## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # CollectInsertSizeMetrics HISTOGRAM_FILE=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_CE6-M_Head_I1032_L4_insert_size_histogram.pdf MINIMUM_PCT=0.5 INPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_CE6-M_Head_I1032_L4.sorted.bam OUTPUT=JDSR_RNA_Seq_Libby_RNA_Pool_Schmitz-Libby_CE6-M_Head_I1032_L4_insert_size_metrics.txt DEVIATIONS=10.0 METRIC_ACCUMULATION_LEVEL=[ALL_READS] INCLUDE_DUPLICATES=false ASSUME_SORTED=true STOP_AFTER=0 VERBOSITY=INFO QUIET=false VALIDATION_STRINGENCY=STRICT COMPRESSION_LEVEL=5 MAX_RECORDS_IN_RAM=500000 CREATE_INDEX=false CREATE_MD5_FILE=false GA4GH_CLIENT_SECRETS=client_secrets.json USE_JDK_DEFLATER=false USE_JDK_INFLATER=false ## htsjdk.samtools.metrics.StringHeader # Started on: Fri Apr 16 14:03:47 EDT 2021 ## METRICS CLASS picard.analysis.InsertSizeMetrics MEDIAN_INSERT_SIZE MODE_INSERT_SIZE MEDIAN_ABSOLUTE_DEVIATION MIN_INSERT_SIZE MAX_INSERT_SIZE MEAN_INSERT_SIZE STANDARD_DEVIATION READ_PAIRS PAIR_ORIENTATION WIDTH_OF_10_PERCENT WIDTH_OF_20_PERCENT WIDTH_OF_30_PERCENT WIDTH_OF_40_PERCENT WIDTH_OF_50_PERCENT WIDTH_OF_60_PERCENT WIDTH_OF_70_PERCENT WIDTH_OF_80_PERCENT WIDTH_OF_90_PERCENT WIDTH_OF_95_PERCENT WIDTH_OF_99_PERCENT SAMPLE LIBRARY READ_GROUP 233 196 47 25 162482 245.308242 78.849942 18676461 FR 19 39 57 77 95 117 141 165 255 369 2447 ## HISTOGRAM java.lang.Integer insert_size All_Reads.fr_count 25 2 26 4 27 4 29 6 31 7 32 2 33 8 34 3 35 5 36 5 37 12 38 20 39 25 40 25 41 24 42 23 43 21 44 14 45 29 46 24 47 24 48 30 49 49 50 60 51 39 52 73 53 75 54 62 55 64 56 102 57 90 58 101 59 89 60 115 61 101 62 137 63 147 64 160 65 177 66 155 67 174 68 226 69 211 70 257 71 270 72 321 73 326 74 394 75 413 76 466 77 443 78 471 79 535 80 586 81 688 82 777 83 837 84 975 85 1054 86 1052 87 1190 88 1335 89 1403 90 1506 91 1648 92 1730 93 1930 94 2220 95 2331 96 2545 97 2726 98 2902 99 3087 100 3457 101 3606 102 3994 103 4222 104 4576 105 4953 106 5258 107 5606 108 5859 109 6091 110 6279 111 6761 112 7080 113 7396 114 8153 115 8597 116 8944 117 9207 118 9765 119 10053 120 10304 121 11090 122 11441 123 11619 124 12637 125 12727 126 13202 127 13412 128 14067 129 14265 130 14678 131 15391 132 16105 133 16322 134 17089 135 17162 136 18037 137 18145 138 19018 139 19208 140 19465 141 19704 142 20631 143 20102 144 901 145 688 146 531 147 540 148 707 149 1163 150 1912 151 41740 152 104419 153 102224 154 103884 155 105327 156 105876 157 108228 158 108541 159 92228 160 95187 161 92381 162 94086 163 96297 164 96542 165 98240 166 99089 167 102714 168 99069 169 104439 170 109364 171 104001 172 105590 173 106064 174 107977 175 109040 176 110187 177 111989 178 111814 179 109025 180 112729 181 112170 182 114097 183 111072 184 112634 185 114413 186 113137 187 115745 188 113912 189 114007 190 113187 191 113824 192 116891 193 119026 194 118436 195 118357 196 120558 197 116899 198 119616 199 117451 200 117070 201 117335 202 117256 203 115057 204 117079 205 116739 206 111358 207 114200 208 109912 209 110093 210 107041 211 108546 212 105612 213 105771 214 105827 215 106103 216 106708 217 104136 218 102158 219 104667 220 104401 221 100422 222 100346 223 100765 224 103859 225 105893 226 100694 227 99236 228 99504 229 101045 230 99996 231 100007 232 100496 233 97342 234 99240 235 101395 236 99245 237 102613 238 99040 239 100033 240 97178 241 96102 242 98042 243 94039 244 97196 245 101553 246 96185 247 97162 248 96663 249 97471 250 92738 251 89968 252 90099 253 91634 254 89660 255 87461 256 91583 257 86053 258 86568 259 86080 260 86803 261 86434 262 84817 263 87441 264 81222 265 80740 266 79384 267 80617 268 80146 269 77470 270 77752 271 78154 272 75375 273 74256 274 73210 275 71886 276 71402 277 71626 278 70846 279 70668 280 69962 281 70141 282 67961 283 66972 284 65982 285 65115 286 64673 287 64953 288 63337 289 65392 290 62718 291 62204 292 69077 293 60101 294 59108 295 57955 296 57249 297 57978 298 56625 299 56820 300 55941 301 55616 302 54874 303 52662 304 52139 305 51328 306 50418 307 50036 308 48997 309 50329 310 48072 311 46841 312 45858 313 45342 314 43600 315 43947 316 42742 317 41841 318 41472 319 40991 320 40596 321 40382 322 39961 323 38444 324 37734 325 36801 326 36421 327 35681 328 35560 329 35040 330 34211 331 34426 332 33157 333 33556 334 31886 335 31195 336 30946 337 30188 338 30271 339 29816 340 30148 341 29083 342 28145 343 28217 344 27595 345 27338 346 27267 347 26393 348 26167 349 26103 350 25156 351 25341 352 24979 353 25347 354 24121 355 24000 356 23696 357 23052 358 22694 359 22575 360 22157 361 22180 362 21593 363 21626 364 21304 365 20536 366 20581 367 20514 368 19663 369 19791 370 19339 371 19240 372 19060 373 18993 374 18723 375 18872 376 18887 377 17831 378 17801 379 17493 380 17305 381 17140 382 16996 383 16959 384 16564 385 16280 386 16156 387 15851 388 15542 389 15230 390 15208 391 14946 392 14629 393 14652 394 14556 395 14618 396 14044 397 13949 398 13835 399 13380 400 13141 401 12715 402 10110 403 10042 404 9764 405 9815 406 9415 407 9408 408 8990 409 8988 410 8696 411 8502 412 8512 413 8247 414 8251 415 8002 416 8012 417 7964 418 7721 419 7607 420 7349 421 7244 422 7297 423 7076 424 6925 425 6960 426 6818 427 6801 428 6473 429 6413 430 6357 431 6338 432 6033 433 6201 434 5925 435 5833 436 5881 437 5859 438 5515 439 5565 440 5450 441 5586 442 5152 443 5104 444 4915 445 4988 446 4934 447 4851 448 4899 449 4731 450 4460 451 4579 452 4454 453 4521 454 4434 455 4336 456 4393 457 4211 458 4021 459 4035 460 4112 461 3727 462 3665 463 3742 464 3570 465 3421 466 3434 467 3571 468 3380 469 3287 470 3419 471 3388 472 3136 473 3050 474 3114 475 3036 476 3033 477 3113 478 2891 479 3136 480 2867 481 2967 482 2764 483 2763 484 2796 485 2684 486 2600 487 2720 488 2511 489 2620 490 2579 491 2463 492 2501 493 2353 494 2295 495 2376 496 2254 497 2335 498 2192 499 2143 500 2110 501 2103 502 2071 503 2052 504 1957 505 1986 506 1913 507 1984 508 1944 509 1930 510 1852 511 1849 512 1870 513 1752 514 1824 515 1708 516 1717 517 1670 518 1717 519 1653 520 1640 521 1596 522 1494 523 1456 524 1583 525 1550 526 1515 527 1503 528 1539 529 1470 530 1389 531 1436 532 1452 533 1377 534 1408 535 1395 536 1338 537 1359 538 1348 539 1373 540 1319 541 1324 542 1272 543 1247 544 1281 545 1209 546 1150 547 1106 548 1158 549 1119 550 1138 551 1130 552 1094 553 1063 554 1100 555 1107 556 1066 557 1148 558 1069 559 1047 560 991 561 938 562 996 563 993 564 1034 565 1014 566 905 567 1003 568 869 569 889 570 927 571 911 572 965 573 976 574 886 575 931 576 883 577 836 578 877 579 949 580 980 581 889 582 925 583 940 584 924 585 880 586 903 587 883 588 904 589 857 590 838 591 838 592 848 593 806 594 790 595 790 596 695 597 843 598 765 599 762 600 740 601 740 602 798 603 816 604 714 605 736 606 745 607 755 608 778 609 764 610 802 611 813 612 759 613 761 614 846 615 815 616 795 617 755 618 807 619 736 620 774 621 839 622 813 623 733 624 796 625 786 626 765 627 819 628 910 629 883 630 944 631 825 632 832 633 765 634 746 635 891 636 807 637 769 638 853 639 765 640 841 641 741 642 1009 643 901 644 879 645 786 646 861 647 872 648 819 649 794 650 806 651 1021 652 901 653 944 654 765 655 799 656 740 657 825 658 723 659 684 660 780 661 878 662 842 663 861 664 786 665 780 666 889 667 875 668 846 669 883 670 890 671 858 672 864 673 854 674 850 675 912 676 851 677 905 678 1060 679 940 680 960 681 866 682 956 683 939 684 1032 685 869 686 995 687 1074 688 1052 689 1055 690 1226 691 1050 692 1281 693 1159 694 1045 695 883 696 932 697 1023 698 1080 699 989 700 1266 701 929 702 598 703 770