## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_CC7-M_Head_I1032_L4_insert_size_histogram.pdf MINIMUM_PCT=0.5 INPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_CC7-M_Head_I1032_L4.sorted.bam OUTPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_CC7-M_Head_I1032_L4_insert_size_metrics.txt DEVIATIONS=10.0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Apr 16 13:43:35 EDT 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 246 198 54 25 162486 262.316273 90.498709 70457199 FR 21 43 65 87 109 133 159 189 285 417 1841 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 25 13 26 6 27 5 28 13 29 6 30 13 31 22 32 19 33 29 34 31 35 22 36 26 37 32 38 38 39 37 40 60 41 71 42 60 43 77 44 57 45 57 46 78 47 79 48 86 49 122 50 115 51 134 52 179 53 162 54 179 55 165 56 192 57 193 58 224 59 207 60 247 61 281 62 312 63 317 64 358 65 367 66 388 67 397 68 426 69 493 70 491 71 546 72 631 73 760 74 802 75 836 76 896 77 900 78 1069 79 1192 80 1280 81 1388 82 1625 83 1804 84 2018 85 2127 86 2280 87 2602 88 2757 89 2938 90 3206 91 3507 92 3786 93 4295 94 4776 95 4926 96 5386 97 5856 98 6188 99 6703 100 7394 101 7925 102 8461 103 9458 104 10264 105 10994 106 12316 107 12640 108 13156 109 14143 110 14826 111 15923 112 16601 113 17682 114 19217 115 20664 116 22075 117 23375 118 24015 119 24835 120 26353 121 27581 122 28480 123 29729 124 31773 125 33295 126 34278 127 35750 128 36936 129 38377 130 39952 131 41510 132 42908 133 44148 134 44815 135 46583 136 49217 137 50496 138 52374 139 53795 140 55028 141 55283 142 56769 143 57619 144 2702 145 1570 146 1440 147 1436 148 2084 149 4069 150 6425 151 129641 152 322420 153 318444 154 323083 155 327344 156 331057 157 338209 158 341787 159 295453 160 307967 161 297582 162 303790 163 310451 164 312515 165 318659 166 322601 167 333951 168 320710 169 333253 170 351641 171 334636 172 340324 173 339791 174 346748 175 352535 176 357070 177 360843 178 360736 179 357608 180 370820 181 369303 182 376090 183 362412 184 370549 185 371841 186 371293 187 382227 188 376695 189 371033 190 375506 191 379315 192 382899 193 388491 194 392515 195 392317 196 393732 197 385545 198 394439 199 388568 200 390834 201 390486 202 394022 203 380334 204 392051 205 388603 206 380057 207 384959 208 373644 209 377595 210 367548 211 376693 212 362958 213 366809 214 363036 215 365308 216 365334 217 353627 218 351560 219 360923 220 360350 221 350762 222 350938 223 349836 224 360312 225 370302 226 349176 227 349211 228 349874 229 349653 230 353396 231 344963 232 353333 233 343334 234 346116 235 356392 236 346679 237 360751 238 347228 239 355552 240 349295 241 340363 242 351704 243 334706 244 345143 245 363732 246 342753 247 344955 248 343657 249 346532 250 332177 251 325726 252 325795 253 329347 254 319508 255 316797 256 334300 257 314217 258 312809 259 313000 260 317534 261 318919 262 313245 263 323149 264 299913 265 297882 266 296480 267 295683 268 300471 269 291801 270 293899 271 291064 272 284149 273 285150 274 284301 275 275955 276 273436 277 274735 278 273150 279 269793 280 269532 281 269071 282 261581 283 263078 284 258439 285 258294 286 254434 287 258136 288 251575 289 256056 290 249324 291 247762 292 270397 293 244822 294 242446 295 240332 296 234933 297 238464 298 233437 299 233781 300 231930 301 230128 302 225458 303 222514 304 220816 305 216374 306 214616 307 212299 308 211375 309 211240 310 210223 311 203831 312 201944 313 197696 314 193663 315 192953 316 190273 317 186970 318 186939 319 182920 320 181869 321 181207 322 180911 323 175552 324 169472 325 168828 326 167517 327 164497 328 165167 329 161782 330 159286 331 158521 332 156421 333 156646 334 153238 335 152088 336 148650 337 148067 338 145283 339 145151 340 146855 341 142182 342 140364 343 140612 344 140225 345 138071 346 141839 347 134555 348 132667 349 132798 350 131163 351 128744 352 128329 353 127764 354 125747 355 123203 356 121496 357 120736 358 121796 359 118669 360 116184 361 117364 362 115957 363 114108 364 114058 365 112398 366 111170 367 110492 368 109107 369 109965 370 106909 371 107016 372 105535 373 110085 374 104458 375 102850 376 106154 377 103083 378 106311 379 99032 380 98546 381 98431 382 96095 383 96639 384 94505 385 95173 386 92599 387 91946 388 91576 389 88453 390 88654 391 87891 392 84760 393 86114 394 85561 395 85286 396 83084 397 82120 398 83823 399 80286 400 79782 401 77642 402 60037 403 58375 404 59219 405 57713 406 56963 407 56223 408 54918 409 54056 410 53300 411 52296 412 52300 413 51502 414 51446 415 50316 416 49015 417 48592 418 47783 419 47820 420 46782 421 46032 422 45387 423 43989 424 44525 425 43710 426 42929 427 42334 428 42040 429 41318 430 40498 431 39630 432 39246 433 39518 434 38109 435 38725 436 38379 437 37272 438 36402 439 36540 440 35919 441 36279 442 34296 443 33827 444 33385 445 33702 446 32675 447 32182 448 32009 449 31657 450 30594 451 30502 452 30266 453 29864 454 29480 455 29165 456 28627 457 28534 458 27797 459 27346 460 26788 461 26154 462 26091 463 25963 464 25124 465 24739 466 24953 467 24205 468 24211 469 23687 470 23432 471 23238 472 23150 473 22203 474 21912 475 21762 476 21124 477 21458 478 21247 479 21276 480 21232 481 20727 482 20064 483 19649 484 19770 485 19343 486 19155 487 18820 488 18882 489 18995 490 18691 491 17966 492 17441 493 17251 494 17443 495 17073 496 16673 497 16602 498 16292 499 15952 500 15500 501 15709 502 15513 503 14987 504 14623 505 14798 506 14499 507 14123 508 14012 509 13801 510 13569 511 13614 512 13495 513 13216 514 12911 515 12902 516 12728 517 12435 518 12498 519 12264 520 12266 521 11709 522 11621 523 11809 524 11518 525 11760 526 11484 527 11320 528 11408 529 10998 530 10786 531 10636 532 10430 533 10385 534 10305 535 10088 536 9984 537 9893 538 9821 539 9814 540 9343 541 9618 542 9395 543 9370 544 9347 545 9010 546 9068 547 9012 548 8601 549 8342 550 8380 551 8335 552 8383 553 7946 554 7944 555 7691 556 7837 557 7634 558 7659 559 7597 560 7152 561 7297 562 7176 563 7019 564 6914 565 7004 566 6840 567 6936 568 6909 569 6892 570 6822 571 6610 572 6461 573 6640 574 6436 575 6274 576 6270 577 6053 578 5899 579 5925 580 5883 581 5785 582 5778 583 5677 584 5586 585 5756 586 5600 587 5520 588 5529 589 5304 590 5508 591 5222 592 5306 593 5182 594 5173 595 5037 596 4997 597 5059 598 5191 599 5098 600 4885 601 4841 602 4658 603 4840 604 4545 605 4868 606 4892 607 4831 608 4766 609 4639 610 4487 611 4733 612 4713 613 4631 614 4544 615 4380 616 4476 617 4343 618 4310 619 4333 620 4325 621 4237 622 4232 623 4366 624 4324 625 4171 626 4205 627 4072 628 4446 629 4229 630 4945 631 4319 632 4403 633 4176 634 4034 635 3878 636 3992 637 3983 638 4058 639 3963 640 4225 641 4087 642 4721 643 4352 644 4103 645 4078 646 3925 647 3822 648 3799 649 3874 650 3802 651 4041 652 3665 653 3727 654 3701 655 3550 656 3658 657 3580 658 3453 659 3560 660 3665 661 3459 662 3487 663 3686 664 3619 665 3590 666 3411 667 3550 668 3349 669 3686 670 3688 671 3562 672 3538 673 3570 674 3710 675 3560 676 3492 677 3404 678 3646 679 3561 680 3574 681 3397 682 3799 683 3395 684 3665 685 3565 686 3485 687 4055 688 3737 689 4065 690 4532 691 3860 692 4422 693 3999 694 3817 695 3334 696 3451 697 3381 698 3460 699 3525 700 4554 701 3286 702 2187 703 2308 704 2152 705 1968 706 2083 707 2222 708 2032 709 2011 710 2012 711 1896 712 2024 713 1964 714 2331 715 1998 716 2014 717 1866 718 2061 719 2228 720 2020 721 2047 722 2235 723 2133 724 2186 725 2082 726 1900 727 2131 728 1949 729 2070 730 1948 731 2004 732 2198 733 2039 734 2098 735 2191 736 1969 737 2010 738 1920 739 2129 740 1895 741 2077 742 2154 743 1890 744 2057 745 2040 746 2110 747 2077 748 2026 749 1934 750 2050 751 2036 752 2276 753 2000 754 2236 755 2027 756 2065 757 2217 758 2001 759 1975 760 2026 761 1964 762 2221 763 2288 764 2162 765 2469 766 2256 767 2399 768 2068 769 2717 770 2374 771 2062 772 2142 773 2083 774 2082 775 1968 776 1815 777 1894 778 1807 779 1973 780 1791 781 1927 782 2060 783 1920 784 1756 785 1940 786 1894