## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE3-M_Head_I1032_L4_insert_size_histogram.pdf MINIMUM_PCT=0.5 INPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE3-M_Head_I1032_L4.sorted.bam OUTPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE3-M_Head_I1032_L4_insert_size_metrics.txt DEVIATIONS=10.0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Apr 16 14:39:43 EDT 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 226 196 45 25 237547 238.623054 74.952188 28309198 FR 19 37 55 71 91 111 133 167 249 361 2551 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 25 3 26 3 27 2 28 6 29 5 30 14 31 8 32 12 33 20 34 11 35 23 36 26 37 26 38 24 39 34 40 43 41 37 42 35 43 55 44 54 45 69 46 63 47 88 48 68 49 91 50 101 51 128 52 127 53 90 54 133 55 160 56 179 57 165 58 174 59 185 60 213 61 219 62 229 63 310 64 355 65 362 66 366 67 407 68 387 69 458 70 513 71 564 72 584 73 668 74 815 75 813 76 845 77 986 78 983 79 1114 80 1153 81 1340 82 1539 83 1830 84 1833 85 2072 86 2196 87 2377 88 2640 89 2830 90 3057 91 3402 92 3637 93 4112 94 4380 95 4625 96 4915 97 5196 98 5566 99 5969 100 6612 101 6769 102 7771 103 8559 104 8779 105 9610 106 10339 107 10590 108 10767 109 11518 110 12127 111 12696 112 13616 113 13796 114 15134 115 16065 116 16518 117 17705 118 17667 119 18376 120 19229 121 19683 122 20255 123 21113 124 22668 125 23268 126 24088 127 24834 128 24989 129 26147 130 26294 131 27514 132 28135 133 28394 134 29907 135 30085 136 32434 137 31937 138 32605 139 33836 140 33889 141 33850 142 34983 143 35380 144 1591 145 1102 146 1002 147 878 148 1165 149 2006 150 3147 151 70044 152 167997 153 168233 154 171070 155 172551 156 173524 157 179792 158 179116 159 149838 160 153852 161 149758 162 153006 163 154772 164 157564 165 160303 166 163119 167 165469 168 162447 169 171256 170 174301 171 171634 172 172052 173 173215 174 176941 175 177735 176 179059 177 181919 178 182778 179 177520 180 182302 181 182493 182 184478 183 182777 184 183316 185 185567 186 184361 187 189463 188 186486 189 186551 190 184268 191 184686 192 188164 193 189930 194 191900 195 193383 196 195968 197 190934 198 192839 199 190573 200 189060 201 188013 202 189056 203 183458 204 188634 205 188716 206 181396 207 184876 208 178218 209 176805 210 172243 211 172567 212 167516 213 165935 214 166188 215 167788 216 168368 217 164459 218 160935 219 163021 220 161045 221 157257 222 157109 223 156713 224 156678 225 161296 226 155175 227 156380 228 155631 229 155013 230 154777 231 153015 232 154614 233 149746 234 150586 235 155275 236 151142 237 155692 238 150948 239 152880 240 146675 241 145291 242 146613 243 141141 244 144266 245 150559 246 145256 247 144934 248 143394 249 145254 250 137734 251 133916 252 133361 253 135074 254 130955 255 128949 256 133387 257 127024 258 129338 259 127460 260 125960 261 126622 262 122295 263 128092 264 116307 265 116901 266 115098 267 115416 268 116675 269 112186 270 112464 271 112708 272 108298 273 107074 274 105837 275 103108 276 102701 277 102712 278 101247 279 101229 280 101656 281 98845 282 95145 283 95002 284 92324 285 90612 286 88660 287 89526 288 88139 289 89383 290 87751 291 87862 292 91387 293 83547 294 82813 295 80835 296 79442 297 80090 298 79149 299 79526 300 77819 301 78137 302 76185 303 72378 304 71498 305 70404 306 69138 307 69285 308 67423 309 67455 310 65663 311 64580 312 63963 313 61885 314 60008 315 59291 316 57680 317 56958 318 55485 319 55075 320 55107 321 55065 322 54703 323 52905 324 50785 325 50105 326 49023 327 47802 328 47629 329 46930 330 46170 331 46066 332 45151 333 44394 334 43509 335 41574 336 40860 337 41667 338 39973 339 40304 340 40232 341 38053 342 38048 343 37964 344 37590 345 36840 346 36109 347 34920 348 33394 349 34286 350 33746 351 33432 352 33714 353 32954 354 32317 355 31007 356 30381 357 30158 358 30105 359 29180 360 28870 361 28709 362 28495 363 28531 364 27983 365 27592 366 26730 367 26237 368 25888 369 25503 370 25387 371 25025 372 24465 373 24392 374 24448 375 24298 376 24598 377 23697 378 23103 379 22126 380 22347 381 22133 382 22062 383 21735 384 21762 385 21140 386 20971 387 20638 388 20016 389 19566 390 19437 391 19621 392 18854 393 19055 394 18795 395 18832 396 17839 397 17841 398 17894 399 17440 400 17009 401 16598 402 12257 403 12026 404 11957 405 11823 406 11666 407 11168 408 10987 409 10784 410 10800 411 10425 412 10100 413 9936 414 9919 415 9574 416 9615 417 9551 418 9139 419 8963 420 8810 421 8436 422 8629 423 8428 424 8443 425 8208 426 8289 427 8089 428 7836 429 7498 430 7451 431 7297 432 7240 433 7074 434 6938 435 6933 436 6928 437 6905 438 6635 439 6392 440 6377 441 6255 442 6122 443 6025 444 5822 445 5947 446 5999 447 5682 448 5801 449 5823 450 5496 451 5342 452 5008 453 5427 454 5151 455 5063 456 5050 457 4858 458 4882 459 4742 460 4639 461 4364 462 4505 463 4408 464 4237 465 4297 466 4356 467 4202 468 4209 469 4128 470 3975 471 3874 472 3868 473 3692 474 3645 475 3646 476 3494 477 3689 478 3686 479 3825 480 3572 481 3518 482 3388 483 3375 484 3329 485 3316 486 3214 487 3342 488 3289 489 3221 490 3276 491 2994 492 2966 493 2945 494 2850 495 2831 496 2705 497 2795 498 2776 499 2657 500 2586 501 2717 502 2552 503 2588 504 2413 505 2476 506 2386 507 2384 508 2272 509 2406 510 2213 511 2262 512 2418 513 2260 514 2144 515 2187 516 2069 517 2026 518 2038 519 2099 520 2000 521 2013 522 2014 523 1887 524 1913 525 1930 526 1905 527 1970 528 2002 529 1902 530 1845 531 1794 532 1829 533 1862 534 1740 535 1749 536 1750 537 1757 538 1729 539 1760 540 1726 541 1694 542 1688 543 1757 544 1617 545 1511 546 1508 547 1454 548 1577 549 1573 550 1629 551 1591 552 1699 553 1522 554 1452 555 1413 556 1382 557 1540 558 1459 559 1471 560 1353 561 1397 562 1311 563 1355 564 1497 565 1368 566 1299 567 1313 568 1231 569 1217 570 1216 571 1306 572 1270 573 1240 574 1196 575 1262 576 1222 577 1284 578 1322 579 1338 580 1335 581 1258 582 1264 583 1157 584 1213 585 1164 586 1215 587 1249 588 1279 589 1261 590 1138 591 1000 592 978 593 1183 594 1192 595 1100 596 1103 597 1301 598 1115 599 1059 600 992 601 1074 602 1078 603 1143 604 1171 605 1095 606 1213 607 1182 608 1096 609 1068 610 1058 611 1105 612 1180 613 1130 614 1130 615 1076 616 1097 617 1107 618 1103 619 1114 620 1146 621 1109 622 1182 623 1138 624 1129 625 951 626 1176 627 1010 628 1265 629 1176 630 1392 631 1193 632 1300 633 1308 634 1250 635 1330 636 1162 637 1274 638 1386 639 1269 640 1290 641 1279 642 1686 643 1480 644 1349 645 1353 646 1397 647 1420 648 1355 649 1246 650 1225 651 1358 652 1241 653 1500 654 1269 655 1233 656 1275 657 1242 658 1134 659 1212 660 1314 661 1283 662 1329 663 1368 664 1266 665 1361 666 1313 667 1356 668 1375 669 1425 670 1464 671 1431 672 1365 673 1429 674 1641 675 1593 676 1480