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:16,47:16:648:47:1869:-149.453,0,-39.6888 0/1:66:7,59:7:282:59:2343:-191.164,0,-5.88411 dDocent_Contig_3847 26 . T A 1200.63 . AB=0.363636;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.795455;PAIREDR=0.532468;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1773;QR=3074;RO=77;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=170.214;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:30,31:30:1194:31:1247:-94.137,0,-89.3712 0/1:60:47,13:47:1880:13:526:-29.625,0,-151.341 dDocent_Contig_3848 13 . G A 442.635 . AB=0.361702;ABP=10.8184;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=682;QR=1203;RO=30;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=68.1545;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:14,11:14:561:11:442:-32.6097,0,-43.307 0/1:22:16,6:16:642:6:240:-15.3528,0,-51.4896 dDocent_Contig_3849 30 . G A 1687.13 . AB=0.763889;ABP=46.5604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=2X1M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2150;QR=680;RO=17;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=39.9253;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:8,34:8:317:34:1335:-107.776,0,-16.2526 0|1:30:9,21:9:363:21:815:-64.6358,0,-24.0038 dDocent_Contig_3852 124 . A G 978.208 . AB=0.58209;ABP=6.93191;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.871795;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1345;QR=957;RO=28;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=63.8115;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:15,18:15:512:18:602:-44.5606,0,-36.4711 0/1:34:13,21:13:445:21:743:-56.9592,0,-30.1428 dDocent_Contig_3855 37 . A G 1902.13 . AB=0.576577;ABP=8.66395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.828125;PAIREDR=0.829787;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2520;QR=1883;RO=47;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=105.07;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:19,24:19:757:24:943:-72.2201,0,-55.5065 0/1:68:28,40:28:1126:40:1577:-121.692,0,-81.1521 dDocent_Contig_3857 9 . C T 762.019 . AB=0.12963;ABP=646.41;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=730;DPB=730;DPRA=2.84211;EPP=155.013;EPPR=1436.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9727;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2673;QR=25249;RO=660;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=1436.18;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=660;SRP=1436.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:190:190,0:190:7324:0:0:0,-57.1957,-658.988 0/1:540:470,70:470:17925:70:2673:-78.2019,0,-1449.66 dDocent_Contig_3858 11 . T A 399.005 . AB=0.120915;ABP=384.962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X2M1X2M1X2M2X2M1I1X2M1X;DP=560;DPB=562.941;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=1060.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=59.2667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1741;QR=17705;RO=487;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=1060.52;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=487;SRP=1060.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:306:251,37:251:9126:37:1426:-41.5995,0,-734.337 0|0:254:236,8:236:8579:8:315:0,-45.0902,-743.406 dDocent_Contig_3859 83 . T C 12648.6 . AB=0.798817;ABP=265.155;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=462;CIGAR=1X3M;DP=565;DPB=565;DPRA=0;EPP=1006.23;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.987013;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15661;QR=1798;RO=53;RPL=462;RPP=1006.23;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=462;SAP=1006.23;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:338:37,29,270:37:1242:29,270:971,9113:-727.473,-659.98,-751.856,0,-21.9771,-19.3325 1|1:227:16,19,192:16:556:19,192:651,6548:-539.082,-491.049,-530.534,-12.5907,-4.95065,0 dDocent_Contig_3860 13 . T C 669.261 . AB=0.320988;ABP=25.5561;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1048;QR=2192;RO=55;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=122.441;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:24,9:24:959:9:358:-22.6462,0,-76.6723 0/1:48:31,17:31:1233:17:690:-47.9788,0,-96.7844 dDocent_Contig_3861 97 . C G 33.1899 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0.467391;EPP=16.0391;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=4403;RO=129;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=283.13;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1226:6:196:-5.01775,0,-97.6909 0/0:92:92,0:92:3177:0:0:0,-27.6948,-286.168 dDocent_Contig_3862 11 . T A 6132.02 . AB=0.559229;ABP=14.0711;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X;DP=363;DPB=363;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995074;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8069;QR=6382;RO=160;RPL=0;RPP=443.819;RPPR=350.446;RPR=203;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:82,61:82:3276:61:2395:-172.668,0,-251.85 0/1:220:78,142:78:3106:142:5674:-444.233,0,-213.39 dDocent_Contig_3863 96 . A C 155.585 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M8I3X;DP=6;DPB=15.6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27.6667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:78:-6.08517,-0.60206,0 1|1:4:0,4:0:0:4:152:-9.17166,-1.20412,0 dDocent_Contig_3864 10 . A G 299.882 . AB=0.342857;ABP=10.5174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=925;RO=23;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=52.9542;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:7,6:7:279:6:241:-18.1529,0,-21.5662 0/1:22:16,6:16:646:6:242:-15.5343,0,-51.8516 dDocent_Contig_3865 98 . N G 101.663 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=6X3I5X;DP=3;DPB=3.81818;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:66:-6.17222,-0.60206,0 1|1:1:0,1:0:0:1:37:-3.69142,-0.30103,0 dDocent_Contig_3866 21 . G C 794.936 . AB=0.13913;ABP=263.172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X4M;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.96875;PAIREDR=0.931507;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1270;QR=5592;RO=146;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=320.045;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:103:66,12,9,15:66:2528:12,9,15:469,353,578:-27.5856,-8.8903,-212.734,-18.4191,-187.315,-223.165,0,-168.895,-178.423,-202.94 0|1:127:80,25,0,17:80:3064:25,0,17:970,0,692:-55.607,0,-243.899,-79.6894,-251.425,-331.119,-22.5968,-194.337,-274.032,-268.914 dDocent_Contig_3868 21 . C T 130.748 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=2X2M;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=2268;RO=57;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=126.784;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:22,4,0:22:878:4,0:162,0:-7.14018,0,-71.5037,-13.7628,-72.7078,-86.067 0|1:41:35,0,6:35:1390:0,6:0,240:-9.63359,-20.1696,-134.596,0,-114.825,-113.019 dDocent_Contig_3869 107 . N A 97.9484 . AB=0.333333;ABP=3.73412;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,0,2:0:0:0,2:0,66:-6.26831,-6.26831,-6.26831,-0.60206,-0.60206,0 1|1:3:0,2,1:0:0:2,1:26,34:-4.69588,-3.09788,-2.49582,-1.86792,0,-1.56689 dDocent_Contig_3870 209 . N G 75.9287 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59179,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3872 13 . T A 2930.64 . AB=0.616883;ABP=21.2845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.936842;PAIREDR=0.966102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3808;QR=2325;RO=59;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=131.127;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:19,49:19:763:49:1958:-155.947,0,-48.5218 0/1:86:40,46:40:1562:46:1850:-140.816,0,-114.926 dDocent_Contig_3873 27 . T A 308.779 . AB=0.265306;ABP=26.4533;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.722222;PAIREDR=0.463158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=720;QR=3806;RO=95;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=209.3;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:36,13:36:1450:13:522:-32.5767,0,-115.997 0/0:64:59,5:59:2356:5:198:0,-1.06945,-193.996 dDocent_Contig_3874 26 . T A 53.9036 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=1.44444;EPP=9.52472;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.631579;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=718;RO=19;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=44.2683;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:386:3:118:-7.08933,0,-31.1836 0/0:9:9,0:9:332:0:0:0,-2.70927,-30.2271 dDocent_Contig_3875 95 . C A 168.423 . AB=0.538462;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=2.6;EPP=18.2106;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=249;QR=389;RO=11;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=26.8965;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:5:5,0:5:178:0:0:0,-1.50515,-16.3687 0/1:13:6,7:6:211:7:249:-18.8422,0,-15.4203 dDocent_Contig_3876 73 . G C 152.078 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.535211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2531;RO=71;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:862:8:291:-16.9068,0,-68.2655 0/0:49:47,2:47:1669:2:74:0,-7.72459,-143.466 dDocent_Contig_3877 98 . N T 124.871 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=130;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:33:-3.13483,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:97:-9.05028,-0.90309,0 dDocent_Contig_3878 28 . G A 629.99 . AB=0.342857;ABP=18.0245;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1074;QR=4006;RO=102;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=224.5;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:56,3:56:2226:3:121:0,-6.48057,-189.238 0/1:70:46,24:46:1780:24:953:-64.999,0,-139.343 dDocent_Contig_3879 73 . T C 2854.78 . AB=0.70625;ABP=62.1286;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3742;QR=1558;RO=47;RPL=113;RPP=248.387;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:14,55:14:460:55:1803:-141.779,0,-20.9466 0/1:91:33,58:33:1098:58:1939:-147.399,0,-71.7292 dDocent_Contig_3880 7 . T A 5919.48 . AB=0.78;ABP=173.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=195;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=426.447;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0820513;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7452;QR=2082;RO=55;RPL=0;RPP=426.447;RPPR=122.441;RPR=195;RUN=1;SAF=195;SAP=426.447;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:20,112:20:749:112:4290:-346.437,0,-27.9954 0/1:118:35,83:35:1333:83:3162:-249.211,0,-84.7351 dDocent_Contig_3881 12 . T A 280.584 . AB=0.0606061;ABP=58.3499;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1437;RO=39;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=87.6977;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:16,0,5:16:548:0,5:0,201:-12.1489,-16.9654,-61.3902,0,-44.8123,-43.3071 0|0:33:23,2,8:23:889:2,8:82,322:-19.6084,-19.7625,-92.1645,0,-66.2243,-70.5861 dDocent_Contig_3882 55 . A T 66.275 . AB=0.151515;ABP=37.8197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.5;EPP=13.8677;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=2013;RO=50;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:885:0:0:0,-6.62266,-79.9586 0/1:33:28,5:28:1128:5:202:-8.6275,0,-91.8681 dDocent_Contig_3883 13 . A T 75.8073 . AB=0.105691;ABP=169.119;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=1.14953;EPP=31.2394;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=514;QR=8297;RO=217;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=474.22;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:107:107,0:107:4097:0:0:0,-32.2102,-368.801 0/1:123:110,13:110:4200:13:514:-9.58073,0,-341.033 dDocent_Contig_3884 15 . A C 33.8998 . 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AB=0.192308;ABP=131.294;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1203;QR=5005;RO=126;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=276.616;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:53,16:53:2108:16:643:-37.4334,0,-169.134 0/1:87:73,14:73:2897:14:560:-24.5531,0,-234.638 dDocent_Contig_3886 7 . T C 7859.77 . AB=0.844875;ABP=375.956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=305;CIGAR=1X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=665.309;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=38.377;MQMR=59.3455;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.232787;PAIREDR=0.4;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11757;QR=2094;RO=55;RPL=0;RPP=665.309;RPPR=122.441;RPR=305;RUN=1;SAF=305;SAP=665.309;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:25,131:25:960:131:5031:-344.472,0,-39.2946 0/1:204:30,174:30:1134:174:6726:-445.204,0,-40.7946 dDocent_Contig_3887 12 . C A 533.822 . AB=0.0540541;ABP=130.834;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X4M;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=1648;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:30,1,0,13:30:1175:1,0,13:36,0,520:-33.8664,-39.9612,-136.282,-42.8973,-136.583,-139.52,0,-93.7435,-96.6802,-92.7668 0|0:27:12,3,2,8:12:473:3,2,8:121,77,325:-23.2148,-16.8489,-54.8659,-22.5803,-51.5149,-60.8875,0,-28.9546,-34.681,-36.5243 dDocent_Contig_3888 12 . C A 2987.5 . AB=0.252465;ABP=272.843;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=507;DPB=507;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=825.998;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5053;QR=15143;RO=379;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=825.998;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=379;SRP=825.998;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:174,44:174:6986:44:1736:-90.8468,0,-562.777 0/1:289:205,84:205:8157:84:3317:-211.602,0,-646.686 dDocent_Contig_3889 209 . N G 319.022 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21426,-0.60206,0 1/1:7:0,7:0:0:7:267:-24.3863,-2.10721,0 dDocent_Contig_3890 77 . C T 1999.97 . AB=0.264398;ABP=187.188;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=7M5D1M1X;DP=382;DPB=329.214;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=515.478;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3391;QR=8006;RO=236;RPL=101;RPP=222.329;RPPR=515.478;RPR=0;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=236;SRP=515.478;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:222:156,51,10:156:5268:51,10:1709,306:-91.4892,0,-411.696,-113.933,-402.53,-537.928 0|1:160:80,50,28:80:2738:50,28:1682,924:-112.206,0,-207.213,-61.587,-147.564,-275.415 dDocent_Contig_3892 55 . G A 1096.13 . AB=0.137931;ABP=135.096;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=1X1M1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.790698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=614;QR=1590;RO=43;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:52:24,6,5,16:24:898:6,5,16:223,174,634:-44.9783,-33.9578,-105.688,-38.0681,-93.3553,-110.097,0,-55.3009,-59.4104,-68.7326 0|0:64:19,10,11,24:19:692:10,11,24:391,405,904:-68.334,-41.9033,-95.4153,-40.948,-65.3176,-94.1565,0,-24.366,-23.4116,-49.294 dDocent_Contig_3893 35 . G C 18087.7 . AB=0.736236;ABP=381.589;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=575;CIGAR=1X;DP=781;DPB=781;DPRA=0;EPP=1251.61;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22768;QR=8217;RO=206;RPL=0;RPP=1251.61;RPPR=450.334;RPR=575;RUN=1;SAF=575;SAP=1251.61;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:403:116,287:116:4654:287:11312:-895.999,0,-297.456 0/1:378:90,288:90:3563:288:11456:-916.47,0,-206.927 dDocent_Contig_3894 42 . T G 548.349 . AB=0.144928;ABP=305.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=512;DPB=512;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=982.344;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2318;QR=17297;RO=451;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=982.344;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=451;SRP=982.344;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:236:215,20:215:8248:20:766:0,-1.59982,-672.769 0/1:276:236,40:236:9049:40:1552:-56.8349,0,-730.92 dDocent_Contig_3895 13 . T C 1111.03 . AB=0.133333;ABP=738.705;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=1301;DPB=1301;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=2619.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992531;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3848;QR=47383;RO=1205;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=2619.63;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=1205;SRP=2619.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:630:546,84:546:21490:84:3360:-112.802,0,-1742.73 0/0:671:659,12:659:25893:12:488:0,-157.72,-2283.97 dDocent_Contig_3896 92 . A G 905.884 . AB=0.36;ABP=24.2907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1459;QR=2515;RO=80;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:29,12:29:907:12:384:-22.5279,0,-69.5791 0/1:84:51,33:51:1608:33:1075:-71.7595,0,-119.711 dDocent_Contig_3897 9 . C T 656.681 . AB=0.431034;ABP=5.40641;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.68;PAIREDR=0.757576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=1264;RO=33;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=74.6689;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:16,10:16:612:10:387:-27.3607,0,-47.5904 0/1:32:17,15:17:652:15:570:-42.0063,0,-49.3815 dDocent_Contig_3898 161 . A C 3065.33 . AB=0.85;ABP=130.693;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=207.469;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.852941;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3843;QR=694;RO=18;RPL=100;RPP=207.469;RPPR=42.0968;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=224.5;SAR=102;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:7,57:7:269:57:2167:-175.992,0,-5.3078 0/1:56:11,45:11:425:45:1676:-134.24,0,-21.7449 dDocent_Contig_3900 22 . C A 5909.8 . AB=0.860169;ABP=268.924;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.3892;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7470;QR=1268;RO=33;RPL=0;RPP=443.819;RPPR=74.6689;RPR=203;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:18,89:18:702:89:3277:-259.576,0,-31.2912 0/1:129:15,114:15:566:114:4193:-335.103,0,-12.4324 dDocent_Contig_3901 98 . N T 581.438 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31935,-0.60206,0 1/1:17:0,17:0:0:17:580:-52.5229,-5.11751,0 dDocent_Contig_3902 98 . N C 44.6506 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46396,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3904 69 . T C 4534.55 . AB=0.508824;ABP=3.24022;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=173;CIGAR=1X;DP=340;DPB=340;DPRA=0;EPP=378.675;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994012;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6212;QR=6002;RO=167;RPL=173;RPP=378.675;RPPR=365.646;RPR=0;RUN=1;SAF=173;SAP=378.675;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:159:70,89:70:2510:89:3209:-241.156,0,-178.275 0/1:181:97,84:97:3492:84:3003:-215.998,0,-259.983 dDocent_Contig_3905 61 . G C 2059.81 . AB=0.708333;ABP=39.2015;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2645;QR=1098;RO=28;RPL=68;RPP=150.67;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:12,18:12:469:18:723:-56.3658,0,-33.5262 0/1:66:16,50:16:629:50:1922:-153.314,0,-37.0748 dDocent_Contig_3906 98 . N A 191.649 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:76:-7.09104,-0.90309,0 1/1:5:0,5:0:0:5:128:-11.7725,-1.50515,0 dDocent_Contig_3909 7 . T G 1379.55 . AB=0.507353;ABP=3.07417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971014;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2021;QR=2394;RO=66;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=146.327;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:26,30:26:924:30:855:-60.232,0,-66.478 0/1:79:40,39:40:1470:39:1166:-81.4221,0,-108.786 dDocent_Contig_3910 16 . T G 328.926 . AB=0.230769;ABP=43.9342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=1799;RO=49;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=109.412;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:23,2:23:823:2:80:-0.0658253,0,-66.8535 0/1:40:26,13:26:976:13:518:-34.89,0,-76.0793 dDocent_Contig_3911 15 . T A 49.8379 . AB=0.109756;ABP=111.478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=2929;RO=73;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=161.528;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:36,4:36:1433:4:163:-3.01723,0,-117.179 0/1:42:37,5:37:1496:5:199:-5.6451,0,-122.237 dDocent_Contig_3912 23 . G C 62906.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1811;CIGAR=1X;DP=1866;DPB=1866;DPRA=0;EPP=3935.55;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9912;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.836554;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72081;QR=2108;RO=53;RPL=0;RPP=3935.55;RPPR=118.098;RPR=1811;RUN=1;SAF=1811;SAP=3935.55;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:822:21,801:21:830:801:31921:-2794.96,-172.434,0 1/1:1044:32,1010:32:1278:1010:40160:-3495.36,-198.642,0 dDocent_Contig_3913 76 . T C 4169.21 . AB=0.168182;ABP=213.406;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=37;CIGAR=1X2M;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1394;QR=1490;RO=40;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:61:7,43,11:7:270:43,11:1571,405:-137.176,-10.9187,-20.1543,-106.173,0,-125.038 0|1:159:33,99,26:33:1220:99,26:3593,989:-283.444,0,-69.987,-212.266,-18.674,-304.232 dDocent_Contig_3914 10 . A C 10819.2 . AB=0.358396;ABP=141.995;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=286;CIGAR=2X1M1X;DP=798;DPB=798;DPRA=0;EPP=624.051;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=59.8741;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11012;QR=6542;RO=171;RPL=0;RPP=624.051;RPPR=374.332;RPR=286;RUN=1;SAF=286;SAP=624.051;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:399:87,145,8,0,137:87:3315:145,8,0,137:5580,311,0,5261:-591.868,-159.938,-388.216,-592.5,-406.307,-862.019,-618.058,-431.865,-864.427,-889.985,-186.195,0,-432.564,-458.122,-416.881 1|0:399:84,141,20,26,108:84:3227:141,20,26,108:5432,776,1000,4121:-493.751,-73.1656,-295.627,-455.277,-274.312,-714.163,-436.936,-255.972,-638.083,-694.016,-180.965,0,-382.111,-363.77,-413.36 dDocent_Contig_3915 98 . N G 93.1704 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:104:-9.3165,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3916 7 . T G 25525.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=911;CIGAR=1X;DP=957;DPB=957;DPRA=0;EPP=1981.22;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28882;QR=513;RO=43;RPL=0;RPP=1981.22;RPPR=96.3836;RPR=911;RUN=1;SAF=911;SAP=1981.22;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:531:20,508:20:228:508:16081:-1426.21,-138.455,0 1/1:426:23,403:23:285:403:12801:-1126.04,-102.465,0 dDocent_Contig_3917 98 . N G 224.43 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1M4X;DP=10;DPB=10.6;DPRA=9;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=31;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1|1:9:0,8:0:0:8:246:-22.2655,-2.40824,0 dDocent_Contig_3918 3 . A G 226.646 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X6I1M2X;DP=7;DPB=17.5;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=248;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:7:0,7:0:0:7:248:-22.6645,-2.10721,0 dDocent_Contig_3919 71 . G A 559.278 . AB=0.173709;ABP=199.982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918919;PAIREDR=0.732955;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1368;QR=6938;RO=176;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=385.189;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:70,15:70:2773:15:571:-26.14,0,-224.108 0/1:128:106,22:106:4165:22:797:-33.4867,0,-336.312 dDocent_Contig_3920 69 . G A 1415.29 . AB=0.262172;ABP=134.185;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994924;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2500;QR=7128;RO=197;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=430.79;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:109,51:109:3950:51:1811:-115.098,0,-307.506 0/1:107:88,19:88:3178:19:689:-30.1295,0,-254.018 dDocent_Contig_3921 14 . C A 1971.09 . AB=0.27931;ABP=125.691;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X2M2X;DP=290;DPB=290;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3110;QR=7050;RO=181;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=396.047;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:142:84,0,51:84:3268:0,51:0,1967:-136.243,-161.529,-430.08,0,-268.558,-253.205 0|1:148:97,16,30:97:3782:16,30:593,1143:-64.5651,-45.2506,-351.275,0,-262.34,-301.822 dDocent_Contig_3922 14 . T C 775.67 . AB=0.227586;ABP=96.4735;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=2X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1292;QR=3989;RO=101;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=222.329;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:57:38,9,10:38:1509:9,10:340,404:-21.8808,-5.47111,-126.978,0,-96.38,-121.227 0|1:88:63,24,0:63:2480:24,0:952,0:-59.3851,0,-196.758,-78.35,-203.983,-282.346 dDocent_Contig_3923 11 . C T 1736.93 . AB=0.06;ABP=591.566;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=5M1X2M1D4M;DP=350;DPB=325.385;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=18.5;MQM=34.619;MQMR=59.55;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=1565;RO=40;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=89.8692;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:165:9,29,3,4,55,13,10,9:9:352:29,3,4,55,13,10,9:786,39,39,908,392,109,358:-73.3488,-21.8138,-42.0397,-74.2357,-48.9474,-102.285,-74.6816,-49.3936,-101.812,-102.43,-25.2828,0,-52.4185,-52.8653,-37.6825,-46.3208,-21.0307,-73.4524,-73.8984,-24.5021,-71.3613,-71.7913,-46.5039,-98.9219,-99.368,-49.9792,-71.0083,-97.7337,-48.8464,-23.5561,-75.9777,-76.4236,-27.0255,-48.0629,-73.5334,-75.0908 0|0:185:31,0,12,18,94,8,3,4:31:1213:0,12,18,94,8,3,4:0,135,132,1845,171,57,163:-104.043,-113.375,-213.104,-107.895,-207.626,-204.013,-110.787,-210.518,-205.041,-205.099,0,-99.7806,-94.3144,-97.2194,-71.4837,-101.963,-201.695,-196.217,-199.109,-88.3733,-199.286,-109.953,-209.683,-204.205,-207.097,-96.3608,-198.274,-208.78,-100.944,-200.675,-195.197,-198.089,-87.3483,-189.266,-197.254,-199.471 dDocent_Contig_3924 7 . T C 4127.32 . AB=0.238267;ABP=167.831;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X3M1X;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=55.0606;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2532;QR=3338;RO=87;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=191.928;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:116:30,4,81:30:1151:4,81:150,3154:-250.207,-246.953,-340.224,0,-82.2113,-70.1131 0|1:161:57,62,42:57:2187:62,42:2382,1629:-166.223,0,-160.846,-49.5354,-45.6714,-216.414 dDocent_Contig_3925 124 . A G 896.311 . AB=0.455882;ABP=4.1599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.870968;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1257;QR=1453;RO=37;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:12,15:12:476:15:607:-46.8394,0,-35.061 0/1:41:25,16:25:977:16:650:-46.4907,0,-75.8712 dDocent_Contig_3926 1 . N G 820.061 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:662:-59.9117,-5.11751,0 1/1:6:0,6:0:0:6:238:-21.7932,-1.80618,0 dDocent_Contig_3927 98 . N C 155.739 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=165;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:5:0,4:0:0:4:133:-12.0722,-1.20412,0 dDocent_Contig_3928 24 . G A 3024.23 . AB=0.170489;ABP=948.934;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=171;CIGAR=1X;DP=1003;DPB=1003;DPRA=0;EPP=374.332;EPPR=1809.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6755;QR=33091;RO=832;RPL=0;RPP=374.332;RPPR=1809.68;RPR=171;RUN=1;SAF=171;SAP=374.332;SAR=0;SRF=832;SRP=1809.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:495:395,100:395:15691:100:3909:-202.806,0,-1261.94 0/1:508:437,71:437:17400:71:2846:-103.316,0,-1411.65 dDocent_Contig_3929 183 . C T 316.261 . AB=0.186275;ABP=90.2098;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0.778626;EPP=44.2683;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=8510;RO=214;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=467.705;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=467.705;SRR=214;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:83,19:83:3288:19:708:-33.325,0,-265.272 0/0:131:131,0:131:5222:0:0:0,-39.4349,-469.826 dDocent_Contig_3930 107 . N A 213.79 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:122:-11.2814,-1.20412,0 dDocent_Contig_3931 46 . T C 28975.2 . AB=0.575301;ABP=84.7675;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=955;CIGAR=1X;DP=1660;DPB=1660;DPRA=0;EPP=2068.09;EPPR=1533.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998953;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37822;QR=27775;RO=705;RPL=1;RPP=2068.09;RPPR=1533.9;RPR=954;RUN=1;SAF=955;SAP=2076.77;SAR=0;SRF=705;SRP=1533.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:807:352,455:352:13924:455:18032:-1378.51,0,-1009.24 0/1:853:353,500:353:13851:500:19790:-1522.71,0,-988.873 dDocent_Contig_3932 98 . N A 115.933 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:37:-3.45329,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:84:-7.83836,-0.90309,0 dDocent_Contig_3934 64 . C A 204.192 . AB=0.173913;ABP=66.7383;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=1.09524;EPP=29.068;EPPR=254.973;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3833;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=476;QR=4775;RO=120;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=246.505;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=119;SRP=254.973;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:63,0:63:2481:0:0:0,-18.9649,-223.43 0/1:69:57,12:57:2294:12:476:-22.4192,0,-182.772 dDocent_Contig_3935 41 . G A 262.098 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=310.248;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=850;QR=6774;RO=172;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=310.248;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:128:120,8:120:4724:8:323:0,-9.09346,-395.638 0/1:65:52,13:52:2050:13:527:-28.2098,0,-165.113 dDocent_Contig_3936 9 . C G 135.265 . AB=0.0992366;ABP=551.266;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=783;DPB=783;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=1527.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0.995751;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2415;QR=27055;RO=706;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=1536.07;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=705;SRP=1527.4;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:390:352,24:352:13480:24:931:0,-29.4657,-1128.48 0/1:393:354,39:354:13575:39:1484:-15.5265,0,-1102.83 dDocent_Contig_3937 72 . G A 1011.62 . AB=0.388889;ABP=14.5915;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98;PAIREDR=0.97076;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1799;QR=5960;RO=171;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=374.332;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:66,42:66:2272:42:1501:-102.861,0,-172.205 0/0:113:105,8:105:3688:8:298:0,-6.84214,-304.922 dDocent_Contig_3938 9 . C G 1462.8 . AB=0.675676;ABP=22.847;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1907;QR=927;RO=24;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=55.1256;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:17,22:17:656:22:850:-65.0821,0,-47.6366 0/1:35:7,28:7:271:28:1057:-84.8967,0,-14.2203 dDocent_Contig_3939 22 . G A 4124.97 . AB=0.348449;ABP=86.599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X4M;DP=419;DPB=418.8;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5788;QR=7844;RO=200;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=437.305;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:225:112,12,13,2,84:112:4367:12,13,2,84:475,522,74,3303:-237.947,-232.572,-587.88,-228.648,-548.478,-583.655,-265.609,-585.438,-581.514,-623.926,0,-319.83,-315.906,-352.867,-333.634 0|1:194:88,17,0,24,62:88:3477:17,0,24,62:672,0,891,2485:-178.25,-149.44,-430.437,-204.74,-435.554,-490.854,-131.841,-362.652,-417.951,-410.727,0,-230.822,-286.122,-213.221,-267.458 dDocent_Contig_3940 8 . C A 1343.9 . AB=0.538462;ABP=4.8477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.4675;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2918;QR=2530;RO=66;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=146.327;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:30,24:30:1151:24:905:-39.9488,0,-87.6329 0/1:89:36,53:36:1379:53:2013:-98.1405,0,-97.5998 dDocent_Contig_3941 1 . N G 114.653 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3942 12 . G A 853.778 . AB=0.267399;ABP=131.302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=273;DPB=273;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27.4932;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.715;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2916;QR=7921;RO=200;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=437.305;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:175:127,48:127:5044:48:1926:-53.5307,0,-401.158 0/1:98:73,25:73:2877:25:990:-35.5461,0,-229.54 dDocent_Contig_3943 45 . T C 779.887 . AB=0.215569;ABP=120.361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.861111;PAIREDR=0.847328;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1459;QR=5260;RO=131;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=287.473;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:65,17:65:2604:17:694:-38.1031,0,-209.797 0/1:85:66,19:66:2656:19:765:-43.5845,0,-213.57 dDocent_Contig_3944 16 . T A 55414.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1600;CIGAR=1X;DP=1657;DPB=1657;DPRA=0;EPP=3442.71;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63916;QR=2276;RO=56;RPL=0;RPP=3477.37;RPPR=124.613;RPR=1600;RUN=1;SAF=1596;SAP=3442.71;SAR=4;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:722:8,713:8:324:713:28438:-2527.33,-187.923,0 1/1:935:48,887:48:1952:887:35478:-3013.81,-105.598,0 dDocent_Contig_3945 128 . T C 143.331 . AB=0.25;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2023;RO=60;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=133.299;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:27,9:27:917:9:295:-16.0321,0,-72.0035 0/0:35:33,2:33:1106:2:70:0,-3.88865,-93.1904 dDocent_Contig_3946 44 . C A 136.084 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.737705;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=2414;RO=61;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=135.47;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:28,7:28:1090:7:283:-15.3073,0,-87.8296 0/0:34:33,1:33:1324:1:41:0,-6.14045,-115.329 dDocent_Contig_3947 39 . A T 221.699 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=907;RO=23;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=52.9542;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:586:1:40:0,-0.820801,-49.081 0/1:16:8,8:8:321:8:318:-24.1696,0,-24.4411 dDocent_Contig_3948 12 . C T 51.1166 . AB=0.1;ABP=183.677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=241;DPB=241;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=489.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.8571;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.544643;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=655;QR=8850;RO=224;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=489.42;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=224;SRP=489.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:111:107,4:107:4187:4:145:0,-20.0113,-362.166 0/1:130:117,13:117:4663:13:510:-7.11165,0,-379.547 dDocent_Contig_3949 100 . T A 331.352 . AB=0.261538;ABP=35.1147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=619;QR=1796;RO=48;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=107.241;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:681:8:294:-18.9838,0,-53.7962 0/1:39:30,9:30:1115:9:325:-17.8504,0,-88.9096 dDocent_Contig_3950 50 . G A 7141.51 . 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AB=0.189189;ABP=96.1489;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.411111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=3391;RO=90;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=198.443;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:38,4:38:1411:4:161:-2.23164,0,-114.62 0/1:69:52,17:52:1980:17:682:-40.9398,0,-157.653 dDocent_Contig_3952 39 . A T 1125.99 . AB=0.167526;ABP=375.541;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=388;DPB=388;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2584;QR=12793;RO=323;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=704.396;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=323;SRP=704.396;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:193:166,27:166:6588:27:1079:-39.2977,0,-534.56 0/1:195:157,38:157:6205:38:1505:-76.9999,0,-499.528 dDocent_Contig_3954 14 . T C 9992.2 . AB=0.639279;ABP=87.0885;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=499;DPB=499;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.30094;PAIREDR=0.166667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12819;QR=7192;RO=180;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=393.875;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:37,109:37:1481:109:4399:-351.88,0,-89.5869 0/1:353:143,210:143:5711:210:8420:-651.039,0,-407.526 dDocent_Contig_3955 7 . T A 1414.67 . AB=0.146893;ABP=769.773;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=708;DPB=708;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=1308.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9218;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.557692;PAIREDR=0.502496;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3970;QR=23074;RO=601;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=1308.07;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=601;SRP=1308.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:258,50:258:9893:50:1902:-78.7088,0,-797.309 0/1:400:343,54:343:13181:54:2068:-66.4569,0,-1064 dDocent_Contig_3956 60 . G T 244.376 . AB=0.4;ABP=5.18177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=542;RO=15;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:7,6:7:265:6:233:-17.4246,0,-20.2962 0/1:12:8,4:8:277:4:155:-10.712,0,-21.6489 dDocent_Contig_3958 34 . T C 390.565 . AB=0.130081;ABP=295.4;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=1030.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978858;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1869;QR=18941;RO=473;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=1030.12;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=473;SRP=1030.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:274:259,15:259:10379:15:593:0,-28.7801,-879.72 0/1:246:214,32:214:8562:32:1276:-41.0565,0,-696.025 dDocent_Contig_3959 43 . A G 611.302 . AB=0.611111;ABP=6.8707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=854;QR=1658;RO=43;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=96.3836;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:14,22:14:536:22:815:-62.8292,0,-37.743 0/0:30:29,1:29:1122:1:39:0,-5.13434,-97.3773 dDocent_Contig_3960 26 . A G 281.317 . AB=0.107246;ABP=465.257;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=639;DPB=639;DPRA=1.17347;EPP=83.3548;EPPR=1310.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1486;QR=23781;RO=602;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=1310.24;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=602;SRP=1310.24;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:294:294,0:294:11614:0:0:0,-88.5028,-1044.51 0/1:345:308,37:308:12167:37:1486:-30.1317,0,-990.363 dDocent_Contig_3961 59 . G A 74.1753 . AB=0.128571;ABP=86.8912;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=1.52174;EPP=22.5536;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.53271;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=4163;RO=107;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1799:0:0:0,-13.8474,-162.136 0/1:70:61,9:61:2364:9:335:-9.41753,0,-191.867 dDocent_Contig_3964 98 . N T 125.928 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=4;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:4:0,4:0:0:4:131:-12.1142,-1.20412,0 dDocent_Contig_3965 74 . A C 63.443 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.15;EPP=11.6962;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1501;RO=39;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:728:4:162:-8.04327,0,-58.9185 0/0:20:20,0:20:773:0:0:0,-6.0206,-69.8929 dDocent_Contig_3966 122 . G C 408.009 . AB=0.298246;ABP=23.1631;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.588235;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=1614;RO=40;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:642:7:278:-18.4656,0,-51.191 0/1:34:24,10:24:972:10:399:-26.0343,0,-77.5407 dDocent_Contig_3967 29 . A C 263.899 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=1.2037;EPP=31.2394;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=4243;RO=106;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=233.186;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2146:0:0:0,-16.2556,-193.321 0/1:65:52,13:52:2097:13:529:-28.3899,0,-169.34 dDocent_Contig_3968 71 . T A 5330.02 . AB=0.536873;ABP=7.01375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7096;QR=6120;RO=157;RPL=182;RPP=398.218;RPPR=343.931;RPR=0;RUN=1;SAF=182;SAP=398.218;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:21,65:21:827:65:2558:-204.481,0,-48.8578 0/1:253:136,117:136:5293:117:4538:-332.22,0,-400.101 dDocent_Contig_3969 14 . G A 2472.45 . AB=0.595588;ABP=13.8038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3238;QR=2213;RO=55;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=122.441;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:27,41:27:1086:41:1647:-127.987,0,-77.556 0/1:68:28,40:28:1127:40:1591:-122.957,0,-81.2391 dDocent_Contig_3971 98 . N T 96.1056 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_3972 74 . T C 5395.7 . AB=0.580357;ABP=21.8556;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=195;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=426.447;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994872;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7158;QR=5236;RO=141;RPL=195;RPP=426.447;RPPR=309.188;RPR=0;RUN=1;SAF=195;SAP=426.447;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:189:77,112:77:2905:112:4135:-315.3,0,-204.73 0/1:147:64,83:64:2331:83:3023:-227.969,0,-165.733 dDocent_Contig_3973 107 . N A 96.1034 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.6098,-0.90309,0 dDocent_Contig_3974 141 . A C 2520.39 . AB=0.311653;ABP=116.71;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=369;DPB=369;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964567;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4070;QR=9004;RO=254;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=554.564;RPR=115;RUN=1;SAF=0;SAP=252.73;SAR=115;SRF=0;SRP=554.564;SRR=254;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:117,66:117:4142:66:2352:-156.835,0,-317.853 0/1:186:137,49:137:4862:49:1718:-98.9028,0,-381.717 dDocent_Contig_3975 18 . T G 6384.67 . AB=0.308789;ABP=270.406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=260;CIGAR=1X;DP=842;DPB=842;DPRA=0;EPP=567.593;EPPR=1264.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9952;QR=22390;RO=581;RPL=0;RPP=567.593;RPPR=1264.64;RPR=260;RUN=1;SAF=260;SAP=567.593;SAR=0;SRF=581;SRP=1264.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:455:314,140:314:12086:140:5366:-345.881,0,-950.092 0/1:387:267,120:267:10304:120:4586:-296.285,0,-810.402 dDocent_Contig_3976 11 . T A 17097.6 . AB=0.748428;ABP=343.945;AC=4;AF=1;AN=4;AO=476;CIGAR=1X2M;DP=636;DPB=636;DPRA=0;EPP=1036.63;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.8866;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19042;QR=2146;RO=54;RPL=0;RPP=1036.63;RPPR=120.27;RPR=476;RUN=1;SAF=476;SAP=1036.63;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:316:37,60,218:37:1467:60,218:2371,8712:-780.619,-596.664,-699.355,-74.3396,0,-129.469 1|1:320:17,44,258:17:679:44,258:1737,10330:-932.837,-795.036,-837.715,-87.0012,0,-65.262 dDocent_Contig_3977 52 . T C 5842.38 . AB=0.61194;ABP=10.3026;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=176;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=385.189;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.735294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7046;QR=1351;RO=34;RPL=176;RPP=385.189;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=176;SAP=385.189;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:143:8,135:8:308:135:5425:-459.983,-14.9679,0 0/1:67:26,41:26:1043:41:1621:-125.954,0,-73.9937 dDocent_Contig_3979 98 . N G 64.7501 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:46:-4.36896,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:18:-1.79997,-0.30103,0 dDocent_Contig_3982 31 . A G 3363.81 . AB=0.0375;ABP=448.922;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.957265;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=342;QR=4644;RO=117;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=257.073;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:115:55,7,53:55:2183:7,53:270,2121:-158.172,-152.557,-330.154,0,-157.544,-163.761 0|0:125:62,2,61:62:2461:2,61:72,2435:-181.908,-194.7,-396.683,0,-196.749,-184.259 dDocent_Contig_3983 33 . G C 114.844 . AB=0.148148;ABP=61.0771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=2978;RO=77;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=170.214;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:46,8:46:1792:8:323:-13.1833,0,-145.241 0/0:33:31,2:31:1186:2:77:0,-2.62516,-99.7089 dDocent_Contig_3985 20 . T G 351.503 . AB=0.393939;ABP=6.23461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.3125;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=2522;RO=63;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=139.813;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:20,13:20:811:13:516:-36.8493,0,-63.3709 0/0:46:43,3:43:1711:3:122:0,-2.47489,-142.836 dDocent_Contig_3986 138 . T G 38.3196 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=850;RO=22;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=50.7827;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:345:1:39:-0.886264,0,-28.3982 0/1:16:13,3:13:505:3:114:-5.8155,0,-40.9826 dDocent_Contig_3988 20 . G C 8116.88 . AB=0.46589;ABP=9.08392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=280;CIGAR=1X;DP=601;DPB=601;DPRA=0;EPP=611.023;EPPR=700.053;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11074;QR=12746;RO=321;RPL=0;RPP=611.023;RPPR=700.053;RPR=280;RUN=1;SAF=280;SAP=611.023;SAR=0;SRF=321;SRP=700.053;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:322:180,142:180:7161:142:5663:-412.543,0,-547.228 0/1:279:141,138:141:5585:138:5411:-402.844,0,-418.492 dDocent_Contig_3989 50 . A G 56.1645 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=494;QR=4530;RO=115;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:73,7:73:2866:7:253:0,-1.37136,-234.942 0/1:48:42,6:42:1664:6:241:-7.61636,0,-135.538 dDocent_Contig_3990 29 . G A 6246.58 . AB=0.671096;ABP=79.5457;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5941;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975248;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8019;QR=3819;RO=99;RPL=0;RPP=441.648;RPPR=217.986;RPR=202;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:47,82:47:1796:82:3270:-252.805,0,-123.03 0/1:172:52,120:52:2023:120:4749:-375.552,0,-130.49 dDocent_Contig_3991 10 . T G 534.046 . AB=0.195652;ABP=114.039;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=288;DPB=288;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=543.707;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995984;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1557;QR=9885;RO=249;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=543.707;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=249;SRP=543.707;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:150:138,12:138:5507:12:483:0,-1.3327,-451.642 0/1:138:111,27:111:4378:27:1074:-55.4045,0,-352.423 dDocent_Contig_3992 147 . G C 64.3577 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=2.55556;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1134;RO=28;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:773:4:163:-8.13474,0,-62.9646 0/0:9:9,0:9:361:0:0:0,-2.70927,-32.8539 dDocent_Contig_3994 9 . A C 102.794 . AB=0.118812;ABP=130.482;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0.971154;EPP=29.068;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=7359;RO=193;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=422.104;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:89,12:89:3367:12:467:-11.9783,0,-272.765 0/0:104:104,0:104:3992:0:0:0,-31.3071,-359.371 dDocent_Contig_3995 122 . T G 209.479 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=3.07143;EPP=26.8965;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=395;QR=1623;RO=46;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=102.898;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:498:0:0:0,-4.21442,-45.1556 0/1:43:32,11:32:1125:11:395:-22.9479,0,-88.6118 dDocent_Contig_4001 16 . G A 18930 . AB=0.517465;ABP=6.27192;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=637;CIGAR=1X;DP=1231;DPB=1231;DPRA=0;EPP=1386.24;EPPR=1290.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25212;QR=23467;RO=593;RPL=0;RPP=1386.24;RPPR=1290.69;RPR=637;RUN=1;SAF=637;SAP=1386.24;SAR=0;SRF=593;SRP=1290.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:496:255,241:255:10142:241:9603:-714.382,0,-762.811 0/1:735:338,396:338:13325:396:15609:-1182.31,0,-976.949 dDocent_Contig_4002 26 . T A 105.436 . AB=0.11194;ABP=178.284;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=4678;RO=119;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=261.416;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:42,7:42:1668:7:285:-11.2739,0,-135.6 0/1:85:77,8:77:3010:8:313:-2.94463,0,-245.427 dDocent_Contig_4003 28 . T C 8936.71 . AB=0.552632;ABP=15.8106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=294;CIGAR=1X;DP=532;DPB=532;DPRA=0;EPP=641.423;EPPR=519.821;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11755;QR=9516;RO=238;RPL=0;RPP=641.423;RPPR=519.821;RPR=294;RUN=1;SAF=294;SAP=641.423;SAR=0;SRF=238;SRP=519.821;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:227:118,109:118:4735:109:4365:-324.455,0,-357.714 0/1:305:120,185:120:4781:185:7390:-572.915,0,-338.383 dDocent_Contig_4004 11 . G A 939.951 . AB=0.357143;ABP=20.3821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.457143;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1406;QR=2531;RO=63;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=139.813;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:26,11:26:1051:11:440:-28.8175,0,-83.7413 0/1:61:37,24:37:1480:24:966:-68.8765,0,-115.085 dDocent_Contig_4005 42 . A C 262.572 . AB=0.25;ABP=29.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=1426;RO=36;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=81.1833;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:603:5:203:-12.6325,0,-48.5872 0/1:28:21,7:21:823:7:282:-17.3238,0,-65.9533 dDocent_Contig_4006 29 . C G 76.6592 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.794872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=1558;RO=39;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=87.6977;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:556:4:160:-9.36489,0,-44.9584 0/0:26:25,1:25:1002:1:41:0,-3.73221,-86.3815 dDocent_Contig_4007 11 . G A 92.0071 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=2.375;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=1920;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1268:6:244:-10.8997,0,-102.946 0/0:16:16,0:16:652:0:0:0,-4.81648,-59.0128 dDocent_Contig_4008 52 . A C 94.8046 . AB=0.125;ABP=90.9549;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=440;QR=6380;RO=161;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=352.617;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:63,9:63:2484:9:361:-11.1794,0,-202.041 0/0:100:98,2:98:3896:2:79:0,-22.6058,-343.154 dDocent_Contig_4009 114 . C T 35.8598 . AB=0.116279;ABP=112.998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=1.28358;EPP=24.725;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=4799;RO=142;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=311.359;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=311.359;SRR=142;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:66,0:66:2228:0:0:0,-19.868,-200.436 0/1:86:76,10:76:2571:10:346:-5.58587,0,-205.759 dDocent_Contig_4010 28 . T C 2850.63 . AB=0.258621;ABP=237.829;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=464;DPB=464;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=749.997;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.641667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4757;QR=13594;RO=344;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=749.997;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=344;SRP=749.997;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:258:178,80:178:6997:80:3149:-205.825,0,-551.765 0/1:206:166,40:166:6597:40:1608:-82.9373,0,-531.422 dDocent_Contig_4012 107 . N T 921.079 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=25.3996;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1020;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:30:0,30:0:0:30:1020:-92.1079,-9.0309,0 dDocent_Contig_4015 98 . N A 59.8472 . 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AB=0.336957;ABP=24.253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.580645;PAIREDR=0.622951;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1150;QR=2281;RO=61;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:38,12:38:1402:12:453:-26.066,0,-111.4 0/1:42:23,19:23:879:19:697:-50.4118,0,-66.7832 dDocent_Contig_4018 23 . A T 1472.69 . AB=0.285;ABP=83.3113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=2M1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=110.022;EPPR=165.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.0701754;PAIREDR=0.491525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2265;QR=4609;RO=118;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=259.244;RPR=57;RUN=1;SAF=55;SAP=110.022;SAR=2;SRF=106;SRP=165.613;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:116:73,0,6,29:73:2865:0,6,29:0,223,1156:-73.2285,-95.2037,-330.815,-76.9575,-312.567,-310.761,0,-235.619,-217.371,-226.89 0|1:84:45,5,1,28:45:1744:5,1,28:203,41,1109:-77.7398,-74.5418,-216.301,-87.9016,-214.422,-230.864,0,-126.527,-139.887,-134.842 dDocent_Contig_4019 56 . G A 612.071 . AB=0.341772;ABP=20.1897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.740741;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=978;QR=1800;RO=52;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:20,16:20:681:16:582:-41.8721,0,-50.7629 0/1:43:32,11:32:1119:11:396:-23.0339,0,-88.0634 dDocent_Contig_4020 137 . A G 100.219 . AB=0.416667;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=1.5;EPP=13.8677;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=509;RO=15;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=35.5824;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:269:0:0:0,-2.40824,-24.5382 0/1:12:7,5:7:240:5:170:-12.0219,0,-18.3222 dDocent_Contig_4021 133 . T A 401.922 . AB=0.346154;ABP=19.0458;AC=0;AF=0;AN=4;AO=27;CIGAR=1X2M3X3M1X3M1X3M1X3M1X2M1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1051;QR=1108;RO=29;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=65.983;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:14,21,12,0:14:533:21,12,0:818,450,0:-32.7425,-28.3149,-65.7375,0,-35.1893,-40.2212,-36.9569,-72.0592,-43.8336,-80.7336 0|0:29:15,6,5,2:15:575:6,5,2:233,190,77:-11.1486,-13.2655,-58.6779,0,-44.8997,-45.8348,-9.31612,-54.1603,-41.0094,-56.0062 dDocent_Contig_4022 50 . A T 246.339 . AB=0.297297;ABP=16.2152;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=909;RO=23;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:16,1,3:16:630:1,3:36,110:-4.1775,-6.0582,-57.6041,0,-48.9203,-50.9527 0|1:17:7,2,8:7:279:2,8:82,319:-24.1539,-19.4907,-41.8635,0,-16.1954,-20.5579 dDocent_Contig_4023 53 . C T 273.734 . AB=0.526316;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=1724;RO=43;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:34,1:34:1361:1:39:0,-6.63949,-118.851 0/1:19:9,10:9:363:10:386:-29.3734,0,-27.3151 dDocent_Contig_4026 49 . G T 942.079 . AB=0.37234;ABP=16.3163;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=122.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1395;QR=2277;RO=59;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=114.344;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=58;SRP=122.589;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:27,13:27:1045:13:519:-35.0154,0,-82.2932 0/1:54:32,22:32:1232:22:876:-62.8915,0,-94.8883 dDocent_Contig_4028 9 . A G 320.958 . AB=0.368421;ABP=8.7247;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=913;RO=24;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=55.1256;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:537:6:219:-14.0423,0,-42.6539 0/1:18:10,8:10:376:8:298:-21.7525,0,-28.7714 dDocent_Contig_4029 98 . N A 391.328 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41407,-0.60206,0 1/1:12:0,12:0:0:12:368:-33.4172,-3.61236,0 dDocent_Contig_4030 14 . T C 4958.55 . AB=0.303293;ABP=196.934;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=175;CIGAR=1X2M1X;DP=577;DPB=577;DPRA=0;EPP=383.018;EPPR=558.907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7000;QR=10207;RO=256;RPL=0;RPP=383.018;RPPR=558.907;RPR=175;RUN=1;SAF=175;SAP=383.018;SAR=0;SRF=256;SRP=558.907;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:242:127,48,59,0:127:5055:48,59,0:1909,2367,0:-156.799,-37.8567,-439.62,0,-259.041,-398.454,-195.03,-454.07,-416.215,-611.244 0|1:335:129,19,116,65:129:5152:19,116,65:754,4633,2580:-342.755,-319.521,-738.13,0,-362.263,-389.41,-169.224,-531.486,-211.966,-573.986 dDocent_Contig_4031 7 . T C 5748.38 . AB=0.176778;ABP=1738.03;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=338;CIGAR=1X;DP=1912;DPB=1912;DPRA=0;EPP=736.968;EPPR=3416.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12824;QR=59784;RO=1572;RPL=0;RPP=736.968;RPPR=3416.56;RPR=338;RUN=1;SAF=338;SAP=736.968;SAR=0;SRF=1572;SRP=3416.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:986:810,175:810:30795:175:6647:-301.464,0,-2473.07 0/1:926:762,163:762:28989:163:6177:-277.073,0,-2328.52 dDocent_Contig_4032 41 . A T 300.78 . AB=0.229508;ABP=41.7764;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.638298;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=571;QR=1905;RO=47;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=105.07;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:931:6:246:-13.7902,0,-75.3629 0/1:32:24,8:24:974:8:325:-19.9867,0,-78.3245 dDocent_Contig_4033 12 . G A 290.726 . AB=0.254902;ABP=29.6215;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=9084;RO=227;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=495.935;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:192:189,3:189:7555:3:122:0,-46.4253,-668.188 0/1:51:38,13:38:1529:13:512:-31.0726,0,-122.494 dDocent_Contig_4035 32 . C T 137.612 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0.769231;EPP=13.8677;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=734;RO=18;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=42.0968;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:5,5:5:205:5:201:-15.4602,0,-15.8247 0/0:13:13,0:13:529:0:0:0,-3.91339,-47.9566 dDocent_Contig_4036 19 . T A 209.928 . AB=0.238095;ABP=28.0339;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=1.13514;EPP=24.725;EPPR=135.974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.7536;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.898551;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=2749;RO=69;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=152.842;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=67;SRP=135.974;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1489:0:0:0,-11.1381,-134.254 0/1:42:32,10:32:1260:10:392:-22.9928,0,-96.8754 dDocent_Contig_4038 69 . A G 665.644 . AB=0.22561;ABP=110.26;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.864865;PAIREDR=0.740157;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1322;QR=4549;RO=127;RPL=18;RPP=3.06899;RPPR=10.5506;RPR=19;RUN=1;SAF=18;SAP=3.06899;SAR=19;SRF=53;SRP=10.5506;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:80,19:80:2871:19:680:-31.7227,0,-228.805 0/1:65:47,18:47:1678:18:642:-38.5407,0,-131.731 dDocent_Contig_4039 11 . C T 1013.54 . AB=0.09375;ABP=94.755;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=875;RO=22;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:33:8,4,20:8:318:4,20:154,786:-62.2373,-52.0026,-76.9815,0,-13.5473,-20.1671 0|0:31:14,2,14:14:557:2,14:78,570:-42.8153,-40.6201,-85.8765,0,-39.4534,-41.6496 dDocent_Contig_4040 7 . T G 26407.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=974;CIGAR=1M1X2M;DP=1063;DPB=1093;DPRA=0;EPP=2118.02;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=59.9784;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.997947;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30386;QR=1033;RO=36;RPL=0;RPP=2118.02;RPPR=81.1833;RPR=974;RUN=1;SAF=974;SAP=2118.02;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:586:23,40,514:23:662:40,514:1388,16061:-1385.21,-1279.32,-1319.93,-102.091,-41.878,0 1|1:477:13,0,460:13:371:0,460:0,14325:-1255.25,-1259.16,-1288.63,-108.967,-138.474,0 dDocent_Contig_4041 54 . G A 3282.6 . AB=0.237741;ABP=405.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=160;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=350.446;EPPR=1114.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5933;QR=18207;RO=512;RPL=160;RPP=350.446;RPPR=1114.8;RPR=0;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=512;SRP=1114.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:383:314,68:314:11182:68:2522:-112.117,0,-891.041 0/1:290:198,92:198:7025:92:3411:-219.842,0,-544.919 dDocent_Contig_4042 12 . C T 222.085 . AB=0.105263;ABP=28.7251;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=33;DPB=33;DPRA=1.35714;EPP=7.35324;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=890;RO=22;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=50.7827;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:13,0,1:13:523:0,1:0,40:0,-3.91339,-47.0169,-0.218741,-43.722,-43.421 0|0:19:9,2,8:9:367:2,8:76,326:-24.2072,-20.6894,-50.3662,0,-24.0738,-27.893 dDocent_Contig_4043 27 . C T 69.979 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.612903;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=1850;RO=46;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:15,4:15:593:4:156:-8.69687,0,-47.9872 0/0:31:31,0:31:1257:0:0:0,-9.33193,-113.397 dDocent_Contig_4046 36 . G T 34.4655 . AB=0.111111;ABP=73.9451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990196;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=4031;RO=102;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=224.5;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2144:0:0:0,-16.2556,-193.141 0/1:54:48,6:48:1887:6:237:-5.44639,0,-153.783 dDocent_Contig_4048 22 . T G 434.068 . AB=0.46875;ABP=3.28173;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=1798;RO=45;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=100.727;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:28,1:28:1121:1:40:0,-4.73419,-97.1719 0/1:32:17,15:17:677:15:609:-45.4068,0,-51.6245 dDocent_Contig_4049 83 . G A 41614.1 . AB=0.827927;ABP=1702.05;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1506;CIGAR=1X;DP=1819;DPB=1819;DPRA=0;EPP=3273.25;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52370;QR=10832;RO=310;RPL=1506;RPP=3273.25;RPPR=676.167;RPR=0;RUN=1;SAF=1506;SAP=3273.25;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:769:172,595:172:5985:595:20747:-1635.73,0,-307.717 0/1:1050:138,911:138:4847:911:31623:-2529.38,0,-120.539 dDocent_Contig_4050 135 . C T 4324.43 . AB=0.871795;ABP=237.14;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=170;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=372.161;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.864706;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5482;QR=799;RO=25;RPL=0;RPP=372.161;RPPR=57.2971;RPR=170;RUN=1;SAF=0;SAP=372.161;SAR=170;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:15,88:15:483:88:2839:-224.747,0,-12.7717 0/1:92:10,82:10:316:82:2643:-210.423,0,-1.05122 dDocent_Contig_4051 29 . G A 1603.11 . AB=0.5625;ABP=6.26751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=2X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2137;QR=1669;RO=42;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=94.2121;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:11,22:11:438:22:861:-67.8687,0,-29.8413 0|1:63:31,32:31:1231:32:1276:-96.1418,0,-92.1012 dDocent_Contig_4053 10 . T C 28584.1 . AB=0.484987;ABP=6.85707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=953;CIGAR=1X3M1X;DP=1965;DPB=1965;DPRA=0;EPP=2072.42;EPPR=1596.87;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37482;QR=29126;RO=734;RPL=0;RPP=2072.42;RPPR=1596.87;RPR=953;RUN=1;SAF=953;SAP=2072.42;SAR=0;SRF=734;SRP=1596.87;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:966:448,48,455:448:17772:48,455:1850,17891:-1336.74,-1319.7,-2768.15,0,-1311.01,-1325.94 0|1:999:286,196,498:286:11354:196,498:7708,19591:-1525.37,-977.448,-1853.1,0,-300.639,-784.741 dDocent_Contig_4054 40 . G C 4076.55 . AB=0.269388;ABP=116.184;AC=4;AF=1;AN=4;AO=66;CIGAR=1X6M;DP=245;DPB=245;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2391;QR=1880;RO=52;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=115.927;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:138:27,84,27:27:978:84,27:3144,986:-250.067,-0.712806,-55.2701,-177.642,0,-249.357 1|1:107:25,42,39:25:902:42,39:1561,1405:-161.247,-41.0182,-101.984,-54.1499,0,-116.014 dDocent_Contig_4055 38 . A G 68.5488 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.804878;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1622;RO=41;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=92.0407;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:25,1:25:994:1:41:0,-3.73221,-85.6615 0/1:20:16,4:16:628:4:161:-8.85488,0,-50.8332 dDocent_Contig_4056 17 . C G 514.178 . AB=0.213675;ABP=86.3243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=3696;RO=92;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=202.786;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:48,19:48:1929:19:756:-48.1938,0,-153.631 0/1:50:44,6:44:1767:6:240:-6.92304,0,-144.193 dDocent_Contig_4057 45 . C T 62.3499 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=3969;RO=99;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=217.986;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:70,1:70:2812:1:41:0,-17.2786,-249.08 0/1:34:29,5:29:1157:5:201:-8.23499,0,-94.1727 dDocent_Contig_4058 7 . T C 166.273 . 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AB=0.111111;ABP=38.4777;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X4M;DP=43;DPB=43;DPRA=1.6875;EPP=9.52472;EPPR=48.8827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=1221;RO=32;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=72.4974;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=29;SRP=48.8827;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:12,4,0,0:12:464:4,0,0:154,0,0:0,-0.00434694,-37.299,-3.61236,-38.5031,-41.917,-3.61236,-38.5031,-41.917,-41.917 0|0:27:20,0,4,3:20:757:0,4,3:0,151,105:-6.37104,-12.3916,-74.459,0,-62.0826,-60.8784,-3.86016,-65.9189,-53.543,-65.0158 dDocent_Contig_4060 8 . C G 47.1884 . 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N G 774.911 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=22.8638;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.6786;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0357143;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=984;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=6;SAP=22.8638;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:415:-35.7148,-3.61236,0 1/1:16:0,16:0:0:16:569:-41.4752,-4.81648,0 dDocent_Contig_4065 191 . G T 132.612 . AB=0.272727;ABP=12.8806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=2.75;EPP=16.0391;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=911;RO=24;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:306:0:0:0,-2.40824,-27.8935 0/1:22:16,6:16:605:6:239:-15.2612,0,-48.1557 dDocent_Contig_4066 22 . G A 272.212 . AB=0.12253;ABP=316.123;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=496;DPB=496;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=988.859;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1608;QR=18129;RO=454;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=988.859;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=454;SRP=988.859;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:243:232,11:232:9237:11:440:0,-33.1951,-790.823 0/1:253:222,31:222:8892:31:1168:-29.2212,0,-723.562 dDocent_Contig_4068 63 . C T 74.8897 . AB=0.134615;ABP=63.3104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=3310;RO=84;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:45,7:45:1761:7:272:-9.18794,0,-143.059 0/0:40:39,1:39:1549:1:37:0,-8.34337,-135.947 dDocent_Contig_4069 9 . A G 214.472 . AB=0.193548;ABP=53.5846;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=1.40909;EPP=29.068;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=3592;RO=94;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=207.129;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1686:0:0:0,-13.2453,-152.001 0/1:62:50,12:50:1906:12:464:-23.4472,0,-153.12 dDocent_Contig_4071 12 . A C 312.121 . AB=0.478261;ABP=3.10471;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.676471;EPP=26.8965;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=1799;RO=45;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=100.727;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,0:33:1316:0:0:0,-9.93399,-118.584 0/1:23:12,11:12:483:11:442:-33.2121,0,-36.8975 dDocent_Contig_4072 114 . T C 658.83 . AB=0.352273;ABP=19.6912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X3M1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1061;QR=1808;RO=55;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=122.441;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:29,21:29:943:21:716:-49.3669,0,-69.7764 0|1:37:26,10:26:865:10:345:-20.215,0,-66.9891 dDocent_Contig_4073 144 . C T 300.688 . AB=0.194444;ABP=90.593;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=729;QR=3042;RO=87;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=191.928;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=191.928;SRR=87;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:45,12:45:1584:12:419:-20.8858,0,-125.69 0/1:51:42,9:42:1458:9:310:-12.882,0,-116.164 dDocent_Contig_4074 98 . N A 49.0673 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=31.5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=57;PQA=1656;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:41:-3.6832,-0.60206,0 1|1:1:0,1:0:0:1:10:-0.894061,-0.30103,0 dDocent_Contig_4075 21 . G T 227.036 . AB=0.144068;ABP=132.857;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.411765;PAIREDR=0.594059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=680;QR=4003;RO=101;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=222.329;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:36,9:36:1441:9:367:-19.8487,0,-116.397 0/1:73:65,8:65:2562:8:313:-6.55388,0,-208.747 dDocent_Contig_4076 13 . T C 167.609 . 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AB=0.350877;ABP=14.02;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.72973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=674;QR=1257;RO=37;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=4.74748;SAR=8;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:11,13:11:380:13:433:-32.0662,0,-27.3083 0/1:33:26,7:26:877:7:241:-12.0925,0,-69.3066 dDocent_Contig_4081 7 . T C 43287.8 . AB=0.783602;ABP=522.774;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1294;CIGAR=1X3M;DP=1484;DPB=1488.25;DPRA=0;EPP=2812.9;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49793;QR=2943;RO=77;RPL=0;RPP=2812.9;RPPR=170.214;RPR=1294;RUN=1;SAF=1294;SAP=2812.9;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:744:62,93,583:62:2366:93,583:3569,22449:-1923.43,-1649.14,-1815.25,-98.8482,0,-117.458 1|1:740:15,10,711:15:577:10,711:385,27344:-2407.05,-2379.96,-2424.32,-166.649,-182.416,0 dDocent_Contig_4082 98 . N T 3965.27 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=131;CIGAR=2X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984733;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4399;QR=0;RO=0;RPL=131;RPP=287.473;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:27:0,27:0:0:27:876:-79.1411,-8.12781,0 1|1:105:0,104:0:0:104:3523:-317.084,-31.3071,0 dDocent_Contig_4085 10 . G A 44.2933 . 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AB=0.142857;ABP=49.5419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1442;RO=36;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=81.1833;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:731:4:161:-8.25282,0,-59.4903 0/1:20:18,2:18:711:2:82:-1.75908,0,-58.2902 dDocent_Contig_4088 24 . A G 728.452 . AB=0.385714;ABP=10.9517;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.651163;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1077;QR=1700;RO=43;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=96.3836;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:25,7:25:989:7:279:-15.848,0,-79.6756 0/1:38:18,20:18:711:20:798:-60.6962,0,-52.8743 dDocent_Contig_4089 209 . N G 191.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:164:-15.1499,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:37:-3.69783,-0.30103,0 dDocent_Contig_4090 65 . G C 639.428 . AB=0.164444;ABP=223.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=411.247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1497;QR=7467;RO=188;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=411.247;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=188;SRP=411.247;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:76,20:76:3051:20:810:-44.3171,0,-245.766 0/1:129:112,17:112:4416:17:687:-23.3247,0,-358.56 dDocent_Contig_4092 10 . G A 1003.81 . AB=0.145969;ABP=502.709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=459;DPB=459;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=839.027;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992208;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2667;QR=15216;RO=385;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=839.027;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=385;SRP=839.027;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:225:193,32:193:7629:32:1269:-46.7438,0,-618.505 0/1:234:192,35:192:7587:35:1398:-57.3364,0,-613.731 dDocent_Contig_4093 98 . N T 134.973 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79594,-0.90309,0 dDocent_Contig_4094 43 . T C 12911.8 . AB=0.887168;ABP=591.518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=401;CIGAR=1X;DP=452;DPB=452;DPRA=0;EPP=873.771;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15909;QR=2028;RO=51;RPL=0;RPP=873.771;RPPR=113.755;RPR=401;RUN=1;SAF=401;SAP=873.771;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:253:30,223:30:1192:223:8840:-718.913,0,-31.3908 0/1:199:21,178:21:836:178:7069:-575.969,0,-15.6468 dDocent_Contig_4095 152 . C A 612.027 . AB=0.190244;ABP=173.858;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=428;DPB=428;DPRA=0.919283;EPP=87.6977;EPPR=847.713;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1385;QR=14627;RO=389;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=847.713;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=847.713;SRR=389;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:223:223,0:223:8357:0:0:0,-67.1297,-751.908 0/1:205:166,39:166:6270:39:1385:-63.2027,0,-502.504 dDocent_Contig_4096 11 . G A 11804.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=351;CIGAR=1X;DP=371;DPB=371;DPRA=0;EPP=765.197;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13873;QR=746;RO=19;RPL=0;RPP=765.197;RPPR=44.2683;RPR=351;RUN=1;SAF=351;SAP=765.197;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:166:6,160:6:241:160:6307:-545.348,-27.9052,0 1/1:205:13,191:13:505:191:7566:-634.8,-16.0283,0 dDocent_Contig_4098 26 . T C 254.228 . AB=0.142857;ABP=150.36;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.652174;PAIREDR=0.676856;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=893;QR=8481;RO=229;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=500.277;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:119:115,4:115:4247:4:147:0,-22.2349,-368.741 0/1:133:114,19:114:4234:19:746:-27.4228,0,-341.102 dDocent_Contig_4100 9 . A T 33.7254 . AB=0.0935961;ABP=294.234;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=380;DPB=380;DPRA=1.14689;EPP=44.2683;EPPR=786.912;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=735;QR=13735;RO=361;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=786.912;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=361;SRP=786.912;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:177:177,0:177:6753:0:0:0,-53.2823,-607.674 0/1:203:184,19:184:6982:19:735:-5.37236,0,-567.154 dDocent_Contig_4101 9 . A C 2902.73 . AB=0.409938;ABP=25.6961;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=322;DPB=322;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=411.247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.947;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.681818;PAIREDR=0.393617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4335;QR=7138;RO=188;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=411.247;RPR=132;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=188;SRP=411.247;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:94,53:94:3551:53:1734:-111.697,0,-275.07 0/1:173:94,79:94:3587:79:2601:-182.275,0,-270.872 dDocent_Contig_4102 28 . G A 37.2658 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0.5;EPP=11.6962;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=3626;RO=92;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=202.786;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1104:4:163:-5.42547,0,-90.0165 0/0:64:64,0:64:2522:0:0:0,-19.2659,-227.133 dDocent_Contig_4103 7 . T A 86.5252 . AB=0.125;ABP=100.727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8291;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=7532;RO=199;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=435.133;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:134:129,5:129:4905:5:194:0,-22.5052,-423.65 0/1:80:70,10:70:2627:10:382:-10.6525,0,-211.175 dDocent_Contig_4104 74 . T A 266.889 . AB=0.25;ABP=33.4109;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=535;QR=2498;RO=70;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:42,14:42:1481:14:499:-28.3879,0,-116.725 0/0:29:28,1:28:1017:1:36:0,-5.13159,-88.2462 dDocent_Contig_4106 10 . G A 36.6115 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=2.58333;EPP=11.6962;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1564;RO=39;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=87.6977;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1088:4:159:-5.36002,0,-88.8742 0/0:12:12,0:12:476:0:0:0,-3.61236,-43.1897 dDocent_Contig_4107 26 . T C 2872.32 . AB=0.142958;ABP=1567.58;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1X;DP=1413;DPB=1413;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=2630.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7960;QR=47412;RO=1210;RPL=0;RPP=441.648;RPPR=2630.49;RPR=202;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=1210;SRP=2630.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:655:537,117:537:21078:117:4595:-216.218,0,-1698.08 0/1:758:673,85:673:26334:85:3365:-74.7128,0,-2139.73 dDocent_Contig_4108 106 . N A 349.334 . AB=0.333333;ABP=4.45795;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=2X3M;DP=11;DPB=11;DPRA=1.2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5,0:0:0:5,0:202,0:-18.5621,-1.50515,0,-18.5621,-1.50515,-18.5621 1|1:6:0,4,2:0:0:4,2:145,72:-18.0698,-6.23226,-5.02814,-12.1981,0,-11.596 dDocent_Contig_4109 37 . G T 201.396 . AB=0.236842;ABP=25.8679;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=3127;RO=78;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=172.385;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:28,9:28:1121:9:366:-21.8385,0,-89.7099 0/0:54:50,4:50:2006:4:159:0,-1.56479,-166.034 dDocent_Contig_4110 98 . N A 47.1375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=3X;DP=2;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=7;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:51:-4.71266,-0.60206,0 dDocent_Contig_4111 12 . T A 209.289 . AB=0.181818;ABP=61.0478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9444;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.759259;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=486;QR=2175;RO=54;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=120.27;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1338:7:283:-13.8018,0,-108.631 0/1:26:21,5:21:837:5:203:-10.8261,0,-67.8117 dDocent_Contig_4112 1 . N G 1758.43 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=118.251;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.3158;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1977;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=0;RPR=57;RUN=1;SAF=1;SAP=118.251;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0,22:0:0:22:760:-68.4611,-6.62266,0 1/1:35:0,35:0:0:35:1217:-107.08,-10.5361,0 dDocent_Contig_4113 19 . C A 1286.19 . AB=0.239837;ABP=147.634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2287;QR=7450;RO=187;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=409.076;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:109,26:109:4313:26:998:-49.4655,0,-347.487 0/1:111:78,33:78:3137:33:1289:-82.8521,0,-248.978 dDocent_Contig_4114 98 . N T 167.468 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=177;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22451,-0.60206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:122:-11.2207,-1.50515,0 dDocent_Contig_4115 98 . N C 104.487 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_4116 189 . A G 66.6497 . AB=0.0941558;ABP=443.65;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=709;DPB=709;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=1462.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1437;QR=26489;RO=672;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=1462.24;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=1462.24;SRR=672;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:279,29:279:10952:29:1120:-8.36394,0,-892.279 0/0:401:393,8:393:15537:8:317:0,-91.8165,-1368.28 dDocent_Contig_4117 7 . T A 363.757 . AB=0.192661;ABP=92.4391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=802;QR=3316;RO=88;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=194.1;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:57,12:57:2146:12:460:-20.9791,0,-172.597 0/1:40:31,9:31:1170:9:342:-19.0956,0,-93.5525 dDocent_Contig_4118 9 . A C 1868.5 . AB=0.306452;ABP=83.705;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=417;DPB=417;DPRA=1.46746;EPP=168.042;EPPR=743.482;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2926;QR=13021;RO=341;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=743.482;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=341;SRP=743.482;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:169:169,0:169:6440:0:0:0,-50.8741,-579.516 0/1:248:172,76:172:6581:76:2926:-188.85,0,-517.54 dDocent_Contig_4119 16 . T C 1480.62 . AB=0.0704225;ABP=116.814;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=676;RO=17;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=39.9253;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:11,26,3:11:438:26,3:1020,122:-80.5612,0,-28.2339,-73.8078,-25.9956,-108.974 0|1:31:6,23,2:6:238:23,2:889,79:-71.1999,0,-12.6693,-66.5048,-13.0928,-85.4966 dDocent_Contig_4120 115 . T C 257.611 . AB=0.272727;ABP=27.6861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41;MQMR=44.725;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=533;QR=1363;RO=40;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=89.8692;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:22,9:22:757:9:319:-19.1877,0,-55.7701 0/1:24:18,6:18:606:6:214:-10.2723,0,-46.8443 dDocent_Contig_4121 190 . C T 45.23 . AB=0.115942;ABP=91.4113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0.821429;EPP=20.3821;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=296;QR=5804;RO=145;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=317.874;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=317.874;SRR=145;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:61,8:61:2437:8:296:-6.22196,0,-198.703 0/0:84:84,0:84:3367:0:0:0,-25.2865,-303.069 dDocent_Contig_4122 91 . A G 235.41 . AB=0.121083;ABP=878.479;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=1041;DPB=1041;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=1996.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3659;QR=30215;RO=918;RPL=119;RPP=261.416;RPPR=1996.42;RPR=0;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=918;SRP=1996.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:339:305,34:305:10155:34:1041:0,-8.07491,-820.003 0/1:702:613,85:613:20060:85:2618:-25.541,0,-1594.81 dDocent_Contig_4126 79 . T C 1324.5 . AB=0.19685;ABP=307.136;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=1064;DPB=1064;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=2039.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.584;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4589;QR=35626;RO=938;RPL=125;RPP=274.444;RPPR=2039.85;RPR=0;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=938;SRP=2039.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:381:305,75:305:11543:75:2763:-134.149,0,-923.876 0/0:683:633,50:633:24083:50:1826:0,-41.4207,-2001.94 dDocent_Contig_4127 8 . C A 24742.3 . 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AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1M1X1M;DP=44;DPB=53.3333;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=988;RO=29;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=65.983;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:12,2,7:12:409:2,7:67,230:-15.0144,-13.1944,-45.799,0,-27.8162,-31.1364 0|0:22:17,5,0:17:579:5,0:174,0:-9.37929,0,-45.8085,-14.4968,-47.3137,-61.4643 dDocent_Contig_4130 60 . G T 302.409 . AB=0.295455;ABP=19.0002;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=1173;RO=31;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:667:5:202:-11.6382,0,-53.4245 0/1:21:13,8:13:506:8:314:-22.3017,0,-39.5568 dDocent_Contig_4131 12 . T C 24945.9 . AB=0.468408;ABP=13.3006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=556;CIGAR=1M1X5M;DP=1187;DPB=1245.71;DPRA=0;EPP=1193.04;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.942446;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22198;QR=1897;RO=48;RPL=0;RPP=1210.35;RPPR=107.241;RPR=556;RUN=1;SAF=554;SAP=1193.04;SAR=2;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:629:30,144,29,38,52,318:30:1185:144,29,38,52,318:5431,1154,1493,2041,12704:-1384.78,-948.81,-1002.97,-1298.79,-951.301,-1387.57,-1271.02,-923.524,-1273.51,-1357.09,-1225.97,-878.479,-1228.46,-1200.68,-1307.83,-347.49,0,-349.981,-322.204,-277.158,-349.272 0|1:558:18,124,33,42,81,238:18:712:124,33,42,81,238:4816,1310,1630,3186,9494:-1113.51,-723.247,-744.516,-1011.09,-674.003,-1059.75,-985.02,-647.937,-935.776,-1030.97,-856.876,-519.794,-807.632,-781.566,-891.089,-337.084,0,-287.839,-261.774,-133.629,-324.035 dDocent_Contig_4132 25 . G A 108.577 . AB=0.117188;ABP=165.939;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=313;DPB=313;DPRA=0.691892;EPP=35.5824;EPPR=650.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979866;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=11640;RO=298;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=650.109;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=298;SRP=650.109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:113,15:113:4390:15:564:-12.5567,0,-356.592 0/0:185:185,0:185:7250:0:0:0,-55.6905,-652.245 dDocent_Contig_4133 16 . T A 6614.16 . AB=0.245167;ABP=644.911;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=279;CIGAR=1X;DP=1138;DPB=1138;DPRA=0;EPP=608.851;EPPR=1866.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982079;PAIREDR=0.996503;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11202;QR=34365;RO=858;RPL=0;RPP=608.851;RPPR=1866.13;RPR=279;RUN=1;SAF=279;SAP=608.851;SAR=0;SRF=858;SRP=1866.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:420:260,160:260:10498:160:6454:-454.135,0,-817.65 0/1:718:598,119:598:23867:119:4748:-210.98,0,-1929.66 dDocent_Contig_4135 107 . N G 49.9477 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:26:-2.59983,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:22:-2.08999,-0.60206,0 dDocent_Contig_4136 10 . G A 5104.79 . AB=0.5375;ABP=6.91895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=310.248;EPPR=315.761;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0174;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.331081;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6816;QR=5851;RO=148;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=324.388;RPR=172;RUN=1;SAF=164;SAP=310.248;SAR=8;SRF=147;SRP=315.761;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:63,70:63:2478:70:2763:-207.261,0,-183.133 0/1:187:85,102:85:3373:102:4053:-306.917,0,-247.323 dDocent_Contig_4137 42 . A G 620.125 . AB=0.230159;ABP=82.6999;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.551724;PAIREDR=0.793814;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1144;QR=3820;RO=97;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=213.643;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1878:7:276:-8.6509,0,-152.687 0/1:71:49,22:49:1942:22:868:-57.0606,0,-153.619 dDocent_Contig_4140 49 . G C 65.2421 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.20833;EPP=16.0391;EPPR=96.5684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.787234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=185;QR=1488;RO=47;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=96.5684;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:696:6:185:-8.22318,0,-54.1937 0/0:24:24,0:24:792:0:0:0,-7.22472,-71.5869 dDocent_Contig_4142 33 . G A 1464.79 . AB=0.529412;ABP=3.7767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2003;QR=1779;RO=48;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=107.241;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:23,41:23:833:41:1515:-117.353,0,-56.0203 0/1:38:25,13:25:946:13:488:-32.825,0,-74.017 dDocent_Contig_4143 201 . C T 824.46 . AB=0.423077;ABP=7.01917;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.939394;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1209;QR=1573;RO=44;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:16,21:16:585:21:771:-58.58,0,-41.8481 0/1:41:28,12:28:988:12:438:-27.565,0,-77.038 dDocent_Contig_4144 107 . N T 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4145 10 . G C 191.6 . AB=0.111675;ABP=261.041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=314;DPB=314;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.4591;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989324;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1253;QR=11205;RO=281;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=613.194;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:173,22:173:6925:22:885:-20.8589,0,-562.161 0/0:117:108,9:108:4280:9:368:0,-1.73516,-351.579 dDocent_Contig_4146 22 . T C 472.928 . AB=0.27027;ABP=36.9322;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=806;QR=2150;RO=54;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=120.27;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:34,4:34:1362:4:164:-3.71076,0,-111.403 0/1:36:20,16:20:788:16:642:-47.2768,0,-60.3962 dDocent_Contig_4149 107 . N C 38.951 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4150 144 . C T 162.242 . AB=0.213115;ABP=46.6177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49.6923;MQMR=59.0208;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=426;QR=1486;RO=48;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=107.241;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:29,10:29:867:10:321:-16.7353,0,-66.4778 0/1:22:19,3:19:619:3:105:-3.1735,0,-49.3049 dDocent_Contig_4152 107 . N T 55.0453 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:39:-3.7049,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:16:-1.48998,-0.30103,0 dDocent_Contig_4153 7 . T C 447.613 . AB=0.666667;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=3;EPP=11.6962;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.0625;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=615;RO=16;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=37.7539;RPR=16;RUN=1;SAF=12;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:303:0:0:0,-2.40824,-27.6278 0/1:24:8,16:8:312:16:602:-46.7613,0,-21.2202 dDocent_Contig_4154 26 . C A 38103.7 . AB=0.811159;ABP=1178.68;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1134;CIGAR=1X3M;DP=1398;DPB=1398;DPRA=0;EPP=2465.46;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.4471;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44623;QR=4067;RO=103;RPL=0;RPP=2465.46;RPPR=226.672;RPR=1134;RUN=1;SAF=1134;SAP=2465.46;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:679:35,91,551:35:1391:91,551:3562,21697:-1952.17,-1669.85,-1756.97,-178.339,0,-126.994 0|1:719:68,65,583:68:2676:65,583:2533,22926:-1861.9,-1674.19,-1874.74,0,-11.9375,-44.6223 dDocent_Contig_4155 2 . A G 225.892 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2I1X3M1X;DP=22;DPB=27.6667;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=29.4;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=175;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:0,5,3:0:0:5,3:170,105:-18.8071,-7.00426,-5.49911,-11.874,0,-10.9709 0|1:11:0,2,2:0:0:2,2:70,70:-5.70159,-0.826849,-0.224789,-4.88017,0,-4.27811 dDocent_Contig_4156 98 . N C 154.513 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:168:-15.4512,-1.50515,0 dDocent_Contig_4157 107 . N T 43.698 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:46:-4.36869,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4158 7 . T C 2580.28 . AB=0.728814;ABP=56.6714;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=164.608;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.7907;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.965116;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3298;QR=1188;RO=31;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=70.3259;RPR=86;RUN=1;SAF=83;SAP=164.608;SAR=3;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:14,31:14:542:31:1192:-94.0294,0,-35.5797 0/1:73:17,55:17:646:55:2106:-167.697,0,-36.4127 dDocent_Contig_4159 98 . N C 25747.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=923;CIGAR=1X;DP=925;DPB=925;DPRA=0;EPP=2007.28;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28607;QR=0;RO=0;RPL=923;RPP=2007.28;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=923;SAP=2007.28;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:401:0,400:0:0:400:12378:-1113.96,-120.412,0 1/1:524:0,523:0:0:523:16229:-1460.49,-157.439,0 dDocent_Contig_4161 68 . G C 121.487 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X1M14I4M;DP=69;DPB=102.111;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=53.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.734694;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=1791;RO=49;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=5.18177;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=28;SRP=5.18177;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:30,2,0,1,1:30:1099:2,0,1,1:68,0,26,37:0,-3.50989,-92.7734,-9.0309,-93.3755,-98.8828,-7.01449,-91.34,-96.8471,-96.546,-5.98968,-90.3482,-95.8555,-93.8199,-95.5545 0|0:35:19,0,3,4,7:19:692:0,3,4,7:0,103,122,244:-14.1487,-19.8683,-76.4193,-11.4985,-68.0555,-67.1524,-10.1078,-66.6596,-58.2963,-65.4555,0,-56.5742,-48.2102,-46.8157,-54.467 dDocent_Contig_4162 107 . N A 161.867 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:99:-9.23746,-0.90309,0 dDocent_Contig_4163 18 . G T 205.386 . AB=0.173913;ABP=66.7383;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=1.01471;EPP=29.068;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=474;QR=4915;RO=125;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=274.444;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:57,12:57:2269:12:474:-22.2376,0,-183.612 0/0:68:68,0:68:2646:0:0:0,-20.47,-238.274 dDocent_Contig_4164 98 . N G 4683.73 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5197;QR=0;RO=0;RPL=159;RPP=348.274;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:27:0,26:0:0:26:806:-72.7506,-7.82678,0 1/1:134:0,133:0:0:133:4391:-395.322,-40.037,0 dDocent_Contig_4165 88 . G T 262.599 . AB=0.255319;ABP=27.4509;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0.810345;EPP=29.068;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.526882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=3402;RO=93;RPL=5;RPP=3.73412;RPPR=5.83555;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=52;SRP=5.83555;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:35,12:35:1253:12:464:-27.9589,0,-98.912 0/0:58:58,0:58:2149:0:0:0,-17.4597,-193.627 dDocent_Contig_4167 52 . T A 795.176 . AB=0.133333;ABP=90.593;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=18M1X1M7I5M1X6M4I15M;DP=150;DPB=134.936;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=18;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=1497;RO=41;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:28,0,7,18,2,5,4:28:1026:0,7,18,2,5,4:0,255,642,56,151,129:-43.913,-52.3418,-136.212,-31.5092,-115.383,-113.275,0,-83.8806,-63.0503,-78.4621,-47.9102,-131.78,-110.951,-79.4489,-131.178,-40.2699,-124.139,-103.31,-71.8088,-119.707,-122.634,-41.9448,-125.815,-104.986,-73.484,-121.383,-113.743,-124.611 0|0:75:13,10,9,8,16,1,4:13:471:10,9,8,16,1,4:310,337,284,534,32,117:-39.3036,-18.3368,-53.7867,-15.6104,-29.1924,-51.3635,-20.0775,-33.6591,-30.9336,-56.1308,0,-13.5833,-10.8561,-15.3233,-33.6456,-40.6387,-54.2189,-51.4945,-55.9608,-35.884,-78.7977,-33.8965,-47.4771,-44.7521,-49.2186,-29.1422,-69.7782,-71.1523 dDocent_Contig_4168 21 . G A 11168.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=335;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=730.454;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979104;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13333;QR=913;RO=23;RPL=0;RPP=730.454;RPPR=52.9542;RPR=335;RUN=1;SAF=335;SAP=730.454;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:205:11,194:11:434:194:7752:-657.859,-22.2976,0 1/1:153:12,141:12:479:141:5581:-458.659,-2.60012,0 dDocent_Contig_4169 11 . T C 967.177 . AB=0.133829;ABP=629.573;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=1081;DPB=1081;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=2113.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.885802;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4399;QR=39061;RO=972;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=2113.68;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=972;SRP=2113.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:538:466,72:466:18725:72:2892:-98.4167,0,-1521.69 0/0:543:506,37:506:20336:37:1507:0,-27.595,-1692.59 dDocent_Contig_4170 38 . C A 50.6578 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0.297872;EPP=9.52472;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.3448;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=2289;RO=58;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=128.956;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:47,0:47:1862:0:0:0,-14.1484,-166.361 0|1:14:11,3:11:427:3:121:-7.06578,0,-34.5657 dDocent_Contig_4171 95 . G A 409.8 . 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AB=0.638225;ABP=51.635;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=187;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=409.076;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.951872;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7193;QR=3987;RO=105;RPL=0;RPP=409.076;RPPR=231.015;RPR=187;RUN=1;SAF=187;SAP=409.076;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:49,94:49:1860:94:3619:-282.374,0,-124.211 0/1:149:56,93:56:2127:93:3574:-276.905,0,-146.803 dDocent_Contig_4175 28 . T C 133.76 . AB=0.151515;ABP=72.629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=2212;RO=56;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=124.613;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1243:6:239:-10.4454,0,-100.702 0/1:28:24,4:24:969:4:163:-6.62959,0,-79.0809 dDocent_Contig_4176 64 . T C 3770.23 . AB=0.658031;ABP=44.8758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4872;QR=2546;RO=66;RPL=127;RPP=278.787;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:49,25:49:1909:25:984:-66.5871,0,-149.751 0/1:119:17,102:17:637:102:3888:-314.135,0,-21.8334 dDocent_Contig_4177 49 . C T 96.1028 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=520;QR=6228;RO=157;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=343.931;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:62,1:62:2471:1:37:0,-15.2671,-218.838 0/1:107:95,12:95:3757:12:483:-11.6103,0,-305.946 dDocent_Contig_4179 59 . T A 195.183 . AB=0.2;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.758065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=440;QR=2458;RO=62;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:40,10:40:1606:10:399:-21.2173,0,-129.723 0/0:23:22,1:22:852:1:41:0,-2.82912,-72.8884 dDocent_Contig_4180 118 . G C 337.986 . AB=0.377778;ABP=8.84915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=942;RO=28;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=63.8115;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:721:7:233:-12.8672,0,-56.7811 0/1:17:7,10:7:221:10:327:-24.6303,0,-15.0826 dDocent_Contig_4181 105 . G T 172.424 . AB=0.166667;ABP=66.7068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.709091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=2214;RO=55;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:691:5:201:-11.8479,0,-55.8954 0/1:44:38,6:38:1523:6:244:-9.0935,0,-124.052 dDocent_Contig_4182 18 . G A 24223.6 . AB=0.581159;ABP=81.9638;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=802;CIGAR=1X;DP=1380;DPB=1380;DPRA=0;EPP=1744.53;EPPR=1258.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31597;QR=22800;RO=578;RPL=0;RPP=1744.53;RPPR=1258.12;RPR=802;RUN=1;SAF=802;SAP=1744.53;SAR=0;SRF=578;SRP=1258.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:707:295,412:295:11611:412:16253:-1248.75,0,-831.439 0/1:673:283,390:283:11189:390:15344:-1177.3,0,-803.71 dDocent_Contig_4183 7 . T A 264.177 . AB=0.22973;ABP=49.9611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=6042;RO=158;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=346.103;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:57,17:57:2184:17:651:-28.1167,0,-174.511 0/0:102:101,1:101:3858:1:38:0,-26.9382,-343.56 dDocent_Contig_4184 30 . G A 811.314 . AB=0.298077;ABP=39.8418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X9M;DP=104;DPB=105.3;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1228;QR=2120;RO=54;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=120.27;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:34,7,1,13,3:34:1332:7,1,13,3:280,36,520,110:-32.6062,-19.7738,-127.198,-39.9053,-126.369,-149.134,0,-86.4685,-106.598,-105.622,-33.8564,-120.318,-140.447,-100.548,-142.481 0|1:46:20,0,5,18,3:20:788:0,5,18,3:0,187,708,113:-52.2242,-58.2448,-123.078,-42.9369,-107.769,-106.264,0,-64.8442,-49.5362,-59.4257,-48.9862,-113.819,-98.5103,-55.5856,-112.916 dDocent_Contig_4188 10 . C A 1071.63 . AB=0.636364;ABP=11.8936;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0.333333;EPP=79.0118;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1394;QR=7354;RO=184;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=402.561;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:165:164,0:164:6562:0:0:0,-49.3689,-589.908 0/1:55:20,35:20:792:35:1394:-109.163,0,-55.0385 dDocent_Contig_4189 34 . G A 261.065 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1052;CIGAR=1X;DP=1086;DPB=1086;DPRA=0;EPP=2287.4;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33630;QR=487;RO=33;RPL=0;RPP=2287.4;RPPR=74.6689;RPR=1052;RUN=1;SAF=1052;SAP=2287.4;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:601:15,586:15:213:586:18929:-1683.74,-161.608,0 1/1:485:18,466:18:274:466:14701:-1297.95,-121.255,0 dDocent_Contig_4191 66 . G A 139.79 . 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AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.666667;EPP=13.8677;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=3174;RO=80;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=176.728;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:51,0:51:2022:0:0:0,-15.3525,-182.165 0/1:34:29,5:29:1152:5:203:-8.41804,0,-93.7313 dDocent_Contig_4193 123 . G T 1113.36 . AB=0.652174;ABP=16.8888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1502;QR=765;RO=24;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=55.1256;RPR=45;RUN=1;SAF=0;SAP=100.727;SAR=45;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:11,30:11:344:30:997:-77.6918,0,-18.921 0/1:28:13,15:13:421:15:505:-37.3428,0,-29.7708 dDocent_Contig_4194 7 . T C 611.289 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=22;CIGAR=1X3M2X2M1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=868;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:15:0,15:0:0:15:592:-41.3625,-4.51545,0 1|1:7:0,7:0:0:7:276:-19.4654,-2.10721,0 dDocent_Contig_4195 1 . N G 482.813 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=526;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:277:-25.267,-2.40824,0 1/1:8:0,8:0:0:8:249:-22.7133,-2.40824,0 dDocent_Contig_4196 85 . A T 161.946 . AB=0.232558;ABP=29.7245;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0.551282;EPP=24.725;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.936937;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=339;QR=3758;RO=111;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:33,10:33:1084:10:339:-17.8936,0,-84.9133 0/0:78:78,0:78:2674:0:0:0,-23.4803,-240.916 dDocent_Contig_4198 9 . A G 1348.26 . AB=0.453125;ABP=5.45321;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.5345;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.793103;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2213;QR=2626;RO=70;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=155.013;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:40,45:40:1526:45:1707:-112.584,0,-112.026 0/1:43:30,13:30:1100:13:506:-25.941,0,-86.3431 dDocent_Contig_4199 47 . C A 520.715 . AB=0.328358;ABP=20.1552;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=3.40511;EPPR=8.84915;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.772727;PAIREDR=0.622222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=836;QR=1663;RO=45;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=100.727;RPR=22;RUN=1;SAF=10;SAP=3.40511;SAR=12;SRF=17;SRP=8.84915;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:17,12:17:625:12:455:-32.5665,0,-47.8481 0/1:38:28,10:28:1038:10:381:-23.204,0,-82.2813 dDocent_Contig_4200 64 . T A 34.9182 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=1836;RO=48;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:633:3:117:-5.19064,0,-51.5847 0/0:34:32,2:32:1203:2:81:0,-2.54929,-100.847 dDocent_Contig_4201 7 . T C 93.4736 . AB=0.111111;ABP=192.17;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986348;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=873;QR=11156;RO=293;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=639.252;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:172:165,7:165:6256:7:269:0,-27.2025,-538.405 0/1:144:128,16:128:4900:16:604:-11.3474,0,-397.686 dDocent_Contig_4202 17 . T G 36.7466 . AB=0.104478;ABP=94.0501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=56.6538;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.538462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=6178;RO=156;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=341.76;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:97:96,1:96:3749:1:41:0,-25.1053,-328.654 0/1:67:60,7:60:2429:7:283:-5.67457,0,-197.771 dDocent_Contig_4204 38 . G C 968.156 . AB=0.154047;ABP=401.161;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=702.224;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925466;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2391;QR=12847;RO=322;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=702.224;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=322;SRP=702.224;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:163,30:163:6476:30:1212:-50.8539,0,-524.067 0/1:189:159,29:159:6371:29:1179:-49.6607,0,-516.398 dDocent_Contig_4205 41 . T C 7663.13 . AB=0.230637;ABP=369.167;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X6M6D7M;DP=581;DPB=412.65;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5068;QR=3512;RO=90;RPL=134;RPP=293.988;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:260:51,20,88,3,95,0:51:1970:20,88,3,95,0:733,3305,121,3569,0:-385.904,-341.363,-497.122,-130.551,-232.44,-265.842,-391.282,-493.169,-282.358,-552.159,-108.92,-210.809,0,-260.727,-242.104,-401.256,-503.143,-292.333,-553.062,-270.702,-563.036 1|0:321:39,18,46,30,122,34:39:1542:18,46,30,122,34:698,1763,1189,4613,1322:-384.109,-338.503,-459.982,-251.173,-320.725,-364.224,-297.985,-367.537,-280.207,-415.852,-17.7765,-87.3288,0,-46.8107,-107.949,-287.218,-356.77,-269.44,-316.252,-36.0441,-403.881 dDocent_Contig_4206 98 . C G 244.247 . AB=0.358974;ABP=9.74743;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=754;RO=25;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=57.2971;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:429:4:131:-6.69562,0,-33.4911 0/1:21:11,10:11:325:10:305:-21.4281,0,-23.2198 dDocent_Contig_4207 71 . T C 62.1232 . AB=0.136364;ABP=78.8144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954887;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=370;QR=4507;RO=133;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:57,9:57:1956:9:305:-7.91129,0,-156.446 0/0:78:76,2:76:2551:2:65:0,-17.3069,-223.666 dDocent_Contig_4208 38 . A C 2579.55 . AB=0.46798;ABP=4.81808;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.936842;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3581;QR=4104;RO=108;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=237.529;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:62,27:62:2349:27:1027:-65.9357,0,-184.832 0/1:114:46,68:46:1755:68:2554:-195.718,0,-123.883 dDocent_Contig_4209 80 . A G 212.27 . AB=0.09375;ABP=48.8827;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=6M1X2M2I5M1X1M1X;DP=44;DPB=43.7647;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=785;RO=23;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:15,9,3:15:509:9,3:316,104:-21.2109,0,-38.5696,-17.2724,-32.8242,-57.6444 0|0:12:8,2,0:8:276:2,0:74,0:-3.71086,0,-21.9044,-6.11909,-22.5065,-28.5682 dDocent_Contig_4211 15 . T C 211.56 . AB=0.296296;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35.6129;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1240;QR=5842;RO=150;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=328.731;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:57,24:57:2233:24:970:-22.855,0,-176.761 0/0:100:93,7:93:3609:7:270:0,-8.63936,-303.412 dDocent_Contig_4212 25 . T A 2709.71 . AB=0.654135;ABP=30.4558;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.965517;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3492;QR=1764;RO=46;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=102.898;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:9,51:9:358:51:2053:-166.886,0,-14.5211 0/1:73:37,36:37:1406:36:1439:-107.784,0,-104.824 dDocent_Contig_4213 170 . A G 100.254 . 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AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=1.41176;EPP=11.6962;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=39.9189;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1446;RO=37;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:649:0:0:0,-5.11751,-55.0485 0/1:24:20,4:20:797:4:160:-6.44568,0,-59.3496 dDocent_Contig_4220 64 . C G 170.991 . AB=0.106383;ABP=319.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=1.32768;EPP=57.2971;EPPR=678.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0.906977;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=995;QR=15349;RO=387;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=843.37;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=367;SRP=678.63;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:177:177,0:177:6942:0:0:0,-53.2823,-624.46 0/1:235:210,25:210:8407:25:995:-19.0991,0,-685.379 dDocent_Contig_4221 126 . C T 430.226 . AB=0.232759;ABP=74.9684;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.898876;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=2901;RO=89;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=196.271;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=196.271;SRR=89;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:43,16:43:1393:16:530:-30.2546,0,-107.895 0/1:57:46,11:46:1508:11:370:-16.467,0,-118.843 dDocent_Contig_4222 69 . G A 157.863 . AB=0.178571;ABP=53.2644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.69697;EPP=24.725;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.594937;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=2934;RO=79;RPL=4;RPP=3.87889;RPPR=23.0483;RPR=6;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=26;SRP=23.0483;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1236:0:0:0,-9.93399,-111.526 0/1:56:46,10:46:1698:10:381:-17.7863,0,-136.212 dDocent_Contig_4223 13 . C A 813.626 . AB=0.214689;ABP=128.158;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1530;QR=5494;RO=139;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=304.845;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=139;SRP=304.845;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:97,27:97:3807:27:1085:-60.6101,0,-305.302 0/1:53:42,11:42:1687:11:445:-24.4515,0,-136.097 dDocent_Contig_4225 24 . T G 56.8685 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.772727;EPP=13.8677;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2888;RO=73;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=161.528;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1760:0:0:0,-13.2453,-158.615 0/1:34:29,5:29:1128:5:195:-7.68685,0,-91.5657 dDocent_Contig_4226 47 . G T 211.854 . 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AB=0.111111;ABP=215.815;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.854167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=727;QR=5765;RO=144;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=315.702;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:68,7:68:2734:7:284:-3.35617,0,-223.59 0/1:87:76,11:76:3031:11:443:-14.0357,0,-246.685 dDocent_Contig_4229 53 . G A 3366.32 . AB=0.365782;ABP=56.0544;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9674;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981395;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4912;QR=8319;RO=215;RPL=124;RPP=272.273;RPPR=469.877;RPR=0;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:52,20:52:2063:20:804:-51.004,0,-164.187 0/1:267:163,104:163:6256:104:4108:-289.327,0,-482.448 dDocent_Contig_4230 37 . C A 101.179 . 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AB=0.525102;ABP=7.04388;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=387;CIGAR=1X;DP=737;DPB=737;DPRA=0;EPP=843.37;EPPR=763.026;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13327;QR=11851;RO=350;RPL=0;RPP=843.37;RPPR=763.026;RPR=387;RUN=1;SAF=0;SAP=843.37;SAR=387;SRF=0;SRP=763.026;SRR=350;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:278:132,146:132:4469:146:5011:-367.483,0,-318.721 0/1:459:218,241:218:7382:241:8316:-610.305,0,-526.312 dDocent_Contig_4234 107 . N T 398.342 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:199:-18.2365,-1.80618,0 1/1:7:0,7:0:0:7:233:-21.2966,-2.10721,0 dDocent_Contig_4237 110 . A G 593.951 . AB=0.152355;ABP=381.971;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=1286.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2783;QR=20346;RO=591;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=1286.35;RPR=81;RUN=1;SAF=0;SAP=178.9;SAR=81;SRF=0;SRP=1286.35;SRR=591;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:312:286,26:286:9892:26:899:0,-12.6957,-809.068 0/1:361:305,55:305:10454:55:1884:-61.3951,0,-832.417 dDocent_Contig_4239 12 . T G 7431.81 . AB=0.0483559;ABP=919.015;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=1X1M1X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.72;PAIREDR=0.963115;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=9705;RO=244;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=532.85;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:240:107,18,115:107:4231:18,115:711,4660:-352.066,-325.775,-668.515,0,-289.661,-313.545 0|0:277:137,7,133:137:5474:7,133:283,5296:-394.814,-412.723,-861.48,0,-427.528,-410.823 dDocent_Contig_4240 18 . G A 900.115 . AB=0.477612;ABP=3.30199;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1258;QR=1381;RO=35;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=79.0118;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:7,19:7:280:19:753:-60.2611,0,-17.745 0/1:41:28,13:28:1101:13:505:-33.4493,0,-87.0311 dDocent_Contig_4241 61 . A C 144.589 . AB=0.163934;ABP=62.8504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.790698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=423;QR=3248;RO=86;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=3.1113;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=44;SRP=3.1113;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:35,1:35:1303:1:40:0,-6.8414,-113.557 0/1:61:51,10:51:1945:10:383:-16.4589,0,-156.922 dDocent_Contig_4242 40 . T C 415.489 . AB=0.211538;ABP=78.1767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.512195;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=3250;RO=82;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=181.071;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:36,6:36:1445:6:232:-8.6039,0,-117.657 0/1:62:46,16:46:1805:16:611:-36.6439,0,-143.998 dDocent_Contig_4243 11 . T C 1514.66 . AB=0.135593;ABP=139.114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=3M1X5M1X;DP=118;DPB=125.2;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=862;RO=22;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=50.7827;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:12,6,15,2,23:12:478:6,15,2,23:240,570,81,901:-77.8404,-61.6809,-99.2393,-34.7113,-54.3037,-69.5594,-74.773,-94.3658,-67.3952,-113.535,-7.37303,-26.9665,0,-40.0586,-39.8148 1|0:56:10,10,0,14,20:10:384:10,0,14,20:400,0,555,803:-77.3243,-47.3836,-75.8891,-80.3346,-78.8994,-111.851,-34.6531,-33.2164,-66.1683,-61.9539,-14.169,-12.7312,-45.6843,0,-39.6637 dDocent_Contig_4244 11 . T C 11881.5 . 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AB=0.256757;ABP=41.0404;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=760;QR=2171;RO=55;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=122.441;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:38,12:38:1508:12:476:-28.1382,0,-120.9 0/1:24:17,7:17:663:7:284:-18.7087,0,-52.7678 dDocent_Contig_4247 208 . G C 160.002 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=167;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1|1:4:0,4:0:0:4:133:-12.299,-1.20412,0 dDocent_Contig_4248 90 . T C 4689.98 . AB=0.805195;ABP=65.3062;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=168;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5778;QR=805;RO=23;RPL=168;RPP=367.818;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:114:8,106:8:292:106:3580:-295.794,-7.68681,0 0/1:77:15,62:15:513:62:2198:-174.903,0,-23.3086 dDocent_Contig_4250 59 . T C 863.315 . AB=0.24359;ABP=92.0963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=2X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.949153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1515;QR=4697;RO=118;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:46,12:46:1831:12:477:-25.82,0,-147.546 0|1:98:72,26:72:2866:26:1038:-64.2105,0,-228.551 dDocent_Contig_4251 209 . N G 194.524 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_4252 16 . T C 45310.4 . AB=0.763243;ABP=1116.54;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1412;CIGAR=1X;DP=1850;DPB=1850;DPRA=0;EPP=3069.13;EPPR=951.944;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9688;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56637;QR=17452;RO=437;RPL=0;RPP=3069.13;RPPR=951.944;RPR=1412;RUN=1;SAF=1412;SAP=3069.13;SAR=0;SRF=437;SRP=951.944;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:871:203,667:203:8062:667:26708:-2138.7,0,-462.861 0/1:979:234,745:234:9390:745:29929:-2396.04,0,-549.789 dDocent_Contig_4253 34 . G C 4576.15 . AB=0.356989;ABP=85.615;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=166;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=652.281;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6680;QR=11803;RO=299;RPL=0;RPP=363.475;RPPR=652.281;RPR=166;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=299;SRP=652.281;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:269:162,107:162:6426:107:4290:-305.076,0,-497.144 0/1:196:137,59:137:5377:59:2390:-156.238,0,-424.819 dDocent_Contig_4254 128 . A G 8143.71 . AB=0.637275;ABP=84.6864;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=318;CIGAR=1X;DP=499;DPB=499;DPRA=0;EPP=693.539;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996855;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10755;QR=6019;RO=181;RPL=0;RPP=693.539;RPPR=396.047;RPR=318;RUN=1;SAF=0;SAP=693.539;SAR=318;SRF=0;SRP=396.047;SRR=181;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:251:73,178:73:2378:178:6035:-467.74,0,-138.717 0/1:248:108,140:108:3641:140:4720:-350.331,0,-253.26 dDocent_Contig_4256 58 . T C 3895.13 . AB=0.702247;ABP=66.2514;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4961;QR=2099;RO=52;RPL=125;RPP=274.444;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:14,60:14:569:60:2360:-190.28,0,-29.276 0/1:104:38,65:38:1530:65:2601:-202.932,0,-106.651 dDocent_Contig_4257 7 . T C 52205.2 . 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AB=0.704082;ABP=38.4629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=6.125;EPP=152.842;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2759;QR=1796;RO=45;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=100.727;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:628:0:0:0,-4.81648,-56.8529 0/1:98:29,69:29:1168:69:2759:-218.923,0,-75.8975 dDocent_Contig_4259 17 . T C 1386.13 . AB=0.0982143;ABP=160.054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=451;QR=2035;RO=51;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:21,19,7:21:838:19,7:744,287:-54.8389,0,-63.287,-37.4675,-45.3156,-104.378 0|1:64:30,30,4:30:1197:30,4:1174,164:-87.4735,0,-89.5388,-82.9659,-85.0321,-180.345 dDocent_Contig_4260 12 . A C 1015.77 . AB=0.472973;ABP=3.47981;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1410;QR=1549;RO=39;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=87.6977;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:16,16:16:640:16:648:-49.0188,0,-48.3023 0/1:42:23,19:23:909:19:762:-56.2568,0,-69.4739 dDocent_Contig_4261 11 . T C 4906.75 . AB=0.620553;ABP=34.9473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6338;QR=3803;RO=96;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=211.472;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:66,59:66:2623:59:2375:-176.268,0,-198.572 0/1:128:30,98:30:1180:98:3963:-318.105,0,-67.9325 dDocent_Contig_4262 29 . T A 2304.32 . AB=0.490566;ABP=3.13321;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897436;PAIREDR=0.938272;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3128;QR=3016;RO=81;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=178.9;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:39,29:39:1475:29:1162:-84.388,0,-112.542 0/1:91:42,49:42:1541:49:1966:-149.743,0,-111.554 dDocent_Contig_4263 12 . A C 1456.92 . AB=0.409091;ABP=12.4858;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1M2I2M2X1M3D1M;DP=132;DPB=126.2;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=53.8889;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0185185;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2098;QR=2891;RO=76;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=168.042;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:78:52,26:52:1993:26:1001:-66.6671,0,-156.127 0|1:54:24,28:24:898:28:1097:-82.7238,0,-65.1121 dDocent_Contig_4264 42 . G A 49.0321 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=71;DPB=71;DPRA=1.02857;EPP=13.8677;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=2565;RO=66;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=146.327;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:35,0:35:1371:0:0:0,-10.536,-123.65 0|1:36:31,5:31:1194:5:193:-6.9032,0,-96.9027 dDocent_Contig_4265 1 . N G 74.9833 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 dDocent_Contig_4266 108 . C A 141.2 . AB=0.285714;ABP=14.1779;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=545;RO=20;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=46.4397;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:174:1:35:-1.39142,0,-13.8392 0/1:21:14,7:14:371:7:245:-16.0696,0,-27.3289 dDocent_Contig_4267 54 . T C 88.2628 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.35;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1666;RO=42;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:868:5:203:-10.5252,0,-70.3029 0/0:20:20,0:20:798:0:0:0,-6.0206,-72.1385 dDocent_Contig_4268 30 . G C 2438.16 . AB=0.787879;ABP=74.2741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3076;QR=845;RO=21;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=48.6112;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:14,28:14:562:28:1127:-89.0697,0,-38.2756 0/1:57:7,50:7:283:50:1949:-158.445,0,-8.68429 dDocent_Contig_4269 70 . C G 1086.17 . AB=0.571429;ABP=6.1124;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X1M1X;DP=85;DPB=85;DPRA=4.66667;EPP=89.8692;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1460;QR=1695;RO=45;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:15:15,0:15:577:0:0:0,-4.51545,-52.2727 0|1:70:30,40:30:1118:40:1460:-110.617,0,-79.8487 dDocent_Contig_4270 107 . N T 397.436 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=2X1I2M;DP=13;DPB=16.25;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.6161;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:13:0,13:0:0:13:438:-39.7436,-3.91339,0 dDocent_Contig_4271 50 . G C 44.525 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.872727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=214;QR=2167;RO=55;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:28,1:28:1103:1:39:0,-4.83331,-95.66 0/1:32:27,5:27:1064:5:175:-6.45248,0,-86.4133 dDocent_Contig_4272 21 . A G 48.7948 . AB=0.0878553;ABP=573.995;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=629;DPB=629;DPRA=1.59917;EPP=76.8404;EPPR=1292.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989899;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1368;QR=23722;RO=594;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=1292.86;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=594;SRP=1292.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:242:241,0:241:9642:0:0:0,-72.5482,-866.934 0/1:387:353,34:353:14080:34:1368:-6.87947,0,-1149.64 dDocent_Contig_4273 23 . C T 593.936 . AB=0.269663;ABP=44.0243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.87037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=964;QR=2138;RO=54;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=120.27;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:30,6,12:30:1193:6,12:229,475:-30.0767,-20.9119,-117.331,0,-80.0466,-94.6337 0|1:41:24,5,12:24:945:5,12:185,489:-33.0159,-25.1383,-101.36,0,-62.6457,-74.1423 dDocent_Contig_4274 20 . C T 226.919 . AB=0.215686;ABP=38.8183;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.34211;EPP=26.8965;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=3129;RO=78;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=172.385;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1525:0:0:0,-11.4391,-137.487 0/1:51:40,11:40:1604:11:441:-24.6919,0,-129.245 dDocent_Contig_4275 98 . N A 166.539 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_4278 52 . A G 34.4598 . AB=0.128205;ABP=49.8362;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=183;QR=1259;RO=34;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:21,2:21:777:2:73:-0.00741352,0,-63.3308 0/1:16:13,3:13:482:3:110:-5.44362,0,-38.9063 dDocent_Contig_4282 32 . G A 236.092 . AB=0.134752;ABP=166.394;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=767;QR=4821;RO=122;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=267.93;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:70,8:70:2757:8:324:-6.04848,0,-224.766 0/1:63:52,11:52:2064:11:443:-21.2597,0,-166.98 dDocent_Contig_4283 37 . G A 252.375 . AB=0.140845;ABP=162.109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95082;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=4763;RO=122;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=267.93;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:57,6:57:2228:6:236:-2.64776,0,-181.747 0/1:79:65,14:65:2535:14:552:-26.2424,0,-204.529 dDocent_Contig_4284 9 . A T 714.464 . AB=0.349398;ABP=19.3617;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.241379;PAIREDR=0.314815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1105;QR=2069;RO=54;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=120.27;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:26,13:26:990:13:492:-32.8826,0,-77.6704 0/1:44:28,16:28:1079:16:613:-42.2628,0,-84.1703 dDocent_Contig_4285 31 . G T 571.922 . AB=0.392857;ABP=8.59409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=856;QR=1356;RO=34;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=76.8404;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:27,15:27:1073:15:577:-39.6242,0,-84.2199 0/1:14:7,7:7:283:7:279:-21.2669,0,-21.629 dDocent_Contig_4286 12 . G T 1208.65 . AB=0.136364;ABP=230.423;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=3M2I2X3M1X;DP=198;DPB=236.667;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=57.5556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1077;QR=1553;RO=40;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=89.8692;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:100:13,13,6:13:511:13,6:521,242:-39.012,0,-38.1181,-22.9822,-22.0883,-63.2076 0|1:98:27,29,21:27:1042:29,21:1139,835:-85.5518,0,-76.8369,-26.964,-18.85,-106.208 dDocent_Contig_4287 47 . G A 12623.3 . AB=0.811741;ABP=420.003;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=401;CIGAR=1X2M1X4M;DP=494;DPB=494;DPRA=0;EPP=873.771;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.997506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15672;QR=2933;RO=75;RPL=401;RPP=873.771;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=401;SAP=873.771;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:238:33,0,204:33:1290:0,204:0,7973:-645.742,-655.676,-761.727,0,-106.265,-44.8552 0|1:256:42,16,197:42:1643:16,197:623,7699:-620.288,-581.729,-711.996,0,-83.8823,-75.782 dDocent_Contig_4288 23 . A T 50.7469 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=1.25;EPP=11.6962;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.878049;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1524;RO=41;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=92.0407;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:721:0:0:0,-6.0206,-65.1986 0/1:25:21,4:21:803:4:158:-7.07469,0,-65.0695 dDocent_Contig_4289 77 . T G 37349 . AB=0.877454;ABP=1830.79;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1296;CIGAR=1X;DP=1477;DPB=1477;DPRA=0;EPP=2817.24;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46490;QR=6436;RO=178;RPL=1296;RPP=2817.24;RPPR=389.532;RPR=0;RUN=1;SAF=1296;SAP=2817.24;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:716:95,621:95:3438:621:22291:-1789.95,0,-94.0769 0/1:761:83,675:83:2998:675:24199:-1948.66,0,-41.5684 dDocent_Contig_4290 98 . N G 281.398 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=302;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:269:-24.5385,-2.40824,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_4291 49 . T G 219.058 . AB=0.115385;ABP=270.268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=372;DPB=372;DPRA=1.26829;EPP=55.1256;EPPR=333.099;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=958;QR=11343;RO=348;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=333.099;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=348;SRP=758.683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:164:164,0:164:5414:0:0:0,-49.3689,-487.391 0/1:208:184,24:184:5929:24:958:-23.9058,0,-471.116 dDocent_Contig_4293 68 . T G 13859.3 . AB=0.773228;ABP=414.766;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=491;CIGAR=1X;DP=635;DPB=635;DPRA=0;EPP=1069.2;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17566;QR=5097;RO=143;RPL=491;RPP=1069.2;RPPR=313.531;RPR=0;RUN=1;SAF=491;SAP=1069.2;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:339:72,267:72:2564:267:9509:-753.69,0,-128.945 0/1:296:71,224:71:2533:224:8057:-635.943,0,-139.036 dDocent_Contig_4294 8 . C T 38.8305 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0.911111;EPP=13.8677;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6049;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.82716;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=3112;RO=81;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=178.9;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:36,5:36:1363:5:195:-5.58197,0,-110.605 0/0:45:45,0:45:1749:0:0:0,-13.5463,-157.627 dDocent_Contig_4295 98 . N G 293.584 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.2298;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:11:0,11:0:0:11:323:-29.3584,-3.31133,0 dDocent_Contig_4298 25 . T C 19532.4 . 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AB=0.135364;ABP=685.54;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1M3I2M2X;DP=1315;DPB=1364.8;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3321;QR=720;RO=18;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=42.0968;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:724:7,3,712:7:278:3,712:118,28514:-2538.26,-2530.66,-2552.64,-191.441,-204.628,0 1|0:591:11,80,497:11:442:80,497:3203,19924:-1865.57,-1605.02,-1617.36,-227.439,0,-114.251 dDocent_Contig_4300 70 . G A 130.122 . AB=0.123711;ABP=122.307;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=567.593;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1043;QR=10150;RO=260;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=567.593;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=260;SRP=567.593;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:85,12:85:3287:12:484:-14.7111,0,-266.705 0/0:190:175,15:175:6863:15:559:0,-6.55363,-566.744 dDocent_Contig_4301 7 . T C 1672.26 . 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AB=0.307692;ABP=11.3621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.2727;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.784314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=1365;RO=51;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,3:33:873:3:100:0,-1.51064,-69.4965 0/1:26:18,8:18:492:8:263:-16.1655,0,-36.7191 dDocent_Contig_4303 125 . A C 2343.02 . AB=0.160669;ABP=1198.18;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=192;CIGAR=1X;DP=1195;DPB=1195;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=2178.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6634;QR=35178;RO=1002;RPL=0;RPP=419.933;RPPR=2178.83;RPR=192;RUN=1;SAF=0;SAP=419.933;SAR=192;SRF=0;SRP=2178.83;SRR=1002;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:605:490,115:490:17128:115:3948:-173.393,0,-1359.08 0/1:590:512,77:512:18050:77:2686:-64.6079,0,-1446.76 dDocent_Contig_4304 8 . C T 3033.24 . AB=0.0621622;ABP=619.098;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X3M1X;DP=370;DPB=370;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=504.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=907;QR=8945;RO=231;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=504.62;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=231;SRP=504.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:188:127,4,57:127:4923:4,57:156,2215:-143.737,-169.145,-572.383,0,-391.617,-387.281 0|0:182:104,19,58:104:4022:19,58:751,2359:-163.286,-132.793,-457.409,0,-268.537,-312.882 dDocent_Contig_4305 7 . T C 366.853 . AB=0.118598;ABP=471.773;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=591;DPB=591;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=1166.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8364;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.327273;PAIREDR=0.996269;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2096;QR=20502;RO=536;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=1166.92;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=536;SRP=1166.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:220:209,11:209:8003:11:428:0,-27.3512,-681.194 0/1:371:327,44:327:12499:44:1668:-38.6853,0,-1012.71 dDocent_Contig_4306 58 . C G 44.9708 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.85714;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.75;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1427;RO=36;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:563:0:0:0,-4.21442,-50.9783 0/1:26:22,4:22:864:4:155:-6.49707,0,-70.2365 dDocent_Contig_4307 44 . T A 42.8863 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=2.33333;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=1436;RO=36;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:953:4:156:-5.98757,0,-77.6454 0/0:12:12,0:12:483:0:0:0,-3.61236,-43.821 dDocent_Contig_4308 12 . G A 507.057 . AB=0.254237;ABP=64.9157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=4.16842;EPPR=185.513;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.4;MQMR=59.9318;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.965909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1111;QR=3480;RO=88;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=194.1;RPR=30;RUN=1;SAF=13;SAP=4.16842;SAR=17;SRF=87;SRP=185.513;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:37,10:37:1460:10:375:-16.3327,0,-117.502 0/1:71:51,20:51:2020:20:736:-38.0719,0,-160.619 dDocent_Contig_4309 98 . N T 87.8684 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=88;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_4310 42 . G C 50478.9 . AB=0.852136;ABP=1969.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1556;CIGAR=1X;DP=1826;DPB=1826;DPRA=0;EPP=3381.82;EPPR=589.308;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999357;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62301;QR=10670;RO=270;RPL=0;RPP=3381.82;RPPR=589.308;RPR=1556;RUN=1;SAF=1556;SAP=3381.82;SAR=0;SRF=270;SRP=589.308;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:855:109,746:109:4273:746:29879:-2428.94,0,-127.139 0/1:971:161,810:161:6397:810:32422:-2622.65,0,-283.167 dDocent_Contig_4312 70 . C A 52.8106 . 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AB=0.257143;ABP=20.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.94444;EPP=22.5536;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.840909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=1531;RO=44;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,9:26:905:9:295:-16.3326,0,-71.2309 0/0:18:18,0:18:626:0:0:0,-5.41854,-56.6663 dDocent_Contig_4314 169 . T C 471.973 . AB=0.515152;ABP=3.0761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=631;RO=16;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:277:4:154:-10.9181,0,-21.9875 0/1:22:9,13:9:354:13:514:-39.9782,0,-25.5972 dDocent_Contig_4315 17 . C T 10944.6 . AB=0.0806723;ABP=911.748;AC=0;AF=0;AN=4;AO=48;CIGAR=1X1M1X1M;DP=595;DPB=595;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1885;QR=5309;RO=134;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=293.988;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:273:68,41,0,164:68:2690:41,0,164:1608,0,6547:-518.705,-406.946,-615.973,-539.175,-628.316,-760.545,0,-89.1435,-221.372,-172.004 0|0:322:66,7,65,183:66:2619:7,65,183:277,2574,7280:-579.451,-576.522,-790.002,-387.48,-580.27,-583.5,0,-192.791,-3.74899,-160.499 dDocent_Contig_4317 33 . G A 36.4075 . 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AB=0.631579;ABP=34.4395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=209;DPB=209;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5022;QR=3071;RO=77;RPL=132;RPP=289.645;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:37,63:37:1480:63:2402:-186.255,0,-103.346 0/1:109:40,69:40:1591:69:2620:-203.155,0,-110.611 dDocent_Contig_4319 55 . T A 1012.02 . 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AB=0.112903;ABP=83.705;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=2186;RO=55;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=122.441;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:22,3:22:877:3:122:-3.84674,0,-71.7147 0/1:37:33,4:33:1309:4:164:-4.01179,0,-106.94 dDocent_Contig_4328 26 . G C 412.506 . AB=0.16;ABP=153.624;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=375;DPB=375;DPRA=0.666667;EPP=55.1256;EPPR=765.197;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94302;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=979;QR=13901;RO=351;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=765.197;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=351;SRP=765.197;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:225:225,0:225:8936:0:0:0,-67.7317,-803.716 0/1:150:126,24:126:4965:24:979:-43.2506,0,-401.578 dDocent_Contig_4329 108 . T G 246.503 . AB=0.282609;ABP=21.8927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.864198;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=2717;RO=81;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=178.9;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:33,13:33:1110:13:443:-26.3493,0,-86.3554 0/0:50:48,2:48:1607:2:70:0,-8.4041,-138.269 dDocent_Contig_4331 36 . C T 31.0514 . 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AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.413793;EPP=9.52472;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.921053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1522;RO=38;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=85.5263;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,3:9:361:3:123:-7.85243,0,-29.2412 0/0:29:29,0:29:1161:0:0:0,-8.72987,-104.766 dDocent_Contig_4334 24 . T G 21730.4 . AB=0.678431;ABP=285.08;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=692;CIGAR=1X;DP=1020;DPB=1020;DPRA=0;EPP=1505.67;EPPR=684.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99422;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27578;QR=12528;RO=314;RPL=0;RPP=1505.67;RPPR=684.853;RPR=692;RUN=1;SAF=692;SAP=1505.67;SAR=0;SRF=314;SRP=684.853;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:552:121,417:121:4810:417:16655:-1335.27,0,-270.442 0/1:468:193,275:193:7718:275:10923:-841.469,0,-553.316 dDocent_Contig_4335 22 . C T 418.525 . AB=0.395349;ABP=7.10075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=1019;RO=26;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=59.4686;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:718:5:199:-11.3647,0,-58.0216 0/1:20:8,12:8:301:12:443:-34.1868,0,-21.4144 dDocent_Contig_4336 26 . T A 696.449 . AB=0.167347;ABP=238.495;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=869.428;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59;MQMR=56.4035;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0.914787;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1901;QR=14444;RO=399;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=869.428;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=399;SRP=869.428;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:245:202,41:202:7315:41:1619:-71.3438,0,-560.04 0/0:204:197,7:197:7129:7:282:0,-35.6575,-581.513 dDocent_Contig_4338 19 . C A 8569.32 . AB=0.301887;ABP=382.444;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=336;CIGAR=1X;DP=1113;DPB=1113;DPRA=0;EPP=732.625;EPPR=1670.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=48.5284;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.70232;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13292;QR=30716;RO=776;RPL=0;RPP=732.625;RPPR=1688.07;RPR=336;RUN=1;SAF=336;SAP=732.625;SAR=0;SRF=774;SRP=1670.75;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:467:368,99:368:14502:99:3896:-210.063,0,-937.568 0/1:646:408,237:408:16214:237:9396:-650.568,0,-1093.78 dDocent_Contig_4339 29 . C T 51.3982 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=68;DPB=68;DPRA=1.06061;EPP=13.8677;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=2512;RO=63;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=139.813;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:30,5:30:1194:5:189:-6.83879,0,-97.2017 0|0:33:33,0:33:1318:0:0:0,-9.93399,-118.887 dDocent_Contig_4340 89 . C T 1342.76 . 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AB=0.297872;ABP=19.6891;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=2.76471;EPP=33.4109;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=526;QR=1944;RO=50;RPL=7;RPP=3.0103;RPPR=3.18402;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=24;SRP=3.18402;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:653:0:0:0,-5.11751,-59.1029 0/1:47:33,14:33:1291:14:526:-33.5266,0,-102.32 dDocent_Contig_4343 25 . G A 254.443 . 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AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=6M1X1M;DP=63;DPB=63.25;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=2061;RO=53;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=118.098;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:27,2,6:27:1053:2,6:74,227:-10.4841,-12.5617,-98.5235,0,-80.522,-84.7667 0|0:28:26,0,2:26:1008:0,2:0,78:0,-7.82678,-90.6373,-1.02554,-84.2255,-83.6235 dDocent_Contig_4347 17 . G A 1958 . AB=0.307692;ABP=82.3526;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=4M2I5M1X1M;DP=247;DPB=263.182;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2962;QR=5697;RO=146;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=320.045;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:111:67,6,35:67:2606:6,35:223,1363:-91.8541,-93.7975,-306.146,0,-195.94,-203.631 0|1:136:79,14,41:79:3091:14,41:551,1599:-107.645,-86.0978,-336.032,0,-208.822,-241.807 dDocent_Contig_4348 1 . N G 1100.27 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=61.2994;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.6078;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1939;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=44;SAP=61.2994;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:34:0,34:0:0:34:1281:-76.1667,-10.235,0 1/1:17:0,17:0:0:17:658:-33.5589,-5.11751,0 dDocent_Contig_4349 22 . T G 627.804 . AB=0.0540541;ABP=130.834;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=4737;RO=122;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=267.93;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:59,11,4:59:2289:11,4:413,146:-16.0709,0,-184.769,-21.9123,-176.16,-208.778 0|1:85:63,22,0:63:2448:22,0:841,0:-50.4086,0,-194.915,-69.3734,-201.538,-270.528 dDocent_Contig_4350 11 . A C 141.741 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.29167;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=1913;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:952:7:276:-15.8731,0,-76.6529 0/0:24:24,0:24:961:0:0:0,-7.22472,-86.7915 dDocent_Contig_4353 13 . T C 1573.43 . AB=0.69863;ABP=28.0269;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.803922;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2027;QR=879;RO=22;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=50.7827;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:10,28:10:403:28:1122:-89.8224,0,-25.1903 0/1:35:12,23:12:476:23:905:-71.2194,0,-32.6542 dDocent_Contig_4354 47 . A G 548.52 . AB=0.147727;ABP=97.8642;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=2X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=1973;RO=51;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=113.755;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:8,6,2:8:316:6,2:235,78:-16.9224,0,-24.2062,-12.9183,-19.6008,-38.3219 0|1:71:43,17,11:43:1657:17,11:664,443:-41.6286,0,-130.905,-18.0554,-99.5059,-150.776 dDocent_Contig_4355 65 . G A 262.138 . AB=0.117424;ABP=338.634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995708;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1208;QR=9111;RO=233;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=508.963;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=233;SRP=508.963;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:94,14:94:3705:14:551:-17.4207,0,-300.982 0/1:156:139,17:139:5406:17:657:-12.4921,0,-439.438 dDocent_Contig_4357 12 . T A 39671 . AB=0.805718;ABP=1252.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1240;CIGAR=1X;DP=1539;DPB=1539;DPRA=0;EPP=2695.64;EPPR=650.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49316;QR=11893;RO=298;RPL=0;RPP=2695.64;RPPR=650.109;RPR=1240;RUN=1;SAF=1240;SAP=2695.64;SAR=0;SRF=298;SRP=650.109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:767:133,634:133:5296:634:25206:-2035.48,0,-245.598 0/1:772:165,606:165:6597:606:24110:-1935.32,0,-360.941 dDocent_Contig_4358 38 . A G 43.473 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=1.63636;EPP=9.52472;EPPR=8.35546;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3846;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=990;RO=26;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=8.35546;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:575:3:123:-6.04625,0,-46.6603 0/0:11:11,0:11:415:0:0:0,-3.31133,-37.6388 dDocent_Contig_4359 17 . C T 2416.35 . AB=0.65;ABP=26.4622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935897;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3122;QR=1650;RO=42;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=94.2121;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:17,29:17:678:29:1164:-91.1903,0,-47.503 0/1:74:25,49:25:972:49:1958:-154.143,0,-65.5012 dDocent_Contig_4360 209 . N G 121.769 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_4361 107 . N C 75.5824 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:81:-7.5577,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4362 20 . G A 3453.82 . AB=0.707006;ABP=61.4464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4400;QR=1863;RO=46;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=102.898;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:37,64:37:1503:64:2529:-197.348,0,-105.104 0/1:56:9,47:9:360:47:1871:-151.733,0,-15.9046 dDocent_Contig_4363 170 . A G 67.5553 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=1.125;EPP=9.52472;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=566;RO=14;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:326:0:0:0,-2.40824,-29.7099 0/1:9:6,3:6:240:3:123:-8.75552,0,-19.2659 dDocent_Contig_4364 25 . C G 154.73 . AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.962963;EPP=18.2106;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=1777;RO=46;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=102.898;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1034:0:0:0,-8.12781,-93.3572 0/1:26:19,7:19:743:7:277:-17.473,0,-59.371 dDocent_Contig_4365 107 . N C 90.5111 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:97:-9.05057,-0.90309,0 dDocent_Contig_4366 31 . T C 10256.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=304;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=663.138;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996711;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11966;QR=561;RO=14;RPL=0;RPP=663.138;RPPR=33.4109;RPR=304;RUN=1;SAF=304;SAP=663.138;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:160:6,154:6:246:154:6019:-519.006,-25.6447,0 1/1:158:8,150:8:315:150:5947:-506.318,-18.8513,0 dDocent_Contig_4367 12 . T A 9508.17 . AB=0.306667;ABP=124.758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=375;DPB=375;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4526;QR=1495;RO=38;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=85.5263;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:122:10,40,71:10:388:40,71:1587,2776:-323.962,-196.33,-216.167,-98.7745,0,-109.278 1|0:253:28,75,149:28:1107:75,149:2939,5932:-630.553,-397.318,-465.837,-150.567,0,-196.811 dDocent_Contig_4368 16 . G A 6667.33 . AB=0.179758;ABP=1772.1;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=357;CIGAR=1X3M1X;DP=1986;DPB=1986;DPRA=0;EPP=778.226;EPPR=3453.48;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13971;QR=60944;RO=1589;RPL=0;RPP=778.226;RPPR=3453.48;RPR=357;RUN=1;SAF=357;SAP=778.226;SAR=0;SRF=1589;SRP=3453.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:960:688,238:688:26450:238:9302:-557.638,0,-2099.71 0|1:1026:901,119:901:34494:119:4669:-112.794,0,-2794.8 dDocent_Contig_4369 98 . N T 165.612 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7602,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_4370 93 . T C 3451.29 . AB=0.534091;ABP=5.67529;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=141;CIGAR=1X2M1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4748;QR=4085;RO=121;RPL=141;RPP=309.188;RPPR=265.758;RPR=0;RUN=1;SAF=141;SAP=309.188;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:98:51,46:51:1718:46:1568:-112.137,0,-125.618 0|1:166:70,95:70:2367:95:3180:-236.691,0,-163.539 dDocent_Contig_4371 125 . G T 31.3995 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.946429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=4211;RO=112;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=246.215;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=246.215;SRR=112;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:96:91,5:91:3429:5:189:0,-11.5233,-291.366 0/1:25:21,4:21:782:4:137:-5.13964,0,-63.1673 dDocent_Contig_4372 17 . T C 3019.29 . AB=0.442529;ABP=8.00219;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X2M1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2976;QR=1415;RO=36;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=81.1833;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:72:17,33,20:17:684:33,20:1274,803:-109.296,-9.79566,-56.2326,-48.2411,0,-98.5963 1|0:102:19,44,38:19:731:44,38:1702,1487:-196.332,-62.2573,-109.017,-79.7968,0,-128.364 dDocent_Contig_4373 33 . T G 21493 . AB=0.468354;ABP=18.1281;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=814;CIGAR=1X;DP=1738;DPB=1738;DPRA=0;EPP=1770.59;EPPR=2009.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=45.8506;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996753;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32131;QR=36375;RO=924;RPL=0;RPP=1770.59;RPPR=2009.45;RPR=814;RUN=1;SAF=814;SAP=1770.59;SAR=0;SRF=924;SRP=2009.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:922:626,296:626:24607:296:11635:-691.707,0,-1874.85 0/1:816:298,518:298:11768:518:20496:-1461.29,0,-775.7 dDocent_Contig_4374 7 . T A 1159.65 . AB=0.506024;ABP=3.03646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.547619;PAIREDR=0.658537;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1600;QR=1560;RO=41;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=92.0407;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:17,18:17:646:18:687:-51.6274,0,-47.9396 0/1:48:24,24:24:914:24:913:-68.0364,0,-68.1242 dDocent_Contig_4375 38 . G A 292.734 . AB=0.16;ABP=128.521;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.682692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=777;QR=4084;RO=104;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=228.843;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:55,6:55:2152:6:238:-3.43061,0,-175.501 0/1:64:49,14:49:1932:14:539:-29.5338,0,-154.771 dDocent_Contig_4376 98 . N C 164.029 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:179:-16.4028,-1.80618,0 dDocent_Contig_4377 7 . T G 16790.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=604;CIGAR=1X;DP=631;DPB=631;DPRA=0;EPP=1314.58;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18999;QR=340;RO=23;RPL=0;RPP=1314.58;RPPR=52.9542;RPR=604;RUN=1;SAF=604;SAP=1314.58;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:283:11,269:11:157:269:8144:-718.632,-70.1539,0 1/1:348:12,335:12:183:335:10855:-960.113,-88.2071,0 dDocent_Contig_4378 107 . N T 1206.42 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1330;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=0;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:25:0,25:0:0:25:847:-76.5419,-7.52575,0 1/1:14:0,14:0:0:14:483:-43.7992,-4.21442,0 dDocent_Contig_4379 40 . A C 244.977 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=3260;RO=84;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=185.414;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:32,11:32:1253:11:431:-26.1967,0,-100.101 0/0:53:52,1:52:2007:1:41:0,-11.86,-176.745 dDocent_Contig_4380 24 . A G 2917.68 . AB=0.426117;ABP=16.8077;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.2258;MQMR=57.3413;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.167665;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4852;QR=6604;RO=167;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=365.646;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:78,69:78:3124:69:2699:-164.35,0,-233.595 0/1:144:89,55:89:3480:55:2153:-131.117,0,-263.907 dDocent_Contig_4381 18 . G A 51375.9 . AB=0.864204;ABP=2124.1;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1591;CIGAR=1X;DP=1841;DPB=1841;DPRA=0;EPP=3457.82;EPPR=543.707;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63344;QR=9932;RO=249;RPL=0;RPP=3457.82;RPPR=543.707;RPR=1591;RUN=1;SAF=1591;SAP=3457.82;SAR=0;SRF=249;SRP=543.707;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1025:107,917:107:4233:917:36564:-2979.04,0,-72.5538 0/1:816:142,674:142:5699:674:26780:-2162.24,0,-267.067 dDocent_Contig_4382 16 . T G 1794.78 . AB=0.612245;ABP=13.7347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.883333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2357;QR=1510;RO=38;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=85.5263;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:18,28:18:714:28:1116:-86.8782,0,-50.7364 0/1:52:20,32:20:796:32:1241:-96.2985,0,-56.3021 dDocent_Contig_4383 68 . C T 192.955 . AB=0.28125;ABP=16.3106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=888;RO=23;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:12,7:12:462:7:273:-19.2184,0,-36.2106 0/1:13:11,2:11:426:2:81:-3.77234,0,-34.7749 dDocent_Contig_4384 7 . T C 522.775 . AB=0.465116;ABP=3.46479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=880;RO=23;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=52.9542;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:15,7:15:572:7:262:-17.3131,0,-45.1992 0/1:21:8,13:8:308:13:496:-38.6634,0,-21.7607 dDocent_Contig_4385 77 . A G 854.128 . AB=0.346535;ABP=23.6715;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1321;QR=2458;RO=66;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:36,29:36:1321:29:1115:-81.0811,0,-99.6066 0/1:36:30,6:30:1137:6:206:-8.0306,0,-91.7919 dDocent_Contig_4386 107 . N A 70.2696 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02588,-0.60206,0 dDocent_Contig_4387 98 . N T 145.213 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:117:-10.8201,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_4388 17 . T C 1479.75 . AB=0.723077;ABP=31.1058;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851064;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1896;QR=722;RO=18;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=42.0968;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:7,34:7:281:34:1366:-110.853,0,-13.3199 0/1:24:11,13:11:441:13:530:-40.8219,0,-32.8188 dDocent_Contig_4389 47 . C A 27510.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=814;CIGAR=1X;DP=856;DPB=856;DPRA=0;EPP=1761.91;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9853;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32207;QR=1609;RO=40;RPL=1;RPP=1761.91;RPPR=89.8692;RPR=813;RUN=1;SAF=814;SAP=1770.59;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:428:26,401:26:1046:401:15854:-1331.24,-34.4072,0 1/1:428:14,413:14:563:413:16353:-1419.51,-77.92,0 dDocent_Contig_4390 30 . A G 2217.53 . AB=0.608333;ABP=15.2429;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=2.4;EPP=161.528;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2883;QR=3805;RO=97;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=213.643;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:47,73:47:1819:73:2883:-223.452,0,-127.805 0/0:50:50,0:50:1986:0:0:0,-15.0515,-178.939 dDocent_Contig_4391 169 . C A 76.3989 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.431818;EPP=11.6962;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=2380;RO=59;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:15,4:15:593:4:163:-9.33886,0,-47.9825 0/0:44:44,0:44:1787:0:0:0,-13.2453,-161.035 dDocent_Contig_4392 23 . T C 276.563 . AB=0.366667;ABP=7.64277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.9091;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=1628;RO=44;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=98.5551;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:25,1:25:943:1:37:0,-4.12895,-81.4886 0|1:30:19,11:19:685:11:426:-29.6563,0,-50.4098 dDocent_Contig_4393 63 . A C 207.519 . AB=0.185714;ABP=63.067;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=498;QR=2125;RO=57;RPL=6;RPP=3.17734;RPPR=3.35316;RPR=7;RUN=1;SAF=6;SAP=3.17734;SAR=7;SRF=27;SRP=3.35316;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:37,9:37:1376:9:359:-18.8261,0,-110.267 0/1:24:20,4:20:749:4:139:-5.62472,0,-60.5081 dDocent_Contig_4394 117 . T G 2621.56 . AB=0.755102;ABP=30.7077;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3302;QR=615;RO=18;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=42.0968;RPR=97;RUN=1;SAF=0;SAP=213.643;SAR=97;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:12,37:12:406:37:1262:-99.1313,0,-22.1151 1/1:66:6,60:6:209:60:2040:-164.724,-0.716928,0 dDocent_Contig_4395 170 . T G 33.7166 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=1.5;EPP=7.35324;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=511;RO=13;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:282:2:82:-5.07041,0,-23.0433 0/0:6:6,0:6:229:0:0:0,-1.80618,-20.9737 dDocent_Contig_4396 75 . C A 116.476 . AB=0.166667;ABP=55.1256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=1691;RO=45;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1206:6:232:-9.80939,0,-97.3752 0/1:16:13,3:13:485:3:111:-5.53709,0,-39.1661 dDocent_Contig_4397 33 . A G 315.334 . AB=0.186813;ABP=80.539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969136;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=749;QR=6444;RO=162;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=354.789;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:74,17:74:2945:17:670:-33.2324,0,-237.753 0/0:91:88,2:88:3499:2:79:0,-19.787,-307.555 dDocent_Contig_4398 91 . T C 894.55 . AB=0.734694;ABP=26.4533;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1192;QR=433;RO=13;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:6,22:6:199:22:729:-57.4891,0,-9.80755 0/1:21:7,14:7:234:14:463:-35.6648,0,-15.0661 dDocent_Contig_4399 1 . N G 94.8635 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=24.5;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:107:-6.89971,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:37:-2.28313,-0.30103,0 dDocent_Contig_4400 20 . T C 7836.03 . AB=0.727019;ABP=163.717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=261;CIGAR=1X;DP=359;DPB=359;DPRA=0;EPP=561.112;EPPR=205.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=53.4483;MQMR=59;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.559387;PAIREDR=0.85567;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10334;QR=3847;RO=97;RPL=0;RPP=569.765;RPPR=213.643;RPR=261;RUN=1;SAF=260;SAP=561.112;SAR=1;SRF=96;SRP=205.047;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:63,88:63:2510:88:3451:-254.751,0,-180.202 0/1:207:34,173:34:1337:173:6883:-532.551,0,-56.6613 dDocent_Contig_4402 1 . N G 70.2696 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02588,-0.60206,0 dDocent_Contig_4403 31 . G C 32093.9 . AB=0.756737;ABP=767.895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1011;CIGAR=1X;DP=1336;DPB=1336;DPRA=0;EPP=2198.37;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997033;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40204;QR=12775;RO=323;RPL=0;RPP=2198.37;RPPR=704.396;RPR=1011;RUN=1;SAF=1011;SAP=2198.37;SAR=0;SRF=323;SRP=704.396;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:628:129,498:129:5102:498:19775:-1589.19,0,-270.118 0/1:708:194,513:194:7673:513:20429:-1623.89,0,-477.175 dDocent_Contig_4404 8 . C A 1536.69 . AB=0.164666;ABP=572.439;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=583;DPB=583;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=1060.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3693;QR=18816;RO=487;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=1060.52;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=487;SRP=1060.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:279:229,50:229:8852:50:1926:-89.5965,0,-712.409 0/1:304:258,46:258:9964:46:1767:-67.7713,0,-804.881 dDocent_Contig_4407 1 . N C 482.873 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=3X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=526;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:11:0,11:0:0:11:360:-32.7185,-3.31133,0 1|1:5:0,5:0:0:5:166:-15.2677,-1.50515,0 dDocent_Contig_4408 65 . G C 38868.8 . AB=0.230532;ABP=1023.5;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=373;CIGAR=1M2D7M1X5M;DP=1618;DPB=1419.69;DPRA=0;EPP=812.97;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13983;QR=1168;RO=32;RPL=373;RPP=812.97;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=373;SAP=812.97;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:896:13,228,98,501:13:480:228,98,501:8509,3594,18793:-2192.4,-1499.8,-1470.43,-1902.58,-1245.33,-1912.34,-657.255,0,-402.784,-545.7 1|0:722:19,145,96,426:19:688:145,96,426:5474,3486,16011:-1698.18,-1255.31,-1267.82,-1419.27,-1026.85,-1446.54,-392.439,0,-163.978,-320.366 dDocent_Contig_4409 36 . T G 161.529 . AB=0.461538;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=1.44444;EPP=16.0391;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=588;RO=16;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=37.7539;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:343:0:0:0,-2.70927,-31.2262 0/1:13:7,6:7:245:6:241:-18.1529,0,-18.4716 dDocent_Contig_4410 136 . A G 28462.6 . AB=0.544;ABP=34.5401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1020;CIGAR=1X;DP=1875;DPB=1875;DPRA=0;EPP=2217.91;EPPR=1855.28;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99902;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37960;QR=31871;RO=853;RPL=0;RPP=2217.91;RPPR=1855.28;RPR=1020;RUN=1;SAF=0;SAP=2217.91;SAR=1020;SRF=0;SRP=1855.28;SRR=853;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1064:589,474:589:21961:474:17677:-1269.7,0,-1655.01 0/1:811:264,546:264:9910:546:20283:-1580.25,0,-647.367 dDocent_Contig_4411 16 . G A 71.1107 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0.313725;EPP=13.8677;EPPR=249.464;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.775194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=5136;RO=129;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=283.13;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=125;SRP=249.464;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:102:102,0:102:4047:0:0:0,-30.7051,-364.215 0/1:32:27,5:27:1089:5:204:-9.11107,0,-88.6622 dDocent_Contig_4412 80 . G A 165.426 . AB=0.4;ABP=4.74748;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=412;RO=12;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:6,5:6:220:5:173:-12.5969,0,-16.8442 0/1:9:6,3:6:192:3:111:-7.64465,0,-14.8808 dDocent_Contig_4413 32 . T C 94.2285 . AB=0.148936;ABP=53.3238;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=1.175;EPP=18.2106;EPPR=168.151;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.45;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=3177;RO=80;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=176.728;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=79;SRP=168.151;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1597:0:0:0,-12.0412,-143.957 0/1:47:40,7:40:1580:7:280:-11.4229,0,-128.29 dDocent_Contig_4414 14 . G A 152.225 . AB=0.11875;ABP=205.012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=387;DPB=387;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=780.397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1115;QR=14344;RO=358;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=780.397;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=358;SRP=780.397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:227:217,10:217:8662:10:392:0,-32.6981,-743.44 0/1:160:141,19:141:5682:19:723:-17.2225,0,-463 dDocent_Contig_4416 76 . T C 83.0335 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=1.66667;EPP=11.6962;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=415;RO=12;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:212:0:0:0,-1.80618,-19.425 0/1:10:6,4:6:203:4:144:-10.3033,0,-15.5917 dDocent_Contig_4417 41 . G A 45.7593 . AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0.844444;EPP=13.8677;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.853333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=2721;RO=75;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=165.871;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:45:42,0,3:42:1526:0,3:0,119:0,-12.6433,-137.219,-2.45095,-127.421,-126.518 0|1:38:33,5,0:33:1195:5,0:196,0:-6.57591,0,-96.4074,-16.5099,-97.9126,-114.035 dDocent_Contig_4418 11 . T G 10013.1 . 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AB=0.426966;ABP=7.13366;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1504;QR=2021;RO=51;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:41,18:41:1622:18:706:-46.104,0,-128.454 0/1:30:10,20:10:399:20:798:-63.1082,0,-27.2375 dDocent_Contig_4420 12 . T C 1536.95 . AB=0.0709677;ABP=250.824;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X1M1X1M1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=2585;RO=66;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=146.327;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:82:39,5,4,32:39:1520:5,4,32:198,160,1283:-76.1821,-71.6251,-195.064,-75.0529,-183.703,-198.792,0,-108.629,-112.055,-115.288 0|0:73:27,6,4,32:27:1065:6,4,32:239,162,1256:-81.2121,-69.6595,-155.491,-75.9775,-143.937,-162.41,0,-67.9417,-74.2577,-77.9839 dDocent_Contig_4422 8 . A G 24792.3 . 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AB=0.222222;ABP=27.1378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=1.28571;EPP=20.3821;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.767857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=2040;RO=56;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=124.613;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1008:0:0:0,-8.42884,-91.0328 0/1:36:28,8:28:1032:8:270:-13.7881,0,-82.358 dDocent_Contig_4427 15 . G A 329.58 . AB=0.2;ABP=57.7314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X5M;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=1440;RO=37;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=83.3548;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:20,7,4,6:20:760:7,4,6:274,159,239:-15.4974,0,-60.1966,-8.42415,-49.211,-69.5322,-1.83294,-42.621,-51.053,-62.3403 0|1:33:17,2,6,8:17:680:2,6,8:73,236,319:-21.1564,-20.3146,-75.729,-6.86021,-56.919,-61.0736,0,-50.0632,-36.6113,-53.6156 dDocent_Contig_4429 20 . C A 135.525 . AB=0.139785;ABP=107.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=2X3M2X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=3074;RO=77;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=170.214;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:41,8:41:1635:8:301:-12.6973,0,-132.638 0|1:44:36,5:36:1439:5:188:-4.55357,0,-117.026 dDocent_Contig_4430 113 . G A 34.05 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.606061;EPP=9.52472;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52;MQMR=53.26;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=2025;RO=50;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=111.584;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:692:3:120:-5.1038,0,-55.9932 0/0:33:33,0:33:1333:0:0:0,-9.93399,-119.542 dDocent_Contig_4431 49 . T C 1266.46 . AB=0.414414;ABP=10.0725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1813;QR=2589;RO=65;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=144.156;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:37,23:37:1453:23:920:-65.0368,0,-112.947 0/1:51:28,23:28:1136:23:893:-65.3086,0,-87.1661 dDocent_Contig_4432 140 . G A 190.025 . AB=0.421053;ABP=4.03889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=330;QR=880;RO=24;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=55.1256;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:467:1:37:0,-0.516591,-38.6606 0/1:19:11,8:11:413:8:293:-21.0018,0,-31.7994 dDocent_Contig_4435 107 . N A 260.374 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:221:-20.1319,-2.70927,0 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60384,-0.60206,0 dDocent_Contig_4436 1 . N G 193.25 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=211;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:211:-19.3249,-1.80618,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4437 31 . G A 63494.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1804;CIGAR=1X;DP=1841;DPB=1841;DPRA=0;EPP=3920.35;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9207;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71991;QR=1358;RO=34;RPL=0;RPP=3920.35;RPPR=76.8404;RPR=1804;RUN=1;SAF=1804;SAP=3920.35;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1089:15,1073:15:603:1073:42875:-3799.62,-273.293,0 1/1:752:19,731:19:755:731:29116:-2549.55,-157.613,0 dDocent_Contig_4438 140 . T G 265.133 . AB=0.314286;ABP=13.4954;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.75;EPP=26.8965;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.659091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=1730;RO=44;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:782:0:0:0,-6.0206,-70.6914 0/1:35:24,11:24:948:11:430:-28.5133,0,-75.0831 dDocent_Contig_4439 40 . T A 11648.7 . AB=0.752427;ABP=231.036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=310;CIGAR=1M1X1M;DP=412;DPB=387;DPRA=0;EPP=676.167;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12285;QR=959;RO=25;RPL=0;RPP=676.167;RPPR=57.2971;RPR=310;RUN=1;SAF=310;SAP=676.167;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:249:14,53,180:14:541:53,180:2091,7120:-709.335,-541.51,-569.985,-127.63,0,-117.874 0|1:163:11,22,130:11:418:22,130:870,5165:-459.23,-390.945,-418.595,-37.338,0,-32.4735 dDocent_Contig_4440 30 . C A 292.96 . 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AB=0.828467;ABP=516.556;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=454;CIGAR=2X;DP=548;DPB=548;DPRA=0;EPP=988.859;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988987;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18034;QR=3721;RO=94;RPL=0;RPP=988.859;RPPR=207.129;RPR=454;RUN=1;SAF=454;SAP=988.859;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:306:51,255:51:2024:255:10129:-818.881,0,-90.2365 0|1:242:43,199:43:1697:199:7905:-638.202,0,-80.1129 dDocent_Contig_4443 14 . C T 168.146 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.976744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=1684;RO=43;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=96.3836;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:21,8:21:825:8:323:-18.5134,0,-65.8338 0/0:24:22,2:22:859:2:81:0,-1.17327,-71.5659 dDocent_Contig_4444 57 . T C 2005.9 . AB=0.173846;ABP=603.593;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=650;DPB=650;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=1169.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4440;QR=21449;RO=537;RPL=113;RPP=248.387;RPPR=1169.09;RPR=0;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=537;SRP=1169.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:316:259,57:259:10308:57:2237:-106.386,0,-831.931 0/1:334:278,56:278:11141:56:2203:-97.9025,0,-901.372 dDocent_Contig_4445 7 . T G 17361.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=623;CIGAR=1X;DP=650;DPB=650;DPRA=0;EPP=1355.84;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19633;QR=340;RO=26;RPL=0;RPP=1355.84;RPPR=59.4686;RPR=623;RUN=1;SAF=623;SAP=1355.84;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:418:18,400:18:230:400:12703:-1122.19,-105.003,0 1/1:232:8,223:8:110:223:6930:-613.662,-59.6137,0 dDocent_Contig_4446 19 . C T 147.219 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.882353;EPP=18.2106;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=2250;RO=57;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=126.784;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1344:0:0:0,-10.235,-121.222 0/1:30:23,7:23:906:7:282:-16.7219,0,-72.814 dDocent_Contig_4447 98 . N A 264.882 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:147:-13.5189,-1.50515,0 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6681,-1.20412,0 dDocent_Contig_4448 71 . T G 311.798 . AB=0.342105;ABP=11.239;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=4.75;EPP=31.2394;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=1273;RO=33;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:317:0:0:0,-2.40824,-28.8944 0/1:38:25,13:25:956:13:492:-33.1798,0,-74.8988 dDocent_Contig_4450 12 . G A 82.4119 . AB=0.148936;ABP=53.3238;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.80769;EPP=18.2106;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=267;QR=2606;RO=66;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=146.327;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1015:0:0:0,-7.82678,-91.6435 0/1:47:40,7:40:1591:7:267:-10.2412,0,-129.274 dDocent_Contig_4451 98 . N T 128.849 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=133;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:107:-9.98217,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:26:-2.59983,-0.30103,0 dDocent_Contig_4452 47 . T A 24117.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=738;CIGAR=1X;DP=761;DPB=761;DPRA=0;EPP=1596.88;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97019;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27535;QR=719;RO=19;RPL=1;RPP=1596.88;RPPR=44.2683;RPR=737;RUN=1;SAF=738;SAP=1605.56;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:321:12,309:12:441:309:11489:-993.498,-56.613,0 1/1:440:7,429:7:278:429:16046:-1417.96,-106.16,0 dDocent_Contig_4456 9 . T G 1258.92 . AB=0.381579;ABP=12.2676;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=1X2M;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1093;QR=624;RO=16;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=37.7539;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:41:9,20,12:9:350:20,12:750,456:-67.3455,-8.62512,-31.3694,-32.6579,0,-57.8109 1|1:35:7,11,17:7:274:11,17:423,637:-62.2458,-29.6209,-48.8434,-12.1925,0,-29.6067 dDocent_Contig_4457 25 . T A 1723.72 . AB=0.487805;ABP=3.16919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=6M1X1M;DP=123;DPB=131.25;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2329;QR=2018;RO=52;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=115.927;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:28,0,20:28:1095:0,20:0,757:-53.9838,-62.4127,-152.449,0,-90.4199,-84.3993 0|1:75:24,11,40:24:923:11,40:397,1572:-122.087,-96.9229,-169.383,0,-43.4021,-63.749 dDocent_Contig_4458 15 . T C 5328.52 . AB=0.365714;ABP=85.2409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=192;CIGAR=1X;DP=525;DPB=525;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989583;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7718;QR=13349;RO=333;RPL=0;RPP=419.933;RPPR=726.111;RPR=192;RUN=1;SAF=192;SAP=419.933;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:270:165,105:165:6634:105:4209:-297.481,0,-515.47 0/1:255:168,87:168:6715:87:3509:-239.07,0,-527.265 dDocent_Contig_4459 107 . N A 100.142 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:73:-6.81192,-0.90309,0 dDocent_Contig_4460 22 . A G 196.52 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.680851;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=1891;RO=47;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:1086:5:204:-9.11107,0,-88.3952 0/1:26:20,6:20:805:6:241:-14.2399,0,-64.9406 dDocent_Contig_4461 47 . G A 155.344 . AB=0.25;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0.933333;EPP=18.2106;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=2045;RO=51;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=113.755;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:842:7:281:-17.2333,0,-67.6637 0/0:30:30,0:30:1203:0:0:0,-9.0309,-108.546 dDocent_Contig_4462 107 . N A 118.369 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:128:-11.8366,-1.20412,0 dDocent_Contig_4463 53 . C A 225.382 . AB=0.17;ABP=97.5996;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.698795;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=3032;RO=83;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=4.29225;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=3.13803;SAR=9;SRF=45;SRP=4.29225;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:54,14:54:1951:14:493:-24.2233,0,-155.349 0/1:32:29,3:29:1081:3:112:-0.812944,0,-87.9522 dDocent_Contig_4464 120 . C T 154.798 . AB=0.177215;ABP=74.504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=2.92593;EPP=33.4109;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.98913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=455;QR=3056;RO=92;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=202.786;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=202.786;SRR=92;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:901:0:0:0,-8.12781,-81.3977 0/1:79:65,14:65:2155:14:455:-17.4798,0,-170.432 dDocent_Contig_4465 28 . C A 55.5871 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=1526;RO=38;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=85.5263;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:18,1:18:716:1:9:0,-4.81957,-63.8631 0/1:24:20,4:20:810:4:160:-7.55871,0,-65.9904 dDocent_Contig_4466 30 . G A 768.37 . AB=0.230263;ABP=99.0694;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.914286;PAIREDR=0.991453;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1396;QR=4561;RO=117;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=257.073;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:49,22:49:1886:22:870:-57.2324,0,-148.573 0/1:81:68,13:68:2675:13:526:-23.3036,0,-216.495 dDocent_Contig_4467 60 . T A 26468.7 . AB=0.840152;ABP=1059.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=883;CIGAR=1X;DP=1051;DPB=1051;DPRA=0;EPP=1920.42;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32984;QR=6294;RO=167;RPL=883;RPP=1920.42;RPPR=365.646;RPR=0;RUN=1;SAF=883;SAP=1920.42;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:596:78,517:78:2915:517:19379:-1563.66,0,-83.0446 0/1:455:89,366:89:3379:366:13605:-1086.91,0,-167.24 dDocent_Contig_4468 30 . A G 833.024 . AB=0.336842;ABP=24.9765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.984127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1277;QR=2514;RO=63;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=139.813;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:32,14:32:1275:14:562:-37.0755,0,-101.165 0/1:49:31,18:31:1239:18:715:-49.9258,0,-97.0297 dDocent_Contig_4470 12 . T C 438.509 . AB=0.165563;ABP=149.707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=1.12687;EPP=57.2971;EPPR=565.422;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1009;QR=10315;RO=259;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=565.422;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=259;SRP=565.422;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:125,25:125:4968:25:1009:-45.5499,0,-401.457 0/0:134:134,0:134:5347:0:0:0,-40.338,-481.08 dDocent_Contig_4471 12 . T C 108.144 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.740741;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1666;RO=42;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1078:0:0:0,-8.12781,-97.3063 0/1:20:15,5:15:588:5:205:-12.8144,0,-47.2308 dDocent_Contig_4472 7 . T A 530.593 . AB=0.456522;ABP=3.76559;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1085;QR=4674;RO=122;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=267.93;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:97,9:97:3713:9:323:0,-2.49445,-304.869 0/1:46:25,21:25:961:21:762:-55.0593,0,-72.9536 dDocent_Contig_4473 27 . T A 2589.34 . AB=0.297376;ABP=125.328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=526.335;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983402;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4061;QR=9289;RO=241;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=526.335;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=241;SRP=526.335;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:135,67:135:5224:67:2667:-179.359,0,-409.301 0/1:141:106,35:106:4065:35:1394:-83.2738,0,-323.462 dDocent_Contig_4474 13 . C A 1993.87 . AB=0.703297;ABP=35.6778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.953125;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2555;QR=1096;RO=27;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=61.6401;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:13,32:13:530:32:1289:-102.728,0,-34.5001 0/1:46:14,32:14:566:32:1266:-100.359,0,-37.4349 dDocent_Contig_4475 10 . T C 10132.3 . AB=0.116424;ABP=617.709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X2M1X1M1X1M;DP=481;DPB=481;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2063;QR=642;RO=19;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=44.2683;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:290:10,35,15,6,220:10:337:35,15,6,220:1305,566,165,7025:-642.189,-538.366,-555.141,-600.91,-521.387,-623.706,-632.161,-552.639,-615.183,-657.666,-79.5384,0,-62.5565,-93.8142,-40.6195 0|0:191:9,21,28,13,119:9:305:21,28,13,119:758,1069,407,3940:-374.745,-315.596,-334.005,-293.844,-256.716,-310.147,-344.753,-307.626,-285.875,-365.571,-58.8846,-21.7548,0,-50.9199,-47.7916 dDocent_Contig_4476 107 . N C 375.292 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=410;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:48:-4.47898,-0.90309,0 1/1:15:0,14:0:0:14:362:-32.7489,-4.21442,0 dDocent_Contig_4477 98 . N T 125.046 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,4:0:0:4:76:-6.93583,-1.20412,0 1/1:4:0,3:0:0:3:58:-5.26736,-0.90309,0 dDocent_Contig_4478 67 . T C 117.527 . AB=0.0974843;ABP=450.525;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=624.051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986014;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1229;QR=11274;RO=286;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=624.051;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=286;SRP=624.051;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:140,15:140:5508:15:605:-7.72933,0,-448.515 0/1:162:146,16:146:5766:16:624:-7.72233,0,-469.988 dDocent_Contig_4479 107 . N T 188.689 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:96:-8.95728,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_4482 15 . A G 149.771 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=1.13333;EPP=16.0391;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=1034;RO=26;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=59.4686;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:427:6:238:-16.6761,0,-33.6589 0/0:15:15,0:15:607:0:0:0,-4.51545,-54.9672 dDocent_Contig_4483 7 . T G 27683 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=978;CIGAR=1X;DP=1012;DPB=1012;DPRA=0;EPP=2126.71;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31247;QR=480;RO=31;RPL=0;RPP=2126.71;RPPR=70.3259;RPR=978;RUN=1;SAF=978;SAP=2126.71;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:611:16,594:16:228:594:19025:-1691.08,-163.078,0 1/1:401:15,384:15:252:384:12222:-1076.91,-97.3812,0 dDocent_Contig_4484 59 . A C 82.4195 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1362;RO=35;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:13,4:13:495:4:163:-9.94092,0,-39.7662 0/0:23:22,1:22:867:1:41:0,-2.82912,-74.2422 dDocent_Contig_4485 107 . N A 307.182 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=330;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:148:-13.682,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:182:-16.735,-1.50515,0 dDocent_Contig_4489 10 . T C 1511.25 . AB=0.644737;ABP=16.8392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.163265;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1968;QR=1091;RO=27;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=61.6401;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:11,14:11:441:14:551:-42.3998,0,-32.5197 0/1:51:16,35:16:650:35:1417:-112.424,0,-43.4808 dDocent_Contig_4490 28 . A C 1127.91 . AB=0.242574;ABP=119.281;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X1M1X;DP=384;DPB=384;DPRA=1.10989;EPP=109.412;EPPR=728.282;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.2395;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952096;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1950;QR=13216;RO=334;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=728.282;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=334;SRP=728.282;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:182:182,0:182:7192:0:0:0,-54.7875,-642.735 0|1:202:152,49:152:6024:49:1950:-114.791,0,-463.673 dDocent_Contig_4491 9 . T A 860.057 . AB=0.444444;ABP=4.9405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1230;QR=1521;RO=40;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=89.8692;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:18,20:18:688:20:764:-57.6476,0,-50.8148 0/1:34:22,12:22:833:12:466:-32.057,0,-65.0549 dDocent_Contig_4492 98 . N A 512.107 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0,15:0:0:15:503:-45.5905,-4.51545,0 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31865,-0.60206,0 dDocent_Contig_4493 46 . G A 335.233 . AB=0.246154;ABP=39.3908;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.632653;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=1930;RO=49;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=109.412;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:23,3:23:905:3:108:-2.24623,0,-73.9373 0/1:39:26,13:26:1025:13:514:-34.8676,0,-80.8105 dDocent_Contig_4494 98 . N T 1825.77 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.4516;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2035;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:32:0,32:0:0:32:1051:-94.8882,-9.63296,0 1/1:30:0,30:0:0:30:984:-87.3875,-9.0309,0 dDocent_Contig_4495 7 . T A 4554.19 . AB=0.348162;ABP=106.54;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=180;CIGAR=1X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=393.875;EPPR=732.625;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6826;QR=12870;RO=336;RPL=0;RPP=393.875;RPPR=732.625;RPR=180;RUN=1;SAF=180;SAP=393.875;SAR=0;SRF=336;SRP=732.625;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:259:172,86:172:6552:86:3280:-217.518,0,-511.765 0/1:258:164,94:164:6318:94:3546:-241.6,0,-490.868 dDocent_Contig_4496 11 . A G 527.381 . AB=0.333333;ABP=18.2106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.238095;PAIREDR=0.690476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=830;QR=1688;RO=42;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=94.2121;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:1203:9:349:-20.0214,0,-96.7994 0/1:24:12,12:12:485:12:481:-36.4157,0,-36.7767 dDocent_Contig_4498 27 . A C 834.828 . AB=0.641304;ABP=18.9659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X2M5I4M1I3M1X2M1D3M1X1M1X;DP=92;DPB=109.45;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=24;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=392;PRO=13;QA=1416;QR=869;RO=22;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=50.7827;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:5,0,18:5:193:0,18:0,432:-27.1313,-28.6364,-44.5153,0,-15.9235,-10.505 0|1:67:17,4,41:17:676:4,41:72,984:-60.0505,-60.9675,-115.471,0,-51.6029,-43.4421 dDocent_Contig_4503 14 . G T 90.7277 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=4273;RO=109;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=239.701;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:84:80,4:80:3130:4:163:0,-10.2281,-266.739 0/1:35:29,6:29:1143:6:236:-11.0728,0,-92.6165 dDocent_Contig_4505 20 . A T 1406.34 . AB=0.54023;ABP=4.23331;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1888;QR=1597;RO=40;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=89.8692;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:33,15:33:1319:15:606:-40.4266,0,-104.524 0/1:39:7,32:7:278:32:1282:-103.907,0,-13.6474 dDocent_Contig_4506 7 . T C 1464.08 . AB=0.7;ABP=27.3308;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.510204;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1895;QR=810;RO=21;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=48.6112;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:7,37:7:267:37:1432:-115.913,0,-11.1472 0/1:26:14,12:14:543:12:463:-34.1941,0,-41.3894 dDocent_Contig_4507 17 . G A 1123.7 . AB=0.12114;ABP=1052.75;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=1389;DPB=1389;DPRA=1.53931;EPP=224.5;EPPR=2797.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4084;QR=51188;RO=1287;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=2797.7;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=1287;SRP=2797.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:842:740,102:740:29439:102:4084:-114.069,0,-2393.41 0/0:547:547,0:547:21749:0:0:0,-164.663,-1955.59 dDocent_Contig_4508 37 . T A 769.225 . AB=0.113307;ABP=988.81;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=1679;DPB=1679;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=3379.65;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997428;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4944;QR=61982;RO=1555;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=3379.65;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=1555;SRP=3379.65;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:920:882,38:882:35176:38:1529:0,-139.096,-3024.76 0/1:759:673,86:673:26806:86:3415:-78.9225,0,-2181.66 dDocent_Contig_4509 18 . A G 1396.58 . AB=0.414634;ABP=10.7958;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=51;CIGAR=1X2M1X;DP=198;DPB=198;DPRA=1.64;EPP=113.755;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1983;QR=5755;RO=147;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=322.217;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:75,0:75:2931:0:0:0,-22.5772,-263.916 0|1:123:72,51:72:2824:51:1983:-141.658,0,-217.273 dDocent_Contig_4510 28 . T C 31977.5 . AB=0.622449;ABP=219.98;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1037;CIGAR=1X;DP=1666;DPB=1666;DPRA=0;EPP=2254.83;EPPR=1368.87;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41182;QR=24814;RO=629;RPL=0;RPP=2254.83;RPPR=1368.87;RPR=1037;RUN=1;SAF=1037;SAP=2254.83;SAR=0;SRF=629;SRP=1368.87;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:883:331,552:331:13027:552:21977:-1710.27,0,-905.77 0/1:783:298,485:298:11787:485:19205:-1491.18,0,-824.394 dDocent_Contig_4512 82 . T A 918.466 . AB=0.269939;ABP=77.9461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.70339;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1598;QR=4328;RO=118;RPL=32;RPP=22.751;RPPR=13.61;RPR=12;RUN=1;SAF=32;SAP=22.751;SAR=12;SRF=71;SRP=13.61;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:59,21:59:2161:21:763:-44.7641,0,-170.495 0/1:82:59,23:59:2167:23:835:-50.7815,0,-170.57 dDocent_Contig_4513 40 . T C 35838.2 . AB=0.911043;ABP=959.844;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1091;CIGAR=1X;DP=1177;DPB=1177;DPRA=0;EPP=2372.09;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9927;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43172;QR=3391;RO=85;RPL=0;RPP=2372.09;RPPR=187.585;RPR=1091;RUN=1;SAF=1091;SAP=2372.09;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:652:57,594:57:2279:594:23557:-1922.09,0,-9.21339 1/1:525:28,497:28:1112:497:19615:-1663.43,-57.6763,0 dDocent_Contig_4514 55 . C G 313.11 . AB=0.264151;ABP=28.6173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=1523;RO=39;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:19,11:19:730:11:436:-30.5604,0,-56.9885 0/1:23:20,3:20:793:3:122:-4.4488,0,-64.7648 dDocent_Contig_4517 21 . T C 190.207 . AB=0.217391;ABP=34.9215;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.9077;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=1433;RO=36;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=81.1833;RPR=10;RUN=1;SAF=9;SAP=16.9077;SAR=1;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:879:5:199:-10.1602,0,-71.2874 0/1:19:14,5:14:554:5:201:-12.5595,0,-44.4832 dDocent_Contig_4518 98 . N T 224.863 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:171:-15.7267,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_4521 96 . T A 256.427 . AB=0.371429;ABP=8.03571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=761;RO=22;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:13,10:13:447:10:344:-24.3692,0,-33.6354 0/1:12:9,3:9:314:3:92:-4.97226,0,-24.9855 dDocent_Contig_4523 11 . A G 166.144 . AB=0.11465;ABP=205.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=311;DPB=311;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=924;QR=11348;RO=288;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=628.394;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:139,18:139:5470:18:725:-18.3134,0,-444.886 0/0:154:149,5:149:5878:5:199:0,-28.0712,-510.542 dDocent_Contig_4524 134 . G A 301.505 . AB=0.258065;ABP=34.5317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=15.095;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.521739;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=1646;RO=46;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=102.898;RPR=16;RUN=1;SAF=12;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=15;SRP=15.095;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:641:4:135:-5.85942,0,-51.392 0/1:40:28,12:28:1005:12:441:-27.99,0,-78.7176 dDocent_Contig_4525 44 . T A 513.635 . AB=0.245283;ABP=62.7463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.74748;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.307692;PAIREDR=0.7125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=959;QR=2968;RO=80;RPL=1;RPP=51.1168;RPPR=168.151;RPR=25;RUN=1;SAF=14;SAP=3.34437;SAR=12;SRF=37;SRP=3.98746;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:41,19:41:1523:19:711:-46.2474,0,-119.272 0/1:46:39,7:39:1445:7:248:-8.81504,0,-116.469 dDocent_Contig_4528 28 . T A 4497.05 . AB=0.514085;ABP=3.49965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X2M;DP=284;DPB=284;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.986301;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5807;QR=3255;RO=82;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=181.071;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:143:38,33,72:38:1502:33,72:1308,2870:-224.892,-128.669,-242.33,0,-15.932,-101.921 0|1:141:44,23,74:44:1753:23,74:905,2937:-228.512,-167.32,-304.749,0,-69.9194,-122.079 dDocent_Contig_4529 96 . A G 767.904 . AB=0.121302;ABP=424.045;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X1M1X1M;DP=338;DPB=353.25;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=23;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.983333;PAO=0;PQA=0;PQR=69;PRO=3;QA=1304;QR=4105;RO=120;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=263.587;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:122:49,12,17,8:49:1663:12,17,8:410,543,274:-28.984,-10.4584,-141.717,0,-101.593,-129.751,-21.4904,-123.085,-112.625,-153.953 0|1:216:71,26,24,24:71:2442:26,24,24:897,761,825:-51.5054,0,-190.51,-11.6314,-137.09,-202.741,-5.8757,-131.335,-142.965,-196.987 dDocent_Contig_4530 34 . G T 225.732 . AB=0.333333;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.9;EPP=22.5536;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=1931;RO=48;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=107.241;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:18,9:18:723:9:356:-24.2722,0,-57.2665 0/0:30:30,0:30:1208:0:0:0,-9.0309,-108.991 dDocent_Contig_4531 197 . C T 97.7183 . AB=0.434783;ABP=3.86001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X5M1I6M;DP=35;DPB=36.1667;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=23.8333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=265;QR=755;RO=21;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:13,0,10:13:468:0,10:0,228:-11.4688,-15.3822,-53.6577,0,-38.5463,-35.536 0|0:12:8,2,2:8:287:2,2:34,37:0,-0.491753,-23.4621,-0.209139,-21.9131,-23.1913 dDocent_Contig_4532 73 . T C 44.9316 . AB=0.0906404;ABP=1480.38;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=1015;DPB=1015;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=2007.28;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994583;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3480;QR=34588;RO=923;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=2007.28;RPR=0;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=923;SRP=2007.28;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:557:506,51:506:18929:51:1919:-5.27375,0,-1535.05 0/1:458:417,41:417:15659:41:1561:-2.89121,0,-1270.75 dDocent_Contig_4533 56 . T C 208.247 . AB=0.12782;ABP=163.03;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X4M;DP=278;DPB=278;DPRA=0.917241;EPP=39.9253;EPPR=550.221;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=9791;RO=252;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=550.221;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=252;SRP=550.221;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:145:145,0,0:145:5628:0,0:0,0:0,-43.6493,-506.425,-43.6493,-506.425,-506.425 0|1:133:107,9,17:107:4163:9,17:337,669:-22.8247,-27.4433,-366.844,0,-314.53,-337.01 dDocent_Contig_4534 136 . G T 4155.94 . AB=0.572193;ABP=11.4756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X1M1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4165;QR=1151;RO=29;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=65.983;RPR=107;RUN=1;SAF=0;SAP=235.358;SAR=107;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:124:22,84,18:22:870:84,18:3271,688:-262.194,0,-46.3091,-212.386,-15.1696,-278.557 1|0:63:7,23,33:7:281:23,33:894,1322:-157.099,-85.7503,-101.98,-50.2954,0,-63.5172 dDocent_Contig_4535 45 . T G 26955.3 . AB=0.914352;ABP=647.234;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=826;CIGAR=2X;DP=886;DPB=886;DPRA=0;EPP=1796.65;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32338;QR=2366;RO=60;RPL=0;RPP=1796.65;RPPR=133.299;RPR=826;RUN=1;SAF=826;SAP=1796.65;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:454:23,431:23:896:431:16806:-1430.39,-55.7183,0 0|1:432:37,395:37:1470:395:15532:-1266.71,0,-2.50722 dDocent_Contig_4536 107 . N G 87.8342 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:67:-6.20475,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:25:-2.27487,-0.30103,0 dDocent_Contig_4537 11 . T C 4192.86 . AB=0.588745;ABP=18.8122;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=136;CIGAR=2X3M1X5M;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=298.331;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=59.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.977941;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5389;QR=2631;RO=67;RPL=0;RPP=298.331;RPPR=148.499;RPR=136;RUN=1;SAF=136;SAP=298.331;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:107:26,13,64:26:1027:13,64:498,2522:-199.326,-166.347,-246.943,0,-43.7134,-65.2526 0|1:124:41,8,72:41:1604:8,72:318,2867:-223.659,-209.819,-339.285,0,-105.689,-110.197 dDocent_Contig_4538 14 . C A 1267.4 . AB=0.233503;ABP=124.536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X1M3D1X1M1X;DP=197;DPB=175.625;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1824;QR=4284;RO=108;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=237.529;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:88:51,14,5,18:51:2024:14,5,18:565,201,721:-44.0425,-12.8181,-175.215,-42.8308,-162.865,-207.936,0,-120.032,-150.045,-161.191 0|1:109:57,32,6,14:57:2260:32,6,14:1259,235,564:-86.3962,0,-176.39,-84.2321,-166.7,-268.451,-57.0683,-139.538,-223.772,-238.881 dDocent_Contig_4539 10 . G A 1239.81 . AB=0.441176;ABP=6.07591;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1753;QR=2239;RO=57;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=126.784;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:8,21:8:319:21:800:-63.5809,0,-20.3461 0/1:73:49,24:49:1920:24:953:-64.0995,0,-151.034 dDocent_Contig_4540 161 . A T 30.7078 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1143;RO=29;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:869:1:41:0,-2.82912,-74.4227 0/1:9:7,2:7:274:2:82:-5.07041,0,-22.3121 dDocent_Contig_4546 18 . T A 213.942 . AB=0.238095;ABP=28.0339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=1271;RO=32;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=72.4974;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:11,8:11:447:8:316:-23.0831,0,-34.8661 0/1:23:21,2:21:824:2:80:-0.667885,0,-67.537 dDocent_Contig_4547 46 . T A 464.892 . AB=0.164706;ABP=169.013;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=349;DPB=349;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1496;QR=12301;RO=310;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=676.167;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:142,28:142:5650:28:1101:-48.1882,0,-457.139 0/0:179:168,10:168:6651:10:395:0,-17.7848,-562.423 dDocent_Contig_4549 63 . T A 5009.32 . AB=0.72103;ABP=101.882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=3M1X2M;DP=233;DPB=228.5;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6301;QR=1605;RO=43;RPL=168;RPP=367.818;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:10,0,6,97:10:364:0,6,97:0,241,3632:-294.4,-297.41,-327.136,-277.549,-307.275,-305.469,0,-29.7034,-9.83046,-0.503516 0|1:120:33,13,3,71:33:1241:13,3,71:473,114,2669:-208.728,-180.04,-277.802,-209.314,-272.367,-310.087,0,-63.0605,-92.3328,-80.3082 dDocent_Contig_4550 45 . T C 108.796 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=2.30769;EPP=16.0391;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1455;RO=37;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:935:6:236:-12.5786,0,-75.416 0/0:13:13,0:13:520:0:0:0,-3.91339,-47.1471 dDocent_Contig_4551 26 . C A 122.73 . AB=0.12381;ABP=132.078;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=1.16667;EPP=7.18621;EPPR=271.462;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.796703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=7277;RO=182;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=398.218;RPR=13;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=166;SRP=271.462;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:90:90,0:90:3611:0:0:0,-27.0927,-324.997 0/1:105:92,13:92:3666:13:506:-14.273,0,-298.344 dDocent_Contig_4552 73 . T C 7424.1 . AB=0.782051;ABP=218.599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=244;CIGAR=1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=532.85;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9334;QR=2564;RO=68;RPL=244;RPP=532.85;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=244;SAP=532.85;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:44,140:44:1637:140:5267:-418.6,0,-92.1844 0/1:128:24,104:24:927:104:4067:-327.508,0,-45.2023 dDocent_Contig_4555 98 . N T 3100.28 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.8962;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95283;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3461;QR=0;RO=0;RPL=106;RPP=233.186;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:53:0,53:0:0:53:1772:-159.565,-15.9546,0 1/1:53:0,53:0:0:53:1689:-150.162,-15.9546,0 dDocent_Contig_4556 1 . N G 262.867 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33.6667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:151:-9.7897,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:203:-16.1958,-1.50515,0 dDocent_Contig_4558 102 . N A 435.974 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=6X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=15.0024;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:15:0,15:0:0:15:481:-43.5974,-4.51545,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4559 96 . T C 4083.89 . AB=0.50303;ABP=3.03662;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=166;CIGAR=1X;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5677;QR=5587;RO=164;RPL=166;RPP=363.475;RPPR=359.132;RPR=0;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:80,117:80:2758:117:4006:-301.45,0,-189.171 0/1:133:84,49:84:2829:49:1671:-110.638,0,-214.824 dDocent_Contig_4560 22 . G T 446.313 . AB=0.18125;ABP=144.21;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=882.457;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.458333;PAIREDR=0.175309;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1781;QR=16110;RO=405;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=882.457;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=405;SRP=882.457;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:294:274,19:274:10916:19:731:0,-22.4836,-915.583 0/1:160:131,29:131:5194:29:1050:-46.6313,0,-419.162 dDocent_Contig_4561 98 . N A 1451.83 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=49;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.5694;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1610;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:49:0,49:0:0:49:1610:-145.183,-14.7505,0 dDocent_Contig_4562 9 . T G 43.2172 . AB=0.12069;ABP=75.4926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.71;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=3781;RO=100;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=220.158;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:51,7:51:1928:7:257:-6.02067,0,-156.301 0/0:51:49,2:49:1853:2:78:0,-7.94906,-159.61 dDocent_Contig_4563 7 . T C 675.062 . AB=0.256198;ABP=65.4805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=56.4831;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.741935;PAIREDR=0.561798;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1188;QR=3420;RO=89;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=196.271;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:33,14:33:1261:14:544:-34.8897,0,-99.0073 0/1:73:56,17:56:2159:17:644:-36.3155,0,-171.559 dDocent_Contig_4564 11 . G A 4961.75 . AB=0.163196;ABP=1753.89;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=290;CIGAR=1X;DP=1777;DPB=1777;DPRA=0;EPP=632.737;EPPR=3231.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11502;QR=58413;RO=1487;RPL=0;RPP=632.737;RPPR=3231.99;RPR=290;RUN=1;SAF=290;SAP=632.737;SAR=0;SRF=1487;SRP=3231.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:853:751,102:751:29471:102:4044:-107.168,0,-2393.06 0/1:924:736,188:736:28942:188:7458:-392.706,0,-2324.17 dDocent_Contig_4565 7 . T C 76.9387 . AB=0.113043;ABP=152.578;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.519608;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=3893;RO=102;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=224.5;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:53,6:53:2016:6:233:-3.57931,0,-163.911 0/1:56:49,7:49:1877:7:270:-7.80785,0,-152.32 dDocent_Contig_4566 10 . G A 927.082 . AB=0.194915;ABP=193.805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966361;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2244;QR=12959;RO=327;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=713.082;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:190,46:190:7551:46:1836:-94.4072,0,-608.171 0/0:147:137,10:137:5408:10:408:0,-7.17082,-449.474 dDocent_Contig_4567 106 . N G 118.927 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=2X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.75;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=132;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:132:-11.8925,-1.20412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4568 29 . G T 231.096 . AB=0.156863;ABP=107.326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=631;QR=3425;RO=86;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=189.757;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:729:6:243:-15.0235,0,-58.7104 0/1:78:68,10:68:2696:10:388:-11.7851,0,-219.276 dDocent_Contig_4569 11 . C A 16430 . AB=0.516886;ABP=5.65029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=551;CIGAR=1X;DP=1066;DPB=1066;DPRA=0;EPP=1199.49;EPPR=1077.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994555;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21819;QR=19771;RO=495;RPL=0;RPP=1199.49;RPPR=1077.89;RPR=551;RUN=1;SAF=551;SAP=1199.49;SAR=0;SRF=495;SRP=1077.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:496:222,263:222:8880:263:10394:-788.44,0,-652.263 0/1:570:273,288:273:10891:288:11425:-858.257,0,-810.184 dDocent_Contig_4570 7 . T G 21462.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=757;CIGAR=1X;DP=788;DPB=788;DPRA=0;EPP=1646.81;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998679;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24234;QR=382;RO=26;RPL=0;RPP=1646.81;RPPR=59.4686;RPR=757;RUN=1;SAF=757;SAP=1646.81;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:362:13,348:13:179:348:10945:-968.634,-92.5365,0 1/1:426:13,409:13:203:409:13289:-1177.28,-108.757,0 dDocent_Contig_4572 25 . C G 136.997 . AB=0.166667;ABP=55.1256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=1733;RO=44;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,5:22:863:5:202:-10.167,0,-69.5977 0/1:26:22,4:22:870:4:163:-7.23165,0,-70.7804 dDocent_Contig_4573 173 . C G 892.521 . AB=0.361702;ABP=18.6264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1340;QR=2318;RO=60;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:31,21:31:1189:21:841:-60.3494,0,-91.6217 0/1:42:29,13:29:1129:13:499:-32.6016,0,-89.2479 dDocent_Contig_4575 98 . N T 22287 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=737;CIGAR=3X;DP=737;DPB=756.667;DPRA=0;EPP=1603.39;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=56;PQA=1419;PQR=0;PRO=0;QA=24767;QR=0;RO=0;RPL=737;RPP=1603.39;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=737;SAP=1603.39;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:457:0,457:0:0:457:15344:-1380.55,-137.571,0 1|1:280:0,280:0:0:280:9423:-847.844,-84.2884,0 dDocent_Contig_4576 7 . T C 531.993 . AB=0.201299;ABP=122.357;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.3871;MQMR=59.8862;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=0.98374;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1141;QR=4680;RO=123;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=270.101;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:53,19:53:2016:19:714:-42.9136,0,-160.003 0/1:82:70,12:70:2664:12:427:-13.9847,0,-215.238 dDocent_Contig_4577 25 . A T 142.023 . AB=0.141176;ABP=98.0697;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=2879;RO=73;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=161.528;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:867:4:155:-6.49669,0,-70.5124 0/1:59:51,8:51:2012:8:320:-11.4045,0,-163.511 dDocent_Contig_4578 13 . T C 56.0523 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60414,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4579 25 . A G 73.7935 . AB=0.115385;ABP=136.639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X2M1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987013;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=641;QR=6012;RO=154;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=337.417;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:104:92,12:92:3565:12:445:-9.07831,0,-289.615 0|0:71:62,5:62:2447:5:196:0,-2.54322,-202.384 dDocent_Contig_4580 112 . G C 35.7251 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.962963;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.795918;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=1915;RO=49;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1050:0:0:0,-8.12781,-94.7935 0/1:26:22,4:22:865:4:145:-5.57239,0,-70.3387 dDocent_Contig_4581 136 . A G 38858.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1153;CIGAR=1X;DP=1189;DPB=1189;DPRA=0;EPP=2506.72;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44599;QR=1383;RO=36;RPL=0;RPP=2506.72;RPPR=81.1833;RPR=1153;RUN=1;SAF=0;SAP=2506.72;SAR=1153;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:632:14,618:14:524:618:23972:-2108.21,-142.759,0 1/1:557:22,535:22:859:535:20627:-1777.34,-90.045,0 dDocent_Contig_4582 81 . T G 992.286 . AB=0.375;ABP=19.2963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.853333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1538;QR=2390;RO=75;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:48,22:48:1559:22:742:-46.02,0,-119.524 0/1:50:27,23:27:831:23:796:-56.9075,0,-60.027 dDocent_Contig_4583 123 . G A 287.443 . AB=0.393939;ABP=6.23461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=4.125;EPP=31.2394;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=986;RO=28;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=63.8115;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:20,13:20:700:13:445:-30.4432,0,-53.3889 0/0:8:8,0:8:286:0:0:0,-2.40824,-26.0856 dDocent_Contig_4584 45 . T G 539.421 . AB=0.231481;ABP=70.6476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.24;PAIREDR=0.46988;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=3233;RO=83;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=183.243;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:38,9:38:1498:9:364:-18.976,0,-120.917 0/1:61:45,16:45:1735:16:630:-38.6651,0,-138.007 dDocent_Contig_4585 107 . N T 18496.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=605;CIGAR=1X;DP=605;DPB=605;DPRA=0;EPP=1316.75;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20548;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1316.75;RPPR=0;RPR=605;RUN=1;SAF=0;SAP=1316.75;SAR=605;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:290:0,290:0:0:290:9812:-883.11,-87.2987,0 1/1:315:0,315:0:0:315:10736:-966.243,-94.8245,0 dDocent_Contig_4586 13 . G T 682.993 . AB=0.376812;ABP=12.1053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X3M1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1023;QR=1639;RO=43;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=96.3836;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:26,4:26:990:4:159:-5.66143,0,-80.381 0|1:39:17,22:17:649:22:864:-66.3368,0,-47.0018 dDocent_Contig_4587 41 . G T 849.052 . AB=0.200913;ABP=173.168;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1708;QR=7010;RO=175;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=383.018;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:73,34:73:2929:34:1315:-86.4191,0,-231.495 0/1:112:102,10:102:4081:10:393:-2.01343,0,-333.545 dDocent_Contig_4589 7 . T C 9567.48 . AB=0.317512;ABP=179.745;AC=4;AF=1;AN=4;AO=194;CIGAR=1X4M;DP=611;DPB=611;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7485;QR=3227;RO=84;RPL=0;RPP=424.276;RPPR=185.414;RPR=194;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:362:61,90,69,137:61:2339:90,69,137:3450,2611,5274:-505.848,-241.054,-405.94,-310.175,-218.997,-481.383,-91.1785,0,-69.1221,-241.917 1|1:249:23,82,87,57:23:888:82,87,57:3150,3359,2211:-454.599,-202.939,-251.184,-185.653,0,-232.394,-279.86,-94.206,-76.9202,-335.632 dDocent_Contig_4590 98 . N A 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4591 72 . T C 14477.3 . AB=0.710983;ABP=270.566;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=492;CIGAR=1X;DP=692;DPB=692;DPRA=0;EPP=1071.37;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995935;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18448;QR=7448;RO=200;RPL=492;RPP=1071.37;RPPR=437.305;RPR=0;RUN=1;SAF=492;SAP=1071.37;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:461:104,357:104:3824:357:13273:-1055.28,0,-205.514 0/1:231:96,135:96:3624:135:5175:-396.152,0,-256.732 dDocent_Contig_4592 14 . G A 563.391 . AB=0.238532;ABP=67.7361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1024;QR=3312;RO=83;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=183.243;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:33,14:33:1306:14:551:-35.7828,0,-103.657 0/1:62:50,12:50:2006:12:473:-24.2553,0,-162.061 dDocent_Contig_4593 98 . N T 187.761 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14405,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33053,-0.90309,0 dDocent_Contig_4594 41 . C T 825.703 . AB=0.298387;ABP=46.79;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.702703;PAIREDR=0.724138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1366;QR=3364;RO=87;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=191.928;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:41,16:41:1589:16:601:-37.2685,0,-126.078 0/1:67:46,21:46:1775:21:765:-49.0008,0,-139.789 dDocent_Contig_4595 106 . N A 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_4596 64 . C A 8100.81 . AB=0.664773;ABP=127.525;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=351;CIGAR=1X;DP=528;DPB=528;DPRA=0;EPP=765.197;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7436;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982906;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10811;QR=5773;RO=177;RPL=351;RPP=765.197;RPPR=387.361;RPR=0;RUN=1;SAF=351;SAP=765.197;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:299:105,194:105:3445:194:5911:-441.571,0,-220.274 0/1:229:72,157:72:2328:157:4900:-372.209,0,-140.847 dDocent_Contig_4597 73 . C T 206.851 . AB=0.294118;ABP=15.5282;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.77193;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=2144;RO=57;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=6.09608;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=33;SRP=6.09608;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:33,2:33:1247:2:76:0,-3.62127,-105.35 0/1:34:24,10:24:897:10:362:-22.6851,0,-70.8148 dDocent_Contig_4598 107 . N T 96.1056 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_4599 9 . T C 184.663 . AB=0.208333;ABP=38.4777;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.86747;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=3181;RO=83;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=183.243;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:45,3:45:1728:3:117:0,-3.53906,-144.869 0/1:48:38,10:38:1453:10:384:-20.4663,0,-116.597 dDocent_Contig_4600 25 . G A 231.275 . AB=0.20339;ABP=48.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.702128;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=1847;RO=47;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=105.07;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:22,8:22:882:8:324:-20.4979,0,-70.6547 0/1:29:25,4:25:965:4:163:-6.32856,0,-78.4101 dDocent_Contig_4602 98 . N T 64.5634 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:58:-5.41278,-0.90309,0 dDocent_Contig_4604 61 . T A 89.0635 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.809816;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=547;QR=6396;RO=163;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=356.96;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:108:103,5:103:4051:5:199:0,-14.2238,-346.291 0/1:69:60,9:60:2345:9:348:-10.9063,0,-190.447 dDocent_Contig_4605 11 . T A 103.266 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=1.29412;EPP=18.2106;EPPR=148.621;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=2861;RO=71;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=157.185;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=70;SRP=148.621;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1363:0:0:0,-10.235,-122.929 0/1:44:37,7:37:1498:7:280:-12.3266,0,-121.815 dDocent_Contig_4606 24 . C T 31.4359 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=1602;RO=40;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=89.8692;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:22,2:22:873:2:63:0,-1.24156,-72.8902 0/1:21:18,3:18:729:3:123:-5.14316,0,-59.6128 dDocent_Contig_4607 40 . C A 326.51 . AB=0.238806;ABP=42.7126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.784314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=620;QR=2041;RO=51;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=113.755;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:33,13:33:1314:13:504:-31.8541,0,-104.676 0/1:21:18,3:18:727:3:116:-4.49515,0,-59.4331 dDocent_Contig_4608 98 . N G 347.627 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=376;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:249:-22.7165,-2.40824,0 1/1:4:0,4:0:0:4:127:-11.745,-1.20412,0 dDocent_Contig_4609 11 . T C 6722.06 . AB=0.669782;ABP=83.3818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=215;CIGAR=1X;DP=321;DPB=321;DPRA=0;EPP=469.877;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986047;PAIREDR=0.971698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8585;QR=4265;RO=106;RPL=0;RPP=469.877;RPPR=233.186;RPR=215;RUN=1;SAF=215;SAP=469.877;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:176:52,124:52:2110:124:4982:-395.26,0,-137.09 0/1:145:54,91:54:2155:91:3603:-280.646,0,-150.477 dDocent_Contig_4610 9 . T A 24583.9 . 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AB=0.203704;ABP=44.1879;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=3824;RO=96;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=211.472;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:43,11:43:1714:11:440:-23.6983,0,-138.218 0/0:54:53,1:53:2110:1:41:0,-12.1611,-185.979 dDocent_Contig_4612 63 . T G 129.501 . AB=0.16;ABP=53.2147;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=1.06383;EPP=20.3821;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=3508;RO=88;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:41,8:41:1640:8:327:-14.6491,0,-132.684 0/0:47:47,0:47:1868:0:0:0,-14.1484,-168.329 dDocent_Contig_4613 98 . N G 64.5902 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_4616 31 . T C 4175.25 . AB=0.432353;ABP=16.5245;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=340;DPB=340;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=419.933;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994792;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5813;QR=7648;RO=192;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=419.933;RPR=147;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=192;SRP=419.933;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:196:110,85:110:4384:85:3321:-240.157,0,-335.713 0/1:144:82,62:82:3264:62:2492:-181.067,0,-250.468 dDocent_Contig_4617 7 . T G 48754.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1770;CIGAR=1X;DP=1826;DPB=1826;DPRA=0;EPP=3846.52;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99887;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54879;QR=688;RO=49;RPL=0;RPP=3846.52;RPPR=109.412;RPR=1770;RUN=1;SAF=1770;SAP=3846.52;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1000:28,967:28:395:967:29854:-2650.18,-263.98,0 1/1:826:21,803:21:293:803:25025:-2224.96,-221.652,0 dDocent_Contig_4618 9 . T C 20113.2 . AB=0.523596;ABP=9.46616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=699;CIGAR=1X;DP=1335;DPB=1335;DPRA=0;EPP=1520.87;EPPR=1384.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998569;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26868;QR=24370;RO=636;RPL=0;RPP=1520.87;RPPR=1384.07;RPR=699;RUN=1;SAF=699;SAP=1520.87;SAR=0;SRF=636;SRP=1384.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:713:375,338:375:14410:338:12973:-952.361,0,-1081.59 0/1:622:261,361:261:9960:361:13895:-1062.66,0,-708.823 dDocent_Contig_4619 13 . A C 103.142 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.85;EPP=16.0391;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.779412;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=2709;RO=68;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=150.67;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:1118:6:243:-12.0132,0,-90.668 0/0:40:40,0:40:1591:0:0:0,-12.0412,-143.427 dDocent_Contig_4620 107 . N C 64.5896 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_4621 11 . G A 835.818 . AB=0.205128;ABP=150.281;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=297.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=51.1677;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1615;QR=6108;RO=155;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=339.589;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=150;SRP=297.56;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:64,30:64:2540:30:1211:-80.9648,0,-185.321 0/1:101:91,10:91:3568:10:404:-6.31603,0,-253.592 dDocent_Contig_4622 11 . G A 3281.24 . AB=0.340599;ABP=84.0056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984;PAIREDR=0.971074;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4911;QR=9507;RO=242;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=528.507;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:198:129,69:129:5078:69:2713:-184.696,0,-397.305 0/1:169:113,56:113:4429:56:2198:-147.127,0,-347.687 dDocent_Contig_4623 76 . G A 4605.36 . AB=0.225664;ABP=741.695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=255;CIGAR=1X;DP=1130;DPB=1130;DPRA=0;EPP=556.736;EPPR=1898.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8935;QR=30255;RO=873;RPL=255;RPP=556.736;RPPR=1898.71;RPR=0;RUN=1;SAF=255;SAP=556.736;SAR=0;SRF=873;SRP=1898.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:477:400,76:400:13944:76:2690:-98.7072,0,-1111.14 0/1:653:473,179:473:16311:179:6245:-365.528,0,-1271.1 dDocent_Contig_4624 47 . T C 1910.09 . AB=0.252011;ABP=202.256;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=632;DPB=632;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=1153.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3493;QR=18443;RO=530;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=1153.89;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=530;SRP=1153.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:373:276,94:276:9440:94:3378:-192.708,0,-737.99 0/0:259:254,3:254:9003:3:115:0,-66.8289,-799.46 dDocent_Contig_4625 13 . G A 1671.14 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.964912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2273;QR=2311;RO=57;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=126.784;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:27,17:27:1099:17:666:-47.0249,0,-85.9464 0/1:70:30,40:30:1212:40:1607:-123.788,0,-88.277 dDocent_Contig_4627 22 . A G 207.672 . AB=0.272727;ABP=17.8158;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=2633;RO=66;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=146.327;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:24,9:24:954:9:356:-22.4661,0,-76.2241 0/0:44:42,2:42:1679:2:81:0,-5.55959,-143.65 dDocent_Contig_4628 33 . C A 2715.14 . AB=0.301676;ABP=125.316;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X1M1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=545.878;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990741;PAIREDR=0.98;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4251;QR=9984;RO=250;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=545.878;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=250;SRP=545.878;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:178:133,45:133:5317:45:1765:-105.498,0,-424.795 0|1:180:117,63:117:4667:63:2486:-169.715,0,-365.771 dDocent_Contig_4629 27 . C T 35.8084 . AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.5;EPP=13.8677;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.953846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2617;RO=65;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=144.156;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1481:5:195:-5.27969,0,-120.887 0/0:28:28,0:28:1136:0:0:0,-8.42884,-102.519 dDocent_Contig_4630 7 . T G 41108.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1506;CIGAR=1X4M;DP=1695;DPB=1695;DPRA=0;EPP=3273.25;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47249;QR=1553;RO=51;RPL=0;RPP=3273.25;RPPR=113.755;RPR=1506;RUN=1;SAF=1506;SAP=3273.25;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:892:22,68,790:22:674:68,790:2265,24846:-2174.39,-1997.74,-2031.29,-183.789,-54.4991,0 1|1:803:29,52,716:29:879:52,716:1859,22403:-1936.15,-1793.32,-1848.03,-145.186,-63.9411,0 dDocent_Contig_4631 21 . T C 60648 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1701;CIGAR=1X;DP=1724;DPB=1724;DPRA=0;EPP=3696.68;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68380;QR=916;RO=23;RPL=0;RPP=3696.68;RPPR=52.9542;RPR=1701;RUN=1;SAF=1701;SAP=3696.68;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:964:12,952:12:486:952:38271:-3396.57,-246.102,0 1/1:760:11,749:11:430:749:30109:-2667.93,-189.735,0 dDocent_Contig_4634 36 . T C 715.749 . AB=0.182692;ABP=184.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1525;QR=6818;RO=170;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=372.161;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:84,25:84:3366:25:999:-57.3906,0,-270.173 0/1:99:86,13:86:3452:13:526:-17.8832,0,-280.914 dDocent_Contig_4635 38 . G A 1225.14 . AB=0.170901;ABP=410.349;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=433;DPB=433;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=782.569;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2845;QR=14072;RO=359;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=782.569;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=359;SRP=782.569;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:158,39:158:6257:39:1508:-76.6643,0,-503.583 0/1:236:201,35:201:7815:35:1337:-49.5485,0,-631.945 dDocent_Contig_4636 16 . T A 13182.7 . AB=0.810277;ABP=426.13;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=410;CIGAR=1X;DP=506;DPB=506;DPRA=0;EPP=893.314;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16391;QR=3849;RO=96;RPL=0;RPP=893.314;RPPR=211.472;RPR=410;RUN=1;SAF=410;SAP=893.314;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:244:50,194:50:2000:194:7784:-626.696,0,-106.739 0/1:262:46,216:46:1849:216:8607:-695.271,0,-87.7457 dDocent_Contig_4637 25 . G T 98.5503 . AB=0.136986;ABP=86.5674;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0.695238;EPP=24.725;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=372;QR=6327;RO=164;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=359.132;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:105:101,0:101:3867:0:0:0,-30.404,-347.717 0|1:73:63,10:63:2460:10:372:-11.855,0,-199.599 dDocent_Contig_4638 86 . A G 84.3986 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=4.2;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=751;RO=21;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,5:16:574:5:179:-10.1388,0,-45.6722 0/0:5:5,0:5:177:0:0:0,-1.50515,-16.277 dDocent_Contig_4639 108 . A C 4570.54 . AB=0.79476;ABP=175.827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994505;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5880;QR=1582;RO=47;RPL=0;RPP=398.218;RPPR=105.07;RPR=182;RUN=1;SAF=0;SAP=398.218;SAR=182;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:26,88:26:864:88:2894:-226.393,0,-43.748 0/1:115:21,94:21:718:94:2986:-234.36,0,-30.3209 dDocent_Contig_4640 30 . T C 241.889 . AB=0.0632911;ABP=133.876;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1M1X2M;DP=151;DPB=160.5;DPRA=1.09722;EPP=13.8677;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976378;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=4940;RO=127;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=278.787;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:72:67,5,0:67:2575:5,0:199,0:0,-3.3861,-213.628,-20.169,-215.133,-231.519 0|0:79:60,14,5:60:2365:14,5:539,194:-26.1889,0,-190.361,-28.315,-178.641,-221.387 dDocent_Contig_4642 184 . C T 94.9738 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.147059;EPP=11.6962;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=2879;RO=74;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:68,0:68:2638:0:0:0,-20.47,-237.553 0/1:10:6,4:6:241:4:157:-11.4974,0,-19.0566 dDocent_Contig_4643 55 . G A 766.138 . AB=0.482143;ABP=3.16541;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1072;QR=1117;RO=29;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:521:5:200:-12.961,0,-41.8157 0/1:38:16,22:16:596:22:872:-67.3517,0,-42.5189 dDocent_Contig_4644 73 . C A 4211.57 . AB=0.495017;ABP=3.07523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=149;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=326.56;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986577;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5724;QR=5811;RO=152;RPL=149;RPP=326.56;RPPR=333.074;RPR=0;RUN=1;SAF=149;SAP=326.56;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:93,71:93:3554:71:2731:-196.584,0,-270.604 0/1:137:59,78:59:2257:78:2993:-228.272,0,-162.096 dDocent_Contig_4645 7 . T G 25363.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=901;CIGAR=1X;DP=930;DPB=930;DPRA=0;EPP=1959.51;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28556;QR=367;RO=26;RPL=0;RPP=1959.51;RPPR=59.4686;RPR=901;RUN=1;SAF=901;SAP=1959.51;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:447:12,433:12:169:433:13538:-1202.77,-118.723,0 1/1:483:14,468:14:198:468:15018:-1333.27,-127.322,0 dDocent_Contig_4647 65 . G C 297.081 . AB=0.126904;ABP=241.2;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=366;DPB=366;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=721.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7704;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957704;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1407;QR=13207;RO=331;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=721.768;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=331;SRP=721.768;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:169:159,10:159:6334:10:399:0,-14.61,-532.351 0/1:197:172,25:172:6873:25:1008:-31.7081,0,-558.177 dDocent_Contig_4648 9 . T C 10637 . AB=0.688699;ABP=148.064;AC=4;AF=1;AN=4;AO=323;CIGAR=1X2M;DP=469;DPB=470.333;DPRA=0;EPP=704.396;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.4861;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12342;QR=1963;RO=50;RPL=0;RPP=704.396;RPPR=111.584;RPR=323;RUN=1;SAF=323;SAP=704.396;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:212:20,31,143:20:781:31,143:1197,5474:-476.62,-384.466,-439.339,-33.967,0,-55.1246 1|1:257:30,42,180:30:1182:42,180:1632,6868:-590.783,-465.883,-550.486,-36.6813,0,-79.743 dDocent_Contig_4649 13 . T A 832.119 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1159;QR=1155;RO=30;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=68.1545;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:19,14:19:720:14:552:-40.0888,0,-55.1861 0/1:27:11,16:11:435:16:607:-46.822,0,-31.3761 dDocent_Contig_4650 91 . C A 1087.78 . AB=0.423423;ABP=8.66395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.382979;PAIREDR=0.671875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1614;QR=2198;RO=64;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:31,28:31:1061:28:971:-69.9433,0,-78.0346 0/1:52:33,19:33:1137:19:643:-42.5336,0,-86.982 dDocent_Contig_4651 98 . N T 97.967 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_4652 29 . A G 31.6302 . AB=0.1;ABP=100.292;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.300813;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=406;QR=4789;RO=123;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=270.101;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:63,7:63:2447:7:284:-4.86169,0,-199.31 0/0:63:60,3:60:2342:3:122:0,-7.5924,-199.575 dDocent_Contig_4653 11 . A C 125.818 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.2963;EPP=18.2106;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.745455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=2211;RO=55;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=122.441;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1089:0:0:0,-8.12781,-98.2942 0/1:35:28,7:28:1122:7:275:-14.5818,0,-90.7243 dDocent_Contig_4654 55 . T G 873.334 . AB=0.133333;ABP=843.804;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=145;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=1510;DPB=1510;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=2925.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5116;QR=50849;RO=1346;RPL=145;RPP=317.874;RPPR=2925.81;RPR=0;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=1346;SRP=2925.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:790:729,49:729:27508:49:1738:0,-77.8577,-2317.59 0|1:720:617,96:617:23341:96:3378:-89.3334,0,-1884.59 dDocent_Contig_4655 3 . A G 5814.17 . 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AB=0.825911;ABP=230.892;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=247;DPB=247;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8051;QR=1734;RO=43;RPL=0;RPP=445.991;RPPR=96.3836;RPR=204;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:16,120:16:638:120:4774:-388.634,0,-16.8144 0/1:111:27,84:27:1096:84:3277:-261.581,0,-65.5097 dDocent_Contig_4657 96 . C T 391.429 . AB=0.258824;ABP=45.9544;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.730159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=2183;RO=63;RPL=16;RPP=12.8806;RPPR=3.872;RPR=6;RUN=1;SAF=16;SAP=12.8806;SAR=6;SRF=34;SRP=3.872;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:17,11:17:600:11:369:-25.1054,0,-45.9013 0/1:57:46,11:46:1583:11:384:-17.7365,0,-125.598 dDocent_Contig_4659 40 . C T 236.501 . AB=0.144928;ABP=154.132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=1.60465;EPP=46.4397;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.85;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=743;QR=8063;RO=204;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=445.991;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:86:86,0:86:3389:0:0:0,-25.8886,-305.064 0/1:138:118,20:118:4674:20:743:-25.6501,0,-379.05 dDocent_Contig_4660 25 . C A 55739.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1690;CIGAR=1X;DP=1817;DPB=1817;DPRA=0;EPP=3672.8;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67045;QR=5046;RO=127;RPL=0;RPP=3672.8;RPPR=278.787;RPR=1690;RUN=1;SAF=1690;SAP=3672.8;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1092:91,1001:91:3589:1001:39652:-3242.06,-5.70384,0 1/1:725:36,689:36:1457:689:27393:-2331.6,-86.8726,0 dDocent_Contig_4661 98 . N T 146.863 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:88:-8.2114,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17303,-0.60206,0 dDocent_Contig_4662 8 . A T 787.981 . AB=0.168317;ABP=292.547;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=303;DPB=303;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=550.221;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.1373;MQMR=59.8175;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.988095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1950;QR=9583;RO=252;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=550.221;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=252;SRP=550.221;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:138,27:138:5264:27:1042:-42.5452,0,-423.442 0/1:138:114,24:114:4319:24:908:-39.9519,0,-347.244 dDocent_Contig_4663 20 . A G 183.77 . AB=0.125926;ABP=167.093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=238;DPB=238;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=916;QR=8648;RO=215;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=469.877;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:118,17:118:4750:17:671:-20.076,0,-386.76 0/0:103:97,6:97:3898:6:245:0,-8.57662,-328.383 dDocent_Contig_4664 13 . G A 530.623 . AB=0.242424;ABP=60.0608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M2X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.84;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.293333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=954;QR=2975;RO=75;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=165.871;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:34,16:34:1355:16:635:-42.4341,0,-107.164 0|1:49:41,8:41:1620:8:319:-14.3272,0,-131.252 dDocent_Contig_4665 14 . T A 436.331 . AB=0.120112;ABP=451.765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=612;DPB=612;DPRA=1.40945;EPP=96.3836;EPPR=1238.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1702;QR=22859;RO=569;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=1238.58;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=569;SRP=1238.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:254:254,0:254:10217:0:0:0,-76.4616,-918.835 0/1:358:315,43:315:12642:43:1702:-45.6331,0,-1029.06 dDocent_Contig_4666 31 . A G 451.659 . AB=0.143498;ABP=249.185;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=391;DPB=391;DPRA=1.32738;EPP=72.4974;EPPR=782.569;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.924791;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1267;QR=14336;RO=359;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=782.569;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=359;SRP=782.569;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:168:168,0:168:6721:0:0:0,-50.573,-604.59 0/1:223:191,32:191:7615:32:1267:-47.1659,0,-617.857 dDocent_Contig_4667 32 . G T 79.832 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.912752;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=5856;RO=149;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=326.56;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:54,1:54:2141:1:41:0,-12.4621,-188.783 0/1:107:95,12:95:3715:12:465:-9.9832,0,-302.178 dDocent_Contig_4668 44 . A G 45.7742 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.83871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1175;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:602:2:79:-2.0787,0,-49.0862 0/1:18:15,3:15:573:3:123:-6.04625,0,-46.4712 dDocent_Contig_4669 111 . A C 89.9791 . AB=0.174603;ABP=60.9507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0.9;EPP=26.8965;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=32.4545;MQMR=49.4508;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.918033;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=369;QR=4142;RO=122;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=267.93;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=267.93;SRR=122;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:52,11:52:1787:11:369:-10.6969,0,-139.536 0/0:70:70,0:70:2355:0:0:0,-21.0721,-188.808 dDocent_Contig_4670 7 . T C 5398.36 . AB=0.457627;ABP=11.2913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=243;CIGAR=1X;DP=531;DPB=531;DPRA=0;EPP=530.678;EPPR=617.567;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=44.1605;MQMR=58.7282;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.691358;PAIREDR=0.61324;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9304;QR=10952;RO=287;RPL=0;RPP=530.678;RPPR=626.223;RPR=243;RUN=1;SAF=243;SAP=530.678;SAR=0;SRF=286;SRP=617.567;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:261:141,119:141:5365:119:4548:-269.909,0,-404.111 0/1:270:146,124:146:5587:124:4756:-273.626,0,-416.338 dDocent_Contig_4674 98 . N A 57.9515 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79407,-0.60206,0 dDocent_Contig_4675 79 . T A 341.402 . AB=0.178862;ABP=113.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=289;DPB=289;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=580.622;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=9894;RO=266;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=580.622;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=266;SRP=580.622;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:123:101,22:101:3709:22:806:-35.8392,0,-296.962 0/0:166:165,1:165:6185:1:37:0,-46.2731,-552.927 dDocent_Contig_4676 44 . T A 728.349 . AB=0.144444;ABP=398.315;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=596;DPB=596;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=1147.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99241;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2699;QR=20911;RO=527;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=1147.38;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=527;SRP=1147.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:360:308,52:308:12214:52:2030:-74.5339,0,-990.01 0/0:236:219,17:219:8697:17:669:0,-10.5094,-721.679 dDocent_Contig_4677 34 . T G 342.979 . AB=0.101124;ABP=126.003;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=4M1X5M1D6M;DP=89;DPB=90.8824;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=334;QR=1863;RO=48;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=107.241;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:23,5,0,3,5:23:883:5,0,3,5:173,0,118,199:-9.48423,-2.36086,-73.3506,-16.4079,-74.8558,-88.9026,-6.69125,-65.1474,-79.1941,-78.291,0,-58.4662,-72.513,-62.8038,-71.0079 0|0:51:25,4,9,12,0:25:980:4,9,12,0:161,332,441,0:-28.5117,-22.7633,-102.16,-8.89644,-76.2234,-86.7849,0,-67.3256,-53.4579,-76.984,-36.0374,-103.365,-89.4942,-80.5964,-116.635 dDocent_Contig_4678 18 . T C 31629.6 . AB=0.28891;ABP=418.3;AC=4;AF=1;AN=4;AO=310;CIGAR=1X2M;DP=1073;DPB=1073;DPRA=0;EPP=676.167;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12453;QR=1936;RO=49;RPL=0;RPP=676.167;RPPR=109.412;RPR=310;RUN=1;SAF=310;SAP=676.167;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:517:20,350,142:20:786:350,142:13914,5662:-1541.08,-401.586,-360.867,-1080.88,0,-1102.77 1|1:556:29,358,168:29:1150:358,168:14203,6791:-1625.58,-465.217,-452.104,-1074.44,0,-1118.53 dDocent_Contig_4679 98 . N T 60.1935 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:67:-6.01827,-0.60206,0 dDocent_Contig_4684 16 . C A 348.06 . AB=0.571429;ABP=3.94093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=2X1M1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=1114;RO=28;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=63.8115;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:9,12:9:362:12:472:-36.505,0,-26.6231 0|0:20:19,1:19:752:1:40:0,-2.02492,-64.0102 dDocent_Contig_4685 20 . T G 588.057 . AB=0.247619;ABP=61.1024;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1038;QR=3182;RO=79;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=174.557;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:50,8:50:2015:8:319:-11.6153,0,-164.077 0/1:47:29,18:29:1167:18:719:-50.8893,0,-91.1588 dDocent_Contig_4692 12 . G C 340.249 . AB=0.311111;ABP=16.956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X3M1I1M2X4M3X4M2X1M1D3M1X;DP=45;DPB=43.3846;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.1429;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.740741;PAO=2;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=1065;RO=27;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=61.6401;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:10,4,4:10:394:4,4:152,157:-9.95785,-0.455463,-31.7496,0,-20.0251,-31.2993 0|1:27:17,0,10:17:671:0,10:0,395:-27.6959,-32.8134,-88.027,0,-55.6075,-52.5972 dDocent_Contig_4694 7 . T C 538.413 . AB=0.355932;ABP=13.6468;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X3M1I1M2X4M3X1M;DP=59;DPB=60.4;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.71875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=819;QR=1262;RO=32;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=72.4974;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:12,10,3,0:12:477:10,3,0:392,119,0:-28.5798,0,-36.2637,-22.3949,-29.4781,-60.7684,-32.1922,-39.274,-61.6715,-71.4678 0|1:34:20,11,0,3:20:785:11,0,3:427,0,120:-28.9605,0,-61.2444,-34.9811,-64.5558,-99.5448,-25.0931,-54.6696,-89.6587,-88.7556 dDocent_Contig_4695 7 . T C 174.7 . AB=0.302326;ABP=17.6046;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=43;DPB=44.8571;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=36.6154;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.384615;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=1131;RO=29;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=65.983;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:10,10:10:395:10:391:-18.573,0,-29.8889 0|1:23:19,3:19:736:3:119:-2.53706,0,-59.5971 dDocent_Contig_4696 7 . T C 253.638 . AB=0.307692;ABP=23.8898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=65;DPB=67.8571;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=780;QR=1749;RO=45;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=100.727;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:28,11:28:1082:11:429:-14.9763,0,-85.9432 0|1:26:17,9:17:667:9:351:-14.0865,0,-52.5393 dDocent_Contig_4697 7 . T C 674.494 . AB=0.526316;ABP=3.35316;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X3M1I1M2X;DP=57;DPB=61.2857;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.766667;PAIREDR=0.703704;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1163;QR=1039;RO=27;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=61.6401;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:11,10:11:427:10:387:-17.4784,0,-32.4627 0|1:36:16,20:16:612:20:776:-53.67,0,-44.5795 dDocent_Contig_4698 107 . N T 80.7036 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:46:-4.36869,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_4699 17 . G A 3215.94 . AB=0.256654;ABP=273.561;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=135;CIGAR=1X;DP=526;DPB=526;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=852.056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5371;QR=15361;RO=391;RPL=0;RPP=296.159;RPPR=852.056;RPR=135;RUN=1;SAF=135;SAP=296.159;SAR=0;SRF=391;SRP=852.056;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:253:211,42:211:8383:42:1679:-75.1728,0,-677.851 0/1:273:180,93:180:6978:93:3692:-250.12,0,-545.565 dDocent_Contig_4701 7 . T G 16682.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=604;CIGAR=1X;DP=631;DPB=631;DPRA=0;EPP=1314.58;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18872;QR=334;RO=22;RPL=0;RPP=1314.58;RPPR=50.7827;RPR=604;RUN=1;SAF=604;SAP=1314.58;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:455:17,434:17:263:434:13602:-1200.05,-112.091,0 1/1:176:5,170:5:71:170:5270:-467.862,-46.2637,0 dDocent_Contig_4702 98 . N G 83.0571 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=89;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:89:-8.30517,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4703 11 . T C 3434.88 . AB=0.458015;ABP=7.02172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=42.5833;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4759;QR=3014;RO=77;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=170.214;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:136:33,72,31:33:1285:72,31:2865,1184:-213.222,0,-83.9378,-126.563,-9.0242,-222.842 0|1:126:44,48,34:44:1729:48,34:1894,1286:-133.966,0,-127.773,-42.521,-37.5401,-174.507 dDocent_Contig_4704 48 . C G 189.961 . AB=0.27027;ABP=19.9713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.740741;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=1068;RO=27;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=61.6401;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:601:3:85:-2.50915,0,-49.0073 0/1:19:12,7:12:467:7:283:-20.1234,0,-36.6542 dDocent_Contig_4705 160 . T C 155.344 . AB=0.259259;ABP=16.6021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0.473684;EPP=18.2106;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=2993;RO=77;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:2230:0:0:0,-17.1587,-200.87 0/1:27:20,7:20:763:7:281:-17.5344,0,-60.8449 dDocent_Contig_4706 38 . G C 14185.3 . AB=0.416034;ABP=75.5778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=493;CIGAR=1X;DP=1185;DPB=1185;DPRA=0;EPP=1073.55;EPPR=1505.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19781;QR=27560;RO=692;RPL=0;RPP=1073.55;RPPR=1505.67;RPR=493;RUN=1;SAF=493;SAP=1073.55;SAR=0;SRF=692;SRP=1505.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:657:423,234:423:16806:234:9406:-648.129,0,-1313.41 0/1:528:269,259:269:10754:259:10375:-774.102,0,-808.165 dDocent_Contig_4707 7 . T C 11647.3 . AB=0.725191;ABP=233.816;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=380;CIGAR=1X3M;DP=524;DPB=524;DPRA=0;EPP=828.17;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14626;QR=4180;RO=109;RPL=0;RPP=828.17;RPPR=239.701;RPR=380;RUN=1;SAF=380;SAP=828.17;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:251:69,11,168:69:2641:11,168:413,6471:-510.757,-513.199,-726.618,0,-198.579,-166.324 0|1:273:40,16,212:40:1539:16,212:607,8155:-657.674,-645.154,-766.695,0,-101.962,-62.6787 dDocent_Contig_4708 15 . T A 190.488 . AB=0.171875;ABP=62.8615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=4.57143;EPP=26.8965;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=2686;RO=67;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=148.499;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:566:0:0:0,-4.21442,-51.2802 0/1:64:53,11:53:2120:11:444:-21.0488,0,-171.711 dDocent_Contig_4709 38 . C G 24968.1 . AB=0.75144;ABP=575.212;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=783;CIGAR=1M2I4M1X5M;DP=1042;DPB=1211.18;DPRA=0;EPP=1703.27;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30157;QR=4247;RO=109;RPL=0;RPP=1703.27;RPPR=239.701;RPR=783;RUN=1;SAF=783;SAP=1703.27;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:422:43,310,59:43:1679:310,59:11917,2298:-1016.08,-50.8411,-95.5482,-840.167,0,-960.428 1|0:620:66,473,68:66:2568:473,68:18240,2649:-1484.42,-6.65777,-75.3035,-1286.61,0,-1477.16 dDocent_Contig_4711 38 . G C 35812 . AB=0.901434;ABP=784.055;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1061;CIGAR=1X;DP=1135;DPB=1135;DPRA=0;EPP=2306.94;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42482;QR=2964;RO=74;RPL=0;RPP=2306.94;RPPR=163.699;RPR=1061;RUN=1;SAF=1061;SAP=2306.94;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:577:19,558:19:761:558:22382:-1943.58,-104.882,0 0/1:558:55,503:55:2203:503:20100:-1639.32,0,-30.4577 dDocent_Contig_4712 42 . T G 1418.08 . AB=0.339506;ABP=39.2551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2150;QR=3909;RO=106;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=233.186;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:54,29:54:2010:29:1147:-78.4264,0,-156.051 0/1:78:52,26:52:1899:26:1003:-67.081,0,-147.675 dDocent_Contig_4713 20 . C T 237.58 . AB=0.214286;ABP=42.7172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.704545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=1765;RO=44;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=98.5551;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:25,7:25:995:7:282:-16.1198,0,-80.2103 0/1:24:19,5:19:770:5:202:-11.3371,0,-62.3954 dDocent_Contig_4714 1 . N G 75.9266 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59157,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4715 191 . G T 166.749 . AB=0.1875;ABP=43.7254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=4096;RO=102;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=224.5;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=224.5;SRR=102;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:63,1:63:2538:1:38:0,-15.4687,-224.752 0/1:48:39,9:39:1558:9:364:-18.6749,0,-126.008 dDocent_Contig_4716 27 . C T 76.0089 . AB=0.121212;ABP=85.263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=1.01538;EPP=20.3821;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=4951;RO=123;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=270.101;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:58,8:58:2344:8:320:-9.29986,0,-191.241 0/0:65:65,0:65:2607:0:0:0,-19.5669,-234.756 dDocent_Contig_4717 14 . A T 3512.04 . AB=0.767123;ABP=93.4982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.3304;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.339286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4432;QR=1356;RO=34;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=76.8404;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:21,66:21:849:66:2603:-207.89,0,-50.5329 0/1:59:13,46:13:507:46:1829:-147.013,0,-28.213 dDocent_Contig_4718 94 . C A 49.9386 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=1.5;EPP=9.52472;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=408;RO=12;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:200:0:0:0,-1.80618,-18.3275 0/1:9:6,3:6:208:3:104:-6.99382,0,-16.3503 dDocent_Contig_4719 7 . T G 45225.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1604;CIGAR=1X;DP=1669;DPB=1669;DPRA=0;EPP=3486.05;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51093;QR=823;RO=59;RPL=0;RPP=3486.05;RPPR=131.127;RPR=1604;RUN=1;SAF=1604;SAP=3486.05;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:901:33,865:33:458:865:27420:-2425.49,-229.104,0 1/1:768:26,739:26:365:739:23673:-2096.77,-197.412,0 dDocent_Contig_4720 20 . C G 9260.33 . AB=0.15528;ABP=169.189;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1M2D3M1X;DP=314;DPB=229.714;DPRA=1.05229;EPP=57.2971;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=988;QR=765;RO=19;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=44.2683;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:153:12,0,141:12:481:0,141:0,5523:-453.289,-456.901,-496.531,-2.41615,-42.4452,0 1|0:161:7,25,129:7:284:25,129:988,5089:-474.443,-395.25,-411.146,-57.8685,0,-42.4593 dDocent_Contig_4723 107 . N T 87.3533 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03367,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_4724 11 . G C 409.438 . AB=0.482759;ABP=3.08518;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=1.93333;EPP=33.4109;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=1205;RO=30;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=68.1545;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:15,14:15:599:14:567:-42.6428,0,-45.5155 0/0:15:15,0:15:606:0:0:0,-4.51545,-54.8784 dDocent_Contig_4726 9 . T C 747.107 . AB=0.141509;ABP=357.985;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X1M10I11M;DP=318;DPB=351.077;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=487.249;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1769;QR=8676;RO=223;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=487.249;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=223;SRP=487.249;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:188:137,24:137:5344:24:939:-35.9852,0,-432.088 0|1:130:86,21:86:3332:21:830:-42.4245,0,-267.411 dDocent_Contig_4728 12 . T C 11458.7 . AB=0.799107;ABP=351.144;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=358;CIGAR=2X;DP=448;DPB=448;DPRA=0;EPP=780.397;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99162;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14279;QR=3606;RO=90;RPL=0;RPP=780.397;RPPR=198.443;RPR=358;RUN=1;SAF=358;SAP=780.397;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:228:41,187:41:1643:187:7451:-601.584,0,-79.4668 0|1:220:49,171:49:1963:171:6828:-547.98,0,-110.639 dDocent_Contig_4729 29 . T C 4984.38 . AB=0.198328;ABP=1043.26;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=261;CIGAR=1X;DP=1316;DPB=1316;DPRA=0;EPP=569.765;EPPR=2293.91;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999052;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9982;QR=41133;RO=1055;RPL=0;RPP=569.765;RPPR=2293.91;RPR=261;RUN=1;SAF=261;SAP=569.765;SAR=0;SRF=1055;SRP=2293.91;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:701:564,137:564:21977:137:5297:-265.628,0,-1765.25 0/1:615:491,124:491:19156:124:4685:-236.508,0,-1537.54 dDocent_Contig_4730 9 . T G 738.266 . AB=0.0607903;ABP=554.267;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=4X1M1X;DP=329;DPB=329;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=45.4;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=759;QR=9036;RO=230;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=502.449;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:176:121,9,6,0,11,29:121:4761:9,6,0,11,29:352,238,0,416,1153:-58.509,-65.9953,-454.927,-75.8086,-438.511,-465.643,-94.9337,-457.636,-467.449,-486.574,-61.4982,-424.198,-434.01,-453.136,-449.824,0,-362.71,-372.523,-391.648,-358.209,-382.918 0|0:153:109,0,10,9,9,16:109:4275:0,10,9,9,16:0,389,351,343,630:-19.0165,-51.8288,-403.403,-20.6711,-372.245,-369.234,-23.3977,-374.972,-343.814,-372.263,-24.5857,-376.157,-344.999,-347.727,-373.448,0,-351.579,-320.421,-323.148,-324.334,-346.763 dDocent_Contig_4732 36 . A T 1157.63 . AB=0.22807;ABP=149.451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=332;DPB=332;DPRA=2.19231;EPP=115.927;EPPR=611.023;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2069;QR=11035;RO=280;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=611.023;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=280;SRP=611.023;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:104:104,0:104:4096:0:0:0,-31.3071,-368.632 0/1:228:176,52:176:6939:52:2069:-117.763,0,-555.594 dDocent_Contig_4733 12 . C A 2853.81 . AB=0.0443459;ABP=816.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X4M1X;DP=451;DPB=451;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=12216;RO=309;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=673.995;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:204:180,19,4:180:7095:19,4:741,160:-6.71412,0,-577.977,-47.7182,-570.517,-630.219 0|1:247:129,99,16:129:5121:99,16:3904,638:-282.366,0,-391.776,-268.658,-369.038,-685.414 dDocent_Contig_4734 47 . T G 7292.95 . AB=0.344444;ABP=173.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=279;CIGAR=1X;DP=810;DPB=810;DPRA=0;EPP=608.851;EPPR=1153.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10857;QR=18619;RO=530;RPL=0;RPP=608.851;RPPR=1153.89;RPR=279;RUN=1;SAF=279;SAP=608.851;SAR=0;SRF=530;SRP=1153.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:479:276,202:276:9667:202:7857:-562.542,0,-725.672 0/1:331:254,77:254:8952:77:3000:-170.452,0,-705.919 dDocent_Contig_4736 129 . A C 90.8736 . AB=0.0615385;ABP=111.551;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.759259;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=2100;RO=54;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:29,3,1:29:1138:3,1:120,41:-1.14796,0,-92.6743,-6.49127,-90.1928,-99.7777 0|0:32:25,1,6:25:962:1,6:40,227:-11.0579,-15.2854,-93.9697,0,-75.6698,-77.1593 dDocent_Contig_4737 9 . T A 58931.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1780;CIGAR=1X;DP=1844;DPB=1844;DPRA=0;EPP=3868.23;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9972;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67928;QR=2400;RO=63;RPL=0;RPP=3868.23;RPPR=139.813;RPR=1780;RUN=1;SAF=1780;SAP=3868.23;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:944:30,913:30:1160:913:34890:-3033.3,-179.292,0 1/1:900:33,867:33:1240:867:33038:-2859.55,-159.038,0 dDocent_Contig_4738 193 . C G 858.439 . AB=0.402597;ABP=9.35551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.903226;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1245;QR=1858;RO=46;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:27,12:27:1092:12:487:-32.4415,0,-86.8243 0/1:38:19,19:19:766:19:758:-57.1014,0,-57.8203 dDocent_Contig_4739 113 . G A 367.79 . AB=0.363636;ABP=10.1169;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=2.93333;EPP=37.7539;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=571;QR=1461;RO=42;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=94.2121;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:28,16:28:985:16:571:-38.478,0,-75.7187 0/0:15:14,0:14:476:0:0:0,-4.21442,-43.0374 dDocent_Contig_4740 38 . T C 8896.76 . AB=0.400253;ABP=71.4555;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=317;CIGAR=1X;DP=792;DPB=792;DPRA=0;EPP=691.367;EPPR=1032.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12582;QR=19013;RO=474;RPL=0;RPP=691.367;RPPR=1032.29;RPR=317;RUN=1;SAF=317;SAP=691.367;SAR=0;SRF=474;SRP=1032.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:251,183:251:10062:183:7305:-526.056,0,-773.87 0/1:357:223,134:223:8951:134:5277:-367.319,0,-697.569 dDocent_Contig_4742 66 . C T 36.1843 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=2481;RO=62;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:38,1:38:1524:1:39:0,-7.84361,-133.506 0/1:28:24,4:24:957:4:152:-5.61832,0,-78.0036 dDocent_Contig_4743 36 . T C 5472.47 . AB=0.173913;ABP=1596.21;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=300;CIGAR=1X;DP=1725;DPB=1725;DPRA=0;EPP=654.452;EPPR=3097.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11896;QR=56558;RO=1425;RPL=0;RPP=654.452;RPPR=3097.36;RPR=300;RUN=1;SAF=300;SAP=654.452;SAR=0;SRF=1425;SRP=3097.36;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1064:875,189:875:34596:189:7523:-356.399,0,-2790.23 0/1:661:550,111:550:21962:111:4373:-194.547,0,-1775.73 dDocent_Contig_4744 209 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4745 98 . N C 6061.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=211;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=461.191;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6727;QR=0;RO=0;RPL=211;RPP=461.191;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=211;SAP=461.191;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:84:0,84:0:0:84:2743:-247.121,-25.2865,0 1/1:127:0,127:0:0:127:3984:-358.768,-38.2308,0 dDocent_Contig_4746 7 . T G 41766.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1460;CIGAR=1X;DP=1515;DPB=1515;DPRA=0;EPP=3173.36;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.534247;PAIREDR=0.468085;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47057;QR=633;RO=47;RPL=0;RPP=3173.36;RPPR=105.07;RPR=1460;RUN=1;SAF=1460;SAP=3173.36;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:738:24,710:24:336:710:22655:-2007.85,-190.691,0 1/1:777:23,750:23:297:750:24402:-2168.48,-206.05,0 dDocent_Contig_4747 28 . T A 458.003 . AB=0.180556;ABP=130.645;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1024;QR=4725;RO=118;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=259.244;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:64,14:64:2552:14:541:-25.5465,0,-206.334 0/1:66:54,12:54:2173:12:483:-23.9527,0,-175.873 dDocent_Contig_4748 98 . N C 58.9002 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88894,-0.60206,0 dDocent_Contig_4750 18 . G T 839.493 . AB=0.170213;ABP=269.408;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=622;DPB=622;DPRA=0.829412;EPP=107.241;EPPR=1249.44;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998258;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1896;QR=22964;RO=574;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=1249.44;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=574;SRP=1249.44;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:340:340,0:340:13632:0:0:0,-102.35,-1225.83 0/1:282:234,48:234:9332:48:1896:-85.9493,0,-754.415 dDocent_Contig_4751 17 . G T 50.2776 . AB=0.0964912;ABP=164.233;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=299;DPB=299;DPRA=0.616216;EPP=26.8965;EPPR=619.708;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.0909;MQMR=59.9824;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996479;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=11275;RO=284;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=619.708;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=284;SRP=619.708;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:185:185,0:185:7325:0:0:0,-55.6905,-658.897 0/1:114:99,11:99:3950:11:447:-7.02776,0,-321.974 dDocent_Contig_4752 19 . G A 13573 . AB=0.450867;ABP=24.7752;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=468;CIGAR=1X1M1X;DP=1038;DPB=1038;DPRA=0;EPP=1019.26;EPPR=1229.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18596;QR=21741;RO=565;RPL=0;RPP=1019.26;RPPR=1229.89;RPR=468;RUN=1;SAF=468;SAP=1019.26;SAR=0;SRF=565;SRP=1229.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:612:368,241:368:14123:241:9598:-679.7,0,-1086.78 0|1:426:197,227:197:7618:227:8998:-681.297,0,-557.342 dDocent_Contig_4753 9 . T C 2920.03 . AB=0.436735;ABP=11.5278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=245;DPB=245;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=285.553;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8411;MQMR=54.2609;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.523364;PAIREDR=0.76087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4101;QR=5297;RO=138;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=302.673;RPR=107;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=136;SRP=285.553;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:79,37:79:3039:37:1419:-92.967,0,-223.022 0/1:129:59,70:59:2258:70:2682:-202.735,0,-162.579 dDocent_Contig_4754 30 . G A 2060.57 . AB=0.135319;ABP=1360.32;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=1175;DPB=1175;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=2209.23;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6259;QR=40363;RO=1016;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=2209.23;RPR=159;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=1016;SRP=2209.23;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:486:423,63:423:16802:63:2483:-77.3164,0,-1364.55 0/1:689:593,96:593:23561:96:3776:-132.44,0,-1911.05 dDocent_Contig_4755 98 . N A 47.5083 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:50:-4.74974,-0.60206,0 dDocent_Contig_4756 25 . T A 442.452 . AB=0.243902;ABP=49.7234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.65;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=799;QR=2478;RO=62;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=137.642;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:24,10:24:964:10:401:-26.2149,0,-76.8254 0/1:48:38,10:38:1514:10:398:-21.7293,0,-122.053 dDocent_Contig_4758 71 . A C 893.873 . AB=0.136802;ABP=597.672;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=86;CIGAR=1M1I1X3M;DP=1101;DPB=1111;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=2105;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3324;QR=34269;RO=968;RPL=86;RPP=189.757;RPPR=2105;RPR=0;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=968;SRP=2105;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:582:523,15,36:523:18354:15,36:583,1221:0,-109.516,-1598.66,-58.4387,-1504.18,-1541.25 0|1:519:445,71,0:445:15915:71,0:2741,0:-91.3873,0,-1276.5,-225.346,-1297.87,-1522.96 dDocent_Contig_4759 7 . T G 33664.5 . 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AB=0.7;ABP=41.2282;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974026;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2900;QR=1276;RO=33;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=74.6689;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:24,42:24:927:42:1567:-121.431,0,-63.8792 0/1:44:9,35:9:349:35:1333:-107.01,0,-18.5254 dDocent_Contig_4762 37 . T A 12307.7 . AB=0.710018;ABP=221.001;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=404;CIGAR=1X;DP=569;DPB=569;DPRA=0;EPP=880.285;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972772;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15626;QR=6390;RO=165;RPL=0;RPP=880.285;RPPR=361.303;RPR=404;RUN=1;SAF=404;SAP=880.285;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:273:92,181:92:3561:181:7026:-549.935,0,-238.384 0/1:296:73,223:73:2829:223:8600:-684.539,0,-165.634 dDocent_Contig_4765 10 . T C 697.055 . AB=0.196629;ABP=145.303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.2286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1404;QR=5365;RO=143;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=313.531;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:62,6:62:2293:6:243:-1.77756,0,-186.118 0/1:110:81,29:81:3072:29:1161:-71.5917,0,-243.522 dDocent_Contig_4766 10 . T C 1291.99 . 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AB=0.126316;ABP=233.461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=414;DPB=414;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=839.027;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992208;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1120;QR=14765;RO=385;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=839.027;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=385;SRP=839.027;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:190:166,24:166:6344:24:927:-26.5513,0,-513.689 0/0:224:219,5:219:8421:5:193:0,-49.6894,-739.907 dDocent_Contig_4768 12 . T A 26055.2 . 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G A 5561.02 . AB=0.293801;ABP=277.037;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=218;CIGAR=1X;DP=742;DPB=742;DPRA=0;EPP=476.391;EPPR=1138.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.825688;PAIREDR=0.131931;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8701;QR=20909;RO=523;RPL=0;RPP=476.391;RPPR=1138.69;RPR=218;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=523;SRP=1138.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:388:285,103:285:11374:103:4084:-250.745,0,-906.09 0/1:354:238,115:238:9535:115:4617:-309.056,0,-751.165 dDocent_Contig_4773 142 . T C 60.4488 . AB=0.0943396;ABP=381.789;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=562;DPB=562;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=1136.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49.125;MQMR=55.5824;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.124521;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1593;QR=20611;RO=522;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=1136.52;RPR=40;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=1136.52;SRR=522;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:297:282,15:282:11158:15:609:0,-35.0471,-944.704 0/1:265:240,25:240:9453:25:984:-8.04488,0,-768.388 dDocent_Contig_4775 107 . N A 100.756 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:108:-10.0751,-0.90309,0 dDocent_Contig_4777 86 . G A 21446.9 . AB=0.827381;ABP=472.203;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=745;CIGAR=1X;DP=862;DPB=862;DPRA=0;EPP=1620.76;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26597;QR=4079;RO=116;RPL=745;RPP=1620.76;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=745;SAP=1620.76;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:358:30,328:30:1053:328:11522:-941.807,-12.6885,0 0/1:504:86,417:86:3026:417:15075:-1204.59,0,-120.785 dDocent_Contig_4778 129 . G A 55.8298 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=1357;RO=42;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,1:23:783:1:35:0,-3.72609,-67.2874 0/1:24:19,5:19:574:5:161:-7.58298,0,-44.7199 dDocent_Contig_4779 49 . T A 8683.32 . AB=0.390805;ABP=84.1036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=306;CIGAR=1X3M4D3M1X8M;DP=783;DPB=732.8;DPRA=0;EPP=667.481;EPPR=654.452;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11726;QR=11748;RO=300;RPL=0;RPP=667.481;RPPR=654.452;RPR=306;RUN=1;SAF=306;SAP=667.481;SAR=0;SRF=300;SRP=654.452;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:370:85,194,63,0:85:3327:194,63,0:7410,2360,0:-582.365,0,-215.167,-414.715,-80.333,-669.313,-607.953,-273.567,-688.278,-881.515 0|1:413:215,112,45,22:215:8421:112,45,22:4316,1737,880:-289.666,0,-658.729,-211.758,-549.816,-890.654,-281.903,-619.961,-831.718,-967.724 dDocent_Contig_4781 16 . T C 268.357 . AB=0.0714286;ABP=70.0157;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X1M;DP=78;DPB=78;DPRA=1.16667;EPP=9.52472;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.354839;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=2446;RO=62;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=137.642;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:28,3,0,11:28:1107:3,0,11:120,0,448:-28.5347,-27.0798,-117.268,-36.9635,-118.171,-128.056,0,-81.2098,-91.0955,-87.7842 0|0:36:34,0,2,0:34:1339:0,2,0:0,71,0:0,-10.235,-120.424,-4.09765,-114.643,-114.041,-10.235,-120.424,-114.643,-120.424 dDocent_Contig_4782 14 . G C 1790.61 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2426;QR=2378;RO=60;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=133.299;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:36,20:36:1424:20:814:-56.7164,0,-111.557 0/1:64:24,40:24:954:40:1612:-126.043,0,-66.8894 dDocent_Contig_4783 17 . T A 1427.3 . AB=0.345455;ABP=25.8305;AC=4;AF=1;AN=4;AO=38;CIGAR=1X9M;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.0526316;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1519;QR=733;RO=19;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=44.2683;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:60:10,4,18,9,17:10:381:4,18,9,17:132,704,358,669:-78.5198,-71.9445,-101.986,-23.7891,-45.4526,-49.6185,-52.05,-73.7115,-25.555,-80.5882,-26.4977,-48.1612,0,-28.2638,-52.6284 1|1:50:9,4,9,7,21:9:352:4,9,7,21:143,358,275,850:-67.8384,-59.7583,-87.4908,-41.1602,-59.3087,-67.3889,-47.9304,-66.0785,-47.4806,-74.761,-0.450785,-18.6042,0,-6.77195,-23.0702 dDocent_Contig_4784 38 . A G 403.737 . AB=0.482759;ABP=3.08518;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.11538;EPP=33.4109;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=1637;RO=41;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=92.0407;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1040:0:0:0,-7.82678,-93.8952 0/1:29:15,14:15:597:14:564:-42.3737,0,-45.3399 dDocent_Contig_4786 236 . N G 139.175 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=6;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:244:-3.29939,-1.80618,0 1/1:19:0,19:0:0:19:750:-10.3169,-5.71957,0 dDocent_Contig_4787 24 . G T 1482.03 . AB=0.283654;ABP=87.5724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=525;DPB=525;DPRA=0.656151;EPP=131.127;EPPR=1014.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2363;QR=18529;RO=466;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=1014.92;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=466;SRP=1014.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:317:317,0:317:12630:0:0:0,-95.4265,-1135.8 0/1:208:149,59:149:5899:59:2363:-150.203,0,-468.083 dDocent_Contig_4788 7 . T A 1332.93 . AB=0.356164;ABP=29.2464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X2M;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1991;QR=3392;RO=89;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=196.271;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:67:41,5,21:41:1566:5,21:187,809:-54.0959,-51.1273,-178.106,0,-113.181,-122.172 0|1:79:48,0,31:48:1826:0,31:0,1182:-82.896,-97.3454,-247.11,0,-150.145,-140.813 dDocent_Contig_4789 98 . N C 100.497 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_4792 43 . T A 2718.17 . AB=0.767857;ABP=72.8076;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3431;QR=1042;RO=26;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=59.4686;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:15,48:15:599:48:1908:-152.953,0,-35.2811 0/1:49:11,38:11:443:38:1523:-122.563,0,-25.4758 dDocent_Contig_4793 98 . N T 41.8007 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17896,-0.60206,0 dDocent_Contig_4796 8 . A G 744.978 . AB=0.375;ABP=13.8677;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1129;QR=1915;RO=50;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=111.584;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:26,15:26:987:15:584:-40.561,0,-76.7991 0/1:39:24,15:24:928:15:545:-37.6357,0,-72.0962 dDocent_Contig_4797 209 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4798 176 . N G 76.8682 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_4799 78 . G A 28482 . AB=0.72342;ABP=606.536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1007;CIGAR=1X;DP=1392;DPB=1392;DPRA=0;EPP=2189.68;EPPR=836.856;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998014;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36358;QR=14497;RO=384;RPL=1007;RPP=2189.68;RPPR=836.856;RPR=0;RUN=1;SAF=1007;SAP=2189.68;SAR=0;SRF=384;SRP=836.856;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:695:200,495:200:7518:495:17759:-1388.41,0,-467.263 0/1:697:184,512:184:6979:512:18599:-1463.49,0,-418.339 dDocent_Contig_4801 98 . N T 941.863 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.9355;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1073;QR=0;RO=0;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:594:-52.1687,-5.11751,0 1/1:14:0,14:0:0:14:479:-41.7166,-4.21442,0 dDocent_Contig_4802 9 . G A 31507.4 . AB=0.87406;ABP=649.57;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1064;CIGAR=1X;DP=1183;DPB=1183;DPRA=0;EPP=2313.46;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.4633;MQMR=59.916;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.56485;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40354;QR=4572;RO=119;RPL=0;RPP=2313.46;RPPR=261.416;RPR=1064;RUN=1;SAF=1064;SAP=2313.46;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:651:52,599:52:2009:599:22673:-1764.8,-14.9376,0 0/1:532:67,465:67:2563:465:17681:-1387.64,0,-70.7163 dDocent_Contig_4805 1 . N G 120.78 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 dDocent_Contig_4808 138 . A G 33.1997 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.76471;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=1548;RO=43;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:937:4:152:-5.01873,0,-75.6147 0/0:17:17,0:17:611:0:0:0,-5.11751,-55.3212 dDocent_Contig_4809 8 . A G 113.437 . AB=0.357143;ABP=5.49198;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=1.16667;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=806;RO=21;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:463:0:0:0,-3.61236,-42.0213 0/1:14:9,5:9:343:5:191:-13.3437,0,-27.0127 dDocent_Contig_4810 20 . A T 77.1814 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.428571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=1119;RO=28;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=63.8115;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:482:4:154:-9.41698,0,-38.9142 0/0:17:16,1:16:637:1:39:0,-1.22095,-53.7678 dDocent_Contig_4811 107 . N T 18513.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=606;CIGAR=1X;DP=606;DPB=606;DPRA=0;EPP=1318.92;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20567;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1318.92;RPPR=0;RPR=606;RUN=1;SAF=0;SAP=1318.92;SAR=606;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:352:0,352:0:0:352:11890:-1070.04,-105.963,0 1/1:254:0,254:0:0:254:8677:-780.969,-76.4616,0 dDocent_Contig_4813 98 . N A 39.9396 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:37:-3.51494,-0.60206,0 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_4814 1 . N G 229.588 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:202:-18.5621,-1.50515,0 dDocent_Contig_4815 18 . T C 2649.13 . AB=0.798077;ABP=83.2713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=2.16667;EPP=183.243;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3313;QR=2736;RO=69;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=152.842;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:48,0:48:1901:0:0:0,-14.4494,-171.293 0/1:104:21,83:21:835:83:3313:-266.913,0,-44.1555 dDocent_Contig_4816 68 . T A 22080.2 . AB=0.618254;ABP=156.054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=779;CIGAR=1X;DP=1260;DPB=1260;DPRA=0;EPP=1694.59;EPPR=1040.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28797;QR=16196;RO=478;RPL=779;RPP=1694.59;RPPR=1040.97;RPR=0;RUN=1;SAF=779;SAP=1694.59;SAR=0;SRF=478;SRP=1040.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:670:323,345:323:10958:345:12693:-940.618,0,-784.772 0/1:590:155,434:155:5238:434:16104:-1271.11,0,-293.96 dDocent_Contig_4817 85 . G A 145.79 . AB=0.219512;ABP=31.0276;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=1154;RO=32;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:567:2:67:-0.943986,0,-45.9387 0/1:23:16,7:16:587:7:257:-16.5603,0,-46.2436 dDocent_Contig_4818 128 . A G 405.534 . AB=0.222222;ABP=69.3608;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=1;EPP=50.7827;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=797;QR=6255;RO=176;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=385.189;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=385.189;SRR=176;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:77,22:77:2754:22:797:-42.2523,0,-218.292 0/0:99:99,0:99:3501:0:0:0,-29.802,-315.282 dDocent_Contig_4819 19 . A G 3599.46 . AB=0.57085;ABP=13.7797;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=141;CIGAR=1X1M;DP=247;DPB=247;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=47.6738;MQMR=58.9524;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.992908;PAIREDR=0.984127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4875;QR=2457;RO=63;RPL=0;RPP=309.188;RPPR=139.813;RPR=141;RUN=1;SAF=141;SAP=309.188;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:152:37,30,85:37:1455:30,85:1182,2845:-209.918,-123.818,-234.481,0,-22.4529,-94.0855 0|1:95:26,13,56:26:1002:13,56:513,2030:-153.727,-119.397,-196.595,0,-38.9403,-64.2369 dDocent_Contig_4820 7 . T G 34195.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1203;CIGAR=1X;DP=1244;DPB=1244;DPRA=0;EPP=2615.29;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999169;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38470;QR=463;RO=35;RPL=0;RPP=2615.29;RPPR=79.0118;RPR=1203;RUN=1;SAF=1203;SAP=2615.29;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:646:18,625:18:240:625:20073:-1784.23,-171.946,0 1/1:598:17,578:17:223:578:18397:-1635,-159.104,0 dDocent_Contig_4821 168 . A T 994.338 . AB=0.201465;ABP=214.343;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1M1I7M1X2M;DP=273;DPB=278.091;DPRA=0;EPP=105.701;EPPR=457.008;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2050;QR=8473;RO=217;RPL=53;RPP=105.701;RPPR=457.008;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=122.441;SAR=55;SRF=0;SRP=474.22;SRR=217;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:116:84,31:84:3309:31:1165:-70.4402,0,-263.215 0|1:157:133,24:133:5164:24:885:-32.6926,0,-417.438 dDocent_Contig_4822 98 . N G 57.883 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:23:-2.18499,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_4823 25 . T C 9995.74 . AB=0.846995;ABP=385.783;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=310;CIGAR=1X;DP=366;DPB=366;DPRA=0;EPP=676.167;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12377;QR=2205;RO=56;RPL=0;RPP=676.167;RPPR=124.613;RPR=310;RUN=1;SAF=310;SAP=676.167;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:217:39,178:39:1540:178:7097:-573.069,0,-73.5239 0/1:149:17,132:17:665:132:5280:-430.204,0,-15.3243 dDocent_Contig_4824 24 . T C 756.765 . AB=0.258929;ABP=59.5461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X1M;DP=271;DPB=271;DPRA=0.704403;EPP=65.983;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.7931;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.742081;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1169;QR=8747;RO=221;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=482.906;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:159:159,0,0:159:6279:0,0:0,0:0,-47.8638,-564.885,-47.8638,-564.885,-564.885 0|1:112:62,18,29:62:2468:18,29:722,1169:-77.6765,-36.8556,-234.638,0,-143.715,-194.471 dDocent_Contig_4825 98 . N T 3664.32 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4062;QR=0;RO=0;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:49:0,49:0:0:49:1658:-149.508,-14.7505,0 1/1:71:0,71:0:0:71:2404:-216.623,-21.3731,0 dDocent_Contig_4827 60 . T C 2246.91 . AB=0.70297;ABP=39.1513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.901408;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2870;QR=1203;RO=30;RPL=71;RPP=157.185;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:9,25:9:363:25:1000:-80.0636,0,-22.7993 0/1:67:21,46:21:840:46:1870:-148.326,0,-55.7372 dDocent_Contig_4829 50 . G A 8170.72 . AB=0.708108;ABP=142.196;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=262;CIGAR=1X;DP=370;DPB=370;DPRA=0;EPP=571.936;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996183;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10360;QR=4291;RO=108;RPL=262;RPP=571.936;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=262;SAP=571.936;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:210:79,131:79:3138:131:5243:-408.51,0,-219.273 0/1:160:29,131:29:1153:131:5117:-412.261,0,-55.8862 dDocent_Contig_4831 96 . G A 2477.86 . AB=0.636364;ABP=27.8835;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3303;QR=1873;RO=56;RPL=98;RPP=215.815;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:34,51:34:1134:51:1719:-129.409,0,-76.7703 0/1:69:22,47:22:739:47:1584:-122.076,0,-46.052 dDocent_Contig_4832 23 . T C 1349.62 . AB=0.129147;ABP=1011.24;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=844;DPB=844;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=1599.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4360;QR=29473;RO=735;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=1599.04;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=735;SRP=1599.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:439:401,38:401:16022:38:1541:-6.7699,0,-1308.53 0/1:405:334,71:334:13451:71:2819:-131.891,0,-1087.6 dDocent_Contig_4833 18 . T C 3159.51 . AB=0.593023;ABP=15.9381;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4123;QR=2822;RO=70;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=155.013;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:31,39:31:1258:39:1573:-120.731,0,-92.4137 0/1:102:39,63:39:1564:63:2550:-198.919,0,-110.283 dDocent_Contig_4834 75 . C T 474.118 . AB=0.363636;ABP=11.8936;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.64;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=906;QR=3134;RO=85;RPL=17;RPP=10.0459;RPPR=3.24022;RPR=8;RUN=1;SAF=17;SAP=10.0459;SAR=8;SRF=44;SRP=3.24022;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:35,20:35:1293:20:726:-49.1098,0,-100.109 0/0:56:50,5:50:1841:5:180:0,-0.356108,-149.405 dDocent_Contig_4835 58 . A T 3310.87 . AB=0.733333;ABP=73.9451;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X2M2X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=51.5455;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.754545;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4352;QR=699;RO=18;RPL=110;RPP=241.872;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:60:10,41,9:10:387:41,9:1630,361:-124.671,0,-19.4561,-100.364,-4.48684,-129.446 1|0:90:8,69,12:8:312:69,12:2722,476:-210.116,-13.5365,-18.4088,-173.34,0,-195.378 dDocent_Contig_4836 39 . A G 5575.16 . AB=0.10687;ABP=354.723;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=6M1X3M1X;DP=262;DPB=261.273;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.821429;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1084;QR=1241;RO=32;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=72.4974;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:136:10,11,0,20,83:10:387:11,0,20,83:383,0,772,3263:-296.993,-268.876,-297.352,-300.004,-300.663,-331.791,-236.609,-237.269,-268.396,-262.376,-31.6108,-32.2768,-63.4011,0,-38.4156 0|0:126:22,0,7,8,85:22:854:0,7,8,85:0,266,312,3297:-264.222,-270.845,-341.012,-249.032,-319.199,-317.092,-245.199,-315.366,-293.553,-312.958,0,-70.1675,-48.3553,-44.521,-44.5799 dDocent_Contig_4840 91 . T C 1108.82 . AB=0.6;ABP=9.09042;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1500;QR=976;RO=28;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:9,7:9:315:7:251:-18.1214,0,-23.8723 0/1:54:19,35:19:661:35:1249:-96.4596,0,-43.5597 dDocent_Contig_4841 88 . C T 109.722 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=3.7;EPP=20.3821;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=261;QR=1303;RO=39;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:966:8:261:-12.6711,0,-76.1034 0/0:10:10,0:10:337:0:0:0,-3.0103,-30.6561 dDocent_Contig_4842 18 . T C 1041.47 . AB=0.288889;ABP=72.6904;AC=0;AF=0;AN=4;AO=52;CIGAR=1X1M1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=13.8269;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.963415;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2064;QR=3234;RO=82;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=181.071;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:107:43,27,35:43:1699:27,35:1060,1366:-90.6857,-78.0547,-209.752,0,-114.379,-129.416 0|0:73:39,25,9:39:1535:25,9:1004,364:-17.1601,-5.7679,-124.507,0,-103.2,-123.709 dDocent_Contig_4843 1 . N G 179.229 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:195:-17.9227,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4845 75 . T C 1255.77 . AB=0.494382;ABP=3.0347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X5M;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.676471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1698;QR=1128;RO=34;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:19,3,10:19:638:3,10:111,397:-27.0352,-23.6731,-74.4311,0,-42.6274,-48.7043 0|1:56:15,7,34:15:490:7,34:258,1301:-102.241,-85.659,-123.105,0,-18.4285,-29.3063 dDocent_Contig_4846 85 . C T 272.896 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=1.275;EPP=33.4109;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.506494;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=2605;RO=77;RPL=9;RPP=5.49198;RPPR=26.7273;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=5.49198;SAR=5;SRF=53;SRP=26.7273;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:37,14:37:1245:14:489:-28.9886,0,-96.993 0/0:40:40,0:40:1360:0:0:0,-12.0412,-122.696 dDocent_Contig_4847 140 . T C 39.4834 . AB=0.0810811;ABP=228.609;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2M1X1M;DP=148;DPB=152.5;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992126;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=482;QR=5019;RO=127;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=278.787;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=278.787;SRR=127;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:92:78,8,6:78:3074:8,6:319,244:-2.78516,0,-250.465,-6.13565,-232.745,-257.21 0|1:56:49,1,6:49:1945:1,6:41,238:-4.82757,-16.1921,-175.998,0,-156.71,-158.288 dDocent_Contig_4848 107 . N T 116.993 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_4850 21 . C A 69.9303 . AB=0.121622;ABP=95.0338;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=2X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=27.4756;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=52.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.633803;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=5683;RO=142;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=311.359;RPR=15;RUN=1;SAF=14;SAP=27.4756;SAR=1;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:84:78,6:78:3128:6:243:0,-3.0928,-259.396 0|1:74:64,9:64:2555:9:350:-8.99303,0,-207.774 dDocent_Contig_4851 30 . C T 260.492 . AB=0.333333;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M2X3M;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=214;QR=619;RO=16;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=37.7539;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:12:7,0,0,5:7:273:0,0,5:0,0,203:-15.0407,-17.1479,-39.5792,-17.1479,-39.5792,-39.5792,0,-22.8302,-22.8302,-21.325 0|1:18:9,6,2,1:9:346:6,2,1:214,79,39:-14.7074,0,-26.5906,-10.9083,-21.8942,-38.7226,-14.2082,-25.1906,-36.1178,-42.3202 dDocent_Contig_4852 15 . G C 144.044 . AB=0.181818;ABP=41.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=1.83333;EPP=20.3821;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.483333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2338;RO=60;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=133.299;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,8:36:1407:8:322:-16.1034,0,-113.645 0/0:24:24,0:24:931:0:0:0,-7.22472,-84.0908 dDocent_Contig_4853 82 . T A 48.8952 . AB=0.0993485;ABP=859.094;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=614;DPB=614;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=1203.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95082;PAIREDR=0.998192;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2142;QR=19472;RO=553;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=1203.83;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=553;SRP=1203.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:176:159,17:159:5607:17:605:-1.80015,0,-451.782 0/1:438:394,44:394:13865:44:1537:-6.77039,0,-1115.8 dDocent_Contig_4854 27 . T G 608.033 . 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AB=0.461538;ABP=3.51141;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=4.875;EPP=42.0968;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=723;QR=1157;RO=29;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=65.983;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:316:0:0:0,-2.40824,-28.805 0/1:39:21,18:21:841:18:723:-53.6563,0,-64.2606 dDocent_Contig_4858 38 . T G 1723.76 . AB=0.352941;ABP=38.1371;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2576;QR=4197;RO=121;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=265.758;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:64,43:64:2207:43:1682:-119.396,0,-166.666 0/1:80:57,23:57:1990:23:894:-56.6786,0,-155.278 dDocent_Contig_4859 98 . N A 56 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:8:-0.799998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46433,-0.60206,0 dDocent_Contig_4860 17 . A G 1680.36 . AB=0.171233;ABP=551.292;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=1088;DPB=1088;DPRA=1.15873;EPP=220.158;EPPR=2146.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3842;QR=38403;RO=987;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=2146.25;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=987;SRP=2146.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:504:503,0:503:19467:0:0:0,-151.418,-1750.35 0/1:584:484,100:484:18936:100:3842:-170.036,0,-1527.17 dDocent_Contig_4861 22 . G C 326.008 . AB=0.285714;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=1387;RO=35;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=79.0118;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:19,5:19:763:5:198:-10.9722,0,-61.7658 0/1:25:16,9:16:624:9:361:-25.3276,0,-48.9593 dDocent_Contig_4862 7 . T G 41474.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1483;CIGAR=1X;DP=1541;DPB=1541;DPRA=0;EPP=3223.3;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46914;QR=815;RO=54;RPL=0;RPP=3223.3;RPPR=120.27;RPR=1483;RUN=1;SAF=1483;SAP=3223.3;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:821:28,791:28:415:791:24896:-2202.35,-209.199,0 1/1:720:26,692:26:400:692:22018:-1944.76,-180.188,0 dDocent_Contig_4864 85 . G A 571.41 . AB=0.384615;ABP=10.5269;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.796875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=955;QR=2216;RO=64;RPL=15;RPP=3.32051;RPPR=7.89611;RPR=13;RUN=1;SAF=15;SAP=3.32051;SAR=13;SRF=38;SRP=7.89611;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:24,3:24:836:3:84:0,-0.289451,-67.7212 0/1:65:40,25:40:1380:25:871:-59.1398,0,-104.932 dDocent_Contig_4865 70 . G C 648.12 . AB=0.2;ABP=128.087;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.992188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1289;QR=5021;RO=128;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=280.959;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:67,9:67:2623:9:366:-10.4269,0,-213.336 0/1:84:61,23:61:2398:23:923:-58.0841,0,-190.687 dDocent_Contig_4866 9 . G A 215.855 . AB=0.0497512;ABP=356.939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X3M1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=47.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.992958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=5564;RO=142;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=311.359;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:106:81,2,14,6:81:3166:2,14,6:77,367,237:-0.828168,-20.3598,-280.131,0,-255.489,-256.122,-6.13657,-261.691,-241.296,-264.733 0|1:95:61,16,13,4:61:2398:16,13,4:619,380,160:-23.5711,0,-192.507,-15.0658,-170.45,-208.441,-29.8464,-185.245,-200.276,-225.95 dDocent_Contig_4867 9 . G T 266.787 . AB=0.588235;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=3X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.54545;EPP=24.725;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.4;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=702;RO=18;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=42.0968;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:11,0:11:424:0:0:0,-3.31133,-38.5105 0|1:17:7,10:7:278:10:390:-28.6787,0,-20.2736 dDocent_Contig_4868 11 . C T 481.003 . AB=0.122581;ABP=578.338;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=886.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982801;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2122;QR=15898;RO=407;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=886.8;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=407;SRP=886.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:274:246,27:246:9606:27:1001:-8.11054,0,-781.759 0/1:191:161,30:161:6292:30:1121:-43.6887,0,-508.597 dDocent_Contig_4869 65 . A G 178.037 . AB=0.164557;ABP=80.2213;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6061;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.848485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=495;QR=2366;RO=66;RPL=11;RPP=16.5402;RPPR=5.11597;RPR=2;RUN=1;SAF=11;SAP=16.5402;SAR=2;SRF=29;SRP=5.11597;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1153:4:160:-3.94651,0,-93.2327 0/1:43:34,9:34:1213:9:335:-17.5537,0,-95.8861 dDocent_Contig_4870 30 . T C 3239.43 . AB=0.766423;ABP=87.4758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4094;QR=1243;RO=32;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=72.4974;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:21,62:21:821:62:2447:-195.417,0,-49.226 0/1:54:11,43:11:422:43:1647:-132.225,0,-22.0755 dDocent_Contig_4871 10 . G C 4816.38 . AB=0.323144;ABP=65.2244;AC=4;AF=1;AN=4;AO=74;CIGAR=1X5M;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.851351;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2957;QR=1456;RO=37;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=83.3548;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:121:20,57,44:20:789:57,44:2265,1763:-260.78,-80.328,-128.086,-121.559,0,-173.231 1|1:108:17,57,30:17:667:57,30:2262,1194:-224.557,-43.4648,-81.1576,-131.364,0,-177.185 dDocent_Contig_4875 47 . T C 9424.32 . AB=0.697727;ABP=152.427;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=307;CIGAR=1X;DP=440;DPB=440;DPRA=0;EPP=669.652;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11988;QR=5025;RO=133;RPL=0;RPP=669.652;RPPR=291.816;RPR=307;RUN=1;SAF=307;SAP=669.652;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:251:59,192:59:2214:192:7530:-601.814,0,-123.923 0/1:189:74,115:74:2811:115:4458:-344.317,0,-196.263 dDocent_Contig_4876 28 . G A 406.798 . AB=0.213483;ABP=66.471;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.826087;PAIREDR=0.879747;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=915;QR=6198;RO=158;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=346.103;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:70,19:70:2774:19:765:-42.3788,0,-222.976 0/0:92:88,4:88:3424:4:150:0,-13.8312,-294.357 dDocent_Contig_4877 93 . T C 2317.6 . AB=0.635762;ABP=27.1841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96875;PAIREDR=0.763636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3115;QR=1736;RO=55;RPL=96;RPP=211.472;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:41,73:41:1279:73:2377:-179.874,0,-81.0751 0/1:37:14,23:14:457:23:738:-55.5841,0,-30.3072 dDocent_Contig_4879 47 . T C 15567.8 . AB=0.313333;ABP=320.798;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=329;CIGAR=2M1X2M;DP=1050;DPB=961.2;DPRA=0;EPP=708.765;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13167;QR=10753;RO=276;RPL=1;RPP=708.765;RPPR=602.337;RPR=328;RUN=1;SAF=329;SAP=717.425;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:511:167,188,155:167:6517:188,155:7255,6200:-545.431,0,-479.091,-85.0112,-24.9948,-574.043 0|1:539:109,256,174:109:4236:256,174:10000,6967:-1015.05,-225.877,-496.863,-473.94,0,-769.614 dDocent_Contig_4880 124 . C T 942.799 . AB=0.0789474;ABP=61.5258;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=2009;RO=58;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=128.956;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:65:41,0,24:41:1413:0,24:0,824:-54.9096,-67.2518,-182.033,0,-115.125,-107.9 0|0:38:17,3,18:17:596:3,18:105,596:-43.0693,-39.6409,-87.248,0,-39.958,-43.0826 dDocent_Contig_4881 98 . N G 123.873 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:95:-8.78586,-1.20412,0 dDocent_Contig_4882 100 . G A 544.497 . AB=0.396552;ABP=8.40154;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.869565;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=832;QR=1392;RO=35;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=79.0118;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:12,20:12:474:20:720:-55.4808,0,-33.3783 0/1:26:23,3:23:918:3:112:-2.61851,0,-75.1025 dDocent_Contig_4883 85 . G A 3231.56 . AB=0.602679;ABP=23.523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=135;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.740741;PAIREDR=0.842697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4375;QR=2981;RO=89;RPL=135;RPP=296.159;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=135;SAP=296.159;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:48,63:48:1580:63:2020:-148.657,0,-109.068 0/1:113:41,72:41:1401:72:2355:-178.198,0,-92.3702 dDocent_Contig_4885 33 . T G 2102.44 . AB=0.166667;ABP=755.787;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=780;DPB=780;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=1410.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4979;QR=24989;RO=648;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=1410.12;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=648;SRP=1410.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:368:303,63:303:11646:63:2407:-106.311,0,-937.029 0/1:412:345,67:345:13343:67:2572:-107.632,0,-1076.08 dDocent_Contig_4886 29 . G C 14674.6 . AB=0.394856;ABP=129.954;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=522;CIGAR=1X;DP=1322;DPB=1322;DPRA=0;EPP=1136.52;EPPR=1738.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984674;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20784;QR=31293;RO=799;RPL=0;RPP=1136.52;RPPR=1738.02;RPR=522;RUN=1;SAF=522;SAP=1136.52;SAR=0;SRF=799;SRP=1738.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:630:354,276:354:13917:276:11033:-802.567,0,-1061.9 0/1:692:445,246:445:17376:246:9751:-668.589,0,-1354.13 dDocent_Contig_4887 32 . C A 17314.3 . AB=0.624309;ABP=124.481;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=565;CIGAR=1X3M1X;DP=905;DPB=905;DPRA=0;EPP=1229.89;EPPR=606.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.980531;PAIREDR=0.964029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22121;QR=10895;RO=278;RPL=0;RPP=1229.89;RPPR=606.68;RPR=565;RUN=1;SAF=565;SAP=1229.89;SAR=0;SRF=278;SRP=606.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:420:116,22,272:116:4569:22,272:860,10642:-840.022,-804.245,-1173.48,0,-305.165,-293.981 0|1:485:162,17,293:162:6326:17,293:665,11479:-895.104,-889.196,-1404.09,0,-465.33,-431.803 dDocent_Contig_4894 119 . T A 658.72 . AB=0.124372;ABP=978.547;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=2X;DP=796;DPB=796;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=1514.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=37.4646;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.461207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3804;QR=23626;RO=696;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=1514.36;RPR=99;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=0;SRP=1514.36;SRR=696;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:306:260,45:260:8888:45:1739:-49.1062,0,-707.797 0|1:490:436,54:436:14738:54:2065:-20.4647,0,-1178.78 dDocent_Contig_4898 107 . N C 146.189 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:78:-7.27847,-0.90309,0 1/1:4:0,3:0:0:3:77:-7.03884,-0.90309,0 dDocent_Contig_4902 98 . N C 1385.32 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1529;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:566:-51.2567,-5.11751,0 1/1:29:0,29:0:0:29:963:-86.9748,-8.72987,0 dDocent_Contig_4904 113 . A C 81.744 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.8;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.548387;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1003;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:655:0:0:0,-6.0206,-59.2575 0/1:16:11,5:11:348:5:163:-10.1744,0,-26.8101 dDocent_Contig_4905 28 . A G 228.254 . AB=0.232143;ABP=37.909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.3846;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.767442;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=1681;RO=43;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=96.3836;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:19,8:19:753:8:304:-17.7237,0,-59.9657 0/1:29:24,5:24:928:5:202:-8.80068,0,-75.0828 dDocent_Contig_4906 28 . C A 362.126 . AB=0.21875;ABP=68.9688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=8.07707;EPPR=51.6802;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.653333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=2915;RO=75;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=165.871;RPR=21;RUN=1;SAF=7;SAP=8.07707;SAR=14;SRF=58;SRP=51.6802;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:26,11:26:1003:11:399:-25.1122,0,-79.4289 0/1:59:49,10:49:1912:10:358:-14.7994,0,-154.529 dDocent_Contig_4907 60 . T C 8235.34 . AB=0.285099;ABP=468.728;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=331;CIGAR=1X;DP=1161;DPB=1161;DPRA=0;EPP=721.768;EPPR=1800.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996979;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13076;QR=31556;RO=828;RPL=331;RPP=721.768;RPPR=1800.99;RPR=0;RUN=1;SAF=331;SAP=721.768;SAR=0;SRF=828;SRP=1800.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:611:404,206:404:15389:206:8173:-551.421,0,-1200.44 0/1:550:424,125:424:16167:125:4903:-275.812,0,-1288.72 dDocent_Contig_4908 57 . T A 1913.21 . AB=0.427673;ABP=10.2349;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985294;PAIREDR=0.989011;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2693;QR=3636;RO=91;RPL=68;RPP=150.67;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:53,44:53:2112:44:1767:-130.044,0,-161.062 0/1:62:38,24:38:1524:24:926:-64.9763,0,-118.737 dDocent_Contig_4909 50 . G A 93.7224 . AB=0.120482;ABP=106.849;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=1.07792;EPP=24.725;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=5949;RO=150;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=328.731;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:77,0:77:3070:0:0:0,-23.1793,-276.369 0/1:83:73,10:73:2879:10:400:-11.3722,0,-234.219 dDocent_Contig_4910 99 . N T 820.306 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=27;CIGAR=1I2X;DP=27;DPB=41;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.3201;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=908;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:27:0,27:0:0:27:908:-82.0306,-8.12781,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4911 163 . A T 324.495 . AB=0.0784314;ABP=81.7368;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=2080;RO=54;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:51:35,4,12:35:1332:4,12:157,471:-28.1973,-25.8211,-133.832,0,-96.2996,-105.601 0|0:23:19,0,4:19:748:0,4:0,161:-7.95121,-13.6708,-75.1926,0,-61.9223,-60.7182 dDocent_Contig_4912 1 . N G 113.73 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 dDocent_Contig_4913 49 . T G 7163.9 . AB=0.464896;ABP=8.65118;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=245;CIGAR=1X;DP=527;DPB=527;DPRA=0;EPP=535.021;EPPR=615.366;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9766;QR=11241;RO=282;RPL=0;RPP=535.021;RPPR=615.366;RPR=245;RUN=1;SAF=245;SAP=535.021;SAR=0;SRF=282;SRP=615.366;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:320:118,202:118:4674:202:8024:-625.411,0,-324.252 0/1:207:164,43:164:6567:43:1742:-94.6787,0,-528.43 dDocent_Contig_4914 209 . N G 112.807 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.2802,-0.90309,0 dDocent_Contig_4915 33 . C A 2209.77 . AB=0.168237;ABP=713.339;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=171;CIGAR=1X;DP=1352;DPB=1352;DPRA=0;EPP=374.332;EPPR=2565.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.7153;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979661;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6805;QR=47145;RO=1180;RPL=0;RPP=374.332;RPPR=2565.35;RPR=171;RUN=1;SAF=171;SAP=374.332;SAR=0;SRF=1180;SRP=2565.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:743:617,125:617:24640:125:4958:-222.676,0,-1989.71 0/0:609:563,46:563:22505:46:1847:0,-16.8892,-1857.06 dDocent_Contig_4916 7 . T G 7200.27 . AB=0.0714286;ABP=226.362;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X;DP=307;DPB=307;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=18;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.983871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2343;RO=62;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=137.642;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:167:31,0,136:31:1175:0,136:0,5234:-419.845,-429.177,-525.516,0,-96.7187,-55.7786 0|0:140:31,10,99:31:1168:10,99:365,3825:-303.882,-300.116,-392.817,0,-82.7945,-66.0602 dDocent_Contig_4917 37 . G A 179.189 . AB=0.14;ABP=115.579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0.892857;EPP=33.4109;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=7828;RO=198;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=432.962;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:112:112,0:112:4432:0:0:0,-33.7154,-398.846 0/1:100:86,14:86:3396:14:552:-19.9189,0,-275.6 dDocent_Contig_4920 77 . A C 460.377 . AB=0.3;ABP=27.3308;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=779;QR=1819;RO=49;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:837:6:222:-11.6082,0,-66.9219 0/1:41:26,15:26:982:15:557:-38.1284,0,-76.3496 dDocent_Contig_4923 40 . A T 84.9844 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=7M1X1M;DP=78;DPB=78.7778;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=2686;RO=68;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=150.67;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:48:40,7,0:40:1577:7,0:271,0:-10.1973,0,-127.624,-22.2385,-129.731,-151.989 0|0:30:28,0,2:28:1109:0,2:0,80:0,-8.42884,-99.7033,-1.43932,-93.1131,-92.511 dDocent_Contig_4925 14 . T G 5996.89 . AB=0.814655;ABP=202.524;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=189;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=413.419;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984127;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7480;QR=1710;RO=43;RPL=0;RPP=413.419;RPPR=96.3836;RPR=189;RUN=1;SAF=189;SAP=413.419;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:10,71:10:393:71:2840:-231.32,0,-11.336 0/1:151:33,118:33:1317:118:4640:-372.067,0,-73.3371 dDocent_Contig_4927 16 . G C 49001.9 . AB=0.809345;ABP=1550.68;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1507;CIGAR=1X;DP=1862;DPB=1862;DPRA=0;EPP=3275.42;EPPR=773.883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9761;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60790;QR=14208;RO=355;RPL=0;RPP=3275.42;RPPR=773.883;RPR=1507;RUN=1;SAF=1507;SAP=3275.42;SAR=0;SRF=355;SRP=773.883;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:978:162,816:162:6496:816:32958:-2667.75,0,-289.955 0/1:884:193,691:193:7712:691:27832:-2236.14,0,-427.558 dDocent_Contig_4928 11 . A T 687.132 . AB=0.353659;ABP=18.2636;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=48.7586;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.586207;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1163;QR=2077;RO=52;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=115.927;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:26,14:26:1034:14:570:-34.6416,0,-80.9314 0/1:41:26,15:26:1043:15:593:-37.7706,0,-81.8165 dDocent_Contig_4929 98 . N A 62.255 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:69:-6.22442,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4930 96 . A T 2065.55 . AB=0.626016;ABP=19.976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=3.15385;EPP=170.214;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2726;QR=2883;RO=85;RPL=77;RPP=170.214;RPPR=187.585;RPR=0;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1353:0:0:0,-11.7402,-122.066 0/1:123:46,77:46:1530:77:2726:-208.555,0,-100.949 dDocent_Contig_4931 94 . G A 3656.39 . AB=0.513333;ABP=3.47355;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=175;CIGAR=1X;DP=525;DPB=525;DPRA=0;EPP=383.018;EPPR=763.026;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5788;QR=11918;RO=350;RPL=175;RPP=383.018;RPPR=763.026;RPR=0;RUN=1;SAF=175;SAP=383.018;SAR=0;SRF=350;SRP=763.026;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:300:146,154:146:4944:154:5083:-367.338,0,-354.835 0/0:225:204,21:204:6974:21:705:0,-3.96706,-564.012 dDocent_Contig_4933 9 . G A 40.2357 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=734;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:476:3:113:-5.72249,0,-38.3571 0/0:8:8,0:8:258:0:0:0,-2.40824,-23.5298 dDocent_Contig_4934 107 . N T 104.487 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_4935 90 . G T 201.379 . AB=0.206349;ABP=50.1967;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=1.26;EPP=31.2394;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.74;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=453;QR=3387;RO=100;RPL=5;RPP=4.51363;RPPR=8.56927;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=4.51363;SAR=8;SRF=42;SRP=8.56927;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1676:0:0:0,-15.0515,-151.12 0/1:63:50,13:50:1711:13:453:-22.1379,0,-135.313 dDocent_Contig_4936 108 . G A 290.843 . AB=0.326531;ABP=15.8176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=1072;RO=33;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=74.6689;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:733:6:203:-10.1735,0,-57.8523 0/1:21:11,10:11:339:10:318:-22.6097,0,-24.4898 dDocent_Contig_4937 86 . T A 2933.42 . AB=0.737589;ABP=72.1432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.798077;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3766;QR=1327;RO=37;RPL=104;RPP=228.843;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:21,52:21:744:52:1887:-148.127,0,-45.3038 0/1:68:16,52:16:583:52:1879:-148.914,0,-32.3357 dDocent_Contig_4938 19 . T C 30320.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=869;CIGAR=1X;DP=899;DPB=899;DPRA=0;EPP=1890.02;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998849;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34913;QR=1186;RO=30;RPL=0;RPP=1890.02;RPPR=68.1545;RPR=869;RUN=1;SAF=869;SAP=1890.02;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:415:14,401:14:560:401:16085:-1395.58,-74.1863,0 1/1:484:16,468:16:626:468:18828:-1636.19,-89.0293,0 dDocent_Contig_4939 1 . N G 156.526 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:205:-15.6524,-1.50515,0 dDocent_Contig_4941 83 . T G 106.701 . AB=0.160714;ABP=59.0033;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0.982456;EPP=22.5536;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.533981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=3721;RO=103;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=226.672;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:2076:0:0:0,-17.1587,-187.103 0/1:56:46,9:46:1645:9:325:-12.6701,0,-131.401 dDocent_Contig_4943 72 . T C 1533.15 . AB=0.435484;ABP=7.49334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2153;QR=2650;RO=70;RPL=54;RPP=120.27;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:23,34:23:879:34:1348:-104.419,0,-62.2704 0/1:67:47,20:47:1771:20:805:-52.5953,0,-139.475 dDocent_Contig_4944 53 . T C 643.279 . AB=0.397059;ABP=9.26925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.518519;PAIREDR=0.731707;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=976;QR=1543;RO=41;RPL=11;RPP=5.02092;RPPR=3.06326;RPR=16;RUN=1;SAF=11;SAP=5.02092;SAR=16;SRF=21;SRP=3.06326;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:27,13:27:1020:13:486:-32.0383,0,-80.061 0/1:28:14,14:14:523:14:490:-35.9886,0,-38.9776 dDocent_Contig_4945 7 . T G 2631.86 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=437;CIGAR=1X;DP=452;DPB=452;DPRA=0;EPP=951.944;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=7;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14450;QR=261;RO=15;RPL=0;RPP=951.944;RPPR=35.5824;RPR=437;RUN=1;SAF=437;SAP=951.944;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:192:6,186:6:88:186:6068:-112.143,-54.4129,0 1/1:260:9,251:9:173:251:8382:-150.742,-72.9133,0 dDocent_Contig_4946 107 . N T 305.786 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:9:0,9:0:0:9:294:-26.7778,-2.70927,0 dDocent_Contig_4947 40 . T C 46296.5 . AB=0.82434;ABP=1594.72;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1436;CIGAR=1X;DP=1742;DPB=1742;DPRA=0;EPP=3121.24;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996518;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57367;QR=12195;RO=306;RPL=0;RPP=3121.24;RPPR=667.481;RPR=1436;RUN=1;SAF=1436;SAP=3121.24;SAR=0;SRF=306;SRP=667.481;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:913:187,726:187:7441:726:29027:-2334.9,0,-394.475 0/1:829:119,710:119:4754:710:28340:-2298.44,0,-178.206 dDocent_Contig_4949 21 . T A 135.481 . AB=0.141026;ABP=90.3146;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X1M1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=49.5263;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=744;QR=6871;RO=173;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=378.675;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:78:67,11:67:2656:11:431:-15.247,0,-215.698 0|0:117:106,8:106:4215:8:313:0,-6.50771,-351.134 dDocent_Contig_4951 98 . N A 40.8448 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:43:-4.08336,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4953 53 . T C 21476.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=617;CIGAR=1X;DP=638;DPB=638;DPRA=0;EPP=1342.81;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.91248;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24699;QR=811;RO=20;RPL=617;RPP=1342.81;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=617;SAP=1342.81;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:347:8,339:8:325:339:13584:-1191.89,-74.838,0 1/1:291:12,278:12:486:278:11115:-955.493,-43.3216,0 dDocent_Contig_4954 14 . A G 91.8214 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=2.875;EPP=13.8677;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=1057;RO=26;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=59.4686;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:324:0:0:0,-2.40824,-29.5292 0/1:23:18,5:18:733:5:197:-11.1821,0,-59.3694 dDocent_Contig_4955 7 . T G 13621.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=493;CIGAR=1X;DP=519;DPB=519;DPRA=0;EPP=1073.55;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=54.6613;MQMR=53.7619;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.748479;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16047;QR=281;RO=21;RPL=0;RPP=1073.55;RPPR=48.6112;RPR=493;RUN=1;SAF=493;SAP=1073.55;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:213:7,205:7:91:205:6659:-577.705,-55.6113,0 1/1:306:14,288:14:190:288:9388:-784.186,-73.9434,0 dDocent_Contig_4956 1 . N G 74.8183 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.48074,-0.60206,0 dDocent_Contig_4957 98 . N G 305.205 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=331;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22366,-0.60206,0 1/1:9:0,8:0:0:8:276:-24.9953,-2.40824,0 dDocent_Contig_4959 7 . T G 16101.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=555;CIGAR=1X;DP=575;DPB=575;DPRA=0;EPP=1208.18;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18133;QR=240;RO=18;RPL=0;RPP=1208.18;RPPR=42.0968;RPR=555;RUN=1;SAF=555;SAP=1208.18;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:294:9,284:9:127:284:9322:-827.277,-76.7441,0 1/1:281:9,271:9:113:271:8811:-782.592,-74.1046,0 dDocent_Contig_4960 11 . G A 155.631 . AB=0.1875;ABP=43.7254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=1518;RO=39;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=87.6977;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:21,6:21:843:6:244:-14.211,0,-68.0557 0/1:21:18,3:18:675:3:122:-5.05086,0,-54.7366 dDocent_Contig_4962 19 . C A 3370.15 . AB=0.755245;ABP=83.9318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4260;QR=1375;RO=35;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=79.0118;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:10,46:10:390:46:1812:-146.432,0,-18.5952 0/1:87:25,62:25:985:62:2448:-194.282,0,-62.7598 dDocent_Contig_4963 171 . C A 1531.64 . AB=0.468468;ABP=3.96888;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962025;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2208;QR=6257;RO=158;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=346.103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=122.441;SAR=55;SRF=0;SRP=346.103;SRR=158;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:59,52:59:2333:52:2090:-154.863,0,-176.72 0/0:102:99,3:99:3924:3:118:0,-19.7035,-342.163 dDocent_Contig_4964 14 . A G 182.026 . AB=0.208333;ABP=38.4777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.578947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=1519;RO=38;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=85.5263;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:962:6:235:-12.4893,0,-77.8501 0/1:18:14,4:14:557:4:161:-9.41228,0,-45.0523 dDocent_Contig_4965 84 . C T 67.3037 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0.555556;EPP=11.6962;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=1268;RO=38;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:368:4:140:-8.42934,0,-28.9273 0/0:27:27,0:27:900:0:0:0,-8.12781,-81.3002 dDocent_Contig_4967 11 . C T 48.7582 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=1;EPP=13.8677;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.811594;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=2793;RO=69;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=152.842;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1507:0:0:0,-11.1381,-135.865 0/1:37:32,5:32:1286:5:196:-6.87582,0,-104.869 dDocent_Contig_4968 126 . T C 3721 . AB=0.0654545;ABP=454.053;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=1M1X1M1X2M;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=57.9444;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=1367;RO=42;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=94.2121;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:136:19,7,5,13,4,84:19:619:7,5,13,4,84:222,167,422,67,2789:-212.549,-200.67,-248.54,-205.019,-237.398,-253.491,-184.214,-216.594,-220.942,-230.278,-214.515,-246.894,-251.243,-230.438,-263.288,0,-32.3889,-36.7368,-15.9281,-46.243,-24.7015 0|0:139:23,11,11,8,9,65:23:748:11,11,8,9,65:375,368,275,91,2174:-163.25,-139.743,-196.814,-140.925,-170.877,-197.996,-147.838,-177.789,-178.972,-205.812,-166.796,-196.746,-197.928,-204.84,-224.465,0,-29.9587,-31.1422,-38.0553,-57.0278,-40.8287 dDocent_Contig_4969 25 . T C 178.039 . AB=0.147727;ABP=97.8642;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=3007;RO=75;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=165.871;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:45,8:45:1805:8:328:-13.9358,0,-146.71 0/1:35:30,5:30:1202:5:197:-7.56716,0,-97.9142 dDocent_Contig_4970 7 . T A 19142.7 . AB=0.867925;ABP=376.913;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=596;CIGAR=1X;DP=645;DPB=645;DPRA=0;EPP=1297.21;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996644;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22625;QR=1826;RO=48;RPL=0;RPP=1297.21;RPPR=107.241;RPR=596;RUN=1;SAF=596;SAP=1297.21;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:327:7,320:7:259:320:12192:-1073.13,-74.7737,0 0/1:318:41,276:41:1567:276:10433:-842.831,0,-45.5041 dDocent_Contig_4972 20 . C A 184.611 . AB=0.116564;ABP=211.165;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=388;DPB=388;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=786.912;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1095;QR=14559;RO=361;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=786.912;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=361;SRP=786.912;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:225:217,8:217:8754:8:326:0,-38.0219,-757.601 0/1:163:144,19:144:5805:19:769:-20.4611,0,-473.145 dDocent_Contig_4973 192 . A C 197.878 . AB=0.473684;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=27;DPB=27;DPRA=2.375;EPP=22.5536;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=302;QR=684;RO=17;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:8:7,0:7:285:0:0:0,-2.10721,-25.624 0|1:19:10,9:10:399:9:302:-21.7878,0,-30.5487 dDocent_Contig_4975 13 . G A 11138 . AB=0.534815;ABP=10.1166;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=361;CIGAR=1X1M;DP=675;DPB=675;DPRA=0;EPP=786.912;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14410;QR=9118;RO=230;RPL=0;RPP=786.912;RPPR=502.449;RPR=361;RUN=1;SAF=361;SAP=786.912;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:339:134,53,152:134:5315:53,152:2099,6068:-459.4,-326.992,-748.513,0,-264.731,-391.721 0|1:336:96,28,209:96:3803:28,209:1112,8342:-658.096,-595.454,-900.013,0,-221.445,-250.071 dDocent_Contig_4976 21 . C T 470.875 . AB=0.148472;ABP=248.804;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.928205;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1323;QR=7771;RO=195;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=426.447;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:82,11:82:3262:11:428:-10.8707,0,-265.648 0/1:136:113,23:113:4509:23:895:-39.9157,0,-364.8 dDocent_Contig_4977 108 . A C 485.483 . AB=0.20098;ABP=161.443;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=427;DPB=427;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=786.912;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1961;QR=10137;RO=361;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=786.912;RPR=64;RUN=1;SAF=0;SAP=141.985;SAR=64;SRF=0;SRP=786.912;SRR=361;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:223:199,23:199:5517:23:720:0,-1.81106,-431.635 0/1:204:162,41:162:4620:41:1241:-50.5483,0,-354.593 dDocent_Contig_4978 7 . T A 13597.9 . AB=0.876494;ABP=621.075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=440;CIGAR=1X;DP=502;DPB=502;DPRA=0;EPP=958.458;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16834;QR=2350;RO=62;RPL=0;RPP=958.458;RPPR=137.642;RPR=440;RUN=1;SAF=440;SAP=958.458;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:199:21,178:21:807:178:6811:-552.976,0,-13.0487 0/1:303:41,262:41:1543:262:10023:-810.514,0,-47.924 dDocent_Contig_4979 48 . A G 520.221 . AB=0.208333;ABP=91.6788;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0.882353;EPP=57.2971;EPPR=487.399;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=995;QR=9180;RO=231;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=487.399;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=231;SRP=504.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:95,25:95:3773:25:995:-53.721,0,-303.452 0/0:136:136,0:136:5407:0:0:0,-40.9401,-486.464 dDocent_Contig_4981 7 . T G 889.982 . AB=0.493976;ABP=3.03646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1301;QR=1528;RO=42;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=94.2121;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:457:6:207:-13.5463,0,-36.0597 0/1:65:30,35:30:1071:35:1094:-79.1509,0,-77.1094 dDocent_Contig_4983 92 . C T 520.144 . AB=0.522727;ABP=3.20771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=759;QR=682;RO=21;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:298:4:136:-8.66247,0,-23.2296 0/1:31:12,19:12:384:19:623:-47.0509,0,-25.5373 dDocent_Contig_4984 98 . N T 89.3028 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=89;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.12892,-0.60206,0 dDocent_Contig_4986 107 . N G 94.3397 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:102:-9.4337,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4987 42 . C T 281.831 . AB=0.225806;ABP=43.4978;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0.885714;EPP=33.4109;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=539;QR=4608;RO=118;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=259.244;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:70:70,0:70:2745:0:0:0,-21.0721,-247.183 0/1:62:48,14:48:1863:14:539:-30.1831,0,-149.227 dDocent_Contig_4989 12 . G A 3028.97 . AB=0.854545;ABP=123.112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3770;QR=641;RO=16;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=37.7539;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:10,45:10:404:45:1816:-147.09,0,-20.1638 0/1:55:6,49:6:237:49:1954:-159.506,0,-5.14467 dDocent_Contig_4990 90 . T G 956.08 . AB=0.328859;ABP=40.9163;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.938776;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1595;QR=3449;RO=100;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:50,16:50:1712:16:533:-28.4197,0,-134.5 0/1:83:50,33:50:1737:33:1062:-70.8872,0,-131.633 dDocent_Contig_4991 68 . C T 92.9681 . AB=0.112583;ABP=199.866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.631579;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=5058;RO=133;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:60,7:60:2284:7:268:-3.96949,0,-185.256 0/1:83:73,10:73:2774:10:374:-9.02397,0,-224.85 dDocent_Contig_4992 107 . N A 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_4994 19 . A T 62.7917 . AB=0.0965909;ABP=251.792;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=322;DPB=322;DPRA=1.20548;EPP=39.9253;EPPR=665.309;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=12158;RO=305;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=665.309;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=305;SRP=665.309;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:146:146,0:146:5796:0:0:0,-43.9504,-521.428 0/1:176:159,17:159:6362:17:677:-8.27917,0,-519.335 dDocent_Contig_4995 98 . N C 104.518 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:43:-4.08434,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:65:-6.06561,-0.90309,0 dDocent_Contig_4996 14 . C A 1555.81 . AB=0.459016;ABP=4.7902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X3M1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.4286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.892857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2170;QR=2512;RO=64;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=141.985;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:36,9:36:1406:9:337:-17.1317,0,-113.264 0|1:77:28,47:28:1106:47:1833:-142.148,0,-76.8634 dDocent_Contig_4997 12 . C A 30.5125 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.636364;EPP=9.52472;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=2034;RO=51;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=113.755;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1318:0:0:0,-9.93399,-118.874 0/1:21:18,3:18:716:3:122:-5.05086,0,-58.4394 dDocent_Contig_4998 9 . G T 1899.32 . AB=0.568966;ABP=7.80251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.560606;PAIREDR=0.58;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2533;QR=1893;RO=50;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=111.584;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:24,41:24:915:41:1575:-122.448,0,-63.0976 0/1:51:26,25:26:978:25:958:-71.1825,0,-72.9738 dDocent_Contig_5000 159 . A G 1155.65 . AB=0.565217;ABP=5.55942;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=38.0434;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1549;QR=1198;RO=30;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=38.0434;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:19,18:19:766:18:702:-52.3557,0,-58.1234 0/1:32:11,21:11:432:21:847:-66.9085,0,-29.5982 dDocent_Contig_5001 204 . A T 303.3 . AB=0.145161;ABP=206.428;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=348.274;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=984;QR=5687;RO=159;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=348.274;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=348.274;SRR=159;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:62,17:62:2193:17:616:-31.9913,0,-173.849 0/1:107:97,10:97:3494:10:368:-1.25877,0,-282.447 dDocent_Contig_5002 98 . N T 571.907 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=625;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:351:-31.8967,-3.31133,0 1/1:8:0,8:0:0:8:274:-24.993,-2.40824,0 dDocent_Contig_5003 7 . T C 47.997 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.13043;EPP=11.6962;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1720;RO=45;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=100.727;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:836:4:155:-6.49866,0,-67.7349 0/0:23:23,0:23:884:0:0:0,-6.92369,-79.8775 dDocent_Contig_5004 64 . A G 1029.46 . AB=0.393939;ABP=12.6832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=12.42;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0512821;PAIREDR=0.766667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1509;QR=2294;RO=60;RPL=38;RPP=79.2345;RPPR=8.22183;RPR=1;RUN=1;SAF=12;SAP=15.538;SAR=27;SRF=36;SRP=8.22183;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:25,21:25:971:21:787:-57.2945,0,-73.8533 0/1:53:35,18:35:1323:18:722:-49.3507,0,-103.402 dDocent_Contig_5006 15 . G A 6034.53 . AB=0.833333;ABP=223.053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=190;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984211;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7506;QR=1398;RO=36;RPL=0;RPP=415.59;RPPR=81.1833;RPR=190;RUN=1;SAF=190;SAP=415.59;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:10,99:10:405:99:3922:-320.18,0,-3.99727 0/1:119:26,91:26:993:91:3584:-286.969,0,-54.0232 dDocent_Contig_5007 1 . N G 219.757 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:240:-21.9757,-1.80618,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5008 16 . A T 30.7175 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1299;RO=33;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=74.6689;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:320:2:82:-4.76938,0,-26.157 0/0:27:25,2:25:979:2:82:0,-0.348132,-80.6215 dDocent_Contig_5009 33 . T C 387.865 . AB=0.365854;ABP=9.41879;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=601;QR=1012;RO=26;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=59.4686;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:684:7:282:-18.2268,0,-54.35 0/1:16:8,8:8:328:8:319:-24.2586,0,-25.0739 dDocent_Contig_5010 22 . T A 171.748 . AB=0.222222;ABP=27.1378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=2129;RO=53;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=118.098;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:28,8:28:1124:8:326:-18.8728,0,-90.6054 0/0:27:25,2:25:1005:2:82:0,-0.348132,-82.9642 dDocent_Contig_5011 143 . C T 936.426 . AB=0.632653;ABP=10.4997;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1238;QR=723;RO=18;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=42.0968;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:10,12:10:401:12:475:-36.4776,0,-29.8264 0/1:27:8,19:8:322:19:763:-60.864,0,-21.2205 dDocent_Contig_5012 16 . T A 1749.12 . AB=0.216216;ABP=261.826;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=370;DPB=370;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3217;QR=11492;RO=290;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=632.737;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:208:169,39:169:6721:39:1570:-78.9222,0,-542.008 0/1:162:121,41:121:4771:41:1647:-99.6887,0,-380.565 dDocent_Contig_5013 17 . C T 33947.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1061;CIGAR=1M1D6M1X;DP=1088;DPB=969.222;DPRA=0;EPP=2306.94;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38442;QR=703;RO=18;RPL=0;RPP=2306.94;RPPR=42.0968;RPR=1061;RUN=1;SAF=1061;SAP=2306.94;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:612:8,600:8:307:600:21705:-1924.66,-155.356,0 1|1:476:10,461:10:396:461:16737:-1469.76,-106.134,0 dDocent_Contig_5014 57 . G A 1723.32 . AB=0.631579;ABP=17.2963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2267;QR=1335;RO=35;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:12,35:12:441:35:1326:-105.477,0,-25.8808 0/1:48:23,25:23:894:25:941:-70.5539,0,-66.3276 dDocent_Contig_5015 14 . T A 1069.98 . AB=0.295775;ABP=54.4528;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1698;QR=3951;RO=100;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=220.158;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:57,21:57:2249:21:844:-52.7926,0,-179.105 0/1:64:43,21:43:1702:21:854:-57.904,0,-134.142 dDocent_Contig_5017 108 . T C 89.1362 . AB=0.147059;ABP=76.5849;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0.839506;EPP=24.725;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863309;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=4488;RO=139;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=304.845;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=304.845;SRR=139;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:81,0:81:2651:0:0:0,-24.3834,-238.846 0/1:68:58,10:58:1837:10:345:-10.9136,0,-145.129 dDocent_Contig_5018 184 . C T 6765.41 . AB=0.511161;ABP=3.495;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=229;CIGAR=1X;DP=448;DPB=448;DPRA=0;EPP=500.277;EPPR=478.563;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9058;QR=8460;RO=219;RPL=229;RPP=500.277;RPPR=478.563;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=500.277;SAR=229;SRF=0;SRP=478.563;SRR=219;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:278:127,151:127:4918:151:5971:-453.494,0,-358.835 0/1:170:92,78:92:3542:78:3087:-226.746,0,-267.636 dDocent_Contig_5019 7 . T G 24963.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=871;CIGAR=1X;DP=904;DPB=904;DPRA=0;EPP=1894.36;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.84845;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28205;QR=459;RO=29;RPL=0;RPP=1894.36;RPPR=65.983;RPR=871;RUN=1;SAF=871;SAP=1894.36;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:423:19,403:19:327:403:13138:-1152.5,-97.5501,0 1/1:481:10,468:10:132:468:15067:-1343.57,-132.139,0 dDocent_Contig_5020 1 . N G 84.7443 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=1;SAP=6.91895;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-2.27564,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:110:-5.8958,-0.90309,0 dDocent_Contig_5022 16 . A T 25274.4 . AB=0.831471;ABP=1027.98;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=893;CIGAR=1X;DP=1074;DPB=1074;DPRA=0;EPP=1942.14;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.4524;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35654;QR=7236;RO=181;RPL=0;RPP=1942.14;RPPR=396.047;RPR=893;RUN=1;SAF=893;SAP=1942.14;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:603:97,506:97:3880:506:20236:-1448.47,0,-167.672 0/1:471:84,387:84:3356:387:15418:-1082.67,0,-160.303 dDocent_Contig_5023 13 . A C 209.891 . AB=0.112108;ABP=294.445;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=2X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.96;MQMR=37.9899;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.853535;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1010;QR=7819;RO=198;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=432.962;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:117:107,10:107:4229:10:404:-1.47329,0,-254.484 0|1:106:91,15:91:3590:15:606:-22.9289,0,-219.731 dDocent_Contig_5025 15 . T A 6139.61 . AB=0.845161;ABP=163.405;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=252;CIGAR=1X;DP=283;DPB=283;DPRA=0;EPP=550.221;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.881;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.896825;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9886;QR=1192;RO=31;RPL=0;RPP=550.221;RPPR=70.3259;RPR=252;RUN=1;SAF=252;SAP=550.221;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:24,131:24:942:131:5115:-288.435,0,-38.4311 1/1:128:7,121:7:250:121:4771:-327.225,-15.6978,0 dDocent_Contig_5029 7 . T C 2129.49 . AB=0.458333;ABP=5.54368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2963;QR=3461;RO=91;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=200.614;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:50,42:50:1916:42:1619:-118.28,0,-144.984 0/1:76:41,35:41:1545:35:1344:-98.3682,0,-116.437 dDocent_Contig_5030 12 . T C 18120.5 . AB=0.528079;ABP=9.96115;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=536;CIGAR=1X4M1X;DP=1015;DPB=1015.17;DPRA=0;EPP=1166.92;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21146;QR=6020;RO=152;RPL=0;RPP=1166.92;RPPR=333.074;RPR=536;RUN=1;SAF=536;SAP=1166.92;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:581:100,102,306,67:100:3962:102,306,67:3927,12046,2687:-960.742,-668.675,-964.073,0,-3.93811,-233.991,-769.473,-773.407,-104.733,-1075.41 1|1:434:52,91,230,56:52:2058:91,230,56:3543,9100,2271:-855.008,-579.49,-721.471,-121.795,0,-221.933,-683.383,-561.585,-103.888,-835.9 dDocent_Contig_5034 106 . N A 174.621 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=184;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:126:-11.6518,-1.20412,0 1|1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50862,-0.60206,0 dDocent_Contig_5035 13 . T G 2952.76 . AB=0.712121;ABP=54.5992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=173.864;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.648936;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3759;QR=1513;RO=38;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=85.5263;RPR=94;RUN=1;SAF=90;SAP=173.864;SAR=4;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:18,43:18:717:43:1735:-138.002,0,-46.4897 0/1:71:20,51:20:796:51:2024:-160.974,0,-50.5783 dDocent_Contig_5036 33 . G A 925.789 . AB=0.314516;ABP=40.0654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=3.06598;EPPR=6.10145;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.6923;MQMR=59.7176;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.205128;PAIREDR=0.635294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1520;QR=3143;RO=85;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=187.585;RPR=39;RUN=1;SAF=20;SAP=3.06598;SAR=19;SRF=37;SRP=6.10145;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:57,20:57:2094:20:794:-48.0792,0,-165.446 0/1:47:28,19:28:1049:19:726:-48.1987,0,-80.5064 dDocent_Contig_5039 108 . A C 4291.24 . AB=0.473282;ABP=5.44699;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=186;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=0;EPP=406.904;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985437;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6116;QR=7147;RO=206;RPL=0;RPP=406.904;RPPR=450.334;RPR=186;RUN=1;SAF=0;SAP=406.904;SAR=186;SRF=0;SRP=450.334;SRR=206;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:241:151,90:151:5242:90:2999:-197.611,0,-399.38 0/1:152:55,96:55:1905:96:3117:-235.212,0,-126.166 dDocent_Contig_5040 51 . T A 9627.42 . AB=0.248789;ABP=908.535;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=411;CIGAR=1X;DP=1652;DPB=1652;DPRA=0;EPP=280.076;EPPR=2693.46;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997567;PAIREDR=0.991122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16269;QR=49164;RO=1239;RPL=320;RPP=280.076;RPPR=2693.46;RPR=91;RUN=1;SAF=411;SAP=895.485;SAR=0;SRF=1239;SRP=2693.46;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:998:766,230:766:30453:230:9083:-516.904,0,-2438 0/1:654:473,181:473:18711:181:7186:-449.537,0,-1485.63 dDocent_Contig_5041 24 . T G 31321.2 . AB=0.849444;ABP=1242.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=993;CIGAR=1X;DP=1169;DPB=1169;DPRA=0;EPP=2159.28;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994318;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38785;QR=6360;RO=176;RPL=0;RPP=2159.28;RPPR=385.189;RPR=993;RUN=1;SAF=993;SAP=2159.28;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:657:115,542:115:4117:542:21276:-1715.41,0,-172.875 0/1:512:61,451:61:2243:451:17509:-1420.4,0,-47.9776 dDocent_Contig_5043 11 . G A 370.553 . AB=0.2;ABP=77.2747;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=754;QR=3038;RO=76;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=168.042;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:36,15:36:1448:15:597:-38.7163,0,-115.213 0/1:44:40,4:40:1590:4:157:-1.26187,0,-130.089 dDocent_Contig_5044 43 . G A 19760 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=580;CIGAR=1X;DP=608;DPB=608;DPRA=0;EPP=1262.46;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23081;QR=1104;RO=28;RPL=0;RPP=1262.46;RPPR=63.8115;RPR=580;RUN=1;SAF=580;SAP=1262.46;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:273:11,262:11:419:262:10451:-901.859,-44.124,0 1/1:335:17,318:17:685:318:12630:-1073.84,-38.8653,0 dDocent_Contig_5045 61 . G A 479.108 . AB=0.205128;ABP=91.3725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.752688;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=3636;RO=93;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:52,9:52:2061:9:363:-14.6715,0,-167.303 0/1:56:41,15:41:1575:15:594:-36.9383,0,-125.131 dDocent_Contig_5046 7 . T G 332.349 . AB=0.168421;ABP=184.454;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1424;QR=10361;RO=272;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=593.651;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:127:114,13:114:4323:13:400:0,-1.93702,-352.844 0/1:190:158,32:158:6038:32:1024:-35.2349,0,-486.173 dDocent_Contig_5048 10 . T C 5334.96 . AB=0.496314;ABP=3.05832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1M1I2M1X1M1X2M1X;DP=407;DPB=429.444;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=46.203;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.316832;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7722;QR=8002;RO=204;RPL=0;RPP=441.648;RPPR=445.991;RPR=202;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:235:118,116:118:4633:116:4415:-309.798,0,-346.205 0|1:172:86,86:86:3369:86:3307:-227.398,0,-251.534 dDocent_Contig_5049 73 . C A 1098.68 . AB=0.152068;ABP=867.33;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=195;CIGAR=1X;DP=1825;DPB=1825;DPRA=0;EPP=426.447;EPPR=3540.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999386;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6192;QR=55119;RO=1629;RPL=195;RPP=426.447;RPPR=3540.34;RPR=0;RUN=1;SAF=195;SAP=426.447;SAR=0;SRF=1629;SRP=3540.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1003:932,70:932:31379:70:2202:0,-103.334,-2624.9 0/1:822:697,125:697:23740:125:3990:-111.868,0,-1888.6 dDocent_Contig_5050 11 . C A 875.041 . AB=0.159763;ABP=342.865;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=809;DPB=809;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=1592.53;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3007;QR=29400;RO=732;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=1592.53;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=732;SRP=1592.53;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:471:448,22:448:17949:22:884:0,-62.0267,-1534.01 0/1:338:284,54:284:11451:54:2123:-89.5041,0,-927.998 dDocent_Contig_5051 75 . T A 9701.55 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=300;CIGAR=1X;DP=321;DPB=321;DPRA=0;EPP=654.452;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11608;QR=821;RO=21;RPL=300;RPP=654.452;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=300;SAP=654.452;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:185:13,172:13:507:172:6615:-549.161,-9.71563,0 1/1:136:8,128:8:314:128:4993:-420.693,-12.3173,0 dDocent_Contig_5053 12 . T A 7700.05 . AB=0.719764;ABP=145.219;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=244;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=532.85;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918033;PAIREDR=0.989474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9733;QR=3814;RO=95;RPL=0;RPP=532.85;RPPR=209.3;RPR=244;RUN=1;SAF=244;SAP=532.85;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:207:69,138:69:2784:138:5517:-434.041,0,-188.346 0/1:132:26,106:26:1030:106:4216:-339.664,0,-53.2525 dDocent_Contig_5054 12 . G A 2946.16 . AB=0.370748;ABP=45.6716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990826;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4294;QR=7390;RO=185;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=404.733;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:92,65:92:3648:65:2580:-185.073,0,-281.081 0/1:137:93,44:93:3742:44:1714:-113.242,0,-295.539 dDocent_Contig_5056 80 . C T 69.3933 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=2.33333;EPP=11.6962;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=548;RO=16;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:339:4:139:-8.63827,0,-26.624 0/0:6:6,0:6:209:0:0:0,-1.80618,-19.1511 dDocent_Contig_5057 22 . C T 126.312 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=0.431034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=2328;RO=58;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=128.956;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:39,2:39:1558:2:78:0,-4.93893,-133.052 0/1:25:19,6:19:770:6:242:-14.6312,0,-62.0926 dDocent_Contig_5058 166 . G A 258.502 . AB=0.19697;ABP=55.6521;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.785047;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=4335;RO=107;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=235.358;SRR=107;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:53,13:53:2141:13:523:-27.5492,0,-172.993 0/0:56:54,2:54:2194:2:76:0,-9.64342,-190.404 dDocent_Contig_5060 13 . T C 294.963 . AB=0.128755;ABP=281.937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X1M1X2M1X3M1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.7;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1122;QR=7583;RO=195;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=426.447;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:124:106,15:106:4110:15:565:-14.4249,0,-333.199 0|1:109:89,15:89:3473:15:557:-18.7703,0,-280.971 dDocent_Contig_5061 51 . C T 948.68 . AB=0.0689655;ABP=564.598;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M;DP=348;DPB=348;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=597.994;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.791667;PAIREDR=0.930657;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=953;QR=10837;RO=274;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=597.994;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=274;SRP=597.994;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:169:148,6,14:148:5883:6,14:232,554:-1.07425,-26.5699,-509.114,0,-465.328,-480.167 0|1:179:126,43,10:126:4954:43,10:1643,399:-96.843,0,-394.51,-101.909,-374.593,-506.366 dDocent_Contig_5063 35 . T C 1835.67 . AB=0.383234;ABP=22.7876;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X7M;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2562;QR=3083;RO=79;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=174.557;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:100:49,13,7,28:49:1907:13,7,28:514,279,1136:-78.9412,-51.3932,-204.188,-70.7156,-185.125,-225.318,0,-114.411,-133.735,-148.283 0|1:67:30,1,0,36:30:1176:1,0,36:40,0,1426:-108.324,-114.06,-210.464,-117.355,-210.765,-214.061,0,-93.404,-96.6994,-85.8623 dDocent_Contig_5064 25 . G T 67.9227 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945205;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=2890;RO=73;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=161.528;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:34,2:34:1353:2:81:0,-3.15135,-114.343 0/1:45:39,6:39:1537:6:244:-8.79227,0,-125.014 dDocent_Contig_5065 107 . N G 113.741 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:6:0,5:0:0:5:114:-10.3307,-1.50515,0 dDocent_Contig_5066 45 . C A 1945.44 . AB=0.601852;ABP=12.7417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=85.7331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.428571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2559;QR=1705;RO=42;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=85.7331;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:17,16:17:688:16:610:-45.2832,0,-52.3153 0/1:75:25,49:25:1017:49:1949:-152.96,0,-69.184 dDocent_Contig_5067 107 . N G 1057.76 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.628571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1165;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:581:-52.6112,-5.11751,0 1/1:18:0,18:0:0:18:584:-52.8639,-5.41854,0 dDocent_Contig_5068 7 . T C 43018 . AB=0.755233;ABP=1057.16;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1407;CIGAR=1X;DP=1863;DPB=1863;DPRA=0;EPP=3058.27;EPPR=988.859;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9986;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54101;QR=17332;RO=454;RPL=0;RPP=3058.27;RPPR=988.859;RPR=1407;RUN=1;SAF=1407;SAP=3058.27;SAR=0;SRF=454;SRP=988.859;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:896:254,640:254:9685:640:24619:-1945.01,0,-602.075 0/1:967:200,767:200:7647:767:29482:-2360.49,0,-396.965 dDocent_Contig_5069 11 . A G 82.2714 . AB=0.10687;ABP=178.866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=1.37895;EPP=33.4109;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=548;QR=8452;RO=212;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=463.362;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:95:95,0:95:3731:0:0:0,-28.5978,-335.811 0/1:131:117,14:117:4721:14:548:-10.2271,0,-385.343 dDocent_Contig_5070 105 . N T 47.7917 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=3X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:66:-4.77808,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5071 1 . N T 335.511 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=45.2727;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:196:-17.8428,-1.80618,0 1/1:5:0,5:0:0:5:170:-15.4072,-1.50515,0 dDocent_Contig_5072 38 . G T 1943.03 . AB=0.738095;ABP=44.3717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.580645;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2475;QR=895;RO=22;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=50.7827;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:6,28:6:246:28:1125:-91.2972,0,-12.2851 0/1:50:16,34:16:649:34:1350:-106.704,0,-43.6913 dDocent_Contig_5073 17 . G A 3269.28 . AB=0.339779;ABP=83.7267;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=123;CIGAR=1X;DP=362;DPB=362;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=521.992;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98374;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4881;QR=9259;RO=239;RPL=0;RPP=270.101;RPPR=521.992;RPR=123;RUN=1;SAF=123;SAP=270.101;SAR=0;SRF=239;SRP=521.992;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:169:105,64:105:4051:64:2556:-179.308,0,-313.748 0/1:193:134,59:134:5208:59:2325:-151.32,0,-410.551 dDocent_Contig_5074 9 . C T 324.516 . AB=0.254237;ABP=33.963;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=3312;RO=86;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=189.757;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:44,15:44:1689:15:573:-34.1505,0,-134.507 0/0:43:42,1:42:1623:1:39:0,-9.04772,-142.437 dDocent_Contig_5075 10 . T C 4578.22 . AB=0.38835;ABP=47.6204;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=160;CIGAR=1X3M;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=350.446;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6383;QR=8408;RO=213;RPL=0;RPP=350.446;RPPR=465.534;RPR=160;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=213;SRP=465.534;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:204:108,23,73:108:4244:23,73:912,2893:-205.589,-163.031,-505.168,0,-273.99,-327.085 0|1:208:105,16,87:105:4164:16,87:630,3490:-255.932,-235.715,-573.644,0,-290.924,-316.561 dDocent_Contig_5077 16 . T G 543.081 . AB=0.461538;ABP=3.84548;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=26.4622;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=32.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1145;QR=1249;RO=35;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=79.0118;RPR=30;RUN=1;SAF=6;SAP=26.4622;SAR=24;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:11,9:11:404:9:351:-16.5342,0,-30.6861 0/1:45:24,21:24:845:21:794:-41.4729,0,-62.8171 dDocent_Contig_5078 98 . N A 142.373 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:77:-7.18463,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:73:-6.75121,-1.20412,0 dDocent_Contig_5079 27 . A G 35.6207 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=446;RO=11;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=26.8965;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:243:1:41:-1.98736,0,-20.1408 0/1:7:5,2:5:203:2:79:-5.39003,0,-16.5456 dDocent_Contig_5080 14 . G A 304.86 . AB=0.309524;ABP=16.2459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.230769;PAIREDR=0.724138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=1143;RO=29;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=65.983;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:10,10:10:398:10:390:-29.4348,0,-30.1586 0/1:22:19,3:19:745:3:122:-4.74983,0,-60.7394 dDocent_Contig_5082 18 . A G 1188.71 . AB=0.19544;ABP=250.353;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=836;DPB=836;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=1646.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.8462;MQMR=59.4642;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.938462;PAIREDR=0.986996;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2569;QR=30564;RO=769;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=1672.87;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=766;SRP=1646.92;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:529:522,5:522:20798:5:201:0,-140.465,-1848.86 0/1:307:247,60:247:9766:60:2368:-120.871,0,-781.117 dDocent_Contig_5083 29 . T C 1222.62 . AB=0.588235;ABP=7.60871;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.575;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1620;QR=1132;RO=28;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=63.8115;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:681:7:283:-18.6187,0,-54.3912 0/1:44:11,33:11:451:33:1337:-107.342,0,-27.7004 dDocent_Contig_5084 22 . A G 38.3672 . AB=0.111111;ABP=97.59;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.515625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2506;RO=64;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=141.985;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:34,4:34:1311:4:161:-3.43613,0,-106.809 0/1:34:30,4:30:1195:4:155:-4.08988,0,-97.592 dDocent_Contig_5085 22 . C A 1133.29 . AB=0.286585;ABP=67.8897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1842;QR=4698;RO=117;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=257.073;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:67,37:67:2695:37:1439:-98.4599,0,-211.356 0/1:60:50,10:50:2003:10:403:-18.5683,0,-162.395 dDocent_Contig_5086 11 . T G 865.775 . AB=0.0771605;ABP=506.175;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=1X3M1X;DP=324;DPB=324.8;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=526.335;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=41.36;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.456432;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=9404;RO=241;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=526.335;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=241;SRP=526.335;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:153:125,4,20:125:4873:4,20:153,811:-21.4575,-47.0881,-446.438,0,-388.558,-394.534 0|0:171:116,21,34:116:4531:21,34:804,1376:-68.819,-41.4413,-407.613,0,-310.206,-362.268 dDocent_Contig_5088 16 . A G 116.852 . AB=0.112;ABP=166.461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0.722543;EPP=33.4109;EPPR=619.708;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=11340;RO=284;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=619.708;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=284;SRP=619.708;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:111,14:111:4417:14:563:-13.3842,0,-359.849 0/0:173:173,0:173:6923:0:0:0,-52.0782,-622.751 dDocent_Contig_5089 1 . N C 65.5314 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55206,-0.60206,0 dDocent_Contig_5090 22 . T A 574.027 . AB=0.210145;ABP=103.716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.758621;PAIREDR=0.743119;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1132;QR=4316;RO=109;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=239.701;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:57,6:57:2261:6:233:-2.37382,0,-184.695 0/1:75:52,23:52:2055:23:899:-58.6445,0,-162.565 dDocent_Contig_5091 33 . G A 137.212 . AB=0.411765;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.447368;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=1606;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1289:0:0:0,-11.4391,-116.303 0/1:17:10,7:10:317:7:228:-15.7212,0,-23.7198 dDocent_Contig_5092 133 . G T 35.9907 . AB=0.0980392;ABP=217.731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=4.78125;EPP=35.5824;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=6499;RO=170;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=372.161;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=372.161;SRR=170;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:138,15:138:5273:15:567:-5.29793,0,-428.415 0/0:32:32,0:32:1226:0:0:0,-9.63296,-110.611 dDocent_Contig_5094 13 . G A 142.208 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.85;EPP=16.0391;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=1240;RO=31;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=70.3259;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:795:0:0:0,-6.0206,-71.8659 0/1:17:11,6:11:445:6:233:-16.2208,0,-35.2886 dDocent_Contig_5095 38 . T G 91.2213 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=7;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1051;QR=476;RO=12;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=29.068;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:6,11:6:231:11:447:-3.15232,-1.27135,0 1/1:21:6,15:6:245:15:604:-5.6685,-2.47242,0 dDocent_Contig_5096 98 . N A 167.465 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=2X;DP=6;DPB=25.5;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=29;PQA=703;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:6:0,6:0:0:6:186:-16.7465,-1.80618,0 dDocent_Contig_5097 17 . G C 408.007 . AB=0.218391;ABP=62.9379;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0.84466;EPP=44.2683;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=6759;RO=171;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=374.332;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:103:103,0:103:4054:0:0:0,-31.0061,-364.867 0/1:87:68,19:68:2705:19:763:-42.8007,0,-217.376 dDocent_Contig_5099 41 . T C 1331.95 . AB=0.484211;ABP=3.21602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1832;QR=1961;RO=49;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=109.412;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:27,26:27:1081:26:1030:-77.0387,0,-81.6219 0/1:42:22,20:22:880:20:802:-59.8553,0,-66.8675 dDocent_Contig_5100 9 . C T 393.769 . AB=0.234568;ABP=52.5788;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=1.44643;EPP=44.2683;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=727;QR=4538;RO=118;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=259.244;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2150:0:0:0,-16.8577,-193.727 0/1:81:62,19:62:2388:19:727:-41.3769,0,-190.745 dDocent_Contig_5101 98 . N T 139.74 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=8;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=4;PQA=103;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:155:-13.9739,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5103 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_5104 107 . N G 168.298 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M;DP=10;DPB=10.3333;DPRA=1.5;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0.5;PQA=0;PQR=0;PRO=0.5;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,2,0:0:0:2,0:68,0:-6.18802,-0.60206,0,-6.18802,-0.60206,-6.18802 1|1:6:0,1,5:0:0:1,5:13,114:-10.3389,-9.48631,-9.18528,-1.50515,-0.506188,0 dDocent_Contig_5105 8 . A C 417.518 . AB=0.238095;ABP=53.0576;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=778;QR=2441;RO=64;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=141.985;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:30,15:30:1141:15:583:-39.2667,0,-89.4439 0/1:39:34,5:34:1300:5:195:-6.18403,0,-105.55 dDocent_Contig_5106 57 . A G 130.065 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=3245;RO=82;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:30,7:30:1174:7:283:-14.7055,0,-94.8006 0/0:53:52,1:52:2071:1:41:0,-11.86,-182.481 dDocent_Contig_5107 1 . N G 191.72 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49763,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 dDocent_Contig_5108 9 . C T 616.744 . AB=0.165939;ABP=224.984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X1M1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=411.247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1482;QR=7294;RO=188;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=411.247;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=188;SRP=411.247;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:165:143,20:143:5542:20:784:-21.442,0,-449.281 0|1:64:45,18:45:1752:18:698:-43.9314,0,-138.706 dDocent_Contig_5109 97 . G A 621.797 . AB=0.28;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=257;DPB=257;DPRA=0.94697;EPP=79.0118;EPPR=485.077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1128;QR=7373;RO=222;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=485.077;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=222;SRP=485.077;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:132:132,0:132:4393:0:0:0,-39.736,-395.578 0/1:125:90,35:90:2980:35:1128:-64.1797,0,-230.823 dDocent_Contig_5110 21 . G A 3164.17 . AB=0.509615;ABP=3.17734;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=2X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=56.1081;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.445946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4163;QR=2910;RO=74;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=163.699;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:105:39,55,11:39:1555:55,11:2145,415:-164.568,0,-109.238,-142.859,-92.3462,-265.327 0|1:103:35,51,15:35:1355:51,15:2018,562:-155.548,0,-92.0159,-120.494,-61.7752,-223.339 dDocent_Contig_5112 7 . T A 2266.09 . AB=0.35743;ABP=46.9717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3386;QR=6102;RO=160;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=350.446;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:71,75:71:2713:75:2852:-212.91,0,-200.407 0/1:103:89,14:89:3389:14:534:-17.3973,0,-274.142 dDocent_Contig_5113 98 . N G 70.3251 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:6:-0.599998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07866,-0.60206,0 dDocent_Contig_5114 107 . N G 1253.23 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=46;CIGAR=1X3M;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1385;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=0;RPR=46;RUN=1;SAF=0;SAP=102.898;SAR=46;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:30:0,2,27:0:0:2,27:22,810:-72.9834,-71.6183,-71.0162,-8.12781,-6.90314,0 1|1:19:0,0,19:0:0:0,19:0,575:-52.0384,-52.0384,-52.0384,-5.71957,-5.71957,0 dDocent_Contig_5115 35 . A G 172.439 . AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=1316;RO=33;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=74.6689;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:19,2:19:769:2:73:-0.609669,0,-63.2086 0/1:23:14,8:14:547:8:285:-19.2352,0,-42.828 dDocent_Contig_5116 53 . C A 5630.37 . AB=0.576023;ABP=20.1789;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=342;DPB=342;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7439;QR=5801;RO=145;RPL=197;RPP=430.79;RPPR=317.874;RPR=0;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:103,98:103:4114:98:3673:-270.158,0,-309.722 0/1:141:42,99:42:1687:99:3766:-296.578,0,-109.605 dDocent_Contig_5117 91 . C G 85.1329 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=942;RO=28;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:592:3:105:-3.47453,0,-47.2707 0/1:14:10,4:10:350:4:140:-8.73051,0,-27.6231 dDocent_Contig_5118 36 . G A 1226.8 . AB=0.315789;ABP=47.8112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1906;QR=4142;RO=104;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=228.843;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:50,40:50:2029:40:1592:-116.42,0,-155.694 0/1:62:54,8:54:2113:8:314:-9.95965,0,-171.681 dDocent_Contig_5120 27 . C A 9987.8 . AB=0.244693;ABP=1016.44;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=438;CIGAR=1X;DP=1790;DPB=1790;DPRA=0;EPP=954.115;EPPR=2938.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7123;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.557078;PAIREDR=0.514793;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17138;QR=52976;RO=1352;RPL=0;RPP=954.115;RPPR=2938.84;RPR=438;RUN=1;SAF=438;SAP=954.115;SAR=0;SRF=1352;SRP=2938.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:954:789,165:789:30915:165:6414:-289.637,0,-2492.56 0/1:836:563,273:563:22061:273:10724:-712.842,0,-1732.07 dDocent_Contig_5121 98 . N G 61.7535 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=4;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:4:0,3:0:0:3:62:-5.6966,-0.90309,0 dDocent_Contig_5122 15 . A G 206.487 . AB=0.19403;ABP=57.4916;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=9.26925;EPPR=55.7222;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.1765;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.659341;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=3474;RO=91;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=200.614;RPR=17;RUN=1;SAF=5;SAP=9.26925;SAR=12;SRF=69;SRP=55.7222;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:67:54,13:54:2059:13:470:-22.3467,0,-165.353 0|0:41:37,4:37:1415:4:130:0,-0.320568,-115.599 dDocent_Contig_5123 12 . A T 271.149 . AB=0.224138;ABP=41.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=528;QR=1793;RO=45;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=100.727;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:30,8:30:1190:8:323:-17.9994,0,-95.9387 0/1:20:15,5:15:603:5:205:-12.8144,0,-48.5874 dDocent_Contig_5124 204 . A T 1018.84 . AB=0.290909;ABP=65.6671;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.982906;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1718;QR=4276;RO=117;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=257.073;SRR=117;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:73,21:73:2650:21:764:-40.7895,0,-210.436 0/1:71:44,27:44:1626:27:954:-64.7932,0,-125.251 dDocent_Contig_5126 19 . T C 824.962 . AB=0.336957;ABP=24.253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935484;PAIREDR=0.967213;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1258;QR=2438;RO=61;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=135.47;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:22,13:22:886:13:529:-37.4206,0,-69.5131 0/1:57:39,18:39:1552:18:729:-48.7745,0,-122.752 dDocent_Contig_5127 30 . T C 16802.9 . AB=0.704636;ABP=277.625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=532;CIGAR=1X;DP=755;DPB=755;DPRA=0;EPP=1158.23;EPPR=485.077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21253;QR=8777;RO=222;RPL=0;RPP=1158.23;RPPR=485.077;RPR=532;RUN=1;SAF=532;SAP=1158.23;SAR=0;SRF=222;SRP=485.077;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:399:140,259:140:5534:259:10349:-810.619,0,-377.797 0/1:356:82,273:82:3243:273:10904:-873.371,0,-184.671 dDocent_Contig_5129 7 . T G 43948.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1578;CIGAR=1X;DP=1637;DPB=1637;DPRA=0;EPP=3403.59;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.8327;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996198;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49688;QR=728;RO=49;RPL=0;RPP=3429.59;RPPR=109.412;RPR=1578;RUN=1;SAF=1575;SAP=3403.59;SAR=3;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:848:27,815:27:370:815:25425:-2247.4,-220.192,0 1/1:789:22,763:22:358:763:24263:-2147.17,-204.05,0 dDocent_Contig_5130 7 . T C 3202.05 . AB=0.611111;ABP=22.3123;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4196;QR=2655;RO=70;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=155.013;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:46,51:46:1749:51:1922:-144.012,0,-128.466 0/1:83:24,59:24:906:59:2274:-179.891,0,-56.8694 dDocent_Contig_5131 181 . A G 1490.14 . AB=0.229965;ABP=184.786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2651;QR=8860;RO=221;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=482.906;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=482.906;SRR=221;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:138:123,15:123:4936:15:605:-13.2457,0,-402.579 0/1:149:98,51:98:3924:51:2046:-139.467,0,-308.296 dDocent_Contig_5133 157 . G A 662.99 . AB=0.529412;ABP=3.3935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=2X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.62963;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=941;QR=845;RO=24;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=55.1256;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:13,11:13:459:11:379:-27.217,0,-34.4201 0|1:27:11,16:11:386:16:562:-42.7809,0,-26.9475 dDocent_Contig_5134 18 . C A 47.2107 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.521739;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1838;RO=46;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=102.898;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:878:1:40:0,-2.92801,-75.3337 0/1:28:24,4:24:960:4:164:-6.72106,0,-78.2693 dDocent_Contig_5135 209 . N G 145.092 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:157:-14.509,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5137 85 . C T 137.314 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=1.2069;EPP=20.3821;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=288;QR=1917;RO=56;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:989:0:0:0,-8.72987,-89.3186 0/1:35:27,8:27:928:8:288:-15.7314,0,-73.2963 dDocent_Contig_5138 26 . G A 14011.6 . AB=0.20687;ABP=980.71;AC=0;AF=0;AN=4;AO=271;CIGAR=2M1X3M;DP=1310;DPB=1148.67;DPRA=0;EPP=591.479;EPPR=1203.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10714;QR=21810;RO=553;RPL=0;RPP=591.479;RPPR=1203.83;RPR=271;RUN=1;SAF=271;SAP=591.479;SAR=0;SRF=553;SRP=1203.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:695:274,313,105:274:10812:313,105:12418,4171:-939.701,0,-795.373,-678.825,-546.236,-1536.81 0|0:615:279,169,166:279:10998:169,166:6674,6543:-465.158,0,-853.959,-10.884,-366.571,-865.746 dDocent_Contig_5139 168 . A G 3746.48 . AB=0.388732;ABP=41.1854;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=138;CIGAR=1X;DP=355;DPB=355;DPRA=0;EPP=302.673;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5386;QR=8462;RO=216;RPL=138;RPP=302.673;RPPR=472.048;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=302.673;SAR=138;SRF=0;SRP=472.048;SRR=216;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:216:119,96:119:4653:96:3771:-274.61,0,-353.904 0/1:139:97,42:97:3809:42:1615:-103.737,0,-300.992 dDocent_Contig_5140 17 . T C 12207.7 . AB=0.659898;ABP=134.258;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=390;CIGAR=1X;DP=591;DPB=591;DPRA=0;EPP=849.885;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15591;QR=7990;RO=201;RPL=0;RPP=849.885;RPPR=439.476;RPR=390;RUN=1;SAF=390;SAP=849.885;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:326:79,247:79:3152:247:9870:-789.541,0,-185.625 0/1:265:122,143:122:4838:143:5721:-434.924,0,-355.56 dDocent_Contig_5141 81 . T C 1017.16 . AB=0.488636;ABP=3.109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930233;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1459;QR=1349;RO=44;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:21,19:21:651:19:630:-44.9683,0,-46.8447 0/1:48:23,24:23:698:24:829:-60.4466,0,-48.6328 dDocent_Contig_5142 7 . T G 36319.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1290;CIGAR=1X;DP=1336;DPB=1336;DPRA=0;EPP=2804.21;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40839;QR=472;RO=40;RPL=0;RPP=2804.21;RPPR=89.8692;RPR=1290;RUN=1;SAF=1290;SAP=2804.21;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:807:17,786:17:203:786:24730:-2206.54,-223.45,0 1/1:529:23,504:23:269:504:16109:-1425.07,-134.555,0 dDocent_Contig_5143 43 . T G 25734.9 . AB=0.45538;ABP=36.9223;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=893;CIGAR=1X;DP=1961;DPB=1961;DPRA=0;EPP=1942.14;EPPR=2317.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35228;QR=42474;RO=1066;RPL=0;RPP=1942.14;RPPR=2317.8;RPR=893;RUN=1;SAF=893;SAP=1942.14;SAR=0;SRF=1066;SRP=2317.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1112:571,540:571:22752:540:21281:-1578.68,0,-1710.86 0/1:849:495,353:495:19722:353:13947:-998.51,0,-1517.6 dDocent_Contig_5144 7 . T C 28006.5 . AB=0.881323;ABP=1301.36;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=906;CIGAR=1X;DP=1028;DPB=1028;DPRA=0;EPP=1970.36;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34618;QR=4615;RO=121;RPL=0;RPP=1970.36;RPPR=265.758;RPR=906;RUN=1;SAF=906;SAP=1970.36;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:596:80,515:80:3030:515:19710:-1593.35,0,-93.362 0/1:432:41,391:41:1585:391:14908:-1210.99,0,-12.8726 dDocent_Contig_5145 79 . G T 74.7818 . AB=0.0963855;ABP=120.453;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1M1D1M1X;DP=138;DPB=135.5;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.813559;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=4656;RO=118;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=7.72129;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=51;SRP=7.72129;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:53,2,0:53:2092:2,0:81,0:0,-8.87092,-180.798,-15.9546,-181.4,-188.08 0|0:83:65,8,9:65:2564:8,9:309,353:-9.47814,-3.66129,-212.222,0,-185.6,-208.267 dDocent_Contig_5146 98 . N G 196.993 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=209;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1|1:6:0,6:0:0:6:180:-16.4972,-1.80618,0 dDocent_Contig_5148 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_5151 98 . N T 97.0363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_5155 7 . T C 701.491 . AB=0.3;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1148;QR=2617;RO=69;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=152.842;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:42,9:42:1601:9:342:-15.7837,0,-129.007 0/1:49:27,21:27:1016:21:806:-58.0644,0,-76.9401 dDocent_Contig_5156 7 . T A 887.311 . AB=0.135714;ABP=648.496;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=1271;DPB=1271;DPRA=0.787623;EPP=168.042;EPPR=2591.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2878;QR=45432;RO=1192;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=2591.41;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=1192;SRP=2591.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:711:709,0:709:27072:0:0:0,-213.43,-2434.53 0/1:560:483,76:483:18360:76:2878:-90.7311,0,-1483.01 dDocent_Contig_5157 93 . G A 6171.24 . AB=0.280326;ABP=414.198;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=275;CIGAR=1X4M;DP=981;DPB=981;DPRA=0;EPP=600.165;EPPR=1427.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10017;QR=22803;RO=656;RPL=275;RPP=600.165;RPPR=1427.5;RPR=0;RUN=1;SAF=275;SAP=600.165;SAR=0;SRF=656;SRP=1427.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:526:339,18,167:339:11730:18,167:644,6049:-391.825,-441.359,-1389.17,0,-900.73,-902.973 0|1:455:317,28,108:317:11073:28,108:1014,3968:-228.998,-241.642,-1133.93,0,-817.948,-868.222 dDocent_Contig_5158 11 . T C 9971.13 . AB=0.265306;ABP=729.745;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=403;CIGAR=1X;DP=1519;DPB=1519;DPRA=0;EPP=878.114;EPPR=2385.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16156;QR=43717;RO=1097;RPL=0;RPP=878.114;RPPR=2385.12;RPR=403;RUN=1;SAF=403;SAP=878.114;SAR=0;SRF=1097;SRP=2385.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:813:512,294:512:20356:294:11772:-815.608,0,-1587.32 0/1:706:585,109:585:23361:109:4384:-185.204,0,-1891.17 dDocent_Contig_5160 18 . G C 2308.67 . AB=0.35124;ABP=49.5265;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.929412;PAIREDR=0.916129;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3407;QR=6228;RO=155;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=339.589;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:84,24:84:3369:24:950:-53.2846,0,-270.747 0/1:134:71,61:71:2859:61:2457:-181.281,0,-217.422 dDocent_Contig_5161 8 . A T 730.593 . AB=0.283186;ABP=49.1493;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.8125;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.580247;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1228;QR=3054;RO=81;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=178.9;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:45,9:45:1694:9:347:-15.2704,0,-136.466 0/1:59:36,23:36:1360:23:881:-61.4879,0,-104.917 dDocent_Contig_5162 16 . T C 104.71 . AB=0.140625;ABP=74.8046;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.745455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=2167;RO=55;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=122.441;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1112:4:160:-5.14996,0,-90.7271 0/1:32:27,5:27:1055:5:203:-9.01989,0,-85.6042 dDocent_Contig_5163 98 . N C 132.217 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0.75;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:143:-13.2214,-1.20412,0 dDocent_Contig_5164 11 . T C 909.525 . AB=0.336634;ABP=26.4235;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X4M;DP=190;DPB=190;DPRA=1.13483;EPP=76.8404;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.852349;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1369;QR=5925;RO=149;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=326.56;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:89:83,6,0:83:3316:6,0:241,0:0,-4.72537,-276.444,-24.9855,-278.25,-298.109 0|1:101:66,1,34:66:2609:1,34:41,1369:-92.9525,-109.436,-323.82,0,-211.291,-204.441 dDocent_Contig_5165 107 . N C 198.379 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:6:0,6:0:0:6:175:-16.037,-1.80618,0 dDocent_Contig_5166 107 . N C 334.077 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X1M2X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.2727;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=369;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:267:-23.7653,-2.40824,0 1|1:3:0,3:0:0:3:102:-9.34117,-0.90309,0 dDocent_Contig_5167 34 . T G 1806.2 . AB=0.0425532;ABP=259.29;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M2X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=142.467;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.347222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=2845;RO=72;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=159.356;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=70;SRP=142.467;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:70:42,23,5:42:1656:23,5:921,191:-63.2446,0,-129.329,-60.2207,-120.584,-194.954 0|1:71:30,40,1:30:1189:40,1:1581,39:-121.074,0,-85.8286,-126.9,-94.6641,-224.463 dDocent_Contig_5168 52 . C T 32.396 . AB=0.0974026;ABP=219.819;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=1.08451;EPP=35.5824;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.6667;MQMR=13.5658;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=10776;RO=281;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=613.194;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:142:142,0:142:5411:0:0:0,-42.7463,-156.503 0/1:154:139,15:139:5365:15:607:-5.23935,0,-133.651 dDocent_Contig_5170 111 . C T 17575.3 . AB=0.512894;ABP=3.51428;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=641;CIGAR=1X;DP=845;DPB=845;DPRA=0;EPP=1394.92;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21856;QR=6961;RO=204;RPL=0;RPP=1394.92;RPPR=445.991;RPR=641;RUN=1;SAF=0;SAP=1394.92;SAR=641;SRF=0;SRP=445.991;SRR=204;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:496:34,462:34:1138:462:15720:-1311.91,-46.5933,0 0/1:349:170,179:170:5823:179:6136:-447.323,0,-419.161 dDocent_Contig_5171 98 . N C 386.555 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.6161;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=426;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:426:-38.6555,-3.91339,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5172 15 . A T 709.978 . AB=0.462963;ABP=3.6537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=4.15385;EPP=57.2971;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=985;QR=1667;RO=42;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=94.2121;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:29,25:29:1149:25:985:-72.6967,0,-87.4364 0/0:13:13,0:13:518:0:0:0,-3.91339,-46.9656 dDocent_Contig_5173 69 . T G 62.6274 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.28125;EPP=16.0391;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=225;QR=2668;RO=67;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1278:0:0:0,-9.63296,-115.283 0/1:41:35,6:35:1390:6:225:-8.26274,0,-113.009 dDocent_Contig_5174 37 . T C 49.38 . AB=0.130435;ABP=57.5803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.826667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=299;QR=2942;RO=75;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=165.871;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2:35:1352:2:72:0,-4.30147,-115.099 0/1:46:40,6:40:1590:6:227:-6.93799,0,-129.483 dDocent_Contig_5175 174 . C T 110.503 . AB=0.157143;ABP=74.4828;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.793103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=2156;RO=58;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:14,4:14:526:4:148:-8.26343,0,-42.265 0|1:52:44,7:44:1630:7:243:-6.48587,0,-131.256 dDocent_Contig_5177 107 . N A 118.131 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:113:-10.3941,-1.50515,0 dDocent_Contig_5178 11 . G C 54.6862 . AB=0.12;ABP=65.7224;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=162.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=55.6;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.282353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=3432;RO=85;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=187.585;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=82;SRP=162.447;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:41,2:41:1644:2:81:0,-5.25856,-127.795 0/1:50:44,6:44:1788:6:246:-7.46862,0,-142.334 dDocent_Contig_5182 13 . A G 1681.59 . AB=0.0740741;ABP=88.0998;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2M1X3M1X5M;DP=96;DPB=98.5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=51;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=705;RO=18;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=42.0968;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:54:11,6,0,4,31:11:429:6,0,4,31:231,0,160,1237:-98.5647,-82.9119,-116.367,-101.876,-118.173,-137.138,-88.7996,-105.097,-124.061,-122.857,0,-16.299,-35.2633,-22.1854,-25.9313 0|0:42:7,12,4,0,19:7:276:12,4,0,19:448,151,0,747:-73.2933,-38.7333,-57.83,-63.0266,-49.0696,-84.5323,-75.4005,-61.4424,-85.7364,-98.1104,-13.9511,0,-24.2911,-36.6654,-30.9458 dDocent_Contig_5183 11 . C T 69.6425 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0.818182;EPP=9.52472;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=669;RO=17;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=39.9253;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:242:3:122:-8.66322,0,-19.4477 0/0:11:11,0:11:427:0:0:0,-3.31133,-38.7758 dDocent_Contig_5184 167 . A G 355.955 . 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AB=0.370968;ABP=29.9085;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=69;CIGAR=1X3M;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2712;QR=2563;RO=66;RPL=69;RPP=152.842;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:104:32,35,36:32:1251:35,36:1343,1421:-114.663,-14.0693,-106.385,-7.37116,0,-99.3911 0|1:82:34,15,33:34:1312:15,33:571,1291:-95.8988,-59.3057,-162.531,0,-60.9176,-97.8134 dDocent_Contig_5186 38 . A G 843.305 . AB=0.264706;ABP=68.4099;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1754;QR=8226;RO=213;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=465.534;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=213;SRP=465.534;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:100,36:100:3848:36:1408:-86.0295,0,-305.44 0/0:122:113,9:113:4378:9:346:0,-5.22945,-362.527 dDocent_Contig_5187 64 . T A 3869.93 . AB=0.813953;ABP=150.266;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.6571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985714;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4912;QR=1135;RO=32;RPL=140;RPP=307.016;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:18,58:18:635:58:2044:-161.346,0,-34.599 0/1:96:14,82:14:500:82:2868:-229.346,0,-16.4369 dDocent_Contig_5188 7 . T G 26654 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=934;CIGAR=1X;DP=972;DPB=972;DPRA=0;EPP=2031.17;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30074;QR=450;RO=33;RPL=0;RPP=2031.17;RPPR=74.6689;RPR=934;RUN=1;SAF=934;SAP=2031.17;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:407:13,392:13:165:392:12453:-1105.52,-107.226,0 1/1:565:20,542:20:285:542:17621:-1559.58,-143.525,0 dDocent_Contig_5189 7 . T C 30093.2 . 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AB=0.504732;ABP=3.07195;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=160;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=350.446;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.79375;PAIREDR=0.993548;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6226;QR=6005;RO=155;RPL=0;RPP=350.446;RPPR=339.589;RPR=160;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:150:82,66:82:3166:66:2570:-186.532,0,-240.123 0/1:167:73,94:73:2839:94:3656:-278.85,0,-205.381 dDocent_Contig_5191 1 . N G 146.002 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:158:-14.5999,-1.20412,0 dDocent_Contig_5192 1 . N G 71.2143 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:75:-7.12034,-0.60206,0 dDocent_Contig_5193 27 . T A 1686.15 . AB=0.350785;ABP=39.9481;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970149;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2547;QR=4774;RO=124;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=272.273;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:76,43:76:2923:43:1635:-111.593,0,-227.394 0/1:72:48,24:48:1851:24:912:-60.7205,0,-145.157 dDocent_Contig_5195 7 . T C 121.306 . AB=0.135802;ABP=96.33;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0.80198;EPP=26.8965;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=6511;RO=171;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=374.332;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:101:101,0:101:3827:0:0:0,-30.404,-344.548 0/1:81:70,11:70:2684:11:424:-14.1306,0,-217.363 dDocent_Contig_5196 15 . G C 613.066 . AB=0.176166;ABP=178.81;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=685;DPB=685;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=1334.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998369;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2843;QR=24091;RO=613;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=1334.12;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=613;SRP=1334.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:492:454,38:454:17839:38:1497:0,-13.1307,-1469.23 0/1:193:159,34:159:6252:34:1346:-63.3066,0,-504.368 dDocent_Contig_5197 172 . G T 2022.34 . AB=0.211111;ABP=329.214;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=450;DPB=450;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=771.712;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989474;PAIREDR=0.991525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3790;QR=14018;RO=354;RPL=95;RPP=209.3;RPPR=771.712;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=209.3;SAR=95;SRF=0;SRP=771.712;SRR=354;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:224:158,66:158:6219:66:2638:-170.116,0,-492.032 0/1:226:196,29:196:7799:29:1152:-35.8168,0,-633.367 dDocent_Contig_5198 8 . A C 1049.47 . 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AB=0.307601;ABP=273.738;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=259;CIGAR=1X;DP=842;DPB=842;DPRA=0;EPP=565.422;EPPR=1266.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10267;QR=23100;RO=582;RPL=259;RPP=565.422;RPPR=1266.81;RPR=0;RUN=1;SAF=259;SAP=565.422;SAR=0;SRF=582;SRP=1266.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:467:313,153:313:12378:153:6039:-402.652,0,-972.504 0/1:375:269,106:269:10722:106:4228:-267.596,0,-851.378 dDocent_Contig_5202 98 . N G 1000.18 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.025641;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1102;QR=0;RO=0;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0,18:0:0:18:460:-41.6467,-5.41854,0 1/1:21:0,21:0:0:21:642:-58.0701,-6.32163,0 dDocent_Contig_5204 98 . N A 287.884 . 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AB=0.230769;ABP=27.5646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=369;QR=1184;RO=30;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=68.1545;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:650:4:164:-9.1293,0,-52.8129 0/1:19:14,5:14:534:5:205:-13.1154,0,-42.6731 dDocent_Contig_5208 30 . C A 1091.77 . AB=0.448276;ABP=5.03202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X2M1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.729167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1538;QR=1911;RO=48;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=107.241;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:28,13:28:1112:13:509:-33.815,0,-88.0248 0|1:46:20,26:20:799:26:1029:-79.0607,0,-58.3796 dDocent_Contig_5209 105 . N G 579.249 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=3X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:206:-18.8768,-1.80618,0 1|1:13:0,13:0:0:13:427:-38.7471,-3.91339,0 dDocent_Contig_5210 34 . T C 73.5915 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=89.2702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.517241;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=2314;RO=58;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=128.956;RPR=6;RUN=1;SAF=4;SAP=4.45795;SAR=2;SRF=53;SRP=89.2702;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:883:5:187:-9.05812,0,-71.6515 0/0:37:36,1:36:1431:1:41:0,-7.04354,-124.951 dDocent_Contig_5211 35 . G A 2518.8 . AB=0.322368;ABP=86.3263;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989796;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3852;QR=7910;RO=206;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=450.334;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:130:80,50:80:3099:50:1955:-137.021,0,-239.893 0/1:174:126,48:126:4811:48:1897:-118.559,0,-380.597 dDocent_Contig_5212 81 . T C 280.977 . AB=0.333333;ABP=13.1438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=1.2;EPP=33.4109;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=2182;RO=63;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:28,14:28:970:14:468:-29.7967,0,-74.9704 0/0:35:35,0:35:1212:0:0:0,-10.536,-109.386 dDocent_Contig_5213 13 . A C 114.476 . AB=0.133333;ABP=90.593;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=2.67857;EPP=24.725;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8817;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.903226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=3681;RO=93;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=204.957;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:65,10:65:2573:10:393:-13.1466,0,-209.131 0/0:28:28,0:28:1108:0:0:0,-8.42884,-99.9666 dDocent_Contig_5214 21 . C T 789.744 . AB=0.298077;ABP=39.8418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1259;QR=2944;RO=73;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=161.528;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:39,15:39:1573:15:612:-39.1615,0,-125.548 0/1:50:34,16:34:1371:16:647:-43.5118,0,-108.592 dDocent_Contig_5215 12 . C T 308.978 . AB=0.342105;ABP=11.239;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.65217;EPP=31.2394;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=1939;RO=48;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=107.241;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:931:0:0:0,-6.92369,-84.0922 0/1:38:25,13:25:1008:13:489:-32.8978,0,-79.5734 dDocent_Contig_5217 28 . T C 31.905 . AB=0.114286;ABP=93.4676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.973913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=339;QR=4541;RO=115;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=252.73;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:70:62,8:62:2446:8:301:-4.88919,0,-199.221 0|0:55:53,1:53:2095:1:38:0,-12.9886,-185.067 dDocent_Contig_5219 128 . N G 111.882 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:120:-11.1877,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5220 17 . G A 8291.9 . AB=0.28885;ABP=444.094;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=329;CIGAR=1X;DP=1139;DPB=1139;DPRA=0;EPP=717.425;EPPR=1761.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13070;QR=32022;RO=810;RPL=0;RPP=717.425;RPPR=1761.9;RPR=329;RUN=1;SAF=329;SAP=717.425;SAR=0;SRF=810;SRP=1761.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:517:329,188:329:12952:188:7481:-517.282,0,-1009.14 0/1:622:481,141:481:19070:141:5589:-315.607,0,-1527.53 dDocent_Contig_5221 9 . C T 70.71 . AB=0.121622;ABP=95.0338;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=616;QR=7080;RO=186;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=406.904;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:65,9:65:2502:9:341:-8.76997,0,-203.104 0/0:128:121,7:121:4578:7:275:0,-13.4126,-386.949 dDocent_Contig_5222 46 . T G 58.1174 . AB=0.106557;ABP=167.045;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=4410;RO=109;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=239.701;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:50,5:50:2021:5:198:-1.63985,0,-165.516 0/1:67:59,8:59:2389:8:306:-7.72603,0,-194.982 dDocent_Contig_5223 146 . A G 167.586 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M2D13M;DP=39;DPB=36.8824;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=21;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=810;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:10,0,14:10:391:0,14:0,325:-18.448,-21.4583,-53.6843,0,-32.5382,-28.3237 0|1:15:11,3,1:11:419:3,1:63,21:-0.647466,0,-33.6489,-2.6392,-33.2491,-36.8639 dDocent_Contig_5224 27 . G A 30810 . AB=0.585249;ABP=68.9116;AC=4;AF=1;AN=4;AO=611;CIGAR=1X3M;DP=1044;DPB=1044;DPRA=0;EPP=1329.78;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24201;QR=1734;RO=45;RPL=0;RPP=1329.78;RPPR=100.727;RPR=611;RUN=1;SAF=611;SAP=1329.78;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:517:23,226,266:23:886:226,266:8907,10486:-1515.78,-789.928,-794.641,-660.047,0,-652.719 1|1:527:22,159,345:22:848:159,345:6272,13715:-1568.92,-1059.52,-1081.28,-446.403,0,-412.175 dDocent_Contig_5225 7 . T G 35344.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1241;CIGAR=1X;DP=1291;DPB=1291;DPRA=0;EPP=2697.81;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39873;QR=588;RO=42;RPL=0;RPP=2697.81;RPPR=94.2121;RPR=1241;RUN=1;SAF=1241;SAP=2697.81;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:591:18,572:18:257:572:18576:-1647.98,-154.447,0 1/1:700:24,669:24:331:669:21297:-1886.15,-178.838,0 dDocent_Contig_5226 21 . G C 343.566 . AB=0.0897436;ABP=117.04;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1M2I11M1X1M;DP=78;DPB=81.7857;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=59.4099;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=58.5714;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1401;RO=37;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=83.3548;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=34;SRP=59.4099;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:16,10,0,1:16:619:10,0,1:367,0,23:-25.2563,0,-47.9433,-30.0728,-50.9536,-80.9419,-28.3139,-49.193,-79.1786,-78.8776 0|1:49:21,7,8,6:21:782:7,8,6:228,239,218:-12.7444,-0.670701,-62.5928,0,-45.6354,-61.6162,-1.25387,-46.896,-46.2214,-63.4815 dDocent_Contig_5227 35 . T G 3627.35 . AB=0.486056;ABP=3.43421;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=394;DPB=394;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=574.108;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.908745;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5218;QR=10595;RO=263;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=574.108;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=263;SRP=574.108;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:251:128,122:128:5150:122:4891:-364.434,0,-387.71 0/0:143:135,8:135:5445:8:327:0,-13.2472,-460.066 dDocent_Contig_5228 86 . C T 137.115 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.869565;EPP=16.0391;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.621622;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1388;RO=37;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:514:6:234:-15.4105,0,-40.5748 0/0:23:23,0:23:874:0:0:0,-6.92369,-78.9804 dDocent_Contig_5230 27 . T G 11102.2 . AB=0.834906;ABP=209.546;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=351;CIGAR=1X;DP=399;DPB=399;DPRA=0;EPP=765.197;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13575;QR=1906;RO=48;RPL=0;RPP=765.197;RPPR=107.241;RPR=351;RUN=1;SAF=351;SAP=765.197;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:212:35,177:35:1403:177:6816:-549.432,0,-62.7063 1/1:187:13,174:13:503:174:6759:-562.491,-10.6874,0 dDocent_Contig_5231 41 . C T 90.564 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.5;MQMR=59.5882;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=1223;RO=34;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=76.8404;RPR=8;RUN=1;SAF=1;SAP=12.7819;SAR=7;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:434:3:106:-5.02154,0,-34.8571 0/1:27:22,5:22:789:5:174:-7.73363,0,-63.2041 dDocent_Contig_5232 98 . N C 128.53 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 dDocent_Contig_5234 90 . G T 283.003 . AB=0.40625;ABP=5.45321;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=455;QR=697;RO=19;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:7,7:7:259:7:237:-17.4449,0,-19.4517 0/1:18:12,6:12:438:6:218:-14.5544,0,-34.3451 dDocent_Contig_5235 22 . A C 1016.37 . AB=0.123119;ABP=904.872;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=731;DPB=731;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=1392.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.989062;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3612;QR=25492;RO=640;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=1392.75;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=640;SRP=1392.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:417:376,40:376:14943:40:1609:-19.3984,0,-1218.08 0/1:314:264,50:264:10549:50:2003:-85.9375,0,-854.185 dDocent_Contig_5237 119 . T C 91.329 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.30769;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=2032;RO=54;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:1039:6:230:-10.8319,0,-83.5775 0/0:26:26,0:26:993:0:0:0,-7.82678,-89.6797 dDocent_Contig_5239 43 . G A 255.643 . AB=0.266667;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0.681818;EPP=29.068;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=453;QR=3819;RO=99;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=217.986;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:66,0:66:2542:0:0:0,-19.868,-228.966 0/1:45:33,12:33:1277:12:453:-27.5643,0,-101.665 dDocent_Contig_5240 143 . A C 76.6592 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.62963;EPP=11.6962;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1561;RO=40;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=89.8692;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1060:0:0:0,-8.12781,-95.6881 0/1:17:13,4:13:501:4:160:-9.66592,0,-40.3134 dDocent_Contig_5241 81 . C A 98.0456 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=861;RO=24;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:465:3:108:-5.25869,0,-37.3718 0/1:15:11,4:11:396:4:138:-8.24472,0,-31.4673 dDocent_Contig_5242 201 . T C 399.923 . AB=0.263158;ABP=40.0396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=716;QR=2042;RO=56;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:28,17:28:1019:17:610:-41.6835,0,-78.477 0/1:31:28,3:28:1023:3:106:-0.557082,0,-83.0522 dDocent_Contig_5243 7 . T C 3301.51 . AB=0.0758929;ABP=352.966;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.235294;PAIREDR=0.793651;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=652;QR=2423;RO=63;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=139.813;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:134:34,15,68,8,9:34:1303:15,68,8,9:579,2605,311,351:-203.5,-166.183,-268.61,0,-59.3928,-86.4768,-192.529,-251.918,-85.7426,-297.062,-184.881,-244.272,-78.092,-270.616,-289.115 0|1:90:29,3,44,0,8:29:1120:3,44,0,8:117,1695,0,301:-130.35,-129.462,-220.546,0,-82.3725,-78.7452,-139.08,-221.449,-91.9905,-231.067,-114.418,-196.788,-67.3298,-206.406,-203.997 dDocent_Contig_5244 16 . T C 12957.4 . AB=0.306642;ABP=526.171;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=494;CIGAR=1X;DP=1611;DPB=1611;DPRA=0;EPP=1075.72;EPPR=2426.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19842;QR=44669;RO=1116;RPL=0;RPP=1075.72;RPPR=2426.37;RPR=494;RUN=1;SAF=494;SAP=1075.72;SAR=0;SRF=1116;SRP=2426.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:843:542,300:542:21646:300:12040:-828.9,0,-1692.46 0/1:768:574,194:574:23023:194:7802:-470.542,0,-1838.83 dDocent_Contig_5245 70 . C T 2913.53 . AB=0.0519481;ABP=137.275;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X7M1X4M;DP=208;DPB=218;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=3171;RO=86;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:131:44,0,77,8:44:1622:0,77,8:0,2958,319:-229.565,-242.81,-375.443,0,-132.644,-109.465,-216.537,-349.17,-106.367,-346.762 0|0:77:42,4,26,3:42:1549:4,26,3:137,956,122:-65.4877,-67.0127,-192.483,0,-115.557,-118.849,-68.0641,-183.623,-116.61,-193.84 dDocent_Contig_5246 8 . A G 380.902 . AB=0.2375;ABP=50.8913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.157895;PAIREDR=0.47541;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=724;QR=2397;RO=61;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=135.47;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:892:6:229:-12.2454,0,-71.8681 0/1:51:38,13:38:1505:13:495:-29.5437,0,-120.353 dDocent_Contig_5247 11 . T G 168.803 . AB=0.152941;ABP=91.9385;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=150.791;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5556;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=505;QR=2859;RO=72;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=159.356;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=71;SRP=150.791;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:38,8:38:1500:8:325:-15.7723,0,-121.395 0/1:39:34,5:34:1359:5:180:-4.80663,0,-109.972 dDocent_Contig_5248 11 . T C 4469.03 . AB=0.624434;ABP=32.7329;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=138;CIGAR=1X4M;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=302.673;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.992754;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5460;QR=1327;RO=34;RPL=0;RPP=302.673;RPPR=76.8404;RPR=138;RUN=1;SAF=138;SAP=302.673;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:20,15,8,66:20:789:15,8,66:580,320,2629:-210.462,-168.85,-229.252,-190.124,-207.409,-252.634,0,-17.2885,-38.5598,-45.0525 1|1:112:14,7,17,72:14:538:7,17,72:273,676,2831:-240.139,-221.916,-263.968,-188.695,-210.417,-227.737,-11.5055,-33.2248,0,-33.9881 dDocent_Contig_5249 78 . A G 634.07 . AB=0.0967742;ABP=46.79;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1D1M1X9M;DP=60;DPB=57.8462;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=1182;RO=32;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:16,3,12:16:590:3,12:116,424:-29.6769,-24.9585,-72.3156,0,-38.7053,-44.624 0|0:29:16,0,13:16:592:0,13:0,509:-37.429,-42.2455,-90.6642,0,-48.8003,-44.8869 dDocent_Contig_5250 143 . T C 116.996 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.5;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1745;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:948:6:245:-13.3986,0,-76.5907 0/0:20:20,0:20:797:0:0:0,-6.0206,-72.0463 dDocent_Contig_5251 15 . G A 2898.08 . AB=0.451754;ABP=7.61992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.12;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980583;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4019;QR=4968;RO=125;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=274.444;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:70,38:70:2779:38:1477:-100.68,0,-215.854 0/1:120:55,65:55:2189:65:2542:-192.826,0,-161.01 dDocent_Contig_5252 16 . T A 257.445 . AB=0.305556;ABP=14.8328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=2X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=904;RO=23;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=52.9542;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:13,4,0:13:516:4,0:158,0:-9.48314,0,-41.6709,-13.3965,-42.875,-55.8765 0|1:19:10,7,2:10:388:7,2:279,81:-19.9603,0,-29.7567,-16.2901,-25.182,-47.5598 dDocent_Contig_5253 40 . T G 327.153 . AB=0.191176;ABP=59.3408;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=4M1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=1652;RO=42;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=94.2121;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:25,6,1,4:25:972:6,1,4:235,41,163:-11.7891,0,-78.0487,-15.9297,-76.4701,-95.4928,-5.86274,-66.4052,-82.3445,-84.5251 0|1:32:17,2,4,9:17:680:2,4,9:79,162,361:-24.6252,-23.2427,-78.6554,-16.3831,-65.8985,-71.1949,0,-49.5143,-42.6555,-53.3055 dDocent_Contig_5254 1 . N G 68.3772 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83664,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5255 24 . A T 687.096 . AB=0.154412;ABP=285.174;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=795;DPB=795;DPRA=0.520076;EPP=94.2121;EPPR=1638.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9416;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998672;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1693;QR=29617;RO=753;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=1638.13;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=753;SRP=1638.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:523:523,0:523:20623:0:0:0,-157.439,-1852.24 0/1:272:230,42:230:8994:42:1693:-70.7096,0,-727.12 dDocent_Contig_5257 50 . G C 76.2231 . AB=0.105263;ABP=183.014;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1M2D2X;DP=273;DPB=266.2;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=545.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996063;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=9959;RO=254;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=554.564;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=253;SRP=545.913;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:140:135,3:135:5274:3:121:0,-30.6658,-463.293 0|1:133:119,14:119:4685:14:548:-9.62231,0,-381.574 dDocent_Contig_5258 73 . G A 223.844 . AB=0.120482;ABP=314.525;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=488;DPB=488;DPRA=1.04184;EPP=68.1545;EPPR=997.545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1097;QR=15201;RO=458;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=997.545;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=458;SRP=997.545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:249:219,30:219:7313:30:1097:-24.0833,0,-583.337 0/0:239:239,0:239:7888:0:0:0,-71.9462,-710.027 dDocent_Contig_5259 45 . G A 291.148 . AB=0.14;ABP=171.864;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=276;DPB=276;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=552.393;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=885;QR=10083;RO=253;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=552.393;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=253;SRP=552.393;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:126:125,1:125:4951:1:41:0,-33.8352,-441.386 0/1:150:128,21:128:5132:21:844:-31.1148,0,-416.595 dDocent_Contig_5260 24 . T G 118.922 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0.869565;EPP=18.2106;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=3170;RO=79;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=174.557;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1860:0:0:0,-13.8474,-167.599 0/1:40:33,7:33:1310:7:284:-13.8922,0,-106.121 dDocent_Contig_5261 86 . G C 418.811 . AB=0.268293;ABP=41.2494;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=774;QR=2130;RO=59;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:862:8:279:-15.8151,0,-68.2668 0/1:50:35,14:35:1268:14:495:-29.7649,0,-99.3009 dDocent_Contig_5262 8 . A G 384.258 . AB=0.234568;ABP=52.5788;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=731;QR=2394;RO=62;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=137.642;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:886:6:234:-12.7012,0,-71.33 0/1:52:39,13:39:1508:13:497:-29.4235,0,-120.339 dDocent_Contig_5263 13 . G T 9176.69 . AB=0.556169;ABP=17.8907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=302;CIGAR=1X;DP=543;DPB=543;DPRA=0;EPP=658.795;EPPR=511.135;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.1026;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0430464;PAIREDR=0.102564;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12044;QR=9396;RO=234;RPL=0;RPP=658.795;RPPR=511.135;RPR=302;RUN=1;SAF=302;SAP=658.795;SAR=0;SRF=234;SRP=511.135;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:285:115,165:115:4645:165:6607:-509.657,0,-331.926 0/1:258:119,137:119:4751:137:5437:-411.711,0,-349.266 dDocent_Contig_5264 133 . A G 673.468 . AB=0.329412;ABP=24.4951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1066;QR=2209;RO=57;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=126.784;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:15,23:15:573:23:880:-68.0715,0,-40.4648 0/1:47:42,5:42:1636:5:186:-2.95059,0,-133.328 dDocent_Contig_5265 11 . G A 348.42 . AB=0.272727;ABP=27.6861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=1558;RO=40;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=89.8692;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:28,7:28:1094:7:285:-15.4881,0,-88.2016 0/1:20:12,8:12:464:8:319:-23.0528,0,-36.0853 dDocent_Contig_5266 45 . G A 841.463 . AB=0.461538;ABP=3.84548;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.742857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1186;QR=1378;RO=35;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=79.0118;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:15,16:15:588:16:641:-48.6938,0,-43.9219 0/1:34:20,14:20:790:14:545:-39.1515,0,-61.1816 dDocent_Contig_5267 159 . C T 185.374 . AB=0.0930997;ABP=1316;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=1661;DPB=1661;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=3281.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5371;QR=58990;RO=1518;RPL=140;RPP=307.016;RPPR=3281.96;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=307.016;SAR=140;SRF=0;SRP=3299.31;SRR=1518;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:913:826,85:826:32032:85:3274:-20.2363,0,-2605.62 0/0:748:692,55:692:26958:55:2097:0,-36.0321,-2235.01 dDocent_Contig_5268 70 . T C 276.464 . AB=0.155556;ABP=142.129;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X7M;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.619048;PAIREDR=0.431193;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=781;QR=4100;RO=109;RPL=9;RPP=3.94093;RPPR=5.42083;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=3.94093;SAR=12;SRF=60;SRP=5.42083;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:38,3,9:38:1438:3,9:116,338:-16.2395,-18.1476,-135.128,0,-108.345,-115.164 0|1:85:71,0,12:71:2662:0,12:0,443:-15.1059,-36.479,-254.542,0,-218.314,-214.702 dDocent_Contig_5270 14 . C A 697.912 . AB=0.55814;ABP=4.27278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X2M;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=947;QR=630;RO=16;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=37.7539;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:7,3,16:7:276:3,16:119,636:-50.2564,-42.5686,-64.3715,0,-12.9095,-17.8889 0|1:17:9,0,8:9:354:0,8:0,311:-23.2338,-25.9431,-55.0641,0,-29.5115,-27.1033 dDocent_Contig_5272 11 . C T 712.06 . AB=0.232394;ABP=91.3372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.848485;PAIREDR=0.899083;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1300;QR=4370;RO=109;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=239.701;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:77,17:77:3086:17:680:-33.2299,0,-249.524 0/1:48:32,16:32:1284:16:620:-41.6751,0,-101.379 dDocent_Contig_5273 134 . A G 1333.56 . AB=0.737705;ABP=32.9481;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1720;QR=634;RO=16;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=37.7539;RPR=45;RUN=1;SAF=0;SAP=100.727;SAR=45;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:402:4:161:-10.6611,0,-32.3246 0/1:47:6,41:6:232:41:1559:-126.394,0,-7.09412 dDocent_Contig_5274 71 . T G 189.904 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=3975;RO=101;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:73,4:73:2859:4:163:0,-8.12088,-242.372 0/1:37:28,9:28:1116:9:353:-20.9904,0,-89.5872 dDocent_Contig_5275 7 . T A 123.113 . AB=0.135802;ABP=96.33;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=499;QR=4651;RO=122;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=267.93;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:52,2:52:1990:2:73:0,-9.32452,-172.408 0/1:81:70,11:70:2661:11:426:-14.3113,0,-215.303 dDocent_Contig_5276 72 . T A 2939.99 . AB=0.787671;ABP=107.955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=2X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3787;QR=987;RO=29;RPL=115;RPP=252.73;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:92:14,76:14:464:76:2484:-196.387,0,-14.6458 0|1:54:15,39:15:523:39:1303:-101.311,0,-31.1393 dDocent_Contig_5277 37 . G A 799.717 . AB=0.176;ABP=230.963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961165;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1759;QR=8231;RO=206;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=450.334;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:91,21:91:3611:21:843:-42.4664,0,-291.304 0/1:138:115,23:115:4620:23:916:-41.2043,0,-374.157 dDocent_Contig_5280 28 . G A 266.472 . AB=0.2;ABP=57.7314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.803571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=2256;RO=56;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=124.613;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1289:9:358:-20.2411,0,-103.926 0/1:29:24,5:24:967:5:205:-10.1051,0,-78.5993 dDocent_Contig_5281 20 . T A 57.2434 . AB=0.0955056;ABP=255.975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=6547;RO=161;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=352.617;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:96,9:96:3908:9:365:-1.60633,0,-320.075 0/1:73:65,8:65:2639:8:325:-7.64444,0,-215.646 dDocent_Contig_5284 7 . T C 204.091 . AB=0.05;ABP=73.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M3X3M1X2M1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0.444444;EPP=7.35324;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=4329;RO=112;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=246.215;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:27,2,10:27:1047:2,10:78,381:-22.1081,-24.2762,-109.701,0,-80.0642,-83.0132 0|0:90:85,0,5:85:3282:0,5:0,202:0,-25.5875,-295.116,-8.99684,-278.918,-277.413 dDocent_Contig_5285 15 . G A 2028.71 . AB=0.237726;ABP=234.236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=832;DPB=832;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=1540.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4843;QR=28427;RO=708;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=1540.41;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=708;SRP=1540.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:445:413,32:413:16559:32:1273:0,-19.1188,-1374.11 0/1:387:295,92:295:11868:92:3570:-204.871,0,-950.751 dDocent_Contig_5286 10 . T G 17856 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=525;CIGAR=1X;DP=554;DPB=554;DPRA=0;EPP=1143.03;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21041;QR=1181;RO=29;RPL=0;RPP=1143.03;RPPR=65.983;RPR=525;RUN=1;SAF=525;SAP=1143.03;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:300:15,285:15:614:285:11429:-972.208,-34.7125,0 1/1:254:14,240:14:567:240:9612:-813.092,-25.0893,0 dDocent_Contig_5287 10 . T C 2248.64 . AB=0.390351;ABP=26.8203;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X3M1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=47.618;MQMR=57.5182;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.449438;PAIREDR=0.846715;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3518;QR=5412;RO=137;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=300.502;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:107:64,43:64:2519:43:1693:-115.051,0,-194.652 0|1:121:73,46:73:2893:46:1825:-113.512,0,-219.972 dDocent_Contig_5289 79 . A G 776.633 . AB=0.088968;ABP=415.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=3M1X1M;DP=663;DPB=650;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=1238.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=20503;RO=569;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=1238.58;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=569;SRP=1238.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:382:364,15,1:364:13136:15,1:512,15:0,-67.9355,-1135.61,-108.536,-1139.08,-1180.32 0|0:281:205,50,25:205:7367:50,25:1739,907:-79.6633,0,-585.928,-67.3099,-526.92,-660.774 dDocent_Contig_5290 111 . G C 174.346 . AB=0.235294;ABP=23.7032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.538462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=1037;RO=26;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:12,1:12:477:1:41:-0.181177,0,-39.3672 0/1:21:14,7:14:560:7:282:-19.4313,0,-44.4206 dDocent_Contig_5291 30 . C T 95.7524 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.6875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1255;RO=32;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=72.4974;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:711:5:198:-11.2734,0,-57.3973 0/0:15:14,1:14:544:1:41:0,-0.420883,-45.205 dDocent_Contig_5292 7 . T A 8521.01 . AB=0.398252;ABP=75.0376;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=801;DPB=801;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=1045.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12190;QR=18405;RO=480;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=1045.32;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=480;SRP=1045.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:395:218,176:218:8365:176:6744:-487.98,0,-633.748 0/1:406:262,143:262:10040:143:5446:-367.819,0,-780.937 dDocent_Contig_5293 17 . T A 410.134 . AB=0.288136;ABP=26.0132;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=1684;RO=42;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=94.2121;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:16,9:16:637:9:361:-25.3278,0,-50.1393 0/1:34:26,8:26:1047:8:325:-19.3846,0,-84.2827 dDocent_Contig_5294 25 . T C 1603.33 . AB=0.326203;ABP=52.0716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2442;QR=5032;RO=126;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=276.616;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:86,32:86:3430:32:1281:-80.033,0,-273.225 0/1:69:40,29:40:1602:29:1161:-83.9985,0,-123.639 dDocent_Contig_5295 107 . N T 590.13 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:433:-39.2868,-3.91339,0 1/1:6:0,6:0:0:6:212:-19.4251,-1.80618,0 dDocent_Contig_5296 19 . C T 551.68 . AB=0.237624;ABP=63.403;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=1.27848;EPP=55.1256;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=964;QR=6187;RO=154;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=337.417;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:75,24:75:3027:24:964:-56.867,0,-242.308 0/0:79:79,0:79:3160:0:0:0,-23.7814,-284.468 dDocent_Contig_5297 24 . A G 941.975 . AB=0.256757;ABP=41.0404;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X2M1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=958;RO=24;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=55.1256;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:11,11,9:11:438:11,9:435,363:-32.4827,0,-32.7516,-5.86881,-6.139,-39.2267 0|0:43:13,8,22:13:520:8,22:322,845:-65.4138,-42.7839,-83.2153,0,-16.2928,-36.2095 dDocent_Contig_5298 14 . G A 1270.85 . AB=0.586667;ABP=7.90335;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.681818;PAIREDR=0.645161;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1697;QR=1194;RO=31;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=70.3259;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:17,25:17:643:25:965:-74.5067,0,-45.551 0/1:33:14,19:14:551:19:732:-56.2769,0,-40.0002 dDocent_Contig_5299 16 . G C 54624.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1575;CIGAR=1X;DP=1638;DPB=1638;DPRA=0;EPP=3423.08;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63185;QR=2423;RO=62;RPL=0;RPP=3423.08;RPPR=137.642;RPR=1575;RUN=1;SAF=1575;SAP=3423.08;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:859:15,844:15:569:844:33794:-2986.76,-207.045,0 1/1:779:47,731:47:1854:731:29391:-2475.39,-67.4446,0 dDocent_Contig_5302 92 . C A 1467.15 . AB=0.396341;ABP=18.3165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.676923;PAIREDR=0.616162;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2213;QR=3400;RO=99;RPL=38;RPP=7.05258;RPPR=10.9285;RPR=27;RUN=1;SAF=38;SAP=7.05258;SAR=27;SRF=59;SRP=10.9285;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:51,23:51:1733:23:793:-49.4117,0,-133.978 0/1:90:48,42:48:1667:42:1420:-101.003,0,-123.228 dDocent_Contig_5303 44 . A T 40.0127 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1.14286;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=1043;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:552:0:0:0,-4.21442,-50.0248 0/1:16:13,3:13:491:3:116:-6.00122,0,-39.7141 dDocent_Contig_5305 63 . T C 586.9 . AB=0.3;ABP=30.8051;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.708333;PAIREDR=0.910714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=953;QR=2234;RO=56;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:14,10:14:535:10:404:-29.4953,0,-41.2612 0/1:56:42,14:42:1699:14:549:-32.8936,0,-136.27 dDocent_Contig_5306 26 . G A 333.844 . AB=0.207792;ABP=60.1172;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0.819149;EPP=37.7539;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993548;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=647;QR=6162;RO=155;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=339.589;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:94:94,0:94:3742:0:0:0,-28.2968,-336.795 0/1:77:61,16:61:2420:16:647:-35.3844,0,-194.774 dDocent_Contig_5307 98 . N G 97.967 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5309 27 . T G 180.039 . AB=0.166667;ABP=72.4974;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=3942;RO=102;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=224.5;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:60,12:60:2328:12:456:-19.7028,0,-188.036 0/0:44:42,2:42:1614:2:75:0,-6.12652,-138.398 dDocent_Contig_5310 9 . A T 57.8072 . AB=0.110169;ABP=158.767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.771429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=4044;RO=105;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=231.015;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:59,7:59:2269:7:271:-4.88833,0,-184.557 0/1:52:46,6:46:1775:6:221:-4.59052,0,-144.351 dDocent_Contig_5311 35 . G A 451.844 . AB=0.258065;ABP=34.5317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X4M1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=618;QR=1369;RO=36;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=81.1833;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:14,5,2:14:529:5,2:192,82:-11.5397,0,-41.8348,-8.97853,-36.5679,-51.7276 0|1:40:22,4,14:22:840:4,14:160,536:-37.3437,-30.7828,-98.4891,0,-55.7132,-64.6813 dDocent_Contig_5312 28 . G T 138.568 . AB=0.113095;ABP=221.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=749;QR=5942;RO=149;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=326.56;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:104,11:104:4161:11:432:-4.61438,0,-339.834 0/1:53:45,8:45:1781:8:317:-12.9409,0,-144.552 dDocent_Contig_5313 10 . G A 239.555 . AB=0.268293;ABP=22.1298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=1191;RO=30;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=68.1545;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:717:3:122:-5.05086,0,-58.5335 0/1:20:12,8:12:474:8:314:-22.6034,0,-36.9851 dDocent_Contig_5315 69 . G A 324.008 . AB=0.0864865;ABP=277.778;AC=0;AF=0;AN=4;AO=35;CIGAR=3M1X3M2X2M;DP=412;DPB=378.455;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=680.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1127;QR=10685;RO=312;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=680.51;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=312;SRP=680.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:227:177,19,14:177:6076:19,14:635,458:0,-1.86354,-489.523,-16.2915,-458.256,-505.45 0|0:185:135,16,29:135:4609:16,29:492,931:-34.4008,-35.5868,-404.82,0,-334.617,-365.337 dDocent_Contig_5317 76 . T C 8721.68 . AB=0.807018;ABP=283.016;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=276;CIGAR=1X;DP=342;DPB=342;DPRA=0;EPP=602.337;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10879;QR=2548;RO=66;RPL=276;RPP=602.337;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=276;SAP=602.337;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:274:32,242:32:1271:242:9545:-776.014,0,-32.18 0/1:68:34,34:34:1277:34:1334:-99.8538,0,-94.7216 dDocent_Contig_5318 36 . G A 4745.9 . AB=0.281027;ABP=294.963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=701;DPB=701;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=1095.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7659;QR=19675;RO=503;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=1095.26;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=503;SRP=1095.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:347:231,116:231:8983:116:4509:-301.337,0,-703.553 0/1:354:272,81:272:10692:81:3150:-176.952,0,-854.993 dDocent_Contig_5319 193 . C G 111.829 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4655;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.87931;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=302;QR=2291;RO=58;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:29,1:29:1136:1:39:0,-5.13434,-98.6249 0/1:36:29,7:29:1155:7:263:-13.1829,0,-92.2895 dDocent_Contig_5320 107 . N T 197.111 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:173:-15.9102,-1.50515,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_5321 70 . T G 11293.4 . AB=0.64716;ABP=112.298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=376;CIGAR=1X;DP=581;DPB=581;DPRA=0;EPP=819.484;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99734;PAIREDR=0.990196;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14540;QR=7862;RO=204;RPL=376;RPP=819.484;RPPR=445.991;RPR=0;RUN=1;SAF=376;SAP=819.484;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:348:125,223:125:4839:223:8614:-670.092,0,-330.713 0/1:233:79,153:79:3023:153:5926:-462.947,0,-201.962 dDocent_Contig_5322 106 . N C 178.707 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:195:-17.8707,-1.80618,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5323 81 . G T 327.147 . AB=0.285714;ABP=25.3454;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.347826;PAIREDR=0.434426;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=4235;RO=122;RPL=15;RPP=7.63648;RPPR=37.4691;RPR=8;RUN=1;SAF=15;SAP=7.63648;SAR=8;SRF=83;SRP=37.4691;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:40,16:40:1401:16:566:-34.4137,0,-109.529 0/0:89:82,7:82:2834:7:222:0,-6.50367,-235.013 dDocent_Contig_5325 24 . C A 30.2098 . AB=0.096;ABP=180.22;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0.730994;EPP=29.068;EPPR=617.537;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=11282;RO=283;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=617.537;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=283;SRP=617.537;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:171:170,0:170:6774:0:0:0,-51.1751,-608.964 0/1:125:113,12:113:4508:12:470:-5.02057,0,-368.027 dDocent_Contig_5326 18 . T C 1124.89 . AB=0.232673;ABP=128.397;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X1M;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.6357;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1878;QR=5153;RO=129;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=283.13;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:117:87,0,11,18:87:3489:0,11,18:0,436,701:-31.6058,-57.7955,-345.36,-55.8243,-343.305,-339.994,0,-287.761,-285.712,-282.343 0|1:85:42,5,9,29:42:1664:5,9,29:201,366,1177:-84.5817,-80.6512,-214.683,-95.9591,-214.887,-228.743,0,-119.092,-134.377,-126.932 dDocent_Contig_5327 60 . T A 46.322 . AB=0.1;ABP=128.087;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.469136;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=3237;RO=81;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:57,5:57:2281:5:204:-0.0801727,0,-186.793 0/1:28:24,4:24:956:4:163:-6.62959,0,-77.9121 dDocent_Contig_5328 98 . N G 154.51 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:168:-15.4509,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5329 98 . N G 164.256 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:102:-9.38186,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 dDocent_Contig_5330 7 . T G 23503.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=825;CIGAR=1X;DP=855;DPB=855;DPRA=0;EPP=1794.48;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996364;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26488;QR=366;RO=27;RPL=0;RPP=1794.48;RPPR=61.6401;RPR=825;RUN=1;SAF=825;SAP=1794.48;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:416:14,400:14:170:400:12804:-1136.65,-109.317,0 1/1:439:13,425:13:196:425:13684:-1213.45,-114.174,0 dDocent_Contig_5331 55 . A G 202.345 . AB=0.275;ABP=20.5992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=1052;RO=29;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:13,6:13:478:6:205:-13.063,0,-37.6422 0/1:21:16,5:16:574:5:187:-10.8705,0,-45.6672 dDocent_Contig_5332 28 . A G 4145.54 . AB=0.0597826;ABP=312.728;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=2X1M1X;DP=354;DPB=354;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=7622;RO=193;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=422.104;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:184:81,11,91:81:3196:11,91:425,3552:-267.552,-257.03,-516.669,0,-228.048,-235.559 0|0:170:112,0,57:112:4426:0,57:0,2240:-150.7,-184.416,-548.615,0,-364.398,-347.239 dDocent_Contig_5334 39 . A C 50.085 . AB=0.112676;ABP=95.5273;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.827273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=348;QR=4286;RO=110;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=241.872;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:63,8:63:2478:8:308:-6.70746,0,-201.803 0/0:48:47,1:47:1808:1:40:0,-10.4538,-158.942 dDocent_Contig_5335 10 . G T 93.4896 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=2.33333;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1701;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:584:0:0:0,-4.51545,-52.8989 0/1:35:29,6:29:1117:6:239:-11.349,0,-90.2854 dDocent_Contig_5336 10 . G A 1804.47 . AB=0.702381;ABP=32.8939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.2542;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.915254;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2326;QR=992;RO=25;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=57.2971;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:16,26:16:633:26:1021:-79.0677,0,-44.6624 0/1:42:9,33:9:359:33:1305:-105.078,0,-20.0293 dDocent_Contig_5337 118 . C A 1891.02 . AB=0.741176;ABP=45.9544;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2420;QR=850;RO=22;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=50.7827;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:7,36:7:269:36:1381:-111.626,0,-11.6302 0/1:42:15,27:15:581:27:1039:-81.1749,0,-39.9895 dDocent_Contig_5338 14 . C A 286.242 . AB=0.173913;ABP=87.981;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.934211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=3011;RO=76;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=168.042;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:42,13:42:1661:13:517:-30.3201,0,-133.153 0/1:37:34,3:34:1350:3:121:-0.141876,0,-110.623 dDocent_Contig_5340 7 . T A 18510.6 . AB=0.749652;ABP=392.247;AC=4;AF=1;AN=4;AO=539;CIGAR=1X3M;DP=719;DPB=719;DPRA=0;EPP=1173.43;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=59.833;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.209647;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20525;QR=1462;RO=38;RPL=0;RPP=1173.43;RPPR=85.5263;RPR=539;RUN=1;SAF=539;SAP=1173.43;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:365:20,55,4,286:20:770:55,4,286:2089,152,10919:-975.402,-832.532,-879.199,-968.957,-883.29,-1030.98,-85.6279,0,-136.396,-62.7684 1|1:354:18,56,18,253:18:692:56,18,253:2147,688,9606:-879.357,-730.872,-770.826,-828.322,-731.23,-879.715,-97.0719,0,-97.4306,-77.7291 dDocent_Contig_5343 11 . C A 6743.46 . AB=0.702265;ABP=112.814;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=217;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=474.22;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990783;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8568;QR=3647;RO=92;RPL=0;RPP=474.22;RPPR=202.786;RPR=217;RUN=1;SAF=217;SAP=474.22;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:41,112:41:1637:112:4427:-352.334,0,-101.502 0/1:156:51,105:51:2010:105:4141:-325.711,0,-134.129 dDocent_Contig_5344 16 . G A 379.816 . AB=0.114198;ABP=421.89;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=536;DPB=536;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=1054;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1643;QR=19361;RO=484;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=1054;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=484;SRP=1054;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:324:277,37:277:11083:37:1493:-39.6806,0,-901.764 0/0:212:207,4:207:8278:4:150:0,-50.0601,-730.659 dDocent_Contig_5345 30 . G A 419.315 . AB=0.303571;ABP=21.778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=1560;RO=39;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=87.6977;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:645:2:81:-2.26719,0,-52.9638 0/1:38:23,15:23:915:15:604:-43.2594,0,-71.2148 dDocent_Contig_5346 107 . N A 67.4314 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5347 50 . C T 192.334 . AB=0.236842;ABP=25.8679;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.72727;EPP=22.5536;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=1952;RO=51;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:789:0:0:0,-6.62266,-71.2986 0/1:38:29,9:29:1163:9:359:-21.2334,0,-93.5101 dDocent_Contig_5348 30 . A T 17680.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=34;CIGAR=2X4M;DP=736;DPB=736;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.0294118;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1222;QR=714;RO=18;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=42.0968;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:440:11,19,6,28,337,28:11:435:19,6,28,337,28:729,134,1097,12050,1000:-1024.2,-968.427,-998.507,-1018.52,-995.233,-1052.51,-938.71,-915.427,-965.517,-966.082,-65.6431,-42.3592,-92.4606,-12.6381,0,-945.993,-922.71,-972.8,-892.994,-19.9299,-973.365 1|1:296:7,16,15,5,245,6:7:279:16,15,5,245,6:581,411,201,8766,222:-743.573,-699.424,-717.585,-715.592,-692.313,-734.054,-729.136,-705.856,-722.025,-750.608,-50.7657,-27.4858,-43.6906,-57.201,0,-727.523,-704.244,-720.412,-733.956,-55.5901,-748.694 dDocent_Contig_5349 73 . G T 4704.71 . AB=0.766055;ABP=137.044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=167;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=365.646;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5993;QR=1788;RO=51;RPL=167;RPP=365.646;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=167;SAP=365.646;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:36,108:36:1251:108:3868:-304.942,0,-69.534 0/1:74:15,59:15:537:59:2125:-169.229,0,-26.3886 dDocent_Contig_5351 57 . C A 1282.03 . AB=0.260664;ABP=107.992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2165;QR=6149;RO=156;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=341.76;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:86,22:86:3378:22:863:-45.4661,0,-271.562 0/1:103:70,33:70:2771:33:1302:-86.4362,0,-218.515 dDocent_Contig_5352 59 . A C 800.449 . AB=0.308411;ABP=37.1247;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.424242;PAIREDR=0.567568;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1281;QR=2754;RO=74;RPL=22;RPP=10.9724;RPPR=3.47981;RPR=11;RUN=1;SAF=22;SAP=10.9724;SAR=11;SRF=39;SRP=3.47981;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:38,12:38:1408:12:466:-27.2355,0,-111.934 0/1:57:36,21:36:1346:21:815:-56.5084,0,-104.251 dDocent_Contig_5353 136 . C T 461.533 . AB=0.269231;ABP=27.0635;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1M5I3M2X2M1X;DP=52;DPB=59.7778;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=853;RO=22;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:13,3,4:13:496:3,4:99,164:-9.66714,-5.61137,-45.3713,0,-32.7327,-39.5222 1|0:32:9,11,12:9:357:11,12:405,476:-40.1851,-9.78987,-35.8654,-3.70284,0,-29.4901 dDocent_Contig_5354 187 . T C 176.482 . AB=0.110048;ABP=279.057;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=337;DPB=337;DPRA=1.63281;EPP=52.9542;EPPR=684.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=914;QR=12358;RO=314;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=684.853;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=684.853;SRR=314;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:128:128,0:128:5002:0:0:0,-38.5318,-450.082 0/1:209:186,23:186:7356:23:914:-19.6482,0,-598.779 dDocent_Contig_5355 177 . G T 1027.78 . AB=0.842105;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=1.52;EPP=72.4974;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1285;QR=1243;RO=31;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:6,32:6:241:32:1285:-104.477,0,-10.627 0/0:25:25,0:25:1002:0:0:0,-7.52575,-90.475 dDocent_Contig_5356 19 . G T 1022.06 . AB=0.472973;ABP=3.47981;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.457143;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1417;QR=1559;RO=39;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=87.6977;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:27,10:27:1082:10:403:-25.4918,0,-86.5277 0/1:37:12,25:12:477:25:1014:-80.4135,0,-32.1408 dDocent_Contig_5358 7 . T G 45037.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1570;CIGAR=1X;DP=1623;DPB=1623;DPRA=0;EPP=3412.22;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.929299;PAIREDR=0.877551;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50728;QR=667;RO=49;RPL=0;RPP=3412.22;RPPR=109.412;RPR=1570;RUN=1;SAF=1570;SAP=3412.22;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:770:24,744:24:316:744:24139:-2143.09,-202.856,0 1/1:853:25,826:25:351:826:26589:-2360.35,-224.633,0 dDocent_Contig_5359 14 . T A 27942.4 . AB=0.792098;ABP=790.789;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=842;CIGAR=3M1X1M;DP=1063;DPB=1081.6;DPRA=0;EPP=1831.39;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.997625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33465;QR=4939;RO=125;RPL=0;RPP=1831.39;RPPR=274.444;RPR=842;RUN=1;SAF=842;SAP=1831.39;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:573:35,60,478:35:1399:60,478:2379,19004:-1634.58,-1449.3,-1546.47,-80.5784,0,-51.9205 0|1:490:90,33,364:90:3540:33,364:1297,14461:-1163.36,-1083.78,-1365.02,0,-184.508,-181.609 dDocent_Contig_5360 7 . T C 7152.84 . AB=0.827957;ABP=89.8925;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=254;DPB=254;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8629;QR=951;RO=25;RPL=0;RPP=498.106;RPPR=57.2971;RPR=228;RUN=1;SAF=228;SAP=498.106;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:161:9,151:9:349:151:5766:-487.133,-16.7833,0 0/1:93:16,77:16:602:77:2863:-229.849,0,-26.5189 dDocent_Contig_5362 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_5363 68 . T A 35547.1 . AB=0.888189;ABP=834.151;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1091;CIGAR=1X;DP=1192;DPB=1192;DPRA=0;EPP=2372.09;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42838;QR=3928;RO=100;RPL=1091;RPP=2372.09;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=1091;SAP=2372.09;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:635:70,564:70:2771:564:22159:-1801.3,0,-58.2526 1/1:557:30,527:30:1157:527:20679:-1755.1,-63.2665,0 dDocent_Contig_5364 52 . C T 79.5016 . 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T A 714.251 . AB=0.0909758;ABP=1983.66;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=124;CIGAR=1X2M1X;DP=1363;DPB=1363;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=2354.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=53.4032;MQMR=59.0665;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.867036;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4730;QR=41293;RO=1083;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=2354.71;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=1083;SRP=2354.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:736:589,62,75:589:22451:62,75:2358,2991:-36.6099,-24.6716,-1844.99,0,-1649.73,-1816.39 0|1:627:494,62,60:494:18842:62,60:2372,2379:-38.5142,0,-1519.6,-28.8835,-1379.91,-1549.05 dDocent_Contig_5369 1 . N G 542.919 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.875;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=10;SAP=5.18177;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:488:-43.082,-3.91339,0 1/1:3:0,3:0:0:3:117:-10.9086,-0.90309,0 dDocent_Contig_5370 1 . N G 221.004 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=4.78696;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23.8182;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0909091;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=378;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=7;SAP=4.78696;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-8.88504,-1.20412,0 1/1:7:0,7:0:0:7:242:-12.9141,-2.10721,0 dDocent_Contig_5371 18 . G C 253.074 . AB=0.125984;ABP=774.567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=1327;DPB=1327;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=2539.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=36.2143;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0194805;PAIREDR=0.982877;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6061;QR=45359;RO=1168;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=2539.29;RPR=154;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=1168;SRP=2539.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:692:615,74:615:23854:74:2889:0,-5.25669,-1942.87 0/1:635:553,80:553:21505:80:3172:-27.3074,0,-1742.96 dDocent_Contig_5372 14 . C T 92.1214 . AB=0.110236;ABP=170.59;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5221;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.831858;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=4568;RO=113;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=248.387;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:61,7:61:2472:7:276:-4.73769,0,-202.139 0/1:59:52,7:52:2096:7:284:-8.17302,0,-169.508 dDocent_Contig_5373 25 . T G 638.03 . AB=0.165939;ABP=224.984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1490;QR=7710;RO=191;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=417.762;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:146,34:146:5885:34:1327:-65.4975,0,-475.228 0/1:49:45,4:45:1825:4:163:-0.307958,0,-149.702 dDocent_Contig_5374 7 . T G 11690.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=416;CIGAR=1X;DP=435;DPB=435;DPRA=0;EPP=906.343;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13239;QR=250;RO=18;RPL=0;RPP=906.343;RPPR=42.0968;RPR=416;RUN=1;SAF=416;SAP=906.343;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:273:9,263:9:115:263:8390:-744.55,-71.5863,0 1/1:162:9,153:9:135:153:4849:-424.2,-36.4671,0 dDocent_Contig_5375 62 . A G 49.5703 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.08333;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1715;RO=46;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:907:0:0:0,-7.22472,-81.9456 0/1:26:22,4:22:808:4:160:-6.95702,0,-65.2089 dDocent_Contig_5376 73 . G A 1448.85 . AB=0.307692;ABP=69.8248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2340;QR=5103;RO=144;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=315.702;RPR=0;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:68,23:68:2399:23:845:-48.9751,0,-188.748 0/1:117:76,41:76:2704:41:1495:-99.6092,0,-208.364 dDocent_Contig_5378 21 . G A 338.574 . AB=0.123596;ABP=331.586;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X1M1X;DP=460;DPB=460;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=908.514;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1674;QR=15821;RO=417;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=908.514;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=417;SRP=908.514;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:267:234,33:234:8863:33:1285:-35.5564,0,-717.04 0|0:193:183,10:183:6958:10:389:0,-22.7327,-590.732 dDocent_Contig_5379 133 . G A 109.921 . AB=0.217391;ABP=34.9215;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=12.6832;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.4545;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=423;QR=2207;RO=62;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=137.642;RPR=11;RUN=1;SAF=9;SAP=12.6832;SAR=2;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:36,10:36:1308:10:386:-12.6911,0,-104.172 0|0:27:26,1:26:899:1:37:0,-4.7288,-77.8201 dDocent_Contig_5380 107 . N A 284.143 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:9:0,9:0:0:9:312:-28.4143,-2.70927,0 dDocent_Contig_5381 29 . A G 1015.42 . AB=0.39;ABP=13.5202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.74359;PAIREDR=0.770492;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1497;QR=2396;RO=61;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=135.47;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:34,16:34:1332:16:619:-40.9745,0,-105.095 0/1:50:27,23:27:1064:23:878:-64.266,0,-81 dDocent_Contig_5382 10 . G T 519.919 . AB=0.395833;ABP=7.5342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X2M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.578947;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=769;QR=1059;RO=27;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=61.6401;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:15,2,8:15:594:2,8:79,327:-22.4791,-20.4963,-68.7755,0,-42.3895,-46.4821 0|1:23:12,0,11:12:465:0,11:0,442:-33.2117,-36.8241,-75.009,0,-38.5795,-35.2681 dDocent_Contig_5383 10 . G A 73.5758 . AB=0.375;ABP=4.09604;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0.888889;EPP=9.52472;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=559;RO=14;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=33.4109;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:5,3:5:202:3:123:-9.05655,0,-16.1533 0/0:9:9,0:9:357:0:0:0,-2.70927,-32.4898 dDocent_Contig_5384 7 . T G 24599.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=885;CIGAR=1X;DP=926;DPB=926;DPRA=0;EPP=1924.76;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99548;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27823;QR=484;RO=36;RPL=0;RPP=1924.76;RPPR=81.1833;RPR=885;RUN=1;SAF=885;SAP=1924.76;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:509:19,486:19:269:486:15284:-1350.87,-127.786,0 1/1:417:17,399:17:215:399:12539:-1108.81,-105.939,0 dDocent_Contig_5385 89 . T A 866.334 . AB=0.210938;ABP=188.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1853;QR=6763;RO=202;RPL=54;RPP=120.27;RPPR=441.648;RPR=0;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:125,29:125:4197:29:988:-42.8701,0,-331.575 0/1:102:77,25:77:2566:25:865:-47.4622,0,-200.489 dDocent_Contig_5386 19 . T A 36413 . AB=0.844428;ABP=1380.67;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1129;CIGAR=1X;DP=1337;DPB=1337;DPRA=0;EPP=2454.6;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45014;QR=8218;RO=207;RPL=0;RPP=2454.6;RPPR=452.505;RPR=1129;RUN=1;SAF=1129;SAP=2454.6;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:752:106,645:106:4210:645:25721:-2086.36,0,-152.621 0/1:585:101,484:101:4008:484:19293:-1558.64,0,-184.591 dDocent_Contig_5387 71 . A G 60.3593 . 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AB=0.590164;ABP=7.31765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1452;QR=1012;RO=25;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=57.2971;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:10,15:10:403:15:604:-47.1702,0,-29.1038 0/1:36:15,21:15:609:21:848:-65.7953,0,-44.3094 dDocent_Contig_5389 15 . G A 41.9569 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.574468;EPP=11.6962;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=2732;RO=69;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=152.842;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:46,0:46:1824:0:0:0,-13.8474,-163.983 0/1:27:23,4:23:908:4:155:-6.19566,0,-73.8958 dDocent_Contig_5390 130 . T C 64.0936 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1443;RO=43;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=96.3836;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:26,2:26:877:2:66:0,-2.22791,-73.0379 0/1:22:17,5:17:566:5:173:-8.40935,0,-44.6314 dDocent_Contig_5392 32 . G A 736.98 . AB=0.104396;ABP=250.415;AC=0;AF=0;AN=4;AO=19;CIGAR=1X2M1X3M;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=748;QR=4353;RO=113;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=248.387;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:68:33,11,5,18:33:1267:11,5,18:431,192,710:-48.4809,-22.9745,-123.654,-42.6553,-111.205,-145.141,0,-68.5492,-88.2307,-98.5729 0|0:114:80,8,8,16:80:3086:8,8,16:317,310,643:-28.9161,-26.9049,-277.892,-27.532,-254.833,-278.517,0,-227.31,-227.935,-248.586 dDocent_Contig_5394 34 . C G 387.089 . AB=0.326531;ABP=15.8176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.848485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=1308;RO=33;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=74.6689;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:667:7:273:-17.7112,0,-53.1348 0/1:25:16,9:16:641:9:354:-24.6967,0,-50.4999 dDocent_Contig_5395 98 . N C 6513.56 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=213;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=465.534;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7229;QR=0;RO=0;RPL=213;RPP=465.534;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=213;SAP=465.534;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:120:0,120:0:0:120:4069:-366.418,-36.1236,0 1/1:93:0,93:0:0:93:3160:-284.637,-27.9958,0 dDocent_Contig_5396 28 . G T 463.479 . AB=0.230769;ABP=60.3038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.238095;PAIREDR=0.565217;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=841;QR=2751;RO=69;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=152.842;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:31,3:31:1224:3:119:-0.859995,0,-100.192 0/1:57:38,18:38:1527:18:722:-48.3324,0,-120.707 dDocent_Contig_5399 18 . G A 14341.9 . AB=0.736334;ABP=304.768;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=458;CIGAR=1X;DP=622;DPB=622;DPRA=0;EPP=997.545;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18068;QR=6369;RO=164;RPL=0;RPP=997.545;RPPR=359.132;RPR=458;RUN=1;SAF=458;SAP=997.545;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:288:62,226:62:2404:226:8883:-712.31,0,-129.821 0/1:334:102,232:102:3965:232:9185:-725.577,0,-256.316 dDocent_Contig_5401 64 . G A 309.431 . AB=0.272727;ABP=27.6861;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=659;QR=5557;RO=152;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=21.525;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=94;SRP=21.525;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:40,15:40:1387:15:543:-32.6421,0,-108.537 0/0:115:112,3:112:4170:3:116:0,-23.8022,-364.546 dDocent_Contig_5402 44 . T G 22789.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=671;CIGAR=1X;DP=688;DPB=688;DPRA=0;EPP=1460.07;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25990;QR=645;RO=17;RPL=0;RPP=1460.07;RPPR=39.9253;RPR=671;RUN=1;SAF=671;SAP=1460.07;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:403:7,396:7:276:396:15259:-1347.09,-96.1063,0 1/1:285:10,275:10:369:275:10731:-931.6,-52.2507,0 dDocent_Contig_5405 13 . C G 473.447 . AB=0.22;ABP=71.1077;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=1.81818;EPP=50.7827;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=876;QR=5302;RO=133;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=291.816;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:78,22:78:3095:22:876:-49.0437,0,-248.526 0/0:55:55,0:55:2207:0:0:0,-16.5566,-198.799 dDocent_Contig_5406 162 . C T 333.93 . AB=0.333333;ABP=13.1438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0.538462;EPP=33.4109;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=530;QR=4171;RO=106;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=233.186;SRR=106;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:78:78,0:78:3055:0:0:0,-23.4803,-275.033 0/1:42:28,14:28:1116:14:530:-35.393,0,-88.0798 dDocent_Contig_5410 80 . G A 4331.39 . AB=0.793814;ABP=148.477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1M2I1M1X;DP=194;DPB=296.667;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.792208;PAIREDR=0.820513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5495;QR=1416;RO=39;RPL=154;RPP=337.417;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:19,89:19:694:89:3195:-255.178,0,-30.1947 0|1:85:20,65:20:722:65:2300:-181.659,0,-39.7199 dDocent_Contig_5412 7 . T C 6098.26 . AB=0.451943;ABP=12.8197;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=221;CIGAR=1X;DP=489;DPB=489;DPRA=0;EPP=482.906;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7602;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.619403;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8453;QR=10241;RO=268;RPL=0;RPP=482.906;RPPR=584.965;RPR=221;RUN=1;SAF=221;SAP=482.906;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:250:159,91:159:6058:91:3451:-235.362,0,-469.91 0/1:239:109,130:109:4183:130:5002:-378.163,0,-304.604 dDocent_Contig_5413 152 . G T 610.735 . AB=0.155303;ABP=275.464;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=550;DPB=550;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=1103.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1620;QR=19981;RO=507;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=1103.95;RPR=42;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=0;SRP=1103.95;SRR=507;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:286:285,1:285:11218:1:38:0,-82.2973,-1005.05 0/1:264:222,41:222:8763:41:1582:-63.0735,0,-708.592 dDocent_Contig_5414 32 . G A 1361.85 . AB=0.112069;ABP=154.639;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=1239;RO=32;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=72.4974;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:11,0,9,20,2:11:415:0,9,20,2:0,352,792,81:-61.8763,-65.1876,-99.1929,-36.2497,-70.2532,-67.5439,0,-34.0019,-5.05839,-27.9813,-58.5078,-92.513,-63.5731,-27.3208,-91.911 0|0:74:21,9,4,12,26:21:824:9,4,12,26:345,160,481,1025:-78.0081,-56.0225,-121.08,-71.1486,-110.609,-137.712,-44.6972,-84.1582,-99.2848,-108.854,0,-39.4621,-54.5882,-28.1361,-59.9427 dDocent_Contig_5415 28 . A T 41.7821 . AB=0.0956522;ABP=166.324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=415.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=7640;RO=190;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=415.59;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=190;SRP=415.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:104,11:104:4164:11:446:-5.87716,0,-340.111 0/0:90:86,4:86:3476:4:162:0,-12.126,-297.898 dDocent_Contig_5417 18 . A T 204.342 . AB=0.28125;ABP=16.3106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.68421;EPP=22.5536;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=1674;RO=42;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=94.2121;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:23,9:23:904:9:349:-22.1332,0,-72.0289 0/0:19:19,0:19:770:0:0:0,-5.71957,-69.6203 dDocent_Contig_5418 119 . G C 3406.89 . AB=0.241144;ABP=430.205;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=213;CIGAR=1X;DP=1278;DPB=1278;DPRA=0;EPP=465.534;EPPR=2313.46;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99812;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7505;QR=37625;RO=1064;RPL=0;RPP=465.534;RPPR=2313.46;RPR=213;RUN=1;SAF=0;SAP=465.534;SAR=213;SRF=0;SRP=2313.46;SRR=1064;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:544:508,36:508:17958:36:1246:0,-51.322,-1503.41 0/1:734:556,177:556:19667:177:6259:-342.689,0,-1548.87 dDocent_Contig_5419 14 . T C 1747.15 . AB=0.644444;ABP=19.3205;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X2M1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982759;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2277;QR=1268;RO=32;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=72.4974;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:15,24:15:603:24:936:-72.8081,0,-42.8698 0|1:51:17,34:17:665:34:1341:-105.606,0,-44.8262 dDocent_Contig_5422 116 . A T 94.9049 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0.795455;EPP=18.2106;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.805556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=2448;RO=72;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=159.356;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1495:0:0:0,-13.2453,-134.842 0/1:35:28,7:28:953:7:241:-11.4905,0,-75.5449 dDocent_Contig_5423 7 . T G 13176.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=468;CIGAR=1X;DP=497;DPB=497;DPRA=0;EPP=1019.26;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15007;QR=366;RO=26;RPL=0;RPP=1019.26;RPPR=59.4686;RPR=468;RUN=1;SAF=468;SAP=1019.26;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:319:17,301:17:217:301:9610:-845.11,-76.2567,0 1/1:178:9,167:9:149:167:5397:-472.243,-39.5262,0 dDocent_Contig_5424 98 . N T 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_5425 7 . T G 11377.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=408;CIGAR=1X;DP=429;DPB=429;DPRA=0;EPP=888.971;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12804;QR=162;RO=14;RPL=0;RPP=888.971;RPPR=33.4109;RPR=408;RUN=1;SAF=408;SAP=888.971;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:210:8,200:8:96:200:6283:-556.706,-54.0782,0 1/1:219:6,208:6:66:208:6521:-580.773,-58.5796,0 dDocent_Contig_5426 7 . T C 3538.56 . AB=0.618557;ABP=26.695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4617;QR=2843;RO=74;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=163.699;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:38,73:38:1456:73:2806:-219.302,0,-97.9032 0/1:83:36,47:36:1387:47:1811:-138.253,0,-100.127 dDocent_Contig_5427 19 . T C 9423.31 . AB=0.295475;ABP=412.49;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=333;CIGAR=2M1X19M;DP=1127;DPB=1113.68;DPRA=0;EPP=726.111;EPPR=1086.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993988;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13310;QR=19662;RO=499;RPL=0;RPP=726.111;RPPR=1086.58;RPR=333;RUN=1;SAF=333;SAP=726.111;SAR=0;SRF=499;SRP=1086.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:573:208,117,29,205:208:8196:117,29,205:4613,1133,8244:-616.748,-299.843,-938.907,-586.23,-880.995,-1251.78,0,-294.77,-581.159,-612.58 0|1:554:291,122,0,128:291:11466:122,0,128:4838,0,5066:-329.282,-18.6551,-925.239,-416.882,-961.965,-1360.19,0,-545.084,-943.309,-904.777 dDocent_Contig_5428 1 . N G 403.886 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 1/1:9:0,9:0:0:9:356:-32.4013,-2.70927,0 dDocent_Contig_5429 14 . C G 509.482 . AB=0.548387;ABP=3.64073;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0.373494;EPP=39.9253;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=3872;RO=96;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=211.472;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:14,17:14:560:17:685:-52.6472,0,-41.4076 0/0:83:82,0:82:3312:0:0:0,-24.6845,-297.715 dDocent_Contig_5430 1 . N G 118.005 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 dDocent_Contig_5431 76 . T A 268.979 . AB=0.128889;ABP=272.167;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.517241;PAIREDR=0.969388;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1085;QR=7472;RO=196;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=428.619;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=196;SRP=428.619;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:112,15:112:4251:15:554:-11.965,0,-344.439 0/1:98:84,14:84:3221:14:531:-18.6319,0,-260.54 dDocent_Contig_5432 12 . G A 3632.78 . AB=0.32526;ABP=79.658;AC=4;AF=1;AN=4;AO=94;CIGAR=1X5M;DP=289;DPB=289;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.978723;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3730;QR=1905;RO=50;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=111.584;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:193:34,2,48,38,63:34:1283:2,48,38,63:73,1871,1480,2521:-246.081,-250.352,-354.89,-102.535,-201.71,-193.224,-134.692,-233.867,-86.0481,-228.391,-48.6454,-147.821,0,-32.1579,-134.82 1|1:96:16,12,9,24,31:16:622:12,9,24,31:471,352,942,1209:-120.896,-86.9748,-134.476,-96.7709,-109.147,-145.175,-48.2491,-60.6248,-70.4209,-92.1375,-26.3503,-38.7257,-48.5218,0,-68.1311 dDocent_Contig_5433 8 . A G 76.1323 . AB=0.137255;ABP=61.2994;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=2409;RO=63;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=139.813;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:44,7:44:1692:7:270:-9.31219,0,-137.188 0/0:20:19,1:19:717:1:39:0,-2.12404,-60.9626 dDocent_Contig_5434 132 . G A 189.552 . AB=0.142857;ABP=181.381;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=783;QR=4953;RO=138;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=302.673;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=302.673;SRR=138;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:69,12:69:2470:12:384:-10.4827,0,-198.162 0/1:80:69,11:69:2483:11:399:-12.1715,0,-199.634 dDocent_Contig_5436 48 . T C 1484.41 . AB=0.631579;ABP=14.4391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1938;QR=1124;RO=28;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=63.8115;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:13,20:13:517:20:802:-62.5645,0,-36.942 0/1:43:15,28:15:607:28:1136:-89.5756,0,-42.0229 dDocent_Contig_5437 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5438 8 . A T 179.138 . AB=0.204545;ABP=36.372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X6M;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=334;QR=2404;RO=61;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=135.47;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:52:36,5,3,5,0:36:1416:5,3,5,0:195,114,185,0:-0.927955,0,-115.126,-2.37989,-107.28,-118.105,-9.28534,-114.122,-116.496,-124.341,-11.765,-116.632,-119.008,-125.846,-128.36 0|1:44:25,0,2,7,9:25:988:0,2,7,9:0,78,273,334:-19.8957,-27.4214,-108.797,-20.9956,-102.383,-101.781,-23.9665,-105.285,-98.8727,-103.177,0,-81.4586,-75.0435,-77.9593,-78.7494 dDocent_Contig_5439 7 . T C 752.435 . AB=0.391892;ABP=10.5224;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1117;QR=1719;RO=45;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=100.727;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:25,23:25:960:23:885:-65.5203,0,-72.2654 0/1:26:20,6:20:759:6:232:-13.4222,0,-60.8114 dDocent_Contig_5440 7 . T A 594.345 . AB=0.206667;ABP=115.116;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=706.567;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1639;QR=12382;RO=324;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=706.567;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=324;SRP=706.567;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:217:205,12:205:7824:12:458:0,-23.7538,-662.414 0/1:150:119,31:119:4558:31:1181:-61.4345,0,-365.121 dDocent_Contig_5441 62 . A T 33.8405 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M1D2X;DP=68;DPB=66.5;DPRA=1.125;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=2417;RO=61;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:32,0:32:1272:0:0:0,-9.63296,-114.753 0|1:36:29,5:29:1145:5:173:-5.38387,0,-92.8434 dDocent_Contig_5442 52 . A G 45.4729 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.303922;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=3855;RO=102;RPL=2;RPP=5.80219;RPPR=3.35092;RPR=5;RUN=1;SAF=2;SAP=5.80219;SAR=5;SRF=53;SRP=3.35092;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1306:5:199:-6.24624,0,-105.773 0/0:69:67,2:67:2549:2:82:0,-12.9914,-221.817 dDocent_Contig_5445 35 . A C 112.564 . AB=0.136364;ABP=78.8144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=1.11864;EPP=22.5536;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=4500;RO=116;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=254.901;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2289:0:0:0,-17.7608,-206.194 0/1:66:57,9:57:2211:9:364:-13.2564,0,-179.303 dDocent_Contig_5446 29 . T A 183.96 . AB=0.0917431;ABP=1107.61;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=1276;DPB=1276;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=2597.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3171;QR=47462;RO=1195;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=2597.92;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=1195;SRP=2597.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:763:693,70:693:27497:70:2774:-20.095,0,-2242.6 0/0:513:502,10:502:19965:10:397:0,-118.168,-1759.13 dDocent_Contig_5447 12 . G A 6656.61 . AB=0.352055;ABP=141.794;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=257;CIGAR=1X;DP=730;DPB=730;DPRA=0;EPP=561.079;EPPR=1030.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.8366;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.463035;PAIREDR=0.928118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10163;QR=18854;RO=473;RPL=0;RPP=561.079;RPPR=1030.12;RPR=257;RUN=1;SAF=257;SAP=561.079;SAR=0;SRF=473;SRP=1030.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:383:238,145:238:9498:145:5722:-386.042,0,-738.944 0/1:347:235,112:235:9356:112:4441:-283.318,0,-737.013 dDocent_Contig_5448 121 . G C 507.658 . AB=0.298701;ABP=30.1114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=61.0771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.695652;PAIREDR=0.648148;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=855;QR=2037;RO=54;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=61.0771;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:20,12:20:746:12:443:-30.5812,0,-57.8321 0/1:45:34,11:34:1291:11:412:-23.8835,0,-102.935 dDocent_Contig_5450 98 . N G 49.1222 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,4:0:0:4:54:-4.91194,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5451 59 . G A 268.933 . AB=0.384615;ABP=6.01695;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=2.36364;EPP=24.725;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=1066;RO=27;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:430:0:0:0,-3.31133,-39.0459 0/1:26:16,10:16:636:10:404:-28.8933,0,-49.7471 dDocent_Contig_5452 98 . N A 104.487 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_5454 201 . A C 10622.4 . AB=0.264721;ABP=925.698;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=508;CIGAR=1X;DP=1919;DPB=1919;DPRA=0;EPP=1106.12;EPPR=3062.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18263;QR=51017;RO=1409;RPL=508;RPP=1106.12;RPPR=3062.61;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1106.12;SAR=508;SRF=0;SRP=3062.61;SRR=1409;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1028:794,233:794:28653:233:8334:-440.489,0,-2268.22 0/1:891:615,275:615:22364:275:9929:-625.453,0,-1743.99 dDocent_Contig_5455 76 . T A 665.18 . AB=0.180672;ABP=213.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=238;DPB=238;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1569;QR=6981;RO=195;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=426.447;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:94,25:94:3350:25:913:-46.6677,0,-265.876 0/1:119:101,18:101:3631:18:656:-23.5493,0,-291.153 dDocent_Contig_5456 7 . T A 13471 . AB=0.621585;ABP=97.0006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=455;CIGAR=1X;DP=732;DPB=732;DPRA=0;EPP=991.03;EPPR=604.508;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984615;PAIREDR=0.978339;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17463;QR=10566;RO=277;RPL=0;RPP=991.03;RPPR=604.508;RPR=455;RUN=1;SAF=455;SAP=991.03;SAR=0;SRF=277;SRP=604.508;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:379:103,276:103:3945:276:10575:-837.269,0,-241.053 0/1:353:174,179:174:6621:179:6888:-513.531,0,-489.54 dDocent_Contig_5459 25 . C A 2446.22 . AB=0.178378;ABP=667.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=740;DPB=740;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=1323.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977273;PAIREDR=0.995066;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5231;QR=24031;RO=608;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=1323.27;RPR=132;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=608;SRP=1323.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:345:280,65:280:11050:65:2580:-128.495,0,-889.964 0/1:395:328,67:328:12981:67:2651:-119.826,0,-1048.51 dDocent_Contig_5460 16 . A T 31.9109 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.730769;EPP=9.52472;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=1623;RO=42;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=94.2121;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:995:0:0:0,-7.82678,-89.8477 0/1:19:16,3:16:628:3:117:-5.19081,0,-51.1305 dDocent_Contig_5461 121 . G A 73.1131 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=258;QR=1305;RO=40;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=89.8692;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:26,2,3:26:869:2,3:64,87:0,-2.65812,-72.4527,-0.918825,-66.1334,-70.386 0|1:21:14,0,7:14:436:0,7:0,171:-9.31105,-13.5255,-48.5849,0,-35.326,-33.2188 dDocent_Contig_5462 171 . C T 360.801 . AB=0.156863;ABP=159.484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968992;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=946;QR=5059;RO=129;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=283.13;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=283.13;SRR=129;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:72,12:72:2832:12:479:-18.1721,0,-229.697 0/1:69:57,12:57:2227:12:467:-21.6071,0,-179.835 dDocent_Contig_5463 57 . G A 4683.7 . AB=0.0602094;ABP=644.766;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X1M1X;DP=382;DPB=382;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=419.933;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=912;QR=7508;RO=192;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=419.933;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=192;SRP=419.933;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:205:104,10,86:104:4034:10,86:391,3457:-253.59,-252.753,-581.12,0,-299.25,-305.506 0|0:177:88,13,75:88:3474:13,75:521,2976:-218.479,-202.044,-483.976,0,-242.928,-263.275 dDocent_Contig_5464 98 . N T 58.8928 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.8882,-0.60206,0 dDocent_Contig_5465 149 . G C 123.985 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=1768;RO=44;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:898:6:246:-14.0913,0,-72.6947 0/1:24:22,2:22:870:2:81:-0.461014,0,-71.384 dDocent_Contig_5466 48 . T C 12491.6 . AB=0.731261;ABP=257.112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=400;CIGAR=1X;DP=547;DPB=547;DPRA=0;EPP=820.266;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0.959184;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15759;QR=5849;RO=147;RPL=6;RPP=820.266;RPPR=322.217;RPR=394;RUN=1;SAF=400;SAP=871.599;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:219:77,142:77:3061:142:5590:-437.008,0,-209.642 0/1:328:70,258:70:2788:258:10169:-815.849,0,-152.293 dDocent_Contig_5467 50 . A C 1087.2 . AB=0.587302;ABP=7.18091;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1453;QR=1053;RO=26;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:486:3:109:-5.64986,0,-39.5764 0/1:48:14,34:14:567:34:1344:-106.769,0,-36.9228 dDocent_Contig_5468 1 . N G 114.653 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5469 26 . C T 454.85 . AB=0.0491803;ABP=110.694;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=4M1X4M;DP=61;DPB=63;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.864865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1456;RO=37;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:19,18,1:19:743:18,1:713,41:-47.1265,0,-55.6565,-49.4596,-57.6901,-110.259 0|1:22:18,0,2:18:713:0,2:0,82:-1.45186,-6.8704,-65.6284,0,-58.8572,-58.2552 dDocent_Contig_5470 98 . N A 106.939 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:76:-7.09226,-0.90309,0 dDocent_Contig_5471 90 . G C 1000.97 . AB=0.730769;ABP=27.0635;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1320;QR=485;RO=14;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:7,20:7:245:20:694:-54.6558,0,-14.2634 0/1:25:7,18:7:240:18:626:-49.1406,0,-14.4092 dDocent_Contig_5472 98 . N T 1938.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.3333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2152;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:24:0,23:0:0:23:778:-69.5633,-6.92369,0 1/1:40:0,40:0:0:40:1374:-123.946,-12.0412,0 dDocent_Contig_5479 90 . A C 62.9535 . AB=0.131148;ABP=75.0961;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0.61;EPP=20.3821;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.568627;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=289;QR=5368;RO=153;RPL=4;RPP=3.0103;RPPR=5.40885;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=70;SRP=5.40885;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:53,8:53:1887:8:289:-7.99432,0,-151.729 0/0:100:100,0:100:3481:0:0:0,-30.103,-313.472 dDocent_Contig_5480 14 . G A 109.687 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=1.3;EPP=20.3821;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2857;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.797619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=3328;RO=84;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=185.414;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1595:0:0:0,-12.0412,-143.752 0/1:52:44,8:44:1733:8:314:-12.9687,0,-139.594 dDocent_Contig_5481 126 . G A 51.0545 . AB=0.12;ABP=65.7224;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=1.42857;EPP=16.0391;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.556962;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=3164;RO=79;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1369:0:0:0,-10.536,-123.458 0/1:50:44,6:44:1795:6:242:-7.10545,0,-146.7 dDocent_Contig_5482 15 . C T 61.9119 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=2M1X4M1X;DP=41;DPB=43.25;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=51.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=1246;RO=32;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=72.4974;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:15,4,1:15:584:4,1:151,40:-7.82178,0,-46.7787,-9.03757,-44.687,-56.739 0|0:21:17,2,2:17:662:2,2:71,80:-1.50279,-1.14541,-54.9401,0,-48.9509,-53.8486 dDocent_Contig_5484 34 . A G 39.359 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=1.07143;EPP=11.6962;EPPR=49.4959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.703704;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=2141;RO=54;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=44;SRP=49.4959;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1120:0:0:0,-8.42884,-101.084 0/1:30:26,4:26:1021:4:162:-5.93585,0,-83.1587 dDocent_Contig_5485 24 . G A 6219.29 . AB=0.649351;ABP=62.6835;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=200;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=0;EPP=437.305;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7982;QR=4313;RO=108;RPL=0;RPP=437.305;RPPR=237.529;RPR=200;RUN=1;SAF=200;SAP=437.305;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:91,110:91:3633:110:4395:-334.99,0,-266.483 0/1:107:17,90:17:680:90:3587:-290.638,0,-29.3209 dDocent_Contig_5486 16 . G A 469.011 . AB=0.339623;ABP=14.851;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=839;QR=5750;RO=146;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=320.045;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:114:111,3:111:4413:3:122:0,-22.9449,-385.736 0/1:53:35,18:35:1337:18:717:-48.9011,0,-104.63 dDocent_Contig_5487 20 . C G 99.3041 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957746;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=2832;RO=71;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=157.185;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,7:36:1445:7:272:-11.6294,0,-117.094 0/0:36:35,1:35:1387:1:41:0,-6.74251,-120.983 dDocent_Contig_5488 60 . T G 1701.09 . AB=0.246057;ABP=180.571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=521.992;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2986;QR=9354;RO=239;RPL=78;RPP=172.385;RPPR=521.992;RPR=0;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=239;SRP=521.992;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:119,32:119:4668:32:1235:-65.9643,0,-374.608 0/1:166:120,46:120:4686:46:1751:-107.844,0,-371.716 dDocent_Contig_5490 12 . G A 156.244 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.605263;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=1506;RO=38;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=85.5263;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:13,6:13:519:6:243:-16.5286,0,-41.3352 0/1:28:25,3:25:987:3:120:-2.75847,0,-80.7003 dDocent_Contig_5491 155 . G A 43.2402 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1.66667;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=742;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:429:3:113:-6.02296,0,-34.419 0/0:9:9,0:9:313:0:0:0,-2.70927,-28.4984 dDocent_Contig_5492 209 . N G 209.972 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:99:-9.23087,-0.90309,0 dDocent_Contig_5493 103 . N T 581.895 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=5X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.775;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=643;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:19:0,19:0:0:19:643:-58.1895,-5.71957,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5494 12 . G A 3423.02 . AB=0.279678;ABP=212.56;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=139;CIGAR=1X;DP=497;DPB=497;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=780.397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9581;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99162;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5504;QR=14304;RO=358;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=780.397;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=358;SRP=780.397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:270:184,86:184:7346:86:3396:-224.425,0,-579.408 0/1:227:174,53:174:6958:53:2108:-121.576,0,-557.555 dDocent_Contig_5495 28 . T C 3365.72 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X2M2X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0.988764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4458;QR=3520;RO=89;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=196.271;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:121:46,65,10:46:1808:65,10:2579,403:-198.439,0,-129.129,-179.068,-115.477,-324.76 0|1:103:43,47,13:43:1712:47,13:1879,518:-141.832,0,-126.82,-112.121,-98.313,-249.176 dDocent_Contig_5497 30 . T G 775.973 . AB=0.127619;ABP=635.347;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=993;DPB=993;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=2009.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2680;QR=34975;RO=924;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=2009.45;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=924;SRP=2009.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:468:466,1:466:17630:1:41:0,-136.896,-1581.63 0/1:525:458,67:458:17345:67:2639:-79.5973,0,-1402.08 dDocent_Contig_5498 16 . T C 388.544 . AB=0.139423;ABP=237.905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=7125;RO=179;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=391.704;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:97,17:97:3839:17:672:-26.4889,0,-311.189 0/1:94:82,12:82:3286:12:489:-16.0645,0,-267.494 dDocent_Contig_5500 12 . C A 1698.39 . AB=0.150685;ABP=776.709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=730;DPB=730;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=1349.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4366;QR=24891;RO=620;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=1349.32;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=620;SRP=1349.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:376:319,57:319:12834:57:2279:-92.0809,0,-1040.88 0/1:354:301,53:301:12057:53:2087:-81.4573,0,-977.684 dDocent_Contig_5501 11 . T C 179.982 . AB=0.118421;ABP=195.243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=611.023;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1049;QR=11124;RO=280;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=611.023;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=280;SRP=611.023;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:154:146,8:146:5763:8:322:0,-17.0121,-489.129 0/1:152:134,18:134:5361:18:727:-19.9982,0,-436.56 dDocent_Contig_5503 98 . N T 556.58 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.775;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=615;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0,19:0:0:19:615:-55.658,-5.71957,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5504 7 . T G 18040.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=627;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=1355.85;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990431;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20313;QR=265;RO=18;RPL=0;RPP=1364.52;RPPR=42.0968;RPR=627;RUN=1;SAF=626;SAP=1355.85;SAR=1;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:340:9,330:9:142:330:10559:-937.216,-89.2267,0 1/1:307:9,297:9:123:297:9754:-866.527,-81.0214,0 dDocent_Contig_5506 19 . T C 4661.03 . AB=0.596899;ABP=24.0517;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6081;QR=4159;RO=104;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=228.843;RPR=154;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:66,53:66:2640:53:2065:-150.224,0,-201.904 0/1:139:38,101:38:1519:101:4016:-319.578,0,-95.1109 dDocent_Contig_5507 19 . G A 79.5709 . AB=0.0986842;ABP=215.643;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=2X;DP=264;DPB=264;DPRA=1.35714;EPP=35.5824;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=603;QR=9196;RO=233;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=508.963;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=233;SRP=508.963;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:152:133,15,0:133:5267:15,0:603,0:-9.65606,0,-428.955,-49.6931,-433.47,-483.16 0|0:112:100,0,7:100:3929:0,7:0,282:0,-30.103,-353.21,-6.86029,-329.966,-327.859 dDocent_Contig_5508 44 . A G 372.756 . AB=0.451613;ABP=3.64073;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=538;QR=483;RO=12;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=29.068;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:5,6,5:5:200:6,5:230,192:-17.3703,0,-14.6764,-3.11583,-0.731214,-18.0928 0|1:15:7,8,0:7:283:8,0:308,0:-23.5655,0,-21.3281,-25.6728,-23.7364,-49.0142 dDocent_Contig_5509 67 . C A 184.388 . AB=0.186441;ABP=53.3958;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.541667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=1868;RO=48;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:25,6:25:991:6:235:-12.1871,0,-80.1546 0/1:28:23,5:23:877:5:200:-9.9507,0,-70.7965 dDocent_Contig_5510 107 . N C 156.373 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:128:-11.8364,-1.20412,0 dDocent_Contig_5512 31 . G T 774.749 . AB=0.116279;ABP=58.0041;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=13M1X4M;DP=75;DPB=71;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=716;RO=19;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=44.2683;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:43:12,4,9,2,7,5:12:446:4,9,2,7,5:109,333,75,243,186:-23.6453,-18.6626,-53.9665,0,-27.9237,-33.8097,-21.1108,-49.0255,-30.3726,-57.0194,-7.5038,-35.4226,-16.7669,-37.8717,-41.9103,-12.0302,-39.9481,-21.2931,-42.398,-28.7933,-47.0387 0|0:32:7,0,0,4,19,0:7:270:0,0,4,19,0:0,0,160,727,0:-57.5285,-59.6357,-81.8075,-59.6357,-81.8075,-81.8075,-46.453,-68.6254,-68.6254,-67.4213,0,-22.1628,-22.1628,-8.97978,-16.4432,-59.6357,-81.8075,-81.8075,-68.6254,-22.1628,-81.8075 dDocent_Contig_5513 209 . N G 112.807 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.2802,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5514 7 . T C 6695.06 . AB=0.0502183;ABP=807.802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X3M1X4M;DP=458;DPB=458;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=879;QR=4395;RO=113;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=248.387;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:267:79,24,136,5,20:79:3061:24,136,5,20:931,5305,194,792:-412.288,-359.578,-603.813,0,-174.971,-210.523,-420.129,-595.098,-235.523,-670.084,-370.887,-545.856,-186.28,-606.407,-616.327 1|0:191:34,21,41,18,76:34:1334:21,41,18,76:818,1595,685,3033:-260.917,-203.921,-307.31,-140.079,-182.558,-237.447,-214.969,-257.449,-193.606,-319.261,-21.3627,-63.8436,0,-74.8923,-108.197 dDocent_Contig_5515 28 . G A 118.417 . AB=0.26087;ABP=14.4341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=655;RO=17;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=39.9253;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:412:4:162:-10.4515,0,-32.896 0/1:8:6,2:6:243:2:79:-5.089,0,-19.8397 dDocent_Contig_5516 47 . T A 43228.7 . AB=0.778971;ABP=1198.82;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1378;CIGAR=1X;DP=1769;DPB=1769;DPRA=0;EPP=2995.3;EPPR=852.056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999274;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54038;QR=15574;RO=391;RPL=0;RPP=2995.3;RPPR=852.056;RPR=1378;RUN=1;SAF=1378;SAP=2995.3;SAR=0;SRF=391;SRP=852.056;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:864:222,642:222:8854:642:25258:-2011.11,0,-536.252 0/1:905:169,736:169:6720:736:28780:-2315.46,0,-332.066 dDocent_Contig_5517 24 . A T 680.141 . AB=0.320755;ABP=17.8009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X4M;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=676;QR=794;RO=20;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=46.4397;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:8,12,5:8:315:12,5:471,202:-36.3185,0,-22.2948,-22.0702,-9.25005,-46.4789 0|1:28:12,4,12:12:479:4,12:156,474:-35.3946,-26.1863,-64.4354,0,-26.6383,-35.8457 dDocent_Contig_5518 122 . T C 1451.46 . AB=0.794118;ABP=54.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1996;QR=2713;RO=79;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=174.557;RPR=58;RUN=1;SAF=0;SAP=128.956;SAR=58;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:14,54:14:480:54:1856:-146.845,0,-23.0556 0/0:69:65,4:65:2233:4:140:0,-7.82628,-188.288 dDocent_Contig_5519 10 . A G 912.348 . AB=0.358696;ABP=18.9659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X2M;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.515152;PAIREDR=0.840909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1314;QR=1707;RO=44;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=98.5551;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:20,13,18:20:767:13,18:522,729:-54.092,-17.1004,-76.1208,0,-19.9135,-57.5156 0|1:41:24,2,15:24:940:2,15:81,585:-40.8418,-41.3856,-118.078,0,-70.6009,-72.7656 dDocent_Contig_5520 108 . A C 491.217 . AB=0.162963;ABP=269.41;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=270;DPB=270;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1483;QR=7715;RO=226;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=493.763;RPR=44;RUN=1;SAF=0;SAP=98.5551;SAR=44;SRF=0;SRP=493.763;SRR=226;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:117,30:117:3958:30:1017:-47.5871,0,-312.179 0/1:123:109,14:109:3757:14:466:-5.23345,0,-301.323 dDocent_Contig_5522 159 . G T 1421.88 . AB=0.666667;ABP=19.6583;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1845;QR=913;RO=23;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=102.898;SAR=46;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:14,24:14:553:24:973:-76.4282,0,-38.6675 0/1:31:9,22:9:360:22:872:-69.4585,0,-23.4313 dDocent_Contig_5523 22 . T G 207.812 . AB=0.4;ABP=4.74748;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.37037;EPP=20.3821;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2619;RO=66;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=146.327;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2157:0:0:0,-16.2556,-194.31 0/1:20:12,8:12:462:8:316:-22.7812,0,-35.9048 dDocent_Contig_5524 18 . G T 82.7593 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=3X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933884;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=4728;RO=121;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=265.758;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:67:61,4:61:2395:4:147:0,-6.36662,-202.124 0|1:69:60,9:60:2333:9:341:-10.2759,0,-189.384 dDocent_Contig_5525 154 . G C 63.6219 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0.354839;EPP=9.52472;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.8974;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.871795;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1563;RO=39;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=87.6977;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:321:3:122:-8.06116,0,-25.9461 0/0:31:31,0:31:1242:0:0:0,-9.33193,-110.06 dDocent_Contig_5526 69 . T A 407.612 . AB=0.296703;ABP=35.6778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.740741;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=790;QR=2173;RO=63;RPL=10;RPP=6.95112;RPPR=5.80219;RPR=17;RUN=1;SAF=10;SAP=6.95112;SAR=17;SRF=27;SRP=5.80219;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:31,22:31:1060:22:628:-40.8254,0,-79.7356 0/1:38:32,5:32:1113:5:162:-3.6297,0,-89.2282 dDocent_Contig_5528 43 . C T 184.04 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=4721;RO=119;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=261.416;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:106:100,6:100:3969:6:241:0,-9.84399,-335.135 0|1:27:19,8:19:752:8:313:-20.404,0,-59.8757 dDocent_Contig_5529 71 . G C 2104.98 . AB=0.28013;ABP=131.919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=499;DPB=499;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=897.657;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3423;QR=16281;RO=412;RPL=87;RPP=191.928;RPPR=897.657;RPR=0;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=412;SRP=897.657;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:307:221,86:221:8736:86:3384:-212.197,0,-693.369 0/0:192:191,1:191:7545:1:39:0,-53.9012,-674.806 dDocent_Contig_5530 43 . G A 481.828 . AB=0.215686;ABP=74.6263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=1.36;EPP=50.7827;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=892;QR=6160;RO=155;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=339.589;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:80,22:80:3144:22:892:-49.8818,0,-252.34 0/0:75:75,0:75:3016:0:0:0,-22.5772,-271.525 dDocent_Contig_5532 31 . T G 869.577 . AB=0.385542;ABP=12.4549;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1303;QR=3945;RO=99;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=217.986;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:48,1:48:1930:1:40:0,-10.7548,-169.898 0/1:83:51,32:51:2015:32:1263:-88.9577,0,-156.558 dDocent_Contig_5533 203 . A C 35951.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1152;CIGAR=1X;DP=1198;DPB=1198;DPRA=0;EPP=2504.55;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41616;QR=1652;RO=46;RPL=1152;RPP=2504.55;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=2504.55;SAR=1152;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:655:25,630:25:889:630:22679:-1960.05,-116.85,0 1/1:543:21,522:21:763:522:18937:-1634.76,-94.4621,0 dDocent_Contig_5534 30 . G C 43.9943 . AB=0.086262;ABP=933.774;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=1308;DPB=1308;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=2706.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999197;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2484;QR=49730;RO=1245;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=2706.49;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=1245;SRP=2706.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:682:673,8:673:26885:8:321:0,-176.153,-2387.96 0/1:626:572,54:572:22845:54:2163:-6.39942,0,-1865.6 dDocent_Contig_5535 34 . G A 4043.08 . AB=0.582979;ABP=17.0648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=137;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5316;QR=3790;RO=98;RPL=0;RPP=300.502;RPPR=215.815;RPR=137;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:17,76:17:617:76:2982:-240.511,0,-27.8401 0/1:142:81,61:81:3173:61:2334:-167.496,0,-242.921 dDocent_Contig_5536 33 . A G 265.02 . AB=0.22807;ABP=39.6206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=1736;RO=44;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=98.5551;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:30,4:30:1178:4:155:-4.08864,0,-96.067 0/1:23:14,9:14:558:9:363:-26.1106,0,-43.6387 dDocent_Contig_5537 159 . T A 796.454 . AB=0.684211;ABP=14.2105;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=1.35714;EPP=59.4686;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1031;QR=1470;RO=40;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1014:0:0:0,-8.42884,-91.5447 0/1:38:12,26:12:456:26:1031:-81.6454,0,-29.9458 dDocent_Contig_5542 39 . C T 433.49 . AB=0.28125;ABP=29.6108;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=2.13333;EPP=42.0968;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.75;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.921053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=711;QR=3033;RO=76;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=168.042;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:46,18:46:1857:18:711:-45.048,0,-145.813 0/0:30:30,0:30:1176:0:0:0,-9.0309,-106.097 dDocent_Contig_5543 83 . G A 1667.57 . AB=0.442308;ABP=7.52028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2409;QR=3096;RO=87;RPL=69;RPP=152.842;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:22,37:22:780:37:1290:-98.6399,0,-52.7626 0/1:97:65,32:65:2316:32:1119:-71.8165,0,-179.501 dDocent_Contig_5544 14 . C T 110.74 . AB=0.142857;ABP=57.2971;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X2M;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=14.5915;EPPR=110.128;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.416667;PAIREDR=0.626374;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=3507;RO=91;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=200.614;RPR=12;RUN=1;SAF=10;SAP=14.5915;SAR=2;SRF=79;SRP=110.128;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:68:59,3,5:59:2327:3,5:119,155:0,-13.8418,-204.505,-5.2342,-192.975,-195.409 0|1:49:32,10,7:32:1180:10,7:395,275:-13.074,-9.66996,-103.121,0,-83.5075,-94.5175 dDocent_Contig_5547 15 . C A 75.0327 . AB=0.11;ABP=135.123;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=643.595;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=954;QR=11822;RO=295;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=643.595;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=295;SRP=643.595;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:88,11:88:3529:11:434:-9.20224,0,-287.419 0/0:220:207,13:207:8293:13:520:0,-19.0795,-698.737 dDocent_Contig_5548 1 . N G 148.755 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:161:-14.8753,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5550 20 . G C 10139.8 . AB=0.0532915;ABP=555.919;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1X;DP=940;DPB=940;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=1212.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=684;QR=21649;RO=557;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=1212.52;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=557;SRP=1212.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:621:342,0,274:342:13300:0,274:0,10897:-794.231,-897.183,-1990.07,0,-1092.95,-1010.47 0|0:319:215,17,87:215:8349:17,87:684,3497:-223.448,-231.797,-912.643,0,-629.586,-659.77 dDocent_Contig_5551 114 . A C 1588.58 . AB=0.573705;ABP=14.8539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X1M1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=18.1042;MQMR=40.8675;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.301205;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4666;QR=2719;RO=83;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=183.243;RPR=144;RUN=1;SAF=0;SAP=315.702;SAR=144;SRF=0;SRP=183.243;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:130:37,78,14:37:1231:78,14:2540,435:-89.8711,0,-64.9549,-66.5808,-54.0233,-150.838 0|1:121:46,66,5:46:1488:66,5:2126,164:-72.6854,0,-75.3089,-73.283,-81.9304,-166.973 dDocent_Contig_5552 98 . N T 63.6413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5553 24 . G A 35.2636 . AB=0.113636;ABP=60.0608;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=1.375;EPP=13.8677;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=2792;RO=71;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=157.185;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:39,5:39:1518:5:201:-5.2252,0,-123.612 0/0:32:32,0:32:1274:0:0:0,-9.63296,-114.921 dDocent_Contig_5554 107 . N T 191.506 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=209;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:209:-19.1506,-1.80618,0 dDocent_Contig_5555 30 . G T 222.273 . AB=0.141667;ABP=136.845;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=1.31868;EPP=39.9253;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=7707;RO=194;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=424.276;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:91:91,0:91:3619:0:0:0,-27.3937,-325.722 0/1:120:103,17:103:4088:17:667:-24.2273,0,-331.775 dDocent_Contig_5556 35 . G A 5643.44 . AB=0.777778;ABP=159.839;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=234;DPB=234;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7093;QR=2041;RO=52;RPL=0;RPP=398.218;RPPR=115.927;RPR=182;RUN=1;SAF=182;SAP=398.218;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:34,65:34:1327:65:2566:-201.279,0,-89.8917 0/1:135:18,117:18:714:117:4527:-366.764,0,-23.9462 dDocent_Contig_5557 32 . C T 344.993 . AB=0.175;ABP=113.104;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=818;QR=3885;RO=99;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=217.986;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:50,6:50:1980:6:227:-3.93459,0,-161.537 0/1:64:49,15:49:1905:15:591:-34.2611,0,-152.393 dDocent_Contig_5558 20 . G C 5716.1 . AB=0.399425;ABP=33.5856;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=139;CIGAR=1X2M;DP=348;DPB=348;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5578;QR=2963;RO=77;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=170.214;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:146:57,33,0,55:57:2207:33,0,55:1327,0,2197:-163.783,-71.5838,-242.94,-180.942,-252.874,-362.233,0,-71.924,-181.287,-164.73 1|1:202:20,35,63,84:20:756:35,63,84:1401,2445,3381:-411.526,-302.136,-353.564,-216.688,-163.24,-259.686,-138.897,-85.4468,0,-175.574 dDocent_Contig_5559 18 . T G 16926.5 . AB=0.473301;ABP=10.6632;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=585;CIGAR=1X;DP=1236;DPB=1236;DPRA=0;EPP=1273.32;EPPR=1412.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22998;QR=25882;RO=649;RPL=0;RPP=1273.32;RPPR=1412.3;RPR=585;RUN=1;SAF=585;SAP=1273.32;SAR=0;SRF=649;SRP=1412.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:600:255,344:255:10175:344:13514:-1034.81,0,-734.615 0/1:636:394,241:394:15707:241:9484:-661.534,0,-1220.92 dDocent_Contig_5561 55 . G C 12812.7 . AB=0.838235;ABP=476.008;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=399;CIGAR=1X;DP=476;DPB=476;DPRA=0;EPP=869.428;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997494;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15879;QR=3032;RO=77;RPL=399;RPP=869.428;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=399;SAP=869.428;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:267:29,238:29:1155:238:9431:-767.844,0,-23.8584 0/1:209:48,161:48:1877:161:6448:-517.12,0,-106.224 dDocent_Contig_5565 92 . G A 216.655 . AB=0.45;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.363636;PAIREDR=0.787879;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=1182;RO=33;RPL=8;RPP=7.94546;RPPR=6.23461;RPR=3;RUN=1;SAF=8;SAP=7.94546;SAR=3;SRF=20;SRP=6.23461;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:22,2:22:782:2:68:0,-0.768311,-64.2404 0/1:20:11,9:11:400:9:326:-23.6652,0,-30.3199 dDocent_Contig_5566 56 . G C 5693.59 . AB=0.800905;ABP=176.817;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=177;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7106;QR=1730;RO=44;RPL=177;RPP=387.361;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:26,82:26:1037:82:3309:-265.346,0,-61.1141 0/1:113:18,95:18:693:95:3797:-307.712,0,-28.67 dDocent_Contig_5568 43 . C T 206.754 . AB=0.1875;ABP=57.2971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.903846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=2076;RO=52;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=115.927;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:28,3:28:1128:3:112:-1.11086,0,-92.4698 0/1:33:24,9:24:948:9:358:-22.6482,0,-75.6833 dDocent_Contig_5569 98 . N C 107.505 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=110;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46457,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98377,-0.60206,0 dDocent_Contig_5571 19 . A T 328.012 . AB=0.351351;ABP=10.1116;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=939;RO=24;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=55.1256;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:714:8:317:-21.0675,0,-56.76 0/1:11:6,5:6:225:5:204:-15.4327,0,-17.296 dDocent_Contig_5572 7 . T C 8030.32 . AB=0.397849;ABP=45.1555;AC=4;AF=1;AN=4;AO=185;CIGAR=1X6M1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=404.733;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7013;QR=3134;RO=80;RPL=0;RPP=404.733;RPPR=176.728;RPR=185;RUN=1;SAF=185;SAP=404.733;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:280:33,100,119,23:33:1282:100,119,23:3888,4503,899:-568.078,-263.786,-339.025,-208.882,0,-278.401,-504.254,-295.369,-240.466,-602.672 1|1:185:47,63,66,6:47:1852:63,66,6:2433,2510,231:-238.652,-53.4668,-186.878,-46.9547,0,-179.461,-236.023,-189.065,-182.551,-386.589 dDocent_Contig_5573 54 . T G 51.5808 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.451613;EPP=9.52472;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1594;RO=42;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1175:0:0:0,-9.33193,-106.042 0/1:14:11,3:11:419:3:122:-7.15807,0,-33.8428 dDocent_Contig_5575 98 . N T 190.489 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:67:-6.17141,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-12.5758,-1.20412,0 dDocent_Contig_5576 11 . A T 33.342 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=1.375;EPP=11.6962;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=2078;RO=53;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=118.098;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1137:4:162:-5.03297,0,-92.6799 0/0:24:24,0:24:941:0:0:0,-7.22472,-84.9907 dDocent_Contig_5577 98 . N A 90.5171 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3.5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:97:-9.05117,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5580 20 . A T 53.1501 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0.484848;EPP=11.6962;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.711111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=1760;RO=45;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=100.727;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:474:4:128:-7.01398,0,-38.19 0/0:33:33,0:33:1286:0:0:0,-9.93399,-116.002 dDocent_Contig_5581 65 . G A 246.667 . AB=0.237288;ABP=38.3795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=505;QR=1639;RO=45;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:981:5:167:-5.71904,0,-78.9719 0/1:27:18,9:18:658:9:338:-22.6466,0,-51.4247 dDocent_Contig_5582 31 . C A 730.511 . AB=0.140957;ABP=424.022;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=376;DPB=376;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993808;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2104;QR=12867;RO=323;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=704.396;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=323;SRP=704.396;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:166,18:166:6577:18:731:-10.7249,0,-536.259 0/1:192:157,35:157:6290:35:1373:-66.0252,0,-508.032 dDocent_Contig_5583 59 . C A 573.058 . AB=0.487805;ABP=3.06326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=839;RO=21;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:16,14:16:637:14:568:-42.4317,0,-48.6339 0/1:11:5,6:5:202:6:239:-18.5731,0,-15.2507 dDocent_Contig_5587 138 . A G 4253.6 . AB=0.409692;ABP=19.0907;AC=4;AF=1;AN=4;AO=93;CIGAR=1X4M;DP=227;DPB=226.8;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3626;QR=1682;RO=43;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=96.3836;RPR=93;RUN=1;SAF=0;SAP=204.957;SAR=93;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:74:10,37,26:10:393:37,26:1448,1023:-167.879,-51.8358,-73.0235,-86.7383,0,-111.237 1|1:153:33,51,67:33:1289:51,67:1986,2603:-261.181,-107.9,-198.51,-57.2534,0,-143.047 dDocent_Contig_5588 63 . T G 2981.7 . AB=0.374593;ABP=44.9473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=307;DPB=307;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=419.933;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4376;QR=7288;RO=192;RPL=115;RPP=252.73;RPPR=419.933;RPR=0;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=192;SRP=419.933;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:206:166,40:166:6301:40:1566:-79.1836,0,-505.01 0/1:101:26,75:26:987:75:2810:-222.685,0,-58.7371 dDocent_Contig_5589 9 . A G 37.2301 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1.14286;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=1041;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:539:0:0:0,-4.21442,-48.8556 0/1:16:13,3:13:502:3:113:-5.72293,0,-40.7122 dDocent_Contig_5590 35 . T C 2638.19 . AB=0.190883;ABP=585.645;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=702;DPB=702;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=1234.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5319;QR=22347;RO=567;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=1234.24;RPR=134;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=567;SRP=1234.24;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:333:246,86:246:9704:86:3435:-208.836,0,-772.436 0/1:369:321,48:321:12643:48:1884:-58.6821,0,-1025.93 dDocent_Contig_5591 33 . G T 100.213 . AB=0.132353;ABP=82.8438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=1.15254;EPP=22.5536;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.889831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=4547;RO=118;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=259.244;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2250:0:0:0,-17.7608,-202.688 0/1:68:59,9:59:2297:9:357:-12.0213,0,-186.441 dDocent_Contig_5595 14 . G A 4446.16 . AB=0.430168;ABP=18.1742;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6177;QR=8018;RO=204;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=445.991;RPR=154;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:203:111,92:111:4384:92:3687:-270.736,0,-333.398 0/1:155:93,62:93:3634:62:2490:-177.579,0,-280.42 dDocent_Contig_5596 32 . T A 5778.62 . AB=0.868687;ABP=119.897;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=179;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=391.704;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.949721;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7095;QR=824;RO=21;RPL=0;RPP=391.704;RPPR=48.6112;RPR=179;RUN=1;SAF=179;SAP=391.704;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:13,86:13:503:86:3438:-279.664,0,-15.8058 1/1:101:8,93:8:321:93:3657:-299.896,-1.14649,0 dDocent_Contig_5597 8 . A T 130.185 . AB=0.272727;ABP=12.8806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.758621;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=1729;RO=45;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:612:6:233:-14.7174,0,-48.7956 0/0:29:29,0:29:1117:0:0:0,-8.72987,-100.833 dDocent_Contig_5598 16 . T A 4260.01 . AB=0.620087;ABP=31.6946;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=142;CIGAR=1X1M1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=311.359;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985915;PAIREDR=0.977011;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5537;QR=3290;RO=87;RPL=0;RPP=311.359;RPPR=191.928;RPR=142;RUN=1;SAF=142;SAP=311.359;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:130:51,79:51:1926:79:3081:-238.282,0,-134.445 0|1:99:36,63:36:1364:63:2456:-191.418,0,-93.2416 dDocent_Contig_5599 152 . G A 3076.86 . AB=0.20383;ABP=559.956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=149;CIGAR=1X;DP=731;DPB=731;DPRA=0;EPP=326.56;EPPR=1266.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5903;QR=22908;RO=582;RPL=0;RPP=326.56;RPPR=1266.81;RPR=149;RUN=1;SAF=0;SAP=326.56;SAR=149;SRF=0;SRP=1266.81;SRR=582;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:347:240,107:240:9426:107:4256:-278.531,0,-743.305 0/1:384:342,42:342:13482:42:1647:-32.8538,0,-1096.78 dDocent_Contig_5600 11 . T C 482.353 . AB=0.269231;ABP=39.0901;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=830;QR=2176;RO=57;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=126.784;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:28,8:28:1097:8:323:-18.6019,0,-88.1829 0/1:42:29,13:29:1079:13:507:-33.3324,0,-84.7473 dDocent_Contig_5601 7 . G A 29785.8 . AB=0.856388;ABP=1255.16;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=972;CIGAR=1X;DP=1135;DPB=1135;DPRA=0;EPP=2113.68;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36936;QR=4824;RO=157;RPL=0;RPP=2113.68;RPPR=343.931;RPR=972;RUN=1;SAF=972;SAP=2113.68;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:632:92,536:92:2956:536:20392:-1645.01,0,-76.9967 0/1:503:65,436:65:1868:436:16544:-1337.26,0,-17.4067 dDocent_Contig_5602 98 . N A 375.369 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:170:-15.5802,-1.80618,0 1/1:10:0,10:0:0:10:238:-21.6556,-3.0103,0 dDocent_Contig_5603 7 . G A 388.126 . AB=0.441176;ABP=4.03217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=578;QR=527;RO=19;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=44.2683;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:9,5:9:253:5:192:-13.4356,0,-18.8267 0/1:20:10,10:10:274:10:386:-29.076,0,-18.905 dDocent_Contig_5604 72 . A G 228.289 . AB=0.244898;ABP=30.7077;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.4;EPP=29.068;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.763889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=2539;RO=72;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=4.9405;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=32;SRP=4.9405;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1227:0:0:0,-10.536,-110.712 0/1:49:37,12:37:1312:12:436:-24.8289,0,-103.611 dDocent_Contig_5605 16 . C A 579.904 . AB=0.138047;ABP=340.978;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=548.084;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992157;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1648;QR=10208;RO=255;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=556.736;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=254;SRP=548.084;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:121,29:121:4850:29:1163:-59.6869,0,-391.122 0/1:146:134,12:134:5358:12:485:-0.0514347,0,-438.09 dDocent_Contig_5606 87 . A G 71.2524 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0.588235;EPP=5.18177;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=794;RO=23;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:6,4:6:208:4:128:-8.82421,0,-16.0493 0/0:17:17,0:17:586:0:0:0,-5.11751,-53.0653 dDocent_Contig_5607 36 . G A 178.598 . AB=0.151899;ABP=86.1585;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=370.039;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942197;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=6769;RO=173;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=378.675;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=172;SRP=370.039;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:108:106,2:106:4162:2:79:0,-25.014,-367.08 0/1:79:67,12:67:2607:12:481:-19.8598,0,-211.01 dDocent_Contig_5609 54 . A T 1255.96 . AB=0.0512821;ABP=71.2168;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1I9M;DP=102;DPB=106.077;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.530612;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=1691;RO=49;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=21;SRP=5.18177;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:20,2,17:20:682:2,17:71,603:-43.1074,-43.3429,-98.0711,0,-49.5387,-50.2074 0|0:63:29,0,34:29:1009:0,34:0,1165:-86.188,-94.9179,-176.965,0,-82.3922,-72.1572 dDocent_Contig_5610 7 . G T 203.09 . AB=0.1;ABP=58.6;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X3M1X1M1I1X;DP=165;DPB=168.4;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=4702;RO=127;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=278.787;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:21,4,5,9:21:798:4,5,9:134,193,345:-22.008,-17.4872,-81.7277,-12.4731,-67.0809,-76.4219,0,-54.6153,-49.6083,-62.7516 0|0:125:106,1,4,9:106:3904:1,4,9:34,152,347:0,-29.1522,-348.061,-19.4384,-335.897,-337.45,-3.39087,-319.867,-310.159,-319.915 dDocent_Contig_5611 51 . C T 48.6556 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=1.44444;EPP=11.6962;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1587;RO=40;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:722:0:0:0,-5.41854,-65.3067 0/1:26:22,4:22:865:4:159:-6.86555,0,-70.3271 dDocent_Contig_5612 59 . G A 74.0325 . AB=0.100418;ABP=334.464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=239;DPB=239;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=915;QR=8109;RO=215;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=469.877;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:123,13:123:4611:13:500:-4.40798,0,-374.091 0/1:103:92,11:92:3498:11:415:-6.69339,0,-283.94 dDocent_Contig_5613 107 . N G 60.7521 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X1M1I7M;DP=5;DPB=5.22222;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,2:0:0:2:67:-6.07412,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5614 62 . A G 247.21 . AB=0.344828;ABP=9.07545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=762;RO=19;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:11,9:11:446:9:356:-26.3799,0,-34.475 0/1:9:8,1:8:316:1:40:-1.28641,0,-26.0969 dDocent_Contig_5616 68 . A T 4166.58 . AB=0.0595238;ABP=144.57;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=932;RO=25;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:85:9,0,76:9:342:0,76:0,2865:-232.445,-235.154,-263.203,0,-28.4278,-5.54956 0|0:84:16,5,63:16:590:5,63:188,2354:-187.912,-177.327,-224.066,0,-32.8361,-29.2751 dDocent_Contig_5617 15 . C G 577.331 . AB=0.333333;ABP=18.9344;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0.835443;EPP=50.7827;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.770492;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=881;QR=4890;RO=122;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=267.93;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:79:78,0:78:3114:0:0:0,-23.4803,-279.918 0/1:66:44,22:44:1776:22:881:-59.7331,0,-140.187 dDocent_Contig_5618 188 . C T 97.2937 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.53333;EPP=13.8677;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1306;RO=33;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:588:0:0:0,-4.51545,-53.2554 0/1:23:18,5:18:718:5:203:-11.7294,0,-58.0207 dDocent_Contig_5619 19 . T A 131.397 . AB=0.144737;ABP=86.3263;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=2592;RO=65;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=144.156;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:1001:5:196:-8.9834,0,-81.3569 0/1:46:40,6:40:1591:6:237:-7.85525,0,-129.582 dDocent_Contig_5620 50 . T A 1864.29 . AB=0.511278;ABP=3.15724;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.794118;PAIREDR=0.738462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2551;QR=2375;RO=65;RPL=32;RPP=3.52123;RPPR=4.64726;RPR=36;RUN=1;SAF=32;SAP=3.52123;SAR=36;SRF=29;SRP=4.64726;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:45,25:45:1647:25:942:-64.017,0,-127.427 0/1:63:20,43:20:728:43:1609:-126.111,0,-46.8799 dDocent_Contig_5621 120 . T C 269.657 . AB=0.55;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0.714286;EPP=26.8965;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=385;QR=1265;RO=37;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=83.3548;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:960:0:0:0,-8.42884,-86.711 0/1:20:9,11:9:305:11:385:-28.9657,0,-21.7586 dDocent_Contig_5622 98 . N G 47.2572 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:27:-2.51999,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:19:-1.89997,-0.30103,0 dDocent_Contig_5623 36 . C T 1448.21 . AB=0.0735294;ABP=217.858;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=7M1X1M;DP=136;DPB=83.1111;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=2214;RO=58;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=128.956;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:59:26,31,1:26:985:31,1:951,41:-68.4637,0,-71.5444,-72.9031,-77.4908,-153.39 0|0:77:32,36,9:32:1229:36,9:1118,350:-80.0563,0,-90.0418,-60.9157,-72.1199,-159.123 dDocent_Contig_5624 15 . G A 1842.3 . AB=0.670455;ABP=25.2185;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2377;QR=1130;RO=28;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=63.8115;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:15,27:15:609:27:1087:-85.4726,0,-42.5047 0/1:46:13,32:13:521:32:1290:-102.456,0,-33.3278 dDocent_Contig_5625 15 . A T 10480.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=328;CIGAR=1X2M;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=715.253;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=52.6951;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0152439;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12538;QR=704;RO=18;RPL=0;RPP=715.253;RPPR=42.0968;RPR=328;RUN=1;SAF=328;SAP=715.253;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:195:11,10,173:11:433:10,173:382,6558:-541.673,-513.642,-546.252,-16.4545,-20.7416,0 1|1:170:7,7,155:7:271:7,155:269,5980:-506.064,-486.087,-506.241,-24.3992,-24.5789,0 dDocent_Contig_5626 9 . T C 88.2302 . AB=0.128205;ABP=96.662;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=57.3462;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=776;QR=6318;RO=182;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=398.218;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=182;SRP=398.218;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:126:115,11:115:3955:11:398:0,-1.77084,-319.236 0/1:78:67,10:67:2363:10:378:-10.823,0,-188.654 dDocent_Contig_5627 107 . N C 89.1163 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=89;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50935,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 dDocent_Contig_5629 12 . T A 35525.8 . AB=0.670857;ABP=446.74;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1174;CIGAR=1X;DP=1750;DPB=1750;DPRA=0;EPP=2552.32;EPPR=1240.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9131;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45420;QR=22247;RO=570;RPL=0;RPP=2552.32;RPPR=1240.75;RPR=1174;RUN=1;SAF=1174;SAP=2552.32;SAR=0;SRF=570;SRP=1240.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:862:171,687:171:6686:687:26470:-2121.68,0,-342.863 0/1:888:399,487:399:15561:487:18950:-1434.6,0,-1132.43 dDocent_Contig_5631 135 . G A 10120.8 . AB=0.0750469;ABP=839.043;AC=0;AF=0;AN=4;AO=40;CIGAR=1X1M1X;DP=533;DPB=533;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1468;QR=5595;RO=151;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=330.903;RPR=40;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=330.903;SRR=151;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:265:83,12,170:83:3078:12,170:447,6445:-503.449,-491.842,-740.079,0,-215.258,-200.675 0|0:268:68,28,171:68:2517:28,171:1021,6497:-512.335,-449.406,-646.882,0,-122.512,-154.436 dDocent_Contig_5632 64 . T C 543.096 . AB=0.206107;ABP=101.29;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1075;QR=4138;RO=104;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=228.843;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:1036:6:242:-12.5246,0,-83.8932 0/1:99:78,21:78:3102:21:833:-45.484,0,-249.451 dDocent_Contig_5633 21 . T C 326.153 . AB=0.132979;ABP=222.976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=367;DPB=367;DPRA=1.05028;EPP=57.2971;EPPR=743.482;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997067;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1008;QR=13537;RO=341;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=743.482;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=341;SRP=743.482;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:188:162,25:162:6441:25:1008:-34.3143,0,-522.739 0/0:179:179,0:179:7096:0:0:0,-53.8844,-638.323 dDocent_Contig_5634 28 . G A 603.124 . AB=0.360656;ABP=13.2981;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=1.79412;EPP=50.7827;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=893;QR=2906;RO=73;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=161.528;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1341:0:0:0,-10.235,-120.953 0/1:61:39,22:39:1565:22:893:-62.3124,0,-122.726 dDocent_Contig_5635 131 . A G 31.5231 . AB=0.100629;ABP=223.285;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=281;DPB=281;DPRA=1.30328;EPP=37.7539;EPPR=578.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=582;QR=9567;RO=265;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=578.45;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=578.45;SRR=265;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:159:143,16:143:5174:16:582:-4.85097,0,-417.907 0/0:122:122,0:122:4393:0:0:0,-36.7257,-395.515 dDocent_Contig_5636 1 . N G 89.7543 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=36;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-8.97489,-0.90309,0 dDocent_Contig_5639 98 . N C 3037.12 . 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AB=0.148148;ABP=61.0771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0.931034;EPP=20.3821;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=3996;RO=104;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=228.843;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:46,8:46:1724:8:316:-12.5484,0,-139.138 0/0:58:58,0:58:2272:0:0:0,-17.4597,-204.664 dDocent_Contig_5642 108 . T A 794.371 . AB=0.363636;ABP=4.78696;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=27;DPB=27;DPRA=0.6875;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:11:0,4,7:0:0:4,7:143,234:-30.9486,-19.2802,-18.0761,-12.0173,0,-9.91011 0|0:16:0,0,16:0:0:0,16:0,554:-50.1875,-50.1875,-50.1875,-4.81648,-4.81648,0 dDocent_Contig_5643 19 . T C 1011.31 . AB=0.226601;ABP=134.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1837;QR=6155;RO=157;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=343.931;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:109,25:109:4264:25:1002:-50.1369,0,-343.425 0/1:69:48,21:48:1891:21:835:-54.6932,0,-149.636 dDocent_Contig_5644 150 . C A 1687.2 . AB=0.636364;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=3X;DP=115;DPB=115;DPRA=3.25926;EPP=124.613;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2189;QR=2258;RO=59;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=131.127;RPR=56;RUN=1;SAF=0;SAP=124.613;SAR=56;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:27,0:27:1044:0:0:0,-8.12781,-94.2568 0|1:88:32,56:32:1214:56:2189:-170.72,0,-83.0486 dDocent_Contig_5645 13 . T G 1879.33 . AB=0.253918;ABP=170.799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=319;DPB=319;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=517.649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3192;QR=9212;RO=237;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=517.649;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=237;SRP=517.649;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:140:118,21:118:4557:21:824:-32.2373,0,-367.873 0/1:179:119,60:119:4655:60:2368:-159.394,0,-365.035 dDocent_Contig_5646 24 . T C 60.2133 . AB=0.0949721;ABP=258.067;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=420;DPB=420;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=836.856;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1441;QR=15240;RO=384;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=836.856;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=384;SRP=836.856;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:162,17:162:6470:17:681:-7.7203,0,-528.144 0/0:241:222,19:222:8770:19:760:0,-3.92288,-720.176 dDocent_Contig_5648 89 . G A 2710.36 . AB=0.466135;ABP=5.51052;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982906;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3886;QR=4371;RO=134;RPL=117;RPP=257.073;RPPR=293.988;RPR=0;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:74,57:74:2389:57:1908:-132.564,0,-175.828 0/1:120:60,60:60:1982:60:1978:-142.171,0,-142.528 dDocent_Contig_5649 136 . A C 1104.55 . AB=0.176166;ABP=354.609;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=386;DPB=386;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=691.367;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2553;QR=11965;RO=317;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=691.367;RPR=68;RUN=1;SAF=0;SAP=150.67;SAR=68;SRF=0;SRP=691.367;SRR=317;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:112,44:112:4241:44:1634:-100.357,0,-334.799 0/1:230:205,24:205:7724:24:919:-13.7972,0,-625.765 dDocent_Contig_5650 44 . C A 39.4567 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=1.57692;EPP=13.8677;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.580645;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2464;RO=62;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=137.642;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1032:0:0:0,-7.82678,-93.1733 0/1:41:36,5:36:1432:5:199:-5.94562,0,-116.79 dDocent_Contig_5652 7 . G A 26220.8 . AB=0.833795;ABP=352.377;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=813;CIGAR=1X;DP=893;DPB=893;DPRA=0;EPP=1768.42;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30992;QR=2418;RO=77;RPL=0;RPP=1768.42;RPPR=170.214;RPR=813;RUN=1;SAF=813;SAP=1768.42;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:532:20,512:20:621:512:19517:-1699.34,-103.976,0 0/1:361:57,301:57:1797:301:11475:-924.441,0,-54.0682 dDocent_Contig_5654 98 . N G 828.165 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.7879;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=915;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0,21:0:0:21:553:-49.6448,-6.32163,0 1/1:12:0,12:0:0:12:362:-32.8707,-3.61236,0 dDocent_Contig_5656 7 . G A 26548.5 . 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AB=0.0625;ABP=82.8119;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X5M1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.775862;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=2293;RO=58;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=128.956;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:25,3,0,6:25:983:3,0,6:118,0,232:-11.5234,-9.34071,-89.2904,-19.0491,-90.1934,-99.8997,0,-71.1412,-80.8474,-79.0412 0|0:48:33,0,3,11:33:1310:0,3,11:0,117,413:-23.8743,-33.8083,-141.659,-24.189,-132.042,-131.139,0,-107.845,-98.2286,-104.533 dDocent_Contig_5662 11 . T A 488.397 . 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T A 91.7107 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0.866667;EPP=11.6962;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=978;RO=24;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=55.1256;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:365:4:160:-10.87,0,-29.3017 0/0:15:15,0:15:613:0:0:0,-4.51545,-55.5068 dDocent_Contig_5666 106 . N A 525.642 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=2X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:11:0,11:0:0:11:393:-35.711,-3.31133,0 1|1:5:0,5:0:0:5:180:-16.5521,-1.50515,0 dDocent_Contig_5667 7 . G A 117.782 . AB=0.114504;ABP=172.103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=545.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=55;MQMR=58.5984;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.515748;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=692;QR=8482;RO=254;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=554.564;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=253;SRP=545.913;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:114,15:114:3793:15:579:-13.4771,0,-302.438 0/0:146:140,3:140:4689:3:113:0,-35.0897,-412.389 dDocent_Contig_5668 105 . T G 31.4347 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.628571;EPP=9.52472;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=2194;RO=54;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=120.27;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:775:3:123:-4.84213,0,-63.4458 0/0:35:35,0:35:1419:0:0:0,-10.536,-127.958 dDocent_Contig_5669 26 . T C 694.866 . AB=0.196262;ABP=88.753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X3M1X3M2X1M2D6M;DP=107;DPB=100.053;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=1480;RO=39;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=87.6977;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:18,1,16,4,7:18:680:1,16,4,7:40,638,131,249:-47.1437,-49.2665,-104.702,0,-52.4504,-50.9299,-41.9886,-94.4263,-45.1709,-96.5176,-32.2816,-84.7194,-35.4628,-77.4395,-85.9077 0|0:57:21,6,5,10,12:21:800:6,5,10,12:237,199,379,400:-26.0304,-12.8441,-76.669,-15.9609,-62.0859,-80.0865,-1.27314,-47.3986,-50.5151,-63.8942,0,-46.1174,-49.2336,-34.5484,-62.0094 dDocent_Contig_5670 9 . G A 84.3234 . AB=0.135593;ABP=139.114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1081;QR=9161;RO=276;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=602.337;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:102,16:102:3464:16:504:-10.1313,0,-276.418 0/0:191:174,17:174:5697:17:577:0,-5.25507,-460.565 dDocent_Contig_5671 65 . G C 90.1391 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=4.09604;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=2389;RO=66;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=3.1419;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=34;SRP=3.1419;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1358:2:78:0,-4.63773,-115.112 0/1:34:28,6:28:1031:6:232:-11.0139,0,-82.8641 dDocent_Contig_5673 32 . A T 34.4434 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.807692;EPP=9.52472;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1749;RO=44;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=98.5551;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:722:3:123:-5.14316,0,-58.9849 0/0:26:26,0:26:1027:0:0:0,-7.82678,-92.724 dDocent_Contig_5674 98 . T A 218.424 . AB=0.289474;ABP=17.6392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=982;RO=27;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:15,7:15:540:7:258:-16.9524,0,-42.3117 0/1:16:12,4:12:442:4:145:-8.58899,0,-35.3089 dDocent_Contig_5675 157 . C A 54.5673 . AB=0.114943;ABP=115.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=7.25;EPP=24.725;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=370;QR=3325;RO=89;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=196.271;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=196.271;SRR=89;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:457:0:0:0,-3.61236,-41.4786 0/1:87:77,10:77:2868:10:370:-7.45673,0,-232.118 dDocent_Contig_5676 34 . T C 74.1669 . AB=0.10989;ABP=123.3;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=3.13793;EPP=24.725;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=3992;RO=110;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=241.872;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1052:0:0:0,-8.72987,-94.9845 0/1:91:81,10:81:2940:10:405:-9.41669,0,-237.377 dDocent_Contig_5678 22 . T A 5592.13 . AB=0.695652;ABP=87.1313;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=176;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=385.189;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8977;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7101;QR=3115;RO=77;RPL=0;RPP=385.189;RPPR=170.214;RPR=176;RUN=1;SAF=176;SAP=385.189;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:150:49,101:49:1986:101:4065:-320.666,0,-133.772 0/1:103:28,75:28:1129:75:3036:-242.246,0,-70.8841 dDocent_Contig_5679 76 . C T 1223.57 . AB=0.512195;ABP=3.11623;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1668;QR=1608;RO=40;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:28,11:28:1126:11:444:-28.5752,0,-89.8832 0/1:43:12,31:12:482:31:1224:-97.4808,0,-30.7862 dDocent_Contig_5680 41 . G A 284.811 . AB=0.115254;ABP=382.311;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=652;DPB=652;DPRA=0.826331;EPP=76.8404;EPPR=1344.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1319;QR=23791;RO=618;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=1344.98;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=618;SRP=1344.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:295:261,34:261:10081:34:1319:-30.18,0,-818.053 0/0:357:357,0:357:13710:0:0:0,-107.468,-1233.18 dDocent_Contig_5681 27 . G A 2585.29 . AB=0.489011;ABP=3.2012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X1M;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3505;QR=3458;RO=88;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=194.1;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:62:30,5,27:30:1189:5,27:199,1068:-78.8595,-71.504,-167.866,0,-81.4789,-89.7373 0|1:120:58,0,62:58:2269:0,62:0,2437:-183.368,-200.828,-387.381,0,-186.945,-168.281 dDocent_Contig_5683 98 . N C 51.461 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:57:-5.14502,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5685 124 . A T 691.507 . AB=0.248366;ABP=87.1584;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1314;QR=4052;RO=115;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=252.73;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=252.73;SRR=115;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:50,17:50:1754:17:585:-32.8058,0,-137.97 0/1:86:65,21:65:2298:21:729:-40.0439,0,-181.185 dDocent_Contig_5686 79 . T A 1034.21 . AB=0.56;ABP=5.35549;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1434;QR=1019;RO=33;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:15,19:15:450:19:656:-49.1284,0,-30.5568 0/1:41:18,23:18:569:23:778:-57.9916,0,-39.1724 dDocent_Contig_5687 26 . T C 450.833 . AB=0.176871;ABP=136.327;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1026;QR=4375;RO=121;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=265.758;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:49,12:49:1767:12:475:-24.7361,0,-140.921 0/1:86:72,14:72:2608:14:551:-24.0461,0,-209.043 dDocent_Contig_5688 82 . A T 588.918 . AB=0.522727;ABP=3.20771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=734;RO=21;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:8,8:8:278:8:290:-21.6323,0,-20.5412 0/1:28:13,15:13:456:15:545:-40.9585,0,-32.9444 dDocent_Contig_5689 124 . A C 36.4615 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=793;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:15,1:15:515:1:35:0,-1.31785,-43.1774 0/1:11:8,3:8:278:3:96:-5.64595,0,-22.0467 dDocent_Contig_5692 42 . T C 7962.92 . AB=0.732558;ABP=164.608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=252;CIGAR=1X;DP=344;DPB=344;DPRA=0;EPP=550.221;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10042;QR=3550;RO=92;RPL=0;RPP=550.221;RPPR=202.786;RPR=252;RUN=1;SAF=252;SAP=550.221;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:123:41,82:41:1565:82:3264:-256.798,0,-104.054 0/1:221:51,170:51:1985:170:6778:-543.193,0,-112.326 dDocent_Contig_5693 7 . G A 1132.82 . AB=0.178771;ABP=323.879;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2451;QR=9005;RO=281;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=613.194;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:141:109,26:109:3576:26:991:-48.6913,0,-281.222 0/1:217:172,38:172:5429:38:1460:-68.2893,0,-425.334 dDocent_Contig_5694 7 . G A 1432.57 . AB=0.0244989;ABP=884.797;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=67;CIGAR=1X2M;DP=1340;DPB=1340;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=2432.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996425;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2476;QR=36017;RO=1119;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=2432.89;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=1119;SRP=2432.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:449:347,80,11:347:11034:80,11:3040,396:-144.956,0,-864.175,-217.112,-855.956,-1101.97 0|0:891:772,37,56:772:24983:37,56:1419,2080:0,-115.898,-2119.89,-62.1575,-1960.82,-2060.44 dDocent_Contig_5696 183 . T C 84.5945 . AB=0.126761;ABP=88.9211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.83871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=2483;RO=62;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1158:5:201:-8.2355,0,-94.2607 0/1:37:33,4:33:1325:4:163:-3.92032,0,-108.372 dDocent_Contig_5697 47 . A G 589.556 . AB=0.3;ABP=30.8051;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=956;QR=2226;RO=56;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=124.613;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:415:5:198:-13.3793,0,-32.8714 0/1:64:45,19:45:1811:19:758:-49.2752,0,-143.932 dDocent_Contig_5698 79 . T A 1614.08 . AB=0.504;ABP=3.02767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.698413;PAIREDR=0.774194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2246;QR=2310;RO=62;RPL=36;RPP=5.80219;RPPR=3.0103;RPR=27;RUN=1;SAF=36;SAP=5.80219;SAR=27;SRF=31;SRP=3.0103;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:33,30:33:1225:30:1085:-78.984,0,-91.572 0/1:62:29,33:29:1085:33:1161:-86.1229,0,-79.2774 dDocent_Contig_5699 14 . G A 6537.2 . AB=0.863248;ABP=271.196;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=202;CIGAR=1X6M;DP=234;DPB=232;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.990099;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7890;QR=665;RO=17;RPL=0;RPP=441.648;RPPR=39.9253;RPR=202;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:89:9,2,78:9:356:2,78:76,3071:-249.912,-246.389,-275.086,0,-23.0817,-5.83107 1|1:145:8,12,124:8:309:12,124:466,4819:-406.446,-370.569,-392.333,-12.9109,0,-0.958528 dDocent_Contig_5701 7 . G C 1418.77 . AB=0.409524;ABP=10.476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X1M1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.848485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1647;QR=1123;RO=33;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=74.6689;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:23,16,8,3:23:792:16,8,3:613,296,115:-43.4048,0,-59.4958,-26.113,-40.0901,-88.0084,-40.8881,-54.8701,-80.9758,-104.291 1|0:54:10,27,17,0:10:331:27,17,0:1034,580,0:-102.171,-20.2983,-38.932,-58.1443,0,-79.7781,-105.182,-47.0598,-84.8956,-131.94 dDocent_Contig_5702 11 . T C 368.311 . AB=0.185567;ABP=86.3098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=4M1X8M2I4M;DP=97;DPB=102.529;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.914894;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=1743;RO=47;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=105.07;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:60:32,0,0,0,0,6,11,3:32:1190:0,0,0,0,6,11,3:0,0,0,0,215,397,33:-22.7766,-32.4095,-129.822,-32.4095,-129.822,-129.822,-32.4095,-129.822,-129.822,-129.822,-32.4095,-129.822,-129.822,-129.822,-129.822,-15.4581,-112.876,-112.876,-112.876,-112.876,-111.07,0,-97.4307,-97.4307,-97.4307,-97.4307,-80.4845,-94.1194,-30.369,-127.768,-127.768,-127.768,-127.768,-110.823,-95.3795,-126.865 0|1:37:15,4,3,2,3,3,7,0:15:553:4,3,2,3,3,7,0:128,110,78,116,113,271,0:-17.7534,-11.9708,-55.9824,-13.6606,-48.5779,-57.977,-15.855,-50.7737,-52.4671,-60.4744,-12.7378,-47.657,-49.3502,-51.5464,-57.0565,-13.0566,-47.9751,-49.6683,-51.8645,-48.7475,-57.3745,0,-34.9228,-36.6154,-38.8113,-35.6941,-36.0124,-43.1176,-22.2689,-57.1865,-58.8801,-61.0765,-57.9596,-58.2776,-45.2248,-67.4894 dDocent_Contig_5704 10 . C T 248.056 . AB=0.191011;ABP=76.816;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=1.7451;EPP=39.9253;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.934959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=592;QR=4525;RO=123;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=270.101;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:51,0:51:1790:0:0:0,-15.3525,-161.327 0/1:89:72,17:72:2735:17:592:-26.8056,0,-219.523 dDocent_Contig_5707 41 . C G 262.488 . AB=0.173913;ABP=87.981;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=257;DPB=257;DPRA=0;EPP=5.02092;EPPR=468.31;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8889;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.904348;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1050;QR=9008;RO=230;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=502.449;RPR=27;RUN=1;SAF=11;SAP=5.02092;SAR=16;SRF=226;SRP=468.31;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:165:154,11:154:6041:11:432:0,-10.4347,-504.265 0/1:92:76,16:76:2967:16:618:-28.2488,0,-239.443 dDocent_Contig_5708 44 . T C 702.088 . AB=0.192513;ABP=156.581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=2.96825;EPP=81.1833;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1425;QR=8509;RO=214;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=467.705;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:63,0:63:2510:0:0:0,-18.9649,-226.04 0/1:187:151,36:151:5999:36:1425:-72.2088,0,-483.408 dDocent_Contig_5709 9 . G A 892.062 . 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AB=0.104651;ABP=119.765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.153846;PAIREDR=0.768817;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=7344;RO=186;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=406.904;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:77,9:77:3044:9:361:-6.96473,0,-248.156 0/0:113:109,4:109:4300:4:123:0,-22.6477,-375.594 dDocent_Contig_5712 13 . T C 5426.48 . AB=0.0307692;ABP=500.244;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X6M3X1M;DP=260;DPB=240.364;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=58.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=1384;RO=35;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=79.0118;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:125:10,45,1,65:10:398:45,1,65:1757,40,2474:-311.538,-170.119,-189.347,-311.253,-199.598,-343.725,-111.646,0,-141.124,-124.852 1|0:135:25,45,7,57:25:986:45,7,57:1757,267,2182:-234.809,-97.9114,-165.494,-220.446,-157.152,-299.467,-63.2919,0,-122.532,-127.261 dDocent_Contig_5713 153 . C T 1664.64 . AB=0.608247;ABP=12.8827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2209;QR=1434;RO=38;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=85.5263;RPR=59;RUN=1;SAF=0;SAP=131.127;SAR=59;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:23,37:23:860:37:1388:-107.111,0,-59.6355 0/1:37:15,22:15:574:22:821:-63.0525,0,-40.8518 dDocent_Contig_5714 98 . N G 410.739 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=28.1176;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.3887;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=569;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:17:0,17:0:0:17:569:-41.0739,-5.11751,0 dDocent_Contig_5716 23 . C T 92.9774 . 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AB=0.307494;ABP=127.581;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X6M;DP=387;DPB=387;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.865772;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4324;QR=5799;RO=149;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=326.56;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:180:63,9,16,9,54,8:63:2451:9,16,9,54,8:326,628,354,1983,313:-143.105,-135.461,-334.172,-110.5,-285.313,-307.106,-132.948,-307.76,-282.801,-331.66,0,-174.812,-149.852,-172.299,-185.165,-136.335,-311.147,-286.188,-308.635,-175.686,-335.348 0|1:207:86,6,14,2,65,11:86:3348:6,14,2,65,11:220,530,79,2341,433:-165.08,-172.987,-446.334,-147.534,-404.707,-418.474,-187.626,-444.797,-419.346,-462.177,0,-257.17,-231.719,-271.809,-255.584,-155.346,-412.519,-387.068,-427.158,-239.531,-427.189 dDocent_Contig_5720 62 . G A 13256.7 . 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AB=0.206897;ABP=46.29;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=1610;RO=40;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=89.8692;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:9,7,0:9:362:7,0:262,0:-18.7101,0,-27.7177,-21.4194,-29.8249,-51.2636 0|1:41:31,5,5:31:1248:5,5:200,177:-7.16474,0,-101.394,-2.10991,-88.4964,-103.465 dDocent_Contig_5722 66 . T A 415.99 . 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AB=0.125926;ABP=167.093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=327;DPB=327;DPRA=0.703125;EPP=39.9253;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=12358;RO=309;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=673.995;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:192:191,0:191:7614:0:0:0,-57.4967,-684.468 0/1:135:118,17:118:4744:17:686:-21.4302,0,-386.21 dDocent_Contig_5724 51 . A C 1300.19 . AB=0.0720721;ABP=179.565;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M1X4M;DP=214;DPB=252.143;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=4485;RO=115;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:103:53,0,24,26:53:2049:0,24,26:0,898,974:-63.807,-79.7616,-248.055,-6.23031,-174.525,-167.3,0,-168.295,-94.7677,-160.469 0|0:111:62,8,29,10:62:2436:8,29,10:318,1082,373:-69.9108,-62.3896,-260.351,0,-174.182,-191.634,-58.0475,-232.232,-169.838,-255.404 dDocent_Contig_5725 53 . C T 235.75 . AB=0.333333;ABP=11.6962;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=411;QR=788;RO=23;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:512:2:70:-1.52989,0,-41.2873 0/1:19:8,10:8:276:10:341:-25.507,0,-19.6564 dDocent_Contig_5727 34 . G T 36.5242 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=2.5;EPP=9.52472;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=718;RO=18;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=42.0968;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:245:0:0:0,-1.80618,-22.4295 0/1:15:12,3:12:473:3:109:-5.65229,0,-38.4028 dDocent_Contig_5728 176 . A C 3432.51 . AB=0.736486;ABP=74.9036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4344;QR=1511;RO=38;RPL=109;RPP=239.701;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=239.701;SAR=109;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:18,37:18:719:37:1490:-117.686,0,-48.3735 0/1:92:20,72:20:792:72:2854:-229.264,0,-43.9003 dDocent_Contig_5729 14 . T A 3146.75 . AB=0.326087;ABP=99.688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=368;DPB=368;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991667;PAIREDR=0.97166;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4766;QR=9824;RO=247;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=539.364;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=247;SRP=539.364;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:113,52:113:4475:52:2046:-134.668,0,-353.032 0/1:203:134,68:134:5349:68:2720:-183.705,0,-420.048 dDocent_Contig_5730 107 . N T 413.15 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=449;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:13:0,13:0:0:13:420:-38.1129,-3.91339,0 dDocent_Contig_5731 7 . G A 230.83 . AB=0.19863;ABP=118.188;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X2M1D7M1X2M;DP=195;DPB=185.786;DPRA=2.97959;EPP=65.983;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=13;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.786885;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=2282;RO=61;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=135.47;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:29,14,0:29:1092:14,0:149,0:0,-3.1088,-88.5691,-8.72987,-92.7835,-98.3712 0|1:146:32,81,29:32:1190:81,29:886,377:-25.083,0,-73.1403,-17.0804,-80.0008,-105.821 dDocent_Contig_5733 98 . N A 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_5734 11 . T A 1978.29 . AB=0.27809;ABP=155.282;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X2M2X;DP=356;DPB=356;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=548.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=50.8889;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.808081;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3823;QR=9706;RO=251;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=548.05;RPR=99;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=251;SRP=548.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:196:140,51:140:5428:51:1981:-98.1677,0,-430.708 0|1:160:111,48:111:4278:48:1842:-103.36,0,-336.911 dDocent_Contig_5735 54 . C T 101.043 . AB=0.148649;ABP=82.3571;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3931;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.662069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=4835;RO=145;RPL=4;RPP=7.18621;RPPR=4.22333;RPR=9;RUN=1;SAF=4;SAP=7.18621;SAR=9;SRF=77;SRP=4.22333;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:63,11:63:2138:11:375:-11.8033,0,-170.323 0/0:84:82,2:82:2697:2:69:0,-18.7339,-236.378 dDocent_Contig_5736 9 . C T 200.041 . AB=0.310345;ABP=12.0706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2M1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0.878788;EPP=22.5536;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=1486;RO=46;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=102.898;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:14,2,3,9:14:505:2,3,9:58,117,318:-21.7031,-21.3074,-61.9237,-16.2864,-52.9034,-56.6131,0,-36.6337,-31.6193,-38.5354 0|0:33:32,0,1,0:32:981:0,1,0:0,35,0:0,-9.63296,-88.2102,-6.43536,-85.3612,-85.0602,-9.63296,-88.2102,-85.3612,-88.2102 dDocent_Contig_5737 12 . C T 1905.05 . AB=0.507812;ABP=3.07816;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2580;QR=2494;RO=63;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=139.813;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:35,41:35:1384:41:1622:-123.337,0,-101.942 0/1:52:28,24:28:1110:24:958:-70.8669,0,-84.5319 dDocent_Contig_5738 14 . T C 754.361 . AB=0.595238;ABP=6.31921;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.84;PAIREDR=0.0588235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1012;QR=680;RO=17;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=39.9253;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:8,11:8:324:11:444:-34.5964,0,-23.8093 0/1:23:9,14:9:356:14:568:-44.5387,0,-25.4769 dDocent_Contig_5740 28 . T C 22773.1 . AB=0.78011;ABP=619.778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=706;CIGAR=1X;DP=905;DPB=905;DPRA=0;EPP=1536.07;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9618;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992918;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28398;QR=8009;RO=199;RPL=0;RPP=1536.07;RPPR=435.133;RPR=706;RUN=1;SAF=706;SAP=1536.07;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:398:86,312:86:3440:312:12527:-1006.58,0,-189.83 0/1:507:113,394:113:4569:394:15871:-1274.43,0,-258.485 dDocent_Contig_5741 23 . T A 2280.41 . AB=0.133183;ABP=1556.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=177;CIGAR=1X;DP=1329;DPB=1329;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=2502.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0.95656;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7020;QR=46095;RO=1151;RPL=0;RPP=387.361;RPPR=2502.38;RPR=177;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=1151;SRP=2502.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:522:429,93:429:17138:93:3681:-174.183,0,-1383.9 0/1:807:722,84:722:28957:84:3339:-57.5568,0,-2360.44 dDocent_Contig_5742 85 . A T 30.8702 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.888889;EPP=13.8677;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=183;QR=2800;RO=80;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1195:5:183:-4.78564,0,-95.8066 0/0:45:45,0:45:1605:0:0:0,-13.5463,-144.739 dDocent_Contig_5743 190 . C T 7346.37 . AB=0.734756;ABP=160.018;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=241;CIGAR=1X;DP=328;DPB=328;DPRA=0;EPP=526.335;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9302;QR=3380;RO=87;RPL=241;RPP=526.335;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=526.335;SAR=241;SRF=0;SRP=191.928;SRR=87;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:141:25,116:25:981:116:4521:-364.396,0,-46.1407 0/1:187:62,125:62:2399:125:4781:-373.94,0,-159.779 dDocent_Contig_5744 11 . T C 1700.19 . AB=0.512605;ABP=3.17453;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2322;QR=2180;RO=58;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=128.956;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:21,17:21:806:17:645:-46.9364,0,-61.4207 0/1:81:37,44:37:1374:44:1677:-126.782,0,-99.5534 dDocent_Contig_5745 11 . T C 1774.26 . AB=0.12361;ABP=1884.48;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=189;CIGAR=1X;DP=1529;DPB=1529;DPRA=0;EPP=413.419;EPPR=2912.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978836;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7125;QR=48791;RO=1340;RPL=0;RPP=413.419;RPPR=2912.78;RPR=189;RUN=1;SAF=189;SAP=413.419;SAR=0;SRF=1340;SRP=2912.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:774:692,82:692:25175:82:3082:-44.4953,0,-2031.44 0/1:755:648,107:648:23616:107:4043:-136.629,0,-1896.97 dDocent_Contig_5747 13 . T C 527.275 . AB=0.113636;ABP=60.0608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1916;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:27,12,5:27:1013:12,5:474,199:-30.8721,0,-79.3482,-22.6134,-66.5714,-104.074 0|1:35:24,10,0:24:903:10,0:398,0:-25.5543,0,-70.9597,-32.779,-73.97,-106.748 dDocent_Contig_5748 25 . T C 1043.02 . AB=0.383838;ABP=14.6134;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.710526;PAIREDR=0.918033;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1524;QR=2465;RO=61;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=135.47;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:24,12:24:973:12:486:-33.2546,0,-77.0307 0/1:63:37,26:37:1492:26:1038:-74.7464,0,-115.558 dDocent_Contig_5749 83 . G A 852.431 . AB=0.0606061;ABP=58.3499;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=492;RO=18;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:8,0,16:8:249:0,16:0,498:-37.8944,-40.3027,-60.3002,0,-20.3088,-15.4923 0|0:33:10,2,21:10:243:2,21:63,671:-51.0476,-48.9919,-67.2219,0,-13.7183,-12.4751 dDocent_Contig_5750 94 . A G 55.0592 . AB=0.112994;ABP=233.272;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.872611;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=4686;RO=157;RPL=14;RPP=9.95901;RPPR=4.13061;RPR=6;RUN=1;SAF=7;SAP=6.91895;SAR=13;SRF=74;SRP=4.13061;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1506:6:217:-3.31787,0,-119.208 0/1:122:108,14:108:3180:14:470:-5.87668,0,-249.599 dDocent_Contig_5752 27 . C T 717.858 . AB=0.531915;ABP=3.42611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X3M;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=986;QR=794;RO=20;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=46.4397;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:15,0,8:15:594:0,8:0,319:-22.1529,-26.6683,-75.5553,0,-49.2844,-46.8761 0|1:24:5,2,17:5:200:2,17:80,667:-53.3319,-48.2463,-64.1211,0,-9.88525,-11.3577 dDocent_Contig_5753 58 . T A 1721.83 . AB=0.357143;ABP=40.2355;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0.985185;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2650;QR=4761;RO=135;RPL=75;RPP=165.871;RPPR=296.159;RPR=0;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:59,45:59:2094:45:1598:-112.803,0,-157.423 0/1:106:76,30:76:2667:30:1052:-63.079,0,-208.364 dDocent_Contig_5755 7 . G T 1192.5 . AB=0.0625;ABP=56.2114;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2X2M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=908;RO=26;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=59.4686;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:9,20,2:9:308:20,2:765,76:-60.0798,0,-18.9659,-56.556,-18.7468,-80.9426 0|0:40:17,23,0:17:600:23,0:838,0:-62.8694,0,-42.2781,-67.9869,-49.2018,-116.833 dDocent_Contig_5756 13 . G C 2848.41 . AB=0.743802;ABP=65.4805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.744444;PAIREDR=0.83871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3606;QR=1210;RO=31;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=70.3259;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:12,53:12:480:53:2139:-173.117,0,-23.9841 0/1:56:19,37:19:730:37:1467:-115.422,0,-49.1596 dDocent_Contig_5757 34 . T A 1667.36 . AB=0.129032;ABP=114.176;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2X4M1X6M1X13M;DP=169;DPB=158.111;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=1669;RO=45;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:76:32,8,13,0,14,5:32:1171:8,13,0,14,5:322,516,0,546,193:-35.2503,-18.34,-111.618,-2.39838,-71.5422,-94.1719,-44.8832,-114.026,-98.0853,-140.568,0,-69.1425,-53.2006,-95.6856,-91.4712,-29.0324,-98.175,-82.2337,-124.717,-79.8341,-123.212 1|0:93:13,28,9,12,28,2:13:498:28,9,12,28,2:1102,350,429,1087,73:-135.184,-48.4439,-80.8872,-110.337,-60.555,-148.499,-104.135,-54.3539,-116.246,-141.393,-49.785,0,-61.896,-55.695,-82.2277,-133.135,-83.3541,-145.247,-139.043,-84.6947,-173.405 dDocent_Contig_5758 78 . G A 59.8358 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=876;RO=26;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:15,1,1:15:502:1,1:35,36:0,-1.6727,-41.9989,-1.57305,-39.3609,-41.9086 0|1:18:11,4,3:11:374:4,3:139,108:-7.98275,0,-29.1173,-2.47649,-21.5049,-31.905 dDocent_Contig_5761 98 . N A 96.1056 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5762 106 . N A 252.67 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:8:0,8:0:0:8:277:-25.267,-2.40824,0 dDocent_Contig_5763 40 . G C 38490.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1118;CIGAR=1X;DP=1158;DPB=1158;DPRA=0;EPP=2430.72;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44400;QR=1588;RO=40;RPL=0;RPP=2430.72;RPPR=89.8692;RPR=1118;RUN=1;SAF=1118;SAP=2430.72;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:541:6,535:6:244:535:21267:-1889.91,-140.519,0 1/1:617:34,583:34:1344:583:23133:-1958.8,-64.5212,0 dDocent_Contig_5764 7 . G A 46.9105 . AB=0.122807;ABP=73.4498;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=373;QR=3325;RO=111;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=244.044;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:49,7:49:1465:7:256:-6.39002,0,-115.11 0/0:65:62,3:62:1860:3:117:0,-8.65657,-156.714 dDocent_Contig_5765 95 . T C 1343.97 . 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AB=0.342857;ABP=10.5174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=924;RO=23;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=52.9542;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:11,11:11:443:11:444:-33.6929,0,-33.6027 0/1:13:12,1:12:481:1:41:-0.181177,0,-39.7286 dDocent_Contig_5767 98 . N C 114.759 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:83:-7.67496,-1.20412,0 dDocent_Contig_5768 33 . C T 229.836 . 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A G 2728.5 . AB=0.801587;ABP=102.553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3488;QR=886;RO=25;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=57.2971;RPR=101;RUN=1;SAF=0;SAP=222.329;SAR=101;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:13,42:13:459:42:1437:-113.062,0,-25.088 0/1:71:12,59:12:427:59:2051:-163.487,0,-17.395 dDocent_Contig_5773 7 . G A 10662.3 . 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AB=0.125;ABP=81.1833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=1.23077;EPP=20.3821;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=4100;RO=108;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=237.529;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:1989:0:0:0,-15.6536,-179.223 0/1:64:56,8:56:2111:8:281:-6.356,0,-170.92 dDocent_Contig_5776 27 . A T 345.835 . 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AB=0.15;ABP=24.2907;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X2M4D1X1M;DP=43;DPB=38.1538;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1055;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:10,3,7:10:380:3,7:120,271:-19.24,-12.3612,-42.6149,0,-21.2558,-29.0384 0|0:23:17,0,5:17:675:0,5:0,190:-10.4869,-15.6044,-71.1905,0,-55.614,-54.1089 dDocent_Contig_5782 12 . T C 758.813 . AB=0.169291;ABP=244.3;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=505;DPB=505;DPRA=1.01195;EPP=96.3836;EPPR=1001.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.9302;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1710;QR=17255;RO=460;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=1001.89;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=460;SRP=1001.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:251:251,0:251:9477:0:0:0,-75.5585,-852.61 0/1:254:209,43:209:7778:43:1710:-77.8813,0,-623.575 dDocent_Contig_5783 34 . G C 4923.65 . AB=0.318569;ABP=170.843;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=187;CIGAR=1X2M1X;DP=587;DPB=587;DPRA=0;EPP=409.076;EPPR=808.831;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984334;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7426;QR=14691;RO=383;RPL=0;RPP=409.076;RPPR=783.385;RPR=187;RUN=1;SAF=187;SAP=409.076;SAR=0;SRF=380;SRP=808.831;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:272:147,121:147:5633:121:4790:-350.003,0,-425.897 0|1:315:236,66:236:9058:66:2636:-146.06,0,-723.595 dDocent_Contig_5785 1 . N G 76.8682 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_5786 27 . T A 484.741 . AB=0.358491;ABP=12.2288;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=749;QR=1352;RO=34;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=76.8404;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:18,11:18:707:11:433:-30.5924,0,-55.2243 0/1:24:16,8:16:645:8:316:-21.5807,0,-51.1568 dDocent_Contig_5787 27 . G A 2408.44 . 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AB=0.288462;ABP=23.2217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=1189;RO=36;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=81.1833;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:23,10:23:824:10:339:-20.5225,0,-64.1594 0/1:18:13,5:13:365:5:173:-10.4848,0,-27.7026 dDocent_Contig_5789 71 . A G 374.532 . 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AB=0.694915;ABP=392.403;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=820;CIGAR=1X;DP=1180;DPB=1180;DPRA=0;EPP=1783.62;EPPR=784.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32566;QR=13878;RO=360;RPL=0;RPP=1783.62;RPPR=784.74;RPR=820;RUN=1;SAF=820;SAP=1783.62;SAR=0;SRF=360;SRP=784.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:593:118,475:118:4569:475:18890:-1520.06,0,-232.695 0/1:587:242,345:242:9309:345:13676:-1053.15,0,-660.706 dDocent_Contig_5791 7 . G A 351.882 . 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AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=557;RO=16;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=37.7539;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:10:8,2,0:8:279:2,0:69,0:-3.54236,0,-22.4386,-5.9506,-23.0406,-28.6456 0|0:10:8,0,2:8:278:0,2:0,65:-3.16299,-5.57123,-28.1915,0,-22.9497,-22.3477 dDocent_Contig_5794 7 . G A 2704.43 . AB=0.55814;ABP=8.06024;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=17.2;EPP=211.472;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3601;QR=2899;RO=86;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=189.757;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:326:0:0:0,-3.0103,-29.6473 0/1:172:76,96:76:2573:96:3601:-272.443,0,-179.999 dDocent_Contig_5795 19 . G A 56.4525 . AB=0.12766;ABP=59.6072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.797101;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=2731;RO=69;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=152.842;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:28,2:28:1119:2:73:0,-2.10083,-94.0672 0/1:47:41,6:41:1612:6:238:-7.64524,0,-131.165 dDocent_Contig_5796 18 . G A 2246.4 . AB=0.416667;ABP=14.5915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3174;QR=4450;RO=112;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=246.215;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:44,23:44:1743:23:925:-63.3855,0,-136.92 0/1:125:68,57:68:2707:57:2249:-164.953,0,-206.121 dDocent_Contig_5797 27 . C T 33.4229 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X3M1D3M1X;DP=42;DPB=41.6;DPRA=2;EPP=11.6962;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=149;QR=1495;RO=38;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=85.5263;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:14,0:14:547:0:0:0,-4.21442,-49.5741 0|1:28:24,4:24:948:4:149:-5.34209,0,-77.2018 dDocent_Contig_5798 27 . C G 3540.39 . AB=0.517094;ABP=3.60421;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=234;DPB=234;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4754;QR=4495;RO=113;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=248.387;RPR=121;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:62,42:62:2456:42:1623:-115.001,0,-189.876 0/1:130:51,79:51:2039:79:3131:-242.737,0,-144.562 dDocent_Contig_5799 17 . C A 268.435 . AB=0.179775;ABP=82.2812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=629;QR=2949;RO=73;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=161.528;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:33,8:33:1338:8:306:-15.5533,0,-108.333 0/1:48:40,8:40:1611:8:323:-14.9891,0,-130.769 dDocent_Contig_5801 98 . N C 129.452 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:140:-12.9449,-1.20412,0 dDocent_Contig_5802 57 . C A 297.378 . AB=0.407407;ABP=5.02092;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=1924;RO=49;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1:33:1294:1:41:0,-6.14045,-112.629 0/1:27:16,11:16:630:11:439:-31.7378,0,-48.9027 dDocent_Contig_5804 141 . C G 33.342 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.22222;EPP=11.6962;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=2142;RO=56;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=124.613;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1117:4:162:-5.03297,0,-90.8959 0/0:27:27,0:27:1025:0:0:0,-8.12781,-92.5483 dDocent_Contig_5805 28 . C T 264.96 . AB=0.0833333;ABP=39.2015;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X5M;DP=73;DPB=85;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.780488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=1566;RO=41;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=92.0407;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:11,2,5,4,2:11:426:2,5,4,2:78,184,158,78:-11.7206,-8.61891,-43.0155,0,-28.581,-33.4877,-2.02473,-30.6133,-21.9895,-35.8217,-8.61891,-37.2052,-28.581,-30.6133,-43.0155 0|1:49:30,9,4,5,0:30:1140:9,4,5,0:336,156,197,0:-18.4723,0,-90.7757,-14.6773,-80.6613,-106.963,-11.2897,-77.2753,-91.9576,-103.276,-27.5032,-93.485,-108.167,-104.782,-120.991 dDocent_Contig_5806 25 . T C 105.647 . AB=0.126316;ABP=118.235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.939759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=3254;RO=83;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=183.243;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:673:3:119:-5.07441,0,-54.8813 0/1:75:66,9:66:2581:9:349:-9.18903,0,-209.868 dDocent_Contig_5807 80 . G A 119.669 . AB=0.2;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.675;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=334;QR=1334;RO=40;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:841:5:170:-6.60388,0,-66.9704 0/1:20:15,5:15:493:5:164:-9.06201,0,-38.6636 dDocent_Contig_5808 53 . G C 61.6114 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.489362;EPP=11.6962;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.893939;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=2583;RO=66;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:19,4:19:751:4:160:-7.86011,0,-60.9909 0|0:47:47,0:47:1832:0:0:0,-14.1484,-165.109 dDocent_Contig_5810 8 . T C 176.409 . AB=0.15;ABP=151.973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=234;DPB=234;DPRA=1.48936;EPP=48.6112;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.4286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=6621;RO=213;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=465.534;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=213;SRP=465.534;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:140:119,21:119:3708:21:687:-19.3399,0,-291.741 0/0:94:94,0:94:2913:0:0:0,-28.2968,-262.372 dDocent_Contig_5811 188 . A C 252.182 . AB=0.434783;ABP=3.86001;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=525;RO=13;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:283:4:154:-10.9181,0,-22.5317 0/1:12:6,6:6:242:6:236:-17.9991,0,-18.5446 dDocent_Contig_5812 98 . N T 1411.58 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1558;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:317:-28.8699,-2.70927,0 1/1:36:0,36:0:0:36:1241:-111.987,-10.8371,0 dDocent_Contig_5813 13 . T C 11927 . AB=0.427705;ABP=47.9086;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=423;CIGAR=1X;DP=989;DPB=989;DPRA=0;EPP=921.543;EPPR=1232.06;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1324;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.815603;PAIREDR=0.984099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16730;QR=22167;RO=566;RPL=0;RPP=921.543;RPPR=1232.06;RPR=423;RUN=1;SAF=423;SAP=921.543;SAR=0;SRF=566;SRP=1232.06;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:446:232,214:232:9046:214:8472:-618.271,0,-679.459 0/1:543:334,209:334:13121:209:8258:-578.13,0,-1016.6 dDocent_Contig_5814 126 . G A 239.87 . AB=0.333333;ABP=10.9724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=428;QR=1688;RO=58;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=128.956;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:22,11:22:673:11:392:-25.686,0,-50.9242 0/0:37:36,1:36:1015:1:36:0,-7.53983,-88.0098 dDocent_Contig_5816 107 . N T 134.045 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_5817 201 . A G 849.799 . AB=0.540984;ABP=3.90025;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2143;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1182;QR=1029;RO=28;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:14,16:14:511:16:581:-43.5938,0,-37.2693 0/1:31:14,17:14:518:17:601:-45.085,0,-37.6305 dDocent_Contig_5818 13 . A T 564.168 . AB=0.254717;ABP=58.4033;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1M4I3M1X;DP=161;DPB=184.2;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=50.4828;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.965517;PAIREDR=0.944882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1093;QR=4608;RO=127;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=278.787;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:50,2:50:1788:2:65:0,-9.7524,-155.099 0|1:106:77,27:77:2820:27:1028:-58.4168,0,-222.379 dDocent_Contig_5819 22 . C A 938.312 . AB=0.0731707;ABP=67.8897;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X4M2X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=96;QR=1583;RO=40;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=89.8692;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:27,1,1,3,8:27:1068:1,1,3,8:38,40,96,323:-18.5261,-23.5376,-111.14,-23.3575,-108.146,-110.961,-18.9401,-103.716,-103.537,-105.929,0,-84.8109,-84.6317,-80.2029,-85.5189 0|0:56:13,8,9,0,25:13:515:8,9,0,25:310,352,0,1006:-79.0041,-57.4516,-97.4321,-53.9779,-70.9009,-93.6575,-82.9175,-99.8403,-96.3668,-125.307,0,-16.9261,-13.4518,-42.3925,-34.8668 dDocent_Contig_5820 24 . G A 59.8401 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=182;QR=1561;RO=42;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:15,4:15:572:4:145:-7.68298,0,-46.1002 0/0:28:27,1:27:989:1:37:0,-4.73101,-85.6127 dDocent_Contig_5821 10 . A G 31.2337 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=211;QR=1366;RO=37;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:13,2:13:471:2:73:-2.41525,0,-38.1994 0/1:28:24,4:24:895:4:138:-4.32957,0,-72.4282 dDocent_Contig_5822 146 . G A 92.8691 . AB=0.123711;ABP=122.307;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0.718519;EPP=29.068;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=8423;RO=220;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=480.734;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=480.734;SRR=220;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:85,12:85:3258:12:462:-10.9859,0,-264.099 0/0:135:135,0:135:5165:0:0:0,-40.639,-464.801 dDocent_Contig_5823 7 . G A 2799.63 . AB=0.723077;ABP=59.2013;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3574;QR=1048;RO=33;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=74.6689;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:13,45:13:407:45:1701:-135.776,0,-19.3389 0/1:71:20,49:20:641:49:1873:-147.886,0,-37.0475 dDocent_Contig_5824 61 . A T 1329.23 . AB=0.0566038;ABP=93.5156;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1X1M1D18M;DP=123;DPB=120.261;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=2057;RO=58;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:53:23,3,25:23:815:3,25:119,898:-66.3861,-63.5081,-129.005,0,-56.6531,-58.9301 0|0:70:35,0,27:35:1242:0,27:0,987:-70.2355,-80.7716,-181.977,0,-101.326,-93.1981 dDocent_Contig_5825 112 . A G 9598.9 . AB=0.792123;ABP=341.746;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=362;CIGAR=1X;DP=457;DPB=457;DPRA=0;EPP=789.083;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12232;QR=3221;RO=95;RPL=0;RPP=789.083;RPPR=209.3;RPR=362;RUN=1;SAF=0;SAP=789.083;SAR=362;SRF=0;SRP=209.3;SRR=95;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:130:15,115:15:485:115:3886:-310.821,0,-4.82354 0/1:327:80,247:80:2736:247:8346:-652.768,0,-148.055 dDocent_Contig_5826 12 . A T 275.057 . AB=0.282609;ABP=21.8927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.880952;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=3237;RO=84;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=185.414;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:51,1:51:1941:1:40:0,-11.6579,-170.897 0/1:46:33,13:33:1296:13:478:-29.5057,0,-103.063 dDocent_Contig_5827 8 . T G 10860.5 . AB=0.868644;ABP=560.159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=410;CIGAR=1X;DP=472;DPB=472;DPRA=0;EPP=893.314;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13676;QR=2197;RO=62;RPL=0;RPP=893.314;RPPR=137.642;RPR=410;RUN=1;SAF=410;SAP=893.314;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:270:26,244:26:911:244:8188:-655.569,0,-1.01591 0/1:202:36,166:36:1286:166:5488:-433.174,0,-55.2144 dDocent_Contig_5828 59 . T C 948.204 . AB=0.304;ABP=44.7199;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=2.60417;EPP=85.5263;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1489;QR=5273;RO=134;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=293.988;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:86,38:86:3393:38:1489:-96.5194,0,-267.695 0/0:48:48,0:48:1880:0:0:0,-14.4494,-169.412 dDocent_Contig_5829 21 . C T 1654.07 . AB=0.213514;ABP=266.78;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=370;DPB=370;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=634.909;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.949367;PAIREDR=0.996564;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3111;QR=11561;RO=291;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=634.909;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=291;SRP=634.909;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:110,45:110:4393:45:1773:-113.14,0,-348.668 0/1:215:181,34:181:7168:34:1338:-55.9656,0,-580.087 dDocent_Contig_5830 90 . G A 339.304 . 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AB=0.77907;ABP=61.1856;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=18.3582;MQMR=54.4737;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2237;QR=662;RO=19;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=44.2683;RPR=67;RUN=1;SAF=0;SAP=148.499;SAR=67;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:11,41:11:384:41:1392:-59.8519,0,-18.6105 0/1:34:8,26:8:278:26:845:-13.1648,0,-15.123 dDocent_Contig_5833 78 . A C 160.309 . AB=0.141791;ABP=152.356;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=265;DPB=265;DPRA=1.0229;EPP=44.2683;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=8038;RO=246;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=537.193;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:131:131,0:131:4270:0:0:0,-39.4349,-384.51 0/1:134:115,19:115:3768:19:645:-18.0309,0,-299.009 dDocent_Contig_5834 21 . A T 482.466 . AB=0.391304;ABP=7.73089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=723;QR=1109;RO=28;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=63.8115;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:507:5:198:-12.7779,0,-40.554 0/1:28:15,13:15:602:13:525:-39.1677,0,-46.0893 dDocent_Contig_5836 13 . A G 186.805 . AB=0.163265;ABP=51.2702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1M5D1X5M1X1M;DP=49;DPB=42.8571;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=288;QR=959;RO=26;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=59.4686;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:13,2,0,5:13:492:2,0,5:65,0,149:-8.0082,-6.66253,-46.4683,-11.9216,-47.0704,-52.3143,0,-35.1871,-40.4283,-38.9232 0|1:28:13,6,7,0:13:467:6,7,0:223,193,0:-14.3711,0,-36.3313,-3.0673,-22.9069,-39.0545,-18.2844,-38.1375,-41.1617,-56.3963 dDocent_Contig_5837 16 . T A 260.354 . AB=0.272727;ABP=22.751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0.488889;EPP=29.068;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=455;QR=4862;RO=122;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=267.93;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:90:90,0:90:3571:0:0:0,-27.0927,-321.424 0/1:44:32,12:32:1291:12:455:-28.0354,0,-103.21 dDocent_Contig_5838 13 . A C 3175.44 . AB=0.116667;ABP=156.171;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1M1D3M1X;DP=235;DPB=209.667;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.804878;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=2971;RO=82;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=181.071;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:120:50,14,56:50:1809:14,56:521,1769:-127.191,-99.5864,-243.046,0,-104.997,-130.787 0|0:115:32,0,82:32:1162:0,82:0,2538:-194.052,-203.685,-298.581,0,-94.9708,-70.2863 dDocent_Contig_5839 29 . T G 1164.01 . AB=0.519481;ABP=3.26411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.5405;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1585;QR=1434;RO=37;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=83.3548;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:23,23:23:921:23:903:-67.7223,0,-69.3483 0/1:31:14,17:14:513:17:682:-52.3779,0,-34.0743 dDocent_Contig_5841 7 . G T 371.075 . AB=0.183099;ABP=126.876;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1035;QR=8608;RO=268;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=584.965;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:142:116,26:116:3664:26:903:-38.8065,0,-287.176 0/0:159:152,7:152:4944:7:132:0,-35.8009,-432.986 dDocent_Contig_5842 75 . G C 1258.86 . AB=0.620253;ABP=12.9331;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.77551;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1697;QR=1015;RO=30;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:7,26:7:223:26:902:-71.5626,0,-10.4497 0/1:46:23,23:23:792:23:795:-58.0223,0,-57.7515 dDocent_Contig_5843 12 . G A 16078.7 . AB=0.808937;ABP=541.03;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=525;CIGAR=1X;DP=649;DPB=649;DPRA=0;EPP=1143.03;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20088;QR=4815;RO=124;RPL=0;RPP=1143.03;RPPR=272.273;RPR=525;RUN=1;SAF=525;SAP=1143.03;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:319:42,277:42:1629:277:10512:-849.541,0,-50.8164 0/1:330:82,248:82:3186:248:9576:-762.026,0,-187.495 dDocent_Contig_5844 108 . T A 197.788 . AB=0.234568;ABP=52.5788;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=1897;RO=62;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=137.642;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:31,14:31:949:14:386:-21.4628,0,-72.1454 0/1:36:31,5:31:948:5:127:-0.845444,0,-74.7671 dDocent_Contig_5845 107 . N T 45.5979 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:48:-4.55869,-0.60206,0 dDocent_Contig_5846 98 . N T 81.5569 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=4;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=55.3333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:86:-7.67694,-0.90309,0 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_5847 130 . A G 120.539 . AB=0.15;ABP=88.132;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=2434;RO=68;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=150.67;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:933:3:111:-1.62405,0,-75.5425 0/1:51:42,9:42:1501:9:322:-13.971,0,-120.001 dDocent_Contig_5848 22 . T C 55.0737 . 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AB=0.222222;ABP=45.2334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.836735;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=1728;RO=49;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:629:6:207:-11.7435,0,-49.7111 0/1:39:31,8:31:1099:8:277:-13.5268,0,-87.4801 dDocent_Contig_5850 38 . G A 887.608 . 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AB=0.202899;ABP=55.9124;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=801;QR=6499;RO=163;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=356.96;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:116:108,6:108:4308:6:242:0,-12.557,-365.516 0/1:69:55,14:55:2191:14:559:-29.8798,0,-176.589 dDocent_Contig_5856 26 . T A 1533.51 . AB=0.702703;ABP=29.4201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.730769;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1986;QR=875;RO=22;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=50.7827;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:10,19:10:401:19:735:-57.7459,0,-27.7202 0/1:45:12,33:12:474:33:1251:-99.3041,0,-29.4648 dDocent_Contig_5857 77 . A C 333.375 . AB=0.419355;ABP=4.76149;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=666;RO=18;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:12,9:12:435:9:351:-25.6302,0,-33.1617 0/1:10:6,4:6:231:4:156:-11.4063,0,-18.1474 dDocent_Contig_5858 37 . G A 1432.19 . AB=0.490196;ABP=3.09546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1967;QR=2077;RO=52;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=115.927;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:34,17:34:1353:17:663:-44.6455,0,-106.678 0/1:51:18,33:18:724:33:1304:-102.272,0,-50.1328 dDocent_Contig_5859 18 . G A 63.6573 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=3805;RO=95;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=209.3;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:39,6:39:1579:6:236:-8.0647,0,-128.795 0/0:57:56,1:56:2226:1:38:0,-13.3614,-196.709 dDocent_Contig_5860 11 . T A 1051.25 . AB=0.52;ABP=3.27088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=3M1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1453;QR=1160;RO=36;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=81.1833;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:19,14:19:615:14:494:-34.8499,0,-45.7175 0|1:42:17,25:17:545:25:959:-73.9738,0,-36.7054 dDocent_Contig_5861 61 . C T 277.495 . AB=0.0925926;ABP=80.8616;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=9M1X6M;DP=93;DPB=92.0625;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2784;RO=71;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:27,11,0:27:1048:11,0:437,0:-27.8342,0,-82.7697,-35.962,-86.081,-122.057 0|1:54:44,3,5:44:1736:3,5:114,204:-3.60896,-7.50736,-149.451,0,-133.521,-141.364 dDocent_Contig_5862 56 . C T 468.544 . AB=0.276316;ABP=36.0395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=808;QR=2124;RO=55;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1001:4:158:-5.569,0,-81.3627 0/1:46:29,17:29:1123:17:650:-44.9843,0,-87.5201 dDocent_Contig_5863 8 . G A 463.815 . AB=0.381818;ABP=9.68264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=733;QR=1090;RO=34;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=76.8404;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,5:12:368:5:179:-11.3417,0,-28.2937 0/1:38:22,16:22:722:16:554:-38.7388,0,-53.8375 dDocent_Contig_5865 107 . N G 5106.42 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=169;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5665;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=369.989;RPPR=0;RPR=169;RUN=1;SAF=0;SAP=369.989;SAR=169;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:57:0,57:0:0:57:1853:-167.04,-17.1587,0 1/1:112:0,112:0:0:112:3812:-343.301,-33.7154,0 dDocent_Contig_5866 9 . T C 3293.08 . AB=0.274247;ABP=267.727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=178;CIGAR=1X;DP=1271;DPB=1271;DPRA=0;EPP=389.532;EPPR=2374.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6168;QR=35116;RO=1092;RPL=0;RPP=389.532;RPPR=2374.26;RPR=178;RUN=1;SAF=178;SAP=389.532;SAR=0;SRF=1092;SRP=2374.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:673:658,14:658:21025:14:487:0,-158.261,-1847.64 0/1:598:434,164:434:14091:164:5681:-331.308,0,-1087.94 dDocent_Contig_5867 60 . A G 239.848 . AB=0.282051;ABP=19.1015;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=1734;RO=49;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=5.18177;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=21;SRP=5.18177;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:28,11:28:979:11:412:-25.6837,0,-76.6658 0/0:22:21,1:21:755:1:40:0,-2.62698,-64.2676 dDocent_Contig_5868 81 . A G 210.238 . 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AB=0.571429;ABP=5.49198;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=952;QR=801;RO=24;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=55.1256;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:11,12:11:360:12:359:-25.6706,0,-25.7894 0/1:33:13,20:13:441:20:593:-43.71,0,-30.0716 dDocent_Contig_5872 7 . G A 300.459 . 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AB=0.122222;ABP=114.576;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=591.479;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=10295;RO=271;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=591.479;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=271;SRP=591.479;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:79,11:79:2983:11:417:-10.7846,0,-241.54 0/0:197:192,5:192:7312:5:194:0,-41.4701,-640.098 dDocent_Contig_5876 89 . A G 1091.27 . AB=0.0555556;ABP=95.6598;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.871429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=2361;RO=70;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:54:32,3,17:32:1086:3,17:103,551:-34.813,-36.0797,-123.261,0,-79.7122,-82.9588 0|0:72:38,0,33:38:1275:0,33:0,1103:-78.0125,-89.4516,-192.729,0,-103.426,-93.4917 dDocent_Contig_5877 39 . T C 98.7704 . AB=0.125;ABP=90.9549;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=2013;RO=63;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=139.813;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:526:5:198:-11.5738,0,-41.0091 0/1:50:46,4:46:1487:4:163:-0.00692765,0,-119.061 dDocent_Contig_5878 24 . C G 419.597 . AB=0.4;ABP=6.48466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=932;RO=24;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=55.1256;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:509:5:198:-12.7772,0,-40.7343 0/1:22:11,11:11:423:11:435:-32.8815,0,-31.7986 dDocent_Contig_5881 205 . T G 176.965 . AB=0.207547;ABP=42.3836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=1539;RO=42;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:664:3:111:-4.03229,0,-53.7726 0/1:32:24,8:24:875:8:296:-17.3612,0,-69.4377 dDocent_Contig_5882 13 . C T 38.1539 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.571429;EPP=9.52472;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=1634;RO=41;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=92.0407;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1114:0:0:0,-8.42884,-100.547 0/1:16:13,3:13:520:3:114:-5.81533,0,-42.331 dDocent_Contig_5884 38 . T C 69.6136 . AB=0.0923077;ABP=472.215;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=325;DPB=325;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=643.595;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1198;QR=11715;RO=295;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=643.595;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=295;SRP=643.595;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:178:162,16:162:6401:16:642:-4.52932,0,-522.263 0/1:147:133,14:133:5314:14:556:-6.13035,0,-433.864 dDocent_Contig_5886 9 . T A 354.244 . AB=0.352941;ABP=12.5903;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=1089;RO=33;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=74.6689;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:666:6:222:-12.5102,0,-52.4178 0/1:25:13,12:13:423:12:376:-26.6132,0,-30.8488 dDocent_Contig_5887 63 . T A 4237.88 . AB=0.0538117;ABP=388.627;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=469;QR=2372;RO=63;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:78:32,8,37:32:1175:8,37:317,1402:-105.3,-88.8366,-182.461,0,-69.9256,-84.8865 0|0:145:31,4,105:31:1197:4,105:152,4038:-322.187,-319.055,-416.153,0,-85.8754,-66.7314 dDocent_Contig_5888 7 . G A 4333.35 . AB=0.756614;ABP=111.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=143;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5484;QR=1456;RO=46;RPL=0;RPP=313.531;RPPR=102.898;RPR=143;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:21,97:21:672:97:3721:-299.481,0,-25.2479 0/1:71:25,46:25:784:46:1763:-137.553,0,-49.4634 dDocent_Contig_5890 107 . N A 852.862 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=951;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:183:-16.4976,-2.40824,0 1/1:30:0,30:0:0:30:768:-68.4875,-9.0309,0 dDocent_Contig_5891 1 . N G 152.021 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:75:-7.12034,-0.60206,0 dDocent_Contig_5892 7 . G A 1280.66 . AB=0.216301;ABP=226.018;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=319;DPB=319;DPRA=0;EPP=50.8771;EPPR=158.521;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.9565;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.101449;PAIREDR=0.356275;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2520;QR=7897;RO=247;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=539.364;RPR=69;RUN=1;SAF=54;SAP=50.8771;SAR=15;SRF=190;SRP=158.521;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:120,33:120:3803:33:1257:-67.008,0,-296.158 0/1:163:127,36:127:4094:36:1263:-64.7571,0,-319.548 dDocent_Contig_5895 19 . G A 1018.91 . AB=0.154762;ABP=437.822;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=420;DPB=420;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=773.883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994366;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2572;QR=14227;RO=355;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=773.883;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=355;SRP=773.883;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:206:185,21:185:7440:21:844:-14.2614,0,-607.189 0/1:214:170,44:170:6787:44:1728:-91.3283,0,-546.101 dDocent_Contig_5896 102 . N C 280.507 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=4X3I2X;DP=9;DPB=13.5;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=315;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:208:-18.2278,-1.80618,0 1|1:3:0,3:0:0:3:107:-9.52159,-0.90309,0 dDocent_Contig_5898 30 . G A 172.001 . AB=0.258065;ABP=18.771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.82353;EPP=20.3821;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=1618;RO=40;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=89.8692;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:689:0:0:0,-5.11751,-62.3391 0/1:31:23,8:23:929:8:313:-19.2001,0,-74.5797 dDocent_Contig_5900 95 . C T 113.131 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.7;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=211;QR=1530;RO=45;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:506:6:211:-13.0121,0,-39.5388 0/0:30:30,0:30:1024:0:0:0,-9.0309,-92.4686 dDocent_Contig_5901 7 . G A 14405 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=453;CIGAR=1X;DP=501;DPB=501;DPRA=0;EPP=986.687;EPPR=92.2337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=53.3355;MQMR=45.8667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993377;PAIREDR=0.0222222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17293;QR=1461;RO=45;RPL=0;RPP=986.687;RPPR=100.727;RPR=453;RUN=1;SAF=453;SAP=986.687;SAR=0;SRF=44;SRP=92.2337;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:241:18,220:18:552:220:8390:-711.149,-36.2376,0 1/1:260:27,233:27:909:233:8903:-729.05,-10.7296,0 dDocent_Contig_5902 91 . T G 49.9383 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0.714286;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=723;RO=21;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:243:3:104:-6.69279,0,-19.1986 0/0:14:14,0:14:480:0:0:0,-4.21442,-43.5274 dDocent_Contig_5903 8 . G A 168.83 . AB=0.13369;ABP=220.959;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=379;DPB=379;DPRA=0.973958;EPP=57.2971;EPPR=769.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=832;QR=12127;RO=353;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=769.54;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=353;SRP=769.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:192:191,0:191:6537:0:0:0,-57.4967,-587.96 0/1:187:162,25:162:5590:25:832:-18.883,0,-446.856 dDocent_Contig_5904 78 . T C 190.723 . AB=0.181818;ABP=70.7208;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.728155;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=3259;RO=103;RPL=10;RPP=6.62942;RPPR=3.03138;RPR=5;RUN=1;SAF=10;SAP=6.62942;SAR=5;SRF=52;SRP=3.03138;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:40,1:40:1255:1:20:0,-10.3423,-111.236 0/1:77:63,14:63:2004:14:488:-21.0723,0,-157.448 dDocent_Contig_5905 12 . T C 523.046 . AB=0.512821;ABP=3.06598;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.826087;PAIREDR=0.971698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=3816;RO=106;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=233.186;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:19,20:19:692:20:727:-54.0036,0,-50.8621 0/0:90:87,3:87:3124:3:116:0,-16.2752,-270.527 dDocent_Contig_5906 107 . N T 312.454 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.6161;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:14:0,13:0:0:13:345:-31.2454,-3.91339,0 dDocent_Contig_5907 86 . T A 37.4052 . AB=0.114286;ABP=138.696;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=1.47887;EPP=29.068;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=5505;RO=164;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=359.132;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:93,12:93:3121:12:408:-5.43941,0,-249.525 0/0:71:71,0:71:2384:0:0:0,-21.3731,-214.825 dDocent_Contig_5908 74 . G A 185.03 . AB=0.184615;ABP=59.1679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.90566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=456;QR=1995;RO=53;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:19,6:19:731:6:225:-13.0853,0,-58.5953 0/1:40:34,6:34:1264:6:231:-9.11671,0,-101.999 dDocent_Contig_5909 135 . G A 71.8833 . AB=0.117647;ABP=197.293;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0.916168;EPP=42.0968;EPPR=658.795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=10941;RO=302;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=658.795;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=658.795;SRR=302;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:135,18:135:4880:18:607:-8.8873,0,-393.25 0/0:167:167,0:167:6061:0:0:0,-50.272,-545.523 dDocent_Contig_5911 98 . N A 98.7972 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=99;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07837,-0.60206,0 dDocent_Contig_5913 29 . T C 12067 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=430;CIGAR=1X;DP=457;DPB=457;DPRA=0;EPP=936.743;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997674;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14705;QR=953;RO=27;RPL=0;RPP=936.743;RPPR=61.6401;RPR=430;RUN=1;SAF=430;SAP=936.743;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:240:14,226:14:499:226:7723:-649.771,-27.0093,0 1/1:217:13,204:13:454:204:6982:-587.175,-24.1394,0 dDocent_Contig_5915 52 . G T 24384.3 . AB=0.165539;ABP=1869.53;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=318;CIGAR=9M1X1M;DP=1921;DPB=2009.55;DPRA=0;EPP=693.539;EPPR=1318.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=19;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12405;QR=23889;RO=614;RPL=0;RPP=693.539;RPPR=1318.98;RPR=318;RUN=1;SAF=318;SAP=693.539;SAR=0;SRF=614;SRP=1336.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:910:315,379,162:315:12205:379,162:14080,6330:-1057.37,0,-888.538,-631.863,-482.302,-1585.73 0|1:1011:299,492,156:299:11684:492,156:18045,6075:-1384.76,0,-812.442,-975.543,-461.325,-1889.13 dDocent_Contig_5916 7 . G A 286.066 . AB=0.149351;ABP=167.478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=853;QR=3981;RO=126;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=276.616;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:40,13:40:1225:13:501:-29.3373,0,-94.4278 0/1:99:86,10:86:2756:10:352:-2.94423,0,-219.219 dDocent_Contig_5918 169 . A G 61.2202 . AB=0.12766;ABP=116.204;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=415;QR=3086;RO=82;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=181.071;SRR=82;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1785:6:199:-2.27601,0,-144.951 0/1:41:35,6:35:1301:6:216:-7.44295,0,-105.023 dDocent_Contig_5919 88 . G A 82.9851 . AB=0.18;ABP=47.4821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.565657;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=2992;RO=99;RPL=9;RPP=5.49198;RPPR=7.94546;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=5.49198;SAR=5;SRF=57;SRP=7.94546;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:41,9:41:1272:9:275:-9.99748,0,-99.7068 0/0:63:58,5:58:1720:5:154:0,-4.80088,-140.899 dDocent_Contig_5921 43 . G A 2805.18 . AB=0.246809;ABP=264.714;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=116;CIGAR=1X2M1X;DP=470;DPB=470;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=617.537;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4497;QR=11026;RO=283;RPL=0;RPP=254.901;RPPR=617.537;RPR=116;RUN=1;SAF=116;SAP=254.901;SAR=0;SRF=283;SRP=617.537;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:215:129,47,39:129:5055:47,39:1816,1545:-110.296,0,-401.509,-21.9694,-288.502,-425.894 0|1:255:154,69,32:154:5971:69,32:2681,1259:-173.921,0,-469.725,-116.733,-386.95,-597.6 dDocent_Contig_5922 12 . A G 567.13 . AB=0.266667;ABP=45.5712;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947826;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1109;QR=4506;RO=115;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=252.73;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:49,4:49:1923:4:159:0,-1.26247,-158.589 0/1:90:66,24:66:2583:24:950:-58.7129,0,-205.518 dDocent_Contig_5923 116 . C A 1309.07 . AB=0.571429;ABP=7.04303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.820513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1793;QR=1352;RO=39;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=87.6977;RPR=52;RUN=1;SAF=0;SAP=115.927;SAR=52;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:19,18:19:656:18:617:-44.7148,0,-48.2257 0/1:54:20,34:20:696:34:1176:-89.8915,0,-46.7084 dDocent_Contig_5924 209 . N G 73.0928 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.3082,-0.60206,0 dDocent_Contig_5925 54 . G A 269.234 . AB=0.27907;ABP=21.2406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=1966;RO=54;RPL=7;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=27;SRP=3.0103;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:31,12:31:1099:12:458:-28.6218,0,-86.249 0/0:25:23,2:23:867:2:73:0,-0.594646,-71.4142 dDocent_Contig_5926 98 . N G 62.694 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_5927 79 . C G 35.2032 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X6M;DP=41;DPB=41;DPRA=0.576923;EPP=9.52472;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=1138;RO=35;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:26,0,0:26:847:0,0:0,0:0,-7.82678,-76.5345,-7.82678,-76.5345,-76.5345 0|1:15:9,2,3:9:291:2,3:67,101:-5.51983,-2.78126,-25.6902,0,-18.0992,-22.6285 dDocent_Contig_5928 129 . C T 164.078 . AB=0.181818;ABP=51.3749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.688889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=1788;RO=45;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1044:4:156:-5.38481,0,-85.2196 0/1:25:19,6:19:744:6:243:-14.7218,0,-59.7498 dDocent_Contig_5929 55 . C T 16106.2 . AB=0.105978;ABP=995.515;AC=0;AF=0;AN=4;AO=78;CIGAR=1X1M1X;DP=736;DPB=736;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.935897;PAIREDR=0.926316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2821;QR=3586;RO=95;RPL=78;RPP=172.385;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:297:43,36,203:43:1621:36,203:1300,7724:-620.498,-527.349,-649.352,0,-26.7556,-71.7369 0|0:439:52,42,324:52:1965:42,324:1521,12311:-993.825,-885.313,-1033.73,0,-36.907,-63.5354 dDocent_Contig_5930 17 . G A 440.135 . AB=0.25;ABP=50.7827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=12.8806;EPPR=27.3642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.307692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=818;QR=2466;RO=65;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=144.156;RPR=22;RUN=1;SAF=16;SAP=12.8806;SAR=6;SRF=46;SRP=27.3642;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:33,10:33:1247:10:366:-20.3384,0,-99.5655 0/1:45:32,12:32:1219:12:452:-27.3741,0,-96.3498 dDocent_Contig_5932 7 . G A 600.66 . AB=0.232;ABP=80.9922;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=176.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=58.2105;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1117;QR=3151;RO=95;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=209.3;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=91;SRP=176.02;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:41,18:41:1407:18:692:-44.7275,0,-106.388 0/1:65:54,11:54:1744:11:425:-19.0375,0,-137.446 dDocent_Contig_5935 197 . G A 383.776 . AB=0.123457;ABP=402.025;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=324;DPB=324;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=615.366;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1540;QR=10725;RO=282;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=615.366;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=615.366;SRR=282;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:113,13:113:4290:13:497:-7.14627,0,-348.241 0/1:198:169,27:169:6435:27:1043:-34.9303,0,-519.829 dDocent_Contig_5936 43 . T G 1014.51 . AB=0.618182;ABP=9.68264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1345;QR=841;RO=21;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=48.6112;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:9,10:9:359:10:400:-30.6392,0,-26.951 0/1:36:12,24:12:482:24:945:-74.5104,0,-32.8931 dDocent_Contig_5938 41 . G C 757.02 . AB=0.135922;ABP=477.361;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=766;DPB=766;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=1507.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2869;QR=26997;RO=693;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=1507.84;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=693;SRP=1507.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:354:338,16:338:13121:16:632:0,-49.3503,-1122.87 0/1:412:355,56:355:13876:56:2237:-77.702,0,-1124.12 dDocent_Contig_5940 1 . N A 95.1734 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.5168,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5942 43 . A G 39.7704 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.439024;EPP=9.52472;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.946429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=2183;RO=56;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=124.613;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:582:3:119:-5.67596,0,-47.2957 0/0:41:41,0:41:1601:0:0:0,-12.3422,-144.326 dDocent_Contig_5943 44 . G A 122.578 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=7.35324;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=178;QR=69;RO=2;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=7.35324;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=7.35324;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2:2:69:2:73:-4.73663,0,-5.34645 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.21935,-0.90309,0 dDocent_Contig_5946 8 . G C 31.8647 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.75;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=289;QR=1774;RO=51;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=113.755;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:900:4:153:-3.01815,0,-72.2683 0/1:29:25,4:25:874:4:136:-3.84371,0,-70.2298 dDocent_Contig_5947 107 . N A 139.374 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=24.8333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-6.77022,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-6.86564,-0.90309,0 dDocent_Contig_5948 19 . A G 438.459 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=15;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=2158;RO=55;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=122.441;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:22,2,0:22:862:2,0:72,0:0,-4.38172,-75.0517,-6.62266,-75.6538,-77.7249 0|0:50:33,0,17:33:1296:0,17:0,673:-45.8459,-55.7799,-162.368,0,-106.982,-101.865 dDocent_Contig_5949 28 . A G 377.627 . AB=0.154762;ABP=89.9726;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.949153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=2331;RO=59;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=131.127;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:23,6,1:23:908:6,1:236,40:-12.4832,0,-72.8983,-16.1109,-71.4092,-90.5205 0|1:54:36,6,12:36:1423:6,12:233,483:-28.9784,-20.6774,-135.958,0,-97.9566,-113.486 dDocent_Contig_5950 15 . G C 1719.67 . AB=0.597938;ABP=11.0918;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.810345;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2270;QR=1498;RO=39;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=87.6977;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:14,29:14:547:29:1135:-89.4875,0,-36.6282 0/1:54:25,29:25:951:29:1135:-86.1783,0,-69.6268 dDocent_Contig_5952 7 . G A 550.674 . AB=0.257426;ABP=54.6311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=977;QR=2218;RO=72;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=159.356;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:22,20:22:646:20:753:-55.3257,0,-45.647 0/1:58:50,6:50:1572:6:224:-3.43275,0,-124.68 dDocent_Contig_5953 69 . G C 418.336 . AB=0.291139;ABP=32.9436;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=10.6577;EPPR=116.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.73913;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=1933;RO=56;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=10.6577;SAR=7;SRF=55;SRP=116.082;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:17,15:17:587:15:489:-34.6874,0,-43.5229 0/1:47:39,8:39:1346:8:274:-10.8452,0,-107.292 dDocent_Contig_5957 9 . C T 433.814 . AB=0.319444;ABP=23.398;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979592;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=1748;RO=49;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=109.412;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1006:8:264:-12.9401,0,-79.6924 0/1:35:20,15:20:742:15:493:-34.1403,0,-56.5686 dDocent_Contig_5958 18 . A C 165.211 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.29412;EPP=18.2106;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=1279;RO=32;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=72.4974;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:15,7:15:598:7:272:-18.22,0,-47.5346 0/0:17:17,0:17:681:0:0:0,-5.11751,-61.6197 dDocent_Contig_5959 7 . G C 418.293 . AB=0.113006;ABP=613.101;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=469;DPB=469;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=873.771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2022;QR=12545;RO=401;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=873.771;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=401;SRP=873.771;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:241:207,29:207:6419:29:1095:-27.6393,0,-506.557 0/1:228:194,24:194:6126:24:927:-17.8889,0,-485.575 dDocent_Contig_5960 1 . N G 63.6076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.35967,-0.60206,0 dDocent_Contig_5961 98 . N G 160.021 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 dDocent_Contig_5962 8 . G A 2490.67 . AB=0.518072;ABP=3.48122;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=2X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9767;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.94186;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3300;QR=1964;RO=61;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=135.47;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:84:28,43,12,1:28:921:43,12,1:1647,461,11:-126.753,0,-61.4486,-97.3352,-36.5299,-168.12,-134.497,-73.7097,-171.047,-208.594 0|1:82:33,43,0,6:33:1043:43,0,6:1653,0,66:-126.013,0,-71.1246,-135.947,-84.0689,-219.828,-131.847,-79.9668,-215.712,-213.906 dDocent_Contig_5964 28 . C T 369.768 . AB=0.185841;ABP=99.881;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.836957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=822;QR=3507;RO=92;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=202.786;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:47,13:47:1809:13:503:-27.553,0,-144.986 0/1:53:45,8:45:1698:8:319:-13.1228,0,-137.111 dDocent_Contig_5965 19 . A G 1691.91 . AB=0.513514;ABP=3.18637;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2286;QR=2089;RO=54;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=120.27;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:35,42:35:1353:42:1681:-128.336,0,-98.8587 0/1:34:19,15:19:736:15:605:-44.5539,0,-56.33 dDocent_Contig_5966 43 . C A 107.395 . AB=0.428571;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=2.33333;EPP=16.0391;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=185;QR=488;RO=14;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=33.4109;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:209:0:0:0,-1.80618,-19.1511 0/1:14:8,6:8:279:6:185:-12.7395,0,-21.2346 dDocent_Contig_5968 120 . T G 153.62 . AB=0.257143;ABP=20.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.75;EPP=22.5536;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=1511;RO=46;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=102.898;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,9:26:844:9:303:-17.061,0,-65.7235 0/0:20:20,0:20:667:0:0:0,-6.0206,-60.3435 dDocent_Contig_5969 98 . N G 90.0092 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:61:-5.60418,-0.90309,0 1/1:2:0,1:0:0:1:33:-3.09418,-0.30103,0 dDocent_Contig_5971 7 . G A 1025.22 . AB=0.457831;ABP=4.29225;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1450;QR=1440;RO=44;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=98.5551;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:16,11:16:503:11:420:-30.0245,0,-37.4313 0/1:56:28,27:28:937:27:1030:-76.1969,0,-67.8055 dDocent_Contig_5972 191 . C T 333.136 . AB=0.309524;ABP=16.2459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.811321;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=2122;RO=53;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:24,1:24:958:1:41:0,-3.43118,-82.4247 0/1:42:29,13:29:1164:13:529:-35.3136,0,-92.3951 dDocent_Contig_5973 8 . G A 138.321 . AB=0.110727;ABP=383.394;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=472;DPB=472;DPRA=1.57923;EPP=72.4974;EPPR=958.458;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1136;QR=15005;RO=440;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=958.458;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=440;SRP=958.458;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:289:257,32:257:8843:32:1136:-15.531,0,-708.765 0/0:183:183,0:183:6162:0:0:0,-55.0885,-554.613 dDocent_Contig_5974 75 . T G 1391.4 . AB=0.298701;ABP=84.3136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2353;QR=5603;RO=162;RPL=69;RPP=152.842;RPPR=354.789;RPR=0;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:87,31:87:3029:31:1058:-60.0046,0,-237.332 0/1:113:75,38:75:2574:38:1295:-82.8346,0,-197.903 dDocent_Contig_5975 26 . G A 575.459 . AB=0.165877;ABP=207.612;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=70.5741;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=6920;RO=176;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=385.189;RPR=35;RUN=1;SAF=34;SAP=70.5741;SAR=1;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:97,17:97:3859:17:668:-26.1302,0,-312.989 0/1:97:79,18:79:3061:18:711:-35.1147,0,-246.388 dDocent_Contig_5976 16 . T A 1459.11 . AB=0.225694;ABP=191.235;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=448;DPB=448;DPRA=1.8;EPP=144.156;EPPR=834.684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2602;QR=15288;RO=383;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=834.684;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=383;SRP=834.684;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:288:223,65:223:8914:65:2602:-147.61,0,-715.023 0/0:160:160,0:160:6374:0:0:0,-48.1648,-573.398 dDocent_Contig_5978 144 . C T 479.016 . AB=0.15534;ABP=215.562;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=4.90476;EPP=72.4974;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1237;QR=8543;RO=216;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=472.048;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=472.048;SRR=216;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:206:174,32:174:6892:32:1237:-49.6006,0,-557.954 0/0:42:42,0:42:1651:0:0:0,-12.6433,-148.818 dDocent_Contig_5979 11 . T A 728.838 . AB=0.278261;ABP=52.1233;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=2X;DP=160;DPB=160;DPRA=2.55556;EPP=72.4974;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9528;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.866142;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1211;QR=4905;RO=127;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=278.787;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:115:82,32:82:3156:32:1211:-74.5828,0,-249.457 0|0:45:45,0:45:1749:0:0:0,-13.5463,-157.645 dDocent_Contig_5980 7 . G A 3018.83 . 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AB=0.306818;ABP=145.637;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=135;CIGAR=1X;DP=440;DPB=440;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=665.309;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5287;QR=11823;RO=305;RPL=0;RPP=296.159;RPPR=665.309;RPR=135;RUN=1;SAF=135;SAP=296.159;SAR=0;SRF=305;SRP=665.309;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:153,65:153:5938:65:2533:-162.501,0,-468.657 0/1:222:152,70:152:5885:70:2754:-181.152,0,-462.687 dDocent_Contig_5982 47 . G A 1876.83 . AB=0.394286;ABP=19.9974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2706;QR=4126;RO=106;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=233.186;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:50,39:50:1943:39:1547:-112.678,0,-148.282 0/1:86:56,30:56:2183:30:1159:-78.7035,0,-170.768 dDocent_Contig_5983 47 . A G 134.155 . AB=0.170213;ABP=47.41;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=1.95833;EPP=20.3821;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9516;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=2470;RO=62;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=137.642;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:38,8:38:1519:8:319:-15.1145,0,-123.02 0/0:24:24,0:24:951:0:0:0,-7.22472,-85.8868 dDocent_Contig_5984 30 . C A 269.209 . AB=0.255319;ABP=27.4509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=1415;RO=35;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=79.0118;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:12,8:12:487:8:326:-23.6893,0,-38.1609 0/1:27:23,4:23:928:4:163:-6.93062,0,-75.6966 dDocent_Contig_5985 161 . G T 75.3118 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.9375;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1643;RO=42;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:1007:5:202:-9.23015,0,-81.5775 0/0:16:16,0:16:636:0:0:0,-4.81648,-57.57 dDocent_Contig_5986 98 . T C 2090.92 . AB=0.770833;ABP=64.1734;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.797297;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2679;QR=781;RO=22;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=50.7827;RPR=74;RUN=1;SAF=0;SAP=163.699;SAR=74;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:8,35:8:285:35:1273:-101.915,0,-13.0503 0/1:53:14,39:14:496:39:1406:-110.875,0,-29.0199 dDocent_Contig_5987 7 . G A 43249.4 . AB=0.829525;ABP=1613.01;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1416;CIGAR=1X;DP=1707;DPB=1707;DPRA=0;EPP=3077.82;EPPR=608.851;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9928;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998588;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53802;QR=9015;RO=279;RPL=0;RPP=3077.82;RPPR=608.851;RPR=1416;RUN=1;SAF=1416;SAP=3077.82;SAR=0;SRF=279;SRP=608.851;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:864:145,712:145:4580:712:27032:-2173.22,0,-154.147 0/1:843:134,704:134:4435:704:26770:-2155.42,0,-146.9 dDocent_Contig_5988 16 . A G 202.31 . AB=0.538462;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.40625;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=1523;RO=38;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:6,7:6:240:7:283:-21.93,0,-18.0623 0/0:32:32,0:32:1283:0:0:0,-9.63296,-115.735 dDocent_Contig_5990 15 . G A 5218.69 . AB=0.0357143;ABP=736.968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X3M;DP=392;DPB=392;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=7640;RO=194;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=424.276;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:196:95,85,13:95:3724:85,13:3345,519:-246.548,0,-280.62,-232.401,-263.462,-534.702 0|1:196:99,95,1:99:3916:95,1:3753,40:-279.02,0,-293.669,-305.526,-318.972,-627.497 dDocent_Contig_5991 60 . A G 69.183 . AB=0.125;ABP=169.128;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=18.4661;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.411765;PAIREDR=0.521008;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=4092;RO=119;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=54.268;RPR=17;RUN=1;SAF=3;SAP=18.4661;SAR=14;SRF=33;SRP=54.268;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:70,8:70:2382:8:280:-2.05965,0,-191.162 0/1:58:49,9:49:1710:9:284:-8.40051,0,-136.728 dDocent_Contig_5992 17 . G A 3419.41 . AB=0.232523;ABP=411.907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=658;DPB=658;DPRA=0;EPP=261.671;EPPR=1099.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.699346;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6039;QR=19821;RO=505;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=1099.6;RPR=153;RUN=1;SAF=144;SAP=261.671;SAR=9;SRF=505;SRP=1099.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:379:295,84:295:11562:84:3328:-185.498,0,-925.78 0/1:279:210,69:210:8259:69:2711:-160.142,0,-658.912 dDocent_Contig_5993 21 . A T 52.0461 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X2M1X2M9I1M1X2M1X3M6I1M1X5M1X;DP=80;DPB=81.8;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.734375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=2517;RO=64;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=141.985;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:45:34,3,3,2:34:1345:3,3,2:103,115,82:0,-1.88571,-111.675,-0.796067,-103.141,-110.597,-3.46064,-105.809,-104.732,-113.567 0|0:35:30,0,0,5:30:1172:0,0,5:0,0,193:-7.20423,-16.2351,-112.588,-16.2351,-112.588,-112.588,0,-96.7395,-96.7395,-95.2343 dDocent_Contig_5994 72 . C A 122.631 . AB=0.12;ABP=65.7224;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=1367;RO=39;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:13,0,4:13:463:0,4:0,144:-8.19414,-12.1075,-49.84,0,-38.0914,-36.8873 0|1:33:26,5,2:26:904:5,2:189,47:-7.76791,0,-72.0893,-12.0085,-69.9756,-84.8711 dDocent_Contig_5995 98 . N A 64.5896 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_5996 142 . C T 42.5501 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.8;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1000;RO=25;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:598:3:122:-5.95395,0,-48.7371 0/0:10:10,0:10:402:0:0:0,-3.0103,-36.5388 dDocent_Contig_5997 1 . N G 879.327 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=966;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:430:-39.0535,-3.31133,0 1/1:14:0,14:0:0:14:536:-48.5782,-4.21442,0 dDocent_Contig_5999 32 . A G 36.5302 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1989;RO=50;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=111.584;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:685:3:122:-5.35189,0,-55.9588 0/0:34:33,1:33:1304:1:41:0,-6.14045,-113.525 dDocent_Contig_6000 46 . A C 398.54 . AB=0.280702;ABP=26.8203;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=1.5;EPP=37.7539;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=652;QR=3158;RO=79;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=174.557;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1528:0:0:0,-11.4391,-137.76 0/1:57:41,16:41:1630:16:652:-41.854,0,-129.771 dDocent_Contig_6002 7 . G A 60112.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1796;CIGAR=1X;DP=1855;DPB=1855;DPRA=0;EPP=3902.97;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9911;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68567;QR=1726;RO=55;RPL=0;RPP=3902.97;RPPR=122.441;RPR=1796;RUN=1;SAF=1796;SAP=3902.97;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:878:28,849:28:855:849:32337:-2831.22,-186.901,0 1/1:977:27,947:27:871:947:36230:-3179.7,-214.681,0 dDocent_Contig_6003 107 . N G 49.3977 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93868,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6004 95 . C T 31.5026 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.803922;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=2005;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,1:23:906:1:38:0,-3.42745,-78.0431 0/1:32:28,4:28:1099:4:160:-5.14996,0,-89.5596 dDocent_Contig_6006 31 . C T 263.734 . AB=0.152542;ABP=126.747;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=255;DPB=255;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=498.253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=744;QR=9400;RO=236;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=515.478;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=234;SRP=498.253;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:100,18:100:4000:18:703:-28.0724,0,-324.464 0/0:137:136,1:136:5400:1:41:0,-37.1465,-481.743 dDocent_Contig_6007 16 . G A 686.48 . AB=0.116942;ABP=853.111;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=667;DPB=667;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=1279.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3027;QR=22832;RO=588;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=1279.84;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=588;SRP=1279.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:261:229,32:229:8903:32:1252:-34.3911,0,-722.238 0/1:406:359,46:359:13929:46:1775:-37.9559,0,-1130.65 dDocent_Contig_6008 15 . G A 5068.37 . AB=0.618519;ABP=35.9523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=167;CIGAR=1X;DP=270;DPB=270;DPRA=0;EPP=365.646;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.815534;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6574;QR=4097;RO=103;RPL=0;RPP=365.646;RPPR=226.672;RPR=167;RUN=1;SAF=167;SAP=365.646;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:41,67:41:1618:67:2647:-205.849,0,-113.339 0/1:162:62,100:62:2479:100:3927:-304.688,0,-174.484 dDocent_Contig_6009 20 . G A 842.249 . AB=0.369048;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=2.33333;EPP=70.3259;EPPR=171.092;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966292;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1236;QR=3536;RO=89;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=196.271;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=86;SRP=171.092;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1434:0:0:0,-10.8371,-129.314 0/1:84:53,31:53:2102:31:1236:-86.2249,0,-164.081 dDocent_Contig_6010 107 . N T 458.19 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.32;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.28;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=828;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:20:0,20:0:0:20:656:-39.83,-6.0206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:172:-5.68799,-1.50515,0 dDocent_Contig_6013 44 . A C 327.156 . AB=0.235294;ABP=44.396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=624;QR=2054;RO=52;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=115.927;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:790:5:198:-10.6713,0,-63.8931 0/1:43:32,11:32:1264:11:426:-25.7433,0,-101.09 dDocent_Contig_6015 128 . G A 142.851 . AB=0.321429;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=2956;RO=95;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=209.3;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=209.3;SRR=95;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,9:19:617:9:268:-15.9841,0,-47.41 0/0:77:76,1:76:2339:1:35:0,-19.6807,-207.26 dDocent_Contig_6017 209 . N G 149.203 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21467,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.40347,-0.60206,0 dDocent_Contig_6018 30 . G A 34578 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=995;CIGAR=1X;DP=1021;DPB=1021;DPRA=0;EPP=2163.63;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998995;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39374;QR=915;RO=23;RPL=0;RPP=2163.63;RPPR=52.9542;RPR=995;RUN=1;SAF=995;SAP=2163.63;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:497:12,484:12:470:484:19240:-1687.4,-107.065,0 1/1:524:11,511:11:445:511:20134:-1770.1,-116.871,0 dDocent_Contig_6020 33 . G A 21062.2 . AB=0.0147929;ABP=694.181;AC=0;AF=0;AN=4;AO=38;CIGAR=1X3M1X;DP=782;DPB=782;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1454;QR=2746;RO=73;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=161.528;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:338:41,5,291:41:1523:5,291:197,11220:-908.949,-905.083,-1028.2,0,-108.425,-37.0356 0|0:444:32,33,375:32:1223:33,375:1257,14558:-1198.97,-1105.51,-1195.92,-12.5339,-9.78877,0 dDocent_Contig_6021 23 . T C 2030.01 . AB=0.647059;ABP=22.1704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2632;QR=1435;RO=36;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=81.1833;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:28,13:28:1111:13:529:-35.614,0,-87.9354 0/1:61:8,53:8:324:53:2103:-171.086,0,-11.166 dDocent_Contig_6022 64 . G A 15346.4 . AB=0.730486;ABP=316.32;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=496;CIGAR=1X4M;DP=679;DPB=679;DPRA=0;EPP=1080.06;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.979839;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19192;QR=4696;RO=126;RPL=496;RPP=1080.06;RPPR=276.616;RPR=0;RUN=1;SAF=496;SAP=1080.06;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:368:87,15,262:87:3214:15,262:580,10157:-808.18,-786.732,-1045.05,0,-215.188,-183.958 0|1:311:39,31,234:39:1482:31,234:1184,9035:-730.16,-644.765,-756.96,0,-24.3907,-51.0854 dDocent_Contig_6023 113 . T C 1722.87 . AB=0.4;ABP=13.4334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=2X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1656;QR=983;RO=28;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=63.8115;RPR=48;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:63:22,19,22:22:780:19,22:661,758:-54.9482,-7.8213,-65.6535,0,-9.80539,-56.9277 1|0:57:6,29,22:6:203:29,22:995,724:-121.038,-42.0478,-49.7772,-64.3358,0,-74.1696 dDocent_Contig_6024 144 . T C 557.194 . AB=0.254545;ABP=60.5741;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=24M1X3M1X1M1X;DP=150;DPB=149.71;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1059;QR=3782;RO=110;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=241.872;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=241.872;SRR=110;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:110:76,28,1:76:2615:28,1:985,34:-57.4184,0,-204.074,-77.5383,-209.745,-289.63 0|0:40:34,2,2:34:1167:2,2:74,68:0,-4.15019,-98.3603,-4.70319,-93.4462,-98.9 dDocent_Contig_6025 44 . T C 2350.34 . AB=0.8;ABP=77.2747;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X2M;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2960;QR=590;RO=15;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=35.5824;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:54:8,0,45:8:313:0,45:0,1749:-141.289,-143.697,-169.431,0,-25.726,-12.1797 0|1:41:7,3,31:7:277:3,31:118,1211:-97.4442,-89.8443,-111.74,0,-13.0933,-13.4675 dDocent_Contig_6026 186 . C T 1087 . AB=0.463415;ABP=3.96363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1516;QR=1728;RO=44;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:17,16:17:638:16:640:-47.9994,0,-47.7979 0/1:49:27,22:27:1090:22:876:-64.3993,0,-83.6356 dDocent_Contig_6027 22 . G C 427.288 . AB=0.303571;ABP=21.778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=695;QR=1539;RO=39;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=87.6977;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:17,9:17:670:9:368:-25.6586,0,-52.8042 0/1:30:22,8:22:869:8:327:-20.7692,0,-69.4793 dDocent_Contig_6029 27 . C A 32.8224 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.716981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2129;RO=53;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=118.098;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:677:3:118:-4.98098,0,-55.2373 0/0:38:36,2:36:1452:2:82:0,-3.65946,-123.148 dDocent_Contig_6030 50 . T C 22912.2 . AB=0.15625;ABP=791.255;AC=4;AF=1;AN=4;AO=120;CIGAR=1X2M;DP=768;DPB=768;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4748;QR=1013;RO=26;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:345:11,289,44:11:445:289,44:11293,1757:-1033.03,-108.007,-57.7013,-891.639,0,-915.085 1|1:423:15,331,76:15:568:331,76:12975,2991:-1261.88,-199.469,-146.389,-1020.38,0,-1044.06 dDocent_Contig_6031 46 . G C 60.5638 . AB=0.110092;ABP=146.945;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=7596;RO=198;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=432.962;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:97,12:97:3721:12:447:-7.75535,0,-302.145 0/0:102:101,1:101:3875:1:37:0,-27.0072,-345.085 dDocent_Contig_6032 7 . G A 184.192 . AB=0.222222;ABP=33.1696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=1147;RO=35;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=79.0118;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:611:6:234:-14.2064,0,-48.077 0/1:21:17,4:17:536:4:154:-7.91183,0,-42.2051 dDocent_Contig_6033 14 . A G 82.289 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=146.452;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=2670;RO=70;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=155.013;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=69;SRP=146.452;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,6:31:1199:6:230:-9.92787,0,-97.0502 0/0:40:39,1:39:1471:1:38:0,-8.24393,-128.835 dDocent_Contig_6034 150 . A T 4166.43 . AB=0.377083;ABP=66.0011;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=181;CIGAR=1X3M;DP=480;DPB=480;DPRA=0;EPP=396.047;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995475;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6017;QR=7384;RO=221;RPL=0;RPP=396.047;RPPR=482.906;RPR=181;RUN=1;SAF=0;SAP=396.047;SAR=181;SRF=0;SRP=482.906;SRR=221;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:284:124,47,111:124:4137:47,111:1556,3702:-262.33,-173.814,-494.548,0,-209.041,-301.47 0|1:196:97,28,70:97:3247:28,70:924,2315:-158.012,-112.507,-367.019,0,-188.24,-241.872 dDocent_Contig_6035 12 . T A 2361.97 . AB=0.48;ABP=3.61831;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1M3D2M2X;DP=175;DPB=143.5;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.654762;PAIREDR=0.964706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3231;QR=3114;RO=85;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=187.585;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:77:38,38:38:1347:38:1463:-108.669,0,-98.2379 0|1:98:47,46:47:1767:46:1768:-131.227,0,-131.145 dDocent_Contig_6037 98 . N A 195.216 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=4X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=206;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 1|1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51695,-0.90309,0 dDocent_Contig_6038 24 . T C 7164.04 . AB=0.725806;ABP=140.303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=225;CIGAR=1X;DP=310;DPB=310;DPRA=0;EPP=491.592;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9040;QR=3404;RO=85;RPL=0;RPP=491.592;RPPR=187.585;RPR=225;RUN=1;SAF=225;SAP=491.592;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:220:56,164:56:2247:164:6604:-527.826,0,-136.168 0/1:90:29,61:29:1157:61:2436:-192.277,0,-77.3193 dDocent_Contig_6039 43 . T C 1193.6 . AB=0.217054;ABP=182.418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.839286;PAIREDR=0.861386;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2224;QR=7787;RO=202;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=441.648;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:79,24:79:3029:24:965:-56.1442,0,-241.744 0/1:155:123,32:123:4758:32:1259:-66.915,0,-381.555 dDocent_Contig_6040 96 . T A 1680.4 . AB=0.483221;ABP=3.37464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2400;QR=2596;RO=77;RPL=72;RPP=159.356;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:45,46:45:1546:46:1562:-113.478,0,-112.041 0/1:58:32,26:32:1050:26:838:-58.261,0,-77.3361 dDocent_Contig_6041 19 . T C 2152.31 . AB=0.493243;ABP=3.06899;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.917808;PAIREDR=0.986667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2922;QR=2914;RO=75;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=165.871;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:24,20:24:905:20:793:-58.4463,0,-68.5007 0/1:104:51,53:51:2009:53:2129:-160.484,0,-149.71 dDocent_Contig_6042 170 . A G 85.8267 . AB=0.101911;ABP=219.12;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=255;DPB=255;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=506.792;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=919;QR=8619;RO=232;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=506.792;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=506.792;SRR=232;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:98:91,7:91:3369:7:280:0,-3.93174,-277.795 0/1:157:141,16:141:5250:16:639:-10.5827,0,-425.263 dDocent_Contig_6043 16 . C A 940.846 . AB=0.342593;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=2.45455;EPP=83.3548;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1426;QR=4520;RO=115;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=252.73;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1725:0:0:0,-13.2453,-155.476 0/1:108:71,37:71:2795:37:1426:-96.0846,0,-219.169 dDocent_Contig_6044 62 . A G 146.231 . AB=0.183673;ABP=45.5977;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=1609;RO=40;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:570:5:199:-12.5694,0,-45.9226 0/1:30:26,4:26:1039:4:160:-5.75269,0,-84.7731 dDocent_Contig_6045 44 . C T 194.076 . AB=0.147727;ABP=97.8642;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.84186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=8414;RO=215;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=469.877;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:75,13:75:2920:13:525:-21.1066,0,-236.422 0/0:142:140,2:140:5494:2:82:0,-34.9666,-486.55 dDocent_Contig_6046 16 . G C 2949.43 . AB=0.77686;ABP=83.5701;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X3M;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3686;QR=549;RO=15;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=35.5824;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:9,8,44:9:333:8,44:300,1705:-137.338,-115.48,-140.311,0,-2.66718,-13.9934 0|1:60:6,4,50:6:216:4,50:153,1981:-161.247,-150.499,-166.912,0,-5.04402,-2.55606 dDocent_Contig_6047 144 . C A 419.687 . AB=0.191176;ABP=115.671;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=3.02222;EPP=59.4686;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=940;QR=5926;RO=155;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=339.589;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=339.589;SRR=155;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:45,0:45:1665:0:0:0,-13.5463,-150.07 0/1:136:110,26:110:4261:26:940:-43.9687,0,-342.533 dDocent_Contig_6048 64 . C G 147.516 . AB=0.193548;ABP=53.5846;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=1.26531;EPP=29.068;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.79798;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=3245;RO=99;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=3.55865;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=47;SRP=3.55865;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:49,0:49:1626:0:0:0,-14.7505,-146.623 0/1:62:50,12:50:1619:12:390:-16.7516,0,-127.322 dDocent_Contig_6049 7 . G C 5009.26 . AB=0.824121;ABP=184.596;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=164;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=359.132;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6267;QR=1155;RO=34;RPL=0;RPP=359.132;RPPR=76.8404;RPR=164;RUN=1;SAF=164;SAP=359.132;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:14,74:14:475:74:2853:-230.451,0,-16.5746 0/1:111:20,90:20:680:90:3414:-274.175,0,-28.2777 dDocent_Contig_6050 19 . G A 190.356 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M;DP=42;DPB=42;DPRA=2.23077;EPP=16.0391;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=1104;RO=28;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=63.8115;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:13,0,0:13:507:0,0:0,0:0,-3.91339,-45.9744,-3.91339,-45.9744,-45.9744 0|1:29:15,8,6:15:597:8,6:311,238:-21.0356,0,-46.7491,-5.9562,-29.5662,-53.3124 dDocent_Contig_6051 19 . G A 2052.96 . AB=0.462025;ABP=4.98936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958904;PAIREDR=0.811765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2845;QR=3382;RO=85;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=187.585;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:39,33:39:1567:33:1264:-92.3532,0,-119.588 0/1:86:46,40:46:1815:40:1581:-116.642,0,-137.671 dDocent_Contig_6052 98 . N C 80.4636 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:87:-8.04609,-1.20412,0 dDocent_Contig_6053 9 . T A 141.87 . AB=0.4;ABP=4.31318;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=2.14286;EPP=16.0391;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=226;QR=594;RO=16;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=37.7539;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:262:0:0:0,-2.10721,-23.9371 0/1:15:9,6:9:332:6:226:-16.187,0,-25.7133 dDocent_Contig_6054 50 . T C 525.508 . AB=0.06;ABP=87.0897;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2M2I4M1X4M1X10M;DP=87;DPB=90.0909;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=891;RO=24;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:8,8,11,0,7,0:8:297:8,11,0,7,0:295,364,0,260,0:-27.0137,-5.29125,-27.1929,0,-0.179657,-20.9928,-29.4219,-29.6011,-24.3041,-53.7299,-8.14259,-8.32204,-3.02983,-32.4524,-30.3451,-29.4219,-29.6011,-24.3041,-53.7299,-32.4524,-53.7299 0|0:50:16,6,7,3,11,3:16:594:6,7,3,11,3:213,223,102,414,118:-29.1119,-16.5721,-63.3857,-15.9776,-47.241,-62.4871,-25.6552,-56.9193,-56.3222,-73.3702,0,-31.2711,-30.6753,-40.3535,-45.3152,-24.2169,-55.4822,-54.885,-64.5639,-38.9159,-71.9337 dDocent_Contig_6058 18 . T C 863.013 . AB=0.397436;ABP=10.1372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0.896552;EPP=70.3259;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1239;QR=5384;RO=134;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=293.988;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:87:87,0:87:3499:0:0:0,-26.1896,-314.944 0/1:78:47,31:47:1885:31:1239:-88.3013,0,-146.369 dDocent_Contig_6059 107 . N T 354.569 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:10:0,10:0:0:10:348:-31.656,-3.0103,0 dDocent_Contig_6060 131 . C A 36.0352 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.28;EPP=9.52472;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=2150;RO=61;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=135.47;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:11,3:11:391:3:102:-5.30238,0,-31.315 0/0:50:50,0:50:1759:0:0:0,-15.0515,-158.593 dDocent_Contig_6061 7 . G A 40251.4 . AB=0.699739;ABP=666.613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1340;CIGAR=1X;DP=1915;DPB=1915;DPRA=0;EPP=2912.78;EPPR=1216.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9933;MQMR=59.9946;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997761;PAIREDR=0.998211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51152;QR=17796;RO=559;RPL=0;RPP=2912.78;RPPR=1216.86;RPR=1340;RUN=1;SAF=1340;SAP=2912.78;SAR=0;SRF=559;SRP=1216.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:809:354,443:354:11245:443:16919:-1281.82,0,-771.788 0/1:1106:205,897:205:6551:897:34233:-2747.02,0,-257.759 dDocent_Contig_6062 1 . N T 77.8404 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=16;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=172;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-2.65211,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-4.8296,-0.90309,0 dDocent_Contig_6063 8 . C T 483.181 . AB=0.107914;ABP=188.617;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1M1X3M;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=537;QR=3686;RO=103;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=226.672;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:77:55,15,3,4:55:1979:15,3,4:579,105,52:-31.1047,0,-157.045,-39.1184,-153.02,-199.676,-44.2309,-158.099,-197.116,-204.452 0|1:62:48,0,12,1:48:1707:0,12,1:0,432,11:-20.9123,-35.3618,-174.456,0,-139.212,-135.6,-34.6905,-173.771,-138.528,-173.47 dDocent_Contig_6066 37 . T G 197.11 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:173:-15.9102,-1.50515,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_6068 189 . A T 10392 . AB=0.809877;ABP=340.8;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=328;CIGAR=1X;DP=405;DPB=405;DPRA=0;EPP=715.253;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12948;QR=3056;RO=77;RPL=328;RPP=715.253;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=715.253;SAR=328;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:186:34,152:34:1342:152:6005:-484.245,0,-65.0526 0/1:219:43,176:43:1714:176:6943:-558.649,0,-88.5614 dDocent_Contig_6069 67 . C T 91.5488 . 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G T 4498.95 . AB=0.236597;ABP=520.074;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X;DP=858;DPB=858;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=1425.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7909;QR=25106;RO=655;RPL=0;RPP=443.819;RPPR=1425.32;RPR=203;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=655;SRP=1425.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:344:273,71:273:10401:71:2774:-146.25,0,-832.092 0/1:514:382,132:382:14705:132:5135:-307.343,0,-1167.92 dDocent_Contig_6072 16 . C A 59.4049 . 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N A 1794.48 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8525;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1984;QR=0;RO=0;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:23:0,23:0:0:23:748:-67.6217,-6.92369,0 1/1:38:0,38:0:0:38:1236:-111.526,-11.4391,0 dDocent_Contig_6075 115 . A G 119.86 . AB=0.166667;ABP=60.9162;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=2.06897;EPP=24.725;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8608;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.949367;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=2681;RO=79;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=174.557;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:50,10:50:1696:10:349:-13.685,0,-134.861 0/0:29:29,0:29:985:0:0:0,-8.72987,-88.9561 dDocent_Contig_6076 40 . A C 558.531 . 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AB=0.492958;ABP=3.04088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.914286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1299;QR=1282;RO=36;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=81.1833;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:934:6:214:-9.97197,0,-74.7268 0/1:39:10,29:10:348:29:1085:-86.2163,0,-19.9081 dDocent_Contig_6080 77 . A G 1266.37 . 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AB=0.579545;ABP=7.84676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X1M1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0.864865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1635;QR=1235;RO=37;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=83.3548;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:19,18:19:631:18:612:-44.2625,0,-45.9664 0|1:51:18,33:18:604:33:1023:-77.0004,0,-39.324 dDocent_Contig_6093 7 . G A 2957.71 . AB=0.738806;ABP=69.3861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3768;QR=1013;RO=34;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=76.8404;RPR=99;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:9,66:9:287:66:2506:-203.169,0,-3.5563 0/1:59:25,33:25:726:33:1262:-96.295,0,-48.0255 dDocent_Contig_6094 1 . N G 338.328 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:241:-22.0667,-1.80618,0 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 dDocent_Contig_6095 27 . A T 1402.14 . AB=0.6;ABP=9.95901;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.78125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1860;QR=1257;RO=32;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=72.4974;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:11,35:11:446:35:1339:-106.91,0,-26.6488 0/1:34:21,13:21:811:13:521:-37.0024,0,-63.0675 dDocent_Contig_6096 69 . T C 1321.9 . AB=0.375;ABP=23.6393;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982456;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2012;QR=3329;RO=94;RPL=57;RPP=126.784;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:39,35:39:1381:35:1233:-88.6348,0,-101.953 0/1:77:55,22:55:1948:22:779:-47.254,0,-152.415 dDocent_Contig_6097 7 . G A 614.962 . AB=0.0550847;ABP=1220.32;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X5M;DP=708;DPB=708;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=943.258;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15.5;MQM=19.5128;MQMR=11.5727;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=732;QR=15633;RO=433;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=943.258;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=433;SRP=943.258;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:66,3,15,12,2:66:2420:3,15,12,2:112,582,232,81:-24.7583,-41.1022,-76.4479,0,-32.7699,-31.784,-29.8664,-62.5717,-21.5144,-62.4878,-43.9755,-76.6947,-35.6425,-65.4439,-79.6209 0|0:599:367,38,32,27,78:367:13213:38,32,27,78:1363,1236,500,3002:-40.4368,-111.798,-353.495,-56.1579,-270.189,-299.686,-119.999,-334.011,-278.395,-365.013,0,-214.021,-158.403,-222.227,-229.671 dDocent_Contig_6098 24 . C A 1672.65 . AB=0.0581395;ABP=148.852;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=6544;RO=166;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=363.475;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:86:42,5,38:42:1655:5,38:196,1531:-113.551,-110.078,-244.72,0,-120.037,-124.715 0|0:154:124,0,29:124:4889:0,29:0,1151:-57.4127,-94.7404,-496.97,0,-402.226,-393.496 dDocent_Contig_6099 86 . T C 453.658 . AB=0.487805;ABP=3.06326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=675;QR=717;RO=21;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:9,7:9:314:7:241:-17.21,0,-23.7814 0/1:25:12,13:12:403:13:434:-31.8549,0,-29.0669 dDocent_Contig_6100 61 . G A 117.585 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X6M;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=772;RO=24;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:14,2,0,0,2:14:440:2,0,0,2:65,0,0,64:-1.03454,0,-34.7686,-5.24896,-35.3706,-40.6182,-5.24896,-35.3706,-40.6182,-40.6182,-0.0947873,-30.2132,-35.461,-35.461,-34.859 0|1:25:10,6,2,4,2:10:332:6,2,4,2:206,67,138,68:-13.718,0,-25.0502,-11.3032,-21.4304,-37.5575,-5.51583,-15.6427,-26.9468,-31.1687,-11.2127,-21.3401,-32.6435,-26.8565,-37.4674 dDocent_Contig_6101 33 . G C 695.491 . AB=0.337349;ABP=22.0826;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.618182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1084;QR=2053;RO=55;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=122.441;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:21,10:21:815:10:388:-25.9391,0,-64.3309 0/1:52:34,18:34:1238:18:696:-47.309,0,-96.0353 dDocent_Contig_6102 147 . T A 53.8922 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=4605;RO=122;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=267.93;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=267.93;SRR=122;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:24,5:24:922:5:172:-7.08819,0,-74.5604 0/0:101:98,3:98:3683:3:104:0,-20.7009,-321.845 dDocent_Contig_6103 14 . T C 23049.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=672;CIGAR=1X;DP=701;DPB=701;DPRA=0;EPP=1462.24;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26589;QR=954;RO=29;RPL=0;RPP=1462.24;RPPR=65.983;RPR=672;RUN=1;SAF=672;SAP=1462.24;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:240:16,224:16:516:224:8838:-748.18,-25.4983,0 1/1:461:13,448:13:438:448:17751:-1556.48,-99.0321,0 dDocent_Contig_6104 111 . C T 8647.86 . AB=0.802469;ABP=67.377;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=311;CIGAR=1X;DP=346;DPB=346;DPRA=0;EPP=678.338;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10501;QR=1110;RO=35;RPL=0;RPP=678.338;RPPR=79.0118;RPR=311;RUN=1;SAF=0;SAP=678.338;SAR=311;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:16,65:16:507:65:2162:-170.465,0,-21.5495 1/1:265:19,246:19:603:246:8339:-696.02,-25.2029,0 dDocent_Contig_6105 25 . G T 107.145 . AB=0.294118;ABP=9.26925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.7;EPP=13.8677;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=830;RO=22;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=50.7827;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:10:10,0:10:375:0:0:0,-3.0103,-34.1023 0|1:17:12,5:12:455:5:194:-12.7145,0,-36.1824 dDocent_Contig_6107 197 . T C 726.347 . AB=0.577778;ABP=5.37479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=991;QR=728;RO=19;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:9,20:9:345:20:763:-60.266,0,-22.6783 0/1:16:10,6:10:383:6:228:-16.0677,0,-30.0093 dDocent_Contig_6108 46 . A G 1015.07 . AB=0.10177;ABP=314.319;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=9M3X2M1X;DP=226;DPB=223.733;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.93617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=754;QR=3299;RO=94;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=207.129;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:78:30,9,3,16,3,10,4,0:30:1055:9,3,16,3,10,4,0:309,89,515,101,368,154,0:-32.4793,-16.4185,-99.5895,-34.4078,-95.1957,-119.383,0,-60.7864,-78.7736,-81.0596,-33.3263,-94.1151,-112.103,-77.6927,-118.303,-11.4208,-72.2128,-90.2009,-55.7907,-89.1202,-94.2938,-28.8613,-89.6516,-107.639,-73.229,-106.559,-84.6566,-113.539,-41.5101,-102.299,-120.286,-85.8761,-119.206,-97.3041,-114.743,-127.39 0|0:148:64,0,13,7,9,29,1,18:64:2244:0,13,7,9,29,1,18:0,411,239,269,1120,40,675:-72.7268,-91.9927,-274.597,-58.9332,-241.534,-237.621,-72.5983,-255.202,-222.14,-253.095,-70.5046,-253.106,-220.044,-233.711,-250.397,0,-182.614,-149.551,-163.218,-161.123,-173.884,-88.697,-271.302,-238.239,-251.907,-249.811,-179.318,-271.001,-36.7011,-219.308,-186.246,-199.913,-197.818,-127.323,-216.013,-213.89 dDocent_Contig_6109 98 . N A 2184.86 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2418;QR=0;RO=0;RPL=75;RPP=165.871;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:26:0,26:0:0:26:779:-70.3922,-7.82678,0 1/1:49:0,49:0:0:49:1639:-147.793,-14.7505,0 dDocent_Contig_6110 10 . T A 131.346 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0.567568;EPP=16.0391;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1952;RO=52;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=115.927;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:568:6:231:-14.8335,0,-45.1365 0/0:37:37,0:37:1384:0:0:0,-11.1381,-124.828 dDocent_Contig_6111 29 . T C 5963.46 . AB=0.770492;ABP=158.075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7483;QR=2162;RO=56;RPL=0;RPP=411.247;RPPR=124.613;RPR=188;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:22,82:22:859:82:3250:-261.258,0,-46.3197 0/1:140:34,106:34:1303:106:4233:-338.787,0,-75.3968 dDocent_Contig_6112 130 . T C 1281.59 . AB=0.443548;ABP=6.44263;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1873;QR=2372;RO=69;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=152.842;RPR=55;RUN=1;SAF=0;SAP=122.441;SAR=55;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:32,21:32:1087:21:698:-47.1748,0,-82.1786 0/1:71:37,34:37:1285:34:1175:-84.6828,0,-94.5792 dDocent_Contig_6113 42 . C T 365.676 . AB=0.481481;ABP=3.09072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=1.8;EPP=31.2394;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0769231;PAIREDR=0.724138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=1153;RO=29;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=65.983;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:585:0:0:0,-4.51545,-52.9876 0/1:27:14,13:14:568:13:515:-38.5676,0,-43.3344 dDocent_Contig_6114 25 . A G 318.94 . AB=0.25;ABP=35.5824;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=588;QR=1759;RO=45;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=100.727;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:16,5:16:642:5:204:-12.4224,0,-51.7922 0/1:39:29,10:29:1117:10:384:-23.1706,0,-89.0702 dDocent_Contig_6116 36 . G T 1569.88 . AB=0.433824;ABP=8.18351;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X2M1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.2034;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.72;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2234;QR=2909;RO=75;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=165.871;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:22,35:22:860:35:1329:-102.517,0,-60.5591 0|1:79:53,24:53:2049:24:905:-58.1701,0,-161.161 dDocent_Contig_6117 50 . C T 225.272 . AB=0.222222;ABP=39.2015;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=1.31707;EPP=29.068;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.746988;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=3127;RO=83;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:42,12:42:1606:12:446:-24.2262,0,-128.548 0/0:41:41,0:41:1521:0:0:0,-12.3422,-137.155 dDocent_Contig_6118 135 . G C 155.143 . AB=0.333333;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=2.07692;EPP=22.5536;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=960;RO=30;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=68.1545;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:419:0:0:0,-3.91339,-38.0199 0/1:27:17,9:17:541:9:282:-17.5143,0,-40.8173 dDocent_Contig_6120 84 . C T 311.509 . AB=0.4;ABP=6.48466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=514;QR=838;RO=24;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:348:6:193:-12.8709,0,-26.8396 0/1:24:14,10:14:490:10:321:-21.979,0,-37.2078 dDocent_Contig_6122 8 . C A 1169.08 . AB=0.0724638;ABP=222.109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X4M;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=2826;RO=78;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=172.385;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:37,33,4:37:1323:33,4:1230,154:-89.5328,0,-97.8913,-88.0249,-95.178,-194.663 0|1:64:41,15,6:41:1503:15,6:533,213:-31.0744,0,-118.314,-26.0654,-105.478,-147.092 dDocent_Contig_6125 21 . G A 336.729 . AB=0.197674;ABP=71.2854;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976608;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=836;QR=6835;RO=171;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=374.332;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:69,17:69:2751:17:677:-35.3719,0,-221.809 0/0:106:102,4:102:4084:4:159:0,-17.2177,-352.838 dDocent_Contig_6127 108 . A C 141.866 . AB=0.576923;ABP=5.68288;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.870968;PAIREDR=0.925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=505;QR=361;RO=40;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=89.8692;RPR=62;RUN=1;SAF=0;SAP=137.642;SAR=62;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:50:18,32:18:156:32:257:-9.08362,-0.924903,0 0/1:52:22,30:22:205:30:248:-6.749,0,-2.88944 dDocent_Contig_6128 21 . T A 382.104 . AB=0.106306;ABP=750.189;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=1180;DPB=1180;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=2326.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978495;PAIREDR=0.992634;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3631;QR=40898;RO=1086;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=2361.23;RPR=93;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=1082;SRP=2326.61;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:555:495,59:495:18673:59:2298:-39.9093,0,-1512.48 0/0:625:591,34:591:22225:34:1333:0,-67.9051,-1878.72 dDocent_Contig_6129 27 . G A 113.934 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=2.45455;EPP=16.0391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.65625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=1288;RO=32;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=72.4974;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:441:0:0:0,-3.31133,-40.0441 0/1:27:21,6:21:847:6:235:-13.3934,0,-68.4123 dDocent_Contig_6130 9 . C A 337.618 . AB=0.0519481;ABP=137.275;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2M1X10M;DP=123;DPB=118.385;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.711111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=3390;RO=90;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=198.443;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:46:37,8,0,0:37:1402:8,0,0:315,0,0:-14.8853,0,-112.64,-26.0235,-115.049,-140.966,-26.0235,-115.049,-140.966,-140.966 0|0:77:53,12,5,4:53:1988:12,5,4:468,73,143:-22.5754,0,-159.297,-33.5135,-157.863,-194.829,-26.8645,-151.25,-184.676,-188.52 dDocent_Contig_6131 7 . G A 636.709 . AB=0.462963;ABP=4.2971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X2M4X2M1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=21.88;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1965;QR=1931;RO=52;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=115.927;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:30,10:30:1107:10:395:-7.68428,0,-87.6506 0|1:65:22,40:22:824:40:1570:-59.6856,0,-55.5621 dDocent_Contig_6132 21 . A T 560.895 . AB=0.434783;ABP=4.70971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X4M;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=808;QR=954;RO=24;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=55.1256;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:16,0,5:16:634:0,5:0,205:-12.5134,-17.3299,-69.5016,0,-52.5779,-51.0728 0|1:25:8,2,15:8:320:2,15:82,603:-47.2751,-42.9142,-68.671,0,-19.5815,-21.8362 dDocent_Contig_6133 8 . C T 61.9091 . AB=0.177778;ABP=43.5927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.822222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=3161;RO=90;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=198.443;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:37,8:37:1315:8:235:-7.88987,0,-105.093 0/0:57:53,4:53:1846:4:154:0,-2.92525,-152.155 dDocent_Contig_6134 97 . G A 5248.93 . AB=0.567194;ABP=22.854;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=287;CIGAR=1X;DP=506;DPB=506;DPRA=0;EPP=626.223;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7555;QR=6718;RO=217;RPL=287;RPP=626.223;RPPR=474.22;RPR=0;RUN=1;SAF=287;SAP=626.223;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:104,112:104:3270:112:2979:-203.253,0,-229.459 0/1:288:113,175:113:3448:175:4576:-325.339,0,-223.851 dDocent_Contig_6135 76 . T C 123.175 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=2.85714;EPP=16.0391;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=738;RO=21;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:243:0:0:0,-2.10721,-22.2079 0/1:20:14,6:14:495:6:222:-14.3175,0,-38.8637 dDocent_Contig_6137 25 . C T 1314.65 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=341;QR=620;RO=16;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=37.7539;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:6,5,30:6:222:5,30:193,1163:-93.7317,-79.6876,-96.3357,0,-2.28965,-9.11656 0|0:28:10,4,14:10:398:4,14:148,541:-41.4316,-32.3384,-63.9105,0,-20.6922,-28.5769 dDocent_Contig_6138 16 . T A 56.6784 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1970;RO=50;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=111.584;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:401:3:121:-7.36681,0,-32.5333 0/0:42:40,1:40:1569:1:40:0,-8.74612,-137.448 dDocent_Contig_6139 13 . G A 110.415 . AB=0.0895522;ABP=101.051;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X;DP=118;DPB=118;DPRA=1.31373;EPP=16.0391;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=3854;RO=99;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=217.986;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:67:52,6,9:52:2003:6,9:236,346:-12.7405,-8.97724,-171.617,0,-145.024,-161.728 0|0:51:47,0,4:47:1851:0,4:0,136:0,-14.1484,-166.473,-2.78512,-155.453,-154.249 dDocent_Contig_6140 12 . C A 657.049 . AB=0.342466;ABP=18.746;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=2M1X3M1X;DP=223;DPB=220.429;DPRA=0.486667;EPP=57.2971;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=977;QR=6943;RO=179;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=391.704;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:73:43,25,4:43:1636:25,4:977,136:-67.4025,0,-126.668,-69.3282,-123.172,-202.286 0|0:150:136,0,14:136:5307:0,14:0,496:0,-40.9401,-477.207,-0.190787,-436.815,-432.601 dDocent_Contig_6141 78 . G A 1434.85 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.971;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.753623;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2088;QR=2228;RO=68;RPL=31;RPP=4.55236;RPPR=3.0103;RPR=38;RUN=1;SAF=31;SAP=4.55236;SAR=38;SRF=34;SRP=3.0103;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:28,26:28:923:26:784:-54.5898,0,-67.1168 0/1:84:40,43:40:1305:43:1304:-92.5941,0,-92.6952 dDocent_Contig_6142 98 . N A 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6143 40 . C A 6134.62 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=192;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942708;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7283;QR=464;RO=12;RPL=0;RPP=419.933;RPPR=29.068;RPR=192;RUN=1;SAF=192;SAP=419.933;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:85:7,78:7:270:78:2972:-242.967,-0.927407,0 1/1:119:5,114:5:194:114:4311:-370.194,-17.9915,0 dDocent_Contig_6144 7 . G C 8515.82 . AB=0.687805;ABP=128.617;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=282;CIGAR=1X;DP=410;DPB=410;DPRA=0;EPP=615.366;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10853;QR=3826;RO=120;RPL=0;RPP=615.366;RPPR=263.587;RPR=282;RUN=1;SAF=282;SAP=615.366;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:207:69,131:69:2247:131:5070:-395.893,0,-142.039 0/1:203:51,151:51:1579:151:5783:-459.387,0,-81.309 dDocent_Contig_6145 18 . G T 35.0764 . AB=0.136364;ABP=53.5464;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=211.806;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.1429;MQMR=59.9327;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.317308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=253;QR=3955;RO=104;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=228.843;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=102;SRP=211.806;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:38,6:38:1439:6:218:-5.20647,0,-116.538 0/0:67:66,1:66:2516:1:35:0,-16.9228,-223.374 dDocent_Contig_6146 128 . C T 1148.8 . AB=0.326797;ABP=42.8774;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=378;DPB=378;DPRA=0.68;EPP=111.584;EPPR=715.253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1804;QR=11785;RO=328;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=715.253;RPR=50;RUN=1;SAF=0;SAP=111.584;SAR=50;SRF=0;SRP=715.253;SRR=328;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:103,50:103:3732:50:1804:-116.579,0,-290.002 0/0:225:225,0:225:8053:0:0:0,-67.7317,-724.745 dDocent_Contig_6147 89 . C A 269.4 . 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AB=0.0368098;ABP=306.763;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=13M1X4M;DP=163;DPB=165.944;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2797;RO=75;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=165.871;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:36,3,10,11,4:36:1363:3,10,11,4:112,313,358,124:-18.0624,-19.7237,-130.602,-3.74702,-106.358,-112.519,0,-102.615,-86.6408,-108.475,-18.9507,-121.558,-105.583,-101.84,-129.525 0|0:93:39,8,13,16,2:39:1434:8,13,16,2:279,451,533,73:-31.4043,-20.4475,-135.307,-6.47448,-101.054,-119.833,0,-94.5804,-80.6116,-112.456,-37.1784,-131.75,-117.781,-111.307,-153.84 dDocent_Contig_6150 123 . A G 1034.03 . 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AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0.433333;EPP=18.2106;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.632911;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=3140;RO=79;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=174.557;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:19,7:19:751:7:282:-17.9256,0,-60.0855 0/0:60:60,0:60:2389:0:0:0,-18.0618,-215.16 dDocent_Contig_6167 98 . N A 151.761 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=165;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:5:0,5:0:0:5:165:-15.176,-1.50515,0 dDocent_Contig_6168 88 . A C 129.74 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=252;QR=1021;RO=30;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:374:6:216:-14.673,0,-28.8701 0/0:20:19,1:19:647:1:36:0,-2.42232,-54.9517 dDocent_Contig_6170 89 . T C 64.3219 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=2.5;EPP=3.0103;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.837209;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=207;QR=1453;RO=43;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:470:0:0:0,-4.21442,-42.6215 0/1:35:29,6:29:983:6:207:-8.43219,0,-78.2425 dDocent_Contig_6171 107 . N A 517.324 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=565;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0,19:0:0:19:534:-48.3307,-5.71957,0 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 dDocent_Contig_6173 169 . A T 486.398 . AB=0.144;ABP=278.214;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=1.25628;EPP=81.1833;EPPR=897.657;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1396;QR=16091;RO=412;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=897.657;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=81.1833;SAR=36;SRF=0;SRP=897.657;SRR=412;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:199:198,0:198:7662:0:0:0,-59.6039,-688.835 0/1:250:214,36:214:8429:36:1396:-50.6398,0,-682.913 dDocent_Contig_6174 7 . G A 727.583 . AB=0.268908;ABP=58.2095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X1M;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=161.641;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987013;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1215;QR=2495;RO=77;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=170.214;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=76;SRP=161.641;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:35,1,23:35:1119:1,23:39,873:-61.0413,-68.371,-158.155,0,-86.8452,-83.1293 0|1:60:42,8,9:42:1376:8,9:309,342:-15.4155,-2.66518,-111.371,0,-85.7231,-108.403 dDocent_Contig_6175 37 . T C 11229.1 . AB=0.257282;ABP=951.712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=477;CIGAR=1X;DP=1854;DPB=1854;DPRA=0;EPP=1038.8;EPPR=2988.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18730;QR=48985;RO=1375;RPL=0;RPP=1038.8;RPPR=2988.78;RPR=477;RUN=1;SAF=477;SAP=1038.8;SAR=0;SRF=1375;SRP=2988.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:773:631,141:631:22389:141:5536:-265.293,0,-1781.36 0/1:1081:744,336:744:26596:336:13194:-861.32,0,-2067.32 dDocent_Contig_6176 83 . G A 3655.43 . AB=0.424403;ABP=21.7241;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=160;CIGAR=1X;DP=377;DPB=377;DPRA=0;EPP=350.446;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5358;QR=7373;RO=217;RPL=160;RPP=350.446;RPPR=474.22;RPR=0;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:200:149,51:149:5022:51:1717:-94.6086,0,-391.954 0/1:177:68,109:68:2351:109:3641:-274.633,0,-158.576 dDocent_Contig_6177 115 . C G 1779.4 . AB=0.571429;ABP=8.59409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2433;QR=1819;RO=54;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=120.27;RPR=72;RUN=1;SAF=0;SAP=159.356;SAR=72;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:24,34:24:803:34:1145:-85.8929,0,-55.1201 0/1:68:30,38:30:1016:38:1288:-95.7463,0,-71.2761 dDocent_Contig_6178 17 . C T 641.105 . AB=0.478261;ABP=3.19912;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.652174;PAIREDR=0.886364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=925;QR=1743;RO=44;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=98.5551;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:794:1:40:0,-2.32595,-67.7799 0/1:46:24,22:24:949:22:885:-66.1104,0,-71.868 dDocent_Contig_6180 8 . C T 6881.48 . AB=0.658654;ABP=93.9616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=274;CIGAR=1X;DP=416;DPB=416;DPRA=0;EPP=597.994;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9076;QR=4683;RO=142;RPL=0;RPP=597.994;RPPR=311.359;RPR=274;RUN=1;SAF=274;SAP=597.994;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:44,136:44:1429:136:4495:-350.484,0,-74.6835 0/1:236:98,138:98:3254:138:4581:-341.362,0,-221.977 dDocent_Contig_6181 7 . G A 12459.6 . AB=0.43197;ABP=45.26;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=454;CIGAR=1X;DP=1051;DPB=1051;DPRA=0;EPP=988.859;EPPR=1260.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17349;QR=18395;RO=579;RPL=0;RPP=988.859;RPPR=1260.29;RPR=454;RUN=1;SAF=454;SAP=988.859;SAR=0;SRF=579;SRP=1260.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:505:297,199:297:9537:199:7622:-536.335,0,-708.725 0/1:546:282,255:282:8858:255:9727:-713.323,0,-635.336 dDocent_Contig_6182 10 . G A 2427.87 . AB=0.736364;ABP=56.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X3M1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8272;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3101;QR=1129;RO=29;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=65.983;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:18,29:18:697:29:1090:-84.2493,0,-48.9119 0|1:63:11,52:11:432:52:2011:-162.236,0,-20.2693 dDocent_Contig_6183 107 . N T 161.26 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:134:-12.3251,-1.50515,0 dDocent_Contig_6184 7 . G A 310.127 . AB=0.0972037;ABP=1061.35;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=138;CIGAR=1X;DP=1737;DPB=1737;DPRA=0;EPP=302.673;EPPR=3321.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=57.0942;MQMR=59.5399;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.289855;PAIREDR=0.47644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5186;QR=48732;RO=1528;RPL=0;RPP=302.673;RPPR=3321.02;RPR=138;RUN=1;SAF=138;SAP=302.673;SAR=0;SRF=1528;SRP=3321.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:751:636,73:636:20250:73:2751:-32.7117,0,-1607.97 0/0:986:892,65:892:28482:65:2435:0,-77.1851,-2349.15 dDocent_Contig_6185 7 . G A 4706.18 . 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AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0.888889;EPP=7.35324;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=603;RO=15;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:238:2:77:-4.90059,0,-19.3835 0/0:9:9,0:9:365:0:0:0,-2.70927,-33.2151 dDocent_Contig_6187 98 . N A 109.861 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:77:-7.18506,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_6188 8 . C T 1016.86 . AB=0.0740741;ABP=45.5551;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X13I2M1X3M1X;DP=42;DPB=112;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=7;PQA=137;PQR=33;PRO=1;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:0,2,0,17,7:0:0:2,0,17,7:73,0,625,257:-72.1531,-66.1882,-65.5861,-72.1531,-66.1882,-72.1531,-21.0396,-15.0714,-21.0396,-15.9221,-51.1406,-45.1752,-51.1406,0,-49.0334 0|0:15:0,0,2,4,8:0:0:0,2,4,8:0,74,138,271:-33.2322,-33.2322,-33.2322,-27.1731,-27.1731,-26.571,-22.0113,-22.0113,-15.949,-20.8071,-11.2393,-11.2393,-5.17115,0,-8.83106 dDocent_Contig_6190 25 . G A 1460.47 . AB=0.236364;ABP=169.029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985646;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2579;QR=8276;RO=209;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=456.848;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:90,22:90:3583:22:873:-45.1642,0,-288.785 0/1:163:119,43:119:4693:43:1706:-104.581,0,-373.115 dDocent_Contig_6191 59 . T C 921.305 . AB=0.257862;ABP=83.983;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=2X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1591;QR=4406;RO=116;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:64,7:64:2423:7:277:-3.52758,0,-196.495 0|1:87:52,34:52:1983:34:1314:-92.2955,0,-152.473 dDocent_Contig_6195 27 . G T 123.474 . AB=0.333333;ABP=6.62942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0.277778;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=2522;RO=64;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:10,5:10:397:5:202:-14.0464,0,-31.5716 0/0:54:54,0:54:2125:0:0:0,-16.2556,-191.429 dDocent_Contig_6196 45 . A G 679.578 . AB=0.301075;ABP=34.9753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=1.66071;EPP=63.8115;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1085;QR=4752;RO=121;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=265.758;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2168:0:0:0,-16.8577,-195.301 0/1:93:65,28:65:2584:28:1085:-69.9578,0,-204.703 dDocent_Contig_6197 18 . C T 424.194 . AB=0.163399;ABP=153.58;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1160;QR=8018;RO=199;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=435.133;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:75:71,4:71:2852:4:158:0,-7.97789,-242.173 0/1:153:128,25:128:5166:25:1002:-44.4194,0,-418.724 dDocent_Contig_6198 57 . A C 8492.65 . AB=0.0642202;ABP=901.98;AC=0;AF=0;AN=4;AO=35;CIGAR=11M1X1M;DP=545;DPB=546.846;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1339;QR=6272;RO=163;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=356.96;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:240:99,0,21,108:99:3833:0,21,108:0,798,3932:-291.362,-321.164,-636.036,-255.72,-570.594,-564.272,0,-314.877,-249.436,-282.366 0|0:305:64,19,14,186:64:2439:19,14,186:741,541,7082:-561.602,-519.961,-714.292,-536.432,-675.576,-732.269,0,-139.144,-155.615,-144.06 dDocent_Contig_6199 46 . G A 12909.4 . AB=0.444139;ABP=32.6075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=485;CIGAR=1X;DP=1092;DPB=1092;DPRA=0;EPP=1056.17;EPPR=1321.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18042;QR=22536;RO=607;RPL=0;RPP=1056.17;RPPR=1321.09;RPR=485;RUN=1;SAF=485;SAP=1056.17;SAR=0;SRF=607;SRP=1321.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:515:255,260:255:9389:260:9707:-718.348,0,-689.716 0/1:577:352,225:352:13147:225:8335:-576.296,0,-1009 dDocent_Contig_6201 51 . G A 789.407 . 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AB=0.125;ABP=120.27;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=2.4;EPP=29.068;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=4308;RO=123;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=270.101;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1470:0:0:0,-12.0412,-132.557 0/1:96:83,12:83:2838:12:438:-10.9944,0,-226.812 dDocent_Contig_6203 98 . N A 375.987 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:11:0,11:0:0:11:373:-33.8976,-3.31133,0 dDocent_Contig_6204 48 . T A 133.245 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.6;EPP=16.0391;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1284;RO=33;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=74.6689;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:688:6:243:-15.0235,0,-55.013 0/0:15:15,0:15:596:0:0:0,-4.51545,-53.9703 dDocent_Contig_6205 80 . C A 277.795 . AB=0.253968;ABP=36.1339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.851064;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=1627;RO=47;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:349:6:209:-14.3346,0,-26.9302 0/1:47:37,10:37:1278:10:344:-17.1439,0,-101.175 dDocent_Contig_6206 7 . G A 724.3 . AB=0.35443;ABP=17.5509;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0.705357;EPP=63.8115;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1076;QR=5098;RO=157;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=343.931;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:48,28:48:1546:28:1076:-74.1289,0,-116.382 0/0:112:109,0:109:3552:0:0:0,-32.8123,-319.726 dDocent_Contig_6207 82 . T A 1467.58 . AB=0.2049;ABP=342.635;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=778.226;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3167;QR=12238;RO=357;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=778.226;RPR=0;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=357;SRP=778.226;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:140:125,15:125:4276:15:522:-5.16587,0,-342.898 0/1:309:232,77:232:7962:77:2645:-145.291,0,-623.643 dDocent_Contig_6208 13 . C T 2932.59 . AB=0.71875;ABP=56.2114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=92;CIGAR=1X1M;DP=166;DPB=166;DPRA=3.36842;EPP=202.786;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3656;QR=2275;RO=57;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=126.784;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:38,0,0:38:1505:0,0:0,0:0,-11.4391,-135.701,-11.4391,-135.701,-135.701 0|1:128:19,17,92:19:770:17,92:674,3656:-295.259,-245.503,-303.883,0,-8.02881,-35.806 dDocent_Contig_6209 34 . G T 1319.22 . AB=0.358108;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=2.0274;EPP=118.098;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1977;QR=6632;RO=168;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=367.818;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:95,53:95:3691:53:1977:-133.621,0,-287.672 0/0:73:73,0:73:2941:0:0:0,-21.9752,-264.778 dDocent_Contig_6210 18 . G C 664.331 . AB=0.194444;ABP=148.982;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=551;DPB=551;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=1077.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2139;QR=19141;RO=495;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=1077.89;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=495;SRP=1077.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:144,35:144:5554:35:1354:-68.132,0,-445.802 0/0:371:351,20:351:13587:20:785:0,-40.7104,-1151.15 dDocent_Contig_6211 17 . G T 107.722 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=1278;RO=32;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=72.4974;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:587:2:81:-2.56822,0,-48.0397 0/1:22:17,5:17:691:5:201:-11.8479,0,-55.8956 dDocent_Contig_6213 116 . A G 319.563 . AB=0.0809859;ABP=436.112;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X1M1X;DP=284;DPB=284;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=6;MQMR=47.0287;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.358852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=6956;RO=209;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=456.848;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=456.848;SRR=209;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:135:101,12,0,22:101:3375:12,0,22:397,0,712:-26.7274,-54.3639,-282.528,-57.1314,-286.14,-288.979,0,-229.172,-232.007,-225.384 0|0:149:108,11,11,16:108:3581:11,11,16:361,379,519:-8.92787,-38.9098,-312.312,-11.7284,-285.945,-285.209,0,-274.234,-247.129,-271.993 dDocent_Contig_6214 35 . A T 649.362 . AB=0.425926;ABP=5.5839;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0.830769;EPP=52.9542;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=921;QR=3812;RO=96;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=211.472;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:65,0:65:2594:0:0:0,-19.5669,-233.597 0/1:54:31,23:31:1218:23:921:-66.9362,0,-93.6408 dDocent_Contig_6215 91 . C T 61.3621 . AB=0.142857;ABP=65.0524;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0.949153;EPP=20.3821;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.869159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=3666;RO=107;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2020:0:0:0,-17.7608,-182.078 0/1:56:48,8:48:1646:8:274:-8.13621,0,-131.573 dDocent_Contig_6216 7 . G T 121.7 . AB=0.4;ABP=4.31318;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=681;RO=24;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=55.1256;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:452:0:0:0,-4.51545,-40.9597 0/1:15:9,6:9:229:6:204:-14.17,0,-16.3387 dDocent_Contig_6218 77 . G A 171.367 . AB=0.125;ABP=247.301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=893;QR=6253;RO=175;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=383.018;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:68,11:68:2442:11:387:-11.3846,0,-196.242 0/1:121:107,14:107:3811:14:506:-9.45108,0,-306.748 dDocent_Contig_6220 72 . G A 78.3766 . AB=0.177778;ABP=43.5927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.791209;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=449;QR=2929;RO=91;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:37,8:37:1152:8:253:-9.5349,0,-90.4149 0/0:60:54,6:54:1777:6:196:0,-0.0999614,-142.248 dDocent_Contig_6221 98 . N G 93.3124 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.3307,-0.90309,0 dDocent_Contig_6222 52 . A C 606.623 . AB=0.466667;ABP=3.44459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1043;QR=3308;RO=87;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:24,21:24:894:21:840:-62.3612,0,-67.2081 0/0:68:63,5:63:2414:5:203:0,-1.81719,-198.783 dDocent_Contig_6223 143 . C T 221.286 . AB=0.180952;ABP=95.8459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=41.7895;MQMR=56.4;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.435294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=651;QR=2877;RO=85;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=187.585;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=187.585;SRR=85;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:35,12:35:1212:12:408:-21.4064,0,-94.5254 0/1:58:50,7:50:1665:7:243:-4.42036,0,-131.419 dDocent_Contig_6225 35 . A T 189.727 . AB=0.285714;ABP=14.1779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1M3I2M2X1M1X1M2X;DP=35;DPB=38.3;DPRA=4;EPP=20.3821;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=885;RO=24;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=55.1256;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:7:7,0,0:7:249:0,0:0,0:0,-2.10721,-22.7499,-2.10721,-22.7499,-22.7499 0|1:28:17,3,8:17:636:3,8:120,317:-20.9727,-16.2039,-67.3662,0,-42.1694,-49.6503 dDocent_Contig_6226 147 . G T 4766.24 . AB=0.84507;ABP=76.4428;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5796;QR=650;RO=17;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=39.9253;RPR=147;RUN=1;SAF=0;SAP=322.217;SAR=147;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:11,60:11:408:60:2326:-188.137,0,-15.6753 1/1:93:6,87:6:242:87:3470:-290.186,-5.83884,0 dDocent_Contig_6227 12 . T G 1175.18 . AB=0.158537;ABP=86.0559;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=3153;RO=81;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=178.9;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:37,22,0:37:1444:22,0:856,0:-59.5977,0,-112.457,-70.7358,-119.08,-189.426 0|1:82:44,24,13:44:1709:24,13:913,518:-61.6193,0,-133.183,-32.2056,-97.7531,-168.711 dDocent_Contig_6228 98 . N C 54.5676 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:59:-5.45648,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6229 26 . G A 121.428 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=3X;DP=41;DPB=41;DPRA=1.41176;EPP=16.0391;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=1362;RO=35;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=79.0118;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:18,6:18:696:6:230:-13.8418,0,-55.7342 0|0:17:17,0:17:666:0:0:0,-5.11751,-60.2687 dDocent_Contig_6230 7 . G A 3007.79 . AB=0.664474;ABP=38.7253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X1M1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3836;QR=1086;RO=34;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=76.8404;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:85:25,46,14:25:807:46,14:1753,477:-136.309,0,-51.2137,-105.155,-26.3658,-165.993 0|1:67:9,55,2:9:279:55,2:2083,69:-168.169,0,-5.86737,-165.274,-16.8095,-187.055 dDocent_Contig_6231 216 . N G 267.324 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-15.0584,-1.20412,0 dDocent_Contig_6232 199 . A C 19118.5 . AB=0.502886;ABP=3.11057;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=697;CIGAR=1X;DP=1386;DPB=1386;DPRA=0;EPP=1516.53;EPPR=1496.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25932;QR=26067;RO=688;RPL=697;RPP=1516.53;RPPR=1496.98;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1516.53;SAR=697;SRF=0;SRP=1496.98;SRR=688;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:755:471,283:471:17858:283:10467:-714.334,0,-1378.96 0/1:631:217,414:217:8209:414:15465:-1201.21,0,-548.653 dDocent_Contig_6233 50 . T C 1876.63 . AB=0.29249;ABP=97.6367;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2967;QR=7084;RO=179;RPL=74;RPP=163.699;RPPR=391.704;RPR=0;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:94,55:94:3692:55:2203:-153.588,0,-287.453 0/1:104:85,19:85:3392:19:764:-37.7739,0,-274.025 dDocent_Contig_6234 9 . T A 263.576 . AB=0.478261;ABP=3.10471;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=435;RO=12;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=29.068;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:6,5:6:206:5:181:-13.3314,0,-15.5612 0|1:12:6,6:6:229:6:222:-16.7252,0,-17.3618 dDocent_Contig_6235 110 . C A 280.444 . AB=0.237288;ABP=38.3795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=1795;RO=45;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:920:8:297:-17.7428,0,-73.7764 0/1:28:22,6:22:875:6:245:-14.0006,0,-70.6352 dDocent_Contig_6236 40 . A G 337.211 . AB=0.132353;ABP=242.511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=507;DPB=507;DPRA=0.673267;EPP=61.6401;EPPR=1045.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1076;QR=18481;RO=480;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=1045.32;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=480;SRP=1045.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:303:303,0:303:11699:0:0:0,-91.2121,-1052.29 0/1:204:177,27:177:6782:27:1076:-35.7211,0,-548.763 dDocent_Contig_6237 147 . C T 335.219 . AB=0.137778;ABP=259.427;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1159;QR=7498;RO=194;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=424.276;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=424.276;SRR=194;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:79,17:79:3027:17:621:-27.2976,0,-243.624 0/1:129:115,14:115:4471:14:538:-9.92329,0,-363.507 dDocent_Contig_6242 51 . T A 1451.77 . AB=0.269912;ABP=106.934;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2404;QR=6452;RO=165;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=361.303;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:68,17:68:2651:17:659:-34.0488,0,-213.134 0/1:141:97,44:97:3801:44:1745:-114.828,0,-299.667 dDocent_Contig_6243 7 . G T 163.679 . AB=0.219512;ABP=31.0276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=411;QR=1772;RO=55;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=122.441;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1035:9:334:-18.0655,0,-81.0841 0/0:25:23,2:23:737:2:77:0,-0.216608,-59.308 dDocent_Contig_6245 12 . G A 11603.8 . AB=0.689338;ABP=172.401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=375;CIGAR=1X;DP=544;DPB=544;DPRA=0;EPP=817.312;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14762;QR=6579;RO=168;RPL=0;RPP=817.312;RPPR=367.818;RPR=375;RUN=1;SAF=375;SAP=817.312;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:327:141,185:141:5534:185:7309:-558.95,0,-399.375 0/1:217:27,190:27:1045:190:7453:-605.131,0,-29.0131 dDocent_Contig_6246 141 . C T 763.341 . AB=0.294118;ABP=34.305;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X3M;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.88;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=901;QR=1411;RO=37;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:14,16,11:14:532:16,11:611,398:-45.9285,0,-38.8232,-17.6656,-11.1621,-57.9829 0|1:44:23,7,14:23:879:7,14:248,503:-34.1045,-20.8314,-90.863,0,-51.954,-67.9315 dDocent_Contig_6247 19 . G A 27479.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=823;CIGAR=1M1X1M;DP=932;DPB=913.333;DPRA=0;EPP=1790.13;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32434;QR=1872;RO=49;RPL=0;RPP=1790.13;RPPR=109.412;RPR=823;RUN=1;SAF=823;SAP=1790.13;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:527:16,28,480:16:624:28,480:1065,18950:-1647.59,-1565.08,-1607.95,-93.2,-57.1724,0 1|1:405:33,28,343:33:1248:28,343:1073,13484:-1100.09,-1021.96,-1115.82,-0.969249,-15.1923,0 dDocent_Contig_6248 16 . G C 124.642 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.833333;EPP=10.7656;EPPR=47.6279;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.0566;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.679245;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=248;QR=2011;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=1;SAP=10.7656;SAR=6;SRF=43;SRP=47.6279;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:34,0,2:34:1280:0,2:0,77:0,-10.235,-114.877,-3.52888,-108.555,-107.953 0|1:30:19,7,4:19:731:7,4:248,154:-14.4642,0,-57.8979,-7.52927,-47.3617,-66.3526 dDocent_Contig_6249 87 . C T 31.7854 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=3619;RO=100;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1255:5:184:-4.87723,0,-101.211 0/0:69:65,3:65:2364:3:111:0,-10.2536,-202.728 dDocent_Contig_6250 7 . G A 1218.46 . AB=0.544304;ABP=4.35716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.906977;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1648;QR=1064;RO=34;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=76.8404;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:15,24:15:474:24:915:-70.8067,0,-31.0887 0/1:39:19,19:19:590:19:733:-54.7379,0,-41.8225 dDocent_Contig_6251 19 . T A 2588.56 . AB=0.196319;ABP=525.283;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=652;DPB=652;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=1140.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5095;QR=20850;RO=524;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=1140.86;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=524;SRP=1140.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:268:241,27:241:9559:27:1092:-17.8896,0,-779.05 0/1:384:283,101:283:11291:101:4003:-244.665,0,-899.827 dDocent_Contig_6252 21 . C T 777.381 . AB=0.348315;ABP=20.7969;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1494;QR=6966;RO=176;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=385.189;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:58,31:58:2283:31:1177:-79.437,0,-178.842 0/0:127:118,9:118:4683:9:317:0,-9.36473,-392.526 dDocent_Contig_6254 161 . A T 179.03 . AB=0.212766;ABP=36.6912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=74.9036;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.783784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=1456;RO=37;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=74.9036;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:412:6:234:-16.3082,0,-32.3018 0/1:30:26,4:26:1044:4:155:-5.29362,0,-85.2222 dDocent_Contig_6255 7 . G A 43.9522 . AB=0.103448;ABP=121.842;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=380.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=5548;RO=174;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=380.846;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:109:99,5:99:3178:5:192:0,-13.904,-268.671 0/1:87:75,9:75:2370:9:350:-6.3952,0,-188.107 dDocent_Contig_6256 7 . G A 5749.64 . AB=0.502463;ABP=3.03169;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7774;QR=6441;RO=198;RPL=0;RPP=445.991;RPPR=432.962;RPR=204;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:253:131,118:131:4211:118:4528:-332.431,0,-303.978 0/1:153:67,86:67:2230:86:3246:-246.232,0,-154.858 dDocent_Contig_6257 16 . T A 2884.12 . AB=0.237805;ABP=100.938;AC=4;AF=1;AN=4;AO=39;CIGAR=1X4M;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1558;QR=1404;RO=35;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=79.0118;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:71:19,32,20:19:767:32,20:1263,800:-100.861,-2.66251,-56.2609,-40.6824,0,-97.8947 1|1:93:16,58,19:16:637:58,19:2264,758:-191.25,-9.97671,-44.9654,-133.64,0,-180.37 dDocent_Contig_6259 16 . C T 57.4848 . AB=0.12069;ABP=75.4926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0.84058;EPP=18.2106;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=4728;RO=120;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=263.587;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2709:0:0:0,-20.7711,-243.958 0/1:58:51,7:51:2019:7:276:-7.74848,0,-164.457 dDocent_Contig_6260 37 . G C 820.346 . AB=0.451613;ABP=4.27115;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=3.26316;EPP=63.8115;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1138;QR=2125;RO=53;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=118.098;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:774:0:0:0,-5.71957,-69.9784 0/1:62:34,28:34:1351:28:1138:-84.0346,0,-103.186 dDocent_Contig_6262 98 . N T 44.6446 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46336,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6264 76 . T G 1253.55 . AB=0.436508;ABP=7.42218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X3M1X7M;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.981818;PAIREDR=0.716667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1818;QR=2020;RO=60;RPL=54;RPP=113.913;RPPR=133.299;RPR=1;RUN=1;SAF=54;SAP=113.913;SAR=1;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:33,2,25:33:1113:2,25:68,818:-56.2071,-60.6235,-150.236,0,-84.7666,-82.7574 0|1:65:27,7,30:27:907:7,30:220,1000:-72.8471,-63.2895,-134.662,0,-55.8252,-64.4791 dDocent_Contig_6265 16 . C G 235.452 . AB=0.375;ABP=6.26751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=603;RO=15;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=35.5824;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:7,8:7:283:8:326:-25.1944,0,-21.3279 0/1:9:8,1:8:320:1:41:-1.3853,0,-26.458 dDocent_Contig_6268 7 . G A 428.503 . AB=0.154639;ABP=203.995;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=425;DPB=425;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=830.341;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1137;QR=12276;RO=381;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=830.341;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=381;SRP=830.341;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:159,30:159:5041:30:1126:-44.5493,0,-396.716 0/0:231:222,1:222:7235:1:11:0,-66.1441,-649.99 dDocent_Contig_6269 67 . G A 261.711 . AB=0.27907;ABP=21.2406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=1.16216;EPP=29.068;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=453;QR=2595;RO=68;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1405:0:0:0,-11.1381,-126.73 0/1:43:31,12:31:1190:12:453:-28.1711,0,-94.4516 dDocent_Contig_6270 7 . G C 8648.88 . AB=0.351209;ABP=185.882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=334;CIGAR=1X;DP=951;DPB=951;DPRA=0;EPP=728.282;EPPR=1301.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12773;QR=19280;RO=598;RPL=0;RPP=728.282;RPPR=1301.55;RPR=334;RUN=1;SAF=334;SAP=728.282;SAR=0;SRF=598;SRP=1301.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:523:356,152:356:11580:152:5833:-371.866,0,-888.905 0/1:428:242,182:242:7700:182:6940:-496.721,0,-565.209 dDocent_Contig_6271 13 . T G 17677.3 . AB=0.723701;ABP=345.957;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=571;CIGAR=1X;DP=789;DPB=789;DPRA=0;EPP=1242.92;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998249;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22336;QR=8560;RO=218;RPL=0;RPP=1242.92;RPPR=476.391;RPR=571;RUN=1;SAF=571;SAP=1242.92;SAR=0;SRF=218;SRP=476.391;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:379:60,319:60:2360:319:12487:-1008.96,0,-98.4783 0/1:410:158,252:158:6200:252:9849:-762.47,0,-434.4 dDocent_Contig_6272 198 . G T 1657.54 . AB=0.19802;ABP=243.012;AC=0;AF=0;AN=4;AO=60;CIGAR=1M1X1M;DP=303;DPB=911;DPRA=0;EPP=108.544;EPPR=54.4314;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.85;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2200;QR=4853;RO=147;RPL=57;RPP=108.544;RPPR=54.4314;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=322.217;SRR=147;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:176:82,57,35:82:2721:57,35:1616,1294:-103.523,0,-202.94,-22.3511,-114.263,-231.964 0|0:127:65,36,25:65:2132:36,25:1071,906:-65.9298,0,-161.396,-11.5207,-98.2735,-176.269 dDocent_Contig_6273 10 . G T 1670.83 . AB=0.05;ABP=73.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M2X7M;DP=194;DPB=157.333;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990196;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=3763;RO=102;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=224.5;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:25,2,13:25:939:2,13:74,344:-19.4213,-20.879,-97.2691,0,-70.8708,-73.011 0|0:154:77,0,75:77:2824:0,75:0,2191:-151.361,-174.54,-405.389,0,-230.891,-208.313 dDocent_Contig_6274 7 . G A 7731.52 . AB=0.632184;ABP=16.2139;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=250;CIGAR=1X2M1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=545.878;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=57.972;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.932;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9485;QR=1461;RO=43;RPL=0;RPP=545.878;RPPR=96.3836;RPR=250;RUN=1;SAF=250;SAP=545.878;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:210:13,195:13:431:195:7391:-621.007,-23.7695,0 0|1:87:30,55:30:1030:55:2094:-153.844,0,-67.2103 dDocent_Contig_6275 43 . G A 150.347 . AB=0.163934;ABP=62.8504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0.983871;EPP=24.725;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=386;QR=4297;RO=113;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=248.387;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:51,10:51:1924:10:386:-16.7336,0,-155.037 0/0:62:62,0:62:2373:0:0:0,-18.6639,-213.772 dDocent_Contig_6276 7 . G C 96.0976 . AB=0.103093;ABP=268.467;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=654.452;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.8276;MQMR=59.9533;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1093;QR=9751;RO=300;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=654.452;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=300;SRP=654.452;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:166,20:166:5374:20:747:-11.3087,0,-427.532 0/0:149:134,9:134:4377:9:346:0,-11.7816,-362.57 dDocent_Contig_6277 49 . C T 53.4381 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=1.45455;EPP=16.0391;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=2985;RO=75;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=165.871;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1331:0:0:0,-9.93399,-120.051 0/1:48:42,6:42:1654:6:238:-7.3438,0,-134.632 dDocent_Contig_6278 98 . N G 1431.21 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=48;CIGAR=3X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1580;QR=0;RO=0;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:39:0,39:0:0:39:1283:-115.767,-11.7402,0 1|1:9:0,9:0:0:9:297:-27.0527,-2.70927,0 dDocent_Contig_6280 1 . N G 66.4163 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64055,-0.60206,0 dDocent_Contig_6281 44 . C T 1235.49 . AB=0.321429;ABP=49.5419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1969;QR=4528;RO=114;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=250.558;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:69,28:69:2710:28:1030:-63.8045,0,-214.824 0/1:71:45,26:45:1818:26:939:-63.4433,0,-142.454 dDocent_Contig_6282 7 . G A 3023.45 . AB=0.281596;ABP=189.868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=451;DPB=451;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=689.196;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984252;PAIREDR=0.85443;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4881;QR=9966;RO=316;RPL=0;RPP=278.787;RPPR=689.196;RPR=127;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=316;SRP=689.196;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:242:155,83:155:4958:83:3204:-216.713,0,-374.518 0/1:209:161,44:161:5008:44:1677:-89.331,0,-388.962 dDocent_Contig_6283 6 . C A 354.085 . AB=0.0517241;ABP=104.246;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X1M;DP=71;DPB=71;DPRA=4.46154;EPP=9.52472;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=34;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=782;RO=22;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=50.7827;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:11,0,0,0,0,0,0:11:382:0,0,0,0,0,0:0,0,0,0,0,0:0,-3.31133,-34.3269,-3.31133,-34.3269,-34.3269,-3.31133,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-3.31133,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-3.31133,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-3.31133,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-34.3269,-34.3269 0|0:58:11,7,5,11,3,6,13:11:400:7,5,11,3,6,13:224,187,419,102,233,500:-37.387,-24.5526,-55.1128,-25.521,-42.0439,-56.686,-9.02075,-25.5453,-26.5136,-38.3794,-33.2371,-49.7591,-50.7295,-34.2296,-65.0031,-22.2763,-38.7996,-39.7695,-23.2689,-47.4851,-53.1405,0,-16.5264,-17.4944,-0.993244,-25.2111,-14.2495,-28.7592 dDocent_Contig_6284 107 . N T 7491.75 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=257;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=561.079;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8320;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=561.079;RPPR=0;RPR=257;RUN=1;SAF=0;SAP=561.079;SAR=257;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:195:0,195:0:0:195:6330:-569.856,-58.7009,0 1/1:63:0,62:0:0:62:1990:-179.018,-18.6639,0 dDocent_Contig_6286 11 . T A 640.455 . AB=0.148734;ABP=341.678;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1803;QR=10419;RO=269;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=587.136;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:177:159,18:159:6192:18:667:-7.06294,0,-503.823 0/1:139:110,29:110:4227:29:1136:-60.6816,0,-338.585 dDocent_Contig_6287 18 . T C 638.347 . AB=0.488889;ABP=3.05855;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=893;QR=906;RO=23;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=52.9542;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:13,15:13:510:15:611:-46.8986,0,-37.8129 0/1:17:10,7:10:396:7:282:-20.6351,0,-30.8817 dDocent_Contig_6290 10 . C T 325.132 . AB=0.193548;ABP=78.8717;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=459.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=806;QR=7973;RO=210;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=459.02;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=210;SRP=459.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:138:135,3:135:5191:3:115:0,-30.8171,-456.376 0/1:93:75,18:75:2782:18:691:-34.5132,0,-222.522 dDocent_Contig_6291 187 . C T 8192.74 . AB=0.41534;ABP=46.0281;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=287;CIGAR=1X;DP=691;DPB=691;DPRA=0;EPP=626.223;EPPR=880.285;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996516;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11460;QR=16015;RO=404;RPL=287;RPP=626.223;RPPR=880.285;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=626.223;SAR=287;SRF=0;SRP=880.285;SRR=404;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:248:203,45:203:8074:45:1819:-89.2616,0,-651.553 0/1:443:201,242:201:7941:242:9641:-733.711,0,-580.912 dDocent_Contig_6293 7 . G A 1840.06 . AB=0.203905;ABP=354.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=461;DPB=461;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=780.397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.8085;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3612;QR=11384;RO=358;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=780.397;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=358;SRP=780.397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:191,34:191:6068:34:1303:-49.2496,0,-478.296 0/1:232:167,60:167:5316:60:2309:-138.455,0,-410.029 dDocent_Contig_6294 145 . A T 577.061 . AB=0.385965;ABP=9.44853;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=866;QR=1332;RO=34;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=76.8404;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:630:4:160:-8.76283,0,-51.0115 0/1:37:18,18:18:702:18:706:-52.6423,0,-52.2758 dDocent_Contig_6295 18 . A C 1823.38 . AB=0.336634;ABP=49.8367;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2737;QR=5363;RO=134;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=293.988;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:73,23:73:2916:23:930:-55.1043,0,-233.645 0/1:106:61,45:61:2447:45:1807:-130.933,0,-188.467 dDocent_Contig_6296 57 . G C 1018.37 . 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AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=1549;RO=39;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=87.6977;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:17,2:17:672:2:82:-2.06011,0,-55.0893 0/1:27:22,5:22:877:5:204:-10.6162,0,-71.1096 dDocent_Contig_6303 13 . A T 278.155 . AB=0.175824;ABP=86.0751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=646;QR=2966;RO=75;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=165.871;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:48,5:48:1895:5:205:-2.88042,0,-154.806 0/1:38:27,11:27:1071:11:441:-28.6064,0,-85.2408 dDocent_Contig_6304 45 . G A 2389.98 . AB=0.271955;ABP=162.463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=353;DPB=353;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3873;QR=10122;RO=257;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=561.079;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=257;SRP=561.079;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:186:152,34:152:6018:34:1371:-67.6555,0,-485.421 0/1:167:105,62:105:4104:62:2502:-175.041,0,-319.084 dDocent_Contig_6305 21 . T G 736.849 . AB=0.482759;ABP=3.16006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=2X1M;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=28.1373;EPPR=30.2953;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1031;QR=901;RO=23;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=52.9542;RPR=28;RUN=1;SAF=23;SAP=28.1373;SAR=5;SRF=20;SRP=30.2953;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:10,3,2,6:10:384:3,2,6:116,75,215:-14.5102,-8.02144,-38.6485,-11.3766,-33.409,-42.3015,0,-22.0267,-25.3788,-29.7139 0|1:37:13,0,2,22:13:517:0,2,22:0,70,816:-62.8737,-66.7871,-109.362,-61.3066,-103.882,-103.279,0,-42.6164,-37.141,-35.9937 dDocent_Contig_6306 7 . G A 17335.4 . AB=0.57546;ABP=43.3198;AC=4;AF=1;AN=4;AO=469;CIGAR=1X2M;DP=815;DPB=815;DPRA=0;EPP=1021.43;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.936034;PAIREDR=0.646154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17891;QR=4219;RO=130;RPL=0;RPP=1021.43;RPPR=285.302;RPR=469;RUN=1;SAF=469;SAP=1021.43;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:425:54,108,262:54:1767:108,262:4087,9977:-994.49,-675.712,-785.891,-192.387,0,-256.202 1|1:390:76,101,207:76:2452:101,207:3833,7914:-742.745,-451.747,-619.025,-116.235,0,-251.599 dDocent_Contig_6307 123 . G A 201.389 . AB=0.202532;ABP=63.7291;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=2165;RO=63;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=139.813;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:1087:5:161:-3.97067,0,-87.3027 0/1:43:32,11:32:1078:11:361:-19.8649,0,-84.3752 dDocent_Contig_6308 36 . G A 1991.53 . AB=0.331858;ABP=58.5078;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=6M1X2M;DP=226;DPB=215.333;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2936;QR=4989;RO=128;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=280.959;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:107:67,5,35:67:2617:5,35:193,1393:-94.5401,-98.8626,-312.487,0,-199.291,-204.603 0|1:119:61,11,40:61:2372:11,40:435,1543:-108.312,-90.8776,-282.474,0,-159.104,-182.859 dDocent_Contig_6309 58 . C T 185.718 . AB=0.145631;ABP=115.358;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=5781;RO=146;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=320.045;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:88,15:88:3494:15:566:-20.2707,0,-283.509 0/0:63:58,5:58:2287:5:187:0,-1.77255,-188.81 dDocent_Contig_6310 16 . T C 286.057 . AB=0.0946328;ABP=1013.53;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=126;CIGAR=1X;DP=1461;DPB=1461;DPRA=0;EPP=276.616;EPPR=2901.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9762;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5084;QR=53701;RO=1335;RPL=0;RPP=276.616;RPPR=2901.93;RPR=126;RUN=1;SAF=126;SAP=276.616;SAR=0;SRF=1335;SRP=2901.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:753:694,59:694:27884:59:2377:0,-12.5996,-2292.88 0/1:708:641,67:641:25817:67:2707:-30.6057,0,-2107.97 dDocent_Contig_6311 52 . G A 852.525 . AB=0.191406;ABP=214.763;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990338;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1838;QR=8116;RO=207;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=452.505;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:133,22:133:5200:22:850:-30.1574,0,-421.229 0/1:101:74,27:74:2916:27:988:-58.794,0,-232.146 dDocent_Contig_6312 57 . T G 32.8224 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.05263;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=1293;RO=36;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:614:3:118:-4.98098,0,-49.5642 0/0:19:19,0:19:679:0:0:0,-5.71957,-61.4294 dDocent_Contig_6314 60 . G T 116.453 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=1.625;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=604;RO=16;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:295:0:0:0,-2.40824,-26.9033 0/1:13:8,5:8:309:5:191:-13.6453,0,-24.2593 dDocent_Contig_6315 26 . A C 661.184 . AB=0.125874;ABP=524.574;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=729;DPB=729;DPRA=1.43;EPP=120.27;EPPR=1468.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7704;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992593;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2190;QR=26673;RO=675;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=1468.75;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=675;SRP=1468.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:300:300,0:300:11859:0:0:0,-90.309,-1062.11 0/1:429:375,54:375:14814:54:2190:-68.1184,0,-1201.91 dDocent_Contig_6317 24 . G A 68.2303 . AB=0.114286;ABP=93.4676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=3X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=2051;RO=53;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=118.098;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:20,3,4:20:772:3,4:115,161:-7.25866,-3.84378,-66.3319,0,-53.963,-62.1974 0|1:41:33,2,4:33:1279:2,4:80,160:-3.2513,-6.59368,-111.058,0,-98.4783,-103.865 dDocent_Contig_6320 143 . A C 371.086 . AB=0.140271;ABP=251.413;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X2M1X;DP=498;DPB=498;DPRA=0.797834;EPP=70.3259;EPPR=1017.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9807;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997859;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1167;QR=17371;RO=467;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=1017.09;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=1017.09;SRR=467;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:221:190,31:190:7046:31:1167:-38.8075,0,-567.578 0|0:277:277,0:277:10325:0:0:0,-83.3853,-929.02 dDocent_Contig_6321 57 . C T 1363.19 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=8M1X3M;DP=166;DPB=139.333;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1484;QR=3538;RO=94;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:88:62,26,0:62:2322:26,0:601,0:-27.8237,0,-182.714,-46.4875,-190.541,-236.755 0|1:78:32,6,39:32:1216:6,39:142,1484:-112.194,-110.873,-208.79,0,-88.8797,-88.0902 dDocent_Contig_6322 53 . T G 30943.1 . AB=0.904059;ABP=1540.22;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=980;CIGAR=1X;DP=1084;DPB=1084;DPRA=0;EPP=2131.05;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38071;QR=3897;RO=101;RPL=980;RPP=2131.05;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=980;SAP=2131.05;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:630:56,571:56:2146:571:22298:-1816.16,0,-4.35462 0/1:454:45,409:45:1751:409:15773:-1281.84,0,-21.1545 dDocent_Contig_6323 9 . T C 2097.82 . AB=0.737374;ABP=51.4626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1M3X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.945205;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2697;QR=952;RO=26;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=59.4686;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:17,27:17:621:27:1044:-81.0178,0,-42.9697 0|1:55:9,46:9:331:46:1653:-132.463,0,-13.5813 dDocent_Contig_6325 31 . G C 13710.2 . AB=0.838828;ABP=275.24;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=410;CIGAR=1X;DP=461;DPB=461;DPRA=0;EPP=893.314;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16421;QR=2017;RO=50;RPL=0;RPP=893.314;RPPR=111.584;RPR=410;RUN=1;SAF=410;SAP=893.314;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:188:6,181:6:241:181:7211:-626.59,-34.3613,0 0/1:273:44,229:44:1776:229:9210:-746.125,0,-77.8684 dDocent_Contig_6326 117 . C T 45.0078 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.516129;EPP=9.52472;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1558;RO=44;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=98.5551;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:31,0:31:1096:0:0:0,-9.33193,-98.9507 0|1:16:13,3:13:462:3:122:-6.50077,0,-37.1002 dDocent_Contig_6327 7 . G T 1861.45 . AB=0.03125;ABP=186.228;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=756;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:57:10,1,46:10:365:1,46:26,1569:-124.349,-125.322,-154.845,0,-27.8861,-16.068 0|0:39:11,2,25:11:391:2,25:51,848:-65.4956,-64.8252,-96.0872,0,-27.9494,-24.3975 dDocent_Contig_6328 107 . N A 295.663 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:152:-13.9799,-1.50515,0 1/1:6:0,5:0:0:5:170:-15.2853,-1.50515,0 dDocent_Contig_6331 8 . A C 6782.29 . AB=0.0364807;ABP=872.643;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=2X2M1X2M1X2M1X1M1X;DP=466;DPB=466;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=31.8235;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=3972;RO=103;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=226.672;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:227:49,0,14,40,119:49:1891:0,14,40,119:0,535,1555,4573:-360.673,-375.424,-530.719,-340.035,-495.329,-491.114,-247.643,-402.939,-367.55,-390.898,0,-155.301,-119.916,-27.5162,-119.479 0|0:239:54,23,3,85,74:54:2081:23,3,85,74:862,109,3325,2861:-321.255,-266.912,-430.866,-334.414,-434.693,-504.388,-64.1251,-164.406,-231.91,-209.418,-102.51,-202.79,-270.292,0,-251.112 dDocent_Contig_6332 7 . G A 270.251 . AB=0.307692;ABP=23.8898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X18M;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=29.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=590;QR=1371;RO=36;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=81.1833;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:24,2,2,11:24:926:2,2,11:76,75,333:-16.4085,-18.8072,-94.311,-17.4782,-88.7696,-92.9892,0,-71.2651,-69.9417,-72.7721 0|1:26:12,0,3,9:12:445:0,3,9:0,119,257:-14.3155,-17.9279,-54.3764,-8.10243,-44.5713,-43.6682,0,-36.4268,-26.6238,-33.7175 dDocent_Contig_6333 24 . G A 142.612 . AB=0.127451;ABP=125.975;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0.944444;EPP=31.2394;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=7718;RO=197;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=430.79;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:108:108,0:108:4213:0:0:0,-32.5112,-379.138 0/1:102:89,13:89:3505:13:518:-16.2612,0,-284.779 dDocent_Contig_6334 18 . G A 775.869 . AB=0.271186;ABP=56.6714;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=342;DPB=342;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=665.309;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1470;QR=12063;RO=305;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=665.309;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=305;SRP=665.309;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:224:219,5:219:8651:5:194:0,-49.6013,-760.297 0/1:118:86,32:86:3412:32:1276:-79.5869,0,-271.605 dDocent_Contig_6336 1 . N G 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_6337 12 . T A 755.64 . AB=0.595745;ABP=6.75262;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=42;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1112;QR=709;RO=19;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=44.2683;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:6,22:6:226:22:875:-64.8348,0,-11.1176 0/1:19:13,6:13:483:6:237:-14.4282,0,-34.5872 dDocent_Contig_6339 82 . G C 593.538 . AB=0.6;ABP=6.48466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=827;QR=551;RO=16;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:6,7:6:210:7:244:-18.3867,0,-15.3291 0/1:27:10,17:10:341:17:583:-44.6661,0,-22.8924 dDocent_Contig_6340 98 . N C 574.652 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=19;CIGAR=2X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=17.775;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=635;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:19:0,19:0:0:19:635:-57.4652,-5.71957,0 dDocent_Contig_6341 54 . G T 1232.91 . AB=0.236641;ABP=239.767;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=605;DPB=605;DPRA=1.85377;EPP=204.957;EPPR=1112.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2698;QR=17338;RO=511;RPL=93;RPP=204.957;RPPR=1112.63;RPR=0;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=511;SRP=1112.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:393:299,93:299:10152:93:2698:-124.99,0,-795.628 0/0:212:212,0:212:7186:0:0:0,-63.8184,-646.861 dDocent_Contig_6342 199 . T C 33.0657 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.863636;EPP=9.52472;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.763158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1399;RO=38;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:571:3:115:-5.00532,0,-45.9861 0/0:22:22,0:22:828:0:0:0,-6.62266,-74.8411 dDocent_Contig_6344 16 . G A 3214.21 . AB=0.259615;ABP=264.005;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=135;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=839.027;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5349;QR=15211;RO=385;RPL=0;RPP=296.159;RPPR=839.027;RPR=135;RUN=1;SAF=135;SAP=296.159;SAR=0;SRF=385;SRP=839.027;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:232:157,75:157:6195:75:3003:-200.515,0,-487.488 0/1:288:228,60:228:9016:60:2346:-124.605,0,-724.24 dDocent_Contig_6346 88 . A G 106.462 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1X1M3X2M2X1M1X1I5X;DP=9;DPB=42.2353;DPRA=1.25;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=205.5;PQR=2404.5;PRO=73;QA=113;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,3:0:0:3:113:-10.1674,-0.90309,0 0|0:4:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_6347 124 . G A 994.654 . AB=0.338462;ABP=32.4755;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1574;QR=3046;RO=86;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=189.757;RPR=44;RUN=1;SAF=0;SAP=98.5551;SAR=44;SRF=0;SRP=189.757;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:42,27:42:1493:27:981:-67.8346,0,-113.894 0/1:61:44,17:44:1553:17:593:-35.3298,0,-121.697 dDocent_Contig_6348 188 . C T 47.5496 . AB=0.103448;ABP=121.842;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0.956044;EPP=22.5536;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.869048;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=6696;RO=168;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=367.818;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=367.818;SRR=168;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:91:90,0:90:3583:0:0:0,-27.0927,-322.398 0/1:87:78,9:78:3113:9:362:-6.75495,0,-254.058 dDocent_Contig_6350 10 . T C 93.015 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.815789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=265;QR=1277;RO=38;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:618:5:195:-10.9982,0,-49.0113 0/1:22:20,2:20:659:2:70:-0.0246669,0,-52.9861 dDocent_Contig_6351 111 . G C 945.533 . AB=0.507937;ABP=3.04477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.71875;PAIREDR=0.548387;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1295;QR=1198;RO=31;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=70.3259;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:10,21:10:393:21:851:-67.5689,0,-26.3937 0/1:32:21,11:21:805:11:444:-30.6834,0,-63.1211 dDocent_Contig_6352 15 . G A 7474.93 . AB=0.780731;ABP=209.055;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=235;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=513.306;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9355;QR=2626;RO=66;RPL=0;RPP=513.306;RPPR=146.327;RPR=235;RUN=1;SAF=235;SAP=513.306;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:23,103:23:909:103:4130:-333.743,0,-44.1825 0/1:175:43,132:43:1717:132:5225:-417.449,0,-102.078 dDocent_Contig_6353 182 . G A 37.9239 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.7;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=957;RO=24;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:402:0:0:0,-3.0103,-36.5385 0/1:17:14,3:14:555:3:117:-5.79232,0,-45.171 dDocent_Contig_6354 107 . N T 125.761 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-12.5759,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6355 7 . G C 5220.46 . AB=0.362319;ABP=93.8974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=200;CIGAR=1X;DP=552;DPB=552;DPRA=0;EPP=437.305;EPPR=752.168;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7667;QR=10690;RO=345;RPL=0;RPP=437.305;RPPR=752.168;RPR=200;RUN=1;SAF=200;SAP=437.305;SAR=0;SRF=345;SRP=752.168;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:211:148,62:148:4613:62:2386:-151.479,0,-351.798 0/1:341:197,138:197:6077:138:5281:-374.266,0,-445.947 dDocent_Contig_6356 98 . N A 3433.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3807;QR=0;RO=0;RPL=134;RPP=293.988;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:71:0,70:0:0:70:1984:-178.741,-21.0721,0 1/1:64:0,64:0:0:64:1823:-164.327,-19.2659,0 dDocent_Contig_6358 93 . A G 77.501 . AB=0.363636;ABP=4.78696;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=3635;RO=107;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:241:4:138:-9.44907,0,-18.7151 0/0:109:100,9:100:3394:9:307:0,-4.85072,-277.731 dDocent_Contig_6359 36 . A G 1149.84 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.926829;PAIREDR=0.853659;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1586;QR=1624;RO=41;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=92.0407;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:20,21:20:789:21:800:-59.9626,0,-58.9892 0/1:41:21,20:21:835:20:786:-58.72,0,-63.1243 dDocent_Contig_6360 139 . G A 36.0749 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=1.05882;EPP=9.52472;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1235;RO=32;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=72.4974;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:583:3:115:-5.30635,0,-47.3945 0/0:17:17,0:17:652:0:0:0,-5.11751,-59.0145 dDocent_Contig_6361 34 . C A 99.6219 . AB=0.128571;ABP=86.8912;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=1.01449;EPP=22.5536;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=5177;RO=130;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=285.302;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2766:0:0:0,-20.7711,-249.054 0/1:70:61,9:61:2411:9:363:-11.9622,0,-196.079 dDocent_Contig_6362 117 . C T 103.162 . AB=0.2;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=4X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=1367;RO=40;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=89.8692;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:16,4:16:546:4:129:-5.90862,0,-43.4412 0|1:30:24,6:24:821:6:187:-8.10653,0,-65.1734 dDocent_Contig_6365 1 . N G 340.993 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=369;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:110:-10.1717,-1.20412,0 1/1:8:0,8:0:0:8:259:-23.6264,-2.40824,0 dDocent_Contig_6366 7 . G C 1289.13 . AB=0.716667;ABP=27.4756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.6279;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.790698;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1667;QR=484;RO=16;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=37.7539;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:5,21:5:164:21:813:-65.6674,0,-7.24974 0/1:34:11,22:11:320:22:854:-66.9448,0,-18.9449 dDocent_Contig_6367 165 . A G 121.429 . AB=0.0967742;ABP=572.146;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=403;DPB=403;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=793.426;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1517;QR=14127;RO=364;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=793.426;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=793.426;SRR=364;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:154,16:154:5933:16:638:-6.57941,0,-482.597 0/1:233:210,23:210:8194:23:879:-9.26244,0,-666.883 dDocent_Contig_6368 209 . N G 274.49 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:261:-23.1511,-2.10721,0 1/1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 dDocent_Contig_6369 98 . N A 79.6668 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46457,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 dDocent_Contig_6370 209 . N G 110.956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:119:-11.095,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6371 15 . A C 218.012 . AB=0.173913;ABP=66.7383;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990991;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=4417;RO=111;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=244.044;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:57,12:57:2274:12:488:-23.5002,0,-184.053 0/0:57:54,3:54:2143:3:117:0,-6.24901,-182.144 dDocent_Contig_6372 51 . G A 264.61 . AB=0.217391;ABP=50.8771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.796296;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=1997;RO=54;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:848:4:149:-5.64571,0,-68.5144 0/1:42:31,11:31:1149:11:409:-24.5142,0,-91.0683 dDocent_Contig_6373 186 . A G 175.052 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=32.8939;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=53.0476;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=837;RO=21;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=2;SRP=32.8939;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:6,5:6:239:5:202:-15.2502,0,-18.5732 0/1:18:15,3:15:598:3:122:-5.95395,0,-42.9087 dDocent_Contig_6374 7 . G A 689.634 . AB=0.294118;ABP=40.564;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.971831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1139;QR=2394;RO=71;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=157.185;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:46,18:46:1538:18:683:-42.4126,0,-119.293 0/1:37:25,12:25:856:12:456:-30.2498,0,-66.2054 dDocent_Contig_6375 19 . G A 2383.28 . AB=0.193182;ABP=218.874;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X1M;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2016;QR=5562;RO=141;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=309.188;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:63,14,31:63:2522:14,31:535,1212:-80.6643,-55.7413,-259.288,0,-163.881,-198.437 0|1:155:78,57,20:78:3040:57,20:2247,804:-161.363,0,-232.668,-118.589,-183.571,-362.402 dDocent_Contig_6376 14 . T A 1309.39 . AB=0.494382;ABP=3.0347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X4M;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.772727;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1731;QR=1036;RO=26;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=59.4686;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:14,5,20:14:559:5,20:198,778:-59.7114,-47.6281,-92.1664,0,-29.7461,-40.021 0|1:50:12,12,24:12:477:12,24:473,953:-74.8408,-39.5393,-75.1988,0,-0.359828,-32.0487 dDocent_Contig_6377 65 . A G 49.2799 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=1.12903;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.901639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=2344;RO=61;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1176:0:0:0,-9.33193,-106.125 0/1:35:30,5:30:1168:5:190:-6.92799,0,-94.8685 dDocent_Contig_6378 41 . T A 491.864 . AB=0.333333;ABP=19.6583;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=7.63648;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.521739;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=1700;RO=46;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=102.898;RPR=23;RUN=1;SAF=8;SAP=7.63648;SAR=15;SRF=23;SRP=3.0103;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:22,16:22:808:16:554:-38.7389,0,-61.597 0/1:31:24,7:24:892:7:257:-14.1465,0,-71.256 dDocent_Contig_6379 94 . T G 710.853 . AB=0.259259;ABP=84.5612;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.809524;PAIREDR=0.491667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1366;QR=4015;RO=120;RPL=24;RPP=4.87156;RPPR=44.7026;RPR=18;RUN=1;SAF=24;SAP=4.87156;SAR=18;SRF=84;SRP=44.7026;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:75,21:75:2557:21:645:-29.4419,0,-201.491 0/1:66:45,21:45:1458:21:721:-45.3423,0,-111.637 dDocent_Contig_6380 7 . G A 30.1826 . 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AB=0.863874;ABP=222.67;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.957576;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5534;QR=884;RO=26;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=59.4686;RPR=165;RUN=1;SAF=0;SAP=361.303;SAR=165;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:12,90:12:408:90:3021:-241.429,0,-6.34249 0/1:89:14,75:14:476:75:2513:-199.639,0,-16.3731 dDocent_Contig_6386 71 . T G 343.619 . AB=0.354167;ABP=11.8771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.903226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=1101;RO=31;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:436:4:146:-8.68123,0,-34.7651 0/1:32:19,13:19:665:13:430:-29.3796,0,-50.5358 dDocent_Contig_6387 51 . C T 346.018 . AB=0.146199;ABP=188.932;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=340;DPB=340;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1176;QR=12350;RO=310;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=676.167;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:171:146,25:146:5809:25:972:-36.3008,0,-471.14 0/0:169:164,5:164:6541:5:204:0,-32.13,-569.673 dDocent_Contig_6388 25 . T A 52.578 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.74;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=1977;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:876:4:160:-6.95665,0,-71.3213 0/0:30:28,2:28:1101:2:82:0,-1.25122,-91.5993 dDocent_Contig_6390 33 . G C 12697.8 . AB=0.589311;ABP=52.27;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=419;CIGAR=1X;DP=711;DPB=711;DPRA=0;EPP=912.857;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16535;QR=11473;RO=290;RPL=0;RPP=912.857;RPPR=632.737;RPR=419;RUN=1;SAF=419;SAP=912.857;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:329:133,194:133:5237:194:7617:-586.356,0,-372.376 0/1:382:157,225:157:6236:225:8918:-687.123,0,-446.002 dDocent_Contig_6391 15 . A G 328.278 . AB=0.361111;ABP=9.04217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=935;RO=23;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=52.9542;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:14,9:14:568:9:357:-25.5647,0,-44.5385 0/1:13:9,4:9:367:4:161:-10.9621,0,-29.4819 dDocent_Contig_6392 41 . T C 11431.7 . AB=0.410623;ABP=70.9381;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=402;CIGAR=1X;DP=979;DPB=979;DPRA=0;EPP=875.942;EPPR=1253.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16028;QR=22563;RO=576;RPL=0;RPP=875.942;RPPR=1253.78;RPR=402;RUN=1;SAF=402;SAP=875.942;SAR=0;SRF=576;SRP=1253.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:427:273,154:273:10705:154:6106:-420.775,0,-834.293 0/1:552:303,248:303:11858:248:9922:-726.098,0,-900.235 dDocent_Contig_6393 26 . C T 1738.48 . AB=0.452555;ABP=5.68898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X1M1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935484;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2426;QR=2933;RO=74;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=163.699;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:29,34:29:1159:34:1331:-101.093,0,-85.6291 0|1:74:45,28:45:1774:28:1095:-76.4536,0,-137.499 dDocent_Contig_6395 12 . G T 490.521 . AB=0.244681;ABP=56.2345;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=891;QR=2792;RO=71;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=157.185;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:603:2:75:-2.00283,0,-49.4906 0/1:77:56,21:56:2189:21:816:-50.5731,0,-174.029 dDocent_Contig_6397 46 . T C 107.054 . AB=0.15;ABP=66.8516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=131;DPB=131;DPRA=0.84507;EPP=22.5536;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=338;QR=4811;RO=122;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=267.93;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:71:71,0:71:2797:0:0:0,-21.3731,-251.855 0|1:60:51,9:51:2014:9:338:-12.7054,0,-163.402 dDocent_Contig_6398 28 . C A 235.076 . AB=0.348315;ABP=20.7969;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=1.5614;EPP=70.3259;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19.0968;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.46087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1176;QR=4528;RO=115;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=252.73;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:2240:0:0:0,-17.1587,-201.763 0/1:89:58,31:58:2288:31:1176:-25.5076,0,-179.287 dDocent_Contig_6399 52 . T C 3013.47 . AB=0.633987;ABP=26.8681;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=97;CIGAR=1X2M;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.793814;PAIREDR=0.820513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3788;QR=1506;RO=39;RPL=97;RPP=213.643;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:62:8,10,44:8:322:10,44:389,1730:-145.297,-115.739,-139.269,-5.41556,0,-18.7146 0|1:91:31,7,53:31:1184:7,53:264,2058:-159.748,-147.454,-242.473,0,-75.5055,-81.1778 dDocent_Contig_6401 41 . G A 421.931 . AB=0.457143;ABP=3.56868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=619;QR=727;RO=19;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=44.2683;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:10,10:10:391:10:373:-27.8874,0,-29.523 0/1:15:9,6:9:336:6:246:-18.0047,0,-26.0692 dDocent_Contig_6402 7 . G A 913.131 . AB=0.219124;ABP=175.006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=36.8364;MQMR=58.6598;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.963918;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2105;QR=6116;RO=194;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=424.276;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:107,28:107:3385:28:1077:-47.1053,0,-262.4 0/1:115:87,27:87:2731:27:1028:-47.9068,0,-208.324 dDocent_Contig_6403 127 . A G 808.886 . AB=0.375;ABP=13.8677;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.766667;PAIREDR=0.78;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1200;QR=2014;RO=50;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:27,15:27:1083:15:594:-41.1514,0,-85.1112 0/1:38:23,15:23:931:15:606:-43.4361,0,-72.6534 dDocent_Contig_6405 68 . C A 2365.19 . AB=0.712963;ABP=45.5551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.533333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3026;QR=1167;RO=30;RPL=77;RPP=170.214;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:17,32:17:652:32:1259:-98.8316,0,-44.2658 0/1:59:13,45:13:515:45:1767:-141.387,0,-28.8376 dDocent_Contig_6406 23 . G C 652.254 . AB=0.333333;ABP=21.1059;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.88;PAIREDR=0.86;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1009;QR=1995;RO=50;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=111.584;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:21,9:21:853:9:358:-23.5478,0,-68.0495 0/1:45:29,16:29:1142:16:651:-45.3766,0,-89.5158 dDocent_Contig_6407 96 . T A 4651.46 . AB=0.8;ABP=171.082;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97093;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5923;QR=1535;RO=43;RPL=172;RPP=376.504;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:20,67:20:715:67:2314:-182.34,0,-38.4883 0/1:128:23,105:23:820:105:3609:-286.506,0,-35.5913 dDocent_Contig_6408 33 . C A 691.989 . AB=0.142466;ABP=408.278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=680.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2025;QR=12485;RO=312;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=680.51;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=312;SRP=680.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:162:138,24:138:5527:24:943:-36.3923,0,-448.471 0/1:203:174,28:174:6958:28:1082:-36.5055,0,-564.721 dDocent_Contig_6409 181 . G A 149.745 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=1.13333;EPP=16.0391;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=1035;RO=26;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:429:6:238:-16.6735,0,-33.842 0/0:15:15,0:15:606:0:0:0,-4.51545,-54.878 dDocent_Contig_6410 138 . T C 264.049 . AB=0.1875;ABP=70.8688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.661538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=2502;RO=65;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=144.156;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:871:4:155:-6.19545,0,-70.5602 0/1:53:42,11:42:1631:11:439:-23.9084,0,-131.074 dDocent_Contig_6411 12 . T G 895.395 . AB=0.343137;ABP=24.8102;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.685714;PAIREDR=0.681818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1371;QR=2621;RO=66;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=146.327;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:37,9:37:1465:9:360:-18.9148,0,-118.256 0/1:56:29,26:29:1156:26:1011:-74.3237,0,-87.3567 dDocent_Contig_6412 150 . G A 8768.57 . AB=0.571992;ABP=25.8343;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=290;CIGAR=1X1M1X;DP=507;DPB=507;DPRA=0;EPP=632.737;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11073;QR=4456;RO=113;RPL=0;RPP=632.737;RPPR=248.387;RPR=290;RUN=1;SAF=0;SAP=632.737;SAR=290;SRF=0;SRP=248.387;SRR=113;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:199:54,89,56:54:2110:89,56:3396,2186:-268.527,-6.21089,-152.871,-105.117,0,-261.714 0|1:308:59,201,47:59:2346:201,47:7677,1873:-612.029,0,-132.644,-475.567,-38.9301,-654.573 dDocent_Contig_6414 15 . G A 150.51 . AB=0.172414;ABP=57.0725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=1929;RO=48;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=107.241;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1078:4:158:-5.26743,0,-87.9778 0/1:27:21,6:21:851:6:236:-13.4825,0,-68.7737 dDocent_Contig_6416 88 . C T 181.304 . AB=0.17284;ABP=78.3148;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.470588;PAIREDR=0.579439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=3923;RO=107;RPL=10;RPP=4.1599;RPPR=8.8753;RPR=7;RUN=1;SAF=10;SAP=4.1599;SAR=7;SRF=62;SRP=8.8753;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:40,3:40:1471:3:106:0,-3.05659,-122.784 0/1:81:67,14:67:2452:14:491:-20.1304,0,-196.521 dDocent_Contig_6417 7 . G C 906.298 . AB=0.0588235;ABP=60.4905;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1D1X2M1X2M2X1M;DP=61;DPB=58.1667;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=10;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20;QR=923;RO=25;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=57.2971;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:11,0,14:11:424:0,14:0,550:-42.1725,-45.4839,-80.313,0,-35.0505,-30.8361 0|0:34:14,2,17:14:499:2,17:20,681:-52.1562,-55.7057,-95.7618,0,-40.2292,-35.7764 dDocent_Contig_6419 8 . A G 393.381 . AB=0.227273;ABP=59.8634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=2X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.859375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=2060;RO=64;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=141.985;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:33,9,3:33:1028:9,3:332,41:-17.3893,0,-79.9952,-24.5944,-79.9321,-106.191 0|1:43:31,11,1:31:1032:11,1:423,11:-25.6478,0,-80.4023,-34.3136,-83.0317,-117.472 dDocent_Contig_6420 37 . G T 321.822 . AB=0.237288;ABP=38.3795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=2.45833;EPP=33.4109;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=2783;RO=69;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=152.842;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:45,14:45:1810:14:570:-33.8812,0,-145.347 0/0:24:24,0:24:973:0:0:0,-7.22472,-87.8678 dDocent_Contig_6422 140 . A T 68.822 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0.931034;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.901961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=185;QR=1872;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1063:0:0:0,-8.72987,-95.983 0/1:27:22,5:22:809:5:185:-8.8822,0,-65.0086 dDocent_Contig_6423 16 . G A 34561.7 . AB=0.879104;ABP=839.397;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1064;CIGAR=1X1M2X;DP=1181;DPB=1181;DPRA=0;EPP=2313.46;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=59.9182;MQMR=59.2759;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41676;QR=3384;RO=87;RPL=0;RPP=2313.46;RPPR=191.928;RPR=1064;RUN=1;SAF=1064;SAP=2313.46;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:511:27,475:27:1027:475:18566:-1576.89,-58.7702,0 0|1:670:60,589:60:2357:589:23110:-1880.98,0,-16.4432 dDocent_Contig_6424 15 . G A 4536.47 . AB=0.723618;ABP=89.4436;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5745;QR=2124;RO=55;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=122.441;RPR=144;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:15,69:15:580:69:2772:-224.301,0,-27.2486 0/1:115:40,75:40:1544:75:2973:-233.044,0,-104.578 dDocent_Contig_6425 34 . A T 124.161 . AB=0.163265;ABP=51.2702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.791667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=401;QR=2900;RO=72;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=159.356;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1248:2:81:0,-2.24826,-104.902 0/1:49:41,8:41:1652:8:320:-14.4161,0,-134.156 dDocent_Contig_6426 64 . T C 26509.2 . AB=0.694195;ABP=403.614;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=849;CIGAR=1X;DP=1223;DPB=1223;DPRA=0;EPP=1846.59;EPPR=815.141;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33616;QR=14764;RO=374;RPL=849;RPP=1846.59;RPPR=815.141;RPR=0;RUN=1;SAF=849;SAP=1846.59;SAR=0;SRF=374;SRP=815.141;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:598:205,393:205:8059:393:15443:-1208.69,0,-544.903 0/1:625:169,456:169:6705:456:18173:-1445.93,0,-415.029 dDocent_Contig_6428 15 . T G 1576.4 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:67:-6.12212,-0.90309,0 dDocent_Contig_6432 18 . T C 1251.38 . AB=0.291667;ABP=66.3449;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X2M1I5M;DP=168;DPB=175.75;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=56.7551;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.816327;PAIREDR=0.960396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1951;QR=3948;RO=101;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=222.329;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:32,21,3:32:1249:21,3:830,91:-58.4038,0,-96.4269,-61.5751,-96.2828,-163.342 0|1:110:69,28,9:69:2699:28,9:1121,149:-70.4328,0,-213.62,-82.097,-212.915,-301.29 dDocent_Contig_6434 68 . G A 1782.34 . AB=0.702381;ABP=32.8939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.813559;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2296;QR=988;RO=25;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:7,30:7:268:30:1132:-91.0399,0,-13.3449 0/1:47:18,29:18:720:29:1164:-90.8932,0,-50.9756 dDocent_Contig_6435 73 . T C 5984.12 . AB=0.753731;ABP=152.874;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1X;DP=268;DPB=268;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7584;QR=2495;RO=66;RPL=202;RPP=441.648;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:24,123:24:877:123:4600:-369.821,0,-34.9873 0/1:121:42,79:42:1618:79:2984:-232.29,0,-109.452 dDocent_Contig_6436 75 . T C 1279.33 . AB=0.168067;ABP=116.894;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=1M1D8M2X7M;DP=119;DPB=109.579;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=404;RO=12;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:7,4,2,13,2,3:7:236:4,2,13,2,3:141,74,497,81,122:-38.7076,-29.3304,-47.2555,-34.7578,-42.4028,-53.2847,0,-7.64968,-13.0799,-15.2264,-34.1304,-41.7756,-47.203,-12.4519,-52.6577,-30.7432,-38.3887,-43.8163,-9.06268,-43.1892,-48.9702 0|0:80:5,16,19,18,4,6:5:168:16,19,18,4,6:567,658,667,154,227:-92.9239,-48.2365,-57.0294,-40.9602,-8.3764,-48.8498,-39.8618,-7.27622,0,-48.0531,-81.7844,-49.2007,-41.9243,-40.826,-94.1899,-75.8206,-43.2368,-35.9603,-34.8619,-76.7854,-87.624 dDocent_Contig_6438 34 . T C 223.338 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1X3M1X2M1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=27.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=794;RO=20;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:13,0,3:13:517:0,3:0,122:-6.41512,-10.3285,-52.8938,0,-42.9657,-42.0626 0|0:17:7,3,7:7:277:3,7:107,285:-19.6176,-15.6043,-37.5081,0,-16.7765,-20.7843 dDocent_Contig_6439 39 . T C 35009.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=994;CIGAR=1X1M;DP=1036;DPB=1036;DPRA=0;EPP=2161.45;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39655;QR=714;RO=18;RPL=0;RPP=2161.45;RPPR=42.0968;RPR=994;RUN=1;SAF=994;SAP=2161.45;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:588:13,0,575:13:517:0,575:0,22921:-2014.04,-2017.95,-2060.52,-130.129,-173.092,0 1|1:448:5,24,419:5:197:24,419:951,16734:-1486.59,-1409.83,-1418.81,-109.925,-47.8581,0 dDocent_Contig_6441 20 . T A 106.121 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=2.64286;EPP=18.2106;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=260;QR=1591;RO=44;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=98.5551;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:491:0:0:0,-4.21442,-44.5178 0/1:37:30,7:30:1100:7:260:-12.6121,0,-88.1604 dDocent_Contig_6442 1 . N G 18099.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=599;CIGAR=1X;DP=599;DPB=599;DPRA=0;EPP=1303.72;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20107;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1303.72;RPPR=0;RPR=599;RUN=1;SAF=0;SAP=1303.72;SAR=599;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:236:0,236:0:0:236:7839:-705.598,-71.0431,0 1/1:363:0,363:0:0:363:12268:-1104.07,-109.274,0 dDocent_Contig_6443 98 . N G 825.174 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1034;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.758621;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=907;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:342:-31.0664,-3.31133,0 1/1:18:0,18:0:0:18:565:-51.15,-5.41854,0 dDocent_Contig_6447 98 . N A 2818.25 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=58.7143;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3130;QR=0;RO=0;RPL=119;RPP=261.416;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:70:0,67:0:0:67:1769:-159.068,-20.169,0 1/1:53:0,52:0:0:52:1361:-122.456,-15.6536,0 dDocent_Contig_6449 95 . A G 277.32 . AB=0.590909;ABP=4.58955;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=1.69231;EPP=31.2394;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=729;RO=22;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:9,13:9:303:13:394:-29.1299,0,-20.9754 0/0:13:13,0:13:426:0:0:0,-3.91339,-38.6565 dDocent_Contig_6451 18 . A T 360.777 . AB=0.22619;ABP=57.7107;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.919355;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=707;QR=2362;RO=62;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=137.642;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:43,5:43:1636:5:190:-2.62105,0,-132.645 0|1:35:19,14:19:726:14:517:-36.5283,0,-55.3279 dDocent_Contig_6452 52 . C A 2061.48 . AB=0.723214;ABP=51.4807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2693;QR=987;RO=30;RPL=81;RPP=178.9;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:14,42:14:453:42:1377:-107.064,0,-23.9219 0/1:55:16,39:16:534:39:1316:-102.181,0,-31.8214 dDocent_Contig_6453 42 . T C 2716.03 . AB=0.591954;ABP=15.7895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3628;QR=2494;RO=71;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=157.185;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:39,42:39:1364:42:1498:-110.73,0,-98.6674 0/1:93:32,61:32:1130:61:2130:-163.97,0,-74.0085 dDocent_Contig_6456 40 . T G 4461.4 . 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AB=0.0972973;ABP=263.599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=341;DPB=341;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.1097;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954839;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1192;QR=12420;RO=310;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=676.167;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:156:144,12:144:5788:12:468:0,-4.49763,-474.955 0/1:185:166,18:166:6632:18:724:-9.84697,0,-537.723 dDocent_Contig_6465 10 . C A 69.9766 . 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AB=0.699161;ABP=331.69;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=667;CIGAR=1X;DP=954;DPB=954;DPRA=0;EPP=1451.38;EPPR=624.051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22629;QR=9499;RO=286;RPL=667;RPP=1451.38;RPPR=624.051;RPR=0;RUN=1;SAF=667;SAP=1451.38;SAR=0;SRF=286;SRP=624.051;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:512:133,378:133:4412:378:12850:-1002.54,0,-243.384 0/1:442:153,289:153:5087:289:9779:-747.096,0,-324.959 dDocent_Contig_6467 11 . C A 27651.1 . 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AB=0.166667;ABP=269.378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=574;DPB=574;DPRA=0;EPP=114.996;EPPR=1112.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2194;QR=17611;RO=511;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=1112.63;RPR=0;RUN=1;SAF=60;SAP=114.996;SAR=3;SRF=511;SRP=1112.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:298:281,17:281:9682:17:581:0,-37.0958,-818.764 0/1:276:230,46:230:7929:46:1613:-62.3736,0,-630.578 dDocent_Contig_6470 156 . A C 926.757 . AB=0.159389;ABP=464.538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=458;DPB=458;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=836.856;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2590;QR=13196;RO=384;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=836.856;RPR=73;RUN=1;SAF=0;SAP=161.528;SAR=73;SRF=0;SRP=836.856;SRR=384;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:118,26:118:4108:26:945:-42.0194,0,-326.545 0/1:314:266,47:266:9088:47:1645:-53.7533,0,-723.391 dDocent_Contig_6472 27 . C T 139.098 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X2M1X;DP=37;DPB=37;DPRA=4.28571;EPP=18.2106;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=267;QR=1132;RO=29;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=65.983;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:22,7:22:862:7:267:-15.3077,0,-68.8152 0|0:7:7,0:7:270:0:0:0,-2.10721,-24.665 dDocent_Contig_6474 17 . T A 12480.1 . 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AB=0.677516;ABP=549.609;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1353;CIGAR=1X;DP=1997;DPB=1997;DPRA=0;EPP=2941.01;EPPR=1342.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.929;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985218;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51536;QR=19742;RO=617;RPL=0;RPP=2941.01;RPPR=1342.81;RPR=1353;RUN=1;SAF=1353;SAP=2941.01;SAR=0;SRF=617;SRP=1342.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1087:367,699:367:11703:699:26700:-2080.05,0,-732.016 0/1:910:250,654:250:8039:654:24836:-1961.35,0,-451.156 dDocent_Contig_6476 12 . A G 73.4864 . 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G A 169.016 . AB=0.28125;ABP=16.3106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=2402;RO=69;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=152.842;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:46,3:46:1598:3:108:0,-4.6753,-134.038 0/1:32:23,9:23:804:9:310:-18.6006,0,-63.0483 dDocent_Contig_6482 110 . A C 60.169 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1441;RO=42;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:746:5:169:-7.41483,0,-59.3244 0/0:21:20,1:20:695:1:35:0,-2.823,-59.3714 dDocent_Contig_6483 48 . G A 543.344 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X2M1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=764;QR=745;RO=20;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:15,4:15:551:4:156:-8.69738,0,-44.195 0|1:21:5,16:5:194:16:608:-48.7339,0,-11.5105 dDocent_Contig_6484 35 . C A 114.113 . AB=0.170732;ABP=41.6201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=1368;RO=34;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=76.8404;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:570:5:201:-12.7509,0,-45.9226 0/1:22:20,2:20:798:2:82:-1.15702,0,-65.5165 dDocent_Contig_6486 30 . A C 606.994 . AB=0.324324;ABP=22.847;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=950;QR=1968;RO=49;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=109.412;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:28,15:28:1118:15:609:-41.7935,0,-87.5499 0/1:30:21,9:21:850:9:341:-22.0027,0,-67.7811 dDocent_Contig_6487 107 . N G 68.3889 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 dDocent_Contig_6488 13 . C G 400.207 . AB=0.142458;ABP=400.523;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1M1D2M1X;DP=733;DPB=716.2;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=1336.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=40.8193;MQMR=48.4446;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.614458;PAIREDR=0.381107;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3131;QR=23273;RO=614;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=1336.29;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=614;SRP=1336.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:358:298,51:298:11291:51:1925:-41.4186,0,-826.058 0|0:375:316,32:316:11982:32:1206:0,-19.5899,-903.185 dDocent_Contig_6490 19 . T C 115.355 . AB=0.277778;ABP=10.7311;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.8;EPP=13.8677;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.73913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=929;RO=23;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=52.9542;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:402:0:0:0,-3.0103,-36.5395 0/1:18:13,5:13:527:5:203:-13.2345,0,-42.3582 dDocent_Contig_6491 29 . T C 99.9245 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=4669;RO=119;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=261.416;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:103,3:103:4034:3:122:0,-20.5367,-351.724 0/1:21:16,5:16:635:5:196:-11.6914,0,-51.1645 dDocent_Contig_6492 175 . A T 114.94 . AB=0.125;ABP=100.727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=1.95122;EPP=24.725;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=4201;RO=110;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=241.872;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=241.872;SRR=110;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:69,10:69:2613:10:405:-12.8919,0,-211.461 0/0:41:41,0:41:1588:0:0:0,-12.3422,-143.181 dDocent_Contig_6493 15 . T C 153.811 . AB=0.259259;ABP=16.6021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.22727;EPP=18.2106;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=1658;RO=42;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=94.2121;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:857:0:0:0,-6.62266,-77.4415 0/1:27:20,7:20:801:7:276:-17.0801,0,-64.2811 dDocent_Contig_6494 79 . T C 1201.05 . AB=0.216216;ABP=235.945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=333;DPB=333;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=569.765;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2476;QR=9232;RO=261;RPL=72;RPP=159.356;RPPR=569.765;RPR=0;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=261;SRP=569.765;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:107,28:107:3784:28:963:-46.3431,0,-300.123 0/1:198:154,44:154:5448:44:1513:-76.8591,0,-430.852 dDocent_Contig_6495 209 . N G 66.4765 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64548,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6496 27 . T A 7133.85 . AB=0.578818;ABP=24.9176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=235;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=513.306;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9236;QR=5583;RO=144;RPL=0;RPP=513.306;RPPR=315.702;RPR=235;RUN=1;SAF=235;SAP=513.306;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:214:56,133,25:56:2170:133,25:5201,983:-410.731,0,-138.22,-346.74,-97.4062,-517.473 0|1:192:88,102,0:88:3413:102,0:4035,0:-305.751,0,-249.851,-332.242,-280.556,-612.632 dDocent_Contig_6497 22 . G A 17266.5 . AB=0.638732;ABP=150.624;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=564;CIGAR=1X;DP=883;DPB=883;DPRA=0;EPP=1227.72;EPPR=695.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22188;QR=12516;RO=319;RPL=0;RPP=1227.72;RPPR=695.71;RPR=564;RUN=1;SAF=564;SAP=1227.72;SAR=0;SRF=319;SRP=695.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:434:175,259:175:6858:259:10239:-790.259,0,-486.283 0/1:449:144,305:144:5658:305:11949:-939.486,0,-373.87 dDocent_Contig_6498 74 . G A 407.56 . AB=0.215686;ABP=74.6263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=277;DPB=277;DPRA=0.582857;EPP=50.7827;EPPR=556.736;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.498039;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=806;QR=9279;RO=255;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=61.6741;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=169;SRP=61.6741;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:80,22:80:2886:22:806:-42.1539,0,-229.242 0/0:175:175,0:175:6393:0:0:0,-52.6802,-575.364 dDocent_Contig_6499 183 . A G 2628.54 . AB=0.286472;ABP=152.312;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=377;DPB=377;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4212;QR=10240;RO=269;RPL=108;RPP=237.529;RPPR=587.136;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=237.529;SAR=108;SRF=0;SRP=587.136;SRR=269;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:130,34:130:4890:34:1307:-68.5103,0,-390.709 0/1:213:139,74:139:5350:74:2905:-197.441,0,-417.308 dDocent_Contig_6500 32 . T C 3482.82 . AB=0.417508;ABP=20.5649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4894;QR=6826;RO=173;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=378.675;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:82,65:82:3215:65:2563:-186.573,0,-245.181 0/1:150:91,59:91:3611:59:2331:-164.806,0,-279.866 dDocent_Contig_6502 40 . T C 210.985 . AB=0.290323;ABP=14.8483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=862;RO=22;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=50.7827;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:592:5:205:-12.8144,0,-47.5942 0/1:11:7,4:7:270:4:159:-11.381,0,-21.3513 dDocent_Contig_6503 29 . A T 289.548 . AB=0.366667;ABP=7.64277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.66667;EPP=26.8965;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=1448;RO=37;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=83.3548;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:717:0:0:0,-5.41854,-64.8533 0/1:30:19,11:19:731:11:437:-30.6537,0,-57.0699 dDocent_Contig_6504 74 . A G 3103 . AB=0.21079;ABP=582.036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=1X;DP=797;DPB=797;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=1368.87;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6144;QR=22742;RO=629;RPL=168;RPP=367.818;RPPR=1368.87;RPR=0;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=629;SRP=1368.87;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:445:338,107:338:12247:107:3918:-218.79,0,-967.938 0/1:352:291,61:291:10495:61:2226:-94.6065,0,-838.345 dDocent_Contig_6505 17 . G T 58.3371 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.735294;EPP=11.6962;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.963636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=2162;RO=55;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=122.441;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1322:0:0:0,-10.235,-119.246 0/1:25:21,4:21:840:4:163:-7.53268,0,-68.3834 dDocent_Contig_6506 7 . G A 164.594 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=1243;RO=41;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=92.0407;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:951:9:325:-17.849,0,-74.1249 0/1:12:11,1:11:292:1:39:-0.284205,0,-22.9229 dDocent_Contig_6507 20 . C T 960.037 . AB=0.21028;ABP=159.032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1810;QR=6825;RO=169;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=369.989;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:100,10:100:4027:10:395:-2.79136,0,-329.289 0/1:104:69,35:69:2798:35:1415:-96.292,0,-220.606 dDocent_Contig_6509 1 . N G 130.509 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.3926,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.3545,-0.30103,0 dDocent_Contig_6511 7 . G A 5290.65 . AB=0.448837;ABP=12.787;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=193;CIGAR=1X;DP=430;DPB=430;DPRA=0;EPP=422.104;EPPR=504.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7331;QR=7288;RO=231;RPL=0;RPP=422.104;RPPR=504.62;RPR=193;RUN=1;SAF=193;SAP=422.104;SAR=0;SRF=231;SRP=504.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:296:164,128:164:5232:128:4869:-350.228,0,-382.948 0/1:134:67,65:67:2056:65:2462:-181.934,0,-145.409 dDocent_Contig_6512 141 . T G 47.3642 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1607;RO=42;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:29,2:29:1120:2:78:0,-1.92863,-93.6767 0/1:17:13,4:13:487:4:125:-6.43533,0,-39.043 dDocent_Contig_6513 12 . A G 872.62 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.2857;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1340;QR=1405;RO=35;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=79.0118;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:21,17:21:844:17:652:-42.4692,0,-64.8347 0/1:32:14,18:14:561:18:688:-47.8898,0,-41.2003 dDocent_Contig_6514 162 . A G 57.2516 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=110.022;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=2222;RO=57;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=110.022;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:746:4:152:-7.1231,0,-60.5384 0/0:40:38,2:38:1476:2:82:0,-4.26152,-125.301 dDocent_Contig_6515 50 . G A 1439.7 . AB=0.55814;ABP=5.53527;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=2X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.789474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1915;QR=1418;RO=38;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:20,18:20:766:18:714:-53.1488,0,-57.8171 0|1:48:18,30:18:652:30:1201:-93.9179,0,-44.536 dDocent_Contig_6516 31 . T C 1306.68 . AB=0.26699;ABP=100.157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2169;QR=5456;RO=151;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=330.903;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:56,25:56:1983:25:989:-64.9219,0,-154.329 0/1:125:95,30:95:3473:30:1180:-68.8429,0,-275.099 dDocent_Contig_6518 31 . G A 9334.9 . AB=0.606;ABP=51.8076;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=303;CIGAR=1X;DP=500;DPB=500;DPRA=0;EPP=660.966;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12084;QR=7765;RO=197;RPL=0;RPP=660.966;RPPR=430.79;RPR=303;RUN=1;SAF=303;SAP=660.966;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:238:103,135:103:4057:135:5398:-414.02,0,-293.488 0/1:262:94,168:94:3708:168:6686:-522.568,0,-254.86 dDocent_Contig_6519 39 . G A 3027.91 . AB=0.746479;ABP=77.9414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3868;QR=1309;RO=36;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=81.1833;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:26,29:26:944:29:1058:-78.9696,0,-68.7152 0/1:87:10,77:10:365:77:2810:-226.918,0,-7.00434 dDocent_Contig_6520 105 . N G 1517.56 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=50;CIGAR=2X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=38.5694;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1683;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=0;SAP=111.584;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:50:0,50:0:0:50:1683:-151.756,-15.0515,0 dDocent_Contig_6522 26 . T C 172.182 . AB=0.121212;ABP=167.516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=1.85915;EPP=37.7539;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=648;QR=7412;RO=187;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=409.076;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:71,0:71:2838:0:0:0,-21.3731,-255.525 0/1:132:116,16:116:4574:16:648:-18.9172,0,-371.865 dDocent_Contig_6523 59 . C A 230.608 . AB=0.157407;ABP=113.112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.352941;PAIREDR=0.461538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=3331;RO=91;RPL=9;RPP=3.13803;RPPR=5.89764;RPR=8;RUN=1;SAF=9;SAP=3.13803;SAR=8;SRF=40;SRP=5.89764;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:41,11:41:1511:11:421:-22.5846,0,-120.598 0/1:56:50,6:50:1820:6:223:-3.57018,0,-147.202 dDocent_Contig_6524 138 . A T 396.624 . AB=0.25;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=2099;RO=54;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=120.27;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:20,8:20:767:8:304:-19.2846,0,-60.9133 0/1:44:34,10:34:1332:10:404:-23.4747,0,-106.898 dDocent_Contig_6525 98 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6526 79 . G T 286.585 . AB=0.147826;ABP=250.785;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=555;DPB=555;DPRA=0.707692;EPP=76.8404;EPPR=1134.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1100;QR=16828;RO=521;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=1134.35;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=521;SRP=1134.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:230:196,34:196:6324:34:1100:-30.0564,0,-500.066 0/0:325:325,0:325:10504:0:0:0,-97.8347,-945.382 dDocent_Contig_6527 88 . T G 125.469 . AB=0.333333;ABP=8.80089;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=684;RO=23;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:16,8:16:473:8:232:-13.9406,0,-35.6332 0/0:8:7,1:7:211:1:24:0,-0.00834852,-16.8874 dDocent_Contig_6528 18 . T A 10630.3 . AB=0.527531;ABP=6.71685;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=297;CIGAR=1X1M;DP=563;DPB=563;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11669;QR=5234;RO=132;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=289.645;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:198:59,15,123:59:2359:15,123:606,4836:-379.974,-347.774,-537.57,0,-144.354,-157.288 1|1:365:73,118,174:73:2875:118,174:4652,6833:-686.149,-325.409,-526.384,-146.219,0,-330.336 dDocent_Contig_6529 15 . G A 335.572 . AB=0.253968;ABP=36.1339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=610;QR=1817;RO=47;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=105.07;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:924:8:310:-18.6303,0,-73.8361 0/1:31:23,8:23:893:8:300:-18.0238,0,-71.3472 dDocent_Contig_6531 119 . C T 548.49 . AB=0.355263;ABP=16.8392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=2X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.62963;PAIREDR=0.795455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=882;QR=1464;RO=44;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=98.5551;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:34:17,3,14:17:544:3,14:104,457:-31.7672,-28.4277,-71.347,0,-35.3458,-39.5889 0|1:42:27,1,13:27:920:1,13:35,425:-26.1786,-31.4573,-105.809,0,-71.7877,-70.7224 dDocent_Contig_6532 11 . C T 539.001 . AB=0.174528;ABP=198.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X4M;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=567.593;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1432;QR=10024;RO=260;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=567.593;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=260;SRP=567.593;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:212:162,11,37:162:6244:11,37:427,1281:-55.2981,-68.9705,-578.37,0,-477.607,-501.553 0|0:106:98,4,4:98:3780:4,4:157,151:0,-16.5808,-325.77,-17.1324,-314.599,-326.308 dDocent_Contig_6534 14 . A G 192.195 . AB=0.162162;ABP=76.3709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=5.25182;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.322581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=2282;RO=62;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=137.642;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=35;SRP=5.25182;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:35,4:35:1307:4:161:-3.13473,0,-106.165 0/1:35:27,8:27:975:8:326:-19.1738,0,-77.5152 dDocent_Contig_6535 1 . N G 113.736 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6536 46 . T C 153.979 . AB=0.18;ABP=47.4821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=1583;RO=41;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=92.0407;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:19,2:19:725:2:80:-1.27016,0,-59.2492 0/1:29:22,7:22:858:7:282:-17.0227,0,-68.8019 dDocent_Contig_6537 7 . G C 2857.89 . AB=0.748031;ABP=70.8731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3627;QR=971;RO=31;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=70.3259;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:9,57:9:298:57:2158:-174.461,0,-7.13751 0/1:60:22,38:22:673:38:1469:-114.425,0,-42.7853 dDocent_Contig_6538 11 . C G 701.545 . AB=0.520833;ABP=3.19126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X4M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.88;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=965;QR=762;RO=20;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=46.4397;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:13,2,14:13:493:2,14:78,537:-40.1519,-37.6529,-77.472,0,-34.001,-36.1996 0|1:19:7,1,11:7:269:1,11:35,428:-33.0995,-32.3622,-54.1424,0,-19.2694,-18.8015 dDocent_Contig_6539 23 . G T 1320.49 . AB=0.100719;ABP=387.97;AC=0;AF=0;AN=4;AO=28;CIGAR=2X;DP=493;DPB=493;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=845.542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943299;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1058;QR=15179;RO=388;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=845.542;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=388;SRP=845.542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:278:191,28,59:191:7468:28,59:1058,2321:-133.417,-104.202,-709.72,0,-527.245,-596.199 0|0:215:197,0,18:197:7711:0,18:0,725:-0.853297,-60.1562,-694.131,0,-634.376,-628.957 dDocent_Contig_6540 17 . T A 42.6293 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.737705;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2375;RO=61;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1010:4:159:-5.66085,0,-82.1729 0/0:36:35,1:35:1365:1:38:0,-7.03981,-119.327 dDocent_Contig_6541 89 . G T 311.652 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=1.08511;EPP=3.63072;EPPR=4.66476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.654762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=532;QR=3163;RO=84;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=38;SRP=4.66476;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1768:0:0:0,-14.1484,-159.361 0/1:51:37,14:37:1395:14:532:-32.8642,0,-110.467 dDocent_Contig_6542 17 . G A 5947.27 . 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AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=2.71429;EPP=13.8677;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1849;RO=47;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:33,5:33:1303:5:204:-7.30489,0,-106.089 0/0:14:14,0:14:546:0:0:0,-4.21442,-49.4778 dDocent_Contig_6545 95 . T A 2960.97 . 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AB=0.257675;ABP=468.172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=235;CIGAR=1X;DP=912;DPB=912;DPRA=0;EPP=513.306;EPPR=1466.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9171;QR=25518;RO=674;RPL=0;RPP=513.306;RPPR=1466.58;RPR=235;RUN=1;SAF=235;SAP=513.306;SAR=0;SRF=674;SRP=1466.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:497:397,99:397:14943:99:3864:-198.405,0,-1194.66 0/1:415:277,136:277:10575:136:5307:-352.979,0,-826.692 dDocent_Contig_6551 7 . G A 405.327 . 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AB=0.11236;ABP=119.172;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=302.911;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.726;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.561644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=5439;RO=146;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=49.6523;RPR=10;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=10;SRF=47;SRP=43.2272;SRR=99;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:79,10:79:2938:10:369:-6.76251,0,-237.812 0/0:73:67,6:67:2501:6:231:0,-0.818622,-202.688 dDocent_Contig_6556 154 . C A 79.5139 . AB=0.140351;ABP=67.0497;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=333;QR=2756;RO=81;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=178.9;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:32,1:32:1092:1:39:0,-6.03743,-94.6818 0/1:57:49,8:49:1664:8:294:-9.65036,0,-132.871 dDocent_Contig_6557 26 . C A 82.0243 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.793103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1133;RO=29;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=65.983;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:469:4:156:-9.60026,0,-37.7446 0/0:18:17,1:17:664:1:38:0,-1.62127,-56.2982 dDocent_Contig_6559 79 . T C 9355.41 . 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AB=0.227273;ABP=45.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=1.22222;EPP=35.5824;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=603;QR=4187;RO=105;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=231.015;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:51,15:51:2042:15:603:-34.7399,0,-164.091 0/0:54:54,0:54:2145:0:0:0,-16.2556,-193.22 dDocent_Contig_6562 31 . G A 110.863 . 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AB=0.300725;ABP=98.2089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=276;DPB=276;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.686747;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3277;QR=7519;RO=193;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=422.104;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:115,33:115:4446:33:1325:-74.9612,0,-355.573 0/1:128:78,50:78:3073:50:1952:-137.358,0,-238.131 dDocent_Contig_6566 35 . T C 1203.03 . 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AB=0.284483;ABP=49.8093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1254;QR=2982;RO=83;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=183.243;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:30,18:30:1083:18:701:-48.9634,0,-83.3185 0/1:68:53,15:53:1899:15:553:-29.6215,0,-150.692 dDocent_Contig_6568 8 . A C 214.163 . 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AB=0.252336;ABP=117.023;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981481;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2071;QR=4662;RO=153;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=335.246;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:89,32:89:2750:32:1235:-74.8431,0,-211.09 0/1:90:64,22:64:1912:22:836:-49.4484,0,-146.214 dDocent_Contig_6572 1 . N G 169.388 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=177;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:141:-13.037,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_6575 125 . C T 3438.87 . AB=0.751445;ABP=98.0154;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4428;QR=1459;RO=43;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=96.3836;RPR=130;RUN=1;SAF=0;SAP=285.302;SAR=130;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:17,66:17:587:66:2242:-177.065,0,-28.1701 0/1:90:26,64:26:872:64:2186:-169.918,0,-51.6958 dDocent_Contig_6576 108 . C A 137.25 . AB=0.235294;ABP=23.7032;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=1.0625;EPP=20.3821;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=2025;RO=58;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=128.956;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:26,8:26:898:8:278:-15.123,0,-70.8983 0/0:32:32,0:32:1127:0:0:0,-9.63296,-101.737 dDocent_Contig_6580 48 . A T 321.284 . AB=0.254545;ABP=31.7922;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0.982143;EPP=33.4109;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969072;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=3763;RO=97;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=213.643;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2179:0:0:0,-16.8577,-196.305 0/1:55:41,14:41:1584:14:556:-33.8274,0,-126.249 dDocent_Contig_6581 60 . C G 229.011 . AB=0.181818;ABP=80.3937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.434783;PAIREDR=0.7375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=806;QR=5591;RO=160;RPL=8;RPP=7.63648;RPPR=9.579;RPR=15;RUN=1;SAF=8;SAP=7.63648;SAR=15;SRF=69;SRP=9.579;SRR=91;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:96:88,7:88:3091:7:242:0,-6.59419,-256.331 0/1:88:72,16:72:2500:16:564:-24.6001,0,-198.759 dDocent_Contig_6582 62 . G A 42.254 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.5;EPP=13.8677;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=1893;RO=55;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:1060:5:179:-5.62331,0,-84.8694 0/0:24:24,0:24:833:0:0:0,-7.22472,-75.2887 dDocent_Contig_6583 107 . N T 52.7016 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=3;DPB=3.125;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=18.6667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=10;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-3.85059,-0.60206,0 1|1:1:0,1:0:0:1:35:-1.09841,-0.30103,0 dDocent_Contig_6588 1 . N G 131.08 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=20.7143;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:137:-8.046,-1.20412,0 1|1:4:0,3:0:0:3:90:-4.76019,-0.90309,0 dDocent_Contig_6590 174 . C T 40.2906 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X;DP=18;DPB=18;DPRA=1;EPP=3.73412;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=91;QR=566;RO=15;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:9:9,0:9:352:0:0:0,-2.70927,-32.0418 0|1:9:6,3:6:214:3:91:-5.72798,0,-16.8924 dDocent_Contig_6592 26 . G C 91.5431 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=1.31579;EPP=13.8677;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.897436;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1576;RO=39;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=87.6977;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:769:0:0:0,-5.71957,-69.5297 0/1:25:20,5:20:807:5:200:-10.8533,0,-65.4202 dDocent_Contig_6593 31 . C A 8758.36 . AB=0.136646;ABP=187.639;AC=4;AF=1;AN=4;AO=33;CIGAR=1X2M;DP=307;DPB=307;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1309;QR=544;RO=14;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=33.4109;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:161:5,129,22:5:195:129,22:5084,873:-472.586,-55.8388,-33.0322,-402.229,0,-411.634 1|1:146:9,122,11:9:349:122,11:4850,436:-404.647,-8.06164,0,-371.471,-0.838027,-396.827 dDocent_Contig_6594 148 . G A 272.624 . AB=0.185185;ABP=72.7387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=582;QR=2564;RO=66;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=146.327;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=146.327;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:12,10:12:447:10:388:-28.6552,0,-33.9436 0|1:59:54,5:54:2117:5:194:-0.0717761,0,-172.959 dDocent_Contig_6595 37 . T G 1391.76 . AB=0.703125;ABP=25.9465;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.755556;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1788;QR=755;RO=19;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=44.2683;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:10,27:10:389:27:1070:-85.4538,0,-24.2284 0/1:27:9,18:9:366:18:718:-56.8195,0,-25.1773 dDocent_Contig_6596 68 . A G 209.436 . 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A T 1189.1 . AB=0.443299;ABP=5.71904;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=2X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1673;QR=2075;RO=54;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=120.27;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:25,22:25:967:22:852:-62.8481,0,-73.1888 0|1:50:29,21:29:1108:21:821:-59.1585,0,-84.9615 dDocent_Contig_6599 37 . G A 709.325 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=601;CIGAR=1X;DP=644;DPB=644;DPRA=0;EPP=1308.07;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20519;QR=1489;RO=43;RPL=601;RPP=1308.07;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=601;SAP=1308.07;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:298:22,276:22:762:276:9437:-780.468,-20.8059,0 1/1:346:21,325:21:727:325:11082:-931.612,-38.4044,0 dDocent_Contig_6601 7 . G A 38.9646 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=387;QR=3933;RO=120;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=263.587;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1556:6:232:-5.29434,0,-124.344 0/0:78:73,4:73:2377:4:155:0,-9.0193,-199.866 dDocent_Contig_6602 21 . T A 104.116 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.535714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=1100;RO=28;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=63.8115;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,1:14:549:1:41:0,-0.420883,-45.6596 0/1:19:14,5:14:551:5:194:-12.109,0,-44.2122 dDocent_Contig_6603 77 . G A 9377.08 . AB=0.608319;ABP=61.8132;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=351;CIGAR=1X;DP=577;DPB=577;DPRA=0;EPP=765.197;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994302;PAIREDR=0.995575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12381;QR=7725;RO=226;RPL=351;RPP=765.197;RPPR=493.763;RPR=0;RUN=1;SAF=351;SAP=765.197;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:257:59,198:59:2011:198:7024:-554.868,0,-103.902 0/1:320:167,153:167:5714:153:5357:-385.937,0,-418.085 dDocent_Contig_6604 15 . G A 219.539 . AB=0.16092;ABP=89.8942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0.945652;EPP=33.4109;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=550;QR=6450;RO=165;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=361.303;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:92:92,0:92:3590:0:0:0,-27.6948,-323.146 0/1:87:73,14:73:2860:14:550:-23.6529,0,-231.337 dDocent_Contig_6605 107 . N A 219.994 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:210:-19.1956,-2.10721,0 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 dDocent_Contig_6606 7 . G A 1062.14 . AB=0.24;ABP=120.444;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=59.9371;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1850;QR=4686;RO=143;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=313.531;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:53,18:53:1744:18:691:-40.9739,0,-135.685 0/1:125:90,30:90:2942:30:1159:-68.3367,0,-228.697 dDocent_Contig_6607 8 . A G 1529.77 . AB=0.152747;ABP=956.129;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=139;CIGAR=1X;DP=1693;DPB=1693;DPRA=1.1622;EPP=304.845;EPPR=3375.31;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4762;QR=51360;RO=1553;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=3375.31;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=1553;SRP=3375.31;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:783:783,0:783:25844:0:0:0,-235.706,-2325.08 0/1:910:770,139:770:25516:139:4762:-154.676,0,-2021.55 dDocent_Contig_6608 12 . T G 246.923 . AB=0.230769;ABP=35.7494;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=1.15556;EPP=29.068;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=460;QR=3351;RO=85;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=187.585;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:40,12:40:1583:12:460:-26.0903,0,-127.05 0/0:45:45,0:45:1768:0:0:0,-13.5463,-159.347 dDocent_Contig_6609 183 . T C 712.728 . AB=0.4;ABP=8.65613;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0.802469;EPP=59.4686;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1025;QR=4725;RO=120;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=263.587;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=263.587;SRR=120;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:81,0:81:3171:0:0:0,-24.3834,-285.469 0/1:65:39,26:39:1554:26:1025:-72.9717,0,-120.536 dDocent_Contig_6611 78 . G T 6766.76 . AB=0.519531;ABP=4.70676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=266;CIGAR=1X;DP=512;DPB=512;DPRA=0;EPP=580.622;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9262;QR=8654;RO=246;RPL=266;RPP=580.622;RPPR=537.193;RPR=0;RUN=1;SAF=266;SAP=580.622;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:288:134,154:134:4705:154:5399:-399.343,0,-336.924 0/1:224:112,112:112:3949:112:3863:-280.43,0,-288.178 dDocent_Contig_6612 39 . C T 155.608 . AB=0.10929;ABP=245.658;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=364;DPB=364;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=739.139;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0.979351;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=988;QR=13529;RO=339;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=739.139;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=339;SRP=739.139;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:163,20:163:6505:20:797:-16.9587,0,-530.071 0/0:181:176,5:176:7024:5:191:0,-36.9346,-614.257 dDocent_Contig_6613 32 . G T 24513.7 . AB=0.436406;ABP=63.2186;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=748;CIGAR=1X2M1X;DP=1714;DPB=1714.25;DPRA=0;EPP=1627.27;EPPR=1069.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=59.9933;MQMR=59.9817;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29398;QR=19195;RO=491;RPL=0;RPP=1627.27;RPPR=1069.2;RPR=748;RUN=1;SAF=748;SAP=1627.27;SAR=0;SRF=491;SRP=1069.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:936:191,493,250:191:7479:493,250:19391,9727:-1721.81,-184.311,-650.851,-980.046,0,-1519.73 0|1:778:300,255,219:300:11716:255,219:10007,8655:-732.657,0,-886.323,-110.808,-250.927,-1007.97 dDocent_Contig_6614 27 . A C 31.6739 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.636364;EPP=9.52472;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.921569;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1997;RO=51;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=113.755;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1284:0:0:0,-9.93399,-115.83 0/1:21:18,3:18:713:3:120:-4.86606,0,-58.1709 dDocent_Contig_6615 7 . G C 28739.1 . AB=0.512245;ABP=5.56289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1004;CIGAR=1X;DP=1960;DPB=1960;DPRA=0;EPP=2183.17;EPPR=2015.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9094;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998008;PAIREDR=0.993528;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38478;QR=29538;RO=927;RPL=0;RPP=2183.17;RPPR=2015.97;RPR=1004;RUN=1;SAF=1004;SAP=2183.17;SAR=0;SRF=927;SRP=2015.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:890:359,520:359:11317:520:19910:-1526.03,0,-753.535 0/1:1070:568,484:568:18221:484:18568:-1350.98,0,-1322.52 dDocent_Contig_6616 19 . T A 84.1312 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.901961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=2050;RO=51;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=113.755;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:805:5:188:-9.7552,0,-65.2385 0/1:34:31,3:31:1245:3:122:-1.13747,0,-102.085 dDocent_Contig_6617 7 . G A 547.624 . AB=0.182857;ABP=155.894;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=47.9375;MQMR=59.9568;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1232;QR=4272;RO=139;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=304.845;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=139;SRP=304.845;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:56,16:56:1743:16:618:-33.4282,0,-135.258 0/1:102:83,16:83:2529:16:614:-24.4311,0,-197.801 dDocent_Contig_6618 144 . C T 91.0497 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=2.22222;EPP=13.8677;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=183;QR=875;RO=24;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=55.1256;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:295:0:0:0,-2.70927,-26.8595 0/1:20:15,5:15:580:5:183:-10.8039,0,-46.5223 dDocent_Contig_6619 107 . N G 194.063 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,4:0:0:4:139:-12.5512,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_6620 23 . T G 57.8368 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.5;EPP=9.52472;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1326;RO=33;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=74.6689;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:961:0:0:0,-7.22472,-86.7922 0/1:12:9,3:9:365:3:119:-7.48265,0,-29.6021 dDocent_Contig_6622 210 . N G 184.712 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:201:-18.4709,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6623 46 . A G 35.651 . AB=0.254237;ABP=33.963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=27.4756;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=17.8667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=592;QR=1580;RO=44;RPL=1;RPP=27.4756;RPPR=98.5551;RPR=14;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:19,8:19:657:8:311:-3.799,0,-51.3095 0/1:32:25,7:25:923:7:281:-2.84602,0,-73.7441 dDocent_Contig_6624 26 . C T 123.923 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=1763;RO=44;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=98.5551;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:933:6:246:-13.7902,0,-75.5416 0/0:22:21,1:21:830:1:38:0,-2.82539,-71.2141 dDocent_Contig_6625 74 . A G 330.255 . AB=0.139896;ABP=220.394;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=338;DPB=338;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977124;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1213;QR=11437;RO=306;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=667.481;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=306;SRP=667.481;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:145:140,5:140:5216:5:185:0,-26.641,-452.458 0/1:193:166,27:166:6221:27:1028:-34.7245,0,-501.746 dDocent_Contig_6626 11 . T C 608.602 . AB=0.144;ABP=278.214;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X2M;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.770492;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1446;QR=7304;RO=183;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=400.39;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:124:98,9,14,3:98:3919:9,14,3:355,567,122:-17.2561,-17.6781,-337.773,0,-293.73,-318.598,-36.6931,-330.419,-312.749,-358.599 0|1:126:85,9,22,8:85:3385:9,22,8:363,879,322:-46.701,-43.6055,-319.625,0,-250.05,-272.111,-45.7486,-295.795,-252.195,-322.071 dDocent_Contig_6627 107 . N C 298.292 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.6;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:173:-15.1856,-1.50515,0 1/1:5:0,5:0:0:5:172:-14.3424,-1.50515,0 dDocent_Contig_6628 33 . C A 2680.81 . AB=0.487047;ABP=3.29158;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3654;QR=3923;RO=99;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=217.986;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:47,49:47:1882:49:1881:-140.595,0,-140.684 0/1:97:52,45:52:2041:45:1773:-130.582,0,-154.682 dDocent_Contig_6629 51 . T C 102.501 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.889908;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=4325;RO=109;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=239.701;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:58,5:58:2302:5:166:0,-3.70812,-192.088 0/1:59:51,8:51:2023:8:326:-11.9491,0,-164.506 dDocent_Contig_6630 27 . G C 19990.3 . AB=0.440986;ABP=49.6561;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=680;CIGAR=1X;DP=1542;DPB=1542;DPRA=0;EPP=1479.61;EPPR=1874.82;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998529;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27428;QR=34409;RO=862;RPL=0;RPP=1479.61;RPPR=1874.82;RPR=680;RUN=1;SAF=680;SAP=1479.61;SAR=0;SRF=862;SRP=1874.82;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:827:472,355:472:18881:355:14323:-1038.96,0,-1448.75 0/1:715:390,325:390:15528:325:13105:-963.172,0,-1181.07 dDocent_Contig_6631 28 . T A 16260.4 . AB=0.798122;ABP=496.302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=510;CIGAR=1X;DP=639;DPB=639;DPRA=0;EPP=1110.46;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996078;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20253;QR=5110;RO=129;RPL=0;RPP=1110.46;RPPR=283.13;RPR=510;RUN=1;SAF=510;SAP=1110.46;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:370:65,305:65:2557:305:12144:-980.74,0,-118.897 0/1:269:64,205:64:2553:205:8109:-648.397,0,-148.934 dDocent_Contig_6632 7 . C A 348.486 . AB=0.365854;ABP=9.41879;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=1005;RO=26;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=59.4686;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:11,8:11:424:8:287:-20.4503,0,-32.7945 0/1:22:15,7:15:581:7:264:-17.4952,0,-46.0098 dDocent_Contig_6635 109 . C T 287.922 . AB=0.233766;ABP=50.4161;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=1885;RO=58;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=128.956;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,5:42:1369:5:165:-0.679887,0,-108.996 0/1:29:16,13:16:516:13:432:-30.4708,0,-38.0174 dDocent_Contig_6636 98 . N G 19235.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=647;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=1407.95;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21369;QR=0;RO=0;RPL=647;RPP=1407.95;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=647;SAP=1407.95;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:301:0,301:0:0:301:9894:-890.508,-90.61,0 1/1:346:0,346:0:0:346:11475:-1032.75,-104.156,0 dDocent_Contig_6637 69 . T G 2911.39 . AB=0.21021;ABP=488.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=666;DPB=666;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=1145.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5494;QR=20816;RO=526;RPL=140;RPP=307.016;RPPR=1145.2;RPR=0;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=526;SRP=1145.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:375:286,89:286:11312:89:3471:-199.572,0,-904.457 0/1:291:240,51:240:9504:51:2023:-94.6637,0,-767.211 dDocent_Contig_6639 35 . T C 6918.71 . AB=0.620112;ABP=47.8712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=222;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=485.077;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8921;QR=5413;RO=136;RPL=0;RPP=485.077;RPPR=298.331;RPR=222;RUN=1;SAF=222;SAP=485.077;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:82,136:82:3254:136:5443:-424.068,0,-227.29 0/1:140:54,86:54:2159:86:3478:-270.899,0,-152.332 dDocent_Contig_6640 13 . T A 49865.5 . AB=0.862222;ABP=2054.35;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1552;CIGAR=1X;DP=1800;DPB=1800;DPRA=0;EPP=3373.14;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9742;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.00064433;PAIREDR=0.388664;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61521;QR=9933;RO=247;RPL=0;RPP=3373.14;RPPR=539.364;RPR=1552;RUN=1;SAF=1552;SAP=3373.14;SAR=0;SRF=247;SRP=539.364;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1016:142,873:142:5715:873:34552:-2800.78,0,-208.321 0/1:784:105,679:105:4218:679:26969:-2188.87,0,-143.558 dDocent_Contig_6641 67 . T C 8823.55 . AB=0.701559;ABP=161.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=315;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=687.024;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7651;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.156716;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11340;QR=4852;RO=134;RPL=315;RPP=687.024;RPPR=293.988;RPR=0;RUN=1;SAF=315;SAP=687.024;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:220:75,145:75:2724:145:5235:-405.017,0,-179.162 0/1:229:59,170:59:2128:170:6105:-480.435,0,-122.839 dDocent_Contig_6642 13 . C T 38.1803 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0.592593;EPP=11.6962;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=3256;RO=82;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=181.071;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2139:0:0:0,-16.2556,-192.679 0/1:32:28,4:28:1117:4:164:-5.51694,0,-91.1782 dDocent_Contig_6644 34 . G A 88.4401 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.761905;EPP=11.6962;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.69697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1325;RO=33;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=74.6689;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:476:4:163:-10.2419,0,-38.3729 0/0:21:21,0:21:849:0:0:0,-6.32163,-76.7207 dDocent_Contig_6645 20 . T A 2388.07 . AB=0.218992;ABP=356.927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=975;DPB=975;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=1803.16;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993151;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5662;QR=32593;RO=829;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=1803.16;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=829;SRP=1803.16;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:516:403,113:403:15809:113:4395:-240.205,0,-1266.38 0/0:459:426,33:426:16784:33:1267:0,-23.879,-1395.05 dDocent_Contig_6646 107 . N A 163.67 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=171;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_6647 135 . A G 730.529 . AB=0.397436;ABP=10.1372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=278;DPB=278;DPRA=0.39;EPP=70.3259;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1085;QR=9326;RO=247;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=539.364;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=539.364;SRR=247;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:47,31:47:1787:31:1085:-74.4508,0,-137.602 0/0:200:200,0:200:7539:0:0:0,-60.206,-678.35 dDocent_Contig_6650 23 . T G 74.9143 . AB=0.108911;ABP=137.19;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.477778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=3616;RO=90;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=198.443;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1984:6:243:-5.69153,0,-162.187 0/1:46:41,5:41:1632:5:204:-4.89665,0,-133.263 dDocent_Contig_6652 116 . A G 2882.49 . AB=0.617021;ABP=25.3718;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=116;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.9828;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3988;QR=2409;RO=72;RPL=0;RPP=254.901;RPPR=159.356;RPR=116;RUN=1;SAF=0;SAP=254.901;SAR=116;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:38,65:38:1275:65:2237:-164.103,0,-80.4475 0/1:85:34,51:34:1134:51:1751:-127.243,0,-73.7848 dDocent_Contig_6653 107 . N T 91.4513 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14405,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6654 197 . T A 221.247 . AB=0.285714;ABP=16.9698;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=969;RO=25;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:10,7:10:388:7:272:-19.7297,0,-30.1604 0/1:18:15,3:15:581:3:117:-5.49184,0,-47.2145 dDocent_Contig_6655 24 . T A 475.832 . AB=0.119777;ABP=453.812;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=748;DPB=748;DPRA=0.922879;EPP=96.3836;EPPR=1533.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994326;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1746;QR=28274;RO=705;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=1533.9;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=705;SRP=1533.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:389:389,0:389:15602:0:0:0,-117.101,-1402.88 0/1:359:316,43:316:12672:43:1746:-49.2821,0,-1031.44 dDocent_Contig_6657 98 . N T 95.1769 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.5166,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6659 130 . G A 108.569 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=682;RO=18;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:255:4:145:-10.086,0,-19.9742 0/1:13:11,2:11:427:2:82:-3.86629,0,-34.8648 dDocent_Contig_6660 12 . T A 483.405 . AB=0.127907;ABP=313.278;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=2X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1287;QR=7780;RO=202;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=441.648;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:111:100,11,0:100:3861:11,0:430,0:-5.63745,0,-314.154,-35.7404,-317.465,-352.816 0|0:147:102,22,23:102:3919:22,23:857,928:-45.7999,-6.08074,-321.12,0,-251.242,-314.75 dDocent_Contig_6661 31 . A G 483.949 . AB=0.318182;ABP=21.9613;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=7.26639;EPPR=3.22044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.548387;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=923;QR=3256;RO=93;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=204.957;RPR=25;RUN=1;SAF=16;SAP=7.26639;SAR=9;SRF=45;SRP=3.22044;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:48,4:48:1692:4:149:0,-1.88215,-138.744 0/1:66:45,21:45:1564:21:774:-50.0938,0,-121.142 dDocent_Contig_6662 66 . T C 15106.6 . AB=0.311355;ABP=593.706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=595;CIGAR=1X;DP=1911;DPB=1911;DPRA=0;EPP=1295.04;EPPR=2860.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99924;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23226;QR=51137;RO=1316;RPL=595;RPP=1295.04;RPPR=2860.67;RPR=0;RUN=1;SAF=595;SAP=1295.04;SAR=0;SRF=1316;SRP=2860.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1027:768,259:768:29825:259:10122:-601.294,0,-2372.89 0/1:884:548,336:548:21312:336:13104:-912.461,0,-1650.48 dDocent_Contig_6663 9 . T A 42.895 . 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AB=0.0614035;ABP=193.49;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=262;QR=5361;RO=141;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=309.188;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=309.188;SRR=141;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:67:50,0,16:50:1910:0,16:0,565:-30.9828,-46.0343,-202.763,0,-156.785,-151.969 0|0:114:91,7,16:91:3451:7,16:262,593:-21.1229,-27.0582,-307.898,0,-261.487,-278.127 dDocent_Contig_6666 32 . G A 410.168 . 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AB=0.162791;ABP=45.4803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=290;QR=3108;RO=82;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=181.071;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:36,7:36:1363:7:258:-10.6246,0,-110.008 0|0:47:46,1:46:1745:1:32:0,-10.9491,-154.095 dDocent_Contig_6668 13 . G T 2403.43 . AB=0.09;ABP=149.02;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M2X6M;DP=199;DPB=191.333;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=342;QR=3285;RO=85;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=187.585;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:99:45,0,7,46:45:1743:0,7,46:0,213,1848:-138.805,-152.351,-295.53,-135.315,-278.488,-276.38,0,-143.239,-126.201,-129.392 0|0:100:40,9,15,35:40:1542:9,15,35:342,560,1415:-104.635,-88.6379,-212.545,-70.844,-169.42,-192.943,0,-98.5905,-80.7948,-116.095 dDocent_Contig_6669 73 . G T 203.922 . 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AB=0.0983607;ABP=173.951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=519.821;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=768;QR=9092;RO=238;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=519.821;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=238;SRP=519.821;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:110,12:110:4207:12:460:-5.02495,0,-341.98 0/0:136:128,8:128:4885:8:308:0,-12.8583,-411.593 dDocent_Contig_6672 16 . T G 3577.7 . 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AB=0.357143;ABP=12.937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=765;QR=1402;RO=36;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=81.1833;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:25,8:25:998:8:307:-18.0573,0,-80.1851 0/1:23:11,12:11:404:12:458:-34.6451,0,-29.7652 dDocent_Contig_6679 7 . C T 115.792 . 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AB=0.116279;ABP=58.0041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.411215;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=4269;RO=107;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=235.358;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:38,5:38:1502:5:192:-4.7017,0,-122.473 0/0:71:69,2:69:2767:2:82:0,-13.5935,-241.363 dDocent_Contig_6681 175 . C T 57.4959 . 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AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=2.5;EPP=16.0391;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1372;RO=36;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=81.1833;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:908:6:241:-13.0358,0,-72.9872 0/0:12:12,0:12:464:0:0:0,-3.61236,-42.1049 dDocent_Contig_6684 42 . A T 672.179 . AB=0.0930233;ABP=64.872;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=4M1X1M;DP=43;DPB=55;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=591;RO=15;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=35.5824;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:8,17,1:8:319:17,1:644,41:-50.3565,0,-21.1434,-49.3789,-22.8756,-75.3551 0|0:17:7,7,3:7:272:7,3:269,122:-19.9583,0,-20.2302,-11.9956,-12.2688,-33.4446 dDocent_Contig_6685 55 . C A 912.462 . AB=0.457143;ABP=4.12706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1275;QR=1517;RO=38;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:17,15:17:678:15:595:-44.2523,0,-51.7176 0/1:38:21,17:21:839:17:680:-50.0908,0,-64.3838 dDocent_Contig_6686 29 . C T 39.926 . AB=0.107143;ABP=78.0812;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0.982456;EPP=16.0391;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.859813;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=4289;RO=107;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=235.358;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:50,6:50:2009:6:243:-5.3905,0,-164.142 0/0:57:57,0:57:2280:0:0:0,-17.1587,-205.354 dDocent_Contig_6687 9 . T A 722.228 . AB=0.104839;ABP=1684.85;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=1240;DPB=1240;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=2409;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4976;QR=42547;RO=1108;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=2409;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=1108;SRP=2409;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:725:641,84:641:24658:84:3208:-70.6253,0,-1999.53 0/1:515:467,46:467:17889:46:1768:-4.69422,0,-1454.41 dDocent_Contig_6688 12 . C A 1245.07 . AB=0.32;ABP=45.2237;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.854167;PAIREDR=0.821782;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1914;QR=3946;RO=101;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=222.329;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:59,18:59:2318:18:724:-41.8964,0,-185.195 0/1:72:42,30:42:1628:30:1190:-85.7071,0,-125.087 dDocent_Contig_6689 13 . C T 35.5449 . AB=0.1;ABP=100.292;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0.454545;EPP=18.2106;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.949309;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=8735;RO=217;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=474.22;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:63,7:63:2537:7:285:-4.95231,0,-207.386 0/0:154:154,0:154:6198:0:0:0,-46.3586,-557.546 dDocent_Contig_6690 25 . A T 157.029 . AB=0.141304;ABP=105.825;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0.747967;EPP=31.2394;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.960396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=494;QR=8047;RO=202;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=441.648;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:79,13:79:3132:13:494:-17.1008,0,-254.257 0/0:123:123,0:123:4915:0:0:0,-37.0267,-442.226 dDocent_Contig_6691 22 . C A 52.9824 . AB=0.112903;ABP=83.705;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.550459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=4407;RO=109;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=239.701;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:54,1:54:2183:1:41:0,-12.4621,-192.536 0/1:62:55,7:55:2224:7:281:-6.99721,0,-181.654 dDocent_Contig_6692 98 . N G 139.373 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:17:-1.69998,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:129:-11.9295,-1.20412,0 dDocent_Contig_6693 98 . N T 135.055 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_6694 10 . T C 2150.09 . AB=0.530303;ABP=4.06314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X1M;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.1286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.557143;PAIREDR=0.384615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2800;QR=1558;RO=39;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=87.6977;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:67:19,10,38:19:753:10,38:395,1502:-117.396,-91.2877,-150.255,0,-30.1567,-50.5434 0|1:65:20,13,32:20:805:13,32:508,1298:-100.711,-65.3067,-127.735,0,-24.9276,-56.7181 dDocent_Contig_6695 9 . T G 10422 . AB=0.636201;ABP=92.9202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=355;CIGAR=1X;DP=558;DPB=558;DPRA=0;EPP=773.883;EPPR=443.819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995074;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13483;QR=7790;RO=203;RPL=0;RPP=773.883;RPPR=443.819;RPR=355;RUN=1;SAF=355;SAP=773.883;SAR=0;SRF=203;SRP=443.819;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:263:130,133:130:4981:133:5071:-377.235,0,-369.138 0/1:295:73,222:73:2809:222:8412:-668.059,0,-164.182 dDocent_Contig_6697 61 . G T 1626.34 . AB=0.429577;ABP=9.12712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.442623;PAIREDR=0.518519;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2310;QR=2982;RO=81;RPL=34;RPP=4.7546;RPPR=3.03711;RPR=27;RUN=1;SAF=34;SAP=4.7546;SAR=27;SRF=40;SRP=3.03711;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:44,21:44:1677:21:795:-52.297,0,-131.616 0/1:77:37,40:37:1305:40:1515:-113.434,0,-94.5358 dDocent_Contig_6698 106 . N T 192.426 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:210:-19.2425,-1.80618,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6699 77 . C A 3234.32 . AB=0.407855;ABP=27.4213;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=135;CIGAR=1X;DP=331;DPB=331;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985185;PAIREDR=0.994872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4730;QR=6825;RO=195;RPL=135;RPP=296.159;RPPR=426.447;RPR=0;RUN=1;SAF=135;SAP=296.159;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:121:79,42:79:2769:42:1497:-98.5969,0,-213.029 0/1:210:116,93:116:4056:93:3233:-227.932,0,-301.991 dDocent_Contig_6700 24 . T C 2449.19 . AB=0.783505;ABP=70.7289;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3075;QR=838;RO=21;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=48.6112;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:8,18:8:318:18:722:-57.4767,0,-21.1587 0/1:71:13,58:13:520:58:2353:-190.539,0,-25.7702 dDocent_Contig_6701 88 . A G 96.9554 . AB=0.169811;ABP=53.2;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=1.12766;EPP=22.5536;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978022;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=3204;RO=91;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:44,9:44:1553:9:297:-11.0935,0,-124.109 0/0:47:47,0:47:1651:0:0:0,-14.1484,-148.879 dDocent_Contig_6702 14 . G A 97.2427 . AB=0.0849057;ABP=954.853;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=1135;DPB=1135;DPRA=1.27455;EPP=120.27;EPPR=2296.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2173;QR=42253;RO=1056;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=2296.09;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=1056;SRP=2296.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:499:499,0:499:20008:0:0:0,-150.214,-1798.98 0/1:636:557,54:557:22245:54:2173:-11.4232,0,-1815.77 dDocent_Contig_6703 28 . T G 133.472 . AB=0.0813953;ABP=133.905;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1M9D2M2X6M;DP=161;DPB=149.3;DPRA=1.14667;EPP=18.2106;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=5238;RO=133;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=291.816;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:69,0,6:69:2724:0,6:0,212:0,-20.7711,-244.952,-3.15643,-227.693,-225.887 0|0:86:64,7,12:64:2514:7,12:285,422:-15.0462,-10.7853,-215.478,0,-183.254,-203.154 dDocent_Contig_6704 17 . A G 548.274 . AB=0.452381;ABP=3.83753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=1.82609;EPP=44.2683;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=765;QR=1731;RO=46;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=102.898;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:862:0:0:0,-6.92369,-77.8933 0/1:42:23,19:23:869:19:765:-56.5263,0,-65.8836 dDocent_Contig_6707 107 . N A 54.2143 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=30;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-5.41926,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6708 9 . T C 4882.4 . AB=0.822917;ABP=176.909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.968354;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6098;QR=1287;RO=34;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=76.8404;RPR=158;RUN=1;SAF=158;SAP=346.103;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:11,81:11:413:81:3131:-254.245,0,-9.82156 0/1:100:23,77:23:874:77:2967:-237.092,0,-48.8745 dDocent_Contig_6709 22 . G A 165.731 . AB=0.333333;ABP=12.42;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.6154;MQMR=35.5;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=901;RO=26;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=59.4686;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:523:6:208:-6.50728,0,-28.3261 0/1:18:11,7:11:378:7:229:-13.1627,0,-23.1493 dDocent_Contig_6710 30 . C A 211.16 . AB=0.290323;ABP=14.8483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=807;RO=20;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=46.4397;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:12,6:12:488:6:243:-16.4209,0,-38.4437 0/1:12:8,3:8:319:3:123:-7.79201,0,-25.4143 dDocent_Contig_6711 17 . T A 18485.8 . AB=0.567816;ABP=20.3871;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=580;CIGAR=1X;DP=795;DPB=795;DPRA=0;EPP=1262.46;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998276;PAIREDR=0.995349;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23081;QR=8536;RO=215;RPL=0;RPP=1262.46;RPPR=469.877;RPR=580;RUN=1;SAF=580;SAP=1262.46;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:188,247:188:7486:247:9798:-750.262,0,-542.433 1/1:360:27,333:27:1050:333:13283:-1099.71,-13.583,0 dDocent_Contig_6712 19 . G T 127.397 . AB=0.357143;ABP=5.49198;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1.4;EPP=13.8677;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=757;RO=19;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=44.2683;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:391:0:0:0,-3.0103,-35.5436 0/1:14:9,5:9:366:5:203:-14.4386,0,-29.0905 dDocent_Contig_6713 107 . N A 568.621 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=621;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 1/1:15:0,15:0:0:15:517:-46.8575,-4.51545,0 dDocent_Contig_6714 8 . T C 51.9257 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.928571;EPP=11.6962;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=1912;RO=50;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=111.584;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:832:4:156:-6.59051,0,-67.373 0/0:28:28,0:28:1080:0:0:0,-8.42884,-97.5051 dDocent_Contig_6715 101 . T C 420.42 . AB=0.441176;ABP=4.03217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=773;RO=19;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=44.2683;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:6,12:6:243:12:485:-38.5829,0,-16.8291 0/1:16:13,3:13:530:3:122:-6.55601,0,-43.2299 dDocent_Contig_6716 64 . G A 16361.8 . AB=0.779123;ABP=450.317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=515;CIGAR=1X;DP=661;DPB=661;DPRA=0;EPP=1121.32;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20437;QR=5695;RO=145;RPL=515;RPP=1121.32;RPPR=317.874;RPR=0;RUN=1;SAF=515;SAP=1121.32;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:286:65,221:65:2549:221:8787:-704.233,0,-143.449 0/1:375:80,294:80:3146:294:11650:-935.047,0,-170.556 dDocent_Contig_6718 77 . T C 195.658 . AB=0.162393;ABP=118.841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.736842;PAIREDR=0.958763;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=3214;RO=97;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:36,7:36:1186:7:242:-9.17337,0,-94.0941 0/1:74:61,12:61:2028:12:394:-13.4893,0,-160.511 dDocent_Contig_6719 8 . T C 48.6497 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0.933333;EPP=11.6962;EPPR=103.541;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9444;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.37037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=2093;RO=54;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=52;SRP=103.541;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:924:4:159:-6.26291,0,-75.0478 0/0:30:30,0:30:1169:0:0:0,-9.0309,-105.499 dDocent_Contig_6720 15 . A T 110.114 . AB=0.126437;ABP=108.464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=440;QR=3027;RO=76;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=168.042;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:38,4:38:1512:4:154:-1.58706,0,-123.68 0/1:45:38,7:38:1515:7:286:-12.5685,0,-123.041 dDocent_Contig_6721 33 . G A 1490.39 . AB=0.2;ABP=92.9093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X2M;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.634146;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=925;QR=1609;RO=41;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=92.0407;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:54:16,23,15:16:620:23,15:906,607:-69.7064,0,-43.9946,-24.4702,-0.861628,-70.8793 0|1:61:25,28,8:25:989:28,8:1094,318:-82.4002,0,-72.9632,-63.7437,-55.2108,-142.731 dDocent_Contig_6722 99 . N C 106.294 . 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AB=0.0917431;ABP=160.811;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1M1D12M1X1M;DP=109;DPB=111.188;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=22.5536;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=58.4;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.796875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=2278;RO=64;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=68.6973;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=30;SRP=3.55317;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:33,2,3,9:33:1158:2,3,9:51,97,293:-13.7654,-19.7162,-113.386,-15.8681,-106.166,-109.247,0,-90.3442,-86.506,-91.6182 0|0:60:31,8,14,6:31:1120:8,14,6:184,501,184:-31.5501,-26.7645,-115.774,0,-77.3423,-87.2549,-26.1394,-103.445,-76.7292,-115.768 dDocent_Contig_6725 74 . T G 11053.8 . AB=0.730088;ABP=106.934;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=355;CIGAR=1X;DP=432;DPB=432;DPRA=0;EPP=773.883;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13660;QR=2939;RO=77;RPL=355;RPP=773.883;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=355;SAP=773.883;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:226:61,165:61:2340:165:6258:-495.127,0,-142.778 1/1:206:16,190:16:599:190:7402:-611.651,-7.77902,0 dDocent_Contig_6727 46 . C A 339.195 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1D7M1X1M;DP=61;DPB=59;DPRA=5.1;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1490;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:10:9,0,0:9:354:0,0:0,0:0,-2.70927,-31.8524,-2.70927,-31.8524,-31.8524 0|0:51:29,6,14:29:1136:6,14:231,540:-35.6185,-25.3832,-116.991,0,-74.4563,-89.2054 dDocent_Contig_6728 43 . G A 15693.4 . AB=0.487179;ABP=4.56931;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=532;CIGAR=1X;DP=1092;DPB=1092;DPRA=0;EPP=1158.23;EPPR=1162.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21060;QR=21295;RO=534;RPL=0;RPP=1158.23;RPPR=1162.58;RPR=532;RUN=1;SAF=532;SAP=1158.23;SAR=0;SRF=534;SRP=1162.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:538:174,355:174:6938:355:14022:-1101.38,0,-464.472 0/1:554:360,177:360:14357:177:7038:-471.058,0,-1128.98 dDocent_Contig_6729 141 . G A 852.081 . 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AB=0.1;ABP=30.8051;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=2X1M1X1M1X1M1X1M1X;DP=37;DPB=37;DPRA=1.17647;EPP=7.35324;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=36;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=1206;RO=31;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=70.3259;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:14,3,2:14:538:3,2:116,80:-5.02063,0,-43.2719,-3.63183,-38.5637,-47.1907 0|0:17:17,0,0:17:668:0,0:0,0:0,-5.11751,-60.4539,-5.11751,-60.4539,-60.4539 dDocent_Contig_6731 48 . A T 708.191 . AB=0.615385;ABP=7.52028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=944;QR=606;RO=15;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=35.5824;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:7,5:7:281:5:198:-14.5834,0,-22.0496 0/1:27:8,19:8:325:19:746:-59.3326,0,-21.4918 dDocent_Contig_6732 123 . G T 232.359 . AB=0.186275;ABP=90.2098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.746988;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=625;QR=2716;RO=83;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=183.243;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=183.243;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:35,13:35:1133:13:428:-24.3893,0,-87.8141 0/1:54:48,6:48:1583:6:197:-1.79796,0,-126.5 dDocent_Contig_6733 112 . C T 3639.87 . AB=0.813253;ABP=144.496;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=135;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=296.159;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.955556;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4628;QR=1077;RO=31;RPL=0;RPP=296.159;RPPR=70.3259;RPR=135;RUN=1;SAF=0;SAP=296.159;SAR=135;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:19,65:19:663:65:2225:-175.234,0,-34.7093 0/1:82:12,70:12:414:70:2403:-191.85,0,-12.907 dDocent_Contig_6734 18 . T A 181.68 . AB=0.132743;ABP=135.393;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.591837;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=606;QR=3942;RO=98;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=215.815;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1697:6:242:-7.70751,0,-138.498 0/1:65:56,9:56:2245:9:364:-13.5574,0,-182.649 dDocent_Contig_6736 36 . T C 400.015 . AB=0.5625;ABP=4.09604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35.7778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=691;QR=547;RO=14;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=33.4109;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:6,5:6:243:5:199:-10.3531,0,-18.9363 0/1:21:8,13:8:304:13:492:-32.7453,0,-21.3896 dDocent_Contig_6738 10 . G A 72.4791 . AB=0.108911;ABP=137.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=7484;RO=187;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=409.076;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:90,11:90:3629:11:430:-8.64585,0,-296.219 0/0:100:97,3:97:3855:3:121:0,-18.8228,-335.659 dDocent_Contig_6739 64 . T C 256.737 . 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AB=0.0966543;ABP=383.131;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=631;DPB=631;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=1288.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.948718;PAIREDR=0.996622;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1477;QR=22252;RO=592;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=1288.52;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=592;SRP=1288.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:362:349,13:349:13129:13:499:0,-63.7156,-1135.83 0/1:269:243,26:243:9123:26:978:-7.34989,0,-739.831 dDocent_Contig_6742 36 . C T 54.0533 . AB=0.0899654;ABP=425.05;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=1058.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.837449;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1361;QR=19481;RO=486;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=1058.35;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=486;SRP=1058.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:289:263,26:263:10494:26:1039:-6.80327,0,-856.77 0/0:231:223,8:223:8987:8:322:0,-40.1896,-778.914 dDocent_Contig_6743 14 . T G 679.628 . 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AB=0.22367;ABP=613.854;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=302;CIGAR=1X;DP=1975;DPB=1975;DPRA=0;EPP=658.795;EPPR=3631.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10349;QR=56368;RO=1671;RPL=0;RPP=658.795;RPPR=3631.54;RPR=302;RUN=1;SAF=0;SAP=658.795;SAR=302;SRF=0;SRP=3631.54;SRR=1671;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:921:714,206:714:24160:206:7044:-356.777,0,-1896.68 0/0:1054:957,96:957:32208:96:3305:0,-19.3709,-2600.36 dDocent_Contig_6746 49 . T C 1030.16 . AB=0.11807;ABP=1237.08;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=974;DPB=974;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=1863.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4431;QR=31055;RO=857;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=1863.96;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=857;SRP=1863.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:362:315,46:315:11344:46:1783:-51.6394,0,-911.603 0/1:612:542,69:542:19711:69:2648:-54.4736,0,-1589.15 dDocent_Contig_6748 26 . G A 1008.46 . AB=0.327869;ABP=34.4077;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.865854;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1556;QR=3230;RO=82;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=181.071;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:38,15:38:1487:15:596:-38.0216,0,-118.126 0/1:69:44,25:44:1743:25:960:-65.9212,0,-136.323 dDocent_Contig_6749 7 . C T 7772.49 . AB=0.088189;ABP=938.381;AC=0;AF=0;AN=4;AO=56;CIGAR=1X1M1X1M1X3M1X;DP=635;DPB=635.889;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=504.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12.5;MQM=36.9821;MQMR=59.987;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.696429;PAIREDR=0.164502;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2161;QR=8855;RO=231;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=504.62;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=231;SRP=504.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:296:113,36,115:113:4318:36,115:1394,4437:-329.664,-278.743,-622.205,0,-269.407,-319.726 0|0:339:118,20,153:118:4537:20,153:767,5921:-450.682,-444.569,-811.02,0,-330.869,-326.445 dDocent_Contig_6752 26 . C A 366.199 . AB=0.176991;ABP=105.415;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=801;QR=3718;RO=93;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=204.957;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:39,15:39:1554:15:599:-37.9912,0,-123.835 0/1:59:54,5:54:2164:5:202:-0.8011,0,-177.173 dDocent_Contig_6753 16 . T C 11948 . AB=0.455808;ABP=16.4449;AC=4;AF=1;AN=4;AO=361;CIGAR=2X3M1I9M;DP=792;DPB=832.929;DPRA=0;EPP=786.912;EPPR=380.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=16;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.99723;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14174;QR=6875;RO=174;RPL=0;RPP=786.912;RPPR=380.846;RPR=361;RUN=1;SAF=361;SAP=786.912;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:367:105,106,122:105:4158:106,122:4163,4788:-362.31,-51.5323,-361.859,-0.148708,0,-305.661 1|1:425:69,94,239:69:2717:94,239:3738,9386:-835.451,-548.458,-743.674,-84.2612,0,-235.835 dDocent_Contig_6755 98 . N A 62.7052 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26836,-0.60206,0 dDocent_Contig_6756 20 . T C 50.5931 . AB=0.109375;ABP=87.8334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.623656;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=3726;RO=93;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=204.957;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,1:36:1443:1:41:0,-7.04354,-126.025 0/1:64:57,7:57:2283:7:285:-6.75828,0,-186.364 dDocent_Contig_6758 25 . T G 681.281 . AB=0.158672;ABP=277.249;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=271;DPB=271;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=463.972;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976744;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1691;QR=9144;RO=228;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=498.106;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=224;SRP=463.972;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:108,24:108:4347:24:968:-47.6823,0,-351.431 0/1:139:120,19:120:4797:19:723:-23.5428,0,-389.781 dDocent_Contig_6760 15 . C T 711.111 . AB=0.358025;ABP=17.1919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.6765;MQMR=57.7734;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.664062;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1323;QR=5139;RO=128;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=280.959;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:76,5:76:3051:5:196:0,-15.5589,-255.67 0/1:81:52,29:52:2088:29:1127:-72.81,0,-161.274 dDocent_Contig_6761 60 . T G 1383.23 . AB=0.618421;ABP=12.2676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.489362;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1819;QR=1145;RO=29;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:9,19:9:362:19:758:-60.1125,0,-24.5142 0/1:48:20,28:20:783:28:1061:-81.3076,0,-56.3321 dDocent_Contig_6762 96 . A G 1136.07 . AB=0.28;ABP=87.0897;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=389;DPB=389;DPRA=1.0582;EPP=124.613;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996997;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1947;QR=11420;RO=333;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=726.111;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:189:189,0:189:6503:0:0:0,-56.8947,-585.402 0/1:200:144,56:144:4917:56:1947:-115.306,0,-382.506 dDocent_Contig_6763 98 . N C 1256 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=3X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1385;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:35:0,35:0:0:35:1210:-109.205,-10.5361,0 1|1:5:0,5:0:0:5:175:-16.0937,-1.50515,0 dDocent_Contig_6764 52 . T A 152.711 . AB=0.16129;ABP=64.7922;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=3.875;EPP=24.725;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=2753;RO=68;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:651:0:0:0,-4.81648,-58.9231 0/1:62:52,10:52:2102:10:392:-16.9701,0,-170.692 dDocent_Contig_6766 108 . T C 157.087 . AB=0.267606;ABP=69.6225;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19.5789;MQMR=44.4519;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0263158;PAIREDR=0.596154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1225;QR=3256;RO=104;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=228.843;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=228.843;SRR=104;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:55,25:55:1715:25:801:-15.9076,0,-109.066 0/1:62:49,13:49:1541:13:424:-2.88399,0,-99.1634 dDocent_Contig_6768 118 . C G 136.833 . AB=0.181818;ABP=41.702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.861111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=1423;RO=36;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=81.1833;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:21,5:21:826:5:203:-10.8263,0,-66.8317 0/1:18:15,3:15:597:3:122:-5.95395,0,-48.6498 dDocent_Contig_6770 36 . G A 110.524 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0.301587;EPP=13.8677;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=3017;RO=77;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=170.214;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:63,0:63:2504:0:0:0,-18.9649,-225.502 0/1:19:14,5:14:513:5:201:-12.7513,0,-40.7729 dDocent_Contig_6771 44 . C T 47.7592 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=1.35897;EPP=16.0391;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.7674;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.988372;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=3414;RO=86;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=189.757;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1557:0:0:0,-11.7402,-137.935 0/1:53:47,6:47:1857:6:245:-6.47488,0,-148.593 dDocent_Contig_6772 39 . A C 291.897 . AB=0.119342;ABP=308.848;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1164;QR=8289;RO=214;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=467.705;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:107,13:107:4125:13:526:-11.5628,0,-335.149 0/1:123:107,16:107:4164:16:638:-20.7238,0,-337.748 dDocent_Contig_6773 91 . T C 1963.8 . AB=0.657895;ABP=27.6965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0933333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2591;QR=1345;RO=39;RPL=75;RPP=165.871;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:24,38:24:826:38:1314:-99.8978,0,-55.9939 0/1:52:15,37:15:519:37:1277:-99.5794,0,-31.3848 dDocent_Contig_6774 120 . G T 645.828 . AB=0.595238;ABP=6.31921;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=885;QR=599;RO=17;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=39.9253;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:10,18:10:353:18:637:-49.2299,0,-23.6805 0/1:14:7,7:7:246:7:248:-18.4498,0,-18.2677 dDocent_Contig_6776 22 . C G 65.3315 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=884;RO=22;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=50.7827;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:11,2:11:441:2:75:-3.20541,0,-36.1319 0/1:14:11,3:11:443:3:114:-6.41793,0,-36.0113 dDocent_Contig_6777 11 . C T 167.299 . AB=0.135417;ABP=113.846;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=1.43284;EPP=31.2394;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=6052;RO=150;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=328.731;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:67,0:67:2693:0:0:0,-20.169,-242.478 0/1:96:83,13:83:3359:13:522:-18.4288,0,-273.443 dDocent_Contig_6778 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6779 103 . N A 106.334 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=4X5I1X;DP=3;DPB=6;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:114:-10.6324,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6780 33 . A G 415.328 . AB=0.2375;ABP=50.8913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=118.668;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0526;MQMR=57.7377;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.52459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=2380;RO=61;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=135.47;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=59;SRP=118.668;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,8:36:1396:8:317:-15.422,0,-111.245 0/1:36:25,11:25:984:11:441:-29.2077,0,-76.961 dDocent_Contig_6781 10 . G A 42969.7 . AB=0.85798;ABP=763.251;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1278;CIGAR=1X;DP=1387;DPB=1387;DPRA=0;EPP=2778.15;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8811;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995305;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50603;QR=4270;RO=109;RPL=0;RPP=2778.15;RPPR=239.701;RPR=1278;RUN=1;SAF=1278;SAP=2778.15;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:683:97,586:97:3803:586:23212:-1879.59,0,-136.691 1/1:704:12,692:12:467:692:27391:-2418.78,-169.55,0 dDocent_Contig_6782 1 . N G 165.698 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.668,-1.20412,0 dDocent_Contig_6783 21 . A T 40.922 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=1046;RO=27;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=61.6401;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:15,3:15:570:3:117:-5.49004,0,-46.2211 0|0:13:12,1:12:476:1:21:0,-1.81344,-41.0925 dDocent_Contig_6784 98 . N T 162.252 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:134:-12.3235,-1.50515,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_6785 77 . C T 2834.8 . AB=0.212249;ABP=684.089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=201;CIGAR=1X;DP=947;DPB=947;DPRA=0;EPP=439.476;EPPR=1620.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6344;QR=24224;RO=745;RPL=0;RPP=439.476;RPPR=1620.76;RPR=201;RUN=1;SAF=0;SAP=439.476;SAR=201;SRF=0;SRP=1620.76;SRR=745;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:478:349,128:349:11469:128:3988:-215.462,0,-888.549 0/1:469:396,73:396:12755:73:2356:-71.1155,0,-1006.74 dDocent_Contig_6787 16 . G A 192.515 . AB=0.411765;ABP=5.30951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=30.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=728;RO=19;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=44.2683;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:8,5:8:309:5:189:-7.08247,0,-24.2593 0|1:21:11,9:11:419:9:355:-15.2659,0,-31.8607 dDocent_Contig_6789 33 . C T 50.7189 . AB=0.0882353;ABP=653.941;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=987;DPB=987;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=2057.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1592;QR=37888;RO=946;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=2057.22;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=946;SRP=2057.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:545:543,1:543:21709:1:41:0,-160.07,-1947.82 0/1:442:403,39:403:16179:39:1551:-6.77086,0,-1321.71 dDocent_Contig_6790 13 . A G 110.383 . AB=0.142857;ABP=72.8076;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=5001;RO=126;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=276.616;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:54,9:54:2141:9:345:-12.4362,0,-173.909 0/0:74:72,2:72:2860:2:80:0,-14.6846,-249.914 dDocent_Contig_6791 13 . A C 283.752 . 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AB=0.107143;ABP=78.0812;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.806122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=3743;RO=98;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:48,4:48:1838:4:156:0,-1.23674,-151.245 0/1:56:50,6:50:1905:6:237:-4.84524,0,-154.831 dDocent_Contig_6794 107 . N A 877.041 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.3201;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=971;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:28:0,28:0:0:28:971:-87.7041,-8.42884,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6795 25 . A T 527.911 . 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AB=0.280528;ABP=256.549;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=170;CIGAR=2X;DP=606;DPB=606;DPRA=0;EPP=372.161;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=50.2294;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.994318;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6666;QR=6577;RO=176;RPL=0;RPP=372.161;RPPR=385.189;RPR=170;RUN=1;SAF=170;SAP=372.161;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:317:98,61,158:98:3650:61,158:2400,6274:-481.875,-316.116,-596.501,0,-103.478,-251.183 1|0:289:78,109,102:78:2927:109,102:4266,3985:-408.496,-85.8185,-292.751,-106.419,0,-315.46 dDocent_Contig_6799 98 . N A 148.999 . 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AB=0.25;ABP=44.2683;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M2X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.315789;PAIREDR=0.645161;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=1198;RO=31;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=70.3259;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:16,8,7:16:627:8,7:319,278:-21.4548,0,-49.1463,-3.3868,-28.6676,-52.8335 0|0:44:15,11,18:15:571:11,18:434,724:-55.1545,-23.9657,-67.4765,0,-11.1109,-41.4053 dDocent_Contig_6801 18 . G A 117.281 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0.763158;EPP=16.0391;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=2331;RO=61;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=135.47;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1461:0:0:0,-11.4391,-131.735 0/1:29:23,6:23:870:6:242:-13.4271,0,-69.8744 dDocent_Contig_6802 88 . C A 416.461 . AB=0.258824;ABP=45.9544;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=774;QR=2221;RO=63;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:30,17:30:1044:17:601:-40.2719,0,-80.1186 0/1:38:33,5:33:1177:5:173:-4.47079,0,-94.7977 dDocent_Contig_6803 45 . G T 53.2096 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X;DP=19;DPB=19;DPRA=2.16667;EPP=9.52472;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=630;RO=16;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=37.7539;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:10,3:10:396:3:114:-6.71883,0,-32.0849 0|0:6:6,0:6:234:0:0:0,-1.80618,-21.4305 dDocent_Contig_6804 50 . A T 1641.67 . AB=0.0701754;ABP=460.353;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=5M5X5M;DP=285;DPB=284.6;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=789;QR=4667;RO=121;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=265.758;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:150:67,8,13,17,25:67:2591:8,13,17,25:269,481,668,939:-56.7606,-55.1406,-265.557,-37.5793,-228.618,-246.493,-21.9798,-213.022,-195.463,-229.694,0,-191.043,-173.484,-157.888,-205.306 0|0:135:54,6,14,3,42:54:2076:6,14,3,42:218,549,121,1550:-110.504,-108.956,-277.578,-81.6072,-234.235,-247.823,-116.784,-269.409,-242.063,-286.309,0,-152.628,-125.281,-160.456,-157.788 dDocent_Contig_6806 61 . T C 6720.88 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1718;CIGAR=1X;DP=1805;DPB=1805;DPRA=0;EPP=3733.6;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999418;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66177;QR=3304;RO=86;RPL=0;RPP=3733.6;RPPR=189.757;RPR=1718;RUN=1;SAF=1718;SAP=3733.6;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:984:69,915:69:2655:915:35201:-2926.72,-57.076,0 1/1:821:17,803:17:649:803:30976:-2727.14,-188.491,0 dDocent_Contig_6809 31 . A G 101.137 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.05882;EPP=18.2106;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=248;QR=2460;RO=63;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=139.813;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1331:0:0:0,-10.235,-120.053 0/1:36:29,7:29:1129:7:248:-11.8127,0,-91.0631 dDocent_Contig_6810 21 . C A 16806.4 . 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AB=0.237113;ABP=61.2371;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=2X1M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.782609;PAIREDR=0.959459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=906;QR=2795;RO=74;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=163.699;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:30,12:30:1126:12:476:-30.5483,0,-88.9862 0|1:55:44,11:44:1669:11:430:-22.4965,0,-133.906 dDocent_Contig_6812 186 . A T 4252.26 . AB=0.387019;ABP=49.1332;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=161;CIGAR=1X;DP=416;DPB=416;DPRA=0;EPP=352.617;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6145;QR=9982;RO=254;RPL=161;RPP=352.617;RPPR=554.564;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=352.617;SAR=161;SRF=0;SRP=554.564;SRR=254;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:261:134,126:134:5297:126:4819:-355.364,0,-398.263 0/1:155:120,35:120:4685:35:1326:-72.9591,0,-374.955 dDocent_Contig_6813 15 . G A 826.285 . AB=0.205357;ABP=87.4651;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X1M2X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=116.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=23.4783;MQMR=58.5536;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=911;QR=2213;RO=56;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=124.613;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=55;SRP=116.082;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:60:28,12,20:28:1116:12,20:473,758:-52.9326,-36.3094,-123.878,0,-66.2058,-85.239 0|0:52:28,11,13:28:1097:11,13:438,504:-32.7928,-26.8371,-113.019,0,-75.2211,-85.7274 dDocent_Contig_6814 17 . G A 18732.6 . AB=0.133192;ABP=1108.57;AC=0;AF=0;AN=4;AO=126;CIGAR=1X3M1X1M;DP=946;DPB=946;DPRA=0;EPP=276.616;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4873;QR=3115;RO=79;RPL=0;RPP=276.616;RPPR=174.557;RPR=126;RUN=1;SAF=126;SAP=276.616;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:447:32,67,73,26,217:32:1272:67,73,26,217:2561,2917,1019,8672:-840.168,-639.692,-724.25,-609.539,-504.158,-692.291,-766.011,-660.63,-630.477,-862.912,-135.536,-30.1572,0,-156.475,-174.941 0|0:499:47,59,103,4,262:47:1843:59,103,4,262:2312,4104,164,10488:-1036.19,-860.233,-994.03,-712.401,-673.852,-832.953,-1036.8,-998.255,-850.423,-1187.16,-186.385,-147.836,0,-324.407,-259.074 dDocent_Contig_6815 13 . C T 196.216 . AB=0.0958904;ABP=727.836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=511;DPB=511;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=1006.23;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9827;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993506;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1955;QR=18641;RO=462;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=1006.23;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=462;SRP=1006.23;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:224:200,24:200:8078:24:946:-18.0093,0,-659.087 0/1:287:262,25:262:10563:25:1009:-4.70908,0,-863.53 dDocent_Contig_6816 13 . C A 1650.65 . AB=0.362573;ABP=31.0617;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.3871;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.899083;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2471;QR=4408;RO=109;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=239.701;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:45,32:45:1813:32:1267:-89.828,0,-140.195 0/1:94:64,30:64:2595:30:1204:-78.3339,0,-205.372 dDocent_Contig_6817 18 . C A 377.242 . AB=0.170543;ABP=124.63;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.689655;PAIREDR=0.845;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1137;QR=7902;RO=200;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=437.305;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:100:93,7:93:3680:7:271:0,-5.34902,-306.483 0/1:129:107,22:107:4222:22:866:-39.4232,0,-341.133 dDocent_Contig_6818 22 . G A 4109.87 . AB=0.729592;ABP=92.7497;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=143;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.6014;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.86014;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5733;QR=2109;RO=53;RPL=0;RPP=313.531;RPPR=118.098;RPR=143;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:30,61:30:1206:61:2433:-180.527,0,-81.4191 0/1:105:23,82:23:903:82:3300:-233.557,0,-49.9674 dDocent_Contig_6819 98 . N A 987.63 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=32;CIGAR=2X;DP=32;DPB=37;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=10;PQA=324;PQR=0;PRO=0;QA=1094;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:27:0,27:0:0:27:919:-82.7094,-8.12781,0 1|1:5:0,5:0:0:5:175:-15.7525,-1.50515,0 dDocent_Contig_6820 16 . T C 1357.95 . AB=0.429825;ABP=7.88659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0408163;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1918;QR=2485;RO=65;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=144.156;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:41,22:41:1575:22:892:-61.6217,0,-123.04 0/1:51:24,27:24:910:27:1026:-77.2705,0,-66.8598 dDocent_Contig_6821 15 . G A 1831.47 . AB=0.0815217;ABP=282.894;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=1X1M1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=589;QR=7755;RO=201;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=439.476;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:184:127,15,42:127:4910:15,42:589,1602:-93.1774,-82.9615,-481.716,0,-354.816,-390.617 0|0:110:74,0,36:74:2845:0,36:0,1399:-93.0667,-115.343,-348.889,0,-233.933,-223.096 dDocent_Contig_6822 74 . T C 816.557 . AB=0.349057;ABP=23.9875;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1289;QR=2391;RO=69;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:28,10:28:946:10:362:-21.486,0,-74.0009 0/1:68:41,27:41:1445:27:927:-63.2666,0,-109.874 dDocent_Contig_6823 10 . G A 2484.75 . 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AB=0.333333;ABP=16.763;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0.814286;EPP=44.2683;EPPR=196.11;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=4314;RO=108;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=196.11;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:70:70,0:70:2796:0:0:0,-21.0721,-251.752 0/1:57:38,19:38:1518:19:763:-51.8308,0,-119.702 dDocent_Contig_6827 26 . G A 348.669 . 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A G 97.0634 . AB=0.133333;ABP=73.0765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0.983607;EPP=20.3821;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.495575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=4346;RO=113;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=248.387;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:52,8:52:2022:8:320:-11.1043,0,-164.118 0/0:61:61,0:61:2324:0:0:0,-18.3628,-209.335 dDocent_Contig_6833 29 . T A 25117.6 . 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AB=0.321429;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=2.33333;EPP=22.5536;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.903226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=1254;RO=31;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=70.3259;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:484:0:0:0,-3.61236,-43.9105 0/1:28:19,9:19:770:9:349:-23.3354,0,-61.1914 dDocent_Contig_6841 98 . N G 64.6004 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_6843 198 . C A 184.327 . AB=0.32;ABP=10.0459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.78571;EPP=20.3821;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=300;QR=1191;RO=31;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:17,8:17:647:8:300:-19.8307,0,-51.0398 0/0:14:14,0:14:544:0:0:0,-4.21442,-49.3062 dDocent_Contig_6844 11 . T C 1243.45 . 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AB=0.26506;ABP=42.8032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.918033;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=778;QR=2262;RO=61;RPL=12;RPP=3.40511;RPPR=3.0459;RPR=10;RUN=1;SAF=12;SAP=3.40511;SAR=10;SRF=30;SRP=3.0459;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:25,6:25:933:6:186:-7.70853,0,-74.9542 0/1:52:36,16:36:1329:16:592:-37.9627,0,-104.248 dDocent_Contig_6847 42 . A C 405.056 . AB=0.192661;ABP=92.4391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=841;QR=3511;RO=88;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=194.1;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:42,16:42:1697:16:642:-40.6543,0,-135.49 0/1:51:46,5:46:1814:5:199:-2.93583,0,-148.123 dDocent_Contig_6848 92 . C A 63.5729 . 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AB=0.715013;ABP=160.821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=281;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=0;EPP=613.194;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996441;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11155;QR=4447;RO=111;RPL=281;RPP=613.194;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=281;SAP=613.194;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:55,146:55:2217:146:5790:-460.409,0,-139.182 0/1:192:56,135:56:2230:135:5365:-425.012,0,-143.175 dDocent_Contig_6850 32 . T C 865.491 . 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AB=0.464567;ABP=4.39525;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2342;QR=2662;RO=67;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:32,22:32:1283:22:875:-62.8042,0,-99.476 0/1:73:35,37:35:1379:37:1467:-110.268,0,-102.364 dDocent_Contig_6855 37 . A G 260.741 . AB=0.164948;ABP=97.5925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=905;QR=6553;RO=165;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=361.303;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:81,16:81:3194:16:626:-27.472,0,-258.341 0/0:91:84,7:84:3359:7:279:0,-1.91346,-276.875 dDocent_Contig_6857 24 . T G 3416.64 . 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AB=0.234637;ABP=112.494;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=373;DPB=373;DPRA=0.92268;EPP=94.2121;EPPR=670.316;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.7248;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984709;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1672;QR=12354;RO=327;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=713.082;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=322;SRP=670.316;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:194:194,0:194:7313:0:0:0,-58.3998,-656.343 0/1:179:133,42:133:5041:42:1672:-97.7287,0,-400.654 dDocent_Contig_6860 24 . T G 23337.6 . AB=0.777207;ABP=653.114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=757;CIGAR=2X;DP=974;DPB=974;DPRA=0;EPP=1646.81;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29239;QR=8102;RO=215;RPL=0;RPP=1646.81;RPPR=469.877;RPR=757;RUN=1;SAF=757;SAP=1646.81;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:522:104,416:104:3922:416:16061:-1287.72,0,-196.408 0|1:452:111,341:111:4180:341:13178:-1049.14,0,-240.213 dDocent_Contig_6861 107 . N C 507.956 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:17:0,17:0:0:17:520:-47.0934,-5.11751,0 dDocent_Contig_6862 9 . T G 11159 . AB=0.597198;ABP=49.8662;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=341;CIGAR=1X2M;DP=571;DPB=571;DPRA=0;EPP=743.482;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13044;QR=4499;RO=114;RPL=0;RPP=743.482;RPPR=250.558;RPR=341;RUN=1;SAF=341;SAP=743.482;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:265:94,69,102:94:3710:69,102:2713,3921:-293.598,-98.7323,-383.24,0,-82.1169,-274.57 1|1:306:20,47,239:20:789:47,239:1802,9123:-825.402,-683.539,-734.31,-82.9533,0,-75.9292 dDocent_Contig_6863 12 . A T 64.594 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0.655172;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2279;RO=58;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=128.956;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:18,3,4:18:715:3,4:117,161:-7.85729,-3.66396,-61.6184,0,-49.2518,-57.6638 0|0:42:40,0,2:40:1564:0,2:0,78:0,-12.0412,-140.623,-5.24048,-134.212,-133.61 dDocent_Contig_6864 144 . C T 214.767 . AB=0.333333;ABP=10.9724;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=376;QR=753;RO=22;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=50.7827;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:304:4:133:-8.38543,0,-23.7752 0/1:20:13,7:13:449:7:243:-16.1882,0,-34.7187 dDocent_Contig_6865 81 . C G 521.883 . AB=0.296296;ABP=32.2045;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=8.80089;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=877;QR=2112;RO=57;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=3.9627;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=8.80089;SAR=16;SRF=31;SRP=3.9627;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:949:3:109:-1.4377,0,-76.9862 0/1:52:31,21:31:1163:21:768:-53.7821,0,-89.3051 dDocent_Contig_6866 96 . T C 4141.17 . AB=0.752427;ABP=117.023;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=155;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974194;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5319;QR=1714;RO=51;RPL=155;RPP=339.589;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:41,72:41:1371:72:2493:-190.615,0,-89.6637 0/1:93:10,83:10:343:83:2826:-226.591,0,-3.20505 dDocent_Contig_6870 148 . T G 159.938 . AB=0.12844;ABP=133.717;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=3.40625;EPP=33.4109;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=4927;RO=127;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=278.787;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=278.787;SRR=127;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:95,14:95:3711:14:554:-17.3918,0,-301.202 0/0:32:32,0:32:1216:0:0:0,-9.63296,-109.709 dDocent_Contig_6871 98 . N A 1169.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.6591;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1291;QR=0;RO=0;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0,18:0:0:18:459:-41.5517,-5.41854,0 1/1:27:0,26:0:0:26:832:-75.0778,-7.82678,0 dDocent_Contig_6872 23 . G A 1042.58 . AB=0.393617;ABP=12.2506;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=345;DPB=345;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.491228;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2270;QR=11570;RO=288;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=628.394;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:251:231,20:231:9295:20:781:0,-4.95737,-765.353 0/1:94:57,37:57:2275:37:1489:-105.957,0,-176.613 dDocent_Contig_6873 35 . G A 15758.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=470;CIGAR=1X;DP=500;DPB=500;DPRA=0;EPP=1023.6;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18652;QR=1127;RO=29;RPL=0;RPP=1023.6;RPPR=65.983;RPR=470;RUN=1;SAF=470;SAP=1023.6;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:294:14,280:14:540:280:11147:-953.559,-39.5646,0 1/1:206:15,190:15:587:190:7505:-621.949,-8.65111,0 dDocent_Contig_6874 98 . N A 86.1842 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=86;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41422,-0.60206,0 dDocent_Contig_6875 14 . C A 323.185 . 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AB=0.512605;ABP=3.17453;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.344262;PAIREDR=0.568966;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2400;QR=2266;RO=58;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:20,18:20:790:18:713:-53.0601,0,-59.9798 0/1:81:38,43:38:1476:43:1687:-127.686,0,-108.703 dDocent_Contig_6877 104 . T A 826.524 . 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AB=0.425;ABP=4.96463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.647059;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=663;QR=921;RO=23;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=52.9542;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:11,7:11:445:7:272:-19.4242,0,-34.9872 0/1:22:12,10:12:476:10:391:-28.9214,0,-36.5679 dDocent_Contig_6883 95 . T A 35549.8 . 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AB=0.4375;ABP=3.55317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=2.28571;EPP=18.2106;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=516;RO=16;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:9,7:9:288:7:232:-16.3889,0,-21.4172 0/0:7:7,0:7:228:0:0:0,-2.10721,-20.8404 dDocent_Contig_6886 77 . T C 2040.28 . AB=0.747475;ABP=55.674;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878378;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2626;QR=913;RO=25;RPL=74;RPP=163.699;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:18,42:18:661:42:1509:-118.037,0,-41.7617 0/1:39:7,32:7:252:32:1117:-89.0887,0,-11.2878 dDocent_Contig_6887 26 . G T 1070.59 . AB=0.21875;ABP=46.9826;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X3M1X;DP=107;DPB=107;DPRA=1.48837;EPP=33.4109;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=2248;RO=57;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=126.784;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:43:43,0,0:43:1694:0,0:0,0:0,-12.9443,-152.697,-12.9443,-152.697,-152.697 1|0:64:14,14,35:14:554:14,35:558,1369:-108.672,-66.9333,-108.315,-0.359045,0,-35.4162 dDocent_Contig_6888 107 . N T 328.996 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:362:-32.8996,-3.31133,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6889 29 . T C 331.298 . AB=0.283019;ABP=24.6841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=1462;RO=38;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=85.5263;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:17,2:17:642:2:78:-1.68373,0,-52.3898 0/1:34:21,13:21:820:13:495:-34.6577,0,-63.8833 dDocent_Contig_6890 60 . A C 128.851 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.419355;EPP=13.8677;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=1553;RO=39;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:309:5:198:-14.2831,0,-24.2501 0/0:31:31,0:31:1244:0:0:0,-9.33193,-112.23 dDocent_Contig_6891 9 . T G 368.57 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:82:-7.58348,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_6896 20 . T A 509.264 . AB=0.129344;ABP=621.151;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=518;DPB=518;DPRA=0;EPP=5.63551;EPPR=982.344;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.7761;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2344;QR=17970;RO=451;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=982.344;RPR=67;RUN=1;SAF=38;SAP=5.63551;SAR=29;SRF=451;SRP=982.344;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:267:232,35:232:9213:35:1233:-29.8854,0,-748.213 0/1:251:219,32:219:8757:32:1111:-24.138,0,-712.033 dDocent_Contig_6898 92 . G A 10342.5 . AB=0.426989;ABP=48.9873;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=424;CIGAR=1X;DP=993;DPB=993;DPRA=0;EPP=923.715;EPPR=1236.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14845;QR=19417;RO=568;RPL=424;RPP=923.715;RPPR=1236.41;RPR=0;RUN=1;SAF=424;SAP=923.715;SAR=0;SRF=568;SRP=1236.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:504:290,214:290:9926:214:7512:-524.421,0,-741.642 0/1:489:278,210:278:9491:210:7333:-512.925,0,-707.107 dDocent_Contig_6899 39 . G A 124.708 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0.72;EPP=18.2106;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=3028;RO=78;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=172.385;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1950:0:0:0,-15.0515,-175.702 0/1:36:28,7:28:1078:7:274:-14.1698,0,-86.4533 dDocent_Contig_6900 56 . T A 9013.41 . AB=0.0568182;ABP=603.521;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1M1D3M1X6M;DP=352;DPB=325.667;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=766;QR=1331;RO=36;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:166:24,1,141:24:889:1,141:39,5220:-419.785,-423.804,-496.234,0,-69.5065,-30.268 1|0:186:12,19,154:12:442:19,154:727,5683:-484.653,-428.606,-459.028,-23.5314,0,-13.3102 dDocent_Contig_6903 22 . A T 37.8569 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0.636364;EPP=7.35324;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=591;RO=15;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=35.5824;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:10,0:10:395:0:0:0,-3.0103,-35.7738 0|1:7:5,2:5:196:2:80:-5.48458,0,-15.9073 dDocent_Contig_6906 99 . N G 160.582 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=6;DPB=15.5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,0,2:0:0:0,2:0,72:-6.21751,-6.21751,-6.21751,-0.60206,-0.60206,0 1|1:4:0,2,2:0:0:2,2:70,71:-11.2362,-5.54129,-4.93923,-5.69501,0,-5.09295 dDocent_Contig_6910 112 . C T 170.142 . AB=0.196721;ABP=51.7438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=4255;RO=126;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=276.616;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=276.616;SRR=126;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:49,12:49:1665:12:405:-18.4121,0,-131.775 0/0:81:77,4:77:2590:4:138:0,-11.623,-220.595 dDocent_Contig_6911 17 . T C 4474.82 . AB=0.463816;ABP=6.46751;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=141;CIGAR=1X2M;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.9504;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.510638;PAIREDR=0.679487;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5591;QR=3040;RO=78;RPL=0;RPP=309.188;RPPR=172.385;RPR=141;RUN=1;SAF=141;SAP=309.188;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:133:46,27,48,6:46:1794:27,48,6:1054,1899,244:-142.426,-69.6425,-208.977,0,-60.832,-133.015,-136.146,-196.978,-127.337,-281.804 1|1:171:32,36,93,9:32:1246:36,93,9:1414,3692,365:-308.153,-201.495,-293.062,-13.8893,0,-88.2982,-287.685,-273.798,-86.1916,-387.381 dDocent_Contig_6912 186 . C T 39.1969 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=584;RO=15;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:241:2:81:-5.27749,0,-19.6581 0/1:10:9,1:9:343:1:40:-0.985379,0,-28.2117 dDocent_Contig_6913 67 . T C 261.737 . AB=0.25;ABP=29.068;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.930556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=502;QR=2758;RO=72;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:36,12:36:1380:12:463:-27.5716,0,-110.034 0/0:37:36,1:36:1378:1:39:0,-7.24155,-120.406 dDocent_Contig_6914 118 . T C 72.4638 . AB=0.157895;ABP=60.9543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=1372;RO=46;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=102.898;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,4:37:1139:4:138:-0.069301,0,-90.1004 0/1:15:9,5:9:233:5:144:-8.94029,0,-16.9396 dDocent_Contig_6915 128 . A T 806.697 . AB=0.349515;ABP=23.2703;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.722222;PAIREDR=0.776119;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1268;QR=2363;RO=67;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=148.499;RPR=36;RUN=1;SAF=0;SAP=81.1833;SAR=36;SRF=0;SRP=148.499;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:43,12:43:1526:12:420:-21.5765,0,-121.077 0/1:48:24,24:24:837:24:848:-62.1901,0,-61.1966 dDocent_Contig_6916 13 . G A 3458.19 . AB=0.145522;ABP=1758.01;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=234;CIGAR=1X;DP=1608;DPB=1608;DPRA=0;EPP=511.135;EPPR=2912.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=57.5983;MQMR=59.6903;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987179;PAIREDR=0.970896;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9296;QR=53294;RO=1340;RPL=0;RPP=511.135;RPPR=2912.78;RPR=234;RUN=1;SAF=234;SAP=511.135;SAR=0;SRF=1340;SRP=2912.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:755:633,110:633:25169:110:4406:-166.177,0,-2038.33 0/1:853:707,124:707:28125:124:4890:-182.738,0,-2277.35 dDocent_Contig_6917 43 . C T 87.5572 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=922;RO=24;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=55.1256;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:237:2:71:-4.33334,0,-19.2953 0/1:22:18,4:18:685:4:153:-7.51878,0,-55.3503 dDocent_Contig_6918 8 . T C 264.296 . AB=0.220339;ABP=43.0905;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.844961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=545;QR=4950;RO=129;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=283.13;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:84:83,1:83:3187:1:39:0,-21.39,-283.083 0/1:59:46,13:46:1763:13:506:-28.1286,0,-141.164 dDocent_Contig_6919 68 . T C 2602.38 . AB=0.645161;ABP=31.3795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.93;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3438;QR=1894;RO=55;RPL=100;RPP=220.158;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:42,48:42:1449:48:1649:-121.607,0,-103.615 0/1:65:13,52:13:445:52:1789:-141.728,0,-20.8105 dDocent_Contig_6920 41 . T G 829.367 . AB=0.422535;ABP=6.71098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1186;QR=1646;RO=41;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=92.0407;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:18,14:18:716:14:539:-39.2097,0,-55.1301 0/1:39:23,16:23:930:16:647:-46.8239,0,-72.2624 dDocent_Contig_6921 13 . C G 30.452 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.72;EPP=9.52472;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=1575;RO=40;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=89.8692;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:15,3:15:588:3:111:-4.44275,0,-47.8415 0|0:25:25,0:25:987:0:0:0,-7.52575,-89.134 dDocent_Contig_6922 7 . C T 517.744 . AB=0.182927;ABP=146.222;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=359;DPB=359;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=684.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.1879;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980892;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1711;QR=12103;RO=314;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=684.853;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=314;SRP=684.853;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:134,30:134:5138:30:1136:-53.1723,0,-407.142 0/0:195:180,15:180:6965:15:575:0,-6.60948,-566.844 dDocent_Contig_6923 7 . C T 123.55 . AB=0.0956522;ABP=1146.21;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=142;CIGAR=1X;DP=1554;DPB=1554;DPRA=0;EPP=311.359;EPPR=3062.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=49.6127;MQMR=56.3903;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0352113;PAIREDR=0.193754;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5371;QR=53777;RO=1409;RPL=0;RPP=311.359;RPPR=3062.61;RPR=142;RUN=1;SAF=142;SAP=311.359;SAR=0;SRF=1409;SRP=3062.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:805:726,77:726:27741:77:2897:-13.7529,0,-2216.96 0/0:749:683,65:683:26036:65:2474:0,-7.21989,-2088.35 dDocent_Contig_6924 10 . C G 4677.43 . AB=0.361345;ABP=82.4971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X1M;DP=476;DPB=476;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=591.479;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=53.7733;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6770;QR=10816;RO=271;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=591.479;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=271;SRP=591.479;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:229:133,10,84:133:5311:10,84:404,3332:-232.035,-239.287,-673.692,0,-404.671,-412.168 0|1:247:138,20,88:138:5505:20,88:800,3438:-238.804,-214.993,-662.326,0,-387.997,-426.859 dDocent_Contig_6925 13 . A G 517.158 . AB=0.100099;ABP=1404.57;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=1009;DPB=1009;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=1968.19;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9604;MQMR=59.1901;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952486;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3974;QR=35900;RO=905;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=1968.19;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=905;SRP=1968.19;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:535:477,58:477:19024:58:2264:-42.8726,0,-1538.8 0/1:474:428,43:428:16876:43:1710:-11.9401,0,-1359.67 dDocent_Contig_6930 98 . N T 59.8396 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93868,-0.60206,0 dDocent_Contig_6931 98 . N T 65.5471 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55254,-0.60206,0 dDocent_Contig_6932 15 . A G 940.484 . AB=0.368421;ABP=17.2963;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.628571;PAIREDR=0.483333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1390;QR=2385;RO=60;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=133.299;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:27,10:27:1087:10:390:-24.3073,0,-86.9793 0/1:58:33,25:33:1298:25:1000:-72.8379,0,-99.6264 dDocent_Contig_6933 13 . A G 527.091 . AB=0.323529;ABP=21.4039;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=34.9902;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.5455;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.543478;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=840;QR=1838;RO=46;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=102.898;RPR=22;RUN=1;SAF=2;SAP=34.9902;SAR=20;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:846:11:425:-28.9695,0,-66.8187 0/1:36:25,11:25:992:11:415:-26.8365,0,-78.7306 dDocent_Contig_6938 30 . T C 70.5706 . AB=0.0652174;ABP=78.5398;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=8M1X11M;DP=94;DPB=93.8;DPRA=0.958333;EPP=9.52472;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=3106;RO=79;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=174.557;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:48:43,2,3,0:43:1680:2,3,0:78,118,0:0,-6.53401,-144.038,-3.23614,-134.934,-140.442,-12.9443,-144.64,-141.345,-151.052 0|0:46:36,6,1,3:36:1426:6,1,3:238,41,117:-8.75602,0,-115.566,-16.2075,-113.988,-133.279,-9.97977,-107.757,-123.965,-126.446 dDocent_Contig_6939 28 . T C 7294.06 . AB=0.46337;ABP=9.37359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=253;CIGAR=1X;DP=546;DPB=546;DPRA=0;EPP=552.393;EPPR=569.497;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=56.9281;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.89726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9965;QR=11417;RO=292;RPL=0;RPP=552.393;RPPR=637.08;RPR=253;RUN=1;SAF=253;SAP=552.393;SAR=0;SRF=284;SRP=569.497;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:298:129,169:129:5058:169:6648:-508.356,0,-360.859 0/1:248:163,84:163:6359:84:3317:-224.147,0,-465.16 dDocent_Contig_6940 100 . N G 452.888 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=3X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.6154;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=497;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:7:0,7:0:0:7:263:-23.5583,-2.10721,0 1|1:6:0,6:0:0:6:234:-21.4294,-1.80618,0 dDocent_Contig_6941 11 . T G 1795.14 . AB=0.208633;ABP=310.5;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=2X1M4I2X3M3I5M;DP=417;DPB=464.385;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3417;QR=12750;RO=327;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=713.082;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:215:161,53:161:6280:53:2080:-122.579,0,-500.234 0|1:202:166,34:166:6470:34:1337:-60.0321,0,-521.575 dDocent_Contig_6942 133 . A T 79.3856 . AB=0.110526;ABP=253.347;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=680.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=10612;RO=312;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=680.51;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=680.51;SRR=312;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:146:143,3:143:4826:3:106:0,-34.0612,-424.633 0/1:190:169,21:169:5786:21:739:-9.63753,0,-463.697 dDocent_Contig_6944 98 . N G 153.407 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17345,-0.60206,0 1|1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86459,-0.90309,0 dDocent_Contig_6945 93 . T G 105.26 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1M5I2M1X2M1X1M6X;DP=3;DPB=27.7143;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=1209;PRO=36;QA=117;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:117:-10.5249,-0.90309,0 dDocent_Contig_6946 1 . N G 74.0494 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.40278,-0.60206,0 dDocent_Contig_6949 15 . T A 7799.44 . AB=0.461005;ABP=10.6312;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=266;CIGAR=1X;DP=577;DPB=577;DPRA=0;EPP=580.622;EPPR=678.338;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10634;QR=12528;RO=311;RPL=0;RPP=580.622;RPPR=678.338;RPR=266;RUN=1;SAF=266;SAP=580.622;SAR=0;SRF=311;SRP=678.338;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:242:212,30:212:8557:30:1186:-34.1629,0,-696.745 0/1:335:99,236:99:3971:236:9448:-748.878,0,-256.527 dDocent_Contig_6951 107 . N G 78.7899 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_6952 9 . T C 554.781 . AB=0.375;ABP=10.6105;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=1.33333;EPP=48.6112;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=819;QR=2968;RO=77;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=170.214;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1625:0:0:0,-12.6433,-146.514 0/1:56:35,21:35:1343:21:819:-57.177,0,-104.297 dDocent_Contig_6953 209 . N G 112.813 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.2802,-0.90309,0 dDocent_Contig_6954 118 . A G 307.017 . AB=0.380952;ABP=13.3506;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=21.1562;MQMR=58.0192;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.942308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1075;QR=1748;RO=52;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=115.927;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:18,13:18:587:13:436:-11.8039,0,-41.9782 0/1:53:34,19:34:1161:19:639:-21.9947,0,-88.8403 dDocent_Contig_6955 98 . N G 129.668 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:40:-3.79992,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86421,-0.90309,0 dDocent_Contig_6956 16 . C T 234.126 . AB=0.180556;ABP=66.8275;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983051;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=527;QR=2347;RO=59;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=131.127;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:42,9:42:1657:9:363:-17.6813,0,-134.007 0/1:21:17,4:17:690:4:164:-8.82827,0,-56.1072 dDocent_Contig_6957 8 . T G 17004.5 . AB=0.533333;ABP=13.8677;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=600;CIGAR=1X;DP=1125;DPB=1125;DPRA=0;EPP=1305.89;EPPR=1138.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.985;PAIREDR=0.994264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22698;QR=19904;RO=523;RPL=0;RPP=1305.89;RPPR=1138.69;RPR=600;RUN=1;SAF=600;SAP=1305.89;SAR=0;SRF=523;SRP=1138.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:658:291,365:291:11072:365:13828:-1046.07,0,-798.209 0/1:467:232,235:232:8832:235:8870:-657.477,0,-654.051 dDocent_Contig_6958 9 . T G 220.571 . AB=0.157895;ABP=80.269;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.473684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=460;QR=2218;RO=57;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=126.784;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:17,8,2:17:653:8,2:311,79:-20.4343,0,-51.1836,-19.05,-47.0901,-72.0463 0|0:49:40,4,5:40:1565:4,5:149,203:-4.71949,-4.58017,-132.037,0,-116.497,-127.185 dDocent_Contig_6959 38 . T C 47918.2 . AB=0.873563;ABP=2112.08;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1520;CIGAR=1X;DP=1740;DPB=1740;DPRA=0;EPP=3303.65;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59140;QR=8753;RO=217;RPL=0;RPP=3303.65;RPPR=474.22;RPR=1520;RUN=1;SAF=1520;SAP=3303.65;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:896:138,757:138:5577:757:29381:-2372.54,0,-232.21 0/1:844:79,763:79:3176:763:29759:-2422.38,0,-32.2889 dDocent_Contig_6960 11 . G A 1071.34 . AB=0.047619;ABP=264.311;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X1M1X1M1X2M1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=17.1429;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.860215;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=3594;RO=93;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=204.957;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:83:55,1,27:55:2136:1,27:40,998:-65.3139,-81.1011,-256.319,0,-174.996,-167.642 0|0:64:38,6,19:38:1458:6,19:235,689:-44.9166,-48.5023,-166.375,0,-111.944,-114.093 dDocent_Contig_6961 132 . T C 103.549 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.980392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=1716;RO=51;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=113.755;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:37,0,2:37:1271:0,2:0,70:0,-11.1381,-114.343,-5.09277,-108.647,-108.045 0|1:24:14,4,6:14:445:4,6:143,201:-12.0539,-4.83635,-39.4432,0,-24.3643,-33.991 dDocent_Contig_6963 18 . G T 167.336 . AB=0.183333;ABP=55.2704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.181818;PAIREDR=0.938776;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=413;QR=1951;RO=49;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=109.412;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:630:6:217:-13.2542,0,-50.4074 0/1:38:33,5:33:1321:5:196:-6.57624,0,-107.714 dDocent_Contig_6965 189 . A G 44.5211 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=1177;RO=30;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:619:3:99:-3.51789,0,-50.3183 0/1:17:14,3:14:558:3:98:-4.02682,0,-45.4449 dDocent_Contig_6966 30 . C A 65.5385 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.741935;EPP=11.6962;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.66;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=2011;RO=50;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=111.584;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:764:4:161:-7.95179,0,-62.1564 0/0:31:31,0:31:1247:0:0:0,-9.33193,-112.502 dDocent_Contig_6968 29 . G A 181.634 . AB=0.175439;ABP=55.1637;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.657407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=476;QR=4201;RO=108;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=237.529;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:47,10:47:1846:10:404:-19.5613,0,-149.196 0/0:63:61,2:61:2355:2:72:0,-12.1306,-205.278 dDocent_Contig_6969 28 . T C 1327.15 . 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G A 315.237 . AB=0.245614;ABP=35.049;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=1.72727;EPP=33.4109;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.723684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=2997;RO=76;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1308:0:0:0,-9.93399,-117.982 0/1:57:43,14:43:1689:14:556:-33.2227,0,-135.075 dDocent_Contig_6973 22 . C G 110.652 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=1768;RO=44;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:30,3:30:1208:3:122:-1.4385,0,-99.0603 0/1:19:14,5:14:560:5:200:-12.6589,0,-45.0235 dDocent_Contig_6974 34 . C A 245.662 . AB=0.111969;ABP=341.735;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=2X;DP=511;DPB=511;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=991.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=58.0462;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1923;QR=17908;RO=455;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=991.03;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=455;SRP=991.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:259:229,29:229:8989:29:1150:-25.9642,0,-716.246 0|0:252:226,20:226:8919:20:773:0,-4.38993,-701.186 dDocent_Contig_6975 22 . C T 881.299 . AB=0.0173913;ABP=235.66;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X2M2X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=4880;RO=125;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=274.444;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:115:77,2,35:77:2995:2,35:78,1370:-89.5272,-106.295,-351.805,0,-239.765,-235.641 0|0:52:48,4,0:48:1885:4,0:160,0:0,-0.869547,-155.091,-14.4494,-156.295,-169.476 dDocent_Contig_6977 98 . N T 218.426 . 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AB=0.227468;ABP=153.327;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.731844;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2139;QR=7217;RO=179;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=391.704;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:63,19:63:2552:19:764:-44.2809,0,-205.01 0/1:150:116,34:116:4665:34:1375:-78.8494,0,-374.596 dDocent_Contig_6983 32 . G C 26318.2 . 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AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.446154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=2550;RO=65;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1191:2:78:0,-2.53069,-100.055 0/1:42:34,8:34:1359:8:276:-12.5164,0,-109.928 dDocent_Contig_6985 45 . A T 101.628 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.727273;EPP=16.0391;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.784314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1735;RO=51;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=113.755;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:596:6:205:-11.5607,0,-46.7268 0/0:33:33,0:33:1139:0:0:0,-9.93399,-102.818 dDocent_Contig_6986 7 . C T 314.636 . 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AB=0.101351;ABP=207.305;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X1M1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0.936709;EPP=35.5824;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=11544;RO=290;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=632.737;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:158:157,0:157:6272:0:0:0,-47.2617,-564.151 0|1:148:133,15:133:5272:15:599:-9.69647,0,-429.809 dDocent_Contig_6988 39 . C A 5871.86 . 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AB=0.286517;ABP=73.4734;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=57.119;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.509804;PAIREDR=0.547619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1941;QR=4845;RO=126;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=276.616;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:61,27:61:2342:27:1024:-65.9749,0,-183.129 0/1:90:65,24:65:2503:24:917:-55.7537,0,-196.726 dDocent_Contig_6990 20 . C T 147.829 . AB=0.212121;ABP=26.7649;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0.434211;EPP=18.2106;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=4122;RO=102;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=224.5;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:1032:7:286:-16.1808,0,-83.2299 0/0:76:76,0:76:3090:0:0:0,-22.8783,-278.156 dDocent_Contig_6991 9 . T C 124.921 . AB=0.15;ABP=66.8516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.663934;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=4670;RO=122;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=267.93;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:51,9:51:1956:9:351:-13.89,0,-158.219 0/0:72:71,1:71:2714:1:39:0,-17.7776,-240.546 dDocent_Contig_6999 98 . N T 1474.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.283;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1629;QR=0;RO=0;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:27:0,27:0:0:27:819:-73.937,-8.12781,0 1/1:26:0,26:0:0:26:810:-73.1916,-7.82678,0 dDocent_Contig_7008 87 . G A 4171.68 . AB=0.848101;ABP=86.1585;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5122;QR=624;RO=18;RPL=150;RPP=328.731;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:12,67:12:415:67:2292:-182.767,0,-13.9007 1/1:89:6,83:6:209:83:2830:-235.799,-7.64062,0 dDocent_Contig_7009 54 . T A 213.464 . AB=0.137931;ABP=135.096;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.900452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=8772;RO=221;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=482.906;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:99,16:99:3946:16:638:-22.7443,0,-320.129 0/0:126:122,4:122:4826:4:162:0,-22.963,-419.292 dDocent_Contig_7010 9 . T C 2961.38 . AB=0.702128;ABP=53.0466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3791;QR=1597;RO=42;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=94.2121;RPR=99;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:20,35:20:761:35:1355:-105.677,0,-52.2584 0/1:86:22,64:22:836:64:2436:-193.558,0,-49.6733 dDocent_Contig_7012 10 . A C 732.254 . AB=0.298969;ABP=37.0599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.517241;PAIREDR=0.661765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1165;QR=2666;RO=68;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=150.67;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:33,24:33:1279:24:968:-70.2595,0,-98.2111 0/1:40:35,5:35:1387:5:197:-6.06283,0,-113.047 dDocent_Contig_7013 21 . T C 13147.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=391;CIGAR=1X;DP=426;DPB=426;DPRA=0;EPP=852.056;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97954;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15753;QR=1130;RO=28;RPL=0;RPP=852.056;RPPR=63.8115;RPR=391;RUN=1;SAF=391;SAP=852.056;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:233:15,213:15:607:213:8609:-719.305,-14.0691,0 1/1:193:13,178:13:523:178:7144:-595.184,-10.4895,0 dDocent_Contig_7016 107 . N A 882.298 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.965517;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=970;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:284:-25.8685,-2.70927,0 1/1:20:0,20:0:0:20:686:-62.0603,-6.0206,0 dDocent_Contig_7017 127 . C T 256.837 . AB=0.366667;ABP=7.64277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.75;EPP=26.8965;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.3636;MQMR=44.3729;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.932203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=2387;RO=59;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:19,11:19:759:11:429:-27.0816,0,-50.2213 0/0:40:40,0:40:1628:0:0:0,-12.0412,-140.697 dDocent_Contig_7019 22 . A T 135.811 . AB=0.115108;ABP=181.868;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=245;DPB=245;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=487.249;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982063;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=874;QR=8740;RO=223;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=487.249;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=223;SRP=487.249;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:100,6:100:3870:6:243:0,-9.661,-326.086 0/1:139:123,16:123:4870:16:631:-15.28,0,-396.371 dDocent_Contig_7020 96 . C T 477.405 . AB=0.252427;ABP=57.8452;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=902;QR=2614;RO=77;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:52,12:52:1761:12:417:-18.5974,0,-139.509 0/1:39:25,14:25:853:14:485:-32.24,0,-65.3434 dDocent_Contig_7021 1 . N G 97.0418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7022 209 . N G 76.879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_7023 113 . A T 6094.37 . AB=0.784512;ABP=211.83;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=233;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=508.963;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7792;QR=2155;RO=63;RPL=0;RPP=508.963;RPPR=139.813;RPR=233;RUN=1;SAF=0;SAP=508.963;SAR=233;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:23,119:23:794:119:4004:-317.754,0,-28.9512 0/1:154:40,114:40:1361:114:3788:-294.78,0,-76.4281 dDocent_Contig_7024 36 . T G 5262.18 . AB=0.39876;ABP=46.0988;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=193;CIGAR=1X;DP=484;DPB=484;DPRA=0;EPP=422.104;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7501;QR=11658;RO=290;RPL=0;RPP=422.104;RPPR=632.737;RPR=193;RUN=1;SAF=193;SAP=422.104;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:232:140,91:140:5620:91:3596:-253.734,0,-435.662 0/1:252:150,102:150:6038:102:3905:-275.581,0,-467.307 dDocent_Contig_7025 154 . A C 37.7762 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.835616;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=2701;RO=73;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:26,1:26:974:1:39:0,-4.23125,-84.0736 0/1:53:47,6:47:1727:6:234:-5.47651,0,-139.74 dDocent_Contig_7026 48 . A C 119.22 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.81818;EPP=18.2106;EPPR=113.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=2216;RO=55;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=113.913;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:875:0:0:0,-6.62266,-79.0588 0/1:40:33,7:33:1341:7:281:-13.621,0,-108.903 dDocent_Contig_7027 9 . G A 1318.97 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1814;QR=1850;RO=48;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=107.241;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:18,27:18:683:27:1022:-78.7431,0,-48.2535 0/1:51:30,21:30:1167:21:792:-56.2511,0,-89.9751 dDocent_Contig_7028 7 . C T 67.1046 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.842105;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=47.3281;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.484375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=2474;RO=64;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:1042:5:193:-8.1084,0,-61.4972 0/0:38:37,0:37:1432:0:0:0,-11.1381,-115.039 dDocent_Contig_7029 131 . C T 100.445 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=1.2;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=207;QR=1361;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:725:0:0:0,-6.0206,-65.5764 0/1:24:18,6:18:636:6:207:-11.7435,0,-50.3403 dDocent_Contig_7030 56 . A G 44.6822 . AB=0.115385;ABP=69.8248;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2973;RO=75;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:46,6:46:1816:6:235:-5.86604,0,-148.002 0/0:31:29,2:29:1157:2:81:0,-1.6462,-96.7211 dDocent_Contig_7031 13 . G A 43267.9 . AB=0.814994;ABP=1428.47;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1348;CIGAR=1X;DP=1654;DPB=1654;DPRA=0;EPP=2930.16;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993464;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53695;QR=12231;RO=306;RPL=0;RPP=2930.16;RPPR=667.481;RPR=1348;RUN=1;SAF=1348;SAP=2930.16;SAR=0;SRF=306;SRP=667.481;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:838:148,690:148:5903:690:27426:-2213.66,0,-278.781 0/1:816:158,658:158:6328:658:26269:-2116.22,0,-323.608 dDocent_Contig_7032 107 . N A 98.9025 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:106:-9.88916,-0.90309,0 dDocent_Contig_7034 98 . N G 82.1229 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=88;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:88:-8.21121,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7035 110 . G A 30.3789 . AB=0.109091;ABP=76.0113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.387755;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1926;RO=49;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:991:3:120:-2.45782,0,-80.7384 0/1:26:23,3:23:935:3:123:-3.63801,0,-76.624 dDocent_Contig_7036 13 . A C 1237.72 . AB=0.114458;ABP=217.332;AC=0;AF=0;AN=4;AO=19;CIGAR=1X2M1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=738;QR=3683;RO=93;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=204.957;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:97:61,6,10,20:61:2417:6,10,20:240,391,781:-45.8298,-44.4216,-241.547,-32.0478,-211.209,-227.968,0,-179.16,-166.785,-192.909 0|0:69:32,0,9,27:32:1266:0,9,27:0,347,1099:-81.0391,-90.672,-194.858,-62.1917,-166.375,-163.665,0,-104.195,-75.7116,-96.0671 dDocent_Contig_7037 98 . N T 63.0186 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=16.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=20;PQA=656;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.29969,-0.60206,0 dDocent_Contig_7039 9 . G C 687.84 . AB=0.40625;ABP=7.89611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1005;QR=1460;RO=38;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=85.5263;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:22,13:22:842:13:501:-34.9018,0,-65.5657 0/1:29:16,13:16:618:13:504:-36.9791,0,-47.2297 dDocent_Contig_7041 150 . C A 1350.68 . AB=0.237548;ABP=159.165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2402;QR=7490;RO=199;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=435.133;RPR=62;RUN=1;SAF=0;SAP=137.642;SAR=62;SRF=0;SRP=435.133;SRR=199;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:164,33:164:6180:33:1301:-58.0588,0,-496.849 0/1:64:35,29:35:1310:29:1101:-80.1062,0,-98.9043 dDocent_Contig_7044 85 . T C 34.1779 . AB=0.117647;ABP=89.3583;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=150;DPB=150;DPRA=0.829268;EPP=20.3821;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.787234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=4838;RO=141;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=309.188;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:68:59,8:59:2020:8:275:-4.81556,0,-161.833 0|0:82:82,0:82:2818:0:0:0,-24.6845,-253.873 dDocent_Contig_7045 7 . C T 566.767 . AB=0.245283;ABP=62.7463;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=51.9408;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.0667;MQMR=59.918;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.795082;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1144;QR=4680;RO=122;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=267.93;RPR=30;RUN=1;SAF=28;SAP=51.9408;SAR=2;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:78,26:78:3002:26:994:-58.0746,0,-238.646 0/0:50:44,4:44:1678:4:150:0,-3.01906,-139.469 dDocent_Contig_7047 169 . A T 947.216 . AB=0.0555556;ABP=64.7766;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=794;RO=24;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:9,0,14:9:308:0,14:0,554:-43.2776,-45.9869,-70.9662,0,-25.3422,-21.1278 0|0:36:15,2,18:15:486:2,18:72,716:-54.5409,-53.1843,-91.7631,0,-33.3714,-33.8325 dDocent_Contig_7048 165 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_7049 162 . G A 209.407 . AB=0.139344;ABP=140.845;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=2.54167;EPP=39.9253;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96732;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=656;QR=6087;RO=153;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=335.246;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=335.246;SRR=153;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:48,0:48:1934:0:0:0,-14.4494,-174.25 0/1:122:105,17:105:4153:17:656:-22.6397,0,-337.025 dDocent_Contig_7050 22 . G A 7716.72 . AB=0.310484;ABP=312.48;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=308;CIGAR=1X;DP=992;DPB=992;DPRA=0;EPP=671.824;EPPR=1483.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11925;QR=26969;RO=682;RPL=0;RPP=671.824;RPPR=1483.95;RPR=308;RUN=1;SAF=308;SAP=671.824;SAR=0;SRF=682;SRP=1483.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:550:364,185:364:14303:185:7182:-480.783,0,-1120.88 0/1:442:318,123:318:12666:123:4743:-293.985,0,-1006.16 dDocent_Contig_7051 63 . T C 1320.94 . AB=0.68254;ABP=21.2438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976744;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1706;QR=790;RO=20;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:11,12:11:444:12:471:-35.8129,0,-33.3921 0/1:40:9,31:9:346:31:1235:-99.3777,0,-19.4498 dDocent_Contig_7053 8 . T C 1667.65 . AB=0.545455;ABP=4.98437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=2X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=55.95;MQMR=59.0408;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.85;PAIREDR=0.959184;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2310;QR=1875;RO=49;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=109.412;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:18,33:18:689:33:1273:-97.0708,0,-46.9856 0|1:59:31,27:31:1186:27:1037:-72.7911,0,-87.4487 dDocent_Contig_7054 31 . A G 1642.72 . AB=0.548077;ABP=5.09825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=2X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.421053;PAIREDR=0.382979;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2201;QR=1838;RO=47;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=105.07;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:23,32:23:909:32:1214:-92.9846,0,-65.5599 0|1:49:24,25:24:929:25:987:-74.3844,0,-69.1599 dDocent_Contig_7055 98 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7056 36 . A G 2661.19 . AB=0.379447;ABP=34.9473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3833;QR=6266;RO=157;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=343.931;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:40,25:40:1606:25:1003:-70.9988,0,-125.203 0/1:188:117,71:117:4660:71:2830:-198.217,0,-362.728 dDocent_Contig_7057 8 . T C 330.942 . AB=0.188119;ABP=88.3427;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.736842;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=732;QR=3151;RO=82;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=181.071;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:30,11:30:1153:11:426:-26.3525,0,-91.7279 0/1:60:52,8:52:1998:8:306:-9.83866,0,-161.993 dDocent_Contig_7058 70 . G A 2186.83 . AB=0.573643;ABP=9.08706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X2M1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2766;QR=1124;RO=33;RPL=74;RPP=163.699;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:24,25,12:24:828:25,12:943,432:-70.069,0,-59.7304,-42.052,-32.0039,-105.69 1|0:68:9,49,10:9:296:49,10:1823,357:-151.711,-5.20819,-14.3667,-125.32,0,-146.225 dDocent_Contig_7060 9 . G C 295.074 . AB=0.136905;ABP=195.392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.2935;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0.464164;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=925;QR=11144;RO=293;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=639.252;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:158:155,1:155:5862:1:39:0,-43.4521,-519.952 0/1:168:138,23:138:5282:23:886:-31.2064,0,-426.304 dDocent_Contig_7061 22 . G A 1962.61 . AB=0.615385;ABP=15.0369;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984375;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2557;QR=1576;RO=40;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=89.8692;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:13,27:13:524:27:1069:-84.4575,0,-35.4661 0/1:64:27,37:27:1052:37:1488:-114.9,0,-75.6994 dDocent_Contig_7063 24 . G A 2617.18 . AB=0.615942;ABP=19.1233;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.741176;PAIREDR=0.924528;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=2086;RO=53;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=118.098;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:25,33:25:979:33:1326:-102.144,0,-70.9511 0/1:80:28,52:28:1107:52:2073:-162.671,0,-75.8295 dDocent_Contig_7064 45 . C A 97.0644 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0.588235;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=918;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:678:0:0:0,-5.11751,-61.3494 0/1:10:6,4:6:240:4:156:-11.4054,0,-18.9635 dDocent_Contig_7065 38 . A G 191.064 . AB=0.146067;ABP=99.8482;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=1.45902;EPP=31.2394;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.671533;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=5401;RO=137;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=300.502;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:61,0:61:2430:0:0:0,-18.3628,-218.847 0/1:89:76,13:76:2971:13:525:-20.8054,0,-240.705 dDocent_Contig_7066 98 . N A 77.7598 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:49:-4.57231,-0.90309,0 dDocent_Contig_7067 12 . T A 2394.4 . AB=0.396396;ABP=23.7078;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=222;DPB=222;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3432;QR=5310;RO=134;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=293.988;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:19,22:19:739:22:856:-65.015,0,-54.4868 0/1:181:115,66:115:4571:66:2576:-177.522,0,-356.856 dDocent_Contig_7068 13 . T C 1987.86 . AB=0.567568;ABP=7.41193;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=63;CIGAR=1X2M;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.634921;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2454;QR=1064;RO=28;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=63.8115;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:15,4,24:15:563:4,24:158,937:-72.5069,-64.0198,-108.927,0,-33.0956,-38.8769 1|1:68:13,16,39:13:501:16,39:607,1517:-129.376,-83.5248,-119.846,-8.62341,0,-38.0243 dDocent_Contig_7069 16 . C A 2061.72 . AB=0.302013;ABP=104.472;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=446.032;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.8222;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3543;QR=8294;RO=208;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=454.677;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=207;SRP=446.032;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:137,58:137:5492:58:2287:-132.133,0,-435.41 0/1:103:71,32:71:2802:32:1256:-77.136,0,-221.297 dDocent_Contig_7070 209 . N G 76.879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7071 209 . N G 150.59 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-15.0584,-1.20412,0 dDocent_Contig_7072 11 . T C 24515.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=732;CIGAR=1X;DP=779;DPB=779;DPRA=0;EPP=1592.53;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28916;QR=1650;RO=47;RPL=0;RPP=1592.53;RPPR=105.07;RPR=732;RUN=1;SAF=732;SAP=1592.53;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:350:28,322:28:956:322:12691:-1054.99,-19.025,0 1/1:429:19,410:19:694:410:16225:-1396.22,-66.3616,0 dDocent_Contig_7073 23 . C A 46348.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1333;CIGAR=1X;DP=1378;DPB=1378;DPRA=0;EPP=2897.58;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53194;QR=1640;RO=42;RPL=0;RPP=2897.58;RPPR=94.2121;RPR=1333;RUN=1;SAF=1333;SAP=2897.58;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:625:9,613:9:349:613:24459:-2167.4,-155.8,0 1/1:753:33,720:33:1291:720:28735:-2467.11,-110.211,0 dDocent_Contig_7074 107 . N T 159.046 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=166;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14405,-0.90309,0 dDocent_Contig_7075 8 . T A 692.363 . 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AB=0.258065;ABP=18.771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=56.375;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=763;RO=22;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=50.7827;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:10,6:10:348:6:208:-13.4048,0,-26.4989 0/1:14:12,2:12:415:2:62:-1.67407,0,-33.4676 dDocent_Contig_7077 47 . T A 116.775 . AB=0.142857;ABP=80.5629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.766667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=2409;RO=60;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=133.299;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1129:4:159:-5.05899,0,-92.2589 0/1:38:32,6:32:1280:6:231:-9.71535,0,-104.025 dDocent_Contig_7079 67 . G C 181.216 . AB=0.411765;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=2.83333;EPP=18.2106;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=555;RO=16;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:219:0:0:0,-1.80618,-20.0642 0/1:17:10,7:10:336:7:273:-19.8205,0,-25.4431 dDocent_Contig_7080 98 . N C 364.515 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=395;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:341:-31.0207,-3.0103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.12867,-0.60206,0 dDocent_Contig_7081 98 . N T 129.811 . 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AB=0.6;ABP=12.5648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897059;PAIREDR=0.643678;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2576;QR=3280;RO=87;RPL=68;RPP=150.67;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:43,2:43:1645:2:77:0,-6.23752,-141.002 0/1:110:44,66:44:1635:66:2499:-191.977,0,-114.297 dDocent_Contig_7084 15 . G A 590.89 . 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AB=0.315789;ABP=8.61041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.542857;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1875;RO=48;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:13,6:13:521:6:243:-16.5284,0,-41.5181 0/0:35:35,0:35:1354:0:0:0,-10.536,-122.126 dDocent_Contig_7088 9 . G C 383.237 . 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AB=0.309859;ABP=25.3061;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.227273;PAIREDR=0.326531;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=897;QR=1962;RO=49;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=109.412;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:20,14:20:806:14:571:-41.4969,0,-62.6224 0/1:37:29,8:29:1156:8:326:-18.5718,0,-93.1844 dDocent_Contig_7090 32 . C T 407.923 . AB=0.240506;ABP=49.2159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=744;QR=2354;RO=60;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=133.299;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:34,13:34:1354:13:510:-32.094,0,-107.963 0/1:32:26,6:26:1000:6:234:-11.7952,0,-80.6519 dDocent_Contig_7091 30 . A G 188.898 . AB=0.258065;ABP=18.771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.508197;EPP=20.3821;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.488095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=3343;RO=84;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=185.414;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:926:8:325:-20.2877,0,-74.3132 0/0:61:61,0:61:2417:0:0:0,-18.3628,-217.687 dDocent_Contig_7092 9 . G A 195.113 . AB=0.173333;ABP=72.5264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=494;QR=2355;RO=62;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=137.642;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:1068:6:228:-10.6491,0,-86.1894 0/1:41:34,7:34:1287:7:266:-11.9591,0,-103.777 dDocent_Contig_7093 17 . A G 32.6696 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.761905;EPP=11.6962;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=2800;RO=70;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=155.013;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1677:0:0:0,-12.6433,-151.155 0/1:32:28,4:28:1123:4:158:-4.9657,0,-91.7211 dDocent_Contig_7094 107 . N G 54.1655 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41438,-0.60206,0 dDocent_Contig_7096 9 . G C 19110.5 . AB=0.528389;ABP=9.05167;AC=4;AF=1;AN=4;AO=456;CIGAR=1X5M;DP=863;DPB=863;DPRA=0;EPP=993.202;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.982456;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17470;QR=2972;RO=76;RPL=0;RPP=993.202;RPPR=168.042;RPR=456;RUN=1;SAF=456;SAP=993.202;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:439:54,36,128,207:54:2112:36,128,207:1400,5008,7913:-871.126,-772.334,-935.142,-475.621,-534.219,-610.735,-238.114,-296.712,0,-349.446 1|1:424:22,46,105,249:22:860:46,105,249:1794,4088,9557:-1043.02,-902.183,-959.038,-713.761,-637.001,-752.855,-265.18,-188.421,0,-260.926 dDocent_Contig_7097 83 . T C 1468.14 . AB=0.293173;ABP=95.529;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X3M1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2477;QR=5831;RO=170;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=372.161;RPR=0;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:145:108,36:108:3715:36:1224:-66.9309,0,-291.044 0|1:104:62,37:62:2116:37:1253:-82.9802,0,-160.624 dDocent_Contig_7098 9 . G A 316.068 . AB=0.166667;ABP=118.822;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=171.169;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.6;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=779;QR=3796;RO=100;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=220.158;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=94;SRP=171.169;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:55,13:55:2078:13:506:-25.4193,0,-161.559 0/1:52:45,7:45:1718:7:273:-9.28445,0,-138.027 dDocent_Contig_7100 43 . A T 515.229 . AB=0.271605;ABP=39.7109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.813559;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=870;QR=2349;RO=59;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=131.127;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:20,10:20:807:10:392:-26.6038,0,-63.9151 0/1:51:39,12:39:1542:12:478:-28.016,0,-123.669 dDocent_Contig_7101 107 . N A 62.7048 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7102 108 . T A 1495.7 . AB=0.779221;ABP=55.1538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2008;QR=1737;RO=59;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=131.127;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:17,60:17:531:60:1932:-150.967,0,-24.9119 0/0:45:42,3:42:1206:3:76:0,-6.45511,-101.713 dDocent_Contig_7103 67 . T A 9824.04 . AB=0.822335;ABP=358.581;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=324;CIGAR=1X;DP=394;DPB=394;DPRA=0;EPP=706.567;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978395;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12269;QR=2670;RO=70;RPL=324;RPP=706.567;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=324;SAP=706.567;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:29,156:29:1098:156:5920:-477.073,0,-43.4287 0/1:209:41,168:41:1572:168:6349:-508.427,0,-78.8333 dDocent_Contig_7104 126 . G A 386.466 . AB=0.186722;ABP=208.453;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=241;DPB=241;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=55.8622;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.602041;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1264;QR=6321;RO=196;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=428.619;RPR=45;RUN=1;SAF=0;SAP=100.727;SAR=45;SRF=0;SRP=428.619;SRR=196;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:108,29:108:3461:29:833:-34.0004,0,-266.244 0/1:104:88,16:88:2860:16:431:-7.74308,0,-222.612 dDocent_Contig_7105 29 . T G 15874.6 . AB=0.406205;ABP=108.92;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=563;CIGAR=1X;DP=1386;DPB=1386;DPRA=0;EPP=1225.55;EPPR=1785.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22321;QR=30005;RO=821;RPL=0;RPP=1225.55;RPPR=1785.79;RPR=563;RUN=1;SAF=563;SAP=1225.55;SAR=0;SRF=821;SRP=1785.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:696:389,305:389:14319:305:12152:-883.678,0,-1078.99 0/1:690:432,258:432:15686:258:10169:-706.882,0,-1203.4 dDocent_Contig_7106 98 . N A 169.165 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=9X1I3X;DP=5;DPB=5.41667;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=184;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:184:-16.9163,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7107 185 . C T 124.773 . AB=0.156863;ABP=55.1682;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=1.15909;EPP=20.3821;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.91954;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=3444;RO=87;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=191.928;SRR=87;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1731:0:0:0,-13.2453,-156.02 0/1:51:43,8:43:1713:8:324:-14.1763,0,-139.04 dDocent_Contig_7108 66 . C T 21057.9 . AB=0.726434;ABP=437.67;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=709;CIGAR=1X;DP=976;DPB=976;DPRA=0;EPP=1542.58;EPPR=580.622;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980254;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26710;QR=9985;RO=266;RPL=709;RPP=1542.58;RPPR=580.622;RPR=0;RUN=1;SAF=709;SAP=1542.58;SAR=0;SRF=266;SRP=580.622;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:354:101,253:101:3782:253:9435:-742.316,0,-233.925 0/1:622:165,456:165:6203:456:17275:-1366.57,0,-370.891 dDocent_Contig_7109 111 . G A 433.598 . AB=0.344262;ABP=15.8611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=713;QR=1383;RO=40;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=89.8692;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:27,13:27:932:13:454:-29.1521,0,-72.1531 0/1:21:13,8:13:451:8:259:-17.3046,0,-34.6001 dDocent_Contig_7110 7 . C T 653.323 . AB=0.0652174;ABP=78.5398;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X8M;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.580645;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=1217;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:20,28,3,2,0,3:20:785:28,3,2,0,3:1092,102,78,0,118:-34.4564,0,-56.1545,-33.0061,-57.1273,-96.7257,-34.1929,-58.3076,-91.3494,-98.2131,-40.477,-64.5833,-97.6288,-98.8151,-105.094,-30.7564,-54.8754,-87.916,-89.1023,-95.3818,-94.4787 0|1:46:11,18,2,6,3,0:11:432:18,2,6,3,0:684,68,218,113,0:-33.9728,0,-30.1294,-32.3076,-30.576,-67.2583,-19.5319,-17.8086,-50.1144,-53.2839,-28.018,-26.2872,-58.5973,-45.8261,-62.6698,-37.2841,-35.5479,-67.8604,-55.0901,-63.5729,-72.8359 dDocent_Contig_7111 46 . A T 65.752 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.10526;EPP=16.0391;EPPR=33.9218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=1321;RO=34;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=33.9218;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:569:6:156:-7.97314,0,-45.2104 0/0:19:19,0:19:752:0:0:0,-5.71957,-68.003 dDocent_Contig_7112 66 . T G 15694 . AB=0.836149;ABP=584.041;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=495;CIGAR=1X;DP=592;DPB=592;DPRA=0;EPP=1077.89;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19465;QR=3849;RO=97;RPL=495;RPP=1077.89;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=495;SAP=1077.89;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:326:41,285:41:1648:285:11194:-908.597,0,-50.4096 0/1:266:56,210:56:2201:210:8271:-663.896,0,-118.191 dDocent_Contig_7113 100 . N A 146.384 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=8X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21481,-0.60206,0 1|1:2:0,2:0:0:2:75:-7.12034,-0.60206,0 dDocent_Contig_7115 150 . G A 70.2252 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=1.46154;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=903;RO=27;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:418:0:0:0,-3.91339,-37.9295 0/1:19:14,5:14:485:5:157:-8.72149,0,-38.2606 dDocent_Contig_7117 67 . G A 711.075 . AB=0.156352;ABP=317.916;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=704;DPB=704;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=1373.21;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2780;QR=24047;RO=631;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=1373.21;RPR=0;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=631;SRP=1373.21;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:397:372,25:372:14151:25:947:0,-33.9674,-1187.4 0/1:307:259,48:259:9896:48:1833:-72.8065,0,-797.873 dDocent_Contig_7120 147 . G A 89.9985 . AB=0.148936;ABP=53.3238;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=491.592;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=8506;RO=225;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=491.592;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=491.592;SRR=225;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:189:185,3:185:6958:3:89:0,-48.4193,-617.85 0/1:47:40,7:40:1548:7:272:-10.6988,0,-125.441 dDocent_Contig_7121 14 . A T 135.047 . AB=0.128713;ABP=123.946;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.579545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=3514;RO=88;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=194.1;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:50,5:50:1996:5:202:-2.00485,0,-163.276 0/1:46:38,8:38:1518:8:311:-14.5008,0,-123.019 dDocent_Contig_7123 14 . G A 260.654 . AB=0.0540541;ABP=66.922;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2X1M1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=51;MQMR=59.5;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=1408;RO=36;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=81.1833;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:25,0,2,2,3,5:25:989:0,2,2,3,5:0,74,81,118,198:-8.77339,-16.2991,-97.6918,-10.2496,-91.6392,-91.0372,-9.67638,-91.0705,-85.0181,-90.4685,-6.5925,-87.9857,-81.9333,-81.3644,-87.0826,0,-81.3953,-75.3429,-74.7739,-71.6892,-79.8901 0|0:26:11,2,1,0,4,7:11:419:2,1,0,4,7:66,41,0,164,287:-20.3889,-18.3742,-52.0551,-20.3152,-49.2724,-54.3025,-23.7002,-52.6571,-54.6035,-57.9884,-10.1591,-39.1178,-41.0632,-44.4484,-43.2443,0,-28.9623,-30.9068,-34.2924,-20.7487,-32.1852 dDocent_Contig_7124 98 . N A 691.706 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=759;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:247:-22.5009,-2.70927,0 1/1:17:0,17:0:0:17:512:-46.3687,-5.11751,0 dDocent_Contig_7125 17 . A G 44.2005 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.857143;EPP=11.6962;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.2295;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.803279;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=2430;RO=61;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=135.47;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1388:0:0:0,-10.536,-119.138 0/1:30:26,4:26:1042:4:164:-6.119,0,-85.0381 dDocent_Contig_7128 52 . A T 94.0205 . AB=0.140351;ABP=67.0497;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=2486;RO=62;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:527:1:41:0,-0.119853,-43.6822 0/1:57:49,8:49:1959:8:310:-11.0977,0,-159.349 dDocent_Contig_7129 98 . N T 50.3631 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03414,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7130 22 . T C 1688.52 . AB=0.394737;ABP=17.6392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.383333;PAIREDR=0.380435;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2413;QR=3658;RO=92;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=202.786;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:43,21:43:1708:21:833:-56.0115,0,-134.676 0/1:88:49,39:49:1950:39:1580:-115.938,0,-149.207 dDocent_Contig_7131 71 . G A 180.847 . AB=0.211538;ABP=40.5935;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=3343;RO=92;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:51,1:51:1828:1:37:0,-11.9557,-161.095 0/1:52:41,11:41:1515:11:390:-19.7836,0,-120.984 dDocent_Contig_7132 30 . T A 73.6656 . AB=0.0888158;ABP=895.885;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=1049;DPB=1049;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=2094.14;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3295;QR=38214;RO=963;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=2094.14;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=963;SRP=2094.14;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:608:554,54:554:22035:54:2129:-8.7645,0,-1798.25 0/0:441:409,29:409:16179:29:1166:0,-26.9558,-1349.65 dDocent_Contig_7133 58 . A C 329.796 . AB=0.297872;ABP=19.6891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=550;QR=1237;RO=33;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:12,9:12:462:9:360:-26.4414,0,-35.6043 0/1:26:21,5:21:775:5:190:-9.63502,0,-62.2332 dDocent_Contig_7134 107 . N A 37.066 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:39:-3.70435,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7135 98 . N C 301.918 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 1/1:5:0,5:0:0:5:151:-13.8885,-1.50515,0 dDocent_Contig_7137 14 . C A 26361.4 . AB=0.0565302;ABP=2631.95;AC=0;AF=0;AN=4;AO=87;CIGAR=1X1M1X3M;DP=1539;DPB=1539;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.988506;PAIREDR=0.995122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3382;QR=8070;RO=205;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=448.162;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=205;SRP=448.162;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:769:115,35,61,328,174:115:4523:35,61,328,174:1376,2419,13112,6885:-1239.83,-1161.27,-1522.78,-1075.34,-1334.2,-1429.01,-194.469,-453.334,-367.397,-467.774,-707.941,-966.806,-880.869,0,-1027.6 0|0:770:90,52,26,322,202:90:3547:52,26,322,202:2006,1010,12776,8093:-1399.4,-1261.78,-1537.93,-1343.51,-1470.6,-1627.48,-374.916,-502.009,-583.732,-569.788,-759.779,-886.872,-968.595,0,-990.774 dDocent_Contig_7140 9 . G A 43617.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1326;CIGAR=1X;DP=1346;DPB=1346;DPRA=0;EPP=2882.38;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=56.7089;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954751;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50484;QR=683;RO=18;RPL=0;RPP=2882.38;RPPR=42.0968;RPR=1326;RUN=1;SAF=1326;SAP=2882.38;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:735:6,729:6:233:729:27731:-2408.76,-199.917,0 1/1:611:12,597:12:450:597:22753:-1952.68,-142.867,0 dDocent_Contig_7141 13 . T C 40996.5 . AB=0.713649;ABP=714.683;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1281;CIGAR=1X4M;DP=1795;DPB=1795.2;DPRA=0;EPP=2784.67;EPPR=960.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.999219;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51407;QR=17465;RO=441;RPL=0;RPP=2784.67;RPPR=960.63;RPR=1281;RUN=1;SAF=1281;SAP=2784.67;SAR=0;SRF=441;SRP=960.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:754:159,15,578:159:6303:15,578:592,23229:-1866.24,-1865.39,-2379.68,0,-470.097,-344.813 0|1:1041:282,53,703:282:11162:53,703:2098,28178:-2236.5,-2148.73,-3051.39,0,-745.954,-706.998 dDocent_Contig_7142 32 . A C 5240.02 . AB=0.0555556;ABP=558.907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=13M1X7M;DP=565;DPB=579.667;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=703;QR=8431;RO=215;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=469.877;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:241:113,45,69,0:113:4447:45,69,0:1716,2576,0:-176.85,-70.1117,-422.405,0,-225.096,-345.071,-210.866,-435.951,-365.843,-576.698 0|1:324:102,68,124,18:102:3984:68,124,18:2634,4652,703:-350.249,-164.594,-471.639,0,-111.156,-290.185,-323.172,-434.327,-269.731,-645.267 dDocent_Contig_7144 117 . T C 32.5251 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0.630435;EPP=3.0103;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.943662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=148;QR=2546;RO=71;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=157.185;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1659:0:0:0,-13.8474,-149.591 0/1:29:25,4:25:887:4:148:-4.95124,0,-71.4104 dDocent_Contig_7146 209 . N G 156.719 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 dDocent_Contig_7147 107 . N C 91.2232 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=91;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31935,-0.60206,0 dDocent_Contig_7148 9 . G C 14227 . AB=0.774624;ABP=395.402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=464;CIGAR=1X;DP=599;DPB=599;DPRA=0;EPP=1010.57;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993534;PAIREDR=0.97037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17852;QR=5175;RO=135;RPL=0;RPP=1010.57;RPPR=296.159;RPR=464;RUN=1;SAF=464;SAP=1010.57;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:324:99,225:99:3793:225:8667:-682.227,0,-243.941 0/1:275:36,239:36:1382:239:9185:-743.569,0,-41.8803 dDocent_Contig_7149 85 . G C 821.012 . AB=0.4375;ABP=5.72464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1207;QR=1556;RO=45;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:20,11:20:689:11:380:-25.201,0,-52.9991 0/1:49:25,24:25:867:24:827:-59.9972,0,-63.5972 dDocent_Contig_7150 26 . G A 11157.7 . AB=0.669145;ABP=136.705;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=360;CIGAR=1X;DP=538;DPB=538;DPRA=0;EPP=784.74;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14236;QR=6982;RO=177;RPL=0;RPP=784.74;RPPR=387.361;RPR=360;RUN=1;SAF=360;SAP=784.74;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:304:85,218:85:3348:218:8629:-684.845,0,-210.093 0/1:234:92,142:92:3634:142:5607:-434.021,0,-256.658 dDocent_Contig_7152 44 . G C 13025.9 . AB=0.294451;ABP=651.103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=520;CIGAR=1X;DP=1766;DPB=1766;DPRA=0;EPP=1132.18;EPPR=2699.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20421;QR=48667;RO=1242;RPL=0;RPP=1132.18;RPPR=2699.98;RPR=520;RUN=1;SAF=520;SAP=1132.18;SAR=0;SRF=1242;SRP=2699.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:875:572,300:572:22450:300:11807:-799.107,0,-1756.04 0/1:891:670,220:670:26217:220:8614:-506.58,0,-2089.24 dDocent_Contig_7154 98 . N C 62.7048 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_7155 69 . C T 80.7083 . AB=0.0857143;ABP=55.1877;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=32.3626;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.568966;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=2240;RO=58;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=43;SRP=32.3626;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:27,3,5:27:1023:3,5:119,196:-7.98682,-6.31685,-89.2687,0,-74.0522,-82.3448 0|0:36:31,0,4:31:1217:0,4:0,152:-3.1737,-12.5056,-112.613,0,-100.148,-98.944 dDocent_Contig_7158 9 . G A 81.286 . AB=0.106383;ABP=192.76;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1275;QR=12457;RO=327;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=713.082;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:219:201,18:201:7654:18:698:0,-2.77153,-625.536 0/1:141:126,15:126:4803:15:577:-9.82756,0,-389.863 dDocent_Contig_7159 17 . T C 2290.86 . AB=0.526667;ABP=3.93679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.658228;PAIREDR=0.830986;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3076;QR=2697;RO=71;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=157.185;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:28,39:28:1048:39:1523:-117.156,0,-74.4539 0/1:83:43,40:43:1649:40:1553:-115.027,0,-123.676 dDocent_Contig_7160 26 . G C 1558.35 . AB=0.213483;ABP=256.853;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=696;DPB=696;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=1279.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3649;QR=22277;RO=588;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=1279.84;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=588;SRP=1279.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:340:309,18:309:11777:18:708:0,-34.7745,-995.348 0/1:356:279,76:279:10500:76:2941:-157.534,0,-837.287 dDocent_Contig_7161 163 . A G 1421.47 . AB=0.712329;ABP=31.5964;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=99.2232;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.865385;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1851;QR=647;RO=21;RPL=50;RPP=99.2232;RPPR=48.6112;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=115.927;SAR=52;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:10,32:10:316:32:1145:-90.7132,0,-16.1064 0/1:31:11,20:11:331:20:706:-54.5311,0,-20.7521 dDocent_Contig_7162 16 . T A 131.259 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=3792;RO=96;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=211.472;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:30,7:30:1168:7:281:-14.5239,0,-94.2665 0/0:71:66,5:66:2624:5:194:0,-3.54371,-218.472 dDocent_Contig_7163 1 . N G 75.9374 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59157,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7164 172 . A G 2818.37 . AB=0.762712;ABP=73.7488;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3556;QR=1094;RO=28;RPL=90;RPP=198.443;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=198.443;SAR=90;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:20,41:20:780:41:1597:-125.594,0,-52.1464 0/1:57:8,49:8:314:49:1959:-159.34,0,-11.4626 dDocent_Contig_7165 107 . N T 215.632 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51695,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:127:-11.7444,-1.20412,0 dDocent_Contig_7167 97 . C A 159.596 . AB=0.204082;ABP=40.2799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=1.04255;EPP=24.725;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.534884;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=3013;RO=86;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=32.1989;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=60;SRP=32.1989;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:39,10:39:1363:10:353:-17.3576,0,-108.198 0/0:47:47,0:47:1650:0:0:0,-14.1484,-148.769 dDocent_Contig_7168 56 . C T 20209 . AB=0.266874;ABP=457.601;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=257;CIGAR=1X3M1X;DP=963;DPB=963;DPRA=0;EPP=561.079;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=58.6342;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.949416;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9792;QR=5624;RO=149;RPL=257;RPP=561.079;RPPR=326.56;RPR=0;RUN=1;SAF=257;SAP=561.079;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:512:76,146,286:76:2852:146,286:5571,10942:-1095.78,-664.21,-853.866,-220.846,0,-368.358 1|0:451:73,111,264:73:2772:111,264:4221,10185:-928.219,-609.009,-802.903,-113.876,0,-261.716 dDocent_Contig_7169 54 . T A 96.5735 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=260;QR=1275;RO=32;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:512:5:178:-10.9457,0,-41.0091 0/1:21:19,2:19:763:2:82:-1.45805,0,-62.6698 dDocent_Contig_7170 42 . T C 44781.6 . AB=0.889715;ABP=1067.6;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1346;CIGAR=1X;DP=1458;DPB=1458;DPRA=0;EPP=2925.81;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53432;QR=4435;RO=111;RPL=0;RPP=2925.81;RPPR=244.044;RPR=1346;RUN=1;SAF=1346;SAP=2925.81;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:651:23,628:23:904:628:24956:-2162.25,-114.307,0 0/1:807:88,718:88:3531:718:28476:-2317.31,0,-74.789 dDocent_Contig_7171 22 . G A 63.4971 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0.358491;EPP=11.6962;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=149;QR=2672;RO=68;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=150.67;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2061:0:0:0,-15.9546,-185.68 0/1:19:15,4:15:611:4:149:-8.04868,0,-49.6079 dDocent_Contig_7172 22 . G C 31722.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=909;CIGAR=1X;DP=937;DPB=937;DPRA=0;EPP=1976.88;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36376;QR=1090;RO=27;RPL=0;RPP=1976.88;RPPR=61.6401;RPR=909;RUN=1;SAF=909;SAP=1976.88;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:556:10,546:10:402:546:21803:-1923.8,-130.832,0 1/1:381:17,363:17:688:363:14573:-1248.15,-52.3256,0 dDocent_Contig_7173 107 . N C 84.9376 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:23:-2.29991,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88849,-0.60206,0 dDocent_Contig_7174 25 . C A 1644.67 . AB=0.149485;ABP=210.039;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=2M1X1M1X2M1X3M;DP=194;DPB=192;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1131;QR=2363;RO=61;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=135.47;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:101:34,8,7,0,5,24,22:34:1318:8,7,0,5,24,22:310,266,0,191,940,853:-67.0596,-51.8274,-157.694,-55.4864,-138.294,-161.654,-77.2946,-160.102,-163.761,-185.569,-61.624,-144.431,-148.09,-169.899,-168.394,0,-82.8082,-86.4671,-108.276,-92.6048,-101.051,-7.21924,-90.0266,-93.6854,-115.494,-99.8232,-38.1996,-108.871 0|1:93:27,3,4,10,6,34,7:27:1045:3,4,10,6,34,7:115,160,395,221,1322,278:-100.504,-99.1962,-184.123,-95.4518,-171.845,-180.077,-76.1265,-152.52,-148.776,-158.946,-90.5677,-166.96,-163.216,-143.891,-174.59,0,-76.3935,-72.649,-53.3234,-67.7652,-75.5946,-85.7449,-162.139,-158.394,-139.069,-153.51,-62.942,-169.468 dDocent_Contig_7175 69 . A G 24549.7 . AB=0.870307;ABP=1049.96;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=765;CIGAR=1X;DP=879;DPB=879;DPRA=0;EPP=1664.19;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9948;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30277;QR=4187;RO=114;RPL=765;RPP=1664.19;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=765;SAP=1664.19;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:444:65,379:65:2373:379:15005:-1215.67,0,-80.1349 0/1:435:49,386:49:1814:386:15272:-1242.4,0,-32.5617 dDocent_Contig_7176 109 . T G 482.679 . AB=0.324324;ABP=22.847;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=1658;RO=50;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=111.584;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:15,12:15:491:12:410:-29.1009,0,-36.3737 0/1:47:35,12:35:1167:12:401:-22.2639,0,-91.1809 dDocent_Contig_7178 12 . T G 25395.7 . AB=0.464684;ABP=23.4092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=875;CIGAR=1X;DP=1883;DPB=1883;DPRA=0;EPP=1903.05;EPPR=2191.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988571;PAIREDR=0.99504;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34580;QR=40128;RO=1008;RPL=0;RPP=1903.05;RPPR=2191.85;RPR=875;RUN=1;SAF=875;SAP=1903.05;SAR=0;SRF=1008;SRP=2191.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:961:498,463:498:19868:463:18255:-1352.23,0,-1497.17 0/1:922:510,412:510:20260:412:16325:-1190.44,0,-1544.16 dDocent_Contig_7179 16 . T A 1636.25 . AB=0.363636;ABP=29.6602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X5M1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.45;PAIREDR=0.410526;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2373;QR=3768;RO=95;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=209.3;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:79:51,0,26:51:2030:0,26:0,1032:-69.6483,-85.0008,-252.155,0,-167.207,-159.38 0|1:86:44,8,34:44:1738:8,34:315,1341:-97.0734,-84.4073,-225.015,0,-117.105,-132.781 dDocent_Contig_7181 71 . T A 4150.32 . AB=0.249322;ABP=405.821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=184;CIGAR=1X;DP=738;DPB=738;DPRA=0;EPP=402.561;EPPR=1203.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7110;QR=21531;RO=553;RPL=184;RPP=402.561;RPPR=1203.83;RPR=0;RUN=1;SAF=184;SAP=402.561;SAR=0;SRF=553;SRP=1203.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:287:238,49:238:9094:49:1866:-81.7896,0,-731.783 0/1:451:315,135:315:12437:135:5244:-336.339,0,-982.94 dDocent_Contig_7182 56 . G A 2819.91 . AB=0.706294;ABP=55.8697;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.891089;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3640;QR=1471;RO=42;RPL=49;RPP=3.2038;RPPR=3.21711;RPR=52;RUN=1;SAF=49;SAP=3.2038;SAR=52;SRF=20;SRP=3.21711;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:18,46:18:643:46:1651:-129.604,0,-38.9324 0/1:79:24,55:24:828:55:1989:-155.484,0,-51.0477 dDocent_Contig_7183 98 . N T 105.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_7185 125 . C G 966.161 . AB=0.394231;ABP=13.116;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=1.00971;EPP=92.0407;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.993976;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1437;QR=5819;RO=166;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=363.475;RPR=41;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=363.475;SRR=166;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:103:103,0:103:3605:0:0:0,-31.0061,-324.661 0/1:104:63,41:63:2214:41:1437:-98.3151,0,-168.218 dDocent_Contig_7186 12 . G A 123.578 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=724;RO=18;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=42.0968;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,5:12:486:5:202:-13.4446,0,-38.9741 0/1:7:6,1:6:238:1:40:-1.88847,0,-19.6855 dDocent_Contig_7187 158 . A G 22336.2 . AB=0.900415;ABP=338.633;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=721;CIGAR=1X;DP=757;DPB=757;DPRA=0;EPP=1542.69;EPPR=68.4099;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.8824;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25978;QR=1211;RO=34;RPL=718;RPP=1542.69;RPPR=68.4099;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=1568.64;SAR=721;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:516:10,504:10:326:504:18183:-1606.14,-125.202,0 0/1:241:24,217:24:885:217:7795:-628.879,0,-7.41785 dDocent_Contig_7189 32 . T C 757.115 . AB=0.178174;ABP=406.938;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=793.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=30.075;MQMR=38.9511;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.19837;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3233;QR=14787;RO=368;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=802.112;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=367;SRP=793.45;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:230:183,46:183:7355:46:1863:-53.0391,0,-430.123 0/1:219:185,34:185:7432:34:1370:-25.7693,0,-467.585 dDocent_Contig_7190 7 . C T 1009.43 . AB=0.187192;ABP=348.071;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=708.739;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=39.1447;MQMR=45.5969;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.131579;PAIREDR=0.0523077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2900;QR=12458;RO=325;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=708.739;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=325;SRP=708.739;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:159,42:159:6076:42:1609:-65.4257,0,-413.771 0/1:205:166,34:166:6382:34:1291:-38.6143,0,-427.844 dDocent_Contig_7191 8 . T A 5337.69 . AB=0.843478;ABP=238.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=194;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=47.3969;MQMR=58.5588;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.438144;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7424;QR=1309;RO=34;RPL=0;RPP=424.276;RPPR=76.8404;RPR=194;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:17,81:17:661:81:3078:-233.732,0,-30.3261 0/1:132:17,113:17:648:113:4346:-303.134,0,-16.8143 dDocent_Contig_7192 101 . G A 66.758 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0.4;EPP=7.35324;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=161;RO=5;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=13.8677;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=5;SRP=13.8677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.37355,-0.60206,0 0/0:5:5,0:5:161:0:0:0,-1.50515,-14.453 dDocent_Contig_7196 61 . G A 267.315 . AB=0.264151;ABP=28.6173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.641026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=1414;RO=39;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:27,8:27:972:8:283:-15.2744,0,-77.2585 0/1:18:12,6:12:442:6:218:-14.5541,0,-34.7069 dDocent_Contig_7197 15 . T A 70.5656 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1095;RO=27;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=61.6401;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:850:1:40:0,-2.62698,-72.8158 0/1:9:6,3:6:245:3:123:-8.75552,0,-19.7202 dDocent_Contig_7198 78 . G T 50.3534 . AB=0.117647;ABP=89.3583;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=1.11475;EPP=20.3821;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.561983;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=4316;RO=121;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=22.5536;RPR=6;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=6;SRF=77;SRP=22.5536;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:60,8:60:2127:8:295:-6.43327,0,-171.214 0/0:61:61,0:61:2189:0:0:0,-18.3628,-197.262 dDocent_Contig_7199 107 . N C 762.839 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 1/1:21:0,21:0:0:21:698:-63.1299,-6.32163,0 dDocent_Contig_7200 7 . C A 27707.7 . AB=0.245005;ABP=540.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=233;CIGAR=1X1M1X;DP=951;DPB=951;DPRA=0;EPP=508.963;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8833;QR=1179;RO=31;RPL=0;RPP=508.963;RPPR=70.3259;RPR=233;RUN=1;SAF=233;SAP=508.963;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:389:19,74,295:19:727:74,295:2814,11340:-1096.39,-871.313,-908.696,-171.136,0,-141.993 1|0:562:12,159,390:12:452:159,390:6019,14924:-1677.48,-1187.65,-1176.82,-456.411,0,-376.047 dDocent_Contig_7201 98 . N A 154.468 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:127:-11.7444,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_7202 28 . T A 57.5251 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=124.399;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.732394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=2820;RO=71;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=157.185;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=67;SRP=124.399;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:1264:5:199:-7.15045,0,-102.886 0/0:41:39,2:39:1556:2:81:0,-4.6565,-132.593 dDocent_Contig_7203 70 . C A 535.002 . AB=0.255556;ABP=49.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=87.3088;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.869565;PAIREDR=0.761194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=2645;RO=67;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=59;SRP=87.3088;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:30,18:30:1180:18:719:-50.5875,0,-92.0274 0/1:42:37,5:37:1465:5:203:-6.00959,0,-119.456 dDocent_Contig_7204 125 . A T 146.028 . AB=0.157895;ABP=99.5837;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=336.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=53.2899;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.781065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=819;QR=5034;RO=169;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=369.989;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=4;SRP=336.068;SRR=165;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:80,15:80:2376:15:492:-15.9969,0,-178.631 0/0:99:89,10:89:2658:10:327:0,-0.0536592,-198.189 dDocent_Contig_7205 9 . G T 83.9776 . AB=0.125;ABP=90.9549;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7126;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=6384;RO=167;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=365.646;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:105:104,1:104:3950:1:39:0,-27.7116,-351.389 0/1:72:63,9:63:2434:9:349:-10.0967,0,-197.588 dDocent_Contig_7206 19 . A C 573.498 . AB=0.302632;ABP=28.7251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.347826;PAIREDR=0.584906;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=918;QR=2091;RO=53;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=118.098;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:33,8:33:1329:8:324:-17.1866,0,-107.53 0/1:35:20,15:20:762:15:594:-43.2601,0,-58.3587 dDocent_Contig_7207 35 . C T 741.861 . AB=0.571429;ABP=4.87156;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.492308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1140;QR=2609;RO=65;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=144.156;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:18,24:18:711:24:977:-75.5818,0,-51.6677 0/0:51:47,4:47:1898:4:163:0,-0.294102,-155.96 dDocent_Contig_7208 19 . T C 15947.7 . AB=0.033389;ABP=1135.8;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=1X1M1X;DP=599;DPB=599;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=792;QR=2970;RO=75;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=165.871;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:271:26,3,242:26:1030:3,242:120,9387:-763.255,-761.197,-845.065,0,-74.8818,-11.918 0|0:328:49,17,262:49:1940:17,262:672,10325:-834.616,-794.066,-948.612,0,-104.363,-80.7939 dDocent_Contig_7210 16 . T A 1811.68 . AB=0.571429;ABP=7.66346;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1M1X4M;DP=105;DPB=101;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2378;QR=1457;RO=38;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=85.5263;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:26,1,34:26:993:1,34:41,1370:-105.087,-109.529,-190.681,0,-78.0501,-71.2002 0|1:44:12,5,26:12:464:5,26:199,1008:-79.1778,-66.404,-103.009,0,-21.7149,-30.2755 dDocent_Contig_7211 67 . G C 392.435 . AB=0.178808;ABP=138.317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.619835;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=962;QR=4378;RO=121;RPL=12;RPP=3.73412;RPPR=3.02825;RPR=15;RUN=1;SAF=12;SAP=3.73412;SAR=15;SRF=61;SRP=3.02825;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:50,18:50:1801:18:638:-36.9242,0,-141.544 0/1:80:71,9:71:2577:9:324:-5.41622,0,-208.062 dDocent_Contig_7212 98 . N A 904.019 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=29;CIGAR=3X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1001;QR=0;RO=0;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:29:0,29:0:0:29:1001:-90.4019,-8.72987,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7215 11 . T C 6742.77 . AB=0.66875;ABP=82.1605;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=214;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=467.705;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8598;QR=4271;RO=106;RPL=0;RPP=467.705;RPPR=233.186;RPR=214;RUN=1;SAF=214;SAP=467.705;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:181:56,125:56:2256:125:5013:-396.549,0,-148.714 0/1:139:50,89:50:2015:89:3585:-280.825,0,-139.686 dDocent_Contig_7217 117 . C T 36.7484 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.551724;EPP=9.52472;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=1461;RO=42;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=94.2121;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:451:3:106:-5.07268,0,-36.105 0/0:29:29,0:29:1010:0:0:0,-8.72987,-91.2136 dDocent_Contig_7218 66 . T C 40.3735 . AB=0.116279;ABP=58.0041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=1.19444;EPP=13.8677;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.635135;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2533;RO=74;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:38,5:38:1278:5:200:-5.43525,0,-102.349 0/0:36:36,0:36:1255:0:0:0,-10.8371,-113.229 dDocent_Contig_7219 94 . C T 2942.12 . AB=0.604278;ABP=20.6724;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.115044;PAIREDR=0.662162;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3923;QR=2484;RO=74;RPL=104;RPP=176.44;RPPR=5.94472;RPR=9;RUN=1;SAF=104;SAP=176.44;SAR=9;SRF=32;SRP=5.94472;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:21,96:21:696:96:3357:-267.129,0,-27.7281 0/1:70:53,17:53:1788:17:566:-30.1802,0,-140.123 dDocent_Contig_7220 22 . T A 458.29 . AB=0.305085;ABP=22.4799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X1M1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=725;QR=1417;RO=36;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=81.1833;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:24,15,3:24:944:15,3:602,122:-42.3741,0,-73.1188,-39.5347,-67.5695,-116.273 0|1:17:12,3,2:12:473:3,2:123,78:-6.55177,0,-38.0136,-3.76046,-32.5057,-42.059 dDocent_Contig_7221 76 . T C 249.097 . AB=0.197183;ABP=59.5603;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.695652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=589;QR=4105;RO=115;RPL=5;RPP=7.89611;RPPR=7.25883;RPR=11;RUN=1;SAF=5;SAP=7.89611;SAR=11;SRF=50;SRP=7.25883;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:57,14:57:2070:14:526:-26.3076,0,-165.167 0/0:60:58,2:58:2035:2:63:0,-12.079,-177.408 dDocent_Contig_7222 56 . G A 129.91 . AB=0.114754;ABP=160.282;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=3X2M1X;DP=348;DPB=348;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=671.824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.974026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=773;QR=11769;RO=308;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=671.824;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=6.91895;SAR=7;SRF=308;SRP=671.824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:226:211,6,4:211:8092:6,4:238,156:0,-43.9083,-706.269,-50.6868,-695.251,-713.639 0|1:122:97,14,7:97:3677:14,7:535,277:-14.69,0,-297.229,-21.1572,-278.713,-320.5 dDocent_Contig_7223 41 . C T 357.982 . AB=0.311111;ABP=16.956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.934066;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=3666;RO=91;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=200.614;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:31,14:31:1254:14:560:-37.1961,0,-99.5796 0/0:63:60,3:60:2412:3:117:0,-8.05506,-206.317 dDocent_Contig_7224 43 . G A 10786.1 . AB=0.407249;ABP=73.0993;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=382;CIGAR=1X;DP=938;DPB=938;DPRA=0;EPP=832.513;EPPR=1208.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15163;QR=21979;RO=555;RPL=0;RPP=832.513;RPPR=1208.18;RPR=382;RUN=1;SAF=382;SAP=832.513;SAR=0;SRF=555;SRP=1208.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:536:373,163:373:14763:163:6460:-419.791,0,-1166.22 0/1:402:182,219:182:7216:219:8703:-661.919,0,-528.237 dDocent_Contig_7225 80 . A G 5976.08 . AB=0.233942;ABP=912.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=346;CIGAR=1X;DP=1479;DPB=1479;DPRA=0;EPP=754.34;EPPR=2463.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986761;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11618;QR=38581;RO=1133;RPL=346;RPP=754.34;RPPR=2463.29;RPR=0;RUN=1;SAF=346;SAP=754.34;SAR=0;SRF=1133;SRP=2463.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:829:602,227:602:20446:227:7631:-437.333,0,-1590.28 0/1:650:531,119:531:18135:119:3987:-163.372,0,-1436.24 dDocent_Contig_7226 43 . A G 160.055 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=1512;RO=38;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=85.5263;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:19,5:19:758:5:205:-11.6103,0,-61.3195 0/1:23:19,4:19:754:4:156:-7.49214,0,-61.2583 dDocent_Contig_7227 98 . N A 96.1111 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7228 42 . G A 1441.22 . AB=0.212903;ABP=224.949;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X3M;DP=310;DPB=310;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2595;QR=8643;RO=220;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=480.734;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:204:133,14,56:133:5208:14,56:544,2191:-140.094,-135.435,-559.422,0,-383.523,-411.36 0|1:106:87,9,10:87:3435:9,10:349,404:-7.12453,-4.65079,-284.564,0,-253.967,-279.627 dDocent_Contig_7229 15 . T C 3579.71 . AB=0.701863;ABP=59.9946;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4547;QR=1923;RO=48;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=107.241;RPR=113;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:22,69:22:877:69:2777:-222.635,0,-51.843 0/1:70:26,44:26:1046:44:1770:-138.433,0,-73.3587 dDocent_Contig_7230 29 . G C 49.0733 . AB=0.111111;ABP=85.7675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0.887324;EPP=18.2106;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976378;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=5031;RO=127;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=278.787;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:71,0:71:2820:0:0:0,-21.3731,-253.904 0/1:63:56,7:56:2211:7:280:-6.6063,0,-180.196 dDocent_Contig_7231 94 . G A 1079.93 . AB=0.387097;ABP=16.7396;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=281;DPB=281;DPRA=0.789809;EPP=107.241;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1627;QR=7909;RO=233;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=508.963;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=233;SRP=508.963;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:76,48:76:2577:48:1627:-109.391,0,-194.863 0/0:157:157,0:157:5332:0:0:0,-47.2617,-480.05 dDocent_Contig_7232 22 . A T 4309.58 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=160;CIGAR=2X2M1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=350.446;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=49.725;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.68125;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6320;QR=4806;RO=122;RPL=0;RPP=350.446;RPPR=267.93;RPR=160;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:187:61,105,12:61:2397:105,12:4121,484:-281.909,0,-165.544,-260.371,-157.254,-453.923 0|1:133:61,55,11:61:2409:55,11:2199,412:-152.146,0,-181.678,-136.784,-164.512,-331.705 dDocent_Contig_7233 46 . G A 246.577 . AB=0.116822;ABP=275.926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=391;DPB=391;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=776.054;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1399;QR=13964;RO=356;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=776.054;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=356;SRP=776.054;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:214:189,25:189:7387:25:1002:-26.0557,0,-600.095 0/0:177:167,10:167:6577:10:397:0,-17.1957,-555.595 dDocent_Contig_7235 98 . N T 838.532 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=28;CIGAR=6X;DP=28;DPB=495.667;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=23.3201;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=342;PQA=11409;PQR=0;PRO=0;QA=932;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:28:0,28:0:0:28:932:-83.8532,-8.42884,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7238 27 . G A 253.04 . AB=0.266667;ABP=24.2907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=458;QR=1278;RO=33;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=74.6689;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:22,10:22:870:10:384:-25.2812,0,-68.9787 0/1:13:11,2:11:408:2:74:-3.11147,0,-33.1402 dDocent_Contig_7239 52 . T A 713.093 . AB=0.346154;ABP=19.0458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851852;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1080;QR=2052;RO=51;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:25,10:25:1005:10:396:-25.461,0,-80.2082 0/1:43:26,17:26:1047:17:684:-48.9452,0,-81.5746 dDocent_Contig_7240 98 . N A 47.4967 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:39:-3.70435,-0.60206,0 dDocent_Contig_7241 65 . T G 592.607 . AB=0.347826;ABP=16.8888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.955556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=916;QR=1761;RO=45;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:22,12:22:875:12:466:-32.0533,0,-68.8271 0/1:35:23,12:23:886:12:450:-30.3043,0,-69.5123 dDocent_Contig_7242 13 . C A 2221.25 . AB=0.772277;ABP=68.047;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44.4231;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987179;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3024;QR=909;RO=23;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=52.9542;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:10,31:10:389:31:1198:-88.9532,0,-23.0203 0/1:60:13,47:13:520:47:1826:-136.269,0,-29.0862 dDocent_Contig_7243 24 . G A 2325.34 . AB=0.432292;ABP=10.6557;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3253;QR=4316;RO=108;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=237.529;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:46,39:46:1855:39:1533:-112.616,0,-141.566 0/1:107:62,44:62:2461:44:1720:-123.015,0,-189.626 dDocent_Contig_7244 117 . C G 480.874 . AB=0.458333;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=6;EPP=50.7827;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=707;QR=1044;RO=34;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=76.8404;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:26,22:26:804:22:707:-49.4853,0,-58.204 0/0:8:8,0:8:240:0:0:0,-2.40824,-21.8956 dDocent_Contig_7245 60 . G A 345.838 . AB=0.40625;ABP=5.45321;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=583;QR=1950;RO=51;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:19,13:19:730:13:503:-35.9818,0,-56.3927 0/0:34:32,2:32:1220:2:80:0,-2.64323,-102.487 dDocent_Contig_7246 50 . A G 432.656 . AB=0.253333;ABP=42.6469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.315789;PAIREDR=0.553571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=2233;RO=56;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:30,11:30:1195:11:435:-27.1586,0,-95.4856 0/1:34:26,8:26:1038:8:323:-19.2039,0,-83.4769 dDocent_Contig_7247 50 . C A 44.8393 . AB=0.106383;ABP=129.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0.949495;EPP=24.725;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994536;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=376;QR=7288;RO=183;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=400.39;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:84,10:84:3333:10:376:-5.88185,0,-271.734 0/0:99:99,0:99:3955:0:0:0,-29.802,-355.936 dDocent_Contig_7248 48 . C A 1344.49 . AB=0.08;ABP=41.3151;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=465;RO=12;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:7,0,27:7:274:0,27:0,1053:-84.4256,-86.5328,-109.063,0,-22.5226,-14.3948 0|0:25:5,2,18:5:191:2,18:80,668:-53.1201,-48.0322,-63.1041,0,-9.06354,-10.2403 dDocent_Contig_7249 43 . G A 28903.8 . AB=0.827899;ABP=1034.02;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=914;CIGAR=1X;DP=1104;DPB=1104;DPRA=0;EPP=1987.74;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35861;QR=7225;RO=186;RPL=0;RPP=1987.74;RPPR=406.904;RPR=914;RUN=1;SAF=914;SAP=1987.74;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:619:140,479:140:5410:479:18905:-1513.67,0,-300.443 0/1:485:46,435:46:1815:435:16956:-1379.8,0,-18.558 dDocent_Contig_7250 8 . T C 30.7115 . AB=0.0928962;ABP=266.447;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=1.00549;EPP=39.9253;EPPR=758.683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=658;QR=13362;RO=348;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=758.683;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=348;SRP=758.683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:166,17:166:6379:17:658:-4.46872,0,-518.934 0/0:182:182,0:182:6983:0:0:0,-54.7875,-628.334 dDocent_Contig_7251 13 . T C 15473.6 . AB=0.454216;ABP=23.093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=501;CIGAR=1X3M;DP=1103;DPB=1103;DPRA=0;EPP=1090.92;EPPR=804.284;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20161;QR=14381;RO=369;RPL=0;RPP=1090.92;RPPR=804.284;RPR=501;RUN=1;SAF=501;SAP=1090.92;SAR=0;SRF=369;SRP=804.284;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:572:188,69,310:188:7313:69,310:2701,12490:-972.852,-807.36,-1387.53,0,-378.861,-507.631 0|1:531:181,157,191:181:7068:157,191:6116,7671:-577.601,-129.419,-663.163,0,-78.3379,-523.515 dDocent_Contig_7252 136 . C T 73.4027 . AB=0.170732;ABP=41.6201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1148;RO=34;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=76.8404;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:733:5:175:-7.96588,0,-58.1523 0/1:14:12,2:12:415:2:70:-2.43298,0,-33.4678 dDocent_Contig_7253 98 . N T 106.551 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_7254 41 . G A 424.108 . AB=0.217822;ABP=72.8629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=1.62903;EPP=50.7827;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=821;QR=5586;RO=141;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=309.188;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:79,22:79:3146:22:821:-43.8087,0,-252.81 0/0:62:62,0:62:2440:0:0:0,-18.6639,-219.745 dDocent_Contig_7255 27 . T A 321.06 . AB=0.0977778;ABP=951.538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=1502;DPB=1502;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=2982.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=54.7974;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5156;QR=54505;RO=1372;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=2982.27;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=1372;SRP=2982.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:827:763,63:763:30350:63:2524:0,-21.7469,-2492.36 0/1:675:609,66:609:24155:66:2632:-33.805,0,-1957.96 dDocent_Contig_7256 34 . A T 147.117 . AB=0.258065;ABP=18.771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.63158;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1634;RO=42;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:903:8:279:-16.1096,0,-72.2468 0/0:19:19,0:19:731:0:0:0,-5.71957,-66.1149 dDocent_Contig_7257 27 . G T 1380.98 . 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AB=0.102564;ABP=56.5176;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=6M1X18M;DP=61;DPB=61.96;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.805556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1381;RO=36;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:24,7,2,0,4:24:906:7,2,0,4:259,70,0,163:-13.9617,0,-72.1468,-15.4936,-68.5603,-89.1411,-21.1864,-74.2541,-89.7432,-95.4373,-7.72453,-60.802,-76.2919,-81.9861,-80.782 0|0:22:12,1,6,3,0:12:475:1,6,3,0:41,237,120,0:-15.8857,-16.1127,-54.9046,0,-35.7036,-37.2823,-9.61216,-45.3199,-29.2029,-47.8017,-19.4981,-55.2056,-39.0885,-48.7048,-58.5903 dDocent_Contig_7260 29 . C A 93.8888 . AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=1.02222;EPP=18.2106;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=3243;RO=84;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=185.414;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:45,0:45:1740:0:0:0,-13.5463,-156.818 0/1:46:39,7:39:1503:7:273:-11.0879,0,-121.675 dDocent_Contig_7261 121 . A C 49.4794 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=300;RO=22;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=50.7827;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,2:9:140:2:61:-2.3339,0,-9.36538 0/1:20:13,6:13:160:6:125:-5.66331,0,-8.74815 dDocent_Contig_7262 69 . T C 88.7042 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1.4;EPP=11.6962;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=760;RO=20;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:376:0:0:0,-3.0103,-34.1882 0/1:14:10,4:10:384:4:160:-10.5694,0,-30.6974 dDocent_Contig_7263 35 . G C 18674.6 . AB=0.345464;ABP=384.889;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=636;CIGAR=4M1I1X3M4I2M;DP=1841;DPB=2040.4;DPRA=0;EPP=1384.07;EPPR=1279.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24902;QR=22750;RO=588;RPL=0;RPP=1384.07;RPPR=1279.84;RPR=636;RUN=1;SAF=636;SAP=1384.07;SAR=0;SRF=588;SRP=1279.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:943:302,28,348,254:302:11672:28,348,254:1095,13639,9745:-1030.66,-1031.55,-1981.74,0,-868.607,-853.868,-321.851,-1190.45,-158.908,-1204.01 0|1:898:286,115,288,195:286:11078:115,288,195:4607,11263,7511:-839.901,-546.46,-1421.86,0,-530.482,-823.321,-309.399,-839.88,-293.42,-1160.71 dDocent_Contig_7264 38 . G A 50.252 . AB=0.104651;ABP=119.765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=6304;RO=161;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=352.617;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:77,9:77:3006:9:355:-6.42313,0,-244.743 0/0:85:84,1:84:3298:1:41:0,-21.493,-292.805 dDocent_Contig_7265 9 . C A 412.042 . AB=0.11828;ABP=120.713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=2M1X3M1X4M;DP=93;DPB=90.5455;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=59.6364;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=1875;RO=48;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=107.241;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:34,2,6,2,5:34:1327:2,6,2,5:60,231,80,181:-8.74422,-14.7347,-123.235,0,-104.876,-107.322,-14.1008,-118.955,-104.246,-122.605,-4.21014,-109.074,-94.3645,-108.444,-111.82 0|0:43:14,7,5,4,12:14:548:7,5,4,12:230,199,158,483:-35.5569,-23.0923,-66.0522,-23.3763,-51.7705,-66.9479,-29.1295,-57.5198,-57.811,-72.997,0,-28.41,-28.6964,-34.4487,-41.4787 dDocent_Contig_7266 107 . N T 509.739 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:547:-49.5539,-4.81648,0 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 dDocent_Contig_7267 7 . C T 79.5205 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=2.5;EPP=11.6962;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=639;RO=17;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=39.9253;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:417:4:150:-9.34992,0,-33.3651 0/0:6:6,0:6:222:0:0:0,-1.80618,-20.3376 dDocent_Contig_7268 62 . A C 817.076 . AB=0.354839;ABP=20.0318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.848485;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1246;QR=2291;RO=60;RPL=16;RPP=3.0761;RPPR=40.0701;RPR=17;RUN=1;SAF=16;SAP=3.0761;SAR=17;SRF=46;SRP=40.0701;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:26,25:26:996:25:947:-70.1858,0,-74.5874 0/1:42:34,8:34:1295:8:299:-14.6187,0,-104.182 dDocent_Contig_7269 66 . T G 39470 . AB=0.728416;ABP=795.618;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1274;CIGAR=1X;DP=1749;DPB=1749;DPRA=0;EPP=2769.47;EPPR=1025.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49775;QR=18656;RO=471;RPL=1274;RPP=2769.47;RPPR=1025.77;RPR=0;RUN=1;SAF=1274;SAP=2769.47;SAR=0;SRF=471;SRP=1025.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:925:231,694:231:9169:694:27078:-2156.37,0,-546.22 0/1:824:240,580:240:9487:580:22697:-1793.72,0,-606.03 dDocent_Contig_7271 77 . T C 1492.75 . AB=0.223077;ABP=695.743;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=232;CIGAR=8M1X4M;DP=1040;DPB=1024.92;DPRA=0;EPP=506.792;EPPR=1492.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4261;QR=26002;RO=686;RPL=232;RPP=506.792;RPPR=1492.64;RPR=0;RUN=1;SAF=232;SAP=506.792;SAR=0;SRF=686;SRP=1492.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:543:323,72,139:323:12198:72,139:2793,2511:-132.277,0,-978.21,-45.4895,-815.801,-1003.4 0|1:497:363,29,93:363:13804:29,93:1120,1750:-20.0953,-37.3522,-1160.88,0,-1040.15,-1104.14 dDocent_Contig_7272 99 . C A 36.6843 . 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AB=0.382353;ABP=11.1853;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.322581;PAIREDR=0.689076;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1203;QR=4647;RO=119;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:82:77,5:77:2995:5:203:0,-6.0314,-250.996 0/1:68:42,26:42:1652:26:1000:-69.8157,0,-128.445 dDocent_Contig_7274 14 . T C 297.178 . AB=0.202703;ABP=59.8207;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.9333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.745763;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=2339;RO=59;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=131.127;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:17,9:17:676:9:363:-25.1466,0,-53.3401 0/1:48:42,6:42:1663:6:242:-7.66819,0,-135.446 dDocent_Contig_7275 40 . G A 5821.45 . 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AB=0.225806;ABP=83.9852;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.107143;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1109;QR=3778;RO=96;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=211.472;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:39,6:39:1541:6:242:-8.61118,0,-125.391 0/1:79:57,22:57:2237:22:867:-54.5621,0,-177.733 dDocent_Contig_7300 10 . G A 1563.31 . 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AB=0.589041;ABP=13.0645;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.0667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976744;PAIREDR=0.616667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3427;QR=2382;RO=60;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=133.299;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:25,48:25:990:48:1925:-151.478,0,-66.5565 0/1:73:35,38:35:1392:38:1502:-113.452,0,-103.507 dDocent_Contig_7302 10 . G A 230.772 . 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AB=0.0972222;ABP=307.378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=506;DPB=506;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=1019.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997863;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1500;QR=18644;RO=468;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=1019.26;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=468;SRP=1019.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:216:195,21:195:7668:21:821:-9.17915,0,-624.706 0/0:290:273,17:273:10976:17:679:0,-25.8589,-925.621 dDocent_Contig_7309 51 . T C 84.5151 . 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AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.761905;EPP=13.8677;EPPR=64.083;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1275;RO=32;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=72.4974;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=31;SRP=64.083;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:829:0:0:0,-6.32163,-74.9231 0/1:16:11,5:11:446:5:202:-13.7454,0,-35.6786 dDocent_Contig_7314 11 . T C 44802.4 . AB=0.903974;ABP=2143.42;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1365;CIGAR=1X;DP=1510;DPB=1510;DPRA=0;EPP=2967.07;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54923;QR=5751;RO=145;RPL=0;RPP=2967.07;RPPR=317.874;RPR=1365;RUN=1;SAF=1365;SAP=2967.07;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:744:68,676:68:2701:676:27196:-2221.1,0,-19.2449 0/1:766:77,689:77:3050:689:27727:-2262.23,0,-43.9965 dDocent_Contig_7315 13 . T C 638.722 . 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T A 458.654 . AB=0.0988095;ABP=1177.35;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=1403;DPB=1403;DPRA=1.49201;EPP=183.243;EPPR=2838.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3295;QR=52170;RO=1306;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=2838.95;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=1306;SRP=2838.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:563:563,0:563:22477:0:0:0,-169.48,-2020.99 0/1:840:743,83:743:29693:83:3295:-47.5643,0,-2420.63 dDocent_Contig_7318 12 . G A 170.576 . AB=0.0971129;ABP=540.173;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=843;DPB=843;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=1738.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.924906;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1756;QR=32060;RO=799;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=1738.02;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=799;SRP=1738.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:462:455,7:455:18239:7:276:0,-113.867,-1614.77 0/1:381:344,37:344:13821:37:1480:-18.7566,0,-1128.11 dDocent_Contig_7319 7 . C G 89.9181 . 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AB=0.606557;ABP=15.0424;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.891892;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2932;QR=1821;RO=48;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=107.241;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:18,52:18:689:52:2063:-164.788,0,-41.2644 0/1:52:30,22:30:1132:22:869:-62.867,0,-86.5171 dDocent_Contig_7322 13 . T C 114.165 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=1.53846;EPP=13.8677;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1128;RO=28;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=63.8115;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:607:5:205:-12.8144,0,-48.9477 0/0:13:13,0:13:521:0:0:0,-3.91339,-47.2365 dDocent_Contig_7323 14 . C T 68.2827 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.793103;EPP=11.6962;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1915;RO=48;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=107.241;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:746:4:164:-8.22621,0,-60.5289 0/0:29:29,0:29:1169:0:0:0,-8.72987,-105.488 dDocent_Contig_7324 27 . G A 375.591 . AB=0.0612245;ABP=84.9501;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.6374;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.340659;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=3533;RO=91;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=200.614;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:68:51,0,17:51:1987:0,17:0,668:-33.9234,-49.2759,-212.523,0,-163.61,-158.492 0|0:49:40,3,6:40:1546:3,6:120,229:-6.73262,-8.88308,-134.675,0,-116.793,-124.872 dDocent_Contig_7325 112 . G T 507.287 . AB=0.375;ABP=11.6962;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=805;QR=1436;RO=40;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=89.8692;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:16,12:16:568:12:419:-29.6138,0,-43.0205 0/1:36:24,12:24:868:12:386:-24.2118,0,-67.6035 dDocent_Contig_7326 15 . A G 2761.35 . AB=0.218803;ABP=404.792;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=585;DPB=585;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=984.516;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=58.9912;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.953125;PAIREDR=0.915929;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5045;QR=17877;RO=452;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=984.516;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=452;SRP=984.516;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:165,35:165:6548:35:1382:-64.2897,0,-524.494 0/1:383:287,93:287:11329:93:3663:-214.943,0,-893.299 dDocent_Contig_7327 10 . C T 485.052 . AB=0.101695;ABP=84.3117;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=13.3333;MQMR=59.082;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=212;QR=2381;RO=61;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=135.47;RPR=6;RUN=1;SAF=2;SAP=4.45795;SAR=4;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:28,0,4:28:1101:0,4:0,163:-4.18408,-12.6129,-103.002,0,-90.7649,-89.5608 0|0:59:33,6,20:33:1280:6,20:212,791:-47.4173,-52.0287,-154.976,0,-99.6118,-98.9252 dDocent_Contig_7328 34 . T C 28458 . AB=0.909259;ABP=788.617;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=870;CIGAR=1X;DP=934;DPB=934;DPRA=0;EPP=1892.19;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9678;MQMR=58.6129;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973563;PAIREDR=0.774194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34030;QR=2463;RO=62;RPL=0;RPP=1892.19;RPPR=137.642;RPR=870;RUN=1;SAF=870;SAP=1892.19;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:540:48,491:48:1907:491:19193:-1563.28,0,-8.99917 1/1:394:14,379:14:556:379:14837:-1283.92,-68.4675,0 dDocent_Contig_7329 10 . C A 114.476 . AB=0.117647;ABP=132.532;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=520;QR=6968;RO=175;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=383.018;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:90,12:90:3577:12:480:-12.8456,0,-291.249 0/0:86:85,1:85:3391:1:40:0,-21.8929,-301.24 dDocent_Contig_7333 36 . G A 309.433 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1264;RO=35;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:24,0,10:24:868:0,10:0,373:-23.6804,-30.9051,-101.741,0,-71.205,-68.1947 0|1:15:11,4,0:11:396:4,0:161,0:-10.3598,0,-31.4567,-13.6712,-32.6608,-45.9412 dDocent_Contig_7335 17 . T A 449.313 . AB=0.279412;ABP=31.7504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0.883117;EPP=44.2683;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2143;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=742;QR=5068;RO=126;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=276.616;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:77,0:77:3102:0:0:0,-23.1793,-276.952 0/1:68:49,19:49:1966:19:742:-46.6303,0,-155.126 dDocent_Contig_7336 55 . A T 430.769 . AB=0.244898;ABP=58.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=801;QR=2145;RO=62;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=137.642;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:38,5,14:38:1318:5,14:178,481:-27.6119,-24.5401,-130.174,0,-92.6198,-102.914 0|1:41:24,6,10:24:827:6,10:208,320:-18.5619,-8.86238,-74.2662,0,-50.2971,-64.1962 dDocent_Contig_7337 22 . T C 11109.3 . AB=0.458574;ABP=10.7464;AC=4;AF=1;AN=4;AO=238;CIGAR=1X1M;DP=519;DPB=519;DPRA=0;EPP=519.821;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9495;QR=2626;RO=66;RPL=0;RPP=519.821;RPPR=146.327;RPR=238;RUN=1;SAF=238;SAP=519.821;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:305:45,39,107,114:45:1796:39,107,114:1561,4245,4538:-561.587,-446.543,-582.716,-225.725,-245.048,-341.428,-201.494,-220.817,0,-315.09 1|1:214:21,2,67,124:21:830:2,67,124:79,2658,4957:-552.442,-552.263,-619.961,-339.984,-401.784,-388.116,-150.481,-212.281,0,-181.453 dDocent_Contig_7338 16 . A T 141.003 . AB=0.144928;ABP=78.5712;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=1.01471;EPP=24.725;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=4838;RO=126;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=276.616;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:59,10:59:2286:10:399:-15.4983,0,-185.165 0/0:68:67,0:67:2552:0:0:0,-20.169,-229.478 dDocent_Contig_7339 21 . T C 36911 . AB=0.815054;ABP=1205.71;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1137;CIGAR=1X;DP=1395;DPB=1395;DPRA=0;EPP=2471.97;EPPR=563.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99912;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45759;QR=10374;RO=258;RPL=0;RPP=2471.97;RPPR=563.25;RPR=1137;RUN=1;SAF=1137;SAP=2471.97;SAR=0;SRF=258;SRP=563.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:832:155,677:155:6230:677:27249:-2199.39,0,-309.975 0/1:563:103,460:103:4144:460:18510:-1494.81,0,-203.435 dDocent_Contig_7341 21 . T A 338.258 . AB=0.207317;ABP=64.0234;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.878788;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=703;QR=3946;RO=99;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=217.986;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:65,17:65:2577:17:662:-35.2237,0,-207.372 0/0:35:34,1:34:1369:1:41:0,-6.44148,-119.369 dDocent_Contig_7342 108 . G A 49.9734 . AB=0.15;ABP=45.5712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.647059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=214;QR=1158;RO=34;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=76.8404;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:634:4:142:-6.20558,0,-50.4488 0/1:17:15,2:15:524:2:72:-1.71921,0,-42.373 dDocent_Contig_7343 35 . T A 1352.54 . 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AB=0.453704;ABP=5.02092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=2X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1911;QR=1614;RO=41;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=92.0407;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:17,30,8:17:673:30,8:1161,319:-90.2342,0,-46.3509,-69.0807,-29.1123,-122.059 0|1:53:24,19,10:24:941:19,10:750,401:-54.4845,0,-71.6429,-28.6696,-44.3224,-103.027 dDocent_Contig_7346 107 . N C 55.3867 . 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AB=0.285714;ABP=61.6401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97619;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1686;QR=4147;RO=105;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=231.015;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:66,15:66:2612:15:598:-29.7717,0,-210.827 0/1:66:39,27:39:1535:27:1088:-78.3362,0,-118.524 dDocent_Contig_7349 148 . T A 58.1578 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.849057;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=2081;RO=53;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=118.098;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:844:1:41:0,-2.52809,-72.1784 0/1:37:32,5:32:1237:5:203:-7.51474,0,-100.455 dDocent_Contig_7350 163 . A G 158.56 . AB=0.150685;ABP=80.3802;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=676;QR=6289;RO=162;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=354.789;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=354.789;SRR=162;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:62,11:62:2407:11:432:-17.254,0,-194.802 0/0:106:100,6:100:3882:6:244:0,-9.57035,-327.044 dDocent_Contig_7351 12 . G A 5347.81 . AB=0.631229;ABP=48.0341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=190;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48.3895;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7489;QR=4398;RO=111;RPL=0;RPP=415.59;RPPR=244.044;RPR=190;RUN=1;SAF=190;SAP=415.59;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:61,70:61:2412:70:2775:-199.811,0,-177.79 0/1:170:50,120:50:1986:120:4714:-338.067,0,-127.762 dDocent_Contig_7352 12 . G A 31850.8 . AB=0.890909;ABP=733.02;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=965;CIGAR=1X;DP=1052;DPB=1052;DPRA=0;EPP=2098.48;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9927;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995855;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38371;QR=3496;RO=87;RPL=0;RPP=2098.48;RPPR=191.928;RPR=965;RUN=1;SAF=965;SAP=2098.48;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:502:27,475:27:1088:475:18947:-1605.45,-52.9109,0 0/1:550:60,490:60:2408:490:19424:-1581.03,0,-51.2959 dDocent_Contig_7354 48 . T C 90.7913 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1079;RO=29;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=65.983;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:386:4:159:-10.477,0,-30.8817 0/0:20:19,1:19:693:1:40:0,-2.02492,-58.6954 dDocent_Contig_7355 30 . A G 256.671 . AB=0.15;ABP=130.693;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.4706;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=713;QR=3973;RO=102;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=224.5;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:50,7:50:1934:7:272:-7.68356,0,-152.232 0/1:63:52,11:52:2039:11:441:-21.0804,0,-163.201 dDocent_Contig_7356 74 . T C 308.588 . AB=0.146497;ABP=173.422;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=582.793;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1189;QR=10105;RO=267;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=582.793;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=267;SRP=582.793;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:134,23:134:5061:23:880:-32.2568,0,-408.256 0/0:141:133,8:133:5044:8:309:0,-14.2725,-425.803 dDocent_Contig_7357 49 . T A 420.991 . AB=0.1;ABP=72.4974;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X4M2X3M1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=781;RO=22;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:9,0,2,0,9:9:316:0,2,0,9:0,54,0,352:-26.3574,-29.0667,-54.783,-25.3716,-51.0777,-50.4757,-29.0667,-54.783,-51.0777,-54.783,0,-25.8112,-22.1102,-25.8112,-23.1019 0|0:29:13,2,3,2,7:13:465:2,3,2,7:69,81,80,276:-18.8386,-20.7052,-58.0128,-17.1988,-53.0545,-54.2076,-16.1527,-52.0215,-48.517,-53.4775,0,-35.8962,-32.3905,-31.3544,-35.8443 dDocent_Contig_7358 21 . C A 95.1032 . AB=0.121622;ABP=95.0338;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=5519;RO=138;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=302.673;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:79:73,6:73:2924:6:244:0,-1.44254,-240.914 0/1:74:65,9:65:2595:9:368:-11.2091,0,-211.41 dDocent_Contig_7359 110 . T C 341.004 . AB=0.151111;ABP=240.898;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=526;DPB=526;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=1069.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995927;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1176;QR=16626;RO=491;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=1069.2;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=1069.2;SRR=491;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:301:300,1:300:10173:1:29:0,-87.7104,-912.691 0/1:225:191,34:191:6453:34:1147:-35.7994,0,-513.173 dDocent_Contig_7360 8 . T C 6468.34 . 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AB=0.251656;ABP=731.029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=342;CIGAR=1X;DP=1359;DPB=1359;DPRA=0;EPP=745.654;EPPR=2207.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12809;QR=39365;RO=1015;RPL=0;RPP=745.654;RPPR=2207.05;RPR=342;RUN=1;SAF=342;SAP=745.654;SAR=0;SRF=1015;SRP=2207.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:751:515,235:515:19911:235:8847:-569.783,0,-1564.37 0/1:608:500,107:500:19454:107:3962:-173.763,0,-1566.52 dDocent_Contig_7364 47 . G A 310.819 . AB=0.258621;ABP=32.3626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.813953;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=1706;RO=43;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=96.3836;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:1077:6:212:-9.48346,0,-87.2839 0/1:25:16,9:16:629:9:354:-24.6954,0,-49.4197 dDocent_Contig_7365 14 . G A 8932.54 . 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AB=0.629213;ABP=15.9171;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=66.2462;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2204;QR=1311;RO=33;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=74.6689;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=32;SRP=66.2462;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:17,28:17:676:28:1084:-84.2875,0,-47.624 0/1:44:16,28:16:635:28:1120:-87.8369,0,-44.2369 dDocent_Contig_7368 149 . C T 520.266 . AB=0.42;ABP=5.78978;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=772;QR=1049;RO=29;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=65.983;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:11,12:11:409:12:443:-33.2922,0,-30.2353 0/1:27:18,9:18:640:9:329:-21.8313,0,-49.7974 dDocent_Contig_7369 16 . G A 35.3311 . AB=0.0980392;ABP=146.157;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=487.249;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=455;QR=8622;RO=223;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=487.249;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=223;SRP=487.249;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:92,10:92:3566:10:392:-4.93093,0,-290.325 0/0:133:131,2:131:5056:2:63:0,-34.0547,-449.013 dDocent_Contig_7371 15 . T G 1584.06 . AB=0.619048;ABP=13.3506;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.6875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2069;QR=1305;RO=32;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=72.4974;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:18,21:18:731:21:837:-63.9021,0,-54.3739 0/1:45:14,31:14:574:31:1232:-97.6007,0,-38.4547 dDocent_Contig_7372 24 . G A 165.453 . AB=0.461538;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=916;RO=23;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=52.9542;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:633:1:40:0,-1.12183,-53.3013 0/1:13:7,6:7:283:6:242:-18.2439,0,-21.93 dDocent_Contig_7373 70 . C A 487.077 . AB=0.255556;ABP=49.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.782609;PAIREDR=0.731343;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=869;QR=2589;RO=67;RPL=13;RPP=3.86001;RPPR=10.3026;RPR=10;RUN=1;SAF=13;SAP=3.86001;SAR=10;SRF=26;SRP=10.3026;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:20,16:20:779:16:607:-44.1232,0,-59.5936 0/1:54:47,7:47:1810:7:262:-7.68137,0,-146.875 dDocent_Contig_7374 17 . A T 923.942 . AB=0.267606;ABP=36.3164;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=2X4M1X1M;DP=71;DPB=74.125;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=666;RO=17;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=39.9253;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:6,5,3,15,14:6:237:5,3,15,14:192,63,564,531:-66.9597,-52.9996,-71.0047,-64.8218,-68.5655,-83.4256,-24.0441,-27.79,-39.6188,-39.0422,-25.2162,-28.9622,-40.7907,0,-40.5165 0|0:27:11,0,0,11,5:11:429:0,0,11,5:0,0,410,199:-28.5314,-31.8428,-67.1145,-31.8428,-67.1145,-67.1145,0,-35.2577,-35.2577,-31.9464,-15.4448,-50.7251,-50.7251,-18.8705,-49.22 dDocent_Contig_7375 64 . C T 43.8985 . AB=0.11;ABP=135.123;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=6467;RO=180;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=393.875;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:89,11:89:3191:11:395:-5.78778,0,-257.29 0/0:95:91,4:91:3276:4:148:0,-14.9159,-281.359 dDocent_Contig_7376 61 . A T 291.906 . AB=0.0645161;ABP=54.0749;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2M1X3M;DP=57;DPB=59.3333;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.731707;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=1553;RO=41;RPL=1;RPP=3.0103;RPPR=5.60547;RPR=1;RUN=1;SAF=1;SAP=3.0103;SAR=1;SRF=17;SRP=5.60547;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:21,8,2:21:799:8,2:312,78:-19.3228,0,-63.1154,-19.2333,-59.1117,-84.1566 0|0:26:20,6,0:20:754:6,0:227,0:-12.9648,0,-60.3605,-18.9854,-62.1667,-80.7743 dDocent_Contig_7378 29 . C T 79.4093 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=2;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=920;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:367:0:0:0,-2.70927,-33.3953 0/1:18:14,4:14:553:4:163:-9.63989,0,-44.6908 dDocent_Contig_7379 7 . C A 760.452 . AB=0.118182;ABP=978.041;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=770;DPB=770;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=1475.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3447;QR=26103;RO=678;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=1475.27;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=678;SRP=1475.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:450:392,57:392:15082:57:2128:-56.475,0,-1221.38 0/1:320:286,34:286:11021:34:1319:-22.6671,0,-895.123 dDocent_Contig_7380 107 . N T 244.471 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:268:-24.4471,-2.40824,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7381 10 . A G 975.515 . 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AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.868421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=1293;RO=38;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=85.5263;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:17,2:17:566:2:70:-0.927826,0,-45.537 0/1:28:21,7:21:727:7:233:-12.8674,0,-57.323 dDocent_Contig_7386 70 . C A 483.023 . AB=0.277778;ABP=33.8935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=804;QR=2064;RO=52;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:36,15:36:1429:15:606:-39.5259,0,-113.512 0/1:21:16,5:16:635:5:198:-11.8734,0,-51.1611 dDocent_Contig_7387 11 . T G 1585.58 . AB=0.299517;ABP=75.2773;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=374;DPB=374;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=660.966;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2822;QR=12102;RO=303;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=660.966;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=303;SRP=660.966;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:207:145,62:145:5762:62:2468:-159.956,0,-456.064 0/0:167:158,9:158:6340:9:354:0,-18.0528,-538.103 dDocent_Contig_7388 16 . T G 172.49 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=1451;RO=39;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=87.6977;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:24,1:24:885:1:41:0,-3.43118,-75.8742 0/1:22:15,7:15:566:7:280:-18.948,0,-44.6579 dDocent_Contig_7390 19 . G T 1633.07 . 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AB=0.210526;ABP=30.668;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.703704;EPP=20.3821;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.73494;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=2904;RO=83;RPL=4;RPP=3.0103;RPPR=7.43173;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=48;SRP=7.43173;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:30,8:30:1060:8:279:-14.0099,0,-84.2709 0/0:54:53,0:53:1844:0:0:0,-15.9546,-166.07 dDocent_Contig_7395 7 . C A 8850.84 . 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AB=0.775926;ABP=360.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=419;CIGAR=1X3M;DP=540;DPB=540;DPRA=0;EPP=912.857;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16431;QR=3575;RO=92;RPL=419;RPP=912.857;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=419;SAP=912.857;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:319:43,20,254:43:1669:20,254:760,9973:-807.258,-757.885,-888.992,0,-74.8263,-60.6839 0|1:221:49,6,165:49:1906:6,165:240,6458:-516.175,-511.155,-665.977,0,-136.848,-106.949 dDocent_Contig_7397 1 . N G 839.899 . 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AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=13;DPB=13;DPRA=1.6;EPP=7.35324;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=437;RO=11;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=26.8965;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:8:6,2:6:237:2:82:-5.37144,0,-19.2941 0|0:5:5,0:5:200:0:0:0,-1.50515,-18.3793 dDocent_Contig_7402 45 . T C 3093.97 . AB=0.366013;ABP=50.7259;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974227;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4492;QR=7769;RO=194;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=424.276;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:73,39:73:2928:39:1560:-106.925,0,-229.894 0/1:194:121,73:121:4841:73:2932:-205.569,0,-377.175 dDocent_Contig_7403 9 . C T 899.881 . AB=0.278195;ABP=59.8441;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X2M3X2M;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.783784;PAIREDR=0.554217;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1437;QR=3237;RO=83;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=183.243;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:67:35,0,29:35:1363:0,29:0,1139:-83.1449,-93.6809,-205.697,0,-112.015,-103.285 0|1:66:48,7,8:48:1874:7,8:280,298:-9.92948,-1.30491,-153.258,0,-130.978,-151.636 dDocent_Contig_7404 107 . N T 55.8008 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:25:-2.37497,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 dDocent_Contig_7405 13 . A T 1872.56 . AB=0.0596026;ABP=257.389;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1M2D3X2M1X;DP=151;DPB=149;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.786667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=2924;RO=75;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=165.871;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:92:48,5,38:48:1857:5,38:199,1500:-108.947,-107.01,-258.019,0,-136.122,-141.069 0|0:59:27,4,27:27:1067:4,27:156,1086:-81.4064,-76.7124,-163.311,0,-75.0105,-79.7054 dDocent_Contig_7406 142 . C T 432.198 . AB=0.290323;ABP=26.6864;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=714;QR=1770;RO=44;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=98.5551;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:20,11:20:814:11:441:-30.7136,0,-64.2428 0/1:31:24,7:24:956:7:273:-15.6031,0,-77.0111 dDocent_Contig_7407 98 . N C 94.6236 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=95;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:27:-2.69978,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_7408 77 . T G 1872.23 . 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AB=0.165554;ABP=730.703;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=162;CIGAR=1X;DP=1545;DPB=1545;DPRA=0;EPP=354.789;EPPR=2999.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6298;QR=54699;RO=1380;RPL=0;RPP=354.789;RPPR=2999.64;RPR=162;RUN=1;SAF=0;SAP=354.789;SAR=162;SRF=0;SRP=2999.64;SRR=1380;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:749:625,124:625:24897:124:4810:-207.369,0,-2013.04 0/0:796:755,38:755:29802:38:1488:0,-104.756,-2545.39 dDocent_Contig_7411 62 . G T 56.8884 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.857143;EPP=13.8677;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.767123;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2871;RO=73;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:1204:5:195:-7.08678,0,-97.8012 0/0:42:42,0:42:1667:0:0:0,-12.6433,-150.264 dDocent_Contig_7412 19 . T A 618.161 . AB=0.138329;ABP=397.261;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=904;DPB=904;DPRA=0.62298;EPP=107.241;EPPR=1861.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992991;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1864;QR=34296;RO=856;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=1861.79;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=856;SRP=1861.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:557:557,0:557:22310:0:0:0,-167.674,-2005.95 0/1:347:299,48:299:11986:48:1864:-63.515,0,-973.402 dDocent_Contig_7413 39 . C A 144.332 . AB=0.152941;ABP=91.9385;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=541;QR=6010;RO=153;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=335.246;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:81,2:81:3171:2:81:0,-17.2998,-277.794 0/1:85:72,13:72:2839:13:460:-16.1321,0,-230.043 dDocent_Contig_7415 15 . T C 9457.7 . AB=0.821229;ABP=323.879;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=294;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=641.423;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989796;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11745;QR=2579;RO=64;RPL=0;RPP=641.423;RPPR=141.985;RPR=294;RUN=1;SAF=294;SAP=641.423;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:24,134:24:961:134:5349:-433.701,0,-39.2281 0/1:200:40,160:40:1618:160:6396:-515.166,0,-85.6418 dDocent_Contig_7416 94 . T C 140.952 . AB=0.164384;ABP=74.4309;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986928;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=5398;RO=153;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=335.246;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:93:92,1:92:3252:1:36:0,-24.3975,-289.297 0/1:73:61,12:61:2146:12:416:-15.7942,0,-171.426 dDocent_Contig_7417 87 . G A 105.044 . AB=0.162791;ABP=87.9502;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=1.43333;EPP=33.4109;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=420;QR=3655;RO=132;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=289.645;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:60,0:60:1635:0:0:0,-18.0618,-147.399 0/1:86:72,14:72:2020:14:420:-12.2034,0,-156.156 dDocent_Contig_7418 19 . G A 178.562 . AB=0.123188;ABP=173.203;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=232.163;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.842975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=4787;RO=121;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=265.758;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=117;SRP=232.163;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:73,12:73:2893:12:483:-18.2335,0,-234.898 0/1:53:48,5:48:1894:5:203:-2.69847,0,-154.708 dDocent_Contig_7420 119 . C T 934.336 . AB=0.43617;ABP=6.33681;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878049;PAIREDR=0.830189;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1380;QR=1827;RO=53;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=118.098;RPR=41;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:19,20:19:660:20:671:-48.962,0,-47.9836 0/1:55:34,21:34:1167:21:709:-47.5684,0,-88.7778 dDocent_Contig_7422 12 . T A 29368.6 . 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G A 6419.5 . AB=0.894737;ABP=311.588;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995098;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7929;QR=944;RO=24;RPL=204;RPP=445.991;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:10,101:10:395:101:3909:-318.417,0,-2.49212 0/1:117:14,103:14:549:103:4020:-326.596,0,-14.5286 dDocent_Contig_7425 43 . A C 873.119 . AB=0.0875;ABP=239.484;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X1M;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.891791;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=10320;RO=268;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=584.965;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:170:162,2,1:162:6253:2,1:81,41:0,-42.074,-554.99,-45.3762,-552.208,-558.586 0|1:160:106,37,14:106:4067:37,14:1469,570:-89.0108,0,-322.632,-73.8962,-286.746,-403.459 dDocent_Contig_7426 19 . G C 83.3991 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0.462963;EPP=13.8677;EPPR=155.131;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.6;MQMR=59.973;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.986486;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=2937;RO=74;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=163.699;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=73;SRP=155.131;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2154:0:0:0,-16.2556,-194.038 0/1:25:20,5:20:783:5:196:-10.0389,0,-63.2509 dDocent_Contig_7427 115 . C T 344.704 . AB=0.470588;ABP=3.26577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=619;RO=18;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=42.0968;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:12,9:12:410:9:280:-19.1807,0,-30.9069 0/1:13:6,7:6:209:7:244:-18.3867,0,-15.2377 dDocent_Contig_7428 46 . C T 413.02 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=7;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2497;QR=34;RO=1;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=5.18177;RPR=0;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:28:1,27:1:34:27:1017:-16.372,-7.72953,0 1/1:39:0,39:0:0:39:1480:-24.629,-11.7402,0 dDocent_Contig_7430 147 . A G 970.134 . AB=0.615385;ABP=9.02361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1279;QR=807;RO=20;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:9,11:9:363:11:423:-32.3944,0,-27.013 0/1:32:11,21:11:444:21:856:-67.7159,0,-30.6817 dDocent_Contig_7431 107 . N A 96.7226 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26836,-0.60206,0 dDocent_Contig_7432 129 . G A 1206.38 . AB=0.142857;ABP=111.584;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M1X1M2X2M1X2M1X2M1X2M1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=19.7143;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=1297;RO=38;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=85.5263;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:65:15,9,40:15:505:9,40:299,1462:-115.076,-106.648,-144.85,0,-28.0728,-28.9537 0|0:33:23,5,5:23:792:5,5:165,189:-8.65897,-8.27637,-71.0743,0,-57.0807,-62.9457 dDocent_Contig_7433 11 . A G 251.22 . AB=0.147826;ABP=126.898;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0.845588;EPP=39.9253;EPPR=511.135;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=679;QR=9224;RO=234;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=511.135;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=234;SRP=511.135;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:136:136,0:136:5357:0:0:0,-40.9401,-482.02 0/1:115:98,17:98:3867:17:679:-26.8209,0,-313.433 dDocent_Contig_7434 55 . G T 596.704 . AB=0.353846;ABP=15.0703;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=907;QR=1648;RO=42;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:18,14:18:704:14:548:-40.0285,0,-54.0513 0/1:33:24,9:24:944:9:359:-22.7387,0,-75.3342 dDocent_Contig_7435 209 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7436 104 . N A 665.826 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=21;CIGAR=4X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.47619;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:172:-15.8184,-1.50515,0 1|1:17:0,16:0:0:16:558:-50.463,-4.81648,0 dDocent_Contig_7438 114 . C A 437.491 . AB=0.354167;ABP=11.8771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=1252;RO=31;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:8,14:8:324:14:554:-43.5719,0,-22.9067 0/1:26:23,3:23:928:3:119:-3.26823,0,-75.9964 dDocent_Contig_7440 25 . C A 972.4 . AB=0.153465;ABP=424.405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=1153;DPB=1153;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=2280.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970874;PAIREDR=0.998093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4083;QR=41746;RO=1049;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=2280.88;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=1049;SRP=2280.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:749:708,41:708:28181:41:1633:0,-78.2677,-2386.6 0/1:404:341,62:341:13565:62:2450:-98.939,0,-1098.15 dDocent_Contig_7441 9 . C T 277.535 . AB=0.13198;ABP=234.763;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.637427;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=6625;RO=171;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=374.332;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:97,17:97:3752:17:645:-24.0651,0,-303.466 0/1:83:74,9:74:2873:9:349:-6.78527,0,-233.75 dDocent_Contig_7442 77 . G C 167.474 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=18M1X;DP=55;DPB=54.8421;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=350;QR=1532;RO=39;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:26,2,2:26:1023:2,2:81,78:0,-1.11436,-84.765,-1.38671,-78.954,-85.0333 0|1:21:13,1,7:13:509:1,7:38,272:-18.4458,-19.2438,-60.7981,0,-38.7484,-39.7569 dDocent_Contig_7443 45 . A C 2329.74 . AB=0.195205;ABP=474.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=584;DPB=584;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=1014.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991228;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4573;QR=18706;RO=470;RPL=0;RPP=250.558;RPPR=1014.93;RPR=114;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=470;SRP=1023.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:267:239,28:239:9499:28:1115:-20.2534,0,-773.965 0/1:317:231,86:231:9207:86:3458:-215.817,0,-732.639 dDocent_Contig_7444 179 . T A 998.069 . 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AB=0.107843;ABP=139.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.8519;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.166667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=374;QR=5314;RO=162;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=354.789;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=354.789;SRR=162;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:102:85,11,5:85:2775:11,5:374,178:-4.77052,0,-220.777,-15.839,-209.579,-238.413 0|0:88:77,0,10:77:2539:0,10:0,341:-4.48939,-27.6687,-232.917,0,-205.247,-202.237 dDocent_Contig_7446 31 . C T 2395.78 . AB=0.47486;ABP=3.99292;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=3M1D3M1X5M;DP=179;DPB=167.769;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=47.4706;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.152941;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3154;QR=1047;RO=27;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=61.6401;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:106:16,0,2,6,60,0,2:16:622:0,2,6,60,0,2:0,79,233,2262,0,80:-176.143,-180.959,-232.072,-174.507,-225.62,-225.018,-161.813,-212.927,-206.475,-211.121,0,-51.1153,-44.6631,-31.9694,-33.0535,-180.959,-232.072,-225.62,-212.927,-51.1153,-232.072,-174.394,-225.508,-219.056,-206.362,-44.5502,-225.508,-224.906 0|1:73:11,5,6,0,25,4,9:11:425:5,6,0,25,4,9:187,135,0,892,148,342:-66.5326,-55.4269,-88.836,-60.6927,-81.1892,-93.7984,-69.8439,-90.3412,-95.6046,-104.758,0,-20.5015,-25.7729,-34.918,-27.3923,-58.8115,-79.3092,-84.5734,-93.7256,-23.8864,-92.5214,-41.7974,-62.2964,-67.5618,-76.7132,-6.87099,-65.681,-74.004 dDocent_Contig_7448 24 . G A 25384.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=844;CIGAR=1X;DP=919;DPB=919;DPRA=0;EPP=1758.39;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=52.6919;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.669431;PAIREDR=0.0273973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32494;QR=2863;RO=73;RPL=0;RPP=1835.73;RPPR=161.528;RPR=844;RUN=1;SAF=835;SAP=1758.39;SAR=9;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:472:39,432:39:1531:432:16623:-1309.86,-3.85782,0 1/1:447:34,412:34:1332:412:15871:-1228.25,-14.5065,0 dDocent_Contig_7449 105 . N A 40.4282 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=3X;DP=3;DPB=21.6667;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=14;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=28;PQA=882;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-1.96036,-0.60206,0 1|1:1:0,1:0:0:1:32:-1.77218,-0.30103,0 dDocent_Contig_7450 15 . G T 591.88 . AB=0.158537;ABP=252.147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1508;QR=8239;RO=207;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=452.505;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:121,16:121:4818:16:594:-12.5325,0,-392.279 0/1:109:86,23:86:3421:23:914:-49.7524,0,-275.12 dDocent_Contig_7451 150 . A G 2790.06 . AB=0.819048;ABP=95.8459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930233;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3481;QR=745;RO=19;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=44.2683;RPR=86;RUN=1;SAF=0;SAP=189.757;SAR=86;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:10,44:10:382:44:1787:-144.778,0,-18.4629 0/1:51:9,42:9:363:42:1694:-137.324,0,-17.6806 dDocent_Contig_7452 7 . C A 1191.27 . AB=0.444444;ABP=5.66432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.704545;PAIREDR=0.690909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1682;QR=2117;RO=55;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=122.441;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:27,26:27:1045:26:990:-73.4573,0,-78.4032 0/1:46:28,18:28:1072:18:692:-48.7669,0,-82.9375 dDocent_Contig_7453 98 . N A 1293.57 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1427;QR=0;RO=0;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:540:-48.922,-4.81648,0 1/1:27:0,27:0:0:27:887:-80.1338,-8.12781,0 dDocent_Contig_7454 37 . G A 162.695 . AB=0.222222;ABP=27.1378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1;EPP=20.3821;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2527;RO=64;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=141.985;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1427:0:0:0,-10.8371,-128.68 0/1:36:28,8:28:1100:8:316:-17.9685,0,-88.4524 dDocent_Contig_7456 209 . N G 224.296 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:245:-22.4295,-1.80618,0 dDocent_Contig_7457 141 . T C 129.436 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0.679245;EPP=18.2106;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.804878;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=3241;RO=82;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=181.071;SRR=82;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2095:0:0:0,-15.9546,-188.739 0/1:36:29,7:29:1146:7:279:-14.6426,0,-92.5902 dDocent_Contig_7458 29 . T C 11310.3 . AB=0.79803;ABP=159.624;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=346;CIGAR=1X;DP=402;DPB=402;DPRA=0;EPP=754.34;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13874;QR=2209;RO=56;RPL=0;RPP=754.34;RPPR=124.613;RPR=346;RUN=1;SAF=346;SAP=754.34;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:203:41,162:41:1608:162:6501:-523.685,0,-83.8375 1/1:199:15,184:15:601:184:7373:-608.741,-5.48063,0 dDocent_Contig_7459 83 . T A 559.747 . AB=0.536585;ABP=3.48696;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=966;RO=30;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:19,22:19:641:22:771:-57.3684,0,-45.6622 0/0:12:11,1:11:325:1:36:0,-0.0140849,-25.9372 dDocent_Contig_7460 91 . A T 356.7 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=1.36842;EPP=31.2394;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=495;QR=1213;RO=32;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:13,13:13:488:13:495:-37.068,0,-36.4372 0/0:19:19,0:19:725:0:0:0,-5.71957,-65.5798 dDocent_Contig_7461 63 . T C 1077.14 . AB=0.269461;ABP=80.1041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=11.1333;EPP=100.727;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1772;QR=5333;RO=136;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:14,0:14:527:0:0:0,-4.21442,-47.6559 0/1:167:122,45:122:4806:45:1772:-109.413,0,-382.166 dDocent_Contig_7462 13 . T C 38.8517 . 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AB=0.173077;ABP=99.5573;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.741176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=3383;RO=85;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=187.585;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:42,7:42:1667:7:283:-11.0925,0,-135.508 0/1:55:43,11:43:1716:11:447:-24.0481,0,-138.133 dDocent_Contig_7464 53 . T C 6760.27 . AB=0.248485;ABP=637.646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=287;CIGAR=1X;DP=1155;DPB=1155;DPRA=0;EPP=626.223;EPPR=1885.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11411;QR=33120;RO=867;RPL=287;RPP=626.223;RPPR=1885.68;RPR=0;RUN=1;SAF=287;SAP=626.223;SAR=0;SRF=867;SRP=1885.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:718:518,200:518:19739:200:7935:-497.593,0,-1559.16 0/1:437:349,87:349:13381:87:3476:-181.532,0,-1072.21 dDocent_Contig_7465 69 . T A 587.244 . AB=0.16087;ABP=232.771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1449;QR=7691;RO=193;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=422.104;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:108,24:108:4301:24:932:-44.4471,0,-347.302 0/1:98:85,13:85:3390:13:517:-17.3742,0,-275.643 dDocent_Contig_7466 33 . C G 39.7354 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0.571429;EPP=7.35324;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=786;RO=20;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=46.4397;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:217:2:82:-5.37144,0,-17.4624 0/0:14:14,0:14:569:0:0:0,-4.21442,-51.5523 dDocent_Contig_7467 171 . A G 3066.74 . AB=0.385666;ABP=36.279;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4418;QR=6766;RO=180;RPL=113;RPP=248.387;RPPR=393.875;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=248.387;SAR=113;SRF=0;SRP=393.875;SRR=180;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:89,58:89:3312:58:2258:-159.143,0,-253.955 0/1:146:91,55:91:3454:55:2160:-150.628,0,-267.021 dDocent_Contig_7468 107 . N T 1185.26 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1307;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=0;RPR=42;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0,22:0:0:22:658:-59.5068,-6.62266,0 1/1:20:0,20:0:0:20:649:-58.7185,-6.0206,0 dDocent_Contig_7469 68 . T C 37033.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1111;CIGAR=1X4M;DP=1232;DPB=1232;DPRA=0;EPP=2415.52;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42270;QR=1086;RO=29;RPL=1111;RPP=2415.52;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=1111;SAP=2415.52;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:627:11,33,577:11:414:33,577:1236,22010:-1941.78,-1843.88,-1867.86,-139.768,-72.4472,0 1|1:605:18,48,534:18:672:48,534:1805,20260:-1761.26,-1618.82,-1659.38,-105.734,-12.8644,0 dDocent_Contig_7470 66 . T C 92.0071 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.72727;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=2124;RO=54;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:852:0:0:0,-6.62266,-76.9894 0/1:38:32,6:32:1272:6:244:-10.8997,0,-103.309 dDocent_Contig_7471 63 . G A 4355.24 . AB=0.754386;ABP=35.049;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=133;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=291.816;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5285;QR=798;RO=21;RPL=133;RPP=291.816;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=133;SAP=291.816;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:14,43:14:559:43:1711:-137.059,0,-33.4942 1/1:97:7,90:7:239:90:3574:-299.863,-7.36901,0 dDocent_Contig_7473 91 . T A 5353.66 . AB=0.792969;ABP=193.862;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6834;QR=1762;RO=53;RPL=203;RPP=443.819;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:20,105:20:667:105:3503:-277.871,0,-22.7125 0/1:131:33,98:33:1095:98:3331:-260.591,0,-59.4137 dDocent_Contig_7474 78 . G T 174.733 . AB=0.184211;ABP=68.8402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.491803;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=473;QR=2183;RO=61;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:977:4:140:-3.613,0,-78.911 0/1:45:34,10:34:1206:10:333:-16.9545,0,-95.5099 dDocent_Contig_7475 9 . A G 47.6364 . AB=0.130435;ABP=57.5803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=51.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1469;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:16,2:16:613:2:78:-1.50422,0,-49.7155 0|1:27:22,4:22:856:4:158:-6.34225,0,-69.159 dDocent_Contig_7476 52 . T C 7323.28 . AB=0.794521;ABP=223.013;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=232;CIGAR=1X3M;DP=292;DPB=292.5;DPRA=0;EPP=506.792;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.99569;PAIREDR=1;PAO=1;PQA=36;PQR=0;PRO=0;QA=9035;QR=1436;RO=41;RPL=232;RPP=506.792;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=232;SAP=506.792;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:161:13,15,130:13:468:15,130:533,5086:-419.492,-379.982,-413.649,-5.23845,0,-4.2943 0|1:131:28,1,102:28:968:1,102:37,3949:-315.932,-321.334,-399.678,0,-75.6025,-47.9253 dDocent_Contig_7477 10 . T A 7541.41 . AB=0.375867;ABP=99.5098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=271;CIGAR=1X;DP=721;DPB=721;DPRA=0;EPP=591.479;EPPR=980.173;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9711;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10829;QR=17969;RO=450;RPL=0;RPP=591.479;RPPR=980.173;RPR=271;RUN=1;SAF=271;SAP=591.479;SAR=0;SRF=450;SRP=980.173;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:331:189,142:189:7540:142:5670:-410.468,0,-578.562 0/1:390:261,129:261:10429:129:5159:-346.77,0,-820.53 dDocent_Contig_7478 16 . T C 213.84 . AB=0.123377;ABP=192.746;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=1.12409;EPP=44.2683;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981618;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=768;QR=10741;RO=272;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=593.651;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:137:137,0:137:5398:0:0:0,-41.2411,-485.678 0/1:154:135,19:135:5343:19:768:-23.083,0,-434.359 dDocent_Contig_7479 31 . C T 240.431 . AB=0.134021;ABP=228.709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=943;QR=6701;RO=168;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=367.818;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:85,17:85:3368:17:593:-22.9734,0,-272.471 0/1:92:83,9:83:3333:9:350:-4.16581,0,-272.325 dDocent_Contig_7480 38 . T C 55.3027 . 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AB=0.25641;ABP=43.2104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0.509804;EPP=46.4397;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=750;QR=8092;RO=211;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=461.191;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:58,20:58:2216:20:750:-44.3465,0,-176.183 0/0:153:153,0:153:5876:0:0:0,-46.0576,-528.792 dDocent_Contig_7482 40 . T A 183.068 . AB=0.0909091;ABP=66.97;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=8M1X4M;DP=44;DPB=44.3077;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1056;RO=27;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=61.6401;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:15,0,2,3:15:584:0,2,3:0,67,120:-5.40801,-9.92346,-57.9311,-4.52314,-52.5105,-51.9084,0,-48.0439,-42.6241,-47.1408 0|0:24:12,4,6,1:12:472:4,6,1:136,238,41:-15.9957,-8.59902,-46.2177,0,-27.8301,-37.0405,-16.2212,-44.037,-35.461,-54.7553 dDocent_Contig_7483 122 . A G 1644.52 . AB=0.580357;ABP=9.29206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2230;QR=1323;RO=46;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=102.898;RPR=65;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:12,32:12:366:32:1099:-85.6226,0,-19.6468 0/1:67:34,33:34:957:33:1131:-81.9263,0,-66.2262 dDocent_Contig_7484 44 . G T 33.0407 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1556;RO=39;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=87.6977;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:680:3:115:-4.70178,0,-55.5101 0/0:23:22,1:22:876:1:40:0,-2.92801,-75.1521 dDocent_Contig_7486 142 . C T 83.532 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=635;RO=18;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=42.0968;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:315:2:71:-3.43073,0,-25.377 0/1:13:9,4:9:320:4:129:-8.01537,0,-25.229 dDocent_Contig_7487 20 . G A 2653.42 . AB=0.295775;ABP=54.4528;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=2X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1681;QR=1026;RO=26;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=59.4686;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:60:10,25,0,25:10:385:25,0,25:999,0,1007:-130.678,-51.4076,-75.4824,-133.689,-83.0082,-165.292,-50.6916,0,-82.293,-74.7673 1|0:82:16,17,6,42:16:641:17,6,42:682,234,1689:-137.76,-86.384,-134.074,-123.346,-119.961,-174.347,-3.38559,0,-36.964,-43.5506 dDocent_Contig_7488 7 . C T 2126.09 . AB=0.0757576;ABP=209.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=4X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=1113;RO=29;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=65.983;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:69:15,6,13,35,0:15:583:6,13,35,0:232,484,1291,0:-101.053,-86.5097,-132.617,-65.9515,-94.8078,-109.952,0,-28.8571,-8.30424,-37.3786,-105.568,-134.424,-113.866,-47.9146,-153.481 0|0:63:14,4,3,38,4:14:530:4,3,38,4:152,117,1449,147:-114.653,-106.402,-148.648,-109.25,-140.233,-151.796,0,-30.9844,-33.8314,-32.0115,-106.909,-137.892,-140.74,-31.4924,-149.154 dDocent_Contig_7490 132 . G T 31619.9 . AB=0.871649;ABP=1479.87;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1073;CIGAR=1X;DP=1231;DPB=1231;DPRA=0;EPP=2333;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998136;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39303;QR=5977;RO=158;RPL=0;RPP=2333;RPPR=346.103;RPR=1073;RUN=1;SAF=0;SAP=2333;SAR=1073;SRF=0;SRP=346.103;SRR=158;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:675:80,595:80:3052:595:21894:-1766.3,0,-71.6486 0/1:556:78,478:78:2925:478:17409:-1398.79,0,-96.0431 dDocent_Contig_7491 38 . G T 86.5637 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0.931034;EPP=13.8677;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.46;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2010;RO=50;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:21,5:21:842:5:199:-10.0543,0,-67.8545 0/0:29:29,0:29:1168:0:0:0,-8.72987,-105.397 dDocent_Contig_7492 40 . T A 16057 . AB=0.812102;ABP=534.343;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=510;CIGAR=1X;DP=628;DPB=628;DPRA=0;EPP=1110.46;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998039;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19990;QR=4623;RO=117;RPL=0;RPP=1110.46;RPPR=257.073;RPR=510;RUN=1;SAF=510;SAP=1110.46;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:342:68,273:68:2698:273:10639:-853.837,0,-139.889 0/1:286:49,237:49:1925:237:9351:-754.957,0,-87.3559 dDocent_Contig_7495 112 . C T 199.938 . AB=0.125;ABP=208.214;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=1.36585;EPP=48.6112;EPPR=589.308;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=796;QR=9672;RO=270;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=589.308;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=589.308;SRR=270;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:168:147,21:147:5340:21:796:-21.3917,0,-430.071 0/0:123:123,0:123:4332:0:0:0,-37.0267,-390.048 dDocent_Contig_7496 209 . N G 158.631 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 dDocent_Contig_7497 75 . T C 3391.21 . AB=0.570048;ABP=11.8326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=118;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=259.244;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.915254;PAIREDR=0.88764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4490;QR=3198;RO=89;RPL=118;RPP=259.244;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=118;SAP=259.244;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:54,48:54:1943:48:1805:-131.99,0,-144.407 0/1:105:35,70:35:1255:70:2685:-210.228,0,-81.6237 dDocent_Contig_7498 133 . A C 3938.63 . AB=0.612403;ABP=31.3236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5268;QR=3445;RO=100;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=220.158;RPR=158;RUN=1;SAF=0;SAP=346.103;SAR=158;SRF=0;SRP=220.158;SRR=100;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:63,86:63:2172:86:2875:-214.142,0,-150.892 0/1:109:37,72:37:1273:72:2393:-182.818,0,-82.0584 dDocent_Contig_7499 48 . C A 1242.97 . AB=0.343066;ABP=32.3173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.744681;PAIREDR=0.788889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1867;QR=3571;RO=90;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=198.443;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:50,27:50:1976:27:1062:-72.6903,0,-154.852 0/1:60:40,20:40:1595:20:805:-54.7036,0,-125.721 dDocent_Contig_7500 74 . A T 77.5093 . AB=0.15;ABP=45.5712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1M3I1X1M1X;DP=40;DPB=44.5;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.741935;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=1210;RO=31;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:20,2,0:20:777:2,0:80,0:-0.969131,0,-63.6291,-6.98973,-64.2312,-70.8224 0|1:18:11,4,3:11:433:4,3:155,122:-9.41078,0,-34.4068,-2.65072,-25.545,-37.3732 dDocent_Contig_7502 175 . C A 209.525 . 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AB=0.157754;ABP=383.517;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=901;DPB=901;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=1768.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3190;QR=29251;RO=813;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=1768.42;RPR=88;RUN=1;SAF=0;SAP=194.1;SAR=88;SRF=0;SRP=1768.42;SRR=813;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:527:498,29:498:17884:29:1053:0,-63.563,-1514 0/1:374:315,59:315:11367:59:2137:-80.0031,0,-910.275 dDocent_Contig_7505 83 . C T 178.85 . AB=0.101072;ABP=905.654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=1365;DPB=1365;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=2762.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999213;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3388;QR=45936;RO=1271;RPL=94;RPP=207.129;RPPR=2762.95;RPR=0;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=1271;SRP=2762.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:712:684,28:684:24627:28:989:0,-125.019,-2126.28 0/1:653:587,66:587:21309:66:2399:-19.584,0,-1720.56 dDocent_Contig_7506 98 . N G 209.349 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:63:-5.87895,-0.90309,0 1/1:6:0,6:0:0:6:161:-14.7543,-1.80618,0 dDocent_Contig_7507 11 . A G 864.74 . AB=0.492063;ABP=3.04477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=3X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.3226;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1200;QR=1277;RO=32;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=72.4974;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:22,23:22:871:23:891:-66.8538,0,-65.1523 0|1:18:10,8:10:406:8:309:-22.7171,0,-31.4819 dDocent_Contig_7508 37 . T A 1052.32 . AB=0.277419;ABP=69.7095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.953488;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1713;QR=4138;RO=111;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=244.044;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:59,21:59:2160:21:847:-52.46,0,-170.542 0/1:75:52,22:52:1978:22:866:-55.8693,0,-155.881 dDocent_Contig_7509 25 . G T 2277.96 . AB=0.385593;ABP=29.8409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.934066;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3349;QR=5676;RO=145;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=317.874;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:70,67:70:2735:67:2460:-180.374,0,-205.043 0/1:99:75,24:75:2941:24:889:-50.5189,0,-235.018 dDocent_Contig_7510 26 . T G 7988 . AB=0.236951;ABP=878.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=345;CIGAR=1X;DP=1456;DPB=1456;DPRA=0;EPP=752.168;EPPR=2413.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13786;QR=44497;RO=1110;RPL=0;RPP=752.168;RPPR=2413.34;RPR=345;RUN=1;SAF=345;SAP=752.168;SAR=0;SRF=1110;SRP=2413.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:812:621,191:621:24943:191:7601:-439.264,0,-1998.14 0/1:644:489,154:489:19554:154:6185:-362.633,0,-1564.41 dDocent_Contig_7511 12 . A G 233.667 . AB=0.184615;ABP=59.1679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=491;QR=2083;RO=53;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=118.098;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:34,3:34:1346:3:123:-0.326678,0,-110.26 0/1:28:19,9:19:737:9:368:-25.0565,0,-58.2151 dDocent_Contig_7512 12 . A T 331.529 . AB=0.161538;ABP=132.363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X4M1D7M;DP=130;DPB=127.923;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=52.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=815;QR=3942;RO=100;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=220.158;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:62:45,0,15:45:1769:0,15:0,587:-34.1109,-47.6572,-193.169,0,-145.527,-141.012 0|1:68:55,4,6:55:2173:4,6:162,228:-2.05193,-5.24925,-182.903,0,-165.513,-177.048 dDocent_Contig_7513 33 . C A 14160.7 . AB=0.207947;ABP=562.361;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=157;CIGAR=1X4M;DP=755;DPB=758.2;DPRA=0;EPP=326.781;EPPR=305.363;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.917197;PAIREDR=0.940397;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6256;QR=5960;RO=151;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=330.903;RPR=157;RUN=1;SAF=155;SAP=326.781;SAR=2;SRF=148;SRP=305.363;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:424:45,321,57:45:1785:321,57:12599,2277:-1063.2,-40.6097,-90.9103,-889.204,0,-1018.98 0|1:331:106,120,100:106:4175:120,100:4716,3979:-355.971,0,-307.326,-60.2793,-15.8497,-373.628 dDocent_Contig_7516 98 . N T 97.0418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_7517 11 . T A 282.44 . AB=0.173469;ABP=93.769;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5309;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=3144;RO=81;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=178.9;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:42,7:42:1632:7:280:-10.8213,0,-131.023 0/1:49:39,10:39:1512:10:388:-20.5196,0,-121.591 dDocent_Contig_7518 58 . A G 126.821 . AB=0.121212;ABP=126.389;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=209;DPB=209;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=411.247;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994681;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=847;QR=7421;RO=188;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=411.247;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=188;SRP=411.247;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:110:101,9:101:3976:9:360:0,-0.350017,-325.069 0/1:99:87,12:87:3445:12:487:-14.3791,0,-280.309 dDocent_Contig_7520 14 . G A 15270.7 . AB=0.0621622;ABP=1235.19;AC=0;AF=0;AN=4;AO=46;CIGAR=2X;DP=740;DPB=740;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=47.2391;MQMR=59.5766;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.869565;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1823;QR=4341;RO=111;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=244.044;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:392:63,26,21,266:63:2479:26,21,266:1014,830,10678:-811.643,-768.564,-962.307,-771.587,-911.112,-966.835,0,-139.563,-142.578,-121.524 0|0:348:48,21,25,231:48:1862:21,25,231:827,993,9235:-718.525,-690.03,-836.666,-665.213,-775.226,-810.646,0,-110.056,-85.2276,-83.4538 dDocent_Contig_7521 9 . A T 890.476 . AB=0.12009;ABP=1120.01;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=1888;DPB=1888;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=3585.94;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=40;MQMR=46.6418;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987342;PAIREDR=0.975758;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6039;QR=62685;RO=1650;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=3585.94;RPR=158;RUN=1;SAF=158;SAP=346.103;SAR=0;SRF=1650;SRP=3585.94;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:997:904,51:904:34363:51:1930:0,-125.112,-2775.62 0/1:891:746,107:746:28322:107:4109:-90.7466,0,-2133.46 dDocent_Contig_7523 23 . G A 610.489 . AB=0.146758;ABP=320.571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=545.878;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1686;QR=9903;RO=250;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=545.878;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=250;SRP=545.878;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:142:127,15:127:4997:15:580:-9.77634,0,-406.894 0/1:151:123,28:123:4906:28:1106:-54.3695,0,-395.992 dDocent_Contig_7524 8 . T A 1651.44 . 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AB=0.584071;ABP=9.94748;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=231;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=504.62;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7511;QR=1558;RO=53;RPL=0;RPP=504.62;RPPR=118.098;RPR=231;RUN=1;SAF=0;SAP=504.62;SAR=231;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:172:7,165:7:213:165:5337:-461.029,-32.3067,0 0/1:113:46,66:46:1345:66:2174:-161.873,0,-87.2607 dDocent_Contig_7526 10 . G A 352.967 . 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AB=0.126214;ABP=128.007;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=1.9434;EPP=31.2394;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993007;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=482;QR=5701;RO=143;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=313.531;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2088:0:0:0,-15.9546,-188.099 0/1:103:90,13:90:3613:13:482:-12.6937,0,-294.186 dDocent_Contig_7535 95 . T C 11491.9 . AB=0.402619;ABP=103.666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=492;CIGAR=1X;DP=1222;DPB=1222;DPRA=0;EPP=1071.37;EPPR=1588.19;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16889;QR=24936;RO=730;RPL=492;RPP=1071.37;RPPR=1588.19;RPR=0;RUN=1;SAF=492;SAP=1071.37;SAR=0;SRF=730;SRP=1588.19;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:725:448,277:448:15280:277:9476:-634.626,0,-1156.8 0/1:497:282,215:282:9656:215:7413:-517.66,0,-719.46 dDocent_Contig_7536 31 . C G 304.806 . 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T A 1751.26 . AB=0.618557;ABP=14.8527;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2299;QR=1392;RO=36;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=81.1833;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:22,28:22:849:28:1064:-80.6257,0,-61.2918 0/1:46:14,32:14:543:32:1235:-97.5967,0,-35.3686 dDocent_Contig_7544 139 . G T 165.543 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.657895;EPP=18.2106;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.696429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=2282;RO=56;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:732:7:279:-17.9522,0,-58.6767 0/0:38:38,0:38:1550:0:0:0,-11.4391,-139.729 dDocent_Contig_7546 111 . T A 654.674 . AB=0.571429;ABP=5.18177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=919;QR=675;RO=20;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=46.4397;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:13,19:13:433:19:630:-47.3781,0,-29.6572 0/1:17:7,9:7:242:9:289:-21.1863,0,-16.9781 dDocent_Contig_7547 31 . G A 381.773 . AB=0.140845;ABP=241.658;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=441;DPB=441;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=862.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987374;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1731;QR=15617;RO=396;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=862.913;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=396;SRP=862.913;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:213:183,30:183:7191:30:1149:-39.5753,0,-582.736 0/0:228:213,15:213:8426:15:582:0,-15.9188,-705.182 dDocent_Contig_7548 123 . G A 216.923 . AB=0.137931;ABP=201.138;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=368;DPB=368;DPRA=0.896907;EPP=55.1256;EPPR=749.997;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=11784;RO=344;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=749.997;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=749.997;SRR=344;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:174:150,24:150:5099:24:835:-23.0902,0,-406.704 0/0:194:194,0:194:6685:0:0:0,-58.3998,-601.767 dDocent_Contig_7549 86 . C T 205.752 . AB=0.305556;ABP=14.8328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=376;QR=837;RO=25;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=57.2971;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:301:6:208:-14.5439,0,-22.8994 0/1:21:16,5:16:536:5:168:-9.12822,0,-42.2359 dDocent_Contig_7551 98 . N A 162.567 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.8;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.6988,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:110:-10.2552,-0.90309,0 dDocent_Contig_7552 13 . C G 626.755 . AB=0.284091;ABP=38.6422;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=1.41935;EPP=57.2971;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1003;QR=4924;RO=125;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=274.444;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:63,25:63:2493:25:1003:-64.0734,0,-198.027 0/0:62:62,0:62:2431:0:0:0,-18.6639,-218.939 dDocent_Contig_7553 98 . N G 94.4732 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,3:0:0:3:105:-9.44623,-0.90309,0 dDocent_Contig_7554 8 . T G 656.271 . AB=0.547619;ABP=3.83753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=1.3125;EPP=52.9542;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=885;QR=1958;RO=51;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=113.755;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1224:0:0:0,-9.63296,-110.454 0/1:42:19,23:19:734:23:885:-67.3261,0,-53.7482 dDocent_Contig_7555 9 . A C 125.618 . AB=0.272727;ABP=12.8806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.785714;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=1649;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1044:0:0:0,-8.42884,-94.2672 0/1:22:16,6:16:605:6:228:-14.2608,0,-48.1643 dDocent_Contig_7556 31 . A C 18537.9 . AB=0.349974;ABP=382.866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=680;CIGAR=1X;DP=1943;DPB=1943;DPRA=0;EPP=1479.61;EPPR=2745.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27154;QR=50385;RO=1263;RPL=0;RPP=1479.61;RPPR=2745.58;RPR=680;RUN=1;SAF=680;SAP=1479.61;SAR=0;SRF=1263;SRP=2745.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1020:656,364:656:26131:364:14526:-999.152,0,-2042.46 0/1:923:607,316:607:24254:316:12628:-857.735,0,-1902.9 dDocent_Contig_7558 53 . T C 3665.65 . AB=0.578704;ABP=14.6317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4824;QR=3326;RO=90;RPL=125;RPP=274.444;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:44,47:44:1627:47:1827:-137.152,0,-119.193 0/1:124:46,78:46:1699:78:2997:-232.51,0,-115.841 dDocent_Contig_7559 1 . N A 7622.53 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M11I2M;DP=251;DPB=941.25;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:119:0,7,104,5:0:0:7,104,5:267,3974,194:-357.332,-335.429,-333.321,-31.3071,-9.40663,0,-341.392,-319.488,-15.3658,-339.887 1|1:132:0,4,118,8:0:0:4,118,8:154,4500,302:-404.619,-391.974,-390.77,-35.5215,-22.8753,0,-379.867,-367.223,-10.7747,-377.459 dDocent_Contig_7560 59 . G A 21277.1 . AB=0.80622;ABP=683.918;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=674;CIGAR=1X;DP=836;DPB=836;DPRA=0;EPP=1466.58;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9288;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992582;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26499;QR=6340;RO=162;RPL=674;RPP=1466.58;RPPR=354.789;RPR=0;RUN=1;SAF=674;SAP=1466.58;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:444:83,361:83:3244:361:14155:-1139.29,0,-158.387 0/1:392:79,313:79:3096:313:12344:-991.514,0,-160.727 dDocent_Contig_7561 122 . T C 38.1839 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=1435;RO=36;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=81.1833;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:627:3:117:-5.19081,0,-51.0418 0/1:22:20,2:20:808:2:78:-0.780813,0,-66.4143 dDocent_Contig_7562 96 . A G 384.195 . AB=0.447368;ABP=3.9246;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=581;QR=659;RO=21;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:10,9:10:320:9:303:-21.878,0,-23.3931 0/1:19:11,8:11:339:8:278:-19.6384,0,-25.0902 dDocent_Contig_7568 10 . C T 576.949 . AB=0.156951;ABP=230.956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=401;DPB=401;DPRA=1.25281;EPP=79.0118;EPPR=797.769;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1403;QR=14730;RO=366;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=797.769;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=366;SRP=797.769;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:178:178,0:178:7175:0:0:0,-53.5833,-645.382 0/1:223:188,35:188:7555:35:1403:-59.3939,0,-612.416 dDocent_Contig_7570 79 . G A 3448.42 . AB=0.633663;ABP=34.3569;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4536;QR=2501;RO=74;RPL=128;RPP=280.959;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:45,61:45:1501:61:2170:-163.65,0,-103.465 0/1:96:29,67:29:1000:67:2366:-184.289,0,-61.4105 dDocent_Contig_7571 131 . A G 1723.63 . AB=0.640777;ABP=20.7405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X5M;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.80303;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2261;QR=975;RO=28;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=63.8115;RPR=66;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:60:14,9,37:14:483:9,37:311,1267:-98.6341,-77.5773,-114.108,0,-13.9682,-28.1008 0|1:43:14,0,29:14:492:0,29:0,994:-76.8256,-81.04,-121.089,0,-40.3977,-31.6678 dDocent_Contig_7572 16 . A G 438.829 . AB=0.267857;ABP=29.2231;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=1194;RO=30;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=68.1545;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:17,4,6:17:672:4,6:159,245:-15.1025,-7.13284,-61.2188,0,-42.2044,-53.4896 0|1:28:13,11,4:13:522:11,4:435,163:-31.8774,0,-39.6961,-22.3403,-29.5587,-64.1514 dDocent_Contig_7573 30 . G A 4719.34 . AB=0.822222;ABP=165.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925676;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5878;QR=1275;RO=32;RPL=0;RPP=324.388;RPPR=72.4974;RPR=148;RUN=1;SAF=148;SAP=324.388;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:18,67:18:720:67:2672:-215.015,0,-39.5384 0/1:95:14,81:14:555:81:3206:-260.015,0,-21.6936 dDocent_Contig_7574 11 . T G 291.53 . 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AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=4965;RO=125;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=274.444;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:86:81,5:81:3218:5:201:0,-7.41806,-271.215 0/1:52:44,8:44:1747:8:322:-13.6948,0,-141.795 dDocent_Contig_7578 17 . T C 2500.91 . 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AB=0.137168;ABP=261.435;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=417.806;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9032;MQMR=59.8308;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=0.815385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1223;QR=7707;RO=195;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=426.447;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=194;SRP=417.806;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:108,19:108:4238:19:751:-29.6802,0,-342.313 0/1:99:87,12:87:3469:12:472:-13.0269,0,-282.46 dDocent_Contig_7580 56 . A C 281.995 . 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AB=0.118056;ABP=185.474;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=443.819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.1579;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=726;QR=7766;RO=203;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=443.819;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=203;SRP=443.819;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:127,17:127:4838:17:649:-15.3919,0,-392.103 0/0:79:76,2:76:2928:2:77:0,-16.3897,-256.486 dDocent_Contig_7587 46 . A C 215.393 . AB=0.106383;ABP=382.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=627;DPB=627;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=1249.44;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2120;QR=22617;RO=574;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=1249.44;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=574;SRP=1249.44;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:282:252,30:252:9967:30:1195:-22.9372,0,-811.547 0/0:345:322,23:322:12650:23:925:0,-20.3028,-1054.12 dDocent_Contig_7588 70 . T C 199.076 . AB=0.138462;ABP=76.807;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=299;QR=1444;RO=43;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:23,5,9:23:770:5,9:166,310:-18.2627,-11.7602,-72.6029,0,-48.9249,-59.6455 0|1:27:20,4,3:20:674:4,3:133,100:-4.74117,0,-53.4195,-2.6672,-46.5299,-56.3883 dDocent_Contig_7589 28 . A G 45.7958 . 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AB=0.461538;ABP=3.17734;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=255;QR=654;RO=18;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,1:11:397:1:33:0,-0.313225,-32.7729 0/1:13:7,6:7:257:6:222:-16.4247,0,-19.5706 dDocent_Contig_7598 98 . N A 135.055 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_7599 38 . G A 226.996 . 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C G 36.8493 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=3527;RO=107;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:66,3:66:2151:3:104:0,-11.068,-184.152 0/1:48:41,7:41:1376:7:217:-5.38381,0,-109.686 dDocent_Contig_7604 38 . T C 4209.7 . 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AB=0.183333;ABP=107.531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989691;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=863;QR=3835;RO=97;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=213.643;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:47,16:47:1878:16:630:-37.971,0,-150.173 0/1:56:50,6:50:1957:6:233:-4.48105,0,-159.475 dDocent_Contig_7609 17 . G A 259.11 . 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AB=0.739951;ABP=824.181;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1215;CIGAR=1X;DP=1642;DPB=1642;DPRA=0;EPP=2641.35;EPPR=925.886;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999177;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48561;QR=16937;RO=425;RPL=0;RPP=2641.35;RPPR=925.886;RPR=1215;RUN=1;SAF=1215;SAP=2641.35;SAR=0;SRF=425;SRP=925.886;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:836:211,624:211:8385:624:24888:-1986,0,-502.474 0/1:806:214,591:214:8552:591:23673:-1885.75,0,-526.445 dDocent_Contig_7611 209 . N G 207.896 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=220;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98081,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:157:-14.5064,-1.20412,0 dDocent_Contig_7612 8 . T C 511.344 . 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AB=0.37931;ABP=6.67934;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.861538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=533;QR=2610;RO=65;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=144.156;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:18,11:18:721:11:451:-32.2158,0,-56.4861 0/0:49:47,2:47:1889:2:82:0,-6.97079,-162.427 dDocent_Contig_7615 54 . T C 3149.28 . AB=0.809917;ABP=103.957;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3934;QR=886;RO=23;RPL=98;RPP=215.815;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:10,60:10:388:60:2395:-194.631,0,-14.2013 0/1:51:13,38:13:498:38:1539:-123.394,0,-29.8017 dDocent_Contig_7616 156 . A C 36.7673 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0.826087;EPP=9.52472;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1542;RO=39;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=87.6977;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:907:0:0:0,-6.92369,-81.9434 0/1:19:16,3:16:635:3:119:-5.37561,0,-51.7679 dDocent_Contig_7617 11 . T A 380.913 . AB=0.239437;ABP=44.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.444444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=2128;RO=54;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=120.27;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:17,10:17:665:10:405:-28.682,0,-52.0516 0/1:44:37,7:37:1463:7:282:-12.5062,0,-118.671 dDocent_Contig_7618 8 . T G 47033.6 . 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AB=0.268293;ABP=22.1298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=1156;RO=30;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=68.1545;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:615:2:78:-1.98493,0,-50.2706 0/1:23:14,9:14:541:9:351:-25.0281,0,-42.112 dDocent_Contig_7620 89 . T C 229.382 . AB=0.152672;ABP=140.277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=17.2716;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.432432;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=720;QR=3963;RO=111;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=4.74748;SAR=8;SRF=69;SRP=17.2716;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:60,12:60:2122:12:438:-18.0778,0,-169.535 0/1:59:51,8:51:1841:8:282:-7.95733,0,-148.185 dDocent_Contig_7621 205 . A G 778.129 . AB=0.326923;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=3.71429;EPP=76.8404;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1228;QR=3596;RO=98;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=215.815;SRR=98;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1030:0:0:0,-8.42884,-93.0151 0/1:104:70,34:70:2566:34:1228:-79.5119,0,-199.87 dDocent_Contig_7623 98 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_7624 98 . N C 57.957 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79353,-0.60206,0 dDocent_Contig_7626 51 . G A 239.498 . AB=0.182927;ABP=74.6159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.910448;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=2669;RO=67;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:34,8:34:1343:8:286:-13.4257,0,-108.488 0/1:40:33,7:33:1326:7:281:-13.621,0,-107.559 dDocent_Contig_7627 21 . C G 102.146 . AB=0.123457;ABP=102.764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=1.30645;EPP=24.725;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=5307;RO=133;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=291.816;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:71,10:71:2822:10:396:-11.6126,0,-229.704 0/0:62:62,0:62:2485:0:0:0,-18.6639,-223.789 dDocent_Contig_7628 7 . C A 948.555 . AB=0.240437;ABP=110.101;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=763.026;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2143;QR=13469;RO=350;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=763.026;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=350;SRP=763.026;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:223:211,12:211:8091:12:461:0,-25.2889,-686.139 0/1:183:139,44:139:5378:44:1682:-96.5544,0,-428.912 dDocent_Contig_7629 34 . T C 3545.92 . 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AB=0.109091;ABP=76.0113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.614458;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=3153;RO=83;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=183.243;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:34,1:34:1284:1:39:0,-6.63949,-111.952 0/1:55:49,6:49:1869:6:234:-4.87445,0,-151.904 dDocent_Contig_7632 68 . A C 473.633 . 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AB=0.357143;ABP=10.4553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.9333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=1070;RO=27;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=61.6401;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:218:2:82:-3.74042,0,-17.5537 0/1:34:21,13:21:852:13:517:-33.0819,0,-66.7561 dDocent_Contig_7636 209 . N G 74.998 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49763,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7637 25 . A C 1203.91 . AB=0.488095;ABP=3.1137;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0.933333;EPP=92.0407;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1635;QR=5279;RO=132;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=289.645;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:90:89,0:89:3558:0:0:0,-26.7917,-319.987 0/1:84:43,41:43:1721:41:1635:-122.09,0,-129.823 dDocent_Contig_7638 8 . T C 26759.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=831;CIGAR=1X;DP=889;DPB=889;DPRA=0;EPP=1807.5;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31894;QR=2140;RO=56;RPL=0;RPP=1807.5;RPPR=124.613;RPR=831;RUN=1;SAF=831;SAP=1807.5;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:513:32,480:32:1217:480:18413:-1546.38,-44.5764,0 1/1:376:24,351:24:923:351:13481:-1129.3,-29.6111,0 dDocent_Contig_7640 33 . G A 45690.3 . 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AB=0.143646;ABP=202.654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.915033;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=979;QR=5861;RO=153;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=335.246;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:43,14:43:1651:14:522:-29.7821,0,-131.313 0/1:123:110,12:110:4210:12:457:-4.36473,0,-341.864 dDocent_Contig_7642 33 . T C 2114.05 . AB=0.409836;ABP=15.9323;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990741;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2990;QR=4246;RO=108;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=237.529;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:53,21:53:2086:21:842:-53.8166,0,-165.642 0/1:109:55,54:55:2160:54:2148:-160.685,0,-161.762 dDocent_Contig_7644 22 . T A 4222.22 . AB=0.0688372;ABP=1738.83;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X5M;DP=1075;DPB=1075;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=1620.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2889;QR=29243;RO=745;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=1620.76;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=745;SRP=1620.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:536:330,128,34,40:330:12957:128,34,40:5018,1330,1523:-313.313,0,-1027.1,-303.305,-956.284,-1358.7,-287.765,-940.743,-1244.04,-1341.35 0|1:539:415,74,0,34:415:16286:74,0,34:2883,0,1366:-112.006,0,-1317.08,-236.934,-1339.36,-1576.29,-124.365,-1226.79,-1463.73,-1453.49 dDocent_Contig_7645 88 . T C 1864.92 . AB=0.663717;ABP=29.3178;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X2M;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2465;QR=1121;RO=33;RPL=75;RPP=165.871;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:24,0,33:24:823:0,33:0,1113:-83.3144,-90.5392,-157.361,0,-67.1623,-57.2283 0|1:56:9,5,42:9:298:5,42:169,1352:-106.274,-95.2821,-117.881,0,-10.3957,-11.4548 dDocent_Contig_7646 49 . G A 259.805 . AB=0.122172;ABP=277.038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=423;DPB=423;DPRA=0;EPP=85.7331;EPPR=75.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1614;QR=14848;RO=381;RPL=41;RPP=85.7331;RPPR=75.786;RPR=1;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=381;SRP=830.341;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:221:194,27:194:7536:27:1040:-27.3785,0,-611.401 0/0:202:187,15:187:7312:15:574:0,-8.81061,-605.758 dDocent_Contig_7648 19 . C A 7874.95 . AB=0.841379;ABP=296.563;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=244;CIGAR=1X;DP=290;DPB=290;DPRA=0;EPP=532.85;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930328;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9757;QR=1794;RO=45;RPL=0;RPP=532.85;RPPR=100.727;RPR=244;RUN=1;SAF=244;SAP=532.85;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:14,112:14:566:112:4464:-363.464,0,-13.0366 0/1:163:31,132:31:1228:132:5293:-427.128,0,-61.7167 dDocent_Contig_7649 20 . G A 4525.02 . AB=0.581395;ABP=17.8571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5923;QR=4338;RO=108;RPL=0;RPP=328.731;RPPR=237.529;RPR=150;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:44,71:44:1763:71:2820:-219.29,0,-124.264 0/1:143:64,79:64:2575:79:3103:-236.309,0,-188.822 dDocent_Contig_7650 18 . A T 609.533 . AB=0.153153;ABP=118.998;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X5M1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.880597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=679;QR=2574;RO=67;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=148.499;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:27,7,1:27:1026:7,1:270,41:-14.0235,0,-81.999,-18.7649,-80.7212,-102.591 0|1:75:40,19,16:40:1548:19,16:754,638:-50.0268,0,-121.428,-9.52802,-74.6055,-131.861 dDocent_Contig_7651 12 . T G 1977.95 . AB=0.611111;ABP=14.5915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X2M1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.69697;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2588;QR=1645;RO=41;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=92.0407;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:13,28:13:518:28:1103:-86.8585,0,-34.2613 0|1:66:28,38:28:1127:38:1485:-114.034,0,-81.8461 dDocent_Contig_7652 29 . T A 92.458 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.38889;EPP=13.8677;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.526316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=1520;RO=38;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=85.5263;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:717:0:0:0,-5.41854,-64.8538 0/1:25:20,5:20:803:5:201:-10.9448,0,-65.0598 dDocent_Contig_7653 98 . N G 216.129 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:236:-21.6128,-1.80618,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7654 115 . G A 246.459 . AB=0.25;ABP=33.4109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=1447;RO=42;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=94.2121;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:553:6:210:-12.6198,0,-43.4746 0/1:34:26,8:26:894:8:278:-15.123,0,-70.5387 dDocent_Contig_7655 22 . C T 291.105 . AB=0.188235;ABP=74.7711;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X2M1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.676471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=635;QR=2711;RO=68;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=150.67;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:23,8:23:915:8:314:-18.9035,0,-72.9365 0|1:53:45,8:45:1796:8:321:-13.3039,0,-145.901 dDocent_Contig_7656 161 . A T 446.548 . AB=0.207207;ABP=85.6632;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=923;QR=7272;RO=186;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=406.904;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=406.904;SRR=186;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:99:98,1:98:3799:1:40:0,-25.8063,-337.935 0/1:111:88,23:88:3473:23:883:-46.3537,0,-279.213 dDocent_Contig_7658 89 . G A 9308.41 . AB=0.095092;ABP=467.252;AC=0;AF=0;AN=4;AO=31;CIGAR=1X3M1X3M1X;DP=676;DPB=676.889;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=5.5;PRO=0.5;QA=1034;QR=6979;RO=213;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=465.534;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=213;SRP=465.534;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:326:106,31,148,35:106:3462:31,148,35:1034,4765,941:-352.3,-300.506,-570.763,0,-195.898,-235.05,-310.073,-505.957,-205.469,-579.122 0|0:350:107,0,238,2:107:3517:0,238,2:0,7618,60:-581.638,-613.848,-898.076,0,-284.277,-212.632,-609.051,-893.279,-279.481,-892.677 dDocent_Contig_7659 28 . G A 1454.94 . AB=0.320442;ABP=53.698;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X1M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2250;QR=4831;RO=123;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=270.101;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:80:54,26:54:2107:26:1019:-67.9236,0,-165.734 0|1:101:69,32:69:2724:32:1231:-80.6675,0,-214.887 dDocent_Contig_7660 19 . T A 87.9902 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.05882;EPP=16.0391;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=2547;RO=64;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=141.985;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1349:0:0:0,-10.235,-121.672 0/1:36:30,6:30:1198:6:233:-10.498,0,-97.2586 dDocent_Contig_7661 64 . A C 65.7457 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=5M1X3M;DP=66;DPB=70.4444;DPRA=1.27586;EPP=13.8677;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2185;RO=56;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:29,0,0:29:1118:0,0:0,0:0,-8.72987,-100.911,-8.72987,-100.911,-100.911 0|0:37:27,5,5:27:1067:5,5:198,195:-8.1709,0,-86.3048,-0.27311,-71.7822,-86.5729 dDocent_Contig_7662 98 . N T 1106.25 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1219;QR=0;RO=0;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:93:-8.67792,-0.90309,0 1/1:33:0,33:0:0:33:1126:-101.646,-9.93399,0 dDocent_Contig_7664 29 . A G 32.7773 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1711;RO=43;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:326:2:81:-4.67543,0,-26.6996 0/0:37:35,2:35:1385:2:82:0,-3.35843,-117.123 dDocent_Contig_7665 25 . T C 154.211 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=1421;RO=36;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=81.1833;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:13,0,4:13:513:0,4:0,158:-9.48239,-13.3958,-55.6061,0,-42.6048,-41.4007 0|1:30:23,2,5:23:908:2,5:71,194:-9.03559,-10.186,-84.3042,0,-68.9716,-73.246 dDocent_Contig_7666 17 . G A 32173.2 . AB=0.881371;ABP=1440.65;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1003;CIGAR=1X;DP=1138;DPB=1138;DPRA=0;EPP=2181;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999003;PAIREDR=0.992481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39626;QR=5208;RO=133;RPL=0;RPP=2181;RPPR=291.816;RPR=1003;RUN=1;SAF=1003;SAP=2181;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:651:76,574:76:2985:574:22632:-1838.97,0,-72.6824 0/1:487:57,429:57:2223:429:16994:-1381.45,0,-53.5322 dDocent_Contig_7668 83 . G A 18432.5 . AB=0.452491;ABP=36.848;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=781;CIGAR=1X2M1X;DP=1726;DPB=1726;DPRA=0;EPP=1698.93;EPPR=2005.11;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26217;QR=30815;RO=922;RPL=781;RPP=1698.93;RPPR=2005.11;RPR=0;RUN=1;SAF=781;SAP=1698.93;SAR=0;SRF=922;SRP=2005.11;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:846:434,396:434:14487:396:13269:-944.077,0,-1053.67 0|1:880:488,385:488:16328:385:12948:-902.267,0,-1206.37 dDocent_Contig_7671 138 . C G 523.167 . AB=0.48;ABP=3.18402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=776;QR=830;RO=26;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=59.4686;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:18,15:18:591:15:485:-34.0255,0,-43.5684 0/1:17:8,9:8:239:9:291:-21.3881,0,-16.6837 dDocent_Contig_7672 14 . A T 419.853 . 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AB=0.796875;ABP=100.998;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3890;QR=982;RO=26;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=59.4686;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:8,60:8:305:60:2290:-185.848,0,-7.33912 0/1:60:18,42:18:677:42:1600:-126.207,0,-43.1999 dDocent_Contig_7677 9 . T C 2000.07 . 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AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=1.46667;EPP=9.52472;EPPR=66.2462;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.69697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1312;RO=33;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=74.6689;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=32;SRP=66.2462;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:609:0:0:0,-4.51545,-55.1471 0/1:22:18,3:18:703:3:123:-4.7337,0,-56.8611 dDocent_Contig_7683 15 . A C 171.748 . AB=0.0784314;ABP=81.7368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=2X4M;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.594595;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1404;RO=37;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=83.3548;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:13,5,2:13:498:5,2:192,78:-11.8426,0,-39.3591,-9.34255,-34.4516,-49.6101 0|1:31:24,5,2:24:906:5,2:191,81:-8.42908,0,-72.7183,-8.96811,-67.5422,-82.611 dDocent_Contig_7684 33 . G T 351.63 . AB=0.318182;ABP=15.6443;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=1142;RO=30;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=68.1545;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:787:7:281:-17.2333,0,-62.7049 0/1:16:9,7:9:355:7:283:-21.0265,0,-27.4937 dDocent_Contig_7685 26 . G A 109.736 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.604167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=1901;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:25,6:25:983:6:237:-12.3716,0,-79.4356 0/0:24:23,1:23:918:1:41:0,-3.13015,-78.8329 dDocent_Contig_7686 95 . T C 786.671 . AB=0.314516;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99422;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1408;QR=5928;RO=173;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:92:89,3:89:3043:3:103:0,-18.0847,-264.505 0/1:124:84,39:84:2885:39:1305:-80.3661,0,-222.524 dDocent_Contig_7688 24 . T C 1115.15 . AB=0.258065;ABP=97.5744;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1889;QR=4876;RO=138;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=302.673;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:71,26:71:2472:26:1036:-64.3321,0,-193.513 0/1:89:67,22:67:2404:22:853:-50.2794,0,-189.797 dDocent_Contig_7689 121 . T C 133.333 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=473;RO=14;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=33.4109;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:205:1:35:-1.39142,0,-16.6779 0/1:14:8,6:8:268:6:209:-14.9366,0,-20.2325 dDocent_Contig_7691 11 . T G 74.9122 . AB=0.112245;ABP=130.994;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=2.64865;EPP=26.8965;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=426;QR=4630;RO=124;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=272.273;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1374:0:0:0,-11.1381,-123.94 0/1:98:87,11:87:3256:11:426:-9.19019,0,-263.696 dDocent_Contig_7693 107 . N C 62.7035 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_7698 180 . G T 186.477 . AB=0.266667;ABP=17.1973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=1.03448;EPP=20.3821;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=2031;RO=51;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:22,8:22:865:8:319:-20.0456,0,-69.1303 0/0:29:29,0:29:1166:0:0:0,-8.72987,-105.214 dDocent_Contig_7699 23 . G T 635.79 . AB=0.129902;ABP=488.42;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=771.712;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2097;QR=13903;RO=354;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=771.712;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=354;SRP=771.712;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:241:215,25:215:8431:25:984:-16.4989,0,-686.02 0/1:167:139,28:139:5472:28:1113:-50.177,0,-442.059 dDocent_Contig_7701 140 . A C 1438.58 . AB=0.793103;ABP=46.29;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1820;QR=479;RO=12;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=29.068;RPR=46;RUN=1;SAF=0;SAP=102.898;SAR=46;SRF=0;SRP=29.068;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:5,39:5:203:39:1534:-125.055,0,-5.40753 0/1:14:7,7:7:276:7:286:-21.9004,0,-20.9945 dDocent_Contig_7702 209 . N G 114.659 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 dDocent_Contig_7703 103 . N A 70.2804 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02588,-0.60206,0 dDocent_Contig_7704 107 . N G 164.87 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:139:-12.7846,-1.50515,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_7705 9 . T C 5467.79 . 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AB=0.839237;ABP=369.859;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=308;CIGAR=1X2M1X;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=671.824;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.987013;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12114;QR=544;RO=14;RPL=0;RPP=671.824;RPPR=33.4109;RPR=308;RUN=1;SAF=308;SAP=671.824;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:217:6,185,25:6:235:185,25:7304,936:-656.535,-57.3253,-20.9623,-581.706,0,-593.503 1|0:150:8,123,18:8:309:123,18:4810,692:-424.455,-31.426,-19.7749,-370.06,0,-390.016 dDocent_Contig_7708 84 . T A 29999.7 . 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A G 50.2209 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.852459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=2414;RO=61;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:995:4:164:-6.42003,0,-81.1176 0/0:37:36,1:36:1419:1:41:0,-7.04354,-123.862 dDocent_Contig_7713 7 . C T 1336.26 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1831;QR=1783;RO=47;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=105.07;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,5:12:457:5:193:-12.624,0,-36.3609 0/1:79:35,43:35:1326:43:1638:-124.099,0,-96.0366 dDocent_Contig_7714 66 . C T 427.823 . AB=0.287879;ABP=28.8048;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=1.13793;EPP=44.2683;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.526316;PAIREDR=0.609524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=3707;RO=105;RPL=11;RPP=4.03889;RPPR=3.52732;RPR=8;RUN=1;SAF=11;SAP=4.03889;SAR=8;SRF=50;SRP=3.52732;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:47,19:47:1635:19:708:-44.1802,0,-127.544 0/0:58:58,0:58:2072:0:0:0,-17.4597,-186.731 dDocent_Contig_7715 130 . G A 70.383 . 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AB=0.230769;ABP=27.5646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=1154;RO=30;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=68.1545;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:692:5:195:-11.0005,0,-55.6895 0/1:16:12,4:12:462:4:154:-9.41711,0,-37.1142 dDocent_Contig_7720 25 . C A 2337.46 . 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AB=0.0590717;ABP=403.23;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=2X3M;DP=499;DPB=499;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=57;MQMR=59.9717;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.773585;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=8298;RO=212;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=463.362;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:262:109,18,0,92:109:4280:18,0,92:682,0,3655:-267.58,-246.69,-593.253,-300.393,-598.671,-652.375,0,-298.287,-351.99,-324.295 0|0:237:103,10,14,93:103:4018:10,14,93:396,516,3666:-270.149,-268.576,-595.816,-259.011,-556.68,-585.045,0,-297.675,-288.11,-302.259 dDocent_Contig_7729 98 . N A 65.5938 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07866,-0.60206,0 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_7730 109 . A G 370.92 . AB=0.472222;ABP=3.25157;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=583;QR=1058;RO=31;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=70.3259;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:399:1:35:0,-0.414761,-32.7313 0/1:36:19,17:19:659:17:548:-38.7893,0,-48.7977 dDocent_Contig_7731 23 . G A 1373.37 . AB=0.516484;ABP=3.22506;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.489362;PAIREDR=0.477273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1858;QR=1775;RO=44;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=98.5551;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:18,37:18:719:37:1457:-114.822,0,-48.4799 0/1:36:26,10:26:1056:10:401:-25.6117,0,-84.4907 dDocent_Contig_7733 36 . C T 866.577 . AB=0.175439;ABP=263.777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=511.135;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.14;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1946;QR=9281;RO=234;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=511.135;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=234;SRP=511.135;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:86,19:86:3426:19:745:-35.5265,0,-276.56 0/1:179:148,31:148:5855:31:1201:-54.2281,0,-472.876 dDocent_Contig_7734 28 . T A 39.5403 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=2.71429;EPP=9.52472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=937;RO=23;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=52.9542;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:285:0:0:0,-2.10721,-26.0244 0/1:19:16,3:16:652:3:122:-5.65292,0,-53.2932 dDocent_Contig_7735 20 . T A 846.678 . AB=0.261194;ABP=69.3861;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=1.675;EPP=79.0118;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9777;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1405;QR=7177;RO=179;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=391.704;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:80,0:80:3230:0:0:0,-24.0824,-290.749 0/1:134:99,35:99:3947:35:1405:-86.3668,0,-314.865 dDocent_Contig_7736 155 . A T 917.441 . AB=0.425;ABP=6.91895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1314;QR=1804;RO=46;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=102.898;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:27,30:27:1048:30:1150:-86.6148,0,-77.4443 0/1:23:19,4:19:756:4:164:-8.22621,0,-61.4377 dDocent_Contig_7737 170 . C A 157.626 . AB=0.285714;ABP=14.1779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X1M1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.21739;EPP=20.3821;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1381;RO=40;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:17,8,3:17:598:8,3:275,123:-17.1606,0,-46.2208,-12.1078,-38.4682,-59.8885 0|0:23:23,0,0:23:783:0,0:0,0:0,-6.92369,-70.7762,-6.92369,-70.7762,-70.7762 dDocent_Contig_7738 107 . N A 157.316 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:129:-11.9294,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_7740 48 . A G 920.569 . AB=0.447368;ABP=4.83891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0.690476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1304;QR=1610;RO=42;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=94.2121;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:25,11:25:957:11:420:-27.315,0,-75.6056 0/1:40:17,23:17:653:23:884:-67.8387,0,-47.0648 dDocent_Contig_7741 43 . A G 645.532 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925926;PAIREDR=0.851852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=925;QR=897;RO=27;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=61.6401;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:13,11:13:418:11:378:-27.1265,0,-30.704 0/1:30:14,16:14:479:16:547:-40.5236,0,-34.4062 dDocent_Contig_7743 107 . N A 126.688 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6682,-1.20412,0 dDocent_Contig_7745 8 . G A 6936.05 . 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AB=0.469697;ABP=3.53672;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1234;QR=1401;RO=35;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=79.0118;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:13,11:13:525:11:430:-31.8212,0,-40.3714 0/1:42:22,20:22:876:20:804:-60.0324,0,-66.5027 dDocent_Contig_7747 107 . N C 741.564 . AB=0.55;ABP=3.44459;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X4M;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:20:0,9,11:0:0:9,11:308,381:-56.3117,-31.3122,-28.6029,-25.3435,0,-22.0321 1|1:6:0,0,6:0:0:0,6:0,210:-19.2425,-19.2425,-19.2425,-1.80618,-1.80618,0 dDocent_Contig_7748 41 . G A 1474.86 . 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AB=0.298883;ABP=128.786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=548.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4228;QR=9925;RO=251;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=548.05;RPR=107;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=251;SRP=548.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:215:165,50:165:6511:50:1983:-113.943,0,-521.018 0/1:143:86,57:86:3414:57:2245:-159.179,0,-264.268 dDocent_Contig_7750 107 . N T 59.858 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_7755 71 . G C 791.982 . 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AB=0.68559;ABP=71.5207;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6308;QR=2877;RO=72;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=159.356;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:40,73:40:1598:73:2962:-232.64,0,-110.036 0/1:116:32,84:32:1279:84:3346:-266.274,0,-80.4536 dDocent_Contig_7763 98 . N A 58.3416 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:63:-5.832,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7764 7 . C A 3374.91 . 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AB=0.887222;ABP=2520.49;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1715;CIGAR=1X;DP=1933;DPB=1933;DPRA=0;EPP=3727.09;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998834;PAIREDR=0.977064;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67054;QR=8410;RO=218;RPL=0;RPP=3727.09;RPPR=476.391;RPR=1715;RUN=1;SAF=1715;SAP=3727.09;SAR=0;SRF=218;SRP=476.391;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:946:123,823:123:4757:823:32270:-2616.9,0,-143.323 0/1:987:95,892:95:3653:892:34784:-2830.6,0,-31.7094 dDocent_Contig_7766 41 . T C 537.954 . AB=0.267442;ABP=43.4098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=912;QR=2487;RO=63;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=139.813;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:20,9:20:797:9:360:-24.0314,0,-63.3182 0/1:57:43,14:43:1690:14:552:-32.8609,0,-135.175 dDocent_Contig_7767 50 . T G 41.7058 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=4.14286;EPP=11.6962;EPPR=64.083;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1254;RO=32;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=31;SRP=64.083;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:271:0:0:0,-2.10721,-24.7541 0/1:29:25,4:25:983:4:158:-5.86949,0,-80.0432 dDocent_Contig_7768 108 . C A 276.902 . AB=0.246154;ABP=39.3908;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=1636;RO=49;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=109.412;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:33,11:33:1107:11:377:-21.0151,0,-86.6888 0/1:21:16,5:16:529:5:175:-9.77206,0,-41.6046 dDocent_Contig_7769 73 . G C 19042.5 . AB=0.70009;ABP=387.969;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=775;CIGAR=1X;DP=1107;DPB=1107;DPRA=0;EPP=1685.9;EPPR=715.253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24885;QR=10189;RO=328;RPL=775;RPP=1685.9;RPPR=715.253;RPR=0;RUN=1;SAF=775;SAP=1685.9;SAR=0;SRF=328;SRP=715.253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:540:129,409:129:3975:409:13140:-1020.45,0,-195.831 0/1:567:199,366:199:6214:366:11745:-886.901,0,-389.259 dDocent_Contig_7770 8 . G A 538.674 . 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AB=0.729412;ABP=41.8669;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.435484;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2338;QR=889;RO=23;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=52.9542;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:12,47:12:463:47:1765:-141.338,0,-24.2601 0/1:26:11,15:11:426:15:573:-44.0841,0,-30.8679 dDocent_Contig_7772 209 . N G 114.659 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7774 13 . G C 5811.84 . AB=0.213662;ABP=899.611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=269;CIGAR=1X;DP=1259;DPB=1259;DPRA=0;EPP=587.136;EPPR=2148.43;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9615;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996964;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10704;QR=39383;RO=988;RPL=0;RPP=587.136;RPPR=2148.43;RPR=269;RUN=1;SAF=269;SAP=587.136;SAR=0;SRF=988;SRP=2148.43;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:642:508,132:508:20224:132:5280:-282.003,0,-1625.43 0/1:617:480,137:480:19159:137:5424:-302.277,0,-1535.37 dDocent_Contig_7777 7 . C T 835.669 . AB=0.526316;ABP=3.35316;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1146;QR=1029;RO=27;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=61.6401;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:12,9:12:461:9:347:-25.2681,0,-35.5185 0/1:36:15,21:15:568:21:799:-61.3957,0,-40.6207 dDocent_Contig_7778 48 . A C 96.6512 . AB=0.444444;ABP=3.25157;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0.818182;EPP=11.6962;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=149;QR=592;RO=16;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=37.7539;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:5,4:5:180:4:149:-11.0631,0,-13.8395 0/0:11:11,0:11:412:0:0:0,-3.31133,-37.4276 dDocent_Contig_7779 98 . N C 185.107 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:202:-18.5105,-1.80618,0 dDocent_Contig_7780 16 . T A 483.639 . AB=0.206897;ABP=89.5697;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.791667;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=952;QR=3700;RO=92;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=202.786;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:42,16:42:1684:16:631:-39.6636,0,-134.32 0/1:58:50,8:50:2016:8:321:-11.7973,0,-164.157 dDocent_Contig_7782 54 . A T 214.151 . AB=0.20339;ABP=48.096;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.56044;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=3351;RO=91;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:47,12:47:1719:12:447:-22.813,0,-137.206 0/0:48:44,3:44:1632:3:112:0,-4.08801,-136.69 dDocent_Contig_7783 106 . N T 102.559 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_7784 55 . C A 52.4121 . AB=0.121212;ABP=85.263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.648;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=4651;RO=125;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=4.41741;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=67;SRP=4.41741;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:70:67,1:67:2465:1:35:0,-17.3312,-218.52 0/1:66:58,8:58:2186:8:294:-6.94018,0,-177.083 dDocent_Contig_7786 98 . N T 66.4949 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7788 13 . T C 9174.61 . AB=0.253004;ABP=796.801;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=379;CIGAR=1X;DP=1498;DPB=1498;DPRA=0;EPP=825.998;EPPR=2432.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.941912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15248;QR=44805;RO=1119;RPL=0;RPP=825.998;RPPR=2432.89;RPR=379;RUN=1;SAF=379;SAP=825.998;SAR=0;SRF=1119;SRP=2432.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:901:661,240:661:26467:240:9651:-596.739,0,-2108.44 0/1:597:458,139:458:18338:139:5597:-323.819,0,-1469.18 dDocent_Contig_7789 7 . C T 519.132 . AB=0.214286;ABP=92.3509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1025;QR=3754;RO=99;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=217.986;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:49,10:49:1878:10:382:-16.9743,0,-151.506 0/1:67:50,17:50:1876:17:643:-38.0358,0,-148.911 dDocent_Contig_7790 7 . C A 486.331 . AB=0.0606061;ABP=113.69;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X13M;DP=166;DPB=168.294;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=3453;RO=89;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=196.271;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:100:66,0,0,5,10,0,5,7:66:2567:0,0,5,10,0,5,7:0,0,145,367,0,190,281:-10.1328,-30.0008,-240.974,-30.0008,-240.974,-240.974,-19.8258,-230.789,-230.789,-229.284,0,-210.979,-210.979,-200.795,-207.969,-30.0008,-240.974,-240.974,-230.789,-210.979,-240.974,-14.4167,-225.394,-225.394,-215.209,-195.399,-225.394,-223.889,-6.83496,-217.818,-217.818,-207.633,-187.823,-217.818,-202.238,-215.711 0|0:66:23,6,4,7,16,4,2,0:23:886:6,4,7,16,4,2,0:220,156,263,593,112,82,0:-41.5972,-30.5387,-101.487,-35.6945,-90.4682,-107.245,-28.8572,-83.6295,-88.7854,-99.503,0,-54.7772,-59.9329,-53.0952,-67.9417,-39.6566,-94.4269,-99.5828,-92.7442,-63.8933,-111.203,-41.7504,-96.5236,-101.68,-94.8407,-65.9884,-105.638,-113.903,-48.5209,-103.293,-108.449,-101.61,-72.7582,-112.407,-114.505,-121.274 dDocent_Contig_7791 91 . A T 5360.79 . AB=0.217663;ABP=998.662;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=313;CIGAR=1X;DP=1438;DPB=1438;DPRA=0;EPP=682.681;EPPR=2445.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10797;QR=38711;RO=1125;RPL=313;RPP=682.681;RPPR=2445.92;RPR=0;RUN=1;SAF=313;SAP=682.681;SAR=0;SRF=1125;SRP=2445.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:753:547,206:547:18806:206:7103:-412.702,0,-1465.59 0/1:685:578,107:578:19905:107:3694:-126.474,0,-1584.93 dDocent_Contig_7792 37 . G A 281.442 . AB=0.177778;ABP=84.1751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=640;QR=2941;RO=74;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=163.699;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:39,5:39:1545:5:202:-5.31617,0,-126.044 0/1:46:35,11:35:1396:11:438:-25.9249,0,-112.048 dDocent_Contig_7793 72 . G A 930.171 . AB=0.22963;ABP=174.444;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=270;DPB=270;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1965;QR=6436;RO=207;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=452.505;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:117,30:117:3619:30:969:-42.9106,0,-281.35 0/1:122:90,32:90:2817:32:996:-53.2034,0,-217.062 dDocent_Contig_7794 7 . C A 724.541 . AB=0.144357;ABP=421.58;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=381;DPB=381;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=710.91;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2107;QR=12494;RO=326;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=710.91;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=326;SRP=710.91;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:207:171,36:171:6527:36:1383:-62.4397,0,-525.025 0/1:174:155,19:155:5967:19:724:-13.1113,0,-484.593 dDocent_Contig_7795 44 . C A 180.454 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.68421;EPP=20.3821;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.930233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=1719;RO=43;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=96.3836;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:955:8:319:-19.4434,0,-76.6195 0/0:19:19,0:19:764:0:0:0,-5.71957,-69.0802 dDocent_Contig_7796 43 . T C 708.018 . AB=0.28125;ABP=56.2114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1242;QR=3421;RO=92;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=3.0103;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:45,23:45:1648:23:789:-50.8578,0,-128.115 0/1:60:47,13:47:1773:13:453:-23.0409,0,-141.749 dDocent_Contig_7798 8 . G A 306.259 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:183:-16.8268,-1.50515,0 1/1:4:0,4:0:0:4:146:-13.4977,-1.20412,0 dDocent_Contig_7800 181 . A T 3106.68 . AB=0.0835031;ABP=742.819;AC=0;AF=0;AN=4;AO=41;CIGAR=1X1M1X3M1X3M;DP=491;DPB=491;DPRA=0;EPP=67.8897;EPPR=293.043;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=5.36585;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.98913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=220;QR=10615;RO=276;RPL=3;RPP=67.8897;RPPR=293.043;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=602.337;SRR=276;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:249:151,17,17,59:151:5787:17,17,59:85,416,2251:-139.334,-185.773,-655.605,-157.074,-633.004,-626.932,0,-476.076,-447.398,-457.355 0|0:242:125,24,14,67:125:4828:24,14,67:135,344,2581:-174.431,-212.225,-601.519,-189.097,-585.784,-581.43,0,-396.828,-373.718,-376.511 dDocent_Contig_7801 144 . A C 200.732 . AB=0.211538;ABP=40.5935;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=2X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=2663;RO=68;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=150.67;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:27,2:27:1052:2:80:0,-1.13808,-87.3848 0|1:52:41,11:41:1611:11:412:-21.7719,0,-129.584 dDocent_Contig_7802 53 . G A 322.311 . AB=0.137363;ABP=210.899;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=6125;RO=156;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=341.76;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:80,8:80:3133:8:323:-2.57444,0,-255.194 0/1:93:76,17:76:2992:17:671:-32.7256,0,-241.391 dDocent_Contig_7803 98 . N C 80.455 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:87:-8.04496,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7804 7 . C T 120.969 . AB=0.102128;ABP=326.135;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=442;DPB=442;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=871.599;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1376;QR=15337;RO=400;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=871.599;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=400;SRP=871.599;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:235:206,24:206:7925:24:920:-13.4948,0,-643.427 0/0:207:194,12:194:7412:12:456:0,-21.0047,-625.538 dDocent_Contig_7805 22 . T C 3880.25 . AB=0.272575;ABP=271.663;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=163;CIGAR=1X;DP=598;DPB=598;DPRA=0;EPP=356.96;EPPR=943.258;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98773;PAIREDR=0.988453;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6346;QR=17021;RO=433;RPL=0;RPP=356.96;RPPR=943.258;RPR=163;RUN=1;SAF=163;SAP=356.96;SAR=0;SRF=433;SRP=943.258;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:363:313,49:313:12279:49:1881:-60.1446,0,-994.944 0/1:235:120,114:120:4742:114:4465:-330.978,0,-355.869 dDocent_Contig_7806 8 . G A 272.879 . AB=0.272727;ABP=22.751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.1;EPP=29.068;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=2752;RO=72;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=159.356;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:32,12:32:1214:12:462:-28.6858,0,-96.304 0/0:40:40,0:40:1538:0:0:0,-12.0412,-138.691 dDocent_Contig_7807 28 . A C 169.02 . AB=0.115385;ABP=69.8248;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=226;QR=1551;RO=39;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:19,3,0:19:762:3,0:116,0:-4.19474,0,-62.2795,-9.91431,-63.1826,-72.7086 0|0:30:20,3,7:20:789:3,7:110,266:-15.8035,-12.8387,-76.8598,0,-55.9518,-62.8304 dDocent_Contig_7808 10 . T A 393.39 . AB=0.155689;ABP=174.973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1184;QR=12811;RO=327;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=713.082;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:141,26:141:5496:26:1008:-40.737,0,-444.244 0/0:191:186,5:186:7315:5:176:0,-41.317,-641.862 dDocent_Contig_7809 39 . C A 37.5298 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0.780488;EPP=11.6962;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.724638;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=2694;RO=69;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=152.842;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1108:4:160:-5.15084,0,-90.3727 0/0:41:41,0:41:1586:0:0:0,-12.3422,-142.968 dDocent_Contig_7810 17 . T C 179.819 . AB=0.136364;ABP=129.351;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=3809;RO=95;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=209.3;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:51,9:51:2053:9:360:-14.7011,0,-166.892 0/1:50:44,6:44:1756:6:234:-6.37767,0,-143.209 dDocent_Contig_7811 8 . G A 5224.68 . AB=0.275061;ABP=362.508;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=225;CIGAR=1X;DP=818;DPB=818;DPRA=0;EPP=491.592;EPPR=1290.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996627;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8574;QR=22739;RO=593;RPL=0;RPP=491.592;RPPR=1290.69;RPR=225;RUN=1;SAF=225;SAP=491.592;SAR=0;SRF=593;SRP=1290.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:415:273,142:273:10444:142:5395:-360.616,0,-814.66 0/1:403:320,83:320:12295:83:3179:-164.948,0,-984.717 dDocent_Contig_7812 135 . C A 215.274 . AB=0.25;ABP=24.725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=1200;RO=30;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=68.1545;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:794:5:197:-10.5783,0,-64.2494 0/1:15:10,5:10:406:5:202:-14.046,0,-32.3846 dDocent_Contig_7813 111 . G A 64.2948 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.772727;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=1149;RO=35;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:13,4:13:437:4:140:-7.82742,0,-34.5356 0/0:22:22,0:22:712:0:0:0,-6.62266,-64.3827 dDocent_Contig_7815 24 . T C 10116.4 . 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AB=0.119403;ABP=87.3088;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X1M;DP=113;DPB=109.6;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=3465;RO=88;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:46:40,0,6:40:1583:0,6:0,220:-6.30369,-18.3449,-148.65,0,-130.676,-128.869 0|0:67:48,8,11:48:1882:8,11:307,440:-21.8027,-11.0622,-163.411,0,-129.574,-151.459 dDocent_Contig_7819 16 . C T 504.495 . 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T C 260.923 . AB=0.210526;ABP=58.3257;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=589;QR=3959;RO=115;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:60,16:60:2050:16:556:-27.4903,0,-161.897 0/0:56:55,1:55:1909:1:33:0,-13.5585,-168.793 dDocent_Contig_7829 46 . C A 339.246 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:72:-6.6063,-0.90309,0 1/1:10:0,10:0:0:10:225:-20.4711,-3.0103,0 dDocent_Contig_7837 82 . G A 69.0846 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.507463;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=2313;RO=67;RPL=2;RPP=5.80219;RPPR=8.4876;RPR=5;RUN=1;SAF=2;SAP=5.80219;SAR=5;SRF=40;SRP=8.4876;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:23,5:23:799:5:182:-8.3064,0,-63.7983 0/0:46:44,2:44:1514:2:74:0,-6.8215,-129.522 dDocent_Contig_7838 49 . A G 66.1601 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=563;RO=15;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=35.5824;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:211:3:115:-8.01394,0,-16.6161 0/0:9:9,0:9:352:0:0:0,-2.70927,-32.0378 dDocent_Contig_7839 8 . G A 34196 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1071;CIGAR=1X;DP=1141;DPB=1141;DPRA=0;EPP=2328.66;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40700;QR=2678;RO=70;RPL=0;RPP=2328.66;RPPR=155.013;RPR=1071;RUN=1;SAF=1071;SAP=2328.66;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:663:47,616:47:1801:616:23451:-1946.97,-37.2387,0 1/1:478:23,455:23:877:455:17249:-1472.33,-64.6432,0 dDocent_Contig_7840 164 . A G 309.246 . AB=0.378378;ABP=7.76406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4375;PAIREDR=0.78;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=1930;RO=50;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2:27:1026:2:67:0,-2.37019,-86.2743 0/1:37:23,14:23:904:14:527:-32.6235,0,-70.5255 dDocent_Contig_7841 209 . N G 142.338 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:154:-14.2333,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7843 24 . T G 1112.13 . AB=0.438202;ABP=5.96253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X3M1X2M;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1509;QR=1245;RO=32;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=72.4974;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:15,2,20,2:15:571:2,20,2:80,764,81:-58.1499,-56.0739,-102.296,0,-40.2167,-40.788,-55.9844,-96.2178,-40.1272,-102.207 0|1:50:17,0,19,13:17:674:0,19,13:0,745,514:-56.16,-61.2775,-116.761,0,-55.4916,-49.7721,-18.9756,-74.4636,-13.1902,-70.5502 dDocent_Contig_7845 12 . A T 1301.9 . AB=0.333333;ABP=38.4777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.72449;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1966;QR=3932;RO=98;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=215.815;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:42,14:42:1674:14:563:-34.1547,0,-134.029 0/1:91:56,35:56:2258:35:1403:-99.1319,0,-175.988 dDocent_Contig_7846 7 . C T 1297.04 . AB=0.406504;ABP=12.3494;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.56;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.56;PAIREDR=0.712329;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1887;QR=2820;RO=73;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=161.528;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:29,33:29:1110:33:1256:-94.0425,0,-81.5344 0/1:61:44,17:44:1710:17:631:-38.7584,0,-135.793 dDocent_Contig_7847 47 . C T 317.917 . AB=0.229508;ABP=41.7764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=720;QR=4635;RO=116;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=254.901;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:47,14:47:1877:14:569:-33.1896,0,-150.773 0/0:73:69,4:69:2758:4:151:0,-8.02077,-234.381 dDocent_Contig_7848 16 . A T 237.38 . AB=0.170732;ABP=80.23;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=2726;RO=68;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=150.67;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:36,4:36:1450:4:161:-2.83428,0,-118.708 0/1:42:32,10:32:1276:10:403:-23.985,0,-102.463 dDocent_Contig_7850 63 . T C 2895.22 . AB=0.699248;ABP=48.8725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3682;QR=1448;RO=36;RPL=93;RPP=204.957;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:8,71:8:326:71:2801:-228.071,0,-5.55297 0/1:50:28,22:28:1122:22:881:-64.5477,0,-86.2129 dDocent_Contig_7851 13 . G A 1281.07 . AB=0.192878;ABP=279.109;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=586;DPB=586;DPRA=1.35341;EPP=144.156;EPPR=1134.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2568;QR=20650;RO=521;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=1134.35;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=521;SRP=1134.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:249:249,0:249:9845:0:0:0,-74.9565,-885.472 0/1:337:272,65:272:10805:65:2568:-129.805,0,-870.315 dDocent_Contig_7853 85 . G T 145.485 . AB=0.156863;ABP=107.326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.94186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=530;QR=2823;RO=86;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:46,10:46:1503:10:322:-12.4331,0,-118.694 0/1:46:40,6:40:1320:6:208:-5.21226,0,-105.243 dDocent_Contig_7854 98 . N C 147.675 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:71:-6.62632,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:84:-7.83907,-0.90309,0 dDocent_Contig_7857 209 . N G 76.879 . 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AB=0.0681818;ABP=145.538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=36;MQMR=7;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=2419;RO=63;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=139.813;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:88:32,6,3,47:32:1231:6,3,47:244,121,1805:-58.3282,-51.0019,-59.6685,-58.8252,-52.3394,-68.3938,-6.68216,0,-7.83373,-2.83078 0|0:37:31,0,4,2:31:1188:0,4,2:0,163,66:-3.10993,-12.4419,-22.4614,0,-10.1891,-8.985,-11.8874,-21.8076,-9.53347,-21.2056 dDocent_Contig_7860 98 . N T 3110.85 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=100;CIGAR=3X;DP=100;DPB=128;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.56;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=59;PQA=1915;PQR=0;PRO=0;QA=3455;QR=0;RO=0;RPL=100;RPP=220.158;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:50:0,50:0:0:50:1714:-154.212,-15.0515,0 1|1:50:0,50:0:0:50:1741:-156.573,-15.0515,0 dDocent_Contig_7861 30 . T C 205.512 . AB=0.0995146;ABP=576.975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=808.627;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997305;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1634;QR=14570;RO=371;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=808.627;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=371;SRP=808.627;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:217:194,23:194:7635:23:939:-19.4858,0,-621.467 0/1:195:177,18:177:6935:18:695:-4.16155,0,-565.169 dDocent_Contig_7862 68 . C T 74.4357 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0.776316;EPP=20.3821;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984252;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=4561;RO=127;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=278.787;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:76:76,0:76:2708:0:0:0,-22.8783,-243.952 0/1:59:51,8:51:1853:8:295:-9.14254,0,-149.28 dDocent_Contig_7863 41 . T C 43748 . AB=0.888815;ABP=1975.3;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1335;CIGAR=1X;DP=1502;DPB=1502;DPRA=0;EPP=2901.93;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53723;QR=6618;RO=167;RPL=0;RPP=2901.93;RPPR=365.646;RPR=1335;RUN=1;SAF=1335;SAP=2901.93;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:871:98,773:98:3858:773:31104:-2534.2,0,-85.0255 0/1:631:69,562:69:2760:562:22619:-1843.71,0,-58.5559 dDocent_Contig_7865 20 . G T 321.559 . AB=0.213333;ABP=56.5443;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X3M2X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1875;PAIREDR=0.607143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=2211;RO=56;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=124.613;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:29,7:29:1145:7:280:-14.3584,0,-92.1248 0|1:37:27,9:27:1066:9:353:-20.8945,0,-85.0003 dDocent_Contig_7866 13 . C T 83.9956 . AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0.868852;EPP=18.2106;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.859813;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=4271;RO=107;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=235.358;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:46,7:46:1837:7:282:-9.7975,0,-149.585 0/0:61:61,0:61:2434:0:0:0,-18.3628,-219.209 dDocent_Contig_7867 197 . G C 660.672 . AB=0.369863;ABP=13.7487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1005;QR=1767;RO=46;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:34,22:34:1311:22:810:-56.3575,0,-101.421 0/1:17:12,5:12:456:5:195:-12.8067,0,-36.2697 dDocent_Contig_7868 165 . T C 522.484 . AB=0.116959;ABP=656.776;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X2M1X;DP=513;DPB=513;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=982.344;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991131;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2321;QR=17440;RO=451;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=982.344;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=982.344;SRR=451;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:248:210,37:210:8145:37:1422:-53.4827,0,-657.975 0|1:265:241,23:241:9295:23:899:-1.66032,0,-756.588 dDocent_Contig_7869 17 . G A 18208.6 . 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AB=0.863014;ABP=337.239;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=625;CIGAR=1X;DP=684;DPB=684;DPRA=0;EPP=1360.18;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25028;QR=2368;RO=59;RPL=0;RPP=1360.18;RPPR=131.127;RPR=625;RUN=1;SAF=625;SAP=1360.18;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:392:19,373:19:766:373:14976:-1277.38,-48.7438,0 0/1:292:40,252:40:1602:252:10052:-816.118,0,-56.5047 dDocent_Contig_7871 60 . G A 1413.4 . AB=0.539326;ABP=4.20583;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X2M1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1897;QR=1574;RO=40;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:7,23:7:278:23:921:-74.1673,0,-16.3602 0|1:59:33,25:33:1296:25:976:-70.2697,0,-99.0439 dDocent_Contig_7873 13 . T C 428.948 . AB=0.260274;ABP=39.4494;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X1M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=742;QR=2100;RO=54;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=120.27;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:20,2:20:782:2:80:-0.969131,0,-64.0792 0|1:51:34,17:34:1318:17:662:-44.5551,0,-103.539 dDocent_Contig_7874 7 . C T 90.1675 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=794;RO=21;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:337:4:155:-10.412,0,-26.7676 0/0:13:12,1:12:457:1:37:0,-0.215561,-37.7794 dDocent_Contig_7876 20 . T C 483.921 . AB=0.157609;ABP=190.371;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1180;QR=6228;RO=155;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=339.589;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:78,17:78:3140:17:691:-33.9193,0,-254.068 0/1:89:77,12:77:3088:12:489:-17.5696,0,-251.206 dDocent_Contig_7878 31 . C A 7612.31 . AB=0.672823;ABP=101.334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=255;CIGAR=1X;DP=379;DPB=379;DPRA=0;EPP=556.736;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9760;QR=4840;RO=124;RPL=0;RPP=556.736;RPPR=272.273;RPR=255;RUN=1;SAF=255;SAP=556.736;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:199:74,125:74:2905:125:4818:-373.734,0,-201.673 0/1:180:50,130:50:1935:130:4942:-390.594,0,-120.187 dDocent_Contig_7879 98 . N C 62.7048 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_7881 13 . G C 538.253 . AB=0.219298;ABP=81.0309;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.931034;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1159;QR=5971;RO=150;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=328.731;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:61,4:61:2428:4:164:0,-4.41705,-203.518 0/1:114:89,25:89:3543:25:995:-55.5243,0,-284.577 dDocent_Contig_7883 107 . N A 75.8375 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17984,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 dDocent_Contig_7884 19 . A C 3930.22 . AB=0.556863;ABP=10.1719;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=142;CIGAR=1M1D1X;DP=255;DPB=208.333;DPRA=0;EPP=311.359;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=44.4366;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5593;QR=2947;RO=75;RPL=0;RPP=311.359;RPPR=165.871;RPR=142;RUN=1;SAF=142;SAP=311.359;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:131:31,94,0:31:1229:94,0:3682,0:-263.304,0,-72.8613,-272.636,-101.158,-373.805 0|1:124:44,48,30:44:1718:48,30:1911,1202:-132.815,0,-126.764,-47.0286,-42.1878,-179.224 dDocent_Contig_7885 18 . G A 7740.24 . AB=0.347087;ABP=170.361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=286;CIGAR=1X;DP=824;DPB=824;DPRA=0;EPP=624.051;EPPR=1171.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11395;QR=21365;RO=538;RPL=0;RPP=624.051;RPPR=1171.26;RPR=286;RUN=1;SAF=286;SAP=624.051;SAR=0;SRF=538;SRP=1171.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:374:195,179:195:7782:179:7114:-527.343,0,-587.393 0/1:450:343,107:343:13583:107:4281:-249.778,0,-1086.03 dDocent_Contig_7887 78 . T C 2677.01 . AB=0.697987;ABP=53.7411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.884615;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3501;QR=1473;RO=45;RPL=104;RPP=228.843;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:25,57:25:823:57:1923:-148.661,0,-49.6905 0/1:67:20,47:20:650:47:1578:-122.137,0,-38.6369 dDocent_Contig_7888 98 . N A 113.742 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:123:-11.3737,-1.20412,0 dDocent_Contig_7889 18 . T A 264.163 . AB=0.176471;ABP=80.2892;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.133333;PAIREDR=0.442857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=2779;RO=70;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=155.013;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:28,8:28:1079:8:319:-18.2395,0,-86.5477 0/1:49:42,7:42:1700:7:285:-11.2737,0,-138.467 dDocent_Contig_7890 16 . A T 46.8707 . AB=0.104167;ABP=68.3354;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=4M1X5M1X2M;DP=48;DPB=48.1538;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=46;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=176;QR=1410;RO=36;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=81.1833;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:17,1,2,1:17:655:1,2,1:27,71,31:-0.679688,-3.68712,-57.1942,0,-51.7151,-53.2333,-3.31795,-55.0136,-51.3538,-56.8331 0|1:26:19,4,0,2:19:755:4,0,2:149,0,14:-6.36573,0,-61.1558,-12.0853,-62.3599,-74.331,-11.9814,-62.1937,-74.1595,-73.5574 dDocent_Contig_7891 18 . T C 1566.35 . AB=0.227848;ABP=104.657;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1M1X8M;DP=158;DPB=146.8;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=51.8056;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.523077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1401;QR=2496;RO=65;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=144.156;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:65:29,16,18:29:1113:16,18:628,705:-47.8876,-4.97139,-91.5125,0,-39.7077,-85.9341 0|0:93:36,39,18:36:1383:39,18:1495,696:-111.845,0,-101.79,-67.4127,-58.2612,-175.518 dDocent_Contig_7892 19 . T C 45284.1 . AB=0.783092;ABP=1254.59;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1408;CIGAR=1X;DP=1798;DPB=1798;DPRA=0;EPP=3060.44;EPPR=849.885;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56422;QR=15531;RO=390;RPL=0;RPP=3060.44;RPPR=849.885;RPR=1408;RUN=1;SAF=1408;SAP=3060.44;SAR=0;SRF=390;SRP=849.885;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:895:108,787:108:4277:787:31525:-2564.86,0,-115.468 0/1:903:282,621:282:11254:621:24897:-1966.65,0,-740.238 dDocent_Contig_7893 14 . T C 400.21 . AB=0.149573;ABP=252.6;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=234;DPB=234;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49.4286;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942857;PAIREDR=0.934673;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1417;QR=7896;RO=199;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=435.133;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:110,23:110:4396:23:937:-35.1579,0,-355.544 0/1:101:89,12:89:3500:12:480:-7.95995,0,-284.627 dDocent_Contig_7895 59 . C A 161.258 . AB=0.156627;ABP=88.0117;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0.557047;EPP=31.2394;EPPR=478.563;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=8363;RO=219;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=478.563;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=219;SRP=478.563;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:149:149,0:149:5680:0:0:0,-44.8535,-511.167 0/1:83:70,13:70:2683:13:472:-17.8248,0,-216.668 dDocent_Contig_7897 29 . G C 1538.33 . AB=0.0972222;ABP=104.466;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1M1X1M;DP=170;DPB=151;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.943396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=4215;RO=106;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=233.186;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:72:40,25,7:40:1591:25,7:1007,276:-70.963,0,-123.469,-60.3002,-108.289,-189.182 0|0:98:66,32,0:66:2624:32,0:1280,0:-85.9671,0,-206.794,-105.835,-216.427,-321.863 dDocent_Contig_7898 172 . C T 858.367 . AB=0.377778;ABP=14.688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=45.9118;MQMR=52.1786;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.357143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1306;QR=2231;RO=56;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:34,7:34:1350:7:269:-11.7771,0,-108.012 0/1:49:22,27:22:881:27:1037:-77.1565,0,-64.1381 dDocent_Contig_7899 1 . N G 74.0547 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 dDocent_Contig_7900 15 . C A 248.288 . AB=0.473684;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0.826087;EPP=22.5536;EPPR=66.2462;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=1332;RO=33;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=74.6689;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=32;SRP=66.2462;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:10,9:10:402:9:351:-26.2267,0,-30.8185 0/0:23:23,0:23:930:0:0:0,-6.92369,-84.0031 dDocent_Contig_7901 14 . T C 68.1519 . AB=0.101695;ABP=165.613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.811321;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=4006;RO=106;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=233.186;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:56,5:56:2114:5:204:-0.381203,0,-172.106 0/1:57:50,7:50:1892:7:281:-8.50384,0,-153.349 dDocent_Contig_7902 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7903 21 . C A 2958.51 . AB=0.68;ABP=45.2237;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X3M;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.872549;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3806;QR=1631;RO=42;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=94.2121;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:70:22,1,47:22:848:1,47:38,1749:-136.527,-140.033,-209.365,0,-66.5182,-55.4861 0|1:80:20,4,55:20:783:4,55:156,2057:-162.421,-155.617,-218.802,0,-51.5693,-47.8363 dDocent_Contig_7904 17 . A G 1111.19 . AB=0.280255;ABP=68.8599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=329;DPB=329;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=617.537;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1855;QR=11317;RO=283;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=617.537;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=283;SRP=617.537;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:113,44:113:4534:44:1773:-112.517,0,-360.719 0/0:172:170,2:170:6783:2:82:0,-43.9975,-602.378 dDocent_Contig_7906 109 . T A 12591.4 . AB=0.867133;ABP=337.842;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=459;CIGAR=1X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=999.716;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.2004;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15735;QR=1911;RO=58;RPL=0;RPP=999.716;RPPR=128.956;RPR=459;RUN=1;SAF=0;SAP=999.716;SAR=459;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:286:38,248:38:1250:248:8456:-670.384,0,-26.6968 1/1:231:20,211:20:661:211:7279:-590.156,-9.73693,0 dDocent_Contig_7907 57 . C T 781.256 . AB=0.336634;ABP=26.4235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.776119;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1233;QR=2372;RO=67;RPL=17;RPP=3.0103;RPPR=3.04271;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=3.0103;SAR=17;SRF=33;SRP=3.04271;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:35,15:35:1245:15:547:-34.5128,0,-97.2893 0/1:51:32,19:32:1127:19:686:-46.7097,0,-86.367 dDocent_Contig_7908 108 . C T 350.379 . AB=0.318182;ABP=15.6443;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.733333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=1154;RO=30;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=68.1545;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:13,12:13:515:12:483:-36.2935,0,-39.1682 0/1:19:17,2:17:639:2:77:-1.58863,0,-52.1039 dDocent_Contig_7909 37 . A T 524.079 . AB=0.158416;ABP=207.731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1285;QR=6718;RO=170;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=372.161;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:80,19:80:3176:19:770:-39.8178,0,-256.115 0/1:103:90,13:90:3542:13:515:-15.687,0,-287.818 dDocent_Contig_7911 26 . G A 1386.94 . AB=0.302198;ABP=64.8615;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.854545;PAIREDR=0.716535;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2178;QR=5035;RO=127;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=278.787;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:40,17:40:1584:17:670:-43.4651,0,-125.64 0/1:125:87,38:87:3451:38:1508:-98.3257,0,-273.01 dDocent_Contig_7912 49 . G A 300.668 . AB=0.366667;ABP=7.64277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=3;EPP=26.8965;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=1138;RO=29;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=65.983;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:19,11:19:754:11:446:-31.4647,0,-59.1517 0/0:10:10,0:10:384:0:0:0,-3.0103,-34.9134 dDocent_Contig_7913 11 . C A 86.5474 . AB=0.125;ABP=81.1833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=1.48837;EPP=20.3821;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989899;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=3984;RO=99;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=217.986;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1730:0:0:0,-12.9443,-155.916 0/1:64:56,8:56:2254:8:325:-10.3537,0,-183.751 dDocent_Contig_7914 7 . C A 5944.41 . AB=0.58147;ABP=21.055;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=182;CIGAR=1X4M;DP=313;DPB=313;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6942;QR=2652;RO=70;RPL=0;RPP=398.218;RPPR=155.013;RPR=182;RUN=1;SAF=182;SAP=398.218;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:141:41,7,90:41:1546:7,90:271,3434:-269.414,-259.493,-384.079,0,-104.449,-99.6213 1|1:172:29,44,92:29:1106:44,92:1702,3508:-328.124,-197.046,-274.533,-49.0786,0,-112.114 dDocent_Contig_7915 38 . C T 987.977 . AB=0.479452;ABP=3.27802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.542857;PAIREDR=0.605263;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1369;QR=1475;RO=38;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=85.5263;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:20,11:20:764:11:436:-30.2614,0,-59.739 0/1:42:18,24:18:711:24:933:-71.6333,0,-51.6743 dDocent_Contig_7916 63 . T A 485.189 . AB=0.0529801;ABP=265.097;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X2M1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=31;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.769912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=4093;RO=113;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=7.33403;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=64;SRP=7.33403;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:78:59,6,11:59:2132:6,11:238,410:-15.8274,-18.9857,-191.175,0,-159.421,-170.728 0|0:73:54,2,17:54:1961:2,17:79,635:-35.7884,-47.1771,-206.691,0,-155.308,-155.063 dDocent_Contig_7917 10 . T C 24603.7 . AB=0.223392;ABP=571.222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=191;CIGAR=1X1M2X3M1X3M2X;DP=855;DPB=855.077;DPRA=0;EPP=417.762;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.994764;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7545;QR=1259;RO=32;RPL=0;RPP=417.762;RPPR=72.4974;RPR=191;RUN=1;SAF=191;SAP=417.762;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:472:8,102,353:8:313:102,353:4023,13409:-1402.3,-1073.7,-1068.73,-305.291,0,-224.762 1|0:383:24,89,270:24:946:89,270:3522,10428:-1061.17,-778.53,-829.569,-212.036,0,-208.588 dDocent_Contig_7918 36 . T C 3023.41 . AB=0.394161;ABP=29.6703;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4304;QR=6532;RO=165;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=361.303;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:105,27:105:4172:27:1068:-56.677,0,-335.721 0/1:142:60,81:60:2360:81:3236:-248.761,0,-170.027 dDocent_Contig_7920 107 . N G 118.815 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:93:-8.67784,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 dDocent_Contig_7921 21 . T A 60097.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1754;CIGAR=1X;DP=1831;DPB=1831;DPRA=0;EPP=3811.77;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69928;QR=3078;RO=77;RPL=0;RPP=3811.77;RPPR=170.214;RPR=1754;RUN=1;SAF=1754;SAP=3811.77;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:912:18,894:18:711:894:35670:-3142.61,-210.225,0 1/1:919:59,860:59:2367:860:34258:-2866.87,-63.4681,0 dDocent_Contig_7923 17 . T C 157.887 . AB=0.195122;ABP=36.112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=3670;RO=92;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=202.786;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:33,8:33:1314:8:324:-17.1866,0,-106.183 0/0:63:59,4:59:2356:4:140:0,-6.02587,-199.251 dDocent_Contig_7924 19 . G A 91.7088 . AB=0.0903361;ABP=696.878;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=1187;DPB=1187;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=2461.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2139;QR=44660;RO=1132;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=2461.12;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=1132;SRP=2461.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:476:433,43:433:17041:43:1707:-10.5688,0,-1389.12 0/0:711:699,11:699:27619:11:432:0,-174.9,-2444.14 dDocent_Contig_7925 12 . C T 227.909 . AB=0.172414;ABP=84.1036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M3X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.805556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=590;QR=2843;RO=72;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=159.356;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:53:45,8:45:1781:8:311:-11.2716,0,-144.565 0|1:34:27,7:27:1062:7:279:-14.6162,0,-85.6403 dDocent_Contig_7926 98 . N C 186.4 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:8:0,7:0:0:7:205:-18.6399,-2.10721,0 dDocent_Contig_7927 26 . G A 148.383 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=386;QR=1855;RO=47;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:749:4:124:-4.53651,0,-60.8071 0/1:35:28,7:28:1106:7:262:-13.3983,0,-89.2951 dDocent_Contig_7928 36 . G A 2580.03 . AB=0.646154;ABP=27.1303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3331;QR=1846;RO=46;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=102.898;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:12,42:12:488:42:1656:-133.004,0,-28.0159 0/1:76:34,42:34:1358:42:1675:-128.096,0,-99.5995 dDocent_Contig_7929 121 . A C 11847.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=419;CIGAR=1X;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=912.857;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997613;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14372;QR=1206;RO=34;RPL=0;RPP=912.857;RPPR=76.8404;RPR=419;RUN=1;SAF=0;SAP=912.857;SAR=419;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:277:24,252:24:851:252:8609:-697.928,-6.53459,0 1/1:177:10,167:10:355:167:5763:-486.514,-20.9919,0 dDocent_Contig_7930 41 . T C 7152.69 . AB=0.727564;ABP=143.349;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=227;CIGAR=1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=495.935;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9011;QR=2965;RO=79;RPL=0;RPP=495.935;RPPR=174.557;RPR=227;RUN=1;SAF=227;SAP=495.935;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:42,85:42:1566:85:3345:-262.504,0,-102.6 0/1:179:37,142:37:1399:142:5666:-455.863,0,-72.3084 dDocent_Contig_7931 76 . C A 381.111 . AB=0.424242;ABP=4.65535;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=722;RO=19;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:8,7:8:315:7:279:-20.9646,0,-24.1991 0/1:18:11,7:11:407:7:281:-20.2434,0,-31.5469 dDocent_Contig_7934 78 . C T 568.873 . AB=0.289157;ABP=35.0591;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=919;QR=2256;RO=58;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:44,4:44:1711:4:158:-0.00791392,0,-139.709 0/1:34:14,20:14:545:20:761:-58.5819,0,-39.1613 dDocent_Contig_7935 51 . T C 5211.06 . AB=0.207276;ABP=882.74;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=245;CIGAR=1X;DP=1182;DPB=1182;DPRA=0;EPP=535.021;EPPR=2028.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9770;QR=37114;RO=933;RPL=245;RPP=535.021;RPPR=2028.99;RPR=0;RUN=1;SAF=245;SAP=535.021;SAR=0;SRF=933;SRP=2028.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:629:472,153:472:18811:153:6102:-360.546,0,-1503.06 0/1:553:461,92:461:18303:92:3668:-163.657,0,-1479.28 dDocent_Contig_7937 47 . G C 52738.6 . AB=0.86456;ABP=1025.8;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1582;CIGAR=1X;DP=1718;DPB=1718;DPRA=0;EPP=3438.28;EPPR=289.709;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62267;QR=5297;RO=136;RPL=0;RPP=3438.28;RPPR=289.709;RPR=1582;RUN=1;SAF=1582;SAP=3438.28;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:832:16,816:16:627:816:32084:-2828.07,-193.694,0 0/1:886:120,766:120:4670:766:30183:-2447.19,0,-153.55 dDocent_Contig_7938 1 . N G 69.3135 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:73:-6.92919,-0.60206,0 dDocent_Contig_7940 88 . A G 625.558 . AB=0.265152;ABP=66.2462;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X2M1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.457143;PAIREDR=0.587629;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1164;QR=3250;RO=97;RPL=24;RPP=13.4954;RPPR=9.47994;RPR=11;RUN=1;SAF=24;SAP=13.4954;SAR=11;SRF=57;SRP=9.47994;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:56:43,13:43:1451:13:424:-21.6173,0,-114.029 0|1:76:54,22:54:1799:22:740:-44.0354,0,-139.313 dDocent_Contig_7941 73 . C A 14192 . AB=0.613059;ABP=94.8292;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=507;CIGAR=1X;DP=827;DPB=827;DPRA=0;EPP=1103.95;EPPR=695.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998028;PAIREDR=0.996865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18573;QR=11971;RO=319;RPL=507;RPP=1103.95;RPPR=695.71;RPR=0;RUN=1;SAF=507;SAP=1103.95;SAR=0;SRF=319;SRP=695.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:176,258:176:6607:258:9430:-717.627,0,-463.707 0/1:392:143,249:143:5364:249:9143:-704.666,0,-364.775 dDocent_Contig_7942 37 . C A 3951.4 . AB=0.903704;ABP=194.116;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=122;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=267.93;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4873;QR=532;RO=13;RPL=0;RPP=267.93;RPPR=31.2394;RPR=122;RUN=1;SAF=122;SAP=267.93;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:7,63:7:286:63:2513:-205.238,0,-5.04272 0/1:65:6,59:6:246:59:2360:-192.987,0,-2.95317 dDocent_Contig_7943 75 . C T 177.152 . AB=0.242424;ABP=22.0271;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.94118;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.880952;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=1690;RO=42;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:682:0:0:0,-5.11751,-61.7102 0/1:33:25,8:25:1008:8:322:-19.4142,0,-81.0805 dDocent_Contig_7944 28 . G A 52221.3 . AB=0.846313;ABP=2022.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1641;CIGAR=2X3M1X;DP=1939;DPB=1939;DPRA=0;EPP=3566.4;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64592;QR=10999;RO=293;RPL=0;RPP=3566.4;RPPR=639.252;RPR=1641;RUN=1;SAF=1641;SAP=3566.4;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1036:98,935:98:3660:935:36855:-3002.66,0,-18.2503 0|1:903:195,706:195:7339:706:27737:-2222.56,0,-388.733 dDocent_Contig_7945 67 . T G 532.913 . AB=0.146154;ABP=285.769;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=485.077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=0.959459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1489;QR=8680;RO=222;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=485.077;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=222;SRP=485.077;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:127,19:127:4995:19:760:-24.7725,0,-405.521 0/1:114:95,19:95:3685:19:729:-31.6157,0,-297.374 dDocent_Contig_7947 48 . T C 11607.8 . AB=0.588785;ABP=46.9674;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=378;CIGAR=1X;DP=642;DPB=642;DPRA=0;EPP=823.827;EPPR=576.279;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15088;QR=10595;RO=264;RPL=0;RPP=823.827;RPPR=576.279;RPR=378;RUN=1;SAF=378;SAP=823.827;SAR=0;SRF=264;SRP=576.279;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:286:118,168:118:4719:168:6705:-517.06,0,-338.533 0/1:356:146,210:146:5876:210:8383:-646.816,0,-421.444 dDocent_Contig_7949 107 . N T 82.133 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=88;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:88:-8.21222,-0.90309,0 dDocent_Contig_7950 209 . N G 365.196 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:313:-28.5317,-2.40824,0 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_7953 98 . N T 138.012 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=2M4I2M2I6X2I2X;DP=17;DPB=28.6667;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=10.2857;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=34;PRO=1;QA=520;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,3,1:0:0:3,1:112,37:-1.24757,-0.90309,0,-0.653813,-0.424806,-0.352783 1|1:13:0,0,13:0:0:0,13:0,483:-12.1531,-12.1531,-12.1531,-3.91339,-3.91339,0 dDocent_Contig_7954 142 . T A 109.591 . AB=0.102151;ABP=258.73;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=409;DPB=409;DPRA=0.834081;EPP=44.2683;EPPR=828.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=14443;RO=380;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=828.17;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=828.17;SRR=380;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:186:158,19:158:6097:19:730:-12.357,0,-494.922 0|0:223:222,0:222:8346:0:0:0,-66.8287,-750.774 dDocent_Contig_7955 84 . C T 48.4891 . AB=0.109489;ABP=184.479;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=290;DPB=290;DPRA=0.895425;EPP=35.5824;EPPR=591.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=9782;RO=275;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=600.165;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=274;SRP=591.511;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:122,15:122:4298:15:524:-6.24684,0,-345.763 0/0:153:153,0:153:5484:0:0:0,-46.0576,-493.658 dDocent_Contig_7958 24 . T C 7463.75 . AB=0.656593;ABP=80.539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=239;CIGAR=1X;DP=364;DPB=364;DPRA=0;EPP=521.992;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9839;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.723849;PAIREDR=0.758065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9545;QR=4933;RO=124;RPL=0;RPP=521.992;RPPR=272.273;RPR=239;RUN=1;SAF=239;SAP=521.992;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:53,119:53:2083:119:4790:-379.11,0,-135.763 0/1:191:71,120:71:2850:120:4755:-370.362,0,-199.095 dDocent_Contig_7961 119 . G A 2782.07 . AB=0.237519;ABP=398.57;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=661;DPB=661;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=1097.43;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974522;PAIREDR=0.998016;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5331;QR=17363;RO=504;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=1097.43;RPR=157;RUN=1;SAF=0;SAP=343.931;SAR=157;SRF=0;SRP=1097.43;SRR=504;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:364:288,76:288:9911:76:2593:-124.047,0,-782.432 0/1:297:216,81:216:7452:81:2738:-157.257,0,-581.366 dDocent_Contig_7962 103 . G C 49.9339 . AB=0.112903;ABP=83.705;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.781818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=2127;RO=55;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=122.441;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:886:4:157:-6.38116,0,-71.9315 0/1:35:32,3:32:1241:3:117:-0.374331,0,-101.446 dDocent_Contig_7963 79 . G A 30.3242 . AB=0.119048;ABP=108.895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=1.5;EPP=24.725;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.643411;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=330;QR=4673;RO=129;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=7.87507;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=73;SRP=7.87507;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:55,0:55:1967:0:0:0,-16.5566,-176.945 0/1:84:74,10:74:2706:10:330:-4.73098,0,-218.474 dDocent_Contig_7964 98 . N T 183.932 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.2976,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79323,-0.60206,0 dDocent_Contig_7965 23 . G C 58.4809 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-5.84592,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7966 75 . T C 59.7296 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0.555556;EPP=16.0391;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.74359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=2660;RO=78;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=4.01252;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=36;SRP=4.01252;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:857:6:179:-7.3709,0,-68.42 0/0:54:54,0:54:1803:0:0:0,-16.2556,-162.538 dDocent_Contig_7967 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_7968 83 . T A 1349.59 . AB=0.528302;ABP=3.74778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X2M2X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.854167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1876;QR=1663;RO=48;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:52:24,26:24:826:26:846:-61.3009,0,-59.5145 0|1:54:24,30:24:837:30:1030:-76.7548,0,-59.3941 dDocent_Contig_7969 47 . T C 678.407 . AB=0.355263;ABP=16.8392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.814815;PAIREDR=0.612245;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1035;QR=1903;RO=49;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=109.412;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:800:11:404:-27.0565,0,-62.6776 0/1:44:28,16:28:1103:16:631:-43.881,0,-86.3115 dDocent_Contig_7970 15 . T A 25158 . AB=0.777778;ABP=690.643;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=798;CIGAR=1X;DP=1026;DPB=1026;DPRA=0;EPP=1735.85;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31445;QR=9040;RO=227;RPL=0;RPP=1735.85;RPPR=495.935;RPR=798;RUN=1;SAF=798;SAP=1735.85;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:481:127,353:127:5062:353:13880:-1103.45,0,-310.669 0/1:545:100,445:100:3978:445:17565:-1415.45,0,-193.957 dDocent_Contig_7971 97 . G A 304.169 . 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AB=0.886792;ABP=278.5;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7411;QR=957;RO=24;RPL=188;RPP=411.247;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:12,100:12:486:100:3904:-317.654,0,-10.3763 0/1:100:12,88:12:471:88:3507:-285.566,0,-12.6346 dDocent_Contig_7975 20 . A T 76.4946 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.794872;EPP=13.8677;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.938462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2559;RO=65;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=144.156;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:1023:5:200:-9.0474,0,-83.0307 0/0:39:39,0:39:1536:0:0:0,-11.7402,-138.481 dDocent_Contig_7976 30 . T G 16619.1 . 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AB=0.325;ABP=13.6505;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X4M;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=881;RO=22;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=50.7827;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:12,1,9:12:476:1,9:40,357:-25.7711,-26.0881,-64.9697,0,-35.8842,-36.4703 0|1:18:10,3,4:10:405:3,4:121,159:-10.0769,-3.11093,-35.6083,0,-23.4236,-32.1935 dDocent_Contig_7978 23 . C T 129.379 . AB=0.195122;ABP=36.112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.757576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=1338;RO=33;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=74.6689;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:529:5:189:-11.9547,0,-42.5381 0/1:23:20,3:20:809:3:118:-4.0792,0,-66.2026 dDocent_Contig_7979 11 . T A 27368.1 . AB=0.67863;ABP=342.801;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=832;CIGAR=2X2M3I6M;DP=1226;DPB=1477.4;DPRA=0;EPP=1809.68;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=58.732;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.991587;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31900;QR=5677;RO=145;RPL=0;RPP=1809.68;RPPR=317.874;RPR=832;RUN=1;SAF=832;SAP=1809.68;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:588:77,7,397,101:77:3000:7,397,101:273,15122,4068:-1301.19,-1301.93,-1546.38,-88.7237,-312.841,-215.772,-989.088,-1213.21,0,-1205.25 1|0:638:68,39,435,93:68:2677:39,435,93:1504,16778,3701:-1438.72,-1335.7,-1544.18,-84.4894,-181.216,-173.762,-1154.48,-1251.21,0,-1346.71 dDocent_Contig_7980 11 . T C 11975.3 . 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AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0.792208;EPP=18.2106;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.954198;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=5239;RO=131;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=287.473;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:77,0:77:3061:0:0:0,-23.1793,-275.578 0/1:61:54,7:54:2178:7:286:-7.75199,0,-177.826 dDocent_Contig_7982 11 . T A 1887.56 . AB=0.339806;ABP=48.9275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=1.16384;EPP=155.013;EPPR=680.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2804;QR=12498;RO=312;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=680.51;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=312;SRP=680.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:177:176,0:176:7059:0:0:0,-52.9813,-634.55 0/1:206:136,70:136:5439:70:2804:-190.455,0,-427.331 dDocent_Contig_7983 19 . G A 686.627 . AB=0.155709;ABP=300.562;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=557;DPB=557;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=1073.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984127;PAIREDR=0.98783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2475;QR=19504;RO=493;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=1073.55;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=493;SRP=1073.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:268:249,18:249:9870:18:729:0,-14.5938,-821.777 0/1:289:244,45:244:9634:45:1746:-70.3616,0,-779.492 dDocent_Contig_7984 39 . A G 56.4004 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1562;RO=39;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:727:3:116:-4.49591,0,-59.4331 0/1:24:21,3:21:835:3:123:-4.24007,0,-68.2391 dDocent_Contig_7985 7 . T C 65.1079 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=28;MQMR=25.6667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=101;RO=3;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=9.52472;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=9.52472;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-2.62113,-0.30103,0 0/1:6:3,3:3:101:3:100:-5.28395,0,-4.37596 dDocent_Contig_7991 66 . T C 697.995 . 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AB=0.135135;ABP=1115.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=962;DPB=962;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=1807.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5171;QR=33123;RO=831;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=1807.5;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=831;SRP=1807.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:503:426,77:426:16942:77:3036:-121.915,0,-1372.01 0/1:459:405,53:405:16181:53:2135:-54.0398,0,-1316.71 dDocent_Contig_7993 185 . G C 531.318 . 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T A 659.802 . AB=0.25641;ABP=63.3104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1444;QR=7015;RO=185;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=404.733;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:106:98,8:98:3716:8:304:0,-4.19063,-306.842 0/1:117:87,30:87:3299:30:1140:-67.6792,0,-261.836 dDocent_Contig_7997 166 . G A 224.043 . 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AB=0.366412;ABP=23.3161;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.975904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1818;QR=3267;RO=83;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=183.243;RPR=48;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=183.243;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:33,18:33:1257:18:709:-48.7808,0,-98.0345 0/1:80:50,30:50:2010:30:1109:-75.9842,0,-157.003 dDocent_Contig_8000 11 . C A 2482.56 . AB=0.597015;ABP=13.9649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3236;QR=2170;RO=54;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=120.27;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:22,32:22:888:32:1301:-101.094,0,-63.969 0/1:80:32,48:32:1282:48:1935:-150.259,0,-91.561 dDocent_Contig_8001 67 . C A 95.1804 . AB=0.148148;ABP=61.0771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.577778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=3368;RO=90;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=7.73928;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=52;SRP=7.73928;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:46,8:46:1729:8:298:-10.916,0,-139.604 0/0:46:44,2:44:1639:2:63:0,-7.86374,-141.781 dDocent_Contig_8002 26 . G C 3931.35 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=110;CIGAR=1X2M1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.4182;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4365;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=0;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:35:0,35:0:0:35:1384:-124.738,-10.5361,0 1|1:75:0,75:0:0:75:2981:-268.096,-22.5773,0 dDocent_Contig_8003 121 . A C 1272.38 . AB=0.445205;ABP=6.81781;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.5846;MQMR=56.5185;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.861538;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2216;QR=2790;RO=81;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=178.9;RPR=65;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:43,25:43:1478:25:855:-32.198,0,-107.133 0/1:78:38,40:38:1312:40:1361:-98.1371,0,-92.1775 dDocent_Contig_8004 67 . G A 113.947 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=2047;RO=54;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:46,1:46:1738:1:36:0,-10.5501,-153.078 0/1:13:8,5:8:309:5:185:-13.0937,0,-24.2593 dDocent_Contig_8006 98 . N C 354.927 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:188:-17.2295,-1.80618,0 1/1:6:0,6:0:0:6:196:-17.962,-1.80618,0 dDocent_Contig_8007 180 . C G 15261.1 . AB=0.785256;ABP=223.526;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=481;CIGAR=1X;DP=567;DPB=567;DPRA=0;EPP=1047.49;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995842;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18770;QR=3207;RO=86;RPL=481;RPP=1047.49;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1047.49;SAR=481;SRF=0;SRP=189.757;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:312:67,245:67:2468:245:9555:-765.5,0,-128.379 1/1:255:19,236:19:739:236:9215:-762.012,-9.92681,0 dDocent_Contig_8010 79 . T C 1322.42 . 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AB=0.258856;ABP=188.378;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996324;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3790;QR=10518;RO=272;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=593.651;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:225:205,20:205:7946:20:794:-4.04715,0,-647.044 0/1:142:67,75:67:2572:75:2996:-226.977,0,-188.873 dDocent_Contig_8012 11 . A T 165.939 . AB=0.139535;ABP=100.07;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=1.72;EPP=29.068;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.822581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=4921;RO=124;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=272.273;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1987:0:0:0,-15.0515,-179.027 0/1:86:74,12:74:2934:12:487:-18.2929,0,-238.263 dDocent_Contig_8013 56 . T C 712.88 . AB=0.621622;ABP=7.76406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1049;QR=2203;RO=55;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:14,23:14:562:23:928:-72.6859,0,-39.7842 0/0:44:41,3:41:1641:3:121:0,-1.96512,-136.64 dDocent_Contig_8014 149 . G T 1353.29 . AB=0.129885;ABP=1038.17;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=1825;DPB=1825;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=3685.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4995;QR=66615;RO=1696;RPL=0;RPP=278.787;RPPR=3685.83;RPR=127;RUN=1;SAF=0;SAP=278.787;SAR=127;SRF=0;SRP=3685.83;SRR=1696;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:955:939,14:939:36792:14:562:0,-236.272,-3257.06 0/1:870:757,113:757:29823:113:4433:-137.028,0,-2419.47 dDocent_Contig_8015 34 . G C 9344.59 . AB=0.905363;ABP=455.451;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=287;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=626.223;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.770035;PAIREDR=0.733333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11466;QR=1189;RO=30;RPL=0;RPP=626.223;RPPR=68.1545;RPR=287;RUN=1;SAF=287;SAP=626.223;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:13,140:13:511:140:5596:-457.409,0,-0.278753 0/1:164:17,147:17:678:147:5870:-478.719,0,-11.9802 dDocent_Contig_8016 167 . A C 31.6077 . AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0.717647;EPP=18.2106;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971014;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=251;QR=5434;RO=138;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=302.673;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=302.673;SRR=138;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:54,7:54:2123:7:251:-4.55841,0,-172.876 0/0:85:84,0:84:3311:0:0:0,-25.2865,-297.651 dDocent_Contig_8017 98 . N C 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8018 138 . T A 2977.72 . AB=0.213115;ABP=569.907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=169;CIGAR=1X;DP=793;DPB=793;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=1351.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970414;PAIREDR=0.99839;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5984;QR=21245;RO=621;RPL=0;RPP=369.989;RPPR=1351.49;RPR=169;RUN=1;SAF=0;SAP=369.989;SAR=169;SRF=0;SRP=1351.49;SRR=621;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:394:353,41:353:12073:41:1441:-11.3743,0,-967.911 0/1:399:268,128:268:9172:128:4543:-289.494,0,-705.985 dDocent_Contig_8020 10 . C G 77.2218 . AB=0.302326;ABP=17.6046;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=3X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.953271;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=818;QR=4267;RO=107;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=235.358;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:85:77,8:77:3060:8:311:0,-11.7549,-261.66 0|1:43:30,13:30:1207:13:507:-9.42115,0,-95.961 dDocent_Contig_8021 98 . N C 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8022 10 . C T 60.612 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=1.85714;EPP=9.52472;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=690;RO=17;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=39.9253;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:409:3:122:-7.4591,0,-33.2572 0/0:7:7,0:7:281:0:0:0,-2.10721,-25.6617 dDocent_Contig_8024 14 . C A 38.5012 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=413;QR=4228;RO=109;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=239.701;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:70:63,5:63:2496:5:177:0,-4.59146,-208.508 0/1:53:46,6:46:1732:6:236:-5.54903,0,-140.041 dDocent_Contig_8025 7 . C A 587.279 . AB=0.470588;ABP=3.3935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.4583;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=921;QR=1029;RO=27;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=61.6401;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:11,11:11:418:11:416:-27.7955,0,-31.348 0|1:29:16,13:16:611:13:505:-34.0293,0,-46.5976 dDocent_Contig_8030 98 . N A 146.692 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=3X;DP=5;DPB=48.3333;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.4;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=54;PQA=1739;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:5:0,5:0:0:5:163:-14.6689,-1.50515,0 dDocent_Contig_8034 13 . G A 4597.43 . AB=0.230299;ABP=933.02;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=339;CIGAR=1X3M;DP=1472;DPB=1472;DPRA=0;EPP=739.139;EPPR=1453.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=28.2714;MQMR=34.988;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9499;QR=25723;RO=668;RPL=0;RPP=739.139;RPPR=1453.55;RPR=339;RUN=1;SAF=339;SAP=739.139;SAR=0;SRF=668;SRP=1453.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:845:403,86,209,71,64:403:15472:86,209,71,64:3387,5836,2712,2506:-286.434,-287.51,-1245.67,0,-863.849,-921.166,-340.678,-1204.48,-917.013,-1303.34,-345.613,-1209.42,-921.947,-1262.58,-1310.39 0|1:627:265,106,130,61,44:265:10251:106,130,61,44:4215,3663,2365,1748:-176.406,-127.375,-768.096,0,-543.86,-633.522,-199.687,-743.517,-616.166,-853.95,-211.422,-755.251,-627.901,-827.558,-870.803 dDocent_Contig_8036 11 . T C 4364.6 . AB=0.265185;ABP=326.283;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=179;CIGAR=1X;DP=675;DPB=675;DPRA=0;EPP=391.704;EPPR=1080.06;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7141;QR=19836;RO=496;RPL=0;RPP=391.704;RPPR=1080.06;RPR=179;RUN=1;SAF=179;SAP=391.704;SAR=0;SRF=496;SRP=1080.06;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:289:211,78:211:8425:78:3107:-192.714,0,-670.791 0/1:386:285,101:285:11411:101:4034:-246.843,0,-910.008 dDocent_Contig_8037 16 . G C 25260.5 . AB=0.875694;ABP=1107.61;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=789;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=901;DPB=901;DPRA=0;EPP=1716.3;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31134;QR=4216;RO=108;RPL=0;RPP=1716.3;RPPR=237.529;RPR=789;RUN=1;SAF=789;SAP=1716.3;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:462:58,401:58:2267:401:15798:-1282.2,0,-65.6609 0|1:439:50,388:50:1949:388:15336:-1246.95,0,-43.3829 dDocent_Contig_8038 9 . T A 1984.21 . AB=0.589744;ABP=11.1951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.362319;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2625;QR=1805;RO=47;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=105.07;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:41,29:41:1571:29:1101:-78.3217,0,-120.585 0/1:47:6,40:6:234:40:1524:-123.196,0,-7.19407 dDocent_Contig_8040 60 . T A 29278.1 . AB=0.724967;ABP=661.52;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1086;CIGAR=1X;DP=1498;DPB=1498;DPRA=0;EPP=2361.23;EPPR=895.485;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37585;QR=14154;RO=411;RPL=0;RPP=2361.23;RPPR=895.485;RPR=1086;RUN=1;SAF=0;SAP=2361.23;SAR=1086;SRF=0;SRP=895.485;SRR=411;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:736:127,608:127:4353:608:20846:-1654.1,0,-170.352 0/1:762:284,478:284:9801:478:16739:-1276.81,0,-652.679 dDocent_Contig_8042 23 . C T 48.2191 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0.5125;EPP=13.8677;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=4598;RO=116;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=254.901;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:36,5:36:1412:5:202:-6.21985,0,-114.994 0/0:80:80,0:80:3186:0:0:0,-24.0824,-286.814 dDocent_Contig_8043 7 . C T 60.1054 . 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AB=0.253968;ABP=36.1339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.765957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=606;QR=1802;RO=47;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:534:5:190:-11.7472,0,-42.6832 0/1:44:33,11:33:1268:11:416:-24.5438,0,-101.166 dDocent_Contig_8047 38 . T G 854.664 . 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AB=0.26;ABP=103.072;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2044;QR=5594;RO=148;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=324.388;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:60,28:60:2259:28:1097:-72.5241,0,-177.027 0/1:112:88,24:88:3335:24:947:-51.8166,0,-266.559 dDocent_Contig_8051 65 . G A 719.637 . 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AB=0.215962;ABP=152.271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1771;QR=6690;RO=167;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=365.646;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:66,29:66:2646:29:1124:-72.8518,0,-209.661 0/1:118:101,17:101:4044:17:647:-23.0266,0,-328.42 dDocent_Contig_8054 69 . T A 1097.34 . 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AB=0.740741;ABP=16.6021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=5.4;EPP=46.4397;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=711;QR=440;RO=12;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=29.068;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:5:5,0:5:183:0:0:0,-1.50515,-16.8268 0/1:27:7,20:7:257:20:711:-56.1834,0,-15.3562 dDocent_Contig_8056 135 . A T 216.098 . AB=0.324324;ABP=12.9286;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=716;RO=25;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=57.2971;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:11,8:11:312:8:246:-16.7208,0,-22.6398 0/1:18:14,4:14:404:4:145:-7.98594,0,-31.2217 dDocent_Contig_8058 9 . T G 25919.9 . 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AB=0.35;ABP=10.8276;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.615385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=548;QR=1056;RO=26;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=59.4686;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:13,10:13:529:10:391:-28.6192,0,-41.033 0/1:17:13,4:13:527:4:157:-9.38891,0,-42.6592 dDocent_Contig_8060 36 . C A 279.23 . 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AB=0.216667;ABP=44.8473;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.343434;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=3679;RO=99;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=217.986;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:52,4:52:1917:4:154:0,-2.62409,-158.539 0/1:60:47,13:47:1762:13:473:-24.8386,0,-140.77 dDocent_Contig_8066 26 . C G 105.86 . 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AB=0.103659;ABP=674.313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=973;DPB=973;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=1953.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.989;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988962;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2507;QR=34870;RO=906;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=1970.36;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=904;SRP=1953.03;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:481:466,15:466:17981:15:566:0,-93.5166,-1566.04 0/1:492:440,51:440:16889:51:1941:-26.7344,0,-1370.94 dDocent_Contig_8069 28 . A C 246.681 . AB=0.191176;ABP=59.3408;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.581818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=527;QR=2213;RO=55;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=122.441;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:19,2:19:768:2:82:-1.45805,0,-63.1191 0/1:47:36,11:36:1445:11:445:-26.2575,0,-116.152 dDocent_Contig_8076 104 . A C 240.414 . AB=0.305556;ABP=14.8328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=414;QR=986;RO=25;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=57.2971;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:547:6:227:-14.7681,0,-43.5555 0/1:16:11,5:11:439:5:187:-12.3702,0,-35.0492 dDocent_Contig_8077 8 . C T 363.015 . AB=0.227848;ABP=53.8337;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=693;QR=2367;RO=61;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=135.47;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:25,14:25:973:14:541:-37.2951,0,-76.1425 0/1:40:36,4:36:1394:4:152:-2.008,0,-113.7 dDocent_Contig_8078 68 . A T 364.651 . AB=0.357143;ABP=10.4553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.851852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=572;QR=1085;RO=27;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:18,12:18:727:12:451:-31.8942,0,-56.7242 0/1:12:9,3:9:358:3:121:-7.66784,0,-28.9691 dDocent_Contig_8079 7 . C T 81.1102 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0.285714;EPP=11.6962;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2059;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.867647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=2628;RO=68;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=150.67;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:462:4:155:-9.50896,0,-37.1141 0/0:56:56,0:56:2166:0:0:0,-16.8577,-194.048 dDocent_Contig_8080 20 . A G 119.224 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X;DP=65;DPB=80.75;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.471698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=2098;RO=53;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=118.098;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:21,0,7:21:830:0,7:0,238:-13.316,-19.6377,-87.9777,0,-68.6936,-66.5863 0|0:37:32,3,2:32:1268:3,2:117,74:0,-0.00383479,-103.492,-3.58785,-98.3439,-107.358 dDocent_Contig_8082 30 . G T 41.7167 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.31818;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1862;RO=47;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=105.07;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:873:0:0:0,-6.62266,-78.8749 0/1:29:25,4:25:989:4:158:-5.87061,0,-80.5762 dDocent_Contig_8083 14 . G A 2794.79 . AB=0.712;ABP=51.8076;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.955056;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3553;QR=1397;RO=36;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=81.1833;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:16,33:16:623:33:1318:-104.132,0,-41.6481 0/1:76:20,56:20:774:56:2235:-178.443,0,-47.0911 dDocent_Contig_8085 165 . A T 269.967 . AB=0.179775;ABP=82.2812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=624;QR=2714;RO=73;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1598:6:234:-6.98059,0,-129.612 0/1:41:31,10:31:1116:10:390:-23.113,0,-88.3685 dDocent_Contig_8086 64 . G C 832.086 . AB=0.24026;ABP=93.2533;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.756757;PAIREDR=0.564103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1467;QR=4615;RO=117;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:45,29:45:1769:29:1169:-83.2125,0,-137.152 0/1:80:72,8:72:2846:8:298:-3.08415,0,-232.171 dDocent_Contig_8087 98 . N T 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8088 9 . G A 1879.84 . AB=0.278351;ABP=127.187;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=448.204;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980861;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3091;QR=7862;RO=209;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=456.848;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=208;SRP=448.204;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:99,38:99:3723:38:1438:-88.4585,0,-293.946 0/1:154:110,43:110:4139:43:1653:-102.623,0,-326.194 dDocent_Contig_8090 151 . C T 614.98 . AB=0.181373;ABP=182.902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1393;QR=6368;RO=167;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=365.646;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=365.646;SRR=167;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:92,24:92:3465:24:885:-45.0231,0,-276.994 0/1:88:75,13:75:2903:13:508:-19.5718,0,-234.877 dDocent_Contig_8091 98 . N C 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=3X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_8092 9 . G A 1609.93 . AB=0.120054;ABP=1872.56;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=179;CIGAR=1X;DP=1491;DPB=1491;DPRA=0;EPP=391.704;EPPR=2795.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=52.0838;MQMR=59.3834;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6817;QR=49032;RO=1286;RPL=0;RPP=391.704;RPPR=2795.52;RPR=179;RUN=1;SAF=179;SAP=391.704;SAR=0;SRF=1286;SRP=2795.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:859:738,110:738:28109:110:4175:-114.379,0,-2268.61 0/1:632:548,69:548:20923:69:2642:-49.7112,0,-1691.85 dDocent_Contig_8093 9 . G A 719.043 . AB=0.195122;ABP=168.519;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=2X;DP=205;DPB=205;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=350.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.025;PAIREDR=0.29878;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1513;QR=6262;RO=164;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=359.132;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=163;SRP=350.499;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:105:77,27:77:2960:27:1030:-61.2976,0,-234.852 0|1:100:87,13:87:3302:13:483:-13.7036,0,-267.208 dDocent_Contig_8094 9 . G A 126.077 . AB=0.0960784;ABP=725.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=1166;DPB=1166;DPRA=0.777439;EPP=109.412;EPPR=2428.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1862;QR=42482;RO=1117;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=2428.54;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=1117;SRP=2428.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:656:656,0:656:25068:0:0:0,-197.476,-2254.7 0/1:510:461,49:461:17414:49:1862:-14.3067,0,-1412.89 dDocent_Contig_8096 59 . T C 5216.64 . 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AB=0.535088;ABP=5.44844;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=122;CIGAR=1X3M1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=267.93;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.836066;PAIREDR=0.745283;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4810;QR=4223;RO=106;RPL=0;RPP=267.93;RPPR=233.186;RPR=122;RUN=1;SAF=122;SAP=267.93;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:89:48,41:48:1916:41:1614:-118.715,0,-145.857 0|1:139:58,81:58:2307:81:3196:-245.895,0,-165.957 dDocent_Contig_8099 7 . C A 256.681 . AB=0.114583;ABP=374.604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=288;DPB=288;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995902;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1247;QR=9335;RO=244;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=532.85;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:136,20:136:5227:20:757:-21.1275,0,-423.101 0/1:125:108,13:108:4108:13:490:-7.63751,0,-332.996 dDocent_Contig_8100 26 . T C 4700.79 . AB=0.835227;ABP=174.803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5844;QR=1134;RO=29;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=65.983;RPR=147;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:12,79:12:475:79:3138:-255.103,0,-15.7058 0/1:85:17,68:17:659:68:2706:-218.073,0,-34.0491 dDocent_Contig_8101 8 . C T 351.3 . AB=0.192661;ABP=92.4391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52381;PAIREDR=0.425287;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=782;QR=3336;RO=87;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=191.928;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:49,13:49:1892:13:486:-25.4183,0,-151.86 0/1:47:38,8:38:1444:8:296:-12.8086,0,-116.061 dDocent_Contig_8102 7 . C T 35.1439 . AB=0.105263;ABP=28.7251;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=4X1M1D1M;DP=28;DPB=27.7143;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=40.3389;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=803;RO=21;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=48.6112;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=20;SRP=40.3389;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:14,2,0,2:14:537:2,0,2:78,0,77:-2.19866,0,-43.4711,-6.41308,-44.0732,-50.4856,-0.0926758,-37.7507,-44.1631,-43.5611 0|1:9:7,0,2,0:7:266:0,2,0:0,78,0:-4.21836,-6.32557,-28.1508,0,-22.1931,-21.5911,-6.32557,-28.1508,-22.1931,-28.1508 dDocent_Contig_8103 69 . A G 9257.91 . 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AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989796;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=521;QR=3868;RO=98;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:51,3:51:2002:3:118:0,-5.25311,-169.367 0/1:58:47,11:47:1866:11:403:-19.1391,0,-150.692 dDocent_Contig_8105 10 . C A 391.739 . AB=0.189189;ABP=96.1489;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.47619;PAIREDR=0.355556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=3613;RO=90;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=198.443;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:46,16:46:1831:16:633:-38.6392,0,-146.334 0/1:49:44,5:44:1782:5:200:-3.62907,0,-145.839 dDocent_Contig_8107 43 . T C 224.982 . AB=0.243902;ABP=26.3669;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.731343;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=2700;RO=67;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=148.499;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:36,3:36:1450:3:122:0,-0.367677,-119.376 0/1:41:31,10:31:1250:10:402:-24.1953,0,-100.425 dDocent_Contig_8108 20 . A C 274.292 . AB=0.333333;ABP=10.9724;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=874;RO=22;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=50.7827;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:8,9:8:325:9:359:-27.5513,0,-24.5019 0/1:16:14,2:14:549:2:82:-2.9632,0,-44.9294 dDocent_Contig_8109 56 . G C 2448.57 . AB=0.0904255;ABP=276.939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X1M;DP=341;DPB=341;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=491.592;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=8603;RO=225;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=491.592;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=225;SRP=491.592;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:153:119,34,0:119:4548:34,0:1350,0:-75.7071,0,-363.296,-111.53,-373.531,-484.667 0|1:188:106,64,17:106:4055:64,17:2485,685:-172.247,0,-313.456,-147.692,-276.259,-475.298 dDocent_Contig_8110 93 . C T 52.6479 . AB=0.116071;ABP=146.405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=5088;RO=149;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=326.56;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:99,13:99:3398:13:445:-6.66273,0,-272.335 0/0:51:50,1:50:1690:1:35:0,-11.8539,-148.886 dDocent_Contig_8111 7 . C T 439.517 . AB=0.141104;ABP=367.738;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=608.851;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42.7391;MQMR=59.5663;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.724014;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1739;QR=10728;RO=279;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=608.851;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=279;SRP=608.851;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:169:148,21:148:5712:21:781:-17.5843,0,-462.971 0/1:157:131,25:131:5016:25:958:-29.4643,0,-403.044 dDocent_Contig_8112 12 . T A 41196.7 . AB=0.735426;ABP=861.862;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1312;CIGAR=1X;DP=1784;DPB=1784;DPRA=0;EPP=2851.98;EPPR=1019.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98628;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51818;QR=18552;RO=468;RPL=0;RPP=2851.98;RPPR=1019.26;RPR=1312;RUN=1;SAF=1312;SAP=2851.98;SAR=0;SRF=468;SRP=1019.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1050:285,763:285:11315:763:30143:-2394.5,0,-701.874 0/1:734:183,549:183:7237:549:21675:-1728.27,0,-430.289 dDocent_Contig_8113 17 . T A 441.904 . AB=0.15625;ABP=200.071;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=556;DPB=556;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=1084.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2256;QR=19610;RO=498;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=1084.4;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=498;SRP=1084.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:364:336,28:336:13207:28:1107:0,-9.66361,-1087.82 0/1:192:162,30:162:6403:30:1149:-45.8894,0,-518.235 dDocent_Contig_8115 22 . G A 31010.3 . AB=0.606061;ABP=167.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1020;CIGAR=1X;DP=1683;DPB=1683;DPRA=0;EPP=2217.91;EPPR=1442.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998492;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40154;QR=25806;RO=663;RPL=0;RPP=2217.91;RPPR=1442.7;RPR=1020;RUN=1;SAF=1020;SAP=2217.91;SAR=0;SRF=663;SRP=1442.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:717:350,367:350:13717:367:14499:-1088.05,0,-1017.77 0/1:966:313,653:313:12089:653:25655:-2016.07,0,-796.455 dDocent_Contig_8116 8 . C T 665.923 . AB=0.196721;ABP=149.211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=5687;RO=147;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=322.217;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:88,14:88:3402:14:540:-18.2406,0,-275.602 0/1:81:59,22:59:2285:22:839:-51.4486,0,-181.478 dDocent_Contig_8117 22 . A G 380.366 . AB=0.293103;ABP=24.5753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=38.1176;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=652;QR=1393;RO=36;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=81.1833;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:16,15,1:16:631:15,1:580,40:-39.3534,0,-47.3972,-40.8782,-48.6231,-92.5116 0|0:26:20,2,4:20:762:2,4:72,153:-1.31222,-3.68203,-65.6978,0,-58.9915,-61.4253 dDocent_Contig_8118 201 . A T 665.512 . AB=0.315217;ABP=30.2953;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1074;QR=2302;RO=63;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:19,8:19:689:8:296:-18.8663,0,-54.2119 0/1:65:44,21:44:1613:21:778:-50.7818,0,-125.885 dDocent_Contig_8119 27 . T C 1053.46 . AB=0.45122;ABP=4.70511;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.648649;PAIREDR=0.466667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1472;QR=1796;RO=45;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=100.727;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:27,25:27:1065:25:993:-74.016,0,-80.4854 0/1:30:18,12:18:731:12:479:-34.427,0,-57.0829 dDocent_Contig_8120 170 . A T 67.6518 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.384615;EPP=9.52472;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1245;RO=32;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:10:6,3:6:228:3:121:-8.16312,0,-17.766 0|0:26:26,0:26:1017:0:0:0,-7.82678,-91.8327 dDocent_Contig_8121 13 . T A 1416.81 . AB=0.128779;ABP=1071.89;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=1884;DPB=1884;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=3811.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5151;QR=70340;RO=1754;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=3811.77;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=1754;SRP=3811.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:991:976,14:976:39080:14:570:0,-246.778,-3461.79 0/1:893:778,115:778:31260:115:4581:-143.38,0,-2541.63 dDocent_Contig_8122 10 . T G 4384.64 . AB=0.266667;ABP=109.412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X1M2X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2341;QR=1157;RO=29;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=65.983;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:107:19,31,2,54:19:750:31,2,54:1217,76,2144:-209.154,-114.785,-167.158,-208.642,-170.258,-269.745,-38.3831,0,-93.8581,-83.8338 1|0:118:10,29,24,54:10:407:29,24,54:1124,941,2146:-232.407,-143.092,-167.937,-158.039,-99.2891,-184.389,-58.7476,0,-14.9449,-76.0684 dDocent_Contig_8123 209 . N G 154.862 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_8124 23 . C T 74.0123 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.810345;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=2285;RO=58;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=128.956;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:34,1:34:1353:1:40:0,-6.54037,-118.041 0|1:29:24,5:24:932:5:194:-9.1002,0,-75.4562 dDocent_Contig_8125 93 . G A 938.54 . AB=0.619048;ABP=10.7656;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1281;QR=810;RO=24;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:12,15:12:408:15:520:-39.0015,0,-28.9193 0/1:36:12,24:12:402:24:761:-57.9494,0,-25.6655 dDocent_Contig_8126 60 . T G 874.649 . AB=0.659091;ABP=12.6832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.827586;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1146;QR=562;RO=15;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:10,21:10:368:21:843:-66.8503,0,-24.1244 0/1:13:5,8:5:194:8:303:-23.7115,0,-13.9189 dDocent_Contig_8127 98 . N A 62.7035 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8128 44 . G C 204.28 . AB=0.23913;ABP=30.2009;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.21053;EPP=3.20771;EPPR=9.70319;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.671233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=2714;RO=73;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=161.528;RPR=11;RUN=1;SAF=5;SAP=3.20771;SAR=6;SRF=44;SRP=9.70319;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1436:0:0:0,-11.4391,-129.506 0/1:46:35,11:35:1278:11:396:-22.127,0,-101.445 dDocent_Contig_8130 107 . N A 102.529 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=1;RPP=6.91895;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=1;SAP=6.91895;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:71:-6.62525,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:35:-3.32487,-0.60206,0 dDocent_Contig_8131 7 . C A 1320.99 . AB=0.567901;ABP=6.2541;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.76087;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1766;QR=1335;RO=35;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=79.0118;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:19,21:19:724:21:814:-61.5441,0,-53.4478 0/1:41:16,25:16:611:25:952:-73.6514,0,-42.9859 dDocent_Contig_8133 45 . G A 175.586 . AB=0.178571;ABP=53.2644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=2.24;EPP=24.725;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.535211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=2811;RO=71;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=157.185;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:46,10:46:1830:10:394:-18.9565,0,-148.057 0/0:25:25,0:25:981:0:0:0,-7.52575,-88.589 dDocent_Contig_8134 70 . A C 208.649 . AB=0.155556;ABP=95.7563;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.526316;PAIREDR=0.626866;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=739;QR=5245;RO=134;RPL=7;RPP=5.8675;RPPR=10.8535;RPR=12;RUN=1;SAF=7;SAP=5.8675;SAR=12;SRF=56;SRP=10.8535;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:58,5:58:2226:5:191:0,-1.40898,-182.958 0/1:90:76,14:76:3019:14:548:-22.5637,0,-244.713 dDocent_Contig_8136 13 . T G 73.4171 . AB=0.127273;ABP=69.3784;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0.705128;EPP=18.2106;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=4876;RO=126;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=276.616;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1854:7:277:-8.73965,0,-150.528 0/0:78:78,0:78:3022:0:0:0,-23.4803,-272.096 dDocent_Contig_8137 9 . C A 618.679 . 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AB=0.341801;ABP=97.1359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=433;DPB=433;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=621.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5351;QR=10238;RO=285;RPL=148;RPP=324.388;RPPR=621.88;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=324.388;SAR=148;SRF=0;SRP=621.88;SRR=285;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:267:220,47:220:7951:47:1711:-73.8945,0,-635.192 0/1:166:65,101:65:2287:101:3640:-277.806,0,-156.107 dDocent_Contig_8141 21 . G C 88.0909 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=830;RO=21;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:467:1:39:0,-0.0168255,-38.4799 0/1:13:9,4:9:363:4:156:-10.5039,0,-29.1215 dDocent_Contig_8142 49 . C A 34.4434 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.65625;EPP=9.52472;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=2009;RO=50;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=111.584;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1289:0:0:0,-9.63296,-116.272 0/1:21:18,3:18:720:3:123:-5.14316,0,-58.8017 dDocent_Contig_8143 107 . N T 120.877 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:92:-8.58453,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 dDocent_Contig_8145 40 . C T 105.345 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=3501;RO=87;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=191.928;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:38,7:38:1546:7:279:-11.9324,0,-125.825 0/0:50:49,1:49:1955:1:41:0,-10.9569,-172.052 dDocent_Contig_8146 25 . C T 121.468 . AB=0.155172;ABP=62.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=1957;RO=49;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=109.412;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:988:4:157:-5.77856,0,-80.4876 0/1:29:24,5:24:969:5:198:-9.46514,0,-78.7774 dDocent_Contig_8147 11 . C A 810.894 . AB=0.344444;ABP=21.9262;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X2M1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935484;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1229;QR=2325;RO=59;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=131.127;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:34:30,4:30:1170:4:157:-4.2714,0,-95.3492 0|1:56:29,27:29:1155:27:1072:-79.9143,0,-87.3786 dDocent_Contig_8148 137 . G A 137.183 . AB=0.181818;ABP=61.0478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=1809;RO=53;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=118.098;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,8:32:1095:8:258:-11.396,0,-86.7379 0/1:25:21,4:21:714:4:140:-5.41918,0,-57.0508 dDocent_Contig_8149 25 . A G 123.471 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1427;RO=36;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=81.1833;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:442:5:202:-13.745,0,-35.3185 0/0:26:25,1:25:985:1:34:0,-4.42787,-85.5468 dDocent_Contig_8150 22 . T C 28437.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=865;CIGAR=1X;DP=925;DPB=925;DPRA=0;EPP=1881.33;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33954;QR=2328;RO=59;RPL=0;RPP=1881.33;RPPR=131.127;RPR=865;RUN=1;SAF=865;SAP=1881.33;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:527:30,497:30:1174:497:19457:-1643.78,-52.7004,0 1/1:398:29,368:29:1154:368:14497:-1199.63,-15.762,0 dDocent_Contig_8151 21 . G A 306.99 . AB=0.48;ABP=3.09716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=451;QR=524;RO=13;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=31.2394;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:7,9:7:284:9:330:-25.225,0,-21.1175 0/1:9:6,3:6:240:3:121:-8.57093,0,-19.2659 dDocent_Contig_8153 98 . N A 146.634 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:160:-14.6633,-1.80618,0 dDocent_Contig_8154 25 . G T 252.83 . AB=0.216667;ABP=44.8473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=1837;RO=47;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=105.07;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:28,9:28:1096:9:357:-21.3505,0,-87.788 0/1:23:19,4:19:741:4:151:-7.02944,0,-60.0831 dDocent_Contig_8155 13 . G C 6691.03 . AB=0.774074;ABP=179.173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=209;CIGAR=1X;DP=270;DPB=270;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.717703;PAIREDR=0.868852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8373;QR=2442;RO=61;RPL=0;RPP=456.848;RPPR=135.47;RPR=209;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:46,106:46:1846:106:4239:-335.695,0,-120.591 0/1:118:15,103:15:596:103:4134:-336.505,0,-18.4555 dDocent_Contig_8156 9 . C T 1287.6 . AB=0.547619;ABP=4.66476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0.657895;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1739;QR=1451;RO=38;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=85.5263;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:18,20:18:682:20:754:-56.7423,0,-50.2728 0/1:46:20,26:20:769:26:985:-75.1149,0,-55.691 dDocent_Contig_8157 88 . G A 50112.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1667;CIGAR=1X;DP=1754;DPB=1754;DPRA=0;EPP=3622.85;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58694;QR=2990;RO=87;RPL=1667;RPP=3622.85;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=1667;SAP=3622.85;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:924:44,880:44:1487:880:30952:-2650.6,-144.032,0 1/1:830:43,787:43:1503:787:27742:-2360.36,-114.289,0 dDocent_Contig_8159 24 . T G 550.98 . 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AB=0.151134;ABP=422.695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=397;DPB=397;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=732.625;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2381;QR=12567;RO=336;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=732.625;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=336;SRP=732.625;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:223:203,19:203:7526:19:742:-0.158853,0,-610.274 0/1:174:133,41:133:5041:41:1639:-95.3609,0,-401.324 dDocent_Contig_8161 14 . G C 157.247 . AB=0.151515;ABP=72.629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=1.88571;EPP=24.725;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=3600;RO=91;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=200.614;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:56,10:56:2189:10:407:-17.1226,0,-177.306 0/0:35:35,0:35:1411:0:0:0,-10.536,-127.242 dDocent_Contig_8162 98 . N G 52.2583 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22366,-0.60206,0 dDocent_Contig_8164 14 . T G 40759.6 . AB=0.683077;ABP=570.707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1332;CIGAR=1X;DP=1950;DPB=1950;DPRA=0;EPP=2895.41;EPPR=1340.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51887;QR=24240;RO=616;RPL=0;RPP=2895.41;RPPR=1340.64;RPR=1332;RUN=1;SAF=1332;SAP=2895.41;SAR=0;SRF=616;SRP=1340.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:993:326,665:326:12790:665:26027:-2041.68,0,-851.547 0/1:957:290,667:290:11450:667:25860:-2037.37,0,-741.695 dDocent_Contig_8165 72 . G A 140.631 . AB=0.172414;ABP=57.0725;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=439;QR=4161;RO=117;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:48,10:48:1712:10:362:-15.461,0,-136.884 0/0:71:69,2:69:2449:2:77:0,-14.064,-213.325 dDocent_Contig_8166 7 . C T 6886 . AB=0.239496;ABP=143.298;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X2M1X5M1X1M1X;DP=435;DPB=435;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2125;QR=739;RO=19;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=44.2683;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:197:9,0,62,4,75,28:9:348:0,62,4,75,28:0,1997,145,2885,1118:-343.074,-345.783,-374.369,-203.525,-232.11,-213.446,-337.331,-365.917,-223.66,-364.713,-113.66,-142.25,0,-133.798,-119.672,-253.695,-282.282,-140.025,-273.83,-50.149,-273.853 1|0:238:10,57,55,15,66,9:10:391:57,55,15,66,9:2125,1804,594,2582,358:-348.623,-177.67,-192.66,-231.258,-89.4486,-246.848,-310.157,-168.341,-221.93,-337.789,-141.825,0,-53.6029,-132.496,-154.107,-322.265,-180.45,-234.037,-312.936,-144.605,-351.704 dDocent_Contig_8167 45 . A T 110.476 . AB=0.166667;ABP=43.5445;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=2230;RO=56;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=124.613;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:21,1:21:848:1:35:0,-3.49875,-73.1081 0/1:42:35,7:35:1382:7:278:-12.7466,0,-112.002 dDocent_Contig_8168 1 . N G 63.1473 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X3M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.5;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.31256,-0.60206,0 dDocent_Contig_8169 10 . G A 71.8082 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1.72727;EPP=11.6962;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1013;RO=26;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=59.4686;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:410:0:0:0,-3.31133,-37.2339 0/1:19:15,4:15:603:4:158:-8.87979,0,-48.8878 dDocent_Contig_8170 58 . G C 206.683 . AB=0.110092;ABP=290.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X2M;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=39.2015;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.928177;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=948;QR=6848;RO=181;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=396.047;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=39.2015;SAR=2;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:97:78,0,14:78:2910:0,14:0,552:-21.9241,-45.4045,-283.574,0,-238.16,-233.945 0|1:121:103,7,10:103:3938:7,10:282,396:-1.58794,-9.94092,-330.913,0,-300.427,-320.071 dDocent_Contig_8171 31 . G A 1234.13 . AB=0.0165746;ABP=370.421;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M1X;DP=373;DPB=373;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97931;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=10984;RO=290;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=632.737;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:181:126,3,51:126:4776:3,51:117,1981:-124.811,-153.123,-543.779,0,-381.935,-376.201 0|0:192:164,15,12:164:6208:15,12:550,467:0,-4.42393,-508.812,-10.9747,-474.949,-516.281 dDocent_Contig_8172 45 . T G 171.55 . AB=0.161765;ABP=70.5814;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=73.4498;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.631579;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=2197;RO=57;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=126.784;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=50;SRP=73.4498;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:910:7:281:-16.3302,0,-72.8703 0/1:37:33,4:33:1287:4:163:-3.92032,0,-104.941 dDocent_Contig_8173 23 . C T 309.11 . AB=0.217391;ABP=50.8771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=1.15;EPP=35.5824;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=586;QR=4485;RO=113;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=248.387;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:54,15:54:2165:15:586:-32.309,0,-174.249 0/0:60:59,0:59:2320:0:0:0,-17.7608,-208.557 dDocent_Contig_8174 11 . G A 1984.1 . AB=0.043379;ABP=796.242;AC=0;AF=0;AN=4;AO=19;CIGAR=1M2X13M;DP=438;DPB=435.312;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=21;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=725;QR=4734;RO=125;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=274.444;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:242:72,17,26,27,34,13:72:2713:17,26,27,34,13:580,895,892,1299,494:-84.9121,-59.532,-276.734,-33.9118,-209.178,-248.405,-34.55,-209.815,-184.195,-248.741,0,-175.269,-149.649,-150.286,-212.088,-66.0811,-241.347,-215.727,-216.365,-181.818,-284.488 0|0:196:53,10,17,25,44,6:53:2021:10,17,25,44,6:356,502,818,1621,231:-116.595,-103.537,-266.33,-92.5125,-229.302,-253.196,-66.4879,-203.279,-192.253,-224.764,0,-136.796,-125.771,-99.7475,-152.563,-113.583,-250.374,-239.348,-213.325,-146.842,-277.58 dDocent_Contig_8175 9 . C G 488.998 . AB=0.208333;ABP=91.6788;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.36;PAIREDR=0.536842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=960;QR=3653;RO=95;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=209.3;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:42,4:42:1622:4:154:-0.386212,0,-132.396 0/1:74:53,21:53:2031:21:806:-50.5884,0,-160.748 dDocent_Contig_8177 143 . C T 4528 . AB=0.686957;ABP=72.8373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5831;QR=2700;RO=72;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=159.356;RPR=158;RUN=1;SAF=0;SAP=346.103;SAR=158;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:10,74:10:376:74:2765:-223.747,0,-8.90308 0/1:146:62,84:62:2324:84:3066:-232.149,0,-165.417 dDocent_Contig_8178 170 . A G 1318.49 . AB=0.605634;ABP=9.89173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930233;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1730;QR=1081;RO=28;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=96.3836;SAR=43;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:14,23:14:550:23:929:-72.7743,0,-38.7053 0/1:34:14,20:14:531:20:801:-62.172,0,-37.8876 dDocent_Contig_8179 38 . A T 115.308 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:83:-7.66023,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.56681,-0.30103,0 dDocent_Contig_8180 24 . G T 1017.97 . AB=0.237838;ABP=113.45;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=2.4026;EPP=98.5551;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1763;QR=8651;RO=218;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=476.391;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=218;SRP=476.391;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:141,44:141:5594:44:1763:-103.195,0,-447.617 0/0:77:77,0:77:3057:0:0:0,-23.1793,-275.222 dDocent_Contig_8181 104 . N C 63.6531 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36314,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8182 11 . A T 909.83 . AB=0.277778;ABP=33.8935;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=6M2X;DP=138;DPB=136.875;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=762;QR=2859;RO=74;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=163.699;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:66:53,0,0,13:53:2052:0,0,13:0,0,524:-27.6378,-43.5924,-212.15,-43.5924,-212.15,-212.15,0,-168.957,-168.957,-165.043 0|0:72:21,9,20,22:21:807:9,20,22:346,762,883:-66.4421,-44.3589,-107.896,-10.2762,-48.1158,-70.4998,0,-37.8436,-3.75784,-59.6273 dDocent_Contig_8183 21 . G A 4746.81 . AB=0.64433;ABP=38.112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X3M1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4905;QR=1013;RO=26;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=59.4686;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:12,28,3:12:467:28,3:1100,122:-86.8426,0,-29.9368,-80.3903,-28.2989,-117.866 1|0:151:14,97,40:14:546:97,40:3805,1548:-390.935,-82.2538,-97.9344,-268.015,0,-300.853 dDocent_Contig_8186 54 . G A 186.345 . AB=0.25;ABP=24.725;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=8.59409;EPPR=189.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.855556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=3264;RO=90;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=89;SRP=189.853;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:60,4:60:2173:4:148:0,-5.58735,-182.108 0/1:40:30,10:30:1091:10:356:-20.3334,0,-86.4429 dDocent_Contig_8187 108 . T G 439.439 . AB=0.343284;ABP=17.3031;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X3M1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=740;QR=1438;RO=44;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=98.5551;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:17,7:17:576:7:206:-11.6056,0,-44.9372 0|1:43:27,16:27:862:16:534:-35.4352,0,-64.9318 dDocent_Contig_8188 63 . T G 863.168 . AB=0.294521;ABP=56.5535;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.465116;PAIREDR=0.786408;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1475;QR=3799;RO=103;RPL=12;RPP=21.2406;RPPR=3.20004;RPR=31;RUN=1;SAF=12;SAP=21.2406;SAR=31;SRF=50;SRP=3.20004;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:54,22:54:1982:22:717:-41.9451,0,-155.733 0/1:70:49,21:49:1817:21:758:-47.4686,0,-142.701 dDocent_Contig_8189 107 . N C 267.07 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1/1:8:0,8:0:0:8:250:-22.8055,-2.40824,0 dDocent_Contig_8191 9 . C T 771.581 . AB=0.574468;ABP=5.27418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851852;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1042;QR=732;RO=19;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=44.2683;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:8,12:8:312:12:464:-35.7194,0,-22.0523 0/1:26:11,15:11:420:15:578:-44.5356,0,-30.3243 dDocent_Contig_8192 10 . A G 495.441 . AB=0.236559;ABP=59.0716;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=489.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.915179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1113;QR=8892;RO=224;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=489.42;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=224;SRP=489.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:159:153,6:153:6049:6:236:0,-26.2541,-522.556 0/1:93:71,22:71:2843:22:877:-51.243,0,-227.98 dDocent_Contig_8193 27 . G A 1240.58 . AB=0.75;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1620;QR=525;RO=16;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=37.7539;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:9,27:9:289:27:893:-69.8338,0,-15.4853 0/1:28:7,21:7:236:21:727:-57.3214,0,-13.1407 dDocent_Contig_8194 16 . C A 32.7625 . AB=0.104478;ABP=94.0501;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=2405;RO=60;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=133.299;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:37,4:37:1496:4:164:-2.80767,0,-122.538 0/1:26:23,3:23:909:3:122:-3.54571,0,-74.2845 dDocent_Contig_8195 171 . C T 131.706 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.04348;EPP=16.0391;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=1581;RO=41;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:715:6:238:-14.5686,0,-57.4526 0/0:23:23,0:23:866:0:0:0,-6.92369,-78.232 dDocent_Contig_8196 17 . G A 3933.4 . AB=0.369792;ABP=59.5591;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=142;CIGAR=1X;DP=384;DPB=384;DPRA=0;EPP=311.359;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.964789;PAIREDR=0.966942;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5687;QR=9686;RO=242;RPL=0;RPP=311.359;RPPR=528.507;RPR=142;RUN=1;SAF=142;SAP=311.359;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:118,79:118:4715:79:3154:-224.627,0,-364.961 0/1:187:124,63:124:4971:63:2533:-171.81,0,-390.974 dDocent_Contig_8197 30 . T A 97.3952 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=2792;RO=70;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=155.013;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:41,2:41:1640:2:80:0,-5.3525,-140.242 0/1:35:29,6:29:1152:6:240:-11.4385,0,-93.4287 dDocent_Contig_8198 1 . N G 430.008 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.0833;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:242:-22.1569,-1.80618,0 1/1:6:0,6:0:0:6:238:-20.5426,-1.80618,0 dDocent_Contig_8199 20 . G A 307.82 . AB=0.133333;ABP=90.593;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.843137;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=2013;RO=51;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=113.755;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:32,6,5:32:1263:6,5:234,203:-9.58833,0,-102.098,-2.47164,-87.16,-104.884 0|0:32:19,4,9:19:750:4,9:163,364:-24.2899,-16.5612,-77.0546,0,-48.2441,-58.9844 dDocent_Contig_8200 59 . C A 123.352 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=3701;RO=97;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:51,3:51:1944:3:108:0,-6.18149,-165.129 0/1:55:46,9:46:1757:9:336:-14.0342,0,-141.829 dDocent_Contig_8203 7 . C A 3843.79 . AB=0.712707;ABP=74.141;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X2M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9922;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4906;QR=1997;RO=52;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=115.927;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:102:33,69:33:1267:69:2616:-204.938,0,-83.6171 0|1:79:19,60:19:730:60:2290:-182.538,0,-42.2501 dDocent_Contig_8204 29 . A C 482.869 . AB=0.592593;ABP=5.02092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=653;QR=446;RO=11;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=26.8965;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:244:2:82:-5.37144,0,-19.9306 0/1:19:5,14:5:202:14:571:-46.0123,0,-12.8419 dDocent_Contig_8205 80 . T C 11190 . AB=0.280576;ABP=816.828;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=546;CIGAR=1M1D1M1X;DP=1946;DPB=1809;DPRA=0;EPP=1188.63;EPPR=3010.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999278;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18932;QR=48588;RO=1385;RPL=546;RPP=1188.63;RPPR=3010.5;RPR=0;RUN=1;SAF=546;SAP=1188.63;SAR=0;SRF=1385;SRP=3010.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1003:706,287:706:24780:287:9984:-599.352,0,-1930.41 0|1:943:679,259:679:23808:259:8948:-522.74,0,-1859.55 dDocent_Contig_8206 98 . N G 147.653 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77091,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:61:-5.69228,-0.90309,0 dDocent_Contig_8208 14 . A T 463.576 . AB=0.247059;ABP=50.2462;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=826;QR=2562;RO=64;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=141.985;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:53,18:53:2132:18:707:-42.5745,0,-170.683 0/1:14:11,3:11:430:3:119:-6.88008,0,-34.8345 dDocent_Contig_8209 23 . C T 556.232 . AB=0.201493;ABP=106.722;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1093;QR=4291;RO=107;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=235.358;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:60,19:60:2387:19:771:-45.9285,0,-191.197 0/1:55:47,8:47:1904:8:322:-12.7917,0,-154.994 dDocent_Contig_8210 107 . N T 111.909 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:121:-11.1904,-1.20412,0 dDocent_Contig_8211 51 . G A 8904.33 . AB=0.852071;ABP=184.964;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=283;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=617.537;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10845;QR=1252;RO=33;RPL=283;RPP=617.537;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=283;SAP=617.537;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:169:24,144:24:888:144:5412:-436.12,0,-29.2645 1/1:148:9,139:9:364:139:5433:-455.71,-11.4281,0 dDocent_Contig_8212 129 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_8213 52 . C T 687.242 . AB=0.396825;ABP=8.83536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.815789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1001;QR=1521;RO=38;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:19,16:19:762:16:644:-47.7585,0,-58.3653 0/1:28:19,9:19:759:9:357:-24.0626,0,-60.2051 dDocent_Contig_8214 15 . T G 303.227 . AB=0.139785;ABP=212.639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=0;EPP=79.2345;EPPR=804.284;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.9231;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1535;QR=14694;RO=369;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=804.284;RPR=39;RUN=1;SAF=38;SAP=79.2345;SAR=1;SRF=369;SRP=804.284;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:186:160,26:160:6382:26:1035:-31.7206,0,-518.113 0/0:222:209,13:209:8312:13:500:0,-22.8688,-703.652 dDocent_Contig_8215 31 . G T 32.2556 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=1908;RO=50;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1037:4:151:-4.62324,0,-84.2918 0/0:24:23,1:23:871:1:38:0,-3.42745,-74.8985 dDocent_Contig_8216 98 . N T 171.91 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=183;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:83:-7.7459,-0.90309,0 1/1:5:0,4:0:0:4:100:-9.14321,-1.20412,0 dDocent_Contig_8217 15 . T A 5397.61 . AB=0.855721;ABP=223.928;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947674;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6702;QR=1171;RO=29;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=65.983;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:14,76:14:568:76:2926:-236.378,0,-24.3695 0/1:111:15,96:15:603:96:3776:-306.48,0,-21.1938 dDocent_Contig_8218 79 . C A 8102.57 . AB=0.87013;ABP=186.26;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=292;CIGAR=1X;DP=324;DPB=324;DPRA=0;EPP=637.08;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993151;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9936;QR=1095;RO=32;RPL=292;RPP=637.08;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=292;SAP=637.08;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:170:12,158:12:403:158:5337:-443.909,-14.5825,0 0/1:154:20,134:20:692:134:4599:-367.745,0,-16.2443 dDocent_Contig_8219 133 . G A 15922.5 . AB=0.772134;ABP=446.208;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=532;CIGAR=1X;DP=689;DPB=689;DPRA=0;EPP=1158.23;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20038;QR=5883;RO=157;RPL=0;RPP=1158.23;RPPR=343.931;RPR=532;RUN=1;SAF=0;SAP=1158.23;SAR=532;SRF=0;SRP=343.931;SRR=157;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:402:122,280:122:4593:280:10547:-827.851,0,-292.412 0/1:287:35,252:35:1290:252:9491:-767.496,0,-29.9944 dDocent_Contig_8220 14 . T C 249.935 . AB=0.222222;ABP=39.2015;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=511;QR=3520;RO=96;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=211.472;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:42,12:42:1530:12:470:-26.3914,0,-121.722 0/0:55:54,1:54:1990:1:41:0,-12.4621,-175.257 dDocent_Contig_8221 118 . T C 248.83 . AB=0.212121;ABP=50.5195;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.847826;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=3283;RO=92;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=202.786;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=202.786;SRR=92;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:52,14:52:1868:14:509:-26.2809,0,-148.52 0/0:41:40,1:40:1415:1:34:0,-8.94332,-124.237 dDocent_Contig_8222 117 . A G 66.864 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1327;RO=39;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=87.6977;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:30,1:30:1030:1:30:0,-6.33236,-90.0105 0/1:13:9,4:9:297:4:133:-8.38537,0,-23.1369 dDocent_Contig_8223 99 . N G 55.8637 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1I2X;DP=4;DPB=6;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,1:0:0:1:16:-1.37836,-0.30103,0 1|1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89478,-0.60206,0 dDocent_Contig_8225 46 . G A 93.6435 . AB=0.14;ABP=59.2949;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=1.85185;EPP=18.2106;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=2716;RO=70;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=155.013;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1067:0:0:0,-8.12781,-96.32 0/1:50:43,7:43:1649:7:286:-11.0633,0,-133.593 dDocent_Contig_8226 196 . T C 32.9655 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=1.5;EPP=7.35324;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=500;RO=13;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:268:2:78:-4.6942,0,-21.7746 0/0:6:6,0:6:232:0:0:0,-1.80618,-21.2491 dDocent_Contig_8227 9 . C A 10967.4 . AB=0.635897;ABP=96.8513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=372;CIGAR=1X;DP=585;DPB=585;DPRA=0;EPP=810.798;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.938172;PAIREDR=0.929245;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14181;QR=8155;RO=212;RPL=0;RPP=810.798;RPPR=463.362;RPR=372;RUN=1;SAF=372;SAP=810.798;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:281:126,154:126:4846:154:5863:-442.95,0,-351.488 0/1:304:86,218:86:3309:218:8318:-656.892,0,-206.435 dDocent_Contig_8228 15 . C A 469.275 . AB=0.25;ABP=46.4397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=222;DPB=222;DPRA=0.56338;EPP=46.4397;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99505;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=801;QR=7991;RO=202;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=441.648;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:60,20:60:2376:20:801:-48.3255,0,-189.905 0/0:142:142,0:142:5615:0:0:0,-42.7463,-505.177 dDocent_Contig_8230 25 . G A 489.581 . AB=0.241758;ABP=55.7222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.927536;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=875;QR=2702;RO=69;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=152.842;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:46,6:46:1839:6:233:-5.68417,0,-150.062 0/1:39:23,16:23:863:16:642:-46.3708,0,-66.2205 dDocent_Contig_8231 140 . G A 1222.85 . AB=0.324468;ABP=53.3238;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X2M;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=126.927;EPPR=114.996;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.1148;MQMR=58.1786;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.553571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1984;QR=4047;RO=112;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=246.215;RPR=61;RUN=1;SAF=1;SAP=126.927;SAR=60;SRF=18;SRP=114.996;SRR=94;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:65:29,0,36:29:1061:0,36:0,1181:-86.2035,-94.9334,-181.637,0,-87.0513,-76.2142 0|1:123:83,14,25:83:2986:14,25:493,803:-39.178,-24.0154,-262.89,0,-202.928,-235.539 dDocent_Contig_8232 10 . T A 704.186 . AB=0.197861;ABP=151.286;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1433;QR=5909;RO=149;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=326.56;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:65,20:65:2580:20:778:-44.7518,0,-206.755 0/1:102:84,17:84:3329:17:655:-28.7637,0,-269.16 dDocent_Contig_8233 7 . C A 368.4 . AB=0.301887;ABP=21.0786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=613;QR=1421;RO=37;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=83.3548;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:28,7:28:1072:7:266:-13.7657,0,-86.2475 0/1:18:9,9:9:349:9:347:-26.1713,0,-26.3522 dDocent_Contig_8234 45 . T C 8442.71 . AB=0.0636646;ABP=1067.99;AC=0;AF=0;AN=4;AO=41;CIGAR=1X3M1X;DP=644;DPB=644;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=506.283;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986799;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1590;QR=11828;RO=303;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=521.591;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=301;SRP=643.709;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:338:184,1,150:184:7175:1,150:36,5856:-426.125,-478.577,-1068.01,0,-586.961,-544.744 0|0:306:119,40,145:119:4653:40,145:1554,5569:-421.242,-329.376,-699.883,0,-254.864,-338.902 dDocent_Contig_8235 12 . T C 3068.05 . AB=0.0902256;ABP=196.99;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2X3M1I8M1X1M;DP=133;DPB=140.4;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=471;QR=870;RO=22;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=50.7827;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:81:5,69,7:5:197:69,7:2676,272:-224.474,-6.13723,-1.57605,-203.629,0,-217.73 0|0:52:17,29,5:17:673:29,5:1101,199:-85.1658,0,-46.6842,-73.8945,-39.0258,-127.788 dDocent_Contig_8236 43 . G A 296.914 . AB=0.263158;ABP=30.7823;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.547619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=547;QR=1678;RO=42;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=94.2121;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:18,12:18:726:12:426:-29.6283,0,-56.6334 0/1:27:24,3:24:952:3:121:-3.15239,0,-77.8519 dDocent_Contig_8237 66 . T C 19043.9 . AB=0.833102;ABP=695.952;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=599;CIGAR=1X;DP=719;DPB=719;DPRA=0;EPP=1303.72;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998331;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23614;QR=4685;RO=119;RPL=599;RPP=1303.72;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=599;SAP=1303.72;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:414:72,341:72:2851:341:13480:-1087.85,0,-132.284 0/1:305:47,258:47:1834:258:10134:-819.637,0,-73.4514 dDocent_Contig_8238 78 . C T 73.3257 . 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AB=0.215223;ABP=271.389;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=709;DPB=709;DPRA=1.16159;EPP=172.491;EPPR=1351.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3258;QR=24282;RO=625;RPL=1;RPP=172.491;RPPR=1351.51;RPR=81;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=625;SRP=1360.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:328:326,0:326:12748:0:0:0,-98.1358,-1146.26 0/1:381:299,82:299:11534:82:3258:-178.597,0,-922.663 dDocent_Contig_8240 72 . G A 12435.9 . AB=0.627706;ABP=101.178;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=435;CIGAR=1X;DP=693;DPB=693;DPRA=0;EPP=947.601;EPPR=563.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997701;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16174;QR=9925;RO=258;RPL=435;RPP=947.601;RPPR=563.25;RPR=0;RUN=1;SAF=435;SAP=947.601;SAR=0;SRF=258;SRP=563.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:222:62,160:62:2393:160:5971:-470.525,0,-148.726 0/1:471:196,275:196:7532:275:10203:-776.164,0,-535.84 dDocent_Contig_8241 97 . G A 188.02 . AB=0.2;ABP=65.5487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=2211;RO=64;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:614:7:225:-13.0404,0,-48.054 0/1:55:46,9:46:1597:9:279:-8.85854,0,-127.463 dDocent_Contig_8242 73 . T A 960.484 . AB=0.137226;ABP=786.037;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=1576;DPB=1576;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=3208.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3538;QR=51960;RO=1476;RPL=100;RPP=220.158;RPPR=3208.1;RPR=0;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=1476;SRP=3208.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:891:885,6:885:31071:6:163:0,-253.282,-2780.43 0/1:685:591,94:591:20889:94:3375:-97.7474,0,-1673.21 dDocent_Contig_8243 59 . C T 887.628 . AB=0.317073;ABP=38.7602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1425;QR=3069;RO=84;RPL=20;RPP=3.06598;RPPR=3.1137;RPR=19;RUN=1;SAF=20;SAP=3.06598;SAR=19;SRF=43;SRP=3.1137;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:45,26:45:1671:26:938:-63.3464,0,-129.275 0/1:52:39,13:39:1398:13:487:-28.5133,0,-110.434 dDocent_Contig_8244 11 . T C 51911.6 . AB=0.833507;ABP=1859.86;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1602;CIGAR=1X;DP=1922;DPB=1922;DPRA=0;EPP=3481.71;EPPR=693.539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64211;QR=12639;RO=318;RPL=0;RPP=3481.71;RPPR=693.539;RPR=1602;RUN=1;SAF=1602;SAP=3481.71;SAR=0;SRF=318;SRP=693.539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1064:158,905:158:6290:905:36193:-2933.55,0,-245.45 0/1:858:160,697:160:6349:697:28018:-2260.7,0,-312.844 dDocent_Contig_8245 109 . A C 14831.6 . AB=0.883871;ABP=399.787;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=536;CIGAR=1X;DP=583;DPB=583;DPRA=0;EPP=1166.92;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17878;QR=1567;RO=47;RPL=0;RPP=1166.92;RPPR=105.07;RPR=536;RUN=1;SAF=0;SAP=1166.92;SAR=536;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:310:36,274:36:1223:274:9157:-730.868,0,-17.0519 1/1:273:11,262:11:344:262:8721:-753.69,-50.9176,0 dDocent_Contig_8246 171 . C T 83.6757 . AB=0.137255;ABP=61.2994;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.707071;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=3931;RO=99;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=217.986;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=217.986;SRR=99;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:44,7:44:1734:7:275:-9.76551,0,-140.927 0/0:59:55,4:55:2197:4:152:0,-3.7123,-183.848 dDocent_Contig_8247 9 . A G 190.047 . AB=0.181818;ABP=61.0478;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=1.65;EPP=29.068;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.416667;PAIREDR=0.468085;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=3588;RO=94;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=207.129;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1542:0:0:0,-12.0412,-139.051 0/1:66:54,12:54:2046:12:447:-20.7036,0,-164.505 dDocent_Contig_8249 12 . A G 587.568 . AB=0.540541;ABP=3.5385;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=803;QR=672;RO=17;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=39.9253;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:8,6:8:322:6:245:-18.2151,0,-25.1339 0/1:23:9,14:9:350:14:558:-43.6386,0,-24.9326 dDocent_Contig_8251 93 . A G 2069.18 . AB=0.494253;ABP=3.06022;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.77907;PAIREDR=0.840909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2909;QR=2860;RO=88;RPL=41;RPP=3.41429;RPPR=3.89863;RPR=45;RUN=1;SAF=41;SAP=3.41429;SAR=45;SRF=47;SRP=3.89863;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:40,45:40:1301:45:1544:-113.665,0,-91.7927 0/1:89:48,41:48:1559:41:1365:-96.3496,0,-113.803 dDocent_Contig_8252 98 . N C 62.7048 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_8253 25 . G A 198.246 . AB=0.25;ABP=26.8965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X4M1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=873;RO=23;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=52.9542;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:10,0,3,2,1:10:369:0,3,2,1:0,105,81,37:-5.62288,-8.63318,-38.8718,0,-30.3235,-29.4204,-8.07048,-38.2509,-29.7118,-37.6489,-5.58419,-35.842,-27.2926,-35.2235,-35.5409 0|1:28:13,2,8,3,2:13:504:2,8,3,2:80,262,118,68:-17.2986,-14.7731,-55.6349,0,-35.0729,-39.0936,-20.2796,-55.2844,-40.5623,-60.8063,-15.6879,-50.7203,-35.9855,-56.1958,-56.5458 dDocent_Contig_8254 12 . T A 217.401 . AB=0.184615;ABP=59.1679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.735849;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=2044;RO=53;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=118.098;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:568:5:200:-12.3589,0,-45.4277 0/1:45:38,7:38:1476:7:285:-12.4781,0,-119.558 dDocent_Contig_8255 86 . G A 238.599 . AB=0.246154;ABP=39.3908;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.755102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=1675;RO=49;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:308:6:193:-13.1705,0,-23.5365 0/1:50:40,10:40:1367:10:317:-13.7863,0,-108.273 dDocent_Contig_8256 135 . C T 68.6742 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.84211;EPP=18.2106;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=209;QR=1622;RO=47;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=105.07;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:655:0:0:0,-5.71957,-59.2731 0/1:35:28,7:28:967:7:209:-8.56639,0,-76.7989 dDocent_Contig_8257 8 . C G 132.743 . AB=0.236842;ABP=25.8679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=1050;RO=28;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=63.8115;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:10,4:10:361:4:145:-8.13472,0,-28.2245 0/1:23:18,5:18:689:5:172:-8.23645,0,-55.4177 dDocent_Contig_8258 72 . T C 77.5387 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.710526;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=254;QR=1341;RO=38;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:705:5:181:-9.11782,0,-56.2478 0/1:20:18,2:18:636:2:73:-0.910699,0,-51.5476 dDocent_Contig_8263 106 . N T 167.024 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=175;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:105:-9.76008,-0.90309,0 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.63968,-0.60206,0 dDocent_Contig_8264 30 . C T 87.269 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.707071;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=3958;RO=99;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=217.986;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:41,7:41:1640:7:269:-10.1248,0,-133.376 0/0:61:58,3:58:2318:3:110:0,-8.10226,-198.516 dDocent_Contig_8265 1 . N G 953.458 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=33;CIGAR=1X3M1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.5455;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1050;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:251:-22.8881,-2.40824,0 1|1:25:0,25:0:0:25:799:-72.1566,-7.52575,0 dDocent_Contig_8266 16 . T G 196.12 . AB=0.140845;ABP=82.5596;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X1M;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=49.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=387;QR=1796;RO=45;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=100.727;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:17,7,5,8:17:683:7,5,8:267,190,317:-20.9167,-4.54568,-58.7276,-10.4551,-45.2576,-65.2407,0,-34.8083,-40.7185,-53.8884 0|1:34:28,3,2,0:28:1113:3,2,0:120,77,0:-1.37888,0,-90.7361,-3.49068,-85.3179,-94.5217,-9.80772,-91.6392,-95.1237,-101.445 dDocent_Contig_8269 28 . T G 116.454 . AB=0.0512821;ABP=71.2168;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=3M1X12M;DP=97;DPB=98.375;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=105.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=9;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.763636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=2145;RO=55;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=122.441;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=53;SRP=105.701;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:58:32,4,5,5,2,0,0,0,3,4:32:1257:4,5,5,2,0,0,0,3,4:164,197,204,82,0,0,0,117,164:-7.20463,-3.33725,-105.529,-0.629403,-90.5267,-102.519,0,-89.8992,-87.1903,-101.891,-10.0728,-99.9694,-97.2605,-96.6331,-112.864,-16.8376,-106.733,-104.024,-103.396,-113.466,-120.23,-16.8376,-106.733,-104.024,-103.396,-113.466,-120.23,-120.23,-16.8376,-106.733,-104.024,-103.396,-113.466,-120.23,-120.23,-120.23,-7.21995,-97.116,-94.4071,-93.7797,-103.85,-110.613,-110.613,-110.613,-109.71,-3.29618,-93.1946,-90.4857,-89.8582,-99.9284,-106.692,-106.692,-106.692,-97.075,-105.488 0|0:39:23,0,0,3,3,3,5,2,0,0:23:888:0,0,3,3,3,5,2,0,0:0,0,117,112,112,177,56,0,0:-7.48928,-14.413,-87.3567,-14.413,-87.3567,-87.3567,-4.80399,-77.7536,-77.7536,-76.8505,-5.24879,-78.196,-78.196,-68.5928,-77.2929,-5.23982,-78.1871,-78.1871,-68.5839,-69.0264,-77.284,0,-72.9447,-72.9447,-63.3417,-63.7843,-63.7754,-71.4395,-9.98935,-82.927,-82.927,-73.3243,-73.7667,-73.7578,-68.516,-82.3249,-14.413,-87.3567,-87.3567,-77.7536,-78.196,-78.1871,-72.9447,-82.927,-87.3567,-14.413,-87.3567,-87.3567,-77.7536,-78.196,-78.1871,-72.9447,-82.927,-87.3567,-87.3567 dDocent_Contig_8270 29 . C A 1475.62 . AB=0.793103;ABP=24.6501;AC=4;AF=1;AN=4;AO=50;CIGAR=1X1M2X3M;DP=57;DPB=291.286;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=35.8;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0;PAO=218.5;PQA=2812;PQR=2915;PRO=221.5;QA=1664;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=0;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:29:0,6,23:0:0:6,23:222,751:-72.6,-54.4374,-52.6313,-18.1626,0,-11.239 1|1:28:0,0,27:0:0:0,27:0,913:-76.3603,-76.3603,-76.3603,-8.12781,-8.12781,0 dDocent_Contig_8272 23 . T C 1836.37 . AB=0.746835;ABP=44.818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.932203;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2333;QR=792;RO=20;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=46.4397;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:15,48:15:588:48:1904:-152.59,0,-34.2869 0/1:16:5,11:5:204:11:429:-34.1446,0,-13.9276 dDocent_Contig_8274 30 . G A 1969.7 . AB=0.548387;ABP=5.53201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X2M1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.9706;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0.792453;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2627;QR=1792;RO=53;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=118.098;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:25,30:25:842:30:1165:-88.5135,0,-59.5361 0|1:69:28,38:28:950:38:1462:-111.553,0,-65.5995 dDocent_Contig_8275 13 . C A 942.531 . AB=0.11871;ABP=981.661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=775;DPB=775;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=1486.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995608;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3658;QR=27074;RO=683;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=1486.13;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=683;SRP=1486.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:355:298,57:298:11825:57:2248:-95.6289,0,-956.58 0/1:420:385,35:385:15249:35:1410:-0.717989,0,-1244.83 dDocent_Contig_8276 209 . N G 76.879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_8277 11 . C G 1213.48 . AB=0.258883;ABP=102.49;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2102;QR=6791;RO=170;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=372.161;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:145,51:145:5794:51:2021:-122.744,0,-461.901 0/0:27:25,2:25:997:2:81:0,-0.442076,-82.3412 dDocent_Contig_8278 19 . G C 2508.12 . AB=0.609023;ABP=16.7412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987654;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3261;QR=2100;RO=52;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=115.927;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:43,61:43:1741:61:2454:-189.692,0,-125.597 0/1:29:9,20:9:359:20:807:-64.2172,0,-23.9423 dDocent_Contig_8279 139 . C T 105.792 . AB=0.0930233;ABP=64.872;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=2X3M;DP=105;DPB=104.8;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=46.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=2284;RO=71;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=157.185;RPR=9;RUN=1;SAF=1;SAP=14.8328;SAR=8;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:47,4,0,0,5,4:47:1490:4,0,0,5,4:146,0,0,170,122:0,-2.20751,-120.927,-14.1484,-122.131,-134.06,-14.1484,-122.131,-134.06,-134.06,-0.403818,-108.393,-120.322,-120.322,-118.816,-4.38741,-112.365,-124.293,-124.293,-110.555,-123.089 0|0:43:24,0,4,4,4,7:24:794:0,4,4,4,7:0,139,126,125,241:-12.2765,-19.5012,-83.719,-8.19309,-72.4156,-71.2115,-10.2736,-74.4868,-63.1836,-73.2827,-10.2772,-74.4903,-63.1872,-65.2589,-73.2862,0,-64.2271,-52.9229,-54.9953,-54.9988,-62.1199 dDocent_Contig_8280 109 . C G 539.22 . AB=0.275229;ABP=50.8425;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.886076;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=991;QR=2705;RO=79;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=174.557;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:30,5:30:1005:5:173:-5.37416,0,-80.2165 0/1:74:49,25:49:1700:25:818:-51.6447,0,-131.014 dDocent_Contig_8281 15 . T C 140.904 . AB=0.205882;ABP=28.557;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=1882;RO=48;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=107.241;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:832:1:40:0,-2.62698,-71.1984 0/1:34:27,7:27:1050:7:285:-15.7894,0,-84.555 dDocent_Contig_8282 1 . N C 65.5471 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=7I2X;DP=2;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55254,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8283 27 . T C 27987.2 . AB=0.696401;ABP=431.195;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=890;CIGAR=1X;DP=1278;DPB=1278;DPRA=0;EPP=1935.62;EPPR=845.542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35438;QR=14726;RO=388;RPL=0;RPP=1935.62;RPPR=845.542;RPR=890;RUN=1;SAF=890;SAP=1935.62;SAR=0;SRF=388;SRP=845.542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:715:255,460:255:9691:460:18306:-1430.8,0,-656.57 0/1:563:133,430:133:5035:430:17132:-1371.02,0,-283.655 dDocent_Contig_8284 28 . G A 37662.6 . AB=0.807744;ABP=1235.28;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1210;CIGAR=1X;DP=1498;DPB=1498;DPRA=0;EPP=2630.49;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46928;QR=11076;RO=288;RPL=0;RPP=2630.49;RPPR=628.394;RPR=1210;RUN=1;SAF=1210;SAP=2630.49;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:827:195,632:195:7510:632:24484:-1952.92,0,-426.69 0/1:671:93,578:93:3566:578:22444:-1816.44,0,-119.032 dDocent_Contig_8285 63 . G A 785.99 . AB=0.136038;ABP=485.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=419;DPB=419;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=789.083;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991713;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2303;QR=14267;RO=362;RPL=57;RPP=126.784;RPPR=789.083;RPR=0;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=362;SRP=789.083;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:212:186,26:186:7307:26:1047:-30.7033,0,-593.501 0/1:207:176,31:176:6960:31:1256:-50.9927,0,-563.792 dDocent_Contig_8287 71 . G A 430.632 . AB=0.208;ABP=95.5845;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=3.37838;EPP=59.4686;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=912;QR=4928;RO=136;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1348:0:0:0,-11.1381,-121.618 0/1:125:99,26:99:3580:26:912:-44.7621,0,-284.762 dDocent_Contig_8288 29 . G C 411.681 . AB=0.157576;ABP=171.056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1036;QR=5459;RO=139;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=304.845;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=139;SRP=304.845;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:87,12:87:3404:12:482:-13.9295,0,-276.643 0/1:66:52,14:52:2055:14:554:-30.3355,0,-165.286 dDocent_Contig_8289 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_8290 1 . N G 113.736 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8291 90 . C A 3468.12 . AB=0.767857;ABP=107.706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984496;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4444;QR=1333;RO=39;RPL=129;RPP=283.13;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:12,66:12:403:66:2251:-179.366,0,-13.112 0/1:90:27,63:27:930:63:2193:-170.543,0,-56.9208 dDocent_Contig_8293 27 . T C 314.642 . AB=0.0952381;ABP=1108.7;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=1421;DPB=1421;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=2882.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3784;QR=53379;RO=1326;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=2882.38;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=1326;SRP=2882.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:777:703,74:703:28256:74:2963:-32.8622,0,-2306.5 0/0:644:623,21:623:25123:21:821:0,-119.673,-2184.54 dDocent_Contig_8294 19 . G C 247.233 . AB=0.0784314;ABP=81.7368;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=59.3269;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.519231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=1965;RO=52;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=115.927;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:17,0,0,7:17:647:0,0,7:0,0,272:-17.622,-22.7396,-75.8026,-22.7396,-75.8026,-75.8026,0,-53.449,-53.449,-51.3418 0|0:51:35,4,3,7:35:1318:4,3,7:154,108,254:-10.1981,-8.08537,-114.835,-11.9252,-107.229,-118.97,0,-95.3015,-99.1361,-105.839 dDocent_Contig_8296 88 . C T 3251.72 . AB=0.0522876;ABP=269.392;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=932;RO=27;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:84:9,4,68:9:313:4,68:137,2417:-194.267,-185.856,-210.1,0,-14.3404,-4.99428 0|0:69:18,4,47:18:619:4,47:136,1707:-134.002,-128.391,-177.446,0,-39.2377,-36.1194 dDocent_Contig_8297 11 . T C 102.455 . AB=0.121951;ABP=104.805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=1.07895;EPP=24.725;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.655405;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=5694;RO=148;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=324.388;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:76:76,0:76:2911:0:0:0,-22.8783,-262.133 0/1:82:72,10:72:2783:10:403:-11.9445,0,-225.947 dDocent_Contig_8298 33 . G A 180.107 . AB=0.137255;ABP=119.589;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=226;DPB=226;DPRA=0.822581;EPP=33.4109;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=8325;RO=212;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=463.362;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:102:88,14:88:3468:14:553:-19.4086,0,-281.477 0|0:124:124,0:124:4857:0:0:0,-37.3277,-437.066 dDocent_Contig_8300 150 . C T 959.676 . AB=0.566667;ABP=5.32654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1294;QR=958;RO=26;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=59.4686;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:19,28:19:699:28:1067:-82.1851,0,-49.0933 0/1:13:7,6:7:259:6:227:-16.8794,0,-19.7523 dDocent_Contig_8301 131 . G C 44.7842 . AB=0.106667;ABP=103.796;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.865672;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=2703;RO=67;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=148.499;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:28,3:28:1122:3:120:-1.85576,0,-91.9319 0/1:44:39,5:39:1581:5:205:-5.58969,0,-129.274 dDocent_Contig_8302 98 . N A 95.163 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:28:-2.65997,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_8303 8 . C T 646.669 . AB=0.143266;ABP=388.78;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=808;DPB=808;DPRA=0.760349;EPP=111.584;EPPR=1644.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998677;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1902;QR=29050;RO=756;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=1644.64;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=756;SRP=1644.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:459:457,0:457:17584:0:0:0,-137.571,-1581.25 0/1:349:299,50:299:11466:50:1902:-66.3659,0,-926.422 dDocent_Contig_8304 98 . N C 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_8305 76 . T C 3139.48 . AB=0.160714;ABP=282.975;AC=0;AF=0;AN=4;AO=45;CIGAR=1X2M1X3M;DP=280;DPB=280;DPRA=0;EPP=28.5372;EPPR=169.553;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=48.1556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.377778;PAIREDR=0.891304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1468;QR=3406;RO=92;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=28.5372;SAR=11;SRF=88;SRP=169.553;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:151:48,20,10,72,0:48:1772:20,10,72,0:611,353,2699,0:-206.445,-174.13,-313.048,-215.849,-314.02,-357.771,0,-98.249,-139.976,-123.341,-220.894,-319.069,-360.781,-145.015,-365.834 0|0:129:44,25,4,41,10:44:1634:25,4,41,10:857,146,1526,386:-110.6,-55.4311,-181.636,-122.905,-188.219,-255.426,0,-65.3302,-132.803,-121.402,-92.1393,-157.458,-224.928,-102.038,-222.862 dDocent_Contig_8306 21 . G A 6642.21 . AB=0.804511;ABP=217.251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=214;CIGAR=1X;DP=266;DPB=266;DPRA=0;EPP=467.705;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995327;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8304;QR=2053;RO=52;RPL=0;RPP=467.705;RPPR=115.927;RPR=214;RUN=1;SAF=214;SAP=467.705;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:20,109:20:771:109:4256:-344.205,0,-30.8679 0/1:137:32,105:32:1282:105:4048:-323.113,0,-74.4072 dDocent_Contig_8307 9 . A G 2485.66 . AB=0.68254;ABP=39.4772;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3212;QR=1506;RO=40;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=89.8692;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:31,59:31:1160:59:2238:-174.548,0,-77.6013 0/1:36:9,27:9:346:27:974:-77.1147,0,-20.6623 dDocent_Contig_8309 77 . C A 75.8238 . AB=0.115385;ABP=203.454;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=222.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.1014;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.688406;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=5113;RO=138;RPL=11;RPP=4.9405;RPPR=3.26206;RPR=7;RUN=1;SAF=11;SAP=4.9405;SAR=7;SRF=57;SRP=12.0738;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:46,7:46:1686:7:236:-5.61498,0,-132.348 0/1:103:92,11:92:3427:11:397:-5.06419,0,-265.249 dDocent_Contig_8310 10 . G T 5229.16 . AB=0.0570265;ABP=839.867;AC=0;AF=0;AN=4;AO=28;CIGAR=2X;DP=491;DPB=491;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1131;QR=10936;RO=275;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=600.165;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:249:132,1,116:132:5248:1,116:40,4567:-335.927,-372.368,-804.133,0,-428.766,-397.142 0|0:242:143,27,71:143:5688:27,71:1091,2831:-190.085,-143.187,-603.353,0,-378.343,-446.916 dDocent_Contig_8311 11 . G A 47.8847 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.681818;EPP=9.52472;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=1372;RO=34;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=76.8404;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:889:0:0:0,-6.62266,-80.3183 0/1:15:12,3:12:483:3:118:-6.48744,0,-39.305 dDocent_Contig_8312 79 . G T 173.222 . AB=0.229167;ABP=33.5919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=2X;DP=69;DPB=69;DPRA=2.28571;EPP=26.8965;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=1945;RO=58;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:37,11:37:1236:11:365:-18.7202,0,-97.0858 0|0:21:21,0:21:709:0:0:0,-6.32163,-64.1259 dDocent_Contig_8314 61 . G C 631.49 . AB=0.0526316;ABP=69.0688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.662338;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=2788;RO=77;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:73:49,23,0:49:1763:23,0:843,0:-54.4279,0,-137.188,-69.1784,-144.112,-213.02 0|1:38:28,7,2:28:1025:7,2:248,74:-11.818,0,-81.7287,-14.1841,-77.7811,-97.3802 dDocent_Contig_8315 11 . C A 15852.4 . AB=0.749625;ABP=364.018;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=500;CIGAR=1X;DP=667;DPB=667;DPRA=0;EPP=1088.75;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98;PAIREDR=0.976048;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19893;QR=6709;RO=167;RPL=0;RPP=1088.75;RPPR=365.646;RPR=500;RUN=1;SAF=500;SAP=1088.75;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:305:76,229:76:3056:229:9161:-732.119,0,-183.298 0/1:362:91,271:91:3653:271:10732:-856.217,0,-219.817 dDocent_Contig_8316 158 . T G 921.715 . AB=0.55;ABP=4.31318;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=1.15385;EPP=74.6689;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1241;QR=2952;RO=78;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:1950:0:0:0,-15.6536,-175.744 0/1:60:26,33:26:1002:33:1241:-93.8704,0,-72.3767 dDocent_Contig_8317 12 . C T 169.691 . AB=0.207547;ABP=42.3836;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=231.322;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.982301;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=4475;RO=113;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=248.387;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=111;SRP=231.322;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:76:71,5:71:2810:5:175:0,-6.78477,-236.924 0/1:53:42,11:42:1665:11:381:-18.6681,0,-134.125 dDocent_Contig_8320 71 . C A 668.958 . AB=0.310345;ABP=30.1911;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1061;QR=2291;RO=60;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:33,21:33:1267:21:821:-57.9507,0,-98.0471 0/1:33:27,6:27:1024:6:240:-12.042,0,-82.5173 dDocent_Contig_8321 39 . T C 3303.04 . AB=0.709459;ABP=59.4099;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=105;CIGAR=1X3M1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.7429;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4079;QR=873;RO=22;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=50.7827;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:94:13,5,75:13:517:5,75:199,2925:-236.494,-225.499,-266.562,0,-27.6856,-20.0095 1|1:54:9,15,30:9:356:15,30:598,1154:-96.9071,-65.4191,-90.2031,-4.82464,0,-25.1313 dDocent_Contig_8322 13 . T A 131.343 . AB=0.177778;ABP=43.5927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.8;EPP=20.3821;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.822581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=308;QR=2498;RO=62;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=137.642;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:37,8:37:1494:8:308:-14.5322,0,-121.156 0/0:25:25,0:25:1004:0:0:0,-7.52575,-90.6535 dDocent_Contig_8323 15 . T C 63.9766 . AB=0.0876033;ABP=896.727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=605;DPB=605;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=1201.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.943396;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2111;QR=21770;RO=552;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=1201.66;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=552;SRP=1201.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:265:243,22:243:9671:22:887:-0.364784,0,-790.034 0/1:340:309,31:309:12099:31:1224:-8.08669,0,-985.775 dDocent_Contig_8324 131 . C T 321.811 . AB=0.236111;ABP=46.5604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=625;QR=1994;RO=55;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=122.441;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:27,12:27:971:12:442:-28.3852,0,-75.9642 0/1:33:28,5:28:1023:5:183:-6.89276,0,-82.4501 dDocent_Contig_8325 19 . G A 6477.9 . AB=0.304348;ABP=278.315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=252;CIGAR=1X;DP=828;DPB=828;DPRA=0;EPP=550.221;EPPR=1253.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994792;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10004;QR=22733;RO=576;RPL=0;RPP=550.221;RPPR=1253.78;RPR=252;RUN=1;SAF=252;SAP=550.221;SAR=0;SRF=576;SRP=1253.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:497:354,143:354:13969:143:5682:-361.597,0,-1106.6 0/1:331:222,109:222:8764:109:4322:-289.29,0,-688.622 dDocent_Contig_8326 14 . A G 47.3035 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.758621;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.829787;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=1871;RO=47;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=105.07;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:720:4:138:-6.12828,0,-58.5035 0/0:29:29,0:29:1151:0:0:0,-8.72987,-103.87 dDocent_Contig_8327 51 . G A 387.701 . AB=0.131148;ABP=147.182;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=2M1X3M;DP=122;DPB=129.333;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.73494;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=575;QR=2877;RO=83;RPL=11;RPP=7.89611;RPPR=7.43173;RPR=5;RUN=1;SAF=11;SAP=7.89611;SAR=5;SRF=48;SRP=7.43173;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:59:44,11,4:44:1501:11,4:381,136:-17.7228,0,-118.478,-19.9395,-110.759,-140.519 0|1:63:39,11,12:39:1376:11,12:405,439:-24.1438,-2.75951,-111.497,0,-78.9309,-108.436 dDocent_Contig_8328 159 . A C 3257.8 . AB=0.695122;ABP=57.2441;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4198;QR=1672;RO=50;RPL=114;RPP=250.558;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=250.558;SAR=114;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:15,14:15:482:14:472:-34.0595,0,-34.9564 0/1:135:35,100:35:1190:100:3726:-294.817,0,-66.7378 dDocent_Contig_8329 98 . N T 109.403 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17345,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46369,-0.60206,0 dDocent_Contig_8330 10 . G A 167.45 . AB=0.171875;ABP=62.8615;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=2055;RO=52;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=115.927;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:1008:3:120:-2.45803,0,-82.277 0/1:35:26,8:26:1047:8:307:-17.3476,0,-83.8736 dDocent_Contig_8331 25 . G A 1490.13 . AB=0.135417;ABP=113.846;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=2X2M;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=889;RO=24;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=55.1256;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:7,1,6,21,4:7:253:1,6,21,4:40,236,836,158:-66.7297,-65.5418,-85.8843,-49.4249,-66.772,-68.2612,0,-17.3411,-1.21864,-14.3156,-55.8353,-73.1829,-57.0647,-7.63154,-75.2741 0|0:57:17,3,7,27,3:17:636:3,7,27,3:122,279,1097,117:-85.3671,-80.4212,-131.593,-67.5108,-109.52,-117.477,0,-42.0043,-29.0909,-43.9422,-80.8681,-122.878,-109.967,-42.4518,-132.039 dDocent_Contig_8333 15 . G A 202.875 . AB=0.092145;ABP=959.508;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=1414;DPB=1414;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=2895.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3257;QR=52865;RO=1332;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=2895.41;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=1332;SRP=2895.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:752:731,20:731:29113:20:800:0,-154.158,-2545.25 0/1:662:601,61:601:23752:61:2457:-21.9864,0,-1936.41 dDocent_Contig_8335 98 . N T 126.803 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=132;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:36:-3.41959,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:96:-8.95796,-0.90309,0 dDocent_Contig_8336 27 . T C 10686.4 . AB=0.900621;ABP=227.454;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=345;DPB=345;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996865;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12833;QR=1036;RO=26;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=59.4686;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:184:10,174:10:395:174:6992:-593.034,-19.4846,0 0/1:161:16,145:16:641:145:5841:-477.002,0,-9.55868 dDocent_Contig_8337 69 . A C 128.981 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.685714;EPP=16.0391;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=2123;RO=53;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:715:6:235:-14.296,0,-57.451 0/0:35:35,0:35:1408:0:0:0,-10.536,-126.972 dDocent_Contig_8338 11 . A G 559.617 . AB=0.107649;ABP=947.004;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=1691;DPB=1691;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=3444.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4184;QR=63269;RO=1585;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=3444.79;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=1585;SRP=3444.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:985:955,30:955:38114:30:1183:0,-189.766,-3319.96 0/1:706:630,76:630:25155:76:3001:-57.6606,0,-2049.2 dDocent_Contig_8339 51 . G A 66.8882 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.2222;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=716;RO=18;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:318:3:122:-8.06116,0,-25.6739 0/1:11:10,1:10:398:1:41:-0.783237,0,-30.2306 dDocent_Contig_8340 51 . G T 254.182 . AB=0.176471;ABP=80.2892;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=2757;RO=70;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1447:6:238:-8.84826,0,-117.535 0/1:42:33,9:33:1310:9:355:-19.6669,0,-105.525 dDocent_Contig_8341 7 . C A 1245.23 . AB=0.261682;ABP=108.58;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.949367;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2127;QR=6067;RO=158;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=346.103;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:66,32:66:2501:32:1211:-79.7825,0,-195.792 0/1:116:92,24:92:3566:24:916:-47.8373,0,-286.135 dDocent_Contig_8342 124 . A G 3675.3 . AB=0.784431;ABP=120.361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4671;QR=1292;RO=36;RPL=0;RPP=287.473;RPPR=81.1833;RPR=131;RUN=1;SAF=0;SAP=287.473;SAR=131;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:12,78:12:431:78:2780:-223.342,0,-12.0379 0/1:77:24,53:24:861:53:1891:-147.284,0,-54.6329 dDocent_Contig_8343 38 . T G 60.0627 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1M7D8M1X22M2D6M;DP=56;DPB=54.9149;DPRA=0.647059;EPP=9.52472;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=1680;RO=43;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=96.3836;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:31,0,0,3:31:1208:0,0,3:0,0,106:0,-9.33193,-108.652,-9.33193,-108.652,-108.652,-0.349509,-100.026,-100.026,-99.1227 0|0:22:12,4,3,0:12:472:4,3,0:139,117,0:-7.69869,0,-37.6711,-1.66834,-29.2536,-39.6469,-11.311,-38.8753,-40.55,-50.1714 dDocent_Contig_8344 54 . T A 52.8293 . AB=0.108108;ABP=101.724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0.891566;EPP=20.3821;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993289;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=5905;RO=149;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=326.56;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:83,0:83:3281:0:0:0,-24.9855,-295.357 0/1:74:66,8:66:2624:8:321:-6.98189,0,-214.017 dDocent_Contig_8345 161 . C A 331.636 . AB=0.156682;ABP=225.171;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=421;DPB=421;DPRA=1.06373;EPP=76.8404;EPPR=843.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1110;QR=15037;RO=387;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=843.37;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=843.37;SRR=387;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:204:204,0:204:7899:0:0:0,-61.4101,-710.541 0/1:217:183,34:183:7138:34:1110:-34.8626,0,-576.785 dDocent_Contig_8346 54 . T C 74.3033 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.344828;EPP=11.6962;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=2946;RO=74;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:58,0:58:2304:0:0:0,-17.4597,-207.504 0/1:20:16,4:16:642:4:164:-9.1293,0,-52.0941 dDocent_Contig_8347 75 . T A 22253.9 . AB=0.628205;ABP=203.454;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=882;CIGAR=1X;DP=1404;DPB=1404;DPRA=0;EPP=1918.25;EPPR=1108.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29420;QR=17061;RO=509;RPL=882;RPP=1918.25;RPPR=1108.29;RPR=0;RUN=1;SAF=882;SAP=1918.25;SAR=0;SRF=509;SRP=1108.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:759:271,476:271:9113:476:15904:-1206.02,0,-595.016 0/1:645:238,406:238:7948:406:13516:-1022.47,0,-521.504 dDocent_Contig_8348 98 . N T 62.7035 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_8350 45 . C G 2642.11 . AB=0.219203;ABP=381.051;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=552;DPB=552;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=936.743;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4814;QR=17186;RO=430;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=936.743;RPR=121;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=430;SRP=936.743;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:319:272,46:272:10912:46:1826:-68.4284,0,-885.198 0/1:233:158,75:158:6274:75:2988:-198.879,0,-494.261 dDocent_Contig_8351 19 . A G 137.624 . AB=0.133333;ABP=108.11;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.935897;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=3062;RO=78;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=172.385;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:52:45,7:45:1766:7:278:-9.7366,0,-143.511 0|1:38:33,5:33:1296:5:202:-7.12273,0,-105.47 dDocent_Contig_8352 98 . N C 211.941 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=225;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:121:-11.1892,-1.20412,0 dDocent_Contig_8353 79 . G C 3018.35 . AB=0.487179;ABP=3.34437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=234;DPB=234;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.929825;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4165;QR=4271;RO=120;RPL=114;RPP=250.558;RPPR=263.587;RPR=0;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:51,55:51:1795:55:2011:-149.347,0,-129.908 0/1:128:69,59:69:2476:59:2154:-155.585,0,-184.551 dDocent_Contig_8354 12 . G A 2085.7 . AB=0.30916;ABP=85.8909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3223;QR=7239;RO=181;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=396.047;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:140:103,37:103:4123:37:1467:-90.1381,0,-328.899 0/1:122:78,44:78:3116:44:1756:-121.529,0,-243.794 dDocent_Contig_8355 8 . C A 10436.8 . 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AB=0.25;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=2.8;EPP=18.2106;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=1198;RO=31;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=70.3259;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:399:0:0:0,-3.0103,-36.2691 0/1:28:21,7:21:799:7:286:-17.686,0,-63.7835 dDocent_Contig_8358 46 . T G 19750.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=578;CIGAR=1X;DP=600;DPB=600;DPRA=0;EPP=1258.12;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99481;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22849;QR=883;RO=22;RPL=0;RPP=1258.12;RPPR=50.7827;RPR=578;RUN=1;SAF=578;SAP=1258.12;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:337:8,329:8:324:329:12992:-1138.87,-71.9183,0 1/1:263:14,249:14:559:249:9857:-835.88,-28.5217,0 dDocent_Contig_8359 98 . N A 68.393 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79402,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_8360 209 . N G 332.942 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:317:-28.8964,-2.40824,0 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 dDocent_Contig_8361 170 . T A 70.8265 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=1096;RO=29;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:845:4:144:-5.48511,0,-68.5391 0/1:9:7,2:7:251:2:78:-4.6942,0,-20.2187 dDocent_Contig_8363 76 . A G 256.445 . AB=0.294118;ABP=21.7871;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=1249;RO=36;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:20,4:20:695:4:125:-4.33394,0,-55.6492 0/1:27:16,11:16:554:11:358:-24.407,0,-42.0597 dDocent_Contig_8364 107 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_8365 11 . G A 622.802 . AB=0.294118;ABP=34.305;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1003;QR=2317;RO=60;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=133.299;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:40,22:40:1531:22:882:-61.0204,0,-119.356 0/1:23:20,3:20:786:3:121:-4.3563,0,-64.1285 dDocent_Contig_8366 14 . T C 1643.06 . AB=0.288889;ABP=90.1105;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2607;QR=5945;RO=160;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=350.446;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:100,12:100:3722:12:464:-8.38269,0,-301.398 0/1:113:60,53:60:2223:53:2143:-159.02,0,-166.278 dDocent_Contig_8367 36 . T A 71.4652 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=958;RO=24;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=55.1256;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:15:13,2:13:525:2:80:-3.07634,0,-43.0817 0|1:14:11,3:11:433:3:122:-7.15807,0,-35.1045 dDocent_Contig_8368 12 . T C 174.377 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=8.89682;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0.373494;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=3116;RO=83;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=183.243;RPR=12;RUN=1;SAF=5;SAP=3.73412;SAR=7;SRF=49;SRP=8.89682;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:41,10:41:1536:10:376:-18.8356,0,-123.13 0/0:44:42,2:42:1580:2:69:0,-6.69266,-135.905 dDocent_Contig_8369 98 . N C 190.635 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:131:-12.1138,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8371 9 . A T 178.478 . AB=0.169014;ABP=70.5706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.525424;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=2218;RO=59;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=131.127;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:40,8:40:1526:8:306:-13.4512,0,-123.165 0/1:23:19,4:19:692:4:156:-7.4936,0,-55.6717 dDocent_Contig_8373 98 . N C 16022.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=517;CIGAR=1X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=1125.66;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17798;QR=0;RO=0;RPL=517;RPP=1125.66;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=517;SAP=1125.66;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:315:0,315:0:0:315:10860:-977.384,-94.8245,0 1/1:202:0,202:0:0:202:6938:-624.533,-60.8081,0 dDocent_Contig_8374 25 . G C 3189.46 . AB=0.703448;ABP=55.1406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4059;QR=1688;RO=43;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=96.3836;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:12,30:12:481:30:1210:-96.5311,0,-30.9979 0/1:103:31,72:31:1207:72:2849:-225.512,0,-77.8928 dDocent_Contig_8376 98 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8377 136 . G A 76.6731 . AB=0.130435;ABP=30.2953;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X2M1X3M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=1151;RO=35;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=79.0118;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:25:21,0,0,3:21:690:0,0,3:0,0,90:-1.0452,-7.36683,-63.198,-7.36683,-63.198,-63.198,0,-56.0056,-56.0056,-55.1025 0|0:23:14,3,5,0:14:461:3,5,0:98,167,0:-9.32058,-5.61821,-41.9833,0,-29.3636,-35.7735,-13.535,-42.8864,-37.2786,-50.801 dDocent_Contig_8378 66 . C T 170.217 . AB=0.28125;ABP=16.3106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=1667;RO=48;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:23,9:23:802:9:308:-18.4197,0,-62.8679 0/0:26:25,1:25:865:1:35:0,-4.32815,-74.6688 dDocent_Contig_8379 198 . T C 661.051 . 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AB=0.156364;ABP=285.073;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=87.8997;EPPR=7.54044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.3488;MQMR=54.2931;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.860465;PAIREDR=0.840517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1704;QR=8226;RO=232;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=506.792;RPR=43;RUN=1;SAF=42;SAP=87.8997;SAR=1;SRF=105;SRP=7.54044;SRR=127;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:123,28:123:4258:28:1115:-52.5403,0,-334.577 0/1:124:109,15:109:3968:15:589:-15.2668,0,-274.067 dDocent_Contig_8381 27 . G A 690.372 . 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AB=0.416667;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0.545455;EPP=13.8677;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1161;RO=29;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=65.983;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:884:0:0:0,-6.62266,-79.8654 0/1:12:7,5:7:277:5:205:-15.2226,0,-21.6871 dDocent_Contig_8385 98 . N A 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8386 18 . T G 12723.8 . 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G A 1526.18 . AB=0.720588;ABP=31.7504;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1951;QR=752;RO=19;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=44.2683;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:8,24:8:323:24:958:-76.8857,0,-19.8058 0/1:36:11,25:11:429:25:993:-78.829,0,-28.1188 dDocent_Contig_8393 72 . G C 307.22 . AB=0.0666667;ABP=296.593;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X2M1X;DP=292;DPB=292;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.967347;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=615;QR=8229;RO=245;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=535.021;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:112:106,5,0:106:3543:5,0:170,0:0,-18.1282,-303.463,-31.9092,-304.968,-318.757 0|0:180:139,12,27:139:4686:12,27:445,916:-32.421,-37.8421,-413.974,0,-343.304,-371.592 dDocent_Contig_8394 107 . N T 1029.09 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1133;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 1/1:31:0,31:0:0:31:1067:-96.3388,-9.33193,0 dDocent_Contig_8395 166 . G C 7068.09 . AB=0.33967;ABP=179.175;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=268;CIGAR=1X;DP=789;DPB=789;DPRA=0;EPP=534.016;EPPR=1134.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10530;QR=20541;RO=521;RPL=262;RPP=534.016;RPPR=1134.35;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=584.965;SAR=268;SRF=0;SRP=1134.35;SRR=521;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:335:190,145:190:7489:145:5679:-410.087,0,-572.785 0/1:454:331,123:331:13052:123:4851:-299.818,0,-1037.04 dDocent_Contig_8396 10 . A G 68.4978 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=225;QR=1575;RO=40;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=89.8692;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:1001:5:188:-8.24739,0,-81.3558 0/0:16:15,1:15:574:1:37:0,-1.11865,-48.2912 dDocent_Contig_8400 11 . T C 546.971 . AB=0.125326;ABP=470.013;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=723.939;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979167;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1911;QR=13218;RO=332;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=723.939;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=332;SRP=723.939;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:172:141,28:141:5592:28:1105:-48.4537,0,-451.835 0/1:211:191,20:191:7626:20:806:-9.34024,0,-622.44 dDocent_Contig_8401 11 . T C 13890 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=941;CIGAR=1X;DP=960;DPB=960;DPRA=0;EPP=2046.37;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36195;QR=747;RO=19;RPL=941;RPP=2046.37;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=941;SAP=2046.37;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:486:11,475:11:430:475:18218:-1599.45,-107.249,0 1/1:474:8,466:8:317:466:17977:-1587.92,-113.792,0 dDocent_Contig_8405 18 . T A 287.248 . AB=0.270833;ABP=24.906;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.230769;PAIREDR=0.514286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=1345;RO=35;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=79.0118;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:700:5:191:-10.6322,0,-56.4015 0/1:25:17,8:17:645:8:315:-21.1895,0,-50.8522 dDocent_Contig_8406 174 . A G 6678.15 . AB=0.831683;ABP=99.5226;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=208;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=454.677;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8200;QR=1084;RO=28;RPL=208;RPP=454.677;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=454.677;SAR=208;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:17,84:17:662:84:3273:-264.241,0,-29.5108 1/1:135:11,124:11:422:124:4927:-404.971,-2.30802,0 dDocent_Contig_8407 25 . T C 1677.68 . AB=0.393548;ABP=18.2666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2411;QR=3722;RO=94;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=207.129;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:68,27:68:2687:27:1045:-65.7366,0,-213.367 0/1:60:26,34:26:1035:34:1366:-105.128,0,-75.3812 dDocent_Contig_8408 36 . T A 1270.78 . AB=0.216912;ABP=192.344;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2350;QR=8496;RO=213;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=465.534;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=213;SRP=465.534;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:134,30:134:5354:30:1200:-58.9073,0,-432.319 0/1:108:79,29:79:3142:29:1150:-71.268,0,-250.331 dDocent_Contig_8409 96 . C T 269.593 . AB=0.185185;ABP=95.9815;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=9.32731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7727;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.681818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=688;QR=3275;RO=88;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=3.0103;SAR=10;SRF=36;SRP=9.32731;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:36,6:36:1337:6:203:-5.95562,0,-107.881 0/1:66:52,14:52:1938:14:485:-24.1006,0,-154.77 dDocent_Contig_8410 41 . T C 3691.06 . AB=0.378082;ABP=50.1342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=138;CIGAR=1X1M1X1M2X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=302.673;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933628;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5354;QR=8709;RO=226;RPL=0;RPP=302.673;RPPR=493.763;RPR=138;RUN=1;SAF=138;SAP=302.673;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:201:131,70:131:5049:70:2703:-182.921,0,-393.896 0|1:164:95,68:95:3660:68:2651:-189.282,0,-280.035 dDocent_Contig_8411 8 . C A 1855.33 . AB=0.570621;ABP=10.6779;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X2M1X2M1X3M1X1M2X1M2X1M1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.9109;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.565789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3841;QR=2995;RO=76;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=168.042;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:97:33,64:33:1297:64:2432:-123.715,0,-87.8102 0|1:80:43,37:43:1698:37:1409:-64.9146,0,-128.98 dDocent_Contig_8412 91 . G A 41739.4 . AB=0.86029;ABP=2254.64;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1718;CIGAR=1X;DP=1997;DPB=1997;DPRA=0;EPP=3733.6;EPPR=604.508;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9983;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53097;QR=9076;RO=277;RPL=1718;RPP=3733.6;RPPR=604.508;RPR=0;RUN=1;SAF=1718;SAP=3733.6;SAR=0;SRF=277;SRP=604.508;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:998:163,834:163:5354:834:25986:-2037.91,0,-181.559 0/1:999:114,884:114:3722:884:27111:-2139.13,0,-34.6961 dDocent_Contig_8413 29 . A C 135.02 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=3M1X4M;DP=98;DPB=96.5;DPRA=0.606557;EPP=20.3821;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=3146;RO=87;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=191.928;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:61:60,0,0:60:2163:0,0:0,0:0,-18.0618,-194.839,-18.0618,-194.839,-194.839 0|1:37:27,2,8:27:983:2,8:69,286:-15.201,-17.7256,-97.4172,0,-74.7018,-77.898 dDocent_Contig_8414 12 . G A 1391.28 . AB=0.441441;ABP=6.31642;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.530612;PAIREDR=0.435484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1945;QR=2480;RO=62;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=137.642;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:23,23:23:916:23:924:-69.6143,0,-68.8989 0/1:65:39,26:39:1564:26:1021:-72.6106,0,-121.431 dDocent_Contig_8415 150 . A G 2972.13 . AB=0.748031;ABP=70.8731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3757;QR=1283;RO=32;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=72.4974;RPR=95;RUN=1;SAF=0;SAP=209.3;SAR=95;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:10,40:10:403:40:1569:-126.389,0,-21.5789 0/1:77:22,55:22:880:55:2188:-173.922,0,-56.3295 dDocent_Contig_8419 73 . G A 89.4093 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=7M1X;DP=29;DPB=29.25;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=756;RO=20;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:15:9,2,4:9:343:2,4:82,143:-8.91589,-4.83962,-32.3913,0,-21.3407,-26.9099 0|1:14:11,0,2:11:413:0,2:0,78:-3.11367,-6.425,-40.2518,0,-33.838,-33.2359 dDocent_Contig_8420 26 . C A 57981.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1719;CIGAR=1X;DP=1803;DPB=1803;DPRA=0;EPP=3735.77;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999418;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67780;QR=3289;RO=84;RPL=0;RPP=3735.77;RPPR=185.414;RPR=1719;RUN=1;SAF=1719;SAP=3735.77;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:958:51,907:51:2002:907:35761:-3035,-108.019,0 1/1:845:33,812:33:1287:812:32019:-2762.87,-138.283,0 dDocent_Contig_8421 98 . N A 275.86 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=296;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:232:-21.2052,-2.10721,0 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07855,-0.60206,0 dDocent_Contig_8422 16 . G T 1101.19 . AB=0.169014;ABP=70.5706;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.4167;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=2566;RO=65;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=144.156;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:71:39,12,20:39:1560:12,20:480,779:-52.2715,-24.4875,-149.387,0,-88.9851,-122.485 0|0:47:26,0,21:26:1006:0,21:0,831:-60.9449,-68.7716,-151.393,0,-83.0124,-76.6907 dDocent_Contig_8423 149 . G A 127.102 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=23M1X;DP=176;DPB=175.75;DPRA=0.128205;EPP=9.52472;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=5821;RO=153;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=335.246;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=335.246;SRR=153;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:156:145,2,0,0:145:5513:2,0,0:77,0,0:0,-37.2928,-488.991,-43.6493,-489.593,-495.915,-43.6493,-489.593,-495.915,-495.915 0|0:20:8,2,6,3:8:308:2,6,3:77,207,120:-14.4092,-10.4867,-35.1953,0,-18.9878,-23.5071,-6.91333,-25.9036,-15.4189,-31.3272 dDocent_Contig_8424 7 . C T 369.19 . AB=0.581395;ABP=5.48477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1M3D2X;DP=43;DPB=30.5;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=23.52;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=945;QR=696;RO=18;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=42.0968;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:6,5:6:234:5:191:-7.65161,0,-18.1198 0|1:32:12,20:12:462:20:754:-32.3643,0,-32.2977 dDocent_Contig_8425 61 . T C 368.496 . AB=0.138462;ABP=224.4;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=1.38298;EPP=61.6401;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990291;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1074;QR=11195;RO=309;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=673.995;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:168,27:168:6115:27:1074:-38.2476,0,-491.639 0/0:141:141,0:141:5080:0:0:0,-42.4452,-457.247 dDocent_Contig_8427 9 . A C 135.755 . AB=0.0990099;ABP=144.07;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1M6I4M3X1M1X;DP=239;DPB=244.9;DPRA=0.731884;EPP=24.725;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=3774;RO=98;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=215.815;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:101:49,10:49:1875:10:364:-14.9735,0,-150.846 0|0:138:49,0:49:1899:0:0:0,-14.7505,-170.76 dDocent_Contig_8428 87 . T A 12088.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=423;CIGAR=1X;DP=451;DPB=451;DPRA=0;EPP=921.543;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14358;QR=925;RO=27;RPL=423;RPP=921.543;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=423;SAP=921.543;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:224:9,215:9:322:215:7325:-630.035,-38.1064,0 1/1:227:18,208:18:603:208:7033:-578.514,-13.5327,0 dDocent_Contig_8429 22 . T C 38597.7 . AB=0.884157;ABP=755.446;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1141;CIGAR=1X;DP=1234;DPB=1234;DPRA=0;EPP=2480.66;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45485;QR=3278;RO=82;RPL=0;RPP=2480.66;RPPR=181.071;RPR=1141;RUN=1;SAF=1141;SAP=2480.66;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:647:14,622:14:571:622:24818:-2179.67,-140.116,0 0/1:587:68,519:68:2707:519:20667:-1681.5,0,-67.0396 dDocent_Contig_8430 17 . C A 6766.76 . AB=0.616438;ABP=45.9936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=225;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=491.592;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8533;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.751111;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8775;QR=5359;RO=140;RPL=0;RPP=491.592;RPPR=307.016;RPR=225;RUN=1;SAF=225;SAP=491.592;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:52,113:52:1953:113:4458:-351.502,0,-126.305 0/1:200:88,112:88:3406:112:4317:-328.272,0,-246.396 dDocent_Contig_8431 21 . A G 3644.85 . AB=0.668571;ABP=46.204;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X2M;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.974359;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4633;QR=1808;RO=46;RPL=0;RPP=257.073;RPPR=102.898;RPR=117;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:31,0,34:31:1224:0,34:0,1337:-100.772,-110.104,-210.819,0,-100.853,-90.6175 0|1:109:15,11,83:15:584:11,83:437,3296:-266.81,-235.349,-280.028,0,-12.0076,-23.0019 dDocent_Contig_8432 15 . T A 634.193 . AB=0.3125;ABP=27.4394;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=999;QR=2198;RO=55;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=122.441;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:23,18:23:918:18:727:-53.4136,0,-70.5804 0/1:39:32,7:32:1280:7:272:-13.1026,0,-103.723 dDocent_Contig_8434 8 . C A 58.8505 . AB=0.102941;ABP=189.246;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911032;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=882;QR=10779;RO=281;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=613.194;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:122,14:122:4690:14:532:-7.28299,0,-381.196 0/0:168:159,9:159:6089:9:350:0,-18.7117,-516.075 dDocent_Contig_8435 81 . G A 607.844 . AB=0.457627;ABP=3.93042;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=900;QR=1097;RO=32;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:18,20:18:617:20:662:-48.4505,0,-44.4138 0/1:21:14,7:14:480:7:238:-15.4308,0,-37.2049 dDocent_Contig_8436 22 . C A 1645.88 . AB=0.460938;ABP=4.70676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.779661;PAIREDR=0.724638;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2285;QR=2767;RO=69;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=152.842;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:31,17:31:1241:17:650:-44.3771,0,-97.5098 0/1:80:38,42:38:1526:42:1635:-123.307,0,-113.497 dDocent_Contig_8437 151 . T G 70.3154 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.384615;EPP=11.6962;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=1730;RO=50;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=111.584;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:381:4:140:-8.42948,0,-30.1077 0/0:39:39,0:39:1349:0:0:0,-11.7402,-121.707 dDocent_Contig_8438 139 . T G 297.777 . AB=0.3;ABP=20.3821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=1292;RO=35;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=79.0118;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:13,10:13:481:10:350:-24.9089,0,-36.7103 0/1:27:22,5:22:811:5:175:-7.96567,0,-65.1888 dDocent_Contig_8441 22 . T A 36.3513 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=1.73684;EPP=11.6962;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1922;RO=48;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=107.241;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1174:4:162:-5.03297,0,-96.0015 0/0:19:19,0:19:748:0:0:0,-5.71957,-67.6421 dDocent_Contig_8442 121 . T A 215.773 . AB=0.137441;ABP=243.92;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1M2I1M1X1M1X;DP=312;DPB=323.6;DPRA=2.08911;EPP=65.983;EPPR=617.537;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=961;QR=9545;RO=283;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=617.537;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=617.537;SRR=283;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:101:101,0:101:3396:0:0:0,-30.404,-305.875 0|1:211:182,29:182:6149:29:961:-23.2763,0,-490.044 dDocent_Contig_8444 18 . T A 7227.19 . AB=0.238095;ABP=803.767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=320;CIGAR=1X;DP=1344;DPB=1344;DPRA=0;EPP=697.881;EPPR=2226.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999023;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12565;QR=40622;RO=1024;RPL=0;RPP=697.881;RPPR=2226.6;RPR=320;RUN=1;SAF=320;SAP=697.881;SAR=0;SRF=1024;SRP=2226.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:775:610,165:610:24248:165:6507:-352.076,0,-1946.98 0/1:569:414,155:414:16374:155:6058:-373.739,0,-1301.14 dDocent_Contig_8445 22 . G A 32.9949 . AB=0.105263;ABP=80.1547;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=1.09615;EPP=16.0391;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.92233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=4050;RO=103;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=226.672;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2037:0:0:0,-15.6536,-183.524 0/1:57:51,6:51:2013:6:242:-4.99824,0,-164.203 dDocent_Contig_8446 15 . T C 372.499 . AB=0.348837;ABP=11.5447;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=584;QR=1138;RO=28;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=63.8115;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:22,11:22:894:11:429:-29.0317,0,-70.8321 0/1:10:6,4:6:244:4:155:-11.3151,0,-19.3285 dDocent_Contig_8447 74 . G A 74.5689 . AB=0.128571;ABP=86.8912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=2279;RO=61;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:34,4:34:1273:4:154:-2.79432,0,-103.422 0/1:32:27,5:27:1006:5:189:-7.74238,0,-81.2123 dDocent_Contig_8449 129 . C T 345.01 . AB=0.290323;ABP=26.6864;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1M2I4M1X4M;DP=62;DPB=65.6;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=1478;RO=41;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=92.0407;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:15,5:15:533:5:163:-8.97083,0,-42.2772 0|1:42:26,13:26:945:13:449:-28.627,0,-73.2453 dDocent_Contig_8450 145 . C T 77.8471 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=247;QR=1185;RO=33;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=74.6689;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:799:4:144:-5.48667,0,-64.4081 0/1:14:11,3:11:386:3:103:-5.39487,0,-30.86 dDocent_Contig_8451 1 . N G 114.659 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 dDocent_Contig_8452 98 . N T 1261.22 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=41;CIGAR=2X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1391;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:15:0,15:0:0:15:496:-44.9559,-4.51545,0 1|1:26:0,26:0:0:26:895:-80.8655,-7.82678,0 dDocent_Contig_8453 12 . G A 206.801 . AB=0.272727;ABP=17.8158;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=960;RO=24;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=55.1256;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:9,5:9:358:5:204:-14.5296,0,-28.3683 0/1:19:15,4:15:602:4:162:-9.24739,0,-48.798 dDocent_Contig_8454 86 . T A 446.12 . AB=0.514286;ABP=3.07234;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0.945946;EPP=42.0968;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.907407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=628;QR=1917;RO=54;RPL=9;RPP=3.0103;RPPR=3.0103;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=27;SRP=3.0103;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1315:0:0:0,-11.1381,-118.647 0/1:35:17,18:17:602:18:628:-46.311,0,-43.9743 dDocent_Contig_8455 93 . G A 728.94 . AB=0.284615;ABP=55.3929;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.864865;PAIREDR=0.677419;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1272;QR=3269;RO=93;RPL=21;RPP=4.47751;RPPR=17.6035;RPR=16;RUN=1;SAF=21;SAP=4.47751;SAR=16;SRF=59;SRP=17.6035;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:38,18:38:1335:18:618:-39.085,0,-103.594 0/1:74:55,19:55:1934:19:654:-36.9059,0,-152.062 dDocent_Contig_8456 77 . G A 1851.8 . AB=0.275148;ABP=151.441;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=338;DPB=338;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3216;QR=8358;RO=245;RPL=93;RPP=204.957;RPPR=535.021;RPR=0;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:177:123,54:123:4183:54:1866:-114.941,0,-323.394 0/1:161:122,39:122:4175:39:1350:-73.3353,0,-327.492 dDocent_Contig_8457 13 . T A 1157.3 . AB=0.565217;ABP=5.55942;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.538462;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1544;QR=1171;RO=30;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=68.1545;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:20,13:20:777:13:519:-37.123,0,-60.3014 0/1:36:10,26:10:394:26:1025:-81.704,0,-24.9794 dDocent_Contig_8458 98 . N G 120.205 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:87:-8.1184,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_8459 26 . G A 8710.04 . AB=0.479806;ABP=5.20282;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=297;CIGAR=1X;DP=619;DPB=619;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=702.224;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11787;QR=12733;RO=322;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=702.224;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=322;SRP=702.224;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:153,155:153:6000:155:6151:-460.658,0,-447.078 0/1:311:169,142:169:6733:142:5636:-413.443,0,-512.042 dDocent_Contig_8460 107 . N C 110.987 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:120:-11.0982,-1.20412,0 dDocent_Contig_8461 98 . N A 52.2583 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22366,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8462 12 . A T 50.3259 . AB=0.117647;ABP=110.945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=2975;RO=75;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=165.871;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:1039:3:109:-1.43813,0,-85.0709 0/1:56:49,7:49:1936:7:257:-6.6263,0,-157.587 dDocent_Contig_8463 70 . C G 212.279 . AB=0.375;ABP=4.09604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X13M;DP=23;DPB=23.8571;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=480;RO=14;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:15:9,6,0:9:305:6,0:220,0:-15.638,0,-23.2626,-18.3473,-25.0688,-43.0607 0|1:8:5,0,3:5:175:0,3:0,119:-8.68677,-10.1919,-24.4011,0,-14.588,-13.6849 dDocent_Contig_8464 98 . N A 300.973 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:147:-13.519,-1.50515,0 1/1:5:0,5:0:0:5:177:-16.277,-1.50515,0 dDocent_Contig_8467 30 . T A 2443.05 . AB=0.658333;ABP=29.1404;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3145;QR=1629;RO=41;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=92.0407;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:15,30:15:608:30:1206:-95.2663,0,-41.5119 0/1:75:26,49:26:1021:49:1939:-152.136,0,-69.6061 dDocent_Contig_8468 38 . G A 788.347 . AB=0.322917;ABP=29.1584;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.774194;PAIREDR=0.523077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1224;QR=2605;RO=65;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=144.156;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:20,15:20:802:15:600:-43.8017,0,-61.9608 0/1:61:45,16:45:1803:16:624:-38.1299,0,-144.113 dDocent_Contig_8469 28 . C A 283.406 . AB=0.103865;ABP=567.299;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=948;DPB=948;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=1905.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2883;QR=35195;RO=876;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=1905.22;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=876;SRP=1905.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:534:505,29:505:20253:29:1167:0,-55.441,-1715.71 0/1:414:371,43:371:14942:43:1716:-30.0395,0,-1218.94 dDocent_Contig_8470 118 . A G 4030.17 . AB=0.344891;ABP=117.528;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=189;CIGAR=1X;DP=548;DPB=548;DPRA=0;EPP=413.419;EPPR=782.569;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6340;QR=12138;RO=359;RPL=0;RPP=413.419;RPPR=782.569;RPR=189;RUN=1;SAF=0;SAP=413.419;SAR=189;SRF=0;SRP=782.569;SRR=359;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:205:99,106:99:3365:106:3563:-259.187,0,-241.375 0/1:343:260,83:260:8773:83:2777:-146.927,0,-686.377 dDocent_Contig_8471 100 . N C 95.1803 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51695,-0.90309,0 dDocent_Contig_8472 15 . A T 123.292 . AB=0.110294;ABP=182.412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=303;DPB=303;DPRA=0.814371;EPP=35.5824;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=607;QR=11530;RO=288;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=628.394;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:167:167,0:167:6680:0:0:0,-50.272,-600.905 0/1:136:121,15:121:4850:15:607:-14.0282,0,-395.456 dDocent_Contig_8473 7 . C A 3837.05 . AB=0.22209;ABP=567.861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=187;CIGAR=1X;DP=842;DPB=842;DPRA=0;EPP=409.076;EPPR=1420.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7107;QR=24998;RO=653;RPL=0;RPP=409.076;RPPR=1420.98;RPR=187;RUN=1;SAF=187;SAP=409.076;SAR=0;SRF=653;SRP=1420.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:479:359,118:359:13748:118:4480:-259.452,0,-1092.89 0/1:363:294,69:294:11250:69:2627:-127.35,0,-902.788 dDocent_Contig_8474 104 . T A 176.817 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.783784;EPP=20.3821;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.775862;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=2213;RO=58;RPL=1;RPP=12.7819;RPPR=128.956;RPR=7;RUN=1;SAF=1;SAP=12.7819;SAR=7;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:21,8:21:822:8:305:-19.0796,0,-65.5726 0/0:37:37,0:37:1391:0:0:0,-11.1381,-125.475 dDocent_Contig_8475 98 . N C 114.682 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:124:-11.4677,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8476 36 . G A 131.582 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.833333;EPP=20.3821;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=3148;RO=80;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=176.728;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:48,0:48:1891:0:0:0,-14.4494,-170.393 0/1:40:32,8:32:1257:8:295:-14.8572,0,-101.358 dDocent_Contig_8477 13 . G A 3017.28 . AB=0.403042;ABP=24.4856;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1M1D3M1X2M;DP=263;DPB=250.125;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=48.7925;MQMR=59.8598;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.0654206;PAO=1.5;PQA=55;PQR=55;PRO=1.5;QA=4153;QR=4134;RO=107;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=235.358;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:127:38,62,20,1:38:1467:62,20,1:2437,645,30:-186.569,0,-101.827,-147.349,-69.8367,-261.787,-195.881,-118.364,-265.68,-316.043 0|1:136:69,44,13,9:69:2667:44,13,9:1716,475,241:-118.256,0,-205.845,-100.436,-180.5,-315.58,-122.5,-202.558,-302.957,-338.837 dDocent_Contig_8478 13 . G T 445.943 . AB=0.171429;ABP=134.291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1181;QR=7889;RO=198;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=432.962;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:140:116,24:116:4651:24:976:-45.9922,0,-376.35 0/0:87:82,5:82:3238:5:205:0,-7.3546,-272.647 dDocent_Contig_8479 32 . G A 597.319 . AB=0.125;ABP=159.356;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=4M1X2M;DP=184;DPB=179.429;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=631;QR=5290;RO=136;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=298.331;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:128:90,22,16:90:3497:22,16:859,631:-43.5081,0,-280.702,-18.6856,-235.411,-301.198 0|0:56:46,10,0:46:1793:10,0:398,0:-19.3208,0,-144.743,-33.1681,-147.753,-180.525 dDocent_Contig_8481 10 . T A 102.822 . AB=0.0938511;ABP=445.745;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=703;DPB=703;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=1427.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.3354;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.422222;PAIREDR=0.3125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1796;QR=26230;RO=656;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=1427.5;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=656;SRP=1427.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:394:378,16:378:15056:16:635:0,-61.1241,-1291.23 0/1:309:278,29:278:11174:29:1161:-11.9812,0,-910.221 dDocent_Contig_8482 17 . T A 814.532 . 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AB=0.169408;ABP=580.179;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=163;CIGAR=1X;DP=1523;DPB=1523;DPRA=0;EPP=356.96;EPPR=2954.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6496;QR=54059;RO=1359;RPL=0;RPP=356.96;RPPR=2954.04;RPR=163;RUN=1;SAF=163;SAP=356.96;SAR=0;SRF=1359;SRP=2954.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:915:854,60:854:34033:60:2348:0,-64.0612,-2848.35 0/1:608:505,103:505:20026:103:4148:-190.25,0,-1617.69 dDocent_Contig_8488 13 . T A 3503.78 . AB=0.305085;ABP=80.8889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=72;CIGAR=1M1X3M2D1X3M1X17M;DP=236;DPB=224.552;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.986111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2837;QR=1170;RO=30;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=68.1545;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:124:21,16,11,40,5,9,17:21:819:16,11,40,5,9,17:641,427,1543,198,350,673:-119.837,-73.3475,-135.849,-91.0788,-105.585,-155.085,0,-14.5055,-32.237,-55.2756,-109.863,-124.37,-142.101,-51.0211,-175.676,-97.3988,-111.905,-129.636,-38.5569,-148.421,-162.007,-70.7695,-85.276,-103.007,-11.9277,-121.792,-109.327,-132.97 1|0:112:9,56,29,5,9,2,1:9:351:56,29,5,9,2,1:2196,1038,198,348,75,41:-233.638,-55.7432,-67.7396,-151.747,0,-171.868,-220.125,-68.3736,-164.376,-247.471,-207.765,-56.012,-152.016,-220.394,-233.906,-230.205,-78.4549,-174.456,-242.834,-230.473,-258.454,-232.963,-81.2124,-177.213,-245.591,-233.231,-255.671,-261.512 dDocent_Contig_8489 1 . N G 353.325 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=28.1429;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=494;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:249:-17.8491,-2.10721,0 1/1:7:0,7:0:0:7:245:-17.1823,-2.10721,0 dDocent_Contig_8490 8 . A T 500.722 . AB=0.313433;ABP=23.2666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.934783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=1738;RO=46;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=102.898;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:36,13:36:1384:13:497:-30.3241,0,-110.093 0/1:18:10,8:10:354:8:310:-22.845,0,-26.7709 dDocent_Contig_8491 162 . G T 2775.34 . AB=0.464789;ABP=5.30411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=209.388;EPPR=193.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989899;PAIREDR=0.982456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3826;QR=4458;RO=114;RPL=98;RPP=209.388;RPPR=193.49;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=217.986;SAR=99;SRF=0;SRP=250.558;SRR=114;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:55,51:55:2120:51:1949:-143.702,0,-159.087 0/1:107:59,48:59:2338:48:1877:-136.93,0,-178.374 dDocent_Contig_8493 122 . G T 230.72 . AB=0.208333;ABP=56.2114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.77193;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=2031;RO=57;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=126.784;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1033:5:181:-6.40864,0,-83.0484 0/1:38:28,10:28:998:10:343:-19.7602,0,-78.6958 dDocent_Contig_8495 7 . C T 155.329 . AB=0.183673;ABP=45.5977;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=462;QR=3806;RO=100;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=220.158;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:39,9:39:1497:9:347:-16.9309,0,-120.361 0/0:64:61,3:61:2309:3:115:0,-8.54102,-197.304 dDocent_Contig_8498 50 . G A 7665.87 . AB=0.831034;ABP=279.042;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=241;CIGAR=2X;DP=290;DPB=290;DPRA=0;EPP=526.335;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9508;QR=1693;RO=43;RPL=241;RPP=526.335;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=241;SAP=526.335;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:165:17,142:17:675:142:5593:-454.956,0,-12.8174 0|1:125:26,99:26:1018:99:3915:-314.728,0,-54.2923 dDocent_Contig_8499 29 . C T 1005.27 . AB=0.12;ABP=34.3664;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X2M;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=754;RO=19;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=44.2683;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:33:9,3,0,21:9:353:3,0,21:122,0,846:-67.0139,-59.6594,-87.7829,-69.7231,-88.686,-98.7499,0,-18.9522,-29.019,-22.6974 0|0:25:10,0,3,12:10:401:0,3,12:0,123,481:-36.6097,-39.62,-72.6579,-29.4659,-62.5046,-61.6015,0,-33.0317,-22.8774,-29.4193 dDocent_Contig_8500 123 . A G 678.967 . AB=0.340426;ABP=23.801;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.78125;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1096;QR=2180;RO=62;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=137.642;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:33,16:33:1162:16:549:-34.9852,0,-90.1367 0/1:45:29,16:29:1018:16:547:-36.0083,0,-78.3856 dDocent_Contig_8501 54 . A C 276.164 . AB=0.416667;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=1664;RO=42;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:28,1:28:1103:1:41:0,-4.6353,-95.4651 0/1:24:14,10:14:561:10:402:-29.3154,0,-43.608 dDocent_Contig_8502 35 . A G 42.3223 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.444444;EPP=9.52472;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.938776;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=1791;RO=49;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=109.412;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:485:3:112:-5.63015,0,-39.1764 0/0:36:36,0:36:1306:0:0:0,-10.8371,-117.824 dDocent_Contig_8503 8 . A T 867.995 . 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AB=0.567428;ABP=56.5994;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=770;CIGAR=1X;DP=1357;DPB=1357;DPRA=0;EPP=1666.37;EPPR=1273.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30529;QR=23257;RO=585;RPL=1;RPP=1666.37;RPPR=1273.32;RPR=769;RUN=1;SAF=770;SAP=1675.04;SAR=0;SRF=585;SRP=1273.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:799:358,441:358:14221:441:17519:-1334.79,0,-1038.28 0/1:558:227,329:227:9036:329:13010:-1002.18,0,-644.922 dDocent_Contig_8507 21 . A T 81.0961 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.25;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=891;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:476:0:0:0,-3.61236,-43.1874 0/1:15:11,4:11:415:4:155:-9.80858,0,-33.1727 dDocent_Contig_8508 70 . G T 99.1447 . AB=0.181818;ABP=32.0291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=2257;RO=56;RPL=6;RPP=7.35324;RPPR=3.16541;RPR=2;RUN=1;SAF=6;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=29;SRP=3.16541;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:1086:6:232:-11.3123,0,-88.0907 0/0:31:29,2:29:1171:2:81:0,-1.6462,-97.9813 dDocent_Contig_8514 13 . G A 97.5101 . AB=0.0935252;ABP=401.968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X2M1X;DP=475;DPB=475;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=945.429;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.793103;PAIREDR=0.926267;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1146;QR=16947;RO=434;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=945.429;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=434;SRP=945.429;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:278:244,26:244:9525:26:1028:-11.149,0,-775.136 0|0:197:190,3:190:7422:3:118:0,-47.4929,-656.715 dDocent_Contig_8515 107 . N T 66.2734 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:71:-6.62626,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8516 209 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_8518 98 . N G 1505.93 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1665;QR=0;RO=0;RPL=52;RPP=115.927;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:50:0,50:0:0:50:1604:-144.638,-15.0515,0 1/1:3:0,2:0:0:2:61:-5.65242,-0.60206,0 dDocent_Contig_8520 36 . T A 1409.79 . AB=0.589744;ABP=8.46682;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978261;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1855;QR=1297;RO=32;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=72.4974;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:20,24:20:807:24:962:-73.6364,0,-59.7 0/1:34:12,22:12:490:22:893:-70.4399,0,-34.2161 dDocent_Contig_8521 36 . A G 435.482 . AB=0.105939;ABP=843.3;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=1337;DPB=1337;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=2756.44;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2701;QR=49788;RO=1268;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=2756.44;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=1268;SRP=2756.44;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:714:711,3:711:27879:3:116:0,-204.118,-2495.99 0/1:623:557,66:557:21909:66:2585:-45.2471,0,-1782.52 dDocent_Contig_8523 81 . A G 76.1941 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=2863;RO=80;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,6:31:1107:6:220:-9.01735,0,-88.7981 0/0:52:49,3:49:1756:3:109:0,-5.48556,-148.146 dDocent_Contig_8524 50 . G T 239.809 . AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=68.4099;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.794118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=1365;RO=34;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=68.4099;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:13,7:13:530:7:285:-20.0038,0,-42.026 0/1:25:21,4:21:835:4:158:-7.07401,0,-67.9375 dDocent_Contig_8525 56 . T G 889.391 . AB=0.370787;ABP=15.9171;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878788;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1313;QR=2243;RO=56;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:32,16:32:1274:16:641:-43.5742,0,-100.474 0/1:41:24,17:24:969:17:672:-48.4618,0,-75.1679 dDocent_Contig_8528 20 . C T 150.11 . AB=0.2;ABP=38.1882;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=1.21622;EPP=22.5536;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931507;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=2925;RO=73;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=161.528;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:36,9:36:1440:9:329:-16.409,0,-116.301 0/0:37:37,0:37:1485:0:0:0,-11.1381,-133.888 dDocent_Contig_8529 98 . N T 177.002 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:121:-11.1297,-1.50515,0 dDocent_Contig_8531 92 . T C 32766 . AB=0.689468;ABP=577.359;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1270;CIGAR=1X4M;DP=1842;DPB=1842;DPRA=0;EPP=2760.78;EPPR=765.197;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.999213;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41113;QR=11471;RO=351;RPL=1270;RPP=2760.78;RPPR=765.197;RPR=0;RUN=1;SAF=1270;SAP=2760.78;SAR=0;SRF=351;SRP=765.197;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1006:169,190,636:169:5497:190,636:6330,20580:-1677.91,-1216.46,-1602.97,-68.6279,0,-320.878 0|1:836:182,15,634:182:5974:15,634:486,20533:-1601.79,-1617.36,-2095.56,0,-443.533,-291.89 dDocent_Contig_8532 108 . T C 157.229 . AB=0.173913;ABP=66.7383;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=431;QR=2206;RO=57;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:22,8:22:842:8:283:-16.7696,0,-67.0677 0/1:39:35,4:35:1364:4:148:-1.9408,0,-111.29 dDocent_Contig_8533 109 . T G 132.214 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=1382;RO=40;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=89.8692;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:586:7:239:-14.6193,0,-45.841 0/0:24:23,1:23:796:1:35:0,-3.72609,-68.4609 dDocent_Contig_8534 98 . N C 105.09 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:74:-6.90604,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_8535 181 . T C 157.607 . AB=0.375;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.33333;EPP=16.0391;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=876;RO=22;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:395:6:240:-17.1587,0,-31.0897 0/0:12:12,0:12:481:0:0:0,-3.61236,-43.6414 dDocent_Contig_8536 1 . N G 183.076 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.5;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-8.68317,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.32232,-0.90309,0 dDocent_Contig_8537 17 . T A 7756.35 . AB=0.311594;ABP=300.848;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=301;CIGAR=1X;DP=966;DPB=966;DPRA=0;EPP=656.623;EPPR=1447.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11888;QR=26542;RO=665;RPL=0;RPP=656.623;RPPR=1447.04;RPR=301;RUN=1;SAF=301;SAP=656.623;SAR=0;SRF=665;SRP=1447.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:564:349,215:349:13916:215:8474:-592.434,0,-1081.6 0/1:402:316,86:316:12626:86:3414:-186.298,0,-1014.39 dDocent_Contig_8538 98 . N A 161.858 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33053,-0.90309,0 dDocent_Contig_8539 24 . T C 15845.3 . 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AB=0.325199;ABP=470.648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=573;CIGAR=1X;DP=1762;DPB=1762;DPRA=0;EPP=1247.26;EPPR=2578.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22430;QR=46843;RO=1186;RPL=573;RPP=1247.26;RPPR=2578.38;RPR=0;RUN=1;SAF=573;SAP=1247.26;SAR=0;SRF=1186;SRP=2578.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:957:665,291:665:26193:291:11378:-735.456,0,-2067.3 0/1:805:521,282:521:20650:282:11052:-752.123,0,-1614.93 dDocent_Contig_8554 86 . G A 206.846 . 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AB=0.828083;ABP=1041.72;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=920;CIGAR=1X1M;DP=1111;DPB=1111;DPRA=0;EPP=2000.76;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36268;QR=4906;RO=124;RPL=0;RPP=2000.76;RPPR=272.273;RPR=920;RUN=1;SAF=920;SAP=2000.76;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:641:57,15,569:57:2265:15,569:573,22497:-1834.06,-1804.21,-1986.16,0,-139.478,-15.1916 0|1:470:67,49,351:67:2641:49,351:1951,13771:-1112.21,-971.736,-1174.25,0,-56.6108,-111.598 dDocent_Contig_8556 42 . C A 16554.9 . AB=0.05;ABP=636.212;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=2M2I1M2X1M;DP=801;DPB=414;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=683;QR=6744;RO=178;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=389.532;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:441:62,0,0,379:62:2328:0,0,379:0,0,13586:-1089.46,-1108.12,-1298.82,-1108.12,-1298.82,-1298.82,0,-191.07,-191.07,-76.9793 0|0:360:116,18,18,206:116:4416:18,18,206:683,677,7406:-569.129,-548.044,-904.818,-548.591,-854.78,-905.365,0,-306.192,-306.739,-300.182 dDocent_Contig_8557 7 . C A 1143.12 . AB=0.569444;ABP=6.02623;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X3M2I2M;DP=72;DPB=85.1667;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1540;QR=1116;RO=29;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=65.983;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:18,19:18:698:19:716:-53.2458,0,-51.6246 0|1:34:11,22:11:418:22:824:-64.163,0,-27.6483 dDocent_Contig_8558 40 . G C 448.69 . AB=0.115663;ABP=535.471;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=698;DPB=698;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=1366.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2731;QR=24793;RO=628;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=1366.69;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=628;SRP=1366.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:283:262,21:262:10352:21:827:0,-10.4517,-856.293 0/1:415:366,48:366:14441:48:1904:-46.568,0,-1173.64 dDocent_Contig_8559 160 . A G 1747.37 . AB=0.15495;ABP=723.805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=181;CIGAR=1X;DP=1602;DPB=1602;DPRA=0;EPP=396.047;EPPR=3023.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7239;QR=56445;RO=1419;RPL=181;RPP=396.047;RPPR=3023.83;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=396.047;SAR=181;SRF=0;SRP=3084.33;SRR=1419;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:905:831,73:831:32978:73:2949:0,-7.004,-2699.5 0/1:697:588,108:588:23467:108:4290:-176.436,0,-1900.35 dDocent_Contig_8560 190 . T A 82.928 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=2.28571;EPP=11.6962;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=756;RO=19;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:476:4:157:-9.6907,0,-38.3745 0/0:7:7,0:7:280:0:0:0,-2.10721,-25.5717 dDocent_Contig_8561 98 . N T 174.83 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=185;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 1/1:6:0,6:0:0:6:117:-10.7229,-1.80618,0 dDocent_Contig_8562 98 . N A 109.393 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8563 1 . N G 185.249 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:115:-10.725,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 dDocent_Contig_8564 66 . C T 444.219 . AB=0.551724;ABP=3.68421;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=617;QR=523;RO=13;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:8,11:8:320:11:425:-32.8827,0,-23.4485 0/1:10:5,5:5:203:5:192:-14.6361,0,-15.6425 dDocent_Contig_8565 98 . N G 2217.59 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.7684;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2457;QR=0;RO=0;RPL=95;RPP=209.3;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:57:0,57:0:0:57:1540:-138.821,-17.1587,0 1/1:39:0,38:0:0:38:917:-82.6365,-11.4391,0 dDocent_Contig_8566 13 . T C 7094.91 . AB=0.0497573;ABP=1453.9;AC=0;AF=0;AN=4;AO=41;CIGAR=2X;DP=824;DPB=824;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=1084.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997992;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1613;QR=18976;RO=498;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=1084.4;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=498;SRP=1084.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:358:249,24,77:249:9477:24,77:947,3026:-173.917,-170.958,-941.005,0,-699.353,-754.09 0|0:466:249,17,193:249:9499:17,193:666,7471:-538.671,-558.867,-1333,0,-724.489,-721.151 dDocent_Contig_8568 51 . T C 519.651 . AB=0.152;ABP=265.984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1441;QR=8312;RO=212;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=463.362;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:95,15:95:3745:15:573:-18.7879,0,-303.965 0/1:140:117,23:117:4567:23:868:-36.2741,0,-368.851 dDocent_Contig_8569 27 . C A 327.482 . AB=0.183673;ABP=88.1852;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=718;QR=3142;RO=80;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=176.728;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,6:31:1249:6:240:-10.8364,0,-101.542 0/1:61:49,12:49:1893:12:478:-25.0087,0,-152.213 dDocent_Contig_8571 98 . N A 157.206 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.8;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=171;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:171:-15.7203,-1.50515,0 dDocent_Contig_8572 74 . G A 68.4991 . AB=0.103896;ABP=212.882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.918519;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=5196;RO=135;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=296.159;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:53,6:53:2023:6:237:-3.94092,0,-164.508 0/1:95:82,10:82:3173:10:375:-6.00465,0,-257.567 dDocent_Contig_8573 28 . G C 6965.06 . AB=0.583756;ABP=27.0177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=230;CIGAR=1X;DP=394;DPB=394;DPRA=0;EPP=343.837;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9217;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9090;QR=6451;RO=162;RPL=0;RPP=502.449;RPPR=354.789;RPR=230;RUN=1;SAF=210;SAP=343.837;SAR=20;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:213:103,108:103:4119:108:4262:-319.687,0,-306.81 0/1:181:59,122:59:2332:122:4828:-379.916,0,-155.561 dDocent_Contig_8574 9 . T C 235.851 . 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AB=0.101754;ABP=395.62;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=656;DPB=656;DPRA=0.768194;EPP=65.983;EPPR=1360.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1168;QR=24894;RO=625;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=1360.18;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=625;SRP=1360.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:371:369,0:369:14725:0:0:0,-111.08,-1323.72 0/1:285:256,29:256:10169:29:1168:-19.604,0,-828.784 dDocent_Contig_8576 32 . C A 12479.1 . 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AB=0.179104;ABP=122.863;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.963636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=682;QR=4142;RO=110;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=241.872;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:49,9:49:1810:9:230:-3.48844,0,-145.686 0/1:76:61,15:61:2332:15:452:-18.0824,0,-187.219 dDocent_Contig_8582 10 . T G 1123.19 . AB=0.325758;ABP=37.8197;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1717;QR=3601;RO=89;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=196.271;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:32,12:32:1298:12:480:-30.3066,0,-103.836 0/1:88:57,31:57:2303:31:1237:-85.1091,0,-180.927 dDocent_Contig_8585 28 . T A 13540.7 . AB=0.429487;ABP=50.1702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=469;CIGAR=1X;DP=1092;DPB=1092;DPRA=0;EPP=1021.43;EPPR=1355.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.963753;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18745;QR=24853;RO=623;RPL=0;RPP=1021.43;RPPR=1355.84;RPR=469;RUN=1;SAF=469;SAP=1021.43;SAR=0;SRF=623;SRP=1355.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:571:338,233:338:13458:233:9304:-664.905,0,-1038.32 0/1:521:285,236:285:11395:236:9441:-692.265,0,-867.922 dDocent_Contig_8586 28 . T C 9782.2 . AB=0.710046;ABP=170.858;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=311;CIGAR=1X;DP=438;DPB=438;DPRA=0;EPP=678.338;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976378;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12374;QR=5066;RO=127;RPL=0;RPP=678.338;RPPR=278.787;RPR=311;RUN=1;SAF=311;SAP=678.338;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:250:74,176:74:2966:176:6977:-552.347,0,-191.773 0/1:188:53,135:53:2100:135:5397:-428.97,0,-132.589 dDocent_Contig_8587 131 . T C 2122.4 . AB=0.448649;ABP=7.24761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3005;QR=3600;RO=102;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=224.5;RPR=83;RUN=1;SAF=0;SAP=183.243;SAR=83;SRF=0;SRP=224.5;SRR=102;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:58,32:58:2074:32:1154:-77.0744,0,-159.829 0/1:95:44,51:44:1526:51:1851:-138.263,0,-109.018 dDocent_Contig_8588 20 . G C 16354.7 . AB=0.682705;ABP=225.977;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=525;CIGAR=1X;DP=769;DPB=769;DPRA=0;EPP=1143.03;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20793;QR=9671;RO=244;RPL=0;RPP=1143.03;RPPR=532.85;RPR=525;RUN=1;SAF=525;SAP=1143.03;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:380:96,284:96:3808:284:11304:-902.217,0,-228.339 0/1:389:148,241:148:5863:241:9489:-736.352,0,-410.374 dDocent_Contig_8591 32 . A T 694.887 . AB=0.366197;ABP=14.0512;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.653846;PAIREDR=0.622222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1036;QR=1782;RO=45;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=100.727;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:603:2:81:-2.56822,0,-49.4902 0/1:54:30,24:30:1179:24:955:-69.989,0,-90.1334 dDocent_Contig_8592 30 . G T 5165.53 . AB=0.753425;ABP=125.178;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993939;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6505;QR=2098;RO=54;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=120.27;RPR=165;RUN=1;SAF=165;SAP=361.303;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:40,51:40:1546:51:2002:-152.977,0,-111.985 0/1:128:14,114:14:552:114:4503:-366.673,0,-11.4884 dDocent_Contig_8594 17 . A C 61.2931 . AB=0.12766;ABP=116.204;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=3086;RO=82;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=181.071;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:44,7:44:1679:7:243:-6.85541,0,-136.012 0/1:43:38,5:38:1407:5:166:-2.32192,0,-113.961 dDocent_Contig_8595 98 . N A 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_8596 98 . N A 948.184 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=30;CIGAR=2X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1043;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:268:-24.4458,-2.40824,0 1|1:22:0,22:0:0:22:775:-70.0715,-6.62266,0 dDocent_Contig_8597 58 . T C 83.2979 . AB=0.103448;ABP=201.064;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5556;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.975976;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1062;QR=13282;RO=333;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=726.111;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:215:203,12:203:8137:12:469:0,-22.1636,-689.316 0/1:145:130,15:130:5145:15:593:-10.0288,0,-419.256 dDocent_Contig_8599 35 . C T 110.095 . 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AB=0.125;ABP=81.1833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0.927536;EPP=20.3821;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.728;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=4762;RO=125;RPL=3;RPP=4.09604;RPPR=3.02767;RPR=5;RUN=1;SAF=3;SAP=4.09604;SAR=5;SRF=63;SRP=3.02767;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2606:0:0:0,-20.7711,-234.732 0/1:64:56,8:56:2156:8:313:-9.26635,0,-174.982 dDocent_Contig_8601 51 . A G 421.731 . AB=0.137778;ABP=259.427;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=555;DPB=555;DPRA=0.681818;EPP=70.3259;EPPR=1140.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9065;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998092;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1237;QR=20663;RO=524;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=1140.86;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=524;SRP=1140.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:330:330,0:330:12993:0:0:0,-99.3399,-1165.78 0/1:225:194,31:194:7670:31:1237:-43.872,0,-622.194 dDocent_Contig_8603 98 . N T 49766.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1631;CIGAR=2X;DP=1634;DPB=1634;DPRA=0;EPP=3544.68;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55310;QR=0;RO=0;RPL=1631;RPP=3544.68;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1631;SAP=3544.68;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:933:0,931:0:0:931:31562:-2839.8,-280.259,0 1|1:701:0,700:0:0:700:23748:-2136.58,-210.721,0 dDocent_Contig_8604 8 . A G 279.821 . AB=0.148936;ABP=153.951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.491667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=809;QR=4579;RO=120;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=263.587;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:63,7:63:2388:7:273:-3.86591,0,-194.063 0/1:71:57,14:57:2191:14:536:-27.2117,0,-176.042 dDocent_Contig_8605 13 . T A 258.796 . AB=0.178947;ABP=88.0634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X1M1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=52.9412;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.584416;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=659;QR=3053;RO=77;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=170.214;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:38,9:38:1486:9:354:-15.7239,0,-119.852 0|1:48:39,8:39:1567:8:305:-13.2527,0,-126.712 dDocent_Contig_8606 55 . T C 85.5276 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0.482143;EPP=13.8677;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2844;RO=78;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2022:0:0:0,-16.8577,-182.205 0/1:27:22,5:22:822:5:200:-10.2517,0,-66.166 dDocent_Contig_8607 209 . T G 3089.02 . AB=0.194757;ABP=651.256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=156;CIGAR=1X;DP=801;DPB=801;DPRA=0;EPP=341.76;EPPR=1403.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984496;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6144;QR=24751;RO=645;RPL=156;RPP=341.76;RPPR=1403.61;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=341.76;SAR=156;SRF=0;SRP=1403.61;SRR=645;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:401:320,81:320:12314:81:3165:-164.214,0,-986.872 0/1:400:325,75:325:12437:75:2979:-147.785,0,-998.19 dDocent_Contig_8608 17 . T G 169.928 . AB=0.222222;ABP=27.1378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.44;EPP=20.3821;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=2144;RO=53;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=118.098;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:1008:0:0:0,-7.52575,-91.0131 0/1:36:28,8:28:1136:8:324:-18.6917,0,-91.6814 dDocent_Contig_8609 47 . T G 970.203 . AB=0.293233;ABP=52.3991;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897436;PAIREDR=0.946237;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1548;QR=3707;RO=93;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=204.957;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:43,23:43:1720:23:910:-62.2299,0,-135.053 0/1:66:50,16:50:1987:16:638:-37.8873,0,-159.156 dDocent_Contig_8610 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_8611 29 . C T 1026.22 . AB=0.417582;ABP=8.37933;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=6.66752;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.342105;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1466;QR=2009;RO=50;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=111.584;RPR=38;RUN=1;SAF=23;SAP=6.66752;SAR=15;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:35,23:35:1413:23:891:-62.6637,0,-109.584 0/1:30:15,15:15:596:15:575:-43.0549,0,-44.9483 dDocent_Contig_8612 23 . A T 83.1519 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=1.03571;EPP=13.8677;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=54.2115;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.538462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2083;RO=52;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=115.927;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1124:0:0:0,-8.42884,-99.955 0/1:29:24,5:24:959:5:204:-10.0142,0,-74.1916 dDocent_Contig_8613 27 . T G 276.336 . AB=0.163265;ABP=99.53;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0.867257;EPP=37.7539;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=7675;RO=195;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=426.447;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:113:113,0:113:4423:0:0:0,-34.0164,-398.057 0/1:98:82,16:82:3252:16:650:-29.3326,0,-263.257 dDocent_Contig_8614 84 . C A 1599.47 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2233;QR=2252;RO=64;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:26,32:26:904:32:1122:-83.823,0,-64.2116 0/1:70:38,32:38:1348:32:1111:-79.2208,0,-100.548 dDocent_Contig_8615 31 . A G 343.944 . AB=0.238095;ABP=40.5458;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4375;PAIREDR=0.604651;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=3434;RO=86;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=189.757;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:38,1:38:1519:1:41:0,-7.6456,-132.856 0/1:63:48,15:48:1915:15:608:-36.0934,0,-153.588 dDocent_Contig_8616 40 . T A 1252.9 . AB=0.630769;ABP=12.665;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1637;QR=958;RO=24;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=55.1256;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:9,25:9:357:25:1009:-80.8689,0,-22.2536 0/1:31:15,16:15:601:16:628:-47.5176,0,-45.0956 dDocent_Contig_8617 31 . T C 10763.1 . AB=0.795082;ABP=279.82;AC=4;AF=1;AN=4;AO=291;CIGAR=1X1M;DP=366;DPB=366;DPRA=0;EPP=634.909;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11568;QR=600;RO=15;RPL=0;RPP=634.909;RPPR=35.5824;RPR=291;RUN=1;SAF=291;SAP=634.909;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:219:8,36,175:8:319:36,175:1418,6972:-662.05,-547.815,-563.249,-90.3684,0,-63.9601 1|1:147:7,20,116:7:281:20,116:783,4596:-417.36,-355.095,-372.228,-41.2121,0,-29.4488 dDocent_Contig_8618 117 . G A 122.478 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0.925;EPP=20.3821;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=2204;RO=69;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=152.842;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1280:0:0:0,-12.0412,-115.486 0/1:37:29,8:29:924:8:275:-13.9468,0,-72.3138 dDocent_Contig_8619 115 . C T 601.8 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=863;QR=843;RO=25;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=57.2971;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:18,14:18:610:14:470:-32.9845,0,-45.587 0/1:18:7,11:7:233:11:393:-30.2924,0,-15.8775 dDocent_Contig_8622 73 . A G 848.69 . AB=0.375;ABP=14.9534;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=3M1X;DP=88;DPB=85.5;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1256;QR=1881;RO=50;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:18,1,17:18:670:1,17:39,641:-47.0986,-49.3106,-103.849,0,-51.6185,-49.7078 0|1:52:32,4,16:32:1211:4,16:148,615:-40.8673,-38.3956,-136.464,0,-87.1774,-94.4675 dDocent_Contig_8623 38 . C A 36369.3 . AB=0.891544;ABP=727.404;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1026;CIGAR=1M1X1M;DP=1128;DPB=1100.67;DPRA=0;EPP=2230.94;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40943;QR=581;RO=15;RPL=0;RPP=2230.94;RPPR=35.5824;RPR=1026;RUN=1;SAF=1026;SAP=2230.94;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:584:6,34,541:6:240:34,541:1373,21623:-1922.22,-1810.84,-1820.37,-143.087,-49.6398,0 0|1:544:9,48,485:9:341:48,485:1895,19320:-1716.11,-1562.9,-1576.41,-128.004,0,-9.95657 dDocent_Contig_8624 1 . N G 74.0564 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.40347,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8625 32 . A T 543.086 . AB=0.306667;ABP=27.3597;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=881;QR=2012;RO=52;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=115.927;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:27,14:27:1039:14:524:-35.148,0,-81.4628 0/1:34:25,9:25:973:9:357:-22.2575,0,-77.6415 dDocent_Contig_8626 98 . N T 8722.22 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=282;CIGAR=1X;DP=284;DPB=284;DPRA=0;EPP=615.366;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.8369;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.914894;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9692;QR=0;RO=0;RPL=282;RPP=615.366;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=282;SAP=615.366;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:171:0,170:0:0:170:5849:-526.174,-51.1751,0 1/1:113:0,112:0:0:112:3843:-345.748,-33.7154,0 dDocent_Contig_8627 50 . T G 2440.67 . AB=0.817204;ABP=84.2887;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.894737;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3052;QR=678;RO=17;RPL=76;RPP=168.042;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:9,26:9:353:26:1045:-83.8057,0,-21.5884 0/1:58:8,50:8:325:50:2007:-163.358,0,-12.1599 dDocent_Contig_8628 184 . A G 95.6458 . AB=0.178571;ABP=53.2644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=1660;RO=46;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1257:6:187:-4.78861,0,-101.072 0/1:15:11,4:11:403:4:134:-7.87271,0,-32.0954 dDocent_Contig_8629 175 . G A 60.0334 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=1.83333;EPP=11.6962;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1140;RO=30;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:458:0:0:0,-3.61236,-41.5595 0/1:22:18,4:18:682:4:155:-7.70231,0,-55.0738 dDocent_Contig_8630 32 . G C 848.054 . AB=0.571429;ABP=5.18177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1133;QR=847;RO=21;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=48.6112;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:13,13:13:522:13:527:-39.95,0,-39.4995 0/1:23:8,15:8:325:15:606:-47.9524,0,-22.6954 dDocent_Contig_8631 52 . A C 279.058 . AB=0.13;ABP=240.83;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=322.491;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994253;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1006;QR=6903;RO=174;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=322.491;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:89,12:89:3513:12:477:-12.8723,0,-285.816 0/1:99:85,14:85:3390:14:529:-18.1304,0,-275.349 dDocent_Contig_8633 107 . N C 199.509 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=8.80089;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.6667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=213;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=1;SAP=8.80089;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:143:-13.0011,-1.20412,0 dDocent_Contig_8634 98 . N A 97.0418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_8635 98 . N C 56.9585 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:8:-0.799998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:48:-4.55869,-0.60206,0 dDocent_Contig_8636 47 . G T 597.681 . AB=0.247619;ABP=61.1024;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1042;QR=3131;RO=79;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=174.557;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:29,12:29:1158:12:476:-30.8487,0,-92.1587 0/1:64:50,14:50:1973:14:566:-32.0163,0,-158.5 dDocent_Contig_8637 32 . A C 1069.75 . AB=0.47561;ABP=3.434;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974359;PAIREDR=0.976744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1490;QR=1720;RO=43;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=96.3836;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:16,15:16:643:15:576:-42.8468,0,-48.8735 0/1:51:27,24:27:1077:24:914:-67.2249,0,-81.867 dDocent_Contig_8638 8 . A T 44.252 . AB=0.101796;ABP=233.017;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=373;DPB=373;DPRA=0.81068;EPP=39.9253;EPPR=773.883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=623;QR=13535;RO=355;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=773.883;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=355;SRP=773.883;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:206:205,0:205:7804:0:0:0,-61.7111,-701.858 0/1:167:150,17:150:5731:17:623:-6.12416,0,-465.489 dDocent_Contig_8640 164 . A G 435.828 . AB=0.321429;ABP=18.5208;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=698;QR=1514;RO=38;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:601:6:244:-16.0172,0,-48.1058 0/1:35:23,12:23:913:12:454:-30.6625,0,-71.935 dDocent_Contig_8641 209 . N G 405.667 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=439;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:276:-25.207,-2.10721,0 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-15.0584,-1.20412,0 dDocent_Contig_8642 9 . T C 534.11 . 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AB=0.375;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=5.33333;EPP=55.1256;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=824;QR=1731;RO=51;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:382:0:0:0,-3.61236,-34.6872 0/1:64:39,24:39:1349:24:824:-55.1623,0,-102.397 dDocent_Contig_8644 98 . N T 149.445 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:36:-3.41983,-0.60206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:122:-11.2224,-1.50515,0 dDocent_Contig_8645 12 . C T 2662.35 . AB=0.180124;ABP=146.098;AC=0;AF=0;AN=4;AO=29;CIGAR=1X1M1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1163;QR=1735;RO=44;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=98.5551;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:82:16,13,53:16:645:13,53:527,2089:-167.022,-128.377,-177.632,0,-9.70444,-37.2097 0|0:79:28,16,35:28:1090:16,35:636,1349:-102.31,-58.3748,-143.136,0,-37.2068,-79.0342 dDocent_Contig_8646 119 . C A 191.394 . AB=0.108635;ABP=480.619;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=2X;DP=729;DPB=729;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=1336.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=59.9967;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.998371;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2006;QR=20549;RO=614;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=1336.29;RPR=60;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=1336.29;SRR=614;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:370:325,21,22:325:10963:21,22:677,761:0,-43.2445,-925.435,-35.9703,-869.914,-917.881 0|1:359:289,39,30:289:9586:39,30:1329,987:-20.8384,0,-763.714,-28.0775,-695.691,-794.491 dDocent_Contig_8647 83 . C A 3842.16 . AB=0.261803;ABP=347.492;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=183;CIGAR=1X;DP=699;DPB=699;DPRA=0;EPP=400.39;EPPR=1121.32;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989071;PAIREDR=0.984466;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6636;QR=18650;RO=515;RPL=183;RPP=400.39;RPPR=1121.32;RPR=0;RUN=1;SAF=183;SAP=400.39;SAR=0;SRF=515;SRP=1121.32;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:327:249,78:249:8967:78:2817:-155.32,0,-708.517 0/1:372:266,105:266:9683:105:3819:-231.994,0,-759.467 dDocent_Contig_8648 98 . N G 490.137 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=534;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:267:-24.3563,-2.40824,0 1/1:8:0,8:0:0:8:267:-24.3563,-2.40824,0 dDocent_Contig_8651 16 . A C 121.64 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=2;EPP=13.8677;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=753;RO=19;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=44.2683;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:445:5:200:-13.5619,0,-35.5881 0/0:8:8,0:8:308:0:0:0,-2.40824,-28.0773 dDocent_Contig_8652 128 . T C 75.7093 . AB=0.210526;ABP=30.668;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=2.375;EPP=20.3821;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=1524;RO=46;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=102.898;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:542:0:0:0,-4.81648,-49.1026 0/1:38:30,8:30:982:8:227:-9.2699,0,-77.2397 dDocent_Contig_8653 120 . C T 32.8094 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.54545;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=790;RO=25;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:460:3:105:-4.67865,0,-36.5964 0/0:11:11,0:11:330:0:0:0,-3.31133,-29.9915 dDocent_Contig_8654 14 . G A 35.9209 . AB=0.0970874;ABP=148.246;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=1.68852;EPP=24.725;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=6081;RO=154;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=337.417;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:93,10:93:3680:10:396:-4.98992,0,-300.213 0/0:61:61,0:61:2401:0:0:0,-18.3628,-216.248 dDocent_Contig_8655 29 . A G 229.37 . AB=0.321429;ABP=10.7656;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.33333;EPP=22.5536;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.75;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.425;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=1548;RO=40;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=89.8692;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,9:19:739:9:360:-24.3349,0,-56.0462 0/0:21:21,0:21:809:0:0:0,-6.32163,-73.1282 dDocent_Contig_8656 55 . C A 903.607 . AB=0.139485;ABP=529.084;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=466;DPB=466;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=818.096;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.8922;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.938462;PAIREDR=0.917293;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2589;QR=15958;RO=399;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=869.428;RPR=0;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=393;SRP=818.096;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:264:224,40:224:8962:40:1601:-64.8515,0,-726.56 0/1:202:175,25:175:6996:25:988:-28.6062,0,-566.789 dDocent_Contig_8657 25 . C A 31.4347 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0.846154;EPP=9.52472;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1757;RO=45;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=100.727;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1039:0:0:0,-7.82678,-93.8029 0/1:22:19,3:19:718:3:123:-4.84213,0,-58.3043 dDocent_Contig_8658 51 . G A 228.1 . AB=0.175676;ABP=70.6194;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=1.5102;EPP=31.2394;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=4332;RO=110;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=241.872;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:49,0:49:1945:0:0:0,-14.7505,-175.258 0/1:74:61,13:61:2387:13:516:-24.509,0,-192.717 dDocent_Contig_8659 107 . N G 55.0194 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.49977,-0.60206,0 dDocent_Contig_8661 158 . C T 1754.48 . AB=0.214452;ABP=306.839;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=429;DPB=429;DPRA=0;EPP=185.792;EPPR=618.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3413;QR=12479;RO=337;RPL=90;RPP=185.792;RPPR=618.246;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=202.786;SAR=92;SRF=0;SRP=734.797;SRR=337;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:234:183,51:183:6649:51:1892:-100.085,0,-527.904 0/1:195:154,41:154:5830:41:1521:-78.4594,0,-465.962 dDocent_Contig_8662 20 . T G 62.0798 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33066,-0.90309,0 1/1:9:0,9:0:0:9:284:-25.8692,-2.70927,0 dDocent_Contig_8672 164 . A G 145.813 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=30;DPB=30;DPRA=4;EPP=18.2106;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=254;QR=884;RO=23;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:17,7:17:643:7:254:-15.9792,0,-50.9657 0|0:6:6,0:6:241:0:0:0,-1.80618,-22.0667 dDocent_Contig_8674 21 . A T 41.3883 . AB=0.128205;ABP=49.8362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=3.54545;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=1782;RO=45;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:34,5:34:1348:5:188:-5.53673,0,-109.843 0/0:11:11,0:11:434:0:0:0,-3.31133,-39.4131 dDocent_Contig_8676 60 . G C 1262.95 . AB=0.215328;ABP=195.875;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995349;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2348;QR=8508;RO=215;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=469.877;RPR=0;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:159:124,35:124:4929:35:1376:-76.2321,0,-395.635 0/1:115:91,24:91:3579:24:972:-53.1596,0,-287.513 dDocent_Contig_8677 78 . T G 3889.34 . AB=0.746269;ABP=108.894;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5020;QR=1638;RO=50;RPL=150;RPP=328.731;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:24,42:24:768:42:1401:-106.436,0,-49.4723 0/1:134:26,108:26:870:108:3619:-285.595,0,-38.2663 dDocent_Contig_8679 15 . T C 3504.41 . AB=0.176796;ABP=167.238;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X1M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1268;QR=1545;RO=39;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=87.6977;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:58:9,10,39:9:351:10,39:397,1546:-128.364,-98.393,-124.231,-3.83801,0,-20.9436 0|0:123:30,22,71:30:1194:22,71:871,2843:-225.174,-162.523,-254.212,0,-26.632,-76.9409 dDocent_Contig_8682 118 . T C 56.1625 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=180;QR=1318;RO=40;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=89.8692;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:25,1:25:832:1:35:0,-4.32815,-71.6882 0/1:20:15,5:15:486:5:145:-7.31521,0,-38.0311 dDocent_Contig_8683 21 . T A 4257.23 . AB=0.551181;ABP=8.78949;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=254;DPB=254;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5612;QR=4540;RO=114;RPL=0;RPP=307.016;RPPR=250.558;RPR=140;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:60,76:60:2413:76:3050:-233.631,0,-176.375 0/1:118:54,64:54:2127:64:2562:-195.189,0,-156.084 dDocent_Contig_8684 98 . N T 436.211 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=474;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:277:-25.267,-2.40824,0 1/1:6:0,6:0:0:6:197:-18.0529,-1.80618,0 dDocent_Contig_8685 12 . C A 38013 . 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AB=0.145833;ABP=107.603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0714286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=3283;RO=82;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=181.071;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:67,10:67:2681:10:383:-11.6412,0,-218.228 0/1:19:15,4:15:602:4:161:-9.15533,0,-48.7991 dDocent_Contig_8687 55 . C T 1514.06 . AB=0.0530973;ABP=199.039;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=4440;RO=113;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=248.387;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:113:70,6,37,0:70:2747:6,37,0:240,1475,0:-100.394,-101.695,-325.798,0,-206.136,-214.768,-121.466,-327.605,-225.906,-347.375 0|0:74:43,0,21,9:43:1693:0,21,9:0,816,361:-54.109,-67.0533,-206.335,0,-139.292,-132.971,-37.3026,-176.59,-109.547,-173.88 dDocent_Contig_8688 138 . T C 174.394 . AB=0.25641;ABP=23.1103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=57.5966;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=1148;RO=29;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=1;SRP=57.5966;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:606:5:181:-10.6209,0,-48.8572 0/1:19:14,5:14:542:5:170:-9.91542,0,-43.3979 dDocent_Contig_8689 201 . A T 22493.8 . AB=0.859729;ABP=499.816;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=772;CIGAR=1X;DP=872;DPB=872;DPRA=0;EPP=1679.39;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27809;QR=3560;RO=100;RPL=772;RPP=1679.39;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1679.39;SAR=772;SRF=0;SRP=220.158;SRR=100;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:442:62,380:62:2248:380:13706:-1100.19,0,-69.5149 1/1:430:38,392:38:1312:392:14103:-1150.59,-11.0771,0 dDocent_Contig_8690 59 . A C 144.315 . AB=0.121951;ABP=155.702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=4158;RO=108;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:49,7:49:1850:7:274:-8.16803,0,-149.857 0/1:67:59,8:59:2308:8:324:-9.36039,0,-187.727 dDocent_Contig_8691 53 . C A 58.6032 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.892857;EPP=11.6962;EPPR=63.6786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.591837;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1926;RO=49;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=43;SRP=63.6786;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:820:4:160:-7.25826,0,-66.5768 0/0:28:28,0:28:1106:0:0:0,-8.42884,-99.8276 dDocent_Contig_8692 54 . G A 3438.78 . AB=0.231118;ABP=418.726;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=662;DPB=662;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=1088.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.79085;PAIREDR=0.904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6046;QR=19435;RO=500;RPL=153;RPP=335.246;RPPR=1088.75;RPR=0;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=500;SRP=1088.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:356:263,85:263:10195:85:3370:-198.208,0,-811.819 0/1:306:237,68:237:9240:68:2676:-148.767,0,-738.909 dDocent_Contig_8694 107 . N A 57.0073 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_8695 40 . A G 120.442 . AB=0.112;ABP=166.461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=337;DPB=337;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=689.196;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=851;QR=12437;RO=316;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=689.196;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=316;SRP=689.196;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:212:205,7:205:8088:7:284:0,-37.8846,-701.58 0/1:125:111,14:111:4349:14:567:-13.7432,0,-353.751 dDocent_Contig_8696 28 . A T 470.827 . AB=0.107143;ABP=78.0812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X6M;DP=56;DPB=47;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.793103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=1126;RO=29;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=65.983;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:13,14,4,2:13:515:14,4,2:555,161,81:-41.7572,0,-38.1708,-32.4002,-29.1148,-73.5856,-38.9907,-35.7052,-68.11,-80.778 0|1:23:16,4,2,0:16:611:4,2,0:160,81,0:-8.42242,0,-48.9912,-6.54006,-43.5119,-56.0965,-13.2389,-50.1953,-56.6986,-63.3807 dDocent_Contig_8698 85 . G C 6610.05 . AB=0.742857;ABP=164.382;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=234;CIGAR=1X;DP=315;DPB=315;DPRA=0;EPP=511.135;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978632;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8429;QR=2864;RO=81;RPL=234;RPP=511.135;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=234;SAP=511.135;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:182:46,136:46:1660:136:4884:-384.897,0,-94.8936 0/1:133:35,98:35:1204:98:3545:-279.205,0,-68.6137 dDocent_Contig_8699 54 . A C 33.994 . AB=0.0978261;ABP=132.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.576159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=5925;RO=151;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=330.903;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:83,9:83:3295:9:357:-4.79499,0,-268.922 0/0:74:68,6:68:2630:6:240:0,-0.300773,-214.871 dDocent_Contig_8701 124 . C T 109.583 . AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0.58;EPP=18.2106;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=2444;RO=72;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=159.356;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1721:0:0:0,-15.0515,-155.178 0/1:29:22,7:22:723:7:234:-12.6573,0,-56.6464 dDocent_Contig_8702 9 . T G 14234.5 . AB=0.176656;ABP=578.759;AC=4;AF=1;AN=4;AO=112;CIGAR=1X1M;DP=634;DPB=634;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.991071;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4279;QR=3284;RO=84;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=185.414;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:345:46,235,63:46:1805:235,63:8973,2404:-770.909,-48.7596,-126.47,-587.539,0,-717.023 1|1:289:38,202,49:38:1479:202,49:7735,1875:-655.64,-32.3127,-93.0516,-513.216,0,-620.01 dDocent_Contig_8704 12 . T A 35.9762 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.625;EPP=11.6962;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.2192;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945205;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=2884;RO=73;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=161.528;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:25,4:25:982:4:152:-4.99545,0,-74.9123 0|0:48:48,0:48:1902:0:0:0,-14.4494,-171.398 dDocent_Contig_8705 29 . G A 201.413 . AB=0.110619;ABP=300.637;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=1.35329;EPP=57.2971;EPPR=802.112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=992;QR=14577;RO=368;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=802.112;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=368;SRP=802.112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:226:201,25:201:7974:25:992:-21.5393,0,-649.211 0/0:167:167,0:167:6603:0:0:0,-50.272,-593.987 dDocent_Contig_8706 107 . N G 128.532 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8707 8 . A G 156.225 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=2.5;EPP=18.2106;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=1069;RO=28;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=63.8115;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:377:0:0:0,-3.0103,-34.2805 0/1:25:18,7:18:692:7:272:-17.3215,0,-55.088 dDocent_Contig_8710 12 . C A 17691.3 . AB=0.533821;ABP=13.8796;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=584;CIGAR=1X;DP=1094;DPB=1094;DPRA=0;EPP=1271.15;EPPR=1110.46;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981164;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23369;QR=20477;RO=510;RPL=0;RPP=1271.15;RPPR=1110.46;RPR=584;RUN=1;SAF=584;SAP=1271.15;SAR=0;SRF=510;SRP=1110.46;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:579:276,303:276:11087:303:12151:-918.405,0,-822.725 0/1:515:234,281:234:9390:281:11218:-853.818,0,-689.448 dDocent_Contig_8711 16 . C T 114.277 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975309;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=3210;RO=81;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=178.9;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:57,1:57:2266:1:40:0,-13.4641,-200.106 0/1:30:24,6:24:944:6:242:-13.1266,0,-76.224 dDocent_Contig_8712 159 . G A 202.873 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=85.9769;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.698113;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=2089;RO=53;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=85.9769;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:25,1:25:982:1:38:0,-4.02951,-84.8797 0/1:37:28,9:28:1107:9:364:-21.9863,0,-88.7748 dDocent_Contig_8713 44 . T G 198.381 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.777778;EPP=18.2106;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=1012;RO=25;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=57.2971;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:726:0:0:0,-5.41854,-65.6652 0/1:14:7,7:7:286:7:282:-21.5371,0,-21.9004 dDocent_Contig_8714 10 . C G 295.341 . AB=0.177778;ABP=84.1751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=1.63636;EPP=37.7539;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=641;QR=5153;RO=129;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=283.13;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:74,16:74:2938:16:641:-30.932,0,-237.427 0/0:55:55,0:55:2215:0:0:0,-16.5566,-199.516 dDocent_Contig_8715 67 . T A 579.755 . AB=0.169231;ABP=188.32;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=410;DPB=410;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=795.598;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.955556;PAIREDR=0.99726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1777;QR=14327;RO=365;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=795.598;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=365;SRP=795.598;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:162,33:162:6368:33:1309:-59.3734,0,-514.175 0/0:215:203,12:203:7959:12:468:0,-22.2557,-673.433 dDocent_Contig_8716 98 . N A 102.509 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8717 72 . A G 151.701 . AB=0.444444;ABP=3.49285;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.692308;EPP=20.3821;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1148;RO=36;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:10,8:10:327:8:241:-16.568,0,-24.33 0/0:26:26,0:26:821:0:0:0,-7.82678,-74.1874 dDocent_Contig_8718 96 . A G 441.162 . AB=0.0595238;ABP=144.57;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.775862;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2147;RO=58;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=4.35811;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=32;SRP=4.35811;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:20,4,13:20:746:4,13:164,486:-33.7411,-26.2169,-86.0796,0,-47.4942,-57.1232 0|0:47:38,1,8:38:1401:1,8:40,304:-13.472,-21.6139,-135.859,0,-111.229,-112.116 dDocent_Contig_8719 1 . N G 73.11 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.30883,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8720 34 . T C 43389.1 . AB=0.734391;ABP=935.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1435;CIGAR=1X;DP=1954;DPB=1954;DPRA=0;EPP=3119.07;EPPR=1125.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54821;QR=18800;RO=517;RPL=0;RPP=3119.07;RPPR=1125.66;RPR=1435;RUN=1;SAF=1435;SAP=3119.07;SAR=0;SRF=517;SRP=1125.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1111:333,776:333:12083:776:29801:-2345.75,0,-752.917 0/1:843:184,659:184:6717:659:25020:-1996.26,0,-350.684 dDocent_Contig_8721 67 . T C 4687.42 . AB=0.768559;ABP=146.47;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=176;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=385.189;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6003;QR=1810;RO=53;RPL=176;RPP=385.189;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=176;SAP=385.189;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:44,104:44:1510:104:3532:-273.557,0,-91.6423 0/1:81:9,72:9:300:72:2471:-198.27,0,-2.94092 dDocent_Contig_8722 28 . G C 645.73 . AB=0.181818;ABP=51.3749;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=385;QR=1141;RO=29;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=65.983;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:17,8,1:17:670:8,1:324,41:-21.5947,0,-52.6924,-23.3276,-51.7156,-78.1347 0|0:29:12,2,15:12:471:2,15:61,602:-46.0752,-44.8126,-82.9404,0,-33.9347,-34.293 dDocent_Contig_8723 119 . G A 30.032 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=821;RO=25;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=57.2971;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:404:1:34:0,-0.514479,-33.2849 0/1:16:13,3:13:417:3:102:-4.70042,0,-33.021 dDocent_Contig_8724 124 . T G 954.54 . AB=0.176039;ABP=375.851;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=815;DPB=815;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=1510.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998559;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3361;QR=22368;RO=694;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=1510.01;RPR=102;RUN=1;SAF=0;SAP=224.5;SAR=102;SRF=0;SRP=1510.01;SRR=694;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:409:335,72:335:10860:72:2438:-96.852,0,-854.587 0/0:406:359,30:359:11508:30:923:0,-34.0668,-952.359 dDocent_Contig_8725 98 . N C 119.294 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=129;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:129:-11.9288,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8726 32 . C T 92.4972 . AB=0.111111;ABP=144.88;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=1.96364;EPP=29.068;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=6002;RO=151;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=330.903;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:55,0:55:2162:0:0:0,-16.5566,-194.738 0/1:108:96,12:96:3840:12:479:-10.9487,0,-313.09 dDocent_Contig_8729 53 . T G 5740.68 . AB=0.326316;ABP=177.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=217;CIGAR=1X;DP=665;DPB=665;DPRA=0;EPP=474.22;EPPR=973.658;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8636;QR=17929;RO=447;RPL=217;RPP=474.22;RPPR=973.658;RPR=0;RUN=1;SAF=217;SAP=474.22;SAR=0;SRF=447;SRP=973.658;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:336:198,138:198:7963:138:5498:-393.516,0,-615.058 0/1:329:249,79:249:9966:79:3138:-183.648,0,-797.456 dDocent_Contig_8730 98 . N C 192.052 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 dDocent_Contig_8731 91 . G A 870.368 . AB=0.355769;ABP=21.8019;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.810811;PAIREDR=0.955224;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1342;QR=2429;RO=67;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:36,17:36:1306:17:618:-39.9988,0,-101.885 0/1:51:31,20:31:1123:20:724:-50.1348,0,-86.0228 dDocent_Contig_8732 87 . T A 234.431 . AB=0.181818;ABP=80.3937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=0.752137;EPP=37.7539;EPPR=413.419;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=6689;RO=189;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=413.419;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=189;SRP=413.419;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:117:117,0:117:4118:0:0:0,-35.2205,-370.802 0/1:88:72,16:72:2571:16:570:-25.1421,0,-205.148 dDocent_Contig_8733 1 . N G 75.9396 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59179,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8734 9 . T A 2999.77 . AB=0.309045;ABP=129.065;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=123;CIGAR=1X;DP=398;DPB=398;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4694;QR=10471;RO=275;RPL=0;RPP=270.101;RPPR=600.165;RPR=123;RUN=1;SAF=123;SAP=270.101;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:137,81:137:5220:81:3096:-213.172,0,-404.186 0/1:180:138,42:138:5251:42:1598:-89.9021,0,-418.409 dDocent_Contig_8735 1 . N A 536.591 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21426,-0.60206,0 1/1:13:0,13:0:0:13:517:-46.1428,-3.91339,0 dDocent_Contig_8736 12 . A T 1856.51 . AB=0.0509804;ABP=449.576;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M1X4M;DP=255;DPB=255;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=41;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.0769231;PAIREDR=0.964912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=4483;RO=114;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=250.558;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:128:49,7,19,9,41:49:1935:7,19,9,41:279,739,359,1634:-119.231,-111.032,-268.154,-77.5438,-213.821,-231.05,-106.468,-242.747,-209.256,-262.987,0,-136.287,-102.798,-131.723,-146.895 0|0:127:65,6,19,4,27:65:2548:6,19,4,27:237,704,163,1086:-69.5167,-69.612,-277.336,-35.6243,-225.676,-239.427,-76.6589,-266.718,-232.722,-284.984,0,-190.072,-156.077,-197.118,-201.415 dDocent_Contig_8737 9 . T C 8278.82 . AB=0.830769;ABP=311.86;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=270;CIGAR=1X;DP=325;DPB=325;DPRA=0;EPP=589.308;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996296;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10320;QR=2094;RO=55;RPL=0;RPP=589.308;RPPR=122.441;RPR=270;RUN=1;SAF=270;SAP=589.308;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:196:38,158:38:1460:158:6095:-489.476,0,-72.6758 0/1:129:17,112:17:634:112:4225:-341.504,0,-18.555 dDocent_Contig_8738 107 . N A 87.7199 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77091,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8739 119 . C T 31.2476 . AB=0.114286;ABP=48.239;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.75;EPP=11.6962;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.784314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1985;RO=51;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:31,4:31:1202:4:163:-4.52238,0,-97.9173 0/0:20:20,0:20:783:0:0:0,-6.0206,-70.7903 dDocent_Contig_8740 30 . T A 626.918 . AB=0.347826;ABP=16.8888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=954;QR=1810;RO=45;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=100.727;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:15,14:15:608:14:555:-41.5631,0,-46.3275 0/1:40:30,10:30:1202:10:399:-24.2256,0,-96.415 dDocent_Contig_8741 28 . T C 596.801 . AB=0.289157;ABP=35.0591;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0.954023;EPP=55.1256;EPPR=275.942;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.751724;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=953;QR=5527;RO=145;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=317.874;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=140;SRP=275.942;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:59,24:59:2235:24:953:-61.0781,0,-176.356 0/0:87:86,0:86:3292:0:0:0,-25.8886,-296.307 dDocent_Contig_8742 13 . A T 8454.78 . AB=0.073913;ABP=728.395;AC=0;AF=0;AN=4;AO=34;CIGAR=1X2M1X1M1X3M1X;DP=460;DPB=460;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=38;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1318;QR=4214;RO=109;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=239.701;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:217:56,20,139:56:2159:20,139:774,5498:-363.458,-322.89,-494.157,0,-119.88,-135.453 0|0:243:53,14,172:53:2055:14,172:544,6760:-485.116,-460.756,-625.378,0,-128.541,-117.073 dDocent_Contig_8743 12 . A G 59.2124 . AB=0.277778;ABP=10.7311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=517;RO=13;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=31.2394;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:283:4:160:-7.29454,0,-22.5317 0/1:7:6,1:6:234:1:41:-0.76625,0,-19.322 dDocent_Contig_8744 29 . G T 1622.97 . AB=0.365854;ABP=15.8273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X1M;DP=126;DPB=126;DPRA=1.86364;EPP=68.1545;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1216;QR=2167;RO=56;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=124.613;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:82:16,36,30:16:620:36,30:1446,1216:-163.695,-49.3611,-89.4487,-68.2353,0,-110.131 0|0:44:40,3,0:40:1547:3,0:121,0:0,-1.89252,-128.262,-12.0412,-129.165,-139.141 dDocent_Contig_8745 15 . G A 6107.84 . AB=0.346095;ABP=137.359;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=259;CIGAR=1X;DP=1153;DPB=1153;DPRA=0;EPP=565.422;EPPR=1944.31;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10311;QR=35579;RO=894;RPL=0;RPP=565.422;RPPR=1944.31;RPR=259;RUN=1;SAF=259;SAP=565.422;SAR=0;SRF=894;SRP=1944.31;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:653:427,226:427:16969:226:8992:-612.182,0,-1329.29 0/0:500:467,33:467:18610:33:1319:0,-31.5431,-1554.4 dDocent_Contig_8746 57 . G C 722.094 . AB=0.287129;ABP=42.7633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.793103;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1167;QR=2846;RO=72;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:44,12:44:1727:12:490:-27.5935,0,-138.796 0/1:45:28,17:28:1119:17:677:-47.7129,0,-87.4492 dDocent_Contig_8747 15 . C A 243.864 . AB=0.113281;ABP=335.551;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=506;DPB=506;DPRA=1.024;EPP=65.983;EPPR=1036.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1143;QR=19129;RO=476;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=1036.63;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=476;SRP=1036.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:250:249,0:249:9984:0:0:0,-74.9565,-897.492 0/1:256:227,29:227:9145:29:1143:-26.0854,0,-745.402 dDocent_Contig_8748 27 . C A 3929.07 . AB=0.564103;ABP=11.3621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=234;DPB=234;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.6515;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992424;PAIREDR=0.980198;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5195;QR=4033;RO=101;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=222.329;RPR=132;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:27,39:27:1096:39:1542:-118.757,0,-78.6563 0/1:167:74,93:74:2937:93:3653:-277.247,0,-214.153 dDocent_Contig_8750 209 . N G 231.405 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-15.0584,-1.20412,0 dDocent_Contig_8751 107 . N T 1012.32 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1116;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=0;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:34:0,33:0:0:33:1046:-94.2829,-9.93399,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_8753 20 . T C 157.401 . AB=0.148649;ABP=82.3571;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=1.85;EPP=26.8965;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=434;QR=3841;RO=103;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=226.672;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:63,11:63:2362:11:434:-17.138,0,-190.523 0/0:40:40,0:40:1479:0:0:0,-12.0412,-133.371 dDocent_Contig_8755 20 . T C 36.0899 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.736842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1394;RO=38;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=85.5263;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,3:17:608:3:120:-5.00682,0,-48.928 0/0:21:21,0:21:786:0:0:0,-6.32163,-71.0643 dDocent_Contig_8756 59 . T G 514.991 . AB=0.214286;ABP=82.4241;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=478.563;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1162;QR=8685;RO=219;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=478.563;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=219;SRP=478.563;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:88,24:88:3526:24:959:-52.8971,0,-283.656 0/0:136:131,5:131:5159:5:203:0,-22.287,-445.545 dDocent_Contig_8757 60 . C A 549.97 . AB=0.206107;ABP=101.29;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925926;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1076;QR=4096;RO=104;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=228.843;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:46,15:46:1811:15:595:-35.5245,0,-144.827 0/1:70:58,12:58:2285:12:481:-22.5695,0,-184.738 dDocent_Contig_8760 16 . G C 35801.3 . AB=0.819383;ABP=1209.76;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1116;CIGAR=1X;DP=1362;DPB=1362;DPRA=0;EPP=2426.37;EPPR=537.193;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44411;QR=9819;RO=246;RPL=0;RPP=2426.37;RPPR=537.193;RPR=1116;RUN=1;SAF=1116;SAP=2426.37;SAR=0;SRF=246;SRP=537.193;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:721:149,572:149:5921:572:22763:-1829.68,0,-315.646 0/1:641:97,544:97:3898:544:21648:-1753.54,0,-157.847 dDocent_Contig_8761 15 . A C 1674.15 . AB=0.1;ABP=30.8051;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M1I2M1X;DP=101;DPB=116;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=1613;RO=41;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=92.0407;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:81:30,0,51:30:1173:0,51:0,1972:-153.299,-162.33,-258.769,0,-96.8282,-81.4757 0|0:20:11,2,7:11:440:2,7:80,252:-17.2128,-13.9251,-49.5929,0,-29.6553,-34.1383 dDocent_Contig_8762 8 . A G 684.789 . AB=0.464286;ABP=3.63072;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=975;QR=1152;RO=30;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=68.1545;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:21,15:21:805:15:564:-40.2582,0,-61.9388 0/1:20:9,11:9:347:11:411:-31.3176,0,-25.5692 dDocent_Contig_8763 15 . T A 5212.99 . AB=0.844221;ABP=207.816;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6488;QR=1169;RO=30;RPL=0;RPP=367.818;RPPR=68.1545;RPR=168;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:12,105:12:466:105:4066:-330.736,0,-7.06124 0/1:82:18,63:18:703:63:2422:-193.66,0,-39.0929 dDocent_Contig_8764 21 . T C 8221.33 . AB=0.465116;ABP=9.37322;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=280;CIGAR=1X;DP=602;DPB=602;DPRA=0;EPP=611.023;EPPR=702.224;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11187;QR=12382;RO=322;RPL=0;RPP=611.023;RPPR=702.224;RPR=280;RUN=1;SAF=280;SAP=611.023;SAR=0;SRF=322;SRP=702.224;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:309:176,133:176:6765:133:5347:-388.044,0,-515.644 0/1:293:146,147:146:5617:147:5840:-437.186,0,-417.231 dDocent_Contig_8765 166 . T C 16304.8 . AB=0.834154;ABP=593.654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=508;CIGAR=1X;DP=609;DPB=609;DPRA=0;EPP=1088.81;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20202;QR=3869;RO=101;RPL=506;RPP=1088.81;RPPR=222.329;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=1106.12;SAR=508;SRF=0;SRP=222.329;SRR=101;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:312:32,280:32:1223:280:11147:-908.568,0,-16.4153 0/1:297:69,228:69:2646:228:9055:-725.004,0,-148.857 dDocent_Contig_8767 106 . N T 906.82 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=2X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.758621;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=997;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:10:0,10:0:0:10:335:-30.4754,-3.0103,0 1|1:19:0,19:0:0:19:662:-59.9056,-5.71957,0 dDocent_Contig_8769 169 . A G 34.6508 . AB=0.104167;ABP=133.661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.2;MQMR=56.3571;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.369048;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=386;QR=3184;RO=84;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=185.414;SRR=84;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:38,5:38:1440:5:182:-3.62465,0,-113.383 0/1:52:46,5:46:1744:5:204:-2.9219,0,-141.297 dDocent_Contig_8770 98 . N T 153.847 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=93.5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=87;PQA=3000;PQR=0;PRO=0;QA=171;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:171:-15.3844,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8771 54 . G A 545.35 . AB=0.191358;ABP=137.052;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=2M1X2M;DP=162;DPB=158.4;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.83871;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1159;QR=4731;RO=125;RPL=15;RPP=3.08035;RPPR=3.16665;RPR=16;RUN=1;SAF=15;SAP=3.08035;SAR=16;SRF=61;SRP=3.16665;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:47,6,13:47:1781:6,13:220,456:-22.93,-19.0925,-163.32,0,-128.043,-142.109 0|1:96:78,0,18:78:2950:0,18:0,703:-34.702,-58.1823,-299.99,0,-242.195,-236.777 dDocent_Contig_8772 27 . T C 128.419 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M2X1M;DP=79;DPB=77.75;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=2594;RO=68;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=150.67;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:21,5,0:21:807:5,0:201,0:-10.6443,0,-65.1268,-16.966,-66.6319,-83.1997 0|1:53:47,0,6:47:1787:0,6:0,232:-5.29447,-19.4429,-165.98,0,-146.923,-145.117 dDocent_Contig_8773 98 . N A 49.416 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93943,-0.60206,0 dDocent_Contig_8774 98 . N G 146.591 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=12;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=11;PQA=384;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:163:-14.6588,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8775 14 . C A 40.6287 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=1.46429;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.921875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2551;RO=64;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1120:0:0:0,-8.42884,-101.079 0/1:41:36,5:36:1431:5:197:-5.7618,0,-116.695 dDocent_Contig_8776 8 . A G 116.594 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.509434;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=267;QR=2023;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:34,1:34:1290:1:39:0,-6.63949,-112.494 0/1:25:19,6:19:733:6:228:-13.3584,0,-58.7758 dDocent_Contig_8777 19 . T A 6061.91 . AB=0.724907;ABP=121.198;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=195;CIGAR=2M1X;DP=269;DPB=265;DPRA=0;EPP=426.447;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7630;QR=2427;RO=61;RPL=0;RPP=426.447;RPPR=135.47;RPR=195;RUN=1;SAF=195;SAP=426.447;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:149:30,12,106:30:1185:12,106:486,4159:-332.961,-301.916,-395.808,0,-57.4194,-65.5873 0|1:120:31,0,89:31:1242:0,89:0,3471:-276.327,-285.659,-387.984,0,-102.722,-75.9304 dDocent_Contig_8778 13 . T G 29515.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=851;CIGAR=1X1M;DP=918;DPB=918;DPRA=0;EPP=1850.93;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.9812;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.360752;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33404;QR=575;RO=15;RPL=0;RPP=1850.93;RPPR=35.5824;RPR=851;RUN=1;SAF=851;SAP=1850.93;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:441:5,31,404:5:192:31,404:1256,15731:-1396.87,-1294.8,-1301.23,-105.859,-18.0329,0 1|1:477:10,13,447:10:383:13,447:520,17673:-1554.39,-1514.56,-1542.08,-103.137,-91.7208,0 dDocent_Contig_8780 9 . T C 226.652 . AB=0.691729;ABP=45.4765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7.97826;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.195652;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3557;QR=1541;RO=41;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=92.0407;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:26,51:26:972:51:1968:-13.4853,0,-64.6072 0/1:56:15,41:15:569:41:1589:-12.2769,0,-34.6913 dDocent_Contig_8783 14 . G C 489.552 . AB=0.244186;ABP=51.8937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=5.05882;EPP=48.6112;EPPR=172.491;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4268;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.682927;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=847;QR=3217;RO=82;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=181.071;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=81;SRP=172.491;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:636:0:0:0,-5.11751,-57.555 0/1:86:65,21:65:2581:21:847:-50.6541,0,-204.283 dDocent_Contig_8784 169 . C T 6466.73 . AB=0.385621;ABP=72.5542;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=236;CIGAR=1X;DP=612;DPB=612;DPRA=0;EPP=456.48;EPPR=802.205;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991525;PAIREDR=0.986702;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9268;QR=14839;RO=376;RPL=229;RPP=456.48;RPPR=802.205;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=515.478;SAR=236;SRF=0;SRP=819.484;SRR=376;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:314:204,110:204:8086:110:4370:-298.73,0,-632.799 0/1:298:172,126:172:6753:126:4898:-351.041,0,-517.773 dDocent_Contig_8785 9 . T C 588.111 . AB=0.186441;ABP=154.167;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9929;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.030303;PAIREDR=0.48227;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1271;QR=5384;RO=141;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=309.188;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:84,22:84:3194:22:849:-44.4338,0,-255.316 0/1:70:57,11:57:2190:11:422:-17.4742,0,-176.464 dDocent_Contig_8786 21 . T C 7159.26 . AB=0.880952;ABP=320.666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=222;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=485.077;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981982;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8819;QR=1128;RO=29;RPL=0;RPP=485.077;RPPR=65.983;RPR=222;RUN=1;SAF=222;SAP=485.077;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:11,116:11:428:116:4602:-375.881,0,-0.636639 0/1:125:18,106:18:700:106:4217:-342.062,0,-25.8793 dDocent_Contig_8787 86 . C T 289.015 . AB=0.141935;ABP=175.621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X4M;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.821138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=4621;RO=123;RPL=8;RPP=6.56362;RPPR=8.11238;RPR=14;RUN=1;SAF=8;SAP=6.56362;SAR=14;SRF=53;SRP=8.11238;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:78:68,0,10:68:2539:0,10:0,388:-11.7933,-32.2633,-240.112,0,-208.234,-205.224 0|1:77:55,9,12:55:2082:9,12:343,449:-20.2052,-8.62517,-176.577,0,-142.52,-167.043 dDocent_Contig_8789 9 . T A 458.82 . AB=0.221154;ABP=73.2491;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1142;QR=8731;RO=230;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=502.449;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:156:149,7:149:5690:7:269:0,-22.3859,-487.492 0/1:104:81,23:81:3041:23:873:-47.5809,0,-242.541 dDocent_Contig_8790 98 . N C 64.601 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8791 24 . T G 17274.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=507;CIGAR=2X;DP=546;DPB=546;DPRA=0;EPP=1103.95;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20057;QR=845;RO=21;RPL=0;RPP=1103.95;RPPR=48.6112;RPR=507;RUN=1;SAF=507;SAP=1103.95;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:289:11,272:11:447:272:10735:-924.896,-45.0074,0 1|1:257:10,235:10:398:235:9322:-802.282,-37.9734,0 dDocent_Contig_8792 20 . T A 342.771 . AB=0.266667;ABP=31.3842;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=3.55317;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=1775;RO=44;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=98.5551;RPR=16;RUN=1;SAF=9;SAP=3.55317;SAR=7;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:22,7:22:889:7:271:-16.0243,0,-71.5859 0/1:31:22,9:22:886:9:337:-21.3498,0,-70.7141 dDocent_Contig_8793 9 . T C 1058.95 . AB=0.114798;ABP=1440.04;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=1115;DPB=1115;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=2146.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9909;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992188;PAIREDR=0.99696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4936;QR=37765;RO=987;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=2146.25;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=987;SRP=2146.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:566:503,63:503:19190:63:2434:-48.8799,0,-1555.7 0/1:549:484,65:484:18575:65:2502:-60.112,0,-1505.48 dDocent_Contig_8795 19 . T A 177.561 . AB=0.411765;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=2.42857;EPP=18.2106;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=269;QR=667;RO=17;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=39.9253;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:280:0:0:0,-2.10721,-25.5719 0/1:17:10,7:10:387:7:269:-19.4551,0,-30.0655 dDocent_Contig_8796 10 . A T 107.687 . AB=0.125;ABP=120.27;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=21.1059;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=3375;RO=84;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=185.414;RPR=12;RUN=1;SAF=11;SAP=21.1059;SAR=1;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:1085:5:192:-8.01658,0,-88.3048 0/1:64:57,7:57:2290:7:275:-5.84898,0,-186.99 dDocent_Contig_8797 13 . A T 1999.5 . AB=0.230233;ABP=274.818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=430;DPB=430;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=721.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.5354;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.993958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3697;QR=13134;RO=331;RPL=0;RPP=217.986;RPPR=721.768;RPR=99;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=331;SRP=721.768;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:201:145,56:145:5721:56:2097:-127.877,0,-454.195 0/1:229:186,43:186:7413:43:1600:-75.1694,0,-597.867 dDocent_Contig_8798 42 . C A 155.968 . AB=0.169231;ABP=64.7803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=417;QR=2075;RO=54;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=120.27;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:591:4:152:-8.02886,0,-47.5005 0/1:45:38,7:38:1484:7:265:-10.6648,0,-120.279 dDocent_Contig_8799 1 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X3M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_8802 143 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8803 130 . G C 18872.6 . AB=0.847826;ABP=389.721;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=675;CIGAR=1X;DP=748;DPB=748;DPRA=0;EPP=1468.75;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22788;QR=2473;RO=73;RPL=0;RPP=1468.75;RPPR=161.528;RPR=675;RUN=1;SAF=0;SAP=1468.75;SAR=675;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:380:17,363:17:568:363:12202:-1046.7,-62.9543,0 0/1:368:56,312:56:1905:312:10586:-841.962,0,-60.9498 dDocent_Contig_8804 33 . G A 27633 . AB=0.892449;ABP=587.613;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=827;CIGAR=1X;DP=892;DPB=892;DPRA=0;EPP=1798.82;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998791;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32927;QR=2566;RO=65;RPL=0;RPP=1798.82;RPPR=144.156;RPR=827;RUN=1;SAF=827;SAP=1798.82;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:437:47,390:47:1852:390:15548:-1266.56,0,-35.3389 1/1:455:18,437:18:714:437:17379:-1498.13,-72.3844,0 dDocent_Contig_8805 46 . T A 1301.41 . AB=0.60274;ABP=9.70319;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1718;QR=1155;RO=29;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=65.983;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:17,29:17:677:29:1168:-91.5492,0,-47.4102 0/1:27:12,15:12:478:15:550:-41.689,0,-35.2414 dDocent_Contig_8806 131 . G C 276.33 . AB=0.28;ABP=24.0302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=486;QR=1845;RO=54;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=120.27;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:36,0,14:36:1228:0,14:0,486:-29.0193,-39.8563,-139.495,0,-99.9841,-95.7697 0|1:20:18,2,0:18:617:2,0:68,0:-0.437331,0,-49.8326,-5.85587,-50.4346,-55.9503 dDocent_Contig_8807 59 . T C 812.756 . AB=0.0333333;ABP=627.236;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=582.793;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=421;QR=10476;RO=267;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=582.793;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=267;SRP=582.793;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:178:149,2,27:149:5848:2,27:78,1059:-42.2285,-80.6704,-561.006,0,-474.528,-472.812 0|0:152:118,9,24:118:4628:9,24:343,944:-42.144,-49.5314,-427.399,0,-352.465,-373.374 dDocent_Contig_8808 33 . T C 1204.48 . AB=0.511905;ABP=3.1137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.674419;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1647;QR=1645;RO=41;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=92.0407;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:23,17:23:933:17:641:-45.9647,0,-72.2304 0/1:44:18,26:18:712:26:1006:-77.5798,0,-51.1566 dDocent_Contig_8812 9 . T C 79.1073 . AB=0.0952381;ABP=32.8939;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M1D1X3M2X1M1X;DP=33;DPB=31.9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=21;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=866;RO=22;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=50.7827;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:16,2,3:16:634:2,3:77,81:-0.777243,-2.44182,-54.1571,0,-49.2085,-51.4489 0|0:12:6,0,6:6:232:0,6:0,162:-9.58436,-11.3905,-30.5186,0,-19.4411,-17.635 dDocent_Contig_8813 82 . C A 8105.58 . 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AB=0.370948;ABP=123.51;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=309;CIGAR=1X;DP=833;DPB=833;DPRA=0;EPP=673.995;EPPR=1138.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9866;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992352;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12279;QR=19661;RO=523;RPL=0;RPP=673.995;RPPR=1138.69;RPR=309;RUN=1;SAF=309;SAP=673.995;SAR=0;SRF=523;SRP=1138.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:459:348,110:348:12986:110:4395:-257.522,0,-1030.2 0/1:374:175,199:175:6675:199:7884:-596.573,0,-488.003 dDocent_Contig_8815 15 . T A 8267.36 . 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T G 13297.3 . AB=0.879464;ABP=283.169;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=430;CIGAR=1X;DP=474;DPB=474;DPRA=0;EPP=936.743;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16204;QR=1685;RO=44;RPL=0;RPP=936.743;RPPR=98.5551;RPR=430;RUN=1;SAF=430;SAP=936.743;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:224:27,197:27:1028:197:7393:-597.825,0,-25.3983 1/1:250:17,233:17:657:233:8811:-733.3,-15.7909,0 dDocent_Contig_8818 21 . T C 390.138 . AB=0.280702;ABP=26.8203;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.321739;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=718;QR=4538;RO=115;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=252.73;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:41,16:41:1581:16:636:-40.4117,0,-125.37 0/0:76:74,2:74:2957:2:82:0,-15.0986,-258.451 dDocent_Contig_8819 9 . T G 1668.42 . AB=0.717949;ABP=35.1926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=6;EPP=124.613;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2131;QR=1309;RO=35;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=79.0118;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:506:0:0:0,-3.91339,-45.8893 0/1:78:22,56:22:803:56:2131:-168.541,0,-49.1033 dDocent_Contig_8820 9 . T C 263.618 . AB=0.177778;ABP=84.1751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.3125;MQMR=59.9054;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=0.243243;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=2793;RO=74;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=163.699;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:39,5:39:1475:5:193:-4.43839,0,-119.778 0/1:46:35,11:35:1318:11:429:-25.02,0,-105.049 dDocent_Contig_8821 58 . G A 8613.84 . AB=0.420839;ABP=43.234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=311;CIGAR=1M1D1X;DP=739;DPB=635.333;DPRA=0;EPP=678.338;EPPR=925.886;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9518;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0546624;PAIREDR=0.971765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12079;QR=16496;RO=425;RPL=311;RPP=678.338;RPPR=925.886;RPR=0;RUN=1;SAF=311;SAP=678.338;SAR=0;SRF=425;SRP=925.886;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:418:264,152:264:10249:152:5847:-400.584,0,-796.421 0|1:321:161,159:161:6247:159:6232:-463.897,0,-465.331 dDocent_Contig_8822 9 . T A 43.9496 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1I1M1X;DP=24;DPB=25;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=803;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:8:8,0:8:307:0:0:0,-2.40824,-27.9918 0|1:16:13,3:13:496:3:117:-6.0939,0,-40.1707 dDocent_Contig_8824 98 . N C 1009.07 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1111;QR=0;RO=0;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:32:0,32:0:0:32:1080:-97.5041,-9.63296,0 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 dDocent_Contig_8825 36 . T G 1514.04 . AB=0.536842;ABP=4.13032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.843137;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2028;QR=1776;RO=44;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=98.5551;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:18,15:18:729:15:585:-43.0468,0,-56.0009 0/1:62:26,36:26:1047:36:1443:-111.454,0,-75.8543 dDocent_Contig_8826 26 . G A 33598 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=959;CIGAR=1X;DP=977;DPB=977;DPRA=0;EPP=2085.45;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0406674;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38026;QR=657;RO=17;RPL=0;RPP=2085.45;RPPR=39.9253;RPR=959;RUN=1;SAF=959;SAP=2085.45;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:466:8,458:8:293:458:18168:-1606.99,-113.574,0 1/1:511:9,501:9:364:501:19858:-1752.51,-120.809,0 dDocent_Contig_8828 116 . C T 9060.72 . AB=0.783133;ABP=118.595;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=329;CIGAR=1X;DP=379;DPB=379;DPRA=0;EPP=717.425;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11101;QR=1654;RO=49;RPL=0;RPP=717.425;RPPR=109.412;RPR=329;RUN=1;SAF=0;SAP=717.425;SAR=329;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:166:35,130:35:1189:130:4392:-345.702,0,-57.5252 1/1:213:14,199:14:465:199:6709:-561.769,-21.9513,0 dDocent_Contig_8829 116 . C A 8936.84 . AB=0.378277;ABP=140.456;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=404;CIGAR=1X;DP=1068;DPB=1068;DPRA=0;EPP=880.285;EPPR=1442.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13534;QR=22437;RO=663;RPL=0;RPP=880.285;RPPR=1442.7;RPR=404;RUN=1;SAF=0;SAP=880.285;SAR=404;SRF=0;SRP=1442.7;SRR=663;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:630:489,141:489:16485:141:4675:-231.289,0,-1293.81 0/1:438:174,263:174:5952:263:8859:-665.492,0,-403.947 dDocent_Contig_8832 108 . T C 4625.53 . AB=0.336968;ABP=214.713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=309;CIGAR=1X;DP=917;DPB=917;DPRA=0;EPP=673.995;EPPR=1318.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=29.1748;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9761;QR=19876;RO=606;RPL=0;RPP=673.995;RPPR=1318.92;RPR=309;RUN=1;SAF=0;SAP=673.995;SAR=309;SRF=0;SRP=1318.92;SRR=606;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:522:361,160:361:11754:160:5030:-226.121,0,-900.841 0/1:395:245,149:245:8122:149:4731:-239.529,0,-612.403 dDocent_Contig_8833 98 . N C 55.0898 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46369,-0.60206,0 dDocent_Contig_8834 136 . G T 267.942 . 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AB=0.114458;ABP=217.332;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=282;DPB=282;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=558.907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980469;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1044;QR=10216;RO=256;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=558.907;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=256;SRP=558.907;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:166:147,19:147:5859:19:763:-19.0199,0,-477.11 0/0:116:109,7:109:4357:7:281:0,-9.2573,-366.399 dDocent_Contig_8836 107 . N G 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_8838 22 . C T 247.495 . AB=0.218182;ABP=40.9518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.744186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=1694;RO=43;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=96.3836;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1030:4:160:-5.75253,0,-83.9664 0/1:25:17,8:17:664:8:325:-22.0939,0,-52.5552 dDocent_Contig_8839 19 . G C 8848.74 . AB=0.593407;ABP=9.90651;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=274;CIGAR=1X1M1D1M3X4M;DP=329;DPB=302.364;DPRA=0;EPP=597.994;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=46.3686;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0182482;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10766;QR=1053;RO=27;RPL=0;RPP=597.994;RPPR=61.6401;RPR=274;RUN=1;SAF=274;SAP=597.994;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:238:10,1,220:10:395:1,220:39,8633:-720.527,-720.374,-752.578,-33.7202,-63.0644,0 0|1:91:17,15,54:17:658:15,54:591,2133:-165.745,-126.598,-176.129,0,-9.79612,-37.8003 dDocent_Contig_8840 76 . C T 52.4447 . AB=0.0735294;ABP=110.434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X5M1X;DP=143;DPB=145.286;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=4200;RO=120;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=263.587;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:68:53,8,5:53:1827:8,5:278,178:-6.6424,0,-145.984,-8.08727,-133.883,-154.981 0|0:75:67,0,5:67:2373:0,5:0,179:0,-20.169,-213.472,-5.57285,-198.874,-197.369 dDocent_Contig_8841 59 . T C 497.8 . AB=0.242424;ABP=60.0608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=911;QR=2700;RO=75;RPL=10;RPP=4.45795;RPPR=3.03925;RPR=14;RUN=1;SAF=10;SAP=4.45795;SAR=14;SRF=37;SRP=3.03925;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:36,16:36:1271:16:601:-38.7632,0,-99.0242 0/1:47:39,8:39:1429:8:310:-14.1137,0,-114.742 dDocent_Contig_8842 7 . C T 125.517 . AB=0.1375;ABP=94.3207;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=461;QR=4119;RO=107;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=235.358;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:38,1:38:1464:1:39:0,-7.84361,-128.139 0/1:80:69,11:69:2655:11:422:-14.2507,0,-215.054 dDocent_Contig_8843 122 . G A 616.033 . AB=0.296296;ABP=41.936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1073;QR=2623;RO=76;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=168.042;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:41,13:41:1415:13:443:-23.9411,0,-111.392 0/1:54:35,19:35:1208:19:630:-40.7591,0,-92.7692 dDocent_Contig_8844 34 . A T 244.709 . AB=0.163265;ABP=99.53;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X1M1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=626;QR=3104;RO=82;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=181.071;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:51,12:51:1927:12:470:-23.6855,0,-154.699 0|1:35:31,4:31:1177:4:156:-3.8809,0,-95.6872 dDocent_Contig_8845 86 . C T 193.612 . AB=0.16129;ABP=95.6831;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=2.38462;EPP=35.5824;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=538;QR=4141;RO=117;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:78,15:78:2755:15:538:-20.7591,0,-220.198 0/0:39:39,0:39:1386:0:0:0,-11.7402,-125.04 dDocent_Contig_8846 9 . T G 472.88 . AB=0.439024;ABP=4.33437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=883;RO=23;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=52.9542;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:11,12:11:423:12:458:-34.6456,0,-31.5002 0/1:18:12,6:12:460:6:231:-15.7394,0,-36.3316 dDocent_Contig_8847 98 . N A 72.0932 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:37:-3.40626,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_8848 28 . C T 748.981 . AB=0.280374;ABP=47.84;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.935065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1217;QR=3103;RO=77;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=170.214;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:35,17:35:1405:17:687:-46.5052,0,-111.047 0/1:55:42,13:42:1698:13:530:-31.4898,0,-136.48 dDocent_Contig_8849 133 . A G 225.777 . AB=0.12987;ABP=186.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=3.5;EPP=46.4397;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=778;QR=6243;RO=178;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=389.532;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=389.532;SRR=178;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:134,20:134:4735:20:778:-23.9756,0,-379.932 0/0:44:44,0:44:1508:0:0:0,-13.2453,-135.996 dDocent_Contig_8850 72 . T C 42101 . AB=0.891993;ABP=2153.14;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1437;CIGAR=1X;DP=1611;DPB=1611;DPRA=0;EPP=3123.42;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52224;QR=6727;RO=173;RPL=1437;RPP=3123.42;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=1437;SAP=3123.42;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:920:110,809:110:4297:809:29412:-2369.03,0,-109.988 0/1:691:63,628:63:2430:628:22812:-1844.16,0,-10.86 dDocent_Contig_8851 152 . A C 6480.28 . AB=0.355982;ABP=124.975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=241;CIGAR=1X;DP=677;DPB=677;DPRA=0;EPP=526.335;EPPR=945.429;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9497;QR=15360;RO=434;RPL=0;RPP=526.335;RPPR=945.429;RPR=241;RUN=1;SAF=0;SAP=526.335;SAR=241;SRF=0;SRP=945.429;SRR=434;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:211,97:211:7548:97:3745:-244.364,0,-586.558 0/1:369:223,144:223:7812:144:5752:-406.762,0,-592.321 dDocent_Contig_8852 22 . T C 754.085 . AB=0.125249;ABP=616.587;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=1195;DPB=1195;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=2328.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4046;QR=42466;RO=1071;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=2328.66;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=1071;SRP=2328.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:692:637,38:637:25217:38:1524:0,-66.1936,-2130.01 0/1:503:434,63:434:17249:63:2522:-77.1075,0,-1401.07 dDocent_Contig_8854 107 . N T 87.7176 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77067,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8855 1 . N G 76.879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_8856 7 . C T 338.784 . AB=0.191919;ABP=84.627;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=734;QR=3097;RO=80;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=176.728;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:41,6:41:1592:6:233:-7.19167,0,-129.397 0/1:52:39,13:39:1505:13:501:-29.7836,0,-120.069 dDocent_Contig_8858 10 . T A 193.315 . AB=0.212766;ABP=36.6912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=1404;RO=37;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=83.3548;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:289:5:196:-14.1013,0,-22.4406 0/1:34:29,5:29:1115:5:202:-8.32706,0,-90.4095 dDocent_Contig_8859 98 . N C 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_8860 7 . C G 236.683 . AB=0.149758;ABP=223.567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=2X;DP=472;DPB=472;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=938.915;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.810811;PAIREDR=0.972158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1135;QR=16379;RO=431;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=938.915;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=431;SRP=938.915;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:265:258,6:258:9828:6:170:0,-64.1164,-868.65 0|1:207:173,31:173:6551:31:965:-25.3673,0,-527.761 dDocent_Contig_8861 12 . T C 113.113 . AB=0.122642;ABP=134.118;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=337.888;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5422;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96988;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=6478;RO=166;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=363.475;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=163;SRP=337.888;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:93,13:93:3666:13:492:-12.7093,0,-298.009 0/0:75:73,2:73:2812:2:81:0,-14.8915,-245.418 dDocent_Contig_8863 132 . C T 1394.56 . AB=0.0743034;ABP=511.424;AC=0;AF=0;AN=4;AO=24;CIGAR=1X2M1X;DP=323;DPB=323;DPRA=0;EPP=3.37221;EPPR=129.096;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=11.4167;MQMR=53.2903;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.725806;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=828;QR=2066;RO=62;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=137.642;RPR=24;RUN=1;SAF=11;SAP=3.37221;SAR=13;SRF=1;SRP=129.096;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:161:22,8,110,21:22:760:8,110,21:277,3682,775:-89.7494,-91.5986,-144.898,0,-51.0107,-22.6536,-79.6004,-130.539,-39.05,-128.989 0|0:162:40,16,85,21:40:1306:16,85,21:551,2918,711:-52.8034,-52.6661,-152.325,0,-92.3735,-78.936,-46.9623,-139.269,-86.6803,-145.119 dDocent_Contig_8864 23 . G A 4684.49 . AB=0.056338;ABP=731.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X3M1X3M1X2M1I6M;DP=426;DPB=427.529;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=944;QR=8972;RO=229;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=500.277;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:211:130,60,17:130:5094:60,17:2345,666:-153.642,0,-400.814,-138.013,-364.112,-551.772 0|1:215:99,108,7:99:3878:108,7:4229,278:-317.904,0,-286.353,-324.819,-295.977,-641.582 dDocent_Contig_8865 98 . N T 159.443 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:174:-15.9441,-1.80618,0 dDocent_Contig_8866 42 . T A 565.854 . AB=0.318841;ABP=22.6794;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=886;QR=1848;RO=47;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=105.07;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:622:7:285:-19.1007,0,-49.3896 0/1:46:31,15:31:1226:15:601:-40.5816,0,-96.7726 dDocent_Contig_8867 20 . C A 235.309 . AB=0.0977597;ABP=693.039;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=935;DPB=935;DPRA=1.10586;EPP=107.241;EPPR=1929.11;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997745;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1917;QR=35215;RO=887;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=1929.11;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=887;SRP=1929.11;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:491:443,48:443:17586:48:1917:-24.9289,0,-1433.53 0/0:444:444,0:444:17629:0:0:0,-133.657,-1585.23 dDocent_Contig_8868 43 . T C 39926.1 . AB=0.80188;ABP=1097.74;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1109;CIGAR=1X4M;DP=1383;DPB=1383;DPRA=0;EPP=2308.07;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=57.5996;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.800721;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43135;QR=1155;RO=30;RPL=12;RPP=2308.07;RPPR=68.1545;RPR=1097;RUN=1;SAF=1109;SAP=2411.17;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:707:16,82,583:16:610:82,583:3102,22545:-2039.88,-1790.43,-1815.79,-204.236,0,-78.7744 1|1:676:14,101,526:14:545:101,526:3876,20590:-1955.82,-1641.91,-1656.29,-273.347,0,-159.796 dDocent_Contig_8870 107 . N A 79.3329 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:85:-7.9322,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8871 14 . T C 316.589 . AB=0.122363;ABP=296.581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=476;DPB=476;DPRA=0.991632;EPP=65.983;EPPR=973.658;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991051;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1157;QR=17889;RO=447;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=973.658;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=447;SRP=973.658;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:237:208,29:208:8350:29:1157:-33.0568,0,-679.675 0/0:239:239,0:239:9539:0:0:0,-71.9462,-857.919 dDocent_Contig_8872 39 . C G 639.807 . AB=0.65625;ABP=9.79615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1.33333;EPP=48.6112;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=830;QR=1420;RO=35;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=79.0118;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:11,21:11:451:21:830:-65.3786,0,-31.3127 0/0:24:24,0:24:969:0:0:0,-7.22472,-87.5095 dDocent_Contig_8873 150 . G A 271.702 . AB=0.246154;ABP=39.3908;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=1698;RO=48;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=107.241;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,4:32:1116:4:145:-2.43208,0,-89.8134 0/1:28:16,12:16:582:12:399:-27.7966,0,-44.2861 dDocent_Contig_8874 17 . G A 4598.49 . AB=0.782609;ABP=130.655;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5757;QR=1607;RO=40;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=89.8692;RPR=144;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:14,56:14:559:56:2267:-183.115,0,-29.5774 0/1:114:26,88:26:1048:88:3490:-279.831,0,-60.289 dDocent_Contig_8876 13 . C T 288.637 . AB=0.10387;ABP=672.235;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=988;DPB=988;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=1950.82;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3506;QR=34852;RO=897;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=1950.82;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=897;SRP=1950.82;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:491:440,51:440:17063:51:1976:-30.2616,0,-1386.86 0/0:497:457,40:457:17789:40:1530:0,-11.6444,-1461.95 dDocent_Contig_8877 98 . N T 97.0418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8878 12 . G C 526.193 . AB=0.237624;ABP=63.403;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0.918182;EPP=55.1256;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=938;QR=7246;RO=187;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=409.076;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:110:110,0:110:4266:0:0:0,-33.1133,-383.962 0/1:101:77,24:77:2980:24:938:-54.3182,0,-237.93 dDocent_Contig_8879 7 . C T 244.583 . AB=0.289474;ABP=17.6392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=2X2M1X2M1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.6154;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=5587;RO=145;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=317.874;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:120:118,2:118:4546:2:71:0,-29.3822,-402.439 0|1:38:27,11:27:1041:11:416:-26.1573,0,-82.555 dDocent_Contig_8880 7 . C T 399.796 . AB=0.214286;ABP=72.4974;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=936;QR=5417;RO=142;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=311.359;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:72:68,4:68:2626:4:155:0,-7.34872,-222.204 0/1:98:74,21:74:2791:21:781:-41.6785,0,-222.437 dDocent_Contig_8882 98 . N A 104.174 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:19:-1.89997,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:88:-8.21101,-0.90309,0 dDocent_Contig_8883 53 . T C 899.643 . AB=0.126482;ABP=309.6;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=2X6M;DP=253;DPB=255;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.4375;PAIREDR=0.466667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=5497;RO=150;RPL=14;RPP=4.09604;RPPR=16.0391;RPR=18;RUN=1;SAF=14;SAP=4.09604;SAR=18;SRF=90;SRP=16.0391;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:93:52,4,5,19,12:52:1931:4,5,19,12:134,175,683,423:-40.0666,-44.8696,-201.685,-41.4828,-188.652,-197.998,0,-147.177,-143.791,-152.308,-21.2783,-168.449,-165.063,-123.588,-175.688 0|0:160:98,14,3,13,28:98:3566:14,3,13,28:496,110,478,1011:-52.9947,-42.0957,-329.1,-73.5054,-324.325,-363.823,-43.419,-294.239,-325.65,-330.727,0,-250.819,-282.23,-252.144,-282.791 dDocent_Contig_8885 155 . C T 71.3579 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=291;QR=2290;RO=62;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=137.642;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1141:2:73:0,-3.00269,-96.0605 0/1:37:31,6:31:1149:6:218:-8.83475,0,-92.5707 dDocent_Contig_8886 28 . C A 8373.9 . AB=0.242323;ABP=866.937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=363;CIGAR=1X;DP=1498;DPB=1498;DPRA=0;EPP=791.255;EPPR=2461.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14350;QR=44726;RO=1132;RPL=0;RPP=791.255;RPPR=2461.12;RPR=363;RUN=1;SAF=363;SAP=791.255;SAR=0;SRF=1132;SRP=2461.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:759:624,135:624:24676:135:5342:-252.174,0,-1990.29 0/1:739:508,228:508:20050:228:9008:-588.313,0,-1580.93 dDocent_Contig_8887 16 . G A 209.753 . AB=0.2;ABP=46.0055;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=1.375;EPP=26.8965;EPPR=152.325;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.363636;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=3285;RO=84;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=185.414;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=80;SRP=152.325;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1564:0:0:0,-12.0412,-140.693 0/1:55:44,11:44:1721:11:432:-22.6743,0,-134.165 dDocent_Contig_8888 7 . C T 51.0072 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.666667;EPP=11.6962;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=2339;RO=61;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=135.47;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:849:4:155:-6.49866,0,-68.9061 0/0:39:39,0:39:1490:0:0:0,-11.7402,-134.374 dDocent_Contig_8890 12 . A G 944.61 . AB=0.06;ABP=171.169;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1I2M1X3M1X;DP=100;DPB=100.75;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=206;QR=2151;RO=56;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=124.613;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:11,3,25:11:424:3,25:103,929:-72.7347,-67.6853,-101.603,0,-26.4945,-27.3235 0|0:61:45,3,13:45:1727:3,13:103,470:-24.8232,-30.0092,-170.875,0,-133.428,-137.876 dDocent_Contig_8891 10 . T C 7608.66 . AB=0.77918;ABP=217.616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=247;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=539.364;EPPR=122.255;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.9429;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9550;QR=2696;RO=70;RPL=0;RPP=539.364;RPPR=155.013;RPR=247;RUN=1;SAF=247;SAP=539.364;SAR=0;SRF=66;SRP=122.255;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:210:25,185:25:979:185:7164:-581.263,0,-25.1414 0/1:107:45,62:45:1717:62:2386:-182.7,0,-122.417 dDocent_Contig_8892 1 . N G 106.333 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:114:-10.6322,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8893 66 . A T 372.482 . AB=0.277778;ABP=33.8935;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=2X;DP=171;DPB=171;DPRA=0.727273;EPP=46.4397;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.684932;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=663;QR=4857;RO=146;RPL=9;RPP=3.44459;RPPR=4.49761;RPR=11;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=68;SRP=4.49761;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:99:97,0:97:3216:0:0:0,-29.1999,-289.325 0|1:72:49,20:49:1641:20:663:-38.9471,0,-126.946 dDocent_Contig_8894 18 . G C 1244.83 . AB=0.407407;ABP=11.0528;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977273;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1772;QR=2507;RO=64;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=141.985;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:41,18:41:1636:18:729:-48.174,0,-129.701 0/1:49:23,26:23:871:26:1043:-79.4058,0,-63.9333 dDocent_Contig_8895 68 . T A 837.918 . AB=0.413333;ABP=7.90335;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.258065;PAIREDR=0.454545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1209;QR=1771;RO=44;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:17,17:17:683:17:647:-48.3077,0,-51.5649 0/1:41:27,14:27:1088:14:562:-38.5809,0,-85.8641 dDocent_Contig_8896 11 . C T 537.261 . 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AB=0.234443;ABP=426.271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=162;CIGAR=1X1M3X;DP=691;DPB=691;DPRA=0;EPP=354.789;EPPR=1143.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=47.3519;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.00190476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6266;QR=20669;RO=525;RPL=0;RPP=354.789;RPPR=1143.03;RPR=162;RUN=1;SAF=162;SAP=354.789;SAR=0;SRF=525;SRP=1143.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:349:272,75:272:10621:75:2899:-139.327,0,-850.613 0|1:342:253,87:253:10048:87:3367:-173.057,0,-800.994 dDocent_Contig_8902 33 . G A 476.303 . 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AB=0.122807;ABP=143.889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969072;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=7670;RO=194;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=424.276;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:100,14:100:3944:14:559:-16.3361,0,-320.638 0/0:100:94,6:94:3726:6:241:0,-8.03691,-313.297 dDocent_Contig_8904 126 . A G 298.41 . 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AB=0.324074;ABP=61.0771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=9.09042;EPPR=4.22333;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.565517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2606;QR=5451;RO=145;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=300.742;RPR=70;RUN=1;SAF=42;SAP=9.09042;SAR=28;SRF=79;SRP=5.54119;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:78,30:78:2932:30:1120:-68.1923,0,-231.137 0/1:107:67,40:67:2519:40:1486:-101.802,0,-194.69 dDocent_Contig_8907 33 . T A 67.5378 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=70.5741;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.885714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=1396;RO=35;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=79.0118;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=34;SRP=70.5741;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:1000:4:158:-5.8701,0,-81.5652 0/1:12:10,2:10:396:2:80:-3.97943,0,-32.3839 dDocent_Contig_8908 14 . G A 6231.92 . 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AB=0.140187;ABP=243.658;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=402;DPB=402;DPRA=1.1383;EPP=68.1545;EPPR=810.798;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1200;QR=14877;RO=372;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=810.798;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=372;SRP=810.798;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:214:184,30:184:7369:30:1200:-43.8532,0,-598.401 0/0:188:188,0:188:7508:0:0:0,-56.5936,-675.318 dDocent_Contig_8912 98 . N A 66.4552 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22446,-0.60206,0 dDocent_Contig_8913 63 . A G 197.088 . 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AB=0.135802;ABP=96.33;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.620155;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=4880;RO=129;RPL=7;RPP=3.73412;RPPR=19.1869;RPR=5;RUN=1;SAF=7;SAP=3.73412;SAR=5;SRF=80;SRP=19.1869;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:59,1:59:2246:1:39:0,-14.1652,-198.461 0/1:81:70,11:70:2634:11:426:-14.311,0,-212.864 dDocent_Contig_8916 98 . N T 179.058 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:133:-12.1892,-1.80618,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41438,-0.60206,0 dDocent_Contig_8917 61 . A C 317.149 . AB=0.15528;ABP=169.189;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=366;DPB=366;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=721.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.852941;PAIREDR=0.996979;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1247;QR=12358;RO=331;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=721.768;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=331;SRP=721.768;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:136,25:136:5082:25:903:-33.1129,0,-408.952 0/0:205:195,9:195:7276:9:344:0,-30.454,-623.411 dDocent_Contig_8918 8 . A G 69.3169 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=1734;RO=46;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=102.898;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:32,1:32:1225:1:38:0,-6.13672,-106.748 0/1:18:14,4:14:509:4:152:-8.63066,0,-40.725 dDocent_Contig_8919 107 . N G 14231.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=463;CIGAR=1X;DP=464;DPB=464;DPRA=0;EPP=1008.4;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15811;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1008.4;RPPR=0;RPR=463;RUN=1;SAF=0;SAP=1008.4;SAR=463;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:233:0,232:0:0:232:7902:-710.973,-69.839,0 1/1:231:0,231:0:0:231:7909:-711.891,-69.5379,0 dDocent_Contig_8920 107 . N T 62.7052 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26836,-0.60206,0 dDocent_Contig_8921 210 . A C 88.8061 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M11I1M;DP=21;DPB=35.6667;DPRA=0.909091;EPP=11.6962;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=651;RO=17;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:11,0:11:412:0:0:0,-3.31133,-37.4197 0|1:10:6,4:6:239:4:147:-10.5796,0,-18.8747 dDocent_Contig_8922 82 . C A 341.324 . AB=0.214286;ABP=72.4974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.831169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=734;QR=2712;RO=77;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:35,10:35:1222:10:344:-17.7449,0,-96.736 0/1:53:42,11:42:1490:11:390:-19.4844,0,-118.441 dDocent_Contig_8923 9 . G A 15107.9 . AB=0.348315;ABP=340.955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=589;CIGAR=1X;DP=1691;DPB=1691;DPRA=0;EPP=1282.01;EPPR=2391.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22484;QR=42185;RO=1100;RPL=0;RPP=1282.01;RPPR=2391.63;RPR=589;RUN=1;SAF=589;SAP=1282.01;SAR=0;SRF=1100;SRP=2391.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:920:657,263:657:25155:263:10075:-629.457,0,-1985.55 0/1:771:443,326:443:17030:326:12409:-884.427,0,-1299.95 dDocent_Contig_8924 14 . C A 7806.97 . AB=0.598131;ABP=38.8092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=256;CIGAR=1X;DP=428;DPB=428;DPRA=0;EPP=558.907;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10143;QR=6804;RO=172;RPL=0;RPP=558.907;RPPR=376.504;RPR=256;RUN=1;SAF=256;SAP=558.907;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:192:139,53:139:5479:53:2132:-134.26,0,-435.152 0/1:236:33,203:33:1325:203:8011:-649.534,0,-48.4685 dDocent_Contig_8927 38 . T G 634.466 . AB=0.45283;ABP=4.03458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=909;QR=1174;RO=29;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=65.983;RPR=24;RUN=1;SAF=12;SAP=3.0103;SAR=12;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:11,13:11:443:13:486:-36.8533,0,-33.0001 0/1:29:18,11:18:731:11:423:-29.6903,0,-57.3842 dDocent_Contig_8931 9 . G A 1671.91 . AB=0.0790191;ABP=567.954;AC=0;AF=0;AN=4;AO=29;CIGAR=1X1M1X1M1X4M;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=515.478;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.1034;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.965517;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1107;QR=9231;RO=236;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=515.478;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=236;SRP=515.478;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:215:150,21,12,28:150:5854:21,12,28:806,439,1021:-38.25,-17.5115,-492.416,-47.5323,-462.865,-525.14,0,-415.331,-445.346,-472.789 0|0:152:86,8,0,55:86:3377:8,0,55:301,0,1940:-132.038,-133.262,-408.618,-157.927,-411.026,-435.688,0,-253.089,-277.749,-261.193 dDocent_Contig_8932 7 . C A 1185.76 . 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AB=0.831909;ABP=338.871;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=639;CIGAR=1X;DP=718;DPB=718;DPRA=0;EPP=1390.58;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5696;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0954617;PAIREDR=0.278481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25117;QR=2373;RO=79;RPL=0;RPP=1390.58;RPPR=174.557;RPR=639;RUN=1;SAF=639;SAP=1390.58;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:367:20,347:20:560:347:13621:-1174.28,-59.8096,0 0/1:351:59,292:59:1813:292:11496:-928.235,0,-56.4973 dDocent_Contig_8934 23 . G A 119.967 . 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AB=0.114286;ABP=93.4676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0.864198;EPP=20.3821;EPPR=296.402;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951049;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=5620;RO=143;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=313.531;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=141;SRP=296.402;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:81,0:81:3208:0:0:0,-24.3834,-288.796 0/1:70:62,8:62:2412:8:319:-8.00443,0,-196.16 dDocent_Contig_8938 49 . G T 111.937 . AB=0.130952;ABP=102.381;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0.903226;EPP=26.8965;EPPR=354.841;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981928;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=417;QR=6387;RO=166;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=354.841;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:73,11:73:2831:11:417:-12.5917,0,-229.631 0/0:93:93,0:93:3556:0:0:0,-27.9958,-320.108 dDocent_Contig_8939 10 . G A 874.357 . AB=0.149606;ABP=409.315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=381;DPB=381;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=706.567;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2274;QR=12804;RO=324;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=706.567;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=324;SRP=706.567;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:190:159,31:159:6280:31:1246:-55.2134,0,-507.785 0/1:191:165,26:165:6524:26:1028:-35.3192,0,-529.417 dDocent_Contig_8940 42 . C T 440.176 . AB=0.28;ABP=34.5401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.708333;PAIREDR=0.585859;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=870;QR=3936;RO=99;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=217.986;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:54,21:54:2158:21:752:-45.4155,0,-171.817 0/0:48:45,3:45:1778:3:118:0,-3.44672,-149.225 dDocent_Contig_8941 43 . A G 96.9356 . AB=0.166667;ABP=43.5445;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1367;RO=34;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=76.8404;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,4:12:484:4:155:-9.12655,0,-38.7138 0/1:25:22,3:22:883:3:120:-3.66156,0,-72.2538 dDocent_Contig_8942 209 . N G 191.768 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:119:-11.0945,-0.90309,0 dDocent_Contig_8943 7 . C T 1987.42 . AB=0.0581395;ABP=148.852;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X2M1X1M2X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=22.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=622;RO=16;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:9,3,35:9:352:3,35:118,1369:-110.013,-108.254,-136.292,0,-24.649,-18.5485 0|0:39:7,2,30:7:270:2,30:79,1144:-91.8253,-89.7246,-111.295,0,-18.0741,-13.232 dDocent_Contig_8944 52 . G A 65.7937 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.724138;EPP=11.6962;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1691;RO=44;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:27,0:27:1040:0:0:0,-8.12781,-93.6464 0|1:21:17,4:17:651:4:158:-8.27834,0,-52.5994 dDocent_Contig_8945 98 . N A 137.607 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:74:-6.90538,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_8946 98 . N C 53.2152 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31935,-0.60206,0 dDocent_Contig_8949 24 . T C 32.1094 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.95;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=1410;RO=36;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:793:0:0:0,-6.0206,-71.6858 0/1:19:16,3:16:617:3:114:-4.90965,0,-50.138 dDocent_Contig_8950 9 . G A 178.435 . AB=0.112554;ABP=304.206;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=421;DPB=421;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=830.341;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.918635;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1520;QR=14523;RO=381;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=830.341;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=381;SRP=830.341;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:231:205,26:205:7834:26:983:-19.2415,0,-635.34 0/0:190:176,14:176:6689:14:537:0,-8.52095,-553.239 dDocent_Contig_8951 50 . A T 314.056 . AB=0.211765;ABP=64.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.597015;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=660;QR=2531;RO=67;RPL=7;RPP=4.9405;RPPR=3.82055;RPR=11;RUN=1;SAF=7;SAP=4.9405;SAR=11;SRF=36;SRP=3.82055;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:24,12:24:919:12:442:-29.2821,0,-72.1795 0/1:49:43,6:43:1612:6:218:-5.22038,0,-130.59 dDocent_Contig_8952 98 . N T 45.3526 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:50:-4.53308,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8953 163 . A G 65.774 . AB=0.166667;ABP=43.5445;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=2.21053;EPP=18.2106;EPPR=67.3502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=1945;RO=54;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=67.3502;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:675:0:0:0,-5.71957,-61.0683 0/1:42:35,7:35:1270:7:229:-8.27637,0,-101.946 dDocent_Contig_8954 64 . G A 103.708 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=1521;RO=38;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:22,2:22:885:2:81:-0.461014,0,-72.735 0/1:21:16,5:16:636:5:200:-12.0574,0,-51.2544 dDocent_Contig_8955 32 . A G 356.909 . AB=0.197917;ABP=79.1023;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=517.649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.230769;PAIREDR=0.827004;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1013;QR=9212;RO=237;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=517.649;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=237;SRP=517.649;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:167:160,7:160:6192:7:280:0,-24.7002,-531.571 0/1:96:77,19:77:3020:19:733:-37.3899,0,-243.024 dDocent_Contig_8958 24 . T G 149.175 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=3303;RO=84;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=185.414;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:46,1:46:1820:1:41:0,-10.0538,-159.921 0/1:47:38,9:38:1483:9:338:-16.6165,0,-119.566 dDocent_Contig_8959 17 . T G 22829.7 . AB=0.542909;ABP=20.7136;AC=4;AF=1;AN=4;AO=601;CIGAR=1X4M;DP=1107;DPB=1107;DPRA=0;EPP=1308.07;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=58.9035;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.998336;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23721;QR=2891;RO=74;RPL=0;RPP=1308.07;RPPR=163.699;RPR=601;RUN=1;SAF=601;SAP=1308.07;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:531:35,76,103,282:35:1377:76,103,282:2916,3778,11160:-1095.51,-866.72,-957.114,-803.961,-677.906,-886.227,-188.809,-62.7503,0,-217.192 1|1:576:39,92,83,319:39:1514:92,83,319:3585,3079,12561:-1190.55,-907.66,-1004.35,-954.135,-783.884,-1053.53,-170.254,0,-46.4819,-198.61 dDocent_Contig_8960 33 . A T 951.139 . AB=0.551724;ABP=4.35811;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1279;QR=1005;RO=25;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=57.2971;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:13,18:13:522:18:726:-56.3332,0,-37.9958 0/1:27:12,14:12:483:14:553:-41.8776,0,-35.5859 dDocent_Contig_8961 47 . C A 211.048 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=478;QR=2056;RO=52;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=115.927;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:22,3:22:879:3:104:-2.17557,0,-71.8927 0/1:40:30,10:30:1177:10:374:-21.9591,0,-94.1669 dDocent_Contig_8962 98 . N G 77.8271 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17917,-0.60206,0 dDocent_Contig_8963 39 . A G 50.7361 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0.931034;EPP=11.6962;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=2054;RO=52;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=115.927;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:908:4:158:-6.47155,0,-73.9009 0/0:29:29,0:29:1146:0:0:0,-8.72987,-103.421 dDocent_Contig_8964 124 . A C 1617.11 . AB=0.489209;ABP=3.1509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2290;QR=2289;RO=70;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=155.013;RPR=68;RUN=1;SAF=0;SAP=150.67;SAR=68;SRF=0;SRP=155.013;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:26,35:26:878:35:1181:-87.8765,0,-60.6179 0/1:77:44,33:44:1411:33:1109:-76.9316,0,-104.093 dDocent_Contig_8965 81 . C T 331.606 . AB=0.228916;ABP=55.989;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=862;QR=4631;RO=135;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=296.159;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:64,19:64:2190:19:658:-34.5586,0,-172.387 0/0:77:71,6:71:2441:6:204:0,-4.48563,-201.259 dDocent_Contig_8966 29 . G A 1893.69 . AB=0.465278;ABP=4.51827;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=597.994;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2994;QR=10640;RO=274;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=597.994;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=274;SRP=597.994;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:207:197,10:197:7679:10:391:0,-26.7655,-655.257 0/1:144:77,67:77:2961:67:2603:-191.068,0,-223.263 dDocent_Contig_8967 71 . A G 600.889 . AB=0.165049;ABP=203.756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X2M;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1348;QR=6137;RO=160;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=350.446;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:122:109,0,13:109:4176:0,13:0,498:-8.43552,-41.2478,-383.949,0,-343.084,-339.171 0|1:84:51,12,21:51:1961:12,21:453,850:-54.7503,-32.9942,-190.332,0,-123.853,-154.649 dDocent_Contig_8968 7 . C T 171.985 . AB=0.0232558;ABP=87.8997;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2M1X7M;DP=112;DPB=106;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=3371;RO=88;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=194.1;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:69:56,5,4:56:2158:5,4:185,156:0,-1.72113,-177.431,-4.02429,-166.112,-180.042 0|0:43:32,10,1:32:1213:10,1:351,39:-18.8974,0,-96.4296,-25.3209,-96.2337,-124.492 dDocent_Contig_8969 9 . G A 578.557 . AB=0.276596;ABP=43.7601;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9412;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.794118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=984;QR=2604;RO=68;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=150.67;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:22,16:22:849:16:600:-42.8959,0,-65.2922 0/1:56:46,10:46:1755:10:384:-18.0568,0,-141.345 dDocent_Contig_8972 17 . T C 1804.98 . AB=0.375691;ABP=27.3044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X2M1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.9265;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.690265;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2666;QR=4507;RO=113;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=248.387;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:87:56,31:56:2227:31:1225:-82.0011,0,-174.42 0|1:94:57,37:57:2280:37:1441:-101.594,0,-177.076 dDocent_Contig_8973 13 . A C 34.2422 . AB=0.0923695;ABP=362.385;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=2X;DP=507;DPB=507;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=1038.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1162;QR=18798;RO=477;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=1038.8;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=477;SRP=1038.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:249:226,23:226:8875:23:883:-4.82199,0,-723.325 0|0:258:251,7:251:9923:7:279:0,-52.184,-867.012 dDocent_Contig_8974 10 . C T 275.272 . AB=0.197368;ABP=63.4687;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=724;QR=4615;RO=117;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=257.073;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:61,15:61:2419:15:572:-28.9251,0,-194.988 0/0:60:56,4:56:2196:4:152:0,-4.01443,-183.763 dDocent_Contig_8975 126 . T C 201.844 . AB=0.276596;ABP=23.3852;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=3I2M1X;DP=47;DPB=60;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35.3846;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=1092;RO=34;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=76.8404;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:15,4:15:489:4:136:-6.0696,0,-38.6037 0|1:28:19,9:19:603:9:306:-17.2117,0,-46.1454 dDocent_Contig_8976 35 . G T 619.767 . AB=0.241071;ABP=68.232;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925926;PAIREDR=0.858824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1090;QR=3371;RO=85;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=187.585;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:43,17:43:1708:17:690:-44.3675,0,-135.888 0/1:52:42,10:42:1663:10:400:-20.7061,0,-134.248 dDocent_Contig_8977 12 . C A 234.523 . AB=0.229167;ABP=33.5919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=1453;RO=37;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=83.3548;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:30,10:30:1191:10:404:-24.6784,0,-95.4254 0/1:8:7,1:7:262:1:41:-1.68633,0,-21.5213 dDocent_Contig_8978 98 . N G 75.9797 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89467,-0.60206,0 dDocent_Contig_8980 66 . T C 563.849 . AB=0.191617;ABP=140.957;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96875;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1212;QR=4152;RO=135;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=296.159;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:71,14:71:2198:14:526:-22.0943,0,-172.482 0/1:82:64,18:64:1954:18:686:-37.3875,0,-151.444 dDocent_Contig_8981 209 . N G 75.9396 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59179,-0.60206,0 dDocent_Contig_8982 16 . A G 207.348 . AB=0.180328;ABP=57.1547;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0.782051;EPP=26.8965;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=5067;RO=128;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=280.959;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:50,11:50:1993:11:446:-22.1328,0,-161.207 0/0:78:78,0:78:3074:0:0:0,-23.4803,-276.746 dDocent_Contig_8984 22 . T G 2582.67 . AB=0.540698;ABP=5.48477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=171.708;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.9032;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935484;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3560;QR=3058;RO=79;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=174.557;RPR=93;RUN=1;SAF=89;SAP=171.708;SAR=4;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:45,63:45:1749:63:2395:-176.507,0,-125.141 0/1:64:34,30:34:1309:30:1165:-84.8566,0,-98.8262 dDocent_Contig_8985 72 . C A 100.166 . AB=0.363636;ABP=6.56362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=2.75;EPP=20.3821;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=734;RO=22;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:265:0:0:0,-2.40824,-24.1739 0/1:22:14,8:14:469:8:201:-11.7156,0,-35.909 dDocent_Contig_8986 98 . N C 64.6004 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_8987 20 . C T 566.77 . AB=0.465116;ABP=3.46479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X2M1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=925;RO=23;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=52.9542;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:13,10:13:524:10:402:-29.6162,0,-40.5835 0|1:20:10,10:10:401:10:398:-30.1577,0,-30.4291 dDocent_Contig_8988 210 . N G 76.879 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_8990 1 . N G 71.2251 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:75:-7.12034,-0.60206,0 dDocent_Contig_8992 9 . G T 737.256 . AB=0.306931;ABP=35.7114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.3548;MQMR=59.4;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.193548;PAIREDR=0.457143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1192;QR=2668;RO=70;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=155.013;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:32,14:32:1228:14:540:-35.0732,0,-96.9559 0/1:55:38,17:38:1440:17:652:-41.7493,0,-113.035 dDocent_Contig_8993 66 . T G 1117.76 . AB=0.565217;ABP=5.55942;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1500;QR=1051;RO=30;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:10,22:10:331:22:862:-68.2616,0,-20.4744 0/1:37:20,17:20:720:17:638:-46.6111,0,-53.983 dDocent_Contig_8994 19 . A C 129.488 . AB=0.15625;ABP=68.6973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=2180;RO=54;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=120.27;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:25,3:25:1016:3:123:-3.03595,0,-83.3033 0/1:36:29,7:29:1164:7:261:-12.9999,0,-94.1969 dDocent_Contig_8995 7 . C A 483.28 . AB=0.372549;ABP=10.206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.578947;PAIREDR=0.78125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=734;QR=1234;RO=32;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=72.4974;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:6,7:6:232:7:270:-20.7523,0,-17.3357 0|1:38:26,12:26:1002:12:464:-30.6726,0,-79.053 dDocent_Contig_8996 17 . G A 278.719 . AB=0.292683;ABP=18.3165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=473;QR=1161;RO=29;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=65.983;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:483:6:245:-17.0109,0,-38.4023 0/1:23:17,6:17:678:6:228:-13.9579,0,-54.4267 dDocent_Contig_8999 77 . A G 34.2743 . AB=0.526316;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=2.375;EPP=24.725;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=12.2;MQMR=13;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=350;QR=627;RO=17;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:9,10:9:323:10:350:-4.82505,0,-4.89815 0/0:8:8,0:8:304:0:0:0,-2.40824,-9.48008 dDocent_Contig_9001 9 . G T 66.5916 . AB=0.0934844;ABP=509.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=724;DPB=724;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=1479.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.894737;PAIREDR=0.895588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1458;QR=26016;RO=680;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=1479.61;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=680;SRP=1479.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:353:320,33:320:12260:33:1267:-8.0571,0,-996.627 0/0:371:360,5:360:13756:5:191:0,-92.7017,-1219.87 dDocent_Contig_9003 19 . C A 8247.41 . AB=0.773414;ABP=217.934;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=256;CIGAR=1X3M;DP=331;DPB=331;DPRA=0;EPP=558.907;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.988281;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10020;QR=1424;RO=37;RPL=0;RPP=558.907;RPPR=83.3548;RPR=256;RUN=1;SAF=256;SAP=558.907;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:176:21,17,137:21:819:17,137:669,5387:-436.767,-388.056,-450.253,0,-12.2792,-26.0723 1|1:155:16,20,119:16:605:20,119:787,4633:-391.071,-331.147,-374.712,-15.1675,0,-28.9254 dDocent_Contig_9004 119 . G A 99.6635 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0.605263;EPP=13.8677;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2263;RO=56;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:727:5:199:-11.3643,0,-58.8314 0/0:38:38,0:38:1536:0:0:0,-11.4391,-138.477 dDocent_Contig_9005 125 . G T 107.303 . AB=0.333333;ABP=6.62942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.681818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=1533;RO=44;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:10,5:10:362:5:181:-12.128,0,-28.4097 0/0:37:34,3:34:1171:3:105:0,-1.34195,-95.8922 dDocent_Contig_9008 63 . C A 59369.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1857;CIGAR=1X;DP=1969;DPB=1969;DPRA=0;EPP=4035.43;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999461;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70023;QR=4010;RO=107;RPL=1857;RPP=4035.43;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=1857;SAP=4035.43;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:991:48,941:48:1750:941:35512:-3036.25,-140.17,0 1/1:978:59,916:59:2260:916:34511:-2900.4,-90.1243,0 dDocent_Contig_9009 26 . T C 62024.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1788;CIGAR=1X;DP=1838;DPB=1838;DPRA=0;EPP=3885.6;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70896;QR=1908;RO=49;RPL=0;RPP=3885.6;RPPR=109.412;RPR=1788;RUN=1;SAF=1788;SAP=3885.6;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:825:20,804:20:788:804:31812:-2789.15,-177.18,0 1/1:1013:29,984:29:1120:984:39084:-3413.03,-203.868,0 dDocent_Contig_9010 12 . T C 5870.37 . AB=0.863636;ABP=78.8144;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=176;CIGAR=3M1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=385.189;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.7216;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.903409;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6988;QR=499;RO=13;RPL=0;RPP=385.189;RPPR=31.2394;RPR=176;RUN=1;SAF=176;SAP=385.189;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:126:6,119:6:227:119:4727:-404.527,-17.2316,0 0|1:66:7,57:7:272:57:2261:-183.908,0,-5.21135 dDocent_Contig_9011 70 . G T 340.673 . AB=0.117063;ABP=644.956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=952;DPB=952;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=1887.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2945;QR=29469;RO=868;RPL=83;RPP=183.243;RPPR=1887.85;RPR=0;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=868;SRP=1887.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:504:445,59:445:15078:59:2077:-35.4652,0,-1205.06 0/0:448:423,24:423:14391:24:868:0,-56.2159,-1216.53 dDocent_Contig_9014 11 . G T 30792.7 . AB=0.881783;ABP=656.287;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=975;CIGAR=1M1I3M1X;DP=1074;DPB=1270.4;DPRA=0;EPP=2120.2;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.9815;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37370;QR=3427;RO=89;RPL=0;RPP=2120.2;RPPR=196.271;RPR=975;RUN=1;SAF=975;SAP=2120.2;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:558:37,520:37:1414:520:19913:-1663.49,-40.5216,0 0|1:516:52,455:52:2013:455:17457:-1417.18,0,-28.3893 dDocent_Contig_9015 98 . N A 64.9406 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,1:0:0:1:18:-1.62498,-0.30103,0 1/1:3:0,2:0:0:2:51:-4.55972,-0.60206,0 dDocent_Contig_9016 7 . C T 396.543 . AB=0.32;ABP=17.0814;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=775;QR=3264;RO=85;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=187.585;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:52,4:52:1990:4:154:0,-2.62409,-165.1 0/1:50:33,16:33:1274:16:621:-41.3533,0,-100.081 dDocent_Contig_9017 22 . T C 1411.22 . AB=0.416667;ABP=10.2485;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.48;MQMR=59.0143;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52;PAIREDR=0.542857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2005;QR=2795;RO=70;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=155.013;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:17,30:17:671:30:1196:-93.0684,0,-46.3249 0/1:73:53,20:53:2124:20:809:-51.1505,0,-169.133 dDocent_Contig_9018 14 . T A 2934.4 . AB=0.836364;ABP=111.11;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978261;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3658;QR=695;RO=18;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=42.0968;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:9,38:9:342:38:1515:-122.446,0,-16.9861 0/1:63:9,54:9:353:54:2143:-174.091,0,-13.1652 dDocent_Contig_9019 107 . N T 84.9279 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=91;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:91:-8.49171,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9020 122 . C T 84.3945 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.867647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=2505;RO=68;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=150.67;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:38,1:38:1407:1:39:0,-7.84361,-123.008 0/1:36:30,6:30:1098:6:229:-10.1384,0,-88.286 dDocent_Contig_9021 7 . C T 3678.34 . AB=0.0657277;ABP=351.924;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=3X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=536;QR=1075;RO=29;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=65.983;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:103:13,5,22,12,50:13:480:5,22,12,50:189,848,445,1896:-181.935,-170.356,-208.102,-116.212,-139.972,-148.842,-149.44,-173.199,-119.055,-185.079,-30.3891,-54.1471,0,-33.2318,-54.5882 0|0:110:16,9,15,7,63:16:595:9,15,7,63:347,564,262,2366:-188.995,-165.316,-211.303,-147.604,-167.804,-191.785,-172.356,-192.556,-174.845,-218.945,0,-20.1976,-2.48705,-27.2394,-29.7302 dDocent_Contig_9022 9 . G A 55421.8 . AB=0.901602;ABP=1227.39;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1758;CIGAR=1X;DP=1905;DPB=1905;DPRA=0;EPP=3820.46;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66879;QR=5522;RO=147;RPL=0;RPP=3820.46;RPPR=322.217;RPR=1758;RUN=1;SAF=1758;SAP=3820.46;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1031:61,970:61:2314:970:36892:-3109.6,-101.887,0 0/1:874:86,788:86:3208:788:29987:-2433.98,0,-25.7754 dDocent_Contig_9023 15 . T C 46.4832 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.772727;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1426;RO=36;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:881:0:0:0,-6.62266,-79.6005 0/1:17:14,3:14:545:3:123:-6.34728,0,-44.2726 dDocent_Contig_9024 1 . N G 279.84 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.4167;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.2986,-1.20412,0 1/1:8:0,8:0:0:8:267:-15.384,-2.40824,0 dDocent_Contig_9026 27 . T A 47636 . AB=0.755589;ABP=1119.68;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1487;CIGAR=6M2X2M;DP=1968;DPB=1944.3;DPRA=0;EPP=3231.99;EPPR=817.312;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59257;QR=14552;RO=375;RPL=0;RPP=3231.99;RPPR=817.312;RPR=1487;RUN=1;SAF=1487;SAP=3231.99;SAR=0;SRF=375;SRP=817.312;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1026:164,0,857:164:6355:0,857:0,34109:-2759.08,-2808.45,-3330.51,0,-522.141,-264.158 0|1:942:211,59,630:211:8197:59,630:2179,25148:-2007.61,-1892.94,-2548.7,0,-495.34,-483.876 dDocent_Contig_9027 8 . A G 152.577 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=699;RO=18;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=42.0968;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:351:6:231:-16.6425,0,-27.4364 0/1:10:9,1:9:348:1:35:-0.488329,0,-28.67 dDocent_Contig_9030 9 . G T 291.385 . AB=0.342857;ABP=10.5174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=881;RO=23;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=52.9542;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:614:7:272:-17.9235,0,-48.6761 0/1:12:7,5:7:267:5:195:-14.3118,0,-20.7803 dDocent_Contig_9031 82 . T G 418.208 . AB=0.307692;ABP=23.8898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.55;PAIREDR=0.422222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=709;QR=1622;RO=45;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:17,13:17:617:13:463:-32.972,0,-46.8326 0/1:35:28,7:28:1005:7:246:-11.9457,0,-80.2277 dDocent_Contig_9032 12 . T A 37.8938 . AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=1.44828;EPP=13.8677;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.80303;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=2661;RO=66;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=146.327;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1504:5:194:-5.18725,0,-122.954 0/0:29:29,0:29:1157:0:0:0,-8.72987,-104.406 dDocent_Contig_9033 9 . G T 182.43 . AB=0.230769;ABP=27.5646;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=2400;RO=63;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=139.813;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:33,3:33:1241:3:115:0,-0.380437,-101.285 0/1:39:30,9:30:1159:9:348:-19.9401,0,-92.8684 dDocent_Contig_9035 98 . N A 378.633 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.2298;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=417;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:12:0,12:0:0:12:417:-37.8633,-3.61236,0 dDocent_Contig_9036 20 . T C 1952.25 . AB=0.475524;ABP=3.75437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8971;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897059;PAIREDR=0.986667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2676;QR=3034;RO=75;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=165.871;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:46,32:46:1860:32:1269:-91.0026,0,-144.122 0/1:65:29,36:29:1174:36:1407:-107.319,0,-86.3686 dDocent_Contig_9037 136 . T A 60.9649 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=1226;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:514:1:40:0,-0.218741,-42.6097 0/1:22:18,4:18:712:4:156:-7.79284,0,-57.7834 dDocent_Contig_9038 127 . C A 102.577 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2X2M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=261;QR=1433;RO=38;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:14,0,5:14:531:0,5:0,189:-11.6554,-15.8699,-59.4108,0,-43.919,-42.4138 0|0:29:24,2,2:24:902:2,2:81,72:0,-4.29677,-77.6074,-1.30695,-72.3365,-74.7125 dDocent_Contig_9039 15 . A G 429.192 . AB=0.377778;ABP=8.84915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=654;QR=1111;RO=28;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=63.8115;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:12,11:12:471:11:430:-32.1253,0,-35.8099 0/1:22:16,6:16:640:6:224:-13.8908,0,-51.3119 dDocent_Contig_9042 20 . G A 23280.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=672;CIGAR=1X;DP=692;DPB=692;DPRA=0;EPP=1444.92;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.5446;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.342262;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26648;QR=632;RO=16;RPL=0;RPP=1462.24;RPPR=37.7539;RPR=672;RUN=1;SAF=670;SAP=1444.92;SAR=2;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:368:7,361:7:267:361:14257:-1254.58,-86.3909,0 1/1:324:9,311:9:365:311:12391:-1073.21,-63.5112,0 dDocent_Contig_9043 7 . C T 75.6479 . AB=0.121212;ABP=85.263;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=44.32;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.64;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=1900;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:26,2,5,2:26:995:2,5,2:75,195,78:-8.31614,-14.0811,-77.5915,0,-62.1501,-62.7291,-12.675,-74.7184,-60.7579,-76.2002 0|1:30:24,2,3,1:24:905:2,3,1:77,115,39:-2.29357,-7.5006,-61.371,0,-52.5243,-53.7054,-6.45433,-58.9202,-51.5547,-60.7036 dDocent_Contig_9044 59 . T G 590.746 . AB=0.208333;ABP=109.412;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1165;QR=4530;RO=114;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:68,17:68:2693:17:655:-33.6883,0,-216.895 0/1:59:46,13:46:1837:13:510:-28.4833,0,-147.78 dDocent_Contig_9045 107 . N C 97.0418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_9046 107 . N C 69.8948 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:26:-2.59983,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:43:-4.08482,-0.60206,0 dDocent_Contig_9047 105 . T A 155.695 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=3M1X1M1X;DP=40;DPB=39.3333;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=991;RO=28;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=63.8115;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:7,2,4:7:246:2,4:68,124:-7.82601,-4.40726,-23.8552,0,-14.5191,-18.8284 0|1:27:21,6,0:21:745:6,0:207,0:-10.8404,0,-59.2474,-17.162,-61.0535,-77.8685 dDocent_Contig_9048 55 . C A 8246.8 . AB=0.828479;ABP=292.603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=256;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=558.907;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988281;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10234;QR=2119;RO=53;RPL=256;RPP=558.907;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=256;SAP=558.907;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:36,159:36:1443:159:6333:-511.016,0,-71.4186 0/1:114:17,97:17:676:97:3901:-316.762,0,-26.8529 dDocent_Contig_9049 37 . A G 86.5572 . 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AB=0.24581;ABP=304.384;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=537;DPB=537;DPRA=0;EPP=209.366;EPPR=882.457;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962121;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4295;QR=15573;RO=405;RPL=122;RPP=209.366;RPPR=882.457;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=289.645;SAR=132;SRF=0;SRP=882.457;SRR=405;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:328:263,65:263:10048:65:2125:-92.7744,0,-805.056 0/1:209:142,67:142:5525:67:2170:-132.658,0,-434.214 dDocent_Contig_9051 14 . C T 947.472 . AB=0.300813;ABP=45.3981;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=279;DPB=279;DPRA=0;EPP=70.4146;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.795918;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1951;QR=9215;RO=230;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=502.449;RPR=49;RUN=1;SAF=44;SAP=70.4146;SAR=5;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:123:86,37:86:3458:37:1477:-96.1451,0,-274.216 0/0:156:144,12:144:5757:12:474:0,-3.9522,-474.906 dDocent_Contig_9052 42 . A G 59.4673 . AB=0.111111;ABP=97.59;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.890625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2567;RO=64;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=141.985;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:33,3:33:1320:3:121:-0.443117,0,-108.22 0/1:36:31,5:31:1247:5:201:-7.63381,0,-101.663 dDocent_Contig_9053 26 . T C 831.062 . AB=0.675;ABP=13.6505;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1084;QR=509;RO=13;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=31.2394;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:6,10:6:223:10:400:-31.5409,0,-15.6061 0/1:24:7,17:7:286:17:684:-54.6623,0,-18.8901 dDocent_Contig_9054 46 . G A 24656 . AB=0.486351;ABP=5.91487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=873;CIGAR=1X;DP=1795;DPB=1795;DPRA=0;EPP=1898.71;EPPR=1996.43;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33457;QR=36449;RO=922;RPL=0;RPP=1898.71;RPPR=1996.43;RPR=873;RUN=1;SAF=873;SAP=1898.71;SAR=0;SRF=922;SRP=2005.11;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1249:597,652:597:23640:652:24999:-1872.19,0,-1749.63 0/1:546:325,221:325:12809:221:8458:-596.513,0,-987.539 dDocent_Contig_9055 42 . T G 52693.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1518;CIGAR=1X1M;DP=1676;DPB=1676;DPRA=0;EPP=3299.31;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60489;QR=1876;RO=47;RPL=0;RPP=3299.31;RPPR=105.07;RPR=1518;RUN=1;SAF=1518;SAP=3299.31;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1035:25,68,942:25:1001:68,942:2668,37510:-3282.04,-3070.16,-3132.16,-201.106,-64.1713,0 1|1:641:22,43,576:22:875:43,576:1697,22979:-1987.03,-1854.02,-1913.12,-101.351,-33.7675,0 dDocent_Contig_9056 13 . G A 816.118 . AB=0.348837;ABP=20.0791;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=1.7551;EPP=68.1545;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1207;QR=4205;RO=105;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=231.015;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:56,30:56:2241:30:1207:-83.0097,0,-175.967 0/0:49:49,0:49:1964:0:0:0,-14.7505,-176.954 dDocent_Contig_9058 8 . A T 10718.9 . AB=0.78355;ABP=325.648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=362;CIGAR=2X;DP=462;DPB=462;DPRA=0;EPP=789.083;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=46.1713;MQMR=50.1364;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.966851;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13804;QR=2544;RO=66;RPL=0;RPP=789.083;RPPR=146.327;RPR=362;RUN=1;SAF=362;SAP=789.083;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:224:30,180,13:30:1155:180,13:6829,504:-538.723,0,-38.3205,-506.856,-51.6061,-595.448 0|1:238:36,182,13:36:1389:182,13:6975,493:-536.261,0,-49.6354,-506.78,-64.1014,-607.303 dDocent_Contig_9059 41 . A T 166.458 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=535;RO=14;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=33.4109;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:6,5:6:236:5:200:-15.0671,0,-18.2992 0/1:10:8,2:8:299:2:81:-4.67543,0,-24.2489 dDocent_Contig_9060 105 . N T 45.6559 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:43:-4.08484,-0.60206,0 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_9061 51 . G A 3899.96 . AB=0.729412;ABP=80.7235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991935;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4933;QR=1796;RO=46;RPL=124;RPP=272.273;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:21,70:21:832:70:2785:-223.377,0,-47.8017 0/1:79:25,54:25:964:54:2148:-169.716,0,-63.2655 dDocent_Contig_9062 22 . T A 4574.25 . AB=0.770408;ABP=127.493;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=151;CIGAR=1X1M1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.960265;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5769;QR=1757;RO=45;RPL=0;RPP=330.903;RPPR=100.727;RPR=151;RUN=1;SAF=151;SAP=330.903;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:27,82:27:1045:82:3125:-248.58,0,-61.5398 0|1:87:18,69:18:712:69:2644:-211.942,0,-38.2202 dDocent_Contig_9063 82 . T A 53.9587 . AB=0.128205;ABP=49.8362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=2.29412;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=2031;RO=51;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:650:0:0:0,-5.11751,-58.8335 0/1:39:34,5:34:1381:5:205:-7.09484,0,-112.801 dDocent_Contig_9064 136 . G T 709.306 . AB=0.10735;ABP=1387.68;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=1934;DPB=1934;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=3885.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5592;QR=71050;RO=1788;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=3885.6;RPR=146;RUN=1;SAF=0;SAP=320.045;SAR=146;SRF=0;SRP=3885.6;SRR=1788;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1034:923,111:923:36721:111:4262:-72.3285,0,-2990.19 0/0:900:865,35:865:34329:35:1330:0,-150.976,-2966.45 dDocent_Contig_9065 11 . T A 2668.23 . AB=0.423423;ABP=14.3176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=222;DPB=222;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.93617;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3737;QR=5129;RO=128;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=280.959;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:58,53:58:2316:53:2112:-156.85,0,-175.184 0/1:111:70,41:70:2813:41:1625:-113.07,0,-219.859 dDocent_Contig_9066 7 . C T 65.0219 . AB=0.104;ABP=173.271;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0.730994;EPP=31.2394;EPPR=556.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964539;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=500;QR=10836;RO=282;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=615.366;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=275;SRP=556.074;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:111,13:111:4245:13:500:-7.90013,0,-344.694 0/0:171:171,0:171:6591:0:0:0,-51.4761,-593.082 dDocent_Contig_9067 77 . C A 35939.3 . 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AB=0.19708;ABP=112.202;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=3X;DP=322;DPB=322;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1058;QR=2049;RO=52;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=115.927;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:137:21,44,27,45:21:833:44,27,45:1728,1058,1784:-214.064,-78.2631,-133.59,-133.387,-59.8373,-193.832,-73.5505,0,-55.1245,-128.577 0|0:185:31,0,0,154:31:1216:0,0,154:0,0,6094:-492.539,-501.871,-601.873,-501.871,-601.873,-601.873,0,-100.394,-100.394,-54.0357 dDocent_Contig_9069 16 . C A 12751.7 . 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AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1697;RO=51;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=113.755;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1214:2:70:0,-4.79174,-102.912 0/1:21:15,6:15:483:6:205:-12.4635,0,-37.4552 dDocent_Contig_9073 46 . A G 179.474 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1496;CIGAR=1X;DP=1538;DPB=1538;DPRA=0;EPP=3251.53;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59664;QR=1707;RO=42;RPL=0;RPP=3251.53;RPPR=94.2121;RPR=1496;RUN=1;SAF=1496;SAP=3251.53;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:834:35,799:35:1420:799:31936:-2743.24,-123.012,0 1/1:704:7,697:7:287:697:27728:-2466.83,-185.72,0 dDocent_Contig_9077 13 . T A 4314.65 . AB=0.390663;ABP=45.2713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=407;DPB=407;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=541.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7339;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993711;PAIREDR=0.991935;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6187;QR=9774;RO=248;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=541.535;RPR=159;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=248;SRP=541.535;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:224:137,87:137:5393:87:3404:-239.022,0,-417.818 0/1:183:111,72:111:4381:72:2783:-195.54,0,-336.978 dDocent_Contig_9078 108 . A G 2125.95 . 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AB=0.451613;ABP=4.27115;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1132;QR=1383;RO=34;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=76.8404;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:652:4:163:-9.03783,0,-52.9919 0/1:42:18,24:18:731:24:969:-74.8625,0,-53.4708 dDocent_Contig_9080 34 . C A 158.315 . AB=0.108374;ABP=273.439;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=334;DPB=334;DPRA=1.54962;EPP=50.7827;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.803226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=868;QR=12369;RO=310;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=676.167;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=310;SRP=676.167;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:131:131,0:131:5259:0:0:0,-39.4349,-473.136 0/1:203:179,22:179:7110:22:868:-17.5304,0,-578.659 dDocent_Contig_9081 41 . A C 109.578 . AB=0.135135;ABP=88.5781;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.972376;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=7138;RO=181;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=396.047;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:64,10:64:2556:10:381:-12.3557,0,-207.897 0/0:119:117,2:117:4582:2:71:0,-29.0831,-405.578 dDocent_Contig_9082 9 . C A 416.121 . 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T C 63.5006 . AB=0.122807;ABP=73.4498;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=276.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.80597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=545;QR=5247;RO=134;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=276.875;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:91:84,7:84:3301:7:269:0,-2.82367,-272.589 0/1:57:50,7:50:1946:7:276:-8.04902,0,-158.182 dDocent_Contig_9088 33 . T C 307.154 . AB=0.309524;ABP=16.2459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=1118;RO=29;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=65.983;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:612:6:229:-14.3516,0,-48.7828 0/1:20:13,7:13:506:7:279:-19.4608,0,-39.8605 dDocent_Contig_9089 70 . C A 119.292 . AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=834;RO=22;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:522:4:146:-8.07787,0,-41.9 0/1:11:8,3:8:312:3:110:-6.94828,0,-25.1336 dDocent_Contig_9090 10 . T A 1584.64 . AB=0.702703;ABP=29.4201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X1M2X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2036;QR=869;RO=22;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=50.7827;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:15,13:15:590:13:512:-37.9986,0,-45.0109 0|1:46:7,39:7:279:39:1524:-123.563,0,-11.634 dDocent_Contig_9091 47 . G A 4387.52 . AB=0.473846;ABP=4.94124;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X1M1X;DP=325;DPB=325.333;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.798817;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5994;QR=6591;RO=169;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=369.989;RPR=154;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:181:100,80:100:3901:80:3095:-224.052,0,-296.539 0|1:144:69,74:69:2690:74:2899:-217.797,0,-199.002 dDocent_Contig_9094 107 . N C 324.534 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:231:-21.1138,-2.10721,0 1/1:5:0,5:0:0:5:120:-11.0383,-1.50515,0 dDocent_Contig_9095 50 . G A 710.048 . AB=0.132159;ABP=536.58;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=849;DPB=849;DPRA=1.14937;EPP=133.299;EPPR=1716.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2321;QR=31107;RO=789;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=1716.3;RPR=0;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=789;SRP=1716.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:454:394,60:394:15577:60:2321:-72.4028,0,-1264.1 0/0:395:395,0:395:15530:0:0:0,-118.907,-1396.55 dDocent_Contig_9096 50 . G C 4246 . AB=0.473684;ABP=4.83891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5767;QR=6362;RO=160;RPL=144;RPP=315.702;RPPR=350.446;RPR=0;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:88,68:88:3515:68:2742:-199.923,0,-269.421 0/1:148:72,76:72:2847:76:3025:-227.774,0,-211.779 dDocent_Contig_9097 17 . G A 5348.96 . AB=0.405117;ABP=39.6846;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=190;CIGAR=1X;DP=469;DPB=469;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=608.851;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.721053;PAIREDR=0.512545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7546;QR=10874;RO=279;RPL=0;RPP=415.59;RPPR=608.851;RPR=190;RUN=1;SAF=190;SAP=415.59;SAR=0;SRF=279;SRP=608.851;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:258:139,119:139:5437:119:4728:-347.779,0,-411.528 0/1:211:140,71:140:5437:71:2818:-190.214,0,-425.685 dDocent_Contig_9098 12 . T C 951.431 . AB=0.632653;ABP=10.4997;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.870968;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1248;QR=705;RO=18;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=42.0968;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:7,17:7:285:17:693:-55.4731,0,-18.7997 0/1:25:11,14:11:420:14:555:-42.7669,0,-30.6148 dDocent_Contig_9101 12 . G A 3598.92 . AB=0.714286;ABP=67.2238;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878261;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4568;QR=1862;RO=46;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=102.898;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:32,37:32:1292:37:1474:-112.136,0,-95.7733 0/1:92:14,78:14:570:78:3094:-250.853,0,-23.9472 dDocent_Contig_9102 12 . G A 82.8249 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0833333;PAIREDR=0.778947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=476;QR=3752;RO=95;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=209.3;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:45,5:45:1754:5:200:-3.32804,0,-143.036 0/1:57:50,7:50:1998:7:276:-8.04629,0,-162.856 dDocent_Contig_9104 119 . C A 498.184 . AB=0.409091;ABP=6.16881;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.722222;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=727;QR=1035;RO=26;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:671:5:205:-12.2123,0,-54.0944 0/1:22:9,13:9:364:13:522:-40.7029,0,-26.5012 dDocent_Contig_9105 80 . A G 71.4096 . AB=0.131148;ABP=147.182;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.8125;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=3893;RO=106;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:57,8:57:2062:8:265:-3.02302,0,-166.273 0/1:57:49,8:49:1831:8:293:-7.20467,0,-147.879 dDocent_Contig_9106 9 . C A 241.228 . AB=0.116981;ABP=340.687;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=862.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878049;PAIREDR=0.95202;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1555;QR=15176;RO=396;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=862.913;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=396;SRP=862.913;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:172:162,10:162:6199:10:385:0,-16.7709,-522.831 0/1:265:234,31:234:8977:31:1170:-25.8218,0,-727.875 dDocent_Contig_9108 29 . A T 88.0408 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.787879;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=1298;RO=33;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=74.6689;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:395:4:156:-10.202,0,-31.6944 0/0:24:23,1:23:903:1:35:0,-3.72609,-78.0771 dDocent_Contig_9109 23 . T C 21359.1 . AB=0.677483;ABP=281.268;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=689;CIGAR=1X;DP=1017;DPB=1017;DPRA=0;EPP=1499.15;EPPR=702.224;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986938;PAIREDR=0.981366;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27174;QR=12802;RO=322;RPL=0;RPP=1499.15;RPPR=702.224;RPR=689;RUN=1;SAF=689;SAP=1499.15;SAR=0;SRF=322;SRP=702.224;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:482:131,345:131:5215:345:13612:-1080.44,0,-325.545 0/1:535:191,344:191:7587:344:13562:-1058.57,0,-521.401 dDocent_Contig_9110 27 . A T 118.366 . 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AB=0.528846;ABP=3.76196;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X2M7D8M;DP=104;DPB=81.8333;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2186;QR=1857;RO=47;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=105.07;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:29,41:29:1139:41:1626:-125.163,0,-81.3837 0|1:32:18,14:18:718:14:560:-41.1106,0,-55.3171 dDocent_Contig_9112 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_9113 30 . G A 77.1719 . AB=0.117647;ABP=46.1843;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M2X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=28.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=2255;RO=57;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=126.784;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:32,1,2:32:1252:1,2:41,81:0,-6.24723,-108.864,-2.95709,-102.485,-105.267 0|0:34:25,4,5:25:1003:4,5:151,204:-9.41616,-10.726,-92.1596,0,-76.5312,-81.3039 dDocent_Contig_9114 32 . G A 337.034 . AB=0.172414;ABP=111.135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9792;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.35;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=789;QR=3762;RO=96;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=211.472;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:49,10:49:1913:10:403:-18.8687,0,-154.606 0/1:57:47,10:47:1849:10:386:-17.9316,0,-149.466 dDocent_Contig_9115 35 . G T 913.407 . AB=0.37931;ABP=14.0174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1333;QR=2176;RO=54;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=120.27;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:38,18:38:1536:18:734:-49.5256,0,-121.621 0/1:31:16,15:16:640:15:599:-44.912,0,-48.6012 dDocent_Contig_9116 41 . T G 1134.65 . AB=0.481481;ABP=3.25157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1M4D1X;DP=81;DPB=55;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1559;QR=1622;RO=42;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=94.2121;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:25,21:25:963:21:833:-61.4325,0,-73.1246 0|1:35:17,18:17:659:18:726:-55.1297,0,-49.1024 dDocent_Contig_9117 26 . A G 44.1689 . AB=0.130435;ABP=57.5803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=1608;RO=40;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=89.8692;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:20,3:20:808:3:110:-3.33639,0,-66.1141 0|1:23:20,3:20:800:3:119:-4.1717,0,-65.3969 dDocent_Contig_9118 118 . T A 2728.12 . AB=0.313679;ABP=130.861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=133;CIGAR=1X;DP=424;DPB=424;DPRA=0;EPP=291.816;EPPR=630.566;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4472;QR=9626;RO=289;RPL=0;RPP=291.816;RPPR=630.566;RPR=133;RUN=1;SAF=0;SAP=291.816;SAR=133;SRF=0;SRP=630.566;SRR=289;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:344:223,119:223:7409:119:3992:-256.465,0,-563.893 0/1:80:66,14:66:2217:14:480:-19.4442,0,-175.716 dDocent_Contig_9119 1 . N G 352.764 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:10:0,10:0:0:10:346:-31.4745,-3.0103,0 dDocent_Contig_9120 22 . G T 69.12 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=1.125;EPP=16.0391;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=3057;RO=79;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=174.557;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1553:0:0:0,-12.0412,-140.018 0/1:45:39,6:39:1504:6:242:-8.61097,0,-122.061 dDocent_Contig_9121 14 . G C 864.191 . AB=0.236025;ABP=100.457;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1526;QR=4882;RO=123;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=270.101;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:58,14:58:2273:14:563:-29.3379,0,-183.068 0/1:89:65,24:65:2609:24:963:-60.1781,0,-208.133 dDocent_Contig_9122 9 . C A 1200.03 . AB=0.176322;ABP=364.279;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=899;DPB=899;DPRA=0.790837;EPP=155.013;EPPR=1800.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2678;QR=31933;RO=828;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=1800.99;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=828;SRP=1800.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:502:501,0:501:19315:0:0:0,-150.816,-1736.88 0/1:397:327,70:327:12618:70:2678:-121.702,0,-1015.54 dDocent_Contig_9123 127 . A T 204.445 . AB=0.268293;ABP=22.1298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.766667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=1058;RO=30;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=68.1545;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:448:5:175:-10.6746,0,-35.2304 0/1:23:17,6:17:610:6:216:-12.8668,0,-48.3092 dDocent_Contig_9124 98 . N C 4312.98 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=142;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=311.359;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4783;QR=0;RO=0;RPL=142;RPP=311.359;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=142;SAP=311.359;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:0,81:0:0:81:2741:-246.945,-24.3834,0 1/1:61:0,61:0:0:61:2042:-184.052,-18.3628,0 dDocent_Contig_9126 17 . A T 168.114 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=1221;RO=32;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=72.4974;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:577:6:209:-12.8274,0,-45.9422 0/1:22:17,5:17:644:5:149:-7.08097,0,-51.6661 dDocent_Contig_9128 9 . C A 46.968 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=739;RO=19;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=44.2683;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:312:2:78:-4.39317,0,-25.4346 0/1:13:11,2:11:427:2:77:-3.39575,0,-34.8716 dDocent_Contig_9129 9 . C T 2761.71 . AB=0.146552;ABP=128.881;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=662;QR=646;RO=17;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=39.9253;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:82:8,14,60:8:307:14,60:544,2359:-211.112,-168.823,-189.804,-19.5064,0,-26.6392 0|0:34:9,3,22:9:339:3,22:118,862:-68.1558,-61.158,-88.0285,0,-18.0545,-21.1428 dDocent_Contig_9130 141 . A G 69.8226 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=1.06667;EPP=11.6962;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=989;RO=27;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:553:0:0:0,-4.51545,-50.1099 0/1:16:12,4:12:436:4:146:-8.68123,0,-34.7661 dDocent_Contig_9131 98 . N A 352.74 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:205:-18.7023,-2.40824,0 1/1:7:0,7:0:0:7:178:-16.2706,-2.10721,0 dDocent_Contig_9133 209 . N G 412.963 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 1/1:9:0,9:0:0:9:365:-33.2145,-2.70927,0 dDocent_Contig_9134 18 . T C 2371.43 . AB=0.285714;ABP=137.021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=728;DPB=728;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=1336.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4473;QR=23200;RO=614;RPL=0;RPP=250.558;RPPR=1336.29;RPR=114;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=614;SRP=1336.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:336:240,96:240:9026:96:3774:-238.541,0,-710.89 0/0:392:374,18:374:14174:18:699:0,-54.7711,-1211.73 dDocent_Contig_9135 37 . A T 596.745 . AB=0.348485;ABP=16.1707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0.545455;EPP=52.9542;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=896;QR=6325;RO=164;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=359.132;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:43,23:43:1653:23:896:-61.0725,0,-129.154 0/0:121:121,0:121:4672:0:0:0,-36.4246,-420.483 dDocent_Contig_9136 136 . A G 43.7301 . AB=0.111111;ABP=26.6552;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=264;QR=723;RO=22;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=50.7827;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:18:11,2,5:11:355:2,5:70,172:-5.77071,-8.65415,-36.7445,0,-28.4159,-27.3476 0|0:18:11,6,1:11:368:6,1:194,33:0,-2.03959,-30.1153,-1.39345,-30.0374,-31.0687 dDocent_Contig_9137 43 . T A 18302.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=570;CIGAR=1X;DP=621;DPB=621;DPRA=0;EPP=1240.75;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.778947;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22278;QR=1924;RO=50;RPL=0;RPP=1240.75;RPPR=111.584;RPR=570;RUN=1;SAF=570;SAP=1240.75;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:342:29,312:29:1124:312:12224:-997.947,-1.50269,0 1/1:279:21,258:21:800:258:10054:-832.004,-11.6736,0 dDocent_Contig_9138 10 . G A 11751.9 . AB=0.0768836;ABP=3036.84;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X12M;DP=1951;DPB=1951;DPRA=0;EPP=311.591;EPPR=489.999;GTI=0;LEN=1;MEANALT=52;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0.826667;PAIREDR=0.816667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5949;QR=9335;RO=240;RPL=0;RPP=328.731;RPPR=524.164;RPR=150;RUN=1;SAF=148;SAP=311.591;SAR=2;SRF=236;SRP=489.999;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:825:123,46,150,69,53,55,59,73,44:123:4795:46,150,69,53,55,59,73,44:1783,5770,2720,2061,2157,2327,2886,1756:-436.453,-327.504,-707.766,0,-248.133,-348.955,-249.744,-497.877,-170.373,-623.082,-304.663,-552.796,-225.292,-475.036,-682.817,-296.119,-544.253,-216.749,-466.492,-521.411,-673.672,-282.028,-530.161,-202.657,-452.401,-507.32,-498.776,-658.376,-236.011,-484.144,-156.64,-406.384,-461.303,-452.76,-438.668,-608.145,-328.865,-576.998,-249.494,-499.238,-554.157,-545.614,-531.522,-485.505,-709.729 0|1:1126:117,56,244,77,98,82,91,71,50:117:4540:56,244,77,98,82,91,71,50:2164,9483,3038,3840,3267,3622,2798,1983:-741.829,-600.067,-956.214,0,-196.022,-299.554,-527.136,-723.158,-123.091,-876.962,-463.412,-659.434,-59.3676,-586.504,-806.916,-508.056,-704.078,-104.012,-631.148,-567.424,-856.377,-478.826,-674.848,-74.7809,-601.917,-538.193,-582.837,-824.437,-546.887,-742.909,-142.842,-669.979,-606.255,-650.899,-621.668,-898.519,-613.83,-809.852,-209.785,-736.921,-673.197,-717.841,-688.611,-756.672,-971.783 dDocent_Contig_9139 147 . T A 49.8875 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0.75;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=995;RO=25;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,3:9:363:3:115:-6.38668,0,-26.7972 0/0:16:16,0:16:632:0:0:0,-4.81648,-52.9192 dDocent_Contig_9140 9 . C T 68.1492 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955224;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=2585;RO=67;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=148.499;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:52,2:52:2011:2:78:0,-8.85215,-173.821 0/1:19:15,4:15:574:4:154:-8.51389,0,-46.2827 dDocent_Contig_9141 92 . T A 3449.54 . AB=0.183607;ABP=1063.8;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=224;CIGAR=1X;DP=1220;DPB=1220;DPRA=0;EPP=489.42;EPPR=2163.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998995;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7941;QR=34310;RO=995;RPL=224;RPP=489.42;RPPR=2163.63;RPR=0;RUN=1;SAF=224;SAP=489.42;SAR=0;SRF=995;SRP=2163.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:583:503,79:503:17374:79:2787:-75.7998,0,-1388.15 0/1:637:492,145:492:16936:145:5154:-272.251,0,-1332.27 dDocent_Contig_9142 37 . A G 273.141 . AB=0.3;ABP=16.9077;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=7.89611;EPPR=7.60871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.676471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=587;QR=2509;RO=68;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=150.67;RPR=16;RUN=1;SAF=5;SAP=7.89611;SAR=11;SRF=28;SRP=7.60871;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:28,12:28:1037:12:449:-28.7106,0,-81.59 0/0:44:40,4:40:1472:4:138:0,-0.48487,-119.989 dDocent_Contig_9143 68 . T C 61.8172 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=2105;RO=60;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=6.62942;RPR=3;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=35;SRP=6.62942;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:922:4:145:-4.37472,0,-74.2657 0/1:39:34,5:34:1183:5:181:-4.90332,0,-95.0303 dDocent_Contig_9144 17 . T C 13253.2 . AB=0.752896;ABP=290.768;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=390;CIGAR=1X1M;DP=518;DPB=518;DPRA=0;EPP=849.885;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.925641;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15420;QR=1105;RO=29;RPL=0;RPP=849.885;RPPR=65.983;RPR=390;RUN=1;SAF=390;SAP=849.885;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:286:12,23,27,214:12:465:23,27,214:895,1059,8461:-741.525,-671.588,-702.862,-658.052,-622.701,-688.122,-48.8895,-13.5374,0,-22.6672 0|1:232:17,16,22,176:17:640:16,22,176:611,872,6959:-586.89,-541.923,-589.535,-520.236,-522.579,-566.041,-19.353,-21.6947,0,-18.7973 dDocent_Contig_9145 18 . G A 8610.48 . AB=0.580882;ABP=33.9218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=316;CIGAR=1X;DP=544;DPB=544;DPRA=0;EPP=689.196;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11419;QR=8220;RO=227;RPL=0;RPP=689.196;RPPR=495.935;RPR=316;RUN=1;SAF=316;SAP=689.196;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:242:93,149:93:3402:149:5437:-416.52,0,-233.49 0/1:302:134,167:134:4818:167:5982:-447.625,0,-342.939 dDocent_Contig_9147 42 . A C 71.8658 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:77:-7.1855,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9150 80 . A T 1232.51 . AB=0.474747;ABP=3.55865;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=5.21053;EPP=105.07;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1713;QR=2521;RO=71;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:52,47:52:1829:47:1713:-124.649,0,-135.076 0/0:19:19,0:19:692:0:0:0,-5.71957,-62.61 dDocent_Contig_9152 23 . C T 2745.41 . AB=0.0625;ABP=162.614;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=3M1X1M3I2M1X1M;DP=175;DPB=218.667;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1864;RO=47;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=105.07;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:79:24,7,0,47:24:953:7,0,47:281,0,1726:-133.836,-117.902,-194.26,-141.061,-196.367,-219.524,0,-55.2964,-78.4518,-64.3034 0|0:96:23,10,6,52:23:911:10,6,52:396,231,1850:-143.803,-118.13,-190.111,-131.758,-174.154,-204.943,0,-42.3939,-56.0217,-59.3332 dDocent_Contig_9153 65 . C T 494.494 . AB=0.239583;ABP=59.5591;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1M1I1M1X;DP=180;DPB=188.333;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.72;PAIREDR=0.722581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=960;QR=6135;RO=155;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=339.589;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:84:82,2:82:3251:2:74:0,-18.2617,-285.648 0|1:96:73,23:73:2884:23:886:-51.1484,0,-230.783 dDocent_Contig_9154 12 . T A 767.546 . AB=0.186667;ABP=194.882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.846995;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1633;QR=7367;RO=183;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=400.39;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:83,20:83:3334:20:786:-40.0459,0,-269.101 0/1:122:100,22:100:4033:22:847:-39.8056,0,-326.201 dDocent_Contig_9155 11 . T G 767.561 . AB=0.195652;ABP=188.058;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=389;DPB=389;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.75;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2074;QR=13418;RO=333;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=726.111;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:230:185,45:185:7469:45:1635:-78.154,0,-602.561 0/0:159:148,11:148:5949:11:439:0,-8.00041,-495.315 dDocent_Contig_9156 40 . T C 120.58 . AB=0.333333;ABP=5.9056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=762;RO=20;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=46.4397;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:14,3,0:14:532:3,0:110,0:-5.14291,0,-43.1066,-9.35733,-44.0097,-52.9982 0|1:12:6,2,4:6:230:2,4:78,145:-10.0119,-5.39718,-23.6847,0,-12.4587,-17.668 dDocent_Contig_9157 71 . A G 251.166 . AB=0.344828;ABP=9.07545;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.45;EPP=24.725;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=1473;RO=39;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:762:0:0:0,-6.0206,-68.9027 0/1:29:19,10:19:711:10:391:-26.8155,0,-55.5838 dDocent_Contig_9158 14 . A T 776.371 . AB=0.251908;ABP=73.0444;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0606;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.908163;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1329;QR=3949;RO=98;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=215.815;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:45,11:45:1797:11:447:-23.6298,0,-145.086 0/1:75:53,22:53:2152:22:882:-57.1043,0,-171.268 dDocent_Contig_9159 172 . T G 1164.84 . AB=0.326797;ABP=42.8774;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1834;QR=3883;RO=103;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=226.672;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=111.584;SAR=50;SRF=0;SRP=226.672;SRR=103;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:50,29:50:1833:29:1131:-78.2935,0,-141.406 0/1:74:53,21:53:2050:21:703:-41.2872,0,-162.425 dDocent_Contig_9160 98 . N T 75.5703 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:81:-7.55595,-0.90309,0 dDocent_Contig_9161 145 . C A 64.4555 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=2.05882;EPP=13.8677;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1887;RO=47;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=105.07;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:30,5:30:1199:5:200:-7.84349,0,-97.6397 0/0:17:17,0:17:688:0:0:0,-5.11751,-62.247 dDocent_Contig_9162 37 . T A 1627.79 . AB=0.714286;ABP=33.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2094;QR=857;RO=22;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=50.7827;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:8,20:8:313:20:791:-63.0817,0,-20.1041 0/1:49:14,35:14:544:35:1303:-102.795,0,-34.5517 dDocent_Contig_9163 7 . C T 1670.37 . AB=0.451852;ABP=5.72866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=4.82143;EPP=135.47;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2324;QR=3902;RO=102;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=224.5;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1080:0:0:0,-8.42884,-97.5027 0/1:135:74,61:74:2822:61:2324:-168.736,0,-213.512 dDocent_Contig_9164 154 . G A 565.375 . AB=0.270588;ABP=41.8669;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=2.36111;EPP=52.9542;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959184;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=928;QR=3928;RO=98;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=215.815;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=215.815;SRR=98;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1449:0:0:0,-10.8371,-130.657 0/1:85:62,23:62:2479:23:928:-58.2365,0,-197.65 dDocent_Contig_9165 37 . T C 1101.98 . AB=0.14082;ABP=631.65;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=561;DPB=561;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=1049.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3130;QR=19129;RO=482;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=1049.66;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=482;SRP=1049.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:139,21:139:5478:21:827:-26.5705,0,-444.686 0/1:401:343,58:343:13651:58:2303:-86.7248,0,-1106.85 dDocent_Contig_9166 144 . A G 36.0355 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=2.14286;EPP=9.52472;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=728;RO=19;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=44.2683;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:459:3:102:-5.00135,0,-37.1445 0/0:7:7,0:7:269:0:0:0,-2.10721,-24.5745 dDocent_Contig_9167 13 . T C 21067.6 . AB=0.715812;ABP=381.663;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=670;CIGAR=1X;DP=936;DPB=936;DPRA=0;EPP=1457.9;EPPR=578.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.906;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26603;QR=10528;RO=265;RPL=0;RPP=1457.9;RPPR=578.45;RPR=670;RUN=1;SAF=670;SAP=1457.9;SAR=0;SRF=265;SRP=578.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:506:142,363:142:5641:363:14401:-1142.54,0,-355.084 0/1:430:123,307:123:4887:307:12202:-967.319,0,-310.283 dDocent_Contig_9168 87 . A T 653.541 . AB=0.530612;ABP=3.40914;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X3M;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=914;QR=720;RO=21;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:15,0,22:15:518:0,22:0,771:-58.5722,-63.0877,-105.173,0,-42.4329,-35.8102 0|1:12:6,2,4:6:202:2,4:64,143:-9.87877,-6.54128,-22.2946,0,-11.2284,-15.1762 dDocent_Contig_9169 73 . G C 1723.45 . AB=0.16629;ABP=858.089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=884;DPB=884;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=1590.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993197;PAIREDR=0.317007;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4896;QR=24883;RO=735;RPL=147;RPP=322.217;RPPR=1599.04;RPR=0;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=734;SRP=1590.37;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:460:395,65:395:13381:65:2147:-55.0246,0,-1065.74 0/1:424:340,82:340:11502:82:2749:-120.418,0,-907.92 dDocent_Contig_9170 9 . C A 406.956 . AB=0.233333;ABP=58.6;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=780;QR=2632;RO=69;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=152.842;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:40,8:40:1537:8:288:-11.811,0,-124.152 0/1:42:29,13:29:1095:13:492:-31.9815,0,-86.2091 dDocent_Contig_9171 107 . N T 38.0141 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:40:-3.79918,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9172 50 . T C 1770.54 . AB=0.189076;ABP=402.707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=1091;DPB=1091;DPRA=0;EPP=265.828;EPPR=2089.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.888;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.112;PAIREDR=0.357513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4942;QR=38111;RO=965;RPL=124;RPP=265.828;RPPR=2089.8;RPR=1;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=965;SRP=2098.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:615:579,35:579:22842:35:1364:0,-62.1174,-1930.95 0/1:476:386,90:386:15269:90:3578:-178.753,0,-1229.81 dDocent_Contig_9173 8 . A T 811.838 . AB=0.355556;ABP=19.3205;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.78125;PAIREDR=0.724138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1230;QR=2227;RO=58;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=128.956;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:30,8:30:1147:8:302:-16.0976,0,-92.0891 0/1:52:28,24:28:1080:24:928:-68.1831,0,-81.8518 dDocent_Contig_9174 20 . G A 1825.18 . AB=0.357143;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2712;QR=4879;RO=126;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=276.616;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:78,25:78:3037:25:977:-57.2235,0,-242.42 0/1:93:48,45:48:1842:45:1735:-128.391,0,-137.994 dDocent_Contig_9175 10 . C A 9099.02 . AB=0.411082;ABP=56.3009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=776;DPB=776;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=995.373;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990596;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12746;QR=18323;RO=457;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=995.373;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=457;SRP=995.373;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:454:300,154:300:12003:154:6151:-416.675,0,-942.737 0/1:322:157,165:157:6320:165:6595:-496.323,0,-471.591 dDocent_Contig_9177 22 . A T 1756.69 . AB=0.59375;ABP=10.339;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=13.7143;EPP=126.784;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8772;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982456;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2287;QR=1846;RO=46;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=102.898;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:39,57:39:1571:57:2287:-177.067,0,-112.725 0/0:7:7,0:7:275:0:0:0,-2.10721,-25.1164 dDocent_Contig_9178 50 . G T 290.563 . AB=0.129534;ABP=233.085;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=497;DPB=497;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=999.716;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1502;QR=18388;RO=459;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=999.716;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=459;SRP=999.716;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:304:291,13:291:11632:13:518:0,-44.5472,-999.085 0/1:193:168,25:168:6756:25:984:-30.7553,0,-549.616 dDocent_Contig_9179 12 . T G 4235.83 . AB=0.414508;ABP=27.5153;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=160;CIGAR=1X;DP=633;DPB=633;DPRA=1.56275;EPP=350.446;EPPR=1027.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=41.9375;MQMR=59.4661;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.961864;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6373;QR=18764;RO=472;RPL=0;RPP=350.446;RPPR=1027.95;RPR=160;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=472;SRP=1027.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:386:225,160:225:8938:160:6373:-424.981,0,-686.885 0/0:247:247,0:247:9826:0:0:0,-74.3544,-882.049 dDocent_Contig_9181 15 . T G 833.169 . AB=0.378049;ABP=13.6028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1227;QR=1973;RO=51;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=113.755;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:28,14:28:1082:14:567:-38.7292,0,-85.0347 0/1:40:23,17:23:891:17:660:-47.6846,0,-68.4578 dDocent_Contig_9182 14 . G A 396.47 . AB=0.236842;ABP=48.7255;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=768;QR=4320;RO=110;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=241.872;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:52,2:52:2063:2:58:0,-10.7497,-180.355 0/1:76:58,18:58:2257:18:710:-41.346,0,-180.428 dDocent_Contig_9184 140 . G T 395.022 . AB=0.22093;ABP=61.1856;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.820896;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=2632;RO=67;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=148.499;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=148.499;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:44,6:44:1728:6:237:-6.65092,0,-140.692 0/1:36:23,13:23:904:13:516:-35.9482,0,-70.8239 dDocent_Contig_9185 136 . N G 112.813 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.2802,-0.90309,0 dDocent_Contig_9186 15 . G A 8354.77 . AB=0.80531;ABP=277.481;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=273;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=595.822;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996337;PAIREDR=0.984848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10452;QR=2467;RO=66;RPL=0;RPP=595.822;RPPR=146.327;RPR=273;RUN=1;SAF=273;SAP=595.822;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:35,132:35:1328:132:5022:-401.693,0,-69.5358 0/1:172:31,141:31:1139:141:5430:-436.881,0,-51.0293 dDocent_Contig_9187 19 . T C 1721.45 . AB=0.170251;ABP=530.017;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=558;DPB=558;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=1008.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978947;PAIREDR=0.956803;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3809;QR=18368;RO=463;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=1008.4;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=463;SRP=1008.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:297:233,64:233:9318:64:2555:-140.684,0,-748.665 0/1:261:230,31:230:9050:31:1254:-34.558,0,-735.426 dDocent_Contig_9188 7 . C A 38289.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1161;CIGAR=1X;DP=1205;DPB=1205;DPRA=0;EPP=2524.09;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991387;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44231;QR=1657;RO=43;RPL=0;RPP=2524.09;RPPR=96.3836;RPR=1161;RUN=1;SAF=1161;SAP=2524.09;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:621:26,594:26:1000:594:22654:-1947.33,-96.4386,0 1/1:584:17,567:17:657:567:21577:-1881.31,-116.334,0 dDocent_Contig_9189 98 . N A 52.255 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22333,-0.60206,0 dDocent_Contig_9190 51 . G A 2681.15 . AB=0.565217;ABP=8.95825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.934066;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3547;QR=2745;RO=70;RPL=91;RPP=200.614;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:20,7:20:755:7:278:-17.2633,0,-60.1264 0/1:134:50,84:50:1990:84:3269:-253.948,0,-138.961 dDocent_Contig_9191 118 . A G 1046.84 . AB=0.427184;ABP=7.75381;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.931818;PAIREDR=0.932203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1535;QR=2035;RO=59;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=131.127;RPR=44;RUN=1;SAF=0;SAP=98.5551;SAR=44;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:21,22:21:719:22:750:-54.8678,0,-52.0825 0/1:60:38,22:38:1316:22:785:-52.9128,0,-100.673 dDocent_Contig_9192 21 . G A 43168.9 . AB=0.108457;ABP=2065.66;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=2X;DP=1549;DPB=1549;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.994048;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6513;QR=3261;RO=85;RPL=0;RPP=367.818;RPPR=187.585;RPR=168;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:772:45,77,645:45:1740:77,645:2962,25183:-2156.7,-1927.09,-2046.83,-100.237,0,-48.9911 1|0:777:40,91,630:40:1521:91,630:3551,24444:-2163.28,-1883.45,-1980.78,-167.171,0,-102.254 dDocent_Contig_9193 32 . T A 1348.35 . AB=0.464646;ABP=4.08507;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1857;QR=2121;RO=53;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=118.098;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:27,24:27:1083:24:974:-72.6043,0,-82.4053 0/1:48:26,22:26:1038:22:883:-65.3278,0,-79.2578 dDocent_Contig_9195 32 . C T 95.2889 . AB=0.117117;ABP=144.352;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.984456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=651;QR=7546;RO=193;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=422.104;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:98,13:98:3821:13:489:-10.9268,0,-310.507 0/0:99:95,4:95:3725:4:162:0,-14.835,-320.321 dDocent_Contig_9196 23 . G A 273.895 . AB=0.314286;ABP=13.4954;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=1.16667;EPP=26.8965;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=2105;RO=54;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=120.27;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:24,11:24:949:11:433:-28.7874,0,-75.1676 0/0:30:30,0:30:1156:0:0:0,-9.0309,-104.311 dDocent_Contig_9197 43 . A G 526.191 . AB=0.318182;ABP=21.9613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52381;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=832;QR=1794;RO=45;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=100.727;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:678:7:274:-17.7995,0,-54.1256 0/1:42:28,14:28:1116:14:558:-37.9166,0,-88.0833 dDocent_Contig_9199 94 . T G 243.272 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=2M1X3M2X;DP=8;DPB=15.5;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=15;PQA=474.5;PQR=474.5;PRO=15;QA=274;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:173:-15.1528,-1.50515,0 1|1:3:0,3:0:0:3:101:-8.87269,-0.90309,0 dDocent_Contig_9200 55 . A C 141.982 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M1I6M;DP=42;DPB=42.625;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.62963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=1074;RO=27;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:9,0,3,3:9:359:0,3,3:0,116,114:-6.84293,-9.5522,-39.1461,0,-29.6154,-28.7123,-0.183449,-29.7963,-20.2646,-28.8932 0|1:25:18,5,1,0:18:715:5,1,0:192,40,0:-10.329,0,-57.3552,-12.4506,-55.5651,-71.0203,-15.7476,-58.8604,-71.3213,-74.6166 dDocent_Contig_9201 28 . C T 2485.86 . AB=0.0348837;ABP=326.206;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=3237;RO=81;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=178.9;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:24,5,46:24:962:5,46:187,1859:-146.064,-137.98,-215.73,0,-63.9715,-65.4307 0|0:97:57,1,38:57:2275:1,38:40,1493:-105.619,-119.482,-306.546,0,-184.065,-175.921 dDocent_Contig_9202 11 . T A 38.0647 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0.840909;EPP=13.8677;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=181;QR=3020;RO=76;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=168.042;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1733:0:0:0,-13.2453,-156.187 0/1:37:32,5:32:1287:5:181:-5.50538,0,-104.958 dDocent_Contig_9203 66 . G C 1847.9 . AB=0.339806;ABP=48.9275;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=0.955882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2771;QR=5350;RO=136;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:40,40:40:1583:40:1566:-117.092,0,-118.63 0/1:126:96,30:96:3767:30:1205:-70.7945,0,-301.127 dDocent_Contig_9204 45 . G A 235.513 . AB=0.229167;ABP=33.5919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.628571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=1391;RO=35;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=79.0118;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:21,0,6:21:830:0,6:0,241:-13.9387,-20.2603,-88.5546,0,-68.6941,-66.8879 0|1:21:14,2,5:14:561:2,5:81,205:-12.7095,-10.2462,-55.8544,0,-39.5336,-44.7081 dDocent_Contig_9205 50 . A G 52.5806 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.17391;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.804348;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1791;RO=46;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:890:4:160:-6.65599,0,-72.2779 0/0:23:23,0:23:901:0:0:0,-6.92369,-81.3958 dDocent_Contig_9206 66 . G T 285.592 . AB=0.05;ABP=143.722;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=14M1D12M1X6M;DP=80;DPB=78.9412;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=20;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=610;RO=17;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:9,3,1,0,1,0,3,4,0:9:317:3,1,0,1,0,3,4,0:30,5,0,7,0,121,161,0:-10.5872,-11.5112,-36.4471,-13.1527,-37.2067,-38.6906,-13.2965,-37.3502,-38.9916,-39.1358,-12.9721,-37.0262,-38.6672,-38.8111,-38.5101,-13.2965,-37.3502,-38.9916,-39.1358,-38.8111,-39.1358,-3.30249,-27.3632,-29.0048,-29.1489,-28.8243,-29.1489,-28.2458,0,-24.0634,-25.7051,-25.8492,-25.5246,-25.8492,-15.8593,-24.6451,-13.2965,-37.3502,-38.9916,-39.1358,-38.8111,-39.1358,-29.1489,-25.8492,-39.1358 0|0:39:8,0,3,2,2,2,0,7,2:8:293:0,3,2,2,2,0,7,2:0,28,14,14,66,0,284,71:-21.0688,-23.477,-47.4555,-21.8731,-45.8513,-44.9482,-22.829,-46.807,-45.2044,-46.205,-22.829,-46.807,-45.2044,-46.1596,-46.205,-18.1327,-42.1146,-40.5107,-41.4664,-41.4664,-41.5125,-23.477,-47.4555,-45.8513,-46.807,-46.807,-42.1146,-47.4555,0,-23.9992,-22.3944,-23.3506,-23.3506,-18.6549,-23.9992,-21.892,-17.6822,-41.6644,-40.0604,-41.0162,-41.0162,-36.3229,-41.6644,-18.2044,-41.0623 dDocent_Contig_9207 8 . A G 1148.7 . AB=0.480519;ABP=3.26411;AC=4;AF=1;AN=4;AO=37;CIGAR=1X4M1I2M;DP=77;DPB=73.4286;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1404;QR=698;RO=18;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=42.0968;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:39:12,13,14:12:465:13,14:492,525:-41.5098,-4.78793,-39.0798,-2.12408,0,-36.1135 1|1:38:6,8,23:6:233:8,23:308,879:-76.4555,-52.9715,-69.7099,-6.14113,0,-18.364 dDocent_Contig_9208 40 . G A 366.221 . AB=0.178571;ABP=103.518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1M1X7M;DP=112;DPB=108.111;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.860465;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=792;QR=3344;RO=86;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=189.757;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:39,0,9:39:1500:0,9:0,360:-18.3128,-30.0529,-153.18,0,-123.524,-120.814 0|1:64:47,5,11:47:1844:5,11:201,432:-21.4062,-18.9812,-169.141,0,-135.118,-148.372 dDocent_Contig_9209 13 . A G 128.515 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=1344;RO=34;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=76.8404;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:325:5:197:-14.1914,0,-25.706 0/1:29:26,3:26:1019:3:106:-1.15564,0,-83.2752 dDocent_Contig_9210 13 . T C 7332.83 . AB=0.664835;ABP=88.9147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=242;CIGAR=1X;DP=364;DPB=364;DPRA=0;EPP=528.507;EPPR=234.326;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987603;PAIREDR=0.909836;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9400;QR=4715;RO=122;RPL=0;RPP=528.507;RPPR=267.93;RPR=242;RUN=1;SAF=242;SAP=528.507;SAR=0;SRF=118;SRP=234.326;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:192:59,133:59:2269:133:5166:-407.079,0,-146.612 0/1:172:63,109:63:2446:109:4234:-329.301,0,-168.543 dDocent_Contig_9211 35 . G A 3429.91 . AB=0.724832;ABP=68.4314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981481;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4340;QR=1605;RO=41;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=92.0407;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:12,53:12:459:53:2131:-172.398,0,-22.0778 0/1:84:29,55:29:1146:55:2209:-173.69,0,-78.1333 dDocent_Contig_9212 107 . N G 228.567 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:140:-12.9449,-1.20412,0 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.60997,-0.90309,0 dDocent_Contig_9213 25 . G A 5936.93 . AB=0.590164;ABP=7.31765;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=185;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=404.733;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7142;QR=1288;RO=33;RPL=0;RPP=404.733;RPPR=74.6689;RPR=185;RUN=1;SAF=185;SAP=404.733;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:157:8,149:8:323:149:5722:-485.393,-17.8231,0 0/1:61:25,36:25:965:36:1420:-109.698,0,-68.781 dDocent_Contig_9214 141 . C T 1563.26 . AB=0.62069;ABP=14.0174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.87037;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2056;QR=1308;RO=33;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=74.6689;RPR=54;RUN=1;SAF=0;SAP=120.27;SAR=54;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:15,28:15:607:28:1055:-82.2832,0,-42.0234 0/1:44:18,26:18:701:26:1001:-77.1399,0,-50.1627 dDocent_Contig_9215 30 . C T 115.978 . AB=0.0882353;ABP=1104.59;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=116;CIGAR=1X;DP=1529;DPB=1529;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=3071.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.663793;PAIREDR=0.779193;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4634;QR=56565;RO=1413;RPL=0;RPP=254.901;RPPR=3071.3;RPR=116;RUN=1;SAF=116;SAP=254.901;SAR=0;SRF=1413;SRP=3071.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:748:682,66:682:27203:66:2645:-12.9958,0,-2220.65 0/0:781:731,50:731:29362:50:1989:0,-55.9094,-2460.65 dDocent_Contig_9216 29 . T C 58.7939 . AB=0.12766;ABP=59.6072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2876;RO=72;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=159.356;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:41,6:41:1627:6:234:-7.27731,0,-132.516 0/0:33:31,2:31:1249:2:80:0,-2.34241,-105.088 dDocent_Contig_9218 10 . A G 540.942 . AB=0.201493;ABP=106.722;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.990654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1076;QR=4265;RO=107;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=235.358;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:40,15:40:1598:15:600:-37.7819,0,-127.499 0/1:79:67,12:67:2667:12:476:-19.4092,0,-216.374 dDocent_Contig_9220 66 . T G 414.52 . 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AB=0.0940439;ABP=459.639;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=319;DPB=319;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=630.566;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1218;QR=11551;RO=289;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=630.566;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=289;SRP=630.566;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:137,15:137:5472:15:612:-9.66,0,-446.546 0/1:167:152,15:152:6079:15:606:-4.60461,0,-496.603 dDocent_Contig_9222 212 . G C 44.8175 . 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G T 151.049 . AB=0.25;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=1378;RO=35;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=79.0118;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:840:7:273:-16.5012,0,-67.4849 0/0:15:14,1:14:538:1:41:0,-0.420883,-44.6612 dDocent_Contig_9233 10 . A G 734.306 . AB=0.380282;ABP=11.8491;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1077;QR=1756;RO=44;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=98.5551;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:19,2:19:748:2:79:-1.176,0,-61.3195 0/1:50:25,25:25:1008:25:998:-75.0689,0,-75.9641 dDocent_Contig_9234 85 . A C 155.528 . AB=0.164557;ABP=80.2213;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.153846;PAIREDR=0.621212;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=456;QR=2343;RO=66;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:39,10:39:1381:10:348:-16.9052,0,-109.839 0/1:30:27,3:27:962:3:108:-1.04427,0,-77.8661 dDocent_Contig_9235 14 . G A 227.586 . 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AB=0.216667;ABP=44.8473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.425532;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=1648;RO=47;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:14,2:14:475:2:72:-2.02024,0,-38.255 0/1:44:33,11:33:1173:11:391:-22.2844,0,-92.6325 dDocent_Contig_9239 21 . G A 5514.37 . AB=0.44213;ABP=15.5767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=191;CIGAR=1X;DP=432;DPB=432;DPRA=0;EPP=417.762;EPPR=524.164;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7606;QR=9462;RO=240;RPL=0;RPP=417.762;RPPR=524.164;RPR=191;RUN=1;SAF=191;SAP=417.762;SAR=0;SRF=240;SRP=524.164;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:222:138,83:138:5445:83:3313:-231.428,0,-423.11 0/1:210:102,108:102:4017:108:4293:-323.106,0,-298.299 dDocent_Contig_9240 41 . T C 4587.96 . AB=0.807229;ABP=139.107;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=134;CIGAR=1X1M;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.977612;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5347;QR=628;RO=16;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=37.7539;RPR=134;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:68:10,1,56:10:391:1,56:41,2225:-180.158,-179.784,-211.627,0,-28.7516,-15.2795 1|1:98:6,14,78:6:237:14,78:557,3122:-281.735,-237.683,-252.969,-26.3602,0,-22.38 dDocent_Contig_9241 111 . A C 401.117 . 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AB=0.211538;ABP=40.5935;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=1.06122;EPP=26.8965;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.655556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=3467;RO=90;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=198.443;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:41,11:41:1558:11:442:-24.4826,0,-124.795 0/0:49:49,0:49:1909:0:0:0,-14.7505,-172.025 dDocent_Contig_9243 187 . G A 214.425 . AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.760563;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=2843;RO=71;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:34,10:34:1340:10:397:-22.8404,0,-107.603 0/0:39:37,2:37:1503:2:82:0,-3.96049,-127.727 dDocent_Contig_9244 63 . T C 13551.2 . 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AB=0.105405;ABP=503.411;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=2X;DP=679;DPB=679;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2432;QR=1701;RO=45;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=100.727;RPR=66;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:370:30,39,301:30:1124:39,301:1453,11179:-932.607,-822.699,-903.013,-26.8824,0,-28.3274 0|0:309:15,27,267:15:577:27,267:979,9944:-842.416,-767.006,-806.251,-32.9946,-0.463028,0 dDocent_Contig_9246 98 . N T 193.311 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26836,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 dDocent_Contig_9247 32 . A T 383.245 . AB=0.15942;ABP=72.5289;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1D14M;DP=69;DPB=69.7059;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=934;RO=25;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=57.2971;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:13,8,0,3,3,2,0,0:13:479:8,0,3,3,2,0,0:310,0,114,111,71,0,0:-21.5849,0,-36.793,-25.4983,-39.2013,-64.6763,-16.141,-29.846,-55.324,-54.4209,-16.4132,-30.1177,-55.5953,-46.2424,-54.6922,-19.7112,-33.4147,-58.891,-49.5384,-49.8099,-58.289,-25.4983,-39.2013,-64.6763,-55.324,-55.5953,-58.891,-64.6763,-25.4983,-39.2013,-64.6763,-55.324,-55.5953,-58.891,-64.6763,-64.6763 0|0:36:12,3,3,7,1,0,2,7:12:455:3,3,7,1,0,2,7:119,118,284,41,0,27,271:-19.822,-13.6351,-50.0402,-13.725,-41.2347,-50.1299,0,-27.5133,-27.6031,-35.2053,-20.0487,-47.5581,-47.6478,-33.927,-57.0551,-23.4343,-50.9433,-51.033,-37.3125,-57.3562,-60.7412,-21.6282,-49.1308,-49.2205,-35.5019,-55.5428,-58.9275,-58.3254,-1.16798,-28.6787,-28.7684,-15.0456,-35.092,-38.4774,-36.6671,-36.3702 dDocent_Contig_9248 67 . T C 80.0229 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.342105;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=1663;RO=47;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:321:4:144:-9.40023,0,-25.32 0/0:38:38,0:38:1342:0:0:0,-11.4391,-121.079 dDocent_Contig_9249 17 . G A 1092.38 . AB=0.637931;ABP=12.5947;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918919;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1435;QR=842;RO=21;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=48.6112;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:7,24:7:285:24:925:-74.2167,0,-16.6925 0/1:27:14,13:14:557:13:510:-38.1186,0,-42.3428 dDocent_Contig_9250 36 . T C 373.274 . AB=0.257576;ABP=36.701;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=662;QR=1959;RO=49;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=109.412;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:30,10:30:1201:10:391:-23.5006,0,-96.3271 0/1:26:19,7:19:758:7:271:-16.9238,0,-60.7166 dDocent_Contig_9251 39 . G A 528.151 . AB=0.183544;ABP=140.445;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=332;DPB=332;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=650.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969799;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1334;QR=11898;RO=298;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=650.109;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=298;SRP=650.109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:174:169,5:169:6754:5:203:0,-33.7262,-588.894 0/1:158:129,29:129:5144:29:1131:-54.5141,0,-415.254 dDocent_Contig_9252 54 . A G 264.189 . AB=0.173077;ABP=99.5573;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.651163;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=3293;RO=86;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:43,6:43:1669:6:241:-7.31583,0,-135.703 0/1:55:43,12:43:1624:12:427:-22.2,0,-129.858 dDocent_Contig_9253 7 . C A 380.935 . AB=0.194444;ABP=90.593;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.643678;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=3329;RO=87;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=191.928;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:38,14:38:1454:14:540:-33.2917,0,-115.482 0/1:56:49,7:49:1875:7:271:-7.89876,0,-152.138 dDocent_Contig_9254 49 . T C 162.411 . AB=0.105263;ABP=285.873;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=438;DPB=438;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=865.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997555;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1171;QR=16172;RO=409;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=865.276;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=409;SRP=891.143;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:229:222,7:222:8786:7:276:0,-43.7291,-765.045 0/1:209:187,22:187:7386:22:895:-17.9401,0,-601.479 dDocent_Contig_9255 9 . C A 956.545 . AB=0.522388;ABP=3.30199;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.828571;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1314;QR=1218;RO=32;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=72.4974;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:20,19:20:755:19:700:-51.5813,0,-56.536 0/1:28:12,16:12:463:16:614:-47.1701,0,-33.5921 dDocent_Contig_9257 43 . A G 188.778 . 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AB=0.136986;ABP=86.5674;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=1.14062;EPP=24.725;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976378;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=380;QR=4870;RO=127;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=278.787;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:63,10:63:2418:10:380:-12.579,0,-195.854 0/0:64:64,0:64:2452:0:0:0,-19.2659,-220.887 dDocent_Contig_9259 98 . N A 86.7892 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=93;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:93:-8.67784,-0.90309,0 dDocent_Contig_9260 7 . C A 1866.1 . 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AB=0.166667;ABP=182.519;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X2M1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935484;PAIREDR=0.987097;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1223;QR=6100;RO=155;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=339.589;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:76:63,13:63:2494:13:517:-23.9994,0,-201.737 0|1:110:92,18:92:3606:18:706:-30.7526,0,-291.483 dDocent_Contig_9263 12 . T C 62.0627 . AB=0.100719;ABP=195.49;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=4903;RO=125;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=274.444;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:44,5:44:1706:5:192:-2.89697,0,-139.027 0/1:90:81,9:81:3197:9:368:-6.39265,0,-260.723 dDocent_Contig_9264 25 . G A 5282.23 . 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AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.55556;EPP=11.6962;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=742;RO=19;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=44.2683;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:358:0:0:0,-2.70927,-32.5807 0/1:14:10,4:10:384:4:156:-10.2023,0,-30.6914 dDocent_Contig_9268 29 . G T 43.5461 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.30435;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.55102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1897;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1011:4:160:-5.75253,0,-82.2558 0/0:23:23,0:23:886:0:0:0,-6.92369,-80.0433 dDocent_Contig_9269 119 . T G 295.091 . AB=0.571429;ABP=3.94093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=1.5;EPP=29.068;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=410;QR=779;RO=23;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=52.9542;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:9,12:9:307:12:410:-30.9071,0,-21.6397 0/0:14:14,0:14:472:0:0:0,-4.21442,-42.8033 dDocent_Contig_9270 10 . A C 77.9675 . AB=0.129032;ABP=77.1206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=50.0926;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.648148;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=2176;RO=54;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=120.27;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1484:5:200:-5.67231,0,-102.878 0/1:20:17,3:17:692:3:121:-5.22127,0,-56.5878 dDocent_Contig_9272 17 . A C 95.3805 . AB=0.0983607;ABP=259.422;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=1.45238;EPP=42.0968;EPPR=634.909;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=11575;RO=291;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=634.909;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=291;SRP=634.909;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:165,18:165:6550:18:730:-10.936,0,-534.138 0/0:126:126,0:126:5025:0:0:0,-37.9298,-452.124 dDocent_Contig_9273 27 . A C 154.602 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.7;EPP=16.0391;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=838;RO=21;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=48.6112;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:433:6:240:-16.8581,0,-34.2061 0/0:10:10,0:10:405:0:0:0,-3.0103,-36.8104 dDocent_Contig_9274 84 . A G 613.88 . AB=0.340659;ABP=23.0785;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9355;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1014;QR=2092;RO=60;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:15,24:15:520:24:790:-59.664,0,-35.3855 0/1:52:45,7:45:1572:7:224:-4.82079,0,-126.117 dDocent_Contig_9275 18 . C A 82.1903 . AB=0.134615;ABP=63.3104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=5557;RO=140;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=307.016;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:99:95,4:95:3767:4:128:0,-17.9727,-327.206 0/1:52:45,7:45:1790:7:280:-9.918,0,-145.662 dDocent_Contig_9276 168 . A G 31.5139 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=1.66667;EPP=7.35324;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=550;RO=14;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:320:2:81:-4.54895,0,-26.1542 0/0:6:6,0:6:230:0:0:0,-1.80618,-21.0614 dDocent_Contig_9277 20 . G T 170.667 . AB=0.1875;ABP=43.7254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.834951;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=569;QR=4138;RO=103;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=226.672;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:64,5:64:2565:5:204:0,-2.02704,-212.241 0/1:48:39,9:39:1573:9:365:-18.7656,0,-127.355 dDocent_Contig_9278 65 . C A 46050.7 . AB=0.897172;ABP=1069;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1375;CIGAR=1X;DP=1471;DPB=1471;DPRA=0;EPP=2988.78;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54484;QR=3796;RO=95;RPL=1375;RPP=2988.78;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=1375;SAP=2988.78;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:778:79,698:79:3154:698:27608:-2248.05,0,-49.6143 1/1:693:16,677:16:642:677:26876:-2358.42,-150.501,0 dDocent_Contig_9279 83 . G A 4378.27 . AB=0.194696;ABP=1254.68;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=301;CIGAR=1X;DP=1546;DPB=1546;DPRA=0;EPP=656.623;EPPR=2697.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10057;QR=41414;RO=1241;RPL=301;RPP=656.623;RPPR=2697.81;RPR=0;RUN=1;SAF=301;SAP=656.623;SAR=0;SRF=1241;SRP=2697.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:795:612,181:612:20358:181:6076:-307.98,0,-1592.95 0/1:751:629,120:629:21056:120:3981:-132.944,0,-1669.2 dDocent_Contig_9280 22 . T C 39.9202 . AB=0.109091;ABP=76.0113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=1.44737;EPP=16.0391;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=3496;RO=87;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=191.928;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1511:0:0:0,-11.4391,-136.227 0/1:55:49,6:49:1985:6:243:-5.69095,0,-162.278 dDocent_Contig_9281 174 . G T 256.549 . AB=0.184211;ABP=68.8402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=1.46154;EPP=33.4109;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=4459;RO=114;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=250.558;SRR=114;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:62,14:62:2439:14:551:-27.0529,0,-196.785 0/0:52:52,0:52:2020:0:0:0,-15.6536,-182.003 dDocent_Contig_9282 105 . N T 45.5883 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=4X9I7M;DP=2;DPB=3.63636;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:51:-4.55665,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9284 210 . G T 92.2368 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1X2M4I1M2X1M2X1M1X3M;DP=62;DPB=63.4667;DPRA=1.21429;EPP=16.0391;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0.5;PQA=0;PQR=0;PRO=0.5;QA=231;QR=1971;RO=53;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:25,0:25:919:0:0:0,-7.52575,-82.6724 0|1:34:28,6:28:1052:6:231:-10.9227,0,-84.7557 dDocent_Contig_9285 11 . T A 2386.87 . AB=0.435233;ABP=10.0423;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3327;QR=4408;RO=109;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=239.701;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:45,53:45:1831:53:2103:-159.952,0,-135.486 0/1:95:64,31:64:2577:31:1224:-81.8325,0,-203.457 dDocent_Contig_9287 61 . T A 714.248 . AB=0.1;ABP=58.6;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1802;RO=46;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:27,0,10:27:1053:0,10:0,402:-25.4015,-33.5293,-120.067,0,-86.9362,-83.9259 0|0:40:19,4,17:19:749:4,17:161,667:-49.1202,-41.5685,-101.984,0,-48.3413,-56.4945 dDocent_Contig_9289 7 . C G 103.377 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1I6M;DP=25;DPB=26;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=34;PRO=1;QA=67;QR=702;RO=18;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=42.0968;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:10,0,4:10:384:0,4:0,160:-10.569,-13.5793,-45.0862,0,-31.9019,-30.6978 0|1:11:8,2,0:8:318:2,0:67,0:-2.85054,0,-25.7226,-5.25878,-26.3247,-31.5252 dDocent_Contig_9290 12 . T A 1456.75 . AB=0.135741;ABP=928.455;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=803;DPB=803;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=1510.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4335;QR=27890;RO=694;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=1510.01;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=694;SRP=1510.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:518:453,65:453:18179:65:2568:-75.322,0,-1478.63 0/1:285:241,44:241:9711:44:1767:-73.4501,0,-787.545 dDocent_Contig_9291 72 . T A 370.966 . AB=0.285714;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0.887324;EPP=42.0968;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.965217;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=4391;RO=115;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:71,0:71:2688:0:0:0,-21.3731,-242.088 0/1:63:44,18:44:1703:18:636:-38.7956,0,-134.761 dDocent_Contig_9292 98 . N C 51551.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1845;CIGAR=2X;DP=1849;DPB=1849;DPRA=0;EPP=4009.38;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57289;QR=0;RO=0;RPL=1845;RPP=4009.38;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1845;SAP=4009.38;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:928:0,925:0:0:925:28560:-2569.82,-278.453,0 1|1:921:0,920:0:0:920:28729:-2585.01,-276.948,0 dDocent_Contig_9293 22 . G T 30.7081 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=1.57143;EPP=7.35324;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=646;RO=16;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=37.7539;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:362:2:82:-4.46835,0,-29.6323 0/0:7:7,0:7:284:0:0:0,-2.10721,-25.9334 dDocent_Contig_9294 107 . N C 54.0108 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:20:-1.89999,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:34:-3.19397,-0.30103,0 dDocent_Contig_9295 20 . G A 36687 . AB=0.845638;ABP=776.069;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1136;CIGAR=1X;DP=1267;DPB=1267;DPRA=0;EPP=2461.12;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997359;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43956;QR=5084;RO=130;RPL=0;RPP=2469.8;RPPR=285.302;RPR=1136;RUN=1;SAF=1135;SAP=2461.12;SAR=1;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:745:114,630:114:4438:630:24387:-1968.72,0,-175.026 1/1:522:16,506:16:646:506:19569:-1701.38,-98.6634,0 dDocent_Contig_9296 98 . N A 4364.28 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=143;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979021;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4840;QR=0;RO=0;RPL=143;RPP=313.531;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:65:0,65:0:0:65:2210:-199.171,-19.567,0 1/1:78:0,78:0:0:78:2630:-236.956,-23.4803,0 dDocent_Contig_9297 59 . C T 184.821 . AB=0.411765;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=2.125;EPP=18.2106;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=722;RO=18;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:318:0:0:0,-2.40824,-28.9861 0/1:17:10,7:10:404:7:277:-20.181,0,-31.6014 dDocent_Contig_9299 36 . C G 79.4092 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=1.38462;EPP=11.6962;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1060;RO=27;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=61.6401;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:491:0:0:0,-3.91339,-44.5212 0/1:18:14,4:14:569:4:163:-9.63989,0,-46.1323 dDocent_Contig_9300 13 . A C 61.2225 . AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.621053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=3782;RO=95;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=209.3;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:46,7:46:1823:7:257:-7.52019,0,-148.328 0/0:50:49,1:49:1959:1:40:0,-11.0558,-172.51 dDocent_Contig_9302 107 . N G 61.7561 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X1I2M;DP=2;DPB=2.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17345,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9303 98 . N A 60.8072 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07855,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9305 123 . A G 1220.35 . AB=0.348837;ABP=37.1479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1959;QR=3693;RO=112;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=246.215;RPR=60;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=246.215;SRR=112;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:82,37:82:2706:37:1220:-74.2736,0,-207.969 0/1:53:30,23:30:987:23:739:-50.8584,0,-73.1773 dDocent_Contig_9306 107 . N T 94.2481 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42373,-0.90309,0 dDocent_Contig_9307 46 . C T 642.879 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=888;QR=883;RO=22;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=50.7827;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:14,16:14:569:16:642:-49.0791,0,-42.5216 0/1:14:8,6:8:314:6:246:-18.3057,0,-24.407 dDocent_Contig_9308 20 . G A 6586.52 . AB=0.784861;ABP=179.92;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=197;CIGAR=1X7M;DP=251;DPB=277;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7832;QR=989;RO=26;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=59.4686;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:142:12,19,110:12:444:19,110:743,4356:-379.658,-322.183,-352.776,-24.7915,0,-27.9855 0|1:109:14,7,87:14:545:7,87:266,3476:-282.091,-264.494,-307.174,0,-22.9873,-18.6092 dDocent_Contig_9310 26 . T A 6321.55 . AB=0.276527;ABP=137.914;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X3M1X;DP=311;DPB=311;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3389;QR=1942;RO=52;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=115.927;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:180:25,54,91:25:923:54,91:2114,3617:-388.596,-222.309,-281.537,-98.3446,0,-146.435 1|0:131:27,32,72:27:1019:32,72:1275,2836:-246.656,-149.788,-223.664,-21.5011,0,-83.3311 dDocent_Contig_9312 11 . T C 5034.45 . AB=0.763285;ABP=127.644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993671;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6319;QR=1958;RO=49;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=109.412;RPR=158;RUN=1;SAF=158;SAP=346.103;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:32,79:32:1280:79:3154:-250.524,0,-82.0482 0/1:96:17,79:17:678:79:3165:-256.018,0,-32.4481 dDocent_Contig_9313 1 . N G 149.675 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:162:-14.967,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9314 47 . T G 746.32 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=10M1X3M;DP=50;DPB=49.7857;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=998;QR=574;RO=15;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=35.5824;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:5,2,3,10:5:190:2,3,10:74,119,405:-31.9025,-27.3585,-42.3327,-23.6118,-33.1386,-38.2857,0,-9.5294,-5.77842,-12.5694 0|1:29:10,4,0,15:10:384:4,0,15:138,0,593:-45.8264,-37.6431,-67.9543,-48.8367,-69.1585,-80.3563,0,-20.3546,-31.5477,-27.0322 dDocent_Contig_9315 65 . T C 56.0741 . AB=0.0936709;ABP=569.468;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=780.397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1410;QR=12863;RO=358;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=780.397;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=358;SRP=780.397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:226:206,20:206:7403:20:775:-2.02859,0,-598.178 0/1:169:152,17:152:5460:17:635:-6.58439,0,-440.564 dDocent_Contig_9316 28 . C A 308.906 . AB=0.100352;ABP=790.995;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=1349;DPB=1349;DPRA=0.727273;EPP=126.784;EPPR=2806.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999225;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2260;QR=51487;RO=1291;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=2806.38;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=1291;SRP=2806.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:781:780,0:780:31061:0:0:0,-234.803,-2792.31 0/1:568:511,57:511:20426:57:2260:-32.5896,0,-1665.64 dDocent_Contig_9317 186 . C G 4435.1 . AB=0.379391;ABP=56.9615;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=162;CIGAR=1X;DP=427;DPB=427;DPRA=0;EPP=354.789;EPPR=578.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6389;QR=10325;RO=265;RPL=162;RPP=354.789;RPPR=578.45;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=354.789;SAR=162;SRF=0;SRP=578.45;SRR=265;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:141,95:141:5495:95:3748:-266.29,0,-423.337 0/1:191:124,67:124:4830:67:2641:-180.316,0,-377.107 dDocent_Contig_9318 11 . T G 6282.99 . AB=0.760618;ABP=155.81;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=259;DPB=259;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7882;QR=2463;RO=62;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=137.642;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:19,69:19:753:69:2765:-222.471,0,-41.6008 0/1:171:43,128:43:1710:128:5117:-408.925,0,-102.649 dDocent_Contig_9319 82 . T A 341.712 . AB=0.333333;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=4.5;EPP=35.5824;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=1479;RO=40;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:30,15:30:1101:15:542:-35.5691,0,-85.8551 0/0:10:10,0:10:378:0:0:0,-3.0103,-34.3721 dDocent_Contig_9320 18 . T A 101.706 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.9474;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=746;QR=7319;RO=183;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=400.39;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:95,12:95:3799:12:483:-11.5685,0,-309.706 0/0:95:88,7:88:3520:7:263:0,-4.62753,-292.865 dDocent_Contig_9321 31 . A T 1992.25 . AB=0.451613;ABP=6.16244;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2762;QR=3298;RO=84;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=185.414;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:53,51:53:2067:51:2008:-149.193,0,-154.507 0/1:50:31,19:31:1231:19:754:-53.1288,0,-96.0116 dDocent_Contig_9322 145 . T C 567.087 . AB=0.1;ABP=58.6;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X3M;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.95082;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=2358;RO=61;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=135.47;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:24,4,0,12:24:921:4,0,12:161,0,475:-31.8593,-25.8131,-100.191,-39.0841,-101.395,-114.665,0,-62.3016,-75.5736,-71.9612 0|0:53:37,0,4,12:37:1437:0,4,12:0,162,475:-27.9463,-39.0844,-157.145,-25.7238,-143.785,-142.581,0,-118.052,-104.692,-114.44 dDocent_Contig_9323 122 . C T 85.9402 . 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G A 1109.01 . AB=0.767442;ABP=29.7245;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=8M1X;DP=60;DPB=60.4444;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1305;QR=831;RO=21;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:8,0,33:8:318:0,33:0,1305:-104.974,-107.383,-133.565,0,-26.1803,-16.2463 0|0:17:13,4,0:13:513:4,0:153,0:-9.02369,0,-41.401,-12.9371,-42.6051,-55.1571 dDocent_Contig_9340 59 . T G 745.352 . AB=0.28972;ABP=44.1059;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1213;QR=2987;RO=76;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:51,24:51:1998:24:927:-61.1503,0,-157.443 0/1:32:25,7:25:989:7:286:-16.4819,0,-79.6691 dDocent_Contig_9341 169 . A T 986.614 . AB=0.26087;ABP=82.9771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97619;PAIREDR=0.991525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1662;QR=4698;RO=118;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=0;SRP=259.244;SRR=118;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:69,19:69:2744:19:742:-40.3282,0,-220.304 0/1:72:49,23:49:1954:23:920:-61.4301,0,-154.378 dDocent_Contig_9343 117 . C T 38.8283 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=1202;RO=36;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:419:3:105:-5.28071,0,-33.529 0/0:25:24,1:24:783:1:35:0,-4.02712,-67.2726 dDocent_Contig_9344 98 . N G 756.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=26;CIGAR=2X;DP=26;DPB=29;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.9338;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:26:0,26:0:0:26:837:-75.632,-7.82678,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9345 12 . T A 12001.2 . AB=0.740143;ABP=282.515;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=413;CIGAR=2M4X2M1X;DP=558;DPB=558;DPRA=0;EPP=899.828;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=45.4891;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.564165;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16008;QR=1687;RO=43;RPL=0;RPP=899.828;RPPR=96.3836;RPR=413;RUN=1;SAF=413;SAP=899.828;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:334:23,57,240:23:893:57,240:2162,9319:-744.389,-574.085,-630.305,-103.847,0,-104.977 0|1:224:20,14,173:20:794:14,173:540,6689:-458.825,-420.497,-481.654,0,-21.0263,-13.2922 dDocent_Contig_9346 36 . A C 144.819 . AB=0.205882;ABP=28.557;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.681818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=2629;RO=66;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=146.327;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:27,7:27:1083:7:286:-15.8798,0,-87.5214 0/0:41:39,2:39:1546:2:82:0,-4.56255,-131.599 dDocent_Contig_9347 98 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_9348 12 . T C 236.613 . AB=0.17284;ABP=78.3148;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.955224;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=2589;RO=67;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=148.499;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:1157:9:359:-20.931,0,-92.6843 0/1:42:37,5:37:1432:5:201:-5.82726,0,-116.507 dDocent_Contig_9349 85 . C G 213.988 . AB=0.292683;ABP=18.3165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=983;RO=29;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:672:6:198:-10.3174,0,-52.9663 0/1:15:9,6:9:311:6:204:-14.1783,0,-23.8091 dDocent_Contig_9350 12 . G A 435.829 . AB=0.535714;ABP=3.32051;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.47368;EPP=35.5824;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=1242;RO=32;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=72.4974;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:724:0:0:0,-5.71957,-65.476 0/1:28:13,15:13:518:15:593:-45.2819,0,-38.5359 dDocent_Contig_9351 118 . A G 476.804 . AB=0.391304;ABP=7.73089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.607143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=710;QR=1082;RO=28;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:15,12:15:587:12:473:-34.7938,0,-45.0447 0/1:19:13,6:13:495:6:237:-15.9836,0,-39.1698 dDocent_Contig_9352 70 . G A 250.309 . AB=0.297297;ABP=16.2152;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=1868;RO=48;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:870:1:35:0,-3.42506,-75.1086 0/1:37:26,11:26:998:11:417:-26.7298,0,-78.9747 dDocent_Contig_9353 94 . T G 20785.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=710;CIGAR=1X;DP=745;DPB=745;DPRA=0;EPP=1544.76;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994366;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24173;QR=1074;RO=33;RPL=710;RPP=1544.76;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=710;SAP=1544.76;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:388:22,364:22:715:364:12393:-1050.68,-51.7139,0 1/1:357:11,346:11:359:346:11780:-1027.54,-74.8404,0 dDocent_Contig_9354 19 . C G 737.305 . AB=0.159664;ABP=242.456;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=2X2M;DP=238;DPB=238;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.6053;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1502;QR=6930;RO=177;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=387.361;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:164:136,0,23:136:5329:0,23:0,901:-33.0026,-73.9427,-512.128,0,-438.177,-431.253 0|1:74:41,18,15:41:1601:18,15:685,601:-43.8247,0,-126.175,-6.64382,-82.0767,-133.736 dDocent_Contig_9355 81 . C T 73.7863 . AB=0.120968;ABP=157.745;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=487.249;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=652;QR=7554;RO=223;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=487.249;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=223;SRP=487.249;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:118:114,4:114:3888:4:140:0,-22.5766,-337.192 0/1:124:109,15:109:3666:15:512:-9.0776,0,-292.833 dDocent_Contig_9356 39 . C A 195.586 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M8I1X1M;DP=40;DPB=94;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=51.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=177;QR=856;RO=22;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=50.7827;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:12,2,3,7:12:470:2,3,7:74,95,259:-17.5928,-15.1509,-53.2165,-13.5747,-46.184,-51.3312,0,-32.6342,-31.0539,-36.5778 0|1:16:10,3,0,2:10:386:3,0,2:103,0,74:-5.06052,0,-30.8078,-8.07082,-31.7109,-39.7909,-2.00771,-25.6592,-33.7374,-33.1354 dDocent_Contig_9357 11 . G A 738.079 . AB=0.129944;ABP=213.545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X3M;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=888;QR=4590;RO=117;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=257.073;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:77:59,10,5:59:2306:10,5:400,204:-15.1845,0,-186.551,-16.1123,-172.729,-204.175 0|1:100:58,24,18:58:2284:24,18:961,684:-61.7204,0,-180.677,-23.1153,-131.831,-205.583 dDocent_Contig_9358 136 . T A 54.0342 . AB=0.0666667;ABP=51.9408;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.653061;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=1944;RO=49;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:25,0,3:25:986:0,3:0,113:-2.10808,-9.63383,-90.7764,0,-81.5208,-80.6177 0|0:30:24,2,4:24:958:2,4:81,164:-6.3149,-6.8621,-85.1531,0,-72.2173,-77.6927 dDocent_Contig_9359 45 . C T 36.2599 . AB=0.102362;ABP=177.429;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=380.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=678;QR=6965;RO=174;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=380.846;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:114,13:114:4559:13:477:-5.02348,0,-372.006 0/0:65:60,5:60:2406:5:201:0,-1.09643,-198.213 dDocent_Contig_9360 17 . G A 405.494 . AB=0.143498;ABP=249.185;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=373;DPB=373;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=741.311;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1249;QR=13262;RO=340;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=741.311;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=340;SRP=741.311;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:223:191,32:191:7393:32:1209:-41.9473,0,-597.928 0/0:150:149,1:149:5869:1:40:0,-41.1588,-524.037 dDocent_Contig_9362 142 . A T 77.4065 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.82353;EPP=13.8677;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.813953;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=1703;RO=43;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=96.3836;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:1032:5:201:-9.13859,0,-83.8394 0/0:17:17,0:17:671:0:0:0,-5.11751,-60.7094 dDocent_Contig_9363 98 . N A 885.835 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=974;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:29:0,29:0:0:29:942:-85.0809,-8.72987,0 dDocent_Contig_9366 7 . C T 50.315 . AB=0.151515;ABP=37.8197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.733333;EPP=13.8677;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=59.9178;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.986301;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=2829;RO=73;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=161.528;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:45,0:45:1746:0:0:0,-13.5463,-157.394 0/1:33:28,5:28:1083:5:193:-6.73046,0,-87.8349 dDocent_Contig_9369 43 . G A 178.056 . AB=0.0606061;ABP=58.3499;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=12M1X1M;DP=54;DPB=49.2857;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.555556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1407;RO=36;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=81.1833;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:10,7,0,2:10:389:7,0,2:253,0,61:-17.6722,0,-29.9194,-20.6825,-32.0267,-52.6735,-15.8067,-27.1528,-47.7957,-47.1936 0|0:33:26,4,2,0:26:1018:4,2,0:136,82,0:-3.22391,0,-82.5819,-4.24836,-77.0158,-87.4382,-11.0507,-83.786,-88.0402,-94.8105 dDocent_Contig_9370 64 . C G 90.2956 . AB=0.120805;ABP=189.101;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=344;DPB=344;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=689.196;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=956;QR=10860;RO=316;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=689.196;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=316;SRP=689.196;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:195:185,10:185:6346:10:342:0,-27.5897,-540.163 0/1:149:131,18:131:4514:18:614:-10.7285,0,-361.602 dDocent_Contig_9371 23 . G A 2168.72 . AB=0.545455;ABP=5.37918;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2878;QR=2335;RO=59;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=131.127;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:21,38:21:831:38:1527:-119.912,0,-57.3383 0/1:73:38,34:38:1504:34:1351:-100.056,0,-113.813 dDocent_Contig_9372 15 . G A 1041.83 . AB=0.197531;ABP=196.11;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X2M1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955128;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1876;QR=6110;RO=156;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=341.76;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:148:88,32,27:88:3457:32,27:1244,1026:-75.7388,0,-274.715,-18.0941,-200.211,-294.307 0|1:95:68,16,11:68:2653:16,11:632,427:-31.541,0,-213.256,-16.9294,-182.988,-231.685 dDocent_Contig_9373 61 . T A 49.6789 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0.916667;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=758;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:441:0:0:0,-3.61236,-40.0179 0/1:11:8,3:8:317:3:107:-6.66686,0,-25.5847 dDocent_Contig_9374 14 . G A 55137.1 . AB=0.407258;ABP=151.231;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=808;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=1984;DPB=1984;DPRA=0;EPP=1757.56;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31688;QR=4983;RO=129;RPL=0;RPP=1757.56;RPPR=283.13;RPR=808;RUN=1;SAF=808;SAP=1757.56;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:1073:89,317,661:89:3436:317,661:12431,25944:-2846.88,-1851.41,-2038.16,-740.098,0,-823.294 1|0:911:40,491,378:40:1547:491,378:19257,14895:-2669.92,-1098.33,-1077.58,-1456.58,0,-1469.85 dDocent_Contig_9377 16 . A G 292.651 . AB=0.382353;ABP=7.09778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49.6154;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=511;QR=825;RO=21;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=48.6112;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:13,10:13:505:10:399:-25.2717,0,-38.8693 0/1:11:8,3:8:320:3:112:-7.09038,0,-25.8561 dDocent_Contig_9378 83 . C T 338.744 . AB=0.230769;ABP=60.3038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.47619;PAIREDR=0.842857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=2344;RO=70;RPL=9;RPP=3.94093;RPPR=3.13438;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=3.94093;SAR=12;SRF=34;SRP=3.13438;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:41,13:41:1365:13:452:-24.7567,0,-106.884 0/1:37:29,8:29:979:8:256:-12.2146,0,-77.2784 dDocent_Contig_9379 46 . A G 869.189 . AB=0.251656;ABP=83.9012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=5.3355;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.657895;PAIREDR=0.522124;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1498;QR=4413;RO=113;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=248.387;RPR=38;RUN=1;SAF=19;SAP=3.0103;SAR=19;SRF=62;SRP=5.3355;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:52,11:52:2043:11:428:-19.9094,0,-165.114 0/1:88:61,27:61:2370:27:1070:-70.1065,0,-186.994 dDocent_Contig_9380 24 . T G 1125.7 . AB=0.464286;ABP=3.94093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1559;QR=1800;RO=45;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=100.727;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:1028:7:286:-16.1808,0,-82.8775 0/1:51:19,32:19:772:32:1273:-99.4864,0,-54.4468 dDocent_Contig_9381 43 . T C 95.1837 . AB=0.10687;ABP=178.866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=8363;RO=211;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=461.191;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:98:94,4:94:3734:4:160:0,-14.7175,-321.286 0/1:131:117,14:117:4629:14:559:-11.2173,0,-377.095 dDocent_Contig_9382 43 . T G 147.57 . AB=0.107692;ABP=350.58;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=461;DPB=461;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=934.572;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997669;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1087;QR=16638;RO=429;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=934.572;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=429;SRP=934.572;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:260:231,28:231:8974:28:1047:-16.155,0,-728.902 0|0:201:198,1:198:7664:1:40:0,-56.2173,-685.688 dDocent_Contig_9383 26 . A C 1005.91 . AB=0.103448;ABP=82.2316;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=3M1X8M1X1M;DP=106;DPB=99.1429;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=1777;RO=46;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=102.898;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:48:23,0,8,7,8:23:885:0,8,7,8:0,288,277,306:-18.1852,-25.1089,-97.7706,-1.62256,-74.2791,-71.8709,-2.30631,-74.9716,-51.4806,-72.8644,0,-72.6626,-49.1723,-49.8632,-70.2544 0|0:58:23,6,0,0,29:23:892:6,0,0,29:233,0,0,1125:-85.4964,-73.279,-144.754,-92.4201,-146.561,-165.702,-92.4201,-146.561,-165.702,-165.702,0,-54.1402,-73.2813,-73.2813,-64.5514 dDocent_Contig_9384 16 . G A 6807.25 . AB=0.255435;ABP=576.562;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=282;CIGAR=1X;DP=1104;DPB=1104;DPRA=0;EPP=615.366;EPPR=1787.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992701;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11295;QR=32702;RO=822;RPL=0;RPP=615.366;RPPR=1787.96;RPR=282;RUN=1;SAF=282;SAP=615.366;SAR=0;SRF=822;SRP=1787.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:618:479,139:479:19061:139:5568:-314.896,0,-1527.88 0/1:486:343,143:343:13641:143:5727:-368.926,0,-1080.38 dDocent_Contig_9387 48 . T A 562.587 . AB=0.158879;ABP=219.305;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=489;DPB=489;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=956.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1709;QR=17303;RO=443;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=956.306;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=443;SRP=964.973;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:275:265,9:265:10336:9:356:0,-50.456,-897.209 0/1:214:178,34:178:6967:34:1353:-57.9577,0,-562.694 dDocent_Contig_9388 28 . G A 820.371 . AB=0.298246;ABP=43.3159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970588;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1320;QR=3133;RO=80;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=176.728;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:825:16:618:-44.8104,0,-63.4237 0/1:77:59,18:59:2308:18:702:-40.3236,0,-184.705 dDocent_Contig_9389 98 . N A 185.848 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.2988,-1.20412,0 dDocent_Contig_9390 12 . T G 6557.04 . AB=0.15659;ABP=1697.25;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=259;CIGAR=1X5M;DP=1654;DPB=1654;DPRA=0;EPP=565.422;EPPR=2055.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.992278;PAIREDR=0.998942;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10174;QR=37188;RO=945;RPL=0;RPP=565.422;RPPR=2055.05;RPR=259;RUN=1;SAF=259;SAP=565.422;SAR=0;SRF=945;SRP=2055.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:914:550,138,53,3,167:550:21619:138,53,3,167:5345,2017,122,6598:-377.35,-103.855,-1840.5,-377.51,-1716.63,-2139.74,-532.853,-1871.98,-2145.63,-2310.14,0,-1339.13,-1612.78,-1768.13,-1727.92 0|1:740:395,124,70,57,92:395:15569:124,70,57,92:4868,2674,2269,3576:-281.451,0,-1243.53,-180.993,-1061.49,-1440.78,-213.536,-1094.04,-1275.03,-1477.24,-106.543,-987.044,-1168.03,-1200.58,-1359.71 dDocent_Contig_9391 14 . A C 430.382 . AB=0.483871;ABP=3.08035;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986486;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=801;QR=2977;RO=74;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=163.699;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:58,5:58:2336:5:204:0,-0.220857,-191.645 0/1:31:16,15:16:641:15:597:-44.7346,0,-48.6908 dDocent_Contig_9392 83 . T A 2123.07 . AB=0.190616;ABP=570.026;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=682;DPB=682;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=1201.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4669;QR=20005;RO=552;RPL=130;RPP=285.302;RPPR=1201.66;RPR=0;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=552;SRP=1201.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:381:326,55:326:11806:55:1977:-63.5019,0,-947.629 0/1:301:226,75:226:8199:75:2692:-151.902,0,-647.261 dDocent_Contig_9394 68 . T G 82.5231 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=2461;RO=62;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:24,5:24:958:5:200:-9.65025,0,-77.7919 0|0:41:38,1:38:1503:1:40:0,-8.14571,-131.514 dDocent_Contig_9395 49 . G A 372.085 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=1.75;EPP=33.4109;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=1171;RO=30;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=68.1545;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:14,14:14:557:14:519:-38.6064,0,-42.0432 0/0:16:16,0:16:614:0:0:0,-4.81648,-55.5948 dDocent_Contig_9397 12 . C A 237.313 . AB=0.277778;ABP=18.4519;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=1055;RO=26;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=59.4686;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:17,2:17:687:2:82:-2.06011,0,-56.44 0/1:17:9,8:9:368:8:327:-24.6826,0,-28.3678 dDocent_Contig_9398 53 . A G 32.7773 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=1;EPP=7.35324;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=649;RO=16;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:365:0:0:0,-2.70927,-33.2149 0/1:9:7,2:7:284:2:81:-4.97646,0,-23.2241 dDocent_Contig_9399 48 . G A 5465.5 . AB=0.506739;ABP=3.15663;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=371;DPB=371;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989362;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7347;QR=7072;RO=183;RPL=0;RPP=411.247;RPPR=400.39;RPR=188;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:130:56,74:56:2129:74:2914:-223.247,0,-152.66 0/1:241:127,114:127:4943:114:4433:-326.4,0,-372.235 dDocent_Contig_9400 86 . C T 80.6551 . AB=0.11465;ABP=205.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=239;DPB=239;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=478.563;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=702;QR=7711;RO=219;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=478.563;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=219;SRP=478.563;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:82:80,2:80:2790:2:72:0,-17.8477,-244.505 0/1:157:139,18:139:4921:18:630:-9.76448,0,-395.787 dDocent_Contig_9401 10 . T C 1346.57 . 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C A 6366.56 . AB=0.61791;ABP=43.4645;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=207;CIGAR=1X;DP=335;DPB=335;DPRA=0;EPP=452.505;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8227;QR=5078;RO=127;RPL=0;RPP=452.505;RPPR=278.787;RPR=207;RUN=1;SAF=207;SAP=452.505;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:68,42:68:2703:42:1693:-119.479,0,-210.275 0/1:225:59,165:59:2375:165:6534:-520.275,0,-146.37 dDocent_Contig_9404 22 . T C 1640.01 . AB=0.219101;ABP=246.996;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=116;CIGAR=1X;DP=859;DPB=859;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=1616.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995962;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4539;QR=29494;RO=743;RPL=0;RPP=254.901;RPPR=1616.41;RPR=116;RUN=1;SAF=116;SAP=254.901;SAR=0;SRF=743;SRP=1616.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:503:465,38:465:18460:38:1508:0,-15.4485,-1523.94 0/1:356:278,78:278:11034:78:3031:-165.7,0,-885.159 dDocent_Contig_9405 13 . T A 541.433 . AB=0.282051;ABP=35.1926;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=889;QR=2264;RO=56;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=124.613;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:855:16:644:-47.1529,0,-66.1216 0/1:41:35,6:35:1409:6:245:-10.0872,0,-114.72 dDocent_Contig_9406 19 . A G 69.8185 . AB=0.153846;ABP=43.6001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=304;QR=3792;RO=96;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=211.472;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:63,2:63:2481:2:81:0,-11.8812,-215.744 0/1:39:33,6:33:1311:6:223:-8.68082,0,-106.514 dDocent_Contig_9407 60 . G C 55.8836 . AB=0.12;ABP=65.7224;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989583;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=3751;RO=96;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:52,3:52:2068:3:120:0,-5.36875,-175.128 0/1:50:44,6:44:1683:6:244:-7.28733,0,-136.649 dDocent_Contig_9408 107 . N A 13522.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=447;CIGAR=1X;DP=448;DPB=448;DPRA=0;EPP=973.658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15020;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=973.658;RPPR=0;RPR=447;RUN=1;SAF=0;SAP=973.658;SAR=447;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:186:0,185:0:0:185:6121:-550.965,-55.6906,0 1/1:262:0,262:0:0:262:8899:-800.97,-78.8699,0 dDocent_Contig_9409 27 . T C 369.527 . AB=0.218391;ABP=62.9379;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1004;QR=7690;RO=193;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=422.104;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:132:125,7:125:4980:7:287:0,-13.5307,-421.877 0/1:87:68,19:68:2710:19:717:-38.6517,0,-217.823 dDocent_Contig_9410 50 . T A 2875.48 . AB=0.345912;ABP=68.5915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4289;QR=8253;RO=208;RPL=110;RPP=241.872;RPPR=454.677;RPR=0;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=208;SRP=454.677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:111,56:111:4396:56:2180:-146.106,0,-345.328 0/1:151:97,54:97:3857:54:2109:-144.54,0,-301.681 dDocent_Contig_9413 9 . A T 561.651 . AB=0.1325;ABP=472.244;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=840;DPB=840;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=1642.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.6353;MQMR=59.1589;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.654305;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3248;QR=28518;RO=755;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=1642.47;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=755;SRP=1642.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:440:408,32:408:15395:32:1216:0,-28.7588,-1279.42 0/1:400:347,53:347:13123:53:2032:-57.8641,0,-1058.78 dDocent_Contig_9414 7 . C A 2112.34 . AB=0.739583;ABP=50.8732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=132.228;EPPR=48.9587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.2817;MQMR=56.16;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.690141;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2700;QR=942;RO=25;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=57.2971;RPR=71;RUN=1;SAF=68;SAP=132.228;SAR=3;SRF=24;SRP=48.9587;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:14,39:14:520:39:1476:-116.968,0,-29.1818 0/1:43:11,32:11:422:32:1224:-97.3635,0,-25.3346 dDocent_Contig_9415 137 . G C 30501.4 . AB=0.816415;ABP=405.643;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=945;CIGAR=2X;DP=1117;DPB=1117;DPRA=0;EPP=2055.05;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36987;QR=3339;RO=86;RPL=0;RPP=2055.05;RPPR=189.757;RPR=945;RUN=1;SAF=0;SAP=2055.05;SAR=945;SRF=0;SRP=189.757;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:654:46,567,39:46:1811:567,39:22164,1504:-1829.84,-21.7056,0,-1720.21,-47.2043,-1857.44 1|0:463:40,378,45:40:1528:378,45:14823,1710:-1221.7,-14.8498,-26.3962,-1093.55,0,-1205.34 dDocent_Contig_9416 116 . T A 202.713 . AB=0.177215;ABP=74.504;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.861538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=2291;RO=65;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=144.156;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:30,8:30:1054:8:296:-15.555,0,-83.7223 0/1:41:35,6:35:1237:6:220:-7.81323,0,-99.282 dDocent_Contig_9417 20 . C A 7588.8 . AB=0.457895;ABP=11.7876;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=261;CIGAR=1X;DP=570;DPB=570;DPRA=0;EPP=569.765;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10376;QR=12419;RO=309;RPL=0;RPP=569.765;RPPR=673.995;RPR=261;RUN=1;SAF=261;SAP=569.765;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:260:163,97:163:6529:97:3889:-271.731,0,-509.033 0/1:310:146,164:146:5890:164:6487:-490.246,0,-436.53 dDocent_Contig_9418 107 . N C 127.61 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9421 18 . T C 2261.22 . AB=0.699029;ABP=38.4496;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972222;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2886;QR=1145;RO=31;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=70.3259;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:17,41:17:622:41:1659:-132.07,0,-38.842 0/1:45:14,31:14:523:31:1227:-97.1488,0,-33.8607 dDocent_Contig_9422 52 . G C 212.093 . AB=0.375;ABP=6.26751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.5;EPP=22.5536;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=331;QR=1224;RO=31;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:624:0:0:0,-4.81648,-56.4896 0/1:24:15,9:15:600:9:331:-22.9083,0,-47.1122 dDocent_Contig_9423 72 . T C 48.4984 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=3X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.857143;EPP=11.6962;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=149;QR=1824;RO=48;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:28,0:28:1049:0:0:0,-8.42884,-94.7143 0|1:24:20,4:20:775:4:149:-6.5488,0,-62.8522 dDocent_Contig_9425 20 . G A 512.894 . AB=0.31746;ABP=21.2438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=1730;RO=43;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=96.3836;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:961:7:285:-16.6923,0,-77.4522 0/1:32:19,13:19:769:13:522:-37.694,0,-59.8976 dDocent_Contig_9426 134 . C G 172.594 . AB=0.149123;ABP=124.918;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=1;EPP=39.9253;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985782;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=585;QR=7262;RO=211;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=461.191;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=461.191;SRR=211;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:97,17:97:3318:17:585:-18.6573,0,-264.523 0/0:114:114,0:114:3944:0:0:0,-34.3174,-355.158 dDocent_Contig_9428 98 . N G 226.111 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:71:-6.49091,-0.90309,0 1/1:5:0,5:0:0:5:172:-15.8185,-1.50515,0 dDocent_Contig_9429 98 . N T 130.291 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45771,-0.60206,0 dDocent_Contig_9430 24 . T A 23219.8 . AB=0.853746;ABP=917.107;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=718;CIGAR=1X;DP=841;DPB=841;DPRA=0;EPP=1562.13;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9568;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.85376;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28684;QR=4959;RO=123;RPL=0;RPP=1562.13;RPPR=270.101;RPR=718;RUN=1;SAF=718;SAP=1562.13;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:416:49,367:49:1978:367:14697:-1196.35,0,-52.9813 0/1:425:74,351:74:2981:351:13987:-1128.72,0,-140.433 dDocent_Contig_9431 21 . T C 8209.37 . AB=0.28907;ABP=430.81;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=320;CIGAR=1X;DP=1107;DPB=1107;DPRA=0;EPP=697.881;EPPR=1707.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12864;QR=29886;RO=785;RPL=0;RPP=697.881;RPPR=1707.62;RPR=320;RUN=1;SAF=320;SAP=697.881;SAR=0;SRF=785;SRP=1707.62;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:649:467,181:467:17727:181:7299:-461.044,0,-1398.96 0/1:458:318,139:318:12159:139:5565:-362.989,0,-956.056 dDocent_Contig_9432 29 . A T 62.6101 . AB=0.122807;ABP=73.4498;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=395;QR=3469;RO=88;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=194.1;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:38,3:38:1494:3:120:0,-1.15454,-123.522 0/1:57:50,7:50:1975:7:275:-7.95968,0,-160.791 dDocent_Contig_9434 98 . N A 261.02 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:244:-22.3001,-2.10721,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_9435 92 . G A 1459.87 . AB=0.37931;ABP=25.0245;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.69697;PAIREDR=0.564815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2232;QR=3809;RO=108;RPL=34;RPP=3.1419;RPPR=12.7417;RPR=32;RUN=1;SAF=34;SAP=3.1419;SAR=32;SRF=65;SRP=12.7417;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:54,28:54:1891:28:955:-61.5692,0,-145.742 0/1:92:54,38:54:1918:38:1277:-87.5147,0,-145.171 dDocent_Contig_9437 17 . T C 171.105 . AB=0.232558;ABP=29.7245;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40;MQMR=7;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=1248;RO=32;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=72.4974;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:13,3:13:502:3:117:-5.26292,0,-3.3941 0|1:26:19,7:19:746:7:264:-14.9394,0,-4.2093 dDocent_Contig_9439 31 . G A 52127.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1520;CIGAR=1X;DP=1572;DPB=1572;DPRA=0;EPP=3303.65;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999342;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59898;QR=1919;RO=51;RPL=0;RPP=3303.65;RPPR=113.755;RPR=1520;RUN=1;SAF=1520;SAP=3303.65;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:865:10,855:10:392:855:33722:-2996.41,-224.755,0 1/1:707:41,665:41:1527:665:26176:-2216.02,-75.2654,0 dDocent_Contig_9440 112 . C T 5412.09 . AB=0.454887;ABP=12.4146;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=242;CIGAR=1X;DP=532;DPB=532;DPRA=0;EPP=528.507;EPPR=630.566;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7820;QR=9457;RO=289;RPL=0;RPP=528.507;RPPR=630.566;RPR=242;RUN=1;SAF=0;SAP=528.507;SAR=242;SRF=0;SRP=630.566;SRR=289;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:267:166,100:166:5451:100:3220:-209.884,0,-410.613 0/1:265:123,142:123:4006:142:4600:-334.422,0,-280.979 dDocent_Contig_9441 12 . A G 273.15 . AB=0.294118;ABP=21.7871;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.5909;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.136364;PAIREDR=0.95098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=858;QR=3931;RO=102;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=224.5;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:36,15:36:1387:15:582:-28.7129,0,-109.754 0/0:73:66,7:66:2544:7:276:0,-1.93882,-209.103 dDocent_Contig_9442 59 . G A 723.302 . AB=0.203209;ABP=146.084;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.657895;PAIREDR=0.598639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1454;QR=5565;RO=147;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=322.217;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:63,15:63:2415:15:583:-29.3321,0,-194.06 0/1:109:84,23:84:3150:23:871:-46.095,0,-251.028 dDocent_Contig_9443 135 . G A 50.158 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=2.625;EPP=11.6962;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=141;QR=987;RO=25;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=57.2971;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:310:0:0:0,-2.40824,-28.2596 0/1:21:17,4:17:677:4:141:-6.71475,0,-54.9348 dDocent_Contig_9444 121 . T A 315.205 . AB=0.24;ABP=47.0478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.912281;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=628;QR=1957;RO=57;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=126.784;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:36,12:36:1229:12:420:-23.6856,0,-96.4618 0/1:27:21,6:21:728:6:208:-10.9318,0,-57.7143 dDocent_Contig_9445 54 . T A 34.6607 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.44;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=209;QR=1702;RO=50;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:19,1:19:652:1:35:0,-2.52197,-55.5034 0/1:36:31,5:31:1050:5:174:-5.16487,0,-83.9676 dDocent_Contig_9446 13 . G A 56003.5 . AB=0.892911;ABP=2670.1;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1776;CIGAR=1X;DP=1989;DPB=1989;DPRA=0;EPP=3859.55;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68974;QR=8407;RO=213;RPL=0;RPP=3859.55;RPPR=465.534;RPR=1776;RUN=1;SAF=1776;SAP=3859.55;SAR=0;SRF=213;SRP=465.534;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1074:106,968:106:4169:968:37641:-3061.37,0,-51.8718 0/1:915:107,808:107:4238:808:31333:-2542.08,0,-105.951 dDocent_Contig_9447 24 . A G 62.0798 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=2.05556;EPP=13.8677;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.48;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1991;RO=50;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:1266:5:204:-7.60592,0,-103.073 0/0:18:18,0:18:725:0:0:0,-5.41854,-65.5734 dDocent_Contig_9448 16 . C A 948.008 . AB=0.149883;ABP=457.652;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=427;DPB=427;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=791.255;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.921875;PAIREDR=0.972452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2510;QR=14277;RO=363;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=791.255;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=363;SRP=791.255;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:216:186,30:186:7334:30:1176:-41.0974,0,-594.711 0/1:211:177,34:177:6943:34:1334:-56.8003,0,-561.077 dDocent_Contig_9449 116 . C T 533.595 . AB=0.285714;ABP=33.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.681818;PAIREDR=0.509091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=877;QR=2140;RO=55;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:23,16:23:904:16:641:-46.2831,0,-69.9279 0/1:38:32,6:32:1236:6:236:-10.1733,0,-100.076 dDocent_Contig_9451 16 . T C 10738.8 . AB=0.432331;ABP=24.1699;AC=4;AF=1;AN=4;AO=230;CIGAR=1X3M13I2M;DP=532;DPB=1552.5;DPRA=0;EPP=502.449;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.965217;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9049;QR=2264;RO=57;RPL=0;RPP=502.449;RPPR=126.784;RPR=230;RUN=1;SAF=230;SAP=502.449;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:333:30,106,15,154:30:1186:106,15,154:4169,597,6067:-735.429,-401.53,-467.22,-695.301,-449.971,-788.385,-245.329,0,-293.77,-296.57 1|1:199:27,60,20,76:27:1078:60,20,76:2350,793,2982:-341.55,-156.444,-227.171,-284.402,-179.957,-367.169,-104.443,0,-127.956,-170.354 dDocent_Contig_9452 134 . A C 897.436 . AB=0.377358;ABP=16.8586;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=2396;RO=66;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=146.327;RPR=40;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=146.327;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:23,17:23:833:17:588:-41.2045,0,-63.2514 0/1:66:43,23:43:1563:23:791:-51.636,0,-121.087 dDocent_Contig_9454 113 . T C 47.86 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=2.2;EPP=9.52472;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=452;RO=13;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=31.2394;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:5:5,0:5:167:0:0:0,-1.50515,-15.3582 0/1:11:8,3:8:285:3:105:-6.48483,0,-22.6832 dDocent_Contig_9456 16 . T A 2822.17 . AB=0.128658;ABP=2172.11;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=233;CIGAR=1X;DP=1811;DPB=1811;DPRA=0;EPP=508.963;EPPR=3429.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9229;QR=62445;RO=1578;RPL=0;RPP=508.963;RPPR=3429.59;RPR=233;RUN=1;SAF=233;SAP=508.963;SAR=0;SRF=1578;SRP=3429.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:979:857,122:857:33926:122:4831:-139.991,0,-2755.59 0/1:832:721,111:721:28519:111:4398:-145.323,0,-2313.76 dDocent_Contig_9457 1 . N G 61.6987 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=36;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.1677,-0.60206,0 dDocent_Contig_9458 79 . C A 472.106 . AB=0.198413;ABP=102.553;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1255;QR=7025;RO=183;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=400.39;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:101,25:101:3882:25:958:-48.6044,0,-311.542 0/0:90:82,8:82:3143:8:297:0,-0.012397,-255.938 dDocent_Contig_9459 21 . C T 233.146 . AB=0.533333;ABP=3.15506;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=1.5;EPP=20.3821;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=674;RO=17;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=39.9253;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:396:0:0:0,-3.0103,-35.9974 0/1:15:7,8:7:278:8:324:-25.0135,0,-20.8729 dDocent_Contig_9460 87 . C A 1499.87 . AB=0.495935;ABP=3.02795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.622951;PAIREDR=0.393443;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2106;QR=2111;RO=61;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:40,31:40:1381:31:1077:-75.8677,0,-103.216 0/1:52:21,30:21:730:30:1029:-77.2162,0,-50.3204 dDocent_Contig_9461 20 . C T 70.5506 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M4I1X2M4I2M;DP=8;DPB=10.2857;DPRA=1.66667;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,2:0:0:2:76:-6.45029,-0.60206,0 1|1:3:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_9462 12 . T C 2296.07 . AB=0.604839;ABP=14.8483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0.959184;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2995;QR=1951;RO=49;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=109.412;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:17,40:17:680:40:1599:-126.979,0,-44.3683 0/1:67:32,35:32:1271:35:1396:-105.725,0,-94.488 dDocent_Contig_9463 36 . G A 175.388 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=1089;RO=28;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=63.8115;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:345:6:241:-17.5509,0,-26.8898 0/1:22:19,3:19:744:3:104:-3.07584,0,-60.6631 dDocent_Contig_9464 13 . C T 7526.12 . AB=0.0720721;ABP=179.565;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M2X;DP=289;DPB=289;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=1865;RO=47;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=105.07;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:178:37,0,141:37:1468:0,141:0,5658:-455.436,-466.574,-587.415,0,-121.239,-78.7935 0|0:111:10,8,93:10:397:8,93:320,3685:-300.273,-276.923,-307.197,0,-6.31949,-4.6849 dDocent_Contig_9465 9 . A G 45.4977 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1X1M1X1M1X1M2X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.901639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2360;RO=61;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:38,1:38:1460:1:39:0,-7.84361,-127.771 0|1:28:23,4:23:900:4:160:-6.24872,0,-72.7768 dDocent_Contig_9466 7 . C T 583.856 . AB=0.0510204;ABP=174.601;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M1X2M;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=55.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=1974;RO=52;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=115.927;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:23,0,4,6,10:23:860:0,4,6,10:0,153,223,370:-23.3222,-30.2459,-100.666,-17.7107,-88.1316,-86.9275,-11.997,-82.4163,-69.882,-80.6101,0,-70.4172,-57.883,-52.1682,-67.4069 0|0:54:29,6,1,1,17:29:1114:6,1,1,17:222,38,40,611:-38.1603,-28.7241,-118.391,-43.7822,-117.09,-134.95,-43.5931,-116.902,-131.955,-134.761,0,-73.2992,-88.3503,-88.1615,-86.3395 dDocent_Contig_9467 26 . C T 91.6682 . AB=0.16;ABP=53.2147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=1642;RO=42;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:679:5:179:-9.83393,0,-54.8179 0/1:28:25,3:25:963:3:116:-2.38744,0,-78.5336 dDocent_Contig_9468 7 . C G 49.9728 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1161;RO=30;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=68.1545;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:889:4:147:-5.46069,0,-72.2015 0/1:9:7,2:7:272:2:56:-2.60745,0,-22.138 dDocent_Contig_9469 23 . G A 1025.12 . AB=0.479452;ABP=3.27802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=5M1X;DP=73;DPB=72.6667;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1408;QR=1420;RO=36;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=81.1833;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:22,0,20:22:867:0,20:0,810:-60.5733,-67.1959,-138.519,0,-71.7221,-65.7015 0|1:31:14,2,15:14:553:2,15:78,598:-45.0355,-42.8394,-87.7396,0,-39.0974,-40.9929 dDocent_Contig_9470 28 . G C 4802.84 . AB=0.48538;ABP=3.64523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=166;CIGAR=1X2M1X;DP=342;DPB=342;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6514;QR=6847;RO=175;RPL=0;RPP=363.475;RPPR=383.018;RPR=166;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:160:87,72:87:3450:72:2810:-204.762,0,-262.292 0|1:182:88,94:88:3397:94:3704:-278.619,0,-251.029 dDocent_Contig_9471 23 . G T 213.297 . AB=0.230769;ABP=27.5646;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1M1X1M;DP=75;DPB=73.6667;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=2454;RO=62;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=137.642;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:30,0,9:30:1193:0,9:0,353:-20.3872,-29.4181,-127.644,0,-98.6191,-95.9098 0|0:36:32,4,0:32:1261:4,0:161,0:-4.0384,0,-102.926,-13.6714,-104.131,-117.401 dDocent_Contig_9472 107 . N C 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_9473 67 . G A 17562.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=605;CIGAR=1X;DP=646;DPB=646;DPRA=0;EPP=1316.75;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20948;QR=1430;RO=41;RPL=605;RPP=1316.75;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=605;SAP=1316.75;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:393:36,357:36:1262:357:12228:-986.54,-4.42282,0 1/1:253:5,248:5:168:248:8720:-769.365,-60.7105,0 dDocent_Contig_9474 124 . C T 1056.68 . AB=0.505376;ABP=3.03365;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=1.60345;EPP=105.07;EPPR=195.436;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1501;QR=3566;RO=104;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=228.843;RPR=47;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=4;SRP=195.436;SRR=100;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:58,0:58:1957:0:0:0,-17.4597,-176.405 0/1:93:46,47:46:1609:47:1501:-107.367,0,-105.388 dDocent_Contig_9475 21 . A C 1064.29 . AB=0.283784;ABP=63.1073;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0.682028;EPP=94.2121;EPPR=704.396;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1694;QR=12832;RO=323;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=704.396;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=323;SRP=704.396;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:217:217,0:217:8652:0:0:0,-65.3235,-778.19 0/1:148:106,42:106:4180:42:1694:-108.128,0,-331.628 dDocent_Contig_9476 98 . N T 66.4949 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 dDocent_Contig_9477 98 . N T 1299.24 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1434;QR=0;RO=0;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:21:0,21:0:0:21:621:-56.1758,-6.32163,0 1/1:28:0,28:0:0:28:813:-73.4475,-8.42884,0 dDocent_Contig_9478 16 . A T 9698.6 . AB=0.160428;ABP=190.303;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X1M1X;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1458;QR=659;RO=17;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=39.9253;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:187:8,30,149:8:305:30,149:1145,5925:-554.309,-462.789,-478.776,-68.9122,0,-49.0777 0|0:143:9,8,126:9:354:8,126:313,4992:-416.949,-393.923,-420.634,-8.809,-12.1952,0 dDocent_Contig_9479 66 . G A 268.59 . AB=0.124464;ABP=288.424;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=524;DPB=524;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=1040.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1720;QR=17468;RO=478;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=1040.97;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=478;SRP=1040.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:233:204,29:204:7281:29:1090:-28.2569,0,-585.169 0/0:291:274,17:274:10187:17:630:0,-30.5687,-859.483 dDocent_Contig_9480 66 . G T 170.359 . AB=0.158416;ABP=105.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.541176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=2906;RO=85;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=187.585;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:49,11:49:1670:11:381:-16.5619,0,-132.524 0/1:41:36,5:36:1236:5:173:-3.56798,0,-99.1996 dDocent_Contig_9481 140 . T A 1040.02 . AB=0.727273;ABP=27.6861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=2X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.45;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1367;QR=506;RO=15;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=35.5824;RPR=40;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:10,10:10:338:10:332:-24.1735,0,-24.7275 0|1:35:5,30:5:168:30:1035:-82.9249,0,-4.91502 dDocent_Contig_9482 98 . N G 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_9483 82 . C A 818.258 . AB=0.578947;ABP=6.09608;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983051;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1180;QR=1957;RO=59;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:24,33:24:778:33:1112:-83.2238,0,-53.1621 0/0:37:35,2:35:1179:2:68:0,-4.68023,-99.9524 dDocent_Contig_9485 41 . T C 4324.9 . AB=0.666667;ABP=50.0589;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=130;CIGAR=1X4M;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5091;QR=1350;RO=35;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=79.0118;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:91:23,5,61:23:890:5,61:188,2391:-189.733,-181.254,-252.856,0,-57.7551,-54.7969 1|1:104:12,22,69:12:460:22,69:799,2700:-245.853,-184.228,-215.356,-27.4737,0,-44.4612 dDocent_Contig_9486 34 . T C 70.3783 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.561644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=2917;RO=73;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=161.528;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:725:4:163:-8.43577,0,-58.9522 0/0:56:55,1:55:2192:1:38:0,-13.0604,-193.647 dDocent_Contig_9487 107 . N A 39.9091 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_9488 15 . A G 458.993 . AB=0.0935484;ABP=447.84;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X3M;DP=310;DPB=310;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=526.335;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=58.8276;MQMR=58.9544;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.482759;PAIREDR=0.609959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1128;QR=9327;RO=241;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=526.335;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=241;SRP=526.335;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:154:115,24,15:115:4445:24,15:918,564:-40.7028,0,-348.825,-29.1332,-309.859,-380.662 0|1:156:126,12,14:126:4882:12,14:448,564:-8.2934,-9.55927,-406.714,0,-364.112,-396.571 dDocent_Contig_9489 98 . N C 77.9169 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_9490 131 . T C 302.8 . AB=0.264151;ABP=28.6173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.897436;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=540;QR=1485;RO=39;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=87.6977;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:838:6:233:-12.9112,0,-67.3121 0/1:25:17,8:17:647:8:307:-20.4656,0,-51.0403 dDocent_Contig_9491 146 . A G 844.104 . AB=0.56;ABP=4.57376;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1132;QR=897;RO=22;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=50.7827;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:5,4:5:204:4:160:-12.0743,0,-16.0348 0/1:41:17,24:17:693:24:972:-75.433,0,-50.3558 dDocent_Contig_9492 9 . A G 780.994 . AB=0.285714;ABP=44.8887;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=2M1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.433333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=2148;RO=56;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=124.613;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:24,5,0,19:24:918:5,0,19:182,0,739:-53.5238,-45.8895,-119.712,-60.7486,-121.217,-136.079,0,-60.4815,-75.3425,-69.6229 0|1:56:32,0,12,11:32:1230:0,12,11:0,455,422:-27.672,-37.305,-138.285,0,-100.979,-97.3666,-2.6662,-103.648,-66.3421,-100.337 dDocent_Contig_9493 8 . A T 122.064 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=1.36842;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1503;RO=39;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:768:6:234:-13.6043,0,-61.6212 0/0:19:19,0:19:735:0:0:0,-5.71957,-66.4814 dDocent_Contig_9494 24 . T C 7756.37 . AB=0.776358;ABP=210.646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=243;CIGAR=1X;DP=313;DPB=313;DPRA=0;EPP=530.678;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987654;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9703;QR=2708;RO=69;RPL=0;RPP=530.678;RPPR=152.842;RPR=243;RUN=1;SAF=243;SAP=530.678;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:44,107:44:1728:107:4285:-340.139,0,-110.286 0/1:162:25,136:25:980:136:5418:-438.595,0,-39.6319 dDocent_Contig_9495 107 . N A 135.055 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_9496 17 . T C 1490.34 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2025;QR=1887;RO=51;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=113.755;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:19,34:19:693:34:1348:-105.623,0,-46.7392 0/1:49:32,17:32:1194:17:677:-46.5076,0,-93.0112 dDocent_Contig_9497 98 . N T 177.451 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:50:-4.74916,-0.60206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:138:-12.6937,-1.50515,0 dDocent_Contig_9499 75 . G T 265.774 . AB=0.166667;ABP=107.241;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=683;QR=3391;RO=90;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:41,5:41:1536:5:181:-2.7933,0,-124.665 0/1:62:49,13:49:1855:13:502:-26.8639,0,-148.537 dDocent_Contig_9500 63 . T A 111.035 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.363636;PAIREDR=0.71028;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=3853;RO=107;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=11.96;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=64;SRP=11.96;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:35,8:35:1251:8:279:-12.5015,0,-99.9387 0/0:75:72,3:72:2602:3:110:0,-12.3171,-224.123 dDocent_Contig_9502 98 . N T 95.1782 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51673,-0.90309,0 dDocent_Contig_9503 8 . A T 5130.28 . AB=0.0353535;ABP=374.31;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X3M1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1205;RO=31;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=70.3259;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:105:11,1,93:11:432:1,93:40,3732:-304.182,-304.199,-339.428,0,-32.2295,-7.52941 0|0:93:20,6,67:20:773:6,67:239,2649:-211.942,-198.282,-259.962,0,-43.7956,-43.3106 dDocent_Contig_9504 77 . C A 6125.95 . AB=0.425308;ABP=30.583;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=242;CIGAR=1X;DP=569;DPB=569;DPRA=0;EPP=528.507;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9602;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996942;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8741;QR=11802;RO=327;RPL=242;RPP=528.507;RPPR=713.082;RPR=0;RUN=1;SAF=242;SAP=528.507;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:321:172,149:172:6189:149:5403:-389.731,0,-460.399 0/1:248:155,93:155:5613:93:3338:-225.961,0,-430.598 dDocent_Contig_9505 171 . A G 41.7539 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=826;RO=23;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:527:2:81:-2.56822,0,-42.6331 0/1:10:8,2:8:299:2:81:-4.67543,0,-24.2532 dDocent_Contig_9506 36 . T A 1404.81 . 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AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=148;QR=658;RO=18;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:11,2:11:403:2:74:-3.11249,0,-32.7027 0/1:9:7,2:7:255:2:74:-4.31661,0,-20.5926 dDocent_Contig_9508 20 . T C 159.086 . AB=0.205128;ABP=32.4644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.513889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=2908;RO=72;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=159.356;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:41,1:41:1661:1:41:0,-8.54869,-145.618 0/1:39:31,8:31:1247:8:322:-17.6076,0,-100.76 dDocent_Contig_9510 12 . G A 226.59 . AB=0.0993521;ABP=648.547;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=463;DPB=463;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=908.514;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1828;QR=16761;RO=417;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=908.514;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=417;SRP=908.514;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:253:230,23:230:9233:23:915:-6.49264,0,-754.223 0/1:210:187,23:187:7528:23:913:-19.2633,0,-613.893 dDocent_Contig_9511 82 . T C 1957.24 . AB=0.740741;ABP=57.3775;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9875;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2564;QR=846;RO=28;RPL=80;RPP=176.728;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:11,47:11:321:47:1472:-115.294,0,-11.7157 0/1:50:17,33:17:525:33:1092:-83.5264,0,-32.4952 dDocent_Contig_9512 43 . C G 44.0653 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.84375;EPP=11.6962;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.745455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=2117;RO=55;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=122.441;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1212:0:0:0,-9.63296,-109.356 0/1:27:23,4:23:905:4:154:-6.10548,0,-73.6322 dDocent_Contig_9513 48 . A T 116.315 . AB=0.115942;ABP=91.4113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=3M1X4M;DP=144;DPB=140.25;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=4792;RO=123;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=270.101;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:65,8,0:65:2532:8,0:307,0:-5.73851,0,-205.817,-25.3055,-208.226,-233.424 0|1:69:58,2,8:58:2260:2,8:79,321:-8.98984,-19.9503,-205.07,0,-179.222,-183.315 dDocent_Contig_9514 21 . A C 135.347 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.857143;EPP=16.0391;EPPR=94.401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5652;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=1731;RO=46;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=102.898;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=45;SRP=94.401;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:672:6:242:-14.9326,0,-53.4633 0/0:28:28,0:28:1059:0:0:0,-8.42884,-95.5979 dDocent_Contig_9516 67 . T C 10662.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=329;CIGAR=1X;DP=350;DPB=350;DPRA=0;EPP=717.425;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978723;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12642;QR=787;RO=21;RPL=329;RPP=717.425;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=329;SAP=717.425;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:193:13,180:13:496:180:6918:-577.423,-13.1146,0 1/1:157:8,149:8:291:149:5724:-488.52,-20.7291,0 dDocent_Contig_9517 147 . A C 305.001 . AB=0.277778;ABP=26.1727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X5M1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=59.8519;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=921;RO=27;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=61.6401;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:9,2,4,0,4,3:9:319:2,4,0,4,3:65,133,0,139,94:-8.60429,-7.50088,-32.8969,-0.545336,-22.7391,-25.35,-11.3136,-33.499,-26.5541,-37.3162,0,-22.1967,-15.2492,-26.0121,-24.808,-3.76103,-25.9498,-19.0039,-29.7651,-18.4612,-28.862 0|1:32:18,0,0,2,11,0:18:602:0,0,2,11,0:0,0,72,374,0:-24.9349,-30.3534,-79.0897,-30.3534,-79.0897,-79.0897,-25.6116,-74.3441,-74.3441,-73.742,0,-48.7507,-48.7507,-44.0062,-45.4394,-30.3534,-79.0897,-79.0897,-74.3441,-48.7507,-79.0897 dDocent_Contig_9518 24 . T C 3908.32 . 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AB=0.0589857;ABP=3067.49;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X4M;DP=1814;DPB=1814;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=1236.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4265;QR=21971;RO=568;RPL=107;RPP=235.358;RPPR=1236.41;RPR=0;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=568;SRP=1236.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1068:318,678,68:318:12284:678,68:26575,2712:-2089.5,0,-804.736,-1961.9,-785.499,-2950.26 0|1:746:250,455,39:250:9687:455,39:17867,1553:-1394.15,0,-658.796,-1341.54,-667.891,-2125.56 dDocent_Contig_9522 31 . G A 10758.3 . AB=0.312405;ABP=407.108;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=413;CIGAR=1X;DP=1322;DPB=1322;DPRA=0;EPP=899.828;EPPR=1974.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16417;QR=35930;RO=908;RPL=0;RPP=899.828;RPPR=1974.71;RPR=413;RUN=1;SAF=413;SAP=899.828;SAR=0;SRF=908;SRP=1974.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:707:449,257:449:17815:257:10211:-705.748,0,-1389.32 0/1:615:459,156:459:18115:156:6206:-373.176,0,-1443.81 dDocent_Contig_9523 1 . N G 68.3741 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83524,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9524 117 . C A 520.738 . AB=0.359375;ABP=14.0034;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=1.30612;EPP=52.9542;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.695652;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=808;QR=3090;RO=90;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=198.443;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=198.443;SRR=90;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:49,0:49:1672:0:0:0,-14.7505,-150.765 0/1:64:41,23:41:1418:23:808:-53.7727,0,-108.652 dDocent_Contig_9527 25 . G C 1375.82 . AB=0.698413;ABP=24.5527;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.568182;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1767;QR=755;RO=19;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=44.2683;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:11,34:11:437:34:1370:-110.009,0,-26.1345 0/1:18:8,10:8:318:10:397:-30.6703,0,-23.5663 dDocent_Contig_9528 60 . G A 258.491 . AB=0.19403;ABP=57.4916;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.752577;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=3768;RO=97;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:54,13:54:2121:13:523:-27.247,0,-170.901 0/0:46:43,3:43:1647:3:119:0,-2.75237,-137.368 dDocent_Contig_9529 7 . C A 4761.05 . AB=0.218115;ABP=749.78;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=236;CIGAR=1X;DP=1082;DPB=1082;DPRA=0;EPP=515.478;EPPR=1837.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9407;MQMR=59.3479;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997633;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8943;QR=32314;RO=845;RPL=0;RPP=515.478;RPPR=1837.9;RPR=236;RUN=1;SAF=236;SAP=515.478;SAR=0;SRF=845;SRP=1837.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:639:514,124:514:19681:124:4682:-228.99,0,-1577.09 0/1:443:331,112:331:12633:112:4261:-250.212,0,-1002.81 dDocent_Contig_9530 25 . G A 7734.43 . AB=0.0515464;ABP=680.778;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=1X1M1X2M1X2M1X2M1X2M1X;DP=388;DPB=388;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=59.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=779;QR=1275;RO=33;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=74.6689;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:227:22,7,152,40:22:851:7,152,40:271,5834,1528:-481.577,-465.938,-533.733,-43.0049,-90.651,-67.1578,-375.271,-422.912,0,-433.132 0|0:161:11,13,109,21:11:424:13,109,21:508,4070,806:-294.962,-256.506,-287.414,-28.8012,-21.8537,-30.8062,-234.641,-227.694,0,-263.141 dDocent_Contig_9531 148 . G A 211.914 . AB=0.153846;ABP=84.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M2X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=58.2857;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=561;QR=4656;RO=120;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=263.587;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=263.587;SRR=120;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:65,2,0:65:2523:2,0:82,0:0,-12.9328,-219.601,-19.5669,-220.203,-226.839 0|1:78:55,12,11:55:2133:12,11:479,445:-22.89,0,-171.606,-2.75377,-138.525,-174.665 dDocent_Contig_9533 64 . C G 44.6178 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.684211;EPP=9.52472;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=1103;RO=29;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:719:0:0:0,-5.71957,-65.0405 0/1:13:10,3:10:384:3:108:-6.16074,0,-31.0023 dDocent_Contig_9535 66 . T G 3201.97 . AB=0.283298;ABP=195.941;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=473;DPB=473;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=739.139;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5171;QR=13354;RO=339;RPL=134;RPP=293.988;RPPR=739.139;RPR=0;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=339;SRP=739.139;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:274:203,71:203:8057:71:2731:-163.437,0,-642.227 0/1:199:136,63:136:5297:63:2440:-159.857,0,-416.684 dDocent_Contig_9536 30 . G A 43.7105 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.84375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1291;RO=32;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:607:3:120:-5.76877,0,-49.5479 0/0:18:17,1:17:684:1:41:0,-1.32397,-57.795 dDocent_Contig_9537 11 . C T 153.714 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=304;QR=2021;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:724:7:266:-16.7693,0,-57.9581 0/0:33:32,1:32:1297:1:38:0,-6.13672,-113.194 dDocent_Contig_9538 196 . T C 163.151 . AB=0.15942;ABP=72.5289;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=2.02941;EPP=26.8965;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.586957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=3539;RO=92;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=202.786;SRR=92;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1299:0:0:0,-10.235,-117.197 0/1:69:58,11:58:2240:11:427:-18.014,0,-181.047 dDocent_Contig_9539 12 . A G 1128.55 . AB=0.375;ABP=18.2106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.871429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1656;QR=2776;RO=70;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=155.013;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:22,26:22:884:26:1012:-76.923,0,-65.4177 0/1:64:48,16:48:1892:16:644:-39.0291,0,-151.226 dDocent_Contig_9540 25 . T A 1029.48 . AB=0.522388;ABP=3.30199;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X3M;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1394;QR=1083;RO=29;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=65.983;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:18,1,29:18:667:1,29:40,1159:-90.0431,-92.1666,-146.428,0,-51.2487,-45.8154 0|1:19:11,2,6:11:416:2,6:81,235:-16.0015,-12.6304,-46.1218,0,-27.3964,-32.2735 dDocent_Contig_9541 72 . C T 469.997 . AB=0.205882;ABP=54.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=458;QR=915;RO=28;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:7,10,2,0,6:7:220:10,2,0,6:325,58,0,195:-24.1295,0,-14.6772,-21.6233,-13.0741,-38.7064,-26.2367,-17.6875,-39.3084,-43.9231,-10.496,-1.94227,-23.5685,-28.1826,-26.3764 0|0:43:21,4,2,4,12:21:695:4,2,4,12:133,63,136,399:-25.9647,-21.5237,-76.5299,-27.2216,-72.6685,-82.829,-21.2691,-66.7175,-72.4147,-76.2761,0,-45.4476,-51.145,-45.1935,-52.598 dDocent_Contig_9543 14 . G A 7412.63 . AB=0.794521;ABP=223.013;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=232;CIGAR=1X;DP=292;DPB=292;DPRA=0;EPP=506.792;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9249;QR=2407;RO=60;RPL=0;RPP=506.792;RPPR=133.299;RPR=232;RUN=1;SAF=232;SAP=506.792;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:182:25,157:25:998:157:6248:-507.292,0,-35.3271 0/1:110:35,75:35:1409:75:3001:-237.069,0,-93.946 dDocent_Contig_9544 166 . T C 341.197 . AB=0.263158;ABP=30.7823;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=596;QR=1648;RO=42;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:22,10:22:843:10:391:-25.9073,0,-66.5375 0/1:25:20,5:20:805:5:205:-11.3093,0,-65.2423 dDocent_Contig_9545 9 . A G 928.349 . AB=0.037037;ABP=656.463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X6M;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.99537;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=478;QR=8414;RO=216;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=472.048;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=216;SRP=472.048;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:214:150,59,4,0:150:5823:59,4,0:2319,144,0:-62.9904,0,-460.734,-96.3908,-466.749,-573.731,-108.145,-478.495,-574.935,-586.682 0|1:137:66,50,9,12:66:2591:50,9,12:1980,334,484:-32.9414,0,-198.044,-25.4575,-185.768,-235.941,-12.8763,-173.197,-198.743,-222.467 dDocent_Contig_9546 30 . T A 712.158 . AB=0.0884956;ABP=335.419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X2M;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.660606;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=743;QR=6272;RO=165;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=361.303;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:111:82,17,9:82:3112:17,9:677,321:-31.0803,0,-250.058,-29.6246,-229.025,-282.065 0|1:115:83,21,11:83:3160:21,11:829,422:-43.2324,0,-252.847,-33.5892,-224.536,-289.438 dDocent_Contig_9547 24 . C T 103.204 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=8M1X;DP=58;DPB=60.3333;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.25;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=1798;RO=46;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=102.898;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:19,0,4:19:750:0,4:0,163:-8.04872,-13.7683,-75.4722,0,-62.1067,-60.9026 0|1:35:27,3,4:27:1048:3,4:114,163:-5.36854,-4.1653,-89.397,0,-76.8491,-84.9637 dDocent_Contig_9548 41 . G T 70.3783 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.88;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1712;RO=43;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:712:4:163:-8.43577,0,-57.7813 0/0:25:25,0:25:1000:0:0:0,-7.52575,-90.2932 dDocent_Contig_9549 8 . A G 464.794 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=925;RO=24;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=55.1256;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:13,0,4:13:499:0,4:0,154:-9.11595,-13.0293,-53.9897,0,-41.3448,-40.1406 0|1:27:11,16,0:11:426:16,0:537,0:-40.4603,0,-30.567,-43.7716,-35.3835,-78.7893 dDocent_Contig_9550 1 . N G 224.159 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X3M1X;DP=7;DPB=7.2;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=35;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:139:-12.5041,-1.20412,0 1|1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_9551 80 . G A 6511.43 . AB=0.572447;ABP=22.2028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=241;CIGAR=1X;DP=421;DPB=421;DPRA=0;EPP=526.335;EPPR=393.875;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8674;QR=6363;RO=180;RPL=241;RPP=526.335;RPPR=393.875;RPR=0;RUN=1;SAF=241;SAP=526.335;SAR=0;SRF=180;SRP=393.875;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:231:78,153:78:2771:153:5505:-426.015,0,-180.087 0/1:190:102,88:102:3592:88:3169:-228.225,0,-266.278 dDocent_Contig_9553 32 . T A 273.587 . AB=0.151515;ABP=142.248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=4.74748;EPPR=6.81038;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.321429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=772;QR=4073;RO=112;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=246.215;RPR=20;RUN=1;SAF=12;SAP=4.74748;SAR=8;SRF=49;SRP=6.81038;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:51,6:51:1918:6:237:-4.54243,0,-155.692 0/1:75:61,14:61:2155:14:535:-25.9129,0,-171.588 dDocent_Contig_9554 94 . T C 74.3853 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=466;RO=14;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:206:2:68:-4.04964,0,-16.4685 0/1:11:8,3:8:260:3:105:-6.48483,0,-20.4077 dDocent_Contig_9555 114 . T C 742.276 . AB=0.627451;ABP=10.206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.789474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1023;QR=652;RO=19;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=44.2683;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:6,15:6:210:15:455:-34.9201,0,-12.9208 0/1:30:13,17:13:442:17:568:-42.4044,0,-31.0754 dDocent_Contig_9556 24 . A T 30.5646 . AB=0.0987654;ABP=116.275;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.575342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=2922;RO=73;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=161.528;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:33,3:33:1298:3:122:-0.535413,0,-106.246 0/1:45:40,5:40:1624:5:199:-4.7404,0,-132.837 dDocent_Contig_9557 9 . A G 237.039 . AB=0.168421;ABP=93.7321;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.3043;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.521739;PAIREDR=0.82716;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=867;QR=6203;RO=162;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=354.789;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:90:83,7:83:3173:7:270:0,-2.48647,-261.117 0/1:95:79,16:79:3030:16:597:-25.4029,0,-244.262 dDocent_Contig_9558 25 . C A 1407.33 . AB=0.304813;ABP=64.8915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=44.4969;EPPR=181.593;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.8992;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.824561;PAIREDR=0.844961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2216;QR=5025;RO=129;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=283.13;RPR=57;RUN=1;SAF=45;SAP=44.4969;SAR=12;SRF=116;SRP=181.593;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:65,26:65:2574:26:1031:-65.4938,0,-204.173 0/1:95:64,31:64:2451:31:1185:-78.3361,0,-192.14 dDocent_Contig_9559 98 . N C 160.911 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.3306,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_9561 12 . C A 27448.8 . AB=0.659431;ABP=297.973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=881;CIGAR=1X;DP=1336;DPB=1336;DPRA=0;EPP=1916.08;EPPR=988.859;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35034;QR=18202;RO=454;RPL=0;RPP=1916.08;RPPR=988.859;RPR=881;RUN=1;SAF=881;SAP=1916.08;SAR=0;SRF=454;SRP=988.859;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:811:265,545:265:10596:545:21674:-1704.58,0,-708.662 0/1:525:189,336:189:7606:336:13360:-1043.4,0,-526.08 dDocent_Contig_9562 9 . A G 710.895 . AB=0.201031;ABP=153.625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1466;QR=5912;RO=155;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=339.589;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:44,20:44:1674:20:739:-47.5605,0,-131.654 0/1:130:111,19:111:4238:19:727:-26.6259,0,-342.368 dDocent_Contig_9564 127 . T A 180.305 . AB=0.4;ABP=4.74748;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0.769231;EPP=20.3821;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1308;RO=38;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=85.5263;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:12,8:12:410:8:279:-19.4284,0,-31.2076 0/0:26:26,0:26:898:0:0:0,-7.82678,-81.1351 dDocent_Contig_9565 29 . A C 486.853 . 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AB=0.722628;ABP=61.9888;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=210;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=459.02;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8384;QR=1844;RO=46;RPL=0;RPP=459.02;RPPR=102.898;RPR=210;RUN=1;SAF=210;SAP=459.02;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:38,99:38:1537:99:3939:-313.261,0,-97.3253 1/1:119:8,111:8:307:111:4445:-372.006,-7.84014,0 dDocent_Contig_9569 51 . G A 85.3651 . AB=0.153846;ABP=43.6001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0.709091;EPP=16.0391;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=3428;RO=88;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:55,0:55:2146:0:0:0,-16.5566,-193.325 0/1:39:33,6:33:1282:6:240:-10.2355,0,-103.905 dDocent_Contig_9570 16 . G T 613.587 . AB=0.222222;ABP=87.4564;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1130;QR=3841;RO=98;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=215.815;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:53,19:53:2110:19:768:-47.7669,0,-168.414 0/1:54:45,9:45:1731:9:362:-16.6887,0,-139.767 dDocent_Contig_9571 13 . T C 259.086 . AB=0.289474;ABP=17.6392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=1087;RO=27;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:409:6:244:-17.5223,0,-32.3541 0/1:22:17,5:17:678:5:197:-11.4832,0,-54.7254 dDocent_Contig_9572 7 . C G 660.955 . AB=0.509434;ABP=3.05127;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X2M1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925926;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=939;QR=987;RO=26;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=59.4686;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:15,8:15:569:8:258:-16.6084,0,-44.6265 0|1:30:11,19:11:418:19:681:-52.584,0,-28.9408 dDocent_Contig_9573 107 . N T 291.561 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 dDocent_Contig_9574 49 . T A 36.8025 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=45.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.3704;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=1015;RO=27;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=45.5551;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:659:3:119:-5.0739,0,-53.0813 0/0:11:10,1:10:356:1:33:0,-0.0121951,-29.0646 dDocent_Contig_9575 93 . T A 55385.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1846;CIGAR=1X;DP=1890;DPB=1890;DPRA=0;EPP=4011.55;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63049;QR=1491;RO=43;RPL=1846;RPP=4011.55;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=1846;SAP=4011.55;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1026:23,1002:23:802:1002:34200:-3004.75,-236.136,0 1/1:864:20,844:20:689:844:28849:-2533.48,-197.758,0 dDocent_Contig_9576 23 . A G 2191.13 . AB=0.169492;ABP=674.768;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=708;DPB=708;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=1238.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.8833;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.588752;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4779;QR=22508;RO=569;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=1238.58;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=569;SRP=1238.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:356:289,61:289:11405:61:2454:-115.243,0,-919.951 0/1:352:280,59:280:11103:59:2325:-106.967,0,-896.109 dDocent_Contig_9577 94 . G A 14344.7 . AB=0.413883;ABP=101.372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=632;CIGAR=1X;DP=1527;DPB=1527;DPRA=0;EPP=1375.38;EPPR=1946.48;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21080;QR=29166;RO=895;RPL=632;RPP=1375.38;RPPR=1946.48;RPR=0;RUN=1;SAF=632;SAP=1375.38;SAR=0;SRF=895;SRP=1946.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:769:468,301:468:15312:301:10065:-674.392,0,-1146.47 0/1:758:427,331:427:13854:331:11015:-763.175,0,-1018.62 dDocent_Contig_9578 37 . T A 417.385 . AB=0.184874;ABP=105.653;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=314;DPB=314;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=619.708;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1150;QR=11276;RO=284;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=619.708;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=284;SRP=619.708;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:96,22:96:3787:22:875:-43.1364,0,-304.921 0/0:195:188,7:188:7489:7:275:0,-33.5823,-648.516 dDocent_Contig_9579 85 . C T 932.768 . AB=0.102703;ABP=256.65;AC=0;AF=0;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0.974576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=623;QR=4039;RO=118;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:86:48,11,26:48:1642:11,26:374,891:-57.8856,-41.9981,-171.964,0,-102.942,-125.452 0|0:99:70,8,21:70:2397:8,21:249,732:-38.4881,-39.5737,-231.74,0,-174.613,-188.285 dDocent_Contig_9582 13 . A C 4301.01 . AB=0.541516;ABP=7.15726;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X4M;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=55.4267;MQMR=51.8571;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.816327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5694;QR=3876;RO=98;RPL=0;RPP=328.731;RPPR=215.815;RPR=150;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:124:35,6,80:35:1372:6,80:241,3070:-239.228,-229.903,-339.607,0,-91.6368,-87.4155 0|1:153:63,14,70:63:2504:14,70:547,2624:-193.97,-168.655,-339.711,0,-130.966,-154.179 dDocent_Contig_9583 7 . C G 199.719 . AB=0.173077;ABP=99.5573;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.825581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=3296;RO=86;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=189.757;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:65,9:65:2487:9:276:-2.85582,0,-201.748 0/1:30:21,9:21:809:9:321:-20.1982,0,-64.1039 dDocent_Contig_9584 15 . A G 86.3766 . AB=0.0946746;ABP=485.334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=707;DPB=707;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=1436.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.87234;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1850;QR=26275;RO=660;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=1436.18;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=660;SRP=1436.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:338:306,32:306:12179:32:1239:-10.0356,0,-993.507 0/0:369:354,15:354:14096:15:611:0,-55.7526,-1212.27 dDocent_Contig_9585 40 . T C 1562.36 . AB=0.329609;ABP=48.1502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2363;QR=4801;RO=120;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=263.587;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:46,22:46:1839:22:881:-59.1263,0,-145.249 0/1:111:74,37:74:2962:37:1482:-100.207,0,-233.253 dDocent_Contig_9586 42 . C A 105.529 . AB=0.1875;ABP=30.1537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0.888889;EPP=16.0391;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2439;RO=61;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=135.47;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:35,0:35:1403:0:0:0,-10.536,-126.127 0/1:32:26,6:26:1036:6:239:-12.2518,0,-83.9005 dDocent_Contig_9587 66 . G A 36.5982 . AB=0.116667;ABP=79.5909;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=161.717;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=288;QR=3254;RO=92;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=87;SRP=161.717;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:53,7:53:1860:7:253:-5.05766,0,-149.608 0/0:40:39,1:39:1394:1:35:0,-8.54257,-122.248 dDocent_Contig_9588 34 . T A 1119.02 . AB=0.06875;ABP=261.47;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=12M1X3M;DP=160;DPB=158.438;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=2096;RO=53;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=118.098;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:76:22,25,7,9,5,5:22:872:25,7,9,5,5:899,275,319,189,194:-66.7073,0,-64.2614,-50.708,-49.1676,-120.389,-47.3565,-45.8174,-96.523,-116.434,-57.8363,-56.2953,-107.003,-103.65,-128.118,-57.3884,-55.8472,-106.555,-103.203,-113.683,-127.67 0|1:84:31,21,0,6,18,6:31:1224:21,0,6,18,6:711,0,215,670,205:-48.2909,0,-94.4154,-57.6228,-100.737,-158.358,-40.0925,-83.2096,-140.829,-139.023,-2.77871,-45.9058,-103.524,-85.9951,-98.1052,-40.987,-84.1038,-141.723,-124.195,-86.8892,-139.917 dDocent_Contig_9589 98 . N T 64.4004 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:69:-6.43895,-0.90309,0 dDocent_Contig_9590 67 . T A 54788.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1642;CIGAR=1X;DP=1707;DPB=1707;DPRA=0;EPP=3568.57;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998782;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63276;QR=2342;RO=62;RPL=1642;RPP=3568.57;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=1642;SAP=3568.57;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:963:44,917:44:1663:917:35308:-3025,-139.566,0 1/1:744:18,725:18:679:725:27968:-2453.58,-162.311,0 dDocent_Contig_9591 20 . T A 9693.42 . AB=0.343511;ABP=253.79;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=405;CIGAR=1X;DP=1179;DPB=1179;DPRA=0;EPP=882.457;EPPR=1657.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.1457;MQMR=59.4935;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.130864;PAIREDR=0.357881;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15509;QR=28359;RO=774;RPL=0;RPP=882.457;RPPR=1683.73;RPR=405;RUN=1;SAF=405;SAP=882.457;SAR=0;SRF=771;SRP=1657.77;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:608:415,193:415:15190:193:7438:-465.384,0,-1177.24 0/1:571:359,212:359:13169:212:8071:-507.054,0,-1007.44 dDocent_Contig_9593 98 . N T 166.322 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:142:-13.1293,-1.20412,0 dDocent_Contig_9594 29 . C T 66.7061 . AB=0.118644;ABP=77.5396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X4M;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=54.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=267;QR=1824;RO=46;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=102.898;RPR=7;RUN=1;SAF=5;SAP=5.80219;SAR=2;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:32,0,4:32:1270:0,4:0,150:-2.45774,-12.0907,-116.656,0,-104.544,-103.34 0|1:22:14,5,3:14:554:5,3:177,117:-7.27055,0,-44.0933,-1.83106,-35.9829,-46.5993 dDocent_Contig_9595 9 . A G 113.333 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1090;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:17,4,2:17:659:4,2:158,68:-7.92084,0,-52.9751,-7.54379,-48.6714,-61.0725 0|0:14:11,0,3:11:431:0,3:0,115:-6.50936,-9.82069,-45.2693,0,-35.8334,-34.9303 dDocent_Contig_9596 58 . G A 153.851 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=1163;RO=29;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:19,2:19:759:2:82:-1.45805,0,-62.3096 0/1:16:10,6:10:404:6:238:-16.9745,0,-31.9034 dDocent_Contig_9598 35 . G A 858.074 . AB=0.329897;ABP=27.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=3M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1277;QR=2137;RO=54;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=120.27;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:54:26,5,3,20:26:1035:5,3,20:200,122,802:-58.2493,-49.6012,-133.316,-56.0122,-124.757,-140.33,0,-68.7432,-75.1546,-79.198 0|1:43:28,0,3,12:28:1102:0,3,12:0,121,475:-30.655,-39.0839,-129.729,-29.1083,-119.754,-118.851,0,-90.6387,-80.6637,-87.0264 dDocent_Contig_9600 19 . A G 48.5748 . AB=0.10101;ABP=139.901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0.767442;EPP=24.725;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=8662;RO=218;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=476.391;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=218;SRP=476.391;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:129:129,0:129:5123:0:0:0,-38.8329,-460.946 0/1:99:89,10:89:3539:10:400:-6.55645,0,-288.744 dDocent_Contig_9601 110 . G T 124.287 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.407407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=3125;RO=81;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:35,3:35:1352:3:110:0,-1.17872,-111.702 0/1:55:46,9:46:1773:9:337:-14.1273,0,-143.261 dDocent_Contig_9602 16 . C T 199.533 . AB=0.25;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.897059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=2729;RO=68;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=150.67;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:41,3:41:1638:3:122:0,-1.87283,-136.269 0/1:36:27,9:27:1091:9:357:-21.6522,0,-87.6378 dDocent_Contig_9603 17 . T A 3595.27 . AB=0.641711;ABP=35.6288;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4651;QR=2631;RO=67;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=148.499;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:138:48,90:48:1911:90:3492:-272.791,0,-130.653 0/1:49:19,30:19:720:30:1159:-89.8331,0,-50.3568 dDocent_Contig_9604 12 . C T 693.609 . AB=0.203488;ABP=134.359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1M3I3M1X;DP=172;DPB=193;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1374;QR=5319;RO=136;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=298.331;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:77:60,17:60:2362:17:669:-37.3643,0,-189.588 0|1:95:76,18:76:2957:18:705:-35.0935,0,-237.587 dDocent_Contig_9605 77 . G C 92.5258 . AB=0.184211;ABP=35.9253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=4X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8592;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=2470;RO=71;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:43:40,3:40:1377:3:106:0,-3.05512,-114.337 0|1:38:31,7:31:1093:7:245:-10.9515,0,-87.2246 dDocent_Contig_9606 30 . A G 18863.3 . AB=0.037415;ABP=1642.34;AC=0;AF=0;AN=4;AO=33;CIGAR=1X2M1X1M1X4M;DP=882;DPB=882.2;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=16.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1290;QR=1789;RO=48;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=107.241;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:491:30,11,51,300:30:1109:11,51,300:430,1892,11839:-1029.08,-1002.76,-1090.16,-883.304,-938.663,-958.663,-64.0948,-119.453,0,-64.4978 0|0:391:18,22,41,244:18:680:22,41,244:860,1530,9674:-860.348,-795.062,-844.177,-740.509,-725.543,-783.905,-69.5185,-54.5506,0,-51.8052 dDocent_Contig_9607 15 . C A 389.211 . AB=0.190476;ABP=90.3862;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=1.52174;EPP=46.4397;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=799;QR=6191;RO=154;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=337.417;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2769:0:0:0,-20.7711,-249.321 0/1:105:85,20:85:3422:20:799:-40.6201,0,-276.4 dDocent_Contig_9608 30 . T C 21545.6 . AB=0.860697;ABP=230.151;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=630;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=1371.04;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25225;QR=1692;RO=43;RPL=0;RPP=1371.04;RPPR=96.3836;RPR=630;RUN=1;SAF=630;SAP=1371.04;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:472:15,457:15:573:457:18312:-1594.62,-90.1866,0 0/1:201:28,173:28:1119:173:6913:-561.332,0,-40.4857 dDocent_Contig_9610 11 . T C 39794.7 . AB=0.802198;ABP=1230.13;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1241;CIGAR=1X;DP=1547;DPB=1547;DPRA=0;EPP=2697.81;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9976;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998388;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49474;QR=12260;RO=306;RPL=0;RPP=2697.81;RPPR=667.481;RPR=1241;RUN=1;SAF=1241;SAP=2697.81;SAR=0;SRF=306;SRP=667.481;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:812:196,616:196:7852:616:24528:-1960.91,0,-461.809 0/1:735:110,625:110:4408:625:24946:-2021.66,0,-175.395 dDocent_Contig_9611 13 . T A 2502.12 . AB=0.244344;ABP=253.938;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=442;DPB=442;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=728.282;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4289;QR=13476;RO=334;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=728.282;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=334;SRP=728.282;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:227:174,53:174:7012:53:2121:-122.735,0,-562.378 0/1:215:160,55:160:6464:55:2168:-130.574,0,-516.732 dDocent_Contig_9612 190 . T G 457.77 . AB=0.188406;ABP=119.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=995;QR=4235;RO=111;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=244.044;SRR=111;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:57,14:57:2166:14:538:-27.3765,0,-173.773 0/1:67:54,12:54:2069:12:457:-21.4974,0,-166.462 dDocent_Contig_9614 23 . A T 121.156 . AB=0.135135;ABP=88.5781;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.609375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=2566;RO=64;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=141.985;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:38,6:38:1525:6:244:-9.0935,0,-124.246 0/1:30:26,4:26:1041:4:164:-6.119,0,-84.9493 dDocent_Contig_9615 11 . T C 603.473 . AB=0.328571;ABP=20.8784;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=2M1X1M1X;DP=70;DPB=75;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.652174;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=920;QR=1594;RO=41;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=92.0407;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:19,3,14:19:735:3,14:120,554:-39.8676,-35.7013,-95.1644,0,-50.4736,-56.146 0|1:33:22,0,9:22:859:0,9:0,366:-23.5765,-30.1992,-100.804,0,-70.6099,-67.9006 dDocent_Contig_9616 186 . T A 34410.5 . AB=0.748865;ABP=358.596;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=923;CIGAR=2M1X5M;DP=1136;DPB=1096.5;DPRA=0;EPP=2007.28;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36828;QR=1700;RO=43;RPL=923;RPP=2007.28;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=2007.28;SAR=923;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:661:24,138,495:24:939:138,495:5285,19696:-1970.77,-1544.36,-1580.02,-356.434,0,-284.629 1|1:475:19,19,428:19:761:19,428:732,17132:-1471.67,-1417.29,-1474.27,-66.1325,-68.738,0 dDocent_Contig_9617 174 . C T 1269.53 . AB=0.573333;ABP=6.51361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1689;QR=1246;RO=32;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=96.3836;SAR=43;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:805:16:633:-46.1667,0,-61.6185 0/1:38:11,27:11:441:27:1056:-83.8828,0,-28.6059 dDocent_Contig_9620 122 . T C 892.777 . AB=0.257895;ABP=99.7437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9184;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979592;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1655;QR=4818;RO=141;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=309.188;RPR=49;RUN=1;SAF=0;SAP=109.412;SAR=49;SRF=0;SRP=309.188;SRR=141;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:62,36:62:2132:36:1218:-80.4181,0,-162.652 0/1:92:79,13:79:2686:13:437:-11.9565,0,-214.297 dDocent_Contig_9621 11 . T G 62.2621 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.6;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1365;RO=35;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:570:0:0:0,-4.51545,-51.626 0/1:24:20,4:20:795:4:164:-7.92518,0,-64.6395 dDocent_Contig_9622 112 . A G 341.788 . AB=0.608696;ABP=5.3706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=1362;RO=40;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=89.8692;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:31,1:31:1049:1:34:0,-6.23405,-91.3153 0/1:23:9,14:9:313:14:472:-35.8778,0,-21.5834 dDocent_Contig_9623 36 . T C 722.141 . AB=0.242188;ABP=76.9082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1526;QR=7233;RO=182;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=398.218;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=182;SRP=398.218;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:97,31:97:3844:31:1243:-73.6119,0,-307.435 0/0:92:85,7:85:3389:7:283:0,-1.85176,-279.222 dDocent_Contig_9624 1 . N A 1270.58 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1401;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=0;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:664:-60.0958,-5.11751,0 1/1:19:0,19:0:0:19:737:-66.6607,-5.71957,0 dDocent_Contig_9625 209 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9626 123 . C T 47.6113 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.867925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=259;QR=1902;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:744:4:148:-6.15622,0,-59.7508 0/0:35:32,3:32:1158:3:111:0,-0.182128,-94.1712 dDocent_Contig_9627 83 . T C 832.783 . AB=0.336735;ABP=25.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.907692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1280;QR=2455;RO=65;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:26,10:26:975:10:386:-24.2601,0,-77.2199 0/1:62:39,23:39:1480:23:894:-62.1152,0,-114.809 dDocent_Contig_9628 14 . C T 1031.85 . AB=0.538462;ABP=3.84548;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.633333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1391;QR=1198;RO=30;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=68.1545;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:14,19:14:567:19:753:-58.1606,0,-41.4391 0/1:32:16,16:16:631:16:638:-48.1216,0,-47.4912 dDocent_Contig_9629 98 . N A 399.322 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 1/1:10:0,10:0:0:10:330:-30.0206,-3.0103,0 dDocent_Contig_9632 10 . A G 79.2357 . AB=0.115385;ABP=136.639;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.9167;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=3608;RO=92;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=202.786;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:55,8:55:2163:8:321:-9.26316,0,-175.898 0|1:41:37,4:37:1445:4:160:-1.15775,0,-117.968 dDocent_Contig_9633 98 . N C 184.034 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.5168,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:92:-8.58453,-0.90309,0 dDocent_Contig_9634 107 . N A 186.023 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:203:-18.6021,-1.80618,0 dDocent_Contig_9635 55 . G A 41.4882 . AB=0.107692;ABP=89.9026;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.568807;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=4304;RO=109;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=239.701;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:58,7:58:2277:7:275:-5.54673,0,-185.522 0/0:52:51,1:51:2027:1:41:0,-11.559,-178.525 dDocent_Contig_9636 24 . G A 716.491 . AB=0.203593;ABP=130.451;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1383;QR=5094;RO=132;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=289.645;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:71,18:71:2765:18:734:-39.1822,0,-221.774 0/1:77:61,16:61:2329:16:649:-35.5638,0,-186.601 dDocent_Contig_9637 98 . N C 252.464 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:152:-13.9301,-1.80618,0 1/1:6:0,5:0:0:5:122:-11.0151,-1.50515,0 dDocent_Contig_9638 107 . N A 98.8997 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:106:-9.88889,-0.90309,0 dDocent_Contig_9639 39 . T G 1125.01 . AB=0.549296;ABP=4.50892;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.948718;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1515;QR=1256;RO=32;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=72.4974;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:17,25:17:655:25:995:-77.2039,0,-46.6287 0/1:29:15,14:15:601:14:520:-38.3941,0,-45.6991 dDocent_Contig_9640 31 . T G 52941.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1509;CIGAR=1X;DP=1535;DPB=1535;DPRA=0;EPP=3279.76;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59820;QR=933;RO=23;RPL=0;RPP=3279.76;RPPR=52.9542;RPR=1509;RUN=1;SAF=1509;SAP=3279.76;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:735:9,724:9:363:724:28610:-2539.39,-187.769,0 1/1:800:14,785:14:570:785:31210:-2754.46,-189.29,0 dDocent_Contig_9641 92 . T A 229.704 . AB=0.204545;ABP=69.7337;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=577;QR=2353;RO=70;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:41,10:41:1397:10:307:-12.5764,0,-110.674 0/1:37:29,8:29:956:8:270:-13.4909,0,-75.204 dDocent_Contig_9642 45 . G C 20063 . AB=0.568696;ABP=50.1482;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=654;CIGAR=1X;DP=1150;DPB=1150;DPRA=0;EPP=1423.15;EPPR=1080.06;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26195;QR=19636;RO=496;RPL=0;RPP=1423.15;RPPR=1080.06;RPR=654;RUN=1;SAF=654;SAP=1423.15;SAR=0;SRF=496;SRP=1080.06;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:516:183,333:183:7291:333:13280:-1038.89,0,-500.519 0/1:634:313,321:313:12345:321:12915:-970.508,0,-919.339 dDocent_Contig_9643 135 . N G 537.079 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:15:0,15:0:0:15:593:-53.7079,-4.51545,0 dDocent_Contig_9644 1 . N G 72.1642 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21426,-0.60206,0 dDocent_Contig_9645 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9646 48 . A T 263.241 . AB=0.283019;ABP=24.6841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=497;QR=1435;RO=38;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=85.5263;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:13,8:13:485:8:274:-18.6706,0,-37.6654 0/1:32:25,7:25:950:7:223:-10.7505,0,-76.165 dDocent_Contig_9647 64 . C T 161.252 . AB=0.133333;ABP=318.308;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=563;DPB=563;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=1116.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1535;QR=17384;RO=513;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=1116.98;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=513;SRP=1116.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:293:279,14:279:9435:14:437:0,-48.5695,-809.565 0/1:270:234,36:234:7949:36:1098:-17.8242,0,-634.218 dDocent_Contig_9648 22 . A T 1622.05 . AB=0.41844;ABP=11.1572;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=2X2M1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=57.9661;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.864407;PAIREDR=0.935897;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2303;QR=3080;RO=78;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=172.385;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:51,20:51:2009:20:782:-48.8235,0,-159.244 0|1:67:27,39:27:1071:39:1521:-116.478,0,-76.4274 dDocent_Contig_9649 53 . T A 1437.33 . AB=0.47619;ABP=3.52732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1976;QR=2152;RO=55;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:36,28:36:1427:28:1111:-81.0118,0,-109.423 0/1:41:19,22:19:725:22:865:-65.8181,0,-53.2218 dDocent_Contig_9651 61 . T A 17823.3 . AB=0.735219;ABP=376.894;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=572;CIGAR=1X;DP=778;DPB=778;DPRA=0;EPP=1245.09;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22456;QR=8121;RO=206;RPL=572;RPP=1245.09;RPPR=450.334;RPR=0;RUN=1;SAF=572;SAP=1245.09;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:407:123,284:123:4879:284:11181:-883.079,0,-316.5 0/1:371:83,288:83:3242:288:11275:-902.349,0,-180.176 dDocent_Contig_9652 37 . T G 51.5808 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=1368;RO=34;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:879:1:23:0,-4.62378,-77.1189 0/1:15:12,3:12:489:3:122:-6.85704,0,-39.8459 dDocent_Contig_9654 14 . T A 162.062 . AB=0.163934;ABP=62.8504;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=6815;RO=173;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=378.675;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:124:122,2:122:4812:2:82:0,-29.548,-425.217 0/1:61:51,10:51:2003:10:399:-17.9051,0,-162.102 dDocent_Contig_9655 11 . C T 650.764 . AB=0.170616;ABP=201.849;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=54.2971;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0.708571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1456;QR=6916;RO=175;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=383.018;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:102,15:102:4043:15:609:-19.9271,0,-303.364 0/1:94:73,21:73:2873:21:847:-48.2462,0,-202.033 dDocent_Contig_9656 15 . T A 14026.9 . AB=0.803922;ABP=166.68;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=432;CIGAR=1X;DP=498;DPB=498;DPRA=0;EPP=941.086;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17235;QR=2553;RO=63;RPL=0;RPP=941.086;RPPR=139.813;RPR=432;RUN=1;SAF=432;SAP=941.086;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:294:23,268:23:937:268:10676:-875.485,-3.37576,0 0/1:204:40,164:40:1616:164:6559:-528.602,0,-84.2564 dDocent_Contig_9657 52 . G A 174.487 . AB=0.219512;ABP=31.0276;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=1270;RO=32;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:21,5:21:831:5:200:-10.5531,0,-67.2743 0/1:15:11,4:11:439:4:157:-9.99247,0,-35.3469 dDocent_Contig_9658 99 . N A 470.257 . AB=0.142857;ABP=18.5208;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=17;DPB=22.5;DPRA=4.66667;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:14:0,12,2:0:0:12,2:411,67:-38.8125,-5.43243,-1.82007,-33.386,0,-32.7839 1|1:3:0,3,0:0:0:3,0:105,0:-9.47102,-0.90309,0,-9.47102,-0.90309,-9.47102 dDocent_Contig_9661 40 . G A 1613.99 . AB=0.298507;ABP=26.6372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X7M;DP=84;DPB=129;DPRA=0;EPP=42.4916;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=834;RO=22;RPL=1;RPP=42.4916;RPPR=50.7827;RPR=21;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:67:7,39,20:7:266:39,20:1487,787:-162.796,-42.9316,-53.0023,-100.165,0,-115.958 0|0:17:15,0,2:15:568:0,2:0,48:0,-4.51545,-51.2003,-0.557716,-47.4989,-46.8968 dDocent_Contig_9662 98 . N A 78.6386 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:48:-4.55979,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:30:-2.99957,-0.30103,0 dDocent_Contig_9663 102 . N C 98.727 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=4X3I3X3M1X;DP=3;DPB=3.81818;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.3333;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:106:-9.87162,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9664 13 . T C 21570.2 . AB=0.864111;ABP=333.505;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=631;CIGAR=1X;DP=680;DPB=680;DPRA=0;EPP=1373.21;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25307;QR=1909;RO=49;RPL=0;RPP=1373.21;RPPR=109.412;RPR=631;RUN=1;SAF=631;SAP=1373.21;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:393:10,383:10:340:383:15352:-1349.53,-87.397,0 0/1:287:39,248:39:1569:248:9955:-808.885,0,-55.0498 dDocent_Contig_9665 98 . N C 148.992 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:120:-11.0971,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_9666 50 . T G 40793.4 . AB=0.886713;ABP=1860.51;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1268;CIGAR=1X;DP=1430;DPB=1430;DPRA=0;EPP=2756.44;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50189;QR=6409;RO=161;RPL=1268;RPP=2756.44;RPPR=352.617;RPR=0;RUN=1;SAF=1268;SAP=2756.44;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:704:74,629:74:2958:629:24865:-2024.02,0,-54.5833 0/1:726:87,639:87:3451:639:25324:-2058.43,0,-92.081 dDocent_Contig_9668 44 . C A 181.8 . AB=0.109091;ABP=295.014;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=425;DPB=425;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=343.855;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1191;QR=15286;RO=395;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=343.855;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=395;SRP=860.742;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:220:196,24:196:7691:24:950:-19.578,0,-625.634 0/0:205:199,6:199:7595:6:241:0,-39.6448,-661.18 dDocent_Contig_9669 53 . T G 2008.53 . AB=0.496454;ABP=3.0257;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.816901;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2732;QR=2362;RO=71;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:46,49:46:1552:49:1911:-143.595,0,-111.359 0/1:46:25,21:25:810:21:821:-60.3554,0,-59.3481 dDocent_Contig_9670 38 . G A 1382.45 . AB=0.379562;ABP=20.2711;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.517647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2022;QR=3309;RO=85;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=187.585;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:58,15:58:2286:15:586:-31.1024,0,-183.951 0/1:64:27,37:27:1023:37:1436:-110.24,0,-73.0939 dDocent_Contig_9671 107 . N T 62.5341 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:67:-6.25232,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9673 34 . C A 161.622 . AB=0.183673;ABP=45.5977;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=2224;RO=55;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=122.441;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:40,9:40:1621:9:355:-17.5597,0,-131.364 0/0:16:15,1:15:603:1:38:0,-1.01921,-50.8102 dDocent_Contig_9674 93 . A G 198.366 . AB=0.615385;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=1.08333;EPP=20.3821;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=602;RO=17;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:423:0:0:0,-3.61236,-38.4049 0/1:13:5,8:5:179:8:279:-21.5356,0,-12.547 dDocent_Contig_9675 82 . G T 35.959 . AB=0.118644;ABP=77.5396;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=3588;RO=100;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:52,7:52:1843:7:249:-4.99373,0,-148.374 0/0:50:48,2:48:1745:2:78:0,-7.64803,-149.926 dDocent_Contig_9676 25 . T C 12877.8 . AB=0.747525;ABP=110.509;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=391;CIGAR=1X3M;DP=471;DPB=471;DPRA=0;EPP=852.056;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.997442;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15562;QR=1944;RO=50;RPL=0;RPP=852.056;RPPR=111.584;RPR=391;RUN=1;SAF=391;SAP=852.056;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:202:34,17,151:34:1342:17,151:661,6003:-483.975,-439.894,-545.197,0,-56.1102,-64.9693 1|1:269:16,13,240:16:602:13,240:518,9559:-805.204,-767.363,-812.764,-22.9428,-29.5798,0 dDocent_Contig_9677 38 . A C 964.355 . AB=0.207921;ABP=77.8508;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=3M1X3M3D3M1X19M;DP=101;DPB=101.091;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=822;QR=851;RO=22;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:59:13,6,18,10,5,4,0:13:502:6,18,10,5,4,0:240,709,361,194,161,0:-54.4198,-38.56,-77.9828,0,-21.4571,-35.8129,-28.8755,-50.3302,-11.7733,-67.0922,-42.3926,-63.8484,-25.2901,-54.1625,-82.1159,-45.062,-66.518,-27.9595,-56.8319,-70.3502,-85.0866,-58.3332,-79.789,-41.2315,-70.1025,-83.621,-86.2907,-99.5613 0|1:42:9,15,6,4,0,0,5:9:349:15,6,4,0,0,5:582,230,126,0,0,202:-45.1126,0,-24.1627,-28.9443,-9.7999,-55.8138,-37.7002,-18.5585,-47.4976,-65.1693,-47.8219,-28.6782,-57.6199,-66.3735,-76.4971,-47.8219,-28.6782,-57.6199,-66.3735,-76.4971,-76.4971,-31.1643,-12.0191,-40.963,-49.7178,-59.8408,-59.8408,-58.3356 dDocent_Contig_9678 18 . G A 395.064 . AB=0.234568;ABP=52.5788;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981132;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=844;QR=4208;RO=106;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=233.186;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:62,19:62:2468:19:722:-40.9044,0,-197.884 0/0:47:44,3:44:1740:3:122:0,-2.77592,-145.452 dDocent_Contig_9679 12 . A T 142.667 . AB=0.155172;ABP=62.913;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1.16;EPP=22.5536;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=3971;RO=99;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=217.986;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:49,9:49:1964:9:364:-15.6646,0,-159.499 0/0:50:50,0:50:2007:0:0:0,-15.0515,-180.814 dDocent_Contig_9680 117 . A T 270.948 . AB=0.26;ABP=28.0257;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.0769;MQMR=53.2432;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.540541;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=1488;RO=37;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:651:2:82:-2.36114,0,-52.6918 0/1:32:21,11:21:837:11:421:-27.7857,0,-65.1458 dDocent_Contig_9682 107 . N C 901.872 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=61.9202;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.6129;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0322581;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1030;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=30;SAP=61.9202;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:330:-28.1285,-3.0103,0 1/1:21:0,21:0:0:21:700:-61.7577,-6.32163,0 dDocent_Contig_9683 15 . C A 115.44 . AB=0.15;ABP=66.8516;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=2014;RO=51;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=113.755;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=14.8328;SAR=1;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:988:4:154:-5.50231,0,-80.4919 0/1:31:26,5:26:1026:5:201:-9.13859,0,-83.3055 dDocent_Contig_9684 98 . N C 419.205 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=10X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.6161;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=466;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:15:0,14:0:0:14:466:-41.9205,-4.21442,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9685 60 . G C 332.351 . AB=0.18;ABP=91.9538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=172.491;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4146;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=715;QR=3153;RO=82;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=81;SRP=172.491;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:28,13:28:1091:13:518:-34.6235,0,-86.1328 0/1:59:54,5:54:2062:5:197:-0.344749,0,-165.481 dDocent_Contig_9686 107 . N G 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_9687 28 . T A 95.8144 . AB=0.120482;ABP=106.849;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=6850;RO=182;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=398.218;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=182;SRP=398.218;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:111:109,2:109:4159:2:82:0,-25.6347,-366.58 0/1:83:73,10:73:2691:10:399:-11.2804,0,-217.375 dDocent_Contig_9688 27 . C A 3002.03 . AB=0.134459;ABP=1996.94;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=231;CIGAR=1X;DP=1718;DPB=1718;DPRA=0;EPP=504.62;EPPR=3229.82;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9119;QR=56823;RO=1486;RPL=0;RPP=504.62;RPPR=3229.82;RPR=231;RUN=1;SAF=231;SAP=504.62;SAR=0;SRF=1486;SRP=3229.82;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:895:786,108:786:30016:108:4228:-110.959,0,-2429.91 0/1:823:700,123:700:26807:123:4891:-192.341,0,-2163.03 dDocent_Contig_9689 44 . G A 305.173 . AB=0.214286;ABP=62.5707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=33.8935;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.621212;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=647;QR=2607;RO=66;RPL=1;RPP=33.8935;RPPR=146.327;RPR=17;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:31,13:31:1220:13:463:-28.7439,0,-96.8316 0/1:40:35,5:35:1387:5:184:-4.87022,0,-113.046 dDocent_Contig_9690 161 . A G 46796 . AB=0.840093;ABP=870.012;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1419;CIGAR=1X1M;DP=1633;DPB=1633;DPRA=0;EPP=3075.65;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56060;QR=4153;RO=106;RPL=1418;RPP=3075.65;RPPR=233.186;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=3084.33;SAR=1419;SRF=0;SRP=233.186;SRR=106;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:863:64,73,725:64:2485:73,725:2835,28654:-2367.2,-2153.55,-2335.73,-28.7589,0,-14.6603 1|1:770:42,33,694:42:1668:33,694:1275,27406:-2313.8,-2221.74,-2349.11,-71.6021,-104.216,0 dDocent_Contig_9691 22 . C T 461.308 . AB=0.447368;ABP=3.9246;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X2M1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=666;QR=818;RO=21;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=48.6112;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:8,13:8:318:13:506:-39.5614,0,-22.6651 0|1:17:13,4:13:500:4:160:-9.66629,0,-40.2279 dDocent_Contig_9694 31 . G A 81.7804 . AB=0.114583;ABP=126.875;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=3395;RO=85;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=187.585;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:47,7:47:1894:7:281:-9.40605,0,-154.405 0/1:42:38,4:38:1501:4:155:-1.68021,0,-122.683 dDocent_Contig_9695 151 . G A 4151.74 . AB=0.647619;ABP=42.7586;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=136;CIGAR=1X2M1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=298.331;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5298;QR=2152;RO=57;RPL=0;RPP=298.331;RPPR=126.784;RPR=136;RUN=1;SAF=0;SAP=298.331;SAR=136;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:30,71,11:30:1137:71,11:2766,414:-218.326,0,-71.8505,-193.445,-59.3086,-283.335 0|1:97:27,65,5:27:1015:65,5:2532,200:-199.945,0,-63.5547,-191.597,-66.6427,-273.23 dDocent_Contig_9697 140 . C T 362.702 . AB=0.130631;ABP=266.091;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=462;DPB=462;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=919.372;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1582;QR=16564;RO=422;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=919.372;RPR=40;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=919.372;SRR=422;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:222:193,29:193:7523:29:1158:-37.6681,0,-609.917 0/0:240:229,11:229:9041:11:424:0,-33.7454,-774.672 dDocent_Contig_9698 22 . T C 2451.72 . AB=0.364754;ABP=41.7764;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3570;QR=6167;RO=155;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=339.589;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:97,67:97:3891:67:2702:-193.921,0,-300.805 0/1:80:58,22:58:2276:22:868:-54.348,0,-180.922 dDocent_Contig_9699 13 . T G 477.147 . AB=0.15736;ABP=203.899;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=2X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.83871;PAIREDR=0.831325;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1216;QR=6223;RO=166;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=363.475;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:98:78,20:78:2913:20:788:-41.7412,0,-232.846 0|1:99:88,11:88:3310:11:428:-9.07041,0,-268.25 dDocent_Contig_9700 26 . T C 1395.99 . AB=0.222222;ABP=93.4883;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X3M;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.3;PAIREDR=0.703125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1183;QR=2542;RO=64;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=141.985;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:23,29,9:23:917:29,9:1153,367:-87.9981,0,-66.7798,-64.6407,-45.2284,-137.448 0|1:74:41,11,21:41:1625:11,21:435,816:-54.6979,-31.2397,-161.687,0,-97.9569,-127.433 dDocent_Contig_9701 13 . T A 59.668 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=53.2857;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=2153;RO=59;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=131.127;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,5:31:1122:5:201:-7.36463,0,-90.2646 0/0:30:28,2:28:1031:2:79:0,-1.59683,-85.6653 dDocent_Contig_9702 98 . N T 162.783 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-12.5758,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_9703 98 . N T 76.5352 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:82:-7.65244,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9705 14 . G A 8591.25 . AB=0.787791;ABP=250.482;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=271;CIGAR=1X;DP=344;DPB=344;DPRA=0;EPP=591.479;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10734;QR=2867;RO=73;RPL=0;RPP=591.479;RPPR=161.528;RPR=271;RUN=1;SAF=271;SAP=591.479;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:29,151:29:1121:151:5960:-482.023,0,-46.9803 0/1:164:44,120:44:1746:120:4774:-380.2,0,-107.99 dDocent_Contig_9706 12 . G A 421.094 . AB=0.191304;ABP=98.1963;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1104;QR=8755;RO=220;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=480.734;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:133:127,6:127:5053:6:236:0,-18.4255,-433.036 0/1:115:93,22:93:3702:22:868:-43.8083,0,-298.578 dDocent_Contig_9710 22 . T C 2141.83 . AB=0.284672;ABP=58.1847;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=39;CIGAR=1X1M;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1577;QR=1384;RO=35;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=79.0118;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:21,36,9:21:831:36,9:1414,357:-94.3745,0,-57.5507,-71.3011,-39.0027,-136.999 1|1:71:14,27,30:14:553:27,30:1067,1220:-122.905,-55.1414,-92.5117,-26.4475,0,-62.9405 dDocent_Contig_9711 107 . N A 276.758 . 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AB=0.383764;ABP=66.616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=208;CIGAR=1X;DP=542;DPB=542;DPRA=0;EPP=454.677;EPPR=685.503;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994012;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7006;QR=12221;RO=334;RPL=208;RPP=454.677;RPPR=685.503;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=454.677;SAR=208;SRF=0;SRP=728.282;SRR=334;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:308:166,142:166:5970:142:4751:-335.025,0,-444.571 0/1:234:168,66:168:6251:66:2255:-132.756,0,-492.093 dDocent_Contig_9717 9 . A G 786.471 . AB=0.174194;ABP=431.743;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=145.872;EPPR=747.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=39.8272;MQMR=51.4921;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.740741;PAIREDR=0.801047;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3037;QR=14497;RO=382;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=832.513;RPR=81;RUN=1;SAF=77;SAP=145.872;SAR=4;SRF=372;SRP=747.928;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:221:173,47:173:6558:47:1765:-66.321,0,-483.241 0/1:244:209,34:209:7939:34:1272:-15.4231,0,-586.144 dDocent_Contig_9718 46 . G A 193.778 . AB=0.149425;ABP=95.8844;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=682;QR=5180;RO=133;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=291.816;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:74,13:74:2908:13:518:-20.7758,0,-235.629 0/0:63:59,4:59:2272:4:164:0,-3.81499,-189.498 dDocent_Contig_9719 12 . C G 349.113 . AB=0.169492;ABP=114.97;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=809;QR=3949;RO=98;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=215.815;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:55,10:55:2218:10:409:-17.6036,0,-180.211 0/1:53:43,10:43:1731:10:400:-20.4046,0,-140.046 dDocent_Contig_9720 15 . A T 3390.01 . AB=0.204578;ABP=532.89;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=143;CIGAR=1X2M1X3M;DP=699;DPB=699;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=536.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=54.3916;MQMR=35.7254;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.195804;PAIREDR=0.164179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5465;QR=12984;RO=335;RPL=0;RPP=313.531;RPPR=730.454;RPR=143;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=311;SRP=536.927;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:362:174,22,84,16,41:174:6744:22,84,16,41:876,3315,626,1381:-217.984,-202.691,-584.537,0,-320.803,-363.192,-224.841,-545.636,-342.953,-608.492,-166.953,-487.739,-285.055,-509.888,-543.069 0|1:337:161,32,59,27,41:161:6240:32,59,27,41:1238,2150,1068,1440:-124.114,-78.6343,-366.135,0,-203.182,-279.372,-104.12,-307.301,-228.665,-393.121,-64.9602,-268.139,-189.502,-293.621,-349.745 dDocent_Contig_9723 20 . T A 676.325 . AB=0.131387;ABP=488.073;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=843;DPB=843;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=1640.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0449438;PAIREDR=0.976127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3527;QR=29888;RO=754;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=1640.3;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=754;SRP=1640.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:432:397,35:397:15769:35:1384:0,-5.23003,-1293.15 0/1:411:357,54:357:14119:54:2143:-69.3314,0,-1145.93 dDocent_Contig_9724 49 . G A 1633.46 . AB=0.186404;ABP=392.523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X2M1X;DP=456;DPB=456;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=765.197;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3311;QR=13754;RO=351;RPL=85;RPP=187.585;RPPR=765.197;RPR=0;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=351;SRP=765.197;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:219:156,56,7:156:6135:56,7:2192,282:-133.256,0,-487.761,-156.972,-481.375,-659.494 0|1:237:195,29,12:195:7619:29,12:1119,467:-33.1868,0,-617.601,-53.5101,-587.955,-676.228 dDocent_Contig_9725 14 . T A 3495.55 . AB=0.560386;ABP=9.56668;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=116;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991379;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4607;QR=3684;RO=91;RPL=0;RPP=254.901;RPPR=200.614;RPR=116;RUN=1;SAF=116;SAP=254.901;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:27,73:27:1081:73:2890:-230.108,0,-67.4745 0/1:107:64,43:64:2603:43:1717:-122.544,0,-202.173 dDocent_Contig_9726 17 . T C 182.06 . AB=0.130769;ABP=156.951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=24.5973;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.1765;MQMR=59.3628;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0588235;PAIREDR=0.814159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=4462;RO=113;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=248.387;RPR=17;RUN=1;SAF=15;SAP=24.5973;SAR=2;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:53,11:53:2090:11:431:-19.4357,0,-167.854 0/1:66:60,6:60:2372:6:237:-1.67509,0,-193.622 dDocent_Contig_9729 98 . N A 154.303 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14405,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_9730 17 . T C 14553.3 . AB=0.46833;ABP=12.088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=488;CIGAR=1X;DP=1042;DPB=1042;DPRA=0;EPP=1062.69;EPPR=1206.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19705;QR=22183;RO=554;RPL=0;RPP=1062.69;RPPR=1206.01;RPR=488;RUN=1;SAF=488;SAP=1062.69;SAR=0;SRF=554;SRP=1206.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:574:301,273:301:12074:273:11025:-818.652,0,-912.977 0/1:468:253,215:253:10109:215:8680:-639.774,0,-768.236 dDocent_Contig_9731 47 . C A 263.083 . AB=0.142857;ABP=150.36;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=229.154;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=760;QR=4411;RO=112;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=229.154;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:54:40,12:40:1586:12:479:-27.4006,0,-126.922 0|1:79:72,7:72:2825:7:281:-1.88118,0,-230.6 dDocent_Contig_9732 27 . C A 909.949 . AB=0.140127;ABP=532.836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=471;DPB=471;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=880.285;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2614;QR=16216;RO=404;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=880.285;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=404;SRP=880.285;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:255:222,32:222:8956:32:1259:-36.9095,0,-728.818 0/1:216:182,34:182:7260:34:1355:-57.1823,0,-588.025 dDocent_Contig_9734 19 . G C 524.198 . 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AB=0.301587;ABP=67.6375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X2M1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.6316;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.976744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2217;QR=5059;RO=129;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=283.13;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:105:86,18:86:3355:18:696:-31.2713,0,-270.357 0|1:84:43,39:43:1704:39:1521:-112.015,0,-128.525 dDocent_Contig_9736 98 . N C 354.28 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:11:0,11:0:0:11:348:-31.6261,-3.31133,0 dDocent_Contig_9737 70 . T A 3464.44 . AB=0.352018;ABP=87.8438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=446;DPB=446;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=630.566;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5370;QR=8641;RO=289;RPL=157;RPP=343.931;RPPR=630.566;RPR=0;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=289;SRP=630.566;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:188:166,22:166:4942:22:773:-13.299,0,-388.381 0/1:258:123,135:123:3699:135:4597:-336.241,0,-255.468 dDocent_Contig_9738 98 . N A 103.556 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_9741 173 . C T 55.4329 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=4;EPP=7.35324;EPPR=9.52472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=18;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=111;RO=3;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=3.73412;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=1;SRP=3.73412;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:4:2,2:2:76:2:72:-5.35941,0,-0.125225 0/0:1:1,0:1:35:0:0:0,-0.30103,-3.3807 dDocent_Contig_9742 102 . C T 47.8587 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=723;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,3:9:314:3:105:-6.1838,0,-24.9855 0/0:12:12,0:12:409:0:0:0,-3.61236,-37.1375 dDocent_Contig_9743 10 . A T 296.505 . AB=0.12;ABP=316.571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1193;QR=8785;RO=220;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=480.734;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:119,15:119:4772:15:601:-14.0759,0,-389.042 0/1:116:101,15:101:4013:15:592:-18.6715,0,-326.234 dDocent_Contig_9745 16 . T A 926.823 . AB=0.127119;ABP=145.518;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=1M1I8M2X1M;DP=118;DPB=122.75;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=2426;RO=62;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=137.642;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:61:39,7,13:39:1538:7,13:265,495:-28.8761,-18.8877,-143.344,0,-104.85,-122.661 0|0:57:23,8,24:23:888:8,24:291,901:-66.9032,-50.0635,-120.589,0,-49.1924,-65.7288 dDocent_Contig_9746 107 . N A 4120.83 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4570;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=328.731;RPPR=0;RPR=150;RUN=1;SAF=0;SAP=328.731;SAR=150;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0,22:0:0:22:644:-58.2381,-6.62266,0 1/1:128:0,128:0:0:128:3926:-353.544,-38.5318,0 dDocent_Contig_9749 14 . T G 38.7961 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=1085;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:245:2:81:-5.27749,0,-20.0212 0/0:22:21,1:21:840:1:35:0,-3.12403,-72.4091 dDocent_Contig_9750 61 . T C 13143.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=389;CIGAR=1X;DP=407;DPB=407;DPRA=0;EPP=847.713;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15302;QR=686;RO=18;RPL=389;RPP=847.713;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=389;SAP=847.713;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:227:8,219:8:307:219:8631:-748.36,-40.3421,0 1/1:180:10,170:10:379:170:6671:-565.662,-19.7213,0 dDocent_Contig_9751 45 . T C 42.5712 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=884;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:310:1:41:-1.3853,0,-25.5473 0/1:18:15,3:15:574:3:121:-5.86166,0,-46.5707 dDocent_Contig_9752 34 . C T 543.132 . AB=0.240385;ABP=63.895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0.772152;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=978;QR=3098;RO=79;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=174.557;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:54,6:54:2115:6:234:-3.36658,0,-172.486 0/1:44:25,19:25:983:19:744:-54.0389,0,-75.5266 dDocent_Contig_9754 98 . N A 94.8835 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=4X;DP=3;DPB=10.5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=30;PQA=967;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:34:-3.05935,-0.30103,0 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.12454,-0.60206,0 dDocent_Contig_9755 148 . C T 3014.24 . AB=0.806723;ABP=100.252;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3777;QR=909;RO=23;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=52.9542;RPR=96;RUN=1;SAF=0;SAP=211.472;SAR=96;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:11,57:11:443:57:2267:-183.726,0,-19.7558 0/1:51:12,39:12:466:39:1510:-120.794,0,-26.9353 dDocent_Contig_9756 21 . A C 2669.41 . AB=0.241176;ABP=101.927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X2M1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.6596;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.893617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1590;QR=1800;RO=47;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=105.07;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:28,15,32:28:1082:15,32:578,1281:-97.1056,-58.0834,-142.41,0,-41.3934,-79.2159 1|0:95:19,26,47:19:718:26,47:1012,1874:-172.933,-95.4896,-146.509,-24.325,0,-69.0249 dDocent_Contig_9757 52 . A G 434.884 . AB=0.243902;ABP=49.7234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.919355;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=784;QR=2389;RO=62;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:29,11:29:1137:11:421:-26.1943,0,-90.5719 0/1:42:33,9:33:1252:9:363:-20.391,0,-100.303 dDocent_Contig_9758 13 . C T 451.326 . AB=0.260274;ABP=39.4494;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.685185;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=772;QR=2180;RO=54;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=120.27;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:20,12:20:801:12:489:-34.7281,0,-62.7688 0/1:41:34,7:34:1379:7:283:-13.5014,0,-112.019 dDocent_Contig_9759 67 . A G 42.247 . AB=0.103093;ABP=135.739;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.841727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=471;QR=5296;RO=139;RPL=8;RPP=4.51363;RPPR=3.40085;RPR=5;RUN=1;SAF=8;SAP=4.51363;SAR=5;SRF=67;SRP=3.40085;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:87,10:87:3308:10:383:-5.62261,0,-268.652 0/0:55:52,3:52:1988:3:88:0,-8.35346,-170.951 dDocent_Contig_9760 17 . C T 1037.21 . AB=0.152809;ABP=468.93;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=687;DPB=687;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=1331.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2900;QR=24505;RO=612;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=1331.95;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=612;SRP=1331.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:445:377,68:377:15046:68:2655:-105.119,0,-1218.99 0/0:242:235,6:235:9459:6:245:0,-50.2627,-828.298 dDocent_Contig_9761 88 . G C 19223.4 . AB=0.766777;ABP=564.93;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=697;CIGAR=1X;DP=909;DPB=909;DPRA=0;EPP=1516.53;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24437;QR=7429;RO=212;RPL=697;RPP=1516.53;RPPR=463.362;RPR=0;RUN=1;SAF=697;SAP=1516.53;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:438:111,327:111:3888:327:11449:-898.462,0,-218.268 0/1:471:101,370:101:3541:370:12988:-1026.98,0,-177.12 dDocent_Contig_9763 83 . T C 56.7359 . AB=0.103448;ABP=161.453;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=254;DPB=254;DPRA=0.84058;EPP=29.068;EPPR=526.335;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958506;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=466;QR=9156;RO=241;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=526.335;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=241;SRP=526.335;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:138:137,0:137:5227:0:0:0,-41.2411,-470.35 0/1:116:104,12:104:3929:12:466:-7.37256,0,-318.793 dDocent_Contig_9764 114 . C T 103.454 . AB=0.26087;ABP=14.4341;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0.69697;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.64;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=207;QR=1636;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1057:0:0:0,-9.93399,-95.4182 0/1:23:17,6:17:579:6:207:-12.0444,0,-45.5083 dDocent_Contig_9766 90 . G C 75.1685 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.378378;EPP=11.6962;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.787234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=142;QR=1628;RO=47;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:351:4:142:-8.91479,0,-27.7133 0/0:37:37,0:37:1277:0:0:0,-11.1381,-115.229 dDocent_Contig_9767 98 . N T 104.553 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_9768 27 . A C 41.8171 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=12M1X4M;DP=54;DPB=53.8235;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21;QR=1775;RO=46;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=102.898;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:24,4,0:24:915:4,0:153,0:-5.57963,0,-74.1504,-12.8043,-75.3545,-87.911 0|0:25:22,0,2:22:860:0,2:0,21:0,-6.62266,-77.4926,-5.53111,-76.2275,-75.6255 dDocent_Contig_9769 9 . T A 127.315 . AB=0.0979228;ABP=476.23;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1M1D1X;DP=616;DPB=602;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=1242.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1614;QR=21684;RO=571;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=1242.92;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=571;SRP=1242.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:279:270,9:270:10229:9:337:0,-53.3058,-889.622 0|1:337:301,33:301:11455:33:1277:-14.4305,0,-929.772 dDocent_Contig_9770 163 . A T 1208.58 . AB=0.443478;ABP=6.20142;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.765625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1755;QR=2219;RO=64;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=141.985;RPR=51;RUN=1;SAF=0;SAP=113.755;SAR=51;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:31,24:31:1084:24:836:-58.9985,0,-81.3056 0/1:60:33,27:33:1135:27:919:-64.9568,0,-84.3716 dDocent_Contig_9771 57 . T A 36.0336 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.666667;EPP=11.6962;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.688525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=142;QR=2289;RO=61;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:39,0:39:1441:0:0:0,-11.7402,-129.97 0|1:26:22,4:22:848:4:142:-5.30222,0,-68.8094 dDocent_Contig_9772 31 . T A 270.464 . AB=0.172043;ABP=89.8925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=639;QR=3097;RO=77;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=170.214;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:52,5:52:2098:5:205:-1.6763,0,-171.838 0/1:36:25,11:25:999:11:434:-28.5767,0,-79.3676 dDocent_Contig_9773 23 . C G 25271.4 . AB=0.600498;ABP=108.633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=723;CIGAR=2M2X;DP=1204;DPB=1204;DPRA=0;EPP=1564.31;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=43.9308;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.829876;PAIREDR=0.985294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28515;QR=2704;RO=68;RPL=0;RPP=1572.98;RPPR=150.67;RPR=723;RUN=1;SAF=722;SAP=1564.31;SAR=1;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:564:21,68,97,377:21:837:68,97,377:2692,3848,14849:-1218.69,-1045.09,-1093.55,-956.284,-845.287,-996.012,-199.798,-88.8122,0,-155.241 0|1:640:47,60,184,346:47:1867:60,184,346:2387,7327,13666:-1311.54,-1133.32,-1268.96,-802.115,-763.444,-900.426,-369.847,-331.177,0,-419.393 dDocent_Contig_9775 131 . C T 1349.45 . AB=0.25641;ABP=163.811;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=506.792;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.6293;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2571;QR=7730;RO=232;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=506.792;RPR=80;RUN=1;SAF=0;SAP=176.728;SAR=80;SRF=0;SRP=506.792;SRR=232;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:138,41:138:4554:41:1319:-65.1108,0,-354.433 0/1:133:94,39:94:3176:39:1252:-72.9315,0,-240.75 dDocent_Contig_9776 16 . G A 42.7547 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M2D4M;DP=33;DPB=31.6667;DPRA=1.2;EPP=9.52472;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1020;RO=26;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=59.4686;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:15:13,0,1:13:517:0,1:0,27:0,-3.91339,-46.6657,-1.69963,-44.544,-44.2429 0|1:18:13,3,2:13:503:3,2:120,79:-5.97424,0,-40.4041,-3.38865,-34.8052,-44.0902 dDocent_Contig_9778 29 . T C 308.067 . AB=0.258621;ABP=32.3626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X3M;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=1412;RO=38;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=85.5263;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:26,5,9:26:965:5,9:198,360:-21.8298,-13.3616,-90.794,0,-62.6377,-76.2289 0|1:18:12,0,6:12:447:0,6:0,191:-12.0738,-15.6861,-52.3092,0,-36.9592,-35.1531 dDocent_Contig_9779 32 . T C 1596.1 . AB=0.252747;ABP=147.974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=273;DPB=273;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2715;QR=8041;RO=204;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=445.991;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:90,36:90:3525:36:1406:-88.8756,0,-279.382 0/1:147:114,33:114:4516:33:1309:-73.8316,0,-362.15 dDocent_Contig_9780 107 . N T 59.856 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98344,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9781 12 . G A 4714.11 . AB=0.236343;ABP=544.617;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=212;CIGAR=1M1D3M1X;DP=897;DPB=861.5;DPRA=0;EPP=463.362;EPPR=1475.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8257;QR=26210;RO=678;RPL=0;RPP=463.362;RPPR=1475.27;RPR=212;RUN=1;SAF=212;SAP=463.362;SAR=0;SRF=678;SRP=1475.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:548:407,139:407:15698:139:5419:-322.895,0,-1247.23 0|1:349:271,73:271:10512:73:2838:-151.613,0,-841.677 dDocent_Contig_9782 19 . G A 16434.1 . AB=0.495094;ABP=3.24469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=555;CIGAR=1X;DP=1121;DPB=1121;DPRA=0;EPP=1208.18;EPPR=1232.06;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996396;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22060;QR=22601;RO=566;RPL=0;RPP=1208.18;RPPR=1232.06;RPR=555;RUN=1;SAF=555;SAP=1208.18;SAR=0;SRF=566;SRP=1232.06;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:559:323,236:323:12918:236:9379:-675.285,0,-993.381 0/1:562:243,319:243:9683:319:12681:-971.223,0,-701.697 dDocent_Contig_9783 11 . T A 2848.35 . AB=0.556213;ABP=7.64877;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.840426;PAIREDR=0.773333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3760;QR=3000;RO=75;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=165.871;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:37,32:37:1477:32:1266:-93.4381,0,-112.404 0/1:100:38,62:38:1523:62:2494:-194.494,0,-107.207 dDocent_Contig_9784 30 . G A 2413.5 . AB=0.684211;ABP=36.611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.820513;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3092;QR=1449;RO=36;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=81.1833;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:8,45:8:313:45:1765:-143.117,0,-12.5781 0/1:61:28,33:28:1136:33:1327:-101.33,0,-84.1554 dDocent_Contig_9785 17 . T C 1303.76 . AB=0.4;ABP=12.9991;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.927536;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1861;QR=2794;RO=69;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=152.842;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:41,10:41:1657:10:401:-21.096,0,-133.999 0/1:64:28,36:28:1137:36:1460:-112.376,0,-83.3415 dDocent_Contig_9786 70 . G A 40.5972 . AB=0.12766;ABP=59.6072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0.573171;EPP=16.0391;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.544715;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=214;QR=4464;RO=123;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=10.7958;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=72;SRP=10.7958;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:41,6:41:1504:6:214:-5.45762,0,-121.492 0/0:82:82,0:82:2960:0:0:0,-24.6845,-266.598 dDocent_Contig_9788 13 . A C 1949.85 . AB=0.125926;ABP=167.093;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1D11M;DP=135;DPB=128.688;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=684;QR=1348;RO=34;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=76.8404;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:20,13,0,11,25:20:792:13,0,11,25:523,0,421,955:-72.3156,-35.2284,-96.5055,-78.3362,-100.419,-143.524,-43.7941,-65.8765,-108.982,-105.671,0,-22.0811,-65.1868,-30.6472,-57.6611 0|0:65:14,4,6,0,41:14:556:4,6,0,41:161,240,0,1583:-125.766,-116.71,-161.282,-110.209,-142.715,-154.179,-129.98,-162.486,-155.985,-175.756,0,-32.5018,-26.0012,-45.7716,-33.4294 dDocent_Contig_9789 135 . G A 156.206 . AB=0.242424;ABP=22.0271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=981;RO=25;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=57.2971;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:9,3:9:344:3:118:-7.38984,0,-27.6976 0|1:21:16,5:16:637:5:192:-11.3277,0,-51.343 dDocent_Contig_9791 107 . N G 127.61 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 dDocent_Contig_9792 11 . T C 109.123 . AB=0.139241;ABP=92.3155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=412;QR=2742;RO=68;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=150.67;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:41,5:41:1652:5:197:-4.25814,0,-135.057 0/1:33:27,6:27:1090:6:215:-9.75046,0,-88.4503 dDocent_Contig_9793 15 . T A 17877.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=519;CIGAR=1X;DP=540;DPB=540;DPRA=0;EPP=1130;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978805;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20733;QR=849;RO=21;RPL=0;RPP=1130;RPPR=48.6112;RPR=519;RUN=1;SAF=519;SAP=1130;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:250:11,239:11:444:239:9564:-819.847,-34.9423,0 1/1:290:10,280:10:405:280:11169:-967.628,-50.4898,0 dDocent_Contig_9795 35 . G A 34.6848 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1I3M1X;DP=42;DPB=42.6;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1534;RO=39;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=87.6977;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:18,3:18:716:3:120:-4.86627,0,-58.4472 0|0:21:21,0:21:818:0:0:0,-6.32163,-73.9384 dDocent_Contig_9796 23 . T C 231.191 . AB=0.163043;ABP=93.7401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=3073;RO=77;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=170.214;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:49,10:49:1959:10:403:-18.8691,0,-158.744 0/1:33:28,5:28:1114:5:188:-7.34696,0,-90.608 dDocent_Contig_9797 98 . N T 139.815 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:152:-13.9812,-1.50515,0 dDocent_Contig_9798 112 . G A 187.748 . AB=0.333333;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=420;QR=1632;RO=48;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=107.241;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:30,3:30:1031:3:106:0,-0.0448928,-83.2118 0/1:27:18,9:18:601:9:314:-20.4699,0,-46.276 dDocent_Contig_9799 29 . C T 1668.6 . 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AB=0.874477;ABP=294.124;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=375;CIGAR=1X;DP=418;DPB=418;DPRA=0;EPP=817.312;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13994;QR=1579;RO=42;RPL=375;RPP=817.312;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=375;SAP=817.312;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:239:30,209:30:1116:209:7794:-629.342,0,-28.7942 1/1:179:12,166:12:463:166:6200:-515.962,-11.6563,0 dDocent_Contig_9801 19 . C T 188.421 . AB=0.209302;ABP=34.5724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=2561;RO=65;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=144.156;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:31,1:31:1217:1:41:0,-5.53839,-105.713 0/1:43:34,9:34:1344:9:368:-20.5411,0,-108.273 dDocent_Contig_9803 24 . C A 7499.62 . AB=0.348485;ABP=160.936;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=364;CIGAR=1X;DP=1915;DPB=1915;DPRA=0;EPP=793.426;EPPR=3370.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997253;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14467;QR=62049;RO=1551;RPL=0;RPP=793.426;RPPR=3370.96;RPR=364;RUN=1;SAF=364;SAP=793.426;SAR=0;SRF=1551;SRP=3370.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1123:1035,88:1035:41409:88:3458:0,-26.7902,-3411.62 0/1:792:516,276:516:20640:276:11009:-751.661,0,-1617.42 dDocent_Contig_9807 22 . A G 195.871 . AB=0.147727;ABP=97.8642;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0.988764;EPP=31.2394;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=527;QR=6531;RO=164;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=359.132;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:89:89,0:89:3533:0:0:0,-26.7917,-318.009 0/1:88:75,13:75:2998:13:527:-21.2861,0,-243.408 dDocent_Contig_9809 14 . A G 651.762 . AB=0.132626;ABP=444.96;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=723;DPB=723;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=1427.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98628;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2678;QR=26217;RO=656;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=1427.5;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=656;SRP=1427.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:346:329,17:329:13166:17:676:0,-42.9864,-1122.79 0/1:377:327,50:327:13051:50:2002:-66.8752,0,-1060.15 dDocent_Contig_9810 24 . T G 131.118 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=4M1X;DP=96;DPB=94.2;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=3169;RO=80;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=176.728;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:52,5,0:52:2056:5,0:201,0:-1.30847,0,-168.079,-16.962,-169.584,-186.145 0|1:39:28,3,7:28:1113:3,7:120,281:-14.7303,-13.2734,-104.003,0,-81.7518,-89.53 dDocent_Contig_9811 12 . A G 492.279 . AB=0.13834;ABP=290.443;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=488;DPB=488;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=984.516;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1431;QR=17772;RO=452;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=984.516;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=452;SRP=984.516;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:253:218,35:218:8530:35:1406:-50.6259,0,-691.131 0/0:235:234,1:234:9242:1:25:0,-68.2422,-828.785 dDocent_Contig_9812 17 . C T 437.3 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=1168;RO=29;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=65.983;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:10,4,7:10:405:4,7:162,279:-19.96,-9.60962,-41.8049,0,-20.0373,-31.2884 0|0:34:19,5,10:19:763:5,10:202,396:-26.8669,-15.9305,-77.2992,0,-46.2144,-59.858 dDocent_Contig_9813 27 . G A 1994.94 . 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AB=0.173913;ABP=45.4956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=1499;RO=38;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=85.5263;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:948:6:219:-11.0323,0,-76.5941 0/1:16:14,2:14:551:2:76:-2.39833,0,-45.1112 dDocent_Contig_9816 14 . G A 12393.4 . AB=0.82618;ABP=433.651;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=385;CIGAR=1X3M;DP=466;DPB=466;DPRA=0;EPP=839.027;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.987;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.98961;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15314;QR=2406;RO=61;RPL=0;RPP=839.027;RPPR=135.47;RPR=385;RUN=1;SAF=385;SAP=839.027;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:260:39,3,218:39:1531:3,218:118,8646:-699.907,-701.94,-826.945,0,-116.2,-60.2827 0|1:206:22,17,167:22:875:17,167:674,6668:-542.526,-493.67,-560.595,0,-16.5657,-21.7715 dDocent_Contig_9817 28 . A C 156.486 . AB=0.210526;ABP=30.668;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=1218;RO=30;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=68.1545;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:488:6:243:-16.8294,0,-38.8529 0/1:20:18,2:18:730:2:82:-1.75908,0,-60.0042 dDocent_Contig_9818 111 . A G 65.3956 . AB=0.146667;ABP=84.3392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=348;QR=1899;RO=64;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=141.985;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:59,10:59:1741:10:314:-7.79402,0,-136.179 0/1:6:5,1:5:158:1:34:-1.59273,0,-12.7259 dDocent_Contig_9820 95 . T A 32038.5 . AB=0.864606;ABP=1572.22;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1175;CIGAR=1X;DP=1359;DPB=1359;DPRA=0;EPP=2554.49;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9796;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40186;QR=6251;RO=183;RPL=1175;RPP=2554.49;RPPR=400.39;RPR=0;RUN=1;SAF=1175;SAP=2554.49;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:694:89,604:89:3028:604:20564:-1641.45,0,-63.8095 0/1:665:94,571:94:3223:571:19622:-1565.5,0,-90.1235 dDocent_Contig_9821 69 . G A 1066.43 . AB=0.418367;ABP=8.68272;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1540;QR=2115;RO=57;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:39,32:39:1438:32:1212:-88.0045,0,-108.322 0/1:27:18,9:18:677:9:328:-21.7357,0,-53.1319 dDocent_Contig_9822 50 . T G 90.3476 . AB=0.108527;ABP=174.725;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=1.8169;EPP=33.4109;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=547;QR=7423;RO=186;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=406.904;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:71,0:71:2813:0:0:0,-21.3731,-253.278 0/1:129:115,14:115:4610:14:547:-10.7337,0,-375.983 dDocent_Contig_9824 17 . T A 6327.32 . AB=0.0708661;ABP=206.154;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X4M;DP=299;DPB=299;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.880597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=2594;RO=67;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=148.499;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:127:28,82,8,9:28:1071:82,8,9:3228,321,359:-257.092,0,-63.1813,-239.071,-61.4139,-324.536,-235.955,-58.2984,-297.379,-321.12 0|1:172:39,120,13,0:39:1523:120,13,0:4745,519,0:-378.737,0,-89.073,-347.732,-82.449,-469.02,-390.478,-125.197,-472.934,-515.679 dDocent_Contig_9825 135 . A C 49.7289 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0.789474;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.645161;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1220;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:729:0:0:0,-5.71957,-65.917 0/1:15:12,3:12:491:3:120:-6.67186,0,-40.0255 dDocent_Contig_9826 96 . G A 58.8328 . AB=0.132353;ABP=82.8438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=342;QR=4351;RO=126;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=276.616;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:67,1:67:2291:1:34:0,-17.0711,-203.059 0/1:68:59,9:59:2060:9:308:-7.58225,0,-165.202 dDocent_Contig_9828 27 . T A 18859.9 . AB=0.822715;ABP=656.124;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=594;CIGAR=1X1M;DP=722;DPB=722;DPRA=0;EPP=1292.86;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23362;QR=4264;RO=109;RPL=0;RPP=1292.86;RPPR=239.701;RPR=594;RUN=1;SAF=594;SAP=1292.86;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:371:51,19,301:51:2001:19,301:748,11877:-961.806,-915.632,-1074.46,0,-103.021,-73.9383 0|1:351:58,0,293:58:2263:0,293:0,11485:-927.283,-944.743,-1130.73,0,-186.381,-98.1795 dDocent_Contig_9829 26 . C T 50.0064 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=1292;RO=32;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=72.4974;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:564:3:123:-6.34728,0,-45.9848 0/1:20:18,2:18:728:2:75:-1.0982,0,-59.8246 dDocent_Contig_9830 59 . A G 68.9491 . AB=0.12069;ABP=75.4926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=4447;RO=111;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:51,7:51:2056:7:282:-8.29285,0,-167.759 0/0:63:60,3:60:2391:3:123:0,-7.5001,-203.877 dDocent_Contig_9834 32 . T A 25909.1 . AB=0.669864;ABP=316.537;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=838;CIGAR=1X2M1X;DP=1251;DPB=1251;DPRA=0;EPP=1822.7;EPPR=891.143;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33028;QR=16081;RO=409;RPL=0;RPP=1822.7;RPPR=891.143;RPR=838;RUN=1;SAF=838;SAP=1822.7;SAR=0;SRF=409;SRP=891.143;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:648:182,464:182:7163:464:18322:-1452.75,0,-449.545 0|1:603:227,374:227:8918:374:14706:-1141.26,0,-620.924 dDocent_Contig_9835 146 . A G 282.839 . AB=0.194805;ABP=65.3062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1M5D3M3X;DP=77;DPB=70.75;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=2444;RO=62;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=137.642;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:35,6:35:1380:6:241:-9.72465,0,-112.127 0|1:36:27,9:27:1064:9:357:-21.6562,0,-85.2213 dDocent_Contig_9836 9 . T G 1998.87 . AB=0.709677;ABP=38.5244;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.651515;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2560;QR=1039;RO=27;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=61.6401;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:13,28:13:501:28:1086:-85.7024,0,-33.0958 0/1:52:14,38:14:538:38:1474:-117.281,0,-33.1107 dDocent_Contig_9837 17 . T C 3198.23 . AB=0.735714;ABP=70.5741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4052;QR=1472;RO=37;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=83.3548;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:30,37:30:1193:37:1450:-110.577,0,-87.4729 0/1:73:7,66:7:279:66:2602:-212.339,0,-3.5036 dDocent_Contig_9838 23 . T C 489.708 . AB=0.2625;ABP=42.2054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=3X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.701754;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=836;QR=2285;RO=57;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=126.784;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:33,8:33:1319:8:317:-16.1482,0,-106.225 0|1:37:24,13:24:966:13:519:-35.9196,0,-76.1007 dDocent_Contig_9840 9 . T A 1660.42 . AB=0.25;ABP=126.784;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X3M8D2M;DP=228;DPB=172.714;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2245;QR=4831;RO=124;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=272.273;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:136:78,42,0,14:78:3024:42,0,14:1654,0,444:-112.636,0,-235.844,-136.116,-248.487,-384.56,-100.407,-212.77,-348.84,-344.625 0|0:92:46,15,6,25:46:1807:15,6,25:591,228,866:-56.5034,-21.7157,-165.851,-51.6529,-151.671,-198.489,0,-100.007,-129.934,-141.103 dDocent_Contig_9842 64 . C A 8373.42 . AB=0.599129;ABP=42.1867;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=275;CIGAR=1X;DP=459;DPB=459;DPRA=0;EPP=600.165;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10878;QR=7223;RO=183;RPL=275;RPP=600.165;RPPR=400.39;RPR=0;RUN=1;SAF=275;SAP=600.165;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:100,128:100:3957:128:5069:-387.057,0,-287.084 0/1:230:83,147:83:3266:147:5809:-453.382,0,-224.754 dDocent_Contig_9843 74 . C A 465.7 . AB=0.218045;ABP=94.8489;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=989;QR=3575;RO=104;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=228.843;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:55,23:55:1893:23:782:-47.2152,0,-147.171 0/1:55:49,6:49:1682:6:207:-2.41153,0,-135.11 dDocent_Contig_9844 16 . G A 3059.76 . AB=0.178971;ABP=803.288;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=180;CIGAR=1X;DP=1775;DPB=1775;DPRA=0;EPP=393.875;EPPR=3440.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7211;QR=63416;RO=1583;RPL=0;RPP=393.875;RPPR=3440.45;RPR=180;RUN=1;SAF=180;SAP=393.875;SAR=0;SRF=1583;SRP=3440.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:881:849,20:849:34013:20:799:0,-189.772,-2985.74 0/1:894:734,160:734:29403:160:6412:-307.675,0,-2374.4 dDocent_Contig_9845 11 . G A 11043.6 . AB=0.248161;ABP=826.585;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=371;CIGAR=1X7M1X;DP=1495;DPB=1425.89;DPRA=0;EPP=808.627;EPPR=1757.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.954178;PAIREDR=0.998762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14682;QR=32008;RO=808;RPL=0;RPP=808.627;RPPR=1757.56;RPR=371;RUN=1;SAF=371;SAP=808.627;SAR=0;SRF=808;SRP=1757.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:740:375,202,160:375:14834:202,160:8040,6315:-549.122,0,-1159.96,-142.437,-701.195,-1315.04 0|1:755:433,108,211:433:17174:108,211:4274,8367:-558.337,-336.942,-1718.1,0,-1061.93,-1350.15 dDocent_Contig_9846 47 . G T 198.35 . 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AB=0.117216;ABP=350.454;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=490;DPB=490;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=973.658;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.860465;PAIREDR=0.794183;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1719;QR=17827;RO=447;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=973.658;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=447;SRP=973.658;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:217:206,11:206:8215:11:447:0,-24.7385,-698.299 0/1:273:241,32:241:9612:32:1272:-32.5572,0,-782.295 dDocent_Contig_9849 9 . T G 10068.9 . 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AB=0.292683;ABP=33.6228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2931;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1069;QR=4456;RO=116;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=254.901;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:62:58,4:58:2224:4:155:0,-4.33842,-185.936 0/1:82:58,24:58:2232:24:914:-57.8908,0,-176.356 dDocent_Contig_9855 98 . N G 66.317 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.62954,-0.60206,0 dDocent_Contig_9856 50 . A C 361.536 . AB=0.116147;ABP=454.781;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=353;DPB=353;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=680.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9872;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.932692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1610;QR=12333;RO=312;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=596.435;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=302;SRP=596.435;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:211:186,25:186:7304:25:982:-25.1481,0,-593.52 0/1:142:126,16:126:5029:16:628:-14.1024,0,-409.745 dDocent_Contig_9857 27 . T A 508.24 . AB=0.285714;ABP=33.7211;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=849;QR=2199;RO=55;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=122.441;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:24,17:24:967:17:660:-47.3882,0,-74.9865 0/1:36:31,5:31:1232:5:189:-6.53277,0,-100.307 dDocent_Contig_9858 9 . T C 500.157 . AB=0.12931;ABP=418.361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=348;DPB=348;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=660.966;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1747;QR=11581;RO=303;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=660.966;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=303;SRP=660.966;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:131,23:131:5002:23:893:-34.3303,0,-403.842 0/1:194:172,22:172:6579:22:854:-18.7823,0,-533.61 dDocent_Contig_9859 9 . T A 324.745 . AB=0.181818;ABP=99.7395;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.423077;PAIREDR=0.793548;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=975;QR=5982;RO=155;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=339.589;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:65,6:65:2504:6:231:0,-0.21522,-204.402 0/1:110:90,20:90:3478:20:744:-34.1709,0,-280.03 dDocent_Contig_9860 39 . T A 115.303 . AB=0.157895;ABP=60.9543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=2X1M1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=1923;RO=48;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=107.241;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:19,4:19:758:4:150:-6.93942,0,-61.6191 0|1:34:29,5:29:1165:5:195:-7.68782,0,-94.896 dDocent_Contig_9861 42 . G A 2515.82 . AB=0.191395;ABP=560.557;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=674;DPB=674;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=1175.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9779;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.945736;PAIREDR=0.580882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5082;QR=21294;RO=544;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=1184.29;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=543;SRP=1175.62;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:332:283,48:283:11049:48:1876:-69.0077,0,-893.667 0/1:342:261,81:261:10245:81:3206:-185.671,0,-818.459 dDocent_Contig_9862 80 . T G 636.105 . AB=0.368421;ABP=14.4391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X3M1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=988;QR=1673;RO=48;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:33,24:33:1147:24:845:-59.2057,0,-86.3774 0|1:19:15,4:15:526:4:143:-7.50172,0,-41.9512 dDocent_Contig_9863 16 . C A 56.5001 . 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AB=0.434783;ABP=3.86001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=913;RO=23;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=52.9542;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:10,1:10:388:1:32:0,-0.112017,-32.0723 0/1:23:13,10:13:525:10:401:-29.523,0,-40.6733 dDocent_Contig_9865 28 . T A 14071 . AB=0.83237;ABP=335.007;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=430;CIGAR=1X;DP=494;DPB=494;DPRA=0;EPP=936.743;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988372;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17052;QR=2555;RO=64;RPL=0;RPP=936.743;RPPR=141.985;RPR=430;RUN=1;SAF=430;SAP=936.743;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:148:6,142:6:230:142:5568:-479.889,-23.4922,0 0/1:346:58,288:58:2325:288:11484:-928.613,0,-105.24 dDocent_Contig_9867 14 . C T 159.492 . AB=0.111111;ABP=215.815;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=370;DPB=370;DPRA=0.778846;EPP=42.0968;EPPR=767.369;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.707386;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=731;QR=14105;RO=352;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=767.369;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=352;SRP=767.369;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:162:144,18:144:5768:18:731:-17.3472,0,-470.143 0/0:208:208,0:208:8337:0:0:0,-62.6142,-749.844 dDocent_Contig_9868 26 . T C 8938.8 . AB=0.88254;ABP=403.395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=278;CIGAR=1X;DP=315;DPB=315;DPRA=0;EPP=606.68;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11024;QR=1483;RO=37;RPL=0;RPP=606.68;RPPR=83.3548;RPR=278;RUN=1;SAF=278;SAP=606.68;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:14,134:14:557:134:5360:-437.681,0,-5.91838 0/1:167:23,144:23:926:144:5664:-459.296,0,-33.3717 dDocent_Contig_9869 1 . N G 251.891 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=269;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:234:-21.3871,-2.10721,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_9871 100 . N G 64.601 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=6X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_9872 10 . T A 78 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.792208;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=3094;RO=77;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=170.214;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:43:41,2:41:1656:2:74:0,-5.91841,-142.24 0|1:44:36,7:36:1438:7:250:-9.49897,0,-116.319 dDocent_Contig_9875 24 . C T 104.499 . AB=0.105263;ABP=234.444;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=717;QR=6068;RO=152;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=333.074;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:105,10:105:4182:10:404:-1.69306,0,-341.318 0/1:55:47,8:47:1886:8:313:-11.9748,0,-153.383 dDocent_Contig_9876 33 . T C 299.029 . AB=0.143791;ABP=171.633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X1M1X;DP=239;DPB=239;DPRA=1.77907;EPP=50.7827;EPPR=213.403;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4562;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.56682;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=856;QR=8514;RO=217;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=457.008;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=181;SRP=213.403;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:153:131,22:131:5128:22:856:-31.3008,0,-414.6 0|0:86:86,0:86:3386:0:0:0,-25.8886,-303.708 dDocent_Contig_9877 98 . N A 61.7545 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17329,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9878 31 . G A 22486.8 . AB=0.888889;ABP=452.264;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=700;CIGAR=1X;DP=772;DPB=772;DPRA=0;EPP=1523.04;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27503;QR=2791;RO=71;RPL=0;RPP=1523.04;RPPR=157.185;RPR=700;RUN=1;SAF=700;SAP=1523.04;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:342:37,304:37:1454:304:11926:-969.851,0,-28.3617 1/1:430:34,396:34:1337:396:15577:-1280.22,-8.84882,0 dDocent_Contig_9879 101 . G T 310.836 . AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.696429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=609;QR=2219;RO=56;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=124.613;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:930:7:284:-16.6021,0,-74.6589 0/1:40:32,8:32:1289:8:325:-17.5784,0,-104.225 dDocent_Contig_9880 35 . G A 3671.94 . AB=0.575342;ABP=6.60959;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=248.461;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982906;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4580;QR=1462;RO=37;RPL=2;RPP=239.998;RPPR=83.3548;RPR=115;RUN=1;SAF=116;SAP=248.461;SAR=1;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:81:6,75:6:240:75:2954:-243.995,-2.40778,0 0/1:73:31,42:31:1222:42:1626:-124.597,0,-88.2809 dDocent_Contig_9883 14 . G T 487.644 . AB=0.189394;ABP=113.624;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.738318;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1010;QR=4217;RO=107;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=235.358;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:64,10:64:2509:10:407:-14.7138,0,-203.667 0/1:58:43,15:43:1708:15:603:-37.1475,0,-136.475 dDocent_Contig_9884 40 . T G 18734.5 . AB=0.814147;ABP=621.049;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=587;CIGAR=1X;DP=721;DPB=721;DPRA=0;EPP=1277.66;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985075;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23280;QR=5316;RO=134;RPL=0;RPP=1277.66;RPPR=293.988;RPR=587;RUN=1;SAF=587;SAP=1277.66;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:388:39,349:39:1554:349:13864:-1129.92,0,-23.3025 0/1:333:95,238:95:3762:238:9416:-746.625,0,-238.345 dDocent_Contig_9885 85 . T G 173.071 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=2477;RO=70;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:47,0,11:47:1663:0,11:0,398:-18.704,-32.8524,-168.302,0,-135.81,-132.498 0|0:27:23,2,2:23:814:2,2:72,74:0,-1.05383,-66.7409,-0.864679,-61.2877,-66.5609 dDocent_Contig_9886 26 . G A 15042.9 . AB=0.798658;ABP=464.762;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=476;CIGAR=1X;DP=596;DPB=596;DPRA=0;EPP=1036.63;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9706;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.960084;PAIREDR=0.0583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18754;QR=4756;RO=120;RPL=0;RPP=1036.63;RPPR=263.587;RPR=476;RUN=1;SAF=476;SAP=1036.63;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:324:81,243:81:3203:243:9538:-760.348,0,-190.808 0/1:272:39,233:39:1553:233:9216:-747.037,0,-58.1328 dDocent_Contig_9887 73 . G A 16168.9 . AB=0.366466;ABP=286.596;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=671;CIGAR=1X;DP=1831;DPB=1831;DPRA=0;EPP=1460.07;EPPR=2519.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24131;QR=41100;RO=1159;RPL=671;RPP=1460.07;RPPR=2519.75;RPR=0;RUN=1;SAF=671;SAP=1460.07;SAR=0;SRF=1159;SRP=2519.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:988:654,334:654:23298:334:11782:-762.811,0,-1798.63 0/1:843:505,337:505:17802:337:12349:-857.173,0,-1347.91 dDocent_Contig_9889 44 . C T 32.0283 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.40909;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.673469;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=1846;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:836:0:0:0,-6.62266,-75.5586 0/1:31:27,4:27:1010:4:154:-4.90153,0,-81.8682 dDocent_Contig_9890 7 . A G 44.5692 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=2504;RO=66;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=146.327;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1107:5:175:-5.85485,0,-89.698 0/0:40:37,3:37:1397:3:71:0,-5.41781,-119.388 dDocent_Contig_9891 17 . C A 1204.32 . 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AB=0.684211;ABP=8.61041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=2.11111;EPP=31.2394;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=456;RO=15;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=35.5824;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:6,13:6:193:13:402:-30.7618,0,-11.9669 0/0:9:9,0:9:263:0:0:0,-2.70927,-23.955 dDocent_Contig_9893 38 . T C 11151.3 . 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AB=0.357494;ABP=146.594;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=291;CIGAR=1X;DP=814;DPB=814;DPRA=0;EPP=634.909;EPPR=1138.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11588;QR=20973;RO=523;RPL=0;RPP=634.909;RPPR=1138.69;RPR=291;RUN=1;SAF=291;SAP=634.909;SAR=0;SRF=523;SRP=1138.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:271,164:271:10854:164:6559:-459.094,0,-845.173 0/1:379:252,127:252:10119:127:5029:-338.407,0,-795.952 dDocent_Contig_9898 171 . A G 1523.22 . AB=0.312169;ABP=60.9277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966102;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2353;QR=5147;RO=130;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=285.302;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=131.127;SAR=59;SRF=0;SRP=285.302;SRR=130;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:88,28:88:3462:28:1120:-66.1625,0,-276.704 0/1:73:42,31:42:1685:31:1233:-89.2568,0,-129.896 dDocent_Contig_9899 83 . A G 2249.9 . AB=0.282468;ABP=129.604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X3M;DP=308;DPB=308;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2943;QR=6297;RO=184;RPL=87;RPP=191.928;RPPR=402.561;RPR=0;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:228:130,15,82:130:4459:15,82:493,2795:-187.653,-186.947,-544.466,0,-322.218,-337.374 0|1:80:54,21,5:54:1838:21,5:700,148:-40.434,0,-142.825,-44.8845,-137.338,-192.491 dDocent_Contig_9900 8 . T C 9336.56 . AB=0.376147;ABP=75.6251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=205;CIGAR=1X6M1X1M;DP=545;DPB=545;DPRA=0;EPP=448.162;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=47.3268;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7503;QR=1015;RO=26;RPL=0;RPP=448.162;RPPR=59.4686;RPR=205;RUN=1;SAF=205;SAP=448.162;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:251:20,22,35,95,56:20:782:22,35,95,56:869,1329,3504,2225:-388.774,-325.644,-383.317,-287.926,-283.072,-341.686,-118.889,-114.036,-76.3192,-154.587,-211.61,-206.756,-169.037,0,-259.049 1|0:294:6,23,50,110,79:6:233:23,50,110,79:899,1895,3999,3075:-547.979,-476.356,-488.578,-397.596,-343.311,-401.689,-233.552,-179.268,-100.511,-219.583,-297.088,-242.802,-164.041,0,-292.452 dDocent_Contig_9901 16 . T C 19832.1 . 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AB=0.142857;ABP=57.2971;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.722222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2894;RO=90;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:48,3:48:1562:3:97:0,-6.30155,-131.812 0/1:49:42,7:42:1332:7:225:-5.8157,0,-105.413 dDocent_Contig_9905 13 . T G 10907.8 . AB=0.756264;ABP=253.422;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=332;CIGAR=6M1X4M;DP=439;DPB=437.909;DPRA=0;EPP=689.614;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=58.8102;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.222892;PAIREDR=0.980392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13250;QR=2003;RO=51;RPL=0;RPP=723.939;RPPR=113.755;RPR=332;RUN=1;SAF=328;SAP=689.614;SAR=4;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:207:18,0,25,161:18:709:0,25,161:0,988,6478:-547.102,-552.52,-610.85,-474.034,-532.363,-524.837,-20.1536,-78.4928,0,-30.0269 0|1:232:33,12,16,171:33:1294:12,16,171:461,629,6772:-546.775,-518.864,-621.664,-506.034,-574.602,-607.63,0,-68.573,-55.7423,-54.9405 dDocent_Contig_9906 51 . C T 4059.45 . AB=0.659898;ABP=46.7594;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992308;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5201;QR=2677;RO=67;RPL=130;RPP=285.302;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:36,83:36:1426:83:3306:-261.777,0,-92.7662 0/1:78:31,47:31:1251:47:1895:-147.265,0,-89.3796 dDocent_Contig_9908 98 . N A 127.534 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:40:-3.67919,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:94:-8.77149,-0.90309,0 dDocent_Contig_9909 51 . G A 104.256 . AB=0.145161;ABP=70.8163;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.924528;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=2085;RO=53;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:25,3:25:991:3:118:-2.57274,0,-81.0646 0/1:34:28,6:28:1094:6:231:-10.9216,0,-88.5182 dDocent_Contig_9910 8 . T A 57.9374 . AB=0.12766;ABP=59.6072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.990291;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=3968;RO=103;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=226.672;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:41,6:41:1588:6:233:-7.19167,0,-129.038 0/0:67:62,5:62:2380:5:191:0,-2.61049,-196.848 dDocent_Contig_9912 28 . T G 42.7804 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1.30769;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1103;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:530:0:0:0,-3.91339,-48.0466 0/1:17:14,3:14:573:3:119:-5.97699,0,-46.7938 dDocent_Contig_9913 83 . T A 204.553 . AB=0.409091;ABP=4.58955;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.375;EPP=22.5536;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=1055;RO=29;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:586:0:0:0,-4.81648,-53.0768 0/1:22:13,9:13:469:9:316:-22.1542,0,-35.9257 dDocent_Contig_9914 11 . A G 184.577 . 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AB=0.185591;ABP=1099.47;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=237;CIGAR=1X;DP=1277;DPB=1277;DPRA=0;EPP=517.649;EPPR=2261.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9846;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9414;QR=41546;RO=1040;RPL=0;RPP=517.649;RPPR=2261.34;RPR=237;RUN=1;SAF=237;SAP=517.649;SAR=0;SRF=1040;SRP=2261.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:587:509,78:509:20304:78:3086:-101.12,0,-1648.91 0/1:690:531,159:531:21242:159:6328:-361.57,0,-1702.23 dDocent_Contig_9916 39 . A G 138.38 . AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=2051;RO=51;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=113.755;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:26,5,7:26:1048:5,7:202,280:-15.2353,-6.40705,-91.2874,0,-69.7288,-84.2751 0|0:28:25,1,2:25:1003:1,2:41,81:0,-4.14002,-86.4756,-0.849884,-80.0972,-82.8796 dDocent_Contig_9917 26 . A G 43.6396 . AB=0.109375;ABP=87.8334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=4908;RO=127;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=278.787;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:57,7:57:2194:7:274:-5.76188,0,-178.398 0/0:71:70,1:70:2714:1:40:0,-17.3774,-240.428 dDocent_Contig_9918 22 . T C 1783.33 . AB=0.192719;ABP=386.012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=467;DPB=467;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=821.655;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9973;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3573;QR=14096;RO=377;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=821.655;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=377;SRP=821.655;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:275:209,66:209:7857:66:2636:-154.595,0,-624.134 0/1:192:168,24:168:6239:24:937:-26.8348,0,-503.641 dDocent_Contig_9919 12 . T C 408.668 . AB=0.275362;ABP=33.2536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X1M7I1X1M1X2M1X3M1X;DP=69;DPB=80.6667;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=48.0526;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.854167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=722;QR=1912;RO=48;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=107.241;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:18,3:18:717:3:109:-3.41631,0,-58.196 0|1:47:30,16:30:1195:16:613:-40.5433,0,-93.5762 dDocent_Contig_9920 115 . C A 51.5667 . AB=0.138889;ABP=84.5612;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=1.2;EPP=24.725;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.4;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=308;QR=3792;RO=121;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=265.758;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=265.758;SRR=121;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:61,10:61:1837:10:308:-6.5546,0,-144.139 0/0:60:60,0:60:1955:0:0:0,-18.0618,-176.222 dDocent_Contig_9922 9 . T G 2330.85 . AB=0.518987;ABP=3.50507;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X4M;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.902439;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3132;QR=2708;RO=69;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=152.842;RPR=82;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:30,1,30:30:1177:1,30:39,1135:-83.9972,-89.8218,-186.325,0,-93.5937,-87.7686 0|1:97:39,6,52:39:1531:6,52:233,1997:-152.185,-144.779,-268.889,0,-106.771,-110.263 dDocent_Contig_9925 12 . T G 725.037 . AB=0.251852;ABP=75.2158;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=3X1M2D3X;DP=135;DPB=127;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.938144;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1278;QR=3796;RO=97;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=213.643;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:48,19:48:1873:19:710:-43.6764,0,-148.251 0|1:66:49,15:49:1923:15:568:-31.9243,0,-153.767 dDocent_Contig_9928 22 . T C 4304.32 . AB=0.154755;ABP=1755.79;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=262;CIGAR=1X;DP=1693;DPB=1693;DPRA=0;EPP=571.936;EPPR=3110.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10483;QR=57011;RO=1431;RPL=0;RPP=571.936;RPPR=3110.39;RPR=262;RUN=1;SAF=262;SAP=571.936;SAR=0;SRF=1431;SRP=3110.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:815:641,174:641:25553:174:6951:-379.925,0,-2052.24 0/1:878:790,88:790:31458:88:3532:-53.6039,0,-2564.1 dDocent_Contig_9929 9 . T G 121.009 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=2.17647;EPP=18.2106;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=1800;RO=47;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=105.07;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:653:0:0:0,-5.11751,-59.1061 0/1:37:30,7:30:1147:7:273:-13.7999,0,-92.3901 dDocent_Contig_9930 14 . G C 65.6354 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M7I3M1X3M1X;DP=48;DPB=52.6667;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1582;RO=41;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:25,5:25:972:5:193:-7.96142,0,-78.7587 0|0:18:16,1:16:610:1:38:0,-1.84409,-51.567 dDocent_Contig_9931 35 . A C 83.5026 . AB=0.11236;ABP=119.172;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0.847619;EPP=24.725;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=7014;RO=184;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=402.561;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:79,10:79:3037:10:402:-9.7482,0,-246.674 0/0:105:105,0:105:3977:0:0:0,-31.6081,-357.986 dDocent_Contig_9932 52 . C A 5786.4 . AB=0.351931;ABP=47.381;AC=4;AF=1;AN=4;AO=82;CIGAR=1X1M;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3213;QR=995;RO=25;RPL=82;RPP=181.071;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:139:17,75,47:17:685:75,47:2937,1854:-332.414,-96.0657,-129.95,-184.997,0,-227.31 1|1:94:8,51,35:8:310:51,35:2012,1359:-249.323,-86.1894,-96.3002,-140.082,0,-155.008 dDocent_Contig_9934 98 . N T 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9935 177 . T G 49.9591 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.55556;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=773;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:352:0:0:0,-2.70927,-32.0344 0/1:14:11,3:11:421:3:117:-6.69487,0,-34.0243 dDocent_Contig_9936 17 . T G 7714.21 . AB=0.757576;ABP=98.0945;AC=4;AF=1;AN=4;AO=229;CIGAR=1M1X;DP=286;DPB=286;DPRA=0;EPP=500.277;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9146;QR=709;RO=18;RPL=0;RPP=500.277;RPPR=42.0968;RPR=229;RUN=1;SAF=229;SAP=500.277;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:121:8,4,104,5:8:308:4,104,5:162,4160,197:-346.28,-335.33,-359.408,-6.03107,-17.9449,0,-332.482,-344.405,-15.0997,-356.258 1|1:165:10,16,125,11:10:401:16,125,11:632,4986,425:-426.539,-377.545,-405.768,-18.9633,0,-14.3755,-394.65,-375.685,-17.1074,-424.377 dDocent_Contig_9939 42 . C A 1056.26 . AB=0.395833;ABP=12.0581;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.672414;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1522;QR=2344;RO=58;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=128.956;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:25,13:25:1014:13:517:-35.4359,0,-80.1129 0/1:58:33,25:33:1330:25:1005:-73.2873,0,-102.498 dDocent_Contig_9941 39 . A G 1635 . AB=0.102564;ABP=217.04;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=2M1X6M1X6M;DP=355;DPB=369.625;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.839286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=4341;RO=112;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=246.215;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:199:60,0,38,0,10,23,0,38:60:2322:0,38,0,10,23,0,38:0,1431,0,390,777,0,1458:-101.595,-119.657,-310.385,-2.4083,-193.138,-181.698,-119.657,-310.385,-193.138,-310.385,-87.6016,-278.33,-161.083,-278.33,-275.32,-56.6855,-247.411,-130.166,-247.411,-215.357,-240.488,-119.657,-310.385,-193.138,-310.385,-278.33,-247.411,-310.385,0,-190.73,-73.4827,-190.73,-158.675,-127.758,-190.73,-179.291 0|0:156:52,26,0,9,9,12,16,22:52:2019:26,0,9,9,12,16,22:984,0,304,350,429,627,872:-65.0007,0,-158.06,-80.6543,-165.887,-246.541,-56.0235,-141.256,-221.909,-219.199,-51.8942,-137.127,-217.781,-193.149,-215.072,-45.6899,-130.922,-211.575,-186.944,-182.816,-207.963,-29.0956,-114.329,-194.983,-170.352,-166.223,-160.018,-190.167,-8.87808,-94.1127,-174.767,-150.135,-146.007,-139.802,-123.209,-168.144 dDocent_Contig_9942 49 . G A 109.988 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=1.01923;EPP=20.3821;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=3867;RO=97;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=213.643;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:45,8:45:1766:8:311:-12.3967,0,-143.211 0/0:52:52,0:52:2101:0:0:0,-15.6536,-189.266 dDocent_Contig_9944 37 . G A 18107.6 . AB=0.433727;ABP=57.9843;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=625;CIGAR=1X;DP=1441;DPB=1441;DPRA=0;EPP=1325.66;EPPR=1774.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24994;QR=32584;RO=816;RPL=0;RPP=1360.18;RPPR=1774.93;RPR=625;RUN=1;SAF=621;SAP=1325.66;SAR=4;SRF=816;SRP=1774.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:693:404,289:404:16143:289:11559:-830.885,0,-1242.96 0/1:748:412,336:412:16441:336:13435:-982.975,0,-1253.17 dDocent_Contig_9945 13 . G A 729.386 . AB=0.0631579;ABP=160.476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=9M1X;DP=175;DPB=179.5;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.7724;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=4723;RO=123;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=270.101;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:95:61,27,6:61:2346:27,6:875,243:-49.6815,0,-183.931,-47.9901,-172.019,-238.285 0|1:80:62,18,0:62:2377:18,0:584,0:-26.3539,0,-190.06,-45.0178,-195.479,-240.17 dDocent_Contig_9946 163 . C T 2063.42 . AB=0.160622;ABP=775.334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=772;DPB=772;DPRA=0;EPP=263.657;EPPR=1307.82;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.966;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.932099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4906;QR=25970;RO=648;RPL=123;RPP=263.657;RPPR=1307.82;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=272.273;SAR=124;SRF=0;SRP=1410.12;SRR=648;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:431:345,86:345:13781:86:3397:-176.034,0,-1109.47 0/1:341:303,38:303:12189:38:1509:-33.405,0,-993.456 dDocent_Contig_9947 15 . T A 306.098 . AB=0.2;ABP=65.5487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=2545;RO=64;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=141.985;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:791:6:238:-13.9665,0,-63.6815 0/1:54:44,10:44:1754:10:396:-19.7403,0,-141.821 dDocent_Contig_9948 209 . N G 193.65 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:162:-14.967,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 dDocent_Contig_9949 19 . G A 1081.59 . AB=0.260116;ABP=89.4801;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=2X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1808;QR=5034;RO=128;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=280.959;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:84:65,19:65:2549:19:770:-44.3336,0,-204.283 0|1:89:63,26:63:2485:26:1038:-66.9223,0,-197.014 dDocent_Contig_9950 35 . A T 565.105 . AB=0.0805687;ABP=325.428;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=15M2X17M;DP=211;DPB=200.706;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=21.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.882353;PAIREDR=0.744681;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=3661;RO=94;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=207.129;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:95:39,1,7,13,0:39:1502:1,7,13,0:41,255,518,0:-30.9248,-39.2802,-162.306,-21.8377,-141.78,-143.057,0,-119.947,-102.504,-119.418,-42.665,-162.607,-145.164,-123.332,-165.991 0|0:116:55,11,2,4,14:55:2159:11,2,4,14:420,78,159,550:-28.6826,-10.7849,-185.052,-38.8268,-181.951,-215.801,-32.1469,-175.272,-203.312,-208.52,0,-143.128,-171.169,-164.489,-173.366 dDocent_Contig_9951 98 . N A 67.4423 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 dDocent_Contig_9952 109 . C T 233.943 . AB=0.26;ABP=28.0257;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=454;QR=1278;RO=37;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=83.3548;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:17,8:17:588:8:279:-17.9233,0,-45.7207 0/1:25:20,5:20:690:5:175:-8.56794,0,-54.8964 dDocent_Contig_9953 21 . T C 51.2559 . AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M1X1M;DP=68;DPB=75;DPRA=1.61538;EPP=13.8677;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.783333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=2300;RO=60;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=133.299;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:34,3,5:34:1323:3,5:114,203:-6.52353,-7.42029,-115.226,0,-99.3844,-107.226 0|0:26:26,0,0:26:977:0,0:0,0:0,-7.82678,-88.2332,-7.82678,-88.2332,-88.2332 dDocent_Contig_9955 161 . C T 956.433 . AB=0.30303;ABP=47.4926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=84.1269;EPPR=317.932;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1708;QR=5739;RO=149;RPL=2;RPP=84.1269;RPPR=317.932;RPR=43;RUN=1;SAF=0;SAP=100.727;SAR=45;SRF=0;SRP=326.56;SRR=149;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:92,40:92:3512:40:1517:-97.0409,0,-276.417 0/0:62:57,5:57:2227:5:191:0,-1.10561,-183.061 dDocent_Contig_9956 32 . G A 29320.3 . 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AB=0.840304;ABP=796.655;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=663;CIGAR=1X1M1X;DP=789;DPB=789;DPRA=0;EPP=1442.7;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.1297;MQMR=59.6017;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.963801;PAIREDR=0.991525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26235;QR=4649;RO=118;RPL=0;RPP=1442.7;RPPR=259.244;RPR=663;RUN=1;SAF=663;SAP=1442.7;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:361:59,297:59:2323:297:11777:-949.761,0,-99.5334 0|1:428:59,366:59:2326:366:14458:-1170.23,0,-81.1822 dDocent_Contig_9958 34 . A G 171.71 . 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AB=0.155172;ABP=62.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=298;QR=1652;RO=49;RPL=1;RPP=14.8328;RPPR=109.412;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:21,5:21:707:5:164:-7.25631,0,-56.1185 0/1:32:28,4:28:945:4:134:-2.75792,0,-75.7261 dDocent_Contig_9964 96 . T C 2411.06 . AB=0.563636;ABP=8.81405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.870968;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3259;QR=2512;RO=72;RPL=93;RPP=204.957;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:33,39:33:1152:39:1368:-101.739,0,-82.3103 0/1:93:39,54:39:1360:54:1891:-142.464,0,-94.6975 dDocent_Contig_9965 36 . C A 62809.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1793;CIGAR=1X;DP=1819;DPB=1819;DPRA=0;EPP=3896.46;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70875;QR=1013;RO=25;RPL=0;RPP=3896.46;RPPR=57.2971;RPR=1793;RUN=1;SAF=1793;SAP=3896.46;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:898:13,884:13:526:884:34895:-3089.79,-222.746,0 1/1:921:12,909:12:487:909:35980:-3190.83,-233.068,0 dDocent_Contig_9966 66 . T G 746.929 . AB=0.316832;ABP=32.4434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1490;QR=5626;RO=160;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=350.446;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:69,32:69:2436:32:1180:-76.0907,0,-189.061 0/0:99:91,8:91:3190:8:310:0,-1.53826,-259.024 dDocent_Contig_9967 98 . N A 995.861 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=32;CIGAR=2X;DP=33;DPB=57.5;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.0927;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1107;QR=0;RO=0;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:33:0,32:0:0:32:1107:-99.5861,-9.63296,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_9968 10 . G T 67.7486 . AB=0.103448;ABP=161.453;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=195.436;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.0962;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.740385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=4115;RO=104;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=228.843;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=100;SRP=195.436;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:60,6:60:2357:6:246:-2.65214,0,-186.244 0/1:50:44,6:44:1758:6:243:-7.1961,0,-143.215 dDocent_Contig_9969 32 . T A 11021.7 . 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AB=0.108491;ABP=285.261;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=439;DPB=439;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=895.485;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995134;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1030;QR=15882;RO=411;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=895.485;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=411;SRP=895.485;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:212:189,23:189:7288:23:831:-11.2718,0,-591.919 0/0:227:222,5:222:8594:5:199:0,-50.0451,-754.88 dDocent_Contig_9972 13 . G A 46318.8 . AB=0.837329;ABP=1734.64;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1467;CIGAR=1X;DP=1752;DPB=1752;DPRA=0;EPP=3188.56;EPPR=619.708;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999318;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57410;QR=11163;RO=284;RPL=0;RPP=3188.56;RPPR=619.708;RPR=1467;RUN=1;SAF=1467;SAP=3188.56;SAR=0;SRF=284;SRP=619.708;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:827:140,687:140:5560:687:26808:-2161.74,0,-251.294 0/1:925:144,780:144:5603:780:30602:-2473.24,0,-225.618 dDocent_Contig_9974 10 . G A 19182.4 . 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T C 953.072 . AB=0.251497;ABP=92.5868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X3M1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97619;PAIREDR=0.928;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1645;QR=4940;RO=125;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=274.444;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:70:53,17:53:2095:17:662:-38.8352,0,-167.678 0|1:97:72,25:72:2845:25:983:-59.5688,0,-226.977 dDocent_Contig_9979 107 . N A 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_9980 16 . A G 76.1488 . 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AB=0.425;ABP=8.87328;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.811594;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1756;QR=2298;RO=69;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=152.842;RPR=51;RUN=1;SAF=0;SAP=113.755;SAR=51;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:26,30:26:832:30:1034:-76.5129,0,-58.3184 0/1:64:43,21:43:1466:21:722:-46.0345,0,-112.964 dDocent_Contig_9983 8 . T C 324.349 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=624;QR=3227;RO=84;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=185.414;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:47,2:47:1818:2:78:0,-7.347,-156.466 0/1:51:37,14:37:1409:14:546:-34.1338,0,-111.73 dDocent_Contig_9984 61 . T G 2560.32 . AB=0.258352;ABP=230.744;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=116;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9224;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4377;QR=13047;RO=333;RPL=116;RPP=254.901;RPPR=726.111;RPR=0;RUN=1;SAF=116;SAP=254.901;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:228:155,73:155:6040:73:2777:-181.422,0,-474.802 0/1:221:178,43:178:7007:43:1600:-77.7061,0,-563.826 dDocent_Contig_9985 8 . T C 30.104 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0.796875;EPP=16.0391;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972477;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=219;QR=4192;RO=109;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=239.701;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:64,0:64:2456:0:0:0,-19.2659,-221.244 0/1:51:45,6:45:1736:6:219:-4.70895,0,-141.142 dDocent_Contig_9987 98 . N A 2679.01 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978261;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2967;QR=0;RO=0;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:40:0,40:0:0:40:1281:-115.578,-12.0412,0 1/1:52:0,52:0:0:52:1686:-152.022,-15.6536,0 dDocent_Contig_9988 45 . T C 56382.9 . AB=0.914352;ABP=1291.46;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1669;CIGAR=1X;DP=1769;DPB=1769;DPRA=0;EPP=3627.2;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998802;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66631;QR=3934;RO=99;RPL=0;RPP=3627.2;RPPR=217.986;RPR=1669;RUN=1;SAF=1669;SAP=3627.2;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:905:25,879:25:1007:879:35043:-3059.75,-181.309,0 0/1:864:74,790:74:2927:790:31588:-2579.94,0,-3.43803 dDocent_Contig_9990 28 . T C 59.9793 . 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AB=0.44;ABP=4.57376;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=893;QR=1114;RO=28;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:566:3:122:-6.25498,0,-46.1646 0/1:33:14,19:14:548:19:771:-59.774,0,-39.7277 dDocent_Contig_9993 59 . G A 2944.57 . 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AB=0.648649;ABP=31.4155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.479167;PAIREDR=0.730769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3560;QR=1967;RO=52;RPL=62;RPP=20.744;RPPR=3.0103;RPR=34;RUN=1;SAF=62;SAP=20.744;SAR=34;SRF=26;SRP=3.0103;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:32,37:32:1228:37:1365:-102.358,0,-90.0328 0/1:79:20,59:20:739:59:2195:-173.989,0,-43.0501 dDocent_Contig_9996 140 . T C 62.4071 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=2;EPP=11.6962;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=796;RO=20;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=46.4397;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:319:0:0:0,-2.40824,-29.0751 0/1:16:12,4:12:477:4:138:-7.93966,0,-38.4622 dDocent_Contig_9997 8 . T C 347.08 . AB=0.419355;ABP=4.76149;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.03333;EPP=31.2394;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=1841;RO=48;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=107.241;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:18,13:18:690:13:501:-36.1059,0,-53.1 0/0:30:30,0:30:1151:0:0:0,-9.0309,-103.891 dDocent_Contig_9998 91 . T A 897.761 . 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AB=0.150838;ABP=192.559;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=455;DPB=455;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=899.828;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1667;QR=16208;RO=413;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=899.828;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=413;SRP=899.828;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:152,27:152:5972:27:1083:-43.876,0,-483.424 0/0:276:261,15:261:10236:15:584:0,-30.1875,-867.773 dDocent_Contig_10002 22 . C A 85.389 . 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G C 1741.85 . AB=0.0880503;ABP=237.379;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=10M1X1M1X4M1I11M;DP=380;DPB=374.536;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=530.678;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=535;QR=9510;RO=243;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=530.678;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=243;SRP=530.678;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:159:103,14,14,21:103:4019:14,14,21:535,461,820:-36.4221,-23.5274,-349.707,-32.2321,-318.719,-358.395,0,-286.513,-295.203,-324.084 0|0:221:140,0,0,57:140:5491:0,0,57:0,0,2226:-140.859,-183.004,-634.578,-183.004,-634.578,-634.578,0,-451.602,-451.602,-434.443 dDocent_Contig_10010 23 . T C 1188.75 . 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A T 22781.2 . AB=0.0698925;ABP=1796.23;AC=0;AF=0;AN=4;AO=78;CIGAR=2X2M2X3M1X;DP=1116;DPB=1116;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=637.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=49.359;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3031;QR=11376;RO=292;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=637.08;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=292;SRP=637.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:420:126,37,245:126:4939:37,245:1428,9808:-770.032,-692.562,-1087.58,0,-290.769,-332.417 0|0:696:166,41,472:166:6437:41,472:1603,18947:-1511.18,-1432.48,-1948.96,0,-400.157,-386.739 dDocent_Contig_10021 21 . G T 111.154 . 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AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.608696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=1879;RO=46;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=102.898;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:24,1:24:978:1:41:0,-3.43118,-84.2209 0/1:29:22,7:22:901:7:286:-17.3849,0,-72.6626 dDocent_Contig_10026 111 . A G 319.872 . AB=0.309524;ABP=16.2459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=1133;RO=29;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=65.983;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:716:4:160:-8.16077,0,-58.1434 0/1:20:11,9:11:417:9:362:-26.9234,0,-31.8484 dDocent_Contig_10028 36 . T C 163.639 . AB=0.122302;ABP=175.244;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.411765;PAIREDR=0.360656;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=4892;RO=122;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=267.93;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:53,10:53:2124:10:387:-16.218,0,-172.37 0/1:76:69,7:69:2768:7:286:-3.23654,0,-226.354 dDocent_Contig_10029 18 . G T 206.522 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X2M2I2M;DP=46;DPB=47.3333;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=152;QR=1255;RO=32;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:25,0,3:25:977:0,3:0,119:-2.66617,-10.1919,-90.5051,0,-80.7088,-79.8057 0|0:18:7,4,7:7:278:4,7:152,281:-21.0601,-10.7091,-32.3895,0,-10.4377,-20.7902 dDocent_Contig_10030 17 . T A 83.5371 . AB=0.121212;ABP=85.263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.641026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=571;QR=6239;RO=156;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=341.76;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:58,8:58:2351:8:325:-9.75165,0,-191.867 0/0:104:98,6:98:3888:6:246:0,-8.787,-327.404 dDocent_Contig_10031 107 . N C 180.97 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:147:-13.5199,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:45:-4.27485,-0.60206,0 dDocent_Contig_10032 11 . C G 1196.35 . AB=0.419048;ABP=8.98702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.840909;PAIREDR=0.95082;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1708;QR=2433;RO=61;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=135.47;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:30,12:30:1210:12:482:-31.0876,0,-96.5307 0/1:63:31,32:31:1223:32:1226:-91.6446,0,-91.3754 dDocent_Contig_10034 98 . N T 231.31 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=9;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.125;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=54;PQR=0;PRO=0;QA=250;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:30:-2.99957,-0.30103,0 1|1:7:0,7:0:0:7:220:-19.828,-2.10721,0 dDocent_Contig_10036 18 . A G 338.856 . AB=0.088;ABP=187.308;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.914894;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=3758;RO=94;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=207.129;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:31,5,6:31:1236:5,6:198,237:-10.1671,-3.20192,-103.484,0,-85.4905,-99.9806 0|0:83:63,6,14:63:2522:6,14:229,556:-26.8153,-27.0006,-232.956,0,-188.993,-203.561 dDocent_Contig_10038 26 . A T 1691.68 . AB=0.0656934;ABP=227.464;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1M1I8M2X1M;DP=137;DPB=137.917;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.79661;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=2312;RO=59;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=131.127;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:15,3,27,3:15:587:3,27,3:120,1078,122:-84.2593,-78.8895,-126.247,0,-38.3694,-40.1276,-78.7109,-117.086,-38.1903,-126.068 0|0:88:44,6,31,6:44:1725:6,31,6:231,1230,227:-88.0056,-82.2865,-222.336,0,-122.899,-132.532,-82.6518,-205.542,-123.264,-222.701 dDocent_Contig_10039 31 . T C 4086.12 . AB=0.745665;ABP=93.6975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X3M;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.860465;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5139;QR=1465;RO=38;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=85.5263;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:80:20,5,55:20:767:5,55:195,2224:-177.352,-167.346,-228.788,0,-46.9183,-46.3903 0|1:93:18,1,74:18:698:1,74:40,2915:-234.357,-236.481,-293.524,0,-54.038,-35.0575 dDocent_Contig_10040 8 . T C 19830.9 . AB=0.457014;ABP=27.8398;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=707;CIGAR=1X;DP=1547;DPB=1547;DPRA=0;EPP=1538.24;EPPR=1824.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27258;QR=32123;RO=839;RPL=0;RPP=1538.24;RPPR=1824.88;RPR=707;RUN=1;SAF=707;SAP=1538.24;SAR=0;SRF=839;SRP=1824.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:706:413,292:413:15812:292:11234:-798.01,0,-1209.72 0/1:841:426,415:426:16311:415:16024:-1188.17,0,-1214.02 dDocent_Contig_10041 107 . N C 3508.66 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947826;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3889;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=0;RPR=115;RUN=1;SAF=0;SAP=252.73;SAR=115;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:46:0,46:0:0:46:1575:-142.042,-13.8474,0 1/1:69:0,69:0:0:69:2314:-208.523,-20.7711,0 dDocent_Contig_10042 68 . G A 316.375 . AB=0.230769;ABP=43.9342;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.486;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=740;QR=4028;RO=107;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:58,4:58:2191:4:155:0,-4.33842,-183.051 0|1:65:49,15:49:1837:15:585:-33.3365,0,-145.399 dDocent_Contig_10043 18 . T A 252.831 . AB=0.105121;ABP=505.487;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=662;DPB=662;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=1321.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2171;QR=24425;RO=607;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=1321.09;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=607;SRP=1321.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:291:275,16:275:11002:16:633:0,-30.2941,-932.085 0/1:371:332,39:332:13423:39:1538:-26.9821,0,-1095.31 dDocent_Contig_10044 209 . N G 89.2311 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-8.92203,-0.90309,0 dDocent_Contig_10045 98 . N T 69.9905 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:75:-6.99797,-0.90309,0 dDocent_Contig_10046 39 . G A 102.123 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=2499;RO=63;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=139.813;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:19,5:19:761:5:205:-11.6103,0,-61.5832 0/0:45:44,1:44:1738:1:41:0,-9.45178,-152.532 dDocent_Contig_10047 32 . G C 1629.19 . AB=0.38835;ABP=14.1628;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=1X3M;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.675;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1622;QR=994;RO=25;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=57.2971;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:35:7,9,19:7:280:9,19:338,774:-66.3568,-40.7943,-61.1484,-4.59022,0,-21.9467 1|1:68:18,29,21:18:714:29,21:1142,848:-99.6588,-11.1394,-61.1787,-35.1684,0,-87.6203 dDocent_Contig_10049 53 . T A 801.136 . AB=0.282051;ABP=51.2838;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=314;DPB=314;DPRA=0.593909;EPP=74.6689;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1294;QR=10980;RO=281;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=613.194;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:84,33:84:3228:33:1294:-81.5116,0,-255.397 0/0:197:197,0:197:7752:0:0:0,-59.3029,-697.332 dDocent_Contig_10050 144 . A G 15955.9 . AB=0.578947;ABP=53.4113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=539;CIGAR=1X;DP=931;DPB=931;DPRA=0;EPP=1173.43;EPPR=852.056;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20889;QR=14821;RO=391;RPL=0;RPP=1173.43;RPPR=852.056;RPR=539;RUN=1;SAF=0;SAP=1173.43;SAR=539;SRF=0;SRP=852.056;SRR=391;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:353:135,218:135:5166:218:8439:-652.929,0,-358.678 0/1:578:256,321:256:9655:321:12450:-945.761,0,-694.562 dDocent_Contig_10051 52 . G T 137.114 . AB=0.13;ABP=121.92;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.908046;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=3324;RO=87;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,6:31:1179:6:236:-10.473,0,-95.2471 0/1:63:56,7:56:2145:7:277:-6.33523,0,-174.266 dDocent_Contig_10052 86 . T C 7129.17 . AB=0.596983;ABP=40.9175;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=277;CIGAR=1X;DP=464;DPB=464;DPRA=0;EPP=604.508;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99639;PAIREDR=0.973118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9501;QR=6362;RO=186;RPL=277;RPP=604.508;RPPR=406.904;RPR=0;RUN=1;SAF=277;SAP=604.508;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:258:106,152:106:3619:152:5199:-390.42,0,-248.269 0/1:206:80,125:80:2743:125:4302:-325.594,0,-185.326 dDocent_Contig_10053 131 . C T 55.0601 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M1D6M1X;DP=64;DPB=63.4444;DPRA=1.2069;EPP=13.8677;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.847458;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=2311;RO=59;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:29,0:29:1129:0:0:0,-8.72987,-101.901 0|1:35:30,5:30:1182:5:193:-7.20498,0,-96.1289 dDocent_Contig_10056 205 . G A 669.414 . AB=0.510204;ABP=3.05462;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=2.13043;EPP=57.2971;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4894;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=923;QR=1714;RO=47;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:839:0:0:0,-6.92369,-75.7779 0/1:49:24,25:24:875:25:923:-68.6404,0,-64.3212 dDocent_Contig_10057 35 . T A 66.1092 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M3I3M3X21M;DP=76;DPB=76.5714;DPRA=0.853659;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=2357;RO=64;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:26,5,2:26:972:5,2:192,72:-8.00886,0,-78.2011,-9.95262,-73.8335,-88.9954 0|0:41:38,0,0:38:1385:0,0:0,0:0,-11.4391,-124.763,-11.4391,-124.763,-124.763 dDocent_Contig_10058 79 . G A 78.3069 . AB=0.131148;ABP=75.0961;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=2094;RO=53;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:911:4:160:-6.65562,0,-74.1693 0/1:34:30,4:30:1183:4:157:-4.2714,0,-96.511 dDocent_Contig_10060 13 . G C 35205 . 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AB=0.378788;ABP=11.433;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1M1X14M;DP=66;DPB=65.9375;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1000;QR=1346;RO=34;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=76.8404;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:7,2,2,14:7:281:2,2,14:32,75,566:-44.7154,-45.1021,-67.663,-43.6791,-65.1209,-66.2426,0,-21.5693,-20.1398,-19.0645 0|1:40:27,1,0,11:27:1065:1,0,11:16,0,434:-27.7531,-35.0272,-122.357,-35.8809,-122.658,-123.524,0,-86.9479,-87.812,-84.5006 dDocent_Contig_10062 97 . G A 996.705 . 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AB=0.743478;ABP=239.871;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=342;CIGAR=1X;DP=460;DPB=460;DPRA=0;EPP=745.654;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97076;PAIREDR=0.983051;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13388;QR=4675;RO=118;RPL=0;RPP=745.654;RPPR=259.244;RPR=342;RUN=1;SAF=342;SAP=745.654;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:198:75,123:75:2978:123:4825:-374.564,0,-208.514 0/1:262:43,219:43:1697:219:8563:-691.336,0,-74.0814 dDocent_Contig_10067 34 . G C 958.753 . AB=0.359223;ABP=20.7405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.945946;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1437;QR=2563;RO=66;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=146.327;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:28,20:28:1111:20:775:-55.6212,0,-85.8338 0/1:55:38,17:38:1452:17:662:-43.351,0,-114.376 dDocent_Contig_10069 95 . T C 731.706 . 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AB=0.307692;ABP=11.3621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.04;EPP=20.3821;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.860465;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=1681;RO=43;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:977:0:0:0,-7.52575,-88.2289 0/1:26:18,8:18:704:8:319:-21.2508,0,-55.8596 dDocent_Contig_10072 146 . T C 974.256 . AB=0.485294;ABP=3.13803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.848485;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1337;QR=1368;RO=35;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=79.0118;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:18,18:18:689:18:733:-55.4566,0,-51.4887 0/1:32:17,15:17:679:15:604:-45.0659,0,-51.8085 dDocent_Contig_10073 98 . N C 144.127 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:132:-12.2066,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:19:-1.89997,-0.30103,0 dDocent_Contig_10074 28 . T A 561.55 . 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AB=0.475;ABP=3.22745;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=1712;RO=44;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=98.5551;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,1:23:885:1:41:0,-3.13015,-75.8612 0/1:40:21,19:21:827:19:717:-52.8039,0,-62.7089 dDocent_Contig_10076 51 . G A 12319.7 . AB=0.33239;ABP=348.044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=470;CIGAR=1X;DP=1414;DPB=1414;DPRA=0;EPP=1023.6;EPPR=2052.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96928;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18464;QR=37113;RO=944;RPL=470;RPP=1023.6;RPPR=2052.88;RPR=0;RUN=1;SAF=470;SAP=1023.6;SAR=0;SRF=944;SRP=2052.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:673:446,227:446:17602:227:8961:-603.397,0,-1380.21 0/1:741:498,243:498:19511:243:9503:-631.67,0,-1531.39 dDocent_Contig_10077 200 . C A 255.876 . AB=0.160377;ABP=109.208;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888112;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=5306;RO=143;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=313.531;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=313.531;SRR=143;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:54,2:54:1999:2:76:0,-9.64301,-172.93 0/1:106:89,17:89:3307:17:654:-27.2866,0,-265.88 dDocent_Contig_10079 193 . A G 55.9769 . AB=0.0932642;ABP=280.34;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=350;DPB=350;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=697.881;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1208;QR=11892;RO=320;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=697.881;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=697.881;SRR=320;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:157:145,12:145:5399:12:485:0,-3.26027,-441.94 0/1:193:175,18:175:6493:18:723:-7.29665,0,-526.217 dDocent_Contig_10080 70 . G A 276.661 . AB=0.588235;ABP=4.1599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0.586207;EPP=24.725;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=376;QR=1434;RO=36;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:7,10:7:284:10:376:-29.0641,0,-20.8165 0/0:29:29,0:29:1150:0:0:0,-8.72987,-103.774 dDocent_Contig_10081 29 . G A 482.576 . AB=0.256098;ABP=45.3805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.688525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=2435;RO=61;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=135.47;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:914:8:314:-19.2904,0,-73.2303 0/1:51:38,13:38:1521:13:523:-32.0641,0,-121.782 dDocent_Contig_10082 25 . T C 7467.99 . 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AB=0.257143;ABP=74.7309;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=36;CIGAR=3X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=42.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1254;QR=552;RO=14;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=33.4109;RPR=36;RUN=1;SAF=0;SAP=81.1833;SAR=36;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:83:7,44,24,8:7:282:44,24,8:1608,831,308:-170.699,-42.4974,-52.5046,-107.032,0,-123.054,-147.538,-40.4782,-105.012,-168.378 1|0:57:7,19,12,18:7:270:19,12,18:663,423,628:-78.8757,-28.1028,-44.5606,-48.2508,-17.5523,-66.8143,-30.6968,0,-20.1457,-47.4556 dDocent_Contig_10085 107 . N T 62.7035 . 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AB=0.466667;ABP=3.15506;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.535714;EPP=18.2106;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1391;RO=36;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=81.1833;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:8,7:8:312:7:279:-20.9657,0,-23.9273 0/0:28:28,0:28:1079:0:0:0,-8.42884,-97.3968 dDocent_Contig_10090 13 . C T 88.3522 . AB=0.123077;ABP=83.2212;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981366;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=6391;RO=161;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=352.617;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:57,8:57:2259:8:327:-10.2332,0,-183.92 0/0:105:104,1:104:4132:1:40:0,-27.6125,-367.873 dDocent_Contig_10091 36 . T A 1122.15 . AB=0.114286;ABP=183.925;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=6M1X1M1X;DP=299;DPB=266.778;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=8283;RO=211;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=461.191;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:140:103,16,19:103:4051:16,19:608,713:-27.3897,-8.54416,-336.96,0,-283.38,-327.51 0|0:159:108,0,39:108:4232:0,39:0,1470:-87.9219,-120.433,-468.434,0,-348,-336.26 dDocent_Contig_10092 125 . C T 576.773 . AB=0.454545;ABP=3.99733;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=852;QR=1061;RO=30;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=68.1545;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:13,18:13:460:18:610:-45.8828,0,-32.4039 0/1:24:17,7:17:601:7:242:-14.8914,0,-47.1955 dDocent_Contig_10093 20 . T C 342.784 . AB=0.109785;ABP=557.171;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=419;DPB=419;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=812.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1810;QR=14475;RO=373;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=812.97;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=373;SRP=812.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:239:211,28:211:8164:28:1108:-28.057,0,-662.475 0/1:180:162,18:162:6311:18:702:-9.31824,0,-513.635 dDocent_Contig_10094 98 . N A 311.254 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=2X;DP=11;DPB=20.5;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=18;PQA=602;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:11:0,11:0:0:11:346:-31.1254,-3.31133,0 dDocent_Contig_10095 149 . C A 814.685 . AB=0.576923;ABP=5.68288;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1106;QR=777;RO=22;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:8,8:8:265:8:294:-21.9959,0,-19.3516 0/1:36:14,22:14:512:22:812:-62.5695,0,-35.5832 dDocent_Contig_10096 98 . N A 11803 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=397;CIGAR=1X;DP=397;DPB=397;DPRA=0;EPP=865.085;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13108;QR=0;RO=0;RPL=397;RPP=865.085;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=397;SAP=865.085;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:250:0,250:0:0:250:8251:-742.678,-75.2575,0 1/1:147:0,147:0:0:147:4857:-437.318,-44.2514,0 dDocent_Contig_10097 98 . N A 41.8013 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17794,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10098 25 . G C 78.0758 . AB=0.11236;ABP=119.172;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.620321;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=7433;RO=187;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=409.076;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:79,10:79:3160:10:396:-9.20552,0,-257.682 0/0:109:108,1:108:4273:1:41:0,-28.7177,-380.455 dDocent_Contig_10100 77 . G A 669.225 . AB=0.268293;ABP=60.3689;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1182;QR=3120;RO=90;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:51,18:51:1781:18:639:-37.0679,0,-139.804 0/1:54:39,15:39:1339:15:543:-32.9515,0,-104.548 dDocent_Contig_10101 119 . T C 42.9819 . 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T C 78.6794 . AB=0.11236;ABP=119.172;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=283;DPB=283;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=565.422;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=968;QR=10324;RO=259;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=565.422;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=259;SRP=565.422;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:194:180,14:180:7167:14:568:0,-6.93812,-593.232 0/1:89:79,10:79:3157:10:400:-9.56691,0,-257.406 dDocent_Contig_10105 123 . T A 2664.67 . 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AB=0.169336;ABP=418.03;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=791.255;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.4595;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.756757;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2895;QR=14409;RO=363;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=791.255;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=363;SRP=791.255;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:150,34:150:5918:34:1331:-64.6287,0,-477.049 0/1:253:213,40:213:8491:40:1564:-64.7889,0,-687.552 dDocent_Contig_10112 187 . T C 425.611 . AB=0.252874;ABP=49.1603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=791;QR=2511;RO=65;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:49,7:49:1897:7:250:-5.98014,0,-154.094 0/1:31:16,15:16:614:15:541:-39.6779,0,-46.2526 dDocent_Contig_10113 7 . A G 169.711 . AB=0.238095;ABP=28.0339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=1217;RO=32;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=72.4974;RPR=10;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:425:6:228:-15.7643,0,-33.4871 0/1:25:21,4:21:792:4:128:-4.30322,0,-64.0759 dDocent_Contig_10114 165 . T A 44.749 . AB=0.111111;ABP=73.9451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0.981818;EPP=16.0391;EPPR=201.373;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.815534;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=4012;RO=103;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=201.373;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=226.672;SRR=103;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:55:55,0:55:2151:0:0:0,-16.5566,-193.763 0/1:54:48,6:48:1861:6:245:-6.17385,0,-151.433 dDocent_Contig_10116 14 . G C 184.004 . AB=0.0915119;ABP=1095.82;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=1594;DPB=1594;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=3297.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3025;QR=60276;RO=1517;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=3297.13;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=1517;SRP=3297.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:840:832,7:832:33102:7:281:0,-227.31,-2950.49 0/1:754:685,69:685:27174:69:2744:-20.0993,0,-2216.32 dDocent_Contig_10117 15 . G C 1385.47 . 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AB=0.698305;ABP=103.774;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=206;CIGAR=1X;DP=295;DPB=295;DPRA=0;EPP=433.13;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9515;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970874;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8195;QR=3518;RO=89;RPL=206;RPP=450.334;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=204;SAP=433.13;SAR=2;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:47,100:47:1882:100:3972:-313.213,0,-125.331 0/1:148:42,106:42:1636:106:4223:-335.478,0,-102.925 dDocent_Contig_10122 49 . C G 615.975 . AB=0.153558;ABP=281.357;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97561;PAIREDR=0.986726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1605;QR=8957;RO=226;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=493.763;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:140,15:140:5563:15:607:-8.30879,0,-453.856 0/1:112:86,26:86:3394:26:998:-56.3856,0,-271.802 dDocent_Contig_10123 17 . T G 326.077 . 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AB=0.77305;ABP=94.3199;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=67.7361;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.625;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.366972;PAIREDR=0.71875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3725;QR=1078;RO=32;RPL=109;RPP=239.701;RPPR=64.083;RPR=0;RUN=1;SAF=83;SAP=67.7361;SAR=26;SRF=1;SRP=64.083;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:11,41:11:358:41:1427:-113.048,0,-16.883 0/1:89:21,68:21:720:68:2298:-180.263,0,-38.3167 dDocent_Contig_10126 76 . T C 158.942 . AB=0.193548;ABP=53.5846;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=1.29167;EPP=29.068;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.642857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=3548;RO=98;RPL=9;RPP=9.52472;RPPR=13.7347;RPR=3;RUN=1;SAF=9;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=60;SRP=13.7347;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:50,12:50:1806:12:396:-17.2922,0,-144.154 0/0:48:48,0:48:1742:0:0:0,-14.4494,-157.044 dDocent_Contig_10127 98 . N T 83.2393 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:78:-7.27914,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_10128 9 . T C 128.936 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M3X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=557;RO=14;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=33.4109;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:7,2,2:7:280:2,2:78,80:-4.4877,-0.188103,-22.6516,0,-16.6637,-22.4712 0|0:11:7,0,4:7:277:0,4:0,159:-11.3806,-13.4878,-36.2845,0,-23.1931,-21.989 dDocent_Contig_10131 94 . A C 38.3854 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.45455;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=852;RO=24;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:395:0:0:0,-3.31133,-35.8908 0/1:16:13,3:13:457:3:111:-5.53744,0,-36.6456 dDocent_Contig_10132 134 . C A 50.0236 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.875;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=1845;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,5:31:1191:5:190:-6.22923,0,-96.2157 0/1:19:17,2:17:654:2:78:-1.68373,0,-53.4696 dDocent_Contig_10133 94 . T A 12200 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=399;CIGAR=1X3M2X;DP=399;DPB=746.667;DPRA=0;EPP=869.428;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994987;PAIREDR=0;PAO=2077;PQA=70939;PQR=26;PRO=1;QA=13557;QR=0;RO=0;RPL=399;RPP=869.428;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=399;SAP=869.428;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:207:0,207:0:0:207:7064:-635.536,-62.3132,0 1|1:192:0,192:0:0:192:6493:-584.165,-57.7978,0 dDocent_Contig_10134 16 . G A 460.554 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=650;RO=16;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=37.7539;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:11,9:11:446:9:361:-26.8309,0,-34.4754 0/1:12:5,7:5:204:7:284:-22.3214,0,-15.1317 dDocent_Contig_10135 39 . C T 205.881 . AB=0.106109;ABP=422.118;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=311;DPB=311;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.272727;PAIREDR=0.442029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1298;QR=11087;RO=276;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=602.337;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:162:142,19:142:5700:19:738:-17.8768,0,-463.922 0/1:149:134,14:134:5387:14:560:-5.80828,0,-439.718 dDocent_Contig_10136 36 . T C 2155.76 . AB=0.64486;ABP=22.513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.652174;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2782;QR=1516;RO=38;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=85.5263;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:14,35:14:564:35:1408:-112.219,0,-36.352 0/1:58:24,34:24:952:34:1374:-106.454,0,-68.5146 dDocent_Contig_10138 87 . G A 5499.39 . AB=0.674576;ABP=81.1023;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=295;DPB=295;DPRA=0;EPP=435.133;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7127;QR=3366;RO=96;RPL=199;RPP=435.133;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=199;SAP=435.133;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:192:42,150:42:1467:150:5359:-424.641,0,-74.5262 0/1:103:54,49:54:1899:49:1768:-128.395,0,-140.183 dDocent_Contig_10139 12 . T A 27224.9 . AB=0.562537;ABP=59.774;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=940;CIGAR=1X;DP=1671;DPB=1671;DPRA=0;EPP=2044.19;EPPR=1588.19;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35896;QR=26797;RO=730;RPL=0;RPP=2044.19;RPPR=1588.19;RPR=940;RUN=1;SAF=940;SAP=2044.19;SAR=0;SRF=730;SRP=1588.19;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:830:322,508:322:11843:508:19421:-1496.79,0,-815.648 0/1:841:408,432:408:14954:432:16475:-1228.8,0,-1092.36 dDocent_Contig_10140 10 . C A 37581.3 . AB=0.0681653;ABP=2236.65;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=94;CIGAR=2X;DP=1379;DPB=1379;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.968085;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3774;QR=6030;RO=152;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=333.074;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:582:26,52,503:26:1029:52,503:2087,20003:-1726.2,-1562.07,-1631.1,-87.2822,0,-20.5462 0|0:797:126,42,628:126:5001:42,628:1687,25163:-2035.03,-1933.95,-2332.98,0,-272.656,-222.621 dDocent_Contig_10141 11 . G A 41637.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1240;CIGAR=1X;DP=1319;DPB=1319;DPRA=0;EPP=2695.64;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989516;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49455;QR=3141;RO=79;RPL=0;RPP=2695.64;RPPR=174.557;RPR=1240;RUN=1;SAF=1240;SAP=2695.64;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:647:36,611:36:1434:611:24394:-2064.03,-65.4611,0 1/1:672:43,629:43:1707:629:25061:-2099.44,-48.4467,0 dDocent_Contig_10142 98 . N T 33.6123 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:36:-3.35996,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10144 42 . G C 557.605 . AB=0.269663;ABP=44.0243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=944;QR=2538;RO=65;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=144.156;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:24,16:24:938:16:634:-45.3514,0,-72.6792 0/1:49:41,8:41:1600:8:310:-13.506,0,-129.478 dDocent_Contig_10145 33 . A G 1095.76 . AB=0.397959;ABP=11.8735;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7179;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.288136;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1573;QR=2346;RO=59;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=131.127;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:27,13:27:1085:13:525:-35.5555,0,-85.8977 0/1:58:32,26:32:1261:26:1048:-77.117,0,-96.2998 dDocent_Contig_10146 99 . N A 1906.27 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2108;QR=0;RO=0;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:24:0,24:0:0:24:810:-73.2122,-7.22472,0 1/1:39:0,39:0:0:39:1298:-117.114,-11.7402,0 dDocent_Contig_10148 48 . T G 456.292 . AB=0.652174;ABP=7.63648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=1215;RO=31;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=70.3259;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:23,2:23:912:2:78:0,-0.122449,-74.9744 0/1:23:8,15:8:303:15:599:-47.325,0,-20.6961 dDocent_Contig_10149 7 . A C 796.37 . AB=0.410959;ABP=8.03741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1154;QR=1588;RO=42;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=94.2121;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:30,23:30:1131:23:885:-64.0148,0,-86.1329 0/1:20:12,7:12:457:7:269:-18.7191,0,-35.6375 dDocent_Contig_10150 76 . A G 2229.93 . AB=0.146974;ABP=1129.89;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=2X;DP=1041;DPB=1041;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=1924.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943503;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5985;QR=34787;RO=885;RPL=153;RPP=335.246;RPPR=1924.76;RPR=0;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=885;SRP=1924.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:523:436,84:436:17123:84:3259:-136.55,0,-1382.96 0|1:518:449,69:449:17664:69:2726:-89.5402,0,-1432.51 dDocent_Contig_10152 98 . N T 98.7183 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=99;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_10153 18 . C T 142.558 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=726;RO=18;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=42.0968;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:360:2:82:-4.46835,0,-29.451 0/1:14:9,5:9:366:5:186:-12.884,0,-29.0907 dDocent_Contig_10154 11 . C A 750.778 . AB=0.306122;ABP=35.0063;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1189;QR=2690;RO=68;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=150.67;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:26,17:26:1034:17:663:-47.0445,0,-80.4076 0/1:55:42,13:42:1656:13:526:-31.1301,0,-132.706 dDocent_Contig_10155 8 . T C 40452.4 . AB=0.0707965;ABP=1268.67;AC=0;AF=0;AN=4;AO=102;CIGAR=1X1M4D8M2D10M;DP=1477;DPB=1338.31;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0.25;PQA=2.75;PQR=2.75;PRO=0.25;QA=3828;QR=1393;RO=35;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=79.0118;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:686:20,46,12,599:20:799:46,12,599:1707,485,22151:-1920.18,-1786.53,-1838.5,-1886.22,-1812.36,-1948.42,-114.499,-40.6536,-140.327,0 0|0:791:15,56,62,650:15:594:56,62,650:2121,2468,24156:-2126.46,-1957.09,-1989.12,-1927.76,-1802.76,-1957.98,-154.332,-29.3443,0,-7.55448 dDocent_Contig_10156 93 . G A 598.131 . AB=0.264957;ABP=59.1531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=2X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.709677;PAIREDR=0.872093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1083;QR=2896;RO=86;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:54:41,13:41:1362:13:455:-25.028,0,-106.616 0|1:63:45,18:45:1534:18:628:-37.882,0,-119.389 dDocent_Contig_10157 85 . C T 761.598 . AB=0.818182;ABP=32.0291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0.970588;EPP=61.6401;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=972;QR=1451;RO=40;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1238:0:0:0,-10.235,-111.723 0/1:33:6,27:6:213:27:972:-77.8588,0,-9.58205 dDocent_Contig_10158 37 . A T 951.75 . AB=0.533333;ABP=3.58936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X3M;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1283;QR=985;RO=26;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=59.4686;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:12,2,14:12:471:2,14:81,555:-42.0601,-38.9922,-77.1213,0,-32.0413,-34.5078 0|1:32:14,0,18:14:514:0,18:0,728:-56.2118,-60.4263,-102.412,0,-42.3685,-36.95 dDocent_Contig_10159 99 . G A 666.402 . AB=0.433333;ABP=5.32654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.538462;PAIREDR=0.575758;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=966;QR=1323;RO=33;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,5:16:641:5:197:-11.6523,0,-51.6026 0/1:38:17,21:17:682:21:769:-58.0848,0,-50.2717 dDocent_Contig_10160 168 . A T 1734.09 . AB=0.723684;ABP=36.0395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X4M;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2200;QR=676;RO=17;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=122.441;SAR=55;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:8,0,25:8:314:0,25:0,995:-79.915,-82.3233,-108.146,0,-26.2158,-18.6901 0|1:43:9,4,30:9:362:4,30:156,1205:-96.5913,-86.4795,-115.109,0,-17.0232,-20.811 dDocent_Contig_10161 66 . T C 252.897 . AB=0.132867;ABP=170.426;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=314;DPB=314;DPRA=0.836257;EPP=44.2683;EPPR=641.423;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=769;QR=11625;RO=294;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=641.423;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=294;SRP=641.423;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:123,19:123:4876:19:769:-26.6876,0,-395.928 0/0:171:171,0:171:6749:0:0:0,-51.4761,-607.125 dDocent_Contig_10164 98 . N T 106.447 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_10165 30 . T G 65.0724 . 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T A 120.981 . AB=0.333333;ABP=6.62942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=2.5;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=611;RO=16;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:10,5:10:403:5:196:-13.4959,0,-32.1144 0/0:6:6,0:6:208:0:0:0,-1.80618,-19.0478 dDocent_Contig_10170 161 . C T 138.79 . AB=0.126984;ABP=155.289;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=279;DPB=279;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=571.936;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=629;QR=9986;RO=262;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=571.936;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=571.936;SRR=262;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:153:152,1:152:5777:1:38:0,-42.2603,-515.977 0/1:126:110,16:110:4209:16:591:-15.5779,0,-340.853 dDocent_Contig_10171 98 . N C 229.725 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:7:0,7:0:0:7:213:-19.4699,-2.10721,0 dDocent_Contig_10175 72 . T G 1024.64 . AB=0.152778;ABP=153.807;AC=0;AF=0;AN=4;AO=22;CIGAR=1X3M1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=693;QR=2580;RO=77;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:72:48,7,17:48:1588:7,17:207,610:-35.3519,-33.3013,-159.597,0,-111.94,-123.336 0|0:72:29,15,28:29:992:15,28:486,971:-70.2094,-39.7335,-115.733,0,-41.3221,-72.1007 dDocent_Contig_10176 124 . C T 99.076 . AB=0.149254;ABP=74.6041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0.644231;EPP=24.725;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=5470;RO=161;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=352.617;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=352.617;SRR=161;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:57,10:57:1949:10:346:-11.3055,0,-155.519 0/0:104:104,0:104:3521:0:0:0,-31.3071,-317.116 dDocent_Contig_10177 28 . C T 82.3746 . AB=0.115789;ABP=124.818;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=1.11765;EPP=26.8965;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.9231;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982249;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=421;QR=6773;RO=169;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=369.989;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:84,11:84:3352:11:421:-9.6354,0,-268.009 0/0:85:85,0:85:3421:0:0:0,-25.5875,-305.32 dDocent_Contig_10178 131 . A G 1324.65 . AB=0.446281;ABP=6.04318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1904;QR=2344;RO=67;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=148.499;RPR=54;RUN=1;SAF=0;SAP=120.27;SAR=54;SRF=0;SRP=148.499;SRR=67;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:9,26:9:324:26:909:-71.5855,0,-18.9696 0/1:86:58,28:58:2020:28:995:-63.9764,0,-156.179 dDocent_Contig_10180 46 . G A 5572.26 . AB=0.596958;ABP=24.4856;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=157;CIGAR=1X3M;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6188;QR=1864;RO=48;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=107.241;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:130:27,47,54:27:1046:47,54:1844,2142:-233.918,-90.4043,-162.175,-65.7269,0,-135.392 0|1:133:21,5,103:21:818:5,103:199,4046:-326.404,-316.34,-382.058,0,-50.8286,-36.2094 dDocent_Contig_10182 20 . G A 811.593 . AB=0.0666667;ABP=76.4061;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.891304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=1821;RO=46;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=102.898;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:45:25,3,17:25:990:3,17:111,667:-47.3436,-45.794,-126.372,0,-72.4257,-76.3841 0|0:34:21,0,13:21:831:0,13:0,520:-36.9126,-43.2343,-111.618,0,-68.7818,-64.8684 dDocent_Contig_10183 69 . G A 1441.9 . AB=0.130588;ABP=1010.53;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1M1X;DP=850;DPB=890.5;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=1475.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.711712;PAIREDR=0.632743;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4279;QR=26388;RO=678;RPL=66;RPP=11.6375;RPPR=65.7844;RPR=45;RUN=1;SAF=66;SAP=11.6375;SAR=45;SRF=409;SRP=65.7844;SRR=269;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:383:287,25,60:287:11163:25,60:929,2302:-102.561,-112.931,-1022.72,0,-841.296,-899.26 0|1:467:391,22,51:391:15225:22,51:826,1977:-44.7261,-94.7683,-1339.34,0,-1183.55,-1235.86 dDocent_Contig_10185 144 . T C 73.2577 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.708333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=957;RO=24;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,2:9:356:2:82:-4.46835,0,-29.0881 0/1:18:15,3:15:601:3:122:-5.95395,0,-49.0102 dDocent_Contig_10186 209 . G A 418.387 . AB=0.333333;ABP=15.3153;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=662;QR=1348;RO=34;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=76.8404;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:22,11:22:865:11:432:-29.2948,0,-68.2202 0/1:18:12,6:12:483:6:230:-15.6408,0,-38.403 dDocent_Contig_10187 49 . G C 44454 . AB=0.898862;ABP=1096.05;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1422;CIGAR=1X;DP=1557;DPB=1557;DPRA=0;EPP=3090.84;EPPR=262.445;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999297;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54131;QR=5053;RO=135;RPL=0;RPP=3090.84;RPPR=262.445;RPR=1422;RUN=1;SAF=1422;SAP=3090.84;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:766:55,711:55:2038:711:27102:-2253.9,-46.9311,0 0/1:791:80,711:80:3015:711:27029:-2192.9,0,-33.4117 dDocent_Contig_10188 46 . T A 322.509 . AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0.835294;EPP=35.5824;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.884058;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=5390;RO=138;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=302.673;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:53,15:53:2110:15:602:-33.6489,0,-169.215 0/0:85:85,0:85:3280:0:0:0,-25.5875,-295.281 dDocent_Contig_10189 64 . T G 7197.67 . AB=0.201912;ABP=1375.26;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=359;CIGAR=1X;DP=1778;DPB=1778;DPRA=0;EPP=782.569;EPPR=3084.33;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999295;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13985;QR=55930;RO=1419;RPL=359;RPP=782.569;RPPR=3084.33;RPR=0;RUN=1;SAF=359;SAP=782.569;SAR=0;SRF=1419;SRP=3084.33;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:814:733,81:733:28927:81:3172:-40.5286,0,-2355.92 0/1:964:686,278:686:27003:278:10813:-682.335,0,-2137.79 dDocent_Contig_10190 78 . T A 2322.98 . AB=0.49375;ABP=3.06459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=4M1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.860759;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3114;QR=2719;RO=69;RPL=40;RPP=3.03779;RPPR=3.04177;RPR=39;RUN=1;SAF=40;SAP=3.03779;SAR=39;SRF=35;SRP=3.04177;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:64:29,4,6,25:29:1146:4,6,25:160,243,1009:-74.447,-69.9976,-163.095,-63.1391,-144.261,-155.635,0,-81.1198,-74.261,-86.7741 0|1:96:40,2,0,54:40:1573:2,0,54:79,0,2105:-160.948,-166.488,-295.272,-172.989,-295.874,-302.375,0,-122.882,-129.383,-113.128 dDocent_Contig_10191 96 . T G 111.807 . AB=0.131313;ABP=236.784;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=814;QR=5728;RO=172;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=376.504;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:96,13:96:3225:13:393:-2.85067,0,-257.679 0/1:89:76,13:76:2503:13:421:-11.4119,0,-198.735 dDocent_Contig_10192 20 . G C 20774 . AB=0.731044;ABP=327.113;AC=4;AF=1;AN=4;AO=511;CIGAR=10M1X;DP=699;DPB=614.455;DPRA=0;EPP=1112.63;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20275;QR=1048;RO=27;RPL=0;RPP=1112.63;RPPR=61.6401;RPR=511;RUN=1;SAF=511;SAP=1112.63;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:363:9,47,304:9:343:47,304:1883,12092:-1118.54,-967.441,-981.427,-125.714,0,-62.3353 1|1:336:18,108,207:18:705:108,207:4285,8183:-961.961,-615.377,-640.836,-294.045,0,-289.701 dDocent_Contig_10193 13 . C T 1453.63 . AB=0.327684;ABP=48.6603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913793;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2235;QR=4747;RO=119;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=261.416;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:51,40:51:2040:40:1533:-110.837,0,-156.394 0/1:86:68,18:68:2707:18:702:-37.6225,0,-217.857 dDocent_Contig_10195 17 . C A 11886.5 . AB=0.262;ABP=495.014;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=262;CIGAR=1X2M;DP=1000;DPB=1000;DPRA=0;EPP=571.936;EPPR=739.139;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10413;QR=13270;RO=339;RPL=0;RPP=571.936;RPPR=739.139;RPR=262;RUN=1;SAF=262;SAP=571.936;SAR=0;SRF=339;SRP=739.139;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:441:168,179,90:168:6570:179,90:7059,3593:-530.165,0,-486.233,-284.819,-244.197,-797.847 1|1:559:171,214,172:171:6700:214,172:8532,6820:-661.58,-10.4414,-496.929,-151.709,0,-650.84 dDocent_Contig_10196 83 . G A 469.966 . AB=0.173184;ABP=169.073;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=414;DPB=414;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=808.627;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973046;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1541;QR=13480;RO=371;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=808.627;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=371;SRP=808.627;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:148,31:148:5396:31:1133:-48.3946,0,-431.851 0/0:235:223,12:223:8084:12:408:0,-33.7019,-690.486 dDocent_Contig_10197 51 . G A 173.675 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=1.51613;EPP=22.5536;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.898551;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2690;RO=69;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1198:0:0:0,-9.33193,-108.094 0/1:47:38,9:38:1492:9:365:-19.0664,0,-120.369 dDocent_Contig_10199 24 . A C 1225.98 . AB=0.47191;ABP=3.62026;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=3.06897;EPP=94.2121;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.7381;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1678;QR=3005;RO=75;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=165.871;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1161:0:0:0,-8.72987,-104.772 0/1:89:46,42:46:1844:42:1678:-124.297,0,-139.277 dDocent_Contig_10200 13 . T C 511.751 . AB=0.365385;ABP=11.1951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=769;QR=1326;RO=33;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=74.6689;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:394:6:237:-16.883,0,-31.0003 0/1:36:23,13:23:932:13:532:-37.3891,0,-73.345 dDocent_Contig_10201 68 . C T 255.219 . AB=0.416667;ABP=4.45795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=545;RO=14;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:9,5:9:341:5:196:-13.7986,0,-26.8237 0/1:10:5,5:5:204:5:194:-14.8202,0,-15.7337 dDocent_Contig_10203 166 . C T 2510.9 . AB=0.528302;ABP=4.11652;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3351;QR=2938;RO=75;RPL=84;RPP=185.414;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=185.414;SAR=84;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:30,43:30:1181:43:1703:-131.526,0,-84.5838 0/1:86:45,41:45:1757:41:1648:-122.661,0,-132.456 dDocent_Contig_10204 18 . C T 55.0613 . AB=0.118644;ABP=77.5396;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.912698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=505;QR=5029;RO=126;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=276.616;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:52,7:52:2077:7:270:-6.90406,0,-169.354 0/0:80:74,6:74:2952:6:235:0,-2.5609,-244.253 dDocent_Contig_10206 107 . N T 66.4949 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10207 8 . T C 6043.72 . AB=0.196429;ABP=1302.95;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=1624;DPB=1624;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=2828.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12177;QR=49841;RO=1301;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=2828.1;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=1301;SRP=2828.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:782:634,145:634:24362:145:5499:-260.05,0,-1956.33 0/1:842:667,174:667:25479:174:6678:-347.419,0,-2038.15 dDocent_Contig_10208 18 . T G 44.9506 . AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51;MQMR=59.5327;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.785047;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=4143;RO=107;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=235.358;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:54,7:54:2106:7:267:-5.89299,0,-171.062 0/0:54:53,1:53:2037:1:40:0,-12.2888,-179.36 dDocent_Contig_10209 20 . G A 45843 . AB=0.750906;ABP=1058.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1450;CIGAR=1X;DP=1931;DPB=1931;DPRA=0;EPP=3151.65;EPPR=1047.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998621;PAIREDR=0.991684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57486;QR=19140;RO=481;RPL=0;RPP=3151.65;RPPR=1047.49;RPR=1450;RUN=1;SAF=1450;SAP=3151.65;SAR=0;SRF=481;SRP=1047.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:905:250,655:250:9929:655:25966:-2062.26,0,-620.557 0/1:1026:231,795:231:9211:795:31520:-2525.14,0,-519.579 dDocent_Contig_10210 7 . A G 818.484 . AB=0.547945;ABP=4.46786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1178;QR=1174;RO=31;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=70.3259;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:17,24:17:648:24:747:-55.0525,0,-46.1878 0/1:31:14,16:14:526:16:431:-29.8928,0,-38.5219 dDocent_Contig_10211 39 . G A 308.783 . AB=0.265306;ABP=26.4533;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.4;EPP=31.2394;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=2744;RO=71;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=157.185;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1340:0:0:0,-10.536,-120.854 0/1:49:36,13:36:1404:13:522:-32.5773,0,-111.858 dDocent_Contig_10212 98 . N T 801.51 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=3X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=880;QR=0;RO=0;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:18:0,18:0:0:18:609:-55.1295,-5.41854,0 1|1:8:0,8:0:0:8:271:-24.7205,-2.40824,0 dDocent_Contig_10213 9 . T C 24688 . AB=0.482034;ABP=8.08187;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=872;CIGAR=1X;DP=1809;DPB=1809;DPRA=0;EPP=1896.53;EPPR=2033.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33533;QR=35810;RO=935;RPL=0;RPP=1896.53;RPPR=2033.34;RPR=872;RUN=1;SAF=872;SAP=1896.53;SAR=0;SRF=935;SRP=2033.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:783:446,335:446:17058:335:12860:-921.342,0,-1298.87 0/1:1026:489,537:489:18752:537:20673:-1550.55,0,-1377.84 dDocent_Contig_10214 107 . N A 162.674 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,1:0:0:1:34:-3.17897,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:139:-12.7849,-1.50515,0 dDocent_Contig_10215 45 . C T 441.219 . AB=0.243902;ABP=49.7234;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=1.46429;EPP=46.4397;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957627;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=780;QR=4618;RO=118;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=259.244;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2183:0:0:0,-16.8577,-196.657 0/1:82:62,20:62:2435:20:780:-45.8208,0,-194.622 dDocent_Contig_10217 99 . N C 111.89 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=3X8I3X1I4X2I2M;DP=3;DPB=6.08333;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:120:-11.1879,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10218 195 . G A 5729.99 . AB=0.550725;ABP=10.7206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=190;CIGAR=1X;DP=345;DPB=345;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7548;QR=5901;RO=152;RPL=190;RPP=415.59;RPPR=333.074;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=415.59;SAR=190;SRF=0;SRP=333.074;SRR=152;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:208:91,114:91:3508:114:4529:-345.536,0,-253.779 0/1:137:61,76:61:2393:76:3019:-230.56,0,-174.289 dDocent_Contig_10219 44 . A G 1435.24 . AB=0.273885;ABP=72.7325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X2M1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1682;QR=2640;RO=69;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=152.842;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:85:38,27,20:38:1475:27,20:1051,805:-74.9249,0,-113.044,-20.0143,-54.8232,-135.175 0|0:72:31,16,25:31:1165:16,25:631,985:-71.6955,-29.1125,-119.708,0,-43.4889,-87.8842 dDocent_Contig_10220 30 . T A 34545.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1018;CIGAR=1X;DP=1063;DPB=1063;DPRA=0;EPP=2213.57;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40118;QR=1696;RO=45;RPL=0;RPP=2213.57;RPPR=100.727;RPR=1018;RUN=1;SAF=1018;SAP=2213.57;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:550:20,530:20:721:530:20809:-1806,-100.384,0 1/1:513:25,488:25:975:488:19309:-1648.27,-66.3885,0 dDocent_Contig_10221 98 . N G 177.374 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:34:-3.22979,-0.60206,0 1/1:6:0,6:0:0:6:155:-14.2053,-1.80618,0 dDocent_Contig_10222 72 . G A 35.031 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.83871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=1160;RO=31;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:219:2:77:-4.9009,0,-17.652 0/0:26:25,1:25:941:1:40:0,-3.8311,-81.003 dDocent_Contig_10223 39 . G C 1263.59 . AB=0.295858;ABP=64.1841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1997;QR=4676;RO=119;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=261.416;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:75,28:75:2952:28:1113:-69.4534,0,-234.802 0/1:66:44,22:44:1724:22:884:-60.0028,0,-135.524 dDocent_Contig_10224 21 . T C 34.2098 . AB=0.097561;ABP=118.363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.986577;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=5785;RO=149;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=326.56;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:82:75,7:75:2920:7:270:0,-0.0192627,-238.262 0/1:82:74,8:74:2865:8:327:-5.11565,0,-233.271 dDocent_Contig_10225 20 . G A 74.1211 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1991;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,1:23:916:1:41:0,-3.13015,-78.6504 0/1:32:27,5:27:1075:5:204:-9.11107,0,-87.4072 dDocent_Contig_10227 85 . T C 159.304 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.636364;EPP=18.2106;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=954;RO=29;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:716:0:0:0,-6.62266,-64.7464 0/1:14:7,7:7:238:7:239:-17.6294,0,-17.5384 dDocent_Contig_10228 110 . A G 385.035 . AB=0.36;ABP=11.5225;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=1084;RO=32;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=72.4974;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:595:5:174:-9.07826,0,-46.9377 0/1:27:14,13:14:489:13:448:-32.5221,0,-36.2143 dDocent_Contig_10230 70 . T G 52.3661 . AB=0.09375;ABP=415.861;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=491;DPB=491;DPRA=1.41872;EPP=61.6401;EPPR=1010.57;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1037;QR=18178;RO=464;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=1010.57;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=464;SRP=1010.57;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:203:203,0:203:7984:0:0:0,-61.1091,-718.212 0/1:288:261,27:261:10194:27:1037:-6.93557,0,-830.225 dDocent_Contig_10232 9 . T G 31360.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=926;CIGAR=1X;DP=944;DPB=944;DPRA=0;EPP=2013.79;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.8585;MQMR=59.5714;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99892;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35423;QR=541;RO=14;RPL=0;RPP=2013.79;RPPR=33.4109;RPR=926;RUN=1;SAF=926;SAP=2013.79;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:478:8,467:8:309:467:17844:-1575.92,-115.178,0 1/1:466:6,459:6:232:459:17579:-1559.86,-119.127,0 dDocent_Contig_10233 96 . T C 1450.67 . AB=0.7;ABP=30.8051;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1907;QR=822;RO=24;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:8,25:8:282:25:840:-65.9739,0,-15.7878 0/1:47:16,31:16:540:31:1067:-82.1904,0,-34.7713 dDocent_Contig_10234 19 . C T 39.6101 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.506667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=3005;RO=75;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=165.871;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1056:4:159:-5.3589,0,-85.9963 0/0:49:48,1:48:1949:1:41:0,-10.6559,-171.504 dDocent_Contig_10235 14 . G C 88.6574 . AB=0.104294;ABP=224.7;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.1071;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.678571;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1131;QR=10987;RO=276;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=602.337;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:141:130,11:130:5167:11:447:0,-1.85973,-424.322 0/1:163:146,17:146:5820:17:684:-10.5647,0,-474.52 dDocent_Contig_10236 52 . G C 3975.91 . AB=0.321429;ABP=134.85;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=476;DPB=476;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=702.224;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6043;QR=12555;RO=322;RPL=153;RPP=335.246;RPPR=702.224;RPR=0;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=322;SRP=702.224;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:156,46:156:6116:46:1820:-103.211,0,-489.466 0/1:274:166,107:166:6439:107:4223:-297.477,0,-496.735 dDocent_Contig_10239 19 . T A 24490.2 . AB=0.178113;ABP=1195.45;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=236;CIGAR=1X4M;DP=1325;DPB=1325;DPRA=0;EPP=515.478;EPPR=624.051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8960;QR=10992;RO=286;RPL=0;RPP=515.478;RPPR=624.051;RPR=236;RUN=1;SAF=236;SAP=515.478;SAR=0;SRF=286;SRP=624.051;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:533:118,1,225,188:118:4484:1,225,188:35,8715,7133:-897.444,-930.118,-1297.51,-217.084,-581.933,-517.049,-348.188,-713.034,0,-659.288 0|1:792:168,71,503,48:168:6508:71,503,48:2681,19537,1827:-1554.67,-1385.53,-1898.78,0,-314.912,-383.209,-1455.41,-1770.32,-384.794,-1975.59 dDocent_Contig_10241 98 . N T 849.67 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=24;CIGAR=10X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.458333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=933;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 1|1:22:0,22:0:0:22:855:-77.2615,-6.62266,0 dDocent_Contig_10242 45 . T A 29687.4 . AB=0.840253;ABP=1117.2;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=931;CIGAR=1X;DP=1108;DPB=1108;DPRA=0;EPP=2024.65;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36757;QR=6969;RO=176;RPL=0;RPP=2024.65;RPPR=385.189;RPR=931;RUN=1;SAF=931;SAP=2024.65;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:570:90,479:90:3553:479:18921:-1529.94,0,-148.338 0/1:538:86,452:86:3416:452:17836:-1441.89,0,-145.522 dDocent_Contig_10243 111 . C T 169.817 . AB=0.458333;ABP=3.37221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=1133;RO=34;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=76.8404;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:697:1:33:0,-3.32352,-59.741 0/1:24:13,11:13:436:11:285:-18.6807,0,-32.3377 dDocent_Contig_10244 110 . T A 4507.74 . AB=0.273494;ABP=372.883;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=293;CIGAR=1X;DP=1751;DPB=1751;DPRA=0;EPP=639.252;EPPR=3158.16;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10032;QR=50869;RO=1453;RPL=0;RPP=639.252;RPPR=3158.16;RPR=293;RUN=1;SAF=0;SAP=639.252;SAR=293;SRF=0;SRP=3158.16;SRR=1453;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:830:602,227:602:21067:227:7798:-452.171,0,-1645.82 0/0:921:851,66:851:29802:66:2234:0,-74.9288,-2480.04 dDocent_Contig_10252 36 . C T 4880.35 . AB=0.252315;ABP=463.403;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=218;CIGAR=1M3I2M1X;DP=1352;DPB=1517.75;DPRA=1.77049;EPP=476.391;EPPR=2452.43;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=59.9982;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8317;QR=44339;RO=1128;RPL=0;RPP=476.391;RPPR=2452.43;RPR=218;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=1128;SRP=2452.43;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:488:488,0:488:19260:0:0:0,-146.903,-1731.96 0|1:864:640,218:640:25079:218:8317:-489.734,0,-1996.63 dDocent_Contig_10255 19 . A C 670.393 . AB=0.390625;ABP=9.66043;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=153.293;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.831169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1088;QR=3067;RO=77;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=170.214;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=75;SRP=153.293;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:39,25:39:1552:25:971:-68.4371,0,-120.657 0/0:41:38,3:38:1515:3:117:0,-1.43185,-125.678 dDocent_Contig_10256 46 . C T 249.235 . AB=0.16;ABP=103.419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=152.325;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.619048;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=620;QR=3365;RO=84;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=176.831;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=81;SRP=160.287;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:37,11:37:1498:11:449:-26.3164,0,-120.611 0/1:52:47,5:47:1867:5:171:-0.0602824,0,-152.585 dDocent_Contig_10257 16 . G C 1189.76 . AB=0.333333;ABP=34.8586;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=3.77143;EPP=98.5551;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1780;QR=4907;RO=123;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=270.101;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1386:0:0:0,-10.536,-124.986 0/1:132:88,44:88:3521:44:1780:-120.674,0,-277.168 dDocent_Contig_10259 85 . A C 125.097 . AB=0.164179;ABP=68.6406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=1.06349;EPP=26.8965;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=375;QR=4067;RO=119;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:56,11:56:1891:11:375:-13.9077,0,-150.295 0/0:63:63,0:63:2176:0:0:0,-18.9649,-196.109 dDocent_Contig_10260 21 . T C 683.733 . 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AB=0.545455;ABP=3.40511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=4.4;EPP=29.068;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=422;QR=514;RO=15;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=35.5824;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:10,12:10:344:12:422:-31.6928,0,-24.6703 0/0:5:5,0:5:170:0:0:0,-1.50515,-15.6347 dDocent_Contig_10263 35 . C T 111.235 . AB=0.169811;ABP=53.2;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=1.01923;EPP=22.5536;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=3737;RO=96;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=211.472;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2042:0:0:0,-15.6536,-183.995 0/1:53:44,9:44:1695:9:316:-12.8225,0,-136.846 dDocent_Contig_10265 97 . A T 75.283 . AB=0.170732;ABP=41.6201;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=2739;RO=78;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=3.12166;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=38;SRP=3.12166;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:44,4:44:1550:4:141:0,-1.41241,-126.754 0/1:41:34,7:34:1189:7:236:-9.22711,0,-94.9715 dDocent_Contig_10266 28 . C A 43.3399 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.18182;EPP=11.6962;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1770;RO=44;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=98.5551;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:883:0:0:0,-6.62266,-79.7799 0/1:26:22,4:22:887:4:150:-6.03294,0,-72.3122 dDocent_Contig_10267 107 . N G 130.749 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.25;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.27251,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_10268 171 . A G 4899.61 . AB=0.641434;ABP=46.6214;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=161;CIGAR=1X1M;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=352.617;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6295;QR=3122;RO=81;RPL=161;RPP=352.617;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=352.617;SAR=161;SRF=0;SRP=178.9;SRR=81;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:121:45,2,74:45:1746:2,74:82,2904:-225.244,-232.022,-374.865,0,-136.656,-121.149 0|1:130:36,7,87:36:1376:7,87:282,3391:-267.814,-255.407,-366.184,0,-89.6231,-86.6798 dDocent_Contig_10270 23 . A T 208.131 . AB=0.159574;ABP=97.6311;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5625;PAIREDR=0.771186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=4671;RO=118;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=259.244;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:39,1:39:1541:1:41:0,-7.94663,-134.831 0/1:94:79,15:79:3130:15:561:-22.5121,0,-253.486 dDocent_Contig_10272 14 . T C 2161.65 . AB=0.679612;ABP=31.8719;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X1M1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.614286;PAIREDR=0.69697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2775;QR=1208;RO=33;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=74.6689;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:52:20,32:20:728:32:1259:-97.9258,0,-50.1932 0|1:51:13,38:13:480:38:1516:-121.336,0,-28.1902 dDocent_Contig_10273 21 . A T 37.137 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=217;QR=2086;RO=53;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=118.098;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:834:1:37:0,-2.92483,-71.6761 0/1:37:32,5:32:1252:5:180:-5.41259,0,-101.815 dDocent_Contig_10274 25 . A G 622.44 . AB=0.266667;ABP=45.5712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X1M;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=978;QR=2011;RO=51;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=113.755;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:19,3,7,10:19:763:3,7,10:119,277,406:-27.77,-23.6943,-85.6626,-10.6957,-63.7704,-71.4586,0,-53.0794,-40.0796,-59.8648 0|1:51:32,0,5,14:32:1248:0,5,14:0,201,572:-37.571,-47.2039,-149.763,-30.6414,-133.198,-131.693,0,-102.559,-85.9931,-98.3445 dDocent_Contig_10275 9 . T A 34.2989 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.2;EPP=7.35324;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=2054;RO=52;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=115.927;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:9:7,2:7:279:2:80:-4.82766,0,-22.7725 0|0:45:45,0:45:1775:0:0:0,-13.5463,-159.982 dDocent_Contig_10276 67 . G T 677.654 . AB=0.251969;ABP=70.8731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1205;QR=3686;RO=95;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:46,13:46:1782:13:457:-23.6876,0,-142.837 0/1:68:49,19:49:1904:19:748:-47.1746,0,-151.094 dDocent_Contig_10278 79 . T C 6279.77 . AB=0.0909091;ABP=194.889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X3M;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=1317;RO=34;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:132:7,12,3,110:7:263:12,3,110:432,110,4389:-373.07,-339.934,-357.866,-366.187,-352.488,-386.828,-13.6899,0,-26.2485,-2.12675 0|0:116:27,0,6,83:27:1054:0,6,83:0,213,3237:-257.929,-266.057,-352.704,-248.704,-335.35,-333.544,0,-86.6755,-69.3265,-61.69 dDocent_Contig_10280 98 . N T 832.151 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=27;CIGAR=2X;DP=27;DPB=28.5;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=22.627;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=74;PQR=0;PRO=0;QA=924;QR=0;RO=0;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:27:0,27:0:0:27:924:-83.2151,-8.12781,0 dDocent_Contig_10281 18 . C A 5927.58 . AB=0.685714;ABP=86.8912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=192;CIGAR=1X;DP=280;DPB=280;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7558;QR=3497;RO=87;RPL=0;RPP=419.933;RPPR=191.928;RPR=192;RUN=1;SAF=192;SAP=419.933;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:38,77:38:1523:77:3019:-237.192,0,-102.693 0/1:165:49,115:49:1974:115:4539:-358.662,0,-128.077 dDocent_Contig_10283 42 . C A 58.6011 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.416667;EPP=11.6962;EPPR=67.377;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=3101;RO=81;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=178.9;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=65;SRP=67.377;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:798:4:160:-7.25805,0,-64.6062 0/0:60:60,0:60:2303:0:0:0,-18.0618,-207.443 dDocent_Contig_10284 51 . C T 524.024 . AB=0.197279;ABP=120.019;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1101;QR=4733;RO=118;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:63,9:63:2531:9:363:-11.3605,0,-206.248 0/1:75:55,20:55:2202:20:738:-44.1389,0,-175.778 dDocent_Contig_10286 31 . C T 763.868 . AB=0.308511;ABP=32.9489;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=2.54054;EPP=65.983;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1179;QR=4047;RO=102;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=224.5;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1471:0:0:0,-11.1381,-132.636 0/1:94:65,29:65:2576:29:1179:-78.0858,0,-203.666 dDocent_Contig_10287 11 . G C 133.507 . AB=0.163265;ABP=51.2702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0.803279;EPP=20.3821;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.715686;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=4092;RO=102;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=224.5;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:61,0:61:2448:0:0:0,-18.3628,-220.459 0/1:49:41,8:41:1644:8:327:-15.0496,0,-133.44 dDocent_Contig_10290 34 . G A 1495.7 . AB=0.468468;ABP=3.96888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=3M1X;DP=111;DPB=109.5;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.980769;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2042;QR=2048;RO=52;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=115.927;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:60:29,6,24:29:1147:6,24:239,955:-69.9007,-58.9512,-151.535,0,-74.7111,-87.166 0|1:51:23,0,28:23:901:0,28:0,1087:-82.7666,-89.6903,-163.776,0,-74.4758,-66.0469 dDocent_Contig_10291 10 . A G 471.256 . AB=0.391304;ABP=7.73089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.2778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=732;QR=1131;RO=28;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=63.8115;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:15,12:15:606:12:487:-33.5127,0,-46.7497 0/1:19:13,6:13:525:6:245:-16.7099,0,-41.8766 dDocent_Contig_10292 33 . T G 15246.9 . AB=0.842756;ABP=580.576;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=477;CIGAR=1X;DP=566;DPB=566;DPRA=0;EPP=1038.8;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997904;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18882;QR=3530;RO=88;RPL=0;RPP=1038.8;RPPR=194.1;RPR=477;RUN=1;SAF=477;SAP=1038.8;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:224:47,176:47:1879:176:6855:-549.167,0,-101.792 0/1:342:41,301:41:1651:301:12027:-978.617,0,-45.862 dDocent_Contig_10293 33 . T A 2183.24 . AB=0.197393;ABP=430.127;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=1146;DPB=1146;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=2209.23;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999016;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5210;QR=40237;RO=1016;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=2209.23;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=1016;SRP=2209.23;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:537:431,106:431:17034:106:4238:-219.722,0,-1370.13 0/0:609:585,24:585:23203:24:972:0,-95.5492,-1998.55 dDocent_Contig_10294 11 . C G 151.469 . AB=0.125;ABP=139.813;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9261;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.466667;PAIREDR=0.573864;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=6957;RO=176;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=385.189;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:79:78,1:78:3102:1:41:0,-19.6868,-275.146 0/1:112:98,14:98:3855:14:558:-16.8459,0,-313.224 dDocent_Contig_10295 80 . T A 202.355 . AB=0.133721;ABP=203.442;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.608696;PAIREDR=0.785235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=827;QR=5448;RO=149;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=326.56;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:60,10:60:2195:10:356:-11.3077,0,-176.733 0/1:102:89,13:89:3253:13:471:-12.0246,0,-262.266 dDocent_Contig_10296 7 . A T 4823.88 . AB=0.0526316;ABP=564.507;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=3X3M1X;DP=323;DPB=323;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=51.5294;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=658;QR=1217;RO=31;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=70.3259;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:148:14,15,27,15,9,52,14:14:552:15,27,15,9,52,14:598,1067,587,349,2002,555:-202.557,-157.522,-198.425,-118.963,-115.131,-156.253,-158.506,-154.674,-116.115,-199.408,-184.186,-180.354,-141.795,-181.338,-226.894,-42.3917,-38.5598,0,-39.5439,-65.2263,-72.1562,-161.09,-157.259,-118.699,-158.242,-183.922,-42.1281,-202.294 0|0:175:17,10,45,21,8,63,0:17:665:10,45,21,8,63,0:386,1776,829,309,2397,0:-282.927,-256.346,-308.012,-141.908,-164.886,-183.038,-219.83,-242.808,-128.369,-268.184,-262.668,-285.645,-171.207,-249.129,-314.935,-91.4606,-114.438,0,-77.9217,-120.759,-127.171,-288.045,-311.022,-196.584,-274.506,-317.344,-146.136,-342.721 dDocent_Contig_10297 10 . A T 80.7885 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=1.02703;EPP=8.80089;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.304348;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2749;RO=69;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=152.842;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=8.80089;SAR=1;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1481:0:0:0,-11.1381,-133.537 0/1:38:32,6:32:1268:6:239:-9.77782,0,-102.95 dDocent_Contig_10298 18 . T A 22303.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=672;CIGAR=1X;DP=720;DPB=720;DPRA=0;EPP=1462.24;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26625;QR=1819;RO=47;RPL=0;RPP=1462.24;RPPR=105.07;RPR=672;RUN=1;SAF=672;SAP=1462.24;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:329:15,313:15:595:313:12370:-1058.58,-45.1104,0 1/1:391:32,359:32:1224:359:14255:-1171.48,-7.27969,0 dDocent_Contig_10299 11 . C A 1978.26 . AB=0.670213;ABP=26.6655;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2541;QR=1214;RO=31;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=70.3259;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:17,26:17:655:26:1054:-82.2036,0,-46.3339 0/1:51:14,37:14:559:37:1487:-118.719,0,-35.2995 dDocent_Contig_10302 18 . A G 427.372 . AB=0.314815;ABP=19.0953;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.117647;PAIREDR=0.675676;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=1476;RO=37;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=83.3548;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:10,14:10:385:14:561:-43.6079,0,-27.7751 0/1:30:27,3:27:1091:3:120:-2.15641,0,-89.4453 dDocent_Contig_10304 14 . T A 27979.6 . AB=0.65593;ABP=291.495;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=896;CIGAR=1X;DP=1366;DPB=1366;DPRA=0;EPP=1948.65;EPPR=1023.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35724;QR=18905;RO=470;RPL=0;RPP=1948.65;RPPR=1023.6;RPR=896;RUN=1;SAF=896;SAP=1948.65;SAR=0;SRF=470;SRP=1023.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:636:243,393:243:9774:393:15677:-1218.25,0,-687.537 0/1:730:227,503:227:9131:503:20047:-1582.81,0,-601.449 dDocent_Contig_10306 71 . T C 9474.62 . AB=0.424242;ABP=49.0718;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=392;CIGAR=1X;DP=924;DPB=924;DPRA=0;EPP=854.227;EPPR=1156.06;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.877589;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13651;QR=17845;RO=531;RPL=392;RPP=854.227;RPPR=1156.06;RPR=0;RUN=1;SAF=392;SAP=854.227;SAR=0;SRF=531;SRP=1156.06;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:504:255,249:255:8468:249:8667:-628.331,0,-610.476 0/1:420:276,143:276:9377:143:4984:-322.228,0,-717.473 dDocent_Contig_10307 9 . T A 181.339 . AB=0.142857;ABP=119.339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=579;QR=3484;RO=90;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=198.443;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1895:6:232:-4.69228,0,-154.237 0/1:50:41,9:41:1589:9:347:-16.5383,0,-128.224 dDocent_Contig_10309 8 . T A 6536.32 . AB=0.823755;ABP=240.633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=215;CIGAR=1X;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=469.877;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.595349;PAIREDR=0.608696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8168;QR=1772;RO=46;RPL=0;RPP=469.877;RPPR=102.898;RPR=215;RUN=1;SAF=215;SAP=469.877;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:123:27,96:27:1037:96:3650:-291.595,0,-56.611 0/1:138:19,119:19:735:119:4518:-365.134,0,-24.9392 dDocent_Contig_10311 21 . G A 76.3283 . AB=0.0900901;ABP=489.009;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=718;DPB=718;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=1429.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998478;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2402;QR=25845;RO=657;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=1429.67;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=657;SRP=1429.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:333:302,30:302:11911:30:1209:-9.03077,0,-971.152 0/0:385:355,30:355:13934:30:1193:0,-8.24992,-1145.45 dDocent_Contig_10312 64 . G A 502.692 . AB=0.159091;ABP=269.509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=485.077;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.945946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1469;QR=7430;RO=222;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=485.077;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=222;SRP=485.077;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:85,21:85:2858:21:708:-32.1153,0,-225.558 0/1:158:137,21:137:4572:21:761:-21.2508,0,-364.111 dDocent_Contig_10313 11 . C A 544.212 . AB=0.140496;ABP=274.678;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=786.912;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1613;QR=14214;RO=361;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=786.912;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=361;SRP=786.912;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:242:179,34,29:179:7043:34,29:1334,1155:-55.8191,0,-569.109,-14.6029,-484.245,-585.222 0|0:195:182,7,2:182:7171:7,2:279,82:0,-31.8049,-619.657,-48.0162,-614.996,-637.37 dDocent_Contig_10314 23 . G A 96.0777 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=12M1X1M;DP=71;DPB=72.2857;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=2291;RO=59;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=131.127;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:32,3,0:32:1241:3,0:116,0:-0.281486,0,-101.443,-9.91445,-102.346,-111.874 0|1:36:27,0,6:27:1050:0,6:0,236:-11.2985,-19.4263,-105.714,0,-86.3003,-84.4941 dDocent_Contig_10315 77 . G C 617.718 . AB=0.185185;ABP=188.953;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1436;QR=6141;RO=176;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=385.189;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:86,21:86:3001:21:761:-36.6056,0,-238.103 0/1:109:90,19:90:3140:19:675:-28.2631,0,-250.007 dDocent_Contig_10317 13 . T G 4690.75 . AB=0.372845;ABP=68.1732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=173;CIGAR=1X;DP=464;DPB=464;DPRA=0;EPP=378.675;EPPR=634.909;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.254296;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6797;QR=11599;RO=291;RPL=0;RPP=378.675;RPPR=634.909;RPR=173;RUN=1;SAF=173;SAP=378.675;SAR=0;SRF=291;SRP=634.909;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:242:159,83:159:6335:83:3265:-221.074,0,-497.048 0/1:222:132,90:132:5264:90:3532:-251.098,0,-406.787 dDocent_Contig_10318 98 . N A 13492.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=447;CIGAR=1X;DP=447;DPB=447;DPRA=0;EPP=973.658;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14986;QR=0;RO=0;RPL=447;RPP=973.658;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=447;SAP=973.658;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:250:0,250:0:0:250:8391:-755.269,-75.2575,0 1/1:197:0,197:0:0:197:6595:-593.686,-59.3029,0 dDocent_Contig_10319 66 . G A 841.314 . AB=0.272727;ABP=62.2323;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1469;QR=7030;RO=186;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=406.904;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:96,36:96:3626:36:1389:-85.5294,0,-286.716 0/0:92:90,2:90:3404:2:80:0,-20.103,-298.9 dDocent_Contig_10322 50 . A T 530.566 . AB=0.225225;ABP=75.8035;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=985;QR=3367;RO=86;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=189.757;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:30,3:30:1162:3:120:-1.2537,0,-94.9293 0/1:78:56,22:56:2205:22:865:-54.6839,0,-175.155 dDocent_Contig_10323 26 . T A 1647.77 . AB=0.299401;ABP=61.38;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X3M1X;DP=167;DPB=167.2;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=45.42;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1977;QR=3020;RO=76;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=168.042;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:80:46,27,7:46:1831:27,7:1065,274:-68.5298,0,-142.64,-59.8457,-128.241,-208.516 0|0:87:30,23,33:30:1189:23,33:912,1316:-99.3438,-35.381,-126.324,0,-24.879,-87.9393 dDocent_Contig_10324 16 . T C 48.5705 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.447368;EPP=9.52472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.711538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=2052;RO=52;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=115.927;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:555:3:122:-6.25498,0,-45.1753 0/0:38:38,0:38:1497:0:0:0,-11.4391,-134.984 dDocent_Contig_10325 32 . C A 95.5611 . AB=0.125;ABP=149.585;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=4.31318;EPPR=20.4028;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.628571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=534;QR=3916;RO=105;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=231.015;RPR=15;RUN=1;SAF=9;SAP=4.31318;SAR=6;SRF=67;SRP=20.4028;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:59,10:59:2213:10:338:-9.9694,0,-178.604 0/1:51:46,5:46:1703:5:196:-2.66052,0,-138.162 dDocent_Contig_10326 47 . A T 2543.9 . AB=0.466667;ABP=4.16842;AC=4;AF=1;AN=4;AO=56;CIGAR=1X1M;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2243;QR=753;RO=19;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=44.2683;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:40:11,13,16:11:434:13,16:505,640:-55.1624,-17.0153,-48.8094,-5.74766,0,-36.6438 1|1:80:8,31,40:8:319:31,40:1204,1603:-202.324,-105.821,-122.76,-72.6583,0,-86.8914 dDocent_Contig_10327 107 . N C 247.345 . AB=0.416667;ABP=3.73412;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X7M1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:9:0,3,2,4:0:0:3,2,4:103,70,136:-19.2338,-11.028,-10.1249,-13.6088,-5.40253,-13.0067,-8.20222,0,-2.57538,-6.9981 1|1:3:0,2,0,1:0:0:2,0,1:69,0,34:-8.56339,-3.09788,-2.49582,-8.56339,-3.09788,-8.56339,-5.8045,0,-5.8045,-5.50347 dDocent_Contig_10329 8 . T C 2095.79 . AB=0.490991;ABP=3.1668;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=222;DPB=222;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29.789;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.610619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4198;QR=4371;RO=113;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=248.387;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:86,34:86:3327:34:1309:-58.5593,0,-263.441 0/1:102:27,75:27:1044:75:2889:-154.117,0,-63.5619 dDocent_Contig_10330 58 . G A 542.967 . AB=0.230088;ABP=74.5152;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.827586;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1008;QR=3288;RO=87;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:32,12:32:1200:12:454:-27.96,0,-95.0428 0/1:69:55,14:55:2088:14:554:-29.4335,0,-167.356 dDocent_Contig_10331 17 . A G 300.261 . AB=0.204545;ABP=69.7337;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.993151;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=802;QR=5728;RO=146;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=320.045;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:70,18:70:2700:18:640:-31.4241,0,-216.637 0/0:80:76,4:76:3028:4:162:0,-9.11544,-257.646 dDocent_Contig_10332 12 . T C 36070.7 . AB=0.669994;ABP=430.472;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1141;CIGAR=1X;DP=1703;DPB=1703;DPRA=0;EPP=2480.66;EPPR=1223.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45855;QR=22517;RO=562;RPL=0;RPP=2480.66;RPPR=1223.38;RPR=1141;RUN=1;SAF=1141;SAP=2480.66;SAR=0;SRF=562;SRP=1223.38;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:884:277,607:277:11087:607:24407:-1928.29,0,-730.951 0/1:819:285,534:285:11430:534:21448:-1681.87,0,-781.349 dDocent_Contig_10333 31 . G A 73.4393 . 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AB=0.511111;ABP=3.10681;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1691;QR=1676;RO=44;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:24,23:24:912:23:833:-61.1396,0,-68.2478 0/1:43:20,23:20:764:23:858:-64.5959,0,-56.143 dDocent_Contig_10337 8 . T G 3380.89 . AB=0.792857;ABP=107.303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.54955;PAIREDR=0.689655;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4244;QR=1104;RO=29;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=65.983;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:22,43:22:848:43:1645:-128.747,0,-57.0761 0/1:75:7,68:7:256:68:2599:-211.524,0,-0.811293 dDocent_Contig_10338 9 . T G 155.099 . AB=0.110132;ABP=302.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=502;DPB=502;DPRA=0.825455;EPP=57.2971;EPPR=1038.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997904;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=947;QR=18241;RO=477;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=1038.8;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=477;SRP=1038.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:275:275,0:275:10472:0:0:0,-82.7832,-942.111 0/1:227:202,25:202:7769:25:947:-17.2089,0,-630.684 dDocent_Contig_10339 53 . A T 161.529 . AB=0.428571;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.451613;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1546;RO=39;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1225:0:0:0,-9.33193,-110.522 0/1:14:8,6:8:321:6:241:-17.8519,0,-25.0433 dDocent_Contig_10340 26 . T C 148.381 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=1343;RO=34;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=76.8404;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:10,1:10:392:1:41:-0.783237,0,-32.3239 0/1:31:24,7:24:951:7:283:-16.5114,0,-76.5585 dDocent_Contig_10341 23 . T A 1323.53 . AB=0.171625;ABP=412.306;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=789.083;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2961;QR=14445;RO=362;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=789.083;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=362;SRP=789.083;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:216:162,54:162:6502:54:2136:-127.409,0,-519.869 0/1:221:200,21:200:7943:21:825:-8.04099,0,-647.911 dDocent_Contig_10342 27 . A T 168.135 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X2M1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1007;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:197:-3.21892,-1.50515,0 1|1:21:0,21:0:0:21:810:-13.2933,-6.32163,0 dDocent_Contig_10343 23 . T G 1191.94 . AB=0.78;ABP=37.059;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1519;QR=425;RO=11;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=26.8965;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:5,14:5:189:14:548:-43.9389,0,-11.6503 0/1:31:6,25:6:236:25:971:-78.3516,0,-12.2795 dDocent_Contig_10344 82 . A G 318.785 . AB=0.311111;ABP=16.956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=1177;RO=31;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:19,12:19:723:12:457:-32.1476,0,-56.068 0/1:14:12,2:12:454:2:74:-2.81135,0,-36.9917 dDocent_Contig_10348 86 . T A 452.264 . AB=0.109184;ABP=1303.14;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=1813;DPB=1813;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=3620.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5102;QR=60751;RO=1666;RPL=145;RPP=317.874;RPPR=3620.68;RPR=0;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=1666;SRP=3620.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:833:794,38:794:28933:38:1304:0,-133.178,-2485.24 0/1:980:872,107:872:31818:107:3798:-46.9254,0,-2567.31 dDocent_Contig_10349 10 . A C 882.282 . AB=0.630435;ABP=9.80795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.965517;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=679;RO=17;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=39.9253;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:8,11:8:320:11:442:-34.4162,0,-23.4465 0/1:27:9,18:9:359:18:719:-56.9089,0,-24.5455 dDocent_Contig_10350 98 . N A 118.373 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:128:-11.8368,-1.20412,0 dDocent_Contig_10352 107 . N A 135.986 . 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AB=0.466192;ABP=14.169;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=524;CIGAR=1X;DP=1124;DPB=1124;DPRA=0;EPP=1140.86;EPPR=1303.72;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20662;QR=22561;RO=599;RPL=524;RPP=1140.86;RPPR=1303.72;RPR=0;RUN=1;SAF=524;SAP=1140.86;SAR=0;SRF=599;SRP=1303.72;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:572:275,297:275:10325:297:11752:-884.739,0,-756.63 0/1:552:324,227:324:12236:227:8910:-635.48,0,-934.703 dDocent_Contig_10355 55 . A G 288.119 . AB=0.173913;ABP=87.981;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=1.55932;EPP=37.7539;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.548148;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=643;QR=5312;RO=135;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=296.159;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2304:0:0:0,-17.7608,-207.54 0/1:92:76,16:76:3008:16:643:-30.5108,0,-243.127 dDocent_Contig_10357 76 . G A 290.809 . AB=0.173913;ABP=87.981;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=5815;RO=148;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=324.388;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:72,5:72:2830:5:199:0,-4.89125,-236.528 0/1:92:76,16:76:2985:16:646:-30.7799,0,-241.036 dDocent_Contig_10358 75 . G C 676.767 . AB=0.568182;ABP=4.78696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=926;QR=717;RO=19;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:11,7:11:412:7:262:-18.5166,0,-32.0079 0/1:26:8,18:8:305:18:664:-52.2569,0,-19.9819 dDocent_Contig_10359 29 . G A 4014.71 . AB=0.08867;ABP=301.336;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M2X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.479167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=703;QR=1761;RO=48;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=107.241;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:121:30,5,84:30:1093:5,84:192,3253:-258.18,-251.452,-339.222,0,-73.5047,-63.9797 0|0:82:18,13,50:18:668:13,50:511,1856:-146.388,-109.773,-160.522,0,-12.6122,-39.5981 dDocent_Contig_10360 40 . G A 230.282 . AB=0.333333;ABP=10.2485;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0.441176;EPP=24.725;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=3499;RO=88;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=194.1;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:20,10:20:794:10:368:-24.4261,0,-62.745 0/0:68:68,0:68:2705:0:0:0,-20.47,-243.575 dDocent_Contig_10361 46 . C T 805.781 . AB=0.076087;ABP=146.611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=8M1X4M;DP=92;DPB=63.2308;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=1875;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:19,3,4:19:741:3,4:110,162:-7.65994,-4.9531,-64.9379,0,-52.4803,-59.719 0|0:65:29,31,3:29:1134:31,3:1057,122:-76.0151,0,-83.9408,-74.6755,-83.2073,-167.032 dDocent_Contig_10362 98 . N A 127.609 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 dDocent_Contig_10363 10 . A G 125.296 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=1.06667;EPP=13.8677;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1034;RO=26;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=59.4686;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:442:5:204:-13.9276,0,-35.3184 0/0:15:15,0:15:592:0:0:0,-4.51545,-53.6135 dDocent_Contig_10365 65 . C A 22676 . AB=0.855932;ABP=911.937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=707;CIGAR=1X;DP=826;DPB=826;DPRA=0;EPP=1538.24;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995757;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28017;QR=4656;RO=118;RPL=707;RPP=1538.24;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=707;SAP=1538.24;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:384:72,311:72:2817:311:12318:-992.042,0,-137.952 0/1:442:46,396:46:1839:396:15699:-1278.65,0,-32.6697 dDocent_Contig_10367 23 . G T 2401.26 . AB=0.133574;ABP=326.058;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1M1X1M;DP=277;DPB=249.667;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.945946;PAIREDR=0.892405;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1465;QR=6131;RO=158;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=346.103;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:118:54,59,5:54:2069:59,5:2275,201:-170.516,0,-152.001,-170.207,-153.197,-338.48 0|1:159:104,23,32:104:4062:23,32:887,1264:-72.7064,-31.1889,-358.152,0,-261.067,-324.261 dDocent_Contig_10368 22 . A C 85.0373 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=2049;RO=52;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=115.927;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:435:4:156:-9.90167,0,-34.9874 0/0:43:41,2:41:1614:2:80:0,-5.35271,-137.897 dDocent_Contig_10369 156 . C T 111.968 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=42.625;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=1208;RO=31;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=70.3259;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:10,4,6:10:394:4,6:156,199:-12.5844,-2.967,-34.2223,0,-19.8219,-30.6162 0|1:23:21,0,2:21:814:0,2:0,78:-0.371941,-6.69357,-73.5651,0,-67.2558,-66.6538 dDocent_Contig_10370 20 . G A 57.2706 . AB=0.112676;ABP=95.5273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=2510;RO=63;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=139.813;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:44,6:44:1746:6:241:-7.01538,0,-142.304 0/1:21:19,2:19:764:2:82:-1.45805,0,-62.7584 dDocent_Contig_10371 44 . T A 351.654 . AB=0.226667;ABP=51.6802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=668;QR=2328;RO=58;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=128.956;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:20,7:20:802:7:281:-17.5339,0,-64.3668 0/1:48:38,10:38:1526:10:387:-20.7285,0,-123.13 dDocent_Contig_10372 19 . C T 1089.82 . AB=0.0430108;ABP=340.406;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X1M1X2M1D3M1X2M1D1M;DP=186;DPB=184.933;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955357;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=4377;RO=112;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=246.215;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:108:71,1,28,5:71:2770:1,28,5:39,1126,203:-71.4299,-89.5974,-316.981,0,-224.485,-219.263,-76.0595,-300.539,-210.948,-302.239 0|0:78:41,7,11,16:41:1607:7,11,16:266,421,643:-40.6488,-31.1786,-161.22,-18.45,-128.784,-147.286,0,-110.342,-97.6123,-127.339 dDocent_Contig_10373 12 . T C 3667.6 . AB=0.170284;ABP=1134.24;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=1198;DPB=1198;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=1999.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.4314;MQMR=58.0825;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.257545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8221;QR=39408;RO=994;RPL=0;RPP=445.991;RPPR=2161.45;RPR=204;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=975;SRP=1999.58;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:623:499,124:499:19811:124:5000:-255.993,0,-1551.91 0/1:575:495,80:495:19597:80:3221:-113.865,0,-1550.65 dDocent_Contig_10374 30 . T C 483.855 . AB=0.188976;ABP=109.72;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=237;DPB=237;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.90625;PAIREDR=0.995122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1302;QR=8225;RO=205;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=448.162;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=205;SRP=448.162;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:110:102,8:102:4105:8:324:0,-3.58411,-339.879 0/1:127:103,24:103:4120:24:978:-50.0844,0,-332.537 dDocent_Contig_10375 67 . G T 138.524 . AB=0.12381;ABP=132.078;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=3540;RO=92;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:51,9:51:1962:9:366:-15.2432,0,-158.72 0/1:45:41,4:41:1578:4:149:-0.224916,0,-128.706 dDocent_Contig_10376 33 . T G 4594.4 . AB=0.822222;ABP=165.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972973;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5739;QR=1268;RO=32;RPL=0;RPP=324.388;RPPR=72.4974;RPR=148;RUN=1;SAF=148;SAP=324.388;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:15,67:15:587:67:2589:-208.455,0,-28.4726 0/1:98:17,81:17:681:81:3150:-254.081,0,-32.1206 dDocent_Contig_10377 58 . C A 210.753 . AB=0.214286;ABP=42.7172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X16M;DP=56;DPB=56.1053;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=1476;RO=40;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:9,8:9:338:8:287:-21.0453,0,-25.6576 0|1:39:31,4:31:1138:4:151:-3.11873,0,-91.9482 dDocent_Contig_10378 8 . T A 436.459 . AB=0.167665;ABP=163.218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=1.1844;EPP=63.8115;EPPR=604.508;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98917;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1059;QR=10578;RO=277;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=604.508;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=277;SRP=604.508;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:141:138,0:138:5257:0:0:0,-41.5421,-472.748 0/1:167:139,28:139:5321:28:1059:-45.3449,0,-428.614 dDocent_Contig_10379 7 . A C 343.544 . AB=0.155172;ABP=62.913;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=1831;RO=48;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=107.241;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:13,1,0:13:485:1,0:39,0:0,-0.317855,-40.0962,-3.91339,-40.3972,-43.6043 0|0:58:35,9,14:35:1346:9,14:345,565:-36.0513,-18.2789,-126.062,0,-82.1911,-106.293 dDocent_Contig_10380 23 . G A 10536.4 . AB=0.122661;ABP=597.881;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=59;CIGAR=1X1M1I2M;DP=481;DPB=590.25;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2289;QR=1690;RO=43;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=96.3836;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:268:26,28,3,193:26:1020:28,3,193:1089,120,7465:-610.816,-529.159,-604.607,-608.757,-603.151,-691.73,-5.60493,0,-79.5953,-31.3819 0|0:213:17,31,30,128:17:670:31,30,128:1200,1199,4959:-445.805,-352.364,-398.148,-352.162,-308.719,-398.248,-43.646,-0.206707,0,-60.2305 dDocent_Contig_10381 20 . T C 3558.13 . AB=0.183394;ABP=957.261;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=201;CIGAR=1X;DP=1096;DPB=1096;DPRA=0;EPP=439.476;EPPR=1946.48;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7652;QR=34827;RO=895;RPL=0;RPP=439.476;RPPR=1946.48;RPR=201;RUN=1;SAF=201;SAP=439.476;SAR=0;SRF=895;SRP=1946.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:447:359,88:359:14013:88:3346:-166.694,0,-1125.72 0/1:649:536,113:536:20814:113:4306:-192.216,0,-1676.4 dDocent_Contig_10382 35 . T C 4823 . AB=0.588015;ABP=20.9758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993631;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6285;QR=4389;RO=110;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=241.872;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:46,69:46:1828:69:2767:-214.519,0,-130.109 0/1:152:64,88:64:2561:88:3518:-270.878,0,-184.865 dDocent_Contig_10383 98 . N T 256.786 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:107:-9.98217,-0.90309,0 1/1:6:0,6:0:0:6:168:-15.3948,-1.80618,0 dDocent_Contig_10384 13 . C T 30.7078 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0.37037;EPP=7.35324;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1415;RO=35;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=79.0118;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1096:0:0:0,-8.12781,-98.9219 0/1:10:8,2:8:319:2:82:-4.76938,0,-26.0631 dDocent_Contig_10385 10 . T C 3941.95 . AB=0.82;ABP=136.426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=123;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4913;QR=1049;RO=27;RPL=0;RPP=270.101;RPPR=61.6401;RPR=123;RUN=1;SAF=123;SAP=270.101;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:18,49:18:697:49:1964:-156.779,0,-42.8872 0/1:83:9,74:9:352:74:2949:-240.514,0,-7.04866 dDocent_Contig_10386 198 . C A 120.497 . AB=0.0612245;ABP=84.9501;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=3X3M1X1M1X1M1X2M1X1M1X;DP=89;DPB=89.0625;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=55.9124;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=22;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=2526;RO=69;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=55.9124;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:31,0,2,6:31:1138:0,2,6:0,72,181:-5.15999,-14.4919,-107.575,-8.64308,-101.744,-101.142,0,-93.1053,-87.2745,-91.2992 0|0:49:38,3,0,8:38:1388:3,0,8:103,0,264:-9.98653,-16.4859,-129.017,-21.4257,-129.92,-134.882,0,-108.582,-113.542,-111.133 dDocent_Contig_10387 8 . T C 378.696 . AB=0.357143;ABP=10.4553;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=2X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.913043;EPP=35.5824;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8767;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=2765;RO=73;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=161.528;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:27,15:27:1007:15:573:-39.2676,0,-78.2899 0|0:46:46,0:46:1758:0:0:0,-13.8474,-158.452 dDocent_Contig_10388 36 . T C 3790.86 . AB=0.477612;ABP=4.17706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=268;DPB=268;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5140;QR=5536;RO=140;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=307.016;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:46,55:46:1820:55:2210:-168.661,0,-133.605 0/1:167:94,73:94:3716:73:2930:-213.522,0,-284.186 dDocent_Contig_10390 124 . C A 297.666 . AB=0.133333;ABP=370.858;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=684;DPB=684;DPRA=0.853659;EPP=94.2121;EPPR=1397.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1400;QR=21083;RO=642;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=1397.1;RPR=42;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=0;SRP=1397.1;SRR=642;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:369:369,0:369:12105:0:0:0,-111.08,-1089.42 0/1:315:273,42:273:8978:42:1400:-31.4655,0,-713.261 dDocent_Contig_10391 107 . N A 272.951 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=300;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:300:-27.2951,-3.0103,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10392 13 . T C 151.435 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=1634;RO=43;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=96.3836;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:880:4:164:-7.02209,0,-71.3864 0/1:25:20,5:20:754:5:204:-11.2183,0,-60.6519 dDocent_Contig_10393 69 . A G 515.4 . AB=0.25;ABP=57.2971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.48;PAIREDR=0.72;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=934;QR=2727;RO=75;RPL=16;RPP=7.26639;RPPR=13.4623;RPR=9;RUN=1;SAF=16;SAP=7.26639;SAR=9;SRF=47;SRP=13.4623;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:31,19:31:1147:19:713:-49.4447,0,-88.4701 0/1:50:44,6:44:1580:6:221:-5.19211,0,-127.412 dDocent_Contig_10394 38 . G A 4509.12 . AB=0.794595;ABP=142.466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.843537;PAIREDR=0.921053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5660;QR=1509;RO=38;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=85.5263;RPR=147;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:21,54:21:844:54:2070:-163.929,0,-53.6914 0/1:110:17,93:17:665:93:3590:-290.08,0,-27.0576 dDocent_Contig_10395 51 . G C 1512.74 . AB=0.293839;ABP=80.9054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.806452;PAIREDR=0.790323;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2339;QR=4626;RO=124;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=272.273;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:95:56,23,5,9:56:2105:23,5,9:878,187,346:-55.1799,0,-165.529,-56.7242,-157.139,-227.668,-43.63,-144.046,-200.767,-213.371 0|1:116:68,39,7,1:68:2521:39,7,1:1461,250,37:-99.1913,0,-194.527,-99.2831,-185.888,-303.429,-116.634,-203.24,-302.509,-322.588 dDocent_Contig_10396 56 . T C 2883.62 . AB=0.678832;ABP=41.0665;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3692;QR=1761;RO=44;RPL=93;RPP=204.957;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:30,34:30:1195:34:1359:-103.301,0,-88.561 0/1:73:14,59:14:566:59:2333:-188.158,0,-29.3074 dDocent_Contig_10400 11 . T C 6730.46 . AB=0.455253;ABP=11.9497;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=234;CIGAR=1X;DP=514;DPB=514;DPRA=0;EPP=511.135;EPPR=611.023;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9929;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9233;QR=11033;RO=280;RPL=0;RPP=511.135;RPPR=611.023;RPR=234;RUN=1;SAF=234;SAP=511.135;SAR=0;SRF=280;SRP=611.023;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:235:121,114:121:4767:114:4502:-334.394,0,-358.221 0/1:279:159,120:159:6266:120:4731:-341.749,0,-479.744 dDocent_Contig_10401 209 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10402 9 . G T 441.906 . 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AB=0.25;ABP=33.4109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=2X1M3I6M;DP=56;DPB=60.6667;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95122;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=561;QR=1588;RO=41;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:22,7:22:837:7:281:-16.9323,0,-66.9182 0|1:27:19,7:19:751:7:280:-17.3366,0,-59.6821 dDocent_Contig_10405 20 . G C 3263.86 . AB=0.172549;ABP=952.974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=176;CIGAR=1X;DP=1020;DPB=1020;DPRA=0;EPP=385.189;EPPR=1833.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9943;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7071;QR=33577;RO=843;RPL=0;RPP=385.189;RPPR=1833.56;RPR=176;RUN=1;SAF=176;SAP=385.189;SAR=0;SRF=843;SRP=1833.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:463:371,92:371:14765:92:3707:-194.254,0,-1188.32 0/1:557:472,84:472:18812:84:3364:-135.229,0,-1523.95 dDocent_Contig_10406 37 . G A 1589.53 . AB=0.200957;ABP=327.692;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=418;DPB=418;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=728.282;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3193;QR=13075;RO=334;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=728.282;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=334;SRP=728.282;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:185,33:185:7380:33:1254:-47.5147,0,-598.22 0/1:200:149,51:149:5695:51:1939:-114.535,0,-452.161 dDocent_Contig_10407 22 . G A 1421.29 . AB=0.431034;ABP=7.80251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1995;QR=2618;RO=66;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=146.327;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:45,31:45:1791:31:1228:-87.9159,0,-138.523 0/1:40:21,19:21:827:19:767:-57.3103,0,-62.7003 dDocent_Contig_10408 19 . G A 163.69 . AB=0.192308;ABP=45.7716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=1632;RO=42;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=94.2121;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:923:8:299:-17.6295,0,-73.7471 0/1:20:18,2:18:709:2:80:-1.57119,0,-58.1163 dDocent_Contig_10409 98 . N C 3225.41 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3575;QR=0;RO=0;RPL=106;RPP=233.186;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:56:0,55:0:0:55:1858:-167.426,-16.5567,0 1/1:51:0,51:0:0:51:1717:-154.814,-15.3525,0 dDocent_Contig_10412 41 . T C 1631.28 . 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AB=0.827506;ABP=402.688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=355;CIGAR=1X1M;DP=429;DPB=429;DPRA=0;EPP=773.883;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.7634;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13685;QR=1733;RO=44;RPL=0;RPP=773.883;RPPR=98.5551;RPR=355;RUN=1;SAF=355;SAP=773.883;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:211:22,16,173:22:870:16,173:637,6697:-543.122,-497.291,-564.072,0,-19.1419,-19.5167 0|1:218:22,14,182:22:863:14,182:557,6988:-566.856,-527.615,-594.374,0,-25.1044,-16.1812 dDocent_Contig_10419 18 . C T 31.7655 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=2.35294;EPP=13.8677;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.576923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=184;QR=2060;RO=52;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=115.927;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:685:0:0:0,-5.11751,-61.9802 0/1:40:35,5:35:1375:5:184:-4.87523,0,-111.97 dDocent_Contig_10420 107 . N A 47.3334 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.3333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:35:-3.31217,-0.60206,0 dDocent_Contig_10421 75 . A T 501.29 . AB=0.403226;ABP=8.05372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=792;QR=1299;RO=37;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=3.06899;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=18;SRP=3.06899;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:14,15:14:487:15:477:-34.5045,0,-35.4308 0/1:33:23,10:23:812:10:315:-18.7213,0,-63.4676 dDocent_Contig_10422 19 . C T 79.0733 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=1.625;EPP=5.18177;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=683;RO=17;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=39.9253;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:358:4:143:-9.30525,0,-28.6653 0/0:8:8,0:8:325:0:0:0,-2.40824,-29.6191 dDocent_Contig_10423 13 . C T 45.9404 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X;DP=42;DPB=42;DPRA=2.5;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=1370;RO=35;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:23,4,3:23:896:4,3:157,116:-5.99187,0,-72.4398,-3.38994,-64.1161,-76.1257 0|0:12:12,0,0:12:474:0,0:0,0:0,-3.61236,-43.0126,-3.61236,-43.0126,-43.0126 dDocent_Contig_10424 22 . G T 498.68 . AB=0.208333;ABP=91.6788;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=2;EPP=57.2971;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9742;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=971;QR=6073;RO=155;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=339.589;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:60,0:60:2384:0:0:0,-18.0618,-214.723 0/1:120:95,25:95:3689:25:971:-51.567,0,-295.939 dDocent_Contig_10425 14 . C A 376.557 . AB=0.098338;ABP=1014.76;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X2M1X;DP=722;DPB=722;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=1388.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2823;QR=25376;RO=638;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=1388.41;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=638;SRP=1388.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:308:272,36:272:10787:36:1434:-36.5955,0,-877.447 0|1:414:366,35:366:14589:35:1389:-4.15632,0,-1190.82 dDocent_Contig_10426 25 . T C 390.694 . AB=0.161074;ABP=151.676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=1.31858;EPP=55.1256;EPPR=519.821;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=948;QR=9533;RO=238;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=519.821;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=238;SRP=519.821;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:113:113,0:113:4544:0:0:0,-34.0164,-408.871 0/1:149:125,24:125:4989:24:948:-40.7684,0,-404.036 dDocent_Contig_10427 12 . A G 2495.52 . AB=0.822917;ABP=89.9597;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.974684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3123;QR=679;RO=17;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=39.9253;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:10,31:10:399:31:1241:-99.6176,0,-23.926 0/1:55:7,48:7:280:48:1882:-153.031,0,-9.01491 dDocent_Contig_10429 18 . T C 514.393 . AB=0.104412;ABP=927.304;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=680;DPB=680;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=1325.44;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2875;QR=24358;RO=609;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=1325.44;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=609;SRP=1325.44;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:346:307,39:307:12264:39:1588:-38.9898,0,-998.71 0/1:334:302,32:302:12094:32:1287:-15.5463,0,-987.03 dDocent_Contig_10430 47 . T A 153.504 . AB=0.205128;ABP=32.4644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.762712;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=2355;RO=59;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=131.127;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:29,2:29:1157:2:74:0,-2.30707,-97.3896 0/1:39:30,8:30:1198:8:317:-17.0493,0,-96.2497 dDocent_Contig_10431 46 . G A 12412.1 . AB=0.397482;ABP=104.523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=442;CIGAR=1X;DP=1112;DPB=1112;DPRA=0;EPP=962.801;EPPR=1406.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17556;QR=26640;RO=670;RPL=0;RPP=962.801;RPPR=1406.25;RPR=442;RUN=1;SAF=442;SAP=962.801;SAR=0;SRF=670;SRP=1457.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:571:436,135:436:17348:135:5338:-308.397,0,-1388.06 0/1:541:234,307:234:9292:307:12218:-935.911,0,-672.873 dDocent_Contig_10432 89 . A G 77.5858 . AB=0.144928;ABP=78.5712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=2072;RO=59;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:37,7:37:1292:7:240:-8.6899,0,-103.336 0/1:25:22,3:22:780:3:103:-2.08427,0,-62.998 dDocent_Contig_10433 8 . T A 19752.2 . AB=0.330346;ABP=198.262;AC=4;AF=1;AN=4;AO=258;CIGAR=1X3M;DP=781;DPB=781;DPRA=0;EPP=563.25;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9842;QR=1222;RO=32;RPL=0;RPP=563.25;RPPR=72.4974;RPR=258;RUN=1;SAF=258;SAP=563.25;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:405:22,202,33,147:22:838:202,33,147:7652,1265,5581:-1009.64,-388.91,-396.839,-912.44,-353.822,-971.243,-558.617,0,-523.529,-583.102 1|1:376:10,209,31,111:10:384:209,31,111:7966,1185,4261:-968.676,-318.241,-286.847,-874.453,-252.529,-896.643,-621.924,0,-556.212,-620.032 dDocent_Contig_10434 22 . G A 1477.4 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=110;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:99:-9.23746,-0.90309,0 dDocent_Contig_10436 10 . T C 32.226 . AB=0.102941;ABP=96.1281;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.511628;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=3259;RO=86;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=189.757;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:968:2:78:0,-0.724509,-80.0262 0/1:68:61,7:61:2291:7:278:-4.92049,0,-185.925 dDocent_Contig_10437 66 . G C 4138.53 . AB=0.856209;ABP=171.633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923664;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5139;QR=827;RO=21;RPL=131;RPP=287.473;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:13,61:13:505:61:2433:-196.846,0,-23.5137 0/1:79:8,70:8:322:70:2706:-220.104,0,-5.76128 dDocent_Contig_10439 9 . G A 144.808 . AB=0.119718;ABP=181.377;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=580.622;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1031;QR=10115;RO=266;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=580.622;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=266;SRP=580.622;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:151:141,10:141:5367:10:380:0,-10.9025,-448.467 0/1:142:125,17:125:4748:17:651:-16.1798,0,-384.622 dDocent_Contig_10440 107 . N G 61.7561 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17345,-0.60206,0 dDocent_Contig_10441 64 . T C 2172.88 . AB=0.696078;ABP=37.0726;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X2M;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.774648;PAIREDR=0.708333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2769;QR=961;RO=24;RPL=71;RPP=157.185;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:8,4,35:8:321:4,35:161,1347:-108.207,-97.3437,-122.593,0,-13.2073,-15.9519 0|1:54:16,2,36:16:640:2,36:81,1422:-112.178,-110.314,-162.433,0,-46.0353,-41.878 dDocent_Contig_10442 42 . C A 1768.25 . AB=0.59596;ABP=10.9285;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966102;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2324;QR=1606;RO=40;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=89.8692;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:10,22:10:404:22:871:-69.0687,0,-27.0871 0/1:67:30,37:30:1202:37:1453:-110.853,0,-88.2851 dDocent_Contig_10443 7 . A C 128.698 . AB=0.259259;ABP=16.6021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=105.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=350;QR=1961;RO=51;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=113.755;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=14.8328;SAR=1;SRF=50;SRP=105.24;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1201:2:78:0,-2.65345,-101.105 0/1:27:20,7:20:760:7:272:-14.5688,0,-60.599 dDocent_Contig_10445 19 . C T 56.3381 . AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1.11765;EPP=13.8677;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955224;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=2639;RO=67;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=148.499;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:33,5:33:1292:5:201:-7.03175,0,-105.111 0|0:34:34,0:34:1347:0:0:0,-10.235,-121.497 dDocent_Contig_10446 83 . C A 2075.37 . AB=0.678261;ABP=34.7516;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.0256;MQMR=52.2432;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897436;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2766;QR=1319;RO=37;RPL=43;RPP=4.79202;RPPR=3.06899;RPR=35;RUN=1;SAF=43;SAP=4.79202;SAR=35;SRF=18;SRP=3.06899;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:13,38:13:463:38:1357:-105.177,0,-23.858 0/1:64:24,40:24:856:40:1409:-105.457,0,-57.7657 dDocent_Contig_10447 50 . T A 172.676 . AB=0.111111;ABP=298.572;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=461;DPB=461;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=943.258;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1077;QR=16107;RO=433;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=943.258;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=433;SRP=943.258;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:236:233,3:233:8678:3:117:0,-60.1338,-769.874 0/1:225:200,25:200:7429:25:960:-18.9665,0,-600.723 dDocent_Contig_10448 15 . G A 155.954 . AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0.935484;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.735849;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=2146;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1253:0:0:0,-9.33193,-113.036 0/1:29:22,7:22:893:7:285:-17.2943,0,-71.9468 dDocent_Contig_10450 49 . G A 459.392 . AB=0.180645;ABP=140.317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=198.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1056;QR=4978;RO=127;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=198.768;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:82,12:82:3231:12:460:-13.4395,0,-262.562 0/1:61:45,16:45:1747:16:596:-35.5966,0,-139.091 dDocent_Contig_10451 10 . T A 5863.48 . AB=0.577259;ABP=20.7936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=198;CIGAR=1X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=432.962;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7696;QR=5573;RO=145;RPL=0;RPP=432.962;RPPR=317.874;RPR=198;RUN=1;SAF=198;SAP=432.962;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:50,64:50:1919:64:2496:-190.479,0,-138.613 0/1:229:95,134:95:3654:134:5200:-398.966,0,-260.007 dDocent_Contig_10452 44 . C A 6951.4 . AB=0.423529;ABP=33.2321;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=252;CIGAR=1X;DP=595;DPB=595;DPRA=0;EPP=550.221;EPPR=747.825;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9749;QR=13583;RO=343;RPL=0;RPP=550.221;RPPR=747.825;RPR=252;RUN=1;SAF=252;SAP=550.221;SAR=0;SRF=343;SRP=747.825;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:249:136,113:136:5383:113:4383:-319.523,0,-409.407 0/1:346:207,139:207:8200:139:5366:-378.714,0,-633.468 dDocent_Contig_10453 14 . G T 65.4125 . AB=0.108696;ABP=125.368;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=21.1059;EPPR=413.419;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=52.4868;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0.386243;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=7495;RO=189;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=413.419;RPR=12;RUN=1;SAF=11;SAP=21.1059;SAR=1;SRF=189;SRP=413.419;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:82,10:82:3254:10:392:-7.93919,0,-251.711 0/0:109:107,2:107:4241:2:73:0,-25.8816,-350.362 dDocent_Contig_10454 20 . A C 102.066 . 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G A 499.317 . AB=0.45;ABP=3.87889;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X1M1X6M;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=706;QR=696;RO=18;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:7,6,0:7:275:6,0:237,0:-17.7899,0,-21.2057,-19.8971,-23.0119,-42.5154 0|1:27:11,12,4:11:421:12,4:469,159:-35.2387,0,-30.9209,-25.4573,-21.4382,-58.7934 dDocent_Contig_10472 41 . G C 22847.9 . 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AB=0.224138;ABP=41.348;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0.753247;EPP=31.2394;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991803;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=4866;RO=122;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=267.93;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:77,0:77:3087:0:0:0,-23.1793,-277.897 0/1:58:45,13:45:1779:13:516:-29.3206,0,-142.871 dDocent_Contig_10480 37 . C G 1200.37 . 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AB=0.703633;ABP=191.38;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=368;CIGAR=1X;DP=523;DPB=523;DPRA=0;EPP=802.112;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14492;QR=6069;RO=155;RPL=0;RPP=802.112;RPPR=339.589;RPR=368;RUN=1;SAF=368;SAP=802.112;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:232:77,155:77:3031:155:6088:-477.901,0,-203.064 0/1:291:78,213:78:3038:213:8404:-668.354,0,-185.941 dDocent_Contig_10482 8 . T C 484.203 . AB=0.295775;ABP=28.7315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=2X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=802;QR=1929;RO=50;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=111.584;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:18,4:18:694:4:155:-7.70278,0,-56.1715 0|1:49:32,17:32:1235:17:647:-43.8144,0,-96.6929 dDocent_Contig_10483 45 . C G 561.851 . AB=0.157895;ABP=215.472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=429;DPB=429;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=813.061;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1929;QR=15313;RO=381;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=813.061;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=381;SRP=830.341;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:209:176,33:176:7063:33:1336:-57.583,0,-572.415 0/0:220:205,15:205:8250:15:593:0,-12.5188,-688.315 dDocent_Contig_10484 209 . N G 155.807 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59179,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_10485 12 . T C 47.8215 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0.891304;EPP=13.8677;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.641975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=3187;RO=81;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=178.9;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,5:35:1380:5:200:-6.18008,0,-112.309 0/0:46:46,0:46:1807:0:0:0,-13.8474,-162.859 dDocent_Contig_10486 28 . T A 13351 . AB=0.383465;ABP=152.818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=487;CIGAR=1X;DP=1270;DPB=1270;DPRA=0;EPP=1060.52;EPPR=1703.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991786;PAIREDR=0.997446;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19129;QR=30920;RO=783;RPL=0;RPP=1060.52;RPPR=1703.27;RPR=487;RUN=1;SAF=487;SAP=1060.52;SAR=0;SRF=783;SRP=1703.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:492:300,192:300:11800:192:7563:-532.22,0,-913.107 0/1:778:483,295:483:19120:295:11566:-805.978,0,-1485.08 dDocent_Contig_10489 32 . A C 696.518 . AB=0.19774;ABP=143.469;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.921053;PAIREDR=0.981308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1503;QR=8345;RO=214;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=467.705;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:75:72,3:72:2813:3:121:0,-11.2971,-242.027 0/1:177:142,35:142:5532:35:1382:-71.3508,0,-444.482 dDocent_Contig_10490 209 . N G 508.067 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:280:-25.5716,-2.10721,0 1/1:7:0,7:0:0:7:273:-24.9341,-2.10721,0 dDocent_Contig_10491 193 . G T 667.045 . AB=0.409836;ABP=7.31765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=972;QR=1439;RO=36;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1158:4:150:-3.92896,0,-94.5678 0/1:28:7,21:7:281:21:822:-65.8712,0,-17.2333 dDocent_Contig_10492 40 . A T 85.8424 . AB=0.0954357;ABP=345.625;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=2.05983;EPP=52.9542;EPPR=730.454;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=917;QR=13395;RO=335;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=730.454;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=335;SRP=730.454;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:117:117,0:117:4665:0:0:0,-35.2205,-419.769 0/1:241:218,23:218:8730:23:917:-10.2832,0,-712.637 dDocent_Contig_10494 64 . T C 53.8083 . AB=0.0973451;ABP=321.275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=472;DPB=472;DPRA=0.918699;EPP=50.7827;EPPR=978.001;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=831;QR=15067;RO=449;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=978.001;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=449;SRP=978.001;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:246:245,0:245:8176:0:0:0,-73.7523,-735.803 0/1:226:204,22:204:6891:22:831:-7.0798,0,-552.226 dDocent_Contig_10496 98 . N A 62.7035 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10498 45 . T C 1113.71 . AB=0.610169;ABP=9.23028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1462;QR=928;RO=23;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=52.9542;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:8,10:8:318:10:409:-31.752,0,-23.5646 0/1:41:15,26:15:610:26:1053:-82.7159,0,-42.8954 dDocent_Contig_10499 15 . G A 1717.17 . AB=0.0591716;ABP=288.27;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=5M1X6M;DP=169;DPB=140.667;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=3506;RO=90;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=198.443;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:75:48,22,5:48:1884:22,5:777,195:-48.7821,0,-148.327,-47.1971,-138.922,-200.666 0|0:94:42,46,5:42:1622:46,5:1696,199:-126.031,0,-119.354,-122.286,-116.814,-253.993 dDocent_Contig_10501 209 . N G 110.027 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:118:-11.0016,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10502 19 . G A 21336.2 . AB=0.87931;ABP=945.28;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=663;CIGAR=1X;DP=754;DPB=754;DPRA=0;EPP=1442.7;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996983;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26282;QR=3595;RO=90;RPL=0;RPP=1442.7;RPPR=198.443;RPR=663;RUN=1;SAF=663;SAP=1442.7;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:311:43,268:43:1712:268:10629:-862.293,0,-60.6809 0/1:443:47,395:47:1883:395:15653:-1274.42,0,-36.5169 dDocent_Contig_10503 98 . N T 91.7623 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=93;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:64:-5.97256,-0.90309,0 dDocent_Contig_10505 21 . T A 95.7803 . AB=0.116279;ABP=167.992;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=282;DPB=282;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=578.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=631;QR=10445;RO=265;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=578.45;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=265;SRP=578.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:153:151,2:151:5962:2:78:0,-38.6548,-528.996 0/1:129:114,15:114:4483:15:553:-11.277,0,-364.598 dDocent_Contig_10506 78 . A G 322.413 . AB=0.165563;ABP=149.707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.48;PAIREDR=0.674603;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=889;QR=4599;RO=126;RPL=14;RPP=3.79203;RPPR=22.9327;RPR=11;RUN=1;SAF=14;SAP=3.79203;SAR=11;SRF=80;SRP=22.9327;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:40,15:40:1482:15:551:-33.3653,0,-117.092 0/1:96:86,10:86:3117:10:338:-1.83854,0,-251.808 dDocent_Contig_10507 25 . C A 93.4367 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M3D2M2I1X1M1X2M3D1M;DP=84;DPB=82.4;DPRA=0.68;EPP=16.0391;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=3040;RO=77;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=170.214;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:34:28,6:28:1104:6:236:-10.7416,0,-89.4193 0|0:50:49,0:49:1936:0:0:0,-14.7505,-174.046 dDocent_Contig_10508 174 . T C 118.095 . AB=0.101322;ABP=316.401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=428;DPB=428;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=869.428;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1141;QR=15790;RO=399;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=869.428;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=869.428;SRR=399;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:201:195,6:195:7757:6:235:0,-38.9868,-676.198 0/1:227:204,23:204:8033:23:906:-13.5085,0,-654.229 dDocent_Contig_10509 171 . C T 252.308 . AB=0.096563;ABP=866.798;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=1177;DPB=1177;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=2341.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9926;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3971;QR=42444;RO=1077;RPL=100;RPP=220.158;RPPR=2341.69;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=220.158;SAR=100;SRF=0;SRP=2341.69;SRR=1077;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:566:525,41:525:20717:41:1630:0,-23.4462,-1715.91 0/1:611:552,59:552:21727:59:2341:-26.9298,0,-1769.78 dDocent_Contig_10513 44 . G C 51.287 . AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0.753086;EPP=18.2106;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962687;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=5356;RO=134;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=293.988;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:81,0:81:3219:0:0:0,-24.3834,-289.776 0/1:61:53,7:53:2137:7:277:-6.82767,0,-174.03 dDocent_Contig_10515 102 . G A 59.7711 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=62.6327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1275;RO=35;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=2;SRP=62.6327;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:604:1:41:0,-1.02294,-50.598 0/1:23:19,4:19:671:4:158:-7.67567,0,-53.7647 dDocent_Contig_10516 1 . N G 113.736 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 dDocent_Contig_10517 20 . G A 2658.29 . AB=0.303725;ABP=119.791;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=349;DPB=349;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=530.678;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4151;QR=9480;RO=243;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=530.678;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=243;SRP=530.678;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:168:137,31:137:5354:31:1209:-58.515,0,-431.184 0/1:181:106,75:106:4126:75:2942:-210.411,0,-316.856 dDocent_Contig_10520 31 . G A 182.071 . AB=0.146067;ABP=99.8482;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=830;QR=7229;RO=181;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=396.047;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:113:105,8:105:4193:8:315:0,-5.30158,-348.613 0/1:89:76,13:76:3036:13:515:-19.906,0,-246.537 dDocent_Contig_10522 33 . G A 795.283 . AB=0.491525;ABP=3.0471;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=2X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=30.0414;EPPR=26.4622;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.689655;PAIREDR=0.533333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1108;QR=1129;RO=30;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=68.1545;RPR=29;RUN=1;SAF=24;SAP=30.0414;SAR=5;SRF=24;SRP=26.4622;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:7,16:7:278:16:626:-49.7518,0,-18.4674 0|1:36:23,13:23:851:13:482:-32.8734,0,-66.0513 dDocent_Contig_10523 107 . N A 128.453 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,6:0:0:6:112:-10.1673,-1.80618,0 1/1:2:0,2:0:0:2:25:-2.37496,-0.60206,0 dDocent_Contig_10524 9 . G C 48.9154 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0.8125;EPP=11.6962;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=2073;RO=54;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=120.27;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1226:0:0:0,-9.63296,-110.635 0/1:26:22,4:22:847:4:156:-6.59051,0,-68.7259 dDocent_Contig_10525 13 . A G 72.6609 . AB=0.123288;ABP=92.9925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.671875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=2549;RO=64;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:21,3:21:834:3:113:-3.31409,0,-68.1492 0/1:49:43,6:43:1715:6:238:-7.04368,0,-139.821 dDocent_Contig_10526 21 . T A 49056.7 . AB=0.856416;ABP=1954.91;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1515;CIGAR=1X;DP=1769;DPB=1769;DPRA=0;EPP=3292.79;EPPR=552.393;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60521;QR=10072;RO=253;RPL=0;RPP=3292.79;RPPR=552.393;RPR=1515;RUN=1;SAF=1515;SAP=3292.79;SAR=0;SRF=253;SRP=552.393;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:789:74,715:74:2954:715:28513:-2326.11,0,-28.4318 0/1:980:179,800:179:7118:800:32008:-2582.66,0,-345.155 dDocent_Contig_10527 107 . N C 73.0715 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:79:-7.3066,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10528 55 . G A 391.506 . AB=0.326087;ABP=15.095;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=2.875;EPP=35.5824;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.574468;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=1852;RO=47;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:627:0:0:0,-4.81648,-56.7641 0/1:46:31,15:31:1225:15:604:-40.8495,0,-96.6781 dDocent_Contig_10529 16 . G A 146.226 . AB=0.142857;ABP=72.8076;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=200.866;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=37.7778;MQMR=58.1818;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.826446;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=4607;RO=121;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=265.758;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=113;SRP=200.866;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:94:73,7,10,0:73:2813:7,10,0:260,369,0:-7.79008,-8.47582,-236.636,0,-208.994,-227.261,-29.7653,-238.743,-230.271,-260.021 0|1:63:48,0,2,9:48:1794:0,2,9:0,75,359:-9.92938,-24.3788,-171.213,-18.3233,-165.169,-164.567,0,-146.896,-140.852,-144.187 dDocent_Contig_10530 40 . G T 7308.37 . AB=0.761589;ABP=182.509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=230;CIGAR=1X1M1X;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=502.449;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9164;QR=2829;RO=71;RPL=0;RPP=502.449;RPPR=157.185;RPR=230;RUN=1;SAF=230;SAP=502.449;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:171:26,144:26:1039:144:5717:-463.093,0,-42.5297 0|1:131:45,86:45:1790:86:3447:-270.842,0,-121.888 dDocent_Contig_10532 22 . G A 2191.91 . AB=0.246073;ABP=216.951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=382;DPB=382;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9167;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989362;PAIREDR=0.982639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3743;QR=11526;RO=288;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=628.394;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:198:159,39:159:6395:39:1559:-80.9421,0,-515.672 0/1:184:129,55:129:5131:55:2184:-141.346,0,-406.189 dDocent_Contig_10533 63 . T A 1767.46 . AB=0.289916;ABP=94.2486;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X21M;DP=238;DPB=237.182;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2727;QR=5540;RO=149;RPL=69;RPP=152.842;RPPR=326.56;RPR=0;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:173:115,18,39:115:4275:18,39:700,1541:-92.1813,-69.2791,-413.724,0,-292.343,-338.127 0|1:65:34,0,30:34:1265:0,30:0,1186:-87.6617,-97.8967,-201.428,0,-103.821,-94.7902 dDocent_Contig_10535 132 . T C 69.5551 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.06667;EPP=13.8677;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.859649;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2304;RO=57;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:30,0:30:1209:0:0:0,-9.0309,-109.084 0/1:32:27,5:27:1095:5:199:-8.65448,0,-89.2017 dDocent_Contig_10536 40 . T C 12440.5 . AB=0.0984456;ABP=273.319;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M14D1M;DP=477;DPB=138.789;DPRA=0.679577;EPP=44.2683;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=752;QR=651;RO=17;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=39.9253;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:193:10,19,163:10:387:19,163:752,5305:-455.231,-396.347,-422.421,-30.1112,0,-12.833 0|0:284:7,0,274:7:264:0,274:0,9048:-790.213,-792.32,-813.955,-60.7405,-82.4822,0 dDocent_Contig_10537 19 . G A 17966 . AB=0.728;ABP=115.892;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=545;CIGAR=1X;DP=634;DPB=634;DPRA=0;EPP=1186.46;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21677;QR=3506;RO=88;RPL=0;RPP=1186.46;RPPR=194.1;RPR=545;RUN=1;SAF=545;SAP=1186.46;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:250:67,182:67:2661:182:7202:-572.716,0,-164.468 1/1:384:21,363:21:845:363:14475:-1225.28,-39.2334,0 dDocent_Contig_10539 16 . T A 333.532 . AB=0.0609756;ABP=140.29;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=4M1X13M;DP=129;DPB=130.944;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=2743;RO=72;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=159.356;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:30,5,2,2,0,5:30:1151:5,2,2,0,5:196,74,78,0,203:-7.72526,-0.629381,-93.6096,-10.7042,-89.0629,-104.581,-10.3421,-88.7024,-98.7707,-104.221,-16.7562,-95.1147,-105.183,-104.823,-111.235,0,-78.3688,-88.4375,-88.077,-94.4895,-92.9843 0|0:82:42,3,8,13,5,3:42:1592:3,8,13,5,3:117,302,503,202,121:-28.6766,-31.7011,-161.327,-16.5709,-137.482,-144.691,0,-120.914,-105.784,-126.619,-24.6622,-145.575,-130.444,-113.877,-153.688,-31.3435,-152.255,-137.125,-120.557,-145.218,-160.97 dDocent_Contig_10540 31 . T C 13417.1 . AB=0.732174;ABP=272.231;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=421;CIGAR=1X2M;DP=575;DPB=575;DPRA=0;EPP=917.2;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.9905;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16736;QR=4183;RO=110;RPL=0;RPP=917.2;RPPR=241.872;RPR=421;RUN=1;SAF=421;SAP=917.2;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:257:32,18,205:32:1217:18,205:654,8198:-665.673,-622.343,-716.733,0,-46.8718,-38.1244 0|1:318:78,23,216:78:2966:23,216:848,8538:-679.134,-642.444,-878.763,0,-183.123,-178.265 dDocent_Contig_10542 68 . C A 56361.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1663;CIGAR=1X;DP=1740;DPB=1740;DPRA=0;EPP=3614.17;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998797;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65725;QR=3035;RO=76;RPL=1663;RPP=3614.17;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=1663;SAP=3614.17;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:778:11,766:11:428:766:30253:-2681.3,-195.434,0 1/1:962:65,897:65:2607:897:35472:-2954.59,-54.8345,0 dDocent_Contig_10543 12 . T C 1256.96 . AB=0.333333;ABP=37.03;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6064;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1896;QR=3131;RO=94;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=207.129;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:30,31:30:1009:31:1254:-94.7634,0,-72.7473 0/1:80:64,16:64:2122:16:642:-34.0297,0,-166.784 dDocent_Contig_10544 142 . A G 434.916 . AB=0.198276;ABP=94.7363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=898;QR=3551;RO=93;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=204.957;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=204.957;SRR=93;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:44,14:44:1658:14:551:-32.4696,0,-131.986 0/1:58:49,9:49:1893:9:347:-14.119,0,-153.112 dDocent_Contig_10546 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_10549 12 . C T 418.646 . AB=0.229167;ABP=64.1734;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=130.834;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58;MQMR=59.3378;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.772727;PAIREDR=0.608108;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=814;QR=2946;RO=74;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=163.699;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=70;SRP=130.834;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:926:7:261:-14.4869,0,-74.3134 0/1:65:50,15:50:2020:15:553:-30.4746,0,-162.288 dDocent_Contig_10550 43 . C A 608.024 . AB=0.25;ABP=68.1545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=3.29983;EPPR=3.10681;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.911111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1104;QR=3320;RO=90;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=198.443;RPR=30;RUN=1;SAF=16;SAP=3.29983;SAR=14;SRF=44;SRP=3.10681;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:57,18:57:2103:18:663:-37.4179,0,-166.913 0/1:45:33,12:33:1217:12:441:-26.4814,0,-96.2689 dDocent_Contig_10551 9 . G A 155.067 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.5;MQMR=54.3953;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.395349;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=1688;RO=43;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=96.3836;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:15,0,2:15:590:0,2:0,78:-0.484738,-5.00019,-50.9112,0,-46.2151,-45.613 0|1:42:28,8,6:28:1098:8,6:314,230:-17.1926,0,-86.4778,-8.52362,-71.778,-95.5719 dDocent_Contig_10552 28 . C A 3325.87 . AB=0.388889;ABP=35.8237;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4750;QR=7460;RO=187;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=409.076;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:158,37:158:6301:37:1462:-73.1246,0,-508.129 0/1:111:29,82:29:1159:82:3288:-262.56,0,-71.1746 dDocent_Contig_10553 16 . T C 25761.9 . AB=0.641641;ABP=228.151;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=829;CIGAR=1X;DP=1292;DPB=1292;DPRA=0;EPP=1803.16;EPPR=1008.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33009;QR=18509;RO=463;RPL=0;RPP=1803.16;RPPR=1008.4;RPR=829;RUN=1;SAF=829;SAP=1803.16;SAR=0;SRF=463;SRP=1008.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:628:266,362:266:10622:362:14464:-1111.62,0,-766.233 0/1:664:197,467:197:7887:467:18545:-1467.67,0,-509.524 dDocent_Contig_10554 98 . N T 1684.76 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=82;EPP=176.728;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1865;QR=0;RO=0;RPL=80;RPP=176.728;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:82:0,80:0:0:80:1865:-167.996,-24.0824,0 dDocent_Contig_10555 8 . T C 164.956 . AB=0.15942;ABP=72.5289;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.977612;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=624;QR=5152;RO=134;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=293.988;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:76,5:76:2903:5:195:0,-6.45923,-243.516 0/1:69:58,11:58:2249:11:429:-18.1946,0,-181.854 dDocent_Contig_10556 97 . T C 814.841 . AB=0.2;ABP=77.2747;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=4M5D12M1X1M1X3M;DP=95;DPB=84.2593;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.631579;PAIREDR=0.761905;PAO=1.14286;PQA=39.4286;PQR=39.4286;PRO=1.14286;QA=623;QR=794;RO=21;RPL=7;RPP=5.8675;RPPR=48.6112;RPR=12;RUN=1;SAF=7;SAP=5.8675;SAR=12;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:45:12,0,6,16,2,7,2:12:461:0,6,16,2,7,2:0,202,510,70,205,70:-37.4517,-41.064,-78.9241,-24.694,-62.5572,-60.751,0,-37.8658,-21.5026,-33.0493,-35.367,-73.2282,-56.8613,-32.1706,-72.6262,-24.7351,-62.5952,-46.2301,-21.5474,-56.8998,-60.488,-35.367,-73.2282,-56.8613,-32.1706,-67.5323,-56.8998,-72.6262 1|0:50:9,3,13,0,16,5,0:9:333:3,13,0,16,5,0:98,421,0,533,152,0:-47.1293,-41.9245,-68.2708,-15.8775,-35.215,-39.2146,-49.8386,-69.1739,-43.128,-77.0876,-6.7016,-26.041,0,-33.9541,-29.1376,-37.6723,-57.0079,-30.9641,-64.9213,-21.7903,-63.4161,-49.8386,-69.1739,-43.128,-77.0876,-33.9541,-64.9213,-77.0876 dDocent_Contig_10557 60 . G A 1485.97 . AB=0.644737;ABP=16.8392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.877551;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1933;QR=992;RO=27;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:12,23:12:447:23:897:-70.5008,0,-30.0272 0/1:41:15,26:15:545:26:1036:-81.1927,0,-37.0258 dDocent_Contig_10558 10 . G C 195.169 . AB=0.2;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M3D1M;DP=81;DPB=76.7143;DPRA=1.6129;EPP=24.725;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.915493;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=2829;RO=71;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=157.185;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:31:31,0:31:1241:0:0:0,-9.33193,-111.964 0|1:50:40,10:40:1588:10:399:-21.2159,0,-128.11 dDocent_Contig_10559 13 . T A 703.377 . AB=0.151203;ABP=310.516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=631;DPB=631;DPRA=0.855882;EPP=98.5551;EPPR=1277.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9966;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1768;QR=23437;RO=587;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=1277.66;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=587;SRP=1277.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:291:247,44:247:9892:44:1768:-71.7356,0,-802.043 0/0:340:340,0:340:13545:0:0:0,-102.35,-1218.05 dDocent_Contig_10561 92 . G A 426.437 . AB=0.12776;ABP=766.053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=634;DPB=634;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=1201.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2620;QR=16832;RO=552;RPL=81;RPP=178.9;RPPR=1201.66;RPR=0;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=552;SRP=1201.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:322:287,35:287:8704:35:1133:-5.32862,0,-686.52 0/1:312:265,46:265:8128:46:1487:-40.4119,0,-637.924 dDocent_Contig_10562 9 . G A 417.221 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M6D19M;DP=167;DPB=159;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=5200;RO=132;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=289.645;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:29,5,0:29:1143:5,0:198,0:-7.56383,0,-92.5269,-16.2937,-94.0321,-110.329 0|0:132:103,0,23:103:4057:0,23:0,836:-37.2552,-68.2613,-402.048,0,-333.787,-326.863 dDocent_Contig_10564 40 . A G 541.29 . 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AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=1.70833;EPP=13.8677;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.633333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=2406;RO=60;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=133.299;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:954:0:0:0,-7.22472,-86.1592 0/1:41:36,5:36:1452:5:199:-5.94452,0,-118.582 dDocent_Contig_10566 39 . T G 978.758 . AB=0.378151;ABP=18.3566;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=5.37479;EPPR=7.23587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.675676;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1513;QR=2474;RO=74;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=163.699;RPR=45;RUN=1;SAF=26;SAP=5.37479;SAR=19;SRF=31;SRP=7.23587;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:20,24:20:687:24:807:-59.6968,0,-48.9059 0/1:75:54,21:54:1787:21:706:-41.2759,0,-138.53 dDocent_Contig_10567 10 . G C 1126.12 . AB=0.320896;ABP=40.3467;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=192.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.516484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1727;QR=3554;RO=91;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=200.614;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=90;SRP=192.024;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:36,20:36:1428:20:797:-55.1874,0,-111.921 0/1:78:55,23:55:2126:23:930:-60.5217,0,-168.048 dDocent_Contig_10568 116 . T C 111.867 . AB=0.144279;ABP=223.928;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.2414;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=943;QR=5747;RO=172;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=376.504;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=376.504;SRR=172;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:84,13:84:2813:13:429:-8.80476,0,-224.223 0/1:104:88,16:88:2934:16:514:-5.47882,0,-232.996 dDocent_Contig_10569 37 . T C 326.042 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=74.9036;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.594595;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=1452;RO=37;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=83.3548;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=36;SRP=74.9036;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:12,10:12:468:10:397:-29.464,0,-35.8402 0/1:29:25,4:25:984:4:162:-6.23709,0,-80.1264 dDocent_Contig_10570 29 . T A 145.739 . AB=0.101124;ABP=248.997;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=6M1X1M;DP=429;DPB=426;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=856.399;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984733;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=15423;RO=393;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=856.399;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=393;SRP=856.399;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:178:147,12,18:147:5769:12,18:464,730:-15.9719,-24.6585,-495.481,0,-438.891,-469.051 0|0:251:246,0,2:246:9654:0,2:0,81:0,-74.0534,-868.005,-67.3536,-861.326,-860.724 dDocent_Contig_10571 157 . C T 50.3176 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=3015;RO=78;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=172.385;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1352:5:201:-6.42969,0,-109.917 0/0:46:43,3:43:1663:3:117:0,-2.93717,-139.012 dDocent_Contig_10572 170 . C T 113.582 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=4785;RO=122;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=267.93;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=267.93;SRR=122;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:45,8:45:1781:8:315:-12.7561,0,-144.56 0/0:79:77,2:77:3004:2:79:0,-16.2837,-262.977 dDocent_Contig_10573 22 . T C 16273.9 . AB=0.560718;ABP=33.3352;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=531;CIGAR=1X;DP=947;DPB=947;DPRA=0;EPP=1156.06;EPPR=902;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21298;QR=16480;RO=414;RPL=0;RPP=1156.06;RPPR=902;RPR=531;RUN=1;SAF=531;SAP=1156.06;SAR=0;SRF=414;SRP=902;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:497:256,239:256:10184:239:9547:-709.235,0,-766.489 0/1:450:158,292:158:6296:292:11751:-921.256,0,-430.92 dDocent_Contig_10576 98 . N A 166.549 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_10579 98 . N G 135.529 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:136:-12.5084,-1.50515,0 dDocent_Contig_10580 12 . T C 47.2107 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=1.03571;EPP=11.6962;EPPR=59.0998;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.622642;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=2086;RO=53;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=118.098;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=45;SRP=59.0998;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1116:0:0:0,-8.42884,-100.719 0/1:29:25,4:25:970:4:164:-6.42003,0,-78.8596 dDocent_Contig_10581 120 . G A 43.0431 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=781;RO=20;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=46.4397;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:303:2:76:-4.20451,0,-24.6148 0/1:14:12,2:12:478:2:78:-3.18905,0,-39.1565 dDocent_Contig_10582 94 . A T 119.996 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=2.47619;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=2231;RO=64;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:43,9:43:1515:9:319:-13.3976,0,-120.99 0/0:21:21,0:21:716:0:0:0,-6.32163,-64.755 dDocent_Contig_10583 107 . N A 110.962 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:38:-3.60948,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:77:-7.18404,-0.90309,0 dDocent_Contig_10584 143 . G C 712.972 . AB=0.178082;ABP=200.138;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=795.598;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1614;QR=14498;RO=365;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=795.598;RPR=41;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=795.598;SRR=365;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:187:185,2:185:7382:2:73:0,-49.3634,-657.056 0/1:219:180,39:180:7116:39:1541:-72.9962,0,-574.171 dDocent_Contig_10585 12 . G A 534.319 . AB=0.297521;ABP=46.0988;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X2M1I1X;DP=121;DPB=130;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=28.8333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.277108;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1412;QR=3264;RO=83;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=183.243;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:39,22:39:1531:22:878:-38.7485,0,-119.678 0|1:60:44,14:44:1733:14:534:-17.7803,0,-138.379 dDocent_Contig_10586 116 . T C 49.1117 . AB=0.114286;ABP=138.696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=416;QR=3151;RO=93;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=204.957;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=204.957;SRR=93;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:55,8:55:1873:8:277:-6.30213,0,-149.888 0/1:42:38,4:38:1278:4:139:-0.209429,0,-102.675 dDocent_Contig_10587 1 . N G 1410.67 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1557;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:19:0,19:0:0:19:736:-66.5643,-5.71957,0 1/1:21:0,21:0:0:21:821:-74.2021,-6.32163,0 dDocent_Contig_10588 14 . T C 12375.7 . AB=0.469342;ABP=10.3333;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=421;CIGAR=1X;DP=897;DPB=897;DPRA=0;EPP=917.2;EPPR=1036.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16796;QR=18626;RO=476;RPL=0;RPP=917.2;RPPR=1036.63;RPR=421;RUN=1;SAF=421;SAP=917.2;SAR=0;SRF=476;SRP=1036.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:457:194,263:194:7661:263:10501:-806.825,0,-551.566 0/1:440:282,158:282:10965:158:6295:-433.843,0,-853.761 dDocent_Contig_10589 33 . T C 437.984 . AB=0.287879;ABP=28.8048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.263158;PAIREDR=0.446809;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=734;QR=1834;RO=47;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=105.07;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:17,12:17:658:12:456:-32.6427,0,-50.818 0/1:37:30,7:30:1176:7:278:-14.2526,0,-94.9856 dDocent_Contig_10590 98 . N T 207.063 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:79:-7.25272,-0.90309,0 1/1:5:0,5:0:0:5:143:-13.1518,-1.50515,0 dDocent_Contig_10591 8 . T C 7627.26 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=668;CIGAR=1X;DP=681;DPB=681;DPRA=0;EPP=1453.55;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=56.9311;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.773952;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20593;QR=0;RO=0;RPL=668;RPP=1453.55;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=668;SAP=1453.55;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:319:0,312:0:0:312:9780:-877.967,-93.9214,0 1/1:362:0,356:0:0:356:10813:-971.09,-107.167,0 dDocent_Contig_10595 37 . C T 127.395 . AB=0.333333;ABP=6.62942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=1906;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:10,5:10:404:5:203:-14.1374,0,-32.2041 0/0:39:38,1:38:1502:1:41:0,-7.6456,-131.334 dDocent_Contig_10596 58 . G A 236.952 . AB=0.149533;ABP=117.165;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=2.09804;EPP=37.7539;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=633;QR=5547;RO=142;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=311.359;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:91,16:91:3594:16:633:-25.0931,0,-291.294 0/0:51:51,0:51:1953:0:0:0,-15.3525,-175.974 dDocent_Contig_10597 9 . G A 41377.9 . AB=0.875648;ABP=1895.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1352;CIGAR=1X;DP=1544;DPB=1544;DPRA=0;EPP=2938.84;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51203;QR=7205;RO=191;RPL=0;RPP=2938.84;RPPR=417.762;RPR=1352;RUN=1;SAF=1352;SAP=2938.84;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:671:99,572:99:3724:572:21677:-1747.81,0,-133.291 0/1:873:92,780:92:3481:780:29526:-2393.08,0,-50.811 dDocent_Contig_10598 29 . A G 147.403 . 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AB=0.135778;ABP=1165.63;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=137;CIGAR=1X;DP=1009;DPB=1009;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=1894.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5395;QR=34569;RO=871;RPL=0;RPP=300.502;RPPR=1894.36;RPR=137;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=871;SRP=1894.36;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:455:393,61:393:15625:61:2374:-76.835,0,-1268.09 0/1:554:478,76:478:18944:76:3021:-105.21,0,-1536.67 dDocent_Contig_10602 37 . C A 351.94 . AB=0.139241;ABP=270.926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=694;DPB=694;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=1371.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998413;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2274;QR=25072;RO=630;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=1371.04;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=630;SRP=1371.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:237:204,33:204:8181:33:1196:-36.5919,0,-664.479 0/0:457:426,30:426:16891:30:1078:0,-40.341,-1421.55 dDocent_Contig_10603 24 . T C 25697.1 . AB=0.859122;ABP=488.061;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=798;CIGAR=1X;DP=899;DPB=899;DPRA=0;EPP=1735.85;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998747;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31434;QR=3547;RO=101;RPL=0;RPP=1735.85;RPPR=222.329;RPR=798;RUN=1;SAF=798;SAP=1735.85;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:466:40,426:40:1388:426:16716:-1377.95,-15.0753,0 0/1:433:61,372:61:2159:372:14718:-1193.15,0,-64.2107 dDocent_Contig_10604 10 . G A 113.049 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=2940;RO=74;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=163.699;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:34,6:34:1370:6:239:-9.8433,0,-111.515 0/1:45:40,5:40:1570:5:197:-4.55823,0,-127.983 dDocent_Contig_10605 39 . T G 4556.06 . AB=0.527211;ABP=4.90111;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=155;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=304.845;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.877419;PAIREDR=0.992806;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6078;QR=5557;RO=139;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=304.845;RPR=155;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=139;SRP=304.845;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:84,77:84:3347:77:3034:-224.682,0,-252.823 0/1:133:55,78:55:2210:78:3044:-234.021,0,-159.031 dDocent_Contig_10606 98 . N T 4214.98 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=136;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=298.331;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4674;QR=0;RO=0;RPL=136;RPP=298.331;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=136;SAP=298.331;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:39:0,39:0:0:39:1351:-121.891,-11.7402,0 1/1:97:0,97:0:0:97:3323:-299.306,-29.1999,0 dDocent_Contig_10607 91 . C T 329.496 . AB=0.117647;ABP=629.033;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=1133;DPB=1133;DPRA=0.770312;EPP=128.956;EPPR=2330.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.975746;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2031;QR=38473;RO=1072;RPL=58;RPP=128.956;RPPR=2330.83;RPR=0;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=1072;SRP=2330.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:640:637,0:637:22872:0:0:0,-191.756,-2057.46 0/1:493:435,58:435:15601:58:2031:-34.6486,0,-1255.34 dDocent_Contig_10608 55 . T C 2865.68 . AB=0.451327;ABP=7.66071;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.803922;PAIREDR=0.798387;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3970;QR=4674;RO=124;RPL=102;RPP=224.5;RPPR=272.273;RPR=0;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:46,42:46:1722:42:1638:-121.16,0,-128.733 0/1:138:78,60:78:2952:60:2332:-168.505,0,-224.271 dDocent_Contig_10610 47 . G A 956.212 . AB=0.139579;ABP=593.123;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=1029;DPB=1029;DPRA=1.0336;EPP=161.528;EPPR=2076.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2827;QR=37091;RO=955;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=2076.77;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=955;SRP=2076.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:506:506,0:506:19560:0:0:0,-152.321,-1758.99 0/1:523:449,73:449:17531:73:2827:-97.3201,0,-1419.31 dDocent_Contig_10611 31 . T C 84.4396 . AB=0.123077;ABP=83.2212;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=3088;RO=78;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=172.385;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:830:1:41:0,-2.52809,-70.9183 0/1:65:57,8:57:2258:8:326:-10.1429,0,-183.824 dDocent_Contig_10612 22 . T A 4005.43 . AB=0.0965517;ABP=208.012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=3M1X1M;DP=145;DPB=74.2;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=516;RO=13;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=31.2394;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:8,44,3:8:317:44,3:1784,122:-144.707,0,-12.8393,-137.052,-16.0185,-162.239 0|1:90:5,74,11:5:199:74,11:2920,444:-258.933,-20.2206,-14.3289,-223.836,0,-236.911 dDocent_Contig_10613 25 . G A 113.774 . 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AB=0.198347;ABP=98.6448;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=925;QR=3829;RO=97;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=213.643;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:35,8:35:1386:8:281:-12.6681,0,-112.053 0/1:78:62,16:62:2443:16:644:-34.8129,0,-196.546 dDocent_Contig_10615 98 . N C 54.1649 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41432,-0.60206,0 dDocent_Contig_10616 118 . G T 1508.94 . 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AB=0.37931;ABP=17.6865;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1766;QR=2893;RO=72;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=159.356;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:20,18:20:806:18:725:-54.1359,0,-61.4178 0/1:78:52,26:52:2087:26:1041:-70.4989,0,-164.521 dDocent_Contig_10618 117 . A C 364.916 . AB=0.25974;ABP=41.6174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.789474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=2006;RO=57;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=126.784;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:29,9:29:1032:9:312:-16.9771,0,-81.7551 0/1:39:28,11:28:974:11:378:-22.6114,0,-76.2269 dDocent_Contig_10619 76 . T A 167.651 . AB=0.190476;ABP=55.4358;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=1;EPP=29.068;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.640351;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=4147;RO=114;RPL=9;RPP=9.52472;RPPR=27.6965;RPR=3;RUN=1;SAF=9;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=75;SRP=27.6965;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:51,12:51:1826:12:409:-18.163,0,-145.631 0/0:63:63,0:63:2321:0:0:0,-18.9649,-209.123 dDocent_Contig_10621 36 . G T 282.306 . 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AB=0.847872;ABP=1509.27;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1215;CIGAR=1X;DP=1433;DPB=1433;DPRA=0;EPP=2641.35;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47930;QR=8614;RO=215;RPL=1215;RPP=2641.35;RPPR=469.877;RPR=0;RUN=1;SAF=1215;SAP=2641.35;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:709:95,614:95:3837:614:24106:-1954.13,0,-131.885 0/1:724:120,601:120:4777:601:23824:-1924.97,0,-212.608 dDocent_Contig_10624 114 . C T 68.632 . 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AB=0.121359;ABP=516.068;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=825;DPB=825;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=1675.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9468;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981481;PAIREDR=0.998701;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2161;QR=30729;RO=770;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=1675.04;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=770;SRP=1675.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:413:408,4:408:16200:4:162:0,-109.41,-1439.8 0/1:412:362,50:362:14529:50:1999:-56.0789,0,-1182.45 dDocent_Contig_10628 29 . A G 371.959 . AB=0.294118;ABP=21.7871;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=610;QR=1425;RO=36;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=81.1833;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:22,3:22:862:3:122:-3.84674,0,-70.3508 0/1:26:14,12:14:563:12:488:-36.4445,0,-43.1835 dDocent_Contig_10629 8 . T C 79.0094 . 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AB=0.572785;ABP=32.0915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=362;CIGAR=1X;DP=632;DPB=632;DPRA=0;EPP=789.083;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13767;QR=10244;RO=269;RPL=0;RPP=789.083;RPPR=587.136;RPR=362;RUN=1;SAF=362;SAP=789.083;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:369:157,212:157:5973:212:8072:-615.214,0,-426.445 0/1:263:112,150:112:4271:150:5695:-433.273,0,-305.208 dDocent_Contig_10633 13 . C T 25022.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=731;CIGAR=1M1X;DP=764;DPB=764;DPRA=0;EPP=1590.36;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9439;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.926129;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29144;QR=1302;RO=33;RPL=0;RPP=1590.36;RPPR=74.6689;RPR=731;RUN=1;SAF=731;SAP=1590.36;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:347:15,332:15:608:332:13235:-1134.13,-49.3997,0 1|1:417:18,399:18:694:399:15909:-1367.78,-62.7535,0 dDocent_Contig_10634 108 . G T 71.2617 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1728;RO=51;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=113.755;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:27,1:27:913:1:40:0,-4.43316,-78.4835 0/1:29:24,5:24:815:5:191:-8.82514,0,-64.9333 dDocent_Contig_10635 29 . A G 146.549 . AB=0.103586;ABP=345.61;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X3M1X;DP=571;DPB=571;DPRA=0.784375;EPP=59.4686;EPPR=1182.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1012;QR=21472;RO=543;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=1182.12;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=543;SRP=1182.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:251:223,26:223:8827:26:1012:-16.0529,0,-718.657 0|0:320:320,0:320:12645:0:0:0,-96.3296,-1137.24 dDocent_Contig_10636 107 . N T 504.215 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=550;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 1/1:16:0,16:0:0:16:484:-43.8511,-4.81648,0 dDocent_Contig_10638 209 . N G 151.504 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:164:-15.1499,-1.20412,0 dDocent_Contig_10639 15 . A C 594.476 . AB=0.606061;ABP=6.23461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=3.3;EPP=46.4397;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.85;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=783;QR=913;RO=23;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=52.9542;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:13,20:13:528:20:783:-60.8455,0,-37.9331 0/0:10:10,0:10:385:0:0:0,-3.0103,-34.9978 dDocent_Contig_10640 103 . N C 118.399 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X3I3X;DP=6;DPB=10.5;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=22.3333;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:200:-11.8397,-1.80618,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10641 10 . C T 992.39 . AB=0.3125;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.775;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1558;QR=3504;RO=88;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=194.1;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:42,12:42:1663:12:468:-26.2156,0,-133.643 0/1:74:46,28:46:1841:28:1090:-76.1203,0,-143.62 dDocent_Contig_10642 21 . G T 130.59 . AB=0.333333;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=1.125;EPP=16.0391;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=217;QR=1100;RO=28;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=63.8115;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:469:6:217:-14.457,0,-37.1393 0/0:16:16,0:16:631:0:0:0,-4.81648,-57.1239 dDocent_Contig_10644 170 . A T 81.5283 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=814;RO=21;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:8,1:8:305:1:41:-1.3853,0,-25.1006 0/1:17:13,4:13:509:4:161:-9.75739,0,-41.0403 dDocent_Contig_10647 39 . G T 634.339 . AB=0.231343;ABP=87.0171;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=54.0749;EPPR=25.9689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0322581;PAIREDR=0.456311;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1180;QR=3786;RO=103;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=226.672;RPR=31;RUN=1;SAF=29;SAP=54.0749;SAR=2;SRF=68;SRP=25.9689;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:54,17:54:2002:17:634:-36.0105,0,-159.052 0/1:63:49,14:49:1784:14:546:-30.5204,0,-141.86 dDocent_Contig_10648 68 . C T 248.22 . AB=0.113445;ABP=311.907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=238;DPB=238;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.981043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1097;QR=8407;RO=211;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=461.191;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:96,9:96:3811:9:362:-1.33546,0,-311.386 0/1:133:115,18:115:4596:18:735:-26.4358,0,-373.519 dDocent_Contig_10649 98 . N A 50.3674 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03457,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10650 110 . G A 174.163 . AB=0.204545;ABP=36.372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.771429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=1406;RO=35;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:19,7:19:770:7:284:-18.1072,0,-61.7924 0/1:18:16,2:16:636:2:82:-2.36114,0,-52.1521 dDocent_Contig_10651 62 . T C 4645.06 . AB=0.666667;ABP=57.2971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5946;QR=2946;RO=75;RPL=150;RPP=328.731;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:26,90:26:1016:90:3553:-284.892,0,-56.8129 0/1:109:49,60:49:1930:60:2393:-182.711,0,-141.096 dDocent_Contig_10652 107 . N C 2180.57 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2413;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=0;RPR=73;RUN=1;SAF=0;SAP=161.528;SAR=73;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:514:-46.5681,-4.81648,0 1/1:57:0,57:0:0:57:1899:-171.188,-17.1587,0 dDocent_Contig_10653 107 . N T 2245.47 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2485;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=0;RPR=71;RUN=1;SAF=0;SAP=157.185;SAR=71;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:50:0,50:0:0:50:1771:-159.674,-15.0515,0 1/1:21:0,21:0:0:21:714:-64.5723,-6.32163,0 dDocent_Contig_10654 98 . N C 71.8596 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:77:-7.18487,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10655 98 . N C 152.656 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:93:-8.60021,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_10656 30 . T C 1480.62 . AB=0.214511;ABP=227.425;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=432;DPB=432;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=773.883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3080;QR=14247;RO=355;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=773.883;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=355;SRP=773.883;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:115:106,9:106:4270:9:357:0,-2.12715,-351.746 0/1:317:249,68:249:9977:68:2723:-149.761,0,-801.83 dDocent_Contig_10658 41 . T C 29595.8 . AB=0.76749;ABP=305.05;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=880;CIGAR=1X;DP=1009;DPB=1009;DPRA=0;EPP=1913.91;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972727;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35212;QR=5148;RO=128;RPL=0;RPP=1913.91;RPPR=280.959;RPR=880;RUN=1;SAF=880;SAP=1913.91;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:523:16,507:16:650:507:20299:-1766.32,-98.6062,0 0/1:486:112,373:112:4498:373:14913:-1194.65,0,-258.389 dDocent_Contig_10660 138 . A G 304.919 . AB=0.0938967;ABP=1223.48;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=122;CIGAR=1X;DP=1675;DPB=1675;DPRA=0;EPP=267.93;EPPR=3366.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4878;QR=61272;RO=1549;RPL=122;RPP=267.93;RPPR=3366.62;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=267.93;SAR=122;SRF=0;SRP=3366.62;SRR=1549;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:823:780,42:780:30797:42:1679:0,-96.5145,-2617.66 0/1:852:769,80:769:30475:80:3199:-32.1909,0,-2484.26 dDocent_Contig_10661 146 . A G 2880.1 . AB=0.389058;ABP=38.1829;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=329;DPB=329;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4329;QR=6920;RO=201;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=439.476;RPR=128;RUN=1;SAF=0;SAP=280.959;SAR=128;SRF=0;SRP=439.476;SRR=201;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:122,42:122:4215:42:1404:-77.2795,0,-330.166 0/1:165:79,86:79:2705:86:2925:-213.827,0,-194.018 dDocent_Contig_10662 43 . G A 96.5373 . AB=0.107438;ABP=164.973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7079;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.938202;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=7082;RO=178;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=389.532;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:72:70,2:70:2791:2:81:0,-13.9884,-243.614 0/1:121:108,13:108:4291:13:527:-11.3527,0,-348.535 dDocent_Contig_10663 36 . C T 484.659 . AB=0.592593;ABP=5.02092;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.03846;EPP=37.7539;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=1502;RO=37;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=83.3548;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1052:0:0:0,-7.82678,-94.9695 0/1:27:11,16:11:450:16:644:-50.1649,0,-32.728 dDocent_Contig_10665 9 . G A 193.227 . AB=0.151261;ABP=128.718;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X7M3I3M1X1M1X;DP=293;DPB=306.714;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=11.2727;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.915929;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=372;QR=8808;RO=226;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=493.763;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:119:77,18,18:77:3013:18,18:708,217:-20.7206,0,-242.545,-34.4546,-238.501,-276.878 0|0:174:149,10,15:149:5795:10,15:397,155:0,-20.3689,-493.848,-39.2615,-491.158,-511.03 dDocent_Contig_10666 8 . T G 12362.5 . AB=0.175908;ABP=480.157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=2X;DP=523;DPB=523;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.967391;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3475;QR=2339;RO=61;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=135.47;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:225:31,41,153:31:1186:41,153:1536,5854:-499.511,-383.051,-468.032,-28.4621,0,-79.7308 1|0:298:30,51,216:30:1153:51,216:1939,8335:-739.836,-589.842,-669.145,-64.3661,0,-94.0011 dDocent_Contig_10667 48 . G A 6494.46 . AB=0.73913;ABP=37.2818;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7703;QR=961;RO=24;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=55.1256;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:18,51:18:724:51:2007:-160.059,0,-44.7157 1/1:152:6,146:6:237:146:5696:-490.785,-24.0536,0 dDocent_Contig_10668 73 . C T 164.144 . AB=0.185185;ABP=49.4959;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.817073;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=457;QR=3144;RO=82;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=4.70511;RPR=4;RUN=1;SAF=8;SAP=5.9056;SAR=4;SRF=45;SRP=4.70511;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:38,2:38:1448:2:79:0,-4.54357,-123.085 0/1:54:44,10:44:1696:10:378:-18.1134,0,-136.629 dDocent_Contig_10669 39 . G T 34.128 . AB=0.181818;ABP=12.6832;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=466;RO=12;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=29.068;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:6:5,0,1:5:192:0,1:0,39:-2.08699,-3.59214,-19.3477,0,-16.1439,-15.8429 0|1:11:7,2,2:7:274:2,2:78,78:-4.32948,0,-21.9773,-1.17962,-17.3054,-23.1086 dDocent_Contig_10670 18 . T C 349.36 . AB=0.35;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=1717;RO=46;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=102.898;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:26,14:26:971:14:534:-36.334,0,-75.6468 0/0:21:20,1:20:746:1:36:0,-2.73021,-63.8707 dDocent_Contig_10671 10 . C T 34127.5 . AB=0.0577717;ABP=1237.94;AC=0;AF=0;AN=4;AO=42;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=1341;DPB=1341;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1620;QR=3622;RO=92;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=202.786;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:614:66,0,409,2,125:66:2602:0,409,2,125:0,16219,80,4958:-1509.14,-1529.01,-1743.08,-194.007,-408.076,-284.955,-1522.42,-1736.49,-401.486,-1735.89,-1120.94,-1335.01,0,-1328.42,-1297.38 0|0:727:26,42,433,37,178:26:1020:42,433,37,178:1620,17208,1486,7067:-1906.7,-1781.5,-1852.74,-497.833,-448.693,-451.368,-1792.08,-1742.94,-459.267,-1864.82,-1332.81,-1283.67,0,-1294.25,-1363.11 dDocent_Contig_10673 68 . T G 115.923 . AB=0.138462;ABP=76.807;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=247;QR=1172;RO=46;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:25,1,6:25:638:1,6:25,142:-3.43556,-9.01056,-58.6139,0,-47.9458,-48.0882 0|1:33:21,8,3:21:534:8,3:222,77:-11.2497,0,-39.3079,-11.5517,-35.6899,-52.3617 dDocent_Contig_10675 14 . A G 59.1793 . AB=0.122449;ABP=63.6786;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=7;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=2002;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:43,6:43:1718:6:241:-7.31583,0,-140.093 0/0:7:7,0:7:284:0:0:0,-2.10721,-25.9338 dDocent_Contig_10676 105 . N T 219.871 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:8:0,8:0:0:8:241:-21.9871,-2.40824,0 dDocent_Contig_10677 119 . G A 101.148 . 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AB=0.222222;ABP=27.1378;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.5;EPP=20.3821;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=2021;RO=52;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=115.927;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:24,0:24:947:0:0:0,-7.22472,-85.539 0|1:36:28,8:28:1074:8:310:-17.4231,0,-86.1174 dDocent_Contig_10679 12 . C T 83.7064 . 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AB=0.128713;ABP=123.946;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=3545;RO=88;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=194.1;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:56,6:56:2256:6:240:-3.31121,0,-184.53 0/1:39:32,7:32:1289:7:283:-14.1028,0,-104.535 dDocent_Contig_10695 113 . T A 156.464 . 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AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0.418605;EPP=11.6962;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=2280;RO=57;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=126.784;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:540:4:164:-9.73136,0,-43.5095 0/0:43:43,0:43:1740:0:0:0,-12.9443,-156.813 dDocent_Contig_10698 24 . A C 1489.9 . 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AB=0.0544218;ABP=510.012;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=1X1M1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=59.9901;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.935644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=6691;RO=202;RPL=9;RPP=3.55317;RPPR=3.3973;RPR=7;RUN=1;SAF=9;SAP=3.55317;SAR=7;SRF=98;SRP=3.3973;SRR=104;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:117:77,4,36:77:2544:4,36:146,1301:-82.9577,-94.211,-298.612,0,-193.666,-194.756 0|0:177:125,12,36:125:4147:12,36:396,1159:-55.7678,-61.3935,-393.122,0,-303.352,-324.514 dDocent_Contig_10700 54 . T C 479.457 . AB=0.135036;ABP=320.014;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=550;DPB=550;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=1088.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979592;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1936;QR=19956;RO=500;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=1088.75;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=500;SRP=1088.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:276:264,12:264:10555:12:470:0,-40.4384,-906.6 0/1:274:236,37:236:9401:37:1466:-49.6446,0,-762.979 dDocent_Contig_10701 194 . G C 956.29 . AB=0.853659;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0.455556;EPP=79.0118;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1212;QR=3717;RO=96;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=211.472;SRR=96;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:6,35:6:221:35:1212:-97.0269,0,-7.90003 0/0:90:90,0:90:3496:0:0:0,-27.0927,-314.718 dDocent_Contig_10702 107 . N G 287.487 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:316:-28.7487,-3.0103,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10703 1 . N G 1662.63 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=105.24;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1837;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=0;RPR=51;RUN=1;SAF=1;SAP=105.24;SAR=50;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:28:0,28:0:0:28:1020:-92.1144,-8.42884,0 1/1:23:0,23:0:0:23:817:-73.8474,-6.92369,0 dDocent_Contig_10704 18 . G T 67.0869 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0.463768;EPP=13.8677;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.59375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=3809;RO=96;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=211.472;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:1055:5:193:-8.10662,0,-85.6102 0/0:69:69,0:69:2754:0:0:0,-20.7711,-247.976 dDocent_Contig_10706 25 . T A 448.768 . AB=0.305085;ABP=22.4799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X1M1X1M1I2M5D1X1M3X7M;DP=59;DPB=54.8261;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=713;QR=1357;RO=36;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=81.1833;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:11,10,2:11:416:10,2:397,75:-29.385,0,-31.0919,-26.5558,-27.9594,-60.0479 0|1:34:25,8,0:25:941:8,0:316,0:-18.5887,0,-74.7992,-26.1145,-77.2075,-103.216 dDocent_Contig_10707 47 . C A 345.604 . AB=0.231884;ABP=46.0936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=641;QR=2108;RO=53;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=118.098;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:30,12:30:1176:12:479:-30.8182,0,-93.4731 0/1:27:23,4:23:932:4:162:-6.83915,0,-76.0541 dDocent_Contig_10710 87 . T C 497.714 . AB=0.27907;ABP=39.4708;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.821053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=929;QR=3378;RO=95;RPL=15;RPP=4.34659;RPPR=4.13032;RPR=11;RUN=1;SAF=15;SAP=4.34659;SAR=11;SRF=51;SRP=4.13032;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1165:2:73:0,-3.60475,-98.2211 0/1:86:62,24:62:2213:24:856:-51.4703,0,-173.542 dDocent_Contig_10711 9 . G A 13243.6 . AB=0.0747664;ABP=1515.51;AC=0;AF=0;AN=4;AO=72;CIGAR=1X3M1X3M1X3M;DP=963;DPB=963;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=19.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.986111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2790;QR=1787;RO=46;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=102.898;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:434:11,27,103,100,22,30,78:11:430:27,103,100,22,30,78:1060,4035,3971,879,1188,2994:-620.026,-536.156,-563.38,-291.551,-239.722,-295.897,-296.434,-244.605,0,-301.683,-550.936,-499.107,-254.502,-259.385,-579.666,-525.565,-473.736,-229.131,-234.015,-488.517,-551.887,-377.633,-325.803,-81.1994,-86.0822,-340.584,-315.213,-389.504 0|0:529:35,45,56,138,19,33,118:35:1357:45,56,138,19,33,118:1730,2203,5463,748,1280,4620:-707.435,-575.959,-673.894,-536.762,-506.23,-631.386,-268.363,-237.832,-198.634,-338.302,-656.45,-625.919,-586.722,-318.323,-762.212,-613.664,-583.132,-543.936,-275.537,-663.624,-715.211,-338.128,-307.596,-268.399,0,-388.088,-345.301,-414.088 dDocent_Contig_10716 29 . G A 318.119 . AB=0.317073;ABP=14.9269;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=3X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=502;QR=796;RO=21;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=48.6112;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:14,4,3:14:533:4,3:161,119:-9.06014,0,-42.5033,-3.58397,-34.0106,-46.3814 0|1:20:7,9,4:7:263:9,4:341,150:-25.8486,0,-18.8388,-15.7291,-9.32051,-36.0701 dDocent_Contig_10717 124 . G A 1830.54 . AB=0.347458;ABP=50.7091;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2851;QR=5203;RO=154;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=337.417;RPR=82;RUN=1;SAF=0;SAP=181.071;SAR=82;SRF=0;SRP=337.417;SRR=154;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:211:133,78:133:4498:78:2707:-180.363,0,-341.499 0/1:25:21,4:21:705:4:144:-5.78787,0,-56.2364 dDocent_Contig_10718 8 . T C 6819.1 . AB=0.0454545;ABP=713.674;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=2X;DP=396;DPB=396;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=28.7778;MQMR=59.8209;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.977612;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=683;QR=5136;RO=134;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=293.988;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:176:60,7,109:60:2298:7,109:262,4179:-301.058,-303.474,-489.881,0,-172.957,-155.784 0|0:220:74,11,135:74:2838:11,135:421,5177:-383.949,-381.755,-611.392,0,-208.569,-192.393 dDocent_Contig_10719 39 . T C 1079.45 . AB=0.327731;ABP=33.6846;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=26M1X3M;DP=119;DPB=123.1;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1565;QR=2280;RO=60;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=133.299;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:22,0,15:22:848:0,15:0,599:-42.8424,-49.465,-119.095,0,-69.7526,-65.2372 0|1:81:38,11,24:38:1432:11,24:385,966:-68.2,-48.3335,-162.356,0,-86.045,-110.132 dDocent_Contig_10720 40 . G A 241.665 . 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AB=0.154472;ABP=130.562;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0.778846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=4105;RO=104;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=228.843;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:50,9:50:1967:9:361:-15.0908,0,-159.463 0/1:64:54,10:54:2138:10:394:-16.548,0,-173.336 dDocent_Contig_10722 106 . N T 155.432 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:169:-15.543,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10723 80 . T A 4035.44 . AB=0.241015;ABP=554.142;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=946;DPB=946;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=1559.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7675;QR=24663;RO=717;RPL=228;RPP=498.106;RPPR=1559.96;RPR=0;RUN=1;SAF=228;SAP=498.106;SAR=0;SRF=717;SRP=1559.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:342:241,101:241:8275:101:3365:-200.131,0,-641.872 0/1:604:476,127:476:16388:127:4310:-206.509,0,-1293.13 dDocent_Contig_10724 107 . N C 94.2486 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42377,-0.90309,0 dDocent_Contig_10725 33 . T G 1207.42 . 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AB=0.152542;ABP=126.747;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=718;QR=3999;RO=100;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=220.158;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:44,5:44:1750:5:194:-3.07981,0,-142.961 0/1:69:56,13:56:2249:13:524:-26.7347,0,-181.803 dDocent_Contig_10728 63 . G A 2156.69 . AB=0.449438;ABP=6.96287;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969072;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3021;QR=3643;RO=97;RPL=80;RPP=176.728;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:39,48:39:1476:48:1824:-138.223,0,-106.925 0/1:91:58,32:58:2167:32:1197:-80.543,0,-167.776 dDocent_Contig_10729 17 . G A 1140.84 . AB=0.335938;ABP=32.9359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.2558;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1725;QR=3324;RO=85;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=187.585;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:41,19:41:1599:19:756:-50.2579,0,-126.077 0/1:68:44,24:44:1725:24:969:-66.9234,0,-134.998 dDocent_Contig_10731 7 . A G 367.751 . 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AB=0.103448;ABP=438.727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=740;DPB=740;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=1496.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2028;QR=27223;RO=688;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=1496.98;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=688;SRP=1496.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:319:286,33:286:11325:33:1314:-22.4944,0,-922.476 0/0:421:402,18:402:15898:18:714:0,-62.2586,-1365.02 dDocent_Contig_10733 45 . C T 145.911 . AB=0.125;ABP=130.041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=1.55224;EPP=31.2394;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.538462;PAIREDR=0.632911;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=6320;RO=158;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=346.103;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:67,0:67:2695:0:0:0,-20.169,-242.663 0/1:104:91,13:91:3625:13:525:-16.2901,0,-294.964 dDocent_Contig_10735 91 . A T 200.707 . AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=385;QR=1158;RO=34;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:20,2:20:680:2:70:-0.0247359,0,-54.8965 0/1:23:14,9:14:478:9:315:-21.7651,0,-36.4225 dDocent_Contig_10736 33 . G A 3425.34 . AB=0.417808;ABP=20.1441;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=786;DPB=786;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=1420.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5199;QR=26087;RO=653;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=1420.98;RPR=132;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=653;SRP=1420.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:292:170,122:170:6771:122:4799:-343.931,0,-521.18 0/0:494:483,10:483:19316:10:400:0,-112.231,-1700.48 dDocent_Contig_10738 9 . G A 103.723 . 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AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0.814815;EPP=13.8677;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1786;RO=44;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=98.5551;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:697:5:205:-12.2123,0,-56.4337 0/0:27:27,0:27:1089:0:0:0,-8.12781,-98.2944 dDocent_Contig_10740 116 . A G 3261.74 . AB=0.270936;ABP=280.563;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=609;DPB=609;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=967.144;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5690;QR=15306;RO=444;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=967.144;RPR=165;RUN=1;SAF=0;SAP=361.303;SAR=165;SRF=0;SRP=967.144;SRR=444;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:243:178,65:178:6077:65:2250:-129.621,0,-473.924 0/1:366:266,100:266:9229:100:3440:-199.65,0,-720.469 dDocent_Contig_10742 76 . T C 26427.1 . AB=0.616933;ABP=174.15;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=889;CIGAR=1X5M;DP=1441;DPB=1441.17;DPRA=0;EPP=1933.45;EPPR=947.601;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0.5;PQA=19.5;PQR=0;PRO=0;QA=33853;QR=16163;RO=435;RPL=889;RPP=1933.45;RPPR=947.601;RPR=0;RUN=1;SAF=889;SAP=1933.45;SAR=0;SRF=435;SRP=947.601;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:716:113,54,538:113:4158:54,538:1900,20477:-1645.51,-1524.87,-1848.58,0,-185.328,-178.031 0|1:725:322,19,351:322:12005:19,351:680,13376:-1000.3,-1041.78,-2018.87,0,-927.385,-877.171 dDocent_Contig_10744 114 . A G 72.4922 . 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AB=0.128763;ABP=718.855;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=598;DPB=598;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=1134.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.3896;MQMR=55.595;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.0556622;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2968;QR=19933;RO=521;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=1134.35;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=521;SRP=1134.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:268:220,48:220:8431:48:1848:-85.0826,0,-672.627 0/1:330:301,29:301:11502:29:1120:-1.30029,0,-920.173 dDocent_Contig_10746 34 . C A 6114.53 . 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T A 128.815 . AB=0.26087;ABP=14.4341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=3M1X4M;DP=47;DPB=46.25;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1353;RO=35;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=79.0118;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:16,0,0,6:16:620:0,0,6:0,0,232:-14.2183,-19.0347,-69.9648,-19.0347,-69.9648,-69.9648,0,-50.9108,-50.9108,-49.1046 0|1:24:19,2,2,0:19:733:2,2,0:81,79,0:-0.961578,0,-59.5784,-0.185183,-53.6791,-59.7578,-6.68115,-60.1804,-60.3599,-66.861 dDocent_Contig_10751 48 . C T 91.4904 . AB=0.128205;ABP=96.662;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=9.26925;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=2667;RO=68;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=9.26925;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:18,2:18:702:2:80:-1.57119,0,-57.4883 0/1:58:50,8:50:1965:8:309:-10.7105,0,-159.592 dDocent_Contig_10752 8 . T C 2451.4 . AB=0.571429;ABP=9.52472;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3244;QR=2433;RO=63;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=139.813;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:18,46:18:700:46:1775:-140.736,0,-44.0681 0/1:83:45,38:45:1733:38:1469:-107.501,0,-131.24 dDocent_Contig_10755 33 . G C 52.7392 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=1.15385;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=994;RO=25;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:472:3:120:-6.67186,0,-38.3133 0/0:13:13,0:13:522:0:0:0,-3.91339,-47.3272 dDocent_Contig_10756 9 . G A 837.038 . AB=0.203791;ABP=163.812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1663;QR=6427;RO=168;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=367.818;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:34,11:34:1274:11:426:-25.1484,0,-101.401 0/1:166:134,32:134:5153:32:1237:-61.6524,0,-413.802 dDocent_Contig_10757 51 . T A 4455.74 . AB=0.659292;ABP=52.8196;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=149;CIGAR=1X;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=326.56;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5738;QR=3027;RO=77;RPL=149;RPP=326.56;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=149;SAP=326.56;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:18,69:18:714:69:2666:-213.902,0,-38.3979 0/1:139:59,80:59:2313:80:3072:-234.768,0,-166.503 dDocent_Contig_10758 38 . T C 100.435 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=604;RO=15;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=35.5824;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:6,1:6:236:1:41:-1.98736,0,-19.5042 0/1:13:9,4:9:368:4:162:-11.0536,0,-29.572 dDocent_Contig_10760 86 . C T 391.164 . AB=0.3;ABP=27.3308;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=696;QR=1709;RO=49;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:34,5:34:1206:5:160:-2.97619,0,-97.1059 0/1:31:15,16:15:503:16:536:-39.2258,0,-36.2575 dDocent_Contig_10761 98 . N A 559.146 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:157:-14.4408,-1.50515,0 1/1:14:0,14:0:0:14:454:-41.1726,-4.21442,0 dDocent_Contig_10763 64 . G A 9024.71 . AB=0.899054;ABP=441.476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=285;CIGAR=1X;DP=317;DPB=317;DPRA=0;EPP=621.88;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11114;QR=1222;RO=32;RPL=285;RPP=621.88;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=285;SAP=621.88;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:14,98:14:532:98:3832:-311.185,0,-14.508 0/1:205:18,187:18:690:187:7282:-593.385,0,-0.722613 dDocent_Contig_10764 85 . T C 5809.45 . AB=0.705502;ABP=116.356;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=218;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=476.391;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7518;QR=3105;RO=91;RPL=218;RPP=476.391;RPPR=200.614;RPR=0;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:35,128:35:1180:128:4391:-346.322,0,-57.4324 0/1:146:56,90:56:1925:90:3127:-237.72,0,-129.581 dDocent_Contig_10765 21 . C G 480.594 . AB=0.244186;ABP=51.8937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=2.15;EPP=48.6112;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=4226;RO=105;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=231.015;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1607:0:0:0,-12.0412,-144.862 0/1:86:65,21:65:2619:21:837:-49.7584,0,-209.947 dDocent_Contig_10766 164 . C T 60.7925 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0.655172;EPP=11.6962;EPPR=90.0666;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=146;QR=1717;RO=44;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=90.0666;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1135:0:0:0,-8.72987,-102.442 0/1:19:15,4:15:582:4:146:-7.77822,0,-47.0018 dDocent_Contig_10767 49 . A C 361.329 . AB=0.214286;ABP=32.7905;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=2M1X7M2X;DP=110;DPB=103;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.7778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.6625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=3041;RO=80;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=21.3592;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=53;SRP=21.3592;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:24,9,9:24:900:9,9:321,334:-20.112,-1.28683,-72.2961,0,-47.6776,-71.0207 0|0:68:56,0,12:56:2141:0,12:0,436:-19.1067,-35.9644,-211.66,0,-176.062,-172.45 dDocent_Contig_10768 45 . C A 16261 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=489;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=1064.86;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19337;QR=1252;RO=31;RPL=0;RPP=1064.86;RPPR=70.3259;RPR=489;RUN=1;SAF=489;SAP=1064.86;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:256:12,244:12:485:244:9643:-823.283,-33.0622,0 1/1:264:19,245:19:767:245:9694:-802.516,-10.1204,0 dDocent_Contig_10769 21 . T C 7642.94 . AB=0.812925;ABP=253.069;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=239;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=521.992;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9512;QR=2166;RO=55;RPL=0;RPP=521.992;RPPR=122.441;RPR=239;RUN=1;SAF=239;SAP=521.992;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:19,98:19:744:98:3901:-315.867,0,-32.0571 0/1:177:36,141:36:1422:141:5611:-451.524,0,-74.9495 dDocent_Contig_10770 200 . G T 82.1561 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.85714;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=1346;RO=35;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:534:0:0:0,-4.21442,-48.4019 0/1:26:21,5:21:812:5:193:-9.91458,0,-65.5789 dDocent_Contig_10771 29 . G C 76.9195 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=1.05882;EPP=11.6962;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=1222;RO=31;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=70.3259;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:547:4:157:-9.08989,0,-44.1487 0/0:17:17,0:17:675:0:0:0,-5.11751,-61.0767 dDocent_Contig_10772 36 . T C 19033.5 . AB=0.0463023;ABP=2783.22;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X2M1X3M;DP=1555;DPB=1555;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=1364.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2886;QR=24907;RO=627;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=1364.52;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=627;SRP=1364.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:806:365,264,91,69,0:365:14506:264,91,69,0:10267,3613,2765,0:-733.808,0,-1114.77,-546.251,-896.814,-1713.11,-615.886,-966.448,-1512.7,-1789.36,-843.684,-1194.25,-1740.5,-1810.14,-2037.93 0|1:749:262,391,36,3,49:262:10401:391,36,3,49:15228,1439,121,1928:-1172.64,0,-738.517,-1132.98,-737.69,-1978.36,-1241.54,-846.245,-1979.23,-2096.85,-1092.92,-697.632,-1830.61,-1939.17,-1934.39 dDocent_Contig_10773 21 . C A 277.673 . AB=0.189873;ABP=69.0066;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.796875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=593;QR=2552;RO=64;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=141.985;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:12,10:12:487:10:393:-29.0985,0,-37.5582 0/1:57:52,5:52:2065:5:200:-1.22062,0,-168.873 dDocent_Contig_10774 83 . G A 1163.3 . AB=0.373239;ABP=22.8288;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.811321;PAIREDR=0.932584;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1795;QR=3058;RO=89;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:42,15:42:1442:15:510:-29.0651,0,-112.919 0/1:85:47,38:47:1616:38:1285:-90.3618,0,-120.144 dDocent_Contig_10776 13 . T C 1096.8 . AB=0.436782;ABP=6.03039;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.526316;PAIREDR=0.530612;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1537;QR=1978;RO=49;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=109.412;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:31,12:31:1254:12:480:-30.6056,0,-100.181 0/1:44:18,26:18:724:26:1057:-82.1713,0,-52.2411 dDocent_Contig_10777 107 . N A 68.3889 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10779 23 . C T 30.3316 . AB=0.114286;ABP=48.239;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.678161;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=3451;RO=87;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=191.928;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:31,4:31:1206:4:162:-4.4307,0,-98.2663 0/0:57:56,1:56:2245:1:34:0,-13.7598,-198.816 dDocent_Contig_10782 23 . A G 143.467 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=1.81818;EPP=16.0391;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=996;RO=25;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=57.2971;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:437:0:0:0,-3.31133,-39.6834 0/1:20:14,6:14:559:6:241:-16.0457,0,-44.6333 dDocent_Contig_10783 125 . C T 484.786 . AB=0.298851;ABP=33.5856;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=857;QR=2304;RO=61;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=135.47;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:30,7:30:1134:7:235:-10.3399,0,-91.224 0/1:50:31,19:31:1170:19:622:-41.2356,0,-90.5506 dDocent_Contig_10785 52 . G T 125.296 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1673;RO=42;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:435:5:204:-13.9276,0,-34.6861 0/0:32:31,1:31:1238:1:41:0,-5.53839,-107.601 dDocent_Contig_10786 8 . T C 32.6154 . AB=0.315789;ABP=19.8106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=13.625;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.596491;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=924;QR=2205;RO=57;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=126.784;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:18,6:18:701:6:231:0,-1.72799,-57.9274 0/1:57:39,18:39:1504:18:693:-4.96019,0,-118.475 dDocent_Contig_10787 36 . C T 1591.37 . AB=0.0841584;ABP=306.414;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=5M1X4M20I7M1X2M;DP=202;DPB=224.3;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=33.1765;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.294118;PAIREDR=0.673469;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=1910;RO=49;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:85:18,8,18,12,19,9:18:710:8,18,12,19,9:308,607,264,671,360:-49.2199,-29.3883,-85.4167,-5.72244,-38.9124,-58.7418,-37.7571,-70.9408,-47.2824,-92.573,0,-33.1914,-9.52817,-41.5618,-52.7205,-24.9731,-58.1626,-34.4975,-66.5266,-28.7764,-80.7015 0|0:117:31,5,14,5,43,16:31:1200:5,14,5,43,16:196,527,178,1524,627:-113.014,-106.236,-203.31,-79.1774,-161.648,-173.543,-107.84,-190.309,-163.251,-204.913,0,-82.4677,-55.4113,-84.0718,-85.6323,-70.788,-153.26,-126.201,-154.863,-47.0219,-164.553 dDocent_Contig_10788 19 . G T 165.694 . AB=0.185185;ABP=49.4959;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=1755;RO=44;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=98.5551;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:629:4:147:-7.56273,0,-50.9177 0/1:34:28,6:28:1126:6:244:-12.1036,0,-91.3874 dDocent_Contig_10789 54 . G A 8642.79 . AB=0.723684;ABP=168.156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=275;CIGAR=1X;DP=380;DPB=380;DPRA=0;EPP=600.165;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10912;QR=4189;RO=105;RPL=275;RPP=600.165;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=275;SAP=600.165;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:51,103:51:2042:103:4092:-321.904,0,-137.612 0/1:226:54,172:54:2147:172:6820:-545.472,0,-125.366 dDocent_Contig_10790 44 . G A 8596.34 . AB=0.297485;ABP=413.743;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=343;CIGAR=1X;DP=1153;DPB=1153;DPRA=0;EPP=747.825;EPPR=1761.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13448;QR=31694;RO=810;RPL=0;RPP=747.825;RPPR=1761.9;RPR=343;RUN=1;SAF=343;SAP=747.825;SAR=0;SRF=810;SRP=1761.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:619:406,213:406:15911:213:8348:-564.572,0,-1244.55 0/1:534:404,130:404:15783:130:5100:-298.158,0,-1258.62 dDocent_Contig_10791 8 . T C 1796.49 . AB=0.655914;ABP=22.6469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2335;QR=1222;RO=32;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=72.4974;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:11,30:11:424:30:1155:-91.9068,0,-26.1714 0/1:52:21,31:21:798:31:1180:-90.8387,0,-56.4905 dDocent_Contig_10792 13 . G A 279.072 . AB=0.143836;ABP=163.878;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52381;PAIREDR=0.656;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=825;QR=5026;RO=125;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=274.444;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:52,9:52:2089:9:355:-13.9459,0,-169.822 0/1:85:73,12:73:2937:12:470:-17.0582,0,-238.83 dDocent_Contig_10793 32 . C A 690.397 . AB=0.27619;ABP=48.6939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.724138;PAIREDR=0.573333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1144;QR=3019;RO=75;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=165.871;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:30,13:30:1210:13:517:-33.7371,0,-96.0426 0/1:61:45,16:45:1809:16:627:-38.3995,0,-144.659 dDocent_Contig_10794 94 . A T 854.705 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.457143;PAIREDR=0.542857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1211;QR=1130;RO=35;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:11,16:11:371:16:556:-42.2389,0,-25.5881 0/1:43:24,19:24:759:19:655:-46.3286,0,-55.6629 dDocent_Contig_10797 8 . T G 1910.28 . AB=0.818182;ABP=70.7208;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2408;QR=546;RO=14;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=33.4109;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:6,28:6:234:28:1065:-85.9165,0,-11.1961 0/1:43:8,35:8:312:35:1343:-108.209,0,-15.5006 dDocent_Contig_10798 38 . C T 37.2658 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0.888889;EPP=11.6962;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.828125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=2577;RO=64;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=141.985;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1443:0:0:0,-10.8371,-130.121 0/1:32:28,4:28:1134:4:163:-5.42547,0,-92.7059 dDocent_Contig_10799 88 . G A 2418.14 . AB=0.237077;ABP=339.859;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=184;CIGAR=1X;DP=1112;DPB=1112;DPRA=0;EPP=402.561;EPPR=2018.14;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998922;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6327;QR=31687;RO=928;RPL=184;RPP=402.561;RPPR=2018.14;RPR=0;RUN=1;SAF=184;SAP=402.561;SAR=0;SRF=928;SRP=2018.14;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:551:500,51:500:17101:51:1747:0,-8.35127,-1381.36 0/1:561:428,133:428:14586:133:4580:-243.513,0,-1143.73 dDocent_Contig_10801 24 . C T 232.201 . AB=0.110368;ABP=397.281;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1M1I1X2M1X;DP=406;DPB=412.6;DPRA=2.79439;EPP=74.6689;EPPR=812.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.2121;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969697;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1276;QR=14621;RO=373;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=812.97;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=373;SRP=812.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:107:107,0:107:4201:0:0:0,-32.2102,-378.091 0|1:299:266,33:266:10420:33:1276:-24.9191,0,-847.23 dDocent_Contig_10802 91 . G C 867.303 . AB=0.717391;ABP=21.8927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1273;QR=2019;RO=60;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:47,4:47:1572:4:140:0,-2.4076,-128.823 0/1:46:13,33:13:447:33:1133:-88.4292,0,-26.7121 dDocent_Contig_10803 21 . G T 231.028 . AB=0.147059;ABP=113.372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=2.125;EPP=35.5824;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=613;QR=5402;RO=135;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=296.159;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:48,0:48:1910:0:0:0,-14.4494,-172.091 0/1:102:87,15:87:3492:15:613:-24.8017,0,-283.605 dDocent_Contig_10804 111 . A T 153.286 . AB=0.4375;ABP=3.55317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=1.6;EPP=18.2106;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=655;RO=19;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=44.2683;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:347:0:0:0,-3.0103,-31.5653 0/1:16:9,7:9:308:7:239:-17.0275,0,-23.236 dDocent_Contig_10805 12 . G A 31411.4 . AB=0.868881;ABP=679.067;AC=4;AF=1;AN=4;AO=940;CIGAR=1X1M;DP=1096;DPB=1096;DPRA=0;EPP=2044.19;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.883;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.823404;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37153;QR=2363;RO=60;RPL=0;RPP=2044.19;RPPR=133.299;RPR=940;RUN=1;SAF=940;SAP=2044.19;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:524:37,34,443:37:1467:34,443:1352,17458:-1437.43,-1337.26,-1447.77,-12.6122,-22.0423,0 1|1:572:23,51,497:23:896:51,497:2004,19695:-1705.1,-1547.21,-1605.48,-91.1913,0,-15.2069 dDocent_Contig_10806 17 . T C 2701.03 . 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AB=0.478723;ABP=3.37991;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.734694;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1806;QR=1968;RO=49;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=109.412;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:17,12:17:679:12:478:-34.6406,0,-52.7099 0/1:65:32,33:32:1289:33:1328:-100.213,0,-96.7053 dDocent_Contig_10809 105 . N C 128.532 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=3X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10810 9 . G A 403.541 . AB=0.111111;ABP=322.217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X6M2X;DP=243;DPB=243.333;DPRA=0;EPP=38.4777;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=37.3704;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.945055;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=904;QR=7119;RO=182;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=398.218;RPR=27;RUN=1;SAF=24;SAP=38.4777;SAR=3;SRF=182;SRP=398.218;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:91:72,0,15:72:2804:0,15:0,494:-15.9599,-37.6341,-268.129,0,-230.456,-225.94 0|1:152:110,26,12:110:4315:26,12:1009,410:-27.4911,0,-347.098,-29.1311,-323.467,-380.454 dDocent_Contig_10811 13 . T C 265.056 . AB=0.102625;ABP=577.694;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=1089;DPB=1089;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=2239.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2116;QR=41039;RO=1030;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=2239.63;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=1030;SRP=2239.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:419:376,43:376:14943:43:1709:-27.9035,0,-1217.59 0/0:670:654,10:654:26096:10:407:0,-163.3,-2309.32 dDocent_Contig_10812 11 . A G 91.8034 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.657895;EPP=13.8677;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5345;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.775862;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2343;RO=58;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=128.956;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:811:5:197:-10.5783,0,-65.7803 0/0:38:38,0:38:1532:0:0:0,-11.4391,-137.344 dDocent_Contig_10814 25 . A C 57.6013 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.636364;EPP=9.52472;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1290;RO=33;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=74.6689;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:11,3:11:429:3:122:-7.15807,0,-34.7475 0/0:22:22,0:22:861:0:0:0,-6.62266,-77.7968 dDocent_Contig_10815 8 . T C 6946.06 . AB=0.660969;ABP=82.0061;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=232;CIGAR=1X;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=506.792;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.840517;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8925;QR=4543;RO=119;RPL=0;RPP=506.792;RPPR=261.416;RPR=232;RUN=1;SAF=232;SAP=506.792;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:168:56,112:56:2147:112:4302:-336.677,0,-142.885 0/1:183:63,120:63:2396:120:4623:-361.026,0,-160.754 dDocent_Contig_10816 46 . T A 340.867 . AB=0.130252;ABP=285.63;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=238;DPB=238;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1192;QR=8066;RO=207;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=452.505;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:68,18:68:2630:18:678:-35.4548,0,-210.961 0/1:152:139,13:139:5436:13:514:-0.852127,0,-443.381 dDocent_Contig_10817 7 . A T 48.2232 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0.641509;EPP=13.8677;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.487805;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=3103;RO=82;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=181.071;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1093:5:179:-6.22026,0,-88.4306 0/0:53:53,0:53:2010:0:0:0,-15.9546,-181.139 dDocent_Contig_10818 19 . G A 217.325 . AB=0.290323;ABP=14.8483;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.34783;EPP=22.5536;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.644444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=1785;RO=45;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=100.727;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:904:0:0:0,-6.92369,-81.6627 0/1:31:22,9:22:881:9:360:-23.4315,0,-70.2663 dDocent_Contig_10819 49 . C A 184.325 . AB=0.12782;ABP=163.03;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=246.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=676;QR=4558;RO=116;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=246.29;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:52,9:52:2026:9:352:-13.6747,0,-164.164 0/1:72:64,8:64:2532:8:324:-7.85466,0,-206.343 dDocent_Contig_10820 107 . N G 221.45 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:198:-18.1438,-1.80618,0 1/1:1:0,1:0:0:1:37:-3.69783,-0.30103,0 dDocent_Contig_10821 68 . C T 263.45 . AB=0.184211;ABP=68.8402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.94958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=685;QR=4761;RO=119;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:57,3:57:2273:3:123:0,-6.59701,-193.26 0/1:76:62,14:62:2488:14:562:-28.044,0,-201.176 dDocent_Contig_10822 37 . C A 1780.04 . AB=0.453901;ABP=5.61299;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.953125;PAIREDR=0.753247;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2478;QR=3067;RO=77;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=170.214;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:47,13:47:1882:13:480:-25.4631,0,-151.524 0/1:81:30,51:30:1185:51:1998:-155.638,0,-82.5409 dDocent_Contig_10823 59 . C T 59.8807 . AB=0.1125;ABP=107.35;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.503817;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=5148;RO=131;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=287.473;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:60,3:60:2396:3:84:0,-11.1305,-207.963 0/1:80:71,9:71:2752:9:349:-7.68704,0,-223.723 dDocent_Contig_10824 43 . T C 330.657 . AB=0.148387;ABP=169.457;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=321;DPB=321;DPRA=0.933735;EPP=52.9542;EPPR=650.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=898;QR=11666;RO=298;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=650.109;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=298;SRP=650.109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:132,23:132:5131:23:898:-34.4637,0,-415.057 0/0:166:166,0:166:6535:0:0:0,-49.971,-587.932 dDocent_Contig_10825 10 . A G 216.543 . AB=0.236364;ABP=102.622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X1M1X3M;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=23.2308;MQMR=43.5882;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.310924;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=4701;RO=119;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=261.416;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:99:72,3,24:72:2842:3,24:117,623:-17.9749,-34.6365,-219.762,0,-181.04,-178.823 0|1:66:47,4,15:47:1859:4,15:160,373:-6.77633,-14.2271,-138.449,0,-118.739,-120.906 dDocent_Contig_10828 1 . N G 132.172 . 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AB=0.604027;ABP=59.0314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=360;CIGAR=1X4M;DP=596;DPB=596;DPRA=0;EPP=784.74;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985849;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14367;QR=8399;RO=212;RPL=0;RPP=784.74;RPPR=463.362;RPR=360;RUN=1;SAF=360;SAP=784.74;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:256:63,18,175:63:2475:18,175:703,6966:-554.579,-515.76,-713.892,0,-145.769,-150.873 0|1:340:149,3,185:149:5924:3,185:123,7401:-564.801,-599.502,-1086.33,0,-477.596,-432.058 dDocent_Contig_10832 1 . N C 3250.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989247;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3603;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=0;RPR=93;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:50:0,50:0:0:50:1938:-174.659,-15.0515,0 1/1:43:0,43:0:0:43:1665:-150.11,-12.9443,0 dDocent_Contig_10833 15 . T C 107.103 . AB=0.315789;ABP=8.61041;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=493;RO=13;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=31.2394;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:8:6,2:6:216:2:79:-4.55878,0,-16.0702 0|1:11:7,4:7:277:4:145:-9.24809,0,-20.1239 dDocent_Contig_10835 15 . G A 4039.96 . AB=0.394958;ABP=25.8199;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=94;CIGAR=6M1X5M;DP=238;DPB=239.833;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3739;QR=1068;RO=27;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=61.6401;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:93:9,12,7,22,43:9:357:12,7,22,43:421,260,854,1733:-180.922,-149.385,-175.161,-162.359,-157.501,-189.64,-113.472,-108.616,-121.588,-136.238,-40.7757,-35.9239,-48.8943,0,-57.2235 1|1:145:18,40,0,28,51:18:711:40,0,28,51:1525,0,1062,2006:-226.17,-106.488,-152.956,-231.589,-164.998,-290.098,-144.532,-77.9425,-203.041,-194.612,-66.5904,0,-125.101,-38.0442,-109.749 dDocent_Contig_10836 9 . C A 17656 . AB=0.0671533;ABP=1117.75;AC=0;AF=0;AN=4;AO=46;CIGAR=3M1X1M1X;DP=685;DPB=893.5;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1792;QR=456;RO=12;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=29.068;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:297:7,202,22,47:7:262:202,22,47:7766,860,1760:-758.114,-122.674,-83.3213,-689.516,-73.4211,-704.349,-616.089,0,-566.84,-623.397 0|0:388:5,278,24,50:5:194:278,24,50:10713,932,1817:-1010.58,-132.424,-64.6781,-935.509,-71.7843,-944.224,-863.714,0,-803.078,-864.603 dDocent_Contig_10837 25 . T G 1296.07 . AB=0.163755;ABP=452.78;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=458;DPB=458;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=834.684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3001;QR=15358;RO=383;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=834.684;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=383;SRP=834.684;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:221:180,41:180:7201:41:1647:-81.9307,0,-581.205 0/1:237:203,34:203:8157:34:1354:-50.7729,0,-662.309 dDocent_Contig_10838 58 . T C 130.7 . AB=0.12605;ABP=147.55;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X3M1X;DP=189;DPB=189;DPRA=1.7;EPP=35.5824;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=6435;RO=170;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=372.161;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:67,0:67:2550:0:0:0,-20.169,-229.407 0|1:119:103,15:103:3885:15:556:-14.7689,0,-314.174 dDocent_Contig_10839 23 . C A 20491 . AB=0.423397;ABP=88.8428;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=713;CIGAR=1X;DP=1684;DPB=1684;DPRA=0;EPP=1551.27;EPPR=2111.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980365;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28459;QR=38715;RO=971;RPL=0;RPP=1551.27;RPPR=2111.51;RPR=713;RUN=1;SAF=713;SAP=1551.27;SAR=0;SRF=971;SRP=2111.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:884:611,273:611:24345:273:10954:-718.996,0,-1922.78 0/1:800:360,440:360:14370:440:17505:-1333.2,0,-1051.35 dDocent_Contig_10840 1 . N G 77.8184 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10841 13 . G C 1939.71 . AB=0.382979;ABP=25.3718;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X2M;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=56.0278;MQMR=58.6436;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.930556;PAIREDR=0.930693;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2791;QR=3993;RO=101;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=222.329;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:55,11,42:55:2165:11,42:439,1627:-116.051,-108.704,-282.193,0,-152.976,-164.24 0|1:79:46,2,30:46:1828:2,30:81,1164:-81.0177,-91.7142,-239.678,0,-145.519,-139.643 dDocent_Contig_10843 20 . A G 165.049 . AB=0.175439;ABP=55.1637;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=1851;RO=47;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=105.07;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:954:4:161:-6.44664,0,-77.7352 0/1:29:23,6:23:897:6:239:-13.1551,0,-72.3101 dDocent_Contig_10844 14 . C A 521.035 . AB=0.350877;ABP=14.02;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=859;QR=4187;RO=104;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=228.843;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:67,2:67:2695:2:74:0,-13.7471,-235.642 0/1:57:37,20:37:1492:20:785:-53.8024,0,-117.365 dDocent_Contig_10845 13 . C G 87.5007 . AB=0.104839;ABP=171.194;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=56.2143;MQMR=59.922;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=8196;RO=205;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=448.162;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=205;SRP=448.162;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:96:94,1:94:3759:1:39:0,-28.1378,-337.446 0/1:124:111,13:111:4437:13:527:-10.449,0,-361.915 dDocent_Contig_10846 77 . G T 301.739 . AB=0.11976;ABP=422.456;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=2X;DP=458;DPB=458;DPRA=2.69355;EPP=89.8692;EPPR=899.828;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1455;QR=14936;RO=413;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=899.828;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=413;SRP=899.828;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:124:124,0:124:4379:0:0:0,-37.3277,-394.288 0|1:334:289,40:289:10557:40:1455:-31.8729,0,-850.609 dDocent_Contig_10847 111 . T A 345.56 . AB=0.266667;ABP=31.3842;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X1M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=1684;RO=44;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=98.5551;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:30,12:30:1145:12:455:-28.6542,0,-90.7061 0|1:18:14,4:14:539:4:156:-8.99875,0,-43.4372 dDocent_Contig_10848 16 . T C 515.592 . AB=0.628571;ABP=8.03571;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=22.3561;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.5909;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.181818;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=866;QR=513;RO=13;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=31.2394;RPR=22;RUN=1;SAF=18;SAP=22.3561;SAR=4;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:309:5:194:-12.5758,0,-24.2556 0/1:22:5,17:5:204:17:672:-42.0804,0,-12.1214 dDocent_Contig_10849 4 . T C 63.2909 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=4I1X2M1X;DP=2;DPB=4;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:67:-6.32693,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10850 30 . A G 137.532 . AB=0.151515;ABP=72.629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.946429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=2215;RO=56;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=124.613;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:1020:7:274:-15.0923,0,-82.163 0/1:33:30,3:30:1195:3:119:-1.16102,0,-97.8958 dDocent_Contig_10851 11 . T C 17895.4 . 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AB=0.133333;ABP=73.0765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=2.14286;EPP=20.3821;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=3030;RO=80;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=176.728;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=176.728;SRR=80;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1063:0:0:0,-8.42884,-95.9735 0/1:60:52,8:52:1967:8:303:-9.56448,0,-159.203 dDocent_Contig_10856 13 . T A 924.864 . 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AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=1.42308;EPP=18.2106;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.946429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=2229;RO=56;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:1042:0:0:0,-7.82678,-94.0659 0/1:37:30,7:30:1187:7:281:-14.5236,0,-95.9671 dDocent_Contig_10861 83 . T C 1115.36 . AB=0.519481;ABP=3.26411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1524;QR=1420;RO=37;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:30,22:30:1156:22:837:-59.9975,0,-88.6861 0/1:25:7,18:7:264:18:687:-54.635,0,-16.5939 dDocent_Contig_10862 23 . G A 1356.52 . 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AB=0.18997;ABP=552.36;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=658;DPB=658;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=1160.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4979;QR=21183;RO=533;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=1160.41;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=533;SRP=1160.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:237:207,30:207:8241:30:1190:-36.0295,0,-669.895 0/1:421:326,95:326:12942:95:3789:-214.296,0,-1037.11 dDocent_Contig_10864 23 . T C 16486.6 . AB=0.460227;ABP=19.9379;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=567;CIGAR=1X;DP=1232;DPB=1232;DPRA=0;EPP=1234.24;EPPR=1397.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22418;QR=23733;RO=642;RPL=0;RPP=1234.24;RPPR=1397.1;RPR=567;RUN=1;SAF=567;SAP=1234.24;SAR=0;SRF=642;SRP=1397.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:629:286,321:286:10572:321:12742:-962.792,0,-768.067 0/1:603:356,246:356:13161:246:9676:-688.968,0,-1002.71 dDocent_Contig_10865 118 . A C 553.422 . 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AB=0.212121;ABP=26.7649;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.670732;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=291;QR=2951;RO=82;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:927:7:254:-13.2769,0,-73.8118 0/0:57:56,1:56:2024:1:37:0,-13.4609,-178.726 dDocent_Contig_10868 162 . G A 51.8202 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.55556;EPP=9.52472;EPPR=18.6449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=808;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=18.6449;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:369:0:0:0,-2.70927,-33.5755 0/1:14:11,3:11:439:3:119:-6.88097,0,-35.6488 dDocent_Contig_10869 40 . C A 639.577 . AB=0.164502;ABP=228.853;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=754.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0.988439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1852;QR=13837;RO=346;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=754.34;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=346;SRP=754.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:231:193,38:193:7741:38:1496:-65.3556,0,-626.748 0/0:162:153,9:153:6096:9:356:0,-16.3643,-516.028 dDocent_Contig_10870 145 . T C 80.1678 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.820513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=1570;RO=39;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:1056:5:204:-9.4121,0,-85.9955 0/0:14:13,1:13:514:1:40:0,-0.218741,-42.61 dDocent_Contig_10871 60 . G C 40.2757 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.77778;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1810;RO=46;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1091:4:163:-5.42547,0,-88.8426 0/0:18:18,0:18:719:0:0:0,-5.41854,-65.0345 dDocent_Contig_10872 209 . N G 231.25 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:179:-16.4602,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36253,-0.60206,0 dDocent_Contig_10873 53 . T C 4295.14 . AB=0.840491;ABP=167.15;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=137;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=300.502;EPPR=51.1168;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6923;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5349;QR=1026;RO=26;RPL=137;RPP=300.502;RPPR=51.1168;RPR=0;RUN=1;SAF=137;SAP=300.502;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:14,45:14:549:45:1762:-141.045,0,-31.9935 0/1:104:12,92:12:477:92:3587:-291.566,0,-11.9546 dDocent_Contig_10874 90 . A G 137.748 . AB=0.545455;ABP=3.20771;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=1.1;EPP=16.0391;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=521;RO=15;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:349:0:0:0,-3.0103,-31.7468 0/1:11:5,6:5:172:6:205:-15.4738,0,-12.507 dDocent_Contig_10875 62 . C T 55.582 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.13043;EPP=11.6962;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1762;RO=45;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:862:4:160:-6.95614,0,-70.0632 0/0:23:23,0:23:900:0:0:0,-6.92369,-81.3033 dDocent_Contig_10878 83 . C A 492.68 . AB=0.247706;ABP=63.2736;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.878049;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=939;QR=2894;RO=82;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:996:4:134:-2.75785,0,-80.3224 0/1:77:54,23:54:1898:23:805:-49.5885,0,-147.917 dDocent_Contig_10879 9 . A C 14926.3 . AB=0.380339;ABP=186.458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=561;CIGAR=1X;DP=1475;DPB=1475;DPRA=0;EPP=1221.21;EPPR=1985.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21563;QR=34894;RO=913;RPL=0;RPP=1221.21;RPPR=1985.56;RPR=561;RUN=1;SAF=561;SAP=1221.21;SAR=0;SRF=913;SRP=1985.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:717:453,264:453:17358:264:10132:-695.67,0,-1345.5 0/1:758:460,297:460:17536:297:11431:-800.053,0,-1349.1 dDocent_Contig_10881 107 . N C 310.614 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=334;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:8:0,8:0:0:8:299:-27.2595,-2.40824,0 dDocent_Contig_10883 31 . T G 19356 . AB=0.79844;ABP=597.923;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=614;CIGAR=1X;DP=769;DPB=769;DPRA=0;EPP=1336.29;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24131;QR=6116;RO=155;RPL=0;RPP=1336.29;RPPR=339.589;RPR=614;RUN=1;SAF=614;SAP=1336.29;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:481:118,363:118:4680:363:14255:-1137.14,0,-276.329 0/1:288:37,251:37:1436:251:9876:-801.558,0,-42.793 dDocent_Contig_10884 209 . N G 209.988 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.41649,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.2802,-0.90309,0 dDocent_Contig_10886 8 . T C 1999.52 . AB=0.378788;ABP=28.2783;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X1M;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2891;QR=4433;RO=115;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=252.73;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:90:54,0,35:54:2079:0,35:0,1340:-93.9779,-110.233,-280.941,0,-170.971,-160.435 0|1:108:61,7,40:61:2354:7,40:269,1551:-109.071,-105.35,-296.564,0,-171.24,-181.282 dDocent_Contig_10887 32 . A G 569.884 . AB=0.375;ABP=10.6105;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.809524;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=1379;RO=34;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=76.8404;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:15,9:15:608:9:356:-25.056,0,-47.7237 0/1:31:19,12:19:771:12:489:-35.0294,0,-60.3783 dDocent_Contig_10889 54 . T C 751.609 . AB=0.385714;ABP=10.9517;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.372093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1096;QR=1727;RO=43;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:29,14:29:1166:14:567:-38.4288,0,-92.2729 0/1:27:14,13:14:561:13:529:-39.829,0,-42.7041 dDocent_Contig_10890 37 . G T 63.2685 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971014;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=2713;RO=69;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=152.842;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:39,2:39:1520:2:78:0,-5.34178,-129.632 0/1:35:30,5:30:1193:5:202:-8.02582,0,-97.1109 dDocent_Contig_10891 51 . A T 44.749 . AB=0.109091;ABP=76.0113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.787611;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=3803;RO=113;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=248.387;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1663:6:245:-5.87282,0,-133.369 0/0:65:64,1:64:2140:1:41:0,-15.4724,-188.754 dDocent_Contig_10892 11 . C T 55.5225 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.583333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=1442;RO=36;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=81.1833;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:490:3:123:-6.94934,0,-39.9357 0/0:26:24,2:24:952:2:75:0,-0.706682,-78.8512 dDocent_Contig_10894 17 . C T 280.725 . AB=0.124567;ABP=356.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=289;DPB=289;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=550.221;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992063;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1306;QR=10003;RO=252;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=550.221;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=252;SRP=550.221;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:220:190,29:190:7532:29:1045:-28.0865,0,-611.247 0/1:69:62,7:62:2471:7:261:-3.07383,0,-201.762 dDocent_Contig_10895 98 . N A 66.4956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_10896 140 . A G 1152.49 . 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AB=0.138889;ABP=84.5612;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=469;QR=5881;RO=161;RPL=5;RPP=4.51363;RPPR=19.5324;RPR=8;RUN=1;SAF=5;SAP=4.51363;SAR=8;SRF=98;SRP=19.5324;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:62,10:62:2263:10:360:-11.0655,0,-182.225 0/0:102:99,3:99:3618:3:109:0,-20.5389,-315.581 dDocent_Contig_10899 26 . G A 2279.91 . AB=0.576923;ABP=9.69175;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2997;QR=2160;RO=55;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=122.441;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:17,40:17:661:40:1602:-127.255,0,-42.6588 0/1:73:38,35:38:1499:35:1395:-103.833,0,-113.189 dDocent_Contig_10901 91 . A G 1444.92 . AB=0.418919;ABP=11.4614;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2250;QR=8826;RO=254;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=554.564;RPR=0;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=254;SRP=554.564;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:86,62:86:2939:62:2113:-145.89,0,-220.191 0/0:172:168,4:168:5887:4:137:0,-39.1089,-517.286 dDocent_Contig_10903 22 . G C 7515.63 . AB=0.0516899;ABP=881.101;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=2X2M1I3M;DP=503;DPB=509.714;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=415.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=59.0769;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=999;QR=7355;RO=190;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=415.59;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=190;SRP=415.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:243:69,13,141:69:2696:13,141:509,5539:-434.756,-413.727,-631.458,0,-179.845,-179.2 0|0:260:121,13,111:121:4659:13,111:490,4335:-319.904,-316.186,-694.784,0,-342.374,-349.103 dDocent_Contig_10905 111 . G A 79.514 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=207;QR=743;RO=22;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:14,2:14:471:2:69:-1.73618,0,-37.8965 0/1:12:8,4:8:272:4:138:-9.14809,0,-21.1991 dDocent_Contig_10906 46 . T A 1846.03 . AB=0.528926;ABP=3.88966;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.53125;PAIREDR=0.631579;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2484;QR=2153;RO=57;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=126.784;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:31,35:31:1173:35:1368:-103.521,0,-85.9866 0/1:55:26,29:26:980:29:1116:-84.1795,0,-71.9393 dDocent_Contig_10907 107 . N T 186.696 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6681,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69915,-0.60206,0 dDocent_Contig_10908 54 . T C 75.7967 . AB=0.105691;ABP=169.119;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=4357;RO=110;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=241.872;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1923:7:278:-8.83313,0,-156.717 0/1:68:62,6:62:2434:6:241:-1.59626,0,-198.742 dDocent_Contig_10909 91 . C T 146.436 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=2.75;EPP=18.2106;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=248;QR=822;RO=23;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:15,7:15:538:7:248:-16.0415,0,-42.1332 0/0:8:8,0:8:284:0:0:0,-2.40824,-25.9036 dDocent_Contig_10911 25 . T C 1939.93 . AB=0.632653;ABP=17.989;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.4516;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2513;QR=1401;RO=36;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=81.1833;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:28,20:28:1077:20:812:-58.9291,0,-82.7638 0/1:50:8,42:8:324:42:1701:-138.161,0,-14.4777 dDocent_Contig_10912 38 . G T 444.606 . AB=0.315789;ABP=14.2105;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=707;RO=19;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=44.2683;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:12,0,10:12:445:0,10:0,379:-27.8385,-31.4509,-67.8549,0,-36.779,-33.7687 0|1:16:7,7,2:7:262:7,2:266,73:-19.719,0,-19.3563,-15.8656,-15.5017,-36.717 dDocent_Contig_10913 43 . G A 3235.47 . AB=0.76259;ABP=86.2605;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.632075;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4090;QR=1315;RO=33;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=74.6689;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:18,57:18:723:57:2250:-180.1,0,-42.8194 0/1:64:15,49:15:592:49:1840:-146.544,0,-34.3492 dDocent_Contig_10914 12 . A T 1936.76 . AB=0.0601504;ABP=226.509;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X3M8D1M;DP=133;DPB=94.5;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=51.875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=2028;RO=52;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=115.927;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:52:25,6,14,3:25:964:6,14,3:237,552,122:-37.7992,-25.9654,-103.317,0,-59.8046,-74.9494,-35.2589,-95.0586,-69.0984,-113.514 0|0:81:27,2,52,0:27:1064:2,52,0:80,2036,0:-158.974,-160.542,-247.479,0,-80.9744,-71.8808,-167.102,-248.081,-87.5344,-254.641 dDocent_Contig_10915 20 . C T 119.799 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.680556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2907;RO=72;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=159.356;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:32,7:32:1298:7:275:-13.3778,0,-105.34 0/0:41:40,1:40:1609:1:39:0,-8.44566,-141.14 dDocent_Contig_10916 7 . A G 313.646 . AB=0.255814;ABP=47.5507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=6433;RO=169;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=369.989;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:107:105,2:105:4012:2:37:0,-28.6954,-357.664 0/1:86:64,22:64:2421:22:652:-33.0636,0,-192.211 dDocent_Contig_10917 107 . N A 924.948 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.758621;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1017;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:596:-53.9685,-5.11751,0 1/1:12:0,12:0:0:12:421:-38.2253,-3.61236,0 dDocent_Contig_10918 98 . N T 100.564 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_10919 54 . G A 254.398 . AB=0.478261;ABP=3.10471;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.64;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=998;RO=25;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=57.2971;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:12,11:12:484:11:393:-26.837,0,-36.9877 0/0:14:13,1:13:514:1:37:0,-0.768283,-43.157 dDocent_Contig_10920 15 . G T 473.285 . AB=0.2;ABP=96.8179;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.947917;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=954;QR=3836;RO=96;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=211.472;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:1076:6:233:-11.4001,0,-87.1952 0/1:87:69,18:69:2760:18:721:-39.0252,0,-222.319 dDocent_Contig_10921 39 . C T 73.3936 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.644444;EPP=13.8677;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=2679;RO=68;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=150.67;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:24,5:24:946:5:190:-8.7373,0,-76.7104 0|0:45:44,0:44:1733:0:0:0,-13.2453,-156.067 dDocent_Contig_10922 113 . A T 344.323 . AB=0.361702;ABP=10.8184;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.588235;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=1029;RO=30;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=68.1545;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:21,13:21:717:13:435:-29.2362,0,-54.612 0/1:13:9,4:9:312:4:132:-8.29296,0,-24.5028 dDocent_Contig_10923 20 . A T 96.5145 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=3M1X8M1X1M10I2M2X1M2X;DP=59;DPB=61.8571;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=55.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.869565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=1787;RO=46;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=102.898;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:20,2:20:776:2:80:-0.606985,0,-63.2121 0|1:35:26,6:26:1011:6:234:-11.3332,0,-81.3651 dDocent_Contig_10928 39 . T C 9233.15 . AB=0.569811;ABP=25.4461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=302;CIGAR=1X;DP=530;DPB=530;DPRA=0;EPP=658.795;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12072;QR=9020;RO=226;RPL=0;RPP=658.795;RPPR=493.763;RPR=302;RUN=1;SAF=302;SAP=658.795;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:210:88,121:88:3520:121:4859:-373.874,0,-253.509 0/1:320:138,181:138:5500:181:7213:-552.538,0,-398.53 dDocent_Contig_10930 29 . C T 121.346 . AB=0.112;ABP=166.461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=1.86567;EPP=33.4109;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994382;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=7117;RO=178;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=389.532;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:67,0:67:2675:0:0:0,-20.169,-240.867 0/1:125:111,14:111:4442:14:568:-13.8336,0,-362.078 dDocent_Contig_10931 23 . T A 1481.29 . AB=0.154098;ABP=636.952;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=610;DPB=610;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=1123.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3716;QR=20532;RO=516;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=1123.49;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=516;SRP=1123.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:299:251,48:251:10007:48:1895:-80.745,0,-809.987 0/1:311:265,46:265:10525:46:1821:-70.4814,0,-852.941 dDocent_Contig_10932 98 . N C 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10933 43 . T A 519.85 . AB=0.176829;ABP=151.783;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.413793;PAIREDR=0.451852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1153;QR=5435;RO=135;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=296.159;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:51,15:51:2048:15:591:-33.6595,0,-164.64 0/1:98:84,14:84:3387:14:562:-21.4224,0,-275.368 dDocent_Contig_10934 7 . A T 1180.8 . AB=0.0747664;ABP=171.066;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M2X;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=272.536;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.659091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=5013;RO=132;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=289.645;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=130;SRP=272.536;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:107:46,8,18,18,1,12:46:1757:8,18,18,1,12:310,682,699,40,428:-43.5892,-31.9669,-173.722,-1.52165,-120.216,-140.266,0,-118.696,-88.2505,-138.746,-54.1411,-172.835,-142.389,-140.87,-198.002,-22.5648,-141.256,-110.811,-109.291,-163.429,-163.112 0|0:170:86,0,12,32,10,22:86:3256:0,12,32,10,22:0,461,1258,395,826:-77.5809,-103.469,-370.395,-65.6258,-332.551,-328.938,0,-266.927,-229.082,-257.294,-70.9659,-337.892,-300.047,-234.423,-334.881,-35.8351,-302.758,-264.913,-199.289,-270.254,-296.135 dDocent_Contig_10935 8 . T A 1892.96 . AB=0.469388;ABP=4.20683;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2624;QR=2908;RO=77;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=170.214;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:71,23:71:2683:23:874:-50.2933,0,-212.976 0/1:52:6,46:6:225:46:1750:-142.099,0,-4.95635 dDocent_Contig_10936 33 . A T 279.395 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=6M1X21M;DP=58;DPB=51.3571;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=967;RO=25;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=57.2971;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:28:16,1,2,2,3,3:16:609:1,2,2,3,3:41,78,66,116,121:-5.16661,-6.59599,-56.2446,-3.56883,-50.1331,-52.9164,-4.65715,-51.2142,-48.1872,-53.9973,-0.451646,-47.0164,-43.9892,-45.0708,-49.4987,0,-46.5682,-43.5409,-44.6225,-40.4242,-49.0506 0|0:30:9,4,2,9,0,5:9:358:4,2,9,0,5:146,64,347,0,203:-25.799,-16.8531,-45.1363,-23.3566,-41.1888,-52.2402,0,-17.8428,-24.3455,-26.7874,-28.5083,-46.3404,-52.8423,-29.4967,-57.9949,-11.7536,-29.5916,-36.0943,-12.7437,-41.2465,-39.7414 dDocent_Contig_10937 158 . A C 2299.14 . AB=0.815068;ABP=128.896;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1M1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=53.2759;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3072;QR=734;RO=27;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=53.2759;RPR=119;RUN=1;SAF=0;SAP=261.416;SAR=119;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:88:13,75:13:332:75:1898:-144.559,0,-3.63841 0|1:58:14,44:14:402:44:1174:-88.4498,0,-19.0015 dDocent_Contig_10938 209 . N G 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10939 10 . G A 1256.05 . 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AB=0.117021;ABP=122.765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=299.245;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.539474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=5998;RO=152;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=333.074;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=148;SRP=299.245;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:72:69,3:69:2700:3:120:0,-10.4868,-231.936 0/1:94:83,11:83:3298:11:443:-11.9285,0,-268.584 dDocent_Contig_10942 187 . A G 4620.7 . AB=0.463127;ABP=7.01375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6301;QR=7241;RO=182;RPL=157;RPP=343.931;RPPR=398.218;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=343.931;SAR=157;SRF=0;SRP=398.218;SRR=182;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:85,71:85:3394:71:2817:-206.675,0,-258.55 0/1:183:97,86:97:3847:86:3484:-258.491,0,-291.142 dDocent_Contig_10943 21 . G C 125.691 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=888;RO=23;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=52.9542;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:13,2:13:510:2:81:-3.17028,0,-41.7245 0/1:15:10,5:10:378:5:185:-12.4884,0,-29.8446 dDocent_Contig_10944 29 . G A 130.418 . AB=0.176471;ABP=49.3776;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=1652;RO=42;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=94.2121;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:17,2:17:661:2:78:-1.68373,0,-54.0997 0/1:32:25,7:25:991:7:265:-14.5697,0,-79.8514 dDocent_Contig_10945 50 . T A 8644.22 . 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AB=0.17284;ABP=78.3148;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=209;DPB=209;DPRA=0.632812;EPP=33.4109;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=7537;RO=195;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=426.447;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:128:128,0:128:4958:0:0:0,-38.5318,-446.186 0/1:81:67,14:67:2579:14:542:-24.7374,0,-207.894 dDocent_Contig_10947 15 . A G 395.23 . AB=0.230769;ABP=52.119;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=5863;RO=146;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=320.045;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:60,18:60:2432:18:712:-40.921,0,-195.532 0/0:89:86,3:86:3431:3:123:0,-15.3269,-297.354 dDocent_Contig_10948 62 . T C 40409.3 . 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AB=0.317837;ABP=306.802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=335;CIGAR=1X;DP=1054;DPB=1054;DPRA=0;EPP=730.454;EPPR=1564.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13286;QR=28269;RO=719;RPL=0;RPP=730.454;RPPR=1564.3;RPR=335;RUN=1;SAF=335;SAP=730.454;SAR=0;SRF=719;SRP=1564.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:528:403,125:403:15832:125:4985:-289.599,0,-1264.78 0/1:526:316,210:316:12437:210:8301:-588.284,0,-960.151 dDocent_Contig_10953 77 . C T 78.5629 . AB=0.205128;ABP=32.4644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1072;RO=31;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:483:3:79:-2.2526,0,-38.6816 0/1:22:17,5:17:589:5:166:-8.64379,0,-46.714 dDocent_Contig_10954 121 . G A 2090.72 . AB=0.62406;ABP=20.7903;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=2.66;EPP=183.243;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2784;QR=3400;RO=100;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=220.158;RPR=83;RUN=1;SAF=0;SAP=183.243;SAR=83;SRF=0;SRP=220.158;SRR=100;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1710:0:0:0,-15.0515,-154.187 0/1:133:50,83:50:1690:83:2784:-210.771,0,-112.345 dDocent_Contig_10955 10 . G C 12955.7 . AB=0.293913;ABP=639.373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=507;CIGAR=1X;DP=1725;DPB=1725;DPRA=0;EPP=1103.95;EPPR=2645.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20215;QR=47825;RO=1217;RPL=0;RPP=1103.95;RPPR=2645.69;RPR=507;RUN=1;SAF=507;SAP=1103.95;SAR=0;SRF=1217;SRP=2645.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:827:480,347:480:18932:347:13808:-992.736,0,-1453.47 0/1:898:737,160:737:28893:160:6407:-305.928,0,-2327.5 dDocent_Contig_10956 9 . C T 3731.08 . AB=0.40407;ABP=30.5072;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=139;CIGAR=1X1M;DP=344;DPB=344;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.4676;MQMR=59.7254;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.942446;PAIREDR=0.963731;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5295;QR=7549;RO=193;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=422.104;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:159:84,0,75:84:3280:0,75:0,2862:-209.862,-235.149,-504.786,0,-270.023,-247.445 0|1:185:109,12,64:109:4269:12,64:460,2433:-166.343,-161.407,-508.138,0,-312.596,-331.077 dDocent_Contig_10957 1 . N G 262.13 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.2986,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:148:-13.6129,-1.50515,0 dDocent_Contig_10958 92 . G A 2024.17 . AB=0.147416;ABP=1424.01;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=194;CIGAR=1X;DP=1316;DPB=1316;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=2439.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994845;PAIREDR=0.993761;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6680;QR=38391;RO=1122;RPL=194;RPP=424.276;RPPR=2439.4;RPR=0;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=1122;SRP=2439.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:664:584,80:584:19977:80:2756:-48.4105,0,-1597.74 0/1:652:538,114:538:18414:114:3924:-157.104,0,-1460.73 dDocent_Contig_10959 10 . G C 1650.5 . AB=0.314448;ABP=108.576;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X2M1X;DP=353;DPB=353;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=24.8739;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4326;QR=5814;RO=150;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=328.731;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:154:83,46,24:83:3204:46,24:1825,942:-20.8419,-8.84916,-258.219,0,-226.311,-256.048 0|1:199:67,43,87:67:2610:43,87:1717,3384:-147.305,-132.014,-333.643,0,-179.268,-188.478 dDocent_Contig_10960 106 . N A 263.661 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=2X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=12.2759;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.103448;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=986;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:9:0,9:0:0:9:293:-7.35601,-2.70927,0 1|1:20:0,20:0:0:20:693:-18.709,-6.0206,0 dDocent_Contig_10961 25 . A G 427.286 . AB=0.348485;ABP=16.1707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33.7391;MQMR=59.0698;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=921;QR=1645;RO=43;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=96.3836;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:20,12:20:787:12:484:-27.3061,0,-61.5168 0/1:34:23,11:23:858:11:437:-18.5195,0,-66.6949 dDocent_Contig_10962 26 . A T 6030.15 . AB=0.622642;ABP=44.5551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=198;CIGAR=1M3D1X1M1X;DP=318;DPB=231.714;DPRA=0;EPP=432.962;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=58.5152;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969697;PAIREDR=0.970874;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7819;QR=4032;RO=103;RPL=0;RPP=432.962;RPPR=226.672;RPR=198;RUN=1;SAF=198;SAP=432.962;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:115:43,68:43:1699:68:2677:-206.444,0,-119.329 0|1:203:60,130:60:2333:130:5142:-399.667,0,-152.567 dDocent_Contig_10963 20 . G A 220.74 . AB=0.114155;ABP=286.204;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=331;DPB=331;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=658.795;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0345;MQMR=57.255;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.758621;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1162;QR=11951;RO=302;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=658.795;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=302;SRP=658.795;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:112:108,4:108:4279:4:160:0,-18.9316,-368.952 0/1:219:194,25:194:7672:25:1002:-23.773,0,-609.887 dDocent_Contig_10964 51 . T C 3014.05 . AB=0.0910781;ABP=784.417;AC=0;AF=0;AN=4;AO=49;CIGAR=2X;DP=538;DPB=538;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=629.397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=59.8013;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.489796;PAIREDR=0.102564;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1964;QR=12285;RO=312;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=646.212;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=302;SRP=596.435;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:136:79,14,30,11:79:3034:14,30,11:566,1155,446:-71.0206,-48.1339,-292.924,0,-202.327,-239.963,-58.0197,-260.357,-212.212,-303.713 0|0:402:233,35,94,33:233:9251:35,94,33:1398,3692,1307:-233.481,-188.476,-938.858,0,-645.778,-732.625,-196.05,-841.824,-653.352,-947.034 dDocent_Contig_10966 34 . G A 11548.3 . AB=0.536785;ABP=11.637;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=394;CIGAR=1X2M1X;DP=734;DPB=734;DPRA=0;EPP=858.57;EPPR=739.139;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15325;QR=13048;RO=339;RPL=0;RPP=858.57;RPPR=739.139;RPR=394;RUN=1;SAF=394;SAP=858.57;SAR=0;SRF=339;SRP=739.139;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:412:204,207:204:7838:207:8028:-598.4,0,-581.362 0|1:322:135,187:135:5210:187:7297:-559.523,0,-371.917 dDocent_Contig_10967 98 . N T 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_10968 169 . T A 30.128 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0.6;EPP=7.35324;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=860;RO=22;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:281:2:75:-4.41032,0,-22.9518 0/0:15:15,0:15:579:0:0:0,-4.51545,-52.4352 dDocent_Contig_10969 15 . T C 445.785 . AB=0.290323;ABP=26.6864;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=729;QR=1714;RO=44;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=98.5551;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:1156:9:365:-21.4747,0,-92.5689 0/1:23:14,9:14:558:9:364:-26.2007,0,-43.6378 dDocent_Contig_10970 107 . N C 96.7226 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26836,-0.60206,0 dDocent_Contig_10971 110 . G A 239.545 . AB=0.204545;ABP=69.7337;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=1.33333;EPP=42.0968;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=4672;RO=136;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=298.331;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=298.331;SRR=136;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:66,0:66:2271:0:0:0,-19.868,-204.66 0/1:88:70,18:70:2401:18:576:-25.6534,0,-189.866 dDocent_Contig_10973 162 . A G 42.8253 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1067;RO=27;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,3:14:554:3:120:-5.67805,0,-44.6895 0/0:14:13,1:13:513:1:40:0,-0.255809,-42.555 dDocent_Contig_10974 98 . N T 89.7691 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:85:-7.93212,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_10975 39 . A G 38.6215 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0.777778;EPP=18.2106;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.975207;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=4170;RO=121;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=265.758;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:49,7:49:1669:7:242:-5.26003,0,-133.636 0/0:72:72,0:72:2501:0:0:0,-21.6742,-225.349 dDocent_Contig_10977 16 . T C 1574.95 . AB=0.4375;ABP=7.35324;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982143;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2206;QR=2816;RO=72;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=159.356;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:29,33:29:1137:33:1293:-97.9816,0,-83.9531 0/1:66:43,23:43:1679:23:913:-62.6108,0,-131.481 dDocent_Contig_10978 12 . C A 4673 . AB=0.843931;ABP=180.757;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986301;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5803;QR=1082;RO=27;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=61.6401;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:12,62:12:473:62:2463:-199.544,0,-20.6406 0/1:99:15,84:15:609:84:3340:-270.853,0,-25.3454 dDocent_Contig_10980 9 . C A 9002.65 . AB=0.239921;ABP=891.935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=363;CIGAR=2X2M;DP=1513;DPB=1513;DPRA=0;EPP=715.02;EPPR=1557.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7.5;MQM=50.7934;MQMR=59.5815;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.236915;PAIREDR=0.234807;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13757;QR=28386;RO=724;RPL=0;RPP=791.255;RPPR=1575.16;RPR=363;RUN=1;SAF=354;SAP=715.02;SAR=9;SRF=722;SRP=1557.83;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:663:324,145,166:324:12732:145,166:5611,6236:-398.791,-72.3338,-1074.15,0,-621.488,-995.502 0|1:850:400,212,197:400:15654:212,197:8240,7521:-504.572,0,-1222.52,-22.7886,-684.155,-1249.83 dDocent_Contig_10981 85 . T A 402.406 . AB=0.216216;ABP=80.6551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=843;QR=2983;RO=86;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:42,8:42:1446:8:278:-10.3048,0,-115.381 0/1:61:44,16:44:1537:16:565:-33.0327,0,-120.481 dDocent_Contig_10982 39 . G A 32.4433 . AB=0.0973451;ABP=162.143;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=1.46753;EPP=26.8965;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988827;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=7127;RO=179;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=391.704;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:77,0:77:3073:0:0:0,-23.1793,-276.646 0/1:113:102,11:102:4054:11:429:-4.94306,0,-330.829 dDocent_Contig_10983 19 . G T 121.767 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.963855;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=3282;RO=83;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=183.243;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:39,2:39:1533:2:79:0,-4.84499,-130.718 0/1:52:44,8:44:1749:8:324:-13.8756,0,-141.971 dDocent_Contig_10984 47 . C T 207.86 . AB=0.127854;ABP=266.453;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=379;DPB=379;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=726.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1442;QR=13246;RO=337;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=726.136;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=337;SRP=734.797;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:160:146,14:146:5791:14:463:0,-6.18683,-479.029 0/1:219:191,28:191:7455:28:979:-22.485,0,-604.674 dDocent_Contig_10985 98 . N A 23156.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=760;CIGAR=2X;DP=760;DPB=761;DPRA=0;EPP=1653.33;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=49;PQR=0;PRO=0;QA=25730;QR=0;RO=0;RPL=760;RPP=1653.33;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=760;SAP=1653.33;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:334:0,334:0:0:334:11319:-1018.7,-100.544,0 1|1:426:0,426:0:0:426:14411:-1296.64,-128.239,0 dDocent_Contig_10987 90 . C A 41.6315 . AB=0.127273;ABP=69.3784;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.685714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=3629;RO=105;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1650:7:242:-5.56106,0,-132.234 0/0:59:57,2:57:1979:2:69:0,-11.2081,-171.838 dDocent_Contig_10988 76 . T C 1004.62 . AB=0.573333;ABP=6.51361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=87.8997;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.186;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976744;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1407;QR=981;RO=32;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=87.8997;SAR=1;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:21,25:21:662:25:787:-57.274,0,-46.0317 0/1:29:11,18:11:319:18:620:-46.285,0,-20.2609 dDocent_Contig_10989 12 . T C 14742.4 . AB=0.777403;ABP=399.372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=461;CIGAR=1X;DP=593;DPB=593;DPRA=0;EPP=995.392;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991323;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18411;QR=5299;RO=132;RPL=0;RPP=1004.06;RPPR=289.645;RPR=461;RUN=1;SAF=460;SAP=995.392;SAR=1;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:198:22,176:22:883:176:7023:-572.121,0,-20.1731 0/1:395:110,285:110:4416:285:11388:-905.216,0,-278.457 dDocent_Contig_10990 107 . N T 72.7138 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,1:0:0:1:35:-3.2537,-0.30103,0 1|1:3:0,2:0:0:2:42:-3.71324,-0.60206,0 dDocent_Contig_10991 15 . T C 2259.22 . AB=0.737374;ABP=51.4626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.438356;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2870;QR=1012;RO=26;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=59.4686;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:11,38:11:436:38:1495:-120.057,0,-24.8443 0/1:50:15,35:15:576:35:1375:-108.962,0,-37.1187 dDocent_Contig_10992 98 . N C 108.224 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:71:-6.62579,-0.90309,0 dDocent_Contig_10993 29 . T C 813.945 . AB=0.586957;ABP=6.03148;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1085;QR=768;RO=19;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=44.2683;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:14,10:14:563:10:405:-29.5848,0,-43.7884 0/1:22:5,17:5:205:17:680:-54.9066,0,-12.2123 dDocent_Contig_10995 71 . T G 244.567 . 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AB=0.294118;ABP=15.5282;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=1798;RO=48;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=107.241;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:24,2:24:909:2:74:0,-0.800904,-75.0987 0/1:34:24,10:24:889:10:362:-22.6883,0,-70.0852 dDocent_Contig_10997 70 . A G 2701.38 . AB=0.377104;ABP=41.9725;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=884.628;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4049;QR=14622;RO=406;RPL=113;RPP=248.387;RPPR=884.628;RPR=0;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=406;SRP=884.628;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:223:221,1:221:7995:1:37:0,-63.3557,-715.972 0/1:297:185,112:185:6627:112:4012:-271.837,0,-507.063 dDocent_Contig_10999 14 . C T 3042.54 . AB=0.33711;ABP=84.3636;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1M1D4M1X2M;DP=353;DPB=340.333;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4499;QR=7993;RO=204;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=445.991;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:191:109,64:109:4268:64:2420:-165.548,0,-331.685 0|1:162:95,55:95:3725:55:2079:-141.803,0,-289.779 dDocent_Contig_11000 13 . T C 120.701 . AB=0.184211;ABP=35.9253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0.826087;EPP=18.2106;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=3090;RO=77;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=170.214;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1836:0:0:0,-13.8474,-165.447 0/1:38:31,7:31:1254:7:276:-13.7691,0,-101.688 dDocent_Contig_11002 58 . A T 92.1834 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=2019;RO=51;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1174:2:82:0,-1.85328,-98.1595 0/1:26:21,5:21:845:5:204:-10.9173,0,-68.536 dDocent_Contig_11003 45 . T G 2150.44 . AB=0.58871;ABP=11.486;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=3.05288;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.931507;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2833;QR=2031;RO=51;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=3.05288;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:26,39:26:1041:39:1537:-118.995,0,-74.4134 0/1:59:25,34:25:990:34:1296:-99.1464,0,-71.6389 dDocent_Contig_11004 56 . G A 26916.9 . AB=0.695721;ABP=422.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=878;CIGAR=1X;DP=1262;DPB=1262;DPRA=0;EPP=1909.56;EPPR=836.856;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998861;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34190;QR=15003;RO=384;RPL=878;RPP=1909.56;RPPR=836.856;RPR=0;RUN=1;SAF=878;SAP=1909.56;SAR=0;SRF=384;SRP=836.856;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:485:80,405:80:3149:405:15739:-1269.45,0,-137.509 0/1:777:304,473:304:11854:473:18451:-1425.34,0,-832.205 dDocent_Contig_11005 25 . T C 11251.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=336;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=732.625;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13460;QR=947;RO=24;RPL=0;RPP=732.625;RPPR=55.1256;RPR=336;RUN=1;SAF=336;SAP=732.625;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:195:11,184:11:442:184:7361:-621.983,-18.5647,0 1/1:165:13,152:13:505:152:6099:-502.875,-3.87791,0 dDocent_Contig_11006 108 . G T 113.044 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=1.64286;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=218;QR=938;RO=30;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:440:0:0:0,-4.21442,-39.904 0/1:23:16,7:16:498:7:218:-13.0033,0,-38.1952 dDocent_Contig_11007 64 . A T 100.61 . AB=0.11828;ABP=120.713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=3230;RO=82;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:42,4:42:1656:4:163:-1.21105,0,-135.433 0/1:47:40,7:40:1574:7:283:-11.6946,0,-127.757 dDocent_Contig_11008 40 . A C 833.12 . AB=0.125356;ABP=430.926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=13M1X2M;DP=351;DPB=337.875;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=608.851;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1737;QR=10760;RO=279;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=608.851;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=279;SRP=608.851;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:145:121,15,4:121:4651:15,4:503,161:-4.25874,0,-377.27,-27.4057,-368.516,-408.032 0|1:206:158,0,40:158:6109:0,40:0,1576:-82.1495,-129.712,-631.466,0,-501.826,-489.785 dDocent_Contig_11009 19 . C T 2786.84 . AB=0.823529;ABP=111.201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3523;QR=790;RO=21;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=48.6112;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:8,44:8:287:44:1572:-126.1,0,-10.5073 0/1:67:13,54:13:503:54:1951:-155.681,0,-25.4332 dDocent_Contig_11010 98 . N T 63.0773 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=4;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:4:0,3:0:0:3:66:-5.82737,-0.90309,0 dDocent_Contig_11011 13 . C T 358.876 . AB=0.147059;ABP=186.947;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=5712;RO=145;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=317.874;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:52,7:52:2037:7:280:-7.81079,0,-165.764 0/1:111:93,18:93:3675:18:714:-31.1737,0,-297.372 dDocent_Contig_11012 37 . G A 6511.83 . AB=0.772388;ABP=175.723;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=207;CIGAR=1X;DP=268;DPB=268;DPRA=0;EPP=452.505;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.797101;PAIREDR=0.836066;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8166;QR=2315;RO=61;RPL=0;RPP=452.505;RPPR=135.47;RPR=207;RUN=1;SAF=207;SAP=452.505;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:22,59:22:828:59:2336:-186.027,0,-50.4453 0/1:187:39,148:39:1487:148:5830:-468.253,0,-77.7892 dDocent_Contig_11013 95 . T G 5111.03 . AB=0.479167;ABP=3.37221;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=195;CIGAR=1X;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=384.132;EPPR=114.996;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.917949;PAIREDR=0.920635;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6463;QR=2061;RO=63;RPL=195;RPP=426.447;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=190;SAP=384.132;SAR=5;SRF=60;SRP=114.996;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:162:13,149:13:449:149:4962:-406.027,-8.02784,0 0/1:96:50,46:50:1612:46:1501:-106.474,0,-116.455 dDocent_Contig_11014 18 . T C 1053.99 . AB=0.136678;ABP=665.723;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=96;CIGAR=1X;DP=1201;DPB=1201;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=2402.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3804;QR=43591;RO=1105;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=2402.49;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=1105;SRP=2402.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:578:499,79:499:19667:79:3119:-106.797,0,-1594.56 0/0:623:606,17:606:23924:17:685:0,-125.562,-2089.25 dDocent_Contig_11015 98 . N T 65.5483 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11016 98 . N A 58.9066 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88849,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11018 11 . A G 177.879 . AB=0.225;ABP=29.2851;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=1163;RO=29;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=65.983;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:16:10,2,4:10:404:2,4:75,156:-9.82213,-6.69534,-39.41,0,-27.1936,-32.1267 0|1:24:19,0,5:19:759:0,5:0,199:-11.0627,-16.7823,-79.2963,0,-62.9118,-61.4067 dDocent_Contig_11022 78 . G A 1640.81 . AB=0.464286;ABP=4.56135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2319;QR=2670;RO=75;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:48,27:48:1690:27:960:-64.1379,0,-129.809 0/1:65:27,38:27:980:38:1359:-103.04,0,-68.9488 dDocent_Contig_11024 16 . C T 103.344 . AB=0.109589;ABP=196.301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=463;DPB=463;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=964.973;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=774;QR=17619;RO=443;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=964.973;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=443;SRP=964.973;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:130,16:130:5146:16:615:-11.7323,0,-419.062 0/0:317:313,4:313:12473:4:159:0,-80.7342,-1107 dDocent_Contig_11025 12 . A G 979.857 . AB=0.134146;ABP=98.3432;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=3449;RO=88;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=194.1;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:82:40,11,30:40:1567:11,30:436,1143:-81.6924,-57.8413,-183.387,0,-92.9585,-119.817 0|0:59:48,0,11:48:1882:0,11:0,409:-19.3902,-33.8396,-188.621,0,-155.157,-151.845 dDocent_Contig_11026 107 . N C 46.5613 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.29832;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:49:-4.65395,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11027 42 . T A 1155.89 . AB=0.454545;ABP=4.58955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1606;QR=1913;RO=48;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=107.241;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:37,22:37:1470:22:880:-61.7509,0,-114.783 0/1:29:11,18:11:443:18:726:-56.9353,0,-31.4962 dDocent_Contig_11028 10 . C G 217.377 . AB=0.160494;ABP=84.1054;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=5518;RO=138;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=302.673;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:66,13:66:2644:13:522:-23.1357,0,-213.887 0/0:73:72,1:72:2874:1:41:0,-17.8806,-254.666 dDocent_Contig_11029 20 . C A 2894.04 . AB=0.193931;ABP=619.777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=758;DPB=758;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=1329.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5783;QR=24341;RO=611;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=1329.78;RPR=147;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=611;SRP=1329.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:333:275,58:275:10933:58:2278:-104.942,0,-883.018 0/1:425:336,89:336:13408:89:3505:-187.559,0,-1077.79 dDocent_Contig_11030 92 . T G 27284.3 . AB=0.80322;ABP=449.429;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=983;CIGAR=1X;DP=1135;DPB=1135;DPRA=0;EPP=2137.57;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33622;QR=5171;RO=151;RPL=983;RPP=2137.57;RPPR=330.903;RPR=0;RUN=1;SAF=983;SAP=2137.57;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:576:41,534:41:1413:534:18251:-1514.87,-45.9751,0 0/1:559:110,449:110:3758:449:15371:-1214.95,0,-170.162 dDocent_Contig_11031 98 . N C 10867.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=353;CIGAR=1X;DP=354;DPB=354;DPRA=0;EPP=769.54;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12069;QR=0;RO=0;RPL=353;RPP=769.54;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=353;SAP=769.54;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:269:0,268:0:0:268:9158:-824.193,-80.676,0 1/1:85:0,85:0:0:85:2911:-262.236,-25.5876,0 dDocent_Contig_11033 52 . A C 100.866 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=3089;RO=78;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:41,7:41:1626:7:284:-11.4846,0,-132.127 0/0:38:37,1:37:1463:1:41:0,-7.34457,-127.825 dDocent_Contig_11035 87 . T G 68.8702 . AB=0.0971541;ABP=1439.38;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=1849;DPB=1849;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=3740.11;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998838;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4502;QR=60622;RO=1721;RPL=127;RPP=278.787;RPPR=3740.11;RPR=0;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=1721;SRP=3740.11;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:830:802,28:802:28260:28:1000:0,-159.539,-2452.31 0/1:1019:919,99:919:32362:99:3502:-8.58599,0,-2604.83 dDocent_Contig_11036 32 . T A 13644.4 . AB=0.554307;ABP=23.5295;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=444;CIGAR=5M1X2M;DP=801;DPB=774.5;DPRA=0;EPP=967.144;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17663;QR=11333;RO=288;RPL=0;RPP=967.144;RPPR=628.394;RPR=444;RUN=1;SAF=444;SAP=967.144;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:384:104,31,247:104:4066:31,247:1213,9802:-775.536,-707.117,-1032.05,0,-234.55,-259.922 0|1:417:184,22,197:184:7267:22,197:865,7861:-591.999,-576.242,-1167.59,0,-526.839,-538.683 dDocent_Contig_11037 33 . A T 47.1474 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=2398;RO=61;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=135.47;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:29,1:29:1149:1:41:0,-4.93633,-99.5949 0/1:37:32,5:32:1249:5:191:-6.4137,0,-101.534 dDocent_Contig_11038 98 . N A 97.9725 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 dDocent_Contig_11039 27 . G A 1671.86 . AB=0.240924;ABP=179.659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=303;DPB=303;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2900;QR=9072;RO=230;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=502.449;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:115,45:115:4551:45:1799:-113.956,0,-361.361 0/1:143:115,28:115:4521:28:1101:-56.3269,0,-363.779 dDocent_Contig_11040 98 . N G 104.275 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:71:-6.62506,-0.90309,0 dDocent_Contig_11042 57 . G A 649.559 . AB=0.188172;ABP=160.103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.89404;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1371;QR=5859;RO=151;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=330.903;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:63,19:63:2421:19:736:-41.8749,0,-193.372 0/1:104:88,16:88:3438:16:635:-26.1779,0,-278.184 dDocent_Contig_11043 20 . A T 52.1532 . AB=0.0983607;ABP=173.951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.880435;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=7287;RO=184;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=402.561;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:74,3:74:2915:3:123:0,-11.7145,-250.997 0/1:122:110,12:110:4372:12:481:-6.91428,0,-356.708 dDocent_Contig_11044 7 . A C 1734.42 . AB=0.0314136;ABP=1095.83;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=2X;DP=573;DPB=573;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=978.001;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0555556;PAIREDR=0.013363;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=694;QR=17159;RO=449;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=978.001;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=449;SRP=978.001;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:258:200,1,55:200:7641:1,55:39,2106:-105.03,-162.029,-788.679,0,-623.727,-610.376 0|0:315:249,17,48:249:9518:17,48:655,1860:-71.5096,-92.6769,-868.569,0,-727.224,-766.559 dDocent_Contig_11045 10 . A T 378.787 . AB=0.131579;ABP=271.816;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=504;DPB=504;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=1023.6;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1359;QR=18745;RO=470;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=1023.6;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=470;SRP=1023.6;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:228:198,30:198:7855:30:1196:-39.2766,0,-637.909 0/0:276:272,4:272:10890:4:163:0,-68.0258,-964.322 dDocent_Contig_11046 14 . T A 33798.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1012;CIGAR=1X;DP=1076;DPB=1076;DPRA=0;EPP=2183.2;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=55.4032;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.48419;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40573;QR=2239;RO=56;RPL=0;RPP=2200.54;RPPR=124.613;RPR=1012;RUN=1;SAF=1010;SAP=2183.2;SAR=2;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:532:19,512:19:748:512:20555:-1744.87,-92.6205,0 1/1:544:37,500:37:1491:500:20018:-1634.71,-27.6199,0 dDocent_Contig_11047 98 . N T 135.98 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_11048 21 . A G 140.041 . AB=0.129771;ABP=158.975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.6471;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.938596;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=670;QR=4510;RO=114;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=250.558;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:55,9:55:2189:9:346:-12.2268,0,-177.921 0/1:67:59,8:59:2321:8:324:-4.8741,0,-188.884 dDocent_Contig_11049 71 . T G 3784.06 . AB=0.180212;ABP=1008.52;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=1132;DPB=1132;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=2015.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997843;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8023;QR=36628;RO=927;RPL=204;RPP=445.991;RPPR=2015.97;RPR=0;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=927;SRP=2015.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:459:405,53:405:16016:53:2073:-48.8025,0,-1302.29 0/1:673:522,151:522:20612:151:5950:-332.7,0,-1650.79 dDocent_Contig_11051 20 . C A 113.644 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1896;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:25,1:25:997:1:41:0,-3.73221,-85.9265 0/1:29:23,6:23:899:6:238:-13.0634,0,-72.4844 dDocent_Contig_11052 13 . G A 11205.9 . AB=0.43483;ABP=36.6907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=397;CIGAR=1X;DP=913;DPB=913;DPRA=0;EPP=865.085;EPPR=1123.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997481;PAIREDR=0.963178;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15547;QR=20423;RO=516;RPL=0;RPP=865.085;RPPR=1123.49;RPR=397;RUN=1;SAF=397;SAP=865.085;SAR=0;SRF=516;SRP=1123.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:465:273,192:273:10824:192:7587:-542.504,0,-833.479 0/1:448:243,205:243:9599:205:7960:-581.185,0,-728.49 dDocent_Contig_11053 17 . T A 12882.5 . AB=0.78937;ABP=372.485;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=401;CIGAR=1X;DP=508;DPB=508;DPRA=0;EPP=873.771;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9751;MQMR=59.8774;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16059;QR=4244;RO=106;RPL=0;RPP=873.771;RPPR=233.186;RPR=401;RUN=1;SAF=401;SAP=873.771;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:287:37,250:37:1449:250:10002:-813.13,0,-44.1795 0/1:221:69,151:69:2795:151:6057:-478.214,0,-185.018 dDocent_Contig_11054 108 . G A 161.555 . AB=0.14881;ABP=182.984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=769;QR=4630;RO=143;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=313.531;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=313.531;SRR=143;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:123,21:123:4001:21:638:-14.3627,0,-316.961 0/1:24:20,4:20:629:4:131:-4.88949,0,-49.6832 dDocent_Contig_11055 23 . C A 335.851 . AB=0.136364;ABP=78.8144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M5I6M;DP=124;DPB=139;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.926316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=3659;RO=95;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=209.3;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:58:44,0,0,13:44:1695:0,0,13:0,0,448:-23.0775,-36.3228,-175.521,-36.3228,-175.521,-175.521,0,-139.147,-139.147,-135.234 0|1:66:51,9,4,1:51:1964:9,4,1:352,142,36:-13.6046,0,-158.559,-17.3979,-149.702,-177.441,-26.0211,-158.332,-175.708,-186.973 dDocent_Contig_11056 17 . C G 194.24 . AB=0.155844;ABP=82.2267;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.668831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=637;QR=6170;RO=154;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=337.417;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:65,12:65:2600:12:485:-20.8219,0,-210.954 0/0:93:89,4:89:3570:4:152:0,-13.9512,-307.277 dDocent_Contig_11058 112 . T C 85.8713 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=370;QR=2907;RO=91;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=200.614;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=200.614;SRR=91;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1097:7:241:-9.98507,0,-86.9913 0/0:63:58,4:58:1810:4:129:0,-6.89574,-151.272 dDocent_Contig_11060 10 . A G 590.455 . AB=0.272727;ABP=42.4916;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.59375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=977;QR=2549;RO=64;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=141.985;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:23,16:23:907:16:650:-47.0928,0,-70.1957 0/1:49:41,8:41:1642:8:327:-15.0496,0,-133.259 dDocent_Contig_11061 84 . T A 287.7 . 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AB=0.26506;ABP=42.8032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.836066;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=886;QR=2451;RO=61;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=135.47;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:25,11:25:999:11:445:-29.5681,0,-79.3718 0/1:47:36,11:36:1452:11:441:-25.8964,0,-116.778 dDocent_Contig_11064 209 . N G 428.629 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:143:-13.2134,-1.20412,0 1/1:8:0,8:0:0:8:322:-29.3481,-2.40824,0 dDocent_Contig_11065 48 . T C 932.286 . 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AB=0.352941;ABP=178.644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=330;CIGAR=1X;DP=935;DPB=935;DPRA=0;EPP=719.596;EPPR=1316.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11111;QR=20700;RO=605;RPL=0;RPP=719.596;RPPR=1316.75;RPR=330;RUN=1;SAF=0;SAP=719.596;SAR=330;SRF=0;SRP=1316.75;SRR=605;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:567:360,207:360:12277:207:7007:-460.064,0,-934.183 0/1:368:245,123:245:8423:123:4104:-258.79,0,-647.358 dDocent_Contig_11067 140 . G A 102.007 . 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AB=0.278894;ABP=172.014;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=398;DPB=398;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=626.223;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990991;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4083;QR=10352;RO=287;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=626.223;RPR=111;RUN=1;SAF=0;SAP=244.044;SAR=111;SRF=0;SRP=626.223;SRR=287;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:125,24:125:4489:24:876:-34.2927,0,-359.236 0/1:249:162,87:162:5863:87:3207:-213.835,0,-452.699 dDocent_Contig_11070 63 . C T 1544.88 . AB=0.73913;ABP=37.2818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1975;QR=707;RO=18;RPL=51;RPP=113.755;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:8,32:8:303:32:1242:-100.024,0,-15.5802 0/1:29:10,19:10:404:19:733:-57.5608,0,-27.9902 dDocent_Contig_11072 67 . A T 110.354 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.90411;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=2834;RO=73;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:48,3:48:1843:3:123:0,-3.88774,-154.624 0/1:31:25,6:25:991:6:241:-12.7344,0,-80.1596 dDocent_Contig_11073 19 . T C 261.786 . AB=0.289474;ABP=17.6392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=12.6832;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=1077;RO=27;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=61.6401;RPR=11;RUN=1;SAF=9;SAP=12.6832;SAR=2;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:568:3:119:-5.97767,0,-46.3451 0/1:21:13,8:13:509:8:325:-23.2978,0,-39.8331 dDocent_Contig_11074 98 . N A 148.592 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.3191,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:99:-9.2374,-0.90309,0 dDocent_Contig_11075 37 . C T 1063.17 . AB=0.325397;ABP=36.3751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=2.57143;EPP=92.0407;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9104;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.121951;PAIREDR=0.708955;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1619;QR=5329;RO=134;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=293.988;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:49,0:49:1945:0:0:0,-14.7505,-175.238 0/1:126:85,41:85:3384:41:1619:-108.016,0,-266.669 dDocent_Contig_11076 17 . A C 725.13 . AB=0.380282;ABP=11.8491;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X1M1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0740741;PAIREDR=0.613636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1070;QR=1749;RO=44;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=98.5551;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:34:20,14:20:795:14:548:-39.4232,0,-61.6351 0|1:37:24,13:24:954:13:522:-36.1867,0,-75.0244 dDocent_Contig_11077 9 . C G 220.952 . 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AB=0.408602;ABP=9.75821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=3M1X1M;DP=93;DPB=84.6;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1542;QR=1598;RO=41;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=92.0407;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:17,10,12:17:662:10,12:380,486:-34.9702,-8.93635,-60.3232,0,-23.2529,-50.7997 0|1:54:24,4,26:24:936:4,26:156,1056:-79.8845,-74.2878,-150.012,0,-64.1124,-69.1091 dDocent_Contig_11079 46 . T C 32075.3 . AB=0.650412;ABP=313.294;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1027;CIGAR=1X;DP=1579;DPB=1579;DPRA=0;EPP=2224.44;EPPR=1201.66;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976631;PAIREDR=0.998188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40994;QR=21837;RO=552;RPL=1;RPP=2224.44;RPPR=1201.66;RPR=1026;RUN=1;SAF=1027;SAP=2233.11;SAR=0;SRF=552;SRP=1201.66;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:707:268,439:268:10618:439:17515:-1362.07,0,-742.12 0/1:872:284,588:284:11219:588:23479:-1848.56,0,-746.482 dDocent_Contig_11080 151 . A C 95.7166 . 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AB=0.205128;ABP=32.4644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=5.18177;EPPR=3.63072;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.696429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=340;QR=1956;RO=56;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=124.613;RPR=9;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=26;SRP=3.63072;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:25,1:25:831:1:41:0,-3.73221,-70.9807 0/1:39:31,8:31:1125:8:299:-15.5213,0,-89.7982 dDocent_Contig_11086 8 . T G 2349.44 . 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AB=0.127962;ABP=256.682;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=363;DPB=363;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=728.282;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982036;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1112;QR=13292;RO=334;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=728.282;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=334;SRP=728.282;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:152:151,1:151:6005:1:41:0,-41.662,-536.137 0/1:211:183,27:183:7287:27:1071:-33.0668,0,-591.867 dDocent_Contig_11092 12 . G T 352.78 . AB=0.177419;ABP=115.086;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=840;QR=4073;RO=102;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=224.5;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:49,7:49:1960:7:270:-7.80696,0,-159.737 0/1:68:53,15:53:2113:15:570:-31.17,0,-169.882 dDocent_Contig_11093 15 . G A 3856.21 . AB=0.277487;ABP=249.433;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=573;DPB=573;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=902;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.490566;PAIREDR=0.818841;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6240;QR=15942;RO=414;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=902;RPR=159;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=414;SRP=902;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:227:160,67:160:6181:67:2624:-167.974,0,-487.832 0/1:346:254,92:254:9761:92:3616:-221.345,0,-773.927 dDocent_Contig_11094 98 . N C 257.431 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,7:0:0:7:179:-16.0186,-2.10721,0 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42313,-0.90309,0 dDocent_Contig_11099 10 . A C 152.502 . AB=0.375;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.695652;EPP=16.0391;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1319;RO=33;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=74.6689;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:919:0:0:0,-6.92369,-83.0156 0/1:16:10,6:10:400:6:241:-17.2502,0,-31.5429 dDocent_Contig_11100 9 . C G 2693.53 . AB=0.0784314;ABP=81.7368;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=34;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=2597;RO=66;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=146.327;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:51:16,4,31:16:639:4,31:159,1226:-95.3134,-89.4932,-140.924,0,-42.0581,-43.356 0|0:110:50,0,60:50:1958:0,60:0,2345:-177.739,-192.79,-353.793,0,-161.393,-143.332 dDocent_Contig_11101 150 . T C 217.374 . AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=1269;RO=34;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:24,3:24:908:3:112:-2.3166,0,-73.9089 0/1:18:10,8:10:361:8:312:-23.0259,0,-27.4115 dDocent_Contig_11102 23 . A C 541.53 . AB=0.381818;ABP=9.68264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=819;QR=1371;RO=34;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=76.8404;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:405:2:78:-3.79094,0,-33.1975 0/1:43:24,19:24:966:19:741:-54.0575,0,-74.2931 dDocent_Contig_11103 121 . T G 112.409 . AB=0.155844;ABP=82.2267;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.892308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=416;QR=2214;RO=65;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=144.156;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:898:6:207:-9.0341,0,-71.1915 0/1:44:38,6:38:1316:6:209:-5.90573,0,-105.497 dDocent_Contig_11104 37 . T A 211.017 . AB=0.310345;ABP=12.0706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=774;RO=20;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=46.4397;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:402:2:81:-4.07337,0,-32.9275 0/1:17:10,7:10:372:7:283:-20.7255,0,-28.7064 dDocent_Contig_11106 98 . N G 102.238 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:87:-8.11804,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:18:-1.79997,-0.30103,0 dDocent_Contig_11108 48 . A G 2909.53 . 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AB=0.16129;ABP=528.156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=527;DPB=527;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=962.801;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2989;QR=15706;RO=442;RPL=85;RPP=187.585;RPPR=962.801;RPR=0;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=442;SRP=962.801;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:244:219,25:219:7757:25:887:-6.69825,0,-624.702 0/1:283:223,60:223:7949:60:2102:-104.254,0,-630.234 dDocent_Contig_11112 38 . T C 6002.77 . 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T C 98.0887 . AB=0.259259;ABP=16.6021;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=226;QR=683;RO=20;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:240:1:35:-1.09039,0,-19.527 0/1:19:13,6:13:443:6:191:-11.7829,0,-34.4767 dDocent_Contig_11127 38 . T A 89.2819 . 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AB=0.298507;ABP=26.6372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=695;QR=1632;RO=47;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:24,3:24:832:3:105:-1.66835,0,-67.0705 0/1:40:23,17:23:800:17:590:-41.386,0,-60.2791 dDocent_Contig_11135 38 . G A 1702.96 . 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AB=0.802139;ABP=151.286;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=417;CIGAR=1X;DP=463;DPB=463;DPRA=0;EPP=908.514;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16618;QR=1818;RO=46;RPL=0;RPP=908.514;RPPR=102.898;RPR=417;RUN=1;SAF=417;SAP=908.514;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:187:37,150:37:1455:150:5963:-480.174,0,-74.8979 1/1:276:9,267:9:363:267:10655:-925.2,-50.05,0 dDocent_Contig_11146 98 . N G 9021 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=296;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0;EPP=645.766;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10016;QR=0;RO=0;RPL=296;RPP=645.766;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=296;SAP=645.766;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:140:0,140:0:0:140:4753:-427.957,-42.1442,0 1/1:156:0,156:0:0:156:5263:-473.842,-46.9607,0 dDocent_Contig_11147 9 . C A 15824.8 . 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AB=0.410112;ABP=15.5024;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=3.27802;EPPR=8.98702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.506849;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2793;QR=4063;RO=105;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=3.27802;SAR=35;SRF=61;SRP=8.98702;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:44,21:44:1672:21:770:-50.0391,0,-131.161 0/1:113:61,52:61:2391:52:2023:-148.259,0,-181.352 dDocent_Contig_11150 149 . C A 194.995 . 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A G 1586.99 . AB=0.552083;ABP=5.27225;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2119;QR=1672;RO=43;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=96.3836;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:535:4:161:-9.45694,0,-43.0704 0/1:78:29,49:29:1137:49:1958:-152.941,0,-79.1393 dDocent_Contig_11156 32 . A T 34.1327 . AB=0.0961538;ABP=150.336;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=3.35484;EPP=24.725;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=5015;RO=125;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=274.444;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1252:0:0:0,-9.33193,-112.949 0/1:104:94,10:94:3763:10:404:-5.4131,0,-307.372 dDocent_Contig_11157 70 . G C 129.878 . AB=0.272727;ABP=12.8806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=1.57143;EPP=16.0391;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1171;RO=30;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:552:0:0:0,-4.21442,-50.0233 0/1:22:16,6:16:619:6:236:-14.9878,0,-49.4218 dDocent_Contig_11158 49 . C T 1361.69 . 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AB=0.783351;ABP=1309.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1468;CIGAR=1X2M1X;DP=1874;DPB=1874;DPRA=0;EPP=3190.73;EPPR=858.57;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999319;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56560;QR=14847;RO=394;RPL=0;RPP=3190.73;RPPR=858.57;RPR=1468;RUN=1;SAF=1468;SAP=3190.73;SAR=0;SRF=394;SRP=858.57;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:935:169,757:169:6365:757:29085:-2336.69,0,-293.725 0|1:939:225,711:225:8482:711:27475:-2188.92,0,-481.141 dDocent_Contig_11161 21 . T G 1727.75 . AB=0.332192;ABP=74.4309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=292;DPB=292;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35.9072;MQMR=59;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.892308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3210;QR=7780;RO=195;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=426.447;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:104,53:104:4137:53:1744:-94.3827,0,-317.887 0/1:135:91,44:91:3643:44:1466:-82.091,0,-287.23 dDocent_Contig_11164 15 . G A 1691.55 . AB=0.0601504;ABP=450.007;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X3M;DP=759;DPB=759;DPRA=0.539554;EPP=37.7539;EPPR=1366.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=640;QR=24639;RO=628;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=1366.69;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=628;SRP=1366.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:493:450,40,0:450:17669:40,0:1531,0:0,-9.8438,-1450.92,-135.463,-1462.96,-1588.57 0|1:266:178,70,16:178:6970:70,16:2734,640:-171.155,0,-551.998,-172.02,-520.353,-740.279 dDocent_Contig_11165 110 . A G 232.041 . AB=0.0677966;ABP=98.7391;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X3M;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.951613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=2155;RO=62;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=137.642;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:19,0,0,10:19:662:0,0,10:0,0,348:-22.9262,-28.6457,-82.4838,-28.6457,-82.4838,-82.4838,0,-54.186,-54.186,-51.1757 0|0:59:43,5,4,6:43:1493:5,4,6:165,140,208:-3.9745,-3.57758,-123.464,-5.52015,-113.578,-125.712,0,-108.062,-110.009,-119.594 dDocent_Contig_11166 98 . N C 179.223 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:132:-12.2064,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41422,-0.60206,0 dDocent_Contig_11167 17 . T C 2312.24 . AB=0.804124;ABP=80.9371;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2929;QR=721;RO=19;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=44.2683;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:8,48:8:305:48:1784:-143.933,0,-10.9452 0/1:41:11,30:11:416:30:1145:-90.9897,0,-25.4426 dDocent_Contig_11169 13 . A T 149.019 . AB=0.119403;ABP=171.607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=16.75;EPP=37.7539;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=629;QR=4981;RO=126;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=276.616;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:118,16:118:4659:16:629:-16.6008,0,-378.91 0/0:8:8,0:8:322:0:0:0,-2.40824,-29.3478 dDocent_Contig_11170 8 . T G 151.055 . AB=0.166667;ABP=66.7068;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=45.0588;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.235294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=4536;RO=119;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=261.416;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:64,4:64:2423:4:153:0,-6.32843,-153.53 0/1:66:55,11:55:2113:11:407:-17.1055,0,-143.065 dDocent_Contig_11171 209 . N G 188.351 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:205:-18.835,-1.50515,0 dDocent_Contig_11172 9 . C A 16854.4 . AB=0.353355;ABP=348.195;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=653;CIGAR=1X;DP=1848;DPB=1848;DPRA=0;EPP=1420.98;EPPR=2595.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9326;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24961;QR=45939;RO=1194;RPL=0;RPP=1420.98;RPPR=2595.75;RPR=653;RUN=1;SAF=653;SAP=1420.98;SAR=0;SRF=1194;SRP=2595.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:763:540,223:540:20775:223:8512:-536.165,0,-1638.9 0/1:1085:654,430:654:25164:430:16449:-1152.97,0,-1936.77 dDocent_Contig_11173 8 . T C 492.5 . AB=0.287671;ABP=31.5964;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=1.30357;EPP=48.6112;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.907407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=810;QR=4147;RO=108;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=237.529;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:2145:0:0:0,-16.8577,-193.279 0/1:73:52,21:52:2002:21:810:-51.25,0,-158.442 dDocent_Contig_11175 59 . G A 32.491 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=1.54839;EPP=16.0391;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3836;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.739726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=215;QR=2641;RO=73;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1119:0:0:0,-9.33193,-100.958 0/1:48:42,6:42:1522:6:215:-5.24885,0,-122.762 dDocent_Contig_11176 31 . C A 8751.01 . AB=0.352298;ABP=176.205;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=322;CIGAR=3M1X;DP=914;DPB=914;DPRA=0;EPP=702.224;EPPR=860.742;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12173;QR=14576;RO=395;RPL=0;RPP=702.224;RPPR=860.742;RPR=322;RUN=1;SAF=322;SAP=702.224;SAR=0;SRF=395;SRP=860.742;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:442:195,38,27,179:195:7192:38,27,179:1385,997,6805:-499.338,-444.906,-1021.6,-476.508,-951.505,-1056.51,0,-475.003,-506.605,-534.253 0|1:472:200,115,11,143:200:7384:115,11,143:4155,432,5368:-379.462,-100.555,-669.822,-404.136,-668.908,-1004.71,0,-264.777,-568.361,-560.845 dDocent_Contig_11177 11 . A G 74.2008 . AB=0.0976744;ABP=305.289;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=624;DPB=624;DPRA=0.525672;EPP=48.6112;EPPR=1312.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=817;QR=24123;RO=603;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=1312.41;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=603;SRP=1312.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:215:194,21:194:7767:21:817:-9.11905,0,-633.891 0/0:409:409,0:409:16356:0:0:0,-123.121,-1470.72 dDocent_Contig_11178 132 . T C 206.72 . AB=0.354839;ABP=8.68415;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.7692;MQMR=49.0704;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0769231;PAIREDR=0.704225;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=440;QR=2450;RO=71;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=157.185;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:20,11:20:671:11:368:-22.371,0,-44.4579 0/0:53:51,2:51:1779:2:72:0,-9.44975,-132.031 dDocent_Contig_11181 88 . A T 633.796 . 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AB=0.149171;ABP=196.511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=303;DPB=303;DPRA=1.48361;EPP=61.6401;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1010;QR=10706;RO=275;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=600.165;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:122:121,0:121:4671:0:0:0,-36.4246,-420.284 0/1:181:154,27:154:6035:27:1010:-36.7267,0,-488.503 dDocent_Contig_11183 107 . N C 46.2053 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:49:-4.61944,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11185 34 . T C 41269.7 . 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C T 1231.05 . AB=0.577465;ABP=6.71098;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.527;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1745;QR=2919;RO=74;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=163.699;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:44,3:44:1732:3:120:0,-2.96072,-140.943 0/1:71:30,41:30:1187:41:1625:-125.105,0,-85.6882 dDocent_Contig_11190 57 . G A 130.436 . AB=0.131313;ABP=119.897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.55814;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=509;QR=3437;RO=86;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:41,5:41:1643:5:189:-3.52386,0,-134.254 0/1:53:45,8:45:1794:8:320:-13.2122,0,-145.718 dDocent_Contig_11191 46 . G A 69.7218 . 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A G 531.441 . AB=0.404255;ABP=6.75262;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=879;QR=3180;RO=80;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=176.728;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=176.728;SRR=80;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:28,19:28:1106:19:763:-54.8431,0,-85.6802 0/0:55:52,3:52:2074:3:116:0,-5.73925,-176.024 dDocent_Contig_11195 43 . C A 165.75 . AB=0.368421;ABP=5.8675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.863636;EPP=18.2106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=1380;RO=34;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=76.8404;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:891:0:0:0,-6.62266,-80.4963 0/1:19:12,7:12:489:7:266:-18.575,0,-38.6415 dDocent_Contig_11197 12 . T G 31011.7 . AB=0.68484;ABP=449.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1030;CIGAR=1X;DP=1504;DPB=1504;DPRA=0;EPP=2239.63;EPPR=1030.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9942;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39554;QR=18178;RO=473;RPL=0;RPP=2239.63;RPPR=1030.12;RPR=1030;RUN=1;SAF=1030;SAP=2239.63;SAR=0;SRF=473;SRP=1030.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:756:284,471:284:10941:471:18032:-1394.27,0,-756.586 0/1:748:189,559:189:7237:559:21522:-1710.6,0,-426.01 dDocent_Contig_11199 82 . G A 1310.53 . 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AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=3M1X8M1X1M;DP=48;DPB=54;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=1458;RO=37;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:18,3,0:18:711:3,0:105,0:-3.11377,0,-57.6375,-8.53231,-58.5406,-67.0746 0|0:26:19,0,7:19:747:0,7:0,251:-15.1058,-20.8254,-82.2943,0,-61.8365,-59.7293 dDocent_Contig_11203 108 . G T 78.1089 . AB=0.184211;ABP=35.9253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X3M1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0.678571;EPP=18.2106;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=2795;RO=84;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=185.414;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=185.414;SRR=84;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:56:54,0:54:1792:0:0:0,-16.2556,-161.483 0|1:38:30,7:30:1003:7:233:-9.81089,0,-79.0892 dDocent_Contig_11204 20 . G T 89.4804 . AB=0.100629;ABP=223.285;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=2X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=620;QR=5176;RO=132;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=289.645;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:75:59,9,7:59:2329:9,7:346,275:-10.6393,0,-188.928,-5.78235,-169.023,-195.319 0|1:84:73,7,3:73:2847:7,3:274,122:-0.556261,0,-231.887,-12.4617,-223.93,-245.555 dDocent_Contig_11205 70 . T C 1693.67 . AB=0.126943;ABP=1402.83;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=1158;DPB=1158;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=2198.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5794;QR=39738;RO=1011;RPL=147;RPP=322.217;RPPR=2198.37;RPR=0;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=1011;SRP=2198.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:659:595,64:595:23354:64:2559:-32.0593,0,-1901.6 0/1:499:416,83:416:16384:83:3235:-141.007,0,-1323.12 dDocent_Contig_11206 21 . C A 2272.23 . 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AB=0.439791;ABP=9.02448;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988095;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2845;QR=3704;RO=107;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=235.358;RPR=84;RUN=1;SAF=0;SAP=185.414;SAR=84;SRF=0;SRP=235.358;SRR=107;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:58,22:58:2012:22:752:-43.9153,0,-157.269 0/1:111:49,62:49:1692:62:2093:-155.226,0,-119.15 dDocent_Contig_11209 109 . A G 102.337 . AB=0.135593;ABP=139.114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=271;DPB=271;DPRA=0.771242;EPP=37.7539;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=41.0591;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996063;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=540;QR=8633;RO=254;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=554.564;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=554.564;SRR=254;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:102,16:102:3506:16:540:-11.9327,0,-271.496 0/0:153:152,0:152:5127:0:0:0,-45.7566,-449.314 dDocent_Contig_11210 16 . T C 27152.1 . 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AB=0.704268;ABP=121.885;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=231;CIGAR=1X;DP=328;DPB=328;DPRA=0;EPP=504.62;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9069;QR=3877;RO=97;RPL=0;RPP=504.62;RPPR=213.643;RPR=231;RUN=1;SAF=231;SAP=504.62;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:188:54,134:54:2166:134:5244:-415.263,0,-138.518 0/1:140:43,97:43:1711:97:3825:-302.131,0,-112.07 dDocent_Contig_11213 11 . T C 720.416 . AB=0.112732;ABP=985.23;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=754;DPB=754;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=1410.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.741176;PAIREDR=0.813272;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3297;QR=25826;RO=648;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=1410.12;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=648;SRP=1410.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:439:369,54:369:14720:54:2089:-60.4666,0,-1195.94 0/1:315:279,31:279:11106:31:1208:-15.2741,0,-905.066 dDocent_Contig_11215 8 . T C 1455.85 . AB=0.339181;ABP=41.4238;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2224;QR=4331;RO=113;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=248.387;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:41,30:41:1577:30:1135:-81.0728,0,-120.824 0/1:100:72,28:72:2754:28:1089:-68.2108,0,-217.941 dDocent_Contig_11216 123 . A C 1593.49 . AB=0.219355;ABP=321.124;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=791.255;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997245;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3361;QR=10585;RO=363;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=791.255;RPR=102;RUN=1;SAF=0;SAP=224.5;SAR=102;SRF=0;SRP=791.255;SRR=363;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:213:166,47:166:4804:47:1526:-73.4912,0,-368.441 0/1:252:197,55:197:5781:55:1835:-89.5569,0,-444.621 dDocent_Contig_11217 23 . G T 1326.96 . 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AB=0.226562;ABP=86.137;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=8.53333;EPP=65.983;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.8966;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1084;QR=4535;RO=114;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=250.558;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:99,29:99:3964:29:1084:-59.3005,0,-318.222 0/0:15:15,0:15:571:0:0:0,-4.51545,-51.7109 dDocent_Contig_11219 14 . G A 117.111 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.932432;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=2939;RO=74;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=163.699;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:40,7:40:1599:7:284:-11.7856,0,-129.99 0/1:38:34,4:34:1340:4:163:-3.61929,0,-109.426 dDocent_Contig_11220 19 . T A 55.7712 . AB=0.0769231;ABP=43.4331;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X1M1X3M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=17;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=1319;RO=34;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=76.8404;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:18,2,4,2:18:702:2,4,2:78,154,79:-7.27428,-10.2944,-67.3963,0,-55.3577,-56.5865,-6.17182,-61.4973,-51.2876,-63.3299 0|0:21:16,4,0,1:16:617:4,0,1:159,0,41:0,-0.100501,-49.539,-4.81648,-50.7431,-55.6095,-1.38446,-47.3576,-52.2222,-51.9212 dDocent_Contig_11221 45 . G A 56078.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1642;CIGAR=1X;DP=1718;DPB=1718;DPRA=0;EPP=3559.89;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997564;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65382;QR=3005;RO=75;RPL=1;RPP=3559.89;RPPR=165.871;RPR=1641;RUN=1;SAF=1642;SAP=3568.57;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:866:38,828:38:1519:828:32968:-2827.18,-123.738,0 1/1:852:37,814:37:1486:814:32414:-2780.34,-122.495,0 dDocent_Contig_11222 29 . T C 75.8342 . AB=0.0940367;ABP=627.139;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=889;DPB=889;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=1766.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998768;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2983;QR=32061;RO=812;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=1766.25;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=812;SRP=1766.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:453:418,35:418:16472:35:1423:0,-8.05042,-1352.91 0/1:436:394,41:394:15589:41:1560:-9.58342,0,-1270.81 dDocent_Contig_11223 36 . A C 2201.51 . AB=0.758242;ABP=55.7222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2786;QR=891;RO=22;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=50.7827;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:14,16:14:565:16:650:-49.8018,0,-42.162 0/1:61:8,53:8:326:53:2136:-174.049,0,-11.347 dDocent_Contig_11224 44 . T C 857.155 . AB=0.199074;ABP=172.908;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.883721;PAIREDR=0.763006;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1709;QR=6677;RO=173;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=378.675;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:57,17:57:2228:17:678:-39.0747,0,-178.443 0/1:142:116,26:116:4449:26:1031:-50.3398,0,-357.682 dDocent_Contig_11225 24 . G C 42257.2 . AB=0.889752;ABP=852.73;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1269;CIGAR=1X;DP=1376;DPB=1376;DPRA=0;EPP=2758.61;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50168;QR=3817;RO=96;RPL=0;RPP=2758.61;RPPR=211.472;RPR=1269;RUN=1;SAF=1269;SAP=2758.61;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:644:71,573:71:2824:573:22716:-1848.73,0,-60.3958 1/1:732:25,696:25:993:696:27452:-2378.69,-127.78,0 dDocent_Contig_11226 34 . C T 35.1708 . 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AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=1.04545;EPP=13.8677;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=169;QR=1298;RO=40;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=89.8692;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:716:0:0:0,-6.62266,-64.7443 0/1:23:18,5:18:582:5:169:-8.61941,0,-45.7636 dDocent_Contig_11229 48 . T A 287.439 . AB=0.333333;ABP=11.6962;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.708333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=948;RO=24;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=55.1256;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:9,10:9:363:10:390:-29.7358,0,-27.314 0/1:17:15,2:15:585:2:82:-2.66217,0,-47.8687 dDocent_Contig_11230 6 . C G 214.31 . AB=0.28125;ABP=16.3106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=99.2232;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5962;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.557692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=2018;RO=52;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=115.927;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=50;SRP=99.2232;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:23,9:23:890:9:360:-23.13,0,-70.7797 0/0:31:29,2:29:1128:2:81:0,-1.6462,-94.0453 dDocent_Contig_11231 122 . G A 278.328 . AB=0.19;ABP=86.4817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=1.47059;EPP=44.2683;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959732;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=659;QR=5076;RO=149;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=326.56;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=326.56;SRR=149;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:81,19:81:2747:19:659:-29.5318,0,-217.375 0/0:68:68,0:68:2329:0:0:0,-20.47,-209.875 dDocent_Contig_11232 65 . A G 40.5359 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0.379747;EPP=11.6962;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.819048;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=4169;RO=105;RPL=3;RPP=5.18177;RPPR=5.51266;RPR=1;RUN=1;SAF=3;SAP=5.18177;SAR=1;SRF=47;SRP=5.51266;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1001:4:160:-5.75253,0,-81.3414 0/0:79:79,0:79:3168:0:0:0,-23.7814,-285.194 dDocent_Contig_11234 27 . G A 418.927 . AB=0.143498;ABP=249.185;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1245;QR=7488;RO=191;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=417.762;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:63,14:63:2487:14:560:-27.564,0,-200.802 0/1:146:128,18:128:5001:18:685:-18.0277,0,-406.048 dDocent_Contig_11235 91 . T C 50.6578 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0.833333;EPP=9.52472;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.766667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1141;RO=30;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=4.16842;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=13;SRP=4.16842;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:457:3:121:-6.76475,0,-36.9581 0/0:18:18,0:18:684:0:0:0,-5.41854,-61.8848 dDocent_Contig_11236 20 . T A 5731.69 . AB=0.313808;ABP=218.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=225;CIGAR=1X2M1X;DP=717;DPB=717;DPRA=0;EPP=491.592;EPPR=1064.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997955;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8802;QR=19494;RO=489;RPL=0;RPP=491.592;RPPR=1064.86;RPR=225;RUN=1;SAF=225;SAP=491.592;SAR=0;SRF=489;SRP=1064.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:352:288,64:288:11494:64:2491:-118.396,0,-927.734 0|1:365:201,161:201:8000:161:6311:-458.472,0,-610.265 dDocent_Contig_11238 68 . T G 2009.14 . AB=0.187384;ABP=460.546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=3M1X7M;DP=539;DPB=532.818;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=865.085;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3943;QR=15176;RO=397;RPL=101;RPP=222.329;RPPR=865.085;RPR=0;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=397;SRP=865.085;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:328:237,0,69:237:9046:0,69:0,2724:-152.793,-224.137,-966.287,0,-742.172,-721.401 0|1:211:160,14,32:160:6130:14,32:488,1219:-51.8198,-60.3095,-559.186,0,-463.434,-493.481 dDocent_Contig_11239 19 . C A 639.843 . 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AB=0.853736;ABP=686.644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=537;CIGAR=1X;DP=629;DPB=629;DPRA=0;EPP=1169.09;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20665;QR=3272;RO=91;RPL=0;RPP=1169.09;RPPR=200.614;RPR=537;RUN=1;SAF=0;SAP=1169.09;SAR=537;SRF=0;SRP=200.614;SRR=91;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:274:45,229:45:1641:229:8837:-712.403,0,-65.4648 0/1:355:46,308:46:1631:308:11828:-957.113,0,-40.3339 dDocent_Contig_11241 29 . T A 1367.72 . AB=0.177616;ABP=374.036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=411;DPB=411;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=736.968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2930;QR=13455;RO=338;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=736.968;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=338;SRP=736.968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:187:141,46:141:5618:46:1851:-110.503,0,-449.137 0/1:224:197,27:197:7837:27:1079:-29.9684,0,-637.483 dDocent_Contig_11242 23 . C A 518.172 . AB=0.177215;ABP=145.998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=695.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984326;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1284;QR=12783;RO=319;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=695.71;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=319;SRP=695.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:130,28:130:5201:28:1120:-53.5161,0,-420.365 0/0:193:189,4:189:7582:4:164:0,-42.9489,-666.811 dDocent_Contig_11243 16 . T C 2359.96 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1345;CIGAR=1X;DP=1406;DPB=1406;DPRA=0;EPP=2923.64;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=56.252;MQMR=58.5143;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897398;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51500;QR=1350;RO=35;RPL=0;RPP=2923.64;RPPR=79.0118;RPR=1345;RUN=1;SAF=1345;SAP=2923.64;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:721:17,693:17:653:693:26455:-2273.45,-155.003,0 1/1:685:18,652:18:697:652:25045:-2082.89,-140.124,0 dDocent_Contig_11247 83 . T C 806.829 . 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AB=0.833992;ABP=248.146;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=211;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=461.191;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8408;QR=1691;RO=42;RPL=0;RPP=461.191;RPPR=94.2121;RPR=211;RUN=1;SAF=211;SAP=461.191;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:130:11,119:11:447:119:4742:-387.542,0,-1.4516 0/1:123:31,92:31:1244:92:3666:-292.936,0,-75.2014 dDocent_Contig_11250 98 . N T 110.808 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:58:-5.36484,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41422,-0.60206,0 dDocent_Contig_11251 52 . T C 728.883 . AB=0.264957;ABP=59.1531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.3953;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.483871;PAIREDR=0.744186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1235;QR=3411;RO=86;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:47,26:47:1840:26:1042:-72.0962,0,-140.663 0/1:44:39,5:39:1571:5:193:-4.49037,0,-123.668 dDocent_Contig_11252 58 . G T 224.343 . AB=0.571429;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.56;EPP=20.3821;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=1210;RO=31;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:6,8:6:240:8:311:-24.1333,0,-17.761 0/0:25:25,0:25:970:0:0:0,-7.52575,-87.598 dDocent_Contig_11253 41 . G C 25313.1 . AB=0.469069;ABP=18.4582;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=872;CIGAR=1X;DP=1859;DPB=1859;DPRA=0;EPP=1896.53;EPPR=2144.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34414;QR=38446;RO=986;RPL=0;RPP=1896.53;RPPR=2144.08;RPR=872;RUN=1;SAF=872;SAP=1896.53;SAR=0;SRF=986;SRP=2144.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:941:420,521:420:16373:521:20512:-1561.25,0,-1189.18 0/1:918:566,351:566:22073:351:13902:-973.765,0,-1708.43 dDocent_Contig_11254 8 . T C 4551.01 . AB=0.0596491;ABP=483.028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1X1M1X1M1X3M;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=42.5294;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=2607;RO=66;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=146.327;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:144:36,15,80,8:36:1415:15,80,8:591,3108,297:-240.618,-206.207,-318.079,0,-71.1531,-92.3171,-228.213,-299.352,-93.1589,-342.192 0|1:141:30,26,72,9:30:1192:26,72,9:1006,2810,352:-218.182,-148.946,-239.26,0,-19.887,-76.4743,-199.801,-219.676,-70.7376,-295.233 dDocent_Contig_11256 8 . T C 150.513 . AB=0.093617;ABP=1014.3;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=1256;DPB=1256;DPRA=1.27949;EPP=146.327;EPPR=2526.62;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.8739;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2542;QR=45697;RO=1190;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=2587.06;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=1183;SRP=2526.62;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:705:639,66:639:24465:66:2542:-16.7503,0,-1949.22 0/0:551:551,0:551:21232:0:0:0,-165.868,-1858.67 dDocent_Contig_11257 10 . T A 295.358 . 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AB=0.365854;ABP=41.4613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3551;QR=6204;RO=156;RPL=90;RPP=198.443;RPPR=341.76;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=198.443;SAR=90;SRF=0;SRP=341.76;SRR=156;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:66,67:66:2612:67:2643:-197.959,0,-195.179 0/1:113:90,23:90:3592:23:908:-48.011,0,-289.296 dDocent_Contig_11259 24 . A G 132.527 . AB=0.15;ABP=45.5712;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=2M1X2M1X6M;DP=69;DPB=67.8333;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=53;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=226;QR=1491;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:17,0,3,8,0,0:17:665:0,3,8,0,0:0,102,94,0,0:-3.09076,-8.20827,-63.0087,0,-54.8493,-53.9462,-4.37148,-59.0766,-50.9291,-56.6684,-8.20827,-63.0087,-54.8493,-59.0766,-63.0087,-8.20827,-63.0087,-54.8493,-59.0766,-63.0087,-63.0087 0|0:40:21,2,2,2,6,6:21:826:2,2,2,6,6:51,79,29,226,244:-13.8393,-16.7195,-84.0892,-13.6801,-78.2165,-81.0608,-18.6977,-83.2168,-80.1879,-86.0604,-1.68272,-66.2325,-63.2024,-68.2047,-67.8718,0,-64.5582,-61.5281,-66.5304,-49.5419,-66.1978 dDocent_Contig_11260 26 . T A 98.3128 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=2.69231;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8333;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.97619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1666;RO=42;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,6:29:1162:6:241:-11.5303,0,-94.3241 0/0:13:13,0:13:504:0:0:0,-3.91339,-45.7001 dDocent_Contig_11261 158 . T A 1225.64 . AB=0.258333;ABP=63.8839;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X1M1X3M;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.387097;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=989;QR=1639;RO=50;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:15,0,18:15:493:0,18:0,569:-41.5784,-46.0938,-85.9412,0,-40.1703,-34.7517 0|1:87:35,37,13:35:1146:37,13:1182,420:-84.6848,0,-81.4506,-61.3422,-58.712,-150.011 dDocent_Contig_11262 75 . G A 3761.09 . AB=0.89172;ABP=212.26;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4718;QR=584;RO=17;RPL=140;RPP=307.016;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:10,75:10:346:75:2513:-200.838,0,-5.88685 0/1:72:7,65:7:238:65:2205:-177.046,0,-0.0780704 dDocent_Contig_11263 26 . G A 3889.23 . AB=0.371648;ABP=40.358;AC=4;AF=1;AN=4;AO=97;CIGAR=1X4M;DP=261;DPB=261;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3876;QR=1961;RO=50;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=111.584;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:133:24,8,34,16,51:24:938:8,34,16,51:315,1345,622,2028:-193.302,-174.613,-249.319,-89.8507,-141.051,-156.73,-149.424,-200.625,-115.863,-221.722,-33.5629,-84.7635,0,-59.5753,-95.3254 1|1:128:26,8,42,6,46:26:1023:8,42,6,46:319,1687,244,1848:-199.32,-180.875,-262.613,-68.1374,-126.012,-139.64,-187.02,-244.895,-132.156,-269.36,-54.8661,-112.74,0,-118.885,-125.164 dDocent_Contig_11264 47 . G A 226.302 . AB=0.0972477;ABP=770.879;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=545;DPB=545;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=1071.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2109;QR=19405;RO=492;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=1071.37;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=492;SRP=1071.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:280:254,26:254:10019:26:1047:-10.2335,0,-816.805 0/1:265:238,27:238:9386:27:1062:-16.0957,0,-764.422 dDocent_Contig_11266 134 . G A 305.813 . AB=0.326531;ABP=15.8176;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=1.44118;EPP=37.7539;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=2339;RO=66;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=146.327;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=146.327;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1213:0:0:0,-10.235,-109.477 0/1:49:32,16:32:1126:16:523:-32.5813,0,-86.8482 dDocent_Contig_11267 98 . N T 97.967 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11268 23 . A C 459.006 . AB=0.375;ABP=9.52472;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=699;QR=1012;RO=26;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=59.4686;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:13,2,8:13:493:2,8:74,305:-21.1088,-18.9713,-58.7847,0,-34.3728,-38.0164 0|1:25:13,2,10:13:519:2,10:81,394:-28.4908,-25.7232,-67.8696,0,-36.0606,-39.7303 dDocent_Contig_11269 14 . C T 613.771 . AB=0.40678;ABP=7.46366;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.558824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=912;QR=1376;RO=34;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=76.8404;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:16,14:16:651:14:544:-40.0421,0,-49.6607 0/1:28:18,10:18:725:10:368:-25.034,0,-57.1446 dDocent_Contig_11270 10 . T A 3699.13 . AB=0.216285;ABP=552.553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=170;CIGAR=1X;DP=786;DPB=786;DPRA=0;EPP=372.161;EPPR=1340.64;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6779;QR=24657;RO=616;RPL=0;RPP=372.161;RPPR=1340.64;RPR=170;RUN=1;SAF=170;SAP=372.161;SAR=0;SRF=616;SRP=1340.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:469:364,105:364:14539:105:4207:-237.412,0,-1166.22 0/1:317:252,65:252:10118:65:2572:-136.199,0,-814.525 dDocent_Contig_11271 107 . N C 52.2535 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22427,-0.60206,0 dDocent_Contig_11272 41 . T C 22139.7 . AB=0.822619;ABP=762.416;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=691;CIGAR=1X;DP=840;DPB=840;DPRA=0;EPP=1503.5;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27473;QR=5989;RO=149;RPL=0;RPP=1503.5;RPPR=326.56;RPR=691;RUN=1;SAF=691;SAP=1503.5;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:457:115,342:115:4615:342:13622:-1087.41,0,-277.682 0/1:383:34,349:34:1374:349:13851:-1130.27,0,-8.61794 dDocent_Contig_11273 60 . G T 392.779 . AB=0.183206;ABP=117.203;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.416667;PAIREDR=0.485981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=908;QR=4068;RO=107;RPL=9;RPP=6.26751;RPPR=6.44001;RPR=15;RUN=1;SAF=9;SAP=6.26751;SAR=15;SRF=60;SRP=6.44001;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:45,15:45:1765:15:567:-33.3059,0,-141.017 0/1:71:62,9:62:2303:9:341:-9.67104,0,-186.103 dDocent_Contig_11276 36 . T C 3478.88 . AB=0.537383;ABP=5.60795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=244.119;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930435;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4619;QR=3972;RO=99;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=217.986;RPR=115;RUN=1;SAF=114;SAP=244.119;SAR=1;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:40,52:40:1609:52:2062:-158.063,0,-117.346 0/1:122:59,63:59:2363:63:2557:-193.525,0,-176.098 dDocent_Contig_11277 97 . T A 854.337 . AB=0.13835;ABP=939.105;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=824;DPB=824;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=1542.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99859;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3738;QR=24807;RO=709;RPL=114;RPP=250.558;RPPR=1542.58;RPR=0;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=709;SRP=1542.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:410:351,59:351:12309:59:1954:-52.7037,0,-984.251 0/1:414:358,55:358:12498:55:1784:-36.429,0,-1000.28 dDocent_Contig_11278 10 . T C 61370.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1804;CIGAR=1X;DP=1914;DPB=1914;DPRA=0;EPP=3920.35;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72605;QR=4337;RO=109;RPL=0;RPP=3920.35;RPPR=239.701;RPR=1804;RUN=1;SAF=1804;SAP=3920.35;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:934:49,885:49:1943:885:35523:-3018.59,-106.091,0 1/1:980:60,919:60:2394:919:37082:-3118.13,-79.512,0 dDocent_Contig_11279 53 . T A 10664.5 . AB=0.392377;ABP=47.8809;AC=4;AF=1;AN=4;AO=175;CIGAR=2X1M1X;DP=446;DPB=446;DPRA=0;EPP=383.018;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6840;QR=1829;RO=48;RPL=175;RPP=383.018;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=175;SAP=383.018;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:255:21,113,108:21:806:113,108:4382,4202:-632.822,-279.154,-311.29,-293.852,0,-327.494 1|1:191:27,97,67:27:1023:97,67:3798,2638:-437.322,-133.165,-187.826,-228.434,0,-292.128 dDocent_Contig_11280 19 . A T 1014.88 . AB=0.341772;ABP=20.1897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X4M;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.0740741;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1079;QR=995;RO=25;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=57.2971;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:10,1,0,2,20:10:398:1,0,2,20:40,0,80,798:-62.7025,-62.4177,-94.8875,-65.7128,-95.1885,-98.4836,-59.1228,-88.5984,-91.8936,-91.2915,0,-29.4744,-32.7696,-26.1793,-26.749 0|1:46:15,4,17,1,7:15:597:4,17,1,7:157,674,39,281:-42.4847,-34.0835,-82.0511,0,-36.2507,-44.0452,-43.7933,-80.0489,-45.9569,-92.6618,-23.8353,-60.096,-26.0067,-69.8043,-70.9036 dDocent_Contig_11282 12 . A C 1264.14 . AB=0.358779;ABP=25.703;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X2M1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.978723;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1868;QR=3154;RO=80;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=176.728;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:44,4,24:44:1725:4,24:156,953:-65.2137,-65.638,-206.272,0,-129.021,-134.618 0|1:59:36,0,23:36:1429:0,23:0,915:-64.8991,-75.7361,-193.374,0,-118.035,-111.111 dDocent_Contig_11283 108 . A T 940.949 . AB=0.575;ABP=4.96463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=2X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40.5217;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=662;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:10:0,5,5:0:0:5,5:127,158:-22.7629,-13.0272,-11.5221,-10.0189,0,-8.51373 1|0:30:0,18,12:0:0:18,12:535,404:-75.031,-33.073,-27.6545,-42.277,0,-38.6646 dDocent_Contig_11284 16 . G C 923.979 . AB=0.477612;ABP=3.30199;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0.77907;EPP=72.4974;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1270;QR=4852;RO=121;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=265.758;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:86:86,0:86:3443:0:0:0,-25.8886,-309.905 0/1:67:35,32:35:1409:32:1270:-94.3979,0,-106.893 dDocent_Contig_11285 32 . A G 2600.86 . AB=0.391837;ABP=27.9069;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3857;QR=8653;RO=220;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=480.734;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:75:71,4:71:2768:4:126:0,-10.9323,-237.601 0/1:245:149,96:149:5885:96:3731:-262.086,0,-455.718 dDocent_Contig_11286 107 . N A 72.7938 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:78:-7.27884,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11287 72 . T G 1827.36 . AB=0.472973;ABP=3.94932;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2562;QR=2864;RO=76;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:36,40:36:1372:40:1452:-107.685,0,-100.493 0/1:71:40,30:40:1492:30:1110:-78.7499,0,-113.106 dDocent_Contig_11289 36 . T A 6052.65 . AB=0.264454;ABP=453.114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=247;CIGAR=1X;DP=934;DPB=934;DPRA=0;EPP=539.364;EPPR=1494.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995951;PAIREDR=0.997089;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9893;QR=27298;RO=687;RPL=0;RPP=539.364;RPPR=1494.81;RPR=247;RUN=1;SAF=247;SAP=539.364;SAR=0;SRF=687;SRP=1494.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:532:424,108:424:16854:108:4318:-228.423,0,-1355.42 0/1:402:263,139:263:10444:139:5575:-380.54,0,-818.281 dDocent_Contig_11291 95 . G A 9367.86 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=326;CIGAR=1X;DP=344;DPB=344;DPRA=0;EPP=710.91;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996933;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10954;QR=545;RO=16;RPL=326;RPP=710.91;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=326;SAP=710.91;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:121:7,114:7:241:114:3823:-322.26,-14.3982,0 1/1:223:9,212:9:304:212:7131:-614.225,-39.1341,0 dDocent_Contig_11293 33 . T G 234.461 . AB=0.181818;ABP=80.3937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=3.86001;EPPR=8.2017;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.1304;MQMR=59.8411;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.434783;PAIREDR=0.456954;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=828;QR=5600;RO=151;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=330.903;RPR=23;RUN=1;SAF=10;SAP=3.86001;SAR=13;SRF=85;SRP=8.2017;SRR=66;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:86:79,7:79:2964:7:254:0,-2.70735,-243.746 0/1:88:72,16:72:2636:16:574:-25.4461,0,-210.932 dDocent_Contig_11294 11 . A G 273.345 . AB=0.124378;ABP=249.337;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=716.955;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4538;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.939314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1074;QR=15138;RO=379;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=825.998;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=366;SRP=716.955;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:205:203,2:203:8169:2:79:0,-54.2139,-727.219 0/1:201:176,25:176:6969:25:995:-29.3345,0,-566.023 dDocent_Contig_11296 28 . A G 65.0166 . AB=0.122807;ABP=73.4498;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0.95;EPP=18.2106;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=4341;RO=110;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=241.872;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:60,0:60:2361:0:0:0,-18.0618,-212.655 0/1:57:50,7:50:1980:7:281:-8.50166,0,-161.237 dDocent_Contig_11297 43 . C A 11390.1 . AB=0.883663;ABP=519.541;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=357;CIGAR=1X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=778.226;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9664;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.963585;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14055;QR=1791;RO=47;RPL=0;RPP=778.226;RPPR=105.07;RPR=357;RUN=1;SAF=357;SAP=778.226;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:225:29,196:29:1077:196:7703:-625.172,0,-29.4721 0/1:179:18,161:18:714:161:6352:-517.537,0,-10.7 dDocent_Contig_11298 19 . C T 77.0412 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.55556;EPP=13.8677;EPPR=75.5163;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.8537;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.609756;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1635;RO=41;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=92.0407;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=39;SRP=75.5163;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:23,5:23:908:5:194:-9.40309,0,-70.1575 0/0:18:18,0:18:727:0:0:0,-5.41854,-65.7554 dDocent_Contig_11299 21 . T C 9383.29 . AB=0.26592;ABP=683.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=380;CIGAR=1X;DP=1429;DPB=1429;DPRA=0;EPP=828.17;EPPR=2280.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15256;QR=41810;RO=1049;RPL=0;RPP=828.17;RPPR=2280.88;RPR=380;RUN=1;SAF=380;SAP=828.17;SAR=0;SRF=1049;SRP=2280.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:665:456,209:456:18158:209:8433:-558.259,0,-1432.55 0/1:764:593,171:593:23652:171:6823:-383.769,0,-1896.64 dDocent_Contig_11300 39 . T G 2568.24 . AB=0.458763;ABP=5.87575;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3539;QR=4241;RO=105;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=231.015;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:61,37:61:2472:37:1452:-101.417,0,-193.108 0/1:96:44,52:44:1769:52:2087:-159.106,0,-130.524 dDocent_Contig_11302 32 . C T 382.585 . AB=0.391304;ABP=5.3706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M1X3M;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=1018;RO=26;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=59.4686;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:10,9,0,3:10:393:9,0,3:360,0,120:-26.645,0,-29.6108,-29.6553,-32.3201,-61.9773,-19.7707,-22.434,-52.0922,-51.1891 0|0:26:16,0,4,6:16:625:0,4,6:0,161,244:-15.3125,-20.129,-71.4993,-6.86128,-58.2289,-57.0247,0,-51.3697,-38.098,-49.5635 dDocent_Contig_11304 83 . G A 78.647 . AB=0.123894;ABP=141.85;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=229;DPB=229;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.55;PAIREDR=0.990431;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=7475;RO=209;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=456.848;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:116:110,6:110:3943:6:206:0,-16.0511,-336.139 0/1:113:99,14:99:3532:14:484:-9.8647,0,-284.021 dDocent_Contig_11305 98 . N T 93.3091 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=4X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33037,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11306 54 . T C 2741.41 . AB=0.173481;ABP=841.081;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=1737;DPB=1737;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=3390.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6642;QR=53426;RO=1560;RPL=172;RPP=376.504;RPPR=3390.51;RPR=0;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=1560;SRP=3390.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:905:747,157:747:25644:157:6092:-275.84,0,-2034.95 0/0:832:813,15:813:27782:15:550:0,-199.608,-2449.72 dDocent_Contig_11307 34 . C T 48.6657 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0.46087;EPP=16.0391;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.987654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=6450;RO=162;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=354.789;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1836:6:246:-6.56553,0,-149.488 0/0:115:115,0:115:4614:0:0:0,-34.6184,-415.165 dDocent_Contig_11308 155 . C T 266.069 . AB=0.222222;ABP=45.2334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=4.5;EPP=33.4109;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=2444;RO=63;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=139.813;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=139.813;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:14,0:14:562:0:0:0,-4.21442,-50.9232 0/1:63:49,14:49:1882:14:525:-28.6069,0,-150.609 dDocent_Contig_11309 72 . A T 84.0843 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=2;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1831;RO=48;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=9.52472;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=30;SRP=9.52472;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:688:0:0:0,-5.41854,-62.2459 0/1:36:30,6:30:1143:6:232:-10.4084,0,-92.3242 dDocent_Contig_11310 1 . N G 672.844 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=28.8889;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=898;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=0;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:373:-27.5635,-3.31133,0 1/1:16:0,16:0:0:16:525:-39.4199,-4.81648,0 dDocent_Contig_11311 19 . T A 7595.48 . AB=0.270339;ABP=543.604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=1180;DPB=1180;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=1866.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12427;QR=34089;RO=858;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=1866.13;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=858;SRP=1866.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:677:530,145:530:21067:145:5717:-310.929,0,-1690.83 0/1:503:328,174:328:13022:174:6710:-452.318,0,-1019.67 dDocent_Contig_11312 21 . G C 603.802 . AB=0.150794;ABP=269.929;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1542;QR=8488;RO=214;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=467.705;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:121,11:121:4770:11:451:-1.20971,0,-389.457 0/1:120:93,27:93:3718:27:1091:-62.3463,0,-298.507 dDocent_Contig_11313 62 . G C 1487.59 . AB=0.6125;ABP=11.8048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1955;QR=1250;RO=31;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:16,33:16:649:33:1332:-105.39,0,-43.9929 0/1:31:15,16:15:601:16:623:-47.068,0,-45.0933 dDocent_Contig_11314 12 . G A 21357.8 . AB=0.439521;ABP=56.067;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=734;CIGAR=1X;DP=1670;DPB=1670;DPRA=0;EPP=1596.87;EPPR=2035.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998932;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29383;QR=37400;RO=936;RPL=0;RPP=1596.87;RPPR=2035.51;RPR=734;RUN=1;SAF=734;SAP=1596.87;SAR=0;SRF=936;SRP=2035.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:867:533,334:533:21265:334:13402:-944.18,0,-1651.03 0/1:803:403,400:403:16135:400:15981:-1195.3,0,-1209.12 dDocent_Contig_11315 30 . T C 4093.32 . AB=0.545833;ABP=7.38944;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X6M;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=56.8661;EPPR=124.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.0152672;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5234;QR=2373;RO=60;RPL=74;RPP=7.8008;RPPR=116.506;RPR=57;RUN=1;SAF=94;SAP=56.8661;SAR=37;SRF=59;SRP=124.758;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:130:37,8,15,70:37:1464:8,15,70:315,602,2792:-218.782,-204.8,-322.874,-180.316,-275.679,-296.283,0,-95.3649,-70.8786,-99.4119 0|1:110:23,12,8,61:23:909:12,8,61:466,309,2442:-194.249,-162.888,-234.077,-175.798,-212.314,-248.191,0,-36.519,-49.4291,-56.4414 dDocent_Contig_11317 34 . A G 113.147 . AB=0.125;ABP=110.498;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=6206;RO=156;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=341.76;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:77,11:77:3074:11:435:-13.0136,0,-250.255 0/0:85:79,6:79:3132:6:232:0,-4.34312,-260.71 dDocent_Contig_11318 75 . G A 1029.51 . AB=0.511628;ABP=3.1113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1466;QR=1040;RO=42;RPL=43;RPP=90.0666;RPPR=94.2121;RPR=1;RUN=1;SAF=43;SAP=90.0666;SAR=1;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:30,30:30:758:30:1011:-73.2185,0,-50.401 0/1:26:12,14:12:282:14:455:-33.4311,0,-17.7854 dDocent_Contig_11319 98 . N T 105.484 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_11320 51 . A C 125.936 . AB=0.136986;ABP=86.5674;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=4550;RO=115;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:63,10:63:2497:10:399:-14.2926,0,-202.901 0/0:55:52,3:52:2053:3:118:0,-5.55414,-173.954 dDocent_Contig_11321 7 . A T 426.838 . AB=0.143382;ABP=303.472;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.8974;MQMR=59.8884;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.179487;PAIREDR=0.532189;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1496;QR=8861;RO=233;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=508.963;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=233;SRP=508.963;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:104,16:104:3953:16:613:-17.3095,0,-319.43 0/1:152:129,23:129:4908:23:883:-29.0732,0,-395.996 dDocent_Contig_11322 108 . C T 441.399 . AB=0.256757;ABP=41.0404;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.578947;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=771;QR=2219;RO=55;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=122.441;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:25,9:25:1003:9:365:-22.9795,0,-80.3292 0/1:40:30,10:30:1216:10:406:-24.8594,0,-97.67 dDocent_Contig_11323 31 . A T 125.618 . 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AB=0.16;ABP=53.2147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=1659;RO=42;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:873:5:204:-10.6162,0,-70.7476 0/1:23:20,3:20:786:3:122:-4.4488,0,-64.1307 dDocent_Contig_11329 27 . T C 11639.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=344;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=749.997;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13663;QR=719;RO=20;RPL=0;RPP=749.997;RPPR=46.4397;RPR=344;RUN=1;SAF=344;SAP=749.997;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:217:13,204:13:466:204:8077:-684.221,-23.0524,0 1/1:148:7,140:7:253:140:5586:-479.439,-21.5026,0 dDocent_Contig_11330 140 . A T 393.11 . AB=0.4;ABP=6.48466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8125;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=961;RO=24;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=55.1256;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:8,7:8:321:7:251:-18.4083,0,-24.7425 0/1:25:16,9:16:640:9:353:-24.6017,0,-50.4077 dDocent_Contig_11331 129 . T A 608.157 . 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AB=0.293103;ABP=46.1402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1350;QR=3258;RO=82;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=181.071;SRR=82;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:45,25:45:1800:25:1000:-69.2259,0,-141.14 0/1:46:37,9:37:1458:9:350:-18.0085,0,-117.624 dDocent_Contig_11333 25 . A G 168.504 . AB=0.0388693;ABP=525.706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X4M;DP=536;DPB=536;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=997.545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.796943;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1130;QR=18196;RO=458;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=997.545;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=458;SRP=997.545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:283:238,28,11:238:9458:28,11:1097,442:-18.5494,0,-770.225,-53.7698,-742.231,-829.12 0|0:253:220,16,17:220:8738:16,17:630,688:0,-14.4057,-728.924,-9.4947,-677.014,-723.722 dDocent_Contig_11334 27 . G A 556.152 . 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AB=0.114833;ABP=272.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=418;DPB=418;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=830.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.963636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1291;QR=15172;RO=385;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=830.364;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=385;SRP=839.027;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:209:185,24:185:7310:24:943:-22.253,0,-594.671 0/0:209:200,9:200:7862:9:348:0,-31.2396,-675.561 dDocent_Contig_11339 127 . C A 158.795 . 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AB=0.651163;ABP=28.6135;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=84;CIGAR=2X;DP=140;DPB=140;DPRA=11.7273;EPP=185.414;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3366;QR=2219;RO=56;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=124.613;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:11:11,0:11:439:0:0:0,-3.31133,-39.8654 0|1:129:45,84:45:1780:84:3366:-264.163,0,-121.586 dDocent_Contig_11347 7 . A C 61.9764 . 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AB=0.435294;ABP=6.10145;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918919;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1468;QR=1905;RO=48;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=107.241;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:18,16:18:719:16:640:-47.697,0,-54.7996 0/1:51:30,21:30:1186:21:828:-59.4786,0,-91.6625 dDocent_Contig_11349 31 . A C 312.256 . AB=0.363636;ABP=8.34028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=490;QR=833;RO=21;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=48.6112;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:10,8:10:403:8:327:-24.3816,0,-31.2121 0/1:15:11,4:11:430:4:163:-10.543,0,-34.5339 dDocent_Contig_11350 88 . G A 12059.9 . AB=0.616361;ABP=86.393;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=437;CIGAR=1X;DP=709;DPB=709;DPRA=0;EPP=951.944;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997712;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15813;QR=9749;RO=272;RPL=437;RPP=951.944;RPPR=593.651;RPR=0;RUN=1;SAF=437;SAP=951.944;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:345:122,223:122:4350:223:8098:-624.93,0,-287.796 0/1:364:150,214:150:5399:214:7715:-584.762,0,-376.437 dDocent_Contig_11351 33 . A T 482.342 . AB=0.105714;ABP=475.622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=5M1X3M;DP=350;DPB=306.333;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.513514;PAIREDR=0.429134;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1497;QR=10025;RO=254;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=554.564;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=254;SRP=554.564;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:138:100,26,10:100:3912:26,10:964,403:-7.99524,0,-313.817,-4.82841,-288.427,-323.592 0|1:212:154,30,27:154:6113:30,27:1148,1094:-43.938,-43.2906,-537.49,0,-456.312,-495.261 dDocent_Contig_11352 7 . A G 885.382 . AB=0.30719;ABP=52.4148;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1523;QR=3903;RO=103;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=226.672;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:74,15:74:2809:15:470:-15.6645,0,-226.085 0/1:62:29,32:29:1094:32:1053:-76.5726,0,-80.2829 dDocent_Contig_11353 10 . G A 1404.97 . AB=0.379808;ABP=29.1097;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=2X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=30.2532;MQMR=52.2756;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.393701;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3152;QR=4957;RO=127;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=278.787;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:76:52,24:52:2045:24:964:-40.6338,0,-142.994 0|1:132:75,55:75:2912:55:2188:-103.563,0,-197.194 dDocent_Contig_11354 108 . T A 80.5121 . AB=0.444444;ABP=3.25157;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=1.5;EPP=11.6962;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=367;RO=11;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=26.8965;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=26.8965;SRR=11;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:206:0:0:0,-1.80618,-18.8768 0/1:9:5,4:5:161:4:138:-10.0512,0,-12.0984 dDocent_Contig_11355 13 . C T 106.101 . AB=0.145455;ABP=63.0614;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0.859375;EPP=20.3821;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=4383;RO=111;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=244.044;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:64,0:64:2540:0:0:0,-19.2659,-228.742 0/1:55:47,8:47:1843:8:320:-12.6101,0,-149.534 dDocent_Contig_11356 23 . T C 1991.12 . AB=0.515873;ABP=3.28604;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X1M;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.215385;PAIREDR=0.775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2607;QR=1593;RO=40;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=89.8692;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:22,8,20:22:876:8,20:285,800:-59.3055,-42.7138,-112.435,0,-48.9457,-66.1408 0|1:76:18,13,45:18:717:13,45:471,1807:-143.505,-110.483,-165.609,0,-20.6269,-45.5148 dDocent_Contig_11357 70 . T C 5647.64 . AB=0.594427;ABP=28.0259;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=192;CIGAR=1X;DP=323;DPB=323;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7395;QR=5061;RO=131;RPL=192;RPP=419.933;RPPR=287.473;RPR=0;RUN=1;SAF=192;SAP=419.933;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:190:68,122:68:2643:122:4656:-361.834,0,-180.84 0/1:133:63,70:63:2418:70:2739:-206.629,0,-177.769 dDocent_Contig_11358 9 . A T 580.828 . AB=0.284091;ABP=38.6422;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=973;QR=2388;RO=63;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=139.813;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1396:5:195:-5.28094,0,-113.279 0/1:46:26,20:26:992:20:778:-56.5007,0,-75.7451 dDocent_Contig_11359 33 . G T 2233.8 . AB=0.4375;ABP=10.0676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3213;QR=4584;RO=117;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=257.073;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:49,21:49:1905:21:697:-41.9606,0,-150.601 0/1:138:68,70:68:2679:70:2516:-185.118,0,-199.71 dDocent_Contig_11360 98 . N A 96.6051 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 dDocent_Contig_11362 33 . G A 5957.69 . AB=0.186503;ABP=1394.46;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=304;CIGAR=1X;DP=1630;DPB=1630;DPRA=0;EPP=663.138;EPPR=2878.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12120;QR=52433;RO=1324;RPL=0;RPP=663.138;RPPR=2878.04;RPR=304;RUN=1;SAF=304;SAP=663.138;SAR=0;SRF=1324;SRP=2878.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:844:663,180:663:26261:180:7164:-390.257,0,-2107.04 0/1:786:661,124:661:26172:124:4956:-209.211,0,-2116.5 dDocent_Contig_11363 209 . N G 319.275 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 1/1:8:0,8:0:0:8:302:-27.5308,-2.40824,0 dDocent_Contig_11365 196 . T C 1086.69 . AB=0.20202;ABP=232.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=130.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=56.0833;MQMR=46.2575;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.983333;PAIREDR=0.493562;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2300;QR=9123;RO=233;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=3.09418;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=60;SRP=122.013;SRR=173;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:114,43:114:4458:43:1667:-99.1549,0,-307.713 0/1:136:119,17:119:4665:17:633:-13.213,0,-342.414 dDocent_Contig_11366 41 . T C 1042.54 . AB=0.186047;ABP=260.709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=535.021;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2200;QR=9783;RO=245;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=535.021;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=245;SRP=535.021;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:107,40:107:4271:40:1555:-95.9273,0,-340.084 0/1:154:138,16:138:5512:16:645:-12.026,0,-449.546 dDocent_Contig_11367 10 . G A 48309.8 . AB=0.364752;ABP=287.887;AC=4;AF=1;AN=4;AO=654;CIGAR=1X7M;DP=1793;DPB=1792.75;DPRA=0;EPP=1423.15;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26052;QR=4444;RO=117;RPL=0;RPP=1423.15;RPPR=257.073;RPR=654;RUN=1;SAF=654;SAP=1423.15;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:836:30,482,309:30:1145:482,309:18853,12311:-2460.77,-919.787,-868.628,-1456.1,0,-1457.02 1|1:957:87,479,345:87:3299:479,345:18722,13741:-2373.9,-860.951,-987.241,-1268.67,0,-1435.3 dDocent_Contig_11368 60 . T C 76.1202 . AB=0.10625;ABP=218.475;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=802.112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.972826;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=985;QR=14067;RO=368;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=802.112;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=368;SRP=802.112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:142,17:142:5456:17:636:-9.31099,0,-442.724 0/0:235:226,9:226:8611:9:349:0,-38.9735,-742.876 dDocent_Contig_11371 10 . G A 3047.07 . AB=0.822034;ABP=109.302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969072;PAIREDR=0.904762;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3817;QR=838;RO=21;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=48.6112;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:12,36:12:481:36:1409:-112.614,0,-29.1919 0/1:70:9,61:9:357:61:2408:-195.792,0,-11.419 dDocent_Contig_11372 7 . A T 42.208 . AB=0.146667;ABP=84.3392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29.35;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.586667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=771;QR=5715;RO=150;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=328.731;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:64,11:64:2418:11:421:-5.91975,0,-195.254 0/0:95:86,9:86:3297:9:350:0,-4.65133,-272.926 dDocent_Contig_11373 40 . T A 17661.7 . AB=0.0833333;ABP=1215.42;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=4M1X2M2X;DP=804;DPB=775.222;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2650;QR=5325;RO=134;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=293.988;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:388:74,254,16,37:74:2939:254,16,37:10053,624,1409:-805.078,0,-165.5,-776.066,-190.674,-1013.21,-711.792,-126.402,-902.459,-942.609 0|1:416:60,301,51,0:60:2386:301,51,0:11940,2026,0:-964.79,0,-105.845,-816.065,-29.6668,-997.165,-982.852,-196.455,-1012.52,-1179.3 dDocent_Contig_11374 26 . A C 149.291 . AB=0.28;ABP=13.5202;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=709;RO=18;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=42.0968;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:233:2:80:-5.18355,0,-18.9259 0/1:17:12,5:12:476:5:202:-13.4444,0,-38.0742 dDocent_Contig_11377 39 . G A 9823.69 . AB=0.676724;ABP=128.881;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=314;CIGAR=1X;DP=464;DPB=464;DPRA=0;EPP=684.853;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12515;QR=5896;RO=149;RPL=0;RPP=684.853;RPPR=326.56;RPR=314;RUN=1;SAF=314;SAP=684.853;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:19,165:19:737:165:6601:-538.41,0,-11.257 0/1:280:130,149:130:5159:149:5914:-447.658,0,-379.798 dDocent_Contig_11378 120 . G A 12508.3 . AB=0.433912;ABP=59.8397;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=650;CIGAR=1X;DP=1498;DPB=1498;DPRA=0;EPP=1414.47;EPPR=1831.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998462;PAIREDR=0.997625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18930;QR=27633;RO=842;RPL=0;RPP=1414.47;RPPR=1831.39;RPR=650;RUN=1;SAF=0;SAP=1414.47;SAR=650;SRF=0;SRP=1831.39;SRR=842;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:796:464,327:464:15192:327:9513:-618.035,0,-1128.91 0/1:702:378,323:378:12441:323:9417:-636.491,0,-908.487 dDocent_Contig_11379 41 . A C 101.35 . AB=0.3125;ABP=12.7819;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=16.9077;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=30.1;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=377;QR=823;RO=21;RPL=1;RPP=16.9077;RPPR=48.6112;RPR=9;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:13,4:13:508:4:157:-1.51221,0,-40.9462 0/1:15:8,6:8:315:6:220:-12.0695,0,-24.163 dDocent_Contig_11380 12 . G A 3550.54 . AB=0.657143;ABP=40.5458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X3M;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.852174;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4543;QR=1976;RO=50;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=111.584;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:18,2,43:18:702:2,43:78,1693:-133.835,-132.842,-189.936,0,-51.2857,-44.7531 0|1:112:32,8,72:32:1274:8,72:309,2850:-224.918,-209.177,-311.674,0,-79.5412,-83.2401 dDocent_Contig_11381 31 . A C 1222.78 . AB=0.4;ABP=12.5648;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1762;QR=2575;RO=65;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=144.156;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:24,11:24:951:11:442:-29.5986,0,-75.3542 0/1:75:41,33:41:1624:33:1320:-96.3783,0,-123.706 dDocent_Contig_11382 53 . C T 328.949 . AB=0.317073;ABP=14.9269;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=562;QR=1729;RO=44;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:16,1:16:620:1:41:0,-1.02294,-52.0318 0|1:41:28,13:28:1109:13:521:-34.8947,0,-87.7564 dDocent_Contig_11385 18 . G A 1672.06 . AB=0.746479;ABP=40.4758;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.943396;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2130;QR=705;RO=18;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=42.0968;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:9,24:9:348:24:962:-76.9459,0,-21.7404 0/1:38:9,29:9:357:29:1168:-93.9589,0,-21.0534 dDocent_Contig_11386 12 . A T 570.929 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=815;QR=829;RO=22;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=50.7827;RPR=22;RUN=1;SAF=8;SAP=6.56362;SAR=14;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:16,10:16:612:10:373:-26.09,0,-47.5817 0/1:18:6,12:6:217:12:442:-34.7019,0,-14.4536 dDocent_Contig_11388 25 . T C 241.15 . AB=0.108475;ABP=395.797;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=588;DPB=588;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=1171.26;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.94;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.42;PAIREDR=0.907063;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1990;QR=21482;RO=538;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=1171.26;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=538;SRP=1171.26;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:293:275,18:275:11036:18:716:0,-23.4398,-927.714 0/1:295:263,32:263:10446:32:1274:-26.115,0,-850.652 dDocent_Contig_11390 8 . T A 56.8852 . 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AB=0.203704;ABP=85.3654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.930233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=732;QR=3002;RO=86;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1608:6:208:-3.10505,0,-129.046 0/1:55:39,16:39:1394:16:524:-30.9138,0,-109.203 dDocent_Contig_11394 66 . C G 425.207 . AB=0.252874;ABP=49.1603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.830769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=797;QR=2326;RO=65;RPL=10;RPP=3.40511;RPPR=3.84548;RPR=12;RUN=1;SAF=10;SAP=3.40511;SAR=12;SRF=35;SRP=3.84548;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:35,10:35:1237:10:354:-18.6498,0,-98.0736 0/1:42:30,12:30:1089:12:443:-27.5698,0,-85.6649 dDocent_Contig_11395 98 . N T 66.4841 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 dDocent_Contig_11396 63 . C A 41570.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1218;CIGAR=1X;DP=1250;DPB=1250;DPRA=0;EPP=2647.86;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997537;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47525;QR=1289;RO=32;RPL=1218;RPP=2647.86;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=1218;SAP=2647.86;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:638:21,617:21:846:617:24137:-2093.93,-115.606,0 1/1:612:11,601:11:443:601:23388:-2062.83,-144.007,0 dDocent_Contig_11397 19 . G A 4560.51 . AB=0.570342;ABP=14.3135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=150;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99115;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5986;QR=4428;RO=113;RPL=0;RPP=328.731;RPPR=248.387;RPR=150;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:72,43:72:2806:43:1736:-121.836,0,-218.056 0/1:148:41,107:41:1622:107:4250:-337.914,0,-101.663 dDocent_Contig_11398 28 . T A 10281.9 . AB=0.835509;ABP=377.484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=320;CIGAR=2X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=697.881;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12752;QR=2515;RO=63;RPL=0;RPP=697.881;RPPR=139.813;RPR=320;RUN=1;SAF=320;SAP=697.881;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:173:27,146:27:1077:146:5819:-471.434,0,-45.1413 0|1:210:36,174:36:1438:174:6933:-560.453,0,-66.4576 dDocent_Contig_11399 55 . G T 276.791 . AB=0.194805;ABP=65.3062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=2457;RO=62;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:22,9:22:880:9:360:-23.4315,0,-70.1769 0/1:46:40,6:40:1577:6:238:-7.94656,0,-128.306 dDocent_Contig_11400 133 . C A 1437.07 . AB=0.288066;ABP=97.8134;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.959302;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2444;QR=5933;RO=172;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=376.504;RPR=70;RUN=1;SAF=0;SAP=155.013;SAR=70;SRF=0;SRP=376.504;SRR=172;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:84,20:84:2898:20:714:-32.9683,0,-229.439 0/1:138:88,50:88:3035:50:1730:-114.437,0,-231.838 dDocent_Contig_11401 22 . G A 999.737 . AB=0.235602;ABP=118.985;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9932;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1784;QR=5718;RO=146;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=320.045;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:66,26:66:2594:26:1029:-65.2071,0,-205.9 0/1:99:80,19:80:3124:19:755:-38.4655,0,-251.433 dDocent_Contig_11402 107 . N A 196.991 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=215;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:215:-19.699,-1.80618,0 dDocent_Contig_11403 16 . C T 190.917 . AB=0.103535;ABP=543.663;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=753;DPB=753;DPRA=1.10924;EPP=92.0407;EPPR=1549.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1556;QR=27456;RO=712;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=1549.1;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=712;SRP=1549.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:357:357,0:357:13780:0:0:0,-107.468,-1239.48 0/1:396:355,41:355:13676:41:1556:-21.0917,0,-1110.93 dDocent_Contig_11404 16 . G A 11950.8 . AB=0.773389;ABP=315.273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=372;CIGAR=1X;DP=481;DPB=481;DPRA=0;EPP=810.798;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9194;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.357527;PAIREDR=0.53211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14941;QR=4341;RO=109;RPL=0;RPP=810.798;RPPR=239.701;RPR=372;RUN=1;SAF=372;SAP=810.798;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:294:58,236:58:2298:236:9495:-765.124,0,-118.48 0/1:187:51,136:51:2043:136:5446:-433.655,0,-127.766 dDocent_Contig_11405 209 . N G 561.652 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=613;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:432:-39.2311,-3.31133,0 1/1:5:0,5:0:0:5:181:-16.633,-1.50515,0 dDocent_Contig_11406 76 . T C 209.203 . AB=0.165289;ABP=120.754;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.851485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=671;QR=3496;RO=101;RPL=10;RPP=3.0103;RPPR=4.75178;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=3.0103;SAR=10;SRF=46;SRP=4.75178;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1123:6:206:-7.43747,0,-89.939 0/1:83:69,14:69:2373:14:465:-17.1818,0,-188.84 dDocent_Contig_11408 87 . T C 120.875 . AB=0.127273;ABP=69.3784;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=2673;RO=83;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:55:48,0,7:48:1614:0,7:0,224:-3.91673,-18.3662,-149.141,0,-131.097,-128.99 0|1:43:35,8,0:35:1059:8,0:272,0:-11.8671,0,-82.6412,-22.4032,-85.0495,-107.12 dDocent_Contig_11409 1 . N G 68.3781 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11411 98 . N C 1458.62 . 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AB=0.151515;ABP=37.8197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0.507692;EPP=13.8677;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.55914;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=3679;RO=93;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:65,0:65:2589:0:0:0,-19.5669,-233.142 0/1:33:28,5:28:1090:5:203:-8.71907,0,-88.4533 dDocent_Contig_11415 17 . T G 30299.7 . AB=0.624208;ABP=214.466;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=985;CIGAR=1X;DP=1578;DPB=1578;DPRA=0;EPP=2141.91;EPPR=1290.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39021;QR=23666;RO=593;RPL=0;RPP=2141.91;RPPR=1290.69;RPR=985;RUN=1;SAF=985;SAP=2141.91;SAR=0;SRF=593;SRP=1290.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:777:289,488:289:11535:488:19263:-1498.23,0,-803.447 0/1:801:304,497:304:12131:497:19758:-1535.44,0,-849.78 dDocent_Contig_11416 36 . A G 117.753 . AB=0.150685;ABP=80.3802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=2388;RO=62;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=137.642;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:31,4:31:1201:4:149:-3.23747,0,-97.8432 0/1:38:31,7:31:1187:7:259:-12.2244,0,-95.6645 dDocent_Contig_11418 70 . T C 4839.97 . AB=0.582456;ABP=19.8411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=166;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6370;QR=4289;RO=119;RPL=166;RPP=363.475;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:62,105:62:2191:105:4038:-313.172,0,-147.148 0/1:118:57,61:57:2098:61:2332:-174.525,0,-153.533 dDocent_Contig_11419 17 . T C 1853.81 . AB=0.598039;ABP=11.5259;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2436;QR=1544;RO=41;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=92.0407;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:17,50:17:620:50:1991:-159.211,0,-35.9535 0/1:35:24,11:24:924:11:445:-29.8685,0,-72.9209 dDocent_Contig_11420 50 . A C 136.945 . AB=0.169492;ABP=58.9901;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.816327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=378;QR=1928;RO=49;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:30,3:30:1186:3:121:-1.34621,0,-97.0807 0/1:26:19,7:19:742:7:257:-15.6488,0,-59.2729 dDocent_Contig_11421 10 . C A 21792.5 . AB=0.887417;ABP=987.291;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=670;CIGAR=2X;DP=755;DPB=755;DPRA=0;EPP=1457.9;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.953731;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26802;QR=3387;RO=85;RPL=0;RPP=1457.9;RPPR=187.585;RPR=670;RUN=1;SAF=670;SAP=1457.9;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:407:55,352:55:2179:352:14065:-1142.29,0,-73.7713 0|1:348:30,318:30:1208:318:12737:-1040.66,0,-4.23617 dDocent_Contig_11422 42 . T G 1406.34 . AB=0.703125;ABP=25.9465;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1811;QR=772;RO=19;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=44.2683;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:9,30:9:365:30:1207:-97.1621,0,-21.4749 0/1:25:10,15:10:407:15:604:-47.1708,0,-29.4648 dDocent_Contig_11423 28 . T A 47.403 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0.910714;EPP=16.0391;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=4036;RO=101;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=222.329;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:45,6:45:1815:6:238:-6.43926,0,-148.204 0/0:56:56,0:56:2221:0:0:0,-16.8577,-200.053 dDocent_Contig_11424 13 . G A 1137.67 . AB=0.637931;ABP=12.5947;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.918919;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1492;QR=845;RO=21;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=48.6112;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:12,13:12:486:13:524:-39.9806,0,-36.5653 0/1:33:9,24:9:359:24:968:-77.4852,0,-22.7382 dDocent_Contig_11425 16 . T C 18853.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=550;CIGAR=1X;DP=579;DPB=579;DPRA=0;EPP=1197.32;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22150;QR=1179;RO=29;RPL=0;RPP=1197.32;RPPR=65.983;RPR=550;RUN=1;SAF=550;SAP=1197.32;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:297:10,287:10:408:287:11559:-1002.37,-52.3253,0 1/1:282:19,263:19:771:263:10591:-882.72,-15.1803,0 dDocent_Contig_11426 84 . G A 360.656 . AB=0.31746;ABP=21.2438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.929134;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=695;QR=4163;RO=127;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=278.787;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:43,20:43:1427:20:627:-37.7646,0,-109.758 0/0:86:84,2:84:2736:2:68:0,-19.4306,-240.037 dDocent_Contig_11427 73 . G A 1741.96 . AB=0.57377;ABP=8.77716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.628571;PAIREDR=0.442308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2378;QR=1709;RO=52;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:25,41:25:817:41:1371:-103.812,0,-53.9663 0/1:56:27,29:27:892:29:1007:-74.0827,0,-63.7286 dDocent_Contig_11428 74 . G A 67.3051 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.55556;EPP=11.6962;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=648;RO=19;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:309:0:0:0,-2.70927,-28.1435 0/1:14:10,4:10:339:4:140:-8.73051,0,-26.6243 dDocent_Contig_11429 98 . N T 266.58 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:198:-18.1448,-1.80618,0 1/1:3:0,3:0:0:3:88:-8.21187,-0.90309,0 dDocent_Contig_11430 9 . A G 1279.41 . AB=0.661538;ABP=17.7429;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X3M1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1673;QR=867;RO=22;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=50.7827;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:9,31:9:352:31:1207:-96.8753,0,-19.9999 0|1:25:13,12:13:515:12:466:-34.7643,0,-39.173 dDocent_Contig_11432 158 . N G 114.653 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 dDocent_Contig_11433 18 . G A 4996.88 . AB=0.510204;ABP=3.05462;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=155;CIGAR=2M1X;DP=190;DPB=191;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.187097;PAIREDR=0.774194;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6165;QR=1241;RO=31;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=70.3259;RPR=155;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:20,3,25:20:804:3,25:122,999:-76.2558,-72.2124,-137.566,0,-56.1911,-58.7292 1|1:141:11,0,130:11:437:0,130:0,5166:-425.131,-428.442,-464.416,-2.76292,-39.1339,0 dDocent_Contig_11434 125 . A G 73.8302 . AB=0.120301;ABP=169.561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=255;DPB=255;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=513.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=39.4213;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=711;QR=8112;RO=235;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=513.306;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=513.306;SRR=235;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:122:118,4:118:4069:4:144:0,-23.944,-331.66 0/1:133:117,16:117:4043:16:567:-9.38302,0,-311.755 dDocent_Contig_11435 13 . A T 64.8579 . AB=0.123077;ABP=83.2212;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=2230;RO=57;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=126.784;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:31,4:31:1204:4:159:-4.1557,0,-98.1058 0/1:30:26,4:26:1026:4:163:-6.02753,0,-83.6103 dDocent_Contig_11436 105 . N C 124.839 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=3X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:135:-12.4837,-1.20412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11437 107 . N A 803.319 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=882;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:452:-41.0119,-3.91339,0 1/1:13:0,13:0:0:13:430:-39.0189,-3.91339,0 dDocent_Contig_11439 98 . N A 99.8271 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:107:-9.98217,-0.90309,0 dDocent_Contig_11440 153 . G A 43.0206 . AB=0.0990991;ABP=157.967;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=712;QR=7599;RO=197;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=430.79;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=430.79;SRR=197;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:100,11:100:3921:11:434:-6.00101,0,-319.485 0/0:104:97,7:97:3678:7:278:0,-5.91874,-305.661 dDocent_Contig_11442 33 . A G 47.0284 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1.32258;EPP=13.8677;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985075;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2643;RO=67;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=148.499;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:36,5:36:1406:5:204:-6.4018,0,-114.442 0/0:31:31,0:31:1237:0:0:0,-9.33193,-111.598 dDocent_Contig_11444 50 . T C 20855.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=619;CIGAR=1X2M;DP=669;DPB=669;DPRA=0;EPP=1347.15;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24229;QR=1036;RO=27;RPL=619;RPP=1347.15;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=619;SAP=1347.15;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:345:14,19,309:14:530:19,309:705,12101:-1040.35,-986.895,-1024.62,-49.5687,-35.3382,0 1|1:324:13,0,310:13:506:0,310:0,12128:-1044.91,-1048.82,-1090.4,-51.7384,-93.3193,0 dDocent_Contig_11445 42 . T C 37.5688 . AB=0.0979592;ABP=346.98;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=245;DPB=245;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977376;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=894;QR=8140;RO=221;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=482.906;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:105,12:105:3804:12:443:-4.97497,0,-307.26 0/1:128:116,12:116:4336:12:451:-2.40212,0,-351.788 dDocent_Contig_11447 80 . A T 818.314 . AB=0.377551;ABP=15.7732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.891892;PAIREDR=0.95082;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1271;QR=2319;RO=61;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=135.47;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:29,16:29:1093:16:564:-37.5444,0,-85.1268 0/1:53:32,21:32:1226:21:707:-47.9859,0,-94.6813 dDocent_Contig_11448 98 . N C 84.7365 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:19:-1.89997,-0.30103,0 dDocent_Contig_11449 33 . C T 181.588 . AB=0.192308;ABP=45.7716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=1665;RO=42;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=94.2121;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:673:7:286:-18.8901,0,-53.6751 0/1:28:25,3:25:992:3:122:-2.94365,0,-81.1415 dDocent_Contig_11450 10 . C T 209.757 . AB=0.0902778;ABP=212.98;AC=0;AF=0;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M1D2M1X;DP=144;DPB=142;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=19;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0769231;PAIREDR=0.972727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=511;QR=4259;RO=110;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=241.872;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:66:51,7,5:51:1978:7,5:272,204:-1.54483,-7.13898,-167.567,0,-152.84,-161.147 0|0:78:59,6,12:59:2281:6,12:239,491:-22.9056,-32.2935,-217.831,0,-179.113,-183.917 dDocent_Contig_11451 18 . T C 181.234 . AB=0.368421;ABP=5.8675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1;EPP=18.2106;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=1237;RO=31;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=70.3259;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:771:0:0:0,-5.71957,-69.7087 0/1:19:12,7:12:466:7:283:-20.1234,0,-36.5664 dDocent_Contig_11452 21 . T A 10238 . 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AB=0.101124;ABP=126.003;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1M1D12M1X6M;DP=187;DPB=181.952;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=298;QR=2471;RO=72;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:98:42,0,41,4:42:1441:0,41,4:0,1507,152:-110.661,-123.305,-240.31,0,-117.094,-104.752,-110.835,-227.842,-104.623,-226.638 0|0:89:30,9,35,5:30:1030:9,35,5:298,1277,186:-95.3375,-80.2655,-161.195,0,-59.5632,-73.1332,-89.1408,-148.678,-68.4397,-171.275 dDocent_Contig_11454 58 . G A 774.685 . 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AB=0.312169;ABP=60.9277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.932203;PAIREDR=0.946154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2311;QR=5041;RO=130;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=285.302;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:61,9:61:2393:9:349:-10.6947,0,-194.474 0/1:119:69,50:69:2648:50:1962:-140.971,0,-202.666 dDocent_Contig_11459 179 . G T 49.3063 . 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T A 6426.27 . AB=0.264591;ABP=497.836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=272;CIGAR=1X;DP=1028;DPB=1028;DPRA=0;EPP=593.651;EPPR=1642.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10621;QR=30178;RO=755;RPL=0;RPP=593.651;RPPR=1642.47;RPR=272;RUN=1;SAF=272;SAP=593.651;SAR=0;SRF=755;SRP=1642.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:547:494,52:494:19707:52:2026:-18.0089,0,-1607.43 0/1:481:261,220:261:10471:220:8595:-628.317,0,-796.863 dDocent_Contig_11462 35 . T C 205.614 . AB=0.112195;ABP=270.801;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=386;DPB=386;DPRA=1.1326;EPP=52.9542;EPPR=791.255;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=933;QR=14590;RO=363;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=791.255;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=363;SRP=791.255;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:181:181,0:181:7288:0:0:0,-54.4864,-655.532 0/1:205:182,23:182:7302:23:933:-22.5614,0,-595.085 dDocent_Contig_11464 25 . G A 9405.15 . AB=0.478261;ABP=5.74824;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=319;CIGAR=1X;DP=667;DPB=667;DPRA=0;EPP=695.71;EPPR=756.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12727;QR=13548;RO=347;RPL=0;RPP=695.71;RPPR=756.511;RPR=319;RUN=1;SAF=319;SAP=695.71;SAR=0;SRF=347;SRP=756.511;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:390:156,233:156:6059:233:9292:-718.404,0,-427.813 0/1:277:191,86:191:7489:86:3435:-225.81,0,-590.306 dDocent_Contig_11465 23 . A G 505.427 . 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A T 193.661 . AB=0.164384;ABP=74.4309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.786885;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=2397;RO=61;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=135.47;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1374:5:205:-6.79381,0,-111.868 0/1:33:26,7:26:1023:7:287:-16.2712,0,-82.4229 dDocent_Contig_11470 43 . C A 1329.38 . 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AB=0.336634;ABP=26.4235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=3.26577;EPPR=13.6703;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.647059;PAIREDR=0.606061;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1203;QR=2525;RO=66;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=146.327;RPR=34;RUN=1;SAF=16;SAP=3.26577;SAR=18;SRF=42;SRP=13.6703;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,10:21:798:10:374:-24.5771,0,-62.7209 0/1:69:45,24:45:1727:24:829:-54.133,0,-134.899 dDocent_Contig_11472 21 . C A 191.501 . 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AB=0.0339703;ABP=891.521;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=1M1D1X1M;DP=471;DPB=377.75;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=13.5;MQMR=59.6957;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.934783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=216;QR=3573;RO=92;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=202.786;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:188:48,11,120:48:1874:11,120:149,4561:-114.219,-121.433,-272.239,0,-147.005,-118.079 0|0:283:44,5,225:44:1699:5,225:67,8474:-220.404,-230.432,-367.72,0,-135.693,-71.1578 dDocent_Contig_11474 77 . C T 245.299 . 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AB=0.230769;ABP=52.119;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=1.90244;EPP=42.0968;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=728;QR=3941;RO=101;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=222.329;SRR=101;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:41,0:41:1625:0:0:0,-12.3422,-146.477 0/1:78:60,18:60:2316:18:728:-42.365,0,-185.119 dDocent_Contig_11479 58 . G C 255.176 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=720;QR=4410;RO=111;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:52,13:52:2089:13:516:-27.2159,0,-168.615 0/0:64:59,5:59:2321:5:204:0,-0.521887,-190.3 dDocent_Contig_11480 17 . G T 212.621 . AB=0.075;ABP=65.7659;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=9M1X10M;DP=58;DPB=52.15;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1610;RO=42;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=94.2121;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:18:11,7,0:11:421:7,0:246,0:-17.0619,0,-32.8232,-20.3733,-34.9304,-54.9403 0|0:40:31,6,3:31:1189:6,3:212,121:-7.89914,0,-95.7653,-7.24025,-87.5955,-103.952 dDocent_Contig_11482 108 . G A 279.906 . AB=0.424242;ABP=6.30041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=4.125;EPP=63.8115;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19.9643;MQMR=45.1667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.62963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=873;QR=1828;RO=54;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=120.27;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:38,28:38:1274:28:873:-29.6895,0,-70.2022 0/0:16:16,0:16:554:0:0:0,-4.81648,-50.1879 dDocent_Contig_11483 21 . A G 6679.31 . AB=0.0694864;ABP=535.874;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=2M2X12M;DP=694;DPB=715.25;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=24;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=877;QR=7861;RO=204;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=445.991;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:363:145,100,0,25,0,40:145:5580:100,0,25,0,40:3946,0,980,0,1604:-281.044,0,-428.02,-324.693,-458.123,-782.803,-244.106,-377.536,-702.218,-694.692,-324.693,-458.123,-782.803,-702.218,-782.803,-192.537,-325.968,-650.65,-570.065,-650.65,-638.609 0|0:331:59,127,56,0,23,18:59:2281:127,56,0,23,18:4967,2114,0,877,708:-390.586,0,-149.123,-235.112,-14.115,-405.602,-408.347,-187.354,-422.459,-595.692,-336.408,-115.414,-350.521,-523.754,-516.83,-350.116,-129.122,-364.229,-537.462,-465.524,-532.044 dDocent_Contig_11484 21 . G A 1959.39 . AB=0.781609;ABP=62.9379;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=15.7837;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.691176;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2503;QR=753;RO=19;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=44.2683;RPR=68;RUN=1;SAF=44;SAP=15.7837;SAR=24;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:11,28:11:435:28:1008:-79.2796,0,-27.7629 0/1:48:8,40:8:318:40:1495:-120.358,0,-14.5356 dDocent_Contig_11487 32 . T G 12598.2 . 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AB=0.827225;ABP=180.65;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5268;QR=1160;RO=33;RPL=158;RPP=346.103;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=158;SAP=346.103;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:11,88:11:390:88:2943:-235.309,0,-5.63601 0/1:92:22,70:22:770:70:2325:-181.818,0,-41.9255 dDocent_Contig_11489 87 . T A 63.5382 . AB=0.333333;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=3;EPP=16.0391;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=527;RO=18;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:348:6:147:-8.05275,0,-26.1868 0/0:6:6,0:6:179:0:0:0,-1.80618,-16.4054 dDocent_Contig_11490 14 . C T 94.5641 . AB=0.106061;ABP=180.939;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=315;DPB=315;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.996633;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=728;QR=11827;RO=297;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=647.938;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=297;SRP=647.938;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:183:179,4:179:7154:4:163:0,-40.0301,-628.456 0/1:132:118,14:118:4673:14:565:-11.4564,0,-380.76 dDocent_Contig_11492 22 . T A 24327 . AB=0.823593;ABP=843.408;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=761;CIGAR=1X;DP=924;DPB=924;DPRA=0;EPP=1655.5;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30187;QR=6519;RO=163;RPL=0;RPP=1655.5;RPPR=356.96;RPR=761;RUN=1;SAF=761;SAP=1655.5;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:441:89,352:89:3571:352:13944:-1121.18,0,-188.656 0/1:483:74,409:74:2948:409:16243:-1315.22,0,-120.002 dDocent_Contig_11493 32 . T A 5908.49 . AB=0.536986;ABP=7.3473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=196;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=428.619;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7827;QR=6809;RO=169;RPL=0;RPP=428.619;RPPR=369.989;RPR=196;RUN=1;SAF=196;SAP=428.619;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:88,96:88:3535:96:3812:-287.704,0,-262.776 0/1:181:81,100:81:3274:100:4015:-306.845,0,-240.22 dDocent_Contig_11494 13 . G A 826.483 . 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AB=0.157895;ABP=60.9543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=1928;RO=48;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=107.241;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:31,3:31:1241:3:112:-0.210201,0,-101.724 0/1:23:17,6:17:687:6:209:-12.2203,0,-55.2352 dDocent_Contig_11497 11 . T C 1616.51 . 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AB=0.571429;ABP=4.56135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.65;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=797;QR=603;RO=15;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:8,9:8:317:9:357:-27.3738,0,-23.7769 0/1:18:7,11:7:286:11:440:-34.534,0,-20.6963 dDocent_Contig_11499 55 . T C 467.186 . AB=0.0537634;ABP=163.863;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2M1X7M1X5M;DP=154;DPB=160.938;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.73913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=1630;RO=46;RPL=2;RPP=3.44459;RPPR=9.80795;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=3.44459;SAR=3;SRF=29;SRP=9.80795;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:61:23,0,0,8,8,4,8,5:23:811:0,0,8,8,4,8,5:0,0,236,244,109,267,196:-14.6791,-21.6028,-87.6481,-21.6028,-87.6481,-87.6481,-2.78353,-68.8277,-68.8277,-66.4195,-2.06,-68.1054,-68.1054,-49.2867,-65.6971,-13.0046,-79.0485,-79.0485,-60.2292,-59.5067,-77.8443,0,-66.0487,-66.0487,-47.2293,-46.5066,-57.4497,-63.6404,-5.47515,-71.526,-71.526,-52.7053,-51.9828,-62.9263,-49.9256,-70.0208 0|0:93:23,5,8,14,17,0,9,3:23:819:5,8,14,17,0,9,3:186,277,447,531,0,273,107:-35.7362,-27.4327,-92.6921,-20.1504,-71.6897,-84.5072,-6.65335,-58.1929,-50.9112,-69.2043,0,-51.5397,-44.258,-30.7622,-61.648,-42.6599,-94.1973,-86.9154,-73.4187,-66.7655,-109.423,-20.8136,-72.3518,-65.07,-51.5738,-44.9209,-87.5772,-84.868,-33.938,-85.4762,-78.1943,-64.6976,-58.0443,-100.702,-78.8562,-99.7985 dDocent_Contig_11500 61 . C T 659.475 . AB=0.253968;ABP=69.2574;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1188;QR=3710;RO=94;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:42,12:42:1658:12:456:-25.1272,0,-133.201 0/1:72:52,20:52:2052:20:732:-44.5192,0,-163.197 dDocent_Contig_11501 17 . C A 797.804 . AB=0.179487;ABP=211.806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=3M1X;DP=458;DPB=447;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=849.885;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1806;QR=15546;RO=390;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=849.885;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=390;SRP=849.885;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:224:213,7,4:213:8460:7,4:280,163:0,-41.0591,-735.382,-50.6694,-724.042,-745.903 0|1:234:177,15,42:177:7086:15,42:590,1643:-81.7804,-86.5325,-665.758,0,-535.211,-571.097 dDocent_Contig_11502 17 . T C 1479.94 . AB=0.0785563;ABP=729.642;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X2M;DP=471;DPB=471;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=521.992;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=18.6486;MQMR=40.2301;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0.991632;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=671;QR=9527;RO=239;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=521.992;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=239;SRP=521.992;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:195:103,45,24,18:103:4116:45,24,18:1801,964,276:-47.8138,-0.461661,-287.931,0,-222.696,-293.832,-63.8128,-286.467,-286.038,-359.4 0|1:276:136,73,39,19:136:5411:73,39,19:2899,1584,395:-103.81,0,-368.066,-14.0589,-259.383,-392.401,-119.935,-365.227,-379.321,-504.258 dDocent_Contig_11503 17 . T C 3055.5 . AB=0.405634;ABP=57.9271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=288;CIGAR=1X1M1X;DP=710;DPB=710;DPRA=0;EPP=628.394;EPPR=828.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=20.4757;MQMR=56.1316;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11480;QR=15160;RO=380;RPL=0;RPP=628.394;RPPR=828.17;RPR=288;RUN=1;SAF=288;SAP=628.394;SAR=0;SRF=380;SRP=828.17;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:355:186,154:186:7445:154:6136:-140.783,0,-540.681 0|1:355:194,134:194:7715:134:5344:-168.466,0,-571.746 dDocent_Contig_11505 18 . T C 83.8387 . AB=0.0890173;ABP=1272.06;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=1912;DPB=1912;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=3846.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=56.8071;MQMR=42.526;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=0.574011;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5558;QR=70932;RO=1770;RPL=0;RPP=307.016;RPPR=3846.52;RPR=140;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=1770;SRP=3846.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:865:786,77:786:31569:77:3028:-10.0828,0,-2231.81 0/0:1047:984,63:984:39363:63:2530:0,-92.6053,-2873.41 dDocent_Contig_11508 107 . N T 91.0637 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=91;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60426,-0.60206,0 dDocent_Contig_11509 26 . A G 4305.92 . AB=0.240713;ABP=789.006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=324;CIGAR=1X;DP=1346;DPB=1346;DPRA=0;EPP=389.05;EPPR=251.527;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.4907;MQMR=26.82;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.546296;PAIREDR=0.141879;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12606;QR=39468;RO=1022;RPL=0;RPP=706.567;RPPR=2222.26;RPR=324;RUN=1;SAF=282;SAP=389.05;SAR=42;SRF=682;SRP=251.527;SRR=340;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:648:464,184:464:18037:184:7212:-302.58,0,-849.659 0/1:698:558,140:558:21431:140:5394:-131.711,0,-1007.11 dDocent_Contig_11511 8 . T G 15953 . AB=0.777293;ABP=155.952;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=508;CIGAR=1X;DP=581;DPB=581;DPRA=0;EPP=1106.12;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19366;QR=2776;RO=73;RPL=0;RPP=1106.12;RPPR=161.528;RPR=508;RUN=1;SAF=508;SAP=1106.12;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:352:22,330:22:845:330:12606:-1057.64,-29.59,0 0/1:229:51,178:51:1931:178:6760:-539.359,0,-105.092 dDocent_Contig_11512 36 . T C 167.62 . AB=0.117647;ABP=89.3583;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=2107;RO=53;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=118.098;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:29,6,2:29:1152:6,2:238,82:-10.8522,0,-93.0192,-12.8106,-88.0564,-107.046 0|0:31:24,2,5:24:955:2,5:81,204:-9.6088,-10.1552,-88.1772,0,-71.9461,-77.1207 dDocent_Contig_11513 40 . T C 79.5004 . AB=0.12963;ABP=67.3502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=96.5684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.829787;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=1863;RO=47;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=96.5684;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:552:4:163:-9.63989,0,-44.597 0/1:36:33,3:33:1311:3:123:-0.627708,0,-107.411 dDocent_Contig_11514 48 . T G 414.959 . AB=0.191667;ABP=102.102;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1M1D8M1X6M;DP=120;DPB=118.412;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=864;QR=3226;RO=85;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=187.585;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:64:41,14,8,1:41:1563:14,8,1:527,292,38:-30.8328,0,-124.013,-19.3288,-104.38,-145.14,-40.0582,-125.111,-144.432,-167.979 0|1:56:44,9,0,3:44:1663:9,0,3:337,0,107:-14.362,0,-133.622,-27.6073,-136.331,-163.925,-18.893,-127.614,-155.207,-154.304 dDocent_Contig_11515 13 . A G 332.737 . AB=0.159091;ABP=136.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=1.80822;EPP=48.6112;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.940217;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=830;QR=7352;RO=184;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=402.561;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:73:73,0:73:2918:0:0:0,-21.9752,-262.706 0/1:132:111,21:111:4434:21:830:-35.2737,0,-359.258 dDocent_Contig_11516 14 . T C 68.6254 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:77:-6.86146,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11518 1 . N G 237.143 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.5;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:140:-12.9449,-1.20412,0 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-10.4681,-1.20412,0 dDocent_Contig_11520 30 . T G 568.308 . AB=0.153543;ABP=267.827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=254;DPB=254;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1515;QR=8602;RO=215;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=469.877;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:122,12:122:4893:12:479:-3.1232,0,-399.916 0/1:120:93,27:93:3709:27:1036:-57.3905,0,-297.704 dDocent_Contig_11521 17 . T C 14479.4 . AB=0.798611;ABP=449.127;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=460;CIGAR=1X;DP=576;DPB=576;DPRA=0;EPP=1001.89;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18067;QR=4311;RO=116;RPL=0;RPP=1001.89;RPPR=254.901;RPR=460;RUN=1;SAF=460;SAP=1001.89;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:261:81,180:81:3002:180:7033:-554.095,0,-191.796 0/1:315:35,280:35:1309:280:11034:-897.546,0,-23.2762 dDocent_Contig_11522 16 . G A 20897.6 . AB=0.465753;ABP=12.6778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=442;CIGAR=1M1X2M;DP=949;DPB=767.5;DPRA=0;EPP=962.801;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17204;QR=5215;RO=140;RPL=0;RPP=962.801;RPPR=307.016;RPR=442;RUN=1;SAF=442;SAP=962.801;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:390:74,126,188:74:2785:126,188:4869,7260:-745.561,-367.99,-558.244,-171.671,0,-343.259 0|1:559:66,237,254:66:2430:237,254:9122,9944:-1347.89,-618.922,-746.248,-550.184,0,-672.393 dDocent_Contig_11523 58 . C T 426.635 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=49.8093;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1130;RO=29;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=49.8093;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:13,0,14:13:495:0,14:0,545:-41.2593,-45.1727,-85.7631,0,-40.975,-36.7605 0|1:22:16,3,3:16:635:3,3:120,102:-5.09845,0,-51.4188,-1.67382,-44.0598,-53.0423 dDocent_Contig_11524 58 . G A 45.7958 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0.168539;EPP=9.52472;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=4015;RO=101;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:89:89,0:89:3554:0:0:0,-26.7917,-319.892 0/1:15:12,3:12:461:3:119:-6.57956,0,-37.3194 dDocent_Contig_11525 11 . T C 449.856 . AB=0.191304;ABP=98.1963;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8689;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.689655;PAIREDR=0.796117;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1184;QR=8243;RO=206;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=450.334;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=206;SRP=450.334;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:93,22:93:3722:22:900:-46.6845,0,-300.265 0/0:120:113,7:113:4521:7:284:0,-10.1896,-380.883 dDocent_Contig_11526 11 . T C 35.6075 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=2.22222;EPP=9.52472;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.730769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1053;RO=26;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=59.4686;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:690:3:121:-5.2596,0,-56.4076 0/0:9:9,0:9:363:0:0:0,-2.70927,-33.0332 dDocent_Contig_11529 98 . N A 153.16 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:131:-12.1138,-1.20412,0 dDocent_Contig_11530 168 . G A 123.244 . AB=0.139241;ABP=92.3155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=434;QR=2688;RO=68;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:999:4:155:-5.59459,0,-81.4721 0/1:50:43,7:43:1689:7:279:-10.4288,0,-137.18 dDocent_Contig_11531 24 . T C 4562.83 . AB=0.0498615;ABP=638.361;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M1X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=26.6552;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=56.1667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.982659;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=706;QR=6891;RO=173;RPL=3;RPP=20.3821;RPPR=378.675;RPR=15;RUN=1;SAF=17;SAP=33.8935;SAR=1;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:165:95,6,59:95:3769:6,59:242,2373:-166.956,-175.605,-484.041,0,-290.29,-292.478 0|0:196:78,12,99:78:3122:12,99:464,3852:-293.026,-279.161,-532.735,0,-219.85,-227.392 dDocent_Contig_11532 54 . G A 78.8862 . AB=0.115385;ABP=136.639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.804054;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=5786;RO=148;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=324.388;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:56,2:56:2200:2:75:0,-10.3409,-191.058 0/1:104:92,12:92:3586:12:454:-9.88862,0,-291.47 dDocent_Contig_11533 11 . T C 2054.74 . AB=0.239782;ABP=218.862;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=608.851;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97491;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3547;QR=11128;RO=279;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=608.851;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=279;SRP=608.851;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:114,51:114:4534:51:2052:-135.189,0,-358.319 0/1:202:165,37:165:6594:37:1495:-73.9838,0,-532.363 dDocent_Contig_11534 12 . C G 334.089 . AB=0.6875;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0.941176;EPP=26.8965;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=869;RO=22;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=50.7827;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:667:0:0:0,-5.11751,-60.3548 0/1:16:5,11:5:202:11:443:-35.4089,0,-13.7454 dDocent_Contig_11535 53 . T C 3131.62 . AB=0.305344;ABP=132.354;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=595.822;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4832;QR=10791;RO=273;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=595.822;RPR=0;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=273;SRP=595.822;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:248:152,96:152:5991:96:3870:-273.63,0,-464.341 0/1:145:121,24:121:4800:24:962:-43.2311,0,-388.254 dDocent_Contig_11536 139 . A G 228.074 . 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AB=0.25;ABP=107.241;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2057;QR=10901;RO=275;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=600.165;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:138:131,6:131:5199:6:206:0,-22.7632,-448.924 0/1:192:144,48:144:5702:48:1851:-109.023,0,-455.219 dDocent_Contig_11539 35 . A T 235.076 . AB=0.141732;ABP=144.601;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.788991;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=4264;RO=109;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=239.701;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:40,7:40:1574:7:278:-11.2423,0,-127.761 0|1:80:69,11:69:2690:11:441:-15.9643,0,-218.168 dDocent_Contig_11540 32 . T G 756.761 . AB=0.195876;ABP=158.864;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=435;DPB=435;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=832.513;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1940;QR=12559;RO=382;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=832.513;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=382;SRP=832.513;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:153,38:153:4955:38:1497:-77.3751,0,-388.495 0/0:241:229,11:229:7604:11:443:0,-32.4033,-644.171 dDocent_Contig_11542 17 . G C 1457.03 . AB=0.376812;ABP=21.2003;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X3M8D1M;DP=138;DPB=93.0769;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=59.5962;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.673077;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2050;QR=2480;RO=64;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=141.985;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:60:30,20,10:30:1169:20,10:779,340:-55.0245,0,-90.0931,-36.5019,-68.5561,-129.568 0|1:78:34,32,11:34:1311:32,11:1271,415:-94.3779,0,-98.0182,-70.6056,-73.641,-174.935 dDocent_Contig_11543 25 . T C 276.915 . AB=0.181818;ABP=80.3937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=635;QR=2906;RO=72;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=159.356;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1180:4:160:-4.84893,0,-96.5388 0/1:55:43,12:43:1726:12:475:-26.5412,0,-139.002 dDocent_Contig_11544 1 . N G 70.2594 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02486,-0.60206,0 dDocent_Contig_11545 91 . G A 59.7912 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.55;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=185;QR=1512;RO=46;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:858:5:185:-7.67808,0,-68.1918 0/0:20:20,0:20:654:0:0:0,-6.0206,-59.1677 dDocent_Contig_11546 24 . T G 4959 . AB=0.57193;ABP=15.8182;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=163;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=356.96;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6501;QR=4883;RO=121;RPL=0;RPP=356.96;RPPR=265.758;RPR=163;RUN=1;SAF=163;SAP=356.96;SAR=0;SRF=121;SRP=265.758;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:101,92:101:4079:92:3686:-273.546,0,-308.866 0/1:91:20,71:20:804:71:2815:-226.053,0,-45.2834 dDocent_Contig_11547 98 . N A 857.113 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=942;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:27:0,27:0:0:27:910:-82.2098,-8.12781,0 dDocent_Contig_11548 17 . G T 156.018 . AB=0.169492;ABP=58.9901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0.855072;EPP=24.725;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=389;QR=4681;RO=118;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=259.244;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:69,0:69:2747:0:0:0,-20.7711,-247.345 0/1:59:49,10:49:1934:10:389:-17.6018,0,-156.504 dDocent_Contig_11549 75 . G T 54.8893 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=982;RO=26;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:478:3:117:-6.0939,0,-38.5434 0/1:15:13,2:13:504:2:80:-3.07613,0,-41.187 dDocent_Contig_11550 20 . T C 1392.8 . AB=0.147152;ABP=686.461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X3M1X;DP=632;DPB=632;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=1164.75;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3689;QR=20219;RO=535;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=1164.75;RPR=93;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=535;SRP=1164.75;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:318:289,28:289:10876:28:1122:-5.72734,0,-882.954 0|1:314:246,65:246:9343:65:2567:-137.252,0,-746.66 dDocent_Contig_11551 51 . T G 4442.89 . AB=0.72;ABP=87.0897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5644;QR=2223;RO=56;RPL=144;RPP=315.702;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:21,70:21:829:70:2724:-217.891,0,-47.5304 0/1:109:35,74:35:1394:74:2920:-230.097,0,-92.9013 dDocent_Contig_11552 32 . A G 169.767 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.688889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=1785;RO=45;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=100.727;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:15,7:15:577:7:277:-18.6757,0,-45.6369 0/0:31:30,1:30:1208:1:41:0,-5.23736,-104.899 dDocent_Contig_11554 43 . T C 38707.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1112;CIGAR=1X;DP=1160;DPB=1160;DPRA=0;EPP=2400.35;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9308;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947842;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44356;QR=1276;RO=32;RPL=2;RPP=2400.35;RPPR=72.4974;RPR=1110;RUN=1;SAF=1112;SAP=2417.69;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:636:19,611:19:747:611:24411:-2127.01,-122.485,0 1/1:524:13,501:13:529:501:19945:-1743.44,-107.177,0 dDocent_Contig_11555 14 . T C 11947.3 . AB=0.663212;ABP=136.978;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=384;CIGAR=1X4M;DP=579;DPB=579;DPRA=0;EPP=836.856;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=56.8464;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.429688;PAIREDR=0.815603;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15187;QR=5581;RO=141;RPL=0;RPP=836.856;RPPR=309.188;RPR=384;RUN=1;SAF=384;SAP=836.856;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:251:59,16,158:59:2325:16,158:638,6197:-486.922,-458.976,-645.435,0,-145.628,-143.773 0|1:328:82,6,226:82:3256:6,226:227,8990:-711.504,-718.947,-985.185,0,-250.927,-200.136 dDocent_Contig_11556 8 . T G 11431.4 . AB=0.721689;ABP=225.413;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=376;CIGAR=1X4M;DP=521;DPB=521;DPRA=0;EPP=819.484;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14353;QR=3950;RO=102;RPL=0;RPP=819.484;RPPR=224.5;RPR=376;RUN=1;SAF=376;SAP=819.484;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:223:44,9,162:44:1704:9,162:341,6174:-493.208,-478.496,-615.766,0,-112.027,-91.2158 0|1:298:58,24,214:58:2246:24,214:933,8179:-653.634,-594.423,-771.698,0,-107.828,-120.078 dDocent_Contig_11557 4 . T C 67.3194 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X9I2M1X;DP=2;DPB=6.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.5;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:71:-6.73086,-0.60206,0 dDocent_Contig_11558 107 . N C 190.952 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:162:-14.8996,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 dDocent_Contig_11559 148 . A G 3318.59 . AB=0.398671;ABP=29.8543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=2X;DP=301;DPB=301;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.6167;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.333333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4491;QR=3728;RO=99;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=217.986;RPR=120;RUN=1;SAF=0;SAP=263.587;SAR=120;SRF=0;SRP=217.986;SRR=99;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:149:58,58,31:58:2129:58,31:2193,1134:-162.266,0,-156.518,-87.794,-82.0414,-252.433 0|1:152:41,62,46:41:1599:62,46:2298,1714:-173.291,0,-112.778,-61.2527,-7.07554,-178.832 dDocent_Contig_11562 61 . A G 1498.24 . AB=0.671053;ABP=22.325;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.1569;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.803922;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1981;QR=1002;RO=25;RPL=38;RPP=29.6215;RPPR=57.2971;RPR=13;RUN=1;SAF=38;SAP=29.6215;SAR=13;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:15,24:15:600:24:933:-72.534,0,-42.5955 0/1:37:10,27:10:402:27:1048:-80.9887,0,-25.4021 dDocent_Contig_11565 8 . T C 6204.04 . AB=0.841667;ABP=246.36;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.881188;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7735;QR=1450;RO=38;RPL=0;RPP=441.648;RPPR=85.5263;RPR=202;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:14,94:14:524:94:3592:-290.891,0,-14.9859 0/1:132:24,108:24:926:108:4143:-333.212,0,-43.9206 dDocent_Contig_11566 98 . N C 277.465 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=306;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,9:0:0:9:306:-27.7465,-2.70927,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11567 14 . T C 517.254 . AB=0.137097;ABP=286.703;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X2M;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=57.2647;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1371;QR=6910;RO=184;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=402.561;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:107:82,0,7,13:82:3069:0,7,13:0,277,522:-18.3277,-43.0121,-294.317,-20.2153,-271.519,-269.412,0,-251.307,-228.508,-247.394 0|1:141:102,8,2,21:102:3841:8,2,21:324,77,849:-37.0967,-42.4143,-354.727,-61.4794,-350.813,-375.598,0,-289.34,-308.405,-308.406 dDocent_Contig_11568 60 . T A 574.398 . AB=0.354839;ABP=14.358;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=1.06897;EPP=50.7827;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.816327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=861;QR=3888;RO=98;RPL=11;RPP=3.0103;RPPR=3.09893;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=3.0103;SAR=11;SRF=50;SRP=3.09893;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:40,22:40:1561:22:861:-59.1387,0,-122.082 0/0:58:58,0:58:2327:0:0:0,-17.4597,-209.587 dDocent_Contig_11569 40 . T G 405.189 . AB=0.326531;ABP=15.8176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.545455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=647;QR=1315;RO=33;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=74.6689;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:676:5:203:-12.0304,0,-54.5479 0/1:27:16,11:16:639:11:444:-32.1875,0,-49.7165 dDocent_Contig_11570 70 . A T 712.183 . AB=0.377778;ABP=14.688;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=340;DPB=340;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=656.623;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1284;QR=9959;RO=301;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=656.623;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=301;SRP=656.623;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:56,34:56:1848:34:1108:-72.9173,0,-139.503 0/0:250:245,5:245:8111:5:176:0,-59.0724,-713.897 dDocent_Contig_11571 96 . A C 27929 . AB=0.572627;ABP=90.3805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1092;CIGAR=1X;DP=1907;DPB=1907;DPRA=0;EPP=2374.26;EPPR=1772.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9982;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37458;QR=27970;RO=815;RPL=1092;RPP=2374.26;RPPR=1772.76;RPR=0;RUN=1;SAF=1092;SAP=2374.26;SAR=0;SRF=815;SRP=1772.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:873:341,532:341:11645:532:18243:-1378.81,0,-785.216 0/1:1034:474,560:474:16325:560:19215:-1417.79,0,-1157.78 dDocent_Contig_11572 83 . G C 1278.89 . AB=0.411765;ABP=12.2071;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=4.3871;EPP=124.613;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1895;QR=3658;RO=111;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1039:0:0:0,-9.33193,-93.8147 0/1:136:80,56:80:2619:56:1895:-129.889,0,-195.027 dDocent_Contig_11573 92 . A T 1168.06 . AB=0.285714;ABP=83.9752;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=58;CIGAR=2X;DP=440;DPB=440;DPRA=0.85654;EPP=128.956;EPPR=832.513;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1996;QR=13036;RO=382;RPL=58;RPP=128.956;RPPR=832.513;RPR=0;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=382;SRP=832.513;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:237:237,0:237:8117:0:0:0,-71.3441,-730.615 0|1:203:145,58:145:4919:58:1996:-118.806,0,-381.785 dDocent_Contig_11574 107 . N G 301.948 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.2298;PAIRED=0.0909091;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=336;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,11:0:0:11:336:-30.1948,-3.31133,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11575 98 . N T 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_11576 22 . T A 71.5441 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.55;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=302;QR=2421;RO=60;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=133.299;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:23,5:23:924:5:188:-8.85329,0,-75.036 0/0:40:37,3:37:1497:3:114:0,-1.41111,-124.339 dDocent_Contig_11577 16 . C A 1118.08 . AB=0.120521;ABP=1155;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=175;CIGAR=1X;DP=1900;DPB=1900;DPRA=0;EPP=383.018;EPPR=3659.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9886;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998812;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6679;QR=65372;RO=1684;RPL=0;RPP=383.018;RPPR=3659.77;RPR=175;RUN=1;SAF=175;SAP=383.018;SAR=0;SRF=1684;SRP=3659.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:921:771,111:771:29944:111:4215:-113.507,0,-2426.96 0/0:979:913,64:913:35428:64:2464:0,-72.5111,-2964.03 dDocent_Contig_11578 98 . N C 81.8482 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=83;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_11579 20 . C A 288.388 . AB=0.128205;ABP=237.14;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1006;QR=6783;RO=170;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=372.161;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:62,14:62:2451:14:562:-28.0435,0,-197.852 0/1:119:108,11:108:4332:11:444:-4.49361,0,-354.001 dDocent_Contig_11580 15 . T C 55.5246 . AB=0.0934844;ABP=509.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=2X2M1X1M1X;DP=603;DPB=603;DPRA=0;EPP=92.7497;EPPR=1054.19;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=58.0816;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.959184;PAIREDR=0.971751;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1921;QR=20759;RO=531;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=1156.06;RPR=49;RUN=1;SAF=47;SAP=92.7497;SAR=2;SRF=519;SRP=1054.19;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:250:219,16:219:8560:16:639:0,-13.2735,-712.219 0|1:353:312,33:312:12199:33:1282:-7.55246,0,-993.01 dDocent_Contig_11581 14 . T C 149.378 . AB=0.428571;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1I1M1X2M1X2M1D1M;DP=27;DPB=27;DPRA=1.07692;EPP=16.0391;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=705;RO=18;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=42.0968;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:11,0:11:439:0:0:0,-3.31133,-39.4838 0|1:14:7,6:7:266:6:232:-16.9378,0,-19.9864 dDocent_Contig_11582 142 . A T 709.724 . AB=0.448276;ABP=4.35811;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.576923;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1016;QR=1252;RO=32;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=72.4974;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:20,18:20:784:18:698:-51.7074,0,-59.4444 0/1:20:12,8:12:468:8:318:-22.964,0,-36.4495 dDocent_Contig_11583 98 . N C 289.765 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=315;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,4:0:0:4:109:-9.88161,-1.20412,0 1/1:8:0,8:0:0:8:206:-18.7937,-2.40824,0 dDocent_Contig_11584 8 . T G 531.613 . AB=0.428571;ABP=5.18177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=1077;RO=28;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=63.8115;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:459:6:220:-14.7323,0,-36.2392 0/1:31:16,15:16:618:15:568:-42.128,0,-46.6281 dDocent_Contig_11585 69 . T A 153.801 . AB=0.183673;ABP=45.5977;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.4545;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=3269;RO=83;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:43,2:43:1699:2:78:0,-6.14305,-145.732 0/1:49:40,9:40:1570:9:360:-17.3801,0,-126.782 dDocent_Contig_11586 209 . N G 107.229 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:115:-10.7224,-0.90309,0 dDocent_Contig_11587 54 . C T 235.78 . AB=0.2;ABP=49.9141;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0.923077;EPP=29.068;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=4516;RO=113;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=248.387;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:65,0:65:2592:0:0:0,-19.5669,-233.41 0/1:60:48,12:48:1924:12:481:-25.578,0,-155.292 dDocent_Contig_11588 8 . T C 4564.65 . AB=0.277937;ABP=301.977;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=194;CIGAR=1X;DP=698;DPB=698;DPRA=0;EPP=424.276;EPPR=1088.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.8763;MQMR=59.3274;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.805556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7479;QR=19358;RO=504;RPL=0;RPP=424.276;RPPR=1097.43;RPR=194;RUN=1;SAF=194;SAP=424.276;SAR=0;SRF=503;SRP=1088.76;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:339:250,89:250:9611:89:3435:-205.763,0,-760.053 0/1:359:254,105:254:9747:105:4044:-254.401,0,-766.792 dDocent_Contig_11590 112 . A T 113.118 . AB=0.14433;ABP=109.592;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X1M2X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=471;QR=2696;RO=78;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=172.385;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:50:42,8,0:42:1456:8,0:266,0:-9.21396,0,-116.286,-21.8572,-118.695,-140.217 0|1:47:36,6,4:36:1240:6,4:205,139:-5.79673,0,-98.9129,-5.33093,-89.4176,-104.85 dDocent_Contig_11591 89 . C T 147.819 . AB=0.169014;ABP=70.5706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.4167;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=2048;RO=59;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:38,7:38:1321:7:249:-9.2067,0,-105.64 0/1:26:21,5:21:727:5:186:-9.27414,0,-57.9208 dDocent_Contig_11593 133 . A C 187.64 . 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AB=0.558333;ABP=10.1038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.932836;PAIREDR=0.943396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4969;QR=4077;RO=106;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=233.186;RPR=134;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:41,78:41:1587:78:2887:-224.182,0,-107.264 0/1:121:65,56:65:2490:56:2082:-151.186,0,-187.863 dDocent_Contig_11595 13 . A C 295.937 . AB=0.212121;ABP=50.5195;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.830357;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=4426;RO=112;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=246.215;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:60,3:60:2396:3:121:0,-7.6849,-204.504 0/1:66:52,14:52:2030:14:568:-31.5937,0,-163.022 dDocent_Contig_11596 53 . T G 186.138 . AB=0.157895;ABP=80.269;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.902913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=3915;RO=103;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=226.672;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:64,12:64:2415:12:476:-20.3128,0,-194.669 0/0:42:39,3:39:1500:3:115:0,-1.92087,-124.541 dDocent_Contig_11599 8 . T G 17914.8 . AB=0.3809;ABP=224.909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=686;CIGAR=1X;DP=1801;DPB=1801;DPRA=0;EPP=1492.64;EPPR=2422.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.2259;MQMR=59.9803;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.940233;PAIREDR=0.525135;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26089;QR=42554;RO=1114;RPL=0;RPP=1492.64;RPPR=2422.03;RPR=686;RUN=1;SAF=686;SAP=1492.64;SAR=0;SRF=1114;SRP=2422.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:862:484,378:484:18501:378:14458:-1041.01,0,-1404.64 0/1:939:630,308:630:24053:308:11631:-754.166,0,-1880.45 dDocent_Contig_11600 18 . C G 335.808 . AB=0.258621;ABP=32.3626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=1739;RO=43;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=96.3836;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:729:5:205:-11.9113,0,-59.0101 0/1:35:25,10:25:1010:10:395:-25.3684,0,-80.6588 dDocent_Contig_11601 28 . A G 174.301 . AB=0.333333;ABP=10.9724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=30;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=470;QR=1565;RO=40;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=89.8692;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:18,1:18:698:1:40:0,-2.67103,-60.1001 0|1:33:22,11:22:867:11:430:-19.4301,0,-68.4119 dDocent_Contig_11607 95 . C T 499.413 . AB=0.348485;ABP=16.1707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0.825;EPP=52.9542;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=791;QR=4222;RO=123;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=270.101;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:43,23:43:1484:23:791:-51.6402,0,-113.988 0/0:80:80,0:80:2738:0:0:0,-24.0824,-246.676 dDocent_Contig_11608 40 . T G 1718.63 . AB=0.351955;ABP=37.0866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2868;QR=9007;RO=229;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=500.277;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:123:113,9:113:4448:9:339:0,-6.27988,-369.421 0/1:179:116,63:116:4559:63:2529:-173.863,0,-356.368 dDocent_Contig_11609 12 . T C 102.293 . AB=0.111111;ABP=192.17;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8906;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=5153;RO=128;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=280.959;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:52,8:52:2099:8:326:-11.6481,0,-170.98 0/1:84:76,8:76:3054:8:301:-2.14805,0,-249.649 dDocent_Contig_11610 1 . N G 148.755 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:161:-14.8753,-1.20412,0 dDocent_Contig_11611 8 . T G 4020.36 . AB=0.786982;ABP=123.906;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=133;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=0;EPP=291.816;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5070;QR=1345;RO=35;RPL=0;RPP=291.816;RPPR=79.0118;RPR=133;RUN=1;SAF=133;SAP=291.816;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:19,65:19:727:65:2484:-198.08,0,-40.0835 0/1:84:16,68:16:618:68:2586:-207.655,0,-30.6729 dDocent_Contig_11612 16 . T C 268.818 . AB=0.170213;ABP=91.8097;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=646;QR=3045;RO=78;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=172.385;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:40,8:40:1560:8:322:-14.8987,0,-126.198 0/1:46:38,8:38:1485:8:324:-15.682,0,-120.057 dDocent_Contig_11615 107 . N T 951.676 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=31;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=26.0927;PAIRED=0.0322581;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1054;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=0;RPR=31;RUN=1;SAF=0;SAP=70.3259;SAR=31;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:31:0,31:0:0:31:1054:-95.1676,-9.33193,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11616 98 . N G 1295.18 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=46;CIGAR=2X;DP=46;DPB=46.5;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=36.4899;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1436;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:46:0,46:0:0:46:1436:-129.518,-13.8474,0 dDocent_Contig_11617 28 . T C 25253 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=731;CIGAR=1X;DP=754;DPB=754;DPRA=0;EPP=1590.36;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29002;QR=915;RO=23;RPL=0;RPP=1590.36;RPPR=52.9542;RPR=731;RUN=1;SAF=731;SAP=1590.36;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:321:9,312:9:359:312:12401:-1082.56,-63.9583,0 1/1:433:14,419:14:556:419:16601:-1442.44,-79.9623,0 dDocent_Contig_11618 42 . C T 400.969 . AB=0.313725;ABP=18.3809;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=1417;RO=35;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:610:6:244:-16.0172,0,-48.916 0/1:30:20,10:20:807:10:405:-27.7786,0,-63.9151 dDocent_Contig_11619 16 . T C 5174.88 . AB=0.718615;ABP=98.9029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=166;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6562;QR=2584;RO=65;RPL=0;RPP=363.475;RPPR=144.156;RPR=166;RUN=1;SAF=166;SAP=363.475;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:36,71:36:1426:71:2767:-216.951,0,-96.3871 0/1:124:29,95:29:1158:95:3795:-304.236,0,-67.171 dDocent_Contig_11620 13 . G A 1493.11 . AB=0.0923077;ABP=96.8513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X7M;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=59.5909;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.886364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1670;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:65:16,3,36,6:16:606:3,36,6:119,1421,236:-112.102,-107.122,-155.896,0,-39.8762,-38.8366,-97.5076,-137.388,-30.2608,-145.378 0|1:51:28,6,15,0:28:1064:6,15,0:242,599,0:-40.9088,-30.2155,-115.608,0,-68.0758,-82.6865,-49.3377,-117.414,-87.202,-136.539 dDocent_Contig_11623 170 . T C 35.8147 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.25;MQMR=58.4632;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=3760;RO=95;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=209.3;SRR=95;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:56,6:56:2210:6:232:-0.638096,0,-176.306 0/1:45:39,6:39:1550:6:233:-5.57202,0,-125.694 dDocent_Contig_11624 71 . T A 2141.91 . AB=0.151316;ABP=163.528;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X2M1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=861;QR=1994;RO=53;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:69:11,12,46:11:416:12,46:453,1680:-136.948,-103.127,-133.62,-3.02592,0,-23.2811 0|0:83:42,11,30:42:1578:11,30:408,1141:-80.942,-60.2032,-186.165,0,-95.8965,-120.249 dDocent_Contig_11626 17 . G A 44.9799 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=1671;RO=42;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:926:4:155:-6.19692,0,-75.5161 0/0:20:19,1:19:745:1:41:0,-1.92603,-63.2803 dDocent_Contig_11627 137 . C T 944.925 . AB=0.266667;ABP=88.132;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992424;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1686;QR=4632;RO=132;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=289.645;RPR=48;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=289.645;SRR=132;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:74,16:74:2601:16:559:-23.5451,0,-207.239 0/1:90:58,32:58:2031:32:1127:-74.6464,0,-155.969 dDocent_Contig_11628 98 . N T 197.186 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:172:-15.8181,-1.50515,0 dDocent_Contig_11629 46 . G A 460.054 . AB=0.301587;ABP=24.5527;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=1707;RO=44;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=98.5551;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:19,10:19:723:10:398:-27.4477,0,-56.6501 0/1:34:25,9:25:984:9:357:-22.2567,0,-78.6265 dDocent_Contig_11630 43 . T C 348.354 . AB=0.193548;ABP=78.8717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.561644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=729;QR=2870;RO=73;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=161.528;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:34,5:34:1309:5:201:-6.73035,0,-106.334 0/1:54:39,13:39:1561:13:528:-31.804,0,-124.669 dDocent_Contig_11631 185 . G A 308.267 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=546;QR=1467;RO=37;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:17,11:17:686:11:427:-30.3525,0,-53.6396 0/1:23:20,3:20:781:3:119:-4.1717,0,-63.6759 dDocent_Contig_11632 41 . T G 789.024 . AB=0.311321;ABP=35.7872;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=22.0271;EPPR=144.632;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.515152;PAIREDR=0.684932;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1265;QR=2872;RO=73;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=161.528;RPR=33;RUN=1;SAF=25;SAP=22.0271;SAR=8;SRF=71;SRP=144.632;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:54,18:54:2127:18:685:-40.3055,0,-169.94 0/1:34:19,15:19:745:15:580:-42.2958,0,-57.1372 dDocent_Contig_11636 65 . T G 707.658 . AB=0.0612245;ABP=166.89;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X;DP=179;DPB=179;DPRA=1.20988;EPP=16.0391;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.742647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=216;QR=4858;RO=136;RPL=3;RPP=3.0103;RPPR=10.7382;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=3.0103;SAR=3;SRF=79;SRP=10.7382;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:81:74,0,7:74:2629:0,7:0,239:0,-22.2762,-236.495,-2.54579,-217.107,-215 0|0:98:62,6,30:62:2229:6,30:216,1117:-72.7658,-73.8084,-253.826,0,-164.209,-172.801 dDocent_Contig_11638 8 . T C 1016.97 . AB=0.236453;ABP=125.479;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.854167;PAIREDR=0.948387;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1843;QR=5924;RO=155;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=339.589;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:58,12:58:2234:12:466:-21.2199,0,-180.206 0/1:133:97,36:97:3690:36:1377:-84.1761,0,-292.18 dDocent_Contig_11640 59 . G A 70.4676 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8889;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.585366;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=3027;RO=82;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=8.20065;RPR=3;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=48;SRP=8.20065;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:45,2:45:1614:2:79:0,-6.65078,-138.009 0/1:44:37,7:37:1413:7:244:-9.04676,0,-114.191 dDocent_Contig_11641 107 . N C 61.7437 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17329,-0.60206,0 dDocent_Contig_11642 87 . A C 15928.8 . AB=0.606395;ABP=92.1891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=550;CIGAR=1X;DP=907;DPB=907;DPRA=0;EPP=1197.32;EPPR=776.054;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20782;QR=12889;RO=356;RPL=550;RPP=1197.32;RPPR=776.054;RPR=0;RUN=1;SAF=550;SAP=1197.32;SAR=0;SRF=356;SRP=776.054;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:320:125,194:125:4541:194:7332:-563.364,0,-312.452 0/1:587:231,356:231:8348:356:13450:-1033.22,0,-574.582 dDocent_Contig_11643 57 . T C 19994.3 . AB=0.733721;ABP=411.055;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=631;CIGAR=1X;DP=860;DPB=860;DPRA=0;EPP=1373.21;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988906;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25154;QR=9088;RO=229;RPL=631;RPP=1373.21;RPPR=500.277;RPR=0;RUN=1;SAF=631;SAP=1373.21;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:287:64,223:64:2509:223:8852:-709.757,0,-139.55 0/1:573:165,408:165:6579:408:16302:-1293.37,0,-419.341 dDocent_Contig_11644 34 . T C 364.448 . AB=0.283951;ABP=35.8505;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=24.253;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=35;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=884;QR=2315;RO=58;RPL=4;RPP=24.253;RPPR=128.956;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:23,5:23:919:5:199:-5.75373,0,-74.5879 0/1:53:35,18:35:1396:18:685:-34.39,0,-109.942 dDocent_Contig_11646 47 . G A 317.67 . AB=0.236842;ABP=48.7255;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=5.75321;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.868421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=762;QR=4168;RO=114;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=241.948;RPR=22;RUN=1;SAF=14;SAP=6.56362;SAR=8;SRF=64;SRP=6.74371;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:56,4:56:2059:4:136:0,-5.49226,-172.973 0/1:76:58,18:58:2109:18:626:-33.767,0,-167.154 dDocent_Contig_11647 23 . T C 7293.77 . AB=0.254293;ABP=644.333;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=311;CIGAR=1X;DP=1223;DPB=1223;DPRA=0;EPP=678.338;EPPR=1983.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12241;QR=35977;RO=912;RPL=0;RPP=678.338;RPPR=1983.39;RPR=311;RUN=1;SAF=311;SAP=678.338;SAR=0;SRF=912;SRP=1983.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:511:375,136:375:14694:136:5351:-327.611,0,-1167.61 0/1:712:537,175:537:21283:175:6890:-405.465,0,-1699.39 dDocent_Contig_11648 13 . A G 283.143 . AB=0.0740741;ABP=45.5551;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2X1M2X6M;DP=100;DPB=104.636;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=3046;RO=80;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=176.728;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:14,10,2:14:523:10,2:399,80:-28.6789,0,-39.8212,-26.3012,-36.2374,-68.509 0|0:73:66,7,0:66:2523:7,0:277,0:-3.32423,0,-205.292,-23.1922,-207.399,-230.197 dDocent_Contig_11649 126 . G A 10286.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=365;CIGAR=1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0;EPP=795.598;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99726;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12469;QR=1039;RO=30;RPL=0;RPP=795.598;RPPR=68.1545;RPR=365;RUN=1;SAF=0;SAP=795.598;SAR=365;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:161:8,153:8:280:153:5183:-441.1,-22.9258,0 1/1:234:22,212:22:759:212:7286:-587.211,-1.8117,0 dDocent_Contig_11650 68 . T C 20907.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=630;CIGAR=1X;DP=664;DPB=664;DPRA=0;EPP=1371.04;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993651;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24535;QR=1285;RO=34;RPL=630;RPP=1371.04;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=630;SAP=1371.04;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:313:22,291:22:845:291:11200:-931.17,-17.8551,0 1/1:351:12,339:12:440:339:13335:-1159.25,-65.7268,0 dDocent_Contig_11651 98 . N G 72.159 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=4I1M3X5I7X2M1X;DP=2;DPB=3.28571;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21481,-0.60206,0 dDocent_Contig_11652 209 . N G 104.452 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:112:-10.4446,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11656 1 . N G 105.295 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.3333;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=113;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=2;SAP=3.73412;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:113:-10.529,-0.90309,0 dDocent_Contig_11657 37 . G A 9830.96 . AB=0.525559;ABP=6.56236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=329;CIGAR=1X;DP=626;DPB=626;DPRA=0;EPP=717.425;EPPR=647.938;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13064;QR=11727;RO=297;RPL=0;RPP=717.425;RPPR=647.938;RPR=329;RUN=1;SAF=329;SAP=717.425;SAR=0;SRF=297;SRP=647.938;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:327:154,173:154:6108:173:6867:-519.303,0,-451.045 0/1:299:143,156:143:5619:156:6197:-467.492,0,-415.526 dDocent_Contig_11659 50 . T C 745.013 . AB=0.774194;ABP=23.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1027;QR=1237;RO=31;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:7,24:7:282:24:947:-76.199,0,-16.4207 0/0:26:24,2:24:955:2:80:0,-0.234989,-78.6593 dDocent_Contig_11660 7 . A T 109.065 . AB=0.212121;ABP=26.7649;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=241;DPB=241;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=31.1071;MQMR=58.5613;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0357143;PAIREDR=0.957547;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1083;QR=8083;RO=212;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=463.362;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:208:186,21:186:7087:21:816:0,-11.1928,-578.653 0/1:33:26,7:26:996:7:267:-12.9065,0,-77.3744 dDocent_Contig_11661 120 . A C 591.227 . AB=0.159875;ABP=323.551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=319;DPB=319;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.901961;PAIREDR=0.996269;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1758;QR=9480;RO=268;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=584.965;RPR=51;RUN=1;SAF=0;SAP=113.755;SAR=51;SRF=0;SRP=584.965;SRR=268;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:165:139,26:139:4915:26:900:-31.6453,0,-392.826 0/1:154:129,25:129:4565:25:858:-31.1763,0,-364.647 dDocent_Contig_11662 21 . G T 115.686 . AB=0.170213;ABP=47.41;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.11905;EPP=20.3821;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.530864;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=304;QR=3017;RO=81;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=178.9;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1564:0:0:0,-12.6433,-141.027 0/1:47:39,8:39:1453:8:304:-13.5686,0,-116.895 dDocent_Contig_11664 53 . T C 4140.25 . AB=0.280265;ABP=255.899;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=169;CIGAR=1X;DP=603;DPB=603;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=945.429;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6657;QR=17319;RO=434;RPL=169;RPP=369.989;RPPR=945.429;RPR=0;RUN=1;SAF=169;SAP=369.989;SAR=0;SRF=434;SRP=945.429;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:312:234,78:234:9296:78:3075:-182.918,0,-742.16 0/1:291:200,91:200:8023:91:3582:-234.806,0,-634.021 dDocent_Contig_11666 53 . G T 782.72 . AB=0.405797;ABP=8.32883;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.780488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1134;QR=1615;RO=41;RPL=25;RPP=40.5458;RPPR=92.0407;RPR=3;RUN=1;SAF=25;SAP=40.5458;SAR=3;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:25,6:25:977:6:241:-12.7344,0,-78.8978 0/1:38:16,22:16:638:22:893:-69.2366,0,-46.3147 dDocent_Contig_11667 50 . T C 66.5815 . AB=0.107692;ABP=176.795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.843478;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=4616;RO=115;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:1285:5:188:-6.1378,0,-104.774 0/1:93:83,9:83:3331:9:355:-4.21799,0,-271.743 dDocent_Contig_11668 89 . G T 1717.19 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_11671 10 . T C 940.109 . AB=0.178808;ABP=273.625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=541.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.277778;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2089;QR=9654;RO=248;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=541.535;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=248;SRP=541.535;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:126,32:126:4920:32:1236:-63.9691,0,-395.203 0/1:144:122,22:122:4734:22:853:-33.7408,0,-382.695 dDocent_Contig_11672 16 . T A 38.2015 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M2I2M1X;DP=93;DPB=94.7143;DPRA=1.21429;EPP=16.0391;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.7674;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=3436;RO=86;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=189.757;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:44,6:44:1749:6:229:-5.51905,0,-141.86 0|0:42:42,0:42:1687:0:0:0,-12.6433,-152.059 dDocent_Contig_11673 77 . T C 1454.13 . AB=0.195652;ABP=77.0292;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=18;CIGAR=1X7M1X;DP=92;DPB=92.1111;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0.333333;PQA=11.6667;PQR=0;PRO=0;QA=623;QR=571;RO=16;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:68:11,4,33,17:11:392:4,33,17:130,1138,589:-105.05,-97.8704,-128.62,-15.9131,-37.3797,-37.9354,-60.4898,-81.9542,0,-87.3275 0|1:24:5,2,16,1:5:179:2,16,1:70,560,34:-44.0614,-39.871,-53.8683,0,-8.91024,-9.78799,-42.8091,-51.7129,-11.8484,-57.1072 dDocent_Contig_11674 40 . G T 183.697 . AB=0.130769;ABP=156.951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0588235;PAIREDR=0.610619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=672;QR=4494;RO=113;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=248.387;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:57,10:57:2253:10:402:-16.3707,0,-182.772 0/1:63:56,7:56:2241:7:270:-5.69792,0,-182.892 dDocent_Contig_11675 43 . A G 153.517 . AB=0.25;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=2.33333;EPP=18.2106;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1323;RO=33;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=74.6689;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:845:7:279:-17.0507,0,-67.934 0/0:12:12,0:12:478:0:0:0,-3.61236,-43.3703 dDocent_Contig_11676 25 . G C 773.604 . AB=0.123499;ABP=720.829;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=583;DPB=583;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=1112.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2845;QR=20053;RO=511;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=1112.63;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=511;SRP=1112.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:354:307,47:307:12077:47:1868:-61.7677,0,-979.561 0/1:229:204,25:204:7976:25:977:-19.2916,0,-648.524 dDocent_Contig_11677 17 . G A 2533.06 . AB=0.272189;ABP=155.373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X2M1X;DP=338;DPB=338;DPRA=0;EPP=27.1797;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=59.3478;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.478261;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3591;QR=4963;RO=126;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=276.616;RPR=92;RUN=1;SAF=62;SAP=27.1797;SAR=30;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:150:53,18,41,8,26:53:2091:18,41,8,26:698,1584,320,880:-113.88,-73.2934,-239.935,0,-115.529,-159.726,-103.471,-218.991,-145.706,-273.122,-62.2832,-177.799,-104.516,-207.974,-226.509 0|1:188:73,18,51,11,25:73:2872:18,51,11,25:681,2007,437,904:-143.125,-110.441,-341.272,0,-181.603,-220.909,-129.12,-310.711,-200.282,-362.058,-93.8026,-275.392,-164.964,-294.071,-322.524 dDocent_Contig_11678 17 . A G 5843.41 . AB=0.239316;ABP=279.251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1M1D4M2X4M1X5M;DP=468;DPB=453.667;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13.5;MQM=59.8393;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4265;QR=1647;RO=43;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=96.3836;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:221:29,13,10,68,68,5,0,9:29:1105:13,10,68,68,5,0,9:485,387,2621,2646,184,0,357:-333.135,-302.163,-388.885,-310.078,-361.012,-397.703,-126.816,-177.751,-185.665,-196.982,-124.416,-175.351,-183.265,0,-194.582,-326.821,-377.755,-385.669,-202.408,-200.008,-415.951,-341.865,-392.799,-400.713,-217.452,-215.052,-417.456,-432.5,-312.477,-363.411,-371.325,-188.064,-185.664,-388.069,-403.112,-400.403 1|0:247:14,34,33,44,54,21,15,20:14:542:34,33,44,54,21,15,20:1307,1248,1644,2061,708,589,779:-254.905,-151.827,-186.116,-156.837,-94.0684,-191.428,-124.538,-61.7686,-66.7796,-155.816,-90.0578,-27.2885,-32.2996,0,-118.327,-201.771,-139.003,-144.014,-111.714,-77.2347,-239.974,-210.677,-147.908,-152.918,-120.619,-86.1388,-197.852,-250.685,-195.101,-132.332,-137.342,-105.043,-70.5628,-182.277,-191.182,-233.604 dDocent_Contig_11681 8 . G A 455.856 . AB=0.221239;ABP=79.2809;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.36;PAIREDR=0.352273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=918;QR=3393;RO=88;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=194.1;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:50,10:50:1940:10:368:-15.4046,0,-156.777 0/1:53:38,15:38:1453:15:550:-33.88,0,-115.091 dDocent_Contig_11682 15 . G C 153.53 . AB=0.259259;ABP=16.6021;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.42105;EPP=18.2106;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1569;RO=39;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=87.6977;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:767:0:0:0,-5.71957,-69.3504 0/1:27:20,7:20:802:7:279:-17.353,0,-64.3668 dDocent_Contig_11684 16 . G A 229.056 . AB=0.123288;ABP=272.957;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=453;DPB=453;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=891.143;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9902;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1628;QR=15866;RO=409;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=891.143;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=409;SRP=891.143;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:234:217,17:217:8411:17:622:0,-14.1469,-700.372 0/1:219:192,27:192:7455:27:1006:-24.9056,0,-604.773 dDocent_Contig_11685 38 . G T 440.947 . AB=0.2;ABP=92.9093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.652174;PAIREDR=0.576087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=908;QR=3691;RO=92;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=202.786;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:45,12:45:1794:12:459:-24.4875,0,-144.515 0/1:58:47,11:47:1897:11:449:-23.3061,0,-153.468 dDocent_Contig_11686 123 . C T 123.446 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.869565;EPP=16.0391;EPPR=74.9036;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=219;QR=1296;RO=37;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=1;SRP=74.9036;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:494:6:219:-14.0436,0,-38.7729 0/0:23:23,0:23:802:0:0:0,-6.92369,-72.5001 dDocent_Contig_11687 25 . T C 14031.5 . AB=0.833652;ABP=508.723;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=436;CIGAR=1X;DP=523;DPB=523;DPRA=0;EPP=949.772;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9679;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970183;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17395;QR=3393;RO=86;RPL=0;RPP=949.772;RPPR=189.757;RPR=436;RUN=1;SAF=436;SAP=949.772;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:265:45,220:45:1795:220:8835:-714.831,0,-81.9883 0/1:258:41,216:41:1598:216:8560:-692.021,0,-66.2728 dDocent_Contig_11689 13 . T A 2003.68 . AB=0.20202;ABP=384.773;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=495;DPB=495;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=828.369;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.92;MQMR=59.9413;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.02;PAIREDR=0.395408;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3913;QR=15551;RO=392;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=854.227;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=389;SRP=828.369;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:261:201,57:201:7937:57:2228:-122.631,0,-635.734 0/1:234:191,43:191:7614:43:1685:-81.435,0,-614.44 dDocent_Contig_11690 103 . G C 38.1803 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.40909;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1948;RO=49;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:881:0:0:0,-6.62266,-79.5968 0/1:31:27,4:27:1067:4:164:-5.81797,0,-86.9828 dDocent_Contig_11691 17 . C A 6601.54 . AB=0.0461095;ABP=1244.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X1M;DP=694;DPB=694;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=895.485;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=59.9124;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985401;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1276;QR=16174;RO=411;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=895.485;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=411;SRP=895.485;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:359:230,97,23:230:9089:97,23:3871,913:-249.577,0,-718.653,-243.661,-672.7,-984.58 0|1:335:181,144,9:181:7085:144,9:5696,363:-414.275,0,-539.164,-438.839,-552.59,-1018.62 dDocent_Contig_11694 18 . T C 139.968 . AB=0.212121;ABP=26.7649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=835;RO=21;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=48.6112;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:18:10,5,3:10:404:5,3:201,122:-7.15279,-5.53927,-37.3389,0,-28.7802,-32.5795 0|1:15:11,0,4:11:431:0,4:0,163:-10.543,-13.8543,-49.2803,0,-35.8288,-34.6247 dDocent_Contig_11695 41 . T C 105.414 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=869;RO=22;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:9,4:9:366:4:164:-11.2365,0,-29.3916 0/1:15:13,2:13:503:2:79:-2.98179,0,-41.0924 dDocent_Contig_11697 78 . C A 26891.6 . AB=0.571516;ABP=75.3781;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=931;CIGAR=1X;DP=1629;DPB=1629;DPRA=0;EPP=2024.65;EPPR=1518.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35389;QR=26673;RO=698;RPL=931;RPP=2024.65;RPPR=1518.7;RPR=0;RUN=1;SAF=931;SAP=2024.65;SAR=0;SRF=698;SRP=1518.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:938:374,564:374:14286:564:21414:-1643.75,0,-1002.7 0/1:691:324,367:324:12387:367:13975:-1049.11,0,-906.282 dDocent_Contig_11698 26 . C A 9770.99 . AB=0.803665;ABP=308.972;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=307;CIGAR=1X;DP=382;DPB=382;DPRA=0;EPP=669.652;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9902;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986301;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12178;QR=2917;RO=73;RPL=0;RPP=669.652;RPPR=161.528;RPR=307;RUN=1;SAF=307;SAP=669.652;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:34,65:34:1353:65:2528:-197.872,0,-92.229 0/1:283:39,242:39:1564:242:9650:-782.926,0,-56.0128 dDocent_Contig_11699 144 . G T 132.496 . AB=0.12;ABP=159.791;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.8667;MQMR=59.7818;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=4370;RO=110;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=241.872;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=241.872;SRR=110;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:56,8:56:2234:8:321:-9.80809,0,-181.959 0/1:61:54,7:54:2136:7:281:-7.14051,0,-173.504 dDocent_Contig_11701 7 . A G 727.169 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1070;QR=1280;RO=34;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=76.8404;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:9,12:9:344:12:398:-29.8082,0,-24.9962 0/1:47:25,22:25:936:22:672:-46.6077,0,-70.4034 dDocent_Contig_11702 12 . T C 773.419 . AB=0.159722;ABP=292.661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=288;DPB=288;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978261;PAIREDR=0.946281;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1857;QR=9264;RO=242;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=528.507;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:102,27:102:3854:27:1090:-59.5533,0,-308.099 0/1:159:140,19:140:5410:19:767:-21.4876,0,-438.971 dDocent_Contig_11703 137 . A G 88.4401 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.07692;EPP=11.6962;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=770;RO=23;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=52.9542;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:433:0:0:0,-3.91339,-39.2903 0/1:14:10,4:10:337:4:163:-10.844,0,-26.4422 dDocent_Contig_11704 15 . C G 194.244 . AB=0.0571429;ABP=62.6327;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=33;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=2212;RO=56;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=124.613;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:25,2,7:25:974:2,7:81,280:-15.5809,-17.9118,-97.3494,0,-74.8852,-77.9827 0|0:36:31,0,5:31:1238:0,5:0,200:-7.54246,-16.8744,-118.841,0,-102.366,-100.861 dDocent_Contig_11705 119 . T A 1329.22 . AB=0.573034;ABP=7.13366;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1M1X2M;DP=89;DPB=91.5;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.803922;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1783;QR=967;RO=28;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=63.8115;RPR=51;RUN=1;SAF=0;SAP=113.755;SAR=51;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:56:18,6,32:18:639:6,32:215,1108:-84.617,-72.4988,-122.762,0,-34.5282,-42.4309 0|1:33:10,4,19:10:328:4,19:137,675:-52.0036,-43.8952,-69.182,0,-15.3649,-20.7704 dDocent_Contig_11706 1 . N G 188.83 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:38:-3.79727,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:160:-14.7834,-1.20412,0 dDocent_Contig_11708 24 . T A 1289.36 . AB=0.195719;ABP=265.984;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=581;DPB=581;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=1114.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2747;QR=20568;RO=512;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=1114.8;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=512;SRP=1114.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:254:249,5:249:10020:5:200:0,-58.0821,-882.728 0/1:327:263,64:263:10548:64:2547:-130.936,0,-850.143 dDocent_Contig_11710 1 . N G 76.8682 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11711 95 . A G 103.01 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.72093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=1567;RO=43;RPL=5;RPP=4.09604;RPPR=14.3727;RPR=3;RUN=1;SAF=5;SAP=4.09604;SAR=3;SRF=29;SRP=14.3727;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:22,2:22:814:2:74:0,-0.198844,-66.5497 0/1:27:21,6:21:753:6:223:-12.2996,0,-59.9612 dDocent_Contig_11713 62 . G C 15263.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=465;CIGAR=1X;DP=501;DPB=501;DPRA=0;EPP=1012.74;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956989;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18386;QR=1411;RO=36;RPL=465;RPP=1012.74;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=465;SAP=1012.74;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:233:19,214:19:744:214:8554:-702.084,-2.85263,0 1/1:268:17,251:17:667:251:9832:-823.934,-20.3156,0 dDocent_Contig_11716 48 . T G 187.64 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=199.039;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.681416;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=516;QR=4472;RO=113;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=199.039;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:41,10:41:1651:10:394:-20.4629,0,-133.461 0/0:75:72,3:72:2821:3:122:0,-11.2048,-242.63 dDocent_Contig_11717 120 . A G 54.3926 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.515152;EPP=5.18177;EPPR=94.401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.75;MQMR=58.913;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1770;RO=46;RPL=1;RPP=5.18177;RPPR=94.401;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1266:0:0:0,-9.93399,-111.526 0/1:17:13,4:13:504:4:150:-7.43926,0,-40.5913 dDocent_Contig_11718 23 . T A 49811.6 . AB=0.878301;ABP=1085.71;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1527;CIGAR=1X;DP=1694;DPB=1694;DPRA=0;EPP=3318.85;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60769;QR=6602;RO=167;RPL=0;RPP=3318.85;RPPR=365.646;RPR=1527;RUN=1;SAF=1527;SAP=3318.85;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:871:106,765:106:4174:765:30552:-2484.7,0,-113.433 1/1:823:61,762:61:2428:762:30217:-2498.15,-29.0854,0 dDocent_Contig_11719 15 . C G 431.233 . AB=0.243902;ABP=49.7234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.951613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=787;QR=2456;RO=62;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=137.642;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:29,15:29:1148:15:607:-41.7213,0,-90.3615 0/1:38:33,5:33:1308:5:180:-5.10085,0,-106.549 dDocent_Contig_11720 107 . N T 162.772 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=177;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:177:-16.277,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11721 36 . T C 1047.2 . AB=0.0952381;ABP=92.6611;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1D1M1X;DP=109;DPB=97;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=56.5;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.796296;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=2098;RO=54;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:46:16,0,22,6:16:614:0,22,6:0,866,231:-66.3564,-71.1729,-121.562,0,-50.389,-43.7664,-52.2113,-102.599,-31.4257,-100.793 0|0:63:38,6,17,0:38:1484:6,17,0:234,652,0:-42.0626,-34.3018,-154.491,0,-102.793,-116.874,-53.5018,-156.297,-121.991,-175.496 dDocent_Contig_11722 13 . A T 742.856 . AB=0.0841121;ABP=163.76;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=4M1X1M1X11M3I6M;DP=107;DPB=106.958;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=44;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.52;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=1934;RO=50;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=111.584;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:32,3,7,3:32:1227:3,7,3:109,284,120:-13.8192,-14.7447,-114.551,0,-92.0278,-98.6301,-13.5598,-105.568,-90.8502,-113.374 0|0:60:18,6,21,9:18:707:6,21,9:220,844,341:-64.1654,-52.074,-108.426,0,-40.6658,-51.8552,-41.6275,-82.2781,-30.2181,-97.0783 dDocent_Contig_11724 130 . A G 30.2477 . AB=0.0958904;ABP=210.103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=296;DPB=296;DPRA=0.973333;EPP=33.4109;EPPR=615.366;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=537;QR=10824;RO=282;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=615.366;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=615.366;SRR=282;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:132,14:132:5062:14:537:-4.72333,0,-411.639 0/0:150:150,0:150:5762:0:0:0,-45.1545,-518.527 dDocent_Contig_11725 57 . C G 82.8872 . AB=0.110092;ABP=146.945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.948454;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=3857;RO=97;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:50,5:50:1983:5:204:-2.18738,0,-162.111 0/1:54:47,7:47:1874:7:284:-9.67817,0,-152.612 dDocent_Contig_11726 8 . G A 31.0107 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=21.1667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.637255;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=454;QR=3963;RO=102;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=224.5;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:24,8:24:940:8:303:-4.7997,0,-75.2794 0|0:82:78,4:78:3023:4:151:0,-16.9485,-264.479 dDocent_Contig_11731 12 . C T 146.289 . AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=771;RO=19;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=44.2683;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:484:4:162:-10.1503,0,-39.0946 0/1:10:7,3:7:287:3:120:-8.1776,0,-23.1949 dDocent_Contig_11733 53 . C A 38.4971 . AB=0.0606061;ABP=279.709;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=3M1X1M1X;DP=342;DPB=351;DPRA=0.932203;EPP=24.725;EPPR=682.681;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=374;QR=11693;RO=313;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=682.681;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=313;SRP=682.681;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:177:176,0,0:176:6500:0,0:0,0:0,-52.9813,-584.88,-52.9813,-584.88,-584.88 0|0:165:137,10,18:137:5193:10,18:374,584:-5.84964,-16.4466,-439.228,0,-395.122,-420.33 dDocent_Contig_11735 17 . C A 231.298 . AB=0.26087;ABP=25.858;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.416667;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=1363;RO=34;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=76.8404;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:724:5:185:-10.0863,0,-58.5611 0/1:23:16,7:16:639:7:259:-16.7424,0,-50.918 dDocent_Contig_11736 14 . G C 23293.8 . AB=0.469779;ABP=16.2665;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=785;CIGAR=1X;DP=1671;DPB=1671;DPRA=0;EPP=1707.62;EPPR=1924.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998726;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31542;QR=35325;RO=885;RPL=0;RPP=1707.62;RPPR=1924.76;RPR=785;RUN=1;SAF=785;SAP=1707.62;SAR=0;SRF=885;SRP=1924.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:655:302,353:302:12090:353:14110:-1071.64,0,-890.062 0/1:1016:583,432:583:23235:432:17432:-1261.43,0,-1783.17 dDocent_Contig_11738 11 . C T 772.706 . AB=0.0694444;ABP=118.943;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.552632;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=1489;RO=38;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=85.5263;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:8,3,11:8:320:3,11:116,440:-33.8462,-26.7293,-52.1862,0,-16.8453,-23.0583 0|0:50:30,2,18:30:1169:2,18:80,685:-47.1233,-49.5621,-145.036,0,-89.4697,-90.6419 dDocent_Contig_11739 71 . A T 879.056 . AB=0.280822;ABP=63.9305;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=2X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878049;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1499;QR=3859;RO=105;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:60,9:60:2188:9:338:-10.0014,0,-176.39 0|1:77:45,32:45:1671:32:1161:-81.6033,0,-127.479 dDocent_Contig_11740 13 . G A 242.276 . AB=0.0951157;ABP=1110.8;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=1436;DPB=1436;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=2849.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4942;QR=52014;RO=1311;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=2849.81;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=1311;SRP=2849.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:778:704,74:704:27870:74:2889:-25.9266,0,-2271.69 0/0:658:607,51:607:24144:51:2053:0,-13.1263,-1985.92 dDocent_Contig_11741 23 . C A 2086.57 . AB=0.507143;ABP=3.07234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=2X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2822;QR=2787;RO=69;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=152.842;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:30,36:30:1206:36:1438:-109.808,0,-88.9482 0|1:74:39,35:39:1581:35:1384:-102.548,0,-120.244 dDocent_Contig_11742 24 . T A 995.983 . AB=0.391753;ABP=12.8827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.864407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1465;QR=2028;RO=59;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=131.127;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:29,21:29:1005:21:813:-58.4362,0,-75.6997 0/1:47:30,17:30:1023:17:652:-44.8612,0,-78.2215 dDocent_Contig_11745 30 . C T 4329.38 . AB=0.342495;ABP=104.932;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=162;CIGAR=1X;DP=473;DPB=473;DPRA=0;EPP=354.789;EPPR=678.338;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6432;QR=12320;RO=311;RPL=0;RPP=354.789;RPPR=678.338;RPR=162;RUN=1;SAF=162;SAP=354.789;SAR=0;SRF=311;SRP=678.338;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:115,16:115:4531:16:636:-18.1388,0,-368.291 0/1:342:196,146:196:7789:146:5796:-418.498,0,-597.665 dDocent_Contig_11746 16 . C T 33.7162 . AB=0.222222;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0.529412;EPP=7.35324;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=975;RO=24;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=55.1256;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:286:2:82:-5.07041,0,-23.4055 0/0:17:17,0:17:689:0:0:0,-5.11751,-62.3389 dDocent_Contig_11747 107 . N C 120.859 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=127;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:48:-4.47872,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:79:-7.30572,-1.20412,0 dDocent_Contig_11748 61 . G A 210.86 . AB=0.282051;ABP=19.1015;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0.493671;EPP=26.8965;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.46729;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=380;QR=3850;RO=107;RPL=4;RPP=4.78696;RPPR=6.44001;RPR=7;RUN=1;SAF=4;SAP=4.78696;SAR=7;SRF=60;SRP=6.44001;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:28,11:28:988:11:380:-22.785,0,-77.4767 0/0:79:79,0:79:2862:0:0:0,-23.7814,-257.739 dDocent_Contig_11749 93 . C G 283.696 . AB=0.304348;ABP=18.305;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X3M1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=1102;RO=31;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:13,7:13:455:7:250:-16.475,0,-34.9114 0|1:25:18,7:18:647:7:253:-15.5935,0,-51.0332 dDocent_Contig_11750 10 . T A 1184.54 . AB=0.289017;ABP=69.8992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1929;QR=4761;RO=123;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=270.101;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:56,16:56:2188:16:615:-34.0124,0,-175.448 0/1:101:67,34:67:2573:34:1314:-88.1401,0,-201.339 dDocent_Contig_11751 20 . T A 225.285 . AB=0.134921;ABP=148.878;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1015;QR=8296;RO=207;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=452.505;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:109,17:109:4352:17:687:-24.2274,0,-353.689 0/0:106:98,8:98:3944:8:328:0,-2.01884,-325.035 dDocent_Contig_11752 9 . T C 562.881 . AB=0.133159;ABP=450.691;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=741;DPB=741;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=1453.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.191781;PAIREDR=0.00898204;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2780;QR=25044;RO=668;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=1453.55;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=668;SRP=1453.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:358:336,22:336:12621:22:854:0,-30.5865,-1058.25 0/1:383:332,51:332:12423:51:1926:-58.2881,0,-1002.32 dDocent_Contig_11755 15 . C A 47732.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1356;CIGAR=1X;DP=1375;DPB=1375;DPRA=0;EPP=2947.53;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998525;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53839;QR=747;RO=19;RPL=0;RPP=2947.53;RPPR=44.2683;RPR=1356;RUN=1;SAF=1356;SAP=2947.53;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:689:9,680:9:365:680:26949:-2389.91,-174.196,0 1/1:686:10,676:10:382:676:26890:-2383,-171.781,0 dDocent_Contig_11756 137 . A G 180.374 . AB=0.264706;ABP=19.3602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=938;RO=25;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:8,6:8:287:6:233:-17.125,0,-21.9594 0/1:20:17,3:17:651:3:114:-4.61088,0,-52.903 dDocent_Contig_11757 52 . G A 147.525 . AB=0.208333;ABP=38.4777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.837838;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=1251;RO=37;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=83.3548;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:20,7:20:674:7:248:-14.5367,0,-52.8482 0|1:21:17,3:17:577:3:108:-3.91211,0,-46.1459 dDocent_Contig_11758 112 . T A 597.939 . 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AB=0.121887;ABP=950.515;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=1505;DPB=1505;DPRA=1.0283;EPP=204.957;EPPR=3066.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999291;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3729;QR=56550;RO=1411;RPL=0;RPP=204.957;RPPR=3066.96;RPR=93;RUN=1;SAF=93;SAP=204.957;SAR=0;SRF=1411;SRP=3066.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:742:742,0:742:29798:0:0:0,-223.364,-2679.03 0/1:763:669,93:669:26752:93:3729:-105.833,0,-2175.48 dDocent_Contig_11760 13 . G A 1692.63 . AB=0.237037;ABP=84.0947;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=2M1X5M1X3M1X1M;DP=135;DPB=115.286;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1236;QR=1084;RO=28;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=63.8115;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:67:17,14,8,27:17:655:14,8,27:535,279,1028:-79.195,-40.4163,-89.9894,-61.6346,-71.5259,-113.011,0,-9.89339,-31.1139,-45.6622 1|0:68:11,18,15,23:11:429:18,15,23:701,505,908:-93.7667,-39.4597,-69.3081,-56.1789,-33.8298,-86.926,-22.3556,0,-16.7283,-50.7007 dDocent_Contig_11761 98 . N G 38.0153 . 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AB=0.21843;ABP=204.779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=671;DPB=671;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=1238.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3120;QR=22689;RO=581;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=1238.71;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=581;SRP=1264.64;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:378:352,15:352:13720:15:594:0,-57.0728,-1180.14 0/1:293:229,64:229:8969:64:2526:-139.277,0,-718.562 dDocent_Contig_11765 24 . T G 200.359 . AB=0.244898;ABP=30.7077;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=420;QR=1413;RO=37;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=83.3548;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:880:8:272:-15.4715,0,-70.1834 0/1:18:14,4:14:533:4:148:-8.26332,0,-42.8931 dDocent_Contig_11768 29 . C A 8098.4 . AB=0.665823;ABP=97.3512;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=263;CIGAR=1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0;EPP=574.108;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10363;QR=5218;RO=131;RPL=0;RPP=574.108;RPPR=287.473;RPR=263;RUN=1;SAF=263;SAP=574.108;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:79,93:79:3155:93:3648:-276.312,0,-231.99 0/1:222:52,170:52:2063:170:6715:-537.227,0,-119.028 dDocent_Contig_11769 54 . C A 120.864 . AB=0.134831;ABP=106.094;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=153.293;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.558442;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=465;QR=3062;RO=77;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=75;SRP=153.293;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:872:4:148:-5.85465,0,-70.9644 0/1:63:55,8:55:2190:8:317:-9.9307,0,-178.314 dDocent_Contig_11770 85 . T A 89.3036 . AB=0.101836;ABP=827.84;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=1220;DPB=1220;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=2495.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2445;QR=40065;RO=1148;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=2495.86;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=1148;SRP=2495.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:621:610,9:610:21324:9:323:0,-157.151,-1889.31 0/1:599:538,61:538:18741:61:2122:-10.9304,0,-1506 dDocent_Contig_11771 31 . T G 163.14 . AB=0.1875;ABP=43.7254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0.96;EPP=22.5536;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=3571;RO=89;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=196.271;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:2004:0:0:0,-15.0515,-180.554 0/1:48:39,9:39:1567:9:360:-18.314,0,-126.816 dDocent_Contig_11772 8 . G A 1738.17 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2394;QR=2452;RO=64;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=141.985;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:26,45:26:996:45:1673:-129.454,0,-68.5789 0/1:57:38,19:38:1456:19:721:-48.0615,0,-114.155 dDocent_Contig_11773 34 . A T 210.416 . AB=0.174603;ABP=60.9507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X1M1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=31.4886;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.54918;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=4536;RO=122;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=267.93;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=81;SRP=31.4886;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:82:79,3,0:79:2930:3,0:117,0:0,-13.7752,-252.957,-23.7814,-253.86,-263.478 0|1:63:43,11,9:43:1606:11,9:437,340:-23.0416,0,-128.16,-8.12839,-103.604,-136.875 dDocent_Contig_11774 35 . T C 324.744 . AB=0.153846;ABP=165.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=916;QR=4862;RO=132;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=289.645;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:55,16:55:1990:16:593:-32.3193,0,-157.972 0/1:85:77,8:77:2872:8:323:-3.85104,0,-233.088 dDocent_Contig_11775 23 . T C 89.7556 . AB=0.208333;ABP=20.744;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=729;RO=19;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=44.2683;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:419:4:164:-10.6344,0,-33.543 0/1:9:8,1:8:310:1:40:-1.28641,0,-25.5517 dDocent_Contig_11776 18 . T G 403.903 . AB=0.274194;ABP=30.4689;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=688;QR=1747;RO=44;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=98.5551;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:26,10:26:1040:10:406:-25.8625,0,-82.8669 0/1:25:18,7:18:707:7:282:-18.2268,0,-56.4269 dDocent_Contig_11777 41 . T G 356.623 . AB=0.188679;ABP=92.2455;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=784;QR=3177;RO=86;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=189.757;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:34,11:34:1267:11:421:-24.6903,0,-100.766 0/1:61:52,9:52:1910:9:363:-14.671,0,-153.778 dDocent_Contig_11778 76 . T A 866.077 . 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AB=0.438776;ABP=6.20103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=11.5447;EPPR=57.0602;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8605;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.709091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1630;QR=2118;RO=55;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=122.441;RPR=43;RUN=1;SAF=28;SAP=11.5447;SAR=15;SRF=46;SRP=57.0602;SRR=9;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:25,18:25:954:18:686:-49.1168,0,-73.2194 0/1:55:30,25:30:1164:25:944:-68.7051,0,-88.4858 dDocent_Contig_11782 11 . G A 1566.33 . 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AB=0.477778;ABP=3.39634;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.488372;PAIREDR=0.659574;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1731;QR=1871;RO=47;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=105.07;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:28,8:28:1109:8:325:-18.7823,0,-89.2615 0/1:54:19,35:19:762:35:1406:-110.536,0,-52.6438 dDocent_Contig_11785 8 . G A 879.363 . AB=0.183453;ABP=244.965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=278;DPB=278;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=478.716;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.960352;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1941;QR=8624;RO=227;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=495.935;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=225;SRP=478.716;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:121,13:121:4575:13:503:-5.28079,0,-371.475 0/1:144:106,38:106:4049:38:1438:-86.3544,0,-321.151 dDocent_Contig_11786 95 . G A 4604.25 . AB=0.662921;ABP=64.5679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=177;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977401;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6042;QR=3034;RO=89;RPL=177;RPP=387.361;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:38,82:38:1291:82:2791:-215.319,0,-80.365 0/1:147:51,95:51:1743:95:3251:-248.805,0,-113.13 dDocent_Contig_11788 13 . A G 333.05 . AB=0.136364;ABP=255.691;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=484;DPB=484;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=971.487;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.5263;MQMR=59.7354;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.477578;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1427;QR=16972;RO=446;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=971.487;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=446;SRP=971.487;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:264:256,8:256:9734:8:301:0,-52.0646,-848.314 0/1:220:190,30:190:7238:30:1126:-35.305,0,-584.931 dDocent_Contig_11789 92 . A G 240.979 . AB=0.197802;ABP=75.1939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.611111;PAIREDR=0.671233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=606;QR=2532;RO=73;RPL=13;RPP=10.7311;RPPR=31.5964;RPR=5;RUN=1;SAF=13;SAP=10.7311;SAR=5;SRF=52;SRP=31.5964;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1130:6:199:-6.79707,0,-90.5704 0/1:53:41,12:41:1402:12:407:-20.9998,0,-110.517 dDocent_Contig_11791 82 . A T 97.1223 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.613333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=301;QR=2519;RO=75;RPL=4;RPP=3.25157;RPPR=7.90335;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=44;SRP=7.90335;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:41,1:41:1372:1:34:0,-9.24435,-120.374 0/1:42:34,8:34:1147:8:267:-11.7122,0,-90.8888 dDocent_Contig_11792 125 . G T 361.801 . AB=0.444444;ABP=3.9754;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=694;RO=20;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=46.4397;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:11,7:11:382:7:244:-16.8815,0,-29.2957 0/1:18:9,9:9:312:9:312:-22.9975,0,-22.9977 dDocent_Contig_11793 154 . A C 93.5768 . AB=0.212121;ABP=26.7649;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=1.06452;EPP=18.2106;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=2093;RO=57;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=126.784;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1130:0:0:0,-9.33193,-102.008 0/1:33:26,7:26:963:7:233:-11.3577,0,-77.0445 dDocent_Contig_11796 74 . A T 220.845 . AB=0.214286;ABP=62.5707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=5529;RO=173;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:66,18:66:2153:18:542:-23.7835,0,-168.753 0/0:109:107,2:107:3376:2:52:0,-27.8727,-299.13 dDocent_Contig_11797 1 . N G 70.2652 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02543,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11798 39 . T C 123.67 . AB=0.111111;ABP=192.17;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9922;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=637;QR=5092;RO=128;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=280.959;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:44,8:44:1774:8:326:-14.0563,0,-144.219 0/1:92:84,8:84:3318:8:311:-0.654774,0,-270.98 dDocent_Contig_11799 83 . G C 1994.13 . AB=0.377273;ABP=31.7922;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.614458;PAIREDR=0.573529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2984;QR=4963;RO=136;RPL=83;RPP=183.243;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:48,26:48:1734:26:935:-62.0944,0,-133.975 0/1:145:88,57:88:3229:57:2049:-141.018,0,-247.161 dDocent_Contig_11800 32 . A C 1188.39 . AB=0.56338;ABP=5.48761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1592;QR=1222;RO=31;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=70.3259;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:13,19:13:503:19:760:-59.0863,0,-35.9749 0/1:39:18,21:18:719:21:832:-63.4512,0,-53.294 dDocent_Contig_11801 35 . A C 9959.74 . AB=0.247117;ABP=340.175;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=150;CIGAR=1M1D6M1X;DP=607;DPB=558.889;DPRA=0;EPP=328.731;EPPR=380.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5937;QR=6930;RO=174;RPL=0;RPP=328.731;RPPR=380.846;RPR=150;RUN=1;SAF=150;SAP=328.731;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:247:32,85,125:32:1276:85,125:3336,4982:-569.841,-305.151,-384.646,-169.236,0,-236.691 0|0:360:142,65,144:142:5654:65,144:2601,5739:-429.832,-258.328,-704.322,0,-251.31,-422.212 dDocent_Contig_11802 146 . C T 91.8479 . AB=0.128205;ABP=143.488;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994924;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=6639;RO=197;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=430.79;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=430.79;SRR=197;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:102:95,7:95:3235:7:245:0,-8.31383,-268.997 0/1:117:102,15:102:3404:15:512:-11.1848,0,-271.37 dDocent_Contig_11803 115 . G T 68.3743 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=593;RO=16;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:7,1:7:258:1:40:-0.727906,0,-21.1666 0/1:13:9,4:9:335:4:151:-8.82598,0,-26.5894 dDocent_Contig_11806 24 . T C 6275.25 . AB=0.672241;ABP=80.0576;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=201;CIGAR=1X;DP=299;DPB=299;DPRA=0;EPP=439.476;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970149;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8014;QR=3926;RO=98;RPL=0;RPP=439.476;RPPR=215.815;RPR=201;RUN=1;SAF=201;SAP=439.476;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:34,100:34:1349:100:3992:-318.926,0,-81.3318 0/1:165:64,101:64:2577:101:4022:-312.298,0,-182.387 dDocent_Contig_11807 8 . G A 647.271 . AB=0.263636;ABP=56.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.724138;PAIREDR=0.753086;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1121;QR=3098;RO=81;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=178.9;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:48,5:48:1843:5:194:-1.87825,0,-150.165 0/1:57:33,24:33:1255:24:927:-66.5879,0,-96.0838 dDocent_Contig_11809 22 . T A 1857.24 . AB=0.17101;ABP=580.24;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=614;DPB=614;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=1106.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0.982283;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4152;QR=20216;RO=508;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=1106.12;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=508;SRP=1106.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:292:224,68:224:8920:68:2684:-153.791,0,-714.4 0/1:322:284,37:284:11296:37:1468:-35.6329,0,-919.155 dDocent_Contig_11810 57 . T C 86.751 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=3.73412;EPPR=51.1168;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=987;RO=26;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=3.73412;SAR=2;SRF=25;SRP=51.1168;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:20,0,3:20:754:0,3:0,118:-4.07882,-10.0994,-71.863,0,-62.1544,-61.2513 0|1:9:6,3,0:6:233:3,0:118,0:-8.29345,0,-18.6301,-10.0996,-19.5332,-29.2415 dDocent_Contig_11812 107 . N T 91.4383 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14329,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11813 165 . T G 12904.8 . AB=0.913357;ABP=414.108;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=398;CIGAR=1X;DP=435;DPB=435;DPRA=0;EPP=858.592;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15791;QR=1439;RO=37;RPL=397;RPP=858.592;RPPR=83.3548;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=867.256;SAR=398;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:277:24,253:24:926:253:9984:-814.536,0,-0.251347 1/1:158:13,145:13:513:145:5807:-475.887,-1.04688,0 dDocent_Contig_11816 98 . N T 420.073 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=13.6161;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=463;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:13:0,13:0:0:13:463:-42.0073,-3.91339,0 dDocent_Contig_11818 25 . T A 5301.25 . AB=0.868132;ABP=110.128;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.4628;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0425532;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7392;QR=707;RO=18;RPL=0;RPP=411.247;RPPR=42.0968;RPR=188;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:12,79:12:468:79:3132:-215.897,0,-15.0703 1/1:115:6,109:6:239:109:4260:-315.927,-12.7353,0 dDocent_Contig_11820 209 . N G 113.73 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11821 12 . G A 3003.28 . AB=0.234568;ABP=349.99;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=133;CIGAR=1X;DP=567;DPB=567;DPRA=0;EPP=291.816;EPPR=945.429;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8647;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.774436;PAIREDR=0.976959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5272;QR=16964;RO=434;RPL=0;RPP=291.816;RPPR=945.429;RPR=133;RUN=1;SAF=133;SAP=291.816;SAR=0;SRF=434;SRP=945.429;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:262:185,77:185:7236:77:3035:-194.339,0,-572.083 0/1:305:249,56:249:9728:56:2237:-109.688,0,-783.223 dDocent_Contig_11822 98 . N T 3093.99 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=99;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=217.986;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.858586;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3428;QR=0;RO=0;RPL=99;RPP=217.986;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=99;SAP=217.986;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:46:0,46:0:0:46:1594:-143.753,-13.8474,0 1/1:53:0,53:0:0:53:1834:-165.345,-15.9546,0 dDocent_Contig_11823 37 . C T 1096.08 . AB=0.1;ABP=225.369;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=1M1X;DP=160;DPB=166.5;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.917647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=565;QR=3192;RO=85;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=187.585;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:73:47,0,9,17:47:1756:0,9,17:0,316,622:-36.6912,-50.8396,-194.622,-25.1272,-168.907,-166.198,0,-143.793,-118.079,-138.675 0|0:87:38,13,7,29:38:1436:13,7,29:460,249,1076:-76.616,-50.5922,-164.391,-67.7641,-148.014,-183.37,0,-80.2605,-97.4321,-108.993 dDocent_Contig_11824 21 . G C 169.397 . AB=0.138298;ABP=109.828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.365385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=717;QR=6210;RO=156;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=341.76;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:75,5:75:2983:5:196:0,-6.4775,-250.545 0/1:94:81,13:81:3227:13:521:-18.9397,0,-262.188 dDocent_Contig_11825 8 . G T 619.475 . AB=0.107301;ABP=1213.89;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=1559;DPB=1559;DPRA=1.38015;EPP=213.643;EPPR=3177.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999316;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3733;QR=55816;RO=1462;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=3177.7;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=1462;SRP=3177.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:655:655,0:655:24999:0:0:0,-197.175,-2248.5 0/1:904:807,97:807:30817:97:3733:-63.9475,0,-2499.56 dDocent_Contig_11826 129 . C T 60.8021 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1480;RO=44;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:546:3:105:-4.07659,0,-43.7439 0/1:33:28,5:28:934:5:170:-5.70072,0,-74.4322 dDocent_Contig_11827 20 . C A 1980.32 . AB=0.670213;ABP=26.6655;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2550;QR=1228;RO=31;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=70.3259;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:12,32:12:474:32:1284:-102.582,0,-29.7573 0/1:50:19,31:19:754:31:1266:-99.1496,0,-53.1266 dDocent_Contig_11829 209 . N G 481.194 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=523;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:285:-26.0244,-2.10721,0 1/1:6:0,6:0:0:6:238:-21.7939,-1.80618,0 dDocent_Contig_11830 107 . N A 95.1543 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:30:-2.84996,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_11831 10 . G A 8419.91 . AB=0.252427;ABP=770.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=364;CIGAR=1X;DP=1442;DPB=1442;DPRA=0;EPP=793.426;EPPR=2343.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9725;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986264;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14225;QR=42304;RO=1078;RPL=0;RPP=793.426;RPPR=2343.86;RPR=364;RUN=1;SAF=364;SAP=793.426;SAR=0;SRF=1078;SRP=2343.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:795:573,222:573:22518:222:8671:-540.702,0,-1785.63 0/1:647:505,142:505:19786:142:5554:-304.989,0,-1584.56 dDocent_Contig_11832 48 . T A 8114.63 . AB=0.420228;ABP=41.8122;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=295;CIGAR=1M3I1X;DP=702;DPB=1146;DPRA=0;EPP=643.595;EPPR=882.457;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99661;PAIREDR=0.995062;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11409;QR=16039;RO=405;RPL=0;RPP=643.595;RPPR=882.457;RPR=295;RUN=1;SAF=295;SAP=643.595;SAR=0;SRF=405;SRP=882.457;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:322:182,139:182:7208:139:5404:-389.256,0,-551.363 0|1:380:223,156:223:8831:156:6005:-425.905,0,-679.869 dDocent_Contig_11833 19 . G A 21624 . AB=0.0773305;ABP=1467.84;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X1M1X6M;DP=944;DPB=944;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.972603;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2897;QR=1340;RO=35;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=79.0118;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:526:20,43,31,368:20:764:43,31,368:1708,1216,14395:-1255.44,-1120.85,-1170.59,-1161.46,-1083.53,-1214.8,-77.9339,0,-40.6063,-29.8323 1|0:418:15,30,18,268:15:576:30,18,268:1189,700,10513:-910.656,-817.309,-855.555,-857.648,-807.062,-899.506,-50.5877,0,-40.3407,-17.1891 dDocent_Contig_11834 172 . G T 90.7092 . AB=0.11215;ABP=142.817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957219;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=7350;RO=187;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=409.076;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=409.076;SRR=187;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:97:92,5:92:3601:5:200:0,-10.82,-305.754 0/1:107:95,12:95:3749:12:477:-11.0709,0,-305.229 dDocent_Contig_11836 98 . N T 41.8059 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.17947,-0.60206,0 dDocent_Contig_11838 88 . C G 2692.16 . AB=0.69403;ABP=46.8287;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=93;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=204.957;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.634409;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3475;QR=1587;RO=41;RPL=53;RPP=6.95631;RPPR=3.06326;RPR=40;RUN=1;SAF=53;SAP=6.95631;SAR=40;SRF=21;SRP=3.06326;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:19,27:19:735:27:975:-74.2093,0,-52.6284 0/1:88:22,66:22:852:66:2500:-198.706,0,-50.5064 dDocent_Contig_11839 66 . T G 33252.9 . AB=0.899606;ABP=707.61;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1018;CIGAR=1X;DP=1083;DPB=1083;DPRA=0;EPP=2213.57;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39218;QR=2529;RO=64;RPL=1018;RPP=2213.57;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=1018;SAP=2213.57;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:508:51,457:51:2011:457:17475:-1418.67,0,-28.2732 1/1:575:13,561:13:518:561:21743:-1908.32,-126.213,0 dDocent_Contig_11842 95 . T G 2090.77 . AB=0.174921;ABP=874.091;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=246;CIGAR=1X;DP=1939;DPB=1939;DPRA=0;EPP=537.193;EPPR=3670.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8141;QR=54163;RO=1689;RPL=246;RPP=537.193;RPPR=3670.63;RPR=0;RUN=1;SAF=246;SAP=537.193;SAR=0;SRF=1689;SRP=3670.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:949:780,166:780:24850:166:5507:-210.776,0,-1951.2 0/0:990:909,80:909:29313:80:2634:0,-60.7417,-2400.46 dDocent_Contig_11843 8 . G A 260.943 . AB=0.127273;ABP=268.483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958115;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1059;QR=7211;RO=191;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=417.762;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:89,17:89:3380:17:640:-26.0237,0,-272.434 0/1:114:102,11:102:3831:11:419:-3.76587,0,-310.614 dDocent_Contig_11844 39 . A T 620.176 . AB=0.425926;ABP=5.5839;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=903;QR=1192;RO=31;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=70.3259;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:23,8:23:883:8:317:-19.5636,0,-70.4477 0/1:23:8,15:8:309:15:586:-46.153,0,-21.2468 dDocent_Contig_11845 11 . C A 49.3601 . AB=0.112903;ABP=83.705;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=5541;RO=138;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=302.673;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:55,7:55:2209:7:277:-6.63498,0,-180.311 0/0:85:83,2:83:3332:2:72:0,-18.7512,-293.095 dDocent_Contig_11846 94 . G A 387.582 . AB=0.301587;ABP=24.5527;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1.4;EPP=44.2683;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=660;QR=3110;RO=89;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=196.271;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:45,0:45:1574:0:0:0,-13.5463,-141.951 0/1:63:44,19:44:1536:19:660:-40.7582,0,-119.566 dDocent_Contig_11847 57 . G A 110.744 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=290;QR=1137;RO=32;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:584:5:179:-9.83773,0,-46.2584 0/1:18:15,3:15:553:3:111:-4.93538,0,-44.6892 dDocent_Contig_11851 12 . A T 1112.69 . AB=0.4875;ABP=3.11887;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.74359;PAIREDR=0.780488;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1538;QR=1577;RO=41;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=92.0407;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:20,15:20:736:15:577:-41.725,0,-56.0021 0/1:45:21,24:21:841:24:961:-73.2431,0,-62.4584 dDocent_Contig_11853 35 . T A 23615.4 . AB=0.761468;ABP=585.543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=747;CIGAR=1X;DP=981;DPB=981;DPRA=0;EPP=1625.1;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998661;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29530;QR=8597;RO=216;RPL=0;RPP=1625.1;RPPR=472.048;RPR=747;RUN=1;SAF=747;SAP=1625.1;SAR=0;SRF=216;SRP=472.048;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:478:59,401:59:2350:401:15865:-1287.79,0,-72.7805 0/1:503:157,346:157:6247:346:13665:-1077.45,0,-410.554 dDocent_Contig_11854 10 . C A 1940.15 . AB=0.0888889;ABP=993.926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=3X;DP=675;DPB=675;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=1166.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2306;QR=20864;RO=536;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=1166.92;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=536;SRP=1166.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:325:264,46,13:264:10283:46,13:1785,524:-67.1772,0,-831.264,-103.457,-801.922,-944.666 0|0:350:272,14,64:272:10581:14,64:521,2577:-130.537,-169.79,-1035.07,0,-826.887,-850.253 dDocent_Contig_11855 45 . C A 9207.38 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=271;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=591.479;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10806;QR=567;RO=14;RPL=0;RPP=591.479;RPPR=33.4109;RPR=271;RUN=1;SAF=271;SAP=591.479;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:124:6,118:6:245:118:4683:-398.951,-14.8982,0 1/1:161:8,153:8:322:153:6123:-521.487,-19.1177,0 dDocent_Contig_11856 105 . N G 67.4916 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=5I4X6I6X;DP=6;DPB=9;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:6:0,2:0:0:2:75:-6.74808,-0.60206,0 dDocent_Contig_11866 11 . A C 196.179 . AB=0.247059;ABP=50.2462;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X4M4I1M1X2M1X;DP=184;DPB=204.4;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=26.8182;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=885;QR=5564;RO=142;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=311.359;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=142;SRP=311.359;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:85:59,5,21:59:2313:5,21:191,567:-21.3169,-32.6144,-221.429,0,-183.947,-184.084 0|0:99:83,4,12:83:3251:4,12:153,318:0,-19.383,-285.634,-3.18895,-265.096,-267.088 dDocent_Contig_11868 8 . G A 1568.34 . AB=0.757143;ABP=43.2136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2011;QR=657;RO=17;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=39.9253;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:6,11:6:231:11:408:-31.9488,0,-16.0404 0/1:53:11,42:11:426:42:1603:-128.584,0,-22.7387 dDocent_Contig_11870 45 . T C 3208.52 . AB=0.15832;ABP=630.699;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=98;CIGAR=6M1X1M;DP=619;DPB=585.25;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=934.572;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3936;QR=16749;RO=429;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=934.572;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=429;SRP=934.572;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:310:225,62,21:225:8817:62,21:2429,853:-131.986,0,-706.36,-129.359,-654.669,-848.059 0|1:309:204,27,77:204:7932:27,77:1044,3083:-192.565,-168.239,-811.897,0,-566.064,-628.623 dDocent_Contig_11871 130 . A T 108.647 . AB=0.131313;ABP=119.897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=11.1951;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.313953;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=3141;RO=86;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=189.757;RPR=13;RUN=1;SAF=10;SAP=11.1951;SAR=3;SRF=43;SRP=3.0103;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:45,6:45:1635:6:222:-4.98425,0,-132.075 0/1:48:41,7:41:1506:7:263:-9.57922,0,-121.372 dDocent_Contig_11872 107 . N A 75.6164 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:62:-5.7522,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:15:-1.49999,-0.30103,0 dDocent_Contig_11874 52 . A G 130.853 . AB=0.141026;ABP=90.3146;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.272727;PAIREDR=0.671642;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=439;QR=2623;RO=67;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:36,5:36:1417:5:202:-6.21926,0,-115.445 0/1:37:31,6:31:1206:6:237:-10.565,0,-97.6812 dDocent_Contig_11875 79 . T C 96.7738 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=74;DPB=74;DPRA=2.89474;EPP=22.5536;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=2250;RO=65;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:19,0:19:666:0:0:0,-5.71957,-60.2664 0|1:55:46,9:46:1584:9:310:-11.6774,0,-126.292 dDocent_Contig_11876 17 . C T 299.139 . AB=0.276596;ABP=23.3852;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=1.88;EPP=31.2394;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=2367;RO=59;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=131.127;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:1003:0:0:0,-7.52575,-90.5648 0/1:47:34,13:34:1364:13:508:-31.9139,0,-108.871 dDocent_Contig_11877 16 . C A 381.646 . AB=0.424242;ABP=4.65535;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X2M;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.6875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=639;RO=16;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=37.7539;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:6,2,9:6:237:2,9:80,364:-28.2091,-23.426,-42.3229,0,-12.9076,-16.7897 0|1:16:10,1,5:10:402:1,5:39,202:-13.6545,-13.4612,-46.2872,0,-29.9344,-31.6341 dDocent_Contig_11878 16 . T G 4553.14 . AB=0.438692;ABP=14.9919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=161;CIGAR=1X;DP=367;DPB=367;DPRA=0;EPP=352.617;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6327;QR=8197;RO=205;RPL=0;RPP=352.617;RPPR=448.162;RPR=161;RUN=1;SAF=161;SAP=352.617;SAR=0;SRF=205;SRP=448.162;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:14,80:14:561:80:3126:-252.733,0,-22.1242 0/1:272:191,81:191:7636:81:3201:-206.28,0,-604.947 dDocent_Contig_11880 8 . G T 342.191 . AB=0.272727;ABP=27.6861;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1M4I1X;DP=55;DPB=87;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=1416;RO=37;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=83.3548;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:10:8,2:8:307:2:77:-4.29853,0,-24.9815 0|1:45:29,13:29:1109:13:514:-33.6185,0,-87.1288 dDocent_Contig_11881 68 . T C 7389.04 . AB=0.75873;ABP=186.165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=239;CIGAR=1X;DP=315;DPB=315;DPRA=0;EPP=521.992;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9306;QR=2548;RO=76;RPL=239;RPP=521.992;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=239;SAP=521.992;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:23,124:23:743:124:4771:-385.08,0,-22.913 0/1:168:53,115:53:1805:115:4535:-357.523,0,-112.138 dDocent_Contig_11882 34 . T G 2876.79 . AB=0.303523;ABP=126.737;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=369;DPB=369;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4468;QR=10188;RO=257;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=561.079;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=257;SRP=561.079;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:203:133,70:133:5262:70:2781:-189.299,0,-412.322 0/1:166:124,42:124:4926:42:1687:-102.079,0,-393.268 dDocent_Contig_11883 22 . C A 32922.7 . AB=0.751799;ABP=768.493;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1045;CIGAR=1X;DP=1390;DPB=1390;DPRA=0;EPP=2272.2;EPPR=749.997;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41308;QR=13699;RO=344;RPL=0;RPP=2272.2;RPPR=749.997;RPR=1045;RUN=1;SAF=1045;SAP=2272.2;SAR=0;SRF=344;SRP=749.997;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:634:140,494:140:5606:494:19529:-1565.26,0,-313.483 0/1:756:204,551:204:8093:551:21779:-1730.7,0,-500.233 dDocent_Contig_11884 30 . G A 157.995 . AB=0.150685;ABP=80.3802;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=1.12308;EPP=26.8965;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.874016;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=5027;RO=127;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=278.787;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:65,0:65:2570:0:0:0,-19.5669,-231.433 0/1:73:62,11:62:2457:11:438:-17.7995,0,-199.306 dDocent_Contig_11885 31 . G A 422.473 . AB=0.246753;ABP=45.9039;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X1M1I7M;DP=139;DPB=141.444;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.763158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=813;QR=4440;RO=114;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=250.558;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:59,2:59:2300:2:75:0,-11.6411,-200.061 0|1:77:55,19:55:2140:19:738:-44.2473,0,-170.331 dDocent_Contig_11887 17 . G A 184.248 . 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AB=0.14;ABP=59.2949;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=1.66667;EPP=18.2106;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.506849;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=2931;RO=73;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=161.528;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:30,0:30:1190:0:0:0,-9.0309,-107.375 0/1:50:43,7:43:1741:7:278:-10.3389,0,-141.85 dDocent_Contig_11889 125 . C G 62.0798 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1.8;EPP=13.8677;EPPR=105.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=1991;RO=51;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=105.24;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:1211:5:204:-7.90695,0,-98.4289 0/0:20:20,0:20:780:0:0:0,-6.0206,-70.5141 dDocent_Contig_11890 29 . T A 1420.48 . AB=0.396947;ABP=15.0943;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2051;QR=3140;RO=79;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=174.557;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:37,39:37:1476:39:1535:-115.516,0,-110.208 0/1:55:42,13:42:1664:13:516:-30.2305,0,-133.43 dDocent_Contig_11892 48 . G A 142.483 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=384;QR=2546;RO=65;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=144.156;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:32,8:32:1242:8:307:-15.9473,0,-100.014 0/0:35:33,2:33:1304:2:77:0,-3.22722,-110.314 dDocent_Contig_11893 16 . C T 182.61 . AB=0.183333;ABP=55.2704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.897959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=1930;RO=49;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=109.412;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:24,3:24:940:3:117:-2.7821,0,-76.7732 0|1:33:25,8:25:990:8:319:-19.1434,0,-79.4678 dDocent_Contig_11894 9 . T C 6838.04 . AB=0.246667;ABP=170.243;AC=4;AF=1;AN=4;AO=74;CIGAR=1X11M;DP=300;DPB=315.333;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2827;QR=1442;RO=37;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=83.3548;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:156:9,106,37:9:354:106,37:4144,1417:-425.15,-87.1635,-84.3753,-311.57,0,-329.551 1|1:144:28,76,37:28:1088:76,37:2974,1410:-262.353,-26.2516,-92.777,-155.126,0,-233.388 dDocent_Contig_11896 107 . N A 402.625 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.5385;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:267:-24.3363,-2.40824,0 1/1:5:0,5:0:0:5:170:-15.6251,-1.50515,0 dDocent_Contig_11897 9 . T G 353.258 . AB=0.106457;ABP=773.83;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=1082;DPB=1082;DPRA=1.12574;EPP=135.47;EPPR=2215.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2330;QR=37760;RO=1019;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=2215.74;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=1019;SRP=2215.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:509:508,0:508:18854:0:0:0,-152.923,-1695.98 0/1:573:511,61:511:18906:61:2330:-37.3258,0,-1528.18 dDocent_Contig_11898 8 . G A 431.091 . AB=0.0649351;ABP=129.604;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=2X2M1D3M1X3M1X;DP=322;DPB=320.692;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=32.0588;MQMR=59.8949;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=10050;RO=257;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=561.079;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=257;SRP=561.079;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:77:40,5,5,25:40:1568:5,5,25:119,200,787:-44.8081,-48.7544,-176.189,-44.6319,-165.484,-172.074,0,-120.891,-116.773,-121.455 0|0:245:217,6,12,7:217:8482:6,12,7:157,473,243:0,-54.134,-749.736,-35.3484,-721.58,-729.169,-47.1293,-733.358,-714.598,-742.452 dDocent_Contig_11899 97 . T A 157.148 . AB=0.154762;ABP=89.9726;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.588235;PAIREDR=0.602649;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=617;QR=5371;RO=151;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=330.903;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:84:80,4:80:2807:4:143:0,-12.0651,-239.647 0/1:84:71,13:71:2564:13:474:-17.7148,0,-205.714 dDocent_Contig_11900 181 . A C 13639 . AB=0.56875;ABP=35.8538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=455;CIGAR=1X;DP=800;DPB=800;DPRA=0;EPP=991.03;EPPR=749.997;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17884;QR=13643;RO=344;RPL=455;RPP=991.03;RPPR=749.997;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=991.03;SAR=455;SRF=0;SRP=749.997;SRR=344;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:425:199,225:199:7872:225:8870:-669.751,0,-580.041 0/1:375:145,230:145:5771:230:9014:-697.846,0,-406.314 dDocent_Contig_11901 7 . A C 199.406 . AB=0.145161;ABP=138.622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=796;QR=7112;RO=191;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=417.762;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:89:85,4:85:3175:4:141:0,-13.7582,-272.89 0/1:124:106,18:106:3937:18:655:-21.9406,0,-317.128 dDocent_Contig_11902 43 . C A 1050.88 . AB=0.397959;ABP=11.8735;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1530;QR=2230;RO=58;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=128.956;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:35,17:35:1358:17:665:-44.5241,0,-106.82 0/1:46:23,22:23:872:22:865:-64.2625,0,-64.8814 dDocent_Contig_11903 29 . T C 34651 . AB=0.804396;ABP=1101.57;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1098;CIGAR=1X;DP=1365;DPB=1365;DPRA=0;EPP=2387.29;EPPR=582.793;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999089;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43144;QR=10461;RO=267;RPL=0;RPP=2387.29;RPPR=582.793;RPR=1098;RUN=1;SAF=1098;SAP=2387.29;SAR=0;SRF=267;SRP=582.793;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:659:161,498:161:6316:498:19493:-1554.58,0,-369.884 0/1:706:106,600:106:4145:600:23651:-1914.22,0,-160.528 dDocent_Contig_11904 151 . G A 159.651 . AB=0.16129;ABP=64.7922;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=1.47619;EPP=24.725;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=3781;RO=94;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=207.129;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=207.129;SRR=94;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1674:0:0:0,-12.6433,-150.883 0/1:62:52,10:52:2107:10:403:-17.9651,0,-171.138 dDocent_Contig_11905 22 . T G 12100.1 . AB=0.278049;ABP=792.462;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=513;CIGAR=1X;DP=1845;DPB=1845;DPRA=0;EPP=1116.98;EPPR=2895.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999249;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19665;QR=52293;RO=1332;RPL=0;RPP=1116.98;RPPR=2895.41;RPR=513;RUN=1;SAF=513;SAP=1116.98;SAR=0;SRF=1332;SRP=2895.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:729:481,248:481:18855:248:9533:-638.152,0,-1476.17 0/1:1116:851,265:851:33438:265:10132:-575.559,0,-2670.74 dDocent_Contig_11906 128 . C T 3972.88 . AB=0.235595;ABP=477.256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=184;CIGAR=1X;DP=781;DPB=781;DPRA=0;EPP=402.561;EPPR=1299.38;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7065;QR=22783;RO=597;RPL=0;RPP=402.561;RPPR=1299.38;RPR=184;RUN=1;SAF=0;SAP=402.561;SAR=184;SRF=0;SRP=1299.38;SRR=597;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:311:169,142:169:6496:142:5446:-396.499,0,-490.917 0/1:470:428,42:428:16287:42:1619:-4.48744,0,-1323.54 dDocent_Contig_11907 35 . C T 90.7632 . AB=0.112069;ABP=154.639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=281;DPB=281;DPRA=0.70303;EPP=31.2394;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=10725;RO=268;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=584.965;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:103,13:103:4077:13:504:-10.7753,0,-331.996 0/0:165:165,0:165:6648:0:0:0,-49.6699,-597.995 dDocent_Contig_11908 71 . A G 241.245 . AB=0.220588;ABP=49.1222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=2X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=1858;RO=53;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:35,8:35:1219:8:283:-12.8672,0,-97.0616 0|1:25:18,7:18:639:7:246:-14.9562,0,-50.3116 dDocent_Contig_11910 98 . N G 76.8199 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:48:-4.47967,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 dDocent_Contig_11911 45 . G A 67.2615 . AB=0.117647;ABP=89.3583;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=1.23636;EPP=20.3821;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=4509;RO=115;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=252.73;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:60,8:60:2344:8:317:-8.42512,0,-190.652 0/0:55:55,0:55:2165:0:0:0,-16.5566,-195.03 dDocent_Contig_11912 17 . T C 3227.49 . AB=0.787402;ABP=94.1267;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4048;QR=1084;RO=27;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=61.6401;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:13,26:13:529:26:1059:-83.8557,0,-36.2156 0/1:88:14,74:14:555:74:2989:-242.592,0,-23.7989 dDocent_Contig_11913 107 . N C 78.8507 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:43:-4.0837,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_11914 22 . C G 94.279 . AB=0.123457;ABP=102.764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=1.55769;EPP=24.725;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.918699;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=4900;RO=123;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=270.101;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2072:0:0:0,-15.6536,-186.654 0/1:81:71,10:71:2828:10:394:-11.4279,0,-230.233 dDocent_Contig_11915 47 . T C 38.0803 . AB=0.1;ABP=114.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.813725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=4070;RO=102;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=224.5;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1209:2:81:0,-1.94723,-101.397 0/1:80:72,8:72:2861:8:328:-5.80794,0,-233.515 dDocent_Contig_11916 134 . T A 393.216 . AB=0.322581;ABP=19.9618;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=678;QR=1441;RO=42;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=94.2121;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:8,15:8:284:15:500:-38.3915,0,-18.9799 0/1:39:34,5:34:1157:5:178:-4.62855,0,-92.6889 dDocent_Contig_11917 15 . G T 143.266 . AB=0.155172;ABP=62.913;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=175;DPB=175;DPRA=0.495726;EPP=22.5536;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=6654;RO=166;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=363.475;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:49,9:49:1974:9:368:-16.0256,0,-160.387 0/0:117:117,0:117:4680:0:0:0,-35.2205,-421.102 dDocent_Contig_11918 12 . T A 68.5679 . AB=0.11;ABP=135.123;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=1.49254;EPP=26.8965;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=6231;RO=156;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=341.76;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:67,0:67:2698:0:0:0,-20.169,-242.936 0/1:100:89,11:89:3533:11:429:-8.85679,0,-287.889 dDocent_Contig_11919 8 . G A 86.3441 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=1.15;EPP=13.8677;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.763158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=1449;RO=38;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=85.5263;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:770:0:0:0,-6.0206,-69.6272 0/1:23:18,5:18:679:5:191:-10.6344,0,-54.5165 dDocent_Contig_11920 23 . G A 217.846 . AB=0.179487;ABP=72.6088;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.734375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=536;QR=2580;RO=64;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=141.985;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:38,9:38:1526:9:333:-16.1625,0,-123.429 0/1:31:26,5:26:1054:5:203:-9.32113,0,-85.8166 dDocent_Contig_11921 116 . A G 47.6241 . AB=0.108434;ABP=113.546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=2921;RO=74;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=163.699;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1117:4:160:-5.14996,0,-91.1837 0/1:51:46,5:46:1804:5:203:-3.30053,0,-147.233 dDocent_Contig_11922 19 . G A 12929.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=387;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=843.37;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15363;QR=984;RO=25;RPL=0;RPP=843.37;RPPR=57.2971;RPR=387;RUN=1;SAF=387;SAP=843.37;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:224:17,207:17:671:207:8252:-681.517,-6.71034,0 1/1:188:8,180:8:313:180:7111:-611.142,-28.0604,0 dDocent_Contig_11923 98 . N A 136.594 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=142;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:77:-7.18454,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17303,-0.60206,0 dDocent_Contig_11924 14 . T G 39.5716 . AB=0.113208;ABP=71.8828;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=1.23256;EPP=16.0391;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=3624;RO=90;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=198.443;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1900:6:236:-5.65608,0,-155.244 0/0:43:43,0:43:1724:0:0:0,-12.9443,-155.376 dDocent_Contig_11925 14 . G A 680.248 . AB=0.174107;ABP=209.649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1539;QR=7356;RO=185;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=404.733;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:104,18:104:4138:18:708:-27.3223,0,-335.671 0/1:102:81,21:81:3218:21:831:-44.4015,0,-258.987 dDocent_Contig_11926 69 . G A 50.5007 . AB=0.116883;ABP=101.178;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.609756;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=4705;RO=123;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=270.101;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:55,2:55:2080:2:66:0,-10.8904,-181.162 0/1:77:68,9:68:2625:9:332:-7.05006,0,-213.26 dDocent_Contig_11927 13 . T C 7952.79 . AB=0.422998;ABP=28.0915;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=206;CIGAR=4M1X2M;DP=487;DPB=499.286;DPRA=0;EPP=441.69;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.9854;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.684466;PAIREDR=0.746835;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8291;QR=3133;RO=79;RPL=0;RPP=450.334;RPPR=174.557;RPR=206;RUN=1;SAF=205;SAP=441.69;SAR=1;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:220:53,16,52,99:53:2102:16,52,99:611,1978,4004:-314.173,-280.003,-448.22,-168.044,-290.952,-325.422,0,-122.915,-10.9554,-143.238 1|1:267:26,69,64,107:26:1031:69,64,107:2726,2414,4287:-484.806,-268.31,-332.408,-294.836,-155.384,-360.438,-139.456,0,-26.5317,-192.117 dDocent_Contig_11928 80 . A T 11559 . AB=0.27914;ABP=849.97;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=558;CIGAR=1X;DP=1999;DPB=1999;DPRA=0;EPP=1214.69;EPPR=3127.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996416;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19571;QR=55854;RO=1439;RPL=558;RPP=1214.69;RPPR=3127.76;RPR=0;RUN=1;SAF=558;SAP=1214.69;SAR=0;SRF=1439;SRP=3127.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:922:652,269:652:25370:269:9345:-563.496,0,-2003.95 0/1:1077:787,289:787:30484:289:10226:-596.099,0,-2417.1 dDocent_Contig_11929 19 . T C 889.718 . AB=0.294574;ABP=50.2945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.912088;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1454;QR=3652;RO=91;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=200.614;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:57,25:57:2285:25:935:-59.7618,0,-181.127 0/1:47:34,13:34:1367:13:519:-32.909,0,-109.136 dDocent_Contig_11930 16 . A T 88.5055 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=628;RO=16;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:268:3:122:-8.36219,0,-21.4689 0/1:11:9,2:9:360:2:79:-4.18591,0,-29.451 dDocent_Contig_11931 205 . G T 343.571 . AB=0.482759;ABP=3.08518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=512;QR=551;RO=15;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:7,5:7:255:5:183:-13.2144,0,-19.6895 0/1:17:8,9:8:296:9:329:-24.8417,0,-21.8766 dDocent_Contig_11932 62 . G T 115.68 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=1.47059;EPP=16.0391;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=1431;RO=36;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:19,6:19:759:6:227:-13.267,0,-61.1076 0/0:17:17,0:17:672:0:0:0,-5.11751,-60.811 dDocent_Contig_11933 175 . T C 120.349 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=854;RO=22;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:311:5:192:-13.7335,0,-24.4356 0/0:15:14,1:14:543:1:38:0,-0.718181,-45.4076 dDocent_Contig_11934 9 . T A 2107.64 . AB=0.313589;ABP=89.6346;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989848;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3337;QR=7240;RO=197;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=430.79;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:73,20:73:2704:20:757:-40.4608,0,-215.572 0/1:194:124,70:124:4536:70:2580:-174.002,0,-349.942 dDocent_Contig_11935 27 . G A 578.902 . AB=0.274725;ABP=43.1229;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=981;QR=2603;RO=66;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=146.327;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:16,12:16:633:12:462:-33.4966,0,-48.8725 0/1:63:50,13:50:1970:13:519:-28.0926,0,-158.53 dDocent_Contig_11936 55 . T C 7902.14 . AB=0.382051;ABP=97.2633;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=298;CIGAR=1X;DP=780;DPB=780;DPRA=0;EPP=566.165;EPPR=1047.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.8255;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.936242;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11437;QR=18586;RO=481;RPL=298;RPP=650.109;RPPR=1047.49;RPR=0;RUN=1;SAF=288;SAP=566.165;SAR=10;SRF=481;SRP=1047.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:399:265,133:265:10229:133:5091:-337.615,0,-800.18 0/1:381:216,165:216:8357:165:6346:-456.298,0,-637.112 dDocent_Contig_11937 14 . T C 20428.5 . AB=0.874088;ABP=1335.22;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=958;CIGAR=1X;DP=1096;DPB=1096;DPRA=0;EPP=2083.28;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=29.3058;MQMR=56.8768;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.152401;PAIREDR=0.695652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=37926;QR=4851;RO=138;RPL=0;RPP=2083.28;RPPR=302.673;RPR=958;RUN=1;SAF=958;SAP=2083.28;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:491:61,430:61:2118:430:17030:-894.978,0,-32.8801 0/1:605:77,528:77:2733:528:20896:-1151.57,0,-59.901 dDocent_Contig_11938 107 . N A 77.454 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=83;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:83:-7.74486,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11939 9 . T C 107.008 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.453125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=2339;RO=64;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:20,1:20:712:1:35:0,-3.18282,-60.8922 0/1:52:44,8:44:1627:8:311:-12.7008,0,-131.049 dDocent_Contig_11940 8 . G C 274.103 . AB=0.162791;ABP=130.42;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=51.1905;MQMR=59.6038;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.801887;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=818;QR=4090;RO=106;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=233.186;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:37,8:37:1428:8:312:-13.1003,0,-114.833 0/1:83:69,13:69:2662:13:506:-18.0089,0,-214.66 dDocent_Contig_11941 32 . C T 162.964 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=1029;RO=27;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=61.6401;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:17,7:17:660:7:276:-17.985,0,-52.5093 0|1:11:10,1:10:369:1:40:-0.684349,0,-30.2389 dDocent_Contig_11942 17 . G A 7982.38 . AB=0.317317;ABP=292.594;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=317;CIGAR=1X;DP=999;DPB=999;DPRA=0;EPP=691.367;EPPR=1483.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998534;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12255;QR=27249;RO=682;RPL=0;RPP=691.367;RPPR=1483.95;RPR=317;RUN=1;SAF=317;SAP=691.367;SAR=0;SRF=682;SRP=1483.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:475:325,150:325:12928:150:5750:-374.411,0,-1019.58 0/1:524:357,167:357:14321:167:6505:-427.526,0,-1130.03 dDocent_Contig_11944 98 . N C 96.1056 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_11945 127 . A T 39.8849 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.07692;EPP=11.6962;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=1900;RO=50;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:974:0:0:0,-7.82678,-87.9631 0/1:28:24,4:24:926:4:156:-5.98845,0,-75.2279 dDocent_Contig_11946 107 . N A 54.9861 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X3M3I4M;DP=2;DPB=2.75;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=32.5;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:63:-5.49752,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11947 36 . G T 1464.51 . AB=0.716216;ABP=33.0588;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.45283;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1909;QR=787;RO=21;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=48.6112;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:11,30:11:404:30:1091:-86.1487,0,-24.3446 0/1:33:10,23:10:383:23:818:-64.0011,0,-24.8808 dDocent_Contig_11948 191 . G C 698.501 . AB=0.366197;ABP=14.0512;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.711111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1047;QR=1790;RO=45;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:27,18:27:1089:18:728:-52.2988,0,-84.7501 0/1:26:18,8:18:701:8:319:-21.2503,0,-55.5877 dDocent_Contig_11949 25 . A G 614.507 . AB=0.530612;ABP=3.40914;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.5385;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=883;QR=737;RO=22;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=50.7827;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:11,11:11:381:11:377:-27.1147,0,-27.6512 0/1:26:11,15:11:356:15:506:-38.035,0,-24.5246 dDocent_Contig_11950 17 . A T 266.001 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.722222;PAIREDR=0.606897;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=733;QR=5799;RO=145;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=317.874;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:52,13:52:2067:13:528:-28.2991,0,-166.653 0/0:98:93,5:93:3732:5:205:0,-10.6659,-317.047 dDocent_Contig_11951 136 . C T 87.2567 . AB=0.114286;ABP=48.239;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=6M1X7M;DP=71;DPB=69.5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=99.2232;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=1776;RO=52;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=115.927;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=2;SRP=99.2232;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:27,0,4,4:27:926:0,4,4:0,120,138:-3.10607,-11.2339,-86.43,-1.66314,-76.8417,-75.6376,0,-75.2177,-65.63,-74.0136 0|0:36:25,6,5,0:25:850:6,5,0:207,167,0:-9.29728,0,-67.1478,-3.3083,-55.4353,-70.7482,-16.823,-68.954,-72.2533,-85.7721 dDocent_Contig_11952 10 . T C 906.707 . AB=0.15942;ABP=350.603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=345;DPB=345;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=630.566;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.4545;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.615917;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2196;QR=10445;RO=289;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=630.566;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=289;SRP=630.566;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:142:123,19:123:4409:19:763:-26.0627,0,-354.196 0/1:203:166,36:166:6036:36:1433:-68.307,0,-482.365 dDocent_Contig_11953 10 . T C 46270.5 . AB=0.761006;ABP=1132.01;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1452;CIGAR=1X;DP=1908;DPB=1908;DPRA=0;EPP=3155.99;EPPR=993.202;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999311;PAIREDR=0.997807;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57892;QR=15915;RO=456;RPL=0;RPP=3155.99;RPPR=993.202;RPR=1452;RUN=1;SAF=1452;SAP=3155.99;SAR=0;SRF=456;SRP=993.202;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:942:209,733:209:7304:733:29222:-2343.81,0,-373.782 0/1:966:247,719:247:8611:719:28670:-2286.94,0,-484.141 dDocent_Contig_11954 107 . N G 124.837 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:135:-12.4835,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11956 88 . G A 78.9571 . AB=0.214286;ABP=32.7905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=263;QR=1139;RO=33;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:658:4:110:-3.24095,0,-52.6208 0/1:19:14,5:14:481:5:153:-8.34143,0,-37.8985 dDocent_Contig_11957 46 . G A 725.774 . AB=0.157895;ABP=292.73;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=544;DPB=544;DPRA=1.10039;EPP=100.727;EPPR=1086.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1776;QR=19589;RO=499;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=1086.58;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=499;SRP=1086.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:285:240,45:240:9414:45:1776:-74.2764,0,-760.977 0/0:259:259,0:259:10175:0:0:0,-77.9668,-915.198 dDocent_Contig_11958 16 . T C 43236.3 . AB=0.857791;ABP=737.99;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1319;CIGAR=1X;DP=1477;DPB=1477;DPRA=0;EPP=2867.18;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997726;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52781;QR=6030;RO=155;RPL=0;RPP=2867.18;RPPR=339.589;RPR=1319;RUN=1;SAF=1319;SAP=2867.18;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:661:92,567:92:3572:567:22708:-1842.93,0,-122.777 1/1:816:63,752:63:2458:752:30073:-2482.4,-24.3472,0 dDocent_Contig_11960 9 . G A 636.005 . AB=0.403226;ABP=8.05372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X2M1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=942;QR=1250;RO=34;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=76.8404;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:7,12,0:7:247:12,0:461,0:-36.1177,0,-16.8507,-38.2249,-20.4631,-58.3238 0|1:43:27,13,3:27:1003:13,3:481,123:-31.1818,0,-78.1329,-29.1499,-71.8903,-110.329 dDocent_Contig_11961 28 . A C 135.343 . AB=0.26087;ABP=14.4341;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=1995;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:17,6:17:670:6:242:-15.2333,0,-53.706 0/0:35:33,2:33:1325:2:78:0,-3.13327,-112.11 dDocent_Contig_11962 33 . C A 3552.77 . AB=0.597938;ABP=19.1732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=116;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=254.901;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4634;QR=3115;RO=78;RPL=0;RPP=254.901;RPPR=172.385;RPR=116;RUN=1;SAF=116;SAP=254.901;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:31,50:31:1231:50:1991:-155,0,-86.6791 0/1:113:47,66:47:1884:66:2643:-203.977,0,-135.743 dDocent_Contig_11963 89 . C T 1022.4 . AB=0.378151;ABP=18.3566;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1590;QR=7104;RO=201;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=439.476;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:129:127,1:127:4486:1:37:0,-35.0839,-400.334 0/1:119:74,45:74:2618:45:1553:-104.24,0,-200.049 dDocent_Contig_11964 25 . T G 112.315 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=2563;RO=63;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=139.813;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:21,6:21:856:6:230:-12.9305,0,-69.221 0/0:44:42,1:42:1707:1:40:0,-9.35312,-149.845 dDocent_Contig_11965 16 . T C 309.023 . AB=0.126168;ABP=262.775;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=523;DPB=523;DPRA=0.692557;EPP=61.6401;EPPR=1077.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99596;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1076;QR=19827;RO=495;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=1077.89;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=495;SRP=1077.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:214:186,27:186:7428:27:1076:-32.6013,0,-603.599 0/0:309:309,0:309:12399:0:0:0,-93.0183,-1114.99 dDocent_Contig_11966 15 . C T 387.46 . AB=0.0588235;ABP=89.2305;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M4I2M1X2M2I1M1X2M1X1M1X6M1X1M;DP=74;DPB=76.1667;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=18;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.543478;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54;QR=1804;RO=46;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=102.898;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:17,0,3,0,3:17:671:0,3,0,3:0,30,0,115:-4.47594,-9.59345,-64.9282,-8.70461,-63.9257,-63.0226,-9.59345,-64.9282,-63.9257,-64.9282,0,-55.4853,-54.4894,-55.4853,-54.5822 0|0:51:29,3,2,3,14:29:1133:3,2,3,14:54,20,111,565:-37.9683,-43.5736,-135.828,-46.0281,-136.048,-138.585,-37.8029,-127.842,-130.297,-130.078,0,-90.1456,-92.6011,-84.3897,-89.0669 dDocent_Contig_11967 16 . C T 796.226 . AB=0.348315;ABP=20.7969;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.948276;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1216;QR=2320;RO=58;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=128.956;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:33,10:33:1329:10:407:-24.0463,0,-106.922 0/1:46:25,21:25:991:21:809:-59.2753,0,-75.6387 dDocent_Contig_11968 27 . G T 150.433 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=678;RO=17;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=39.9253;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,3:9:353:3:117:-7.29622,0,-28.5121 0/1:12:8,4:8:325:4:163:-11.4461,0,-26.0071 dDocent_Contig_11969 64 . T G 3149.6 . AB=0.486486;ABP=3.36243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=222;DPB=222;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4279;QR=4495;RO=114;RPL=108;RPP=237.529;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:121:53,68:53:2077:68:2690:-205.811,0,-150.693 0/1:101:61,40:61:2418:40:1589:-112.848,0,-187.37 dDocent_Contig_11970 11 . T A 69.726 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=5700;RO=148;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=324.388;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:136:126,10:126:4850:10:380:0,-6.38842,-401.948 0/1:27:22,5:22:850:5:186:-8.9726,0,-68.6907 dDocent_Contig_11971 10 . T A 3242.63 . AB=0.250859;ABP=316.792;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=582;DPB=582;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=947.601;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5589;QR=15277;RO=435;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=947.601;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=435;SRP=947.601;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:276:186,90:186:6522:90:3423:-225.051,0,-503.937 0/1:306:249,56:249:8755:56:2166:-102.911,0,-695.674 dDocent_Contig_11973 107 . N A 91.4478 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14424,-0.90309,0 dDocent_Contig_11974 16 . C A 858.699 . AB=0.146402;ABP=440.672;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=403;DPB=403;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=749.997;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2337;QR=13551;RO=344;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=749.997;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=344;SRP=749.997;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:156:132,24:132:5241:24:947:-38.564,0,-424.584 0/1:247:212,35:212:8310:35:1390:-51.0049,0,-673.103 dDocent_Contig_11975 25 . T G 4693 . AB=0.350711;ABP=43.8566;AC=4;AF=1;AN=4;AO=74;CIGAR=1X4M;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2873;QR=1186;RO=30;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=68.1545;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:108:20,48,40:20:793:48,40:1884,1559:-211.758,-62.8375,-113.664,-89.6618,0,-142.896 1|1:103:10,59,34:10:393:59,34:2296,1314:-261.241,-75.5678,-90.1331,-156.353,0,-178.444 dDocent_Contig_11976 1 . N G 141.394 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:153:-14.1391,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11978 20 . G A 40.5661 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0.4;EPP=11.6962;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.505747;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=3375;RO=87;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=191.928;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:861:4:147:-5.75554,0,-69.9714 0/0:65:65,0:65:2514:0:0:0,-19.5669,-226.421 dDocent_Contig_11979 41 . C A 2067.03 . AB=0.156322;ABP=895.57;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=1519;DPB=1519;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=2982.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993197;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5598;QR=53979;RO=1372;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=2982.27;RPR=147;RUN=1;SAF=147;SAP=322.217;SAR=0;SRF=1372;SRP=2982.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:649:638,11:638:25034:11:368:0,-161.926,-2217.53 0/1:870:734,136:734:28945:136:5230:-208.703,0,-2340.67 dDocent_Contig_11981 92 . C A 100.66 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X3M4I2M7X1I2X1I1X;DP=3;DPB=5.125;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=35;PQR=0;PRO=1;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:119:-10.0654,-0.90309,0 dDocent_Contig_11982 58 . G A 512.079 . AB=0.28;ABP=34.5401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.190476;PAIREDR=0.87037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=853;QR=2101;RO=54;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:34,14:34:1329:14:570:-37.1917,0,-105.419 0/1:27:20,7:20:772:7:283:-17.7152,0,-61.6632 dDocent_Contig_11983 27 . G A 195.216 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.125;EPP=20.3821;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.883721;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=1730;RO=43;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=96.3836;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:19,8:19:761:8:322:-21.2205,0,-60.6847 0/0:24:24,0:24:969:0:0:0,-7.22472,-87.5068 dDocent_Contig_11984 9 . G C 75.7234 . AB=0.105263;ABP=208.729;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=273;DPB=273;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=556.736;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=9624;RO=255;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=556.736;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=255;SRP=556.736;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:121:119,2:119:4465:2:78:0,-29.0212,-394.518 0/1:152:136,16:136:5159:16:611:-9.57234,0,-418.571 dDocent_Contig_11985 98 . N C 100.598 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_11989 108 . N G 253.528 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=41.75;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.4027,-0.30103,0 1/1:7:0,7:0:0:7:242:-21.6478,-2.10721,0 dDocent_Contig_11997 107 . N A 404.464 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,14:0:0:14:446:-40.4464,-4.21442,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_11998 31 . C T 1089.1 . AB=0.34058;ABP=33.4739;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.914894;PAIREDR=0.945055;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1706;QR=3580;RO=91;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=200.614;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:51,35:51:2005:35:1285:-90.0457,0,-154.743 0/1:52:40,12:40:1575:12:421:-22.5635,0,-126.328 dDocent_Contig_11999 39 . G A 279.113 . AB=0.215385;ABP=48.7448;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=1.3;EPP=33.4109;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=546;QR=3971;RO=101;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=222.329;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1974:0:0:0,-15.0515,-177.866 0/1:65:51,14:51:1997:14:546:-29.9113,0,-160.357 dDocent_Contig_12000 55 . T G 189.776 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.9;EPP=20.3821;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.836735;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=1963;RO=49;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:19,8:19:767:8:316:-20.6765,0,-61.2212 0/0:30:30,0:30:1196:0:0:0,-9.0309,-107.916 dDocent_Contig_12001 8 . G A 2515.15 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1170;CIGAR=1X;DP=1231;DPB=1231;DPRA=0;EPP=2096.24;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46199;QR=2279;RO=58;RPL=54;RPP=2096.24;RPPR=128.956;RPR=1116;RUN=1;SAF=1170;SAP=2543.63;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:576:16,560:16:634:560:22069:-1927.05,-115.997,0 1/1:655:42,610:42:1645:610:24130:-2021.38,-48.3822,0 dDocent_Contig_12003 19 . T G 9623.01 . AB=0.711628;ABP=170.284;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=306;CIGAR=1X;DP=430;DPB=430;DPRA=0;EPP=667.481;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990196;PAIREDR=0.99187;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12177;QR=4911;RO=123;RPL=0;RPP=667.481;RPPR=270.101;RPR=306;RUN=1;SAF=306;SAP=667.481;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:243:56,186:56:2227:186:7399:-592.366,0,-127.433 0/1:187:67,120:67:2684:120:4778:-373.634,0,-185.388 dDocent_Contig_12004 82 . G T 204.019 . AB=0.344828;ABP=9.07545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=669;RO=19;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:9,7:9:311:7:249:-17.9391,0,-23.5072 0/1:13:10,3:10:358:3:108:-6.16178,0,-28.6495 dDocent_Contig_12005 67 . T G 2063.77 . AB=0.630252;ABP=20.5463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.826667;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2726;QR=1593;RO=44;RPL=33;RPP=5.35549;RPPR=4.78696;RPR=42;RUN=1;SAF=33;SAP=5.35549;SAR=42;SRF=19;SRP=4.78696;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:22,45:22:785:45:1618:-125.716,0,-50.7966 0/1:52:22,30:22:808:30:1108:-84.3602,0,-57.3813 dDocent_Contig_12007 12 . T C 82.5084 . AB=0;ABP=0;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=3X1M1X1M1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=24;MQMR=55.6374;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.340659;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=3542;RO=91;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=200.614;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:56:50,3,3:50:1940:3,3:115,115:0,-9.52022,-165.833,-9.51846,-161.212,-165.832 0|1:51:41,10,0:41:1602:10,0:395,0:-10.2508,0,-126.454,-22.5931,-129.464,-151.756 dDocent_Contig_12008 164 . T C 234.383 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=1272;RO=32;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=24.9965;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=7;SRP=24.9965;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:716:7:278:-17.8639,0,-57.2352 0/1:18:14,4:14:556:4:159:-9.27341,0,-44.9619 dDocent_Contig_12009 1 . N G 111.882 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:120:-11.1877,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12010 90 . G A 872.242 . AB=0.45679;ABP=4.32391;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1274;QR=1485;RO=44;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:17,19:17:563:19:648:-47.803,0,-40.1479 0/1:45:27,18:27:922:18:626:-43.1201,0,-69.7466 dDocent_Contig_12012 30 . C T 405.406 . AB=0.305085;ABP=22.4799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X2M1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=1626;RO=41;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=92.0407;RPR=18;RUN=1;SAF=9;SAP=3.0103;SAR=9;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:23,9:23:909:9:333:-20.6876,0,-72.4885 0|1:27:18,9:18:717:9:348:-23.552,0,-56.7303 dDocent_Contig_12013 52 . T C 3591.01 . AB=0.607143;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4683;QR=3024;RO=77;RPL=119;RPP=261.416;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:57,41:57:2209:41:1584:-113.304,0,-169.499 0/1:98:20,78:20:815:78:3099:-249.495,0,-44.1633 dDocent_Contig_12014 56 . T G 167.38 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0.469388;EPP=18.2106;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=2553;RO=65;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:49:49,0:49:1927:0:0:0,-14.7505,-173.638 0/1:23:16,7:16:626:7:281:-18.738,0,-49.7501 dDocent_Contig_12015 98 . N T 68.3781 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 dDocent_Contig_12016 20 . C T 131.318 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=1403;RO=36;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=81.1833;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:311:5:204:-14.8306,0,-24.4381 0/0:30:28,2:28:1092:2:81:0,-1.34517,-90.8815 dDocent_Contig_12017 112 . G A 2987.43 . AB=0.0432099;ABP=296.615;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X4M;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=217;QR=867;RO=27;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=61.6401;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:76:16,0,5,55:16:500:0,5,55:0,175,1757:-136.685,-141.502,-181.67,-127.26,-167.43,-165.925,0,-40.1423,-25.8947,-23.5857 0|0:86:11,8,2,63:11:367:8,2,63:260,42,2091:-165.757,-148.083,-175.384,-165.895,-174.619,-195.001,0,-8.73246,-26.5536,-10.7548 dDocent_Contig_12018 35 . T C 1824.59 . AB=0.34359;ABP=44.4464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.537313;PAIREDR=0.765625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2715;QR=5081;RO=128;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=280.959;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:69,33:69:2750:33:1332:-89.4331,0,-216.908 0/1:93:59,34:59:2331:34:1383:-96.725,0,-181.941 dDocent_Contig_12019 61 . C A 3197.22 . AB=0.594737;ABP=17.822;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=190;DPB=190;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.964602;PAIREDR=0.935065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4224;QR=2894;RO=77;RPL=113;RPP=248.387;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:27,32:27:1040:32:1223:-92.6013,0,-76.1469 0/1:131:50,81:50:1854:81:3001:-230.82,0,-127.67 dDocent_Contig_12020 64 . T C 598.371 . AB=0.223684;ABP=103.812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0.889831;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1207;QR=4234;RO=118;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:51,20:51:1821:20:704:-42.3119,0,-142.796 0/1:81:67,14:67:2413:14:503:-21.2241,0,-193.038 dDocent_Contig_12021 97 . G A 62.0024 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0.862069;EPP=13.8677;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=171;QR=1688;RO=49;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:996:0:0:0,-8.72987,-89.9511 0/1:25:20,5:20:692:5:171:-8.20024,0,-55.0775 dDocent_Contig_12022 22 . G T 138.283 . AB=0.142857;ABP=80.5629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=1.48936;EPP=24.725;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.88785;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=406;QR=4287;RO=107;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=235.358;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1895:0:0:0,-14.1484,-170.746 0/1:70:60,10:60:2392:10:406:-15.8283,0,-194.356 dDocent_Contig_12023 45 . T G 8096.9 . AB=0.295517;ABP=399.973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=323;CIGAR=1M1I1X;DP=1093;DPB=1254.5;DPRA=0;EPP=704.396;EPPR=1666.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12690;QR=30288;RO=766;RPL=0;RPP=704.396;RPPR=1666.36;RPR=323;RUN=1;SAF=323;SAP=704.396;SAR=0;SRF=766;SRP=1666.36;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:534:360,171:360:14208:171:6746:-446.759,0,-1117.58 0|1:559:406,152:406:16080:152:5944:-366.63,0,-1277.84 dDocent_Contig_12024 107 . N T 1002.04 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970588;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51695,-0.90309,0 1/1:31:0,31:0:0:31:1001:-90.3862,-9.33193,0 dDocent_Contig_12025 92 . C A 1225.31 . AB=0.0622568;ABP=430.757;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=9M1X4M;DP=257;DPB=262.214;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=5299;RO=161;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=352.617;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:110:59,38,10:59:1950:38,10:1165,348:-75.6117,0,-146.255,-65.0657,-129.393,-219.762 0|0:147:102,35,6:102:3349:35,6:1021,204:-50.6185,0,-260.105,-64.769,-254.093,-333.612 dDocent_Contig_12026 18 . C A 48.7522 . AB=0.114754;ABP=81.6461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0.824324;EPP=18.2106;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.46875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=5096;RO=128;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=280.959;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:54,7:54:2170:7:273:-6.57418,0,-177.106 0/0:74:74,0:74:2926:0:0:0,-22.2762,-263.445 dDocent_Contig_12027 8 . G T 197.445 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=2X5M1X3M;DP=61;DPB=61;DPRA=1.90476;EPP=13.8677;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40;QR=1453;RO=38;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=85.5263;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:19,5,11,5:19:719:5,11,5:200,349,40:-21.4433,-24.6521,-82.169,0,-56.6356,-55.8297,-26.3054,-82.8152,-58.2851,-83.8162 0|0:21:19,0,2,0:19:734:0,2,0:0,59,0:0,-5.71957,-66.1032,-1.09341,-61.7628,-61.1607,-5.71957,-66.1032,-61.7628,-66.1032 dDocent_Contig_12028 34 . T C 5242.39 . AB=0.692623;ABP=81.6461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=169;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.633136;PAIREDR=0.573333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6681;QR=3006;RO=75;RPL=0;RPP=369.989;RPPR=165.871;RPR=169;RUN=1;SAF=169;SAP=369.989;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:30,83:30:1204:83:3313:-264.206,0,-74.616 0/1:131:45,86:45:1802:86:3368:-263.732,0,-122.957 dDocent_Contig_12029 17 . G A 821.002 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1160;QR=1193;RO=32;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=72.4974;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:9,15:9:341:15:548:-42.431,0,-23.822 0/1:40:23,17:23:852:17:612:-43.3682,0,-64.961 dDocent_Contig_12030 72 . G T 31.908 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.4375;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=1126;RO=35;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:16:16,0:16:517:0:0:0,-4.81648,-46.8403 0/1:23:19,4:19:609:4:131:-5.19052,0,-48.1927 dDocent_Contig_12032 22 . G T 720.789 . AB=0.361446;ABP=16.8502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=4.16842;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.8667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1113;QR=2103;RO=53;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=118.098;RPR=30;RUN=1;SAF=13;SAP=4.16842;SAR=17;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:39,19:39:1554:19:693:-45.1925,0,-122.643 0/1:25:14,11:14:549:11:420:-30.5854,0,-42.2251 dDocent_Contig_12033 107 . N A 346.306 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=374;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:199:-18.2357,-1.80618,0 1/1:5:0,5:0:0:5:175:-16.0937,-1.50515,0 dDocent_Contig_12034 40 . A G 241.506 . AB=0.218182;ABP=40.9518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=7.10075;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.744186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=1495;RO=43;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=96.3836;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=17;SRP=7.10075;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:705:5:204:-11.2183,0,-56.2339 0/1:30:23,7:23:790:7:281:-16.6313,0,-62.369 dDocent_Contig_12035 8 . G T 158.919 . AB=0.230769;ABP=27.5646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=40;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=1143;RO=30;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=68.1545;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:346:1:35:-0.370402,0,-26.5927 0/1:29:21,8:21:797:8:312:-17.8868,0,-59.0404 dDocent_Contig_12037 55 . T A 751.879 . AB=0.292035;ABP=45.4597;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.7125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1247;QR=3021;RO=80;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:36,25:36:1355:25:941:-66.6401,0,-103.868 0/1:52:44,8:44:1666:8:306:-12.2468,0,-134.543 dDocent_Contig_12038 29 . G A 159.666 . AB=0.15873;ABP=66.7413;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1.4;EPP=24.725;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.938144;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=3768;RO=97;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=213.643;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:53,10:53:2066:10:403:-17.6655,0,-167.192 0|0:45:44,0:44:1702:0:0:0,-13.2453,-153.12 dDocent_Contig_12039 114 . A G 39.7354 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.194444;EPP=7.35324;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.853659;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1626;RO=41;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,2:5:199:2:82:-5.67247,0,-16.1814 0/0:36:36,0:36:1427:0:0:0,-10.8371,-128.682 dDocent_Contig_12040 113 . T A 2439.61 . AB=0.810811;ABP=96.1489;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=90;CIGAR=1X3M;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.977778;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3086;QR=412;RO=12;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=29.068;RPR=90;RUN=1;SAF=0;SAP=198.443;SAR=90;SRF=0;SRP=29.068;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:54:6,6,41:6:204:6,41:210,1418:-113.976,-98.7209,-113.462,-0.521102,0,-4.74042 0|1:57:6,2,49:6:208:2,49:69,1668:-133.508,-129.714,-146.02,0,-11.3097,-2.15792 dDocent_Contig_12041 31 . C G 1388.67 . AB=0.356164;ABP=29.2464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2066;QR=3754;RO=94;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=207.129;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:48,21:48:1903:21:842:-55.3194,0,-150.705 0/1:77:46,31:46:1851:31:1224:-87.2468,0,-143.614 dDocent_Contig_12042 13 . G A 233.19 . AB=0.384615;ABP=6.01695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1M3I1X;DP=26;DPB=41;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=587;RO=16;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=37.7539;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:9,4:9:328:4:158:-10.6873,0,-25.9541 0|1:13:7,6:7:259:6:221:-16.3307,0,-19.7523 dDocent_Contig_12043 98 . N G 83.2238 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=85;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:78:-7.27882,-0.90309,0 dDocent_Contig_12045 56 . G A 52.5785 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2013;RO=51;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:872:4:160:-6.95681,0,-70.9641 0/0:30:29,1:29:1141:1:40:0,-5.03522,-98.9779 dDocent_Contig_12046 57 . T C 545.358 . AB=0.209677;ABP=93.7919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.653846;PAIREDR=0.731959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1055;QR=3857;RO=97;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:53,11:53:2089:11:448:-21.0281,0,-168.549 0/1:59:44,15:44:1768:15:607:-37.2067,0,-141.563 dDocent_Contig_12048 8 . G A 6935.58 . AB=0.8;ABP=225.803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3684;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8699;QR=2133;RO=57;RPL=0;RPP=498.106;RPPR=126.784;RPR=228;RUN=1;SAF=228;SAP=498.106;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:162:18,144:18:663:144:5504:-446.576,0,-11.2061 0/1:123:39,84:39:1470:84:3195:-250.68,0,-95.5446 dDocent_Contig_12049 140 . A G 1107.35 . AB=0.303797;ABP=55.8403;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1793;QR=4181;RO=110;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=241.872;RPR=48;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=241.872;SRR=110;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:42,14:42:1598:14:532:-31.3646,0,-127.229 0/1:102:68,34:68:2583:34:1261:-83.0695,0,-201.954 dDocent_Contig_12050 25 . G A 63.443 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.628571;EPP=11.6962;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8679;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.792453;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=2080;RO=53;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=118.098;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1360:0:0:0,-10.536,-122.664 0/1:22:18,4:18:720:4:162:-8.3443,0,-58.5034 dDocent_Contig_12051 113 . C T 114.553 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=8M1X12M;DP=57;DPB=56.7619;DPRA=0.965517;EPP=16.0391;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=1815;RO=46;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:28,1,0:28:1096:1,0:38,0:0,-4.9326,-95.1388,-8.42884,-95.4399,-98.556 0|1:28:18,4,6:18:719:4,6:154,230:-13.4553,-6.22852,-64.2587,0,-46.592,-57.4278 dDocent_Contig_12053 26 . C A 60.1549 . AB=0.102804;ABP=149.635;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994083;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=6751;RO=169;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=369.989;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:75:73,2:73:2930:2:65:0,-16.4075,-257.62 0/1:107:96,11:96:3821:11:443:-8.01549,0,-311.684 dDocent_Contig_12055 23 . C A 929.931 . AB=0.419753;ABP=7.5409;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.470588;PAIREDR=0.531915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1338;QR=1872;RO=47;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=105.07;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:18,24:18:720:24:937:-71.9828,0,-52.4776 0/1:39:29,10:29:1152:10:401:-24.7093,0,-92.2135 dDocent_Contig_12056 40 . T C 80.8268 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M1X2M1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=120.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=45.2222;MQMR=58.8276;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=2235;RO=58;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=112.183;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=57;SRP=120.42;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:31,6:31:1200:6:240:-9.76802,0,-94.6155 0|1:30:27,3:27:1035:3:109:-0.804488,0,-84.4234 dDocent_Contig_12058 61 . A T 1596.07 . AB=0.394904;ABP=18.0723;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.758065;PAIREDR=0.263158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2333;QR=3580;RO=95;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:42,47:42:1574:47:1756:-131.504,0,-115.139 0/1:68:53,15:53:2006:15:577:-31.8022,0,-160.308 dDocent_Contig_12060 146 . C T 3230.42 . AB=0.306;ABP=166.461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=500;DPB=500;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=754.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5298;QR=11774;RO=346;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=754.34;RPR=153;RUN=1;SAF=0;SAP=335.246;SAR=153;SRF=0;SRP=754.34;SRR=346;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:276:209,66:209:7122:66:2259:-120.434,0,-557.955 0/1:224:137,87:137:4652:87:3039:-206.307,0,-351.435 dDocent_Contig_12061 8 . G A 511.942 . AB=0.416667;ABP=5.9056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.1;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=769;QR=1046;RO=28;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=63.8115;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:14,12:14:512:12:465:-34.0137,0,-38.5859 0/1:22:14,8:14:534:8:304:-20.8794,0,-41.7801 dDocent_Contig_12062 31 . A G 2172.84 . AB=0.793478;ABP=71.8365;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.657534;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2752;QR=705;RO=19;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=44.2683;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:5,43:5:175:43:1652:-134.492,0,-1.64039 0/1:44:14,30:14:530:30:1100:-86.0453,0,-34.7981 dDocent_Contig_12063 48 . T C 18257.1 . AB=0.799443;ABP=562.21;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=574;CIGAR=1X2M;DP=718;DPB=718;DPRA=0;EPP=532.169;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.996516;PAIREDR=0.991525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22662;QR=4657;RO=118;RPL=100;RPP=532.169;RPPR=259.244;RPR=474;RUN=1;SAF=574;SAP=1249.44;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:359:61,0,298:61:2406:0,298:0,11793:-952.5,-970.863,-1168.8,0,-198.336,-108.629 0|1:359:57,25,276:57:2251:25,276:924,10869:-876.905,-818.5,-996.193,0,-109.679,-102.153 dDocent_Contig_12064 70 . T C 276.336 . AB=0.230769;ABP=43.9342;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1.51163;EPP=35.5824;EPPR=196.365;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.133333;PAIREDR=0.763441;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=3414;RO=93;RPL=14;RPP=27.4756;RPPR=4.15441;RPR=1;RUN=1;SAF=14;SAP=27.4756;SAR=1;SRF=51;SRP=4.90158;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1595:0:0:0,-12.9443,-143.828 0/1:65:50,15:50:1819:15:543:-29.6336,0,-144.405 dDocent_Contig_12065 54 . G T 139.328 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=1.01852;EPP=22.5536;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=3966;RO=100;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2147:0:0:0,-16.2556,-193.41 0/1:55:46,9:46:1819:9:357:-15.9328,0,-147.367 dDocent_Contig_12066 209 . N G 150.587 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-15.0584,-1.20412,0 dDocent_Contig_12067 98 . N A 115.101 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03451,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17353,-0.60206,0 dDocent_Contig_12068 60 . G T 165.027 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=1080;RO=28;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:10,7:10:383:7:255:-18.1802,0,-29.7067 0/1:20:18,2:18:697:2:74:-1.00528,0,-57.0433 dDocent_Contig_12069 127 . A G 64.5959 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=1225;RO=32;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=72.4974;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:14,2:14:540:2:78:-2.58699,0,-44.1275 0/1:22:18,4:18:685:4:153:-7.51871,0,-55.3581 dDocent_Contig_12070 107 . N A 57.951 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79402,-0.60206,0 dDocent_Contig_12071 18 . T C 60.693 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=1.27778;EPP=11.6962;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.702703;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1465;RO=37;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=83.3548;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:760:4:159:-7.76826,0,-61.7973 0/0:18:18,0:18:705:0:0:0,-5.41854,-63.7743 dDocent_Contig_12074 33 . G A 1100.19 . AB=0.475;ABP=3.44459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1524;QR=1686;RO=42;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=94.2121;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:14,11:14:567:11:439:-32.3389,0,-43.8471 0/1:55:28,27:28:1119:27:1085:-81.3792,0,-84.4387 dDocent_Contig_12075 80 . G A 10284.3 . AB=0.782222;ABP=314.332;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=352;CIGAR=1X;DP=450;DPB=450;DPRA=0;EPP=767.369;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12975;QR=3447;RO=97;RPL=352;RPP=767.369;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=352;SAP=767.369;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:38,113:38:1368:113:4024:-316.869,0,-77.9545 0/1:299:59,239:59:2079:239:8951:-715.258,0,-97.2644 dDocent_Contig_12077 204 . T A 1587.68 . AB=0.162275;ABP=717.304;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=721;DPB=721;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=1314.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998344;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4211;QR=21832;RO=604;RPL=117;RPP=257.073;RPPR=1314.58;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=257.073;SAR=117;SRF=0;SRP=1314.58;SRR=604;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:337:262,75:262:9459:75:2679:-139.892,0,-749.768 0/1:384:342,42:342:12373:42:1532:-22.5749,0,-997.733 dDocent_Contig_12079 33 . G A 560.854 . AB=0.22807;ABP=76.2308;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1038;QR=3490;RO=88;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=194.1;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:47,9:47:1869:9:349:-14.9056,0,-151.559 0/1:58:41,17:41:1621:17:689:-44.8788,0,-128.668 dDocent_Contig_12081 37 . G T 424.33 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0.789474;EPP=35.5824;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9245;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=587;QR=2107;RO=53;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=118.098;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:15,15:15:582:15:587:-44.132,0,-43.6856 0/0:38:38,0:38:1525:0:0:0,-11.4391,-137.491 dDocent_Contig_12082 6 . C A 94.2744 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X4M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=1500;RO=39;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=87.6977;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:29,0,7:29:1115:0,7:0,239:-11.007,-19.7368,-111.311,0,-91.9242,-89.8169 0|1:12:10,2,0:10:385:2,0:57,0:-1.80152,0,-31.3942,-4.81182,-31.9963,-36.5065 dDocent_Contig_12083 11 . G A 2082.32 . AB=0.388601;ABP=23.8137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2995;QR=4657;RO=118;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=259.244;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:55,50:55:2187:50:2003:-148.848,0,-165.393 0/1:88:63,25:63:2470:25:992:-63.0836,0,-195.947 dDocent_Contig_12084 107 . N G 213.714 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:163:-14.9913,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07837,-0.60206,0 dDocent_Contig_12085 1 . N G 73.1023 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.30914,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12086 21 . A C 166.757 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1M1X7M;DP=106;DPB=107.444;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.449438;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=3512;RO=89;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=196.271;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:40,9,0:40:1569:9,0:364,0:-18.3745,0,-126.714,-30.4157,-129.423,-159.437 0|0:57:49,4,4:49:1943:4,4:161,164:0,-1.48485,-160.207,-1.21044,-147.874,-159.94 dDocent_Contig_12088 76 . A G 514.442 . AB=0.337662;ABP=20.6359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=863;QR=1762;RO=51;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:36,5:36:1248:5:175:-3.75147,0,-100.282 0/1:36:15,21:15:514:21:688:-51.3879,0,-35.7483 dDocent_Contig_12089 9 . G A 3491.35 . AB=0.795918;ABP=114.819;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4407;QR=1138;RO=30;RPL=0;RPP=257.073;RPPR=68.1545;RPR=117;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:12,58:12:456:58:2181:-175.447,0,-20.3168 0/1:77:18,59:18:682:59:2226:-177.387,0,-38.5316 dDocent_Contig_12090 11 . C A 43088.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1248;CIGAR=1X;DP=1295;DPB=1295;DPRA=0;EPP=2695.66;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9856;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996795;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49805;QR=1877;RO=47;RPL=0;RPP=2713.01;RPPR=105.07;RPR=1248;RUN=1;SAF=1246;SAP=2695.66;SAR=2;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:679:18,661:18:727:661:26340:-2302.53,-138.646,0 1/1:616:29,587:29:1150:587:23465:-2006.03,-81.6539,0 dDocent_Contig_12092 9 . G A 789.989 . AB=0.0454545;ABP=160.936;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=88;DPB=88.4286;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=1;PQA=40;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1691;RO=43;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:23,1,3,14:23:904:1,3,14:40,119,559:-39.0783,-42.7074,-116.753,-36.209,-107.259,-109.651,0,-71.0224,-64.5227,-70.1031 0|0:47:20,3,8,15:20:787:3,8,15:118,319,603:-43.6195,-39.9342,-103.767,-23.3691,-78.3987,-85.6969,0,-55.0308,-38.4647,-60.2219 dDocent_Contig_12093 30 . T C 725.567 . AB=0.122951;ABP=153.661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X3M;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=2976;RO=76;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=168.042;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:33,5,9,0:33:1291:5,9,0:189,364,0:-20.0938,-14.5451,-119.176,0,-90.667,-103.448,-30.0278,-120.681,-106.157,-136.171 0|1:75:43,21,6,5:43:1685:21,6,5:839,244,194:-56.1618,0,-132.233,-48.9781,-118.427,-185.728,-53.1701,-122.617,-171.597,-190.219 dDocent_Contig_12094 139 . T C 272.188 . AB=0.30303;ABP=14.1309;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=335;QR=413;RO=12;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=29.068;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=29.068;SRR=12;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:14:7,0,0,0,7:7:241:0,0,0,7:0,0,0,245:-18.1768,-20.284,-39.8561,-20.284,-39.8561,-39.8561,-20.284,-39.8561,-39.8561,-39.8561,0,-19.9191,-19.9191,-19.9191,-17.8118 0|0:19:5,2,4,5,3:5:172:2,4,5,3:69,139,175,90:-12.7403,-8.6385,-22.008,-2.94037,-11.3062,-15.709,0,-8.36672,-2.66808,-12.4688,-7.06109,-15.4237,-9.72777,-6.78907,-20.1261 dDocent_Contig_12096 83 . C A 855.351 . AB=0.0645161;ABP=258.333;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=2M1X7M;DP=155;DPB=156;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=338;QR=3083;RO=93;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:93:52,33,0,7:52:1724:33,0,7:1135,0,243:-76.5282,0,-129.517,-92.1818,-139.451,-231.635,-72.4264,-119.695,-211.879,-209.772 0|0:62:41,8,10,3:41:1359:8,10,3:279,312,95:-12.7049,-2.3414,-109.878,0,-87.2289,-106.914,-17.4045,-104.642,-102.281,-126.434 dDocent_Contig_12097 10 . C A 940.563 . AB=0.0740741;ABP=130.645;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.487805;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1621;RO=41;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:24,1,15:24:957:1,15:40,602:-42.3791,-46.3088,-124.817,0,-75.5144,-74.2941 0|0:41:17,5,18:17:664:5,18:196,733:-55.3762,-44.3779,-97.4478,0,-38.4732,-49.1738 dDocent_Contig_12098 107 . N A 1687.76 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1865;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=0;RPR=54;RUN=1;SAF=0;SAP=120.27;SAR=54;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:49:0,49:0:0:49:1694:-152.748,-14.7505,0 1/1:5:0,5:0:0:5:171:-15.7266,-1.50515,0 dDocent_Contig_12099 35 . C T 297.032 . AB=0.26;ABP=28.0257;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.621622;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=530;QR=1487;RO=37;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=83.3548;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:13,4:13:528:4:163:-9.94092,0,-42.7496 0/1:33:24,9:24:959:9:367:-23.4613,0,-76.674 dDocent_Contig_12100 36 . G A 3875.85 . AB=0.616915;ABP=26.8749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=23M1X;DP=201;DPB=180.167;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.645161;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4908;QR=1654;RO=42;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=94.2121;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:107:20,9,74:20:791:9,74:361,2948:-236.756,-213.032,-275.422,0,-35.3692,-42.8442 0|1:94:22,15,50:22:863:15,50:595,1960:-154.528,-112.178,-178.634,0,-21.9969,-55.9176 dDocent_Contig_12101 17 . T A 27788.8 . AB=0.688665;ABP=401.219;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=887;CIGAR=1X;DP=1288;DPB=1288;DPRA=0;EPP=1929.11;EPPR=873.771;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35257;QR=15959;RO=401;RPL=0;RPP=1929.11;RPPR=873.771;RPR=887;RUN=1;SAF=887;SAP=1929.11;SAR=0;SRF=401;SRP=873.771;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:649:183,466:183:7273:466:18602:-1477.29,0,-458.846 0/1:639:218,421:218:8686:421:16655:-1305.29,0,-588.886 dDocent_Contig_12102 41 . A G 81.8494 . AB=0.118421;ABP=99.1265;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=6472;RO=162;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=354.789;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:67,9:67:2684:9:360:-9.88391,0,-218.799 0/0:98:95,3:95:3788:3:120:0,-18.3136,-329.738 dDocent_Contig_12105 13 . T A 158.234 . AB=0.375;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.32;EPP=16.0391;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=2407;RO=60;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=133.299;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:407:6:244:-17.5223,0,-32.1741 0/0:50:50,0:50:2000:0:0:0,-15.0515,-180.178 dDocent_Contig_12106 60 . G A 34464.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1047;CIGAR=1X;DP=1111;DPB=1111;DPRA=0;EPP=2276.54;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994269;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=40819;QR=2488;RO=64;RPL=1047;RPP=2276.54;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=1047;SAP=2276.54;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:534:42,492:42:1637:492:19127:-1572.47,-13.1832,0 1/1:577:22,555:22:851:555:21692:-1873.7,-96.7908,0 dDocent_Contig_12107 98 . N T 1199.89 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1323;QR=0;RO=0;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:25:0,25:0:0:25:841:-76.0011,-7.52575,0 1/1:15:0,15:0:0:15:482:-43.6871,-4.51545,0 dDocent_Contig_12108 59 . T A 52.0863 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1394;RO=37;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:522:3:120:-6.0698,0,-42.198 0/1:26:23,3:23:872:3:114:-2.80503,0,-70.9609 dDocent_Contig_12109 139 . C T 942.911 . AB=0.283871;ABP=65.8989;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1600;QR=4052;RO=111;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=244.044;RPR=44;RUN=1;SAF=0;SAP=98.5551;SAR=44;SRF=0;SRP=244.044;SRR=111;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:59,9:59:2168:9:333:-9.85216,0,-174.9 0/1:87:52,35:52:1884:35:1267:-88.1379,0,-143.628 dDocent_Contig_12110 126 . C A 57.0081 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.638889;EPP=11.6962;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.854545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=2198;RO=55;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=122.441;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:760:4:155:-7.39978,0,-61.799 0/0:36:36,0:36:1438:0:0:0,-10.8371,-129.673 dDocent_Contig_12111 13 . T G 6288.46 . AB=0.462025;ABP=6.96843;AC=4;AF=1;AN=4;AO=146;CIGAR=1X4M;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5793;QR=1117;RO=29;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=65.983;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:183:16,26,52,86:16:617:26,52,86:1034,1952,3417:-385.7,-305.379,-348.22,-230.632,-196.161,-265.644,-109.215,-74.7417,0,-133.994 1|1:133:13,30,28,60:13:500:30,28,60:1171,1080,2376:-246.845,-154.501,-186.519,-162.073,-106.865,-194.693,-55.2127,0,-7.57486,-78.2008 dDocent_Contig_12112 8 . G T 598.813 . AB=0.205298;ABP=116.919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=342;DPB=342;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=650.109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1682;QR=11456;RO=298;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=650.109;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=298;SRP=650.109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:120,31:120:4613:31:1186:-61.5803,0,-369.754 0/0:191:178,13:178:6843:13:496:0,-12.5117,-570.767 dDocent_Contig_12113 8 . G C 10339.5 . 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AB=0.206897;ABP=67.9298;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=11M1X3M;DP=87;DPB=85.0667;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=629;QR=1273;RO=34;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:13,8,5:13:486:8,5:284,178:-19.2432,0,-37.4278,-8.63896,-25.3274,-46.9583 0|0:59:21,19,13:21:787:19,13:740,451:-54.5224,0,-58.7612,-24.1916,-27.8247,-84.7405 dDocent_Contig_12115 13 . G A 700.873 . AB=0.29;ABP=41.3151;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993197;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1372;QR=5818;RO=147;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=322.217;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:71,29:71:2781:29:1129:-71.7862,0,-220.307 0/0:82:76,6:76:3037:6:243:0,-2.43628,-251.161 dDocent_Contig_12117 39 . T C 20169.3 . AB=0.0641026;ABP=775.386;AC=0;AF=0;AN=4;AO=30;CIGAR=1X1M1X2M;DP=870;DPB=870;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1197;QR=4200;RO=106;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=233.186;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:402:57,0,74,270:57:2261:0,74,270:0,2924,10762:-923.502,-940.661,-1126.78,-700.069,-886.187,-863.91,-54.4743,-240.595,0,-159.316 0|0:468:49,30,51,335:49:1939:30,51,335:1197,2042,13394:-1097.13,-1013.3,-1163.85,-943.659,-1004.66,-1087.88,-8.6427,-69.6448,0,-67.3764 dDocent_Contig_12120 138 . T C 72.9389 . 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AB=0.119403;ABP=87.3088;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.755319;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=3501;RO=94;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2:35:1319:2:81:0,-3.45238,-111.306 0/1:67:59,8:59:2182:8:312:-8.27451,0,-176.425 dDocent_Contig_12123 81 . C G 122.976 . AB=0.12963;ABP=131.69;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.723404;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=3600;RO=94;RPL=7;RPP=3.0103;RPPR=8.9241;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=55;SRP=8.9241;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:36,5:36:1360:5:185:-4.66736,0,-110.348 0/1:67:58,9:58:2240:9:346:-11.3288,0,-181.633 dDocent_Contig_12124 29 . C T 345.126 . AB=0.18018;ABP=101.626;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.659341;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=3663;RO=91;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=200.614;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:28,5:28:1126:5:196:-8.07885,0,-91.69 0/1:78:63,15:63:2537:15:592:-30.1327,0,-204.98 dDocent_Contig_12125 69 . A G 82.4148 . AB=0.122222;ABP=114.576;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.742188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=555;QR=4606;RO=128;RPL=6;RPP=4.31318;RPPR=8.50684;RPR=9;RUN=1;SAF=6;SAP=4.31318;SAR=9;SRF=73;SRP=8.50684;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:49,4:49:1756:4:144:0,-2.64157,-144.994 0/1:90:79,11:79:2850:11:411:-10.2415,0,-229.607 dDocent_Contig_12126 61 . G A 3322.18 . AB=0.383436;ABP=41.484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976;PAIREDR=0.995025;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4819;QR=7923;RO=201;RPL=125;RPP=274.444;RPPR=439.476;RPR=0;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:169:94,75:94:3640:75:2879:-208.363,0,-276.76 0/1:157:107,50:107:4283:50:1940:-127.554,0,-338.168 dDocent_Contig_12127 61 . G A 228.327 . AB=0.110294;ABP=361.814;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979339;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1197;QR=9502;RO=242;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=528.507;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:99,10:99:3893:10:400:-3.54763,0,-317.586 0/1:163:143,20:143:5609:20:797:-22.9779,0,-455.59 dDocent_Contig_12128 97 . G A 114.493 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.555556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=1379;RO=45;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:14,7:14:435:7:213:-13.1483,0,-33.1313 0/0:33:31,2:31:944:2:64:0,-3.85544,-79.1687 dDocent_Contig_12129 8 . G A 648.253 . AB=0.15625;ABP=298.602;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=288;DPB=288;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=524.164;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9958;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.822222;PAIREDR=0.775;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1716;QR=9179;RO=240;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=524.164;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=240;SRP=524.164;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:140,22:140:5379:22:832:-26.0416,0,-434.945 0/1:125:100,23:100:3800:23:884:-42.4826,0,-304.717 dDocent_Contig_12130 125 . C T 93.0926 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.13043;EPP=13.8677;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.795455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1759;RO=44;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:21,5:21:830:5:205:-11.0082,0,-67.1805 0/0:23:23,0:23:929:0:0:0,-6.92369,-83.9128 dDocent_Contig_12131 85 . T A 392.408 . 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AB=0.766839;ABP=122.374;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5881;QR=1788;RO=45;RPL=148;RPP=324.388;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=324.388;SAR=148;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:13,97:13:522:97:3864:-314.635,0,-14.2119 0/1:83:32,51:32:1266:51:2017:-156.736,0,-89.2229 dDocent_Contig_12133 14 . G T 783.924 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1035;CIGAR=1X;DP=1071;DPB=1071;DPRA=0;EPP=2250.48;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=50.0571;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999034;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39342;QR=1301;RO=35;RPL=1035;RPP=2250.48;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=1035;SAP=2250.48;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:548:15,532:15:526:532:20319:-1786.19,-123.64,0 1/1:523:20,503:20:775:503:19023:-1652.41,-98.7547,0 dDocent_Contig_12135 24 . C A 115.405 . AB=0.128205;ABP=96.662;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9026;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.376623;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=6168;RO=154;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=337.417;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:68,10:68:2716:10:404:-13.2395,0,-221.073 0/0:88:86,2:86:3452:2:79:0,-18.9934,-303.203 dDocent_Contig_12136 33 . T A 5416.03 . AB=0.582278;ABP=21.5915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=184;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=402.561;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7114;QR=4798;RO=132;RPL=0;RPP=402.561;RPPR=289.645;RPR=184;RUN=1;SAF=184;SAP=402.561;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:50,84:50:1851:84:3278:-254.788,0,-126.508 0/1:182:82,100:82:2947:100:3836:-290.514,0,-210.627 dDocent_Contig_12137 13 . A T 104.844 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1M1I1X;DP=85;DPB=90.5;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.540541;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=2894;RO=74;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=163.699;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:24,6:24:942:6:229:-11.9408,0,-76.0512 0|1:55:50,5:50:1952:5:203:-2.0962,0,-159.324 dDocent_Contig_12138 8 . G C 553.897 . AB=0.512821;ABP=3.06598;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.85;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=780;QR=678;RO=18;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=42.0968;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:312:3:117:-7.59905,0,-25.1336 0/1:28:10,17:10:366:17:663:-51.4896,0,-24.7684 dDocent_Contig_12140 98 . N G 119.298 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=129;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:129:-11.9295,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12142 53 . T C 4499.07 . AB=0.319266;ABP=157.639;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=174;CIGAR=1X;DP=545;DPB=545;DPRA=0;EPP=380.846;EPPR=808.627;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6862;QR=14357;RO=371;RPL=174;RPP=380.846;RPPR=808.627;RPR=0;RUN=1;SAF=174;SAP=380.846;SAR=0;SRF=371;SRP=808.627;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:217:173,44:173:6725:44:1759:-93.2018,0,-539.712 0/1:328:198,130:198:7632:130:5103:-360.404,0,-587.871 dDocent_Contig_12143 98 . N G 7764.29 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=263;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=574.108;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8619;QR=0;RO=0;RPL=263;RPP=574.108;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=263;SAP=574.108;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:113:0,113:0:0:113:3739:-336.736,-34.0164,0 1/1:150:0,150:0:0:150:4880:-439.392,-45.1545,0 dDocent_Contig_12145 28 . T G 20741.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=637;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=1386.24;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24436;QR=1373;RO=35;RPL=0;RPP=1386.24;RPPR=79.0118;RPR=637;RUN=1;SAF=637;SAP=1386.24;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:368:22,345:22:850:345:13219:-1112.25,-33.9162,0 1/1:305:13,292:13:523:292:11217:-961.585,-44.3961,0 dDocent_Contig_12147 66 . T A 37.9427 . AB=0.104478;ABP=94.0501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=7951;RO=198;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=432.962;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:60,7:60:2403:7:281:-5.49317,0,-196.249 0/0:141:138,3:138:5548:3:122:0,-31.0727,-487.758 dDocent_Contig_12149 61 . C G 89.0515 . AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=2965;RO=75;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,1:36:1436:1:40:0,-7.14243,-125.497 0/1:46:39,7:39:1529:7:271:-10.9051,0,-124.005 dDocent_Contig_12150 44 . G A 62.4017 . AB=0.114286;ABP=138.696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.860215;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=3686;RO=93;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=204.957;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:48,7:48:1898:7:268:-7.92394,0,-154.474 0/1:50:45,5:45:1788:5:173:-0.852606,0,-146.08 dDocent_Contig_12151 147 . G A 1251.84 . AB=0.867925;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1653;QR=2443;RO=71;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=157.185;RPR=48;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:6,46:6:205:46:1584:-126.849,0,-2.78275 0/0:68:65,2:65:2238:2:69:0,-13.9579,-195.137 dDocent_Contig_12152 68 . A G 61.7204 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=2.61538;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=1525;RO=42;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1037:5:197:-7.87101,0,-83.3793 0/0:13:13,0:13:488:0:0:0,-3.91339,-44.2583 dDocent_Contig_12153 8 . G C 180.143 . 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C T 535.401 . AB=0.214286;ABP=92.3509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1050;QR=3941;RO=99;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=217.986;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:43,10:43:1717:10:386:-19.1331,0,-138.797 0/1:73:56,17:56:2224:17:664:-38.1059,0,-178.351 dDocent_Contig_12156 80 . G A 914.761 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X2M;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1295;QR=1162;RO=35;RPL=37;RPP=83.3548;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:21,0,23:21:693:0,23:0,812:-60.156,-66.4776,-122.494,0,-56.3574,-49.4337 0|1:30:14,2,14:14:469:2,14:70,483:-35.0191,-33.5374,-70.913,0,-32.2722,-33.7551 dDocent_Contig_12157 25 . G T 37.7904 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=7;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=643;QR=792;RO=20;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=46.4397;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:14,4:14:549:4:162:0,-2.82913,-6.29746 1/1:18:6,12:6:243:12:481:-3.77891,-1.56941,0 dDocent_Contig_12158 46 . A T 138.237 . AB=0.195122;ABP=36.112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=3000;RO=77;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=170.214;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:44,2:44:1712:2:82:0,-6.0677,-146.534 0/1:41:33,8:33:1288:8:309:-15.8237,0,-103.849 dDocent_Contig_12159 13 . T C 4747.11 . AB=0.596154;ABP=23.8898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=155;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6185;QR=4193;RO=104;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=228.843;RPR=155;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:138:53,84:53:2129:84:3392:-263.66,0,-150.131 0/1:122:51,71:51:2064:71:2793:-214.75,0,-149.207 dDocent_Contig_12160 75 . T A 3113.09 . AB=0.0424528;ABP=388.508;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=11M1X17M;DP=212;DPB=207.069;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=296;QR=2083;RO=60;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:94:15,11,59,3:15:511:11,59,3:417,2129,105:-169.219,-139.54,-177.684,0,-7.24675,-23.6904,-165.191,-172.452,-32.9079,-205.743 0|0:118:45,8,54,6:45:1572:8,54,6:248,1952,191:-145.789,-139.441,-264.905,0,-107.999,-111.638,-143.959,-251.936,-112.517,-270.026 dDocent_Contig_12161 94 . T C 2975.61 . AB=0.684848;ABP=51.9803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.964602;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3893;QR=1795;RO=52;RPL=113;RPP=248.387;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:16,52:16:559:52:1789:-140.825,0,-30.1697 0/1:97:36,61:36:1236:61:2104:-160.436,0,-82.3422 dDocent_Contig_12162 13 . G T 582.174 . AB=0.178378;ABP=169.228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.9091;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1306;QR=6076;RO=152;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=333.074;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:92,12:92:3670:12:470:-10.7476,0,-299.008 0/1:81:60,21:60:2406:21:836:-51.1688,0,-192.302 dDocent_Contig_12164 18 . G A 149.898 . AB=0.169811;ABP=53.2;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=2748;RO=69;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=152.842;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:987:2:80:0,-0.536019,-81.5287 0/1:53:44,9:44:1761:9:362:-16.9892,0,-142.751 dDocent_Contig_12166 72 . T G 238.069 . AB=0.473684;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=1.35714;EPP=22.5536;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=343;QR=891;RO=24;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:10,9:10:377:9:343:-25.5059,0,-28.5602 0/0:14:14,0:14:514:0:0:0,-4.21442,-46.5947 dDocent_Contig_12167 24 . A T 504.465 . AB=0.263889;ABP=37.8745;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=5M1X9M;DP=72;DPB=70.3333;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=1129;RO=29;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=65.983;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:9,2,1,7:9:350:2,1,7:81,41,283:-20.6214,-16.6515,-44.8034,-19.9461,-42.0205,-48.3997,0,-22.0677,-25.3636,-26.6419 0|1:53:20,11,8,12:20:779:11,8,12:436,314,480:-33.524,-3.65558,-64.3709,-13.7193,-41.8566,-75.3366,0,-28.1385,-38.2019,-60.4155 dDocent_Contig_12170 9 . G A 2470.68 . AB=0.378223;ABP=47.9641;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=349;DPB=349;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=465.574;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33;MQMR=50.7281;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.317972;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4968;QR=8253;RO=217;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=474.22;RPR=132;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=216;SRP=465.574;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:126,71:126:4776:71:2678:-138.388,0,-356.522 0/1:152:91,61:91:3477:61:2290:-112.38,0,-254.445 dDocent_Contig_12171 44 . T G 945.151 . AB=0.285714;ABP=56.0563;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1529;QR=3821;RO=95;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=209.3;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:43,19:43:1739:19:768:-50.7772,0,-138.057 0/1:71:52,19:52:2082:19:761:-47.4369,0,-166.177 dDocent_Contig_12172 13 . G A 58532.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1794;CIGAR=1X;DP=1921;DPB=1921;DPRA=0;EPP=3298.35;EPPR=232.752;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.3567;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.395206;PAIREDR=0.504;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70262;QR=4962;RO=125;RPL=0;RPP=3898.63;RPPR=274.444;RPR=1794;RUN=1;SAF=1722;SAP=3298.35;SAR=72;SRF=120;SRP=232.752;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:883:65,817:65:2574:817:31915:-2631.06,-33.8082,0 1/1:1038:60,977:60:2388:977:38347:-3221.92,-97.1987,0 dDocent_Contig_12173 8 . G A 2422.73 . AB=0.432692;ABP=11.1951;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3423;QR=4512;RO=118;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=259.244;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:62,19:62:2368:19:722:-40.9242,0,-188.946 0/1:127:56,71:56:2144:71:2701:-205.048,0,-154.957 dDocent_Contig_12174 94 . C T 173.843 . 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AB=0.592242;ABP=81.1278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=626;CIGAR=1X;DP=1057;DPB=1057;DPRA=0;EPP=1362.35;EPPR=936.743;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888179;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25007;QR=17135;RO=430;RPL=0;RPP=1362.35;RPPR=936.743;RPR=626;RUN=1;SAF=626;SAP=1362.35;SAR=0;SRF=430;SRP=936.743;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:587:217,370:217:8611:370:14768:-1151.28,0,-597.77 0/1:470:213,256:213:8524:256:10239:-779.553,0,-625.349 dDocent_Contig_12177 17 . T C 162.218 . AB=0.157143;ABP=74.4828;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.728814;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=2314;RO=59;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=131.127;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:871:4:164:-7.32312,0,-70.8767 0/1:44:37,7:37:1443:7:283:-12.5977,0,-116.882 dDocent_Contig_12178 154 . T C 157.902 . AB=0.232877;ABP=48.2543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=53.1429;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.767857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=676;QR=2154;RO=56;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:25,8:25:939:8:320:-9.6151,0,-67.6218 0/1:40:31,9:31:1215:9:356:-9.87407,0,-95.7155 dDocent_Contig_12179 115 . A G 141.848 . AB=0.154545;ABP=117.032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.946237;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=548;QR=3194;RO=93;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=204.957;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=204.957;SRR=93;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:42,5:42:1446:5:161:-0.658743,0,-116.287 0/1:63:51,12:51:1748:12:387:-16.175,0,-138.64 dDocent_Contig_12180 145 . T C 73.0225 . AB=0.181818;ABP=32.0291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.57143;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.791667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=1895;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:818:0:0:0,-6.32163,-73.9299 0/1:33:27,6:27:1077:6:210:-9.30225,0,-87.2798 dDocent_Contig_12181 14 . G A 3749.34 . AB=0.467391;ABP=5.55942;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X;DP=276;DPB=276;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993197;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5127;QR=5883;RO=147;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=322.217;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:124:87,37:87:3506:37:1465:-94.7763,0,-278.239 0/1:152:60,92:60:2377:92:3662:-283.856,0,-168.332 dDocent_Contig_12183 68 . T C 53.3708 . AB=0.117647;ABP=110.945;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.815385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=473;QR=4691;RO=130;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=285.302;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:55,3:55:1983:3:111:0,-7.10582,-168.378 0/1:85:75,10:75:2708:10:362:-7.33707,0,-218.363 dDocent_Contig_12184 8 . G C 568.014 . AB=0.407407;ABP=7.03155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.363636;PAIREDR=0.71875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=1238;RO=32;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=72.4974;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:615:7:268:-17.5603,0,-48.7658 0/1:31:16,15:16:623:15:577:-42.9401,0,-47.0783 dDocent_Contig_12185 16 . G A 169.956 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=759;RO=19;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=44.2683;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:7:5,2:5:202:2:75:-5.01238,0,-16.4549 0/1:20:14,6:14:557:6:237:-15.682,0,-44.4495 dDocent_Contig_12186 37 . G A 498.312 . AB=0.287671;ABP=31.5964;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=831;QR=2016;RO=52;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=115.927;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:26,16:26:1012:16:632:-44.5735,0,-78.7306 0/1:31:26,5:26:1004:5:199:-8.95663,0,-81.3292 dDocent_Contig_12187 98 . N T 98.0941 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=3;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33066,-0.90309,0 dDocent_Contig_12188 30 . C T 132.302 . AB=0.166667;ABP=55.1256;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=1.08;EPP=22.5536;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.589474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=3775;RO=95;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=209.3;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1992:0:0:0,-15.0515,-179.484 0/1:54:45,9:45:1783:9:346:-15.2302,0,-144.435 dDocent_Contig_12189 20 . T A 92.2404 . AB=0.106061;ABP=91.9749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=2133;RO=54;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=120.27;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:26,3,1:26:1034:3,1:118,41:-1.86701,0,-84.2127,-6.30558,-81.7312,-91.1359 0|1:36:28,2,6:28:1099:2,6:75,237:-11.0879,-13.3797,-103.15,0,-84.2501,-88.5848 dDocent_Contig_12190 25 . T C 3655.17 . AB=0.212468;ABP=567.438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=215;CIGAR=1X;DP=1475;DPB=1475;DPRA=0;EPP=469.877;EPPR=2739.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8641;QR=50367;RO=1260;RPL=0;RPP=469.877;RPPR=2739.07;RPR=215;RUN=1;SAF=215;SAP=469.877;SAR=0;SRF=1260;SRP=2739.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:689:641,48:641:25691:48:1925:0,-33.9644,-2136.43 0/1:786:619,167:619:24676:167:6716:-367.517,0,-1982.05 dDocent_Contig_12191 78 . T C 1379.14 . AB=0.495726;ABP=3.02886;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.706897;PAIREDR=0.677966;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1958;QR=2021;RO=59;RPL=40;RPP=21.1309;RPPR=13.6468;RPR=18;RUN=1;SAF=40;SAP=21.1309;SAR=18;SRF=38;SRP=13.6468;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:38,30:38:1308:30:1010:-70.7349,0,-97.5495 0/1:49:21,28:21:713:28:948:-70.8781,0,-49.733 dDocent_Contig_12192 107 . N C 59.0185 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:17:-1.69998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89489,-0.60206,0 dDocent_Contig_12193 125 . T C 154.443 . AB=0.188235;ABP=74.7711;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=2X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=25.0625;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=616;QR=1963;RO=57;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=126.784;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=126.784;SRR=57;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:27,4,7:27:904:4,7:156,241:-7.6653,-10.9281,-82.9677,0,-68.4614,-71.2392 0|1:47:30,12,5:30:1059:12,5:460,178:-11.478,0,-82.6719,-8.54307,-74.3483,-93.3681 dDocent_Contig_12194 12 . A C 64.5449 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.34375;EPP=9.52472;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1582;RO=40;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=89.8692;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:319:3:123:-8.15346,0,-25.7621 0/0:32:32,0:32:1263:0:0:0,-9.63296,-113.937 dDocent_Contig_12196 75 . T A 42.0313 . AB=0.108747;ABP=565.442;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=892;DPB=892;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=1781.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997582;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2044;QR=23708;RO=827;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=1798.82;RPR=0;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=825;SRP=1781.49;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:469:451,18:451:12943:18:566:0,-89.9442,-1113.72 0/1:423:376,46:376:10765:46:1478:-6.2031,0,-841.874 dDocent_Contig_12197 43 . T C 130.005 . 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AB=0.0906375;ABP=1464.39;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=1888;DPB=1888;DPRA=1.13575;EPP=200.614;EPPR=3902.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998886;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3581;QR=71352;RO=1796;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=3902.97;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=1796;SRP=3902.97;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:884:883,0:883:35088:0:0:0,-265.809,-3154.31 0/1:1004:913,91:913:36264:91:3581:-20.0897,0,-2958.22 dDocent_Contig_12201 23 . G T 130.831 . AB=0.1875;ABP=43.7254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.659794;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=458;QR=3796;RO=97;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=213.643;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:39,9:39:1547:9:321:-14.782,0,-125.018 0/0:62:58,4:58:2249:4:137:0,-5.99623,-189.916 dDocent_Contig_12202 168 . C T 754.145 . AB=0.430769;ABP=5.71629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.945946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1089;QR=1470;RO=37;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:20,10:20:803:10:375:-25.0629,0,-63.5572 0/1:35:17,18:17:667:18:714:-54.0506,0,-49.8187 dDocent_Contig_12203 98 . N T 99.8271 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:107:-9.98217,-0.90309,0 dDocent_Contig_12204 19 . G A 7642.85 . AB=0.805281;ABP=248.286;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=244;CIGAR=1X;DP=303;DPB=303;DPRA=0;EPP=532.85;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9548;QR=2318;RO=59;RPL=0;RPP=532.85;RPPR=131.127;RPR=244;RUN=1;SAF=244;SAP=532.85;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:13,119:13:506:119:4615:-375.582,0,-6.14452 0/1:171:46,125:46:1812:125:4933:-392.402,0,-111.824 dDocent_Contig_12206 74 . T C 71.6482 . AB=0.117117;ABP=144.352;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.995349;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=615;QR=7622;RO=215;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=469.877;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:98,13:98:3504:13:466:-8.86379,0,-282.147 0/0:121:117,4:117:4118:4:149:0,-22.6509,-357.024 dDocent_Contig_12207 194 . C T 1161.59 . AB=0.644068;ABP=13.6468;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973684;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1522;QR=853;RO=21;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:13,15:13:530:15:603:-46.1795,0,-39.6178 0/1:31:8,23:8:323:23:919:-73.6786,0,-20.1062 dDocent_Contig_12208 50 . T C 27851 . AB=0.85553;ABP=489.386;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=846;CIGAR=1X;DP=922;DPB=922;DPRA=0;EPP=1840.08;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32944;QR=2888;RO=74;RPL=846;RPP=1840.08;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=846;SAP=1840.08;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:443:62,379:62:2413:379:14733:-1192.18,0,-84.4831 1/1:479:12,467:12:475:467:18211:-1594.62,-101.095,0 dDocent_Contig_12209 13 . T C 2415.7 . AB=0.607692;ABP=16.1059;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.911392;PAIREDR=0.921569;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3155;QR=1999;RO=51;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=113.755;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:33,41:33:1292:41:1623:-124.01,0,-94.2693 0/1:56:18,38:18:707:38:1532:-121.259,0,-47.0946 dDocent_Contig_12210 107 . N C 164.156 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.4;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.65585,-0.90309,0 dDocent_Contig_12211 48 . G C 246.584 . AB=0.15;ABP=130.693;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=10.0459;EPPR=316.788;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.845;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=973;QR=7891;RO=200;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=209.778;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=10.0459;SAR=17;SRF=184;SRP=309.448;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:105:98,7:98:3876:7:279:0,-6.12737,-323.369 0/1:120:102,18:102:4015:18:694:-26.6584,0,-325.214 dDocent_Contig_12214 30 . T C 509.817 . AB=0.127451;ABP=125.975;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X4M1I2M2X10M;DP=102;DPB=103.842;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.538462;PAIREDR=0.587302;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=2498;RO=63;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=139.813;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:49:28,10,0,8,3:28:1106:10,0,8,3:390,0,293,122:-23.632,0,-88.0133,-32.0609,-91.0236,-123.078,-8.13465,-67.093,-99.1463,-96.7381,-21.9938,-80.959,-113.014,-89.0821,-112.111 0|0:53:35,3,13,1,0:35:1392:3,13,1,0:114,506,39,0:-31.0487,-32.2383,-145.954,0,-105.276,-110.709,-38.3788,-143.651,-111.417,-152.698,-41.5847,-146.857,-114.622,-152.999,-156.204 dDocent_Contig_12215 11 . C T 241.025 . AB=0.102094;ABP=528.347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=382;DPB=382;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=734.797;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1564;QR=13502;RO=337;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=734.797;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=337;SRP=734.797;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:142,15:142:5704:15:599:-6.57896,0,-465.467 0/1:219:195,24:195:7798:24:965:-21.2225,0,-635.474 dDocent_Contig_12216 78 . T C 1019.22 . 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AB=0.178707;ABP=238.826;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=472.048;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1888;QR=8445;RO=216;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=472.048;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=216;SRP=472.048;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:141:111,30:111:4360:30:1201:-65.9213,0,-349.918 0/1:122:105,17:105:4085:17:687:-25.4341,0,-330.928 dDocent_Contig_12218 180 . A T 7929.45 . AB=0.600457;ABP=41.4027;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=263;CIGAR=1X;DP=438;DPB=438;DPRA=0;EPP=574.108;EPPR=380.846;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10317;QR=6649;RO=174;RPL=263;RPP=574.108;RPPR=380.846;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=574.108;SAR=263;SRF=0;SRP=380.846;SRR=174;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:189:87,102:87:3334:102:3940:-297.71,0,-243.271 0/1:249:87,161:87:3315:161:6377:-498.934,0,-223.7 dDocent_Contig_12219 86 . A G 57.4923 . AB=0.15;ABP=45.5712;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=1.14286;EPP=16.0391;EPPR=112.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.927536;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=216;QR=2426;RO=69;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=64;SRP=112.56;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1220:0:0:0,-10.536,-110.094 0/1:40:34,6:34:1206:6:216:-7.74923,0,-96.7992 dDocent_Contig_12220 43 . G C 1940.21 . 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AB=0.138075;ABP=274.935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=239;DPB=239;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=450.334;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.533981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1290;QR=7667;RO=206;RPL=14;RPP=4.65535;RPPR=40.9584;RPR=19;RUN=1;SAF=14;SAP=4.65535;SAR=19;SRF=73;SRP=40.9584;SRR=133;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:135,25:135:5021:25:972:-39.6212,0,-403.766 0/1:79:71,8:71:2646:8:318:-5.20542,0,-214.543 dDocent_Contig_12223 10 . T A 829.515 . AB=0.156805;ABP=348.801;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=338;DPB=338;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=621.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2084;QR=11328;RO=285;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=621.88;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=285;SRP=621.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:180,17:180:7114:17:672:-1.50407,0,-580.631 0/1:141:105,36:105:4214:36:1412:-84.8872,0,-336.761 dDocent_Contig_12225 14 . G A 1668.57 . AB=0.303738;ABP=74.608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984615;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2605;QR=5855;RO=149;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=326.56;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=149;SRP=326.56;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:73,30:73:2881:30:1194:-76.7282,0,-228.383 0/1:111:76,35:76:2974:35:1411:-93.8277,0,-234.348 dDocent_Contig_12226 80 . C T 589.067 . AB=0.0793651;ABP=99.8304;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=1727;RO=50;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:16,0,5:16:556:0,5:0,175:-9.77206,-14.5885,-59.7914,0,-45.5522,-44.047 0|0:63:34,5,23:34:1171:5,23:170,778:-52.8336,-49.2787,-142.893,0,-81.3289,-88.1944 dDocent_Contig_12227 10 . T A 7906.68 . AB=0.500928;ABP=3.01433;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=270;CIGAR=1X;DP=539;DPB=539;DPRA=0;EPP=589.308;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2862;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10632;QR=10741;RO=269;RPL=0;RPP=589.308;RPPR=587.136;RPR=270;RUN=1;SAF=270;SAP=589.308;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:123,79:123:4905:79:3076:-216.126,0,-377.878 0/1:337:146,191:146:5836:191:7556:-578.242,0,-423.585 dDocent_Contig_12228 8 . G C 40129.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1213;CIGAR=1X;DP=1251;DPB=1251;DPRA=0;EPP=2637.01;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996702;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=46019;QR=1399;RO=37;RPL=0;RPP=2637.01;RPPR=83.3548;RPR=1213;RUN=1;SAF=1213;SAP=2637.01;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:473:13,460:13:493:460:17446:-1524.58,-97.6743,0 1/1:778:24,753:24:906:753:28573:-2488.08,-152.17,0 dDocent_Contig_12229 8 . G A 12014.2 . AB=0.88009;ABP=557.65;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=389;CIGAR=1X;DP=442;DPB=442;DPRA=0;EPP=847.713;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14873;QR=1985;RO=52;RPL=0;RPP=847.713;RPPR=115.927;RPR=389;RUN=1;SAF=389;SAP=847.713;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:195:28,166:28:1071:166:6366:-514.067,0,-37.906 0/1:247:24,223:24:914:223:8507:-691.051,0,-8.22078 dDocent_Contig_12231 29 . A T 154.145 . AB=0.241379;ABP=19.8579;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.852941;EPP=18.2106;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=2257;RO=56;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=124.613;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:22,7:22:883:7:283:-17.1135,0,-71.0502 0/0:34:34,0:34:1374:0:0:0,-10.235,-123.911 dDocent_Contig_12232 45 . A G 47.7258 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2689;RO=68;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=150.67;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:895:4:158:-6.47155,0,-72.7233 0/0:47:45,2:45:1794:2:81:0,-6.46268,-153.987 dDocent_Contig_12233 27 . A T 65.6802 . AB=0.137255;ABP=119.589;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=36.7857;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.488636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=506;QR=3480;RO=88;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=194.1;RPR=14;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:40,6:40:1579:6:207:-0.430654,0,-128.502 0/1:56:48,8:48:1901:8:299:-8.56221,0,-154.432 dDocent_Contig_12235 29 . G A 416.099 . AB=0.129278;ABP=316.966;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=576;DPB=576;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=1173.43;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1478;QR=20565;RO=539;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=1173.43;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=539;SRP=1173.43;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:263:229,34:229:8730:34:1358:-43.3089,0,-706.166 0/0:313:310,3:310:11835:3:120:0,-83.0351,-1053.31 dDocent_Contig_12236 29 . C T 232.562 . AB=0.148438;ABP=140.424;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972477;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=717;QR=4257;RO=109;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=239.701;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:62,6:62:2411:6:240:-1.50561,0,-196.699 0/1:60:47,13:47:1846:13:477:-25.1917,0,-148.297 dDocent_Contig_12237 87 . G A 58.1879 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=550;RO=16;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:340:2:65:-2.56117,0,-27.3167 0/1:9:6,3:6:210:3:103:-6.9007,0,-16.5332 dDocent_Contig_12238 13 . G C 2125.17 . AB=0.0428571;ABP=384.197;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.869919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=4854;RO=123;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=270.101;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:83:54,7,22:54:2129:7,22:282,860:-54.4311,-47.4413,-220.48,0,-151.893,-168.514 0|0:127:69,2,56:69:2725:2,56:75,2218:-161.785,-176.415,-400.027,0,-218.093,-207.377 dDocent_Contig_12239 98 . N T 266.871 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=293;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:9:0,9:0:0:9:293:-26.687,-2.70927,0 dDocent_Contig_12240 55 . A T 145.312 . AB=0.135417;ABP=113.846;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.85034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=623;QR=5779;RO=147;RPL=15;RPP=29.6108;RPPR=296.691;RPR=1;RUN=1;SAF=15;SAP=29.6108;SAR=1;SRF=144;SRP=296.691;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:64,3:64:2517:3:122:0,-8.79652,-215.312 0/1:96:83,13:83:3262:13:501:-16.5312,0,-264.757 dDocent_Contig_12241 35 . A T 178.668 . AB=0.25;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.820755;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=375;QR=4257;RO=106;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=233.186;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:27,9:27:1090:9:334:-19.5658,0,-87.5494 0/0:80:79,1:79:3167:1:41:0,-19.9878,-281.005 dDocent_Contig_12242 29 . T G 23906.9 . AB=0.867882;ABP=519.064;AC=4;AF=1;AN=4;AO=692;CIGAR=1X2M;DP=764;DPB=764;DPRA=0;EPP=1505.67;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.986994;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27254;QR=954;RO=24;RPL=0;RPP=1505.67;RPPR=55.1256;RPR=692;RUN=1;SAF=692;SAP=1505.67;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:325:12,2,311:12:473:2,311:74,12176:-1052.15,-1049.71,-1088.03,-54.6846,-87.5707,0 1|1:439:12,45,381:12:481:45,381:1737,15078:-1340.24,-1201.22,-1227.3,-103.001,0,-27.9412 dDocent_Contig_12243 17 . T C 213.005 . AB=0.120253;ABP=200.917;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=340;DPB=340;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.957929;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1134;QR=12257;RO=309;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=673.995;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:136,19:136:5413:19:775:-22.9994,0,-439.935 0/0:182:173,9:173:6844:9:359:0,-22.1169,-582.986 dDocent_Contig_12244 9 . C G 1447.92 . AB=0.204852;ABP=283.727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=721;DPB=721;DPRA=1.06;EPP=168.042;EPPR=1403.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2870;QR=24707;RO=645;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=1403.61;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=645;SRP=1403.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:350:350,0:350:13425:0:0:0,-105.36,-1207.65 0/1:371:295,76:295:11282:76:2870:-146.792,0,-903.26 dDocent_Contig_12245 15 . T C 8666.2 . AB=0.731579;ABP=180.02;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=278;CIGAR=1X;DP=380;DPB=380;DPRA=0;EPP=606.68;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.6223;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978417;PAIREDR=0.99;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10959;QR=3935;RO=100;RPL=0;RPP=606.68;RPPR=220.158;RPR=278;RUN=1;SAF=278;SAP=606.68;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:204:50,152:50:1983:152:5981:-476.203,0,-117.628 0/1:176:50,126:50:1952:126:4978:-394.117,0,-122.914 dDocent_Contig_12246 10 . G A 235.315 . AB=0.139535;ABP=148.6;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=726;QR=4383;RO=111;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=244.044;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1681:6:237:-7.25257,0,-137.061 0/1:81:69,12:69:2702:12:489:-19.9779,0,-218.933 dDocent_Contig_12247 28 . T G 1305.64 . AB=0.4;ABP=10.8276;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=36;CIGAR=1X4M;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.861111;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1353;QR=785;RO=20;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=46.4397;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:14,13,14,0:14:547:13,14,0:503,531,0:-39.3142,-2.20815,-43.2689,0,-3.65541,-40.756,-43.5286,-47.1823,-44.9704,-88.4997 1|1:49:6,15,22,6:6:238:15,22,6:596,822,241:-94.9473,-47.679,-62.7586,-29.4757,0,-42.4447,-76.8922,-47.4113,-29.2077,-94.68 dDocent_Contig_12248 7 . A G 1018.17 . AB=0.706897;ABP=24.5753;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X1M2X;DP=107;DPB=107;DPRA=1.18367;EPP=92.0407;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1344;QR=2420;RO=64;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=141.985;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:48,0:48:1816:0:0:0,-14.4494,-163.284 0|1:58:16,41:16:604:41:1344:-103.817,0,-37.2702 dDocent_Contig_12249 21 . T C 1240.05 . AB=0.516129;ABP=3.22044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1723;QR=1653;RO=45;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=100.727;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:26,27:26:956:27:954:-70.2124,0,-70.3907 0/1:40:19,21:19:697:21:769:-57.4917,0,-51.0141 dDocent_Contig_12250 182 . T C 79.4756 . AB=0.133333;ABP=90.593;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=372;QR=2503;RO=65;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:462:4:147:-8.77147,0,-37.1101 0/1:59:53,6:53:2041:6:225:-2.8451,0,-166.136 dDocent_Contig_12251 24 . G A 11088.4 . AB=0.834906;ABP=416.082;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=354;CIGAR=1X;DP=424;DPB=424;DPRA=0;EPP=771.712;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99435;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13783;QR=2632;RO=68;RPL=0;RPP=771.712;RPPR=150.67;RPR=354;RUN=1;SAF=354;SAP=771.712;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:24,155:24:921:155:6036:-489.19,0,-29.3106 0/1:245:44,199:44:1711:199:7747:-623.348,0,-80.6743 dDocent_Contig_12252 142 . C T 87.2182 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.772277;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=296;QR=3681;RO=101;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=222.329;SRR=101;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:37,7:37:1348:7:259:-10.4208,0,-108.372 0/0:65:64,1:64:2333:1:37:0,-15.8691,-206.52 dDocent_Contig_12253 43 . G A 119.914 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1X3M;DP=36;DPB=35;DPRA=2.6;EPP=16.0391;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=222;QR=867;RO=24;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=55.1256;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:10:10,0,0:10:361:0,0:0,0:0,-3.0103,-32.8336,-3.0103,-32.8336,-32.8336 0|1:26:14,5,6:14:506:5,6:161,222:-13.9914,-5.22762,-45.0466,0,-28.3823,-39.5518 dDocent_Contig_12254 183 . A T 1532.77 . AB=0.735294;ABP=35.7101;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1965;QR=706;RO=18;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=111.584;SAR=50;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:11,13:11:432:13:505:-38.568,0,-32.0107 0/1:44:7,37:7:274:37:1460:-118.408,0,-11.7826 dDocent_Contig_12255 14 . T C 6930.94 . AB=0.409781;ABP=44.9347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=243;CIGAR=1X;DP=593;DPB=593;DPRA=0;EPP=530.678;EPPR=763.026;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99177;PAIREDR=0.991429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9728;QR=11978;RO=350;RPL=0;RPP=530.678;RPPR=763.026;RPR=243;RUN=1;SAF=243;SAP=530.678;SAR=0;SRF=350;SRP=763.026;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:251:157,94:157:5284:94:3750:-261.954,0,-400.135 0/1:342:193,149:193:6694:149:5978:-434.839,0,-499.561 dDocent_Contig_12256 129 . T C 508.612 . AB=0.220339;ABP=43.0905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X3M;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=621;RO=19;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=44.2683;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:12,18,2,8:12:399:18,2,8:551,68,256:-40.5359,0,-26.8731,-38.6302,-26.7745,-70.3221,-23.5204,-11.6717,-50.2986,-53.4078 0|1:19:7,7,0,5:7:222:7,0,5:203,0,168:-14.0236,0,-15.7498,-16.1308,-17.857,-34.0017,-2.50163,-4.23916,-20.3832,-18.878 dDocent_Contig_12257 8 . G A 26285.4 . 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AB=0.0810811;ABP=115.809;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=6M1X13M;DP=74;DPB=77.15;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1469;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:15,12,0,2:15:576:12,0,2:465,0,82:-33.6648,0,-43.6446,-38.1803,-47.2569,-85.4565,-31.4089,-40.4857,-78.6867,-78.0846 0|0:45:23,15,3,4:23:893:15,3,4:554,120,150:-38.3696,0,-68.8617,-35.4041,-63.4905,-107.886,-33.0087,-61.0946,-96.505,-105.188 dDocent_Contig_12259 208 . A G 15984.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=565;CIGAR=1X;DP=588;DPB=588;DPRA=0;EPP=1229.89;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99646;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18599;QR=836;RO=23;RPL=565;RPP=1229.89;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1229.89;SAR=565;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:279:17,262:17:609:262:8549:-714.398,-28.8608,0 1/1:309:6,303:6:227:303:10050:-883.776,-72.226,0 dDocent_Contig_12260 33 . G A 489.976 . 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AB=0.184524;ABP=148.24;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=0.963504;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1248;QR=5418;RO=137;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=300.502;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:55,17:55:2139:17:683:-40.1253,0,-171.025 0/1:96:82,14:82:3279:14:565:-22.2936,0,-266.273 dDocent_Contig_12262 97 . T A 67.0311 . 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AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.432432;EPP=9.52472;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=1714;RO=50;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:451:3:105:-4.97968,0,-36.1053 0/0:37:37,0:37:1263:0:0:0,-11.1381,-113.97 dDocent_Contig_12265 8 . G A 3454.7 . AB=0.54185;ABP=6.46361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=123;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4634;QR=4014;RO=104;RPL=0;RPP=270.101;RPPR=228.843;RPR=123;RUN=1;SAF=123;SAP=270.101;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:44,57:44:1700:57:2163:-164.497,0,-122.854 0/1:126:60,66:60:2314:66:2471:-184.672,0,-170.542 dDocent_Contig_12267 47 . T C 303.868 . AB=0.4;ABP=5.61607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5833;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=471;QR=710;RO=18;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=42.0968;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:356:6:241:-17.5419,0,-27.8828 0/1:15:9,6:9:354:6:230:-16.5438,0,-27.7062 dDocent_Contig_12268 54 . G A 20426.2 . AB=0.8075;ABP=660.054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=646;CIGAR=1X;DP=800;DPB=800;DPRA=0;EPP=1405.78;EPPR=333.074;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25431;QR=6008;RO=152;RPL=646;RPP=1405.78;RPPR=333.074;RPR=0;RUN=1;SAF=646;SAP=1405.78;SAR=0;SRF=152;SRP=333.074;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:433:71,361:71:2800:361:14263:-1152.44,0,-121.891 0/1:367:81,285:81:3208:285:11168:-893.877,0,-178.238 dDocent_Contig_12269 15 . G A 25374.3 . 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AB=0.550725;ABP=6.09442;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2763;QR=2259;RO=62;RPL=76;RPP=168.042;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=168.042;SAR=76;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:23,49:23:835:49:1765:-137.449,0,-53.7983 0/1:66:39,27:39:1424:27:998:-70.2689,0,-108.585 dDocent_Contig_12273 94 . G A 16010.7 . AB=0.123626;ABP=450.882;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X3M1X;DP=581;DPB=581;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1568;QR=0;RO=0;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:217:0,1,213:0:0:1,213:32,6941:-624.527,-621.949,-621.647,-64.1194,-61.531,0 1|0:364:0,45,316:0:0:45,316:1536,10543:-978.244,-853.599,-840.052,-124.814,0,-29.6889 dDocent_Contig_12274 182 . T C 40.6823 . AB=0.115385;ABP=69.8248;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=1783;RO=45;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,4:25:1014:4:161:-5.73706,0,-82.4132 0/1:22:20,2:20:769:2:82:-1.15702,0,-62.8985 dDocent_Contig_12275 98 . N C 73.532 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:50:-4.74955,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:23:-2.29991,-0.30103,0 dDocent_Contig_12277 174 . C T 49.3842 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=779;RO=20;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:385:3:113:-6.6244,0,-31.0898 0/1:11:10,1:10:394:1:41:-0.783237,0,-32.5064 dDocent_Contig_12278 15 . G A 109.419 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=1767;RO=44;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:885:6:230:-12.6331,0,-71.5256 0/1:24:22,2:22:882:2:82:-0.554958,0,-72.4637 dDocent_Contig_12279 17 . G A 33.5209 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.10526;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1479;RO=37;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:712:3:122:-5.05086,0,-58.0812 0/0:19:19,0:19:767:0:0:0,-5.71957,-69.3499 dDocent_Contig_12280 98 . N G 60.6281 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:32:-3.03987,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:29:-2.71967,-0.30103,0 dDocent_Contig_12281 59 . T C 2496.26 . AB=0.0416667;ABP=484.715;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1M1D8M1X;DP=264;DPB=271.727;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=426;QR=6141;RO=156;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=341.76;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:140:73,10,57:73:2871:10,57:388,2199:-158.574,-148.674,-381.822,0,-204.285,-219 0|0:124:83,1,38:83:3270:1,38:38,1459:-94.7507,-116.62,-385.346,0,-265.908,-257.585 dDocent_Contig_12282 86 . G A 267.432 . AB=0.297872;ABP=19.6891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=3.0103;EPPR=4.65535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.787879;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=1140;RO=33;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=3.0103;SAR=7;SRF=19;SRP=4.65535;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:537:3:101:-4.00519,0,-43.2437 0/1:29:18,11:18:603:11:387:-26.4348,0,-45.8558 dDocent_Contig_12283 29 . G A 1168.05 . AB=0.471264;ABP=3.63429;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97561;PAIREDR=0.891304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1623;QR=1774;RO=46;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=102.898;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:16,22:16:638:22:868:-66.9864,0,-46.3154 0/1:49:30,19:30:1136:19:755:-53.5175,0,-87.771 dDocent_Contig_12284 107 . N A 798.983 . 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AB=0.678788;ABP=48.8218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.973214;PAIREDR=0.962264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4483;QR=2130;RO=53;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=118.098;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:14,42:14:564:42:1668:-133.478,0,-34.2441 0/1:109:39,70:39:1566:70:2815:-220.639,0,-108.363 dDocent_Contig_12286 33 . T C 1516.41 . AB=0.6125;ABP=11.8048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1987;QR=1238;RO=31;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=70.3259;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:12,16:12:479:16:651:-50.4943,0,-35.0313 0/1:52:19,33:19:759:33:1336:-104.845,0,-52.9762 dDocent_Contig_12288 21 . C A 1971.12 . 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AB=0.106109;ABP=422.118;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=683;DPB=683;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=1386.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1804;QR=24947;RO=637;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=1386.24;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=637;SRP=1386.24;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:311:278,33:278:10833:33:1290:-22.7463,0,-880.735 0/0:372:359,13:359:14114:13:514:0,-65.3789,-1222.73 dDocent_Contig_12290 68 . C T 349.793 . 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C A 1040.27 . AB=0.154762;ABP=437.822;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=878;DPB=878;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=1744.53;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991272;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3022;QR=31896;RO=802;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=1744.53;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=802;SRP=1744.53;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:420:355,65:355:14151:65:2578:-105.726,0,-1146.1 0/0:458:447,11:447:17745:11:444:0,-97.5561,-1555.31 dDocent_Contig_12294 87 . C G 1396.2 . AB=0.448;ABP=5.94613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=25.3454;EPPR=8.32883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.517857;PAIREDR=0.695652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2004;QR=2553;RO=69;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=25.3454;SAR=16;SRF=41;SRP=8.32883;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:40,10:40:1480:10:339:-15.7801,0,-118.419 0/1:75:29,46:29:1073:46:1665:-127.539,0,-74.2915 dDocent_Contig_12295 201 . T G 127.369 . AB=0.333333;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.844444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=257;QR=1649;RO=45;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1:33:1211:1:37:0,-6.53719,-105.598 0/1:18:12,6:12:438:6:220:-14.7369,0,-34.345 dDocent_Contig_12296 13 . G A 27839.4 . AB=0.83426;ABP=875.466;AC=4;AF=1;AN=4;AO=750;CIGAR=1X4M;DP=899;DPB=899;DPRA=0;EPP=1631.61;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=29857;QR=877;RO=22;RPL=0;RPP=1631.61;RPPR=50.7827;RPR=750;RUN=1;SAF=750;SAP=1631.61;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:458:14,75,368:14:557:75,368:2935,14664:-1398.7,-1161.62,-1184.9,-195.436,0,-130.52 1|1:441:8,51,382:8:320:51,382:2027,15193:-1388.94,-1224.46,-1235.47,-140.519,0,-51.886 dDocent_Contig_12297 10 . C A 305.342 . AB=0.197531;ABP=67.377;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=2604;RO=65;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=144.156;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:23,12:23:918:12:471:-32.1992,0,-72.3899 0/1:46:42,4:42:1686:4:163:-1.21105,0,-138.119 dDocent_Contig_12298 191 . G T 78.7686 . AB=0.142857;ABP=49.5419;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=3145;RO=78;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1689:0:0:0,-12.6433,-152.229 0/1:42:36,6:36:1456:6:246:-9.87686,0,-118.636 dDocent_Contig_12301 14 . A G 199.492 . AB=0.272727;ABP=17.8158;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.48;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=2008;RO=50;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=111.584;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:24,9:24:955:9:347:-21.6482,0,-76.3108 0/0:27:26,1:26:1053:1:41:0,-4.03324,-90.9641 dDocent_Contig_12302 16 . C T 37.685 . AB=0.100719;ABP=195.49;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.910448;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=10773;RO=268;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=584.965;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:139:125,14:125:5050:14:522:-5.4674,0,-412.506 0/0:148:143,5:143:5723:5:197:0,-26.4472,-496.764 dDocent_Contig_12303 42 . G A 2597.28 . AB=0.68;ABP=38.1882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=154.477;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.858824;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3340;QR=1621;RO=40;RPL=2;RPP=170.622;RPPR=89.8692;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=170.622;SAR=2;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:28,27:28:1140:27:1048:-78.0553,0,-86.3211 0/1:70:12,58:12:481:58:2292:-185.372,0,-22.5687 dDocent_Contig_12306 79 . C T 84.8253 . AB=0.13253;ABP=100.36;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.315789;PAIREDR=0.414201;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=675;QR=5934;RO=169;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=369.989;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:72,11:72:2527:11:387:-10.1815,0,-202.698 0/0:105:97,8:97:3407:8:288:0,-5.34074,-280.581 dDocent_Contig_12307 10 . A G 3337 . AB=0.208223;ABP=560.566;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=1374;DPB=1374;DPRA=1.21613;EPP=343.931;EPPR=2645.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6255;QR=48549;RO=1217;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=2645.69;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=1217;SRP=2645.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:620:620,0:620:24752:0:0:0,-186.639,-2225.52 0/1:754:597,157:597:23797:157:6255:-335.7,0,-1912.67 dDocent_Contig_12308 26 . C T 50.7322 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=1.0566;EPP=18.2106;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.813725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=262;QR=3973;RO=102;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=224.5;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2090:0:0:0,-15.9546,-188.307 0/1:56:49,7:49:1883:7:262:-7.07322,0,-152.843 dDocent_Contig_12309 38 . G A 3874.34 . AB=0.744186;ABP=92.0912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4917;QR=1710;RO=44;RPL=0;RPP=280.959;RPPR=98.5551;RPR=128;RUN=1;SAF=128;SAP=280.959;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:18,59:18:702:59:2286:-182.761,0,-40.3326 0/1:95:26,69:26:1008:69:2631:-208.371,0,-62.425 dDocent_Contig_12310 10 . A G 2577.04 . AB=0.674797;ABP=35.653;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.831325;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3312;QR=1563;RO=39;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=87.6977;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:15,30:15:611:30:1197:-94.056,0,-41.3811 0/1:77:24,53:24:952:53:2115:-167.347,0,-62.8018 dDocent_Contig_12312 149 . T C 209.171 . AB=0.3;ABP=13.4334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.363636;PAIREDR=0.786667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=3037;RO=75;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=165.871;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:54,2:54:2186:2:82:0,-9.078,-189.123 0/1:30:21,9:21:851:9:351:-22.9171,0,-67.87 dDocent_Contig_12313 82 . C G 8447.69 . AB=0.0967742;ABP=221.909;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=2X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=733;QR=1240;RO=36;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:155:21,15,118:21:717:15,118:554,4010:-318.906,-279.911,-333.582,0,-12.8482,-22.6529 0|0:206:15,5,186:15:523:5,186:179,6387:-527.561,-517.481,-558.513,-13.462,-41.3937,0 dDocent_Contig_12314 10 . G A 124.069 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=7;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=747;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:10:0,10:0:0:10:392:-6.36784,-3.0103,0 1|1:9:0,9:0:0:9:355:-5.73798,-2.70927,0 dDocent_Contig_12315 72 . C T 82.9057 . AB=0.131148;ABP=75.0961;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.469697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=348;QR=4954;RO=132;RPL=6;RPP=5.18177;RPPR=50.9801;RPR=3;RUN=1;SAF=6;SAP=5.18177;SAR=3;SRF=93;SRP=50.9801;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:53,8:53:1982:8:311:-9.98954,0,-160.256 0/0:80:79,1:79:2972:1:37:0,-20.3846,-263.941 dDocent_Contig_12316 8 . G A 3500.96 . AB=0.0547945;ABP=128.688;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X2M1X2M;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=866;RO=22;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=50.7827;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:73:11,4,0,58:11:436:4,0,58:158,0,2338:-189.407,-179.717,-214.4,-192.718,-215.605,-228.606,0,-22.8883,-35.8899,-18.4302 0|0:69:11,0,8,50:11:430:0,8,50:0,316,2033:-164.389,-167.7,-203.051,-141.699,-177.05,-174.642,0,-35.3511,-9.34727,-20.2996 dDocent_Contig_12317 143 . G T 172.009 . AB=0.3;ABP=13.4334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=331;QR=1191;RO=33;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=74.6689;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:18,3,9:18:643:3,9:85,300:-18.8998,-17.5861,-69.1185,0,-45.7487,-49.7736 0|0:17:15,1,1:15:548:1,1:35,31:0,-1.64775,-46.1764,-2.04693,-43.9924,-46.5381 dDocent_Contig_12320 8 . G A 2637.96 . AB=0.502674;ABP=3.02191;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=2X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.483871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3592;QR=3519;RO=93;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=204.957;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:104:46,58:46:1737:58:2233:-169.885,0,-125.278 0|1:83:47,36:47:1782:36:1359:-97.61,0,-135.65 dDocent_Contig_12321 19 . T C 65.9999 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.709302;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=3435;RO=86;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=189.757;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:30,5:30:1194:5:205:-8.29896,0,-97.1981 0/0:57:56,1:56:2241:1:40:0,-13.163,-197.862 dDocent_Contig_12322 21 . A G 1651.54 . AB=0.0347222;ABP=273.781;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2165;RO=55;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=122.441;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:58:23,18,4,12:23:893:18,4,12:701,154,449:-50.703,0,-67.9681,-44.9824,-60.7426,-117.155,-20.8669,-36.6272,-81.6004,-90.6313 0|0:86:32,14,1,39:32:1272:14,1,39:557,41,1552:-118.15,-81.9216,-182.434,-124.399,-183.264,-228.825,0,-58.8643,-101.342,-92.9859 dDocent_Contig_12323 8 . G A 86.211 . AB=0.333333;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.6;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=1060;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:757:0:0:0,-6.0206,-68.4512 0/1:12:8,4:8:303:4:154:-10.6211,0,-24.015 dDocent_Contig_12324 60 . T G 218.84 . AB=0.272727;ABP=22.751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0.862745;EPP=29.068;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.53012;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=2295;RO=83;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=16.8502;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=53;SRP=16.8502;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:51,0:51:1440:0:0:0,-15.3525,-129.823 0/1:44:32,12:32:855:12:409:-23.884,0,-63.9466 dDocent_Contig_12326 14 . T C 3851.71 . AB=0.559471;ABP=9.98388;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=127;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5077;QR=3946;RO=100;RPL=0;RPP=278.787;RPPR=220.158;RPR=127;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:36,17:36:1383:17:679:-45.4852,0,-108.776 0/1:174:64,110:64:2563:110:4398:-343.385,0,-178.424 dDocent_Contig_12327 84 . A T 911.371 . AB=0.325581;ABP=37.0974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.954023;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1478;QR=2999;RO=87;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:31,13:31:1070:13:468:-29.2143,0,-83.3579 0/1:85:56,29:56:1929:29:1010:-65.6218,0,-148.296 dDocent_Contig_12328 11 . G A 390.949 . AB=0.306122;ABP=19.0083;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M1X;DP=69;DPB=69;DPRA=2.45;EPP=35.5824;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=1780;RO=45;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=100.727;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:20,0,0:20:795:0,0:0,0:0,-6.0206,-71.8711,-6.0206,-71.8711,-71.8711 0|1:49:25,15,9:25:985:15,9:591,353:-41.0949,0,-76.5199,-19.5912,-52.0057,-97.9159 dDocent_Contig_12329 46 . G A 4745.29 . AB=0.68254;ABP=75.9442;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994186;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6151;QR=3053;RO=79;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=174.557;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:21,73:21:789:73:2597:-205.627,0,-43.0255 0/1:158:58,99:58:2264:99:3554:-272.601,0,-156.565 dDocent_Contig_12330 18 . G C 489.809 . AB=0.15873;ABP=194.203;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=348.274;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.566667;PAIREDR=0.408805;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1210;QR=6264;RO=159;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=348.274;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=159;SRP=348.274;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:74,15:74:2903:15:609:-28.3559,0,-234.583 0/1:100:85,15:85:3361:15:601:-24.324,0,-272.452 dDocent_Contig_12331 121 . G T 32.9311 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.8571;MQMR=53.8103;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1904;RO=58;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=128.956;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:796:5:157:-4.99186,0,-62.4261 0/0:35:33,2:33:1108:2:42:0,-6.54752,-95.019 dDocent_Contig_12332 51 . G A 2136.13 . 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AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=1724;RO=44;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:25,6:25:985:6:244:-13.0069,0,-79.6151 0/1:21:19,2:19:739:2:82:-1.45805,0,-60.5024 dDocent_Contig_12334 9 . C T 68.0318 . AB=0.375;ABP=4.09604;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=502;RO=13;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=31.2394;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:5,3:5:192:3:117:-8.50214,0,-15.2418 0/0:8:8,0:8:310:0:0:0,-2.40824,-28.2636 dDocent_Contig_12335 24 . A T 42.3711 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=1.70588;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.595238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1683;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:682:0:0:0,-5.11751,-61.7087 0/1:29:25,4:25:1001:4:162:-6.23709,0,-81.6529 dDocent_Contig_12336 107 . N G 475.494 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=520;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0,15:0:0:15:457:-41.4214,-4.51545,0 1/1:4:0,4:0:0:4:63:-5.82684,-1.20412,0 dDocent_Contig_12337 124 . T C 133.812 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=1631;RO=42;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2:27:1046:2:81:0,-1.04414,-86.7508 0/1:21:15,6:15:585:6:237:-15.381,0,-46.6642 dDocent_Contig_12338 83 . T A 554.185 . AB=0.154321;ABP=339.294;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=536;DPB=536;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=1027.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2135;QR=16214;RO=472;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=1027.95;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=472;SRP=1027.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:212:199,12:199:6816:12:419:0,-25.8042,-575.517 0/1:324:273,50:273:9398:50:1716:-57.4185,0,-748.549 dDocent_Contig_12339 13 . G A 1633.86 . 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C G 739.69 . AB=0.289655;ABP=58.7348;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=0.995951;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1376;QR=8294;RO=247;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=539.364;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=247;SRP=539.364;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:146:144,2:144:4842:2:50:0,-39.2007,-431.216 0/1:145:103,42:103:3452:42:1326:-75.969,0,-267.256 dDocent_Contig_12343 98 . N G 703.949 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=24;CIGAR=3X;DP=24;DPB=25.6667;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44.9583;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=21.2407;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=3;PQA=88;PQR=0;PRO=0;QA=792;QR=0;RO=0;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:24:0,24:0:0:24:792:-70.3949,-7.22472,0 dDocent_Contig_12344 13 . A C 249.897 . AB=0.181818;ABP=70.7208;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=2516;RO=63;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=139.813;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:30,6:30:1207:6:244:-11.5017,0,-98.0658 0/1:41:33,8:33:1309:8:324:-17.187,0,-105.73 dDocent_Contig_12347 53 . G A 277.833 . AB=0.193548;ABP=78.8717;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=671;QR=9002;RO=272;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=593.651;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:75,18:75:2491:18:635:-29.4822,0,-196.432 0/0:198:197,1:197:6511:1:36:0,-56.0057,-582.508 dDocent_Contig_12348 23 . T C 6592.13 . AB=0.883621;ABP=299.566;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=205;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=448.162;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995122;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8133;QR=1087;RO=27;RPL=0;RPP=448.162;RPPR=61.6401;RPR=205;RUN=1;SAF=205;SAP=448.162;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:18,108:18:723:108:4250:-344.541,0,-27.4642 0/1:106:9,97:9:364:97:3883:-317.553,0,-1.21557 dDocent_Contig_12349 107 . N T 397.903 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:308:-28.0218,-3.0103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:124:-11.4674,-1.20412,0 dDocent_Contig_12350 95 . A C 830.17 . AB=0.395062;ABP=10.7579;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=3.40914;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.90625;PAIREDR=0.897959;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1227;QR=1801;RO=49;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=12.7819;SAR=22;SRF=23;SRP=3.40914;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:22,8:22:823:8:314:-19.5906,0,-65.3588 0/1:51:27,24:27:978:24:913:-67.1253,0,-72.9774 dDocent_Contig_12351 8 . G A 1447.43 . 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AB=0.276596;ABP=23.3852;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=2M1X1M1X1M1X3M1X1M1X2M5D6M6D6M;DP=108;DPB=98.9737;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=55.7692;MQMR=60;NS=2;NUMALT=9;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=844;RO=22;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=50.7827;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:47:16,4,13,0,1,4,3,3,1,0:16:607:4,13,0,1,4,3,3,1,0:159,446,0,40,152,116,118,41,0:-31.0487,-22.9318,-71.505,0,-36.8372,-45.8548,-35.8652,-72.7092,-49.7682,-85.6408,-32.569,-69.4133,-46.4726,-82.3451,-82.044,-23.399,-60.2437,-37.3043,-73.1757,-69.8799,-71.9715,-26.3362,-63.181,-40.2409,-76.1128,-72.8171,-63.6475,-75.2097,-26.1557,-63.0007,-40.0605,-75.9326,-72.6368,-63.4673,-66.4045,-75.0295,-32.4797,-69.3241,-46.3833,-82.2559,-78.9601,-69.7906,-72.7278,-72.5476,-81.9548,-35.8652,-72.7092,-49.7682,-85.6408,-82.3451,-73.1757,-76.1128,-75.9326,-82.2559,-85.6408 0|0:61:6,0,0,8,4,3,5,0,17,8:6:237:0,0,8,4,3,5,0,17,8:0,0,318,158,121,196,0,687,326:-62.229,-64.0352,-83.5371,-64.0352,-83.5371,-83.5371,-37.9182,-57.4199,-57.4199,-55.0117,-51.0337,-70.5355,-70.5355,-44.4184,-69.3314,-54.061,-73.5629,-73.5629,-47.4457,-60.5613,-72.6598,-47.9177,-67.4195,-67.4195,-41.3025,-54.418,-57.4453,-65.9144,-64.0352,-83.5371,-83.5371,-57.4199,-70.5355,-73.5629,-67.4195,-83.5371,-7.3948,-26.8968,-26.8968,-0.779413,-13.8951,-16.9223,-10.7793,-26.8968,-21.7793,-37.1393,-56.6413,-56.6413,-30.524,-43.6397,-46.667,-40.5237,-56.6413,0,-54.2331 dDocent_Contig_12353 124 . C T 55.7495 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.5;EPP=9.52472;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1401;RO=35;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:404:3:120:-7.27392,0,-32.8056 0/0:26:25,0:25:997:0:0:0,-7.52575,-89.6449 dDocent_Contig_12354 130 . T A 526.265 . AB=0.189542;ABP=131.099;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=383;DPB=383;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=741.311;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1648;QR=12844;RO=340;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=741.311;RPR=43;RUN=1;SAF=0;SAP=96.3836;SAR=43;SRF=0;SRP=741.311;SRR=340;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:124,29:124:4683:29:1112:-54.3255,0,-375.46 0/0:230:216,14:216:8161:14:536:0,-20.6527,-685.706 dDocent_Contig_12356 61 . G T 110.189 . AB=0.162791;ABP=45.4803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0.5375;EPP=18.2106;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.663793;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=4464;RO=116;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:36,7:36:1408:7:281:-12.7179,0,-114.038 0/0:80:80,0:80:3056:0:0:0,-24.0824,-275.163 dDocent_Contig_12357 31 . G C 27675.2 . 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AB=0.158537;ABP=86.0559;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.840708;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=552;QR=3467;RO=113;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=248.387;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:44,3:44:1339:3:105:0,-4.35225,-110.988 0/1:82:69,13:69:2128:13:447:-15.8749,0,-167.101 dDocent_Contig_12361 75 . G C 638.843 . AB=0.230159;ABP=82.6999;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.5625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1345;QR=6976;RO=176;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=385.189;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:97,29:97:3847:29:1147:-65.5832,0,-308.316 0/0:84:79,5:79:3129:5:198:0,-7.08952,-263.504 dDocent_Contig_12362 30 . T G 2669.3 . AB=0.575163;ABP=10.5182;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.943182;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3514;QR=2604;RO=65;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=144.156;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:17,46:17:671:46:1823:-145.311,0,-41.749 0/1:90:48,42:48:1933:42:1691:-125.317,0,-147.068 dDocent_Contig_12363 28 . A C 340.672 . AB=0.393939;ABP=6.23461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.13793;EPP=31.2394;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=1947;RO=49;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=109.412;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:20,13:20:771:13:504:-35.7662,0,-59.7637 0/0:29:29,0:29:1176:0:0:0,-8.72987,-106.115 dDocent_Contig_12364 13 . G A 647.614 . AB=0.285714;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1081;QR=2710;RO=70;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=155.013;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:24,19:24:953:19:735:-53.5219,0,-73.1322 0/1:55:46,9:46:1757:9:346:-14.9384,0,-141.8 dDocent_Contig_12366 170 . G A 39.8799 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X4M5X7M;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=11.9091;MQMR=55.5455;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=1276;RO=33;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:12,4,7:12:465:4,7:128,83:-5.68691,0,-37.1729,-5.83545,-34.9158,-42.0237 0|0:26:21,0,4:21:811:0,4:0,48:0,-6.32163,-72.4951,-4.2463,-70.4556,-69.2515 dDocent_Contig_12367 63 . A G 650.935 . 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AB=0.432432;ABP=4.47751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.753623;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=2263;RO=69;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:675:16:507:-34.7972,0,-49.9156 0/0:51:48,2:48:1588:2:66:0,-9.06644,-136.958 dDocent_Contig_12370 98 . N A 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12371 134 . G A 37.7597 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=37.6923;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=866;RO=26;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=59.4686;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:12,1:12:388:1:35:0,-0.532688,-27.2868 0/1:18:14,4:14:478:4:124:-5.77526,0,-36.6357 dDocent_Contig_12372 32 . G A 16820.4 . AB=0.7493;ABP=388.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=535;CIGAR=1X;DP=714;DPB=714;DPRA=0;EPP=1164.75;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21133;QR=7086;RO=179;RPL=0;RPP=1164.75;RPPR=391.704;RPR=535;RUN=1;SAF=535;SAP=1164.75;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:336:97,239:97:3819:239:9452:-748.986,0,-242.589 0/1:378:82,296:82:3267:296:11681:-936.755,0,-180.299 dDocent_Contig_12373 19 . T C 4190.58 . AB=0.190561;ABP=937.004;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=214;CIGAR=1X1M1X;DP=1123;DPB=1123;DPRA=0;EPP=467.705;EPPR=1968.19;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99558;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8449;QR=35581;RO=905;RPL=0;RPP=467.705;RPPR=1968.19;RPR=214;RUN=1;SAF=214;SAP=467.705;SAR=0;SRF=905;SRP=1968.19;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:543:482,59:482:18942:59:2339:-47.45,0,-1540.19 0|1:580:423,155:423:16639:155:6110:-375.307,0,-1321.95 dDocent_Contig_12374 56 . T C 5732.68 . AB=0.819444;ABP=194.462;AC=4;AF=1;AN=4;AO=177;CIGAR=1X3M;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.898305;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6937;QR=666;RO=18;RPL=177;RPP=387.361;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:78:9,8,61:9:310:8,61:318,2358:-191.983,-168.51,-191.266,-1.06494,0,-7.84394 1|1:138:9,13,116:9:356:13,116:491,4579:-384.965,-347.442,-372.828,-10.9167,0,-5.30347 dDocent_Contig_12375 23 . A C 254.229 . AB=0.305556;ABP=14.8328;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0.631579;EPP=26.8965;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.756098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=3271;RO=82;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=181.071;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:25,11:25:999:11:418:-27.1218,0,-79.3723 0/0:57:57,0:57:2272:0:0:0,-17.1587,-204.639 dDocent_Contig_12376 9 . C A 4648.16 . AB=0.380645;ABP=60.5473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=177;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99435;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6758;QR=11028;RO=288;RPL=0;RPP=387.361;RPPR=628.394;RPR=177;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:113,40:113:4321:40:1497:-88.9464,0,-342.901 0/1:312:175,137:175:6707:137:5261:-379.569,0,-509.595 dDocent_Contig_12378 13 . T C 491.704 . AB=0.190349;ABP=313.659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X1M1X3M1X3M1X2M1X;DP=373;DPB=372.929;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=27;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.056338;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2644;QR=11475;RO=293;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=639.252;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:151:105,38:105:4127:38:1428:-45.8973,0,-328.092 0|1:222:188,33:188:7348:33:1216:-6.97201,0,-594.136 dDocent_Contig_12380 43 . G A 286.323 . AB=0.162162;ABP=113.051;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=2.13462;EPP=42.0968;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=5652;RO=145;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=317.874;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2031:0:0:0,-15.6536,-182.99 0/1:111:93,18:93:3621:18:708:-30.6323,0,-292.519 dDocent_Contig_12381 52 . A G 492.038 . AB=0.28169;ABP=32.4016;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0.855422;EPP=46.4397;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=804;QR=5259;RO=133;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:83:83,0:83:3303:0:0:0,-24.9855,-297.335 0/1:71:50,20:50:1956:20:804:-51.2038,0,-154.775 dDocent_Contig_12382 49 . A T 322.525 . AB=0.351351;ABP=10.1116;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=937;RO=24;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=55.1256;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,5:12:470:5:196:-12.897,0,-37.5276 0/1:20:12,8:12:467:8:319:-23.0545,0,-36.3591 dDocent_Contig_12383 107 . N T 1416.02 . AB=0.8;ABP=14.7363;AC=4;AF=1;AN=4;AO=47;CIGAR=1X1M1X2M;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.2979;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.276596;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1543;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=0;RPR=47;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:35:0,0,35:0:0:0,35:0,1149:-103.7,-103.7,-103.7,-10.5361,-10.5361,0 1|1:15:0,3,12:0:0:3,12:93,394:-39.5981,-32.1662,-31.2631,-7.74468,0,-4.13232 dDocent_Contig_12384 122 . G C 47.4315 . AB=0.109195;ABP=233.835;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=270;DPB=270;DPRA=1.8125;EPP=44.2683;EPPR=548.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988048;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=650;QR=8604;RO=251;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=548.05;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=548.05;SRR=251;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:174:155,19:155:5314:19:650:-6.44211,0,-426.047 0/0:96:96,0:96:3290:0:0:0,-28.8989,-296.333 dDocent_Contig_12385 98 . N C 3021.66 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=97;CIGAR=4X;DP=98;DPB=99.5;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=6;PQA=126;PQR=0;PRO=0;QA=3352;QR=0;RO=0;RPL=97;RPP=213.643;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:20:0,20:0:0:20:681:-61.5148,-6.0206,0 1|1:78:0,77:0:0:77:2671:-240.35,-23.1793,0 dDocent_Contig_12386 14 . C T 259.353 . AB=0.174419;ABP=82.1933;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0.390909;EPP=35.5824;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=591;QR=11500;RO=290;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=632.737;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:71,15:71:2831:15:591:-27.6343,0,-229.005 0/0:220:219,0:219:8669:0:0:0,-65.9256,-779.612 dDocent_Contig_12387 191 . A G 481.885 . AB=0.548387;ABP=3.64073;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.647059;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=670;QR=529;RO=14;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:8,16:8:295:16:629:-49.7155,0,-19.6721 0/1:7:6,1:6:234:1:41:-1.98736,0,-19.3236 dDocent_Contig_12392 75 . G C 1912.18 . 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AB=0.352113;ABP=16.4979;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1055;QR=2645;RO=68;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:22,2:22:842:2:74:0,-0.200703,-69.0633 0/1:71:46,25:46:1803:25:981:-67.2048,0,-141.108 dDocent_Contig_12394 16 . T A 2156.68 . AB=0.358566;ABP=46.6214;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988889;PAIREDR=0.981366;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3271;QR=6010;RO=161;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=352.617;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:139:114,25:114:4271:25:916:-40.9088,0,-342.569 0/1:112:47,65:47:1739:65:2355:-178.458,0,-123.043 dDocent_Contig_12395 122 . C T 42.7819 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0.350877;EPP=11.6962;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=133;QR=2455;RO=73;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=161.528;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:1942:0:0:0,-17.1587,-175.057 0/1:20:16,4:16:513:4:133:-6.27816,0,-40.4543 dDocent_Contig_12399 56 . A C 394.872 . AB=0.0985442;ABP=1253.1;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=1858;DPB=1858;DPRA=0.925389;EPP=194.1;EPPR=3842.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3445;QR=70178;RO=1768;RPL=88;RPP=194.1;RPPR=3842.17;RPR=0;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=1768;SRP=3842.17;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:965:964,0:964:38225:0:0:0,-290.193,-3436.37 0/1:893:804,88:804:31953:88:3445:-41.4872,0,-2604.28 dDocent_Contig_12400 55 . T C 21188.5 . AB=0.812349;ABP=702.971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=671;CIGAR=1X;DP=826;DPB=826;DPRA=0;EPP=1460.07;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26367;QR=6111;RO=155;RPL=671;RPP=1460.07;RPPR=339.589;RPR=0;RUN=1;SAF=671;SAP=1460.07;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:433:93,340:93:3636:340:13333:-1068.71,0,-196.934 0/1:393:62,331:62:2475:331:13034:-1053.84,0,-104.59 dDocent_Contig_12401 187 . C T 9848.71 . AB=0.38675;ABP=127.445;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=432;CIGAR=1X;DP=1117;DPB=1117;DPRA=0;EPP=941.086;EPPR=77.2176;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14718;QR=24882;RO=685;RPL=0;RPP=941.086;RPPR=77.2176;RPR=432;RUN=1;SAF=0;SAP=941.086;SAR=432;SRF=0;SRP=1490.47;SRR=685;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:552:372,180:372:13739:180:6148:-387.291,0,-1069.77 0/1:565:313,252:313:11143:252:8570:-601.279,0,-832.547 dDocent_Contig_12402 8 . G T 12327.9 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=1X3M1X;DP=403;DPB=403;DPRA=0.900943;EPP=29.068;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=467;QR=892;RO=23;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=52.9542;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:191:12,12,167:12:461:12,167:467,6584:-550.451,-515.686,-549.914,-12.4335,-11.892,0 0|0:212:11,0,201:11:431:0,201:0,8018:-682.034,-685.345,-720.787,-24.6731,-60.507,0 dDocent_Contig_12403 98 . N T 159.869 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=167;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79609,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88896,-0.60206,0 dDocent_Contig_12405 34 . G A 170.921 . AB=0.0857143;ABP=55.1877;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X;DP=48;DPB=48;DPRA=2.69231;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=54.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=1389;RO=37;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:24,3,8:24:893:3,8:114,316:-18.7911,-16.7274,-88.8924,0,-63.7863,-70.6718 0|0:13:13,0,0:13:496:0,0:0,0:0,-3.91339,-44.9866,-3.91339,-44.9866,-44.9866 dDocent_Contig_12407 27 . T C 31.8383 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0.347826;EPP=7.35324;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=1169;RO=29;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=65.983;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:925:0:0:0,-6.92369,-83.554 0/1:8:6,2:6:244:2:80:-5.18355,0,-19.9306 dDocent_Contig_12408 98 . N T 73.1199 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_12409 77 . T C 68.3644 . AB=0.0606061;ABP=58.3499;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1I16M1X2M1X1M;DP=90;DPB=90.5455;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=2580;RO=72;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:57:54,0,1,2:54:1938:0,1,2:0,35,70:0,-16.2556,-174.34,-13.4079,-171.492,-171.191,-10.5601,-168.645,-165.797,-168.043 0|1:33:18,5,2,4:18:642:5,2,4:175,70,140:-8.83613,0,-50.8614,-8.55428,-46.6701,-60.3089,-2.8521,-40.9734,-49.5183,-54.0106 dDocent_Contig_12410 195 . G A 663.538 . AB=0.413793;ABP=6.75422;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=8.28571;EPP=55.1256;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=948;QR=1596;RO=40;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:33,24:33:1312:24:948:-68.0527,0,-100.778 0/0:7:7,0:7:284:0:0:0,-2.10721,-25.9338 dDocent_Contig_12411 15 . C G 1062.15 . AB=0.39604;ABP=12.4917;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95;PAIREDR=0.983607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1552;QR=2371;RO=61;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=135.47;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:27,29:27:1059:29:1108:-83.1446,0,-78.7434 0/1:45:34,11:34:1312:11:444:-26.7689,0,-104.788 dDocent_Contig_12412 98 . N T 53.2044 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:56:-5.31935,-0.60206,0 dDocent_Contig_12414 209 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_12415 85 . T C 1222.93 . AB=0.387324;ABP=18.6694;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.945455;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1868;QR=2927;RO=87;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:57,24:57:1893:24:797:-47.6544,0,-146.261 0/1:61:30,31:30:1034:31:1071:-78.3377,0,-75.0079 dDocent_Contig_12416 1 . N G 110.956 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:119:-11.095,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12418 19 . C T 699.759 . AB=0.448276;ABP=4.35811;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=11.3621;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1005;QR=1303;RO=32;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=72.4974;RPR=26;RUN=1;SAF=18;SAP=11.3621;SAR=8;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:19,13:19:771:13:517:-37.2423,0,-60.0767 0/1:26:13,13:13:532:13:488:-36.4325,0,-40.3994 dDocent_Contig_12419 16 . T A 2975.51 . AB=0.339233;ABP=79.1143;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=489.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4477;QR=7770;RO=224;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=489.42;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=224;SRP=489.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:159:65,94:65:2254:94:3672:-282.668,0,-155.225 0/1:180:159,21:159:5516:21:805:-18.5825,0,-442.309 dDocent_Contig_12420 20 . G A 468.114 . AB=0.333333;ABP=16.763;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.736842;PAIREDR=0.789474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=744;QR=1543;RO=38;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=85.5263;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:20,9:20:817:9:352:-23.3045,0,-65.1133 0/1:28:18,10:18:726:10:392:-27.2058,0,-57.2369 dDocent_Contig_12421 64 . T A 1391.84 . AB=0.630137;ABP=13.7487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.869565;PAIREDR=0.518519;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1825;QR=1087;RO=27;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:16,35:16:645:35:1392:-110.184,0,-43.0325 0/1:22:11,11:11:442:11:433:-32.6989,0,-33.5126 dDocent_Contig_12422 72 . C A 22858.3 . AB=0.463737;ABP=24.5859;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=876;CIGAR=1X;DP=1889;DPB=1889;DPRA=0;EPP=1905.22;EPPR=2196.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31765;QR=34947;RO=1010;RPL=876;RPP=1905.22;RPPR=2196.2;RPR=0;RUN=1;SAF=876;SAP=1905.22;SAR=0;SRF=1010;SRP=2196.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:985:582,402:582:20053:402:14623:-1019.27,0,-1507.9 0/1:904:428,474:428:14894:474:17142:-1270.26,0,-1068.24 dDocent_Contig_12423 86 . C T 479.566 . AB=0.212121;ABP=98.0287;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1008;QR=3593;RO=104;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=228.843;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:44,10:44:1508:10:354:-15.9432,0,-119.748 0/1:78:60,18:60:2085:18:654:-35.7124,0,-164.43 dDocent_Contig_12425 29 . A C 80.0399 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=3.26087;EPP=22.5536;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=3484;RO=89;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=196.271;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:921:0:0:0,-6.92369,-83.1926 0/1:75:66,9:66:2563:9:358:-10.004,0,-208.233 dDocent_Contig_12426 17 . C T 110.808 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=962;RO=24;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=55.1256;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:12,1:12:477:1:41:-0.181177,0,-39.3635 0/1:17:12,5:12:485:5:198:-13.0775,0,-38.8843 dDocent_Contig_12427 14 . T C 12595 . AB=0.669704;ABP=112.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=294;CIGAR=1X2M1X;DP=439;DPB=439;DPRA=0;EPP=641.423;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=56.6701;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11631;QR=743;RO=19;RPL=0;RPP=641.423;RPPR=44.2683;RPR=294;RUN=1;SAF=294;SAP=641.423;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:183:12,109,61:12:468:109,61:4302,2410:-500.73,-159.831,-165.486,-306.044,0,-326.149 1|0:256:7,185,60:7:275:185,60:7329,2385:-762.466,-173.731,-140.659,-568.224,0,-572.781 dDocent_Contig_12430 23 . T C 1651.79 . AB=0.392157;ABP=18.4661;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2382;QR=3706;RO=93;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=204.957;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:41,34:41:1624:34:1359:-99.9931,0,-123.813 0/1:78:52,26:52:2082:26:1023:-68.8847,0,-164.076 dDocent_Contig_12431 98 . N G 7363.84 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=243;CIGAR=4X;DP=243;DPB=245;DPRA=0;EPP=530.678;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=7;PQA=220;PQR=0;PRO=0;QA=8181;QR=0;RO=0;RPL=243;RPP=530.678;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=243;SAP=530.678;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:76:0,76:0:0:76:2537:-228.263,-22.8783,0 1|1:167:0,167:0:0:167:5644:-507.82,-50.272,0 dDocent_Contig_12432 26 . A C 671.071 . AB=0.138211;ABP=142.85;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X3M1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=680;QR=2964;RO=76;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=168.042;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:25,4,6:25:974:4,6:162,231:-11.451,-5.60106,-84.4743,0,-66.7137,-78.2689 0|0:87:51,13,23:51:1990:13,23:518,908:-59.3551,-32.0501,-191.712,0,-120.914,-156.649 dDocent_Contig_12433 111 . T C 78.612 . AB=0.21875;ABP=24.9965;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=100.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.75;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.979592;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1650;RO=49;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=109.412;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=1;SRP=100.904;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:24,7:24:828:7:209:-9.56017,0,-65.2993 0|0:26:25,1:25:822:1:32:0,-4.6336,-71.0913 dDocent_Contig_12434 31 . C T 192.918 . AB=0.116959;ABP=220.932;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=2.63077;EPP=46.4397;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=805;QR=8548;RO=215;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=469.877;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:64,0:64:2557:0:0:0,-19.2659,-230.166 0/1:171:151,20:151:5991:20:805:-21.2918,0,-487.504 dDocent_Contig_12435 30 . A G 1842.86 . AB=0.206897;ABP=89.5697;AC=0;AF=0;AN=4;AO=24;CIGAR=1X2M1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.5625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=1268;RO=32;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=72.4974;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:50:16,12,22:16:633:12,22:468,889:-68.4812,-34.8361,-83.3148,0,-13.6336,-45.4751 0|0:66:16,12,38:16:635:12,38:454,1510:-119.504,-87.1129,-135.773,0,-15.0788,-40.8437 dDocent_Contig_12436 58 . A C 363.219 . AB=0.115385;ABP=69.8248;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=1886;RO=48;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:17,0,6:17:669:0,6:0,201:-11.4878,-16.6053,-71.6814,0,-55.4261,-53.6199 0|0:52:31,6,12:31:1217:6,12:221,461:-28.533,-19.7933,-118.098,0,-82.0638,-96.5197 dDocent_Contig_12437 209 . N G 72.1576 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21467,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12438 31 . A G 322.495 . AB=0.204819;ABP=65.826;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.924242;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=669;QR=2626;RO=66;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=146.327;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:23,10:23:920:10:386:-25.1564,0,-73.1709 0/1:50:43,7:43:1706:7:283:-10.7921,0,-138.72 dDocent_Contig_12440 38 . A T 64.1287 . AB=0.1;ABP=239.266;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=336;DPB=336;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.919094;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1026;QR=11217;RO=309;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=673.995;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:153,17:153:5576:17:655:-8.11184,0,-450.726 0/0:166:156,10:156:5641:10:371:0,-16.2336,-474.003 dDocent_Contig_12443 25 . T C 416.842 . AB=0.210526;ABP=72.1546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.733333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=814;QR=2789;RO=75;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=165.871;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:34,7:34:1245:7:285:-13.6822,0,-99.9933 0/1:54:41,13:41:1544:13:529:-31.701,0,-122.968 dDocent_Contig_12444 65 . G C 4774.5 . AB=0.704036;ABP=83.6469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=223;DPB=223;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6076;QR=2397;RO=61;RPL=157;RPP=343.931;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:99:19,75:19:752:75:2890:-231.647,0,-39.412 0/1:124:42,82:42:1645:82:3186:-249.502,0,-110.957 dDocent_Contig_12445 98 . N A 7201.19 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=239;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=521.992;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7994;QR=0;RO=0;RPL=239;RPP=521.992;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=239;SAP=521.992;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:151:0,150:0:0:150:5058:-455.334,-45.1545,0 1/1:89:0,89:0:0:89:2936:-264.484,-26.7917,0 dDocent_Contig_12447 13 . T C 3747.85 . AB=0.35109;ABP=82.5556;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=413;DPB=413;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.4;MQMR=59.5821;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.668966;PAIREDR=0.914179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5758;QR=10653;RO=268;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=584.965;RPR=145;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:128,66:128:5101:66:2641:-176.361,0,-400.529 0/1:219:140,79:140:5552:79:3117:-202.123,0,-433.425 dDocent_Contig_12448 86 . T C 941.06 . AB=0.26506;ABP=82.5961;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.568182;PAIREDR=0.557377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1635;QR=4402;RO=122;RPL=27;RPP=7.94546;RPPR=28.712;RPR=17;RUN=1;SAF=27;SAP=7.94546;SAR=17;SRF=80;SRP=28.712;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:48,11:48:1744:11:404:-18.9432,0,-139.459 0/1:107:74,33:74:2658:33:1231:-78.8618,0,-207.218 dDocent_Contig_12449 98 . N T 96.7555 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17345,-0.60206,0 dDocent_Contig_12450 86 . A G 776.612 . AB=0.417722;ABP=7.6556;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969697;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=1600;RO=46;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:21,5:21:736:5:172:-7.99154,0,-58.7346 0/1:53:25,28:25:864:28:989:-73.3686,0,-62.1182 dDocent_Contig_12452 13 . C A 1244.91 . AB=0.236052;ABP=144.007;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2197;QR=7157;RO=178;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=389.532;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:79,8:79:3185:8:319:-2.88695,0,-260.513 0/1:146:99,47:99:3972:47:1878:-125.276,0,-313.5 dDocent_Contig_12453 23 . G C 31580.2 . AB=0.561015;ABP=62.897;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1039;CIGAR=1X;DP=1852;DPB=1852;DPRA=0;EPP=2259.17;EPPR=1766.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999038;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41365;QR=32182;RO=812;RPL=0;RPP=2259.17;RPPR=1766.25;RPR=1039;RUN=1;SAF=1039;SAP=2259.17;SAR=0;SRF=812;SRP=1766.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:910:516,394:516:20492:394:15667:-1134.86,0,-1568.64 0/1:942:296,645:296:11690:645:25698:-2026.86,0,-767.622 dDocent_Contig_12455 96 . T G 2379.1 . AB=0.196286;ABP=607.117;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=754;DPB=754;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=1318.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.844595;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5201;QR=20841;RO=606;RPL=148;RPP=324.388;RPPR=1318.92;RPR=0;RUN=1;SAF=148;SAP=324.388;SAR=0;SRF=606;SRP=1318.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:326:288,38:288:9920:38:1317:-20.6891,0,-794.681 0/1:428:318,110:318:10921:110:3884:-220.92,0,-854.032 dDocent_Contig_12456 47 . A G 484.608 . AB=0.307692;ABP=23.8898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.488889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=789;QR=1732;RO=45;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=100.727;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:25,8:25:948:8:322:-19.4144,0,-75.6766 0/1:32:20,12:20:784:12:467:-32.7454,0,-61.2438 dDocent_Contig_12457 22 . C T 682.138 . AB=0.140496;ABP=410.511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=682;DPB=682;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=1327.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0.97377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2797;QR=24000;RO=610;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=1327.61;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=610;SRP=1327.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:319:298,21:298:11688:21:805:0,-23.26,-978.458 0/1:363:312,51:312:12312:51:1992:-70.2138,0,-998.033 dDocent_Contig_12458 51 . A G 222.431 . AB=0.153061;ABP=105.468;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.951807;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=599;QR=3207;RO=83;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:53,5:53:2053:5:200:-0.920385,0,-167.521 0/1:40:30,10:30:1154:10:399:-24.2253,0,-92.1079 dDocent_Contig_12459 130 . A T 158.58 . AB=0.08;ABP=41.3151;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2M1X;DP=61;DPB=75.6667;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.645833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=1807;RO=48;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:29,7,0:29:1093:7,0:262,0:-13.1016,0,-87.8366,-21.8314,-89.9438,-111.401 0|0:25:19,4,2:19:714:4,2:149,81:-6.45537,0,-57.2646,-5.48502,-51.7868,-63.3806 dDocent_Contig_12460 87 . T A 1314.7 . AB=0.165425;ABP=655.426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=671;DPB=671;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=1219.03;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3740;QR=19047;RO=560;RPL=111;RPP=244.044;RPPR=1219.03;RPR=0;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=560;SRP=1219.03;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:347:310,37:310:10563:37:1239:-7.35141,0,-846.209 0/1:324:250,74:250:8484:74:2501:-127.817,0,-666.096 dDocent_Contig_12461 20 . C T 51.5808 . 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AB=0.0473485;ABP=942.682;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=2X4M;DP=528;DPB=528;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=773;QR=2910;RO=98;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=215.815;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=215.815;SRR=98;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:282:55,104,112,11:55:1606:104,112,11:3264,3434,307:-393.162,-147.331,-243.977,-134.447,0,-228.683,-385.408,-250.973,-238.087,-510.05 0|1:246:43,117,68,14:43:1304:117,68,14:3578,2120,466:-339.665,-65.896,-135.066,-182.325,0,-266.247,-314.895,-132.571,-249.002,-415.073 dDocent_Contig_12463 53 . G A 40.3735 . 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AB=0.166667;ABP=55.1256;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=1.08;EPP=22.5536;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.610526;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=3641;RO=95;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=209.3;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:45,9:45:1728:9:327:-13.5178,0,-139.522 0/0:50:50,0:50:1913:0:0:0,-15.0515,-172.414 dDocent_Contig_12467 85 . G C 207.97 . AB=0.133333;ABP=20.5268;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M2D11M1X2M;DP=36;DPB=41.3529;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=31.6667;PRO=1;QA=68;QR=553;RO=18;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:8,0,2,10:8:236:0,2,10:0,56,301:-21.7332,-24.1415,-42.9744,-19.7043,-38.5378,-37.9357,0,-18.8869,-14.448,-15.8766 0|0:15:10,2,0,2:10:317:2,0,2:68,0,69:-2.57631,-0.0930704,-24.9436,-5.58661,-25.5457,-31.0623,0,-19.9382,-25.4551,-24.8531 dDocent_Contig_12469 10 . T C 2560.9 . AB=0.743119;ABP=58.9705;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X4M;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3228;QR=795;RO=20;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=46.4397;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:68:9,7,52:9:358:7,52:279,2077:-168.356,-148.089,-175.458,0,-6.4998,-13.8227 0|1:41:11,1,29:11:437:1,29:40,1151:-91.4329,-91.449,-127.124,0,-32.6778,-27.2432 dDocent_Contig_12470 81 . A G 288.796 . AB=0.226667;ABP=51.6802;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=530.678;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=651;QR=8317;RO=243;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=530.678;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=243;SRP=530.678;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:58,17:58:1987:17:587:-30.5786,0,-156.532 0/0:187:185,2:185:6330:2:64:0,-50.2139,-563.759 dDocent_Contig_12471 107 . N T 170.035 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=179;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60384,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:120:-11.0979,-1.20412,0 dDocent_Contig_12473 19 . G A 177.558 . AB=0.161765;ABP=70.5814;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.598131;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=4244;RO=107;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=235.358;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:50,4:50:1967:4:162:0,-1.28866,-162.251 0/1:68:57,11:57:2277:11:443:-19.7557,0,-184.617 dDocent_Contig_12474 193 . T G 511.306 . AB=0.344828;ABP=15.1406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X3M;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.65;PAIREDR=0.62069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=774;QR=1073;RO=29;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:19,2,14:19:699:2,14:78,545:-39.0581,-38.3662,-94.8966,0,-50.7075,-52.9063 0|1:21:10,5,6:10:374:5,6:196,229:-15.771,-2.65851,-31.7722,0,-14.4875,-28.8055 dDocent_Contig_12475 18 . T C 591.792 . AB=0.152344;ABP=271.764;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1548;QR=8570;RO=217;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=474.22;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:110,21:110:4326:21:845:-36.926,0,-349.868 0/1:125:107,18:107:4244:18:703:-25.9522,0,-344.283 dDocent_Contig_12478 13 . G A 3378.14 . AB=0.221898;ABP=463.175;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=152;CIGAR=1X;DP=685;DPB=685;DPRA=0;EPP=333.074;EPPR=1160.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6084;QR=21410;RO=533;RPL=0;RPP=333.074;RPPR=1160.41;RPR=152;RUN=1;SAF=152;SAP=333.074;SAR=0;SRF=533;SRP=1160.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:333:237,96:237:9542:96:3849:-246.159,0,-757.91 0/1:352:296,56:296:11868:56:2235:-95.3542,0,-961.297 dDocent_Contig_12479 17 . A G 991.39 . AB=0.133913;ABP=672.356;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=1132;DPB=1132;DPRA=1.03232;EPP=170.214;EPPR=2291.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3046;QR=42032;RO=1054;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=2291.74;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=1054;SRP=2291.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:557:556,0:556:22149:0:0:0,-167.373,-1991.15 0/1:575:498,77:498:19883:77:3046:-101.139,0,-1614.72 dDocent_Contig_12480 84 . A T 659.639 . 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AB=0.122449;ABP=63.6786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=3M1X4M;DP=49;DPB=48.25;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=1478;RO=40;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:16,1,2:16:597:1,2:37,79:-1.70103,-3.49877,-52.0541,0,-45.8517,-48.2765 0|1:30:24,2,4:24:881:2,4:69,155:-5.53572,-7.17009,-78.5608,0,-66.4277,-70.8264 dDocent_Contig_12483 107 . N C 365.945 . 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AB=0.1875;ABP=43.7254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.897436;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=1301;RO=39;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=87.6977;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:478:4:112:-4.93765,0,-37.9277 0/1:30:25,5:25:823:5:174:-6.97105,0,-65.3434 dDocent_Contig_12490 130 . G T 122.065 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.5;EPP=18.2106;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=251;QR=1508;RO=42;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=94.2121;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:23,7:23:802:7:251:-13.9054,0,-63.455 0/0:20:19,0:19:706:0:0:0,-5.71957,-63.5655 dDocent_Contig_12491 73 . T C 38424.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1206;CIGAR=1X;DP=1255;DPB=1255;DPRA=0;EPP=2621.81;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44441;QR=1721;RO=46;RPL=1206;RPP=2621.81;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=1206;SAP=2621.81;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:592:19,572:19:703:572:21082:-1832.86,-114.399,0 1/1:663:27,634:27:1018:634:23359:-2009.3,-107.209,0 dDocent_Contig_12492 98 . N T 188.985 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:6:0,6:0:0:6:168:-15.3969,-1.80618,0 dDocent_Contig_12494 61 . T A 69.6134 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1M1D2M1X3M;DP=41;DPB=40;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1317;RO=33;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:18,4,2:18:719:4,2:163,79:-8.03704,0,-58.0221,-6.95912,-52.7261,-65.5728 0|0:17:15,0,2:15:598:0,2:0,81:-2.56822,-7.08367,-56.3243,0,-49.6444,-49.0423 dDocent_Contig_12496 76 . G C 61765.3 . 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AB=0.0614035;ABP=193.49;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1M4I5M1X;DP=220;DPB=263.429;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=261;QR=5471;RO=140;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=307.016;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:106:65,38,0:65:2537:38,0:1462,0:-100.5,0,-197.145,-120.067,-208.584,-328.611 0|1:114:75,31,7:75:2934:31,7:1150,261:-71.4979,0,-231.913,-72.7075,-219.879,-311.841 dDocent_Contig_12499 128 . G A 7284 . AB=0.723769;ABP=206.12;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=338;CIGAR=1X;DP=467;DPB=467;DPRA=0;EPP=736.968;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9678;QR=4141;RO=124;RPL=0;RPP=736.968;RPPR=272.273;RPR=338;RUN=1;SAF=0;SAP=736.968;SAR=338;SRF=0;SRP=272.273;SRR=124;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:75,79:75:2477:79:2243:-155.587,0,-176.656 0/1:310:49,259:49:1664:259:7435:-576.513,0,-57.2394 dDocent_Contig_12500 16 . G A 6906.88 . 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AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.877551;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=1977;RO=49;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=109.412;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:30,1:30:1201:1:39:0,-5.43537,-104.467 0/1:23:19,4:19:776:4:154:-7.30663,0,-63.2343 dDocent_Contig_12503 20 . T C 5479 . 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AB=0.142857;ABP=49.5419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1I2M1X;DP=42;DPB=43.5;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=1374;RO=36;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=81.1833;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:21,4:21:799:4:153:-6.61599,0,-64.7093 0|1:17:15,2:15:575:2:77:-2.19163,0,-46.9751 dDocent_Contig_12505 7 . A T 398.937 . AB=0.0551181;ABP=221.337;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X3M;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.905882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=3273;RO=85;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=187.585;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:28,9,3,4:28:1074:9,3,4:345,117,163:-19.879,0,-85.4328,-18.6904,-78.5241,-105.936,-14.8554,-74.6922,-93.3898,-101.804 0|1:82:57,13,4,8:57:2199:13,4,8:501,155,327:-23.7137,0,-176.663,-28.1389,-167.842,-207.518,-14.0355,-153.744,-181.891,-192.217 dDocent_Contig_12506 87 . C A 2553.55 . AB=0.640288;ABP=26.7715;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X1M1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.831461;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3292;QR=1277;RO=34;RPL=42;RPP=3.62026;RPPR=3.26577;RPR=47;RUN=1;SAF=42;SAP=3.62026;SAR=47;SRF=16;SRP=3.26577;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:17,39,10:17:636:39,10:1420,385:-110.847,0,-40.3334,-84.3538,-20.4628,-133.427 0|1:73:17,50,6:17:641:50,6:1872,216:-148.207,0,-37.4893,-135.706,-34.9255,-186.429 dDocent_Contig_12507 62 . C A 2789.86 . AB=0.28125;ABP=175.914;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=416;DPB=416;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=652.281;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976589;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4528;QR=11748;RO=299;RPL=117;RPP=257.073;RPPR=652.281;RPR=0;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=299;SRP=652.281;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:208:133,75:133:5248:75:2914:-199.788,0,-409.597 0/1:208:166,42:166:6500:42:1614:-82.8967,0,-522.182 dDocent_Contig_12509 25 . C T 258.585 . AB=0.163265;ABP=99.53;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.621951;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=648;QR=3285;RO=82;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=181.071;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:38,7:38:1533:7:284:-12.3876,0,-124.659 0/1:53:44,9:44:1752:9:364:-17.1698,0,-141.941 dDocent_Contig_12510 27 . G A 174.066 . AB=0.166667;ABP=66.7068;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=4M1X4M;DP=66;DPB=65.5556;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=432;QR=1967;RO=50;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=111.584;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:18,3,3:18:717:3,3:122,121:-4.64941,0,-58.1439,-0.090977,-49.0719,-58.2334 0|1:40:32,0,8:32:1250:0,8:0,311:-16.308,-25.9409,-128.704,0,-103.152,-100.744 dDocent_Contig_12511 107 . N T 90.7872 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,4:0:0:4:100:-9.07845,-1.20412,0 dDocent_Contig_12513 10 . T C 20199.1 . AB=0.681818;ABP=110.399;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=628;CIGAR=1X;DP=774;DPB=774;DPRA=0;EPP=1366.69;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.543;MQMR=59.4863;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.938356;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24887;QR=5817;RO=146;RPL=0;RPP=1366.69;RPPR=320.045;RPR=628;RUN=1;SAF=628;SAP=1366.69;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:400:27,373:27:1061:373:14795:-1227.87,-24.6329,0 0/1:374:119,255:119:4756:255:10092:-793.739,0,-315.245 dDocent_Contig_12514 116 . G T 3985 . 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AB=0.257177;ABP=431.164;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=215;CIGAR=1X;DP=836;DPB=836;DPRA=0;EPP=469.877;EPPR=1351.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7355;QR=20950;RO=621;RPL=215;RPP=469.877;RPPR=1351.49;RPR=0;RUN=1;SAF=215;SAP=469.877;SAR=0;SRF=621;SRP=1351.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:451:380,71:380:12808:71:2441:-84.1903,0,-1016.89 0/1:385:241,144:241:8142:144:4914:-326.545,0,-616.962 dDocent_Contig_12516 10 . T G 1264.2 . AB=0.552632;ABP=4.83891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.595238;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1693;QR=1339;RO=34;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=76.8404;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:12,8:12:470:8:325:-23.5988,0,-36.6258 0/1:56:22,34:22:869:34:1368:-106.52,0,-61.6608 dDocent_Contig_12518 26 . G A 166.606 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1.66667;EPP=20.3821;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.4375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=1846;RO=48;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=107.241;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:27,8:27:1031:8:317:-18.3596,0,-82.5557 0/0:21:21,0:21:815:0:0:0,-6.32163,-73.6739 dDocent_Contig_12519 9 . A C 35.4198 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=1587;RO=42;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=94.2121;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1055:4:154:-4.6005,0,-85.6235 0/1:16:14,2:14:532:2:78:-2.58699,0,-43.4065 dDocent_Contig_12521 76 . T C 202.84 . AB=0.183333;ABP=55.2704;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=4604;RO=116;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:49,11:49:1941:11:441:-21.983,0,-156.827 0/0:69:67,2:67:2663:2:81:0,-13.0853,-232.115 dDocent_Contig_12522 45 . T C 2674.91 . AB=0.657718;ABP=35.2035;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=67.6227;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.4898;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.765306;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3915;QR=2013;RO=51;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=113.755;RPR=98;RUN=1;SAF=76;SAP=67.6227;SAR=22;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:27,49:27:1059:49:1967:-132.178,0,-72.717 0/1:73:24,49:24:954:49:1948:-139.013,0,-64.1823 dDocent_Contig_12524 14 . G A 35.6397 . AB=0.302632;ABP=28.7251;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=14.1304;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=913;QR=2098;RO=53;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=118.098;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:463:4:163:-1.09825,0,-37.1947 0/1:60:41,19:41:1635:19:750:-5.53744,0,-129.323 dDocent_Contig_12525 68 . A C 387.538 . AB=0.206897;ABP=89.5697;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=7M1X;DP=116;DPB=115.5;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.883721;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=836;QR=2995;RO=86;RPL=10;RPP=4.45795;RPPR=3.1113;RPR=14;RUN=1;SAF=10;SAP=4.45795;SAR=14;SRF=42;SRP=3.1113;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:31,0,14:31:1092:0,14:0,478:-29.7966,-39.1286,-128.042,0,-89.2579,-85.0435 0|1:71:55,4,10:55:1903:4,10:132,358:-12.6562,-18.5477,-171.979,0,-143.987,-151.646 dDocent_Contig_12527 67 . G A 1035.81 . AB=0.259091;ABP=113.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1921;QR=5491;RO=163;RPL=57;RPP=126.784;RPPR=356.96;RPR=0;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:80,28:80:2701:28:945:-52.8478,0,-210.832 0/1:112:83,29:83:2790:29:976:-54.4318,0,-217.634 dDocent_Contig_12529 8 . G A 5730.53 . AB=0.581602;ABP=22.502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=196;CIGAR=1X2M;DP=337;DPB=337;DPRA=0;EPP=428.619;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7478;QR=4616;RO=122;RPL=0;RPP=428.619;RPPR=267.93;RPR=196;RUN=1;SAF=196;SAP=428.619;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:191:62,16,113:62:2346:16,113:612,4298:-333.837,-302.281,-489.779,0,-142.091,-158.295 0|1:146:60,3,83:60:2270:3,83:117,3180:-242.915,-251.359,-436.539,0,-176.456,-161.088 dDocent_Contig_12531 121 . A T 449.438 . AB=0.123288;ABP=92.9925;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=300;QR=1201;RO=33;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=74.6689;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:9,0,8,0,11:9:324:0,8,0,11:0,264,0,398:-29.7958,-32.5051,-58.9446,-11.1757,-37.6109,-35.2027,-32.5051,-58.9446,-37.6109,-58.9446,0,-26.4491,-5.12042,-26.4491,-23.1377 0|0:44:24,4,1,5,9:24:877:4,1,5,9:145,36,185,320:-18.8469,-14.2323,-84.6934,-23.1343,-82.9602,-94.498,-10.9337,-70.7615,-79.6632,-81.0954,0,-59.8234,-68.7247,-56.5262,-68.9527 dDocent_Contig_12532 162 . T G 215.248 . AB=0.333333;ABP=9.52472;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=702;RO=18;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:7,7:7:269:7:281:-21.4478,0,-20.3546 0/1:13:11,2:11:433:2:81:-3.77234,0,-35.4055 dDocent_Contig_12533 125 . A T 988.696 . AB=0.179811;ABP=285.295;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=562;DPB=562;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=1060.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2828;QR=18493;RO=487;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=1060.52;RPR=74;RUN=1;SAF=0;SAP=163.699;SAR=74;SRF=0;SRP=1060.52;SRR=487;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:245:228,17:228:8704:17:649:0,-15.0085,-724.368 0/1:317:259,57:259:9789:57:2179:-100.87,0,-785.213 dDocent_Contig_12534 147 . T C 104.767 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40;MQMR=50.2889;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=1696;RO=45;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:27,0,0:27:1023:0,0:0,0:0,-8.12781,-82.0533,-8.12781,-82.0533,-82.0533 0|1:27:18,6,3:18:673:6,3:235,114:-12.4767,0,-47.2514,-9.14755,-40.3044,-57.2989 dDocent_Contig_12535 47 . T A 61.7901 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1D10M;DP=46;DPB=45.7333;DPRA=1.875;EPP=13.8677;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=1477;RO=39;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:15,0:15:562:0:0:0,-4.51545,-50.819 0|1:30:24,5:24:915:5:188:-8.17901,0,-73.5669 dDocent_Contig_12537 15 . G A 4466.77 . AB=0.495114;ABP=3.07396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=152;CIGAR=1X;DP=307;DPB=307;DPRA=0;EPP=333.074;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6029;QR=6141;RO=155;RPL=0;RPP=333.074;RPPR=339.589;RPR=152;RUN=1;SAF=152;SAP=333.074;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:74,61:74:2902:61:2416:-176.957,0,-220.656 0/1:172:81,91:81:3239:91:3613:-273.42,0,-239.803 dDocent_Contig_12538 19 . G A 661.947 . AB=0.157143;ABP=74.4828;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.181818;PAIREDR=0.486486;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=431;QR=1436;RO=37;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=83.3548;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:22,3,6:22:862:3,6:121,236:-12.7824,-9.42755,-79.405,0,-60.8961,-69.0655 0|1:39:15,19,5:15:574:19,5:749,195:-57.1112,0,-41.3762,-45.5997,-31.0661,-91.1907 dDocent_Contig_12539 12 . G A 6599.03 . AB=0.680982;ABP=95.7575;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=222;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=485.077;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8462;QR=3941;RO=104;RPL=0;RPP=485.077;RPPR=228.843;RPR=222;RUN=1;SAF=222;SAP=485.077;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:36,69:36:1367:69:2642:-206.363,0,-91.7088 0/1:221:68,153:68:2574:153:5820:-457.238,0,-165.329 dDocent_Contig_12540 58 . G T 435.113 . AB=0.209524;ABP=79.9631;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X3M;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.786667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=850;QR=2833;RO=75;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:25,3,11:25:957:3,11:115,407:-25.7437,-23.8287,-101.469,0,-69.0958,-75.2224 0|1:66:50,5,11:50:1876:5,11:197,443:-21.4666,-20.3134,-172.439,0,-137.427,-150.325 dDocent_Contig_12543 1 . N G 360.069 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.9231;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=449;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:311:-24.5848,-2.70927,0 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-11.1209,-1.20412,0 dDocent_Contig_12545 24 . C G 1876.42 . AB=0.121429;ABP=177.286;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1M1I4M1X7M;DP=140;DPB=147.385;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=1661;RO=44;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=98.5551;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:72:28,10,8,26:28:1029:10,8,26:394,260,1009:-74.4867,-50.496,-131.593,-61.9508,-113.633,-143.643,0,-51.6897,-63.1444,-76.2855 0|0:68:16,7,5,40:16:632:7,5,40:273,189,1487:-116.854,-99.2295,-149.135,-106.178,-135.749,-156.684,0,-29.5735,-36.5222,-39.9711 dDocent_Contig_12546 39 . T G 156.974 . AB=0.0968586;ABP=542.263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=707;DPB=707;DPRA=1.17538;EPP=83.3548;EPPR=1455.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1471;QR=26549;RO=669;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=1455.73;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=669;SRP=1455.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:325:325,0:325:12803:0:0:0,-97.8347,-1151.4 0/1:382:344,37:344:13746:37:1471:-17.6974,0,-1121.18 dDocent_Contig_12547 36 . G A 556.117 . 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AB=0.105263;ABP=1005.89;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=741;DPB=741;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=1434.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987179;PAIREDR=0.998492;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2984;QR=26375;RO=663;RPL=78;RPP=172.385;RPPR=1434.02;RPR=0;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=663;SRP=1442.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:351:310,41:310:12300:41:1567:-35.6095,0,-1000.48 0/1:390:353,37:353:14075:37:1417:-10.3825,0,-1148.29 dDocent_Contig_12555 120 . T A 389.192 . AB=0.420455;ABP=7.84676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=21.3514;MQMR=57.9216;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1240;QR=1711;RO=51;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=113.755;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:21,20:21:690:20:676:-25.7939,0,-45.6319 0/1:47:30,17:30:1021:17:564:-16.8243,0,-78.0495 dDocent_Contig_12556 8 . G A 98.8827 . AB=0.142857;ABP=65.0524;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=777;QR=8762;RO=229;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=500.277;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:48,8:48:1847:8:312:-11.5872,0,-149.621 0/0:193:181,12:181:6915:12:465:0,-15.8969,-580.029 dDocent_Contig_12557 22 . G A 756.697 . AB=0.169118;ABP=261.671;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=272;DPB=272;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=493.763;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.955752;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1785;QR=8998;RO=226;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=493.763;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=226;SRP=493.763;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:141:112,29:112:4458:29:1104:-57.1837,0,-358.717 0/1:131:114,17:114:4540:17:681:-22.185,0,-369.086 dDocent_Contig_12558 22 . G A 2097.59 . AB=0.330579;ABP=63.3449;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3176;QR=6427;RO=162;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=354.789;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:139,46:139:5512:46:1828:-109.044,0,-440.233 0/1:57:23,34:23:915:34:1348:-104.414,0,-65.4956 dDocent_Contig_12559 166 . C G 68.3815 . AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=4;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=1328;RO=35;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:272:0:0:0,-2.40824,-24.793 0/1:32:27,5:27:1056:5:201:-8.83814,0,-85.6953 dDocent_Contig_12560 88 . G A 3441.49 . AB=0.650246;ABP=42.8135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4538;QR=2451;RO=71;RPL=132;RPP=289.645;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=132;SAP=289.645;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:126:45,81:45:1554:81:2764:-211.08,0,-102.224 0/1:77:26,51:26:897:51:1774:-136.768,0,-57.8655 dDocent_Contig_12561 98 . N A 39.8982 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_12563 31 . A G 683.17 . AB=0.351351;ABP=17.2129;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1040;QR=1722;RO=48;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=107.241;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:15,7:15:522:7:280:-18.9491,0,-40.665 0/1:52:33,19:33:1200:19:760:-53.0668,0,-92.6323 dDocent_Contig_12564 107 . N C 37.0552 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:39:-3.70435,-0.60206,0 dDocent_Contig_12565 109 . G A 44.7073 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0.388889;EPP=13.8677;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=3124;RO=95;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=209.3;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=209.3;SRR=95;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:72:72,0:72:2351:0:0:0,-21.6742,-211.846 0/1:28:23,5:23:773:5:162:-6.47071,0,-61.4533 dDocent_Contig_12566 46 . G T 172.995 . AB=0.34375;ABP=9.79615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=90.2245;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.466667;PAIREDR=0.745455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=1791;RO=55;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=90.2245;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:688:11:315:-18.9985,0,-52.5983 0/0:38:34,4:34:1103:4:103:0,-1.91229,-90.041 dDocent_Contig_12567 60 . C A 662.24 . AB=0.709677;ABP=14.8483;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.40909;EPP=50.7827;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=855;QR=1209;RO=31;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:9,22:9:330:22:855:-67.923,0,-20.7006 0/0:22:22,0:22:879:0:0:0,-6.62266,-79.415 dDocent_Contig_12568 10 . G A 1135.24 . 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AB=0.140625;ABP=361.982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1797;QR=10834;RO=275;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=600.165;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:123,13:123:4856:13:527:-6.83668,0,-396.004 0/1:184:152,32:152:5978:32:1270:-59.1775,0,-482.426 dDocent_Contig_12571 34 . T A 1652.58 . AB=0.344086;ABP=42.2836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=2X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=3.29983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=58.9917;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.71875;PAIREDR=0.525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2491;QR=4496;RO=120;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=263.587;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=58;SRP=3.29983;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:91:57,32:57:2117:32:1238:-84.5099,0,-163.467 0|1:95:63,32:63:2379:32:1253:-84.447,0,-185.698 dDocent_Contig_12572 8 . G A 89.5247 . 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AB=0.612092;ABP=206.983;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1144;CIGAR=1X;DP=1869;DPB=1869;DPRA=0;EPP=2487.17;EPPR=1577.33;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44965;QR=28747;RO=725;RPL=0;RPP=2487.17;RPPR=1577.33;RPR=1144;RUN=1;SAF=1144;SAP=2487.17;SAR=0;SRF=725;SRP=1577.33;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:807:259,548:259:10304:548:21617:-1700.89,0,-683.767 0/1:1062:466,596:466:18443:596:23348:-1779.84,0,-1338.7 dDocent_Contig_12574 8 . G A 616.268 . 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AB=0.097561;ABP=60.6867;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=8M1X3M;DP=71;DPB=70.6667;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=1141;RO=32;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:19,1,2,7,0:19:688:1,2,7,0:40,69,281,0:-17.4507,-19.8743,-75.7224,-17.5752,-70.42,-73.114,0,-52.8606,-50.5538,-54.0501,-23.1702,-76.0234,-73.716,-56.1573,-79.3194 0|0:41:13,4,1,19,4:13:453:4,1,19,4:157,38,765,138:-59.1572,-50.1584,-85.7781,-59.9545,-83.8656,-96.4783,0,-23.9064,-33.7088,-31.1068,-51.867,-75.7746,-85.5716,-25.6177,-87.4839 dDocent_Contig_12577 49 . A T 43.43 . AB=0.101562;ABP=179.51;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.973913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=4484;RO=115;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=252.73;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:39,4:39:1515:4:157:-1.56289,0,-123.662 0/1:85:76,9:76:2969:9:350:-6.27009,0,-241.738 dDocent_Contig_12579 22 . T C 2828.75 . AB=0.548387;ABP=4.27115;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X1M;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1378;QR=2390;RO=60;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=133.299;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:62:28,0,34:28:1118:0,34:0,1378:-105.608,-114.037,-206.115,0,-92.4797,-82.2446 0|1:90:32,58,0:32:1272:58,0:2310,0:-180.966,0,-87.6567,-190.599,-105.116,-295.318 dDocent_Contig_12580 35 . G A 25770 . AB=0.086262;ABP=468.392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1M1I1X1M;DP=929;DPB=1210.33;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1071;QR=3182;RO=82;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=181.071;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:616:66,0,538:66:2557:0,538:0,21001:-1706.42,-1726.29,-1936.33,0,-210.099,-48.1447 1|0:313:16,27,270:16:625:27,270:1071,10272:-874.273,-790.934,-834.186,-36.7811,0,-6.88048 dDocent_Contig_12582 24 . G A 5940.04 . AB=0.417879;ABP=31.1853;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=201;CIGAR=1X4M;DP=481;DPB=481;DPRA=0;EPP=439.476;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9801;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.995025;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7961;QR=7342;RO=191;RPL=0;RPP=439.476;RPPR=417.762;RPR=201;RUN=1;SAF=201;SAP=439.476;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:238:110,33,95:110:4260:33,95:1297,3775:-277.659,-204.095,-544.089,0,-243.249,-321.331 0|1:243:81,56,106:81:3082:56,106:2225,4186:-320.043,-161.248,-397.144,0,-69.565,-220.841 dDocent_Contig_12583 22 . C T 37417.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1136;CIGAR=1X3M1X;DP=1167;DPB=1167;DPRA=0;EPP=2469.8;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99912;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42746;QR=1146;RO=29;RPL=0;RPP=2469.8;RPPR=65.983;RPR=1136;RUN=1;SAF=1136;SAP=2469.8;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:521:14,507:14:556:507:19067:-1664.86,-106.453,0 1|1:646:15,629:15:590:629:23679:-2076.62,-140.653,0 dDocent_Contig_12584 107 . N C 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_12585 107 . N T 68.3781 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83672,-0.60206,0 dDocent_Contig_12586 15 . T C 1303.6 . AB=0.304094;ABP=60.0146;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.653846;PAIREDR=0.487395;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2055;QR=4720;RO=119;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=261.416;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:58,25:58:2331:25:980:-63.5099,0,-184.96 0/1:88:61,27:61:2389:27:1075:-70.5493,0,-188.675 dDocent_Contig_12587 38 . G A 9971.82 . AB=0.693966;ABP=78.8246;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=316;CIGAR=1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0;EPP=621.468;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.936709;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12207;QR=3144;RO=79;RPL=0;RPP=689.196;RPPR=174.557;RPR=316;RUN=1;SAF=308;SAP=621.468;SAR=8;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:163:8,155:8:325:155:5981:-508.534,-19.4483,0 0/1:232:71,161:71:2819:161:6226:-490.347,0,-183.977 dDocent_Contig_12588 148 . A C 140.564 . AB=0.173077;ABP=51.2838;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=385;QR=2738;RO=69;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=152.842;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:42,9:42:1658:9:344:-15.7554,0,-133.907 0/0:28:27,1:27:1080:1:41:0,-4.33427,-93.3868 dDocent_Contig_12590 19 . T A 21589.1 . AB=0.39599;ABP=190.47;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=790;CIGAR=2X;DP=1995;DPB=1995;DPRA=0;EPP=1718.47;EPPR=2584.89;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30677;QR=45312;RO=1189;RPL=0;RPP=1718.47;RPPR=2584.89;RPR=790;RUN=1;SAF=790;SAP=1718.47;SAR=0;SRF=1189;SRP=2584.89;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1000:584,414:584:22264:414:16034:-1141.29,0,-1701.71 0|1:995:605,376:605:23048:376:14643:-1021.31,0,-1777.29 dDocent_Contig_12592 35 . T C 185.855 . AB=0.188679;ABP=47.6279;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0.828125;EPP=24.725;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.205607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=4009;RO=107;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=235.358;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:64,0:64:2388:0:0:0,-19.2659,-215.137 0/1:53:43,10:43:1621:10:402:-20.5855,0,-130.202 dDocent_Contig_12593 28 . A G 4126.24 . AB=0.812121;ABP=142.629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=276.875;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.4403;MQMR=57.5161;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.850746;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5282;QR=1231;RO=31;RPL=0;RPP=293.988;RPPR=70.3259;RPR=134;RUN=1;SAF=132;SAP=276.875;SAR=2;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:8,74:8:312:74:2933:-234.06,0,-2.09234 0/1:83:23,60:23:919:60:2349:-182.115,0,-57.9782 dDocent_Contig_12594 98 . N G 373.556 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=2X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:262:-23.9013,-2.40824,0 1|1:5:0,5:0:0:5:143:-13.1532,-1.50515,0 dDocent_Contig_12595 85 . C T 38.8174 . AB=0.328947;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=74;CIGAR=1X4M;DP=269;DPB=269;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.986486;PAIREDR=0.977444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=1652;RO=133;RPL=74;RPP=163.699;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:117:68,4,24,9:68:861:4,24,9:47,237,45:0,-17.4413,-73.2827,-6.35255,-60.3853,-56.1867,-19.1372,-73.1512,-62.0774,-73.4679 0|1:152:65,13,50,10:65:791:13,50,10:159,450,61:-5.88168,-15.0463,-62.772,0,-41.2441,-36.591,-22.9726,-64.2089,-49.1681,-71.5967 dDocent_Contig_12596 184 . A G 33.3032 . AB=0.108696;ABP=64.1892;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.7037;EPP=13.8677;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.6;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=2538;RO=65;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:39,5:39:1525:5:203:-5.02909,0,-123.901 0|0:27:26,0:26:1013:0:0:0,-7.82678,-91.0644 dDocent_Contig_12597 94 . T A 109.101 . 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AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0.956522;EPP=13.8677;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=181;QR=1460;RO=40;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:618:5:181:-10.0208,0,-49.3301 0/0:23:23,0:23:842:0:0:0,-6.92369,-76.104 dDocent_Contig_12600 209 . N G 235.988 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=251;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.30914,-0.60206,0 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-15.988,-1.50515,0 dDocent_Contig_12601 149 . C G 535.582 . AB=0.266667;ABP=52.6646;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.892857;PAIREDR=0.831169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=980;QR=2691;RO=77;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=170.214;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:46,18:46:1603:18:621:-36.9458,0,-125.287 0/1:41:31,10:31:1088:10:359:-20.3114,0,-85.8865 dDocent_Contig_12606 23 . A C 82.9478 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=4M1X1M;DP=75;DPB=74.6667;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968254;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=2468;RO=63;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=139.813;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:32,2,3:32:1253:2,3:79,120:-0.26008,-3.74306,-106.164,0,-96.8799,-102.134 0|1:37:31,0,6:31:1215:0,6:0,234:-10.2908,-19.6228,-119.537,0,-100.304,-98.4981 dDocent_Contig_12607 71 . C A 3309.47 . AB=0.720238;ABP=73.79;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=4M3D1X10M1X2M;DP=168;DPB=143.19;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.892562;PAIREDR=0.945946;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4249;QR=1358;RO=37;RPL=62;RPP=3.17181;RPPR=3.5385;RPR=59;RUN=1;SAF=62;SAP=3.17181;SAR=59;SRF=20;SRP=3.5385;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:75:14,59,0:14:517:59,0:2061,0:-163.411,0,-24.5415,-167.625,-42.3023,-209.915 0|1:93:23,62,8:23:841:62,8:2188,270:-171.235,0,-50.0782,-156.277,-46.8659,-222.593 dDocent_Contig_12608 24 . T A 11463.1 . AB=0.199787;ABP=739.661;AC=0;AF=0;AN=4;AO=188;CIGAR=1X3M1X;DP=941;DPB=941;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=786.912;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7288;QR=14030;RO=361;RPL=0;RPP=411.247;RPPR=786.912;RPR=188;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=361;SRP=786.912;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:533:187,146,195:187:7228:146,195:5687,7720:-579.057,-167.946,-717.623,0,-126.223,-534.929 0|0:408:174,42,191:174:6802:42,191:1601,7573:-570.955,-492.01,-1038.58,0,-427.903,-501.73 dDocent_Contig_12609 47 . G A 12827.2 . AB=0.307931;ABP=520.181;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=497;CIGAR=1X;DP=1614;DPB=1614;DPRA=0;EPP=1073.56;EPPR=1313.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19705;QR=44037;RO=1117;RPL=1;RPP=1073.56;RPPR=1313.36;RPR=496;RUN=1;SAF=497;SAP=1082.23;SAR=0;SRF=1117;SRP=2428.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:752:559,193:559:22074:193:7597:-457.008,0,-1758.47 0/1:862:558,304:558:21963:304:12108:-829.409,0,-1715.39 dDocent_Contig_12610 9 . A T 107.556 . AB=0.16;ABP=53.2147;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=79;DPB=79;DPRA=1.72414;EPP=20.3821;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.676056;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=2764;RO=71;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=157.185;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:29,0:29:1124:0:0:0,-8.72987,-101.455 0|1:50:42,8:42:1640:8:305:-12.7556,0,-132.8 dDocent_Contig_12611 21 . T C 1063.7 . AB=0.452381;ABP=4.66476;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.6316;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1510;QR=1794;RO=46;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=102.898;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:7,26:7:282:26:1034:-83.4251,0,-15.8192 0/1:51:39,12:39:1512:12:476:-26.6439,0,-120.978 dDocent_Contig_12612 17 . G A 2935.17 . AB=0.277419;ABP=203.108;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1M1I6M1X5M;DP=465;DPB=475;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=721.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992248;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4843;QR=12902;RO=331;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=721.768;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=331;SRP=721.768;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:247:201,45:201:7823:45:1708:-79.7132,0,-629.549 0|1:218:130,84:130:5079:84:3135:-217.503,0,-392.294 dDocent_Contig_12614 10 . C T 97.4043 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.62069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=2346;RO=58;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=128.956;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:30,1:30:1223:1:41:0,-5.23736,-106.242 0/1:34:28,6:28:1123:6:240:-11.7404,0,-91.1176 dDocent_Contig_12615 98 . N T 259.172 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:207:-18.9682,-1.80618,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_12616 135 . T G 183.919 . 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AB=0.110879;ABP=1260.32;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=956;DPB=956;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=1848.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4287;QR=31913;RO=850;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=1848.76;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=850;SRP=1848.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:489:426,63:426:15930:63:2557:-83.048,0,-1285.77 0/1:467:424,43:424:15983:43:1730:-15.3353,0,-1297.13 dDocent_Contig_12618 91 . G A 357.651 . 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C A 98.7524 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0.446809;EPP=13.8677;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=2526;RO=63;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=139.813;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1877:0:0:0,-14.1484,-169.131 0/1:21:16,5:16:649:5:198:-11.8752,0,-52.4221 dDocent_Contig_12624 43 . C A 201.667 . AB=0.257143;ABP=20.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0.522388;EPP=22.5536;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=3609;RO=92;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=202.786;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,9:26:1004:9:356:-21.8657,0,-80.1133 0/0:67:66,0:66:2605:0:0:0,-19.868,-234.183 dDocent_Contig_12626 11 . G T 1994.22 . 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AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.433333;EPP=13.8677;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.763158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=1361;RO=38;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:265:5:174:-12.0865,0,-20.2556 0/0:30:30,0:30:1096:0:0:0,-9.0309,-98.9506 dDocent_Contig_12630 29 . C A 1138.27 . AB=0.212598;ABP=185.243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=254;DPB=254;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=437.305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2149;QR=7953;RO=200;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=437.305;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=200;SRP=437.305;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:86:61,25:61:2449:25:1002:-64.5849,0,-194.669 0/1:168:139,29:139:5504:29:1147:-52.9408,0,-444.629 dDocent_Contig_12631 61 . C T 619.886 . AB=0.320513;ABP=24.8364;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0.867925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=983;QR=2024;RO=53;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1287:7:278:-13.348,0,-104.05 0/1:38:20,18:20:737:18:705:-52.3396,0,-55.1881 dDocent_Contig_12635 40 . G A 9609.04 . AB=0.634538;ABP=81.3054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=316;CIGAR=1M1X3M2X;DP=498;DPB=496;DPRA=0;EPP=689.196;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.949367;PAIREDR=0.936306;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12312;QR=6010;RO=157;RPL=0;RPP=689.196;RPPR=343.931;RPR=316;RUN=1;SAF=316;SAP=689.196;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:278:98,14,165:98:3737:14,165:545,6446:-500.399,-485.112,-787.444,0,-261.753,-256.873 0|1:220:59,0,151:59:2273:0,151:0,5866:-464.204,-481.965,-668.598,0,-186.618,-141.163 dDocent_Contig_12636 12 . C T 1882.92 . 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AB=0.133333;ABP=160.659;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=4M1X11M;DP=135;DPB=135.062;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=57.2778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=618;QR=1229;RO=37;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=83.3548;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:57:15,2,0,14,4,3,7,2,6:15:505:2,0,14,4,3,7,2,6:59,0,463,139,90,245,70,203:-32.9314,-32.9324,-73.2552,-37.4469,-73.8573,-78.3721,0,-36.4142,-40.9286,-36.7142,-29.8164,-66.2253,-70.7398,-33.2982,-69.5356,-31.066,-67.4758,-71.9904,-34.5478,-64.3586,-71.0873,-17.5066,-53.9196,-58.4343,-20.989,-50.8026,-52.0528,-56.3271,-31.7499,-68.1609,-72.6757,-35.2318,-65.0435,-66.294,-52.7376,-72.0736,-21.0727,-57.4847,-61.9993,-24.555,-54.3676,-55.6179,-42.0608,-56.3027,-60.1932 0|1:78:22,5,5,18,2,0,1,9,12:22:724:5,5,18,2,0,1,9,12:144,156,564,67,0,34,276,415:-38.7069,-34.5513,-91.5704,-33.1183,-80.8648,-90.1383,0,-47.7499,-46.3171,-53.1094,-42.5431,-90.2882,-88.8561,-55.7413,-100.465,-45.3296,-93.0755,-91.6435,-58.5279,-101.067,-103.854,-42.571,-90.3172,-88.8851,-55.7694,-98.3085,-101.096,-100.795,-23.2068,-70.954,-69.5216,-36.4062,-78.9453,-81.7324,-78.974,-79.0231,-11.6279,-59.3786,-57.9461,-24.8287,-67.3703,-70.1574,-67.3989,-48.0347,-66.5451 dDocent_Contig_12638 1 . N G 70.2652 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02543,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12639 39 . G C 118.143 . 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AB=0.191011;ABP=150.622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1214;QR=5103;RO=144;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=315.702;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=315.702;SRR=144;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:82,12:82:2902:12:436:-11.2851,0,-233.107 0/1:84:62,22:62:2201:22:778:-45.0518,0,-173.059 dDocent_Contig_12645 48 . C T 711.378 . AB=0.263889;ABP=72.7387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=3.74778;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1306;QR=3905;RO=106;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=3.74778;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:63,18:63:2318:18:620:-31.7411,0,-184.442 0/1:63:43,20:43:1587:20:686:-43.0957,0,-124.114 dDocent_Contig_12646 77 . T C 49651.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1487;CIGAR=1X;DP=1525;DPB=1525;DPRA=0;EPP=3231.99;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999328;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56605;QR=1396;RO=37;RPL=1487;RPP=3231.99;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=1487;SAP=3231.99;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:633:10,623:10:381:623:23676:-2094.88,-155.908,0 1/1:892:27,864:27:1015:864:32929:-2869.95,-176.643,0 dDocent_Contig_12647 45 . T C 31803.4 . 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AB=0.672222;ABP=95.7563;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=242;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=528.507;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8003;QR=3969;RO=117;RPL=242;RPP=528.507;RPPR=257.073;RPR=0;RUN=1;SAF=242;SAP=528.507;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:36,110:36:1219:110:3628:-282.789,0,-66.0605 0/1:214:81,132:81:2750:132:4375:-329.483,0,-183.285 dDocent_Contig_12651 33 . G A 5055 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1044;CIGAR=1X;DP=1092;DPB=1092;DPRA=0;EPP=2270.03;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998084;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41236;QR=1936;RO=48;RPL=0;RPP=2270.03;RPPR=107.241;RPR=1044;RUN=1;SAF=1044;SAP=2270.03;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:572:22,550:22:888:550:21713:-1872.17,-91.963,0 1/1:520:26,494:26:1048:494:19523:-1660.88,-61.9246,0 dDocent_Contig_12656 20 . G T 31.9553 . 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AB=0.328;ABP=35.1307;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.560976;PAIREDR=0.544304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1665;QR=3185;RO=79;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=174.557;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:24,16:24:974:16:650:-46.3954,0,-75.52 0/1:83:55,25:55:2211:25:1015:-67.1542,0,-174.666 dDocent_Contig_12670 30 . T C 176.135 . 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G A 7525.16 . AB=0.7;ABP=128.087;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=252;CIGAR=1X1M1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=550.221;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.861111;PAIREDR=0.886792;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9605;QR=4107;RO=106;RPL=252;RPP=550.221;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=252;SAP=550.221;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:157:57,99:57:2205:99:3747:-290.236,0,-151.555 0|1:203:49,153:49:1902:153:5858:-465.979,0,-110.241 dDocent_Contig_12674 13 . T C 16739.6 . AB=0.830128;ABP=593.706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=518;CIGAR=1X;DP=624;DPB=624;DPRA=0;EPP=1127.83;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998069;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20741;QR=3887;RO=105;RPL=0;RPP=1127.83;RPPR=231.015;RPR=518;RUN=1;SAF=518;SAP=1127.83;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:321:73,247:73:2699:247:9854:-789.804,0,-146.664 0/1:303:32,271:32:1188:271:10887:-887.858,0,-15.9997 dDocent_Contig_12675 125 . C T 427.797 . 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AB=0.134804;ABP=948.282;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=110;CIGAR=11M1X4M;DP=816;DPB=838.062;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3632;QR=3169;RO=93;RPL=110;RPP=241.872;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:441:48,51,222,5,81:48:1616:51,222,5,81:1641,7986,179,2677:-722.579,-604.736,-720.323,-85.5305,-84.1799,-149.648,-722.433,-721.08,-201.88,-851.867,-520.563,-519.211,0,-636.907,-627.119 0|0:375:45,81,181,24,29:45:1553:81,181,24,29:2559,6500,834,955:-596.325,-404.017,-505.803,-79.6814,0,-151.372,-542.076,-462.393,-138.06,-661.022,-532.68,-452.997,-128.665,-591.056,-650.121 dDocent_Contig_12678 17 . A G 159.48 . AB=0.0687831;ABP=613.527;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=2X;DP=378;DPB=378;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=663.138;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=46.7692;MQMR=55.1776;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.653846;PAIREDR=0.884868;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1011;QR=12097;RO=304;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=663.138;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=304;SRP=663.138;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:182:150,9,20:150:5952:9,20:350,796:-10.806,-38.5653,-505.433,0,-452.231,-463.625 0|0:196:154,17,18:154:6145:17,18:661,711:-8.84094,-3.86419,-458.273,0,-408.192,-454.111 dDocent_Contig_12679 43 . G A 235.567 . AB=0.131313;ABP=236.784;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9529;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=955;QR=6171;RO=170;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=372.161;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:72,15:72:2599:15:540:-22.3678,0,-207.58 0/1:109:98,11:98:3572:11:415:-4.88758,0,-288.827 dDocent_Contig_12681 122 . C T 550.802 . AB=0.370968;ABP=11.9764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1230;QR=5133;RO=148;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=324.388;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=324.388;SRR=148;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:120:109,11:109:3774:11:392:0,-0.504568,-304.243 0/1:62:39,23:39:1359:23:838:-57.0795,0,-103.945 dDocent_Contig_12682 62 . A G 717.528 . AB=0.236486;ABP=92.2754;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.778761;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1326;QR=4307;RO=113;RPL=16;RPP=3.56868;RPPR=6.2579;RPR=19;RUN=1;SAF=16;SAP=3.56868;SAR=19;SRF=50;SRP=6.2579;SRR=63;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:62,12:62:2330:12:464:-19.8353,0,-187.628 0/1:74:51,23:51:1977:23:862:-55.6164,0,-155.884 dDocent_Contig_12683 15 . T C 4608.62 . AB=0.660714;ABP=53.2644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986486;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5909;QR=2998;RO=76;RPL=0;RPP=324.388;RPPR=168.042;RPR=148;RUN=1;SAF=148;SAP=324.388;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:36,95:36:1419:95:3755:-298.533,0,-88.5314 0/1:93:40,53:40:1579:53:2154:-166.029,0,-114.359 dDocent_Contig_12684 47 . G C 10745 . AB=0.9125;ABP=239.484;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=321;CIGAR=1X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=700.053;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984424;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12819;QR=883;RO=22;RPL=0;RPP=700.053;RPPR=50.7827;RPR=321;RUN=1;SAF=321;SAP=700.053;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:14,146:14:567:146:5851:-478.195,0,-3.20765 1/1:183:8,175:8:316:175:6968:-597.993,-26.285,0 dDocent_Contig_12685 63 . C T 40.5262 . AB=0.119565;ABP=118.665;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.654321;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=374;QR=2789;RO=81;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:34,4:34:1174:4:130:-0.581863,0,-94.5277 0/1:54:47,7:47:1615:7:244:-6.04437,0,-129.385 dDocent_Contig_12686 81 . G A 322.888 . AB=0.378378;ABP=7.76406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=563;QR=2163;RO=64;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:41,2:41:1409:2:62:0,-7.05609,-121.22 0/1:37:23,14:23:754:14:501:-34.2888,0,-57.0265 dDocent_Contig_12687 104 . N A 122.203 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=4X3M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19.2857;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=265;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:7:0,7:0:0:7:265:-12.2203,-2.10721,0 dDocent_Contig_12690 26 . A C 181.192 . AB=0.151515;ABP=107.438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1M3I2M1X2M3D2M1X2M8D3M1X;DP=99;DPB=86.6154;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=29.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=595;QR=2336;RO=60;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=133.299;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:8,7,6,6:8:320:7,6,6:277,144,239:-17.3147,-5.07042,-29.3581,-10.223,-21.981,-34.8033,0,-11.7627,-16.9122,-24.6064 0|1:70:52,8,2,2:52:2016:8,2,2:318,33,80:-4.50278,0,-163.306,-18.1274,-163.675,-183.205,-13.553,-159.124,-177.216,-178.654 dDocent_Contig_12691 27 . G C 1795.81 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2453;QR=2441;RO=62;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=137.642;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:23,26:23:893:26:1033:-78.5131,0,-65.9252 0/1:77:39,37:39:1548:37:1420:-104.766,0,-116.275 dDocent_Contig_12692 157 . A G 581.5 . AB=0.55;ABP=3.87889;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X2M;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=623;RO=16;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:7,2,12:7:275:2,12:76,448:-34.5612,-30.435,-52.4592,0,-16.3994,-19.0167 0|1:19:9,0,10:9:348:0,10:0,363:-27.2878,-29.997,-58.5921,0,-28.9702,-25.9599 dDocent_Contig_12693 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12694 44 . G A 1504.63 . AB=0.666667;ABP=21.1059;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.94;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1957;QR=974;RO=25;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=57.2971;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:13,21:13:511:21:821:-63.9773,0,-36.0988 0/1:41:12,29:12:463:29:1136:-90.185,0,-29.6703 dDocent_Contig_12695 11 . T A 903.076 . 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AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.913043;EPP=13.8677;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.578313;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=3166;RO=83;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=183.243;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1751:0:0:0,-13.8474,-157.826 0/1:42:37,5:37:1415:5:195:-5.28077,0,-114.98 dDocent_Contig_12697 98 . N C 12807.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=422;CIGAR=2X;DP=423;DPB=424;DPRA=0;EPP=919.372;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=41;PQR=0;PRO=0;QA=14229;QR=0;RO=0;RPL=422;RPP=919.372;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=422;SAP=919.372;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:238:0,237:0:0:237:8001:-719.908,-71.3441,0 1|1:185:0,185:0:0:185:6228:-560.543,-55.6906,0 dDocent_Contig_12698 23 . G T 498.136 . AB=0.0571429;ABP=62.6327;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M1X5M;DP=74;DPB=71.4286;DPRA=0.897436;EPP=7.35324;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.773585;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=2066;RO=53;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=118.098;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:38,0,0:38:1470:0,0:0,0:0,-11.4391,-132.471,-11.4391,-132.471,-132.471 0|0:35:15,18,2:15:596:18,2:687,82:-51.8136,0,-43.6383,-49.5581,-42.2872,-98.031 dDocent_Contig_12699 107 . N T 127.591 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.34924,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.10778,-0.60206,0 dDocent_Contig_12700 8 . G A 43.2767 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1M1X1M1X3M5I1X1M1X3M1X3M2D1M;DP=34;DPB=31.7;DPRA=1.61538;EPP=9.52472;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=733;RO=19;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=44.2683;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:10,0:10:391:0:0:0,-3.0103,-35.1633 0|1:21:9,3:9:342:3:119:-6.32764,0,-27.1484 dDocent_Contig_12701 7 . A T 77.0621 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1M1X1M1X2M2I1M1X2M2X3M1D1M1X1M1X1M;DP=33;DPB=30.0476;DPRA=2.66667;EPP=11.6962;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=588;RO=15;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=35.5824;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:9:7,0:7:273:0:0:0,-2.10721,-24.5675 0|1:24:8,4:8:315:4:160:-9.70619,0,-24.7232 dDocent_Contig_12702 29 . G A 411.981 . AB=0.156757;ABP=192.327;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987179;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1110;QR=5970;RO=156;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=341.76;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:95,21:95:3640:21:797:-37.1339,0,-292.785 0/1:69:61,8:61:2330:8:313:-7.76322,0,-189.131 dDocent_Contig_12703 43 . C T 11338.2 . AB=0.586924;ABP=47.1786;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=395;CIGAR=1X;DP=673;DPB=673;DPRA=0;EPP=860.742;EPPR=606.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996403;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14894;QR=10938;RO=278;RPL=0;RPP=860.742;RPPR=606.68;RPR=395;RUN=1;SAF=395;SAP=860.742;SAR=0;SRF=278;SRP=606.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:362:95,267:95:3738:267:10089:-798.673,0,-227.467 0/1:311:183,128:183:7200:128:4805:-338.847,0,-554.057 dDocent_Contig_12704 15 . G A 1750.35 . AB=0.658824;ABP=21.6339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2264;QR=1171;RO=29;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=65.983;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:10,31:10:404:31:1250:-100.427,0,-24.3778 0/1:44:19,25:19:767:25:1014:-78.3068,0,-56.1057 dDocent_Contig_12705 27 . C A 111.335 . AB=0.129412;ABP=104.405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.940476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=6757;RO=168;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=367.818;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:74,11:74:2988:11:423:-12.8324,0,-243.411 0/0:96:94,2:94:3769:2:81:0,-21.2131,-331.524 dDocent_Contig_12707 98 . N A 554.359 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:277:-25.2662,-2.40824,0 1|1:9:0,9:0:0:9:328:-29.8687,-2.70927,0 dDocent_Contig_12708 11 . T G 1907.84 . AB=0.197872;ABP=375.653;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=840;DPB=840;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=1599.04;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995918;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4191;QR=29264;RO=735;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=1599.04;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=735;SRP=1599.04;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:370:358,12:358:14296:12:477:0,-68.104,-1242.32 0/1:470:377,93:377:14968:93:3714:-192.784,0,-1204.54 dDocent_Contig_12711 142 . G T 273.455 . AB=0.416667;ABP=4.45795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=2X;DP=29;DPB=29;DPRA=4.8;EPP=24.725;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=721;RO=19;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=44.2683;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:14,10:14:525:10:399:-29.0444,0,-40.3537 0|0:5:5,0:5:196:0:0:0,-1.50515,-18.014 dDocent_Contig_12712 27 . T A 59.3484 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=1.56522;EPP=13.8677;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=2185;RO=54;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=120.27;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:1258:5:201:-7.63381,0,-102.649 0/0:23:23,0:23:927:0:0:0,-6.92369,-83.7308 dDocent_Contig_12713 12 . T C 149.382 . AB=0.144737;ABP=86.3263;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.615385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=2371;RO=65;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=144.156;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:34,8:34:1243:8:321:-16.6137,0,-99.5203 0/1:34:31,3:31:1128:3:121:-1.04497,0,-91.5693 dDocent_Contig_12714 98 . N G 429.563 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=3X;DP=14;DPB=15.3333;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=20;PQR=0;PRO=0;QA=476;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:14:0,14:0:0:14:476:-42.9563,-4.21442,0 dDocent_Contig_12715 40 . G C 357.764 . 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AB=0.544643;ABP=4.94911;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=2X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.934426;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2382;QR=2008;RO=51;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=113.755;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:14,22:14:563:22:849:-65.8847,0,-40.1755 0|1:76:37,39:37:1445:39:1533:-115.346,0,-107.432 dDocent_Contig_12719 6 . C G 112.225 . 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T A 1279.25 . AB=0.213287;ABP=207.22;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=286;DPB=286;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=491.592;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2413;QR=8719;RO=225;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=491.592;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=225;SRP=491.592;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:116,30:116:4507:30:1200:-64.3271,0,-361.67 0/1:140:109,31:109:4212:31:1213:-67.297,0,-336.957 dDocent_Contig_12723 117 . C A 3274.15 . AB=0.728916;ABP=78.5671;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958678;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4229;QR=1470;RO=44;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=98.5551;RPR=121;RUN=1;SAF=0;SAP=265.758;SAR=121;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:19,54:19:632:54:1874:-146.959,0,-35.2188 0/1:93:25,67:25:838:67:2355:-184.155,0,-47.6755 dDocent_Contig_12725 116 . A G 110.304 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.684211;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=181;QR=1010;RO=27;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:301:5:181:-12.7293,0,-23.5315 0/0:19:19,0:19:709:0:0:0,-5.71957,-64.1344 dDocent_Contig_12726 66 . C T 44.7889 . AB=0.115385;ABP=103.232;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=1.34483;EPP=22.5536;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.582677;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=4572;RO=127;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=66.6327;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=94;SRP=66.6327;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:58,0:58:2084:0:0:0,-17.4597,-187.825 0/1:78:69,9:69:2488:9:329:-6.47887,0,-200.686 dDocent_Contig_12727 18 . C A 195.988 . AB=0.3;ABP=13.4334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=352;QR=746;RO=20;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=46.4397;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:9:6,3:6:220:3:114:-7.92295,0,-17.4373 0|1:21:14,6:14:526:6:238:-15.3748,0,-41.2571 dDocent_Contig_12728 46 . C T 942.263 . AB=0.255682;ABP=94.2615;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=8.84915;EPPR=39.627;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.622222;PAIREDR=0.458015;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1670;QR=5037;RO=131;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=287.473;RPR=45;RUN=1;SAF=28;SAP=8.84915;SAR=17;SRF=89;SRP=39.627;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:74,20:74:2874:20:722:-36.982,0,-230.488 0/1:82:57,25:57:2163:25:948:-60.9432,0,-170.196 dDocent_Contig_12730 22 . G A 30955.8 . 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AB=0.12766;ABP=116.204;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=5167;RO=144;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=315.702;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=315.702;SRR=144;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:62,1:62:2226:1:37:0,-15.2671,-196.894 0/1:94:82,12:82:2941:12:438:-11.4667,0,-236.617 dDocent_Contig_12732 1 . N G 191.803 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:160:-14.7834,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.09457,-0.30103,0 dDocent_Contig_12733 26 . T C 33689.3 . AB=0.853158;ABP=1323.57;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1040;CIGAR=1X;DP=1219;DPB=1219;DPRA=0;EPP=2261.34;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41591;QR=7120;RO=179;RPL=0;RPP=2261.34;RPPR=391.704;RPR=1040;RUN=1;SAF=1040;SAP=2261.34;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:574:109,465:109:4311:465:18652:-1504.31,0,-215.156 0/1:645:70,575:70:2809:575:22939:-1868.32,0,-58.7517 dDocent_Contig_12734 111 . G A 30.3096 . 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A T 96.3326 . AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.7037;EPP=18.2106;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=2582;RO=66;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=146.327;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1040:0:0:0,-8.12781,-93.891 0/1:46:39,7:39:1542:7:279:-11.6333,0,-125.178 dDocent_Contig_12743 33 . C A 244.321 . AB=0.275;ABP=20.5992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=1156;RO=29;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=65.983;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:13,5:13:519:5:200:-12.9605,0,-41.6366 0/1:22:16,6:16:637:6:238:-15.1706,0,-51.0402 dDocent_Contig_12744 53 . G A 2039.95 . AB=0.259259;ABP=179.704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=567.593;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3477;QR=10195;RO=260;RPL=91;RPP=200.614;RPPR=567.593;RPR=0;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=260;SRP=567.593;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:61,29:61:2438:29:1098:-71.9926,0,-192.476 0/1:261:199,62:199:7757:62:2379:-135.701,0,-619.236 dDocent_Contig_12745 1 . N G 291.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.7778;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64672,-0.60206,0 1/1:7:0,7:0:0:7:244:-22.2416,-2.10721,0 dDocent_Contig_12746 17 . T C 3309.77 . AB=0.523585;ABP=4.03458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0.930693;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4424;QR=4002;RO=101;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=222.329;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:48,33:48:1874:33:1330:-95.5768,0,-144.479 0/1:131:53,78:53:2128:78:3094:-239.099,0,-152.26 dDocent_Contig_12748 26 . C A 58546.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1705;CIGAR=1X;DP=1760;DPB=1760;DPRA=0;EPP=3705.37;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994135;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67234;QR=2114;RO=54;RPL=0;RPP=3705.37;RPPR=120.27;RPR=1705;RUN=1;SAF=1705;SAP=3705.37;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:820:17,803:17:669:803:31722:-2791.72,-186.307,0 1/1:940:37,902:37:1445:902:35512:-3062.65,-152.772,0 dDocent_Contig_12749 14 . C A 1126.03 . AB=0.405941;ABP=10.7717;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X2M1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.390244;PAIREDR=0.383333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1623;QR=2394;RO=60;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=133.299;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:52:33,19:33:1309:19:741:-51.3643,0,-102.425 0|1:49:27,22:27:1085:22:882:-64.9379,0,-83.1884 dDocent_Contig_12751 31 . G A 95.5783 . AB=0.133333;ABP=73.0765;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0.857143;EPP=20.3821;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=4892;RO=122;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=267.93;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:70:70,0:70:2794:0:0:0,-21.0721,-251.563 0/1:60:52,8:52:2098:8:325:-11.5578,0,-170.931 dDocent_Contig_12752 107 . N C 122.666 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=126;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86456,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 dDocent_Contig_12753 69 . C T 569.643 . AB=0.365079;ABP=12.9715;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.65;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.695652;PAIREDR=0.575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=877;QR=1452;RO=40;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:21,10:21:793:10:374:-24.678,0,-62.3637 0/1:32:19,13:19:659:13:503:-35.9853,0,-49.9793 dDocent_Contig_12754 51 . T A 142.896 . AB=0.0357143;ABP=107.861;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1M1I2M2X2M1X1M2X;DP=100;DPB=100.455;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=54;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.847059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=3338;RO=85;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=187.585;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:40,3,1:40:1560:3,1:119,41:0,-2.28775,-129.59,-8.65353,-127.109,-136.572 0|0:56:45,2,9:45:1778:2,9:80,362:-16.2896,-23.2692,-168.975,0,-139.743,-143.601 dDocent_Contig_12755 119 . C T 87.2377 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.33333;EPP=18.2106;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49;MQMR=57.7532;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.896104;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=3109;RO=77;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1452:0:0:0,-10.8371,-130.894 0/1:48:41,7:41:1657:7:279:-10.7238,0,-134.347 dDocent_Contig_12757 107 . N C 869.978 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=956;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:22:0,22:0:0:22:747:-67.5457,-6.62266,0 1/1:6:0,6:0:0:6:209:-19.1511,-1.80618,0 dDocent_Contig_12758 58 . G C 338.382 . AB=0.147436;ABP=171.439;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.782609;PAIREDR=0.834586;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=931;QR=5316;RO=133;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:56,9:56:2253:9:366:-13.738,0,-183.365 0/1:91:77,14:77:3063:14:565:-23.7991,0,-248.359 dDocent_Contig_12760 8 . G C 383.298 . AB=0.293103;ABP=24.5753;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.588235;PAIREDR=0.609756;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=653;QR=1571;RO=41;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=92.0407;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:343:6:228:-16.3687,0,-26.7117 0/1:43:32,11:32:1228:11:425:-25.66,0,-97.8703 dDocent_Contig_12761 5 . T G 57.6442 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X13I3M1X2M1X;DP=5;DPB=73.25;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=18;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=5.65586;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=113.5;PQA=4324.5;PQR=74;PRO=2;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:5:0,2,3:0:0:2,3:76,114:-5.76123,-0.60206,0,-3.3594,-0.869382,-2.45631 dDocent_Contig_12764 1 . N G 123.911 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=134;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:134:-12.3909,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12766 29 . A T 248.693 . AB=0.180723;ABP=76.5003;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8235;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.808824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=587;QR=2711;RO=68;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=150.67;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:30,4:30:1195:4:155:-4.08763,0,-97.5865 0/1:49:38,11:38:1516:11:432:-24.4788,0,-121.922 dDocent_Contig_12768 12 . T G 130.426 . AB=0.125;ABP=120.27;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=257;DPB=257;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=530.678;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979424;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=562;QR=9634;RO=243;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=530.678;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=243;SRP=530.678;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:84,12:84:3325:12:481:-14.7416,0,-270.403 0/0:161:159,2:159:6309:2:81:0,-40.7801,-559.867 dDocent_Contig_12769 25 . A G 73.1287 . AB=0.0891304;ABP=677.507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=867;DPB=867;DPRA=1.13022;EPP=92.0407;EPPR=1794.48;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.97561;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1634;QR=32865;RO=825;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=1794.48;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=825;SRP=1794.48;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:460:418,41:418:16711:41:1634:-9.01184,0,-1364.37 0/0:407:407,0:407:16154:0:0:0,-122.519,-1452.62 dDocent_Contig_12771 32 . T C 2852.73 . AB=0.164093;ABP=1018.35;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=170;CIGAR=1X;DP=1036;DPB=1036;DPRA=0;EPP=372.161;EPPR=1881.33;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6672;QR=34421;RO=865;RPL=0;RPP=372.161;RPPR=1881.33;RPR=170;RUN=1;SAF=170;SAP=372.161;SAR=0;SRF=865;SRP=1881.33;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:492:416,75:416:16530:75:2926:-115.553,0,-1338.49 0/1:544:449,95:449:17891:95:3746:-173.419,0,-1444.98 dDocent_Contig_12773 22 . A G 636.616 . AB=0.136111;ABP=417.062;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=671.824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1944;QR=12221;RO=308;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=671.824;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=308;SRP=671.824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:143,22:143:5677:22:877:-29.2467,0,-460.764 0/1:193:165,27:165:6544:27:1067:-38.1139,0,-530.491 dDocent_Contig_12774 116 . A C 79.7987 . AB=0.346154;ABP=8.35546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=22;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=428;QR=1451;RO=44;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=98.5551;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:27,4:27:908:4:122:0,-1.82145,-74.5176 0/1:26:17,9:17:543:9:306:-9.97984,0,-41.3466 dDocent_Contig_12775 14 . T C 612.316 . AB=0.176768;ABP=182.694;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=381;DPB=381;DPRA=1.08197;EPP=79.0118;EPPR=754.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1362;QR=13582;RO=346;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=754.34;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=346;SRP=754.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:183:183,0:183:7180:0:0:0,-55.0885,-645.887 0/1:198:163,35:163:6402:35:1362:-63.2316,0,-516.34 dDocent_Contig_12776 168 . G A 249.731 . AB=0.27907;ABP=21.2406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=438;QR=1104;RO=31;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:12,10:12:405:10:366:-26.665,0,-30.1461 0/1:21:19,2:19:699:2:72:-0.515006,0,-56.9204 dDocent_Contig_12777 200 . T C 120.101 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0.878049;EPP=18.2106;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=2671;RO=70;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=155.013;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:41:41,0:41:1561:0:0:0,-12.3422,-140.761 0/1:36:29,7:29:1110:7:272:-14.0101,0,-89.3658 dDocent_Contig_12778 156 . G C 446.024 . AB=0.283582;ABP=30.2671;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.473684;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=753;QR=1951;RO=48;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,6:29:1181:6:224:-9.97807,0,-96.0261 0/1:32:19,13:19:770:13:529:-38.3233,0,-59.9868 dDocent_Contig_12779 69 . C A 526.186 . AB=0.194245;ABP=115.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.866071;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1083;QR=4472;RO=112;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=246.215;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:55,7:55:2217:7:284:-7.27013,0,-181.026 0/1:77:57,20:57:2255:20:799:-49.0474,0,-179.941 dDocent_Contig_12781 98 . N T 113.751 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:123:-11.3748,-1.20412,0 dDocent_Contig_12783 17 . G C 8271.59 . AB=0.517495;ABP=4.45395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=281;CIGAR=1X;DP=543;DPB=543;DPRA=0;EPP=613.194;EPPR=569.765;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11049;QR=10282;RO=261;RPL=0;RPP=613.194;RPPR=569.765;RPR=281;RUN=1;SAF=281;SAP=613.194;SAR=0;SRF=261;SRP=569.765;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:230:89,140:89:3507:140:5531:-428.604,0,-246.653 0/1:313:172,141:172:6775:141:5518:-402.254,0,-515.267 dDocent_Contig_12784 179 . C T 302.62 . AB=0.146853;ABP=157.914;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=543.707;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=993;QR=9700;RO=249;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=543.707;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=543.707;SRR=249;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:122,21:122:4762:21:830:-31.961,0,-385.464 0/0:131:127,4:127:4938:4:163:0,-24.3765,-429.259 dDocent_Contig_12787 11 . C T 3077.77 . AB=0.0539326;ABP=772.097;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=3M1X1M1X1M1X;DP=445;DPB=411.125;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=27.5;MQM=48.25;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.383562;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=942;QR=2809;RO=73;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=161.528;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:192:24,15,35,33,9:24:924:15,35,33,9:580,1314,1291,351:-129.349,-88.9321,-160.283,-30.2834,-58.5078,-95.6133,-30.4241,-58.6488,0,-96.3568,-108.496,-136.72,-78.0713,-78.2125,-181.652 1|0:253:49,1,62,50,15:49:1885:1,62,50,15:39,2336,1979,591:-182.127,-193.671,-348.126,-8.12771,-159.676,-144.218,-33.9943,-185.545,0,-173.699,-148.817,-300.367,-114.822,-140.69,-299.057 dDocent_Contig_12788 8 . G A 191.257 . AB=0.173333;ABP=72.5264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.949153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=495;QR=2257;RO=59;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=131.127;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:22,6:22:840:6:224:-11.687,0,-67.0864 0|1:46:37,7:37:1417:7:271:-11.1376,0,-114.194 dDocent_Contig_12789 107 . N G 14019.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=475;CIGAR=1X;DP=477;DPB=477;DPRA=0;EPP=1034.46;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15574;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1034.46;RPPR=0;RPR=475;RUN=1;SAF=0;SAP=1034.46;SAR=475;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:261:0,260:0:0:260:8523:-767.046,-78.2678,0 1/1:216:0,215:0:0:215:7051:-634.635,-64.7215,0 dDocent_Contig_12790 209 . N G 297.748 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:327:-29.7748,-2.70927,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12791 7 . A C 66.3351 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=1.51852;EPP=16.0391;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=229;QR=2373;RO=62;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=137.642;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1021:0:0:0,-8.12781,-92.1993 0/1:41:35,6:35:1352:6:229:-8.63351,0,-109.623 dDocent_Contig_12792 72 . C A 16677.4 . AB=0.876623;ABP=382.482;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=578;CIGAR=1X;DP=639;DPB=639;DPRA=0;EPP=1258.12;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.762712;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20369;QR=2109;RO=59;RPL=578;RPP=1258.12;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=578;SAP=1258.12;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:331:22,308:22:787:308:10822:-902.744,-28.2813,0 0/1:308:37,270:37:1322:270:9547:-766.691,0,-26.7832 dDocent_Contig_12793 1 . N G 113.73 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12794 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12797 49 . G A 631.684 . AB=0.179245;ABP=192.461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=15.7895;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.873563;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1445;QR=6831;RO=174;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=15.7895;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=174;SRP=380.846;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:71,20:71:2806:20:766:-41.8618,0,-225.26 0/1:121:103,18:103:4025:18:679:-25.0055,0,-325.835 dDocent_Contig_12798 127 . A G 894.787 . AB=0.492537;ABP=3.04271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1252;QR=1296;RO=34;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=76.8404;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:12,15:12:466:15:560:-42.6064,0,-34.1642 0/1:40:22,18:22:830:18:692:-50.5713,0,-62.9759 dDocent_Contig_12799 107 . N A 55.1013 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=58;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50905,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12801 94 . G A 181.014 . AB=0.208333;ABP=38.4777;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0.75;EPP=3.87889;EPPR=27.6203;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.45098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=380;QR=3725;RO=102;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=224.5;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=3.87889;SAR=6;SRF=68;SRP=27.6203;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:64,0:64:2306:0:0:0,-19.2659,-207.77 0/1:48:38,10:38:1419:10:380:-20.1014,0,-113.533 dDocent_Contig_12802 34 . G A 1312.78 . AB=0.360294;ABP=26.0662;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=150.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.83908;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1948;QR=3504;RO=87;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=191.928;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=82;SRP=150.995;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:37,19:37:1490:19:743:-50.3315,0,-117.487 0/1:80:50,30:50:2014:30:1205:-84.6452,0,-157.368 dDocent_Contig_12803 61 . T C 92.83 . AB=0.131148;ABP=75.0961;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=1.96774;EPP=20.3821;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.626506;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=3304;RO=83;RPL=4;RPP=3.0103;RPPR=8.89682;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=34;SRP=8.89682;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1237:0:0:0,-9.33193,-111.601 0/1:61:52,8:52:2067:8:326:-11.283,0,-167.79 dDocent_Contig_12804 83 . G A 2239.5 . AB=0.179724;ABP=776.375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=156;CIGAR=1X;DP=868;DPB=868;DPRA=0;EPP=341.76;EPPR=1546.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5428;QR=24990;RO=711;RPL=156;RPP=341.76;RPPR=1546.93;RPR=0;RUN=1;SAF=156;SAP=341.76;SAR=0;SRF=711;SRP=1546.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:411:319,91:319:11210:91:3196:-164.083,0,-885.028 0/1:457:392,65:392:13780:65:2232:-63.5662,0,-1102.43 dDocent_Contig_12805 24 . A G 679.197 . AB=0.22695;ABP=94.3199;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4375;PAIREDR=0.458716;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1260;QR=4104;RO=109;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=239.701;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:48,14:48:1820:14:564:-32.4387,0,-145.367 0/1:79:61,18:61:2284:18:696:-39.18,0,-181.987 dDocent_Contig_12806 107 . N A 59.8472 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_12807 7 . A G 68.1941 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=176;QR=567;RO=15;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=35.5824;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:308:2:69:-3.54198,0,-25.0721 0/1:10:7,3:7:259:3:107:-6.97021,0,-20.6532 dDocent_Contig_12809 29 . A G 3312.25 . AB=0.111111;ABP=263.104;AC=0;AF=0;AN=4;AO=22;CIGAR=1X1M1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=862;QR=2011;RO=51;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=113.755;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:106:28,4,6,68:28:1108:4,6,68:159,240,2680:-212.02,-207.358,-297.339,-200.679,-278.773,-290.058,0,-78.0912,-71.4121,-70.712 0|0:92:23,18,11,40:23:903:18,11,40:703,421,1578:-122.904,-72.0473,-140.892,-95.2924,-111.775,-166.244,0,-16.4839,-39.73,-62.2243 dDocent_Contig_12810 147 . C G 2276.71 . AB=0.496774;ABP=3.02431;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3084;QR=3104;RO=78;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=172.385;RPR=77;RUN=1;SAF=0;SAP=170.214;SAR=77;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:31,43:31:1239:43:1725:-133.188,0,-89.5068 0/1:81:47,34:47:1865:34:1359:-98.1824,0,-143.672 dDocent_Contig_12811 54 . T G 2464.2 . AB=0.794393;ABP=83.5577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=85;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.564706;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3131;QR=815;RO=22;RPL=85;RPP=187.585;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:14,33:14:507:33:1230:-96.845,0,-31.8164 0/1:60:8,52:8:308:52:1901:-153.274,0,-10.0204 dDocent_Contig_12812 9 . A G 952.063 . AB=0.435294;ABP=6.10145;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1376;QR=1831;RO=48;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=107.241;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:813:11:401:-26.7976,0,-63.861 0/1:53:27,26:27:1018:26:975:-72.1077,0,-75.974 dDocent_Contig_12813 31 . G A 7160.45 . AB=0.737864;ABP=154.866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=309;DPB=309;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9032;QR=3233;RO=81;RPL=0;RPP=498.106;RPPR=178.9;RPR=228;RUN=1;SAF=228;SAP=498.106;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:63,139:63:2525:139:5502:-434.212,0,-166.578 0/1:107:18,89:18:708:89:3530:-285.532,0,-31.8337 dDocent_Contig_12814 106 . N A 127.607 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=2X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12815 113 . T A 116.741 . AB=0.235294;ABP=23.7032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=800;RO=24;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=55.1256;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:7,5,0:7:241:5,0:169,0:-11.9303,0,-18.4142,-14.0375,-19.9193,-33.6163 0|1:22:17,3,2:17:559:3,2:105,67:-3.43468,0,-44.2685,-3.13209,-39.7448,-47.6891 dDocent_Contig_12816 173 . T C 839.311 . AB=0.298246;ABP=43.3159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1348;QR=3222;RO=80;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=176.728;SRR=80;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:34,7:34:1370:7:257:-11.1295,0,-111.215 0/1:73:46,27:46:1852:27:1091:-76.5006,0,-144.91 dDocent_Contig_12817 20 . T A 1744.46 . AB=0.674699;ABP=25.0128;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=6M1X4M;DP=83;DPB=83.1818;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.821429;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2208;QR=511;RO=13;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=31.2394;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:5,0,0,14:5:200:0,0,14:0,0,542:-43.397,-44.9022,-61.3809,-44.9022,-61.3809,-61.3809,0,-16.875,-16.875,-12.6606 0|1:64:8,8,6,42:8:311:8,6,42:298,239,1666:-134.734,-112.759,-135.905,-117.461,-118.633,-141.21,0,-1.17826,-5.87185,-12.9138 dDocent_Contig_12818 20 . G C 1938.42 . AB=0.666667;ABP=25.4488;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2500;QR=1205;RO=31;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=70.3259;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:20,35:20:768:35:1415:-111.044,0,-52.8812 0/1:38:11,27:11:437:27:1085:-86.4968,0,-28.2463 dDocent_Contig_12819 18 . G T 52.3242 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=2X;DP=85;DPB=85;DPRA=0.7;EPP=13.8677;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.632911;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=3105;RO=79;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=174.557;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:30,5:30:1185:5:190:-6.93139,0,-96.393 0|0:50:49,0:49:1920:0:0:0,-14.7505,-172.606 dDocent_Contig_12820 118 . C T 82.9934 . AB=0.148148;ABP=90.1105;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9855;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.855072;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=2174;RO=69;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=152.842;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,6:29:908:6:198:-7.60859,0,-71.4736 0/1:46:40,6:40:1266:6:199:-4.38883,0,-100.376 dDocent_Contig_12821 169 . A T 58.2153 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.56;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=127;QR=1103;RO=35;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:285:4:127:-7.5205,0,-21.7115 0/0:25:25,0:25:818:0:0:0,-7.52575,-73.921 dDocent_Contig_12822 20 . T C 1075.71 . AB=0.322835;ABP=37.6342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=181.172;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1640;QR=3472;RO=86;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=189.757;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=85;SRP=181.172;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:54,38:54:2174:38:1519:-109.258,0,-168.132 0/1:35:32,3:32:1298:3:121:-0.743936,0,-106.543 dDocent_Contig_12823 20 . T A 1473.81 . AB=0.417323;ABP=10.5506;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.754717;PAIREDR=0.648649;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2097;QR=2937;RO=74;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=163.699;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:43,22:43:1716:22:862:-58.3205,0,-135.089 0/1:62:31,31:31:1221:31:1235:-92.7597,0,-91.4883 dDocent_Contig_12824 13 . T G 180.568 . AB=0.174603;ABP=60.9507;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.538462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=444;QR=2095;RO=52;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=115.927;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:1042:7:281:-15.7282,0,-84.1357 0/1:30:26,4:26:1053:4:163:-6.02753,0,-86.0254 dDocent_Contig_12825 117 . A T 462.083 . AB=0.319444;ABP=23.398;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X1M1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=2424;RO=70;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=155.013;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=155.013;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:21,1:21:721:1:34:0,-3.22375,-61.8105 0|1:72:49,23:49:1703:23:773:-48.2083,0,-131.885 dDocent_Contig_12827 26 . G A 946.956 . AB=0.285714;ABP=61.6401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.547619;PAIREDR=0.847619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1578;QR=4140;RO=105;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=231.015;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:57,27:57:2219:27:1002:-65.1865,0,-174.603 0/1:63:48,15:48:1921:15:576:-33.2081,0,-154.12 dDocent_Contig_12828 20 . A T 76.7667 . AB=0.123288;ABP=92.9925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=2534;RO=64;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:33,4:33:1304:4:158:-3.46125,0,-106.487 0/1:36:31,5:31:1230:5:204:-7.90695,0,-100.136 dDocent_Contig_12831 35 . A G 307.363 . AB=0.197531;ABP=67.377;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=9.26925;EPPR=42.7633;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.529412;PAIREDR=0.722772;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=670;QR=3965;RO=101;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=222.329;RPR=17;RUN=1;SAF=12;SAP=9.26925;SAR=5;SRF=72;SRP=42.7633;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,1:36:1415:1:39:0,-7.24155,-123.713 0/1:81:65,16:65:2550:16:631:-32.7363,0,-205.263 dDocent_Contig_12832 49 . C T 155.999 . AB=0.118644;ABP=301.128;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=452.505;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.980676;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=994;QR=7239;RO=207;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=452.505;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=207;SRP=452.505;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:105,14:105:3628:14:487:-8.2571,0,-290.82 0/1:116:102,14:102:3611:14:507:-11.0418,0,-290.257 dDocent_Contig_12833 43 . G C 35427 . 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AB=0.416667;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=840;QR=2275;RO=57;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=126.784;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:28,20:28:1113:20:760:-54.2702,0,-86.0093 0/0:31:29,2:29:1162:2:80:0,-1.74014,-97.2718 dDocent_Contig_12835 71 . A G 77.3929 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=306;QR=1904;RO=55;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:773:6:195:-9.43755,0,-61.455 0/0:36:33,3:33:1131:3:111:0,-0.483265,-91.7235 dDocent_Contig_12836 14 . T A 1129.82 . AB=0.193772;ABP=238.408;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=495;DPB=495;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=949.772;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2356;QR=17263;RO=436;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=949.772;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=436;SRP=949.772;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:289:233,56:233:9208:56:2239:-114.681,0,-741.187 0/0:206:203,3:203:8055:3:117:0,-51.1029,-713.619 dDocent_Contig_12837 8 . G A 621.469 . AB=0.290323;ABP=38.5244;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.814815;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1035;QR=2541;RO=66;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=146.327;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:35,10:35:1345:10:385:-21.4603,0,-107.79 0/1:48:31,17:31:1196:17:650:-44.3855,0,-93.4863 dDocent_Contig_12838 53 . G A 494.356 . AB=0.0882353;ABP=53.0819;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=19M1X3M;DP=60;DPB=61.2174;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=703;RO=18;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=42.0968;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:10,7,2,3,1,0:10:392:7,2,3,1,0:246,76,104,41,0:-17.0139,0,-30.1558,-13.7862,-26.0285,-45.4417,-11.5732,-23.8162,-37.5953,-42.9266,-16.6358,-28.8766,-42.6577,-40.4436,-48.5912,-20.0242,-32.263,-46.0438,-43.8297,-48.8923,-52.2782 0|0:34:8,4,0,13,4,3:8:311:4,0,13,4,3:153,0,472,134,118:-36.1208,-25.9721,-50.3308,-38.529,-51.535,-64.0906,0,-13.0073,-25.5623,-21.6489,-27.6846,-40.6902,-53.2452,-14.7223,-52.0411,-28.8196,-41.8265,-54.3825,-15.8539,-43.5374,-53.4794 dDocent_Contig_12839 105 . N A 72.1301 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=3X4I1M1X1M1X;DP=4;DPB=6.28571;DPRA=3;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,2:0:0:2:73:-6.6096,-0.60206,0 1|1:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_12840 108 . C A 267.477 . AB=0.28;ABP=24.0302;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=587;QR=2875;RO=91;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=200.614;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=200.614;SRR=91;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:55,3:55:1765:3:104:0,-7.75665,-149.426 0/1:50:36,14:36:1110:14:483:-28.7477,0,-85.1308 dDocent_Contig_12841 98 . N T 192.425 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:210:-19.2425,-1.80618,0 dDocent_Contig_12842 131 . A T 308.946 . AB=0.15;ABP=215.815;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1046;QR=6025;RO=170;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=372.161;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=372.161;SRR=170;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:76:64,12:64:2263:12:428:-15.9809,0,-181.052 0/1:124:106,18:106:3762:18:618:-18.6127,0,-301.45 dDocent_Contig_12844 18 . C A 39441.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1145;CIGAR=1X;DP=1188;DPB=1188;DPRA=0;EPP=2489.35;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999127;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45600;QR=1729;RO=43;RPL=0;RPP=2489.35;RPPR=96.3836;RPR=1145;RUN=1;SAF=1145;SAP=2489.35;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:591:15,576:15:601:576:22974:-2011.25,-123.482,0 1/1:597:28,569:28:1128:569:22626:-1932.59,-77.9158,0 dDocent_Contig_12845 50 . G T 986.418 . AB=0.272109;ABP=69.3215;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=3.58537;EPP=89.8692;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1604;QR=5787;RO=148;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=324.388;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:107,40:107:4156:40:1604:-100.341,0,-329.777 0/0:41:41,0:41:1631:0:0:0,-12.3422,-147.023 dDocent_Contig_12846 15 . A G 1151.71 . AB=0.283951;ABP=68.6906;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=2X3M1X2M2X5M2X4M;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=59.4565;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.326087;PAIREDR=0.432836;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1700;QR=2590;RO=67;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=148.499;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:31,13,0,5,20:31:1200:13,0,5,20:497,0,191,717:-49.1197,-17.6646,-112.335,-58.4516,-116.249,-157.031,-42.7787,-100.577,-141.36,-139.855,0,-57.7947,-98.5754,-82.9044,-92.5548 0|1:90:36,12,5,5,26:36:1390:12,5,5,26:433,190,193,983:-69.75,-45.254,-155.804,-65.242,-144.073,-177.9,-64.7344,-143.566,-163.553,-177.392,0,-78.8417,-98.829,-98.3216,-106.347 dDocent_Contig_12847 71 . A G 128.965 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.545455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=416;QR=2974;RO=77;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:34,8:34:1309:8:303:-14.5955,0,-105.04 0/0:46:43,3:43:1665:3:113:0,-3.30808,-139.546 dDocent_Contig_12848 82 . A G 220.299 . AB=0.192771;ABP=71.0585;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.880597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=2261;RO=67;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:988:5:174:-5.76687,0,-78.9949 0/1:49:38,11:38:1273:11:382:-19.962,0,-100.117 dDocent_Contig_12849 40 . C G 609.725 . AB=0.109827;ABP=918.041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=1412;DPB=1412;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=2867.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.652009;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3642;QR=52268;RO=1319;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=2867.18;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=1319;SRP=2867.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:720:704,16:704:27963:16:628:0,-159.89,-2457.35 0/1:692:615,76:615:24305:76:3014:-62.9725,0,-1977.02 dDocent_Contig_12850 74 . G A 10728.8 . AB=0.716141;ABP=221.725;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=386;CIGAR=1X;DP=539;DPB=539;DPRA=0;EPP=841.199;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984456;PAIREDR=0.986928;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13764;QR=5421;RO=153;RPL=386;RPP=841.199;RPPR=335.246;RPR=0;RUN=1;SAF=386;SAP=841.199;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:247:56,191:56:2037:191:6808:-538.407,0,-109.24 0/1:292:97,195:97:3384:195:6956:-538.176,0,-216.853 dDocent_Contig_12851 53 . A C 142.526 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=4.3;EPP=20.3821;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=1743;RO=45;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:35,8:35:1339:8:317:-15.9516,0,-107.819 0/0:10:10,0:10:404:0:0:0,-3.0103,-36.7204 dDocent_Contig_12852 98 . N G 100.647 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_12853 126 . A T 235.1 . AB=0.165049;ABP=103.383;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=1.66129;EPP=39.9253;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=621;QR=5438;RO=148;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=324.388;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=324.388;SRR=148;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:86,17:86:3179:17:621:-25.209,0,-255.294 0/0:62:62,0:62:2259:0:0:0,-18.6639,-203.554 dDocent_Contig_12854 44 . T C 58.8515 . AB=0.111111;ABP=97.59;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=1.10769;EPP=20.3821;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=4834;RO=128;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=280.959;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:64,8:64:2443:8:321:-7.58412,0,-198.392 0/0:65:64,0:64:2391:0:0:0,-19.2659,-214.985 dDocent_Contig_12856 42 . G A 106.36 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=1855;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:23,6:23:826:6:230:-12.3349,0,-65.9086 0|0:31:27,2:27:1029:2:80:0,-1.38307,-85.4518 dDocent_Contig_12857 24 . A G 321.95 . AB=0.317073;ABP=14.9269;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1M3D1M1X;DP=80;DPB=72.5;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.953125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=588;QR=2549;RO=64;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=141.985;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:41:27,13:27:1074:13:508:-33.8939,0,-84.794 0|0:39:37,2:37:1475:2:80:0,-4.14838,-125.408 dDocent_Contig_12859 1 . N G 9916.17 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=314;CIGAR=1X;DP=314;DPB=314;DPRA=0;EPP=667.592;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.0669;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11062;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=684.853;RPPR=0;RPR=314;RUN=1;SAF=2;SAP=667.592;SAR=312;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:118:0,118:0:0:118:4111:-368.528,-35.5215,0 1/1:196:0,196:0:0:196:6951:-622.788,-59.0019,0 dDocent_Contig_12860 50 . G A 49.5856 . AB=0.0958084;ABP=239.987;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=213.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.463576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=646;QR=5944;RO=151;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=213.557;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:59,6:59:2314:6:242:-2.59,0,-188.86 0/1:102:92,10:92:3630:10:404:-6.015,0,-296.023 dDocent_Contig_12861 18 . T C 44077.9 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=83;CIGAR=2X;DP=1490;DPB=1490;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.987952;PAIREDR=0.012987;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3291;QR=2998;RO=77;RPL=0;RPP=183.243;RPPR=170.214;RPR=83;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:795:34,48,711:34:1349:48,711:1897,27858:-2374.43,-2228.58,-2325.17,-102.986,-57.9412,0 0|0:695:43,35,614:43:1649:35,614:1394,24308:-2033.06,-1931.22,-2056,-49.5172,-70.0403,0 dDocent_Contig_12862 102 . N C 43.6566 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X8I3X1I3X;DP=3;DPB=6.85714;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=14;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:37:-1.39792,-0.30103,0 1|1:2:0,2:0:0:2:74:-2.65604,-0.60206,0 dDocent_Contig_12863 78 . G C 65.2943 . AB=0.1875;ABP=30.1537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0.680851;EPP=16.0391;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38;MQMR=59.0137;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.684932;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2434;RO=73;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:32:26,6:26:864:6:204:-8.2284,0,-68.4361 0|0:47:47,0:47:1570:0:0:0,-14.1484,-139.377 dDocent_Contig_12864 98 . N A 819.297 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=28;CIGAR=2X;DP=28;DPB=28.5;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=24.0133;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=907;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:28:0,28:0:0:28:907:-81.9297,-8.42884,0 dDocent_Contig_12865 107 . N T 85.8556 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:92:-8.58501,-0.90309,0 dDocent_Contig_12866 83 . C T 196.679 . AB=0.19;ABP=86.4817;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.45;PAIREDR=0.47619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=4776;RO=147;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=322.217;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:66,1:66:2140:1:32:0,-16.9697,-189.663 0/1:100:81,19:81:2636:19:572:-21.6679,0,-207.385 dDocent_Contig_12867 44 . G A 30.3337 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.77551;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=1955;RO=49;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=109.412;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:791:1:26:0,-3.7218,-68.9 0/1:33:29,4:29:1164:4:162:-5.03297,0,-95.098 dDocent_Contig_12868 9 . A G 1395.8 . AB=0.05;ABP=108.544;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X1M1X6M;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1939;RO=50;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=111.584;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:60:35,3,19,3:35:1351:3,19,3:116,730,119:-49.3798,-50.5657,-160.607,0,-101.592,-105.223,-50.1183,-151.713,-101.145,-160.161 0|0:48:15,2,30,0:15:588:2,30,0:74,1195,0:-93.8993,-92.3826,-140.133,0,-42.3308,-39.3312,-98.4148,-140.735,-48.3621,-146.768 dDocent_Contig_12869 18 . T C 7230.14 . AB=0.360587;ABP=83.5369;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=172;CIGAR=1X1M;DP=477;DPB=477;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6850;QR=5155;RO=129;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=283.13;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:220:75,84,61:75:2984:84,61:3356,2400:-253.832,0,-220.403,-79.0278,-48.3076,-306.351 1|1:257:54,92,111:54:2171:92,111:3661,4450:-472.881,-187.705,-338.917,-122.522,0,-268.016 dDocent_Contig_12870 41 . C A 164.149 . AB=0.151899;ABP=86.1585;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=588;QR=5330;RO=135;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=296.159;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:68,3:68:2681:3:123:0,-9.90834,-229.948 0/1:79:67,12:67:2649:12:465:-18.4149,0,-214.751 dDocent_Contig_12871 78 . C A 73.402 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.625;EPP=20.3821;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.828947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=2755;RO=76;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=168.042;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:32,0:32:1150:0:0:0,-9.63296,-103.801 0|1:52:44,8:44:1605:8:274:-9.3402,0,-129.082 dDocent_Contig_12872 148 . C T 79.7313 . AB=0.106977;ABP=291.473;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=368;DPB=368;DPRA=1.40523;EPP=52.9542;EPPR=752.168;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95942;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=823;QR=13696;RO=345;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=752.168;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=752.168;SRR=345;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:215:192,23:192:7580:23:823:-9.6721,0,-617.077 0/0:153:153,0:153:6116:0:0:0,-46.0576,-550.187 dDocent_Contig_12873 190 . C T 798.939 . AB=0.55102;ABP=4.11819;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.814815;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1085;QR=852;RO=22;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:14,24:14:543:24:962:-75.4394,0,-37.7648 0/1:11:8,3:8:309:3:123:-8.15346,0,-24.8526 dDocent_Contig_12874 20 . T C 262.605 . AB=0.333333;ABP=10.2485;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.857143;EPP=24.725;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.963636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=2223;RO=55;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=122.441;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:20,10:20:807:10:407:-27.9595,0,-63.9153 0/0:35:35,0:35:1416:0:0:0,-10.536,-127.688 dDocent_Contig_12875 98 . N C 2912.83 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3228;QR=0;RO=0;RPL=94;RPP=207.129;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:37:0,37:0:0:37:1303:-117.57,-11.1381,0 1/1:58:0,57:0:0:57:1925:-173.412,-17.1587,0 dDocent_Contig_12876 29 . G T 64.879 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0.403846;EPP=11.6962;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.550725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=2725;RO=69;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=152.842;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,4:17:681:4:157:-8.18687,0,-55.2947 0/0:52:52,0:52:2044:0:0:0,-15.6536,-184.15 dDocent_Contig_12877 41 . G A 1407.24 . AB=0.533333;ABP=3.87889;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.595238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1899;QR=1678;RO=42;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=94.2121;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:843:16:649:-47.6047,0,-65.0449 0/1:53:21,32:21:835:32:1250:-96.8182,0,-59.5107 dDocent_Contig_12879 43 . T G 504.074 . AB=0.486486;ABP=3.06899;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=717;QR=748;RO=19;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=44.2683;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:13,13:13:508:13:524:-39.6802,0,-38.2278 0/1:11:6,5:6:240:5:193:-14.4262,0,-18.6641 dDocent_Contig_12880 119 . A T 378.956 . AB=0.62963;ABP=6.95112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=2X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=44.7368;MQMR=58.6875;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=1065;RO=32;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=72.4974;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:10,17:10:335:17:531:-39.5944,0,-22.3035 0|0:25:22,2:22:730:2:66:0,-1.27222,-59.8083 dDocent_Contig_12882 13 . C T 58.7901 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.42857;EPP=11.6962;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.5122;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1634;RO=41;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=92.0407;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:20,0,0:20:792:0,0:0,0:0,-6.0206,-71.4953,-6.0206,-71.4953,-71.4953 0|0:30:21,4,5:21:842:4,5:158,189:-7.86441,-1.16524,-69.1079,0,-56.1104,-67.6051 dDocent_Contig_12883 16 . G A 38537.8 . AB=0.138675;ABP=1474.93;AC=4;AF=1;AN=4;AO=180;CIGAR=1X2M;DP=1298;DPB=1298;DPRA=0;EPP=393.875;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6852;QR=1227;RO=32;RPL=0;RPP=393.875;RPPR=72.4974;RPR=180;RUN=1;SAF=180;SAP=393.875;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:705:14,605,76:14:531:605,76:23229,2858:-2093.04,-190.597,-52.0119,-1863.13,0,-1883.79 1|1:593:18,469,104:18:696:469,104:18243,3994:-1764.44,-270.679,-186.664,-1442.02,0,-1467.88 dDocent_Contig_12884 7 . A C 66.523 . AB=0.111111;ABP=144.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5521;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979167;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=3666;RO=96;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=211.472;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:37,5:37:1422:5:195:-5.28094,0,-115.613 0/1:66:59,7:59:2244:7:273:-5.07003,0,-181.93 dDocent_Contig_12885 14 . T A 13203 . AB=0.331773;ABP=370.503;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=496;CIGAR=1X;DP=1495;DPB=1495;DPRA=0;EPP=1080.06;EPPR=2172.31;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19725;QR=39509;RO=999;RPL=0;RPP=1080.06;RPPR=2172.31;RPR=496;RUN=1;SAF=496;SAP=1080.06;SAR=0;SRF=999;SRP=2172.31;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:722:464,258:464:18270:258:10277:-706.933,0,-1425.52 0/1:773:535,238:535:21239:238:9448:-617.061,0,-1677.06 dDocent_Contig_12887 15 . C T 90.8518 . AB=0.118421;ABP=99.1265;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.806452;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=356;QR=2404;RO=62;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=137.642;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:35,4,5:35:1362:4,5:161,184:-4.48916,-1.74065,-112.478,0,-98.6409,-110.406 0|1:32:27,5,0:27:1042:5,0:195,0:-8.29037,0,-84.4481,-16.4182,-85.9532,-101.982 dDocent_Contig_12888 102 . T C 204.679 . AB=0.25;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=1.125;EPP=22.5536;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.847458;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=2309;RO=59;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1239:0:0:0,-9.63296,-111.771 0/1:36:27,9:27:1070:9:366:-22.4679,0,-85.7523 dDocent_Contig_12892 53 . T A 4780.39 . AB=0.478149;ABP=4.62355;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=186;CIGAR=1X;DP=389;DPB=389;DPRA=0;EPP=381.267;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=39.8011;MQMR=37.7525;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.919355;PAIREDR=0.564356;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7380;QR=8037;RO=202;RPL=183;RPP=381.267;RPPR=351.306;RPR=3;RUN=1;SAF=186;SAP=406.904;SAR=0;SRF=191;SRP=351.306;SRR=11;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:196:105,90:105:4175:90:3560:-234.878,0,-222.161 0/1:193:97,96:97:3862:96:3820:-246.861,0,-186.425 dDocent_Contig_12893 1 . N G 74.0438 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 dDocent_Contig_12894 32 . T C 180.723 . AB=0.181818;ABP=51.3749;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=1.71875;EPP=24.725;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.597403;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=3088;RO=77;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=170.214;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1295:0:0:0,-9.63296,-116.813 0/1:55:45,10:45:1793:10:403:-20.0723,0,-145.032 dDocent_Contig_12895 59 . G A 158.419 . AB=0.242424;ABP=22.0271;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=319;QR=980;RO=25;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:713:4:160:-8.16077,0,-57.8746 0/1:11:7,4:7:267:4:159:-11.3801,0,-21.0771 dDocent_Contig_12896 98 . N C 150.601 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8571;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:94:-8.69305,-1.20412,0 1/1:3:0,3:0:0:3:65:-6.06561,-0.90309,0 dDocent_Contig_12897 36 . A G 521.728 . AB=0.328125;ABP=19.4321;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52381;PAIREDR=0.511628;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=827;QR=1689;RO=43;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=96.3836;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:819:11:436:-29.9616,0,-64.3897 0/1:32:22,10:22:870:10:391:-25.9102,0,-68.9766 dDocent_Contig_12898 33 . A C 510.33 . AB=0.186207;ABP=127.024;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=237;DPB=237;DPRA=0;EPP=66.2462;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.878788;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1313;QR=8140;RO=204;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=445.991;RPR=33;RUN=1;SAF=32;SAP=66.2462;SAR=1;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:92:86,6:86:3448:6:242:0,-5.53832,-288.204 0/1:145:118,27:118:4692:27:1071:-53.033,0,-378.524 dDocent_Contig_12899 33 . T A 579.167 . AB=0.153191;ABP=248.516;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=854.227;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989796;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1775;QR=15730;RO=392;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=854.227;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=392;SRP=854.227;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:202:193,8:193:7760:8:326:0,-31.2063,-668.262 0/1:235:199,36:199:7970:36:1449:-59.9167,0,-646.089 dDocent_Contig_12900 98 . N C 8399.81 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=283;CIGAR=1X;DP=284;DPB=284;DPRA=0;EPP=617.537;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9327;QR=0;RO=0;RPL=283;RPP=617.537;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=283;SAP=617.537;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:132:0,132:0:0:132:4394:-395.659,-39.736,0 1/1:152:0,151:0:0:151:4933:-444.022,-45.4555,0 dDocent_Contig_12901 7 . A C 757.583 . AB=0.343511;ABP=30.8748;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=36.4667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.533333;PAIREDR=0.790698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1737;QR=3263;RO=86;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=189.757;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:40,23:40:1509:23:892:-46.4084,0,-117.119 0/1:68:46,22:46:1754:22:845:-33.0488,0,-137.646 dDocent_Contig_12902 65 . T A 590.156 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,14:0:0:14:470:-42.6208,-4.21442,0 1/1:5:0,5:0:0:5:175:-16.0937,-1.50515,0 dDocent_Contig_12903 98 . N T 143.88 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:96:-8.95721,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.12892,-0.60206,0 dDocent_Contig_12904 16 . C T 210.572 . AB=0.4;ABP=4.74748;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=1452;RO=37;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=83.3548;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:25,1:25:985:1:40:0,-3.8311,-84.9603 0|1:20:12,8:12:467:8:319:-23.0572,0,-36.3583 dDocent_Contig_12905 13 . G A 1791.77 . AB=0.354167;ABP=38.4777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X2M1X2M1X1M1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.9559;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.352941;PAIREDR=0.278689;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2670;QR=4681;RO=122;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=267.93;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:83:57,25:57:2191:25:986:-63.958,0,-172.327 0|1:109:65,43:65:2490:43:1684:-118.918,0,-191.418 dDocent_Contig_12906 25 . T C 18115.9 . AB=0.871318;ABP=775.452;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=562;CIGAR=1X;DP=645;DPB=645;DPRA=0;EPP=1223.38;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22344;QR=3330;RO=83;RPL=0;RPP=1223.38;RPPR=183.243;RPR=562;RUN=1;SAF=562;SAP=1223.38;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:299:39,260:39:1578:260:10328:-838.844,0,-52.2398 0/1:346:44,302:44:1752:302:12016:-976.444,0,-53.7427 dDocent_Contig_12907 11 . G A 6612.94 . AB=0.459794;ABP=9.82022;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=223;CIGAR=1X;DP=485;DPB=485;DPRA=0;EPP=487.249;EPPR=571.936;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9013;QR=10415;RO=262;RPL=0;RPP=487.249;RPPR=571.936;RPR=223;RUN=1;SAF=223;SAP=487.249;SAR=0;SRF=262;SRP=571.936;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:249:146,103:146:5809:103:4167:-300.021,0,-447.649 0/1:236:116,120:116:4606:120:4846:-364.972,0,-343.407 dDocent_Contig_12909 10 . T A 1542.26 . AB=0.609756;ABP=11.5903;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=2.92857;EPP=111.584;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2008;QR=2393;RO=60;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=133.299;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1136:0:0:0,-8.42884,-102.519 0/1:82:32,50:32:1257:50:2008:-156.226,0,-88.7096 dDocent_Contig_12911 98 . N G 98.9512 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:107:-9.89485,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12912 107 . N C 1501.09 . 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AB=0.202247;ABP=140.081;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1M1D1M1X12M;DP=295;DPB=265.75;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1439;QR=855;RO=22;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=50.7827;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:117:10,0,20,87:10:387:0,20,87:0,733,3235:-289.802,-292.812,-324.601,-232.912,-264.701,-258.681,-28.0934,-59.8874,0,-33.6978 1|0:178:12,36,22,106:12:468:36,22,106:1439,824,4013:-405.398,-290.479,-318.11,-341.527,-261.463,-373.371,-80.0704,0,-51.0587,-86.6279 dDocent_Contig_12917 54 . G C 24189.2 . 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AB=0.05;ABP=73.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1M3D1X1M1X;DP=94;DPB=71.7143;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1608;RO=42;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=94.2121;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:19,2,19:19:733:2,19:82,757:-56.354,-55.3042,-114.889,0,-53.3998,-54.4507 0|0:54:23,0,31:23:875:0,31:0,1249:-96.4184,-103.342,-175.09,0,-72.1372,-62.8053 dDocent_Contig_12920 38 . T C 12404.6 . AB=0.259377;ABP=633.151;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=325;CIGAR=1X1M;DP=1253;DPB=1253;DPRA=0;EPP=708.739;EPPR=973.658;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12877;QR=17683;RO=447;RPL=0;RPP=708.739;RPPR=973.658;RPR=325;RUN=1;SAF=325;SAP=708.739;SAR=0;SRF=447;SRP=973.658;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:563:237,191,41,94:237:9384:191,41,94:7565,1608,3693:-551.276,0,-714.808,-490.396,-640.08,-1250.36,-318.912,-468.596,-958.99,-1062.92 0|1:690:210,197,52,231:210:8299:197,52,231:7739,2070,9184:-692.887,-119.629,-743.213,-585.673,-632.085,-1252.91,0,-46.4131,-512.457,-613.35 dDocent_Contig_12921 164 . C T 1908.9 . AB=0.560345;ABP=6.67934;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.861538;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2544;QR=2019;RO=51;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=144.156;SAR=65;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:22,34:22:871:34:1315:-101.766,0,-61.8435 0/1:60:29,31:29:1148:31:1229:-92.8232,0,-85.5403 dDocent_Contig_12923 116 . T C 153.238 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:399:-36.2316,-3.61236,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_12929 187 . C G 4676.85 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5648;QR=664;RO=17;RPL=144;RPP=315.702;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=315.702;SAR=144;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:266:3:122:-8.36219,0,-21.2871 1/1:151:10,141:10:398:141:5526:-461.021,-9.27669,0 dDocent_Contig_12930 139 . T C 74.9102 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.21429;EPP=16.0391;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=212;QR=1960;RO=56;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=124.613;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:28,6:28:990:6:212:-9.18999,0,-79.1787 0/0:28:28,0:28:970:0:0:0,-8.42884,-87.6081 dDocent_Contig_12931 10 . T G 1255.98 . AB=0.544304;ABP=4.35716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.767442;PAIREDR=0.805556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1694;QR=1381;RO=36;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=81.1833;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:19,13:19:705:13:527:-38.1433,0,-54.1225 0/1:47:17,30:17:676:30:1167:-91.1535,0,-47.0194 dDocent_Contig_12932 12 . G A 8299.92 . AB=0.528409;ABP=6.71167;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=279;CIGAR=1X;DP=528;DPB=528;DPRA=0;EPP=608.851;EPPR=543.707;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8746;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992832;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11046;QR=9906;RO=249;RPL=0;RPP=608.851;RPPR=543.707;RPR=279;RUN=1;SAF=279;SAP=608.851;SAR=0;SRF=249;SRP=543.707;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:334:174,160:174:6949:160:6331:-467.813,0,-524.533 0/1:194:75,119:75:2957:119:4715:-365.878,0,-207.831 dDocent_Contig_12933 43 . T A 19197.6 . AB=0.537176;ABP=17.3798;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=643;CIGAR=1X;DP=1197;DPB=1197;DPRA=0;EPP=1399.27;EPPR=1206.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9922;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998195;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25395;QR=22020;RO=554;RPL=0;RPP=1399.27;RPPR=1206.01;RPR=643;RUN=1;SAF=643;SAP=1399.27;SAR=0;SRF=554;SRP=1206.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:605:275,330:275:10963:330:12993:-986.363,0,-803.809 0/1:592:279,313:279:11057:313:12402:-937.1,0,-816.192 dDocent_Contig_12935 35 . A T 4006.98 . AB=0.658163;ABP=45.5977;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=129;CIGAR=1X2M;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=283.13;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.945736;PAIREDR=0.655172;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5125;QR=2310;RO=58;RPL=0;RPP=283.13;RPPR=128.956;RPR=129;RUN=1;SAF=129;SAP=283.13;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:33,1,40:33:1313:1,40:41,1610:-122.747,-129.297,-237.1,0,-104.711,-96.0538 0|1:122:25,8,89:25:997:8,89:324,3515:-281.65,-262.459,-342.155,0,-55.3804,-55.3067 dDocent_Contig_12936 117 . G A 88.2125 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=1.125;EPP=18.2106;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.819672;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=2223;RO=61;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=135.47;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1168:0:0:0,-9.63296,-105.428 0/1:36:29,7:29:1055:7:237:-10.8213,0,-84.4241 dDocent_Contig_12937 16 . C A 91.2307 . AB=0.0927318;ABP=577.852;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=789;DPB=789;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=1577.33;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=56.2222;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990345;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2484;QR=28744;RO=725;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=1577.33;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=725;SRP=1577.33;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:399:362,37:362:14340:37:1476:-10.822,0,-1169.41 0/0:390:363,26:363:14404:26:1008:0,-26.4902,-1204.26 dDocent_Contig_12939 64 . T A 6902.09 . AB=0.27996;ABP=420.617;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=278;CIGAR=1X;DP=993;DPB=993;DPRA=0;EPP=606.68;EPPR=1555.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5748;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987413;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11035;QR=28305;RO=715;RPL=278;RPP=606.68;RPPR=1555.61;RPR=0;RUN=1;SAF=278;SAP=606.68;SAR=0;SRF=715;SRP=1555.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:414:231,183:231:9105:183:7241:-526.735,0,-689.624 0/1:579:484,95:484:19200:95:3794:-167.173,0,-1544.18 dDocent_Contig_12942 24 . C G 641.029 . AB=0.151261;ABP=128.718;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X1M1X2M;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=709;QR=3240;RO=81;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=178.9;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:47,16,5:47:1873:16,5:609,196:-35.806,0,-149.446,-33.8331,-138.146,-186.582 0|1:50:34,3,13:34:1367:3,13:111,513:-31.9959,-33.1578,-144.913,0,-103.607,-108.769 dDocent_Contig_12943 160 . C G 81.3534 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=8.80089;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=3007;RO=75;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=165.871;RPR=6;RUN=1;SAF=5;SAP=8.80089;SAR=1;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:66,2:66:2640:2:82:0,-12.6904,-229.935 0/1:13:9,4:9:367:4:152:-10.1353,0,-29.4819 dDocent_Contig_12945 98 . N G 518.902 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.3887;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=573;QR=0;RO=0;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:17:0,17:0:0:17:573:-51.8902,-5.11751,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12946 89 . G T 38.7784 . AB=0.130435;ABP=57.5803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0.92;EPP=16.0391;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.622222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=212;QR=3168;RO=90;RPL=4;RPP=4.45795;RPPR=10.8276;RPR=2;RUN=1;SAF=4;SAP=4.45795;SAR=2;SRF=54;SRP=10.8276;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:40,6:40:1401:6:212:-5.57675,0,-112.533 0/0:50:50,0:50:1767:0:0:0,-15.0515,-159.308 dDocent_Contig_12947 1 . N T 47.2808 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-4.72699,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12948 18 . G A 7590.22 . AB=0.77951;ABP=307.698;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=350;CIGAR=1X;DP=449;DPB=449;DPRA=0;EPP=745.753;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=32.6771;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.322857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13713;QR=3822;RO=96;RPL=0;RPP=763.026;RPPR=211.472;RPR=350;RUN=1;SAF=348;SAP=745.753;SAR=2;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:220:62,155:62:2473:155:6078:-339.329,0,-156.99 0/1:229:34,195:34:1349:195:7635:-423.392,0,-52.7363 dDocent_Contig_12949 10 . T C 10039.5 . AB=0.855856;ABP=125.102;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=349;CIGAR=1X;DP=396;DPB=396;DPRA=0;EPP=760.854;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=52.3496;MQMR=40.1628;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.845272;PAIREDR=0.465116;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14054;QR=1703;RO=43;RPL=0;RPP=760.854;RPPR=96.3836;RPR=349;RUN=1;SAF=349;SAP=760.854;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:16,95:16:612:95:3786:-290.662,0,-4.22855 1/1:285:27,254:27:1091:254:10268:-714.983,-4.28349,0 dDocent_Contig_12950 37 . T G 14726.2 . AB=0.708459;ABP=252.881;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=469;CIGAR=1X;DP=662;DPB=662;DPRA=0;EPP=1021.43;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18630;QR=7579;RO=193;RPL=0;RPP=1021.43;RPPR=422.104;RPR=469;RUN=1;SAF=469;SAP=1021.43;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:338:99,239:99:3878:239:9525:-754.918,0,-247.272 0/1:324:94,230:94:3701:230:9105:-721.403,0,-235.574 dDocent_Contig_12951 63 . A G 33.9243 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.83871;EPP=11.6962;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.90566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=2087;RO=53;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1231:0:0:0,-9.33193,-111.064 0/1:26:22,4:22:856:4:143:-5.39225,0,-69.5213 dDocent_Contig_12952 109 . A G 527.013 . AB=0.26506;ABP=42.8032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=0.786885;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=886;QR=2210;RO=61;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:31,3:31:1071:3:118:-0.766562,0,-86.4497 0/1:49:30,19:30:1139:19:768:-54.6888,0,-88.0606 dDocent_Contig_12953 15 . C T 24301.9 . AB=0.53307;ABP=12.6329;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=540;CIGAR=1M1I3M2X;DP=1013;DPB=1160.83;DPRA=0;EPP=1175.61;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=59.9296;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21374;QR=4915;RO=125;RPL=0;RPP=1175.61;RPPR=274.444;RPR=540;RUN=1;SAF=540;SAP=1175.61;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:369:38,216,113:38:1510:216,113:8543,4490:-936.91,-245.317,-304.607,-578.718,0,-669.015 1|0:644:87,324,230:87:3405:324,230:12831,9082:-1496.98,-467.298,-649.71,-775.93,0,-986.639 dDocent_Contig_12954 55 . G A 31881.7 . AB=0.778523;ABP=404.602;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=991;CIGAR=1X;DP=1162;DPB=1162;DPRA=0;EPP=2154.94;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998991;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38974;QR=6688;RO=170;RPL=991;RPP=2154.94;RPPR=372.161;RPR=0;RUN=1;SAF=991;SAP=2154.94;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:566:38,527:38:1501:527:20744:-1729.97,-34.8437,0 0/1:596:132,464:132:5187:464:18230:-1459.9,0,-287.294 dDocent_Contig_12955 15 . T A 1695.21 . AB=0.25625;ABP=85.5805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X3M;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=55.1951;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.536585;PAIREDR=0.762712;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1596;QR=2348;RO=59;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=131.127;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:23,22,16:23:917:22,16:870,632:-63.1949,0,-68.8979,-18.4002,-23.8067,-89.1065 0|1:99:36,38,25:36:1431:38,25:1512,964:-110.026,0,-106.378,-42.3833,-39.3419,-152.671 dDocent_Contig_12956 12 . C T 137.212 . AB=0.13253;ABP=100.36;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=808;QR=7695;RO=191;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=417.762;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:72,11:72:2904:11:445:-15.4202,0,-236.464 0/0:129:119,9:119:4791:9:363:0,-5.62726,-398.069 dDocent_Contig_12957 9 . T C 3915.14 . AB=0.185059;ABP=1017.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=218;CIGAR=1X;DP=1178;DPB=1178;DPRA=0;EPP=476.391;EPPR=2083.28;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.4771;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0550459;PAIREDR=0.115866;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8381;QR=36476;RO=958;RPL=0;RPP=476.391;RPPR=2083.28;RPR=218;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=958;SRP=2083.28;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:384:316,67:316:12029:67:2567:-111.098,0,-966.448 0/1:794:642,151:642:24447:151:5814:-284.115,0,-1959.77 dDocent_Contig_12958 33 . C T 1175.16 . AB=0.22;ABP=173.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1M1X6M;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=335.461;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.78882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2071;QR=6301;RO=161;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=352.617;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=159;SRP=335.461;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:99:66,0,18,8:66:2566:0,18,8:0,667,327:-34.6903,-54.5583,-265.415,0,-210.855,-205.437,-27.5637,-238.429,-183.869,-236.021 0|1:151:95,8,37,0:95:3735:8,37,0:300,1404,0:-86.525,-92.2686,-397.078,0,-284.37,-296.087,-115.123,-399.486,-307.225,-422.343 dDocent_Contig_12961 34 . G A 43810.2 . AB=0.798426;ABP=1280.91;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1319;CIGAR=1X4M;DP=1652;DPB=1652;DPRA=0;EPP=2867.18;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52267;QR=5737;RO=145;RPL=0;RPP=2867.18;RPPR=317.874;RPR=1319;RUN=1;SAF=1319;SAP=2867.18;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:815:89,87,637:89:3528:87,637:3405,25194:-2046.36,-1793.21,-2057.41,0,-10.452,-98.6465 1|1:837:56,96,682:56:2209:96,682:3752,27073:-2338.35,-2046.77,-2199.62,-126.693,0,-103.142 dDocent_Contig_12962 10 . T A 9575.97 . AB=0.271022;ABP=658.347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=390;CIGAR=1X;DP=1439;DPB=1439;DPRA=0;EPP=849.885;EPPR=2280.88;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15503;QR=42041;RO=1049;RPL=0;RPP=849.885;RPPR=2280.88;RPR=390;RUN=1;SAF=390;SAP=849.885;SAR=0;SRF=1049;SRP=2280.88;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:693:504,189:504:20198:189:7569:-472.199,0,-1607.45 0/1:746:545,201:545:21843:201:7934:-489.096,0,-1739.37 dDocent_Contig_12963 144 . T C 5685.47 . AB=0.710744;ABP=96.3657;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=172;CIGAR=1X2M;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.994186;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6409;QR=1629;RO=43;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=96.3836;RPR=172;RUN=1;SAF=0;SAP=376.504;SAR=172;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:126:36,0,89:36:1378:0,89:0,3354:-263.973,-274.81,-387.884,0,-113.056,-86.2648 1|1:116:7,26,83:7:251:26,83:989,3055:-308.274,-229.285,-241.924,-60.6486,0,-56.1247 dDocent_Contig_12964 114 . G A 660.437 . AB=0.336957;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=378;DPB=378;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=747.825;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=11627;RO=343;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=747.825;RPR=34;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=747.825;SRR=343;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:61,31:61:2084:31:1057:-67.7427,0,-160.14 0/0:286:282,3:282:9543:3:104:0,-76.4395,-849.202 dDocent_Contig_12967 31 . C T 127.625 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=8M1X1M;DP=314;DPB=308.8;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=589.308;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959259;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=10653;RO=270;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=589.308;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=270;SRP=589.308;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:145:124,17,0:124:4889:17,0:633,0:-14.4614,0,-397.124,-51.7891,-402.241,-454.044 0|0:169:146,9,12:146:5764:9,12:340,483:0,-16.097,-487.663,-4.13307,-450.565,-474.814 dDocent_Contig_12968 26 . A C 1592.03 . AB=0.0609756;ABP=140.29;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X2M;DP=165;DPB=215.167;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2436;RO=62;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=137.642;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:83:7,13,0,43,17:7:272:13,0,43,17:503,0,1407,661:-143.455,-104.243,-122.684,-145.562,-126.597,-167.915,-31.9653,-13.003,-54.316,-41.3717,-91.2387,-72.2716,-113.594,0,-108.476 0|0:82:55,11,5,0,11:55:2164:11,5,0,11:427,200,0,437:-19.4208,-0.902629,-175.592,-19.5007,-162.428,-196,-35.9774,-178.903,-197.506,-213.981,0,-142.928,-161.53,-178.006,-174.694 dDocent_Contig_12969 23 . A G 53.8281 . AB=0.12069;ABP=75.4926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=1.45;EPP=18.2106;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=3634;RO=91;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=200.614;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1606:0:0:0,-12.0412,-144.771 0/1:58:51,7:51:2028:7:272:-7.38281,0,-165.254 dDocent_Contig_12970 172 . G A 33.4217 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=19;DPB=19;DPRA=1.71429;EPP=9.52472;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=96;QR=633;RO=16;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:7:7,0:7:270:0:0:0,-2.10721,-24.661 0|1:12:9,3:9:363:3:96:-5.34196,0,-29.4219 dDocent_Contig_12973 8 . C T 290.782 . AB=0.123967;ABP=300.233;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=463.362;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0.839623;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1166;QR=8151;RO=212;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=463.362;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=212;SRP=463.362;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:113,15:113:4361:15:583:-14.2814,0,-354.017 0/1:114:99,15:99:3790:15:583:-18.4958,0,-306.886 dDocent_Contig_12974 151 . C T 175.479 . AB=0.195652;ABP=40.0197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.7037;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.765625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=367;QR=2507;RO=64;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1072:0:0:0,-8.12781,-96.7647 0/1:46:37,9:37:1435:9:367:-19.5479,0,-115.544 dDocent_Contig_12975 107 . N A 197.111 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:173:-15.9102,-1.50515,0 dDocent_Contig_12976 23 . G A 558.576 . AB=0.166667;ABP=205.681;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1348;QR=6801;RO=175;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=383.018;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:74,7:74:2900:7:277:-0.916183,0,-236.722 0/1:129:101,28:101:3901:28:1071:-57.8401,0,-312.267 dDocent_Contig_12977 14 . G A 940.624 . AB=0.276119;ABP=61.3484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=2M1X;DP=134;DPB=126.333;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.810811;PAIREDR=0.77027;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1459;QR=2924;RO=74;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=163.699;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:27,10,14:27:1060:10,14:394,549:-37.0123,-12.7281,-96.8934,0,-54.7626,-82.9598 0|1:83:47,13,23:47:1864:13,23:493,910:-60.7491,-34.4861,-184.007,0,-113.034,-146.523 dDocent_Contig_12980 9 . T C 16119.7 . AB=0.691293;ABP=243.935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=524;CIGAR=1X3M;DP=758;DPB=759;DPRA=0;EPP=1140.86;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.979008;PAIREDR=1;PAO=1.33333;PQA=0;PQR=0;PRO=1.33333;QA=20008;QR=3302;RO=86;RPL=0;RPP=1140.86;RPPR=189.757;RPR=524;RUN=1;SAF=524;SAP=1140.86;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:414:52,21,33,280:52:1980:21,33,280:793,1160,10689:-861.305,-811.978,-968.056,-782.597,-880.016,-935.063,0,-97.4233,-68.0482,-78.1171 0|1:344:34,11,29,244:34:1322:11,29,244:422,1020,9319:-754.366,-729.971,-835.298,-681.614,-755.623,-781.523,0,-74.0136,-25.6647,-35.1935 dDocent_Contig_12981 97 . T C 32940 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1160;CIGAR=1X;DP=1214;DPB=1214;DPRA=0;EPP=2521.92;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38425;QR=1817;RO=54;RPL=1160;RPP=2521.92;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=1160;SAP=2521.92;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:741:43,698:43:1437:698:23141:-1952.76,-93.4421,0 1/1:473:11,462:11:380:462:15284:-1340.94,-107.854,0 dDocent_Contig_12982 8 . C G 741.685 . AB=0.101266;ABP=112.106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X5M;DP=79;DPB=97.6667;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=311;QR=1224;RO=32;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=72.4974;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:12,0,6,4:12:455:0,6,4:0,235,156:-15.7128,-19.3251,-56.6222,0,-37.2954,-35.4892,-6.50228,-43.7975,-24.4692,-42.5934 0|1:57:20,11,22,4:20:769:11,22,4:425,834,155:-62.1547,-33.2677,-93.0866,0,-28.2209,-56.5041,-55.4404,-83.6632,-50.3924,-117.366 dDocent_Contig_12983 107 . N G 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12984 29 . A T 92.5574 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0.529412;EPP=16.0391;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.642857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=3917;RO=98;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=215.815;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:30,6:30:1185:6:238:-10.9547,0,-96.0928 0/0:68:68,0:68:2732:0:0:0,-20.47,-245.994 dDocent_Contig_12985 98 . N T 187.853 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=2X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:205:-18.7853,-1.80618,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_12986 38 . C A 37.3636 . AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.913043;EPP=13.8677;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=3290;RO=83;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=183.243;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1813:0:0:0,-13.8474,-163.389 0/1:42:37,5:37:1477:5:200:-5.73628,0,-120.532 dDocent_Contig_12987 8 . C T 51.0517 . AB=0.0956522;ABP=329.638;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X1M1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=430.834;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.5025;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985075;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=7691;RO=201;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=439.476;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=200;SRP=430.834;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:121:110,11:110:4234:11:415:-1.27522,0,-344.394 0|1:109:91,11:91:3457:11:420:-7.06605,0,-277.718 dDocent_Contig_12988 25 . T C 152.151 . AB=0.123077;ABP=163.432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.389381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=4158;RO=113;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=248.387;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:30,5:30:1118:5:203:-8.11701,0,-90.3848 0/1:95:83,11:83:3040:11:435:-10.797,0,-245.064 dDocent_Contig_12989 192 . G A 107.115 . AB=0.147541;ABP=68.8308;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.840336;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=4664;RO=119;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=261.416;SRR=119;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:52,9:52:2034:9:338:-12.4105,0,-164.902 0/0:71:67,4:67:2630:4:150:0,-7.50744,-222.969 dDocent_Contig_12990 195 . G A 188.734 . AB=0.222222;ABP=33.1696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=1339;RO=35;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:846:4:155:-6.49758,0,-68.6099 0/1:19:13,6:13:493:6:238:-16.0747,0,-38.9823 dDocent_Contig_12991 129 . G T 147.061 . AB=0.133333;ABP=213.209;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=434;DPB=434;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=878.114;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=37.1333;MQMR=10.4864;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=970;QR=13274;RO=403;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=878.114;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=878.114;SRR=403;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:180:156,24:156:5193:24:813:-16.405,0,-65.3749 0/0:254:247,6:247:8081:6:157:0,-65.2354,-201.506 dDocent_Contig_12992 194 . G C 170.001 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=1.33333;EPP=16.0391;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57;MQMR=55.2;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=608;RO=15;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:6,6:6:245:6:244:-18.6991,0,-16.7875 0/0:9:9,0:9:363:0:0:0,-2.70927,-33.0073 dDocent_Contig_12993 67 . A C 191.605 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=2.23077;EPP=20.3821;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=328;QR=1326;RO=34;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:519:0:0:0,-3.91339,-47.0577 0/1:29:21,8:21:807:8:328:-21.1605,0,-64.2069 dDocent_Contig_12994 106 . A G 290.679 . AB=0.351351;ABP=10.1116;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=925;RO=24;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:382:6:234:-16.6143,0,-29.9178 0/1:21:14,7:14:543:7:246:-16.1526,0,-42.8941 dDocent_Contig_12995 42 . T G 998.913 . AB=0.125;ABP=51.8684;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1M5I6M1X3M;DP=86;DPB=92.4545;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=50;QR=1401;RO=41;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=92.0407;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:18,5,15:18:615:5,15:50,580:-42.363,-44.8514,-93.2357,0,-47.084,-45.5145 0|0:46:23,0,22:23:786:0,22:0,828:-61.2273,-68.1509,-131.932,0,-64.0703,-57.4477 dDocent_Contig_12996 86 . T C 166.76 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 1/1:6:0,6:0:0:6:208:-19.0596,-1.80618,0 dDocent_Contig_13000 32 . T A 69.3093 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M29I2M;DP=65;DPB=116.833;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=55.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=2140;RO=54;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=120.27;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:12,1:12:468:1:39:0,-0.0168255,-38.5702 0|1:52:42,8:42:1672:8:270:-8.92885,0,-135.28 dDocent_Contig_13001 32 . G A 979.874 . AB=0.219895;ABP=133.174;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X1M1X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=580.622;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.981132;PAIREDR=0.93985;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2098;QR=10338;RO=266;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=580.622;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=266;SRP=580.622;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:191:123,42,17:123:4809:42,17:1661,569:-99.6864,0,-382.735,-90.6627,-349.319,-480.892 0|0:170:143,11,3:143:5529:11,3:437,114:0,-7.06957,-457.824,-33.6998,-451.786,-486.86 dDocent_Contig_13002 35 . A G 131.099 . AB=0.0952381;ABP=600.682;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=743;DPB=743;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=1507.84;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.959184;PAIREDR=0.959596;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1917;QR=25809;RO=693;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=1507.84;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=693;SRP=1507.84;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:323:313,9:313:11596:9:347:0,-65.4925,-1011.62 0/1:420:380,40:380:14213:40:1570:-15.1099,0,-1152.08 dDocent_Contig_13004 130 . A G 32.5885 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=1.45455;EPP=9.52472;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=856;RO=24;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=55.1256;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:380:0:0:0,-3.31133,-34.5279 0/1:16:13,3:13:476:3:108:-5.2586,0,-38.3656 dDocent_Contig_13005 102 . A C 106.013 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=1341;RO=33;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=74.6689;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:488:4:161:-10.059,0,-39.455 0/1:24:21,3:21:853:3:123:-4.24007,0,-69.8563 dDocent_Contig_13006 26 . C A 4211.91 . AB=0.489437;ABP=3.28556;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=139;CIGAR=1M3D3M1X3M;DP=284;DPB=230.273;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.930233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5479;QR=3381;RO=86;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=189.757;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:92:36,30,25:36:1417:30,25:1183,935:-86.4981,0,-107.547,-20.7983,-40.0402,-129.839 0|1:192:50,109,30:50:1964:109,30:4296,1127:-338.392,0,-128.741,-261.139,-69.2493,-413.645 dDocent_Contig_13007 9 . T A 85.9356 . AB=0.121951;ABP=104.805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0.828283;EPP=24.725;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976608;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=6551;RO=171;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=374.332;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:99:99,0:99:3772:0:0:0,-29.802,-339.594 0/1:82:72,10:72:2779:10:388:-10.5936,0,-225.603 dDocent_Contig_13009 9 . T A 2145.04 . AB=0.553191;ABP=6.47542;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.2692;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.487179;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2977;QR=2395;RO=63;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=139.813;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:40,33:40:1519:33:1263:-89.0887,0,-115.005 0/1:68:23,45:23:876:45:1714:-129.114,0,-58.6849 dDocent_Contig_13010 9 . T C 4749.23 . AB=0.78866;ABP=143.417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=2X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=53;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993464;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5965;QR=1551;RO=40;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=89.8692;RPR=153;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:108:12,95:12:474:95:3745:-304.502,0,-10.401 0|1:86:28,58:28:1077:58:2220:-174.12,0,-68.3387 dDocent_Contig_13011 8 . C T 1420.72 . AB=0.182482;ABP=362.92;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=75;CIGAR=2M1X;DP=734;DPB=723;DPRA=1.27245;EPP=165.871;EPPR=1358.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2864;QR=23917;RO=624;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=1358.01;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=624;SRP=1358.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:323:322,0,0:322:12344:0,0:0,0:0,-96.9317,-1110.07,-96.9317,-1110.07,-1110.07 0|1:411:302,33,75:302:11573:33,75:1261,2864:-144.072,-131.515,-1071.42,0,-846.369,-927.259 dDocent_Contig_13012 48 . G A 624.867 . AB=0.240602;ABP=80.7425;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=21.0916;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.46875;PAIREDR=0.60396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1173;QR=3741;RO=101;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=222.329;RPR=32;RUN=1;SAF=20;SAP=7.35324;SAR=12;SRF=65;SRP=21.0916;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:37,10:37:1392:10:368:-19.3154,0,-111.405 0/1:86:64,22:64:2349:22:805:-46.8703,0,-185.7 dDocent_Contig_13013 50 . A T 219.991 . AB=0.0727273;ABP=177.439;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M1D2M1X1M1X;DP=110;DPB=107.25;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.569767;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=294;QR=3138;RO=86;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=189.757;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:32,7,4:32:1170:7,4:258,143:-11.4946,0,-93.5408,-9.46206,-83.9885,-103.885 0|0:65:54,1,10:54:1968:1,10:36,372:-14.2034,-27.5227,-187.972,0,-157.824,-157.751 dDocent_Contig_13015 55 . C A 20299.2 . AB=0.03996;ABP=1843.1;AC=0;AF=0;AN=4;AO=40;CIGAR=1M1I8M1X2M;DP=1001;DPB=1136.75;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=21;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1284;QR=3146;RO=83;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:512:27,35,48,323,22:27:1019:35,48,323,22:1141,1755,12068,841:-1039.74,-955.753,-1028.73,-904.507,-895.906,-973.574,-59.8506,-51.2548,0,-46.1404,-978.869,-970.268,-919.022,-74.3671,-1055.76 0|0:489:56,5,192,188,34:56:2127:5,192,188,34:143,7322,7130,1292:-993.874,-999.372,-1172.29,-410.143,-573.204,-526.765,-426.176,-589.237,0,-544.002,-904.789,-1067.85,-478.619,-494.652,-1068.97 dDocent_Contig_13016 12 . G A 3730.81 . AB=0.715152;ABP=69.3521;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=118;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=259.244;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.881356;PAIREDR=0.617021;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4735;QR=1895;RO=47;RPL=0;RPP=259.244;RPPR=105.07;RPR=118;RUN=1;SAF=118;SAP=259.244;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:32,37:32:1290:37:1478:-112.493,0,-95.5938 0/1:96:15,81:15:605:81:3257:-264.287,0,-25.8867 dDocent_Contig_13017 13 . T A 529.403 . AB=0.165;ABP=197.965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.212121;PAIREDR=0.520958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1291;QR=6720;RO=167;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=365.646;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:79,12:79:3189:12:481:-16.2467,0,-259.673 0/1:109:88,21:88:3531:21:810:-40.3925,0,-285 dDocent_Contig_13018 58 . G A 1935.8 . AB=0.333333;ABP=55.1256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=216;DPB=216;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2909;QR=5444;RO=144;RPL=72;RPP=159.356;RPPR=315.702;RPR=0;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:70,19:70:2626:19:765:-42.3803,0,-209.707 0/1:127:74,53:74:2818:53:2144:-154.899,0,-215.522 dDocent_Contig_13019 107 . N T 73.7328 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:79:-7.37274,-0.90309,0 dDocent_Contig_13022 98 . N T 60.7946 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07837,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13023 55 . A G 260.818 . AB=0.232143;ABP=37.909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=1628;RO=43;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,9:26:961:9:350:-21.3189,0,-76.2419 0/1:21:17,4:17:667:4:160:-8.4618,0,-54.0368 dDocent_Contig_13025 19 . G A 52466.9 . AB=0.167042;ABP=1715.1;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=297;CIGAR=1X2M2X;DP=1778;DPB=1778;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11696;QR=2887;RO=73;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=161.528;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:828:63,167,597:63:2501:167,597:6573,23593:-2257.17,-1735.44,-1891.06,-334.801,0,-360.974 1|0:950:10,130,803:10:386:130,803:5123,31681:-2993.22,-2574.77,-2567.33,-389.778,0,-179.745 dDocent_Contig_13027 98 . N G 132.249 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42377,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_13028 50 . G T 125.512 . AB=0.145161;ABP=70.8163;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0.939394;EPP=22.5536;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=4705;RO=119;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:66,0:66:2595:0:0:0,-19.868,-233.692 0/1:62:53,9:53:2110:9:365:-14.5512,0,-171.425 dDocent_Contig_13030 183 . T C 125.158 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.12121;EPP=18.2106;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.66129;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=2490;RO=62;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1331:0:0:0,-9.93399,-120.05 0/1:37:29,7:29:1159:7:282:-14.5158,0,-93.3543 dDocent_Contig_13031 8 . C T 35.5342 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=226;QR=2224;RO=58;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=128.956;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:35,2:35:1345:2:78:0,-3.73464,-113.931 0/1:27:23,4:23:879:4:148:-5.5533,0,-71.3011 dDocent_Contig_13034 34 . G A 4033.03 . AB=0.718232;ABP=77.8841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7615;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.723077;PAIREDR=0.647059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5134;QR=2057;RO=51;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=113.755;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:16,45:16:648:45:1798:-142.82,0,-40.2907 0/1:120:35,85:35:1409:85:3336:-264.183,0,-90.9378 dDocent_Contig_13035 28 . G A 82.081 . AB=0.11828;ABP=120.713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=3207;RO=82;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=181.071;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:51,6:51:1993:6:231:-3.99794,0,-162.41 0/1:36:31,5:31:1214:5:204:-7.90695,0,-98.6876 dDocent_Contig_13037 16 . T G 14844.6 . AB=0.839122;ABP=549.415;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=459;CIGAR=1X;DP=547;DPB=547;DPRA=0;EPP=999.716;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18377;QR=3499;RO=88;RPL=0;RPP=999.716;RPPR=194.1;RPR=459;RUN=1;SAF=459;SAP=999.716;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:186:23,163:23:911:163:6508:-529.465,0,-26.3007 0/1:361:65,296:65:2588:296:11869:-958.697,0,-124.378 dDocent_Contig_13038 16 . C A 1136.87 . AB=0.251309;ABP=105.615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=379;DPB=379;DPRA=1.01596;EPP=107.241;EPPR=721.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1922;QR=13212;RO=331;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=721.768;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=331;SRP=721.768;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:188:188,0:188:7450:0:0:0,-56.5936,-670.114 0/1:191:143,48:143:5762:48:1922:-115.687,0,-460.863 dDocent_Contig_13040 191 . G T 679.053 . AB=0.203593;ABP=130.451;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.911765;PAIREDR=0.901515;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1348;QR=5254;RO=132;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=289.645;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=76.8404;SAR=34;SRF=0;SRP=289.645;SRR=132;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:77,18:77:3059:18:708:-35.0448,0,-246.383 0/1:71:55,16:55:2195:16:640:-36.5595,0,-176.351 dDocent_Contig_13041 107 . N G 116.519 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=126;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:126:-11.6516,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13042 20 . T A 23812.3 . AB=0.786241;ABP=292.659;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=709;CIGAR=1X4M;DP=823;DPB=823;DPRA=0;EPP=1542.58;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=59.8449;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.985896;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28152;QR=2415;RO=61;RPL=0;RPP=1542.58;RPPR=135.47;RPR=709;RUN=1;SAF=709;SAP=1542.58;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:416:10,5,389:10:398:5,389:195,15454:-1353.07,-1340.05,-1371.32,-84.3287,-101.075,0 0|1:407:51,21,320:51:2017:21,320:795,12698:-1029.86,-980.058,-1139.72,0,-100.837,-69.6611 dDocent_Contig_13044 10 . C A 18244.1 . AB=0.891892;ABP=348.509;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=536;CIGAR=1X;DP=572;DPB=572;DPRA=0;EPP=1166.92;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21495;QR=1445;RO=36;RPL=0;RPP=1166.92;RPPR=81.1833;RPR=536;RUN=1;SAF=536;SAP=1166.92;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:259:28,231:28:1127:231:9299:-758.351,0,-23.7442 1/1:313:8,305:8:318:305:12196:-1067.76,-65.2358,0 dDocent_Contig_13045 10 . C T 77.2407 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=2831;RO=71;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=157.185;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:36,2:36:1426:2:82:0,-3.65946,-120.806 0/1:41:35,6:35:1405:6:241:-9.72407,0,-114.359 dDocent_Contig_13046 13 . G A 77.6703 . AB=0.0882353;ABP=53.0819;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=5M1X;DP=68;DPB=62;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=2170;RO=56;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=124.613;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:30,4,0:30:1154:4,0:155,0:-4.09042,0,-93.9185,-13.1213,-95.1227,-107.857 0|0:34:26,5,3:26:1016:5,3:186,123:-7.37382,0,-82.0042,-5.03422,-73.3551,-87.6732 dDocent_Contig_13048 32 . C A 233.459 . AB=0.134228;ABP=176.16;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.968992;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=791;QR=5138;RO=129;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=283.13;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:20,8:20:805:8:313:-20.0985,0,-64.3365 0/1:121:109,12:109:4333:12:478:-6.94637,0,-353.502 dDocent_Contig_13049 20 . C T 78.054 . AB=0.153846;ABP=43.6001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=354;QR=3060;RO=77;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=170.214;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:33,6:33:1314:6:232:-9.50437,0,-106.774 0/0:47:44,3:44:1746:3:122:0,-2.77592,-145.982 dDocent_Contig_13050 22 . T G 1059.88 . AB=0.350877;ABP=25.0298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.775;PAIREDR=0.837838;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1593;QR=2985;RO=74;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=163.699;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:47,10:47:1899:10:399:-19.108,0,-153.948 0/1:57:27,30:27:1086:30:1194:-90.5785,0,-80.8665 dDocent_Contig_13052 45 . C G 323.878 . AB=0.28;ABP=24.0302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=1451;RO=36;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=81.1833;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:434:5:197:-13.2875,0,-34.5931 0/1:34:25,9:25:1017:9:363:-22.7993,0,-81.5865 dDocent_Contig_13053 21 . C G 51.9211 . AB=0.108108;ABP=101.724;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=3.36364;EPP=20.3821;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=3519;RO=88;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=194.1;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:66,8:66:2628:8:320:-6.89108,0,-214.359 0/0:22:22,0:22:891:0:0:0,-6.62266,-80.4938 dDocent_Contig_13054 49 . C A 3069.18 . AB=0.195214;ABP=643.666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=155;CIGAR=1X;DP=794;DPB=794;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=1381.91;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6105;QR=25503;RO=639;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=1381.91;RPR=155;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=639;SRP=1390.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:339:249,90:249:9903:90:3538:-216.407,0,-788.574 0/1:455:390,65:390:15600:65:2567:-94.21,0,-1265.79 dDocent_Contig_13055 9 . T C 171.574 . AB=0.125874;ABP=176.865;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=702;QR=4804;RO=125;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=274.444;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:60,8:60:2309:8:312:-7.97488,0,-187.554 0/1:75:65,10:65:2495:10:390:-12.8815,0,-202.174 dDocent_Contig_13056 9 . T A 1497.42 . AB=0.641975;ABP=17.1919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1969;QR=1115;RO=29;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=65.983;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:17,16:17:650:16:590:-43.4969,0,-48.9025 0/1:48:12,36:12:465:36:1379:-109.944,0,-27.7524 dDocent_Contig_13057 63 . G C 21220.6 . AB=0.709107;ABP=432.561;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=802;CIGAR=1X;DP=1131;DPB=1131;DPRA=0;EPP=1744.53;EPPR=715.253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27406;QR=11245;RO=328;RPL=802;RPP=1744.53;RPPR=715.253;RPR=0;RUN=1;SAF=802;SAP=1744.53;SAR=0;SRF=328;SRP=715.253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:605:176,429:176:6046:429:14692:-1139.98,0,-362.163 0/1:526:152,373:152:5199:373:12714:-985.771,0,-309.674 dDocent_Contig_13058 12 . A G 1184.15 . AB=0.091954;ABP=632.113;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X6M1X1M;DP=435;DPB=435;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=556.736;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=42.4;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.325;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1260;QR=10057;RO=255;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=556.736;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=255;SRP=556.736;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:224:130,71,7,14:130:5143:71,7,14:1823,247,414:-84.3339,0,-401.981,-109.191,-409.085,-530.435,-92.8804,-392.783,-501.965,-512.023 0|1:211:125,42,15,26:125:4914:42,15,26:1102,514,846:-37.7799,0,-391.615,-45.2363,-374.094,-444.989,-9.8011,-338.68,-383.922,-406.262 dDocent_Contig_13059 147 . C A 1455.77 . AB=0.0736842;ABP=152.979;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=2X1M1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=51.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=1489;RO=38;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=85.5263;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:58:19,5,34:19:752:5,34:192,1335:-104.066,-94.1004,-154.485,0,-46.2156,-51.6641 0|0:37:19,2,16:19:737:2,16:76,620:-45.2105,-44.7244,-104.666,0,-54.3465,-55.7358 dDocent_Contig_13060 78 . G C 597.061 . AB=0.433962;ABP=5.01789;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=874;QR=1156;RO=30;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:17,13:17:651:13:487:-35.1413,0,-49.8949 0/1:23:13,10:13:505:10:387:-28.2638,0,-38.8755 dDocent_Contig_13061 9 . T A 15318.3 . AB=0.758258;ABP=388.841;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=505;CIGAR=1X;DP=666;DPB=666;DPRA=0;EPP=1099.6;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19296;QR=6174;RO=161;RPL=0;RPP=1099.6;RPPR=352.617;RPR=505;RUN=1;SAF=505;SAP=1099.6;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:309:117,192:117:4485:192:7312:-564.921,0,-310.687 0/1:357:44,313:44:1689:313:11984:-970.611,0,-44.8015 dDocent_Contig_13062 45 . C T 194.103 . AB=0.140351;ABP=131.089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.234694;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=3927;RO=98;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=215.815;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1666:6:236:-7.16003,0,-135.705 0/1:66:56,10:56:2261:10:394:-15.9492,0,-183.781 dDocent_Contig_13063 20 . C A 460.739 . AB=0.346154;ABP=13.7006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=1379;RO=34;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=76.8404;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:647:4:155:-8.30266,0,-52.5431 0/1:32:18,14:18:732:14:564:-41.4702,0,-56.5708 dDocent_Contig_13064 21 . A G 65.8922 . AB=0.114286;ABP=48.239;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X6M;DP=35;DPB=33.8571;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=831;RO=21;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=48.6112;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:13,4,4,3:13:513:4,4,3:153,133,115:-6.29788,-0.544551,-41.5829,0,-32.5835,-41.0438,-0.753629,-33.3483,-32.8087,-42.1135 0|1:11:8,0,2,1:8:318:0,2,1:0,77,41:-3.89764,-6.30588,-32.4908,0,-26.1709,-25.5688,-2.91354,-29.1053,-22.7854,-28.8043 dDocent_Contig_13065 14 . T C 112.059 . AB=0.117647;ABP=132.532;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=169;DPB=169;DPRA=1.52239;EPP=29.068;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.878981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=6300;RO=157;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=343.931;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:67,0:67:2676:0:0:0,-20.169,-240.961 0/1:102:90,12:90:3624:12:484:-13.2059,0,-295.463 dDocent_Contig_13066 127 . C T 651.988 . AB=0.491228;ABP=3.0484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=949;QR=955;RO=29;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=65.983;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:18,12:18:578:12:400:-27.2899,0,-43.2932 0/1:27:11,16:11:377:16:549:-41.6078,0,-26.1328 dDocent_Contig_13068 16 . T A 177.787 . AB=0.00343643;ABP=626.253;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M2X;DP=477;DPB=477;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=875.942;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=8.4;MQMR=53.6667;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.281095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=588;QR=15667;RO=402;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=875.942;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=402;SRP=875.942;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:186:151,14,12:151:5875:14,12:551,483:0,-39.1512,-503.893,-5.87967,-468.618,-471.383 0|0:291:251,1,30:251:9792:1,30:37,1209:-19.7787,-94.9262,-875.379,0,-780.385,-771.772 dDocent_Contig_13070 10 . C A 961.365 . AB=0.211982;ABP=159.366;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=217;DPB=217;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.782609;PAIREDR=0.929412;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1827;QR=6817;RO=170;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=372.161;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:66,24:66:2646:24:955:-58.9769,0,-210.988 0/1:126:104,22:104:4171:22:872:-40.8586,0,-337.418 dDocent_Contig_13071 23 . T C 3279.82 . AB=0.581522;ABP=13.6316;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.813084;PAIREDR=0.883117;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4297;QR=3013;RO=77;RPL=0;RPP=235.358;RPPR=170.214;RPR=107;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:28,39:28:1084:39:1581:-122.35,0,-77.683 0/1:117:49,68:49:1929:68:2716:-209.33,0,-138.602 dDocent_Contig_13072 114 . A G 442.928 . AB=0.231579;ABP=62.4629;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=0.739726;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=2789;RO=73;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=161.528;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:30,3:30:1141:3:115:-0.790905,0,-93.0532 0/1:62:43,19:43:1648:19:718:-46.2796,0,-129.923 dDocent_Contig_13073 95 . C T 344.953 . AB=0.555556;ABP=3.73412;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=1.35;EPP=35.5824;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=489;QR=1044;RO=32;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:12,15:12:400:15:489:-36.1943,0,-28.1923 0/0:20:20,0:20:644:0:0:0,-6.0206,-58.2655 dDocent_Contig_13074 1 . N G 296.844 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:119:-11.095,-0.90309,0 1/1:5:0,5:0:0:5:199:-18.288,-1.50515,0 dDocent_Contig_13075 98 . N C 968.671 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=49.2941;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.852941;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1209;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:356:-31.0058,-3.0103,0 1/1:24:0,24:0:0:24:853:-65.5603,-7.22472,0 dDocent_Contig_13076 19 . A G 72.3909 . AB=0.214286;ABP=22.8638;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.777778;EPP=16.0391;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=33;MQMR=51.6724;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2298;RO=58;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=128.956;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1415:0:0:0,-10.8371,-123.495 0/1:28:22,6:22:883:6:239:-9.23909,0,-63.0712 dDocent_Contig_13077 13 . T C 12217 . AB=0.604069;ABP=63.1217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=386;CIGAR=3M1X1M;DP=639;DPB=639;DPRA=0;EPP=841.199;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15386;QR=5445;RO=138;RPL=0;RPP=841.199;RPPR=302.673;RPR=386;RUN=1;SAF=386;SAP=841.199;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:310:70,28,0,16,195:70:2761:28,0,16,195:1118,0,643,7763:-618.085,-547.078,-765.806,-639.158,-774.235,-866.315,-586.17,-721.248,-813.327,-808.511,0,-135.074,-227.154,-174.167,-168.453 0|1:329:68,20,45,3,191:68:2684:20,45,3,191:799,1784,121,7623:-607.315,-561.977,-776.792,-480.945,-635.972,-688.234,-617.811,-772.839,-691.806,-837.744,0,-155.026,-73.9936,-210.86,-163.338 dDocent_Contig_13079 87 . G A 516.572 . AB=0.252336;ABP=60.0165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=3.09072;EPPR=5.72464;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.7625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=953;QR=2958;RO=80;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=159.791;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=3.09072;SAR=14;SRF=43;SRP=3.98746;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:35,22:35:1310:22:780:-53.3408,0,-101.023 0/1:50:45,5:45:1648:5:173:-0.858714,0,-133.533 dDocent_Contig_13080 1 . N G 106.298 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=114;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:114:-10.6292,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13081 131 . C T 1117.62 . AB=0.656716;ABP=17.3031;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1500;QR=791;RO=23;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=52.9542;RPR=44;RUN=1;SAF=0;SAP=98.5551;SAR=44;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:8,29:8:278:29:998:-78.993,0,-14.2199 0/1:30:15,15:15:513:15:502:-36.4678,0,-37.4641 dDocent_Contig_13082 35 . T C 1025.59 . AB=0.116071;ABP=1150.17;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=1559;DPB=1559;DPRA=1.35143;EPP=228.843;EPPR=3162.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4159;QR=56947;RO=1455;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=3162.5;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=1455;SRP=3162.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:663:663,0:663:25931:0:0:0,-199.583,-2331.7 0/1:896:792,104:792:31016:104:4159:-104.559,0,-2519.09 dDocent_Contig_13083 130 . T C 4188.87 . AB=0.680328;ABP=71.9279;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=166;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=363.475;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5506;QR=2570;RO=78;RPL=0;RPP=363.475;RPPR=172.385;RPR=166;RUN=1;SAF=0;SAP=363.475;SAR=166;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:49,61:49:1609:61:2040:-150.76,0,-111.98 0/1:134:29,105:29:961:105:3466:-271.827,0,-46.4567 dDocent_Contig_13084 85 . A C 308.537 . AB=0.611111;ABP=4.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.934783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=535;QR=1747;RO=46;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:7,11:7:266:11:418:-32.5526,0,-18.8829 0/0:42:39,3:39:1481:3:117:0,-1.73288,-122.654 dDocent_Contig_13085 38 . T A 20458.4 . 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AB=0.639871;ABP=55.8588;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=311;DPB=311;DPRA=0;EPP=435.133;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984925;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7903;QR=4479;RO=112;RPL=0;RPP=435.133;RPPR=246.215;RPR=199;RUN=1;SAF=199;SAP=435.133;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:42,65:42:1684:65:2585:-200.57,0,-119.573 0/1:204:70,134:70:2795:134:5318:-417.065,0,-190.25 dDocent_Contig_13094 7 . A G 12908.5 . AB=0.0762712;ABP=371.056;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=1X3M1D3M;DP=469;DPB=415.625;DPRA=1.01288;EPP=42.0968;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=1625;RO=42;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=94.2121;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:236:26,18,189:26:998:18,189:630,7361:-597.124,-553.703,-630.202,0,-30.7,-25.0477 0|0:233:16,0,215:16:627:0,215:0,8362:-695.425,-700.242,-751.802,-13.1598,-64.7215,0 dDocent_Contig_13095 51 . C A 128.524 . AB=0.147059;ABP=76.5849;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=3.87889;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=2334;RO=58;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=3.87889;SAR=4;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:325:5:200:-14.4662,0,-25.7062 0/1:55:50,5:50:2009:5:198:-1.63681,0,-164.44 dDocent_Contig_13096 112 . A T 139.143 . AB=0.333333;ABP=8.07707;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=56.9318;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=306;QR=1423;RO=44;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:14,7:14:434:7:240:-15.6133,0,-28.8642 0|0:32:30,2:30:989:2:66:0,-3.36465,-82.5553 dDocent_Contig_13097 46 . A T 51.1058 . AB=0.111111;ABP=85.7675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=104;DPB=104;DPRA=1.53659;EPP=18.2106;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.819149;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=3724;RO=94;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=207.129;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:41,0:41:1635:0:0:0,-12.3422,-147.386 0|1:63:53,7:53:2089:7:280:-7.11058,0,-169.745 dDocent_Contig_13098 16 . T C 33971.3 . 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T A 67.0641 . AB=0.166667;ABP=37.7539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.947368;EPP=16.0391;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=2300;RO=68;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=150.67;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:30,6:30:1007:6:210:-8.40538,0,-80.0974 0/0:38:38,0:38:1293:0:0:0,-11.4391,-116.671 dDocent_Contig_13104 28 . T C 327.87 . 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AB=0.77381;ABP=112.411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.838462;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5151;QR=1471;RO=38;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=85.5263;RPR=130;RUN=1;SAF=130;SAP=285.302;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:15,56:15:576:56:2254:-181.649,0,-30.8053 0/1:97:23,74:23:895:74:2897:-231.645,0,-51.6646 dDocent_Contig_13107 11 . G A 11730.6 . AB=0.857482;ABP=470.32;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=361;CIGAR=1X;DP=421;DPB=421;DPRA=0;EPP=786.912;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.932203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14492;QR=2377;RO=59;RPL=0;RPP=786.912;RPPR=131.127;RPR=361;RUN=1;SAF=361;SAP=786.912;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:30,100:30:1210:100:3983:-318.987,0,-69.717 0/1:290:29,261:29:1167:261:10509:-857.774,0,-18.0089 dDocent_Contig_13108 209 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_13109 39 . G A 324.993 . AB=0.231884;ABP=46.0936;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.830189;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=625;QR=2109;RO=53;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=118.098;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:16,8:16:640:8:301:-20.2152,0,-50.7081 0/1:45:37,8:37:1469:8:324:-15.983,0,-118.917 dDocent_Contig_13110 12 . G A 2618.32 . AB=0.469388;ABP=4.60567;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.902174;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3601;QR=4146;RO=104;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=228.843;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:32,57:32:1281:57:2218:-173.007,0,-88.765 0/1:107:72,35:72:2865:35:1383:-92.5233,0,-225.737 dDocent_Contig_13112 29 . C A 3395.08 . AB=0.0592885;ABP=856.648;AC=0;AF=0;AN=4;AO=30;CIGAR=1M1X1M1D7M;DP=506;DPB=500.455;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=548.347;GTI=0;LEN=1;MEANALT=15;MQM=59.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.977186;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1127;QR=10202;RO=263;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=574.108;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=260;SRP=548.347;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:256:152,19,13,54:152:5899:19,13,54:713,505,2049:-122.233,-109.623,-588.57,-126.492,-552.793,-607.246,0,-426.303,-443.174,-468.414 0|0:250:111,11,8,80:111:4303:11,8,80:414,296,3097:-220.973,-220.467,-570.66,-230.177,-549.76,-581.273,0,-319.587,-329.296,-329.425 dDocent_Contig_13113 15 . T C 684.371 . AB=0.104086;ABP=1402.63;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=127;CIGAR=1X2M5I2M;DP=1610;DPB=1737;DPRA=0;EPP=278.787;EPPR=3199.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997283;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4980;QR=57861;RO=1472;RPL=0;RPP=278.787;RPPR=3199.42;RPR=127;RUN=1;SAF=127;SAP=278.787;SAR=0;SRF=1472;SRP=3199.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:582:560,20:560:22036:20:785:0,-103.896,-1910.63 0|1:1028:912,107:912:35825:107:4195:-70.4371,0,-2914.21 dDocent_Contig_13114 55 . G T 46.3976 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0.40678;EPP=11.6962;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.632911;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=2787;RO=79;RPL=2;RPP=3.0103;RPPR=9.19487;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=47;SRP=9.19487;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2079:0:0:0,-17.7608,-187.327 0/1:24:20,4:20:708:4:150:-6.63975,0,-56.7992 dDocent_Contig_13115 209 . N G 142.32 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:154:-14.2318,-1.20412,0 dDocent_Contig_13116 20 . G T 4748.68 . AB=0.125806;ABP=757.058;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=78;CIGAR=3M1X10M;DP=620;DPB=620;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.512821;PAIREDR=0.615385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3080;QR=5567;RO=143;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=313.531;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:262:39,74,80,48:39:1504:74,80,48:2876,3123,1881:-247.674,-31.1686,-132.421,-205.886,-101.187,-305.302,-104.731,0,-174.726,-213.803 0|0:358:104,90,112,30:104:4063:90,112,30:3536,4372,1199:-230.893,0,-307.013,-190.79,-262.701,-491.116,-163.422,-235.331,-426.07,-488.466 dDocent_Contig_13117 11 . G A 10731.7 . AB=0.0548748;ABP=3233.31;AC=0;AF=0;AN=4;AO=103;CIGAR=1X2M1X3M;DP=1877;DPB=1877;DPRA=0;EPP=218.07;EPPR=1084.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=58.2039;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.980583;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4001;QR=19414;RO=498;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=1084.4;RPR=103;RUN=1;SAF=102;SAP=218.07;SAR=1;SRF=498;SRP=1084.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:814:182,46,181,404:182:7080:46,181,404:1811,7124,7935:-469.885,-376.024,-944.026,0,-433.22,-527.381,-33.609,-466.793,-90.8204,-493.815 0|0:1063:316,57,242,426:316:12334:57,242,426:2190,9497,5808:-606.984,-522.912,-1519.68,0,-834.77,-941.114,-417.723,-1252.42,-729.578,-1303.37 dDocent_Contig_13120 10 . A C 332.886 . AB=0.195402;ABP=73.1214;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.352941;PAIREDR=0.594203;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=695;QR=2742;RO=69;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=152.842;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,8:36:1424:8:327:-16.5548,0,-115.167 0/1:43:33,9:33:1318:9:368:-20.4327,0,-105.836 dDocent_Contig_13122 98 . N G 176.854 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:6:0,6:0:0:6:193:-17.6854,-1.80618,0 dDocent_Contig_13125 28 . A G 409.861 . AB=0.24359;ABP=47.5533;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=749;QR=2344;RO=59;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=131.127;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:33,4:33:1308:4:148:-2.54076,0,-106.852 0/1:41:26,15:26:1036:15:601:-42.0859,0,-81.1926 dDocent_Contig_13127 9 . T C 601.62 . AB=0.125761;ABP=602.746;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=989;DPB=989;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=1942.14;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9877;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3592;QR=34113;RO=893;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=1942.14;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=893;SRP=1942.14;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:493:430,62:430:16386:62:2335:-61.861,0,-1325.41 0/0:496:463,33:463:17727:33:1257:0,-35.894,-1481.1 dDocent_Contig_13128 182 . N G 113.73 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13129 9 . T C 138.017 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=1.82609;EPP=20.3821;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=2169;RO=57;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=126.784;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:887:0:0:0,-6.92369,-80.15 0/1:42:34,8:34:1282:8:312:-15.8017,0,-103.026 dDocent_Contig_13131 169 . C A 30.1416 . AB=0.0958904;ABP=210.103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=33.8935;EPPR=252.289;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6522;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.942029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=694;QR=10555;RO=276;RPL=17;RPP=33.8935;RPPR=252.289;RPR=1;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=602.337;SRR=276;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:132,14:132:4977:14:537:-4.71271,0,-403.909 0/0:148:144,4:144:5578:4:157:0,-30.0453,-482.245 dDocent_Contig_13132 108 . G T 64.8636 . AB=0.173554;ABP=115.012;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=25.7619;MQMR=55.1212;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=639;QR=3073;RO=99;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=217.986;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=217.986;SRR=99;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:55,13:55:1772:13:398:-7.99751,0,-131.831 0/1:53:44,8:44:1301:8:241:-2.01747,0,-96.2036 dDocent_Contig_13133 8 . C A 36.8751 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2550;RO=66;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=146.327;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:41,1:41:1585:1:39:0,-8.74669,-139.02 0/1:29:25,4:25:965:4:156:-5.68742,0,-78.4318 dDocent_Contig_13135 39 . G C 361.333 . AB=0.150602;ABP=179.03;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1M3D8M1X13M;DP=412;DPB=408.423;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=795.598;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.935484;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1183;QR=13888;RO=365;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=795.598;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=365;SRP=795.598;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:166:139,25:139:5305:25:968:-37.8323,0,-427.874 0|0:246:226,6:226:8583:6:215:0,-50.5052,-752.557 dDocent_Contig_13136 40 . A T 444.877 . AB=0.345455;ABP=14.4204;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=1.30952;EPP=44.2683;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=697;QR=2916;RO=78;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=172.385;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1593:0:0:0,-12.6433,-143.644 0/1:55:36,19:36:1323:19:697:-46.4877,0,-102.803 dDocent_Contig_13137 24 . A T 2690.06 . AB=0.402344;ABP=24.2161;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=318.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9085;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.0130719;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3881;QR=5934;RO=153;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=335.246;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=151;SRP=318.101;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:70,32:70:2730:32:1187:-76.4153,0,-215.136 0/1:154:83,71:83:3204:71:2694:-196.29,0,-242.092 dDocent_Contig_13138 54 . C T 266.381 . AB=0.194805;ABP=65.3062;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.756757;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=4084;RO=111;RPL=8;RPP=3.0103;RPPR=3.49937;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=3.0103;SAR=8;SRF=53;SRP=3.49937;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:49,1:49:1792:1:40:0,-11.0558,-157.537 0/1:77:62,15:62:2292:15:572:-28.6381,0,-183.312 dDocent_Contig_13139 209 . N G 151.502 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:164:-15.1499,-1.20412,0 dDocent_Contig_13140 104 . N C 119.297 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=5X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=129;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:4:0,4:0:0:4:129:-11.9295,-1.20412,0 dDocent_Contig_13141 98 . N C 101.596 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 dDocent_Contig_13142 9 . T C 1023.34 . AB=0.45122;ABP=4.70511;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957447;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1582;QR=3607;RO=94;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=207.129;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:50,4:50:1918:4:151:0,-2.29827,-158.907 0/1:82:44,37:44:1689:37:1431:-104.334,0,-127.536 dDocent_Contig_13144 16 . G A 2163.18 . AB=0.141352;ABP=1275.56;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=161;CIGAR=1X;DP=1139;DPB=1139;DPRA=0;EPP=352.617;EPPR=2083.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.98364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6252;QR=38908;RO=978;RPL=0;RPP=352.617;RPPR=2126.71;RPR=161;RUN=1;SAF=161;SAP=352.617;SAR=0;SRF=973;SRP=2083.5;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:397:322,75:322:12854:75:2895:-141.175,0,-1036.43 0/1:742:656,86:656:26054:86:3357:-78.8419,0,-2119.26 dDocent_Contig_13145 7 . A G 347.445 . AB=0.571429;ABP=4.25114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=514;QR=468;RO=12;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=29.068;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:234:2:56:-2.91066,0,-19.0229 0/1:20:6,14:6:234:14:458:-35.5069,0,-15.4105 dDocent_Contig_13146 107 . N G 292.011 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.1111;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=315;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:245:-22.2577,-2.10721,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64179,-0.60206,0 dDocent_Contig_13148 14 . C A 170.139 . AB=0.15;ABP=88.132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=1;EPP=29.068;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=5988;RO=148;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=324.388;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:80,0:80:3222:0:0:0,-24.0824,-290.025 0/1:80:68,12:68:2766:12:475:-19.0139,0,-224.95 dDocent_Contig_13149 19 . T A 2386.6 . AB=0.78125;ABP=68.9688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X2M;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.893333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3003;QR=725;RO=18;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=42.0968;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:9,3,18:9:366:3,18:120,717:-56.3282,-49.1522,-78.4414,0,-20.3111,-24.7759 0|1:66:9,0,57:9:359:0,57:0,2286:-186.03,-188.74,-218.304,0,-29.9637,-12.805 dDocent_Contig_13151 18 . G A 5324.93 . AB=0.610526;ABP=33.2509;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=174;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=269.028;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.729885;PAIREDR=0.216216;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6910;QR=4355;RO=111;RPL=0;RPP=380.846;RPPR=244.044;RPR=174;RUN=1;SAF=160;SAP=269.028;SAR=14;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:26,88:26:1023:88:3511:-281.703,0,-58.0436 0/1:171:85,86:85:3332:86:3399:-254.489,0,-248.461 dDocent_Contig_13152 14 . C A 817.039 . AB=0.28;ABP=55.5599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942857;PAIREDR=0.988889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1360;QR=3560;RO=90;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=198.443;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:41,20:41:1616:20:794:-53.4115,0,-127.308 0/1:64:49,15:49:1944:15:566:-31.9914,0,-155.892 dDocent_Contig_13153 41 . T C 33241.4 . AB=0.853432;ABP=587.821;AC=4;AF=1;AN=4;AO=971;CIGAR=12M1X8M;DP=1127;DPB=1121;DPRA=0;EPP=2111.51;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.99794;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38605;QR=1730;RO=44;RPL=0;RPP=2111.51;RPPR=98.5551;RPR=971;RUN=1;SAF=971;SAP=2111.51;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:539:6,48,460:6:240:48,460:1822,18274:-1632.14,-1484.57,-1489.89,-129.622,0,-10.9211 1|1:588:38,0,511:38:1490:0,511:0,20331:-1693.7,-1705.14,-1827.67,-31.2832,-153.826,0 dDocent_Contig_13154 7 . A G 39050.7 . AB=0.0539007;ABP=1221.63;AC=0;AF=0;AN=4;AO=42;CIGAR=1X2M1I14M;DP=1575;DPB=1666.06;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=16.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1463;QR=4510;RO=118;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=259.244;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:705:59,38,518,53:59:2246:38,518,53:1324,19762,2025:-1603.49,-1513.6,-1686.37,0,-76.5736,-28.2897,-1455.1,-1531.66,-18.0668,-1623.36 0|0:870:59,4,733,58:59:2264:4,733,58:139,27876,2159:-2303.28,-2309.74,-2494.36,-34.822,-209.356,0,-2144.33,-2318.85,-43.9412,-2312.69 dDocent_Contig_13156 12 . T C 224.933 . AB=0.181818;ABP=61.0478;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.79646;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=4432;RO=113;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=248.387;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:59,2:59:2324:2:78:0,-10.9601,-201.919 0/1:66:54,12:54:2108:12:489:-24.4933,0,-170.049 dDocent_Contig_13157 11 . T G 366.295 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.787879;EPP=31.2394;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=509;QR=1793;RO=46;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=102.898;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:13,13:13:513:13:509:-38.3284,0,-38.6904 0/0:33:33,0:33:1280:0:0:0,-9.93399,-115.482 dDocent_Contig_13160 62 . C T 119.489 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=2343;RO=60;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:41,0,6:41:1606:0,6:0,243:-8.09977,-20.442,-152.479,0,-132.44,-130.634 0|1:25:19,4,2:19:737:4,2:161,81:-7.54811,0,-59.3245,-6.58769,-53.8479,-66.5177 dDocent_Contig_13161 98 . N G 105.591 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_13162 21 . C A 34.3541 . AB=0.113636;ABP=60.0608;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0.360656;EPP=13.8677;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.614907;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=6337;RO=161;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=352.617;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:39,5:39:1513:5:200:-5.13422,0,-123.172 0/0:122:122,0:122:4824:0:0:0,-36.7257,-434.082 dDocent_Contig_13163 13 . T A 3622.8 . AB=0.145399;ABP=1783.27;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=237;CIGAR=1X;DP=1630;DPB=1630;DPRA=0;EPP=517.649;EPPR=2997.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99855;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9478;QR=55276;RO=1379;RPL=0;RPP=517.649;RPPR=2997.47;RPR=237;RUN=1;SAF=237;SAP=517.649;SAR=0;SRF=1379;SRP=2997.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:743:621,122:621:24895:122:4872:-214.697,0,-2014.64 0/1:887:758,115:758:30381:115:4606:-151.281,0,-2468.29 dDocent_Contig_13165 62 . C T 377.61 . AB=0.118902;ABP=416.782;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=896;DPB=896;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=1774.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3163;QR=32317;RO=816;RPL=80;RPP=176.728;RPPR=1774.93;RPR=0;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=816;SRP=1774.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:328:289,39:289:11518:39:1533:-39.46,0,-937.102 0/0:568:527,41:527:20799:41:1630:0,-24.0532,-1723.29 dDocent_Contig_13168 107 . N A 80.669 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:11:-1.09999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_13169 88 . G A 623.785 . AB=0.203046;ABP=153.9;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=349;DPB=349;DPRA=1.29605;EPP=89.8692;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1371;QR=10897;RO=309;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=673.995;RPR=0;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:152:152,0:152:5357:0:0:0,-45.7566,-482.251 0/1:197:157,40:157:5540:40:1371:-64.3785,0,-439.415 dDocent_Contig_13170 8 . C T 864.735 . AB=0.516667;ABP=3.15506;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.516129;PAIREDR=0.793103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1195;QR=1109;RO=29;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=65.983;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:573:3:117:-5.49184,0,-46.4928 0/1:42:14,28:14:536:28:1078:-84.6806,0,-35.9402 dDocent_Contig_13171 13 . T C 43670.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1234;CIGAR=1X;DP=1256;DPB=1256;DPRA=0;EPP=2682.61;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99919;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=49434;QR=858;RO=22;RPL=0;RPP=2682.61;RPPR=50.7827;RPR=1234;RUN=1;SAF=1234;SAP=2682.61;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:575:9,566:9:360:566:22716:-2009.66,-140.33,0 1/1:681:13,668:13:498:668:26718:-2357.04,-159.847,0 dDocent_Contig_13172 18 . G A 1488.8 . AB=0.53125;ABP=3.8246;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2010;QR=1806;RO=45;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=100.727;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:30,20:30:1202:20:767:-54.2894,0,-93.4024 0/1:46:15,31:15:604:31:1243:-98.2896,0,-40.8511 dDocent_Contig_13173 45 . T A 9410.91 . AB=0.269547;ABP=675.577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=393;CIGAR=1X;DP=1458;DPB=1458;DPRA=0;EPP=771.75;EPPR=2306.94;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998115;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15378;QR=42531;RO=1061;RPL=10;RPP=771.75;RPPR=2306.94;RPR=383;RUN=1;SAF=393;SAP=856.399;SAR=0;SRF=1061;SRP=2306.94;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:677:531,144:531:21236:144:5643:-304.118,0,-1705.8 0/1:781:530,249:530:21295:249:9735:-640.672,0,-1679.76 dDocent_Contig_13175 10 . T C 1674.42 . AB=0.782609;ABP=50.8771;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2126;QR=586;RO=15;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=35.5824;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:8,23:8:315:23:885:-70.6202,0,-19.3836 0/1:38:7,31:7:271:31:1241:-100.521,0,-13.317 dDocent_Contig_13177 25 . T C 41.7383 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=6.91895;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1456;RO=36;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=81.1833;RPR=5;RUN=1;SAF=4;SAP=6.91895;SAR=1;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:12,1:12:480:1:41:-0.181177,0,-39.6339 0/1:28:24,4:24:976:4:158:-6.17052,0,-79.7078 dDocent_Contig_13178 71 . T A 505.127 . AB=0.165094;ABP=209.546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.627119;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1304;QR=6465;RO=177;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=387.361;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:70,20:70:2517:20:730:-38.9361,0,-199.677 0/1:122:107,15:107:3948:15:574:-15.2755,0,-318.721 dDocent_Contig_13179 19 . G A 131.264 . AB=0.139785;ABP=107.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=490;QR=3201;RO=80;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=176.728;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:35,5:35:1388:5:201:-6.42932,0,-113.135 0/1:53:45,8:45:1813:8:289:-10.3961,0,-147.421 dDocent_Contig_13180 61 . A G 152.142 . AB=0.120219;ABP=232.273;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=350;DPB=350;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=687.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.457143;PAIREDR=0.139683;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1258;QR=12074;RO=315;RPL=22;RPP=8.03571;RPPR=487.111;RPR=13;RUN=1;SAF=22;SAP=8.03571;SAR=13;SRF=290;SRP=487.111;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:167:154,13:154:5892:13:458:0,-8.72656,-488.616 0/1:183:161,22:161:6182:22:800:-17.2142,0,-501.147 dDocent_Contig_13181 13 . G A 194.101 . AB=0.171875;ABP=62.8615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=1.20755;EPP=26.8965;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=448;QR=4209;RO=106;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=233.186;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2094:0:0:0,-15.9546,-188.642 0/1:64:53,11:53:2115:11:448:-21.4101,0,-171.261 dDocent_Contig_13182 107 . N C 1141.79 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1259;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:37:0,37:0:0:37:1232:-111.177,-11.1381,0 1/1:1:0,1:0:0:1:27:-2.69978,-0.30103,0 dDocent_Contig_13183 9 . G A 4806.51 . AB=0.6;ABP=26.8965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6298;QR=4229;RO=110;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=241.872;RPR=165;RUN=1;SAF=165;SAP=361.303;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:161:53,108:53:2059:108:4101:-320.716,0,-137.073 0/1:114:57,57:57:2170:57:2197:-163.634,0,-161.207 dDocent_Contig_13184 98 . N T 128.53 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=8X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:4:0,4:0:0:4:139:-12.8527,-1.20412,0 dDocent_Contig_13185 54 . C T 166.614 . AB=0.120567;ABP=179.331;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=281;DPB=281;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=563.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=902;QR=9936;RO=258;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=563.25;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=258;SRP=563.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:141:124,17:124:4796:17:672:-18.3604,0,-389.157 0/0:140:134,6:134:5140:6:230:0,-21.0803,-441.457 dDocent_Contig_13187 21 . G A 12049.4 . AB=0.389892;ABP=61.35;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=216;CIGAR=1M7D3M1X;DP=554;DPB=273.417;DPRA=0;EPP=472.048;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.990741;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8294;QR=2766;RO=73;RPL=0;RPP=472.048;RPPR=161.528;RPR=216;RUN=1;SAF=216;SAP=472.048;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:274:54,106,114:54:2029:106,114:4076,4088:-485.496,-167.139,-301.449,-168.396,0,-300.289 1|0:280:19,110,151:19:737:110,151:4218,5434:-723.147,-382.688,-410.131,-285.61,0,-300.709 dDocent_Contig_13188 163 . G C 5773.27 . AB=0.291262;ABP=314.859;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=240;CIGAR=1X;DP=824;DPB=824;DPRA=0;EPP=473.351;EPPR=1214.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9183;QR=22365;RO=574;RPL=234;RPP=473.351;RPPR=1214.93;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=524.164;SAR=240;SRF=0;SRP=1249.44;SRR=574;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:382:242,130:242:9405:130:5008:-338.312,0,-733.612 0/1:442:332,110:332:12960:110:4175:-242.714,0,-1032.5 dDocent_Contig_13189 9 . G A 92.1197 . AB=0.155556;ABP=49.3833;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.02273;EPP=18.2106;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=3088;RO=79;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=174.557;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:42,0:42:1640:0:0:0,-12.6433,-147.454 0|1:45:37,7:37:1448:7:272:-11.212,0,-116.949 dDocent_Contig_13190 120 . C A 42.0554 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.891304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=178;QR=1642;RO=46;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=102.898;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:27,1:27:960:1:36:0,-4.83056,-83.118 0/1:23:19,4:19:682:4:142:-6.20552,0,-54.7861 dDocent_Contig_13191 33 . C A 575.125 . AB=0.238532;ABP=67.7361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.963855;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1037;QR=3302;RO=83;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=183.243;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:32,14:32:1256:14:559:-36.806,0,-99.4653 0/1:63:51,12:51:2046:12:478:-24.4055,0,-165.361 dDocent_Contig_13192 47 . G A 1111.86 . AB=0.523256;ABP=3.41429;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=55.5599;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.829268;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1654;QR=1344;RO=41;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=92.0407;RPR=45;RUN=1;SAF=39;SAP=55.5599;SAR=6;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:17,21:17:559:21:782:-56.4192,0,-39.1843 0/1:48:24,24:24:785:24:872:-58.4654,0,-56.5033 dDocent_Contig_13193 201 . A G 997.824 . AB=0.40404;ABP=10.9285;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X1M;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1461;QR=1957;RO=54;RPL=40;RPP=89.8692;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:21,5,22:21:763:5,22:185,806:-59.5524,-50.7383,-111.543,0,-47.1694,-55.6831 0|1:51:33,0,18:33:1194:0,18:0,655:-43.929,-53.863,-151.328,0,-97.828,-92.4095 dDocent_Contig_13195 196 . C T 8654.65 . AB=0.716749;ABP=168.684;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=291;CIGAR=1X2M1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=634.909;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989691;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11016;QR=4333;RO=114;RPL=291;RPP=634.909;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=634.909;SAR=291;SRF=0;SRP=250.558;SRR=114;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:156:35,120:35:1338:120:4519:-359.754,0,-73.6689 0|1:250:79,171:79:2995:171:6497:-509.411,0,-194.467 dDocent_Contig_13196 107 . N C 41.7891 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=34.5;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-4.17779,-0.60206,0 dDocent_Contig_13197 15 . A T 66.6141 . AB=0.0490798;ABP=578.757;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=2X2M1X;DP=326;DPB=326.2;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=325.322;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=17;MQMR=51.6816;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.184358;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=627;QR=6948;RO=179;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=391.704;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=171;SRP=325.322;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:117:89,4,14:89:3446:4,14:159,534:-8.21234,-30.111,-284.77,0,-251.026,-251.713 0|0:209:90,12,72:90:3502:12,72:468,2867:-1.90975,-14.2804,-286.953,0,-261.612,-254.64 dDocent_Contig_13198 15 . G C 44231.1 . AB=0.846724;ABP=1692.52;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1370;CIGAR=1X;DP=1618;DPB=1618;DPRA=0;EPP=2977.93;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54651;QR=9845;RO=247;RPL=0;RPP=2977.93;RPPR=539.364;RPR=1370;RUN=1;SAF=1370;SAP=2977.93;SAR=0;SRF=247;SRP=539.364;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:734:69,664:69:2755:664:26447:-2157.13,0,-27.3133 0/1:884:178,706:178:7090:706:28204:-2269.68,0,-371.672 dDocent_Contig_13200 8 . C T 1291.13 . AB=0.0334928;ABP=398.083;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1M1X11M;DP=209;DPB=226.846;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=21;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=267;QR=2314;RO=60;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=133.299;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:76:29,8,12,6:29:1096:8,12,6:313,476,230:-30.4626,-15.3157,-102.742,0,-65.9631,-86.2272,-20.3124,-86.2717,-70.9603,-108.341 0|0:133:31,15,34,1:31:1218:15,34,1:575,1356,37:-102.35,-67.7264,-163.4,0,-56.2395,-89.9602,-108.655,-164.889,-97.1682,-208.543 dDocent_Contig_13201 14 . A T 701.716 . AB=0.0338983;ABP=114.344;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=4M1X1M3I4X3M2X4M;DP=76;DPB=82.9474;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=437;RO=11;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=26.8965;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:6,0,2,2,0,0:6:238:0,2,2,0,0:0,71,80,0,0:-4.24969,-6.05587,-25.6569,-0.512765,-20.1123,-19.5103,0,-19.6021,-14.0585,-19,-6.05587,-25.6569,-20.1123,-19.6021,-25.6569,-6.05587,-25.6569,-20.1123,-19.6021,-25.6569,-25.6569 0|0:59:5,3,0,25,2,2:5:199:3,0,25,2,2:108,0,935,80,80:-69.5578,-62.5968,-78.083,-71.063,-78.9861,-87.4522,0,-7.92557,-16.3898,-8.86401,-65.0065,-72.9298,-81.3959,-10.3341,-80.7938,-65.0065,-72.9298,-81.3959,-10.3341,-75.3396,-80.7938 dDocent_Contig_13202 8 . C T 1295.2 . AB=0.0235294;ABP=170.622;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2M1X9M18I1M1X4M;DP=193;DPB=209.667;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=19;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=977;RO=26;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=59.4686;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:85:19,7,17,0,2,0:19:710:7,17,0,2,0:259,652,0,73,0:-44.1384,-29.7687,-85.7898,0,-38.0389,-53.0103,-49.858,-87.897,-58.1279,-107.987,-44.1805,-82.2194,-52.4504,-102.309,-101.707,-49.858,-87.897,-58.1279,-107.987,-102.309,-107.987 0|0:108:7,2,31,4,0,4:7:267:2,31,4,0,4:74,1195,149,0,151:-89.0803,-85.4475,-106.748,0,-16.1628,-12.5706,-79.607,-95.7697,-10.3226,-100.306,-91.1875,-107.35,-21.9026,-101.51,-113.09,-79.6012,-95.7639,-10.3168,-89.9234,-101.504,-100.3 dDocent_Contig_13203 11 . A C 88.0292 . AB=0.0810811;ABP=115.809;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=2M1I2M2X1M1X3M1X1M2I1X3M;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=813;RO=21;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=48.6112;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:12,2,4,0:12:461:2,4,0:77,150,0:-8.6713,-5.96103,-43.203,0,-31.5197,-36.6379,-12.2837,-43.805,-37.842,-50.1275 0|1:48:9,0,2,2:9:352:0,2,2:0,78,76:-3.70326,-6.41253,-35.3572,0,-28.9449,-28.3429,-0.179399,-29.1242,-22.712,-28.5222 dDocent_Contig_13204 10 . G A 92.902 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M4D5M8I1M1X2M2I4M;DP=49;DPB=53.9444;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=217;QR=785;RO=20;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=46.4397;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:11,0,1,0:11:427:0,1,0:0,37,0:0,-3.31133,-38.4029,-0.443946,-35.5343,-35.2333,-3.31133,-38.4029,-35.5343,-38.4029 0|1:30:9,2,5,3:9:358:2,5,3:72,180,113:-11.2894,-8.45064,-37.3386,0,-23.944,-27.9857,-5.27776,-29.2215,-20.7722,-33.8657 dDocent_Contig_13205 10 . G C 403.803 . AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=2M1X1M5I1X1M2X3M2D4M;DP=71;DPB=77;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=33.8935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9.5;MQM=40;MQMR=58.1667;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=583;QR=682;RO=18;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=42.0968;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=17;SRP=33.8935;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:8,2,3,2,2,4,5,2:8:307:2,3,2,2,4,5,2:67,117,73,77,155,204,78:-14.4329,-11.6622,-36.2611,-7.22107,-27.2444,-31.5212,-10.8778,-30.9001,-26.4609,-35.4779,-10.9341,-30.9563,-26.5171,-30.1729,-35.5341,-4.98446,-25.0069,-20.5673,-24.2232,-24.2795,-28.9822,0,-20.0259,-15.5856,-19.2421,-19.2984,-13.3481,-23.7007,-10.4278,-30.4507,-26.0114,-29.6673,-29.7235,-23.7737,-18.7925,-35.0286 0|1:41:10,0,3,0,6,11,1,2:10:375:0,3,0,6,11,1,2:0,117,0,229,428,41,78:-29.6465,-32.6568,-63.2385,-23.0368,-53.6192,-52.7162,-32.6568,-63.2385,-53.6192,-63.2385,-15.205,-45.7862,-36.1669,-45.7862,-43.98,0,-30.5813,-20.9616,-30.5813,-13.1305,-27.2699,-29.2713,-59.8534,-50.234,-59.8534,-42.401,-27.1959,-59.5524,-26.2435,-56.8257,-47.2063,-56.8257,-39.3733,-24.1682,-53.4405,-56.2236 dDocent_Contig_13206 209 . N G 213.544 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=38.1429;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=249;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:167:-14.945,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-6.10774,-0.60206,0 dDocent_Contig_13208 8 . C A 208.84 . AB=0.0714286;ABP=70.0157;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2M3X1M1X2M3I2M1X1M1D4M;DP=68;DPB=71.5556;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1019;RO=26;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=59.4686;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:10,1,0,4:10:395:1,0,4:40,0,157:-8.95197,-8.93436,-41.147,-11.9623,-41.4481,-44.4757,0,-29.4866,-32.514,-31.3099 0|0:42:16,3,3,7:16:624:3,3,7:114,119,267:-15.6311,-11.6847,-62.0825,-11.4107,-53.9497,-61.809,0,-42.5391,-42.2654,-49.1938 dDocent_Contig_13209 10 . G C 242.412 . AB=0.102564;ABP=163.532;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2M1X1M5I1X1M2X3M2D4M;DP=117;DPB=132.882;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17.5;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=7;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=469;QR=1032;RO=27;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=61.6401;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:14,4,0,0,0,4,0,0:14:536:4,0,0,0,4,0,0:156,0,0,0,153,0,0:-7.70445,0,-42.7927,-11.9189,-43.9968,-55.9139,-11.9189,-43.9968,-55.9139,-55.9139,-11.9189,-43.9968,-55.9139,-55.9139,-55.9139,-0.209695,-32.289,-44.2062,-44.2062,-44.2062,-43.0021,-11.9189,-43.9968,-55.9139,-55.9139,-55.9139,-44.2062,-55.9139,-11.9189,-43.9968,-55.9139,-55.9139,-55.9139,-44.2062,-55.9139,-55.9139 0|1:73:13,0,2,2,3,8,3,3:13:496:0,2,2,3,8,3,3:0,74,79,113,316,91,39:-20.1189,-24.0323,-64.7274,-18.3327,-59.028,-58.4259,-18.023,-58.7184,-53.019,-58.1164,-15.3292,-56.0247,-50.3253,-50.0157,-55.1216,0,-40.6965,-34.9971,-34.6875,-31.9937,-38.2883,-17.4816,-58.1763,-52.477,-52.1674,-49.4737,-34.1458,-57.2732,-22.2213,-62.9143,-57.2152,-56.9056,-54.2121,-38.8847,-56.3638,-62.0112 dDocent_Contig_13211 107 . N A 657.104 . AB=0.714286;ABP=8.59409;AC=4;AF=1;AN=4;AO=20;CIGAR=1X3M;DP=24;DPB=24;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.05;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=0;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:10:0,0,10:0:0:0,10:0,346:-31.4746,-31.4746,-31.4746,-3.0103,-3.0103,0 1|1:14:0,3,10:0:0:3,10:103,340:-35.9346,-27.5704,-26.6673,-8.35873,0,-5.34843 dDocent_Contig_13212 9 . G A 794.442 . AB=0.347826;ABP=21.515;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.45;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1224;QR=2251;RO=60;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=133.299;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:17,11:17:639:11:426:-30.266,0,-49.4135 0/1:64:43,21:43:1612:21:798:-52.8772,0,-126.075 dDocent_Contig_13213 130 . T C 136.377 . AB=0.195652;ABP=40.0197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.21053;EPP=22.5536;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.906667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=2983;RO=75;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1527:0:0:0,-11.4391,-137.672 0/1:46:37,9:37:1456:9:324:-15.6377,0,-117.439 dDocent_Contig_13214 9 . G A 346.722 . AB=0.130597;ABP=320.661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=511;DPB=511;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=1008.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=45.1458;MQMR=57.7624;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1850;QR=17632;RO=463;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=1008.4;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=463;SRP=1008.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:243:230,13:230:8770:13:506:0,-29.8547,-743.296 0/1:268:233,35:233:8862:35:1344:-36.6722,0,-710.512 dDocent_Contig_13215 107 . N A 62.5778 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.25669,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13216 35 . T A 13747.1 . AB=0.739796;ABP=296.691;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=435;CIGAR=1X3M;DP=588;DPB=588;DPRA=0;EPP=947.601;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.997701;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17184;QR=4625;RO=118;RPL=0;RPP=947.601;RPPR=259.244;RPR=435;RUN=1;SAF=435;SAP=947.601;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:216:75,0,140:75:2952:0,140:0,5571:-436.104,-458.681,-701.507,0,-242.821,-200.677 0|1:372:43,32,295:43:1673:32,295:1250,11613:-942.31,-852.496,-980.345,0,-34.7228,-48.6781 dDocent_Contig_13218 9 . G A 383.386 . AB=0.150259;ABP=208.063;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1105;QR=6271;RO=164;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=359.132;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:107:89,18:89:3413:18:681:-29.412,0,-275.091 0/1:86:75,11:75:2858:11:424:-12.6256,0,-231.506 dDocent_Contig_13219 50 . T A 124.982 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.529412;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=260;QR=3789;RO=102;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=224.5;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:537:6:224:-14.1972,0,-42.3303 0/0:88:87,1:87:3252:1:36:0,-22.8924,-289.223 dDocent_Contig_13220 32 . G A 496.144 . AB=0.272727;ABP=37.5565;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=56.7857;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=842;QR=2214;RO=56;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=124.613;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:31,14:31:1197:14:564:-37.5572,0,-85.2535 0/1:32:25,7:25:1017:7:278:-15.7562,0,-82.1891 dDocent_Contig_13222 11 . G A 433.6 . AB=0.246753;ABP=45.9039;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=4545;RO=114;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=250.558;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:56,1:56:2219:1:40:0,-13.5626,-195.886 0/1:77:58,19:58:2326:19:758:-45.36,0,-186.323 dDocent_Contig_13232 107 . N G 39.91 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.98987,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13235 20 . G A 31.0794 . AB=0.285714;ABP=5.80219;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M1X2M2X;DP=17;DPB=17;DPRA=0.7;EPP=7.35324;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=551;RO=15;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=35.5824;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:10:10,0:10:366:0:0:0,-3.0103,-33.2852 0|1:7:5,2:5:185:2:76:-5.1076,0,-14.8997 dDocent_Contig_13236 209 . N G 69.3116 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:73:-6.93007,-0.60206,0 dDocent_Contig_13238 185 . C A 295.737 . AB=0.625;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.695652;EPP=24.725;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=1133;RO=29;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:6,10:6:233:10:397:-31.2727,0,-16.5208 0/0:23:23,0:23:900:0:0:0,-6.92369,-81.3067 dDocent_Contig_13239 16 . A G 101.889 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=3217;RO=81;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=178.9;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:50,8:50:1989:8:322:-11.8879,0,-161.75 0/0:33:31,2:31:1228:2:77:0,-2.62579,-103.487 dDocent_Contig_13240 64 . C A 22615 . AB=0.803604;ABP=447.356;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=821;CIGAR=1X;DP=966;DPB=966;DPRA=0;EPP=1785.79;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28176;QR=4685;RO=136;RPL=821;RPP=1785.79;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=821;SAP=1785.79;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:411:34,375:34:1186:375:12886:-1052.61,-16.4616,0 0/1:555:102,446:102:3499:446:15290:-1210.59,0,-149.794 dDocent_Contig_13241 8 . C A 183.653 . AB=0.134921;ABP=148.878;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=1.28571;EPP=31.7504;EPPR=401.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.942029;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=7884;RO=207;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=452.505;RPR=17;RUN=1;SAF=16;SAP=31.7504;SAR=1;SRF=201;SRP=401.9;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:98:98,0:98:3738:0:0:0,-29.5009,-336.535 0/1:126:109,17:109:4146:17:644:-20.3653,0,-335.301 dDocent_Contig_13242 67 . T G 12808.6 . AB=0.827853;ABP=485.695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=428;CIGAR=1X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=932.4;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997664;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16007;QR=3339;RO=88;RPL=428;RPP=932.4;RPPR=194.1;RPR=0;RUN=1;SAF=428;SAP=932.4;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:31,205:31:1175:205:7662:-618.377,0,-35.0009 0/1:281:57,223:57:2164:223:8345:-666.184,0,-110.312 dDocent_Contig_13243 184 . G A 5304.28 . AB=0.24622;ABP=521.021;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=228;CIGAR=1X;DP=926;DPB=926;DPRA=0;EPP=498.106;EPPR=1514.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9030;QR=27915;RO=696;RPL=228;RPP=498.106;RPPR=1514.36;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=498.106;SAR=228;SRF=0;SRP=1514.36;SRR=696;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:447:383,63:383:15292:63:2516:-92.1413,0,-1240.62 0/1:479:313,165:313:12623:165:6514:-441.986,0,-991.114 dDocent_Contig_13245 10 . C A 1917.38 . AB=0.59633;ABP=11.7958;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.723077;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2530;QR=1766;RO=44;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=98.5551;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:21,25:21:839:25:973:-74.0267,0,-61.9754 0/1:63:23,40:23:927:40:1557:-121.41,0,-64.765 dDocent_Contig_13246 98 . N T 1086.55 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=38;CIGAR=1M1I14M1X;DP=74;DPB=76.8125;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=12;PQR=12;PRO=1;QA=1202;QR=0;RO=0;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:53:0,17:0:0:17:539:-48.4869,-5.11751,0 1|1:21:0,21:0:0:21:663:-59.8668,-6.32163,0 dDocent_Contig_13247 89 . G A 753.501 . AB=0.257862;ABP=83.983;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=591.479;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1865;QR=9234;RO=271;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=591.479;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=271;SRP=591.479;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:167:153,14:153:5175:14:477:0,-7.01682,-422.668 0/1:159:118,41:118:4059:41:1388:-77.3501,0,-317.658 dDocent_Contig_13248 51 . C A 6010.28 . AB=0.623418;ABP=44.818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983193;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7776;QR=4658;RO=119;RPL=197;RPP=430.79;RPPR=261.416;RPR=0;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:68,84:68:2650:84:3304:-251.675,0,-192.883 0/1:164:51,113:51:2008:113:4472:-353.053,0,-131.551 dDocent_Contig_13249 6 . C T 184.889 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=328;QR=933;RO=24;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=55.1256;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:12,1:12:468:1:41:-0.181177,0,-38.5592 0/1:19:12,7:12:465:7:287:-20.4857,0,-36.4812 dDocent_Contig_13250 19 . C G 186.703 . AB=0.285714;ABP=14.1779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=14.8328;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=1527;RO=39;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=87.6977;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=14.8328;SAR=1;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:19,8:19:736:8:317:-20.3692,0,-58.0341 0/0:21:20,1:20:791:1:40:0,-2.32595,-67.5137 dDocent_Contig_13251 54 . G C 304.482 . AB=0.225352;ABP=49.5287;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.891304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=704;QR=3459;RO=92;RPL=9;RPP=3.12459;RPPR=3.38795;RPR=10;RUN=1;SAF=9;SAP=3.12459;SAR=10;SRF=48;SRP=3.38795;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:55,16:55:2063:16:591:-32.1471,0,-164.523 0/0:40:37,3:37:1396:3:113:0,-1.50428,-115.377 dDocent_Contig_13253 9 . G A 3590.43 . AB=0.188157;ABP=887.38;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=1047;DPB=1047;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=1848.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.949239;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7530;QR=32371;RO=850;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=1848.76;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=850;SRP=1848.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:285:255,30:255:9765:30:1151:-18.0971,0,-792.732 0/1:762:595,167:595:22606:167:6379:-344.644,0,-1803.92 dDocent_Contig_13254 85 . T C 97.5742 . AB=0.156863;ABP=55.1682;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=3448;RO=95;RPL=8;RPP=5.9056;RPPR=11.2619;RPR=4;RUN=1;SAF=8;SAP=5.9056;SAR=4;SRF=57;SRP=11.2619;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:51:43,8:43:1556:8:294:-11.4564,0,-124.956 0|0:56:52,4:52:1892:4:143:0,-3.63751,-157.31 dDocent_Contig_13255 27 . C T 42.9894 . AB=0.11;ABP=135.123;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.0562;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.898876;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=415;QR=3482;RO=89;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=196.271;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:35,4:35:1379:4:158:-2.86027,0,-112.17 0/1:61:54,7:54:2103:7:257:-5.10849,0,-171.016 dDocent_Contig_13256 12 . C T 165.797 . AB=0.114286;ABP=48.239;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X1M;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=92.2337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=45;MQMR=56.3778;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.844444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1768;RO=45;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=100.727;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=44;SRP=92.2337;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:22,4,6,2,1:22:860:4,6,2,1:158,217,82,34:-11.0724,-5.06462,-71.7107,0,-55.2119,-66.0327,-10.9204,-66.1442,-61.0684,-78.1696,-14.9399,-70.158,-65.0822,-76.0147,-82.4839 0|0:34:23,0,1,5,5:23:908:0,1,5,5:0,40,195,194:-9.03927,-15.963,-89.698,-12.6668,-86.4026,-86.1016,0,-73.7346,-70.4392,-72.2295,-0.0276217,-73.7618,-70.4664,-57.7986,-72.2567 dDocent_Contig_13257 11 . T C 138.173 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:163:-13.817,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13258 23 . T C 131.39 . AB=0.0823529;ABP=131.791;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X2M;DP=133;DPB=133;DPRA=1.77083;EPP=18.2106;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=254;QR=4509;RO=114;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=250.558;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:85:67,11,7:67:2672:11,7:426,254:-14.838,0,-216.765,-14.2913,-199.354,-232.238 0|0:48:47,0,0:47:1837:0,0:0,0:0,-14.1484,-165.154,-14.1484,-165.154,-165.154 dDocent_Contig_13259 52 . T A 100.535 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=2.09524;EPP=18.2106;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=2321;RO=58;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:835:0:0:0,-6.32163,-75.4644 0/1:44:37,7:37:1486:7:277:-12.0535,0,-120.743 dDocent_Contig_13261 14 . T A 1969.82 . AB=0.456376;ABP=5.47325;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.649351;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2718;QR=3082;RO=77;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=170.214;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:36,44:36:1440:44:1751:-133.329,0,-105.371 0/1:66:41,24:41:1642:24:967:-67.3519,0,-128.029 dDocent_Contig_13264 19 . T G 209.991 . AB=0.171053;ABP=74.4403;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X3M1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.4615;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.968254;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=2496;RO=63;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=139.813;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:38,4:38:1511:4:160:-2.14075,0,-123.599 0|1:34:25,9:25:985:9:359:-22.4233,0,-78.7173 dDocent_Contig_13265 166 . A G 354.434 . AB=0.52;ABP=3.09716;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=2.5;EPP=31.2394;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.384615;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=821;RO=22;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:371:0:0:0,-3.0103,-33.7367 0/1:25:12,13:12:450:13:496:-37.4434,0,-33.3195 dDocent_Contig_13267 13 . A G 123.48 . AB=0.181818;ABP=41.702;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=317;QR=1149;RO=36;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=81.1833;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:560:3:121:-5.25939,0,-44.6904 0/1:24:19,5:19:589:5:196:-10.7875,0,-46.0804 dDocent_Contig_13268 107 . N C 193.219 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:75:-6.99898,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:130:-12.0215,-1.20412,0 dDocent_Contig_13270 12 . T C 8042.74 . AB=0.326047;ABP=147.304;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=179;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=549;DPB=549;DPRA=0;EPP=391.704;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.921788;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7045;QR=2482;RO=63;RPL=0;RPP=391.704;RPPR=139.813;RPR=179;RUN=1;SAF=179;SAP=391.704;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:217:19,69,119:19:731:69,119:2686,2950:-352.599,-137.527,-176.787,-160.749,0,-184.938 1|0:332:44,110,161:44:1751:110,161:4359,3840:-455.374,-109.765,-220.862,-214.624,0,-310.337 dDocent_Contig_13271 7 . A G 656.565 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.4;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=748;RO=20;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=46.4397;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:14,0,16:14:528:0,16:0,606:-45.8457,-50.0601,-93.3301,0,-43.6476,-38.8311 0|0:18:6,4,8:6:220:4,8:138,308:-23.5098,-14.1191,-30.3277,0,-6.22611,-15.0235 dDocent_Contig_13272 42 . G A 41.2708 . AB=0.136364;ABP=129.351;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.863158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=448;QR=2794;RO=95;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=209.3;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:940:5:153:-2.93549,0,-73.7407 0/1:73:63,10:63:1854:10:295:-4.86576,0,-145.147 dDocent_Contig_13273 86 . A T 38.1219 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=0.571429;EPP=18.2106;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.951456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=3424;RO=103;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=226.672;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:33,7:33:1041:7:192:-5.5111,0,-81.9356 0/0:70:70,0:70:2383:0:0:0,-21.0721,-214.737 dDocent_Contig_13274 74 . T C 26558.3 . AB=0.844144;ABP=1144.88;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=937;CIGAR=1X;DP=1110;DPB=1110;DPRA=0;EPP=2037.68;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33272;QR=6201;RO=173;RPL=937;RPP=2037.68;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=937;SAP=2037.68;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:506:101,405:101:3608:405:14289:-1133.4,0,-172.586 0/1:604:72,532:72:2593:532:18983:-1526.13,0,-51.7856 dDocent_Contig_13275 61 . T G 31294.5 . AB=0.836719;ABP=1311.82;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1112;CIGAR=1X;DP=1329;DPB=1329;DPRA=0;EPP=2417.69;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39269;QR=7790;RO=214;RPL=1112;RPP=2417.69;RPPR=467.705;RPR=0;RUN=1;SAF=1112;SAP=2417.69;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:410:62,347:62:2274:347:12261:-979.782,0,-81.4265 0/1:919:152,765:152:5516:765:27008:-2153.36,0,-220.098 dDocent_Contig_13276 33 . G A 488.287 . AB=0.190141;ABP=121.432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.808696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1051;QR=4505;RO=115;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=252.73;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:57,15:57:2237:15:583:-31.1317,0,-179.833 0/1:70:58,12:58:2268:12:468:-21.396,0,-183.22 dDocent_Contig_13277 98 . N C 363.799 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:0,13:0:0:13:362:-32.849,-3.91339,0 1/1:2:0,1:0:0:1:35:-3.2287,-0.30103,0 dDocent_Contig_13278 167 . T C 1055.95 . AB=0.493506;ABP=3.0385;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1465;QR=1489;RO=39;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:23,24:23:886:24:903:-67.4031,0,-65.8942 0/1:30:16,14:16:603:14:562:-41.8905,0,-45.5583 dDocent_Contig_13280 107 . N T 260.856 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:8:0,8:0:0:8:286:-26.0856,-2.40824,0 dDocent_Contig_13281 42 . C T 134.436 . AB=0.272727;ABP=12.8806;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=2.2;EPP=16.0391;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.653846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1030;RO=26;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=59.4686;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:410:0:0:0,-3.0103,-37.2606 0/1:22:16,6:16:620:6:241:-15.4436,0,-49.5066 dDocent_Contig_13282 13 . A T 777.018 . 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AB=0.29771;ABP=49.5726;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=1.61728;EPP=87.6977;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.624277;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1349;QR=5979;RO=173;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=38.2685;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=113;SRP=38.2685;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:131:92,39:92:3179:39:1349:-82.2755,0,-246.902 0/0:81:81,0:81:2800:0:0:0,-24.3834,-252.245 dDocent_Contig_13285 81 . C T 158.064 . AB=0.204082;ABP=40.2799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=3259;RO=91;RPL=4;RPP=5.9056;RPPR=3.22506;RPR=8;RUN=1;SAF=4;SAP=5.9056;SAR=8;SRF=44;SRP=3.22506;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:52,2:52:1873:2:66:0,-9.98731,-162.55 0/1:49:39,10:39:1386:10:358:-17.8064,0,-110.267 dDocent_Contig_13286 9 . C A 282.904 . AB=0.185567;ABP=86.3098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9241;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.962025;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=672;QR=3035;RO=79;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=174.557;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:52,13:52:1990:13:479:-23.8808,0,-159.764 0/1:32:27,5:27:1045:5:193:-8.10853,0,-84.7188 dDocent_Contig_13287 35 . C A 326.507 . AB=0.227273;ABP=45.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=110;DPB=110;DPRA=1.5;EPP=35.5824;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=3760;RO=95;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=209.3;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1745:0:0:0,-13.2453,-157.27 0/1:66:51,15:51:2015:15:602:-34.6507,0,-161.665 dDocent_Contig_13289 162 . T C 1682.3 . AB=0.188841;ABP=394.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=466;DPB=466;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=823.827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3464;QR=14651;RO=378;RPL=88;RPP=194.1;RPPR=823.827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=194.1;SAR=88;SRF=0;SRP=823.827;SRR=378;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:196:165,31:165:6341:31:1227:-51.7004,0,-511.476 0/1:270:213,57:213:8310:57:2237:-120.229,0,-666.194 dDocent_Contig_13290 97 . G C 3089.13 . AB=0.379404;ABP=49.6234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=140;CIGAR=1X;DP=369;DPB=369;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4702;QR=7754;RO=229;RPL=140;RPP=307.016;RPPR=500.277;RPR=0;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:219:145,74:145:4901:74:2456:-155.364,0,-375.342 0/1:150:84,66:84:2853:66:2246:-157.248,0,-211.858 dDocent_Contig_13291 47 . G A 50318.6 . AB=0.852113;ABP=1990.98;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1573;CIGAR=1X;DP=1846;DPB=1846;DPRA=0;EPP=3418.74;EPPR=576.279;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998729;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62159;QR=10375;RO=264;RPL=0;RPP=3418.74;RPPR=576.279;RPR=1573;RUN=1;SAF=1573;SAP=3418.74;SAR=0;SRF=264;SRP=576.279;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:785:148,637:148:5873:637:25183:-2028.04,0,-292.055 0/1:1061:116,936:116:4502:936:36976:-3007.52,0,-88.0498 dDocent_Contig_13292 92 . T C 1155.28 . 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AB=0.478111;ABP=10.2352;AC=4;AF=1;AN=4;AO=830;CIGAR=1X12M;DP=1736;DPB=1535.38;DPRA=0;EPP=1805.33;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32977;QR=7320;RO=193;RPL=0;RPP=1805.33;RPPR=422.104;RPR=830;RUN=1;SAF=830;SAP=1805.33;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:813:91,254,422:91:3431:254,422:9966,16839:-1897.79,-1105.63,-1310.32,-538.414,0,-692.532 1|1:923:102,395,408:102:3889:395,408:15588,16138:-2260.78,-1008.95,-1209.06,-963.528,0,-1159.73 dDocent_Contig_13295 16 . T A 4742.87 . AB=0.763819;ABP=123.314;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=152;CIGAR=1X2M2X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=333.074;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980263;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5974;QR=1819;RO=47;RPL=0;RPP=333.074;RPPR=105.07;RPR=152;RUN=1;SAF=152;SAP=333.074;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:72:23,49:23:887:49:1938:-152.958,0,-58.4648 0|1:127:24,103:24:932:103:4036:-325.029,0,-45.9553 dDocent_Contig_13296 36 . T C 424.995 . AB=0.0508475;ABP=209.779;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=3512;RO=90;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=198.443;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:32,7,3:32:1243:7,3:284,119:-13.7949,0,-100.01,-13.6354,-92.3213,-114.843 0|1:76:58,15,3:58:2269:15,3:605,123:-32.4036,0,-182.004,-39.71,-176.366,-225.334 dDocent_Contig_13297 98 . N T 2817.47 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3122;QR=0;RO=0;RPL=103;RPP=226.672;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:32:0,31:0:0:31:916:-82.6434,-9.33193,0 1/1:72:0,72:0:0:72:2206:-198.802,-21.6742,0 dDocent_Contig_13298 26 . T A 77.0531 . AB=0.125;ABP=81.1833;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=2254;RO=56;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=124.613;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:15,4:15:605:4:163:-9.33886,0,-49.0652 0/1:45:41,4:41:1649:4:163:-1.51208,0,-135.087 dDocent_Contig_13299 22 . T A 157.195 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.94444;EPP=20.3821;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=49.3333;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.688889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=1751;RO=45;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=100.727;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:674:0:0:0,-5.41854,-58.4397 0/1:35:27,8:27:1077:8:310:-17.7195,0,-63.402 dDocent_Contig_13300 8 . C T 35.9568 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=1.11111;EPP=11.6962;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=2050;RO=53;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=118.098;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,4:26:1001:4:155:-5.29454,0,-81.3706 0/0:27:27,0:27:1049:0:0:0,-8.12781,-94.7166 dDocent_Contig_13301 107 . A G 166.726 . AB=0.192982;ABP=49.6779;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.804348;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=1688;RO=46;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=102.898;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:28,5:28:1031:5:185:-7.07602,0,-83.17 0/1:24:18,6:18:657:6:224:-13.2955,0,-52.237 dDocent_Contig_13302 141 . C T 5006.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=158;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=346.103;EPPR=24.725;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.968354;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5953;QR=389;RO=10;RPL=0;RPP=346.103;RPPR=24.725;RPR=158;RUN=1;SAF=0;SAP=346.103;SAR=158;SRF=0;SRP=24.725;SRR=10;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:77:5,72:5:194:72:2717:-226.879,-5.34647,0 1/1:91:5,86:5:195:86:3236:-273.471,-9.46953,0 dDocent_Contig_13303 12 . A T 192.757 . AB=0.164384;ABP=74.4309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.967213;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=491;QR=2427;RO=61;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=135.47;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:27,7:27:1075:7:286:-15.8798,0,-86.807 0/1:39:34,5:34:1352:5:205:-7.09484,0,-110.201 dDocent_Contig_13304 135 . T C 209.242 . AB=0.207547;ABP=42.3836;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=1579;RO=41;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=92.0407;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:18,2:18:700:2:67:-0.339075,0,-57.3074 0/1:33:23,9:23:879:9:360:-22.9195,0,-69.5817 dDocent_Contig_13305 18 . C T 360.102 . AB=0.285714;ABP=25.3454;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.890411;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=2888;RO=73;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=161.528;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:33,2:33:1317:2:81:0,-2.85032,-111.111 0/1:56:40,16:40:1571:16:606:-38.0102,0,-124.772 dDocent_Contig_13306 156 . A T 147.04 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=630;RO=16;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=37.7539;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:398:4:156:-10.202,0,-31.9655 0/1:9:6,3:6:232:3:117:-8.20094,0,-18.5352 dDocent_Contig_13307 9 . C A 43.3627 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=1.31579;EPP=11.6962;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1540;RO=40;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=89.8692;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:734:0:0:0,-5.71957,-66.3909 0/1:25:21,4:21:806:4:150:-6.33625,0,-65.3363 dDocent_Contig_13308 79 . T C 59.5135 . AB=0.127907;ABP=106.433;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=121.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.90411;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=2567;RO=73;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=68;SRP=121.073;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:32,6:32:1125:6:207:-7.5291,0,-90.1152 0|1:48:41,5:41:1442:5:174:-1.80884,0,-115.881 dDocent_Contig_13309 32 . T G 56.4828 . AB=0.105769;ABP=143.404;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.791667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=585;QR=6735;RO=168;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=367.818;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:79:75,4:75:2997:4:156:0,-9.36725,-255.404 0/1:104:93,11:93:3738:11:429:-7.64828,0,-305.117 dDocent_Contig_13310 1 . N A 138.662 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X1M6I2M;DP=4;DPB=10;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:4:0,4:0:0:4:150:-13.8659,-1.20412,0 dDocent_Contig_13311 27 . T C 761.117 . AB=0.23871;ABP=94.9266;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=114.97;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58;MQMR=40.9576;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.415254;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1399;QR=4441;RO=118;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=259.244;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=98;SRP=114.97;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:62,20:62:2389:20:750:-43.0817,0,-151.717 0/1:73:56,17:56:2052:17:649:-36.729,0,-101.695 dDocent_Contig_13312 24 . G A 8646.12 . AB=0.259516;ABP=728.876;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=375;CIGAR=1X;DP=1445;DPB=1445;DPRA=0;EPP=817.312;EPPR=2326.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999065;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14486;QR=41056;RO=1070;RPL=0;RPP=817.312;RPPR=2326.49;RPR=375;RUN=1;SAF=375;SAP=817.312;SAR=0;SRF=1070;SRP=2326.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:605:406,199:406:15486:199:7636:-504.897,0,-1210.79 0/1:840:664,176:664:25570:176:6850:-363.414,0,-2046.73 dDocent_Contig_13315 150 . A G 85.6933 . 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AB=0.103093;ABP=135.739;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1M1I1M1X;DP=207;DPB=210.333;DPRA=0.881818;EPP=24.725;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=7819;RO=196;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=428.619;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=196;SRP=428.619;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:110:109,0:109:4379:0:0:0,-32.8123,-393.712 0|1:97:87,10:87:3440:10:379:-5.26368,0,-280.46 dDocent_Contig_13319 11 . G A 1377.39 . 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G T 100.437 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=2019;RO=50;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=111.584;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:23,2:23:939:2:81:-0.159984,0,-77.2835 0/1:33:27,6:27:1080:6:240:-12.0405,0,-87.5525 dDocent_Contig_13321 37 . T G 138.724 . 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AB=0.502732;ABP=3.03403;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=184;CIGAR=1X;DP=366;DPB=366;DPRA=0;EPP=393.923;EPPR=396.047;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9783;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.98913;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7241;QR=7198;RO=181;RPL=0;RPP=402.561;RPPR=396.047;RPR=184;RUN=1;SAF=183;SAP=393.923;SAR=1;SRF=181;SRP=396.047;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:82,22:82:3257:22:842:-44.7769,0,-261.882 0/1:262:99,162:99:3941:162:6399:-496.669,0,-275.705 dDocent_Contig_13327 13 . T C 1419.55 . AB=0.725806;ABP=30.4689;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1819;QR=685;RO=17;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=39.9253;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:7,17:7:281:17:679:-54.2154,0,-18.4373 0/1:38:10,28:10:404:28:1140:-91.4382,0,-25.2803 dDocent_Contig_13328 13 . T C 289.123 . AB=0.168317;ABP=99.5226;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=692;QR=3387;RO=84;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=185.414;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:48,10:48:1936:10:405:-19.3503,0,-156.972 0/1:43:36,7:36:1451:7:287:-13.2609,0,-117.89 dDocent_Contig_13330 59 . G C 43897.7 . 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AB=0.0928074;ABP=623.724;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=431;DPB=431;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=698.602;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.2;MQMR=57.3059;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.825;PAIREDR=0.794344;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1585;QR=15147;RO=389;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=847.713;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=371;SRP=698.602;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:182,18:182:7039:18:709:-3.56434,0,-562.33 0/1:229:207,22:207:8108:22:876:-9.27737,0,-641.904 dDocent_Contig_13335 33 . T C 175.52 . 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AB=0.116959;ABP=220.932;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=584.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988806;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1000;QR=10743;RO=268;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=584.965;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=268;SRP=584.965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:122:117,5:117:4678:5:195:0,-18.8042,-403.011 0/1:171:151,20:151:6065:20:805:-21.2913,0,-494.124 dDocent_Contig_13341 98 . N G 58.9315 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41422,-0.60206,0 dDocent_Contig_13342 203 . A G 888.895 . AB=0.358491;ABP=21.4473;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.868421;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1376;QR=2440;RO=68;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:42,19:42:1491:19:697:-44.6988,0,-116.111 0/1:45:26,19:26:949:19:679:-47.8896,0,-72.1816 dDocent_Contig_13343 29 . T C 461.873 . AB=0.287879;ABP=28.8048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.894737;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=767;QR=1868;RO=47;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=105.07;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:20,10:20:791:10:404:-27.6895,0,-62.4795 0/1:36:27,9:27:1077:9:363:-22.1967,0,-86.3846 dDocent_Contig_13344 107 . N A 376.393 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:184:-16.8632,-1.80618,0 1/1:7:0,7:0:0:7:224:-20.475,-2.10721,0 dDocent_Contig_13345 12 . G A 298.834 . AB=0.202703;ABP=59.8207;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=3.21739;EPP=35.5824;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=598;QR=3240;RO=82;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=181.071;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:876:0:0:0,-6.92369,-79.1329 0/1:74:59,15:59:2364:15:598:-31.8834,0,-190.629 dDocent_Contig_13346 18 . A T 908.865 . AB=0.324074;ABP=32.0437;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.771429;PAIREDR=0.945205;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1405;QR=2896;RO=73;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=161.528;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:35,21:35:1408:21:843:-59.3193,0,-110.115 0/1:52:38,14:38:1488:14:562:-35.2662,0,-118.505 dDocent_Contig_13347 26 . T A 224.129 . AB=0.22449;ABP=35.3165;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.815789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=1533;RO=38;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=85.5263;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:18,2:18:721:2:82:-1.75908,0,-59.1946 0/1:29:20,9:20:812:9:363:-24.3033,0,-64.6656 dDocent_Contig_13348 98 . N A 1057.52 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=45;CIGAR=3X;DP=45;DPB=48;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.1556;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=9;PQA=313;PQR=0;PRO=0;QA=1684;QR=0;RO=0;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=100.727;SAR=45;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:32:0,32:0:0:32:1193:-77.4167,-9.63296,0 1|1:13:0,13:0:0:13:491:-28.034,-3.91339,0 dDocent_Contig_13350 53 . T C 281.558 . AB=0.238806;ABP=42.7126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.921569;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=1861;RO=51;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:23,3:23:838:3:98:-1.31695,0,-67.9165 0/1:41:28,13:28:1023:13:468:-30.1129,0,-80.042 dDocent_Contig_13351 18 . T A 162.829 . AB=0.112994;ABP=233.272;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961783;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=806;QR=6344;RO=157;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=343.931;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:79,12:79:3192:12:481:-16.2473,0,-259.943 0/1:86:78,8:78:3152:8:325:-3.73048,0,-257.849 dDocent_Contig_13352 98 . N T 13486.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=438;CIGAR=1X;DP=440;DPB=440;DPRA=0;EPP=954.115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14982;QR=0;RO=0;RPL=438;RPP=954.115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=438;SAP=954.115;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:285:0,283:0:0:283:9701:-872.868,-85.1915,0 1/1:155:0,155:0:0:155:5281:-475.445,-46.6597,0 dDocent_Contig_13354 11 . T G 797.396 . AB=0.316832;ABP=32.4434;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.855072;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1263;QR=2691;RO=69;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=152.842;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:30,12:30:1175:12:465:-29.3897,0,-93.3918 0/1:59:39,20:39:1516:20:798:-54.0489,0,-118.923 dDocent_Contig_13355 18 . G C 211.258 . AB=0.152381;ABP=113.218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.921348;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=619;QR=3538;RO=89;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=196.271;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:42,5:42:1683:5:201:-4.32248,0,-137.545 0/1:58:47,11:47:1855:11:418:-20.5012,0,-149.697 dDocent_Contig_13356 24 . T G 1259.33 . AB=0.698413;ABP=24.5527;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=90.0666;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.977273;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1644;QR=696;RO=19;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=44.2683;RPR=44;RUN=1;SAF=43;SAP=90.0666;SAR=1;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:9,23:9:332:23:857:-67.8131,0,-20.5917 0/1:31:10,21:10:364:21:787:-61.8192,0,-23.7698 dDocent_Contig_13357 83 . G A 59.2101 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0.444444;EPP=11.6962;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=48.6667;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=1650;RO=48;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:420:4:139:-7.61998,0,-29.0895 0/0:36:36,0:36:1230:0:0:0,-10.8371,-106.555 dDocent_Contig_13358 98 . N T 576.676 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=41.3151;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.8;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=667;QR=0;RO=0;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=41.3151;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:298:-25.5357,-3.31133,0 1/1:14:0,14:0:0:14:369:-31.8309,-4.21442,0 dDocent_Contig_13361 151 . T C 153.263 . AB=0.142857;ABP=119.339;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=1.77966;EPP=35.5824;EPPR=326.56;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.95302;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=540;QR=5332;RO=149;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=326.56;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=326.56;SRR=149;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2132:0:0:0,-17.7608,-192.14 0/1:105:90,15:90:3200:15:540:-17.3263,0,-256.601 dDocent_Contig_13362 12 . C T 147.44 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=2M5I5M1X1M1X1M1X3M3X4M;DP=54;DPB=51.2727;DPRA=0.928571;EPP=16.0391;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=223;QR=661;RO=17;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=39.9253;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:6,6:6:225:6:223:-16.443,0,-16.6206 0|0:28:11,0:11:436:0:0:0,-3.31133,-39.2029 dDocent_Contig_13363 107 . N T 59.3625 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-5.93517,-0.60206,0 dDocent_Contig_13364 10 . G A 160.311 . AB=0.0714286;ABP=70.0157;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M2X2M3D1X2M3X4M;DP=55;DPB=51.5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1203;RO=31;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=70.3259;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:9,0,0,2:9:345:0,0,2:0,0,80:-3.91077,-6.62004,-34.9435,-6.62004,-34.9435,-34.9435,0,-28.3495,-28.3495,-27.7475 0|0:42:22,3,3,7:22:858:3,3,7:117,120,273:-15.8166,-12.822,-82.4445,-12.5525,-73.4616,-82.176,0,-60.9079,-60.6392,-68.4181 dDocent_Contig_13365 13 . G A 57.49 . 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AB=0.15625;ABP=35.8538;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M5I5M1X1M1X1M1X3M3X4M;DP=56;DPB=52.5714;DPRA=1.33333;EPP=13.8677;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=554;RO=14;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=33.4109;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:7,0:7:277:0:0:0,-2.10721,-24.909 0|1:32:7,5:7:277:5:187:-13.2115,0,-21.3048 dDocent_Contig_13367 93 . G C 1804.94 . AB=0.348936;ABP=49.5907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.890244;PAIREDR=0.869281;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2826;QR=5311;RO=153;RPL=44;RPP=3.96363;RPPR=3.36512;RPR=38;RUN=1;SAF=44;SAP=3.96363;SAR=38;SRF=74;SRP=3.36512;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:82,38:82:2850:38:1299:-81.0864,0,-220.622 0/1:115:71,44:71:2461:44:1527:-103.107,0,-187.13 dDocent_Contig_13368 10 . G A 1001.7 . AB=0.14557;ABP=520.206;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=1282;DPB=1282;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=2580.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3749;QR=46803;RO=1187;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=2580.55;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=1187;SRP=2580.55;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:474:405,69:405:16014:69:2716:-101.869,0,-1297.37 0/0:808:782,26:782:30789:26:1033:0,-149.97,-2675.15 dDocent_Contig_13369 33 . T A 34.897 . AB=0.0967742;ABP=134.349;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=450;QR=5298;RO=133;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=291.816;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:49,2:49:1969:2:82:0,-7.57285,-169.623 0/1:93:84,9:84:3329:9:368:-5.48956,0,-271.661 dDocent_Contig_13371 122 . C T 127.32 . AB=0.145985;ABP=152.144;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=38.1882;EPPR=248.461;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.5;MQMR=59.8376;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=657;QR=3819;RO=117;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=257.073;RPR=20;RUN=1;SAF=1;SAP=38.1882;SAR=19;SRF=1;SRP=248.461;SRR=116;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:77:67,10:67:2195:10:325:-6.38424,0,-174.547 0/1:60:50,10:50:1624:10:332:-10.0468,0,-128.377 dDocent_Contig_13372 45 . T A 2251.9 . AB=0.446328;ABP=7.43912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1M1D1X12M;DP=177;DPB=171.267;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3078;QR=2978;RO=80;RPL=79;RPP=174.557;RPPR=176.728;RPR=0;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:93:32,50,8:32:1197:50,8:1934,312:-149.19,0,-82.962,-133.178,-72.3657,-228.79 0|1:84:48,29,4:48:1781:29,4:1144,159:-79.6988,0,-137.02,-81.0562,-132.657,-225.582 dDocent_Contig_13373 8 . C A 4877.07 . AB=0.321782;ABP=170.192;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=195;CIGAR=1X;DP=606;DPB=606;DPRA=0;EPP=426.447;EPPR=893.314;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=57.9641;MQMR=56.2561;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7488;QR=15717;RO=410;RPL=0;RPP=426.447;RPPR=893.314;RPR=195;RUN=1;SAF=195;SAP=426.447;SAR=0;SRF=410;SRP=893.314;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:292:179,112:179:6896:112:4292:-298.274,0,-531.903 0/1:314:231,83:231:8821:83:3196:-193.132,0,-690.763 dDocent_Contig_13374 18 . C A 5462.75 . AB=0.228102;ABP=706.789;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=250;CIGAR=1X;DP=1096;DPB=1096;DPRA=0;EPP=545.878;EPPR=1835.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9779;QR=33356;RO=844;RPL=0;RPP=545.878;RPPR=1835.73;RPR=250;RUN=1;SAF=250;SAP=545.878;SAR=0;SRF=844;SRP=1835.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:401:256,144:256:10130:144:5660:-388.5,0,-790.332 0/1:695:588,106:588:23226:106:4119:-161.475,0,-1879.18 dDocent_Contig_13375 13 . G A 571.057 . AB=0.151394;ABP=267.956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=434;DPB=434;DPRA=1.37158;EPP=85.5263;EPPR=862.913;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5263;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1496;QR=15787;RO=396;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=862.913;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=396;SRP=862.913;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:183:183,0:183:7269:0:0:0,-55.0885,-653.866 0/1:251:213,38:213:8518:38:1496:-59.1057,0,-690.579 dDocent_Contig_13376 97 . T C 2837.81 . AB=0.146146;ABP=2176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=292;CIGAR=1X;DP=1998;DPB=1998;DPRA=0;EPP=637.08;EPPR=3707.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9873;QR=58717;RO=1706;RPL=292;RPP=637.08;RPPR=3707.54;RPR=0;RUN=1;SAF=292;SAP=637.08;SAR=0;SRF=1706;SRP=3707.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:929:764,165:764:26329:165:5624:-226.669,0,-2089.42 0/1:1069:942,127:942:32388:127:4249:-60.811,0,-2592.39 dDocent_Contig_13377 29 . T C 47192.2 . AB=0.838315;ABP=734.714;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1414;CIGAR=1X;DP=1550;DPB=1550;DPRA=0;EPP=3073.47;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999293;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=55563;QR=5185;RO=134;RPL=0;RPP=3073.47;RPPR=293.988;RPR=1414;RUN=1;SAF=1414;SAP=3073.47;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:736:118,617:118:4593:617:24342:-1967.17,0,-191.689 1/1:814:16,797:16:592:797:31221:-2753.74,-191.503,0 dDocent_Contig_13378 98 . N T 360.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,5:0:0:5:178:-16.1011,-1.50515,0 1/1:6:0,6:0:0:6:214:-19.6078,-1.80618,0 dDocent_Contig_13379 54 . T A 800.96 . AB=0.329787;ABP=26.6655;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.483871;PAIREDR=0.507937;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1238;QR=2546;RO=63;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:19,15:19:767:15:593:-43.4727,0,-59.116 0/1:60:44,16:44:1779:16:645:-40.3223,0,-142.255 dDocent_Contig_13380 1 . N G 104.463 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:112:-10.4457,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13381 35 . C A 492.697 . AB=0.387755;ABP=8.37251;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0.986842;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=888;QR=3064;RO=76;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=168.042;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:46,4:46:1851:4:158:0,-0.451226,-152.196 0/1:49:30,19:30:1213:19:730:-51.2689,0,-94.6904 dDocent_Contig_13384 98 . N T 94.2407 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=101;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42353,-0.90309,0 dDocent_Contig_13385 19 . C T 1122.75 . AB=0.189873;ABP=69.0066;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X5M;DP=79;DPB=85.3333;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=553;QR=1026;RO=26;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=59.4686;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:13,15,2:13:510:15,2:592,80:-44.7935,0,-37.4198,-42.1161,-35.344,-83.4548 0|1:49:13,23,13:13:516:23,13:912,473:-71.1801,0,-35.5699,-36.4852,-3.88996,-75.049 dDocent_Contig_13386 14 . T G 67.3071 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=3008;RO=84;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=185.414;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:39,6:39:1391:6:240:-8.42968,0,-111.929 0/0:45:45,0:45:1617:0:0:0,-13.5463,-145.808 dDocent_Contig_13387 37 . C T 95.3561 . AB=0.125;ABP=130.041;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=831;QR=7729;RO=197;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=430.79;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:91,13:91:3560:13:469:-11.2346,0,-289.136 0/0:116:106,10:106:4169:10:362:0,-1.99649,-342.261 dDocent_Contig_13388 74 . A C 69.3911 . AB=0.166667;ABP=49.335;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=1333;RO=40;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:873:6:198:-8.51137,0,-69.2464 0/1:16:14,2:14:460:2:70:-1.83092,0,-36.899 dDocent_Contig_13389 45 . T A 117.404 . AB=0.0983146;ABP=501.937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=356;DPB=356;DPRA=0;EPP=70.5741;EPPR=697.881;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1353;QR=12049;RO=320;RPL=1;RPP=70.5741;RPPR=697.881;RPR=34;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=320;SRP=697.881;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:181:161,19:161:6089:19:719:-10.7256,0,-493.675 0/1:175:159,16:159:5960:16:634:-4.71341,0,-483.669 dDocent_Contig_13390 8 . C A 15434.7 . AB=0.849408;ABP=629.721;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=502;CIGAR=1X;DP=591;DPB=591;DPRA=0;EPP=1093.09;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19172;QR=3333;RO=87;RPL=0;RPP=1093.09;RPPR=191.928;RPR=502;RUN=1;SAF=502;SAP=1093.09;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:344:43,299:43:1648:299:11442:-925.992,0,-45.2405 0/1:247:44,203:44:1685:203:7730:-621.178,0,-77.5581 dDocent_Contig_13391 47 . T C 408.076 . AB=0.454545;ABP=3.60252;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=729;RO=18;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=42.0968;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:324:3:110:-6.94811,0,-26.217 0/1:22:10,12:10:405:12:487:-37.5584,0,-30.1874 dDocent_Contig_13392 7 . A G 244.71 . AB=0.172414;ABP=138.166;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.76;PAIREDR=0.957265;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=783;QR=4446;RO=117;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=257.073;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:54,10:54:2049:10:344:-12.0219,0,-165.379 0/1:81:63,15:63:2397:15:439:-16.148,0,-192.319 dDocent_Contig_13394 30 . A G 52.3173 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.970149;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=2559;RO=67;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=148.499;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:38,1:38:1438:1:38:0,-7.9429,-125.89 0/1:34:29,5:29:1121:5:190:-7.23172,0,-90.9553 dDocent_Contig_13395 9 . C T 659.855 . AB=0.307692;ABP=32.2417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.873016;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1071;QR=2445;RO=63;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=139.813;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:20,18:20:778:18:682:-50.2708,0,-58.9089 0/1:53:43,10:43:1667:10:389:-19.4136,0,-134.335 dDocent_Contig_13396 184 . C T 141.206 . AB=0.16129;ABP=64.7922;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=2015;RO=52;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:983:3:113:-1.80615,0,-80.0311 0/1:33:26,7:26:1032:7:284:-16,0,-83.2379 dDocent_Contig_13397 128 . T C 3842.4 . AB=0.83871;ABP=64.7922;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=132;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=289.645;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4744;QR=609;RO=17;RPL=0;RPP=289.645;RPPR=39.9253;RPR=132;RUN=1;SAF=0;SAP=289.645;SAR=132;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:10,52:10:359:52:1840:-147.204,0,-13.9898 1/1:87:7,80:7:250:80:2904:-238.735,-3.34301,0 dDocent_Contig_13398 98 . N T 66.4841 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.64733,-0.60206,0 dDocent_Contig_13399 56 . C A 78.9795 . AB=0.113636;ABP=117.111;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0.778761;EPP=24.725;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=7603;RO=191;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=417.762;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:78,10:78:3135:10:397:-9.59692,0,-255.735 0/0:113:113,0:113:4468:0:0:0,-34.0164,-402.073 dDocent_Contig_13400 98 . N G 130.278 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:5:0,4:0:0:4:102:-9.32655,-1.20412,0 dDocent_Contig_13401 12 . G A 11136.9 . AB=0.737945;ABP=237.589;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=352;CIGAR=1X;DP=477;DPB=477;DPRA=0;EPP=767.369;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988636;PAIREDR=0.992;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14018;QR=5044;RO=125;RPL=0;RPP=767.369;RPPR=274.444;RPR=352;RUN=1;SAF=352;SAP=767.369;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:218:73,145:73:2943:145:5761:-452.676,0,-199.328 0/1:259:52,207:52:2101:207:8257:-664.713,0,-111.294 dDocent_Contig_13402 155 . A T 190.944 . AB=0.217391;ABP=34.9215;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=5.11111;EPP=24.725;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=1503;RO=45;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=100.727;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:36,10:36:1198:10:381:-20.7933,0,-94.2583 0/0:9:9,0:9:305:0:0:0,-2.70927,-27.7763 dDocent_Contig_13403 54 . A G 268.426 . AB=0.149606;ABP=138.445;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=755;QR=4217;RO=108;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:48,13:48:1877:13:513:-28.1532,0,-150.779 0/1:66:60,6:60:2340:6:242:-2.28897,0,-190.898 dDocent_Contig_13404 7 . A T 384.68 . AB=0.1875;ABP=98.0122;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X3M1X;DP=238;DPB=238;DPRA=0.888889;EPP=48.6112;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99505;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=805;QR=7751;RO=202;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=441.648;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:112:86,21,5:86:3300:21,5:805,201:-40.1669,0,-264.533,-49.4881,-254.29,-318.855 0|0:126:116,0,9:116:4451:0,9:0,362:0,-34.9195,-400.251,-5.07543,-370.417,-367.708 dDocent_Contig_13407 122 . C A 242.591 . AB=0.195652;ABP=77.0292;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0555556;PAIREDR=0.527027;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=611;QR=2363;RO=74;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=163.699;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:34,12:34:1102:12:405:-22.9285,0,-85.6293 0/1:46:40,6:40:1261:6:206:-5.02945,0,-99.9293 dDocent_Contig_13408 10 . C T 776.321 . AB=0.490909;ABP=3.04978;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851852;PAIREDR=0.678571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1080;QR=1128;RO=28;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=63.8115;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:9,11:9:365:11:444:-34.295,0,-27.1943 0/1:35:19,16:19:763:16:636:-47.036,0,-58.456 dDocent_Contig_13409 112 . A G 310.904 . AB=0.451613;ABP=3.64073;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.2143;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=483;QR=585;RO=17;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=39.9253;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:6,5:6:209:5:175:-12.7761,0,-15.8397 0/1:20:11,9:11:376:9:308:-22.0133,0,-28.1492 dDocent_Contig_13411 19 . G T 494.886 . AB=0.188406;ABP=119.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9459;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954955;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1046;QR=4452;RO=111;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=244.044;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:53,14:53:2120:14:556:-30.2087,0,-170.811 0/1:71:58,12:58:2332:12:490:-22.9788,0,-188.553 dDocent_Contig_13412 152 . C T 49.4016 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=1.33333;EPP=11.6962;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1517;RO=38;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:20,4:20:800:4:150:-6.63912,0,-65.0921 0/0:18:18,0:18:717:0:0:0,-5.41854,-64.8565 dDocent_Contig_13414 57 . G A 986.405 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1364;QR=1385;RO=35;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:10,10:10:399:10:399:-30.2479,0,-30.247 0/1:50:25,25:25:986:25:965:-72.0916,0,-73.9806 dDocent_Contig_13415 21 . T C 294.482 . AB=0.285714;ABP=19.7617;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967742;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=527;QR=2432;RO=62;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=137.642;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:32,1:32:1266:1:41:0,-5.83942,-110.11 0/1:42:30,12:30:1166:12:486:-31.4482,0,-92.5805 dDocent_Contig_13416 122 . C T 142.646 . AB=0.217391;ABP=34.9215;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=6.57143;EPP=24.725;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=331;QR=1453;RO=43;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=96.3836;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:240:0:0:0,-2.10721,-21.9349 0/1:46:36,10:36:1213:10:331:-16.2646,0,-95.6222 dDocent_Contig_13418 59 . T C 25631.7 . AB=0.858041;ABP=1242.31;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=955;CIGAR=1X;DP=1113;DPB=1113;DPRA=0;EPP=2076.77;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994764;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32247;QR=5276;RO=157;RPL=955;RPP=2076.77;RPPR=343.931;RPR=0;RUN=1;SAF=955;SAP=2076.77;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:561:57,503:57:1904:503:16912:-1352.99,0,-2.72912 0/1:552:100,452:100:3372:452:15335:-1213.83,0,-137.541 dDocent_Contig_13420 77 . A G 30.3061 . 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AB=0.0957096;ABP=433.184;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=572;DPB=572;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=1175.61;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1295;QR=21580;RO=540;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=1175.61;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=540;SRP=1175.61;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:303:274,29:274:10924:29:1174:-14.7249,0,-891.204 0/0:269:266,3:266:10656:3:121:0,-69.6971,-947.031 dDocent_Contig_13424 43 . G A 5339.42 . 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AB=0.431078;ABP=19.4732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=399;DPB=399;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6813;QR=8938;RO=227;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=495.935;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:172:87,85:87:3432:85:3363:-250.957,0,-257.163 0/1:227:140,87:140:5506:87:3450:-242.217,0,-427.064 dDocent_Contig_13429 136 . G A 3916.67 . AB=0.0622711;ABP=911.704;AC=0;AF=0;AN=4;AO=37;CIGAR=1X1M1X;DP=1026;DPB=1026;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=1709.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.918919;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1411;QR=29681;RO=786;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=1709.79;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=1709.79;SRR=786;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:480:437,3,37:437:16420:3,37:105,1328:0,-123.008,-1467.25,-23.1936,-1359.86,-1357.26 0|0:546:349,34,162:349:13261:34,162:1306,6088:-393.667,-391.514,-1468.8,0,-980.308,-1038.75 dDocent_Contig_13430 14 . T G 1795.95 . AB=0.74026;ABP=41.6174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2288;QR=701;RO=20;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=46.4397;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:12,24:12:413:24:971:-76.8479,0,-26.6545 0/1:41:8,33:8:288:33:1317:-106.446,0,-13.9227 dDocent_Contig_13432 35 . G A 1233.97 . AB=0.346405;ABP=34.3618;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=12.2288;EPPR=20.0346;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.679245;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1917;QR=3599;RO=100;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=220.158;RPR=53;RUN=1;SAF=19;SAP=12.2288;SAR=34;SRF=36;SRP=20.0346;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:40,41:40:1436:41:1470:-108.197,0,-105.137 0/1:72:60,12:60:2163:12:447:-18.8987,0,-173.221 dDocent_Contig_13433 98 . N C 2211.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972603;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2447;QR=0;RO=0;RPL=73;RPP=161.528;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:39:0,39:0:0:39:1312:-118.377,-11.7402,0 1/1:34:0,34:0:0:34:1135:-102.452,-10.235,0 dDocent_Contig_13435 52 . G C 5174.81 . AB=0.66;ABP=58.6;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6626;QR=3387;RO=85;RPL=165;RPP=361.303;RPPR=187.585;RPR=0;RUN=1;SAF=165;SAP=361.303;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:38,70:38:1524:70:2792:-218.881,0,-104.891 0/1:142:47,95:47:1863:95:3834:-302.299,0,-125.135 dDocent_Contig_13436 45 . T C 37.7026 . AB=0.109589;ABP=99.6557;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=3.20771;EPPR=3.35774;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.74;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=3719;RO=100;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=220.158;RPR=11;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=48;SRP=3.35774;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:65,8:65:2409:8:301:-5.46851,0,-195.046 0/0:38:35,3:35:1310:3:117:0,-0.53056,-107.272 dDocent_Contig_13438 107 . N G 81.1227 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:23:-2.29991,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50862,-0.60206,0 dDocent_Contig_13439 34 . A T 1254.85 . AB=0.545455;ABP=4.39215;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.809524;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1686;QR=1362;RO=35;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=79.0118;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:21,16:21:802:16:641:-46.885,0,-61.3496 0/1:40:14,26:14:560:26:1045:-82.299,0,-38.6989 dDocent_Contig_13440 42 . C T 125.81 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=1.30769;EPP=16.0391;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=215;QR=942;RO=24;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=55.1256;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:513:0:0:0,-3.91339,-46.5118 0/1:17:11,6:11:429:6:215:-14.581,0,-33.8394 dDocent_Contig_13441 29 . A C 198.19 . AB=0.169014;ABP=70.5706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.542373;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=2380;RO=59;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=131.127;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:20,2:20:805:2:82:-1.15702,0,-66.1449 0/1:49:39,10:39:1575:10:402:-21.7889,0,-127.232 dDocent_Contig_13442 58 . T G 390.097 . AB=0.233766;ABP=50.4161;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.661017;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=724;QR=2143;RO=59;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1028:7:282:-14.9155,0,-81.9776 0/1:41:30,11:30:1115:11:442:-27.7932,0,-88.3037 dDocent_Contig_13444 17 . T C 1513.72 . AB=0.37415;ABP=23.2331;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=3M1X2M;DP=147;DPB=148.167;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.763636;PAIREDR=0.825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2177;QR=3186;RO=80;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=176.728;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:49,4,5,16:49:1947:4,5,16:155,201,639:-37.8787,-39.8989,-198.983,-36.0643,-183.623,-194.849,0,-147.56,-143.727,-155.475 0|1:73:31,3,0,39:31:1239:3,0,39:118,0,1538:-117.192,-116.818,-217.971,-126.524,-218.874,-228.58,0,-92.354,-102.06,-90.3195 dDocent_Contig_13445 8 . C T 863.253 . AB=0.296;ABP=48.1943;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.945946;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1411;QR=3404;RO=88;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=194.1;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:43,24:43:1676:24:912:-62.2265,0,-130.928 0/1:58:45,13:45:1728:13:499:-27.7977,0,-138.316 dDocent_Contig_13449 18 . G A 3578.61 . AB=0.581731;ABP=15.0787;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1M13I1M1X3M1X;DP=208;DPB=434.571;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4710;QR=3362;RO=86;RPL=0;RPP=265.758;RPPR=189.757;RPR=121;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:116:35,80:35:1372:80:3132:-246.979,0,-88.7298 0|1:92:51,41:51:1990:41:1578:-114.581,0,-151.617 dDocent_Contig_13450 29 . T G 250.754 . AB=0.106132;ABP=574.333;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=1146;DPB=1146;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=2263.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4005;QR=40761;RO=1041;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=2263.51;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=1041;SRP=2263.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:424:379,45:379:14836:45:1713:-26.7743,0,-1206.67 0/0:722:662,60:662:25925:60:2292:0,-10.8684,-2124.81 dDocent_Contig_13453 70 . A G 34.5798 . AB=0.107843;ABP=139.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=1.37838;EPP=26.8965;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.921212;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=6013;RO=165;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=361.303;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:74:74,0:74:2697:0:0:0,-22.2762,-242.957 0/1:102:91,11:91:3316:11:398:-5.45783,0,-267.938 dDocent_Contig_13457 156 . C T 516.886 . AB=0.473684;ABP=3.23888;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=1.1875;EPP=42.0968;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=720;QR=2029;RO=52;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=115.927;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:32,0:32:1236:0:0:0,-9.63296,-111.505 0/1:38:20,18:20:793:18:720:-53.6886,0,-60.2509 dDocent_Contig_13458 19 . T C 35.6787 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=2.06667;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1685;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1072:4:158:-5.26673,0,-87.4351 0/0:15:15,0:15:613:0:0:0,-4.51545,-55.5068 dDocent_Contig_13459 48 . T C 63.5405 . AB=0.116667;ABP=79.5909;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=5027;RO=126;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=276.616;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:53,7:53:2120:7:286:-8.05302,0,-172.913 0/0:75:73,2:73:2907:2:82:0,-14.7976,-253.933 dDocent_Contig_13461 98 . N G 62.6926 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_13462 98 . N G 125.762 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=136;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:136:-12.576,-1.20412,0 dDocent_Contig_13463 125 . A C 1390.94 . AB=0.696203;ABP=29.4253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1844;QR=832;RO=24;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=55.1256;RPR=55;RUN=1;SAF=0;SAP=122.441;SAR=55;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:12,22:12:414:22:734:-56.1367,0,-27.3561 0/1:45:12,33:12:418:33:1110:-86.6563,0,-24.4076 dDocent_Contig_13464 10 . A T 116.829 . AB=0.140845;ABP=82.5596;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.52459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=2401;RO=61;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=135.47;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:888:4:156:-6.28839,0,-72.0972 0/1:44:38,6:38:1513:6:244:-9.0935,0,-123.172 dDocent_Contig_13465 107 . N G 75.9287 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59179,-0.60206,0 dDocent_Contig_13466 107 . N A 95.81 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:68:-6.3457,-0.90309,0 1/1:3:0,2:0:0:2:32:-2.9332,-0.60206,0 dDocent_Contig_13467 8 . C A 4982.64 . AB=0.668085;ABP=60.6791;AC=4;AF=1;AN=4;AO=157;CIGAR=2X4M;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=48.1911;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5918;QR=935;RO=24;RPL=0;RPP=343.931;RPPR=55.1256;RPR=157;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:147:14,3,20,108:14:545:3,20,108:119,777,4119:-347.729,-342.147,-386.035,-289.266,-324.26,-328.036,-17.8825,-52.8783,0,-30.1643 1|1:88:10,10,14,49:10:390:10,14,49:394,549,1799:-154.234,-124.827,-153.876,-112.75,-112.392,-140.595,-12.4337,-12.0751,0,-29.7421 dDocent_Contig_13468 93 . G A 15142.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=519;CIGAR=1X;DP=540;DPB=540;DPRA=0;EPP=1130;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17559;QR=731;RO=21;RPL=519;RPP=1130;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=519;SAP=1130;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:225:11,214:11:382:214:7241:-617.086,-33.0174,0 1/1:315:10,305:10:349:305:10318:-896.883,-63.0777,0 dDocent_Contig_13470 16 . T A 775.893 . AB=0.109497;ABP=1188.47;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=1734;DPB=1734;DPRA=0;EPP=348.274;EPPR=3423.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6308;QR=62842;RO=1575;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=3423.08;RPR=159;RUN=1;SAF=159;SAP=348.274;SAR=0;SRF=1575;SRP=3423.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:839:778,61:778:31055:61:2430:0,-33.7143,-2573.28 0/1:895:797,98:797:31787:98:3878:-79.5893,0,-2588.48 dDocent_Contig_13471 127 . T C 191.471 . 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AB=0.153846;ABP=84.19;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.287879;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=2620;RO=66;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=146.327;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:39,7:39:1556:7:283:-11.9956,0,-126.427 0/1:32:27,5:27:1064:5:205:-9.20205,0,-86.4053 dDocent_Contig_13474 107 . N C 114.27 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:86:-8.02501,-0.90309,0 dDocent_Contig_13475 30 . T C 3673.4 . 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AB=0.322581;ABP=11.486;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.885714;EPP=24.725;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=2156;RO=54;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=120.27;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:35:34,0:34:1348:0:0:0,-10.235,-121.187 0|1:31:20,10:20:808:10:388:-25.8383,0,-63.5965 dDocent_Contig_13477 16 . T C 988.857 . AB=0.586207;ABP=6.75422;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1592;QR=6839;RO=173;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=378.675;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:156:149,7:149:5905:7:280:0,-21.3889,-505.679 0/1:58:24,34:24:934:34:1312:-100.886,0,-66.8956 dDocent_Contig_13478 38 . C G 7552.61 . AB=0.117371;ABP=273.873;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=1X2M1X3M;DP=426;DPB=425.286;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=968;QR=2917;RO=77;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=170.214;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:213:45,0,45,118:45:1712:0,45,118:0,1757,4697:-377.209,-390.755,-531.16,-246.336,-386.739,-373.193,-4.02208,-144.428,0,-108.907 0|0:213:32,25,37,113:32:1205:25,37,113:968,1437,4517:-381.751,-311.868,-403.071,-273.325,-292.537,-360.916,-19.3341,-38.5446,0,-84.0465 dDocent_Contig_13479 105 . T C 239.461 . AB=0.30303;ABP=14.1309;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=913;RO=23;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:597:5:204:-12.7234,0,-48.0445 0/1:13:8,5:8:316:5:205:-14.9216,0,-24.8907 dDocent_Contig_13480 107 . N G 894.285 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=986;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=0;RPR=32;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,5:0:0:5:158:-14.422,-1.50515,0 1/1:28:0,27:0:0:27:828:-74.7054,-8.12781,0 dDocent_Contig_13482 63 . T G 1271.5 . AB=0.641791;ABP=14.7103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1671;QR=858;RO=24;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:17,20:17:623:20:797:-60.9109,0,-45.2573 0/1:30:7,23:7:235:23:874:-69.9381,0,-12.4425 dDocent_Contig_13484 117 . A C 3661.71 . AB=0.531034;ABP=5.43636;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=290;DPB=290;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5074;QR=4387;RO=136;RPL=0;RPP=337.417;RPPR=298.331;RPR=154;RUN=1;SAF=0;SAP=337.417;SAR=154;SRF=0;SRP=298.331;SRR=136;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:48,68:48:1570:68:2208:-164.062,0,-106.661 0/1:174:88,86:88:2817:86:2866:-205.808,0,-201.39 dDocent_Contig_13486 30 . G A 195.003 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=50.4615;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.538462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=2077;RO=52;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=115.927;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:795:5:188:-9.59934,0,-64.337 0/1:40:32,8:32:1282:8:284:-13.5999,0,-103.604 dDocent_Contig_13487 186 . C T 1902.38 . AB=0.100196;ABP=709.694;AC=0;AF=0;AN=4;AO=51;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=509;DPB=509;DPRA=0;EPP=29.6215;EPPR=298.44;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1660;QR=10821;RO=318;RPL=13;RPP=29.6215;RPPR=298.44;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=113.755;SAR=51;SRF=0;SRP=693.539;SRR=318;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:234:181,7,6,40:181:6228:7,6,40:194,190,1445:-63.4922,-102.64,-606.3,-102.695,-593.121,-606.661,0,-490.475,-490.535,-493.78 0|0:275:137,44,29,62:137:4593:44,29,62:1466,999,2116:-130.445,-53.0418,-411.753,-90.5519,-343.866,-453.781,0,-253.315,-290.827,-353.296 dDocent_Contig_13488 47 . G A 324.284 . AB=0.48;ABP=3.09716;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.66667;EPP=29.068;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=459;QR=1125;RO=28;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=63.8115;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:13,12:13:522:12:459:-34.1274,0,-39.798 0/0:15:15,0:15:603:0:0:0,-4.51545,-54.608 dDocent_Contig_13490 14 . T C 377.767 . AB=0.152439;ABP=175.086;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X1M1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992754;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1347;QR=10877;RO=276;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=602.337;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:164:138,25:138:5421:25:985:-39.4756,0,-438.306 0|0:148:138,9:138:5456:9:362:0,-11.6712,-457.976 dDocent_Contig_13493 97 . A T 99.3142 . AB=0.151899;ABP=86.1585;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=7637;RO=244;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=532.85;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:79:67,12:67:2118:12:390:-11.6304,0,-167.103 0/0:185:177,8:177:5519:8:255:0,-32.4293,-473.64 dDocent_Contig_13494 53 . T C 52664.4 . AB=0.852041;ABP=1057.95;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1580;CIGAR=1X;DP=1739;DPB=1739;DPRA=0;EPP=3433.94;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62445;QR=6242;RO=158;RPL=1580;RPP=3433.94;RPPR=346.103;RPR=0;RUN=1;SAF=1580;SAP=3433.94;SAR=0;SRF=158;SRP=346.103;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:759:14,745:14:566:745:29382:-2590.52,-177.2,0 0/1:980:144,835:144:5676:835:33063:-2677.62,0,-215.585 dDocent_Contig_13496 9 . C T 211.392 . AB=0.3125;ABP=12.7819;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=375;QR=850;RO=22;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=50.7827;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:8,7:8:311:7:265:-19.6955,0,-23.8389 0/1:17:14,3:14:539:3:110:-5.14259,0,-43.7376 dDocent_Contig_13497 45 . G A 2513.9 . AB=0.629921;ABP=21.6302;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=7M1X;DP=127;DPB=148;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3188;QR=976;RO=25;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=57.2971;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:14,8,36:14:540:8,36:280,1436:-114.085,-95.531,-137.458,0,-21.5971,-33.5248 0|1:69:11,13,44:11:436:13,44:410,1752:-141.003,-111.366,-143.341,0,-2.99649,-22.6768 dDocent_Contig_13498 107 . N G 42.7507 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:45:-4.27396,-0.60206,0 dDocent_Contig_13499 106 . N T 239.356 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9.5;DPRA=8;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=37;PQR=0;PRO=0;QA=262;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1|1:8:0,8:0:0:8:262:-23.7581,-2.40824,0 dDocent_Contig_13501 107 . N T 69.9975 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:75:-6.99921,-0.90309,0 dDocent_Contig_13503 74 . G A 6638.91 . AB=0.264493;ABP=534.864;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=292;CIGAR=1X;DP=1104;DPB=1104;DPRA=0;EPP=637.08;EPPR=1766.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997537;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11112;QR=31491;RO=812;RPL=292;RPP=637.08;RPPR=1766.25;RPR=0;RUN=1;SAF=292;SAP=637.08;SAR=0;SRF=812;SRP=1766.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:543:421,122:421:16355:122:4639:-254.057,0,-1307.41 0/1:561:391,170:391:15136:170:6473:-413.533,0,-1192.41 dDocent_Contig_13504 106 . N A 250.551 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=268;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1|1:8:0,8:0:0:8:233:-21.2543,-2.40824,0 dDocent_Contig_13505 133 . A G 4760.54 . AB=0.436681;ABP=18.9597;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=200;CIGAR=1X;DP=458;DPB=458;DPRA=0;EPP=437.305;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6858;QR=8853;RO=257;RPL=0;RPP=437.305;RPPR=561.079;RPR=200;RUN=1;SAF=0;SAP=437.305;SAR=200;SRF=0;SRP=561.079;SRR=257;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:179:100,79:100:3474:79:2681:-187.657,0,-259.003 0/1:279:157,121:157:5379:121:4177:-292.096,0,-400.236 dDocent_Contig_13506 13 . T C 33925.8 . AB=0.738558;ABP=715.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1065;CIGAR=1X;DP=1442;DPB=1442;DPRA=0;EPP=2315.63;EPPR=817.312;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42597;QR=15084;RO=375;RPL=0;RPP=2315.63;RPPR=817.312;RPR=1065;RUN=1;SAF=1065;SAP=2315.63;SAR=0;SRF=375;SRP=817.312;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:740:250,490:250:10059:490:19603:-1539.84,0,-681.862 0/1:702:125,575:125:5025:575:22994:-1856.44,0,-241.127 dDocent_Contig_13507 43 . C A 696.949 . AB=0.345679;ABP=19.7655;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.754717;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1079;QR=2116;RO=53;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=118.098;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:21,15:21:846:15:581:-41.7802,0,-65.6163 0/1:45:32,13:32:1270:13:498:-31.6137,0,-101.015 dDocent_Contig_13509 39 . C A 368.52 . AB=0.202128;ABP=75.4543;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=757;QR=2994;RO=75;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=165.871;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1250:9:352:-19.695,0,-100.421 0/1:53:43,10:43:1744:10:405:-20.856,0,-141.217 dDocent_Contig_13510 98 . N T 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13513 25 . G A 40766.4 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=73;CIGAR=1X1M1X;DP=1377;DPB=1377;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2806;QR=2533;RO=67;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=148.499;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:636:34,24,574:34:1287:24,574:922,22420:-1900.02,-1834.57,-1932.84,-67.2795,-97.1,0 0|0:741:33,49,657:33:1246:49,657:1884,25452:-2176.32,-2031.59,-2118.95,-95.6702,-43.1118,0 dDocent_Contig_13514 8 . C T 890.094 . AB=0.542373;ABP=3.93042;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1220;QR=1002;RO=26;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=59.4686;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:17,15:17:651:15:583:-43.1801,0,-49.2926 0/1:27:9,17:9:351:17:637:-49.5282,0,-23.8161 dDocent_Contig_13516 98 . N C 25064.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=867;CIGAR=1X;DP=868;DPB=868;DPRA=0;EPP=1885.68;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9908;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998847;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27848;QR=0;RO=0;RPL=867;RPP=1885.68;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=867;SAP=1885.68;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:435:0,434:0:0:434:13880:-1249.04,-130.647,0 1/1:433:0,433:0:0:433:13968:-1257.07,-130.346,0 dDocent_Contig_13517 145 . G A 698.347 . AB=0.52;ABP=3.18402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=5.55556;EPP=59.4686;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=962;QR=1235;RO=33;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=74.6689;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:351:0:0:0,-2.70927,-31.9518 0/1:50:24,26:24:884:26:962:-71.8347,0,-64.8126 dDocent_Contig_13518 107 . N T 168.607 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.76405;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=184;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:184:-16.8606,-1.80618,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13519 106 . N C 143.491 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=2X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:5:0,5:0:0:5:156:-14.349,-1.50515,0 dDocent_Contig_13520 109 . A G 322.495 . AB=0.193548;ABP=104.159;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=800;QR=3423;RO=100;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=220.158;RPR=24;RUN=1;SAF=0;SAP=55.1256;SAR=24;SRF=0;SRP=220.158;SRR=100;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:59,19:59:2043:19:634:-33.8949,0,-160.667 0/1:46:41,5:41:1380:5:166:-1.41942,0,-110.646 dDocent_Contig_13521 98 . N T 2548.73 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2822;QR=0;RO=0;RPL=81;RPP=178.9;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0,30:0:0:30:1062:-95.8922,-9.0309,0 1/1:51:0,51:0:0:51:1760:-158.679,-15.3525,0 dDocent_Contig_13522 54 . T A 3998.25 . AB=0.285714;ABP=234.737;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=181;CIGAR=1X;DP=1152;DPB=1152;DPRA=0;EPP=396.047;EPPR=2109.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6996;QR=38357;RO=970;RPL=181;RPP=396.047;RPPR=2109.34;RPR=0;RUN=1;SAF=181;SAP=396.047;SAR=0;SRF=970;SRP=2109.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:581:415,166:415:16430:166:6407:-401.524,0,-1302.52 0/0:571:555,15:555:21927:15:589:0,-118.647,-1918.28 dDocent_Contig_13523 19 . C A 32.2826 . AB=0.106667;ABP=103.796;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.555556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=5027;RO=126;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=276.616;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:59,5:59:2356:5:196:0,-1.25287,-194.185 0/1:75:67,8:67:2671:8:305:-5.22788,0,-217.939 dDocent_Contig_13525 10 . T C 35.4416 . AB=0.0883838;ABP=585.776;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=787;DPB=787;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=1579.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9959;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.599174;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2392;QR=28947;RO=726;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=1579.5;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=726;SRP=1579.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:396:361,35:361:14413:35:1380:-5.24301,0,-1176.87 0/0:391:365,25:365:14534:25:1012:0,-26.3983,-1215.61 dDocent_Contig_13529 107 . N T 794.193 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=875;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:311:-28.2944,-3.0103,0 1/1:22:0,20:0:0:20:564:-50.8239,-6.0206,0 dDocent_Contig_13530 19 . T C 211.677 . AB=0.142857;ABP=119.339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=157.426;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.133333;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=3574;RO=90;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=198.443;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=85;SRP=157.426;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:44,4:44:1745:4:164:-0.700459,0,-142.821 0/1:57:46,11:46:1829:11:444:-23.1569,0,-147.662 dDocent_Contig_13531 94 . T A 406.235 . AB=0.333333;ABP=17.4868;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X2M1X;DP=89;DPB=100;DPRA=2.06897;EPP=46.4397;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=44;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=2235;RO=69;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:29:29,0:29:932:0:0:0,-8.72987,-84.073 0|1:60:40,20:40:1303:20:673:-42.6235,0,-99.3621 dDocent_Contig_13532 46 . T A 11810.3 . AB=0.162146;ABP=1647.83;AC=0;AF=0;AN=4;AO=269;CIGAR=1X2M2X;DP=1659;DPB=1659;DPRA=0;EPP=587.136;EPPR=1876.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.996283;PAIREDR=0.998841;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9211;QR=29816;RO=863;RPL=269;RPP=587.136;RPPR=1876.99;RPR=0;RUN=1;SAF=269;SAP=587.136;SAR=0;SRF=863;SRP=1876.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:816:455,95,265:455:15709:95,265:3252,9038:-596.39,-469.38,-1717.08,0,-1012.32,-1196.52 0|0:843:408,174,258:408:14107:174,258:5959,8768:-588.344,-227.421,-1321.37,0,-662.583,-1068.66 dDocent_Contig_13533 62 . T C 119.276 . AB=0.294118;ABP=9.26925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=1.88889;EPP=13.8677;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=788;RO=20;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:12,5:12:478:5:204:-13.6265,0,-38.2522 0/0:9:8,0:8:310:0:0:0,-2.40824,-27.8501 dDocent_Contig_13534 33 . T G 257.496 . AB=0.117647;ABP=24.5973;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M3D9M;DP=45;DPB=41.5333;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=696;RO=18;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=42.0968;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:28:12,0,2,2,8,3:12:470:0,2,2,8,3:0,79,52,244,108:-15.9309,-19.5432,-58.2253,-13.0297,-51.7204,-51.1183,-15.4745,-54.1562,-47.6515,-53.5542,0,-38.6955,-32.1905,-34.6309,-36.2872,-10.7199,-49.4122,-42.9066,-45.3438,-29.8841,-48.5091 0|0:17:6,2,0,0,4,5:6:226:2,0,0,4,5:74,0,0,133,187:-13.5177,-9.2682,-27.1923,-15.3239,-27.7944,-33.8481,-15.3239,-27.7944,-33.8481,-33.8481,-4.57828,-17.0455,-23.0978,-23.0978,-21.8937,0,-12.4786,-18.5335,-18.5335,-7.7874,-17.0284 dDocent_Contig_13535 76 . T G 5113.39 . AB=0.787611;ABP=165.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=178;CIGAR=1X3M;DP=226;DPB=226;DPRA=0;EPP=389.532;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6435;QR=1222;RO=34;RPL=178;RPP=389.532;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=178;SAP=389.532;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:95:20,7,67:20:721:7,67:240,2423:-191.778,-178.316,-235.043,0,-39.3658,-38.6768 0|1:131:14,6,111:14:501:6,111:215,4012:-323.26,-309.94,-348.985,0,-23.3162,-7.43684 dDocent_Contig_13536 11 . T G 2172.01 . AB=0.416216;ABP=14.2902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.824074;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3068;QR=4330;RO=108;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=237.529;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:63,47:63:2515:47:1881:-136.374,0,-193.38 0/1:75:45,30:45:1815:30:1187:-84.5258,0,-140.977 dDocent_Contig_13538 17 . T A 5821.37 . AB=0.735849;ABP=28.6173;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=182;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=398.218;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7140;QR=1041;RO=26;RPL=0;RPP=398.218;RPPR=59.4686;RPR=182;RUN=1;SAF=182;SAP=398.218;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:155:12,143:12:473:143:5627:-463.374,-3.74397,0 0/1:53:14,39:14:568:39:1513:-120.461,0,-35.5071 dDocent_Contig_13539 35 . G C 742.206 . AB=0.234043;ABP=89.6382;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.757576;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1330;QR=4298;RO=108;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=237.529;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:53,25:53:2122:25:1002:-66.9941,0,-167.686 0/1:63:55,8:55:2176:8:328:-10.9255,0,-177.053 dDocent_Contig_13540 33 . A G 321.424 . 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AB=0.276923;ABP=31.1058;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=2X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.914894;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=705;QR=1838;RO=47;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=105.07;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:13:8,5:8:313:5:190:-13.552,0,-24.6197 0|1:52:39,13:39:1525:13:515:-31.0433,0,-121.842 dDocent_Contig_13542 53 . A T 125.847 . AB=0.384615;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=2.16667;EPP=13.8677;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=565;RO=14;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:324:5:198:-14.2836,0,-25.6149 0/0:6:6,0:6:241:0:0:0,-1.80618,-22.0661 dDocent_Contig_13543 65 . C T 990.449 . AB=0.538462;ABP=3.84548;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=1.47727;EPP=79.0118;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1337;QR=2787;RO=74;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1652:0:0:0,-13.2453,-148.927 0/1:65:30,35:30:1135:35:1337:-101.045,0,-82.868 dDocent_Contig_13544 16 . T C 19802.1 . 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AB=0.196581;ABP=96.5692;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.652174;PAIREDR=0.468085;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=879;QR=3540;RO=94;RPL=23;RPP=52.9542;RPPR=207.129;RPR=0;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:33,12:33:1248:12:456:-27.8418,0,-99.0634 0/1:72:61,11:61:2292:11:423:-16.7495,0,-184.817 dDocent_Contig_13549 20 . T C 3421.99 . AB=0.141538;ABP=1816.66;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=230;CIGAR=1X;DP=1625;DPB=1625;DPRA=0;EPP=502.449;EPPR=3032.21;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9281;QR=56025;RO=1395;RPL=0;RPP=502.449;RPPR=3032.21;RPR=230;RUN=1;SAF=230;SAP=502.449;SAR=0;SRF=1395;SRP=3032.21;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:774:703,71:703:28274:71:2883:-26.5532,0,-2309 0/1:851:692,159:692:27751:159:6398:-319.344,0,-2238.84 dDocent_Contig_13550 13 . A T 107.89 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.605634;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2733;RO=71;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=157.185;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:934:6:235:-12.4879,0,-75.3373 0/0:51:47,2:47:1799:2:79:0,-7.64744,-154.649 dDocent_Contig_13551 137 . T C 250.467 . 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AB=0.133333;ABP=108.11;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=3097;RO=78;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=172.385;SRR=78;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:40,7:40:1586:7:280:-11.4216,0,-128.819 0/1:43:38,5:38:1511:5:204:-5.79974,0,-123.286 dDocent_Contig_13553 75 . T C 18709.6 . AB=0.752979;ABP=516.092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=695;CIGAR=1X;DP=923;DPB=923;DPRA=0;EPP=1512.18;EPPR=498.106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23918;QR=7985;RO=228;RPL=695;RPP=1512.18;RPPR=498.106;RPR=0;RUN=1;SAF=695;SAP=1512.18;SAR=0;SRF=228;SRP=498.106;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:389:105,284:105:3671:284:9757:-761.052,0,-213.493 0/1:534:123,411:123:4314:411:14161:-1113.61,0,-227.694 dDocent_Contig_13554 86 . T C 38.0145 . 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AB=0.189189;ABP=96.1489;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1197;QR=9119;RO=230;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=502.449;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:90,21:90:3553:21:832:-41.7798,0,-286.391 0/0:149:140,9:140:5566:9:365:0,-11.639,-467.544 dDocent_Contig_13560 123 . A G 885.731 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=298;CIGAR=1X;DP=311;DPB=311;DPRA=0;EPP=650.109;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5638;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684564;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11922;QR=513;RO=13;RPL=0;RPP=650.109;RPPR=31.2394;RPR=298;RUN=1;SAF=298;SAP=650.109;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:118:7,111:7:287:111:4441:-373.286,-9.31631,0 1/1:193:6,187:6:226:187:7481:-651.884,-37.4023,0 dDocent_Contig_13562 72 . A C 154.961 . AB=0.168539;ABP=87.9417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=2195;RO=74;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:31,4:31:930:4:134:-1.85494,0,-73.4496 0/1:54:43,11:43:1265:11:370:-17.3632,0,-97.8648 dDocent_Contig_13563 40 . T C 1662.43 . AB=0.739726;ABP=39.4494;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.685185;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2126;QR=764;RO=19;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=44.2683;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:9,21:9:367:21:832:-66.1607,0,-24.3644 0/1:43:10,33:10:397:33:1294:-103.781,0,-23.1437 dDocent_Contig_13564 95 . A C 365.614 . AB=0.246575;ABP=43.7328;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=3.1137;EPPR=16.0391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.190476;PAIREDR=0.5625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=784;QR=3534;RO=96;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=3.1137;SAR=10;SRF=60;SRP=16.0391;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:41,3:41:1489:3:115:0,-2.52211,-123.554 0/1:73:55,18:55:2045:18:669:-38.5614,0,-162.309 dDocent_Contig_13565 98 . N C 195.224 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=206;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6681,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_13569 54 . T A 466.65 . AB=0.130564;ABP=402.516;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=337;DPB=337;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.840909;PAIREDR=0.832765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1680;QR=11574;RO=293;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=639.252;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:131,21:131:5147:21:785:-25.2033,0,-417.365 0/1:185:162,23:162:6427:23:895:-25.1606,0,-522.493 dDocent_Contig_13570 98 . N T 77.5814 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=3;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1/1:3:0,3:0:0:3:78:-7.27939,-0.90309,0 dDocent_Contig_13571 67 . T G 94.7052 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=365;QR=2873;RO=79;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:47,3:47:1695:3:111:0,-4.69758,-142.477 0/1:39:32,7:32:1178:7:254:-11.4705,0,-94.5867 dDocent_Contig_13573 21 . G A 3667.08 . AB=0.696429;ABP=59.3135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=117;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=0;EPP=257.073;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4674;QR=2042;RO=51;RPL=0;RPP=257.073;RPPR=113.755;RPR=117;RUN=1;SAF=117;SAP=257.073;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:18,48:18:717:48:1919:-153.046,0,-44.9874 0/1:102:33,69:33:1325:69:2755:-217.361,0,-88.8096 dDocent_Contig_13574 95 . G T 689.322 . AB=0.378049;ABP=13.6028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.806452;PAIREDR=0.490196;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1074;QR=1743;RO=51;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:20,18:20:666:18:628:-45.4079,0,-48.8118 0/1:44:31,13:31:1077:13:446:-27.2233,0,-83.9956 dDocent_Contig_13575 88 . T A 328.719 . AB=0.275362;ABP=33.2536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=1213;RO=50;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:31,5:31:723:5:161:-3.97127,0,-54.4593 0/1:33:19,14:19:490:14:469:-32.5973,0,-34.4176 dDocent_Contig_13576 111 . A G 65.1949 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0.516129;EPP=13.8677;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=1383;RO=42;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=94.2121;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1020:0:0:0,-9.33193,-92.1005 0/1:16:11,5:11:363:5:145:-8.51949,0,-28.1731 dDocent_Contig_13577 98 . N C 64.5896 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_13579 19 . G A 605.396 . AB=0.552632;ABP=3.9246;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.764706;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=833;QR=684;RO=17;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=39.9253;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:8,6:8:320:6:239:-17.6704,0,-24.9524 0/1:24:9,15:9:364:15:594:-46.5682,0,-25.9002 dDocent_Contig_13580 107 . N A 102.592 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_13581 36 . A T 164.07 . AB=0.105932;ABP=321.333;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X1M1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=430.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.873096;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=967;QR=7687;RO=197;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=430.79;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=197;SRP=430.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:92,12,9:92:3610:12,9:459,359:-9.95283,0,-293.266,-8.07513,-267.312,-302.259 0|1:123:105,13,5:105:4077:13,5:508,197:-10.1531,0,-331.039,-25.553,-318.744,-359.003 dDocent_Contig_13582 10 . T G 12347 . AB=0.838983;ABP=474.109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=396;CIGAR=1X;DP=472;DPB=472;DPRA=0;EPP=862.913;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.798;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.84507;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15339;QR=2836;RO=71;RPL=0;RPP=862.913;RPPR=157.185;RPR=396;RUN=1;SAF=396;SAP=862.913;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:202:38,162:38:1508:162:6260:-502.535,0,-75.3747 0/1:270:33,234:33:1328:234:9079:-735.861,0,-39.0228 dDocent_Contig_13583 48 . C A 1742.57 . AB=0.298701;ABP=84.3136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2742;QR=6400;RO=161;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=352.617;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:121:88,33:88:3469:33:1321:-82.7254,0,-275.829 0/1:110:73,36:73:2931:36:1421:-95.2307,0,-230.977 dDocent_Contig_13585 50 . T C 1693.13 . AB=0.207692;ABP=292.451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=747;DPB=747;DPRA=1.09244;EPP=178.9;EPPR=1449.21;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990991;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3204;QR=26395;RO=666;RPL=81;RPP=178.9;RPPR=1449.21;RPR=0;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=666;SRP=1449.21;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:390:309,81:309:12212:81:3204:-171.012,0,-980.879 0/0:357:357,0:357:14183:0:0:0,-107.468,-1275.43 dDocent_Contig_13586 16 . T A 329.475 . AB=0.318182;ABP=15.6443;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X5M;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=18.5208;EPPR=45.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=540;QR=1067;RO=27;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=61.6401;RPR=14;RUN=1;SAF=12;SAP=18.5208;SAR=2;SRF=25;SRP=45.5551;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:9,0,3:9:346:0,3:0,122:-7.76013,-10.4694,-38.8562,0,-28.7874,-27.8843 0|1:32:18,3,11:18:721:3,11:114,418:-28.8863,-26.0751,-84.584,0,-51.2223,-56.1407 dDocent_Contig_13587 72 . C T 217.899 . AB=0.207792;ABP=60.1172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=532;QR=2135;RO=61;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1112:4:135:-1.64594,0,-89.5468 0/1:41:29,12:29:1023:12:397:-23.7031,0,-80.0264 dDocent_Contig_13588 61 . G A 334.313 . AB=0.211765;ABP=64.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5;MQMR=59.7313;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.641791;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=689;QR=2570;RO=67;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:1008:6:230:-11.4312,0,-81.3829 0/1:53:41,12:41:1562:12:459:-25.6991,0,-124.865 dDocent_Contig_13589 41 . G C 22529.9 . AB=0.663927;ABP=258.592;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=727;CIGAR=1X3M1X1M1X;DP=1095;DPB=1095;DPRA=0;EPP=1581.67;EPPR=763.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997175;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=28719;QR=13545;RO=354;RPL=0;RPP=1581.67;RPPR=763.05;RPR=727;RUN=1;SAF=727;SAP=1581.67;SAR=0;SRF=354;SRP=771.712;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:571:158,405:158:6024:405:16023:-1271.16,0,-372.306 0|1:524:196,322:196:7521:322:12696:-985.527,0,-520.378 dDocent_Contig_13591 110 . T C 174.223 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.65;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=1553;RO=40;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,6:17:660:6:234:-14.0992,0,-52.3965 0/1:27:23,4:23:893:4:164:-7.02209,0,-72.5406 dDocent_Contig_13592 61 . T A 185.365 . AB=0.32;ABP=10.0459;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X5M;DP=25;DPB=22.5;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=450;RO=12;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=29.068;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:14:6,2,6:6:219:2,6:79,201:-14.4161,-9.70634,-27.0061,0,-11.3559,-16.0582 0|1:11:6,3,2:6:231:3,2:117,75:-7.81932,0,-18.0708,-3.48791,-12.8329,-21.849 dDocent_Contig_13593 198 . A T 3063.61 . AB=0.305489;ABP=140.704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=128;CIGAR=1X;DP=419;DPB=419;DPRA=0;EPP=280.959;EPPR=634.909;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4842;QR=11209;RO=291;RPL=128;RPP=280.959;RPPR=634.909;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=280.959;SAR=128;SRF=0;SRP=634.909;SRR=291;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:215:159,56:159:6116:56:2120:-126.306,0,-485.644 0/1:204:132,72:132:5093:72:2722:-183.753,0,-396.963 dDocent_Contig_13594 14 . G A 2707.35 . AB=0.297143;ABP=128.112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X2M;DP=350;DPB=350;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=489.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4151;QR=8745;RO=224;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=489.42;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=224;SRP=489.42;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:194:103,16,74:103:4053:16,74:646,2945:-211.468,-189.218,-517.769,0,-280.109,-311.089 0|1:156:121,5,30:121:4692:5,30:197,1206:-62.9656,-83.1853,-467.097,0,-369.216,-376.391 dDocent_Contig_13595 98 . N A 632.089 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=692;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0,18:0:0:18:597:-54.0437,-5.41854,0 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86398,-0.90309,0 dDocent_Contig_13596 24 . T A 20507.1 . AB=0.508136;ABP=3.78766;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=687;CIGAR=1X;DP=1352;DPB=1352;DPRA=0;EPP=1494.81;EPPR=1442.7;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995475;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27368;QR=26386;RO=663;RPL=0;RPP=1494.81;RPPR=1442.7;RPR=687;RUN=1;SAF=687;SAP=1494.81;SAR=0;SRF=663;SRP=1442.7;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:607:345,260:345:13726:260:10301:-744.029,0,-1051.91 0/1:745:318,427:318:12660:427:17067:-1310.38,0,-914.225 dDocent_Contig_13597 98 . N A 443.172 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=482;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:276:-25.1393,-2.70927,0 1/1:6:0,6:0:0:6:206:-18.8768,-1.80618,0 dDocent_Contig_13598 22 . A G 762.009 . AB=0.261538;ABP=67.2191;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1310;QR=3814;RO=96;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=211.472;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:58,30:58:2298:30:1156:-77.8228,0,-180.508 0/1:42:38,4:38:1516:4:154:-1.5893,0,-124.042 dDocent_Contig_13599 107 . N G 151.941 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:134:-12.3913,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 dDocent_Contig_13600 145 . C T 129.944 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.04;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.755556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=1732;RO=45;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:792:6:246:-14.6933,0,-63.7737 0/0:25:25,0:25:940:0:0:0,-7.52575,-84.8785 dDocent_Contig_13602 161 . A T 845.982 . AB=0.205;ABP=154.188;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=339.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1643;QR=6255;RO=159;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=339.643;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=92.0407;SAR=41;SRF=0;SRP=348.274;SRR=159;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:59,28:59:2311:28:1122:-75.0762,0,-181.976 0/1:113:100,13:100:3944:13:521:-13.221,0,-320.953 dDocent_Contig_13603 44 . T C 6365.66 . AB=0.725632;ABP=125.499;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=201;CIGAR=1X;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=439.476;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8041;QR=2992;RO=76;RPL=0;RPP=439.476;RPPR=168.042;RPR=201;RUN=1;SAF=201;SAP=439.476;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:51,71:51:1982:71:2842:-219.156,0,-141.839 0/1:155:25,130:25:1010:130:5199:-421.109,0,-44.5348 dDocent_Contig_13604 24 . T C 215.877 . AB=0.108911;ABP=405.55;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=642;DPB=642;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=1286.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986464;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1952;QR=23432;RO=591;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=1286.35;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=591;SRP=1286.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:303:269,33:269:10648:33:1269:-23.2866,0,-866.462 0/0:339:322,17:322:12784:17:683:0,-40.2495,-1087.85 dDocent_Contig_13605 114 . C T 622.849 . AB=0.4;ABP=9.09042;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=217;DPB=217;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1287;QR=5802;RO=179;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=391.704;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=391.704;SRR=179;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:147:137,10:137:4456:10:342:0,-13.1401,-370.124 0/1:70:42,28:42:1346:28:945:-64.2849,0,-100.351 dDocent_Contig_13606 23 . T G 451.645 . AB=0.316667;ABP=20.5268;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1M1D3M1X3M;DP=60;DPB=57.3333;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=728;QR=1429;RO=36;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=81.1833;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:13,8,2:13:512:8,2:290,80:-19.7298,0,-39.7058,-17.0456,-35.5231,-58.5823 0|1:37:23,11,3:23:917:11,3:438,123:-29.1337,0,-72.1946,-25.9026,-65.3524,-100.516 dDocent_Contig_13607 120 . T A 62.8019 . AB=0.137931;ABP=69.053;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.810127;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=350;QR=2749;RO=79;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=174.557;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1043:2:70:0,-2.98556,-87.5339 0/1:58:49,8:49:1706:8:280:-8.28019,0,-136.594 dDocent_Contig_13608 38 . T A 203.46 . AB=0.257143;ABP=20.9405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0.833333;EPP=22.5536;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.691176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=2722;RO=68;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=150.67;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,9:26:1021:9:358:-22.045,0,-81.6449 0/0:42:42,0:42:1701:0:0:0,-12.6433,-153.306 dDocent_Contig_13610 35 . A G 32.2185 . AB=0.0612245;ABP=84.9501;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.638889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=2881;RO=72;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=159.356;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:34,3,0,0:34:1345:3,0,0:119,0,0:0,-0.0427151,-110.215,-10.235,-111.118,-120.914,-10.235,-111.118,-120.914,-120.914 0|0:49:38,3,5,3:38:1536:3,5,3:121,202,114:-5.21962,-6.68247,-132.423,0,-116.672,-125.141,-7.31618,-123.978,-117.299,-133.049 dDocent_Contig_13611 76 . T C 400.434 . AB=0.352941;ABP=12.5903;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=1223;RO=33;RPL=6;RPP=7.35324;RPPR=3.0761;RPR=12;RUN=1;SAF=6;SAP=7.35324;SAR=12;SRF=16;SRP=3.0761;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:585:6:218:-13.3468,0,-46.356 0/1:29:17,12:17:638:12:431:-30.3955,0,-49.0184 dDocent_Contig_13612 45 . A G 338.282 . AB=0.121324;ABP=341.792;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=517;DPB=517;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=1027.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978814;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1787;QR=18593;RO=472;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=1027.95;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=472;SRP=1027.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:245:233,12:233:9161:12:482:0,-30.0206,-780.258 0/1:272:239,33:239:9432:33:1305:-35.8282,0,-766.445 dDocent_Contig_13613 65 . T A 3483.94 . AB=0.473077;ABP=4.64726;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=123;CIGAR=1X;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4778;QR=5314;RO=137;RPL=123;RPP=270.101;RPPR=300.502;RPR=0;RUN=1;SAF=123;SAP=270.101;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:155:63,92:63:2436:92:3625:-279.65,0,-172.735 0/1:105:74,31:74:2878:31:1153:-72.4431,0,-227.523 dDocent_Contig_13614 73 . T A 3809.45 . AB=0.186644;ABP=999.181;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=218;CIGAR=2X;DP=1168;DPB=1168;DPRA=0;EPP=476.391;EPPR=2055.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995413;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8168;QR=30759;RO=945;RPL=218;RPP=476.391;RPPR=2055.05;RPR=0;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=945;SRP=2055.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:554:390,163:390:12801:163:6068:-379.226,0,-985.163 0|1:614:555,55:555:17958:55:2100:-5.41787,0,-1432.21 dDocent_Contig_13615 107 . N T 224.822 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:7:0,7:0:0:7:246:-22.4822,-2.10721,0 dDocent_Contig_13616 36 . T A 970.014 . AB=0.291045;ABP=53.8292;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=71.2168;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.74359;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1560;QR=3693;RO=95;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=209.3;RPR=39;RUN=1;SAF=37;SAP=71.2168;SAR=2;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:44,26:44:1707:26:1041:-72.9109,0,-132.8 0/1:64:51,13:51:1986:13:519:-27.7894,0,-159.683 dDocent_Contig_13617 209 . N G 152.953 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21354,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_13618 7 . A G 657.701 . AB=0.574468;ABP=5.27418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851852;PAIREDR=0.85;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=922;QR=775;RO=20;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=46.4397;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:9,15:9:351:15:507:-38.7196,0,-24.7271 0/1:23:11,12:11:424:12:415:-30.7495,0,-31.5903 dDocent_Contig_13619 98 . N T 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13620 186 . G A 93.1392 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=916;RO=23;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:7,4:7:281:4:151:-10.6418,0,-22.3501 0/1:18:16,2:16:635:2:81:-2.26719,0,-52.0641 dDocent_Contig_13621 39 . G A 1323.51 . AB=0.60274;ABP=9.70319;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.840909;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1749;QR=1168;RO=29;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=65.983;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:9,32:9:368:32:1279:-103.036,0,-21.1431 0/1:32:20,12:20:800:12:470:-33.0141,0,-62.6809 dDocent_Contig_13622 52 . C T 35.2716 . AB=0.104651;ABP=119.765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=70.7208;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.649351;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=358;QR=3047;RO=77;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=63;SRP=70.7208;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:38,4:38:1499:4:160:-2.14054,0,-122.514 0/1:44:39,5:39:1548:5:198:-4.95118,0,-126.32 dDocent_Contig_13623 11 . A G 111.985 . AB=0.1;ABP=30.8051;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X3M1X2M2X2M1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.05263;EPP=7.35324;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=58;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=1124;RO=29;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=65.983;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:11,2,5:11:434:2,5:77,197:-12.8974,-9.8917,-44.999,0,-29.3947,-34.2075 0|0:19:18,0,0:18:690:0,0:0,0:0,-5.41854,-62.0189,-5.41854,-62.0189,-62.0189 dDocent_Contig_13624 10 . T C 66.1118 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.60714;EPP=16.0391;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.597015;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=2682;RO=67;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=148.499;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1111:0:0:0,-8.42884,-100.278 0/1:45:39,6:39:1571:6:242:-8.61118,0,-128.08 dDocent_Contig_13625 70 . G A 137.659 . AB=0.153846;ABP=84.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=175;DPB=175;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.797468;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=601;QR=5685;RO=158;RPL=8;RPP=3.13803;RPPR=4.38465;RPR=9;RUN=1;SAF=8;SAP=3.13803;SAR=9;SRF=74;SRP=4.38465;SRR=84;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:78:66,12:66:2363:12:429:-15.4649,0,-189.435 0|0:97:92,5:92:3322:5:172:0,-13.3835,-283.342 dDocent_Contig_13626 51 . T C 53.6681 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.742857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1404;RO=35;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:11,3:11:447:3:121:-7.06578,0,-36.3717 0/0:25:24,1:24:957:1:40:0,-3.53007,-82.4351 dDocent_Contig_13627 98 . N A 361.86 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=12;DPB=41;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=58;PQA=1939;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:6:0,6:0:0:6:207:-18.602,-1.80618,0 1|1:6:0,6:0:0:6:193:-17.2828,-1.80618,0 dDocent_Contig_13628 40 . G A 8192.53 . AB=0.316852;ABP=291.742;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=314;CIGAR=1X;DP=991;DPB=991;DPRA=0;EPP=684.853;EPPR=1473.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993631;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12464;QR=26473;RO=677;RPL=0;RPP=684.853;RPPR=1473.1;RPR=314;RUN=1;SAF=314;SAP=684.853;SAR=0;SRF=677;SRP=1473.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:451:356,95:356:14027:95:3786:-204.982,0,-1125.69 0/1:540:321,219:321:12446:219:8678:-617.97,0,-956.818 dDocent_Contig_13629 37 . T C 566.807 . AB=0.217742;ABP=88.8185;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.618557;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1078;QR=3807;RO=97;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=213.643;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:42,10:42:1658:10:394:-20.163,0,-133.803 0/1:72:55,17:55:2149:17:684:-40.2166,0,-171.927 dDocent_Contig_13630 21 . C T 596.867 . AB=0.372881;ABP=11.2913;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0.842857;EPP=50.7827;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.626168;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=876;QR=4213;RO=107;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=235.358;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:37,22:37:1476:22:876:-61.3856,0,-115.329 0/0:70:70,0:70:2737:0:0:0,-21.0721,-246.473 dDocent_Contig_13631 28 . C A 1784.58 . AB=0.334842;ABP=55.3713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2757;QR=5714;RO=147;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=322.217;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:85,27:85:3288:27:989:-55.5954,0,-262.324 0/1:109:62,47:62:2426:47:1768:-126.562,0,-185.713 dDocent_Contig_13632 130 . A T 621.081 . AB=0.0830325;ABP=421.321;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X2M1X3M;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=24.253;EPPR=17.0198;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=11.2174;MQMR=42.2581;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.370968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=2180;RO=62;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=137.642;RPR=23;RUN=1;SAF=4;SAP=24.253;SAR=19;SRF=21;SRP=17.0198;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:111:29,9,3,70:29:985:9,3,70:113,110,881:-32.5052,-36.0123,-105.575,-39.0177,-106.069,-110.383,0,-67.1787,-70.1528,-51.287 0|0:166:33,14,12,104:33:1195:14,12,104:171,446,1109:-33.3019,-37.4939,-113.751,-39.4735,-114.207,-116.332,0,-74.8357,-76.8107,-49.2358 dDocent_Contig_13633 24 . T C 24386.2 . AB=0.775739;ABP=650.868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=761;CIGAR=1X1M;DP=981;DPB=981;DPRA=0;EPP=1655.5;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30366;QR=7756;RO=194;RPL=0;RPP=1655.5;RPPR=424.276;RPR=761;RUN=1;SAF=761;SAP=1655.5;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:481:50,0,430:50:1996:0,430:0,17190:-1400.83,-1415.88,-1580.27,0,-164.43,-34.9871 0|1:500:144,25,331:144:5760:25,331:1009,13176:-1041.49,-1001.66,-1468.59,0,-391.277,-374.813 dDocent_Contig_13634 107 . N T 103.706 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=106;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93894,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.12954,-0.60206,0 dDocent_Contig_13635 51 . C T 670.871 . AB=0.201117;ABP=141.9;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.4539;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.574468;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1357;QR=5298;RO=141;RPL=28;RPP=27.1378;RPPR=28.8986;RPR=8;RUN=1;SAF=28;SAP=27.1378;SAR=8;SRF=91;SRP=28.8986;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:66,29:66:2417:29:1083:-68.7814,0,-188.668 0/1:82:75,7:75:2881:7:274:-0.340025,0,-234.655 dDocent_Contig_13637 35 . A C 67.03 . AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.842105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=345;QR=3026;RO=76;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=168.042;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1197:2:75:0,-2.51416,-100.886 0/1:53:46,7:46:1829:7:270:-8.70299,0,-148.864 dDocent_Contig_13638 46 . T G 90.1648 . AB=0.0922787;ABP=769.728;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=1134;DPB=1134;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=2252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998092;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3364;QR=41698;RO=1048;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=2252.73;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=1048;SRP=2278.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:531:482,49:482:19176:49:1893:-10.7154,0,-1564.39 0/0:603:566,37:566:22522:37:1471:0,-48.8874,-1892.4 dDocent_Contig_13639 21 . T C 83.7085 . AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0.963636;EPP=18.2106;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.633663;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=4049;RO=101;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=222.329;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:46,7:46:1861:7:285:-10.0698,0,-151.732 0/0:55:55,0:55:2188:0:0:0,-16.5566,-197.093 dDocent_Contig_13640 82 . C T 86.3772 . AB=0.126214;ABP=128.007;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=1.0404;EPP=31.2394;EPPR=413.419;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=459;QR=6566;RO=189;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=413.419;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=189;SRP=413.419;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:99:99,0:99:3448:0:0:0,-29.802,-310.54 0/1:103:90,13:90:3118:13:459:-10.6377,0,-249.84 dDocent_Contig_13641 107 . N G 554.383 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=605;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:250:-22.8466,-2.10721,0 1/1:10:0,10:0:0:10:355:-32.2906,-3.0103,0 dDocent_Contig_13644 27 . C A 2114.41 . AB=0.303704;ABP=93.3757;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=91;CIGAR=1X;DP=387;DPB=387;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=645.766;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3601;QR=11696;RO=296;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=645.766;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=296;SRP=645.766;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:117:108,9:108:4321:9:327:0,-5.45859,-359.071 0/1:270:188,82:188:7375:82:3274:-213.441,0,-582.108 dDocent_Contig_13647 10 . G C 2711.52 . AB=0.464646;ABP=5.15984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3711;QR=4186;RO=105;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=231.015;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:34,45:34:1363:45:1814:-139.446,0,-98.9024 0/1:118:71,47:71:2823:47:1897:-135.405,0,-218.659 dDocent_Contig_13648 27 . G A 1349.96 . AB=0.403226;ABP=13.0971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.78;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1949;QR=2914;RO=74;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=163.699;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:49,22:49:1921:22:857:-56.0729,0,-151.716 0/1:53:25,28:25:993:28:1092:-82.6215,0,-73.7104 dDocent_Contig_13650 88 . A G 214.492 . AB=0.322581;ABP=11.486;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=375;QR=804;RO=21;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:8,6:8:310:6:220:-15.9402,0,-24.0492 0/1:17:13,4:13:494:4:155:-9.20793,0,-39.6883 dDocent_Contig_13651 8 . C G 344.423 . AB=0.2;ABP=65.5487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1M1X20M;DP=80;DPB=78.4545;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=1464;RO=39;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=87.6977;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:20,4,12:20:747:4,12:143,455:-31.3008,-25.6633,-85.6267,0,-49.5209,-57.5669 0|1:36:19,0,4:19:717:0,4:0,153:-6.84045,-12.56,-71.3294,0,-58.7729,-57.5688 dDocent_Contig_13652 30 . C A 6380.98 . AB=0.395556;ABP=66.9674;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=267;CIGAR=1X;DP=675;DPB=675;DPRA=0;EPP=582.793;EPPR=888.971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9386;QR=15301;RO=408;RPL=0;RPP=582.793;RPPR=888.971;RPR=267;RUN=1;SAF=267;SAP=582.793;SAR=0;SRF=408;SRP=888.971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:384:238,146:238:8883:146:5161:-348.998,0,-683.628 0/1:291:170,121:170:6418:121:4225:-292.799,0,-489.937 dDocent_Contig_13653 66 . A G 169.259 . AB=0.217391;ABP=34.9215;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0909091;PAIREDR=0.605263;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=393;QR=3922;RO=114;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=250.558;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:36,10:36:1232:10:357:-18.6248,0,-97.3283 0/0:79:78,1:78:2690:1:36:0,-20.1831,-238.743 dDocent_Contig_13654 41 . T C 22326.8 . AB=0.880694;ABP=583.33;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=682;CIGAR=1X;DP=749;DPB=749;DPRA=0;EPP=1475.28;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997067;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26823;QR=2575;RO=66;RPL=1;RPP=1475.28;RPPR=146.327;RPR=681;RUN=1;SAF=682;SAP=1483.95;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:288:11,276:11:431:276:10915:-942.55,-47.6044,0 0/1:461:55,406:55:2144:406:15908:-1291.83,0,-54.361 dDocent_Contig_13656 11 . T A 3918.08 . AB=0.162465;ABP=1416.13;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=232;CIGAR=1X;DP=1428;DPB=1428;DPRA=0;EPP=506.792;EPPR=2597.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9170;QR=45564;RO=1195;RPL=0;RPP=506.792;RPPR=2597.92;RPR=232;RUN=1;SAF=232;SAP=506.792;SAR=0;SRF=1195;SRP=2597.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:624:510,113:510:19419:113:4473:-214.879,0,-1558.98 0/1:804:685,119:685:26145:119:4697:-180.628,0,-2109.4 dDocent_Contig_13657 61 . A G 101.525 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=1.06;EPP=20.3821;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.778947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=3563;RO=95;RPL=4;RPP=3.0103;RPPR=3.03316;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=3.0103;SAR=4;SRF=48;SRP=3.03316;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:45,8:45:1706:8:305:-11.8514,0,-137.838 0/0:50:50,0:50:1857:0:0:0,-15.0515,-167.373 dDocent_Contig_13658 25 . A G 174.396 . AB=0.181818;ABP=51.3749;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990291;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=477;QR=4056;RO=103;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=226.672;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:60:58,2:58:2267:2:81:0,-10.3761,-196.516 0/1:55:45,10:45:1789:10:396:-19.4396,0,-144.667 dDocent_Contig_13659 48 . T C 33.3646 . AB=0.111111;ABP=73.9451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=3062;RO=77;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=170.214;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:46,6:46:1828:6:230:-5.03521,0,-148.713 0/0:33:31,2:31:1234:2:82:0,-2.15431,-103.558 dDocent_Contig_13660 36 . T C 276.444 . AB=0.25;ABP=31.2394;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X2M1I4M;DP=52;DPB=54;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.973684;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=515;QR=1489;RO=38;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=85.5263;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:23:17,5:17:655:5:202:-11.5392,0,-52.2589 0|1:29:21,8:21:834:8:313:-19.8042,0,-66.6479 dDocent_Contig_13661 10 . G A 484.787 . AB=0.12844;ABP=395.13;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=472;DPB=472;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=925.886;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1845;QR=16808;RO=425;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=925.886;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=425;SRP=925.886;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:145:140,5:140:5497:5:193:0,-25.9106,-476.862 0/1:327:285,42:285:11311:42:1652:-50.4787,0,-918.808 dDocent_Contig_13662 34 . C A 79.4092 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0.72;EPP=11.6962;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.615385;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1561;RO=39;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=87.6977;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:554:4:163:-9.63989,0,-44.7794 0/0:25:25,0:25:1007:0:0:0,-7.52575,-90.925 dDocent_Contig_13663 19 . A G 1140.13 . AB=0.464286;ABP=3.94093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.15;PAIREDR=0.921053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1604;QR=3018;RO=76;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=168.042;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:45,39:45:1784:39:1564:-115.712,0,-135.488 0/0:32:31,1:31:1234:1:40:0,-5.63728,-107.333 dDocent_Contig_13664 8 . C A 2805.05 . AB=0.556818;ABP=7.94546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974359;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3741;QR=2991;RO=78;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=172.385;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:13,54:13:500:54:2052:-164.745,0,-25.1787 0/1:109:65,44:65:2491:44:1689:-119.459,0,-191.581 dDocent_Contig_13665 129 . G A 178.066 . AB=0.409091;ABP=4.58955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=451;RO=13;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=31.2394;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=31.2394;SRR=13;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:7,2:7:241:2:70:-3.93813,0,-19.3171 0/1:13:6,7:6:210:7:235:-17.5649,0,-15.3291 dDocent_Contig_13666 11 . G A 3260.32 . AB=0.528037;ABP=4.47148;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=54.9505;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.90099;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4375;QR=4009;RO=101;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=222.329;RPR=113;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:44,66:44:1742:66:2575:-198.802,0,-110.45 0/1:104:57,47:57:2267:47:1800:-130.929,0,-157.76 dDocent_Contig_13667 34 . T A 10668.4 . AB=0.285619;ABP=602.603;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=429;CIGAR=1X;DP=1502;DPB=1502;DPRA=0;EPP=934.572;EPPR=2333;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16928;QR=42535;RO=1073;RPL=0;RPP=934.572;RPPR=2333;RPR=429;RUN=1;SAF=429;SAP=934.572;SAR=0;SRF=1073;SRP=2333;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:704:546,158:546:21661:158:6226:-348.221,0,-1735.77 0/1:798:527,271:527:20874:271:10702:-722.319,0,-1636.75 dDocent_Contig_13668 98 . N T 78.3714 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03393,-0.60206,0 dDocent_Contig_13669 7 . A G 261.614 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=1.54545;EPP=33.4109;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.811594;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=478;QR=2639;RO=69;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=152.842;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1279:0:0:0,-9.93399,-115.399 0/1:51:36,14:36:1360:14:478:-28.1614,0,-107.509 dDocent_Contig_13671 98 . N A 90.5111 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:97:-9.05057,-0.90309,0 dDocent_Contig_13672 106 . N T 99.4455 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.3807,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.2611,-0.60206,0 dDocent_Contig_13673 11 . C T 34.6827 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0.863636;EPP=9.52472;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=1504;RO=38;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=85.5263;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:877:0:0:0,-6.62266,-79.2406 0/1:19:16,3:16:627:3:120:-5.46812,0,-51.0448 dDocent_Contig_13674 24 . G C 53.6895 . AB=0.109756;ABP=111.478;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=2X3M1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.863014;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=2877;RO=73;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=161.528;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:41,4:41:1617:4:160:-1.23708,0,-132.233 0|1:37:32,5:32:1260:5:201:-7.33299,0,-102.542 dDocent_Contig_13675 10 . G A 33939 . AB=0.825696;ABP=1128.93;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1009;CIGAR=1X2M;DP=1222;DPB=1222;DPRA=0;EPP=2133.65;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=59.773;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.942517;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39612;QR=3222;RO=82;RPL=0;RPP=2194.03;RPPR=181.071;RPR=1009;RUN=1;SAF=1002;SAP=2133.65;SAR=7;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:637:16,66,543:16:631:66,543:2644,21285:-1910.37,-1697.36,-1729.4,-165.918,0,-54.3677 0|1:585:66,51,466:66:2591:51,466:2024,18327:-1487.23,-1340.71,-1538.45,0,-46.7035,-72.8046 dDocent_Contig_13676 20 . A G 304.41 . AB=0.233333;ABP=40.0701;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.936047;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=6848;RO=172;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=376.504;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:46,14:46:1842:14:554:-32.14,0,-147.928 0/0:132:126,6:126:5006:6:234:0,-18.3093,-428.994 dDocent_Contig_13677 114 . C T 661.682 . AB=0.384615;ABP=12.0303;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966667;PAIREDR=0.6875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1030;QR=1617;RO=48;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=107.241;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:791:6:201:-9.3885,0,-62.4639 0/1:48:24,24:24:826:24:829:-60.4787,0,-60.2069 dDocent_Contig_13679 209 . N G 154.722 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:38:-3.79727,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-11.3725,-0.90309,0 dDocent_Contig_13680 192 . G A 71.1927 . AB=0.115942;ABP=91.4113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=1.21053;EPP=20.3821;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.957627;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=328;QR=4709;RO=118;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=259.244;SRR=118;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:57:57,0:57:2253:0:0:0,-17.1587,-202.923 0/1:69:61,8:61:2456:8:328:-9.11927,0,-200.407 dDocent_Contig_13681 46 . C T 59.9192 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=47.6806;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=1107;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=26;SRP=47.6806;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:321:3:118:-7.69087,0,-25.9468 0/0:21:20,1:20:786:1:41:0,-2.22706,-66.9621 dDocent_Contig_13683 64 . T C 1492.95 . AB=0.536842;ABP=4.13032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X2M1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.862745;PAIREDR=0.886364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2011;QR=1690;RO=44;RPL=51;RPP=113.755;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:21,23:21:797:23:917:-69.5943,0,-58.7995 0|1:51:23,28:23:893:28:1094:-83.3993,0,-65.3276 dDocent_Contig_13684 12 . G A 1085.95 . AB=0.425532;ABP=7.53805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925;PAIREDR=0.87037;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1555;QR=2146;RO=54;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=120.27;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:20,14:20:784:14:540:-38.7077,0,-60.6428 0/1:60:34,26:34:1362:26:1015:-73.5862,0,-104.779 dDocent_Contig_13685 12 . G A 21416.4 . AB=0.0737771;ABP=1970.69;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X3M;DP=1247;DPB=1247;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=999.716;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3695;QR=17428;RO=459;RPL=0;RPP=202.786;RPPR=999.716;RPR=92;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=459;SRP=999.716;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:651:272,321,58:272:10354:321,58:12791,2337:-971.395,0,-752.591,-860.652,-656.596,-1692.42 0|1:596:187,375,34:187:7074:375,34:14940,1358:-1173.94,0,-466.961,-1118.39,-468.002,-1688.01 dDocent_Contig_13686 1 . N G 133.12 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:144:-13.3117,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13687 12 . G A 713.118 . AB=0.169291;ABP=244.3;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1M1I1M1X;DP=254;DPB=268.333;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990521;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1676;QR=8265;RO=211;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=461.191;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=211;SRP=461.191;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:130:108,22:108:4236:22:853:-37.9527,0,-342.118 0|1:124:103,21:103:4029:21:823:-37.058,0,-325.313 dDocent_Contig_13688 15 . T A 89.7702 . AB=0.170732;ABP=41.6201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=2X2M1X5M1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1259;RO=32;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=72.4974;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:17,2,2:17:665:2,2:77,80:-0.943,-0.166628,-54.2583,0,-48.8065,-54.0996 0|1:20:15,0,5:15:594:0,5:0,199:-10.9461,-15.4616,-64.3718,0,-49.2858,-47.7806 dDocent_Contig_13689 28 . A T 338.906 . AB=0.254237;ABP=33.963;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1M10I1X1M1X1M2D2M;DP=80;DPB=94.2222;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=629;QR=2420;RO=63;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=139.813;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:44,15:44:1668:15:589:-35.5896,0,-132.612 0|0:21:19,1:19:752:1:40:0,-2.41457,-64.0199 dDocent_Contig_13690 107 . N T 33.2666 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=14.5;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:121:-3.32618,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13691 119 . C T 53.5719 . AB=0.552632;ABP=3.9246;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=2.71429;EPP=48.6112;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=9.7619;MQMR=54.129;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=748;QR=1074;RO=31;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=70.3259;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:17,21:17:603:21:748:-7.05616,0,-41.2804 0/0:14:14,0:14:471:0:0:0,-4.21442,-42.0908 dDocent_Contig_13692 39 . A C 358.822 . AB=0.242424;ABP=41.044;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=1.88571;EPP=37.7539;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=3382;RO=85;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=187.585;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1397:0:0:0,-10.536,-125.986 0/1:66:50,16:50:1985:16:638:-37.8822,0,-158.975 dDocent_Contig_13693 44 . A G 1526.78 . AB=0.595238;ABP=9.62812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2012;QR=1180;RO=34;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=76.8404;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:14,27:14:476:27:1084:-85.4999,0,-30.8189 0/1:43:20,23:20:704:23:928:-70.8769,0,-50.7397 dDocent_Contig_13695 51 . T C 1456.12 . AB=0.25098;ABP=140.358;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=476;DPB=476;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=867.256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.844221;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3028;QR=15623;RO=398;RPL=78;RPP=172.385;RPPR=867.256;RPR=0;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=398;SRP=867.256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:255:191,64:191:7474:64:2488:-147.311,0,-595.566 0/0:221:207,14:207:8149:14:540:0,-17.5922,-684.068 dDocent_Contig_13696 74 . C T 59.3969 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.695652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=784;RO=23;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=52.9542;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:342:4:126:-7.43741,0,-26.8968 0/1:15:13,2:13:442:2:69:-2.03721,0,-35.5911 dDocent_Contig_13697 8 . C T 74.9538 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.943396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=273;QR=2046;RO=53;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:24,5:24:928:5:195:-9.19433,0,-75.1068 0/0:31:29,2:29:1118:2:78:0,-1.92846,-93.5188 dDocent_Contig_13698 177 . T C 1673.71 . AB=0.27451;ABP=48.0577;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X2M1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1119;QR=1164;RO=29;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:40:7,17,16:7:285:17,16:674,653:-83.7317,-30.3687,-48.7615,-31.955,0,-50.6522 0|0:62:22,11,28:22:879:11,28:445,1139:-87.3378,-57.2689,-126.357,0,-35.7099,-63.9753 dDocent_Contig_13700 23 . T G 127.619 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.527778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=2851;RO=72;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=159.356;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1161:7:277:-14.4609,0,-93.9343 0/0:44:43,1:43:1690:1:41:0,-9.15075,-148.218 dDocent_Contig_13702 17 . C G 200.767 . AB=0.243243;ABP=24.1968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=3770;RO=95;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=209.3;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:67,2:67:2677:2:82:0,-12.9914,-233.281 0/1:37:28,9:28:1093:9:365:-22.0767,0,-87.5137 dDocent_Contig_13703 28 . G T 957.802 . AB=0.336449;ABP=27.8706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.361111;PAIREDR=0.633803;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1456;QR=2818;RO=71;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=157.185;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:22,22:22:879:22:889:-67.0716,0,-66.1706 0/1:63:49,14:49:1939:14:567:-32.4076,0,-155.74 dDocent_Contig_13704 73 . C T 164.379 . 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AB=0.0555556;ABP=64.7766;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M2X2M;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=723;RO=21;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:11,2,2,21:11:377:2,2,21:80,64,753:-58.1262,-56.2472,-86.2438,-56.2864,-81.6938,-86.2828,0,-25.4279,-25.4672,-24.2969 0|0:47:10,6,0,31:10:346:6,0,31:221,0,1127:-89.0672,-77.2713,-103.575,-92.0775,-105.381,-120.19,0,-13.3371,-28.138,-18.8061 dDocent_Contig_13706 21 . C T 2542.08 . AB=0.27451;ABP=183.2;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=611.492;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.6607;MQMR=36.9865;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866071;PAIREDR=0.310811;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4318;QR=11454;RO=296;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=645.766;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=292;SRP=611.492;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:178:119,59:119:4586:59:2233:-141.371,0,-229.417 0/1:230:177,53:177:6868:53:2085:-116.536,0,-392.896 dDocent_Contig_13707 16 . C T 6947.29 . AB=0.268097;ABP=177.246;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=7M1X1M1X1M;DP=373;DPB=359.909;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0.63;PAIREDR=0.708333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3972;QR=954;RO=24;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=55.1256;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:138:8,7,74,33,0,3,6:8:317:7,74,33,0,3,6:276,2826,1309,0,18,239:-311.046,-290.747,-314.734,-81.6739,-85.0606,-85.493,-205.7,-209.086,0,-221.86,-313.455,-316.841,-107.769,-231.794,-339.548,-313.401,-316.788,-107.724,-231.743,-339.494,-338.591,-293.773,-297.159,-88.0863,-212.112,-319.867,-319.813,-318.061 0|1:235:16,9,70,67,16,17,16:16:637:9,70,67,16,17,16:360,2747,2663,607,102,637:-387.381,-362.541,-412.288,-166.815,-189.615,-198.2,-172.939,-195.739,0,-205.228,-342.438,-365.237,-169.511,-175.635,-390.077,-391.877,-414.675,-218.961,-225.084,-394.573,-439.213,-339.746,-362.546,-166.819,-172.944,-342.443,-391.882,-387.386 dDocent_Contig_13708 15 . A C 951.088 . AB=0.464789;ABP=3.7749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.424242;PAIREDR=0.421053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1328;QR=1524;RO=38;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=85.5263;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:13,22:13:527:22:883:-69.2392,0,-37.2407 0/1:36:25,11:25:997:11:445:-29.5686,0,-79.1895 dDocent_Contig_13709 23 . T C 8294.34 . AB=0.85;ABP=322.217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=255;CIGAR=1X;DP=300;DPB=300;DPRA=0;EPP=556.736;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980392;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10265;QR=1749;RO=44;RPL=0;RPP=556.736;RPPR=98.5551;RPR=255;RUN=1;SAF=255;SAP=556.736;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:26,96:26:1042:96:3838:-308.688,0,-57.3444 0/1:178:18,159:18:707:159:6427:-524.445,0,-10.2656 dDocent_Contig_13710 7 . A G 50.2675 . AB=0.118881;ABP=183.425;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=307;DPB=307;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=54.84;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=0.729537;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=10617;RO=281;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=613.194;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:125,17:125:4725:17:550:-6.72571,0,-382.447 0/0:164:156,8:156:5892:8:248:0,-26.8121,-507.697 dDocent_Contig_13711 15 . C A 3020.98 . AB=0.79661;ABP=93.1816;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3788;QR=973;RO=24;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=55.1256;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:6,43:6:242:43:1733:-141.436,0,-7.40648 0/1:69:18,51:18:731:51:2055:-164.361,0,-45.343 dDocent_Contig_13712 52 . T C 31.4347 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.913043;EPP=9.52472;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1634;RO=41;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:917:0:0:0,-6.92369,-82.8329 0/1:21:18,3:18:717:3:123:-5.14316,0,-58.5336 dDocent_Contig_13713 14 . T A 9318.86 . AB=0.700935;ABP=153.106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=300;CIGAR=1X;DP=428;DPB=428;DPRA=0;EPP=654.452;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11831;QR=5140;RO=128;RPL=0;RPP=654.452;RPPR=280.959;RPR=300;RUN=1;SAF=300;SAP=654.452;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:158:49,109:49:1963:109:4300:-339.406,0,-129.304 0/1:270:79,191:79:3177:191:7531:-596.18,0,-204.713 dDocent_Contig_13714 33 . T C 256.354 . AB=0.0933998;ABP=1156.11;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=1522;DPB=1522;DPRA=1.11683;EPP=165.871;EPPR=3134.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2992;QR=56541;RO=1442;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=3134.27;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=1442;SRP=3134.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:719:714,0:714:27986:0:0:0,-214.935,-2516.11 0/1:803:728,75:728:28555:75:2992:-27.6354,0,-2325.84 dDocent_Contig_13715 128 . A G 73.7882 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=1703;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:33,1:33:1103:1:36:0,-6.63674,-95.9662 0/1:22:17,5:17:600:5:174:-9.37882,0,-47.7066 dDocent_Contig_13716 18 . G A 30155.5 . AB=0.0594406;ABP=2413.8;AC=0;AF=0;AN=4;AO=85;CIGAR=1X1M1X;DP=1430;DPB=1430;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=52.8;MQMR=58.7974;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.247059;PAIREDR=0.246696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3388;QR=8816;RO=227;RPL=0;RPP=187.585;RPPR=495.935;RPR=85;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:553:84,39,372,39:84:3260:39,372,39:1549,14689,1575:-1165.74,-1075.47,-1330.29,0,-151.009,-154.582,-1061.46,-1212.46,-136.992,-1316.28 0|0:877:143,46,596,68:143:5556:46,596,68:1839,23439,2695:-1853.5,-1750.49,-2192.97,0,-310.271,-276.916,-1677.56,-1987.82,-237.337,-2113.41 dDocent_Contig_13718 13 . T C 16024.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=485;CIGAR=1X;DP=524;DPB=524;DPRA=0;EPP=1056.17;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997938;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19359;QR=1537;RO=39;RPL=0;RPP=1056.17;RPPR=87.6977;RPR=485;RUN=1;SAF=485;SAP=1056.17;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:262:19,243:19:756:243:9774:-810.648,-10.5063,0 1/1:262:20,242:20:781:242:9585:-791.456,-8.26645,0 dDocent_Contig_13719 29 . T A 1195.36 . AB=0.6;ABP=8.65613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X4M;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.282051;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1555;QR=604;RO=16;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=37.7539;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:6,1,10:6:224:1,10:41,403:-31.4046,-29.826,-47.8547,0,-14.9203,-15.2993 0|1:48:10,9,29:10:380:9,29:354,1152:-91.8283,-65.7212,-94.1699,0,-2.0308,-22.4255 dDocent_Contig_13720 98 . N T 39.8982 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_13721 13 . C T 324.197 . AB=0.361111;ABP=9.04217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=2.76923;EPP=31.2394;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=499;QR=1452;RO=36;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=81.1833;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:524:0:0:0,-3.91339,-47.5068 0/1:36:23,13:23:928:13:499:-34.4197,0,-72.9829 dDocent_Contig_13722 25 . T C 26114.7 . AB=0.575305;ABP=75.6147;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=848;CIGAR=1X;DP=1474;DPB=1474;DPRA=0;EPP=1844.42;EPPR=1362.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997642;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=34019;QR=24937;RO=626;RPL=0;RPP=1844.42;RPPR=1362.35;RPR=848;RUN=1;SAF=848;SAP=1844.42;SAR=0;SRF=626;SRP=1362.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:766:260,506:260:10347:506:20343:-1598.52,0,-699.975 0/1:708:366,342:366:14590:342:13676:-1016.64,0,-1098.86 dDocent_Contig_13723 191 . C T 319.589 . AB=0.317073;ABP=14.9269;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=1106;RO=28;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:12,6:12:471:6:241:-16.6476,0,-37.3193 0/1:23:16,7:16:635:7:284:-19.0103,0,-50.5556 dDocent_Contig_13725 25 . G A 268.776 . AB=0.181818;ABP=80.3937;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.861111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=626;QR=2815;RO=72;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=159.356;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:31,9:31:1210:9:352:-19.9995,0,-97.1298 0/1:48:41,7:41:1605:7:274:-10.5771,0,-130.24 dDocent_Contig_13726 18 . A T 172.034 . AB=0.3125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.892857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=422;QR=2223;RO=56;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=124.613;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:34,3:34:1355:3:105:0,-1.34217,-112.421 0/1:32:22,10:22:868:10:317:-19.2033,0,-68.7952 dDocent_Contig_13727 15 . G A 11205.7 . AB=0.277302;ABP=405.351;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=259;CIGAR=3M1X2M;DP=934;DPB=934;DPRA=0;EPP=565.422;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10314;QR=9032;RO=230;RPL=0;RPP=565.422;RPPR=502.449;RPR=259;RUN=1;SAF=259;SAP=565.422;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:439:133,0,25,165,106:133:5194:0,25,165,106:0,985,6549,4227:-499.06,-539.097,-966.045,-458.065,-885.013,-877.487,0,-426.947,-345.914,-377.277,-191.012,-617.959,-536.926,-78.8588,-586.05 1|1:495:97,89,0,143,153:97:3838:89,0,143,153:3525,0,5697,6087:-625.212,-364.296,-653.362,-654.412,-680.154,-970.27,-185.301,-211.043,-501.159,-458.112,-153.254,-178.995,-469.111,0,-423.054 dDocent_Contig_13729 21 . T A 23352 . AB=0.75;ABP=491.592;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=675;CIGAR=6M1X1M;DP=900;DPB=821.25;DPRA=0;EPP=1468.75;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26855;QR=2568;RO=66;RPL=0;RPP=1468.75;RPPR=146.327;RPR=675;RUN=1;SAF=675;SAP=1468.75;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:444:43,34,21,343:43:1673:34,21,343:1286,834,13699:-1115.28,-1022.83,-1150.06,-1059.57,-1091.64,-1190.72,0,-32.0766,-68.8124,-34.2184 0|1:456:23,71,30,332:23:895:71,30,332:2699,1151,13156:-1223.62,-1009.23,-1061.4,-1136.09,-988.325,-1200.61,-147.765,0,-126.862,-121.37 dDocent_Contig_13731 7 . A G 101.885 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=12.7819;EPPR=35.8538;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.78125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=255;QR=1195;RO=32;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=72.4974;RPR=8;RUN=1;SAF=7;SAP=12.7819;SAR=1;SRF=27;SRP=35.8538;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:19,2:19:729:2:58:0,-0.982289,-60.4777 0/1:20:13,6:13:466:6:197:-12.1883,0,-36.4289 dDocent_Contig_13732 27 . G A 1276.47 . AB=0.106421;ABP=2266.11;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=179;CIGAR=1X;DP=1682;DPB=1682;DPRA=0;EPP=391.704;EPPR=3266.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7082;QR=59589;RO=1503;RPL=0;RPP=391.704;RPPR=3266.73;RPR=179;RUN=1;SAF=179;SAP=391.704;SAR=0;SRF=1503;SRP=3266.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:850:742,108:742:29472:108:4279:-129.192,0,-2393.97 0/1:832:761,71:761:30117:71:2803:-1.93071,0,-2457.4 dDocent_Contig_13733 41 . C A 476.725 . AB=0.236559;ABP=59.0716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.772727;PAIREDR=0.774648;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=874;QR=2791;RO=71;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=157.185;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:35,14:35:1378:14:549:-34.9972,0,-109.534 0/1:44:36,8:36:1413:8:325:-16.3743,0,-114.176 dDocent_Contig_13734 46 . C G 957.01 . AB=0.173203;ABP=286.863;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=590;DPB=590;DPRA=1.07746;EPP=118.098;EPPR=1166.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2107;QR=20732;RO=536;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=1166.92;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=536;SRP=1166.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:284:283,0:283:10919:0:0:0,-85.1915,-982.067 0/1:306:253,53:253:9813:53:2107:-97.701,0,-790.599 dDocent_Contig_13735 11 . T A 6029.31 . AB=0.495146;ABP=3.09463;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=204;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=445.991;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8119;QR=8384;RO=208;RPL=0;RPP=445.991;RPPR=454.677;RPR=204;RUN=1;SAF=204;SAP=445.991;SAR=0;SRF=208;SRP=454.677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:227:83,144:83:3323:144:5738:-447.878,0,-230.786 0/1:185:125,60:125:5061:60:2381:-158.752,0,-399.649 dDocent_Contig_13736 12 . A G 121.938 . AB=0.179487;ABP=37.8095;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0.975;EPP=18.2106;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=2871;RO=72;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=159.356;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1590:0:0:0,-12.0412,-143.339 0/1:39:32,7:32:1281:7:284:-14.1938,0,-103.813 dDocent_Contig_13738 10 . C G 416.929 . AB=0.424242;ABP=4.65535;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=2M1X1M1X3M1X;DP=33;DPB=32.1111;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=560;RO=14;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=33.4109;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:5,13,0,1:5:200:13,0,1:519,0,40:-41.2408,0,-12.562,-42.7459,-16.4754,-59.2215,-39.4508,-13.1803,-55.9264,-55.6254 0|0:14:9,1,2,2:9:360:1,2,2:40,78,82:-4.06549,-3.47968,-32.8344,-0.369605,-26.7255,-29.4183,0,-26.3655,-23.2506,-29.0586 dDocent_Contig_13739 10 . C T 126.318 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X1M1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=2902;RO=74;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=163.699;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:26:20,6:20:784:6:242:-14.3307,0,-63.0571 0|0:58:54,4:54:2118:4:160:0,-2.67594,-176.043 dDocent_Contig_13740 28 . G A 336.068 . AB=0.132075;ABP=252.279;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=212;DPB=212;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1116;QR=7358;RO=184;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=402.561;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:108,14:108:4324:14:560:-14.0175,0,-352.372 0/1:90:76,14:76:3034:14:556:-23.2882,0,-246.047 dDocent_Contig_13741 40 . C A 88.4401 . AB=0.266667;ABP=10.1038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0.483871;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.761905;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1682;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:11,4:11:438:4:163:-10.543,0,-35.2573 0/0:31:31,0:31:1244:0:0:0,-9.33193,-112.226 dDocent_Contig_13742 8 . C T 196.504 . AB=0.0655738;ABP=103.005;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X3M;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=2939;RO=76;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=168.042;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:45:36,3,6:36:1395:3,6:117,234:0,-1.15384,-115.023,-2.36045,-107.346,-115.158 0|0:61:40,4,14:40:1544:4,14:149,529:-21.6502,-21.4843,-147.132,0,-114.614,-122.595 dDocent_Contig_13744 53 . T A 146.072 . AB=0.211538;ABP=40.5935;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=1.48571;EPP=26.8965;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=2442;RO=76;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1126:0:0:0,-10.536,-101.631 0/1:52:41,11:41:1316:11:355:-16.6072,0,-103.068 dDocent_Contig_13745 103 . N T 89.2824 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=5X3M1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:98:-8.9277,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13746 15 . T A 1367.47 . AB=0.385714;ABP=18.8931;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.8519;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.72093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2138;QR=3472;RO=86;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=189.757;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:51,32:51:2071:32:1286:-86.4372,0,-161.579 0/1:57:35,22:35:1401:22:852:-54.0085,0,-109.184 dDocent_Contig_13747 135 . A T 109.77 . AB=0.357143;ABP=5.49198;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0.378378;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=1607;RO=45;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,0:36:1286:0:0:0,-10.8371,-115.667 0/1:14:9,5:9:321:5:187:-12.977,0,-25.0163 dDocent_Contig_13748 209 . N G 103.545 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:111:-10.3539,-0.90309,0 dDocent_Contig_13749 29 . C T 30.8924 . AB=0.103448;ABP=82.2316;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=5011;RO=125;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=274.444;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:52,6:52:2098:6:243:-4.78786,0,-171.534 0/0:78:73,4:73:2913:4:162:0,-8.36546,-247.349 dDocent_Contig_13750 13 . C A 509.51 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X4M;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=590;RO=15;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=35.5824;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:16:6,0,0,10:6:238:0,0,10:0,0,398:-31.3597,-33.1659,-52.7575,-33.1659,-52.7575,-52.7575,0,-19.9883,-19.9883,-16.978 0|1:27:9,4,8,6:9:352:4,8,6:155,316,246:-23.2903,-13.2692,-40.9977,0,-16.2009,-26.5237,-5.6893,-21.8929,-8.62124,-32.8192 dDocent_Contig_13752 107 . N A 135.215 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:5:0,5:0:0:5:147:-13.5213,-1.50515,0 dDocent_Contig_13753 10 . C A 536.509 . AB=0.404255;ABP=6.75262;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0.87037;EPP=44.2683;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.353659;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=772;QR=3158;RO=82;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=181.071;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2072:0:0:0,-16.2556,-186.681 0/1:47:28,19:28:1086:19:772:-55.6509,0,-83.8789 dDocent_Contig_13754 98 . N A 56.0523 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60414,-0.60206,0 dDocent_Contig_13755 11 . C A 1673.55 . AB=0.114029;ABP=2022.89;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=178;CIGAR=1X;DP=1561;DPB=1561;DPRA=0;EPP=389.532;EPPR=2969.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=59.9729;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.820225;PAIREDR=0.824305;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7073;QR=54063;RO=1366;RPL=0;RPP=389.532;RPPR=2969.24;RPR=178;RUN=1;SAF=178;SAP=389.532;SAR=0;SRF=1366;SRP=2969.24;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:777:702,71:702:27754:71:2814:-20.2824,0,-2262.4 0/1:784:664,107:664:26309:107:4259:-150.771,0,-2132.89 dDocent_Contig_13756 42 . G A 983.346 . AB=0.472973;ABP=3.47981;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1374;QR=1555;RO=39;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=87.6977;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:22,23:22:879:23:902:-67.9341,0,-65.8712 0/1:29:17,12:17:676:12:472:-34.0995,0,-52.4415 dDocent_Contig_13757 9 . A G 119.871 . AB=0.26087;ABP=14.4341;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.58;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=264;QR=1863;RO=50;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=111.584;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:17,6:17:634:6:225:-13.6861,0,-50.467 0/0:34:33,1:33:1229:1:39:0,-6.33846,-107.005 dDocent_Contig_13759 107 . N A 1096.4 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=37;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=30.2516;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1218;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=0;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:38:0,37:0:0:37:1218:-109.64,-11.1381,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13760 98 . N C 31253.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1113;CIGAR=1X;DP=1154;DPB=1154;DPRA=0;EPP=2419.86;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=48.8535;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.845463;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38483;QR=0;RO=0;RPL=1113;RPP=2419.86;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=1113;SAP=2419.86;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:576:0,558:0:0:558:19349:-1564.02,-167.975,0 1/1:578:0,555:0:0:555:19134:-1561,-167.072,0 dDocent_Contig_13762 19 . T C 9491.18 . AB=0.299054;ABP=558.92;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=474;CIGAR=1X;DP=1585;DPB=1585;DPRA=0;EPP=1032.29;EPPR=2411.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=38.8143;MQMR=56.8656;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.949367;PAIREDR=0.908025;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18950;QR=43716;RO=1109;RPL=0;RPP=1032.29;RPPR=2411.17;RPR=474;RUN=1;SAF=474;SAP=1032.29;SAR=0;SRF=1109;SRP=2411.17;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:911:626,283:626:24632:283:11323:-560.991,0,-1877.24 0/1:674:483,191:483:19084:191:7627:-391.826,0,-1444.16 dDocent_Contig_13764 11 . C T 428.051 . AB=0.380952;ABP=8.18047;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=649;QR=1038;RO=26;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=59.4686;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:7,10:7:279:10:407:-31.8729,0,-20.3631 0/1:25:19,6:19:759:6:242:-14.6312,0,-61.1071 dDocent_Contig_13765 10 . C T 1099.61 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1510;QR=1534;RO=38;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=85.5263;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:19,19:19:770:19:754:-56.7406,0,-58.1813 0/1:38:19,19:19:764:19:756:-56.9195,0,-57.6413 dDocent_Contig_13766 55 . T C 1812.72 . AB=0.37234;ABP=29.6224;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.957143;PAIREDR=0.940678;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2678;QR=4533;RO=118;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=259.244;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:59,34:59:2295:34:1285:-87.9266,0,-178.753 0/1:95:59,36:59:2238:36:1393:-97.0442,0,-173.032 dDocent_Contig_13767 30 . T G 53197.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1576;CIGAR=1X;DP=1656;DPB=1656;DPRA=0;EPP=3425.25;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999365;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62292;QR=3121;RO=80;RPL=0;RPP=3425.25;RPPR=176.728;RPR=1576;RUN=1;SAF=1576;SAP=3425.25;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:599:30,569:30:1161:569:22564:-1924.09,-75.5346,0 1/1:1057:50,1007:50:1960:1007:39728:-3395.32,-141.576,0 dDocent_Contig_13769 19 . T C 2187.61 . AB=0.695238;ABP=37.7745;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=52.8082;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.69863;PAIREDR=0.53125;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2920;QR=1279;RO=32;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=72.4974;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:15,37:15:602:37:1464:-112.512,0,-38.8641 0/1:53:17,36:17:677:36:1456:-109.948,0,-45.3063 dDocent_Contig_13770 68 . T A 69.7775 . AB=0.126761;ABP=88.9211;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=3808;RO=106;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:62,9:62:2218:9:330:-8.67672,0,-178.498 0/0:47:44,3:44:1590:3:111:0,-3.79449,-133.024 dDocent_Contig_13771 24 . C T 37.2658 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=2.06667;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1689;RO=42;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:602:0:0:0,-4.51545,-54.5178 0/1:31:27,4:27:1087:4:163:-5.7265,0,-88.7861 dDocent_Contig_13772 30 . T C 8740.06 . AB=0.544256;ABP=12.0438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=289;CIGAR=1X3M;DP=531;DPB=531;DPRA=0;EPP=630.566;EPPR=376.504;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.99654;PAIREDR=0.988372;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11306;QR=6352;RO=172;RPL=0;RPP=630.566;RPPR=376.504;RPR=289;RUN=1;SAF=289;SAP=630.566;SAR=0;SRF=172;SRP=376.504;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:263:78,36,148:78:2903:36,148:1407,5757:-449.58,-357.389,-584.156,0,-121.922,-193.046 0|1:268:94,33,141:94:3449:33,141:1300,5549:-428.125,-349.474,-621.43,0,-174.926,-239.436 dDocent_Contig_13773 10 . C A 7240.88 . AB=0.573333;ABP=20.5268;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=215;CIGAR=1X3M;DP=375;DPB=375;DPRA=0;EPP=469.877;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8581;QR=3071;RO=78;RPL=0;RPP=469.877;RPPR=172.385;RPR=215;RUN=1;SAF=215;SAP=469.877;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:189:26,42,121:26:1020:42,121:1569,4812:-432.915,-312.298,-383.538,-44.5477,0,-92.0139 0|1:186:52,39,94:52:2051:39,94:1511,3769:-294.872,-186.403,-343.401,0,-44.6215,-140.448 dDocent_Contig_13775 72 . T C 127.59 . AB=0.235294;ABP=23.7032;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=1.0303;EPP=20.3821;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.847458;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=1960;RO=59;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=131.127;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1097:0:0:0,-9.93399,-99.0305 0/1:34:26,8:26:863:8:274:-14.759,0,-67.7404 dDocent_Contig_13776 54 . C A 114.846 . AB=0.0972222;ABP=408.834;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=729;DPB=729;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=1466.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2181;QR=26559;RO=674;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=1466.58;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=674;SRP=1466.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:441:414,27:414:16351:27:1071:0,-36.0744,-1373.65 0/1:288:260,28:260:10208:28:1110:-13.4846,0,-831.401 dDocent_Contig_13777 16 . C T 33.0142 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=6M1X3M;DP=44;DPB=42.4;DPRA=0.466667;EPP=9.52472;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=1513;RO=39;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=87.6977;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:30:28,2,0:28:1085:2,0:77,0:0,-1.72176,-90.6365,-8.42884,-91.2386,-97.5608 0|1:14:11,0,3:11:428:0,3:0,102:-5.30116,-8.61249,-43.8229,0,-35.5607,-34.6576 dDocent_Contig_13778 165 . T C 459.781 . AB=0.472222;ABP=3.25157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=3X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=660;QR=602;RO=15;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=35.5824;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:10,13,0:10:402:13,0:508,0:-38.732,0,-29.2077,-41.7423,-33.121,-74.8746 0|1:12:5,4,3:5:200:4,3:152,121:-10.9443,0,-15.269,-2.46525,-6.49766,-18.0484 dDocent_Contig_13780 1 . N T 95.1749 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51695,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13782 26 . A G 85.5697 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.1667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.983607;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=2429;RO=61;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=135.47;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:796:5:203:-10.2559,0,-64.4323 0/0:42:41,1:41:1633:1:41:0,-8.54869,-143.102 dDocent_Contig_13783 70 . G C 2833.03 . AB=0.21831;ABP=100.879;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1M1D3M1X1M;DP=162;DPB=144;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1162;QR=1345;RO=36;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:142:30,31,81:30:1118:31,81:1162,3053:-244.799,-158.66,-240.851,-3.64822,0,-70.7884 0|0:20:6,0,14:6:227:0,14:0,532:-42.2026,-44.0088,-62.6179,0,-18.9876,-14.7732 dDocent_Contig_13784 106 . T A 42.2957 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.766667;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=1715;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:19,4:19:642:4:139:-5.92852,0,-51.1693 0/0:30:30,0:30:1073:0:0:0,-9.0309,-96.883 dDocent_Contig_13785 79 . A G 351.339 . AB=0.288136;ABP=26.0132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=16.8392;EPPR=41.936;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.526316;PAIREDR=0.527778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=3911;RO=108;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=237.529;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=16.8392;SAR=4;SRF=76;SRP=41.936;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:42,17:42:1503:17:603:-36.8329,0,-117.783 0/0:68:66,2:66:2408:2:70:0,-13.8226,-210.299 dDocent_Contig_13786 39 . G C 199.324 . AB=0.212766;ABP=36.6912;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=1.95833;EPP=24.725;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.533333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=2365;RO=60;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=133.299;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:951:0:0:0,-7.22472,-85.8891 0/1:47:36,10:36:1414:10:398:-21.9324,0,-113.261 dDocent_Contig_13788 25 . C A 1914.38 . AB=0.42236;ABP=11.4399;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=161;DPB=161;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.955882;PAIREDR=0.978495;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2701;QR=3724;RO=93;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=204.957;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:56,33:56:2229:33:1292:-89.7503,0,-173.973 0/1:72:37,35:37:1495:35:1409:-105.387,0,-113.115 dDocent_Contig_13789 125 . A C 1670.95 . AB=0.653465;ABP=23.6715;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984848;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2229;QR=1233;RO=35;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=79.0118;RPR=66;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:11,31:11:379:31:1029:-80.2589,0,-21.7973 0/1:59:24,35:24:854:35:1200:-90.5355,0,-59.4204 dDocent_Contig_13790 8 . C G 156.077 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.897727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=3355;RO=88;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=194.1;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1103:8:312:-17.3066,0,-88.4336 0/0:60:59,1:59:2252:1:39:0,-14.1652,-199 dDocent_Contig_13792 10 . C T 535.66 . AB=0.308824;ABP=24.5973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0.82;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=4003;RO=100;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=220.158;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:47,21:47:1877:21:838:-55.265,0,-148.664 0/0:57:53,4:53:2126:4:158:0,-2.56005,-176.917 dDocent_Contig_13793 22 . T G 559.016 . AB=0.0392157;ABP=191.119;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=12M1X2M;DP=102;DPB=103.267;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=141;QR=2181;RO=55;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=122.441;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:29,2,9,4,3:29:1151:2,9,4,3:75,366,160,101:-21.4764,-24.0646,-118.219,0,-88.6285,-92.0618,-17.0233,-105.64,-81.59,-110.579,-22.0357,-110.644,-86.5945,-103.606,-115.883 0|1:55:26,17,1,4,1:26:1030:17,1,4,1:568,37,156,40:-38.1241,0,-79.6815,-42.9231,-81.7725,-127.425,-33.1208,-71.9753,-114.901,-116.724,-42.654,-81.5036,-124.43,-114.633,-127.156 dDocent_Contig_13795 150 . C T 43.8743 . AB=0.118182;ABP=142.3;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911215;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=541;QR=7270;RO=214;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=467.705;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=467.705;SRR=214;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:97,13:97:3347:13:432:-6.08638,0,-268.351 0/0:120:117,3:117:3923:3:109:0,-25.9556,-343.108 dDocent_Contig_13796 107 . N G 89.858 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:32:-2.98435,-0.30103,0 dDocent_Contig_13797 135 . A G 39.54 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=1.2;EPP=9.52472;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.633333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1188;RO=30;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:600:0:0:0,-4.51545,-54.3393 0/1:18:15,3:15:588:3:122:-5.95395,0,-47.8387 dDocent_Contig_13798 117 . T A 55.2824 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=822;RO=25;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=57.2971;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:345:4:123:-7.15925,0,-27.1693 0/1:17:15,2:15:477:2:70:-1.52989,0,-38.1167 dDocent_Contig_13799 12 . T G 5353.73 . AB=0.248631;ABP=504.092;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=294;CIGAR=1X;DP=1919;DPB=1919;DPRA=0;EPP=641.423;EPPR=3531.65;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11677;QR=65190;RO=1625;RPL=0;RPP=641.423;RPPR=3531.65;RPR=294;RUN=1;SAF=294;SAP=641.423;SAR=0;SRF=1625;SRP=3531.65;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:913:686,227:686:27555:227:9027:-537.072,0,-2202.57 0/0:1006:939,67:939:37635:67:2650:0,-64.2033,-3144.9 dDocent_Contig_13801 20 . G A 3304.63 . AB=0.438931;ABP=11.4973;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4587;QR=5828;RO=146;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=320.045;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:76,72:76:3072:72:2869:-213.34,0,-231.585 0/1:113:70,43:70:2756:43:1718:-120.821,0,-214.133 dDocent_Contig_13802 20 . A G 353.177 . AB=0.35;ABP=10.8276;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=559;QR=1030;RO=26;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=59.4686;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:10,2:10:400:2:81:-4.07337,0,-32.7461 0/1:28:16,12:16:630:12:478:-34.9415,0,-48.6028 dDocent_Contig_13805 35 . T C 64.4665 . AB=0.14;ABP=59.2949;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.582524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=4093;RO=103;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=226.672;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:43,7:43:1703:7:254:-8.14562,0,-138.434 0/0:61:60,1:60:2390:1:41:0,-14.2683,-211.153 dDocent_Contig_13806 14 . T A 1926.23 . AB=0.26936;ABP=140.237;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=533;DPB=533;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=954.115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995434;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3756;QR=17308;RO=438;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=954.115;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=438;SRP=954.115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:236:221,15:221:8763:15:601:0,-16.617,-733.764 0/1:297:217,80:217:8545:80:3155:-194.623,0,-679.208 dDocent_Contig_13807 98 . N C 181.299 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=192;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:44:-4.16716,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:148:-13.661,-1.20412,0 dDocent_Contig_13808 67 . C A 149.4 . AB=0.127517;ABP=182.572;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.578947;PAIREDR=0.684615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=697;QR=4785;RO=130;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=285.302;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:63,7:63:2322:7:258:-2.50299,0,-188.135 0/1:79:67,12:67:2463:12:439:-16.0727,0,-198.123 dDocent_Contig_13809 82 . G A 204.659 . AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=411;QR=1248;RO=34;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:5,5:5:178:5:184:-13.9081,0,-13.3579 0/1:35:29,6:29:1070:6:227:-10.2567,0,-86.0609 dDocent_Contig_13810 69 . G C 233.57 . AB=0.176471;ABP=95.7449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=201;DPB=201;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.88;PAIREDR=0.687861;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=853;QR=5728;RO=173;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:84,18:84:2742:18:616:-25.0559,0,-216.312 0/0:99:89,7:89:2986:7:237:0,-7.58799,-247.314 dDocent_Contig_13811 40 . G A 48.6718 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1857;RO=48;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=107.241;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:26,4:26:994:4:155:-5.29175,0,-80.728 0|1:26:22,3:22:863:3:120:-3.26258,0,-70.0563 dDocent_Contig_13813 11 . T A 507.691 . AB=0.45098;ABP=4.07475;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1M3I2M1X1M1X;DP=51;DPB=64;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=39.2609;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=915;RO=24;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=55.1256;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:11,14,3:11:406:14,3:498,70:-34.5346,0,-29.1228,-32.7035,-28.2035,-65.0222 0|1:22:13,9,0:13:509:9,0:313,0:-19.9335,0,-39.5357,-23.8469,-42.245,-65.7405 dDocent_Contig_13814 11 . T A 5905.49 . AB=0.746988;ABP=134.947;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=186;CIGAR=3X1M1X3M;DP=249;DPB=248;DPRA=0;EPP=406.904;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.983871;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7336;QR=1224;RO=31;RPL=0;RPP=406.904;RPPR=70.3259;RPR=186;RUN=1;SAF=186;SAP=406.904;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:106:12,6,4,79:12:475:6,4,79:242,162,3110:-252.221,-235.884,-273.171,-242.474,-261.619,-280.364,0,-19.1465,-25.738,-15.3176 0|1:143:19,0,12,107:19:749:0,12,107:0,478,4226:-342.027,-347.747,-409.369,-308.384,-370.006,-366.394,0,-61.629,-22.2618,-29.4188 dDocent_Contig_13815 11 . T A 6314.39 . AB=0.581717;ABP=23.9491;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=210;CIGAR=1X;DP=361;DPB=361;DPRA=0;EPP=459.02;EPPR=330.903;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9073;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8265;QR=6044;RO=151;RPL=0;RPP=459.02;RPPR=330.903;RPR=210;RUN=1;SAF=210;SAP=459.02;SAR=0;SRF=151;SRP=330.903;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:174:69,105:69:2765:105:4129:-319.214,0,-196.587 0/1:187:82,105:82:3279:105:4136:-315.924,0,-238.772 dDocent_Contig_13816 163 . G C 80.7905 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=8.80089;EPPR=55.4358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1127;RO=28;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=1;SAP=8.80089;SAR=5;SRF=1;SRP=55.4358;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,4:17:684:4:155:-8.00203,0,-55.5663 0/1:13:11,2:11:443:2:81:-3.77234,0,-36.3107 dDocent_Contig_13817 119 . C A 52.729 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0.529412;EPP=9.52472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=781;RO=23;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=52.9542;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:573:0:0:0,-5.11751,-51.8884 0/1:9:6,3:6:208:3:107:-7.2729,0,-16.3504 dDocent_Contig_13818 28 . T C 188.608 . AB=0.285714;ABP=16.9698;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1M2D3M2X;DP=57;DPB=54.25;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48.3636;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=1834;RO=46;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=102.898;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:25,10:25:998:10:391:-20.5597,0,-79.5851 0|0:22:21,1:21:836:1:39:0,-2.7261,-71.661 dDocent_Contig_13819 107 . N T 133.177 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.5166,-0.90309,0 dDocent_Contig_13820 98 . N A 48.4541 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:51:-4.84431,-0.60206,0 dDocent_Contig_13821 40 . C A 5086.73 . AB=0.551282;ABP=10.1372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=172;CIGAR=1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=376.504;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7558;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.906977;PAIREDR=0.985714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6738;QR=5598;RO=140;RPL=0;RPP=376.504;RPPR=307.016;RPR=172;RUN=1;SAF=172;SAP=376.504;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:89,57:89:3556:57:2215:-155.584,0,-276.114 0/1:166:51,115:51:2042:115:4523:-356.789,0,-133.997 dDocent_Contig_13822 209 . N G 112.805 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.28,-0.90309,0 dDocent_Contig_13823 10 . A T 56.6787 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=593;RO=15;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=35.5824;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:227:0:0:0,-1.80618,-20.7915 0/1:12:9,3:9:366:3:121:-7.66784,0,-29.6928 dDocent_Contig_13825 13 . C T 155.834 . AB=0.147727;ABP=97.8642;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=167;DPB=167;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.966216;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=5740;RO=148;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=324.388;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:79:73,5:73:2840:5:195:0,-5.94634,-237.83 0/1:88:75,13:75:2900:13:486:-17.5834,0,-234.647 dDocent_Contig_13826 49 . G A 754.843 . AB=0.295652;ABP=44.7215;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=2X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=55.0294;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.794118;PAIREDR=0.604938;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1294;QR=3107;RO=81;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=178.9;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:32,14:32:1240:14:537:-34.3637,0,-98.0372 0|1:69:49,20:49:1867:20:757:-44.8196,0,-147.486 dDocent_Contig_13827 15 . C T 1465.3 . 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AB=0.440299;ABP=7.15878;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=53.5763;MQMR=56.4714;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.169492;PAIREDR=0.471429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1799;QR=2683;RO=70;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=155.013;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:33,26:33:1270:26:792:-53.5859,0,-90.6754 0/1:73:37,33:37:1413:33:1007:-69.3467,0,-103.884 dDocent_Contig_13830 75 . C G 2052.82 . 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AB=0.323529;ABP=21.4039;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=773;QR=1626;RO=46;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:13,7:13:444:7:241:-16.0053,0,-34.264 0/1:48:33,15:33:1182:15:532:-33.7603,0,-92.2147 dDocent_Contig_13834 57 . C G 1258.57 . 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AB=0.166667;ABP=60.9162;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=1964;RO=50;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=111.584;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:902:4:163:-6.93062,0,-73.3613 0/1:33:27,6:27:1062:6:242:-12.223,0,-85.9382 dDocent_Contig_13836 25 . G A 260.933 . AB=0.268293;ABP=22.1298;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=601;QR=2971;RO=75;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=165.871;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:30,11:30:1194:11:442:-27.7904,0,-95.3939 0/0:49:45,4:45:1777:4:159:0,-0.0581378,-145.463 dDocent_Contig_13837 106 . N A 442.636 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:273:-24.9029,-2.40824,0 1|1:6:0,6:0:0:6:208:-19.0596,-1.80618,0 dDocent_Contig_13838 127 . G T 443.54 . AB=0.154122;ABP=292.921;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=594;DPB=594;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=1134.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2417;QR=17714;RO=521;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=1134.35;RPR=73;RUN=1;SAF=0;SAP=161.528;SAR=73;SRF=0;SRP=1134.35;SRR=521;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:315:285,30:285:9763:30:972:0,-7.05266,-790.924 0/1:279:236,43:236:7951:43:1445:-46.354,0,-631.682 dDocent_Contig_13840 98 . N T 241.064 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=258;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:49:-4.65369,-0.60206,0 1/1:6:0,6:0:0:6:209:-19.1511,-1.80618,0 dDocent_Contig_13841 144 . G A 401.585 . 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AB=0.130081;ABP=149.205;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=1.44706;EPP=37.7539;EPPR=419.933;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=6568;RO=192;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=419.933;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=419.933;SRR=192;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:85:85,0:85:2891:0:0:0,-25.5875,-260.438 0/1:123:107,16:107:3677:16:564:-14.0628,0,-294.125 dDocent_Contig_13844 79 . G A 143.739 . AB=0.147368;ABP=105.618;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=4.31818;EPP=33.4109;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.980583;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=3759;RO=103;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=226.672;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:807:0:0:0,-6.62266,-72.9559 0/1:95:81,14:81:2952:14:496:-16.3739,0,-237.3 dDocent_Contig_13845 107 . N T 74.9589 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89396,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 dDocent_Contig_13846 43 . G A 199.644 . AB=0.112195;ABP=270.801;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=733;DPB=733;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=1512.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994245;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1520;QR=27409;RO=695;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=1512.18;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=695;SRP=1512.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:205:182,23:182:7208:23:923:-21.6634,0,-586.676 0/0:528:513,15:513:20201:15:597:0,-104.877,-1762.39 dDocent_Contig_13847 21 . C A 11186.5 . 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AB=0.243478;ABP=68.7398;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=187;DPB=187;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.517241;PAIREDR=0.575949;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1012;QR=5531;RO=158;RPL=18;RPP=6.67934;RPPR=13.7852;RPR=11;RUN=1;SAF=18;SAP=6.67934;SAR=11;SRF=93;SRP=13.7852;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:72:71,1:71:2547:1:39:0,-17.7776,-225.562 0/1:115:87,28:87:2984:28:973:-53.259,0,-234.158 dDocent_Contig_13849 32 . G A 187.183 . AB=0.174603;ABP=60.9507;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.977444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=5312;RO=133;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=291.816;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:86:81,5:81:3225:5:201:0,-7.41769,-271.84 0/1:63:52,11:52:2087:11:437:-20.7183,0,-169.048 dDocent_Contig_13850 28 . G A 7730.2 . AB=0.779874;ABP=219.365;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=248;CIGAR=2M1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=541.535;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1895;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.975806;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9777;QR=2722;RO=70;RPL=0;RPP=541.535;RPPR=155.013;RPR=248;RUN=1;SAF=248;SAP=541.535;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:147:36,111:36:1401:111:4387:-350.53,0,-82.1021 0|1:171:34,137:34:1321:137:5390:-426.189,0,-67.6844 dDocent_Contig_13851 98 . N T 517.206 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=0;RO=0;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17303,-0.60206,0 1/1:14:0,14:0:0:14:499:-45.246,-4.21442,0 dDocent_Contig_13852 188 . C A 8800.52 . AB=0.0727273;ABP=613.51;AC=0;AF=0;AN=4;AO=28;CIGAR=1X2M2D4M;DP=385;DPB=315.444;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1103;QR=2789;RO=72;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=159.356;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=159.356;SRR=72;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:193:44,5,142:44:1721:5,142:199,5554:-443.356,-440.215,-580.201,0,-125.117,-98.7583 0|0:192:28,23,140:28:1068:23,140:904,5461:-440.395,-374.467,-455.133,0,-13.2228,-45.4397 dDocent_Contig_13854 153 . T C 361.901 . AB=0.361702;ABP=10.8184;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.945205;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=714;QR=2574;RO=73;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=161.528;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:43,4:43:1519:4:136:0,-1.57266,-124.424 0/1:47:30,17:30:1055:17:578:-38.1901,0,-81.1121 dDocent_Contig_13855 70 . T C 11606.9 . AB=0.829646;ABP=429.637;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=375;CIGAR=1X;DP=452;DPB=452;DPRA=0;EPP=817.312;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14456;QR=3057;RO=77;RPL=375;RPP=817.312;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=375;SAP=817.312;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:166:45,121:45:1775:121:4685:-371.633,0,-109.996 0/1:286:32,254:32:1282:254:9771:-792.753,0,-29.5518 dDocent_Contig_13856 68 . G A 1276.43 . AB=0.300546;ABP=66.2441;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2065;QR=5050;RO=128;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=280.959;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:57,24:57:2233:24:897:-56.6471,0,-176.771 0/1:102:71,31:71:2817:31:1168:-74.6951,0,-222.95 dDocent_Contig_13857 107 . N T 716.42 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=786;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=0;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:335:-30.4197,-3.61236,0 1/1:13:0,13:0:0:13:451:-40.9213,-3.91339,0 dDocent_Contig_13858 10 . A G 583.523 . AB=0.215789;ABP=269.621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X4M1X;DP=380;DPB=380;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=500.277;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=25.0122;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0243902;PAIREDR=0.9869;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1954;QR=8997;RO=229;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=500.277;RPR=82;RUN=1;SAF=82;SAP=181.071;SAR=0;SRF=229;SRP=500.277;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:161:84,5,47:84:3312:5,47:192,1099:-47.5704,-59.8321,-330.895,0,-259.525,-258.394 0|1:219:145,15,35:145:5685:15,35:588,855:-14.4809,-15.9267,-478.988,0,-425.35,-456.997 dDocent_Contig_13859 41 . A G 71.5089 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.643836;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=2885;RO=73;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=161.528;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1453:6:238:-8.84986,0,-118.08 0/0:37:36,1:36:1432:1:40:0,-7.14243,-125.143 dDocent_Contig_13860 204 . G A 338.128 . AB=0.138528;ABP=265.176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=231;DPB=231;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1180;QR=7207;RO=198;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=432.962;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=72.4974;SAR=32;SRF=0;SRP=432.962;SRR=198;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:72,9:72:2618:9:331:-5.63052,0,-211.368 0/1:149:126,23:126:4589:23:849:-31.8812,0,-368.291 dDocent_Contig_13861 11 . C G 34.7668 . AB=0.1;ABP=114.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.7823;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.489796;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=525;QR=5833;RO=147;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=322.217;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:72,8:72:2833:8:321:-5.17551,0,-230.978 0/0:80:75,5:75:3000:5:204:0,-5.33837,-251.283 dDocent_Contig_13862 69 . T C 1900.91 . AB=0.666667;ABP=30.5156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2528;QR=1178;RO=38;RPL=42;RPP=4.83891;RPPR=3.9246;RPR=34;RUN=1;SAF=42;SAP=4.83891;SAR=34;SRF=17;SRP=3.9246;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:18,31:18:537:31:1042:-79.3318,0,-33.8644 0/1:65:20,45:20:641:45:1486:-114.458,0,-38.4271 dDocent_Contig_13864 79 . C T 1114.57 . AB=0.494382;ABP=3.0347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1570;QR=1598;RO=45;RPL=22;RPP=3.0103;RPPR=3.44459;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=3.0103;SAR=22;SRF=21;SRP=3.44459;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:15,13:15:531:13:465:-33.759,0,-39.6939 0/1:61:30,31:30:1067:31:1105:-81.397,0,-77.9796 dDocent_Contig_13865 21 . C T 1449.9 . AB=0.329412;ABP=45.9799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X2M1X;DP=170;DPB=170;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.8571;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2219;QR=4511;RO=114;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=250.558;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:105:68,37:68:2688:37:1468:-100.479,0,-210.444 0|1:65:46,19:46:1823:19:751:-48.2101,0,-144.713 dDocent_Contig_13868 9 . A G 46.185 . 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G A 270.458 . AB=0.28125;ABP=29.6108;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=549;QR=1550;RO=46;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:22,11:22:750:11:329:-19.9677,0,-57.8836 0/1:31:24,7:24:800:7:220:-10.777,0,-62.9751 dDocent_Contig_13872 44 . A T 483.718 . AB=0.307692;ABP=23.8898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=788;QR=1820;RO=45;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=100.727;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:30,6:30:1216:6:241:-11.2296,0,-98.8747 0/1:29:15,14:15:604:14:547:-40.8411,0,-45.9683 dDocent_Contig_13875 98 . N C 79.9415 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:72:-6.71864,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:10:-0.949998,-0.60206,0 dDocent_Contig_13877 133 . T C 1806.68 . AB=0.163194;ABP=854.318;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=141;CIGAR=1X;DP=864;DPB=864;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=1572.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4933;QR=25386;RO=723;RPL=0;RPP=309.188;RPPR=1572.98;RPR=141;RUN=1;SAF=0;SAP=309.188;SAR=141;SRF=0;SRP=1572.98;SRR=723;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:403:320,83:320:11288:83:2906:-140.448,0,-894.468 0/1:461:403,58:403:14098:58:2027:-43.9192,0,-1129.79 dDocent_Contig_13878 46 . C G 435.454 . AB=0.27027;ABP=36.9322;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=1.45098;EPP=3.0103;EPPR=10.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.847619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=750;QR=3775;RO=105;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=231.015;RPR=20;RUN=1;SAF=10;SAP=3.0103;SAR=10;SRF=43;SRP=10.476;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:51,0:51:1827:0:0:0,-15.3525,-164.666 0/1:74:54,20:54:1948:20:750:-45.5454,0,-153.287 dDocent_Contig_13879 9 . A G 143.596 . AB=0.153061;ABP=105.468;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X1M1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=35.3125;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.993007;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=625;QR=5480;RO=143;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=313.531;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:98:82,15:82:3160:15:585:-16.0586,0,-255.016 0|0:62:61,1:61:2320:1:40:0,-15.3611,-205.715 dDocent_Contig_13880 167 . A G 415.062 . AB=0.26087;ABP=37.2818;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=725;QR=2048;RO=51;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:734:6:242:-14.9322,0,-59.1585 0/1:45:33,12:33:1314:12:483:-30.2729,0,-104.967 dDocent_Contig_13881 56 . A C 2109.93 . AB=0.776471;ABP=59.443;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.924242;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2664;QR=740;RO=19;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:11,40:11:439:40:1612:-129.957,0,-24.511 0/1:34:8,26:8:301:26:1052:-84.7347,0,-17.2063 dDocent_Contig_13884 16 . A C 190.693 . AB=0.211538;ABP=40.5935;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=419;QR=1623;RO=41;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=92.0407;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:700:3:106:-3.56247,0,-56.9948 0/1:31:23,8:23:923:8:313:-19.1998,0,-74.0426 dDocent_Contig_13885 36 . T A 452.859 . AB=0.139344;ABP=278.681;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=3M1X9M;DP=402;DPB=402.846;DPRA=1.5443;EPP=76.8404;EPPR=771.712;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1336;QR=13853;RO=354;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=771.712;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=354;SRP=771.712;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:244:209,0,34:209:8158:0,34:0,1336:-46.9849,-109.9,-780.5,0,-670.622,-660.387 0|0:158:145,11,0:145:5695:11,0:432,0:0,-8.03784,-473.216,-43.6493,-476.528,-512.057 dDocent_Contig_13886 21 . G C 95.1931 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0.342466;EPP=13.8677;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.924731;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=3709;RO=93;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=204.957;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:808:5:204:-11.2183,0,-65.5106 0/0:73:73,0:73:2901:0:0:0,-21.9752,-261.183 dDocent_Contig_13887 32 . T C 600.558 . AB=0.636364;ABP=8.34028;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=811;QR=403;RO=12;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=29.068;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:5,13:5:152:13:504:-40.2858,0,-8.56256 0/1:15:7,8:7:251:8:307:-23.4689,0,-18.4211 dDocent_Contig_13889 33 . T C 895.77 . AB=0.2125;ABP=60.4457;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=3M1X14M;DP=80;DPB=66.2222;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=673;QR=1204;RO=31;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=70.3259;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:9,22,7:9:356:22,7:845,270:-66.6487,0,-22.6818,-47.1862,-7.13737,-74.3813 0|1:42:22,9,10:22:848:9,10:328,403:-26.6273,-6.46701,-73.3897,0,-42.8728,-66.6476 dDocent_Contig_13890 40 . T G 62.0002 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0.625;EPP=9.52472;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=939;RO=23;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=52.9542;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:285:3:117:-7.89899,0,-23.0141 0/0:16:16,0:16:654:0:0:0,-4.81648,-59.192 dDocent_Contig_13892 47 . A G 426.123 . AB=0.243902;ABP=49.7234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.33871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=781;QR=2391;RO=62;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=137.642;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1122:7:275:-14.2787,0,-90.4259 0/1:46:33,13:33:1269:13:506:-32.0326,0,-100.632 dDocent_Contig_13893 29 . T G 15672.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=470;CIGAR=1X;DP=501;DPB=501;DPRA=0;EPP=1023.6;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987234;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18650;QR=1220;RO=31;RPL=0;RPP=1023.6;RPPR=70.3259;RPR=470;RUN=1;SAF=470;SAP=1023.6;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:211:17,194:17:654:194:7578:-622.486,-4.34068,0 1/1:290:14,276:14:566:276:11072:-944.429,-36.0164,0 dDocent_Contig_13894 121 . T C 34.3342 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=24;MQMR=56.8929;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1950;RO=56;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=124.613;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,1:36:1252:1:36:0,-9.14878,-110.155 0/1:26:20,6:20:698:6:209:-5.43326,0,-51.819 dDocent_Contig_13895 27 . G A 892.765 . AB=0.259259;ABP=84.5612;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X1M2X;DP=162;DPB=162;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=43.2381;MQMR=58.4435;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.643478;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1627;QR=4528;RO=115;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=252.73;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:40,25,4:40:1568:25,4:980,162:-65.3792,0,-119.675,-64.0584,-113.841,-190.077 0|1:93:75,17,0:75:2960:17,0:647,0:-27.5963,0,-238.101,-50.1735,-243.218,-293.431 dDocent_Contig_13896 67 . T C 54.6393 . AB=0.102941;ABP=189.246;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=250;DPB=250;DPRA=1.19298;EPP=33.4109;EPPR=515.478;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=534;QR=8893;RO=236;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=515.478;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=236;SRP=515.478;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:114:114,0:114:4290:0:0:0,-34.3174,-386.173 0/1:136:122,14:122:4603:14:534:-7.46392,0,-373.381 dDocent_Contig_13897 52 . T C 2962.6 . AB=0.0833333;ABP=274.444;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=2M1X14M;DP=363;DPB=362.176;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.248804;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=7748;RO=209;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=215.472;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=176;SRP=215.472;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:183:114,11,0,54:114:4255:11,0,54:379,0,2082:-136.709,-140.257,-485.31,-171.026,-488.621,-519.393,0,-317.657,-348.429,-332.173 0|0:180:95,4,15,62:95:3493:4,15,62:153,602,2341:-163.25,-179.293,-463.649,-142.24,-415.247,-423.286,0,-272.995,-235.942,-266.886 dDocent_Contig_13898 201 . T C 881.26 . AB=0.428571;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=4.26087;EPP=94.2121;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1326;QR=2851;RO=79;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=174.557;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=0;SRP=174.557;SRR=79;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:822:0:0:0,-6.92369,-74.3012 0/1:98:56,42:56:2029:42:1326:-90.126,0,-153.372 dDocent_Contig_13899 37 . G C 30.7516 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0.344828;EPP=9.52472;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=2945;RO=74;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=163.699;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:57,0:57:2258:0:0:0,-17.1587,-202.982 0/1:20:17,3:17:687:3:119:-5.07479,0,-56.1389 dDocent_Contig_13903 59 . T A 1749.66 . AB=0.468354;ABP=4.38465;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2507;QR=2950;RO=84;RPL=74;RPP=163.699;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:60,49:60:2089:49:1656:-116.512,0,-155.467 0/1:49:24,25:24:861:25:851:-62.1529,0,-63.0576 dDocent_Contig_13905 12 . C A 1196.34 . AB=0.205036;ABP=213.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=278;DPB=278;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99095;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2294;QR=8850;RO=221;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=482.906;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:53,16:53:2148:16:638:-36.9836,0,-172.716 0/1:209:168,41:168:6702:41:1656:-86.3489,0,-539.982 dDocent_Contig_13906 11 . A T 244.934 . AB=0.2;ABP=53.8228;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=1.51163;EPP=31.2394;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=53.0769;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.384615;PAIREDR=0.494737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=3810;RO=95;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=209.3;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1715:0:0:0,-12.9443,-154.572 0/1:65:52,13:52:2095:13:518:-26.4934,0,-169.163 dDocent_Contig_13907 63 . T A 1728.27 . AB=0.377907;ABP=25.2805;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=1.86957;EPP=144.156;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2516;QR=7935;RO=199;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=435.133;RPR=0;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:92:92,0:92:3654:0:0:0,-27.6948,-328.891 0/1:172:107,65:107:4281:65:2516:-174.827,0,-333.468 dDocent_Contig_13908 108 . T C 320.853 . AB=0.483871;ABP=3.08035;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=1.10714;EPP=35.5824;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=59.1591;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=492;QR=1498;RO=44;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=98.5551;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:958:0:0:0,-8.42884,-85.4244 0/1:31:16,15:16:540:15:492:-34.0853,0,-39.5877 dDocent_Contig_13909 12 . A G 204.638 . AB=0.104027;ABP=408.857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=583;DPB=583;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=1179.95;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998155;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1644;QR=21091;RO=542;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=1179.95;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=542;SRP=1179.95;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:298:267,31:267:10399:31:1240:-22.1627,0,-845.647 0/0:285:275,10:275:10692:10:404:0,-49.0731,-924.976 dDocent_Contig_13910 58 . G A 137.739 . AB=0.136842;ABP=111.835;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=554.564;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.653543;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=804;QR=9635;RO=254;RPL=18;RPP=26.2761;RPPR=72.258;RPR=3;RUN=1;SAF=18;SAP=26.2761;SAR=3;SRF=172;SRP=72.258;SRR=82;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:82,13:82:3150:13:486:-15.4728,0,-255.027 0/0:180:172,8:172:6485:8:318:0,-25.1998,-554.544 dDocent_Contig_13911 17 . T C 1550.78 . AB=0.447154;ABP=5.99387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X2M1X1M1X2M1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2169;QR=2684;RO=68;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=150.67;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:15,24:15:589:24:943:-73.4391,0,-41.6109 0|1:84:53,31:53:2095:31:1226:-85.3377,0,-163.456 dDocent_Contig_13912 17 . C T 80.1416 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.833333;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2453;RO=61;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:997:5:204:-9.71313,0,-80.9959 0/0:36:36,0:36:1456:0:0:0,-10.8371,-131.284 dDocent_Contig_13913 124 . A C 539.515 . AB=0.487179;ABP=3.06598;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=763;QR=799;RO=20;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:7,6:7:276:6:238:-17.8808,0,-21.294 0/1:26:13,13:13:523:13:525:-39.7698,0,-39.5909 dDocent_Contig_13915 30 . T C 185.829 . AB=0.204082;ABP=40.2799;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=1565;RO=39;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=87.6977;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:726:5:201:-11.5472,0,-58.7402 0/1:26:21,5:21:839:5:202:-10.7347,0,-67.9919 dDocent_Contig_13916 61 . G A 314.106 . AB=0.245902;ABP=37.2199;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=586;QR=1807;RO=46;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:861:5:202:-10.4343,0,-69.6781 0/1:34:24,10:24:946:10:384:-24.6753,0,-75.2104 dDocent_Contig_13917 107 . N G 226.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.4236,-0.90309,0 1/1:4:0,4:0:0:4:140:-12.9449,-1.20412,0 dDocent_Contig_13918 90 . G A 260.584 . AB=0.202381;ABP=67.6375;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.294118;PAIREDR=0.597015;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=604;QR=2382;RO=67;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:31,7:31:1107:7:245:-10.9511,0,-88.5018 0/1:46:36,10:36:1275:10:359:-18.8062,0,-101.207 dDocent_Contig_13919 82 . T C 453.399 . AB=0.292683;ABP=33.6228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=3.37221;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0416667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=812;QR=2040;RO=58;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=128.956;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=3.37221;SAR=11;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:31,10:31:1084:10:321:-16.8586,0,-85.5254 0/1:41:27,14:27:956:14:491:-32.1804,0,-74.0132 dDocent_Contig_13920 9 . A C 115.087 . AB=0.117647;ABP=154.119;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=4049;RO=105;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=231.015;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:53,9:53:2045:9:350:-13.1975,0,-165.62 0/1:57:52,5:52:2004:5:194:-0.674135,0,-163.437 dDocent_Contig_13921 20 . T G 12628 . AB=0.766859;ABP=324.041;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=398;CIGAR=2X;DP=519;DPB=519;DPRA=0;EPP=867.256;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15799;QR=4486;RO=113;RPL=0;RPP=867.256;RPPR=248.387;RPR=398;RUN=1;SAF=398;SAP=867.256;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:280:67,206:67:2654:206:8227:-657.42,0,-156.416 0|1:239:46,192:46:1832:192:7572:-609.08,0,-93.0426 dDocent_Contig_13922 25 . T C 378.21 . AB=0.32;ABP=17.0814;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.411765;PAIREDR=0.460674;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=3375;RO=89;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=196.271;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:55,1:55:2102:1:39:0,-12.9611,-185.512 0/1:50:34,16:34:1273:16:606:-39.821,0,-99.8124 dDocent_Contig_13924 27 . C T 78.8503 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0.459016;EPP=13.8677;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=3384;RO=84;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=185.414;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:23,5:23:923:5:196:-9.584,0,-74.942 0/0:61:61,0:61:2461:0:0:0,-18.3628,-221.626 dDocent_Contig_13925 31 . T C 6659.16 . AB=0.749104;ABP=153.387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=209;CIGAR=1X2M;DP=279;DPB=279;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.913876;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8347;QR=2372;RO=60;RPL=0;RPP=456.848;RPPR=133.299;RPR=209;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:126:25,0,100:25:995:0,100:0,3972:-319.679,-327.205,-409.131,0,-82.1538,-52.0508 0|1:153:35,9,109:35:1377:9,109:363,4375:-349.936,-330.549,-441.097,0,-83.3271,-80.4394 dDocent_Contig_13927 168 . A G 113.53 . AB=0.294118;ABP=9.26925;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=2.125;EPP=13.8677;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=772;RO=20;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=46.4397;SRR=20;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:305:0:0:0,-2.40824,-27.8044 0/1:17:12,5:12:467:5:201:-13.353,0,-37.2635 dDocent_Contig_13928 50 . T C 931.802 . AB=0.615385;ABP=9.02361;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1243;QR=789;RO=20;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:5,9:5:204:9:348:-27.4612,0,-14.5296 0/1:38:15,23:15:585:23:895:-69.4179,0,-41.5454 dDocent_Contig_13931 13 . T G 855.195 . AB=0.154519;ABP=358.606;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=613.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962264;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2111;QR=11259;RO=281;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=613.194;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=281;SRP=613.194;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:206:169,30:169:6758:30:1189:-46.9809,0,-547.598 0/1:137:112,23:112:4501:23:922:-42.2375,0,-363.952 dDocent_Contig_13932 98 . N G 56.0492 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:59:-5.60384,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13933 130 . C G 229.873 . AB=0.210526;ABP=44.4969;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=478;QR=1823;RO=45;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:31,10:31:1257:10:403:-24.2873,0,-101.051 0/1:16:14,2:14:566:2:75:-2.30232,0,-46.4652 dDocent_Contig_13934 96 . T A 69.2275 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=3X;DP=3;DPB=3.66667;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=24;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=2;PQA=70;PQR=0;PRO=0;QA=110;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:73:-4.51476,-0.60206,0 1|1:1:0,1:0:0:1:37:-2.10363,-0.30103,0 dDocent_Contig_13935 14 . T A 1811.63 . AB=0.370588;ABP=27.7395;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=2M1X13M;DP=170;DPB=163.312;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2531;QR=3136;RO=79;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=174.557;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:123:52,3,11,54:52:2057:3,11,54:118,378,2164:-162.663,-168.611,-336.998,-147.635,-307.217,-313.611,0,-159.62,-138.643,-153.07 0|1:47:27,9,1,9:27:1079:9,1,9:359,29,367:-22.1589,-0.72084,-86.8899,-27.9837,-87.2935,-116.557,0,-59.3177,-86.5777,-86.1742 dDocent_Contig_13936 57 . T C 2006.77 . AB=0.647541;ABP=26.0777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2670;QR=1359;RO=42;RPL=79;RPP=174.557;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:28,29:28:917:29:1001:-73.1582,0,-65.5874 0/1:64:14,50:14:442:50:1669:-131.218,0,-20.8143 dDocent_Contig_13937 28 . T C 1596.59 . AB=0.156105;ABP=667.625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=1186.46;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3976;QR=21588;RO=545;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=1186.46;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=545;SRP=1186.46;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:356:281,75:281:11122:75:2961:-159.415,0,-893.132 0/1:291:264,26:264:10466:26:1015:-3.94008,0,-853.6 dDocent_Contig_13938 69 . C A 123.094 . AB=0.117241;ABP=187.526;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=273;DPB=273;DPRA=1.13281;EPP=39.9253;EPPR=558.907;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.976562;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=637;QR=10040;RO=256;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=558.907;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=256;SRP=558.907;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:145:128,17:128:4990:17:637:-14.0084,0,-405.354 0/0:128:128,0:128:5050:0:0:0,-38.5318,-454.409 dDocent_Contig_13939 36 . T A 11246.2 . 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AB=0.269231;ABP=15.0369;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.684211;EPP=18.2106;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.964912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=1986;RO=57;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1323:0:0:0,-11.4391,-119.368 0/1:26:19,7:19:663:7:246:-14.6554,0,-52.1664 dDocent_Contig_13943 51 . T A 545.133 . AB=0.558824;ABP=4.03217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.944444;EPP=44.2683;EPPR=89.2305;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=738;QR=2005;RO=51;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=89.2305;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1417:0:0:0,-10.8371,-127.787 0/1:34:15,19:15:588:19:738:-56.5133,0,-43.0222 dDocent_Contig_13944 67 . T A 103.039 . AB=0.194444;ABP=32.2045;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.5;EPP=18.2106;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=250;QR=2011;RO=53;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:29,7:29:1095:7:250:-12.0029,0,-87.9819 0/0:24:24,0:24:916:0:0:0,-7.22472,-82.7354 dDocent_Contig_13945 54 . T G 12588.5 . 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AB=0.222222;ABP=39.2015;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=32.3571;MQMR=58.2532;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.962025;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=536;QR=3115;RO=79;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=174.557;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:37,2:37:1451:2:77:0,-5.55696,-122.225 0/1:54:42,12:42:1664:12:459:-16.5518,0,-128.96 dDocent_Contig_13947 10 . T A 41363.7 . AB=0.665161;ABP=474.983;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1325;CIGAR=1X;DP=1992;DPB=1992;DPRA=0;EPP=2880.21;EPPR=1449.21;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9925;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998491;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52716;QR=26772;RO=666;RPL=0;RPP=2880.21;RPPR=1449.21;RPR=1325;RUN=1;SAF=1325;SAP=2880.21;SAR=0;SRF=666;SRP=1449.21;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1066:309,756:309:12437:756:30120:-2387.1,0,-797.398 0/1:926:357,569:357:14335:569:22596:-1752.97,0,-1010.28 dDocent_Contig_13948 13 . C T 352.993 . AB=0.351351;ABP=10.1116;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=1.15625;EPP=31.2394;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.589286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=2222;RO=56;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=124.613;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:24,13:24:940:13:531:-36.9983,0,-73.7533 0/0:32:32,0:32:1282:0:0:0,-9.63296,-115.648 dDocent_Contig_13949 56 . T A 932.673 . AB=0.432099;ABP=6.2541;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.630435;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1341;QR=1806;RO=46;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:31,17:31:1226:17:651:-44.4763,0,-96.1721 0/1:33:15,18:15:580:18:690:-52.4899,0,-42.6012 dDocent_Contig_13950 186 . A C 303.65 . AB=0.147059;ABP=150.159;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=676.167;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1161;QR=12246;RO=310;RPL=29;RPP=65.983;RPPR=676.167;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=676.167;SRR=310;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:203:194,9:194:7646:9:350:0,-29.2543,-655.902 0/1:136:116,20:116:4600:20:811:-32.365,0,-372.979 dDocent_Contig_13951 39 . C A 3136.54 . AB=0.728571;ABP=66.5414;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990196;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3990;QR=1499;RO=38;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=85.5263;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:26,45:26:1024:45:1735:-134.994,0,-71.0796 0/1:69:12,57:12:475:57:2255:-182.359,0,-22.327 dDocent_Contig_13953 71 . T C 278.846 . AB=0.27907;ABP=21.2406;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0.843137;EPP=29.068;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=472;QR=3294;RO=82;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=181.071;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:51,0:51:2048:0:0:0,-15.3525,-184.506 0/1:43:31,12:31:1246:12:472:-29.8846,0,-99.467 dDocent_Contig_13954 34 . C A 9245.25 . 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AB=0.0978261;ABP=132.26;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=1.5082;EPP=22.5536;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992701;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=5428;RO=137;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=300.502;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=300.502;SRR=137;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:79,9:79:3096:9:360:-5.86958,0,-251.819 0/0:61:58,0:58:2332:0:0:0,-17.4597,-209.631 dDocent_Contig_13956 9 . T A 1642.84 . AB=0.254237;ABP=157.774;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=295;DPB=295;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2847;QR=8390;RO=220;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=480.734;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:174:128,46:128:4885:46:1731:-103.665,0,-387.302 0/1:121:92,29:92:3505:29:1116:-64.3175,0,-279.154 dDocent_Contig_13957 107 . N T 59.8472 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_13958 13 . T A 644.139 . 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AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=1.41667;EPP=11.6962;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=998;RO=25;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=57.2971;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:484:0:0:0,-3.61236,-43.911 0/1:17:13,4:13:514:4:164:-10.0324,0,-41.4883 dDocent_Contig_13960 19 . A G 117.846 . AB=0.230769;ABP=19.3799;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.08333;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1749;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:956:0:0:0,-7.22472,-86.3441 0/1:26:20,6:20:793:6:236:-13.7846,0,-63.8633 dDocent_Contig_13961 204 . G T 920.014 . AB=0.280488;ABP=71.65;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1601;QR=4114;RO=116;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=102.898;SAR=46;SRF=0;SRP=254.901;SRR=116;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:84:60,22:60:2132:22:784:-45.9487,0,-167.211 0/1:80:56,24:56:1982:24:817:-49.7517,0,-154.561 dDocent_Contig_13962 12 . G C 392.549 . AB=0.166667;ABP=136.194;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=64.3591;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.556522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=931;QR=4426;RO=115;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=252.73;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=86;SRP=64.3591;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:76,11:76:2921:11:446:-14.3055,0,-236.812 0/1:51:39,12:39:1505:12:485:-28.6483,0,-120.349 dDocent_Contig_13963 27 . T G 1190.51 . AB=0.672414;ABP=17.986;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.74359;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1552;QR=696;RO=18;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=42.0968;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:8,28:8:309:28:1116:-89.887,0,-17.3298 0/1:22:10,11:10:387:11:436:-32.8627,0,-28.4508 dDocent_Contig_13964 46 . T A 60.3691 . AB=0.130435;ABP=57.5803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=2800;RO=75;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=165.871;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:35,1:35:1307:1:41:0,-6.74251,-113.819 0/1:46:40,6:40:1493:6:239:-8.03691,0,-120.792 dDocent_Contig_13965 1 . N G 122.991 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=133;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.2988,-1.20412,0 dDocent_Contig_13966 183 . C G 317.365 . AB=0.197531;ABP=67.377;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6875;PAIREDR=0.784615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=656;QR=2619;RO=65;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:1056:3:123:-2.73492,0,-86.5975 0/1:52:39,13:39:1563:13:533:-32.6623,0,-125.251 dDocent_Contig_13967 17 . C A 2579.99 . AB=0.241667;ABP=72.5698;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X2M1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.517241;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1067;QR=624;RO=16;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=37.7539;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:81:9,20,52:9:346:20,52:733,1978:-191.002,-133.809,-156.192,-31.4859,0,-44.241 1|0:39:7,9,22:7:278:9,22:334,834:-70.6954,-45.4727,-65.654,-4.42321,0,-20.6975 dDocent_Contig_13968 49 . G A 116.586 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.833333;EPP=16.0391;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.632653;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=1943;RO=49;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=109.412;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:19,6:19:751:6:228:-13.3576,0,-60.3887 0/0:30:30,0:30:1192:0:0:0,-9.0309,-107.558 dDocent_Contig_13969 94 . T G 8117.85 . AB=0.787565;ABP=280.261;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=304;CIGAR=1X3M;DP=386;DPB=386;DPRA=0;EPP=663.138;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.990132;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10272;QR=1950;RO=57;RPL=304;RPP=663.138;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=304;SAP=663.138;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:182:29,0,147:29:989:0,147:0,5009:-397.675,-406.405,-486.654,0,-80.2544,-36.003 0|1:204:28,11,157:28:961:11,157:379,5263:-417.809,-395.451,-470.17,0,-47.2443,-30.77 dDocent_Contig_13970 55 . T G 72.9242 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 1/1:4:0,4:0:0:4:83:-7.67569,-1.20412,0 dDocent_Contig_13973 33 . T C 76.9556 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0.914894;EPP=16.0391;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=3338;RO=84;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=185.414;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1483:6:244:-9.39453,0,-120.769 0/0:47:47,0:47:1855:0:0:0,-14.1484,-167.155 dDocent_Contig_13974 143 . A G 856.383 . AB=0.635135;ABP=14.748;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X3M;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40.2128;MQMR=58.7273;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.297872;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1292;QR=727;RO=22;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=50.7827;RPR=47;RUN=1;SAF=0;SAP=105.07;SAR=47;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:10,0,27:10:334:0,27:0,864:-65.8363,-68.8466,-95.8925,0,-27.3749,-19.2471 0|1:37:12,4,20:12:393:4,20:137,428:-23.501,-23.3896,-53.8233,0,-28.0047,-25.6717 dDocent_Contig_13975 89 . T C 1166.78 . AB=0.741935;ABP=34.5317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1538;QR=556;RO=16;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:10,16:10:346:16:537:-40.8223,0,-23.6477 0/1:36:6,30:6:210:30:1001:-79.5544,0,-8.40538 dDocent_Contig_13976 31 . T A 684.053 . AB=0.266667;ABP=52.6646;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=183;DPB=183;DPRA=1.34615;EPP=63.8115;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1127;QR=6209;RO=155;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=339.589;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:77,28:77:3088:28:1127:-70.1043,0,-246.385 0/0:78:78,0:78:3121:0:0:0,-23.4803,-280.952 dDocent_Contig_13977 98 . N A 1273.86 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1405;QR=0;RO=0;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:30:0,30:0:0:30:1035:-93.4612,-9.0309,0 1/1:11:0,11:0:0:11:370:-33.6239,-3.31133,0 dDocent_Contig_13978 13 . T A 12292.3 . AB=0.0942982;ABP=654.928;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X3M1X;DP=456;DPB=456;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1726;QR=1858;RO=47;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=105.07;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:223:7,19,197:7:279:19,197:758,7904:-688.571,-628.252,-645.508,-39.4512,0,-3.12415 0|0:233:40,24,168:40:1579:24,168:968,6752:-544.34,-476.589,-599.279,0,-50.1156,-79.3376 dDocent_Contig_13979 18 . C T 51.4409 . AB=0.116667;ABP=79.5909;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0.6;EPP=18.2106;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=276;QR=6046;RO=153;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=335.246;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:100:100,0:100:3944:0:0:0,-30.103,-354.956 0/1:60:53,7:53:2102:7:276:-7.14409,0,-171.299 dDocent_Contig_13981 8 . A G 112.863 . AB=0.166667;ABP=55.1256;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=339;QR=1719;RO=45;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=100.727;RPR=9;RUN=1;SAF=7;SAP=9.04217;SAR=2;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1032:4:148:-4.34961,0,-83.8576 0/1:23:18,5:18:687:5:191:-10.6347,0,-55.2398 dDocent_Contig_13982 29 . G T 86.2716 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=1;EPP=16.0391;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=2716;RO=70;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=155.013;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1452:0:0:0,-11.4391,-130.928 0/1:38:32,6:32:1264:6:241:-10.6272,0,-102.594 dDocent_Contig_13983 16 . T C 8061.26 . AB=0.487589;ABP=3.76493;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=275;CIGAR=1X1M1I2M;DP=564;DPB=633.25;DPRA=0;EPP=600.165;EPPR=624.051;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10886;QR=11206;RO=286;RPL=0;RPP=600.165;RPPR=624.051;RPR=275;RUN=1;SAF=275;SAP=600.165;SAR=0;SRF=286;SRP=624.051;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:318:130,186:130:5107:186:7334:-564.254,0,-364.039 0|1:246:156,89:156:6099:89:3552:-245.571,0,-474.592 dDocent_Contig_13984 14 . G C 1760.67 . AB=0.164537;ABP=614.908;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=626;DPB=626;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=1138.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998088;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4087;QR=20830;RO=523;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=1138.69;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=523;SRP=1138.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:342:310,32:310:12346:32:1274:-11.9744,0,-1007.31 0/1:284:213,71:213:8484:71:2813:-167.792,0,-677.588 dDocent_Contig_13985 45 . A T 204.022 . AB=0.15;ABP=130.693;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=4.9405;EPPR=3.35092;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.388889;PAIREDR=0.470588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=661;QR=3725;RO=102;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=224.5;RPR=18;RUN=1;SAF=7;SAP=4.9405;SAR=11;SRF=53;SRP=3.35092;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:65,7:65:2362:7:267:-2.71572,0,-191.128 0/1:48:37,11:37:1363:11:394:-21.3455,0,-108.504 dDocent_Contig_13986 47 . C T 10326.8 . AB=0.0571429;ABP=301.122;AC=0;AF=0;AN=4;AO=26;CIGAR=1X3M1X;DP=375;DPB=375;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1028;QR=1309;RO=36;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=81.1833;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:200:8,16,176:8:302:16,176:628,6963:-598.83,-549.59,-569.526,-28.2335,-1.3227,0 0|0:175:28,10,136:28:1007:10,136:400,5394:-435.552,-411.03,-490.162,0,-49.1594,-41.1798 dDocent_Contig_13987 98 . N A 107.376 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:72:-6.83664,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_13988 175 . T A 34.6092 . AB=0.119048;ABP=55.9529;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=1.75;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2359;RO=61;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:919:0:0:0,-7.22472,-83.0159 0/1:42:37,5:37:1440:5:197:-5.46077,0,-117.216 dDocent_Contig_13989 107 . N G 641.045 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.772727;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=702;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:15:0,15:0:0:15:475:-43.0553,-4.51545,0 1/1:7:0,7:0:0:7:227:-20.7481,-2.10721,0 dDocent_Contig_13990 136 . T C 45.4884 . AB=0.793103;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=46.8017;EPPR=39.2015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=8.08333;MQMR=55;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=807;QR=798;RO=24;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=55.1256;RPR=24;RUN=1;SAF=1;SAP=46.8017;SAR=23;SRF=2;SRP=39.2015;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:18,1:18:611:1:33:0,-3.93288,-48.384 0/1:29:6,23:6:187:23:774:-6.54883,0,-8.40688 dDocent_Contig_13991 125 . A G 101.575 . AB=0.170213;ABP=47.41;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.820513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=1401;RO=39;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=87.6977;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:580:4:147:-7.56697,0,-46.5073 0/1:27:23,4:23:821:4:156:-6.28948,0,-66.082 dDocent_Contig_13992 11 . T C 217.771 . AB=0.25641;ABP=23.1103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.862069;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=1165;RO=29;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=65.983;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:10,6:10:402:6:241:-17.2498,0,-31.7229 0/1:23:19,4:19:763:4:164:-8.22621,0,-62.0651 dDocent_Contig_13994 65 . G A 37.1163 . AB=0.0941176;ABP=246.266;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X1M1X;DP=287;DPB=287;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=578.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=0.988679;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=861;QR=10442;RO=265;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=578.45;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=265;SRP=578.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:170:154,16:154:6057:16:625:-5.41051,0,-493.777 0|0:117:111,6:111:4385:6:236:0,-13.6093,-373.016 dDocent_Contig_13995 98 . N C 265.418 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=3X;DP=9;DPB=46.3333;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=72;PQA=2448;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:9:0,9:0:0:9:295:-26.5418,-2.70927,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_13996 19 . G A 187.715 . AB=0.140187;ABP=123.334;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=300;DPB=300;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=708;QR=10800;RO=272;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=593.651;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:193:181,3:181:7190:3:122:0,-44.4215,-635.397 0/1:107:91,15:91:3610:15:586:-20.7715,0,-292.632 dDocent_Contig_13997 47 . T A 6273.61 . AB=0.302349;ABP=335.206;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=296;CIGAR=1M1X11M2I6M;DP=979;DPB=1030.42;DPRA=0;EPP=645.766;EPPR=652.281;GTI=0;LEN=1;MEANALT=40;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9004;QR=10692;RO=299;RPL=296;RPP=645.766;RPPR=652.281;RPR=0;RUN=1;SAF=296;SAP=645.766;SAR=0;SRF=299;SRP=652.281;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:473:111,148,33,62,57:111:3991:148,33,62,57:4607,1229,1666,2149:-336.558,0,-281.057,-269.381,-225.019,-585.052,-238.726,-194.368,-463.739,-545.664,-193.893,-149.532,-418.911,-388.254,-502.342 0|1:506:188,148,6,62,16:188:6701:148,6,62,16:4397,241,1601,600:-294.502,0,-501.687,-331.234,-526.378,-875.651,-225.697,-420.846,-752.059,-753.256,-301.955,-497.101,-828.319,-722.782,-843.363 dDocent_Contig_13998 107 . N A 139.419 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:79:-7.37189,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_13999 209 . N G 75.9266 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59157,-0.60206,0 dDocent_Contig_14000 29 . C G 938.401 . AB=0.291339;ABP=51.0392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=241;DPB=241;DPRA=1.11404;EPP=83.3548;EPPR=443.819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945813;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1487;QR=8143;RO=203;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=443.819;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=203;SRP=443.819;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:114:113,0:113:4524:0:0:0,-34.0164,-406.918 0/1:127:90,37:90:3619:37:1487:-95.8401,0,-287.488 dDocent_Contig_14001 50 . T G 2672.26 . AB=0.232692;ABP=325.741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=869.428;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4746;QR=15903;RO=399;RPL=121;RPP=265.758;RPPR=869.428;RPR=0;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=399;SRP=869.428;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:272:216,56:216:8590:56:2174:-113.966,0,-690.725 0/1:248:183,65:183:7313:65:2572:-156.958,0,-583.142 dDocent_Contig_14002 190 . G A 173.763 . AB=0.15;ABP=88.132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=1.53846;EPP=29.068;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=4792;RO=120;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=263.587;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=263.587;SRR=120;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2096:0:0:0,-15.6536,-188.815 0/1:80:68,12:68:2696:12:479:-19.3763,0,-218.68 dDocent_Contig_14003 9 . T G 421.735 . AB=0.320755;ABP=17.8009;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=2.20833;EPP=39.9253;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=661;QR=2316;RO=60;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=133.299;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:36,17:36:1383:17:661:-43.8725,0,-108.798 0/0:24:24,0:24:933:0:0:0,-7.22472,-84.286 dDocent_Contig_14004 22 . A C 81.7246 . AB=0.123077;ABP=83.2212;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0.755814;EPP=20.3821;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=5694;RO=143;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=313.531;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:57,8:57:2272:8:323:-9.87143,0,-185.08 0/0:86:86,0:86:3422:0:0:0,-25.8886,-308.027 dDocent_Contig_14005 61 . G A 324.253 . 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AB=0.295238;ABP=155.965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=420;DPB=420;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=645.766;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4888;QR=11729;RO=296;RPL=124;RPP=272.273;RPPR=645.766;RPR=0;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=296;SRP=645.766;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:188:142,46:142:5626:46:1813:-106.783,0,-449.568 0/1:232:154,78:154:6103:78:3075:-207.006,0,-479.212 dDocent_Contig_14014 68 . G A 587.542 . 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G A 224.268 . AB=0.178082;ABP=68.7196;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X3M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.384615;PAIREDR=0.644068;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=527;QR=2297;RO=59;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=131.127;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:35:30,5:30:1167:5:203:-8.11701,0,-94.7822 0|1:38:29,8:29:1130:8:324:-18.0088,0,-90.4762 dDocent_Contig_14017 10 . T C 26998.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=799;CIGAR=1X;DP=845;DPB=845;DPRA=0;EPP=1738.02;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=56.7472;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.559449;PAIREDR=0.488889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32053;QR=1832;RO=45;RPL=0;RPP=1738.02;RPPR=100.727;RPR=799;RUN=1;SAF=799;SAP=1738.02;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:503:22,481:22:894:481:19264:-1640.38,-70.6518,0 1/1:342:23,318:23:938:318:12789:-1059.14,-18.3318,0 dDocent_Contig_14018 17 . C T 92.1223 . 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AB=0.568093;ABP=13.3607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=257;DPB=257;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5474;QR=3986;RO=111;RPL=146;RPP=320.045;RPPR=244.044;RPR=0;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:112:56,56:56:1993:56:2117:-157.022,0,-145.908 0/1:145:55,90:55:1993:90:3357:-258.574,0,-135.97 dDocent_Contig_14030 152 . C T 128.821 . AB=0.205882;ABP=28.557;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=1.25926;EPP=18.2106;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.851852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=2101;RO=54;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=120.27;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1056:0:0:0,-8.12781,-95.3292 0/1:34:27,7:27:1045:7:275:-14.8821,0,-84.1016 dDocent_Contig_14031 65 . G C 43.8871 . 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AB=0.259259;ABP=16.6021;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=284;QR=794;RO=20;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=46.4397;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:12,1:12:485:1:41:-0.181177,0,-40.0884 0/1:14:8,6:8:309:6:243:-18.0335,0,-23.9503 dDocent_Contig_14037 11 . G A 415.102 . AB=0.111111;ABP=26.6552;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=553;RO=14;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=33.4109;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:14:6,0,7:6:237:0,7:0,278:-21.0776,-22.8837,-42.3854,0,-19.4985,-17.3913 0|0:18:8,2,8:8:316:2,8:80,322:-24.1316,-19.9502,-45.3463,0,-19.4068,-23.5897 dDocent_Contig_14038 31 . T C 293.084 . AB=0.161538;ABP=132.363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=794;QR=4369;RO=109;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=239.701;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:54,11:54:2171:11:408:-17.4845,0,-175.989 0/1:65:55,10:55:2198:10:386:-15.5228,0,-178.418 dDocent_Contig_14039 66 . T A 1650.49 . AB=0.261993;ABP=136.352;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=499;DPB=499;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=893.314;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94878;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3449;QR=16268;RO=410;RPL=89;RPP=196.271;RPPR=893.314;RPR=0;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=410;SRP=893.314;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:271:200,71:200:7952:71:2758:-166.748,0,-633.69 0/0:228:210,18:210:8316:18:691:0,-6.13256,-685.494 dDocent_Contig_14042 22 . C T 1118.32 . AB=0.654545;ABP=14.4204;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.61765;EPP=81.1833;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1446;QR=2108;RO=53;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=118.098;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:34,0:34:1340:0:0:0,-10.235,-120.864 0/1:55:19,36:19:768:36:1446:-113.832,0,-52.8848 dDocent_Contig_14043 113 . T A 107.059 . AB=0.181818;ABP=32.0291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.94118;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=1756;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:1074:6:244:-12.4048,0,-87.0149 0/0:17:17,0:17:682:0:0:0,-5.11751,-61.7111 dDocent_Contig_14045 56 . A G 307.222 . 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AB=0.181818;ABP=293.198;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=330;DPB=330;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=589.308;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2319;QR=10299;RO=270;RPL=0;RPP=133.299;RPPR=589.308;RPR=60;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=270;SRP=589.308;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:145,39:145:5532:39:1510:-80.7815,0,-442.475 0/1:146:125,21:125:4767:21:809:-29.1853,0,-385.12 dDocent_Contig_14048 157 . G A 882.886 . 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AB=0.648148;ABP=13.3047;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=7.71429;EPP=79.0118;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1187;QR=855;RO=26;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=59.4686;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:19,35:19:629:35:1187:-90.8734,0,-40.6664 0/0:7:7,0:7:226:0:0:0,-2.10721,-20.6558 dDocent_Contig_14051 53 . C A 370.303 . 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AB=0.166667;ABP=43.5445;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.5556;MQMR=44.783;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.622642;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=4252;RO=106;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=233.186;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:35,7:35:1396:7:285:-12.13,0,-57.515 0/0:73:71,2:71:2856:2:75:0,-17.2939,-228.138 dDocent_Contig_14055 109 . A G 1106.33 . AB=0.194175;ABP=337.712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=723.939;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2642;QR=11242;RO=332;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=723.939;RPR=80;RUN=1;SAF=0;SAP=176.728;SAR=80;SRF=0;SRP=723.939;SRR=332;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:219:168,51:168:5709:51:1696:-86.9941,0,-448.041 0/1:193:164,29:164:5533:29:946:-27.3377,0,-440.032 dDocent_Contig_14056 7 . A C 315.465 . 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AB=0.758621;ABP=70.4008;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.920455;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3242;QR=1128;RO=28;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=63.8115;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:14,50:14:566:50:1842:-146.787,0,-32.0168 0/1:52:14,38:14:562:38:1400:-110.643,0,-35.2689 dDocent_Contig_14059 46 . G C 372.571 . AB=0.340909;ABP=12.6832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=1108;RO=29;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=65.983;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:539:4:161:-9.45694,0,-43.4306 0/1:26:15,11:15:569:11:433:-31.4991,0,-43.7188 dDocent_Contig_14061 9 . T C 525.277 . AB=0.224138;ABP=79.6857;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.4111;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.855556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1005;QR=3458;RO=90;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=198.443;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:44,8:44:1676:8:310:-12.61,0,-134.69 0/1:64:46,18:46:1782:18:695:-43.6167,0,-141.137 dDocent_Contig_14062 19 . C T 183.406 . AB=0.347826;ABP=7.63648;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.930233;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=336;QR=1637;RO=43;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=96.3836;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:28,1:28:1070:1:37:0,-5.03204,-92.8862 0/1:23:15,8:15:567:8:299:-20.3406,0,-44.4338 dDocent_Contig_14063 170 . T C 181.611 . AB=0.1875;ABP=57.2971;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=449;QR=2070;RO=52;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1481:6:225:-7.66423,0,-120.592 0/1:21:15,6:15:589:6:224:-14.1959,0,-47.0215 dDocent_Contig_14064 29 . A G 806.532 . AB=0.367816;ABP=16.2139;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X1M1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1221;QR=2181;RO=55;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=122.441;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:24,24:24:952:24:933:-69.8319,0,-71.5332 0|1:39:31,8:31:1229:8:288:-14.5203,0,-99.1484 dDocent_Contig_14065 37 . G T 1167.17 . AB=0.12987;ABP=94.6352;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=390;QR=775;RO=20;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=46.4397;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:10,8,2,12:10:383:8,2,12:312,76,472:-35.8143,-13.1799,-42.1976,-32.5938,-38.3748,-63.4182,0,-5.77879,-25.1957,-27.8146 0|0:45:10,2,6,27:10:392:2,6,27:78,238,1065:-84.6022,-81.201,-112.834,-68.0201,-93.8439,-98.4493,0,-25.8229,-12.6406,-24.1064 dDocent_Contig_14066 13 . A T 127.794 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0.666667;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.796296;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=2139;RO=54;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:18,6:18:711:6:237:-14.4784,0,-57.0924 0|0:36:36,0:36:1428:0:0:0,-10.8371,-128.78 dDocent_Contig_14067 21 . G A 43.8668 . AB=0.0858779;ABP=783.563;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=1086;DPB=1086;DPRA=0.932384;EPP=100.727;EPPR=2263.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1818;QR=41293;RO=1041;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=2263.51;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=1041;SRP=2263.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:524:479,45:479:18924:45:1818:-6.08563,0,-1543.92 0/0:562:562,0:562:22369:0:0:0,-169.179,-2011.3 dDocent_Contig_14068 98 . N C 44.6479 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:47:-4.46369,-0.60206,0 dDocent_Contig_14069 75 . A G 12121.4 . AB=0.668129;ABP=170.95;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=457;CIGAR=1X;DP=684;DPB=684;DPRA=0;EPP=995.373;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993435;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15796;QR=7879;RO=227;RPL=457;RPP=995.373;RPPR=495.935;RPR=0;RUN=1;SAF=457;SAP=995.373;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:344:160,184:160:5557:184:6411:-473.544,0,-396.72 0/1:340:67,273:67:2322:273:9385:-742.298,0,-106.892 dDocent_Contig_14071 12 . T C 9702.07 . AB=0.894578;ABP=451.982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=297;CIGAR=1X;DP=332;DPB=332;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996633;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11937;QR=1403;RO=35;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=79.0118;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:189:21,168:21:836:168:6749:-550.192,0,-18.6561 0/1:143:14,129:14:567:129:5188:-423.713,0,-8.3247 dDocent_Contig_14072 16 . A T 158.005 . AB=0.16129;ABP=64.7922;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.711538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=2067;RO=52;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=115.927;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:21,2:21:829:2:81:-0.762044,0,-67.9969 0/1:39:31,8:31:1238:8:324:-17.7881,0,-99.9548 dDocent_Contig_14073 17 . C T 1511.48 . AB=0.510204;ABP=3.09893;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X7M;DP=98;DPB=93.875;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.72;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2014;QR=1481;RO=37;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=83.3548;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:11,2,33:11:439:2,33:82,1326:-105.937,-102.48,-138.033,0,-29.377,-26.2128 0|1:52:26,9,17:26:1042:9,17:351,688:-48.91,-27.892,-111.029,0,-57.0095,-80.7391 dDocent_Contig_14074 67 . C A 4864.15 . AB=0.33477;ABP=168.055;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=233;CIGAR=1X;DP=696;DPB=696;DPRA=0;EPP=508.963;EPPR=1006.23;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995708;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7767;QR=15900;RO=462;RPL=233;RPP=508.963;RPPR=1006.23;RPR=0;RUN=1;SAF=233;SAP=508.963;SAR=0;SRF=462;SRP=1006.23;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:389:248,140:248:8485:140:4671:-303.674,0,-646.792 0/1:307:214,93:214:7415:93:3096:-186.44,0,-574.996 dDocent_Contig_14075 23 . G A 115.183 . 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G A 300.042 . AB=0.155039;ABP=136.345;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0.87156;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=798;QR=4271;RO=109;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=239.701;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:52,12:52:2039:12:477:-24.0131,0,-164.436 0/1:65:57,8:57:2232:8:321:-9.69008,0,-181.49 dDocent_Contig_14078 98 . N A 172.527 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=183;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:143:-13.1519,-1.50515,0 1/1:2:0,2:0:0:2:40:-3.79918,-0.60206,0 dDocent_Contig_14079 95 . A T 220.264 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X2M1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:7:0,7:0:0:7:241:-22.0264,-2.10721,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14080 10 . T A 1348.11 . AB=0.152632;ABP=600.417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=1173;DPB=1173;DPRA=0.945274;EPP=191.928;EPPR=2361.23;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3426;QR=42943;RO=1086;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=2361.23;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=1086;SRP=2361.23;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:603:603,0:603:23831:0:0:0,-181.521,-2142.83 0/1:570:483,87:483:19112:87:3426:-136.811,0,-1546.99 dDocent_Contig_14081 93 . T A 4587.58 . AB=0.502717;ABP=3.0339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=185;CIGAR=1X;DP=368;DPB=368;DPRA=0;EPP=404.733;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6364;QR=6315;RO=183;RPL=185;RPP=404.733;RPPR=400.39;RPR=0;RUN=1;SAF=185;SAP=404.733;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:78,119:78:2681:119:4082:-308.285,0,-182.242 0/1:171:105,66:105:3634:66:2282:-154.172,0,-275.807 dDocent_Contig_14082 10 . T A 316.214 . AB=0.195402;ABP=73.1214;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=213;DPB=213;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=415.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.347826;PAIREDR=0.889474;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=898;QR=7559;RO=190;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=415.59;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=190;SRP=415.59;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:126:120,6:120:4772:6:237:0,-16.2272,-407.691 0/1:87:70,17:70:2787:17:661:-33.6214,0,-224.743 dDocent_Contig_14084 98 . N G 77.4671 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:26:-2.59983,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:51:-4.84368,-0.60206,0 dDocent_Contig_14085 36 . T A 221.044 . AB=0.184615;ABP=59.1679;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=628;QR=5415;RO=141;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=309.188;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:53,12:53:2040:12:478:-23.8034,0,-164.252 0/0:92:88,4:88:3375:4:150:0,-13.8306,-289.986 dDocent_Contig_14086 12 . G A 3543.65 . AB=0.767123;ABP=93.4982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=146;DPB=146;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.558824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4463;QR=1369;RO=34;RPL=0;RPP=246.215;RPPR=76.8404;RPR=112;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:21,40:21:841:40:1604:-126.232,0,-57.639 0/1:85:13,72:13:528:72:2859:-231.832,0,-22.2793 dDocent_Contig_14087 9 . T C 11551.2 . AB=0.904762;ABP=301.846;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=363;CIGAR=1X;DP=393;DPB=393;DPRA=0;EPP=791.255;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13951;QR=1162;RO=30;RPL=0;RPP=791.255;RPPR=68.1545;RPR=363;RUN=1;SAF=363;SAP=791.255;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:183:10,173:10:388:173:6618:-560.236,-19.8106,0 0/1:210:20,190:20:774:190:7333:-596.587,0,-6.77208 dDocent_Contig_14088 19 . G A 12479.9 . AB=0.438191;ABP=36.0276;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=436;CIGAR=1X;DP=995;DPB=995;DPRA=0;EPP=949.772;EPPR=1216.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995413;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17246;QR=22343;RO=559;RPL=0;RPP=949.772;RPPR=1216.86;RPR=436;RUN=1;SAF=436;SAP=949.772;SAR=0;SRF=559;SRP=1216.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:540:339,201:339:13578:201:7931:-550.858,0,-1058.42 0/1:455:220,235:220:8765:235:9315:-700.835,0,-651.381 dDocent_Contig_14092 100 . T G 274.104 . AB=0.202703;ABP=59.8207;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=11M1X2M;DP=74;DPB=74.2143;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.872727;PAO=1;PQA=34.6667;PQR=34.6667;PRO=1;QA=581;QR=2149;RO=55;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=122.441;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:30,2,7:30:1161:2,7:80,271:-13.2318,-15.6689,-110.43,0,-88.773,-93.2568 0|1:34:25,1,8:25:988:1,8:40,310:-17.8775,-22.1076,-103.113,0,-77.955,-78.842 dDocent_Contig_14093 108 . T C 120.471 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1429;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=518;RO=15;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=35.5824;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:8,4:8:276:4:138:-9.14691,0,-21.5635 0/1:10:7,3:7:242:3:103:-6.59913,0,-19.1074 dDocent_Contig_14094 20 . T A 263.279 . AB=0.154545;ABP=117.032;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=3X;DP=277;DPB=277;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=556.736;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=881;QR=10133;RO=255;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=556.736;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=255;SRP=556.736;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:167:162,5:162:6430:5:202:0,-31.7099,-559.909 0|1:110:93,17:93:3703:17:679:-28.3279,0,-300.183 dDocent_Contig_14095 52 . T C 24877.1 . AB=0.703802;ABP=411.042;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=796;CIGAR=1X;DP=1131;DPB=1131;DPRA=0;EPP=1731.5;EPPR=730.454;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.981156;PAIREDR=0.967164;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31492;QR=13317;RO=335;RPL=796;RPP=1731.5;RPPR=730.454;RPR=0;RUN=1;SAF=796;SAP=1731.5;SAR=0;SRF=335;SRP=730.454;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:586:152,434:152:6036:434:17262:-1375.8,0,-366.639 0/1:545:183,362:183:7281:362:14230:-1115.61,0,-490.887 dDocent_Contig_14098 12 . C A 3068.38 . AB=0.640523;ABP=29.2525;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3958;QR=2237;RO=55;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=122.441;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:31,59:31:1262:59:2376:-186.893,0,-86.7509 0/1:63:24,39:24:975:39:1582:-123.644,0,-69.0808 dDocent_Contig_14099 7 . A C 541.663 . AB=0.119545;ABP=665.581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=1025;DPB=1025;DPRA=1.05823;EPP=139.813;EPPR=2089.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2384;QR=36518;RO=961;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=2089.8;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=961;SRP=2089.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:498:498,0:498:18980:0:0:0,-149.913,-1707.24 0/1:527:463,63:463:17538:63:2384:-56.1663,0,-1418.99 dDocent_Contig_14100 12 . C A 2766.57 . AB=0.676692;ABP=39.0763;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=90;CIGAR=10M1X;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=198.443;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3552;QR=1499;RO=40;RPL=0;RPP=198.443;RPPR=89.8692;RPR=90;RUN=1;SAF=90;SAP=198.443;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:82:33,48:33:1233:48:1897:-146.177,0,-86.5085 0|1:51:7,42:7:266:42:1655:-134.179,0,-9.27322 dDocent_Contig_14101 198 . A C 5122.45 . AB=0.245067;ABP=546.625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=236;CIGAR=1X;DP=963;DPB=963;DPRA=0;EPP=515.478;EPPR=1575.16;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8947;QR=27636;RO=724;RPL=236;RPP=515.478;RPPR=1575.16;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=515.478;SAR=236;SRF=0;SRP=1575.16;SRR=724;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:559:423,134:423:16141:134:5063:-287.705,0,-1283.91 0/1:404:301,102:301:11495:102:3884:-228.239,0,-912.674 dDocent_Contig_14103 30 . A T 379.532 . AB=0.236842;ABP=48.7255;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.706897;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=709;QR=2284;RO=58;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=128.956;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:32,8:32:1272:8:324:-17.4876,0,-102.706 0/1:36:26,10:26:1012:10:385:-24.1645,0,-80.5361 dDocent_Contig_14104 47 . A G 121.9 . AB=0.142857;ABP=72.8076;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=1.46512;EPP=22.5536;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.587629;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=3870;RO=97;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=213.643;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:54,9:54:2155:9:361:-13.889,0,-175.168 0/0:43:43,0:43:1715:0:0:0,-12.9443,-154.577 dDocent_Contig_14105 67 . C T 1076.93 . AB=0.170455;ABP=335.048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=352;DPB=352;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=637.08;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2409;QR=11655;RO=292;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=637.08;RPR=0;RUN=1;SAF=60;SAP=133.299;SAR=0;SRF=292;SRP=637.08;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:154,19:154:6168:19:770:-17.5419,0,-502.779 0/1:179:138,41:138:5487:41:1639:-93.85,0,-439.773 dDocent_Contig_14107 98 . N T 160.021 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=174;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14108 98 . N A 126.685 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6682,-1.20412,0 dDocent_Contig_14109 163 . T G 145.9 . AB=0.150685;ABP=80.3802;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=439;QR=2476;RO=62;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=137.642;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:37,7:37:1473:7:277:-12.0518,0,-119.574 0/1:29:25,4:25:1003:4:162:-6.23709,0,-81.8356 dDocent_Contig_14110 94 . C A 3199.5 . AB=0.727273;ABP=77.0378;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4142;QR=1584;RO=45;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:27,61:27:949:61:2117:-164.308,0,-59.2326 0/1:77:18,59:18:635:59:2025:-159.341,0,-34.2989 dDocent_Contig_14111 74 . C G 992.156 . AB=0.129602;ABP=812.144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=141;CIGAR=1X;DP=1478;DPB=1478;DPRA=0;EPP=309.188;EPPR=2901.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5445;QR=50604;RO=1335;RPL=141;RPP=309.188;RPPR=2901.93;RPR=0;RUN=1;SAF=141;SAP=309.188;SAR=0;SRF=1335;SRP=2901.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:799:746,53:746:28315:53:2056:0,-55.2835,-2361.4 0/1:679:589,88:589:22289:88:3389:-101.216,0,-1800.91 dDocent_Contig_14112 56 . A G 670.064 . AB=0.357143;ABP=15.4187;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.911111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1012;QR=1789;RO=45;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:24,13:24:957:13:524:-36.3681,0,-75.2933 0/1:33:21,12:21:832:12:488:-34.3373,0,-65.2578 dDocent_Contig_14113 1 . N G 74.9833 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14116 56 . T G 54995.7 . AB=0.899;ABP=1385.81;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1669;CIGAR=1X;DP=1815;DPB=1815;DPRA=0;EPP=3627.2;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993151;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66303;QR=5778;RO=146;RPL=1669;RPP=3627.2;RPPR=320.045;RPR=0;RUN=1;SAF=1669;SAP=3627.2;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1000:101,899:101:4014:899:35718:-2910.33,0,-60.1993 1/1:815:45,770:45:1764:770:30585:-2590.94,-86.3712,0 dDocent_Contig_14117 24 . G C 443.949 . AB=0.146119;ABP=241.228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989247;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1260;QR=7430;RO=186;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=406.904;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:86,16:86:3438:16:627:-25.711,0,-278.423 0/1:116:100,16:100:3992:16:633:-22.3828,0,-324.342 dDocent_Contig_14118 11 . C A 474.428 . AB=0.180556;ABP=130.645;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=270;DPB=270;DPRA=1.14286;EPP=59.4686;EPPR=530.678;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1025;QR=9554;RO=243;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=530.678;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=243;SRP=530.678;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:117,26:117:4573:26:1025:-49.1417,0,-368.124 0/0:126:126,0:126:4981:0:0:0,-37.9298,-448.194 dDocent_Contig_14119 23 . T A 47649 . AB=0.175563;ABP=1424.7;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=273;CIGAR=1X2M1X3M1X3M2X3M1X;DP=1555;DPB=1555;DPRA=0;EPP=595.822;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10572;QR=543;RO=14;RPL=0;RPP=595.822;RPPR=33.4109;RPR=273;RUN=1;SAF=273;SAP=595.822;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:861:9,145,693:9:357:145,693:5629,26869:-2637.79,-2178.01,-2163.74,-433.11,0,-253.884 1|0:694:5,128,548:5:186:128,548:4943,21203:-2130.81,-1726.38,-1703.06,-390.728,0,-240.984 dDocent_Contig_14120 98 . N T 64.5902 . 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AB=0.153846;ABP=16.5402;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X2M1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=562;RO=14;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=33.4109;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:13:8,2,3:8:321:2,3:79,110:-6.5639,-2.46026,-28.3323,0,-19.9546,-25.5509 0|0:18:6,0,12:6:241:0,12:0,487:-38.7631,-40.5693,-60.4274,0,-20.2607,-16.6483 dDocent_Contig_14124 24 . G A 236.372 . AB=0.114068;ABP=343.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=508.963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1176;QR=9310;RO=233;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=508.963;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=233;SRP=508.963;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:119,17:119:4750:17:654:-18.2397,0,-386.477 0/1:127:114,13:114:4560:13:522:-9.09644,0,-372.097 dDocent_Contig_14126 19 . C T 110.57 . AB=0.12;ABP=128.435;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.488636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=490;QR=3501;RO=88;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=194.1;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=88;SRP=194.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:47,6:47:1881:6:245:-6.47488,0,-153.534 0/1:47:41,6:41:1620:6:245:-8.28106,0,-131.886 dDocent_Contig_14127 59 . T C 406.385 . 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AB=0.235294;ABP=44.396;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=1.65854;EPP=37.7539;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956989;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=635;QR=3633;RO=93;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=204.957;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:52,16:52:2028:16:635:-37.0167,0,-162.263 0/0:41:41,0:41:1605:0:0:0,-12.3422,-144.7 dDocent_Contig_14129 23 . T C 96.4347 . AB=0.120482;ABP=106.849;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=220;DPB=220;DPRA=0.605839;EPP=24.725;EPPR=459.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=403;QR=8387;RO=210;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=459.02;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=210;SRP=459.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:137:137,0:137:5477:0:0:0,-41.2411,-492.764 0/1:83:73,10:73:2910:10:403:-11.6435,0,-236.997 dDocent_Contig_14130 17 . G A 1505.95 . 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AB=0.220149;ABP=185.317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=268;DPB=268;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985646;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2006;QR=7161;RO=209;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=456.848;RPR=59;RUN=1;SAF=0;SAP=131.127;SAR=59;SRF=0;SRP=456.848;SRR=209;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:137:91,46:91:3138:46:1556:-99.0876,0,-241.417 0/1:131:118,13:118:4023:13:450:-1.39618,0,-322.843 dDocent_Contig_14132 22 . G T 67.1152 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=1.30233;EPP=18.2106;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.858696;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=3677;RO=92;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=202.786;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1697:0:0:0,-12.9443,-152.947 0/1:56:49,7:49:1980:7:280:-8.71152,0,-161.527 dDocent_Contig_14133 74 . A G 38.2385 . 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AB=0.145923;ABP=510.464;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=466;DPB=466;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=867.256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992462;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2300;QR=13683;RO=398;RPL=68;RPP=150.67;RPPR=867.256;RPR=0;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=398;SRP=867.256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:273:240,33:240:8253:33:1117:-18.6515,0,-660.658 0/1:193:158,35:158:5430:35:1183:-48.6712,0,-430.763 dDocent_Contig_14138 30 . G A 1644.64 . AB=0.183983;ABP=403.764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=111;CIGAR=1X;DP=918;DPB=918;DPRA=0;EPP=244.044;EPPR=1755.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4419;QR=32025;RO=807;RPL=0;RPP=244.044;RPPR=1755.39;RPR=111;RUN=1;SAF=111;SAP=244.044;SAR=0;SRF=807;SRP=1755.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:462:377,85:377:14984:85:3391:-166.163,0,-1208.35 0/0:456:430,26:430:17041:26:1028:0,-44.4533,-1439.52 dDocent_Contig_14139 40 . T A 31.9563 . AB=0.100671;ABP=209.388;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=567;QR=5300;RO=133;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=291.816;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:64,7:64:2546:7:258:-2.19665,0,-207.909 0/1:78:69,8:69:2754:8:309:-4.57734,0,-224.391 dDocent_Contig_14140 56 . C A 905.454 . 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AB=0.753012;ABP=95.311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=274.444;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4804;QR=1570;RO=41;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=92.0407;RPR=125;RUN=1;SAF=125;SAP=274.444;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:103:25,78:25:957:78:3002:-239.338,0,-55.4347 0/1:63:16,47:16:613:47:1802:-143.468,0,-36.5441 dDocent_Contig_14143 197 . G T 143.89 . AB=0.3;ABP=13.4334;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=26.2761;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=294;QR=784;RO=21;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=9.04217;SAR=2;SRF=3;SRP=26.2761;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:486:3:108:-5.25802,0,-39.2653 0/1:14:8,6:8:298:6:186:-12.8298,0,-22.9585 dDocent_Contig_14144 98 . N G 31.3624 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:33:-3.13483,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14145 91 . G A 13207 . AB=0.894198;ABP=398.478;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=488;CIGAR=1X;DP=539;DPB=539;DPRA=0;EPP=1062.69;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995902;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16359;QR=1743;RO=51;RPL=488;RPP=1062.69;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=488;SAP=1062.69;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:246:20,226:20:684:226:7586:-620.965,-12.1731,0 0/1:293:31,262:31:1059:262:8773:-701.436,0,-7.41643 dDocent_Contig_14146 29 . T C 2233.77 . AB=0.222958;ABP=305.008;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=453;DPB=453;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=767.369;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4034;QR=13948;RO=352;RPL=0;RPP=222.329;RPPR=767.369;RPR=101;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=352;SRP=767.369;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:230:165,65:165:6612:65:2590:-163.993,0,-525.554 0/1:223:187,36:187:7336:36:1444:-63.0823,0,-592.789 dDocent_Contig_14147 46 . A T 161.889 . AB=0.1625;ABP=82.1605;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.641791;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=2681;RO=67;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=148.499;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:1190:9:323:-17.6607,0,-95.6405 0/1:41:37,4:37:1491:4:156:-2.07451,0,-122.087 dDocent_Contig_14148 31 . C T 195.46 . AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.558824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=1363;RO=34;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=76.8404;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:479:3:122:-6.85704,0,-38.9434 0/1:29:22,7:22:884:7:275:-16.388,0,-71.1394 dDocent_Contig_14150 45 . G A 1830.99 . AB=0.00985222;ABP=426.619;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=14M1X5M;DP=322;DPB=318;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=406.904;GTI=0;LEN=1;MEANALT=22.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=6413;RO=186;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=406.904;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=186;SRP=406.904;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:119:84,6,6:84:2880:6,6:229,44:0,-6.46216,-238.607,-23.1568,-238.272,-255.255 0|0:203:102,66,2:102:3533:66,2:2620,12:-185.099,0,-267.379,-215.331,-286.773,-501.869 dDocent_Contig_14152 16 . T C 1188.94 . AB=0.190323;ABP=261.233;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=310;DPB=310;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=548.05;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.966102;PAIREDR=0.984064;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2393;QR=10094;RO=251;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=548.05;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=251;SRP=548.05;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:138:106,32:106:4268:32:1300:-75.7189,0,-342.521 0/1:172:145,27:145:5826:27:1093:-46.8742,0,-472.346 dDocent_Contig_14153 13 . T A 166.563 . AB=0.0953437;ABP=644.461;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=792;DPB=792;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=1625.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1792;QR=29930;RO=747;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=1625.1;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=747;SRP=1625.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:451:408,43:408:16350:43:1710:-18.3553,0,-1334.42 0/0:341:339,2:339:13580:2:82:0,-94.8715,-1213.39 dDocent_Contig_14154 26 . T G 5419.22 . AB=0.804762;ABP=172.427;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=169;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=369.989;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970414;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6764;QR=1652;RO=41;RPL=0;RPP=369.989;RPPR=92.0407;RPR=169;RUN=1;SAF=169;SAP=369.989;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:20,68:20:808:68:2688:-215.544,0,-46.5423 0/1:122:21,101:21:844:101:4076:-330.077,0,-39.5406 dDocent_Contig_14155 33 . T A 5962.51 . AB=0.530504;ABP=6.05727;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=200;CIGAR=1M2D1X;DP=377;DPB=277;DPRA=0;EPP=437.305;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99435;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7927;QR=6916;RO=177;RPL=0;RPP=437.305;RPPR=387.361;RPR=200;RUN=1;SAF=200;SAP=437.305;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:219:90,129:90:3539:129:5134:-396.015,0,-252.639 0|1:158:87,71:87:3377:71:2793:-203.934,0,-256.453 dDocent_Contig_14156 14 . C G 172.923 . AB=0.175439;ABP=55.1637;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992248;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=481;QR=5170;RO=129;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=283.13;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:85:83,2:83:3343:2:81:0,-17.9018,-293.23 0/1:57:46,10:46:1827:10:400:-19.2923,0,-147.586 dDocent_Contig_14157 16 . T A 274.006 . AB=0.22;ABP=37.059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1M1X1M;DP=50;DPB=46.3333;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=1106;RO=28;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=63.8115;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:34:17,8,9:17:685:8,9:321,365:-24.9855,-3.65554,-57.706,0,-30.0126,-53.7523 0|0:16:11,3,2:11:421:3,2:115,81:-6.11366,0,-33.6205,-2.73722,-27.841,-36.677 dDocent_Contig_14158 28 . T C 372.666 . AB=0.12766;ABP=59.6072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=2M1X1M;DP=47;DPB=46;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=59.5769;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1032;RO=26;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=59.4686;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:22:16,0,2,4:16:635:0,2,4:0,78,163:-8.64242,-13.4589,-65.6868,-7.05359,-59.2765,-58.6745,0,-52.2374,-45.827,-51.0333 0|0:25:10,2,11,2:10:397:2,11,2:81,430,82:-32.3231,-28.6528,-60.7339,0,-25.9943,-29.363,-28.563,-54.5664,-25.9045,-60.6444 dDocent_Contig_14159 43 . A T 492.391 . AB=0.174194;ABP=145.921;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.992188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1099;QR=5102;RO=128;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=280.959;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1949:6:244:-5.78218,0,-159.051 0/1:100:79,21:79:3153:21:855:-47.1559,0,-253.737 dDocent_Contig_14161 107 . N C 680.576 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.0385;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=747;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:214:-19.4885,-2.70927,0 1/1:17:0,17:0:0:17:533:-48.2681,-5.11751,0 dDocent_Contig_14162 19 . G A 2030.9 . AB=0.284211;ABP=118.281;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=81;CIGAR=1X;DP=285;DPB=285;DPRA=0;EPP=178.9;EPPR=439.476;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3240;QR=8078;RO=201;RPL=0;RPP=178.9;RPPR=439.476;RPR=81;RUN=1;SAF=81;SAP=178.9;SAR=0;SRF=201;SRP=439.476;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:76,40:76:3039:40:1589:-108.326,0,-238.665 0/1:169:125,41:125:5039:41:1651:-98.4633,0,-403.019 dDocent_Contig_14167 7 . A T 4028.8 . AB=0.140127;ABP=179.619;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X1M;DP=413;DPB=413;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=563.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=841;QR=9793;RO=258;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=563.25;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=258;SRP=563.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:256:123,133,0:123:4625:133,0:5054,0:-377.829,0,-339.247,-414.856,-379.284,-793.763 0|1:157:135,0,22:135:5168:0,22:0,841:-28.7495,-69.3886,-493.5,0,-424.493,-417.87 dDocent_Contig_14168 18 . T G 2800.09 . AB=0.257576;ABP=238.845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=462;DPB=462;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=747.825;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9592;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4694;QR=13705;RO=343;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=747.825;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=343;SRP=747.825;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:169,67:169:6760:67:2670:-169.385,0,-537.025 0/1:226:174,52:174:6945:52:2024:-114.323,0,-556.674 dDocent_Contig_14170 10 . G A 5438.4 . AB=0.220444;ABP=766.676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=248;CIGAR=1X;DP=1125;DPB=1125;DPRA=0;EPP=541.535;EPPR=1907.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995968;PAIREDR=0.978335;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9849;QR=35149;RO=877;RPL=0;RPP=541.535;RPPR=1907.39;RPR=248;RUN=1;SAF=248;SAP=541.535;SAR=0;SRF=877;SRP=1907.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:523:393,130:393:15745:130:5164:-307.185,0,-1258.36 0/1:602:484,118:484:19404:118:4685:-240.354,0,-1563.47 dDocent_Contig_14172 114 . G T 52.9486 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=901;RO=26;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=59.4686;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:207:3:104:-6.99382,0,-16.2588 0/0:21:20,1:20:694:1:35:0,-2.823,-59.285 dDocent_Contig_14174 13 . G A 27765.1 . AB=0.875;ABP=559.993;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=840;CIGAR=1X;DP=921;DPB=921;DPRA=0;EPP=1827.05;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9964;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33381;QR=3218;RO=81;RPL=0;RPP=1827.05;RPPR=178.9;RPR=840;RUN=1;SAF=840;SAP=1827.05;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:456:57,399:57:2263:399:15834:-1286.61,0,-66.5661 1/1:465:24,441:24:955:441:17547:-1491.6,-53.7292,0 dDocent_Contig_14175 114 . G A 336.928 . AB=0.178571;ABP=128.645;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X1M1X;DP=395;DPB=395;DPRA=0.54902;EPP=57.2971;EPPR=802.112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=858;QR=12480;RO=368;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=802.112;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=802.112;SRR=368;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:140:115,25:115:3940:25:858:-35.3918,0,-312.673 0|0:255:253,0:253:8540:0:0:0,-76.1606,-768.599 dDocent_Contig_14176 72 . T A 9508.96 . AB=0.906593;ABP=264.351;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=317;CIGAR=1X;DP=346;DPB=346;DPRA=0;EPP=691.367;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11614;QR=1054;RO=29;RPL=317;RPP=691.367;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=317;SAP=691.367;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:182:17,165:17:636:165:6043:-489.083,0,-2.78366 1/1:164:12,152:12:418:152:5571:-463.477,-11.4215,0 dDocent_Contig_14177 71 . C T 1001.32 . AB=0.467532;ABP=3.71532;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.926829;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1404;QR=1472;RO=41;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:23,16:23:816:16:609:-43.3998,0,-62.0214 0/1:38:18,20:18:656:20:795:-60.4314,0,-47.9328 dDocent_Contig_14178 40 . A C 1192.79 . AB=0.634921;ABP=12.9715;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X1M1X;DP=84;DPB=84;DPRA=3;EPP=89.8692;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1552;QR=1706;RO=44;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=98.5551;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:23,40:23:887:40:1552:-120.978,0,-61.1795 0|0:21:21,0:21:819:0:0:0,-6.32163,-74.0323 dDocent_Contig_14179 126 . A G 57.9425 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1167;RO=34;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=76.8404;RPR=6;RUN=1;SAF=4;SAP=4.45795;SAR=2;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:16,1,2:16:542:1,2:34,59:0,-2.03948,-45.7595,-0.179363,-41.4443,-43.6011 0|1:23:18,5,0:18:625:5,0:160,0:-7.79279,0,-49.6514,-13.2113,-51.1566,-64.0421 dDocent_Contig_14181 126 . C G 9780.15 . AB=0.835267;ABP=423.807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=360;CIGAR=1X;DP=431;DPB=431;DPRA=0;EPP=784.74;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12347;QR=2366;RO=70;RPL=0;RPP=784.74;RPPR=155.013;RPR=360;RUN=1;SAF=0;SAP=784.74;SAR=360;SRF=0;SRP=155.013;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:208:41,167:41:1398:167:5683:-449.009,0,-63.5019 0/1:223:29,193:29:968:193:6664:-532.704,0,-20.2428 dDocent_Contig_14182 9 . T C 507.32 . AB=0.252747;ABP=51.3315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X1M;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.565217;PAIREDR=0.730159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=889;QR=2423;RO=63;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=139.813;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:40:34,0,6:34:1317:0,6:0,232:-9.20773,-19.4427,-127.633,0,-108.577,-106.771 0|1:51:29,5,17:29:1106:5,17:200,657:-45.2232,-37.4746,-126.692,0,-74.2318,-85.5925 dDocent_Contig_14183 12 . G T 129.594 . AB=0.16;ABP=53.2147;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=3628;RO=94;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=207.129;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:42,8:42:1614:8:326:-14.6584,0,-130.46 0/0:55:52,3:52:2014:3:116:0,-5.73894,-170.659 dDocent_Contig_14184 65 . C A 504.889 . AB=0.28;ABP=34.5401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=845;QR=2114;RO=54;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:37,8:37:1438:8:322:-15.8022,0,-116.125 0/1:30:17,13:17:676:13:523:-38.3857,0,-52.1407 dDocent_Contig_14185 9 . T G 578.953 . AB=0.143302;ABP=357.759;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=321;DPB=321;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1751;QR=10472;RO=275;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=600.165;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:171:150,21:150:5742:21:794:-20.3072,0,-465.271 0/1:150:125,25:125:4730:25:957:-41.2871,0,-380.593 dDocent_Contig_14186 107 . N T 97.0363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14187 98 . N A 116.994 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:54:-5.12892,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_14188 23 . C T 2335.53 . AB=0.262873;ABP=183.231;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=369;DPB=369;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=593.651;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9485;MQMR=59.7941;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0103093;PAIREDR=0.966912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3866;QR=10716;RO=272;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=593.651;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=272;SRP=593.651;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:200:130,70:130:5112:70:2781:-190.192,0,-399.725 0/1:169:142,27:142:5604:27:1085:-47.0604,0,-453.207 dDocent_Contig_14189 98 . N G 61.7461 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17353,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14191 133 . T C 213.24 . AB=0.263158;ABP=21.525;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.76;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=1931;RO=50;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:28,10:28:1080:10:379:-23.023,0,-86.0643 0/0:23:22,1:22:851:1:39:0,-3.02713,-73.0157 dDocent_Contig_14192 34 . G A 63688 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1821;CIGAR=1X;DP=1861;DPB=1861;DPRA=0;EPP=3957.26;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72373;QR=1532;RO=39;RPL=0;RPP=3957.26;RPPR=87.6977;RPR=1821;RUN=1;SAF=1821;SAP=3957.26;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:895:24,871:24:927:871:34636:-3030.37,-185.691,0 1/1:966:15,950:15:605:950:37737:-3338.14,-236.117,0 dDocent_Contig_14193 11 . T C 909.818 . AB=0.102672;ABP=1952.91;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=1422;DPB=1422;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=2767.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999214;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5803;QR=48760;RO=1273;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=2767.29;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=1273;SRP=2767.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:798:718,79:718:27639:79:3116:-40.2277,0,-2245.37 0/1:624:555,67:555:21121:67:2687:-54.453,0,-1712.14 dDocent_Contig_14195 98 . N C 162.798 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=170;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33053,-0.90309,0 dDocent_Contig_14196 83 . T C 251.178 . AB=0.235294;ABP=44.396;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=621;QR=4038;RO=115;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:52,16:52:1809:16:522:-26.8168,0,-142.618 0/0:66:63,3:63:2229:3:99:0,-10.6307,-191.637 dDocent_Contig_14197 98 . N C 135.355 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=141;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:46:-4.36896,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86469,-0.90309,0 dDocent_Contig_14198 138 . A T 527.739 . AB=0.283019;ABP=46.3578;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=972;QR=2553;RO=76;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=168.042;RPR=30;RUN=1;SAF=0;SAP=68.1545;SAR=30;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:53,27:53:1781:27:868:-54.3342,0,-136.488 0/1:26:23,3:23:772:3:104:-1.87631,0,-61.9667 dDocent_Contig_14199 37 . T C 254.364 . AB=0.123656;ABP=231.832;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=186;DPB=186;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=938;QR=6555;RO=163;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=356.96;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:101,12:101:4053:12:487:-10.1649,0,-330.729 0/1:73:62,11:62:2502:11:451:-18.9705,0,-203.339 dDocent_Contig_14200 195 . G C 51.1003 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=0.444444;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1413;RO=36;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:27,0:27:1045:0:0:0,-8.12781,-94.3219 0/1:12:9,3:9:368:3:115:-7.11002,0,-29.873 dDocent_Contig_14201 183 . C T 55.3268 . AB=0.16;ABP=28.1125;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=1.47059;EPP=11.6962;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1512;RO=38;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=85.5263;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:677:0:0:0,-5.11751,-61.2616 0/1:25:21,4:21:835:4:163:-7.53268,0,-67.9319 dDocent_Contig_14202 107 . N G 97.8518 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98383,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_14204 67 . A T 11826.5 . AB=0.532934;ABP=10.877;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=445;CIGAR=1X;DP=835;DPB=835;DPRA=0;EPP=969.316;EPPR=847.713;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9438;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15975;QR=13761;RO=389;RPL=445;RPP=969.316;RPPR=847.713;RPR=0;RUN=1;SAF=445;SAP=969.316;SAR=0;SRF=389;SRP=847.713;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:436:161,274:161:5695:274:9824:-752.811,0,-381.413 0/1:399:228,171:228:8066:171:6151:-433.537,0,-605.82 dDocent_Contig_14205 107 . N T 675.36 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=740;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=0;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:500:-45.2998,-4.81648,0 1/1:7:0,7:0:0:7:240:-21.9352,-2.10721,0 dDocent_Contig_14206 83 . T C 166.492 . AB=0.238095;ABP=28.0339;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=414;QR=2199;RO=64;RPL=6;RPP=3.0103;RPPR=3.14602;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=3.0103;SAR=6;SRF=33;SRP=3.14602;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:34:32,2:32:1092:2:70:0,-3.58762,-91.9343 0/1:42:32,10:32:1107:10:344:-18.6492,0,-87.287 dDocent_Contig_14208 97 . A G 350.453 . AB=0.428571;ABP=4.56135;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=560;QR=1278;RO=42;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:654:1:35:0,-3.42506,-55.6428 0/1:35:20,15:20:624:15:525:-37.0453,0,-45.9224 dDocent_Contig_14209 10 . G A 383.406 . AB=0.155172;ABP=242.621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1236;QR=7718;RO=196;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=428.619;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=196;SRP=428.619;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:84,18:84:3295:18:610:-24.5101,0,-265.932 0/1:130:112,18:112:4423:18:626:-17.5295,0,-358.893 dDocent_Contig_14210 107 . N T 118.734 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:63:-5.87895,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:61:-5.69288,-0.90309,0 dDocent_Contig_14211 9 . T C 38.3008 . AB=0.12766;ABP=59.6072;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=233;QR=1565;RO=41;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=92.0407;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:16,2:16:610:2:77:-1.8906,0,-49.8199 0/1:29:25,4:25:955:4:156:-5.68742,0,-77.5337 dDocent_Contig_14214 29 . C A 173.318 . AB=0.230769;ABP=35.7494;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44.4167;MQMR=16.925;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=1334;RO=40;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=89.8692;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:878:7:235:-10.9461,0,-25.5991 0/1:19:14,5:14:456:5:173:-10.0847,0,-18.2112 dDocent_Contig_14217 21 . C T 90.5883 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=2.09091;EPP=13.8677;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.821429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1099;RO=28;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=63.8115;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:11:11,0:11:439:0:0:0,-3.31133,-39.8648 0/1:23:17,5:17:660:5:194:-11.0588,0,-52.9817 dDocent_Contig_14218 89 . A G 3369.06 . AB=0.611872;ABP=26.8172;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=134;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0;EPP=293.988;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962687;PAIREDR=0.988235;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4511;QR=2803;RO=85;RPL=134;RPP=293.988;RPPR=187.585;RPR=0;RUN=1;SAF=134;SAP=293.988;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:45,24:45:1473:24:830:-54.2476,0,-112.085 0/1:150:40,110:40:1330:110:3681:-286.357,0,-74.8397 dDocent_Contig_14219 12 . C A 287.58 . AB=0.526316;ABP=3.12459;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=1.05556;EPP=24.725;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=1092;RO=27;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=61.6401;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:9,10:9:363:10:398:-30.457,0,-27.3147 0/0:18:18,0:18:729:0:0:0,-5.41854,-65.9349 dDocent_Contig_14220 37 . G A 12323.1 . AB=0.511628;ABP=3.86879;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=374;CIGAR=1X1M;DP=731;DPB=731;DPRA=0;EPP=815.141;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14702;QR=6648;RO=170;RPL=0;RPP=815.141;RPPR=372.161;RPR=374;RUN=1;SAF=374;SAP=815.141;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:378:97,122,159:97:3789:122,159:4740,6246:-562.478,-202.226,-476.956,-77.9945,0,-341.588 0|1:353:73,63,215:73:2859:63,215:2476,8456:-673.531,-491.869,-707.979,0,-31.437,-170.353 dDocent_Contig_14222 98 . N T 64.5902 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14223 23 . T C 591.937 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X3M1X7M;DP=45;DPB=46.5833;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=723;RO=19;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=44.2683;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:8,0,14:8:317:0,14:0,559:-44.0287,-46.437,-72.5285,0,-26.4885,-22.2741 0|1:23:11,7,5:11:406:7,5:270,187:-18.864,0,-31.0882,-6.86891,-17.8826,-38.5524 dDocent_Contig_14224 8 . A G 730.581 . AB=0.181034;ABP=208.027;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=316;DPB=316;DPRA=2.7619;EPP=94.2121;EPPR=530.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.959854;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1607;QR=10353;RO=274;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=597.994;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=266;SRP=530.535;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:84:84,0:84:3177:0:0:0,-25.2865,-286.086 0/1:232:190,42:190:7176:42:1607:-75.0581,0,-575.891 dDocent_Contig_14225 24 . T A 87.4578 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0.880952;EPP=16.0391;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0.849315;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2938;RO=73;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=161.528;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1689:0:0:0,-12.6433,-152.234 0/1:37:31,6:31:1249:6:239:-10.7458,0,-101.535 dDocent_Contig_14228 158 . T G 1212.65 . AB=0.26178;ABP=97.1567;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2022;QR=5580;RO=140;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=307.016;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=111.584;SAR=50;SRF=0;SRP=307.016;SRR=140;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:55,33:55:2165:33:1329:-92.9711,0,-168.127 0/1:102:85,17:85:3415:17:693:-31.9927,0,-276.689 dDocent_Contig_14229 1 . N G 127.604 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7602,-1.20412,0 dDocent_Contig_14231 15 . G A 3740.04 . AB=0.314978;ABP=138.005;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=143;CIGAR=1X;DP=454;DPB=454;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=678.338;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971061;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5713;QR=12238;RO=311;RPL=0;RPP=313.531;RPPR=678.338;RPR=143;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=311;SRP=678.338;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:191:104,87:104:4077:87:3475:-255.288,0,-309.422 0/1:263:207,56:207:8161:56:2238:-122.415,0,-654.887 dDocent_Contig_14232 34 . G A 305.642 . AB=0.186813;ABP=80.539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.352941;PAIREDR=0.635135;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=2942;RO=74;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=163.699;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:30,9:30:1212:9:364:-21.3846,0,-97.6112 0/1:52:44,8:44:1730:8:313:-12.8786,0,-140.273 dDocent_Contig_14233 194 . A G 106.024 . AB=0.25;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M7I5M;DP=40;DPB=45.4444;DPRA=1;EPP=13.8677;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1225;RO=33;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:20:15,5,0:15:557:5,0:200,0:-12.3014,0,-44.4491,-16.8169,-45.9542,-62.3796 0|0:20:18,0,2:18:668:0,2:0,30:0,-5.41854,-60.306,-3.72941,-58.7625,-58.1605 dDocent_Contig_14234 47 . T C 83.5983 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=1.77778;EPP=11.6962;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=829;RO=21;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=48.6112;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:465:4:161:-10.0588,0,-37.3712 0/0:9:9,0:9:364:0:0:0,-2.70927,-33.1239 dDocent_Contig_14235 120 . C T 521.014 . AB=0.45098;ABP=4.07475;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=783;QR=914;RO=28;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=63.8115;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:18,21:18:572:21:713:-52.7458,0,-40.0437 0/1:12:10,2:10:342:2:70:-3.03504,0,-27.4992 dDocent_Contig_14236 8 . A G 262.66 . AB=0.144928;ABP=154.132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=0.901961;EPP=46.4397;EPPR=591.479;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=772;QR=10340;RO=271;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=591.479;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=271;SRP=591.479;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:153:153,0:153:5836:0:0:0,-46.0576,-525.207 0/1:138:118,20:118:4504:20:772:-28.266,0,-363.878 dDocent_Contig_14237 9 . T C 13726.4 . AB=0.774809;ABP=346.733;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=406;CIGAR=1X1M;DP=524;DPB=524;DPRA=0;EPP=884.628;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15601;QR=1828;RO=47;RPL=0;RPP=884.628;RPPR=105.07;RPR=406;RUN=1;SAF=406;SAP=884.628;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:270:11,45,213:11:432:45,213:1767,8174:-777.412,-635.392,-657.378,-109.799,0,-81.2109 0|1:254:36,25,193:36:1396:25,193:988,7427:-598.928,-528.459,-635.626,0,-33.3797,-56.5892 dDocent_Contig_14238 19 . G A 258.458 . AB=0.118143;ABP=303.177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=469;DPB=469;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=928.058;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.9507;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1545;QR=17028;RO=426;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=928.058;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=426;SRP=928.058;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:232:217,11:217:8689:11:446:0,-28.5362,-740.999 0/1:237:209,28:209:8339:28:1099:-27.8458,0,-678.594 dDocent_Contig_14240 20 . G T 51.23 . AB=0.128205;ABP=49.8362;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986301;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=2860;RO=73;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=161.528;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:34,5:34:1322:5:202:-6.82191,0,-107.498 0/0:42:39,3:39:1538:3:119:0,-1.54808,-127.569 dDocent_Contig_14241 197 . C G 4465.52 . AB=0.783069;ABP=134.551;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=148;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=324.388;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5631;QR=1573;RO=41;RPL=148;RPP=324.388;RPPR=92.0407;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=324.388;SAR=148;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:16,72:16:623:72:2746:-220.836,0,-29.9177 0/1:101:25,76:25:950:76:2885:-229.415,0,-55.4102 dDocent_Contig_14242 98 . N T 92.38 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=99;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:99:-9.23746,-0.90309,0 dDocent_Contig_14244 72 . T C 1032.39 . AB=0.320513;ABP=46.6625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990566;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1703;QR=3611;RO=106;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=233.186;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:40,30:40:1395:30:1012:-70.3141,0,-104.767 0/1:86:66,20:66:2216:20:691:-36.6241,0,-173.806 dDocent_Contig_14245 13 . T G 10952.3 . AB=0.746479;ABP=115.407;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=334;CIGAR=1X1M;DP=414;DPB=414;DPRA=0;EPP=728.282;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13373;QR=2355;RO=61;RPL=0;RPP=728.282;RPPR=135.47;RPR=334;RUN=1;SAF=334;SAP=728.282;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:213:49,5,159:49:1881:5,159:203,6387:-511.534,-509.542,-662.426,0,-137.629,-106.51 1|1:201:12,13,175:12:474:13,175:509,6986:-585.397,-547.163,-582.254,-13.6721,-10.833,0 dDocent_Contig_14246 91 . C A 2030.93 . AB=0.539007;ABP=4.87376;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.646154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2763;QR=2346;RO=65;RPL=35;RPP=4.03889;RPPR=5.71629;RPR=41;RUN=1;SAF=35;SAP=4.03889;SAR=41;SRF=28;SRP=5.71629;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:28,64:28:1011:64:2306:-180.068,0,-63.5972 0/1:49:37,12:37:1335:12:457:-26.7235,0,-105.683 dDocent_Contig_14247 46 . A G 517.464 . AB=0.35;ABP=14.7363;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.897436;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=809;QR=1544;RO=39;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=87.6977;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:12,10:12:464:10:369:-26.9294,0,-35.4814 0/1:38:27,11:27:1080:11:440:-28.516,0,-86.0492 dDocent_Contig_14248 72 . T C 18076.1 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=629;CIGAR=1X;DP=669;DPB=669;DPRA=0;EPP=1368.87;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958665;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21371;QR=1283;RO=39;RPL=629;RPP=1368.87;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=629;SAP=1368.87;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:289:16,273:16:528:273:9156:-776.279,-39.1615,0 1/1:380:23,356:23:755:356:12215:-1031.03,-45.9126,0 dDocent_Contig_14249 29 . C G 317.502 . 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G A 696.805 . AB=0.222973;ABP=101.666;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.773913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1303;QR=4558;RO=115;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=252.73;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:58,20:58:2286:20:777:-46.764,0,-182.434 0/1:70:57,13:57:2272:13:526:-26.6155,0,-183.571 dDocent_Contig_14253 24 . C T 104.499 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=1.16;EPP=16.0391;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.895833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=1902;RO=48;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=107.241;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:913:6:228:-12.1489,0,-73.7499 0/0:25:25,0:25:989:0:0:0,-7.52575,-89.3116 dDocent_Contig_14254 18 . C A 46959.3 . 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AB=0.0926724;ABP=1340.38;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=115;CIGAR=1X;DP=1835;DPB=1835;DPRA=0;EPP=252.73;EPPR=3735.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.9391;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4610;QR=69121;RO=1719;RPL=0;RPP=252.73;RPPR=3735.77;RPR=115;RUN=1;SAF=115;SAP=252.73;SAR=0;SRF=1719;SRP=3735.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:907:877,29:877:35208:29:1156:0,-168.837,-3061.05 0/1:928:842,86:842:33913:86:3454:-31.5401,0,-2769.53 dDocent_Contig_14257 98 . N A 127.437 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=131;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17329,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26831,-0.60206,0 dDocent_Contig_14258 61 . C T 165.233 . AB=0.157895;ABP=80.269;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=141;DPB=141;DPRA=1.16923;EPP=29.068;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.416667;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=454;QR=5027;RO=128;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=280.959;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:65,0:65:2602:0:0:0,-19.5669,-234.31 0/1:76:63,12:63:2425:12:454:-18.5233,0,-195.724 dDocent_Contig_14259 7 . A C 1131.71 . AB=0.460674;ABP=4.20583;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.609756;PAIREDR=0.5625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1589;QR=1842;RO=48;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=107.241;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:27,16:27:1042:16:621:-43.2858,0,-81.1434 0/1:46:21,25:21:800:25:968:-73.5847,0,-58.4774 dDocent_Contig_14260 24 . T C 330.179 . AB=0.1875;ABP=84.4405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.512821;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=721;QR=2899;RO=78;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=172.385;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:42,8:42:1559:8:322:-14.2963,0,-125.52 0/1:46:36,10:36:1340:10:399:-22.4205,0,-107.032 dDocent_Contig_14261 12 . T C 678.455 . AB=0.234848;ABP=83.618;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.612903;PAIREDR=0.673267;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1229;QR=4053;RO=101;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=222.329;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:53,16:53:2135:16:632:-36.4442,0,-171.554 0/1:63:48,15:48:1918:15:597:-35.1002,0,-153.854 dDocent_Contig_14262 11 . A G 1489.27 . AB=0.550562;ABP=4.98658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.795918;PAIREDR=0.825;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1987;QR=1565;RO=40;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=89.8692;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:15,10:15:592:10:402:-29.0132,0,-46.0955 0/1:64:25,39:25:973:39:1585:-123.613,0,-68.6071 dDocent_Contig_14263 16 . A T 634.562 . AB=0.0869565;ABP=71.1757;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X1M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=2593;RO=66;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=146.327;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:51:37,0,14:37:1459:0,14:0,550:-34.4906,-45.6288,-165.666,0,-120.43,-116.216 0|0:46:29,4,13:29:1134:4,13:157,504:-32.6645,-28.4822,-120.508,0,-80.3152,-89.313 dDocent_Contig_14264 12 . T C 9289.27 . AB=0.88253;ABP=424.982;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=293;CIGAR=1X;DP=332;DPB=332;DPRA=0;EPP=639.252;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.8635;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11752;QR=1566;RO=39;RPL=0;RPP=639.252;RPPR=87.6977;RPR=293;RUN=1;SAF=293;SAP=639.252;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:23,144:23:919:144:5779:-459.653,0,-32.7421 0/1:165:16,149:16:647:149:5973:-472.973,0,-8.89357 dDocent_Contig_14265 56 . C G 415.513 . AB=0.231707;ABP=54.2782;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=28.7251;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.825397;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=769;QR=2519;RO=63;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=28.7251;SAR=2;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:32,5:32:1266:5:203:-7.51495,0,-103.064 0/1:45:31,14:31:1253:14:566:-37.7353,0,-99.4899 dDocent_Contig_14267 9 . T C 767.297 . AB=0.491228;ABP=3.0484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X3M;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1071;QR=1018;RO=26;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=59.4686;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:36:18,0,18:18:707:0,18:0,684:-51.0562,-56.4748,-114.631,0,-58.5428,-53.1242 0|1:21:8,3,10:8:311:3,10:120,387:-29.3724,-21.8924,-46.5454,0,-15.6589,-22.5369 dDocent_Contig_14268 133 . A G 52.6613 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=1.09091;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.734375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=2540;RO=64;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:33,0:33:1322:0:0:0,-9.93399,-119.239 0/1:36:31,5:31:1218:5:197:-7.26613,0,-99.0456 dDocent_Contig_14269 15 . C T 45.2992 . 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AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.836066;PAIREDR=0.770492;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2256;QR=1955;RO=61;RPL=61;RPP=135.47;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:32,33:32:1021:33:1220:-90.5261,0,-72.6173 0/1:57:29,28:29:934:28:1036:-76.3769,0,-67.2002 dDocent_Contig_14271 97 . G A 441.971 . AB=0.37037;ABP=10.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=158;DPB=158;DPRA=0.519231;EPP=46.4397;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985507;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=4686;RO=138;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=302.673;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:34,20:34:1154:20:687:-45.8961,0,-87.9085 0/0:104:104,0:104:3532:0:0:0,-31.3071,-318.109 dDocent_Contig_14272 23 . G T 217.273 . AB=0.196429;ABP=47.8357;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0.848485;EPP=26.8965;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=4416;RO=111;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=244.044;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:66:66,0:66:2636:0:0:0,-19.868,-237.369 0/1:56:45,11:45:1780:11:447:-23.7273,0,-143.561 dDocent_Contig_14275 19 . G A 282.898 . AB=0.05;ABP=73.366;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=9M1X;DP=83;DPB=86.9;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=2616;RO=66;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=146.327;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:40:26,12,2:26:1038:12,2:461,82:-29.9888,0,-81.8701,-31.0437,-78.7135,-115.944 0|0:43:40,1,2:40:1578:1,2:41,82:0,-8.65712,-138.175,-5.27304,-131.708,-134.49 dDocent_Contig_14276 9 . T C 251.551 . AB=0.34375;ABP=9.79615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=1.3913;EPP=26.8965;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.840909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=1695;RO=44;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=98.5551;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:23,0:23:889:0:0:0,-6.92369,-80.329 0/1:32:21,11:21:806:11:405:-27.1551,0,-63.2324 dDocent_Contig_14278 24 . T C 5061.67 . AB=0.614035;ABP=28.7632;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=140;CIGAR=1X1M1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0;EPP=307.016;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.971429;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5547;QR=1543;RO=39;RPL=0;RPP=307.016;RPPR=87.6977;RPR=140;RUN=1;SAF=140;SAP=307.016;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:63:15,45,2:15:587:45,2:1765,82:-140.6,0,-34.7036,-138.346,-41.4798,-186.007 1|0:165:24,95,44:24:956:95,44:3782,1747:-369.266,-65.0844,-115.206,-232.686,0,-298.16 dDocent_Contig_14279 118 . T A 30.8675 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.756757;EPP=11.6962;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.901639;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=143;QR=2390;RO=61;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=135.47;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:24,4:24:918:4:143:-4.78537,0,-74.4949 0/0:37:37,0:37:1472:0:0:0,-11.1381,-132.732 dDocent_Contig_14281 30 . G A 167.715 . AB=0.153846;ABP=84.19;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=2549;RO=66;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=146.327;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:49,6:49:1888:6:241:-5.50965,0,-153.583 0/1:23:17,6:17:661:6:239:-14.9607,0,-52.8969 dDocent_Contig_14282 98 . N G 62.0583 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,2:0:0:2:67:-6.20475,-0.60206,0 dDocent_Contig_14285 1 . N G 599.576 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=3.49285;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.9444;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=657;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=8;SAP=3.49285;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:319:-29.0245,-2.70927,0 1/1:9:0,9:0:0:9:338:-30.632,-2.70927,0 dDocent_Contig_14286 10 . G A 3985.39 . AB=0.258114;ABP=331.816;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=167;CIGAR=1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=365.646;EPPR=1043.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.4132;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976048;PAIREDR=0.997912;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6651;QR=19178;RO=479;RPL=0;RPP=365.646;RPPR=1043.15;RPR=167;RUN=1;SAF=167;SAP=365.646;SAR=0;SRF=479;SRP=1043.15;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:360:275,84:275:11043:84:3338:-190.538,0,-884.61 0/1:287:204,83:204:8135:83:3313:-211.701,0,-645.31 dDocent_Contig_14287 98 . N T 35.1906 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:32:-3.03987,-0.60206,0 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_14288 1 . N G 230.466 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=244;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:123:-11.4648,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.2802,-0.90309,0 dDocent_Contig_14289 56 . C T 118.407 . AB=0.136364;ABP=104.082;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=1.46667;EPP=29.068;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=5281;RO=136;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=298.331;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:76,12:76:2945:12:441:-13.5396,0,-238.676 0/0:60:60,0:60:2336:0:0:0,-18.0618,-210.41 dDocent_Contig_14290 8 . A G 2651.74 . AB=0.0555556;ABP=126.543;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=1869;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:71:34,0,37:34:1300:0,37:0,1410:-105.804,-116.039,-222.714,0,-107.056,-95.918 0|0:72:15,4,53:15:569:4,53:154,2041:-163.069,-154.94,-200.391,0,-34.0061,-30.6975 dDocent_Contig_14291 63 . T C 1959.35 . AB=0.337349;ABP=60.2273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9167;MQMR=59.6727;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.624242;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3045;QR=5775;RO=165;RPL=36;RPP=6.73282;RPPR=4.60271;RPR=48;RUN=1;SAF=36;SAP=6.73282;SAR=48;SRF=88;SRP=4.60271;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:134:79,55:79:2767:55:2042:-143.69,0,-208.903 0/1:115:86,29:86:3008:29:1003:-55.944,0,-236.054 dDocent_Contig_14292 48 . T C 2697.4 . AB=0.767857;ABP=72.8076;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3408;QR=1053;RO=26;RPL=0;RPP=189.757;RPPR=59.4686;RPR=86;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:13,69:13:527:69:2746:-222.568,0,-23.0921 0/1:30:13,17:13:526:17:662:-50.8717,0,-38.6561 dDocent_Contig_14293 15 . T G 4292.61 . AB=0.454545;ABP=7.35324;AC=4;AF=1;AN=4;AO=110;CIGAR=1X4M;DP=242;DPB=242;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.972727;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4389;QR=2079;RO=52;RPL=0;RPP=241.872;RPPR=115.927;RPR=110;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:106:19,28,59:19:761:28,59:1124,2358:-218.417,-131.519,-185.783,-29.9253,0,-74.8573 1|1:136:33,51,51:33:1318:51,51:2015,2031:-214.543,-58.6748,-151.877,-57.2453,0,-150.449 dDocent_Contig_14294 15 . T G 341.65 . AB=0.25;ABP=37.7539;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=55.75;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=648;QR=1895;RO=47;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=105.07;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:26,8:26:1052:8:324:-18.8776,0,-84.3255 0/1:29:21,8:21:843:8:324:-18.9863,0,-67.4497 dDocent_Contig_14295 13 . T C 3145.52 . AB=0.226016;ABP=404.005;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=139;CIGAR=1X;DP=615;DPB=615;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=1036.63;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5591;QR=19087;RO=476;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=1036.63;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=476;SRP=1036.63;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:271:230,41:230:9238:41:1652:-67.3246,0,-749.253 0/1:344:246,98:246:9849:98:3939:-250.926,0,-782.228 dDocent_Contig_14298 14 . T A 156.525 . AB=0.178571;ABP=53.2644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=1650;RO=46;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=102.898;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:31,4:31:1110:4:152:-3.5095,0,-89.6675 0/1:21:15,6:15:540:6:242:-15.8353,0,-42.6127 dDocent_Contig_14299 98 . N G 127.607 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14300 98 . N T 244.802 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=3X;DP=8;DPB=50;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=14;PQA=444;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:272:-24.4802,-2.40824,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14301 94 . T A 195.597 . AB=0.25;ABP=26.8965;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=1.18919;EPP=26.8965;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=2413;RO=70;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1278:0:0:0,-11.1381,-115.323 0/1:44:33,11:33:1135:11:383:-21.5597,0,-89.2115 dDocent_Contig_14302 245 . A T 2998.57 . AB=0.529126;ABP=4.52822;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4054;QR=3596;RO=95;RPL=109;RPP=239.701;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=239.701;SAR=109;SRF=0;SRP=209.3;SRR=95;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:23,60:23:866:60:2232:-176.125,0,-53.2745 0/1:123:72,49:72:2730:49:1822:-127.431,0,-209.088 dDocent_Contig_14303 98 . N G 1550.13 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1712;QR=0;RO=0;RPL=50;RPP=111.584;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:550:-49.8262,-4.81648,0 1/1:34:0,34:0:0:34:1162:-104.885,-10.235,0 dDocent_Contig_14304 72 . T C 17198.1 . AB=0.789474;ABP=293.416;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=656;CIGAR=1X;DP=761;DPB=761;DPRA=0;EPP=1427.5;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21197;QR=3605;RO=105;RPL=656;RPP=1427.5;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=656;SAP=1427.5;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:362:21,341:21:732:341:10938:-918.256,-42.7718,0 0/1:399:84,315:84:2873:315:10259:-803.252,0,-138.7 dDocent_Contig_14307 98 . N A 63.4624 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:68:-6.3457,-0.90309,0 dDocent_Contig_14308 9 . T G 5983.29 . AB=0.76834;ABP=164.999;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=259;DPB=259;DPRA=0;EPP=426.491;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.964824;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7553;QR=2291;RO=60;RPL=0;RPP=435.133;RPPR=133.299;RPR=199;RUN=1;SAF=198;SAP=426.491;SAR=1;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:130:14,116:14:522:116:4397:-356.664,0,-8.18253 0/1:129:46,83:46:1769:83:3156:-245.363,0,-120.633 dDocent_Contig_14309 107 . N G 63.6413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_14310 28 . G A 63.6431 . AB=0.106383;ABP=129.51;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=281.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2353;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=5348;RO=136;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=298.331;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=134;SRP=281.214;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:94:84,10:84:3281:10:400:-8.06324,0,-262.194 0/0:56:52,4:52:2067:4:164:0,-1.70778,-171.07 dDocent_Contig_14311 34 . T A 612.709 . AB=0.272727;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=632.737;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.87931;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1351;QR=11561;RO=290;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=632.737;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=290;SRP=632.737;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:227:218,8:218:8666:8:320:0,-39.2479,-750.286 0/1:99:72,27:72:2895:27:1031:-63.2709,0,-230.845 dDocent_Contig_14312 29 . C A 315.635 . AB=0.208333;ABP=56.2114;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=1.01408;EPP=35.5824;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=610;QR=5132;RO=128;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=280.959;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:71:71,0:71:2815:0:0:0,-21.3731,-253.455 0/1:72:57,15:57:2317:15:610:-33.5635,0,-187 dDocent_Contig_14314 15 . T C 869.362 . AB=0.21134;ABP=143.417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1649;QR=6082;RO=153;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=335.246;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:77,20:77:3056:20:794:-42.5762,0,-245.926 0/1:97:76,21:76:3026:21:855:-48.059,0,-243.232 dDocent_Contig_14315 19 . G A 42966.6 . AB=0.80521;ABP=1369.61;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1360;CIGAR=1X;DP=1689;DPB=1689;DPRA=0;EPP=2956.21;EPPR=715.253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=53479;QR=13009;RO=328;RPL=0;RPP=2956.21;RPPR=715.253;RPR=1360;RUN=1;SAF=1360;SAP=2956.21;SAR=0;SRF=328;SRP=715.253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:925:131,794:131:5191:794:31217:-2528.43,0,-188.611 0/1:764:197,566:197:7818:566:22262:-1771.92,0,-473.349 dDocent_Contig_14321 12 . T G 9208.22 . AB=0.240831;ABP=957.481;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=394;CIGAR=1X;DP=1636;DPB=1636;DPRA=0;EPP=858.57;EPPR=2699.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999195;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15754;QR=49963;RO=1242;RPL=0;RPP=858.57;RPPR=2699.98;RPR=394;RUN=1;SAF=394;SAP=858.57;SAR=0;SRF=1242;SRP=2699.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:890:664,226:664:26673:226:9059:-546.835,0,-2130.15 0/1:746:578,168:578:23290:168:6695:-377.687,0,-1869.4 dDocent_Contig_14322 69 . A C 203.527 . AB=0.13913;ABP=133.091;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=789;QR=9375;RO=244;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=532.85;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:99,16:99:3780:16:626:-22.0517,0,-305.618 0/0:149:145,4:145:5595:4:163:0,-29.795,-488.382 dDocent_Contig_14323 36 . A G 2291.07 . AB=0.259259;ABP=30.1939;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=2X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.810811;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=557;QR=1456;RO=37;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=83.3548;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:54:19,14,21:19:743:14,21:557,839:-63.3849,-23.2448,-80.1095,0,-15.216,-54.7576 0|0:71:18,0,53:18:713:0,53:0,2118:-169.421,-174.84,-233.521,0,-59.0777,-43.1231 dDocent_Contig_14324 33 . A G 583.158 . AB=0.174359;ABP=182.619;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=0.757764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1334;QR=6386;RO=161;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=352.617;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:121:101,20:101:4030:20:790:-34.9907,0,-326.259 0/1:74:60,14:60:2356:14:544:-27.024,0,-189.925 dDocent_Contig_14325 167 . T G 269.332 . AB=0.179775;ABP=82.2812;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=152.961;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=2834;RO=73;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=152.961;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:45,11:45:1723:11:431:-22.2794,0,-138.429 0/1:33:28,5:28:1111:5:199:-8.35276,0,-90.3378 dDocent_Contig_14327 74 . A G 555.344 . AB=0.240506;ABP=49.2159;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1M1X11M;DP=142;DPB=143.154;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=699;QR=3486;RO=101;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=222.329;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:79:55,3,19:55:1902:3,19:109,699:-40.6537,-48.3073,-201.958,0,-145.708,-148.891 0|0:63:46,12,0:46:1584:12,0:400,0:-18.5796,0,-125.135,-32.427,-128.747,-161.113 dDocent_Contig_14328 113 . G A 182.61 . AB=0.22449;ABP=35.3165;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1I5M;DP=88;DPB=90.5714;DPRA=1.25641;EPP=26.8965;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.246377;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=379;QR=2259;RO=69;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=152.842;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=152.842;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:39:34,0,4:34:1136:0,4:0,126:0,-10.235,-102.225,-0.0978034,-92.0936,-90.8894 0|1:49:35,11,3:35:1123:11,3:379,100:-20.2593,0,-87.1823,-22.7037,-82.3986,-112.288 dDocent_Contig_14330 25 . A C 281.419 . AB=0.34375;ABP=9.79615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=1471;RO=37;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=83.3548;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:16,1:16:634:1:41:0,-1.02294,-53.2983 0/1:32:21,11:21:837:11:438:-30.1417,0,-66.0096 dDocent_Contig_14332 7 . A C 86.8583 . AB=0.363636;ABP=4.78696;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X1M1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.2;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=752;RO=20;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=46.4397;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:7,4:7:255:4:151:-10.3841,0,-19.9892 0|0:14:13,1:13:497:1:38:0,-0.511729,-41.3744 dDocent_Contig_14334 107 . N T 146.392 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X4I1X;DP=4;DPB=12;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:113:-10.5395,-0.90309,0 1|1:1:0,1:0:0:1:38:-3.79727,-0.30103,0 dDocent_Contig_14335 43 . T A 4602.3 . AB=0.696203;ABP=82.2553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=165;CIGAR=1X;DP=237;DPB=237;DPRA=0;EPP=361.303;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5943;QR=2683;RO=72;RPL=0;RPP=361.303;RPPR=159.356;RPR=165;RUN=1;SAF=165;SAP=361.303;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:20,90:20:739:90:3203:-255.347,0,-33.7226 0/1:127:52,75:52:1944:75:2740:-208.582,0,-136.977 dDocent_Contig_14336 59 . A G 332.021 . AB=0.2;ABP=69.4574;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=2636;RO=68;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:35,4:35:1363:4:160:-3.04275,0,-111.203 0/1:46:33,13:33:1273:13:526:-33.8391,0,-100.998 dDocent_Contig_14337 116 . G A 1612.28 . AB=0.681818;ABP=28.2783;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=2X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.85;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2098;QR=636;RO=19;RPL=60;RPP=133.299;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=133.299;SAR=60;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:44:8,31,5:8:251:31,5:1048,172:-82.5285,0,-10.8226,-70.9683,-6.17528,-89.6313 0|1:44:11,29,4:11:385:29,4:1050,148:-82.3984,0,-22.5797,-73.6007,-19.1962,-103.717 dDocent_Contig_14338 21 . G A 28277.2 . AB=0.803975;ABP=891.468;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=890;CIGAR=1X;DP=1107;DPB=1107;DPRA=0;EPP=1935.62;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35193;QR=8644;RO=217;RPL=0;RPP=1935.62;RPPR=474.22;RPR=890;RUN=1;SAF=890;SAP=1935.62;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:560:109,451:109:4334:451:17844:-1436,0,-221.411 0/1:547:108,439:108:4310:439:17349:-1395.42,0,-223.176 dDocent_Contig_14339 50 . T C 2272.14 . AB=0.284768;ABP=124.526;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X2M;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.976744;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3436;QR=6908;RO=173;RPL=86;RPP=189.757;RPPR=378.675;RPR=0;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:136:79,25,32:79:3168:25,32:1006,1279:-81.5588,-22.4305,-275.918,0,-178.102,-251.378 0|1:166:94,18,54:94:3740:18,54:716,2157:-149.354,-118.7,-421.208,0,-248.976,-291.672 dDocent_Contig_14340 11 . G A 1865.74 . AB=0.266409;ABP=125.761;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=69;CIGAR=1X3M2X2M;DP=259;DPB=259;DPRA=0;EPP=152.842;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=59.9275;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2719;QR=4189;RO=111;RPL=0;RPP=152.842;RPPR=244.044;RPR=69;RUN=1;SAF=69;SAP=152.842;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:109:63,0,21,7,7,8:63:2386:0,21,7,7,8:0,834,276,266,299:-49.6997,-68.6646,-264.274,0,-195.612,-189.291,-45.9565,-241.566,-172.904,-239.458,-46.8548,-242.462,-173.801,-219.754,-240.355,-44.1859,-239.792,-171.131,-217.084,-217.981,-237.384 0|1:150:48,37,48,6,6,4:48:1803:37,48,6,6,4:1461,1885,239,242,158:-140.573,-35.679,-172.235,0,-28.3452,-133.244,-135.341,-163.691,-128.011,-281.231,-135.074,-163.424,-127.744,-263.089,-280.964,-142.021,-170.371,-134.691,-270.035,-269.768,-288.513 dDocent_Contig_14342 15 . C G 342.446 . AB=0.111111;ABP=511.376;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=787;DPB=787;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=1590.36;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2006;QR=28854;RO=731;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=1590.36;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=731;SRP=1590.36;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:387:341,43:341:13476:43:1685:-35.9435,0,-1095.97 0/0:400:390,8:390:15378:8:321:0,-90.9484,-1353.62 dDocent_Contig_14343 26 . T C 2400.2 . AB=0.0531915;ABP=166.009;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=519;RO=13;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=31.2394;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:5,3,33:5:201:3,33:121,1300:-105.43,-96.9598,-112.622,0,-6.58864,-6.62938 0|0:53:8,2,43:8:318:2,43:79,1709:-138.289,-134.197,-159.776,0,-19.6834,-13.2396 dDocent_Contig_14345 38 . G A 283.674 . 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AB=0.147287;ABP=142.405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=267;DPB=267;DPRA=0.934783;EPP=44.2683;EPPR=541.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=771;QR=9889;RO=248;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=541.535;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=248;SRP=541.535;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:129:110,19:110:4383:19:771:-30.8767,0,-355.581 0/0:138:138,0:138:5506:0:0:0,-41.5421,-495.353 dDocent_Contig_14347 76 . T A 250.711 . AB=0.205882;ABP=54.1038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=539;QR=2052;RO=54;RPL=6;RPP=3.63072;RPPR=4.45795;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=24;SRP=4.45795;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:30,4:30:1139:4:158:-4.36434,0,-92.5627 0/1:34:24,10:24:913:10:381:-24.4048,0,-72.2438 dDocent_Contig_14349 1 . N G 64.585 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45742,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14350 13 . A G 1943.02 . 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A G 44.3095 . AB=0.115942;ABP=91.4113;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=8.625;EPP=20.3821;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=295;QR=2709;RO=69;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=152.842;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:61,8:61:2383:8:295:-6.1299,0,-193.854 0/0:8:8,0:8:326:0:0:0,-2.40824,-29.7099 dDocent_Contig_14357 98 . N G 214.992 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:36:-3.41995,-0.60206,0 1/1:6:0,6:0:0:6:194:-17.7775,-1.80618,0 dDocent_Contig_14359 40 . T C 147.829 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.82353;EPP=18.2106;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=1629;RO=41;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=92.0407;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:670:0:0:0,-5.11751,-60.623 0/1:31:24,7:24:959:7:286:-16.7829,0,-77.2772 dDocent_Contig_14360 49 . C T 122.104 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.852941;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=1326;RO=34;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=76.8404;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:315:2:75:-4.11004,0,-25.7022 0/1:32:26,6:26:1011:6:234:-11.7977,0,-81.6505 dDocent_Contig_14363 62 . G A 19714.8 . AB=0.88;ABP=880.98;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=616;CIGAR=1X;DP=700;DPB=700;DPRA=0;EPP=1340.64;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24306;QR=3291;RO=84;RPL=616;RPP=1340.64;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=616;SAP=1340.64;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:371:45,326:45:1766:326:12902:-1048.6,0,-47.4733 0/1:329:39,290:39:1525:290:11404:-926.577,0,-38.4553 dDocent_Contig_14364 27 . C A 4066.44 . AB=0.39779;ABP=35.8583;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=362;DPB=362;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5768;QR=8677;RO=218;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=476.391;RPR=144;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=218;SRP=476.391;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:205:174,31:174:6937:31:1234:-49.6164,0,-562.299 0/1:157:44,113:44:1740:113:4534:-360.727,0,-109.549 dDocent_Contig_14365 27 . C A 9936.2 . AB=0.682203;ABP=139.114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=322;CIGAR=1X;DP=472;DPB=472;DPRA=0;EPP=702.224;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12665;QR=5960;RO=150;RPL=0;RPP=702.224;RPPR=328.731;RPR=322;RUN=1;SAF=322;SAP=702.224;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:48,188:48:1902:188:7402:-594.805,0,-100.346 0/1:236:102,134:102:4058:134:5263:-402.514,0,-294.169 dDocent_Contig_14366 78 . A T 1320.08 . AB=0.644737;ABP=16.8392;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.612245;PAIREDR=0.555556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1755;QR=984;RO=27;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:9,21:9:333:21:771:-60.6866,0,-21.2913 0/1:46:18,28:18:651:28:984:-75.0199,0,-45.0741 dDocent_Contig_14367 27 . T A 492.423 . AB=0.203252;ABP=97.0898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.969388;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=992;QR=3917;RO=98;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=215.815;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:60,15:60:2389:15:602:-31.9405,0,-192.576 0/1:48:38,10:38:1528:10:390:-21.0008,0,-123.311 dDocent_Contig_14368 108 . A G 50.4083 . AB=0.210526;ABP=16.8392;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.840909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=208;QR=1364;RO=44;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=98.5551;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:29,2:29:880:2:70:0,-2.68453,-72.8357 0/1:19:15,4:15:484:4:138:-7.04083,0,-38.1515 dDocent_Contig_14371 12 . T C 76.6608 . AB=0.235294;ABP=13.3567;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.62963;EPP=11.6962;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1559;RO=40;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=89.8692;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:27:27,0:27:1047:0:0:0,-8.12781,-94.5211 0|1:17:13,4:13:512:4:160:-9.66608,0,-41.3087 dDocent_Contig_14372 33 . A G 111.087 . AB=0.0833333;ABP=165.871;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X1M;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.706522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=3704;RO=92;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=202.786;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:51,2,8:51:2048:2,8:81,317:-10.7312,-19.4029,-187.555,0,-162.067,-166.338 0|1:47:41,5,1:41:1656:5,1:199,36:-4.07456,0,-135.058,-13.4857,-133.627,-149.71 dDocent_Contig_14373 54 . C T 43.6858 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=223;QR=2521;RO=65;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:56,3:56:2162:3:116:0,-6.94337,-183.951 0/1:12:9,3:9:359:3:107:-6.36856,0,-29.0598 dDocent_Contig_14374 107 . N A 128.386 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=132;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98383,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_14375 107 . N T 742.081 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X4M;DP=29;DPB=29;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=167;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:27:0,23,4:0:0:23,4:762,132:-72.6392,-11.0025,-4.07882,-61.9668,0,-60.7627 1|1:2:0,0,1:0:0:0,1:0,35:-3.2637,-3.2637,-3.2637,-0.30103,-0.30103,0 dDocent_Contig_14376 34 . C T 90.6837 . AB=0.109091;ABP=149.012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=205;DPB=205;DPRA=1.15789;EPP=29.068;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92228;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=7753;RO=193;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=422.104;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:95:95,0:95:3807:0:0:0,-28.5978,-342.627 0/1:110:98,12:98:3946:12:487:-11.0684,0,-322.003 dDocent_Contig_14377 66 . G A 4496.11 . AB=0.367942;ABP=86.171;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1X;DP=549;DPB=549;DPRA=0;EPP=433.005;EPPR=756.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.1139;MQMR=59.7925;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99505;PAIREDR=0.412104;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6876;QR=11934;RO=347;RPL=202;RPP=441.648;RPPR=756.511;RPR=0;RUN=1;SAF=201;SAP=433.005;SAR=1;SRF=347;SRP=756.511;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:347:235,112:235:8114:112:3786:-236.464,0,-625.814 0/1:202:112,90:112:3820:90:3090:-216.845,0,-283.207 dDocent_Contig_14378 12 . G A 2230.24 . AB=0.304598;ABP=118.423;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=348;DPB=348;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.3679;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.433962;PAIREDR=0.789256;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4250;QR=9467;RO=242;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=528.507;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:199:132,67:132:5210:67:2681:-147.148,0,-408.888 0/1:149:110,39:110:4257:39:1569:-79.5749,0,-338.261 dDocent_Contig_14380 139 . G A 9896.67 . AB=0.475248;ABP=5.16027;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=192;CIGAR=2X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=419.933;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7179;QR=1474;RO=40;RPL=0;RPP=419.933;RPPR=89.8692;RPR=192;RUN=1;SAF=0;SAP=419.933;SAR=192;SRF=0;SRP=89.8692;SRR=40;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:210:33,100,77:33:1209:100,77:3712,2930:-435.302,-141.522,-210.215,-204.923,0,-280.544 1|0:194:7,92,94:7:265:92,94:3467,3626:-558.064,-276.075,-270.105,-262.404,0,-255.832 dDocent_Contig_14381 124 . A C 5338.23 . AB=0.72242;ABP=123.755;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X4M;DP=281;DPB=281;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6821;QR=1684;RO=50;RPL=0;RPP=443.819;RPPR=111.584;RPR=203;RUN=1;SAF=0;SAP=443.819;SAR=203;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:152:24,0,9,119:24:804:0,9,119:0,291,3962:-313.421,-320.645,-385.758,-297.173,-362.285,-359.576,0,-65.1205,-41.6508,-29.2979 0|1:129:26,12,7,84:26:880:12,7,84:408,242,2859:-224.101,-198.832,-266.565,-212.263,-250.512,-281.501,0,-38.2479,-51.6776,-46.057 dDocent_Contig_14382 31 . C G 308.938 . AB=0.27451;ABP=25.534;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.864865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=547;QR=1464;RO=37;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=83.3548;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:909:4:147:-5.4575,0,-73.9918 0/1:24:14,10:14:555:10:400:-29.1352,0,-43.0645 dDocent_Contig_14383 189 . A G 63.746 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=2X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=1275;RO=34;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:18:14,0,4:14:518:0,4:0,146:-8.07331,-12.2877,-54.6524,0,-42.7304,-41.5263 0|0:22:20,2,0:20:757:2,0:60,0:0,-0.923506,-62.7445,-6.0206,-63.3466,-68.1366 dDocent_Contig_14384 16 . T C 814.3 . AB=0.2;ABP=155.448;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X1M;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=56.2821;MQMR=59.7671;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.820513;PAIREDR=0.952055;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1573;QR=5856;RO=146;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=320.045;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:92:73,4,15:73:2922:4,15:159,603:-27.5602,-36.4464,-275.771,0,-227.443,-236.017 0|1:103:73,6,24:73:2934:6,24:238,970:-57.5688,-59.9557,-299.918,0,-222.184,-234.548 dDocent_Contig_14385 98 . N A 99.3012 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,2:0:0:2:65:-6.01847,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:38:-3.60948,-0.60206,0 dDocent_Contig_14386 109 . G C 106.756 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=3;CIGAR=1X1M2X;DP=8;DPB=7;DPRA=3;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=109;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:2:0,2,0:0:0:2,0:14,0:-0.844765,-0.60206,0,-0.844765,-0.60206,-0.844765 1|1:6:0,2,3:0:0:2,3:14,109:-9.47005,-9.36611,-8.76405,-0.90309,-0.855091,0 dDocent_Contig_14387 14 . A G 159.917 . AB=0.12963;ABP=131.69;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0555556;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=717;QR=8670;RO=217;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=474.22;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:94,14:94:3750:14:554:-17.6907,0,-305 0/0:127:123,4:123:4920:4:163:0,-23.1724,-427.615 dDocent_Contig_14388 30 . T C 399.408 . AB=0.210526;ABP=72.1546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=7.91667;EPP=46.4397;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=777;QR=3408;RO=87;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=191.928;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:75,20:75:2933:20:777:-41.6398,0,-235.47 0/0:12:12,0:12:475:0:0:0,-3.61236,-43.0987 dDocent_Contig_14389 39 . C A 15181.2 . AB=0.323905;ABP=488.641;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=584;CIGAR=1X;DP=1803;DPB=1803;DPRA=0;EPP=1271.15;EPPR=2647.86;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22955;QR=47818;RO=1218;RPL=0;RPP=1271.15;RPPR=2647.86;RPR=584;RUN=1;SAF=584;SAP=1271.15;SAR=0;SRF=1218;SRP=2647.86;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1064:764,300:764:29938:300:11752:-736.633,0,-2371.52 0/1:739:454,284:454:17880:284:11203:-785.181,0,-1385.46 dDocent_Contig_14391 15 . T C 3112.32 . AB=0.244898;ABP=196.892;AC=0;AF=0;AN=4;AO=84;CIGAR=2X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=272.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=41.131;MQMR=59.6176;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.492647;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3301;QR=5414;RO=136;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=298.331;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=133;SRP=272.848;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:169:73,34,58:73:2892:34,58:1355,2344:-158.662,-83.9764,-311.771,0,-141.396,-220.593 0|0:174:63,50,57:63:2522:50,57:1946,2282:-156.269,-37.1699,-229.533,0,-69.3788,-190.275 dDocent_Contig_14392 96 . A G 92.6024 . AB=0.6;ABP=3.44459;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X1M6X8I4X;DP=5;DPB=8.41667;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=28;MQMR=0;NS=1;NUMALT=2;ODDS=4.06277;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,2,3:0:0:2,3:80,120:-11.2528,-6.86262,-6.26056,-4.66753,0,-3.76444 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14393 18 . G A 160.609 . AB=0.222222;ABP=21.1059;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=1353;RO=34;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=76.8404;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:20,0,2:20:791:0,2:0,78:-0.780813,-6.80141,-71.8956,0,-65.4844,-64.8823 0|0:27:14,6,7:14:562:6,7:230,271:-18.0479,-3.38937,-47.901,0,-27.4516,-44.2137 dDocent_Contig_14394 33 . G A 819.677 . AB=0.301887;ABP=39.1469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=2X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=56.375;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.951613;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1270;QR=2412;RO=62;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=137.642;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:44,16,1:44:1700:16,1:634,38:-38.8477,0,-134.815,-49.1673,-136.704,-188.464 0|1:45:18,16,11:18:712:16,11:636,436:-46.819,0,-53.7754,-16.3519,-22.7059,-71.6324 dDocent_Contig_14396 32 . A C 88.4401 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.777778;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1037;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:663:0:0:0,-5.41854,-59.9897 0/1:14:10,4:10:374:4:163:-10.844,0,-29.7854 dDocent_Contig_14398 17 . A G 116.502 . AB=0.142857;ABP=80.5629;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0.648148;EPP=24.725;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=382;QR=6676;RO=168;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=367.818;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:108:108,0:108:4289:0:0:0,-32.5112,-385.964 0/1:70:60,10:60:2387:10:382:-13.6502,0,-193.905 dDocent_Contig_14399 28 . T C 6408.57 . AB=0.447581;ABP=14.8483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=222;CIGAR=1X;DP=496;DPB=496;DPRA=0;EPP=485.077;EPPR=595.822;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8821;QR=10453;RO=273;RPL=0;RPP=485.077;RPPR=595.822;RPR=222;RUN=1;SAF=222;SAP=485.077;SAR=0;SRF=273;SRP=595.822;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:250:144,106:144:5489:106:4197:-302.428,0,-418.691 0/1:246:129,116:129:4964:116:4624:-342.127,0,-372.794 dDocent_Contig_14401 11 . A T 605.952 . AB=0.353846;ABP=15.0703;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913043;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=924;QR=1660;RO=42;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=94.2121;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:28,9:28:1111:9:355:-21.1711,0,-89.1374 0/1:28:14,14:14:549:14:569:-43.1231,0,-41.3183 dDocent_Contig_14402 10 . C T 82.0677 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0.706897;EPP=16.0391;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8065;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=3692;RO=93;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=204.957;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1391:6:243:-9.90574,0,-113.061 0/0:58:58,0:58:2301:0:0:0,-17.4597,-207.246 dDocent_Contig_14403 27 . A G 658.874 . AB=0.261261;ABP=57.9622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.827586;PAIREDR=0.731707;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1137;QR=3283;RO=82;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=181.071;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:35,14:35:1406:14:539:-34.0952,0,-112.045 0/1:62:47,15:47:1877:15:598:-35.4911,0,-150.474 dDocent_Contig_14405 13 . C A 1330.79 . AB=0.628571;ABP=13.0611;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.840909;PAIREDR=0.807692;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1747;QR=1051;RO=26;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=59.4686;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:6,13:6:244:13:517:-41.1546,0,-16.6193 0/1:51:20,31:20:807:31:1230:-95.6232,0,-57.5944 dDocent_Contig_14407 7 . A G 193.253 . AB=0.571429;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=2.33333;EPP=20.3821;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=463;RO=12;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=29.068;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:6:6,0:6:231:0:0:0,-1.80618,-21.1579 0/1:14:6,8:6:232:8:280:-21.3253,0,-17.0345 dDocent_Contig_14408 28 . T C 267.986 . AB=0.102625;ABP=577.694;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=875;DPB=875;DPRA=0.91886;EPP=96.3836;EPPR=1809.68;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1719;QR=33158;RO=832;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=1809.68;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=832;SRP=1809.68;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:456:456,0:456:18152:0:0:0,-137.27,-1632.21 0/1:419:376,43:376:15006:43:1719:-28.7986,0,-1223.26 dDocent_Contig_14409 98 . N C 97.0363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_14410 69 . C G 96.1674 . AB=0.137931;ABP=102.074;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=2739;RO=75;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=165.871;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:834:6:217:-11.1515,0,-66.653 0/1:58:52,6:52:1905:6:212:-1.96345,0,-154.261 dDocent_Contig_14412 124 . T A 1542.87 . AB=0.370787;ABP=28.824;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984848;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2344;QR=3888;RO=112;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=246.215;RPR=66;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=246.215;SRR=112;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:59,55:59:2060:55:1960:-142.358,0,-151.351 0/1:64:53,11:53:1828:11:384:-15.6287,0,-145.531 dDocent_Contig_14414 107 . N A 59.8472 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14415 97 . G A 2167.29 . AB=0.729508;ABP=58.8278;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.910112;PAIREDR=0.939394;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2851;QR=1118;RO=33;RPL=89;RPP=196.271;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:14,30:14:476:30:975:-74.8027,0,-29.9205 0/1:78:19,59:19:642:59:1876:-145.626,0,-34.6187 dDocent_Contig_14416 41 . T A 820.319 . AB=0.284483;ABP=49.8093;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=2X1M;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1285;QR=2623;RO=66;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:41,8,19:41:1629:8,19:317,744:-48.8333,-35.0807,-166.788,0,-108.022,-128.396 0|1:47:25,7,14:25:994:7,14:279,541:-36.8976,-21.4443,-101.18,0,-58.8609,-77.622 dDocent_Contig_14417 19 . G A 10334 . AB=0.33949;ABP=257.447;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=386;CIGAR=1X;DP=1137;DPB=1137;DPRA=0;EPP=841.199;EPPR=1577.33;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=59.7145;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.787565;PAIREDR=0.652414;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15256;QR=28423;RO=725;RPL=0;RPP=841.199;RPPR=1577.33;RPR=386;RUN=1;SAF=386;SAP=841.199;SAR=0;SRF=725;SRP=1577.33;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:635:389,227:389:15191:227:8985:-622.331,0,-1180.29 0/1:502:336,159:336:13232:159:6271:-414.766,0,-1035.29 dDocent_Contig_14418 50 . T C 1550.32 . AB=0.285068;ABP=91.6869;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=328.951;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968354;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2497;QR=6255;RO=158;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=346.103;RPR=0;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=156;SRP=328.951;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:82,33:82:3247:33:1328:-85.1549,0,-257.672 0/1:106:76,30:76:3008:30:1169:-73.5758,0,-238.89 dDocent_Contig_14419 9 . T C 327.821 . AB=0.207317;ABP=64.0234;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=276.616;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=735;QR=4853;RO=126;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=276.616;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=126;SRP=276.616;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:63:61,2:61:2340:2:78:0,-11.5614,-203.408 0/1:82:65,17:65:2513:17:657:-34.7821,0,-201.683 dDocent_Contig_14420 108 . T G 1234.03 . AB=0.424242;ABP=9.59052;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1847;QR=2554;RO=76;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=168.042;RPR=56;RUN=1;SAF=0;SAP=124.613;SAR=56;SRF=0;SRP=168.042;SRR=76;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:58,25:58:1939:25:831:-50.1141,0,-149.802 0/1:49:18,31:18:615:31:1016:-76.9879,0,-40.9212 dDocent_Contig_14421 107 . N A 584.782 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=639;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:18:0,18:0:0:18:604:-54.6774,-5.41854,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_14423 96 . C T 1047.7 . AB=0.215328;ABP=195.875;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=860.742;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2487;QR=14178;RO=395;RPL=70;RPP=155.013;RPPR=860.742;RPR=0;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=395;SRP=860.742;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:191:180,11:180:6435:11:387:0,-22.3303,-544.049 0/1:274:215,59:215:7743:59:2100:-106.77,0,-614.369 dDocent_Contig_14424 59 . A C 91.704 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=988;RO=25;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:12,2:12:475:2:81:-3.47131,0,-38.8849 0/1:17:13,4:13:513:4:157:-9.39078,0,-41.3967 dDocent_Contig_14425 99 . C A 68.1688 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=2;EPP=13.8677;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=181;QR=1206;RO=34;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=76.8404;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:13:13,0:13:463:0:0:0,-3.91339,-42.0073 0/1:26:21,5:21:743:5:181:-8.81687,0,-59.3678 dDocent_Contig_14426 98 . N A 54.154 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41432,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14427 13 . G T 102.713 . AB=0.152542;ABP=64.8789;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=1.68571;EPP=22.5536;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.47619;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=331;QR=3395;RO=84;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=185.414;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1423:0:0:0,-10.536,-128.316 0/1:59:49,9:49:1972:9:331:-12.2713,0,-159.801 dDocent_Contig_14429 100 . N C 224.95 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=5X3I4X7I2M;DP=6;DPB=11.4545;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=238;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:198:-18.1971,-1.50515,0 1|1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 dDocent_Contig_14430 11 . T G 3071.84 . AB=0.198163;ABP=606.007;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=151;CIGAR=1X;DP=762;DPB=762;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=1329.78;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9574;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6001;QR=24484;RO=611;RPL=0;RPP=330.903;RPPR=1329.78;RPR=151;RUN=1;SAF=151;SAP=330.903;SAR=0;SRF=611;SRP=1329.78;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:406:299,107:299:11997:107:4256:-260.779,0,-956.621 0/1:356:312,44:312:12487:44:1745:-50.104,0,-1015.7 dDocent_Contig_14432 107 . N G 454.32 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=494;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,14:0:0:14:458:-41.5316,-4.21442,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_14433 1 . N G 97.0363 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=104;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_14434 28 . A G 104.498 . AB=0.571429;ABP=3.32051;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=3.5;EPP=11.6962;EPPR=13.8677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=48;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=194;RO=5;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=13.8677;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=13.8677;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:2:2,0:2:73:0:0:0,-0.60206,-6.9311 0/1:7:3,4:3:121:4:160:-12.4493,0,-9.17299 dDocent_Contig_14435 10 . A T 351.168 . AB=0.0540541;ABP=66.922;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X6M;DP=69;DPB=69.2857;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=985;RO=25;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=57.2971;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:14,2,9,9,2:14:548:2,9,9,2:75,319,300,82:-21.7761,-19.9272,-64.4023,0,-39.0238,-42.3758,-2.30753,-41.323,-21.4092,-44.6742,-19.2159,-58.2332,-38.3132,-40.6124,-63.6924 0|1:32:11,0,7,12,0:11:437:0,7,12,0:0,249,255,0:-17.0385,-20.3498,-56.3829,0,-36.0748,-33.9676,-3.18371,-39.2181,-18.9253,-35.6058,-20.3498,-56.3829,-36.0748,-39.2181,-56.3829 dDocent_Contig_14437 10 . A T 592.427 . AB=0.221311;ABP=85.3127;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=224;DPB=224;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1164;QR=7731;RO=195;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=426.447;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:95,27:95:3709:27:1082:-60.9417,0,-297.106 0/0:102:100,2:100:4022:2:82:0,-22.9254,-354.179 dDocent_Contig_14438 35 . T G 1841.69 . AB=0.707865;ABP=36.4119;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.920635;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2379;QR=1010;RO=26;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=59.4686;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:12,30:12:463:30:1121:-88.5263,0,-29.3766 0/1:47:14,33:14:547:33:1258:-99.342,0,-35.4269 dDocent_Contig_14439 98 . N G 61.1907 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2.5;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=34;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.11799,-0.60206,0 dDocent_Contig_14440 30 . T C 6384.08 . AB=0.808943;ABP=206.952;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0;EPP=435.133;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7958;QR=1777;RO=47;RPL=0;RPP=435.133;RPPR=105.07;RPR=199;RUN=1;SAF=199;SAP=435.133;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:167:36,131:36:1357:131:5249:-421.967,0,-72.1377 0/1:79:11,68:11:420:68:2709:-220.14,0,-14.3683 dDocent_Contig_14441 9 . T C 5458.4 . AB=0.55132;ABP=10.811;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=341;DPB=341;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7244;QR=5851;RO=153;RPL=0;RPP=411.247;RPPR=335.246;RPR=188;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:75,50:75:2867:50:1921:-135.505,0,-220.577 0/1:216:78,138:78:2984:138:5323:-414.034,0,-203.7 dDocent_Contig_14442 98 . N A 98.6021 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=99;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:31:-3.09945,-0.30103,0 dDocent_Contig_14443 133 . G A 1832.64 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2526;QR=2718;RO=68;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=150.67;RPR=68;RUN=1;SAF=0;SAP=150.67;SAR=68;SRF=0;SRP=150.67;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:47,54:47:1875:54:1989:-148.824,0,-138.552 0/1:35:21,14:21:843:14:537:-38.1381,0,-65.6478 dDocent_Contig_14444 41 . C G 167.646 . AB=0.195652;ABP=40.0197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=395;QR=4142;RO=104;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=228.843;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:37,9:37:1483:9:355:-18.4635,0,-119.865 0/0:68:67,1:67:2659:1:40:0,-16.4744,-235.433 dDocent_Contig_14445 106 . N C 82.1279 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=88;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:88:-8.21225,-0.90309,0 dDocent_Contig_14446 98 . N T 1634.36 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1807;QR=0;RO=0;RPL=58;RPP=128.956;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:29:0,28:0:0:28:871:-78.603,-8.42884,0 1/1:30:0,30:0:0:30:936:-84.5324,-9.0309,0 dDocent_Contig_14448 107 . N T 1703.47 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1886;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=0;RPR=56;RUN=1;SAF=0;SAP=124.613;SAR=56;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,1:0:0:1:11:-0.989995,-0.30103,0 1/1:55:0,55:0:0:55:1875:-169.033,-16.5567,0 dDocent_Contig_14452 37 . T G 2233.07 . AB=0.307692;ABP=94.8803;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=286;DPB=286;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3474;QR=7900;RO=198;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=432.962;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=198;SRP=432.962;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:154:97,57:97:3862:57:2241:-155.499,0,-301.219 0/1:132:101,31:101:4038:31:1233:-71.5071,0,-323.666 dDocent_Contig_14454 16 . A T 745.583 . AB=0.220126;ABP=111.188;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1M1I1X;DP=159;DPB=176.5;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1394;QR=4933;RO=124;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=272.273;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:42,16:42:1671:16:640:-40.4753,0,-133.16 0|1:101:82,19:82:3262:19:754:-37.782,0,-263.242 dDocent_Contig_14455 128 . G T 363.336 . AB=0.432432;ABP=4.47751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=561;QR=734;RO=21;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=48.6112;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:9,7:9:315:7:245:-17.5747,0,-23.8723 0/1:21:12,9:12:419:9:316:-22.4579,0,-31.7229 dDocent_Contig_14457 138 . C T 84.8857 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.954545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=309;QR=3298;RO=88;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=194.1;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=194.1;SRR=88;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:47,1:47:1775:1:36:0,-10.8512,-156.406 0/1:48:41,7:41:1523:7:273:-10.4886,0,-122.88 dDocent_Contig_14458 98 . N T 133.131 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:62:-5.73372,-1.20412,0 1/1:3:0,3:0:0:3:78:-7.27796,-0.90309,0 dDocent_Contig_14460 9 . T C 84.7105 . AB=0.12069;ABP=147.975;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=3.63072;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=45.5714;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.735294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=557;QR=3910;RO=102;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=224.5;RPR=14;RUN=1;SAF=8;SAP=3.63072;SAR=6;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:41,6:41:1579:6:238:-6.58301,0,-128.23 0/1:69:61,8:61:2331:8:319:-5.58695,0,-189.231 dDocent_Contig_14461 42 . T A 392.855 . AB=0.171642;ABP=128.502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=918;QR=4372;RO=111;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=244.044;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:53,11:53:2092:11:435:-20.2365,0,-169.209 0/1:70:58,12:58:2280:12:483:-22.7479,0,-184.302 dDocent_Contig_14462 1 . N G 71.2143 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=75;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:75:-7.12034,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14464 28 . G A 293.679 . AB=0.173077;ABP=99.5573;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=707;QR=3367;RO=86;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=189.757;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:30,12:30:1184:12:471:-30.0942,0,-94.1939 0/1:62:56,6:56:2183:6:236:-2.94896,0,-177.984 dDocent_Contig_14465 20 . G A 377.676 . AB=0.3;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.641304;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=3665;RO=92;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=202.786;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:35,15:35:1399:15:602:-39.4666,0,-111.116 0/0:58:57,1:57:2266:1:40:0,-13.4641,-200.114 dDocent_Contig_14467 156 . C T 33.5287 . AB=0.521739;ABP=3.10471;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=8.73684;MQMR=7;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=663;QR=936;RO=27;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=61.6401;RPR=19;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:16,7:16:548:7:241:0,-2.4559,-5.67203 0/1:23:11,12:11:388:12:422:-3.42109,0,-0.0709756 dDocent_Contig_14468 87 . G A 644.008 . AB=0.197802;ABP=147.377;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0.993151;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1358;QR=5452;RO=146;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=320.045;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:42,17:42:1506:17:626:-38.9152,0,-118.064 0/1:123:104,19:104:3946:19:732:-29.1846,0,-318.205 dDocent_Contig_14469 8 . A T 550.277 . AB=0.247619;ABP=61.1024;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=105;DPB=105;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.961538;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=2980;RO=79;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=174.557;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:36,17:36:1353:17:649:-42.791,0,-106.095 0/1:52:43,9:43:1627:9:347:-15.9357,0,-131.04 dDocent_Contig_14471 66 . G A 1908.4 . AB=0.608;ABP=15.6743;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2573;QR=1677;RO=49;RPL=76;RPP=168.042;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:39,43:39:1340:43:1452:-106.288,0,-96.2161 0/1:43:10,33:10:337:33:1121:-88.251,0,-17.7128 dDocent_Contig_14472 107 . N T 92.4691 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:3:0,2:0:0:2:60:-5.54526,-0.60206,0 dDocent_Contig_14473 41 . T C 1443.37 . AB=0.376812;ABP=21.2003;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.980769;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2100;QR=3453;RO=86;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=189.757;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:33,26:33:1309:26:1051:-77.1175,0,-100.311 0/1:79:53,26:53:2144:26:1049:-70.9186,0,-169.349 dDocent_Contig_14474 11 . G C 3861.01 . AB=0.17854;ABP=1023.55;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X;DP=1137;DPB=1137;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=2028.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8135;QR=37027;RO=933;RPL=0;RPP=443.819;RPPR=2028.99;RPR=203;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=933;SRP=2028.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:591:495,96:495:19635:96:3849:-168.487,0,-1587.67 0/1:546:438,107:438:17392:107:4286:-221.313,0,-1399.54 dDocent_Contig_14476 34 . T C 1606.58 . AB=0.122137;ABP=165.473;AC=0;AF=0;AN=4;AO=16;CIGAR=11M2X9M1D7M;DP=293;DPB=303.8;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=23;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=9;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=510;QR=1345;RO=37;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=83.3548;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:162:20,0,0,9,2,29,29,34,0,12:20:734:0,0,9,2,29,29,34,0,12:0,0,296,75,983,1088,1204,0,351:-121.161,-127.182,-187.184,-127.182,-187.184,-187.184,-103.26,-163.262,-163.262,-160.553,-121.038,-181.041,-181.041,-157.119,-180.438,-47.4974,-107.5,-107.5,-83.5785,-101.356,-98.7701,-38.0531,-98.057,-98.057,-74.1349,-91.9132,-18.3717,-89.3272,-29.1264,-89.1298,-89.1298,-65.208,-82.986,-9.44567,0,-78.8948,-127.182,-187.184,-187.184,-163.262,-181.041,-107.5,-98.057,-89.1298,-187.184,-99.2171,-159.219,-159.219,-135.297,-153.075,-79.536,-70.0922,-61.1656,-159.219,-155.607 0|0:131:17,16,13,0,11,0,0,17,10,6:17:611:16,13,0,11,0,0,17,10,6:510,416,0,415,0,0,594,329,190:-43.1956,-7.24491,-52.273,-14.8017,-23.5788,-60.7329,-48.3131,-57.0895,-64.6463,-98.1575,-14.296,-23.073,-30.6299,-64.1414,-60.8301,-48.3131,-57.0895,-64.6463,-98.1575,-64.1414,-98.1575,-48.3131,-57.0895,-64.6463,-98.1575,-64.1414,-98.1575,-98.1575,0,-8.77739,-16.3342,-49.8454,-15.8284,-49.8454,-49.8454,-44.7279,-21.7222,-30.499,-38.0558,-71.5668,-37.5504,-71.5668,-71.5668,-23.2545,-68.5565,-33.0243,-41.801,-49.3577,-82.8688,-48.8525,-82.8688,-82.8688,-34.5566,-56.2781,-81.0626 dDocent_Contig_14477 138 . C T 2003.72 . AB=0.182886;ABP=523.595;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1X;DP=596;DPB=596;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=1060.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.834862;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4257;QR=19073;RO=487;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=1060.52;RPR=109;RUN=1;SAF=0;SAP=239.701;SAR=109;SRF=0;SRP=1060.52;SRR=487;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:331:262,69:262:10254:69:2661:-139.969,0,-822.575 0/1:265:225,40:225:8819:40:1596:-64.1019,0,-713.443 dDocent_Contig_14479 48 . C A 6500.08 . AB=0.234095;ABP=755.948;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=287;CIGAR=1X;DP=1226;DPB=1226;DPRA=0;EPP=626.223;EPPR=2024.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11368;QR=37517;RO=939;RPL=0;RPP=626.223;RPPR=2024.69;RPR=287;RUN=1;SAF=287;SAP=626.223;SAR=0;SRF=939;SRP=2042.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:526:395,131:395:15743:131:5160:-305.939,0,-1257.27 0/1:700:544,156:544:21774:156:6208:-347.768,0,-1747 dDocent_Contig_14480 17 . C T 743.229 . AB=0.604651;ABP=7.10075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=2X;DP=74;DPB=74;DPRA=1.3871;EPP=59.4686;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=985;QR=1867;RO=48;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=107.241;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:17,26:17:670:26:985:-76.0219,0,-47.6855 0|0:31:31,0:31:1197:0:0:0,-9.33193,-107.999 dDocent_Contig_14481 14 . C T 264.718 . AB=0.344828;ABP=9.07545;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0.644444;EPP=24.725;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=406;QR=2564;RO=64;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=141.985;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:19,10:19:748:10:406:-28.1707,0,-58.9094 0/0:45:45,0:45:1816:0:0:0,-13.5463,-163.649 dDocent_Contig_14482 98 . N C 62.9197 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=3X4I1X;DP=3;DPB=6.25;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,2:0:0:2:70:-6.29089,-0.60206,0 dDocent_Contig_14483 98 . N G 777.158 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=30;CIGAR=2X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=854;QR=0;RO=0;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:20:0,20:0:0:20:571:-51.6667,-6.0206,0 1|1:10:0,10:0:0:10:283:-25.748,-3.0103,0 dDocent_Contig_14486 53 . G T 406.42 . AB=0.212121;ABP=74.2741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.52381;PAIREDR=0.564103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=816;QR=3071;RO=78;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:30,15:30:1178:15:578:-38.8047,0,-92.7521 0/1:54:48,6:48:1893:6:238:-5.53617,0,-154.32 dDocent_Contig_14487 20 . G C 16121.5 . AB=0.893805;ABP=459.654;AC=4;AF=1;AN=4;AO=465;CIGAR=1X15M;DP=516;DPB=496.062;DPRA=0;EPP=1012.74;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.995699;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18690;QR=785;RO=20;RPL=0;RPP=1012.74;RPPR=46.4397;RPR=465;RUN=1;SAF=465;SAP=1012.74;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:339:7,29,303:7:278:29,303:1160,12193:-1075.4,-981.951,-996.108,-72.6697,0,-4.3441 1|1:177:13,0,162:13:507:0,162:0,6497:-538.448,-542.361,-584.033,-7.11187,-48.7669,0 dDocent_Contig_14488 9 . T C 6137.32 . AB=0.0614035;ABP=193.49;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X1M1X;DP=265;DPB=265;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.784314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=2022;RO=51;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=113.755;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:151:16,0,133:16:634:0,133:0,5057:-409.919,-414.735,-466.923,0,-52.2135,-12.1765 0|0:114:35,7,69:35:1388:7,69:274,2656:-207.512,-195.517,-307.67,0,-91.7278,-93.486 dDocent_Contig_14490 24 . T C 9985.14 . AB=0.913295;ABP=259.683;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=303;CIGAR=1X;DP=328;DPB=328;DPRA=0;EPP=660.966;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9967;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12110;QR=1017;RO=25;RPL=0;RPP=660.966;RPPR=57.2971;RPR=303;RUN=1;SAF=303;SAP=660.966;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:155:10,145:10:409:145:5805:-485.058,-9.48908,0 0/1:173:15,158:15:608:158:6305:-515.112,0,-2.97953 dDocent_Contig_14491 35 . G T 562.814 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=16;CIGAR=1M5I7M2X2M2X1M5D3M3X;DP=16;DPB=16;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=614;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=0;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:193:-17.7399,-1.50515,0 1|1:11:0,11:0:0:11:421:-38.2404,-3.31133,0 dDocent_Contig_14492 28 . A G 698.519 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=970;QR=951;RO=24;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=55.1256;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:17,16:17:677:16:650:-48.8995,0,-51.3251 0/1:15:7,8:7:274:8:320:-24.6513,0,-20.5107 dDocent_Contig_14493 28 . T A 225.148 . AB=0.310345;ABP=12.0706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.707317;EPP=22.5536;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.786885;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=362;QR=2429;RO=61;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=135.47;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:20,9:20:803:9:362:-24.2137,0,-63.8577 0/0:41:41,0:41:1626:0:0:0,-12.3422,-146.57 dDocent_Contig_14494 47 . T A 659.994 . AB=0.264151;ABP=54.2243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=265;DPB=265;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=515.478;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1148;QR=9466;RO=236;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=515.478;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=236;SRP=515.478;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:159:158,1:158:6340:1:41:0,-43.7692,-566.237 0/1:106:78,28:78:3126:28:1107:-67.9994,0,-249.508 dDocent_Contig_14495 59 . G A 2677.73 . AB=0.823529;ABP=111.201;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.867347;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3408;QR=708;RO=21;RPL=98;RPP=215.815;RPPR=48.6112;RPR=0;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:11,56:11:367:56:1953:-155.879,0,-13.1837 0/1:52:10,42:10:341:42:1455:-115.594,0,-15.3667 dDocent_Contig_14496 171 . C T 1772.81 . AB=0.695122;ABP=30.1272;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.77193;PAIREDR=0.76;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2279;QR=993;RO=25;RPL=57;RPP=126.784;RPPR=57.2971;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=126.784;SAR=57;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:12,25:12:486:25:985:-77.8025,0,-32.9537 0/1:45:13,32:13:507:32:1294:-103.177,0,-32.4247 dDocent_Contig_14497 98 . N T 1027.34 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1131;QR=0;RO=0;RPL=34;RPP=76.8404;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6682,-1.20412,0 1/1:30:0,30:0:0:30:994:-89.7646,-9.0309,0 dDocent_Contig_14498 31 . G A 180.147 . AB=0.238095;ABP=28.0339;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.5625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=373;QR=1276;RO=32;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=72.4974;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:720:8:295:-19.074,0,-57.2964 0/1:16:14,2:14:556:2:78:-2.58682,0,-45.5641 dDocent_Contig_14499 14 . A G 330.619 . AB=0.0594406;ABP=485.168;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=2M1X19M1X5M;DP=650;DPB=651.679;DPRA=0.785714;EPP=39.9253;EPPR=1058.35;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=671;QR=18951;RO=486;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=1058.35;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=486;SRP=1058.35;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:286:188,22,18,29,17:188:7341:22,18,29,17:839,701,1113,671:-34.7609,-22.547,-619.403,-33.7413,-568.414,-631.802,0,-534.673,-545.869,-594.75,-36.1427,-570.816,-582.012,-548.271,-634.505 0|0:364:298,0,7,26,0:298:11610:0,7,26,0:0,271,1007,0:0,-89.7069,-1043.93,-67.4457,-1021.67,-1019.56,-6.98014,-961.207,-938.947,-953.381,-89.7069,-1043.93,-1021.67,-961.207,-1043.93 dDocent_Contig_14500 209 . N G 213.833 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.3333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-4.08305,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:202:-16.9981,-1.50515,0 dDocent_Contig_14502 98 . N A 337.164 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=11;CIGAR=2X;DP=11;DPB=11;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=12.2298;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=371;QR=0;RO=0;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:11:0,11:0:0:11:371:-33.7164,-3.31133,0 dDocent_Contig_14503 9 . T G 18233.6 . AB=0.877419;ABP=386.562;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=591;CIGAR=1X;DP=658;DPB=658;DPRA=0;EPP=1286.35;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22443;QR=2584;RO=67;RPL=0;RPP=1286.35;RPPR=148.499;RPR=591;RUN=1;SAF=591;SAP=1286.35;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:348:29,319:29:1115:319:12149:-992.267,-4.10706,0 0/1:310:38,272:38:1469:272:10294:-832.794,0,-39.1661 dDocent_Contig_14504 185 . A T 35225 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1065;CIGAR=1X3M;DP=1197;DPB=1197;DPRA=0;EPP=2315.63;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42465;QR=3284;RO=83;RPL=1065;RPP=2315.63;RPPR=183.243;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=2315.63;SAR=1065;SRF=0;SRP=183.243;SRR=83;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:634:41,45,546:41:1605:45,546:1777,21758:-1811.68,-1677.81,-1796.21,-32.4099,-18.1494,0 1|1:563:42,0,519:42:1679:0,519:0,20707:-1710.52,-1723.16,-1861.46,-17.9118,-156.235,0 dDocent_Contig_14505 13 . C T 1141.89 . AB=0.0617284;ABP=138.151;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=322.217;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=58.9116;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.972789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=5774;RO=147;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=322.217;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=147;SRP=322.217;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:81:56,5,20:56:2215:5,20:189,788:-42.0695,-43.4323,-218.739,0,-161.31,-170.78 0|0:129:91,0,36:91:3559:0,36:0,1418:-75.8184,-103.212,-394.3,0,-291.068,-280.231 dDocent_Contig_14506 28 . G T 59.0269 . AB=0.136364;ABP=53.5464;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=7M1X;DP=86;DPB=80;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.885714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=258;QR=2744;RO=70;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=155.013;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:37,3,1:37:1450:3,1:117,41:0,-8.97715,-127.296,-7.7106,-124.815,-126.828 0|1:44:33,5,6:33:1294:5,6:179,217:-7.90269,-14.067,-119.003,0,-102.808,-104.845 dDocent_Contig_14507 18 . T G 4550.63 . AB=0.70936;ABP=80.2955;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X2M;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.923611;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5762;QR=2153;RO=54;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=120.27;RPR=144;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:18,0,95:18:707:0,95:0,3816:-309.418,-314.836,-372.982,0,-58.5389,-29.941 0|1:90:36,5,49:36:1446:5,49:198,1946:-149.344,-143.885,-261.534,0,-102.862,-104.407 dDocent_Contig_14509 12 . A G 2830.01 . AB=0.0531915;ABP=166.009;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X3M1X2M;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.903846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2051;RO=52;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=115.927;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:94:23,5,6,12,0,47:23:914:5,6,12,0,47:200,240,469,0,1885:-148.394,-138.842,-212.588,-135.547,-194.322,-208.991,-116.761,-175.537,-172.241,-188.399,-155.317,-214.093,-210.797,-192.012,-230.568,0,-58.781,-55.4853,-36.6997,-75.257,-61.1086 0|0:83:29,0,0,0,8,45:29:1137:0,0,0,8,45:0,0,0,328,1786:-138.307,-147.037,-240.537,-147.037,-240.537,-240.537,-147.037,-240.537,-240.537,-240.537,-119.961,-213.462,-213.462,-213.462,-211.054,0,-93.5174,-93.5174,-93.5174,-66.4386,-79.9711 dDocent_Contig_14510 54 . C G 26741.7 . AB=0.871663;ABP=1171.63;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=849;CIGAR=1X;DP=974;DPB=974;DPRA=0;EPP=1846.59;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998822;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33039;QR=4813;RO=124;RPL=849;RPP=1846.59;RPPR=272.273;RPR=0;RUN=1;SAF=849;SAP=1846.59;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:468:55,413:55:2168:413:16097:-1306.7,0,-54.4223 0/1:506:69,436:69:2645:436:16942:-1371.17,0,-85.7529 dDocent_Contig_14512 16 . A T 74.5129 . AB=0.2;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1D2M1X1M1X1M1X2M4I2M;DP=25;DPB=26;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=749;RO=19;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=44.2683;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:12:10,2:10:392:2:80:-3.97943,0,-32.025 0|1:13:9,3:9:357:3:120:-7.16856,0,-28.4732 dDocent_Contig_14514 107 . N G 57.0024 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69915,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14515 77 . G A 56.3523 . AB=0.145455;ABP=63.0614;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.851064;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=1567;RO=47;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=105.07;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:782:4:140:-4.81712,0,-62.5688 0/1:28:24,4:24:785:4:140:-4.51609,0,-62.5267 dDocent_Contig_14516 56 . C A 386.641 . AB=0.0555556;ABP=95.6598;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=10M1X2M;DP=101;DPB=103.231;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=2579;RO=67;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:54:31,8,9,3:31:1204:8,9,3:286,361,117:-20.4403,-6.46483,-103.009,0,-75.6684,-96.263,-20.1494,-95.7987,-89.3532,-118.199 0|0:47:36,1,10,0:36:1375:1,10,0:41,398,0:-21.9228,-29.3747,-141.867,0,-109.394,-109.768,-32.7599,-142.168,-112.779,-145.553 dDocent_Contig_14517 80 . C T 357.819 . 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AB=0.431373;ABP=5.09662;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=1.13333;EPP=50.7827;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=781;QR=2664;RO=74;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:29,22:29:1048:22:781:-55.2552,0,-79.2774 0/0:45:45,0:45:1616:0:0:0,-13.5463,-145.723 dDocent_Contig_14523 25 . G A 12348.4 . AB=0.795699;ABP=214.904;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=374;CIGAR=1X;DP=436;DPB=436;DPRA=0;EPP=815.141;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14889;QR=2489;RO=62;RPL=0;RPP=815.141;RPPR=137.642;RPR=374;RUN=1;SAF=374;SAP=815.141;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:157:5,152:5:204:152:6004:-521.41,-28.5177,0 0/1:279:57,222:57:2285:222:8885:-715.129,0,-121.829 dDocent_Contig_14525 29 . C T 109.182 . 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AB=0.0617761;ABP=2595.14;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=96;CIGAR=1M1D8M1X1M;DP=1554;DPB=1433.33;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=233.186;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3715;QR=4192;RO=106;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=233.186;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=106;SRP=233.186;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:647:28,53,563:28:1102:53,563:2084,21930:-1874.53,-1711.55,-1786.24,-80.764,0,-1.93615 0|0:907:78,43,782:78:3090:43,782:1631,30454:-2479.18,-2368.95,-2610.33,0,-120.636,-18.9344 dDocent_Contig_14527 26 . A G 498.696 . AB=0.26506;ABP=42.8032;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.590909;PAIREDR=0.885246;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=865;QR=2406;RO=61;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=135.47;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:23,13:23:917:13:508:-35.2243,0,-71.9925 0/1:47:38,9:38:1489:9:357:-18.3443,0,-120.112 dDocent_Contig_14528 83 . A C 50.1984 . AB=0.25;ABP=11.6962;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0.666667;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=128;QR=1152;RO=35;RPL=2;RPP=3.0103;RPPR=6.05036;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=3.0103;SAR=2;SRF=21;SRP=6.05036;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:23,0:23:749:0:0:0,-6.92369,-67.6256 0/1:16:12,4:12:403:4:128:-7.01984,0,-31.7774 dDocent_Contig_14529 30 . T G 25955.4 . 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A C 1108.56 . AB=0.366972;ABP=19.7645;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=1.70312;EPP=89.8692;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1616;QR=5317;RO=133;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=291.816;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:64,0:64:2555:0:0:0,-19.2659,-230.081 0/1:109:69,40:69:2762:40:1616:-112.856,0,-215.878 dDocent_Contig_14536 19 . G A 214.799 . 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AB=0.646667;ABP=31.0368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989691;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3871;QR=2101;RO=53;RPL=0;RPP=213.643;RPPR=118.098;RPR=97;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:11,67:11:448:67:2689:-218.653,0,-17.1954 0/1:72:42,30:42:1653:30:1182:-84.984,0,-127.319 dDocent_Contig_14539 53 . T G 43.5106 . AB=0.138889;ABP=43.7857;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=297;QR=2916;RO=74;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:43,3:43:1678:3:110:0,-3.58884,-140.987 0/1:36:31,5:31:1238:5:187:-6.35104,0,-100.855 dDocent_Contig_14540 13 . G A 42.6333 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M5D1M;DP=84;DPB=81;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=2808;RO=72;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=159.356;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:25,4,0:25:989:4,0:159,0:-5.96225,0,-80.5859,-13.488,-81.79,-94.8812 0|0:55:47,2,4:47:1819:2,4:81,150:0,-7.46304,-156.279,-1.8744,-144.597,-150.072 dDocent_Contig_14541 41 . T C 69.3124 . AB=0.136364;ABP=78.8144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=1.60976;EPP=3.25157;EPPR=3.0103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.765306;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=313;QR=3509;RO=98;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=215.815;RPR=9;RUN=1;SAF=4;SAP=3.25157;SAR=5;SRF=49;SRP=3.0103;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:57,9:57:2015:9:313:-8.63021,0,-161.744 0/0:41:41,0:41:1494:0:0:0,-12.3422,-134.741 dDocent_Contig_14542 22 . A G 851.175 . AB=0.382979;ABP=14.1911;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=204;DPB=204;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=304.604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.944444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1495;QR=6315;RO=162;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=354.789;RPR=42;RUN=1;SAF=0;SAP=94.2121;SAR=42;SRF=156;SRP=304.604;SRR=6;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:110:104,6:104:4055:6:216:0,-13.3228,-345.176 0/1:94:58,36:58:2260:36:1279:-87.1175,0,-175.291 dDocent_Contig_14543 98 . N G 58.8958 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=62;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:62:-5.88849,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14544 98 . N T 323.863 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:282:-25.7217,-2.40824,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_14545 22 . C T 67.3259 . AB=0.111111;ABP=180.347;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=2X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=47.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.641667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=572;QR=4709;RO=120;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=263.587;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:53,6:53:2063:6:235:-3.09292,0,-168.104 0|1:76:67,9:67:2646:9:337:-7.32145,0,-215.392 dDocent_Contig_14546 38 . T C 761.605 . AB=0.435484;ABP=5.25182;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1087;QR=1378;RO=35;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=79.0118;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:988:4:164:-6.42003,0,-80.4922 0/1:33:10,23:10:390:23:923:-73.4394,0,-25.522 dDocent_Contig_14548 27 . T C 253.305 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=8M2D1X;DP=49;DPB=42;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1063;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:34:22,8,0,0,0,2,2:22:871:8,0,0,0,2,2:255,0,0,0,62,82:-13.8743,0,-69.3094,-20.4969,-71.7176,-92.2252,-20.4969,-71.7176,-92.2252,-92.2252,-20.4969,-71.7176,-92.2252,-92.2252,-92.2252,-15.526,-66.7489,-87.2538,-87.2538,-87.2538,-86.6517,-13.7133,-64.9479,-85.4548,-85.4548,-85.4548,-80.4835,-84.8527 0|0:15:5,0,2,3,5,0,0:5:192:0,2,3,5,0,0:0,80,115,202,0,0:-15.1552,-16.6604,-32.4161,-10.0697,-25.825,-25.2229,-7.22848,-22.9807,-16.3897,-22.0776,0,-15.757,-9.16384,-6.32089,-14.2519,-16.6604,-32.4161,-25.825,-22.9807,-15.757,-32.4161,-16.6604,-32.4161,-25.825,-22.9807,-15.757,-32.4161,-32.4161 dDocent_Contig_14549 19 . G T 475.779 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X3M1X2M;DP=48;DPB=46.2857;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=242;QR=748;RO=19;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=44.2683;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:12,3,1,6:12:471:3,1,6:122,40,246:-16.6951,-10.2448,-48.0624,-17.0132,-45.6704,-55.4337,0,-28.6557,-35.4261,-36.9153 0|0:26:7,3,5,11:7:277:3,5,11:120,203,445:-34.5818,-26.8051,-48.6964,-19.9459,-32.8561,-41.2354,0,-12.9088,-6.04813,-19.4822 dDocent_Contig_14550 107 . N A 532.482 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=581;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:132:-12.2064,-1.20412,0 1/1:13:0,13:0:0:13:449:-40.7406,-3.91339,0 dDocent_Contig_14551 24 . C A 633.898 . AB=0.226562;ABP=86.137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.482759;PAIREDR=0.555556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1166;QR=3940;RO=99;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=217.986;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:41,12:41:1662:12:480:-27.5961,0,-133.846 0/1:75:58,17:58:2278:17:686:-39.4927,0,-182.609 dDocent_Contig_14552 168 . A T 187.598 . AB=0.196078;ABP=43.9277;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=4567;RO=116;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=254.901;SRR=116;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:41,10:41:1595:10:394:-20.4588,0,-128.422 0/0:77:75,2:75:2972:2:81:0,-15.4936,-259.884 dDocent_Contig_14553 98 . N A 109.681 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=5;CIGAR=3X1I6X3M1X3M2D2M1X;DP=5;DPB=4.7619;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=24;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=8.07091;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:5:0,5:0:0:5:193:-10.968,-1.50515,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14554 131 . A G 64.3314 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1.24;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=2052;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=113.755;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:1056:5:190:-8.13211,0,-85.9958 0/0:25:25,0:25:996:0:0:0,-7.52575,-89.9408 dDocent_Contig_14556 38 . C T 484.95 . AB=0.293333;ABP=30.8341;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=4.16667;EPP=50.7827;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.985915;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=805;QR=2765;RO=71;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=157.185;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:53,22:53:2052:22:805:-50.194,0,-162.292 0/0:18:18,0:18:713:0:0:0,-5.41854,-64.495 dDocent_Contig_14557 16 . G A 87.0113 . AB=0.137255;ABP=61.2994;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.535714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=3324;RO=84;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=185.414;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:44,7:44:1729:7:282:-10.4001,0,-140.47 0/0:43:40,3:40:1595:3:120:0,-1.7566,-132.599 dDocent_Contig_14559 43 . A T 82.5173 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.964286;EPP=13.8677;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.82;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=1986;RO=50;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=111.584;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1102:0:0:0,-8.42884,-99.4683 0/1:27:22,5:22:884:5:200:-10.2517,0,-71.7403 dDocent_Contig_14561 18 . T A 150.653 . AB=0.127119;ABP=145.518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.485437;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=595;QR=4088;RO=103;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=226.672;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:44,7:44:1766:7:283:-10.4905,0,-143.804 0/1:67:59,8:59:2322:8:312:-8.27377,0,-188.979 dDocent_Contig_14564 62 . T G 18559.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=566;CIGAR=1X;DP=595;DPB=595;DPRA=0;EPP=1232.06;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9947;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21710;QR=1075;RO=29;RPL=566;RPP=1232.06;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=566;SAP=1232.06;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:271:17,254:17:612:254:9714:-818.533,-26.1796,0 1/1:324:12,312:12:463:312:11996:-1037.11,-55.5126,0 dDocent_Contig_14566 9 . G A 3090.24 . AB=0.670968;ABP=121.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=312;CIGAR=2X2M2X2M1X;DP=465;DPB=465;DPRA=0;EPP=680.51;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=15.9135;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12229;QR=5037;RO=130;RPL=0;RPP=680.51;RPPR=285.302;RPR=312;RUN=1;SAF=312;SAP=680.51;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:238:28,8,202:28:1091:8,202:301,7926:-220.052,-203.812,-291.104,0,-65.0247,-28.8747 0|1:227:102,13,110:102:3946:13,110:501,4303:-92.6703,-82.2121,-402.526,0,-282.995,-291.021 dDocent_Contig_14567 200 . C A 79.5172 . AB=0.285714;ABP=8.59409;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.636364;EPP=11.6962;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=1222;RO=32;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:382:4:150:-9.65069,0,-30.5195 0/0:22:22,0:22:840:0:0:0,-6.62266,-75.9203 dDocent_Contig_14568 31 . T C 143.626 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.896552;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=1148;RO=29;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=65.983;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:21,4:21:831:4:155:-6.79861,0,-67.5749 0/1:12:8,4:8:317:4:161:-11.2629,0,-25.2826 dDocent_Contig_14569 136 . T C 49.9672 . AB=0.172414;ABP=30.0414;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2630;RO=77;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=170.214;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:53,1:53:1799:1:29:0,-13.356,-159.287 0/1:29:24,5:24:831:5:171:-6.99671,0,-66.3759 dDocent_Contig_14570 91 . A C 1642.59 . AB=0.484615;ABP=3.27756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X3M1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=5.80219;EPPR=4.19474;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.825397;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2295;QR=2437;RO=66;RPL=63;RPP=139.813;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=5.80219;SAR=36;SRF=30;SRP=4.19474;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:68:22,45:22:802:45:1621:-125.635,0,-51.9734 0|1:62:44,18:44:1635:18:674:-42.3232,0,-128.748 dDocent_Contig_14571 59 . G T 121.107 . AB=0.135135;ABP=88.5781;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.886228;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=6566;RO=167;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=365.646;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:74:64,10:64:2557:10:397:-13.8097,0,-207.988 0/0:104:103,1:103:4009:1:38:0,-27.5098,-356.994 dDocent_Contig_14572 12 . T G 8211.76 . AB=0.364583;ABP=48.8827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=105;CIGAR=1X2M1X;DP=288;DPB=288;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4094;QR=628;RO=16;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=37.7539;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:124:7,58,59:7:269:58,59:2249,2331:-352.37,-169.722,-174.342,-162.682,0,-167.001 1|0:164:9,47,108:9:359:47,108:1845,4289:-472.505,-323.486,-338.904,-122.157,0,-119.213 dDocent_Contig_14573 46 . A T 111.154 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.612903;EPP=13.8677;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=205;QR=1809;RO=45;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=100.727;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1255:0:0:0,-9.33193,-113.216 0/1:19:14,5:14:554:5:205:-13.1154,0,-44.481 dDocent_Contig_14574 24 . T G 7949.11 . AB=0.693767;ABP=123.348;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=256;CIGAR=1X;DP=369;DPB=369;DPRA=0;EPP=558.907;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10110;QR=4554;RO=113;RPL=0;RPP=558.907;RPPR=248.387;RPR=256;RUN=1;SAF=256;SAP=558.907;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:170:33,137:33:1334:137:5384:-433.247,0,-69.1435 0/1:199:80,119:80:3220:119:4726:-365.363,0,-229.952 dDocent_Contig_14575 21 . G A 1593.79 . AB=0.15674;ABP=655.963;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=100;CIGAR=1X;DP=1516;DPB=1516;DPRA=0.726651;EPP=220.158;EPPR=3077.82;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999294;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3927;QR=55906;RO=1416;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=3077.82;RPR=100;RUN=1;SAF=100;SAP=220.158;SAR=0;SRF=1416;SRP=3077.82;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:878:878,0:878:34731:0:0:0,-264.304,-3122.74 0/1:638:538,100:538:21175:100:3927:-161.379,0,-1711.99 dDocent_Contig_14576 137 . A C 54.0175 . AB=0.166667;ABP=26.1727;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.6;EPP=11.6962;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.766667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=2193;RO=60;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=133.299;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:20,4:20:716:4:155:-7.10072,0,-57.5335 0/0:40:40,0:40:1477:0:0:0,-12.0412,-133.21 dDocent_Contig_14577 95 . T A 34844.8 . AB=0.790754;ABP=1210.18;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1300;CIGAR=1X;DP=1644;DPB=1644;DPRA=0;EPP=2825.92;EPPR=747.825;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44262;QR=11799;RO=343;RPL=1300;RPP=2825.92;RPPR=747.825;RPR=0;RUN=1;SAF=1300;SAP=2825.92;SAR=0;SRF=343;SRP=747.825;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:720:208,511:208:7128:511:17432:-1352.14,0,-425.109 0/1:924:135,789:135:4671:789:26830:-2136.04,0,-142.43 dDocent_Contig_14578 24 . T A 2181.16 . 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AB=0.125984;ABP=157.322;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=286;DPB=286;DPRA=0.798742;EPP=37.7539;EPPR=587.136;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.944238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=536;QR=8556;RO=269;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=587.136;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=269;SRP=587.136;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:111,16:111:3567:16:536:-10.3289,0,-283.036 0/0:159:158,0:158:4989:0:0:0,-47.5627,-449.112 dDocent_Contig_14580 96 . C T 365.085 . 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AB=0.860177;ABP=639.651;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=922;CIGAR=1X;DP=1047;DPB=1047;DPRA=0;EPP=2005.11;EPPR=272.273;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31615;QR=4425;RO=124;RPL=922;RPP=2005.11;RPPR=272.273;RPR=0;RUN=1;SAF=922;SAP=2005.11;SAR=0;SRF=124;SRP=272.273;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:482:45,436:45:1599:436:14917:-1198.19,-0.85142,0 0/1:565:79,486:79:2826:486:16698:-1332.54,0,-84.4933 dDocent_Contig_14586 37 . C T 32189.4 . 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AB=0.372093;ABP=9.12072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=1.13158;EPP=37.7539;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.553846;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=2626;RO=65;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1531:0:0:0,-11.4391,-138.022 0/1:43:27,16:27:1095:16:636:-44.6288,0,-85.8897 dDocent_Contig_14591 51 . G C 534.243 . 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AB=0.108108;ABP=151.081;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.282828;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=3961;RO=99;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=217.986;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:58,8:58:2322:8:313:-8.66546,0,-189.273 0/1:45:41,4:41:1639:4:162:-1.42061,0,-134.197 dDocent_Contig_14593 92 . G A 566.907 . AB=0.125776;ABP=786.372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=1239;DPB=1239;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=2461.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3707;QR=38830;RO=1132;RPL=107;RPP=235.358;RPPR=2461.12;RPR=0;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=1132;SRP=2461.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:644:563,81:563:19310:81:2800:-58.3896,0,-1543.75 0/0:595:569,26:569:19520:26:907:0,-97.1654,-1674.56 dDocent_Contig_14595 11 . T C 221.405 . AB=0.158416;ABP=105.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.976471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=617;QR=3288;RO=85;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=187.585;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:49,9:49:1868:9:346:-14.031,0,-150.888 0/1:43:36,7:36:1420:7:271:-11.8084,0,-115.124 dDocent_Contig_14596 10 . T C 240.938 . AB=0.143885;ABP=156.123;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.94958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=766;QR=4605;RO=119;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=261.416;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:60,11:60:2323:11:412:-16.0463,0,-187.885 0/1:68:59,9:59:2282:9:354:-11.7464,0,-185.103 dDocent_Contig_14597 11 . T C 1942.64 . AB=0.369231;ABP=31.9744;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=195;DPB=195;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.763889;PAIREDR=0.455285;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2846;QR=4830;RO=123;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=270.101;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:74,40:74:2902:40:1575:-107.68,0,-226.993 0/1:81:49,32:49:1928:32:1271:-90.2823,0,-149.354 dDocent_Contig_14598 10 . T A 19149.1 . AB=0.0860987;ABP=1662.15;AC=0;AF=0;AN=4;AO=96;CIGAR=1M1X8M;DP=1115;DPB=842.2;DPRA=0;EPP=211.472;EPPR=719.596;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3817;QR=12883;RO=330;RPL=0;RPP=211.472;RPPR=719.596;RPR=96;RUN=1;SAF=96;SAP=211.472;SAR=0;SRF=330;SRP=719.596;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:566:157,353,54:157:6125:353,54:12858,2119:-1002.93,0,-397.208,-875.941,-329.22,-1363.16 0|0:549:173,329,42:173:6758:329,42:11861,1698:-915.672,0,-456.516,-827.752,-415.559,-1370.68 dDocent_Contig_14599 9 . G A 2103.87 . AB=0.0833333;ABP=93.4883;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X3M1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=197;QR=1326;RO=34;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=76.8404;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:49:21,0,26:21:810:0,26:0,1043:-79.6124,-85.9341,-152.443,0,-66.503,-58.6762 0|0:60:13,5,42:13:516:5,42:197,1680:-134.474,-122.18,-163.154,0,-26.2746,-29.8379 dDocent_Contig_14600 14 . G A 479.24 . 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AB=0.0783133;ABP=259.401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X3M;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978142;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=7178;RO=183;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=400.39;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:61:52,9,0:52:2026:9,0:347,0:-13.2256,0,-164.186,-28.8792,-166.896,-195.389 0|1:166:131,22,13:131:5152:22,13:832,517:-28.746,0,-417.145,-25.6058,-381.2,-445.477 dDocent_Contig_14602 23 . T G 35094.8 . 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AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=4442;RO=113;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=248.387;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:66,3:66:2579:3:113:0,-10.2351,-221.707 0/1:58:47,11:47:1863:11:429:-21.498,0,-150.421 dDocent_Contig_14604 11 . G A 543.212 . AB=0.0446429;ABP=204.725;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=2X1M1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=11.8;MQMR=58.0781;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.015625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=2439;RO=64;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=141.985;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:53:41,0,4,8:41:1569:0,4,8:0,155,274:-9.04672,-21.3889,-148.875,-18.4365,-145.872,-144.667,0,-127.631,-124.632,-125.223 0|0:59:23,19,1,14:23:870:19,1,14:730,40,524:-48.9735,0,-63.3054,-55.1253,-68.2526,-123.836,-13.2016,-26.3344,-81.4524,-78.0111 dDocent_Contig_14605 98 . N T 8571.39 . 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AB=0.230435;ABP=438.513;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=159;CIGAR=1X;DP=690;DPB=690;DPRA=0;EPP=322.708;EPPR=1130.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=43.2453;MQMR=44.6836;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.477987;PAIREDR=0.453861;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6129;QR=20335;RO=531;RPL=0;RPP=348.274;RPPR=1156.06;RPR=159;RUN=1;SAF=156;SAP=322.708;SAR=3;SRF=528;SRP=1130.15;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:301:219,82:219:8471:82:3156:-156.739,0,-591.482 0/1:389:312,77:312:11864:77:2973:-113.776,0,-797.349 dDocent_Contig_14608 48 . G A 130.442 . AB=0.3;ABP=9.95901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0.833333;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=1472;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:920:0:0:0,-7.22472,-83.1096 0/1:20:14,6:14:552:6:230:-15.0442,0,-44.0044 dDocent_Contig_14609 39 . C A 843.727 . AB=0.23494;ABP=104.311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.9744;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.948718;PAIREDR=0.936;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1525;QR=5034;RO=125;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=274.444;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:72,21:72:2904:21:826:-46.3595,0,-233.448 0/1:73:53,18:53:2130:18:699:-41.7122,0,-170.374 dDocent_Contig_14610 25 . C T 1791 . AB=0.0769231;ABP=83.8559;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=3M2D1X;DP=135;DPB=131.333;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=59;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.607143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=154;QR=1096;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:83:16,39,0,11,7,10:16:630:39,0,11,7,10:1546,0,420,269,403:-122.442,0,-40.0692,-127.258,-51.8094,-179.066,-92.8343,-17.3863,-144.642,-141.33,-105.271,-29.823,-157.079,-122.655,-154.972,-94.0389,-18.5883,-145.847,-111.423,-123.86,-142.837 0|0:52:12,3,4,17,1,15:12:466:3,4,17,1,15:119,154,661,40,591:-60.3576,-54.1733,-91.5355,-51.3288,-79.7973,-88.3897,-10.3533,-38.8205,-35.9763,-43.4995,-60.6898,-89.1585,-86.3138,-45.337,-98.654,-15.352,-43.8211,-40.9767,0,-50.3379,-49.1026 dDocent_Contig_14611 24 . C A 68.7424 . AB=0.10687;ABP=178.866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=53.7243;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.873832;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=847;QR=8357;RO=214;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=467.705;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:105:97,8:97:3750:8:314:0,-2.98301,-271.215 0/1:131:117,14:117:4607:14:533:-8.87424,0,-341.843 dDocent_Contig_14612 25 . C T 311.939 . AB=0.112245;ABP=130.994;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=2X1M;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=43.3636;MQMR=52.2459;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.42623;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=409;QR=2383;RO=61;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=135.47;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:42:23,3,2,10:23:873:3,2,10:108,68,341:-19.6913,-18.5763,-87.9985,-21.383,-83.6711,-91.1047,0,-62.3,-65.1049,-67.3244 0|1:56:38,0,9,7:38:1510:0,9,7:0,341,227:-15.2016,-26.6407,-139.073,0,-112.465,-109.756,-9.77681,-122.2,-95.5931,-120.093 dDocent_Contig_14613 19 . G C 971.357 . AB=0.155718;ABP=426.152;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=411;DPB=411;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=756.511;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.984375;PAIREDR=0.959654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2489;QR=13371;RO=347;RPL=0;RPP=141.985;RPPR=756.511;RPR=64;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=347;SRP=756.511;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:166,28:166:6353:28:1084:-39.4499,0,-513.242 0/1:217:181,36:181:7018:36:1405:-61.3848,0,-566.113 dDocent_Contig_14616 31 . G A 5075.09 . AB=0.816327;ABP=173.36;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=160;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=350.446;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6334;QR=1425;RO=36;RPL=0;RPP=350.446;RPPR=81.1833;RPR=160;RUN=1;SAF=160;SAP=350.446;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:23,72:23:914:72:2871:-229.884,0,-53.9654 0/1:101:13,88:13:511:88:3463:-281.324,0,-15.9301 dDocent_Contig_14619 114 . C T 192.658 . AB=0.0909091;ABP=34.9902;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X3M1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.22222;EPP=7.35324;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=24;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=907;RO=27;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=61.6401;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:18:17,0,1:17:572:0,1:0,33:0,-5.11751,-51.4833,-2.26402,-48.9464,-48.6453 0|0:22:10,2,10:10:335:2,10:70,311:-21.2657,-20.6286,-47.1728,0,-23.5699,-24.2016 dDocent_Contig_14620 98 . N T 873.542 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=960;QR=0;RO=0;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:16:0,16:0:0:16:555:-50.2783,-4.81648,0 1/1:12:0,12:0:0:12:405:-36.7749,-3.61236,0 dDocent_Contig_14621 156 . C T 286.981 . AB=0.222222;ABP=57.2971;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=2X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=782;QR=4891;RO=148;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=324.388;RPR=23;RUN=1;SAF=0;SAP=52.9542;SAR=23;SRF=0;SRP=324.388;SRR=148;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:91:86,5:86:2840:5:173:0,-11.4835,-239.934 0|1:81:62,18:62:2051:18:609:-30.6981,0,-160.424 dDocent_Contig_14623 100 . N T 38.9548 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:41:-3.89434,-0.60206,0 dDocent_Contig_14624 205 . A T 1165.15 . AB=0.327273;ABP=45.7686;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1M1D2M1X;DP=165;DPB=157.8;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990826;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1879;QR=3992;RO=109;RPL=54;RPP=120.27;RPPR=239.701;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=120.27;SAR=54;SRF=0;SRP=239.701;SRR=109;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:96:59,36:59:2151:36:1249:-83.7446,0,-164.882 0|1:69:50,18:50:1841:18:630:-36.4697,0,-145.417 dDocent_Contig_14625 16 . G A 402.612 . AB=0.269841;ABP=31.9977;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=691;QR=1857;RO=46;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=102.898;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:34,8:34:1369:8:327:-17.1568,0,-110.822 0/1:21:12,9:12:488:9:364:-26.8033,0,-37.9493 dDocent_Contig_14626 30 . A T 625.734 . AB=0.160714;ABP=114.996;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=6M1X2M4I3M1X1M3X2M1X4M;DP=232;DPB=250.292;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=250.558;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=15;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=4315;RO=114;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=250.558;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=114;SRP=250.558;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:120:55,13,3,0,25:55:2073:13,3,0,25:101,81,0,980:-64.1133,-78.3833,-244.374,-75.0957,-242.716,-244.119,-80.6699,-248.288,-245.022,-250.595,0,-167.685,-164.412,-169.985,-162.46 0|0:112:59,8,8,18,6:59:2242:8,8,18,6:52,215,270,239:-1.9469,-19.1546,-200.705,-4.92115,-188.341,-186.491,-5.62562,-189.036,-174.819,-184.17,0,-183.427,-169.212,-169.903,-182.18 dDocent_Contig_14627 91 . T G 74.9719 . AB=0.2;ABP=30.3709;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.964286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=234;QR=966;RO=28;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:10,4:10:345:4:129:-7.71441,0,-27.1692 0/1:21:18,3:18:621:3:105:-3.47453,0,-49.893 dDocent_Contig_14628 107 . N A 138.366 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=144;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:58:-5.50928,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:86:-8.02544,-0.90309,0 dDocent_Contig_14629 20 . T G 5035.11 . AB=0.522936;ABP=4.50443;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=171;CIGAR=1X;DP=327;DPB=327;DPRA=0;EPP=374.332;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6728;QR=5988;RO=156;RPL=0;RPP=374.332;RPPR=341.76;RPR=171;RUN=1;SAF=171;SAP=374.332;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:166:104,62:104:4011:62:2436:-169.421,0,-311.081 0/1:161:52,109:52:1977:109:4292:-337.789,0,-129.694 dDocent_Contig_14630 50 . A T 164.808 . AB=0.114458;ABP=217.332;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=528.507;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991736;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=839;QR=9523;RO=242;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=528.507;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=242;SRP=528.507;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:97:95,2:95:3745:2:82:0,-21.4202,-329.287 0/1:166:147,19:147:5778:19:757:-18.4808,0,-469.879 dDocent_Contig_14631 107 . N T 78.389 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=84;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:84:-7.83836,-0.90309,0 dDocent_Contig_14632 10 . T A 485.78 . AB=0.216981;ABP=76.7584;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=232;DPB=232;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1232;QR=7213;RO=199;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=435.133;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:82,23:82:2958:23:911:-50.277,0,-234.402 0/0:126:117,8:117:4255:8:321:0,-8.50389,-353.844 dDocent_Contig_14633 58 . T A 3156.02 . AB=0.75;ABP=79.0118;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=105;CIGAR=1X1M1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990476;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4009;QR=1300;RO=34;RPL=105;RPP=231.015;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:70:13,57:13:508:57:2198:-176.95,0,-24.9946 0|1:70:21,48:21:792:48:1811:-142.352,0,-50.7065 dDocent_Contig_14634 16 . C T 168.436 . AB=0.171875;ABP=62.8615;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.849057;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=434;QR=2123;RO=53;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=118.098;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:18,6:18:717:6:232:-14.0219,0,-57.6339 0/1:40:35,5:35:1406:5:202:-6.52067,0,-114.753 dDocent_Contig_14635 21 . G A 112.345 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0.633333;EPP=13.8677;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1728;RO=44;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=98.5551;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:544:5:203:-12.9335,0,-43.5777 0/0:30:30,0:30:1184:0:0:0,-9.0309,-106.84 dDocent_Contig_14636 20 . T A 5971.55 . AB=0.519685;ABP=4.29267;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=198;CIGAR=1X;DP=381;DPB=381;DPRA=0;EPP=432.962;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7951;QR=7251;RO=183;RPL=0;RPP=432.962;RPPR=400.39;RPR=198;RUN=1;SAF=198;SAP=432.962;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:178:95,83:95:3777:83:3326:-245.806,0,-286.373 0/1:203:88,115:88:3474:115:4625:-355.048,0,-251.607 dDocent_Contig_14637 98 . N C 74.0456 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.40347,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14638 36 . A G 962.848 . AB=0.397727;ABP=11.0053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.698113;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1398;QR=2059;RO=53;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=118.098;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:21,12:21:824:12:478:-33.4376,0,-64.541 0/1:55:32,23:32:1235:23:920:-66.5462,0,-94.858 dDocent_Contig_14639 121 . A C 1221.87 . AB=0.453782;ABP=5.21827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1790;QR=2153;RO=65;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=144.156;RPR=54;RUN=1;SAF=0;SAP=120.27;SAR=54;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:20,31:20:677:31:1035:-78.0995,0,-45.8951 0/1:68:45,23:45:1476:23:755:-47.7865,0,-112.65 dDocent_Contig_14641 37 . T C 43360.3 . 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AB=0.19171;ABP=162.338;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=406;DPB=406;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=784.74;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.958333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1851;QR=14348;RO=360;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=784.74;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=360;SRP=784.74;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:193:156,37:156:6185:37:1496:-76.7813,0,-498.322 0/0:213:204,9:204:8163:9:355:0,-31.8112,-701.892 dDocent_Contig_14644 39 . A C 266.864 . AB=0.117155;ABP=307.28;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=499;DPB=499;DPRA=0.919231;EPP=63.8115;EPPR=1025.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1115;QR=18705;RO=471;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=1025.77;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=471;SRP=1025.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:260:260,0:260:10348:0:0:0,-78.2678,-930.66 0/1:239:211,28:211:8357:28:1115:-28.6864,0,-679.731 dDocent_Contig_14645 172 . C T 34.366 . AB=0.101695;ABP=165.613;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994413;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=610;QR=7103;RO=179;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=391.704;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=391.704;SRR=179;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:105,12:105:4213:12:446:-5.13541,0,-343.807 0/0:78:74,4:74:2890:4:164:0,-8.33044,-245.039 dDocent_Contig_14646 12 . G A 54094.6 . 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AB=0.320332;ABP=441.531;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=501;CIGAR=1X;DP=1564;DPB=1564;DPRA=0;EPP=1090.92;EPPR=2309.11;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19499;QR=41157;RO=1062;RPL=0;RPP=1090.92;RPPR=2309.11;RPR=501;RUN=1;SAF=501;SAP=1090.92;SAR=0;SRF=1062;SRP=2309.11;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:819:553,265:553:21475:265:10316:-681.534,0,-1684.79 0/1:745:509,236:509:19682:236:9183:-601.723,0,-1545.68 dDocent_Contig_14648 40 . T C 188.18 . AB=0.0980392;ABP=575.598;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=50;CIGAR=1X;DP=802;DPB=802;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=1633.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984021;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1982;QR=29756;RO=751;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=1633.79;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=751;SRP=1633.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:408:368,40:368:14563:40:1590:-20.5169,0,-1186.77 0/0:394:383,10:383:15193:10:392:0,-83.0679,-1330.61 dDocent_Contig_14649 90 . C T 204.753 . AB=0.176471;ABP=80.2892;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.694444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=728;QR=4891;RO=144;RPL=11;RPP=3.1137;RPPR=18.4519;RPR=10;RUN=1;SAF=11;SAP=3.1137;SAR=10;SRF=88;SRP=18.4519;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:70,15:70:2380:15:527:-22.1742,0,-188.871 0/0:80:74,6:74:2511:6:201:0,-5.66322,-207.823 dDocent_Contig_14650 199 . C T 235.337 . AB=0.205882;ABP=54.1038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=522;QR=2055;RO=54;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:463:3:117:-6.39493,0,-37.5059 0/1:53:42,11:42:1592:11:405:-20.8377,0,-127.589 dDocent_Contig_14652 21 . C A 91.1007 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=1.35714;EPP=16.0391;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=243;QR=2342;RO=60;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=133.299;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1270:6:243:-10.809,0,-103.131 0/0:28:28,0:28:1072:0:0:0,-8.42884,-96.7742 dDocent_Contig_14653 11 . C G 237.923 . AB=0.170213;ABP=91.8097;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5625;PAIREDR=0.769231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=612;QR=3029;RO=78;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=172.385;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:35,6:35:1372:6:226:-8.35487,0,-111.402 0/1:53:43,10:43:1657:10:386:-19.1364,0,-133.413 dDocent_Contig_14654 10 . T A 121.651 . AB=0.129032;ABP=114.176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=479;QR=3107;RO=81;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=178.9;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,6:29:1096:6:236:-11.0753,0,-88.4014 0/1:58:52,6:52:2011:6:243:-4.78844,0,-163.758 dDocent_Contig_14655 12 . C T 31.9055 . AB=0.15;ABP=24.2907;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=29;DPB=29;DPRA=2.22222;EPP=9.52472;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=1012;RO=26;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=59.4686;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:662:3:117:-4.88923,0,-53.8786 0/0:9:9,0:9:350:0:0:0,-2.70927,-31.8576 dDocent_Contig_14656 98 . N C 148.644 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86398,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_14658 14 . A T 62.9285 . AB=0.12069;ABP=75.4926;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=1.31818;EPP=18.2106;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.515789;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=3793;RO=95;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=209.3;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:44,0:44:1774:0:0:0,-13.2453,-159.871 0/1:58:51,7:51:2019:7:282:-8.29285,0,-164.439 dDocent_Contig_14660 17 . T A 782.596 . AB=0.386667;ABP=11.3777;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1154;QR=1832;RO=46;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=102.898;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:18,11:18:713:11:439:-31.1333,0,-55.7649 0/1:46:28,18:28:1119:18:715:-50.8252,0,-87.1455 dDocent_Contig_14661 10 . T C 1104.91 . AB=0.15587;ABP=511.152;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=494;DPB=494;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=906.343;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.7812;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.987013;PAIREDR=0.810096;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2913;QR=15836;RO=416;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=906.343;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=416;SRP=906.343;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:260:219,40:219:8343:40:1489:-56.2006,0,-671.607 0/1:234:197,37:197:7493:37:1424:-57.9892,0,-603.74 dDocent_Contig_14662 10 . T C 2540.46 . AB=0.457944;ABP=6.29795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3574;QR=4517;RO=116;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=254.901;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:93,39:93:3612:39:1431:-89.3258,0,-285.426 0/1:82:23,59:23:905:59:2143:-168.419,0,-57.0782 dDocent_Contig_14665 70 . C G 252.991 . AB=0.37037;ABP=6.95112;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=689;RO=17;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:10,7:10:407:7:281:-20.5436,0,-31.8731 0/1:10:7,3:7:282:3:123:-8.45449,0,-22.7423 dDocent_Contig_14666 98 . N A 101.644 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_14669 98 . N C 536.704 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=587;QR=0;RO=0;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:210:-19.1577,-2.40824,0 1/1:13:0,13:0:0:13:377:-34.2117,-3.91339,0 dDocent_Contig_14670 209 . N G 480.979 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=15;DPB=15;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=0;RO=0;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:12:0,12:0:0:12:431:-39.1212,-3.61236,0 1/1:3:0,3:0:0:3:93:-8.6754,-0.90309,0 dDocent_Contig_14675 39 . A G 36.124 . AB=0.106061;ABP=91.9749;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=147;DPB=147;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=298.331;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=5441;RO=136;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=298.331;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=136;SRP=298.331;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:81:77,4:77:3070:4:163:0,-9.325,-261.315 0/1:66:59,7:59:2371:7:279:-5.61229,0,-193.675 dDocent_Contig_14676 98 . N T 92.6587 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=93;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36284,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:26:-2.59983,-0.30103,0 dDocent_Contig_14677 56 . T G 102.52 . AB=0.181818;ABP=32.0291;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=53.2147;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.62;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=1941;RO=50;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=87.0897;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=39;SRP=37.059;SRR=11;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:1043:6:239:-11.951,0,-84.2322 0/0:24:23,1:23:898:1:41:0,-3.13015,-77.0386 dDocent_Contig_14678 13 . A G 79.549 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.90625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=235;QR=1291;RO=32;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=72.4974;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:14,4:14:563:4:163:-9.63989,0,-45.594 0/1:20:18,2:18:728:2:72:-0.815771,0,-59.8244 dDocent_Contig_14679 25 . T C 1105.72 . AB=0.247368;ABP=108.338;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=1.7757;EPP=105.07;EPPR=545.878;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1884;QR=9888;RO=250;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=545.878;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=250;SRP=545.878;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:107:107,0:107:4277:0:0:0,-32.2102,-384.885 0/1:190:143,47:143:5611:47:1884:-112.572,0,-447.644 dDocent_Contig_14680 20 . C G 128.983 . AB=0.166667;ABP=49.335;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0.888889;EPP=20.3821;EPPR=207.129;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.4468;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=3767;RO=94;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=207.129;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=94;SRP=207.129;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:54:54,0:54:2157:0:0:0,-16.2556,-192.911 0/1:48:40,8:40:1610:8:322:-14.8983,0,-130.678 dDocent_Contig_14681 52 . C G 2367.7 . AB=0.438776;ABP=9.39177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=86;CIGAR=1X;DP=196;DPB=196;DPRA=0;EPP=189.757;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.781818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3322;QR=4390;RO=110;RPL=86;RPP=189.757;RPPR=241.872;RPR=0;RUN=1;SAF=86;SAP=189.757;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:45,30:45:1775:30:1179:-83.8154,0,-137.394 0/1:121:65,56:65:2615:56:2143:-156.654,0,-199.05 dDocent_Contig_14682 12 . G C 1741.45 . AB=0.531532;ABP=3.96888;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2341;QR=2014;RO=52;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=115.927;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:29,19:29:1117:19:752:-53.5572,0,-86.368 0/1:63:23,40:23:897:40:1589:-124.287,0,-62.0787 dDocent_Contig_14683 9 . G A 22137.6 . AB=0.469697;ABP=9.32731;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=372;CIGAR=1X3M1X;DP=792;DPB=792;DPRA=0;EPP=810.798;EPPR=29.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.948925;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14403;QR=453;RO=12;RPL=0;RPP=810.798;RPPR=29.068;RPR=372;RUN=1;SAF=372;SAP=810.798;SAR=0;SRF=12;SRP=29.068;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:366:5,180,140:5:187:180,140:6998,5605:-1019.96,-446.416,-407.544,-559.742,0,-532.911 1|0:426:7,192,188:7:266:192,188:7405,7452:-1197.5,-591.546,-555.563,-586.252,0,-551.474 dDocent_Contig_14685 23 . T C 907.008 . AB=0.288;ABP=51.8076;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=256;DPB=256;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1560;QR=8797;RO=217;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=474.22;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:89,36:89:3616:36:1442:-92.3998,0,-287.81 0/0:131:128,3:128:5181:3:118:0,-28.4327,-455.12 dDocent_Contig_14686 44 . T G 2326.87 . AB=0.354839;ABP=48.4011;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=88;CIGAR=1X;DP=248;DPB=248;DPRA=0;EPP=194.1;EPPR=350.446;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3451;QR=6415;RO=160;RPL=0;RPP=194.1;RPPR=350.446;RPR=88;RUN=1;SAF=88;SAP=194.1;SAR=0;SRF=160;SRP=350.446;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:84,35:84:3344:35:1391:-89.6227,0,-265.183 0/1:129:76,53:76:3071:53:2060:-146.763,0,-237.622 dDocent_Contig_14687 29 . A G 112.855 . AB=0.189189;ABP=34.0565;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=1177;RO=30;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=68.1545;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:548:5:202:-12.8419,0,-43.9384 0/1:18:16,2:16:629:2:77:-1.89029,0,-51.5236 dDocent_Contig_14688 60 . A T 265.527 . AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=566;QR=2135;RO=56;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:51,12:51:1939:12:462:-22.9624,0,-155.765 0/1:8:5,3:5:196:3:104:-7.28924,0,-15.6061 dDocent_Contig_14689 28 . G C 19919.1 . AB=0.890533;ABP=450.77;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=596;CIGAR=1X;DP=644;DPB=644;DPRA=0;EPP=1297.21;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993289;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23697;QR=1868;RO=47;RPL=0;RPP=1297.21;RPPR=105.07;RPR=596;RUN=1;SAF=596;SAP=1297.21;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:306:10,295:10:394:295:11754:-1021.27,-56.3684,0 0/1:338:37,301:37:1474:301:11943:-972.33,0,-31.1643 dDocent_Contig_14690 16 . T C 4974.57 . AB=0.260292;ABP=378.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=196;CIGAR=2X3M;DP=753;DPB=753;DPRA=0;EPP=428.619;EPPR=1008.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7781;QR=18280;RO=463;RPL=0;RPP=428.619;RPPR=1008.4;RPR=196;RUN=1;SAF=196;SAP=428.619;SAR=0;SRF=463;SRP=1008.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:375:270,36,67:270:10682:36,67:1410,2681:-139.576,-104.927,-973.161,0,-763.149,-858.909 0|1:378:193,55,129:193:7598:55,129:2183,5100:-361.58,-239.976,-848.417,0,-445.293,-586.163 dDocent_Contig_14691 10 . T C 13699 . AB=0.172277;ABP=474.117;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=2X;DP=505;DPB=505;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=52.7586;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.850575;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3413;QR=534;RO=14;RPL=0;RPP=191.928;RPPR=33.4109;RPR=87;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:244:8,41,175,20:8:303:41,175,20:1611,6751,768:-648.803,-529.563,-542.062,-96.7979,0,-68.9609,-588.167,-491.361,-58.5923,-606.989 1|0:261:6,46,193,12:6:231:46,193,12:1802,7443,462:-724.797,-591.993,-597.113,-115.641,0,-76.512,-688.669,-573.026,-96.6715,-704.024 dDocent_Contig_14692 98 . N C 112.189 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:12:-1.19999,-0.30103,0 dDocent_Contig_14696 37 . C T 828.157 . AB=0.390805;ABP=12.0207;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.716981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1245;QR=2138;RO=53;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=118.098;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:26,20:26:1044:20:741:-53.1661,0,-80.3991 0/1:41:27,14:27:1094:14:504:-33.3486,0,-86.4 dDocent_Contig_14697 105 . N A 226.719 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=7;CIGAR=3X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,4:0:0:4:138:-12.7604,-1.20412,0 1|1:3:0,3:0:0:3:103:-9.60997,-0.90309,0 dDocent_Contig_14698 27 . C T 54.591 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0.823529;EPP=9.52472;EPPR=28.1373;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.642857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1124;RO=28;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=63.8115;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=23;SRP=28.1373;SRR=5;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:11,3:11:437:3:122:-7.15807,0,-35.4688 0/0:17:17,0:17:687:0:0:0,-5.11751,-62.1584 dDocent_Contig_14700 16 . C G 462.416 . AB=0.311475;ABP=21.8416;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.684211;PAIREDR=0.809524;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=751;QR=1673;RO=42;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=94.2121;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:17,10:17:669:10:405:-28.6822,0,-52.4071 0/1:34:25,9:25:1004:9:346:-21.2584,0,-80.4209 dDocent_Contig_14702 20 . C A 58672.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1694;CIGAR=1X;DP=1755;DPB=1755;DPRA=0;EPP=3681.48;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99941;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67684;QR=2419;RO=60;RPL=0;RPP=3681.48;RPPR=133.299;RPR=1694;RUN=1;SAF=1694;SAP=3681.48;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:828:36,792:36:1444:792:31568:-2708,-119.042,0 1/1:927:24,902:24:975:902:36116:-3158.98,-191.116,0 dDocent_Contig_14703 121 . G A 247.331 . AB=0.225352;ABP=49.5287;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.818182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=546;QR=1861;RO=55;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=122.441;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:22,8:22:753:8:276:-16.1448,0,-59.0574 0/1:41:33,8:33:1108:8:270:-12.2872,0,-87.6787 dDocent_Contig_14705 111 . T C 143.996 . AB=0.368421;ABP=5.8675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=1108;RO=32;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=72.4974;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=72.4974;SRR=32;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:20,2:20:691:2:68:0,-0.164729,-56.0548 0/1:19:12,7:12:417:7:242:-16.3981,0,-32.1438 dDocent_Contig_14706 89 . G A 127.984 . AB=0.178571;ABP=53.2644;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0909091;PAIREDR=0.65625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=3274;RO=96;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=211.472;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:51:50,1:50:1681:1:35:0,-11.8539,-148.074 0/1:56:46,10:46:1593:10:348:-14.7984,0,-126.805 dDocent_Contig_14707 152 . C T 393.803 . AB=0.298507;ABP=26.6372;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=1.19643;EPP=46.4397;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.767;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=3452;RO=103;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=226.672;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=226.672;SRR=103;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:47,20:47:1597:20:677:-41.0793,0,-123.829 0/0:56:56,0:56:1855:0:0:0,-16.8577,-167.213 dDocent_Contig_14708 27 . C T 252.324 . AB=0.213115;ABP=46.6177;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.520833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=1917;RO=48;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=107.241;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:26,3:26:1050:3:114:-1.90084,0,-86.058 0/1:32:22,10:22:867:10:404:-27.0869,0,-68.7087 dDocent_Contig_14710 107 . N A 35.0116 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=38;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,2:0:0:2:38:-3.49993,-0.60206,0 dDocent_Contig_14711 43 . G A 237.249 . AB=0.106918;ABP=429.793;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=318;DPB=318;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=611.053;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996479;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1361;QR=11288;RO=284;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=611.053;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=284;SRP=619.708;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:178:159,19:159:6309:19:759:-15.0494,0,-513.978 0/1:140:125,15:125:4979:15:602:-12.3744,0,-405.854 dDocent_Contig_14713 138 . A T 33.342 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.94118;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=1867;RO=46;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1174:4:162:-5.03297,0,-95.9999 0/0:17:17,0:17:693:0:0:0,-5.11751,-62.698 dDocent_Contig_14714 98 . N C 428.96 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=466;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:135:-12.4835,-1.20412,0 1/1:10:0,10:0:0:10:331:-30.1113,-3.0103,0 dDocent_Contig_14715 42 . T A 313.223 . AB=0.128571;ABP=254.653;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=374;DPB=374;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=741.311;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970588;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1349;QR=13432;RO=340;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=741.311;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=340;SRP=741.311;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:210:183,27:183:7254:27:1066:-33.0213,0,-589.33 0/0:164:157,7:157:6178:7:283:0,-23.5253,-529.988 dDocent_Contig_14716 82 . A C 208.388 . AB=0.3125;ABP=12.7819;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.68421;EPP=24.725;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.682927;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=1452;RO=41;RPL=5;RPP=3.0103;RPPR=3.48696;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=3.0103;SAR=5;SRF=22;SRP=3.48696;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:668:0:0:0,-5.71957,-60.4445 0/1:32:22,10:22:784:10:357:-22.8388,0,-61.2496 dDocent_Contig_14717 174 . C T 59.7559 . AB=0.112676;ABP=95.5273;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=1.33962;EPP=20.3821;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.810345;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=4618;RO=116;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=254.901;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=254.901;SRR=116;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:53:53,0:53:2105:0:0:0,-15.9546,-189.633 0/1:71:63,8:63:2513:8:322:-7.97559,0,-204.939 dDocent_Contig_14718 13 . G A 2172.1 . AB=0.769231;ABP=60.3038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=70;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=155.013;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2753;QR=833;RO=21;RPL=0;RPP=155.013;RPPR=48.6112;RPR=70;RUN=1;SAF=70;SAP=155.013;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:10,35:10:397:35:1371:-110.116,0,-22.5423 0/1:46:11,35:11:436:35:1382:-110.794,0,-25.748 dDocent_Contig_14719 7 . A G 13054.4 . AB=0.725146;ABP=379.462;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=620;CIGAR=1X;DP=855;DPB=855;DPRA=0;EPP=1349.32;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=45.9839;MQMR=57.8173;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.446774;PAIREDR=0.639423;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19686;QR=7946;RO=208;RPL=0;RPP=1349.32;RPPR=454.677;RPR=620;RUN=1;SAF=620;SAP=1349.32;SAR=0;SRF=208;SRP=454.677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:455:129,316:129:4922:316:9813:-632.879,0,-303.767 0/1:400:79,304:79:3024:304:9873:-676.261,0,-155.928 dDocent_Contig_14721 10 . G T 38.1086 . AB=0.0918919;ABP=270.641;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=436;DPB=436;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=834.684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=57.2637;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0277778;PAIREDR=0.104439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1373;QR=15173;RO=383;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=834.684;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=383;SRP=834.684;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:161,17:161:6369:17:657:-5.50977,0,-511.344 0/0:251:222,19:222:8804:19:716:0,-8.15646,-705.642 dDocent_Contig_14722 23 . G A 125.967 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=973;RO=24;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=55.1256;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:9,5:9:366:5:198:-13.983,0,-29.0907 0/1:17:15,2:15:607:2:77:-2.19163,0,-49.8508 dDocent_Contig_14724 10 . G A 3072.33 . AB=0.0494505;ABP=323.911;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X1M1X1M1I4M;DP=182;DPB=203;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=8;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=1125;RO=29;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=65.983;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:89:13,3,45,26:13:509:3,45,26:24,1649,956:-167.19,-170.575,-211.53,-36.3142,-77.6675,-64.6406,-92.9366,-134.275,0,-126.974 0|0:93:16,6,17,51:16:616:6,17,51:48,615,1821:-143.662,-147.42,-196.194,-98.2722,-147.803,-143.743,0,-49.5751,-0.389538,-35.2589 dDocent_Contig_14726 61 . G A 488.317 . AB=0.173267;ABP=190.316;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1252;QR=5927;RO=167;RPL=35;RPP=79.0118;RPPR=365.646;RPR=0;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:41,20:41:1466:20:717:-46.4929,0,-113.868 0/1:141:126,15:126:4461:15:535:-6.0378,0,-359.187 dDocent_Contig_14728 22 . G A 3272.54 . AB=0.436293;ABP=12.1405;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=1M1X2M1X;DP=259;DPB=253.2;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=55.9469;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.566372;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4431;QR=3825;RO=97;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=213.643;RPR=113;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:111:46,9,50,3:46:1813:9,50,3:338,1978,116:-148.238,-134.405,-280.849,0,-121.48,-134.109,-152.558,-274.03,-139.633,-300.808 0|1:148:51,20,63,12:51:2012:20,63,12:776,2453,463:-182.715,-134.318,-293.845,0,-101.801,-146.583,-160.047,-261.845,-127.528,-321.981 dDocent_Contig_14729 107 . N A 235.082 . 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AB=0.733333;ABP=45.5712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2562;QR=918;RO=24;RPL=66;RPP=146.327;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:6,18:6:228:18:665:-52.9443,0,-13.6592 0/1:66:18,48:18:690:48:1897:-151.066,0,-42.566 dDocent_Contig_14733 116 . C T 34.6671 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0.390244;EPP=9.52472;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=1918;RO=54;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=120.27;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:448:3:107:-5.16553,0,-35.8323 0/0:41:41,0:41:1470:0:0:0,-12.3422,-132.581 dDocent_Contig_14735 51 . A C 42.1987 . AB=0.121951;ABP=53.9075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=2.73333;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8627;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=202;QR=1988;RO=51;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:15:15,0:15:584:0:0:0,-4.51545,-52.8934 0/1:41:36,5:36:1404:5:202:-6.21985,0,-114.279 dDocent_Contig_14736 11 . G A 2589.29 . AB=0.058952;ABP=776.851;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X5M2X2M;DP=458;DPB=458.3;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=51.624;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.424;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1035;QR=4857;RO=125;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=274.444;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:203:46,36,19,42,24,6,12:46:1780:36,19,42,24,6,12:1406,712,1619,921,239,464:-118.998,-17.268,-148.786,-74.5302,-101.307,-211.165,0,-26.7765,-84.039,-129.711,-57.2525,-84.0295,-141.292,-66.7612,-192.382,-113.164,-139.941,-197.203,-122.673,-179.926,-253.713,-94.7407,-121.518,-178.78,-104.25,-161.502,-217.414,-233.483 0|1:255:79,52,17,46,19,21,0:79:3077:52,17,46,19,21,0:2036,630,1739,714,796,0:-143.63,0,-223.801,-115.869,-187.911,-350.205,-25.2481,-97.2887,-213.158,-250.853,-108.928,-180.97,-296.838,-206.216,-342.661,-102.156,-174.198,-290.066,-199.444,-283.124,-335.287,-167.412,-239.454,-355.322,-264.7,-348.381,-341.609,-406.865 dDocent_Contig_14738 209 . N G 73.0928 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.3082,-0.60206,0 dDocent_Contig_14739 21 . G A 66.649 . AB=0.145833;ABP=55.3066;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=1439;RO=41;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=92.0407;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=41;SRP=92.0407;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:27,5:27:964:5:193:-8.1084,0,-77.4342 0/1:16:14,2:14:475:2:73:-2.11422,0,-38.2523 dDocent_Contig_14741 33 . T C 35.6987 . AB=0.133333;ABP=38.0434;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.57895;EPP=11.6962;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1795;RO=45;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=100.727;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:767:0:0:0,-5.71957,-69.3519 0/1:30:26,4:26:1028:4:158:-5.56975,0,-83.7843 dDocent_Contig_14743 43 . G T 233.827 . AB=0.244444;ABP=28.5372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=1359;RO=34;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=76.8404;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:14,7:14:550:7:282:-19.4315,0,-43.5204 0/1:24:20,4:20:809:4:161:-7.65018,0,-65.9017 dDocent_Contig_14744 9 . G T 173.556 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X3M1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=1866;RO=48;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=107.241;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:24,2:24:925:2:79:0,-0.329148,-76.0618 0|1:32:24,8:24:941:8:318:-19.3546,0,-75.3681 dDocent_Contig_14745 12 . A G 96.2472 . AB=0.25;ABP=16.0391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=46.75;MQMR=58.9286;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=1632;RO=42;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:24,2:24:922:2:82:0,-0.0471021,-73.4332 0/1:24:18,6:18:710:6:236:-11.6228,0,-57.0053 dDocent_Contig_14746 51 . A T 580.347 . AB=0.231405;ABP=78.8324;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X2M1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.392857;PAIREDR=0.522222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1082;QR=3506;RO=90;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=198.443;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:38:30,6,2:30:1139:6,2:238,82:-10.5511,0,-91.5516,-12.8106,-86.5877,-105.58 0|1:83:60,22,1:60:2367:22,1:844,40:-51.1826,0,-188.117,-65.9486,-191.444,-260.4 dDocent_Contig_14747 106 . N A 2176.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=72;CIGAR=2X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2408;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=0;RPR=72;RUN=1;SAF=0;SAP=159.356;SAR=72;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:274:-24.9938,-2.40824,0 1|1:64:0,64:0:0:64:2134:-192.325,-19.2659,0 dDocent_Contig_14749 46 . T C 35.2451 . AB=0.117647;ABP=67.7713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=2X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.622222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1766;RO=45;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=100.727;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:18,3:18:699:3:120:-4.86606,0,-56.9118 0|1:30:27,3:27:1067:3:121:-2.2493,0,-87.2896 dDocent_Contig_14751 98 . N T 61.3903 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=3;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=31;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.13795,-0.60206,0 dDocent_Contig_14753 51 . A T 164.871 . AB=0.363636;ABP=6.56362;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=290;QR=548;RO=14;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:7,4:7:279:4:148:-10.3703,0,-22.1696 0|1:11:7,4:7:269:4:142:-9.8157,0,-21.2615 dDocent_Contig_14754 12 . G C 4209.56 . AB=0.817757;ABP=190.69;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=175;CIGAR=1X;DP=214;DPB=214;DPRA=0;EPP=383.018;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=34.7314;MQMR=52.4865;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6234;QR=1442;RO=37;RPL=0;RPP=383.018;RPPR=83.3548;RPR=175;RUN=1;SAF=175;SAP=383.018;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:89:13,76:13:505:76:2701:-179.874,0,-18.2944 0/1:125:24,99:24:937:99:3533:-244.781,0,-44.8947 dDocent_Contig_14755 40 . G T 51.9916 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.56;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=180;QR=1880;RO=50;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=111.584;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:17,5:17:639:5:147:-6.89813,0,-51.2086 0/0:34:33,1:33:1241:1:33:0,-6.93588,-108.657 dDocent_Contig_14757 33 . C T 1167.07 . AB=0.454545;ABP=4.78696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1662;QR=2130;RO=54;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=120.27;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:23,15:23:912:15:536:-37.1294,0,-70.9503 0/1:61:31,30:31:1218:30:1126:-83.2767,0,-91.5343 dDocent_Contig_14759 9 . G A 97.2198 . AB=0.136364;ABP=78.8144;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=217.986;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.69697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=464;QR=3765;RO=99;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=217.986;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=99;SRP=217.986;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:45:42,3:42:1611:3:117:0,-2.63597,-134.346 0/1:66:57,9:57:2154:9:347:-11.722,0,-174.226 dDocent_Contig_14760 27 . T G 4434.13 . AB=0.847561;ABP=175.086;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=139;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=304.845;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.913669;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5514;QR=1003;RO=25;RPL=0;RPP=304.845;RPPR=57.2971;RPR=139;RUN=1;SAF=139;SAP=304.845;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:9,64:9:362:64:2531:-205.949,0,-10.9688 0/1:91:16,75:16:641:75:2983:-241.163,0,-30.629 dDocent_Contig_14762 63 . T A 41.3884 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0.823529;EPP=9.52472;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=1077;RO=28;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:650:0:0:0,-5.11751,-58.8248 0/1:14:11,3:11:427:3:111:-6.13881,0,-34.5596 dDocent_Contig_14763 54 . G A 1099 . AB=0.442105;ABP=5.77607;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962264;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1573;QR=2031;RO=53;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:33,22:33:1268:22:829:-58.3667,0,-97.8307 0/1:40:20,20:20:763:20:744:-55.2327,0,-56.941 dDocent_Contig_14764 19 . G C 3932.39 . AB=0.65285;ABP=42.1756;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=126;CIGAR=1X;DP=193;DPB=193;DPRA=0;EPP=276.616;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.738095;PAIREDR=0.641791;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5053;QR=2657;RO=67;RPL=0;RPP=276.616;RPPR=148.499;RPR=126;RUN=1;SAF=126;SAP=276.616;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:39,51:39:1555:51:2029:-155.71,0,-113.095 0/1:103:28,75:28:1102:75:3024:-241.228,0,-68.455 dDocent_Contig_14765 139 . A C 1213.71 . AB=0.279188;ABP=86.4411;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=197;DPB=197;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=311.359;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.992958;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2042;QR=5354;RO=142;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=311.359;RPR=55;RUN=1;SAF=0;SAP=122.441;SAR=55;SRF=0;SRP=311.359;SRR=142;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:102:75,27:75:2839:27:999:-59.5029,0,-224.977 0/1:95:67,28:67:2515:28:1043:-65.5673,0,-197.945 dDocent_Contig_14766 98 . N C 36.4051 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:39:-3.63987,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14767 98 . N C 297.319 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:150:-13.7963,-1.50515,0 1/1:5:0,5:0:0:5:170:-15.6344,-1.50515,0 dDocent_Contig_14769 15 . G A 1956.24 . AB=0.158108;ABP=754.328;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=149;CIGAR=2X;DP=1367;DPB=1367;DPRA=0;EPP=326.56;EPPR=2639.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5931;QR=47216;RO=1214;RPL=0;RPP=326.56;RPPR=2639.18;RPR=149;RUN=1;SAF=149;SAP=326.56;SAR=0;SRF=1214;SRP=2639.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:627:594,32:594:23022:32:1265:0,-74.7053,-1956.32 0|1:740:620,117:620:24194:117:4666:-197.624,0,-1953.49 dDocent_Contig_14771 176 . C T 40.1107 . AB=0.307692;ABP=7.18621;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=27;MQMR=53.5556;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.777778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=734;RO=18;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=42.0968;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:9,1:9:366:1:38:0,-0.343432,-29.6944 0/1:13:9,4:9:368:4:163:-6.01005,0,-26.7404 dDocent_Contig_14772 184 . G A 551.356 . AB=0.328358;ABP=20.1552;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.954545;PAIREDR=0.844444;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=870;QR=1795;RO=45;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=100.727;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:1082:6:239:-11.9492,0,-87.7355 0/1:34:18,16:18:713:16:631:-46.8854,0,-54.2558 dDocent_Contig_14773 98 . N C 56.9965 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:60:-5.69857,-0.60206,0 dDocent_Contig_14774 43 . T C 107.519 . AB=0.091954;ABP=757.934;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=1007;DPB=1007;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=2070.25;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2161;QR=37459;RO=952;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=2070.25;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=952;SRP=2070.25;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:522:474,48:474:18679:48:1882:-12.4508,0,-1522.55 0/0:485:478,7:478:18780:7:279:0,-120.519,-1663.31 dDocent_Contig_14775 98 . N A 74.9082 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:32:-3.19931,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_14776 59 . C G 179.381 . AB=0.236842;ABP=25.8679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.444444;PAIREDR=0.758621;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=1166;RO=29;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:723:3:122:-5.05086,0,-59.0707 0/1:17:11,6:11:443:6:237:-16.586,0,-35.1066 dDocent_Contig_14777 19 . T C 722.568 . AB=0.393939;ABP=9.45891;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.769231;PAIREDR=0.725;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1057;QR=1569;RO=40;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=89.8692;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:20,11:20:786:11:451:-31.6137,0,-61.7244 0/1:35:20,15:20:783:15:606:-44.342,0,-60.2436 dDocent_Contig_14778 8 . A G 1041.07 . AB=0.0972222;ABP=104.466;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=1X9M1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=252;QR=797;RO=21;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=48.6112;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:36:8,2,3,1,3,18:8:312:2,3,1,3,18:76,118,37,110,709:-55.9495,-52.1242,-77.1722,-52.8313,-72.2451,-77.5744,-55.3327,-74.7493,-75.4529,-80.6814,-49.3674,-68.7841,-69.4886,-71.9924,-74.1141,0,-19.4351,-20.1522,-22.645,-16.6781,-20.2522 0|0:36:13,0,0,2,4,17:13:485:0,0,2,4,17:0,0,78,142,677:-51.8564,-55.7698,-95.4678,-55.7698,-95.4678,-95.4678,-49.3581,-89.0556,-89.0556,-88.4536,-44.2096,-83.9038,-83.9038,-77.4919,-82.6997,0,-39.7084,-39.7084,-33.2944,-28.1451,-34.5909 dDocent_Contig_14779 42 . T C 49012.2 . AB=0.856557;ABP=811.332;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1505;CIGAR=1X;DP=1681;DPB=1681;DPRA=0;EPP=3271.08;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999336;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59709;QR=6819;RO=176;RPL=0;RPP=3271.08;RPPR=385.189;RPR=1505;RUN=1;SAF=1505;SAP=3271.08;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:732:105,627:105:4096:627:24917:-2020.03,0,-148.329 1/1:949:71,878:71:2723:878:34792:-2882.89,-40.4483,0 dDocent_Contig_14780 17 . T C 183.364 . AB=0.093633;ABP=768.946;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=1018;DPB=1018;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=2100.65;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99793;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2050;QR=38656;RO=966;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=2100.65;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=966;SRP=2100.65;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:484:482,1:482:19281:1:40:0,-141.806,-1729.64 0/1:534:484,50:484:19375:50:2010:-20.3364,0,-1581.33 dDocent_Contig_14781 98 . N A 64.5896 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45788,-0.60206,0 dDocent_Contig_14782 48 . T G 254.153 . AB=0.166667;ABP=101.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=102;DPB=102;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=657;QR=3357;RO=85;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=187.585;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=85;SRP=187.585;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:50,12:50:2011:12:477:-24.6148,0,-162.517 0/1:40:35,5:35:1346:5:180:-4.49879,0,-109.359 dDocent_Contig_14783 58 . C A 4815.89 . AB=0.744076;ABP=112.191;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.942675;PAIREDR=0.884615;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6093;QR=2085;RO=52;RPL=157;RPP=343.931;RPPR=115.927;RPR=0;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:25,58:25:1003:58:2218:-174.429,0,-65.1828 0/1:126:27,99:27:1082:99:3875:-310.859,0,-59.7404 dDocent_Contig_14784 11 . A G 331.902 . AB=0.0882353;ABP=53.0819;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M2X8M2I2M;DP=78;DPB=83.7333;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=110;QR=1096;RO=28;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=63.8115;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:44:20,0,3,3,0,9,1,0,0:20:784:0,3,3,0,9,1,0,0:0,105,102,0,342,34,0,0:-22.0402,-28.0608,-92.549,-19.5231,-84.0121,-83.109,-20.1963,-84.6836,-76.1471,-83.7805,-28.0608,-92.549,-84.0121,-84.6836,-92.549,0,-64.5006,-55.964,-56.636,-64.5006,-61.7913,-25.3035,-89.7917,-81.2549,-81.9265,-89.7917,-61.7435,-89.4907,-28.0608,-92.549,-84.0121,-84.6836,-92.549,-64.5006,-89.7917,-92.549,-28.0608,-92.549,-84.0121,-84.6836,-92.549,-64.5006,-89.7917,-92.549,-92.549 0|0:34:8,3,0,0,4,2,6,4,2:8:312:3,0,0,4,2,6,4,2:110,0,0,154,71,212,158,82:-14.849,-8.26886,-33.017,-17.2573,-33.9201,-42.9082,-17.2573,-33.9201,-42.9082,-42.9082,-4.61032,-21.2745,-30.2626,-30.2626,-29.0585,-11.4749,-28.1379,-37.1258,-37.1258,-24.4803,-36.5237,0,-16.6633,-25.6506,-25.6506,-13.0054,-19.8688,-23.8444,-4.25134,-20.9159,-29.9041,-29.9041,-17.2579,-24.1217,-12.6466,-28.7,-10.4857,-27.1496,-36.1378,-36.1378,-23.4918,-30.3553,-18.88,-23.1332,-35.5357 dDocent_Contig_14786 22 . C A 5770.13 . AB=0.709091;ABP=44.7815;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=171;CIGAR=6M1X4M;DP=221;DPB=198.909;DPRA=0;EPP=374.332;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.982456;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6787;QR=756;RO=19;RPL=0;RPP=374.332;RPPR=44.2683;RPR=171;RUN=1;SAF=171;SAP=374.332;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:111:6,8,93:6:240:8,93:301,3687:-309.895,-287.043,-304.406,-8.21582,-3.3396,0 0|1:110:13,19,78:13:516:19,78:731,3100:-268.816,-212.726,-249.485,-17.5158,0,-36.5186 dDocent_Contig_14787 21 . G C 1271.97 . AB=0.393162;ABP=14.61;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.826087;PAIREDR=0.760563;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1839;QR=2748;RO=71;RPL=0;RPP=102.898;RPPR=157.185;RPR=46;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:30,23:30:1168:23:917:-66.8769,0,-89.4464 0/1:64:41,23:41:1580:23:922:-64.0193,0,-123.173 dDocent_Contig_14788 36 . G A 124.039 . AB=0.184211;ABP=35.9253;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=69;DPB=69;DPRA=1.22581;EPP=18.2106;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.322581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=283;QR=2465;RO=62;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=137.642;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1246:0:0:0,-9.33193,-112.407 0/1:38:31,7:31:1219:7:283:-14.4039,0,-98.5478 dDocent_Contig_14790 10 . C G 358.291 . AB=0.3125;ABP=17.6677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X2M1X2M1X2M1X;DP=104;DPB=103.7;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=59.2632;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.987654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=724;QR=3201;RO=81;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=178.9;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:33,15:33:1314:15:574:-37.528,0,-104.081 0|0:56:48,4:48:1887:4:150:0,-2.17526,-156.18 dDocent_Contig_14791 69 . G A 30.7478 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=1.3125;EPP=9.52472;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1348;RO=34;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:718:3:119:-4.77338,0,-58.6267 0/0:16:16,0:16:630:0:0:0,-4.81648,-57.0364 dDocent_Contig_14792 11 . T C 1348.55 . 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AB=0.457831;ABP=4.29225;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.422222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1463;QR=1750;RO=45;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=49.3833;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=38;SRP=49.3833;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:22,12:22:881:12:452:-30.7823,0,-69.3652 0/1:49:23,26:23:869:26:1011:-76.5315,0,-63.7588 dDocent_Contig_14795 14 . A C 104.957 . 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AB=0.169811;ABP=103.39;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=168;DPB=168;DPRA=1.70968;EPP=42.0968;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=711;QR=5984;RO=150;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=328.731;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:62:62,0:62:2470:0:0:0,-18.6639,-222.453 0/1:106:88,18:88:3514:18:711:-32.4074,0,-284.388 dDocent_Contig_14810 98 . N G 314.746 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=10;CIGAR=2X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=11.5366;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=346;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:10:0,10:0:0:10:346:-31.4746,-3.0103,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14811 95 . T C 1108.87 . 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T A 2453.44 . AB=0.316498;ABP=89.8765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=297;DPB=297;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=443.819;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3756;QR=8137;RO=203;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=443.819;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=203;SRP=443.819;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:66,52:66:2647:52:2083:-152.134,0,-202.821 0/1:179:137,42:137:5490:42:1673:-96.9091,0,-440.041 dDocent_Contig_14818 173 . C T 131.201 . AB=0.25;ABP=22.5536;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=300;QR=920;RO=27;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:481:5:169:-9.82294,0,-37.8969 0/1:17:13,4:13:439:4:131:-6.99618,0,-34.7148 dDocent_Contig_14820 15 . A T 291.879 . AB=0.2;ABP=61.6401;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=2400;RO=60;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=133.299;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:25,10:25:990:10:404:-26.184,0,-78.8609 0/1:40:35,5:35:1410:5:204:-6.70283,0,-115.112 dDocent_Contig_14821 9 . G C 185.314 . AB=0.232558;ABP=29.7245;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.71875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=383;QR=1233;RO=32;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=72.4974;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,6:16:619:6:227:-13.8337,0,-49.0941 0/1:20:16,4:16:614:4:156:-8.39669,0,-49.5788 dDocent_Contig_14822 46 . G A 65.369 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=1.88889;EPP=13.8677;EPPR=96.5684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978723;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=201;QR=1828;RO=47;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=96.5684;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1119:5:201:-8.23587,0,-90.7647 0/0:18:18,0:18:709:0:0:0,-5.41854,-64.1408 dDocent_Contig_14823 112 . G A 132.145 . AB=0.184615;ABP=59.1679;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.6604;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=398;QR=1769;RO=53;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=118.098;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=118.098;SRR=53;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:34,8:34:1133:8:258:-10.8922,0,-89.6207 0/1:23:19,4:19:636:4:140:-6.02124,0,-50.6316 dDocent_Contig_14824 98 . N A 60.7974 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=64;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07866,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14825 18 . T C 1170.19 . AB=0.163636;ABP=57.0602;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982456;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=341;QR=2183;RO=57;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=126.784;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:34,9,12:34:1288:9,12:341,483:-29.5847,-11.8747,-114.731,0,-77.6282,-101.971 0|0:54:23,0,30:23:895:0,30:0,1191:-91.133,-98.0567,-171.606,0,-73.5614,-64.5305 dDocent_Contig_14827 9 . G A 5513.24 . AB=0.72619;ABP=114.996;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=183;CIGAR=1X;DP=252;DPB=252;DPRA=0;EPP=400.39;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7007;QR=2607;RO=69;RPL=0;RPP=400.39;RPPR=152.842;RPR=183;RUN=1;SAF=183;SAP=400.39;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:26,96:26:982:96:3690:-295.487,0,-51.9649 0/1:130:43,87:43:1625:87:3317:-259.536,0,-107.382 dDocent_Contig_14828 87 . G A 10461.8 . AB=0.708995;ABP=218.124;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=402;CIGAR=1X;DP=567;DPB=567;DPRA=0;EPP=875.942;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.982587;PAIREDR=0.848485;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13559;QR=5564;RO=165;RPL=402;RPP=875.942;RPPR=361.303;RPR=0;RUN=1;SAF=402;SAP=875.942;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:282:50,232:50:1652:232:7843:-621.073,0,-64.0703 0/1:285:115,170:115:3912:170:5716:-428.81,0,-266.502 dDocent_Contig_14829 31 . C A 32.7773 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=30;DPB=30;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1092;RO=27;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=61.6401;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:851:1:41:0,-2.52809,-72.8059 0/1:8:6,2:6:241:2:81:-5.27749,0,-19.6579 dDocent_Contig_14831 10 . C A 179.919 . AB=0.236842;ABP=25.8679;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=3005;RO=75;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=165.871;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:29,9:29:1152:9:342:-19.6899,0,-92.5212 0/0:50:46,4:46:1853:4:159:0,-0.359545,-152.274 dDocent_Contig_14832 11 . A C 108.368 . AB=0.162791;ABP=45.4803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0.558442;EPP=18.2106;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.59292;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=4563;RO=113;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=248.387;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:36,7:36:1455:7:279:-12.5357,0,-118.251 0/0:77:77,0:77:3108:0:0:0,-23.1793,-279.786 dDocent_Contig_14833 23 . T G 5065.03 . AB=0.321486;ABP=174.346;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=199;CIGAR=1X;DP=619;DPB=619;DPRA=0;EPP=435.133;EPPR=912.857;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7739;QR=16617;RO=419;RPL=0;RPP=435.133;RPPR=912.857;RPR=199;RUN=1;SAF=199;SAP=435.133;SAR=0;SRF=419;SRP=912.857;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:294:193,100:193:7670:100:3882:-260.85,0,-601.346 0/1:325:226,99:226:8947:99:3857:-249.352,0,-706.915 dDocent_Contig_14835 31 . A T 816.412 . AB=0.348837;ABP=20.0791;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981651;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1336;QR=4364;RO=109;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=239.701;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=109;SRP=239.701;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:53,3:53:2128:3:122:0,-5.48519,-180.323 0/1:86:56,30:56:2236:30:1214:-83.6412,0,-175.521 dDocent_Contig_14836 1 . N G 122.989 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=133;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:133:-12.2986,-1.20412,0 dDocent_Contig_14839 20 . C G 38.0801 . AB=0.1;ABP=114.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=145;DPB=145;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=5330;RO=134;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=293.988;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:65:62,3:62:2442:3:118:0,-8.56537,-208.928 0/1:80:72,8:72:2888:8:328:-5.80794,0,-235.926 dDocent_Contig_14840 127 . A G 210.029 . AB=0.25;ABP=29.068;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=1.2;EPP=29.068;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.88;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=413;QR=2547;RO=75;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=165.871;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=165.871;SRR=75;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1358:0:0:0,-12.0412,-122.516 0/1:48:35,12:35:1189:12:413:-23.0029,0,-92.813 dDocent_Contig_14841 22 . G C 593.98 . AB=0.247934;ABP=69.7876;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.4;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.846154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1206;QR=3595;RO=91;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=200.614;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:48,11:48:1899:11:433:-17.675,0,-153.353 0/1:62:43,19:43:1696:19:773:-45.422,0,-134.2 dDocent_Contig_14842 29 . C T 74.521 . AB=0.192308;ABP=24.391;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=1.36842;EPP=13.8677;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.675;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=1599;RO=40;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=89.8692;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:19:19,0:19:757:0:0:0,-5.71957,-68.4511 0/1:26:21,5:21:842:5:188:-9.4521,0,-68.2597 dDocent_Contig_14843 45 . T C 141.816 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=1263;RO=32;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=72.4974;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:14,6:14:560:6:239:-15.8633,0,-44.7218 0/1:20:18,2:18:703:2:73:-0.908586,0,-57.5752 dDocent_Contig_14844 15 . C T 263.51 . AB=0.297297;ABP=16.2152;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1M6D2X2M1X1M1X;DP=70;DPB=65.2857;DPRA=1.12121;EPP=26.8965;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=2249;RO=58;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=128.956;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:33:33,0:33:1285:0:0:0,-9.93399,-115.928 0|1:37:25,11:25:964:11:436:-28.351,0,-75.8188 dDocent_Contig_14845 56 . C T 34.6576 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=1644;RO=43;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:500:3:107:-5.16458,0,-40.53 0/0:31:30,1:30:1144:1:38:0,-5.53466,-99.4533 dDocent_Contig_14846 98 . N T 62.6926 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=66;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:66:-6.26818,-0.60206,0 dDocent_Contig_14847 98 . N T 198.946 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:175:-16.0937,-1.50515,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_14848 9 . G C 2251.84 . AB=0.78125;ABP=68.9688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2859;QR=758;RO=20;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=46.4397;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:11,35:11:410:35:1342:-107.219,0,-23.3964 0/1:50:9,40:9:348:40:1517:-121.664,0,-16.5405 dDocent_Contig_14849 14 . T C 277.731 . AB=0.34375;ABP=9.79615;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X4M;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=58.902;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.54902;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=474;QR=1996;RO=51;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=113.755;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:33:30,2,1:30:1183:2,1:73,40:0,-3.08983,-99.8114,-5.72423,-97.1182,-102.78 0|1:32:21,0,11:21:813:0,11:0,434:-29.7731,-36.0947,-102.529,0,-66.8249,-63.5136 dDocent_Contig_14850 12 . A C 110.118 . AB=0.120879;ABP=116.619;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=2.275;EPP=26.8965;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=445;QR=4752;RO=120;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=263.587;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:40:40,0:40:1594:0:0:0,-12.0412,-143.694 0/1:91:80,11:80:3158:11:445:-13.0118,0,-256.899 dDocent_Contig_14853 209 . N G 120.78 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:40:-3.99568,-0.30103,0 dDocent_Contig_14854 13 . G A 73.4813 . AB=0.166667;ABP=31.9633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.763636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=2174;RO=55;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=122.441;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:30,1:30:1171:1:40:0,-5.33625,-101.677 0/1:30:25,5:25:1003:5:200:-9.34813,0,-81.5364 dDocent_Contig_14855 34 . C A 111.497 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=1.47619;EPP=18.2106;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=1678;RO=45;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=100.727;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:768:0:0:0,-6.32163,-69.4242 0/1:31:24,7:24:910:7:246:-13.1497,0,-72.8732 dDocent_Contig_14856 185 . A G 3216.03 . AB=0.664336;ABP=36.5542;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=95;CIGAR=1X3M;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3841;QR=1120;RO=28;RPL=95;RPP=209.3;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=209.3;SAR=95;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:84:15,20,49:15:600:20,49:802,1984:-175.731,-114.169,-157.572,-16.6547,0,-51.328 0|1:59:13,0,46:13:520:0,46:0,1857:-149.571,-153.484,-196.317,0,-43.2335,-29.3862 dDocent_Contig_14858 81 . T G 41.4797 . AB=0.116667;ABP=79.5909;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.636364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=304;QR=4115;RO=110;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=31.5158;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=74;SRP=31.5158;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:57,1:57:2127:1:39:0,-13.5632,-187.767 0/1:60:53,7:53:1988:7:265:-6.14794,0,-161.104 dDocent_Contig_14860 18 . C A 48973.8 . 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AB=0.377778;ABP=8.84915;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0.505618;EPP=39.9253;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=3716;RO=115;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=252.73;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=252.73;SRR=115;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:28,17:28:878:17:597:-40.5119,0,-65.7648 0/0:89:87,0:87:2838:0:0:0,-26.1896,-255.559 dDocent_Contig_14863 29 . T C 592.894 . 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AB=0.164179;ABP=68.6406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.732143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=2235;RO=56;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=124.613;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:25,3:25:998:3:123:-3.03595,0,-81.6899 0/1:39:31,8:31:1237:8:314:-16.882,0,-99.8575 dDocent_Contig_14866 20 . G A 13583.6 . 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AB=0.293103;ABP=24.5753;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=677;QR=1600;RO=41;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=92.0407;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:15,13:15:582:13:516:-38.3561,0,-44.2885 0/1:30:26,4:26:1018:4:161:-5.84458,0,-82.8894 dDocent_Contig_14871 36 . A G 549.821 . AB=0.416667;ABP=5.9056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X4M;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.692308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=802;QR=1010;RO=26;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=59.4686;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:17,0,13:17:661:0,13:0,528:-38.8362,-43.9537,-98.2609,0,-54.7054,-50.792 0|1:18:9,2,7:9:349:2,7:71,274:-19.8449,-16.7779,-44.8463,0,-22.9208,-26.5919 dDocent_Contig_14872 21 . C T 373.682 . 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T C 201.934 . AB=0.158537;ABP=86.0559;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=1.78261;EPP=31.2394;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8435;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.817391;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=517;QR=4367;RO=115;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:46,0:46:1699:0:0:0,-13.8474,-153.142 0/1:82:69,13:69:2668:13:517:-22.1934,0,-215.606 dDocent_Contig_14875 35 . G T 648.287 . AB=0.510638;ABP=3.0565;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1M1I1X;DP=47;DPB=59;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=911;QR=860;RO=23;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=52.9542;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:10,14:10:367:14:530:-40.8078,0,-26.148 0|1:23:13,10:13:493:10:381:-27.7198,0,-37.7869 dDocent_Contig_14876 201 . A T 3334.41 . AB=0.628866;ABP=30.9932;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=122;CIGAR=1X;DP=194;DPB=194;DPRA=0;EPP=267.93;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4390;QR=2582;RO=71;RPL=122;RPP=267.93;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=267.93;SAR=122;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:32,64:32:1163:64:2290:-177.081,0,-75.7093 0/1:97:39,58:39:1419:58:2100:-160.058,0,-98.8053 dDocent_Contig_14877 32 . G A 91.4272 . AB=0.238095;ABP=15.5221;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0.552632;EPP=13.8677;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.962963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=2105;RO=54;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=120.27;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1500:0:0:0,-11.4391,-135.246 0/1:21:16,5:16:605:5:190:-11.1427,0,-48.4539 dDocent_Contig_14879 46 . A C 2495.45 . AB=0.166276;ABP=829.136;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=170;CIGAR=1X;DP=1770;DPB=1770;DPRA=0;EPP=372.161;EPPR=3477.37;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6755;QR=62949;RO=1600;RPL=0;RPP=372.161;RPPR=3477.37;RPR=170;RUN=1;SAF=170;SAP=372.161;SAR=0;SRF=1600;SRP=3477.37;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:854:712,142:712:27940:142:5650:-251.244,0,-2255.22 0/0:916:888,28:888:35009:28:1105:0,-176.008,-3048.02 dDocent_Contig_14882 24 . T C 1844.04 . AB=0.230159;ABP=162.389;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X1M1X1M1I3X2M;DP=252;DPB=338.889;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2227;QR=3101;RO=81;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=178.9;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:150:45,36,35,33:45:1699:36,35,33:1422,1326,1175:-103.478,0,-128.401,-8.32803,-30.5389,-137.026,-21.2888,-43.4987,-51.8253,-150.585 0|1:102:36,30,23,11:36:1402:30,23,11:1162,901,386:-84.6247,0,-106.206,-21.366,-41.1427,-129.677,-64.0605,-83.8352,-105.199,-175.978 dDocent_Contig_14883 60 . C G 134.101 . AB=0.121212;ABP=85.263;AC=0;AF=0;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=121;DPB=121;DPRA=1.2;EPP=20.3821;EPPR=224.5;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.980392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=3994;RO=102;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=224.5;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=102;SRP=224.5;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:55:54,0,1:54:2095:0,1:0,21:0,-16.2556,-188.538,-14.4567,-186.952,-186.651 0|0:66:48,8,9:48:1899:8,9:277,362:-15.4101,-7.38055,-161.246,0,-133.82,-153.606 dDocent_Contig_14888 32 . T A 50.8194 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.488372;EPP=11.6962;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=145;QR=2410;RO=60;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=133.299;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1724:0:0:0,-12.9443,-155.377 0/1:21:17,4:17:686:4:145:-7.08194,0,-55.7467 dDocent_Contig_14889 144 . C T 80.0175 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.28571;EPP=13.8677;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.860465;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1731;RO=43;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:22,5:22:887:5:194:-9.70072,0,-72.009 0/0:21:21,0:21:844:0:0:0,-6.32163,-76.2744 dDocent_Contig_14890 19 . C T 205.436 . AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.794118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=408;QR=1361;RO=34;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=76.8404;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:629:4:163:-9.03783,0,-50.9184 0/1:24:18,6:18:732:6:245:-15.2048,0,-58.979 dDocent_Contig_14891 15 . T C 20321.8 . AB=0.672557;ABP=251.813;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=647;CIGAR=1X;DP=962;DPB=962;DPRA=0;EPP=1407.95;EPPR=687.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998454;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25860;QR=12710;RO=315;RPL=0;RPP=1407.95;RPPR=687.024;RPR=647;RUN=1;SAF=647;SAP=1407.95;SAR=0;SRF=315;SRP=687.024;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:449:163,286:163:6572:286:11445:-894.082,0,-456.01 0/1:513:152,361:152:6138:361:14415:-1141.8,0,-397.723 dDocent_Contig_14892 53 . T C 11557 . AB=0.842956;ABP=445.374;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=365;CIGAR=1X;DP=433;DPB=433;DPRA=0;EPP=795.598;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99726;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14337;QR=2714;RO=68;RPL=365;RPP=795.598;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=365;SAP=795.598;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:212:29,183:29:1159:183:7221:-585.756,0,-40.775 0/1:221:39,182:39:1555:182:7116:-573.642,0,-73.6601 dDocent_Contig_14893 74 . G C 7550.12 . AB=0.201975;ABP=862.43;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=225;CIGAR=17M3X1M;DP=1114;DPB=1064.24;DPRA=0;EPP=491.592;EPPR=1008.4;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8057;QR=17307;RO=463;RPL=225;RPP=491.592;RPPR=1008.4;RPR=0;RUN=1;SAF=225;SAP=491.592;SAR=0;SRF=463;SRP=1008.4;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:523:223,30,169,24,71:223:8347:30,169,24,71:1017,5534,891,2527:-379.867,-364.529,-1039.1,0,-601.131,-632.721,-374.091,-975.225,-610.692,-1050.47,-241.037,-842.174,-477.644,-851.736,-903.267 0|1:591:240,18,136,30,154:240:8960:18,136,30,154:605,4593,1098,5530:-378.844,-402.08,-1130.28,-78.8203,-763.426,-771.497,-361.381,-1045.99,-722.728,-1085.97,0,-684.614,-361.357,-643.916,-687.267 dDocent_Contig_14894 27 . C A 6596.13 . AB=0.0618893;ABP=514.834;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=19;CIGAR=1X3M;DP=307;DPB=307;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.6316;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.105263;PAIREDR=0.111111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=739;QR=1431;RO=36;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=81.1833;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:164:27,2,108,21,6:27:1076:2,108,21,6:81,4274,820,225:-341.845,-343.293,-431.301,0,-81.934,-56.1023,-282.568,-364.499,-21.2103,-364.856,-331.551,-413.481,-70.193,-352.756,-418.354 1|1:143:9,9,94,16,13:9:355:9,94,16,13:350,3675,628,514:-321.467,-295.939,-322.437,-22.4395,-23.4116,-23.3508,-272.529,-273.499,0,-296.92,-281.895,-282.865,-9.3655,-259.455,-307.189 dDocent_Contig_14895 16 . G T 384.725 . AB=0.152542;ABP=188.616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=177;DPB=177;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=328.731;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.703704;PAIREDR=0.7;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1053;QR=5879;RO=150;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=328.731;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=150;SRP=328.731;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:85:74,11:74:2901:11:433:-13.7366,0,-235.619 0/1:92:76,16:76:2978:16:620:-28.4348,0,-240.432 dDocent_Contig_14897 24 . A G 1017.52 . AB=0.53125;ABP=3.55317;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5294;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1379;QR=1190;RO=30;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=68.1545;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:15,23:15:597:23:933:-72.7826,0,-42.6292 0/1:26:15,11:15:593:11:446:-32.6688,0,-45.8811 dDocent_Contig_14900 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14901 36 . T A 1319.36 . AB=0.0865562;ABP=809.218;AC=0;AF=0;AN=4;AO=47;CIGAR=10M1X1M;DP=543;DPB=574.25;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=684.853;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1858;QR=12363;RO=314;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=684.853;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=314;SRP=684.853;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:220:124,18,28,14,14:124:4838:18,28,14,14:699,1056,560,566:-49.196,-29.0942,-421.345,0,-340.236,-389.237,-40.3942,-380.635,-351.538,-433.851,-39.8568,-380.098,-351,-391.399,-433.314 0|0:323:190,28,19,33,44:190:7525:28,19,33,44:1013,733,1298,1745:-86.4388,-60.9756,-671.903,-83.443,-620.14,-697.083,-36.8741,-573.573,-596.044,-646.302,0,-536.701,-559.172,-512.605,-606.118 dDocent_Contig_14903 82 . C G 162.215 . AB=0.222222;ABP=33.1696;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.542857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=1311;RO=35;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:15,5:15:582:5:185:-10.9894,0,-46.7025 0/1:25:20,5:20:729:5:179:-8.93102,0,-58.4083 dDocent_Contig_14904 41 . A C 56.0592 . AB=0.131579;ABP=47.8112;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=1.52;EPP=13.8677;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2284;RO=58;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=128.956;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:33,5:33:1284:5:204:-7.30489,0,-104.392 0/0:25:25,0:25:1000:0:0:0,-7.52575,-90.2937 dDocent_Contig_14905 108 . C T 53.659 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=20;DPB=20;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=108;QR=568;RO=17;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=39.9253;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=39.9253;SRR=17;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:226:3:108:-7.06487,0,-17.6458 0/0:10:10,0:10:342:0:0:0,-3.0103,-31.1112 dDocent_Contig_14906 1 . N G 254.899 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=21.1059;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=25;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=11;SAP=21.1059;SAR=1;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:148:-9.72381,-1.20412,0 1/1:8:0,8:0:0:8:277:-15.4649,-2.40824,0 dDocent_Contig_14907 107 . N T 83.0551 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=89;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:89:-8.30497,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14908 42 . C T 45.2673 . AB=0.3;ABP=6.48466;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0.769231;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=99;QR=804;RO=20;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:282:3:99:-6.22568,0,-22.7423 0/0:13:13,0:13:522:0:0:0,-3.91339,-47.3258 dDocent_Contig_14909 90 . G A 175.373 . AB=0.116838;ABP=374.093;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X1M1X;DP=647;DPB=647;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=1310.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995017;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1569;QR=20208;RO=602;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=1310.24;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=602;SRP=1310.24;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:356:345,11:345:11617:11:382:0,-72.4527,-1010.79 0|1:291:257,34:257:8591:34:1187:-19.5373,0,-685.664 dDocent_Contig_14911 33 . T C 8017.74 . AB=0.858025;ABP=183.377;AC=4;AF=1;AN=4;AO=238;CIGAR=1X2M;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=519.821;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.97479;PAIREDR=0.866667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9494;QR=594;RO=15;RPL=0;RPP=519.821;RPPR=35.5824;RPR=238;RUN=1;SAF=238;SAP=519.821;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:112:6,3,99:6:242:3,99:123,3961:-334.33,-325.983,-345.029,-9.8436,-19.6442,0 1|1:162:9,14,139:9:352:14,139:550,5533:-469.126,-426.601,-451.327,-16.2954,0,-3.39218 dDocent_Contig_14912 20 . G A 188.994 . AB=0.137931;ABP=135.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=631;QR=3933;RO=100;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=220.158;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:51,7:51:2005:7:277:-7.83889,0,-163.188 0/1:58:49,9:49:1928:9:354:-14.7595,0,-156.271 dDocent_Contig_14913 15 . G A 506.325 . AB=0.167568;ABP=180.59;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=337.417;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1215;QR=6041;RO=154;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=337.417;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=154;SRP=337.417;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:74,14:74:2903:14:557:-23.9829,0,-234.91 0/1:97:80,17:80:3138:17:658:-30.3486,0,-253.324 dDocent_Contig_14916 51 . C A 189.341 . AB=0.20339;ABP=48.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=441;QR=1854;RO=47;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:713:7:249:-15.2199,0,-56.9712 0/1:34:29,5:29:1141:5:192:-7.41318,0,-92.7408 dDocent_Contig_14919 9 . G A 1552.76 . AB=0.470588;ABP=3.90444;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2375;QR=5258;RO=137;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=300.502;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:74,6:74:2834:6:232:0,-2.83334,-233.986 0/1:119:63,56:63:2424:56:2143:-157.276,0,-182.544 dDocent_Contig_14920 24 . T C 160.141 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X3M1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.784314;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=2040;RO=51;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=113.755;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:23,2:23:914:2:81:0,-0.247824,-74.8821 0|1:37:28,8:28:1126:8:321:-18.0129,0,-90.3795 dDocent_Contig_14921 35 . A G 37.1255 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.27273;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=1799;RO=46;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:857:0:0:0,-6.62266,-77.4415 0/1:28:24,4:24:942:4:153:-5.71247,0,-76.6582 dDocent_Contig_14923 13 . C T 177.678 . AB=0.144144;ABP=125.102;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=111;DPB=111;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.557895;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=602;QR=3825;RO=95;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=209.3;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:41,9:41:1639:9:336:-15.5314,0,-132.685 0/1:61:54,7:54:2186:7:266:-5.93526,0,-178.538 dDocent_Contig_14924 15 . G A 85.6481 . AB=0.157895;ABP=41.6397;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=0.844444;EPP=16.0391;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=3049;RO=77;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=170.214;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:32,6:32:1273:6:237:-10.2638,0,-103.401 0/0:45:45,0:45:1776:0:0:0,-13.5463,-160.061 dDocent_Contig_14925 1 . N G 115.084 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.30914,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:39:-3.89656,-0.30103,0 dDocent_Contig_14927 81 . G A 1475.21 . AB=0.316832;ABP=61.8766;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=64;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=141.985;EPPR=287.473;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2333;QR=4749;RO=131;RPL=64;RPP=141.985;RPPR=287.473;RPR=0;RUN=1;SAF=64;SAP=141.985;SAR=0;SRF=131;SRP=287.473;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:49,22:49:1756:22:785:-49.237,0,-136.58 0/1:130:82,42:82:2993:42:1548:-101.983,0,-231.966 dDocent_Contig_14928 13 . T A 1341.49 . 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A G 882.376 . AB=0.193133;ABP=193.587;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=8.84915;EPPR=377.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0.946809;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1794;QR=7093;RO=188;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=411.247;RPR=45;RUN=1;SAF=28;SAP=8.84915;SAR=17;SRF=184;SRP=377.243;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:130:110,20:110:4184:20:809:-33.9924,0,-337.479 0/1:103:78,25:78:2909:25:985:-57.9442,0,-230.958 dDocent_Contig_14932 17 . A T 12849.5 . 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AB=0.756757;ABP=45.3834;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.892857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1961;QR=642;RO=18;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=42.0968;RPR=56;RUN=1;SAF=0;SAP=124.613;SAR=56;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:6,30:6:211:30:1064:-85.2351,0,-8.49637 0/1:38:12,26:12:431:26:897:-69.6005,0,-27.6915 dDocent_Contig_14941 35 . C T 278.707 . AB=0.230769;ABP=43.9342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=561;QR=1972;RO=49;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=109.412;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:23,3:23:933:3:123:-3.63801,0,-76.4451 0/1:39:26,12:26:1039:12:438:-27.9267,0,-81.9784 dDocent_Contig_14942 18 . A G 312.98 . AB=0.191011;ABP=76.816;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.954286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=945;QR=6848;RO=175;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=383.018;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:110:103,7:103:4029:7:281:0,-7.45095,-336.976 0/1:89:72,17:72:2819:17:664:-33.298,0,-227.05 dDocent_Contig_14943 126 . C T 732.606 . AB=0.145594;ABP=572.502;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=522;DPB=522;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=969.316;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2595;QR=15149;RO=445;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=969.316;RPR=76;RUN=1;SAF=0;SAP=168.042;SAR=76;SRF=0;SRP=969.316;SRR=445;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:254:225,28:225:7634:28:943:-8.66566,0,-610.622 0/1:268:220,48:220:7515:48:1652:-68.2939,0,-595.747 dDocent_Contig_14944 9 . G A 684.316 . AB=0.177215;ABP=217.491;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=237;DPB=237;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994872;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1587;QR=7410;RO=195;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=426.447;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:125:105,20:105:4012:20:751:-30.2851,0,-323.548 0/1:112:90,22:90:3398:22:836:-41.8455,0,-272.243 dDocent_Contig_14945 107 . N A 3227.14 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970874;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3576;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=0;RPR=103;RUN=1;SAF=0;SAP=226.672;SAR=103;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:49:0,49:0:0:49:1706:-153.83,-14.7505,0 1/1:54:0,54:0:0:54:1870:-168.583,-16.2556,0 dDocent_Contig_14946 26 . G A 1269.24 . AB=0.605634;ABP=9.89173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.930233;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1682;QR=1081;RO=28;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=63.8115;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:9,16:9:322:16:612:-47.8754,0,-21.7816 0/1:46:19,27:19:759:27:1070:-82.7472,0,-54.7807 dDocent_Contig_14947 33 . T C 1219.27 . AB=0.466667;ABP=3.87889;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1690;QR=1912;RO=48;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=107.241;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:25,24:25:999:24:972:-73.0274,0,-75.4515 0/1:41:23,18:23:913:18:718:-52.5981,0,-70.1318 dDocent_Contig_14948 98 . N A 10778.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=443;CIGAR=1X;DP=446;DPB=446;DPRA=0;EPP=964.973;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11969;QR=0;RO=0;RPL=443;RPP=964.973;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=443;SAP=964.973;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:146:0,146:0:0:146:3912:-352.301,-43.9504,0 1/1:300:0,297:0:0:297:8057:-725.23,-89.4059,0 dDocent_Contig_14949 50 . G C 6312.65 . AB=0.648485;ABP=34.6085;AC=4;AF=1;AN=4;AO=224;CIGAR=1X4M;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=310.157;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=55.6875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.888393;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7331;QR=977;RO=29;RPL=201;RPP=310.157;RPPR=65.983;RPR=23;RUN=1;SAF=224;SAP=489.42;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:137:10,9,117:10:336:9,117:294,3878:-316.571,-295.839,-320.35,-7.99645,-11.4821,0 1|1:165:19,37,107:19:641:37,107:1231,3453:-316.393,-222.492,-263.309,-47.6622,0,-67.4063 dDocent_Contig_14950 14 . C T 645.946 . AB=0.134146;ABP=98.3432;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=2X6M;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=411;QR=1475;RO=38;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=85.5263;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:24:7,0,15,2:7:273:0,15,2:0,568,81:-44.4312,-46.5384,-68.9817,0,-22.4293,-17.9138,-39.8562,-62.3006,-15.7468,-61.6986 0|1:58:31,6,11,9:31:1202:6,11,9:230,406,330:-23.8624,-14.3153,-111.271,0,-79.8835,-95.4482,-6.23158,-86.1144,-71.7978,-102.281 dDocent_Contig_14952 11 . C T 549.582 . AB=0.217742;ABP=88.8185;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1059;QR=3897;RO=97;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=213.643;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:62:55,7:55:2226:7:267:-5.72309,0,-181.838 0/1:62:42,20:42:1671:20:792:-52.9341,0,-131.945 dDocent_Contig_14953 98 . N A 13712 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=451;CIGAR=1X;DP=452;DPB=452;DPRA=0;EPP=982.344;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.86918;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15231;QR=0;RO=0;RPL=451;RPP=982.344;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=451;SAP=982.344;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:224:0,224:0:0:224:7508:-675.813,-67.4307,0 1/1:228:0,227:0:0:227:7723:-695.081,-68.3338,0 dDocent_Contig_14954 130 . C T 133.589 . AB=0.216216;ABP=28.8919;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.931034;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=1129;RO=29;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=65.983;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:697:3:119:-4.77376,0,-56.7192 0/1:16:11,5:11:432:5:186:-12.2838,0,-34.4128 dDocent_Contig_14955 110 . G A 1134.54 . AB=0.471154;ABP=3.76196;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1627;QR=1862;RO=55;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=122.441;RPR=49;RUN=1;SAF=0;SAP=109.412;SAR=49;SRF=0;SRP=122.441;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:38,4:38:1268:4:140:-0.301669,0,-101.771 0/1:62:17,45:17:594:45:1487:-115.449,0,-35.1247 dDocent_Contig_14956 18 . T C 7448.54 . AB=0.587379;ABP=30.3329;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=242;CIGAR=1X;DP=412;DPB=412;DPRA=0;EPP=528.507;EPPR=354.993;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.971074;PAIREDR=0.958824;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9698;QR=6727;RO=170;RPL=0;RPP=528.507;RPPR=372.161;RPR=242;RUN=1;SAF=242;SAP=528.507;SAR=0;SRF=168;SRP=354.993;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:213:96,117:96:3782:117:4678:-356.802,0,-276.281 0/1:199:74,125:74:2945:125:5020:-391.751,0,-205.242 dDocent_Contig_14959 54 . C T 263.994 . AB=0.236559;ABP=59.0716;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=199;DPB=199;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=822;QR=6571;RO=170;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=372.161;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:70,22:70:2699:22:621:-28.0984,0,-215.013 0/0:106:100,6:100:3872:6:201:0,-13.4906,-330.111 dDocent_Contig_14961 98 . N T 1469.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=47;CIGAR=3X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.93617;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1622;QR=0;RO=0;RPL=47;RPP=105.07;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:35:0,35:0:0:35:1203:-108.575,-10.5361,0 1|1:12:0,12:0:0:12:419:-38.0445,-3.61236,0 dDocent_Contig_14962 42 . C A 596.551 . AB=0.37931;ABP=10.3484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=890;QR=1427;RO=36;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=81.1833;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:8,18:8:296:18:727:-57.9285,0,-19.1582 0/1:32:28,4:28:1131:4:163:-5.42547,0,-92.4373 dDocent_Contig_14963 13 . T C 6213.05 . AB=0.781377;ABP=172.869;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=193;CIGAR=1X;DP=247;DPB=247;DPRA=0;EPP=422.104;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7771;QR=2119;RO=54;RPL=0;RPP=422.104;RPPR=120.27;RPR=193;RUN=1;SAF=193;SAP=422.104;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:98:17,81:17:662:81:3261:-264.041,0,-30.409 0/1:149:37,112:37:1457:112:4510:-360.963,0,-86.5205 dDocent_Contig_14965 121 . C T 36.4671 . AB=0.25;ABP=9.52472;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0.631579;EPP=9.52472;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=96;QR=933;RO=28;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=63.8115;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:9,3:9:279:3:96:-5.34558,0,-21.7995 0/0:19:19,0:19:654:0:0:0,-5.71957,-59.1829 dDocent_Contig_14966 12 . T C 41.8606 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=2;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=118;QR=847;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:8:8,0:8:321:0:0:0,-2.40824,-29.2576 0/1:16:13,3:13:526:3:118:-6.18603,0,-42.8703 dDocent_Contig_14967 61 . A G 824.89 . AB=0.416667;ABP=7.35324;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1191;QR=1666;RO=42;RPL=30;RPP=68.1545;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:19,26:19:741:26:1034:-79.8093,0,-53.4653 0/1:27:23,4:23:925:4:157:-6.37861,0,-75.4268 dDocent_Contig_14968 15 . C A 349.131 . AB=0.153846;ABP=165.37;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=943;QR=5214;RO=132;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=289.645;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:64,7:64:2533:7:276:-3.8346,0,-206.746 0/1:85:68,17:68:2681:17:667:-34.7743,0,-215.829 dDocent_Contig_14969 30 . G A 2041.28 . AB=0.296053;ABP=57.9257;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=1X1M2X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.2222;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1713;QR=1361;RO=35;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=79.0118;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:83:22,37,16,8:22:848:37,16,8:1410,580,297:-109.003,0,-58.5022,-68.2848,-22.3018,-133.101,-91.3239,-45.3389,-113.617,-158.549 0|0:69:13,8,14,33:13:513:8,14,33:303,529,1240:-98.8089,-77.8817,-117.688,-59.3616,-76.7369,-97.3624,-1.13953,-18.5176,0,-33.4222 dDocent_Contig_14970 16 . T C 12932.5 . AB=0.908088;ABP=396.462;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=407;CIGAR=1X;DP=442;DPB=442;DPRA=0;EPP=886.8;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=51.9042;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.358722;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16037;QR=1377;RO=35;RPL=0;RPP=886.8;RPPR=79.0118;RPR=407;RUN=1;SAF=407;SAP=886.8;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:170:10,160:10:396:160:6300:-517.61,-15.1766,0 0/1:272:25,247:25:981:247:9737:-777.335,0,-6.71361 dDocent_Contig_14971 25 . C A 387.939 . AB=0.19802;ABP=83.0108;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=153.807;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5556;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=802;QR=3236;RO=81;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=178.9;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=78;SRP=153.807;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:40,8:40:1583:8:316:-14.3556,0,-127.948 0/1:53:41,12:41:1653:12:486:-28.1373,0,-133.041 dDocent_Contig_14972 209 . N G 74.0438 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=78;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14973 83 . G T 350.678 . AB=0.253333;ABP=42.6469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.473684;PAIREDR=0.321429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=674;QR=1944;RO=56;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:24,14:24:827:14:495:-33.4444,0,-63.3083 0/1:37:32,5:32:1117:5:179:-5.32228,0,-89.702 dDocent_Contig_14974 112 . A T 347.907 . AB=0.432432;ABP=4.47751;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=37;DPB=37;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=544;QR=730;RO=21;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=48.6112;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:10,13:10:346:13:440:-33.0009,0,-24.5507 0/1:14:11,3:11:384:3:104:-5.48867,0,-30.6812 dDocent_Contig_14975 9 . G A 5776.97 . AB=0.488152;ABP=3.26758;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=103;CIGAR=1X2M;DP=211;DPB=211;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3911;QR=671;RO=17;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=39.9253;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:180:8,91,81:8:313:91,81:3543,3098:-517.245,-228.471,-226.814,-265.44,0,-266.793 0|1:31:9,0,22:9:358:0,22:0,813:-64.1509,-66.8601,-96.3456,0,-29.8747,-23.252 dDocent_Contig_14977 8 . A G 1300.43 . AB=0.223077;ABP=176.194;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X1M;DP=260;DPB=260;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=352.617;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=59.5839;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.223602;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2220;QR=6141;RO=161;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=352.617;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=161;SRP=352.617;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:115:74,12,1,21:74:2834:12,1,21:427,39,811:-44.3508,-33.0514,-260.108,-63.4206,-260.514,-293.795,0,-197.11,-227.486,-224.37 0|1:145:87,7,8,37:87:3307:7,8,37:257,302,1409:-89.391,-94.671,-363.777,-90.8292,-341.133,-359.636,0,-250.311,-246.47,-260.083 dDocent_Contig_14980 33 . T C 2246.51 . AB=0.742268;ABP=52.4617;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=126.543;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.583333;PAIREDR=0.76;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2856;QR=1003;RO=25;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=57.2971;RPR=72;RUN=1;SAF=68;SAP=126.543;SAR=4;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:8,41:8:320:41:1624:-131.646,0,-14.4161 0/1:48:17,31:17:683:31:1232:-96.7039,0,-47.3507 dDocent_Contig_14981 204 . A G 17907.4 . AB=0.763126;ABP=495.532;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=625;CIGAR=1X;DP=819;DPB=819;DPRA=0;EPP=1360.18;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9984;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22682;QR=6960;RO=194;RPL=625;RPP=1360.18;RPPR=424.276;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=1360.18;SAR=625;SRF=0;SRP=424.276;SRR=194;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:385:100,285:100:3570:285:10308:-811.699,0,-205.596 0/1:434:94,340:94:3390:340:12374:-982.744,0,-174.65 dDocent_Contig_14982 15 . T C 176.083 . AB=0.2;ABP=38.1882;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=402;QR=2959;RO=74;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=163.699;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:36,9:36:1420:9:361:-19.3072,0,-114.505 0/0:39:38,1:38:1539:1:41:0,-7.6456,-134.651 dDocent_Contig_14983 8 . A T 311.225 . AB=0.236111;ABP=46.5604;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=1.71429;EPP=39.9253;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=40;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.84375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=3664;RO=96;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=211.472;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:42,0:42:1599:0:0:0,-12.6433,-144.176 0/1:72:54,17:54:2065:17:642:-33.1225,0,-164.39 dDocent_Contig_14984 26 . G A 401.086 . AB=0.148571;ABP=190.737;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=441;DPB=441;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=882.457;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.985185;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1455;QR=16017;RO=405;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=882.457;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=405;SRP=882.457;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:266:256,10:256:10085:10:405:0,-43.2639,-870.222 0/1:175:149,26:149:5932:26:1050:-42.1086,0,-480.977 dDocent_Contig_14985 82 . T A 990.051 . AB=0.37069;ABP=19.8579;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.44186;PAIREDR=0.630137;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1522;QR=2617;RO=73;RPL=43;RPP=96.3836;RPPR=161.528;RPR=0;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:56:26,30:26:944:30:1059:-78.76,0,-68.4214 0/1:60:47,13:47:1673:13:463:-23.944,0,-132.792 dDocent_Contig_14990 7 . A C 313.863 . AB=0.0550459;ABP=190.454;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1M2X4M;DP=109;DPB=107.143;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=56;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=232;QR=2736;RO=71;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=157.185;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:43,7,14,4:43:1656:7,14,4:270,543,155:-27.7513,-18.6828,-152.574,0,-113.988,-131.778,-27.9739,-141.964,-123.275,-162.764 0|0:40:28,5,4,2:28:1080:5,4,2:195,154,77:-7.33399,0,-87.1974,-3.8359,-76.7721,-91.3256,-9.44722,-82.3884,-86.2157,-97.5443 dDocent_Contig_14991 68 . T A 293.871 . AB=0.101761;ABP=706.929;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=919;DPB=919;DPRA=0;EPP=118.098;EPPR=1814.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2026;QR=32681;RO=834;RPL=53;RPP=118.098;RPPR=1814.02;RPR=0;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=834;SRP=1814.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:408:390,1:390:15326:1:16:0,-116.276,-1376.43 0/1:511:444,52:444:17355:52:2010:-31.3871,0,-1410.98 dDocent_Contig_14992 83 . C A 232.817 . AB=0.166667;ABP=124.613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.904762;PAIREDR=0.914286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=714;QR=3793;RO=105;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=231.015;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:58,10:58:2090:10:365:-12.7271,0,-167.886 0/1:58:47,11:47:1703:11:349:-14.2536,0,-136.089 dDocent_Contig_14993 107 . N C 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_14994 68 . G A 44.2394 . AB=0.0899471;ABP=279.04;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X2M1X;DP=326;DPB=326;DPRA=1.37956;EPP=39.9253;EPPR=617.537;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971731;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=647;QR=9669;RO=283;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=617.537;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=283;SRP=617.537;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:137:128,0,9:128:4305:0,9:0,276:0,-38.5318,-387.327,-16.1028,-365.207,-362.497 0|1:189:155,17,17:155:5364:17,17:647,568:-6.42393,0,-430.78,-7.12234,-389.915,-437.861 dDocent_Contig_14995 59 . A G 561.596 . AB=0.220339;ABP=83.1708;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=0.945652;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1040;QR=3648;RO=92;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:33,3:33:1323:3:123:-0.627708,0,-108.497 0/1:82:59,23:59:2325:23:917:-58.1505,0,-184.731 dDocent_Contig_14996 31 . G A 882.266 . 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AB=0.132075;ABP=127.645;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=1.15217;EPP=33.4109;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.853261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=7209;RO=184;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=402.561;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:92,14:92:3602:14:531:-16.2114,0,-292.32 0/0:92:92,0:92:3607:0:0:0,-27.6948,-324.682 dDocent_Contig_14999 33 . G C 3809.97 . AB=0.600962;ABP=21.4261;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=125;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=209.404;EPPR=174.661;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.848;PAIREDR=0.987952;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4967;QR=3313;RO=83;RPL=0;RPP=274.444;RPPR=183.243;RPR=125;RUN=1;SAF=117;SAP=209.404;SAR=8;SRF=82;SRP=174.661;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:40,60:40:1583:60:2379:-184.156,0,-112.607 0/1:108:43,65:43:1730:65:2588:-200.54,0,-123.404 dDocent_Contig_15000 24 . T G 2654.92 . AB=0.321875;ABP=91.1992;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=103;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=226.672;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990291;PAIREDR=0.995392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4057;QR=8643;RO=217;RPL=0;RPP=226.672;RPPR=474.22;RPR=103;RUN=1;SAF=103;SAP=226.672;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:116:73,43:73:2915:43:1673:-115.879,0,-227.519 0/1:204:144,60:144:5728:60:2384:-153.311,0,-453.905 dDocent_Contig_15001 62 . T C 6660.31 . 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AB=0.201923;ABP=163.532;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.952381;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1413;QR=5619;RO=165;RPL=42;RPP=94.2121;RPPR=361.303;RPR=0;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:83,10:83:2835:10:348:-3.6602,0,-227.405 0/1:115:82,32:82:2784:32:1065:-61.7657,0,-216.43 dDocent_Contig_15003 18 . T A 371.182 . 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AB=0.701031;ABP=37.0599;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=142;CIGAR=2X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=311.359;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=38.8521;MQMR=11.4906;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.387324;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5622;QR=2122;RO=53;RPL=0;RPP=311.359;RPPR=118.098;RPR=142;RUN=1;SAF=142;SAP=311.359;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:97:29,68:29:1167:68:2701:-151.378,0,-5.47608 1|1:101:24,74:24:955:74:2921:-194.38,-13.9159,0 dDocent_Contig_15006 45 . C T 1337.82 . 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AB=0.354067;ABP=41.6708;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X;DP=209;DPB=209;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2927;QR=5381;RO=135;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=296.159;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=135;SRP=296.159;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:71,38:71:2815:38:1523:-104.5,0,-220.64 0/1:100:64,36:64:2566:36:1404:-96.5077,0,-200.962 dDocent_Contig_15009 98 . N A 86.6791 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:20:-1.99996,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36314,-0.60206,0 dDocent_Contig_15010 8 . A C 309.641 . AB=0.160584;ABP=140.098;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.590909;PAIREDR=0.73913;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=4404;RO=115;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=252.73;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:49,15:49:1877:15:566:-32.0126,0,-149.913 0/1:73:66,7:66:2527:7:269:-2.599,0,-205.655 dDocent_Contig_15011 40 . G A 108.964 . 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AB=0.197628;ABP=203.927;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=2X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989744;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1905;QR=7600;RO=195;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=426.447;RPR=50;RUN=1;SAF=50;SAP=111.584;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:108:82,24:82:3187:24:913:-50.1707,0,-254.627 0|1:145:113,26:113:4413:26:992:-47.3734,0,-354.953 dDocent_Contig_15014 17 . T A 94.1879 . 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A G 129.56 . AB=0.170213;ABP=47.41;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=2.2381;EPP=20.3821;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=56.5167;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=2393;RO=60;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:39,8:39:1539:8:316:-14.655,0,-124.599 0/0:21:21,0:21:854:0:0:0,-6.32163,-74.9051 dDocent_Contig_15018 9 . G A 6981.17 . AB=0.424793;ABP=32.7326;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=257;CIGAR=1X;DP=605;DPB=605;DPRA=0;EPP=561.079;EPPR=758.683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9805;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9821;QR=13213;RO=348;RPL=0;RPP=561.079;RPPR=758.683;RPR=257;RUN=1;SAF=257;SAP=561.079;SAR=0;SRF=348;SRP=758.683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:297:171,126:171:6490:126:4829:-345.227,0,-494.6 0/1:308:177,131:177:6723:131:4992:-356.589,0,-512.258 dDocent_Contig_15021 9 . G C 219.59 . 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AB=0.242925;ABP=489.789;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=206;CIGAR=4M1X18M1X;DP=848;DPB=876.542;DPRA=0;EPP=450.334;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=20;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.995146;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8058;QR=653;RO=17;RPL=0;RPP=450.334;RPPR=39.9253;RPR=206;RUN=1;SAF=206;SAP=450.334;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:374:9,8,167,108,21:9:339:8,167,108,21:287,5990,4207,732:-803.727,-783.032,-808.401,-317.971,-322.344,-295.476,-460.698,-465.071,0,-455.965,-746.918,-751.291,-286.231,-428.957,-768.374 0|1:474:8,32,275,98,18:8:314:32,275,98,18:1177,10147,3851,659:-1118.33,-1024.51,-1040.71,-290.93,-220.529,-233.973,-804.003,-733.601,0,-800.328,-1066.89,-996.488,-262.904,-775.976,-1087.3 dDocent_Contig_15025 118 . C T 459.586 . AB=0.333333;ABP=18.2106;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=239.701;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=776;QR=3791;RO=109;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=239.701;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=239.701;SRR=109;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:67,1:67:2324:1:36:0,-16.8718,-205.817 0/1:63:42,21:42:1467:21:740:-47.9586,0,-113.357 dDocent_Contig_15027 63 . G T 50.6048 . 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AB=0.236559;ABP=59.0716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.636364;PAIREDR=0.816901;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=889;QR=2886;RO=71;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=157.185;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1177:8:321:-18.1182,0,-95.0658 0/1:56:42,14:42:1709:14:568:-34.6043,0,-137.165 dDocent_Contig_15031 125 . G T 490.201 . 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AB=0.232026;ABP=193.873;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=513.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2756;QR=9227;RO=235;RPL=0;RPP=157.185;RPPR=513.306;RPR=71;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=235;SRP=513.306;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:129,20:129:5018:20:753:-23.2283,0,-406.701 0/1:157:106,51:106:4209:51:2003:-133.213,0,-331.531 dDocent_Contig_15035 145 . A G 734.653 . AB=0.433333;ABP=5.32654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=1.39535;EPP=59.4686;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8961;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1036;QR=2813;RO=77;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=170.214;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:43:43,0:43:1568:0:0:0,-12.9443,-141.367 0/1:60:34,26:34:1245:26:1036:-75.4653,0,-94.2545 dDocent_Contig_15036 23 . C A 206.098 . AB=0.160494;ABP=84.1054;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=712;QR=5860;RO=148;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=324.388;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:68,13:68:2649:13:515:-22.3088,0,-214.145 0/0:85:80,5:80:3211:5:197:0,-7.48203,-270.939 dDocent_Contig_15037 36 . C A 137.339 . 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AB=0.695755;ABP=144.136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=295;CIGAR=1X;DP=424;DPB=424;DPRA=0;EPP=643.595;EPPR=283.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11575;QR=5082;RO=129;RPL=0;RPP=643.595;RPPR=283.13;RPR=295;RUN=1;SAF=295;SAP=643.595;SAR=0;SRF=129;SRP=283.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:194:40,154:40:1602:154:6060:-486.799,0,-86.0147 0/1:230:89,141:89:3480:141:5515:-426.964,0,-244.006 dDocent_Contig_15039 11 . T A 5052.03 . 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AB=0.822604;ABP=634.884;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=575;CIGAR=1X;DP=699;DPB=699;DPRA=0;EPP=1251.61;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993043;PAIREDR=0.97561;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22354;QR=4873;RO=123;RPL=575;RPP=1251.61;RPPR=270.101;RPR=0;RUN=1;SAF=575;SAP=1251.61;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:238:65,173:65:2602:173:6703:-531.424,0,-162.674 0/1:461:58,402:58:2271:402:15651:-1269,0,-66.0268 dDocent_Contig_15042 111 . T A 147.01 . 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AB=0.134615;ABP=63.3104;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=159.356;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.930556;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=360;QR=2853;RO=72;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=159.356;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=72;SRP=159.356;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:27,2:27:1070:2:81:0,-1.04414,-88.9056 0/1:52:45,7:45:1783:7:279:-9.82523,0,-145.039 dDocent_Contig_15044 124 . T C 193.392 . AB=0.227273;ABP=31.4368;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=68.4099;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.676471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=395;QR=1343;RO=34;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=68.4099;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:18,7:18:712:7:284:-18.4077,0,-56.8791 0/1:19:16,3:16:631:3:111:-4.62997,0,-51.4048 dDocent_Contig_15045 161 . C T 248.115 . AB=0.163265;ABP=99.53;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=228;DPB=228;DPRA=0.753846;EPP=37.7539;EPPR=461.191;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=8284;RO=211;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=461.191;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=461.191;SRR=211;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:130:129,0:129:5057:0:0:0,-38.8329,-454.62 0/1:98:82,16:82:3227:16:622:-26.8115,0,-261.011 dDocent_Contig_15047 98 . N C 3150.55 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3491;QR=0;RO=0;RPL=104;RPP=228.843;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:69:0,69:0:0:69:2335:-210.416,-20.7711,0 1/1:35:0,35:0:0:35:1156:-104.338,-10.5361,0 dDocent_Contig_15048 165 . T G 1386.68 . AB=0.521739;ABP=3.38795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0.730159;EPP=107.241;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1865;QR=6555;RO=170;RPL=48;RPP=107.241;RPPR=372.161;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=107.241;SAR=48;SRF=0;SRP=372.161;SRR=170;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:44,48:44:1735:48:1865:-140.367,0,-128.679 0/0:126:126,0:126:4820:0:0:0,-37.9298,-433.74 dDocent_Contig_15050 111 . C T 120.821 . 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AB=0.663121;ABP=68.1853;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=187;CIGAR=1X;DP=282;DPB=282;DPRA=0;EPP=409.076;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.989305;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7423;QR=3762;RO=95;RPL=0;RPP=409.076;RPPR=209.3;RPR=187;RUN=1;SAF=187;SAP=409.076;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:38,72:38:1522:72:2868:-225.113,0,-104.111 0/1:172:57,115:57:2240:115:4555:-358.109,0,-149.986 dDocent_Contig_15052 1 . N G 70.251 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02402,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15053 197 . C A 134.293 . AB=0.352941;ABP=6.20364;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=1.0625;EPP=16.0391;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=995;RO=27;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:11,6:11:399:6:221:-15.1283,0,-31.1246 0/0:16:16,0:16:596:0:0:0,-4.81648,-53.9728 dDocent_Contig_15054 26 . T C 1092.4 . AB=0.184564;ABP=260.556;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=77;CIGAR=1X;DP=611;DPB=611;DPRA=0;EPP=170.214;EPPR=1162.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3125;QR=21250;RO=534;RPL=0;RPP=170.214;RPPR=1162.58;RPR=77;RUN=1;SAF=77;SAP=170.214;SAR=0;SRF=534;SRP=1162.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:313:291,22:291:11536:22:894:0,-13.4563,-956.692 0/1:298:243,55:243:9714:55:2231:-111.24,0,-783.933 dDocent_Contig_15055 91 . T G 856.735 . AB=0.134615;ABP=786.912;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=112;CIGAR=1X;DP=1442;DPB=1442;DPRA=0;EPP=246.215;EPPR=2891.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3964;QR=46830;RO=1330;RPL=112;RPP=246.215;RPPR=2891.07;RPR=0;RUN=1;SAF=112;SAP=246.215;SAR=0;SRF=1330;SRP=2891.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:766:745,21:745:26185:21:731:0,-164.476,-2289.86 0/1:676:585,91:585:20645:91:3233:-87.6735,0,-1654.09 dDocent_Contig_15056 194 . A G 214.477 . AB=0.4;ABP=4.74748;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.580645;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=328;QR=1178;RO=31;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:12,8:12:463:8:320:-23.1467,0,-35.9988 0/0:20:19,1:19:715:1:8:0,-5.2206,-63.8746 dDocent_Contig_15057 20 . T C 19503.8 . AB=0.775031;ABP=534.538;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=627;CIGAR=1X;DP=809;DPB=809;DPRA=0;EPP=1364.52;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24436;QR=7285;RO=182;RPL=0;RPP=1364.52;RPPR=398.218;RPR=627;RUN=1;SAF=627;SAP=1364.52;SAR=0;SRF=182;SRP=398.218;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:417:91,326:91:3636:326:12749:-1021.01,0,-201.725 0/1:392:91,301:91:3649:301:11687:-933.064,0,-210.417 dDocent_Contig_15058 83 . G A 8415.13 . AB=0.497537;ABP=3.03169;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=202;CIGAR=1M1D1X2M;DP=406;DPB=336.2;DPRA=0;EPP=441.648;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7898;QR=2193;RO=57;RPL=202;RPP=441.648;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=202;SAP=441.648;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:215:41,13,75,85:41:1593:13,75,85:479,2914,3186:-357.092,-330.27,-457.255,-130.006,-221.743,-238.331,-108.526,-200.261,0,-213.837 1|0:191:16,6,127,42:16:600:6,127,42:239,4984,1611:-488.119,-473.254,-520.588,-83.0697,-112.526,-93.9779,-360.731,-390.189,0,-397.227 dDocent_Contig_15060 20 . C T 49.9349 . AB=0.0921053;ABP=222.672;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=371;DPB=371;DPRA=0.694064;EPP=33.4109;EPPR=769.54;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=570;QR=13876;RO=353;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=769.54;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=353;SRP=769.54;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:152:134,14:134:5293:14:570:-6.69246,0,-431.281 0/0:219:219,0:219:8583:0:0:0,-65.9256,-772.002 dDocent_Contig_15061 41 . G A 1186.45 . AB=0.340909;ABP=32.0291;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.955556;PAIREDR=0.988506;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1794;QR=3437;RO=87;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=191.928;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:35,34:35:1388:34:1353:-101.265,0,-104.407 0/1:63:52,11:52:2049:11:441:-21.0795,0,-165.643 dDocent_Contig_15062 90 . T C 18457.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=630;CIGAR=1X;DP=663;DPB=663;DPRA=0;EPP=1371.04;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9778;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998413;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21671;QR=1158;RO=33;RPL=630;RPP=1371.04;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=630;SAP=1371.04;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:217:16,201:16:558:201:6918:-572.162,-14.7761,0 1/1:446:17,429:17:600:429:14753:-1273.3,-79.9299,0 dDocent_Contig_15064 10 . T C 7925.11 . AB=0.728614;ABP=156.903;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=247;CIGAR=1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=539.364;EPPR=139.341;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.753036;PAIREDR=0.771739;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9984;QR=3663;RO=92;RPL=0;RPP=539.364;RPPR=202.786;RPR=247;RUN=1;SAF=247;SAP=539.364;SAR=0;SRF=84;SRP=139.341;SRR=8;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:164:44,120:44:1744:120:4829:-385.113,0,-107.804 0/1:175:48,127:48:1919:127:5155:-411.097,0,-120.23 dDocent_Contig_15065 98 . N A 49.4003 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:52:-4.93894,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15066 11 . G A 907.686 . AB=0.54386;ABP=3.9627;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=57;DPB=57;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.967742;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1233;QR=1052;RO=26;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=59.4686;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:12,24:12:485:24:966:-76.4034,0,-33.1642 0/1:21:14,7:14:567:7:267:-18.0642,0,-45.0509 dDocent_Contig_15067 9 . C A 37203.8 . AB=0.0839955;ABP=1327.31;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=74;CIGAR=1X2M1X4M;DP=1707;DPB=1707;DPRA=0;EPP=163.699;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2783;QR=7911;RO=204;RPL=0;RPP=163.699;RPPR=445.991;RPR=74;RUN=1;SAF=74;SAP=163.699;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:826:116,202,0,46,458:116:4496:202,0,46,458:7805,0,1852,18205:-1735.46,-1129.37,-1437.92,-1770.38,-1498.73,-2139.75,-1617.74,-1346.09,-1987.11,-1973.26,-271.653,0,-641.017,-488.376,-503.145 1|0:881:88,163,74,3,547:88:3415:163,74,3,547:6246,2783,121,21666:-1988.62,-1502.52,-1734.04,-1787.11,-1555.11,-2045.42,-2005.14,-1773.13,-2057.72,-2284.82,-232.003,0,-284.591,-502.616,-347.927 dDocent_Contig_15068 44 . T A 99.8268 . AB=0.4;ABP=3.87889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=168;QR=800;RO=21;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=48.6112;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:6,4:6:226:4:159:-11.6817,0,-17.6902 0/0:16:15,1:15:574:1:9:0,-3.91648,-51.0999 dDocent_Contig_15069 79 . C T 70.4401 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.46875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=252;QR=2338;RO=64;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:31,6:31:1128:6:217:-8.74298,0,-90.6911 0/0:34:33,1:33:1210:1:35:0,-6.73639,-105.706 dDocent_Contig_15070 107 . N T 507.174 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=554;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=0;RPR=18;RUN=1;SAF=0;SAP=42.0968;SAR=18;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:76:-7.09104,-0.90309,0 1/1:15:0,15:0:0:15:478:-43.325,-4.51545,0 dDocent_Contig_15071 160 . T C 215.121 . AB=0.141844;ABP=160.111;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=2.04348;EPP=46.4397;EPPR=415.59;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=726;QR=7110;RO=190;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=415.59;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=415.59;SRR=190;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:141:121,20:121:4490:20:726:-23.211,0,-361.665 0/0:69:69,0:69:2620:0:0:0,-20.7711,-235.951 dDocent_Contig_15072 39 . G A 1105.58 . AB=0.28125;ABP=69.5116;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=2X;DP=277;DPB=277;DPRA=1.36752;EPP=100.727;EPPR=506.792;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1780;QR=9169;RO=232;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=506.792;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=232;SRP=506.792;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:160:115,45:115:4543:45:1780:-112.257,0,-360.664 0|0:117:117,0:117:4626:0:0:0,-35.2205,-416.293 dDocent_Contig_15073 61 . T C 328.258 . AB=0.207317;ABP=64.0234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=82;DPB=82;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=672;QR=2564;RO=65;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:32,4:32:1290:4:157:-3.67084,0,-105.527 0/1:46:33,13:33:1274:13:515:-32.8493,0,-101.084 dDocent_Contig_15074 53 . G C 2798.95 . AB=0.754098;ABP=71.4295;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3554;QR=1182;RO=30;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:8,31:8:321:31:1209:-97.3539,0,-17.5168 0/1:83:22,61:22:861:61:2345:-186.24,0,-52.8158 dDocent_Contig_15076 15 . A G 46.1423 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.545455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=2164;RO=55;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=122.441;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:14:13,1:13:518:1:40:0,-0.218741,-42.972 0/1:48:42,6:42:1646:6:230:-6.61291,0,-133.927 dDocent_Contig_15078 1 . N G 796.875 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=875;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=0;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:14:0,14:0:0:14:490:-44.4304,-4.21442,0 1/1:12:0,12:0:0:12:385:-34.956,-3.61236,0 dDocent_Contig_15079 10 . T C 1025.75 . AB=0.580645;ABP=6.51267;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1381;QR=1047;RO=26;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=59.4686;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:11,7:11:441:7:263:-18.6066,0,-34.6266 0/1:44:15,29:15:606:29:1118:-87.6673,0,-41.6316 dDocent_Contig_15080 98 . N T 44.6765 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=2;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 0/0:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 dDocent_Contig_15081 157 . G A 40.9377 . AB=0.176471;ABP=18.4661;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.72973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=1483;RO=37;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:14,3:14:544:3:117:-5.7927,0,-44.1771 0/0:24:23,1:23:939:1:38:0,-3.42745,-81.012 dDocent_Contig_15082 140 . A G 412.283 . AB=0.229167;ABP=64.1734;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=813;QR=2918;RO=74;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=163.699;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:54,11:54:2132:11:405:-17.2111,0,-172.502 0/1:31:20,11:20:786:11:408:-27.7162,0,-61.7248 dDocent_Contig_15084 48 . T A 1141.38 . AB=0.1247;ABP=1023.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X;DP=834;DPB=834;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=1577.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4096;QR=29200;RO=729;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=1577.34;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=729;SRP=1586.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:455:397,58:397:15905:58:2285:-68.8395,0,-1293.19 0/1:379:332,46:332:13295:46:1811:-48.9978,0,-1081.34 dDocent_Contig_15085 14 . G T 282.336 . AB=0.241379;ABP=36.7056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=134;DPB=134;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=687;QR=4568;RO=116;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=254.901;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:44,14:44:1742:14:523:-29.9325,0,-139.53 0/0:76:72,4:72:2826:4:164:0,-7.72838,-239.299 dDocent_Contig_15086 107 . N T 322.194 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:8:0,8:0:0:8:276:-25.1757,-2.40824,0 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 dDocent_Contig_15087 107 . A T 1155.41 . AB=0.639344;ABP=13.2981;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=2X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.846154;PAIREDR=0.761905;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1523;QR=839;RO=21;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=48.6112;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:12,12:12:476:12:465:-34.5646,0,-35.5565 0|1:36:9,27:9:363:27:1058:-84.6756,0,-22.1972 dDocent_Contig_15089 77 . C T 1351.22 . AB=0.630137;ABP=13.7487;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=46;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.847826;PAIREDR=0.851852;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1780;QR=1056;RO=27;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:8,25:8:304:25:968:-77.4805,0,-17.7774 0/1:40:19,21:19:752:21:812:-61.3405,0,-55.9622 dDocent_Contig_15090 64 . G T 492.232 . AB=0.0735294;ABP=110.434;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=8M1X13M;DP=110;DPB=117.727;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=191;QR=2349;RO=67;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=148.499;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:68:49,1,8,5:49:1726:1,8,5:28,247,191:-5.07687,-17.6092,-157.875,0,-138.365,-138.175,-4.12455,-142.502,-124.909,-143.214 0|0:42:18,3,20,0:18:623:3,20,0:116,659,0:-47.8452,-43.728,-93.4656,0,-41.1082,-44.622,-53.2637,-94.3687,-50.6426,-103.9 dDocent_Contig_15091 187 . A G 2299.28 . AB=0.431655;ABP=14.2895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X;DP=278;DPB=278;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=346.103;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3520;QR=6269;RO=158;RPL=120;RPP=263.587;RPPR=346.103;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=263.587;SAR=120;SRF=0;SRP=346.103;SRR=158;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:148:88,60:88:3503:60:1772:-115.187,0,-270.757 0/1:130:70,60:70:2766:60:1748:-118.44,0,-209.928 dDocent_Contig_15092 19 . G A 152.634 . AB=0.05;ABP=73.366;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1M2I1X;DP=72;DPB=78.5;DPRA=1.25;EPP=7.35324;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.95082;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=2405;RO=61;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=135.47;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:32:31,1,0:31:1211:1,0:40,0:0,-5.63728,-105.266,-9.33193,-105.567,-108.862 0|1:40:30,8,2:30:1194:8,2:319,74:-17.2634,0,-95.924,-20.247,-92.2809,-117.95 dDocent_Contig_15093 34 . C A 84.7407 . AB=0.126984;ABP=79.1497;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0.940299;EPP=20.3821;EPPR=267.93;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.754098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=4793;RO=122;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=267.93;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=122;SRP=267.93;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:67,0:67:2634:0:0:0,-20.169,-237.19 0/1:63:55,8:55:2159:8:323:-10.4741,0,-175.534 dDocent_Contig_15094 13 . T C 281.066 . AB=0.236364;ABP=36.2141;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=529;QR=1690;RO=42;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=94.2121;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:20,9:20:802:9:367:-24.6654,0,-63.7664 0/1:26:22,4:22:888:4:162:-7.14018,0,-72.3981 dDocent_Contig_15095 25 . C A 184.478 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=1.55556;EPP=18.2106;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=270;QR=619;RO=16;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=37.7539;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:343:0:0:0,-2.70927,-31.2195 0/1:14:7,7:7:276:7:270:-20.4478,0,-20.9929 dDocent_Contig_15096 98 . N T 83.6659 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3.5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=19;PQR=0;PRO=0;QA=92;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:92:-8.36604,-0.90309,0 dDocent_Contig_15098 1 . N G 141.415 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:153:-14.1412,-1.20412,0 dDocent_Contig_15099 20 . T A 8479.49 . AB=0.774011;ABP=233.873;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=274;CIGAR=1X;DP=354;DPB=354;DPRA=0;EPP=597.994;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.963504;PAIREDR=0.975;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10649;QR=2879;RO=80;RPL=0;RPP=597.994;RPPR=176.728;RPR=274;RUN=1;SAF=274;SAP=597.994;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:38,135:38:1360:135:5267:-421.86,0,-70.6084 0/1:181:42,139:42:1519:139:5382:-429.787,0,-82.5058 dDocent_Contig_15100 160 . A C 1695.53 . AB=0.615385;ABP=13.5336;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2223;QR=1378;RO=35;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=124.613;SAR=56;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:26,35:26:1014:35:1392:-107.177,0,-73.1853 0/1:30:9,21:9:364:21:831:-66.0748,0,-24.0941 dDocent_Contig_15101 98 . N A 178.602 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:119:-11.0059,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_15102 23 . T C 17124.4 . AB=0.562622;ABP=37.8218;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=575;CIGAR=1X;DP=1022;DPB=1022;DPRA=0;EPP=1251.61;EPPR=973.658;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.92;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22502;QR=16879;RO=447;RPL=0;RPP=1251.61;RPPR=973.658;RPR=575;RUN=1;SAF=575;SAP=1251.61;SAR=0;SRF=447;SRP=973.658;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:548:217,331:217:8240:331:12997:-1003.92,0,-576.407 0/1:474:230,244:230:8639:244:9505:-712.22,0,-634.556 dDocent_Contig_15103 10 . T G 35153.3 . AB=0.759754;ABP=859.235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1110;CIGAR=1X;DP=1461;DPB=1461;DPRA=0;EPP=2413.34;EPPR=760.854;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44026;QR=13942;RO=349;RPL=0;RPP=2413.34;RPPR=760.854;RPR=1110;RUN=1;SAF=1110;SAP=2413.34;SAR=0;SRF=349;SRP=760.854;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:746:169,575:169:6754:575:22901:-1834.75,0,-383.192 0/1:715:180,535:180:7188:535:21125:-1684.27,0,-431.322 dDocent_Contig_15104 21 . T C 7059.37 . AB=0.762887;ABP=177.691;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=222;CIGAR=1X;DP=291;DPB=291;DPRA=0;EPP=485.077;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.851351;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8855;QR=2610;RO=65;RPL=0;RPP=485.077;RPPR=144.156;RPR=222;RUN=1;SAF=222;SAP=485.077;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:160:15,142:15:601:142:5644:-460.126,0,-6.76883 0/1:131:50,80:50:2009:80:3211:-249.511,0,-141.461 dDocent_Contig_15106 28 . G T 157.763 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=349;QR=1469;RO=37;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=83.3548;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:632:7:267:-17.465,0,-50.2895 0/1:24:21,2:21:837:2:82:-0.679513,0,-68.6465 dDocent_Contig_15107 24 . T C 52.3165 . AB=0.153846;ABP=30.0702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=1.18182;EPP=11.6962;EPPR=74.2741;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.454545;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1723;RO=44;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=98.5551;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=41;SRP=74.2741;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:879:0:0:0,-6.62266,-79.4211 0/1:26:22,4:22:844:4:163:-7.23165,0,-68.4355 dDocent_Contig_15108 107 . N G 1219.5 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=40;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=57.7;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1349;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=0;RPR=40;RUN=1;SAF=0;SAP=89.8692;SAR=40;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:26:0,26:0:0:26:870:-78.6074,-7.82678,0 1/1:14:0,14:0:0:14:479:-43.0416,-4.21442,0 dDocent_Contig_15109 44 . C T 671.591 . AB=0.243697;ABP=70.9099;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=1.65278;EPP=65.983;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1160;QR=6483;RO=162;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=354.789;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:119:90,29:90:3598:29:1160:-68.858,0,-288.013 0/0:72:72,0:72:2885:0:0:0,-21.6742,-259.74 dDocent_Contig_15110 107 . N A 88.3529 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=88;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:53:-5.03393,-0.60206,0 dDocent_Contig_15111 209 . N G 110.957 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:119:-11.0952,-0.90309,0 dDocent_Contig_15112 109 . G A 41.5974 . AB=0.151515;ABP=37.8197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983051;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=2028;RO=59;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=131.127;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=131.127;SRR=59;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:33:31,2:31:1071:2:70:0,-3.28659,-90.0525 0/1:33:28,5:28:957:5:175:-6.1597,0,-76.5072 dDocent_Contig_15113 62 . A G 75.3925 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=245;QR=1944;RO=54;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:30:29,1:29:1035:1:39:0,-5.13434,-89.5638 0/1:31:25,6:25:909:6:206:-9.53925,0,-72.7982 dDocent_Contig_15116 21 . G A 17460.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=510;CIGAR=1X;DP=530;DPB=530;DPRA=0;EPP=1110.46;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=20189;QR=770;RO=19;RPL=0;RPP=1110.46;RPPR=44.2683;RPR=510;RUN=1;SAF=510;SAP=1110.46;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:285:11,273:11:443:273:10762:-927.699,-45.3936,0 1/1:245:8,237:8:327:237:9427:-818.08,-43.9522,0 dDocent_Contig_15118 29 . G A 825.868 . AB=0.336634;ABP=26.4235;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X1M2X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.794118;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1289;QR=2600;RO=66;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=146.327;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:48,20:48:1887:20:755:-47.5223,0,-149.302 0|1:32:18,14:18:713:14:534:-38.7635,0,-54.8656 dDocent_Contig_15120 86 . A T 5415.9 . AB=0.446894;ABP=15.2341;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=223;CIGAR=1X;DP=499;DPB=499;DPRA=0;EPP=487.249;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7723;QR=9574;RO=276;RPL=223;RPP=487.249;RPPR=602.337;RPR=0;RUN=1;SAF=223;SAP=487.249;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:203:70,133:70:2425:133:4600:-353.083,0,-157.402 0/1:296:206,90:206:7149:90:3123:-192.206,0,-554.408 dDocent_Contig_15121 1 . N G 61.4413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=22;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:122:-6.14359,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15122 44 . T C 2336.81 . AB=0.33209;ABP=68.6406;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=89;CIGAR=1X;DP=268;DPB=268;DPRA=0;EPP=196.271;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972067;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3529;QR=7104;RO=179;RPL=0;RPP=196.271;RPPR=391.704;RPR=89;RUN=1;SAF=89;SAP=196.271;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:84,30:84:3353:30:1189:-72.9716,0,-267.508 0/1:154:95,59:95:3751:59:2340:-164.408,0,-291.245 dDocent_Contig_15124 41 . C T 217.5 . AB=0.111111;ABP=73.9451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X2M1X3M1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=2234;RO=57;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=126.784;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:13,0,7:13:512:0,7:0,283:-19.8224,-23.7358,-65.8501,0,-42.5145,-40.4073 0|1:54:44,6,4:44:1722:6,4:230,156:-5.62648,0,-139.771,-6.04793,-128.756,-146.427 dDocent_Contig_15125 110 . G C 1747.93 . AB=0.475728;ABP=3.53736;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=2X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.877551;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1700;QR=643;RO=19;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=44.2683;RPR=49;RUN=1;SAF=0;SAP=109.412;SAR=49;SRF=0;SRP=44.2683;SRR=19;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:56:13,19,24:13:436:19,24:658,817:-80.5343,-30.9666,-60.5579,-18.1768,0,-46.2602 1|0:47:6,30,11:6:207:30,11:1042,391:-97.9581,-15.0563,-22.8389,-67.8991,0,-81.4045 dDocent_Contig_15126 17 . G A 335.503 . AB=0.174312;ABP=103.436;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=19;CIGAR=1X1M1X;DP=211;DPB=211;DPRA=1.06863;EPP=44.2683;EPPR=419.933;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=756;QR=7619;RO=192;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=419.933;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=192;SRP=419.933;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:102:102,0:102:4052:0:0:0,-30.7051,-364.678 0|1:109:90,19:90:3567:19:756:-35.5503,0,-288.269 dDocent_Contig_15127 141 . T C 84.6888 . AB=0.227273;ABP=17.2236;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=186;QR=559;RO=16;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=37.7539;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:9,1:9:314:1:37:-0.462638,0,-25.4807 0/1:11:7,4:7:245:4:149:-10.4626,0,-19.0799 dDocent_Contig_15128 71 . G A 1470.53 . AB=0.27907;ABP=94.1616;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=60;CIGAR=1X;DP=215;DPB=215;DPRA=0;EPP=133.299;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.541935;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2388;QR=6175;RO=155;RPL=22;RPP=12.2752;RPPR=45.389;RPR=38;RUN=1;SAF=22;SAP=12.2752;SAR=38;SRF=50;SRP=45.389;SRR=105;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:77,24:77:3087:24:966:-56.8363,0,-247.497 0/1:114:78,36:78:3088:36:1422:-93.9159,0,-243.672 dDocent_Contig_15131 8 . A T 689.679 . AB=0.287129;ABP=42.7633;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=1.20238;EPP=65.983;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.858974;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1123;QR=5924;RO=156;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=341.76;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:84:84,0:84:3189:0:0:0,-25.2865,-287.162 0/1:101:72,29:72:2735:29:1123:-70.9679,0,-215.932 dDocent_Contig_15133 20 . T A 26804.4 . AB=0.273663;ABP=435.518;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=266;CIGAR=1M1D1X3M;DP=972;DPB=819.5;DPRA=0;EPP=580.622;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10617;QR=2157;RO=55;RPL=0;RPP=580.622;RPPR=122.441;RPR=266;RUN=1;SAF=266;SAP=580.622;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:495:27,119,346:27:1070:119,346:4749,13147:-1372.91,-989.936,-1042.19,-303.036,0,-286.952 1|0:477:28,147,298:28:1087:147,298:5868,11292:-1311.22,-836.378,-881.429,-393.99,0,-393.584 dDocent_Contig_15134 106 . N T 63.6413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_15135 41 . T C 367.993 . AB=0.126482;ABP=309.6;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=253;DPB=253;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995475;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1277;QR=8804;RO=221;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=482.906;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:93,20:93:3706:20:802:-38.4791,0,-299.539 0/1:140:128,12:128:5098:12:475:-0.955859,0,-416.537 dDocent_Contig_15136 29 . C T 30.5125 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=1.1;EPP=9.52472;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1567;RO=39;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=87.6977;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:19,3:19:754:3:122:-4.74983,0,-61.553 0/0:20:20,0:20:813:0:0:0,-6.0206,-73.4848 dDocent_Contig_15137 39 . A G 1256.41 . AB=0.453608;ABP=4.82359;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X3M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=98.5551;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.477273;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1703;QR=1362;RO=35;RPL=0;RPP=98.5551;RPPR=79.0118;RPR=44;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:12,20,7:12:475:20,7:791,275:-61.4862,0,-33.0743,-42.4822,-16.4789,-79.4681 0|1:58:23,24,11:23:887:24,11:912,424:-67.8534,0,-65.6084,-39.9659,-38.0237,-109.49 dDocent_Contig_15138 56 . G A 53.0154 . AB=0.139535;ABP=51.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0.86;EPP=16.0391;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.816092;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=221;QR=3242;RO=87;RPL=2;RPP=4.45795;RPPR=4.23331;RPR=4;RUN=1;SAF=2;SAP=4.45795;SAR=4;SRF=40;SRP=4.23331;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:1878:0:0:0,-15.0515,-169.263 0/1:43:37,6:37:1364:6:221:-7.30153,0,-110.088 dDocent_Contig_15139 53 . C A 740.76 . AB=0.0609756;ABP=140.29;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=4X3M1X3M1X3M1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.36;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=3883;RO=100;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:59:47,0,12:47:1822:0,12:0,479:-25.6975,-39.8459,-189.514,0,-150.064,-146.452 0|0:82:53,5,21:53:2061:5,21:196,827:-52.0774,-51.9139,-219.767,0,-153.242,-163.039 dDocent_Contig_15140 25 . C T 456.01 . AB=0.339623;ABP=14.851;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=717;QR=1412;RO=35;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=79.0118;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1133:4:161:-5.24231,0,-92.6172 0/1:21:7,14:7:279:14:556:-44.0575,0,-19.1586 dDocent_Contig_15142 13 . A G 17030.4 . AB=0.14526;ABP=1432.7;AC=4;AF=1;AN=4;AO=190;CIGAR=1X2M1X5M1X;DP=1308;DPB=1308.8;DPRA=0;EPP=415.59;EPPR=317.874;GTI=0;LEN=1;MEANALT=13.5;MQM=55.0263;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.842105;PAIREDR=0.8;PAO=3;PQA=117;PQR=0;PRO=0;QA=6942;QR=5735;RO=145;RPL=0;RPP=415.59;RPPR=317.874;RPR=190;RUN=1;SAF=190;SAP=415.59;SAR=0;SRF=145;SRP=317.874;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:680:94,60,40,277,106,64:94:3706:60,40,277,106,64:2357,1557,10764,3861,2575:-763.979,-617.274,-904.12,-667.798,-797.704,-960.664,-6.46716,-136.376,-186.898,-227.99,-480.895,-610.802,-661.325,0,-753.894,-580.06,-709.967,-760.491,-99.1598,-573.588,-865.703 1|1:628:51,59,60,304,84,35:51:2029:59,60,304,84,35:2308,2336,11738,3081,1404:-942.763,-774.825,-924.131,-785.869,-769.645,-934.874,-80.6451,-64.4234,-75.4704,-156.201,-710.398,-694.175,-705.219,0,-852.179,-842.435,-826.212,-837.256,-132.033,-761.785,-998.967 dDocent_Contig_15143 19 . T A 105.838 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X2M1D7M;DP=52;DPB=51.2727;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=324;QR=1692;RO=44;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:24,5:24:927:5:201:-9.74102,0,-75.0065 0|1:23:20,3:20:765:3:123:-4.5411,0,-62.2494 dDocent_Contig_15144 12 . A T 278.936 . AB=0.25;ABP=29.068;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=487;QR=1422;RO=36;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=81.1833;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:14,10:14:558:10:405:-29.5848,0,-43.3382 0/1:24:22,2:22:864:2:82:-0.554958,0,-70.8401 dDocent_Contig_15145 11 . A C 39.6101 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0.828571;EPP=11.6962;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.966667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=159;QR=2414;RO=60;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=133.299;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:35:35,0:35:1406:0:0:0,-10.536,-126.79 0/1:29:25,4:25:1008:4:159:-5.96096,0,-82.2814 dDocent_Contig_15146 182 . A G 329.341 . AB=0.0892857;ABP=85.0609;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=194;QR=1329;RO=34;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:20:7,3,8,2:7:277:3,8,2:118,323,82:-24.5221,-16.9252,-38.8158,0,-13.0896,-20.3868,-19.8598,-32.9496,-16.0244,-42.0533 0|0:36:27,0,6,3:27:1052:0,6,3:0,245,112:-12.1109,-20.2387,-106.696,0,-86.4771,-84.6709,-11.0827,-97.5299,-77.3111,-96.6268 dDocent_Contig_15148 9 . C T 2111.38 . AB=0.0408163;ABP=720.926;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=2X3M1X;DP=392;DPB=391.667;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=400.39;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=27.9375;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.994536;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=7185;RO=183;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=400.39;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=183;SRP=400.39;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:151:57,19,43,9,7:57:2247:19,43,9,7:662,1694,346,244:-96.2812,-64.6783,-243.862,0,-136.161,-171.97,-94.5837,-230.726,-166.061,-276.773,-93.8379,-229.982,-165.315,-259.883,-276.632 0|1:241:126,17,55,7,17:126:4938:17,55,7,17:575,2151,276,614:-118.556,-111.222,-512.203,0,-360.857,-389.56,-141.555,-502.389,-391.186,-545.542,-106.899,-467.738,-356.535,-498.068,-507.882 dDocent_Contig_15149 9 . C T 42.0947 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=1118;RO=29;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=65.983;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:13,3:13:498:3:115:-5.90841,0,-40.3488 0/0:16:16,0:16:620:0:0:0,-4.81648,-56.1401 dDocent_Contig_15150 28 . T C 15821.4 . AB=0.461011;ABP=18.419;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=538;CIGAR=1X;DP=1167;DPB=1167;DPRA=0;EPP=1171.26;EPPR=1366.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998408;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21538;QR=25225;RO=628;RPL=0;RPP=1171.26;RPPR=1366.69;RPR=538;RUN=1;SAF=538;SAP=1171.26;SAR=0;SRF=628;SRP=1366.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:526:251,275:251:10078:275:11038:-834.304,0,-748.004 0/1:641:377,263:377:15147:263:10500:-751.531,0,-1169.22 dDocent_Contig_15152 146 . C T 295.376 . AB=0.0909091;ABP=50.9801;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X3M1X2M1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=991;RO=28;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=63.8115;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:19:10,3,0,6:10:325:3,0,6:98,0,216:-14.4879,-9.5955,-34.9015,-17.4982,-35.8046,-43.7159,0,-18.3147,-26.228,-24.4218 0|0:33:18,1,3,9:18:666:1,3,9:32,105,328:-18.7487,-21.5898,-75.7937,-15.6198,-67.552,-69.2261,0,-51.9345,-45.9695,-51.8018 dDocent_Contig_15153 107 . N C 462.771 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=17;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=16.3887;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=511;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=0;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:17:0,17:0:0:17:511:-46.2771,-5.11751,0 dDocent_Contig_15154 1 . N G 104.57 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.25;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.47877,-0.30103,0 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-6.6758,-0.90309,0 dDocent_Contig_15156 98 . N T 58.0369 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=56;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:20:-1.89999,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 dDocent_Contig_15157 29 . G T 3535.45 . AB=0.789855;ABP=103.716;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=109;CIGAR=1M1X1M;DP=138;DPB=134;DPRA=0;EPP=239.701;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0917431;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4396;QR=670;RO=17;RPL=0;RPP=239.701;RPPR=39.9253;RPR=109;RUN=1;SAF=109;SAP=239.701;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:77:7,6,64:7:279:6,64:244,2576:-210.183,-192.163,-213.333,0,-2.84187,-3.70613 0|1:61:10,6,45:10:391:6,45:234,1820:-147.057,-130.836,-161.175,0,-12.9158,-18.6015 dDocent_Contig_15158 99 . N T 87.5486 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=4X8I5X;DP=3;DPB=5.77778;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40.3333;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=33;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:3:0,3:0:0:3:103:-8.75432,-0.90309,0 dDocent_Contig_15161 98 . N G 228.987 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=8;CIGAR=2X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.1503;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=251;QR=0;RO=0;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:8:0,8:0:0:8:251:-22.8987,-2.40824,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15162 82 . G C 4221.77 . AB=0.602151;ABP=28.2974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=1X;DP=279;DPB=279;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=59.6355;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.928571;PAIREDR=0.990654;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5650;QR=3376;RO=107;RPL=168;RPP=367.818;RPPR=226.753;RPR=0;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=106;SRP=226.753;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:146:22,120:22:717:120:4069:-323.343,0,-21.7552 0/1:133:85,48:85:2659:48:1581:-102.533,0,-198.067 dDocent_Contig_15164 11 . G A 569.071 . AB=0.153543;ABP=267.827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=254;DPB=254;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=469.877;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.7949;MQMR=52.2233;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.948718;PAIREDR=0.986047;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1529;QR=8369;RO=215;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=469.877;RPR=39;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=215;SRP=469.877;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:97:86,11:86:3368:11:421:-8.01181,0,-263.564 0/1:157:129,28:129:5001:28:1108:-52.5943,0,-392.094 dDocent_Contig_15165 19 . T C 1514.17 . AB=0.671233;ABP=21.6017;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.897959;PAIREDR=0.916667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1961;QR=957;RO=24;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=55.1256;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:12,18:12:486:18:728:-56.8137,0,-35.0605 0/1:43:12,31:12:471:31:1233:-98.3025,0,-29.793 dDocent_Contig_15166 11 . G A 694.232 . AB=0.183168;ABP=179.136;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=202;DPB=202;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=361.303;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993939;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1481;QR=6503;RO=165;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=361.303;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=165;SRP=361.303;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:78,12:78:3036:12:477:-16.184,0,-246.248 0/1:112:87,25:87:3467:25:1004:-56.9382,0,-278.358 dDocent_Contig_15167 52 . T C 1353.2 . AB=0.366197;ABP=25.092;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=84.1751;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2013;QR=3350;RO=90;RPL=52;RPP=115.927;RPPR=73.366;RPR=0;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=56;SRP=14.688;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:52,44:52:1916:44:1696:-123.97,0,-143.775 0/1:46:38,8:38:1434:8:317:-15.0483,0,-115.482 dDocent_Contig_15169 88 . A T 224.063 . AB=0.25;ABP=33.4109;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.588235;PAIREDR=0.712644;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=531;QR=2969;RO=87;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:45,3:45:1524:3:76:0,-7.3584,-130.361 0/1:56:42,14:42:1445:14:455:-24.4063,0,-113.489 dDocent_Contig_15170 18 . G A 24072.8 . AB=0.63629;ABP=201.296;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=782;CIGAR=1X;DP=1229;DPB=1229;DPRA=0;EPP=1701.1;EPPR=969.316;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30927;QR=17409;RO=445;RPL=0;RPP=1701.1;RPPR=969.316;RPR=782;RUN=1;SAF=782;SAP=1701.1;SAR=0;SRF=445;SRP=969.316;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:600:192,407:192:7567:407:16027:-1260.53,0,-499.971 0/1:629:253,375:253:9842:375:14900:-1150.44,0,-695.787 dDocent_Contig_15171 161 . T G 107.993 . AB=0.2;ABP=34.2795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=37.8889;MQMR=47;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=315;QR=1813;RO=49;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:17,1:17:632:1:9:0,-4.51884,-55.6158 0/1:40:32,8:32:1181:8:306:-12.7993,0,-93.1621 dDocent_Contig_15172 10 . G A 362.748 . AB=0.215909;ABP=64.6999;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=54.4211;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.789474;PAIREDR=0.826087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=758;QR=2680;RO=69;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=152.842;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:33,14:33:1274:14:555:-34.5342,0,-100.783 0/1:41:36,5:36:1406:5:203:-5.43946,0,-114.458 dDocent_Contig_15173 114 . A C 139.86 . AB=0.291667;ABP=12.0581;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.761905;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=328;QR=1422;RO=42;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=94.2121;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:849:2:74:0,-1.10193,-69.6965 0/1:24:17,7:17:573:7:254:-15.9858,0,-44.6613 dDocent_Contig_15174 32 . G C 2976.48 . AB=0.240809;ABP=320.444;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=544;DPB=544;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=899.828;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.992366;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5165;QR=16320;RO=413;RPL=0;RPP=287.473;RPPR=899.828;RPR=131;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=413;SRP=899.828;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:269:211,58:211:8339:58:2271:-123.576,0,-669.082 0/1:275:202,73:202:7981:73:2894:-177.771,0,-635.1 dDocent_Contig_15176 23 . A T 119.77 . AB=0.155172;ABP=62.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X3M;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.829787;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=1826;RO=47;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=105.07;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:17:13,2,2:13:496:2,2:78,78:-2.49837,0,-40.079,0,-34.2681,-40.079 0|1:41:34,0,7:34:1330:0,7:0,277:-12.9578,-23.1928,-132.542,0,-109.744,-107.637 dDocent_Contig_15177 24 . G A 32607.9 . AB=0.745061;ABP=557.504;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=792;CIGAR=1X2M1X;DP=1063;DPB=1063;DPRA=0;EPP=1722.82;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.998737;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31090;QR=944;RO=24;RPL=0;RPP=1722.82;RPPR=55.1256;RPR=792;RUN=1;SAF=792;SAP=1722.82;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:528:10,444,73:10:397:444,73:17414,2838:-1629.47,-200.502,-99.5291,-1399.31,0,-1410.02 1|0:535:14,348,171:14:547:348,171:13676,6795:-1635.02,-514.427,-454.637,-1079.85,0,-1073.35 dDocent_Contig_15178 107 . N T 358.714 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:9:0,9:0:0:9:284:-25.867,-2.70927,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_15179 18 . T C 265.486 . AB=0.13986;ABP=164.109;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=1.08333;EPP=46.4397;EPPR=556.736;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=792;QR=10200;RO=255;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=556.736;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=255;SRP=556.736;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:132:132,0:132:5287:0:0:0,-39.736,-475.673 0/1:143:123,20:123:4913:20:792:-28.5486,0,-399.005 dDocent_Contig_15180 39 . G A 1124.48 . 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AB=0.290323;ABP=14.8483;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.901961;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=449;QR=2005;RO=51;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=113.755;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:22,9:22:862:9:367:-24.0633,0,-68.5508 0/0:31:29,2:29:1143:2:82:0,-1.55225,-95.371 dDocent_Contig_15182 30 . T G 618.199 . 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AB=0.897172;ABP=536.004;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=349;CIGAR=1X;DP=389;DPB=389;DPRA=0;EPP=760.854;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13611;QR=1579;RO=40;RPL=0;RPP=760.854;RPPR=89.8692;RPR=349;RUN=1;SAF=349;SAP=760.854;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:184:22,162:22:855:162:6308:-512.146,0,-21.8636 0/1:205:18,187:18:724:187:7303:-595.27,0,-3.77405 dDocent_Contig_15186 48 . T C 4276.57 . 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AB=0.159091;ABP=180.676;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=176;DPB=176;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986486;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=836;QR=5648;RO=148;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=324.388;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:76,11:76:2897:11:374:-7.79063,0,-234.721 0/1:89:72,17:72:2751:17:462:-15.0434,0,-220.983 dDocent_Contig_15188 209 . N G 112.805 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.28,-0.90309,0 dDocent_Contig_15189 209 . N G 461.209 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=501;QR=0;RO=0;RPL=13;RPP=31.2394;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:6:0,6:0:0:6:239:-21.8844,-1.80618,0 1/1:7:0,7:0:0:7:262:-23.9354,-2.10721,0 dDocent_Contig_15190 59 . T C 21902 . AB=0.697927;ABP=347.704;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=707;CIGAR=1X;DP=1013;DPB=1013;DPRA=0;EPP=1538.24;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27787;QR=12117;RO=306;RPL=707;RPP=1538.24;RPPR=667.481;RPR=0;RUN=1;SAF=707;SAP=1538.24;SAR=0;SRF=306;SRP=667.481;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:536:139,397:139:5540:397:15552:-1237.16,0,-337.079 0/1:477:167,310:167:6577:310:12235:-956.73,0,-448.085 dDocent_Contig_15191 51 . T C 319.514 . AB=0.258065;ABP=34.5317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=108;DPB=108;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=194.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=0.715909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=730;QR=3257;RO=88;RPL=9;RPP=3.44459;RPPR=3.40511;RPR=11;RUN=1;SAF=9;SAP=3.44459;SAR=11;SRF=46;SRP=3.40511;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:42,4:42:1562:4:149:0,-0.0768339,-127.079 0/1:62:46,16:46:1695:16:581:-33.9495,0,-134.15 dDocent_Contig_15192 27 . G A 1261.77 . AB=0.26087;ABP=105.825;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=207;DPB=207;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.96732;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2129;QR=5970;RO=153;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=335.246;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:118:86,32:86:3358:32:1272:-79.2275,0,-266.767 0/1:89:67,22:67:2612:22:857:-50.6482,0,-208.427 dDocent_Contig_15193 20 . T C 4516.2 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=184;CIGAR=1X;DP=188;DPB=188;DPRA=0;EPP=208.639;EPPR=11.6962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.8696;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0706522;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6061;QR=140;RO=4;RPL=0;RPP=402.561;RPPR=11.6962;RPR=184;RUN=1;SAF=158;SAP=208.639;SAR=26;SRF=0;SRP=11.6962;SRR=4;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:45:2,43:2:70:43:1412:-73.8742,-6.89895,0 1/1:143:2,141:2:70:141:4649:-377.444,-36.3999,0 dDocent_Contig_15194 14 . G A 98.2651 . AB=0.140351;ABP=67.0497;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=359;QR=5561;RO=140;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=307.016;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:92:91,1:91:3622:1:41:0,-23.6002,-321.901 0/1:57:49,8:49:1939:8:318:-11.8265,0,-157.55 dDocent_Contig_15196 91 . A T 437.587 . AB=0.266667;ABP=45.5712;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.541667;PAIREDR=0.757576;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=821;QR=2257;RO=66;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=146.327;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:33,16:33:1128:16:544:-34.5328,0,-87.0752 0/1:41:33,8:33:1129:8:277:-12.9248,0,-89.574 dDocent_Contig_15197 134 . T C 41.5541 . 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AB=0.441176;ABP=4.03217;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=551;QR=692;RO=19;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:9,6:9:328:6:218:-15.4573,0,-25.3529 0/1:19:10,9:10:364:9:333:-24.6026,0,-27.3851 dDocent_Contig_15200 16 . T A 52824.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1586;CIGAR=1X;DP=1658;DPB=1658;DPRA=0;EPP=3446.97;EPPR=142.467;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61592;QR=2844;RO=72;RPL=0;RPP=3446.97;RPPR=159.356;RPR=1586;RUN=1;SAF=1586;SAP=3446.97;SAR=0;SRF=70;SRP=142.467;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:908:34,874:34:1359:874:33884:-2924.42,-150.761,0 1/1:750:38,712:38:1485:712:27708:-2357.75,-91.8682,0 dDocent_Contig_15202 142 . A G 10075.3 . AB=0.246032;ABP=991.272;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=434;CIGAR=1X;DP=1764;DPB=1764;DPRA=0;EPP=945.429;EPPR=2891.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17147;QR=52581;RO=1330;RPL=0;RPP=945.429;RPPR=2891.07;RPR=434;RUN=1;SAF=0;SAP=945.429;SAR=434;SRF=0;SRP=2891.07;SRR=1330;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:854:685,169:685:27230:169:6707:-346.254,0,-2191.18 0/1:910:645,265:645:25351:265:10440:-664.976,0,-2005.45 dDocent_Contig_15203 3 . T C 187.382 . AB=0.25974;ABP=41.6174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=30.25;MQMR=10.2321;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=688;QR=1851;RO=56;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=124.613;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:21,7:21:704:7:243:-9.5969,0,-3.48346 0/1:49:35,13:35:1147:13:445:-12.8332,0,-21.6071 dDocent_Contig_15204 13 . A G 153.7 . AB=0.35;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.11111;EPP=18.2106;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.870968;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=1240;RO=31;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=70.3259;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:715:0:0:0,-5.41854,-64.6742 0/1:20:13,7:13:525:7:256:-17.37,0,-41.5755 dDocent_Contig_15205 119 . A C 3235.36 . AB=0.406824;ABP=31.741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=155;CIGAR=2M1X2M;DP=381;DPB=338.8;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2342;QR=468;RO=26;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=59.4686;RPR=155;RUN=1;SAF=0;SAP=339.589;SAR=155;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:181:13,82,12,65:13:237:82,12,65:1854,347,984:-189.817,-51.5411,-44.2752,-166.112,-41.3314,-179.915,-124.768,0,-114.561,-122.613 0|1:200:13,43,27,90:13:231:43,27,90:845,675,1358:-137.418,-78.2236,-82.1564,-88.7036,-42.4689,-97.4533,-46.2291,0,-10.4699,-36.0107 dDocent_Contig_15206 23 . C A 2175.28 . AB=0.483871;ABP=3.36054;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=75;CIGAR=1X;DP=155;DPB=155;DPRA=0;EPP=165.871;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2971;QR=3210;RO=80;RPL=0;RPP=165.871;RPPR=176.728;RPR=75;RUN=1;SAF=75;SAP=165.871;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:55,28:55:2204:28:1108:-75.0177,0,-173.54 0/1:72:25,47:25:1006:47:1863:-146.209,0,-69.1619 dDocent_Contig_15207 11 . G A 3930.24 . AB=0.0941176;ABP=1219.29;AC=0;AF=0;AN=4;AO=80;CIGAR=1X1M1X2M2D16M;DP=850;DPB=829.609;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=639.252;GTI=0;LEN=1;MEANALT=17;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3122;QR=11304;RO=293;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=639.252;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=293;SRP=639.252;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:350:128,41,21,57,58,35,1:128:4895:41,21,57,58,35,1:1588,788,2189,2347,1288,38:-154.99,-63.0804,-452.387,-128.985,-400.193,-524.312,-13.8434,-285.051,-350.956,-398.333,0,-271.21,-337.115,-221.973,-384.192,-88.2412,-359.448,-425.352,-310.211,-296.37,-479.352,-190.405,-461.613,-527.517,-412.375,-398.535,-486.772,-591.752 0|0:500:165,39,70,52,29,2,91:165:6409:39,70,52,29,2,91:1534,2720,2023,1168,77,3546:-241.734,-165.218,-680.099,-67.9071,-468.343,-573.456,-125.16,-525.595,-428.285,-636.127,-195.136,-595.572,-498.261,-555.514,-713.028,-285.082,-685.517,-588.207,-645.459,-715.436,-811.1,0,-400.436,-303.125,-360.378,-430.355,-520.3,-499.228 dDocent_Contig_15208 209 . N G 149.672 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=162;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:162:-14.967,-1.20412,0 dDocent_Contig_15210 1 . N T 76.8444 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68335,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15211 10 . C A 7865.54 . AB=0.421196;ABP=22.8604;AC=4;AF=1;AN=4;AO=155;CIGAR=1X1M;DP=368;DPB=368;DPRA=0;EPP=339.589;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=58.1613;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.477419;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6101;QR=2161;RO=54;RPL=0;RPP=339.589;RPPR=120.27;RPR=155;RUN=1;SAF=155;SAP=339.589;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:169:15,69,79:15:606:69,79:2729,3073:-418.622,-200.99,-230.18,-172.189,0,-198.369 1|1:199:39,81,76:39:1555:81,76:3202,3028:-371.631,-120.743,-224.413,-134.574,0,-239.75 dDocent_Contig_15213 134 . G A 275.863 . AB=0.270833;ABP=24.906;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.714286;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=500;QR=1410;RO=35;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=79.0118;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:13,9:13:530:9:343:-24.6033,0,-41.424 0/1:26:22,4:22:880:4:157:-6.68202,0,-71.682 dDocent_Contig_15214 98 . N T 59.8472 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15215 98 . N G 126.685 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:137:-12.6682,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15216 14 . C A 5435.7 . AB=0.0643939;ABP=438.127;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X1M2X7M;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=659;QR=573;RO=15;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=35.5824;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:129:5,64,5,41,5:5:192:64,5,41,5:2324,195,1579,190:-301.41,-113.869,-110.364,-286.886,-113.602,-301.142,-173.284,0,-173.016,-176.703,-287.336,-114.052,-287.068,-173.466,-301.592 0|0:135:10,52,12,37,15:10:381:52,12,37,15:1972,464,1443,580:-245.859,-87.354,-102.952,-210.762,-80.4989,-238.402,-130.265,0,-123.41,-150.379,-201.24,-70.9763,-194.385,-113.887,-227.976 dDocent_Contig_15217 29 . A T 459.35 . AB=0.239583;ABP=59.5591;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.782609;PAIREDR=0.849315;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=865;QR=2864;RO=73;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=161.528;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:37,10:37:1441:10:361:-18.6781,0,-115.785 0/1:49:36,13:36:1423:13:504:-30.9559,0,-113.571 dDocent_Contig_15219 52 . G A 450.075 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=2X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.235294;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=645;QR=554;RO=14;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:6,4,1:6:239:4,1:161,39:-11.4731,0,-18.4834,-10.0758,-16.4828,-29.4527 0|1:23:8,13,2:8:315:13,2:484,67:-37.2334,0,-22.0479,-34.222,-20.5484,-59.5426 dDocent_Contig_15220 72 . C T 9637.32 . AB=0.297297;ABP=16.2152;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=343;CIGAR=1X;DP=388;DPB=388;DPRA=0;EPP=747.825;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.03207;PAIREDR=0.860465;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11427;QR=1478;RO=43;RPL=343;RPP=747.825;RPPR=96.3836;RPR=0;RUN=1;SAF=343;SAP=747.825;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:351:17,332:17:576:332:11085:-945.488,-53.1685,0 0/1:37:26,11:26:902:11:342:-19.943,0,-70.3551 dDocent_Contig_15221 15 . A C 60.3694 . AB=0.16129;ABP=33.9012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=1.10714;EPP=13.8677;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=189;QR=2138;RO=54;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=120.27;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:28:28,0:28:1104:0:0:0,-8.42884,-99.6404 0/1:31:26,5:26:1034:5:189:-8.03694,0,-84.015 dDocent_Contig_15222 13 . A G 25971 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=48;CIGAR=1X3M1X;DP=1054;DPB=1054;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=37.4375;MQMR=55.6818;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.979167;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1847;QR=870;RO=22;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=50.7827;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:586:7,33,489,40:7:273:33,489,40:1262,17716,1523:-1492.16,-1402.92,-1415.43,-124.761,-55.8634,0,-1372.91,-1304,-25.8335,-1383.3 0|0:468:15,15,388,20:15:597:15,388,20:585,13618,766:-1104.64,-1068.62,-1112.29,-68.6121,-76.2655,0,-1048.47,-1056.12,-56.1054,-1090.63 dDocent_Contig_15223 10 . C T 117.414 . AB=0.103044;ABP=587.431;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=79;CIGAR=1X;DP=950;DPB=950;DPRA=0;EPP=174.557;EPPR=1890.02;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=42.8354;MQMR=45.3567;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962025;PAIREDR=0.93901;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3069;QR=34680;RO=869;RPL=0;RPP=174.557;RPPR=1890.02;RPR=79;RUN=1;SAF=79;SAP=174.557;SAR=0;SRF=869;SRP=1890.02;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:523:486,35:486:19462:35:1370:0,-39.5232,-1531.46 0/1:427:383,44:383:15218:44:1699:-13.7414,0,-1136.58 dDocent_Contig_15224 144 . A G 61.6903 . AB=0.222222;ABP=15.074;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0.382979;EPP=11.6962;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=147;QR=2333;RO=61;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=135.47;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:47:47,0:47:1799:0:0:0,-14.1484,-162.16 0/1:18:14,4:14:534:4:147:-8.16903,0,-42.9822 dDocent_Contig_15225 25 . T C 471.306 . AB=0.169697;ABP=159.369;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1109;QR=5476;RO=137;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=300.502;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:61,8:61:2447:8:323:-8.66752,0,-199.601 0/1:96:76,20:76:3029:20:786:-42.1621,0,-243.788 dDocent_Contig_15226 35 . T C 6893.29 . AB=0.868526;ABP=299.101;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=218;CIGAR=1X;DP=251;DPB=251;DPRA=0;EPP=476.391;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8539;QR=1278;RO=32;RPL=0;RPP=476.391;RPPR=72.4974;RPR=218;RUN=1;SAF=218;SAP=476.391;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:19,88:19:756:88:3442:-277.445,0,-35.9523 0/1:143:13,130:13:522:130:5097:-415.583,0,-4.27939 dDocent_Contig_15227 147 . A C 593.241 . AB=0.287356;ABP=37.1798;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0.608392;EPP=57.2971;EPPR=448.162;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=969;QR=7698;RO=205;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=448.162;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=448.162;SRR=205;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:143:143,0:143:5376:0:0:0,-43.0473,-483.804 0/1:87:62,25:62:2322:25:969:-61.3241,0,-182.986 dDocent_Contig_15228 20 . G A 3324.8 . AB=0.736111;ABP=72.7387;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=106;CIGAR=1X;DP=144;DPB=144;DPRA=0;EPP=233.186;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.754717;PAIREDR=0.868421;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4213;QR=1482;RO=38;RPL=0;RPP=233.186;RPPR=85.5263;RPR=106;RUN=1;SAF=106;SAP=233.186;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:20,55:20:788:55:2175:-173.346,0,-48.6625 0/1:69:18,51:18:694:51:2038:-162.833,0,-42.0108 dDocent_Contig_15229 12 . T C 10763.6 . AB=0.515723;ABP=5.40029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=574;CIGAR=1X;DP=1113;DPB=1113;DPRA=0;EPP=1249.44;EPPR=1169.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=32.8537;MQMR=50.5028;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.587108;PAIREDR=0.463687;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22915;QR=21475;RO=537;RPL=0;RPP=1249.44;RPPR=1169.09;RPR=574;RUN=1;SAF=574;SAP=1249.44;SAR=0;SRF=537;SRP=1169.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:548:253,294:253:10087:294:11764:-578.62,0,-719.271 0/1:565:284,280:284:11388:280:11151:-501.438,0,-820.747 dDocent_Contig_15230 1 . N G 210.681 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=44.1667;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:120:-9.70312,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:120:-11.0634,-0.90309,0 dDocent_Contig_15231 33 . G A 4290.42 . AB=0.539623;ABP=6.62396;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=143;CIGAR=4M1X3M;DP=265;DPB=256;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5617;QR=3759;RO=97;RPL=0;RPP=313.531;RPPR=213.643;RPR=143;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:128:57,12,58:57:2225:12,58:476,2276:-170.005,-147.982,-327.264,0,-143.708,-165.43 0|1:137:40,12,85:40:1534:12,85:470,3341:-262.736,-236.133,-358.41,0,-87.2397,-100.298 dDocent_Contig_15233 31 . G A 5984.33 . AB=0.448203;ABP=14.0329;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=212;CIGAR=1X3M1X;DP=473;DPB=473;DPRA=0;EPP=463.362;EPPR=565.422;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995283;PAIREDR=0.988417;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8274;QR=9992;RO=259;RPL=0;RPP=463.362;RPPR=565.422;RPR=212;RUN=1;SAF=212;SAP=463.362;SAR=0;SRF=259;SRP=565.422;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:236:129,106:129:4967:106:4145:-301.952,0,-375.902 0|1:237:130,106:130:5025:106:4129:-300.18,0,-380.774 dDocent_Contig_15235 16 . T C 6200.97 . AB=0.325905;ABP=192.031;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=234;CIGAR=1X;DP=718;DPB=718;DPRA=0;EPP=511.135;EPPR=1054;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.8632;MQMR=59.6963;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995726;PAIREDR=0.987603;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9338;QR=19270;RO=484;RPL=0;RPP=511.135;RPPR=1054;RPR=234;RUN=1;SAF=234;SAP=511.135;SAR=0;SRF=484;SRP=1054;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:373:254,119:254:10104:119:4744:-314.426,0,-796.424 0/1:345:230,115:230:9166:115:4594:-309.37,0,-716.319 dDocent_Contig_15236 26 . T A 172.975 . AB=0.107623;ABP=301.223;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=431;DPB=431;DPRA=1.07212;EPP=55.1256;EPPR=886.8;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=957;QR=16276;RO=407;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=886.8;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=407;SRP=886.8;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:208:208,0:208:8336:0:0:0,-62.6142,-749.743 0/1:223:199,24:199:7940:24:957:-19.2975,0,-647.043 dDocent_Contig_15239 1 . N G 141.183 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=17.8889;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=256;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:126:-7.48234,-1.50515,0 1/1:4:0,4:0:0:4:130:-6.33476,-1.20412,0 dDocent_Contig_15241 84 . T C 7431.67 . AB=0.0741935;ABP=979.416;AC=0;AF=0;AN=4;AO=46;CIGAR=11M1X6M1X1M;DP=620;DPB=654.95;DPRA=0;EPP=102.898;EPPR=491.592;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0.333333;PQA=8.33333;PQR=8.33333;PRO=0.333333;QA=1485;QR=7570;RO=225;RPL=46;RPP=102.898;RPPR=491.592;RPR=0;RUN=1;SAF=46;SAP=102.898;SAR=0;SRF=225;SRP=491.592;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:296:121,31,132:121:4075:31,132:988,4229:-304.35,-261.211,-582.099,0,-250.67,-290.495 0|0:324:104,15,185:104:3495:15,185:497,5885:-442.516,-433.621,-712.26,0,-242.972,-227.482 dDocent_Contig_15242 31 . C T 682.654 . AB=0.222222;ABP=105.552;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=34;CIGAR=1X;DP=153;DPB=153;DPRA=0;EPP=76.8404;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.958;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991597;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1304;QR=4794;RO=119;RPL=0;RPP=76.8404;RPPR=261.416;RPR=34;RUN=1;SAF=34;SAP=76.8404;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:38,20:38:1539:20:774:-52.5247,0,-121.282 0/1:95:81,14:81:3255:14:530:-19.4397,0,-264.401 dDocent_Contig_15243 84 . G A 4631.1 . AB=0.357407;ABP=98.3782;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=193;CIGAR=1X;DP=540;DPB=540;DPRA=0;EPP=422.104;EPPR=754.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6987;QR=12566;RO=346;RPL=193;RPP=422.104;RPPR=754.34;RPR=0;RUN=1;SAF=193;SAP=422.104;SAR=0;SRF=346;SRP=754.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:237:142,95:142:5179:95:3439:-238.362,0,-394.872 0/1:303:204,98:204:7387:98:3548:-228.447,0,-573.767 dDocent_Contig_15245 80 . A T 500.152 . AB=0.431373;ABP=5.09662;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.793103;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=760;QR=994;RO=29;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:10,15:10:326:15:517:-39.332,0,-22.131 0/1:26:19,7:19:668:7:243:-14.3821,0,-52.6201 dDocent_Contig_15246 28 . G C 7660.22 . AB=0.868613;ABP=326.385;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=238;CIGAR=1X;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=519.821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=58.6218;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.731092;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9481;QR=1393;RO=35;RPL=0;RPP=519.821;RPPR=79.0118;RPR=238;RUN=1;SAF=238;SAP=519.821;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:171:17,153:17:677:153:6082:-495.483,0,-9.97938 0/1:103:18,85:18:716:85:3399:-274.237,0,-33.7559 dDocent_Contig_15247 7 . A G 251.362 . 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C A 10523.9 . AB=0.0446429;ABP=1011.58;AC=0;AF=0;AN=4;AO=25;CIGAR=1M1I12M1X6M;DP=560;DPB=575.2;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=29;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=228;QR=1033;RO=32;RPL=25;RPP=57.2971;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:300:26,15,2,7,179,18:26:840:15,2,7,179,18:141,77,268,6639,683:-535.407,-535.072,-598.308,-536.911,-596.501,-604.062,-521.239,-580.829,-582.669,-586.885,0,-59.6215,-61.4508,-45.7736,-13.8913,-487.228,-546.819,-548.658,-532.986,-11.7495,-549.563 0|0:260:6,10,17,23,155,15:6:193:10,17,23,155,15:87,637,799,5779,546:-520.678,-517.674,-530.222,-470.313,-481.062,-480.754,-457.539,-468.289,-420.926,-466.175,-49.4072,-60.1677,-12.7783,0,-18.311,-477.893,-488.642,-441.28,-428.507,-20.3626,-488.937 dDocent_Contig_15254 100 . A C 466.458 . AB=0.294118;ABP=28.0461;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.65;PAIREDR=0.770833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=779;QR=1777;RO=48;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:17,7:17:637:7:277:-18.0716,0,-50.4376 0/1:44:31,13:31:1140:13:502:-32.2732,0,-89.6464 dDocent_Contig_15256 24 . G C 4069.46 . AB=0.682292;ABP=58.4281;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916031;PAIREDR=0.213115;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5202;QR=2438;RO=61;RPL=0;RPP=287.473;RPPR=135.47;RPR=131;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:31,37:31:1255:37:1467:-111.804,0,-92.7478 0/1:124:30,94:30:1183:94:3735:-298.841,0,-69.4221 dDocent_Contig_15257 16 . T G 2029.74 . 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AB=0.1875;ABP=30.1537;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0.533333;EPP=16.0391;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=3289;RO=86;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=189.757;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=86;SRP=189.757;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:985:6:231:-11.5251,0,-79.3264 0/0:60:60,0:60:2304:0:0:0,-18.0618,-207.577 dDocent_Contig_15259 37 . G T 4328.87 . AB=0.173513;ABP=1310.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=245;CIGAR=1M2I11M1X;DP=1412;DPB=1455.23;DPRA=0;EPP=535.021;EPPR=2261.34;GTI=0;LEN=1;MEANALT=18.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9156;QR=40215;RO=1040;RPL=0;RPP=535.021;RPPR=2261.34;RPR=245;RUN=1;SAF=245;SAP=535.021;SAR=0;SRF=1040;SRP=2261.34;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:726:538,112:538:20719:112:4182:-180.405,0,-1667.39 0|1:686:502,133:502:19496:133:4974:-256.181,0,-1561.93 dDocent_Contig_15260 96 . G A 10356.6 . 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AB=0.878788;ABP=249.769;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=174;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=380.846;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6966;QR=980;RO=24;RPL=174;RPP=380.846;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=380.846;SAR=174;SRF=0;SRP=55.1256;SRR=24;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:106:15,91:15:612:91:3639:-295.62,0,-23.508 0/1:92:9,83:9:368:83:3327:-271.782,0,-5.79059 dDocent_Contig_15264 60 . C T 98.6998 . AB=0.132353;ABP=82.8438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=10.7311;EPPR=80.1041;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=0.11976;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=682;QR=6615;RO=167;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=365.646;RPR=0;RUN=1;SAF=13;SAP=10.7311;SAR=5;SRF=122;SRP=80.1041;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:59,9:59:2339:9:352:-11.569,0,-190.192 0/0:117:108,9:108:4276:9:330:0,-5.1762,-354.755 dDocent_Contig_15266 55 . T C 1182.34 . AB=0.0780142;ABP=221.097;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X3M1X;DP=141;DPB=141;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.756098;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=410;QR=2954;RO=82;RPL=6;RPP=3.20771;RPPR=8.20065;RPR=5;RUN=1;SAF=6;SAP=3.20771;SAR=5;SRF=34;SRP=8.20065;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:62:37,4,21:37:1333:4,21:148,785:-53.1362,-52.1688,-159.714,0,-96.6422,-102.428 0|0:79:45,7,27:45:1621:7,27:262,1006:-68.7963,-60.888,-191.031,0,-110.789,-124.118 dDocent_Contig_15267 121 . G A 51.5747 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.717949;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=1567;RO=39;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=87.6977;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,3:15:605:3:122:-5.95395,0,-49.3697 0/1:27:24,3:24:962:3:118:-2.87439,0,-78.7522 dDocent_Contig_15269 17 . T C 47199.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1379;CIGAR=1X;DP=1439;DPB=1439;DPRA=0;EPP=2997.47;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=54868;QR=2367;RO=59;RPL=0;RPP=2997.47;RPPR=131.127;RPR=1379;RUN=1;SAF=1379;SAP=2997.47;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:673:41,632:41:1634:632:25246:-2122.6,-55.3012,0 1/1:766:18,747:18:733:747:29622:-2597.04,-164.11,0 dDocent_Contig_15270 23 . T C 403.164 . AB=0.25;ABP=42.0968;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=723;QR=2095;RO=53;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=118.098;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:34,11:34:1337:11:443:-26.6797,0,-107.045 0/1:27:19,7:19:758:7:280:-17.3357,0,-60.3033 dDocent_Contig_15272 98 . N C 116.007 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:90:-8.39835,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:29:-2.89966,-0.30103,0 dDocent_Contig_15273 41 . G A 1054.71 . AB=0.660377;ABP=14.851;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.742857;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1383;QR=732;RO=18;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=42.0968;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=18;SRP=42.0968;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:7,15:7:285:15:586:-46.4546,0,-19.4017 0/1:31:11,20:11:447:20:797:-62.7151,0,-31.2531 dDocent_Contig_15276 12 . C T 311.277 . AB=0.205128;ABP=61.9184;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0.821053;EPP=37.7539;EPPR=343.931;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.968153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=622;QR=6234;RO=157;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=343.931;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=157;SRP=343.931;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:78:62,16:62:2449:16:622:-32.8266,0,-197.084 0/0:95:95,0:95:3785:0:0:0,-28.5978,-340.654 dDocent_Contig_15277 47 . A T 62.9684 . AB=0.0948617;ABP=363.706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=537;DPB=537;DPRA=0.890845;EPP=55.1256;EPPR=1116.98;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=935;QR=19649;RO=513;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=1116.98;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=513;SRP=1116.98;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:284:284,0:284:10832:0:0:0,-85.4925,-974.424 0/1:253:229,24:229:8817:24:935:-8.29684,0,-717.049 dDocent_Contig_15279 90 . T G 14743 . AB=0.703883;ABP=300.523;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=580;CIGAR=1X;DP=824;DPB=824;DPRA=0;EPP=1262.46;EPPR=532.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.991803;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19177;QR=8263;RO=244;RPL=580;RPP=1262.46;RPPR=532.85;RPR=0;RUN=1;SAF=580;SAP=1262.46;SAR=0;SRF=244;SRP=532.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:394:99,295:99:3383:295:9773:-761.019,0,-186.097 0/1:430:145,285:145:4880:285:9404:-716.98,0,-309.941 dDocent_Contig_15280 23 . T A 1090.72 . AB=0.212;ABP=183.121;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=552;DPB=552;DPRA=0.827815;EPP=118.098;EPPR=1086.58;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997996;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2065;QR=19931;RO=499;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=1086.58;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=499;SRP=1086.58;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:250:197,53:197:7804:53:2065:-110.771,0,-626.702 0/0:302:302,0:302:12127:0:0:0,-90.9111,-1090.55 dDocent_Contig_15284 57 . A G 135.005 . AB=0.173913;ABP=45.4956;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=107;DPB=107;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=215.815;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=3893;RO=98;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=215.815;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=98;SRP=215.815;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:61:60,1:60:2403:1:41:0,-14.2683,-212.322 0/1:46:38,8:38:1490:8:322:-15.5005,0,-120.497 dDocent_Contig_15285 104 . N T 207.478 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=4X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:7:0,7:0:0:7:227:-20.7478,-2.10721,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15287 106 . N G 15492.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=524;CIGAR=2X;DP=524;DPB=524;DPRA=0;EPP=1140.86;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17209;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1140.86;RPPR=0;RPR=524;RUN=1;SAF=0;SAP=1140.86;SAR=524;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:240:0,240:0:0:240:7895:-710.65,-72.2472,0 1|1:284:0,284:0:0:284:9314:-838.316,-85.4925,0 dDocent_Contig_15288 120 . C T 123.685 . AB=0.13;ABP=121.92;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X1M1X2M1X1M1X2M1X;DP=100;DPB=100;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=189.757;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=3092;RO=86;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=189.757;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=0;SRP=189.757;SRR=86;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:59:53,6:53:1912:6:234:-3.67033,0,-154.593 0|1:41:33,7:33:1180:7:270:-12.3925,0,-94.2498 dDocent_Contig_15289 9 . C T 40.3793 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0.627907;EPP=11.6962;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=150;QR=2547;RO=66;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=146.327;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:890:4:150:-5.73686,0,-72.2906 0/0:43:43,0:43:1657:0:0:0,-12.9443,-149.391 dDocent_Contig_15290 28 . T G 238.867 . AB=0.571429;ABP=3.63072;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0.285714;EPP=20.3821;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=327;QR=2190;RO=55;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=122.441;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:14:6,8:6:243:8:327:-25.5857,0,-18.0338 0/0:49:49,0:49:1947:0:0:0,-14.7505,-175.419 dDocent_Contig_15292 20 . C G 773.666 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=2M1X7M;DP=269;DPB=262;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=480.734;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=348;QR=8637;RO=220;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=480.734;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=220;SRP=480.734;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:119:84,34,0:84:3291:34,0:1274,0:-79.0656,0,-260.427,-104.352,-270.662,-374.976 0|0:150:136,0,9:136:5346:0,9:0,348:0,-40.9401,-480.667,-12.3552,-452.09,-449.38 dDocent_Contig_15293 145 . A G 174.631 . AB=0.0731707;ABP=67.8897;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1X2M1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.980769;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=1697;RO=52;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=115.927;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:32,3,0,6:32:1052:3,0,6:77,0,210:-7.51561,-11.1538,-95.2486,-17.1486,-96.1517,-102.172,0,-79.0619,-85.0816,-83.2755 0|0:32:20,0,5,7:20:645:0,5,7:0,171,242:-13.6464,-19.667,-71.6643,-5.78915,-57.7828,-56.2776,0,-51.9952,-38.1119,-49.888 dDocent_Contig_15294 24 . A T 145.403 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.55;EPP=18.2106;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=280;QR=1705;RO=44;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=98.5551;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:24,7:24:890:7:280:-16.2393,0,-71.0699 0/0:20:20,0:20:815:0:0:0,-6.0206,-73.6642 dDocent_Contig_15295 14 . G A 14278.8 . AB=0.851351;ABP=558.438;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=441;CIGAR=1X15M;DP=518;DPB=518.375;DPRA=0;EPP=960.63;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17568;QR=1969;RO=50;RPL=0;RPP=960.63;RPPR=111.584;RPR=441;RUN=1;SAF=441;SAP=960.63;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:262:23,0,227:23:909:0,227:0,9027:-736.292,-743.215,-818.02,0,-74.821,-6.48722 0|1:256:27,13,214:27:1060:13,214:521,8541:-695.288,-660.491,-743.757,0,-44.2574,-22.7671 dDocent_Contig_15296 21 . G A 10882.7 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=3X;DP=359;DPB=359;DPRA=0.80402;EPP=26.8965;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=419;QR=844;RO=22;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=50.7827;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:199:16,0,183:16:619:0,183:0,7252:-596.306,-601.122,-651.963,-3.86075,-55.0885,0 0|0:160:6,11,143:6:225:11,143:419,5694:-491.667,-459.112,-474.226,-24.6236,-8.68119,0 dDocent_Contig_15298 31 . G A 121.104 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=2.9375;EPP=22.5536;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=307;QR=2143;RO=54;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=120.27;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:38,9:38:1502:9:307:-13.8094,0,-121.277 0/0:16:16,0:16:641:0:0:0,-4.81648,-58.0245 dDocent_Contig_15299 111 . G A 34.0103 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=135.604;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=55.5556;MQMR=55.7231;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.492308;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=314;QR=2236;RO=65;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=144.156;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=1;SRP=135.604;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:26,3:26:906:3:105:-0.761352,0,-72.7673 0/1:45:39,6:39:1330:6:209:-5.3885,0,-106.191 dDocent_Contig_15300 172 . A G 2140.05 . AB=0.617391;ABP=16.7755;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=115;DPB=115;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.887324;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2798;QR=1743;RO=44;RPL=71;RPP=157.185;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=157.185;SAR=71;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:73:26,47:26:1034:47:1842:-144.004,0,-71.3771 0/1:42:18,24:18:709:24:956:-73.6999,0,-51.4909 dDocent_Contig_15301 39 . G A 2380.22 . AB=0.545455;ABP=5.77399;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=185.414;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.619048;PAIREDR=0.623188;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3193;QR=2771;RO=69;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=152.842;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:54:19,34:19:759:34:1292:-100.514,0,-52.581 0/1:100:50,50:50:2012:50:1901:-141.206,0,-151.169 dDocent_Contig_15302 59 . A T 2509.67 . AB=0.356364;ABP=52.2909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=275;DPB=275;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=387.361;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3744;QR=6775;RO=177;RPL=98;RPP=215.815;RPPR=387.361;RPR=0;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=177;SRP=387.361;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:81:68,13:68:2574:13:487:-19.7902,0,-207.476 0/1:194:109,85:109:4201:85:3257:-234.875,0,-319.762 dDocent_Contig_15303 107 . N G 188.517 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.8571;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=211;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:7:0,7:0:0:7:211:-18.8516,-2.10721,0 dDocent_Contig_15305 83 . T G 1090.92 . AB=0.3125;ABP=56.7542;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=264;DPB=264;DPRA=2;EPP=122.441;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.311005;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1820;QR=7278;RO=209;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=456.848;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:88:88,0:88:3028:0:0:0,-26.4906,-272.75 0/1:176:121,55:121:4250:55:1820:-111.092,0,-329.706 dDocent_Contig_15306 77 . T G 559.659 . AB=0.141667;ABP=404.516;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=360;DPB=360;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996764;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1860;QR=11202;RO=309;RPL=51;RPP=113.755;RPPR=673.995;RPR=0;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:173:152,21:152:5491:21:761:-16.7363,0,-442.206 0/1:187:157,30:157:5711:30:1099:-42.9286,0,-457.782 dDocent_Contig_15307 84 . G C 2455.69 . AB=0.378092;ABP=39.5417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=107;CIGAR=1X;DP=283;DPB=283;DPRA=0;EPP=235.358;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5739;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990654;PAIREDR=0.943182;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3710;QR=5927;RO=176;RPL=107;RPP=235.358;RPPR=385.189;RPR=0;RUN=1;SAF=107;SAP=235.358;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:147:83,64:83:2807:64:2213:-155.185,0,-207.692 0/1:136:93,43:93:3120:43:1497:-94.0827,0,-239.826 dDocent_Contig_15308 107 . N G 108.544 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:51:-4.75898,-0.90309,0 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79353,-0.60206,0 dDocent_Contig_15309 98 . N G 124.837 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=135;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:4:0,4:0:0:4:135:-12.4835,-1.20412,0 dDocent_Contig_15310 93 . G T 446.056 . AB=0.26087;ABP=48.7056;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.708333;PAIREDR=0.691176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=837;QR=2334;RO=68;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=150.67;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:25,5:25:838:5:175:-7.06279,0,-66.6989 0/1:62:43,19:43:1496:19:662:-41.2417,0,-116.273 dDocent_Contig_15311 7 . A T 660.67 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=1.23077;EPP=55.1256;EPPR=122.993;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.68254;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=910;QR=2392;RO=63;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=139.813;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=61;SRP=122.993;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:24,24:24:920:24:910:-67.7659,0,-68.6678 0/0:39:39,0:39:1472:0:0:0,-11.7402,-132.758 dDocent_Contig_15312 193 . C T 191.862 . AB=0.173913;ABP=66.7383;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X2M1X;DP=126;DPB=126;DPRA=1.21053;EPP=29.068;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=459;QR=4325;RO=112;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=246.215;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=246.215;SRR=112;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:57,12:57:2159:12:459:-20.8852,0,-173.751 0|0:57:55,0:55:2166:0:0:0,-16.5566,-194.753 dDocent_Contig_15313 99 . N T 305.599 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:5:0,5:0:0:5:155:-14.2568,-1.50515,0 1/1:5:0,5:0:0:5:174:-16.002,-1.50515,0 dDocent_Contig_15314 98 . N T 93.3066 . 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AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_15320 89 . C A 423.557 . AB=0.2875;ABP=34.3881;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=165;DPB=165;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.962963;PAIREDR=0.789855;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=896;QR=4566;RO=138;RPL=13;RPP=3.09072;RPPR=3.07324;RPR=14;RUN=1;SAF=13;SAP=3.09072;SAR=14;SRF=70;SRP=3.07324;SRR=68;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:85:81,4:81:2690:4:139:0,-12.7349,-229.502 0/1:80:57,23:57:1876:23:757:-44.3557,0,-145.033 dDocent_Contig_15321 43 . C A 3538.49 . AB=0.699387;ABP=59.2954;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X1M;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4488;QR=1611;RO=40;RPL=0;RPP=250.558;RPPR=89.8692;RPR=114;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:95:17,0,78:17:682:0,78:0,3057:-246.625,-251.742,-307.937,0,-56.5937,-33.1134 0|1:68:23,8,36:23:929:8,36:309,1431:-110.923,-92.471,-166.655,0,-51.2486,-65.7868 dDocent_Contig_15322 31 . G T 192.236 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=508;QR=3590;RO=91;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=200.614;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:44,2:44:1737:2:82:0,-6.0677,-148.772 0/1:58:47,11:47:1853:11:426:-21.2236,0,-149.521 dDocent_Contig_15323 114 . A G 176.002 . AB=0.206349;ABP=50.1967;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=11.1951;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.615385;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=440;QR=1630;RO=50;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=111.584;RPR=13;RUN=1;SAF=3;SAP=11.1951;SAR=10;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:20,5:20:646:5:170:-8.10896,0,-50.9174 0/1:38:30,8:30:984:8:270:-13.1902,0,-77.4188 dDocent_Contig_15325 24 . G A 37.7989 . 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AB=0.747887;ABP=760.909;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1062;CIGAR=1X1M1X;DP=1420;DPB=1420;DPRA=0;EPP=2309.11;EPPR=773.883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=41801;QR=14128;RO=355;RPL=0;RPP=2309.11;RPPR=773.883;RPR=1062;RUN=1;SAF=1062;SAP=2309.11;SAR=0;SRF=355;SRP=773.883;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:669:156,510:156:6194:510:20117:-1608.17,0,-356.401 0|1:751:199,552:199:7934:552:21684:-1723.85,0,-487.584 dDocent_Contig_15329 76 . T G 31993.5 . 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AB=0.154639;ABP=103.502;AC=0;AF=0;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M1X2M1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=576;QR=1144;RO=30;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=68.1545;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:17,3,17:17:645:3,17:119,656:-48.7912,-44.1094,-96.0966,0,-43.1193,-47.8019 0|0:59:13,12,34:13:499:12,34:457,1304:-103.113,-69.5436,-106.892,0,-3.47983,-30.7274 dDocent_Contig_15332 13 . G A 2134.53 . 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AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=128;DPB=128;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=252.73;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=415;QR=3933;RO=115;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=252.73;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=115;SRP=252.73;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:38,7:38:1307:7:241:-8.13949,0,-104.044 0/0:82:77,5:77:2626:5:174:0,-8.68251,-220.594 dDocent_Contig_15334 50 . G C 103.102 . 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AB=0.222222;ABP=15.074;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.785714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=543;RO=14;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:7,3:7:271:3:123:-8.45449,0,-21.7443 0/1:8:7,1:7:272:1:41:-1.68633,0,-22.4378 dDocent_Contig_15336 107 . N A 151.396 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41422,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:101:-9.42353,-0.90309,0 dDocent_Contig_15338 23 . C G 90.9171 . 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AB=0.76378;ABP=79.7642;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=97;CIGAR=1X;DP=127;DPB=127;DPRA=0;EPP=213.643;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.979381;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3410;QR=1090;RO=30;RPL=97;RPP=213.643;RPPR=68.1545;RPR=0;RUN=1;SAF=97;SAP=213.643;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:15,48:15:551:48:1678:-132.327,0,-30.9643 0/1:64:15,49:15:539:49:1732:-136.888,0,-29.5784 dDocent_Contig_15341 179 . C T 41.3953 . AB=0.214286;ABP=12.937;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0.777778;EPP=9.52472;EPPR=19.8579;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.724138;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=1109;RO=29;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=7;SRP=19.8579;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:703:0:0:0,-5.41854,-63.5963 0/1:14:11,3:11:406:3:111:-6.1395,0,-32.6655 dDocent_Contig_15342 72 . T G 364.235 . AB=0.213675;ABP=86.3243;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.48;PAIREDR=0.76087;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=830;QR=3249;RO=92;RPL=19;RPP=17.6895;RPPR=10.6577;RPR=6;RUN=1;SAF=19;SAP=17.6895;SAR=6;SRF=55;SRP=10.6577;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:58,10:58:2047:10:340:-10.4594,0,-164.03 0/1:49:34,15:34:1202:15:490:-29.6631,0,-93.7334 dDocent_Contig_15345 30 . G C 225.725 . AB=0.153846;ABP=111.25;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=467.705;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1023;QR=8535;RO=214;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=467.705;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=214;SRP=467.705;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:104:88,16:88:3513:16:614:-24.2715,0,-284.901 0/0:136:126,10:126:5022:10:409:0,-3.76951,-414.701 dDocent_Contig_15346 51 . G T 349.659 . AB=0.152866;ABP=167.337;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.916667;PAIREDR=0.969925;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=947;QR=5273;RO=133;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=291.816;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:91:77,14:77:3050:14:547:-22.1753,0,-247.201 0/1:66:56,10:56:2223:10:400:-16.4896,0,-180.377 dDocent_Contig_15347 209 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_15348 1 . N A 76.8682 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15349 52 . T G 47409.4 . AB=0.771429;ABP=495.748;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=1449;CIGAR=1X;DP=1681;DPB=1681;DPRA=0;EPP=3149.47;EPPR=428.619;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=57131;QR=7751;RO=196;RPL=1449;RPP=3149.47;RPPR=428.619;RPR=0;RUN=1;SAF=1449;SAP=3149.47;SAR=0;SRF=196;SRP=428.619;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:770:148,594:148:5859:594:23396:-1879.95,0,-303.352 1/1:911:48,855:48:1892:855:33735:-2862.69,-101.753,0 dDocent_Contig_15350 42 . A C 37.2749 . AB=0.0956522;ABP=166.324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=502.449;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.943478;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=644;QR=8956;RO=230;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=502.449;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=230;SRP=502.449;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:115:104,11:104:4022:11:441:-5.42638,0,-327.38 0/0:131:126,5:126:4934:5:203:0,-20.7819,-425.331 dDocent_Contig_15351 7 . A T 736.703 . AB=0.230769;ABP=101.228;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1374;QR=4545;RO=120;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=263.587;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:33,12:33:1265:12:465:-28.6555,0,-100.597 0/1:111:87,24:87:3280:24:909:-48.7138,0,-261.939 dDocent_Contig_15353 95 . T A 1036.91 . AB=0.264423;ABP=103.274;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0181818;PAIREDR=0.986928;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1882;QR=5152;RO=153;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=335.246;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:123:93,30:93:3164:30:1032:-56.1635,0,-247.973 0/1:85:60,25:60:1988:25:850:-51.2264,0,-153.605 dDocent_Contig_15354 18 . T A 49.0152 . AB=0.0958904;ABP=106.557;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=2M1X12M;DP=143;DPB=143.533;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=270.101;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=274;QR=4752;RO=123;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=270.101;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=123;SRP=270.101;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:70:61,7,0:61:2367:7,0:278,0:-4.64968,0,-192.51,-23.0125,-194.617,-217.505 0|1:73:62,2,7:62:2385:2,7:57,274:-3.94788,-18.0993,-213.313,0,-191.386,-193.801 dDocent_Contig_15356 42 . C A 535.587 . AB=0.190184;ABP=138.907;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X2M1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0;EPP=6.44263;EPPR=289.645;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.969697;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1174;QR=5205;RO=132;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=289.645;RPR=31;RUN=1;SAF=12;SAP=6.44263;SAR=19;SRF=132;SRP=289.645;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:81:59,22:59:2315:22:844:-51.8964,0,-184.135 0|1:82:73,9:73:2890:9:330:-5.3612,0,-235.531 dDocent_Contig_15357 21 . A G 2338.64 . AB=0.183704;ABP=589.562;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=675;DPB=675;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=1199.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99274;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4894;QR=21651;RO=551;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=1199.49;RPR=124;RUN=1;SAF=124;SAP=272.273;SAR=0;SRF=551;SRP=1199.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:243:169,74:169:6603:74:2911:-188.942,0,-520.886 0/1:432:382,50:382:15048:50:1983:-48.6215,0,-1223.2 dDocent_Contig_15358 46 . C G 68.6346 . AB=0.12;ABP=159.791;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=1.15741;EPP=35.5824;EPPR=476.391;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.93578;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=8012;RO=218;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=476.391;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=218;SRP=476.391;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:108:108,0:108:3986:0:0:0,-32.5112,-358.881 0/1:125:110,15:110:4026:15:513:-8.86346,0,-324.844 dDocent_Contig_15360 107 . N T 3263.52 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=123;CIGAR=1X;DP=123;DPB=123;DPRA=0;EPP=270.101;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3617;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=270.101;RPPR=0;RPR=123;RUN=1;SAF=0;SAP=270.101;SAR=123;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:78:0,78:0:0:78:2307:-207.883,-23.4803,0 1/1:45:0,45:0:0:45:1310:-118.167,-13.5464,0 dDocent_Contig_15361 81 . G A 5803.78 . AB=0.757246;ABP=161.654;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=209;CIGAR=1M1X4M;DP=276;DPB=279.5;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.995215;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7046;QR=1041;RO=32;RPL=209;RPP=456.848;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:106:19,0,12,75:19:599:0,12,75:0,401,2507:-197.257,-202.976,-251.15,-170.51,-218.683,-215.07,0,-48.165,-15.6911,-25.5878 1|1:170:13,21,0,134:13:442:21,0,134:721,0,4539:-386.82,-332.187,-361.72,-390.733,-368.041,-426.587,-22.699,0,-58.5546,-18.2166 dDocent_Contig_15362 30 . G C 1032.36 . 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AB=0.23913;ABP=30.2009;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.818182;PAIREDR=0.685714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=382;QR=1217;RO=35;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:557:4:139:-6.83209,0,-44.4384 0/1:26:19,7:19:660:7:243:-14.3821,0,-51.8983 dDocent_Contig_15364 39 . T A 57.7311 . 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A G 144.275 . AB=0.153846;ABP=70.66;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=3.61111;EPP=24.725;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972603;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=2932;RO=73;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=161.528;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:724:0:0:0,-5.41854,-65.4853 0/1:65:55,10:55:2208:10:396:-16.4275,0,-179.322 dDocent_Contig_15371 214 . N G 197.874 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.8333;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:71:-6.31391,-0.60206,0 1/1:4:0,4:0:0:4:153:-13.1718,-1.20412,0 dDocent_Contig_15372 33 . T C 635.235 . 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A G 59.7522 . AB=0.111111;ABP=97.59;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=181;DPB=181;DPRA=0.66055;EPP=20.3821;EPPR=378.675;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988439;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=322;QR=6818;RO=173;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=378.675;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=173;SRP=378.675;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:64,8:64:2509:8:322:-7.67419,0,-204.285 0/0:109:109,0:109:4309:0:0:0,-32.8123,-387.774 dDocent_Contig_15382 51 . A G 210.662 . 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AB=0.347368;ABP=22.2335;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1505;QR=13060;RO=327;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=713.082;RPR=38;RUN=1;SAF=38;SAP=85.5263;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:95:62,33:62:2445:33:1318:-90.2813,0,-191.597 0/0:270:265,5:265:10615:5:187:0,-64.0932,-937.449 dDocent_Contig_15385 175 . A G 2202.86 . 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AB=0.169492;ABP=58.9901;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=1925;RO=49;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:37:29,8:29:1134:8:300:-16.2132,0,-91.2049 0/1:22:20,2:20:791:2:81:-1.06307,0,-64.8904 dDocent_Contig_15387 16 . T C 1857.54 . 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AB=0.133652;ABP=979.903;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=163;CIGAR=1X;DP=1725;DPB=1725;DPRA=0;EPP=356.96;EPPR=3383.99;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6145;QR=57503;RO=1557;RPL=163;RPP=356.96;RPPR=3383.99;RPR=0;RUN=1;SAF=163;SAP=356.96;SAR=0;SRF=1557;SRP=3383.99;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:838:722,112:722:26720:112:4202:-126.976,0,-2152.12 0/0:887:835,51:835:30783:51:1943:0,-92.0469,-2593.65 dDocent_Contig_15390 19 . C T 98.9855 . 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AB=0.366197;ABP=14.0512;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=10M1X;DP=71;DPB=73.9091;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=31.2394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1013;QR=513;RO=13;RPL=26;RPP=59.4686;RPPR=31.2394;RPR=0;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=13;SRP=31.2394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:25:6,11,8:6:238:11,8:393,314:-36.4206,-6.22524,-22.5071,-12.3911,0,-29.5882 0|1:46:7,20,18:7:275:20,18:760,699:-95.0019,-34.8007,-51.4001,-39.6813,0,-56.8847 dDocent_Contig_15392 62 . G A 256.696 . AB=0.155963;ABP=115.07;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=333;DPB=333;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=687.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=703;QR=12163;RO=315;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=687.024;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=315;SRP=687.024;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:109:92,17:92:3580:17:665:-27.3686,0,-289.468 0/0:224:223,1:223:8583:1:38:0,-63.6334,-768.342 dDocent_Contig_15393 124 . G A 38.3031 . AB=0.123288;ABP=92.9925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=2179;RO=64;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=141.985;SRR=64;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:46,6:46:1555:6:215:-4.04561,0,-124.583 0/1:21:18,3:18:624:3:105:-3.47446,0,-50.164 dDocent_Contig_15394 16 . A T 1188.1 . AB=0.267241;ABP=57.5966;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=31;CIGAR=1M1D5M1X2M1X2M1X2M;DP=116;DPB=114.188;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=47.3548;MQMR=60;NS=2;NUMALT=6;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1126;QR=591;RO=15;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=35.5824;RPR=31;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:71:6,17,22,8,5,1,7:6:237:17,22,8,5,1,7:655,796,316,197,39,271:-95.4827,-43.7139,-58.1016,-34.066,0,-46.947,-71.2827,-37.2122,-27.5649,-88.3792,-81.0798,-47.0096,-37.3614,-74.5783,-99.0792,-94.0828,-60.0129,-50.3637,-87.5814,-97.3782,-113.286,-75.0253,-40.9551,-31.3076,-68.5237,-78.3208,-91.3238,-92.4227 0|1:45:9,10,9,5,0,3,5:9:354:10,9,5,0,3,5:368,330,192,0,115,189:-27.025,0,-26.1181,-3.03402,-2.43065,-29.4528,-13.97,-13.3652,-16.399,-41.5928,-29.7343,-29.1284,-32.1621,-43.098,-58.8607,-20.2935,-19.6882,-22.7219,-33.6577,-49.4207,-48.5176,-14.24,-13.6353,-16.669,-27.6046,-43.3678,-33.9276,-41.8626 dDocent_Contig_15395 61 . C A 724.019 . AB=0.421875;ABP=6.40323;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.925926;PAIREDR=0.891892;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1052;QR=1456;RO=37;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:22,10:22:871:10:386:-25.4598,0,-69.0686 0/1:32:15,17:15:585:17:666:-50.6411,0,-43.3522 dDocent_Contig_15396 69 . A T 76.1249 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.692308;EPP=13.8677;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=2315;RO=61;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=135.47;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:39:39,0:39:1495:0:0:0,-11.7402,-134.789 0/1:27:22,5:22:820:5:193:-9.61249,0,-65.9677 dDocent_Contig_15397 21 . A G 344.723 . AB=0.206522;ABP=71.8365;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972603;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=724;QR=2795;RO=73;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=161.528;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=73;SRP=161.528;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:53,7:53:2025:7:265:-6.14742,0,-164.403 0/1:32:20,12:20:770:12:459:-32.0238,0,-59.9883 dDocent_Contig_15398 62 . A C 365.356 . AB=0.131687;ABP=289.332;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=534;DPB=534;DPRA=0.835052;EPP=72.4974;EPPR=1090.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1238;QR=19289;RO=501;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=1090.92;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=501;SRP=1090.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:291:290,0:290:11142:0:0:0,-87.2987,-1002.02 0/1:243:211,32:211:8147:32:1238:-38.5356,0,-659.742 dDocent_Contig_15400 92 . G T 172.108 . AB=0.421053;ABP=4.03889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=305;QR=905;RO=27;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:11,8:11:361:8:270:-18.9097,0,-27.0881 0/0:17:16,1:16:544:1:35:0,-1.61888,-45.7842 dDocent_Contig_15401 87 . G A 917.009 . AB=0.316547;ABP=43.6434;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=139;DPB=139;DPRA=0;EPP=10.1169;EPPR=17.2963;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.557895;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1518;QR=3322;RO=95;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=209.3;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=10.1169;SAR=16;SRF=60;SRP=17.2963;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:35,25:35:1240:25:864:-60.0109,0,-93.8382 0/1:79:60,19:60:2082:19:654:-35.3889,0,-163.87 dDocent_Contig_15402 13 . T C 147.809 . AB=0.123967;ABP=151.622;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X3M;DP=121;DPB=121;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=3985;RO=101;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=222.329;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:74:63,1,10:63:2486:1,10:40,393:-13.3484,-29.0175,-233.251,0,-201.232,-201.517 0|1:47:38,4,5:38:1499:4,5:156,201:-5.13132,-3.75377,-125.873,0,-110.513,-121.829 dDocent_Contig_15403 93 . T A 304.555 . AB=0.181034;ABP=105.519;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=298;DPB=298;DPRA=0;EPP=70.3259;EPPR=582.793;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1090;QR=9447;RO=267;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=582.793;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=267;SRP=582.793;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:182:172,10:172:6089:10:345:0,-23.404,-516.737 0/1:116:95,21:95:3358:21:745:-32.4555,0,-267.52 dDocent_Contig_15404 107 . N C 77.6948 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:43:-4.08336,-0.60206,0 1/1:2:0,1:0:0:1:36:-3.38336,-0.30103,0 dDocent_Contig_15405 64 . T A 43.6158 . AB=0.114754;ABP=160.282;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=490;QR=3734;RO=108;RPL=6;RPP=3.63072;RPPR=21.1059;RPR=8;RUN=1;SAF=6;SAP=3.63072;SAR=8;SRF=39;SRP=21.1059;SRR=69;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:66,9:66:2256:9:298:-4.55407,0,-180.709 0/1:47:42,5:42:1478:5:192:-3.49903,0,-119.154 dDocent_Contig_15406 127 . T G 371.52 . AB=0.253333;ABP=42.6469;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.473684;PAIREDR=0.446429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=697;QR=2035;RO=56;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=44.2683;SAR=19;SRF=0;SRP=124.613;SRR=56;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:972:6:220:-10.2215,0,-77.8593 0/1:42:29,13:29:1063:13:477:-30.6295,0,-83.34 dDocent_Contig_15407 84 . G A 17250.8 . AB=0.629952;ABP=154.827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=652;CIGAR=1X4M;DP=1035;DPB=1035;DPRA=0;EPP=1418.81;EPPR=667.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22421;QR=10278;RO=306;RPL=652;RPP=1418.81;RPPR=667.481;RPR=0;RUN=1;SAF=652;SAP=1418.81;SAR=0;SRF=306;SRP=667.481;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:583:191,14,375:191:6378:14,375:448,12813:-982.394,-1003.8,-1515.92,0,-480.256,-403.464 0|1:452:115,55,277:115:3900:55,277:1830,9608:-746.384,-632.913,-932.62,0,-168.185,-232.89 dDocent_Contig_15408 15 . T A 6244.59 . AB=0.14817;ABP=1853.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=255;CIGAR=1M1X8M1X10M;DP=1721;DPB=1705.52;DPRA=0;EPP=556.736;EPPR=1312.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=34;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.996078;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9859;QR=23561;RO=603;RPL=0;RPP=556.736;RPPR=1312.41;RPR=255;RUN=1;SAF=255;SAP=556.736;SAR=0;SRF=603;SRP=1312.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:927:393,66,133,35,13,85:393:15338:66,133,35,13,85:2423,5163,1348,493,3344:-305.878,-226.156,-1467.1,0,-1062.79,-1220.78,-313.512,-1376.3,-1150.15,-1563.79,-383.765,-1446.55,-1220.4,-1533.91,-1640.67,-149.139,-1211.93,-985.775,-1299.29,-1369.54,-1384.37 0|1:794:210,40,122,103,80,89:210:8223:40,122,103,80,89:1440,4696,3912,3161,3577:-322.28,-268.04,-932.145,0,-558.691,-639.421,-64.774,-623.464,-355.425,-709.914,-125.397,-684.088,-416.049,-480.822,-777.462,-90.7358,-649.427,-381.387,-446.161,-506.785,-740.092 dDocent_Contig_15409 35 . C A 285.131 . AB=0.159292;ABP=116.945;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=2X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=363.475;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.956522;PAIREDR=0.939759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=913;QR=6593;RO=166;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=363.475;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=166;SRP=363.475;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:113:95,18:95:3777:18:710:-30.2121,0,-305.934 0|0:76:71,5:71:2816:5:203:0,-4.22522,-234.908 dDocent_Contig_15410 10 . T A 6489.29 . AB=0.665605;ABP=77.8085;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=209;CIGAR=1X;DP=314;DPB=314;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8293;QR=4172;RO=105;RPL=0;RPP=456.848;RPPR=231.015;RPR=209;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:120:11,109:11:411:109:4329:-353.442,0,-1.19902 0/1:194:94,100:94:3761:100:3964:-298.351,0,-280.105 dDocent_Contig_15412 9 . A T 134.802 . AB=0.233333;ABP=21.5402;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=299;QR=1576;RO=42;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=94.2121;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:23,7:23:850:7:265:-15.1792,0,-67.78 0/0:20:19,1:19:726:1:34:0,-2.62169,-62.2718 dDocent_Contig_15413 98 . N A 57.9484 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79376,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15414 86 . T G 5813.08 . AB=0.844358;ABP=267.719;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=217;CIGAR=1X;DP=257;DPB=257;DPRA=0;EPP=474.22;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.4747;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986175;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7393;QR=1333;RO=39;RPL=217;RPP=474.22;RPPR=87.6977;RPR=0;RUN=1;SAF=217;SAP=474.22;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:16,98:16:556:98:3378:-269.937,0,-16.0511 0/1:143:23,119:23:777:119:4015:-315.07,0,-27.1485 dDocent_Contig_15415 29 . C T 157.977 . AB=0.144737;ABP=86.3263;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=179;DPB=179;DPRA=0.737864;EPP=26.8965;EPPR=359.132;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=448;QR=6565;RO=164;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=359.132;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=164;SRP=359.132;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:103:99,0:99:3947:0:0:0,-29.802,-354.798 0/1:76:65,11:65:2618:11:448:-17.7977,0,-212.864 dDocent_Contig_15416 32 . T A 619.579 . AB=0.329114;ABP=23.0483;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=79;DPB=79;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=986;QR=1952;RO=53;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=118.098;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:29,4:29:1063:4:160:-4.84944,0,-86.0378 0/1:46:24,22:24:889:22:826:-60.8071,0,-66.4792 dDocent_Contig_15417 98 . N A 134.074 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=138;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:68:-6.45793,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_15418 98 . N C 63.6413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15419 127 . A T 97.9953 . AB=0.444444;ABP=3.25157;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1M1I1M1X;DP=26;DPB=27.3333;DPRA=0.529412;EPP=11.6962;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.772727;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=869;RO=22;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:17,0:17:674:0:0:0,-5.11751,-60.9915 0|1:9:5,4:5:195:4:157:-11.7995,0,-15.2134 dDocent_Contig_15420 12 . T C 364.224 . AB=0.116883;ABP=395.68;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=574.108;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996198;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1443;QR=10493;RO=263;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=574.108;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=263;SRP=574.108;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:185:154,22:154:6126:22:873:-25.5065,0,-497.735 0/1:123:109,14:109:4367:14:570:-14.6149,0,-355.952 dDocent_Contig_15422 27 . G C 3562.38 . AB=0.266667;ABP=265.469;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=189;CIGAR=1X;DP=1166;DPB=1166;DPRA=0;EPP=413.419;EPPR=2120.2;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=59.9856;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998974;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7498;QR=38644;RO=975;RPL=0;RPP=413.419;RPPR=2120.2;RPR=189;RUN=1;SAF=189;SAP=413.419;SAR=0;SRF=975;SRP=2120.2;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:611:569,41:569:22465:41:1658:0,-34.5945,-1870.54 0/1:555:406,148:406:16179:148:5840:-358.238,0,-1287.67 dDocent_Contig_15423 15 . G A 64852 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1866;CIGAR=1X;DP=1922;DPB=1922;DPRA=0;EPP=4054.98;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999464;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74405;QR=2267;RO=56;RPL=0;RPP=4054.98;RPPR=124.613;RPR=1866;RUN=1;SAF=1866;SAP=4054.98;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1037:44,993:44:1781:993:39639:-3403.26,-151.668,0 1/1:885:12,873:12:486:873:34766:-3081.63,-222.32,0 dDocent_Contig_15424 62 . T G 18417.7 . AB=0.843333;ABP=310.172;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=573;CIGAR=1X;DP=645;DPB=645;DPRA=0;EPP=1247.26;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22468;QR=2853;RO=71;RPL=573;RPP=1247.26;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=573;SAP=1247.26;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:300:47,253:47:1890:253:9924:-802.298,0,-79.9934 1/1:345:24,320:24:963:320:12544:-1041.17,-16.983,0 dDocent_Contig_15426 167 . T C 1142.51 . AB=0.212121;ABP=193.047;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=56;CIGAR=2X;DP=264;DPB=264;DPRA=0;EPP=124.613;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2187;QR=7830;RO=208;RPL=56;RPP=124.613;RPPR=454.677;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=124.613;SAR=56;SRF=0;SRP=454.677;SRR=208;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:143:119,24:119:4488:24:943:-42.1311,0,-360.907 0|1:121:89,32:89:3342:32:1244:-75.8188,0,-264.48 dDocent_Contig_15427 19 . T C 2232.7 . AB=0.0469613;ABP=648.358;AC=0;AF=0;AN=4;AO=17;CIGAR=1X2M1X2M1X2M1X;DP=362;DPB=362;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=456.848;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10.5;MQM=59.5882;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.941176;PAIREDR=0.755981;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=8171;RO=209;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=456.848;RPR=17;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:173:104,7,1,42:104:4092:7,1,42:272,40,1682:-107.269,-116.226,-450.725,-135.281,-449.537,-471.587,0,-314.266,-333.322,-323.974 0|0:189:105,10,10,46:105:4079:10,10,46:364,383,1837:-119.7,-121.588,-453.73,-119.877,-425.31,-452.021,0,-305.444,-303.734,-321.318 dDocent_Contig_15428 46 . A G 201.217 . AB=0.380952;ABP=5.59539;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=391;QR=1516;RO=38;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=85.5263;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:27:25,2:25:998:2:79:0,-0.630565,-82.6199 0/1:21:13,8:13:518:8:312:-22.1212,0,-40.6442 dDocent_Contig_15429 51 . C T 1796.58 . AB=0.0533333;ABP=132.98;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=1X10M;DP=133;DPB=217.364;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=157;QR=1310;RO=36;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:58:19,7,4,27,0:19:702:7,4,27,0:243,138,853,0:-62.8663,-48.8338,-104.166,-57.3724,-95.0613,-113.606,0,-37.6903,-46.2247,-49.3057,-68.5859,-106.273,-114.81,-57.4335,-126.022 0|0:75:17,6,0,47,4:17:608:6,0,47,4:229,0,1554,157:-120.491,-106.816,-154.587,-125.608,-156.393,-175.184,0,-30.766,-49.5583,-35.4099,-112.692,-143.477,-162.269,-36.6417,-161.065 dDocent_Contig_15430 22 . G A 197.413 . AB=0.189655;ABP=51.5315;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.702128;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=446;QR=1878;RO=47;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=105.07;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:28:22,6:22:876:6:245:-14.0006,0,-70.7199 0/1:30:25,5:25:1002:5:201:-9.43962,0,-81.4436 dDocent_Contig_15431 15 . G C 13325.8 . 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AB=0.109091;ABP=149.012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=2X;DP=110;DPB=110;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=181.071;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.817073;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=468;QR=3180;RO=82;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=181.071;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=82;SRP=181.071;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:63:46,5,12:46:1810:5,12:200,480:-25.6915,-23.0641,-170.433,0,-132.398,-145.261 0|1:47:36,7,4:36:1370:7,4:268,163:-11.1344,0,-110.208,-8.51524,-98.865,-119.648 dDocent_Contig_15437 23 . G A 30.7078 . AB=0.2;ABP=10.8276;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=27;DPB=27;DPRA=0.588235;EPP=7.35324;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1003;RO=25;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=57.2971;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:8,2:8:317:2:82:-4.76938,0,-25.8852 0/0:17:17,0:17:686:0:0:0,-5.11751,-62.0702 dDocent_Contig_15438 65 . T A 3565.73 . AB=0.823899;ABP=147.898;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=131;CIGAR=1X3M1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=287.473;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4529;QR=978;RO=28;RPL=131;RPP=287.473;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=131;SAP=287.473;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:80:14,66:14:489:66:2279:-181.29,0,-20.259 0|1:79:14,65:14:489:65:2250:-178.982,0,-20.5587 dDocent_Contig_15439 58 . T A 48.2725 . AB=0.190476;ABP=20.4855;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1.23529;EPP=11.6962;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.794118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=1336;RO=34;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,4:17:675:4:139:-6.52621,0,-54.7585 0/0:17:17,0:17:661:0:0:0,-5.11751,-59.8173 dDocent_Contig_15440 89 . G A 295.959 . AB=0.288462;ABP=23.2217;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=2.6;EPP=35.5824;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=518;QR=1946;RO=57;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=126.784;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:37,15:37:1269:15:518:-31.2949,0,-98.8572 0/0:20:20,0:20:677:0:0:0,-6.0206,-61.2471 dDocent_Contig_15441 69 . T G 47980.1 . AB=0.826039;ABP=1690.85;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1510;CIGAR=1X2M;DP=1828;DPB=1828;DPRA=0;EPP=3281.93;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=51137;QR=1078;RO=31;RPL=1510;RPP=3281.93;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=1510;SAP=3281.93;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1021:18,112,885:18:621:112,885:3775,29912:-2674.81,-2374.31,-2391.04,-255.489,0,-39.5302 1|1:807:13,166,625:13:457:166,625:5519,21225:-2126.89,-1684.23,-1671.46,-409.374,0,-258.432 dDocent_Contig_15442 29 . C T 362.53 . AB=0.172932;ABP=126.588;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X2M;DP=133;DPB=133;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=856;QR=3851;RO=100;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=220.158;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:62:43,7,11:43:1650:7,11:271,407:-20.361,-11.0286,-144.37,0,-113.186,-132.138 0|1:71:57,2,12:57:2201:2,12:78,449:-19.5909,-30.3356,-210.489,0,-174.329,-177.129 dDocent_Contig_15443 55 . G A 4532.22 . AB=0.772973;ABP=122.746;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=143;CIGAR=14M1X1M;DP=185;DPB=177.125;DPRA=0;EPP=313.531;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5664;QR=1250;RO=32;RPL=0;RPP=313.531;RPPR=72.4974;RPR=143;RUN=1;SAF=143;SAP=313.531;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:104:21,9,73:21:813:9,73:337,2871:-229.829,-208.554,-272.625,0,-39.1993,-44.8197 0|1:81:11,0,70:11:437:0,70:0,2793:-227.092,-230.403,-266.381,0,-36.3751,-15.303 dDocent_Contig_15444 89 . A G 36.7528 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=1.52174;EPP=13.8677;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.679245;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=173;QR=1812;RO=53;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=118.098;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:30,5:30:1025:5:173:-5.37416,0,-82.0228 0/0:23:23,0:23:787:0:0:0,-6.92369,-71.1476 dDocent_Contig_15445 12 . G A 624.918 . AB=0.25;ABP=65.983;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.8851;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.931034;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1116;QR=3426;RO=87;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=191.928;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:43,17:43:1684:17:658:-41.4842,0,-126.797 0/1:56:44,12:44:1742:12:458:-24.7066,0,-137.539 dDocent_Contig_15446 98 . N A 6886.01 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=241;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=526.335;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7645;QR=0;RO=0;RPL=241;RPP=526.335;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=241;SAP=526.335;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:110:0,108:0:0:108:3372:-303.605,-32.5112,0 1/1:134:0,133:0:0:133:4273:-384.695,-40.037,0 dDocent_Contig_15448 20 . T G 3122.63 . AB=0.555556;ABP=8.07707;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4140;QR=3312;RO=83;RPL=0;RPP=231.015;RPPR=183.243;RPR=105;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:149:77,71:77:3068:71:2780:-205.344,0,-231.235 0/1:40:6,34:6:244:34:1360:-110.618,0,-10.2976 dDocent_Contig_15449 107 . N A 226.644 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=248;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:248:-22.6644,-2.10721,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15450 209 . N G 111.664 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=40;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.11762,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:41:-3.74612,-0.30103,0 dDocent_Contig_15451 108 . A T 3136.72 . AB=0.716763;ABP=73.6145;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=124;CIGAR=1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=272.273;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4099;QR=1628;RO=49;RPL=0;RPP=272.273;RPPR=109.412;RPR=124;RUN=1;SAF=0;SAP=272.273;SAR=124;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:19,48:19:628:48:1541:-118.8,0,-36.6635 0/1:106:30,76:30:1000:76:2558:-198.572,0,-58.3941 dDocent_Contig_15452 34 . A C 270.986 . AB=0.235294;ABP=34.0496;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0.6375;EPP=29.068;EPPR=261.416;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=490;QR=4701;RO=119;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=261.416;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=119;SRP=261.416;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:80:80,0:80:3195:0:0:0,-24.0824,-287.625 0/1:51:39,12:39:1506:12:490:-29.0986,0,-120.43 dDocent_Contig_15453 16 . G C 838.553 . AB=0.372093;ABP=15.2311;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.961538;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1251;QR=2043;RO=52;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=115.927;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:19,17:19:747:17:657:-48.6184,0,-56.7124 0/1:50:33,15:33:1296:15:594:-38.9359,0,-102.041 dDocent_Contig_15454 22 . G C 4652.13 . AB=0.299492;ABP=209.388;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=177;CIGAR=2X3M1X3M;DP=591;DPB=591;DPRA=0;EPP=387.361;EPPR=697.881;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6879;QR=12606;RO=320;RPL=0;RPP=387.361;RPPR=697.881;RPR=177;RUN=1;SAF=177;SAP=387.361;SAR=0;SRF=320;SRP=697.881;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:300:163,52,83:163:6431:52,83:2024,3213:-214.853,-97.5893,-611.073,0,-362.808,-504.151 0|1:291:157,40,94:157:6175:40,94:1577,3666:-254.059,-171.573,-667.463,0,-378.182,-479.632 dDocent_Contig_15455 153 . C A 5092.97 . AB=0.1711;ABP=1557.1;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=283;CIGAR=1X;DP=1654;DPB=1654;DPRA=0;EPP=617.537;EPPR=2941.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11185;QR=53282;RO=1353;RPL=0;RPP=617.537;RPPR=2941.01;RPR=283;RUN=1;SAF=0;SAP=617.537;SAR=283;SRF=0;SRP=2941.01;SRR=1353;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:896:795,99:795:31252:99:3902:-81.6424,0,-2540.37 0/1:758:558,184:558:22030:184:7283:-431.353,0,-1757.1 dDocent_Contig_15457 13 . G A 5010.1 . AB=0.504702;ABP=3.07156;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=161;CIGAR=1M1X3M1X3M;DP=319;DPB=319;DPRA=0;EPP=352.617;EPPR=120.42;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.965517;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6346;QR=2250;RO=58;RPL=0;RPP=352.617;RPPR=128.956;RPR=161;RUN=1;SAF=161;SAP=352.617;SAR=0;SRF=57;SRP=120.42;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:178:35,15,26,95:35:1351:15,26,95:600,1004,3746:-297.663,-258.773,-365.203,-225.751,-287.269,-328.868,0,-61.5162,-28.4946,-82.3459 0|1:141:23,18,23,66:23:899:18,23,66:713,894,2600:-206.974,-155.213,-223.705,-140.437,-155.662,-207.424,0,-15.2245,-0.450043,-54.043 dDocent_Contig_15459 83 . T A 41.3954 . AB=0.2;ABP=14.7363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=24;DPB=24;DPRA=1.66667;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=111;QR=729;RO=20;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:418:3:111:-5.83847,0,-33.4255 0/0:9:8,0:8:311:0:0:0,-2.40824,-28.24 dDocent_Contig_15460 91 . T C 12640.2 . AB=0.737705;ABP=122.762;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=426;CIGAR=1X;DP=505;DPB=505;DPRA=0;EPP=928.058;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15414;QR=2819;RO=78;RPL=426;RPP=928.058;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=426;SAP=928.058;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:261:15,246:15:533:246:8927:-755.054,-30.2683,0 0/1:244:63,180:63:2286:180:6487:-510.66,0,-132.769 dDocent_Contig_15461 159 . C T 495.536 . AB=0.3;ABP=27.3308;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.918367;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=818;QR=1879;RO=49;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:42,11:42:1625:11:424:-22.5537,0,-130.509 0/1:17:7,10:7:254:10:394:-30.699,0,-18.0891 dDocent_Contig_15462 25 . G A 14080.4 . AB=0.444648;ABP=32.0977;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=486;CIGAR=1X;DP=1093;DPB=1093;DPRA=0;EPP=1058.35;EPPR=1321.09;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.997942;PAIREDR=0.998353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=19355;QR=24019;RO=607;RPL=0;RPP=1058.35;RPPR=1321.09;RPR=486;RUN=1;SAF=486;SAP=1058.35;SAR=0;SRF=607;SRP=1321.09;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:616:304,312:304:11976:312:12421:-931.587,0,-891.591 0/1:477:303,174:303:12043:174:6934:-480.148,0,-939.44 dDocent_Contig_15463 141 . T C 39.54 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.486486;EPP=9.52472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=57.2308;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.75;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1851;RO=52;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=115.927;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=115.927;SRR=52;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1277:0:0:0,-11.1381,-113.984 0/1:18:15,3:15:574:3:122:-5.95395,0,-46.1598 dDocent_Contig_15465 115 . C A 191.464 . AB=0.1875;ABP=70.8688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=514;QR=2184;RO=65;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=144.156;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:39,9:39:1313:9:310:-13.7849,0,-104.017 0/1:32:26,6:26:871:6:204:-9.06044,0,-69.0652 dDocent_Contig_15467 47 . T A 134.219 . AB=0.117647;ABP=175.706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=263.587;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=637;QR=4781;RO=120;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=263.587;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=120;SRP=263.587;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:63,8:63:2510:8:322:-7.97472,0,-204.662 0/1:65:57,8:57:2271:8:315:-9.14618,0,-184.985 dDocent_Contig_15468 41 . A T 147.697 . AB=0.11811;ABP=163.887;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=230;DPB=230;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=406.229;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.3684;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.464115;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=834;QR=8162;RO=209;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=406.229;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=209;SRP=456.848;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:127:112,15:112:4327:15:604:-16.4687,0,-349.738 0/0:103:97,6:97:3835:6:230:0,-9.94115,-323.823 dDocent_Contig_15470 38 . T C 6385.09 . AB=0.790476;ABP=79.9631;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=197;CIGAR=1X;DP=227;DPB=227;DPRA=0;EPP=430.79;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7789;QR=1196;RO=30;RPL=0;RPP=430.79;RPPR=68.1545;RPR=197;RUN=1;SAF=197;SAP=430.79;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:122:8,114:8:320:114:4506:-376.293,-7.55958,0 0/1:105:22,83:22:876:83:3283:-263.916,0,-47.5437 dDocent_Contig_15471 59 . T A 3088.54 . AB=0.615854;ABP=22.1298;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=101;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=222.329;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.920792;PAIREDR=0.920635;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4017;QR=2494;RO=63;RPL=101;RPP=222.329;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=101;SAP=222.329;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:36,64:36:1432:64:2552:-199.714,0,-99.0317 0/1:64:27,37:27:1062:37:1465:-112.839,0,-76.5968 dDocent_Contig_15472 7 . A T 388.353 . AB=0.175;ABP=76.4061;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=5M3X11M;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.913043;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=526;QR=1789;RO=46;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=102.898;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:45:28,9,7,0:28:1087:9,7,0:341,252,0:-19.5474,0,-86.6391,-7.42034,-68.7946,-94.6453,-27.9762,-89.3484,-96.7525,-117.307 0|0:35:18,5,9,3:18:702:5,9,3:185,346,123:-22.9869,-13.2778,-69.4749,0,-42.5769,-54.997,-18.2478,-60.8257,-47.5513,-75.0535 dDocent_Contig_15473 92 . G T 184.833 . AB=0.175824;ABP=86.0751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.823529;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=564;QR=4218;RO=125;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=274.444;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:51,1:51:1743:1:35:0,-12.1549,-153.657 0/1:91:74,16:74:2475:16:529:-20.4833,0,-195.563 dDocent_Contig_15474 132 . C T 209.68 . AB=0.1875;ABP=70.8688;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=80;DPB=80;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.723077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=534;QR=2574;RO=65;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:39,6:39:1521:6:219:-6.51528,0,-123.581 0/1:35:26,9:26:1053:9:315:-18.1517,0,-84.5228 dDocent_Contig_15475 130 . G A 324.371 . AB=0.175439;ABP=107.317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=238;DPB=238;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=465.534;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976526;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=952;QR=7847;RO=213;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=465.534;RPR=25;RUN=1;SAF=0;SAP=57.2971;SAR=25;SRF=0;SRP=465.534;SRR=213;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:114:94,20:94:3498:20:757:-34.136,0,-280.678 0/0:124:119,5:119:4349:5:195:0,-19.4035,-373.626 dDocent_Contig_15476 151 . C T 55.514 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0.65;EPP=9.52472;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1198;RO=30;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=68.1545;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=68.1545;SRR=30;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:20:20,0:20:789:0:0:0,-6.0206,-71.3258 0/1:13:10,3:10:409:3:123:-7.5514,0,-33.2572 dDocent_Contig_15478 107 . C T 575.762 . AB=0.295455;ABP=34.9902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=968;QR=2474;RO=62;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=137.642;RPR=26;RUN=1;SAF=0;SAP=59.4686;SAR=26;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:34,16:34:1360:16:599:-39.1751,0,-107.598 0/1:38:28,10:28:1114:10:369:-22.1001,0,-89.103 dDocent_Contig_15479 51 . T C 553.545 . AB=0.333333;ABP=18.9344;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.590909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=869;QR=1666;RO=44;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:524:5:205:-13.1154,0,-41.78 0/1:47:30,17:30:1142:17:664:-45.9381,0,-88.933 dDocent_Contig_15482 38 . A T 93.5656 . AB=0.130435;ABP=84.8654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=274.444;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=394;QR=4993;RO=125;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=274.444;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=125;SRP=274.444;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:67:65,1:65:2618:1:41:0,-16.1531,-231.67 0/1:69:60,9:60:2375:9:353:-11.3566,0,-193.139 dDocent_Contig_15483 26 . T C 526.911 . AB=0.157635;ABP=209.685;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=32;CIGAR=1X;DP=203;DPB=203;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=374.332;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1287;QR=6844;RO=171;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=374.332;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=171;SRP=374.332;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:84,24:84:3339:24:962:-54.3678,0,-268.034 0/1:95:87,8:87:3505:8:325:-1.02179,0,-286.88 dDocent_Contig_15484 55 . C T 653.994 . AB=0.393443;ABP=9.02635;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0.918919;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=964;QR=1450;RO=37;RPL=24;RPP=55.1256;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:18,9:18:704:9:360:-24.6349,0,-55.5536 0/1:34:19,15:19:746:15:604:-44.4635,0,-57.2234 dDocent_Contig_15485 153 . G A 246.491 . AB=0.174419;ABP=82.1933;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=86;DPB=86;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.901408;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=579;QR=2771;RO=71;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=157.185;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=157.185;SRR=71;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:45,4:45:1780:4:163:-0.307958,0,-145.668 0/1:37:26,11:26:991:11:416:-26.6447,0,-78.3265 dDocent_Contig_15486 107 . N A 327.634 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=353;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:141:-13.0371,-1.20412,0 1/1:6:0,6:0:0:6:212:-19.4251,-1.80618,0 dDocent_Contig_15487 119 . A G 668.403 . AB=0.642857;ABP=10.4553;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.592593;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=917;QR=496;RO=15;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=35.5824;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=35.5824;SRR=15;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:8,9:8:268:9:315:-23.5712,0,-19.3301 0/1:25:7,18:7:228:18:602:-46.968,0,-13.3142 dDocent_Contig_15490 11 . T A 29348.5 . AB=0.770021;ABP=311.426;AC=4;AF=1;AN=4;AO=836;CIGAR=1X3M;DP=988;DPB=988;DPRA=0;EPP=1818.36;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33423;QR=2016;RO=51;RPL=0;RPP=1818.36;RPPR=113.755;RPR=836;RUN=1;SAF=836;SAP=1818.36;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:501:9,29,461:9:359:29,461:1162,18429:-1624.43,-1531.4,-1552.24,-109.209,-43.0327,0 1|1:487:42,70,375:42:1657:70,375:2749,14994:-1312.12,-1098.68,-1213.94,-89.7534,0,-113.197 dDocent_Contig_15491 11 . T C 29841.5 . AB=0.826009;ABP=1032.33;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=921;CIGAR=1X;DP=1115;DPB=1115;DPRA=0;EPP=2002.94;EPPR=424.276;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=36963;QR=7718;RO=194;RPL=0;RPP=2002.94;RPPR=424.276;RPR=921;RUN=1;SAF=921;SAP=2002.94;SAR=0;SRF=194;SRP=424.276;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:581:137,444:137:5477:444:17833:-1428.55,0,-317.85 0/1:534:57,477:57:2241:477:19130:-1559.3,0,-41.1132 dDocent_Contig_15492 110 . G A 6796.23 . AB=0.789916;ABP=263.642;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=282;CIGAR=1X;DP=357;DPB=357;DPRA=0;EPP=615.366;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=53.2801;MQMR=59.5541;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.170213;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9430;QR=2350;RO=74;RPL=0;RPP=615.366;RPPR=163.699;RPR=282;RUN=1;SAF=0;SAP=615.366;SAR=282;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:229:52,176:52:1625:176:5868:-429.003,0,-77.8112 0/1:128:22,106:22:725:106:3562:-254.319,0,-27.0259 dDocent_Contig_15493 18 . A G 8089.4 . AB=0.143082;ABP=706.745;AC=0;AF=0;AN=4;AO=91;CIGAR=2X2M;DP=636;DPB=636;DPRA=0;EPP=200.614;EPPR=513.306;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=37.4615;MQMR=59.9787;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.989011;PAIREDR=0.0212766;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3242;QR=9298;RO=235;RPL=0;RPP=200.614;RPPR=513.306;RPR=91;RUN=1;SAF=91;SAP=200.614;SAR=0;SRF=235;SRP=513.306;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:388:150,174,45,17:150:5971:174,45,17:6919,1600,651:-524.531,0,-439.306,-450.851,-372.852,-928.949,-518.437,-440.437,-891.247,-1004.97 0|0:248:85,96,46,17:85:3327:96,46,17:3811,1642,688:-288.108,0,-244.665,-190.967,-150.835,-450.657,-258.149,-218.016,-408.959,-526.575 dDocent_Contig_15495 63 . A C 312.033 . AB=0.230769;ABP=43.9342;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=597;QR=1892;RO=50;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:30,11:30:1135:11:436:-27.2515,0,-90.0888 0/1:24:20,4:20:757:4:161:-7.65076,0,-61.217 dDocent_Contig_15496 21 . T A 191.212 . AB=0.208333;ABP=38.4777;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=1.17073;EPP=24.725;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=388;QR=3132;RO=79;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=174.557;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:38,10:38:1517:10:388:-20.8202,0,-122.317 0/0:41:41,0:41:1615:0:0:0,-12.3422,-145.59 dDocent_Contig_15497 83 . G A 430.017 . AB=0.333333;ABP=17.4868;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=712;QR=1477;RO=40;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=89.8692;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:27,15:27:989:15:531:-35.4759,0,-76.6824 0/1:18:13,5:13:488:5:181:-11.2247,0,-38.8409 dDocent_Contig_15498 39 . T G 3353.8 . AB=0.542857;ABP=6.36057;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=114;CIGAR=1X;DP=210;DPB=210;DPRA=0;EPP=250.558;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.989583;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4466;QR=3728;RO=96;RPL=0;RPP=250.558;RPPR=211.472;RPR=114;RUN=1;SAF=114;SAP=250.558;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:70,38:70:2691:38:1501:-102.827,0,-209.816 0/1:102:26,76:26:1037:76:2965:-236.252,0,-62.9162 dDocent_Contig_15499 26 . C T 2700.66 . 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AB=0.308717;ABP=265.522;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=255;CIGAR=1X;DP=826;DPB=826;DPRA=0;EPP=556.736;EPPR=1242.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996078;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9414;QR=20220;RO=571;RPL=0;RPP=556.736;RPPR=1242.92;RPR=255;RUN=1;SAF=255;SAP=556.736;SAR=0;SRF=571;SRP=1242.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:463:339,124:339:11963:124:4516:-267.103,0,-937.095 0/1:363:232,131:232:8257:131:4898:-331.535,0,-633.837 dDocent_Contig_15502 116 . G A 86.7515 . AB=0.263158;ABP=12.2676;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=1300;RO=38;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=85.5263;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:14,5:14:475:5:175:-10.3741,0,-37.3544 0/0:25:24,1:24:825:1:35:0,-4.02712,-71.0683 dDocent_Contig_15503 14 . A T 57.9235 . AB=0.178571;ABP=28.1373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=893;RO=23;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=52.9542;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:15,2:15:570:2:72:-1.71886,0,-46.5133 0/1:11:8,3:8:323:3:118:-7.69139,0,-26.1276 dDocent_Contig_15504 27 . A C 287.559 . AB=0.272727;ABP=22.751;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.1546;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=647;QR=3851;RO=97;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=213.643;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:65,4:65:2611:4:162:0,-5.80411,-220.006 0/1:44:32,12:32:1240:12:485:-30.7559,0,-97.0216 dDocent_Contig_15507 9 . A G 329.305 . AB=0.65;ABP=6.91895;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.666667;EPP=31.2394;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=448;QR=1415;RO=37;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=83.3548;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=37;SRP=83.3548;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:7,13:7:267:13:448:-34.6295,0,-18.3719 0/0:30:30,0:30:1148:0:0:0,-9.0309,-103.621 dDocent_Contig_15509 7 . A C 171.904 . AB=0.310345;ABP=12.0706;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=43;DPB=43;DPRA=2.07143;EPP=22.5536;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=36.2222;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=337;QR=1294;RO=34;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=76.8404;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:29:20,9:20:753:9:337:-18.8894,0,-59.3652 0|0:14:14,0:14:541:0:0:0,-4.21442,-49.0359 dDocent_Contig_15510 142 . G A 50.485 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0.692308;EPP=11.6962;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.725806;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=2446;RO=62;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=137.642;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=137.642;SRR=62;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:923:4:161:-6.74746,0,-75.2476 0/0:39:39,0:39:1523:0:0:0,-11.7402,-137.318 dDocent_Contig_15511 25 . T A 4445.73 . AB=0.323077;ABP=144.39;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=168;CIGAR=1X;DP=520;DPB=520;DPRA=0;EPP=367.818;EPPR=767.369;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6719;QR=14073;RO=352;RPL=0;RPP=367.818;RPPR=767.369;RPR=168;RUN=1;SAF=168;SAP=367.818;SAR=0;SRF=352;SRP=767.369;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:290:174,116:174:6955:116:4657:-331.74,0,-538.329 0/1:230:178,52:178:7118:52:2062:-116.532,0,-571.04 dDocent_Contig_15512 66 . A G 155.467 . AB=0.172414;ABP=57.0725;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=3552;RO=93;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=204.957;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:45,1:45:1708:1:39:0,-9.95081,-150.082 0/1:58:48,10:48:1844:10:385:-17.5467,0,-148.748 dDocent_Contig_15514 14 . A T 147.372 . AB=0.0806452;ABP=97.7145;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=4M1I1X;DP=62;DPB=64.6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.4;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=172;QR=1895;RO=48;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=107.241;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:27:21,1,4:21:838:1,4:36,132:-4.31232,-7.69419,-76.4536,0,-66.0948,-67.8264 0|1:35:27,7,1:27:1057:7,1:271,40:-14.1228,0,-84.7948,-18.9539,-83.6067,-105.566 dDocent_Contig_15515 68 . A C 388.071 . AB=0.466667;ABP=3.29983;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0.517241;EPP=33.4109;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=550;QR=2932;RO=74;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=163.699;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:58:58,0:58:2290:0:0:0,-17.4597,-206.264 0/1:30:16,14:16:642:14:550:-40.8071,0,-49.0838 dDocent_Contig_15516 14 . C G 1494.59 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=93.5156;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.5283;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.301887;PAIREDR=0.849057;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2050;QR=2121;RO=53;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=118.098;RPR=53;RUN=1;SAF=50;SAP=93.5156;SAR=3;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:30,22:30:1210:22:830:-59.3423,0,-93.5168 0/1:54:23,31:23:911:31:1220:-93.8157,0,-66.0382 dDocent_Contig_15517 79 . C A 9544.52 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=291;CIGAR=1X;DP=304;DPB=304;DPRA=0;EPP=634.909;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11035;QR=425;RO=11;RPL=291;RPP=634.909;RPPR=26.8965;RPR=0;RUN=1;SAF=291;SAP=634.909;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:164:5,158:5:194:158:5997:-521.854,-31.6244,0 1/1:140:6,133:6:231:133:5038:-432.297,-21.0574,0 dDocent_Contig_15519 12 . G A 3005.99 . AB=0.525253;ABP=4.107;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X2M2X2M1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=204.957;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.5192;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.394231;PAIREDR=0.397849;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4061;QR=3608;RO=93;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=204.957;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=93;SRP=204.957;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:88:56,32:56:2161:32:1231:-82.5956,0,-168.212 0|1:110:37,72:37:1447:72:2830:-221.702,0,-97.3709 dDocent_Contig_15520 209 . N G 76.8682 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=81;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:81:-7.68573,-0.60206,0 dDocent_Contig_15521 30 . G A 31.6503 . AB=0.1875;ABP=16.582;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=40;DPB=40;DPRA=0.666667;EPP=9.52472;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=107;QR=1389;RO=36;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=81.1833;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:24:23,0:23:900:0:0:0,-6.92369,-80.8943 0|1:16:13,3:13:489:3:107:-5.16473,0,-39.5277 dDocent_Contig_15523 11 . G A 6962.68 . AB=0.309989;ABP=276.155;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=270;CIGAR=1X;DP=871;DPB=871;DPRA=0;EPP=589.308;EPPR=1308.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10694;QR=24070;RO=601;RPL=0;RPP=589.308;RPPR=1308.07;RPR=270;RUN=1;SAF=270;SAP=589.308;SAR=0;SRF=601;SRP=1308.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:405:272,133:272:10882:133:5274:-352.602,0,-856.723 0/1:466:329,137:329:13188:137:5420:-347.365,0,-1045.65 dDocent_Contig_15524 108 . T C 1231.87 . AB=0.491935;ABP=3.08035;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1813;QR=1806;RO=61;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=135.47;RPR=61;RUN=1;SAF=0;SAP=135.47;SAR=61;SRF=0;SRP=135.47;SRR=61;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:31,27:31:932:27:814:-56.0248,0,-66.6417 0/1:65:30,34:30:874:34:999:-70.8609,0,-59.6104 dDocent_Contig_15525 12 . C T 1755.13 . AB=0.125;ABP=71.4117;AC=0;AF=0;AN=4;AO=7;CIGAR=2X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=275;QR=1817;RO=46;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=102.898;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:56:24,0,32:24:934:0,32:0,1290:-99.5078,-106.733,-183.476,0,-77.1379,-67.505 0|0:56:22,7,26:22:883:7,26:275,1047:-79.7042,-63.7074,-134.361,0,-50.1689,-64.9623 dDocent_Contig_15526 107 . N A 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_15528 35 . C T 44.5563 . AB=0.142857;ABP=41.7866;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=199;QR=1163;RO=30;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=68.1545;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:21,3:21:821:3:119:-3.87029,0,-66.9834 0/1:11:9,2:9:342:2:80:-4.28025,0,-27.819 dDocent_Contig_15530 12 . C T 151.506 . AB=0.169014;ABP=70.5706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.949153;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=437;QR=2360;RO=59;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=131.127;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:27,3:27:1075:3:114:-1.60132,0,-87.9984 0/1:41:32,9:32:1285:9:323:-17.0716,0,-103.572 dDocent_Contig_15532 43 . T A 11257.4 . AB=0.75;ABP=89.8692;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=347;CIGAR=1X1M1X;DP=399;DPB=399;DPRA=0;EPP=756.511;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991354;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13527;QR=1987;RO=51;RPL=0;RPP=756.511;RPPR=113.755;RPR=347;RUN=1;SAF=347;SAP=756.511;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:239:12,227:12:455:227:8860:-755.706,-30.6563,0 0|1:160:39,120:39:1532:120:4667:-371.73,0,-89.8594 dDocent_Contig_15533 14 . A C 1179.87 . AB=0.220833;ABP=165.473;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=53;CIGAR=1X;DP=433;DPB=433;DPRA=1.24352;EPP=118.098;EPPR=828.17;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2134;QR=15210;RO=380;RPL=0;RPP=118.098;RPPR=828.17;RPR=53;RUN=1;SAF=53;SAP=118.098;SAR=0;SRF=380;SRP=828.17;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:193:193,0:193:7745:0:0:0,-58.0988,-696.626 0/1:240:187,53:187:7465:53:2134:-119.987,0,-599.221 dDocent_Contig_15534 117 . A T 90.1 . AB=0.110553;ABP=265.169;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=397;DPB=397;DPRA=1.00505;EPP=50.7827;EPPR=817.312;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=781;QR=13138;RO=375;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=817.312;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=817.312;SRR=375;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:199:177,22:177:6196:22:781:-10.709,0,-497.832 0/0:198:198,0:198:6942:0:0:0,-59.6039,-624.855 dDocent_Contig_15535 13 . T C 277.953 . AB=0.47619;ABP=3.1137;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=19.0002;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=1002;RO=25;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=57.2971;RPR=11;RUN=1;SAF=10;SAP=19.0002;SAR=1;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:11,10:11:436:10:394:-29.4934,0,-33.2724 0/0:15:14,1:14:566:1:41:0,-0.420883,-47.1871 dDocent_Contig_15537 7 . A G 387.829 . AB=0.152;ABP=265.984;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=505;DPB=505;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=958.458;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.988636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2011;QR=16732;RO=440;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=958.458;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=440;SRP=958.458;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:255:230,24:230:8757:24:730:0,-10.8731,-721.922 0/1:250:210,38:210:7975:38:1281:-40.7829,0,-642.799 dDocent_Contig_15538 1 . N G 74.9833 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=79;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 dDocent_Contig_15539 163 . A G 2633.24 . AB=0.286104;ABP=148.854;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=755;DPB=755;DPRA=0.945876;EPP=231.015;EPPR=1405.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4176;QR=25532;RO=650;RPL=105;RPP=231.015;RPPR=1405.79;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=231.015;SAR=105;SRF=0;SRP=1414.47;SRR=650;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:388:388,0:388:15228:0:0:0,-116.8,-1369.43 0/1:367:262,105:262:10304:105:4176:-265.324,0,-816.259 dDocent_Contig_15540 81 . T C 12181.4 . AB=0.472426;ABP=10.1953;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=514;CIGAR=1X;DP=1088;DPB=1088;DPRA=0;EPP=1119.15;EPPR=1242.92;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17205;QR=14956;RO=571;RPL=514;RPP=1119.15;RPPR=1242.92;RPR=0;RUN=1;SAF=514;SAP=1119.15;SAR=0;SRF=571;SRP=1242.92;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:563:332,229:332:8753:229:7613:-516.32,0,-618.995 0/1:525:239,285:239:6203:285:9592:-705.518,0,-400.656 dDocent_Contig_15541 17 . G A 3097.85 . 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AB=0.684564;ABP=47.0956;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=102;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=224.5;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.803922;PAIREDR=0.87234;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4092;QR=1890;RO=47;RPL=0;RPP=224.5;RPPR=105.07;RPR=102;RUN=1;SAF=102;SAP=224.5;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:87:31,56:31:1251:56:2226:-174.305,0,-86.6661 0/1:62:16,46:16:639:46:1866:-149.474,0,-39.1778 dDocent_Contig_15545 98 . N T 1631.02 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=55;CIGAR=2X;DP=55;DPB=56.5;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=42.7283;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=1;PQA=7;PQR=0;PRO=0;QA=1810;QR=0;RO=0;RPL=55;RPP=122.441;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:55:0,55:0:0:55:1810:-163.102,-16.5567,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15547 12 . T C 1027.39 . AB=0.486486;ABP=3.12768;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972222;PAIREDR=0.657895;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1423;QR=1526;RO=38;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=85.5263;RPR=36;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:16,8:16:642:8:324:-22.3045,0,-50.8898 0/1:50:22,28:22:884:28:1099:-84.1332,0,-64.8133 dDocent_Contig_15548 24 . C T 108.901 . AB=0.114754;ABP=160.282;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=243;DPB=243;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.375;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=634;QR=9044;RO=227;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=495.935;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:108,14:108:4314:14:552:-12.5891,0,-351.476 0/0:121:119,2:119:4730:2:82:0,-28.645,-417.814 dDocent_Contig_15550 15 . G T 128.292 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X3M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=1489;RO=38;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=85.5263;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:26:24,2:24:956:2:80:0,-0.234989,-78.7527 0|1:21:14,6:14:533:6:232:-14.828,0,-41.8908 dDocent_Contig_15551 36 . C A 142.634 . AB=0.181818;ABP=51.3749;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=332;DPB=332;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=663.138;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1066;QR=12092;RO=304;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=663.138;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=304;SRP=663.138;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:277:259,18:259:10301:18:705:0,-19.6089,-862.646 0/1:55:45,10:45:1791:10:361:-16.2634,0,-144.85 dDocent_Contig_15552 45 . C T 36.7256 . AB=0.25;ABP=7.35324;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0.727273;EPP=7.35324;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=683;RO=17;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=39.9253;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:8:6,2:6:241:2:82:-5.37144,0,-19.6581 0/0:11:11,0:11:442:0:0:0,-3.31133,-40.1354 dDocent_Contig_15553 36 . G A 647.273 . AB=0.214286;ABP=112.204;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=0;EPP=10.9724;EPPR=9.48883;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.545455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1268;QR=4492;RO=121;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=265.758;RPR=33;RUN=1;SAF=22;SAP=10.9724;SAR=11;SRF=70;SRP=9.48883;SRR=51;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:69,13:69:2587:13:500:-20.66,0,-208.331 0/1:72:52,20:52:1905:20:768:-47.7663,0,-150.02 dDocent_Contig_15554 107 . N C 673.676 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=22;DPB=22;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=738;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=0;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:10:0,10:0:0:10:325:-29.5657,-3.0103,0 1/1:12:0,12:0:0:12:413:-37.5009,-3.61236,0 dDocent_Contig_15556 15 . G C 504.749 . AB=0.154589;ABP=217.524;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=386;DPB=386;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=758.683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1466;QR=12915;RO=348;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=758.683;RPR=37;RUN=1;SAF=37;SAP=83.3548;SAR=0;SRF=348;SRP=758.683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:207:175,32:175:6477:32:1269:-52.1738,0,-520.603 0/0:179:173,5:173:6438:5:197:0,-35.8588,-561.286 dDocent_Contig_15557 46 . G C 51.8111 . AB=0.230769;ABP=11.1951;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=1.08333;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=814;RO=21;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=48.6112;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:11,0:11:428:0:0:0,-3.31133,-38.5366 0/1:13:10,3:10:386:3:119:-7.18111,0,-31.1804 dDocent_Contig_15558 19 . A G 878.233 . AB=0.164134;ABP=325.372;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=329;DPB=329;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=600.165;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2111;QR=10856;RO=275;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=600.165;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=275;SRP=600.165;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:147,36:147:5795:36:1387:-69.9871,0,-466.278 0/1:146:128,18:128:5061:18:724:-21.5351,0,-411.447 dDocent_Contig_15559 7 . A G 97.996 . AB=0.190476;ABP=37.9607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=415;QR=2930;RO=77;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=170.214;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:48:43,5:43:1627:5:147:0,-0.928613,-133.177 0/1:42:34,8:34:1303:8:268:-11.7993,0,-104.914 dDocent_Contig_15560 40 . A G 275.554 . AB=0.0617284;ABP=138.151;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1M2X;DP=81;DPB=94.6667;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=50.2;MQMR=59.6071;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.803571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=204;QR=2203;RO=56;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=124.613;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:25,12,1,3:25:982:12,1,3:424,40,118:-27.0141,0,-77.2148,-33.8671,-80.1484,-114.352,-24.8232,-71.1204,-104.947,-104.725 0|1:40:31,2,4,1:31:1221:2,4,1:76,164,38:-4.23894,-7.334,-106.836,0,-93.8987,-98.9274,-10.4527,-104.321,-97.0151,-110.253 dDocent_Contig_15561 19 . G T 1898.31 . AB=0.481481;ABP=3.41242;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=135;DPB=135;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969231;PAIREDR=0.985714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2596;QR=2805;RO=70;RPL=0;RPP=144.156;RPPR=155.013;RPR=65;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:39,26:39:1556:26:1030:-73.425,0,-120.711 0/1:70:31,39:31:1249:39:1566:-120.105,0,-91.6057 dDocent_Contig_15562 65 . C T 570.49 . AB=0.3;ABP=30.8051;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1038;QR=3837;RO=97;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:80:56,24:56:2187:24:917:-58.748,0,-172.924 0/0:44:41,3:41:1650:3:121:0,-1.96533,-137.446 dDocent_Contig_15564 10 . T C 6022.41 . AB=0.178774;ABP=1582.23;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=315;CIGAR=1X;DP=1762;DPB=1762;DPRA=0;EPP=687.024;EPPR=3140.79;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981315;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=12628;QR=57188;RO=1445;RPL=0;RPP=687.024;RPPR=3140.79;RPR=315;RUN=1;SAF=315;SAP=687.024;SAR=0;SRF=1445;SRP=3140.79;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:898:671,225:671:26587:225:9009:-540.304,0,-2120.62 0/1:864:774,90:774:30601:90:3619:-65.6358,0,-2491.33 dDocent_Contig_15565 47 . A G 61.1091 . 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AB=0.388889;ABP=18.4519;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=56;CIGAR=1X;DP=249;DPB=249;DPRA=1.37143;EPP=124.613;EPPR=422.104;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2110;QR=7578;RO=193;RPL=0;RPP=124.613;RPPR=422.104;RPR=56;RUN=1;SAF=56;SAP=124.613;SAR=0;SRF=193;SRP=422.104;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:105:105,0:105:4123:0:0:0,-31.6081,-371.07 0/1:144:88,56:88:3455:56:2110:-146.776,0,-267.673 dDocent_Contig_15567 31 . C T 156.059 . AB=0.191489;ABP=41.8658;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.921053;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=1525;RO=38;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=85.5263;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:13,2:13:526:2:82:-3.26423,0,-43.1698 0/1:32:25,7:25:999:7:281:-16.029,0,-80.5693 dDocent_Contig_15569 50 . T G 35.3296 . 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AB=0.52381;ABP=3.21711;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=6.56362;EPPR=38.1882;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.545455;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=842;QR=808;RO=20;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=46.4397;RPR=22;RUN=1;SAF=14;SAP=6.56362;SAR=8;SRF=19;SRP=38.1882;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:10,16:10:407:16:605:-46.9553,0,-29.1638 0/1:16:10,6:10:401:6:237:-16.8852,0,-31.6312 dDocent_Contig_15571 99 . N C 309.819 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=9;CIGAR=5X1I3X;DP=10;DPB=11.25;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=10.8435;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=344;QR=0;RO=0;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:10:0,9:0:0:9:344:-30.9819,-2.70927,0 dDocent_Contig_15572 64 . G A 6765.9 . 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AB=0.284848;ABP=268.377;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=188;CIGAR=1X;DP=660;DPB=660;DPRA=0;EPP=411.247;EPPR=1025.77;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7305;QR=18376;RO=471;RPL=188;RPP=411.247;RPPR=1025.77;RPR=0;RUN=1;SAF=188;SAP=411.247;SAR=0;SRF=471;SRP=1025.77;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:277:224,53:224:8724:53:2098:-105.624,0,-701.334 0/1:383:247,135:247:9652:135:5207:-353.12,0,-752.727 dDocent_Contig_15574 31 . G A 49.1721 . AB=0.125;ABP=61.6401;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0.979592;EPP=16.0391;EPPR=200.614;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.956044;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=230;QR=3590;RO=91;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=200.614;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=91;SRP=200.614;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:48:42,6:42:1670:6:230:-6.61617,0,-136.077 0/0:49:49,0:49:1920:0:0:0,-14.7505,-173.013 dDocent_Contig_15575 1 . N G 283.075 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=8;DPB=8;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=303;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=0;RPR=8;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:150:-13.8648,-1.20412,0 1/1:4:0,4:0:0:4:153:-14.1414,-1.20412,0 dDocent_Contig_15576 21 . C A 995.533 . AB=0.190476;ABP=230.188;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=273;DPB=273;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=482.906;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995475;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2054;QR=8829;RO=221;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=482.906;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:151:114,37:114:4519:37:1472:-87.2643,0,-361.181 0/1:122:107,15:107:4310:15:582:-15.988,0,-351.117 dDocent_Contig_15577 36 . C T 608.26 . AB=0.488372;ABP=3.0608;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=914;QR=1783;RO=45;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=100.727;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:22,21:22:859:21:835:-62.523,0,-64.6735 0/0:25:23,2:23:924:2:79:0,-0.0285055,-75.9688 dDocent_Contig_15578 42 . A G 1200.1 . AB=0.532468;ABP=3.71532;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=77;DPB=77;DPRA=0;EPP=92.0407;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.243902;PAIREDR=0.5;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1625;QR=1408;RO=36;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=81.1833;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:23,19:23:895:19:756:-55.7216,0,-68.2157 0/1:35:13,22:13:513:22:869:-67.9873,0,-35.9794 dDocent_Contig_15579 109 . G A 169.65 . AB=0.22;ABP=37.059;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=1.6129;EPP=26.8965;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.828571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=371;QR=2341;RO=70;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=155.013;RPR=11;RUN=1;SAF=0;SAP=26.8965;SAR=11;SRF=0;SRP=155.013;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:50:39,11:39:1274:11:371:-18.6639,0,-99.8994 0/0:31:31,0:31:1067:0:0:0,-9.33193,-96.3391 dDocent_Contig_15582 130 . C A 176.794 . AB=0.194444;ABP=61.3988;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=471;QR=1995;RO=58;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=128.956;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=128.956;SRR=58;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:12,3:12:418:3:103:-5.09457,0,-33.4385 0/1:57:46,11:46:1577:11:368:-16.2836,0,-125.062 dDocent_Contig_15583 98 . N A 57.9484 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79376,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15584 21 . C A 169.934 . AB=0.228571;ABP=25.4075;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=110.022;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=58.807;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.45614;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=405;QR=2260;RO=57;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=118.251;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=56;SRP=118.251;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:32:30,2:30:1177:2:81:0,-1.94723,-97.4813 0/1:35:27,8:27:1083:8:324:-18.9933,0,-87.1392 dDocent_Contig_15585 25 . C A 30.5937 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=128.956;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.827586;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=200;QR=2334;RO=58;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=128.956;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=58;SRP=128.956;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:30,1:30:1196:1:41:0,-5.23736,-103.818 0/1:32:28,4:28:1138:4:159:-5.05899,0,-93.0651 dDocent_Contig_15586 114 . G A 72.8237 . AB=0.193548;ABP=28.2974;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=206;QR=865;RO=25;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=57.2971;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=57.2971;SRR=25;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:8,4:8:280:4:136:-8.96333,0,-21.9276 0/1:19:17,2:17:585:2:70:-0.927826,0,-47.2552 dDocent_Contig_15588 187 . G A 241.818 . AB=0.172043;ABP=89.8925;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=613;QR=3052;RO=77;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=170.214;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:34,9:34:1355:9:333:-17.361,0,-109.263 0/1:50:43,7:43:1697:7:280:-10.5199,0,-137.896 dDocent_Contig_15589 32 . C T 110.294 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=1.06;EPP=20.3821;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=318;QR=3837;RO=95;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=209.3;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=95;SRP=209.3;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:50,0:50:2016:0:0:0,-15.0515,-181.624 0/1:53:45,8:45:1821:8:318:-13.0294,0,-148.139 dDocent_Contig_15591 26 . A G 242.152 . AB=0.181818;ABP=70.7208;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=154;DPB=154;DPRA=1;EPP=33.4109;EPPR=307.016;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.585714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=545;QR=5403;RO=140;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=307.016;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=140;SRP=307.016;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:77:77,0:77:2958:0:0:0,-23.1793,-266.348 0/1:77:63,14:63:2445:14:545:-26.2152,0,-197.041 dDocent_Contig_15594 107 . N T 229.379 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=7;CIGAR=1X;DP=7;DPB=7;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=9.4572;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=251;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=0;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:7:0,7:0:0:7:251:-22.9379,-2.10721,0 dDocent_Contig_15595 69 . C A 41644.9 . AB=0.207029;ABP=1360.61;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=377;CIGAR=2X;DP=1821;DPB=1821;DPRA=0;EPP=821.655;EPPR=582.793;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14717;QR=10462;RO=267;RPL=377;RPP=821.655;RPPR=582.793;RPR=0;RUN=1;SAF=377;SAP=821.655;SAR=0;SRF=267;SRP=582.793;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:971:84,220,666:84:3265:220,666:8559,26384:-2581.15,-1903.14,-2105.18,-435.029,0,-502.811 0|0:850:183,157,508:183:7197:157,508:6158,19967:-1587.04,-1135.73,-1680.41,0,-85.5477,-439.019 dDocent_Contig_15596 10 . T A 169.493 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=47.4268;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.727273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=1725;RO=44;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=98.5551;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=37;SRP=47.4268;SRR=7;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:16,7:16:633:7:280:-18.6482,0,-50.3779 0/0:30:28,2:28:1092:2:77:0,-1.72207,-91.2598 dDocent_Contig_15597 30 . C G 389.582 . AB=0.326087;ABP=15.095;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X1M1X3M1X;DP=54;DPB=54;DPRA=5.75;EPP=35.5824;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=596;QR=1406;RO=36;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=81.1833;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:28,15:28:1089:15:596:-40.6571,0,-84.9881 0|0:8:8,0:8:317:0:0:0,-2.40824,-28.897 dDocent_Contig_15598 17 . A G 1826.11 . AB=0.383721;ABP=23.21;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=172;DPB=172;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.787879;PAIREDR=0.894231;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2642;QR=4183;RO=104;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=228.843;RPR=66;RUN=1;SAF=66;SAP=146.327;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:93:56,36:56:2254:36:1437:-101.478,0,-174.916 0/1:79:48,30:48:1929:30:1205:-84.8323,0,-149.914 dDocent_Contig_15601 51 . A G 108.515 . AB=0.150943;ABP=59.0998;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=151;DPB=151;DPRA=0.540816;EPP=20.3821;EPPR=313.531;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.979021;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=5509;RO=143;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=313.531;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=143;SRP=313.531;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:98:98,0:98:3759:0:0:0,-29.5009,-338.408 0/1:53:45,8:45:1750:8:316:-12.8515,0,-141.788 dDocent_Contig_15602 59 . T C 252.278 . AB=0.156863;ABP=107.326;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=245;DPB=245;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=498.106;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=681;QR=9112;RO=228;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=498.106;RPR=0;RUN=1;SAF=17;SAP=39.9253;SAR=0;SRF=228;SRP=498.106;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:143:142,1:142:5649:1:41:0,-38.9527,-504.134 0/1:102:86,16:86:3463:16:640:-27.2278,0,-280.998 dDocent_Contig_15604 32 . T C 475.414 . AB=0.110266;ABP=349.992;AC=0;AF=0;AN=4;AO=29;CIGAR=2X;DP=263;DPB=263;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1152;QR=7881;RO=199;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=435.133;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:158:112,21,25:112:4416:21,25:835,983:-47.1276,-12.0947,-369.067,0,-294.543,-355.764 0|0:105:87,8,9:87:3465:8,9:317,367:-4.11106,-4.20068,-287.111,0,-259.24,-282.622 dDocent_Contig_15606 25 . A C 187.762 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1X1M3D2X;DP=40;DPB=37.4286;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=57.3333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.833333;PAIREDR=0.68;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=231;QR=981;RO=25;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=57.2971;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:15:12,0,3:12:475:0,3:0,120:-6.67186,-10.2842,-49.375,0,-39.4895,-38.5864 0|0:25:13,6,6:13:506:6,6:231,239:-15.7742,-0.857953,-40.631,0,-22.7545,-39.7838 dDocent_Contig_15607 107 . N T 102.543 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=103;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_15608 51 . C A 1579.66 . AB=0.126417;ABP=1393.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=2X;DP=1147;DPB=1147;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=2170.14;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5620;QR=39038;RO=998;RPL=145;RPP=317.874;RPPR=2170.14;RPR=0;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=998;SRP=2170.14;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:659:554,101:554:21747:101:3941:-157.216,0,-1758.13 0|1:488:444,44:444:17291:44:1679:-4.44795,0,-1408.11 dDocent_Contig_15610 47 . T C 699.882 . AB=0.267857;ABP=55.4358;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.974026;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1178;QR=3016;RO=77;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=170.214;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:40,9:40:1557:9:342:-15.9891,0,-125.226 0/1:61:37,21:37:1459:21:836:-57.698,0,-113.704 dDocent_Contig_15611 19 . A G 262.18 . AB=0.529412;ABP=3.13803;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=1.21429;EPP=22.5536;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=363;QR=869;RO=22;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=50.7827;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:17:8,9:8:318:9:363:-27.9169,0,-23.8693 0/0:14:14,0:14:551:0:0:0,-4.21442,-49.9302 dDocent_Contig_15613 11 . A T 1957.23 . AB=0.159892;ABP=373.755;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=59;CIGAR=1X3M1X4M;DP=369;DPB=369;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=57.5254;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0.0508475;PAIREDR=0.291429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2236;QR=6828;RO=175;RPL=0;RPP=131.127;RPPR=383.018;RPR=59;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:197:93,20,21,7,41:93:3623:20,21,7,41:785,771,260,1604:-103.879,-70.2275,-361.987,-69.5753,-305.709,-361.032,-110.602,-346.735,-346.081,-406.273,0,-236.144,-235.491,-276.517,-285.448 0|1:172:82,11,38,18,10:82:3205:11,38,18,10:427,1465,679,398:-95.5426,-86.9368,-347.133,0,-230.23,-252.08,-64.5962,-294.817,-207.891,-322.687,-87.4527,-317.673,-230.747,-295.334,-347.952 dDocent_Contig_15614 20 . G A 20436.9 . AB=0.799242;ABP=619.018;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=633;CIGAR=1X;DP=792;DPB=792;DPRA=0;EPP=1377.55;EPPR=348.274;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25419;QR=6381;RO=159;RPL=0;RPP=1377.55;RPPR=348.274;RPR=633;RUN=1;SAF=633;SAP=1377.55;SAR=0;SRF=159;SRP=348.274;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:435:99,336:99:3968:336:13496:-1082.66,0,-226.149 0/1:357:60,297:60:2413:297:11923:-964.734,0,-109.841 dDocent_Contig_15615 98 . N G 91.0036 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:52:-4.80993,-1.20412,0 1/1:2:0,2:0:0:2:42:-3.9887,-0.60206,0 dDocent_Contig_15616 56 . T A 149.082 . AB=0.133333;ABP=108.11;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=219;DPB=219;DPRA=0.697674;EPP=29.068;EPPR=445.991;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=7780;RO=204;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=445.991;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=204;SRP=445.991;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:129:126,0:126:4732:0:0:0,-37.9298,-425.518 0/1:90:78,12:78:3048:12:485:-16.9082,0,-247.323 dDocent_Contig_15618 53 . T C 2576.6 . AB=0.805825;ABP=86.6858;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3243;QR=751;RO=20;RPL=83;RPP=183.243;RPPR=46.4397;RPR=0;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:53:15,38:15:554:38:1476:-117.132,0,-34.23 0/1:50:5,45:5:197:45:1767:-144.208,0,-3.05253 dDocent_Contig_15619 25 . C T 122.419 . AB=0.13253;ABP=100.36;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=124;DPB=124;DPRA=2.02439;EPP=26.8965;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=433;QR=4403;RO=112;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=246.215;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:41,0:41:1622:0:0:0,-12.3422,-146.221 0|1:83:71,11:71:2781:11:433:-14.2419,0,-225.33 dDocent_Contig_15620 67 . A C 1052.56 . AB=0.386139;ABP=14.3837;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X2M1X;DP=101;DPB=101;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.487179;PAIREDR=0.733333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1540;QR=2320;RO=60;RPL=39;RPP=87.6977;RPPR=133.299;RPR=0;RUN=1;SAF=39;SAP=87.6977;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:58:30,27:30:1163:27:1058:-78.2663,0,-87.7085 0|1:43:30,12:30:1157:12:482:-30.689,0,-91.3735 dDocent_Contig_15621 21 . C T 147.654 . AB=0.186047;ABP=39.8243;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.385965;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=366;QR=2310;RO=57;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=126.784;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:23:22,1:22:893:1:40:0,-2.92801,-76.6804 0/1:43:35,8:35:1417:8:326:-16.7654,0,-114.83 dDocent_Contig_15622 48 . T C 9989.94 . AB=0.515528;ABP=4.35904;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=332;CIGAR=1X;DP=644;DPB=644;DPRA=0;EPP=723.939;EPPR=671.852;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13302;QR=12413;RO=312;RPL=0;RPP=723.939;RPPR=671.852;RPR=332;RUN=1;SAF=332;SAP=723.939;SAR=0;SRF=312;SRP=680.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:344:172,172:172:6832:172:6893:-516.472,0,-510.997 0/1:300:140,160:140:5581:160:6409:-486.221,0,-411.8 dDocent_Contig_15623 98 . N T 322.132 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=347;QR=0;RO=0;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:7:0,7:0:0:7:243:-22.2088,-2.10721,0 1/1:3:0,3:0:0:3:104:-9.70309,-0.90309,0 dDocent_Contig_15627 209 . N G 110.991 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:33:-3.29913,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:79:-7.49724,-0.60206,0 dDocent_Contig_15628 60 . G T 7984.72 . AB=0.055814;ABP=371.464;AC=0;AF=0;AN=4;AO=12;CIGAR=2M2X1M;DP=341;DPB=288.4;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=456;QR=1857;RO=48;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:215:35,157,12:35:1368:157,12:6025,456:-483.914,0,-65.2103,-457.056,-75.0784,-565.905 0|0:126:13,103,0:13:489:103,0:3928,0:-318.257,0,-9.05499,-322.17,-40.0611,-362.23 dDocent_Contig_15629 10 . T G 1970.9 . AB=0.29771;ABP=96.135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=78;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=402.561;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994565;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3102;QR=7393;RO=184;RPL=0;RPP=172.385;RPPR=402.561;RPR=78;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=184;SRP=402.561;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:162:101,61:101:4076:61:2433:-170.354,0,-318.038 0/1:100:83,17:83:3317:17:669:-30.435,0,-268.483 dDocent_Contig_15631 69 . T C 5768.1 . AB=0.2019;ABP=327.963;AC=0;AF=0;AN=4;AO=85;CIGAR=2X;DP=421;DPB=421;DPRA=0;EPP=187.585;EPPR=280.959;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3033;QR=4595;RO=128;RPL=85;RPP=187.585;RPPR=280.959;RPR=0;RUN=1;SAF=85;SAP=187.585;SAR=0;SRF=128;SRP=280.959;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:290:93,59,138:93:3366:59,138:2105,5033:-383.186,-239.592,-496.608,0,-103.192,-233.24 0|0:131:35,26,70:35:1229:26,70:928,2545:-197.323,-132.209,-224.397,0,-24.3609,-78.9428 dDocent_Contig_15633 19 . A T 2932.21 . AB=0.171875;ABP=62.8615;AC=0;AF=0;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=435;QR=2965;RO=75;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=165.871;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:121:45,0,75:45:1798:0,75:0,2976:-231.7,-245.247,-393.341,0,-148.385,-125.808 0|0:64:30,11,23:30:1167:11,23:435,903:-65.2199,-38.4526,-131.037,0,-60.0941,-88.9694 dDocent_Contig_15635 9 . A G 220.514 . AB=0.130719;ABP=184.236;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=284;DPB=284;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.40856;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1038;QR=9841;RO=257;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=561.079;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=257;SRP=561.079;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:153:133,20:133:5119:20:772:-23.7504,0,-414.661 0/0:131:124,7:124:4722:7:266:0,-15.1332,-400.726 dDocent_Contig_15636 13 . C G 105.685 . AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=140;DPB=140;DPRA=0.489362;EPP=18.2106;EPPR=291.816;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=5297;RO=133;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=291.816;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=133;SRP=291.816;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:39,7:39:1553:7:286:-12.2674,0,-126.162 0/0:94:94,0:94:3744:0:0:0,-28.2968,-336.963 dDocent_Contig_15638 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15639 36 . T C 5773.34 . AB=0.199729;ABP=1159.71;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=295;CIGAR=1X;DP=1477;DPB=1477;DPRA=0;EPP=643.595;EPPR=2567.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99746;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11397;QR=42994;RO=1181;RPL=0;RPP=643.595;RPPR=2567.52;RPR=295;RUN=1;SAF=295;SAP=643.595;SAR=0;SRF=1181;SRP=2567.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:816:674,141:674:24487:141:5372:-237.952,0,-1957.3 0/1:661:507,154:507:18507:154:6025:-343.081,0,-1465.88 dDocent_Contig_15641 35 . C A 48.7674 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=1.02778;EPP=13.8677;EPPR=150.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.882353;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=2590;RO=68;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=150.67;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=68;SRP=150.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:36:36,0:36:1343:0:0:0,-10.8371,-121.107 0/1:37:32,5:32:1247:5:196:-6.87673,0,-101.355 dDocent_Contig_15643 25 . T C 309.41 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=1M2D2M1X2M1X2M1X;DP=103;DPB=102.5;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=120;QR=3027;RO=76;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=168.042;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:51:44,3,3,0:44:1754:3,3,0:121,120,0:0,-3.27072,-146.81,-3.36219,-137.828,-146.899,-13.2453,-147.713,-147.802,-157.687 0|0:52:32,7,0,13:32:1273:7,0,13:263,0,517:-32.941,-21.04,-123.75,-42.5739,-125.857,-147.395,0,-83.2971,-104.835,-100.921 dDocent_Contig_15644 79 . C T 230.967 . AB=0.244898;ABP=30.7077;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.683544;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=514;QR=2854;RO=79;RPL=9;RPP=5.49198;RPPR=10.954;RPR=5;RUN=1;SAF=9;SAP=5.49198;SAR=5;SRF=31;SRP=10.954;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:42,2:42:1532:2:75:0,-6.12652,-131.009 0/1:49:37,12:37:1322:12:439:-25.0967,0,-104.486 dDocent_Contig_15646 49 . A T 73.3437 . AB=0.185185;ABP=26.2531;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=1.22727;EPP=13.8677;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.886364;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=190;QR=1767;RO=44;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=98.5551;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:22,0:22:884:0:0:0,-6.62266,-79.866 0/1:27:22,5:22:883:5:190:-9.33437,0,-71.6517 dDocent_Contig_15647 18 . A C 870.023 . AB=0.190678;ABP=199.142;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=48;CIGAR=1X;DP=437;DPB=437;DPRA=0;EPP=107.241;EPPR=847.713;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.0833;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.770833;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1919;QR=15365;RO=389;RPL=0;RPP=107.241;RPPR=847.713;RPR=48;RUN=1;SAF=48;SAP=107.241;SAR=0;SRF=389;SRP=847.713;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:201:198,3:198:7776:3:119:0,-49.412,-688.374 0/1:236:191,45:191:7589:45:1800:-89.0023,0,-611.597 dDocent_Contig_15648 10 . G A 3711.61 . AB=0.659341;ABP=43.1467;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=120;CIGAR=1X4M;DP=182;DPB=182;DPRA=0;EPP=263.587;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.977273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4719;QR=1709;RO=44;RPL=0;RPP=263.587;RPPR=98.5551;RPR=120;RUN=1;SAF=120;SAP=263.587;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:84:21,1,56:21:807:1,56:40,2224:-176.76,-179.786,-245.727,0,-62.9386,-49.3764 0|1:98:23,6,64:23:902:6,64:240,2495:-198.101,-185.254,-257.628,0,-54.4029,-54.908 dDocent_Contig_15649 21 . G A 36009 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1074;CIGAR=1X;DP=1139;DPB=1139;DPRA=0;EPP=2335.17;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.986965;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=42602;QR=2550;RO=65;RPL=0;RPP=2335.17;RPPR=144.156;RPR=1074;RUN=1;SAF=1074;SAP=2335.17;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:561:19,542:19:714:542:21433:-1862.63,-104.316,0 1/1:578:46,532:46:1836:532:21169:-1737.97,-8.54174,0 dDocent_Contig_15652 57 . T A 88.7812 . AB=0.142857;ABP=127.094;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.458333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=636;QR=3851;RO=96;RPL=3;RPP=16.582;RPPR=211.472;RPR=13;RUN=1;SAF=3;SAP=16.582;SAR=13;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:65:58,7:58:2309:7:275:-0.727928,0,-188.391 0/1:47:38,9:38:1542:9:361:-10.8667,0,-124.865 dDocent_Contig_15653 98 . N A 388.733 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=1M13I7X;DP=14;DPB=36.75;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=424;QR=0;RO=0;RPL=12;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1|1:13:0,11:0:0:11:388:-34.9729,-3.31133,0 dDocent_Contig_15656 37 . G T 145.845 . AB=0.181818;ABP=41.702;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.763158;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=3045;RO=76;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=168.042;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:36,8:36:1461:8:324:-16.2835,0,-118.486 0/0:41:40,1:40:1584:1:40:0,-8.34655,-138.805 dDocent_Contig_15657 83 . C T 123.988 . AB=0.318182;ABP=9.32731;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=1240;RO=36;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=81.1833;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:22:21,1:21:719:1:36:0,-3.02438,-61.4312 0/1:22:15,7:15:521:7:230:-14.3988,0,-40.597 dDocent_Contig_15659 31 . C T 139.67 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=1.47619;EPP=18.2106;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=1753;RO=45;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=100.727;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:21,0:21:817:0:0:0,-6.32163,-73.8388 0/1:31:24,7:24:936:7:277:-15.967,0,-75.2031 dDocent_Contig_15661 27 . G A 34477.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1003;CIGAR=1X;DP=1041;DPB=1041;DPRA=0;EPP=2181;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39872;QR=1523;RO=38;RPL=0;RPP=2181;RPPR=85.5263;RPR=1003;RUN=1;SAF=1003;SAP=2181;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:543:12,531:12:480:531:21086:-1852.44,-119.91,0 1/1:498:26,472:26:1043:472:18786:-1594.99,-55.7521,0 dDocent_Contig_15662 81 . C T 1815.56 . AB=0.546218;ABP=5.21827;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=65;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=144.156;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.2963;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.969231;PAIREDR=0.925926;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2450;QR=1947;RO=54;RPL=65;RPP=144.156;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=65;SAP=144.156;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:63:33,30:33:1189:30:1149:-84.7396,0,-87.8973 0/1:56:21,35:21:758:35:1301:-100.516,0,-51.6881 dDocent_Contig_15663 13 . G C 4406.51 . AB=0.478125;ABP=4.34033;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=320;DPB=320;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=365.646;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6005;QR=6562;RO=167;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=365.646;RPR=153;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=167;SRP=365.646;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:133:40,93:40:1554:93:3670:-290.316,0,-100.061 0/1:187:127,60:127:5008:60:2335:-154.034,0,-394.342 dDocent_Contig_15664 67 . C A 39.8239 . AB=0.173913;ABP=24.253;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=141;QR=677;RO=19;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:10:9,1:9:318:1:35:-0.488329,0,-25.9504 0/1:13:10,3:10:359:3:106:-5.97571,0,-28.7402 dDocent_Contig_15665 1 . N G 112.805 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:121:-11.28,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15667 11 . T A 3107.14 . AB=0.803279;ABP=100.477;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=98;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=215.815;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3897;QR=915;RO=24;RPL=0;RPP=215.815;RPPR=55.1256;RPR=98;RUN=1;SAF=98;SAP=215.815;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:11,56:11:424:56:2237:-181.335,0,-18.3449 0/1:55:13,42:13:491:42:1660:-133.079,0,-27.9774 dDocent_Contig_15668 144 . G T 3417.53 . AB=0.72561;ABP=75.5163;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4382;QR=1703;RO=45;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=100.727;RPR=119;RUN=1;SAF=0;SAP=261.416;SAR=119;SRF=0;SRP=100.727;SRR=45;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:33,49:33:1242:49:1833:-140.531,0,-87.3751 0/1:82:12,70:12:461:70:2549:-204.921,0,-17.1558 dDocent_Contig_15669 209 . N G 150.142 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=155;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:78:-7.4033,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:77:-7.30883,-0.60206,0 dDocent_Contig_15670 14 . G T 369.607 . AB=0.161765;ABP=138.153;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=279;DPB=279;DPRA=0.951049;EPP=50.7827;EPPR=561.079;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.972763;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=881;QR=10211;RO=257;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=561.079;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=257;SRP=561.079;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:136:114,22:114:4500:22:881:-38.6597,0,-364.022 0/0:143:143,0:143:5711:0:0:0,-43.0473,-513.801 dDocent_Contig_15672 158 . C T 443.529 . AB=0.23913;ABP=57.3915;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.454545;PAIREDR=0.685714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=834;QR=2706;RO=70;RPL=22;RPP=50.7827;RPPR=155.013;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=155.013;SRR=70;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:25,11:25:952:11:415:-26.8524,0,-75.1263 0/1:56:45,11:45:1754:11:419:-21.1995,0,-141.211 dDocent_Contig_15673 21 . G C 35891 . AB=0.238167;ABP=1185.62;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=473;CIGAR=7M4D3M5I1M1X1M1X;DP=1986;DPB=1585.94;DPRA=0;EPP=1030.12;EPPR=884.628;GTI=0;LEN=1;MEANALT=12;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18617;QR=15674;RO=406;RPL=0;RPP=1030.12;RPPR=884.628;RPR=473;RUN=1;SAF=473;SAP=1030.12;SAR=0;SRF=406;SRP=884.628;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:1007:287,163,548:287:11051:163,548:6376,19064:-1463.47,-1025.65,-1883.94,0,-383.137,-742.381 1|0:979:119,310,537:119:4623:310,537:12241,18893:-2129.33,-1157.89,-1444.45,-627.382,0,-845.604 dDocent_Contig_15674 12 . G A 8157.83 . AB=0.819178;ABP=325.989;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=299;CIGAR=1X;DP=365;DPB=365;DPRA=0;EPP=652.281;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42.398;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11515;QR=2532;RO=66;RPL=0;RPP=652.281;RPPR=146.327;RPR=299;RUN=1;SAF=299;SAP=652.281;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:169:20,149:20:765:149:5736:-437.299,0,-18.2992 0/1:196:46,150:46:1767:150:5779:-382.183,0,-100.267 dDocent_Contig_15676 23 . G A 62.4743 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.850575;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=3465;RO=87;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=191.928;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:50:48,2:48:1948:2:82:0,-7.27182,-167.728 0/1:45:39,6:39:1517:6:238:-8.24743,0,-123.226 dDocent_Contig_15677 38 . A G 30.5127 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=3;EPP=9.52472;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.04;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=997;RO=25;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=57.2971;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:279:0:0:0,-2.10721,-25.4802 0/1:21:18,3:18:718:3:122:-5.05086,0,-58.1341 dDocent_Contig_15678 109 . T C 709.464 . AB=0.464789;ABP=3.7749;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1060;QR=1262;RO=38;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=85.5263;RPR=33;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=85.5263;SRR=38;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:24,8:24:786:8:264:-14.4491,0,-61.4109 0/1:39:14,25:14:476:25:796:-60.1962,0,-31.425 dDocent_Contig_15679 7 . A T 235.24 . AB=0.168421;ABP=93.7321;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=56.125;MQMR=59.2405;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.78481;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=616;QR=3023;RO=79;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=174.557;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:51:40,11:40:1533:11:426:-23.0007,0,-122.847 0/1:44:39,5:39:1490:5:190:-4.22104,0,-120.922 dDocent_Contig_15680 1 . N G 2081.21 . AB=0.308511;ABP=32.9489;AC=4;AF=1;AN=4;AO=29;CIGAR=1X3M1X4M;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=32.931;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=927;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=0;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:71:0,61,10:0:0:61,10:2064,322:-159.365,-23.9396,-5.57677,-135.72,0,-132.709 1|1:23:0,4,19:0:0:4,19:136,605:-52.4387,-43.8754,-42.6712,-8.83764,0,-3.11807 dDocent_Contig_15683 62 . A C 9366.92 . AB=0.0467153;ABP=1225.5;AC=0;AF=0;AN=4;AO=32;CIGAR=1X2M1X;DP=685;DPB=685;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=713.082;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1257;QR=12801;RO=327;RPL=32;RPP=72.4974;RPPR=713.082;RPR=0;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=327;SRP=713.082;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:345:199,5,138:199:7778:5,138:190,5431:-386.811,-431.136,-1069.04,0,-623.838,-597.875 0|0:340:128,27,183:128:5023:27,183:1067,7199:-553.58,-504.308,-909.255,0,-325.268,-357.984 dDocent_Contig_15684 97 . G A 171.199 . AB=0.115068;ABP=472.768;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=671;DPB=671;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=1353.67;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1674;QR=20766;RO=622;RPL=49;RPP=109.412;RPPR=1353.67;RPR=0;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=622;SRP=1353.67;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:306:299,7:299:9966:7:244:0,-69.8151,-874.676 0/1:365:323,42:323:10800:42:1430:-19.1199,0,-862.138 dDocent_Contig_15685 67 . G C 223.778 . AB=0.243902;ABP=26.3669;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.95238;EPP=24.725;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.960784;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=1998;RO=51;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,0:20:770:0:0:0,-6.0206,-69.2257 0/1:41:31,10:31:1228:10:404:-24.3778,0,-98.4445 dDocent_Contig_15686 107 . N G 22008.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=718;CIGAR=1X;DP=718;DPB=718;DPRA=0;EPP=1562.13;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998607;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24452;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1562.13;RPPR=0;RPR=718;RUN=1;SAF=0;SAP=1562.13;SAR=718;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:401:0,401:0:0:401:13646:-1228.04,-120.713,0 1/1:317:0,317:0:0:317:10806:-972.531,-95.4265,0 dDocent_Contig_15687 10 . G T 62.5261 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=39;DPB=39;DPRA=1.29412;EPP=11.6962;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1346;RO=35;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=79.0118;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:17:17,0:17:648:0:0:0,-5.11751,-58.6342 0/1:22:18,4:18:698:4:161:-8.25261,0,-56.5202 dDocent_Contig_15688 57 . C T 303.019 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=12;CIGAR=1X;DP=13;DPB=13;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=5.18177;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.01955;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=370;QR=33;RO=1;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=5.18177;RPR=12;RUN=1;SAF=0;SAP=29.068;SAR=12;SRF=1;SRP=5.18177;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:13:1,12:1:33:12:370:-30.3009,-0.614255,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15690 29 . T C 10266.3 . 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AB=0.247967;ABP=138.736;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=246;DPB=246;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95082;PAIREDR=0.924324;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2458;QR=7355;RO=185;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=404.733;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:113:84,29:84:3372:29:1168:-71.3795,0,-269.494 0/1:133:101,32:101:3983:32:1290:-76.3281,0,-318.416 dDocent_Contig_15692 107 . N A 90.5152 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=97;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:97:-9.05098,-0.90309,0 dDocent_Contig_15693 167 . T A 41.6912 . AB=0.108434;ABP=113.546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=94;DPB=94;DPRA=7.54545;EPP=22.5536;EPPR=187.585;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=339;QR=3251;RO=85;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=187.585;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=187.585;SRR=85;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:83:74,9:74:2831:9:339:-5.86806,0,-229.943 0/0:11:11,0:11:420:0:0:0,-3.31133,-38.1485 dDocent_Contig_15694 50 . C T 282.913 . AB=0.323529;ABP=12.2071;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=1.0625;EPP=26.8965;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.945455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=443;QR=2230;RO=55;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:23,11:23:935:11:443:-29.9903,0,-74.2163 0/0:32:32,0:32:1295:0:0:0,-9.63296,-116.813 dDocent_Contig_15695 61 . A T 927.252 . AB=0.05;ABP=108.544;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=5M1X8M;DP=101;DPB=98.3571;DPRA=1.46341;EPP=9.52472;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=1960;RO=55;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=122.441;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:37,2,0:37:1313:2,0:66,0:0,-5.76534,-112.232,-11.1381,-112.834,-118.168 0|0:60:18,34,3:18:647:34,3:1227,123:-94.7252,0,-42.5601,-89.9875,-42.6356,-141.869 dDocent_Contig_15696 35 . T A 5842.77 . AB=0.647059;ABP=60.4905;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=198;CIGAR=1X;DP=306;DPB=306;DPRA=0;EPP=432.962;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7555;QR=3702;RO=108;RPL=0;RPP=432.962;RPPR=237.529;RPR=198;RUN=1;SAF=198;SAP=432.962;SAR=0;SRF=108;SRP=237.529;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:189:60,129:60:2070:129:4921:-385.982,0,-129.655 0/1:117:48,69:48:1632:69:2634:-201.994,0,-111.928 dDocent_Contig_15697 98 . N A 3606.75 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=121;CIGAR=1X;DP=122;DPB=122;DPRA=0;EPP=265.758;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3999;QR=0;RO=0;RPL=121;RPP=265.758;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=121;SAP=265.758;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:80:0,79:0:0:79:2601:-234.267,-23.7814,0 1/1:42:0,42:0:0:42:1398:-126.107,-12.6433,0 dDocent_Contig_15698 32 . A G 2307.57 . AB=0.752577;ABP=56.7598;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=97;DPB=97;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2924;QR=935;RO=24;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=55.1256;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:8,4:8:316:4:163:-11.4461,0,-25.1914 0/1:85:16,69:16:619:69:2761:-223.01,0,-30.456 dDocent_Contig_15699 46 . A G 181.992 . AB=0.186441;ABP=53.3958;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=1;EPP=26.8965;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.794393;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=418;QR=4210;RO=107;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=235.358;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2312:0:0:0,-17.7608,-208.239 0/1:59:48,11:48:1898:11:418:-20.1992,0,-153.26 dDocent_Contig_15700 16 . G A 487.104 . AB=0.112648;ABP=662.451;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=965;DPB=965;DPRA=1.1024;EPP=126.784;EPPR=1974.71;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2254;QR=36064;RO=908;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=1974.71;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=908;SRP=1974.71;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:459:459,0:459:18289:0:0:0,-138.173,-1644.51 0/1:506:449,57:449:17775:57:2254:-50.7104,0,-1446.01 dDocent_Contig_15701 56 . G A 540.873 . 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AB=0.533333;ABP=3.15506;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.714286;EPP=20.3821;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=1100;RO=28;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=63.8115;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:15:7,8:7:278:8:320:-24.6526,0,-20.8742 0|0:21:21,0:21:822:0:0:0,-6.32163,-74.2935 dDocent_Contig_15704 1 . N G 72.1462 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=76;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:76:-7.21354,-0.60206,0 dDocent_Contig_15705 32 . A T 32.2621 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=216;QR=2380;RO=60;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=133.299;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=60;SRP=133.299;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:28,1:28:1114:1:38:0,-4.9326,-96.7497 0/1:37:32,5:32:1266:5:178:-5.22595,0,-103.069 dDocent_Contig_15707 39 . T A 11943.6 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=361;CIGAR=1X;DP=385;DPB=385;DPRA=0;EPP=786.912;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14228;QR=946;RO=24;RPL=0;RPP=786.912;RPPR=55.1256;RPR=361;RUN=1;SAF=361;SAP=786.912;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:184:13,171:13:520:171:6754:-560.445,-8.24334,0 1/1:201:11,190:11:426:190:7474:-633.613,-21.8205,0 dDocent_Contig_15708 147 . C T 861.52 . AB=0.309091;ABP=20.4216;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=17;CIGAR=1M1X4M;DP=55;DPB=47.6667;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.764706;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=686;QR=597;RO=16;RPL=17;RPP=39.9253;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:11,6,5:11:405:6,5:238,202:-16.2768,0,-31.2837,-2.93142,-16.4253,-34.5222 0|1:33:5,16,12:5:192:16,12:620,484:-73.5739,-24.1538,-35.0929,-35.1765,0,-47.3246 dDocent_Contig_15709 166 . A T 244.203 . AB=0.103542;ABP=504.052;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=765;DPB=765;DPRA=0.922111;EPP=85.5263;EPPR=1553.55;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1516;QR=29069;RO=726;RPL=38;RPP=85.5263;RPPR=1553.55;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=1579.5;SRR=726;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:367:328,38:328:13126:38:1516:-26.1192,0,-1069.82 0/0:398:398,0:398:15943:0:0:0,-119.81,-1433.55 dDocent_Contig_15711 107 . N A 137.071 . AB=0.625;ABP=4.09604;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X7M;DP=8;DPB=7.625;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:4:0,1,3:0:0:1,3:19,76:-7.58107,-6.18795,-5.88692,-1.59894,0,-0.695846 1|1:4:0,2,2:0:0:2,2:40,64:-8.41349,-5.47631,-4.87425,-3.19712,0,-2.59506 dDocent_Contig_15712 45 . G A 24295.5 . AB=0.647945;ABP=280.578;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=946;CIGAR=1X;DP=1460;DPB=1460;DPRA=0;EPP=2057.22;EPPR=1119.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31925;QR=17325;RO=514;RPL=0;RPP=2057.22;RPPR=1119.15;RPR=946;RUN=1;SAF=946;SAP=2057.22;SAR=0;SRF=514;SRP=1119.15;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:752:291,461:291:9819:461:15498:-1168.23,0,-657.347 0/1:708:223,485:223:7506:485:16427:-1265.02,0,-462.499 dDocent_Contig_15713 139 . C T 33.5209 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=1.10526;EPP=9.52472;EPPR=83.3548;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.756757;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1454;RO=37;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=83.3548;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=83.3548;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:715:3:122:-5.05086,0,-58.3526 0/0:19:19,0:19:739:0:0:0,-5.71957,-66.824 dDocent_Contig_15714 24 . C T 396.827 . AB=0.201923;ABP=83.2713;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=104;DPB=104;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.428571;PAIREDR=0.554217;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=822;QR=3287;RO=83;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=183.243;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:26,5:26:1036:5:194:-8.49954,0,-84.204 0/1:73:57,16:57:2251:16:628:-34.8822,0,-180.803 dDocent_Contig_15715 25 . G A 4421.72 . AB=0.352601;ABP=35.6577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X2M1X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2366;QR=622;RO=16;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=37.7539;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:86:8,27,51:8:311:27,51:1024,1958:-216.658,-135.121,-152.55,-58.3802,0,-68.5869 1|0:87:8,34,45:8:311:34,45:1342,1783:-229.213,-121.202,-136.522,-84.8701,0,-96.8785 dDocent_Contig_15716 20 . A T 1554.46 . AB=0.44;ABP=6.91895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=55;CIGAR=1X;DP=125;DPB=125;DPRA=0;EPP=122.441;EPPR=155.013;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.957143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2180;QR=2785;RO=70;RPL=0;RPP=122.441;RPPR=155.013;RPR=55;RUN=1;SAF=55;SAP=122.441;SAR=0;SRF=70;SRP=155.013;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:32,25:32:1278:25:979:-71.2502,0,-98.1316 0/1:68:38,30:38:1507:30:1201:-87.8943,0,-115.41 dDocent_Contig_15717 55 . T G 1829.65 . AB=0.728395;ABP=39.7109;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=59;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=131.127;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.983051;PAIREDR=0.909091;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2339;QR=858;RO=22;RPL=59;RPP=131.127;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=59;SAP=131.127;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:8,17:8:322:17:648:-51.1071,0,-21.8221 0/1:56:14,42:14:536:42:1691:-135.557,0,-31.7098 dDocent_Contig_15718 58 . T G 1962.19 . AB=0.27619;ABP=140.061;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=87;CIGAR=1X;DP=315;DPB=315;DPRA=0;EPP=191.928;EPPR=495.935;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.988506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3271;QR=8285;RO=227;RPL=87;RPP=191.928;RPPR=495.935;RPR=0;RUN=1;SAF=87;SAP=191.928;SAR=0;SRF=227;SRP=495.935;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:145:106,38:106:3901:38:1452:-87.1766,0,-307.448 0/1:170:121,49:121:4384:49:1819:-112.741,0,-343.479 dDocent_Contig_15719 75 . G C 92.821 . AB=0.15;ABP=66.8516;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=329;QR=1857;RO=51;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=113.755;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:18,2:18:652:2:74:-1.00528,0,-52.9911 0/1:40:33,7:33:1205:7:255:-11.2607,0,-96.7148 dDocent_Contig_15720 117 . C G 894.766 . AB=0.616667;ABP=10.1038;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=37;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=0;EPP=83.3548;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1229;QR=799;RO=23;RPL=0;RPP=83.3548;RPPR=52.9542;RPR=37;RUN=1;SAF=0;SAP=83.3548;SAR=37;SRF=0;SRP=52.9542;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:11,18:11:383:18:606:-46.1277,0,-26.0751 0/1:31:12,19:12:416:19:623:-47.0479,0,-28.4405 dDocent_Contig_15721 19 . G A 88.1801 . AB=0.12;ABP=97.0785;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=208;DPB=208;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=426.447;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.461538;PAIREDR=0.948718;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=503;QR=7763;RO=195;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=426.447;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=195;SRP=426.447;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:133:129,4:129:5168:4:136:0,-27.4676,-452.404 0/1:75:66,9:66:2595:9:367:-10.818,0,-211.108 dDocent_Contig_15722 8 . A G 342.065 . AB=0.245614;ABP=35.049;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=3M1X3M;DP=57;DPB=59.2857;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.857143;PAIREDR=0.9375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=542;QR=1225;RO=32;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=72.4974;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:31:16,7,2,6:16:612:7,2,6:267,78,231:-17.0852,0,-48.1097,-15.489,-43.8046,-65.106,-2.93394,-31.2495,-46.7405,-51.3467 0|1:26:16,1,0,8:16:613:1,0,8:39,0,311:-20.82,-22.4283,-72.4478,-25.6365,-72.7488,-75.9552,0,-47.1858,-50.3926,-47.9844 dDocent_Contig_15723 105 . N A 67.4314 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=3X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=71;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:2:0,2:0:0:2:71:-6.74206,-0.60206,0 dDocent_Contig_15724 79 . G A 192.341 . AB=0.116402;ABP=486.134;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=560;DPB=560;DPRA=2.07692;EPP=98.5551;EPPR=1123.49;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1497;QR=17532;RO=516;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=1123.49;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=516;SRP=1123.49;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:182:182,0:182:6173:0:0:0,-54.7875,-555.709 0/1:378:334,44:334:11359:44:1497:-21.2341,0,-908.498 dDocent_Contig_15726 14 . G A 35416 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=996;CIGAR=1X;DP=1011;DPB=1011;DPRA=0;EPP=2165.8;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998996;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=39951;QR=557;RO=14;RPL=0;RPP=2165.8;RPPR=33.4109;RPR=996;RUN=1;SAF=996;SAP=2165.8;SAR=0;SRF=14;SRP=33.4109;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:555:6,548:6:240:548:21970:-1953.41,-145.203,0 1/1:456:8,448:8:317:448:17981:-1587.89,-108.374,0 dDocent_Contig_15727 14 . A G 297.989 . AB=0.229508;ABP=41.7764;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.214286;PAIREDR=0.382979;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=1880;RO=47;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=105.07;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:18,3:18:709:3:119:-4.77287,0,-57.8098 0/1:40:29,11:29:1171:11:449:-28.7247,0,-93.6249 dDocent_Contig_15728 16 . G A 943.323 . AB=0.0512821;ABP=139.423;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=8M1X3M1X;DP=119;DPB=115.385;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=151;QR=1986;RO=51;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=113.755;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:41:15,1,5,0,19:15:592:1,5,0,19:38,195,0,742:-56.5238,-57.9224,-106.342,-48.6266,-94.2257,-95.8368,-61.0393,-106.643,-97.3419,-109.76,0,-45.6451,-36.3527,-48.762,-43.0425 0|1:78:36,5,21,4,9:36:1394:5,21,4,9:196,805,151,334:-41.5074,-36.2185,-149.251,0,-98.405,-108.203,-39.9643,-138.379,-102.149,-153.295,-25.0146,-123.433,-87.2058,-127.178,-136.845 dDocent_Contig_15729 24 . T C 172.643 . AB=0.147727;ABP=97.8642;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.692308;PAIREDR=0.6;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=3002;RO=75;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=165.871;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:37,6:37:1486:6:237:-8.75703,0,-121.039 0/1:45:38,7:38:1516:7:282:-12.2062,0,-123.132 dDocent_Contig_15731 98 . N C 90.2573 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=90;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:55:-5.22438,-0.60206,0 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 dDocent_Contig_15732 13 . C A 6188.44 . AB=0.2023;ABP=1140.76;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=299;CIGAR=1X;DP=1478;DPB=1478;DPRA=0;EPP=652.281;EPPR=2563.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11865;QR=47284;RO=1179;RPL=0;RPP=652.281;RPPR=2563.18;RPR=299;RUN=1;SAF=299;SAP=652.281;SAR=0;SRF=1179;SRP=2563.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:779:679,100:679:27227:100:4002:-125.667,0,-2213.45 0/1:699:500,199:500:20057:199:7863:-496.876,0,-1592.99 dDocent_Contig_15734 1 . N G 77.8076 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:82:-7.77968,-0.60206,0 dDocent_Contig_15736 21 . T C 1290.25 . AB=0.145833;ABP=630.566;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=84;CIGAR=1X;DP=1207;DPB=1207;DPRA=0.912837;EPP=185.414;EPPR=2441.57;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3382;QR=44597;RO=1123;RPL=0;RPP=185.414;RPPR=2441.57;RPR=84;RUN=1;SAF=84;SAP=185.414;SAR=0;SRF=1123;SRP=2441.57;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:631:631,0:631:25128:0:0:0,-189.95,-2259.29 0/1:576:492,84:492:19469:84:3382:-131.025,0,-1577.24 dDocent_Contig_15737 26 . G T 675.952 . AB=0.176471;ABP=33.9218;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=2M3D9M1X3M;DP=59;DPB=52;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=26.8965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=9;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=432;RO=11;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=26.8965;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=11;SRP=26.8965;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:25:5,9,3,0,3,1:5:199:9,3,0,3,1:364,100,0,111,41:-28.5257,0,-13.6882,-21.9493,-8.31676,-37.4344,-30.0308,-16.3975,-38.3375,-46.4204,-20.9535,-7.31889,-29.2616,-37.3431,-36.44,-26.6452,-13.0109,-34.9525,-43.0353,-33.9579,-42.7343 0|0:34:6,14,0,6,1,2:6:233:14,0,6,1,2:542,0,164,40,77:-42.7685,0,-14.9657,-44.5747,-19.1801,-63.7301,-31.6428,-6.24716,-50.7972,-48.9911,-41.277,-15.8801,-60.4332,-47.5005,-60.1322,-38.2489,-12.8499,-57.4058,-44.4734,-54.1087,-56.8038 dDocent_Contig_15738 9 . A G 263.218 . AB=0.303571;ABP=21.778;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=0;EPP=24.5973;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=39.4118;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.176471;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=642;QR=1471;RO=39;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=87.6977;RPR=17;RUN=1;SAF=15;SAP=24.5973;SAR=2;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:22,4:22:825:4:155:-4.23595,0,-66.7436 0/1:30:17,13:17:646:13:487:-25.7835,0,-49.4432 dDocent_Contig_15739 90 . T G 147.623 . AB=0.150943;ABP=115.189;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X3M1X;DP=106;DPB=105.8;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.955056;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=550;QR=3042;RO=89;RPL=3;RPP=16.582;RPPR=3.22989;RPR=13;RUN=1;SAF=3;SAP=16.582;SAR=13;SRF=43;SRP=3.22989;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:48:40,8:40:1358:8:280:-11.0905,0,-108.067 0|1:58:49,8:49:1684:8:270:-7.37079,0,-134.615 dDocent_Contig_15740 106 . N G 81.1895 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=87;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:87:-8.11841,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15741 80 . T C 36295.3 . AB=0.832672;ABP=1456.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1259;CIGAR=1X;DP=1512;DPB=1512;DPRA=0;EPP=2736.89;EPPR=552.393;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999206;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45443;QR=9155;RO=253;RPL=1259;RPP=2736.89;RPPR=552.393;RPR=0;RUN=1;SAF=1259;SAP=2736.89;SAR=0;SRF=253;SRP=552.393;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:777:130,647:130:4766:647:23280:-1860.54,0,-195.161 0/1:735:123,612:123:4389:612:22163:-1772.69,0,-173.9 dDocent_Contig_15742 15 . G A 28748.4 . AB=0.804647;ABP=939.741;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=935;CIGAR=1X2M1X;DP=1162;DPB=1162;DPRA=0;EPP=2033.34;EPPR=385.189;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.3957;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35862;QR=6681;RO=176;RPL=0;RPP=2033.34;RPPR=385.189;RPR=935;RUN=1;SAF=935;SAP=2033.34;SAR=0;SRF=176;SRP=385.189;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:631:89,509:89:3376:509:19536:-1565.74,0,-123.567 0|1:531:87,426:87:3305:426:16326:-1312.8,0,-142.775 dDocent_Contig_15744 14 . T C 61.1182 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=211;QR=1141;RO=29;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=65.983;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=29;SRP=65.983;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:12,4:12:461:4:136:-7.75949,0,-37.0121 0/1:19:17,2:17:680:2:75:-1.39923,0,-55.8107 dDocent_Contig_15745 13 . C A 70.6386 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=0.606061;EPP=11.6962;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1973;RO=49;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=109.412;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:641:4:160:-8.76283,0,-52.0036 0/0:33:33,0:33:1332:0:0:0,-9.93399,-120.136 dDocent_Contig_15746 99 . G T 364.105 . AB=0.272727;ABP=27.6861;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=76;DPB=76;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=133.299;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.516667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=648;QR=2406;RO=60;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=133.299;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=133.299;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:804:1:41:0,-2.22706,-68.5836 0/1:55:40,15:40:1602:15:607:-38.4105,0,-127.862 dDocent_Contig_15747 15 . G A 236.443 . AB=0.138686;ABP=158.358;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=754;QR=4708;RO=118;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=259.244;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=118;SRP=259.244;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:100:85,15:85:3410:15:593:-23.6022,0,-276.835 0/1:37:33,4:33:1298:4:161:-3.73716,0,-105.947 dDocent_Contig_15748 13 . C A 54.2186 . AB=0.112676;ABP=95.5273;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.412698;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=2538;RO=63;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=139.813;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:34,5:34:1380:5:205:-7.09484,0,-112.711 0/1:32:29,3:29:1158:3:115:-1.09103,0,-94.8679 dDocent_Contig_15749 11 . C T 837.478 . AB=0.0909091;ABP=34.9902;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=1X1M;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.814815;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=77;QR=1073;RO=27;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=61.6401;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:13,2,5,2:13:518:2,5,2:78,203,77:-12.839,-10.343,-52.3941,0,-36.2517,-41.1573,-10.4336,-46.6753,-36.3415,-52.4838 0|0:51:14,13,24,0:14:555:13,24,0:489,957,0:-74.6078,-38.7672,-80.5337,0,-5.63796,-38.4665,-78.8222,-84.4471,-45.6912,-124.505 dDocent_Contig_15751 48 . T A 4167.13 . AB=0.470779;ABP=5.29458;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=145;CIGAR=1X;DP=308;DPB=308;DPRA=0;EPP=317.874;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5699;QR=6503;RO=163;RPL=0;RPP=317.874;RPPR=356.96;RPR=145;RUN=1;SAF=145;SAP=317.874;SAR=0;SRF=163;SRP=356.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:157:90,67:90:3584:67:2657:-191.992,0,-275.325 0/1:151:73,78:73:2919:78:3042:-228.42,0,-217.344 dDocent_Contig_15752 107 . N T 57.951 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=61;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:61:-5.79402,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15753 98 . N C 63.6413 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=67;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:67:-6.36304,-0.60206,0 dDocent_Contig_15754 98 . N C 13009.3 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=433;CIGAR=1X;DP=433;DPB=433;DPRA=0;EPP=943.258;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14449;QR=0;RO=0;RPL=433;RPP=943.258;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=433;SAP=943.258;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:275:0,275:0:0:275:9155:-824.002,-82.7833,0 1/1:158:0,158:0:0:158:5294:-476.632,-47.5627,0 dDocent_Contig_15755 11 . C T 13578.6 . AB=0.0582011;ABP=323.435;AC=0;AF=0;AN=4;AO=23;CIGAR=1X3M1X;DP=508;DPB=508;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=35.913;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.808511;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=880;QR=1846;RO=47;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=105.07;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:319:18,12,4,280:18:695:12,4,280:460,162,11211:-941.504,-916.882,-970.339,-933.762,-960.79,-989.627,-27.2002,-54.2678,-71.1236,0 0|0:189:29,11,13,130:29:1151:11,13,130:420,520,5205:-418.054,-398.657,-490.093,-384.102,-450.723,-474.937,0,-66.6453,-52.0765,-55.629 dDocent_Contig_15756 42 . T C 13435.6 . AB=0.489663;ABP=3.86329;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=450;CIGAR=1M1X16M;DP=919;DPB=923.444;DPRA=0;EPP=980.173;EPPR=369.918;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.324444;PAIREDR=0.28022;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=17711;QR=13892;RO=364;RPL=450;RPP=980.173;RPPR=369.918;RPR=0;RUN=1;SAF=450;SAP=980.173;SAR=0;SRF=364;SRP=793.426;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:418:190,30,175:190:7269:30,175:1085,6899:-510.38,-479.035,-1066.47,0,-507.95,-543.813 0|1:501:174,23,275:174:6623:23,275:821,10812:-836.877,-822.341,-1358.61,0,-476.294,-460.426 dDocent_Contig_15757 20 . G T 66.7782 . AB=0.0588235;ABP=31.7504;AC=0;AF=0;AN=4;AO=4;CIGAR=2M5I2M2X6M3X9M1X;DP=47;DPB=50.64;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=6;MQM=15;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=60;QR=955;RO=25;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=57.2971;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:17:9,0,1,4,1:9:342:0,1,4,1:0,22,136,15:-8.37472,-11.084,-39.1849,-9.68701,-37.7844,-37.4834,0,-28.1617,-26.7639,-26.9576,-10.3219,-38.4137,-37.0147,-27.3947,-38.1127 0|0:30:16,5,2,0,3:16:613:5,2,0,3:85,44,0,45:0,-0.0251194,-48.9486,-1.99517,-47.646,-51.8208,-4.81648,-50.4538,-52.4228,-55.2346,-2.4781,-48.1273,-50.0906,-52.9001,-51.997 dDocent_Contig_15758 24 . C T 187.445 . 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AB=0.269795;ABP=473.901;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=276;CIGAR=5M1X1M4I2M;DP=1023;DPB=994.222;DPRA=0;EPP=602.337;EPPR=628.394;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.996377;PAIREDR=0.996528;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10863;QR=11347;RO=288;RPL=0;RPP=602.337;RPPR=628.394;RPR=276;RUN=1;SAF=276;SAP=602.337;SAR=0;SRF=288;SRP=628.394;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:559:182,162,213:182:7179:162,213:6359,8117:-610.939,-142.756,-684.666,0,-67.7073,-526.552 1|0:464:106,114,243:106:4168:114,243:4504,9372:-765.363,-426.651,-735.166,-27.79,0,-297.47 dDocent_Contig_15760 107 . N G 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_15761 10 . G C 6982.64 . AB=0.205224;ABP=1216.64;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=330;CIGAR=1X;DP=1608;DPB=1608;DPRA=0;EPP=719.596;EPPR=2773.81;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.999216;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13187;QR=50397;RO=1276;RPL=0;RPP=719.596;RPPR=2773.81;RPR=330;RUN=1;SAF=330;SAP=719.596;SAR=0;SRF=1276;SRP=2773.81;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:844:654,189:654:26019:189:7562:-426.006,0,-2085.31 0/1:764:622,141:622:24378:141:5625:-275.958,0,-1961.96 dDocent_Contig_15763 43 . T A 2551.19 . AB=0.349442;ABP=55.9732;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=94;CIGAR=1X;DP=269;DPB=269;DPRA=0;EPP=207.129;EPPR=383.018;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3771;QR=7042;RO=175;RPL=0;RPP=207.129;RPPR=383.018;RPR=94;RUN=1;SAF=94;SAP=207.129;SAR=0;SRF=175;SRP=383.018;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:99,44:99:3999:44:1776:-117.004,0,-316.832 0/1:126:76,50:76:3043:50:1995:-141.814,0,-236.022 dDocent_Contig_15765 209 . N G 493.507 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=537;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:11:0,11:0:0:11:419:-38.0472,-3.31133,0 1/1:3:0,3:0:0:3:118:-11.0022,-0.90309,0 dDocent_Contig_15766 62 . T C 702.323 . AB=0.393939;ABP=9.45891;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=148;DPB=148;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=259.244;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.333333;PAIREDR=0.610169;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1168;QR=4560;RO=118;RPL=21;RPP=13.4334;RPPR=19.5724;RPR=9;RUN=1;SAF=21;SAP=13.4334;SAR=9;SRF=74;SRP=19.5724;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:82:78,4:78:2989:4:148:0,-11.0087,-255.453 0/1:66:40,26:40:1571:26:1020:-72.2323,0,-121.775 dDocent_Contig_15767 18 . G A 16095.9 . AB=0.582609;ABP=57.5426;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=536;CIGAR=1X;DP=920;DPB=920;DPRA=0;EPP=1166.92;EPPR=836.856;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996269;PAIREDR=0.997396;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=21016;QR=15201;RO=384;RPL=0;RPP=1166.92;RPPR=836.856;RPR=536;RUN=1;SAF=536;SAP=1166.92;SAR=0;SRF=384;SRP=836.856;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:502:184,318:184:7270:318:12440:-967.703,0,-502.853 0/1:418:200,218:200:7931:218:8576:-645.586,0,-587.568 dDocent_Contig_15768 32 . T C 2276.56 . AB=0.0962567;ABP=267.779;AC=0;AF=0;AN=4;AO=18;CIGAR=2M1D1X2M3X3M;DP=187;DPB=181.75;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=55.6667;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.893617;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=700;QR=1840;RO=47;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=105.07;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:89:27,6,12,4,5,30:27:1066:6,12,4,5,30:234,467,157,203,1198:-90.5379,-79.6141,-165.525,-60.2882,-128.953,-144.393,-85.9865,-154.652,-135.326,-172.5,-81.9226,-150.588,-131.262,-156.961,-168.135,0,-68.6671,-49.3409,-75.0396,-70.9756,-78.688 0|0:98:20,10,4,14,0,45:20:774:10,4,14,0,45:382,151,543,0,1784:-140.817,-115.561,-176.126,-134.465,-166.763,-196.836,-102.304,-134.602,-153.506,-161.665,-146.838,-179.136,-198.041,-165.879,-210.414,0,-32.2998,-51.204,-19.0415,-63.577,-50.0306 dDocent_Contig_15769 30 . T A 54.5961 . AB=0.112676;ABP=95.5273;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.97973;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=475;QR=5884;RO=148;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=324.388;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:63,8:63:2520:8:313:-7.15857,0,-205.561 0/0:89:85,4:85:3364:4:162:0,-11.8247,-287.846 dDocent_Contig_15770 85 . G A 8519.31 . AB=0.796875;ABP=149.992;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=288;CIGAR=1X1M1X;DP=337;DPB=337;DPRA=0;EPP=628.394;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=9653;QR=528;RO=16;RPL=288;RPP=628.394;RPPR=37.7539;RPR=0;RUN=1;SAF=288;SAP=628.394;SAR=0;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:192:9,153,30:9:305:153,30:5100,975:-464.04,-53.9496,-32.6267,-388.056,0,-403.757 1|1:145:7,135,3:7:223:135,3:4553,97:-389.589,-22.687,0,-383.872,-32.8127,-400.923 dDocent_Contig_15771 12 . T A 571.174 . AB=0.128866;ABP=467.213;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=73;CIGAR=1X;DP=781;DPB=781;DPRA=0;EPP=161.528;EPPR=1538.24;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2886;QR=28108;RO=707;RPL=0;RPP=161.528;RPPR=1538.24;RPR=73;RUN=1;SAF=73;SAP=161.528;SAR=0;SRF=707;SRP=1538.24;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:393:370,23:370:14673:23:934:0,-33.9432,-1235.11 0/1:388:337,50:337:13435:50:1952:-59.1174,0,-1091.39 dDocent_Contig_15773 98 . N G 549.233 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=19;DPB=19;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947368;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=0;RO=0;RPL=19;RPP=44.2683;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:64:-6.07837,-0.60206,0 1/1:17:0,17:0:0:17:536:-48.5433,-5.11751,0 dDocent_Contig_15775 7 . A C 565.164 . AB=0.048951;ABP=255.706;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X3M;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=228.843;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.714286;PAIREDR=0.471154;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=3944;RO=104;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=228.843;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=104;SRP=228.843;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:88:71,12,5:71:2677:12,5:455,193:-14.3541,0,-215.755,-19.8705,-203.516,-237.752 0|1:55:33,19,2:33:1267:19,2:723,78:-45.8613,0,-98.2804,-49.381,-97.5879,-152.798 dDocent_Contig_15776 10 . G A 1091.97 . AB=0.207843;ABP=192.065;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=62;CIGAR=1X;DP=570;DPB=570;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=1106.12;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2448;QR=20134;RO=508;RPL=0;RPP=137.642;RPPR=1106.12;RPR=62;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=508;SRP=1106.12;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:255:202,53:202:8045:53:2083:-110.896,0,-646.869 0/0:315:306,9:306:12089:9:365:0,-61.61,-1053.99 dDocent_Contig_15778 147 . A G 3428.56 . AB=0.857143;ABP=142.605;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=126;DPB=126;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=42.0968;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4268;QR=728;RO=18;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=42.0968;RPR=108;RUN=1;SAF=0;SAP=237.529;SAR=108;SRF=0;SRP=42.0968;SRR=18;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:67:10,57:10:406:57:2225:-180.258,0,-16.7316 0/1:59:8,51:8:322:51:2043:-166.297,0,-11.5875 dDocent_Contig_15780 15 . C A 929.875 . 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AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=136;DPB=136;DPRA=1.09231;EPP=35.5824;EPPR=265.758;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.983471;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=496;QR=4020;RO=121;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=265.758;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=265.758;SRR=121;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:71:56,15:56:1872:15:496:-23.5826,0,-147.386 0/0:65:65,0:65:2148:0:0:0,-19.5669,-193.589 dDocent_Contig_15783 107 . N A 93.5587 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=94;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:25:-2.49986,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 dDocent_Contig_15784 209 . N G 77.8076 . 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A G 96.5166 . AB=0.0932203;ABP=342.202;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X3M1X;DP=514;DPB=514;DPRA=0;EPP=72.7387;EPPR=446.442;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=56;MQMR=44.8557;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.418093;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1370;QR=15519;RO=409;RPL=0;RPP=81.1833;RPPR=891.143;RPR=36;RUN=1;SAF=35;SAP=72.7387;SAR=1;SRF=349;SRP=446.442;SRR=60;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:236:186,22,17:186:7030:22,17:828,649:-11.3506,0,-491.588,-37.8783,-468.716,-530.889 0|0:278:223,14,27:223:8489:14,27:542,1031:0,-23.674,-600.331,-21.6188,-558.991,-594.287 dDocent_Contig_15797 51 . T G 507.24 . 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AB=0.101523;ABP=274.709;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=510;DPB=510;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=1062.69;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997951;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=851;QR=19413;RO=488;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=1062.69;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=488;SRP=1062.69;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:197:177,20:177:7038:20:770:-10.3055,0,-573.812 0/0:313:311,2:311:12375:2:81:0,-86.5367,-1105.21 dDocent_Contig_15802 204 . A G 2600.33 . 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G C 38.6172 . AB=0.157895;ABP=22.325;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=38;DPB=38;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.971429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=121;QR=1365;RO=35;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=79.0118;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:19:16,3:16:624:3:121:-5.56063,0,-50.7729 0/0:19:19,0:19:741:0:0:0,-5.71957,-67.0098 dDocent_Contig_15805 33 . A T 355.448 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=28;CIGAR=1X1M1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=13.9286;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=942;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=0;RPR=28;RUN=1;SAF=0;SAP=63.8115;SAR=28;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:13:0,13:0:0:13:432:-17.6174,-3.91339,0 1|1:15:0,15:0:0:15:510:-17.6263,-4.51545,0 dDocent_Contig_15806 13 . T C 15240.9 . 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AB=0.333333;ABP=13.8677;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=2.25;EPP=35.5824;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.86;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=580;QR=1881;RO=50;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:30,15:30:1139:15:580:-38.986,0,-89.2507 0/0:20:20,0:20:742:0:0:0,-6.0206,-67.0962 dDocent_Contig_15809 107 . N A 99.4983 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:30:-2.99957,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_15810 39 . T G 1451.48 . AB=0.652778;ABP=17.6074;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=47;CIGAR=1X;DP=72;DPB=72;DPRA=0;EPP=105.07;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978723;PAIREDR=0.96;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1888;QR=1003;RO=25;RPL=0;RPP=105.07;RPPR=57.2971;RPR=47;RUN=1;SAF=47;SAP=105.07;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:36:13,23:13:526:23:918:-72.0874,0,-36.8503 0/1:36:12,24:12:477:24:970:-76.7597,0,-32.4415 dDocent_Contig_15811 188 . A C 362.777 . AB=0.136364;ABP=230.423;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947059;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1087;QR=6774;RO=170;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=372.161;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=372.161;SRR=170;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:72:66,6:66:2626:6:246:-0.84596,0,-214.794 0/1:126:104,21:104:4148:21:841:-38.2627,0,-335.555 dDocent_Contig_15812 98 . N G 48.7205 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:34:-3.22979,-0.60206,0 1/1:2:0,2:0:0:2:14:-1.33,-0.60206,0 dDocent_Contig_15813 72 . A T 49.4864 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0.769231;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=137;QR=1273;RO=42;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:469:4:137:-6.64761,0,-36.4745 0/0:26:26,0:26:804:0:0:0,-7.82678,-72.6541 dDocent_Contig_15815 41 . G A 350.778 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.774194;EPP=29.068;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=485;QR=1630;RO=43;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=96.3836;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:24:12,12:12:474:12:485:-36.7767,0,-35.7857 0/0:31:31,0:31:1156:0:0:0,-9.33193,-104.317 dDocent_Contig_15816 16 . G A 845.091 . AB=0.20098;ABP=161.443;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=429;DPB=429;DPRA=0.906667;EPP=92.0407;EPPR=845.542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.982;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1641;QR=15514;RO=388;RPL=0;RPP=92.0407;RPPR=845.542;RPR=41;RUN=1;SAF=41;SAP=92.0407;SAR=0;SRF=388;SRP=845.542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:225:225,0:225:8942:0:0:0,-67.7317,-804.216 0/1:204:163,41:163:6572:41:1641:-86.5091,0,-529.763 dDocent_Contig_15817 21 . G T 69.7377 . AB=0.133333;ABP=55.5599;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=91;DPB=91;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.939759;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=325;QR=3327;RO=83;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=183.243;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:46:44,2:44:1760:2:79:0,-6.34975,-151.119 0/1:45:39,6:39:1567:6:246:-8.97377,0,-127.714 dDocent_Contig_15818 96 . G T 118.815 . AB=0.236842;ABP=25.8679;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=116;DPB=116;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.866667;PAIREDR=0.712871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=486;QR=3424;RO=101;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=18.6836;RPR=15;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=64;SRP=18.6836;SRR=37;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:78:72,6:72:2443:6:208:0,-4.42069,-201.074 0/1:38:29,9:29:981:9:278:-13.8815,0,-77.1586 dDocent_Contig_15821 75 . G C 6152.86 . AB=0.882883;ABP=144.352;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=196;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=428.619;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=58.5255;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.943878;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7659;QR=830;RO=22;RPL=196;RPP=428.619;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=196;SAP=428.619;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:107:9,98:9:346:98:3804:-307.776,-0.714651,0 0/1:111:13,98:13:484:98:3855:-309.208,0,-10.4818 dDocent_Contig_15822 52 . G A 6018.09 . AB=0.585014;ABP=24.7939;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=1X;DP=347;DPB=347;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=315.702;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.906404;PAIREDR=0.972222;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7888;QR=5674;RO=144;RPL=203;RPP=443.819;RPPR=315.702;RPR=0;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=144;SRP=315.702;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:117:47,70:47:1857:70:2697:-207.653,0,-132.117 0/1:230:97,133:97:3817:133:5191:-397.855,0,-274.317 dDocent_Contig_15823 25 . G A 243.313 . AB=0.333333;ABP=10.2485;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.909091;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=430;QR=1533;RO=40;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=89.8692;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:752:1:41:0,-2.22706,-63.8974 0/1:30:20,10:20:781:10:389:-26.3313,0,-61.5831 dDocent_Contig_15824 92 . T C 59.9583 . AB=0.146341;ABP=47.552;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=259;QR=2575;RO=71;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=157.185;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:36,1:36:1293:1:37:0,-7.44028,-112.97 0/1:41:35,6:35:1282:6:222:-7.99583,0,-103.34 dDocent_Contig_15826 142 . A G 94.0992 . AB=0.214286;ABP=52.644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X2M;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=49.3776;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=27.4667;MQMR=56.6078;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.823529;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=407;QR=1796;RO=51;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=113.755;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=9;SRP=49.3776;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:35,0,8:35:1227:0,8:0,236:-6.56095,-17.097,-116.365,0,-99.5504,-97.1422 0|1:27:16,3,7:16:569:3,7:120,171:-6.54625,-2.11137,-47.1954,0,-36.7037,-43.8078 dDocent_Contig_15827 22 . A T 192.81 . AB=0.285714;ABP=14.1779;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=53;DPB=53;DPRA=1.12;EPP=20.3821;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.711111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=326;QR=1780;RO=45;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=100.727;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:25:25,0:25:996:0:0:0,-7.52575,-89.9372 0/1:28:20,8:20:784:8:326:-21.281,0,-62.4428 dDocent_Contig_15828 209 . N G 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_15829 23 . C T 231.93 . AB=0.0540541;ABP=66.922;AC=0;AF=0;AN=4;AO=2;CIGAR=8M1X8M3D5M;DP=58;DPB=51.36;DPRA=1.7619;EPP=7.35324;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.952381;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=1650;RO=42;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=94.2121;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:22,10,2,3:22:869:10,2,3:384,74,123:-24.8919,0,-68.5006,-25.4633,-65.459,-96.3745,-21.3567,-61.3568,-86.8227,-91.9723 0|0:21:20,0,0,0:20:781:0,0,0:0,0,0:0,-6.0206,-70.2018,-6.0206,-70.2018,-70.2018,-6.0206,-70.2018,-70.2018,-70.2018 dDocent_Contig_15830 9 . A G 896.729 . AB=0.112903;ABP=164.4;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1X1M1X3M2X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=59.1429;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=524;QR=1558;RO=40;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=89.8692;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:86:22,13,23,22,6:22:853:13,23,22,6:484,910,847,231:-68.1908,-35.2112,-101.376,0,-30.4779,-63.1571,-5.277,-35.7538,-0.542833,-68.7332,-55.8467,-86.3226,-51.1137,-56.3891,-124.119 0|0:38:18,1,9,10,0:18:705:1,9,10,0:40,359,373,0:-25.1021,-27.2248,-84.8961,-0.951124,-55.6347,-56.2211,0,-54.6693,-28.4033,-54.9542,-30.5206,-85.1971,-58.9303,-57.9645,-88.4925 dDocent_Contig_15831 16 . T C 394.398 . AB=0.451613;ABP=3.64073;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5625;PAIREDR=0.62963;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=638;QR=2166;RO=54;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=120.27;RPR=16;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:17,14:17:679:14:557:-41.1387,0,-52.109 0/0:39:37,2:37:1487:2:81:0,-4.05444,-126.389 dDocent_Contig_15832 14 . G A 6680.89 . AB=0.726962;ABP=134.106;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=213;CIGAR=1X;DP=293;DPB=293;DPRA=0;EPP=465.534;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.976526;PAIREDR=0.9875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8445;QR=3167;RO=80;RPL=0;RPP=465.534;RPPR=176.728;RPR=213;RUN=1;SAF=213;SAP=465.534;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:128:33,95:33:1310:95:3775:-301.236,0,-79.6197 0/1:165:47,118:47:1857:118:4670:-370.552,0,-117.65 dDocent_Contig_15833 98 . N G 2149.19 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=71;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0;EPP=157.185;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2378;QR=0;RO=0;RPL=71;RPP=157.185;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=71;SAP=157.185;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:44:0,44:0:0:44:1464:-132.048,-13.2453,0 1/1:27:0,27:0:0:27:914:-82.5703,-8.12781,0 dDocent_Contig_15834 55 . C T 96.4941 . AB=0.171429;ABP=35.8306;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=60;DPB=60;DPRA=1.4;EPP=16.0391;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.907407;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=239;QR=2163;RO=54;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=120.27;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:35:29,6:29:1159:6:239:-11.3484,0,-94.0551 0/0:25:25,0:25:1004:0:0:0,-7.52575,-90.6582 dDocent_Contig_15835 18 . G A 1764.42 . AB=0.124031;ABP=319.776;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=32;CIGAR=1X1M;DP=258;DPB=258;DPRA=0;EPP=72.4974;EPPR=192.024;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=59.875;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.978022;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1268;QR=3594;RO=91;RPL=0;RPP=72.4974;RPPR=200.614;RPR=32;RUN=1;SAF=32;SAP=72.4974;SAR=0;SRF=90;SRP=192.024;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:125:39,12,26,38,9:39:1542:12,26,38,9:473,1008,1458,354:-107.913,-80.7415,-204.024,-36.9281,-124.912,-155.996,0,-87.9831,-44.1711,-115.455,-90.545,-178.528,-134.715,-97.7865,-214.73 0|1:133:52,18,27,13,23:52:2052:18,27,13,23:706,1071,493,914:-72.228,-29.8264,-193.244,0,-110.782,-160.709,-47.4655,-158.246,-128.42,-212.387,-12.635,-123.417,-93.591,-141.055,-174.548 dDocent_Contig_15836 106 . N T 97.967 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=2X1M2D4M;DP=3;DPB=2.33333;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79616,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15838 10 . C T 3831.79 . AB=0.325532;ABP=127.274;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=153;CIGAR=1X;DP=470;DPB=470;DPRA=0;EPP=335.246;EPPR=678.338;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=55.0915;MQMR=58.6495;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.0326797;PAIREDR=0.765273;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=6081;QR=12480;RO=311;RPL=0;RPP=335.246;RPPR=678.338;RPR=153;RUN=1;SAF=153;SAP=335.246;SAR=0;SRF=311;SRP=678.338;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:262:178,84:178:7154:84:3345:-218.346,0,-561.131 0/1:208:133,69:133:5326:69:2736:-168.532,0,-417.424 dDocent_Contig_15839 29 . T C 53.2312 . AB=0.148148;ABP=32.0437;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=2.07692;EPP=11.6962;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=164;QR=1418;RO=36;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=81.1833;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:23,4:23:905:4:164:-7.02209,0,-73.6298 0/0:13:13,0:13:513:0:0:0,-3.91339,-46.5139 dDocent_Contig_15840 98 . N C 117.979 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=124;QR=0;RO=0;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:93:-8.60086,-1.20412,0 1/1:2:0,1:0:0:1:31:-2.89448,-0.30103,0 dDocent_Contig_15841 22 . A G 25621.7 . AB=0.800198;ABP=794.382;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=809;CIGAR=1X;DP=1011;DPB=1011;DPRA=0;EPP=1759.73;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9901;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.116193;PAIREDR=0.980198;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31918;QR=7876;RO=202;RPL=0;RPP=1759.73;RPPR=441.648;RPR=809;RUN=1;SAF=809;SAP=1759.73;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:323:48,275:48:1857:275:10867:-880.104,0,-70.1193 0/1:688:154,534:154:6019:534:21051:-1685.76,0,-334.42 dDocent_Contig_15842 78 . C T 368.795 . AB=0.196429;ABP=92.6611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=221;DPB=221;DPRA=0;EPP=63.8115;EPPR=413.464;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.8705;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.450777;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1016;QR=7038;RO=193;RPL=28;RPP=63.8115;RPPR=422.104;RPR=0;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=192;SRP=413.464;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:109:103,6:103:3743:6:213:0,-13.2971,-317.533 0/1:112:90,22:90:3295:22:803:-38.8795,0,-262.527 dDocent_Contig_15843 11 . T A 12341.4 . AB=0.766932;ABP=313.695;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=385;CIGAR=1X5M;DP=502;DPB=502;DPRA=0;EPP=839.027;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15357;QR=3499;RO=89;RPL=0;RPP=839.027;RPPR=196.271;RPR=385;RUN=1;SAF=385;SAP=839.027;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:267:64,15,187:64:2517:15,187:603,7496:-598.296,-567.869,-770.385,0,-157.334,-150.735 0|1:235:25,10,198:25:982:10,198:396,7861:-639.543,-614.477,-692.229,0,-48.1678,-21.1572 dDocent_Contig_15845 23 . A G 115.825 . AB=0.24;ABP=17.6895;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=227;QR=760;RO=19;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=44.2683;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:318:5:187:-13.2762,0,-25.0736 0/1:12:11,1:11:442:1:40:-0.383319,0,-36.5232 dDocent_Contig_15846 4 . T G 113.844 . AB=0.304348;ABP=10.6577;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=23;DPB=23;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=237;QR=590;RO=16;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=37.7539;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=16;SRP=37.7539;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:8,5:8:296:5:173:-11.9968,0,-23.0808 0/1:10:8,2:8:294:2:64:-3.06839,0,-23.8021 dDocent_Contig_15848 107 . N G 59.8472 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=63;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98364,-0.60206,0 dDocent_Contig_15849 29 . T C 22363.3 . AB=0.78491;ABP=629.108;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=697;CIGAR=1X;DP=888;DPB=888;DPRA=0;EPP=1516.53;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994261;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=27883;QR=7641;RO=191;RPL=0;RPP=1516.53;RPPR=417.762;RPR=697;RUN=1;SAF=697;SAP=1516.53;SAR=0;SRF=191;SRP=417.762;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:368:54,314:54:2169:314:12509:-1014.12,0,-84.6048 0/1:520:137,383:137:5472:383:15374:-1225.91,0,-335.771 dDocent_Contig_15850 45 . G A 19959.1 . AB=0.657143;ABP=213.209;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=644;CIGAR=1X;DP=980;DPB=980;DPRA=0;EPP=1401.44;EPPR=723.965;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25515;QR=13283;RO=336;RPL=0;RPP=1401.44;RPPR=723.965;RPR=644;RUN=1;SAF=644;SAP=1401.44;SAR=0;SRF=336;SRP=732.625;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:530:185,345:185:7326:345:13658:-1068.73,0,-499.447 0/1:450:151,299:151:5957:299:11857:-930.878,0,-400.464 dDocent_Contig_15852 75 . C T 320.511 . AB=0.282609;ABP=21.8927;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=118;DPB=118;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=220.158;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=710;QR=3972;RO=100;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=220.158;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=100;SRP=220.158;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:33,13:33:1314:13:525:-33.75,0,-104.68 0/0:72:67,5:67:2658:5:185:0,-4.66745,-222.348 dDocent_Contig_15853 25 . G A 95.736 . AB=0.217391;ABP=18.9659;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=2.55556;EPP=13.8677;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=1082;RO=27;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=61.6401;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:18,5:18:721:5:198:-11.2726,0,-58.2907 0/0:9:9,0:9:361:0:0:0,-2.70927,-32.8534 dDocent_Contig_15854 47 . T C 2733.81 . AB=0.322086;ABP=92.6402;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=105;CIGAR=1X;DP=326;DPB=326;DPRA=0;EPP=231.015;EPPR=264.068;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990476;PAIREDR=0.995475;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4165;QR=8815;RO=221;RPL=105;RPP=231.015;RPPR=264.068;RPR=0;RUN=1;SAF=105;SAP=231.015;SAR=0;SRF=221;SRP=482.906;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:135:88,47:88:3495:47:1857:-126.699,0,-273.941 0/1:191:133,58:133:5320:58:2308:-150.381,0,-421.136 dDocent_Contig_15855 55 . G C 94.06 . AB=0.135593;ABP=71.062;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=106;DPB=106;DPRA=1.25532;EPP=20.3821;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=0.546392;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=320;QR=3692;RO=97;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=213.643;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:46,0:46:1759:0:0:0,-13.8474,-158.397 0|1:59:51,8:51:1933:8:320:-11.406,0,-156.416 dDocent_Contig_15856 112 . C T 125.359 . AB=0.36;ABP=7.26639;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=25;DPB=25;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=37.7539;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.2222;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.111111;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=310;QR=543;RO=16;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=37.7539;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=37.7539;SRR=16;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:15:8,7:8:270:7:241:-13.7238,0,-20.1143 0/1:10:8,2:8:273:2:69:-2.43829,0,-21.8921 dDocent_Contig_15857 22 . T A 112.124 . AB=0.0529412;ABP=298.126;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1X2M1X3M1X3M1X3M1X1M1X1M1X2M2D1M1X3M1X;DP=318;DPB=317.4;DPRA=1.14865;EPP=22.5536;EPPR=589.308;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=53;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=331;QR=10502;RO=270;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=589.308;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=270;SRP=589.308;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:148:145,0,0,0:145:5641:0,0,0:0,0,0:0,-43.6493,-507.213,-43.6493,-507.213,-507.213,-43.6493,-507.213,-507.213,-507.213 0|0:170:125,16,9,13:125:4861:16,9,13:619,331,511:-13.2124,0,-394.656,-23.8585,-372.488,-420.616,-8.80344,-357.44,-381.292,-404.363 dDocent_Contig_15858 35 . C T 107.873 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=83;DPB=83;DPRA=1.67742;EPP=20.3821;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.875;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=312;QR=2949;RO=75;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=165.871;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:31:31,0:31:1221:0:0:0,-9.33193,-110.157 0/1:52:44,8:44:1728:8:312:-12.7873,0,-140.08 dDocent_Contig_15859 37 . A C 303.092 . 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A G 84.0269 . AB=0.108108;ABP=249.795;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=2X;DP=381;DPB=381;DPRA=0;EPP=65.983;EPPR=767.369;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=42;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.997159;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1081;QR=13401;RO=352;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=767.369;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=352;SRP=767.369;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:196:187,9:187:7123:9:329:0,-32.3229,-614.277 0|1:185:165,20:165:6278:20:752:-10.4027,0,-509.276 dDocent_Contig_15862 14 . G A 69.0424 . AB=0.107527;ABP=127.438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=192;DPB=192;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=389.532;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.5449;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.357143;PAIREDR=0.94382;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=568;QR=7026;RO=178;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=389.532;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=178;SRP=389.532;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:99:95,4:95:3751:4:162:0,-14.835,-322.648 0/1:93:83,10:83:3275:10:406:-8.90424,0,-265.171 dDocent_Contig_15863 70 . G A 85.371 . AB=0.153846;ABP=43.6001;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=99;DPB=99;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=194.194;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.652174;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=281;QR=3484;RO=92;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=202.786;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=91;SRP=194.194;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:33,6:33:1256:6:240:-10.2361,0,-101.585 0/0:60:59,1:59:2228:1:41:0,-13.9672,-196.64 dDocent_Contig_15864 14 . C T 299.17 . 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AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=237.529;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=0.768519;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=316;QR=4017;RO=108;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=237.529;RPR=9;RUN=1;SAF=0;SAP=22.5536;SAR=9;SRF=0;SRP=237.529;SRR=108;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:64:62,2:62:2331:2:67:0,-12.9034,-203.646 0/1:53:46,7:46:1686:7:249:-6.79996,0,-136.051 dDocent_Contig_15866 66 . C A 334.561 . AB=0.238806;ABP=42.7126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=67;DPB=67;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=630;QR=1931;RO=50;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:16,11:16:628:11:432:-31.105,0,-48.7267 0/1:40:34,5:34:1303:5:198:-6.05006,0,-105.378 dDocent_Contig_15867 29 . T C 484.79 . AB=0.106383;ABP=66.2602;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=1M3D13M1X6M;DP=77;DPB=71.5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.935484;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=182;QR=1219;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:23,5,11,4,1,3:23:907:5,11,4,1,3:182,416,152,40,123:-27.1747,-19.2387,-92.3642,0,-59.7733,-71.3217,-21.6327,-81.4047,-62.1686,-95.0614,-30.8024,-90.574,-71.3377,-92.9702,-105.134,-23.9419,-83.7156,-64.479,-86.1116,-95.2814,-97.6737 0|0:30:8,0,9,7,2,4:8:312:0,9,7,2,4:0,335,269,78,153:-25.0032,-27.4115,-53.0598,0,-25.6476,-22.9383,-5.32569,-30.9756,-3.56519,-28.8684,-20.9988,-46.6476,-19.2356,-24.5632,-46.0456,-14.8568,-40.5057,-13.0945,-18.4215,-34.0935,-39.3016 dDocent_Contig_15868 52 . G T 710.867 . AB=0.152249;ABP=306.573;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=44;CIGAR=1X;DP=601;DPB=601;DPRA=0.926282;EPP=98.5551;EPPR=1212.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1773;QR=22132;RO=557;RPL=44;RPP=98.5551;RPPR=1212.52;RPR=0;RUN=1;SAF=44;SAP=98.5551;SAR=0;SRF=557;SRP=1212.52;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:289:245,44:245:9721:44:1773:-72.7856,0,-787.287 0/0:312:312,0:312:12411:0:0:0,-93.9214,-1116.1 dDocent_Contig_15869 49 . T G 12977.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=387;CIGAR=1X;DP=408;DPB=408;DPRA=0;EPP=843.37;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=15264;QR=832;RO=21;RPL=0;RPP=843.37;RPPR=48.6112;RPR=387;RUN=1;SAF=387;SAP=843.37;SAR=0;SRF=21;SRP=48.6112;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:202:12,190:12:471:190:7475:-629.682,-18.0692,0 1/1:206:9,197:9:361:197:7789:-667.782,-29.1599,0 dDocent_Contig_15870 106 . N A 39979.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1324;CIGAR=2X;DP=1365;DPB=1365;DPRA=0;EPP=2878.04;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.996979;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=44434;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=2878.04;RPPR=0;RPR=1324;RUN=1;SAF=0;SAP=2878.04;SAR=1324;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:725:0,694:0:0:694:23231:-2090.07,-208.915,0 1|1:640:0,630:0:0:630:21203:-1907.62,-189.649,0 dDocent_Contig_15871 12 . T C 20268.3 . AB=0.82962;ABP=723.065;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=633;CIGAR=1X;DP=763;DPB=763;DPRA=0;EPP=1377.55;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.99842;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25133;QR=4907;RO=130;RPL=0;RPP=1377.55;RPPR=285.302;RPR=633;RUN=1;SAF=633;SAP=1377.55;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:348:54,294:54:2049:294:11681:-945.746,0,-79.886 0/1:415:76,339:76:2858:339:13452:-1084.79,0,-132.468 dDocent_Contig_15872 10 . C A 892.642 . AB=0.15099;ABP=430.446;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=404;DPB=404;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=747.825;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.997085;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2378;QR=13762;RO=343;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=747.825;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=343;SRP=747.825;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:244:221,23:221:8864:23:905:-8.30572,0,-723.774 0/1:160:122,38:122:4898:38:1473:-84.6575,0,-392.538 dDocent_Contig_15873 60 . G A 2842.1 . AB=0.572289;ABP=10.545;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=95;CIGAR=1X2M1X;DP=166;DPB=166;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.978947;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3738;QR=2473;RO=65;RPL=95;RPP=209.3;RPPR=144.156;RPR=0;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=65;SRP=144.156;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:66:30,34:30:1119:34:1355:-102.56,0,-81.3411 0|1:100:35,61:35:1354:61:2383:-185.348,0,-92.837 dDocent_Contig_15875 26 . A T 318.839 . AB=0.190476;ABP=55.4358;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X3M;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=96.5684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0.765957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=480;QR=1837;RO=47;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=88.4369;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=46;SRP=96.5684;SRR=1;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:32,4,1:32:1250:4,1:160,41:-3.53836,0,-101.535,-9.78526,-99.3546,-112.234 0|1:26:15,0,11:15:587:0,11:0,439:-32.0382,-36.5537,-84.8123,0,-48.6541,-45.3427 dDocent_Contig_15876 50 . G A 47236.9 . AB=0.118083;ABP=2223.93;AC=4;AF=1;AN=4;AO=207;CIGAR=2X2M1X;DP=1753;DPB=1753;DPRA=0;EPP=452.505;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=59.3478;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.966184;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8009;QR=3050;RO=79;RPL=206;RPP=443.861;RPPR=174.557;RPR=1;RUN=1;SAF=206;SAP=443.861;SAR=1;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:912:46,748,71:46:1796:748,71:28768,2760:-2425.51,-79.1594,-1.6282,-2212.56,0,-2338.83 1|1:841:33,633,136:33:1254:633,136:24217,5249:-2301.42,-326.28,-238.552,-1882.26,0,-1944.14 dDocent_Contig_15877 108 . G C 140.304 . AB=0.125;ABP=227.758;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=483;DPB=483;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=986.687;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=924;QR=14993;RO=453;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=986.687;RPR=27;RUN=1;SAF=0;SAP=61.6401;SAR=27;SRF=0;SRP=986.687;SRR=453;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:299:294,4:294:9639:4:139:0,-76.9797,-854.759 0/1:184:159,23:159:5354:23:785:-16.0304,0,-427.117 dDocent_Contig_15878 98 . N T 42.7507 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=45;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:45:-4.27396,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15879 65 . T C 30.8572 . 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AB=0.6;ABP=8.65613;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=39;CIGAR=1X;DP=65;DPB=65;DPRA=0;EPP=87.6977;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.666667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1388;QR=959;RO=26;RPL=0;RPP=87.6977;RPPR=59.4686;RPR=39;RUN=1;SAF=0;SAP=87.6977;SAR=39;SRF=0;SRP=59.4686;SRR=26;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:16,28:16:591:28:990:-76.1627,0,-40.283 0/1:21:10,11:10:368:11:398:-29.8411,0,-27.1473 dDocent_Contig_15881 158 . G A 528.615 . 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AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0.916667;EPP=11.6962;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.761905;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=161;QR=1668;RO=42;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=94.2121;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=94.2121;SRR=42;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:18,4:18:714:4:161:-8.25261,0,-57.961 0/0:24:24,0:24:954:0:0:0,-7.22472,-86.1577 dDocent_Contig_15883 13 . G A 1547.46 . AB=0.38;ABP=21.7718;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=150;DPB=150;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.967391;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2257;QR=3708;RO=92;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=202.786;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:32,25:32:1298:25:991:-71.9289,0,-99.5226 0/1:92:60,32:60:2410:32:1266:-86.5161,0,-189.354 dDocent_Contig_15884 108 . A G 30.8573 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X3M1X2M;DP=52;DPB=52;DPRA=1.47619;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.717391;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=156;QR=1707;RO=46;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:21:19,0,2:19:711:0,2:0,67:0,-5.71957,-64.0902,-2.19806,-60.8007,-60.1986 0|1:31:27,4,0:27:996:4,0:156,0:-5.08536,0,-80.6215,-13.2132,-81.8257,-94.6519 dDocent_Contig_15885 16 . A G 1478.38 . AB=0.653333;ABP=18.3264;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=109.412;EPPR=59.4686;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1928;QR=1038;RO=26;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=59.4686;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=26;SRP=59.4686;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:11,20:11:445:20:786:-61.7244,0,-31.0739 0/1:44:15,29:15:593:29:1142:-89.8124,0,-40.4593 dDocent_Contig_15886 42 . A T 110.025 . AB=0.145455;ABP=63.0614;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=1.27907;EPP=20.3821;EPPR=198.443;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.25;PAIREDR=0.533333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=3529;RO=90;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=198.443;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=90;SRP=198.443;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:55:47,8:47:1844:8:321:-12.7015,0,-149.62 0/0:43:43,0:43:1685:0:0:0,-12.9443,-151.882 dDocent_Contig_15887 97 . G A 23577.9 . AB=0.741463;ABP=625.916;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=912;CIGAR=1X;DP=1230;DPB=1230;DPRA=0;EPP=1983.39;EPPR=673.995;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998904;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=30329;QR=10604;RO=309;RPL=912;RPP=1983.39;RPPR=673.995;RPR=0;RUN=1;SAF=912;SAP=1983.39;SAR=0;SRF=309;SRP=673.995;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:619:116,503:116:3953:503:16731:-1319.3,0,-169.648 0/1:611:193,409:193:6651:409:13598:-1042.19,0,-417.155 dDocent_Contig_15889 31 . G A 4373 . AB=0.64;ABP=41.3151;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=144;CIGAR=1X;DP=225;DPB=225;DPRA=0;EPP=315.702;EPPR=178.9;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5650;QR=3203;RO=81;RPL=0;RPP=315.702;RPPR=178.9;RPR=144;RUN=1;SAF=144;SAP=315.702;SAR=0;SRF=81;SRP=178.9;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:47,85:47:1870:85:3359:-262.635,0,-128.772 0/1:93:34,59:34:1333:59:2291:-178.364,0,-92.2412 dDocent_Contig_15890 15 . T C 10279.2 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=564;CIGAR=1X;DP=588;DPB=588;DPRA=0;EPP=1227.72;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.0106;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.964539;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=22525;QR=887;RO=22;RPL=0;RPP=1227.72;RPPR=50.7827;RPR=564;RUN=1;SAF=564;SAP=1227.72;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:283:13,270:13:523:270:10804:-917.808,-37.7751,0 1/1:305:9,294:9:364:294:11721:-1017.25,-58.4765,0 dDocent_Contig_15894 101 . N C 44.9022 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=2;CIGAR=6X;DP=4;DPB=4;DPRA=3;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=47;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:1:0,0:0:0:0:0:0,0,0 1|1:3:0,2:0:0:2:47:-4.31231,-0.60206,0 dDocent_Contig_15895 18 . G A 176.674 . AB=0.185185;ABP=49.4959;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=54;DPB=54;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.7;PAIREDR=0.863636;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=400;QR=1719;RO=44;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=98.5551;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:23:21,2:21:796:2:82:-0.855988,0,-65.0207 0/1:31:23,8:23:923:8:318:-19.6521,0,-74.041 dDocent_Contig_15897 68 . T C 45.1648 . AB=0.111111;ABP=85.7675;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=119;DPB=119;DPRA=1.125;EPP=18.2106;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.910714;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=279;QR=3974;RO=112;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=246.215;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:56:56,0:56:1975:0:0:0,-16.8577,-177.991 0/1:63:56,7:56:1999:7:279:-6.51647,0,-161.189 dDocent_Contig_15898 35 . T C 3354.69 . AB=0.39404;ABP=32.4618;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=119;CIGAR=1X;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=261.416;EPPR=398.218;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4773;QR=7237;RO=182;RPL=0;RPP=261.416;RPPR=398.218;RPR=119;RUN=1;SAF=119;SAP=261.416;SAR=0;SRF=182;SRP=398.218;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:168:100,68:100:3957:68:2728:-195.065,0,-305.536 0/1:134:82,51:82:3280:51:2045:-144.103,0,-255.128 dDocent_Contig_15899 58 . C A 3319.25 . AB=0.632184;ABP=29.4174;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=110;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=241.872;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.990909;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4307;QR=2509;RO=64;RPL=110;RPP=241.872;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=110;SAP=241.872;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:75:27,48:27:1050:48:1885:-147.279,0,-72.2115 0/1:99:37,62:37:1459:62:2422:-188.345,0,-101.76 dDocent_Contig_15900 29 . C T 279.425 . AB=0.117155;ABP=307.28;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=474;DPB=474;DPRA=1.01702;EPP=63.8115;EPPR=971.487;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1129;QR=17820;RO=446;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=971.487;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=446;SRP=971.487;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:235:235,0:235:9323:0:0:0,-70.742,-838.529 0/1:239:211,28:211:8497:28:1129:-29.9425,0,-692.277 dDocent_Contig_15901 22 . A C 1211.4 . AB=0.438776;ABP=6.20103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=43;CIGAR=1X;DP=98;DPB=98;DPRA=0;EPP=96.3836;EPPR=122.441;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1708;QR=2152;RO=55;RPL=0;RPP=96.3836;RPPR=122.441;RPR=43;RUN=1;SAF=43;SAP=96.3836;SAR=0;SRF=55;SRP=122.441;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:66:30,36:30:1156:36:1428:-108.901,0,-84.4482 0/1:32:25,7:25:996:7:280:-15.9382,0,-80.3046 dDocent_Contig_15903 75 . G A 159.736 . AB=0.188889;ABP=78.674;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=17;CIGAR=1X;DP=90;DPB=90;DPRA=0;EPP=39.9253;EPPR=161.528;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.529412;PAIREDR=0.643836;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=513;QR=2607;RO=73;RPL=0;RPP=39.9253;RPPR=161.528;RPR=17;RUN=1;SAF=0;SAP=39.9253;SAR=17;SRF=0;SRP=161.528;SRR=73;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:32,9:32:1122:9:245:-9.97558,0,-88.9341 0/1:49:41,8:41:1485:8:268:-9.69697,0,-119.191 dDocent_Contig_15904 12 . C A 2149.22 . AB=0.55814;ABP=6.79775;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=72;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=159.356;EPPR=126.784;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.541667;PAIREDR=0.491228;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2855;QR=2239;RO=57;RPL=0;RPP=159.356;RPPR=126.784;RPR=72;RUN=1;SAF=72;SAP=159.356;SAR=0;SRF=57;SRP=126.784;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:61:25,36:25:996:36:1418:-109.506,0,-71.5684 0/1:68:32,36:32:1243:36:1437:-109.115,0,-91.6574 dDocent_Contig_15905 98 . N G 92.149 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,3:0:0:3:102:-9.21435,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15907 11 . C T 1166.18 . AB=0.0625;ABP=82.8119;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X;DP=119;DPB=119;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1317;RO=33;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=74.6689;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:71:25,0,35,11:25:994:0,35,11:0,1422,448:-67.4207,-74.9464,-156.813,0,-81.8272,-71.2912,-37.9562,-119.842,-44.8664,-116.531 0|0:48:8,3,37,0:8:323:3,37,0:122,1480,0:-52.8965,-45.226,-70.9865,0,-16.5613,-15.4872,-55.3047,-71.8896,-26.6253,-81.9635 dDocent_Contig_15908 13 . G C 8913.28 . AB=0.29115;ABP=461.058;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=352;CIGAR=1X;DP=1209;DPB=1209;DPRA=0;EPP=767.369;EPPR=1863.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931155;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13996;QR=33872;RO=857;RPL=0;RPP=767.369;RPPR=1863.96;RPR=352;RUN=1;SAF=352;SAP=767.369;SAR=0;SRF=857;SRP=1863.96;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:628:375,253:375:14821:253:10089:-718.301,0,-1143.76 0/1:581:482,99:482:19051:99:3907:-176.726,0,-1538.18 dDocent_Contig_15909 28 . T G 1416.61 . AB=0.481132;ABP=3.33807;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=106;DPB=106;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1961;QR=1651;RO=54;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=120.27;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:58:37,20:37:1140:20:768:-52.1735,0,-85.6338 0/1:48:17,31:17:511:31:1193:-93.1868,0,-31.8261 dDocent_Contig_15910 88 . G C 239.838 . AB=0.205128;ABP=61.9184;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=719;QR=6019;RO=179;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=391.704;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:122:117,5:117:3977:5:173:0,-20.8154,-342.232 0/1:78:62,16:62:2042:16:546:-25.9838,0,-160.564 dDocent_Contig_15911 107 . N C 158.957 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=166;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:63:-5.98383,-0.60206,0 1/1:3:0,3:0:0:3:103:-9.61002,-0.90309,0 dDocent_Contig_15912 120 . A G 474.074 . AB=0.161017;ABP=238.56;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=38;CIGAR=1X;DP=236;DPB=236;DPRA=0;EPP=85.5263;EPPR=432.962;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1350;QR=7154;RO=198;RPL=0;RPP=85.5263;RPPR=432.962;RPR=38;RUN=1;SAF=0;SAP=85.5263;SAR=38;SRF=0;SRP=432.962;SRR=198;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:122:107,15:107:3874:15:529:-11.2135,0,-312.106 0/1:114:91,23:91:3280:23:821:-39.8929,0,-261.086 dDocent_Contig_15913 19 . T A 19741.9 . AB=0.506902;ABP=3.54984;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=661;CIGAR=1X4M;DP=1304;DPB=1304;DPRA=0;EPP=1438.35;EPPR=1032.29;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=55.8169;MQMR=57.7911;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.900844;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26066;QR=18439;RO=474;RPL=0;RPP=1438.35;RPPR=1032.29;RPR=661;RUN=1;SAF=661;SAP=1438.35;SAR=0;SRF=474;SRP=1032.29;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:691:258,51,347:258:9999:51,347:2008,13673:-1034.34,-958.194,-1752.67,0,-656.026,-705.385 0|1:613:216,64,314:216:8440:64,314:2487,12393:-943.548,-816.584,-1481.86,0,-492.566,-590.028 dDocent_Contig_15914 8 . A G 702.747 . AB=0.221519;ABP=109.44;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=2M1X6M;DP=158;DPB=157.444;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=246.215;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=55.6;MQMR=59.9464;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1319;QR=4352;RO=112;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=246.215;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=112;SRP=246.215;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:99:80,0,15:80:3113:0,15:0,580:-23.507,-47.5894,-303.422,0,-255.869,-251.353 0|1:59:32,5,20:32:1239:5,20:191,739:-50.4666,-44.4259,-144.708,0,-86.1057,-95.7559 dDocent_Contig_15915 48 . G C 189.309 . AB=0.136364;ABP=28.2783;AC=0;AF=0;AN=4;AO=3;CIGAR=2X1M1X;DP=45;DPB=45;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=119;QR=1192;RO=32;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:17,6,0:17:624:6,0:233,0:-14.4162,0,-49.5618,-19.5337,-51.368,-70.5193 0|0:22:15,4,3:15:568:4,3:155,119:-8.21334,0,-45.339,-2.92923,-36.7445,-48.5772 dDocent_Contig_15916 145 . G A 45.6977 . AB=0.166667;ABP=43.5445;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=42;DPB=42;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=225;QR=1101;RO=35;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=79.0118;RPR=7;RUN=1;SAF=0;SAP=18.2106;SAR=7;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:17,3:17:554:3:96:-2.93738,0,-44.1502 0/1:22:18,4:18:547:4:129:-5.30687,0,-42.8939 dDocent_Contig_15917 107 . N C 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15918 29 . C A 1791.58 . AB=0.508333;ABP=3.08268;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.868852;PAIREDR=0.966102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2427;QR=2303;RO=59;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=131.127;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:43:26,17:26:1003:17:672:-47.8646,0,-77.615 0/1:77:33,44:33:1300:44:1755:-134.993,0,-94.0814 dDocent_Contig_15919 18 . T C 98.8687 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=0;AF=0;AN=4;AO=6;CIGAR=1M1X1M;DP=67;DPB=64;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=236;QR=1916;RO=52;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=115.927;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:38:33,3,2:33:1217:3,2:115,80:0,-0.505006,-99.1008,-3.33721,-93.412,-102.25 0|0:29:19,6,4:19:699:6,4:216,156:-11.8862,0,-55.329,-4.77097,-44.3085,-60.7262 dDocent_Contig_15920 17 . A G 1246.68 . AB=0.196825;ABP=254.494;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=68;CIGAR=1X;DP=586;DPB=586;DPRA=0;EPP=150.67;EPPR=1127.83;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.982625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2694;QR=20544;RO=518;RPL=0;RPP=150.67;RPPR=1127.83;RPR=68;RUN=1;SAF=68;SAP=150.67;SAR=0;SRF=518;SRP=1127.83;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:315:253,62:253:10066:62:2456:-126.367,0,-810.491 0/0:271:265,6:265:10478:6:238:0,-59.7856,-920.573 dDocent_Contig_15921 17 . A C 593.291 . AB=0.0652174;ABP=229.599;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=2X;DP=138;DPB=138;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=222.329;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=58.4444;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=357;QR=4027;RO=101;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=222.329;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=101;SRP=222.329;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:81:60,3,18:60:2379:3,18:118,730:-42.1499,-50.5078,-245.415,0,-186.115,-190.402 0|0:57:41,6,10:41:1648:6,10:239,403:-20.8782,-13.6093,-147.61,0,-116.199,-132.801 dDocent_Contig_15923 19 . G T 118.123 . AB=0.21875;ABP=24.9965;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=57.2971;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=271;QR=1002;RO=25;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=57.2971;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=25;SRP=57.2971;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:17,4:17:679:4:152:-7.7274,0,-55.1192 0/1:11:8,3:8:323:3:119:-7.78385,0,-26.1278 dDocent_Contig_15924 48 . C A 137.45 . AB=0.285714;ABP=11.386;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=1.75;EPP=16.0391;EPPR=38.4777;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.888889;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=241;QR=1057;RO=27;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=38.4777;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:12:12,0:12:472:0:0:0,-3.61236,-42.8285 0/1:21:15,6:15:585:6:241:-15.745,0,-46.6604 dDocent_Contig_15925 107 . N C 39.8866 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19.25;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=52;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:52:-3.98834,-1.20412,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15926 98 . N T 1942.24 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=62;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=0;EPP=137.642;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=47.5803;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2155;QR=0;RO=0;RPL=62;RPP=137.642;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=62;SAP=137.642;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:62:0,62:0:0:62:2155:-194.224,-18.6639,0 dDocent_Contig_15927 12 . T A 24376.6 . AB=0.520793;ABP=8.88008;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=814;CIGAR=2X;DP=1563;DPB=1563;DPRA=0;EPP=1770.59;EPPR=1625.1;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=32382;QR=29655;RO=747;RPL=0;RPP=1770.59;RPPR=1625.1;RPR=814;RUN=1;SAF=814;SAP=1770.59;SAR=0;SRF=747;SRP=1625.1;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:816:368,447:368:14647:447:17760:-1351.27,0,-1071.42 0|1:747:379,367:379:15008:367:14622:-1090.09,0,-1124.81 dDocent_Contig_15928 107 . N A 187.761 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=198;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:100:-9.33053,-0.90309,0 1/1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14405,-0.90309,0 dDocent_Contig_15929 124 . T C 71.025 . AB=0.2;ABP=18.6449;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=41;DPB=41;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.857143;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=203;QR=1366;RO=35;RPL=5;RPP=13.8677;RPPR=79.0118;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=79.0118;SRR=35;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:21:20,1:20:781:1:41:0,-2.22706,-66.5141 0/1:20:15,4:15:585:4:162:-9.10248,0,-47.1679 dDocent_Contig_15930 61 . T A 752.086 . AB=0.313131;ABP=33.038;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=1.16471;EPP=70.3259;EPPR=335.246;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1186;QR=6045;RO=153;RPL=31;RPP=70.3259;RPPR=335.246;RPR=0;RUN=1;SAF=31;SAP=70.3259;SAR=0;SRF=153;SRP=335.246;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:85:85,0:85:3379:0:0:0,-25.5875,-304.164 0/1:99:68,31:68:2666:31:1186:-77.2086,0,-210.276 dDocent_Contig_15931 84 . T C 330.274 . AB=0.264706;ABP=35.7101;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=68;DPB=68;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=628;QR=1686;RO=50;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:20,12:20:676:12:418:-28.3209,0,-51.5231 0/1:36:30,6:30:1010:6:210:-8.40538,0,-80.3687 dDocent_Contig_15933 41 . A C 678.21 . AB=0.409836;ABP=7.31765;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.96;PAIREDR=0.861111;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=991;QR=1386;RO=36;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=81.1833;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=36;SRP=81.1833;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:22,11:22:848:11:429:-29.0251,0,-66.6983 0/1:28:14,14:14:538:14:562:-42.4949,0,-40.3305 dDocent_Contig_15934 26 . C T 280.5 . AB=0.314286;ABP=13.4954;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=1.45833;EPP=26.8965;EPPR=43.7254;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.645833;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=447;QR=1886;RO=48;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=107.241;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=39;SRP=43.7254;SRR=9;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:24:24,0:24:929:0:0:0,-7.22472,-83.9162 0/1:35:24,11:24:957:11:447:-30.05,0,-75.8935 dDocent_Contig_15935 43 . T G 17703 . AB=0.221041;ABP=639.049;AC=4;AF=1;AN=4;AO=208;CIGAR=15M1X4M;DP=941;DPB=883.8;DPRA=0;EPP=454.677;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=11;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7986;QR=2741;RO=71;RPL=0;RPP=454.677;RPPR=157.185;RPR=208;RUN=1;SAF=208;SAP=454.677;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:498:53,234,56,9,7,117:53:2039:234,56,9,7,117:8389,2088,297,262,4514:-871.351,-203.261,-300.216,-716.388,-199.742,-866.927,-863.3,-346.653,-859.78,-1027.99,-865.85,-349.202,-862.33,-1009.24,-1031.14,-516.649,0,-513.13,-660.042,-662.592,-648.827 1|1:443:18,228,13,24,44,91:18:702:228,13,24,44,91:8335,484,882,1654,3472:-902.65,-227.1,-216.167,-868.452,-245.186,-922.241,-835.964,-212.699,-854.05,-886.441,-772.57,-149.305,-790.656,-758.168,-817.027,-623.267,0,-641.353,-608.865,-545.471,-653.576 dDocent_Contig_15937 40 . C A 3790.16 . AB=0.324444;ABP=123.474;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=146;CIGAR=1X;DP=450;DPB=450;DPRA=0;EPP=320.045;EPPR=654.481;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.852;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.953947;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5755;QR=12144;RO=304;RPL=0;RPP=320.045;RPPR=654.481;RPR=146;RUN=1;SAF=146;SAP=320.045;SAR=0;SRF=304;SRP=663.138;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:236:135,101:135:5405:101:3962:-285.545,0,-415.244 0/1:214:169,45:169:6739:45:1793:-97.1702,0,-541.445 dDocent_Contig_15939 12 . G C 19145.4 . AB=0.350829;ABP=352.845;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=635;CIGAR=2M1X8M;DP=1810;DPB=1772.55;DPRA=0;EPP=1381.9;EPPR=1303.72;GTI=0;LEN=1;MEANALT=10;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25471;QR=23401;RO=599;RPL=0;RPP=1381.9;RPPR=1303.72;RPR=635;RUN=1;SAF=635;SAP=1381.9;SAR=0;SRF=599;SRP=1303.72;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:1037:278,175,411,164:278:10857:175,411,164:6522,16451,6460:-1271.46,-821.283,-1661.11,0,-358.642,-768.785,-823.738,-1182.38,-361.096,-1666.87 0|1:773:321,29,224,193:321:12544:29,224,193:1116,9020,7641:-646.774,-651.776,-1674.28,0,-939.611,-963.809,-114.567,-1054.18,-402.399,-1087.7 dDocent_Contig_15940 21 . A T 286.078 . AB=0.147287;ABP=142.405;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=602.337;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.0724638;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1050;QR=10953;RO=276;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=602.337;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=276;SRP=602.337;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:173:166,7:166:6566:7:282:0,-26.3256,-564.932 0/1:129:110,19:110:4387:19:768:-30.6078,0,-355.952 dDocent_Contig_15942 27 . T G 342.276 . AB=0.149425;ABP=188.759;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=174;DPB=174;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=324.388;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.923077;PAIREDR=0.959459;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=996;QR=5898;RO=148;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=324.388;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=148;SRP=324.388;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:96:83,13:83:3325:13:470:-13.7199,0,-270.39 0/1:78:65,13:65:2573:13:526:-24.2067,0,-208.229 dDocent_Contig_15943 19 . G A 42306.8 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1206;CIGAR=1X;DP=1237;DPB=1237;DPRA=0;EPP=2621.81;EPPR=68.1545;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=48236;QR=1177;RO=30;RPL=0;RPP=2621.81;RPPR=68.1545;RPR=1206;RUN=1;SAF=1206;SAP=2621.81;SAR=0;SRF=30;SRP=68.1545;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:539:10,529:10:398:529:21034:-1855.13,-126.078,0 1/1:698:20,677:20:779:677:27202:-2375.25,-139.798,0 dDocent_Contig_15944 23 . G T 4206.49 . AB=0.31323;ABP=158.748;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=209;CIGAR=1X;DP=1181;DPB=1181;DPRA=0;EPP=456.848;EPPR=2111.51;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8338;QR=38645;RO=971;RPL=0;RPP=456.848;RPPR=2111.51;RPR=209;RUN=1;SAF=209;SAP=456.848;SAR=0;SRF=971;SRP=2111.51;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:667:619,48:619:24600:48:1922:0,-27.6139,-2038.67 0/1:514:352,161:352:14045:161:6416:-422.649,0,-1108.45 dDocent_Contig_15945 40 . G C 1216.03 . AB=0.179272;ABP=321.986;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=95;CIGAR=1X;DP=757;DPB=757;DPRA=0;EPP=209.3;EPPR=1436.18;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3807;QR=26092;RO=660;RPL=0;RPP=209.3;RPPR=1436.18;RPR=95;RUN=1;SAF=95;SAP=209.3;SAR=0;SRF=660;SRP=1436.18;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:400:367,31:367:14558:31:1241:0,-8.22542,-1197.2 0/1:357:293,64:293:11534:64:2566:-123.603,0,-929.851 dDocent_Contig_15946 26 . T C 128.295 . AB=0.225806;ABP=23.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=31;DPB=31;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=278;QR=784;RO=23;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=52.9542;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:15,2:15:498:2:80:-2.10121,0,-39.6586 0/1:13:8,5:8:286:5:198:-14.2824,0,-22.1707 dDocent_Contig_15947 16 . G A 325.912 . AB=0.211268;ABP=54.4222;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=6M1X2M;DP=71;DPB=73.2222;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.0666667;PAIREDR=0.978261;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=608;QR=1819;RO=46;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=102.898;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:42:26,4,3,7:26:1025:4,3,7:157,120,282:-15.4183,-10.3352,-93.4558,-13.3606,-84.775,-96.784,0,-71.4152,-74.4423,-82.2202 0|1:29:20,0,1,8:20:794:0,1,8:0,41,326:-20.8718,-26.8924,-92.2486,-23.5081,-88.8642,-88.5632,0,-65.3513,-61.9666,-62.943 dDocent_Contig_15949 135 . A G 20224.4 . AB=0.867257;ABP=400.159;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=629;CIGAR=1X;DP=704;DPB=704;DPRA=0;EPP=1368.87;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=24848;QR=2936;RO=74;RPL=0;RPP=1368.87;RPPR=163.699;RPR=629;RUN=1;SAF=0;SAP=1368.87;SAR=629;SRF=0;SRP=163.699;SRR=74;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:339:44,294:44:1733:294:11568:-938.491,0,-54.3448 1/1:365:30,335:30:1203:335:13280:-1085.65,-1.3384,0 dDocent_Contig_15950 7 . A G 76.842 . AB=0.2;ABP=26.4622;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=211;QR=2081;RO=54;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=120.27;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=54;SRP=120.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:30:24,6:24:921:6:201:-9.38317,0,-74.1761 0/0:31:30,1:30:1160:1:10:0,-8.33193,-103.699 dDocent_Contig_15951 173 . A G 4751.45 . AB=0.73301;ABP=100.157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=151;CIGAR=1X1M;DP=206;DPB=206;DPRA=0;EPP=330.903;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5982;QR=1802;RO=46;RPL=151;RPP=330.903;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=330.903;SAR=151;SRF=0;SRP=102.898;SRR=46;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:101:19,9,73:19:717:9,73:367,2889:-232.01,-207.449,-263.483,0,-28.4376,-36.7508 0|1:105:27,0,78:27:1085:0,78:0,3093:-246.834,-254.962,-344.373,0,-89.8108,-66.3304 dDocent_Contig_15952 17 . C A 60024.4 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1726;CIGAR=1X;DP=1778;DPB=1778;DPRA=0;EPP=3750.97;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68778;QR=2011;RO=51;RPL=0;RPP=3750.97;RPPR=113.755;RPR=1726;RUN=1;SAF=1726;SAP=3750.97;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1011:36,975:36:1400:975:38805:-3362.61,-178.099,0 1/1:767:15,751:15:611:751:29973:-2639.53,-175.671,0 dDocent_Contig_15953 32 . C T 1744.79 . AB=0.462121;ABP=4.65535;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=61;CIGAR=1X;DP=132;DPB=132;DPRA=0;EPP=135.47;EPPR=157.185;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.943662;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2415;QR=2790;RO=71;RPL=0;RPP=135.47;RPPR=157.185;RPR=61;RUN=1;SAF=61;SAP=135.47;SAR=0;SRF=71;SRP=157.185;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:82:26,56:26:993:56:2212:-174.571,0,-64.9688 0/1:50:45,5:45:1797:5:203:-3.60156,0,-146.896 dDocent_Contig_15955 30 . G A 59.895 . AB=0.147059;ABP=39.7976;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=56;DPB=56;DPRA=1.54545;EPP=13.8677;EPPR=113.755;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.941176;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=195;QR=1966;RO=51;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=113.755;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=51;SRP=113.755;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:34:29,5:29:1109:5:195:-7.68847,0,-89.8494 0/0:22:22,0:22:857:0:0:0,-6.62266,-77.43 dDocent_Contig_15956 51 . G C 21691.4 . 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AB=0.606838;ABP=37.8095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=213;CIGAR=1X;DP=351;DPB=351;DPRA=0;EPP=465.534;EPPR=302.673;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995305;PAIREDR=0.992754;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8523;QR=5501;RO=138;RPL=0;RPP=465.534;RPPR=302.673;RPR=213;RUN=1;SAF=213;SAP=465.534;SAR=0;SRF=138;SRP=302.673;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:189:98,91:98:3920:91:3664:-272.87,0,-295.9 0/1:162:40,122:40:1581:122:4859:-388.422,0,-93.7573 dDocent_Contig_15958 102 . G T 348.205 . AB=0.382353;ABP=7.09778;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.642857;PAIREDR=0.571429;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=558;QR=1943;RO=49;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=109.412;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=109.412;SRR=49;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:28,1:28:1105:1:39:0,-4.83331,-95.839 0/1:34:21,13:21:838:13:519:-36.8205,0,-65.4977 dDocent_Contig_15960 59 . C A 368.281 . AB=0.243243;ABP=45.3834;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=690;QR=2250;RO=56;RPL=18;RPP=42.0968;RPPR=124.613;RPR=0;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:39:32,7:32:1285:7:281:-13.9214,0,-104.175 0/1:35:24,11:24:965:11:409:-26.6056,0,-76.614 dDocent_Contig_15961 64 . T C 394.388 . AB=0.145161;ABP=206.428;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=358;DPB=358;DPRA=1.0814;EPP=61.6401;EPPR=721.768;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.996979;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1076;QR=12937;RO=331;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=721.768;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=331;SRP=721.768;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:186:159,27:159:6150:27:1076:-41.1378,0,-497.343 0/0:172:172,0:172:6787:0:0:0,-51.7772,-610.575 dDocent_Contig_15962 51 . G C 1207.74 . AB=0.362903;ABP=23.254;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=124;DPB=124;DPRA=0;EPP=92.2337;EPPR=174.557;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.987342;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1791;QR=3160;RO=79;RPL=44;RPP=92.2337;RPPR=174.557;RPR=1;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=79;SRP=174.557;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:59:35,24:35:1399:24:967:-69.5677,0,-108.409 0/1:65:44,21:44:1761:21:824:-54.9053,0,-139.132 dDocent_Contig_15963 29 . G A 801.336 . AB=0.309735;ABP=38.5417;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.820513;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1302;QR=2866;RO=78;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=172.385;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:57:32,25:32:1164:25:922:-66.136,0,-87.8981 0/1:56:46,10:46:1702:10:380:-17.6965,0,-136.582 dDocent_Contig_15964 67 . C A 10572.8 . AB=0.676245;ABP=143.848;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=353;CIGAR=1X;DP=522;DPB=522;DPRA=0;EPP=769.54;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.994334;PAIREDR=0.988166;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13539;QR=6574;RO=169;RPL=353;RPP=769.54;RPPR=369.989;RPR=0;RUN=1;SAF=353;SAP=769.54;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:247:81,166:81:3185:166:6274:-490.159,0,-212.382 0/1:275:88,187:88:3389:187:7265:-570.817,0,-222.284 dDocent_Contig_15965 209 . N G 107.238 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=115;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:115:-10.7232,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15966 31 . C A 5898.59 . AB=0.703008;ABP=98.2285;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=187;CIGAR=1X;DP=266;DPB=266;DPRA=0;EPP=409.076;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.839572;PAIREDR=0.592105;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7479;QR=3081;RO=76;RPL=0;RPP=409.076;RPPR=168.042;RPR=187;RUN=1;SAF=187;SAP=409.076;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:163:56,104:56:2274:104:4167:-326.43,0,-156.243 0/1:103:20,83:20:807:83:3312:-267.128,0,-41.9404 dDocent_Contig_15967 123 . A G 59.6302 . AB=0.181818;ABP=32.0291;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=33;DPB=33;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=210;QR=924;RO=27;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=61.6401;RPR=6;RUN=1;SAF=0;SAP=16.0391;SAR=6;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:13:10,3:10:339:3:105:-5.88277,0,-26.9252 0/1:20:17,3:17:585:3:105:-3.77556,0,-46.9542 dDocent_Contig_15968 107 . N G 72.2351 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=72;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:15:-1.49999,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:57:-5.41407,-0.60206,0 dDocent_Contig_15970 17 . T C 715.1 . AB=0.148936;ABP=355.205;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=49;CIGAR=1X;DP=728;DPB=728;DPRA=0.824561;EPP=109.412;EPPR=1475.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99705;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1915;QR=26948;RO=678;RPL=0;RPP=109.412;RPPR=1475.27;RPR=49;RUN=1;SAF=49;SAP=109.412;SAR=0;SRF=678;SRP=1475.27;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:399:399,0:399:15821:0:0:0,-120.111,-1422.64 0/1:329:279,49:279:11127:49:1915:-73.51,0,-901.602 dDocent_Contig_15972 10 . C A 50.8262 . AB=0.121212;ABP=44.1367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1M4I3M1X1M1X4M1X3M2I1X;DP=59;DPB=67.875;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=18.5714;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.911765;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=130;QR=1327;RO=34;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=76.8404;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:33:15,13,4:15:587:13,4:208,82:-6.78158,0,-44.4934,-6.18913,-43.3481,-53.3782 0|0:26:19,3,3:19:740:3,3:48,48:0,-3.09956,-63.2326,-3.09956,-61.5488,-63.2326 dDocent_Contig_15973 15 . T C 12229 . AB=0.525424;ABP=7.31644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=403;CIGAR=1X;DP=767;DPB=767;DPRA=0;EPP=878.114;EPPR=793.426;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.9826;MQMR=59.9341;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.965261;PAIREDR=0.997253;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=16205;QR=14540;RO=364;RPL=0;RPP=878.114;RPPR=793.426;RPR=403;RUN=1;SAF=403;SAP=878.114;SAR=0;SRF=364;SRP=793.426;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:382:206,176:206:8244:176:7075:-521.398,0,-626.001 0/1:385:158,227:158:6296:227:9130:-705.197,0,-450.465 dDocent_Contig_15975 53 . C A 1050.88 . AB=0.348837;ABP=28.6135;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=45;CIGAR=1X;DP=129;DPB=129;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=185.414;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1633;QR=3070;RO=84;RPL=45;RPP=100.727;RPPR=185.414;RPR=0;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=84;SRP=185.414;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:92:59,33:59:2153:33:1191:-79.8,0,-166.33 0/1:37:25,12:25:917:12:442:-28.9873,0,-71.7089 dDocent_Contig_15976 107 . N A 88.651 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=95;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86456,-0.90309,0 dDocent_Contig_15978 26 . T C 2020.94 . AB=0.38255;ABP=20.863;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=57;CIGAR=6M1X;DP=149;DPB=122.143;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.245614;PAIREDR=0.933333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2282;QR=1778;RO=45;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=100.727;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:64:22,14,28:22:859:14,28:557,1106:-84.3753,-45.1357,-111.527,0,-24.7389,-62.1743 1|1:85:23,33,29:23:919:33,29:1303,1176:-121.418,-21.2889,-87.0486,-31.3571,0,-98.3257 dDocent_Contig_15979 98 . N C 4596.38 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=157;CIGAR=1X;DP=157;DPB=157;DPRA=0;EPP=343.931;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5098;QR=0;RO=0;RPL=157;RPP=343.931;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=157;SAP=343.931;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:86:0,86:0:0:86:2775:-249.999,-25.8886,0 1/1:71:0,71:0:0:71:2323:-209.338,-21.3731,0 dDocent_Contig_15980 13 . T C 64.0879 . AB=0.333333;ABP=5.18177;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=18;DPB=18;DPRA=1;EPP=9.52472;EPPR=35.5824;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=611;RO=15;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=35.5824;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=15;SRP=35.5824;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:9:6,3:6:245:3:116:-8.10775,0,-19.7202 0/0:9:9,0:9:366:0:0:0,-2.70927,-33.3052 dDocent_Contig_15981 145 . A C 512.57 . AB=0.37931;ABP=10.3484;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=81.1833;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.863636;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=797;QR=1323;RO=36;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=81.1833;RPR=22;RUN=1;SAF=0;SAP=50.7827;SAR=22;SRF=0;SRP=81.1833;SRR=36;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:21,10:21:771:10:360:-23.4109,0,-60.3864 0/1:27:15,12:15:552:12:437:-31.5451,0,-41.8915 dDocent_Contig_15982 56 . G A 418.441 . 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AB=0.633383;ABP=106.701;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=425;CIGAR=11M1X6M;DP=671;DPB=675.167;DPRA=0;EPP=925.886;EPPR=191.928;GTI=0;LEN=1;MEANALT=14.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=14625;QR=3206;RO=87;RPL=425;RPP=925.886;RPPR=191.928;RPR=0;RUN=1;SAF=425;SAP=925.886;SAR=0;SRF=87;SRP=191.928;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:366:32,0,74,228:32:1177:0,74,228:0,2377,7869:-724.97,-734.603,-830.835,-543.024,-639.256,-616.98,-95.3337,-191.574,0,-122.939 0|1:305:55,18,25,197:55:2029:18,25,197:667,792,6756:-531.927,-493.911,-654.435,-484.757,-596.127,-643.174,0,-111.392,-102.246,-106.666 dDocent_Contig_15984 100 . N A 91.4495 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=8X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=98;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:3:0,3:0:0:3:98:-9.14441,-0.90309,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_15985 31 . G A 425.983 . AB=0.191667;ABP=102.102;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=120;DPB=120;DPRA=0;EPP=52.9542;EPPR=213.643;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=908;QR=3871;RO=97;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=213.643;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=97;SRP=213.643;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:40:28,12:28:1120:12:478:-31.3292,0,-89.0386 0/1:80:69,11:69:2751:11:430:-14.9681,0,-223.614 dDocent_Contig_15986 125 . T C 1384.41 . AB=0.431034;ABP=7.80251;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=51;CIGAR=1X;DP=160;DPB=160;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=87.1798;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=41.9633;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.12844;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1986;QR=4039;RO=109;RPL=0;RPP=113.755;RPPR=239.701;RPR=51;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=22;SRP=87.1798;SRR=87;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:44:43,1:43:1579:1:40:0,-9.24964,-122.862 0/1:116:66,50:66:2460:50:1946:-140.441,0,-119.355 dDocent_Contig_15987 98 . N T 61.7412 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17303,-0.60206,0 dDocent_Contig_15988 99 . T C 380.982 . AB=0.326087;ABP=15.095;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=46;DPB=46;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.6;PAIREDR=0.580645;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=610;QR=1248;RO=31;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=70.3259;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=35.5824;SAR=15;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:13,9:13:524:9:365:-26.5924,0,-40.8842 0/1:24:18,6:18:724:6:245:-15.2048,0,-58.2602 dDocent_Contig_15989 94 . C T 72.4998 . AB=0.175;ABP=39.7082;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=40;DPB=40;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=246;QR=1101;RO=33;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=74.6689;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=33;SRP=74.6689;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:23,3:23:781:3:106:-2.06238,0,-62.7789 0/1:14:10,4:10:320:4:140:-8.73029,0,-24.8979 dDocent_Contig_15990 26 . T C 9435.64 . AB=0.719128;ABP=175.261;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=297;CIGAR=1X;DP=413;DPB=413;DPRA=0;EPP=647.938;EPPR=254.901;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.189655;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=11912;QR=4660;RO=116;RPL=0;RPP=647.938;RPPR=254.901;RPR=297;RUN=1;SAF=297;SAP=647.938;SAR=0;SRF=116;SRP=254.901;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:240:72,168:72:2909:168:6738:-533.841,0,-189.65 0/1:173:44,129:44:1751:129:5174:-413.423,0,-105.728 dDocent_Contig_15991 47 . C G 190.25 . AB=0.20339;ABP=48.096;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=59;DPB=59;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=442;QR=1823;RO=47;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=105.07;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=47;SRP=105.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:31,7:31:1208:7:264:-12.6794,0,-97.5704 0/1:21:16,5:16:615:5:178:-10.0445,0,-49.3666 dDocent_Contig_15992 107 . N G 134.113 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=5;DPB=5;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=139;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=0;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:105:-9.71009,-1.20412,0 1/1:1:0,1:0:0:1:34:-3.39891,-0.30103,0 dDocent_Contig_15993 31 . C A 2027.7 . AB=0.190476;ABP=457.365;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=104;CIGAR=1X3M;DP=546;DPB=546;DPRA=0;EPP=228.843;EPPR=904.171;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=59.988;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4030;QR=16028;RO=415;RPL=0;RPP=228.843;RPPR=904.171;RPR=104;RUN=1;SAF=104;SAP=228.843;SAR=0;SRF=415;SRP=904.171;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:371:297,20,47:297:11451:20,47:791,1837:-61.6043,-85.9099,-1020.1,0,-875.117,-926.066 0|1:175:118,0,57:118:4577:0,57:0,2193:-144.865,-180.386,-556.404,0,-376.403,-359.245 dDocent_Contig_15994 93 . C T 262.403 . AB=0.242424;ABP=41.044;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=66;DPB=66;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=546;QR=1687;RO=50;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=111.584;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:21,11:21:722:11:373:-24.2641,0,-55.6672 0/1:34:29,5:29:965:5:173:-5.67519,0,-76.9165 dDocent_Contig_15995 12 . T A 24069 . AB=0.54803;ABP=32.0048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=793;CIGAR=1X;DP=1447;DPB=1447;DPRA=0;EPP=1724.99;EPPR=1423.15;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.4653;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.991173;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=31749;QR=26269;RO=654;RPL=0;RPP=1724.99;RPPR=1423.15;RPR=793;RUN=1;SAF=793;SAP=1724.99;SAR=0;SRF=654;SRP=1423.15;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:717:295,422:295:11851:422:16945:-1302.67,0,-849.873 0/1:730:359,371:359:14418:371:14804:-1107.93,0,-1076.73 dDocent_Contig_15996 11 . C T 2333.65 . 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A G 561.11 . AB=0.425532;ABP=5.27418;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=63;DPB=63;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=94.2121;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=835;QR=1680;RO=42;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=94.2121;RPR=21;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=42;SRP=94.2121;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:27,20:27:1086:20:796:-57.8097,0,-83.8802 0/0:16:15,1:15:594:1:39:0,-0.919915,-49.9024 dDocent_Contig_16009 42 . T A 28862.9 . 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AB=0.483776;ABP=3.78537;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=164;CIGAR=1X1M1X;DP=339;DPB=339;DPRA=0;EPP=359.132;EPPR=356.96;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993902;PAIREDR=0.993865;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5560;QR=5520;RO=163;RPL=0;RPP=359.132;RPPR=356.96;RPR=164;RUN=1;SAF=0;SAP=359.132;SAR=164;SRF=0;SRP=356.96;SRR=163;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:205:90,105:90:3043:105:3600:-265.171,0,-215.056 0|1:134:73,59:73:2477:59:1960:-136.665,0,-183.182 dDocent_Contig_16016 10 . A T 226.457 . AB=0.1875;ABP=57.2971;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=142;DPB=142;DPRA=0.820513;EPP=29.068;EPPR=285.302;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=484;QR=5108;RO=130;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=285.302;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=130;SRP=285.302;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:78:78,0:78:3034:0:0:0,-23.4803,-273.145 0/1:64:52,12:52:2074:12:484:-24.6457,0,-167.584 dDocent_Contig_16018 135 . G A 528.668 . AB=0.6;ABP=5.61607;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=2X;DP=61;DPB=61;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=92.0407;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=785;QR=1580;RO=41;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=92.0407;RPR=20;RUN=1;SAF=0;SAP=46.4397;SAR=20;SRF=0;SRP=92.0407;SRR=41;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:30:12,18:12:453:18:703:-54.5657,0,-32.0787 0|0:31:29,2:29:1127:2:82:0,-1.55225,-93.9343 dDocent_Contig_16019 190 . T C 91.0865 . AB=0.153846;ABP=57.1301;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.931818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=308;QR=1712;RO=44;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=98.5551;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=98.5551;SRR=44;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:16,4:16:611:4:154:-8.20972,0,-49.3044 0/1:32:28,4:28:1101:4:154:-4.59736,0,-89.7432 dDocent_Contig_16020 150 . G C 228.902 . 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AB=0.591837;ABP=28.1373;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=203;CIGAR=2X;DP=343;DPB=343;DPRA=0;EPP=443.819;EPPR=244.044;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=49.4877;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.0147783;PAIREDR=0.711712;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7848;QR=4355;RO=111;RPL=0;RPP=443.819;RPPR=244.044;RPR=203;RUN=1;SAF=203;SAP=443.819;SAR=0;SRF=111;SRP=244.044;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:197:67,117,6:67:2636:117,6:4545,232:-332.932,0,-181.606,-334.182,-197.909,-549.21 0|1:146:44,86,14:44:1719:86,14:3303,553:-233.68,0,-115.437,-203.843,-98.2491,-340.946 dDocent_Contig_16024 39 . G C 188.716 . 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AB=0.644898;ABP=137.048;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=474;CIGAR=1X;DP=735;DPB=735;DPRA=0;EPP=1032.29;EPPR=569.765;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18775;QR=10499;RO=261;RPL=0;RPP=1032.29;RPPR=569.765;RPR=474;RUN=1;SAF=474;SAP=1032.29;SAR=0;SRF=261;SRP=569.765;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:370:150,220:150:6015:220:8745:-675.165,0,-429.715 0/1:365:111,254:111:4484:254:10030:-792.218,0,-293.603 dDocent_Contig_16027 34 . T A 1361.07 . 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T C 20654.6 . AB=0.789988;ABP=601.226;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=647;CIGAR=1X;DP=819;DPB=819;DPRA=0;EPP=1407.95;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.734158;PAIREDR=0.994118;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=25748;QR=6868;RO=170;RPL=0;RPP=1407.95;RPPR=372.161;RPR=647;RUN=1;SAF=647;SAP=1407.95;SAR=0;SRF=170;SRP=372.161;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:448:92,355:92:3740:355:14154:-1138.06,0,-201.833 0/1:371:78,292:78:3128:292:11594:-931.097,0,-170.016 dDocent_Contig_16030 119 . C A 177.527 . AB=0.119048;ABP=373.608;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=35;CIGAR=1X;DP=294;DPB=294;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=565.422;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1202;QR=8707;RO=259;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=565.422;RPR=35;RUN=1;SAF=0;SAP=79.0118;SAR=35;SRF=0;SRP=565.422;SRR=259;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:144:124,20:124:4118:20:694:-19.4352,0,-327.475 0/1:150:135,15:135:4589:15:508:-0.887189,0,-368.05 dDocent_Contig_16031 17 . T A 48289.5 . AB=0.892985;ABP=2259.28;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1502;CIGAR=1X;DP=1682;DPB=1682;DPRA=0;EPP=3264.56;EPPR=391.704;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=59378;QR=7064;RO=179;RPL=0;RPP=3264.56;RPPR=391.704;RPR=1502;RUN=1;SAF=1502;SAP=3264.56;SAR=0;SRF=179;SRP=391.704;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:882:99,782:99:3917:782:30877:-2510.81,0,-87.0918 0/1:800:80,720:80:3147:720:28501:-2321.84,0,-42.4804 dDocent_Contig_16032 38 . A G 36.5748 . 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AB=0.240741;ABP=66.0634;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=244;DPB=244;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=474.22;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1039;QR=8445;RO=217;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=474.22;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=217;SRP=474.22;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:82,26:82:3179:26:999:-57.6974,0,-253.678 0/0:136:135,1:135:5266:1:40:0,-36.9444,-469.83 dDocent_Contig_16034 118 . G A 30.5125 . AB=0.142857;ABP=26.2761;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=0.724138;EPP=9.52472;EPPR=105.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.0213;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.829787;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=122;QR=1885;RO=47;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=105.07;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=105.07;SRR=47;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:29:29,0:29:1172:0:0:0,-8.72987,-105.757 0/1:21:18,3:18:713:3:122:-5.05086,0,-57.2563 dDocent_Contig_16035 18 . G A 14393 . AB=0.585305;ABP=53.7654;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=470;CIGAR=1X;DP=803;DPB=803;DPRA=0;EPP=1023.6;EPPR=726.111;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.993994;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18732;QR=13249;RO=333;RPL=0;RPP=1023.6;RPPR=726.111;RPR=470;RUN=1;SAF=470;SAP=1023.6;SAR=0;SRF=333;SRP=726.111;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:488:209,279:209:8348:279:11139:-854.835,0,-603.947 0/1:315:124,191:124:4901:191:7593:-588.167,0,-346.149 dDocent_Contig_16037 20 . G A 38902.9 . 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AB=0.520833;ABP=3.19126;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=48;DPB=48;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.782609;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1002;QR=918;RO=23;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=52.9542;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:13,16:13:513:16:634:-48.6591,0,-37.7843 0/1:19:10,9:10:405:9:368:-27.7658,0,-31.0905 dDocent_Contig_16039 9 . A G 79.0198 . 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AB=0.403846;ABP=7.18621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=793;QR=1124;RO=31;RPL=0;RPP=48.6112;RPPR=70.3259;RPR=21;RUN=1;SAF=0;SAP=48.6112;SAR=21;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:16,6:16:601:6:223:-13.8054,0,-47.8014 0/1:30:15,15:15:523:15:570:-42.6079,0,-38.3594 dDocent_Contig_16043 138 . A G 336.3 . AB=0.326531;ABP=15.8176;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=74.6689;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.9375;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=571;QR=1193;RO=33;RPL=0;RPP=37.7539;RPPR=74.6689;RPR=16;RUN=1;SAF=0;SAP=37.7539;SAR=16;SRF=0;SRP=74.6689;SRR=33;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:25:15,10:15:548:10:352:-24.4895,0,-42.1324 0/1:24:18,6:18:645:6:219:-12.8394,0,-51.1546 dDocent_Contig_16044 35 . G A 1242.83 . 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AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=802;CIGAR=5M1X;DP=905;DPB=896.5;DPRA=0;EPP=1744.53;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.997506;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26638;QR=672;RO=22;RPL=802;RPP=1744.53;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=802;SAP=1744.53;SAR=0;SRF=22;SRP=50.7827;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:502:12,18,455:12:360:18,455:569,15109:-1327.03,-1284.88,-1308.24,-108.183,-91.1861,0 1|1:403:10,30,347:10:312:30,347:1013,11529:-1009.24,-930.159,-946.192,-79.3911,-22.3298,0 dDocent_Contig_16046 17 . C A 2522.8 . 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AB=0.152174;ABP=51.3492;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=114;DPB=114;DPRA=0.676471;EPP=18.2106;EPPR=235.358;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.915888;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=4257;RO=107;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=235.358;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=107;SRP=235.358;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:68:68,0:68:2711:0:0:0,-20.47,-244.099 0/1:46:39,7:39:1546:7:285:-12.1768,0,-125.533 dDocent_Contig_16053 21 . T G 6684.6 . 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AB=0.460668;ABP=27.9495;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=855;CIGAR=1X;DP=1856;DPB=1856;DPRA=0;EPP=1859.62;EPPR=2176.65;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=33523;QR=38280;RO=1001;RPL=855;RPP=1859.62;RPPR=2176.65;RPR=0;RUN=1;SAF=855;SAP=1859.62;SAR=0;SRF=1001;SRP=2176.65;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:935:426,509:426:16199:509:19915:-1509.43,0,-1175.56 0/1:921:575,346:575:22081:346:13608:-946.582,0,-1708.63 dDocent_Contig_16056 29 . T A 3138.16 . AB=0.495413;ABP=3.05014;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=108;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0;EPP=237.529;EPPR=241.872;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.981818;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4253;QR=4399;RO=110;RPL=0;RPP=237.529;RPPR=241.872;RPR=108;RUN=1;SAF=108;SAP=237.529;SAR=0;SRF=110;SRP=241.872;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:110:57,53:57:2275:53:2100:-156.074,0,-171.803 0/1:108:53,55:53:2124:55:2153:-161.441,0,-158.821 dDocent_Contig_16057 107 . N A 2884.44 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=131;DPB=131;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3197;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=0;RPR=130;RUN=1;SAF=0;SAP=285.302;SAR=130;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:38:0,38:0:0:38:924:-83.3955,-11.4391,0 1/1:93:0,92:0:0:92:2273:-204.748,-27.6948,0 dDocent_Contig_16058 51 . T A 902.942 . 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AB=0.285714;ABP=30.9292;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=189;DPB=189;DPRA=0.588235;EPP=46.4397;EPPR=369.989;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.976331;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=746;QR=6725;RO=169;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=369.989;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=169;SRP=369.989;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:70:50,20:50:2029:20:746:-46.3645,0,-161.719 0/0:119:119,0:119:4696:0:0:0,-35.8226,-422.547 dDocent_Contig_16063 8 . A C 1237.26 . AB=0.339181;ABP=41.4238;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=58;CIGAR=1X;DP=171;DPB=171;DPRA=0;EPP=128.956;EPPR=248.387;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1981;QR=4322;RO=113;RPL=0;RPP=128.956;RPPR=248.387;RPR=58;RUN=1;SAF=58;SAP=128.956;SAR=0;SRF=113;SRP=248.387;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:64:48,16:48:1835:16:586:-33.8059,0,-146.136 0/1:107:65,42:65:2487:42:1395:-93.6194,0,-191.82 dDocent_Contig_16064 13 . C T 3260.41 . 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AB=0.139723;ABP=979.36;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=154;CIGAR=1X;DP=1822;DPB=1822;DPRA=0;EPP=337.417;EPPR=3622.85;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9988;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=5268;QR=54349;RO=1667;RPL=154;RPP=337.417;RPPR=3622.85;RPR=0;RUN=1;SAF=154;SAP=337.417;SAR=0;SRF=1667;SRP=3622.85;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:956:923,33:923:30025:33:1163:0,-182.809,-2596.75 0/1:866:744,121:744:24324:121:4105:-108.892,0,-1928.06 dDocent_Contig_16066 43 . A G 316.412 . AB=0.135266;ABP=242.197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=28;CIGAR=1X;DP=411;DPB=411;DPRA=1.01471;EPP=63.8115;EPPR=834.684;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1063;QR=15247;RO=383;RPL=0;RPP=63.8115;RPPR=834.684;RPR=28;RUN=1;SAF=28;SAP=63.8115;SAR=0;SRF=383;SRP=834.684;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:204:204,0:204:8154:0:0:0,-61.4101,-733.418 0/1:207:179,28:179:7093:28:1063:-33.6412,0,-575.735 dDocent_Contig_16068 32 . G A 1428.27 . AB=0.32;ABP=38.1882;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=40;CIGAR=1M1X1M;DP=125;DPB=185;DPRA=0;EPP=89.8692;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.975;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1621;QR=1580;RO=40;RPL=0;RPP=89.8692;RPPR=89.8692;RPR=40;RUN=1;SAF=40;SAP=89.8692;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:80:25,26,29:25:987:26,29:1022,1170:-91.77,-15.2447,-88.6226,-2.84557,0,-75.3251 0|0:45:15,19,11:15:593:19,11:723,451:-54.7556,0,-43.0706,-22.0354,-11.5591,-67.5291 dDocent_Contig_16070 98 . N A 108.397 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.75;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=112;QR=0;RO=0;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:105:-9.79609,-0.90309,0 1/1:1:0,1:0:0:1:7:-0.699998,-0.30103,0 dDocent_Contig_16071 51 . G T 1825.81 . AB=0.094086;ABP=535.395;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=35;CIGAR=1M1I21M1X3M;DP=372;DPB=376.5;DPRA=0;EPP=79.0118;EPPR=539.364;GTI=0;LEN=1;MEANALT=5.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1369;QR=9726;RO=247;RPL=0;RPP=79.0118;RPPR=539.364;RPR=35;RUN=1;SAF=35;SAP=79.0118;SAR=0;SRF=247;SRP=539.364;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:208:143,7,53:143:5637:7,53:274,2075:-127.569,-148.088,-609.765,0,-441.272,-447.846 0|1:164:104,28,20:104:4089:28,20:1095,793:-58.711,0,-327.914,-24.7498,-271.075,-355.075 dDocent_Contig_16073 29 . C T 9487.1 . AB=0.140461;ABP=538.59;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=67;CIGAR=2X2M;DP=477;DPB=477;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=163.699;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.986486;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2659;QR=2972;RO=74;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=163.699;RPR=67;RUN=1;SAF=67;SAP=148.499;SAR=0;SRF=74;SRP=163.699;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|0:275:44,26,60,144:44:1773:26,60,144:1007,2378,5679:-503.423,-433.96,-572.272,-320.943,-384.374,-449.021,-49.5838,-113.018,0,-152.376 0|0:202:30,23,7,141:30:1199:23,7,141:912,281,5567:-448.986,-382.948,-474.784,-434.862,-458.553,-531.515,0,-23.6927,-75.6051,-56.3146 dDocent_Contig_16074 151 . C A 64.5452 . AB=0.272727;ABP=7.94546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=17;DPB=17;DPRA=1.83333;EPP=9.52472;EPPR=33.4109;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=123;QR=557;RO=14;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=33.4109;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=33.4109;SRR=14;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:11:8,3:8:323:3:123:-8.15346,0,-26.1273 0/0:6:6,0:6:234:0:0:0,-1.80618,-21.4264 dDocent_Contig_16075 18 . A G 651.258 . AB=0.375;ABP=11.6962;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=24;CIGAR=1X;DP=64;DPB=64;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=89.8692;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.625;PAIREDR=0.525;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=971;QR=1605;RO=40;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=89.8692;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=40;SRP=89.8692;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:29,12:29:1161:12:483:-31.477,0,-92.4274 0/1:23:11,12:11:444:12:488:-37.3478,0,-33.3927 dDocent_Contig_16076 134 . A C 879.525 . AB=0.27027;ABP=87.8151;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=50;CIGAR=2X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=111.584;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.94;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1628;QR=4294;RO=134;RPL=0;RPP=111.584;RPPR=293.988;RPR=50;RUN=1;SAF=0;SAP=111.584;SAR=50;SRF=0;SRP=293.988;SRR=134;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:106:82,23:82:2589:23:717:-33.1334,0,-201.579 0|1:79:52,27:52:1705:27:911:-58.5181,0,-129.951 dDocent_Contig_16077 98 . N C 66.4848 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=70;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_16078 11 . G T 81.1945 . AB=0.115385;ABP=136.639;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=12;CIGAR=1X1M1X3M2I4M;DP=152;DPB=154.4;DPRA=2.16667;EPP=29.068;EPPR=300.502;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=5261;RO=137;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=300.502;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=137;SRP=300.502;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:48:47,0:47:1835:0:0:0,-14.1484,-165.281 0|1:104:90,12:90:3426:12:452:-10.1195,0,-277.582 dDocent_Contig_16079 8 . A G 742.136 . AB=0.0769231;ABP=63.6445;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=3;CIGAR=1X4M1X8M;DP=80;DPB=78.9286;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=105;QR=778;RO=20;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=46.4397;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:12,4,5,12,3:12:461:4,5,12,3:155,193,451,105:-33.3355,-24.2124,-60.8523,-21.0952,-46.2045,-57.4343,0,-25.1088,-21.9918,-34.2313,-28.409,-53.5168,-50.3999,-29.3053,-65.3482 1|1:41:8,4,11,13,0:8:317:4,11,13,0:158,410,483,0:-44.5771,-33.9802,-58.8749,-13.4219,-26.517,-36.2102,-7.4591,-20.5544,0,-29.6456,-46.9853,-60.0791,-39.5215,-33.559,-73.083 dDocent_Contig_16081 24 . T A 20609.7 . AB=0.617946;ABP=133.63;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=668;CIGAR=1X;DP=1081;DPB=1081;DPRA=0;EPP=1453.55;EPPR=899.828;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=26578;QR=16364;RO=413;RPL=0;RPP=1453.55;RPPR=899.828;RPR=668;RUN=1;SAF=668;SAP=1453.55;SAR=0;SRF=413;SRP=899.828;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:626:230,396:230:9147:396:15760:-1228.73,0,-634.259 0/1:455:183,272:183:7217:272:10818:-835.938,0,-512.23 dDocent_Contig_16082 14 . G C 9229.14 . AB=0.310646;ABP=359.912;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=356;CIGAR=3M1X1M;DP=1146;DPB=1130;DPRA=0;EPP=776.054;EPPR=1540.41;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13868;QR=27046;RO=708;RPL=0;RPP=776.054;RPPR=1540.41;RPR=356;RUN=1;SAF=356;SAP=776.054;SAR=0;SRF=708;SRP=1540.41;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:506:273,65,166:273:10426:65,166:2227,6502:-452.463,-353.9,-1189.73,0,-674.682,-805.461 0|1:640:435,14,190:435:16620:14,190:507,7366:-474.15,-563.709,-1923.11,0,-1322.24,-1306.44 dDocent_Contig_16083 30 . G A 956.1 . AB=0.178808;ABP=273.625;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=54;CIGAR=1X;DP=302;DPB=302;DPRA=0;EPP=120.27;EPPR=541.535;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=59.9395;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.5;PAIREDR=0.528226;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2107;QR=9541;RO=248;RPL=0;RPP=120.27;RPPR=541.535;RPR=54;RUN=1;SAF=54;SAP=120.27;SAR=0;SRF=248;SRP=541.535;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:175:143,32:143:5522:32:1262:-61.1777,0,-444.207 0/1:127:105,22:105:4019:22:845:-38.1312,0,-323.509 dDocent_Contig_16084 15 . G A 1542.47 . AB=0.38255;ABP=20.863;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=57;CIGAR=1X;DP=149;DPB=149;DPRA=0;EPP=126.784;EPPR=202.786;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2247;QR=3657;RO=92;RPL=0;RPP=126.784;RPPR=202.786;RPR=57;RUN=1;SAF=57;SAP=126.784;SAR=0;SRF=92;SRP=202.786;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:108:86,22:86:3413:22:873:-46.368,0,-274.718 0/1:41:6,35:6:244:35:1374:-111.578,0,-9.99659 dDocent_Contig_16085 15 . A G 45.3794 . AB=0.137931;ABP=36.0317;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=73;DPB=73;DPRA=0;EPP=18.2106;EPPR=146.327;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.142857;PAIREDR=0.545455;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=282;QR=2651;RO=66;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=146.327;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=66;SRP=146.327;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:25,4:25:999:4:162:-6.23688,0,-81.4779 0/0:44:41,3:41:1652:3:120:0,-2.05763,-137.72 dDocent_Contig_16086 21 . T C 7187.52 . AB=0.692913;ABP=44.0631;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=224;CIGAR=1X;DP=274;DPB=274;DPRA=0;EPP=489.42;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.995536;PAIREDR=0.92;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=8874;QR=1953;RO=50;RPL=0;RPP=489.42;RPPR=111.584;RPR=224;RUN=1;SAF=224;SAP=489.42;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:147:11,136:11:439:136:5414:-447.245,-4.38988,0 0/1:127:39,88:39:1514:88:3460:-273.205,0,-98.2676 dDocent_Contig_16087 17 . A T 3185.64 . AB=0.45749;ABP=6.8873;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=113;CIGAR=3X;DP=247;DPB=247;DPRA=0;EPP=248.387;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=59.7168;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.940299;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4405;QR=5203;RO=134;RPL=0;RPP=248.387;RPPR=293.988;RPR=113;RUN=1;SAF=113;SAP=248.387;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:126:64,62:64:2507:62:2427:-180.448,0,-187.877 0|1:121:70,51:70:2696:51:1978:-141.815,0,-206.382 dDocent_Contig_16088 21 . T A 653.997 . AB=0.0375;ABP=448.922;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=6M1X1M;DP=240;DPB=208.5;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=409.076;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983957;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=351;QR=6879;RO=187;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=409.076;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=187;SRP=409.076;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:125:97,20,8:97:3582:20,8:784,310:-35.2752,0,-286.931,-39.0094,-267.483,-329.551 0|0:115:90,19,1:90:3297:19,1:740,41:-33.8235,0,-263.835,-57.53,-266.17,-326.691 dDocent_Contig_16089 1 . N G 75.9266 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=80;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:80:-7.59157,-0.60206,0 dDocent_Contig_16090 26 . T C 1007.83 . AB=0.166667;ABP=60.9162;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=1X3M1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=196.271;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=397;QR=3472;RO=89;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=196.271;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=89;SRP=196.271;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:83:57,0,24:57:2242:0,24:0,941:-60.2102,-77.3689,-261.789,0,-184.418,-177.193 0|0:60:32,10,16:32:1230:10,16:397,653:-44.2718,-21.217,-119.175,0,-68.2962,-96.168 dDocent_Contig_16091 1 . N G 69.3219 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=73;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:73:-6.9311,-0.60206,0 dDocent_Contig_16092 128 . G A 43.2229 . AB=0.181818;ABP=22.3561;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=32;DPB=32;DPRA=2.2;EPP=11.6962;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.928571;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=140;QR=976;RO=28;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=63.8115;RPR=4;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:348:0:0:0,-3.0103,-31.656 0/1:22:18,4:18:628:4:140:-6.32227,0,-50.2244 dDocent_Contig_16094 13 . T C 660.222 . AB=0.442308;ABP=4.51363;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=23;CIGAR=1X;DP=103;DPB=103;DPRA=1.01961;EPP=52.9542;EPPR=176.728;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.9625;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=923;QR=2904;RO=80;RPL=0;RPP=52.9542;RPPR=176.728;RPR=23;RUN=1;SAF=23;SAP=52.9542;SAR=0;SRF=80;SRP=176.728;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:52:29,23:29:1023:23:923:-67.7212,0,-76.7133 0/0:51:51,0:51:1881:0:0:0,-15.3525,-169.543 dDocent_Contig_16095 16 . T C 432.469 . AB=0.161677;ABP=169.043;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=287;DPB=287;DPRA=1.39167;EPP=61.6401;EPPR=567.593;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1058;QR=10115;RO=260;RPL=0;RPP=61.6401;RPPR=567.593;RPR=27;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=260;SRP=567.593;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:120:120,0:120:4661:0:0:0,-36.1236,-419.491 0/1:167:140,27:140:5454:27:1058:-45.2469,0,-440.516 dDocent_Contig_16097 19 . G A 19522.5 . AB=0.910741;ABP=971.628;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=602;CIGAR=1X;DP=661;DPB=661;DPRA=0;EPP=1310.24;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=23962;QR=2302;RO=59;RPL=0;RPP=1310.24;RPPR=131.127;RPR=602;RUN=1;SAF=602;SAP=1310.24;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:299:27,272:27:1051:272:10812:-882.369,0,-4.87499 0/1:362:32,330:32:1251:330:13150:-1073.58,0,-3.88512 dDocent_Contig_16098 7 . A C 2680.31 . AB=0.0585366;ABP=697.055;AC=0;AF=0;AN=4;AO=24;CIGAR=1M1X3M1X3M4I1X1M1X;DP=410;DPB=415.083;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=435.133;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=15;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.98995;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=916;QR=7722;RO=199;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=435.133;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=199;SRP=435.133;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:193:108,14,6,37:108:4192:14,6,37:536,234,1414:-83.5338,-104.596,-444.823,-96.8071,-429.804,-439.467,0,-333.037,-325.269,-333.365 0|0:217:91,10,68,41:91:3530:10,68,41:380,2690,1617:-188.196,-202.149,-489.163,0,-276.605,-269.578,-82.5448,-359.139,-157.007,-360.242 dDocent_Contig_16099 124 . G A 145.269 . AB=0.296296;ABP=12.7417;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=51;DPB=51;DPRA=1.125;EPP=20.3821;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=267;QR=1400;RO=43;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=96.3836;RPR=8;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=96.3836;SRR=43;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:27:19,8:19:609:8:267:-16.2259,0,-46.986 0/0:24:24,0:24:791:0:0:0,-7.22472,-71.4963 dDocent_Contig_16100 8 . A G 189.339 . AB=0.183333;ABP=55.2704;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=96;DPB=96;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=504;QR=3149;RO=83;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=183.243;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:60:49,11:49:1863:11:426:-20.6329,0,-149.861 0/0:36:34,2:34:1286:2:78:0,-3.43361,-108.623 dDocent_Contig_16103 107 . N A 401.56 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=436;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=14;RUN=1;SAF=0;SAP=33.4109;SAR=14;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:95:-8.86443,-0.90309,0 1/1:11:0,11:0:0:11:341:-30.9903,-3.31133,0 dDocent_Contig_16104 98 . N C 409.922 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=14;CIGAR=1X;DP=14;DPB=14;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=14.3092;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=452;QR=0;RO=0;RPL=14;RPP=33.4109;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:14:0,14:0:0:14:452:-40.9922,-4.21442,0 dDocent_Contig_16106 12 . C T 250.133 . AB=0.270833;ABP=24.906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=4.8;EPP=31.2394;EPPR=100.727;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.977778;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=457;QR=1791;RO=45;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=100.727;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=45;SRP=100.727;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:10:10,0:10:399:0:0:0,-3.0103,-36.2688 0/1:48:35,13:35:1392:13:457:-27.0133,0,-111.085 dDocent_Contig_16107 34 . G A 469.644 . AB=0.192308;ABP=109.914;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=130;DPB=130;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.942857;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=990;QR=4114;RO=105;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=231.015;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:68:52,16:52:2025:16:626:-36.2034,0,-161.963 0/1:62:53,9:53:2089:9:364:-14.46,0,-169.523 dDocent_Contig_16109 70 . T C 645.485 . AB=0.188482;ABP=164.006;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=191;DPB=191;DPRA=0;EPP=81.1833;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.944444;PAIREDR=0.909677;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1390;QR=6131;RO=155;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=339.589;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=155;SRP=339.589;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:88:67,21:67:2633:21:823:-47.8955,0,-210.617 0/1:103:88,15:88:3498:15:567:-20.352,0,-283.857 dDocent_Contig_16110 59 . G A 32683.7 . AB=0.544814;ABP=37.6533;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=1082;CIGAR=1X;DP=1986;DPB=1986;DPRA=0;EPP=2352.54;EPPR=1946.52;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.999076;PAIREDR=0.985604;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=43037;QR=35736;RO=903;RPL=1082;RPP=2352.54;RPPR=1963.85;RPR=0;RUN=1;SAF=1082;SAP=2352.54;SAR=0;SRF=901;SRP=1946.52;SRR=2;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:1059:498,561:498:19734:561:22328:-1688.83,0,-1455.65 0/1:927:405,521:405:16002:521:20709:-1583.23,0,-1160.13 dDocent_Contig_16111 30 . T A 99.9374 . 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AB=0.35;ABP=38.1882;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=180;DPB=180;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=257.073;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2524;QR=4641;RO=117;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=257.073;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=117;SRP=257.073;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:111:68,43:68:2704:43:1727:-122.236,0,-210.068 0/1:69:49,20:49:1937:20:797:-51.2767,0,-153.762 dDocent_Contig_16114 107 . N A 95.1692 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=102;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=0;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:102:-9.51638,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_16116 126 . C T 576.046 . AB=0.302083;ABP=35.6729;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=184;DPB=184;DPRA=1.09091;EPP=65.983;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=980;QR=5380;RO=155;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=339.589;RPR=29;RUN=1;SAF=0;SAP=65.983;SAR=29;SRF=0;SRP=339.589;SRR=155;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:88:88,0:88:3056:0:0:0,-26.4906,-275.269 0/1:96:67,29:67:2324:29:980:-59.6046,0,-180.517 dDocent_Contig_16120 15 . G C 742.723 . AB=0.202247;ABP=140.081;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=42;CIGAR=2X;DP=349;DPB=349;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=669.652;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1678;QR=12118;RO=307;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=669.652;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=307;SRP=669.652;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:171:165,6:165:6520:6:238:0,-29.6829,-564.762 0|1:178:142,36:142:5598:36:1440:-76.2723,0,-450.086 dDocent_Contig_16121 40 . T A 127.861 . AB=0.117647;ABP=24.5973;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=2;CIGAR=10M1X2M;DP=40;DPB=34.9231;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=82;QR=1234;RO=32;RPL=0;RPP=7.35324;RPPR=72.4974;RPR=2;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:23:17,6,0:17:653:6,0:226,0:-13.778,0,-52.1801,-18.8955,-53.9863,-72.5035 0|1:17:15,0,2:15:581:0,2:0,82:-2.66217,-7.17762,-54.8879,0,-48.1171,-47.515 dDocent_Contig_16122 22 . G A 65.1509 . AB=0.114943;ABP=115.053;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=87;DPB=87;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.2;PAIREDR=0.415584;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=396;QR=3077;RO=77;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=170.214;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=77;SRP=170.214;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:33,5:33:1304:5:200:-6.94057,0,-106.184 0/1:49:44,5:44:1773:5:196:-3.26176,0,-145.034 dDocent_Contig_16123 11 . C G 119.908 . AB=0.155172;ABP=62.913;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=58;DPB=58;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=109.412;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.777778;PAIREDR=0.816327;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=355;QR=1976;RO=49;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=109.412;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=49;SRP=109.412;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:20,6:20:805:6:234:-13.6028,0,-64.9408 0/1:32:29,3:29:1171:3:121:-1.64703,0,-96.0354 dDocent_Contig_16126 100 . A G 733.802 . AB=0.413333;ABP=7.90335;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=31;CIGAR=1X;DP=75;DPB=75;DPRA=0;EPP=18.771;EPPR=31.4368;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.290323;PAIREDR=0.590909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1100;QR=1515;RO=44;RPL=0;RPP=70.3259;RPPR=98.5551;RPR=31;RUN=1;SAF=8;SAP=18.771;SAR=23;SRF=10;SRP=31.4368;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:41:18,23:18:624:23:808:-60.6892,0,-44.1383 0/1:34:26,8:26:891:8:292:-16.39,0,-70.2558 dDocent_Contig_16127 39 . G A 31004.8 . 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T C 34.9089 . AB=0.166667;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=55;DPB=55;DPRA=0.486486;EPP=9.52472;EPPR=115.927;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.923077;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=117;QR=2061;RO=52;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=115.927;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=52;SRP=115.927;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:37:37,0:37:1463:0:0:0,-11.1381,-131.925 0/1:18:15,3:15:598:3:117:-5.49075,0,-48.7404 dDocent_Contig_16132 1 . N G 298.921 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=9;DPB=9;DPRA=0;EPP=9.04217;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.222222;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=0;RPR=9;RUN=1;SAF=2;SAP=9.04217;SAR=7;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:4:0,4:0:0:4:149:-13.7724,-1.20412,0 1/1:5:0,5:0:0:5:172:-15.8184,-1.50515,0 dDocent_Contig_16133 27 . T C 94.7491 . AB=0.132353;ABP=82.8438;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=137;DPB=137;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.984252;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=392;QR=5101;RO=127;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=278.787;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:69:68,1:68:2735:1:41:0,-16.6765,-242.169 0/1:68:59,9:59:2366:9:351:-11.4749,0,-192.612 dDocent_Contig_16134 138 . G T 2440.13 . AB=0.515723;ABP=3.35173;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=82;CIGAR=1X1M2X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=181.071;EPPR=170.214;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.95122;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3279;QR=3066;RO=77;RPL=0;RPP=181.071;RPPR=170.214;RPR=82;RUN=1;SAF=0;SAP=181.071;SAR=82;SRF=0;SRP=170.214;SRR=77;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:81:40,41:40:1594:41:1632:-122.731,0,-119.316 0|1:78:37,41:37:1472:41:1647:-124.981,0,-109.25 dDocent_Contig_16135 90 . G A 358.348 . AB=0.0583333;ABP=409.655;AC=0;AF=0;AN=4;AO=14;CIGAR=1X3M1X;DP=240;DPB=240;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=417.762;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.571429;PAIREDR=0.193717;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=507;QR=6552;RO=191;RPL=10;RPP=8.59409;RPPR=242.043;RPR=4;RUN=1;SAF=10;SAP=8.59409;SAR=4;SRF=168;SRP=242.043;SRR=23;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:140:116,9,15:116:3998:9,15:323,517:-7.06518,-15.6353,-337.68,0,-298.396,-320.225 0|0:100:75,5,20:75:2554:5,20:184,679:-32.4686,-39.9973,-245.682,0,-192.119,-201.143 dDocent_Contig_16136 31 . C T 266.746 . AB=0.0691824;ABP=259.34;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X1M1X;DP=159;DPB=159;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=278.787;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.905512;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=415;QR=5036;RO=127;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=278.787;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=127;SRP=278.787;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:69:51,11,7:51:2035:11,7:433,274:-20.2689,0,-164.291,-13.0946,-145.076,-178.587 0|1:90:76,10,4:76:3001:10,4:400,141:-10.1046,0,-243.947,-21.52,-235.483,-267.229 dDocent_Contig_16138 85 . T A 2648.77 . AB=0.204629;ABP=625.16;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=214;CIGAR=1X;DP=1687;DPB=1687;DPRA=0;EPP=467.705;EPPR=3195.07;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.99932;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=7231;QR=51431;RO=1470;RPL=214;RPP=467.705;RPPR=3195.07;RPR=0;RUN=1;SAF=214;SAP=467.705;SAR=0;SRF=1470;SRP=3195.07;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:866:818,46:818:28551:46:1522:0,-122.906,-2431.61 0/1:821:652,168:652:22880:168:5709:-266.877,0,-1811.58 dDocent_Contig_16139 13 . A G 509.559 . AB=0.527778;ABP=3.25157;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=720;QR=675;RO=17;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=39.9253;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:20:12,8:12:484:8:301:-21.4177,0,-37.8904 0/1:16:5,11:5:191:11:419:-33.2372,0,-12.7353 dDocent_Contig_16140 1 . N G 108.161 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=6.68461;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=116;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=3;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:3:0,3:0:0:3:116:-10.8155,-0.90309,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_16141 79 . A C 141.798 . AB=0.275862;ABP=15.6647;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=1X1M1D16M;DP=29;DPB=28.4737;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=44.2683;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.894737;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=285;QR=647;RO=19;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=44.2683;RPR=0;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=19;SRP=44.2683;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:21:13,6,2:13:440:6,2:213,69:-13.4495,0,-33.8616,-11.7596,-30.0612,-46.8198 0|1:8:6,2,0:6:207:2,0:72,0:-4.42848,0,-16.56,-6.23466,-17.1621,-23.0406 dDocent_Contig_16142 44 . T G 240.15 . AB=0.25;ABP=26.8965;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=74;DPB=74;DPRA=1.46667;EPP=26.8965;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=429;QR=2508;RO=63;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=139.813;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:33,11:33:1296:11:429:-25.7139,0,-103.649 0/0:30:30,0:30:1212:0:0:0,-9.0309,-109.352 dDocent_Contig_16143 56 . A T 521.571 . AB=0.425532;ABP=5.27418;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=20;CIGAR=1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=770;QR=1026;RO=27;RPL=20;RPP=46.4397;RPPR=61.6401;RPR=0;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=27;SRP=61.6401;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:26:18,8:18:670:8:309:-20.3411,0,-52.7898 0/1:21:9,12:9:356:12:461:-35.5149,0,-26.0801 dDocent_Contig_16144 11 . C A 29152.5 . AB=0.895314;ABP=1364.45;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=898;CIGAR=1X;DP=1003;DPB=1003;DPRA=0;EPP=1952.99;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=35820;QR=4151;RO=105;RPL=0;RPP=1952.99;RPPR=231.015;RPR=898;RUN=1;SAF=898;SAP=1952.99;SAR=0;SRF=105;SRP=231.015;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:495:54,441:54:2146:441:17564:-1430.33,0,-44.3156 0/1:508:51,457:51:2005:457:18256:-1488.62,0,-27.7198 dDocent_Contig_16146 105 . N C 257.232 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=12;CIGAR=3X;DP=12;DPB=12;DPRA=0;EPP=29.068;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=31.25;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=0;RPR=12;RUN=1;SAF=12;SAP=29.068;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:7:0,7:0:0:7:233:-18.502,-2.10721,0 1|1:5:0,5:0:0:5:166:-6.92006,-1.50515,0 dDocent_Contig_16147 41 . G C 418.189 . AB=0.319149;ABP=16.3625;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=6M2D5M1X7M;DP=47;DPB=44.8095;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=52.9542;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.8;PAIREDR=0.956522;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=600;QR=902;RO=23;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=52.9542;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=23;SRP=52.9542;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:22:9,5,2,6:9:353:5,2,6:196,80,232:-16.3401,-2.93087,-30.4578,-12.4576,-25.3716,-40.8878,0,-12.9124,-22.4386,-27.2235 0|1:25:14,10,0,0:14:549:10,0,0:404,0,0:-29.1775,0,-42.2148,-33.3919,-45.2251,-78.5388,-33.3919,-45.2251,-78.5388,-78.5388 dDocent_Contig_16148 56 . C T 37.2658 . AB=0.125;ABP=42.0968;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=50;DPB=50;DPRA=1.77778;EPP=11.6962;EPPR=102.898;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=163;QR=1843;RO=46;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=102.898;RPR=0;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=46;SRP=102.898;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:28,4:28:1116:4:163:-5.42547,0,-91.0918 0/0:18:18,0:18:727:0:0:0,-5.41854,-65.7562 dDocent_Contig_16149 36 . A C 43.5411 . AB=0.142857;ABP=34.0313;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=35;DPB=35;DPRA=4;EPP=11.6962;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.709677;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=160;QR=1227;RO=31;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=70.3259;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=31;SRP=70.3259;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:7:7,0:7:282:0:0:0,-2.10721,-25.7526 0/1:28:24,4:24:945:4:160:-6.35408,0,-76.9181 dDocent_Contig_16151 15 . G A 178.268 . AB=0.25;ABP=20.3821;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=2.66667;EPP=20.3821;EPPR=79.0118;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=321;QR=1378;RO=35;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=79.0118;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=35;SRP=79.0118;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:23,8:23:901:8:321:-19.5258,0,-71.664 0/0:12:12,0:12:477:0:0:0,-3.61236,-43.2789 dDocent_Contig_16152 98 . N T 178.806 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=6;DPB=6;DPRA=0;EPP=16.0391;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=188;QR=0;RO=0;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:36:-3.59827,-0.30103,0 1/1:5:0,5:0:0:5:152:-13.9801,-1.50515,0 dDocent_Contig_16153 63 . A G 31.7211 . AB=0.52381;ABP=3.1137;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=21;DPB=21;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=24.725;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=13;MQMR=13;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=381;QR=359;RO=10;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=24.725;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=10;SRP=24.725;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:5,6:5:183:6:216:-3.82723,0,-2.66035 0|1:10:5,5:5:176:5:165:-2.94981,0,-2.95184 dDocent_Contig_16154 26 . A T 308.84 . AB=0.578947;ABP=4.03889;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=2.11111;EPP=26.8965;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=425;QR=663;RO=17;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=39.9253;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:9:9,0:9:354:0:0:0,-2.70927,-32.2163 0/1:19:8,11:8:309:11:425:-32.884,0,-22.4493 dDocent_Contig_16156 69 . C A 86.9436 . AB=0.148936;ABP=53.3238;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=85;DPB=85;DPRA=1.23684;EPP=18.2106;EPPR=172.385;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.705128;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=272;QR=3033;RO=78;RPL=7;RPP=18.2106;RPPR=172.385;RPR=0;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=78;SRP=172.385;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:38:38,0:38:1492:0:0:0,-11.4391,-134.523 0/1:47:40,7:40:1541:7:272:-10.6944,0,-124.78 dDocent_Contig_16157 51 . C A 811.259 . AB=0.613636;ABP=7.94546;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=27;CIGAR=1X;DP=44;DPB=44;DPRA=0;EPP=61.6401;EPPR=39.9253;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1082;QR=668;RO=17;RPL=27;RPP=61.6401;RPPR=39.9253;RPR=0;RUN=1;SAF=27;SAP=61.6401;SAR=0;SRF=17;SRP=39.9253;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:18:8,10:8:306:10:402:-31.121,0,-22.472 0/1:26:9,17:9:362:17:680:-53.7038,0,-25.1168 dDocent_Contig_16159 70 . G A 1969.37 . AB=0.301961;ABP=89.8777;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=92;CIGAR=1X;DP=501;DPB=501;DPRA=0;EPP=202.786;EPPR=891.143;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3604;QR=15888;RO=409;RPL=92;RPP=202.786;RPPR=891.143;RPR=0;RUN=1;SAF=92;SAP=202.786;SAR=0;SRF=409;SRP=891.143;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:255:178,77:178:6943:77:3059:-198.636,0,-547.843 0/0:246:231,15:231:8945:15:545:0,-24.6804,-755.228 dDocent_Contig_16160 45 . T A 408.561 . AB=0.205882;ABP=79.6505;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=24;CIGAR=2X;DP=173;DPB=173;DPRA=0;EPP=55.1256;EPPR=320.045;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.958333;PAIREDR=0.760274;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=925;QR=4949;RO=146;RPL=0;RPP=55.1256;RPPR=320.045;RPR=24;RUN=1;SAF=24;SAP=55.1256;SAR=0;SRF=146;SRP=320.045;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:71:67,3:67:2250:3:115:0,-10.7127,-192.037 0|1:102:79,21:79:2699:21:810:-42.8561,0,-212.812 dDocent_Contig_16161 28 . A G 658.251 . AB=0.135922;ABP=121.598;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1M1X3M;DP=103;DPB=109.4;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=118.098;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=543;QR=2065;RO=53;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=118.098;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=53;SRP=118.098;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:39:11,17,6,5:11:425:17,6,5:642,232,201:-49.299,0,-29.7827,-33.5552,-15.8472,-66.654,-36.0431,-18.3334,-51.8937,-69.4438 0|0:64:42,3,10,9:42:1640:3,10,9:118,399,342:-20.2251,-23.1617,-157.07,0,-125.11,-131.806,-4.83541,-129.934,-106.778,-136.931 dDocent_Contig_16162 123 . A G 3519.12 . AB=0.792683;ABP=125.036;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=130;CIGAR=1X;DP=164;DPB=164;DPRA=0;EPP=285.302;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970588;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4494;QR=1170;RO=34;RPL=0;RPP=285.302;RPPR=76.8404;RPR=130;RUN=1;SAF=0;SAP=285.302;SAR=130;SRF=0;SRP=76.8404;SRR=34;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:90:20,70:20:689:70:2407:-189.795,0,-35.2386 0/1:74:14,60:14:481:60:2087:-165.817,0,-21.3419 dDocent_Contig_16163 11 . C A 60609.9 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=1736;CIGAR=1X2M;DP=1835;DPB=1835;DPRA=0;EPP=3772.69;EPPR=87.6977;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=68987;QR=1569;RO=39;RPL=0;RPP=3772.69;RPPR=87.6977;RPR=1736;RUN=1;SAF=1736;SAP=3772.69;SAR=0;SRF=39;SRP=87.6977;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:894:25,55,814:25:1008:55,814:2164,32281:-2811.38,-2640.9,-2707.43,-161.949,-67.0472,0 1|1:941:14,2,922:14:561:2,922:80,36706:-3249.32,-3246.94,-3292.56,-231.301,-270.959,0 dDocent_Contig_16164 32 . A G 817.412 . AB=0.15528;ABP=335.367;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=637;DPB=637;DPRA=0;EPP=139.813;EPPR=1249.44;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2514;QR=22936;RO=574;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=1249.44;RPR=63;RUN=1;SAF=63;SAP=139.813;SAR=0;SRF=574;SRP=1249.44;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:322:272,50:272:10846:50:2002:-83.4401,0,-878.491 0/0:315:302,13:302:12090:13:512:0,-48.4023,-1040.81 dDocent_Contig_16165 137 . T G 35.6911 . AB=0.129032;ABP=40.0654;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=4;CIGAR=1X;DP=52;DPB=52;DPRA=1.47619;EPP=11.6962;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=1932;RO=48;RPL=4;RPP=11.6962;RPPR=107.241;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=11.6962;SAR=4;SRF=0;SRP=107.241;SRR=48;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:31:27,4:27:1090:4:158:-5.26797,0,-89.0547 0/0:21:21,0:21:842:0:0:0,-6.32163,-76.0946 dDocent_Contig_16166 53 . C T 114.597 . AB=0.159091;ABP=47.4268;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=4M1X1M;DP=81;DPB=79.6667;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=0.555556;PAIREDR=0.609375;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=361;QR=2421;RO=64;RPL=9;RPP=22.5536;RPPR=141.985;RPR=0;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:37:32,3,2:32:1211:3,2:99,81:0,-1.67342,-100.013,-2.92395,-94.2357,-101.634 0|1:44:32,5,7:32:1210:5,7:176,280:-13.4597,-8.78719,-106.438,0,-84.8743,-97.0889 dDocent_Contig_16167 192 . G T 69.6855 . AB=0.117647;ABP=89.3583;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=8;CIGAR=1X;DP=163;DPB=163;DPRA=0.715789;EPP=20.3821;EPPR=339.589;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=323;QR=6027;RO=155;RPL=8;RPP=20.3821;RPPR=339.589;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=20.3821;SAR=8;SRF=0;SRP=339.589;SRR=155;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:95:95,0:95:3671:0:0:0,-28.5978,-330.419 0/1:68:60,8:60:2356:8:323:-8.96855,0,-191.717 dDocent_Contig_16168 13 . G A 58.331 . AB=0.108434;ABP=113.546;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=14;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0;EPP=33.4109;EPPR=367.818;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=52.7143;MQMR=54.5179;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.970238;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=556;QR=6644;RO=168;RPL=0;RPP=33.4109;RPPR=367.818;RPR=14;RUN=1;SAF=14;SAP=33.4109;SAR=0;SRF=168;SRP=367.818;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:102:97,5:97:3866:5:201:0,-18.0221,-301.761 0/1:83:71,9:71:2778:9:355:-7.8331,0,-212.062 dDocent_Contig_16170 57 . G A 2173.95 . AB=0.5;ABP=3.0103;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=152;DPB=152;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=168.042;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2960;QR=2974;RO=76;RPL=76;RPP=168.042;RPPR=168.042;RPR=0;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=76;SRP=168.042;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:42:33,9:33:1304:9:312:-15.7553,0,-104.985 0/1:110:43,67:43:1670:67:2648:-205.338,0,-117.414 dDocent_Contig_16171 91 . G A 112.259 . AB=0.3125;ABP=7.89611;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X;DP=36;DPB=36;DPRA=0.8;EPP=13.8677;EPPR=70.3259;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.741935;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=193;QR=1193;RO=31;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=70.3259;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=70.3259;SRR=31;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:16:11,5:11:413:5:193:-12.9249,0,-32.7006 0/0:20:20,0:20:780:0:0:0,-6.0206,-70.5278 dDocent_Contig_16172 33 . A G 7800.98 . AB=0.257541;ABP=663.234;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=333;CIGAR=1X;DP=1293;DPB=1293;DPRA=0;EPP=726.111;EPPR=2085.45;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.972973;PAIREDR=0.987487;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13040;QR=38238;RO=959;RPL=0;RPP=726.111;RPPR=2085.45;RPR=333;RUN=1;SAF=333;SAP=726.111;SAR=0;SRF=959;SRP=2085.45;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:679:495,183:495:19765:183:7153:-438.962,0,-1572.68 0/1:614:464,150:464:18473:150:5887:-344.836,0,-1476.23 dDocent_Contig_16174 94 . A T 25038.3 . AB=0;ABP=0;AC=0;AF=0;AN=4;AO=78;CIGAR=1X1M1X1M1X;DP=935;DPB=1085;DPRA=0;EPP=172.385;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=187;PQA=6184;PQR=0;PRO=94.5;QA=2633;QR=0;RO=0;RPL=78;RPP=172.385;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=78;SAP=172.385;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:523:0,41,467:0:0:41,467:1383,15494:-1394.01,-1281.92,-1269.58,-140.581,-28.4807,0 0|0:412:0,37,374:0:0:37,374:1250,12332:-1109.52,-1008.19,-997.053,-112.585,-11.2585,0 dDocent_Contig_16175 121 . C G 230.423 . AB=0.352941;ABP=9.39698;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=12;CIGAR=1X;DP=34;DPB=34;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=48.6112;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.166667;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=404;QR=713;RO=21;RPL=0;RPP=29.068;RPPR=48.6112;RPR=12;RUN=1;SAF=9;SAP=9.52472;SAR=3;SRF=0;SRP=48.6112;SRR=21;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:13,8:13:448:8:268:-17.7777,0,-33.9786 0/1:12:8,4:8:265:4:136:-8.96361,0,-20.5615 dDocent_Contig_16176 89 . T A 29930.6 . 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AB=0.52381;ABP=3.1137;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=49;DPB=49;DPRA=0.75;EPP=26.8965;EPPR=85.5263;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.947368;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=427;QR=1494;RO=38;RPL=0;RPP=26.8965;RPPR=85.5263;RPR=11;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=38;SRP=85.5263;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:10,11:10:379:11:427:-32.4577,0,-28.1374 0/0:28:28,0:28:1115:0:0:0,-8.42884,-100.635 dDocent_Contig_16178 69 . C T 572.874 . AB=0.411765;ABP=6.45911;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=21;CIGAR=1M1X2M;DP=51;DPB=48;DPRA=0;EPP=48.6112;EPPR=55.1256;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=829;QR=924;RO=24;RPL=21;RPP=48.6112;RPPR=55.1256;RPR=0;RUN=1;SAF=21;SAP=48.6112;SAR=0;SRF=24;SRP=55.1256;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:11,2,6:11:416:2,6:80,238:-16.2763,-12.9966,-46.4826,0,-27.4881,-32.2754 0|1:32:13,4,15:13:508:4,15:154,591:-44.71,-35.9811,-76.5391,0,-29.1251,-37.2525 dDocent_Contig_16179 96 . G C 118.902 . 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AB=0.108911;ABP=137.19;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=200;DPB=200;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=404.733;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.994595;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=488;QR=5940;RO=185;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=404.733;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=185;SRP=404.733;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:101:89,11:89:2932:11:437:-9.45713,0,-233.915 0/0:99:96,2:96:3008:2:51:0,-24.826,-266.155 dDocent_Contig_16183 62 . T G 879.618 . 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AB=0.425532;ABP=14.3297;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=100;CIGAR=2X;DP=235;DPB=235;DPRA=0;EPP=220.158;EPPR=296.159;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3399;QR=4598;RO=135;RPL=0;RPP=220.158;RPPR=296.159;RPR=100;RUN=1;SAF=0;SAP=220.158;SAR=100;SRF=0;SRP=296.159;SRR=135;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:130:72,58:72:2428:58:1980:-139.337,0,-179.636 0|1:105:63,42:63:2170:42:1419:-96.3911,0,-163.957 dDocent_Contig_16186 107 . N T 16679.7 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=553;CIGAR=1X2M1X;DP=556;DPB=556;DPRA=0;EPP=1203.83;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.998192;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=18533;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=1203.83;RPPR=0;RPR=553;RUN=1;SAF=0;SAP=1203.83;SAR=553;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:198:0,196:0:0:196:6592:-593.21,-59.0019,0 1|1:358:0,357:0:0:357:11941:-1074.46,-107.468,0 dDocent_Contig_16187 21 . A G 353.665 . AB=0.15;ABP=173.254;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=25;CIGAR=1X;DP=262;DPB=262;DPRA=0;EPP=57.2971;EPPR=517.649;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=986;QR=9444;RO=237;RPL=0;RPP=57.2971;RPPR=517.649;RPR=25;RUN=1;SAF=25;SAP=57.2971;SAR=0;SRF=237;SRP=517.649;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:102:101,1:101:4033:1:39:0,-26.8085,-359.057 0/1:160:136,24:136:5411:24:947:-37.3665,0,-438.677 dDocent_Contig_16188 22 . A G 117.287 . AB=0.206897;ABP=24.6501;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=9;CIGAR=1X;DP=70;DPB=70;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=135.47;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=364;QR=2420;RO=61;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=135.47;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=61;SRP=135.47;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:29:23,6:23:919:6:242:-13.4275,0,-74.2857 0/0:41:38,3:38:1501:3:122:0,-0.969737,-123.963 dDocent_Contig_16189 26 . G T 852.939 . AB=0.351064;ABP=21.1213;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=33;CIGAR=1X1M;DP=94;DPB=94;DPRA=0;EPP=74.6689;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1261;QR=1873;RO=48;RPL=0;RPP=74.6689;RPPR=107.241;RPR=33;RUN=1;SAF=33;SAP=74.6689;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:46:19,5,6,16:19:732:5,6,16:199,223,605:-43.8668,-33.1964,-91.7939,-31.3402,-75.0519,-89.6338,0,-43.711,-41.8542,-55.2831 0|1:48:29,2,0,17:29:1141:2,0,17:80,0,656:-45.1261,-47.2645,-140.526,-53.856,-141.128,-147.719,0,-87.2626,-93.853,-88.7355 dDocent_Contig_16192 11 . A T 88.3792 . AB=0.162162;ABP=39.6906;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=89;DPB=89;DPRA=0.711538;EPP=16.0391;EPPR=183.243;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.915663;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=240;QR=3265;RO=83;RPL=0;RPP=16.0391;RPPR=183.243;RPR=6;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=83;SRP=183.243;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:52:52,0:52:2077:0:0:0,-15.6536,-187.121 0/1:37:31,6:31:1188:6:240:-10.8379,0,-96.0482 dDocent_Contig_16193 85 . T C 63.4331 . AB=0.132075;ABP=65.3275;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0.898305;EPP=18.2106;EPPR=231.015;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.285714;PAIREDR=0.790476;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=266;QR=3887;RO=105;RPL=3;RPP=3.32051;RPPR=3.52732;RPR=4;RUN=1;SAF=3;SAP=3.32051;SAR=4;SRF=50;SRP=3.52732;SRR=55;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:59:59,0:59:2195:0:0:0,-17.7608,-197.777 0/1:53:46,7:46:1692:7:266:-8.34331,0,-136.582 dDocent_Contig_16194 14 . A C 70.1259 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=4;CIGAR=1X2M2X2M1X;DP=4;DPB=4;DPRA=0;EPP=11.6962;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=19;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=7.37776;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=158;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=11.6962;RPPR=0;RPR=4;RUN=1;SAF=4;SAP=11.6962;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL .:.:.:.:.:.:.:. 1|1:4:0,4:0:0:4:158:-7.01232,-1.20412,0 dDocent_Contig_16195 141 . A T 198.227 . AB=0.25;ABP=31.2394;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=2;EPP=31.2394;EPPR=144.156;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.876923;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=413;QR=2093;RO=65;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=144.156;RPR=13;RUN=1;SAF=0;SAP=31.2394;SAR=13;SRF=0;SRP=144.156;SRR=65;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:26:26,0:26:841:0:0:0,-7.82678,-75.993 0/1:52:39,13:39:1252:13:413:-21.8227,0,-97.3181 dDocent_Contig_16196 111 . G A 1328.34 . AB=0.344262;ABP=41.5628;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=63;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=3.66;EPP=139.813;EPPR=372.161;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2104;QR=5810;RO=170;RPL=0;RPP=139.813;RPPR=372.161;RPR=63;RUN=1;SAF=0;SAP=139.813;SAR=63;SRF=0;SRP=372.161;SRR=170;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:183:120,63:120:4107:63:2104:-134.533,0,-314.748 0/0:50:50,0:50:1703:0:0:0,-15.0515,-153.556 dDocent_Contig_16197 91 . T A 20290.2 . 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AB=0.189394;ABP=113.624;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=30;CIGAR=1X;DP=233;DPB=233;DPRA=0;EPP=68.1545;EPPR=441.648;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1191;QR=8029;RO=202;RPL=0;RPP=68.1545;RPPR=441.648;RPR=30;RUN=1;SAF=30;SAP=68.1545;SAR=0;SRF=202;SRP=441.648;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:132:106,25:106:4185:25:995:-50.0155,0,-336.793 0/0:101:96,5:96:3844:5:196:0,-12.3897,-327.945 dDocent_Contig_16199 47 . A G 1348.45 . AB=0.0505051;ABP=176.75;AC=0;AF=0;AN=4;AO=5;CIGAR=13M1I7M1X9M;DP=99;DPB=97.4667;DPRA=0;EPP=13.8677;EPPR=46.4397;GTI=0;LEN=1;MEANALT=7;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.8;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=196;QR=780;RO=20;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=46.4397;RPR=5;RUN=1;SAF=5;SAP=13.8677;SAR=0;SRF=20;SRP=46.4397;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:47:5,1,19,10,5,4:5:195:1,19,10,5,4:41,713,345,179,161:-68.8707,-66.9908,-82.7212,-11.9752,-24.6235,-22.2896,-42.3618,-55.0077,0,-55.3824,-55.7885,-68.4349,-13.4224,-43.807,-70.3148,-57.1035,-69.7503,-14.7345,-45.1209,-58.5479,-71.9313 0|0:52:15,4,23,1,4,3:15:585:4,23,1,4,3:155,902,33,153,123:-69.6732,-61.4552,-108.339,0,-35.3605,-41.1708,-71.5219,-106.876,-45.4282,-119.308,-61.6357,-96.99,-35.5412,-107.056,-108.519,-64.0342,-99.3891,-37.9391,-109.455,-99.5694,-111.219 dDocent_Contig_16200 28 . T A 994.435 . AB=0.134892;ABP=646.782;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=80;CIGAR=1X;DP=1294;DPB=1294;DPRA=0;EPP=176.728;EPPR=2637.01;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.998351;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=3182;QR=48425;RO=1213;RPL=0;RPP=176.728;RPPR=2637.01;RPR=80;RUN=1;SAF=80;SAP=176.728;SAR=0;SRF=1213;SRP=2637.01;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:738:733,5:733:29256:5:195:0,-204.239,-2612.43 0/1:556:480,75:480:19169:75:2987:-101.443,0,-1556.11 dDocent_Contig_16201 13 . C A 391.661 . 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AB=0.15;ABP=88.132;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=156;DPB=156;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=309.188;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.933333;PAIREDR=0.950355;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=575;QR=5545;RO=141;RPL=15;RPP=35.5824;RPPR=309.188;RPR=0;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=141;SRP=309.188;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:76:73,3:73:2872:3:110:0,-12.6188,-248.341 0/1:80:68,12:68:2673:12:465:-18.1129,0,-216.631 dDocent_Contig_16205 43 . T C 8797.09 . AB=0.785311;ABP=128.158;AC=3;AF=0.75;AN=4;AO=268;CIGAR=1X;DP=312;DPB=312;DPRA=0;EPP=584.965;EPPR=98.5551;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.947761;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=10630;QR=1711;RO=44;RPL=0;RPP=584.965;RPPR=98.5551;RPR=268;RUN=1;SAF=268;SAP=584.965;SAR=0;SRF=44;SRP=98.5551;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:177:38,139:38:1474:139:5493:-440.921,0,-79.6219 1/1:135:6,129:6:237:129:5137:-440.487,-18.9363,0 dDocent_Contig_16206 24 . C T 1518.94 . AB=0.464286;ABP=4.25114;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=52;CIGAR=1X;DP=112;DPB=112;DPRA=0;EPP=115.927;EPPR=131.127;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=59.7308;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.884615;PAIREDR=0.966102;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2096;QR=2355;RO=59;RPL=0;RPP=115.927;RPPR=131.127;RPR=52;RUN=1;SAF=52;SAP=115.927;SAR=0;SRF=59;SRP=131.127;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:25,22:25:1012:22:891:-66.3477,0,-77.2259 0/1:65:34,30:34:1343:30:1205:-89.2456,0,-101.732 dDocent_Contig_16207 80 . G A 317.256 . AB=0.138462;ABP=298.197;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=36;CIGAR=1X;DP=476;DPB=476;DPRA=1.2037;EPP=81.1833;EPPR=958.458;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.990909;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1241;QR=14915;RO=440;RPL=36;RPP=81.1833;RPPR=958.458;RPR=0;RUN=1;SAF=36;SAP=81.1833;SAR=0;SRF=440;SRP=958.458;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:216:216,0:216:7341:0:0:0,-65.0225,-660.798 0/1:260:224,36:224:7574:36:1241:-33.7256,0,-603.497 dDocent_Contig_16208 107 . N C 313.077 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=10;DPB=10;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=337;QR=0;RO=0;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=0;RPR=10;RUN=1;SAF=0;SAP=24.725;SAR=10;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:35:-3.49863,-0.30103,0 1/1:9:0,9:0:0:9:302:-27.5068,-2.70927,0 dDocent_Contig_16209 59 . G A 55.6176 . AB=0.104762;ABP=145.48;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=16;CIGAR=1X;DP=178;DPB=178;DPRA=0;EPP=37.7539;EPPR=354.789;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=610;QR=6241;RO=162;RPL=16;RPP=37.7539;RPPR=354.789;RPR=0;RUN=1;SAF=16;SAP=37.7539;SAR=0;SRF=162;SRP=354.789;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:105:94,11:94:3584:11:428:-7.26073,0,-291.041 0/0:73:68,5:68:2657:5:182:0,-5.24685,-222.549 dDocent_Contig_16210 27 . G A 3148.4 . 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AB=0.63255;ABP=93.9644;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=377;CIGAR=1X;DP=596;DPB=596;DPRA=0;EPP=821.655;EPPR=478.563;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=13622;QR=7939;RO=219;RPL=377;RPP=821.655;RPPR=478.563;RPR=0;RUN=1;SAF=377;SAP=821.655;SAR=0;SRF=219;SRP=478.563;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:296:71,225:71:2576:225:8178:-646.875,0,-142.973 0/1:300:148,152:148:5363:152:5444:-399.747,0,-392.454 dDocent_Contig_16215 27 . G A 2192.7 . AB=0.531469;ABP=4.24029;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=76;CIGAR=1X;DP=143;DPB=143;DPRA=0;EPP=168.042;EPPR=148.499;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.526316;PAIREDR=0.447761;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2950;QR=2589;RO=67;RPL=0;RPP=168.042;RPPR=148.499;RPR=76;RUN=1;SAF=76;SAP=168.042;SAR=0;SRF=67;SRP=148.499;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:69:29,40:29:1133:40:1558:-119.701,0,-81.4917 0/1:74:38,36:38:1456:36:1392:-103.268,0,-109.021 dDocent_Contig_16216 173 . G A 1034.51 . AB=0.75;ABP=26.8965;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=33;CIGAR=1X;DP=62;DPB=62;DPRA=2.44444;EPP=74.6689;EPPR=65.983;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1316;QR=1125;RO=29;RPL=33;RPP=74.6689;RPPR=65.983;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=74.6689;SAR=33;SRF=0;SRP=65.983;SRR=29;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:18:18,0:18:705:0:0:0,-5.41854,-63.7714 0/1:44:11,33:11:420:33:1316:-105.451,0,-24.894 dDocent_Contig_16218 9 . A G 716.529 . AB=0.333333;ABP=24.0012;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=29;CIGAR=1X;DP=185;DPB=185;DPRA=0.887755;EPP=65.983;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1106;QR=5950;RO=156;RPL=0;RPP=65.983;RPPR=341.76;RPR=29;RUN=1;SAF=29;SAP=65.983;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:98:98,0:98:3755:0:0:0,-29.5009,-338.061 0/1:87:58,29:58:2195:29:1106:-73.6529,0,-171.59 dDocent_Contig_16219 46 . T C 644.621 . AB=0.295455;ABP=34.9902;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=26;CIGAR=1X;DP=88;DPB=88;DPRA=0;EPP=59.4686;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.983871;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1044;QR=2482;RO=62;RPL=0;RPP=59.4686;RPPR=137.642;RPR=26;RUN=1;SAF=26;SAP=59.4686;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:49:32,17:32:1287:17:681:-46.8675,0,-101.346 0/1:39:30,9:30:1195:9:363:-21.2935,0,-96.0866 dDocent_Contig_16220 20 . C T 280.908 . AB=0.285714;ABP=19.7617;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=15;CIGAR=1X;DP=84;DPB=84;DPRA=0;EPP=35.5824;EPPR=152.842;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.733333;PAIREDR=0.637681;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=594;QR=2767;RO=69;RPL=0;RPP=35.5824;RPPR=152.842;RPR=15;RUN=1;SAF=15;SAP=35.5824;SAR=0;SRF=69;SRP=152.842;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:42:39,3:39:1561:3:123:0,-1.17847,-129.259 0/1:42:30,12:30:1206:12:471:-30.0907,0,-96.1725 dDocent_Contig_16221 30 . A T 318.895 . AB=0.216667;ABP=44.8473;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=13;CIGAR=1M1X2M;DP=104;DPB=112;DPRA=0;EPP=31.2394;EPPR=165.871;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=519;QR=2960;RO=75;RPL=0;RPP=31.2394;RPPR=165.871;RPR=13;RUN=1;SAF=13;SAP=31.2394;SAR=0;SRF=75;SRP=165.871;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:60:36,11,13:36:1419:11,13:422,519:-31.9159,-8.12516,-121.55,0,-82.1159,-112.835 0|0:44:39,5,0:39:1541:5,0:184,0:-3.66788,0,-125.692,-15.408,-127.197,-142.235 dDocent_Contig_16223 98 . N A 65.5375 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=2X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=69;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1|1:2:0,2:0:0:2:69:-6.55266,-0.60206,0 .:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_16224 79 . C T 47.5401 . AB=0.136364;ABP=53.5464;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=109;DPB=109;DPRA=0.676923;EPP=16.0391;EPPR=226.672;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.932039;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=215;QR=3858;RO=103;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=226.672;RPR=0;RUN=1;SAF=6;SAP=16.0391;SAR=0;SRF=103;SRP=226.672;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:44:38,6:38:1442:6:215:-6.45297,0,-116.813 0/0:65:65,0:65:2416:0:0:0,-19.5669,-217.647 dDocent_Contig_16225 98 . N C 99.4983 . AB=0;ABP=0;AC=4;AF=1;AN=4;AO=3;CIGAR=1X;DP=3;DPB=3;DPRA=0;EPP=9.52472;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=100;QR=0;RO=0;RPL=3;RPP=9.52472;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=3;SAP=9.52472;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:1:0,1:0:0:1:30:-2.99957,-0.30103,0 1/1:2:0,2:0:0:2:70:-6.6474,-0.60206,0 dDocent_Contig_16227 56 . G A 307.619 . AB=0.107438;ABP=488.9;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=41;CIGAR=1X;DP=850;DPB=850;DPRA=0;EPP=67.8897;EPPR=1714.13;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=59.122;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.829268;PAIREDR=0.996193;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1641;QR=30860;RO=788;RPL=41;RPP=92.0407;RPPR=1714.13;RPR=0;RUN=1;SAF=38;SAP=67.8897;SAR=3;SRF=788;SRP=1714.13;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:487:469,2:469:18244:2:78:0,-134.791,-1633.21 0/1:363:319,39:319:12616:39:1563:-32.7619,0,-1026.48 dDocent_Contig_16228 18 . A G 406.789 . AB=0.234568;ABP=52.5788;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=19;CIGAR=1X;DP=81;DPB=81;DPRA=0;EPP=44.2683;EPPR=137.642;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.736842;PAIREDR=0.822581;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=756;QR=2458;RO=62;RPL=0;RPP=44.2683;RPPR=137.642;RPR=19;RUN=1;SAF=19;SAP=44.2683;SAR=0;SRF=62;SRP=137.642;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:32:26,6:26:1035:6:242:-12.5244,0,-83.8094 0/1:49:36,13:36:1423:13:514:-31.8536,0,-113.57 dDocent_Contig_16229 22 . T C 1196.2 . AB=0.456522;ABP=4.52089;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=42;CIGAR=1X;DP=92;DPB=92;DPRA=0;EPP=94.2121;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.785714;PAIREDR=0.62;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1671;QR=1973;RO=50;RPL=0;RPP=94.2121;RPPR=111.584;RPR=42;RUN=1;SAF=42;SAP=94.2121;SAR=0;SRF=50;SRP=111.584;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:47:23,24:23:918:24:954:-72.0112,0,-68.7748 0/1:45:27,18:27:1055:18:717:-51.3076,0,-81.6817 dDocent_Contig_16231 38 . C A 1881.64 . AB=0.0662252;ABP=249.796;AC=0;AF=0;AN=4;AO=10;CIGAR=10M1X6M;DP=231;DPB=236;DPRA=0;EPP=24.725;EPPR=293.988;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=378;QR=5178;RO=134;RPL=0;RPP=24.725;RPPR=293.988;RPR=10;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=134;SRP=293.988;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:151:107,25,10:107:4140:25,10:920,378:-43.0198,0,-332.565,-44.2465,-309.114,-381.315 0|0:80:27,51,0:27:1038:51,0:1916,0:-148.844,0,-69.8786,-156.971,-85.2311,-242.183 dDocent_Contig_16232 44 . C T 149.154 . AB=0.307692;ABP=11.3621;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=2X;DP=26;DPB=26;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=20.3821;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.833333;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=286;QR=683;RO=18;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=42.0968;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=15;SRP=20.3821;SRR=3;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:11:8,3:8:299:3:106:-6.57777,0,-23.9536 0|1:15:10,5:10:384:5:180:-12.0366,0,-30.4006 dDocent_Contig_16236 14 . A G 329.665 . AB=0.0597015;ABP=228.649;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=8;CIGAR=8M1X9M1X;DP=134;DPB=134.368;DPRA=0;EPP=20.3821;EPPR=211.472;GTI=0;LEN=1;MEANALT=4.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.375;PAIREDR=0.666667;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=296;QR=3710;RO=96;RPL=0;RPP=20.3821;RPPR=211.472;RPR=8;RUN=1;SAF=8;SAP=20.3821;SAR=0;SRF=96;SRP=211.472;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:81:62,9,2,5:62:2404:9,2,5:345,80,193:-9.65315,0,-194.819,-21.7233,-190.938,-218.639,-12.4599,-181.678,-203.391,-208.476 0|1:53:34,12,6,0:34:1306:12,6,0:454,216,0:-27.0123,0,-103.639,-19.6283,-89.6358,-125.043,-37.2473,-107.252,-126.85,-144.466 dDocent_Contig_16237 94 . T C 2177.24 . AB=0.709402;ABP=47.5719;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=83;CIGAR=1X;DP=117;DPB=117;DPRA=0;EPP=183.243;EPPR=76.8404;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.831325;PAIREDR=0.705882;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2845;QR=1132;RO=34;RPL=83;RPP=183.243;RPPR=76.8404;RPR=0;RUN=1;SAF=83;SAP=183.243;SAR=0;SRF=34;SRP=76.8404;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:46:17,29:17:548:29:1007:-77.0957,0,-35.7785 0/1:71:17,54:17:584:54:1838:-144.327,0,-31.5117 dDocent_Contig_16238 7 . A G 357.416 . AB=0.382979;ABP=8.60069;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X1M1X;DP=47;DPB=47;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=588;QR=1064;RO=28;RPL=0;RPP=42.0968;RPPR=63.8115;RPR=18;RUN=1;SAF=18;SAP=42.0968;SAR=0;SRF=28;SRP=63.8115;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:19:7,11:7:269:11:349:-26.027,0,-18.8807 0|1:28:21,7:21:795:7:239:-13.4135,0,-63.448 dDocent_Contig_16239 98 . N G 61.7453 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=0.5;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=65;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=7.35324;SAR=0;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL ./.:.:.:.:.:.:.:. 1/1:2:0,2:0:0:2:65:-6.17345,-0.60206,0 dDocent_Contig_16240 51 . T C 98.8159 . AB=0.123457;ABP=102.764;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=10;CIGAR=1X;DP=218;DPB=218;DPRA=0.591241;EPP=24.725;EPPR=454.677;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=0.995192;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=399;QR=7890;RO=208;RPL=10;RPP=24.725;RPPR=454.677;RPR=0;RUN=1;SAF=10;SAP=24.725;SAR=0;SRF=208;SRP=454.677;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/0:137:137,0:137:5203:0:0:0,-41.2411,-468.241 0/1:81:71,10:71:2687:10:399:-11.8816,0,-217.61 dDocent_Contig_16241 7 . A G 458.409 . AB=0.0432692;ABP=379.886;AC=0;AF=0;AN=4;AO=9;CIGAR=1M1X5M1X4M2I1X2M3X6M;DP=208;DPB=217.333;DPRA=0;EPP=22.5536;EPPR=107.241;GTI=0;LEN=1;MEANALT=28;MQM=17;MQMR=60;NS=2;NUMALT=8;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=153;QR=1839;RO=48;RPL=0;RPP=22.5536;RPPR=107.241;RPR=9;RUN=1;SAF=9;SAP=22.5536;SAR=0;SRF=48;SRP=107.241;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:111:22,12,8,1,7,1,4,6,9:22:834:12,8,1,7,1,4,6,9:479,272,26,268,33,68,239,361:-32.4349,0,-64.7728,-19.1561,-48.4833,-85.1302,-37.0204,-66.3478,-85.5011,-105.102,-17.0885,-46.4165,-65.5705,-83.4348,-83.365,-36.3913,-65.7188,-84.8721,-102.736,-82.8058,-104.473,-35.2194,-64.5459,-83.6992,-101.563,-81.6327,-100.934,-102.396,-19.4205,-48.7485,-67.9025,-85.7669,-65.836,-85.1379,-83.9647,-85.9981,-9.30697,-38.6353,-57.7897,-75.6541,-55.723,-75.0251,-73.8521,-58.0551,-74.9822 0|0:97:26,8,7,5,3,5,5,0,1:26:1005:8,7,5,3,5,5,0,1:309,238,194,113,180,85,0,40:-17.1049,0,-80.1568,-7.51476,-65.1495,-87.9697,-9.04417,-66.6797,-74.192,-90.1023,-15.6796,-73.3141,-80.8263,-82.3567,-97.3385,-10.2452,-67.8804,-75.3927,-76.923,-83.5573,-91.3028,-20.1347,-77.7662,-85.2784,-86.8084,-93.4424,-88.009,-101.188,-24.9317,-82.565,-90.0769,-91.6075,-98.2416,-92.808,-102.693,-107.492,-21.6353,-79.2691,-86.7811,-88.3116,-94.9458,-89.5121,-99.397,-104.196,-103.895 dDocent_Contig_16242 41 . A T 136.665 . AB=0.212121;ABP=26.7649;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=7;CIGAR=1X;DP=71;DPB=71;DPRA=0.868421;EPP=18.2106;EPPR=141.985;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=277;QR=2517;RO=64;RPL=0;RPP=18.2106;RPPR=141.985;RPR=7;RUN=1;SAF=7;SAP=18.2106;SAR=0;SRF=64;SRP=141.985;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:26,7:26:1028:7:277:-15.3655,0,-82.8793 0/0:38:38,0:38:1489:0:0:0,-11.4391,-134.26 dDocent_Contig_16245 30 . T C 505.589 . AB=0.282051;ABP=35.1926;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=22;CIGAR=1X;DP=78;DPB=78;DPRA=0;EPP=50.7827;EPPR=124.613;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.318182;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=856;QR=2220;RO=56;RPL=0;RPP=50.7827;RPPR=124.613;RPR=22;RUN=1;SAF=22;SAP=50.7827;SAR=0;SRF=56;SRP=124.613;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:22:6,16:6:237:16:633:-50.6842,0,-15.0803 0/1:56:50,6:50:1983:6:223:-3.5679,0,-161.805 dDocent_Contig_16246 191 . C G 31.5422 . AB=0.333333;ABP=5.9056;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=6;CIGAR=1X;DP=28;DPB=28;DPRA=0;EPP=4.45795;EPPR=50.7827;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=26.8333;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=224;QR=878;RO=22;RPL=6;RPP=16.0391;RPPR=50.7827;RPR=0;RUN=1;SAF=2;SAP=4.45795;SAR=4;SRF=0;SRP=50.7827;SRR=22;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:12:8,4:8:323:4:158:-4.85269,0,-25.8257 0/0:16:14,2:14:555:2:66:0,-1.06264,-46.5355 dDocent_Contig_16247 56 . G T 1784.69 . AB=0.705263;ABP=37.7767;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=67;CIGAR=1X;DP=95;DPB=95;DPRA=0;EPP=148.499;EPPR=63.8115;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.970149;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2335;QR=968;RO=28;RPL=0;RPP=148.499;RPPR=63.8115;RPR=67;RUN=1;SAF=0;SAP=148.499;SAR=67;SRF=0;SRP=63.8115;SRR=28;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:45:16,29:16:560:29:1007:-77.3965,0,-37.1838 0/1:50:12,38:12:408:38:1328:-104.771,0,-21.9955 dDocent_Contig_16248 65 . C A 1175.91 . AB=0.389313;ABP=16.9508;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=51;CIGAR=1X6M;DP=131;DPB=133.857;DPRA=0;EPP=113.755;EPPR=139.813;GTI=0;LEN=1;MEANALT=3.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=3;ODDS=0;PAIRED=0.705882;PAIREDR=0.603175;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1729;QR=2090;RO=63;RPL=51;RPP=113.755;RPPR=139.813;RPR=0;RUN=1;SAF=51;SAP=113.755;SAR=0;SRF=63;SRP=139.813;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:43:23,0,4,14:23:775:0,4,14:0,120,455:-29.8413,-36.765,-99.5845,-27.1725,-89.9929,-88.7888,0,-62.8627,-53.2721,-58.6482 0|1:88:40,8,3,37:40:1315:8,3,37:273,89,1274:-91.4492,-81.3367,-185.196,-96.3879,-180.5,-201.751,0,-84.1169,-99.1694,-95.1347 dDocent_Contig_16249 97 . T G 195.687 . AB=0.159292;ABP=116.945;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=18;CIGAR=1X;DP=113;DPB=113;DPRA=0;EPP=42.0968;EPPR=209.3;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.888889;PAIREDR=0.684211;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=629;QR=3411;RO=95;RPL=11;RPP=4.9405;RPPR=9.61615;RPR=7;RUN=1;SAF=11;SAP=4.9405;SAR=7;SRF=56;SRP=9.61615;SRR=39;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:33:27,6:27:960:6:209:-9.21685,0,-76.7808 0/1:80:68,12:68:2451:12:420:-14.0508,0,-196.753 dDocent_Contig_16250 12 . A T 5537.99 . AB=0.0469484;ABP=762.496;AC=0;AF=0;AN=4;AO=20;CIGAR=6M1X2M1X22M1X;DP=426;DPB=423.515;DPRA=0;EPP=46.4397;EPPR=341.76;GTI=0;LEN=1;MEANALT=8.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=4;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=790;QR=6155;RO=156;RPL=0;RPP=46.4397;RPPR=341.76;RPR=20;RUN=1;SAF=20;SAP=46.4397;SAR=0;SRF=156;SRP=341.76;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|0:250:107,1,5,99,23:107:4212:1,5,99,23:39,203,3920,890:-290.397,-319.402,-665.598,-305.865,-649.157,-650.857,0,-343.3,-329.763,-316.704,-249.509,-592.801,-579.264,-273.407,-589.083 0|0:176:49,10,15,86,7:49:1943:10,15,86,7:385,587,3423,273:-267.101,-250.24,-407.172,-233.595,-361.926,-389.022,0,-128.341,-111.694,-134.064,-259.415,-387.746,-371.1,-137.515,-417.25 dDocent_Contig_16251 112 . A T 3797.79 . AB=0.742424;ABP=104.082;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=147;CIGAR=1X;DP=198;DPB=198;DPRA=0;EPP=322.217;EPPR=111.584;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1.5;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.993197;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=4915;QR=1654;RO=50;RPL=0;RPP=322.217;RPPR=111.584;RPR=147;RUN=1;SAF=0;SAP=322.217;SAR=147;SRF=0;SRP=111.584;SRR=50;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:143:32,110:32:1053:110:3732:-293.282,0,-52.2408 0/1:55:18,37:18:601:37:1183:-90.1961,0,-37.8463 dDocent_Contig_16252 12 . A C 3606.59 . AB=0.141509;ABP=357.985;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=45;CIGAR=6M1X11M;DP=318;DPB=329.944;DPRA=0;EPP=100.727;EPPR=96.3836;GTI=0;LEN=1;MEANALT=14;MQM=59.7333;MQMR=55.7907;NS=2;NUMALT=5;ODDS=0;PAIRED=0;PAIREDR=0.0465116;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=1640;QR=1685;RO=43;RPL=0;RPP=100.727;RPPR=96.3836;RPR=45;RUN=1;SAF=45;SAP=100.727;SAR=0;SRF=43;SRP=96.3836;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:166:22,57,14,1,31,15:22:858:57,14,1,31,15:2119,558,40,1127,602:-190.051,-23.2615,-74.8681,-150.721,-46.0734,-215.272,-193.378,-88.7315,-216.191,-261.843,-104.644,0,-127.457,-170.114,-164.078,-147.13,-42.4826,-169.943,-212.601,-123.866,-211.38 0|0:152:21,54,2,9,14,25:21:827:54,2,9,14,25:1988,79,353,513,998:-174.307,-18.0923,-65.8901,-174.127,-75.6445,-237.581,-151.602,-53.1192,-209.156,-212.948,-138.727,-40.2452,-196.281,-173.755,-198.567,-98.4833,0,-156.038,-133.512,-120.637,-155.013 dDocent_Contig_16253 91 . C A 171.327 . AB=0.255814;ABP=25.2805;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=11;CIGAR=1X;DP=43;DPB=43;DPRA=0;EPP=26.8965;EPPR=72.4974;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=0.727273;PAIREDR=0.96875;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=368;QR=1051;RO=32;RPL=11;RPP=26.8965;RPPR=72.4974;RPR=0;RUN=1;SAF=11;SAP=26.8965;SAR=0;SRF=32;SRP=72.4974;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:21:15,6:15:523:6:206:-12.5549,0,-41.0789 0/1:22:17,5:17:528:5:162:-8.2768,0,-41.1918 dDocent_Contig_16254 135 . A G 48.752 . AB=0.135135;ABP=45.7942;AC=1;AF=0.25;AN=4;AO=5;CIGAR=1X2M1X1M1X;DP=62;DPB=62;DPRA=1.48;EPP=13.8677;EPPR=120.27;GTI=0;LEN=1;MEANALT=2;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=2;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=187;QR=1981;RO=54;RPL=0;RPP=13.8677;RPPR=120.27;RPR=5;RUN=1;SAF=0;SAP=13.8677;SAR=5;SRF=0;SRP=120.27;SRR=54;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0|1:37:29,5,3:29:1071:5,3:187,117:-6.57416,0,-86.0687,-5.68044,-77.9543,-92.3659 0|0:25:25,0,0:25:910:0,0:0,0:0,-7.52575,-82.21,-7.52575,-82.21,-82.21 dDocent_Contig_16255 209 . N G 70.2594 . AB=0;ABP=0;AC=2;AF=1;AN=2;AO=2;CIGAR=1X;DP=2;DPB=2;DPRA=0;EPP=7.35324;EPPR=0;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=0;NS=1;NUMALT=1;ODDS=5.99146;PAIRED=1;PAIREDR=0;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=74;QR=0;RO=0;RPL=2;RPP=7.35324;RPPR=0;RPR=0;RUN=1;SAF=0;SAP=7.35324;SAR=2;SRF=0;SRP=0;SRR=0;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 1/1:2:0,2:0:0:2:74:-7.02486,-0.60206,0 ./.:.:.:.:.:.:.:. dDocent_Contig_16256 111 . T C 1494.96 . AB=0.709677;ABP=38.5244;AC=2;AF=0.5;AN=4;AO=66;CIGAR=1X;DP=93;DPB=93;DPRA=0;EPP=146.327;EPPR=61.6401;GTI=0;LEN=1;MEANALT=1;MQM=60;MQMR=60;NS=2;NUMALT=1;ODDS=0;PAIRED=1;PAIREDR=1;PAO=0;PQA=0;PQR=0;PRO=0;QA=2007;QR=850;RO=27;RPL=0;RPP=146.327;RPPR=61.6401;RPR=66;RUN=1;SAF=0;SAP=146.327;SAR=66;SRF=0;SRP=61.6401;SRR=27;TYPE=snp;technology.Illumina=1 GT:DP:AD:RO:QR:AO:QA:GL 0/1:38:15,23:15:462:23:667:-48.8691,0,-30.4388 0/1:55:12,43:12:388:43:1340:-104.326,0,-18.6773