## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE4-F_Head_I1032_L4_insert_size_histogram.pdf MINIMUM_PCT=0.5 INPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE4-F_Head_I1032_L4.sorted.bam OUTPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_HE4-F_Head_I1032_L4_insert_size_metrics.txt DEVIATIONS=10.0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Apr 16 12:54:48 EDT 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 235 196 49 25 196930 246.652312 80.522027 18388245 FR 21 41 59 79 99 121 145 175 259 365 2547 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 25 4 26 3 27 8 28 7 29 6 30 4 31 9 32 21 33 17 34 24 35 25 36 31 37 38 38 26 39 35 40 44 41 55 42 63 43 59 44 58 45 58 46 62 47 64 48 80 49 73 50 121 51 132 52 147 53 150 54 156 55 125 56 153 57 166 58 186 59 208 60 258 61 243 62 314 63 330 64 313 65 330 66 355 67 328 68 381 69 423 70 498 71 596 72 632 73 636 74 774 75 885 76 869 77 864 78 956 79 1059 80 1218 81 1244 82 1520 83 1623 84 1780 85 1847 86 1874 87 2184 88 2257 89 2401 90 2582 91 2927 92 3227 93 3361 94 3578 95 4033 96 4079 97 4232 98 4625 99 4820 100 5347 101 5546 102 6015 103 6455 104 6822 105 7057 106 7856 107 7886 108 8248 109 8568 110 8795 111 9424 112 9745 113 9876 114 10756 115 11327 116 11528 117 12160 118 12591 119 12659 120 13161 121 13567 122 14173 123 14477 124 14957 125 15583 126 16162 127 16130 128 16586 129 16901 130 16983 131 17373 132 18239 133 18428 134 19057 135 19619 136 20157 137 20219 138 20636 139 20894 140 20956 141 21376 142 21924 143 21546 144 916 145 734 146 681 147 560 148 840 149 1311 150 1932 151 41687 152 100168 153 100302 154 101925 155 103649 156 104809 157 106361 158 107446 159 88650 160 90667 161 87031 162 90110 163 91382 164 92231 165 94183 166 94333 167 95605 168 94127 169 97763 170 99062 171 97630 172 98784 173 98626 174 100902 175 101285 176 102713 177 103715 178 103520 179 101508 180 104348 181 104885 182 106801 183 104854 184 107282 185 107010 186 107270 187 108113 188 106984 189 107141 190 106199 191 106705 192 108777 193 109764 194 110486 195 111274 196 112233 197 109076 198 111065 199 109645 200 110008 201 109302 202 109063 203 106870 204 109621 205 110337 206 107340 207 107800 208 105171 209 104167 210 101403 211 102210 212 98650 213 98084 214 99123 215 99343 216 100860 217 98735 218 96838 219 98762 220 97822 221 93901 222 94534 223 94761 224 94806 225 97027 226 96147 227 95612 228 96400 229 94837 230 94885 231 94216 232 94693 233 92190 234 93075 235 95651 236 94822 237 97714 238 96466 239 97539 240 93699 241 92387 242 92195 243 90712 244 92358 245 94777 246 92651 247 93021 248 92350 249 93405 250 90285 251 87814 252 88221 253 89077 254 86584 255 85791 256 89428 257 85994 258 87729 259 86604 260 86266 261 86297 262 83135 263 85074 264 80079 265 80366 266 79617 267 79985 268 81648 269 78791 270 79885 271 79727 272 75796 273 76079 274 73534 275 72470 276 72502 277 73196 278 72312 279 73326 280 72188 281 71010 282 69655 283 68188 284 66061 285 65842 286 64862 287 65588 288 65573 289 66875 290 64857 291 65430 292 67032 293 61975 294 60602 295 59584 296 58783 297 59366 298 58620 299 59118 300 59378 301 59086 302 57471 303 55663 304 53788 305 53152 306 52124 307 51754 308 50778 309 51269 310 49779 311 49713 312 49460 313 47797 314 46087 315 45516 316 44249 317 43428 318 43577 319 43359 320 42806 321 43276 322 42808 323 40914 324 39255 325 38531 326 37749 327 36850 328 36769 329 36472 330 36508 331 36008 332 35532 333 35578 334 34125 335 33456 336 32105 337 31618 338 31315 339 31100 340 31481 341 30742 342 30774 343 30577 344 29513 345 29022 346 28635 347 27275 348 26900 349 26888 350 26586 351 26660 352 26873 353 26935 354 25791 355 25274 356 24931 357 23895 358 23333 359 22976 360 22637 361 23166 362 23194 363 22814 364 22466 365 21723 366 21422 367 21302 368 20799 369 20322 370 20309 371 20339 372 20258 373 19969 374 19995 375 19562 376 19547 377 18863 378 18468 379 17921 380 17988 381 17671 382 17861 383 17476 384 17577 385 17357 386 16884 387 17196 388 16373 389 15638 390 15605 391 15519 392 15168 393 15541 394 15446 395 15244 396 14781 397 14605 398 14376 399 13864 400 13443 401 13239 402 10110 403 10410 404 9877 405 10057 406 9819 407 9473 408 9113 409 8904 410 8583 411 8447 412 8328 413 8403 414 8251 415 8236 416 8162 417 8230 418 7927 419 7626 420 7347 421 7225 422 7275 423 7002 424 7112 425 7045 426 6826 427 6890 428 6634 429 6520 430 6320 431 6164 432 5999 433 5914 434 5715 435 6039 436 6023 437 5949 438 5534 439 5526 440 5376 441 5166 442 4921 443 5044 444 4949 445 5169 446 4802 447 4989 448 4734 449 4761 450 4500 451 4266 452 4173 453 4326 454 4302 455 4163 456 4218 457 4115 458 4097 459 3802 460 3901 461 3735 462 3722 463 3628 464 3439 465 3484 466 3628 467 3541 468 3514 469 3347 470 3421 471 3253 472 3223 473 3145 474 3134 475 3021 476 2994 477 3062 478 3047 479 3105 480 2988 481 2847 482 2946 483 2802 484 2830 485 2642 486 2665 487 2662 488 2570 489 2681 490 2727 491 2552 492 2421 493 2460 494 2256 495 2412 496 2273 497 2252 498 2263 499 2273 500 2008 501 2057 502 2104 503 1947 504 1918 505 1843 506 1958 507 1908 508 1871 509 1878 510 1774 511 1930 512 1873 513 1799 514 1754 515 1687 516 1691 517 1650 518 1615 519 1669 520 1620 521 1588 522 1498 523 1482 524 1472 525 1391 526 1473 527 1436 528 1484 529 1482 530 1452 531 1455 532 1421 533 1430 534 1289 535 1316 536 1342 537 1329 538 1345 539 1354 540 1353 541 1288 542 1300 543 1296 544 1288 545 1221 546 1119 547 1073 548 1116 549 1183 550 1095 551 1124 552 1193 553 1124 554 1117 555 1138 556 1074 557 1068 558 1086 559 1005 560 1052 561 920 562 1027 563 983 564 931 565 974 566 931 567 949 568 876 569 864 570 931 571 947 572 1016 573 949 574 883 575 842 576 949 577 849 578 833 579 869 580 848 581 824 582 797 583 855 584 844 585 829 586 819 587 790 588 882 589 832 590 850 591 757 592 722 593 822 594 760 595 827 596 793 597 777 598 760 599 670 600 742 601 706 602 719 603 731 604 716 605 720 606 744 607 763 608 721 609 729 610 687 611 698 612 805 613 712 614 726 615 692 616 733 617 713 618 769 619 702 620 741 621 679 622 720 623 786 624 705 625 650 626 721 627 630 628 685 629 742 630 800 631 689 632 792 633 648 634 754 635 835 636 689 637 719 638 731 639 690 640 715 641 719 642 936 643 817 644 818 645 758 646 720 647 673 648 658 649 640 650 728 651 753 652 742 653 791 654 675 655 655 656 711 657 667 658 633 659 689 660 732 661 717 662 782 663 697 664 719 665 659 666 711 667 826 668 706 669 745 670 742 671 757 672 849 673 738 674 772 675 683 676 806 677 759 678 896 679 820 680 827 681 755 682 874 683 780 684 941 685 803 686 820 687 859 688 897 689 859 690 1091 691 863 692 1010 693 995 694 957 695 748 696 894 697 851 698 938 699 904 700 1264 701 858 702 629 703 730 704 608 705 584 706 611 707 509 708 547 709 546 710 575 711 615 712 664 713 553 714 612 715 612 716 527 717 587 718 529 719 574 720 568 721 629 722 633 723 621 724 601 725 581