LocusName_JGIv2.2_PopulusTrichocarpa loci used in analyses 5' flanking seq SNP position SNP allele1 allele2 allele3 3' flanking seq concatenated seq using allele1 length concatenated NOTES allele in trichocarpa codon pos of SNP in codon residue S/N "SNP type (exon, intron, UTR, noncoding)" silent or replacement exon position of first exon base in reading frame linkage group position in linkage group direction in genome presence of stop codon in JGI annotation intron positions UTR positions location of UTR POPTR_0001s26130 172196 TGAAGGGTAACTCTCCAAGTTCACTATTTGACTGTATTCATGTTTCAATTCTKCAAACTCTAAGAAAGCATTTGGAGAACCTTTCAAATGAAGGTTCTGAATCTGCTTCTRATTGCCTGAGGTATTCCTTTTGCTCCTTACTTTTCATTTTTGTTGAAGTTGATTTTCTTTTCATTTGAAACTTAGGGTTATTGATATTTACTATTTTTAATTGACTATCAATTTAGGAGCCTTGATTGGGGTTTGTTGGACTTGRTTACGTGGCCTGTTTTCATGGTTGAGTACCTCTTGATCCATGGTTCAGGGTTGAAACCTGGATTTGATCTTAGTAGATTGAAGCTGTTCAGAAGTGACTACCACAAACAACCTGTATCTGTGAAGGTGGAGATATTAAAGTGTCT 402 C/T C T TGTGATGACATGATTGAGGCGGAAACCATCAGGWCGGAGCTTAATAGGAGATCTTCAGGAACTGACCCTGACATGGACTTTGATCGAAATGTGAATCTTGGGGGTTACAAGAAAAGGAAGACTGCGATGGATGTCTCAGGTAACTCATGCCTA TGAAGGGTAACTCTCCAAGTTCACTATTTGACTGTATTCATGTTTCAATTCTKCAAACTCTAAGAAAGCATTTGGAGAACCTTTCAAATGAAGGTTCTGAATCTGCTTCTRATTGCCTGAGGTATTCCTTTTGCTCCTTACTTTTCATTTTTGTTGAAGTTGATTTTCTTTTCATTTGAAACTTAGGGTTATTGATATTTACTATTTTTAATTGACTATCAATTTAGGAGCCTTGATTGGGGTTTGTTGGACTTGRTTACGTGGCCTGTTTTCATGGTTGAGTACCTCTTGATCCATGGTTCAGGGTTGAAACCTGGATTTGATCTTAGTAGATTGAAGCTGTTCAGAAGTGACTACCACAAACAACCTGTATCTGTGAAGGTGGAGATATTAAAGTGTCTCTGTGATGACATGATTGAGGCGGAAACCATCAGGWCGGAGCTTAATAGGAGATCTTCAGGAACTGACCCTGACATGGACTTTGATCGAAATGTGAATCTTGGGGGTTACAAGAAAAGGAAGACTGCGATGGATGTCTCAGGTAACTCATGCCTA 555 NOT PRESENT IN MATT'S REF LOCI ANNOTATIONS; GENBANK RETURNING AS NONCODING T noncoding silent LG_I POPTR_0001s26060.1 172210 CCTTGTAAATTACGGAACTGAAAAAATCCATCCATGGGGTTGGAGGCTATCTCTTGGTTCAGCTACAATCCCTGCAATTTTAATGGGTGTAGGTGCTCTTTTCCTTCCTGAGACCCCYAACAGCCTTGTAGAACAAGGAAAATTAGAAGAAGGCAGAAAAGTATTGGAGAAAGTTAGAGGTACAACTAACGTCGATGCTGAGTTTGCTGATCTTATTGATGCAAGTAACGAAGCAAAAGCCATAAAGCACCCTTTCAGGAATCTTCTTACACGGAAGAATCGCCCACAATTGATAATAGGCGCT 305 C/T C T TGGGAATCCCAATGTTTCAGCAGCTCACTGGAATGAATTCTATACTCTTCTATGCTCCTGTCTTCTTCCAAAGCTTGGGTTTTGGGTCAGGAACTTCTCTTTATTCATCTGTCATTACTAGTGGTGCACTTGTTGTCGGCGCCCTCACGTCAATGGCATTAGTAGACAAATTTGGCAGAAGAACTTTCTTTATTGAAGCTAGTATTGAAATGTTCTGCTACATGGT CCTTGTAAATTACGGAACTGAAAAAATCCATCCATGGGGTTGGAGGCTATCTCTTGGTTCAGCTACAATCCCTGCAATTTTAATGGGTGTAGGTGCTCTTTTCCTTCCTGAGACCCCYAACAGCCTTGTAGAACAAGGAAAATTAGAAGAAGGCAGAAAAGTATTGGAGAAAGTTAGAGGTACAACTAACGTCGATGCTGAGTTTGCTGATCTTATTGATGCAAGTAACGAAGCAAAAGCCATAAAGCACCCTTTCAGGAATCTTCTTACACGGAAGAATCGCCCACAATTGATAATAGGCGCTCTGGGAATCCCAATGTTTCAGCAGCTCACTGGAATGAATTCTATACTCTTCTATGCTCCTGTCTTCTTCCAAAGCTTGGGTTTTGGGTCAGGAACTTCTCTTTATTCATCTGTCATTACTAGTGGTGCACTTGTTGTCGGCGCCCTCACGTCAATGGCATTAGTAGACAAATTTGGCAGAAGAACTTTCTTTATTGAAGCTAGTATTGAAATGTTCTGCTACATGGT 531 C CUG 1 LEU SYN exon silent 1-529 3 LG_I 16513025 (reverse complement) NA 530-531 NA NA POPTR_0001s24870.1 172625 AAAATATCATGGACCTAGCGGAAAACGCAACAAGGCTGCACATCATACATTTTGGTATTCTCTATGGTTTCCCATGGCCTTCCTTAATTCAGCGTCTCTCAACAAGACCTAGTGGCCCTCCGGTGCTTTGCATTACAGGGATAGAGT 148 G/T G T TTCCCAGACTGGTTACGAGTCAGCAGCAGTACTTGAAGATATAGGGCGTTACCTGGCAAGTTATTGTGAGAAATTTAATGTCCCTTTCAATTATAATGCGATATCACAAAAATGGGAAAATGTCCAACTCGAGGACCTCAAGATCGACAGAGATGAAGTAACTGTCGTTAGCAGTTTATACAGGTTCCAGCACCTCCTTGATGAGACGGTAGCCTTGAACTGTCAGCGGGATGCCGTTCTTAACTTGATTAAGAGGATTAATCCAGCCATCTTCATCCACGGGATCATTAACGGGGCTTACAATTCTCCCTTCTTCGTTTCCCGTTTCCGGGAAGCCCTCTTCTACTACTCATCATTGTTTGATATGCTTGAAGCCAATACAGCCCGTGAAGATCCAGAGAGGATGGTGTTTGAGCAAGAGGTATTTGGAAAGG AAAATATCATGGACCTAGCGGAAAACGCAACAAGGCTGCACATCATACATTTTGGTATTCTCTATGGTTTCCCATGGCCTTCCTTAATTCAGCGTCTCTCAACAAGACCTAGTGGCCCTCCGGTGCTTTGCATTACAGGGATAGAGTGTTCCCAGACTGGTTACGAGTCAGCAGCAGTACTTGAAGATATAGGGCGTTACCTGGCAAGTTATTGTGAGAAATTTAATGTCCCTTTCAATTATAATGCGATATCACAAAAATGGGAAAATGTCCAACTCGAGGACCTCAAGATCGACAGAGATGAAGTAACTGTCGTTAGCAGTTTATACAGGTTCCAGCACCTCCTTGATGAGACGGTAGCCTTGAACTGTCAGCGGGATGCCGTTCTTAACTTGATTAAGAGGATTAATCCAGCCATCTTCATCCACGGGATCATTAACGGGGCTTACAATTCTCCCTTCTTCGTTTCCCGTTTCCGGGAAGCCCTCTTCTACTACTCATCATTGTTTGATATGCTTGAAGCCAATACAGCCCGTGAAGATCCAGAGAGGATGGTGTTTGAGCAAGAGGTATTTGGAAAGG 582 G UGU 2 CYS/PHE NONSYN exon replacement 1-582 2 LG_I 17514184 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s04700.1 177996 AATTTCAACRAATGATTAGATTGAAGAAAATGGGTGAGTGGATTTCTTGTTATTTTGTTAGGATTGTGTTCTGATCGCTATG 83 C/T C T AATGTACCAATATAATGTACGCGACATTGTTAATTCTTTTTGCAGGTTTAGAATTAAATGATTTATTGTTTGATCATCGTCCTCTTGAACTAAATGACGATGACTATCAACGAGTTTGTCAAATCCCAAAGAGAAAGGTATTCTTTAACATTTATTTATTTATTTATTTTYAATCAAATTACTGTTACATCATTGCGTCATTTATTTAATGACAAATTTTTGTTTGATCAGGGAGGAAATTTTAGGGATTTACCTGGTGTACGAGTAAGACCTGATAAGAAGGTGGAGTGGGATCCCGAAGTTCCAAGGCAATACTTGAGCTCAGGAAAACCCTTGGTATTTTGGATACTTTCTA AATTTCAACRAATGATTAGATTGAAGAAAATGGGTGAGTGGATTTCTTGTTATTTTGTTAGGATTGTGTTCTGATCGCTATGCAATGTACCAATATAATGTACGCGACATTGTTAATTCTTTTTGCAGGTTTAGAATTAAATGATTTATTGTTTGATCATCGTCCTCTTGAACTAAATGACGATGACTATCAACGAGTTTGTCAAATCCCAAAGAGAAAGGTATTCTTTAACATTTATTTATTTATTTATTTTYAATCAAATTACTGTTACATCATTGCGTCATTTATTTAATGACAAATTTTTGTTTGATCAGGGAGGAAATTTTAGGGATTTACCTGGTGTACGAGTAAGACCTGATAAGAAGGTGGAGTGGGATCCCGAAGTTCCAAGGCAATACTTGAGCTCAGGAAAACCCTTGGTATTTTGGATACTTTCTA 438 T intron silent "1-48,129-220,315-419" 2 LG_I 628286 (reverse complement) NA "49-128,221-314,420-438" NA NA POPTR_0001s11230 179806 CCGCCACATGAAGGTAATTGTTTTCTCTTCCATTACAATAACTTAAACTGGGAATGTTATCAGTAACATTTTGAGASATCATTTACTTAATATAGTMTTTTTTCTGTGATAGACYTGCAAGTATGTCCATTATGAGCTTGACCCAACACCGGATGTGTCTCCTATGGCAATGGGTGCTGCAGCACTTCCTCC 193 C/T C T CCCAAAGCTTTAAAGCCCCAGCGTGCTGAATATTGTTCAGAAGTAGAACTTGGCGAACCRCAATGGATTAATTGTGATATTCGTAATTTCAAAATGGAGATTTTAGGTCAATTTGGAGTTATCATGGCYGATCCACCATGGGACATTCATATGGAACTGCCTTATGGAACAATGGCTGATGATGAAATGCGCAACCTCAATGTCCCTGTGTTGCAAACTGATGGTCTAATTTTTCTTTGGGTTACTGGACGTGCTATGGAGCTTGGACGTGAATGGTAGGTGTATCTTTGGACATATGTTAATTATCACTGGATTAATTATATTTTGTTCATGGTTAATAATTCTGCCTTGTTGTCTGTAAAATCATGGTACATGTGAATGCCGGTTTCAATTTATACGAGTATCATGTGTTTCTTGCAGTTTAGAACTTTGGGGKTACAAGCGTGTTGAAGAGATTATTTGGGTAAWGA CCGCCACATGAAGGTAATTGTTTTCTCTTCCATTACAATAACTTAAACTGGGAATGTTATCAGTAACATTTTGAGASATCATTTACTTAATATAGTMTTTTTTCTGTGATAGACYTGCAAGTATGTCCATTATGAGCTTGACCCAACACCGGATGTGTCTCCTATGGCAATGGGTGCTGCAGCACTTCCTCCCCCCAAAGCTTTAAAGCCCCAGCGTGCTGAATATTGTTCAGAAGTAGAACTTGGCGAACCRCAATGGATTAATTGTGATATTCGTAATTTCAAAATGGAGATTTTAGGTCAATTTGGAGTTATCATGGCYGATCCACCATGGGACATTCATATGGAACTGCCTTATGGAACAATGGCTGATGATGAAATGCGCAACCTCAATGTCCCTGTGTTGCAAACTGATGGTCTAATTTTTCTTTGGGTTACTGGACGTGCTATGGAGCTTGGACGTGAATGGTAGGTGTATCTTTGGACATATGTTAATTATCACTGGATTAATTATATTTTGTTCATGGTTAATAATTCTGCCTTGTTGTCTGTAAAATCATGGTACATGTGAATGCCGGTTTCAATTTATACGAGTATCATGTGTTTCTTGCAGTTTAGAACTTTGGGGKTACAAGCGTGTTGAAGAGATTATTTGGGTAAWGA 663 Genbank gene model has no stop codons -- happens b/c 1st base is in 3rd (not 1st) position in reading frame C CCC 3 PRO SYN exon silent "1-19,113-468,614-663" 1 LG_I 6219973 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON "20-112,469-613" NA NA POPTR_0001s08440 180626 GATCAAATCAGCTCGACTTCTTGACCTTCTCATTAGAGACTACACACTTAAGTCAAGTGGCGTACACTTCAAGACAGGTATGGTGCACACTGTAGATTTACCAGCAAACTTCTCCGGCATCAAAGTCGATACAGTGAGGTTTCGATGCGGCAGTCTACGAAGATATGGTGCTCAAGTTAAGGAGTTTCATCTGGGTATTGGTGTAACTGTGCAGCCATGTGTTGAGAGACTCTTGGTAATCAGACAAAACTTGGATCTTAACTGGTCCTCTATATATTATGCTAACTATGATTTATCAGGGTATCAAATTGTGTCACCCATTTTAGGCCTTTTAGCTTACAATTTCGGCAGTGAYGTGAATGTTAGCAACTCTTTTGAGATCGGAATTCATGCTGGAGGAAAACCAATTACTATAGACTTCATCAATGTATCAACTACTGCCAACGTATCAGGAATTAGGCCATTGTGTGCTAGTTTTGAAAATGATGGTAAGGTGACATTAAGAAACCCTACATCGCCATTTGTTTGTGTGGCTACAAGGCATGG 547 A/G A G CATTATGGTTTGGTGATCAAGTCACCACCAGCACCACCACCATCAATGCAGATGATGAAAAAGAAGATCAGCCTGTGGAAAGTA GATCAAATCAGCTCGACTTCTTGACCTTCTCATTAGAGACTACACACTTAAGTCAAGTGGCGTACACTTCAAGACAGGTATGGTGCACACTGTAGATTTACCAGCAAACTTCTCCGGCATCAAAGTCGATACAGTGAGGTTTCGATGCGGCAGTCTACGAAGATATGGTGCTCAAGTTAAGGAGTTTCATCTGGGTATTGGTGTAACTGTGCAGCCATGTGTTGAGAGACTCTTGGTAATCAGACAAAACTTGGATCTTAACTGGTCCTCTATATATTATGCTAACTATGATTTATCAGGGTATCAAATTGTGTCACCCATTTTAGGCCTTTTAGCTTACAATTTCGGCAGTGAYGTGAATGTTAGCAACTCTTTTGAGATCGGAATTCATGCTGGAGGAAAACCAATTACTATAGACTTCATCAATGTATCAACTACTGCCAACGTATCAGGAATTAGGCCATTGTGTGCTAGTTTTGAAAATGATGGTAAGGTGACATTAAGAAACCCTACATCGCCATTTGTTTGTGTGGCTACAAGGCATGGACATTATGGTTTGGTGATCAAGTCACCACCAGCACCACCACCATCAATGCAGATGATGAAAAAGAAGATCAGCCTGTGGAAAGTA 631 G GGG 3 GLY SYN exon silent 1-631 3 LG_I 8486790 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s21720.1 181299 GGCTCCGACCCCCTCTGCCAATGGCTTTACGAAACTTACCTTTCCTCTGATCCTAACCTCCGTCTCATTGTCCTCTCTTTCCTTCCTCTTCTGTCTGGCATTTATCTCTCTCGGATCCACTCTTCTGATTCCTCTTCTGCTCCTTCCCTTGCTGGCTTCGAAGCTGTTCTTCTTGCCATCTATTCGTCCGAGGTTAAATCTCGTGGCGGAAAGCCTGTGGTTGTCCAAATTCCTCATCTTTCTCAACCTTCTCTTTATCATATCCCGCGAAACAAGCCGCATAAATCGCAGGTTCAGGCTCCTTCTACTGGGGTTCTGTCCCCCCCACTTGAGCCCCAGATCGCTATTAAGTCTACTAAAAGGYCTGTCATTGTTGGGGTCGCTTTGGACTGTTACTTCAAACACATCTCACAGATGCCCAGTTGGTCTAAAGTCGAATTGTGC 445 A/C A C GGTTTGCGGCCGCCTGGGCTGGACAGGATTGTGCYTGCCAAGAKAAATTTGATGAATTTGATGGTGCTGATTATTTCTTGGAGGGAAGGAATGTAATGATAAGCAGTARTGAGATTGAAGACAGCTCGGGGATCTCTGAGTCTGAGCCTAAGGGAGTAAGGATTCCTCTGCCTTGGGAGATTTTGCAGCCATTGTTGAGGATTTTAGGGCA GGCTCCGACCCCCTCTGCCAATGGCTTTACGAAACTTACCTTTCCTCTGATCCTAACCTCCGTCTCATTGTCCTCTCTTTCCTTCCTCTTCTGTCTGGCATTTATCTCTCTCGGATCCACTCTTCTGATTCCTCTTCTGCTCCTTCCCTTGCTGGCTTCGAAGCTGTTCTTCTTGCCATCTATTCGTCCGAGGTTAAATCTCGTGGCGGAAAGCCTGTGGTTGTCCAAATTCCTCATCTTTCTCAACCTTCTCTTTATCATATCCCGCGAAACAAGCCGCATAAATCGCAGGTTCAGGCTCCTTCTACTGGGGTTCTGTCCCCCCCACTTGAGCCCCAGATCGCTATTAAGTCTACTAAAAGGYCTGTCATTGTTGGGGTCGCTTTGGACTGTTACTTCAAACACATCTCACAGATGCCCAGTTGGTCTAAAGTCGAATTGTGCAGGTTTGCGGCCGCCTGGGCTGGACAGGATTGTGCYTGCCAAGAKAAATTTGATGAATTTGATGGTGCTGATTATTTCTTGGAGGGAAGGAATGTAATGATAAGCAGTARTGAGATTGAAGACAGCTCGGGGATCTCTGAGTCTGAGCCTAAGGGAGTAAGGATTCCTCTGCCTTGGGAGATTTTGCAGCCATTGTTGAGGATTTTAGGGCA 656 C CGG 1 ARG SYN exon silent 1-656 1 LG_I 11657583 NA NA NA NA NA POPTR_0004s16360.1 195487 AAGCCCTTCATAACATTGAGTGGCACACAGCCTTCAGACACTATAATAACATGGAATGATGGTGGGAACATAATGGAGTCTCCTACACTAACTGTACTGGCTTCTGATTTTGTTGGTCGATATCTCACTATTCAGGTACYTAGCTGCTTTGTATTACCTTTCATTTTCTTAATTTGCGTGGTAGAAACTTGACAAAG 198 C/T C T TGCTAAATGTTACTATATATTTTAAGGAATTTTGACTGATATCTTTTTATCTTGATTATTGTCAATAGAATACATTTGGAAGCGCAGGCAAAGCTGTTGCACTAAGGGTGTCAGGAGATAGAGCTGCATTCTATGGTTGCAGGATTCTTTCTTATCAGGATACTCTCCTCGACGACACTGGATCACATTATTATAGCAATTGCTACATTGAAGGAGCCACAGATTTCATATGCGGAAATGCTGCTTCGCTCTTTGAAGTGAGCACAACATTATTTCTGCTTAAACTAATGTTTCTACAGATTAAAACCCAAAAGAACTAGCAAYCGAAAAGAAAATTATTTCACTCGTACATTTTTCTTTTCTGCAGAGGTGTCATTTACATTCAATTTCCACAAATAATGGATCTATTACCGCTCAACATAGGAACTTGGCATCTGAGAATACTGGCTTYGTCTTCTTGGGTTGCAAAATCACCGGTGCCGGAATT AAGCCCTTCATAACATTGAGTGGCACACAGCCTTCAGACACTATAATAACATGGAATGATGGTGGGAACATAATGGAGTCTCCTACACTAACTGTACTGGCTTCTGATTTTGTTGGTCGATATCTCACTATTCAGGTACYTAGCTGCTTTGTATTACCTTTCATTTTCTTAATTTGCGTGGTAGAAACTTGACAAAGCTGCTAAATGTTACTATATATTTTAAGGAATTTTGACTGATATCTTTTTATCTTGATTATTGTCAATAGAATACATTTGGAAGCGCAGGCAAAGCTGTTGCACTAAGGGTGTCAGGAGATAGAGCTGCATTCTATGGTTGCAGGATTCTTTCTTATCAGGATACTCTCCTCGACGACACTGGATCACATTATTATAGCAATTGCTACATTGAAGGAGCCACAGATTTCATATGCGGAAATGCTGCTTCGCTCTTTGAAGTGAGCACAACATTATTTCTGCTTAAACTAATGTTTCTACAGATTAAAACCCAAAAGAACTAGCAAYCGAAAAGAAAATTATTTCACTCGTACATTTTTCTTTTCTGCAGAGGTGTCATTTACATTCAATTTCCACAAATAATGGATCTATTACCGCTCAACATAGGAACTTGGCATCTGAGAATACTGGCTTYGTCTTCTTGGGTTGCAAAATCACCGGTGCCGGAATT 685 C intron silent "1-135,267-455,566-685" 1 LG_IV 14603368 NA NA "136-266,456-565" NA NA POPTR_0004s09060.1 198372 CTTTTTGGCAGTCAAAAGCCTGGGGAMRAGGGATTCCGGSAAGYRTGGAAAAAAGAGATGGATGAAGATTCTTGTCTATGGACAGGAAGTGAAGATGAAAGTGATGATGAGAACAGTTCTGATAAAGGTRGAAATCGACTTGAMAAAGATATWCGGAAGGTAAGGCAGCAGGCGAAGGAGCACTYAGACCTTATCGATGCTGATGACAGTGATGAGTTAAGAAGTGTATGGTCTGGGAGTGATGAGGAGAAGACTTTGTGGACYGGTGATGAATGTGATGA 282 C/T C T GAGGATGATATTCCTACAGAAGCACRCCCCAATGAGGCCAGCGATAGGTATTTAGATAAMTTGTTTGAGTTTGAGGAAAAACCYAAGTATCGGACGATCTCGGAACTGTTGRAYGCRGAAAATGAACCAGAGYTGTCCCCTGGGAAGCAAGCTAGGAAACTTGCAGTTGAGAATGCCTTGAAGAAATTAAAGAAAGGGCCAGATGGGCGTTACACCAATGTGTKGGAAGTCATGAGTGATATAGACATCCTAATTGGAGCATTTGAAAATATTGNTTCTGGACCAGAGTATGAGGAGCTTC CTTTTTGGCAGTCAAAAGCCTGGGGAMRAGGGATTCCGGSAAGYRTGGAAAAAAGAGATGGATGAAGATTCTTGTCTATGGACAGGAAGTGAAGATGAAAGTGATGATGAGAACAGTTCTGATAAAGGTRGAAATCGACTTGAMAAAGATATWCGGAAGGTAAGGCAGCAGGCGAAGGAGCACTYAGACCTTATCGATGCTGATGACAGTGATGAGTTAAGAAGTGTATGGTCTGGGAGTGATGAGGAGAAGACTTTGTGGACYGGTGATGAATGTGATGACGAGGATGATATTCCTACAGAAGCACRCCCCAATGAGGCCAGCGATAGGTATTTAGATAAMTTGTTTGAGTTTGAGGAAAAACCYAAGTATCGGACGATCTCGGAACTGTTGRAYGCRGAAAATGAACCAGAGYTGTCCCCTGGGAAGCAAGCTAGGAAACTTGCAGTTGAGAATGCCTTGAAGAAATTAAAGAAAGGGCCAGATGGGCGTTACACCAATGTGTKGGAAGTCATGAGTGATATAGACATCCTAATTGGAGCATTTGAAAATATTGNTTCTGGACCAGAGTATGAGGAGCTTC 583 T GAU 3 ASP SYN exon silent 1-583 1 LG_IV 6337925 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0009s16920.1 199716 AAGGAATACACGTCTTGTTGTTCGGTATCTGAAAACAACTACTCCTTTAAATGATGTCCTTGGTATTCCATCCTAGAAATGAAAAGGGAAAAAATCAAGTGGAGACACAATTGTTTTCAAAATGATGAAAAAAGTTCAGATTCTGAATAAAGAAAATTAGATCGAATAAGAG 173 C/T C T GGACATGCATAACCATGACACAGTGCCCCTCAGAGAAGGGATTTTTAACTGTAACATTGAACATTTGGATAGTGAAATGTCCAGCGAAATCTGAAGTGACATGACAGGAACTACTCAATCCAAGTTATATACCCAAGAGCATATGATAAAGTCAATAATTCTCTCATCTCATTCCATATTGCACAACTTTATCCAAGTTAGAGCAGAGATACCTTCCACTCTTGGAAAATACCAAGCTGGCGTGCAATCCTTTCGAAGTCTGGTTGGTCCTTGTACCGGATACGTACATCACCCTCTATATTAGAGGCCTTAAGAACAGCATCAGTTCCTTGGATAGGTTTAGCTTTTCTCACAATGTCGGCAAAATGCTTTGTATACTTGTCCTGAGAAGAGCAGCATTACATAATTTATTGACTGGAATTAGATTTTAGGTCTCCTTCACTTTACATGAATTAAAAGAGTCCGTTACCTTCATCAGGTAGCTTAAA AAGGAATACACGTCTTGTTGTTCGGTATCTGAAAACAACTACTCCTTTAAATGATGTCCTTGGTATTCCATCCTAGAAATGAAAAGGGAAAAAATCAAGTGGAGACACAATTGTTTTCAAAATGATGAAAAAAGTTCAGATTCTGAATAAAGAAAATTAGATCGAATAAGAGCGGACATGCATAACCATGACACAGTGCCCCTCAGAGAAGGGATTTTTAACTGTAACATTGAACATTTGGATAGTGAAATGTCCAGCGAAATCTGAAGTGACATGACAGGAACTACTCAATCCAAGTTATATACCCAAGAGCATATGATAAAGTCAATAATTCTCTCATCTCATTCCATATTGCACAACTTTATCCAAGTTAGAGCAGAGATACCTTCCACTCTTGGAAAATACCAAGCTGGCGTGCAATCCTTTCGAAGTCTGGTTGGTCCTTGTACCGGATACGTACATCACCCTCTATATTAGAGGCCTTAAGAACAGCATCAGTTCCTTGGATAGGTTTAGCTTTTCTCACAATGTCGGCAAAATGCTTTGTATACTTGTCCTGAGAAGAGCAGCATTACATAATTTATTGACTGGAATTAGATTTTAGGTCTCCTTCACTTTACATGAATTAAAAGAGTCCGTTACCTTCATCAGGTAGCTTAAA 661 SNP SEQ IN REVERSE COMPIMENT TO REF SEQS T intron silent "1-19,106-276,590-661" 3 LG_IX 170669 (reverse complement) NA "20-105,277-589" NA NA POPTR_0009s15540.1 200118 CCACAACCATTTGTTGAAACAACAGCTTCTTTATCTTGTTCTTTCAAGTGTACTGACGAGTCACTAACACATGCTCTGGCATTATCAAACAAGACAGCTTCTCCATCACAGCCTTGTTTACCCTTATCATGACTCTTACCACTGGTAGCTGGAGMAGTAATATGCAGCGGAACCGGAGACCCAAATTCATGTCGGAAACTGGCAGCGAACTTTTCTACAGAT 223 A/G A G CCTTACAAGGGTCTTCAACAGTTGAAAAGTCAAAGCAAGGTAAAGATGGTCCATATGCTGTGCTGCATTTCTCTTTGGGCATGGTTACAAGGTGAAAGCAGGCATTTTTTTTCAACATTGGGTTTCTACTTAGAAAATTAGAGTGGTAATTAACCTTCCATGGCTGTAATGCAAATAAACTTGAAGTAGAGTTTCTGTTTTTAAGTTGATCAGCTCCTGAGGCTTTCTCTATTAAAACATCTTTAGCAGAAGTCATAWGGGTAAAAYATGGTAGATCTGCTTTCAAAATTCCCATATTTGTTTTACTCGCTTCTTGGACAGAGTCACAATGATCTGACCATGGATAAAAGCTCTGCCATTTGTCATTGTAAACAGAATTTTTTGGAAGGCCAAGCT CCACAACCATTTGTTGAAACAACAGCTTCTTTATCTTGTTCTTTCAAGTGTACTGACGAGTCACTAACACATGCTCTGGCATTATCAAACAAGACAGCTTCTCCATCACAGCCTTGTTTACCCTTATCATGACTCTTACCACTGGTAGCTGGAGMAGTAATATGCAGCGGAACCGGAGACCCAAATTCATGTCGGAAACTGGCAGCGAACTTTTCTACAGATACCTTACAAGGGTCTTCAACAGTTGAAAAGTCAAAGCAAGGTAAAGATGGTCCATATGCTGTGCTGCATTTCTCTTTGGGCATGGTTACAAGGTGAAAGCAGGCATTTTTTTTCAACATTGGGTTTCTACTTAGAAAATTAGAGTGGTAATTAACCTTCCATGGCTGTAATGCAAATAAACTTGAAGTAGAGTTTCTGTTTTTAAGTTGATCAGCTCCTGAGGCTTTCTCTATTAAAACATCTTTAGCAGAAGTCATAWGGGTAAAAYATGGTAGATCTGCTTTCAAAATTCCCATATTTGTTTTACTCGCTTCTTGGACAGAGTCACAATGATCTGACCATGGATAAAAGCTCTGCCATTTGTCATTGTAAACAGAATTTTTTGGAAGGCCAAGCT 619 G noncoding silent 1-619 2 LG_IX 939778 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0009s12850.1 201033 TGTCGGGGTTGCCCATAATGGGAATTTAGTGAATTATAGGAAATTAAGGGCTATCCTTGAAGAAAATGGTTCGATTTTTAATACTAGTTCTGATACTGAAGTTGTTTTGCATTTGATTGCCACATCAAAAACTAGACCTTTCTTTTTGAGGATTGTTGATGCTTGCGAGAAGCTTGAAGGGGCTTATTCTATGGTCTTTCTTACCGAGGATAAGTTGGTAGCTGTGAGGGAYCCTTATGGTTTTAGGCCTCTGGTGATGGGAAGGAGGAGTAACGGTGCTGTTGTGTTTGCTTCTGAGACATGTGCTCTTGATTTGATTGAGGCCACATATGAGAGAGAGGTTTATCCTGGTGAAGTTTTAGTGGTGGACAAAGACGGGGTTCAATCTCTTTGCCTAATGCCCCACCCTGAACCGAAACA 421 A/G A G TGCATATTTGAGCATATTTATTTTTCTTTGCCTAATTCAATAGTATTTGGCAGGTCTGTTTATGAGTCAAGGCATATTTTCGGGGAAATACTTGCTACTGAGGCTCCTGTTGATTGCGATGTAGTGATTGCGGTCCCGGACTCT TGTCGGGGTTGCCCATAATGGGAATTTAGTGAATTATAGGAAATTAAGGGCTATCCTTGAAGAAAATGGTTCGATTTTTAATACTAGTTCTGATACTGAAGTTGTTTTGCATTTGATTGCCACATCAAAAACTAGACCTTTCTTTTTGAGGATTGTTGATGCTTGCGAGAAGCTTGAAGGGGCTTATTCTATGGTCTTTCTTACCGAGGATAAGTTGGTAGCTGTGAGGGAYCCTTATGGTTTTAGGCCTCTGGTGATGGGAAGGAGGAGTAACGGTGCTGTTGTGTTTGCTTCTGAGACATGTGCTCTTGATTTGATTGAGGCCACATATGAGAGAGAGGTTTATCCTGGTGAAGTTTTAGTGGTGGACAAAGACGGGGTTCAATCTCTTTGCCTAATGCCCCACCCTGAACCGAAACAATGCATATTTGAGCATATTTATTTTTCTTTGCCTAATTCAATAGTATTTGGCAGGTCTGTTTATGAGTCAAGGCATATTTTCGGGGAAATACTTGCTACTGAGGCTCCTGTTGATTGCGATGTAGTGATTGCGGTCCCGGACTCT 565 G CAG 3 GLN SYN exon silent 1-565 3 LG_IX 2514154 NA NA NA NA NA POPTR_0009s10570.1 201675 GTGTCACTCGKTGCCAATTTACTGTATATTCTGATTCGTCAGATGGAAATTTTACTGGAACAAAGTCATTTTCATTGCAACTGCCGTTGTTAATATTCTGGGTGAACTTTGCTTCAGTAAACGTGATACTGAATCTTCTGAAGGATGCTGAAAARTCTGTTGAAAGGAGTATCCAGAGGAATGGATTTCCATCTGTCAATAAGAAGCATGAATCATCTCATGGAAATATGAAAAAAGGTTCAAGTTCTAGGGTTTCAACATTGACCTCTACAGAAAATTTGCAAGGTAGTATATCAGTCCTTAA 305 G/T G T GCGAGGGTAATACTATGTTTCCCATTTGTAAGCGGTGGAGATATTGGAGGCCACTCTCCCTGGAATCAATTTATTGCTGTTGATATTTCTTCACCGTCGATCTTGGAAAGCCCAACATCGAATTCCAGTTCGTGGAAAAGGCATGCACCMAGGACMATATGTTCTTTGCATTTGAATGTWAGTAATCTCAAGGTTTACTTGGTCAATCCAGCATGTAATGATGATGGAACTACCTTGTCTACTTTGAYGCCAAGGTATAGATTTTGTGCACAGAAGATTGTGTCTGTGAGTAATAGAGCTGGTTGCCTATGTACAATTAGTATGCTTTGGCAGGAAGACCCYGTGACTGGTCCTTGGATAGCTGAGAAAGCCAAGTCTCT GTGTCACTCGKTGCCAATTTACTGTATATTCTGATTCGTCAGATGGAAATTTTACTGGAACAAAGTCATTTTCATTGCAACTGCCGTTGTTAATATTCTGGGTGAACTTTGCTTCAGTAAACGTGATACTGAATCTTCTGAAGGATGCTGAAAARTCTGTTGAAAGGAGTATCCAGAGGAATGGATTTCCATCTGTCAATAAGAAGCATGAATCATCTCATGGAAATATGAAAAAAGGTTCAAGTTCTAGGGTTTCAACATTGACCTCTACAGAAAATTTGCAAGGTAGTATATCAGTCCTTAAGGCGAGGGTAATACTATGTTTCCCATTTGTAAGCGGTGGAGATATTGGAGGCCACTCTCCCTGGAATCAATTTATTGCTGTTGATATTTCTTCACCGTCGATCTTGGAAAGCCCAACATCGAATTCCAGTTCGTGGAAAAGGCATGCACCMAGGACMATATGTTCTTTGCATTTGAATGTWAGTAATCTCAAGGTTTACTTGGTCAATCCAGCATGTAATGATGATGGAACTACCTTGTCTACTTTGAYGCCAAGGTATAGATTTTGTGCACAGAAGATTGTGTCTGTGAGTAATAGAGCTGGTTGCCTATGTACAATTAGTATGCTTTGGCAGGAAGACCCYGTGACTGGTCCTTGGATAGCTGAGAAAGCCAAGTCTCT 685 G AAG 3 LYS/ASN NONSYN exon replacement "1-168,238-685" 2 LG_IX 3873830 NA NA 169-237 NA NA POPTR_0009s07910.1 202491 TCAACTCAAGACAATCAGGTGAGAGCTTGAAGCCGATAATTTTATCAATCTCTGTGATAGCYGCTCTAATCTGCTTCTCTTCCACCTTCATAACAGCTCTGAATTTGTATGGAAATGAAAGGGTTGGATCCAGTTCAGTTGCAGTATTCATATCCATTATCTTCTCCTGTCCAACACCATACAGAGATCGCTCTTGGTACATCCACCCAACTGGTTTATGCTTGAAAATAAGAGAGTTCATCAACCTAAATGC 254 C/T C T GAATATTGTTGCCCTTGTTTGTACTTGGTCCTTGCAACACCTGCTAATGAATAAAMGTGACCTGCCTCGACAGCTGCCTCAAAATAGAATTGGGCACCCTTGTACTCTTTTCTCTCGAGCATTACGCAACCCAGTTGATGCAAAGCAAGTGCCTTCTGCCACTTTTCTGTTGCAAACTCTTCCAACCCCTCCAATAACATCACTGCTGCGTTTGATGCCATATTCTCCTCCATGGCAACCTGGCTCAGGAAATAAYAGAGCAAGAAGGAAGCATGCCCCAGCATGGCCAATCTCTCCCTTGCCTCTGAATTACAAAAAACACTCATCACTTTGTGGTTATACAAAGAATTTGGGAGCTCTCTTAGAAACACCTGCAAACAAGAGGCTACGA TCAACTCAAGACAATCAGGTGAGAGCTTGAAGCCGATAATTTTATCAATCTCTGTGATAGCYGCTCTAATCTGCTTCTCTTCCACCTTCATAACAGCTCTGAATTTGTATGGAAATGAAAGGGTTGGATCCAGTTCAGTTGCAGTATTCATATCCATTATCTTCTCCTGTCCAACACCATACAGAGATCGCTCTTGGTACATCCACCCAACTGGTTTATGCTTGAAAATAAGAGAGTTCATCAACCTAAATGCCGAATATTGTTGCCCTTGTTTGTACTTGGTCCTTGCAACACCTGCTAATGAATAAAMGTGACCTGCCTCGACAGCTGCCTCAAAATAGAATTGGGCACCCTTGTACTCTTTTCTCTCGAGCATTACGCAACCCAGTTGATGCAAAGCAAGTGCCTTCTGCCACTTTTCTGTTGCAAACTCTTCCAACCCCTCCAATAACATCACTGCTGCGTTTGATGCCATATTCTCCTCCATGGCAACCTGGCTCAGGAAATAAYAGAGCAAGAAGGAAGCATGCCCCAGCATGGCCAATCTCTCCCTTGCCTCTGAATTACAAAAAACACTCATCACTTTGTGGTTATACAAAGAATTTGGGAGCTCTCTTAGAAACACCTGCAAACAAGAGGCTACGA 645 SNP SEQ IN REVERSE COMPLIMENT TO REF SEQS C UCG 3 SER SYN exon silent 1-645 2 LG_IX 5609864 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0005s22630.1 205286 TCAGACTCTCCACACAAGGATCATTGAGAAGAAGAATCAAAATGACATTTCCAGGCTAAARAAAGATAAGGAGCGGCCGGAAAAGCAAATCAAGACGGTGGTTGCAACGGCAGCATCGCCTGAATCTTACGGAACTGGGCTTTCYGGGCAGCTCATGGCGACTTTGGAGTCAGGGGTGACCCTTGGCTCTGGAGAGTATTTCATGGATGTGTTTATCGGTACCCCTCCTAAACACTACTCTTTGATTCTTGATACTGGTAGTGACCTTAATTGGATTCAATGCGTTCCTTGTCATGATTGTTTTGAGCAAAATGGACCTTATTACGATCC 331 C/T C T AAGGAGTCTAGTTCCTTTAGGAATATAGGTTGCCATGATCCTCGGTGTCATTTGGTTTCTTCTCCTGATCCTCCTCTGCCTTGCAAGGCTGAAAATCAGACATGCCCTTATTTCTATTGGTACGGTGATAGCTCTAATACAACCGGTGATTTTGSAACTGAAACATTCACGGTTAATCTCACATCGCCTACCGGGAAGTCAGAATTTAAGAGAGTGGAGAATGTTATGTTTGGTTGTGGTCATTGGAATAGAGGCTTGTTCCATGGGGCCTCAGGATTGTTAGGACTTGGGAGAGGGCCTCTTTCATTCTCCTCCCAGCTTCAGTCTCTATATGGTCA TCAGACTCTCCACACAAGGATCATTGAGAAGAAGAATCAAAATGACATTTCCAGGCTAAARAAAGATAAGGAGCGGCCGGAAAAGCAAATCAAGACGGTGGTTGCAACGGCAGCATCGCCTGAATCTTACGGAACTGGGCTTTCYGGGCAGCTCATGGCGACTTTGGAGTCAGGGGTGACCCTTGGCTCTGGAGAGTATTTCATGGATGTGTTTATCGGTACCCCTCCTAAACACTACTCTTTGATTCTTGATACTGGTAGTGACCTTAATTGGATTCAATGCGTTCCTTGTCATGATTGTTTTGAGCAAAATGGACCTTATTACGATCCCAAGGAGTCTAGTTCCTTTAGGAATATAGGTTGCCATGATCCTCGGTGTCATTTGGTTTCTTCTCCTGATCCTCCTCTGCCTTGCAAGGCTGAAAATCAGACATGCCCTTATTTCTATTGGTACGGTGATAGCTCTAATACAACCGGTGATTTTGSAACTGAAACATTCACGGTTAATCTCACATCGCCTACCGGGAAGTCAGAATTTAAGAGAGTGGAGAATGTTATGTTTGGTTGTGGTCATTGGAATAGAGGCTTGTTCCATGGGGCCTCAGGATTGTTAGGACTTGGGAGAGGGCCTCTTTCATTCTCCTCCCAGCTTCAGTCTCTATATGGTCA 669 T CCU 3 PRO SYN exon silent 1-669 3 LG_V 14036413 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0005s23440.1 205524 GAGGATAGAGATAGACAAACAGGCCAGTCAAGGTACTGTTTGGTGGCCTGTAAGCAAATGGTTGGAGTATTTCTAACAGTATGGGTAAAGAGCGATCTTAGAGATGATGTTCGCAATCTMAAAGTGTCTTGTGTGGG 138 C/G C G AGAGGATTGATGGGTTATCTCGGAAACAAGGTACATTTTCCTTNNNATGAATTTGATAGCAAAATTGTGATGAACTAGGAAAAAAARGTTGCACTCTTATTCTCTTAATTTGGGTTTTCCAGGGCTCGATTTCAATTAGCATGGCATTGCACCAAACAAGCTTTTGCTTCATCTGTAGCCATTTGACATCTGGGCAGAAGGAGGGAGACGAGCTGCGGAGAAACTCTGATGTTATGGAGATCCTTAGGAAGACAAGGTTTCCTAGAGTTCATTCCAGAGGAGACAAAAACTCCCCTCAAACAATTCTAGAGCATGAGTAAGGCATTACTGATTCTCTGTGTTCATTTTCAGAACGTTTGCTCTTTATTTTGGGCCAATCAACATGCTGTCTAAATCGTCATTGCCTTGACAGTCGAATCATTTGGCTTGGTGATTTGAAT GAGGATAGAGATAGACAAACAGGCCAGTCAAGGTACTGTTTGGTGGCCTGTAAGCAAATGGTTGGAGTATTTCTAACAGTATGGGTAAAGAGCGATCTTAGAGATGATGTTCGCAATCTMAAAGTGTCTTGTGTGGGCAGAGGATTGATGGGTTATCTCGGAAACAAGGTACATTTTCCTTNNNATGAATTTGATAGCAAAATTGTGATGAACTAGGAAAAAAARGTTGCACTCTTATTCTCTTAATTTGGGTTTTCCAGGGCTCGATTTCAATTAGCATGGCATTGCACCAAACAAGCTTTTGCTTCATCTGTAGCCATTTGACATCTGGGCAGAAGGAGGGAGACGAGCTGCGGAGAAACTCTGATGTTATGGAGATCCTTAGGAAGACAAGGTTTCCTAGAGTTCATTCCAGAGGAGACAAAAACTCCCCTCAAACAATTCTAGAGCATGAGTAAGGCATTACTGATTCTCTGTGTTCATTTTCAGAACGTTTGCTCTTTATTTTGGGCCAATCAACATGCTGTCTAAATCGTCATTGCCTTGACAGTCGAATCATTTGGCTTGGTGATTTGAAT 578 C noncoding silent "1-168,261-454,551-578" 1 LG_V 14692736 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON "169-260,455-550" NA NA POPTR_0005s24980.1 205970 ACTAATATTTTGGTACACATGTACAGCAAGGCAGGAAATCTTGACCGTGCTAGAGAAGCAT 62 C/T C T GGAAAGCTTGAGGAGACTTGGTTTCCGACCAGACAGAGAGATCTACAATTCGATGATCATGGCATATGTAAATGCTGGTCAACCTAAGTTGGCTGAATTATTGATGAGAGAGATGGAGGCAAGAGACATCAAGCCTACAATGGAGATCTACATGACTTTGCTTCGGTCATTTTCACAACATGGAGATGTTGGTGGAGCTGGACGAATTGCAACCACAATGCAGTTTGCAGGATTCCAGCYGAATTTGGAGTCTTGTACATTGCTTGTTGAGACATTTGGGCAAGTTGGTGATCCTGATCAGGCAAGAAACAACTTTGACTATTTGATGAGGCTTGGACACAAGCCTGATGACAGGTGCACTGCAGGCATGATTGCAGCTTATGAGAAAAAGAATATGTTGGATAAGGCTCTCAAACTTTTGTTAGAGCTCGAGCAGGATGGCTTTGAGCCTGGACTTGCTACTGACACTGTCCTTGTCRATTGGTTGGGGAAATTGCAGCTGGTTGATGAGGTTGAGCAGCTATTGGGCAGGATTGCTGAGCAGGGCGAGGCTCCTCCTCTCAAGATTCAAGTTAGCCTTTGTGATATGTATGCAAGGGCTGGG ACTAATATTTTGGTACACATGTACAGCAAGGCAGGAAATCTTGACCGTGCTAGAGAAGCATCGGAAAGCTTGAGGAGACTTGGTTTCCGACCAGACAGAGAGATCTACAATTCGATGATCATGGCATATGTAAATGCTGGTCAACCTAAGTTGGCTGAATTATTGATGAGAGAGATGGAGGCAAGAGACATCAAGCCTACAATGGAGATCTACATGACTTTGCTTCGGTCATTTTCACAACATGGAGATGTTGGTGGAGCTGGACGAATTGCAACCACAATGCAGTTTGCAGGATTCCAGCYGAATTTGGAGTCTTGTACATTGCTTGTTGAGACATTTGGGCAAGTTGGTGATCCTGATCAGGCAAGAAACAACTTTGACTATTTGATGAGGCTTGGACACAAGCCTGATGACAGGTGCACTGCAGGCATGATTGCAGCTTATGAGAAAAAGAATATGTTGGATAAGGCTCTCAAACTTTTGTTAGAGCTCGAGCAGGATGGCTTTGAGCCTGGACTTGCTACTGACACTGTCCTTGTCRATTGGTTGGGGAAATTGCAGCTGGTTGATGAGGTTGAGCAGCTATTGGGCAGGATTGCTGAGCAGGGCGAGGCTCCTCCTCTCAAGATTCAAGTTAGCCTTTGTGATATGTATGCAAGGGCTGGG 666 T UUG 2 SER/LEU NONSYN exon replacement 1-666 1 LG_V 15855139 NA NA NA NA NA POPTR_0007s06510.1 217827 ATCKTGTGATGATTTTGGTAATCAGCCCGTGGAGCGAGCTCTTGAATATATCTTTGGTCTCTCAAACAAATCACTTGGTCCATTGACTGGTYCAGTTGACACTAAATTAGTTCGCTCTATTTTAAAAAATGAGTTTTCYAAGTTTTGTATCAAATCTGGTGATTTGGTTGATAATAGAGACGGGATTCATATCAGTAAAGATGGTTGTGAATCTCAGGTGGTYGGGCTTGAAGAAGTGAGCATCTGTGGTGATATTRGAATCATTAAACACCCTTTGCATGTAGAAAGCTTAGCAATGTTCAGTAGTGCTAGGTCCAATG 321 C/G C G TTGTGTTTGGAAAGGGAAATGGATGTATGAAGTTCTATTGGAAACTTGTGGTGTACAGCAGCTTGGATGGGCAACTCGTTCTTGTCCTTTTACTGATCACAAGGGTGTAGGTGATGCAGATGATTCATATGCATTCGATGGGAAAARGGTTAGTAAGTGGAACAAGGAYGCTGAGCCATATGGTCAGCCATGGGTTGTTGGTGATGTCATTGGATGTTGCATTAATCTGGATCATGATGAGATATTGTTCTATAGAAATGGTGTATCCCTTGGAGTGGCCTTTCGTGGTATCCGCAAGATGGGACCTGGATCTGGGTATTACCCAGCAATCTCTCTTTCTCAAGGTGAACGYTGTGAATTAAATTTTGGGGCTCGTCCCTTCAAGTACCCCATTCAGGGG ATCKTGTGATGATTTTGGTAATCAGCCCGTGGAGCGAGCTCTTGAATATATCTTTGGTCTCTCAAACAAATCACTTGGTCCATTGACTGGTYCAGTTGACACTAAATTAGTTCGCTCTATTTTAAAAAATGAGTTTTCYAAGTTTTGTATCAAATCTGGTGATTTGGTTGATAATAGAGACGGGATTCATATCAGTAAAGATGGTTGTGAATCTCAGGTGGTYGGGCTTGAAGAAGTGAGCATCTGTGGTGATATTRGAATCATTAAACACCCTTTGCATGTAGAAAGCTTAGCAATGTTCAGTAGTGCTAGGTCCAATGCTTGTGTTTGGAAAGGGAAATGGATGTATGAAGTTCTATTGGAAACTTGTGGTGTACAGCAGCTTGGATGGGCAACTCGTTCTTGTCCTTTTACTGATCACAAGGGTGTAGGTGATGCAGATGATTCATATGCATTCGATGGGAAAARGGTTAGTAAGTGGAACAAGGAYGCTGAGCCATATGGTCAGCCATGGGTTGTTGGTGATGTCATTGGATGTTGCATTAATCTGGATCATGATGAGATATTGTTCTATAGAAATGGTGTATCCCTTGGAGTGGCCTTTCGTGGTATCCGCAAGATGGGACCTGGATCTGGGTATTACCCAGCAATCTCTCTTTCTCAAGGTGAACGYTGTGAATTAAATTTTGGGGCTCGTCCCTTCAAGTACCCCATTCAGGGG 721 C GCU 2 ALA/GLY NONSYN exon replacement 1-721 3 LG_VII 5011034 NA NA NA NA NA POPTR_0007s06550.1 217840 TTCAGTTTGGTAATGAGCTGTTTCTGATTTTAGTGTATATGTCCAAATAAATTGCTGTTTCAAAGTGATTTCCTTGAAGTTTACATGGGTAGTGCTGTTCTTCCAYTATTCTTTTTCCTGGTTCCAGGTTTTGGAAGTGATGCAGCTAACCCTCATTTGCCTCATAATCACGAGCC 177 C/T C T AATCAAGTTGTGTACACTGGAACTCATGATAATGACACGGTAGAAAATCATCTATACCCTTGGCCATTTTTATCTGCTGCCCCATTCCCCATCTTATGACCATGTGAATNNNGCAGCAGGTTCTGCTTTTCTAGAATACTNGTTATGATATCCTGCTGGACATAGTTTATGGTTTGCAAATGGGATCCTAGYTTTAGTCCTAAAAAACCTGAGAATATGGTTTATTCTAATTCCTTAATCTTAACAATTTCTTTAGTAAGTTAGAAGGTGTGGCCTGATAACGGTTTTTGTTTGTGTATTTAYAACAGATTCGAGGTTGGTGGGATGTTTTGAAACAAGAAGAGAAATCAAATGTAAGCGTTTTTGGTAGTCTTGATCCCCCTTTTAACAYGTGAATTCCCATGCCCRTGCATTTAATGAGGACTTRTGTTTCCCTGCTAWTTCAGGTCCARAAGTAYCTTTYGATTCATGAAGAAAA TTCAGTTTGGTAATGAGCTGTTTCTGATTTTAGTGTATATGTCCAAATAAATTGCTGTTTCAAAGTGATTTCCTTGAAGTTTACATGGGTAGTGCTGTTCTTCCAYTATTCTTTTTCCTGGTTCCAGGTTTTGGAAGTGATGCAGCTAACCCTCATTTGCCTCATAATCACGAGCCCAATCAAGTTGTGTACACTGGAACTCATGATAATGACACGGTAGAAAATCATCTATACCCTTGGCCATTTTTATCTGCTGCCCCATTCCCCATCTTATGACCATGTGAATNNNGCAGCAGGTTCTGCTTTTCTAGAATACTNGTTATGATATCCTGCTGGACATAGTTTATGGTTTGCAAATGGGATCCTAGYTTTAGTCCTAAAAAACCTGAGAATATGGTTTATTCTAATTCCTTAATCTTAACAATTTCTTTAGTAAGTTAGAAGGTGTGGCCTGATAACGGTTTTTGTTTGTGTATTTAYAACAGATTCGAGGTTGGTGGGATGTTTTGAAACAAGAAGAGAAATCAAATGTAAGCGTTTTTGGTAGTCTTGATCCCCCTTTTAACAYGTGAATTCCCATGCCCRTGCATTTAATGAGGACTTRTGTTTCCCTGCTAWTTCAGGTCCARAAGTAYCTTTYGATTCATGAAGAAAA 655 C CCC 3 PRO SYN exon silent "1-9,128-216,486-530,624-655" 2 LG_VII 5060691 NA NA "10-127,217-485,531-623" NA NA POPTR_0007s06900.1 217949 CGAATCCTCCACCAAACAACACCCACAATTCCCCGAAACCCTA 44 A/G A G CCGGTCTGCGAGCTCGATTATCCGCCGAATCCCCTGCGSTTGGCGATTTCATCGACCTCCAATCCAACAACACCTACTCCGTCGAAGTTGGAACAAAAAAGAAATCACTCCCAAAACCTAAATGGATGAGAGAAGCCATTCCGGGCGGCGAAAAGTACGTTCAGATTAAGAAGAAATTGAGAGAATTGAAACTCCATACTGTTTGCGAAGAAGCTAAATGTCCTAATTTGGGGGAGTGCTGGTCCGGTGGCGAAACCGGCACTGCCACTGCTACGATTATGATTCTCGGCGATACTTGTACTCGTGGCTGCCGGTAATATGAATAATTGTAAAGTTTATAAGTATTTGTTGAATGATWGTTGGAATGAATGTAGGATGTTTGGATTTATTTTGTTGYAGGTTTTGTAATGTGAAGACATCGCGGACGCCTCCTCCGCCTGACCCGAATGAGCCTACTAATGTGGCAGAGGCAATTGCGTCGTGGGGTTTGGATTATGTTGTGATCACGAGTGTGGATCGTGATGATTTGACTGATCAAGGGAGTGGTCATTTTGCGGA CGAATCCTCCACCAAACAACACCCACAATTCCCCGAAACCCTAACCGGTCTGCGAGCTCGATTATCCGCCGAATCCCCTGCGSTTGGCGATTTCATCGACCTCCAATCCAACAACACCTACTCCGTCGAAGTTGGAACAAAAAAGAAATCACTCCCAAAACCTAAATGGATGAGAGAAGCCATTCCGGGCGGCGAAAAGTACGTTCAGATTAAGAAGAAATTGAGAGAATTGAAACTCCATACTGTTTGCGAAGAAGCTAAATGTCCTAATTTGGGGGAGTGCTGGTCCGGTGGCGAAACCGGCACTGCCACTGCTACGATTATGATTCTCGGCGATACTTGTACTCGTGGCTGCCGGTAATATGAATAATTGTAAAGTTTATAAGTATTTGTTGAATGATWGTTGGAATGAATGTAGGATGTTTGGATTTATTTTGTTGYAGGTTTTGTAATGTGAAGACATCGCGGACGCCTCCTCCGCCTGACCCGAATGAGCCTACTAATGTGGCAGAGGCAATTGCGTCGTGGGGTTTGGATTATGTTGTGATCACGAGTGTGGATCGTGATGATTTGACTGATCAAGGGAGTGGTCATTTTGCGGA 602 G noncoding silent "1-357,444-602" 3 LG_VII 5361841 NA PREMATURE_STOP_CODON 358-443 NA NA POPTR_0007s07760.1 218199 GCTATGAGCTCTTTACARGGTTACTACGGGCTWAAGCCGAAAGATCAAAAGAACACRTCTAAAGGTTTTGAGATGGCAGTCAACAGGAATGRATATTCTCATCATCTGGAAGGTGGYCTGTATCTTAAACCRTCACCAGCTTCCCACCCGCCTTTGTGCCTCCATCGGAAAACTAGAAGCTGGGTYAATGAGTTACTTGACGAGAACAWTGAACTGGTTAACAAATTATTCCTTGATGA 240 A/T A T GCAAAGGAAATTGAGTCTGAGAAATTGRTGAGGCGTCGTCAGAAATCAGAAACTGATTTCACTTCCATCBACTCTGACTTGCTGATWAGAGAGGAAAACAGCGGGGCTGCTTTCTCGACAATCACTGGAAAATGCTTRGCCCTCAGACCCAAAGCAGGAAACCGARCYACAAAAAATGTTGAGGCAGCTGGTTTGATCTCTGCACAATCAGGTCCCAGAGATGTGGCTGATGGATTTCCCATGGTTAGGAAGTCATCAAGCACGCCTAGTTTGAATGATCARGACAGTATTAGTTCTTCCATCTGGCCAACATCGAA GCTATGAGCTCTTTACARGGTTACTACGGGCTWAAGCCGAAAGATCAAAAGAACACRTCTAAAGGTTTTGAGATGGCAGTCAACAGGAATGRATATTCTCATCATCTGGAAGGTGGYCTGTATCTTAAACCRTCACCAGCTTCCCACCCGCCTTTGTGCCTCCATCGGAAAACTAGAAGCTGGGTYAATGAGTTACTTGACGAGAACAWTGAACTGGTTAACAAATTATTCCTTGATGAAGCAAAGGAAATTGAGTCTGAGAAATTGRTGAGGCGTCGTCAGAAATCAGAAACTGATTTCACTTCCATCBACTCTGACTTGCTGATWAGAGAGGAAAACAGCGGGGCTGCTTTCTCGACAATCACTGGAAAATGCTTRGCCCTCAGACCCAAAGCAGGAAACCGARCYACAAAAAATGTTGAGGCAGCTGGTTTGATCTCTGCACAATCAGGTCCCAGAGATGTGGCTGATGGATTTCCCATGGTTAGGAAGTCATCAAGCACGCCTAGTTTGAATGATCARGACAGTATTAGTTCTTCCATCTGGCCAACATCGAA 557 T GAU 3 GLU/ASP NONSYN exon replacement 1-557 1 LG_VII 6271396 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0010s17740.1 226480 GCAGCATCCGAGCMCCACCAGTATATCTGAGGCCTATTTGATACCTAAATATCACGAAAAACAACATAAATCAGTTTTCTATGTTATGAATCTGAATAWTGAATGCCTAACACTTACCGTACSCCGTTGCACAGTAGAAATCAATTAAAAGCTATTACTAATTAACAWTCGGATTTCCACGACAAAATTCATTACAAAAATTTTAAAAATAGATGACAAGGACTTCAAATAGCTAGCTAACTTACTGCAAATCGTTGACACGGCGAGAAGTTCTCCTCTCAACATTCCTAACAGACAATGGTTCATCCCCTARAGAGAACTGCTTAATTTCAACTCTCTCAACATAATCAGGCTTCTTCAAATTATCAATAACAGGCTGCAACAACCCAATGAGCCAATTCTCAATC 408 C/T C T CACCTCTGTAAACCTTCCACAACTTCCCTAACACCATATTAACCCACTCAACAGACTCTTTTCTCWGCAAATCCTTCTCCAAAAACAAAGAAAAGCTGGTGGGCACTTGCGGCCACGCCCCGCCACGCTTTCCTTCCTCRTTGCTTTTATCTTTCTTTCTTGAATTCCACGCTTTATCAAAAACAACGCCAACAAAAAAGAAAAACACAAATAACCCAACAATATTTCTATTAATTGGAGGCGATGGTATTGGGTGTATCACTCCTAATTG GCAGCATCCGAGCMCCACCAGTATATCTGAGGCCTATTTGATACCTAAATATCACGAAAAACAACATAAATCAGTTTTCTATGTTATGAATCTGAATAWTGAATGCCTAACACTTACCGTACSCCGTTGCACAGTAGAAATCAATTAAAAGCTATTACTAATTAACAWTCGGATTTCCACGACAAAATTCATTACAAAAATTTTAAAAATAGATGACAAGGACTTCAAATAGCTAGCTAACTTACTGCAAATCGTTGACACGGCGAGAAGTTCTCCTCTCAACATTCCTAACAGACAATGGTTCATCCCCTARAGAGAACTGCTTAATTTCAACTCTCTCAACATAATCAGGCTTCTTCAAATTATCAATAACAGGCTGCAACAACCCAATGAGCCAATTCTCAATCCCACCTCTGTAAACCTTCCACAACTTCCCTAACACCATATTAACCCACTCAACAGACTCTTTTCTCWGCAAATCCTTCTCCAAAAACAAAGAAAAGCTGGTGGGCACTTGCGGCCACGCCCCGCCACGCTTTCCTTCCTCRTTGCTTTTATCTTTCTTTCTTGAATTCCACGCTTTATCAAAAACAACGCCAACAAAAAAGAAAAACACAAATAACCCAACAATATTTCTATTAATTGGAGGCGATGGTATTGGGTGTATCACTCCTAATTG 679 SNP SEQ IN REVERSE COMPLIMENT TO REF SEQS C GGG 2 GLY/GLU NONSYN exon replacement "1-434,636-679" 1 LG_X 15493147 (reverse complement) NA 435-635 NA NA POPTR_0010s18610.1 226768 GAYGACTTTCCATGAACAAGAGGAGGTATTTCTGAATGTAAATGCTGCTGATGCCTCTTTGAAGGATGAAGCCAATGGTACTGGTGAAGTAGTAGAATCACAACGTAGTGACAAGAGGAAATTACAGGATGAGCAAGCTGATAAGGACAAGCAAGCTGATAAGAAGGTATCTTATTTCATATCTTCTTTTGTCATACAACTATTGAAGATGGAAACTTGCCTCTTTTCTAGTAACCTTGTTCATGCAAGTTGGTTTTAAGAACGACTGACAGTATACCACTGTAGCCTGCTGTTCCCATTATTATCAAATATTTTCATGGGTTTTGGGACTATAAAAATTGAATATACAACAAAATTAATTACAACAAGAATGAAGGTACAGCAGCWTACATGATGACTTTTTGGGATATTTGTTGTTTGTCTCTTAATTTGGATAGTATGTTTTTGGCTGTGCTTACCTCCTTGTTATGTATCTTGCAGGAAGCCAATAAGGCCCCTGATAG 504 G/T G T TGGTTTGAATTGAAAGTCAATACGCATGTTTATGTAACTGGGTTGCC GAYGACTTTCCATGAACAAGAGGAGGTATTTCTGAATGTAAATGCTGCTGATGCCTCTTTGAAGGATGAAGCCAATGGTACTGGTGAAGTAGTAGAATCACAACGTAGTGACAAGAGGAAATTACAGGATGAGCAAGCTGATAAGGACAAGCAAGCTGATAAGAAGGTATCTTATTTCATATCTTCTTTTGTCATACAACTATTGAAGATGGAAACTTGCCTCTTTTCTAGTAACCTTGTTCATGCAAGTTGGTTTTAAGAACGACTGACAGTATACCACTGTAGCCTGCTGTTCCCATTATTATCAAATATTTTCATGGGTTTTGGGACTATAAAAATTGAATATACAACAAAATTAATTACAACAAGAATGAAGGTACAGCAGCWTACATGATGACTTTTTGGGATATTTGTTGTTTGTCTCTTAATTTGGATAGTATGTTTTTGGCTGTGCTTACCTCCTTGTTATGTATCTTGCAGGAAGCCAATAAGGCCCCTGATAGGTGGTTTGAATTGAAAGTCAATACGCATGTTTATGTAACTGGGTTGCC 551 T AGU 3 ARG/SER NONSYN exon replacement "1-166,481-551" 3 LG_X 16186472 (reverse complement) NA 167-480 NA NA POPTR_0010s26090.1 228366 TTTGGAAGGAGCGGAGCTGGATTCTTGGAAAGACTATGCACTCAGGATGTCGGAAATGGCCATAACTAATGATGGAACTAGAATCTTAAGCATATACGAAGATAGCTCGATAGCAGTGATTGACAGGGAAAAGAAAAAAW 141 A/T A T TTTGAGACTGCTTCCGCAAGAGGGTGTGATTACTTCCTTCTCATTATCGAATGACAACAAAGTCCTTCTCGTTAATCTGCTAAACCGAGGAATCCATTTTTGGAGTCTTCTAGAAGGTTATGAGGGCCTCATCAGCAGATATGAAGGTCGAATAAGCACACGATTTATCATCAGATCTTGTCTTGGTGGATTAGAAGAAACATTTATTGCGAGTGGGAGTGAGGATTCTCGGGTACGTACTGTGATTTTCTGTAATAAATCTGAGTTAAAATATTTGAGGTTCTCTTCCATGAGAAACGATGCTACTGAAGATTAATAGAAAATTACTTGAAACACTGTTCTAATTATCTAAACTATACCTTTTGTTGTGGTGTTATCCATGAATTAACACAGGGCGAATACTACTTGGAATATACAACCTGTGATCATGTTTTGTCTCGATCATTTGTTAAGATAGCTTGGGATTGATGATTGATCCGTGTGATATTAATTGCAGGTGTTCATATGGCATAGAGGCCAAAGG TTTGGAAGGAGCGGAGCTGGATTCTTGGAAAGACTATGCACTCAGGATGTCGGAAATGGCCATAACTAATGATGGAACTAGAATCTTAAGCATATACGAAGATAGCTCGATAGCAGTGATTGACAGGGAAAAGAAAAAAWATTTGAGACTGCTTCCGCAAGAGGGTGTGATTACTTCCTTCTCATTATCGAATGACAACAAAGTCCTTCTCGTTAATCTGCTAAACCGAGGAATCCATTTTTGGAGTCTTCTAGAAGGTTATGAGGGCCTCATCAGCAGATATGAAGGTCGAATAAGCACACGATTTATCATCAGATCTTGTCTTGGTGGATTAGAAGAAACATTTATTGCGAGTGGGAGTGAGGATTCTCGGGTACGTACTGTGATTTTCTGTAATAAATCTGAGTTAAAATATTTGAGGTTCTCTTCCATGAGAAACGATGCTACTGAAGATTAATAGAAAATTACTTGAAACACTGTTCTAATTATCTAAACTATACCTTTTGTTGTGGTGTTATCCATGAATTAACACAGGGCGAATACTACTTGGAATATACAACCTGTGATCATGTTTTGTCTCGATCATTTGTTAAGATAGCTTGGGATTGATGATTGATCCGTGTGATATTAATTGCAGGTGTTCATATGGCATAGAGGCCAAAGG 664 GAP: 503-514 (12 BP) T AAU 2 ASN/ILE NONSYN exon replacement "1-373,650-676" 3 LG_X 20060892 NA NA 374-649 NA NA POPTR_0010s01800.1 229304 GGCCATCAGACCTAAATCACCCCTCCACTTCATCAAGGACAGACCTAATGTGGATTGGTCCTGCTCTATAGGAAAATCTTTACTCTTGAGCCGCACTTCAAAGTTGGCTCCATAGGCAGTATCGTTACCTGATCTCACAGTGCCAGCATTTCCCACCAAAGCCAAGCGCTTTCCA 176 A/G A G CTGCAATCTGATCCTCAATCTTGAATCCAGTGACTACATTTTCACCTAGTAGAGTAACAGATATCCCGGCTGATGATTTGTTCATCTTAAACTTTTTGAGTTTGGTCTCACTTCGCAAGATATAAGCAAGCTGCCTTCCAATAGTCTGGATGTCGAATCCCACCATAGTTGATCCATTTTCTCCATGCTTAGCGCAAATTGAAGAATCTAATTGGATATTGAAGTCTTTCTTATCTTTTGTGATTTGAACCGTAAATGCACCAGGAAAYTGACCAGCAATAGCAAGATTACTTTCGATGTTAACACCATCATATCCGCAATCATGATCCMAGCCCTGGGCATCCAAAACTGGCCTGACAAGAAACTGTGATGCAGGCTCCAAAGCTCGGTACCTGTATGAAGGATTGTCACTGTCAAACGATTGTGGGAGGACAAAGTCAGGCAGAGGCACAGGCACTGGTGCTGGACCTTCATCTTCCTGGTCCAC GGCCATCAGACCTAAATCACCCCTCCACTTCATCAAGGACAGACCTAATGTGGATTGGTCCTGCTCTATAGGAAAATCTTTACTCTTGAGCCGCACTTCAAAGTTGGCTCCATAGGCAGTATCGTTACCTGATCTCACAGTGCCAGCATTTCCCACCAAAGCCAAGCGCTTTCCAACTGCAATCTGATCCTCAATCTTGAATCCAGTGACTACATTTTCACCTAGTAGAGTAACAGATATCCCGGCTGATGATTTGTTCATCTTAAACTTTTTGAGTTTGGTCTCACTTCGCAAGATATAAGCAAGCTGCCTTCCAATAGTCTGGATGTCGAATCCCACCATAGTTGATCCATTTTCTCCATGCTTAGCGCAAATTGAAGAATCTAATTGGATATTGAAGTCTTTCTTATCTTTTGTGATTTGAACCGTAAATGCACCAGGAAAYTGACCAGCAATAGCAAGATTACTTTCGATGTTAACACCATCATATCCGCAATCATGATCCMAGCCCTGGGCATCCAAAACTGGCCTGACAAGAAACTGTGATGCAGGCTCCAAAGCTCGGTACCTGTATGAAGGATTGTCACTGTCAAACGATTGTGGGAGGACAAAGTCAGGCAGAGGCACAGGCACTGGTGCTGGACCTTCATCTTCCTGGTCCAC 663 SNP SEQ IN REVERSE COMPLIMENT TO REF SEQS A GUU 2 VAL/ALA NONSYN exon replacement 1-663 1 LG_X 2214959 NA NA NA NA NA POPTR_0010s02470.1 229666 TTAGTCAAATGGTGGGCAGAATTAAATCTAWGCCYGGAGGAAAGCTTGAAACSGGTGAGGTGGGTTATTGGGATT 76 C/G C G ACTCTTGCTGTTTACATTTTTCAATCAACTGTTGATTCATAGATGCTATTATTTATTGCTTGTCACTTAAACACCTTTTACTGTTCTCCTTCCCATTTCTTTTAGAAAKATCATATAAYTTTATTAATTAGAGATAATGGCAACCTGAAAANTTATATGCTGCCATGTTTCTCTCTCTTCAGATCGTCATTTGAAAATCCAGTTGGATTTCTTGACAGGCACCTGTGGTTGAAAGGTACGATAGGCCCATGCCAAARCTGAGAAACACAAAACCTGATTCTGGCAGATATGAAGAAAGGCCTGGTTCTCCAGGAACTCTGAATGTAGCACAGCTGCGCCAAATAATGCTCCTGTATCAAGGGAAGGCTGATGATCATGAAGGACCCATGAACGCCCAGCAAGTCGCTGAGAAGTTTYGACTTGAAGTTGCA TTAGTCAAATGGTGGGCAGAATTAAATCTAWGCCYGGAGGAAAGCTTGAAACSGGTGAGGTGGGTTATTGGGATTCACTCTTGCTGTTTACATTTTTCAATCAACTGTTGATTCATAGATGCTATTATTTATTGCTTGTCACTTAAACACCTTTTACTGTTCTCCTTCCCATTTCTTTTAGAAAKATCATATAAYTTTATTAATTAGAGATAATGGCAACCTGAAAANTTATATGCTGCCATGTTTCTCTCTCTTCAGATCGTCATTTGAAAATCCAGTTGGATTTCTTGACAGGCACCTGTGGTTGAAAGGTACGATAGGCCCATGCCAAARCTGAGAAACACAAAACCTGATTCTGGCAGATATGAAGAAAGGCCTGGTTCTCCAGGAACTCTGAATGTAGCACAGCTGCGCCAAATAATGCTCCTGTATCAAGGGAAGGCTGATGATCATGAAGGACCCATGAACGCCCAGCAAGTCGCTGAGAAGTTTYGACTTGAAGTTGCA 507 "BAD ""N"" AT 228 (REMOVE); GAP: 239-240 (2BP)" C noncoding silent "1-59,296-508" 2 LG_X 4126080 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON 60-295 NA NA POPTR_0010s06570.1 230239 TCTTCTGTCTTTGGCGCACGAACAAGTGTGCGATAACATTGAGGTTTCTAATGATCTTGTTGACAAATTGCTCCTCCGCTTTAAGGATGATTGGAAATCTGCTTTGGGYGTTTTTAGATGGG 123 C/T C T TGGATTACGCCCTGGCTACAAACATAGACCCGAGGCATATGATATGATGGTGGACATTCTGGGGAAAATGAAACAAATGGATCAAATGAGGGAGTTATTAGAGGAAATGAATCGAAATCATCTAGTTACACTTAACACTGTGGGTAAGGCTATGAGAAGGTTTTCGGGGGCAGGAAAATGGGAAGATGCTGTGAGGATGTTTGACGAGTTAGGAACATTTGGTTTGGAGAAGAATACGGAGTCTATGAACTTGTTACTCGACACGCTTTGCAAGGAGGGCAAAGTTGAACAGGCCCGCGCTATCTTCTTGGAGCTTAAATCACACATTTTGCCTAATGCTCACACATTTAACATTTTTATTCATGGTTGGTGTAAAGCCAATCTAGTTGATGAAGCACACTGGACTCTCCAAGAGATGAAAGGGCATGCTTTTCGACCTTGTGTAATCAGCTACTCTACCATCATCCTATTCTATTGCCGCCAGCACAATTTTTCTAAGGTCTATGAGCTCCTTGATGAAATGGAAGCGCAAGGGTGCCCACCAAAT TCTTCTGTCTTTGGCGCACGAACAAGTGTGCGATAACATTGAGGTTTCTAATGATCTTGTTGACAAATTGCTCCTCCGCTTTAAGGATGATTGGAAATCTGCTTTGGGYGTTTTTAGATGGGCTGGATTACGCCCTGGCTACAAACATAGACCCGAGGCATATGATATGATGGTGGACATTCTGGGGAAAATGAAACAAATGGATCAAATGAGGGAGTTATTAGAGGAAATGAATCGAAATCATCTAGTTACACTTAACACTGTGGGTAAGGCTATGAGAAGGTTTTCGGGGGCAGGAAAATGGGAAGATGCTGTGAGGATGTTTGACGAGTTAGGAACATTTGGTTTGGAGAAGAATACGGAGTCTATGAACTTGTTACTCGACACGCTTTGCAAGGAGGGCAAAGTTGAACAGGCCCGCGCTATCTTCTTGGAGCTTAAATCACACATTTTGCCTAATGCTCACACATTTAACATTTTTATTCATGGTTGGTGTAAAGCCAATCTAGTTGATGAAGCACACTGGACTCTCCAAGAGATGAAAGGGCATGCTTTTCGACCTTGTGTAATCAGCTACTCTACCATCATCCTATTCTATTGCCGCCAGCACAATTTTTCTAAGGTCTATGAGCTCCTTGATGAAATGGAAGCGCAAGGGTGCCCACCAAAT 670 C GCU 2 ALA/VAL NONSYN exon replacement 1-670 3 LG_X 6164465 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0010s05140.1 230663 CCTCCACAAATRAAGGTGAACAACTTTTAAAGAAACTGCATGTCGTATTGGCCAGTTAGTTGCCTTTCAATGCTAAGGAGTAGCAGGGTTGATTGAGTCATAAAAAATTAATGTGCTTGGAATCTCATGTTATTCTTGGCAGGTCAGTGTACCAAGAGGTTCTCTCTGCAACCTCAATGCCAAAGTGGATATCGGGTTGCCCCC 205 A/G A G GATGCAGTGTATGATATTGTGACTGACCCAGATAATAGGAGAGTTTTCAAAAATATCAAGGTAAGTTGAGTCTTTCTCATCATCTGCTGTTTCATTTCAACCGAAGTATAACTATTTGTTAAAACGCTGGTTAGATCATCAAAGTTTGGCATTCTCCTTAGTTGTGGGAATTAGTCTTCAATTTAAAATTAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGACGTCCATTTGATTTGTTCTTGTAACTATTATTTGCTTGATTAAATAGTATTAAGCATCCAATTGAAATTCCATTTTGATGTGAGAAAAAACTGTTTTATGTCTAGGAAGTGCTATCCAGGAGAGTTTTGCTTGATGAAGGYCACAGGCAGGTGGTTGATGTAGAG CCTCCACAAATRAAGGTGAACAACTTTTAAAGAAACTGCATGTCGTATTGGCCAGTTAGTTGCCTTTCAATGCTAAGGAGTAGCAGGGTTGATTGAGTCATAAAAAATTAATGTGCTTGGAATCTCATGTTATTCTTGGCAGGTCAGTGTACCAAGAGGTTCTCTCTGCAACCTCAATGCCAAAGTGGATATCGGGTTGCCCCCAGATGCAGTGTATGATATTGTGACTGACCCAGATAATAGGAGAGTTTTCAAAAATATCAAGGTAAGTTGAGTCTTTCTCATCATCTGCTGTTTCATTTCAACCGAAGTATAACTATTTGTTAAAACGCTGGTTAGATCATCAAAGTTTGGCATTCTCCTTAGTTGTGGGAATTAGTCTTCAATTTAAAATTAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAAGACGTCCATTTGATTTGTTCTTGTAACTATTATTTGCTTGATTAAATAGTATTAAGCATCCAATTGAAATTCCATTTTGATGTGAGAAAAAACTGTTTTATGTCTAGGAAGTGCTATCCAGGAGAGTTTTGCTTGATGAAGGYCACAGGCAGGTGGTTGATGTAGAG 583 GAP: 295 (1 BP) G CCG 3 PRO SYN exon silent "1-15,143-265,525-584" 1 LG_X 7537247 (reverse complement) NA "16-142,266-524" NA NA POPTR_0010s05090.1 230673 GCATACAGAAACAACTAAATTAGTCAAATTTTAATTTTAACCTCATCGGCATGCAAGGAAAACAGAGAAAAACTAGATGAGAACTAATAGTAACAATTAGGTACCAGGCCCAATGGATGTTCAGCTCAATAGTTCTGATTCCCCCAAATAGGGGAGAGGGGGGAAGTACAGGTCCTGTGCTTGTCAGCCAAGAACCAAAGCTAGAGATTCCAAGCATATATTCATCAATTGGKTATATTCCATTACTTAGGGTCAAATCTAAAGGTGCT 270 A/G A G GTGTAAGAMAATTAAGGCCTTTAATTGTGACAAAACAGAATATTGACCTTGCCAATCTTAAAAATGATAGCTTGACAAGGATYAGTTGAATCTGTGCAGCTCAATCACAGGAACAAGAATGAAAACTACTCAATCTATACTAACAGATCTGCAGGTCAGTCAATTACCTGATATGAAAAGTGAGTATGKAGGTCAATTGATGACATGAAACAGCTTTGAGAAGGATGTGTCTGAAAACAGAACATTATACTTTTAGTTTTAAGAAAAATTTAAAATTTATATAACTTATAATACCATGTTCATKAAGAAATATTTGAGATTACAAGGTGAAAAAACAAATACAGGAAAATAAACATAC GCATACAGAAACAACTAAATTAGTCAAATTTTAATTTTAACCTCATCGGCATGCAAGGAAAACAGAGAAAAACTAGATGAGAACTAATAGTAACAATTAGGTACCAGGCCCAATGGATGTTCAGCTCAATAGTTCTGATTCCCCCAAATAGGGGAGAGGGGGGAAGTACAGGTCCTGTGCTTGTCAGCCAAGAACCAAAGCTAGAGATTCCAAGCATATATTCATCAATTGGKTATATTCCATTACTTAGGGTCAAATCTAAAGGTGCTAGTGTAAGAMAATTAAGGCCTTTAATTGTGACAAAACAGAATATTGACCTTGCCAATCTTAAAAATGATAGCTTGACAAGGATYAGTTGAATCTGTGCAGCTCAATCACAGGAACAAGAATGAAAACTACTCAATCTATACTAACAGATCTGCAGGTCAGTCAATTACCTGATATGAAAAGTGAGTATGKAGGTCAATTGATGACATGAAACAGCTTTGAGAAGGATGTGTCTGAAAACAGAACATTATACTTTTAGTTTTAAGAAAAATTTAAAATTTATATAACTTATAATACCATGTTCATKAAGAAATATTTGAGATTACAAGGTGAAAAAACAAATACAGGAAAATAAACATAC 628 SNP SEQ IN REVERSE COMPLIMENT TO REF SEQS A intron silent 129-191 1 LG_X 7591498 (reverse complement) NA "1-128,192-628" NA NA POPTR_0011s13590.1 232365 AAGAAGCCATTGTTCAAGCCAAAACCTGTCTCTCAACCACCCTAGAGAAGCCCCTAAACAACCCAAAACTAGCTGGCAAACTCAAGAAACTGAAGCAACCTAGATTCCAGGTAGAAATCCCWGTCATAGATGACTCGCCAACTTCTCTCTCTCAACTTGCCTCTGATGTTTTCAAAGACCTGCCCATTAAGAGAAGAGGGACACCGGTCAAGATTTTAATCCTCTGGCCGAGTCCCAC 239 A/G A G TTGAAGAACAGAGGCATAGAAGCATTYCAATCTTACAATTCATCAAAAAATRTTGAGCACRTCGACGTTTCTTCAGTCAGAAAYACAGACAACAGAATTKTGAGTTCTGCCGAAGTGGCAGTGTTTCTGGGGCCAGAGACTTCACAGTTGCCTGATATCAAAACTGTTACTGATATTTTGTACCCAAAGCCAGTAGTCATATTCAACCCCAAATGGGGGTTTGGAGAGGAGAACGAGTTTGGTGATTTGAGTGGCTTTGTGGGATCCTTTGAAGTGGTATATTCATTCATGGGGTTGGAGGTTAGAGGTATTTTGAGCAAGCGAAAAGGAGTGATTTTCAAGTGTGTC AAGAAGCCATTGTTCAAGCCAAAACCTGTCTCTCAACCACCCTAGAGAAGCCCCTAAACAACCCAAAACTAGCTGGCAAACTCAAGAAACTGAAGCAACCTAGATTCCAGGTAGAAATCCCWGTCATAGATGACTCGCCAACTTCTCTCTCTCAACTTGCCTCTGATGTTTTCAAAGACCTGCCCATTAAGAGAAGAGGGACACCGGTCAAGATTTTAATCCTCTGGCCGAGTCCCACATTGAAGAACAGAGGCATAGAAGCATTYCAATCTTACAATTCATCAAAAAATRTTGAGCACRTCGACGTTTCTTCAGTCAGAAAYACAGACAACAGAATTKTGAGTTCTGCCGAAGTGGCAGTGTTTCTGGGGCCAGAGACTTCACAGTTGCCTGATATCAAAACTGTTACTGATATTTTGTACCCAAAGCCAGTAGTCATATTCAACCCCAAATGGGGGTTTGGAGAGGAGAACGAGTTTGGTGATTTGAGTGGCTTTGTGGGATCCTTTGAAGTGGTATATTCATTCATGGGGTTGGAGGTTAGAGGTATTTTGAGCAAGCGAAAAGGAGTGATTTTCAAGTGTGTC 587 A ACA 3 THR SYN exon silent 1-587 2 LG_XI 13014054 NA NA NA NA NA POPTR_0011s15840.1 233020 AGATTGGTTTCTGTTGGTGATAATGACACTCATGTGCCTGAGCTTGAACTTGATGGCGAGGAATTGCAAACCAGCTATTCTAAGAGACAGGAAAGTCCACCTTGTTCTTTAAAAGCAGAAGAAAACTTAAGCACCAAAGGCTCTYGCAGTTTTAGTAGYAATACTTATTCAGAAGTAATCCAGTCAGGGAGTCATCACAACAACTTTAACAAAGAAGCTTCGGTAATGAAAAACGAAGTTAAGATGAAGCAAGAGGGATGCATTGATTTGAACATTGATGTTATGTCTATTGACCGGGAAAGTAAGCTTCTGCTTGTAT 320 A/C A C TGATAGCTGTGGTAAAAATGKGAAGGAGACGCATGGTTCACCATGCATGCAAGACACACATTTCAGTTCAGATGCAGCAAAAGAACAAGGCAGGGAACAAGCTGCTGGAGACTGTAAATCTGAGTTGCAWGAATTGTCAAACAAGAACCAGCCTTCATATCCAATGTTCGGTGCATCTTGTAAGAAGCTGTTYGGGGTTGATCTTTCATTTCYWCCTTCACATTCAGYGATGTCAGCAAAGAGCTTCAAAACTGAAATGGTTGAGGGATCAAATGTAAGATCTGTA AGATTGGTTTCTGTTGGTGATAATGACACTCATGTGCCTGAGCTTGAACTTGATGGCGAGGAATTGCAAACCAGCTATTCTAAGAGACAGGAAAGTCCACCTTGTTCTTTAAAAGCAGAAGAAAACTTAAGCACCAAAGGCTCTYGCAGTTTTAGTAGYAATACTTATTCAGAAGTAATCCAGTCAGGGAGTCATCACAACAACTTTAACAAAGAAGCTTCGGTAATGAAAAACGAAGTTAAGATGAAGCAAGAGGGATGCATTGATTTGAACATTGATGTTATGTCTATTGACCGGGAAAGTAAGCTTCTGCTTGTATATGATAGCTGTGGTAAAAATGKGAAGGAGACGCATGGTTCACCATGCATGCAAGACACACATTTCAGTTCAGATGCAGCAAAAGAACAAGGCAGGGAACAAGCTGCTGGAGACTGTAAATCTGAGTTGCAWGAATTGTCAAACAAGAACCAGCCTTCATATCCAATGTTCGGTGCATCTTGTAAGAAGCTGTTYGGGGTTGATCTTTCATTTCYWCCTTCACATTCAGYGATGTCAGCAAAGAGCTTCAAAACTGAAATGGTTGAGGGATCAAATGTAAGATCTGTA 606 C intron silent "1-12,184-279,586-606" 1 LG_XI 14587940 NA NA "13-183,280-585" NA NA POPTR_0013s06300.1 241987 GAACCAGACTGTCCGTGAATACRAGCTTATTGATGAGATCAAGAAAGCCTTAGAGGCTAAATGCCCTTCAAAAGTCTCATGTGCAGACATCATAACAGTTGCAACCAGAGAYGCTGTAGTTCTTGCTGGAGGACCAAACTACACTGT 148 A/G A G CCTACAGGAAGACGTGACGGGCTAGTCTCTAGAGCGGGTGATGTGAACTTGCCTGGACCACAAGTGGACGTGTCTCAAGCATTTCAAATTTTCAGAGSAAAAGGTCTAACCCTTGAAGAAATGGTGATCCTGTTAGGTGCACATACTGTTGGTGTTGCACATTGTAGTTTCTTCAGTGAACGTCTTCAAAATGATCCATCAATGGATGCTAATTTAGCTGCCAACCTGAGTAATGTCTGTGCTAATCCAAATACTGATCCTACTGTATTGTTGGACCAAGGCACAGGTTTTGTGGTTGATAAYGAGTTCTACAAACAGCTCCTTTTGAAGAGAGGAATAATGCATATTGACCAGGAACTTGCCATAGATAGCTCTACTTCTGGTTTCGTTTCACGTTTTGCGAGAGATGGGAATGGATTTAAGCAGAGTTTTGGA GAACCAGACTGTCCGTGAATACRAGCTTATTGATGAGATCAAGAAAGCCTTAGAGGCTAAATGCCCTTCAAAAGTCTCATGTGCAGACATCATAACAGTTGCAACCAGAGAYGCTGTAGTTCTTGCTGGAGGACCAAACTACACTGTACCTACAGGAAGACGTGACGGGCTAGTCTCTAGAGCGGGTGATGTGAACTTGCCTGGACCACAAGTGGACGTGTCTCAAGCATTTCAAATTTTCAGAGSAAAAGGTCTAACCCTTGAAGAAATGGTGATCCTGTTAGGTGCACATACTGTTGGTGTTGCACATTGTAGTTTCTTCAGTGAACGTCTTCAAAATGATCCATCAATGGATGCTAATTTAGCTGCCAACCTGAGTAATGTCTGTGCTAATCCAAATACTGATCCTACTGTATTGTTGGACCAAGGCACAGGTTTTGTGGTTGATAAYGAGTTCTACAAACAGCTCCTTTTGAAGAGAGGAATAATGCATATTGACCAGGAACTTGCCATAGATAGCTCTACTTCTGGTTTCGTTTCACGTTTTGCGAGAGATGGGAATGGATTTAAGCAGAGTTTTGGA 583 A GUA 3 VAL SYN exon silent 1-583 3 LG_XIII 5090662 NA NA NA NA NA POPTR_0014s06310.1 243984 TGGAAGATTCTGCAAATCAAAATCCAGAAGCTGGGGAAGCCTTGATATCCAAAATATTTACCAACATCTCCTCTCTGAAGTCAGCRTACATTCAGCTCCAAGCTGCTCATACTCCCTATGATCCTGATAAAATACAAGCTTCTGACAAAGCTGTAATTTCTGAGCTGAAAAATCTATCCGAGCTAAATTATATCTACAGGGAAAATAACCCCAAACCAATATGTGTTTCTCCTCAGGACTCYCGGTTAGCTGCAGAGATCCAAGAACAACTGAGCCTGCTCAAAACATACGAGGTTA 298 A/T A T GGTGAAAAATTCCAAMCTGAAATCCAGAATAAAGATTYTGAGATTCTTCAGTCTGAGCAGATGATTGAGGAAGCAAACCAGAAACGAGCAAAACTGGAAAAGAATCTTAAGCTCAGGGGYTTGTCAACCAARGAATCAGAGGRTTCTGGAGATGAAAATGGCTTTTATTCTGTGGATYTGACCCCAGARCTCTTCACATCTGCNATAGAAACTGCATTCAAAGCCATTCATAATTTTTCTAAAACATTGATCAATATGATGAAAGCAGCTGGGTGGGATCTTGATGCCGCAGCTAACTCCATTGAATCCAACGTTGTTTATGCAAAGAGAGCTCACAAACAGTATGCATTTGAGTCTCATATATCTCAAAGAATGTTCATTGGG TGGAAGATTCTGCAAATCAAAATCCAGAAGCTGGGGAAGCCTTGATATCCAAAATATTTACCAACATCTCCTCTCTGAAGTCAGCRTACATTCAGCTCCAAGCTGCTCATACTCCCTATGATCCTGATAAAATACAAGCTTCTGACAAAGCTGTAATTTCTGAGCTGAAAAATCTATCCGAGCTAAATTATATCTACAGGGAAAATAACCCCAAACCAATATGTGTTTCTCCTCAGGACTCYCGGTTAGCTGCAGAGATCCAAGAACAACTGAGCCTGCTCAAAACATACGAGGTTAAGGTGAAAAATTCCAAMCTGAAATCCAGAATAAAGATTYTGAGATTCTTCAGTCTGAGCAGATGATTGAGGAAGCAAACCAGAAACGAGCAAAACTGGAAAAGAATCTTAAGCTCAGGGGYTTGTCAACCAARGAATCAGAGGRTTCTGGAGATGAAAATGGCTTTTATTCTGTGGATYTGACCCCAGARCTCTTCACATCTGCNATAGAAACTGCATTCAAAGCCATTCATAATTTTTCTAAAACATTGATCAATATGATGAAAGCAGCTGGGTGGGATCTTGATGCCGCAGCTAACTCCATTGAATCCAACGTTGTTTATGCAAAGAGAGCTCACAAACAGTATGCATTTGAGTCTCATATATCTCAAAGAATGTTCATTGGG 682 T noncoding silent 1-682 2 LG_XIV 1274145 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0014s08210.1 244580 GTATTTACTCTTAACAAAGCCTGTTATCGTTGACATTTTGGTTGATTTTCTATCTTTGACAGCCTCTTGCACACATATGCTAATGCAAAGCGCAATGCTTTAATTTTTGTATATGAATCGGTTTTCTTTGAGCTTTGGCTGCAATTTTTGGGTTCTTGGATTTGTAGTTTTCAAGACTCGCATCTGCTTTCAAGAAATGAGCANTGGCAGAGTACTGTTTGTTGTTTAAATTTTATTCAATTATTTTTGGTYTGTGAAGGTGGGAATATCATCCGGAGCCAACACAGTTGCCGCACTT 299 A/G A G GACTTGCGAGAATGCCAGAGAATAAAGGGAAACTTATAGTGGTAAGAACAGCTTATATTCCAWTTCTCAAAAACRCAGAATTTAAATTTTCTACTGACAATTTACACTGTTTGCGGGATRGGGGTRYGCTGTTAATAATGACTTTTCTATTCCTGAAGTTGTCATATTTGATTGTTAAGAAGGCTTAAGGTTTCATCAATTTAAGCAAATTTCCTCATCATTGAATCGGGAATTCTTTTTTTACCCAAGTAAATTAATTTAAGTATGAATGCTCCGTAAGAGTTGTTGCTGGTTGACTTTCAGACTATTCATGCAAGTTTTGGGGAGCGATACCTGTCATCTGTTCTC GTATTTACTCTTAACAAAGCCTGTTATCGTTGACATTTTGGTTGATTTTCTATCTTTGACAGCCTCTTGCACACATATGCTAATGCAAAGCGCAATGCTTTAATTTTTGTATATGAATCGGTTTTCTTTGAGCTTTGGCTGCAATTTTTGGGTTCTTGGATTTGTAGTTTTCAAGACTCGCATCTGCTTTCAAGAAATGAGCANTGGCAGAGTACTGTTTGTTGTTTAAATTTTATTCAATTATTTTTGGTYTGTGAAGGTGGGAATATCATCCGGAGCCAACACAGTTGCCGCACTTAGACTTGCGAGAATGCCAGAGAATAAAGGGAAACTTATAGTGGTAAGAACAGCTTATATTCCAWTTCTCAAAAACRCAGAATTTAAATTTTCTACTGACAATTTACACTGTTTGCGGGATRGGGGTRYGCTGTTAATAATGACTTTTCTATTCCTGAAGTTGTCATATTTGATTGTTAAGAAGGCTTAAGGTTTCATCAATTTAAGCAAATTTCCTCATCATTGAATCGGGAATTCTTTTTTTACCCAAGTAAATTAATTTAAGTATGAATGCTCCGTAAGAGTTGTTGCTGGTTGACTTTCAGACTATTCATGCAAGTTTTGGGGAGCGATACCTGTCATCTGTTCTC 647 A AGA 1 ARG/GLY NONSYN exon replacement "260-340,603-647" 1 LG_XIV 2578634 NA NA "1-259,341-602" NA NA POPTR_0014s13030.1 246015 ATATATCTGACTCATTTCTTCCATCACAAATGGAGTTGGAATAGCAAAGGGCGATATGCAGTTTATCCGAATCCCATGCTTGCATAACTCTGCTGCAAGTGACTTGACAATGCCTGCAACAGCAAACTTGGAGACGCTGTAGGTGTGCTGCGCAAGCCCACCCATGAGACCTGTG 176 A/G A G TGCTAGCTGTGCAAAGAATGGCGCCACTCCTTCGTGGGATCATCACACGCGATGCATGTTTAACTCCASCCATTACTCCTCGTACATTGATATTCATGATCCTATCAAACACAGCCAGATCAAGGTCTACAATACTATGAGGACTCTTGCAGGCCACCCCTGCGTTGTTGTACATAATATCCAGTTGGTTGTACTTAGAGATGGCAAAATCAACAGCACCGGAAACATCAGATTCTTTAGTTACATCACAGGAAATGAAAGTAGCGTCTGGCCCAAGTTCATTTGCAGTTTCTTGGCCTAGTTGGTGTTGAATATCAGCAATAACAACTCTGGCACCTTGGTTTATGAATTTGGCTGCAGTTGCCTTTCCAATGCC ATATATCTGACTCATTTCTTCCATCACAAATGGAGTTGGAATAGCAAAGGGCGATATGCAGTTTATCCGAATCCCATGCTTGCATAACTCTGCTGCAAGTGACTTGACAATGCCTGCAACAGCAAACTTGGAGACGCTGTAGGTGTGCTGCGCAAGCCCACCCATGAGACCTGTGATGCTAGCTGTGCAAAGAATGGCGCCACTCCTTCGTGGGATCATCACACGCGATGCATGTTTAACTCCASCCATTACTCCTCGTACATTGATATTCATGATCCTATCAAACACAGCCAGATCAAGGTCTACAATACTATGAGGACTCTTGCAGGCCACCCCTGCGTTGTTGTACATAATATCCAGTTGGTTGTACTTAGAGATGGCAAAATCAACAGCACCGGAAACATCAGATTCTTTAGTTACATCACAGGAAATGAAAGTAGCGTCTGGCCCAAGTTCATTTGCAGTTTCTTGGCCTAGTTGGTGTTGAATATCAGCAATAACAACTCTGGCACCTTGGTTTATGAATTTGGCTGCAGTTGCCTTTCCAATGCC 552 SNP SEQ IN REVERSE COMPLIMENT TO REF SEQS A AUC 2 ILE/THR NONSYN exon replacement 1-552 1 LG_XIV 6352682 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0163s00230.1 247000 AGAAGTTTCTCACATGCTGTGTGAATGGGGTAACATTATACTTATAATGACTGACAAATCAACTGTGTGTATCGGGGAAAAGGATATGGAAAGCAAGCTAGACATGCTCTTCAAGAAGAATCTGTATACTGTAGCTATCAATCTAGTTCAGAGTCAGCAAGCTGATGCTGCTGCTACTGCAGAAGTTCTAAGGAAGTATGGAGATCATCTATATAGCAAGCAAGA 226 C/T C T TATGATGAGGCCATGGCACAGTACATCTCCACTATTGGTCACCTTGAACCTTCATATGTGATACAGAAGTTTCTGGATGCACAGAGAATATACAACCTTACTAGTTACTTGGAAAAATTACATGAGAAGGGGCTTGCTTCTAAAGATCATACAACCTTGCTCTTAAACTGCTATACCAAATTGAAAGATGTTGAGAAGCTTAATGTATTTATTAAAAGTGAAGATGGTGCTGGAGAACATAAGTTTGATGTGGAGACTGCAATAAGGGTCTGTCGTGCTGCCAATTACCATGAGCATGCAATGTATGTCGCCAAGAAGGCAGGGAGGCATGAACTGTACTTGAAGATCTTACTTGAAGACCTTGGCAGATATGGGGAAGCCTTGCAGTATATTTCAAGTCTTGAACCAAGTCAGGCTGGTGTGACTGTSA AGAAGTTTCTCACATGCTGTGTGAATGGGGTAACATTATACTTATAATGACTGACAAATCAACTGTGTGTATCGGGGAAAAGGATATGGAAAGCAAGCTAGACATGCTCTTCAAGAAGAATCTGTATACTGTAGCTATCAATCTAGTTCAGAGTCAGCAAGCTGATGCTGCTGCTACTGCAGAAGTTCTAAGGAAGTATGGAGATCATCTATATAGCAAGCAAGACTATGATGAGGCCATGGCACAGTACATCTCCACTATTGGTCACCTTGAACCTTCATATGTGATACAGAAGTTTCTGGATGCACAGAGAATATACAACCTTACTAGTTACTTGGAAAAATTACATGAGAAGGGGCTTGCTTCTAAAGATCATACAACCTTGCTCTTAAACTGCTATACCAAATTGAAAGATGTTGAGAAGCTTAATGTATTTATTAAAAGTGAAGATGGTGCTGGAGAACATAAGTTTGATGTGGAGACTGCAATAAGGGTCTGTCGTGCTGCCAATTACCATGAGCATGCAATGTATGTCGCCAAGAAGGCAGGGAGGCATGAACTGTACTTGAAGATCTTACTTGAAGACCTTGGCAGATATGGGGAAGCCTTGCAGTATATTTCAAGTCTTGAACCAAGTCAGGCTGGTGTGACTGTSA 656 T GAU 3 ASP SYN exon silent 1-656 3 LG_XIV 9167384 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0014s16920.1 247156 AGAAGTATTTGCATTACATAAAACTCTGATGGAATTGTTAAACAGATGGGGGACGTAAGAAGAAGTACGTGGTCCCTGTAAACAAAAAGACAATTAATCGATGAAAAAGGCATGATATGCTTTACAGCTCAAAGAAAGTAGGAATATTCCAGTTTTGGCCTAAAAGAAAATGAAAAGAGTATTCGAYGATCAATCATTCCCATAATATSYTMTAAATCAAGCTASTARCTTGGATTTTTAYTGTAGCTTGWGGGGTGAGAAGGGTACTTGAAAGAAGAGATCGCTTACCCAGTCATGGCAAGAGAGAATGAAATGATC 319 G/T G T GCACCAAGGCTTCGATTCCAAAAGGGATATTTATCAGCAATGACGTTGATGTARTCTACAACAGTATTCCCAATGGCATCAATCTCATGGGATCCTGGCACGTATAGGTACTGAACCAACATGACCACACTAAATGGCAGAAAATAAACAAGAGCCTCGTCAGGGTCTGTAGTTGTAWATGATTTTCCCTTCTCCAATTCATGAATGAACCTCCCTTCTGAGGAATATATACTCTTGCATGGACCGTCATGAAA AGAAGTATTTGCATTACATAAAACTCTGATGGAATTGTTAAACAGATGGGGGACGTAAGAAGAAGTACGTGGTCCCTGTAAACAAAAAGACAATTAATCGATGAAAAAGGCATGATATGCTTTACAGCTCAAAGAAAGTAGGAATATTCCAGTTTTGGCCTAAAAGAAAATGAAAAGAGTATTCGAYGATCAATCATTCCCATAATATSYTMTAAATCAAGCTASTARCTTGGATTTTTAYTGTAGCTTGWGGGGTGAGAAGGGTACTTGAAAGAAGAGATCGCTTACCCAGTCATGGCAAGAGAGAATGAAATGATCGGCACCAAGGCTTCGATTCCAAAAGGGATATTTATCAGCAATGACGTTGATGTARTCTACAACAGTATTCCCAATGGCATCAATCTCATGGGATCCTGGCACGTATAGGTACTGAACCAACATGACCACACTAAATGGCAGAAAATAAACAAGAGCCTCGTCAGGGTCTGTAGTTGTAWATGATTTTCCCTTCTCCAATTCATGAATGAACCTCCCTTCTGAGGAATATATACTCTTGCATGGACCGTCATGAAA 573 SNP SEQ IN REVERSE COMPLIMENT TO REF SEQS T GCU 3 ALA SYN exon silent "1-285,499-573" 1 LG_XIV 9775528 NA NA 286-498 NA NA POPTR_0019s10780.1 249554 TTTACCTTGAATTGATAGCTAATTTCCTGATAATGTCAATATTCCTGTCATGTTGCAAACACAATTTACTGATGTCTTTCCTCTGATAGGCACAGACATGACATCRATCAYATGTTTGTAATTGCAATACCTATGTCTGTGTCACGGTTAGAATTCATTTTCATCACAAGTTGCAATTG 180 A/G A G CTCTTTGAAGCTTCCGTAACTTGTGTTTATTTATTTGGATTGAAGCGTTCTAATTCCAGACTTGTTTCGTGGGGATCCGTGGACGAAAGACCAGCCGATGACTTTGTTGGAACAATGGATCACAAAACAGGAACCACAGAGGGTCGCAAAAGACATTGATACATCAGCAAAATGGATGGTTGATGAATTTTTAGCTGCAGGAATCTCAAAGAAGCTTGGCATAATTGGATTTTGCTTCGGAGGAGGCCGAGTGATAGATGCGTTATCCAGAGAYCAGGGAGCATTGTTTGGCGTTGGGGTCTCCTTCTATGGTACAAGGATGAACCCATCTTTAGCCTCCTCCATAAAGGTTCCTGTGTTGTTTATTTCAGGAGATAATGACCCTCTATGCACAGTCAGTGTCTTGAAAGATTTTGAGAAGAGYATTG TTTACCTTGAATTGATAGCTAATTTCCTGATAATGTCAATATTCCTGTCATGTTGCAAACACAATTTACTGATGTCTTTCCTCTGATAGGCACAGACATGACATCRATCAYATGTTTGTAATTGCAATACCTATGTCTGTGTCACGGTTAGAATTCATTTTCATCACAAGTTGCAATTGACTCTTTGAAGCTTCCGTAACTTGTGTTTATTTATTTGGATTGAAGCGTTCTAATTCCAGACTTGTTTCGTGGGGATCCGTGGACGAAAGACCAGCCGATGACTTTGTTGGAACAATGGATCACAAAACAGGAACCACAGAGGGTCGCAAAAGACATTGATACATCAGCAAAATGGATGGTTGATGAATTTTTAGCTGCAGGAATCTCAAAGAAGCTTGGCATAATTGGATTTTGCTTCGGAGGAGGCCGAGTGATAGATGCGTTATCCAGAGAYCAGGGAGCATTGTTTGGCGTTGGGGTCTCCTTCTATGGTACAAGGATGAACCCATCTTTAGCCTCCTCCATAAAGGTTCCTGTGTTGTTTATTTCAGGAGATAATGACCCTCTATGCACAGTCAGTGTCTTGAAAGATTTTGAGAAGAGYATTG 608 A intron silent 226-608 3 LG_XIX 9026531 NA NA 1-225 NA NA POPTR_0019s14500.1 250398 GCGATTGGGAGTAGGTCTCCGGAGAGGTTGTTTATGGTTTTGGATTTGTTTGAGACAATGAGGGATTTGATGCCCGAGTTCGAGTATAATTTTAGTGATCAGTATTGTTTGGTTCTTAGGAATGATGCATTGGGGTTATGGAAGAGGTTAAGGGAGGCAATAAGGGGGATTTTTATGGAATTGGAGAATTTGATTAGGCGGGATCCYGCCAAAGCTCCAGTGCCTCATGGAGGGCTTCATCCAATCACGAGATATGTGATGAATTATTTACG 273 A/T A T GCTGCGTGTGGGTCTAGAGAGTCGCTAGAGCTGGTTTTTGAGGAGAGTGTGAGTGTTGTTCCGTCAAAGGATTCTACTTCATCTTCCTTGTCGGTTCAAATGGAGTGGATTATGGAGTTGTTGGAGAGTAATTTGGAAGTGAAGGCGAAGATTTACGGGGACGCTGCGTTGTGCTCTGTTTTCTTGATGAATAATGGGAGGTACATTGTGCAAAAAGTGAAGGATAGCGAATTGGGTTCGCTGCTTGGGGATGATTGGATAAGGAAACATACTGCAAAAATCAAGCA GCGATTGGGAGTAGGTCTCCGGAGAGGTTGTTTATGGTTTTGGATTTGTTTGAGACAATGAGGGATTTGATGCCCGAGTTCGAGTATAATTTTAGTGATCAGTATTGTTTGGTTCTTAGGAATGATGCATTGGGGTTATGGAAGAGGTTAAGGGAGGCAATAAGGGGGATTTTTATGGAATTGGAGAATTTGATTAGGCGGGATCCYGCCAAAGCTCCAGTGCCTCATGGAGGGCTTCATCCAATCACGAGATATGTGATGAATTATTTACGAGCTGCGTGTGGGTCTAGAGAGTCGCTAGAGCTGGTTTTTGAGGAGAGTGTGAGTGTTGTTCCGTCAAAGGATTCTACTTCATCTTCCTTGTCGGTTCAAATGGAGTGGATTATGGAGTTGTTGGAGAGTAATTTGGAAGTGAAGGCGAAGATTTACGGGGACGCTGCGTTGTGCTCTGTTTTCTTGATGAATAATGGGAGGTACATTGTGCAAAAAGTGAAGGATAGCGAATTGGGTTCGCTGCTTGGGGATGATTGGATAAGGAAACATACTGCAAAAATCAAGCA 560 T CGU 3 ARG SYN exon silent 1-560 1 LG_XIX 11432440 NA NA NA NA NA POPTR_0015s01030.1 250803 TTCCAAGCTTCCTGCATCATATGTTTCCATACTTGTTATAAGTCAAGGACACGTTCTGTTAAATGTGTCTTAAATGACAAAAAGGGTTGTACTGTTTTTCTTCTCTCCTTCTCTAGCATTACGGGGCAGAGATAATAGCAAAGGAGCTTCAGCTAAATGAAGGGCATCAAGATGTGCATGAGTTATTTCTAGCAGTGTATAAAAACTTTGTGGAGGTAATGCATTATATATTTTGTCGACAATAATGTACAAATTAACTGAATGATCAGAATTGTTGTTYTTCATGTTCTAATTTTTTATTCTTTGTGTGTTTCTTGTGAAAACATCATTCATGTTCTAAGCCTAAATGCATAAT 356 A/C A C GAACATCATTTTCCAAACCTGAATATCTTCAAATAGTCCTTTTAATCTATTGTATTATTTTTGTGCTTGCATATCCAATACCAACTGAAACGTTACGCGTTGTAACAGSCAATTGATGCTGCTGATAATGGAATTAATCAATATGACATAGATCAACCTCCTAAATACRTTAATAACACAAGCTTA TTCCAAGCTTCCTGCATCATATGTTTCCATACTTGTTATAAGTCAAGGACACGTTCTGTTAAATGTGTCTTAAATGACAAAAAGGGTTGTACTGTTTTTCTTCTCTCCTTCTCTAGCATTACGGGGCAGAGATAATAGCAAAGGAGCTTCAGCTAAATGAAGGGCATCAAGATGTGCATGAGTTATTTCTAGCAGTGTATAAAAACTTTGTGGAGGTAATGCATTATATATTTTGTCGACAATAATGTACAAATTAACTGAATGATCAGAATTGTTGTTYTTCATGTTCTAATTTTTTATTCTTTGTGTGTTTCTTGTGAAAACATCATTCATGTTCTAAGCCTAAATGCATAATAGAACATCATTTTCCAAACCTGAATATCTTCAAATAGTCCTTTTAATCTATTGTATTATTTTTGTGCTTGCATATCCAATACCAACTGAAACGTTACGCGTTGTAACAGSCAATTGATGCTGCTGATAATGGAATTAATCAATATGACATAGATCAACCTCCTAAATACRTTAATAACACAAGCTTA 542 A intron silent "117-215,465-542" 1 LG_XV 516169 NA NA "1-116,216-464" NA NA POPTR_0015s01330.1 250899 TAKGTCATCTTACACATAAGTTTGATGAAATTAATTTTTTGGTGGACAAAATAAGATTTTTCTGAGTTKGTGTTGTCTTGCAATTATGTTCAGTGTCTGAAGCTGGACTCGTCATATTACCTCAACCGCATGATTTGGATCAAGGGGATCCCATGGAGGATGTTGATGTGCTTGACGAAGAATCCTCAACTATTAAGTGGCCAGGAAAGCCTGGGATTCCGCAAYCTGAATGCTTTGATCC 242 C/T C T GAGAACTCATGGTATGATGCTCCTCCTGAAGGTTTCAGTTTGGAGGTAAACTCTTGATACTTGTTTTTTAAGCTCACAAGCGTCTGCAATTTTAGATTTACACTTCCTATGCTCTGATGTCTTTCCAGTTATCCYCTTTCGCGACAATATGGATGGCTCTGTTTGCATGGGTCACATCATCCTCTTTGGCATATGTATACGGCAAAGATGAAAGTTCCCATGAGGAATACTTGATGGTTAATGGGAGGGARTRCCCTCGGAAGATTGTCTTGGGAGATGGTCGCTCYTTTGAAATCCAGCAAACTATTGAGGGYTGTCTTGGTCGRGCTTTCCCT TAKGTCATCTTACACATAAGTTTGATGAAATTAATTTTTTGGTGGACAAAATAAGATTTTTCTGAGTTKGTGTTGTCTTGCAATTATGTTCAGTGTCTGAAGCTGGACTCGTCATATTACCTCAACCGCATGATTTGGATCAAGGGGATCCCATGGAGGATGTTGATGTGCTTGACGAAGAATCCTCAACTATTAAGTGGCCAGGAAAGCCTGGGATTCCGCAAYCTGAATGCTTTGATCCCGAGAACTCATGGTATGATGCTCCTCCTGAAGGTTTCAGTTTGGAGGTAAACTCTTGATACTTGTTTTTTAAGCTCACAAGCGTCTGCAATTTTAGATTTACACTTCCTATGCTCTGATGTCTTTCCAGTTATCCYCTTTCGCGACAATATGGATGGCTCTGTTTGCATGGGTCACATCATCCTCTTTGGCATATGTATACGGCAAAGATGAAAGTTCCCATGAGGAATACTTGATGGTTAATGGGAGGGARTRCCCTCGGAAGATTGTCTTGGGAGATGGTCGCTCYTTTGAAATCCAGCAAACTATTGAGGGYTGTCTTGGTCGRGCTTTCCCT 577 C CCC 3 PRO SYN exon silent "94-287,371-577" 2 LG_XV 750624 NA NA "1-93,288-370" NA NA POPTR_0015s04130.1 251417 AGTTCCTGCAATCACTTTTGTCATGGCTTCTGCTCTAGGGTAACACAGACTCTCTACGTTGAACTTTCTTCTCTTTCTCTTCAACAAAAGAAACATTTMTTGAACTTTTACCTTTCTCCTCAGACTTGAGAAAGTCAACATTTCTAGGAGAGATGGANNNNNNAAAGTTTTAGGAACCATTGCAAGTATAGGGGGTGYGTCTGTCATTACACTCTACAAAGGCCCTCCTCTTCTGCATCAGATAACACAACAAGAACAAGGAATAACATCTGAAGAARATAYGTCTTCAAAGAAAATKCAAAACTGGACATGGGGATGCATATTCCTGTTTGGGCACTGCTTATCATGGGCTGGCTGGATGGTCTTTCAGGTAAAGCATATTTTGTCACCACCATA 397 C/T C T AAGTTGCATAAGACCACAGCTATGAAAATCATGTGCTAATCTGATCTRGATTGCTAAAAATTGTAGATGGCAYATAATTTACTACTGACCTTATGAGCNNNNATATGAATTAATATTTTGCAGGCTCCTGTGTTGAAGAAGTATCCGGCAAAGCTCTCTGTCACTTCTTTTACATGCCTT AGTTCCTGCAATCACTTTTGTCATGGCTTCTGCTCTAGGGTAACACAGACTCTCTACGTTGAACTTTCTTCTCTTTCTCTTCAACAAAAGAAACATTTMTTGAACTTTTACCTTTCTCCTCAGACTTGAGAAAGTCAACATTTCTAGGAGAGATGGANNNNNNAAAGTTTTAGGAACCATTGCAAGTATAGGGGGTGYGTCTGTCATTACACTCTACAAAGGCCCTCCTCTTCTGCATCAGATAACACAACAAGAACAAGGAATAACATCTGAAGAARATAYGTCTTCAAAGAAAATKCAAAACTGGACATGGGGATGCATATTCCTGTTTGGGCACTGCTTATCATGGGCTGGCTGGATGGTCTTTCAGGTAAAGCATATTTTGTCACCACCATACAAGTTGCATAAGACCACAGCTATGAAAATCATGTGCTAATCTGATCTRGATTGCTAAAAATTGTAGATGGCAYATAATTTACTACTGACCTTATGAGCNNNNATATGAATTAATATTTTGCAGGCTCCTGTGTTGAAGAAGTATCCGGCAAAGCTCTCTGTCACTTCTTTTACATGCCTT 577 C intron silent "1-39,124-370,521-577" 3 LG_XV 3366320 NA NA "40-123,371-520" NA NA POPTR_0015s13790.1 253738 GACATTAGATGATGCAAGGAGTGTCAAGCTTGAGATTGAAATAATGACCAGGTTATCTGGGCATGCTAATGTTGTGGATCTCAAGGCAGTTTATGAGGATGAGGATTATKTTCACCTKGTAATGGAACTTTGTGCTGGAGGGGAGCTTTTTCACCA 157 A/G A G TTAGAAAAGCATGGACGCTTCTCCGAGGCTGAGGYTAGGGTTCTCTTCAGGCATCTTATGCAAGTGGTCCTTTATTGTCATGAAAATGGAGTGGTTCACAGAGATTTGAAGCCGGAGAATATCCTCTTAGCTACAAAATCCTCATCATCACCAATTAAATTGGCAGATTTTGGTCTTGCAACCTATGTCAAGCCGGGTATAGTTTCTTTCTTCTTNNNNTTTTCTTTTGCTCTTCATTTAATTTGTTATATTGAACATTGTCTCCTGCAAAGSTTGAGTTGTTTAACAGATTAAATATTTGGGATCTGCCCAAACAGGTCAGAGTTTGCATGGGACTGTYGGAAGCCCATTTTATATAGCTCCAGAGGTATTGGCAGGAGGCTATAACCAGGCTGCTGATGTTTGGAGTGCAGGGGTGATTCTCTATATTCTTCTTAGTGGGATGCCACCATTTTKGGGTAAGACCAAGTCAAGGAT GACATTAGATGATGCAAGGAGTGTCAAGCTTGAGATTGAAATAATGACCAGGTTATCTGGGCATGCTAATGTTGTGGATCTCAAGGCAGTTTATGAGGATGAGGATTATKTTCACCTKGTAATGGAACTTTGTGCTGGAGGGGAGCTTTTTCACCAATTAGAAAAGCATGGACGCTTCTCCGAGGCTGAGGYTAGGGTTCTCTTCAGGCATCTTATGCAAGTGGTCCTTTATTGTCATGAAAATGGAGTGGTTCACAGAGATTTGAAGCCGGAGAATATCCTCTTAGCTACAAAATCCTCATCATCACCAATTAAATTGGCAGATTTTGGTCTTGCAACCTATGTCAAGCCGGGTATAGTTTCTTTCTTCTTNNNNTTTTCTTTTGCTCTTCATTTAATTTGTTATATTGAACATTGTCTCCTGCAAAGSTTGAGTTGTTTAACAGATTAAATATTTGGGATCTGCCCAAACAGGTCAGAGTTTGCATGGGACTGTYGGAAGCCCATTTTATATAGCTCCAGAGGTATTGGCAGGAGGCTATAACCAGGCTGCTGATGTTTGGAGTGCAGGGGTGATTCTCTATATTCTTCTTAGTGGGATGCCACCATTTTKGGGTAAGACCAAGTCAAGGAT 634 G CAG 3 GLN SYN exon silent "1-358,479-633" 3 LG_XV 9941515 (reverse complement) NA 359-478 NA NA POPTR_0017s11080.1 258782 TAATCCGAGCATCAAAATCTTCATCAACAAGAATCACATTGGAACACATGTTCTGATACAGGAATGGACGCTGGCACCCATGATGAAGCCAAGCTAGACCCCTAGCAGCACCCAAACCAATCCTGAATCTTGTTGACCAATCCAGTGCATTACCGGACCCATGGAGCAAAGAATACAAAGTCCCATAAGACATGTGCTTATAAACCAAAAGCTTCWCCTCCTCCACAACACAAAACCCCAAAAGGGGTGCCAGATTTGGATGCCTGATCTGGCCTAATCGATT 284 A/C A C ATCTCTGAACGAAACTGCTTCTCACCGAGCTTACAAGTAGTAAGACGCTTGAGTGCAAGAGCCGATCCATCAGGAAGAACAGCCTTGTAAGTAGTGCCCGTTCTAGTTGAAATGATGATATTGTCTGGACTAAAATTGTTTGTAGCAGCTATTAAATCAGCCAATTTAACCTTCACTAGAGGCTTTTGAAACAAAGAAACTTGAACAAGCTTGTGAGACCTCAATCTCTGTGCCCAACTAGTATCATCACCTCTTCCAAAGCCATACCCTCCCTTTCTCTTCCTCTCAGAATACCTCAAATGATACCACCACCACACCCCAAATCCTAACAACAAAGAAGAGGCGGCACCAAAAACCCCGGCGGCAATTATAATGGCAAGA TAATCCGAGCATCAAAATCTTCATCAACAAGAATCACATTGGAACACATGTTCTGATACAGGAATGGACGCTGGCACCCATGATGAAGCCAAGCTAGACCCCTAGCAGCACCCAAACCAATCCTGAATCTTGTTGACCAATCCAGTGCATTACCGGACCCATGGAGCAAAGAATACAAAGTCCCATAAGACATGTGCTTATAAACCAAAAGCTTCWCCTCCTCCACAACACAAAACCCCAAAAGGGGTGCCAGATTTGGATGCCTGATCTGGCCTAATCGATTAATCTCTGAACGAAACTGCTTCTCACCGAGCTTACAAGTAGTAAGACGCTTGAGTGCAAGAGCCGATCCATCAGGAAGAACAGCCTTGTAAGTAGTGCCCGTTCTAGTTGAAATGATGATATTGTCTGGACTAAAATTGTTTGTAGCAGCTATTAAATCAGCCAATTTAACCTTCACTAGAGGCTTTTGAAACAAAGAAACTTGAACAAGCTTGTGAGACCTCAATCTCTGTGCCCAACTAGTATCATCACCTCTTCCAAAGCCATACCCTCCCTTTCTCTTCCTCTCAGAATACCTCAAATGATACCACCACCACACCCCAAATCCTAACAACAAAGAAGAGGCGGCACCAAAAACCCCGGCGGCAATTATAATGGCAAGA 665 MINUS STRAND C AUG 3 ILE/MET NONSYN exon replacement 1-665 3 LG_XVII 3244236 NA NA NA NA NA POPTR_0018s12950.1 259627 CTTCACCGTTGGTGACACTCTGAGTAAGTTGGTACATGCAGAGCGCTAATATTGCAACACTCAATTTCTTTACCTGTGATCCTTGTTGTCAKTTCCTGTCTTGATCTTCTAAGATTAAATCCAAGAATTCTAAGATGATTAGTAGGTGAACCATAGAGTAACATAATATAAATTTTCAAGTTCTTAATCTCGATACTAAAATTGAGATGGATTAATATTGCTTTAAGATAAAAGAAATGGAGACAGTGAAGATACATTATTTTGTTATATTTTTCATTTTAAAAATACATTTATTTTATATTTCTAATCATATACACTTCTTTTTATATTTATCTCTTTTACTTTTTTATTCTGAAACACTGAATTACTTGGAACATTCATACTTTAATTTTCTCTAG 399 C/T C T TGGATTGCTTCAATTTATGTGAGAAAATTATTGCCTTGGCAGCGTTCACATTCAGTACAACTGTGCACGATGTGGCCACAGTGTCCAAGAGTGACTATGATAATTGCAACACAGCAAGTCAAAGCAACGTTTTGACAGTTGGACCAGCAACAATCACTCTCAATGCTACT CTTCACCGTTGGTGACACTCTGAGTAAGTTGGTACATGCAGAGCGCTAATATTGCAACACTCAATTTCTTTACCTGTGATCCTTGTTGTCAKTTCCTGTCTTGATCTTCTAAGATTAAATCCAAGAATTCTAAGATGATTAGTAGGTGAACCATAGAGTAACATAATATAAATTTTCAAGTTCTTAATCTCGATACTAAAATTGAGATGGATTAATATTGCTTTAAGATAAAAGAAATGGAGACAGTGAAGATACATTATTTTGTTATATTTTTCATTTTAAAAATACATTTATTTTATATTTCTAATCATATACACTTCTTTTTATATTTATCTCTTTTACTTTTTTATTCTGAAACACTGAATTACTTGGAACATTCATACTTTAATTTTCTCTAGCTGGATTGCTTCAATTTATGTGAGAAAATTATTGCCTTGGCAGCGTTCACATTCAGTACAACTGTGCACGATGTGGCCACAGTGTCCAAGAGTGACTATGATAATTGCAACACAGCAAGTCAAAGCAACGTTTTGACAGTTGGACCAGCAACAATCACTCTCAATGCTACT 569 T intron silent "1-23,442-569" 3 LG_XVIII 12445734 (reverse complement) NA 24-441 NA NA POPTR_0018s08150.1 260596 CAGGTATTCTTCCAGASAGATAATTGGTGGAAAGGTCTAAGACAGTGAGATTGTTATGTTTTCCAAGATCTTTTGGAATCTCACCAGATAACTTGTTAGACCAAAGTTGAAGAACTTGAAGACGAGGCAAGGAGCTTAAAG 142 C/T C T GACGGGGATTTTCCCAGTGAAGTGGTTGGAGAAAAGATGAAGAATCTCCAAATTTTTCAACTGAATAATGAGTTCTGGGATCTCACCTGATAAAAAATTATCACTAAGATCAAGTGAAATCAACTTCGTGAGACCAAAAATAGATTTAGGAATAGGACCAGTAAATTTATTTTGGTAGAGAAAGAGGTATTGAAGATCAGTGAGGTTTCCTAAAGATGATGGGATTTGTCCAATGAGATTGTTGTAGACAAGATCAAGATGATTCAAAGAAATTAACTGGCCTATTTCTGTAGGAATTTCACCAGAAAGATTGTTATAGCCCAAGTAAATCAACTTCAAGCTTCTCATTTGGCCTAATTCATGTGGAATTTGGCCAACTAATTGATTAGACGCCAAAGTAAAGACCTTCAAACTTGTCAACTTTGTTATCGAGGGAGGAATTTTACCCACCAAAGCATTGCCACCAAGATCAAGAAATTYTAGACTAAAAAAGGATCCTATYTCTTGAGGAATTTTCCCGGACAGCATGTTATTGGATAGATCTAATGTTTCCAGG CAGGTATTCTTCCAGASAGATAATTGGTGGAAAGGTCTAAGACAGTGAGATTGTTATGTTTTCCAAGATCTTTTGGAATCTCACCAGATAACTTGTTAGACCAAAGTTGAAGAACTTGAAGACGAGGCAAGGAGCTTAAAGCGACGGGGATTTTCCCAGTGAAGTGGTTGGAGAAAAGATGAAGAATCTCCAAATTTTTCAACTGAATAATGAGTTCTGGGATCTCACCTGATAAAAAATTATCACTAAGATCAAGTGAAATCAACTTCGTGAGACCAAAAATAGATTTAGGAATAGGACCAGTAAATTTATTTTGGTAGAGAAAGAGGTATTGAAGATCAGTGAGGTTTCCTAAAGATGATGGGATTTGTCCAATGAGATTGTTGTAGACAAGATCAAGATGATTCAAAGAAATTAACTGGCCTATTTCTGTAGGAATTTCACCAGAAAGATTGTTATAGCCCAAGTAAATCAACTTCAAGCTTCTCATTTGGCCTAATTCATGTGGAATTTGGCCAACTAATTGATTAGACGCCAAAGTAAAGACCTTCAAACTTGTCAACTTTGTTATCGAGGGAGGAATTTTACCCACCAAAGCATTGCCACCAAGATCAAGAAATTYTAGACTAAAAAAGGATCCTATYTCTTGAGGAATTTTCCCGGACAGCATGTTATTGGATAGATCTAATGTTTCCAGG 698 C GCU 1 ALA/THR NONSYN exon replacement 1-698 3 LG_XVIII 3790764 NA NA NA NA NA POPTR_0018s02890.1 261442 CCTTTGTTTTGTGCATTTTGTCTTTTTTCTATCATAGRGTGGATTTATTTTYATCAGTTRTCTATGATTCTTGCATTTCTTAATATGCCAGTAATTCTAGCACAAAAGCCTCTTTTATATTCCAGTTACGGATGTTGATGAATTCTTCYACAGCTTCCTGCAAATGCTAAAATTCCTCAGTCAGCTTGTGTTRAGACATATGAGGTGAAGGAATCACAAGGAGTTGTTTGGGTATGGATGTCACTAAAGACACCACCAAACTTTAAGAAGGTTCCCTGGTTTGAGAACTTTGCCAGGCCAGGATTTCAAGATACCTCAACCATTCATGAGCTTCC 336 A/T A T TATGATCACTCCATACTGCTTGAAAACCTCATGGATCCGGCACACATTCCAATCTCACATGATAGGACAGACTGGACTKCCAAAAGGGAGGATGCCCAGGCACTGCGATTTGAGGTGACTGAACGCACCCATCGAGGTTTTGCAGGGAGGTGGGGTAAGGAAAAGGATCAAAAACTGCKAAGCTTCTTACGGTTTCAAGCTCCGTGTGTTCTATCCAACGACATAGAATTTGCAGATGAGAAGGGGGTGACACRGTACTTCACTGGCCTTTTTCTTTGCAGACCAACCGGACAAGGAAAATCCATGATCATTGTCAGGTTTGGAGCAACAAAAAGACCTCAAATGGCAAAGG CCTTTGTTTTGTGCATTTTGTCTTTTTTCTATCATAGRGTGGATTTATTTTYATCAGTTRTCTATGATTCTTGCATTTCTTAATATGCCAGTAATTCTAGCACAAAAGCCTCTTTTATATTCCAGTTACGGATGTTGATGAATTCTTCYACAGCTTCCTGCAAATGCTAAAATTCCTCAGTCAGCTTGTGTTRAGACATATGAGGTGAAGGAATCACAAGGAGTTGTTTGGGTATGGATGTCACTAAAGACACCACCAAACTTTAAGAAGGTTCCCTGGTTTGAGAACTTTGCCAGGCCAGGATTTCAAGATACCTCAACCATTCATGAGCTTCCATATGATCACTCCATACTGCTTGAAAACCTCATGGATCCGGCACACATTCCAATCTCACATGATAGGACAGACTGGACTKCCAAAAGGGAGGATGCCCAGGCACTGCGATTTGAGGTGACTGAACGCACCCATCGAGGTTTTGCAGGGAGGTGGGGTAAGGAAAAGGATCAAAAACTGCKAAGCTTCTTACGGTTTCAAGCTCCGTGTGTTCTATCCAACGACATAGAATTTGCAGATGAGAAGGGGGTGACACRGTACTTCACTGGCCTTTTTCTTTGCAGACCAACCGGACAAGGAAAATCCATGATCATTGTCAGGTTTGGAGCAACAAAAAGACCTCAAATGGCAAAGG 688 A CCA 3 PRO SYN exon silent 154-688 1 LG_XVIII 6505784 (reverse complement) NA 1-153 NA NA POPTR_0018s09290.1 262004 TGCATGCATAGGTATTGGCAACAAGAAGAATGCCTCCAAAGTTTCATCTACACTGCGTAGAACTTCAACAGCAGAAGGAGCAAACTGCTCTTTATTTGCCCGTGGATTCCATACCTGCATCAGAAAGGTGGCAGGTCGTTTCGTGGATAATGCAAAAGGGATAACTACCGCTAATCAGAAAACATAAATTAATTTCTCTGCTAGTTTCCATGTATTACATACCTCTTGTTGTAGATTTCTATCAACCCACTCACTCAGTCTGTCAGCTCTCGTCTTTATCCATGACTTCACAAGGTTGGCAATTACAGCTTCAGCCTCATAAGGAGGCATCTCTTGGATTATTGACTTCCCACCATCATCACTGTCTACTGCATCTTCAACTGCGATCTGCACAATATCTTTCTCCAATTTGTCAGCAGCCCTCAGCACCTCAATAGCATCAGGTG 447 C/T C T CAATTCACTGATACTCGAAATGAATTTCCTCAGCTCATTCCAATAGCAAGAATGAAGCGTGGCTACAGCTACGCCTGCTGCAAGGGGGTGCCATCTCTTCAGTATGGGACTAAAAATTGCCTTCTCATTAAAAGCCAGTTCAC TGCATGCATAGGTATTGGCAACAAGAAGAATGCCTCCAAAGTTTCATCTACACTGCGTAGAACTTCAACAGCAGAAGGAGCAAACTGCTCTTTATTTGCCCGTGGATTCCATACCTGCATCAGAAAGGTGGCAGGTCGTTTCGTGGATAATGCAAAAGGGATAACTACCGCTAATCAGAAAACATAAATTAATTTCTCTGCTAGTTTCCATGTATTACATACCTCTTGTTGTAGATTTCTATCAACCCACTCACTCAGTCTGTCAGCTCTCGTCTTTATCCATGACTTCACAAGGTTGGCAATTACAGCTTCAGCCTCATAAGGAGGCATCTCTTGGATTATTGACTTCCCACCATCATCACTGTCTACTGCATCTTCAACTGCGATCTGCACAATATCTTTCTCCAATTTGTCAGCAGCCCTCAGCACCTCAATAGCATCAGGTGCCAATTCACTGATACTCGAAATGAATTTCCTCAGCTCATTCCAATAGCAAGAATGAAGCGTGGCTACAGCTACGCCTGCTGCAAGGGGGTGCCATCTCTTCAGTATGGGACTAAAAATTGCCTTCTCATTAAAAGCCAGTTCAC 590 MINUS STRAND T ACA 1 THR/ALA NONSYN exon replacement "1-368,477-590" 2 LG_XVIII 8717760 NA NA 369-476 NA NA POPTR_0018s10760.1 262463 AATAKTAGTGGATTCAWGGGATAAGGTTGTTCCTGTTAAGCTAGGAAAGTTTAGGAATGTGGATAAYGGTGAAGG 76 A/G A G AGTAGCACTATTAATGTTGATTCAAGAAGGTGCTATTCTATGGGGTCATTTGAGTATKTATTGGATGAGARTTCTTCATTGCAAGTACCTATAAGGACTCCAATGAAGAAGCAGTCAAGCAAGAAGCCTACTTTGCCTYTAACACCWGGTCACAGGCCAGCAATGTCTGAATGTGATTGTGAATCAAGAAGAGAATTTGATGGTTTTGAAAGCCTTAAAASTGTTGARGTTAACGGGACTGCTAGTATTGTTTCGAGCAGCGGTAATGGCATTGGTAGAAGCAAGAGAGAGAGCTTTTCTATATCAAAGATATGGCTTAGAGGGAAAAAGGTGAAGCAGAATTCACCAGAGGATTCTTCAAGAAGGGCCTTTTCCTTTCGATTTCCAGTGAATAAAAATGTTGTTGCCGGTGATGATTTGAAGATGAAGAAGGGGGATGGTGATGTGAGGACCGATTCTGAAATAAGCTTTGGCAGGTGGGAAAATGGAGATGGTCAAT AATAKTAGTGGATTCAWGGGATAAGGTTGTTCCTGTTAAGCTAGGAAAGTTTAGGAATGTGGATAAYGGTGAAGGAAGTAGCACTATTAATGTTGATTCAAGAAGGTGCTATTCTATGGGGTCATTTGAGTATKTATTGGATGAGARTTCTTCATTGCAAGTACCTATAAGGACTCCAATGAAGAAGCAGTCAAGCAAGAAGCCTACTTTGCCTYTAACACCWGGTCACAGGCCAGCAATGTCTGAATGTGATTGTGAATCAAGAAGAGAATTTGATGGTTTTGAAAGCCTTAAAASTGTTGARGTTAACGGGACTGCTAGTATTGTTTCGAGCAGCGGTAATGGCATTGGTAGAAGCAAGAGAGAGAGCTTTTCTATATCAAAGATATGGCTTAGAGGGAAAAAGGTGAAGCAGAATTCACCAGAGGATTCTTCAAGAAGGGCCTTTTCCTTTCGATTTCCAGTGAATAAAAATGTTGTTGCCGGTGATGATTTGAAGATGAAGAAGGGGGATGGTGATGTGAGGACCGATTCTGAAATAAGCTTTGGCAGGTGGGAAAATGGAGATGGTCAAT 575 G GGG 3 GLY SYN exon silent "1-485,567-575" 3 LG_XVIII 10137770 NA NA 486-566 NA NA POPTR_0018s11890.1 262753 GACGACACATCAGTGTTGTCCAAGTTTAAGAACGTCCCAGCATACAGTAGAGTACTATATCTTAAAGATGAAATCAGTGATGCGCCCAGGACACCAGTGGAG 103 C/G C G AGATCAAAAAATATGCTGATGCAGTAACTCTGCCAAGATTCTCCATCGTGCCCACCGTTAATGGCTTCACTACAGGAACCACCAAAGTCGTMAACGAAATGCAAGCAGCGAATATCTCAGTATATGTCTCAGTCTTAAGGAATGAATTTATTASCCTTCCATTTGATTACTTTTCGGATCCTACAATAGAGATCGCAACTTACACTTCTRGAATAGGCGTTGATGGAATCATAACCGAGTATCCAGCRACTGCAAGCAGATATTTGAGTAAGTACCAGCCTCACCAAAACTATAAATTCTTATACAAAAGCTCATGCTTAACAAAAGACGCCTAGACTTTACTCCTCTAGTTTGTACACTAACATACTAACATTGATCCCATTCAGGAAATCCATGTTCTTCCAATTCCATGCCCGATAGCTCATACAGCATCATTCCAGCTGAAGCTGGTAGTCTACTGAAGACAGTTCCTGAAGAAACACAGCCACCAGCAAGTTCCCCAACACCAGCCTTGGATGTTGCAGATGTKGTGGACCCACCACTCCCTGCCGTAACCAAACCTGCATCCCCCCCTCC GACGACACATCAGTGTTGTCCAAGTTTAAGAACGTCCCAGCATACAGTAGAGTACTATATCTTAAAGATGAAATCAGTGATGCGCCCAGGACACCAGTGGAGCAGATCAAAAAATATGCTGATGCAGTAACTCTGCCAAGATTCTCCATCGTGCCCACCGTTAATGGCTTCACTACAGGAACCACCAAAGTCGTMAACGAAATGCAAGCAGCGAATATCTCAGTATATGTCTCAGTCTTAAGGAATGAATTTATTASCCTTCCATTTGATTACTTTTCGGATCCTACAATAGAGATCGCAACTTACACTTCTRGAATAGGCGTTGATGGAATCATAACCGAGTATCCAGCRACTGCAAGCAGATATTTGAGTAAGTACCAGCCTCACCAAAACTATAAATTCTTATACAAAAGCTCATGCTTAACAAAAGACGCCTAGACTTTACTCCTCTAGTTTGTACACTAACATACTAACATTGATCCCATTCAGGAAATCCATGTTCTTCCAATTCCATGCCCGATAGCTCATACAGCATCATTCCAGCTGAAGCTGGTAGTCTACTGAAGACAGTTCCTGAAGAAACACAGCCACCAGCAAGTTCCCCAACACCAGCCTTGGATGTTGCAGATGTKGTGGACCCACCACTCCCTGCCGTAACCAAACCTGCATCCCCCCCTCC 679 G CAG 1 GLN/GLU NONSYN exon replacement "1-370,490-679" 1 LG_XVIII 11052229 (reverse complement) NA 371-489 NA NA POPTR_0013s06350.1 263350 TGATAATCAAAGCATAGGTACAACCAATCCCCTCAACCRAACTATCAATCGGAGCCCTGCTTCACCACTATTTAGTGCCCCTAGAGGAAGCAATTCCAATTATGTTCCGTTTGTGCCGTTACCTGCTGACATGTTTGCCAAGAAACCTGAGAACTCAAAGATGGAGGAGAGGGAGAAGTTGGAGACAGTCAACTATGAATCTCTTACTTCAAGCAACGGTGAGC 225 A/G A G GAAAGGTGTTATTTCTGAGCGCAGTGAGCATGGTAAATCAAGAGATAGYTGCCAACCCTCTGAGATGTCCATGGACCAGAATCTGAGTGATGATAATGAGAAAGACCTAGCTGAAAAATCAGAGAGATGGTTTAAGAGGGTAGCAGAGTTGCATAATGTCACTGATCTGACTAGYGCAATTTCAGATGATGACTTCCCTGAGATCATGCCGWTGCGTAAAGGAGAGAATAAATTTGTTGTTAGCAAGAAGAAAGATAGGTCTCTGACTTCTCCAATGTACAAGAGACATGCAGCCATGGAGCAAGCWAACACCACAAATTCCGTACCCTTTGTCCCC TGATAATCAAAGCATAGGTACAACCAATCCCCTCAACCRAACTATCAATCGGAGCCCTGCTTCACCACTATTTAGTGCCCCTAGAGGAAGCAATTCCAATTATGTTCCGTTTGTGCCGTTACCTGCTGACATGTTTGCCAAGAAACCTGAGAACTCAAAGATGGAGGAGAGGGAGAAGTTGGAGACAGTCAACTATGAATCTCTTACTTCAAGCAACGGTGAGCAGAAAGGTGTTATTTCTGAGCGCAGTGAGCATGGTAAATCAAGAGATAGYTGCCAACCCTCTGAGATGTCCATGGACCAGAATCTGAGTGATGATAATGAGAAAGACCTAGCTGAAAAATCAGAGAGATGGTTTAAGAGGGTAGCAGAGTTGCATAATGTCACTGATCTGACTAGYGCAATTTCAGATGATGACTTCCCTGAGATCATGCCGWTGCGTAAAGGAGAGAATAAATTTGTTGTTAGCAAGAAGAAAGATAGGTCTCTGACTTCTCCAATGTACAAGAGACATGCAGCCATGGAGCAAGCWAACACCACAAATTCCGTACCCTTTGTCCCC 562 A CAG 2 GLN/ARG NONSYN exon replacement 1-562 3 LG_XIII 5242239 NA NA NA NA NA POPTR_0015s05250.1 265797 AACATGAGTTAAKAATCTTATTGTTTCTGTTAATCTGGGTTTCCGCGACCTCAACATTTACAGWTGGTCTATAAATATGTCAGTTGGAGATTCTGTGTTGGTACCAT 108 G/T G T GTGGCATTTAACTTTTTTAAAATTTACAGGTCAATATGGAGGGGCTGTTTGGCCCCAAGTGGTCTACAGAAGAACAGATGAAGCGTAGGGACATGATGGCTTCAGAAGCATGTTATAGTTTTTTTTCACGAGGCTCCAAATTCCAGTGTTGATAAAATGTCAATAAAGTTAGATAAGAGCCCCTTGGTTGGATTTGTAAACTATCGCTTTACTCTTGAGGAAGAGATACCTGTTCTTTATGTGTATGAAATACAGCTCGAGTCTCGTGTCCAAGGGAAGGGACTGGGGAAATTATTTATGCAATAAATTGAGCTTGTTGCTCGCAAGGTGCTGATGCTCTTTCTTGTCAGCCCTTTAATGGTTGTGAATAACTAATTAGATATACAAATACACACATGTTTCTAGGTTTTCTTATTAAACAGCATACAATTATATAACCCATCTTTCTCTTCCTCTCTGTAAATCTCAACTCTCTTCACTTTGTACTTCAGAATTAACTATTCTAGGTTCATGTTGTGCTTCATCATAATTGATATTTAATTTAGTC AACATGAGTTAAKAATCTTATTGTTTCTGTTAATCTGGGTTTCCGCGACCTCAACATTTACAGWTGGTCTATAAATATGTCAGTTGGAGATTCTGTGTTGGTACCATGGTGGCATTTAACTTTTTTAAAATTTACAGGTCAATATGGAGGGGCTGTTTGGCCCCAAGTGGTCTACAGAAGAACAGATGAAGCGTAGGGACATGATGGCTTCAGAAGCATGTTATAGTTTTTTTTCACGAGGCTCCAAATTCCAGTGTTGATAAAATGTCAATAAAGTTAGATAAGAGCCCCTTGGTTGGATTTGTAAACTATCGCTTTACTCTTGAGGAAGAGATACCTGTTCTTTATGTGTATGAAATACAGCTCGAGTCTCGTGTCCAAGGGAAGGGACTGGGGAAATTATTTATGCAATAAATTGAGCTTGTTGCTCGCAAGGTGCTGATGCTCTTTCTTGTCAGCCCTTTAATGGTTGTGAATAACTAATTAGATATACAAATACACACATGTTTCTAGGTTTTCTTATTAAACAGCATACAATTATATAACCCATCTTTCTCTTCCTCTCTGTAAATCTCAACTCTCTTCACTTTGTACTTCAGAATTAACTATTCTAGGTTCATGTTGTGCTTCATCATAATTGATATTTAATTTAGTC 655 T noncoding silent "1-7,90-94,150-435" 1 scaffold_122 584654 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON "8-89,95-149,436-655" NA NA POPTR_0019s08950.1 266873 TACYTTCTCCACARTATTTGAGGAGATTGTTTGAACGCATGGGAGCAACCTATATTAAATTAGGTCAGGTAAGTC 76 A/G A G TAGTATATTTCAAAAAGTTTMTTYTTTTTNATTGTTCAATGCTGCTTGAGTTTGTCAACAATTTTATTCCTCTTATTCAATAAAAATTAAATCTTCTATCCTTGTTTCCATTACACTTCTTTTTAATCTTCCTGGCAGATGCTATTTTTCCACTAATGCTTTCCTATCATGTGTTTTGCTAGTTCATAGCATCTGCACCTACATTGTTCCCAGCAGAATATGTACAAGAATTTCAGAACTGTTTCGACAGAGCTCCATCAGTTCCTTTTCAAGAAATTCAAGCAATCTTGCGTGAGGAATTAGGAAGACCAATAGACAGTGTGTACGAATATGTTGACCCAACACCAGTTGCCTCGGCCTCAATTGCACAGGTAAATACTCTT TACYTTCTCCACARTATTTGAGGAGATTGTTTGAACGCATGGGAGCAACCTATATTAAATTAGGTCAGGTAAGTCATAGTATATTTCAAAAAGTTTMTTYTTTTTNATTGTTCAATGCTGCTTGAGTTTGTCAACAATTTTATTCCTCTTATTCAATAAAAATTAAATCTTCTATCCTTGTTTCCATTACACTTCTTTTTAATCTTCCTGGCAGATGCTATTTTTCCACTAATGCTTTCCTATCATGTGTTTTGCTAGTTCATAGCATCTGCACCTACATTGTTCCCAGCAGAATATGTACAAGAATTTCAGAACTGTTTCGACAGAGCTCCATCAGTTCCTTTTCAAGAAATTCAAGCAATCTTGCGTGAGGAATTAGGAAGACCAATAGACAGTGTGTACGAATATGTTGACCCAACACCAGTTGCCTCGGCCTCAATTGCACAGGTAAATACTCTT 459 A intron silent "1-68,259-447,579-583" 2 scaffold_125 918640 (reverse complement) NA "69-258,448-578" NA NA POPTR_0005s02000.1 268741 TGAGTATGCATTAGGAGAGGGTGTTATTGCTGAAACGTTGTCTAAGGTTTTTGAGGGTTATGATTTGAATGCGAATGCGAGGTGGCATTCTGCTGTAAGGCTTGCAACAAGGTTTAGCGGGAAGAAAGGAATTAAATCTGCTGCACAATGTTCTAGCATTGCCAAGGTATTATGAAGTTCCTGTGTTTGTTTACTTTCTTGAAACATTCATTACAGTGGAAGTTAATTTCTTGTTGAATGATGAAGAAAATGCTAGATTTAGCTGCCTGCGTGCCAATCTGAATGTACTTCATTGTGGCTTAAATATGTTCGTTGTTGTTACTAGGTGAGAATAATTTGATRCAGCATCATTTCT 356 A/C A C TTGTCTGTCGGTTTTGGACTTTTGAGTTTTAATTCAAGCATTAGCCCTAAATGAGAAACRAAATTAAACTTTAGCTTTYAGATATTCTATTATTCTATTAGAATAGGAAAGGATTGTTGGAGGAGATGAATTACTTGATGATTTCTACAGGAGATCTTTGAGGGCTTGAGAAAATGGGGT TGAGTATGCATTAGGAGAGGGTGTTATTGCTGAAACGTTGTCTAAGGTTTTTGAGGGTTATGATTTGAATGCGAATGCGAGGTGGCATTCTGCTGTAAGGCTTGCAACAAGGTTTAGCGGGAAGAAAGGAATTAAATCTGCTGCACAATGTTCTAGCATTGCCAAGGTATTATGAAGTTCCTGTGTTTGTTTACTTTCTTGAAACATTCATTACAGTGGAAGTTAATTTCTTGTTGAATGATGAAGAAAATGCTAGATTTAGCTGCCTGCGTGCCAATCTGAATGTACTTCATTGTGGCTTAAATATGTTCGTTGTTGTTACTAGGTGAGAATAATTTGATRCAGCATCATTTCTATTGTCTGTCGGTTTTGGACTTTTGAGTTTTAATTCAAGCATTAGCCCTAAATGAGAAACRAAATTAAACTTTAGCTTTYAGATATTCTATTATTCTATTAGAATAGGAAAGGATTGTTGGAGGAGATGAATTACTTGATGATTTCTACAGGAGATCTTTGAGGGCTTGAGAAAATGGGGT 536 A intron silent "1-166,507-536" 3 scaffold_133 575286 NA NA 167-506 NA NA POPTR_0056s00260.1 268809 CCCAAGTTTGTTAGTCAATCATTATCCACCATGCCCAGATCCAAGTTTGACCCTCGGAGTCTCYGAACACTGTGATCCTAATCTCATAACCATTTTACAACAAGAKAGTGATGTGTTTGGGCTTCAAGTCTTAAAGAATGG 142 C/T C T GAATGGATTGGTGTTGAGCCAATTTCTAATGCATTTGTGGTTAACATGGGATACCAAATGCAGGTAAACTCCCGCTWATCTTTTTTATTTTTTGTTCACGGMTCTGAATCGGTAAAGAGACAGATTATTTGTACWCAATTAGAAAAATCGTGAGNNTTTTACCGATAATAYAGAGTTTAAATCCTAAAAGGACAAGAACGGAGCACACACCGGCCTTAATCAACCATTAGACAAACTCTTAGGTTCCGTTTATAKTTCATTATATTTTATGTCACTAATATATCCTTGATGAGATTATATATATTGAGCTTTAAGMTCACAAAATGGCTGGTCTATGTTTAGATTRTCAGTAACAACAAGCTGAGAAGCGTCGAACATCGAGCAGTGACAAATTCAGAGAAAGCTCGGACAAGTGTT CCCAAGTTTGTTAGTCAATCATTATCCACCATGCCCAGATCCAAGTTTGACCCTCGGAGTCTCYGAACACTGTGATCCTAATCTCATAACCATTTTACAACAAGAKAGTGATGTGTTTGGGCTTCAAGTCTTAAAGAATGGCGAATGGATTGGTGTTGAGCCAATTTCTAATGCATTTGTGGTTAACATGGGATACCAAATGCAGGTAAACTCCCGCTWATCTTTTTTATTTTTTGTTCACGGMTCTGAATCGGTAAAGAGACAGATTATTTGTACWCAATTAGAAAAATCGTGAGNNTTTTACCGATAATAYAGAGTTTAAATCCTAAAAGGACAAGAACGGAGCACACACCGGCCTTAATCAACCATTAGACAAACTCTTAGGTTCCGTTTATAKTTCATTATATTTTATGTCACTAATATATCCTTGATGAGATTATATATATTGAGCTTTAAGMTCACAAAATGGCTGGTCTATGTTTAGATTRTCAGTAACAACAAGCTGAGAAGCGTCGAACATCGAGCAGTGACAAATTCAGAGAAAGCTCGGACAAGTGTT 559 T GGC 3 GLY SYN exon silent "1-205,485-559" 3 scaffold_133 761994 (reverse complement) NA 206-484 NA NA POPTR_0018s06830.1 271082 TAATTTACTCCCTATATCTACTTTGTGTTTTCTTTTTTCATTTCTCCTTTATTGGATTCTTATATTTTCAGTGTCGTGTCTTCTTGTCAGTTTGACAGCTCGGCTGCAAGTTTCTTGCAATTGTACTTGCTGTATGTGGCCCTGTAGAAGTAGAGCTTCAATCTATGCATGCTTGTCTTATGATTTKCTGTTCTTAGAATTTCATTCTGTTTTAGCATCGCTTTCCTTTCCATTCCTGGTATGCATGCTGATGCTGATTTCCATACAAATTGGATGGAGCTTTCTTGGTCTTGATGTCTGCAATAAACCATTACTGATTGTTTAATGTGATTACAGATGTAAATTATCTATTGGATTTCCTGCTGGCATAATTAATCCTTCACAAAGTTTTTGGTCAATGAAATTACAAACAGAACTTTC 421 C/G C G CATTGATCCAGACGGTTCCATAGTTGATTTAGAATATTGTACATTGGGATCTTGTCTTCCCTTTGATACCCTGCATGAGTTTTCTGTGAAGTGTCATCTTCATTAACTTGAGTCAAAAGCTTGTAATCGCTTGTTAATACTATCCTAAGAAAGTTTTAGCTCGTGTAACTTTATACCTTTCTATCACATTACCAGGTGCAATATCGTGTACTCAATGCAAAGGTTCGGGAGTTAATTCTATGGA TAATTTACTCCCTATATCTACTTTGTGTTTTCTTTTTTCATTTCTCCTTTATTGGATTCTTATATTTTCAGTGTCGTGTCTTCTTGTCAGTTTGACAGCTCGGCTGCAAGTTTCTTGCAATTGTACTTGCTGTATGTGGCCCTGTAGAAGTAGAGCTTCAATCTATGCATGCTTGTCTTATGATTTKCTGTTCTTAGAATTTCATTCTGTTTTAGCATCGCTTTCCTTTCCATTCCTGGTATGCATGCTGATGCTGATTTCCATACAAATTGGATGGAGCTTTCTTGGTCTTGATGTCTGCAATAAACCATTACTGATTGTTTAATGTGATTACAGATGTAAATTATCTATTGGATTTCCTGCTGGCATAATTAATCCTTCACAAAGTTTTTGGTCAATGAAATTACAAACAGAACTTTCCCATTGATCCAGACGGTTCCATAGTTGATTTAGAATATTGTACATTGGGATCTTGTCTTCCCTTTGATACCCTGCATGAGTTTTCTGTGAAGTGTCATCTTCATTAACTTGAGTCAAAAGCTTGTAATCGCTTGTTAATACTATCCTAAGAAAGTTTTAGCTCGTGTAACTTTATACCTTTCTATCACATTACCAGGTGCAATATCGTGTACTCAATGCAAAGGTTCGGGAGTTAATTCTATGGA 665 C intron silent 617-665 2 scaffold_145 541903 (reverse complement) NA 1-616 NA NA POPTR_0006s29250.1 271607 TTCTGCTAACTTCACCTAAAATTATATCATAAACTCCATTAGACAAAATCAAGTTTTGTTAACCTGAACTGAAAGTCTTTCATTTATTTATCATACAAAAGTCCTGCTTTGTGTTCCAGCAGTAGACACACCTTGGCTCTCAAAGCTTCAACATCTGAGTTAAGCACACGACGATTTGTTTCAGCAGTACGAAATTGTTGGGTAGCATCTGAAAGTTGCTTGAATAGAGATGCATTTTCTCCTGTCATATGATCAACCTGAGAAAACATGAATCGGGCATGATTTCAAATATCAATTACTCTTAAAGAGATTGGATAGAAAAAGCTACATCTTAGGTAGAACAATGAACTTGTTCTACTTGAACAACAATTTTTGGAAAAATAGCAAAAGTGCTATAAGATAGAAATCATGCTCCATTTGATTTTAGAAATGCTTAATGACAGAAACAAACTTTGAAATCCTGTGAAACGCAAATCTGAAATTCTTGTATACAGTCAAAGCAGTCCGATTAT 513 C/T C T CATCTACTTACCTTTCTCTCAGCAACTACTACTAGCTTCAACTTGTTTAAACAATTCAGATATCCAATTAATACTCTAAACATTAATCATACCTGARCTTCAAGATCTGATAAATGTGCTTGTTTTCTTTTTCTCGATCGTCTA TTCTGCTAACTTCACCTAAAATTATATCATAAACTCCATTAGACAAAATCAAGTTTTGTTAACCTGAACTGAAAGTCTTTCATTTATTTATCATACAAAAGTCCTGCTTTGTGTTCCAGCAGTAGACACACCTTGGCTCTCAAAGCTTCAACATCTGAGTTAAGCACACGACGATTTGTTTCAGCAGTACGAAATTGTTGGGTAGCATCTGAAAGTTGCTTGAATAGAGATGCATTTTCTCCTGTCATATGATCAACCTGAGAAAACATGAATCGGGCATGATTTCAAATATCAATTACTCTTAAAGAGATTGGATAGAAAAAGCTACATCTTAGGTAGAACAATGAACTTGTTCTACTTGAACAACAATTTTTGGAAAAATAGCAAAAGTGCTATAAGATAGAAATCATGCTCCATTTGATTTTAGAAATGCTTAATGACAGAAACAAACTTTGAAATCCTGTGAAACGCAAATCTGAAATTCTTGTATACAGTCAAAGCAGTCCGATTATCCATCTACTTACCTTTCTCTCAGCAACTACTACTAGCTTCAACTTGTTTAAACAATTCAGATATCCAATTAATACTCTAAACATTAATCATACCTGARCTTCAAGATCTGATAAATGTGCTTGTTTTCTTTTTCTCGATCGTCTA 657 C intron silent "1-52,401-526,643-657" 3 scaffold_147 494353 (reverse complement) NA "53-400,527-642" NA NA POPTR_0006s05550.1 272555 GTCAATCCCATGATTGCCAAAGCCAGCAAGGATGAGGCTTTAGATGACCATTCTGATGAATTAGGTAGGGAAGCTAATCAGGGGAAGGAAGGGGAGTGGGATTCTGAGACAATAAAAGATTCAGTTTCATCTCAAGGTGACTCAGTGATAGCTGAGGATGAGAAAGTAGAAAATGTTTCGAGAGTCCCGAAATCAGTTTCCAATAAGAATTCATCAGAAAGTGGTCCTCGCGGATCAAGGGTGAGATCTGATCGTGACAATGGTAAATCTAGGTCTAAAGCAGTARATAACACTACCAAAAAACCTGCCAWAACAAATAAAGGGCTGTCAAAAGTTACTTCGAAAAGTTCTTTTGATAAAAATTCTAAAGACATGACAGTTCCTCCGAAACCTTCTCCAGAATCTTCCGAAGGAGCTGATGATAAGTCTGCGGAAGATGTAAGAGAAATAGATGTTTTAGAT 463 A/G A G AGGCCTCGAATGGTACTCAGAGTGTTGCAAGTGACARTGAAACAGCTGATGCTGAAGAAAATGGTGAACATGAGGATGAAGCAGAATTAATTCAAAAGATTGAAGACATGGAAATGAGAATTGGGAAACTTGAAGCAGAGCTAAGAGAAGTTGCTGCTCTTGAAATATCACTATATTCTGTAGTACCAGARCATGGGAACTCAGCACATAAGGTGCACACACCTGCACG GTCAATCCCATGATTGCCAAAGCCAGCAAGGATGAGGCTTTAGATGACCATTCTGATGAATTAGGTAGGGAAGCTAATCAGGGGAAGGAAGGGGAGTGGGATTCTGAGACAATAAAAGATTCAGTTTCATCTCAAGGTGACTCAGTGATAGCTGAGGATGAGAAAGTAGAAAATGTTTCGAGAGTCCCGAAATCAGTTTCCAATAAGAATTCATCAGAAAGTGGTCCTCGCGGATCAAGGGTGAGATCTGATCGTGACAATGGTAAATCTAGGTCTAAAGCAGTARATAACACTACCAAAAAACCTGCCAWAACAAATAAAGGGCTGTCAAAAGTTACTTCGAAAAGTTCTTTTGATAAAAATTCTAAAGACATGACAGTTCCTCCGAAACCTTCTCCAGAATCTTCCGAAGGAGCTGATGATAAGTCTGCGGAAGATGTAAGAGAAATAGATGTTTTAGATAAGGCCTCGAATGGTACTCAGAGTGTTGCAAGTGACARTGAAACAGCTGATGCTGAAGAAAATGGTGAACATGAGGATGAAGCAGAATTAATTCAAAAGATTGAAGACATGGAAATGAGAATTGGGAAACTTGAAGCAGAGCTAAGAGAAGTTGCTGCTCTTGAAATATCACTATATTCTGTAGTACCAGARCATGGGAACTCAGCACATAAGGTGCACACACCTGCACG 692 G AAG 1 LYS/GLU NONSYN exon replacement "1-64,380-692" 1 scaffold_152 55815 (reverse complement) NA 65-379 NA NA POPTR_0006s06050.1 272678 GAACTTCTGCTTCCCTTTTATTGTTGAAAAGGTTATTTTTTTCTTGAAACACTTTTTTTATCTAAAAATATTTCAATGTTTTCTTGCTTGGGCTACACCATTGTGGTTTGTTCGCTATGATGCAACAGCTTGCTTAGCCTTTGTTTTGAGAATATCAGCTTATGTTTGGTTTTGTTGACAAATATCTGTGGGTCACATGCTTAAAATCAACAAGTTAGCTTCGATATTAAATGTTAAGCCAGTCTCAATTCCTTTATCGGTCATTATTTTGTTGTATTAAATAG 285 C/T C T TCCTGTACCAAGAATTACGTGCCATAGTTTCCTTTTTATCAGTGATTGGTAGTGTTTTGATTTTTTTGTTCATTTGTTTCTTTTTTGGAGTATTTTAGGGCTGCTTATAAAGGTTTTGCTGATTCTATACGCCTTCTATTGTTTCTGGATTCTTATAGAGGACGCCAAGATAGAGAGGGTAAATCAGCTTCCCAAATGTTTGAACTTCYGTTTTGTCAACATATAAATAATTAGTGAAATATACATGTGTTAATCTGTATGGATAAGTGTTTCTATTCCCTTAACATTTTTCACTTATACATTAGGATGCACTCCTCTCCATTGGGCTGCTATTAGGGGTAACTTG GAACTTCTGCTTCCCTTTTATTGTTGAAAAGGTTATTTTTTTCTTGAAACACTTTTTTTATCTAAAAATATTTCAATGTTTTCTTGCTTGGGCTACACCATTGTGGTTTGTTCGCTATGATGCAACAGCTTGCTTAGCCTTTGTTTTGAGAATATCAGCTTATGTTTGGTTTTGTTGACAAATATCTGTGGGTCACATGCTTAAAATCAACAAGTTAGCTTCGATATTAAATGTTAAGCCAGTCTCAATTCCTTTATCGGTCATTATTTTGTTGTATTAAATAGCTCCTGTACCAAGAATTACGTGCCATAGTTTCCTTTTTATCAGTGATTGGTAGTGTTTTGATTTTTTTGTTCATTTGTTTCTTTTTTGGAGTATTTTAGGGCTGCTTATAAAGGTTTTGCTGATTCTATACGCCTTCTATTGTTTCTGGATTCTTATAGAGGACGCCAAGATAGAGAGGGTAAATCAGCTTCCCAAATGTTTGAACTTCYGTTTTGTCAACATATAAATAATTAGTGAAATATACATGTGTTAATCTGTATGGATAAGTGTTTCTATTCCCTTAACATTTTTCACTTATACATTAGGATGCACTCCTCTCCATTGGGCTGCTATTAGGGGTAACTTG 631 C intron silent "384-463,591-631" 3 scaffold_152 422810 (reverse complement) NA "1-383,464-590" NA NA POPTR_0006s06140.1 272696 TCAAGATTGCTATTGTTGGATTTGGAAACTTTGGTCAGTTCCTTGCAAAAACCTTTGTTCAACAGGGTCACTCAGTTTTAGCCTATTCTAGAGCGAACTACTCTGATGCGGCTCAAAGGCTTGGGGTCTCTTATTTCTCTAATGCAGATGACCTCTGTGAAGAGCATCCAGAAGTGATTGTTCTTTGTACTTCTATTCTCTCGACAGAAAAGGTTCTCAAGTCATTACCATTTCAGAGACTGAAGAGAAGTACTCTTTTTGTTGATGTACTTTCAGTGAAAGAGTTTCCAAGGAATCTGTTTCTTCAACATTTACCATCGCATTTTGATATTCTCTGTACTCATCCTATGTTTGGACCTGAAAGTGGTAAAAATGGGTGGAACCGGCTGGCGTTTGTTTTTGAGAAGGTCAGGATTGGAAGTGAAGGTTCAAGAGTATCACG 443 A/G A G TGCGATAAGTTTCTTGATATTTTTGCTCGAGAAAGATGCAGAATGGTGGAGATGTCTTGTGCAGAGCATGATTGGTATGCCGCGGGATCACAGTTCATTACACACACCATGGGACGGGTTTTGGAAAAGTTAGGAATGGAGTCAACTCCAGTTAACACTAAAGGCTATGAAACTTTGTTGAATTTGGTGGAAAATACAGCTGGGGATAGCTTTGATCTGTACTATGGTTTGTTCATGTACAATGT TCAAGATTGCTATTGTTGGATTTGGAAACTTTGGTCAGTTCCTTGCAAAAACCTTTGTTCAACAGGGTCACTCAGTTTTAGCCTATTCTAGAGCGAACTACTCTGATGCGGCTCAAAGGCTTGGGGTCTCTTATTTCTCTAATGCAGATGACCTCTGTGAAGAGCATCCAGAAGTGATTGTTCTTTGTACTTCTATTCTCTCGACAGAAAAGGTTCTCAAGTCATTACCATTTCAGAGACTGAAGAGAAGTACTCTTTTTGTTGATGTACTTTCAGTGAAAGAGTTTCCAAGGAATCTGTTTCTTCAACATTTACCATCGCATTTTGATATTCTCTGTACTCATCCTATGTTTGGACCTGAAAGTGGTAAAAATGGGTGGAACCGGCTGGCGTTTGTTTTTGAGAAGGTCAGGATTGGAAGTGAAGGTTCAAGAGTATCACGATGCGATAAGTTTCTTGATATTTTTGCTCGAGAAAGATGCAGAATGGTGGAGATGTCTTGTGCAGAGCATGATTGGTATGCCGCGGGATCACAGTTCATTACACACACCATGGGACGGGTTTTGGAAAAGTTAGGAATGGAGTCAACTCCAGTTAACACTAAAGGCTATGAAACTTTGTTGAATTTGGTGGAAAATACAGCTGGGGATAGCTTTGATCTGTACTATGGTTTGTTCATGTACAATGT 688 A CGA 3 ARG SYN exon silent 1-688 2 scaffold_152 475741 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0006s13100.1 282012 CTACCAGTTACCCTTCTCCGAGTTCAAAATTCTCAGGCCCTTGTTTCTCAAGGTCAAACTCAGCATTCGGAGGTTCCTCAACACAGGCATCTAAAGCTATTCCCTTTCTGTATTTCATTGGAASTAGAT 130 A/G A G TTCTTGGTTTTCTCATTTTCTTTATGTAAAGTAATCTCCGCCTATCTGTATAAATAACATATATTAACCATAGCTAGGCAATCAAATGTCAGATATAACAAAGCCTCTCCATGAATCAGAGAGAGGGCTGAAAGCATTCTGTTTATTATCCTGGTTAAGCAAATAAACTTGAAATGCACAAGTGGAGGACTGTCTAATTTCTTGGACCAGAATTAGGCAATGCTAGGTTATCAAGAATAAATTTAAAAACTTGATTGTGTCCTTGTTGTTCATATGTGTCTTTTTGCTGATGGTGGTGTCACAATTCGTTCTTGATTGATTTGAAATATTATTCTAGCTTTCAGCTGATGTTTGAATTCCACTGTCTCATTTAGAAGATGGTTGCAAATTTTCTCAGGGTTTGGCAGGATGTTCCTGTTCTTGTCATTGTCAGCATGCTTGCCTACTTTTGTTTTCTTGAGCAGCTTCTGGYAAGTATAGCAACTCGTTATCCCTGCCCTTCAAGCCTACCACAGCACCTAATTTTGTCATTTTACAGGTTGGGAAAATGGGG CTACCAGTTACCCTTCTCCGAGTTCAAAATTCTCAGGCCCTTGTTTCTCAAGGTCAAACTCAGCATTCGGAGGTTCCTCAACACAGGCATCTAAAGCTATTCCCTTTCTGTATTTCATTGGAASTAGATATTCTTGGTTTTCTCATTTTCTTTATGTAAAGTAATCTCCGCCTATCTGTATAAATAACATATATTAACCATAGCTAGGCAATCAAATGTCAGATATAACAAAGCCTCTCCATGAATCAGAGAGAGGGCTGAAAGCATTCTGTTTATTATCCTGGTTAAGCAAATAAACTTGAAATGCACAAGTGGAGGACTGTCTAATTTCTTGGACCAGAATTAGGCAATGCTAGGTTATCAAGAATAAATTTAAAAACTTGATTGTGTCCTTGTTGTTCATATGTGTCTTTTTGCTGATGGTGGTGTCACAATTCGTTCTTGATTGATTTGAAATATTATTCTAGCTTTCAGCTGATGTTTGAATTCCACTGTCTCATTTAGAAGATGGTTGCAAATTTTCTCAGGGTTTGGCAGGATGTTCCTGTTCTTGTCATTGTCAGCATGCTTGCCTACTTTTGTTTTCTTGAGCAGCTTCTGGYAAGTATAGCAACTCGTTATCCCTGCCCTTCAAGCCTACCACAGCACCTAATTTTGTCATTTTACAGGTTGGGAAAATGGGG 683 G intron silent "1-72,505-600,669-683" 1 scaffold_28 1726711 (reverse complement) NA "73-504,601-668" NA NA POPTR_0006s11200.1 282601 GGCGGGGTTTGGGGTTCTGGGTCTTTTTCTAAATGGGTGGAGATCGCGGGTCGCGGCGGATCCGCAGTTCCCTTTTAAGGTATTGATGGAGGAAGTAGTTGGYGTGTCTGCTTGTGTTCTTGGTGATATGGCATCGCGGCCGAATTTTGGTCTTGACGAGTTGGATTTTGTTTTTTCGACCCTGGTTGTTGGTTGTATACTGAATTTTACCTTGATGTATTT 223 A/G A G CTTGCGCCTACTGCGGCTGCTACTAGTCAGACATTACCTGCAATTTTCGCCARTTGTCCGACAAGTCATATGTTTGAACCGGGTGCATATGGTTTGATGAACAGGCTTGGTACTTTTGTTTATAAAGGAACTATTTTTGCTGCTGTTGGTTTTGCCGCGGGTTTGGTAGGGACTGCGCTTTCAAATGGGTTGATTAAGATGAGGAAGAAGATGGATCCCACTTTTGAGACGCCGAATAAGGCACCTCCCACTGTTTTGAATGCATTGACTTGGGCAATTCATATGGGGTTTAGTAGTAATTTGAGGTACCAGACGCTGAATGGGGCTGAGTTTTTGTTGGAGAAMGGACTTTCTCCCTTGGCGTTTAAGACATCGGTCGTGGTTCTTAGGTG GGCGGGGTTTGGGGTTCTGGGTCTTTTTCTAAATGGGTGGAGATCGCGGGTCGCGGCGGATCCGCAGTTCCCTTTTAAGGTATTGATGGAGGAAGTAGTTGGYGTGTCTGCTTGTGTTCTTGGTGATATGGCATCGCGGCCGAATTTTGGTCTTGACGAGTTGGATTTTGTTTTTTCGACCCTGGTTGTTGGTTGTATACTGAATTTTACCTTGATGTATTTACTTGCGCCTACTGCGGCTGCTACTAGTCAGACATTACCTGCAATTTTCGCCARTTGTCCGACAAGTCATATGTTTGAACCGGGTGCATATGGTTTGATGAACAGGCTTGGTACTTTTGTTTATAAAGGAACTATTTTTGCTGCTGTTGGTTTTGCCGCGGGTTTGGTAGGGACTGCGCTTTCAAATGGGTTGATTAAGATGAGGAAGAAGATGGATCCCACTTTTGAGACGCCGAATAAGGCACCTCCCACTGTTTTGAATGCATTGACTTGGGCAATTCATATGGGGTTTAGTAGTAATTTGAGGTACCAGACGCTGAATGGGGCTGAGTTTTTGTTGGAGAAMGGACTTTCTCCCTTGGCGTTTAAGACATCGGTCGTGGTTCTTAGGTG 615 G UUA 3 LEU SYN exon silent 1-615 3 scaffold_28 3551591 NA NA NA NA NA POPTR_0014s04100.1 286664 AACTTCGAGGTCACCATTAAGCCTGGCGAAGGATATTACAAGTAATTTRAAAAACCCTTACACCTGTGCTCAAAATCTCTGGCTCATTCCCTTACCTATGGAATTGCCTTTTTCTTCAAAAACWCTCYTTTTACCTTGTCATAGGGGTGGCAAATTTGTGTTCTCATTTCAAGTTTCACCTCTCTATCCTCATGACGCGCCATAAGGTCAAATGCAAGACGAAGGAATGGATGCGATGTTTGG 244 C/T C T TCTGCCATCAATCTCTCTCAACGACAGTACTTGCCKAAGCATTGTGATCACRCGGAATTTCTTTGCTGTTTGCAGGTCTACCATCCTAATAKTGATCTGGAAGGCAATGTGTGCCTAAATATTCTTCGAGAAGACTGGACACCTATCCTAAATATAAACATCATCATCTATGGATTGTTTAACCTATTCACGGTATCTACTTTACAACTAACTTTATCTAACCATTTAGCCCACAAGAAACAAGACCCTTTGATGACTTGTGATCTTGAATGTCTTAATGTGCAGCAACCAAATCATGAGGATCCTCTGAATTCTGATGCAGCTAATGTGTTGAGAGATGATCCGGATGAGTTTAAATCGAACGTGAA AACTTCGAGGTCACCATTAAGCCTGGCGAAGGATATTACAAGTAATTTRAAAAACCCTTACACCTGTGCTCAAAATCTCTGGCTCATTCCCTTACCTATGGAATTGCCTTTTTCTTCAAAAACWCTCYTTTTACCTTGTCATAGGGGTGGCAAATTTGTGTTCTCATTTCAAGTTTCACCTCTCTATCCTCATGACGCGCCATAAGGTCAAATGCAAGACGAAGGAATGGATGCGATGTTTGGCTCTGCCATCAATCTCTCTCAACGACAGTACTTGCCKAAGCATTGTGATCACRCGGAATTTCTTTGCTGTTTGCAGGTCTACCATCCTAATAKTGATCTGGAAGGCAATGTGTGCCTAAATATTCTTCGAGAAGACTGGACACCTATCCTAAATATAAACATCATCATCTATGGATTGTTTAACCTATTCACGGTATCTACTTTACAACTAACTTTATCTAACCATTTAGCCCACAAGAAACAAGACCCTTTGATGACTTGTGATCTTGAATGTCTTAATGTGCAGCAACCAAATCATGAGGATCCTCTGAATTCTGATGCAGCTAATGTGTTGAGAGATGATCCGGATGAGTTTAAATCGAACGTGAA 612 T noncoding silent "1-41,145-242,320-436,530-612" 1 scaffold_40 1267031 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON "42-144,243-319,437-529" NA NA POPTR_0013s11170.1 287900 CCCATCAAACTGATCAGCTCCAAAAGCCTGAACACACGGCTTGTGACCTCCTTGACCAATTGCTACGATATAGAGAGAAAAGAAGAATAAAATTACTTGTCGGGGATCAGGAGAGCACAAGCTGATAGCATCAGCAGTTTGGCAGCCAGAATCTCTAGAAGAAGGAAGCACTGCTGA 178 C/T C T AGAGTCAACAAGCTCAGTCCCTGTGGTTAAGTCAGAGAGAATCAAACTCCATCTTATGACCCAAGGGCCTGAAATGAATCAACAATATGTATAGGGACAGAACGAGAGTTTGTATTATTACCAAAATGTAAATACAGGAAGCAACAACAATAGTCMTGTATCTACCAAGGAAAGAATCAGCAATAAATGCACCCAACAGAGGAAGTAACATCGTCGTTCCTGACCAGACATTTACATTCTCTGCAGCAGTAGCAGTTGACTGGCCAAGCGCTCCCGTCAAATAAGTTATTAAGTTGGAAGATATCCCATAATACGCTGACCTCTCTGCAACTTCCACACCTGCAAACAGCTTCWGTGTCAATGTTTTGTTGTGTTAATGTTTACAAGAGCAGTTMAATTTTTGTTACTACCTATTA CCCATCAAACTGATCAGCTCCAAAAGCCTGAACACACGGCTTGTGACCTCCTTGACCAATTGCTACGATATAGAGAGAAAAGAAGAATAAAATTACTTGTCGGGGATCAGGAGAGCACAAGCTGATAGCATCAGCAGTTTGGCAGCCAGAATCTCTAGAAGAAGGAAGCACTGCTGACAGAGTCAACAAGCTCAGTCCCTGTGGTTAAGTCAGAGAGAATCAAACTCCATCTTATGACCCAAGGGCCTGAAATGAATCAACAATATGTATAGGGACAGAACGAGAGTTTGTATTATTACCAAAATGTAAATACAGGAAGCAACAACAATAGTCMTGTATCTACCAAGGAAAGAATCAGCAATAAATGCACCCAACAGAGGAAGTAACATCGTCGTTCCTGACCAGACATTTACATTCTCTGCAGCAGTAGCAGTTGACTGGCCAAGCGCTCCCGTCAAATAAGTTATTAAGTTGGAAGATATCCCATAATACGCTGACCTCTCTGCAACTTCCACACCTGCAAACAGCTTCWGTGTCAATGTTTTGTTGTGTTAATGTTTACAAGAGCAGTTMAATTTTTGTTACTACCTATTA 594 C CUG 3 LEU SYN exon silent "1-9,78-313,397-594" 2 scaffold_41 1446800 NA NA "10-77,314-396" NA NA POPTR_0017s01400.1 289365 ACTTAATTTGCAGAAACTGAGGCWGGAAAAYGCTAGATTGAGAGAAGAGGCTAGTTTGGATTTTTTTCAACYAACTTCCCTTTCTAATATCACCTCATACTTTTTAATGATWCATAAAGGTTCTTGTCTCGAGAGTTTTAAGGATTTAGTTTTGGTGATGATTRTTTATGATTGTTGTGCAGCATGAAAAAGTATCCAGCCTTCTTGCCAAGTATATTGGAAAACCAAAGTCACAGATTGATTTGTTGACGTCTGACACT 261 A/G A G GATCTTCACAAGAANNNCTGCCAACATTTGTCCAGAATCAAAGGATGGGAAACCCTGGYATTGATTGGGGACGGAATCCAGGATCGGACATTAGTCATTTCGCATRTAGACTTGAMGGAATTCCAGATATGGAAAATGCACTCATGGCTGAGACTKCTGCCGGCGCAATGGAKGAGTTGATCAGACTTTTGCGAGTAAATGAGCCTTTTTGGATCAAGTCTCCATCTGACGGAAGACTCATCCTTGATCGGCTCAGTTATGAGAGAATTTACCCCAGGGCCG ACTTAATTTGCAGAAACTGAGGCWGGAAAAYGCTAGATTGAGAGAAGAGGCTAGTTTGGATTTTTTTCAACYAACTTCCCTTTCTAATATCACCTCATACTTTTTAATGATWCATAAAGGTTCTTGTCTCGAGAGTTTTAAGGATTTAGTTTTGGTGATGATTRTTTATGATTGTTGTGCAGCATGAAAAAGTATCCAGCCTTCTTGCCAAGTATATTGGAAAACCAAAGTCACAGATTGATTTGTTGACGTCTGACACTAGATCTTCACAAGAANNNCTGCCAACATTTGTCCAGAATCAAAGGATGGGAAACCCTGGYATTGATTGGGGACGGAATCCAGGATCGGACATTAGTCATTTCGCATRTAGACTTGAMGGAATTCCAGATATGGAAAATGCACTCATGGCTGAGACTKCTGCCGGCGCAATGGAKGAGTTGATCAGACTTTTGCGAGTAAATGAGCCTTTTTGGATCAAGTCTCCATCTGACGGAAGACTCATCCTTGATCGGCTCAGTTATGAGAGAATTTACCCCAGGGCCG 543 G intron silent "1-53,274-543" 3 scaffold_44 2255057 NA NA 54-273 NA NA POPTR_0004s23980.1 297354 CTATATACCCAGGCTCTGACCCATCTCATCTCTTCGAAATSCCMGGTGCCACCGATGCTAGCGTAAGTCTGGAGGTTTTCGAAGCCGACGTGCTTGACCACGACGCCATTTGTAAGGCCGTGGAAGGCTGCCAAGGGGTTTTCCACGTTGCATCTCCCTGTACTCTAGAGGACCCRAAGGACSCACAAGAGGAWCTTGTGATGCCTGCGGTGCAAGGCACTCTTAATGTTCTTGAGGCTGCTAAGA 247 A/G A G GTTCAAGRTTAGGCGCGTGGTTGTGACGTCCTCTATATCGGCTTTGGTTCCTAATCCGTCGTGGCCGAGGGAGAAGGTGTTTGATGAGTCGTCYTGGACTGATCTTGATTACTGCRAGTCTCGCCAGGTAATTTAGATTTAGMGTTTTAGATTATGTASGTGCGGTAGTAAATTYGATACTGATTTTTATTTCTGTATAAAAACAATCTTGTCTCGGGGCATTGCATTATGGCAGAAATGGTATCCGGTGTCAAAGACACTGGCAGAGAAAGCARCATGGGAGTTTGCAGGGAGGAATGGAATGGATGTGGTGGCAATCCATCCTGCGACGTGCCTTGGCCCTCTCTTGCAGCCTGCA CTATATACCCAGGCTCTGACCCATCTCATCTCTTCGAAATSCCMGGTGCCACCGATGCTAGCGTAAGTCTGGAGGTTTTCGAAGCCGACGTGCTTGACCACGACGCCATTTGTAAGGCCGTGGAAGGCTGCCAAGGGGTTTTCCACGTTGCATCTCCCTGTACTCTAGAGGACCCRAAGGACSCACAAGAGGAWCTTGTGATGCCTGCGGTGCAAGGCACTCTTAATGTTCTTGAGGCTGCTAAGAAGTTCAAGRTTAGGCGCGTGGTTGTGACGTCCTCTATATCGGCTTTGGTTCCTAATCCGTCGTGGCCGAGGGAGAAGGTGTTTGATGAGTCGTCYTGGACTGATCTTGATTACTGCRAGTCTCGCCAGGTAATTTAGATTTAGMGTTTTAGATTATGTASGTGCGGTAGTAAATTYGATACTGATTTTTATTTCTGTATAAAAACAATCTTGTCTCGGGGCATTGCATTATGGCAGAAATGGTATCCGGTGTCAAAGACACTGGCAGAGAAAGCARCATGGGAGTTTGCAGGGAGGAATGGAATGGATGTGGTGGCAATCCATCCTGCGACGTGCCTTGGCCCTCTCTTGCAGCCTGCA 605 A AAG 2 LYS/ARG NONSYN exon replacement "1-374,483-605" 2 scaffold_86 812862 NA NA 375-482 NA NA POPTR_0002s21840.1 419885 TATTTCAGCATGGACCACAGATACACAATTCATAACACAAATTGACATTCTAGAGATACAAATTGATAAATTGAAAGGRAAGCAATGTGATAAGGTCTGTCCATAAGACTTACCCAAAGGTGTAGATGTAGCATGGGCATTTATGTAATCCACTTGATTGGGATGAAGACCAGACTGTCA 181 A/T A T TGACAAAAAATCAGGGAAGTAAAAGCAAACAACGTTTTCCATCAGAATGGTGGTATTAAAAAAATTAACRGTATTAGAAAGAATTTTCTAAGCAAGGAACCAAGTAATTAGCAGAGTATAAAAGTTGATCTAACAATTTAAACACTAGGCATTGGACATTTTGCACCTTGATGTAGTCTGCATCTCAGGTAATGATACCTTTTCAACAAGATTGCAAACATTTTGACAACTAATGTACAGTGGACAAACAAGTCAAAGCCCRCATATCTTAATTACCTGTTTCAAGGCACGTGTCATTGCCAGAACAGCTCCCCTTCCATCATTATGTGGTTGAGTAATGTGATATGCATCACCTAGACAATATCAACATCACCATAAATGAAAATATCTACTAAAAACGACTACAGAAAGATTTACGACTTTTCCCCCCAAACCTGACATCCCGTAGCCGCGAATCTCTGCATAAATTTTTGCTC TATTTCAGCATGGACCACAGATACACAATTCATAACACAAATTGACATTCTAGAGATACAAATTGATAAATTGAAAGGRAAGCAATGTGATAAGGTCTGTCCATAAGACTTACCCAAAGGTGTAGATGTAGCATGGGCATTTATGTAATCCACTTGATTGGGATGAAGACCAGACTGTCAATGACAAAAAATCAGGGAAGTAAAAGCAAACAACGTTTTCCATCAGAATGGTGGTATTAAAAAAATTAACRGTATTAGAAAGAATTTTCTAAGCAAGGAACCAAGTAATTAGCAGAGTATAAAAGTTGATCTAACAATTTAAACACTAGGCATTGGACATTTTGCACCTTGATGTAGTCTGCATCTCAGGTAATGATACCTTTTCAACAAGATTGCAAACATTTTGACAACTAATGTACAGTGGACAAACAAGTCAAAGCCCRCATATCTTAATTACCTGTTTCAAGGCACGTGTCATTGCCAGAACAGCTCCCCTTCCATCATTATGTGGTTGAGTAATGTGATATGCATCACCTAGACAATATCAACATCACCATAAATGAAAATATCTACTAAAAACGACTACAGAAAGATTTACGACTTTTCCCCCCAAACCTGACATCCCGTAGCCGCGAATCTCTGCATAAATTTTTGCTC 657 T intron silent "1-42,124-200,484-544" 2 LG_II 18627984 (reverse complement) NA "43-123,201-483,545-657" NA NA POPTR_0002s16100.1 420573 TGCTAATCAAATAACTTAACAAAAATGTAATGATTCTAGATTTCGAGGTCTCAGAGTGGYGATGACYAGCTTCCATTTTCTGAAAAAGCACTATGAAATTATCTCATTCATTTAGGCTTTAAAGAATAGCGAAGACATGTTCCA 145 A/G A G TATTGRCRGTATGTTATATCAAAATGTTTTTATTTCAGAGTGGAAGAGCGAGTCTGGGGGACACGATTTACCGTTACCTGTGTACAGCAGACGGATTCTCCCCAGACCATCTCCTTGACTGTCTCAACTTAGCATCAGAACATGAAGCACTTGAGCTTGCAGACCGAGTCGAAGCTTCAATGTACACATGGAGACGCAAAGCATGCCTAAGCCACTCAAAATCCTCTTGGGACATGGTAAAAGATCTCATGTCTGACATTGACCGAACTGATAAAAATCATGTTCTAGCAGAAAGAGCCGAGACCTTGCTATTTTGCTTGAAGCAGAGATACCCTGAACTTTCACAAACATCCTTGGACACTTGCAAAATCCAGTACAATCGGGTAAGTTGAGTAATCATTAATCTCACTGCACGATATCAAGTTTATTAATTTTTTATACAGAATTAAATGGGAAGATAAATATTGCAGGATGTGGGACAAGCAACACTAGAGAGCTACTCAAGAGTTCTAGAAGGGTTAGCATTCAACATTGTTGCTTG TGCTAATCAAATAACTTAACAAAAATGTAATGATTCTAGATTTCGAGGTCTCAGAGTGGYGATGACYAGCTTCCATTTTCTGAAAAAGCACTATGAAATTATCTCATTCATTTAGGCTTTAAAGAATAGCGAAGACATGTTCCAATATTGRCRGTATGTTATATCAAAATGTTTTTATTTCAGAGTGGAAGAGCGAGTCTGGGGGACACGATTTACCGTTACCTGTGTACAGCAGACGGATTCTCCCCAGACCATCTCCTTGACTGTCTCAACTTAGCATCAGAACATGAAGCACTTGAGCTTGCAGACCGAGTCGAAGCTTCAATGTACACATGGAGACGCAAAGCATGCCTAAGCCACTCAAAATCCTCTTGGGACATGGTAAAAGATCTCATGTCTGACATTGACCGAACTGATAAAAATCATGTTCTAGCAGAAAGAGCCGAGACCTTGCTATTTTGCTTGAAGCAGAGATACCCTGAACTTTCACAAACATCCTTGGACACTTGCAAAATCCAGTACAATCGGGTAAGTTGAGTAATCATTAATCTCACTGCACGATATCAAGTTTATTAATTTTTTATACAGAATTAAATGGGAAGATAAATATTGCAGGATGTGGGACAAGCAACACTAGAGAGCTACTCAAGAGTTCTAGAAGGGTTAGCATTCAACATTGTTGCTTG 686 G noncoding silent "184-528,616-686" 3 LG_II 12147387 NA PREMATURE_STOP_CODON "1-183,529-615" NA NA POPTR_0002s01550.1 421083 TAAGCTGCTGCTTGGAGAAGACATGTCAGGTGGAGGACAGGGAACTTGCACCGCTGCCGCCATCTCCAATGCCATCACGAATCTTTCTGGTTAGTGAAAGAAGGGTAGAATTTCATTTTTTATTTTTATTTTTTACATTTGTTGTAATTAATTAGAGGTATGTAACATATTTGACAGMGTCTGTGTTTGGGGAGCTATGGAAATTAGAGCCATTAGCGCCGCAGAAAAAGGCAATGTGGAAAAGAGAGATGGAATGGCTTTTATGCGTAAGTGATTCCATAGTAGAGCTTGTTCCGTCAATGCAAGAATTTCCTGGTGGAGGGACTTATGAGGTTATGGTGGCTCAGCCACGTTCGGATTTATACGTGAACCTTCCAGCACTAAAGAAGCTTGATGCTATGCTGATTAGCATTCTGGACTTGTTTTCTGAACCTGAATTTTACTATG 448 C/T C T TGATCGTGGGATTGTAGTTGCTGGTGATGATGTTATTGAGGAGTTTCCCGTGCCATCCTCTTTGAGAAGACCACCAATCAGACAGGAAGGAAAATGGTGGCTTCCTTTTCCT TAAGCTGCTGCTTGGAGAAGACATGTCAGGTGGAGGACAGGGAACTTGCACCGCTGCCGCCATCTCCAATGCCATCACGAATCTTTCTGGTTAGTGAAAGAAGGGTAGAATTTCATTTTTTATTTTTATTTTTTACATTTGTTGTAATTAATTAGAGGTATGTAACATATTTGACAGMGTCTGTGTTTGGGGAGCTATGGAAATTAGAGCCATTAGCGCCGCAGAAAAAGGCAATGTGGAAAAGAGAGATGGAATGGCTTTTATGCGTAAGTGATTCCATAGTAGAGCTTGTTCCGTCAATGCAAGAATTTCCTGGTGGAGGGACTTATGAGGTTATGGTGGCTCAGCCACGTTCGGATTTATACGTGAACCTTCCAGCACTAAAGAAGCTTGATGCTATGCTGATTAGCATTCTGGACTTGTTTTCTGAACCTGAATTTTACTATGCTGATCGTGGGATTGTAGTTGCTGGTGATGATGTTATTGAGGAGTTTCCCGTGCCATCCTCTTTGAGAAGACCACCAATCAGACAGGAAGGAAAATGGTGGCTTCCTTTTCCT 560 T GCU 2 ALA/VAL NONSYN exon replacement "1-89,178-560" 3 LG_II 821280 NA NA 90-177 NA NA POPTR_0002s08810.1 421188 TCCTCTGGAMTCWGTTCAGATACTGTGAAATTTGAACCAAAAATCAGGGAGTTAAGGACTTGTTTTAGTGTTTGGTAATGATGGGCATGCGAAGATACGTGTGTGATNGGCATTGAAAAGTTAAAATTAGTCAAAAACTAGTATTGAAAAAATGTAGTCATAAGCAACCAATAGATA 178 C/T C T TGGAATAAGAAAAAAAATCCGAAGCTTAATGGCCAAAAGGAATTCTGGGCTTCTTTTGCCTCCAAAAAATACAATGAACTATAAGGATGAAAATCAAATTCCTTCTCAAGAAACATTATCAYAAGTCAAAATTATACTAATAGATAAGTAAATGTGAAAATAATAATTAAATGGTAGTTGGTTGAATATGTATCAAAAGTTGTAGGGAATGGTGGGCTACCTGCATGTCTAACAGCCTGATGAAGCTCTAGACTTTCAGCTTTCGTGAAAATCTCACCACATTCAGGGCAAGAACAAATGCTACCCCACAAGGAATGGTCTCTGGCAATTCCAAGAACAGGATCCACTACCATTCTACATTCATAGCAACCAGAGAATCTACTGAATGGCATTCCTCTGAAATTAGAAGATGCAGAAAGTGAAGAATTGGTAGAGGAAACAACCCCATTGAGTTCATGTAAAGGAGCTTTCATGGATCTACTTGAAGTGTCATTTTTACCRGCTGAGCCCAT TCCTCTGGAMTCWGTTCAGATACTGTGAAATTTGAACCAAAAATCAGGGAGTTAAGGACTTGTTTTAGTGTTTGGTAATGATGGGCATGCGAAGATACGTGTGTGATNGGCATTGAAAAGTTAAAATTAGTCAAAAACTAGTATTGAAAAAATGTAGTCATAAGCAACCAATAGATACTGGAATAAGAAAAAAAATCCGAAGCTTAATGGCCAAAAGGAATTCTGGGCTTCTTTTGCCTCCAAAAAATACAATGAACTATAAGGATGAAAATCAAATTCCTTCTCAAGAAACATTATCAYAAGTCAAAATTATACTAATAGATAAGTAAATGTGAAAATAATAATTAAATGGTAGTTGGTTGAATATGTATCAAAAGTTGTAGGGAATGGTGGGCTACCTGCATGTCTAACAGCCTGATGAAGCTCTAGACTTTCAGCTTTCGTGAAAATCTCACCACATTCAGGGCAAGAACAAATGCTACCCCACAAGGAATGGTCTCTGGCAATTCCAAGAACAGGATCCACTACCATTCTACATTCATAGCAACCAGAGAATCTACTGAATGGCATTCCTCTGAAATTAGAAGATGCAGAAAGTGAAGAATTGGTAGAGGAAACAACCCCATTGAGTTCATGTAAAGGAGCTTTCATGGATCTACTTGAAGTGTCATTTTTACCRGCTGAGCCCAT 690 T intron silent "1-292,669-690" 1 LG_II 6169391 (reverse complement) NA 293-668 NA NA POPTR_0002s06820.1 421277 TGTTTATATAGGAGATTCCATCAGTAAGTACTTGAAAACCCACCGTTTCTTGCTTGCAATCTTTTTTTTATGGGCTAATTGATAACATTTCTTTGTATTTTTATTGGCTTCTCTCAGTTTTCAAACACAAGTTTCACTACAGCTTGTACATTTTCCAGAACCAAAGAGCTTTTAATATCTGCAACTTCACTCAAGCTACACTTCTCACCAAGCCCAACTCCACCTCCTACACGGTATCTCTTCTCCCTCTCTCTCATTTGGAATTTCAACAACGTATAAATCCCATGCTTGTCTCTCCATATYTACATGCTTAAAGGCTGCTACAAAAATGTCAAAATCTTGGCTCACAATTCTTGGGTCCTGATGACAATAATTATCAATTTCTTTGTACAATGCCAAGG 402 A/G A G TAACTCAAAAAGTTAGGATCTTTTTCCATTTTTCTGTTGCTCCTCCGAGCTCTGACTATAAAATGTGCTAACAATTTTTCATGTTTAAATTGCAAATAACTAAAGTGGTACCCATCACGCCCTGGTTTCTTCTACTTCACATTCAACAATGGCTCYCTAAAATCCTGCAATCAAGACTCACAAAAACTCTCCATAAAAGTCTCTCCAGCACCACCACC TGTTTATATAGGAGATTCCATCAGTAAGTACTTGAAAACCCACCGTTTCTTGCTTGCAATCTTTTTTTTATGGGCTAATTGATAACATTTCTTTGTATTTTTATTGGCTTCTCTCAGTTTTCAAACACAAGTTTCACTACAGCTTGTACATTTTCCAGAACCAAAGAGCTTTTAATATCTGCAACTTCACTCAAGCTACACTTCTCACCAAGCCCAACTCCACCTCCTACACGGTATCTCTTCTCCCTCTCTCTCATTTGGAATTTCAACAACGTATAAATCCCATGCTTGTCTCTCCATATYTACATGCTTAAAGGCTGCTACAAAAATGTCAAAATCTTGGCTCACAATTCTTGGGTCCTGATGACAATAATTATCAATTTCTTTGTACAATGCCAAGGATAACTCAAAAAGTTAGGATCTTTTTCCATTTTTCTGTTGCTCCTCCGAGCTCTGACTATAAAATGTGCTAACAATTTTTCATGTTTAAATTGCAAATAACTAAAGTGGTACCCATCACGCCCTGGTTTCTTCTACTTCACATTCAACAATGGCTCYCTAAAATCCTGCAATCAAGACTCACAAAAACTCTCCATAAAAGTCTCTCCAGCACCACCACC 620 G intron silent "1-23,118-233,508-620" 3 LG_II 4569184 NA NA "24-117,234-507" NA NA POPTR_0002s13050.1 421426 TGAATTTGAAGAAAATGCATTGATAAGCCACACAAGCACACACGGGTTGTGTATCTATRATAATTTCAACATGAAGTACCTCTGGAGCCATCCAGTGTGGAGTGCCCTTTAAGGACAATTCATATGATAGTCCTGAGAGCTGTGCAACAACAAGAATAGACAAAAACCCCATAATGAGAAAGGTACAGAGTTTGTAATAGAACCAAACAAAGTGTTCAAAGTTAATTCAGAACTCACATGTTTTGCCATCCCAAAATCTGTGAGCTTAACAACACCTGATGCATCAACAAGCAAATTTGCACCTTTAATGTCCCTGTAGAGCATAATTGTTCAAATCACTA 342 A/C A C AGCTGCCCAGCAGAGAAAAGCCTTWACTTTATGACAGATACACATCATGCTTCCATACAATGTCCTTAATCCAACACGTGCCATTTCTACTCTTTATAACGGTGTTGCTCTTTACAAGATTCTATTTTTTTCACAATTTACTGAAAGACATTTGGCATAGTACGATAMTGACRGTTAAAAGAGTTCATTTTTCCTCTTCGTCAAACATGAATCACCCACCTGTGGACCGTCTTTGTACTGTGCAAACAWGCCAGCCCAGAGAGAATATGGCGGGTGAAATTGCGGACTATGGATTCTGTCATGT TGAATTTGAAGAAAATGCATTGATAAGCCACACAAGCACACACGGGTTGTGTATCTATRATAATTTCAACATGAAGTACCTCTGGAGCCATCCAGTGTGGAGTGCCCTTTAAGGACAATTCATATGATAGTCCTGAGAGCTGTGCAACAACAAGAATAGACAAAAACCCCATAATGAGAAAGGTACAGAGTTTGTAATAGAACCAAACAAAGTGTTCAAAGTTAATTCAGAACTCACATGTTTTGCCATCCCAAAATCTGTGAGCTTAACAACACCTGATGCATCAACAAGCAAATTTGCACCTTTAATGTCCCTGTAGAGCATAATTGTTCAAATCACTAAAGCTGCCCAGCAGAGAAAAGCCTTWACTTTATGACAGATACACATCATGCTTCCATACAATGTCCTTAATCCAACACGTGCCATTTCTACTCTTTATAACGGTGTTGCTCTTTACAAGATTCTATTTTTTTCACAATTTACTGAAAGACATTTGGCATAGTACGATAMTGACRGTTAAAAGAGTTCATTTTTCCTCTTCGTCAAACATGAATCACCCACCTGTGGACCGTCTTTGTACTGTGCAAACAWGCCAGCCCAGAGAGAATATGGCGGGTGAAATTGCGGACTATGGATTCTGTCATGT 646 A intron silent "1-85,334-409,508-576" 2 LG_II 9716393 (reverse complement) NA "86-333,410-507,577-646" NA NA POPTR_0003s19310.1 423802 CCCCAACCACTCCATCTGGAAAGGTGAACCCAATGTCCCCGGTCCGGCCTACTATCTCCCTCCABCAACCAAATAGCAAGAAAGGTTCATCAAAGCACAATAAGATCTTTCGTCGTGTCCGTGCTGTTTTCCGGTCATTCCCTATCATTGCTCCAGCATGCAAGATTCCTGTCTCACTCCACGGAAACCGCCTCCATGATGGGCACGTTCATGGTGGGACCCGCATGACCGGAACCCTATTTGGGCACCGGAAAGCTAGGATAAACCTTGCCATCCAAGAAAGCCCCGGATCCCTACCTGTTTTATTGCTTGAACTCACAATCCCCACGGGRAAACTCCTTCAAGATATGGGAGTGGGACTTGTTAGGATTGCCTTGGAATGTGAAAAGAAGCCACATGAAAAGACCAAGATTGA 416 A/G A G GATGAACCGATATGGACAATGTTTTGTAATGGCAGAAAGTCAGGTTATGCGGTCAAGAGGGAGCCAACTGACGAGGATTTGAAT CCCCAACCACTCCATCTGGAAAGGTGAACCCAATGTCCCCGGTCCGGCCTACTATCTCCCTCCABCAACCAAATAGCAAGAAAGGTTCATCAAAGCACAATAAGATCTTTCGTCGTGTCCGTGCTGTTTTCCGGTCATTCCCTATCATTGCTCCAGCATGCAAGATTCCTGTCTCACTCCACGGAAACCGCCTCCATGATGGGCACGTTCATGGTGGGACCCGCATGACCGGAACCCTATTTGGGCACCGGAAAGCTAGGATAAACCTTGCCATCCAAGAAAGCCCCGGATCCCTACCTGTTTTATTGCTTGAACTCACAATCCCCACGGGRAAACTCCTTCAAGATATGGGAGTGGGACTTGTTAGGATTGCCTTGGAATGTGAAAAGAAGCCACATGAAAAGACCAAGATTGAAGATGAACCGATATGGACAATGTTTTGTAATGGCAGAAAGTCAGGTTATGCGGTCAAGAGGGAGCCAACTGACGAGGATTTGAAT 500 G GAA 3 GLU SYN exon silent 1-500 2 LG_III 17634469 NA NA NA NA NA POPTR_0003s14950.1 424060 GAAGAGCTTGTAGGATTTTATCTTAAAAGGAAAGTAGAGAAGAGACTTATCAGGATTGATCTCATCAAACACATTGATGTCTACAAATACGAGCCATGGGATCTTCCAAGTATGCATTCTCTTGTACTCTTGCTCCTTCGTTCATTGATTCAACTATTTATTAATTTGTAACTAWTTGTATGAAATGCAAAACTGTTATTTGAACACCATCAAATTCATTAGTAGAACTGTAATTTTGCAGCTGCAGTTGTTCTTTAATGATGAAATTGTTCTTAAC 278 C/T C T CTATTAAGCTTATCATCTMATTCTGTACAATTGTTGCAGAAGACAAGCAATTCATGTCATTAAACTGCAACAATTTCCTTGATGAATTTACTCATTGCCCTTCTTTTTGTGAACGTACAGAAGAAGCTAGCTGTAGTGCTGGAGAAAGGGAGTGGTACTTCTTCTGTAGAAGAGGAAGAAAGTACAAGAACAGCGTAAGACCTAATAGGGTCACAAATTCTGGATTTTGGAAAGCTACAGGTATCGACAAGCCAATATATTCTGTCGGGAAACTCCATTACTGCATTGGCCTGAAAAAATCTCTAGTCTATTACCGAGGAAGTGCCGGAAAAGGCACGAAAACAGACTGGATGATGCACGAATTTCGCCTTCCTGCTAGTGAAAATAC GAAGAGCTTGTAGGATTTTATCTTAAAAGGAAAGTAGAGAAGAGACTTATCAGGATTGATCTCATCAAACACATTGATGTCTACAAATACGAGCCATGGGATCTTCCAAGTATGCATTCTCTTGTACTCTTGCTCCTTCGTTCATTGATTCAACTATTTATTAATTTGTAACTAWTTGTATGAAATGCAAAACTGTTATTTGAACACCATCAAATTCATTAGTAGAACTGTAATTTTGCAGCTGCAGTTGTTCTTTAATGATGAAATTGTTCTTAACCCTATTAAGCTTATCATCTMATTCTGTACAATTGTTGCAGAAGACAAGCAATTCATGTCATTAAACTGCAACAATTTCCTTGATGAATTTACTCATTGCCCTTCTTTTTGTGAACGTACAGAAGAAGCTAGCTGTAGTGCTGGAGAAAGGGAGTGGTACTTCTTCTGTAGAAGAGGAAGAAAGTACAAGAACAGCGTAAGACCTAATAGGGTCACAAATTCTGGATTTTGGAAAGCTACAGGTATCGACAAGCCAATATATTCTGTCGGGAAACTCCATTACTGCATTGGCCTGAAAAAATCTCTAGTCTATTACCGAGGAAGTGCCGGAAAAGGCACGAAAACAGACTGGATGATGCACGAATTTCGCCTTCCTGCTAGTGAAAATAC 666 T intron silent "1-109,405-666" 1 LG_III 13615282 (reverse complement) NA 110-404 NA NA POPTR_0003s10490.1 424719 TGCACTTTTCTGTTGAGTTCTTTAGTGAAGGCTAATGAGCTAAAAAAGAGCTATGAAGTGTATGATTTCATCTGTCTTGGTGGTATCATTCCGGATGTTCACTTGTTCAGCACARTGATTAATGCGYTTTGTAAGGGACACAGAGAGGATGATGCTATCGGGTTGTTTTCAAAAATGGAAAAGTTGGGTGTTGCTCCAAATGTTGTTACGTATAATAATATCATTCATGGCTTGTGTAAGAGTGGGAGATTAGATGAGGCATACAGGTTTAAAGAAAAGATGGTAAAAGAGAAAGTGAGTCCAAGCCTTATAACATATAGTGTTTTCATTAATGGTTTGATTAAGTTGGAGAAAATTGATGAAGCAAATTGTGTTTTGAAGGAAATGTCTGAGTTGGGTTTTGTGCCAAATGAGGTTGTATATAACACATTGATTGATGGGTACTGTAAGATGGGAAATATTAGCGAAGCACTTAAAATAAGAGATGACATGTTATCGAAGGGGATATCTCCCAATTCAGTTACTTTGAATTCACTTATACAAGGTTTTTGCAAGAGTGATCAAATAGGACAAGCTGAAAATGTTTTAGAGGAGATGATAG 602 C/G C G AAGRGGTTTACCAATAAACCAAGGCTCATTTTCTATGGTGATTAATTGGTTGTGCTTGAAGTTTAGGTTTGTTACTGCACTACATTTTATTASAGAGATGCTGYTAAGAAATTTGAGGCCAAATGATG TGCACTTTTCTGTTGAGTTCTTTAGTGAAGGCTAATGAGCTAAAAAAGAGCTATGAAGTGTATGATTTCATCTGTCTTGGTGGTATCATTCCGGATGTTCACTTGTTCAGCACARTGATTAATGCGYTTTGTAAGGGACACAGAGAGGATGATGCTATCGGGTTGTTTTCAAAAATGGAAAAGTTGGGTGTTGCTCCAAATGTTGTTACGTATAATAATATCATTCATGGCTTGTGTAAGAGTGGGAGATTAGATGAGGCATACAGGTTTAAAGAAAAGATGGTAAAAGAGAAAGTGAGTCCAAGCCTTATAACATATAGTGTTTTCATTAATGGTTTGATTAAGTTGGAGAAAATTGATGAAGCAAATTGTGTTTTGAAGGAAATGTCTGAGTTGGGTTTTGTGCCAAATGAGGTTGTATATAACACATTGATTGATGGGTACTGTAAGATGGGAAATATTAGCGAAGCACTTAAAATAAGAGATGACATGTTATCGAAGGGGATATCTCCCAATTCAGTTACTTTGAATTCACTTATACAAGGTTTTTGCAAGAGTGATCAAATAGGACAAGCTGAAAATGTTTTAGAGGAGATGATAGCAAGRGGTTTACCAATAAACCAAGGCTCATTTTCTATGGTGATTAATTGGTTGTGCTTGAAGTTTAGGTTTGTTACTGCACTACATTTTATTASAGAGATGCTGYTAAGAAATTTGAGGCCAAATGATG 730 G GCA 2 ALA/GLY NONSYN exon replacement 1-730 1 LG_III 10237663 NA NA NA NA NA POPTR_0003s01410.1 424878 CTCTCCACTCTTCCTCACCCTCACTGTCCTCTCCTATCTCTCCCTTACTTTCATCCTTTCACATGTCACTCTTCCCTCAGTTGGGCCTCGCATCCTCAGGTTTCTCACAGCCATTCATAACATTATCCTCCTCACTGTCTCCTTCACCATGGCCATCGGTTGCACCCTCTCCATTATTTTCCACTCACCTAATGTGGAYTGCATCGTTTGTTACCCTATAAACACCCCACCAAGAGGGCCTCTCTTCTTCTGGTCGCATATTTTCTATCTCTC 274 A/C A C AAGATTTTTGAATTCATGGACACCCTCTTGATCATCTKGAGCAACTCCATCAGAAGGCTGACTTTTCTCCACGTGTATCACCAYGCAACCGTTGTGGTCATGTGTTACATATCTTTACACACTTCACAGTCTTTGTTTCCTGGSGTGATTGTCATAAACTCTTCGGTGCACGTGATAATGTATTTCTACTACTTCCTGTGTTCATTAGGGATACGTCCCAAGTGGAAAAAGTTTGTCACAGATTGCCAGATTGTGCAGTTCTTTTCAAGCTTTGGGATCATGGCCTGGATTTTTTACTACCATTTCACAGGGTTGGGCTGCTCTGGCATCTG CTCTCCACTCTTCCTCACCCTCACTGTCCTCTCCTATCTCTCCCTTACTTTCATCCTTTCACATGTCACTCTTCCCTCAGTTGGGCCTCGCATCCTCAGGTTTCTCACAGCCATTCATAACATTATCCTCCTCACTGTCTCCTTCACCATGGCCATCGGTTGCACCCTCTCCATTATTTTCCACTCACCTAATGTGGAYTGCATCGTTTGTTACCCTATAAACACCCCACCAAGAGGGCCTCTCTTCTTCTGGTCGCATATTTTCTATCTCTCAAAGATTTTTGAATTCATGGACACCCTCTTGATCATCTKGAGCAACTCCATCAGAAGGCTGACTTTTCTCCACGTGTATCACCAYGCAACCGTTGTGGTCATGTGTTACATATCTTTACACACTTCACAGTCTTTGTTTCCTGGSGTGATTGTCATAAACTCTTCGGTGCACGTGATAATGTATTTCTACTACTTCCTGTGTTCATTAGGGATACGTCCCAAGTGGAAAAAGTTTGTCACAGATTGCCAGATTGTGCAGTTCTTTTCAAGCTTTGGGATCATGGCCTGGATTTTTTACTACCATTTCACAGGGTTGGGCTGCTCTGGCATCTG 606 A UCA 3 SER SYN exon silent 1-606 3 LG_III 856150 NA NA NA NA NA POPTR_0006s22970.1 426980 TTTTTAAACAGATGCCGGAGAGAAATATTGTGTCGTGGAATGCGATGATTGGTGGGTTTAGTCAGATGGGACAGAATGAAGAGGCTGTCAATCTTTTTGTTGAGATGATTAGAGARGGCTTGGTGCCTTGTCAATATACATTTCCTTGTGCTATTATTGCTGCTGCAAATATAGCAGCACTTGAAATGGGCAGAAGTTTTCATGCTTGTGCTATTAAGACAATGGGTGAGTTTAGTGTGTTTGTTGGCAATTCTCTAATTAGCTTTTATGCAAAATGTGGAAGCATGGAAGATAGTCTCCGTCTTTTTTATGAACTTCCTGAAAGAACTATCGTCTCTTGGAATGCTGTGATTTGTGGCTTTGCACAGAATGGGAGAGGAGAGAATGCTGTGGACTTCTATGAAAGAATGAGGAACACC 420 A/G A G GTCTGAGACCTGATAGTGTTACGCTACTTGGCCTGTTATGGGCTTGTAATCATGCTGGTCTTGTCGACAAGGGGTATTCGTATTTCAAYCGTGCAAGGCTGGAGCACCCCAGTTTGTTAAAACCTAAACATTATGCTTGTATGGTTGATCTACTGTCTCGCTGTGGATGTTTCAAAGAAGCTCAGGARTTTCTTCGTGACTTGCCTTTCAATCCGG TTTTTAAACAGATGCCGGAGAGAAATATTGTGTCGTGGAATGCGATGATTGGTGGGTTTAGTCAGATGGGACAGAATGAAGAGGCTGTCAATCTTTTTGTTGAGATGATTAGAGARGGCTTGGTGCCTTGTCAATATACATTTCCTTGTGCTATTATTGCTGCTGCAAATATAGCAGCACTTGAAATGGGCAGAAGTTTTCATGCTTGTGCTATTAAGACAATGGGTGAGTTTAGTGTGTTTGTTGGCAATTCTCTAATTAGCTTTTATGCAAAATGTGGAAGCATGGAAGATAGTCTCCGTCTTTTTTATGAACTTCCTGAAAGAACTATCGTCTCTTGGAATGCTGTGATTTGTGGCTTTGCACAGAATGGGAGAGGAGAGAATGCTGTGGACTTCTATGAAAGAATGAGGAACACCAGTCTGAGACCTGATAGTGTTACGCTACTTGGCCTGTTATGGGCTTGTAATCATGCTGGTCTTGTCGACAAGGGGTATTCGTATTTCAAYCGTGCAAGGCTGGAGCACCCCAGTTTGTTAAAACCTAAACATTATGCTTGTATGGTTGATCTACTGTCTCGCTGTGGATGTTTCAAAGAAGCTCAGGARTTTCTTCGTGACTTGCCTTTCAATCCGG 636 G AGU 1 GLY/SER NONSYN exon replacement 1-636 2 LG_VI 14055743 NA NA NA NA NA POPTR_0006s14860.1 427340 TCAAGCAACAACTCCCTCTTCTTCATCCTGTTTGACCACGTATCTTCCTTACCAGWAATTTGTTCCGATAAGCGATTAACAGGTGGAAGCAGATCAGAAGGATTTGAGATGTGGCTATCCCCATTCTGACCCA 134 A/C A C ATGTAAAGTTCGAGGACTTGGCTGTGAACCCATGGAAGCTGCAGAAAACAAAAATAACAGTCCAAAATTGTTCCAYGTGACTGGAAAACACAAATACAAAGGGTAAAACRAAACATCACAGACAACAAGAACCCATAAAAAAGAGATTTAAAGAAAACACATCCACACATGAATGAATTCCAGAAGCAAATTCTGAGACATCAGAAAAAATACCTGAAACTCTGGCTTCCAAAGAGCGGGTTGAGGTATTGCCATACAACTTTGCAGATTCACCATCAGTAGGAGTATCCACTGATTGTGCACCATTTAGGCRGGCAGTCCCAGAAAGGAACATATCCCTAAAGGAGGGCTCACTGAAGCAGCTGTTTCCTGTAACTTCAAATTTATGACATCGCTCTAAAGTTCGTTTAACAAATGCTAAGGCAGCTTGCTTGGCCATTTTGCTACTGGAACT TCAAGCAACAACTCCCTCTTCTTCATCCTGTTTGACCACGTATCTTCCTTACCAGWAATTTGTTCCGATAAGCGATTAACAGGTGGAAGCAGATCAGAAGGATTTGAGATGTGGCTATCCCCATTCTGACCCAAATGTAAAGTTCGAGGACTTGGCTGTGAACCCATGGAAGCTGCAGAAAACAAAAATAACAGTCCAAAATTGTTCCAYGTGACTGGAAAACACAAATACAAAGGGTAAAACRAAACATCACAGACAACAAGAACCCATAAAAAAGAGATTTAAAGAAAACACATCCACACATGAATGAATTCCAGAAGCAAATTCTGAGACATCAGAAAAAATACCTGAAACTCTGGCTTCCAAAGAGCGGGTTGAGGTATTGCCATACAACTTTGCAGATTCACCATCAGTAGGAGTATCCACTGATTGTGCACCATTTAGGCRGGCAGTCCCAGAAAGGAACATATCCCTAAAGGAGGGCTCACTGAAGCAGCTGTTTCCTGTAACTTCAAATTTATGACATCGCTCTAAAGTTCGTTTAACAAATGCTAAGGCAGCTTGCTTGGCCATTTTGCTACTGGAACT 588 C noncoding silent "1-181,417-588" 1 LG_VI 8240202 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON 182-416 NA NA POPTR_0006s26700.1 427447 AAATTAGCGACCTAATAACAAAGATGATGAAAATAGTTAAAACAAATAAAAAGTTCAACAAAAATAGATACAAGCAAAATCTACTCACTTCCCTAGGGGTAAAATATCTAAGCCCTTGCTTCTTCAACGAAGATTCTTTTCCCTTGATGTTTGGCTGGATATCCWTTTGTAAATGTCAYGTGAAAAAGGAAAGGACACGGTAT 204 C/T C T AAACACAATTTAAAATATCAGGAATATTGTAAAAGGATTTCCAYGGCACTTAATATAACCATACATTGAACTATTATGAATTATCAAATTGAAAAATAGGCAACTAACTGGTTTTGTCAAACAAATTTGGRCGGGTCCACATGACCAGCAAAAGTGATGTTATATAACTCAATAGATACCGAGTTATTGTGTTTGGCACTAAATCCACATGAGAGGACCTTGCAGCAGATCCAATCTAATATGTTGAATGGAGTGCTTAGGATGATTGAAAGCAATTGAGCATGAGTTCTTGAAATAAAAGCACAACTGGAATTAACAACTAATAGCTCAACCAAAAAAAGGGGGGGAAATTCCCAGCTGCAGGGCCATATATCTGAAAGTTTGAAATGAAATCATACCTGGATAG AAATTAGCGACCTAATAACAAAGATGATGAAAATAGTTAAAACAAATAAAAAGTTCAACAAAAATAGATACAAGCAAAATCTACTCACTTCCCTAGGGGTAAAATATCTAAGCCCTTGCTTCTTCAACGAAGATTCTTTTCCCTTGATGTTTGGCTGGATATCCWTTTGTAAATGTCAYGTGAAAAAGGAAAGGACACGGTATCAAACACAATTTAAAATATCAGGAATATTGTAAAAGGATTTCCAYGGCACTTAATATAACCATACATTGAACTATTATGAATTATCAAATTGAAAAATAGGCAACTAACTGGTTTTGTCAAACAAATTTGGRCGGGTCCACATGACCAGCAAAAGTGATGTTATATAACTCAATAGATACCGAGTTATTGTGTTTGGCACTAAATCCACATGAGAGGACCTTGCAGCAGATCCAATCTAATATGTTGAATGGAGTGCTTAGGATGATTGAAAGCAATTGAGCATGAGTTCTTGAAATAAAAGCACAACTGGAATTAACAACTAATAGCTCAACCAAAAAAAGGGGGGGAAATTCCCAGCTGCAGGGCCATATATCTGAAAGTTTGAAATGAAATCATACCTGGATAG 610 T intron silent "1-8,457-522,600-610" 2 LG_VI 16984013 (reverse complement) NA "9-456,523-599" NA NA POPTR_0006s07670.1 427739 CACTCTYGGAGCACGGTAATCTCATACGATATGCTGAAAAACTTAAGTCAGAGTACTTGGAGGGTGGATCATCTTCTTCTGTCCCACA 89 A/G A G TTCCATTCAGAGGCTTCATCAACTTCAACAAGACRTCCTTCAAATTCAAGTAAGATATTTTCATCTTTCATTCACGTGTATATTATGYTGGTTATCTGACAGTGTTTGAGTTGTGGATTGTTAAATTACCAAACCAGCCTATGGATCATGTTTTAGTCATCAAAATAACTGTTTGTTGTTTAAAATGCTTAAAGAAARACAAAAACCGTTAGGAAATAATAGGTGAAAAAGTACCAGCCATGTCTGTTTTTTCAAATAAAATTCCTAACTTTTTTCATATGTTNACACYAGGTTCAAAGACTAAGAAGCAACCCAAGAGGGAAAAGACAGAAGAGGAGAAAACTTTCAGAAGAAGGGCAAAATACTTTTTAGTAACACAGCTAGTTGCTGTTTTAGTTTTTCTATC CACTCTYGGAGCACGGTAATCTCATACGATATGCTGAAAAACTTAAGTCAGAGTACTTGGAGGGTGGATCATCTTCTTCTGTCCCACAATTCCATTCAGAGGCTTCATCAACTTCAACAAGACRTCCTTCAAATTCAAGTAAGATATTTTCATCTTTCATTCACGTGTATATTATGYTGGTTATCTGACAGTGTTTGAGTTGTGGATTGTTAAATTACCAAACCAGCCTATGGATCATGTTTTAGTCATCAAAATAACTGTTTGTTGTTTAAAATGCTTAAAGAAARACAAAAACCGTTAGGAAATAATAGGTGAAAAAGTACCAGCCATGTCTGTTTTTTCAAATAAAATTCCTAACTTTTTTCATATGTTNACACYAGGTTCAAAGACTAAGAAGCAACCCAAGAGGGAAAAGACAGAAGAGGAGAAAACTTTCAGAAGAAGGGCAAAATACTTTTTAGTAACACAGCTAGTTGCTGTTTTAGTTTTTCTATC 495 A CAA 3 GLN SYN exon silent "1-123,384-498" 2 LG_VI 5075142 (reverse complement) NA 124-383 NA NA POPTR_0006s06850.1 428055 TTTTTTTYCCGAAAATCCCTCTAGCTAGGGGCAAGCATTATGAACCACATCGATGCAGGGAAAACATTTCCGATGCCATTTCTATTGCAAAGCATTTGATTTACATCACATGTGGTGAGGRGCCCAAGCACGCAAAATCCAGGAGGAGACATGAWCTTAGGAGAGCTACTAAAGAAAAARGACAACGAAGGTGTTAGGGTCCTGATGCTCGTTTGGGATGACAGAACTTCTGTGAAGTTGCTTAAGAAGGAAGGATTGATGTCTGCACATGATGAGGATACTATAAYACAAAATTCCATTGTGTATCATGCCCCCGTAACCCTGATAATG 331 G/T G T ACAGAGAATTATWCAAGACATDAAGATTTCTACAAAGTTGACCATCATCAGAAGACTCTRGTGGTGGATAGTGAAATGCCCTAGCAGCGAATTACGARTTAAGWGGAGGATTGTGAGTTTCATTGGTGATATTGACCTTTGTGAWGGTAGATATGACACTCCATATCATTCGATTTTCAKAACTTTGGATACGGTACACCACAATGATTTTCTTCAGCCCAATTTTGCAGGTCCCTCAATTGATATTGGAGGAGCAAGGCAGCGTTTGCATKACAT TTTTTTTYCCGAAAATCCCTCTAGCTAGGGGCAAGCATTATGAACCACATCGATGCAGGGAAAACATTTCCGATGCCATTTCTATTGCAAAGCATTTGATTTACATCACATGTGGTGAGGRGCCCAAGCACGCAAAATCCAGGAGGAGACATGAWCTTAGGAGAGCTACTAAAGAAAAARGACAACGAAGGTGTTAGGGTCCTGATGCTCGTTTGGGATGACAGAACTTCTGTGAAGTTGCTTAAGAAGGAAGGATTGATGTCTGCACATGATGAGGATACTATAAYACAAAATTCCATTGTGTATCATGCCCCCGTAACCCTGATAATGGACAGAGAATTATWCAAGACATDAAGATTTCTACAAAGTTGACCATCATCAGAAGACTCTRGTGGTGGATAGTGAAATGCCCTAGCAGCGAATTACGARTTAAGWGGAGGATTGTGAGTTTCATTGGTGATATTGACCTTTGTGAWGGTAGATATGACACTCCATATCATTCGATTTTCAKAACTTTGGATACGGTACACCACAATGATTTTCTTCAGCCCAATTTTGCAGGTCCCTCAATTGATATTGGAGGAGCAAGGCAGCGTTTGCATKACAT 607 G noncoding silent 1-620 3 LG_VI 4395532 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0006s15750.1 428500 TCACAGATGACCCATTGAAGGTTTTGGACACTTGGGTTGGCWCCGATGTTTGTGCGTATAAAGGAGTCTTCTGTGCAGATCCACAAGATGACGGCCCGGGTTCAGTTGTTGTAGGCATAGATCTCAACCACGCGAATCTCCAGGGCACTCTTGTCAAAGAAATCTCTGTCCTCACAGACTTGTCYCTCCTTCATCTCAACAGTAACAGGTTTTCTGGCACACTACCTGATACTTTCAAGGACCTCATTTCTCTTCAAGAGTTG 264 A/G A G ACCTGAGTAACAACCAYTTTTCAGGTCCCTTCCCAACGGTCACTCTATACATTCCAAATCTCATGTATTTAGACCTCAGATTCAACAGCTTTTCAGGGCCTATACCTGAAGATGTTTTCAACAAGARACTTGAYGCAATTTTTCTCAACAATAACCAATTTGATAGCCAGATTCCTCAAAATCTGGGCAGCTCTCCTGCTTCAGTGATAAACTTGGCAAATAACAAGCTCAGTGGAAACATTCCAGCTAGTTTTGGGTTGATGAGCTCCAAAGTGAAGGAGATTTTGTTTCTCAATAATCAGTTGACAGGCTGCATTCCTCAGGGAGTTG TCACAGATGACCCATTGAAGGTTTTGGACACTTGGGTTGGCWCCGATGTTTGTGCGTATAAAGGAGTCTTCTGTGCAGATCCACAAGATGACGGCCCGGGTTCAGTTGTTGTAGGCATAGATCTCAACCACGCGAATCTCCAGGGCACTCTTGTCAAAGAAATCTCTGTCCTCACAGACTTGTCYCTCCTTCATCTCAACAGTAACAGGTTTTCTGGCACACTACCTGATACTTTCAAGGACCTCATTTCTCTTCAAGAGTTGAACCTGAGTAACAACCAYTTTTCAGGTCCCTTCCCAACGGTCACTCTATACATTCCAAATCTCATGTATTTAGACCTCAGATTCAACAGCTTTTCAGGGCCTATACCTGAAGATGTTTTCAACAAGARACTTGAYGCAATTTTTCTCAACAATAACCAATTTGATAGCCAGATTCCTCAAAATCTGGGCAGCTCTCCTGCTTCAGTGATAAACTTGGCAAATAACAAGCTCAGTGGAAACATTCCAGCTAGTTTTGGGTTGATGAGCTCCAAAGTGAAGGAGATTTTGTTTCTCAATAATCAGTTGACAGGCTGCATTCCTCAGGGAGTTG 594 G AAC 1 ASN/ASP NONSYN exon replacement 1-594 2 LG_VI 9286072 NA NA NA NA NA POPTR_0006s10810.1 428609 GCTTTGAAGAATTTGATAGCCATGTGGTGCCGAGAGCAGAAAATACCGTTTGAAACCGCGGAAGGCAACAACAGAAWAGACCGCGTTATAAAAAGCAAGGCGGCTCTTGAGGCCAACAAAATGACAGTGTCGTTTCTGGTTAACAAAATGTCGGCCTCACAGTCAATGGAAGCAGTTAACGGAGTTATTTATGAGCTTCGTGCACTTGCGAAGTCTAACTCGGATTCCCGAGCCTGCATCGCTGAAGCTGGAGCTATTCCCGTGCTCGCACGATATTTAGGTCCGGATATAGGTTCAGAGTTTCCAAATTTACAAGTTAATGCCGTTACTGCTATGCTAAACCTTTCCATTCTAGAAGCGAACAAAACAAAGATCATTGAAAACGGCAGAGCTCTCAACGGCGTTATCGAGGTGTTACGCACKGGTGCCACTTGGGAGGCTAAAGGGAATGCGGCAGCAACTATATTCAGCCT 474 A/G A G TCTGGCGTGCACTCGTAYMGGAAAAGACTTGGGAGGAAGACGCGTGTCGTTAAAGGATTGGTGGATTTAGCGAAAAGCGGRCCCGCGAGTTCGAAGAGAGATGCRWTGGTGGCTATTTTGAATTTGGCGGGAGAT GCTTTGAAGAATTTGATAGCCATGTGGTGCCGAGAGCAGAAAATACCGTTTGAAACCGCGGAAGGCAACAACAGAAWAGACCGCGTTATAAAAAGCAAGGCGGCTCTTGAGGCCAACAAAATGACAGTGTCGTTTCTGGTTAACAAAATGTCGGCCTCACAGTCAATGGAAGCAGTTAACGGAGTTATTTATGAGCTTCGTGCACTTGCGAAGTCTAACTCGGATTCCCGAGCCTGCATCGCTGAAGCTGGAGCTATTCCCGTGCTCGCACGATATTTAGGTCCGGATATAGGTTCAGAGTTTCCAAATTTACAAGTTAATGCCGTTACTGCTATGCTAAACCTTTCCATTCTAGAAGCGAACAAAACAAAGATCATTGAAAACGGCAGAGCTCTCAACGGCGTTATCGAGGTGTTACGCACKGGTGCCACTTGGGAGGCTAAAGGGAATGCGGCAGCAACTATATTCAGCCTATCTGGCGTGCACTCGTAYMGGAAAAGACTTGGGAGGAAGACGCGTGTCGTTAAAGGATTGGTGGATTTAGCGAAAAGCGGRCCCGCGAGTTCGAAGAGAGATGCRWTGGTGGCTATTTTGAATTTGGCGGGAGAT 609 A CUA 3 LEU SYN exon silent 1-609 1 LG_VI 7585722 NA NA NA NA NA POPTR_0008s13520.1 431073 TGATACTTGCTCCATCCCAAAATATCTAAGCTAGTGTTAGTTGATTTGTACTTTGACATACTTCTCCTCAATGACAATTTCTTTRAGGAAGTGGGATCAAMAGCCACAACACCTTTGTACCCGCCGTATCTAATCTGAAAGGMGGATGGAGTAAAACTTAGAAAGCCAAATTTCTGTGCTATGCTATGTGCCAATGCTGCTGAAATCTTTCCAATACCATCAGAGAATACATAGTCGACTCCACCACTTCTAACCTCTATATCCGGAATSWTTTCTATTTCCTTCTCATCAATATTGAAACTTTCCCTCGATGAGCCAAAAGACTGACCAAGCCTTGCAGCATATTTGGCCACATTCTTTATCTCACGAAAATCACCCATCCATYTTCTAATATCCGCTGCT 403 C/G C G TAAGCCCAGTTCTAGAAGCAAACATCCAAAGAGAACTTTCTCGTAGTTGACTTGATGAGAAACCTAGAAACTCAAACTTCTTAGACCCAATAACTATGCCATTTCTTTGAGTCGACAATATCCTTTGATAAATCTTGGTTTKCCTCCCCTCGATTGCAGAAAATGTCCGTGGAGATATATTTGTTGAAAAAAGTTTATCTAGATCCTCATCAACAAAAGAAACCCGGAGAAAGTTATCAATATCATCAGGATATTTGCGTAAAACGCGATKG TGATACTTGCTCCATCCCAAAATATCTAAGCTAGTGTTAGTTGATTTGTACTTTGACATACTTCTCCTCAATGACAATTTCTTTRAGGAAGTGGGATCAAMAGCCACAACACCTTTGTACCCGCCGTATCTAATCTGAAAGGMGGATGGAGTAAAACTTAGAAAGCCAAATTTCTGTGCTATGCTATGTGCCAATGCTGCTGAAATCTTTCCAATACCATCAGAGAATACATAGTCGACTCCACCACTTCTAACCTCTATATCCGGAATSWTTTCTATTTCCTTCTCATCAATATTGAAACTTTCCCTCGATGAGCCAAAAGACTGACCAAGCCTTGCAGCATATTTGGCCACATTCTTTATCTCACGAAAATCACCCATCCATYTTCTAATATCCGCTGCTCTAAGCCCAGTTCTAGAAGCAAACATCCAAAGAGAACTTTCTCGTAGTTGACTTGATGAGAAACCTAGAAACTCAAACTTCTTAGACCCAATAACTATGCCATTTCTTTGAGTCGACAATATCCTTTGATAAATCTTGGTTTKCCTCCCCTCGATTGCAGAAAATGTCCGTGGAGATATATTTGTTGAAAAAAGTTTATCTAGATCCTCATCAACAAAAGAAACCCGGAGAAAGTTATCAATATCATCAGGATATTTGCGTAAAACGCGATKG 675 MINUS STRAND C AGA 2 ARG/THR NONSYN exon replacement 1-675 3 LG_VIII 8955178 NA NA NA NA NA POPTR_0008s11300.1 432205 AAATACATCACTAGCATCATGAATAGCTAAAACAACTGAACCAACACGGCCAAACCTGCAAGAAACAGAAAAATTGGAACAGAAATGAGAAAACTTTATGAACCTTTRACGGTGTCATTGCGACCACYGGGTTCCATGCAGCTTCTGCACAAGTATCATACTTGTATATGGGCAACACAGTTATGACTTTCACAATTTTTTCTAGAAAAATGACTCGCAGAACTTCCTCGGTGAATTGTAATTAACAAAATCTTACCGAACTACAATTAAACCTGGACCACAATACCTTAATATGTAGGACAGCACAATAAGAATGACAGTGGCRACATGATGACTCATAGACACACCAAAATC 355 C/T C T GAGCGCCTTGTCTCCCAAAAAATCAGAGCAAATATGGAGTAAGTATAAAATCCAGCAGCATACATATATACTGCTTTCAATTTTAACCTGAAATTCATATAAAAATCATCATTTTAGTTCATTAAGCTGCCATCTTTATCCCACTCAAAGTACAAATCTATAAACAAAAGCTTGGGCCAACAAATAACTGAATAAGATAGTTCACAAATCTTACTTCATTTTTTGGTCTGGCCAGGCCTGGCTTCCTGGCCCTACCCAAAAATATTTTGTATTAACTAACCAAGGCTCATCATAAGTAACACACAAAACAAGAATTTCAGATGAAAGAAAATATATGCATTTCCAAGCTGACTCCTTGAATTTTCTT AAATACATCACTAGCATCATGAATAGCTAAAACAACTGAACCAACACGGCCAAACCTGCAAGAAACAGAAAAATTGGAACAGAAATGAGAAAACTTTATGAACCTTTRACGGTGTCATTGCGACCACYGGGTTCCATGCAGCTTCTGCACAAGTATCATACTTGTATATGGGCAACACAGTTATGACTTTCACAATTTTTTCTAGAAAAATGACTCGCAGAACTTCCTCGGTGAATTGTAATTAACAAAATCTTACCGAACTACAATTAAACCTGGACCACAATACCTTAATATGTAGGACAGCACAATAAGAATGACAGTGGCRACATGATGACTCATAGACACACCAAAATCCGAGCGCCTTGTCTCCCAAAAAATCAGAGCAAATATGGAGTAAGTATAAAATCCAGCAGCATACATATATACTGCTTTCAATTTTAACCTGAAATTCATATAAAAATCATCATTTTAGTTCATTAAGCTGCCATCTTTATCCCACTCAAAGTACAAATCTATAAACAAAAGCTTGGGCCAACAAATAACTGAATAAGATAGTTCACAAATCTTACTTCATTTTTTGGTCTGGCCAGGCCTGGCTTCCTGGCCCTACCCAAAAATATTTTGTATTAACTAACCAAGGCTCATCATAAGTAACACACAAAACAAGAATTTCAGATGAAAGAAAATATATGCATTTCCAAGCTGACTCCTTGAATTTTCTT 722 C UCG 3 SER SYN exon silent "1-153,281-436,668-722" 3 LG_VIII 7221508 NA NA "154-280,437-667" NA NA POPTR_0001s00880.1 434469 AGTCTCCGTCCATGCTAAATAAGCTGTAATAAGAACAGAAAAGACAACATTCAGACCCACCTTGTCCACACTAACAAGCACTCAAAAACATACCGCAAGAAAATYGTTAGCAGTTTATCAAGGAYGCTATMTTATAAAAGAAATAGGATAACAATAAAATTCAAACACGCAACAAGC 178 A/G A G TACTGACAATGGATACRAGTCAGAAAAGAAAAATGGGCATCTGTGGTTGTTTAACAAAATAATAGTTGCTTATGATTAGCCAACACTKGCAGCAAAAGAATAGAAGTTGGAATGGCATGCTAACCTATCAGTCACAACGACTTTCTTCKTCAACTCACAACTTGATCTATGGAAAAAAATAATAAAAACAAAGTCAGATATGAACTCTGTGAAGAAAAAATGCAATGCAAAGGAAAKCACCRAAGGAGTAGATAAAGGCAAAGAACCTACAACAATGAACTAAGGTGGGACATATCACAATGCCTATAAACATACACATCAACAGTATGTTGYCGTTCAGCAAGACGAATACCATCAATTATCGAAGCATGGTTCAGTGCATCAGAAAAGAGAGCAATCCTATCCTCCTTCATAGGTTTTTCAGCTGCAGCTAAAAGAGAGACAATGTTTCCAAGAGCTACCATCACTGCCATATTGG AGTCTCCGTCCATGCTAAATAAGCTGTAATAAGAACAGAAAAGACAACATTCAGACCCACCTTGTCCACACTAACAAGCACTCAAAAACATACCGCAAGAAAATYGTTAGCAGTTTATCAAGGAYGCTATMTTATAAAAGAAATAGGATAACAATAAAATTCAAACACGCAACAAGCATACTGACAATGGATACRAGTCAGAAAAGAAAAATGGGCATCTGTGGTTGTTTAACAAAATAATAGTTGCTTATGATTAGCCAACACTKGCAGCAAAAGAATAGAAGTTGGAATGGCATGCTAACCTATCAGTCACAACGACTTTCTTCKTCAACTCACAACTTGATCTATGGAAAAAAATAATAAAAACAAAGTCAGATATGAACTCTGTGAAGAAAAAATGCAATGCAAAGGAAAKCACCRAAGGAGTAGATAAAGGCAAAGAACCTACAACAATGAACTAAGGTGGGACATATCACAATGCCTATAAACATACACATCAACAGTATGTTGYCGTTCAGCAAGACGAATACCATCAATTATCGAAGCATGGTTCAGTGCATCAGAAAAGAGAGCAATCCTATCCTCCTTCATAGGTTTTTCAGCTGCAGCTAAAAGAGAGACAATGTTTCCAAGAGCTACCATCACTGCCATATTGG 656 A intron silent "1-208,313-354,634-656" 2 scaffold_29 3331207 (reverse complement) NA "209-312,355-633" NA NA POPTR_0005s12750.1 435023 CCTTAGCTTTTTTAGCTGAAGCATGGTCCTTTCCGTCAGGGACCTTTCCTTCCAACTCTGTATTTGCCGGTGCTGAATTTGGTGTCTGSAAGGAAGATAATGAATATGAAACATCAGAGGACCAAATAACTGGTAGGAATTATAGGATCCTAAGATAGGGCATTTGGCCATGGTAGTAAAAGGGAATATCAACACAAGAAAAAATCTTGTATCAGAAACACTCATTATTACCGGGGCCATGTTTGGATGGGCATACACTCCCCCTGCAGGATATAAAGCTGGGTATGGAACCGGGGTTCCATAAGGTGGGATTAAAGGATGCTGAAAATTGTCAACGGAAAAGAAAATAAGTAACTTCTCTGTCAGATGAGTGGAACTGATGCTTTTCTCAAACAATAGGAGATATCCACCTGGCTTCCCCAAATATAGGGATGAGG 438 C/T C T GTCGGTGAGGCAACTGTTGAGGCAAAAAAGGGAGGTGGGGTAGCTCCAGCACCATAATAAGCCTAAAAAAGTAGCCAWGTTATGAGCATTTAATGTTAGTACTGCAGATATAAAAATCAATATATSAATTTGATARGCATAAACCTGCACAGAATTTGACCAA CCTTAGCTTTTTTAGCTGAAGCATGGTCCTTTCCGTCAGGGACCTTTCCTTCCAACTCTGTATTTGCCGGTGCTGAATTTGGTGTCTGSAAGGAAGATAATGAATATGAAACATCAGAGGACCAAATAACTGGTAGGAATTATAGGATCCTAAGATAGGGCATTTGGCCATGGTAGTAAAAGGGAATATCAACACAAGAAAAAATCTTGTATCAGAAACACTCATTATTACCGGGGCCATGTTTGGATGGGCATACACTCCCCCTGCAGGATATAAAGCTGGGTATGGAACCGGGGTTCCATAAGGTGGGATTAAAGGATGCTGAAAATTGTCAACGGAAAAGAAAATAAGTAACTTCTCTGTCAGATGAGTGGAACTGATGCTTTTCTCAAACAATAGGAGATATCCACCTGGCTTCCCCAAATATAGGGATGAGGCGTCGGTGAGGCAACTGTTGAGGCAAAAAAGGGAGGTGGGGTAGCTCCAGCACCATAATAAGCCTAAAAAAGTAGCCAWGTTATGAGCATTTAATGTTAGTACTGCAGATATAAAAATCAATATATSAATTTGATARGCATAAACCTGCACAGAATTTGACCAA 601 MINUS STRAND C ACG 3 THR SYN exon silent "1-19,102-191,281-370,517-601" 3 scaffold_57 1808446 (reverse complement) NA "20-101,192-280,371-516" NA NA POPTR_0005s12880.1 435058 ACCAGATTTTTCACCAGAAAACCAAGAAACCCAAAACCCAAATCACCATCGTCAAATGTAATAGAACCCCAAAAAATTTACATGAGGGACATTATCTCAAACATATACAAAATCTTGAAATACTCAACGTGGGACTCGGCACAAGAAGAGCTAACAAAACTAAATATCAAATGGGATTCKTTTACAGTCAATCAAATACTTAAAACCCATCCACCGATGGAAAAGGCTTGGCTTTTTTTTAACTGGGCTTCAAAGTTG 259 A/G A G AACGGTTKAAGCATGACCAGTTTACTTACACAACCATGCTTGATATTTTTGGAGAAGCTGGAAGGATTGAGTCGATGAAGTATGTATTCAAGAAAATGCAAGAAATGGGGTTAAAAATTGATGTTGTTACCTATACTTCAATCTTGAATTGGGTCTCAAAGTCTGGTGATGTTRACGGAGCAGTGAAAATTTGGAAAGAAATGAGAGAAAATATGTGTTTTCCTACTGTTGTTTCGTATACGGCTTATCTRAAGGTTTTGTTCGATAATAAGAGAGTGAAAGAGGGTATTGATGTTTATAA ACCAGATTTTTCACCAGAAAACCAAGAAACCCAAAACCCAAATCACCATCGTCAAATGTAATAGAACCCCAAAAAATTTACATGAGGGACATTATCTCAAACATATACAAAATCTTGAAATACTCAACGTGGGACTCGGCACAAGAAGAGCTAACAAAACTAAATATCAAATGGGATTCKTTTACAGTCAATCAAATACTTAAAACCCATCCACCGATGGAAAAGGCTTGGCTTTTTTTTAACTGGGCTTCAAAGTTGAAACGGTTKAAGCATGACCAGTTTACTTACACAACCATGCTTGATATTTTTGGAGAAGCTGGAAGGATTGAGTCGATGAAGTATGTATTCAAGAAAATGCAAGAAATGGGGTTAAAAATTGATGTTGTTACCTATACTTCAATCTTGAATTGGGTCTCAAAGTCTGGTGATGTTRACGGAGCAGTGAAAATTTGGAAAGAAATGAGAGAAAATATGTGTTTTCCTACTGTTGTTTCGTATACGGCTTATCTRAAGGTTTTGTTCGATAATAAGAGAGTGAAAGAGGGTATTGATGTTTATAA 560 A AAA 1 LYS/GLU NONSYN exon replacement 1-560 1 scaffold_57 1996424 NA NA NA NA NA POPTR_0013s08610.1 435186 TCTGGGTATTTTATTTTATTATGCTTTTAATGTGCTAGCGGGTTAATTTTTGATAGTGACTACGATTTGTTCCTCTTTTATTTCTCATTCCAACTAGTTTTCCATCTGTATTGAGGAATGGCTTGTCAAAATTGGGAATTTCAAATGAGATTCTGGACTTTCTATTCAAATGGGCTGTTGACTTGGACAAAGATTATCCGAAGATTCCAGAGGCGAAAGGGAAAATAAGCGCCATCAGGAGTGAGCCCTTCTTCATACCCTTGTATGAGCTTTACCTCACATATGGTGGTATTTTTAGGCTGACTTTTGGACCCAAGGTTTCTTTCTTCTTGTTCAAATCAGATTTCTGAAATCAGTTGTAGCTGATTACTTAAAGGGCATGTATATCAAATCAGTCATGGGTTTTGGTCCATCATTTTTTTGTTTGCAGTCCTTTTTGATTGTTTCCGATCCTTCCATTGCCAAACATATACTGAGGGACAATTCAAAGGCTTATTCTAAAGTAAATTGTTTTCCATCTATTCGTTTACCTTTTCCTTCCTTCTTTTAAAAGTTGATGTGCGAGCATTTT 572 -/T - T CACTGACATTCATTTTACTTGCTATGCAGGGTATCTTAGCAGAAAT TCTGGGTATTTTATTTTATTATGCTTTTAATGTGCTAGCGGGTTAATTTTTGATAGTGACTACGATTTGTTCCTCTTTTATTTCTCATTCCAACTAGTTTTCCATCTGTATTGAGGAATGGCTTGTCAAAATTGGGAATTTCAAATGAGATTCTGGACTTTCTATTCAAATGGGCTGTTGACTTGGACAAAGATTATCCGAAGATTCCAGAGGCGAAAGGGAAAATAAGCGCCATCAGGAGTGAGCCCTTCTTCATACCCTTGTATGAGCTTTACCTCACATATGGTGGTATTTTTAGGCTGACTTTTGGACCCAAGGTTTCTTTCTTCTTGTTCAAATCAGATTTCTGAAATCAGTTGTAGCTGATTACTTAAAGGGCATGTATATCAAATCAGTCATGGGTTTTGGTCCATCATTTTTTTGTTTGCAGTCCTTTTTGATTGTTTCCGATCCTTCCATTGCCAAACATATACTGAGGGACAATTCAAAGGCTTATTCTAAAGTAAATTGTTTTCCATCTATTCGTTTACCTTTTCCTTCCTTCTTTTAAAAGTTGATGTGCGAGCATTTT-CACTGACATTCATTTTACTTGCTATGCAGGGTATCTTAGCAGAAAT 618 - intron silent "1-5,98-317,431-502,602-618" 1 scaffold_87 1294482 NA NA "6-97,318-430,503-601" NA NA POPTR_0002s02480.1 550893 AAGATCGAACGGATATTAAAAGTCCACAACACACAACGAACAATCCAACGGTTCGAGGACTGCAGGGACGCAGTGAAGACACGTGCACTCAACAGCACTAAAAAAAACCCMAGGTGCGCGGCGGACGGCAACGAGCTGTTAAGATTTCACTGTACAACCTTAACTTGTTCTCTCGGCTCACTCGGCTCCTCCAGCTTGTGCGGCTC 207 A/G A G ATCCCCGTCTGTGGCGTCTGCACCATAATTAGGCACGGGTTTCAAGGCATAGAATGCAAAGGTGTAAGCACCACGGCTAGTAGCGGTAGGGCCCATGACTCGTTATGGGGCTGTACGGATGGACGTCGGGCAATGTTGGTGTGTCGTGTGATTGCTGGTAGAGTGAAGCGCGTGGCGGAGGATGCGCTGCCGCCCGAGGAGGATGGTGCGTCTGCTGGCTCATATGATTCCGTAGCCGGTGGTGCTGGGATCTACTCGAGTCTCGAGGAATTATCAGTTTTTAATCCGAGGGCTATATTGCCTTGTTTTGTTGTCATTTACAAGGCTCTTGAGTCTTAGATTATTTTTCATATCGGTTTTTACCATAGATTACTTTGTATTAGTATGTTCAAAAACCTATTATACCTTGATCAGTGGTT AAGATCGAACGGATATTAAAAGTCCACAACACACAACGAACAATCCAACGGTTCGAGGACTGCAGGGACGCAGTGAAGACACGTGCACTCAACAGCACTAAAAAAAACCCMAGGTGCGCGGCGGACGGCAACGAGCTGTTAAGATTTCACTGTACAACCTTAACTTGTTCTCTCGGCTCACTCGGCTCCTCCAGCTTGTGCGGCTCAATCCCCGTCTGTGGCGTCTGCACCATAATTAGGCACGGGTTTCAAGGCATAGAATGCAAAGGTGTAAGCACCACGGCTAGTAGCGGTAGGGCCCATGACTCGTTATGGGGCTGTACGGATGGACGTCGGGCAATGTTGGTGTGTCGTGTGATTGCTGGTAGAGTGAAGCGCGTGGCGGAGGATGCGCTGCCGCCCGAGGAGGATGGTGCGTCTGCTGGCTCATATGATTCCGTAGCCGGTGGTGCTGGGATCTACTCGAGTCTCGAGGAATTATCAGTTTTTAATCCGAGGGCTATATTGCCTTGTTTTGTTGTCATTTACAAGGCTCTTGAGTCTTAGATTATTTTTCATATCGGTTTTTACCATAGATTACTTTGTATTAGTATGTTCAAAAACCTATTATACCTTGATCAGTGGTT 626 G UCA 3 SER SYN exon silent 1-546 1 LG_II 1389170 (reverse complement) NA NA 547-626 3 POPTR_0002s03950.1 551038 GCTTGCATACCCACCTCGTGCACTTCCTTTTAAACAACGTAGCAGCCGCTTAGGCCATGTCCACAAAAAATCAGCACCTGTATATATTGATAAGCTCTTTCGAGAGCCTGTCAGTGGTTTTGAGTTGATGACTAAGTATCCGCCAACTCCAAAGACTATGAAGATTCTTGATCACCAGGCAGCTACAACAGTAGCGCCAGCAGGAACGAGCATGGAAGATGAGATCAATAGAGGGGAAAGAGGCTGTGC 250 A/T A T GCGGATGATATGTGGGAGTCGTTGGGATTTGCATCTCCTCAAATGCAAGGAATTGATGAAAGAGCTGAGCAGTTCATTTTGACATTCCGGGCAGAGATGGAGATTCAGGAAACGATTGCTTGTGATTTATAGCGATGGTAGCTCATATAATTGAGCAACTTGTCTTAATAATATTTGGCTTTCTTTTGCTTGTAGTTGTTAGAAATATTGAAGGTTGAAAATGTCTGTCTGTATGGAATGTCTGATTAATTAGAAGGCTCTGAGAGATCCCTGTACTCTTTTCCGATTTTGAGTTTCAGTGAACTGTTAAC GCTTGCATACCCACCTCGTGCACTTCCTTTTAAACAACGTAGCAGCCGCTTAGGCCATGTCCACAAAAAATCAGCACCTGTATATATTGATAAGCTCTTTCGAGAGCCTGTCAGTGGTTTTGAGTTGATGACTAAGTATCCGCCAACTCCAAAGACTATGAAGATTCTTGATCACCAGGCAGCTACAACAGTAGCGCCAGCAGGAACGAGCATGGAAGATGAGATCAATAGAGGGGAAAGAGGCTGTGCAGCGGATGATATGTGGGAGTCGTTGGGATTTGCATCTCCTCAAATGCAAGGAATTGATGAAAGAGCTGAGCAGTTCATTTTGACATTCCGGGCAGAGATGGAGATTCAGGAAACGATTGCTTGTGATTTATAGCGATGGTAGCTCATATAATTGAGCAACTTGTCTTAATAATATTTGGCTTTCTTTTGCTTGTAGTTGTTAGAAATATTGAAGGTTGAAAATGTCTGTCTGTATGGAATGTCTGATTAATTAGAAGGCTCTGAGAGATCCCTGTACTCTTTTCCGATTTTGAGTTTCAGTGAACTGTTAAC 561 T GCA 3 ALA SYN exon silent 1-382 3 LG_II 2465759 NA NA NA 383-561 3 POPTR_0002s08510.1 551465 AAAAGCTAAAGGCATCAATATTGGTCCTATTCATGTCTTTGAAAGGGGTCAGGTACAAATCATCTTTTGGCTATGCAGCCTTGCAGTTGCASGGTAGAACCATGGCTTGAATTTTAATTCCAGGGGACAAGTATGAAAACGAAAAATGCATTGGGAGCTATAGCATGCGTGTATCAAAGTTTGGCAGGGTTTGCAATAGTTTATATTTG 210 C/T C T CCATGGACATCTATAAATCACCAAAAAGAAAAACATAAAATTGTAATTTTTTCAAAATCACCTCATGCAACGTACCTAGTTCTGACCTTGYGTGAATGACTGGACATTGAAATCAGTTTTCAAATCACTCTTGTTCCATCAATGGTGTTAAAAGCTAGCATTTGCTTTTACTTTAAACTCACATCAACTGAAACTTGAAGATTATTGTGTAGGATGATGCAAGGCCTCTTGATTGGAGTGATTGGATAGTTTGTGAGAAACCATTTATCGATAGCAGTTTTAGCCTAGAAAGCTCCTTCTCATCAAACTTTGAAGGCTTCATTGGATTATTAGACATAAATGATTTCCCCA AAAAGCTAAAGGCATCAATATTGGTCCTATTCATGTCTTTGAAAGGGGTCAGGTACAAATCATCTTTTGGCTATGCAGCCTTGCAGTTGCASGGTAGAACCATGGCTTGAATTTTAATTCCAGGGGACAAGTATGAAAACGAAAAATGCATTGGGAGCTATAGCATGCGTGTATCAAAGTTTGGCAGGGTTTGCAATAGTTTATATTTGCCCATGGACATCTATAAATCACCAAAAAGAAAAACATAAAATTGTAATTTTTTCAAAATCACCTCATGCAACGTACCTAGTTCTGACCTTGYGTGAATGACTGGACATTGAAATCAGTTTTCAAATCACTCTTGTTCCATCAATGGTGTTAAAAGCTAGCATTTGCTTTTACTTTAAACTCACATCAACTGAAACTTGAAGATTATTGTGTAGGATGATGCAAGGCCTCTTGATTGGAGTGATTGGATAGTTTGTGAGAAACCATTTATCGATAGCAGTTTTAGCCTAGAAAGCTCCTTCTCATCAAACTTTGAAGGCTTCATTGGATTATTAGACATAAATGATTTCCCCA 561 T intron silent "1-52,423-561" 3 LG_II 5913151 (reverse complement) NA 53-422 NA NA POPTR_0002s08960.1 551509 ACGGCTTCTTTGTAATATACTGCGARGTGAAATCATGAAAATCAATACAAC 52 A/G A G GCATTTACATATTTGTAACAAGAGACTTCTAAATACAAGRATTTTGACCAGGATAAKTCAAAAATTGCAAGATTACTGTTCCAACATTCAGCTGGTGAATCAGATGACAATAACCTTGTTGCATGAAAAATTGGGGCGACAGCTTGAAGCAGTTGCAACCAAAGTTTCACATTTTTTTGCCCAAAAAAGTAAAAGTGCAAAAKAAYAASAATCCACATAAAAAGATCAAACGGATATTTTTAAACTTCATAGAACCCAAGTAAAATGGGCCACACCTCGGTAGCATGACTTCTCAATGAATAAACAAGAAAAGAGCTAATGGTATTTACCTCTTGCAAGAAGGCATTAATCTCTTCCTCTGTGAGTCCTTCTTCCTCCCCTGAATTTTCCTCCCACCCTAGAGAACGAAGGAAAGAAACCTCTTCCTCAGAAAATCTTTGAACCTCTTCTAAGGTCCCACCATTGCTAGTCAGTTCAGCACCATTCTGAACARCTTGAGGACTTGCAGGAGCACTGACAACTTCCTTAATTACTTCACAAGATTTCTCACTGGCCGGAGACAAAACAACAGATGCTGAATCTGCAACTGAAGAAGTGTTCATAGCAGTTTTCTTCTTCAGGTCATTAAAGAAATTATTCCTGCTCTGGGTTCTCTTTTCCCCACCAAATCCTGAATTTAAATTCAAGC ACGGCTTCTTTGTAATATACTGCGARGTGAAATCATGAAAATCAATACAACAGCATTTACATATTTGTAACAAGAGACTTCTAAATACAAGRATTTTGACCAGGATAAKTCAAAAATTGCAAGATTACTGTTCCAACATTCAGCTGGTGAATCAGATGACAATAACCTTGTTGCATGAAAAATTGGGGCGACAGCTTGAAGCAGTTGCAACCAAAGTTTCACATTTTTTTGCCCAAAAAAGTAAAAGTGCAAAAKAAYAASAATCCACATAAAAAGATCAAACGGATATTTTTAAACTTCATAGAACCCAAGTAAAATGGGCCACACCTCGGTAGCATGACTTCTCAATGAATAAACAAGAAAAGAGCTAATGGTATTTACCTCTTGCAAGAAGGCATTAATCTCTTCCTCTGTGAGTCCTTCTTCCTCCCCTGAATTTTCCTCCCACCCTAGAGAACGAAGGAAAGAAACCTCTTCCTCAGAAAATCTTTGAACCTCTTCTAAGGTCCCACCATTGCTAGTCAGTTCAGCACCATTCTGAACARCTTGAGGACTTGCAGGAGCACTGACAACTTCCTTAATTACTTCACAAGATTTCTCACTGGCCGGAGACAAAACAACAGATGCTGAATCTGCAACTGAAGAAGTGTTCATAGCAGTTTTCTTCTTCAGGTCATTAAAGAAATTATTCCTGCTCTGGGTTCTCTTTTCCCCACCAAATCCTGAATTTAAATTCAAGC 740 G noncoding silent "1-359,722-740" 2 LG_II 6315831 NA NA 360-721 NA NA POPTR_0002s10180.1 551618 CGAAAAAACTTTTAATCTCAATTTTTTTGAGATTAGATYAGCGAAATCGATCTTGTAGGGTTCGGTGATTTGACTTTTNCAAGATCAGCTCAAAAGCTAGGGTYTTTACTTTCGAGATCAGAAATGGATCTACTTCAAGAAATCGACGATTACATAAAAGAAACAATCAATGAATCCTTAGGCCTACCAGTCTCTGCTCGCACTCTCCAATTAAAGCTTCGCGTTTACGAGGATGCTTATTTCC 245 A/G A G TCTCCGTGACCAACACCTTCTTCTCCTCGGCAAATTTCGCCAAAAAGACATCCTTATTGACCGTGCCAAGGTAAAAAATTACYAATCAATTGTATTATCTAGTTCGTTTTATTTCCCGATTTTCATAATAATTTGGTTGTTCTTTTTTGGTGTGTTTTGGCTTTTAGGCGGAGGCGAATATGAATGCTGCGGCGATAAAGAAATTTGTGGAGGAAAATCAAAGATTGGCAGCGGAGTGTGCGAATTTGGTGAGYCAGTGTAACAAATGGGAAAGWGAGTGTTCGCTTTATGACAATGATAGAGAGGCTTTAATGGAGTTTGGGAATGAGGCGGATGAGAGGGCAAGAGAGGCGGAG CGAAAAAACTTTTAATCTCAATTTTTTTGAGATTAGATYAGCGAAATCGATCTTGTAGGGTTCGGTGATTTGACTTTTNCAAGATCAGCTCAAAAGCTAGGGTYTTTACTTTCGAGATCAGAAATGGATCTACTTCAAGAAATCGACGATTACATAAAAGAAACAATCAATGAATCCTTAGGCCTACCAGTCTCTGCTCGCACTCTCCAATTAAAGCTTCGCGTTTACGAGGATGCTTATTTCCATCTCCGTGACCAACACCTTCTTCTCCTCGGCAAATTTCGCCAAAAAGACATCCTTATTGACCGTGCCAAGGTAAAAAATTACYAATCAATTGTATTATCTAGTTCGTTTTATTTCCCGATTTTCATAATAATTTGGTTGTTCTTTTTTGGTGTGTTTTGGCTTTTAGGCGGAGGCGAATATGAATGCTGCGGCGATAAAGAAATTTGTGGAGGAAAATCAAAGATTGGCAGCGGAGTGTGCGAATTTGGTGAGYCAGTGTAACAAATGGGAAAGWGAGTGTTCGCTTTATGACAATGATAGAGAGGCTTTAATGGAGTTTGGGAATGAGGCGGATGAGAGGGCAAGAGAGGCGGAG 601 G CAU 2 HIS/ARG NONSYN exon replacement "124-315,413-601" 1 LG_II 7284619 (reverse complement) NA 316-412 1-123 5 POPTR_0002s11160.1 551710 TGTGGTCACGATGACATAATTACATGTYTATGTGCTAGTGTGGAGCTTGATTTAGTTATTAGTGGTTCAAAGGATGGAACTTGTGTTTTCCATACCTTGAGGGAGGGAAAATATGTAAGATCTTTACGCCATCCATCTGGCAATGCATTGTCAAAACT 159 C/T C T GTTGCATCTCGGCATGGGCRGGTAGTCCTTTATGCTGATGAGGATCTCAGTTTACATCTGTATTCTATTAACGGAAAGCACCTTGCCACCTCTGAATCTAATGGGCGCCTCAACTGTGTTGAACTTAGCAAATGTGGTGAGTTCTTGGTTTGTGCAGGTGACCAAGGACAGATAGTTGTGCGCTCTATGAACACATTTGATATTGTCAAAAGGTATAATGGAGTTGGAAAGATTATAACTTGTCTTACAGTAACTGTGGAGGAATGCTTCATAGCTGGGACCAAGGATGGAAGCCTTCTTGTGTACTCCATAGAAAATCCTCAACTTCGTAAGACTAGCATTCCTCGTATGAAATCTAAATCTTCTGTATCAGGATAGATCTACAATCAGTGGTCAGAGAT TGTGGTCACGATGACATAATTACATGTYTATGTGCTAGTGTGGAGCTTGATTTAGTTATTAGTGGTTCAAAGGATGGAACTTGTGTTTTCCATACCTTGAGGGAGGGAAAATATGTAAGATCTTTACGCCATCCATCTGGCAATGCATTGTCAAAACTCGTTGCATCTCGGCATGGGCRGGTAGTCCTTTATGCTGATGAGGATCTCAGTTTACATCTGTATTCTATTAACGGAAAGCACCTTGCCACCTCTGAATCTAATGGGCGCCTCAACTGTGTTGAACTTAGCAAATGTGGTGAGTTCTTGGTTTGTGCAGGTGACCAAGGACAGATAGTTGTGCGCTCTATGAACACATTTGATATTGTCAAAAGGTATAATGGAGTTGGAAAGATTATAACTTGTCTTACAGTAACTGTGGAGGAATGCTTCATAGCTGGGACCAAGGATGGAAGCCTTCTTGTGTACTCCATAGAAAATCCTCAACTTCGTAAGACTAGCATTCCTCGTATGAAATCTAAATCTTCTGTATCAGGATAGATCTACAATCAGTGGTCAGAGAT 560 C CUC 3 LEU SYN exon silent 1-537 1 LG_II 8165126 (reverse complement) NA NA 538-560 3 POPTR_0002s14030.1 551971 CGCATCCATCCACCAACCCACGGCGTCTGCCTCCACCATGTTGGACCCCAGATGAAACCGTGGCCTTAATCGACGCTTACCGTGACAAATGGTACACGCTCCGCCGCGGTAATCTCAAAGCGAACCACTGGCAAGAAGTAGCTGATGCTGTAGCTCGCCGTTGTCCAGATGCTTCGCCACCAAAAACAGCTGTGCAGTGCCGCCACAAGATGGAAAAGCTCCGGAAACGGTACCGGAC 239 C/T C T GAGATCCAAAGGGCTCGATCTATGCCGGTCTCGAGGTTTACGTCATCTTGGGTCCATTTTAAGAGAATGGATGCGATGGAAAAGGGGCCTCAAGCTAAGGCTGATTATAATTCAGAGAGCGAAGGCGATGATAATGACGATGATAACGAGGATGATGGTGATATTCGTGGATCTTATTTAGAGAAYTGTAGGAATGCTAAAAAWTTTATGAATACGCGAAGTATTCAAAAGCTWTATGGAAATGGGATTGGGAATCCGGGGAATGKTGGCGATAATAATGGCTTGAGTGGCGGAAATTCTAGTTTGGGTTCGGGTAATGCTGGTGGATTTCGAATTA CGCATCCATCCACCAACCCACGGCGTCTGCCTCCACCATGTTGGACCCCAGATGAAACCGTGGCCTTAATCGACGCTTACCGTGACAAATGGTACACGCTCCGCCGCGGTAATCTCAAAGCGAACCACTGGCAAGAAGTAGCTGATGCTGTAGCTCGCCGTTGTCCAGATGCTTCGCCACCAAAAACAGCTGTGCAGTGCCGCCACAAGATGGAAAAGCTCCGGAAACGGTACCGGACCGAGATCCAAAGGGCTCGATCTATGCCGGTCTCGAGGTTTACGTCATCTTGGGTCCATTTTAAGAGAATGGATGCGATGGAAAAGGGGCCTCAAGCTAAGGCTGATTATAATTCAGAGAGCGAAGGCGATGATAATGACGATGATAACGAGGATGATGGTGATATTCGTGGATCTTATTTAGAGAAYTGTAGGAATGCTAAAAAWTTTATGAATACGCGAAGTATTCAAAAGCTWTATGGAAATGGGATTGGGAATCCGGGGAATGKTGGCGATAATAATGGCTTGAGTGGCGGAAATTCTAGTTTGGGTTCGGGTAATGCTGGTGGATTTCGAATTA 576 C ACC 3 THR SYN exon silent 1-576 2 LG_II 10390761 NA NA NA NA NA POPTR_0002s20660.1 552435 CGCGAGCTCGGCCCCGACGATTATTTCCACAAATCCAAAAACACTCCGTCCCAACAACCACAGCAAGCGTCTCATTCCGGTTCTAATTTAGACAAGCGCGACTCATCCTGGTCCTTATTTGATGATTTATATTACGACACTGTCTACAACGTGTACGAATCACAGGATGCGGTTACCGTTAGTTGTGAAGCGAAA 196 A/G A G AAGAGGTAATCGGTGGTAATGATGATAAAAGTGTCGATATCTTCGTTAAGGCCCGCGGYATCTCTTCTGTTGGCAAGAGAAGGAAGATTTGTAGATCTTTGAGTTCTCATTTGGCATCTGGTGTTTGGAATTTGAGCAGAGAGCAAGGGAACAAGTTACTAGCAAGTCGGTTTCGAGGGGATTGTTTGTACATCTGTGACTGGCCTGGTTGTGCTCACATCACAGAGAAGCGGAGTTATATGCTGTTTAGAGGGATTTTTAAGAATTTTAAGAAATCGAGGGTCTGGAGGACGATACATGATGGGRATAGGAGCAAGATTGATTTGAGCTGTGCGTTTTGCGGGTGTCAGGAGACTTGGGATTTGAATTCTGCTTTTTGTTTGAAGAGAGGTTTTGGGTATCATGATGATGGTGAACCTGTTGTTCGAGCTTATGTCTGTGAAAATGGGCATGTCTCCGGTGCTTGGACTGATTG CGCGAGCTCGGCCCCGACGATTATTTCCACAAATCCAAAAACACTCCGTCCCAACAACCACAGCAAGCGTCTCATTCCGGTTCTAATTTAGACAAGCGCGACTCATCCTGGTCCTTATTTGATGATTTATATTACGACACTGTCTACAACGTGTACGAATCACAGGATGCGGTTACCGTTAGTTGTGAAGCGAAAAAAGAGGTAATCGGTGGTAATGATGATAAAAGTGTCGATATCTTCGTTAAGGCCCGCGGYATCTCTTCTGTTGGCAAGAGAAGGAAGATTTGTAGATCTTTGAGTTCTCATTTGGCATCTGGTGTTTGGAATTTGAGCAGAGAGCAAGGGAACAAGTTACTAGCAAGTCGGTTTCGAGGGGATTGTTTGTACATCTGTGACTGGCCTGGTTGTGCTCACATCACAGAGAAGCGGAGTTATATGCTGTTTAGAGGGATTTTTAAGAATTTTAAGAAATCGAGGGTCTGGAGGACGATACATGATGGGRATAGGAGCAAGATTGATTTGAGCTGTGCGTTTTGCGGGTGTCAGGAGACTTGGGATTTGAATTCTGCTTTTTGTTTGAAGAGAGGTTTTGGGTATCATGATGATGGTGAACCTGTTGTTCGAGCTTATGTCTGTGAAAATGGGCATGTCTCCGGTGCTTGGACTGATTG 671 G GCA 3 ALA SYN exon silent 1-671 1 LG_II 14970990 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0002s22150.1 552692 TGACGAGGACACCTATGTGGCCACCATCGAGAAAATCATCGAGCGCGACTTCTTCCCTGATATCTC 67 A/G A G AAGCTACGTGACCGTCTTGATTGGCTCGAAGCTATGAAATCGGGCGATCCGATCCAAATTCGAGATGCCCAGTTGAAGATTATGGAGCGCCGTGGCAAAAAGGTAAACAATCCCAGCTCCRACGGCAGCTTTCGGAGTAGAAATCGAACCCAAACCCCAGGTTCTACTTTTATGCGTAGTCTTACTCCATTTGATGAATTTGATAGCAGGATGCAAACACCTAGCGTTGTTATGGATAGGGGATTATCTAGTAATGCAGAGTCTAATGAGAATGAAGTTGCTGTTGATAAGAATTTGAGTTTAGACGAATTTTTTAGGAGATATACGAGTGAGGATAACGATAGCTTTTCAAAGATATTAGAGAAAGTGAATAGGAAAAGGAAGGAGAGATATGAGCATTTGTTAGAAGGTGAAAAGGAGGATGTTAAATTCATTGGGGATGCGAAGAGGGATAGGATTACAGATGGTTTTGGAACTTCTGATCAGCCACCGAGCACATTGGAAGGATGGAAGTACACAGCGAAGAATTTGCTGATGTATCATCCGGCTGATAGGGGTGAGGCTCCATTGACTGAGGAGGAACAGGCTGTTAGATTGAA TGACGAGGACACCTATGTGGCCACCATCGAGAAAATCATCGAGCGCGACTTCTTCCCTGATATCTCAAAGCTACGTGACCGTCTTGATTGGCTCGAAGCTATGAAATCGGGCGATCCGATCCAAATTCGAGATGCCCAGTTGAAGATTATGGAGCGCCGTGGCAAAAAGGTAAACAATCCCAGCTCCRACGGCAGCTTTCGGAGTAGAAATCGAACCCAAACCCCAGGTTCTACTTTTATGCGTAGTCTTACTCCATTTGATGAATTTGATAGCAGGATGCAAACACCTAGCGTTGTTATGGATAGGGGATTATCTAGTAATGCAGAGTCTAATGAGAATGAAGTTGCTGTTGATAAGAATTTGAGTTTAGACGAATTTTTTAGGAGATATACGAGTGAGGATAACGATAGCTTTTCAAAGATATTAGAGAAAGTGAATAGGAAAAGGAAGGAGAGATATGAGCATTTGTTAGAAGGTGAAAAGGAGGATGTTAAATTCATTGGGGATGCGAAGAGGGATAGGATTACAGATGGTTTTGGAACTTCTGATCAGCCACCGAGCACATTGGAAGGATGGAAGTACACAGCGAAGAATTTGCTGATGTATCATCCGGCTGATAGGGGTGAGGCTCCATTGACTGAGGAGGAACAGGCTGTTAGATTGAA 666 G UCA 3 SER SYN exon silent 1-666 3 LG_II 18306792 NA NA NA NA NA POPTR_0007s09590.1 553994 AAGAATGACAAGGCAACTGTTTTGACAGACGTAATTCAAGTGCTGAAGGATCTAACATCCAAAGTGAACAGACTAAAGGTCCAGTGGGCAACACTCTCAGGAGAATCATGTGAGGTGGTTGGCTCTTTGTGTTTGTTCCCTGTGGTCACTATGCTTTAAGCTTGCGTGATTGCTCGTGTAATTGATGCCAAGAAGAATGAG 202 C/T C T TAATGCAGGCTTGATGCAAATATATCTTAAGCAGTTAATGCAGGAAAAGAATGAGCTCAGAGAAGAAAGGGCATCTTTGAAAGCTGATATTGAAAATTTAAATGCCCAGTATCGTCAAAAGGGAAGGGCTATGTTCCCATGGGCTGCTGTTGATCCTACTGTTGTAATACCTCCACCTTATTCACACCCGGTTCCCGTTCGTGTTCCTCCAGGACCGATTCACATTCATCCCTCATTGCAGCCATTTGTCTTCTTTGGAAATCAGAATCCTGGTGCCATTGCCAGTCCATGTTTCAACRTTTATTCTTCTGGTTCCCATTTTTCAAGCAAACAGGATTCCAGAAGCAAGTTAACAGATCATCAAAGAGGAAAAAATAAAGAAAGATGTGATGAACTTA AAGAATGACAAGGCAACTGTTTTGACAGACGTAATTCAAGTGCTGAAGGATCTAACATCCAAAGTGAACAGACTAAAGGTCCAGTGGGCAACACTCTCAGGAGAATCATGTGAGGTGGTTGGCTCTTTGTGTTTGTTCCCTGTGGTCACTATGCTTTAAGCTTGCGTGATTGCTCGTGTAATTGATGCCAAGAAGAATGAGCTAATGCAGGCTTGATGCAAATATATCTTAAGCAGTTAATGCAGGAAAAGAATGAGCTCAGAGAAGAAAGGGCATCTTTGAAAGCTGATATTGAAAATTTAAATGCCCAGTATCGTCAAAAGGGAAGGGCTATGTTCCCATGGGCTGCTGTTGATCCTACTGTTGTAATACCTCCACCTTATTCACACCCGGTTCCCGTTCGTGTTCCTCCAGGACCGATTCACATTCATCCCTCATTGCAGCCATTTGTCTTCTTTGGAAATCAGAATCCTGGTGCCATTGCCAGTCCATGTTTCAACRTTTATTCTTCTGGTTCCCATTTTTCAAGCAAACAGGATTCCAGAAGCAAGTTAACAGATCATCAAAGAGGAAAAAATAAAGAAAGATGTGATGAACTTA 600 T noncoding silent 364-493 3 LG_III 8778414 NA PREMATURE_STOP_CODON "1-363,494-600" NA NA POPTR_0003s17350.1 554813 CTCAATGAATCTTTCTGGGACACTGAGCCCCGGTATTGGTGGTTTGGTCAACCTTAGATATTTTGATCTTTCTCACAATGAAATCACCGGAGATATACCTAAAGCGATTGGAAATTGTTCCCTGTTGCRATACTTTTATTTGAATAACAATCAGTTGAGTGGGGAAATTCCTGCTGAACTGGGTAGATTGTCTTTTCTTGAACGTTTGAATATATGCAACAACCAGATATCTGGTTCACTTCCAGAGGAGTTTGGCAGATTGTCTTCATTGGTTGAGTTTGTGGCTTATACCAACAAGCTGACTGGCCCGTTGCCTCGTTCCATAAGGAATCTTAAGAATTTGAAAACAATCCGTGCAGGGCAGAATCAAATTTCTGGTAGTATTCCTGCTGAAATAAGTGGTTGTCAAAGCTTGAAATTGCTTGGTCTTGCCCAAAATAAAATTGGAGGGGAGCTGCCAAAGGAGCTTGCGATGCTWGGG 482 A/G A G ACTTAACTGAATTGATTTTATGGGAGAACCAGATCTCGGGGTTAATACCAAAAGAGCTTGGGAACTGTACAAACCTTGAGACACTTGCT CTCAATGAATCTTTCTGGGACACTGAGCCCCGGTATTGGTGGTTTGGTCAACCTTAGATATTTTGATCTTTCTCACAATGAAATCACCGGAGATATACCTAAAGCGATTGGAAATTGTTCCCTGTTGCRATACTTTTATTTGAATAACAATCAGTTGAGTGGGGAAATTCCTGCTGAACTGGGTAGATTGTCTTTTCTTGAACGTTTGAATATATGCAACAACCAGATATCTGGTTCACTTCCAGAGGAGTTTGGCAGATTGTCTTCATTGGTTGAGTTTGTGGCTTATACCAACAAGCTGACTGGCCCGTTGCCTCGTTCCATAAGGAATCTTAAGAATTTGAAAACAATCCGTGCAGGGCAGAATCAAATTTCTGGTAGTATTCCTGCTGAAATAAGTGGTTGTCAAAGCTTGAAATTGCTTGGTCTTGCCCAAAATAAAATTGGAGGGGAGCTGCCAAAGGAGCTTGCGATGCTWGGGAACTTAACTGAATTGATTTTATGGGAGAACCAGATCTCGGGGTTAATACCAAAAGAGCTTGGGAACTGTACAAACCTTGAGACACTTGCT 571 A AAC 1 ASN/ASP NONSYN exon replacement 1-571 3 LG_III 15528237 NA NA NA NA NA POPTR_0003s18200.1 554898 CTTCTATCATACCAGAAACCTTTTCTATGTTATCACMCAAGCTGGCTAGTTCTCTCCATCCCCTCTGCCCACGCATCATCTCATCCATTCTGCATCAAGAGTTCAGTTGGRGCACATAAAACTTGTCATTACATGGGTTCCAAAGGGTTAGAATTTTAAGTCAACTGTGACAAAAACCAGTAACAGTTATCTTACAAACTGACCAAAACAATTGCATACTATTGCATTCATCATCATCATGGTGGAAATGATTTGATATGGGTAAAATTTGTTCACTCTTTGATAAMAATGATAAACTGATAACATATGAATGATCACCACT 323 A/G A G TCAAATTAAGCCATTATATCAAAGAGMAACTCAAACAAGCAWTGGTACTGAAACAGTTGGGCTTGGTTATACAAGGGATTCTTTTCCTCCATTCTATTTCCTAATGAGCCAAGCCTTCTATAACATACTGTAATGATGAAGTAAGAAATCATACCAAAGAAAGTACTAACATATACATACAGTCCAAATATGAGYCCAGGYCATTGGATCTGATAATGTGCTACTCAAAGGCACAACCAAAAATTAGCAAGGGAATAGTTATGTATATCCATTTGTTAAACAAAGTACAGAGMAAACAGGTGAAACAACCTGAGGAAAGCYTTCTGTAAAGAAGT CTTCTATCATACCAGAAACCTTTTCTATGTTATCACMCAAGCTGGCTAGTTCTCTCCATCCCCTCTGCCCACGCATCATCTCATCCATTCTGCATCAAGAGTTCAGTTGGRGCACATAAAACTTGTCATTACATGGGTTCCAAAGGGTTAGAATTTTAAGTCAACTGTGACAAAAACCAGTAACAGTTATCTTACAAACTGACCAAAACAATTGCATACTATTGCATTCATCATCATCATGGTGGAAATGATTTGATATGGGTAAAATTTGTTCACTCTTTGATAAMAATGATAAACTGATAACATATGAATGATCACCACTATCAAATTAAGCCATTATATCAAAGAGMAACTCAAACAAGCAWTGGTACTGAAACAGTTGGGCTTGGTTATACAAGGGATTCTTTTCCTCCATTCTATTTCCTAATGAGCCAAGCCTTCTATAACATACTGTAATGATGAAGTAAGAAATCATACCAAAGAAAGTACTAACATATACATACAGTCCAAATATGAGYCCAGGYCATTGGATCTGATAATGTGCTACTCAAAGGCACAACCAAAAATTAGCAAGGGAATAGTTATGTATATCCATTTGTTAAACAAAGTACAGAGMAAACAGGTGAAACAACCTGAGGAAAGCYTTCTGTAAAGAAGT 658 G intron silent "1-26,570-658" 1 LG_III 16179043 (reverse complement) NA 27-569 NA NA POPTR_0003s19600.1 555048 AGGAGCTCATTCTKGTCTATGATTACATGCCTAATGGCAGTCTTGACAAGTTCCTCTATAACAAGACTGAGTTCATTCTTAATTGGAATCAAAGGTTTAAAATAATCRAAGATGTAGCAYTAGCACTCACATATTTGCATGAAGAATGGGCAGAAGTTATCATTCACAGAGATATCAAGGCTAGCAATGTGTTGTTAGATG 202 C/G C G TGAATTAAATGCTAAACTTGGTGATTTCGGACTTGCAAGATGCATCRAACACGAGCAGGATATTCAAACCACTCATRTTGCTGGCACATTAGGCTACATTGCACCTGAGCTTRCTAGAAGTGGCAAACCAACTCCAAGCACAGATGTTTWTGCATTTGGGGCATTCTGCTTGGAGGTTGCTTGTGGTAGAAGACCGGTGGAGCCAAAAACATCAGCGAAGGAGATGATTCTGGTGGATTGGGTTTACAGCTTTTGGATGGAAGGGAAGATCTTGAGTGCAACGGATCCTAAACTCAATGAAGAATGCAAAGCTGAGGAAGTTGAACTRGTTTTGAAACTTGGACTGCTYTGCTCACATAGTGTRGCAGAGGGCAGACCAAAAATGTCYCAAGTTCTGATKTACCTKAAAGGTCAAGCTTTACTCCCTGAAAATCTGAATGCTCAT AGGAGCTCATTCTKGTCTATGATTACATGCCTAATGGCAGTCTTGACAAGTTCCTCTATAACAAGACTGAGTTCATTCTTAATTGGAATCAAAGGTTTAAAATAATCRAAGATGTAGCAYTAGCACTCACATATTTGCATGAAGAATGGGCAGAAGTTATCATTCACAGAGATATCAAGGCTAGCAATGTGTTGTTAGATGCTGAATTAAATGCTAAACTTGGTGATTTCGGACTTGCAAGATGCATCRAACACGAGCAGGATATTCAAACCACTCATRTTGCTGGCACATTAGGCTACATTGCACCTGAGCTTRCTAGAAGTGGCAAACCAACTCCAAGCACAGATGTTTWTGCATTTGGGGCATTCTGCTTGGAGGTTGCTTGTGGTAGAAGACCGGTGGAGCCAAAAACATCAGCGAAGGAGATGATTCTGGTGGATTGGGTTTACAGCTTTTGGATGGAAGGGAAGATCTTGAGTGCAACGGATCCTAAACTCAATGAAGAATGCAAAGCTGAGGAAGTTGAACTRGTTTTGAAACTTGGACTGCTYTGCTCACATAGTGTRGCAGAGGGCAGACCAAAAATGTCYCAAGTTCTGATKTACCTKAAAGGTCAAGCTTTACTCCCTGAAAATCTGAATGCTCAT 647 C GCU 2 ALA/GLY NONSYN exon replacement 1-647 2 LG_III 17431514 NA NA NA NA NA POPTR_0004s18730.1 556695 CGGTAATTGACAGACTATGAATACACACCACCTGTCARAAGTATAACTAGCTTCTTCAAATTTYATGTGATTTTGCTCATTAGTAATGAATTTGCAATGCTATTCACTATTTCAGGCATTGAAGGCCATTTTAGATCGTGGTCACAAGCTTCCTCTCCCAGATGGCATCCTGGTCAATGGCCGTGGACCCAATCAGACATATTTCACATTTCAACCTGGTAATTTTTTGAACCATGGTGATAGTTTATGGCGTGTNNNNGACCTTMAGAGACTTGGAAAGTTCAGATTGTAATGAATCATGGACATTGCATTTCTTATTGCAGGAAAAACTTACAGGCTCAGGATATCAAATGTGGGGCTCCAACATTCTCTCAATTTTCGCATTCAAGGCCACAAGATGAAGCTAGTTGAAGTTGAGGGCACTCACACTCTTCAGACTACGTATTCATCACTGGATGTCCATGTCGGTCAATCCTATTCGGTGTTGGTCACAGCTGATCAGAC 505 A/G A G GCTCAGGACTATTACATTGCTGTCWCTACTCGTTTCACCACCAAGATCCTTACCACCAYTGCCATACTTCACTACAGMAATTCTGCCAAAAA CGGTAATTGACAGACTATGAATACACACCACCTGTCARAAGTATAACTAGCTTCTTCAAATTTYATGTGATTTTGCTCATTAGTAATGAATTTGCAATGCTATTCACTATTTCAGGCATTGAAGGCCATTTTAGATCGTGGTCACAAGCTTCCTCTCCCAGATGGCATCCTGGTCAATGGCCGTGGACCCAATCAGACATATTTCACATTTCAACCTGGTAATTTTTTGAACCATGGTGATAGTTTATGGCGTGTNNNNGACCTTMAGAGACTTGGAAAGTTCAGATTGTAATGAATCATGGACATTGCATTTCTTATTGCAGGAAAAACTTACAGGCTCAGGATATCAAATGTGGGGCTCCAACATTCTCTCAATTTTCGCATTCAAGGCCACAAGATGAAGCTAGTTGAAGTTGAGGGCACTCACACTCTTCAGACTACGTATTCATCACTGGATGTCCATGTCGGTCAATCCTATTCGGTGTTGGTCACAGCTGATCAGACAGCTCAGGACTATTACATTGCTGTCWCTACTCGTTTCACCACCAAGATCCTTACCACCAYTGCCATACTTCACTACAGMAATTCTGCCAAAAA 597 A ACA 3 THR SYN exon silent "1-2,116-218,324-597" 2 LG_IV 16271117 (reverse complement) NA "3-115,219-323" NA NA POPTR_0009s11660.1 557279 CCATTCACCACCACTGCCGTTGATGCACTCGACGAAGACAGTGTCATATGACTCAAATCATTCACCGTACTCGAAATATCATTATTGGCATCRTGGCTACTATTATGTTGTTTCACATTAT 122 A/T A T AMTCAATGGCGAACTTTGTGAGGATGATGTTCCAGAGTTCATCCCAATTCGCTCACTAGGTGACGATGGCACCGGCACGGGCACATTAAACTGATCTAAAAGGCACGTGATCAACTTCYCCCCATCTTCCGGCAAAATCGGAACAAAATTCTCTGTKAACGCAATTAAAAAAACCCTAGAAATCGCCGAGCTCGCCAAATTTTCACCGGCATTGTTCCCAATCGCAGCCATAACAACTTCTCCAACAAATCCGGCAACATCCTCGGAGAAACCMGGATCCAATTCGGCCGACTTTGACACGTAAGCCAGGAAGTCGGTAAAAAAAGACGCGATCGAGTCGGTAGAGAAGGATTGTGGCCAAAAGGAAGGATTAAACGACGTCGGGATTGAGCGGAAGAAAGCGAGGATTAGTGATTTTGGACGGTTATCGGTGTGGTCGAGGGTTATGGAG CCATTCACCACCACTGCCGTTGATGCACTCGACGAAGACAGTGTCATATGACTCAAATCATTCACCGTACTCGAAATATCATTATTGGCATCRTGGCTACTATTATGTTGTTTCACATTATAAMTCAATGGCGAACTTTGTGAGGATGATGTTCCAGAGTTCATCCCAATTCGCTCACTAGGTGACGATGGCACCGGCACGGGCACATTAAACTGATCTAAAAGGCACGTGATCAACTTCYCCCCATCTTCCGGCAAAATCGGAACAAAATTCTCTGTKAACGCAATTAAAAAAACCCTAGAAATCGCCGAGCTCGCCAAATTTTCACCGGCATTGTTCCCAATCGCAGCCATAACAACTTCTCCAACAAATCCGGCAACATCCTCGGAGAAACCMGGATCCAATTCGGCCGACTTTGACACGTAAGCCAGGAAGTCGGTAAAAAAAGACGCGATCGAGTCGGTAGAGAAGGATTGTGGCCAAAAGGAAGGATTAAACGACGTCGGGATTGAGCGGAAGAAAGCGAGGATTAGTGATTTTGGACGGTTATCGGTGTGGTCGAGGGTTATGGAG 573 T AAU 1 ASN/TYR NONSYN exon replacement 1-573 3 LG_IX 3270449 NA NA NA NA NA POPTR_0009s11310.1 557309 GATTCCCCAGAAGGCTTCCATGTTTACTCTCCTTACGGGCTGGACGACGCCGTCATCAAGACCATCCCTCTCTCACTCTACACCACGAAAAATAGCAATAGCTTTCACAAGCAAATCAAAGACTGTGCTGTTTGCTTGCTTGAATTCGAAGATGATGAATATGTCCGTACACTTCCTGTTTGCTCGCAYGCATTTCATGTTGACTGTATTGATATTTGGCTAAGGTCACACGCGAACTGCCCACTTTGTCGTGCGGGGATTTTCAGAGCCGAGTCTCCATTTATTCCAGTCATGGCCGCAAGAATTCGTCCCAGTCTTGATGAAACAATCCT 333 A/G A G CGTAGTACTCTTCTTCCGCTCGAACCAATAATTCAAAGCCCACTACGCACTTATTCTGCCGTTGCAGACACAGCTACAGCTAYTGTCACGGAGATTACACCATGTCCTGAAGAACCATCACCGCGAAGACATAGTATGAACAATTTTAATACTAATTCTGAGGACAGATTCAATGGTCGTGATCATTTCTTCTTGAAAAGATCTTATTCTTTCGGGTTTGAACGGAGCTTGGCKTCCGAGAGGATGTTAGTAATGGAGCCAG GATTCCCCAGAAGGCTTCCATGTTTACTCTCCTTACGGGCTGGACGACGCCGTCATCAAGACCATCCCTCTCTCACTCTACACCACGAAAAATAGCAATAGCTTTCACAAGCAAATCAAAGACTGTGCTGTTTGCTTGCTTGAATTCGAAGATGATGAATATGTCCGTACACTTCCTGTTTGCTCGCAYGCATTTCATGTTGACTGTATTGATATTTGGCTAAGGTCACACGCGAACTGCCCACTTTGTCGTGCGGGGATTTTCAGAGCCGAGTCTCCATTTATTCCAGTCATGGCCGCAAGAATTCGTCCCAGTCTTGATGAAACAATCCTACGTAGTACTCTTCTTCCGCTCGAACCAATAATTCAAAGCCCACTACGCACTTATTCTGCCGTTGCAGACACAGCTACAGCTAYTGTCACGGAGATTACACCATGTCCTGAAGAACCATCACCGCGAAGACATAGTATGAACAATTTTAATACTAATTCTGAGGACAGATTCAATGGTCGTGATCATTTCTTCTTGAAAAGATCTTATTCTTTCGGGTTTGAACGGAGCTTGGCKTCCGAGAGGATGTTAGTAATGGAGCCAG 595 A CUA 3 LEU SYN exon silent 1-595 1 LG_IX 3477129 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0009s10310.1 557402 CCTCGTGTTTTCAACCTCTCAGTCGTCGGACTTGAGCMACGAGTCACTCGCGATCCTGGTTCTGTTTCCGCTCACTGAGTTCGACTGTGTGGGGATATCTTCAGAACCGGAGCGGATCAGTTATTTAGCTAATTTACTATTCCATTCATCAATCGAAGTCCGAGTCAACTCAGCTGCACTCATTGAAAATGTTATTGCAGGAACAAGATCATCAGATCTTCGACTTCAAATTAGCAACACAGAGATTATCTTCGAAGGAGTGATAGAGATTTTAAAAAATCCTTTATCATCCCCTCGAGCGCTTAAAATTGGGATAAAAGCGCTCTTCGCTTTATGTCTAGTTAAACAAACAAGGCATAAAGCGGTCACCGCCGGAKCGGCGGAGACATTAATCGACAGACTGGCAGATTTTGATAAATGTGATGCAGAAAGAGCCCTGGCTACAATAGAATTACTTTGCAGAATACAAGTTGGTTGCGCAGCATTTGCAGCGCACGCGCTGACTGTGCCGTTGTTAGTCAAGACTATCCTGAAGATATCGGATAGAGCGACGGAGTACGCGGCGGGAGC 571 G/T G T TTGCTGGCGCTGTGTTCAGCGTCGGAGCTGAGTCAGAAGGAGGCGGT CCTCGTGTTTTCAACCTCTCAGTCGTCGGACTTGAGCMACGAGTCACTCGCGATCCTGGTTCTGTTTCCGCTCACTGAGTTCGACTGTGTGGGGATATCTTCAGAACCGGAGCGGATCAGTTATTTAGCTAATTTACTATTCCATTCATCAATCGAAGTCCGAGTCAACTCAGCTGCACTCATTGAAAATGTTATTGCAGGAACAAGATCATCAGATCTTCGACTTCAAATTAGCAACACAGAGATTATCTTCGAAGGAGTGATAGAGATTTTAAAAAATCCTTTATCATCCCCTCGAGCGCTTAAAATTGGGATAAAAGCGCTCTTCGCTTTATGTCTAGTTAAACAAACAAGGCATAAAGCGGTCACCGCCGGAKCGGCGGAGACATTAATCGACAGACTGGCAGATTTTGATAAATGTGATGCAGAAAGAGCCCTGGCTACAATAGAATTACTTTGCAGAATACAAGTTGGTTGCGCAGCATTTGCAGCGCACGCGCTGACTGTGCCGTTGTTAGTCAAGACTATCCTGAAGATATCGGATAGAGCGACGGAGTACGCGGCGGGAGCGTTGCTGGCGCTGTGTTCAGCGTCGGAGCTGAGTCAGAAGGAGGCGGT 618 G UUG 3 PHE/LEU NONSYN exon replacement 1-618 3 LG_IX 4042852 NA NA NA NA NA POPTR_0009s09260.1 557502 CTGTGTTGACGTTTCAAAAGTCAACTGGTCCTATTCGTATAACCGGAGAAAACTCCCCGAGGAAAATGGGAATGATCCAAACTTGAATGGTCTGAGAAACCGGTTRGTGCCAAAGGACTGGTGGGTTGAGGATTTATGCGAGCTTGAAATTGGYTTGTATAAGCGAGTTCTTATTACAATCCAAACCAAAGGCACACTTTCTGATGAGGTGATTGGAGAAGGTTTGAAAGCTTATGCTTACAGAAGGTTGCCAGGTTTCAGCAAGGGTATGATCCAGTGTGGAGACGCAGCAAAATATAGATCAACAGTTGATRCCATCGTGTGTCTGTTGCCTGCTG 339 A/C A C GCGAGGCAGCGTCCCCTGTARTTTTTTGTTGAAGCTATTAAAAGCAGCCATATATGTTGACTTGGGCGATGCAATCAAAGGACAGCTGAYAAGGAGAATCRGACAGCAACTAGAGGAGGCTTCTGTAAATGATCTTTTGATTCATGCTGGGGAAGGGGAGAACATGATGTATGATGTTGATGCAGTAAAGAAAAT CTGTGTTGACGTTTCAAAAGTCAACTGGTCCTATTCGTATAACCGGAGAAAACTCCCCGAGGAAAATGGGAATGATCCAAACTTGAATGGTCTGAGAAACCGGTTRGTGCCAAAGGACTGGTGGGTTGAGGATTTATGCGAGCTTGAAATTGGYTTGTATAAGCGAGTTCTTATTACAATCCAAACCAAAGGCACACTTTCTGATGAGGTGATTGGAGAAGGTTTGAAAGCTTATGCTTACAGAAGGTTGCCAGGTTTCAGCAAGGGTATGATCCAGTGTGGAGACGCAGCAAAATATAGATCAACAGTTGATRCCATCGTGTGTCTGTTGCCTGCTGAGCGAGGCAGCGTCCCCTGTARTTTTTTGTTGAAGCTATTAAAAGCAGCCATATATGTTGACTTGGGCGATGCAATCAAAGGACAGCTGAYAAGGAGAATCRGACAGCAACTAGAGGAGGCTTCTGTAAATGATCTTTTGATTCATGCTGGGGAAGGGGAGAACATGATGTATGATGTTGATGCAGTAAAGAAAAT 534 A GAG 2 GLU/ALA NONSYN exon replacement 1-534 3 LG_IX 4647468 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0009s09020.1 557527 ACAGAGGATCTCTCCCAAAATTGAAAGGGATGATTTCAATATACTTACAATGTCTCAGATTGATTTGGATCTGGGGAAGATGAGGACTATGACCGCAGAACAGGCTGCTGAGGTAGCGGCTCGAGCGGTTGCGGAGGCAGAAGCTGCTATAGCAGTAGCTGAAGAGGCGGCAAGGGAGGCGGAGACAGCAGAAGCTGATGCAGAGGCAGCACAAGCATTTGCGGAAGCAGCTA 234 C/T C T GAAGACACTGAAAGGAAGGACCGCCCCTAAGGTGGTAAACTTCATCACTGGATCTTCTCTTAATGATCGGTTTTGAAATGTTTGAGAAGCCCTTTATCAGTTGTCTTGTAACAAAATAATTAGCTGATTTGCATTTGAAATTGGAAGTTGAAACATAAAACCCACACTCACCCGTGATTTCCAGAATCTTTTTTGAATTGCTTATTCCTTGAATGGTTGTTTTAGCTTGGATCTATTCTGGGAGTCCATCAGGGTAATGATGCATCATAAATTCACCCCCACATTTTCCTTCAACTTAACAAAWTGTAATTGCTCGTAAACTAGATACTAGTAAAGTCCTGTTTGCTACCAATTCTTGGATCTTCATGATGATGAATATCTTTTTTCAGGATGTGATTCTTCATTTGCATCTCTTGCTTCACTGCATCTTTAGGAATTTATCTTTATAAGATCATGAATGAAGTTTCTTTCTAATGTGCAGA ACAGAGGATCTCTCCCAAAATTGAAAGGGATGATTTCAATATACTTACAATGTCTCAGATTGATTTGGATCTGGGGAAGATGAGGACTATGACCGCAGAACAGGCTGCTGAGGTAGCGGCTCGAGCGGTTGCGGAGGCAGAAGCTGCTATAGCAGTAGCTGAAGAGGCGGCAAGGGAGGCGGAGACAGCAGAAGCTGATGCAGAGGCAGCACAAGCATTTGCGGAAGCAGCTACGAAGACACTGAAAGGAAGGACCGCCCCTAAGGTGGTAAACTTCATCACTGGATCTTCTCTTAATGATCGGTTTTGAAATGTTTGAGAAGCCCTTTATCAGTTGTCTTGTAACAAAATAATTAGCTGATTTGCATTTGAAATTGGAAGTTGAAACATAAAACCCACACTCACCCGTGATTTCCAGAATCTTTTTTGAATTGCTTATTCCTTGAATGGTTGTTTTAGCTTGGATCTATTCTGGGAGTCCATCAGGGTAATGATGCATCATAAATTCACCCCCACATTTTCCTTCAACTTAACAAAWTGTAATTGCTCGTAAACTAGATACTAGTAAAGTCCTGTTTGCTACCAATTCTTGGATCTTCATGATGATGAATATCTTTTTTCAGGATGTGATTCTTCATTTGCATCTCTTGCTTCACTGCATCTTTAGGAATTTATCTTTATAAGATCATGAATGAAGTTTCTTTCTAATGTGCAGA 716 T ACG 2 THR/MET NONSYN exon replacement "1-265,716" 3 LG_IX 4806665 (reverse complement) NA 266-715 NA NA POPTR_0009s04300.1 558011 TGGCCCTGGACATGGAATCAGTGTTGGGAGTATGGGAGGGAATACACTTATTGATAATAAAGACATTGTGGTGGGGTTGGCCGTGACGAACTCCACTTTTACCAATACCAGCAATGGTTTAAGAATCAAAACATGGGCATCTCGCTATGAAGGTCTTGCTTCTGGTTTCACKTACGAAGACATCATAATGAACGACGTCGAACATCCCATTATTATTGATCAGCAATATTGCCCTAGTTCTTCCTGTGATTCCAAGGTATTAATTTGA 269 -/T - T TGTCTTTCTATTAATTAATAAGCYTTTTCCACTTTTAATCATTGAACTGACAGTGTAATCCATCACCCTTTTCCTTTTCTTTTCTTTGCAGACTGCTTCACGTATTCAAATCAGGGATATTACATACAGCAACATTAGGGGTACTTCGAAGTCGAAGGCAGCAGTGACATTAAATTGCAGCAGCATTGTTCCATGCAAGAATATAGTGCTGAAGGATATCAGATTGGTGTATACAGGAAATGAAGGTCCTG TGGCCCTGGACATGGAATCAGTGTTGGGAGTATGGGAGGGAATACACTTATTGATAATAAAGACATTGTGGTGGGGTTGGCCGTGACGAACTCCACTTTTACCAATACCAGCAATGGTTTAAGAATCAAAACATGGGCATCTCGCTATGAAGGTCTTGCTTCTGGTTTCACKTACGAAGACATCATAATGAACGACGTCGAACATCCCATTATTATTGATCAGCAATATTGCCCTAGTTCTTCCTGTGATTCCAAGGTATTAATTTGA-TGTCTTTCTATTAATTAATAAGCYTTTTCCACTTTTAATCATTGAACTGACAGTGTAATCCATCACCCTTTTCCTTTTCTTTTCTTTGCAGACTGCTTCACGTATTCAAATCAGGGATATTACATACAGCAACATTAGGGGTACTTCGAAGTCGAAGGCAGCAGTGACATTAAATTGCAGCAGCATTGTTCCATGCAAGAATATAGTGCTGAAGGATATCAGATTGGTGTATACAGGAAATGAAGGTCCTG 520 T intron silent "1-256,361-531" 3 LG_IX 8221785 (reverse complement) NA 257-360 NA NA POPTR_0005s07240.1 558490 GGAAAGGGGTTTAGAAGTGTTTGTGTTTGATGRGGAGATTGATTGGGAAAGGATTCATAGATTGGTTTTGAGGGAAATTAGGAGGTTGGTTGATGGGTTGCCTATTTATGCTTATAGGCAGCAGATTTTGGAGAAGATTCACAGCAAGCAGGTGTGGTTTTTAGTTGTTATTTCTCTGTTTAG 184 A/T A T AAGTAGAAYGATGTTTGGATTGTTTTGCTAAATGGTTAAATGCTCCTGGAGTAACGTGGAAAATGTGGGAAATAATGGATTTTGAATTTTGTCTTTTGAATAAACGTGGAGGGGAATTGGGGATTTGATTGTTTATTTGTGATTTATGTTGCAGATTTTAAGTTGTTAGATTGTGGCTTTATAATAAGTACGTGTGGTAGCTGCTTGTTTTTAGGATTAATTGTTTTTTACCTGCATTGTTGTATACAGCATGCAAGGTTGCTACTTTGTGCATGATGAATGTTATACCATGTGTTCTTGATCATTTGTTAGTTTCTTTGTTCTTGATTGGCACATTACAATTGAGAGCAGACAGTAAGAAAGGTTTCTTTGCTGTGAAGTTGTGTTATTTTTTGGTTATTGTTGTTCATTTAATTCTTTTGGKCGTTCATAATTTGAGCTTGCTTTTTGACTCTTCCTTTCACTATAAACCCAGCGAGTATGCTGCTTGAATCTGCTTRTGGTTTTTGTTCTAACCACTGCTYGTGT GGAAAGGGGTTTAGAAGTGTTTGTGTTTGATGRGGAGATTGATTGGGAAAGGATTCATAGATTGGTTTTGAGGGAAATTAGGAGGTTGGTTGATGGGTTGCCTATTTATGCTTATAGGCAGCAGATTTTGGAGAAGATTCACAGCAAGCAGGTGTGGTTTTTAGTTGTTATTTCTCTGTTTAGAAAGTAGAAYGATGTTTGGATTGTTTTGCTAAATGGTTAAATGCTCCTGGAGTAACGTGGAAAATGTGGGAAATAATGGATTTTGAATTTTGTCTTTTGAATAAACGTGGAGGGGAATTGGGGATTTGATTGTTTATTTGTGATTTATGTTGCAGATTTTAAGTTGTTAGATTGTGGCTTTATAATAAGTACGTGTGGTAGCTGCTTGTTTTTAGGATTAATTGTTTTTTACCTGCATTGTTGTATACAGCATGCAAGGTTGCTACTTTGTGCATGATGAATGTTATACCATGTGTTCTTGATCATTTGTTAGTTTCTTTGTTCTTGATTGGCACATTACAATTGAGAGCAGACAGTAAGAAAGGTTTCTTTGCTGTGAAGTTGTGTTATTTTTTGGTTATTGTTGTTCATTTAATTCTTTTGGKCGTTCATAATTTGAGCTTGCTTTTTGACTCTTCCTTTCACTATAAACCCAGCGAGTATGCTGCTTGAATCTGCTTRTGGTTTTTGTTCTAACCACTGCTYGTGT 712 T intron silent 1-151 3 LG_V 873002 (reverse complement) NA 152-712 NA NA POPTR_0006s03400.1 560356 CATATCCCTGCTTAGGGAGATCATGCAGCTCCATTACCTGTATCGTTCTTTGCCTCTTGGCTGTGGAGAAAAAAAGAAAACAACTGTTAGAGATCATCTGCATCTTCGAATTTGTACAGAAATTTATATAAGAGCATGCTTCGAGTTACTTCATAATATCAAAAAGCACAACTTGGGACCAGTTTCATGCATCACCACAWTTCATATCTGATTTTTTGTAAATTACTGAAAATCAATCCAAATAAATTACTATTAGTAACAATGATGCAGATTCAGATTTAAAGTAKAAATACATAAAAAAATCTCCATGCAAAGACACTAACCATTCTCAGCTTGTTGATACCGCTCCTGGAGTTTCCTTTTTGTGGCCTCAAGTTTCATCTGGACATCAACTTCATCTGAATTCTTCAATTTCTAGATGAACAATAGAGTGTCAGA 439 G/T G T TAAACTAGAGCGGTAGATTAAAAACTACAGCAATTCCTTTTATACTTACATCTTGCTGGCCAGTTGGAGGCTTTCTCTGGCTGGTAATCTTATCTGTTTTTCSAATTAACTGTGGTTCCTGATTCATCYTCTGCTCAACATTTTGCATTAGAGGTCTTCCAGGTCCAGAATTGGCATTTGAAGGCTTGCTTGCCTTTACAATAGCTTCTTGCMTCC CATATCCCTGCTTAGGGAGATCATGCAGCTCCATTACCTGTATCGTTCTTTGCCTCTTGGCTGTGGAGAAAAAAAGAAAACAACTGTTAGAGATCATCTGCATCTTCGAATTTGTACAGAAATTTATATAAGAGCATGCTTCGAGTTACTTCATAATATCAAAAAGCACAACTTGGGACCAGTTTCATGCATCACCACAWTTCATATCTGATTTTTTGTAAATTACTGAAAATCAATCCAAATAAATTACTATTAGTAACAATGATGCAGATTCAGATTTAAAGTAKAAATACATAAAAAAATCTCCATGCAAAGACACTAACCATTCTCAGCTTGTTGATACCGCTCCTGGAGTTTCCTTTTTGTGGCCTCAAGTTTCATCTGGACATCAACTTCATCTGAATTCTTCAATTTCTAGATGAACAATAGAGTGTCAGAGTAAACTAGAGCGGTAGATTAAAAACTACAGCAATTCCTTTTATACTTACATCTTGCTGGCCAGTTGGAGGCTTTCTCTGGCTGGTAATCTTATCTGTTTTTCSAATTAACTGTGGTTCCTGATTCATCYTCTGCTCAACATTTTGCATTAGAGGTCTTCCAGGTCCAGAATTGGCATTTGAAGGCTTGCTTGCCTTTACAATAGCTTCTTGCMTCC 655 T intron silent "1-167,242-332,596-655" 2 LG_VI 2156456 (reverse complement) NA "168-241,333-595" NA NA POPTR_0006s03670.1 560381 CAATTGATTCTTGATTTTTCAAGGAAGCAATCTGTCACAAGTGATGTTGGTGTTAAGGAGAAAAARGCATGTCTTCAGAGGATTCTATATGCTGGAAAAGCTCTTGTAAGCCTAGTTCGGGTTGGGCAGCAAGGCATGTATTTTGACTCAGAGTCGAAGAAATTTGCCATTGGTGCTGAGCCTCAAACAGCCCATAGTTTTGAGGTGGCTGCTTCTCTTGAAATGTCTTCTTTAAATGTTTYGGGGCAAAAATATCCAGCTGTGGAGAAATTGAGTGTGGAACAGACTCCGTTATACATGGATGGGGAAGAAGA 315 A/G A G GATGAGGTGATTATTTTTAAGCCGTTGATGACTGATAGGCACTTTGATGTCAATGCTCTTRAGTTGTCTACTTTTGAGATTCCAAGTAATGCCTCTCAAGGCAACATGGAGAGCTGTATAGGATCTGTTCCTGTCTCTTGTGATTCTTATTATCTGTCAAATGGTTTCAATAGAAGCACAGTTGGCCCTAAATCTCCTGCTTCTGTTGCCCCCCTGCATTTTCAAGCATTGCAGCCTACCGCTTCAAAATGGCCTGCCAAATCTGAAGGATCCATTTCCAATGGGCTGAACAACTTCAATTTGGTAGGGAATGGGCTTGTTATGAAGAGT CAATTGATTCTTGATTTTTCAAGGAAGCAATCTGTCACAAGTGATGTTGGTGTTAAGGAGAAAAARGCATGTCTTCAGAGGATTCTATATGCTGGAAAAGCTCTTGTAAGCCTAGTTCGGGTTGGGCAGCAAGGCATGTATTTTGACTCAGAGTCGAAGAAATTTGCCATTGGTGCTGAGCCTCAAACAGCCCATAGTTTTGAGGTGGCTGCTTCTCTTGAAATGTCTTCTTTAAATGTTTYGGGGCAAAAATATCCAGCTGTGGAGAAATTGAGTGTGGAACAGACTCCGTTATACATGGATGGGGAAGAAGAAGATGAGGTGATTATTTTTAAGCCGTTGATGACTGATAGGCACTTTGATGTCAATGCTCTTRAGTTGTCTACTTTTGAGATTCCAAGTAATGCCTCTCAAGGCAACATGGAGAGCTGTATAGGATCTGTTCCTGTCTCTTGTGATTCTTATTATCTGTCAAATGGTTTCAATAGAAGCACAGTTGGCCCTAAATCTCCTGCTTCTGTTGCCCCCCTGCATTTTCAAGCATTGCAGCCTACCGCTTCAAAATGGCCTGCCAAATCTGAAGGATCCATTTCCAATGGGCTGAACAACTTCAATTTGGTAGGGAATGGGCTTGTTATGAAGAGT 645 G GAA 3 GLU SYN exon silent 1-645 1 LG_VI 2430472 NA NA NA NA NA POPTR_0006s03820.1 560392 CTGGGAGTTCTGCAAACCTCAAATCTGGTGAGCATTTTTTTCTTCCTGTAGAGARAAATGAGAATTTAACATAAAAAATATTGGAAATATGTCATTTAATTGATTCTCTTTTAAACAGATTATGCCATACCAAGAATTGTCACCGATCCCAGTCAAATAATATTTGGAAGCAGCCATCTTCTCACTAAACGTTCTGTTAATAGGAATGTGTCAAGTGGTTCCAAGAGAAGAAATTCAGTATTTGCAAGCCCYGTGCTTAGTAAGTTTAAAAATCCTTTCTTTCTTGTTGTTTTTTAGATAGCTGTTATGCTYAATCAAGAAGCTGATTAGGCGATGCACTGGAAGTTATATCTGCTGTCAAGTAATTTCAGAATTTTGTTTCCGGGGTG 390 C/T C T GTATAACTAGCATATTTTCCAAGTATGGCTTGAGTTGGATTAGTGACATGATGCTATGATACTGCTAGTATTTGGTGCTTTTTGGTGCCTTTGAAACTGCAGCCTTCTTTCATGACTAAAATAGYGTGTTTTTCTTTGGCTTCTTTCCTTCATGTTATGTTAAATATCTTGATTTGTTGAGTACTTACATGTG CTGGGAGTTCTGCAAACCTCAAATCTGGTGAGCATTTTTTTCTTCCTGTAGAGARAAATGAGAATTTAACATAAAAAATATTGGAAATATGTCATTTAATTGATTCTCTTTTAAACAGATTATGCCATACCAAGAATTGTCACCGATCCCAGTCAAATAATATTTGGAAGCAGCCATCTTCTCACTAAACGTTCTGTTAATAGGAATGTGTCAAGTGGTTCCAAGAGAAGAAATTCAGTATTTGCAAGCCCYGTGCTTAGTAAGTTTAAAAATCCTTTCTTTCTTGTTGTTTTTTAGATAGCTGTTATGCTYAATCAAGAAGCTGATTAGGCGATGCACTGGAAGTTATATCTGCTGTCAAGTAATTTCAGAATTTTGTTTCCGGGGTGCGTATAACTAGCATATTTTCCAAGTATGGCTTGAGTTGGATTAGTGACATGATGCTATGATACTGCTAGTATTTGGTGCTTTTTGGTGCCTTTGAAACTGCAGCCTTCTTTCATGACTAAAATAGYGTGTTTTTCTTTGGCTTCTTTCCTTCATGTTATGTTAAATATCTTGATTTGTTGAGTACTTACATGTG 583 C intron silent "1-27,119-259" 2 LG_VI 2548434 NA NA "28-118,260-583" NA NA POPTR_0006s04440.1 560451 ATTTCAAAAGGTTCCTGATTCGGCACTGGATCCTGGACATTGGGATTTCAACCATAAGGTCACTAGTGATGAAAATCCCTGKGGWAGGAATGTTACTCATCCTAATGAAGCCATGAACGGTGATGGATGGGATTGTTGGAATGATTCGTTCGGTTGGGGCAACAATGAGTG 172 G/T G T GATGTTAACAATGACGGGAAGAATGTTAATGATGGAACTGGTGGTGACTGGGGAACATTGGATGGGTATAACCAAAGTAGGGAAGGTACTGGTTGGCAAATGTCAAGTTATAAAAACCTCCAGGTTTCRTGGTGATGAATATCCAATAGATCGCGGATTGTGGAGGCATGGAAGAGGGAGGAGGAGGGTAAATTTGGTTTATTGACAGCTGCTTCTGGAAGAGACCATGTTCAAGGCAGTGGAACTCCAAGAATCCTTGTGGATTACCTGCCTGAAAGCAGGGATTTGATTGAAGTATGTAGTACAAACAACTTACGTGRTTTGTGCCCCTATTGTTTTATTTGTTGTGTGTSGAAGCATATACTA ATTTCAAAAGGTTCCTGATTCGGCACTGGATCCTGGACATTGGGATTTCAACCATAAGGTCACTAGTGATGAAAATCCCTGKGGWAGGAATGTTACTCATCCTAATGAAGCCATGAACGGTGATGGATGGGATTGTTGGAATGATTCGTTCGGTTGGGGCAACAATGAGTGGGATGTTAACAATGACGGGAAGAATGTTAATGATGGAACTGGTGGTGACTGGGGAACATTGGATGGGTATAACCAAAGTAGGGAAGGTACTGGTTGGCAAATGTCAAGTTATAAAAACCTCCAGGTTTCRTGGTGATGAATATCCAATAGATCGCGGATTGTGGAGGCATGGAAGAGGGAGGAGGAGGGTAAATTTGGTTTATTGACAGCTGCTTCTGGAAGAGACCATGTTCAAGGCAGTGGAACTCCAAGAATCCTTGTGGATTACCTGCCTGAAAGCAGGGATTTGATTGAAGTATGTAGTACAAACAACTTACGTGRTTTGTGCCCCTATTGTTTTATTTGTTGTGTGTSGAAGCATATACTA 538 G UGG 3 TRP/CYS NONSYN exon replacement 1-307 3 LG_VI 2972899 (reverse complement) NA NA 308-538 3 POPTR_0006s10520.1 560952 TCTCCAATCTCACCTCTTTAGCCTCACTGAATCTAGAGGGAAACCGTCTCGACAACCAGATCCCAGATGGTTTTGATAGATTACACAACCTCTCAGTGCTAAACCTGAAAAATAATCAGTTCATAGGCCCCATCCCAGCTTCTATTGGAAACATTTCCAGTGTCAACCAGCTTGATTTAGCCCAAAATAATTTTAGTGGAGAAATTCCAGCTTCTCTTGTTCGCCTAGCCACTCTCACTTACTTCAATGTTTCTTATAACAATCTTTCTGGTTCTGTTCCCTCTTCCCTTGCTAAGAAGTTCAATTCAAGCTCTTTTGTGGGAAATCTTCAGCTATGTGGCTACAGCTTTT 352 C/T C T AACCCCATGTCTTTCACCCCCACCTGTAGTTCTTCCAACTCCAACAAAAGAAGAACCAAAACGTCATCGCCGGAAATTTAGCACTAAAGATATTATTCTCATAGCAGCTGGTGTCCTCTTAGCTGTGCTGCTTCTTCTCT TCTCCAATCTCACCTCTTTAGCCTCACTGAATCTAGAGGGAAACCGTCTCGACAACCAGATCCCAGATGGTTTTGATAGATTACACAACCTCTCAGTGCTAAACCTGAAAAATAATCAGTTCATAGGCCCCATCCCAGCTTCTATTGGAAACATTTCCAGTGTCAACCAGCTTGATTTAGCCCAAAATAATTTTAGTGGAGAAATTCCAGCTTCTCTTGTTCGCCTAGCCACTCTCACTTACTTCAATGTTTCTTATAACAATCTTTCTGGTTCTGTTCCCTCTTCCCTTGCTAAGAAGTTCAATTCAAGCTCTTTTGTGGGAAATCTTCAGCTATGTGGCTACAGCTTTTCAACCCCATGTCTTTCACCCCCACCTGTAGTTCTTCCAACTCCAACAAAAGAAGAACCAAAACGTCATCGCCGGAAATTTAGCACTAAAGATATTATTCTCATAGCAGCTGGTGTCCTCTTAGCTGTGCTGCTTCTTCTCT 492 C UCA 2 SER/LEU NONSYN exon replacement 1-492 2 LG_VI 7283150 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0006s21580.1 561168 TACTCCCTGKCAAGTCCTTTATCGGGTTTTTCCATCCAGAAGGGATGGATGAGGGAAGATTTGACTTTTTGCAAGGCGCCATGTCCTTCGATAACATTTGGGATGAGATAAGCCGCACTGGATTGGAATGTCCAAGCGATGATGAACCTCAGGTGTATGTTGTAAGTTGGAACGACCATTTTTTCATTCTAAAGGTTGAACCAAAAGCTTACTACATTATCGACACATTAGGAGAGAGGCTCTATGAGGGATGCAATCAGGCCTACATTTTGAAATTTGACAGCAACACGATTATTAACAAGTTGCAAAATGCTGCAGAWTCATCCGATGAGAAAACAATGGGTGATCAGCAGAATGTGCCAGCCACAGTGGAACCTAAGGATCAGCAGCAGGTGAACCTGAAGGAGGAGGAAGCTTCTATATTAGGGGCAATAATAACCAATCCTGAAGAACCATCTAAAAG 464 C/T C T GAGGAACCATTAAAGAGTGAGGAAGAAGGGGAGGTTGTGTGCCAAGGAAAAGATTCTTGCAAGGAGTACATAAAGAGCTTCTTGGCAGCAATTCCAATCAGGGAATTACAGGCGGACATCAAGAAAGGTTTGATGGCATCAAAACCTCTTCATCATCGGTTGCAGATTGAGTTCCACTACACCCAGCACTTGCAACCATTAACTGAAACTCAYGCGACAGAAATG TACTCCCTGKCAAGTCCTTTATCGGGTTTTTCCATCCAGAAGGGATGGATGAGGGAAGATTTGACTTTTTGCAAGGCGCCATGTCCTTCGATAACATTTGGGATGAGATAAGCCGCACTGGATTGGAATGTCCAAGCGATGATGAACCTCAGGTGTATGTTGTAAGTTGGAACGACCATTTTTTCATTCTAAAGGTTGAACCAAAAGCTTACTACATTATCGACACATTAGGAGAGAGGCTCTATGAGGGATGCAATCAGGCCTACATTTTGAAATTTGACAGCAACACGATTATTAACAAGTTGCAAAATGCTGCAGAWTCATCCGATGAGAAAACAATGGGTGATCAGCAGAATGTGCCAGCCACAGTGGAACCTAAGGATCAGCAGCAGGTGAACCTGAAGGAGGAGGAAGCTTCTATATTAGGGGCAATAATAACCAATCCTGAAGAACCATCTAAAAGCGAGGAACCATTAAAGAGTGAGGAAGAAGGGGAGGTTGTGTGCCAAGGAAAAGATTCTTGCAAGGAGTACATAAAGAGCTTCTTGGCAGCAATTCCAATCAGGGAATTACAGGCGGACATCAAGAAAGGTTTGATGGCATCAAAACCTCTTCATCATCGGTTGCAGATTGAGTTCCACTACACCCAGCACTTGCAACCATTAACTGAAACTCAYGCGACAGAAATG 689 T AGC 3 SER SYN exon silent 1-689 2 LG_VI 10172094 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0006s23980.1 561611 CGATGCTATGTAGCCATCATTGACCTTCTCCTCTCTCACTCGCTTTTTCCCAWTGCCAAAAACCTCCTTGAAAAACATGGCAYGTTTTCTGATCTTTTAGTTAGTAAACTTATTAGAGCTTATGGGTATAGTGGGGATACTAAAAGTGCAATCTTTTGGTTTCATAAAGTGAAAGAGATTCAACAAGGGAAGTGCTTATTTTCTTGGAATGCTATTTTGGGTGTGTTAGTGAAAGTCAATMAGATTAATGTAGCAAAGTCATTTTTTGATCAAATTSTG 280 A/C A C ATGATGCCGTTGTAAAGCCTGATGCTTCAACTTATACAACAATGATTAGAGGGTTTTGCAAAGTGGGTATGATTGACAATGCTAGGAAAGTGTTTGATGAAATGATTTGTGAGCCTAATTTGATTACTTGCAATACCTTGATTAATGGTTATTGTAAGAAAGGTGATATGGAGRATGCAAGGATATTTTTGTGTAGGATGATGGAGNNTAAGGACTGTTTGCCAGATACGGTTACTTATAGTACTCTGATTGATGGTTATTGTAAGAAAGGGGAATTGAATGAGGCAAGGAAGTGGATGGATRGGATGTTGATTCGGGGTTGCAACCCGAATTTATGGACMTATAATGCTATTATTTATGGT CGATGCTATGTAGCCATCATTGACCTTCTCCTCTCTCACTCGCTTTTTCCCAWTGCCAAAAACCTCCTTGAAAAACATGGCAYGTTTTCTGATCTTTTAGTTAGTAAACTTATTAGAGCTTATGGGTATAGTGGGGATACTAAAAGTGCAATCTTTTGGTTTCATAAAGTGAAAGAGATTCAACAAGGGAAGTGCTTATTTTCTTGGAATGCTATTTTGGGTGTGTTAGTGAAAGTCAATMAGATTAATGTAGCAAAGTCATTTTTTGATCAAATTSTGAATGATGCCGTTGTAAAGCCTGATGCTTCAACTTATACAACAATGATTAGAGGGTTTTGCAAAGTGGGTATGATTGACAATGCTAGGAAAGTGTTTGATGAAATGATTTGTGAGCCTAATTTGATTACTTGCAATACCTTGATTAATGGTTATTGTAAGAAAGGTGATATGGAGRATGCAAGGATATTTTTGTGTAGGATGATGGAGNNTAAGGACTGTTTGCCAGATACGGTTACTTATAGTACTCTGATTGATGGTTATTGTAAGAAAGGGGAATTGAATGAGGCAAGGAAGTGGATGGATRGGATGTTGATTCGGGGTTGCAACCCGAATTTATGGACMTATAATGCTATTATTTATGGT 642 A AAU 1 ASN/HIS NONSYN exon replacement 1-642 1 LG_VI 14930384 NA NA NA NA NA POPTR_0006s28610.1 562052 TCCTTATGCTGGAGAAGTCCTCGAATAATAACATTATAAGAAATTTCATCTGGAGRGCAGCCATCCGCTTCCATATTTCGGAAAGCTTCCAATGCTTCATCTAACAATCCTTSTTTACAAAGTCCATTTATTATTGTAGTGTATAGCTGAACATGAGGCTGCA 164 A/G A G CCCTTGGACAAAGAGTTCTGAAAACAGTTTCCTWGCATCTTTAWGATTCCCAGATTTGCACATGGCATGAACCAGGATGGTAWACATCACCAGATTAGGCTTCAAGTAAGTACTTTGCATTGCTCGAAACAGTCTGAATGCCTTACCAAGATACCCTTGTTTGCAAAAGCCATCAAGCAATATKGAGTAAGTRAATAAATCTGGGAGGTTGYCATTAGTGCACATATTCCTGAAAAGATCTTGTGCTTCCCTRAGCTTGCCTAATTGGCAAAAGCCATGAATAAGAGTGTTGTAACTAACATTGTTCGGAGTTAAGCCTTGATGAATCATTTCATTAAAAAGCTGCATGGCYTCRTCTATCCTTKTGGCCTTACAATATCCATTAATTAAGATGTTATAACTAAAAATATTWGGTTTACAACCCTTGGTTATCATGACATGAAACAGCTTTCTAGCTT TCCTTATGCTGGAGAAGTCCTCGAATAATAACATTATAAGAAATTTCATCTGGAGRGCAGCCATCCGCTTCCATATTTCGGAAAGCTTCCAATGCTTCATCTAACAATCCTTSTTTACAAAGTCCATTTATTATTGTAGTGTATAGCTGAACATGAGGCTGCAACCCTTGGACAAAGAGTTCTGAAAACAGTTTCCTWGCATCTTTAWGATTCCCAGATTTGCACATGGCATGAACCAGGATGGTAWACATCACCAGATTAGGCTTCAAGTAAGTACTTTGCATTGCTCGAAACAGTCTGAATGCCTTACCAAGATACCCTTGTTTGCAAAAGCCATCAAGCAATATKGAGTAAGTRAATAAATCTGGGAGGTTGYCATTAGTGCACATATTCCTGAAAAGATCTTGTGCTTCCCTRAGCTTGCCTAATTGGCAAAAGCCATGAATAAGAGTGTTGTAACTAACATTGTTCGGAGTTAAGCCTTGATGAATCATTTCATTAAAAAGCTGCATGGCYTCRTCTATCCTTKTGGCCTTACAATATCCATTAATTAAGATGTTATAACTAAAAATATTWGGTTTACAACCCTTGGTTATCATGACATGAAACAGCTTTCTAGCTT 622 G CUG 1 LEU SYN exon silent 1-622 2 LG_VI 18443126 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0007s11090.1 562980 AACATTGTTCTTGCCATCAAAAATTAAACCCGGAGCAAGGTTCTTTCCACCACCAGACACAACGGTCAAGGAGCTTGTCTGGAAGGACCTGCAGAAGAACATATGAGACTTACAAGACTGTCTATATATGTTTGGCTACATAAAATTCTTGAAAGAGTATATACTTGACAGCCTGAGCATCAGCTTTCATAGCAGGAGTTCCAATTGGAGGCAATGGTTGGGACACTATGGGTKCATTGAATCCAGCTGAGACTTCAATGCTTGCCAAGCCATTCCCCTGAGGAGCCTCAAAATCAGAGCAAATGCTGTTTGATGCCTCTCCACCAACTGGTGCATAATTGTTATTTGAGAT 353 A/G A G GAAGACACAGTAACGCTTTGCAAATAAGAACGAGGTTTCCGTGCCATCTAATATCAACAAACTGAAGTAATTAAGCAACAAGTTTTTTATGCAACAAATGCTAATTCAAAGTAAAACTGCAATAGAACCTTTGAAACCCTAGACTTTGCCTTGATTTCTTTCTCTCTCTGTTCTCGTCGATCATTCAGCATTTGCCTCTTTGACCTCACCTCAATGAAATCATCATCATCGCTAGGTGCTTCTATGCCAGGTTGCTCAAATACACGCACGATTCCACTTTGCAAAGGAGCATCTACATCCTCTCTGGAGTGAGAGATGTTCTGGATCTTTCTCAAAGATTCTTTTCCAGCTCCCTTTTCAACCCTGCTTCGAGAATCTATCTCCCGT AACATTGTTCTTGCCATCAAAAATTAAACCCGGAGCAAGGTTCTTTCCACCACCAGACACAACGGTCAAGGAGCTTGTCTGGAAGGACCTGCAGAAGAACATATGAGACTTACAAGACTGTCTATATATGTTTGGCTACATAAAATTCTTGAAAGAGTATATACTTGACAGCCTGAGCATCAGCTTTCATAGCAGGAGTTCCAATTGGAGGCAATGGTTGGGACACTATGGGTKCATTGAATCCAGCTGAGACTTCAATGCTTGCCAAGCCATTCCCCTGAGGAGCCTCAAAATCAGAGCAAATGCTGTTTGATGCCTCTCCACCAACTGGTGCATAATTGTTATTTGAGATAGAAGACACAGTAACGCTTTGCAAATAAGAACGAGGTTTCCGTGCCATCTAATATCAACAAACTGAAGTAATTAAGCAACAAGTTTTTTATGCAACAAATGCTAATTCAAAGTAAAACTGCAATAGAACCTTTGAAACCCTAGACTTTGCCTTGATTTCTTTCTCTCTCTGTTCTCGTCGATCATTCAGCATTTGCCTCTTTGACCTCACCTCAATGAAATCATCATCATCGCTAGGTGCTTCTATGCCAGGTTGCTCAAATACACGCACGATTCCACTTTGCAAAGGAGCATCTACATCCTCTCTGGAGTGAGAGATGTTCTGGATCTTTCTCAAAGATTCTTTTCCAGCTCCCTTTTCAACCCTGCTTCGAGAATCTATCTCCCGT 740 G UCC 3 SER SYN exon silent "1-259,341-576,653-740" 3 LG_VII 9031799 (reverse complement) NA "260-340,577-652" NA NA POPTR_0007s15300.1 563393 GTTTTGTATTGTCCCTCGYCAATYATTGATCCATGATGATCTGTTGTTCAAGTATTCTGATATAGAACTTGTTGAACACCTTAAAGCTTCTGAGTTGTCASTGAGGAATGCAGGAGAGAAGGGTTTGTTCAATGGRGAGGAGTCTTGGAGGAAGAAACTGGCTTCTCTTTTGCCTGCCAGTGGGATAACAGTGAAGCATATAAAGAGTGGAGAAGATGTTTTAGTGACCAGAAGAATGGTGGGTGTTTTTCTC 254 A/T A T TGATGACCATGGCTGATTTTAGTGATCAACTTTTTGGTTTTCAAGATTTGTTGTTTGAAAACTTTGATGGTCGTCTTGARTTTCTAGGGAATAATTTTGGTGCTTTGTGGCCTGGAGATGGCAAGCCAGGGCTATGGATCAATTCAATATCAAGGATGGGTGCAATTTACTCTTTGATTGTGAGAGAGGAAGAGATTTTTATTGAAGAGAGGAAGAGGGCTGGTGGTTTTGAAGTTGACAGAGAGAGAGATGAAGATATAGAGCTTGTGTTGGCACCAGTTTTTGAGAATTGTACTCAAGTTTTGGATGCAAGAGAGC GTTTTGTATTGTCCCTCGYCAATYATTGATCCATGATGATCTGTTGTTCAAGTATTCTGATATAGAACTTGTTGAACACCTTAAAGCTTCTGAGTTGTCASTGAGGAATGCAGGAGAGAAGGGTTTGTTCAATGGRGAGGAGTCTTGGAGGAAGAAACTGGCTTCTCTTTTGCCTGCCAGTGGGATAACAGTGAAGCATATAAAGAGTGGAGAAGATGTTTTAGTGACCAGAAGAATGGTGGGTGTTTTTCTCATGATGACCATGGCTGATTTTAGTGATCAACTTTTTGGTTTTCAAGATTTGTTGTTTGAAAACTTTGATGGTCGTCTTGARTTTCTAGGGAATAATTTTGGTGCTTTGTGGCCTGGAGATGGCAAGCCAGGGCTATGGATCAATTCAATATCAAGGATGGGTGCAATTTACTCTTTGATTGTGAGAGAGGAAGAGATTTTTATTGAAGAGAGGAAGAGGGCTGGTGGTTTTGAAGTTGACAGAGAGAGAGATGAAGATATAGAGCTTGTGTTGGCACCAGTTTTTGAGAATTGTACTCAAGTTTTGGATGCAAGAGAGC 572 T UUG 1 LEU/MET NONSYN exon replacement 1-572 3 LG_VII 12706314 NA NA NA NA NA POPTR_0008s00670.1 563449 GGGGAGGGACGATCATAAGCACGTTGTCATTCCTTTGAACAACTCCCATTACACTAACAGTGCTTCCTTCTTTGATGTACCTACACATAAAACATCTTCAGTTATTCCTGGTTACATGCAACTCATCGAAAGCAACTAATATAATAACAGGAAAGGTACAAGAC 165 A/C A C TGAGGACCTGAAAGATACTGAACAGCTACCATCTCTAATCGAGGGTAAAACAAAAACTAGAATTCTTGGACTGCACACCCTATTATTTTTATAGAAAAACTGTTTGACAAGGGTACAAAGTAGCTTGTAAGTTATACTGGTCAGCTCCGTCCCCTCTTCTAACCAAACAAAAGATTGTTTAATTCCCATCCCCCTCCTTGCAAATCTAAATAAGCGAGAGCACAGTCTTCCTTTCCCTCTCGATCAGTAATTCTTCCCTCCCCTCCCCRAAAACTATTCCTGAATATGACTAGGTGTGTCCCAGAAAATCCTTATTACAAATGAGGAAAAACAAAAAACAGAGAGTTTGTACTGGCACATAAGCTTGMATAGACCAAGAGCTATGGTGAAAGTAAGAACATCAAAAAAAGAAATCATTTACCCTTCTTTCATTCGCATTATTCGATCATCACTTGAAAGATTCCTTTC GGGGAGGGACGATCATAAGCACGTTGTCATTCCTTTGAACAACTCCCATTACACTAACAGTGCTTCCTTCTTTGATGTACCTACACATAAAACATCTTCAGTTATTCCTGGTTACATGCAACTCATCGAAAGCAACTAATATAATAACAGGAAAGGTACAAGACATGAGGACCTGAAAGATACTGAACAGCTACCATCTCTAATCGAGGGTAAAACAAAAACTAGAATTCTTGGACTGCACACCCTATTATTTTTATAGAAAAACTGTTTGACAAGGGTACAAAGTAGCTTGTAAGTTATACTGGTCAGCTCCGTCCCCTCTTCTAACCAAACAAAAGATTGTTTAATTCCCATCCCCCTCCTTGCAAATCTAAATAAGCGAGAGCACAGTCTTCCTTTCCCTCTCGATCAGTAATTCTTCCCTCCCCTCCCCRAAAACTATTCCTGAATATGACTAGGTGTGTCCCAGAAAATCCTTATTACAAATGAGGAAAAACAAAAAACAGAGAGTTTGTACTGGCACATAAGCTTGMATAGACCAAGAGCTATGGTGAAAGTAAGAACATCAAAAAAAGAAATCATTTACCCTTCTTTCATTCGCATTATTCGATCATCACTTGAAAGATTCCTTTC 633 A intron silent "1-47,554-633" 1 LG_VIII 241660 NA NA 48-553 NA NA POPTR_0008s00820.1 563463 TGAGCAAGCTCTGGCGGATGCACCAGTCATTTGCTCCACATTTATCCCAACATTGCAAATGTTAAATAAAATATTAACAATCAGCTTAATTAACTTTAAATGTTATTATAAAATTAATAATGAACCTATCCTCCATCCAAGAAATGCTAAATACGTCTCCCATGCCAGCAAGAAATTCTGAGGGAGGAGAAGGGTGCTGTTCAGGGCAATACGCTGCATAGCTAATCTCATGTCCATTTGAAGCAGTAATTGCATATACG 261 C/T C T TCCAGATGCTTGGAAGAACCTTCAAACGTACGTAGTCCCAGTCTCCCAAGCTTCAAGGTAGAATACCTGTAATTAATAATATATCAAGGGACACATAAATAGTTGCGAGAATACCAATCAAGTTGTGTAATCCCATTTTAATTTCTGCACGACAATTAATTATCATGTAAAAAACTAGTAGTTACTTACCATGTTTTTATACGAATTAGCTTCATGCTTCCTTTTCACAGTAGGCAATATTGCTGATGATTTTACCCATAAGATTATTCGTACAGATTATAAATTGTAACTTTCTTAGAATTAATTAACTAATACTTACTAACTACACCTG TGAGCAAGCTCTGGCGGATGCACCAGTCATTTGCTCCACATTTATCCCAACATTGCAAATGTTAAATAAAATATTAACAATCAGCTTAATTAACTTTAAATGTTATTATAAAATTAATAATGAACCTATCCTCCATCCAAGAAATGCTAAATACGTCTCCCATGCCAGCAAGAAATTCTGAGGGAGGAGAAGGGTGCTGTTCAGGGCAATACGCTGCATAGCTAATCTCATGTCCATTTGAAGCAGTAATTGCATATACGCTCCAGATGCTTGGAAGAACCTTCAAACGTACGTAGTCCCAGTCTCCCAAGCTTCAAGGTAGAATACCTGTAATTAATAATATATCAAGGGACACATAAATAGTTGCGAGAATACCAATCAAGTTGTGTAATCCCATTTTAATTTCTGCACGACAATTAATTATCATGTAAAAAACTAGTAGTTACTTACCATGTTTTTATACGAATTAGCTTCATGCTTCCTTTTCACAGTAGGCAATATTGCTGATGATTTTACCCATAAGATTATTCGTACAGATTATAAATTGTAACTTTCTTAGAATTAATTAACTAATACTTACTAACTACACCTG 592 C AGC 2 SER/ASN NONSYN exon replacement "1-12,90-142,313-438,560-592" 2 LG_VIII 304747 NA NA "13-89,143-312,439-559" NA NA POPTR_0008s03640.1 563712 AATAAGCCTCCTTAAGAATAGCAGTGCAAGTTTTATTCCTCAAAGACAGATAAAACATGTAGGGATGCCTTTCAAATGCTTTATGAACCTTCTGTGGTAACCCAAAATRCTTCTTAAGACACAAAAGTCTCCTCCTTTCTGCAGAATGCTCAACGAACAAACAGAGCAACTCATGAAGAAACCCAACRACCCTTTTCTCAGCAATATCACTATTAGGATCCAAATGTGAATAATCCTCATATGGGGACACATATG 256 A/G A G AACCTTTTGAAACTCTCTTAACCAAACCTCAATCTTCCTCCTTAGCCTCACACCCTTAGATGGGAAAAGTGGAAACTCAATTGCCTCCATAGGTTCATTGGAATACACTCCTTTTTTCATTGCATTTCTTTGCAGAACAGACAAAACCCTTTCRTTGCTCTCAACGGCTAATCCCTTTAACCCTTCCTCCATCTCCACCACCCTAAAAGATCCATCAAGATTCATATCCAAACACTYCAAGAAATCCTCGGGCAAACCCAAATACCATAACATCCCTTGAATAACCTTCAAAGGCAACACCTTTTGTTTGCTCATCAAAATAAACTTCTTTAACCTCTCTCTCAGATCCTCTTTACAATCCTCATACAACCTTCTCTCTTCTCTATCAATCTCAACAGCTTCTTGGGTCAATCTAAACCAAGGCAAATTATACTGAGGACCASTRAACTCCTCAAAGATCGAT AATAAGCCTCCTTAAGAATAGCAGTGCAAGTTTTATTCCTCAAAGACAGATAAAACATGTAGGGATGCCTTTCAAATGCTTTATGAACCTTCTGTGGTAACCCAAAATRCTTCTTAAGACACAAAAGTCTCCTCCTTTCTGCAGAATGCTCAACGAACAAACAGAGCAACTCATGAAGAAACCCAACRACCCTTTTCTCAGCAATATCACTATTAGGATCCAAATGTGAATAATCCTCATATGGGGACACATATGAAACCTTTTGAAACTCTCTTAACCAAACCTCAATCTTCCTCCTTAGCCTCACACCCTTAGATGGGAAAAGTGGAAACTCAATTGCCTCCATAGGTTCATTGGAATACACTCCTTTTTTCATTGCATTTCTTTGCAGAACAGACAAAACCCTTTCRTTGCTCTCAACGGCTAATCCCTTTAACCCTTCCTCCATCTCCACCACCCTAAAAGATCCATCAAGATTCATATCCAAACACTYCAAGAAATCCTCGGGCAAACCCAAATACCATAACATCCCTTGAATAACCTTCAAAGGCAACACCTTTTGTTTGCTCATCAAAATAAACTTCTTTAACCTCTCTCTCAGATCCTCTTTACAATCCTCATACAACCTTCTCTCTTCTCTATCAATCTCAACAGCTTCTTGGGTCAATCTAAACCAAGGCAAATTATACTGAGGACCASTRAACTCCTCAAAGATCGAT 719 G CCA 1 PRO/LEU NONSYN exon replacement 1-719 3 LG_VIII 1813482 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0008s04390.1 563785 TGTATTAATGTTCAAACTGTCAAAAACTTAAGAACAAAGAGGTCTACCATGATCTAAACCATACCGAAACAMACAACGATCATCTGACAAGAAGTGAAAACAGTTGATCCCAATAAAACAAAGCAMAAAACAAGAGGAGCAAACAGGATTGTCCTTGAAACGTAAAAACAGCAAACCTCACCAAGAGAGATTTATACACTATCCAACTAATACATAAAGGGCATATATAATCCCTGGAATATATCCCAATATGGTCAACAGCAAACATATCCMAAACTCCACCTGCATATTCAATAACCAAAAAACCGAAACCAATCAGCCCYTTTCCCATAGCAAAAGTAAACATAAACATGAAATGATGATTGCAAAAAAGGG 376 G/T G T TGTTGTTCAAAGTGAAGAATCATTACTCCACAGCCATAACGCAGGAAGACCCCGACGGGTGGAAGGATAATCGCCAATATCACTTCTAGGAAGGTCTCTGAACCCATGTTGCTATCGTTGGTGATAGTGGTTGTGGTKTTTAATATCCTAAATCGCAGCTAAGCTTAGCTACTGATAACTTTAGCTATCAAAT TGTATTAATGTTCAAACTGTCAAAAACTTAAGAACAAAGAGGTCTACCATGATCTAAACCATACCGAAACAMACAACGATCATCTGACAAGAAGTGAAAACAGTTGATCCCAATAAAACAAAGCAMAAAACAAGAGGAGCAAACAGGATTGTCCTTGAAACGTAAAAACAGCAAACCTCACCAAGAGAGATTTATACACTATCCAACTAATACATAAAGGGCATATATAATCCCTGGAATATATCCCAATATGGTCAACAGCAAACATATCCMAAACTCCACCTGCATATTCAATAACCAAAAAACCGAAACCAATCAGCCCYTTTCCCATAGCAAAAGTAAACATAAACATGAAATGATGATTGCAAAAAAGGGGTGTTGTTCAAAGTGAAGAATCATTACTCCACAGCCATAACGCAGGAAGACCCCGACGGGTGGAAGGATAATCGCCAATATCACTTCTAGGAAGGTCTCTGAACCCATGTTGCTATCGTTGGTGATAGTGGTTGTGGTKTTTAATATCCTAAATCGCAGCTAAGCTTAGCTACTGATAACTTTAGCTATCAAAT 569 G UTR silent "87-167,288-371" 1 LG_VIII 2312015 NA NA 168-287 "1-86,372-569" "5,3" POPTR_0008s11480.1 564485 GTGGTGTAATGGGCTTAGGCCGGGGGCCCATCTCGTTTGCTTCTCAGTTGGGCCGTCGATTTGGTCGCAGCTTCTCTTATTGCCTGTTGGATTATACTCTCTCGCCTCCTCCAACCAGCTATCTCATGATCGGCGACGTCGTTTCCACTAAGAAGGATAATAAAAGCATGATGAGCTACACGCCGTTGTTAATTAACCCTGAAGCCCCCACCTTTTACTACATTTCCATTAAAGGAGTGTTTGTTGACGGTGTAAAACTACATATTGACCCTTCTGTGTGGTCACTCGACGAGTTAGGTAACGGCGGGACAGTTATTGACTCAGGGACGACGTTAACTTTCTTAACAGAGCCAGCTTACCGTGAGATATTATCGGCGTTTAAGCGTGAAGTGAAGCTACCGAGTCCAACTCCAGGCGGTGCGTCCACTCAGAGTGGTTTTGATCTTTGTGTGAACGTGACGGGCGTGTCAAGACCGAGATTTCCAAGACTGAGTTTGGAACTCGGTGGTGAGTCGTTGTATTCGCCGCCGCCAAGGAACTATTTTATAGATATAA 556 A/G A G CGAGGGAATCAAGTGTTTGGCGATTCAACCCGTTGAGGCGGAGAGTGGTGGGTTTTCGGTGATTGGGAATCTGATGCAACAAGGATTTTTGTTGGAGTTTGATAGGGGCAAATCTCGGCTCGGTTTTTCACGTCGCGGTTGTGCTGTCT GTGGTGTAATGGGCTTAGGCCGGGGGCCCATCTCGTTTGCTTCTCAGTTGGGCCGTCGATTTGGTCGCAGCTTCTCTTATTGCCTGTTGGATTATACTCTCTCGCCTCCTCCAACCAGCTATCTCATGATCGGCGACGTCGTTTCCACTAAGAAGGATAATAAAAGCATGATGAGCTACACGCCGTTGTTAATTAACCCTGAAGCCCCCACCTTTTACTACATTTCCATTAAAGGAGTGTTTGTTGACGGTGTAAAACTACATATTGACCCTTCTGTGTGGTCACTCGACGAGTTAGGTAACGGCGGGACAGTTATTGACTCAGGGACGACGTTAACTTTCTTAACAGAGCCAGCTTACCGTGAGATATTATCGGCGTTTAAGCGTGAAGTGAAGCTACCGAGTCCAACTCCAGGCGGTGCGTCCACTCAGAGTGGTTTTGATCTTTGTGTGAACGTGACGGGCGTGTCAAGACCGAGATTTCCAAGACTGAGTTTGGAACTCGGTGGTGAGTCGTTGTATTCGCCGCCGCCAAGGAACTATTTTATAGATATAAACGAGGGAATCAAGTGTTTGGCGATTCAACCCGTTGAGGCGGAGAGTGGTGGGTTTTCGGTGATTGGGAATCTGATGCAACAAGGATTTTTGTTGGAGTTTGATAGGGGCAAATCTCGGCTCGGTTTTTCACGTCGCGGTTGTGCTGTCT 705 G AAC 2 ASN/SER NONSYN exon replacement 1-705 2 LG_VIII 7356178 NA NA NA NA NA POPTR_0008s15240.1 564841 TTCTGCATCCAATTCTAGCTGGGGTTGTGTGGGTATGCATGTTTTATTTTGTKTCTCCTTTTTCGTTTTTGGTTTTCCTCTGAACTCGTTAATCTCCATA 101 A/G A G TTATTGCTTGTTGGTTTGTAGGATGCCGCGGATTTAGCTTGGTTGAGTTACAGGAACWAGAATGGCTGTGGTTCTTGGAGCTAAAACATGCTCATTTGTCACTTTCAAGACAATGAACAGAACCTCTAAACCTGATATTGACTGTAAGCAACAACTTCAATTCCCTCCCTGTATTCTTTCTTTCGTAAATCAGTATTGACAACGGCGCACCATTCACCAACCTTGTTTCTTGATGGTTTCAATGCAACATTACAGACAAACTGAATTCTAGGTGCAATGCTGTTCTATCATCTCAAGCTGCTTTGCCAAGTCGTCGACATGTCTTGGTCTTTAGCGCTTCATTTGTTACAGTTCTGACCTTAARTTGCTTTCTTACACCGTTACAAGCACGGGCCAAAGAGGAAGAAAAGGATGACGGAGTTGCTGGGGCCATTAAATCATTGTTTGATCCTAATGAGAAAACAAAATCTGGGAAATTGTTGCCAAAGGCATACTTAAAGGCAGCAAGAGAAGTTGTGAAGAACCTCCGCGAGTC TTCTGCATCCAATTCTAGCTGGGGTTGTGTGGGTATGCATGTTTTATTTTGTKTCTCCTTTTTCGTTTTTGGTTTTCCTCTGAACTCGTTAATCTCCATAATTATTGCTTGTTGGTTTGTAGGATGCCGCGGATTTAGCTTGGTTGAGTTACAGGAACWAGAATGGCTGTGGTTCTTGGAGCTAAAACATGCTCATTTGTCACTTTCAAGACAATGAACAGAACCTCTAAACCTGATATTGACTGTAAGCAACAACTTCAATTCCCTCCCTGTATTCTTTCTTTCGTAAATCAGTATTGACAACGGCGCACCATTCACCAACCTTGTTTCTTGATGGTTTCAATGCAACATTACAGACAAACTGAATTCTAGGTGCAATGCTGTTCTATCATCTCAAGCTGCTTTGCCAAGTCGTCGACATGTCTTGGTCTTTAGCGCTTCATTTGTTACAGTTCTGACCTTAARTTGCTTTCTTACACCGTTACAAGCACGGGCCAAAGAGGAAGAAAAGGATGACGGAGTTGCTGGGGCCATTAAATCATTGTTTGATCCTAATGAGAAAACAAAATCTGGGAAATTGTTGCCAAAGGCATACTTAAAGGCAGCAAGAGAAGTTGTGAAGAACCTCCGCGAGTC 636 A intron silent "163-244,357-636" 1 LG_VIII 10386749 (reverse complement) NA "1-122,245-356" 123-162 5 POPTR_0010s10940.1 566362 GTTAAATGCTAACCAGTTCAACAACGTCAATGGTRCTGGCCAAAGGACATCAGTTTTCCCCACCAACATGARTGGTGATCATGTTGGATCGGCTATGTCTTCCCTTTTCAATACTTCAATGCAACAAGAGAACATCACACCGCATGTGTCTGCCACTGCATTGCTTCAAAAAGCGGCTCAGATGGGTTCAACTACTAGCAGCAACAGTCCAAGTGGTTTACTGAGAAGCTTGGGGAGTTCTTCAACAACTGGTGCTAAATCTATTAGGCCACTTGTTTCCACCAACTTTGGCAGCAGTTTCA 303 C/G C G CAATGCAAATGTAGGTGAAAGCTTAGAAACACACATGGAAAGTGAAAGCCAACTTCAAGGATTGATGAATTCTCTTGCCAATGGAAGCTCATCAATTTTTGGAAATGAACAGGWCAACAGCTACACTGGGTTTGATAGCTCAAGTTTTAGCAAAGCAGACGAAGGAAATATGCATCAAGGTCTTGCTGGGTCAGATAAACTGACCTTGGATTTTTTGGGTGTTGGGGGCAGAGTAAGAAACATTGGTGGAGGGTTTCCACAAAGACAGCAACAAAATGGCATCAG GTTAAATGCTAACCAGTTCAACAACGTCAATGGTRCTGGCCAAAGGACATCAGTTTTCCCCACCAACATGARTGGTGATCATGTTGGATCGGCTATGTCTTCCCTTTTCAATACTTCAATGCAACAAGAGAACATCACACCGCATGTGTCTGCCACTGCATTGCTTCAAAAAGCGGCTCAGATGGGTTCAACTACTAGCAGCAACAGTCCAAGTGGTTTACTGAGAAGCTTGGGGAGTTCTTCAACAACTGGTGCTAAATCTATTAGGCCACTTGTTTCCACCAACTTTGGCAGCAGTTTCACCAATGCAAATGTAGGTGAAAGCTTAGAAACACACATGGAAAGTGAAAGCCAACTTCAAGGATTGATGAATTCTCTTGCCAATGGAAGCTCATCAATTTTTGGAAATGAACAGGWCAACAGCTACACTGGGTTTGATAGCTCAAGTTTTAGCAAAGCAGACGAAGGAAATATGCATCAAGGTCTTGCTGGGTCAGATAAACTGACCTTGGATTTTTTGGGTGTTGGGGGCAGAGTAAGAAACATTGGTGGAGGGTTTCCACAAAGACAGCAACAAAATGGCATCAG 588 G ACC 2 THR/SER NONSYN exon replacement 1-587 3 LG_X 10487821 NA NA NA NA NA POPTR_0010s13660.1 566638 GCCGAAGTCAAGAAGAGAGGTTATTGACTKGCTCGATTCAATTGTTTCAGGTACATAAGCAAAAACCTAATTGAAACTTTTCTATTATTATTAATTTCCCTCTAAATTCCGRAAATCTCGAAGCTTTTGGGATTTCTTTTCAAGGGTTTGTGTTCTTTGCGGTATTATGYTGGATCCCAGTTTTTTTTTCTTGGCATAGTTGGAAATACGATCGTGGATTTTGTAATTCAGTCCAAAATTCAAACTCTTCCGATATTTGCATCGGGGGATGTAAATCTTCGCGGAGCTGTGTTGTGTTGTTCTTAATTCGTTAAAATACTAGCCTGSYTTTTCAGTTTATTGCTGCTTCCCTTGCTGCACGGGCTTTTTCAG 373 A/G A G CCTTWGAATTTTATTTTTGAAGATGTCTCCACCCTCGCCWAGTTTTGCGATTTCTTATTTCGCGGTAGAATTCTATCTGTTACCTCTYCTGATCTGAATAGGAAATATACTTGGATGTTTTTCTTTAACTTATCATTTATATTGAAATATATGGAAAATCTTTTTTCTTAGAATTTGCCTAAAGATGACCGATTATATCAAATTGAAAAGCTTGCATCTTTAAGTATCTGTTTC GCCGAAGTCAAGAAGAGAGGTTATTGACTKGCTCGATTCAATTGTTTCAGGTACATAAGCAAAAACCTAATTGAAACTTTTCTATTATTATTAATTTCCCTCTAAATTCCGRAAATCTCGAAGCTTTTGGGATTTCTTTTCAAGGGTTTGTGTTCTTTGCGGTATTATGYTGGATCCCAGTTTTTTTTTCTTGGCATAGTTGGAAATACGATCGTGGATTTTGTAATTCAGTCCAAAATTCAAACTCTTCCGATATTTGCATCGGGGGATGTAAATCTTCGCGGAGCTGTGTTGTGTTGTTCTTAATTCGTTAAAATACTAGCCTGSYTTTTCAGTTTATTGCTGCTTCCCTTGCTGCACGGGCTTTTTCAGACCTTWGAATTTTATTTTTGAAGATGTCTCCACCCTCGCCWAGTTTTGCGATTTCTTATTTCGCGGTAGAATTCTATCTGTTACCTCTYCTGATCTGAATAGGAAATATACTTGGATGTTTTTCTTTAACTTATCATTTATATTGAAATATATGGAAAATCTTTTTTCTTAGAATTTGCCTAAAGATGACCGATTATATCAAATTGAAAAGCTTGCATCTTTAAGTATCTGTTTC 607 G intron silent 1-58 1 LG_X 12634430 NA NA NA 59-607 3 POPTR_0010s23500.1 567670 TCGGTTTTGAGTCGAACAAACTGACTGGCATCATACCAACTTCTATTGGTAAGTTACAAAATTTAGGTGCTCTGGCTCTTAGCGGAAATAAAATTGCTGGGAATATACCATCTTCCCTTGGCAATAGTACCGCATTGGTCTTGCTTTATTTAGACAAAAATAATTTGCAAGGAAGCATCCCGTCAAGTCTAGGAAATTGCCAGGATTTGTTGTCATTGGA 221 C/T C T CTCTCTCAAAACAATTTTAGCGGTCCCATACCACCAGAAGTAATTGGTATACCTTCCTTGTCAGTGAGTTTAGACCTATCTCAAAATCAGTTGATAGGCCCCCTTCCCTCCGAAGTTGGTATGTTGGTAAACCTAGGATATCTTGATGTTTCACATAATAGTTTATCAGGTGAGATTCCAGGAAGTCTTGGAAGCTGCGTTGTGTTGGAAAATTTGCTTTTGGAGGGGAACTTATTCAAAGGTTCTATTCCRAAGTCCATGAGTTCTTTGAGAGCACTTAAATATCTTAAYATCTCTTACAACAACTTGACAGGCCAGATTCCGAGGTTTTT TCGGTTTTGAGTCGAACAAACTGACTGGCATCATACCAACTTCTATTGGTAAGTTACAAAATTTAGGTGCTCTGGCTCTTAGCGGAAATAAAATTGCTGGGAATATACCATCTTCCCTTGGCAATAGTACCGCATTGGTCTTGCTTTATTTAGACAAAAATAATTTGCAAGGAAGCATCCCGTCAAGTCTAGGAAATTGCCAGGATTTGTTGTCATTGGACCTCTCTCAAAACAATTTTAGCGGTCCCATACCACCAGAAGTAATTGGTATACCTTCCTTGTCAGTGAGTTTAGACCTATCTCAAAATCAGTTGATAGGCCCCCTTCCCTCCGAAGTTGGTATGTTGGTAAACCTAGGATATCTTGATGTTTCACATAATAGTTTATCAGGTGAGATTCCAGGAAGTCTTGGAAGCTGCGTTGTGTTGGAAAATTTGCTTTTGGAGGGGAACTTATTCAAAGGTTCTATTCCRAAGTCCATGAGTTCTTTGAGAGCACTTAAATATCTTAAYATCTCTTACAACAACTTGACAGGCCAGATTCCGAGGTTTTT 553 T GAC 3 ASP SYN exon silent 1-553 2 LG_X 19453091 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0010s24850.1 567895 GAGGCTCTTCAACTTCTTCATGAACAACCTTATTGTTTGTCCCCTTAAGAGCATCACTTTAGGCCATGCCGATCCAGTGCCTCGTAGCTCAACTAAGGTATCTGTAGATGACTCTTTGAGGAATGGAGTGGGCGAACAAGAAGTACCCTTGATCCTTAAAACAACAAATGGAGAAGAAAAGCTGCACCATCAGGGTCAAGAAAGGTCAAAAGATACTGGTTCAGGATCTGAAATTCAGGTTCACTTCAAGCAAACCGAAGAAGAATTGGAACATTGGACGCCTGTCGACAAACTTGGGTTTTCGGCCCATGAATCAACAAAAG 324 A/G A G TAGCCAGAGAACTGATGATGGTGATCAGCCGAAAATGAAGAACGGTGAGAGCATTCCCATCTCTTTATCAGGAAAGGGTCAGCTCCCTGATGACAAGCTAGCTATACAGAAAAGGAAGAAAGTCACTGAGCCACCCCATGACAAGGAAGAGCTTCCCCTAGTTCAATTGAATGGTGCTGCTAATGGTATTACTGCTCGAGGGAAAACCCAACAAGAGACAGAGCCGAATATGAGCACCATGGCTCGAGAAAAAGGTCCAAAAAAGCTTGACAGCATACAGGACAGCAAGGAGGAAGATAGAGCTAGGAAAGG GAGGCTCTTCAACTTCTTCATGAACAACCTTATTGTTTGTCCCCTTAAGAGCATCACTTTAGGCCATGCCGATCCAGTGCCTCGTAGCTCAACTAAGGTATCTGTAGATGACTCTTTGAGGAATGGAGTGGGCGAACAAGAAGTACCCTTGATCCTTAAAACAACAAATGGAGAAGAAAAGCTGCACCATCAGGGTCAAGAAAGGTCAAAAGATACTGGTTCAGGATCTGAAATTCAGGTTCACTTCAAGCAAACCGAAGAAGAATTGGAACATTGGACGCCTGTCGACAAACTTGGGTTTTCGGCCCATGAATCAACAAAAGATAGCCAGAGAACTGATGATGGTGATCAGCCGAAAATGAAGAACGGTGAGAGCATTCCCATCTCTTTATCAGGAAAGGGTCAGCTCCCTGATGACAAGCTAGCTATACAGAAAAGGAAGAAAGTCACTGAGCCACCCCATGACAAGGAAGAGCTTCCCCTAGTTCAATTGAATGGTGCTGCTAATGGTATTACTGCTCGAGGGAAAACCCAACAAGAGACAGAGCCGAATATGAGCACCATGGCTCGAGAAAAAGGTCCAAAAAAGCTTGACAGCATACAGGACAGCAAGGAGGAAGATAGAGCTAGGAAAGG 636 G GAU 2 ASP/GLY NONSYN exon replacement 1-636 3 LG_X 20667516 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0011s00310.1 568218 AAAGTAGATGCATTAGGAGAAATAGTTTCAAGCGGTCTTCACCTTCATGGGTCCTTGATCCCAAAAGGGTTCTTTTCTTCTTTGCCACACTGTAAGTTACCAACCATTAAAAAAGCTCCAAAAGATCAAACATATGTCATTATGCTTGTCTACAGGCAATTTATTTTAGCACACTTGATGTGCTAAATGTATTTTCATCTCAACAGGTCAAGTATGGGAAYAATGTTGCTGATATACCTCACTCTTTCAATTGGGAAGCTCAATGCAATTGATAATTCCCTTGATTGAAACCAGCAACATTATGCACCACGTTCTCATAGAAGGGAAATAATTAGTGTATACACTGAATCAGAGA 356 G/T G T GAATGTAATTAGTTGATGATGAGCATCCTTTTTGCAAGAATAGGCTTCTTTTCAATGAAGCTTTGCCATATAATAGAGAATATAAGGTGATGGAAAACACTAACCAACAACTTTCCAAAACCACGGATTCTATATTCAGCACTGCTCAACTTTTTTCAGGGCCTCACTAAAATCTTACAGATGCAGACGWGAGCATATAGTGGTATGACATGGAGGAGGAATCTTCTTTAAACAAGTATGGAAGAGAAACATGATGTGTTACATTATGTGGTCTCTTGTGCAACCCTACACAGCCTAATGGAGGATCAGATAGTTACTTTCGATGTCTTTCAACCTTTATTTTGGCT AAAGTAGATGCATTAGGAGAAATAGTTTCAAGCGGTCTTCACCTTCATGGGTCCTTGATCCCAAAAGGGTTCTTTTCTTCTTTGCCACACTGTAAGTTACCAACCATTAAAAAAGCTCCAAAAGATCAAACATATGTCATTATGCTTGTCTACAGGCAATTTATTTTAGCACACTTGATGTGCTAAATGTATTTTCATCTCAACAGGTCAAGTATGGGAAYAATGTTGCTGATATACCTCACTCTTTCAATTGGGAAGCTCAATGCAATTGATAATTCCCTTGATTGAAACCAGCAACATTATGCACCACGTTCTCATAGAAGGGAAATAATTAGTGTATACACTGAATCAGAGAGGAATGTAATTAGTTGATGATGAGCATCCTTTTTGCAAGAATAGGCTTCTTTTCAATGAAGCTTTGCCATATAATAGAGAATATAAGGTGATGGAAAACACTAACCAACAACTTTCCAAAACCACGGATTCTATATTCAGCACTGCTCAACTTTTTTCAGGGCCTCACTAAAATCTTACAGATGCAGACGWGAGCATATAGTGGTATGACATGGAGGAGGAATCTTCTTTAAACAAGTATGGAAGAGAAACATGATGTGTTACATTATGTGGTCTCTTGTGCAACCCTACACAGCCTAATGGAGGATCAGATAGTTACTTTCGATGTCTTTCAACCTTTATTTTGGCT 703 T UTR silent "1-91,207-288" 2 LG_XI 2231275 (reverse complement) NA 92-206 289-703 3 POPTR_0011s09280.1 568559 TCTGCRTCAGTAAAATATTDAGTCAAATTAAATGACTGTAATACACATGGAAGATTTATACTACATTTGCTTATTGAACAAGAGCATTGGGTTTTATTACTTAATATGATACCAATATGATACTACCATTAAAATGGTGCATGCGATAGGATACCAATCAAAACACACATATAATGATGATGAGAAACTTTTATTATGAATATAAGCCTTGCTTGGACGATAATATGCAGTGAATTTAGTCTTAGTTGGTTGCTTTTGCTAAATTATAAATATTCTGTTGAAGTACCACCGCGTTAAACTTGAGCAAGAGCCAAAAAACAGCACCTAGTTCATTGCTTTCTTGASAAAATTGCTACGCCCTCGCATATCTCCCAGACCAAATGCAGTGCAAATTCATACATCAATACAAACTAACAGGTTATATTCTACTTGCATTATCATCAT 445 A/G A G GTTAAAAGCAAGAATTAGAGGGCAACACTCCATGTTATGCATTATCAAGAGGGCWACCTCTCCCCAAGCAATGACTCGTAGATAGACAGCTACTTGTCATAGATTGTGTATTGCAAAAACACTAGTAGATAACATGCATATGGTAGATGATAAGAGAAGCGTGAAAMTATGYRAGGAGGATGAGGCAATTCACAAGAACCTACCGATATCATCAACAAAAGCATCAGCTAACTTAATGCA TCTGCRTCAGTAAAATATTDAGTCAAATTAAATGACTGTAATACACATGGAAGATTTATACTACATTTGCTTATTGAACAAGAGCATTGGGTTTTATTACTTAATATGATACCAATATGATACTACCATTAAAATGGTGCATGCGATAGGATACCAATCAAAACACACATATAATGATGATGAGAAACTTTTATTATGAATATAAGCCTTGCTTGGACGATAATATGCAGTGAATTTAGTCTTAGTTGGTTGCTTTTGCTAAATTATAAATATTCTGTTGAAGTACCACCGCGTTAAACTTGAGCAAGAGCCAAAAAACAGCACCTAGTTCATTGCTTTCTTGASAAAATTGCTACGCCCTCGCATATCTCCCAGACCAAATGCAGTGCAAATTCATACATCAATACAAACTAACAGGTTATATTCTACTTGCATTATCATCATAGTTAAAAGCAAGAATTAGAGGGCAACACTCCATGTTATGCATTATCAAGAGGGCWACCTCTCCCCAAGCAATGACTCGTAGATAGACAGCTACTTGTCATAGATTGTGTATTGCAAAAACACTAGTAGATAACATGCATATGGTAGATGATAAGAGAAGCGTGAAAMTATGYRAGGAGGATGAGGCAATTCACAAGAACCTACCGATATCATCAACAAAAGCATCAGCTAACTTAATGCA 685 G intron silent "1-37,685" 1 LG_XI 6750298 NA NA 38-684 NA NA POPTR_0011s12180.1 568920 ATGGCTTAATTTGCCTTGCAAATATTTTCCGAAGTCTTATAGTATCCTTCATTCTTTGGAATCCATTGATACAAAAATACATGATTGTCAAACCTAGAATCCTGGGTTCTGTATACTCCTTTGTTGGATTCGGCTATGATTCCCGTGCTAATGACTACAAGTTGATAAGGATGGTCAGTTTTCAGAAGTCAAAGTTTCGCAGCGAAAATTTCCCAGAAATAGCGCTTTACTCACTTAATGAGGGTTCTTGGAGGGGTATTCCACAGAYAGGACCATTGAGATATGACACTGATCAGCGTGTTTCATCGGCATTTGTGAATGGAGTTGTTCATTGGATTGCTTATCGGGCAGACCAACATGAAGGGGTTTCTAATGTGGTTTTGGGGTTTGATATGAGTGATGAGATTTTT 411 C/T C T TTGAGATTGCATTGCCTAGTTGTTTGGCTAATGTGAGGCCCTCATGTWTGYCCCTTATGGTATATAAAGAATCTTCCATCTCTGTATGCCAGGCTAGCTTTTTGTCTTCCGTTCAGTTCCATATATGGGTGATGAAGGAGTATGGTGTGGTGGAGTCATGGACCAAATTGGTATTGACTCTTGCTGCACAAGGGGAGGGTGTTCCCAGAGCATTGGGAATTAGG ATGGCTTAATTTGCCTTGCAAATATTTTCCGAAGTCTTATAGTATCCTTCATTCTTTGGAATCCATTGATACAAAAATACATGATTGTCAAACCTAGAATCCTGGGTTCTGTATACTCCTTTGTTGGATTCGGCTATGATTCCCGTGCTAATGACTACAAGTTGATAAGGATGGTCAGTTTTCAGAAGTCAAAGTTTCGCAGCGAAAATTTCCCAGAAATAGCGCTTTACTCACTTAATGAGGGTTCTTGGAGGGGTATTCCACAGAYAGGACCATTGAGATATGACACTGATCAGCGTGTTTCATCGGCATTTGTGAATGGAGTTGTTCATTGGATTGCTTATCGGGCAGACCAACATGAAGGGGTTTCTAATGTGGTTTTGGGGTTTGATATGAGTGATGAGATTTTTCTTGAGATTGCATTGCCTAGTTGTTTGGCTAATGTGAGGCCCTCATGTWTGYCCCTTATGGTATATAAAGAATCTTCCATCTCTGTATGCCAGGCTAGCTTTTTGTCTTCCGTTCAGTTCCATATATGGGTGATGAAGGAGTATGGTGTGGTGGAGTCATGGACCAAATTGGTATTGACTCTTGCTGCACAAGGGGAGGGTGTTCCCAGAGCATTGGGAATTAGG 635 DISAGREES WITH MATT'S ANNOTATION -- GENBANKS RETURNS THIS AS CODING C CUU 1 LEU/PHE NONSYN exon replacement NA 3 LG_XI 11700877 NA NA 1-635 NA NA POPTR_0012s00970.1 569438 TTGAAGAAGAATCTGAAAAAATAACATATAAAAAGTCAATATTTTGATCATAAATTAAAAAACAAGAAATCAAAGARCACAAATGAACAAAAGGGCTATATTAGTTTATTACCTCTTGAAGAATTGAAAGATTTCTTGCAATGCAGGATGGCACTTTGAATCCCATCATGTTGTAGCAGCAGAGAATCATCTCTCCTACTCACAACTGGAGGAGAAACTCCTGTGGTCGCTGAAGCTGATTTGCTTTTTCCAAGRTGCCTAGAAACCACTCTAATCCCTGACGGAAAACTCCCCTGTTTCTCCTTCGCCGGCACTGTTGCCGGAGAAGATGACGGAGACCCGACTGACAACTCACTGGARAATT 365 C/T C T CATCTTGTCACTATGCTTCTTGGAAACCTTGATGTATARTGGTTTGATTAGCTTCAARTACTTCTGTATCATTTCCTTTGAAAATCGCTTTGATGTATCATTGTCATCGGATTCATGAGAGATCTGCTTTCTCAAGCTGTTCTGTTTGGTGAAGAAAGAAATATTTGTGACCTCTTCAAGCTTGAACTTGACAGTGAAAAGCTTGTTGCTTTCATGCTTCTTGTTATTTGCTTTCAAGTACTCTGTCGCCCCTGTTTTCTCTGTTTTCTGCGATGCCATTGACTTTGATTTCTTGAACATGAGGATCTTA TTGAAGAAGAATCTGAAAAAATAACATATAAAAAGTCAATATTTTGATCATAAATTAAAAAACAAGAAATCAAAGARCACAAATGAACAAAAGGGCTATATTAGTTTATTACCTCTTGAAGAATTGAAAGATTTCTTGCAATGCAGGATGGCACTTTGAATCCCATCATGTTGTAGCAGCAGAGAATCATCTCTCCTACTCACAACTGGAGGAGAAACTCCTGTGGTCGCTGAAGCTGATTTGCTTTTTCCAAGRTGCCTAGAAACCACTCTAATCCCTGACGGAAAACTCCCCTGTTTCTCCTTCGCCGGCACTGTTGCCGGAGAAGATGACGGAGACCCGACTGACAACTCACTGGARAATTCCATCTTGTCACTATGCTTCTTGGAAACCTTGATGTATARTGGTTTGATTAGCTTCAARTACTTCTGTATCATTTCCTTTGAAAATCGCTTTGATGTATCATTGTCATCGGATTCATGAGAGATCTGCTTTCTCAAGCTGTTCTGTTTGGTGAAGAAAGAAATATTTGTGACCTCTTCAAGCTTGAACTTGACAGTGAAAAGCTTGTTGCTTTCATGCTTCTTGTTATTTGCTTTCAAGTACTCTGTCGCCCCTGTTTTCTCTGTTTTCTGCGATGCCATTGACTTTGATTTCTTGAACATGAGGATCTTA 675 MINUS STRAND T GAA 1 LYS/GLU NONSYN exon replacement "1-563,664-675" 3 LG_XII 761019 (reverse complement) NA 564-663 NA NA POPTR_0012s05000.1 569793 TCAAGCTAAGAAAACCCAGAAGCCAACAAGAGCTGCAACCCATTTCAACTGAAACAGATCCAAACCCACATCCTTCCAAGTCATCCAAATCCAACACAATTATMTCCTCCCTCTTCCACTCTCACTTCTCTACAACCCCACCTGACCAATCCAAGAAGAAAGGTGCCACCTTTAGAGGCCTAGGATGCACTGCTGGAGCAGCTCAGCAAGTATCGGTGCCGGCGGTGATAAGGTCATCCGCGGACTGGGAAGGGAAAAAGGTCAAGAAGAAAAAGGGCCATCCAAAAAGAAAGAAAGAGAGCTTGAAACTTTGCAGTGACAACA 325 A/G A G CAATACTAGTAATAGCAATGGTGATGTTAATGGAGATGGTAATTTTGCGAATTGTATGGTTATGCAAGATGTTTGGTGYGGACCWGGAATGGGGTTATCTGGTGCTGATGCTGTTGTTGGGTCAGTTGACTGTGTTGTGGCTAGAAGAAACGTGTCARTTGGTAGAGGAAAGATTGAYGGAGGAGAGAAAATTAATCAAAGGGARAGAGAGAGGGA TCAAGCTAAGAAAACCCAGAAGCCAACAAGAGCTGCAACCCATTTCAACTGAAACAGATCCAAACCCACATCCTTCCAAGTCATCCAAATCCAACACAATTATMTCCTCCCTCTTCCACTCTCACTTCTCTACAACCCCACCTGACCAATCCAAGAAGAAAGGTGCCACCTTTAGAGGCCTAGGATGCACTGCTGGAGCAGCTCAGCAAGTATCGGTGCCGGCGGTGATAAGGTCATCCGCGGACTGGGAAGGGAAAAAGGTCAAGAAGAAAAAGGGCCATCCAAAAAGAAAGAAAGAGAGCTTGAAACTTTGCAGTGACAACAACAATACTAGTAATAGCAATGGTGATGTTAATGGAGATGGTAATTTTGCGAATTGTATGGTTATGCAAGATGTTTGGTGYGGACCWGGAATGGGGTTATCTGGTGCTGATGCTGTTGTTGGGTCAGTTGACTGTGTTGTGGCTAGAAGAAACGTGTCARTTGGTAGAGGAAAGATTGAYGGAGGAGAGAAAATTAATCAAAGGGARAGAGAGAGGGA 541 A AAC 2 ASN/SER NONSYN exon replacement 1-541 2 LG_XII 4614265 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0012s07060.1 569972 TCTTCCATTGTCTTCAAATCCTTCACCGGACTCCGGCACTCCTCCCAGGAAYATCCCAAAGTACTCCATTCCCACACAAACCCCATATCCTCTTTCTCATACCGCCGCTTTCGAATCACAGCCAGCAAGTCTAGTCCGAAGCTCCAAAACCGCAACCTCCGAGTAGCCGTCATCGGCGGCGGTCCTGCCGGTGGTGCCGCTGCAGAAACATTAGCCAAAGGAGGCATTGAAACATACCTCATCGAACGAAAGCTGGACAACTGCAAGCCATGCGGTGGTGCCATCCCKTTGTGCATGGTGGGTGAGTTCGA 312 C/T C T CTCCCACTGGACATTATAGATCGGAGAGTGACCAAGATGAAGATGATCTCTCCTTCTAATGTGGCCGTTGATATTGGACGAACTTTGAAGCCTCACGAGTACATTGGCATGGTGAGGCGTGAGGTGCTTGATGCTTACTTGAGAGAAAGAGCATCRACGAATGGGGCTAAAGTGATAAATGGTTTGTTCTTGAAAATGGACATTCCTAAAAMAGGTAGTGAAAATRTTAATTCACCCTATGTCTTGCATTATACTGAGTATGA TCTTCCATTGTCTTCAAATCCTTCACCGGACTCCGGCACTCCTCCCAGGAAYATCCCAAAGTACTCCATTCCCACACAAACCCCATATCCTCTTTCTCATACCGCCGCTTTCGAATCACAGCCAGCAAGTCTAGTCCGAAGCTCCAAAACCGCAACCTCCGAGTAGCCGTCATCGGCGGCGGTCCTGCCGGTGGTGCCGCTGCAGAAACATTAGCCAAAGGAGGCATTGAAACATACCTCATCGAACGAAAGCTGGACAACTGCAAGCCATGCGGTGGTGCCATCCCKTTGTGCATGGTGGGTGAGTTCGACCTCCCACTGGACATTATAGATCGGAGAGTGACCAAGATGAAGATGATCTCTCCTTCTAATGTGGCCGTTGATATTGGACGAACTTTGAAGCCTCACGAGTACATTGGCATGGTGAGGCGTGAGGTGCTTGATGCTTACTTGAGAGAAAGAGCATCRACGAATGGGGCTAAAGTGATAAATGGTTTGTTCTTGAAAATGGACATTCCTAAAAMAGGTAGTGAAAATRTTAATTCACCCTATGTCTTGCATTATACTGAGTATGA 575 T GAC 3 ASP SYN exon silent 1-575 1 LG_XII 8313375 NA NA NA NA NA POPTR_0012s14570.1 570589 GCTCAAGCTCATTCAATGTTCTAGCCTTGCTTCTTACTTTGCTTTTATGCATATCAACAAATGTGCAG 69 C/G C G TTTCCTTGGCAGATACCACCAGCAAAACCTACACAAATTACCTGCAGACAGCTTGCAATTCTACCACATATCCACAACTTTGCTTCAAGTCCCTCTCTTCTTACACCTCTACCATCAAAACCAATTACCTCAAACTATGCAGAACAGCGTTAACTGTGACCCTAAAAGCTGCTAGCAACACATCATCCTTAGTAAAGGCTCTATCAAAGCAAAAGGGCTTAAGCAAGACTGAAGCTGGTATTATTAAAGATTGCATTGACGTGATCGGAGACTCCATCGATGAGCTCAACCAGTCTATGAAGGCTTTAGGCAGCCTAAAAGGTTCCGATATTGAATTTCAGATTGCTAATATAAAGACATGGATAAGTGCCGCGATAACGAATGAGGATACCTGCACAGAAGGATTTGAAGAGAGGAATATAACTGATGAAGTGATGATCAAGATCAGGAAGAGTRTAGTGAATGTTGCCAGGCTGACAAGCAAT GCTCAAGCTCATTCAATGTTCTAGCCTTGCTTCTTACTTTGCTTTTATGCATATCAACAAATGTGCAGCTTTCCTTGGCAGATACCACCAGCAAAACCTACACAAATTACCTGCAGACAGCTTGCAATTCTACCACATATCCACAACTTTGCTTCAAGTCCCTCTCTTCTTACACCTCTACCATCAAAACCAATTACCTCAAACTATGCAGAACAGCGTTAACTGTGACCCTAAAAGCTGCTAGCAACACATCATCCTTAGTAAAGGCTCTATCAAAGCAAAAGGGCTTAAGCAAGACTGAAGCTGGTATTATTAAAGATTGCATTGACGTGATCGGAGACTCCATCGATGAGCTCAACCAGTCTATGAAGGCTTTAGGCAGCCTAAAAGGTTCCGATATTGAATTTCAGATTGCTAATATAAAGACATGGATAAGTGCCGCGATAACGAATGAGGATACCTGCACAGAAGGATTTGAAGAGAGGAATATAACTGATGAAGTGATGATCAAGATCAGGAAGAGTRTAGTGAATGTTGCCAGGCTGACAAGCAAT 554 C CUU 1 LEU/VAL NONSYN exon replacement 1-554 2 LG_XII 13811102 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0012s14640.1 570596 TATAAACAGAAGCAATGTTGACAATATCGGTAATGCTGAGAATGATCTGCTCACTCAAGATATGATTGATCATTCTGATCTGCCAGGACCACCTCCTGCACCAGTTTCAGCAATTGAAGCATTGCCAATTGTGAAAGTTACAGAACAGCATTTGATGAACGATATGCGTTGTCCTGTATGTAAGGAGATATTTGAGGTTGGTGGTGACGTGATGGAGTTACCGTGCAAGCATTTGTACCATTCTGATTGTGTTGTTCCTTGGTTGAACTTGCATAACACTTGTCCTGTTTGCCGGTATGAGCTGCGTGACGAATCTGACAATGATCTTCCAGGAGAAAATGCTCAGTTTTTCGGCTTTGAAGAGGTGACAAACAGCATAAATTGGCTGAGGAATCGGTTCCATTCTCTACGGCCGATTCGTGCATTCTCTGATTGGACACAG 443 A/C A C GATACCTTGATTTCTTGGACAGYAGACTTGYTACTTCGAATGGAGGTCAGTTTGGAATTTCCTCCTTATTTTCTTTCTTCTCCTTGTTTTTCTAATGAAATGTTATAAAGTAATACAAAATTATTTCTGAAATTTTATTTAATAGTATTAATTTGGAAGATCATTTAGTATCTAACGTTTTAAATAATTYAAGTTC TATAAACAGAAGCAATGTTGACAATATCGGTAATGCTGAGAATGATCTGCTCACTCAAGATATGATTGATCATTCTGATCTGCCAGGACCACCTCCTGCACCAGTTTCAGCAATTGAAGCATTGCCAATTGTGAAAGTTACAGAACAGCATTTGATGAACGATATGCGTTGTCCTGTATGTAAGGAGATATTTGAGGTTGGTGGTGACGTGATGGAGTTACCGTGCAAGCATTTGTACCATTCTGATTGTGTTGTTCCTTGGTTGAACTTGCATAACACTTGTCCTGTTTGCCGGTATGAGCTGCGTGACGAATCTGACAATGATCTTCCAGGAGAAAATGCTCAGTTTTTCGGCTTTGAAGAGGTGACAAACAGCATAAATTGGCTGAGGAATCGGTTCCATTCTCTACGGCCGATTCGTGCATTCTCTGATTGGACACAGAGATACCTTGATTTCTTGGACAGYAGACTTGYTACTTCGAATGGAGGTCAGTTTGGAATTTCCTCCTTATTTTCTTTCTTCTCCTTGTTTTTCTAATGAAATGTTATAAAGTAATACAAAATTATTTCTGAAATTTTATTTAATAGTATTAATTTGGAAGATCATTTAGTATCTAACGTTTTAAATAATTYAAGTTC 639 C AGA 1 ARG SYN exon silent 1-488 3 LG_XII 13839995 NA NA 489-639 NA NA POPTR_0001s44520.1 571502 GAGGAGTATGAATATACAGCTCATAGCAGTTTGGCACAGACTKWCTACATGCCAACTGCAAAATTCCATTTTGAGCTCTCTCCCATGCAGGTTCAGTAATAAATTAAAAAAAATTGATTCGTCTTTCTYTTTTATTATTATTGGMCTGGAAGATTATTYGTTGTGTTTTCTCTGCTTTTGATCTCTCATTTGTTTCTGACACTTTTTTGTTGTACTTCTGATATCAGGTTTTGATCACTGAAAATCCCAAGTCTTTTTCRCATTTTATMACYAATGTCTGTGCCATAATCGGAGGTGTCTTCACGGTTCGTATTTAAATTTGCGTTTCTTTAGTCT 337 G/T G T TTATCTCCAGCCACAAGTAGATGCAGTTTCTGATAGTTTTTMTCTTTSCATTTCAGGTRGCTGGTATATTGGATTCAATTTTGCACAACACATTTAGAATGATGAAAAAAGTAGAACTCGGCAAAAWTTTTTGATAGGAAGATGAAATTTGATGTATAAATTCTGTTCTCATACTCCTTTTTATTTAGCAAGGATTTRATTAGAACAATTACTGTATTTACCTGGTTTTGAATTGTTATAAGCTATTCTAATTGCTAAT GAGGAGTATGAATATACAGCTCATAGCAGTTTGGCACAGACTKWCTACATGCCAACTGCAAAATTCCATTTTGAGCTCTCTCCCATGCAGGTTCAGTAATAAATTAAAAAAAATTGATTCGTCTTTCTYTTTTATTATTATTGGMCTGGAAGATTATTYGTTGTGTTTTCTCTGCTTTTGATCTCTCATTTGTTTCTGACACTTTTTTGTTGTACTTCTGATATCAGGTTTTGATCACTGAAAATCCCAAGTCTTTTTCRCATTTTATMACYAATGTCTGTGCCATAATCGGAGGTGTCTTCACGGTTCGTATTTAAATTTGCGTTTCTTTAGTCTGTTATCTCCAGCCACAAGTAGATGCAGTTTCTGATAGTTTTTMTCTTTSCATTTCAGGTRGCTGGTATATTGGATTCAATTTTGCACAACACATTTAGAATGATGAAAAAAGTAGAACTCGGCAAAAWTTTTTGATAGGAAGATGAAATTTGATGTATAAATTCTGTTCTCATACTCCTTTTTATTTAGCAAGGATTTRATTAGAACAATTACTGTATTTACCTGGTTTTGAATTGTTATAAGCTATTCTAATTGCTAAT 596 T intron silent "1-90,228-305,394-471" 1 LG_XIII 7731036 (reverse complement) NA "91-227,306-393" 472-596 3 POPTR_0013s15640.1 571941 GAGCAGCAGCATTGCCAGTGGCAGTAGTCAACCAATCAACAGCGAGCTTAAAAAGAAAAGGAACTTGAACATTCAAAACCTTAGCACCCACAAGGAACCCAAGGGCGAGAACAACCCTCAAGCGGAATTCGGGGTTATCTTCCATCCACAAGTAACTAGCAAGAGTGCGTAGGATTTTCGTGTCAGCAACTTGTT 196 C/G C G GTCTGATTTATTAGTAGCAGTAGTAGCTGATGAAGAAGGAGGAGCTTTATTTGCAACACCATCTTTATCCTTTGGAGCTGACATTGTTGAGAATAAGGCATGGCCATTCAGCACAGAGTTCTGTTATTGTAACAAAATAAAGAGTATTTCTTTCAGTTTCAGTAATTAAAAGGTGAATTATGAATATAAAATATCGAAAATTGAGAATGAGATAAAGGACAAACCGGTGGCCGGAAAGGAGGAGTAGAGGAGGAGGAAGCAGGATTGGATAGGAAAGCATTGAGATTGAGATAGCGACGATGATTCCATGATGGAGTGGTGAAYGATCTGTTGCTGATGGAGGGGGAATTGGCGAAAATAGCAGTGCCGCTGCTCCGTCCARGAAAGCATCTTGGCCTATTA GAGCAGCAGCATTGCCAGTGGCAGTAGTCAACCAATCAACAGCGAGCTTAAAAAGAAAAGGAACTTGAACATTCAAAACCTTAGCACCCACAAGGAACCCAAGGGCGAGAACAACCCTCAAGCGGAATTCGGGGTTATCTTCCATCCACAAGTAACTAGCAAGAGTGCGTAGGATTTTCGTGTCAGCAACTTGTTCGTCTGATTTATTAGTAGCAGTAGTAGCTGATGAAGAAGGAGGAGCTTTATTTGCAACACCATCTTTATCCTTTGGAGCTGACATTGTTGAGAATAAGGCATGGCCATTCAGCACAGAGTTCTGTTATTGTAACAAAATAAAGAGTATTTCTTTCAGTTTCAGTAATTAAAAGGTGAATTATGAATATAAAATATCGAAAATTGAGAATGAGATAAAGGACAAACCGGTGGCCGGAAAGGAGGAGTAGAGGAGGAGGAAGCAGGATTGGATAGGAAAGCATTGAGATTGAGATAGCGACGATGATTCCATGATGGAGTGGTGAAYGATCTGTTGCTGATGGAGGGGGAATTGGCGAAAATAGCAGTGCCGCTGCTCCGTCCARGAAAGCATCTTGGCCTATTA 598 G UCG 2 SER/TRP NONSYN exon replacement "1-178,283-598" 3 LG_XIII 13007808 (reverse complement) NA 179-282 NA NA POPTR_0014s00900.1 571983 GTGTACTACTCCTTCATGTGCAATCCTTTTTTCTGTAACCTGTACTTGGGGTTCATAACTCTCTTGGGGGTTGCCACAATATTGGTTTCACTACTGCCAGTGTTTCAAAACCCTGAATTCCGTACYGTTCGTGCATCCCTTTTCCTTGGCATGGGTTTGTCTGGGGTGGCGCCTATTCTGCACAAGCTTATCTTGTTCTGGCATCAGCCTGAGGCCCTTCACACAACTGGCTATGAGGTCCTGATGGGGATTTTCTATGGAATCGGAGCACTGATTTATGCCACAAGGATTCCAGAAAGATGGATGCCTGGGAAATTTGACATTGCAGGGCACAGTCACCAACTTTTCCATGTATTGGTAGTGGCTGGAGCTTATACTCATTATCAGGCAGGGCTGGTTTACCTCAAGTGGCGAGACCTTGAAGGATGTCGAGGAACGTAAATCCTGAATGCTAAAAGTAACTGATTAGTGGATGAGATCTTAGATTAATGTCATTGTGTCACTAAATAAGTAAAGCTGGCCTAGWTATGTAAAGGCAGTGGAAAAGCAAAAGACTTCTCTGCTGTTGTTTTTGTGCATTACA 584 A/T A T CGAATGTCTATGARTAAAATAATTGYATTCTCTTGTACTGTATTCTATTATTCAAGTC GTGTACTACTCCTTCATGTGCAATCCTTTTTTCTGTAACCTGTACTTGGGGTTCATAACTCTCTTGGGGGTTGCCACAATATTGGTTTCACTACTGCCAGTGTTTCAAAACCCTGAATTCCGTACYGTTCGTGCATCCCTTTTCCTTGGCATGGGTTTGTCTGGGGTGGCGCCTATTCTGCACAAGCTTATCTTGTTCTGGCATCAGCCTGAGGCCCTTCACACAACTGGCTATGAGGTCCTGATGGGGATTTTCTATGGAATCGGAGCACTGATTTATGCCACAAGGATTCCAGAAAGATGGATGCCTGGGAAATTTGACATTGCAGGGCACAGTCACCAACTTTTCCATGTATTGGTAGTGGCTGGAGCTTATACTCATTATCAGGCAGGGCTGGTTTACCTCAAGTGGCGAGACCTTGAAGGATGTCGAGGAACGTAAATCCTGAATGCTAAAAGTAACTGATTAGTGGATGAGATCTTAGATTAATGTCATTGTGTCACTAAATAAGTAAAGCTGGCCTAGWTATGTAAAGGCAGTGGAAAAGCAAAAGACTTCTCTGCTGTTGTTTTTGTGCATTACAACGAATGTCTATGARTAAAATAATTGYATTCTCTTGTACTGTATTCTATTATTCAAGTC 642 A UTR silent 1-441 1 LG_XIV 200515 NA NA NA 442-642 3 POPTR_0014s08970.1 572346 TTCCTCTCCCTGCTAATTTCTCTGGAATGGAAGTCTCGGTTGTTAGGCTAAGAAGTGGTCATTTCTGGGAAAGAGGAGCCAATTTCACTTCTTTTTTTATCCCACCTAGGATTACTCCATTCCCATTT 129 A/G A G TGAAGAGACTGTCTTTAGTATATCAAAACTTGGGAAATTGGTCAACTCTTTATTACAGGGTGCCTGATTATTCATTAGTTGCTCCTGTTGTTGGCTTCATGGCTTATGATGCTTCAAATTTAAGTGCATTGGGTAATGAGGCACTCAAGTTTAACGTTCTGGGTGACCCCATTTCGATCAAGTTTCCTAACCTAATGACAAAAGGTGATCCTAAGTTATTAAAATGCGTCGAGCTTGGTCCAGATGGATTGGTCCACTTTAGGAACATAACTAACGAAAATACTTGCATGACACAAGGTGATGGTCATTTTTCAGTTGCTGTTAAGAACTCTGACGTAGATAAGAATAACAGAGTTTGGATATGGTGGGTGATTGGATTKGGAGCTGCG TTCCTCTCCCTGCTAATTTCTCTGGAATGGAAGTCTCGGTTGTTAGGCTAAGAAGTGGTCATTTCTGGGAAAGAGGAGCCAATTTCACTTCTTTTTTTATCCCACCTAGGATTACTCCATTCCCATTTATGAAGAGACTGTCTTTAGTATATCAAAACTTGGGAAATTGGTCAACTCTTTATTACAGGGTGCCTGATTATTCATTAGTTGCTCCTGTTGTTGGCTTCATGGCTTATGATGCTTCAAATTTAAGTGCATTGGGTAATGAGGCACTCAAGTTTAACGTTCTGGGTGACCCCATTTCGATCAAGTTTCCTAACCTAATGACAAAAGGTGATCCTAAGTTATTAAAATGCGTCGAGCTTGGTCCAGATGGATTGGTCCACTTTAGGAACATAACTAACGAAAATACTTGCATGACACAAGGTGATGGTCATTTTTCAGTTGCTGTTAAGAACTCTGACGTAGATAAGAATAACAGAGTTTGGATATGGTGGGTGATTGGATTKGGAGCTGCG 518 G AUG 1 MET/VAL NONSYN exon replacement 1-518 2 LG_XIV 3111616 NA NA NA NA NA POPTR_0014s17940.1 573245 TAATTGACTACAACGTTCCGAAAAAGGTAACTCCTCTTTGCTTTTATATTCGGTTAAAGTCTATTATGTGGCTGTTAATTTTGTAGGAAACTTGAATTGAAAAGACTA 109 C/T C T TGTATTACTTCAAGTTTGGCTTCCTTTTGGTTTGTTTCCTGATTGATTCATCAGTAGCCAAAGAGGGATTAGGATTTTTGAATTTCTAAYTCAAGGGTWTTTTTTAAGAGTCTAGGGCTTCTGTTGCTAATTTGTAACATTTTTTCCCYTGTAGCTGTGAAATTAAGGAAATTTAAAGAAAACTTGAATTTTAGTAGAATTTAGTAACTACCATTGACTTGATTTTCACTTGGTCTTGTGTTGCAGGATTTTAGGTTTCAGTTTATGAACTCAGTTAAGGTTGTGGACAAGCCCTTGAATTTGACATACATTCATTGTAGAGGGGATAACCGGACTATTTTGGATGGGACTCTTGTGGTTGATTCAGCGAACAAGATATCTGCTAATTATATGCTCGGTACAGAGAATTGCAAGTTGAAGTATACCTATGTGCATGGAGGACTGACTTCGTTCGAGCAATGTTATGATTTTGCAAAGAATTCATGGGATTTTGCTGGATCTCGAAAGGTTTATGGTGATGATGTGCTCAGGGCTGTGTATCAAACGTCAAGCAA TAATTGACTACAACGTTCCGAAAAAGGTAACTCCTCTTTGCTTTTATATTCGGTTAAAGTCTATTATGTGGCTGTTAATTTTGTAGGAAACTTGAATTGAAAAGACTACTGTATTACTTCAAGTTTGGCTTCCTTTTGGTTTGTTTCCTGATTGATTCATCAGTAGCCAAAGAGGGATTAGGATTTTTGAATTTCTAAYTCAAGGGTWTTTTTTAAGAGTCTAGGGCTTCTGTTGCTAATTTGTAACATTTTTTCCCYTGTAGCTGTGAAATTAAGGAAATTTAAAGAAAACTTGAATTTTAGTAGAATTTAGTAACTACCATTGACTTGATTTTCACTTGGTCTTGTGTTGCAGGATTTTAGGTTTCAGTTTATGAACTCAGTTAAGGTTGTGGACAAGCCCTTGAATTTGACATACATTCATTGTAGAGGGGATAACCGGACTATTTTGGATGGGACTCTTGTGGTTGATTCAGCGAACAAGATATCTGCTAATTATATGCTCGGTACAGAGAATTGCAAGTTGAAGTATACCTATGTGCATGGAGGACTGACTTCGTTCGAGCAATGTTATGATTTTGCAAAGAATTCATGGGATTTTGCTGGATCTCGAAAGGTTTATGGTGATGATGTGCTCAGGGCTGTGTATCAAACGTCAAGCAA 663 T intron silent "1-26,356-663" 2 LG_XIV 11197735 (reverse complement) NA 27-355 NA NA POPTR_0014s19050.1 573323 CCTCTTATCAATCAAAACTAGAGGTAGGTTCAGCTGATGTACTTGAAACATTGGTCTATATGTAGAAAGAGATATTAATCACAGGAAGTCTGACTTTAGGCGACAAGGCAACTGGACATGGAGAAAGCAATTGGGAAAGCTTTACAAGATGCTGGCTTAGGGGAGAGAGAAGTGACCCCATTTATTAGGGTCAGGGTAGYTGGGTTAACTAATTATCAAGAAAAGGGCGCCCGC 235 C/G C G CCCCTAAAGAAGGCTTAATAACAATTTGGAACCCGACAGAGAAGCAGGTTAATCTAATTGCTCAGTTCTGCTTCCATTTCTCATGCCTTTAGTCTCTGTATACTGTACTGTTTGCATTTGAATGGATCCACCTTCGTATGCTTACATAACTAAAGATTATGTATGCTGCATCCTTTGTTTCAGCAATGTTNTGTATTCTATGCCTCCCTAATATTGAATTTATTGCAAAAAGTTTTCTTGAGATTCTTTGCAAGTATTGATTAAACTTACTAATTATRACAGAAAAGTGATCTTGTCGAGGGGCAGGCTTATKCTGTAGCAGGACTATTACCCGTGAGTTCTGATTCAAATACACTTTACTTGCAAGCAAGAGGATC CCTCTTATCAATCAAAACTAGAGGTAGGTTCAGCTGATGTACTTGAAACATTGGTCTATATGTAGAAAGAGATATTAATCACAGGAAGTCTGACTTTAGGCGACAAGGCAACTGGACATGGAGAAAGCAATTGGGAAAGCTTTACAAGATGCTGGCTTAGGGGAGAGAGAAGTGACCCCATTTATTAGGGTCAGGGTAGYTGGGTTAACTAATTATCAAGAAAAGGGCGCCCGCCCCCCTAAAGAAGGCTTAATAACAATTTGGAACCCGACAGAGAAGCAGGTTAATCTAATTGCTCAGTTCTGCTTCCATTTCTCATGCCTTTAGTCTCTGTATACTGTACTGTTTGCATTTGAATGGATCCACCTTCGTATGCTTACATAACTAAAGATTATGTATGCTGCATCCTTTGTTTCAGCAATGTTNTGTATTCTATGCCTCCCTAATATTGAATTTATTGCAAAAAGTTTTCTTGAGATTCTTTGCAAGTATTGATTAAACTTACTAATTATRACAGAAAAGTGATCTTGTCGAGGGGCAGGCTTATKCTGTAGCAGGACTATTACCCGTGAGTTCTGATTCAAATACACTTTACTTGCAAGCAAGAGGATC 612 G CCC 1 ALA/PRO NONSYN exon replacement "1-23,100-282,518-612" 2 LG_XIV 12002944 NA NA "24-99,283-517" NA NA POPTR_0015s11320.1 575404 TTTTGGCATAACTCCTGATTTAACAACACTAGGGAAGATCATTGGTGGTGGTCTGCCAGTTGGTGCATATGGTGGGAGAAGGGAGATTATGGMGATGGTTGCACCTGCAGGGCCAATGTACCAGGCCGGAACCTTGAGTGGGAATCCCTTGGCTATGACTGCAGGGATACACACACTGAAGCGGTTGCAGAAACCAGGAAGTTACGAATACTTGGATAAGATTACCAGTGAACTTGTTCAGGGCATTATTGATGCTGGCAAGAAAACTGGGCATGCAATTTGTGGAGGCTATATACGTGGAATGTTTGGGTTTTTCTTTAC 322 G/T G T GAAGGGCCTGTTTACAACTTTGCTGATGCAAAGAAAAGTGACACAGCAAAGTTCGCCAGATTTTACCAAGGAATGCTGAGGGAGGGTGTATACTTTGCACCGTCACAATTTGAAGCTGGGTTTACAAGCTTGGCACATACTGCTGAAGATATCCAAAAGACAATAGCAGCAGCCGAAAATGTTCTCCGGCAGATTTAAAGCTTTTKTTCCTGTATCTCGCTGTGTGATTGTTGACGTATCTCTCATTTCATGTTCCTC TTTTGGCATAACTCCTGATTTAACAACACTAGGGAAGATCATTGGTGGTGGTCTGCCAGTTGGTGCATATGGTGGGAGAAGGGAGATTATGGMGATGGTTGCACCTGCAGGGCCAATGTACCAGGCCGGAACCTTGAGTGGGAATCCCTTGGCTATGACTGCAGGGATACACACACTGAAGCGGTTGCAGAAACCAGGAAGTTACGAATACTTGGATAAGATTACCAGTGAACTTGTTCAGGGCATTATTGATGCTGGCAAGAAAACTGGGCATGCAATTTGTGGAGGCTATATACGTGGAATGTTTGGGTTTTTCTTTACGGAAGGGCCTGTTTACAACTTTGCTGATGCAAAGAAAAGTGACACAGCAAAGTTCGCCAGATTTTACCAAGGAATGCTGAGGGAGGGTGTATACTTTGCACCGTCACAATTTGAAGCTGGGTTTACAAGCTTGGCACATACTGCTGAAGATATCCAAAAGACAATAGCAGCAGCCGAAAATGTTCTCCGGCAGATTTAAAGCTTTTKTTCCTGTATCTCGCTGTGTGATTGTTGACGTATCTCTCATTTCATGTTCCTC 580 G ACG 3 THR SYN exon silent 1-520 3 LG_XV 7472346 NA NA NA 521-580 3 POPTR_0015s15350.1 575618 CTGCTGTAGTTTCCGTYGGGTGGCTCGACGTCATGATATCGCCCATAAGATTATAGAAGTTGGTMAAAAACTGGAAGATATAGCCAAACGGAAAGCTRYGTTTGGTTTTGAATTGCAYAAGGCCATCGAAAAAGAACCCGACCGGCAAACYACTTCCTTTGT 163 C/T C T GATGTATCTAGGGTGCACGGACGAGAAGATGASAAGAAAAATGTGATCAGCAAGTTGTTGTGCGACAGCAGTCAAGAAGGAAGGAAAGTTCAAGTCATCTCCATTGTGGGAATGGGAGGGTTASGGAAAACAACTCTTGCCCAACTAGCCTACAATGCTGATGAGATTAAGACTTATTTTRAGAAGAGAATATGGGTGTGTGTCTCACATCCTTTTGATGAGAACACGGTTGCGAAGGCCATAATTGAAGATCTTAGCGGGGCAGCTCCAAATTTAGTAGAGCTGGAACCACTTTGTAAAAGAATTTCTGAATCTATYGAGGGAAAGAAGTTCCTTCTTGTACTTGATGATGTGTGGGAAGATAATCCTAGAAAAWGGGAGCCACTGAAAGAATCTCTCAAGTGTGGAGCCCCGGGAAGYCGAATCTTAKTGACTACTCGTAAGGATACAGTAGCAAAGATGATGGAATCTGATTATTCTTTGCTCCTTGGGAAGTTGACGGACGAGGAGTGCTGGTCGGTATTCAGTCAGGTA CTGCTGTAGTTTCCGTYGGGTGGCTCGACGTCATGATATCGCCCATAAGATTATAGAAGTTGGTMAAAAACTGGAAGATATAGCCAAACGGAAAGCTRYGTTTGGTTTTGAATTGCAYAAGGCCATCGAAAAAGAACCCGACCGGCAAACYACTTCCTTTGTCGATGTATCTAGGGTGCACGGACGAGAAGATGASAAGAAAAATGTGATCAGCAAGTTGTTGTGCGACAGCAGTCAAGAAGGAAGGAAAGTTCAAGTCATCTCCATTGTGGGAATGGGAGGGTTASGGAAAACAACTCTTGCCCAACTAGCCTACAATGCTGATGAGATTAAGACTTATTTTRAGAAGAGAATATGGGTGTGTGTCTCACATCCTTTTGATGAGAACACGGTTGCGAAGGCCATAATTGAAGATCTTAGCGGGGCAGCTCCAAATTTAGTAGAGCTGGAACCACTTTGTAAAAGAATTTCTGAATCTATYGAGGGAAAGAAGTTCCTTCTTGTACTTGATGATGTGTGGGAAGATAATCCTAGAAAAWGGGAGCCACTGAAAGAATCTCTCAAGTGTGGAGCCCCGGGAAGYCGAATCTTAKTGACTACTCGTAAGGATACAGTAGCAAAGATGATGGAATCTGATTATTCTTTGCTCCTTGGGAAGTTGACGGACGAGGAGTGCTGGTCGGTATTCAGTCAGGTA 697 T GUC 3 VAL SYN exon silent 1-697 3 LG_XV 8986518 NA NA NA NA NA POPTR_0016s03030.1 576108 AACCTCCATTGTTGGTTTTGTTATGGCCAATATTGTAGTGAGTCTTAGATATYGTTTACTATTCTTCACTGACCGTGAATCAGTTCGACTTGAACTTGAACCAAGAAAGCSTGATGATCAAAATGGWGCTATAAAGGTTTTGAATGCTGATTATCTTGATGTGGGTTACATTGA 175 C/T C T AGGTCAGTTGCAACTGTTTTATATCCTTTGATTGAAAATAAAATGATTAAKGTTGAAGGTGTGGTGCCTAGAGCTAGTAGCGACGGGTTTCCTTGTGAAATTCGTATCTCTGCAAGGTTAGACGACTTTGAAACTGTTAAAACTGCGATTTCGCAAGGTGGTCTGGTTTTATTTTCTCAACCTGGTTCAAGTCTTGCATCATCTCAGGCTATGGTGGCCAAACAAGGTAGAGTTGATGGGAAAGTGTACAGGCGTAGGAGAATCGGAGTCAACTCGGAACCTGTCATTTTGTACACTCAAGAACCRAAGATTATTGAACGTGGATTTTTCCCTRCMGCACATACTTTRAGGAATAAACCAGAAAGAATCACTGATAGACCTGCCGTGCAAGTTGAGYCTGAGAAACTGACTTTCATCCMCCTTKGCGCAGCAGGGCATGATGCGCATGCGGTCCGGGAAGTTATGGACACTG AACCTCCATTGTTGGTTTTGTTATGGCCAATATTGTAGTGAGTCTTAGATATYGTTTACTATTCTTCACTGACCGTGAATCAGTTCGACTTGAACTTGAACCAAGAAAGCSTGATGATCAAAATGGWGCTATAAAGGTTTTGAATGCTGATTATCTTGATGTGGGTTACATTGACAGGTCAGTTGCAACTGTTTTATATCCTTTGATTGAAAATAAAATGATTAAKGTTGAAGGTGTGGTGCCTAGAGCTAGTAGCGACGGGTTTCCTTGTGAAATTCGTATCTCTGCAAGGTTAGACGACTTTGAAACTGTTAAAACTGCGATTTCGCAAGGTGGTCTGGTTTTATTTTCTCAACCTGGTTCAAGTCTTGCATCATCTCAGGCTATGGTGGCCAAACAAGGTAGAGTTGATGGGAAAGTGTACAGGCGTAGGAGAATCGGAGTCAACTCGGAACCTGTCATTTTGTACACTCAAGAACCRAAGATTATTGAACGTGGATTTTTCCCTRCMGCACATACTTTRAGGAATAAACCAGAAAGAATCACTGATAGACCTGCCGTGCAAGTTGAGYCTGAGAAACTGACTTTCATCCMCCTTKGCGCAGCAGGGCATGATGCGCATGCGGTCCGGGAAGTTATGGACACTG 647 T GAC 3 ASP SYN exon silent 1-647 3 LG_XVI 1523861 NA NA NA NA NA POPTR_0016s06320.1 576428 GTGCATACGCATCTGTTTCTGACATTGTAGGCATTGAGAAYACTCTGGCAAAAATGGAATCTGATCCCAACGTTTTSTTGGACTGGACCTCGTACACTGCTGCTGCAAAAGGATATATAAAAGTTGGACTTGTTGACAAGGCTCTGGAAATGCTGGAGAAATCTGAGAGACTAGTTACAGGTAAAAGAAGGGGAACAGCATATGATTCTCTAATCACCCTATATGCTGCAAC 233 A/T A T GGGAAGACAAATGAAGTCTTAAGAATTTGGGAACTTTACAAGAAAAACGAGAAGGTTTACAAAGAGGCATATATTAGTATCATAACCTCTCTATTGAAGTTAGATGACTTTGAAAATGCAGAAAAGATTTTCGAGGAGTGGGAGTTCCAGAATCATTCTTGTTATGATATCCATATTCCAAACTTCCTTATTGATGCCTATTCGAGAAAAGGTCTCGTRGAGAAGGCTGAAACATTAATTGATAGGGCAATATCAAAAGGAGGGGAACCTAATGCAAAAACATGGTACCATTTGGCAACAGGGTATCTTCAGAATGGCCAAACTCTGAAGGCCGTGGAAGCAATGAAGAAAGCAGTAGTGGTTTCTGGAY GTGCATACGCATCTGTTTCTGACATTGTAGGCATTGAGAAYACTCTGGCAAAAATGGAATCTGATCCCAACGTTTTSTTGGACTGGACCTCGTACACTGCTGCTGCAAAAGGATATATAAAAGTTGGACTTGTTGACAAGGCTCTGGAAATGCTGGAGAAATCTGAGAGACTAGTTACAGGTAAAAGAAGGGGAACAGCATATGATTCTCTAATCACCCTATATGCTGCAACAGGGAAGACAAATGAAGTCTTAAGAATTTGGGAACTTTACAAGAAAAACGAGAAGGTTTACAAAGAGGCATATATTAGTATCATAACCTCTCTATTGAAGTTAGATGACTTTGAAAATGCAGAAAAGATTTTCGAGGAGTGGGAGTTCCAGAATCATTCTTGTTATGATATCCATATTCCAAACTTCCTTATTGATGCCTATTCGAGAAAAGGTCTCGTRGAGAAGGCTGAAACATTAATTGATAGGGCAATATCAAAAGGAGGGGAACCTAATGCAAAAACATGGTACCATTTGGCAACAGGGTATCTTCAGAATGGCCAAACTCTGAAGGCCGTGGAAGCAATGAAGAAAGCAGTAGTGGTTTCTGGAY 603 T ACA 3 THR SYN exon silent 1-603 2 LG_XVI 4313608 NA NA NA NA NA POPTR_0016s08080.1 576599 CATAATTGAATAAGAACTGSTTGCCTTTCTTAAATTCTTGACAGTATYTTCCATATTTGTCTCTCAATTCCAGAATGGCTAACAAAAGGATCTTTCAAATAGCTTTTCTTACCTTGCTTCATTCTCTCTTGAAAGAAACAAATCAATTACATTCATTCATTTTAAAAAGAGTAACCTCTTGATCAGTTTTTCTRTTTTTCTTSTGTAGAAATTCTATATTGGTTATGGTTTTGTTTTCTAACCCTTTTATAAAATGCACTTCGATAATATGCTGCCTTTTGATTCCTCAC 291 G/T G T TCATNMAGTTGCAAATTTATGTACTGTTTAAAATTTCTTTGGCAGAACCTAATAATGCAGCACGTGGATCATTCTGCTGGTGAATTAATTGATCTCTTGCAAGGTCTCCTAAGACATGATCCAGCAGAGCGGCTCAAAGCCAGGGAAGCTTTAAGGCACCCATTCTTCTCAAGAGATCTT CATAATTGAATAAGAACTGSTTGCCTTTCTTAAATTCTTGACAGTATYTTCCATATTTGTCTCTCAATTCCAGAATGGCTAACAAAAGGATCTTTCAAATAGCTTTTCTTACCTTGCTTCATTCTCTCTTGAAAGAAACAAATCAATTACATTCATTCATTTTAAAAAGAGTAACCTCTTGATCAGTTTTTCTRTTTTTCTTSTGTAGAAATTCTATATTGGTTATGGTTTTGTTTTCTAACCCTTTTATAAAATGCACTTCGATAATATGCTGCCTTTTGATTCCTCACGTCATNMAGTTGCAAATTTATGTACTGTTTAAAATTTCTTTGGCAGAACCTAATAATGCAGCACGTGGATCATTCTGCTGGTGAATTAATTGATCTCTTGCAAGGTCTCCTAAGACATGATCCAGCAGAGCGGCTCAAAGCCAGGGAAGCTTTAAGGCACCCATTCTTCTCAAGAGATCTT 471 T intron silent 337-471 1 LG_XVI 6005194 NA NA 1-336 NA NA POPTR_0017s12130.1 577664 AGCTACCGGYTCGGGCTCCTGAATATAGATCGGTATTTTAYTTCCTTCTCCACCATCTTTCTTTCTTGAGCTCTCTGTTCTGCCAATAAGATTATTTTACCCTGAAAWTCATGCTGTAATTGTATTGGTTATTTCTTGGTGAATCAATCATTATCTTTCTCCTATTGCAAATCMTATGACCATTAAAACAAACAAAAATATTTTCAGGGGATGCTATTATTTCAAAGATCAGTGTGAAATCATTGTATCCTTGATAAGTTATGGATAGCCTTAACTATAACAAACTAATAATCTTTGGACATGCACTTGATGAACCAGATTGGTCATTTTTCATGTAATAGTTTCGATTGGTTTTGCARTTCTTAGATATCTTGCATTTTTTTTCCACTGATGAACTTTCTTCATCCTTTTGGTGCATGATGCATTCCATGGCATTTTATATATGTGCAACCATAGAATAAACACGCAG 470 G/T G T AGTTGTGGCAGCAGATATAAYAAGARGAGAACAGAGAMAAATTACTTCAGAATCTGTGTTTTTCTTTTCATGTGCCTTTTGGGTTGTACCTATTGGGACTTTGGAATATGGAGTGCAGAAAATTTACTTTTGATATGATAATTACTTGAAGAGCAGTTAATGAAGTCTATATTGCCACTTCACTGTGCAGGCAAGAG AGCTACCGGYTCGGGCTCCTGAATATAGATCGGTATTTTAYTTCCTTCTCCACCATCTTTCTTTCTTGAGCTCTCTGTTCTGCCAATAAGATTATTTTACCCTGAAAWTCATGCTGTAATTGTATTGGTTATTTCTTGGTGAATCAATCATTATCTTTCTCCTATTGCAAATCMTATGACCATTAAAACAAACAAAAATATTTTCAGGGGATGCTATTATTTCAAAGATCAGTGTGAAATCATTGTATCCTTGATAAGTTATGGATAGCCTTAACTATAACAAACTAATAATCTTTGGACATGCACTTGATGAACCAGATTGGTCATTTTTCATGTAATAGTTTCGATTGGTTTTGCARTTCTTAGATATCTTGCATTTTTTTTCCACTGATGAACTTTCTTCATCCTTTTGGTGCATGATGCATTCCATGGCATTTTATATATGTGCAACCATAGAATAAACACGCAGGAGTTGTGGCAGCAGATATAAYAAGARGAGAACAGAGAMAAATTACTTCAGAATCTGTGTTTTTCTTTTCATGTGCCTTTTGGGTTGTACCTATTGGGACTTTGGAATATGGAGTGCAGAAAATTTACTTTTGATATGATAATTACTTGAAGAGCAGTTAATGAAGTCTATATTGCCACTTCACTGTGCAGGCAAGAG 667 T intron silent "1-32,661-667" 2 LG_XVII 4926060 NA NA 33-660 NA NA POPTR_0018s03560.1 578384 AAGAGGAATGCATTTCTCATGCTATTTACTTGTGATCAAGATCGGGCCATTAATTACCTCTTGACCAATGTTGATAAGGTCTCTGAATGGGGTGAACTGCTGCAGATGGTTGTCCTAGAGTTGATTCGGAAGGTGTGCAGAACGAATCGGGGAGAGAAGGGAAAATACATTAAGATCATTATATCATTGCTGAATGCCCCYTCTAATGCGGTTATTTACGAGTGTGCTGGGACACTTGTTTCTCTGTCATCTGCACCTACTGCTATCAGAGCTGCTGCCAACACCTATTGCCAGCTTCTTCTCTCTCAGAGTGACAACAACGTGAAGCTTATTGTTCTTGATCGTCTGAATGAGCTCAAGTCTTCTCATAGAGAGATCATGGTTGACAGGATAATGGATGTGCTTAGGGCACTATCCAGCCCGAATCTTGACATTCAGAGAAAGACTCTAGATATTGTCCTTGAGTTGATCACCC 476 C/T C T GAGGAACATCAACGAGGTTGTTCTCATGTTGAAGAAGGAAGTTATGAAGACTCAAAATGGAGAGCTTGAGAAGAATGGCGAGTACAGGCAGATGCTCATCCAAGCCATCCATTCTTGTGCCATCAAGTTCCCAGAGGTGGCVAGYACAGTGGTTCACCTGTTGATGG AAGAGGAATGCATTTCTCATGCTATTTACTTGTGATCAAGATCGGGCCATTAATTACCTCTTGACCAATGTTGATAAGGTCTCTGAATGGGGTGAACTGCTGCAGATGGTTGTCCTAGAGTTGATTCGGAAGGTGTGCAGAACGAATCGGGGAGAGAAGGGAAAATACATTAAGATCATTATATCATTGCTGAATGCCCCYTCTAATGCGGTTATTTACGAGTGTGCTGGGACACTTGTTTCTCTGTCATCTGCACCTACTGCTATCAGAGCTGCTGCCAACACCTATTGCCAGCTTCTTCTCTCTCAGAGTGACAACAACGTGAAGCTTATTGTTCTTGATCGTCTGAATGAGCTCAAGTCTTCTCATAGAGAGATCATGGTTGACAGGATAATGGATGTGCTTAGGGCACTATCCAGCCCGAATCTTGACATTCAGAGAAAGACTCTAGATATTGTCCTTGAGTTGATCACCCCGAGGAACATCAACGAGGTTGTTCTCATGTTGAAGAAGGAAGTTATGAAGACTCAAAATGGAGAGCTTGAGAAGAATGGCGAGTACAGGCAGATGCTCATCCAAGCCATCCATTCTTGTGCCATCAAGTTCCCAGAGGTGGCVAGYACAGTGGTTCACCTGTTGATGG 643 C CCG 2 PRO/LEU NONSYN exon replacement 1-643 1 LG_XVIII 7026629 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0018s06350.1 578406 CCCCAAAATCCTCCAGGTTATTTATTTATTTCCTCGCTTTATTTTTATCGAATTTCAAATTATTTTCTTAATTTGCTTCTCCTCTCTCTTATTTTAAATATATATACAAATAAAATAAAATAAAAAACAGATATCTGCAGTGAGAGATATTTCTGTTAGTAGCATAGAAGGGTTTCCGAATTCAAGCAAACGGCGACTGTTAAAACTCGGTCTCACTGATGGGCACAACGAGATAACTGCAATCGAATACTCKCATATTCC 262 C/T C T TCAATCCCAAATGATATAGCTCCTGGTTCTAAGGTAATCTACCACTTTTATTTTATTTTATTTACCATTTCTAATTTTTAATTTAATCAATGCTTTTGGCAGGTTCGGTTGGATAACAAAGCTCCATTACATAACTGTATTGTATGTTTGAATCCTAAAGTTATAACTGTAATAGGAGGCATTGTCCAATCACTTCATGAAGAATGGCAAATGARCCAAAAATATTCTGGTTTTTCACGTTCATCATTAAGGTTATCACAGGAAACTGATAA CCCCAAAATCCTCCAGGTTATTTATTTATTTCCTCGCTTTATTTTTATCGAATTTCAAATTATTTTCTTAATTTGCTTCTCCTCTCTCTTATTTTAAATATATATACAAATAAAATAAAATAAAAAACAGATATCTGCAGTGAGAGATATTTCTGTTAGTAGCATAGAAGGGTTTCCGAATTCAAGCAAACGGCGACTGTTAAAACTCGGTCTCACTGATGGGCACAACGAGATAACTGCAATCGAATACTCKCATATTCCCTCAATCCCAAATGATATAGCTCCTGGTTCTAAGGTAATCTACCACTTTTATTTTATTTTATTTACCATTTCTAATTTTTAATTTAATCAATGCTTTTGGCAGGTTCGGTTGGATAACAAAGCTCCATTACATAACTGTATTGTATGTTTGAATCCTAAAGTTATAACTGTAATAGGAGGCATTGTCCAATCACTTCATGAAGAATGGCAAATGARCCAAAAATATTCTGGTTTTTCACGTTCATCATTAAGGTTATCACAGGAAACTGATAA 534 T CCC 3 PRO SYN exon silent "1-16,131-295,365-534" 3 LG_XVIII 7415730 NA NA "17-130,296-364" NA NA POPTR_0025s00730.1 578887 GTATCTTTGAGAACTACCTTGGGAGTAGCTCCAGTGGATTGGACCCGGACCTTTCTTYAGGTATGCGCTGATCTAAGATTCATGTTTAGGTTTCTGATTTAAAAGTCGAGTGAKTCATTGTTGTAAGCTTGTACCTCGTTTAAATTAGCCAATATTCAATTCCCAACAATCAACATAAGTTCCTCATTTACTGTTGTTTTGGCAGCTG 209 A/G A G CTTTCCTCTGAAGCGAGAAAGAAATCTTCTGCAAAAGGAGGGTAGAGAAGAATCCACAAGTCATGRTCYTAGTCAGGATACTCCAAAAGAGAAGAAGGRTGATCCAGMAACTCTTTCAACTCCCTATAAAGCTGGGTTAGCAGTGGCAGGAGTTGTTGTTATGTGTTGTGGTTTTCTCTGCCCGTGTCTATATAAGAAAAGGAAACCAGCCACGCACACTGTTCTTGAAMAGKATCCAAACTCACGTGAGTCTAAAATGATCTTATCTGTATCTCAAATATTTGAAGTTTAAGGACATCATTAAGTTATAACTTGTGAGTTCACCAAATAGATATATACAGTTTTATGATTAGGGAGWTCATTAGCAACTTTGTATTAATAATTTTGCTATGTTGCTACTTTGTATTCATCTGATTTCTTTACCATTTCTCGATGATTTAATTGACAATTCAATCAATTATGGTCTTGC GTATCTTTGAGAACTACCTTGGGAGTAGCTCCAGTGGATTGGACCCGGACCTTTCTTYAGGTATGCGCTGATCTAAGATTCATGTTTAGGTTTCTGATTTAAAAGTCGAGTGAKTCATTGTTGTAAGCTTGTACCTCGTTTAAATTAGCCAATATTCAATTCCCAACAATCAACATAAGTTCCTCATTTACTGTTGTTTTGGCAGCTGACTTTCCTCTGAAGCGAGAAAGAAATCTTCTGCAAAAGGAGGGTAGAGAAGAATCCACAAGTCATGRTCYTAGTCAGGATACTCCAAAAGAGAAGAAGGRTGATCCAGMAACTCTTTCAACTCCCTATAAAGCTGGGTTAGCAGTGGCAGGAGTTGTTGTTATGTGTTGTGGTTTTCTCTGCCCGTGTCTATATAAGAAAAGGAAACCAGCCACGCACACTGTTCTTGAAMAGKATCCAAACTCACGTGAGTCTAAAATGATCTTATCTGTATCTCAAATATTTGAAGTTTAAGGACATCATTAAGTTATAACTTGTGAGTTCACCAAATAGATATATACAGTTTTATGATTAGGGAGWTCATTAGCAACTTTGTATTAATAATTTTGCTATGTTGCTACTTTGTATTCATCTGATTTCTTTACCATTTCTCGATGATTTAATTGACAATTCAATCAATTATGGTCTTGC 678 G GAC 2 ASP/GLY NONSYN exon replacement "1-60,206-454" 2 LG_XVIII 12097666 (reverse complement) NA "61-205,455-678" NA NA POPTR_0001s40720.1 579428 TTTCAATCACATACTGTTGGATCCAGGACTGCTTGATGCCATACTTCTTCATAACCCATATGCCAAATTTATCAACACTGCCAACCTTCTCAGGAACACTCACACATAGACAATCTTTCAAAACTCCCAACTTTACCCTGGCATCATTTCCATCATATGTAGGAGGTAATGGCAATTGCCCAAACTGCTCTTTTCCAAAGTTAAAAGAACAAATAAACTGCAAAWWTTTTTGATCAGGAATCCAGTGGATATAACCATGCACAGAAGTATCAAAATCCAGTTTTTCAATGCAAGAA 297 A/G A G GAGGATTTCCTATTCGTCTCCATTTTTTYGTGCCAATTGTGTATATCTCAGCCCTAGGGTAACCTGGAGCTCTTCTATTGGTCTTAAGACAAAAAGTTCGCAACACTTTGAACTCAAATTTGCCATTGGTGATGCCAAGTCCAAGACAAAAACTATTGTGATAAAACGGCAGGGGTCTATTTACCGAGATTGTTATATGCTCACGAAAAACTGGATTGCAAACATGAATAACATTGCGGGATTTGCCTTCTGATATGCAAAGCAAACCATGACAAGAATTCACTAACTCAAAATTTGAAGTGGGCAARTCCWTTTTCGGAACAAGCTTCTTTGACCTCTCAACCTGGAAAGTTYTACCATTAACTCCTTCYGCTATCCGAACTGAAATG TTTCAATCACATACTGTTGGATCCAGGACTGCTTGATGCCATACTTCTTCATAACCCATATGCCAAATTTATCAACACTGCCAACCTTCTCAGGAACACTCACACATAGACAATCTTTCAAAACTCCCAACTTTACCCTGGCATCATTTCCATCATATGTAGGAGGTAATGGCAATTGCCCAAACTGCTCTTTTCCAAAGTTAAAAGAACAAATAAACTGCAAAWWTTTTTGATCAGGAATCCAGTGGATATAACCATGCACAGAAGTATCAAAATCCAGTTTTTCAATGCAAGAAAGAGGATTTCCTATTCGTCTCCATTTTTTYGTGCCAATTGTGTATATCTCAGCCCTAGGGTAACCTGGAGCTCTTCTATTGGTCTTAAGACAAAAAGTTCGCAACACTTTGAACTCAAATTTGCCATTGGTGATGCCAAGTCCAAGACAAAAACTATTGTGATAAAACGGCAGGGGTCTATTTACCGAGATTGTTATATGCTCACGAAAAACTGGATTGCAAACATGAATAACATTGCGGGATTTGCCTTCTGATATGCAAAGCAAACCATGACAAGAATTCACTAACTCAAAATTTGAAGTGGGCAARTCCWTTTTCGGAACAAGCTTCTTTGACCTCTCAACCTGGAAAGTTYTACCATTAACTCCTTCYGCTATCCGAACTGAAATG 686 MINUS STRAND A CUU 2 LEU/PRO NONSYN exon replacement 1-686 3 scaffold_107 159313 NA NA NA NA NA POPTR_0001s40760.1 579432 CAGMATTCACACTCCAGCAGAAGGCGYCCAAGAGTTTCTCCAACTCAAAATCCTGGAGCTGCGGTCAGAAGAAACCATTTTGATGATC 89 A/G A G ACAAGGTGAAGGCAACAGTAATGCTGCTGCTAGAAACTTGCCAGGAGAGCCACCAATACGAAGCCTAGAAGTAGCTCTCAGGCTCATTGAAAACTACGATCCCCATGAAGTCCCCTCAATTCCAGGTTTAAATGGGATAATTGGAAGATGCAGCAAGCCTTTTGAAAAGCAGTTGACAGAGAGTGATTTGAGGGATGATCAAAGCAGGCTGTCAATTAACAAAGCAGATGCACAAAAGTACCTCTACCCATTGCTGAATGAAGATGAGAATCTTGCTGAAGGAATCAACGTGACCACTTATGACCCTAATGGCAAGGAATTCGAGATGGTATTCAAGATCTGGGTGTCCAAGATTCATGTCCTCATTGGAGGGTGGAAAGCATTCTTCCATGAGCATCAGTTGAGGAAAGACCAAGACTTTGTTACTCTGTGGATGTTTCGAAGACTAGACACAGAAAAGCTTTGCTTTGTGATC CAGMATTCACACTCCAGCAGAAGGCGYCCAAGAGTTTCTCCAACTCAAAATCCTGGAGCTGCGGTCAGAAGAAACCATTTTGATGATCAACAAGGTGAAGGCAACAGTAATGCTGCTGCTAGAAACTTGCCAGGAGAGCCACCAATACGAAGCCTAGAAGTAGCTCTCAGGCTCATTGAAAACTACGATCCCCATGAAGTCCCCTCAATTCCAGGTTTAAATGGGATAATTGGAAGATGCAGCAAGCCTTTTGAAAAGCAGTTGACAGAGAGTGATTTGAGGGATGATCAAAGCAGGCTGTCAATTAACAAAGCAGATGCACAAAAGTACCTCTACCCATTGCTGAATGAAGATGAGAATCTTGCTGAAGGAATCAACGTGACCACTTATGACCCTAATGGCAAGGAATTCGAGATGGTATTCAAGATCTGGGTGTCCAAGATTCATGTCCTCATTGGAGGGTGGAAAGCATTCTTCCATGAGCATCAGTTGAGGAAAGACCAAGACTTTGTTACTCTGTGGATGTTTCGAAGACTAGACACAGAAAAGCTTTGCTTTGTGATC 564 A CAA 2 GLN/ARG NONSYN exon replacement 1-564 1 scaffold_107 181301 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0011s05010.1 580883 TGATACCACTTCGCAACCCATTCACAAGAAAGAAGCTGGTATACAAATCCGCAGCCAACTCCACCCTCCACAACAACCGTGAGTACTGCTGGCTGGCTCAGGAAGACATAATCCGTTACCTCCTCAACTCCATTGGCCTCTTCTCTCCAACTCCAAACCACACCATCGAGTCCCTCGGCCTCATTKACTCTGAATCCTTCTTTACTGTCCATTATGATGACCCTGCCTCCTCTGCATTGCCCTTGATCTCTCAGTCCCTCATTAAACAAACATCTGTAGCCATTCTTGATACAGATRGTAAG 303 C/T C T TGATTGGCGAAATCTCACCATTCACATTGAACTTTTGTGACGAGACWGTGGCAGCTGCAATCGCAACACTCTCTGCTGGGGAGTTGATGGCTTACATAGACTGCCGTGACCCACCAGAGGACCTGTTAAGGTTGGTGAARGAAAGACTGGAAGAGAGGAATCTAGGACCTGCTTTGGACYTGATAGAAGAGGAATCAGGAATTTCATCRTTGTCATCGTATTCATCTTCATCAGATGAAGAGTTTGGAATGGGAAGGA TGATACCACTTCGCAACCCATTCACAAGAAAGAAGCTGGTATACAAATCCGCAGCCAACTCCACCCTCCACAACAACCGTGAGTACTGCTGGCTGGCTCAGGAAGACATAATCCGTTACCTCCTCAACTCCATTGGCCTCTTCTCTCCAACTCCAAACCACACCATCGAGTCCCTCGGCCTCATTKACTCTGAATCCTTCTTTACTGTCCATTATGATGACCCTGCCTCCTCTGCATTGCCCTTGATCTCTCAGTCCCTCATTAAACAAACATCTGTAGCCATTCTTGATACAGATRGTAAGCTGATTGGCGAAATCTCACCATTCACATTGAACTTTTGTGACGAGACWGTGGCAGCTGCAATCGCAACACTCTCTGCTGGGGAGTTGATGGCTTACATAGACTGCCGTGACCCACCAGAGGACCTGTTAAGGTTGGTGAARGAAAGACTGGAAGAGAGGAATCTAGGACCTGCTTTGGACYTGATAGAAGAGGAATCAGGAATTTCATCRTTGTCATCGTATTCATCTTCATCAGATGAAGAGTTTGGAATGGGAAGGA 561 T CUG 1 LEU SYN exon silent 1-561 2 scaffold_124 182175 NA NA NA NA NA POPTR_0015s07270.1 581385 GCATGACTTTGCATCAAGTTCAGGGAGTTCATCTCCATGGTCGTCAGATATAGTTAAGGTCATACGTTTGGACAGAACAGCATTCACTCATGCTGACATCTTGAAGGCAACAGGCAATTTTACAGAAAGCAGAATCATTGGGAAGGGAGGTTTTGGAACAGTGTACAGAGGAGTATTGCCTGATGGAAGAGAAGTGGCAGTTAAGAAGCTACAGAGAGAAGGAATTGAAGGCGAAAAGGAATTTCGAGCTGAAATGGAAGTTCTAACTGGAAATGGCTTCGGCTGGCCTCATCCAAACCTAGTAACACTTTATGGGTGGTGCCTTGATGGTACAGAGAAAATATTGGTGTATGAGTACATGGAGGGTGGAAGCTTGGAGGATCTTATATCAGATAGGACGAGGCTAACATSGAGGAGACGTATTGACATAKCAATTGATGTGGCACGCGCATTAGTATTTCTTCACCATGAGTGCTACCCTGC 484 G/T G T ATTGTGCACCGTGATGTCAAGGCTAGCAATGTCCTGCTAGATAAAGATRGCAAGGCACGAGTCACTGACTTTGGTCTTGCTAGATTTGTTGATGTCGGGGACAGCCATGTGAGCACAATGGTGGCTGGCACCGTTGGGTATGTTGCGCCGGAATACG GCATGACTTTGCATCAAGTTCAGGGAGTTCATCTCCATGGTCGTCAGATATAGTTAAGGTCATACGTTTGGACAGAACAGCATTCACTCATGCTGACATCTTGAAGGCAACAGGCAATTTTACAGAAAGCAGAATCATTGGGAAGGGAGGTTTTGGAACAGTGTACAGAGGAGTATTGCCTGATGGAAGAGAAGTGGCAGTTAAGAAGCTACAGAGAGAAGGAATTGAAGGCGAAAAGGAATTTCGAGCTGAAATGGAAGTTCTAACTGGAAATGGCTTCGGCTGGCCTCATCCAAACCTAGTAACACTTTATGGGTGGTGCCTTGATGGTACAGAGAAAATATTGGTGTATGAGTACATGGAGGGTGGAAGCTTGGAGGATCTTATATCAGATAGGACGAGGCTAACATSGAGGAGACGTATTGACATAKCAATTGATGTGGCACGCGCATTAGTATTTCTTCACCATGAGTGCTACCCTGCGATTGTGCACCGTGATGTCAAGGCTAGCAATGTCCTGCTAGATAAAGATRGCAAGGCACGAGTCACTGACTTTGGTCTTGCTAGATTTGTTGATGTCGGGGACAGCCATGTGAGCACAATGGTGGCTGGCACCGTTGGGTATGTTGCGCCGGAATACG 641 Genbank gene model has no stop codons -- happens b/c 1st base is in 3rd (not 2nd) position in reading frame G GCG 3 ALA SYN exon silent 1-641 2 scaffold_129 511662 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0005s00320.1 581590 GATATGTATCGCAAAATTGGCAAACATGATTTTCCTGCCCCATCAGTTCCAGTAATTCCACTCGTATTTATGGTCATACTCATACCTGCCTATGAGTTCTTCTTCGTTCCTTTTGCTCGGAAGTTCACTGGCCATCCGGCAGGCATCACGCAACTTCAGCGTGTGGGAGTTGGTCTAGTTCTCTCTGCCGTTTCAATGGCCGTAGCTGGTMTAGTTGAAGTAAAAAGAAGGGAC 235 C/G C G AGGCACTTAAAGGTCATCTCATAAGTCTTTTCTGGCTTTCCTTCCAATATGGAATATTCGGAATAGCAGACATGTTCACCCTCGTAGGACTATTGGATTTTTTCTACAAGGAGGCACCTTCAAGCATGAAATCACTGTCTACTTCATTCACTTGGCTTTCGTTGTCTTTCGGCTACTTCTTGAGTACTGTTTTTGTGAATCTGATAAATGCCGTCACCAAAAGAATTACACCAAGCAGACAAGGATGGTTACATGGGCAATTGTTGGACTACAACAATTTGAATCTGTTCTACTGGTTCTTAGCCATCCTCAGCTGTCTCAACTTTKTACTCTATCTCTACTCGGCCTCATGGTACAAATATAAACCGGATGACACAGAGTCTAATAACAAGCCAAAAGCGAAGGATTCG GATATGTATCGCAAAATTGGCAAACATGATTTTCCTGCCCCATCAGTTCCAGTAATTCCACTCGTATTTATGGTCATACTCATACCTGCCTATGAGTTCTTCTTCGTTCCTTTTGCTCGGAAGTTCACTGGCCATCCGGCAGGCATCACGCAACTTCAGCGTGTGGGAGTTGGTCTAGTTCTCTCTGCCGTTTCAATGGCCGTAGCTGGTMTAGTTGAAGTAAAAAGAAGGGACCAGGCACTTAAAGGTCATCTCATAAGTCTTTTCTGGCTTTCCTTCCAATATGGAATATTCGGAATAGCAGACATGTTCACCCTCGTAGGACTATTGGATTTTTTCTACAAGGAGGCACCTTCAAGCATGAAATCACTGTCTACTTCATTCACTTGGCTTTCGTTGTCTTTCGGCTACTTCTTGAGTACTGTTTTTGTGAATCTGATAAATGCCGTCACCAAAAGAATTACACCAAGCAGACAAGGATGGTTACATGGGCAATTGTTGGACTACAACAATTTGAATCTGTTCTACTGGTTCTTAGCCATCCTCAGCTGTCTCAACTTTKTACTCTATCTCTACTCGGCCTCATGGTACAAATATAAACCGGATGACACAGAGTCTAATAACAAGCCAAAAGCGAAGGATTCG 645 C CAG 1 GLN/GLU NONSYN exon replacement 1-645 1 scaffold_131 91970 NA NA NA NA NA POPTR_0004s14720.1 582191 TAACGTTCGCGAAATCCTGGTCAATCTCGTGTTTTCAAGCAGTCAATCATTAGAGTTGAGCCACGAGTCACTCGCGATCCTGGTTATGTTTCCACTCACCGAGTTCGACTGTGTGGCAATAGCTTCAGACCCCGAGCGGATCAGTTGTTTAGCAAATTTACTATTTCATTCATCAATCGAAGTCCGAGTCAACTCGGCTGCACTCATCGAGAATGTTATTGCGGGAACAAGATCGTCAGATCTTCGGCTTCAAATTAG 259 C/T C T AACATGGAGATYATCTTCGAAGGAGTAAYAGATATCTTGAAAAATCCTCTATCGTCTCCTCGAGCGCTTAAAATTGGGATAAAAGGGCTCTTCGCTTTATGTCTAGTTAAACAAACTAGACATAAAGCGGTGTCCGCCGGAGCGGCGGAGACRTTAATCGACAGGCTGGCAGATCTTGATAAATGTGATGCAGAAAGAGCCCTTGCTACAATAGAATTGCTTTGCAGAATACAAGTTGGTTGCGCAGCATTCGTAGCGCACGCGCTGACTGTTCCSTTGTTAGTTAAGACTATTCTGAAGATATCGGATAGAGCGACGGAGTACGCGGCGGGAGCGTTGCTGGCGCTGTGTTCAGCGTCGGAGCAGAGTCAAAAYGAGGC TAACGTTCGCGAAATCCTGGTCAATCTCGTGTTTTCAAGCAGTCAATCATTAGAGTTGAGCCACGAGTCACTCGCGATCCTGGTTATGTTTCCACTCACCGAGTTCGACTGTGTGGCAATAGCTTCAGACCCCGAGCGGATCAGTTGTTTAGCAAATTTACTATTTCATTCATCAATCGAAGTCCGAGTCAACTCGGCTGCACTCATCGAGAATGTTATTGCGGGAACAAGATCGTCAGATCTTCGGCTTCAAATTAGCAACATGGAGATYATCTTCGAAGGAGTAAYAGATATCTTGAAAAATCCTCTATCGTCTCCTCGAGCGCTTAAAATTGGGATAAAAGGGCTCTTCGCTTTATGTCTAGTTAAACAAACTAGACATAAAGCGGTGTCCGCCGGAGCGGCGGAGACRTTAATCGACAGGCTGGCAGATCTTGATAAATGTGATGCAGAAAGAGCCCTTGCTACAATAGAATTGCTTTGCAGAATACAAGTTGGTTGCGCAGCATTCGTAGCGCACGCGCTGACTGTTCCSTTGTTAGTTAAGACTATTCTGAAGATATCGGATAGAGCGACGGAGTACGCGGCGGGAGCGTTGCTGGCGCTGTGTTCAGCGTCGGAGCAGAGTCAAAAYGAGGC 639 T AGC 3 SER SYN exon silent 1-639 3 scaffold_135 523839 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s40260.1 583031 ATAGCTAAATTTGTTAGGCYTGTRGTTCTTGGCCTGATATTATCTGCATCCCAAGCTCACACGTTTTCATTGATTAATGKTTATGGCTATTGAGGCTTACAAAATTTTGGAGCACCATGATGATGTAGGGAAAGGTATAATCTATTTTGGAGTAATACACTGTAAGAACGTTCTCACTGATTTTATTTATTGGGCGGTGCTACTGCTCTTGCAACATGTTGTRTTGGAAAAAAGTCATCTGCTGTCCTAGACCTTCTAACTTTTAATGAA 271 C/T C T GCAAGAAGTCTATATTATAGTGTCAATTGTTAATTTTTTAGAACTTTTTTGTTGTGGCTTGTTTTGGTGATGGAGAAAGTAAATTGTGAATAWTTAGCAAGTCATCTRTACTCGAGAATACTTGTAAATGTAGCAAAATTTATGGTAGTAGCTTCAGGATGGAAAAAGAACGAGTTCTAATTAGAAGATTTGTGAAATTRTTGCTCTGCCTCTTGGGTTTCCTGGATATTGCAGGTTCTACTCTTTGTGTCGGAAGTGAMTGGCATCGGCTTCCTCCATGATTTTTTGTTCCTGAATACATCAGTGCAGTTTGGT ATAGCTAAATTTGTTAGGCYTGTRGTTCTTGGCCTGATATTATCTGCATCCCAAGCTCACACGTTTTCATTGATTAATGKTTATGGCTATTGAGGCTTACAAAATTTTGGAGCACCATGATGATGTAGGGAAAGGTATAATCTATTTTGGAGTAATACACTGTAAGAACGTTCTCACTGATTTTATTTATTGGGCGGTGCTACTGCTCTTGCAACATGTTGTRTTGGAAAAAAGTCATCTGCTGTCCTAGACCTTCTAACTTTTAATGAACGCAAGAAGTCTATATTATAGTGTCAATTGTTAATTTTTTAGAACTTTTTTGTTGTGGCTTGTTTTGGTGATGGAGAAAGTAAATTGTGAATAWTTAGCAAGTCATCTRTACTCGAGAATACTTGTAAATGTAGCAAAATTTATGGTAGTAGCTTCAGGATGGAAAAAGAACGAGTTCTAATTAGAAGATTTGTGAAATTRTTGCTCTGCCTCTTGGGTTTCCTGGATATTGCAGGTTCTACTCTTTGTGTCGGAAGTGAMTGGCATCGGCTTCCTCCATGATTTTTTGTTCCTGAATACATCAGTGCAGTTTGGT 586 T intron silent "95-134,583-588" 1 scaffold_146 124424 NA NA "1-94,135-582" NA NA POPTR_0007s10270.1 587061 GCTGTATCTAACRTGGGAAATGTTAYGCCTGAAACTGCAGTTTCAAGTCATAGAGAGGCCACCTCTCGATCTGATATGATTGGGAGCACAGGCCTACTGCATGTTGGGGCTTCGTGTGGAAATGTACGTGCTTCTTCCACGATTTATAATTTACCTCATTTTCACTCATCATTGYTTGAAACTACAGTTTTAAGTCATGGAGAGGCCACTTGCTAACAATTGTTAAGTCTTATGAAGCTGTTTATTTGTCATATTTTCAGGCTGAGAAAGGAATTCTGWTACATAATGCTGCAGTGAAAGAGGAGATAGGAAACTCGAAAAAATCCAATAGTGGTGTAACAGAGAAGCCTTGGGGAGTGATGGAAAAGCAAACAACCCAAGCTYCAGAACCTGAGCTGCCAAAAGAGATGCTAGTGACTCGTGCGCGTTT 431 C/T C T GGTGGGAAATCACTTCCTAAATCCAGGCTCAATGTTTCCAATAACAAGAGAAAGCGGGGGAGGAGAAAATAAGRCTTCCCARAAGAAAAGTTGGCACCTACTGTGATTAGAATTGTACATGCTRCTTATTCTGACTTGTCTTCTCTCTATTCTCCCCTTTATACTGCAAAATCAAGTGCATAATTCTTATTCTGTAA GCTGTATCTAACRTGGGAAATGTTAYGCCTGAAACTGCAGTTTCAAGTCATAGAGAGGCCACCTCTCGATCTGATATGATTGGGAGCACAGGCCTACTGCATGTTGGGGCTTCGTGTGGAAATGTACGTGCTTCTTCCACGATTTATAATTTACCTCATTTTCACTCATCATTGYTTGAAACTACAGTTTTAAGTCATGGAGAGGCCACTTGCTAACAATTGTTAAGTCTTATGAAGCTGTTTATTTGTCATATTTTCAGGCTGAGAAAGGAATTCTGWTACATAATGCTGCAGTGAAAGAGGAGATAGGAAACTCGAAAAAATCCAATAGTGGTGTAACAGAGAAGCCTTGGGGAGTGATGGAAAAGCAAACAACCCAAGCTYCAGAACCTGAGCTGCCAAAAGAGATGCTAGTGACTCGTGCGCGTTTCGGTGGGAAATCACTTCCTAAATCCAGGCTCAATGTTTCCAATAACAAGAGAAAGCGGGGGAGGAGAAAATAAGRCTTCCCARAAGAAAAGTTGGCACCTACTGTGATTAGAATTGTACATGCTRCTTATTCTGACTTGTCTTCTCTCTATTCTCCCCTTTATACTGCAAAATCAAGTGCATAATTCTTATTCTGTAA 628 C UGC 3 CYS SYN exon silent "1-123,261-503" 1 scaffold_205 281352 NA NA 124-260 504-628 3 POPTR_0018s01780.1 587854 AGAGTTGGTTCTGCCCATGATTCAGTTTATAGCTCCAATGATGAATTTAAGCAGGTTTGGTTTCAGTTTGTGAGAATATTGTATTCTTTACTTCTGTATTTTTCCTTATTCTTGTTGCCTTCCGCACGTGTTGCATTATGTGTAGATCCTAGATTTACAGGCTTGATGCTGGATGTTTTTCCTTTCCTCTTTTAAGTCATTAAGTGTCTTAATAATTTCTTGTCTGTAAGTTGTGTTCCATATTTGTTTGACCTGTATTGATAAGAGGGGATTCTTTTTTGTGTTCCATATTTGTCTTAATAATTTCTTGTCTGTAAGTTGTGTTTCATATGCATGATACGAGGGGATTCTTTTTTAATGATTAGTATTAGGACACAGATAAAAAAACATGAGCCAATTGCCATACCCAACTGATATTAAATATTGAACAGTTCGGTAATCTCAATGAAAGGTTGACAATTTTGCAATTTATATGTAGAATGCAGGGATGCGCTT 496 C/T C T TATGGGGGTGCACTATGTCATCATGCAATGGCA AGAGTTGGTTCTGCCCATGATTCAGTTTATAGCTCCAATGATGAATTTAAGCAGGTTTGGTTTCAGTTTGTGAGAATATTGTATTCTTTACTTCTGTATTTTTCCTTATTCTTGTTGCCTTCCGCACGTGTTGCATTATGTGTAGATCCTAGATTTACAGGCTTGATGCTGGATGTTTTTCCTTTCCTCTTTTAAGTCATTAAGTGTCTTAATAATTTCTTGTCTGTAAGTTGTGTTCCATATTTGTTTGACCTGTATTGATAAGAGGGGATTCTTTTTTGTGTTCCATATTTGTCTTAATAATTTCTTGTCTGTAAGTTGTGTTTCATATGCATGATACGAGGGGATTCTTTTTTAATGATTAGTATTAGGACACAGATAAAAAAACATGAGCCAATTGCCATACCCAACTGATATTAAATATTGAACAGTTCGGTAATCTCAATGAAAGGTTGACAATTTTGCAATTTATATGTAGAATGCAGGGATGCGCTTCTATGGGGGTGCACTATGTCATCATGCAATGGCA 529 T UUC 3 PHE SYN exon silent "1-54,479-529" 1 scaffold_2214 7416 NA NA 55-478 NA NA POPTR_0012s11470.1 588180 GTAGTCATGACTGGTGAAGCTAGTCATARGTTCATATTTAGCGGCCGCGATAATGGGATTGCTGCCAAGCTAGCAACTTCTGCATTGGCCATACTAGGAAAGAACAACATCTTCGATCTTTATGGATCTCCACATAAGCTTGTTAKAAGTGCTATAATGAGCTTCTTAAATWCTGAGTGCATCCAAAGATATGTTAGCAAGATGGATTCTTTGGTGAAGGAACAAGTATTGCAGGTAATGG 242 C/T C T AATTAGTACCCWTTATGATTATGGCCCTGAAACAGACTCCAAATACATATATAAATCCAACTCTTSATAATTTCTTGTGTRACTTTGCCAATTGCAGGAGCTAAATRACAAAGAGACTGTGCAAGTAGTACTACTGATGAAGAAGATTAGTTTCATTGCTACGGCGAGTYTGCTTTTTGGATTACCAGAAGCGAAGGAAAGAGATGGATTGTTCAAGGACTTTACAATTGCTGTTAAAGGTATGTGGTCAMTTCCTCTGAATCTTCCAGGGAGTACCTTTCGAAAAGCAGTCCAGGCTCGAGGCAGGATTTTCAAGCTGTTTACTAAT GTAGTCATGACTGGTGAAGCTAGTCATARGTTCATATTTAGCGGCCGCGATAATGGGATTGCTGCCAAGCTAGCAACTTCTGCATTGGCCATACTAGGAAAGAACAACATCTTCGATCTTTATGGATCTCCACATAAGCTTGTTAKAAGTGCTATAATGAGCTTCTTAAATWCTGAGTGCATCCAAAGATATGTTAGCAAGATGGATTCTTTGGTGAAGGAACAAGTATTGCAGGTAATGGCAATTAGTACCCWTTATGATTATGGCCCTGAAACAGACTCCAAATACATATATAAATCCAACTCTTSATAATTTCTTGTGTRACTTTGCCAATTGCAGGAGCTAAATRACAAAGAGACTGTGCAAGTAGTACTACTGATGAAGAAGATTAGTTTCATTGCTACGGCGAGTYTGCTTTTTGGATTACCAGAAGCGAAGGAAAGAGATGGATTGTTCAAGGACTTTACAATTGCTGTTAAAGGTATGTGGTCAMTTCCTCTGAATCTTCCAGGGAGTACCTTTCGAAAAGCAGTCCAGGCTCGAGGCAGGATTTTCAAGCTGTTTACTAAT 570 C intron silent "1-234,340-570" 1 scaffold_232 223237 NA NA 235-339 NA NA POPTR_0001s02740.1 589987 GCTKAAKGTAATGGGGARCACTTGTTTGGTTCAGTGCTTTGGGAAGGCTAGAAGAATCGTTGACTTTGGTTAAAGTTTTTAATGTTGCGATTGATGGAGGGGTTAAGTTGGATGATAGGTTTTGTGGTTGCTTGCTCTCTGTTGCATCACTAAGTGATGAGAGTGAGGATGTGGCTAAGGTCCTAGCTTGTTTGCAGCAAGCTAATCCAAAG 213 C/T C T TGGTTGCCCTTGTTAAATTGTTTGA GCTKAAKGTAATGGGGARCACTTGTTTGGTTCAGTGCTTTGGGAAGGCTAGAAGAATCGTTGACTTTGGTTAAAGTTTTTAATGTTGCGATTGATGGAGGGGTTAAGTTGGATGATAGGTTTTGTGGTTGCTTGCTCTCTGTTGCATCACTAAGTGATGAGAGTGAGGATGTGGCTAAGGTCCTAGCTTGTTTGCAGCAAGCTAATCCAAAGCTGGTTGCCCTTGTTAAATTGTTTGA 238 T CUG 1 LEU SYN exon silent 35-238 3 scaffold_29 1889198 (reverse complement) NA 1-34 NA NA POPTR_0001s01270.1 590121 GGCGCTGCTGCCATGGATGACATGGGAGCAATTCACTTTGCTTCCCAAAAGGGTCATTTAGAAGTTGTCCRAACTCTGCTTTYATCTGGGGCKTCCATCAAAGCTTCCACCAGAAAGGGCCTTACTCCGCTTCACTATGGTGTTCAAGGGTCCCATCTTGAGCTAGTCAAATACTTGGTAAAGAAAGGAGCAAGCCTTAYTGTCAGGACAAAAGCAGGAATGASCCCTCTTGATCTTGCAACCAATGAAGAAATCCGCTTGTTTCTGGAAGAAAGTGAAAAGACATCGAAGAAAGAAACCCTGAATGGAAAAGACAAAGCTGAAGTATCTGAACCAAAGACATCATTGGAGGATAAATCAGAGTATTCTGG 372 C/T C T GGTGAAGCTACTGCTGGGGAGCATGAAGAACAAGTGAATGAAAGTGTTAAGAGGAAGGGTGAAGCAGATGATACYAAGGAAACCTCGTCAGAACTGAAGAGAGCAAGAGTTGCACTCAATCATCTTCTGAGCGCAGACGACACTCAGGAAGAAGAAAACCTGTGAGGATAGTATATAAGATAGCGGGCTAACCAACCTTTTAACCAAGCATCCCGGCAAMAATGTTCTTGTCKTAGGGTATATCATTTGTATGACTTGAAAAAATCCTTC GGCGCTGCTGCCATGGATGACATGGGAGCAATTCACTTTGCTTCCCAAAAGGGTCATTTAGAAGTTGTCCRAACTCTGCTTTYATCTGGGGCKTCCATCAAAGCTTCCACCAGAAAGGGCCTTACTCCGCTTCACTATGGTGTTCAAGGGTCCCATCTTGAGCTAGTCAAATACTTGGTAAAGAAAGGAGCAAGCCTTAYTGTCAGGACAAAAGCAGGAATGASCCCTCTTGATCTTGCAACCAATGAAGAAATCCGCTTGTTTCTGGAAGAAAGTGAAAAGACATCGAAGAAAGAAACCCTGAATGGAAAAGACAAAGCTGAAGTATCTGAACCAAAGACATCATTGGAGGATAAATCAGAGTATTCTGGCGGTGAAGCTACTGCTGGGGAGCATGAAGAACAAGTGAATGAAAGTGTTAAGAGGAAGGGTGAAGCAGATGATACYAAGGAAACCTCGTCAGAACTGAAGAGAGCAAGAGTTGCACTCAATCATCTTCTGAGCGCAGACGACACTCAGGAAGAAGAAAACCTGTGAGGATAGTATATAAGATAGCGGGCTAACCAACCTTTTAACCAAGCATCCCGGCAAMAATGTTCTTGTCKTAGGGTATATCATTTGTATGACTTGAAAAAATCCTTC 642 T GGC 3 GLY SYN exon silent 1-537 1 scaffold_29 3091366 (reverse complement) NA NA 538-642 3 POPTR_0001s01070.1 590141 AATTTGGTTAAATTGATTGGTTATTGCTGTGAAGAAGAAGAACGACTTCTTGTCTATGAATTTATGCCTCGAGGCAGTTTAGAGAATCACTTATTYAAAAGTGAGTCGATCAATTTTATGCTGCATATTTATTTTTCGAGTCATGATTTACATCAACTTTCTAATTTGTGCAATTCAATCTGACTATTTCATAWGGAAAAAGTCTTCTGAAAAGGCTAAACCTTTGACCTGATTCTACTTCATTGGTAAAAATGAAAGAAATGGGGCCGTGTACAGAGAAACATTCAGGAAGACGAYGRGGAGGGTTATTTACTTKGTTTTGTTTCATTCATTGACCATCACAGGGATTTCAGTGTCCTTGCCATGGAGCACGAGGTTAAAGATTGC 388 A/G A G ATAGGAGCAGCCAAGGGGCTAGCCTTCTTGCATGGCGCTGAGAAGCCTGTCATATACCGTGACTTCAAAACTTCCAATSTGYTGCTAGATTCTGTGCGTAAACATCTCTTTCTTTTCTCATTCAGATTGKWAGATAAACATACTTGACATGTCAGGTTTTCTACTTGATTCTGCTGTCAGGATTTTACRGTTAAATTATCAGATTTTGGACTCGCAAAGATGGGACCTGAAGGATCAGACACGCATGTTACCACCAGAGTGATGGGGACCTATGGATA AATTTGGTTAAATTGATTGGTTATTGCTGTGAAGAAGAAGAACGACTTCTTGTCTATGAATTTATGCCTCGAGGCAGTTTAGAGAATCACTTATTYAAAAGTGAGTCGATCAATTTTATGCTGCATATTTATTTTTCGAGTCATGATTTACATCAACTTTCTAATTTGTGCAATTCAATCTGACTATTTCATAWGGAAAAAGTCTTCTGAAAAGGCTAAACCTTTGACCTGATTCTACTTCATTGGTAAAAATGAAAGAAATGGGGCCGTGTACAGAGAAACATTCAGGAAGACGAYGRGGAGGGTTATTTACTTKGTTTTGTTTCATTCATTGACCATCACAGGGATTTCAGTGTCCTTGCCATGGAGCACGAGGTTAAAGATTGCAATAGGAGCAGCCAAGGGGCTAGCCTTCTTGCATGGCGCTGAGAAGCCTGTCATATACCGTGACTTCAAAACTTCCAATSTGYTGCTAGATTCTGTGCGTAAACATCTCTTTCTTTTCTCATTCAGATTGKWAGATAAACATACTTGACATGTCAGGTTTTCTACTTGATTCTGCTGTCAGGATTTTACRGTTAAATTATCAGATTTTGGACTCGCAAAGATGGGACCTGAAGGATCAGACACGCATGTTACCACCAGAGTGATGGGGACCTATGGATA 666 A GCA 3 ALA SYN exon silent "1-100,345-481,569-666" 1 scaffold_29 3214363 NA NA "101-344,482-568" NA NA POPTR_0014s03810.1 591856 CTCTGCTATTGATCCCCCGATATACCATAGAGATATCAAGTCGAGCAACATACTTTTAGACTTCGACTTCAAGTCCAAAGTTGCAGATTTTGGTCTTTCTAGACATGGCATGACTGACATGTCGCACATCTCTAYGGTCCCACAAGGAACTCCAGGGTACCTTGATCCTCAGTACCATCAAAACTTCCATCTTTCGGACAAAACTGACGTTTATAGCTTTGGTGTAGTTCTCATTGAGATCATAACAGCAAAGAAGGTGCTGGACTTTTCGAGGCCTCAAGATGAAGTGAATTTGGCTTCTCTTGCTATTGACAAGATTGGCAGGGGGCTATTGGATGAGATCATAGATCCATTCCTTGATTTACATAATGATGCTTGGACCTTTTCTTCAGTGCATAAAGTGGCAGAACTGGCATTTAGATGCCTCGCTTTTCATAAAGACATCAGGCCTTCGATGATGGAAGTTGCAGCAGAATTAGAGCAGATAATGCTTACCAGATGGCCACCTTCAGAGGAAATAAACTGCACAACTTCATTAGR 541 A/T A T TTTTCCCAATGCTCTTCTTCATCCCATGTCAGCGAGAAGGCTCTAAACTTAACGGTTAAAAAAACAGAAATAGAGAGAAGAGGTTTGTTGGTTTTGCAGACACAGGCCAGTAGAAAGTCAACTGAAAGGACCGATCATAATTCACCTATGTCTGTTCAAGATCCATGGTTAAGTGAACAAA CTCTGCTATTGATCCCCCGATATACCATAGAGATATCAAGTCGAGCAACATACTTTTAGACTTCGACTTCAAGTCCAAAGTTGCAGATTTTGGTCTTTCTAGACATGGCATGACTGACATGTCGCACATCTCTAYGGTCCCACAAGGAACTCCAGGGTACCTTGATCCTCAGTACCATCAAAACTTCCATCTTTCGGACAAAACTGACGTTTATAGCTTTGGTGTAGTTCTCATTGAGATCATAACAGCAAAGAAGGTGCTGGACTTTTCGAGGCCTCAAGATGAAGTGAATTTGGCTTCTCTTGCTATTGACAAGATTGGCAGGGGGCTATTGGATGAGATCATAGATCCATTCCTTGATTTACATAATGATGCTTGGACCTTTTCTTCAGTGCATAAAGTGGCAGAACTGGCATTTAGATGCCTCGCTTTTCATAAAGACATCAGGCCTTCGATGATGGAAGTTGCAGCAGAATTAGAGCAGATAATGCTTACCAGATGGCCACCTTCAGAGGAAATAAACTGCACAACTTCATTAGRATTTTCCCAATGCTCTTCTTCATCCCATGTCAGCGAGAAGGCTCTAAACTTAACGGTTAAAAAAACAGAAATAGAGAGAAGAGGTTTGTTGGTTTTGCAGACACAGGCCAGTAGAAAGTCAACTGAAAGGACCGATCATAATTCACCTATGTCTGTTCAAGATCCATGGTTAAGTGAACAAA 722 T GAA 3 ASP/GLU NONSYN exon replacement 1-722 3 scaffold_40 1487431 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0002s00910.1 593178 AATGTACAGATGGTCTCTGCAATGGCACTAGAGAACTTATCTCAAGAGTCAAAAAATTTAACAAGATTGCCTGAGTTACCGCCTCCTGCTTTCTGTGCCTCAATCTTTTCATGTCTTAGCAAACAGCCTGTCATAACTGGATTGTGCCGGCTCCACCGAGGAACATGTTCCCTAAAAGATTCATTCTGTCTTCTGGAAGGACAGGCTGTTGAGAAGCTGGTAGCTCTTTTAGACCACACGAATGAGAAAGTSGTTGAAGCAGCTCTTGCAGCAATTTCTACTTTGTTGGATGATGGGGTTGCCATTGAACAAGGGGTTGCAGTGTTGTGTGCGGCAGAGGGAATTAGACCTAT 354 A/T A T CTTGACGTGTTACTGGAGAAACGAACTGAGAATCTGAGAAGGAGGGCAGTTTGGGCTGTTGAGAGACTTTTACGGACTGAAGACATAGCATATGAAGTTTCTGGAGATCCAAATGTGAGTACTGCACTTGTTGATGCTTTCCAGCATGCTGACTATCGAACACGGCAGATTGCTGAGCGTGCCCTGAAACATGTTGATAAGATACCCAATTTCTCTGGTATCTTTCCAAATATGGGTTAGGCCGCTTACYGATCCTGGAGCTGTATG AATGTACAGATGGTCTCTGCAATGGCACTAGAGAACTTATCTCAAGAGTCAAAAAATTTAACAAGATTGCCTGAGTTACCGCCTCCTGCTTTCTGTGCCTCAATCTTTTCATGTCTTAGCAAACAGCCTGTCATAACTGGATTGTGCCGGCTCCACCGAGGAACATGTTCCCTAAAAGATTCATTCTGTCTTCTGGAAGGACAGGCTGTTGAGAAGCTGGTAGCTCTTTTAGACCACACGAATGAGAAAGTSGTTGAAGCAGCTCTTGCAGCAATTTCTACTTTGTTGGATGATGGGGTTGCCATTGAACAAGGGGTTGCAGTGTTGTGTGCGGCAGAGGGAATTAGACCTATACTTGACGTGTTACTGGAGAAACGAACTGAGAATCTGAGAAGGAGGGCAGTTTGGGCTGTTGAGAGACTTTTACGGACTGAAGACATAGCATATGAAGTTTCTGGAGATCCAAATGTGAGTACTGCACTTGTTGATGCTTTCCAGCATGCTGACTATCGAACACGGCAGATTGCTGAGCGTGCCCTGAAACATGTTGATAAGATACCCAATTTCTCTGGTATCTTTCCAAATATGGGTTAGGCCGCTTACYGATCCTGGAGCTGTATG 621 T AUA 3 ILE SYN exon silent 1-594 1 scaffold_482 518 (reverse complement) NA NA 595-621 3 POPTR_0013s08540.1 596989 TTTCTTTTTCTCCTCCTTTCACAGGAATTTTAATTCAATCTACTCTGCTGCTACTGCTTATAATCGTCTTCTTCTTTCTCCAGAAAATAAAATATGAGCGTGACTGAGTTTGCTATGGTAATTATTAAATTAAATTTTCTTTCTTTCTTTCTCTGTCTCTAATTAATTAATGGATTGTTAATTTGTAGGTAGAGGAATTGGCTTTTCTGGTGA 214 A/G A G GGATAATCTTCGTTGCAAACATCTTGTCTTGTCAATGGAAGAAACCTTTCTTAATTTCCTTCAAGATGACAGGTAATTGTAAATTTGTAATTGTAATATTATTTCGCTCTATATATTTATTTAAACCAAATTGTTAATGAATTGCAGTTCCCACTCCGATGGTATCTTGGAGCTCCAACCAATGGATGCATATAGTCGTCTTCTTTTGCATCGCCTTGCTGATATATTTGGGTATTTTTATTTTTATATTTGGGCCTGTTTATTTTAATTAACTAATTAAACCAGGGTTTATTTTATGTGTTAGGTTTTCTCATGTATCTATTGGCGAGGGAGC TTTCTTTTTCTCCTCCTTTCACAGGAATTTTAATTCAATCTACTCTGCTGCTACTGCTTATAATCGTCTTCTTCTTTCTCCAGAAAATAAAATATGAGCGTGACTGAGTTTGCTATGGTAATTATTAAATTAAATTTTCTTTCTTTCTTTCTCTGTCTCTAATTAATTAATGGATTGTTAATTTGTAGGTAGAGGAATTGGCTTTTCTGGTGAAGGATAATCTTCGTTGCAAACATCTTGTCTTGTCAATGGAAGAAACCTTTCTTAATTTCCTTCAAGATGACAGGTAATTGTAAATTTGTAATTGTAATATTATTTCGCTCTATATATTTATTTAAACCAAATTGTTAATGAATTGCAGTTCCCACTCCGATGGTATCTTGGAGCTCCAACCAATGGATGCATATAGTCGTCTTCTTTTGCATCGCCTTGCTGATATATTTGGGTATTTTTATTTTTATATTTGGGCCTGTTTATTTTAATTAACTAATTAAACCAGGGTTTATTTTATGTGTTAGGTTTTCTCATGTATCTATTGGCGAGGGAGC 548 A AAG 2 LYS/ARG NONSYN exon replacement "94-117,189-286,362-445,519-548" 1 scaffold_87 1093464 NA NA "118-188,287-361,446-518" 1-93 5 POPTR_0001s20790.1 597627 CAGCCGCGGTTGCTTCTGTTCCTGTGTTTTATGGACCGCAGTGGTCATCTTCACTCTCATAGTCCTTGCTGCCATAGCCGGAGCCATTATCTACGTCCTCTACCGACCCYACCGACCCACCTTTGTCGTCTCCGGCCTCAAAATCTCCTCTCTCAACCTTACCTCAACGTCCCATCTCACTACCAACATCGACCTCAACATCACCACTAGAAACCCTAATAAAAAGCTCGTCTATACATACAATCCCATCACTAT 256 C/T C T TCTGTGACTACAGAGAAAGATGGTATCCTTGTAGGCAGTGGTCTGTTGCCCTCATTTGTGCATGGCACCAAGAACACAACCTTTTTGAGAGCTKCCATCACAAGCAGTGGCTTACAACTGGATGACAAATCTGGTAGCAAGTTAACGAGTGATTTGAAGAGCAAGGATGGTGTGGCTTTGAAGGTAGAGTTGGAGACTAAAGTAAAAGTCAAGATGGGAGGGTTAAAGACTCCAAAAGCTAGAATTAGGGTCAGTTGTCAAGGGATTAAAGCCACTGTYCCATCTGGGAAACAAGCAACAAAAGCATCTGTCTCAAATGCWAAGTGCAAGGTTGWTTTGAGGATCAAGATCTGGAAG CAGCCGCGGTTGCTTCTGTTCCTGTGTTTTATGGACCGCAGTGGTCATCTTCACTCTCATAGTCCTTGCTGCCATAGCCGGAGCCATTATCTACGTCCTCTACCGACCCYACCGACCCACCTTTGTCGTCTCCGGCCTCAAAATCTCCTCTCTCAACCTTACCTCAACGTCCCATCTCACTACCAACATCGACCTCAACATCACCACTAGAAACCCTAATAAAAAGCTCGTCTATACATACAATCCCATCACTATCTCTGTGACTACAGAGAAAGATGGTATCCTTGTAGGCAGTGGTCTGTTGCCCTCATTTGTGCATGGCACCAAGAACACAACCTTTTTGAGAGCTKCCATCACAAGCAGTGGCTTACAACTGGATGACAAATCTGGTAGCAAGTTAACGAGTGATTTGAAGAGCAAGGATGGTGTGGCTTTGAAGGTAGAGTTGGAGACTAAAGTAAAAGTCAAGATGGGAGGGTTAAAGACTCCAAAAGCTAGAATTAGGGTCAGTTGTCAAGGGATTAAAGCCACTGTYCCATCTGGGAAACAAGCAACAAAAGCATCTGTCTCAAATGCWAAGTGCAAGGTTGWTTTGAGGATCAAGATCTGGAAG 613 T AUC 3 ILE SYN exon silent 1-613 3 scaffold_97 274578 NA NA NA NA NA POPTR_0001s36160.1 641721 GTNAGTTAAAGCTTTTGTTTCATTTCTTTTATATTACAACYACGTTTTGGCTTCGATAAAACTDAGGAAAGGRACTGAATTTTAGCGTTTTTGTGTTTGGNCAAAACCAATAACCTCGGTTACAGGRCCTYTGAGAAACAAGTTTTTAGTATCTCGATTTTGTAGCCAATATTTTTGTGTTACTGAATCAGATCAGGAAAGGCGGTGC 209 C/T C T GGGGAAAGGAAGCAAATCTTGATATATCRAAGACATGGGATCCGGTCAATGGATGGTAGARAAGAGATCTGGTTNAGAAAATGAT GTNAGTTAAAGCTTTTGTTTCATTTCTTTTATATTACAACYACGTTTTGGCTTCGATAAAACTDAGGAAAGGRACTGAATTTTAGCGTTTTTGTGTTTGGNCAAAACCAATAACCTCGGTTACAGGRCCTYTGAGAAACAAGTTTTTAGTATCTCGATTTTGTAGCCAATATTTTTGTGTTACTGAATCAGATCAGGAAAGGCGGTGCCGGGGAAAGGAAGCAAATCTTGATATATCRAAGACATGGGATCCGGTCAATGGATGGTAGARAAGAGATCTGGTTNAGAAAATGAT 294 C UTR silent 240-290 1 LG_I 23058171 NA NA 1-187 188-239 5 POPTR_0001s37920.1 642336 TGCTGCAGAACCTAGGTTAACTAAGTTGCTTTGTTGTAGGTGGAGATCAAGAAAGCTGAACCAAAGAAAGCCTCAAACCCACCATCTGCTCCTTCATACGGTAGCAATACTAGGGGTCGTTCTTTCAATAGTGATAATTATGGTGGGTTCAATGGTCCGTATGGGGGGTTTGATGGCGGGTTTGGSCCTGGCCCTTATAGGACACCTGGCCTGTCTAGTAGACTCAGTAGTGCRTATGGCTATGGTAGTGGTGGTGGGGACTTTGGTGGTGGCTATGGAAATTTTGGAGGGACTAGCCTAGGAGGTTACAGAGCTGAAGCCTCCCTTGGTTATTCTGGTCGCTATCC 348 C/G C G CCTTATGGAGGTGGTTTCGGTGGGGGTTATGGTGCTAGTGGCTTAGGAGGATAYGGTCGAGGAGGTGAGGGATATGGAAATTATGGAGCTTCTGGTTATACC TGCTGCAGAACCTAGGTTAACTAAGTTGCTTTGTTGTAGGTGGAGATCAAGAAAGCTGAACCAAAGAAAGCCTCAAACCCACCATCTGCTCCTTCATACGGTAGCAATACTAGGGGTCGTTCTTTCAATAGTGATAATTATGGTGGGTTCAATGGTCCGTATGGGGGGTTTGATGGCGGGTTTGGSCCTGGCCCTTATAGGACACCTGGCCTGTCTAGTAGACTCAGTAGTGCRTATGGCTATGGTAGTGGTGGTGGGGACTTTGGTGGTGGCTATGGAAATTTTGGAGGGACTAGCCTAGGAGGTTACAGAGCTGAAGCCTCCCTTGGTTATTCTGGTCGCTATCCCCCTTATGGAGGTGGTTTCGGTGGGGGTTATGGTGCTAGTGGCTTAGGAGGATAYGGTCGAGGAGGTGAGGGATATGGAAATTATGGAGCTTCTGGTTATACC 450 G CCC 3 PRO SYN exon silent 40-450 1 LG_I 30161355 (reverse complement) NA NA 1-39 5 POPTR_0003s10280.1 646373 GGKTGTCCATTGCTGCCATTGTCTTTGATTCAGCATTTTCTTCGTGTTTGTGAGAGTTGGCTTTCGAAAGGGAATCATCAGAATGTTATCCTTTTTCACTGTGAGAGAGGGAGTTGGCCATTGTT 126 A/G A G GCATTTCTTTTGGCCAGTTTCTTGATTTTTAGGAAGTTGCATAGTGGTGAGAAGAGGACTCTTGAGATTGTTCATAAAGAGGCTCCTAAAGGGTTCTTGCAGCTCTTGTCGCCACTCAATCCTTTTCCATCTCAACTTCGTTATCTTCAGTATGTGGCTAGGAGAAATATAGCACCTGAGTGGCCACCTCCTGAACGGGCGCTTTCTTTGGATTGTGTCATTTTTCrTGCCATTCCCAGTTTTGATGCTGGAAATGGGTGTAGGCCAATCATTCGTATTTTTGGTAGGAACTTACACACAAAGGGTGGACTTTCTACGCAGATGCTCTTCTCTATGTCTAARAAGAAGAAGTCTGCCCTTCGGCACTACTGCCAGGTGAGAGGCTTGCTGTTCTATGCCATTTCATATTACTTTATACTCAATTTCTCTTTCCCAAGGCAATGTGAAATTGACTGTTCTTTCTTTGTAGGCGGACTGTGATGTGATAAAGATTGA GGKTGTCCATTGCTGCCATTGTCTTTGATTCAGCATTTTCTTCGTGTTTGTGAGAGTTGGCTTTCGAAAGGGAATCATCAGAATGTTATCCTTTTTCACTGTGAGAGAGGGAGTTGGCCATTGTTAGCATTTCTTTTGGCCAGTTTCTTGATTTTTAGGAAGTTGCATAGTGGTGAGAAGAGGACTCTTGAGATTGTTCATAAAGAGGCTCCTAAAGGGTTCTTGCAGCTCTTGTCGCCACTCAATCCTTTTCCATCTCAACTTCGTTATCTTCAGTATGTGGCTAGGAGAAATATAGCACCTGAGTGGCCACCTCCTGAACGGGCGCTTTCTTTGGATTGTGTCATTTTTCrTGCCATTCCCAGTTTTGATGCTGGAAATGGGTGTAGGCCAATCATTCGTATTTTTGGTAGGAACTTACACACAAAGGGTGGACTTTCTACGCAGATGCTCTTCTCTATGTCTAARAAGAAGAAGTCTGCCCTTCGGCACTACTGCCAGGTGAGAGGCTTGCTGTTCTATGCCATTTCATATTACTTTATACTCAATTTCTCTTTCCCAAGGCAATGTGAAATTGACTGTTCTTTCTTTGTAGGCGGACTGTGATGTGATAAAGATTGA 621 G UUA 3 LEU SYN exon silent "1-501,596-621" 1 LG_III 10116940 NA NA 502-595 NA NA POPTR_0003s11770.1 646516 TGGTAACTCATCGATGGCTTCAGTCGCCATATATGTACTGAATTACCTATTAATTGTAYACAGAATCATTTGAGACAACATTATGTGTTAATTACAGGAGTTTAATTTTCATACGGAGAAGAGGTTTCAACATAATCCACCCATAGATCTTTTCAGCAAGGTATTCCTTAAATTTTGACCTCGTAGTTAAMCAAACTCATTATGCTATCTCCTGGTTAAGGGATGCATGAATCTATTTCTGTTGTAGTAGTKCTCACTGTTGTTATCTTAGCCTTTGCAGTTTGCACTCATATATTTTCCAAGATTCTAAAWTTTTTACCCTGTGAATGCTAGCTCTCCCTTACAAGCGAACTCCAACCAAATAACAGGTCACAATTGCAATTTCCTCAACCGAGCAATATATATA 407 C/T C T GAAGGTTCTCCTTGTTCCTTGTAAATTCTTTAATCTTAGCMAACACAAATTCTTTATCTTCAATTCCACTTTGCTTAATATCTCTAATTGTTTCTGTGGTGCAAGGGYTCGAAAGAAAATAGATTGAATCCTTTGCAAACAGGGCAGAAGGTAAGCATGTCATCTGTTAGGAACCATCTCTGTGCCATATTATTTTCTTTTTGTTCCAGCTACAAAGTATTRTTTTTTGCCTTCYTTYAGATGCTGAAAGAAAGGCAACCTATKTTCG TGGTAACTCATCGATGGCTTCAGTCGCCATATATGTACTGAATTACCTATTAATTGTAYACAGAATCATTTGAGACAACATTATGTGTTAATTACAGGAGTTTAATTTTCATACGGAGAAGAGGTTTCAACATAATCCACCCATAGATCTTTTCAGCAAGGTATTCCTTAAATTTTGACCTCGTAGTTAAMCAAACTCATTATGCTATCTCCTGGTTAAGGGATGCATGAATCTATTTCTGTTGTAGTAGTKCTCACTGTTGTTATCTTAGCCTTTGCAGTTTGCACTCATATATTTTCCAAGATTCTAAAWTTTTTACCCTGTGAATGCTAGCTCTCCCTTACAAGCGAACTCCAACCAAATAACAGGTCACAATTGCAATTTCCTCAACCGAGCAATATATATACGAAGGTTCTCCTTGTTCCTTGTAAATTCTTTAATCTTAGCMAACACAAATTCTTTATCTTCAATTCCACTTTGCTTAATATCTCTAATTGTTTCTGTGGTGCAAGGGYTCGAAAGAAAATAGATTGAATCCTTTGCAAACAGGGCAGAAGGTAAGCATGTCATCTGTTAGGAACCATCTCTGTGCCATATTATTTTCTTTTTGTTCCAGCTACAAAGTATTRTTTTTTGCCTTCYTTYAGATGCTGAAAGAAAGGCAACCTATKTTCG 675 T AUG 3 MET/THR NONSYN exon replacement "1-2,98-160,334-411,513-557,648-675" 2 LG_III 11324628 NA NA "3-97,161-333,412-512,558-647" NA NA POPTR_0009s14830.1 649116 CATTGAATACTGGCTTTATTTTTAATAAGGAAANNNNNNNNCTGTTGGCTTTTGTTTAGTGATTTTACTAAAATAKCAGATTTACTTCTCTTTSGAAGTTGGTCACA 108 A/T A T TTTGAGGAACAAAAGTCTTGGATTTGTGATTTTTTCATCATSTACCCTCTCTTTTTTCAGATAAGAGTTCTCCAAAATTATTTACATTGCAACCCTAGGATGTATGAGAGGGAGAGAGATTTAAAGCTTTGGATGTTTACCACTGTAATAGTATGCTTAGATTCGTGTCATAAAATTCTGCAATATACATGACAGATGGTTGATGCTTGGGGAGGATGGAGTCTGTTCCAAAGTCTGCTGCGGACACTTAATAAGATAGCCTCTAAACACGGTGTCTCCATTCCAACTGTAGCGGTGAAGTACATATTAGATCAGGTATATTTCAGCACTTCCTAAATGTTCATTTCTCTTTGATGGTAGAATTTCTCGCTGACCAAGGATTTTTCTTCTGGCATGTC CATTGAATACTGGCTTTATTTTTAATAAGGAAANNNNNNNNCTGTTGGCTTTTGTTTAGTGATTTTACTAAAATAKCAGATTTACTTCTCTTTSGAAGTTGGTCACAATTTGAGGAACAAAAGTCTTGGATTTGTGATTTTTTCATCATSTACCCTCTCTTTTTTCAGATAAGAGTTCTCCAAAATTATTTACATTGCAACCCTAGGATGTATGAGAGGGAGAGAGATTTAAAGCTTTGGATGTTTACCACTGTAATAGTATGCTTAGATTCGTGTCATAAAATTCTGCAATATACATGACAGATGGTTGATGCTTGGGGAGGATGGAGTCTGTTCCAAAGTCTGCTGCGGACACTTAATAAGATAGCCTCTAAACACGGTGTCTCCATTCCAACTGTAGCGGTGAAGTACATATTAGATCAGGTATATTTCAGCACTTCCTAAATGTTCATTTCTCTTTGATGGTAGAATTTCTCGCTGACCAAGGATTTTTCTTCTGGCATGTC 506 T intron silent 304-423 1 LG_IX 1394244 (reverse complement) NA "1-303,424-506" NA NA POPTR_0005s23680.1 651822 ACTCTCTTGGTTGGAGCAGTGAACCATGTGCCACACCTTAACTGCSCCACTCTGGTGGCCAGTCACATACCAGTTTGTGTCCAGCCAATCGGAAAACGTACAGCTCGTCACTGAGAGAATAGAATCAGATGGCAGTTGGGATGTGTTAATCACTGCAAGGCAGTCCCCATTGATGCTCCAGACAGCAAGCAGAATTCCAGCTGCTGTCACAATCTCTCCAGTCAAGTCATTCACATAAATTGCTGAAATTGGCACAGGAAACTCTGGCAGTTGCCTAACAAAAACCAAGGAGCTGAGGTCCCATAAAATAACTGTGCAGTCATCAGAGCCACTCACAATCAGCATGTAAGGCTGGCTAACATGAAGGCATGTGATTTTGGCCGTGTGACCACAAAGTGCATTCTCCAACTGCAGRTGCCGCAGC 425 A/G A G CACGGGGGCCATCCTTGCTGATTCTCCAAACACAGAGTAACCCATCATCAGCTCCTGTAACCAAAATTTGACCATCATGACTAGCACCAGCACACTGAATCTGGCTGCCCCCGTGAAGATTCTCATGAGTTGAGAGGAGTCTATCTTGATCATAGCTCATAAATCTCAAACTACGATCTGGGAAACCCCAAGCAACATATTTGGTATATGTTGTAGGCTTGAGCAAACTATTTGTGCCCGCCACAAGAATTTTCTCGTGAACAGTAACAATCTGGGTTATGGCAGATGAGC ACTCTCTTGGTTGGAGCAGTGAACCATGTGCCACACCTTAACTGCSCCACTCTGGTGGCCAGTCACATACCAGTTTGTGTCCAGCCAATCGGAAAACGTACAGCTCGTCACTGAGAGAATAGAATCAGATGGCAGTTGGGATGTGTTAATCACTGCAAGGCAGTCCCCATTGATGCTCCAGACAGCAAGCAGAATTCCAGCTGCTGTCACAATCTCTCCAGTCAAGTCATTCACATAAATTGCTGAAATTGGCACAGGAAACTCTGGCAGTTGCCTAACAAAAACCAAGGAGCTGAGGTCCCATAAAATAACTGTGCAGTCATCAGAGCCACTCACAATCAGCATGTAAGGCTGGCTAACATGAAGGCATGTGATTTTGGCCGTGTGACCACAAAGTGCATTCTCCAACTGCAGRTGCCGCAGCACACGGGGGCCATCCTTGCTGATTCTCCAAACACAGAGTAACCCATCATCAGCTCCTGTAACCAAAATTTGACCATCATGACTAGCACCAGCACACTGAATCTGGCTGCCCCCGTGAAGATTCTCATGAGTTGAGAGGAGTCTATCTTGATCATAGCTCATAAATCTCAAACTACGATCTGGGAAACCCCAAGCAACATATTTGGTATATGTTGTAGGCTTGAGCAAACTATTTGTGCCCGCCACAAGAATTTTCTCGTGAACAGTAACAATCTGGGTTATGGCAGATGAGC 716 MINUS STRAND G GUG 2 VAL/ALA NONSYN exon replacement 1-716 2 LG_V 14931727 NA NA NA NA NA POPTR_0006s05210.1 652752 CTCTCTCATGCATGTACACATCTAATTATGAGCAACTTATTATTACTTGGAAGCTGTTTACGTGCAGAAATAAGAAAACATACGATGGTAAACTTGCTTACATCACTATGCATTGATTAGATTACACAACTTCCTTGCTGAAGGCTTTGTTTTGCTCTTTTTTGAAAGAAGGTTTGGCTAGACATATTGGTGYTTGGTAGGTGTCCTTGTA 212 A/G A G CTTGAGTTGCATTAGATGCATCTGCTAAATAAGTTATTTGCTAACAAGATCCAAATATGTAGAAGTGTGAATATTTTTCTCTGTATTGTATACATTTTTAGCTATAAAAGTTTTGGAGGTCGTGCTCAAAGCTTTTCTAGAAAAGTTATACATCATTTAACAGTTCATTGGAGAAGTAAGAAATAATGTTTTCTTGAGTGGTGCACTATGATCTAAACTATGGTGTCACAAACATTTGGGTTGCTGTAGGTTC CTCTCTCATGCATGTACACATCTAATTATGAGCAACTTATTATTACTTGGAAGCTGTTTACGTGCAGAAATAAGAAAACATACGATGGTAAACTTGCTTACATCACTATGCATTGATTAGATTACACAACTTCCTTGCTGAAGGCTTTGTTTTGCTCTTTTTTGAAAGAAGGTTTGGCTAGACATATTGGTGYTTGGTAGGTGTCCTTGTAACTTGAGTTGCATTAGATGCATCTGCTAAATAAGTTATTTGCTAACAAGATCCAAATATGTAGAAGTGTGAATATTTTTCTCTGTATTGTATACATTTTTAGCTATAAAAGTTTTGGAGGTCGTGCTCAAAGCTTTTCTAGAAAAGTTATACATCATTTAACAGTTCATTGGAGAAGTAAGAAATAATGTTTTCTTGAGTGGTGCACTATGATCTAAACTATGGTGTCACAAACATTTGGGTTGCTGTAGGTTC 465 G intron silent 462-465 1 LG_VI 3625443 (reverse complement) NA 1-461 NA NA POPTR_0006s07320.1 652851 ACATACTTTACCTTCAGACATATCCATCGTCTTCCTACTCACAATTCAGACACCAAAAACCATGTCAATAGTTCCAATTGGCAACCAGGATGGCACWRTCACAAATCCGTTCTCTTTAAACTCATGGKATCCTGAAGATTTCTTCACTT 150 A/C A C ACTAGACCTTTGGGACCCGTTTCAAAACTTTCCAYTCCCTTCCGTACTTTCCACTCCATTTCCTTCATTTTCAAGGCAAACCYAGGTAAACTGGAGGGAAACATCAAGAGCCCATGTGTTTAGAGCTGTTTTTCCTGATTTTGGCAGAGAAGATGTGCTTGTTTRCATTGATGATGATAATATGCTTCAAGTAAGCACCCAGGATGGTAAGTTTRTGAGCAAGTTTAAGTTGCCTGATAATGCYAGAAGGGATCAGGTCAAGGCTGATATGGTGAATGGTGTGCTCACTGTTACTATTCCAAA ACATACTTTACCTTCAGACATATCCATCGTCTTCCTACTCACAATTCAGACACCAAAAACCATGTCAATAGTTCCAATTGGCAACCAGGATGGCACWRTCACAAATCCGTTCTCTTTAAACTCATGGKATCCTGAAGATTTCTTCACTTAACTAGACCTTTGGGACCCGTTTCAAAACTTTCCAYTCCCTTCCGTACTTTCCACTCCATTTCCTTCATTTTCAAGGCAAACCYAGGTAAACTGGAGGGAAACATCAAGAGCCCATGTGTTTAGAGCTGTTTTTCCTGATTTTGGCAGAGAAGATGTGCTTGTTTRCATTGATGATGATAATATGCTTCAAGTAAGCACCCAGGATGGTAAGTTTRTGAGCAAGTTTAAGTTGCCTGATAATGCYAGAAGGGATCAGGTCAAGGCTGATATGGTGAATGGTGTGCTCACTGTTACTATTCCAAA 453 SNP goes to STOP; premature truncation of protein C UAA 2 SER/STOP NONSYN exon replacement 62-453 1 LG_VI 4695259 NA NA NA 1-61 5 POPTR_0008s04270.1 655949 CGTTCTTGATCACTCCCACAGCAACAGTCTGGCGCATATCCCTCACRGCAAAACGACCAAGTGGGGGATACTSTGAGAAAGTCTCCACCACCATGGGCTTCGTGGGAATCATCTTAATCATACCTGCATCACCGTTCTTCAGGAATTTGGGTTCCTTCTCCAACTCCTTCCCTGATCGCCTGTCAATCTTGGTGAGGATCTCAGCAAATTTGACAGCAATGTGACAGGTGTGGCAGTCAAGAACAGGGGCGTAACCATTTCCAATCTGCCCAGGATGGTTCATKATGATCACCTGGGAGGTGAAGTTYGCAGCCTCCTTGGCGGGATCATCCTTCGAGTTTGAGGCAACAAAACCACGCTTCAGATCCTTCAC 374 A/G A G GCAACATTCTTAACGTTGAATCCAACATTGTCACCGGGAAGAGCCTCTTGGAGTGCTTCGTGGTGCATCTCAACAGACTTAACTTCAGTAGTTAGTCCAGTTGGCCCGAAAGTGACAACYGTACCAGGCTTGATGACACCAGTTTCCACACGACCCACTGGGACYGTTCCRATACCACCAATCTTGTACACGTCCTGAAGKGGGAGACGGAGRGGCTTGTCYGAGGGCCTCTTGGGCTCCTGGATCTGGTCMAGGGCATCGAGGAGAGTTGGTCCCTTGTACCAGTYCAGGTTGGTGGACCTCTCAATCATGTTATCACCCTCA CGTTCTTGATCACTCCCACAGCAACAGTCTGGCGCATATCCCTCACRGCAAAACGACCAAGTGGGGGATACTSTGAGAAAGTCTCCACCACCATGGGCTTCGTGGGAATCATCTTAATCATACCTGCATCACCGTTCTTCAGGAATTTGGGTTCCTTCTCCAACTCCTTCCCTGATCGCCTGTCAATCTTGGTGAGGATCTCAGCAAATTTGACAGCAATGTGACAGGTGTGGCAGTCAAGAACAGGGGCGTAACCATTTCCAATCTGCCCAGGATGGTTCATKATGATCACCTGGGAGGTGAAGTTYGCAGCCTCCTTGGCGGGATCATCCTTCGAGTTTGAGGCAACAAAACCACGCTTCAGATCCTTCACAGCAACATTCTTAACGTTGAATCCAACATTGTCACCGGGAAGAGCCTCTTGGAGTGCTTCGTGGTGCATCTCAACAGACTTAACTTCAGTAGTTAGTCCAGTTGGCCCGAAAGTGACAACYGTACCAGGCTTGATGACACCAGTTTCCACACGACCCACTGGGACYGTTCCRATACCACCAATCTTGTACACGTCCTGAAGKGGGAGACGGAGRGGCTTGTCYGAGGGCCTCTTGGGCTCCTGGATCTGGTCMAGGGCATCGAGGAGAGTTGGTCCCTTGTACCAGTYCAGGTTGGTGGACCTCTCAATCATGTTATCACCCTCA 698 MINUS STRAND G GCC 3 ALA SYN exon silent 1-698 3 LG_VIII 2232197 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0008s06900.1 656256 TCAGCTGATTATAATTTTTGTTGGAAGGTGATCTCCTGACAYGCGCTCTTCTACAAACAAGCYCTTGCAGGCAACAAGTTTCACAATGGAATTTGCTTTCAGTTTGTACCTTCTCAAAACTTCAACAAATCCCCAACCAAGAACTTGCTCCACCCAATCCTCAACCACTCTCTTCCGATCAGATAAATA 190 C/G C G GCAGCTGCGAGTAACTGCTCCGTGACTTTTGGATCAATATCTAGCAARCATTCCGAACCTACAATCTTGTGGAAGCACCCATTAASTTCATTCAATATTCTTTCAGCAAGAGCATCAAAATCAAAAGGCTTGAAAAACACTCTTGCGTCAATTTTTTCAAGAAAATCTTGCAACCAAGCCTTGGAGTTGTCAGATGCATGATCATTATCAGAGCTTCCATCGTCAGTGTCTAGCACATCATTCTCTTCTGCAGGAAGGTTCAGATCTAGATTCCTAGCTGACGTCTTATGAGCTCGTTTCACCATCTCTTTGATTTCTTGTCTGTCTRGATTTTGATTTGCCCCAACCAGCTTTCTTTTATTCAAAAAGATA TCAGCTGATTATAATTTTTGTTGGAAGGTGATCTCCTGACAYGCGCTCTTCTACAAACAAGCYCTTGCAGGCAACAAGTTTCACAATGGAATTTGCTTTCAGTTTGTACCTTCTCAAAACTTCAACAAATCCCCAACCAAGAACTTGCTCCACCCAATCCTCAACCACTCTCTTCCGATCAGATAAATACGCAGCTGCGAGTAACTGCTCCGTGACTTTTGGATCAATATCTAGCAARCATTCCGAACCTACAATCTTGTGGAAGCACCCATTAASTTCATTCAATATTCTTTCAGCAAGAGCATCAAAATCAAAAGGCTTGAAAAACACTCTTGCGTCAATTTTTTCAAGAAAATCTTGCAACCAAGCCTTGGAGTTGTCAGATGCATGATCATTATCAGAGCTTCCATCGTCAGTGTCTAGCACATCATTCTCTTCTGCAGGAAGGTTCAGATCTAGATTCCTAGCTGACGTCTTATGAGCTCGTTTCACCATCTCTTTGATTTCTTGTCTGTCTRGATTTTGATTTGCCCCAACCAGCTTTCTTTTATTCAAAAAGATA 562 MINUS STRAND C GCG 3 ALA SYN exon silent 1-562 3 LG_VIII 4205322 NA NA NA NA NA POPTR_0008s07200.1 656285 AAAAACCGAGATGAAGATTGGTCACGAGCTAAAAGATCAGTGRAAGAGCAGTAATATCAGACAYGAGTTTCAGGAGTGCATTGAGCTGGTCGGAAAGCCAAGGGACCTGCAGCATAGATCACAG 125 C/T C T TTCGTAATGACTTYCTYGCAACWCCTTGTTCTCRAATCGAAGTGGAGCACCATAGAGTCCATAGTTAACATTGGAGAGGAGGCTGCAGTTTGCAAGACTAGATGAAATGAGTTTCACATGGCAACCATGGAGGGGATGGTCCAAAATATTGTTGCTCATCTTGAAGTCATCAAGTTGTGCGTAGAAGTAACCATATGCATTGGTTTCATATGCCTTGTAGTAAGTGACTTGTTTCTTGAAWTTTTTGCAAATGACACTGACTTTAGCTGAAGGGATTGGCTCGGCCTCTGTCAAAGACCATGATCCARAATACTTACARCTTTGGCAATAGACCATGCCTTCAACCACCACATCGACTTTCTTCTCTACCGGCTTGGTTGGAGTAGTTTCATCATGGGCAGCTGTTGAAAGGAAGGCTAATGGGAGCAGCAAGAGAGAGCAGATGACAATTGTGAGCTGGTTGCTTGCCATATTCT AAAAACCGAGATGAAGATTGGTCACGAGCTAAAAGATCAGTGRAAGAGCAGTAATATCAGACAYGAGTTTCAGGAGTGCATTGAGCTGGTCGGAAAGCCAAGGGACCTGCAGCATAGATCACAGCTTCGTAATGACTTYCTYGCAACWCCTTGTTCTCRAATCGAAGTGGAGCACCATAGAGTCCATAGTTAACATTGGAGAGGAGGCTGCAGTTTGCAAGACTAGATGAAATGAGTTTCACATGGCAACCATGGAGGGGATGGTCCAAAATATTGTTGCTCATCTTGAAGTCATCAAGTTGTGCGTAGAAGTAACCATATGCATTGGTTTCATATGCCTTGTAGTAAGTGACTTGTTTCTTGAAWTTTTTGCAAATGACACTGACTTTAGCTGAAGGGATTGGCTCGGCCTCTGTCAAAGACCATGATCCARAATACTTACARCTTTGGCAATAGACCATGCCTTCAACCACCACATCGACTTTCTTCTCTACCGGCTTGGTTGGAGTAGTTTCATCATGGGCAGCTGTTGAAAGGAAGGCTAATGGGAGCAGCAAGAGAGAGCAGATGACAATTGTGAGCTGGTTGCTTGCCATATTCT 601 C GCU 1 THR/ALA NONSYN exon replacement 6-545 1 LG_VIII 4426136 (reverse complement) NA NA "1-5,546-601" "5,3" POPTR_0008s08370.1 656416 AACTATAAAACCAGTTGAAGCGCCACTGACAGCTCCTGTAAAGCATTCTAAGAATAAGCCAAAACAGCAAATGCAGATCACATTTTCACACGGCATCTTATATGATTGTTTGATTACTCAATCCACTGTATAGGAGGCCAATAAAGGACAGAAGAAGCTACAGCTAGTCTTTCTTCTCCCTAATGCTTGGATCTGCCCTGGTWTTTGCTAACTTAATTCCACACAAAAGAAGTTTACACTCATYTCATTGCTCTTGTATAACGAGTCAATACAACTTGA 280 A/G A G CGATGGTTTCATTTCGTTGGTCAGCTTACTGCTTACAAGATGGTGCAATTTCCAGGATCCCTATATATAAAGGAAAAGATGAACTCATCAGCAATATGGAAAAATAGTTAATTTTTCCATTTAAGGATACGCAAMTGAGTGGGGATTACCTCTTTATGTCTTCGTAATTGCTCAAAGCTTGCTCGAATTTGAGCCAAAGGGGACCAGACTCTTGACGGTTCACGTTCTTTGGCCCAGAAAGATAAGCTGGAACGACAAACTGTGGAGTTCTTTCCCTGTGAACGAGACACRTCACAAAGGATTACTAAACACGAGGCCAACTACAATTCAGATTTTGAGGTGACCGAACTCACCTCCCTTCATATTCGGATAACCAAGCCAAATAAGCTGCACCGAAGTACACAGACACAAA AACTATAAAACCAGTTGAAGCGCCACTGACAGCTCCTGTAAAGCATTCTAAGAATAAGCCAAAACAGCAAATGCAGATCACATTTTCACACGGCATCTTATATGATTGTTTGATTACTCAATCCACTGTATAGGAGGCCAATAAAGGACAGAAGAAGCTACAGCTAGTCTTTCTTCTCCCTAATGCTTGGATCTGCCCTGGTWTTTGCTAACTTAATTCCACACAAAAGAAGTTTACACTCATYTCATTGCTCTTGTATAACGAGTCAATACAACTTGAACGATGGTTTCATTTCGTTGGTCAGCTTACTGCTTACAAGATGGTGCAATTTCCAGGATCCCTATATATAAAGGAAAAGATGAACTCATCAGCAATATGGAAAAATAGTTAATTTTTCCATTTAAGGATACGCAAMTGAGTGGGGATTACCTCTTTATGTCTTCGTAATTGCTCAAAGCTTGCTCGAATTTGAGCCAAAGGGGACCAGACTCTTGACGGTTCACGTTCTTTGGCCCAGAAAGATAAGCTGGAACGACAAACTGTGGAGTTCTTTCCCTGTGAACGAGACACRTCACAAAGGATTACTAAACACGAGGCCAACTACAATTCAGATTTTGAGGTGACCGAACTCACCTCCCTTCATATTCGGATAACCAAGCCAAATAAGCTGCACCGAAGTACACAGACACAAA 692 A intron silent "1-59,138-263,353-380" 1 LG_VIII 5245715 NA NA "60-137,264-352" 381-692 3 POPTR_0008s18390.1 657451 GTGAAGGATTATTTGAAACGGTTAGAATCTTACATGAAACTGTATGGGGCTCTGGTTCAGGTTTGTCACTCTCTTTTCTTAATAATAAAAAAAGAGTTTTCCTTGTATYATTAGGATGACAGCCTGGCCATTCTCATTGAGGATTAAT 149 A/G A G TCTTGGCTCTCATTTTAACMTCTTCATACATTATCAGTGSCAGCTGACCCAGGTCACTTGTAACTTTGCAGACAGAAGTGCAGGGTGTCCCAAACATTCATGGTCCAAAAGAAGGTTGGGCATGGCTTGCGAGGTTCTTAAATGTTCTCCCTGCCAATAWGTATACTGCTGTTGCATTGAATGCCTTCCTGCAAGTAAGTTGGTAGAATTTTTTGATGTACTTGGTATAGTGGTATTTAGAAAAGGACCCATGGAGCTGAGAAAATTCTATGTTTCCACAGACAGCAGGATTTGTTCTCTTCAGAAAATACAAATSTCAGTTTACGAAGATGCTCCACATAATCTTAWATGACTTTCTAAATGCATTGAGAGAACGGGAGGATTCAGAACTAAATCCAATAATTCTAGAAATTCAGTCTTACATAGAGGACAATAAGTTCCTCC GTGAAGGATTATTTGAAACGGTTAGAATCTTACATGAAACTGTATGGGGCTCTGGTTCAGGTTTGTCACTCTCTTTTCTTAATAATAAAAAAAGAGTTTTCCTTGTATYATTAGGATGACAGCCTGGCCATTCTCATTGAGGATTAATATCTTGGCTCTCATTTTAACMTCTTCATACATTATCAGTGSCAGCTGACCCAGGTCACTTGTAACTTTGCAGACAGAAGTGCAGGGTGTCCCAAACATTCATGGTCCAAAAGAAGGTTGGGCATGGCTTGCGAGGTTCTTAAATGTTCTCCCTGCCAATAWGTATACTGCTGTTGCATTGAATGCCTTCCTGCAAGTAAGTTGGTAGAATTTTTTGATGTACTTGGTATAGTGGTATTTAGAAAAGGACCCATGGAGCTGAGAAAATTCTATGTTTCCACAGACAGCAGGATTTGTTCTCTTCAGAAAATACAAATSTCAGTTTACGAAGATGCTCCACATAATCTTAWATGACTTTCTAAATGCATTGAGAGAACGGGAGGATTCAGAACTAAATCCAATAATTCTAGAAATTCAGTCTTACATAGAGGACAATAAGTTCCTCC 593 G intron silent "1-60,221-343,431-593" 1 LG_VIII 12422584 NA NA "61-220,344-430" NA NA POPTR_0010s21020.1 659673 TGCTACYGGGGTGGGAAAGAGTTTGTCAGAGAAAAGGACTGCCAAGGAGAAGGCTGATCACCTCGCATTAGTTAAGTACTTGGAAAAGGATCTAGCAGCTGCAGGCAGTTCATCAAAACCAGCAGGCAAGACTGAAAATCTTAGTAGTTGCAGTCAGAACGACAAGTTTGTGTGGCCCTGGACAGGTATTGCGGTTAACCTACCTACTAGGAGGGCYGAGGATGGGCGATTTGTTGGAGAAAGTGGGTCTAAATTCAGGGATGAGTTGAAAAGTAGAGGGTTTAACCCGACAAGAGTTCATCCTCTGTGGAATTTTCGWGGTCATTCAGGAACTGCCGTTGTGGAATTCAACAAAGACTGGCCTGGTTTGCACAATGCCATTTCATTTGAAAAGGCTTATGAGGCAG 408 A/T A T TCAACAAGGGAAAAAGGAATGGTTTGCTAGTAGTGGGGAAAAATCTGGTATCTATTGTTGGGTTGCACGTGCTGATGATTATAATTCGAACAATATTATTGGAGAACACCTAAGAAAAATTGGYGACGTTAGAACAATTTCTGATCTCATAGAGGAAGAAGCCCGAAAACAGGACAAGCTTGTATTCAAT TGCTACYGGGGTGGGAAAGAGTTTGTCAGAGAAAAGGACTGCCAAGGAGAAGGCTGATCACCTCGCATTAGTTAAGTACTTGGAAAAGGATCTAGCAGCTGCAGGCAGTTCATCAAAACCAGCAGGCAAGACTGAAAATCTTAGTAGTTGCAGTCAGAACGACAAGTTTGTGTGGCCCTGGACAGGTATTGCGGTTAACCTACCTACTAGGAGGGCYGAGGATGGGCGATTTGTTGGAGAAAGTGGGTCTAAATTCAGGGATGAGTTGAAAAGTAGAGGGTTTAACCCGACAAGAGTTCATCCTCTGTGGAATTTTCGWGGTCATTCAGGAACTGCCGTTGTGGAATTCAACAAAGACTGGCCTGGTTTGCACAATGCCATTTCATTTGAAAAGGCTTATGAGGCAGATCAACAAGGGAAAAAGGAATGGTTTGCTAGTAGTGGGGAAAAATCTGGTATCTATTGTTGGGTTGCACGTGCTGATGATTATAATTCGAACAATATTATTGGAGAACACCTAAGAAAAATTGGYGACGTTAGAACAATTTCTGATCTCATAGAGGAAGAAGCCCGAAAACAGGACAAGCTTGTATTCAAT 598 A GAU 2 ASP/VAL NONSYN exon replacement 1-598 3 LG_X 17824899 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0012s13290.1 662347 GATGGAACCATGCAAATGTGGGACACACGTTGCGAGAGTGGGGAGGGCGTGGCTACTGTTCAGCCTGGTGTGGGTCGCAGTGCCGTGTGTTGCGTGGAGTTCAATCCATTTGGTGGACCAATAGTAGCCGTCGGATGCGCTGACAGAAGGGTATACGGGTACGACATTCGAATGACGGGTGACCCGGTATTTGTTCTTGATGGGCATAGGAAKACCGTGACGTACATTAAATTTSTCGAYAA 243 C/T C T GTTACATTGGTGTCTGCTAGCATTGATGGATGCTTGAAGCTATGGGATTCGGATAATTCAAACGTAATCCGGTCATACAAGGGGCACGTCAACAGCCGGAGCTTCATCGGATTGTCAGTGTGGAGGAATGGAGGCTTATTAGGGTGTGGGTCAGAAAACAATAAGGTTTTTGTGTATGACAGAAGATGGGGCGAGCCAATATGGGTTCACGAGTCTAACCCAGTGGGTAGGGATGGGTGTG GATGGAACCATGCAAATGTGGGACACACGTTGCGAGAGTGGGGAGGGCGTGGCTACTGTTCAGCCTGGTGTGGGTCGCAGTGCCGTGTGTTGCGTGGAGTTCAATCCATTTGGTGGACCAATAGTAGCCGTCGGATGCGCTGACAGAAGGGTATACGGGTACGACATTCGAATGACGGGTGACCCGGTATTTGTTCTTGATGGGCATAGGAAKACCGTGACGTACATTAAATTTSTCGAYAACGTTACATTGGTGTCTGCTAGCATTGATGGATGCTTGAAGCTATGGGATTCGGATAATTCAAACGTAATCCGGTCATACAAGGGGCACGTCAACAGCCGGAGCTTCATCGGATTGTCAGTGTGGAGGAATGGAGGCTTATTAGGGTGTGGGTCAGAAAACAATAAGGTTTTTGTGTATGACAGAAGATGGGGCGAGCCAATATGGGTTCACGAGTCTAACCCAGTGGGTAGGGATGGGTGTG 484 T AAC 3 ASN SYN exon silent 1-484 1 LG_XII 12902116 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0013s07280.1 663255 GCCTCGGGCTTATCATGAATAGGCCCCGCACTTTGAGGACATTTCATATTAGGAGCAGGCTTAAACRAGCCTGGAATACTCTGAATGGTTGAGGGASCTGCTGCA 106 A/C A C TTCCACTGCCTCCTTGTTGCTGCATCCAGCTTGACTGCCGATGTGAGGGTGAACTACCAAGTACTGRAGGATTTTCCTCAGATTGGTTAGAGCAAGCACCATCAGTGGATTGTCCTTGCCAATTTGAAGATGTACAATCTTGAGATTGATAACTTCCAGAATGCCCCCAACTTTTTCTTCTATTAAATTGTGTAACTGCAGCCATTTTTCCTAGAGGCGATCCATGACTGCAGCTTCTTGCAGGGGAAGTTGGACCATAATGTCCAGGAGAACCAGCTGAAGCTTGACTGTAGGAGCTTGGTGGAGTAAACTGTGAAGGACTGGTTCCAAGGGGAAGTGGTGCAAAATTTCCTGCTGATGGACTCATACCAAGACCATTTCCATGTGAATATTGAATAAACCTCCATCTTGCATCTGGA GCCTCGGGCTTATCATGAATAGGCCCCGCACTTTGAGGACATTTCATATTAGGAGCAGGCTTAAACRAGCCTGGAATACTCTGAATGGTTGAGGGASCTGCTGCAATTCCACTGCCTCCTTGTTGCTGCATCCAGCTTGACTGCCGATGTGAGGGTGAACTACCAAGTACTGRAGGATTTTCCTCAGATTGGTTAGAGCAAGCACCATCAGTGGATTGTCCTTGCCAATTTGAAGATGTACAATCTTGAGATTGATAACTTCCAGAATGCCCCCAACTTTTTCTTCTATTAAATTGTGTAACTGCAGCCATTTTTCCTAGAGGCGATCCATGACTGCAGCTTCTTGCAGGGGAAGTTGGACCATAATGTCCAGGAGAACCAGCTGAAGCTTGACTGTAGGAGCTTGGTGGAGTAAACTGTGAAGGACTGGTTCCAAGGGGAAGTGGTGCAAAATTTCCTGCTGATGGACTCATACCAAGACCATTTCCATGTGAATATTGAATAAACCTCCATCTTGCATCTGGA 525 MINUS STRAND C AGU 2 SER/ILE NONSYN exon replacement 1-525 3 LG_XIII 6488028 NA NA NA NA NA POPTR_0014s12220.1 664416 GTTGCACCTTTTTCATCCACCGTGCCTGATTGTTGCCGAATTGTGCGGTCCTTTATTGAAGATTCTGTGAGTTTTATGTCGTATGGYGGGCAGCTTGAATTCTTTGATGTTATAAAGAAATATTTGGACCGGCTTTTGAGCGAGGTTTTGGATGAAGCTTTATTGAAGCTTATTAACACATCAGTTCACGGGGTATCCCAGGCTATGCAGGTTGCAGCAAACATGGCCGTG 232 C/T C T TAGAACGTGCTTGTGATTTCTTYTTCCGTCATTCTGCGCAGCTTTCAGGCATTCCCTTGAGAATGGCAGAGAGGGGTAGGCGACGGTTTCCTCTCAACAATGCTCGTGATGCAGCTGAAGAGATGCTATCCGGGCTGCTGAAACAGAAGGTTGATGGTTTTATGATGTTGATAGAGAATGTGAACTGGATGGCTGATGAGCCCACGCAGGGCGGCAATGAATACGTGAATGAAGTCATGATATATTTGGAAACTTTGGTTTCTACTGCTCAACAGATATTGCCAACTCCTGTTCTGAAAAGGGTTTTGCAAGAGGTTCTTTCTCACATTTCAGAGATGGTTGTTGGGGCTTTACTTGGGGACTCAGTTAAGAGGTTTAATGTTAATGCTATCATGGGGATTGA GTTGCACCTTTTTCATCCACCGTGCCTGATTGTTGCCGAATTGTGCGGTCCTTTATTGAAGATTCTGTGAGTTTTATGTCGTATGGYGGGCAGCTTGAATTCTTTGATGTTATAAAGAAATATTTGGACCGGCTTTTGAGCGAGGTTTTGGATGAAGCTTTATTGAAGCTTATTAACACATCAGTTCACGGGGTATCCCAGGCTATGCAGGTTGCAGCAAACATGGCCGTGCTAGAACGTGCTTGTGATTTCTTYTTCCGTCATTCTGCGCAGCTTTCAGGCATTCCCTTGAGAATGGCAGAGAGGGGTAGGCGACGGTTTCCTCTCAACAATGCTCGTGATGCAGCTGAAGAGATGCTATCCGGGCTGCTGAAACAGAAGGTTGATGGTTTTATGATGTTGATAGAGAATGTGAACTGGATGGCTGATGAGCCCACGCAGGGCGGCAATGAATACGTGAATGAAGTCATGATATATTTGGAAACTTTGGTTTCTACTGCTCAACAGATATTGCCAACTCCTGTTCTGAAAAGGGTTTTGCAAGAGGTTCTTTCTCACATTTCAGAGATGGTTGTTGGGGCTTTACTTGGGGACTCAGTTAAGAGGTTTAATGTTAATGCTATCATGGGGATTGA 635 T CUA 1 LEU SYN exon silent 1-635 1 LG_XIV 5677650 NA NA NA NA NA POPTR_0016s08810.1 667764 AGCATGGGTATCACTGATCCCTGTCTTCATAAGTCTAGGCGGTTTCCTCACTCACTTCATATTCCGTCGTGAACTCCATGGCATGTTTTTCGCTCTTGGTCTTCTTATTTCTCAATTCATCAACGGAATCATTAAAACATTCGTCAAACAAGCGCGACCTGAAACATGTGCTCTTCTTGACATGTGTGATTCTCTTGGCTGGCCTTCTAGCCATTCGCAGTACATGTTCTTTTTCGCTGTTTATTTCACTTTGTTGACCCTTGATGGAATTGGGTTTTCGGAGATTAAGAATAATTGGGCTGTTAATTTTTTTCCGTGGTCATTAGCTGTGTTGACCATGTATTCTAGGGTTTATTTAGGGTATCATACGTTCGCCCAGGTTTTTGCTGGGGCTGTTTTAGGGTTTTTTCTTGGGGCCGGGTGGTATTGGGTCGTGACTAATRTGATTTCTGAGTATTTTCCGATGATTGAGGAGAGTATGTTTGGAAGGATGTTTTATGTGAAGGATAGTTCCC 516 A/G A G TATTAGGAATGTTTTGAAGTTTGAGTATGAAAATGCAAGAGCTGCTAGAAAKAATATGGATGCCA AGCATGGGTATCACTGATCCCTGTCTTCATAAGTCTAGGCGGTTTCCTCACTCACTTCATATTCCGTCGTGAACTCCATGGCATGTTTTTCGCTCTTGGTCTTCTTATTTCTCAATTCATCAACGGAATCATTAAAACATTCGTCAAACAAGCGCGACCTGAAACATGTGCTCTTCTTGACATGTGTGATTCTCTTGGCTGGCCTTCTAGCCATTCGCAGTACATGTTCTTTTTCGCTGTTTATTTCACTTTGTTGACCCTTGATGGAATTGGGTTTTCGGAGATTAAGAATAATTGGGCTGTTAATTTTTTTCCGTGGTCATTAGCTGTGTTGACCATGTATTCTAGGGTTTATTTAGGGTATCATACGTTCGCCCAGGTTTTTGCTGGGGCTGTTTTAGGGTTTTTTCTTGGGGCCGGGTGGTATTGGGTCGTGACTAATRTGATTTCTGAGTATTTTCCGATGATTGAGGAGAGTATGTTTGGAAGGATGTTTTATGTGAAGGATAGTTCCCATATTAGGAATGTTTTGAAGTTTGAGTATGAAAATGCAAGAGCTGCTAGAAAKAATATGGATGCCA 581 Genbank gene model has no stop codons -- happens b/c 1st base is in 3rd (not 1st) position in reading frame A CAU 2 HIS/ARG NONSYN exon replacement NA 1 LG_XVI 6681734 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0016s12260.1 668020 AGCCTTTTCTSTGGGTCAAGCTCTGCGTTCCTTTGGAATTCAATGTATCCAACCACCAAAACCTCAATCAAGATCAATGTTGTAATGGAAAATGGTAGTGGCTGACCAAGGTATGATGATCCTTCAACTAATTCCACCTGAAAAGGACACAAGATCATCAGCCACCTGAACTTAAATGTATCACTAAAACTTMAAGACAAATTCCTGATATATATACCTTTCCAGCATCTTGCCAGGTAACTCCAGTGAGCCACTCGACTGAGAGAGCACCGAGAGTAGCCAACATAGCCCACCTTCCATGAATGAG 308 C/T C T TCRCACTCCCTGAACCTTTGCAACCCGAAAACCTCACTGTAAGGCTGGAACGGAGTTGACTTCACATCAGAAACCTCAGTACGGGTCCCAATAATATCTCCAGCCAGATTCTTAGCCAAGTTTTGATCCAAAGAGTCAAGCTCGAACTGCAAGTACTCAGCTGGTCTGCCCAACCCAAATGGGTCAAACCCGTAATCACCAACCAAACTGCCATCTAGGTACTCAGGTGCCTTG AGCCTTTTCTSTGGGTCAAGCTCTGCGTTCCTTTGGAATTCAATGTATCCAACCACCAAAACCTCAATCAAGATCAATGTTGTAATGGAAAATGGTAGTGGCTGACCAAGGTATGATGATCCTTCAACTAATTCCACCTGAAAAGGACACAAGATCATCAGCCACCTGAACTTAAATGTATCACTAAAACTTMAAGACAAATTCCTGATATATATACCTTTCCAGCATCTTGCCAGGTAACTCCAGTGAGCCACTCGACTGAGAGAGCACCGAGAGTAGCCAACATAGCCCACCTTCCATGAATGAGCTCRCACTCCCTGAACCTTTGCAACCCGAAAACCTCACTGTAAGGCTGGAACGGAGTTGACTTCACATCAGAAACCTCAGTACGGGTCCCAATAATATCTCCAGCCAGATTCTTAGCCAAGTTTTGATCCAAAGAGTCAAGCTCGAACTGCAAGTACTCAGCTGGTCTGCCCAACCCAAATGGGTCAAACCCGTAATCACCAACCAAACTGCCATCTAGGTACTCAGGTGCCTTG 542 MINUS STRAND C GAA 3 GLU SYN exon silent "1-325,406-542" 3 LG_XVI 10889219 (reverse complement) NA 326-405 NA NA POPTR_0018s00860.1 668958 ATCAATGTTGATGTTGAGCCRAACTGGGAATTGTATTATGAAAGGTTTATGGAATTGTCTATCCTTGATCAGGTAATGTTGCTGGTTTTGATCACCTTGTGTCAGTTGATATAGGGCATTCTTTTCRTTGCAAGTTGGAGACAAYTRATACC 153 A/T A T TGTGGCCGCTTTCCAATTTTTGTGAGAGATGGACTTCTGTATGTTGAATCTATATGTTTGGTGTGTGACATGTGATTTCTGAATAGCATTCTTTCATCCTGGCCAATGGTCTTTTCAGATGTAACCTGCTTGGTGATATTAAAGCCACATAGAGTTYAAATCTTTTGACCTCTCTATGTAGATGCCACTTAGCACAGAAYATATGATCAGAGCACCAAGTTCATTAAAATTCAWAGAGTKATAGGAAAGAAAAAAACAGTAGAATTGAACCAACATAATTTCTTCATGTAATTAGTTCATGTAAACTAACAGATATTGGTACTATTATGCATGATTAAATTACTAAACAGTAGAAATAGAGGTGATATCTTTCCTCTGCTCATTTTTTTCCCAATCTTTGAGTTATTGTTTCACATTTGATTGATCTTTTCTCTGGATTTTCAATAATGCTTTAAATTTCTTACCCTTTTCTTTTCCAATTTCATGGAATGAAGTCTGTTGGAAATCGAGTTGGAGT ATCAATGTTGATGTTGAGCCRAACTGGGAATTGTATTATGAAAGGTTTATGGAATTGTCTATCCTTGATCAGGTAATGTTGCTGGTTTTGATCACCTTGTGTCAGTTGATATAGGGCATTCTTTTCRTTGCAAGTTGGAGACAAYTRATACCATGTGGCCGCTTTCCAATTTTTGTGAGAGATGGACTTCTGTATGTTGAATCTATATGTTTGGTGTGTGACATGTGATTTCTGAATAGCATTCTTTCATCCTGGCCAATGGTCTTTTCAGATGTAACCTGCTTGGTGATATTAAAGCCACATAGAGTTYAAATCTTTTGACCTCTCTATGTAGATGCCACTTAGCACAGAAYATATGATCAGAGCACCAAGTTCATTAAAATTCAWAGAGTKATAGGAAAGAAAAAAACAGTAGAATTGAACCAACATAATTTCTTCATGTAATTAGTTCATGTAAACTAACAGATATTGGTACTATTATGCATGATTAAATTACTAAACAGTAGAAATAGAGGTGATATCTTTCCTCTGCTCATTTTTTTCCCAATCTTTGAGTTATTGTTTCACATTTGATTGATCTTTTCTCTGGATTTTCAATAATGCTTTAAATTTCTTACCCTTTTCTTTTCCAATTTCATGGAATGAAGTCTGTTGGAAATCGAGTTGGAGT 670 A intron silent NA 1 LG_XVIII 4753902 (reverse complement) NA 73-641 "1-72,642-" "5,5" POPTR_0005s02730.1 671663 GTCTAATTTTAGCCATCTAGACACCAAAAACYCACTGTCCTTACCCCAAGCACTCATGCCAATGCCACCTAAACCCTCATCAGGAAGCATGTTTTCAAGTAGCACCGCAAGCCTTTTTGGTGGTTCAAGAAGCATGCCATTCAATTCTTCCTCGGCCCTTCAGTTGAATGCAAATTCATCAGCAATCTTTGAAGGAAATGGTCATCATAATTTAGCTGGCTCGGCATCAATGTCAGCTACAGCTTTGTTGCAAAAAGCAGCTCAAATGGGTGCAACTGCAAGCRGTAACAATGTGAGCTCTCCCATGATGCAAAAGNNNNNNNNNNNNAGCATGGCACCCCCAACATTTGGTTC 355 A/C A C ATGCATGCCCAAAATGACCAATCTCATGTGATAGGTGGTGATGACGGATATGCTAACCAGTTTTTCAACTCAAACGGTGGTGTTGGGAACTCTGTGTTGAATGATATGGGGATGTTTAGTGCAGTTTTGGATCARAACAATGCATTATTCAAGACTATGGAGCATGCTAGCAGCAACAATGAGAATGCTTTTCAAGGTGCAAATTCMAGCCCTGGTTTGAGTAGTCCAACAAGTGGAGCTAATCCAAGTGGTTTATCAA GTCTAATTTTAGCCATCTAGACACCAAAAACYCACTGTCCTTACCCCAAGCACTCATGCCAATGCCACCTAAACCCTCATCAGGAAGCATGTTTTCAAGTAGCACCGCAAGCCTTTTTGGTGGTTCAAGAAGCATGCCATTCAATTCTTCCTCGGCCCTTCAGTTGAATGCAAATTCATCAGCAATCTTTGAAGGAAATGGTCATCATAATTTAGCTGGCTCGGCATCAATGTCAGCTACAGCTTTGTTGCAAAAAGCAGCTCAAATGGGTGCAACTGCAAGCRGTAACAATGTGAGCTCTCCCATGATGCAAAAGNNNNNNNNNNNNAGCATGGCACCCCCAACATTTGGTTCAATGCATGCCCAAAATGACCAATCTCATGTGATAGGTGGTGATGACGGATATGCTAACCAGTTTTTCAACTCAAACGGTGGTGTTGGGAACTCTGTGTTGAATGATATGGGGATGTTTAGTGCAGTTTTGGATCARAACAATGCATTATTCAAGACTATGGAGCATGCTAGCAGCAACAATGAGAATGCTTTTCAAGGTGCAAATTCMAGCCCTGGTTTGAGTAGTCCAACAAGTGGAGCTAATCCAAGTGGTTTATCAA 614 A UCA 3 SER SYN exon silent 1-614 3 scaffold_133 160391 NA NA NA NA NA POPTR_0013s13210.1 672286 CTGAGATAGAGGAGATAAAATTGTTGAACTCTTGAACTCCTCAAATGACATGTCAAATCTCTTCCAAGGTTTATCTGGACATGGATGCTTCCATGTTGTMGTTCTAGTGTTGTGATCAATATAATATGTTTTCCCYGTGAC 142 A/T A T GCATCAGATCGTTTCTCCCAGCCTGGTGGCAAWGGAGCTGTATATCCGCCATAGTTATTGACTGACTGATAACCATATGTCAAATCACTATCAAGTGATATGGCCAACCTCCTGCATTGCTCCACAAAACATTGTAGAGCGCCAAAATAACTAGCAGCATTGGTTCTATCCAAGGAATCTGCACAGTTAAAACGGAGGACTCCATTTTGATGTGATCTTAAGCAGAAGGCACCTGCAAAATCATCAGTATAGATGATTTCACCCCTGCAATCATTAAGTCTTTGTCGTGAAGGTAAATAATCCCCTTCAGAAATGCCAACAGCCACAGTGGGTGCTTTGAGAAGTTTCCACAGTCCTTCAATTGTTTGTTGTTCACCRTTTAGTTTTACACTGGCATGCCAATCATAATTTATAAGATGTATTCGCGTATAGGGAAGTTTTCCAGTTGATTTTATATAGCTTAAAGATTTCTCAAAATGATGAACTAGAAGAGCTTCTGACTTTCCTGYTCCATTCCTAAGCAAGTTGATGCATGCAAT CTGAGATAGAGGAGATAAAATTGTTGAACTCTTGAACTCCTCAAATGACATGTCAAATCTCTTCCAAGGTTTATCTGGACATGGATGCTTCCATGTTGTMGTTCTAGTGTTGTGATCAATATAATATGTTTTCCCYGTGACAGCATCAGATCGTTTCTCCCAGCCTGGTGGCAAWGGAGCTGTATATCCGCCATAGTTATTGACTGACTGATAACCATATGTCAAATCACTATCAAGTGATATGGCCAACCTCCTGCATTGCTCCACAAAACATTGTAGAGCGCCAAAATAACTAGCAGCATTGGTTCTATCCAAGGAATCTGCACAGTTAAAACGGAGGACTCCATTTTGATGTGATCTTAAGCAGAAGGCACCTGCAAAATCATCAGTATAGATGATTTCACCCCTGCAATCATTAAGTCTTTGTCGTGAAGGTAAATAATCCCCTTCAGAAATGCCAACAGCCACAGTGGGTGCTTTGAGAAGTTTCCACAGTCCTTCAATTGTTTGTTGTTCACCRTTTAGTTTTACACTGGCATGCCAATCATAATTTATAAGATGTATTCGCGTATAGGGAAGTTTTCCAGTTGATTTTATATAGCTTAAAGATTTCTCAAAATGATGAACTAGAAGAGCTTCTGACTTTCCTGYTCCATTCCTAAGCAAGTTGATGCATGCAAT 681 A ACA 3 THR SYN exon silent 1-681 1 scaffold_142 292406 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s23670.1 672684 TCTYCTGGATGATGAAGAATTTGTTTCTACACTATTGTCCACTTCTGAAAGCCTAAAAACTAGATTTCTTCTTCTAGAAGATGAAGAAAGGGGCACACTAAAATTGCTTTCTATAGCAGYACCCGTTCTATGGCTTTCCAATTGAGAAACAGTGACAACATCGTCAGGCCTGGAAGAAGAAGCAGACTGTGGCAATGTAGAATCAGCATCGGCAACAGTATCCGGGTTCTGGCTGTCAGGTTGAATAACAGCAGCAATGCTTGAAAATGAATCTCTATCAGCAGGACGTGAAGATTGTTGATGGTTTCTTCTCCC 316 A/T A T CGATGGCTGTGCAAAATTGCCCCAAGGTCCTCAAATAATCTTTCTGTAGATTCCATAGCAGATTCCATTGCAGAGTTCACTGCAGATGAAAAGGAGGATAGTGAAGCAGCTCCTTGAAACAGTAACCTAGAAACTTGAACAGAACGGTGGTKCTGGCTGCTGTCTGCCCCTATGGAAGGCAGTGCCTGAGAAGTACTGGTTCGATTTGCCAAGAAACTGATTCTGTCRGA TCTYCTGGATGATGAAGAATTTGTTTCTACACTATTGTCCACTTCTGAAAGCCTAAAAACTAGATTTCTTCTTCTAGAAGATGAAGAAAGGGGCACACTAAAATTGCTTTCTATAGCAGYACCCGTTCTATGGCTTTCCAATTGAGAAACAGTGACAACATCGTCAGGCCTGGAAGAAGAAGCAGACTGTGGCAATGTAGAATCAGCATCGGCAACAGTATCCGGGTTCTGGCTGTCAGGTTGAATAACAGCAGCAATGCTTGAAAATGAATCTCTATCAGCAGGACGTGAAGATTGTTGATGGTTTCTTCTCCCACGATGGCTGTGCAAAATTGCCCCAAGGTCCTCAAATAATCTTTCTGTAGATTCCATAGCAGATTCCATTGCAGAGTTCACTGCAGATGAAAAGGAGGATAGTGAAGCAGCTCCTTGAAACAGTAACCTAGAAACTTGAACAGAACGGTGGTKCTGGCTGCTGTCTGCCCCTATGGAAGGCAGTGCCTGAGAAGTACTGGTTCGATTTGCCAAGAAACTGATTCTGTCRGA 546 MINUS STRAND A CGU 3 ARG SYN exon silent 1-546 1 scaffold_148 346863 NA NA NA NA NA POPTR_0006s05500.1 672911 ATTTGCAAGAGGTTGATGTCAAAAYTGTGACCTCAAAGGAKCAAGCAACATTTTGYAGCGGACAATTTCCTGAAGAAGTTCAAACAGAGGGGAAGGGTGATACAGTAGATGAAACCAGGAAACTGGAAATGCCTAGTCTGAGTTGTGCCAATCATGATGCCGCCTCTGATGATAAAAGCCCACCATCAACTGTAAATGAACCTTATGCAGAGGCCTTACAGAAACCAGAAAGTCCTGATGTATACACAGAAAGTACTCATATAGAGTACTTGTCRTCTGAAAGTAATGAT 291 G/T G T TACTTCCATGTAAAGATGAAATACAAGCAAAACCAGAAAACAACAATTGCTCCATGGACACAGAGAAAGATGATATCCATGCGATGACTAATGCACAATTGCTGAGCACACTTGCTGCACTAACAGGCGATGAAKCCAAGAGCGAGTGGGAGAATCCAAGTCAACAAAGAGCTGATGCTCTAGAGTCTTTGCTAGAGCTATGTGCACGGCTACTTAAACAGGAAAAGATCGATGAGCTTGCTGGTGTGCTAAAGCCATTTGGAGAAGAAATGGTCTCATCCAGAGARACAGCAATCTGGTTGACAAAAA ATTTGCAAGAGGTTGATGTCAAAAYTGTGACCTCAAAGGAKCAAGCAACATTTTGYAGCGGACAATTTCCTGAAGAAGTTCAAACAGAGGGGAAGGGTGATACAGTAGATGAAACCAGGAAACTGGAAATGCCTAGTCTGAGTTGTGCCAATCATGATGCCGCCTCTGATGATAAAAGCCCACCATCAACTGTAAATGAACCTTATGCAGAGGCCTTACAGAAACCAGAAAGTCCTGATGTATACACAGAAAGTACTCATATAGAGTACTTGTCRTCTGAAAGTAATGATGTACTTCCATGTAAAGATGAAATACAAGCAAAACCAGAAAACAACAATTGCTCCATGGACACAGAGAAAGATGATATCCATGCGATGACTAATGCACAATTGCTGAGCACACTTGCTGCACTAACAGGCGATGAAKCCAAGAGCGAGTGGGAGAATCCAAGTCAACAAAGAGCTGATGCTCTAGAGTCTTTGCTAGAGCTATGTGCACGGCTACTTAAACAGGAAAAGATCGATGAGCTTGCTGGTGTGCTAAAGCCATTTGGAGAAGAAATGGTCTCATCCAGAGARACAGCAATCTGGTTGACAAAAA 600 G noncoding silent NA 2 scaffold_152 16918 (reverse complement) NA NA 571-600 3 POPTR_0001s15630.1 676402 GAACAACAGAGAAGCTCATGAATTCTCATTCCAGCACCGAGCAGCGCAAAGAAACAAACTACCACAAAACCAAGATCAATTGGTCTTCTTATCCATGTTTTTGACGAGCTGCTTCATTTGAAACCTCCAAATTAAAAAATATGCCAAACCTAACCCTATTAACACATACACCCACATTTTCTCATCTTCATTCTCCTTCTCAGACCTCACCTCCTCTATACCAAACCACTCCCTCCCTCCATTCCCCGTTATACCCTCCAACACACTCCCATATAACACATACGCCCTATCCTCTYTTCCCACTACAACTGATGTWGCAAACYTCTCCACATCAAGGTCAGTTTTGTCAYAAACCACTCCCTCTCCCCAACT 373 A/G A G TCGTCACTCTTCAAAAACCACAGCTTCTCATGCGACACAACCAAAASGACACCGTCTCCCCTTATMGCAATCCCATCGGCCACCGGCAAATCCTCGTTCAAYAAAACATTCTGTGCCGTCCCGTCGYGAGCATCGACTTTGAACAACTTGCCCGTGTTTGATTGCACCACCAGCAAATACCCCTTGCTGACGTAAGCGATCCCATTCAGCCCGCAGTAACTATACGGTGMGTYGCGGTCCACCGGGAACTGCGTGAAAAGCGGRGATCTSGAGAAAATCGAGGCTTCTCCTTCAGGGTTGACTTTCCATATGAAGTTMCCCTCCGGGTATCCTAGCGAGT GAACAACAGAGAAGCTCATGAATTCTCATTCCAGCACCGAGCAGCGCAAAGAAACAAACTACCACAAAACCAAGATCAATTGGTCTTCTTATCCATGTTTTTGACGAGCTGCTTCATTTGAAACCTCCAAATTAAAAAATATGCCAAACCTAACCCTATTAACACATACACCCACATTTTCTCATCTTCATTCTCCTTCTCAGACCTCACCTCCTCTATACCAAACCACTCCCTCCCTCCATTCCCCGTTATACCCTCCAACACACTCCCATATAACACATACGCCCTATCCTCTYTTCCCACTACAACTGATGTWGCAAACYTCTCCACATCAAGGTCAGTTTTGTCAYAAACCACTCCCTCTCCCCAACTATCGTCACTCTTCAAAAACCACAGCTTCTCATGCGACACAACCAAAASGACACCGTCTCCCCTTATMGCAATCCCATCGGCCACCGGCAAATCCTCGTTCAAYAAAACATTCTGTGCCGTCCCGTCGYGAGCATCGACTTTGAACAACTTGCCCGTGTTTGATTGCACCACCAGCAAATACCCCTTGCTGACGTAAGCGATCCCATTCAGCCCGCAGTAACTATACGGTGMGTYGCGGTCCACCGGGAACTGCGTGAAAAGCGGRGATCTSGAGAAAATCGAGGCTTCTCCTTCAGGGTTGACTTTCCATATGAAGTTMCCCTCCGGGTATCCTAGCGAGT 713 MINUS STRAND G GAC 3 ASP SYN exon silent 1-638 2 scaffold_29 623380 NA NA NA 639-713 3 POPTR_0001s02990.1 676503 AAAACCACTTAACAAATGGTTCCTCTTCCTATCAATMTCTCTCTCTTCCCTTTTGWTGCTTCTCTCATTTCTCTACCTCCAAACAGAACCAATCAGATCCCTCCTCTTCTGGGTCTCCATCTCCCTCCTCGTTGGCCCTTTCGCTCCCTCTCACCTCACTGGAGGTGACATTCGTGTTGGTCAAGGCCCAATCCTTGAACCCCTTGAACAAGAACCCGAATTTGTAGAAGAAAAACAAGCTAGAAAAAAGAGATCAAAACCGATTAGATCTGAAGAGATTGTGAAGAATCCGATTCAAAATGTGGAAATAACAAATGGGTTGTCGAGTAAAGGGAAAAAGGCTGAAACTTTGGCTAGTGGT 362 A/G A G AAAAGGGTTTGGTGAGAAATGAGGGAGAGAAGGAGTGGAATGAAGAGGATTCGGAGATTCTGAAGAAACAAATGGTGAAGAATCCTGTAGGGAAGCCAAAGAGATGGGAGGTGATTGCTGAGGCATTTAATGGGAGGTATAGAGTGGAGAGTGTGATAAAGAAAGCTAAAGAATTGGGAGAGAAGAAGATGGATGATAGTGATTCCTATGCGAGATTTTTGAAGAACAGGAAGCCACTGGATACAAGAGCTGAAAGTGGGAGTCAAGGATTGGAGAGTGATGAAAGTGGGCAGGAGGTTGGTGG AAAACCACTTAACAAATGGTTCCTCTTCCTATCAATMTCTCTCTCTTCCCTTTTGWTGCTTCTCTCATTTCTCTACCTCCAAACAGAACCAATCAGATCCCTCCTCTTCTGGGTCTCCATCTCCCTCCTCGTTGGCCCTTTCGCTCCCTCTCACCTCACTGGAGGTGACATTCGTGTTGGTCAAGGCCCAATCCTTGAACCCCTTGAACAAGAACCCGAATTTGTAGAAGAAAAACAAGCTAGAAAAAAGAGATCAAAACCGATTAGATCTGAAGAGATTGTGAAGAATCCGATTCAAAATGTGGAAATAACAAATGGGTTGTCGAGTAAAGGGAAAAAGGCTGAAACTTTGGCTAGTGGTAAAAAGGGTTTGGTGAGAAATGAGGGAGAGAAGGAGTGGAATGAAGAGGATTCGGAGATTCTGAAGAAACAAATGGTGAAGAATCCTGTAGGGAAGCCAAAGAGATGGGAGGTGATTGCTGAGGCATTTAATGGGAGGTATAGAGTGGAGAGTGTGATAAAGAAAGCTAAAGAATTGGGAGAGAAGAAGATGGATGATAGTGATTCCTATGCGAGATTTTTGAAGAACAGGAAGCCACTGGATACAAGAGCTGAAAGTGGGAGTCAAGGATTGGAGAGTGATGAAAGTGGGCAGGAGGTTGGTGG 666 G GAA 1 GLU/LYS NONSYN exon replacement 1-666 3 scaffold_29 1687237 NA NA NA NA NA POPTR_0014s05150.1 677642 CTTTGACAAAATCAATCAAGGAACCAGTGTCAACAAYTTCTGCTTTGAATCCTGATGTTTCTGAAATGAAGGTTGAGAATGCTGGAGATGGTTTTAACACTGTTTCAGCTCAGGGTCTTGTTGCTGGAGTTGCTAAAACCCCACACACCACTCCACAAGCTATGCTGGATGGTTCCTCCTCACAGGAAGAAYTACAATGTGAAATTCCAACCGCAGAAGAGAAAGGACAGAAATCACTNNNGTCTGAATGTCTTAAACAAGATTACAGCATGTCTCCAGCACCAGTTAATTCAAAATTTGCAGACATTGTCAAGCAAGATAAAGAGGTATCTGATTTGACAGGGACATCTGTTGGCAATGAGGTCCCAGCCTCAGAAACTGGACAGGAGGGTCTGGTGGAACCTGTGACTCGCCACRCAGCAAATGACAGGGTATCAGATAGTGTGGATGTCTCTGCATCC 462 A/G A G GAAATTTAGATTCTGCCGATGATAGAAAGCCTTCAGATGCATCTTTGAGGCACGGTGATGGCATAGGTAATAAAGAAGCYTCTGTTACAAAATCAAGTGTATCAGGTCAGCAGGAATCTCTTCCAGTACCTGATCTTTCTGAGGCAACTGCAAAACACAAAGGGCAATGTGCGGAAAACC CTTTGACAAAATCAATCAAGGAACCAGTGTCAACAAYTTCTGCTTTGAATCCTGATGTTTCTGAAATGAAGGTTGAGAATGCTGGAGATGGTTTTAACACTGTTTCAGCTCAGGGTCTTGTTGCTGGAGTTGCTAAAACCCCACACACCACTCCACAAGCTATGCTGGATGGTTCCTCCTCACAGGAAGAAYTACAATGTGAAATTCCAACCGCAGAAGAGAAAGGACAGAAATCACTNNNGTCTGAATGTCTTAAACAAGATTACAGCATGTCTCCAGCACCAGTTAATTCAAAATTTGCAGACATTGTCAAGCAAGATAAAGAGGTATCTGATTTGACAGGGACATCTGTTGGCAATGAGGTCCCAGCCTCAGAAACTGGACAGGAGGGTCTGGTGGAACCTGTGACTCGCCACRCAGCAAATGACAGGGTATCAGATAGTGTGGATGTCTCTGCATCCAGAAATTTAGATTCTGCCGATGATAGAAAGCCTTCAGATGCATCTTTGAGGCACGGTGATGGCATAGGTAATAAAGAAGCYTCTGTTACAAAATCAAGTGTATCAGGTCAGCAGGAATCTCTTCCAGTACCTGATCTTTCTGAGGCAACTGCAAAACACAAAGGGCAATGTGCGGAAAACC 642 A AGA 1 ARG/GLY NONSYN exon replacement 66-642 1 scaffold_40 614910 NA NA NA 1-65 5 POPTR_0013s11250.1 678140 CGTTGTTAGATTCATCAAGCAAAAAACAATGACCAAATTATRTCTTTTGTGTGGCCATAACTTGATCAGTGCTCCCGCATTAACAATCCATCCCGGGTTTCGTCCCAGAATATGTAWCATGTGTCAAGAGAAAAAAGTGAGAACAGTTGCAGTCTTTGCTGCAAAATCTGGTGGATTTTCACTCAACTCGGTAAGATATATATTCCTATGGTGATCTTTTTGAGCTCTTTATGATCCAATGAGGCAAATCCATGATTATTAGTATTATTATYAGATAAAAACACACTGGATAACCAATTTGACTGGCACTCAAGTTTCATTGCAAATTGCAATGGTGTATATTTGTTGTTTAGCTGCTGYGACAGYGTGCATTAATGGGAC 382 C/T C T AGAGTGGCAGTTTTTTATGATTTTMTCAAGGGTGATAACTCTACACACTTTCCCTAATAAAAGAGTGACGACTCTACSCTTCTTGGACCATGCAWATGTGGAGAAATTCATACACTGCTCGTCTTTAATATCCTTCATCACGTGTCWTGCAGATTCTGAACGGATGTAAAACTTGTG CGTTGTTAGATTCATCAAGCAAAAAACAATGACCAAATTATRTCTTTTGTGTGGCCATAACTTGATCAGTGCTCCCGCATTAACAATCCATCCCGGGTTTCGTCCCAGAATATGTAWCATGTGTCAAGAGAAAAAAGTGAGAACAGTTGCAGTCTTTGCTGCAAAATCTGGTGGATTTTCACTCAACTCGGTAAGATATATATTCCTATGGTGATCTTTTTGAGCTCTTTATGATCCAATGAGGCAAATCCATGATTATTAGTATTATTATYAGATAAAAACACACTGGATAACCAATTTGACTGGCACTCAAGTTTCATTGCAAATTGCAATGGTGTATATTTGTTGTTTAGCTGCTGYGACAGYGTGCATTAATGGGACCAGAGTGGCAGTTTTTTATGATTTTMTCAAGGGTGATAACTCTACACACTTTCCCTAATAAAAGAGTGACGACTCTACSCTTCTTGGACCATGCAWATGTGGAGAAATTCATACACTGCTCGTCTTTAATATCCTTCATCACGTGTCWTGCAGATTCTGAACGGATGTAAAACTTGTG 559 C intron silent "29-190,535-559" 1 scaffold_41 1361314 (reverse complement) NA 191-534 1-28 5 POPTR_0017s04830.1 679655 CTTTCTCRATCACAAAAGCCTCTCCACARATCTCCCAAAACAACTTATCCGCCTCCGGTGATCTCAGTTGRTACCCCAACAAAACAACCCCATCATCTTTCACCAACATTTCCATGGCCTTCACCAAT 129 G/T G T CCCCCACACTCTCTTCAATATAGACAACATCCGCCGCGATTACATAATCAAAGGGGGGATTAACCCCATTAATTTGATCCTCATTACTCCAATAAAGAATCGCTGTCTTCAACATCTTGCCAAGAACTTGTTTGTTTCGCTTTAAGTTGTGTTTCAAAGCAGGCATCACAGGGTGGATGTCAGTAAGGACAATGTCAGTGAGTCCAAGAAGGTAAAGGGCCATGCCAGTGACGCCACAGCCGGTGCCTAGCTCGATGGCACGGCGGTTGTGGAAGTCSAGGAGGGTGGAGTAACGGTTTGGGGTGGTGGTGGGGTTCGTGGAYAGTGGGGTCCACCGGTCGAGAAATTTGGAGAGGACTAAAGAACCTGACCAAACTGAAGTTCCCACATGGAASGAACTGTTGTCTTCTTGGAGAGACAGAGTTTTGTCTTTG CTTTCTCRATCACAAAAGCCTCTCCACARATCTCCCAAAACAACTTATCCGCCTCCGGTGATCTCAGTTGRTACCCCAACAAAACAACCCCATCATCTTTCACCAACATTTCCATGGCCTTCACCAATGCCCCCACACTCTCTTCAATATAGACAACATCCGCCGCGATTACATAATCAAAGGGGGGATTAACCCCATTAATTTGATCCTCATTACTCCAATAAAGAATCGCTGTCTTCAACATCTTGCCAAGAACTTGTTTGTTTCGCTTTAAGTTGTGTTTCAAAGCAGGCATCACAGGGTGGATGTCAGTAAGGACAATGTCAGTGAGTCCAAGAAGGTAAAGGGCCATGCCAGTGACGCCACAGCCGGTGCCTAGCTCGATGGCACGGCGGTTGTGGAAGTCSAGGAGGGTGGAGTAACGGTTTGGGGTGGTGGTGGGGTTCGTGGAYAGTGGGGTCCACCGGTCGAGAAATTTGGAGAGGACTAAAGAACCTGACCAAACTGAAGTTCCCACATGGAASGAACTGTTGTCTTCTTGGAGAGACAGAGTTTTGTCTTTG 563 MINUS STRAND G GCA 2 ALA/GLU NONSYN exon replacement 1-563 3 scaffold_64 1632645 NA NA NA NA NA POPTR_0015s06980.1 680833 ATTTCTCCATCTTCATTTGTTTTGATCCACTTTCCTTTCTCATTAATAGTGTCAACTTGCTTGCTTTTTGCTCTTATTGAAGCTTCTATATCCCTRCTATAGCTTGATTTTGGCATAGTAGTACTACTGTTTTGCACCTGCCCATCAAGACCAGCAGTACTAGTACCGATCTTTATCCCTAATGAATGAAATCCTACGTCCTTGATAAACGTAGAATTGGGATCAAAGAAGGGAGA 237 A/T A T GCAATATTTGATTGATGAGAAAATMGCATTGGCTGGTGGAACTGACCAAACCCTGGAGGCATCTGAAGTGGAGGCAACTTATCGATATCATTTTTAGTGGCATCAAGCAACCAATCTATTACCTTGCTAGGCTGACTAAGGCCAAGCCTATCTTGAAGATCATATAACTGAATGGCTGTGGGTACAGAAAGCCTAATTCGCCGGTCCCTCAGTCCCCTCACTGTGCAAACCTTGCTATGCCTATCTTTTCCTCCAAAAGACCGGGAGACGCGAACAATCCTTGGATTTCTAAATGCTGACCATTGTCTTGA ATTTCTCCATCTTCATTTGTTTTGATCCACTTTCCTTTCTCATTAATAGTGTCAACTTGCTTGCTTTTTGCTCTTATTGAAGCTTCTATATCCCTRCTATAGCTTGATTTTGGCATAGTAGTACTACTGTTTTGCACCTGCCCATCAAGACCAGCAGTACTAGTACCGATCTTTATCCCTAATGAATGAAATCCTACGTCCTTGATAAACGTAGAATTGGGATCAAAGAAGGGAGAAGCAATATTTGATTGATGAGAAAATMGCATTGGCTGGTGGAACTGACCAAACCCTGGAGGCATCTGAAGTGGAGGCAACTTATCGATATCATTTTTAGTGGCATCAAGCAACCAATCTATTACCTTGCTAGGCTGACTAAGGCCAAGCCTATCTTGAAGATCATATAACTGAATGGCTGTGGGTACAGAAAGCCTAATTCGCCGGTCCCTCAGTCCCCTCACTGTGCAAACCTTGCTATGCCTATCTTTTCCTCCAAAAGACCGGGAGACGCGAACAATCCTTGGATTTCTAAATGCTGACCATTGTCTTGA 548 MINUS STRAND T GCA 3 ALA SYN exon silent 1-548 1 scaffold_82 68936 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s25180.1 706088 CCTCTTTTGAAAAACTCAGGAGCAGGAAACATCGTCTTTATGTCTTCTGTTTCTGGTGTGGTATCAGTGAGTGTTAGCCTATATGGAGCRACTAAAGGTACCCAGTTCAATGTTTTCTTAATCTGATTGACTTTCGTTTCAACCTAGCTAGCCATCCGCTCAGAAATGAAGAGTAGATATTTGAAGGTTGTGAGTTTTGTGTGCTTACTTGCAGGAGCAATAAACCAACTTACAAAGAACTTGGCATGCGAGTGGGCAAAAGACAATATAAGGGCTAACTCCGTTGCGCCATGGTTAATCAGAACTCCACTTGTTGAG 319 C/T C T GTGTAAGAATGTTTTATACATGCTTGTGTAATTGWGCTGTGCTCTTTGTCAGCTAGCTAGCGAGCATGAACATTGCTGAAACACACCCATGTGTCTTTTGTTGTTAATTNNTATGACTTTTATGATTTGAATTAAAATCAATGCTGTTAAATATAGATTATCACCTGGCAGTWTAAGTTTTGGGGATTGAGTGATTCTTTAACGTGTTTCGT CCTCTTTTGAAAAACTCAGGAGCAGGAAACATCGTCTTTATGTCTTCTGTTTCTGGTGTGGTATCAGTGAGTGTTAGCCTATATGGAGCRACTAAAGGTACCCAGTTCAATGTTTTCTTAATCTGATTGACTTTCGTTTCAACCTAGCTAGCCATCCGCTCAGAAATGAAGAGTAGATATTTGAAGGTTGTGAGTTTTGTGTGCTTACTTGCAGGAGCAATAAACCAACTTACAAAGAACTTGGCATGCGAGTGGGCAAAAGACAATATAAGGGCTAACTCCGTTGCGCCATGGTTAATCAGAACTCCACTTGTTGAGCGTGTAAGAATGTTTTATACATGCTTGTGTAATTGWGCTGTGCTCTTTGTCAGCTAGCTAGCGAGCATGAACATTGCTGAAACACACCCATGTGTCTTTTGTTGTTAATTNNTATGACTTTTATGATTTGAATTAAAATCAATGCTGTTAAATATAGATTATCACCTGGCAGTWTAAGTTTTGGGGATTGAGTGATTCTTTAACGTGTTTCGT 531 C CGU 1 ARG/CYS NONSYN exon replacement "1-97,215-321" 1 LG_I 17269691 (reverse complement) NA "98-214,322-531" NA NA POPTR_0001s24210.1 706239 TCTTCTTCCTCTCCTTCTYTTTTATATATTMTATCTACCTCTAAACTAATTAACAATGTAGCACTATCGTTAATTTCCATGCAGGGCAGTTTCTCTCTTTGCAATTCTKATTAACTTCTTTTCCACTCACTCACTCAATGGAGCCTATGCTTCTGCTGGAGACCTAATCTGTCAGCYTTTTCTTTTCAATCTTTTAATGTCTTATTATTATCATCATCATTATTATTRTCGAGCATTTTACTTAACAAAAAAGAAKTTATAGATAGGT 269 C/T C T GATCACACATCCGTATTTGAAGTGACCCACCGCATCTATGTCCGGCTGGCCGAAGCTTATTTGGCATTTTAATTTGACCATAGAGCATATAATCTTTTATTGTTCAAANNNNATTGAATTCTTATTTTAAGTGTTTTCTATTCAATATTGGTTTTTGAAGGTCTGTTGCAAACTGTTTCTTTCTTGGAAGTGATTCATGGAGCATTGGGTAGGTAACTTATATATGAAGCTTTATTAGTCCCTTCTTAGTTTACATGGAATAATCTAATCTAGCTT TCTTCTTCCTCTCCTTCTYTTTTATATATTMTATCTACCTCTAAACTAATTAACAATGTAGCACTATCGTTAATTTCCATGCAGGGCAGTTTCTCTCTTTGCAATTCTKATTAACTTCTTTTCCACTCACTCACTCAATGGAGCCTATGCTTCTGCTGGAGACCTAATCTGTCAGCYTTTTCTTTTCAATCTTTTAATGTCTTATTATTATCATCATCATTATTATTRTCGAGCATTTTACTTAACAAAAAAGAAKTTATAGATAGGTCGATCACACATCCGTATTTGAAGTGACCCACCGCATCTATGTCCGGCTGGCCGAAGCTTATTTGGCATTTTAATTTGACCATAGAGCATATAATCTTTTATTGTTCAAANNNNATTGAATTCTTATTTTAAGTGTTTTCTATTCAATATTGGTTTTTGAAGGTCTGTTGCAAACTGTTTCTTTCTTGGAAGTGATTCATGGAGCATTGGGTAGGTAACTTATATATGAAGCTTTATTAGTCCCTTCTTAGTTTACATGGAATAATCTAATCTAGCTT 545 T intron silent "85-170,430-477" 3 LG_I 18079522 NA NA "1-84,171-429,478-545" NA NA POPTR_0001s32190.1 707212 GGATAACTCAACCAAGCAAGGGAAGAAGAGGCGAACACTAGTGGTAAGTCTATTCTTTTAGGAGTAGTGCTGTCTATTTGCAGAGACATAATATTCTTGTTTAAAAGAGGGGTCATTAAAGTGATCAACTATAAACTAT 140 A/T A T TACCTACTACCTTGCAAAGCTAACTATCAATATTAAGGAAGTGCCTTACTGCATTACGTTTTAAGATTAAAATTAAACAAATACAACAGTTACCTCTATGTTGGTATGTCCATGTGCCTAATTGGATTCAATGATATGTTAATAGCCCATTACTTTACAAGATGTATAGGAAGAGGTAAAAATGGATGACAATGAGATTTTTTCTGACCTGAATGATGATAAAACTGTTTAAAGCGATGTGGTATGCTAACTGCACTAGAGANNNNAATAGATGTCATATACCTTWTCTTTTCATGTCTAGCTGAAGTTTATTATATCTTGTGTAGCTCGATACATCAGCATTCATGGAAGAGTTTGGTTTGCCCTCCAAGACGAGAACCAAGGATGGATACAACCCACTTCTGGATGATTTCAAGAATACCAAATTTTATCTTAG GGATAACTCAACCAAGCAAGGGAAGAAGAGGCGAACACTAGTGGTAAGTCTATTCTTTTAGGAGTAGTGCTGTCTATTTGCAGAGACATAATATTCTTGTTTAAAAGAGGGGTCATTAAAGTGATCAACTATAAACTATATACCTACTACCTTGCAAAGCTAACTATCAATATTAAGGAAGTGCCTTACTGCATTACGTTTTAAGATTAAAATTAAACAAATACAACAGTTACCTCTATGTTGGTATGTCCATGTGCCTAATTGGATTCAATGATATGTTAATAGCCCATTACTTTACAAGATGTATAGGAAGAGGTAAAAATGGATGACAATGAGATTTTTTCTGACCTGAATGATGATAAAACTGTTTAAAGCGATGTGGTATGCTAACTGCACTAGAGANNNNAATAGATGTCATATACCTTWTCTTTTCATGTCTAGCTGAAGTTTATTATATCTTGTGTAGCTCGATACATCAGCATTCATGGAAGAGTTTGGTTTGCCCTCCAAGACGAGAACCAAGGATGGATACAACCCACTTCTGGATGATTTCAAGAATACCAAATTTTATCTTAG 576 A intron silent "1-43,467-576" 3 LG_I 25383347 NA NA 44-466 NA NA POPTR_0001s29490.1 707478 ATGTATGTAYATTCTGAAACTAGAACTTTTGATCATTGCATAATCAATCAATCTTCCATCAGAAACAACTTTTTCGTCATTGTCTGTCTATACCGTAGTACATTCTACGGCTTAGCAAGGCCATTGCAAGAATCCTCAAAATGATGATCTGTTTCATCGAAGATCTCCTCCTAAATGGTGCCAAACCAGATCACAGCATGAGGTWATCTCTAAGAAAC 219 C/T C T GGAGGGAGATACATGTGAAATATAAATGGCAAAACATAACGCTTACCTGTAAAAGCTCTTCAATGACATCTTCCATTGTTATTATGCCTACTGCTTCTTCTTCCTCTGGGAGCTTTGGTAGTGGATTGCCATTTAGATGCAAGATGTCTGAATCCAAGTCCTTTGTCCACTTCTTGCTCCTTGAGCTCCTAAATGAATTGTTGCCGCTGTTGGGAAAGCTTTTCCACTTTTGAAGTGYTCTCATGCTCTTCAAAGTCTTGTCTTTGGGAGGCTTTTCACCATCGATATCAACTTTAACTTCTTTCACCGGATCTGTTGTGTGCAAGAGACAAGAGAGCCACAGTTATCAAAATSATTTTACTTGTCATAAAGTGCAATGCTCTCCAGATTAGGTTGATTTTAGCACARCTTGGGACAACAAATAGCAGCAAAATCCCATAGGAATTGACACTTACTGTCACTAGCA ATGTATGTAYATTCTGAAACTAGAACTTTTGATCATTGCATAATCAATCAATCTTCCATCAGAAACAACTTTTTCGTCATTGTCTGTCTATACCGTAGTACATTCTACGGCTTAGCAAGGCCATTGCAAGAATCCTCAAAATGATGATCTGTTTCATCGAAGATCTCCTCCTAAATGGTGCCAAACCAGATCACAGCATGAGGTWATCTCTAAGAAACCGGAGGGAGATACATGTGAAATATAAATGGCAAAACATAACGCTTACCTGTAAAAGCTCTTCAATGACATCTTCCATTGTTATTATGCCTACTGCTTCTTCTTCCTCTGGGAGCTTTGGTAGTGGATTGCCATTTAGATGCAAGATGTCTGAATCCAAGTCCTTTGTCCACTTCTTGCTCCTTGAGCTCCTAAATGAATTGTTGCCGCTGTTGGGAAAGCTTTTCCACTTTTGAAGTGYTCTCATGCTCTTCAAAGTCTTGTCTTTGGGAGGCTTTTCACCATCGATATCAACTTTAACTTCTTTCACCGGATCTGTTGTGTGCAAGAGACAAGAGAGCCACAGTTATCAAAATSATTTTACTTGTCATAAAGTGCAATGCTCTCCAGATTAGGTTGATTTTAGCACARCTTGGGACAACAAATAGCAGCAAAATCCCATAGGAATTGACACTTACTGTCACTAGCA 685 T intron silent "1-11,155-420,516-581" 3 LG_I 27692748 NA NA "12-154,421-515" 582-685 3 POPTR_0001s12640.1 708892 TGGGCTTTTGACCACATYAAGTACTTCAATGGAGGCTCAGAGATACAGCTCCAGTTGGATAATTACACGGGTATATTATAATCAGATCAATCATTTTTTTTTGCTATCCATCGTTCATTGCATTTCAACACAGCTTCCTGGCTTTTTATTTCTTGTTTTTCTTCATCAAAACATAGTATATCGTGCTAACATTAGGGGGTTTGATATTGCGAAGGTACTGGTTTCCAATCAAAAGGGTCATACTTATTTGGCCATTTCAGTATGCAAATGAAGTTGGTTCCTGGTGATTCAGCTGGAACAGTTACTGCTTTCTATGTAAGCGTTTCTCATCACATCGTGACTGATCATTTTCATCTCACTTCNNNAGGATTTTAGAAGATCTTTCCCTTTATCATCATTCCCAACTTCTAAGTTCTAATTCCRTTTTTTTA 432 A/T A T CATCAAGTTATTATTCGCGTGKTTCTTTGGCAGCTWTCTTCACAAAACTCAGAGCATGATGAGATAGACTTTGAGTTCTTAGGAAACAGGACTGGCCAGCCTTACATTTTGCAGACAAATGTTTTCACAGGAGGCAAGGGAGACAGAGAACAGAGGATTTACCTCTGGTTTGACCCAACCATA TGGGCTTTTGACCACATYAAGTACTTCAATGGAGGCTCAGAGATACAGCTCCAGTTGGATAATTACACGGGTATATTATAATCAGATCAATCATTTTTTTTTGCTATCCATCGTTCATTGCATTTCAACACAGCTTCCTGGCTTTTTATTTCTTGTTTTTCTTCATCAAAACATAGTATATCGTGCTAACATTAGGGGGTTTGATATTGCGAAGGTACTGGTTTCCAATCAAAAGGGTCATACTTATTTGGCCATTTCAGTATGCAAATGAAGTTGGTTCCTGGTGATTCAGCTGGAACAGTTACTGCTTTCTATGTAAGCGTTTCTCATCACATCGTGACTGATCATTTTCATCTCACTTCNNNAGGATTTTAGAAGATCTTTCCCTTTATCATCATTCCCAACTTCTAAGTTCTAATTCCRTTTTTTTAACATCAAGTTATTATTCGCGTGKTTCTTTGGCAGCTWTCTTCACAAAACTCAGAGCATGATGAGATAGACTTTGAGTTCTTAGGAAACAGGACTGGCCAGCCTTACATTTTGCAGACAAATGTTTTCACAGGAGGCAAGGGAGACAGAGAACAGAGGATTTACCTCTGGTTTGACCCAACCATA 615 A intron silent "1-70,215-315,466-615" 1 LG_I 5147453 NA NA "71-214,316-465" NA NA POPTR_0001s11390.1 709026 GAGGAAAATGGAAGTTATTGAAGAGAAGCATCGGAATTTCAGCAATGCACATGCAATTGTTACCAAATGATAAAATCATCGCATTTGACTGGAATTCCGGTCCATCCAACATTTCTCTACCAGGAGGAAAGTGCGTTGTTGCTTCAGAAACTACGACTAATTGCTATTCACATTCTGTAGAGTTTGATCCCTCCAGCCGGAGTATCCGACCGCTTACCATTACAACCGATACATGGTGCTCTTCAGGTGCGTTGTTGCAAAACGGTATTCTAATCCAGAGTGGTGGATTCAGGCTTGGAGATCGAGTGGTTCGGTCTCTTACACCGTGTGCAAATTGTGATTGGGTTGAAAAAAAGAATGGTCTAATTACTTCAAGATGGTATGCATCAAATCAAATTTTACCAAATGGGAAAATCATTGTTGTTGGGGGCTTAAATCAATTCAATTATGAGTTCATTCCGAAAACTTCTACTTCTGATCAAACACTGTACCAGCTTCCATTTCTGGAAGAAACCAGATATTCCCCACTCATTCCCAACAATCTTTATCCTTTCCTACACCTCACTCCTGGTGGAAAGTTATTCATTTTCGCTAATGACCGTGCAATTCTACTAGACCATGTCAACAACAAGGTGGTTAAGAACTATCCTGTC 654 A/T A T TGCCCGGAGGCGTTTCGCGCAACTATCCTAGTACAGGTTCCTCAGTTCTGCTTCCTCTTATCCTTTCCAGCAATTTCAACAGCCACCCAGAGGCTGCA GAGGAAAATGGAAGTTATTGAAGAGAAGCATCGGAATTTCAGCAATGCACATGCAATTGTTACCAAATGATAAAATCATCGCATTTGACTGGAATTCCGGTCCATCCAACATTTCTCTACCAGGAGGAAAGTGCGTTGTTGCTTCAGAAACTACGACTAATTGCTATTCACATTCTGTAGAGTTTGATCCCTCCAGCCGGAGTATCCGACCGCTTACCATTACAACCGATACATGGTGCTCTTCAGGTGCGTTGTTGCAAAACGGTATTCTAATCCAGAGTGGTGGATTCAGGCTTGGAGATCGAGTGGTTCGGTCTCTTACACCGTGTGCAAATTGTGATTGGGTTGAAAAAAAGAATGGTCTAATTACTTCAAGATGGTATGCATCAAATCAAATTTTACCAAATGGGAAAATCATTGTTGTTGGGGGCTTAAATCAATTCAATTATGAGTTCATTCCGAAAACTTCTACTTCTGATCAAACACTGTACCAGCTTCCATTTCTGGAAGAAACCAGATATTCCCCACTCATTCCCAACAATCTTTATCCTTTCCTACACCTCACTCCTGGTGGAAAGTTATTCATTTTCGCTAATGACCGTGCAATTCTACTAGACCATGTCAACAACAAGGTGGTTAAGAACTATCCTGTCATGCCCGGAGGCGTTTCGCGCAACTATCCTAGTACAGGTTCCTCAGTTCTGCTTCCTCTTATCCTTTCCAGCAATTTCAACAGCCACCCAGAGGCTGCA 752 A AUG 1 MET/LEU NONSYN exon replacement 1-752 2 LG_I 6083545 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s10650.1 709173 AACCATACTCTTTGATCCCCAAAGAACATAGGTTGAAAATAAAAACATGTGCCAAATTCGACCCTTTTGAGATCTTGGGAGGCAGAGGGCTCTGCAAYGGAGAAAAAGGCGTGCAACAAGAGCTACAGAGAAACATTGAAGAGGAGGCACCAYCAGCTGCTGGTGAAGAGGAGTATTCAGGTAACTTGGAAATATCAAGYKTGCCRGAAGATGGTTTCGAAAAGGAGCTGATGGGATTAACAGGGGGCTTTCCTGGTGGAGAGAAGGGATTGGAAAAATTCATCGAGGAAAACCCYCCTCCAAAGAAACAACCAGHTGCGAAGCTTACAATCACAAACAAGCCAAARCCACCAGAATTGCCACTG 366 C/T C T TGTTGCCTGGTATGATTGCCATTGTGAAGAACCCAAATAACCCATTTTACATGTACACTGGCATTGTTCAGCGAATCACTGATGGAAAAGCTGGGGTTATCTTTGAAGGAGGAAACTGGGATCGGTTAGTAACTTTCCGCCTGGAAGAGCTGGAGCGTAGGGAGAAGGGCCCTCCAGGCAAAAATCCCAGGTCCGCAATAATTGAAGAWTTCT AACCATACTCTTTGATCCCCAAAGAACATAGGTTGAAAATAAAAACATGTGCCAAATTCGACCCTTTTGAGATCTTGGGAGGCAGAGGGCTCTGCAAYGGAGAAAAAGGCGTGCAACAAGAGCTACAGAGAAACATTGAAGAGGAGGCACCAYCAGCTGCTGGTGAAGAGGAGTATTCAGGTAACTTGGAAATATCAAGYKTGCCRGAAGATGGTTTCGAAAAGGAGCTGATGGGATTAACAGGGGGCTTTCCTGGTGGAGAGAAGGGATTGGAAAAATTCATCGAGGAAAACCCYCCTCCAAAGAAACAACCAGHTGCGAAGCTTACAATCACAAACAAGCCAAARCCACCAGAATTGCCACTGCTGTTGCCTGGTATGATTGCCATTGTGAAGAACCCAAATAACCCATTTTACATGTACACTGGCATTGTTCAGCGAATCACTGATGGAAAAGCTGGGGTTATCTTTGAAGGAGGAAACTGGGATCGGTTAGTAACTTTCCGCCTGGAAGAGCTGGAGCGTAGGGAGAAGGGCCCTCCAGGCAAAAATCCCAGGTCCGCAATAATTGAAGAWTTCT 579 T CUG 1 LEU SYN exon silent 1-579 2 LG_I 6647344 NA NA NA NA NA POPTR_0006s03560.1 717415 AGCAGATCAAATGGTACGTTTCTTATTGAACCCTAAGAGGCAAGTCGTTATAATCAAGAGAAGCTTTTAATTTAAACATAGGTAGGTCTTGAGTTTGATGGTTGTGATGATATCGTTTTTGAAGAAATTAAGCGTACCGGCCACTGTTTCTCGTGCGCTTAAGTACCTACCAGAGCTTCAACAGCAAGTCGAGAGACTGGTTCAAAGAAAGGAGGAGCTTTTATCAAAGTTATCAAAGCAAGGTGGTATANNNATTCWTCAAGAAAATCAAAGAAATGACACCGTGTATAGCTCTTTRTCATCGGTATCGGCAAGCCAGCTTAGTGATAAAGAAGTTGTCGTTCA 346 G/T G T ATTTCCACTTACAAGAACCATARAAGTCCATTATCAGAAATCTTGCTCACCTTAGAGGAAGATGGACTTGTTCTAAAAAACTCTTCTTCCTTTGAGTCATTTGGGGACAGGGTCTTCTATAATTTACATCTTCAGGTGCTATAACATTTGCTTRTGTTTTTTTGTATGCCCTTCTGTTTCTGTCTTTCGTAAAGTTTAGAGTCTAATTTTTTACTTTGTGGATTAATTTTACAGGTCATGGAAGGAACTTACACATTGGATAGTGAGGCCATGAGGGCGAAGCTTGTGTCTTTATCTGTAAAGAGGGRATCATCGTCTCTATAAATTCAAGTGCTCCATAATATTCTAATTT AGCAGATCAAATGGTACGTTTCTTATTGAACCCTAAGAGGCAAGTCGTTATAATCAAGAGAAGCTTTTAATTTAAACATAGGTAGGTCTTGAGTTTGATGGTTGTGATGATATCGTTTTTGAAGAAATTAAGCGTACCGGCCACTGTTTCTCGTGCGCTTAAGTACCTACCAGAGCTTCAACAGCAAGTCGAGAGACTGGTTCAAAGAAAGGAGGAGCTTTTATCAAAGTTATCAAAGCAAGGTGGTATANNNATTCWTCAAGAAAATCAAAGAAATGACACCGTGTATAGCTCTTTRTCATCGGTATCGGCAAGCCAGCTTAGTGATAAAGAAGTTGTCGTTCAGATTTCCACTTACAAGAACCATARAAGTCCATTATCAGAAATCTTGCTCACCTTAGAGGAAGATGGACTTGTTCTAAAAAACTCTTCTTCCTTTGAGTCATTTGGGGACAGGGTCTTCTATAATTTACATCTTCAGGTGCTATAACATTTGCTTRTGTTTTTTTGTATGCCCTTCTGTTTCTGTCTTTCGTAAAGTTTAGAGTCTAATTTTTTACTTTGTGGATTAATTTTACAGGTCATGGAAGGAACTTACACATTGGATAGTGAGGCCATGAGGGCGAAGCTTGTGTCTTTATCTGTAAAGAGGGRATCATCGTCTCTATAAATTCAAGTGCTCCATAATATTCTAATTT 698 T CAU 3 HIS/GLN NONSYN exon replacement "1-13,122-481,581-670" 3 LG_VI 2317231 (reverse complement) NA "14-121,482-580" 671-700 3 POPTR_0007s14720.1 718037 TGCGAGAGAAACTTGCCTTCTCACCATTGAGGTTATCTCGSGAGTTTGACCCTATACAAATGGGTTTAAGGGTGAGCGGTGACCATAATGAATCAAGCCAGAAGCAAGCCAACTGGATACCYATCTCT 129 C/T C T GGGGAACTTCAATTGGCGGCCCTTTAGGAGAGGTCTTGACCACCAGCGCCAGCCATGCGGATTCCTGCAAAAGCTCATCAGCTCTTAACCTTTTAAGAGAGGGTTGGGATGGCAGCCCGCAGCTGGGATCTTCTCCAACAGGAGTCTTGCAGAAATCGACTTTTGGTTCACTTTCAAATAGCAGTTCAGGTAGCAGCCCAAGAGCAGAGAGCAAGAAAAACAATGAAAGTGCTAGTCTGTATGAGGATGTTGTTGGTTCGATAATTGCAAGTGATCCCCTATTCCATCCCTGTAATCAAGAAAATGGYTAGGATGAAACTTGTGAAGAAGAAGCTTGGAGTTATTTATCTTATTAATTTCTKCAGACTGTTTCTCCTTGTTGCTTGTTNYCCCCCCCTCAAATCTAGAATGTAAAGACTTGGCWGATTCC TGCGAGAGAAACTTGCCTTCTCACCATTGAGGTTATCTCGSGAGTTTGACCCTATACAAATGGGTTTAAGGGTGAGCGGTGACCATAATGAATCAAGCCAGAAGCAAGCCAACTGGATACCYATCTCTCGGGGAACTTCAATTGGCGGCCCTTTAGGAGAGGTCTTGACCACCAGCGCCAGCCATGCGGATTCCTGCAAAAGCTCATCAGCTCTTAACCTTTTAAGAGAGGGTTGGGATGGCAGCCCGCAGCTGGGATCTTCTCCAACAGGAGTCTTGCAGAAATCGACTTTTGGTTCACTTTCAAATAGCAGTTCAGGTAGCAGCCCAAGAGCAGAGAGCAAGAAAAACAATGAAAGTGCTAGTCTGTATGAGGATGTTGTTGGTTCGATAATTGCAAGTGATCCCCTATTCCATCCCTGTAATCAAGAAAATGGYTAGGATGAAACTTGTGAAGAAGAAGCTTGGAGTTATTTATCTTATTAATTTCTKCAGACTGTTTCTCCTTGTTGCTTGTTNYCCCCCCCTCAAATCTAGAATGTAAAGACTTGGCWGATTCC 559 T UGG 1 TRP/ARG NONSYN exon replacement 1-440 2 LG_VII 12191512 NA NA NA 441-559 3 POPTR_0007s01790.1 718318 TAAGAGTYGTTCTGGAAGCTCTGACTCGCTTTGACCCTCAATGACAAAAGCTAGGTCAACAGTCAACATTGAGATGTAACCAAATGCCA 90 A/G A G ATGAACTATTGCACTTGCAACCATTGAAGATCCAATATCCACATCAACTTCCAAAAAATGTTCATCGAAACAGTACTTGCAGGAAAGGGTACGCCCAATTATGCACACAGCCTGCTCTCCAACTGCCTTTCTTACTATCCAGGGRCCTTTGACAATGTTGGCAATCAGTTTAAGCCTTGAGTTTCTAAACCCGTCATCACCTTTCAAGAACTGGTCCATTAAAGATCCCTCTGGAATTGGTTCTGTGCCTAYGAAATAAGCCACWGCACTATAGTTTTCCTTACMGGGAACTTGTAGATTAAACGCCCAAACAAAAGGCTTATCACCATTTGGAAAAGCTTCATCAATAACCTTCCTTACACGRCTTTTACGATTCTTTAGAACYTCTGTAATCTTTGTAGAACCTTTGATCCAGTCAAATCCAAGAGGCTTTAAAAGAGATTCACCACCAGGGATTTTAACCTTAGTTGTCAMATACTTTGGACCTCTTACCATGAAACATTCTCCAGGTGGAGACGCCCAGCCATTTGAACAATTATATGGATCAAGTAGTGGAACAGCTCCCTCTGATTTTACCCTCTCTATCCATTGATGCTCACTATCACC TAAGAGTYGTTCTGGAAGCTCTGACTCGCTTTGACCCTCAATGACAAAAGCTAGGTCAACAGTCAACATTGAGATGTAACCAAATGCCAAATGAACTATTGCACTTGCAACCATTGAAGATCCAATATCCACATCAACTTCCAAAAAATGTTCATCGAAACAGTACTTGCAGGAAAGGGTACGCCCAATTATGCACACAGCCTGCTCTCCAACTGCCTTTCTTACTATCCAGGGRCCTTTGACAATGTTGGCAATCAGTTTAAGCCTTGAGTTTCTAAACCCGTCATCACCTTTCAAGAACTGGTCCATTAAAGATCCCTCTGGAATTGGTTCTGTGCCTAYGAAATAAGCCACWGCACTATAGTTTTCCTTACMGGGAACTTGTAGATTAAACGCCCAAACAAAAGGCTTATCACCATTTGGAAAAGCTTCATCAATAACCTTCCTTACACGRCTTTTACGATTCTTTAGAACYTCTGTAATCTTTGTAGAACCTTTGATCCAGTCAAATCCAAGAGGCTTTAAAAGAGATTCACCACCAGGGATTTTAACCTTAGTTGTCAMATACTTTGGACCTCTTACCATGAAACATTCTCCAGGTGGAGACGCCCAGCCATTTGAACAATTATATGGATCAAGTAGTGGAACAGCTCCCTCTGATTTTACCCTCTCTATCCATTGATGCTCACTATCACC 696 MINUS STRAND A UUG 1 LEU SYN exon silent 1-696 1 LG_VII 1018157 NA NA NA NA NA POPTR_0009s03790.1 723238 AGGAAGACAAGGAGTATTTGCCTGAATGGTTGACAGGAAAGAAGAATCATGAGCGGGAGGATGGAGATTTTGAGGAAGAAAGAAGTAACAAGCAGAGTGCAGTTTATGTAGATGAGAGCGAACTGTCAGAGATGTTTGATATGCTATTAGGATTTGGGGATGGATGCCAGCCTCCTCAGTGTATACTTCATGAGGCTGAACAACGTGAGTCAGGCAAGACTTTGCAGCAGAATGGGCAAACAAGGGGAACTAATGGTAGCAAGACTAGGGCTAAGAGACAAGGAAATAACAAGGAAGTTGTTGATTTGAGGACTTTTCTAATTCTTTGTGCGCAAGCAGTCTCTGTGAATGATTGCAGAACTGCTAATGAACTGCTGAAGCAGATCAGGCAGCACTCTTCACCTCTCGGTGATGGATCTCAGAGGTTGGCTCATTGTTTTGCTAATGCCCT 452 C/T C T GAAGCACGTTTAGCTGGAACTGGTACCCAGATATACACGGCTTTGTCTGCTGAAAAAACATCAGCTGTGGATATGTTGAAAGCTTATCAAGCTTACATTTCAGCTTGCCCGTTTAAGAAGATTGCTTTTATCTTTGCAAACCATAGTATTCTGAATGTGGCTGAGAAGGCATCTACACTTCATATAATAGATTTTGGTATATTGTATGGTTTCCAGTGGCCTTCCCTTATC AGGAAGACAAGGAGTATTTGCCTGAATGGTTGACAGGAAAGAAGAATCATGAGCGGGAGGATGGAGATTTTGAGGAAGAAAGAAGTAACAAGCAGAGTGCAGTTTATGTAGATGAGAGCGAACTGTCAGAGATGTTTGATATGCTATTAGGATTTGGGGATGGATGCCAGCCTCCTCAGTGTATACTTCATGAGGCTGAACAACGTGAGTCAGGCAAGACTTTGCAGCAGAATGGGCAAACAAGGGGAACTAATGGTAGCAAGACTAGGGCTAAGAGACAAGGAAATAACAAGGAAGTTGTTGATTTGAGGACTTTTCTAATTCTTTGTGCGCAAGCAGTCTCTGTGAATGATTGCAGAACTGCTAATGAACTGCTGAAGCAGATCAGGCAGCACTCTTCACCTCTCGGTGATGGATCTCAGAGGTTGGCTCATTGTTTTGCTAATGCCCTCGAAGCACGTTTAGCTGGAACTGGTACCCAGATATACACGGCTTTGTCTGCTGAAAAAACATCAGCTGTGGATATGTTGAAAGCTTATCAAGCTTACATTTCAGCTTGCCCGTTTAAGAAGATTGCTTTTATCTTTGCAAACCATAGTATTCTGAATGTGGCTGAGAAGGCATCTACACTTCATATAATAGATTTTGGTATATTGTATGGTTTCCAGTGGCCTTCCCTTATC 683 T CUU 3 LEU SYN exon silent 1-683 2 LG_IX 8576510 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0010s07330.1 725990 CACGTGAAGCATGCACACAGGGAATAATATTATCAAGGTAGGAATATAATTTAATTTGTTCGTTAAATTTGGTGCAGGCTARGGTAGAACAGTGGACTGAAACCATCCAGGATACAGCAAATGCAGCCTGTAGAGACAGYACATC 146 A/G A G GCTGGTGCTCAGTCAACCGGAGATTCTGCTCAACTAGAGAAGGATCACAGTGCTGGTTTCCTGCAGCAGGTAACTATATATCTCCTCTCTTAACCCTTGAGCATGCCTTGTACCCTTTAGGCTTTAGGGTGATTTCAAAGAAATCAATTAATTTTGTTCGCATCTATTTTTCTTGTGTACACAGACTGGAGAGCAAGTGAAGCATGTGGCTCAGGATGCAATGGACTCTGTGAAGAACACGCTTGGTATAGGTCAGAATAAGAAATGAAAGAATAACCTCTGCTATACATGGTCTGCCGAGCAASCGGATTCCGATTTATGGATATGCTGCTGATGYAATTGCT CACGTGAAGCATGCACACAGGGAATAATATTATCAAGGTAGGAATATAATTTAATTTGTTCGTTAAATTTGGTGCAGGCTARGGTAGAACAGTGGACTGAAACCATCCAGGATACAGCAAATGCAGCCTGTAGAGACAGYACATCAGCTGGTGCTCAGTCAACCGGAGATTCTGCTCAACTAGAGAAGGATCACAGTGCTGGTTTCCTGCAGCAGGTAACTATATATCTCCTCTCTTAACCCTTGAGCATGCCTTGTACCCTTTAGGCTTTAGGGTGATTTCAAAGAAATCAATTAATTTTGTTCGCATCTATTTTTCTTGTGTACACAGACTGGAGAGCAAGTGAAGCATGTGGCTCAGGATGCAATGGACTCTGTGAAGAACACGCTTGGTATAGGTCAGAATAAGAAATGAAAGAATAACCTCTGCTATACATGGTCTGCCGAGCAASCGGATTCCGATTTATGGATATGCTGCTGATGYAATTGCT 490 A UCA 3 SER SYN exon silent "78-215,331-414" 1 LG_X 5602992 NA NA "1-77,216-330" 415-490 3 POPTR_0011s10920.1 728284 CGGTGGCATATGTGCTCTCAGGGATGTATGGCAGTGTTGGCCAACTTGGGGTAGGAAATGCCATTCTWATCATCATTCAGCTTTGTTTTGCTGGGATCATTGTGATATGTTTGGACGAGCTTCTTCAGAAAGGATATGGTTTAGGCTCTGGAATTTCCCTTTTCATAGCRACCAATATCTGGTGAGTTCCATTCTTTAGTTTACGGATCCACTTTTGAAATTTCCTTCTCTATGTTGATTATTGTGAGATTGGAGTGCTTTGGGGAGTTTATCTTTAACATCTCTACCAAAATTTGGATACTT 304 -/T - T AAAGAGTCATTCATTTTCAGTGAAAACATTATCTGGAAAGCATTTAGTCCAACCACCATCAATAGTGGGCGTGGTGCTGAATTTGAAGGAGCTGTCATTGCTTTATTCCATCTGCTGATAACCCGAACAGACAAAGTTCGTGCTCTCCGAGAGGCATTTTACAGG CGGTGGCATATGTGCTCTCAGGGATGTATGGCAGTGTTGGCCAACTTGGGGTAGGAAATGCCATTCTWATCATCATTCAGCTTTGTTTTGCTGGGATCATTGTGATATGTTTGGACGAGCTTCTTCAGAAAGGATATGGTTTAGGCTCTGGAATTTCCCTTTTCATAGCRACCAATATCTGGTGAGTTCCATTCTTTAGTTTACGGATCCACTTTTGAAATTTCCTTCTCTATGTTGATTATTGTGAGATTGGAGTGCTTTGGGGAGTTTATCTTTAACATCTCTACCAAAATTTGGATACTT-AAAGAGTCATTCATTTTCAGTGAAAACATTATCTGGAAAGCATTTAGTCCAACCACCATCAATAGTGGGCGTGGTGCTGAATTTGAAGGAGCTGTCATTGCTTTATTCCATCTGCTGATAACCCGAACAGACAAAGTTCGTGCTCTCCGAGAGGCATTTTACAGG 469 - intron silent "1-181,325-469" 2 LG_XI 10188931 NA NA 182-324 NA NA POPTR_0013s02110.1 729578 TGCCAACAGCAGGGGTTGCCAACTTGCCATGAGCAACTTAATGCACTTTGARCCCCATTCTCTGTTAGCACTAAACATGGCAGTTTCTCCAGCAGCATGATTTGACTTTATAACCATTAGGTTATATGGGGGAAAATTGAAGACTCACAATTTACAAATTCTTTTTTGCTCTTTGAATTTTCTATCCTAAGAAAGAAAATAATGAGTAATGACTGC 217 A/G A G GTCCTCTCCAATGTCACCACAGCAACCCCAACATCTAAGCTACCCCCAACAGAAACCTGAAGACATCACTCAGTGAGATAACCCCTTCTACACGCTTGCTGCCAGCTTCCACGATCAAAAGTCTCCTAACCCCTGAAGGGATCATGCAAGTGAGGCAATTAGCAAGCATAAGTTCAAACCACAATCTCAGAACTACCTATATTCAAGCTTTGATAATGAAAAAAATCATATTGACATGGAAGTACCAGGATTTGCCAATCGCTCCATCACTTTGTGTAGAGAATCAGTCCGTAAACACATCTGACATCTCTGYCCATTGAAGAATCCATAMGAAGAATTTGCA TGCCAACAGCAGGGGTTGCCAACTTGCCATGAGCAACTTAATGCACTTTGARCCCCATTCTCTGTTAGCACTAAACATGGCAGTTTCTCCAGCAGCATGATTTGACTTTATAACCATTAGGTTATATGGGGGAAAATTGAAGACTCACAATTTACAAATTCTTTTTTGCTCTTTGAATTTTCTATCCTAAGAAAGAAAATAATGAGTAATGACTGCAGTCCTCTCCAATGTCACCACAGCAACCCCAACATCTAAGCTACCCCCAACAGAAACCTGAAGACATCACTCAGTGAGATAACCCCTTCTACACGCTTGCTGCCAGCTTCCACGATCAAAAGTCTCCTAACCCCTGAAGGGATCATGCAAGTGAGGCAATTAGCAAGCATAAGTTCAAACCACAATCTCAGAACTACCTATATTCAAGCTTTGATAATGAAAAAAATCATATTGACATGGAAGTACCAGGATTTGCCAATCGCTCCATCACTTTGTGTAGAGAATCAGTCCGTAAACACATCTGACATCTCTGYCCATTGAAGAATCCATAMGAAGAATTTGCA 560 G intron silent "1-98,212-309" 3 LG_XIII 1357709 NA NA 99-211 310-560 3 POPTR_0014s09490.1 731355 AACCCTCCAGTTCCGCCACCACTTTCCTCTCCGTACAGTTACACCACATAGATGCCYTGTCTTCGGACAAATCATCACAAGATCTCTTCAACTCGAGACTTGTACGTGATGCAGCACGTGTCAAATCTTTAATTTCCCTTGCGGCAACCGTTGGCGGTRCAAACCTGACGCGTGCGCGCGGCCCTGGGTTCAGTAGTTCTGT 203 A/T A T ATCTCAGGGCTCGCTCAAGGGAGTGGAGAGTACTTCACGCGCCTTGGTGTAGGGACCCCAGCAAGATATGTCTACATGGTGCTTGACACTGGAAGCGACATCGTTTGGATCCAGTGTGCTCCATGCATAAAGTGTTACTCTCAAACCGACCCGGTTTTTGACCCGACTAAATCCAGGTCCTTCGCTAATATCCCCTGTGGGTCWCCYTTGTGTAGGAGACTTGATTATCCAGGCTGCAGCACGAAAAAACAGATWTGTCTGTATCAAGTCTCTTACGGAGACGGGTCGTTCACTGTTGGTGAGTTCTCAACCGAAACGCTGACGTTCAGAGGAACCAGAGTTGGTCGTGTGGTGCTTGGTTGTGGRCATGACAATGAGGGCCTTTTTGTTGGTGCTGCTGGATTGCTGGGACTCGGTAGGGGAAGATTATCCTTCCCTTCACAAATCGGTCGCCGGTTCAACAGCAAGTTTT AACCCTCCAGTTCCGCCACCACTTTCCTCTCCGTACAGTTACACCACATAGATGCCYTGTCTTCGGACAAATCATCACAAGATCTCTTCAACTCGAGACTTGTACGTGATGCAGCACGTGTCAAATCTTTAATTTCCCTTGCGGCAACCGTTGGCGGTRCAAACCTGACGCGTGCGCGCGGCCCTGGGTTCAGTAGTTCTGTAATCTCAGGGCTCGCTCAAGGGAGTGGAGAGTACTTCACGCGCCTTGGTGTAGGGACCCCAGCAAGATATGTCTACATGGTGCTTGACACTGGAAGCGACATCGTTTGGATCCAGTGTGCTCCATGCATAAAGTGTTACTCTCAAACCGACCCGGTTTTTGACCCGACTAAATCCAGGTCCTTCGCTAATATCCCCTGTGGGTCWCCYTTGTGTAGGAGACTTGATTATCCAGGCTGCAGCACGAAAAAACAGATWTGTCTGTATCAAGTCTCTTACGGAGACGGGTCGTTCACTGTTGGTGAGTTCTCAACCGAAACGCTGACGTTCAGAGGAACCAGAGTTGGTCGTGTGGTGCTTGGTTGTGGRCATGACAATGAGGGCCTTTTTGTTGGTGCTGCTGGATTGCTGGGACTCGGTAGGGGAAGATTATCCTTCCCTTCACAAATCGGTCGCCGGTTCAACAGCAAGTTTT 675 T GUU 3 VAL SYN exon silent 1-675 2 LG_XIV 3541464 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0006s20940.1 732809 GATGAAAGAAGTACTGTCACTTCCAAGCTTAGAAGTAGATACATATGTTCACTTTGTGACAGAGAATTCAAGAGYGGGCATGCATTAGGTGGCCATTATAATGCCCACAGTAAAAAWAGAAAAAGAAAATACGTGCCCGGAACTGTAGGAAGGGTTATAAGAGTCCATGTTCCTTCCATTGATGTTGAGCCACCAGTTGCACCACGACATGGATCCGAGTTCACTCATGGTGCTCCGACCCCAGGGGTGCAGTCTGGTGTCGATTATGAAACTGGAGACGAATCCTCGTCTACACGACCACAAGGGGGCCTTAAGAAAAATATAAAGTTAAATATTGAATCTCATCGTTCTCATCCTTACGAGAGGGCTGTGAATAATGAGGCTCCTCGAGGTGGGAGA 400 C/G C G TACTAAATTTAACGACACYGATTCATGGTGTCAAGATTAATAACGGGRTAGATATGGATCTTGCGAGAACCATAACTAATCCTATTGTTGAGGTTTCTAGGAAAGAAAATGGTGATACCAAGTTCACCTCTGGTAAAAATGGCGATGAAGACNTGGACTTGGAGTTGAG GATGAAAGAAGTACTGTCACTTCCAAGCTTAGAAGTAGATACATATGTTCACTTTGTGACAGAGAATTCAAGAGYGGGCATGCATTAGGTGGCCATTATAATGCCCACAGTAAAAAWAGAAAAAGAAAATACGTGCCCGGAACTGTAGGAAGGGTTATAAGAGTCCATGTTCCTTCCATTGATGTTGAGCCACCAGTTGCACCACGACATGGATCCGAGTTCACTCATGGTGCTCCGACCCCAGGGGTGCAGTCTGGTGTCGATTATGAAACTGGAGACGAATCCTCGTCTACACGACCACAAGGGGGCCTTAAGAAAAATATAAAGTTAAATATTGAATCTCATCGTTCTCATCCTTACGAGAGGGCTGTGAATAATGAGGCTCCTCGAGGTGGGAGACTACTAAATTTAACGACACYGATTCATGGTGTCAAGATTAATAACGGGRTAGATATGGATCTTGCGAGAACCATAACTAATCCTATTGTTGAGGTTTCTAGGAAAGAAAATGGTGATACCAAGTTCACCTCTGGTAAAAATGGCGATGAAGACNTGGACTTGGAGTTGAG 569 NOT PRESENT IN MATT'S ANNOTATION; GENBANK RETURNING AS NON-CODING C CUA 1 VAL/LEU NONSYN exon replacement 1-569 1 LG_VI 10853752 POPTR_0015s10060.1 733505 CAAACAGTAGTTGATGAATTCCCAGAACGACCTGGCCAACAACTGTGCAGTTACTTCATGAAATT 66 C/T C T GGGGACTGTAAGTTCAAATCTAACTGCAAATATCACCATCCAAAGAATCGGATACCAAAGTCACCCTCATTAACTCTTAGTGACAAGGGCCTGCCACTGAGACCTGTAAGTTGATTCCTATTTCTAGACTAAACCTTACTTATGAAGGATTTATAAACTTAGGAAGTGAGTTTTTATACTTTGTTGTCCTTCCCATTTCTTGTCTTCGCTTGCTGGTGTTTTTCTGTTCTTTCCATTCACTACTTTAAATATCACTAGGAAATTTTCTTTTGGCTGGTAAGAGATTTAGCTTTTTTAAGTTCTGAGTTATCATCGACTCAATATGGATTTTGGTTAAATAAGTAGAGCTGATGCATGAAGATAATTCCAAGCAAGTCAAATCATTCCTGAATAAGCCTCCAAGAAAAACATTACACATGCTTCCAAACCAGTCCACTAAACTATATAGTCTGACATTAGCAAATGCCATTGAAATTTGAAATAACTAGTTTTCTTATTTTTGCTATAAGAACTGATGAGATTTTAAACTTTGGCATGTCTCTCTTACAGCTCTATTTTTGTCTATCAAATCCAGGATCAAATCATCTGCTCTTACTACAGCCGCTATGGTATCTGTAAGTTTGGGCCTGCCTGTAA CAAACAGTAGTTGATGAATTCCCAGAACGACCTGGCCAACAACTGTGCAGTTACTTCATGAAATTCGGGGACTGTAAGTTCAAATCTAACTGCAAATATCACCATCCAAAGAATCGGATACCAAAGTCACCCTCATTAACTCTTAGTGACAAGGGCCTGCCACTGAGACCTGTAAGTTGATTCCTATTTCTAGACTAAACCTTACTTATGAAGGATTTATAAACTTAGGAAGTGAGTTTTTATACTTTGTTGTCCTTCCCATTTCTTGTCTTCGCTTGCTGGTGTTTTTCTGTTCTTTCCATTCACTACTTTAAATATCACTAGGAAATTTTCTTTTGGCTGGTAAGAGATTTAGCTTTTTTAAGTTCTGAGTTATCATCGACTCAATATGGATTTTGGTTAAATAAGTAGAGCTGATGCATGAAGATAATTCCAAGCAAGTCAAATCATTCCTGAATAAGCCTCCAAGAAAAACATTACACATGCTTCCAAACCAGTCCACTAAACTATATAGTCTGACATTAGCAAATGCCATTGAAATTTGAAATAACTAGTTTTCTTATTTTTGCTATAAGAACTGATGAGATTTTAAACTTTGGCATGTCTCTCTTACAGCTCTATTTTTGTCTATCAAATCCAGGATCAAATCATCTGCTCTTACTACAGCCGCTATGGTATCTGTAAGTTTGGGCCTGCCTGTAA 702 C UUC 3 PHE SYN exon silent "1-171,641-702" 1 LG_XV 6662512 NA NA 172-640 NA NA POPTR_0015s10530.1 733573 CTGAGACTCTCTCGAAGCTTCTGGAAGTACCTTGCATTTCCATGGCTAGTCTCGCTCGCCAAGAACTTAACCCTCGCTCTTCTCTGTATAAACAGGTCTCGAAATTAATTAATTAAATAAATGCCTTAGCTTATCTATTTACTTGGATTATTTATTAGTGAATTCATCATGGCAAAGGTGAAGACTTTTACAAAAAGGAAGTGAAGGGGAGAAATTAACACAAAATTGACAAATTGTGTCTAATTTGATTTACATTGAGAAYGATTTGTGGATTAAACTGTGAAACTG 289 A/C A C TTATCGTTAGTTTTGAAATAAAAAAGGAAATCGGTAGAAAATTGYGGCCCTGAAGATTGCTGATTATATTAAGTGGTATTATWAAAAAGGATATTTTNATTTTAATGGAGATTTGACAGTGGTAAGCTCTCATCTGTGGTTGCTTGTTGATTGTAGATTGCAAATGCTGTGAATCGTAGGATGCTTGTTCCAGAGGATATAATTTTTGGCCTGTTATCAAAGAGGTTGGAAGATGGGTATTACAAAGGTGAAACTGGTTTTAT CTGAGACTCTCTCGAAGCTTCTGGAAGTACCTTGCATTTCCATGGCTAGTCTCGCTCGCCAAGAACTTAACCCTCGCTCTTCTCTGTATAAACAGGTCTCGAAATTAATTAATTAAATAAATGCCTTAGCTTATCTATTTACTTGGATTATTTATTAGTGAATTCATCATGGCAAAGGTGAAGACTTTTACAAAAAGGAAGTGAAGGGGAGAAATTAACACAAAATTGACAAATTGTGTCTAATTTGATTTACATTGAGAAYGATTTGTGGATTAAACTGTGAAACTGATTATCGTTAGTTTTGAAATAAAAAAGGAAATCGGTAGAAAATTGYGGCCCTGAAGATTGCTGATTATATTAAGTGGTATTATWAAAAAGGATATTTTNATTTTAATGGAGATTTGACAGTGGTAAGCTCTCATCTGTGGTTGCTTGTTGATTGTAGATTGCAAATGCTGTGAATCGTAGGATGCTTGTTCCAGAGGATATAATTTTTGGCCTGTTATCAAAGAGGTTGGAAGATGGGTATTACAAAGGTGAAACTGGTTTTAT 552 C intron silent "1-95,446-552" 2 LG_XV 6981685 (reverse complement) NA 96-445 NA NA POPTR_0015s10650.1 733603 TKGCCTGCTAAATCTGCTAAATTTATCCTTGATTTGCTAAAGAACGCTGAAAGCAATGCTGAGGTGGTTACTTTTCCTGGGTTTTATTTTGGTTATATTTTACTCTAATGTTTGCTTCTTGACSTCATGGMTATCCTGTCTAATGTTTGTAAATTTTATCTGCTTGTTATTTAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGYACTTTACATATCACATATCCAAGTCAATCAAGCACAAAAACAGCGTCGCCGTACTTATCGTGCCCATGGAAG 270 A/G A G ATAAACCGTGAGTCCWTTCTTTAAGCCATTAAGTTCATTTYTTTCCTGCCTGTCTTCTCTATTTGAACAGGGGCACTTAATAGTGATGTGTGATTGCTTTGGCAGCTTACATGTCATCGCCATGTCACATCGAGTTAATTTTGTCTGAAAAGGAAGAACCTGTCAAGAAAGAGGTAATACTCTGAAAAATGATGATTCTGTTGAGTCATAGYTGATTTAAAATTTTAGATTGATGTGCATTRCTAGCAGTGCTCATTGGGATTGTTGTGTTTTTATTATTTTGCCTTACCTGGAATGTCTTTTTTCCAGGCTGATACTCAGATTGCTCCTAGGAAGCCTAAGGGTGCTCTTCGTAGTGGAGCTTCCTC TKGCCTGCTAAATCTGCTAAATTTATCCTTGATTTGCTAAAGAACGCTGAAAGCAATGCTGAGGTGGTTACTTTTCCTGGGTTTTATTTTGGTTATATTTTACTCTAATGTTTGCTTCTTGACSTCATGGMTATCCTGTCTAATGTTTGTAAATTTTATCTGCTTGTTATTTAGGTGAAAGGTTTGGATGTTGATGYACTTTACATATCACATATCCAAGTCAATCAAGCACAAAAACAGCGTCGCCGTACTTATCGTGCCCATGGAAGAATAAACCGTGAGTCCWTTCTTTAAGCCATTAAGTTCATTTYTTTCCTGCCTGTCTTCTCTATTTGAACAGGGGCACTTAATAGTGATGTGTGATTGCTTTGGCAGCTTACATGTCATCGCCATGTCACATCGAGTTAATTTTGTCTGAAAAGGAAGAACCTGTCAAGAAAGAGGTAATACTCTGAAAAATGATGATTCTGTTGAGTCATAGYTGATTTAAAATTTTAGATTGATGTGCATTRCTAGCAGTGCTCATTGGGATTGTTGTGTTTTTATTATTTTGCCTTACCTGGAATGTCTTTTTTCCAGGCTGATACTCAGATTGCTCCTAGGAAGCCTAAGGGTGCTCTTCGTAGTGGAGCTTCCTC 638 A AGA 3 ARG SYN exon silent "1-63,175-277,376-443,580-638" 1 LG_XV 7081276 (reverse complement) NA "64-174,278-375,444-579" NA NA POPTR_0016s04110.1 734833 AAAGGATGGCTCTGGTTTCAGGAGGAAGGTCAACGTTGAACCCAGATGCGCCTCTTTTTGTTCCTGCTGCTTATCGGCAAGTGGAGGATTTCTCTCCTGAGTGGTGGCAATTGGTGACAACGACAACATGGTTCCGGGATTACTGGCTAAGTCAGCATCAAGATGAGAACGGTTTCTATGACAACGCTGAGGATGAGTTTGGGCTTGATGGGAATAATGTAGCTGATCTGTTGCCGGATACATTTGATCTTGATGCTGGCGATTATTTTTCTAGTTTGGATTCTCAATWTGCAGGTTTCGCAGAGGAAGGCTCTTCTCCTTTACCTTCCAATGGAATGCTTGCAAATGGTATGTCTTGAGAAGGTGGTGAAATGGCGTRGGGTTTTGTTAACCATGATACAGTGTTATATAAATTGAGAAATCTGG 427 A/G A G CGTTGGAACTGATAGATATTCTGTTTTTGTTCTAATTTTACAGGGTTTKTGTTGGAAGCAGAGGCACCGAAGAAGGAAACAGGTCTGAAATCCAGTGSTTGATGACTTCAAGCTGGAGCTACCCSCAATCAGAGTAGATCAATGTAGTTTCTAGCTTTTG AAAGGATGGCTCTGGTTTCAGGAGGAAGGTCAACGTTGAACCCAGATGCGCCTCTTTTTGTTCCTGCTGCTTATCGGCAAGTGGAGGATTTCTCTCCTGAGTGGTGGCAATTGGTGACAACGACAACATGGTTCCGGGATTACTGGCTAAGTCAGCATCAAGATGAGAACGGTTTCTATGACAACGCTGAGGATGAGTTTGGGCTTGATGGGAATAATGTAGCTGATCTGTTGCCGGATACATTTGATCTTGATGCTGGCGATTATTTTTCTAGTTTGGATTCTCAATWTGCAGGTTTCGCAGAGGAAGGCTCTTCTCCTTTACCTTCCAATGGAATGCTTGCAAATGGTATGTCTTGAGAAGGTGGTGAAATGGCGTRGGGTTTTGTTAACCATGATACAGTGTTATATAAATTGAGAAATCTGGACGTTGGAACTGATAGATATTCTGTTTTTGTTCTAATTTTACAGGGTTTKTGTTGGAAGCAGAGGCACCGAAGAAGGAAACAGGTCTGAAATCCAGTGSTTGATGACTTCAAGCTGGAGCTACCCSCAATCAGAGTAGATCAATGTAGTTTCTAGCTTTTG 587 A intron silent "1-348,471-529" 2 LG_XVI 2535936 NA NA 349-470 530-587 3 POPTR_0016s08520.1 735444 TCAAACCCTCMCCTGCCTCAACGACATGGTCACGGATTCGGCTGCCACCGTGGCTCTCCCCGATGTCATGAAGGCCTCGATCCGACCAGACATCGTCAACTACGTSCACTCAAACATCTCCAAGAATAGCCGCCAGCCTTATGCCGTCTCCAAGAAAGCCGGTCACCAGACCTCAGCCGAATCATGGGGTACTGGTCGTGCCGTTTCTCGTATCCCCCGTGTTCCTGGTGGTGGAACTCACCGTGCTGGTCAGGGAGCTTACGGAAATATGTGCCGTGGTGGACGCATGTTTGCTCCCACCAAGATCTGGCGCCGCTGGCATAGGAAGATTAATGTGAACCAAAAGAGATACGCTGTCGTTTCAGCTATTGCTGCATCTGCTATACCCTCTCTGGTGATGGCACGTGGTCACCGCGTGGAGTCAGTCCCCGAGATGCCTTTGATTATCTCCGACTCAGCCGAGAGCATTGAAAAGACATCTACTGCTATTAAGGT 496 C/G C G CTCAAGGAGATCGGTGCTTTTCCAGATGCTGAGAAAGCTAAGGATTCTCACGCGATCCGGCCTGGAAAGGGGAAAATGAGGAACAGGAGGTATATTTCTCGCAAGGGACCCCTGATTGTTTATGGAACCGAAGGTGCTAAGATGGTTAAGGCCTTCCGTAA TCAAACCCTCMCCTGCCTCAACGACATGGTCACGGATTCGGCTGCCACCGTGGCTCTCCCCGATGTCATGAAGGCCTCGATCCGACCAGACATCGTCAACTACGTSCACTCAAACATCTCCAAGAATAGCCGCCAGCCTTATGCCGTCTCCAAGAAAGCCGGTCACCAGACCTCAGCCGAATCATGGGGTACTGGTCGTGCCGTTTCTCGTATCCCCCGTGTTCCTGGTGGTGGAACTCACCGTGCTGGTCAGGGAGCTTACGGAAATATGTGCCGTGGTGGACGCATGTTTGCTCCCACCAAGATCTGGCGCCGCTGGCATAGGAAGATTAATGTGAACCAAAAGAGATACGCTGTCGTTTCAGCTATTGCTGCATCTGCTATACCCTCTCTGGTGATGGCACGTGGTCACCGCGTGGAGTCAGTCCCCGAGATGCCTTTGATTATCTCCGACTCAGCCGAGAGCATTGAAAAGACATCTACTGCTATTAAGGTCCTCAAGGAGATCGGTGCTTTTCCAGATGCTGAGAAAGCTAAGGATTCTCACGCGATCCGGCCTGGAAAGGGGAAAATGAGGAACAGGAGGTATATTTCTCGCAAGGGACCCCTGATTGTTTATGGAACCGAAGGTGCTAAGATGGTTAAGGCCTTCCGTAA 657 G GUG 3 VAL SYN exon silent 1-657 3 LG_XVI 6415689 NA NA NA NA NA POPTR_0001s01130.1 739841 CTAGAATAGTGTCATTATATGCCGAGCAGAATGAGCTACAATTTKCCGTGCCTGGAGGTCTAATTGGTGTTGGCACAACCATGGACCCCACTTTGACACGTGCTGATAGACTTGTGGGTCAAGTTCTTGGTGATGTTRGCTCACTCCCTGAAGTTTWT 159 G/T G T GTGAGCTTGAGGTATGGAGCTGAATCAATAATAATGTTTTGTAGTTTTATACTTTCATTAAATACYTTTTGCATTCAAACKGCTTTCCATATCCAAGTCATAAATGAGCAAGTCCTGTCTATATTTATATTTGAGTATGTGTTTTGYGCGACATGTGCAAAGTTCTCCCTGTTGGGTTGAATTCAGTGCAGCTGAGTGGAGTTTCATTTTTGGTGYAGACAGGAAATAGTAGACACCCTGTTCGCATTCCAATGTGCATGTGNNNNNNATGATGCTTTTTATATATGGCTTATAAACTATCTTGAATTAAACATGCTTCTCTATGCAAGTTGCTTTGTCATTGGTTTCAATAAGTGCCCTTTTCTCTATAGGGGCAGAGATTTATGGGTTCTTCATATTGTGATGCAGGATTCTTGCAYGCCTCTGGTRCTAATGTTGTGCCTTTCTTTTCTTTGTGCAGGTGAATTTCTTTCTTTTGAGACGGCTTATTGG CTAGAATAGTGTCATTATATGCCGAGCAGAATGAGCTACAATTTKCCGTGCCTGGAGGTCTAATTGGTGTTGGCACAACCATGGACCCCACTTTGACACGTGCTGATAGACTTGTGGGTCAAGTTCTTGGTGATGTTRGCTCACTCCCTGAAGTTTWTGGTGAGCTTGAGGTATGGAGCTGAATCAATAATAATGTTTTGTAGTTTTATACTTTCATTAAATACYTTTTGCATTCAAACKGCTTTCCATATCCAAGTCATAAATGAGCAAGTCCTGTCTATATTTATATTTGAGTATGTGTTTTGYGCGACATGTGCAAAGTTCTCCCTGTTGGGTTGAATTCAGTGCAGCTGAGTGGAGTTTCATTTTTGGTGYAGACAGGAAATAGTAGACACCCTGTTCGCATTCCAATGTGCATGTGNNNNNNATGATGCTTTTTATATATGGCTTATAAACTATCTTGAATTAAACATGCTTCTCTATGCAAGTTGCTTTGTCATTGGTTTCAATAAGTGCCCTTTTCTCTATAGGGGCAGAGATTTATGGGTTCTTCATATTGTGATGCAGGATTCTTGCAYGCCTCTGGTRCTAATGTTGTGCCTTTCTTTTCTTTGTGCAGGTGAATTTCTTTCTTTTGAGACGGCTTATTGG 651 G GGU 1 GLY/CYS NONSYN exon replacement "1-170,620-651" 2 scaffold_29 3175132 NA NA 171-619 NA NA POPTR_0001s00390.1 744076 AATATATTTGGCGAGTTCAATGAAGAACTTGTGGAATCTTCTGAAGGGCCTTGACTTGATGGAGGTGTATATTATTCTAAAAACTGCATTCTTACGCYTTCTTAAAAGTGCAACTTCTTTGAAAAYTTTTTGTGCTGCTGCACCATTGTTTGTGGTGAAACGAGAACCTAAAGCATGAATCRATACGGAGACTATATATCCTAGTCTAGAAATTCTT 218 A/T A T CACCAATTTTTGTTTTTTTGGACCCGGCATGTGCTCTGCCCWTGCCATSCTAGCTGGTGAAAGGGTTWAACGATGNNNGAGTAGACATGCATTGTGATACAGTAAAACGAGGTCCCTCTAAAATTGTGTTTACCATTCATAGAAAATTCCTKTGTGTTGAAAACGAAATTTCTAAGCAGCAAAAAAGTGGAAATCAAAACTAACCACAGACAATAGCCCTTGTATTAGAACTGATCTGTGCTTATTGATGATGCAGAAAGGGTTGTCACAGAGCAAGCTGTGGACATCAATTTGGTYTGGGTTRTTCCAGATTCCAGCCACTTTCAAAGGTTGTA AATATATTTGGCGAGTTCAATGAAGAACTTGTGGAATCTTCTGAAGGGCCTTGACTTGATGGAGGTGTATATTATTCTAAAAACTGCATTCTTACGCYTTCTTAAAAGTGCAACTTCTTTGAAAAYTTTTTGTGCTGCTGCACCATTGTTTGTGGTGAAACGAGAACCTAAAGCATGAATCRATACGGAGACTATATATCCTAGTCTAGAAATTCTTACACCAATTTTTGTTTTTTTGGACCCGGCATGTGCTCTGCCCWTGCCATSCTAGCTGGTGAAAGGGTTWAACGATGNNNGAGTAGACATGCATTGTGATACAGTAAAACGAGGTCCCTCTAAAATTGTGTTTACCATTCATAGAAAATTCCTKTGTGTTGAAAACGAAATTTCTAAGCAGCAAAAAAGTGGAAATCAAAACTAACCACAGACAATAGCCCTTGTATTAGAACTGATCTGTGCTTATTGATGATGCAGAAAGGGTTGTCACAGAGCAAGCTGTGGACATCAATTTGGTYTGGGTTRTTCCAGATTCCAGCCACTTTCAAAGGTTGTA 553 T intron silent 1-54 1 scaffold_127 622875 NA NA 65-474 "55-64,475-553" "3,3" POPTR_0005s02780.1 744493 ATCATCAAATGATTCTCAATTACGAGATGATAGTTTATCAGGCATGGGTGTGGCTTATGTAATATTGCTGTCCTAGCTAGCTTTTACTTGT 92 G/T G T TTTGTATTAATATGAACTTTATAGYGCAGAGTTTGGAATTTGATCTTATTGTCTATGCACCATATCGATCTGTTGAAGGTTTTGTTGCTGATATAGAGGCAAGTTTGACTAATCCTTCTGTTTTTGTGWTTCCTCCAATTATCCAAAATGAATTTGCACCTTTTCATGCCCCTTWATATCTATTTTTTGGAGAGCTACTGATTTTTAGTTTTGATCGGACAGGAATTCTGCCATCCAACAGATGAAAATATTGAAAAGCTGAAGGTAATTGCTGGTATTTGTTCATGTATGACTTGACAACATGTTTGAGTGCTGTCCTGTGTAATCATTGTAGATCTAGAAGAGAATTCTAGCAATTATTACCTTCAAATTGACAATTTGGAATAGCTGTGCATAATGCTTCTCTGATGCAGTGGATATGCAGGATCTTATTTGACATGGCTCTACAAAATTTCTTTTCTACCRTTACAAATAGGTAATCTGATAGACCAATATCTTGTAGGAAATT ATCATCAAATGATTCTCAATTACGAGATGATAGTTTATCAGGCATGGGTGTGGCTTATGTAATATTGCTGTCCTAGCTAGCTTTTACTTGTGTTTGTATTAATATGAACTTTATAGYGCAGAGTTTGGAATTTGATCTTATTGTCTATGCACCATATCGATCTGTTGAAGGTTTTGTTGCTGATATAGAGGCAAGTTTGACTAATCCTTCTGTTTTTGTGWTTCCTCCAATTATCCAAAATGAATTTGCACCTTTTCATGCCCCTTWATATCTATTTTTTGGAGAGCTACTGATTTTTAGTTTTGATCGGACAGGAATTCTGCCATCCAACAGATGAAAATATTGAAAAGCTGAAGGTAATTGCTGGTATTTGTTCATGTATGACTTGACAACATGTTTGAGTGCTGTCCTGTGTAATCATTGTAGATCTAGAAGAGAATTCTAGCAATTATTACCTTCAAATTGACAATTTGGAATAGCTGTGCATAATGCTTCTCTGATGCAGTGGATATGCAGGATCTTATTTGACATGGCTCTACAAAATTTCTTTTCTACCRTTACAAATAGGTAATCTGATAGACCAATATCTTGTAGGAAATT 600 G intron silent "1-47,122-190,315-356,595-600" 2 scaffold_133 111017 NA NA "48-121,191-314,357-594" NA NA POPTR_0006s05520.1 745566 TGGCAGCATCATCCATCGAGAGCATTGTGAATGGCAACTCTAGYGGAAATGGAAAAGAACCTGTGGTTGCTGTT 75 G/T G T CTGTTGATGTACAGTCTGCACCAGTAGAGGTGAAAATCATCTCTACAGAACCATCAAGTGCAACTTCAAGCAAGCCTTCTGAGATGAAGGCAAAAGAGGGACCCAGTAGGTGTACCTCTTGCCGAAAGCGTGTCGGTTTAACAGGGTTCAGTTGTAGATGTGGAAACCTGTTCTGTGCAGTTCATCGCTACTCTGATAAGCATRACTGYCGCTTTGATTATCGGAATGCTGCTCGGGATGCTATTGCTAAAGCCAACCCAGTTGTCAGGGCAGAGAAGCTGGATAAAATCTAAGAGTCATGGACTGAAGTGATTGTTTATGTAATCAAGTATGATTCTTCTCTTTCTATCCATGAGTCTTGGTTTAAGTATGGCTGCTTTGTYGTGTTAGGTGTCCTTTATTGATAAAAATGATTCAGGTCATGATAGGAGGACATCTTTGCAGTCTAAGGAACTTTATATTCCTAGTTGATTGGCGAGGATTCCTTTGTTGGCTCCAGTGTGTAAGTCTTTGTTTGTGCTGGTTTGTGGACATCTTTGTGGGTTACTTTGTAATGTTATTTGCTGGTTGGAATGCATTTCTTTCTGGCAGTACATGG TGGCAGCATCATCCATCGAGAGCATTGTGAATGGCAACTCTAGYGGAAATGGAAAAGAACCTGTGGTTGCTGTTGCTGTTGATGTACAGTCTGCACCAGTAGAGGTGAAAATCATCTCTACAGAACCATCAAGTGCAACTTCAAGCAAGCCTTCTGAGATGAAGGCAAAAGAGGGACCCAGTAGGTGTACCTCTTGCCGAAAGCGTGTCGGTTTAACAGGGTTCAGTTGTAGATGTGGAAACCTGTTCTGTGCAGTTCATCGCTACTCTGATAAGCATRACTGYCGCTTTGATTATCGGAATGCTGCTCGGGATGCTATTGCTAAAGCCAACCCAGTTGTCAGGGCAGAGAAGCTGGATAAAATCTAAGAGTCATGGACTGAAGTGATTGTTTATGTAATCAAGTATGATTCTTCTCTTTCTATCCATGAGTCTTGGTTTAAGTATGGCTGCTTTGTYGTGTTAGGTGTCCTTTATTGATAAAAATGATTCAGGTCATGATAGGAGGACATCTTTGCAGTCTAAGGAACTTTATATTCCTAGTTGATTGGCGAGGATTCCTTTGTTGGCTCCAGTGTGTAAGTCTTTGTTTGTGCTGGTTTGTGGACATCTTTGTGGGTTACTTTGTAATGTTATTTGCTGGTTGGAATGCATTTCTTTCTGGCAGTACATGG 673 G GCU 1 ALA/SER NONSYN exon replacement 1-368 2 scaffold_152 31370 NA NA NA 369-673 3 POPTR_0006s06300.1 745684 CATGCTATTTATTGCCAAAACGGGACCAGGTTAAATGTAATTCCAGTATTGGCTTCCCGCTCCCAAGCCCTCAGGTAGGGTTTTTCATTAATATATGTTTTCCATGATATTGCAATTGAAGTTATAAATGAAACTGCATATAGCAAATTGGATAGTAAAGGAACCTTAGGCAC 174 A/G A G GACAAAGCAGTGTGGCCAAAATTTGGGACCTGGCATTGAGAATTTATATAACCAATTTTATTCTTATTCCCATACACACTATAATGCGTTTGAGGTTTTCTTTCATTCTTTGTTGGCATGGCTRATTGAACTTGGAACACAAAAATTCTGTTCTTTTCCCCGTTATGCTAGTTTATGAAATTTTGACTCAAAACTACATTTCAGGTATCTCTATGTTCGATGGGGTGTGGAATTGGCAAATATGGTCGTTTTTGCTGGAGAATGTGGAGACACAGATTATGAAGGATTGCTGGGTGGGCTGCACAAAAGTGTAGTCTTGAAAGGAGTCTGTAGCAGTGCAAGTAACCAACTCCATGCCAATCGAAGCTACCCTCTCACAGATGTCATGCCATCAGAGAGCCCTAATATTGTTCAAGCACCTGAAGAAAGCTCTGAYATCAGGAGTTCCTTGGAACAATTAGGATGTCTCAAGGGCTAAAGT CATGCTATTTATTGCCAAAACGGGACCAGGTTAAATGTAATTCCAGTATTGGCTTCCCGCTCCCAAGCCCTCAGGTAGGGTTTTTCATTAATATATGTTTTCCATGATATTGCAATTGAAGTTATAAATGAAACTGCATATAGCAAATTGGATAGTAAAGGAACCTTAGGCACAGACAAAGCAGTGTGGCCAAAATTTGGGACCTGGCATTGAGAATTTATATAACCAATTTTATTCTTATTCCCATACACACTATAATGCGTTTGAGGTTTTCTTTCATTCTTTGTTGGCATGGCTRATTGAACTTGGAACACAAAAATTCTGTTCTTTTCCCCGTTATGCTAGTTTATGAAATTTTGACTCAAAACTACATTTCAGGTATCTCTATGTTCGATGGGGTGTGGAATTGGCAAATATGGTCGTTTTTGCTGGAGAATGTGGAGACACAGATTATGAAGGATTGCTGGGTGGGCTGCACAAAAGTGTAGTCTTGAAAGGAGTCTGTAGCAGTGCAAGTAACCAACTCCATGCCAATCGAAGCTACCCTCTCACAGATGTCATGCCATCAGAGAGCCCTAATATTGTTCAAGCACCTGAAGAAAGCTCTGAYATCAGGAGTTCCTTGGAACAATTAGGATGTCTCAAGGGCTAAAGT 655 G intron silent "1-74,379-652" 1 scaffold_152 614286 NA NA 75-378 653-655 3 POPTR_0001s04670.1 750482 CTTCCCATGGGACYTGGGAGACTCAAAATCTGGCTTCTAGATTTTGTGAATCTGTACAGACCCCATAAGAAATTAGAGCATGGGACAAGAGTCAGAGATGCAAATAGTTTTTACCACTAAATTAACAAGGTAGTGGATAGTATGTCCATAAAAGGACAAGGATCCATGTATTCTATTCTCCCACACAACAGTCACTCCTCGATCGAGCCTTAGTGTTTTGGC 223 C/T C T AGGACTTCAAGCAAGCATCATTCACTAAAGAGCTGTTCTTCTTCTACTCATAATGGTCTCAGCTCCAAGACCAAGACCTTCAACTTTCACCCCCTCGGAACAATGGCTCCTAATGACAGCCACATTACTCATCTGTGGATTCTTGGGCTATGTAGTTTACGATGCGGTCATGGCCACAGCATCTGAGATGCTGCAAAGGTTACTGGTCGTTTCTCCTTTGATTCTGATTATTGCTGTTCATTTGCTCTCCGCAGGCAGCCAGTTTAACATTCCTATTCCARGGTCGGAGCCTGGTGCCATCCATAGAGCTGGAGGCTYACCTTGGGGTGTAGCTTTTGT CTTCCCATGGGACYTGGGAGACTCAAAATCTGGCTTCTAGATTTTGTGAATCTGTACAGACCCCATAAGAAATTAGAGCATGGGACAAGAGTCAGAGATGCAAATAGTTTTTACCACTAAATTAACAAGGTAGTGGATAGTATGTCCATAAAAGGACAAGGATCCATGTATTCTATTCTCCCACACAACAGTCACTCCTCGATCGAGCCTTAGTGTTTTGGCCAGGACTTCAAGCAAGCATCATTCACTAAAGAGCTGTTCTTCTTCTACTCATAATGGTCTCAGCTCCAAGACCAAGACCTTCAACTTTCACCCCCTCGGAACAATGGCTCCTAATGACAGCCACATTACTCATCTGTGGATTCTTGGGCTATGTAGTTTACGATGCGGTCATGGCCACAGCATCTGAGATGCTGCAAAGGTTACTGGTCGTTTCTCCTTTGATTCTGATTATTGCTGTTCATTTGCTCTCCGCAGGCAGCCAGTTTAACATTCCTATTCCARGGTCGGAGCCTGGTGCCATCCATAGAGCTGGAGGCTYACCTTGGGGTGTAGCTTTTGT 562 C intron silent 1-287 1 LG_I 620619 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s11400.1 751129 ACTTTGCTCTTGAGCTCYTTAATGTAAGTAGCTGCATCTGCGAGCAAAGATGCTTTGTCCATCTTTGACACATTCGGGACCACGGATCGAAGTGCATAGAATCGATGATTTAGCCTCTCTCTTCGCTGCCTTTCTGCTTCCACATGGTTTAGAGGCAATTCTTTTCCACYTGGCTTTCTTCCTCTCTTCTTGAACCCGATATTATTCTCTGYGAATCCAGCATCTGAATCAGAACGCCCTGAGTCCGAAGACGATCGGCCTTGGCCTGAGGGTTCTTTCCGTGTGTCGCTTTCTTTTTKATTCTCTAGAGAAGTTGTTCTCTCCTTTTGAGGACTTGAAAACATTCCAAAATCAAGGAAATTAGA 366 A/C A C ACAGTGCGGTTTGGAATTTGAGGTTGAGATTCCTGGTTGGCCTGCTTTGGAACTGAACCTGCATTGATGTCTGCACCAAAAATTGATTTGGCTAATTGCACTAGGCCCCAATCTTCACTGATCAAATCCGGGGAACCCAATTCAAGAACCCCGGATGGAGTTGAAACACAGACGAAAGTCTGAATTCCATGCATCCGAGCTTCTTTGACTCTCTCGCAGTCATAAATTTGCAGTTCRTGATCACCTGTCAACCAAAT ACTTTGCTCTTGAGCTCYTTAATGTAAGTAGCTGCATCTGCGAGCAAAGATGCTTTGTCCATCTTTGACACATTCGGGACCACGGATCGAAGTGCATAGAATCGATGATTTAGCCTCTCTCTTCGCTGCCTTTCTGCTTCCACATGGTTTAGAGGCAATTCTTTTCCACYTGGCTTTCTTCCTCTCTTCTTGAACCCGATATTATTCTCTGYGAATCCAGCATCTGAATCAGAACGCCCTGAGTCCGAAGACGATCGGCCTTGGCCTGAGGGTTCTTTCCGTGTGTCGCTTTCTTTTTKATTCTCTAGAGAAGTTGTTCTCTCCTTTTGAGGACTTGAAAACATTCCAAAATCAAGGAAATTAGAAACAGTGCGGTTTGGAATTTGAGGTTGAGATTCCTGGTTGGCCTGCTTTGGAACTGAACCTGCATTGATGTCTGCACCAAAAATTGATTTGGCTAATTGCACTAGGCCCCAATCTTCACTGATCAAATCCGGGGAACCCAATTCAAGAACCCCGGATGGAGTTGAAACACAGACGAAAGTCTGAATTCCATGCATCCGAGCTTCTTTGACTCTCTCGCAGTCATAAATTTGCAGTTCRTGATCACCTGTCAACCAAAT 623 MINUS STRAND A GUU 3 VAL SYN exon silent 1-623 1 LG_I 6065260 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s17340.1 751482 TCTGGCGGTCTCCGGGGTTCAAGAAGGAATTTTTCGCTTTCGAGTTAGTTAGGACCATAGCAGATTGCGAGGATACAGTTACCGCGATTGATTGGAGCTT 101 A/G A G GACTGTAAGTATTTGCTTGTTGGCTCGAAGGATTTAGTGGCACGCCTCTTTTGCGTTGAGAAATTGAAAGATGGGATTTTGAATAAGCCCTTTTTGTTTKTAGGCCATAGAGATAATGTCGTTGGTTGTTTCTTTGGTTATGATAAGAAAAATACTGATCAGGTTAATAAAGTTTATACAATTACGCGTGATTGTTACATTTTTAGTTGGGGTTATAGTGGTAATAATGATGGTAATTTTGATGAAAACGATGAGGGAAATTCAGAGCCTGCGTCTCCAGGGACGCC TCTGGCGGTCTCCGGGGTTCAAGAAGGAATTTTTCGCTTTCGAGTTAGTTAGGACCATAGCAGATTGCGAGGATACAGTTACCGCGATTGATTGGAGCTTAGACTGTAAGTATTTGCTTGTTGGCTCGAAGGATTTAGTGGCACGCCTCTTTTGCGTTGAGAAATTGAAAGATGGGATTTTGAATAAGCCCTTTTTGTTTKTAGGCCATAGAGATAATGTCGTTGGTTGTTTCTTTGGTTATGATAAGAAAAATACTGATCAGGTTAATAAAGTTTATACAATTACGCGTGATTGTTACATTTTTAGTTGGGGTTATAGTGGTAATAATGATGGTAATTTTGATGAAAACGATGAGGGAAATTCAGAGCCTGCGTCTCCAGGGACGCC 388 A UUA 3 LEU SYN exon silent 1-388 2 LG_I 9339240 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s34870.1 752522 GTCAAGAAAGGACCCACGAGGTCTCAAGGGGTGGACCCACCAGGAAGAGCAGGCACGCCGTTGATGAAGGTGGAGATCTAATTGAGTGTTCAAGCAAGCATTGCCAATCATGCACCGCTGGGTTGGTAGCTGACTGTGTGGCCCTCTGTTGCTGCCCYTGTGCTTTGGTCAATCTTCTTACTCTTGCTTTTGTTAAGGTTCCATGGATGATAGG 215 C/G C G AGGAGGTGTTTGGGAAGAGTAAAAAGGAAGAAAATGAAGCTGGAAATTAAGAGAAAATGCAGGAAGAACAGTGAAGGGGAAGGTAACACTGTGGCGCAAAGAGAAAGGGATTGTAATTTGAGAAAGAGAATGATAGAAGAAGAGGGAGTTCTGGRAATTGCAACGGGATTTGGCGAGGAAGAGGAAATGGCTAGTGTTACTGCAAGATACGAGGCAGAGAGGCTTTGGTTCGAGTTG GTCAAGAAAGGACCCACGAGGTCTCAAGGGGTGGACCCACCAGGAAGAGCAGGCACGCCGTTGATGAAGGTGGAGATCTAATTGAGTGTTCAAGCAAGCATTGCCAATCATGCACCGCTGGGTTGGTAGCTGACTGTGTGGCCCTCTGTTGCTGCCCYTGTGCTTTGGTCAATCTTCTTACTCTTGCTTTTGTTAAGGTTCCATGGATGATAGGCAGGAGGTGTTTGGGAAGAGTAAAAAGGAAGAAAATGAAGCTGGAAATTAAGAGAAAATGCAGGAAGAACAGTGAAGGGGAAGGTAACACTGTGGCGCAAAGAGAAAGGGATTGTAATTTGAGAAAGAGAATGATAGAAGAAGAGGGAGTTCTGGRAATTGCAACGGGATTTGGCGAGGAAGAGGAAATGGCTAGTGTTACTGCAAGATACGAGGCAGAGAGGCTTTGGTTCGAGTTG 452 G GGG 3 GLY SYN exon silent 1-452 2 LG_I 21466648 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s33760.1 752728 TTACTCAGAATGTGGTCTCCATCACAATTCCTGCCGGGAAAGTACATGATATTTCAGGAAATCAAAATTTAGCTTCTAACCTACTTGAAGTGAAACACTGTAAGAACA 109 A/T A T TGTACTGTTTCACTATTCCAGAGCTCAACTACTGATTTTGCATCTGAATTTAAAAATCTAAACCTTACAATAGATTCAACCCCGGCAATATCAATGGCATTATACTCTTTTGTGACTTCTGGAGTAATAGCAACATCGCTGACAGCTGCTGCACTTTCACTGTCCACTGCAAATCTTGGAGCTATACGCTCTCTTGCAGCCGGAGATACTGACAATTTTGCTTCTAAACCATCTATGAATCTGCATGTGAGTGTTCAAACACTGGAATGGCCAAAGCTGCATACAAGTTCTTCCAATAACTTTGTACTAGACATCATATGTCATTACTGAAGAACCGTTGTGTTTTGTGATTTTATTTGATAATTATGAACTTCCTCTATTGTAGGGATTTTTTGGACACCTTCAAGTATTTGTTCTCTCTGATTGGCTCTCTGCCAGTCATCCAATTGAGTACTCAGAGACAACAAAAGGTCTGAGGTGGCTCATACCTCGTCAAAAGCTTCCATGGAAAGATGGT TTACTCAGAATGTGGTCTCCATCACAATTCCTGCCGGGAAAGTACATGATATTTCAGGAAATCAAAATTTAGCTTCTAACCTACTTGAAGTGAAACACTGTAAGAACAATGTACTGTTTCACTATTCCAGAGCTCAACTACTGATTTTGCATCTGAATTTAAAAATCTAAACCTTACAATAGATTCAACCCCGGCAATATCAATGGCATTATACTCTTTTGTGACTTCTGGAGTAATAGCAACATCGCTGACAGCTGCTGCACTTTCACTGTCCACTGCAAATCTTGGAGCTATACGCTCTCTTGCAGCCGGAGATACTGACAATTTTGCTTCTAAACCATCTATGAATCTGCATGTGAGTGTTCAAACACTGGAATGGCCAAAGCTGCATACAAGTTCTTCCAATAACTTTGTACTAGACATCATATGTCATTACTGAAGAACCGTTGTGTTTTGTGATTTTATTTGATAATTATGAACTTCCTCTATTGTAGGGATTTTTTGGACACCTTCAAGTATTTGTTCTCTCTGATTGGCTCTCTGCCAGTCATCCAATTGAGTACTCAGAGACAACAAAAGGTCTGAGGTGGCTCATACCTCGTCAAAAGCTTCCATGGAAAGATGGT 626 A intron silent "1-41,131-355,495-626" 2 LG_I 24048376 NA NA "42-130,356-494" NA NA POPTR_0002s05350.1 754317 GACGGAGGTCTAGTGATGAACAATCCAACAGCAGCGGCAGTTACGCACGTGCTCCACAACAAGCGTGATTTYCCTTCTGTTAATAKCGTAGAAGATCTGTTGGTTCTGTCGTTGGGAAACGGAAGTGGATCGCTGAGTGGGAGGAAGCTCCGTCGTAACGGAGAATGCTCCACGTCGTCTGTTGTTGACATTGTGCTTGACGGAGTTTCAGAGACTGTTGACCAAATGTTGGGTAACGCATTCTG 246 G/T G T TGGAACCGCACTGATTACGTCAGAATTCAGGTATTTRCTTCTTTTGTTTCAATTTCAAGTTCTAGTGATCTCCRGTTCTTATTATGATTCATGCATGATCTTTGTTAACGGCGTTAAATGTGTGTAGGCAAACGGATTGGCGAGCGCGGGGCCGATGGTGGAGGAGGAGGTGCTAARGGAGAGAGGACTTGAAACGTTACCGTTTGGGGGGAAGCGGYTACTAACGGAGACCAATGCTGAAAGAATTGAGAGCTTTGTGCAACGACTTGTTGCTTCCGGGAAGAGTAGCTTGCCTCCCAGCCCTAGCAAGAATTCCG GACGGAGGTCTAGTGATGAACAATCCAACAGCAGCGGCAGTTACGCACGTGCTCCACAACAAGCGTGATTTYCCTTCTGTTAATAKCGTAGAAGATCTGTTGGTTCTGTCGTTGGGAAACGGAAGTGGATCGCTGAGTGGGAGGAAGCTCCGTCGTAACGGAGAATGCTCCACGTCGTCTGTTGTTGACATTGTGCTTGACGGAGTTTCAGAGACTGTTGACCAAATGTTGGGTAACGCATTCTGGTGGAACCGCACTGATTACGTCAGAATTCAGGTATTTRCTTCTTTTGTTTCAATTTCAAGTTCTAGTGATCTCCRGTTCTTATTATGATTCATGCATGATCTTTGTTAACGGCGTTAAATGTGTGTAGGCAAACGGATTGGCGAGCGCGGGGCCGATGGTGGAGGAGGAGGTGCTAARGGAGAGAGGACTTGAAACGTTACCGTTTGGGGGGAAGCGGYTACTAACGGAGACCAATGCTGAAAGAATTGAGAGCTTTGTGCAACGACTTGTTGCTTCCGGGAAGAGTAGCTTGCCTCCCAGCCCTAGCAAGAATTCCG 563 T UGG 3 CYS/TRP NONSYN exon replacement "1-276,374-563" 1 LG_II 3473112 NA NA 277-373 NA NA POPTR_0003s09580.1 757216 TAAAGTTATTGCTCCATATCGGTAAGAACACCAATTCTCTTCTCATATTCTCTTTTAGTTACTCTGCGCTGTGATTTTTCTTTTCTCTCTGCCCTTGCATATTTGGAGTGGTGAATAAATGATACAGAGCTTCAGGAGGAGGTTTTTCATCCGTTCTTGTAACGTAAATTTGCCGGTTGCGTTTTCAAGTCGTGCGTAATTTCTAGGGATAAAACAATTTGTTTTCTGAAACTGATTTTACATCATTGCAATGTATTGGGTGGTAAATAACAGGGAAGTTAAACAAAGAGTTGCAGAACAGCAAGAGATGTCCTCATAATCAGTCTTGGATAATGAATCTTCTCAACATTTGACTAATTTCTATGAATTGAAAGGTTCTACATTTCTTGGTTTCTTTGGTTAG 404 A/G A G AATAATTTAGTTCATCTGCGTTGGTGGGCATGTGGACTATATAACCTTTGGAGTTTAAATCGCTATATAACTCTATAGGTTTTGGGATCACCTTGCATTACTTTGGCTTCAGTTCCATCTTTGATTCGCTATATATACTACAACTTCCACAGTTTCAGCAAATTTTAAAGATTCCTGCTTGTTTTTCTTTGGTTATCATTTCACGAAATGATTGTTCTGAGTTTATGTTTACTTATTTCTGAGAGCTTTCTCTTTTCACATGTGAGCTCTATGATTTTATAATTCATGCACTCTGCTGAACTATTCTTGCAGGCTTCTAATCCC TAAAGTTATTGCTCCATATCGGTAAGAACACCAATTCTCTTCTCATATTCTCTTTTAGTTACTCTGCGCTGTGATTTTTCTTTTCTCTCTGCCCTTGCATATTTGGAGTGGTGAATAAATGATACAGAGCTTCAGGAGGAGGTTTTTCATCCGTTCTTGTAACGTAAATTTGCCGGTTGCGTTTTCAAGTCGTGCGTAATTTCTAGGGATAAAACAATTTGTTTTCTGAAACTGATTTTACATCATTGCAATGTATTGGGTGGTAAATAACAGGGAAGTTAAACAAAGAGTTGCAGAACAGCAAGAGATGTCCTCATAATCAGTCTTGGATAATGAATCTTCTCAACATTTGACTAATTTCTATGAATTGAAAGGTTCTACATTTCTTGGTTTCTTTGGTTAGAAATAATTTAGTTCATCTGCGTTGGTGGGCATGTGGACTATATAACCTTTGGAGTTTAAATCGCTATATAACTCTATAGGTTTTGGGATCACCTTGCATTACTTTGGCTTCAGTTCCATCTTTGATTCGCTATATATACTACAACTTCCACAGTTTCAGCAAATTTTAAAGATTCCTGCTTGTTTTTCTTTGGTTATCATTTCACGAAATGATTGTTCTGAGTTTATGTTTACTTATTTCTGAGAGCTTTCTCTTTTCACATGTGAGCTCTATGATTTTATAATTCATGCACTCTGCTGAACTATTCTTGCAGGCTTCTAATCCC 728 G intron silent "1-21,717-728" 3 LG_III 9662641 NA NA 22-716 NA NA POPTR_0003s10440.1 757290 CTTTTTCTCGTTCCATATCACGTGTCAATGTCTTCAAGACTAAGGCAGTTGATATAAATTCATTCCAAAATGACTTGGTACCAAATGGTGGTGAATACTTCATGAAAATGTCCATTGGAACACCATTAGTTGAGGTAATTGTAATAGCTGATACCGGTAGTGACCTAACATGGGTTCAGTGTCTGCCTTGCGATCCATGTTACAGGCAAAAATCTCCTCTCTTCGATCCATCACGATCTTCATCATATCGTCACATGTTATGTGGGAGTCGGTTTTGCAATGCATTGGATGTTTCTGAGCAAGCTTGTGCCATGGATACAAATATCTGTGAGTATCATTACTCATATGGAGACAAGTCATACACTAATGGGAATCTTGCTACTGAGAAGTTTACCATTGGCTCCACTAGCAGCCGTCCAGTTCACCTATCACCAATTGTGTTTGGCTGCGGTACTGGAAATGGTGGCACGTTCGATGAGCTAGGTTCTGGCATAGTTGGCCTCGGTGGTGGCGCTCTTTCCCTAGTGTCACAACTGAGTTCAATAATTAAAGGCAAGTTCTCATACTGTTTGGTGCCATTATCTGAACAATCGAATGTTACAAGCAAGATCAAATTCGGCACTGATAGCGTCATTTCCGGCCCCCAGGT 650 A/G A G GTTTCCACTCCTTTGGTTTCTAAACA CTTTTTCTCGTTCCATATCACGTGTCAATGTCTTCAAGACTAAGGCAGTTGATATAAATTCATTCCAAAATGACTTGGTACCAAATGGTGGTGAATACTTCATGAAAATGTCCATTGGAACACCATTAGTTGAGGTAATTGTAATAGCTGATACCGGTAGTGACCTAACATGGGTTCAGTGTCTGCCTTGCGATCCATGTTACAGGCAAAAATCTCCTCTCTTCGATCCATCACGATCTTCATCATATCGTCACATGTTATGTGGGAGTCGGTTTTGCAATGCATTGGATGTTTCTGAGCAAGCTTGTGCCATGGATACAAATATCTGTGAGTATCATTACTCATATGGAGACAAGTCATACACTAATGGGAATCTTGCTACTGAGAAGTTTACCATTGGCTCCACTAGCAGCCGTCCAGTTCACCTATCACCAATTGTGTTTGGCTGCGGTACTGGAAATGGTGGCACGTTCGATGAGCTAGGTTCTGGCATAGTTGGCCTCGGTGGTGGCGCTCTTTCCCTAGTGTCACAACTGAGTTCAATAATTAAAGGCAAGTTCTCATACTGTTTGGTGCCATTATCTGAACAATCGAATGTTACAAGCAAGATCAAATTCGGCACTGATAGCGTCATTTCCGGCCCCCAGGTAGTTTCCACTCCTTTGGTTTCTAAACA 676 G GUA 3 VAL SYN exon silent 1-676 2 LG_III 10213993 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0003s20220.1 758103 AAACGAGTATTTCCATATCTGTAACAANNNTATTGCGTTAATTTCTTAGCTAATTTTTTACTAAACCCAACRTAATCATATTTGATTCTTCAATTAATTTGTTATTGCACCTCTGGCTATACAGAAAGTCATTCATTATGGTGTCACTCGAGTTCTTGTCCCTGGAATCTACCGAGTAGGTTGTACACCAGGCTATGTTAGCAAGTTCGCAGAATCTAACACACTAGACAAATATGGTTGTGTAAAGGAGTACAATGATTTTTTCAACTATCACAATGATCTTCTGCAAGCAAAGCTTGAGAAATTGAGAAMGAAATACCCTGGAGTGTCTATAGTATATGGTGATTATTATAATGCAATGCAGTTTGTTATGGACAATTACAAGAAATTTGGTAAGTATATTTGAAATCCCTTTTCAAAACTGCGTAGATATTGAAATAAGTGGATAGAAACTGACATTTWTACTTGATCACTTGTTACTGCGCAGGATTTGAATATATAACT 505 A/C A C AAGGTTGCTACATTGATCAAGGCAAGCCACCTTGTTCAGACCCTCAAAAGCATATGTTCTGGGATTTATATCATTCGACCCAAAAC AAACGAGTATTTCCATATCTGTAACAANNNTATTGCGTTAATTTCTTAGCTAATTTTTTACTAAACCCAACRTAATCATATTTGATTCTTCAATTAATTTGTTATTGCACCTCTGGCTATACAGAAAGTCATTCATTATGGTGTCACTCGAGTTCTTGTCCCTGGAATCTACCGAGTAGGTTGTACACCAGGCTATGTTAGCAAGTTCGCAGAATCTAACACACTAGACAAATATGGTTGTGTAAAGGAGTACAATGATTTTTTCAACTATCACAATGATCTTCTGCAAGCAAAGCTTGAGAAATTGAGAAMGAAATACCCTGGAGTGTCTATAGTATATGGTGATTATTATAATGCAATGCAGTTTGTTATGGACAATTACAAGAAATTTGGTAAGTATATTTGAAATCCCTTTTCAAAACTGCGTAGATATTGAAATAAGTGGATAGAAACTGACATTTWTACTTGATCACTTGTTACTGCGCAGGATTTGAATATATAACTAAAGGTTGCTACATTGATCAAGGCAAGCCACCTTGTTCAGACCCTCAAAAGCATATGTTCTGGGATTTATATCATTCGACCCAAAAC 591 C CAA 1 LYS/GLN NONSYN exon replacement "125-392,488-591" 1 LG_III 17037736 NA NA "1-124,393-487" NA NA POPTR_0005s10040.1 760321 AGAATTCTAAGGTATTTGAAGAAGAGAAACCAAAGGAACTTTAACAAGACCATCAAGGTAATTAAGTTTCTTTTTAACCTCATTTCATATTTAATCCTATACTTAGAAAATGTTAATTTAAACTATAATTTTCTCGACAATATTACAGTATGCTTGCCGAAAAACCCT 169 A/G A G GCTGACCGGAGAGTTCGCGTTCGTGGGAGATTTGCTAAGAACAATGAAATATTTGAAGAGGAAACTGAGGTTAAGAAGAATGATGATAATATTCCTCATCACCATCATGAAAAAGATACATATTGCACTAGTGATGCAGTTCAGGTACTTTCTGGGCTACAATATTTATATTTCTTTTTTTT AGAATTCTAAGGTATTTGAAGAAGAGAAACCAAAGGAACTTTAACAAGACCATCAAGGTAATTAAGTTTCTTTTTAACCTCATTTCATATTTAATCCTATACTTAGAAAATGTTAATTTAAACTATAATTTTCTCGACAATATTACAGTATGCTTGCCGAAAAACCCTAGCTGACCGGAGAGTTCGCGTTCGTGGGAGATTTGCTAAGAACAATGAAATATTTGAAGAGGAAACTGAGGTTAAGAAGAATGATGATAATATTCCTCATCACCATCATGAAAAAGATACATATTGCACTAGTGATGCAGTTCAGGTACTTTCTGGGCTACAATATTTATATTTCTTTTTTTT 351 A CUA 3 LEU SYN exon silent "1-57,149-313" 1 LG_V 3098652 NA NA "58-148,314-351" NA NA POPTR_0005s21480.1 761046 AGTAGAAGAGGTAGCTKATCACATGTCCGGTGAAAGAGACAATAGCAAAGAGATAATACAGGAAAAATCTGCAGAGCCAAATATTAAAAGCAAGGAAGAAAGTGAAAAGTTTGTGGAACAGAAGGTTRATGYGGGTGACAGAGTGCCTGAAAGAGTTAGAGATACAACGTTACAAAGGAAACCTGAACCTAAAGATCASAGCGAAATAGAAGAAGCCATTCTTGA 226 A/T A T AAGTCAGAGCCTCCTGCTACTGCTACCACAGCTACATATCAGGAAACAACAATCAAGGACTCTAAGCAGTTYAAGCCRGAGAAAGAGATTGAGCACCAAGAGCCAAAAGAGCCCACTYTAGGTGAAGAWACGGAAAGCAAGGAGCTTCCTGGTTTGARAGAGCAGTGGAAGAAACAGGAAACTCCAGAGGCCAAGAGCACGGATGAAGAAACATTGCCAAAACATCCAGAGCGCAATGAATTGCTACAAGCTTTCAAGGATCTAGTGACTAAACAACCAGAAGCGTCAAACCAACCATCATCTCAAGCTAATCAAGAACATGCTGTAGAAGAAAATCACCCAGTCAGGGCTGAAATATCACAAGAATCAGTAAAGCTGGGAACAGAAACGAATGTTCAAGAACCAACGACACCTGGACCTGATCAAGAAAAAA AGTAGAAGAGGTAGCTKATCACATGTCCGGTGAAAGAGACAATAGCAAAGAGATAATACAGGAAAAATCTGCAGAGCCAAATATTAAAAGCAAGGAAGAAAGTGAAAAGTTTGTGGAACAGAAGGTTRATGYGGGTGACAGAGTGCCTGAAAGAGTTAGAGATACAACGTTACAAAGGAAACCTGAACCTAAAGATCASAGCGAAATAGAAGAAGCCATTCTTGAAAAGTCAGAGCCTCCTGCTACTGCTACCACAGCTACATATCAGGAAACAACAATCAAGGACTCTAAGCAGTTYAAGCCRGAGAAAGAGATTGAGCACCAAGAGCCAAAAGAGCCCACTYTAGGTGAAGAWACGGAAAGCAAGGAGCTTCCTGGTTTGARAGAGCAGTGGAAGAAACAGGAAACTCCAGAGGCCAAGAGCACGGATGAAGAAACATTGCCAAAACATCCAGAGCGCAATGAATTGCTACAAGCTTTCAAGGATCTAGTGACTAAACAACCAGAAGCGTCAAACCAACCATCATCTCAAGCTAATCAAGAACATGCTGTAGAAGAAAATCACCCAGTCAGGGCTGAAATATCACAAGAATCAGTAAAGCTGGGAACAGAAACGAATGTTCAAGAACCAACGACACCTGGACCTGATCAAGAAAAAA 659 T GAU 3 GLU/ASP NONSYN exon replacement 1-659 3 LG_V 13112482 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0006s04090.1 762029 GTCGTTGATCACTTTGTTGGAGAATCTGGAGTAAAAGAAAATCATTGATATTGATTTCCTTTCCACGATCATCTCCATCGTTCTTCAAGCTCATCAATGACTTCAAGACTGAAAAAGGGAGCTGATTTTCCAACAATAGSAGGTCCTGCTTAACAAGGATAATTTGTTGATCACTCATATCCAATTTATTGTCCATGACACCACGGATGAATTGGAGAATAAAGCAACCATCAAGAAACATCATCCGCGTGAATTGCTCATCATCAAAGCAACTTATTGAGCTCCCCTCGTAAAATCTCTTTGCATTCTCTGCCACCTTTGCAACCTCACTGTATAAGATTTCTATGTCTTTAATCTTACTATCCAGGACGAATTCAYGAGCCATCTGAACCTTCAGTTTCTCC 405 A/C A C CCTCATGGAGCTTGTTTTGACGATCCTKATAGTGATAAGGACCAATTGAGACCACCGAGGGCTTGTAGCATTCCTTGTTTTCATGCTTSAGTTTATCTGGAACCTTTGGAATCATTGGCCCTGAGTACCGTTGCTTGGTTTTAGCCCCTTCAACTCCTCTCAYTATGCCGCTAAGCCACAAAGAACGCTCATTTGTTTGCGATGAGGTACCTTGTA GTCGTTGATCACTTTGTTGGAGAATCTGGAGTAAAAGAAAATCATTGATATTGATTTCCTTTCCACGATCATCTCCATCGTTCTTCAAGCTCATCAATGACTTCAAGACTGAAAAAGGGAGCTGATTTTCCAACAATAGSAGGTCCTGCTTAACAAGGATAATTTGTTGATCACTCATATCCAATTTATTGTCCATGACACCACGGATGAATTGGAGAATAAAGCAACCATCAAGAAACATCATCCGCGTGAATTGCTCATCATCAAAGCAACTTATTGAGCTCCCCTCGTAAAATCTCTTTGCATTCTCTGCCACCTTTGCAACCTCACTGTATAAGATTTCTATGTCTTTAATCTTACTATCCAGGACGAATTCAYGAGCCATCTGAACCTTCAGTTTCTCCACCTCATGGAGCTTGTTTTGACGATCCTKATAGTGATAAGGACCAATTGAGACCACCGAGGGCTTGTAGCATTCCTTGTTTTCATGCTTSAGTTTATCTGGAACCTTTGGAATCATTGGCCCTGAGTACCGTTGCTTGGTTTTAGCCCCTTCAACTCCTCTCAYTATGCCGCTAAGCCACAAAGAACGCTCATTTGTTTGCGATGAGGTACCTTGTA 621 MINUS STRAND A GUG 2 VAL/PRO NONSYN exon replacement 1-624 2 LG_VI 2738509 NA NA NA NA NA POPTR_0006s10000.1 762490 TCATTAGCTTGAATCTTTCATTCAACCATTTCGAGGGTGAGGTACCAGGGGAAGGGGCTTTCCTGAACGCAACAGCAATCTCGTTATCAGGAAACAAAAGGCTTTGTGGTGGCATACCACAATTAAAATTGCCGCCATGTGTTGCTAACAGATCAAAGAACGGAAAGACGTCTCTGGGGGTCAAGTTAATGATTGCATTACTTACCCCACTTCTGGTATTAGTTTTCGTCATGTCTATTCTTGTCATCAATCGATTGAGAAAGACGAATAGGCAGTCCTCTCTAGCATCTTCGTTGTCATCAAAACAARAACTGTTATTGAAGGTTTCCTATAGAAATCTCCATAAAGCTACAGGAGGCTTTTCCTCTGCCAATTTGATTGGTGCTGGTAGCTTTGGCTCCGTATACAGAGGCATTCTGGATCCAAATGAAACAGTTGTGGCAGTGAAGGTGCTGTTCATGCGTCAACGAAAAACTTTGAAGAGCTTCATGGCTGAATGTGAAATACTTAAGAACATTCGGCATCGTAATTTGGTCAAGATCCTGACGGCTTGCTCGAGCGTAGATTTCCAAGGAAATGACTTCAAAGCTCTAGTYTATGAGTTTATGCCCAATGGGACTTTGGAAAGTTGGCTG 636 C/T C T ATCCCTTTCCAAGGACAAATGGCATCGATGAGGACCYGAAAATATTAAGCTTTCATCAAAGGTTAAACATTGC TCATTAGCTTGAATCTTTCATTCAACCATTTCGAGGGTGAGGTACCAGGGGAAGGGGCTTTCCTGAACGCAACAGCAATCTCGTTATCAGGAAACAAAAGGCTTTGTGGTGGCATACCACAATTAAAATTGCCGCCATGTGTTGCTAACAGATCAAAGAACGGAAAGACGTCTCTGGGGGTCAAGTTAATGATTGCATTACTTACCCCACTTCTGGTATTAGTTTTCGTCATGTCTATTCTTGTCATCAATCGATTGAGAAAGACGAATAGGCAGTCCTCTCTAGCATCTTCGTTGTCATCAAAACAARAACTGTTATTGAAGGTTTCCTATAGAAATCTCCATAAAGCTACAGGAGGCTTTTCCTCTGCCAATTTGATTGGTGCTGGTAGCTTTGGCTCCGTATACAGAGGCATTCTGGATCCAAATGAAACAGTTGTGGCAGTGAAGGTGCTGTTCATGCGTCAACGAAAAACTTTGAAGAGCTTCATGGCTGAATGTGAAATACTTAAGAACATTCGGCATCGTAATTTGGTCAAGATCCTGACGGCTTGCTCGAGCGTAGATTTCCAAGGAAATGACTTCAAAGCTCTAGTYTATGAGTTTATGCCCAATGGGACTTTGGAAAGTTGGCTGCATCCCTTTCCAAGGACAAATGGCATCGATGAGGACCYGAAAATATTAAGCTTTCATCAAAGGTTAAACATTGC 709 C CAU 1 HIS/TYR NONSYN exon replacement 1-709 2 LG_VI 6833783 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0006s20740.1 762830 TCCAGTTCTCTCTGAGCCTCTCGATCTCTCAGCCTATCTTCCAGAAATGGTGTATGTGGGATTTTCGGGTTCAACAAGTAATAACACTCAATTAAATTGTGTTAGGTCGTGGGAGTTTAACCATTCTGAGGTAAAAGATTCCAAGTTGCGGTGGGTTTGGATTTTGGTTGCTGTAGGATCAGTGCTAATCCTGTTGATTGGTATTGGTATCGCCTTTTTCTTGTACAGGAAAAGGGGATATGAAGGAAATAGGGTGGAGAATACTTGTCCAAATATTGAAGAGGCAATCCTAGGCTTCTCAACTGCTCCGAAGAAGTTCAAATTCAAAGAACTTAGCAAAGCAACAGGCAAATTCAACCCTAAAAACAAGCTCGGGAAAGGTGGCTTCGGGACAGTCTACAAGGGAATCTTGGGAAAAAAGGAAGTTGCTGTCAAAAGAGTCTCAAAGAAATCAACCCAAGGAAAGCAAGAGTTCATTGCAGAAGTCACTACAATAGGCCACATCCATCACCGAAATCTTGTTAAGCTGAT 532 C/T C T GGGTGGTGCCACGAAAAGCGCGAGTACCTCTTGGTTTACGAGTACTTGCCTAATGGTAGCCTGGATAAATATATATTTTGGGATGAAAAGTCRGGCACGCAGGAAG TCCAGTTCTCTCTGAGCCTCTCGATCTCTCAGCCTATCTTCCAGAAATGGTGTATGTGGGATTTTCGGGTTCAACAAGTAATAACACTCAATTAAATTGTGTTAGGTCGTGGGAGTTTAACCATTCTGAGGTAAAAGATTCCAAGTTGCGGTGGGTTTGGATTTTGGTTGCTGTAGGATCAGTGCTAATCCTGTTGATTGGTATTGGTATCGCCTTTTTCTTGTACAGGAAAAGGGGATATGAAGGAAATAGGGTGGAGAATACTTGTCCAAATATTGAAGAGGCAATCCTAGGCTTCTCAACTGCTCCGAAGAAGTTCAAATTCAAAGAACTTAGCAAAGCAACAGGCAAATTCAACCCTAAAAACAAGCTCGGGAAAGGTGGCTTCGGGACAGTCTACAAGGGAATCTTGGGAAAAAAGGAAGTTGCTGTCAAAAGAGTCTCAAAGAAATCAACCCAAGGAAAGCAAGAGTTCATTGCAGAAGTCACTACAATAGGCCACATCCATCACCGAAATCTTGTTAAGCTGATCGGGTGGTGCCACGAAAAGCGCGAGTACCTCTTGGTTTACGAGTACTTGCCTAATGGTAGCCTGGATAAATATATATTTTGGGATGAAAAGTCRGGCACGCAGGAAG 638 C AUC 3 ILE SYN exon silent 1-638 3 LG_VI 11113756 NA NA NA NA NA POPTR_0006s24740.1 763276 ACAAATGCCTCATGGYTATCGATTCCACCCCGATGATCAAGAACTGGTTCGATTCTATCTTTATAAAAAAATCACTGACCCTGATCTCTTCACCGCCATCAATGTTCCGGTTAGAGATTGCCCCCTCTTTGGCGACCAAGCCAGAGAACCTTGGCAAATCTGGGACTCCTTCCCCAAACGCCATGGCGAGGATCTCTTCTTCTTCACACACCTCACTAAGAAAGGCAAGAACTTTGTCCGCAAAATCTGCCGTGGTCCTGGAACATGGCACCAGGAGTGCAAACACCCTCCTTTCAATGTCTCTATCGACCACACTTGCCAAGTCGCAGCCATCAAAAAGC 342 A/T A T ATTCACTTACCATAATCCTAAATCTGACCAAAACGGCTCCTGGTTCATGTTTGAGTATAGTCTGCCATCTCTTTCCGAACAAACTGTCTTGTGTCAATTGAAAAGGAAAGAAGTCCACGCCTCCGAGAAAGTACAAACAACAAGCACAACCACAAAAAAGAGGAAGAGGTATGCTGACGGTCTTGATGGTGCAACAAACACCATGTTTCAAAAGCCCAGGGTTG ACAAATGCCTCATGGYTATCGATTCCACCCCGATGATCAAGAACTGGTTCGATTCTATCTTTATAAAAAAATCACTGACCCTGATCTCTTCACCGCCATCAATGTTCCGGTTAGAGATTGCCCCCTCTTTGGCGACCAAGCCAGAGAACCTTGGCAAATCTGGGACTCCTTCCCCAAACGCCATGGCGAGGATCTCTTCTTCTTCACACACCTCACTAAGAAAGGCAAGAACTTTGTCCGCAAAATCTGCCGTGGTCCTGGAACATGGCACCAGGAGTGCAAACACCCTCCTTTCAATGTCTCTATCGACCACACTTGCCAAGTCGCAGCCATCAAAAAGCAATTCACTTACCATAATCCTAAATCTGACCAAAACGGCTCCTGGTTCATGTTTGAGTATAGTCTGCCATCTCTTTCCGAACAAACTGTCTTGTGTCAATTGAAAAGGAAAGAAGTCCACGCCTCCGAGAAAGTACAAACAACAAGCACAACCACAAAAAAGAGGAAGAGGTATGCTGACGGTCTTGATGGTGCAACAAACACCATGTTTCAAAAGCCCAGGGTTG 566 T CUA 2 LEU/GLN NONSYN exon replacement 1-566 3 LG_VI 15523890 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0007s04890.1 764097 TTCCACTTCTTGGGCCTCAAGTTCATTGGGTTCTATGTTTGTTAAACTAGGATCTGAATTTTTATCTGGTAAAATTGATGAGCATCGAGAGGATTCAGAAAGTAATTTCTTTAAAGAAGTTGCAAGTGCAATGAAATTTAGTGAATCTSGAATGCCCTCCTCATCGTTGCAGCTTTATGGTGAAAATGCAGATTCACTTAAAGCTAACAATGCAGCTT 219 G/T G T TGTCCACAATTTGTCCAGGGCGGATAACTCAATAAGAACTGAAATGCAGTCGATACRAAGGGATGGTGCAGTTGCAGTGGGTGACATGAGTTGTGCTAAGAGACAAAATGGGGATGGTTCAGTTGCRATGGGAGAAACAAACCGTGCAGAGAGACAGAATGTGAGGGGAATTGTTGAGAGAATTGAATCACTCAATCGAGCATCAAGTCAGAAGAACTATCAAACATGTCAGTATGTTAGTGGGTTACAGGTTCCCCSGAGTCAGGGTGATGTGGTCAAGAAGTCCTCGATGCATAGTATGAAGGTTCGGCAAGACACTCCATTGCGGAATCCAATGGCTCGGCTGGAGAAAAAATCCACGCCATCTGTACCATCAAT TTCCACTTCTTGGGCCTCAAGTTCATTGGGTTCTATGTTTGTTAAACTAGGATCTGAATTTTTATCTGGTAAAATTGATGAGCATCGAGAGGATTCAGAAAGTAATTTCTTTAAAGAAGTTGCAAGTGCAATGAAATTTAGTGAATCTSGAATGCCCTCCTCATCGTTGCAGCTTTATGGTGAAAATGCAGATTCACTTAAAGCTAACAATGCAGCTTGTGTCCACAATTTGTCCAGGGCGGATAACTCAATAAGAACTGAAATGCAGTCGATACRAAGGGATGGTGCAGTTGCAGTGGGTGACATGAGTTGTGCTAAGAGACAAAATGGGGATGGTTCAGTTGCRATGGGAGAAACAAACCGTGCAGAGAGACAGAATGTGAGGGGAATTGTTGAGAGAATTGAATCACTCAATCGAGCATCAAGTCAGAAGAACTATCAAACATGTCAGTATGTTAGTGGGTTACAGGTTCCCCSGAGTCAGGGTGATGTGGTCAAGAAGTCCTCGATGCATAGTATGAAGGTTCGGCAAGACACTCCATTGCGGAATCCAATGGCTCGGCTGGAGAAAAAATCCACGCCATCTGTACCATCAAT 597 T UUU 2 PHE/CYS NONSYN exon replacement 1-597 3 LG_VII 3358599 NA NA NA NA NA POPTR_0007s08190.1 764422 TGAACATTCTGAAGGAGATGAGTCAAAGGGATCCTCCTCAACTTCCTCGTCCTCCTCTTCATCTAGTACGATCATGTCAAGTGGAAAAAGAGCTTTGGAAATGGAACTTGATGAACAAAAAAATCAAGGGTTCTCAACGCAGAAGCCTCGCATCSTAGAGAACGAAGAGKACTCGTCACCAAGGGGA 188 A/G A G TGTCTAATAATCAGTTTAAACCAGCCATGAAACCAAACGAATTATCAAGTTCCTCTTTTTCTAGTAACAATTCCAGCATCACCAACTCTGGTCAAGCTGATGTTTCCGAGCCAGATGGTGAAMAAACGGGTTCGTTTTTTAACTTTAGAGGACGTTATAATGTTCGCAATTCACTGGAGGAGGTAAACAAACCAGAAGAAATCGTGGCCGAAATCCCATTCGAGTCAGATTACGATTTTTGGAACATGTTGGACAGCTTAAGTTCCTTCCAGWCCAGTGGAATTCAGCTGCAAAATGTTGAAGCTGGCCAGAGCTYAAGATTTGGAGATGCATATAATATGGGAGAAGTTGAAAATAAGAAGTGGCTCCGTTACTTGGAGAA TGAACATTCTGAAGGAGATGAGTCAAAGGGATCCTCCTCAACTTCCTCGTCCTCCTCTTCATCTAGTACGATCATGTCAAGTGGAAAAAGAGCTTTGGAAATGGAACTTGATGAACAAAAAAATCAAGGGTTCTCAACGCAGAAGCCTCGCATCSTAGAGAACGAAGAGKACTCGTCACCAAGGGGAATGTCTAATAATCAGTTTAAACCAGCCATGAAACCAAACGAATTATCAAGTTCCTCTTTTTCTAGTAACAATTCCAGCATCACCAACTCTGGTCAAGCTGATGTTTCCGAGCCAGATGGTGAAMAAACGGGTTCGTTTTTTAACTTTAGAGGACGTTATAATGTTCGCAATTCACTGGAGGAGGTAAACAAACCAGAAGAAATCGTGGCCGAAATCCCATTCGAGTCAGATTACGATTTTTGGAACATGTTGGACAGCTTAAGTTCCTTCCAGWCCAGTGGAATTCAGCTGCAAAATGTTGAAGCTGGCCAGAGCTYAAGATTTGGAGATGCATATAATATGGGAGAAGTTGAAAATAAGAAGTGGCTCCGTTACTTGGAGAA 570 Genbank gene model has no stop codons -- happens b/c 1st base is in 3rd (not 2nd) position in reading frame G GUG 1 VAL/MET NONSYN exon replacement 1-570 2 LG_VII 6874173 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0008s02570.1 765198 AATCCAAACGCTCACACCTCCCTCCAGGTCCACCCGGTTGGCCTATTGTTGGAAATCTTTTCCAAGTTGCTCAATCAGGCAAGCCTTTCTTTGAATATGTTGATGATATACGTTCGAAATATGGTTCAATTTTCACTCTTAAAATGGGAACAAGAACAATGATCATCATCAGCGATGCGAAGTTAGCCCATGAAGCGCTWATTGAAAGGGGTGCTTGCTTTGCATCTAGGCC 233 G/T G T AAAGAAAACCCAACAAGAACCATCTTTAGCTGCAATAAGTTCAGTGTCAATGCGGCAGTTTATGGTTCGGTGTGGCGGTCGCTGAGGCGAAACATGGTGCAAAACATGCTTAGTTCAAGTAGGATCAAGGAGTTTCGTAACGTAAGAGATAGTGCAATGGATACACTTATTAATCGGCTTAGAACCGAAGCTGAGGCTAATAGTGGAGATGTTTGGGTGATTAAAAATGTCCGGTTTGCAGTGTTTTGCATACTTCTAGCCATGTGTTTTGGTATTGAAATGGATGACGAGACCATTGAGAAAATGGATCAGGTCATGAAGTCTGTCTTGATCGTTCTTGATCCAAGAATTGATGACTTCCTTCCGATTTTAAGTCCGTTTTTCTCCA AATCCAAACGCTCACACCTCCCTCCAGGTCCACCCGGTTGGCCTATTGTTGGAAATCTTTTCCAAGTTGCTCAATCAGGCAAGCCTTTCTTTGAATATGTTGATGATATACGTTCGAAATATGGTTCAATTTTCACTCTTAAAATGGGAACAAGAACAATGATCATCATCAGCGATGCGAAGTTAGCCCATGAAGCGCTWATTGAAAGGGGTGCTTGCTTTGCATCTAGGCCGAAAGAAAACCCAACAAGAACCATCTTTAGCTGCAATAAGTTCAGTGTCAATGCGGCAGTTTATGGTTCGGTGTGGCGGTCGCTGAGGCGAAACATGGTGCAAAACATGCTTAGTTCAAGTAGGATCAAGGAGTTTCGTAACGTAAGAGATAGTGCAATGGATACACTTATTAATCGGCTTAGAACCGAAGCTGAGGCTAATAGTGGAGATGTTTGGGTGATTAAAAATGTCCGGTTTGCAGTGTTTTGCATACTTCTAGCCATGTGTTTTGGTATTGAAATGGATGACGAGACCATTGAGAAAATGGATCAGGTCATGAAGTCTGTCTTGATCGTTCTTGATCCAAGAATTGATGACTTCCTTCCGATTTTAAGTCCGTTTTTCTCCA 621 G CCG 3 PRO SYN exon silent 1-621 2 LG_VIII 1163381 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0008s03200.1 765233 AGCTATTTACAAAGACAAGTTCTATCCACCCTTTGTGAATTCCAGTAACAACAGAAACGCCATAAGCAGCTTTAGCATTGACAAAATTAACTGGAAACCGATCTAGTTGGTAGACACCAGACCCGTTGACGAAGTGATCTGCCAGTTTCAGTGGGGTGTTTAAGGTGTAGTATGACACATTGTTGACAGCATAGCGTTGTGCGCCTTCAATTTCTGCCGTTGATCCATCTAGGATGAAGGTTTGAGACAAGGTAACATTTGTTACATTAAAAGCTCCTTGTCGGTTAGGCCTTGCAGCTCCTGCTGTCAGGTTCCACCTAGTATGAAGAAAGCAAGCGAGGAAAAGTACAGGACAAGCATGAATGAATASCTTAGAATTGGAAGAGGTTCAGGCCTAAATACTGAACAAT 411 C/T C T ATTCATGAACAAATACACCAATTGTTTCATAGACCTTATGGAAAATTATGAATCTTTTACTTCAAAAAACATAATGGCATTACTGGTTGAAATTACACTATATTTGTATAAAAATCTTTAATGAATTGCAACCTTTTCCAAATTTACCTGATAGATCTTGCTTGATTGACCGAAGAATCCAGATCAAATGGATCAGGACCTCCTGGGAGAGGACCCTTAACTGGTGTAAGGGAGTTCGAATAGTGCAGCACCCCTACACCA AGCTATTTACAAAGACAAGTTCTATCCACCCTTTGTGAATTCCAGTAACAACAGAAACGCCATAAGCAGCTTTAGCATTGACAAAATTAACTGGAAACCGATCTAGTTGGTAGACACCAGACCCGTTGACGAAGTGATCTGCCAGTTTCAGTGGGGTGTTTAAGGTGTAGTATGACACATTGTTGACAGCATAGCGTTGTGCGCCTTCAATTTCTGCCGTTGATCCATCTAGGATGAAGGTTTGAGACAAGGTAACATTTGTTACATTAAAAGCTCCTTGTCGGTTAGGCCTTGCAGCTCCTGCTGTCAGGTTCCACCTAGTATGAAGAAAGCAAGCGAGGAAAAGTACAGGACAAGCATGAATGAATASCTTAGAATTGGAAGAGGTTCAGGCCTAAATACTGAACAATCATTCATGAACAAATACACCAATTGTTTCATAGACCTTATGGAAAATTATGAATCTTTTACTTCAAAAAACATAATGGCATTACTGGTTGAAATTACACTATATTTGTATAAAAATCTTTAATGAATTGCAACCTTTTCCAAATTTACCTGATAGATCTTGCTTGATTGACCGAAGAATCCAGATCAAATGGATCAGGACCTCCTGGGAGAGGACCCTTAACTGGTGTAAGGGAGTTCGAATAGTGCAGCACCCCTACACCA 672 NOT PRESENT IN MATT'S REF LOCI ANNOTATIONS; GENBANK RETURNING AS NON-CODING C noncoding silent "1-114,356-672" 3 LG_VIII 1521939 NA NA 115-355 NA NA POPTR_0008s10540.1 765924 TCGTTAAAAGAGATTCTTGAAARACAATACACACCAKAATGGAATAGAAACCACAGAAACCCATCCACCTAATACACATCTGCTAATCAGTTTCAACTGAAACTAACGAAGATAAGTGACTATATTTTGAACATACTCACCTACGATGTAGATAAAGGTCGATAGTGTTCGAGCTCCAAAAATCACCCAAAGCAAGCATACGAATCAACTAATAACCAAACACGCAACGTTTTAATTTTATATCACTATCAGGTATAACAAAAGCATCGACAATAACAGCTTCCAAGACACTATTTAAAGACAAGAAATTCTTCTCATAAACAGAATCAAGAGTCGCAGTTTTTGCTAACTTAYTTCTCCTGTGTTTCCTTTTCAACCGATTYATAATTTCCTGTCTATTCTTCGACAATCCACTTCTTCTTTGCT 427 A/C A C GCTTCCACGCCTTCAAAACAAATCAATCACTCTATAATGATTRATGAACTCTTAAATAAAAAAAACTAGCAACGATATAATAATTTATTAAAAGAAACCCTGATAATTTACTCAGATCYGTTTCCATTCGGATCGTAAATTTCTTCGTCTTCAACGGAAGATAAAACGGAC TCGTTAAAAGAGATTCTTGAAARACAATACACACCAKAATGGAATAGAAACCACAGAAACCCATCCACCTAATACACATCTGCTAATCAGTTTCAACTGAAACTAACGAAGATAAGTGACTATATTTTGAACATACTCACCTACGATGTAGATAAAGGTCGATAGTGTTCGAGCTCCAAAAATCACCCAAAGCAAGCATACGAATCAACTAATAACCAAACACGCAACGTTTTAATTTTATATCACTATCAGGTATAACAAAAGCATCGACAATAACAGCTTCCAAGACACTATTTAAAGACAAGAAATTCTTCTCATAAACAGAATCAAGAGTCGCAGTTTTTGCTAACTTAYTTCTCCTGTGTTTCCTTTTCAACCGATTYATAATTTCCTGTCTATTCTTCGACAATCCACTTCTTCTTTGCTAGCTTCCACGCCTTCAAAACAAATCAATCACTCTATAATGATTRATGAACTCTTAAATAAAAAAAACTAGCAACGATATAATAATTTATTAAAAGAAACCCTGATAATTTACTCAGATCYGTTTCCATTCGGATCGTAAATTTCTTCGTCTTCAACGGAAGATAAAACGGAC 598 MINUS STRAND (NEEDS TO BE REV-COMP FROM REF SEQ ANNOTATION); SNP goes to STOP; premature truncation of protein C GAG 1 GLU/STOP NONSYN exon replacement 162-382 3 LG_VIII 6670331 NA NA "1-161,383-598" NA NA POPTR_0008s16330.1 766439 TGAGAGGAGCTGTAGTGTTGCAGGCGGTTGGAGGCTGAAGAAGCAGGGGAGAATGGCTGATGCTGGTGGTGATGAGGGGGCTGTAGGTGGTGGCTTTTATGGTTTACTGTGCTCTTGGATATCATATCTACCAACCTGGCAGAGACTTCGTCCAAAGACTCTTTTAGTCCATCCCCGATATTTCTGATCCCGTAAATRGAGAGAGGATCAGACGCCTCTGACGTGGAGGTAGAGATCTCTTTGTAAGTCTTGGCAAGGAGATAAACCAGGGCGGGACATTTCTTAGTTTGCAAATTTGAAAAATAACCCGGATCGAACACTCTAGAGTACCTAAAGTA 339 C/T C T GTTTTTCGGTTAGGAAGCTTTTCATGCCTTAAAACATCTTCTATGGTCAAAACAGCTTGACGTGTCAGACGGCATTTCAGCTCAGACAATAAAGTGCTCATGTCACACATGGTCGATTTTTGGATATCCATGGTCAGCTGGTATCCTTTCATTCCCATGTAAGAGAATACTTGACCAGCCAAGTAGTCTAGCATGCTTGAGTTGCGACGATCCATGTTTCCTTCGTTCTCATTATATGCCACCCACATGACCCAGGTGTTTACTAGCGGTGGATCCCTCCCTAGCGCTTCTC TGAGAGGAGCTGTAGTGTTGCAGGCGGTTGGAGGCTGAAGAAGCAGGGGAGAATGGCTGATGCTGGTGGTGATGAGGGGGCTGTAGGTGGTGGCTTTTATGGTTTACTGTGCTCTTGGATATCATATCTACCAACCTGGCAGAGACTTCGTCCAAAGACTCTTTTAGTCCATCCCCGATATTTCTGATCCCGTAAATRGAGAGAGGATCAGACGCCTCTGACGTGGAGGTAGAGATCTCTTTGTAAGTCTTGGCAAGGAGATAAACCAGGGCGGGACATTTCTTAGTTTGCAAATTTGAAAAATAACCCGGATCGAACACTCTAGAGTACCTAAAGTACGTTTTTCGGTTAGGAAGCTTTTCATGCCTTAAAACATCTTCTATGGTCAAAACAGCTTGACGTGTCAGACGGCATTTCAGCTCAGACAATAAAGTGCTCATGTCACACATGGTCGATTTTTGGATATCCATGGTCAGCTGGTATCCTTTCATTCCCATGTAAGAGAATACTTGACCAGCCAAGTAGTCTAGCATGCTTGAGTTGCGACGATCCATGTTTCCTTCGTTCTCATTATATGCCACCCACATGACCCAGGTGTTTACTAGCGGTGGATCCCTCCCTAGCGCTTCTC 631 MINUS STRAND C ACG 3 THR SYN exon silent 1-631 2 LG_VIII 11140882 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0010s04260.1 766934 AAAAGGGCCATCCACAAGCAATCRGCAACCGAGGAGCCAGTCACCAATCCATCGAATAGCTGATTTCATGAGGTGAGTCACCTCATGATGGTTCAGAGGGCTATTACGCCCTCTGAAAATCCAGCAGAATAAACTTTACAGAATAGAAGGGGTAGGAAATTTCCTACCACTTCTAAGACTAGAGAAAAGATTTCTCGATTTCCCGACAACAGGGTCTGGGTGCTGAGAAGTACCTGGGTTATGAAGAGGAGCCAGTCACCAATCCATCGAATAGCTGATTTCATGAGGTGCTGTTTTGCTGCTATATGCAGGTTCATTTGCTGCCCTTTCTGTAGTTGCTGCTGGGTTTGCTACTCCCTCTCCTTGCTGGTGGAGTGGCTGTTGATGCTGCTATATG 398 A/C A C AGCCTGATGTGTTGTGCTTCTTGAAGCTGTTTGGTCGGCTCAATCTCTTGAAGTGGGCTGCTGGTTCCTCTGGTTGCTCTGTACAATCAGTTGGTTTGTTGCGTCCAGCTTGGCGGGCTGGTTTCCTGCTGCTGGTTGTTGCTGTTTTCTGCTGTATTGCAGGTTGGCTTTCCTCACGGATGATTGCTTCTCAGAGGAGGAGCCTTGCTGTTGTCTGCTGGCATGCGTCCAGTTGTGGCCTGTGCTACAGAGTTGTTTCCATTATGGCTGCACT AAAAGGGCCATCCACAAGCAATCRGCAACCGAGGAGCCAGTCACCAATCCATCGAATAGCTGATTTCATGAGGTGAGTCACCTCATGATGGTTCAGAGGGCTATTACGCCCTCTGAAAATCCAGCAGAATAAACTTTACAGAATAGAAGGGGTAGGAAATTTCCTACCACTTCTAAGACTAGAGAAAAGATTTCTCGATTTCCCGACAACAGGGTCTGGGTGCTGAGAAGTACCTGGGTTATGAAGAGGAGCCAGTCACCAATCCATCGAATAGCTGATTTCATGAGGTGCTGTTTTGCTGCTATATGCAGGTTCATTTGCTGCCCTTTCTGTAGTTGCTGCTGGGTTTGCTACTCCCTCTCCTTGCTGGTGGAGTGGCTGTTGATGCTGCTATATGAAGCCTGATGTGTTGTGCTTCTTGAAGCTGTTTGGTCGGCTCAATCTCTTGAAGTGGGCTGCTGGTTCCTCTGGTTGCTCTGTACAATCAGTTGGTTTGTTGCGTCCAGCTTGGCGGGCTGGTTTCCTGCTGCTGGTTGTTGCTGTTTTCTGCTGTATTGCAGGTTGGCTTTCCTCACGGATGATTGCTTCTCAGAGGAGGAGCCTTGCTGTTGTCTGCTGGCATGCGTCCAGTTGTGGCCTGTGCTACAGAGTTGTTTCCATTATGGCTGCACT 672 C intron silent "1-97,561-672" 2 LG_VIII 15792933 NA NA 98-560 NA NA POPTR_0010s03090.1 768744 AAGCCATGCCAGGCTGGTCACTTTGTGTATAACCAGAAATCATCGTACTCCATGAAAAGACATCTCTCTCAGGCATCTCATTAAATAGTTCCCTTGCCTGATCAATTATTCTATTTCGTATAAATCCTGCTATGAGAGCATTTCGAGAAGCAACATGGTCCTTAATGCCGAACTCTAATTGAAAACAAGCCTCATTAATCCTGCCACAAGCTGAGTAAAAATGGATAACTGTCGCCTGCACAAAGTCATAACAGTCAAAACTTGTCTTCACAACAACGCAGTGCAATTGCTGACCCTCAACAATTGCCATTGCTCTCCCACATGCAGAAATTAAATCAATCATCGTTACTTCACTAGGTCCCAACCCTGTAGAGACCATCAAACGATACATCATGAGCGCTTCTCTTAACCTTTCTRCTCGAACGTAACCATCAATGATTGTGCCCCATGAAACAATATCTTTATCTGGAATCATCTCAAACACTTCCTTAGCCAAATTGGCAAACCCTGCCTTGGAATA 521 C/G C G CCATTTAACATCACATTCCACGAAACTACATTCTTCTCTTGCATCTCATCAAACAAAGCTCTCGCTTCGCCTAAACTCGAAGAAGCACAGTACATGTTTAACAAATTTGTTGAAACAAGAACGAACCCGTCAAACATCATCTTGATAACTAATCCGTGAAGCATTCTACAATCCC AAGCCATGCCAGGCTGGTCACTTTGTGTATAACCAGAAATCATCGTACTCCATGAAAAGACATCTCTCTCAGGCATCTCATTAAATAGTTCCCTTGCCTGATCAATTATTCTATTTCGTATAAATCCTGCTATGAGAGCATTTCGAGAAGCAACATGGTCCTTAATGCCGAACTCTAATTGAAAACAAGCCTCATTAATCCTGCCACAAGCTGAGTAAAAATGGATAACTGTCGCCTGCACAAAGTCATAACAGTCAAAACTTGTCTTCACAACAACGCAGTGCAATTGCTGACCCTCAACAATTGCCATTGCTCTCCCACATGCAGAAATTAAATCAATCATCGTTACTTCACTAGGTCCCAACCCTGTAGAGACCATCAAACGATACATCATGAGCGCTTCTCTTAACCTTTCTRCTCGAACGTAACCATCAATGATTGTGCCCCATGAAACAATATCTTTATCTGGAATCATCTCAAACACTTCCTTAGCCAAATTGGCAAACCCTGCCTTGGAATACCCATTTAACATCACATTCCACGAAACTACATTCTTCTCTTGCATCTCATCAAACAAAGCTCTCGCTTCGCCTAAACTCGAAGAAGCACAGTACATGTTTAACAAATTTGTTGAAACAAGAACGAACCCGTCAAACATCATCTTGATAACTAATCCGTGAAGCATTCTACAATCCC 696 MINUS STRAND C GGG 3 GLY SYN exon silent 1-696 2 LG_X 3252891 NA NA NA NA NA POPTR_0010s07980.1 768875 CATGAACTGCTGTGATTATTCCACCCTCGTATACTTTCCCCKTGAACTCTGAATTTGACTCTGGAAAGTATCCCCAAGCCATTAGTACAGGGTGTAGATGAAGGTTCCGGCCTATATTCTGATTCTTCAATCCACTGGAGATCATTAAAGGGGGTGTCAAAAGAGCTCCGCATGCTGAGATTGTTACCTTGGCCTCAATTTG 203 C/T C T AATCTCGTTCTGATATTGTTGTTTACAATTTTTGCGGTCACTCCCACGCATTTCTTTTTTCTCTTACTTCCACCCTCGTTCTTTTCCAACATGAATCTCTCTGCTTTGCATCCTGTTAAGATCACTGCCCCATGATCAACAGCATCGACCAGCCATGTACGATCAGTCCCTTTCTTCTCTCCTTTTAGACAACCATAACCGCAAGAGCCACAATAATGCCTCTCTGAGGAATTTCGTGGGACGGTTTTGACAGGAATACCAAGGGACTCGCACCCTTTCCGAAGTACTTGATTTTGAAATCCTTCCTCTCCACAGCTCTCTGTGACTCCTATTCTAGTACAAACAGCATCCATGGCAGAAAAATATTCAGAACTTCCGAAAAGTGGGATTTTCTGGGTCCTAGTCCATTCCTGAAGCACAGAGTTTGGTGTTTTGATGGATGCTGACCAGTTAACAGCAGAACCTCCTCCGACTGCTGATCCTGCCATGATCAGCATCTCTGCATCA CATGAACTGCTGTGATTATTCCACCCTCGTATACTTTCCCCKTGAACTCTGAATTTGACTCTGGAAAGTATCCCCAAGCCATTAGTACAGGGTGTAGATGAAGGTTCCGGCCTATATTCTGATTCTTCAATCCACTGGAGATCATTAAAGGGGGTGTCAAAAGAGCTCCGCATGCTGAGATTGTTACCTTGGCCTCAATTTGCAATCTCGTTCTGATATTGTTGTTTACAATTTTTGCGGTCACTCCCACGCATTTCTTTTTTCTCTTACTTCCACCCTCGTTCTTTTCCAACATGAATCTCTCTGCTTTGCATCCTGTTAAGATCACTGCCCCATGATCAACAGCATCGACCAGCCATGTACGATCAGTCCCTTTCTTCTCTCCTTTTAGACAACCATAACCGCAAGAGCCACAATAATGCCTCTCTGAGGAATTTCGTGGGACGGTTTTGACAGGAATACCAAGGGACTCGCACCCTTTCCGAAGTACTTGATTTTGAAATCCTTCCTCTCCACAGCTCTCTGTGACTCCTATTCTAGTACAAACAGCATCCATGGCAGAAAAATATTCAGAACTTCCGAAAAGTGGGATTTTCTGGGTCCTAGTCCATTCCTGAAGCACAGAGTTTGGTGTTTTGATGGATGCTGACCAGTTAACAGCAGAACCTCCTCCGACTGCTGATCCTGCCATGATCAGCATCTCTGCATCA 710 MINUS STRAND C UUG 3 LEU SYN exon silent 1-710 3 LG_X 5098948 NA NA NA NA NA POPTR_0010s09560.1 769296 TGTCACTTACATCGACTGGAARCCCGTCAAAGAATACCTCTCCGGAAAACTCTCTTCTACCGACTCCATAGTTTTCCCTCTYCCTCAAGAATCTCAAAACCCTAATCTTAATTACCGCCCCGATGATCCTATGCTTCTTGATTCTCGAATCGATGATTCCGCCGCCGCCGA 172 C/T C T AAGGTGAACAATGGGAATGAGGGAGTTGAAAATCACGTTTCTTTKATTTACGCCAACGAGAGGCCGTTGAAGGATAGGGAGTCGTTGTTGGAGTGTAAGAATAGGGATTTTTATGGGGTTTTGGTTGCTTCCACGCGCCGTGAAGAGGAGAGGCATAAATTTGAGAGTCAACAGAGGAAAGATGGGTTAGTGGCGAAGAGTAGGTTGATGGGARCTGATGARAGAGGAATTGGGTATGGTGGTGATGAGTTGGGCTATGATTCAGCGGCCAAGCCCAAAATGCATTCGAAAGGAGGGAAAATTGGGGAGGGGGTGCCCATAATTTTGGTGCCAAGTGCGTTTCAGACTTTGATTACGATTTATAAYGTGAAGGAATTTTTGGAAGATGGGATTTTCATACCGACGGATGTGAAGGCTAAGCAGATGAAAGGGCCGAAACCGGAATGTGTTACAGTGCAGAAGAAGTTTAGCACTGATAGGAATAGAGTGATGACRGCTT TGTCACTTACATCGACTGGAARCCCGTCAAAGAATACCTCTCCGGAAAACTCTCTTCTACCGACTCCATAGTTTTCCCTCTYCCTCAAGAATCTCAAAACCCTAATCTTAATTACCGCCCCGATGATCCTATGCTTCTTGATTCTCGAATCGATGATTCCGCCGCCGCCGACAAGGTGAACAATGGGAATGAGGGAGTTGAAAATCACGTTTCTTTKATTTACGCCAACGAGAGGCCGTTGAAGGATAGGGAGTCGTTGTTGGAGTGTAAGAATAGGGATTTTTATGGGGTTTTGGTTGCTTCCACGCGCCGTGAAGAGGAGAGGCATAAATTTGAGAGTCAACAGAGGAAAGATGGGTTAGTGGCGAAGAGTAGGTTGATGGGARCTGATGARAGAGGAATTGGGTATGGTGGTGATGAGTTGGGCTATGATTCAGCGGCCAAGCCCAAAATGCATTCGAAAGGAGGGAAAATTGGGGAGGGGGTGCCCATAATTTTGGTGCCAAGTGCGTTTCAGACTTTGATTACGATTTATAAYGTGAAGGAATTTTTGGAAGATGGGATTTTCATACCGACGGATGTGAAGGCTAAGCAGATGAAAGGGCCGAAACCGGAATGTGTTACAGTGCAGAAGAAGTTTAGCACTGATAGGAATAGAGTGATGACRGCTT 671 C GAC 3 ASP SYN exon silent 1-671 3 LG_X 9347768 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0011s00590.1 771068 CTCTCATGTGAAGTCAAGGACGATCCATCKCGGGTTGGTACATGGATTTCYGCCGCTGTAAATCGTAACGTCAAGGATTTATATCTCGARCTTCGTGATTTCGAAGCATYGTTTGTTTTGCCTCATTGCTTATTTAACTGCGAAACATTGACAGAGTTGGAAATWAATATGCCATATATTCTCAAGCTTCCTTCTTCAATATCCCTCTCATGTTTGAAGATATTGAACCTCTATGAGGTTA 242 C/T C T CTTTACTGATGACCACTCAACCCAGCAACTATTCAGTCTCCCAAACCTCGTGGAGTTGGAAATACAYGAGTGCAATTGGATGAATCTCGTGGCTGTCAGCATTTCTGCTCCCAAACTTCAGAGCTTGGACATACATGAACCTTGTCAGAGCAGTCCGGCTTCTTTAGGTGGATGTCATGTCAGGATTTTTSGAACTCATCTCGCCGATTTTACTATCATCGGCACACTTTCAAATGACTATTGCTTATATGAATCTTCTGTGGTCGAGACATGCATTTCTATTTTTTCCGCTGCTGACAAACCGAGGCAAA CTCTCATGTGAAGTCAAGGACGATCCATCKCGGGTTGGTACATGGATTTCYGCCGCTGTAAATCGTAACGTCAAGGATTTATATCTCGARCTTCGTGATTTCGAAGCATYGTTTGTTTTGCCTCATTGCTTATTTAACTGCGAAACATTGACAGAGTTGGAAATWAATATGCCATATATTCTCAAGCTTCCTTCTTCAATATCCCTCTCATGTTTGAAGATATTGAACCTCTATGAGGTTACCTTTACTGATGACCACTCAACCCAGCAACTATTCAGTCTCCCAAACCTCGTGGAGTTGGAAATACAYGAGTGCAATTGGATGAATCTCGTGGCTGTCAGCATTTCTGCTCCCAAACTTCAGAGCTTGGACATACATGAACCTTGTCAGAGCAGTCCGGCTTCTTTAGGTGGATGTCATGTCAGGATTTTTSGAACTCATCTCGCCGATTTTACTATCATCGGCACACTTTCAAATGACTATTGCTTATATGAATCTTCTGTGGTCGAGACATGCATTTCTATTTTTTCCGCTGCTGACAAACCGAGGCAAA 553 T AUC 2 ILE/THR NONSYN exon replacement 1-553 1 LG_XI 2060962 NA NA NA NA NA POPTR_0012s07950.1 772990 ACACTATTTCCCAGTTAATTAACTTGAAAAGGCTTGATATATCCAACAACAACTTCTCTGGTGCGCTTCCTGATATGTCCCGAGTTTCAGGCCTGCTAACCTTCTTTGCTGAAAACAATCAGCTCGGTGGGGCAATACCGGATTTTGATTTCTCCTATATCAAGGAATTCAGTGTCGCCAACAATAATTTCAGTGGTCCAATTCYTGATGTCAAAAGCAAGTTTGGGGCAGACAGCTTCACAGGTAACCCTGAATTATGTGGGAC 266 A/G A G CTATTATCAAAAGCCTGCCCACCATCCCCTCCACCGTCAAAAAAGGGATCAAAGCACTCATCAGCTGATCGGTTCCTTATCTTCTCAGGCTACATACTACTTGCCGTGGTTGTGCTGCTCTTATTTGCTTTATATTTATTTAAGAAAAATAAATCTAAAGGAGAAACGGTTAAGGTRGTCAAGAAGGGGAAGGTAGCTACTGCGAGTAAAGAACCTAGTAGAACTTCAACTGAATCSAAGACTGGTGGTAATAGATCA ACACTATTTCCCAGTTAATTAACTTGAAAAGGCTTGATATATCCAACAACAACTTCTCTGGTGCGCTTCCTGATATGTCCCGAGTTTCAGGCCTGCTAACCTTCTTTGCTGAAAACAATCAGCTCGGTGGGGCAATACCGGATTTTGATTTCTCCTATATCAAGGAATTCAGTGTCGCCAACAATAATTTCAGTGGTCCAATTCYTGATGTCAAAAGCAAGTTTGGGGCAGACAGCTTCACAGGTAACCCTGAATTATGTGGGACACTATTATCAAAAGCCTGCCCACCATCCCCTCCACCGTCAAAAAAGGGATCAAAGCACTCATCAGCTGATCGGTTCCTTATCTTCTCAGGCTACATACTACTTGCCGTGGTTGTGCTGCTCTTATTTGCTTTATATTTATTTAAGAAAAATAAATCTAAAGGAGAAACGGTTAAGGTRGTCAAGAAGGGGAAGGTAGCTACTGCGAGTAAAGAACCTAGTAGAACTTCAACTGAATCSAAGACTGGTGGTAATAGATCA 524 A ACA 3 THR SYN exon silent 1-524 2 LG_XII 9530072 NA NA NA NA NA POPTR_0012s09540.1 773138 TGGGACTGCTTATGCCCTATGTTTAGTTATGTAAATCAAGCACAAATGATTCTGTTGTTAATGATTTTCCGAGTACAGATATATTCTTGTTTTCTGAATAGATAATGCAATATGTGATGAAMATGAATTCCATTCCTCAAATAGCCTTTCTGGAAAATTACAGGATTCATAAAACTATAGCATGAAAATAGTATGTAGCAAGCTTTTTACCAGGACAATATACTAATAACATCAGGAGAAACTCACAAA 250 A/T A T AACCCAGAATAGGTGTTTAGATGGAAAATTACAACTACAAGGCTGTAATTTGGCACAAATAAGCAGTAGGCTTATTTCTTACTCGATTCCAATCTTCATTGAATTGTGGTTTCCCTGCATGTTTGTGCTGTACCATATTGAACTCAARACACATTTTAAATTGTTACAATAAACTTTTGAGTCCTTTTTCCCCAATGGAACCAAGAGATGGCAGCAAAAAGAAGTTCATGTTGCTCCAAACTGTGACAGTATTCACTATTATAATGCTTCAAGTGATAGATTAAAGCTTTTATGTCATAAACTTCTGATCATTCTTCACAATTATCCCAGCCCTTTTCTCTCCATCAAAAAATTAACCACTTGCTTTCTCACAGGACTYTGGTTTAAAGAAGGTGAATTATGTCAGTGGACACCAGCTCAGGCACCTT TGGGACTGCTTATGCCCTATGTTTAGTTATGTAAATCAAGCACAAATGATTCTGTTGTTAATGATTTTCCGAGTACAGATATATTCTTGTTTTCTGAATAGATAATGCAATATGTGATGAAMATGAATTCCATTCCTCAAATAGCCTTTCTGGAAAATTACAGGATTCATAAAACTATAGCATGAAAATAGTATGTAGCAAGCTTTTTACCAGGACAATATACTAATAACATCAGGAGAAACTCACAAAAAACCCAGAATAGGTGTTTAGATGGAAAATTACAACTACAAGGCTGTAATTTGGCACAAATAAGCAGTAGGCTTATTTCTTACTCGATTCCAATCTTCATTGAATTGTGGTTTCCCTGCATGTTTGTGCTGTACCATATTGAACTCAARACACATTTTAAATTGTTACAATAAACTTTTGAGTCCTTTTTCCCCAATGGAACCAAGAGATGGCAGCAAAAAGAAGTTCATGTTGCTCCAAACTGTGACAGTATTCACTATTATAATGCTTCAAGTGATAGATTAAAGCTTTTATGTCATAAACTTCTGATCATTCTTCACAATTATCCCAGCCCTTTTCTCTCCATCAAAAAATTAACCACTTGCTTTCTCACAGGACTYTGGTTTAAAGAAGGTGAATTATGTCAGTGGACACCAGCTCAGGCACCTT 678 T intron silent 625-678 2 LG_XII 11071447 (reverse complement) NA 1-624 NA NA POPTR_0013s00680.1 773568 CAACATTGCTGTCCATGTCACCTCATTCTTATCCGGCATTACTTCAAACAACTTCCTAGCCACATCCACCTTATTATTCATTGCATACCCACTAATCATACTAGTCCAAGCAACCACATTCCTTTGAGGCATCTCGTCAAAAATTTCTCTTGCCTCACTCAACCTTCCTTCCGAACACAATCCACCAATCATATTAGTACTAGCAACAACATCCTTCACTGGAATCATATCAAAAAGCCGTCTAGCCTCATCAACACGTCCATCTTCAATCAAACCGCCCAACATCACAGTCCAAGAAACGACATTTTTTTCCGGCATTYTCCAAAACARTAATTCAGCCTCATCTATCAAYCCCTCTTGCACATACCCTCTAACCATCGAGGTCCATGAAACCACATTCCTCTCAGGCATTTTATCAAACACTTTTCTCGCTTCAGAAATCATTCCATTCTTAACGTA 460 A/C A C CCGGAAACCAAACCATTCCAAGAAATCGTATTTCTCTCRGGCATTTTATCAAACAGTTTCTGGGCTTCASCTGGCCGTTTGTTAWGAAAGTAACCAGCCACAATTGCATTCCAAGAAGTAACKGTTTTGCTTTGTARATCATCAAATATATTTCGAGCTCTGTCTATTTGGCCAAGACGTGCAAAATAG CAACATTGCTGTCCATGTCACCTCATTCTTATCCGGCATTACTTCAAACAACTTCCTAGCCACATCCACCTTATTATTCATTGCATACCCACTAATCATACTAGTCCAAGCAACCACATTCCTTTGAGGCATCTCGTCAAAAATTTCTCTTGCCTCACTCAACCTTCCTTCCGAACACAATCCACCAATCATATTAGTACTAGCAACAACATCCTTCACTGGAATCATATCAAAAAGCCGTCTAGCCTCATCAACACGTCCATCTTCAATCAAACCGCCCAACATCACAGTCCAAGAAACGACATTTTTTTCCGGCATTYTCCAAAACARTAATTCAGCCTCATCTATCAAYCCCTCTTGCACATACCCTCTAACCATCGAGGTCCATGAAACCACATTCCTCTCAGGCATTTTATCAAACACTTTTCTCGCTTCAGAAATCATTCCATTCTTAACGTAACCGGAAACCAAACCATTCCAAGAAATCGTATTTCTCTCRGGCATTTTATCAAACAGTTTCTGGGCTTCASCTGGCCGTTTGTTAWGAAAGTAACCAGCCACAATTGCATTCCAAGAAGTAACKGTTTTGCTTTGTARATCATCAAATATATTTCGAGCTCTGTCTATTTGGCCAAGACGTGCAAAATAG 649 C GGG 3 GLY SYN exon silent 1-649 3 LG_XIII 437466 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0014s13130.1 774857 CGATGTCAAGACACGAACGCCACTTCGTCRCCTGCGGTCCCACGCCCGCCCTGTTCGTTTTGTCAAGTACCCGTTACTAGATAAGCTCCATTTGGTRTCTGGTGGTGATGATTCTGTAGTTAAATACTGGGATGTTGCTGGAGAGAGTG 150 C/T C T GGTTTTGGACCTGTATGGTCACAGGGACTATGTGAGATGTGGTGATTGCTCTCCAACTGATGGAGAGATGTTTGTCACTGGGTCTTATGACCACACTGTGAAGCTGTGGGATGTGAGAGTTGATAATAAAGAATCAGTTATTGAAGTGAATCATGGAAATCCTGTTGAGGATGTGATTTTTTTGCCTTCAGGCGGAATGGTTGCTACGGCAGGAGGGAATAGTGTGAAAATATGGGATTTGATTGGAGGAGGGAAGATGGTTTATTCTATGGAGAGTCATAACAAGACTGTTACTTCTATTTGTGTTGGGAAAGTAGGGAAAGAGAGTGGAGAGGAGGCTTTGCAGTATAGGATTTTTAGTGTGGCTTTAGATGGTTATATGAAGGTTTTTGATTATGCAAAAATGAAGGTKACTCATTCCATGAGGTTTCSTGCCCCGCTTATGTCAATTGGATTTTCGCCGGATTGTATGACTAGGGTTATTGGRTCTTCCAATGGGATTATATTTG CGATGTCAAGACACGAACGCCACTTCGTCRCCTGCGGTCCCACGCCCGCCCTGTTCGTTTTGTCAAGTACCCGTTACTAGATAAGCTCCATTTGGTRTCTGGTGGTGATGATTCTGTAGTTAAATACTGGGATGTTGCTGGAGAGAGTGCGGTTTTGGACCTGTATGGTCACAGGGACTATGTGAGATGTGGTGATTGCTCTCCAACTGATGGAGAGATGTTTGTCACTGGGTCTTATGACCACACTGTGAAGCTGTGGGATGTGAGAGTTGATAATAAAGAATCAGTTATTGAAGTGAATCATGGAAATCCTGTTGAGGATGTGATTTTTTTGCCTTCAGGCGGAATGGTTGCTACGGCAGGAGGGAATAGTGTGAAAATATGGGATTTGATTGGAGGAGGGAAGATGGTTTATTCTATGGAGAGTCATAACAAGACTGTTACTTCTATTTGTGTTGGGAAAGTAGGGAAAGAGAGTGGAGAGGAGGCTTTGCAGTATAGGATTTTTAGTGTGGCTTTAGATGGTTATATGAAGGTTTTTGATTATGCAAAAATGAAGGTKACTCATTCCATGAGGTTTCSTGCCCCGCTTATGTCAATTGGATTTTCGCCGGATTGTATGACTAGGGTTATTGGRTCTTCCAATGGGATTATATTTG 659 T GUG 2 VAL/ALA NONSYN exon replacement 1-659 3 LG_XIV 6412400 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0015s02160.1 775761 TATTTTGCTAGAGGAGTTCAATTCCAGTGGCACACTTTTAGAATTTCCAACTAAAATGAATATGTAAACTTATTATGAGAAAGAACTCGTAGCTTTAGCTTGTGTTGTGCATGTGGGAATGAGAATTTTCGCCATAGACTGTTTGAGAGATTGTAGAATTGAAGACTGATATGTTCTATTTTGGCCAGTGGATTGCAATGCTGATGAAAGTTGTTGCTGTAGGAGTGACATAATTAGTCACTGRAGCTGTAGATGTCTCTGTAGTTTTGGCGCCCGGGACCTATCCTAAAATACCAGTAATCGTTGCTATTAAAGCAATGATATTCACCATTCTTGACTTGATTATGGTGAATTTATTACTAGGATGGTTATTCATAGAACAAATTTGGTCGATTTGGGTATC 404 C/T C T AAGCAAAGTGATTGTCCAAACAATCTGTCAAAGATTTTCACTGCTCTGAATTAGCATCTGCAGAAATGAAAATGCTTCAATAGCCACGCCAAGCAAAGGTTAGGAAAATCTTGGCATTAAAATTAGCAGACAGACTCCCGTGATTTCCAATTGTCAATGATAACCTTCTTTTGACAGGAGCAGCTG TATTTTGCTAGAGGAGTTCAATTCCAGTGGCACACTTTTAGAATTTCCAACTAAAATGAATATGTAAACTTATTATGAGAAAGAACTCGTAGCTTTAGCTTGTGTTGTGCATGTGGGAATGAGAATTTTCGCCATAGACTGTTTGAGAGATTGTAGAATTGAAGACTGATATGTTCTATTTTGGCCAGTGGATTGCAATGCTGATGAAAGTTGTTGCTGTAGGAGTGACATAATTAGTCACTGRAGCTGTAGATGTCTCTGTAGTTTTGGCGCCCGGGACCTATCCTAAAATACCAGTAATCGTTGCTATTAAAGCAATGATATTCACCATTCTTGACTTGATTATGGTGAATTTATTACTAGGATGGTTATTCATAGAACAAATTTGGTCGATTTGGGTATCCAAGCAAAGTGATTGTCCAAACAATCTGTCAAAGATTTTCACTGCTCTGAATTAGCATCTGCAGAAATGAAAATGCTTCAATAGCCACGCCAAGCAAAGGTTAGGAAAATCTTGGCATTAAAATTAGCAGACAGACTCCCGTGATTTCCAATTGTCAATGATAACCTTCTTTTGACAGGAGCAGCTG 590 C intron silent 582-590 2 LG_XV 1388661 NA NA 1-581 NA NA NotIdentified 775848 ATTTCAAGGGAAAAATAATCTTAGGGTGTATTTGAAGTGAGAGAAGAAGATGGAGCTCATGTTTGATTCTCATAGGTATTCRGAGGGTAAGAAGGTTAAGCTTTTCATAATTGAGTTCATGGACTATTGTGTGGTGGGATTAGCTTTTGATGAGTCAAATAAGGAATTGTGAGAGACCTGTTGAGAATTAGGAGGAGATGAAGGTTATTATAAGGAGATGATTTATTCCTAATCATTATTATAGGGAATTGTACCAAAAGTTATAGTGTTTAAGCTAAGAAATAAAAGTTTTGATGAGTACCATAAAGAGAATAAGATCACAATGGTTCGAGCTAATATGGTGGAAGATAGAGAGGCCACTATGATAGGTTCTTGAATGGGTTGAATCACAAGTTCATGAATATTTTAGAGTTGCAACATTATATGAAGTTGGAAAACATAGTACATATGACAACAAAAGTGGAGAGACAACTTAAAYGTATGGGTA 488 A/G A G CTCATGACCAAGCCAACTGTTRGGTTCTTTGTCACCTTGAAAGGCTAATATGGAGGCTGCCTAATCTCAACCGAATGTAGGGGAGAGATTCTAGACTCTAAAAAAGAAGAAGGACATCTCCACCAATAATAGAGGTAAAGTTAAAAMGGACATCTCCACTAATAATAGAGGTAAAGTTAAAACTCTTACATCTCATAATAATGATATACAATGTTTTTGTTA ATTTCAAGGGAAAAATAATCTTAGGGTGTATTTGAAGTGAGAGAAGAAGATGGAGCTCATGTTTGATTCTCATAGGTATTCRGAGGGTAAGAAGGTTAAGCTTTTCATAATTGAGTTCATGGACTATTGTGTGGTGGGATTAGCTTTTGATGAGTCAAATAAGGAATTGTGAGAGACCTGTTGAGAATTAGGAGGAGATGAAGGTTATTATAAGGAGATGATTTATTCCTAATCATTATTATAGGGAATTGTACCAAAAGTTATAGTGTTTAAGCTAAGAAATAAAAGTTTTGATGAGTACCATAAAGAGAATAAGATCACAATGGTTCGAGCTAATATGGTGGAAGATAGAGAGGCCACTATGATAGGTTCTTGAATGGGTTGAATCACAAGTTCATGAATATTTTAGAGTTGCAACATTATATGAAGTTGGAAAACATAGTACATATGACAACAAAAGTGGAGAGACAACTTAAAYGTATGGGTAACTCATGACCAAGCCAACTGTTRGGTTCTTTGTCACCTTGAAAGGCTAATATGGAGGCTGCCTAATCTCAACCGAATGTAGGGGAGAGATTCTAGACTCTAAAAAAGAAGAAGGACATCTCCACCAATAATAGAGGTAAAGTTAAAAMGGACATCTCCACTAATAATAGAGGTAAAGTTAAAACTCTTACATCTCATAATAATGATATACAATGTTTTTGTTA 710 G intron silent 1-25 3 LG_XV 2826440 (reverse complement) NA 26-724 NA NA POPTR_0016s07510.1 777382 CTGAAACAGATGGTGATTTGCAGAAGTACTATGCCTCAGCTATTGATGTGCCTGGTGAGAGCGCCTTTTGATCACAAAGCCCTTTACTTTCTGTAATTTCTGCCAATCTGTGCCTTATCTGCCAGCCAACTACTTTTTCTAGCAGAACAAGAACTTAGTTATAGGACACAATGGTGTTTTCTTGTCATGCTCCAGAAATTGTTTAACATAAGTGGAAAAGGAAATAAAAA 231 A/G A G ATAGGTGGGTTGATTGTTAATCATGTCATTGCGATTTGAATTTTTTTTAGTGTTGAATTGAGGCAGCTGCCGAAGCTGAAAACAAGCTGACCTAATAAATAGTCAAGCTTCTAGGTKTTGAGCTTATAATTCTGTTTCTTCATTTTGTTTGGACATGCGGATTTGCAGGTCCTGAAGTTGACAGACTTGCAAAATTTGCTGGTAAATATAAAGTCCACTTAGTAATGGGAGTGGTGGAGAGAGCTGGATGTTATCTCTATAGTACAATGCTGTTCTTTGATTCCCTGGGAAAGTGTCTTGGACAGCACCGCAAGCTAATACAAACGGCATCAGAAAGTGCACTGT CTGAAACAGATGGTGATTTGCAGAAGTACTATGCCTCAGCTATTGATGTGCCTGGTGAGAGCGCCTTTTGATCACAAAGCCCTTTACTTTCTGTAATTTCTGCCAATCTGTGCCTTATCTGCCAGCCAACTACTTTTTCTAGCAGAACAAGAACTTAGTTATAGGACACAATGGTGTTTTCTTGTCATGCTCCAGAAATTGTTTAACATAAGTGGAAAAGGAAATAAAAAAATAGGTGGGTTGATTGTTAATCATGTCATTGCGATTTGAATTTTTTTTAGTGTTGAATTGAGGCAGCTGCCGAAGCTGAAAACAAGCTGACCTAATAAATAGTCAAGCTTCTAGGTKTTGAGCTTATAATTCTGTTTCTTCATTTTGTTTGGACATGCGGATTTGCAGGTCCTGAAGTTGACAGACTTGCAAAATTTGCTGGTAAATATAAAGTCCACTTAGTAATGGGAGTGGTGGAGAGAGCTGGATGTTATCTCTATAGTACAATGCTGTTCTTTGATTCCCTGGGAAAGTGTCTTGGACAGCACCGCAAGCTAATACAAACGGCATCAGAAAGTGCACTGT 576 A intron silent "1-54,400-576" 2 LG_XVI 5487885 NA NA 55-399 NA NA POPTR_0016s09041 777526 AAAAGTTCTCTGTGTCGGTGAAGGATCTGCTCCTGCAGTTTTTGCATTACGAGAATTAGGATTTCTCAATGCTTGTGGGGYTCACAGACACCCCTTTTTCTCTCTTAAGCATAAGAGGATGGCTTATGAGCTTGA 136 A/G A G TATGCAGACGATTCCTTTGATTTTGTGTTGTCTKGGGACCTAGAAAAGATTTCCGTCCCAGCCATTGTTGTGCTCGAGAGCGAGCGTGTGCTTAAGCCTGGTGGAATTGGGGCTATGCTTGTTGGTGTTGACAGTTTTAACACCAATAACCTGATTAGGTCTTCCTTGCCTGTGTCATCATTATTAAAGAATTCCAACATTGTCCATGTTGGTTATGTCAACGAGTATACACTGGTTGTTTTCAAGAAAAGAATTTWCAGTGTCRGCTACTTCCAGCARTACCAGCTACCAGCTGATTGCCCATCTATCATGAATAATAGACCTCATTTGGAGAATTTAGAACCTCTCACAGAGAATAAGCAAGTGGAACATGRGAAAAACATAGCTTATTTGCCCAAGTTTGTTGATATGCCCTCTAGGAAGCRATTAGTGTATGTYGAGATTGGGGGAGGTGAGCATCTGAATTCTAGTGTT AAAAGTTCTCTGTGTCGGTGAAGGATCTGCTCCTGCAGTTTTTGCATTACGAGAATTAGGATTTCTCAATGCTTGTGGGGYTCACAGACACCCCTTTTTCTCTCTTAAGCATAAGAGGATGGCTTATGAGCTTGAATATGCAGACGATTCCTTTGATTTTGTGTTGTCTKGGGACCTAGAAAAGATTTCCGTCCCAGCCATTGTTGTGCTCGAGAGCGAGCGTGTGCTTAAGCCTGGTGGAATTGGGGCTATGCTTGTTGGTGTTGACAGTTTTAACACCAATAACCTGATTAGGTCTTCCTTGCCTGTGTCATCATTATTAAAGAATTCCAACATTGTCCATGTTGGTTATGTCAACGAGTATACACTGGTTGTTTTCAAGAAAAGAATTTWCAGTGTCRGCTACTTCCAGCARTACCAGCTACCAGCTGATTGCCCATCTATCATGAATAATAGACCTCATTTGGAGAATTTAGAACCTCTCACAGAGAATAAGCAAGTGGAACATGRGAAAAACATAGCTTATTTGCCCAAGTTTGTTGATATGCCCTCTAGGAAGCRATTAGTGTATGTYGAGATTGGGGGAGGTGAGCATCTGAATTCTAGTGTT 610 A GAA 3 GLU SYN exon silent 1-610 3 LG_XVI 6994105 NA NA NA NA NA POPTR_0016s13850.1 777978 GTAGACGTATTCTTGGGTAATAACAAAGGAGAGGTCCCTGATTTCAAGGTCAAAGAAGGCTACAGCAAGAGTTCCCGCTCTATA 85 C/T C T TTCTTCGAGATTCCAATACCATGATTGCACAGGTAACATTAACAAAACTTATTTCTGAAATATGTCGATATTGAATAAATTTAACCAACATCATCTTCTCATGTAGAACTATATGTCTGTGGCTGAGGCTGTCGTAGAAATACCCCAGATTYCATTACATCATTTACATTAAAACCGATTATTGTTTTAATCAAGAAAGTTGTCTTCATAATTAATATCTCATGCCAGTATTTTTCTTATTATGTGAACGCAGGTGCATGGACGAGACACTCTCGCCATTA GTAGACGTATTCTTGGGTAATAACAAAGGAGAGGTCCCTGATTTCAAGGTCAAAGAAGGCTACAGCAAGAGTTCCCGCTCTATACTTCTTCGAGATTCCAATACCATGATTGCACAGGTAACATTAACAAAACTTATTTCTGAAATATGTCGATATTGAATAAATTTAACCAACATCATCTTCTCATGTAGAACTATATGTCTGTGGCTGAGGCTGTCGTAGAAATACCCCAGATTYCATTACATCATTTACATTAAAACCGATTATTGTTTTAATCAAGAAAGTTGTCTTCATAATTAATATCTCATGCCAGTATTTTTCTTATTATGTGAACGCAGGTGCATGGACGAGACACTCTCGCCATTA 366 C CUU 1 LEU/PHE NONSYN exon replacement 1-117 1 LG_XVI 12470188 NA NA 118-200 NA NA POPTR_0017s12180.1 778533 TGTTGGGGAGGAGATTGTGTGGATGAGGAATAGCTTAGTGGAAGTGATAAGCGAAGGAGTCAATTATCAAGAGATAAAGCATGCTTCGATTGATAATGGAKTGCAATTCACTGGTTTCGGTTTATGGGTGCAACACAAGTTCTCGTCTTMTTTGATTCTTGTGATGTTATGATGGAAGCATTTGAATTGGATATAGTACCATGAAGTTTATACTTTGATGGATTAAGACCTAACATTGAGACGGATGGTCCTATCGATCGGTCTGCTTGGCTTGAAGTCACTGACCTACCAATTACTTATTGCAATGTAACTAGCATCAACA 323 A/G A G GAATCTGTTAACATATGGCAGAGTTATTGAAAAAATCAGTTTTCAATACAGCATTCTTGGTCATATTAACATTTTAATTGGAACAAGACAAAGCCGATTCATKGAGTCAGAAATCGTAAGCTGAGAGGAACTGATTATCATGTTACTATACAAGAGCTTGATCCTCTGCATTTTCCAGTCTTTGAAGCTAATGAGTACAACTTGAAGGCCTTCAACCTCATGCTGGAGGAAGAAGATGATGAAACACARTCCAGTAGTGATGGTCCTCAAAAGGCCGTCAGTGTGGCAAGAGGAGAAGCTGATAAAACAAAGTTGAGTAGTGATGGAACTCCTAAGGTTGTCAGTGTGAAA TGTTGGGGAGGAGATTGTGTGGATGAGGAATAGCTTAGTGGAAGTGATAAGCGAAGGAGTCAATTATCAAGAGATAAAGCATGCTTCGATTGATAATGGAKTGCAATTCACTGGTTTCGGTTTATGGGTGCAACACAAGTTCTCGTCTTMTTTGATTCTTGTGATGTTATGATGGAAGCATTTGAATTGGATATAGTACCATGAAGTTTATACTTTGATGGATTAAGACCTAACATTGAGACGGATGGTCCTATCGATCGGTCTGCTTGGCTTGAAGTCACTGACCTACCAATTACTTATTGCAATGTAACTAGCATCAACAAGAATCTGTTAACATATGGCAGAGTTATTGAAAAAATCAGTTTTCAATACAGCATTCTTGGTCATATTAACATTTTAATTGGAACAAGACAAAGCCGATTCATKGAGTCAGAAATCGTAAGCTGAGAGGAACTGATTATCATGTTACTATACAAGAGCTTGATCCTCTGCATTTTCCAGTCTTTGAAGCTAATGAGTACAACTTGAAGGCCTTCAACCTCATGCTGGAGGAAGAAGATGATGAAACACARTCCAGTAGTGATGGTCCTCAAAAGGCCGTCAGTGTGGCAAGAGGAGAAGCTGATAAAACAAAGTTGAGTAGTGATGGAACTCCTAAGGTTGTCAGTGTGAAA 674 A intron silent "1-113,506-678" 3 LG_XVII 4993833 (reverse complement) NA 114-505 NA NA POPTR_0017s13070.1 778621 TSTTTTCTTCATCTAGGTGGGTTTTAATCTGCGTTGTTTGGTTCCCACTGGTTGACATGGGATCTGGCAGAGCTTCTAGGCCCATCAACTTGGCCACTACACTAGACGGTCGTTTATTGCTTCCTGGATCCTGTTGGTTGTTTAGGAAACTGTTGGAGTTCAGATCATCCCTCCCCAAATCCCTTGAAAGAAAATTTGATTTCATTTCAGGGTTGGAACCCCTTRCAGAGCCTGCTCTRCTGTCCAATGACAGCCTTGGGAGCTCCTTGAGCTTAATAGTAGATTTCAAAGTGTCTCTTGATTCCCATCCATCATAAGAAAACCTGCGGGCATCCTTMAGTCCACCTGTTAAGAAATTACTCTTCCCTTCACTGGATTTGTAGGGCGATTCTCGAAGCTTATGAAGAACTCTAAATGATTCCCTTGGACCTGGATCYTTGGGATTTA 448 C/T C T AGAGTTGAGGTAATGTAATGGTMTTGGGGAATCAATGTATTTCAAGGTTTGGCCCCGGGCTTCTCCTGTGGTTGCAGTTTTGACTGATAAGCCACGTGGTTCTCTGTTGATCGARTC TSTTTTCTTCATCTAGGTGGGTTTTAATCTGCGTTGTTTGGTTCCCACTGGTTGACATGGGATCTGGCAGAGCTTCTAGGCCCATCAACTTGGCCACTACACTAGACGGTCGTTTATTGCTTCCTGGATCCTGTTGGTTGTTTAGGAAACTGTTGGAGTTCAGATCATCCCTCCCCAAATCCCTTGAAAGAAAATTTGATTTCATTTCAGGGTTGGAACCCCTTRCAGAGCCTGCTCTRCTGTCCAATGACAGCCTTGGGAGCTCCTTGAGCTTAATAGTAGATTTCAAAGTGTCTCTTGATTCCCATCCATCATAAGAAAACCTGCGGGCATCCTTMAGTCCACCTGTTAAGAAATTACTCTTCCCTTCACTGGATTTGTAGGGCGATTCTCGAAGCTTATGAAGAACTCTAAATGATTCCCTTGGACCTGGATCYTTGGGATTTACAGAGTTGAGGTAATGTAATGGTMTTGGGGAATCAATGTATTTCAAGGTTTGGCCCCGGGCTTCTCCTGTGGTTGCAGTTTTGACTGATAAGCCACGTGGTTCTCTGTTGATCGARTC 565 MINUS STRAND C GUA 1 VAL/ILE NONSYN exon replacement 1-565 1 LG_XVII 5844734 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0017s06000.1 782219 CGTAATATGCACCATGTATTTCTTTGTTTTCTACTGCATGTAGGGCTCGTGATTTTTCTTCCCTTTTCTCTGTAATAATGGTATAGTGGAWATGATTTTTTAAAGCTTTTTTGCATGATACTATATGGTACAAATTAATTTCAGGCTACCTAT 154 A/C/T A C T TATTGTCCAGGGTTCAAGTTTAGAGGGATAATATCATATTCCGTGATCTTGTCCATCCATTGAAATTTACAGTATCAATGTTGAGTTTATGTTAGTTTCTACCTTACTATGAKATCTGACTGCTTAAGTCAGATCTCTATAACAATATTGTTACATGCAGGGAATCAAACCACGCCTTTAAGCAACGGTGAGAGATACTACTATTGTACGAGGGAGATAAACTATTCGAGGGAAGTACTCGGTCGAGGATGGTGGAAAGCTACGAGCCATGTCAAGAAAATACATGCTAATAATGATGATCAACTTCTTGTTGGGAACAAGAGGCCTTTAACATTCCATAGGTTCAAGGACAATGAAAGAAATCGCAATAATGCCGTCAAGACTAATTGGATTATGTATGAATACAGCCTTGAATCAAGAACCACGGTACTAGTTTTAATATTTTTGCGTGCACAGTTCTAAGTTAATTNNNNNNNNNNAATTATATGCATCTTCTTATGTTTGTTTCATTTGTACTACTTTCATTTTGTTAGTTA CGTAATATGCACCATGTATTTCTTTGTTTTCTACTGCATGTAGGGCTCGTGATTTTTCTTCCCTTTTCTCTGTAATAATGGTATAGTGGAWATGATTTTTTAAAGCTTTTTTGCATGATACTATATGGTACAAATTAATTTCAGGCTACCTATATATTGTCCAGGGTTCAAGTTTAGAGGGATAATATCATATTCCGTGATCTTGTCCATCCATTGAAATTTACAGTATCAATGTTGAGTTTATGTTAGTTTCTACCTTACTATGAKATCTGACTGCTTAAGTCAGATCTCTATAACAATATTGTTACATGCAGGGAATCAAACCACGCCTTTAAGCAACGGTGAGAGATACTACTATTGTACGAGGGAGATAAACTATTCGAGGGAAGTACTCGGTCGAGGATGGTGGAAAGCTACGAGCCATGTCAAGAAAATACATGCTAATAATGATGATCAACTTCTTGTTGGGAACAAGAGGCCTTTAACATTCCATAGGTTCAAGGACAATGAAAGAAATCGCAATAATGCCGTCAAGACTAATTGGATTATGTATGAATACAGCCTTGAATCAAGAACCACGGTACTAGTTTTAATATTTTTGCGTGCACAGTTCTAAGTTAATTNNNNNNNNNNAATTATATGCATCTTCTTATGTTTGTTTCATTTGTACTACTTTCATTTTGTTAGTTA 690 C intron silent "315-580,688-690" 2 scaffold_64 644536 NA NA "1-314,581-687" NA NA POPTR_0015s07510.1 784441 AGAGGTTCTCATGTTGGTGTTRGTGCTAGTATTGATGCTGATATAAAAGGTTTTGTTGTTGGAAATGGTGCTAGTGTTGATGTTGATGTGATGGTTCTATTTTTGGTGATGGTGTTGGTRTTGATGTGGGTGATTCTGTTATKGGTGATA 151 A/G A G TGTTAGTGTTGATACATATGTTAATTTTAATGCTGGTGTGGGTGCTGTTGTGGGTAATGYTGTTGTTAATATATGTAGTTATTGTAAGGATGATGAAGAGGAAAAAGATCAAGACTATATCCCTTCTAATAAKGAATGATTTGACAACTTATTGGGTTATAATTACATTGARAAAACTTTATATGGTGCTTYAGATTCAAAATATAAATGAAAATTAGTAGTGATRATGATGATGTTAATATTGCAGTATGTCAAAGATCTGAGAGTGATAGTAGTGATGAAGAATCTCAAGTTCTCAGCAATATCAATGAATTTAGAGATCTGTTGAGAGAATATGAAGTGAAAAATGATTATCATATGAAAAAGTATATTAAT AGAGGTTCTCATGTTGGTGTTRGTGCTAGTATTGATGCTGATATAAAAGGTTTTGTTGTTGGAAATGGTGCTAGTGTTGATGTTGATGTGATGGTTCTATTTTTGGTGATGGTGTTGGTRTTGATGTGGGTGATTCTGTTATKGGTGATAATGTTAGTGTTGATACATATGTTAATTTTAATGCTGGTGTGGGTGCTGTTGTGGGTAATGYTGTTGTTAATATATGTAGTTATTGTAAGGATGATGAAGAGGAAAAAGATCAAGACTATATCCCTTCTAATAAKGAATGATTTGACAACTTATTGGGTTATAATTACATTGARAAAACTTTATATGGTGCTTYAGATTCAAAATATAAATGAAAATTAGTAGTGATRATGATGATGTTAATATTGCAGTATGTCAAAGATCTGAGAGTGATAGTAGTGATGAAGAATCTCAAGTTCTCAGCAATATCAATGAATTTAGAGATCTGTTGAGAGAATATGAAGTGAAAAATGATTATCATATGAAAAAGTATATTAAT 526 G intron silent "1-49,399-526" 1 scaffold_129 138648 (reverse complement) NA 50-398 NA NA POPTR_0004s14440.1 784932 GAAYRCAGAGAAGCACAAGCTGTGAGAYGTTCTAAGGCAAAGAAAACTAGTCTTGTTTATAAGAGTAAGCAAATCAAGCGWGARAATTCCATTTCCATAAAAAARGAGAATGTCAAGGATAGATGGTCAGTAGACAGGTACAGGGTAAATCATTACTCTTTTTCTTCCTTYCTGTTGGGTTGATATGTCACATGATGATTCATAAAATGAATGATGTATCTGGTTTTGAAGGTATAATCTGGCAGAGAAAAGTATGTTGGATGTCATGAWGGCTGAAGGGGCAGTGTTCGAGAATCCCATTTCCCGGTCAGCACTGAGAACCGTAGCTCGTAAACACATTGGTGACACTGGACTCTTAGACCACCTACTGAAGCACATTGATGGTAAAGTGGC 394 A/C A C CCAGGTGGCACCGAGCGGTTTCGTCGGTGTTACAACACCCAAGGGATAATGGAGTATTGGCTGGAGAGTGCTGACCTGGTTAAAATTAAGCAGGAGGCTGGGGTGCCAGATCCAAACTATATTCCCCCATCTTGGTATAGGCCTGGTAGTGTTTCACARGACTCTGTTTCTGCTAAAGAACTGACTTTGCTTAGAGATGAAGTAGCAAAAATGAGGAGGTAAATAAATAGKACTAGAATAAAAGTCTTGTTTACATTGAGCTTAGGTYTGTGTTCCTTGAATAATTAAGTCTGCCTCTTATAGGGATATGGAGGAG GAAYRCAGAGAAGCACAAGCTGTGAGAYGTTCTAAGGCAAAGAAAACTAGTCTTGTTTATAAGAGTAAGCAAATCAAGCGWGARAATTCCATTTCCATAAAAAARGAGAATGTCAAGGATAGATGGTCAGTAGACAGGTACAGGGTAAATCATTACTCTTTTTCTTCCTTYCTGTTGGGTTGATATGTCACATGATGATTCATAAAATGAATGATGTATCTGGTTTTGAAGGTATAATCTGGCAGAGAAAAGTATGTTGGATGTCATGAWGGCTGAAGGGGCAGTGTTCGAGAATCCCATTTCCCGGTCAGCACTGAGAACCGTAGCTCGTAAACACATTGGTGACACTGGACTCTTAGACCACCTACTGAAGCACATTGATGGTAAAGTGGCACCAGGTGGCACCGAGCGGTTTCGTCGGTGTTACAACACCCAAGGGATAATGGAGTATTGGCTGGAGAGTGCTGACCTGGTTAAAATTAAGCAGGAGGCTGGGGTGCCAGATCCAAACTATATTCCCCCATCTTGGTATAGGCCTGGTAGTGTTTCACARGACTCTGTTTCTGCTAAAGAACTGACTTTGCTTAGAGATGAAGTAGCAAAAATGAGGAGGTAAATAAATAGKACTAGAATAAAAGTCTTGTTTACATTGAGCTTAGGTYTGTGTTCCTTGAATAATTAAGTCTGCCTCTTATAGGGATATGGAGGAG 710 C GCC 2 ALA SYN exon silent "1-137,232-612,698-710" 1 scaffold_135 82938 (reverse complement) NA "138-231,613-697" NA NA POPTR_0004s00630.1 786297 MTGTACGTATTTAAATACTGTATTTTTTWWWAAAAATTTAATGTGTAAATGTTATTTTCAAAAACCACATCCACTTGAGAACCTGTAATAAGAAAGGAGAGACCTAAAGGGCCTTTTCTTTTGCTAGTCATCAACTGGTAGTAATGGTGCTTTCTTTTGTTTTATGTGGTGAACCTTGATTGAATCCATTATCATGTGCTCTCCATTTTCCTTTTTATGCCAATGTCTAGCTAGTCGCTTGGAAAAACGGGGAGTAAAATATCCTTTATTCCCTACTTTTGAACGAAATTATAACATGATCTTTCCTCTTTAAAAGCCTTAATTTAATCCCCTAATTGTTGTTTTCTGTTGATATTTCTTTTAAAGTTGATTGGTTCTTCTCTCAATCTTCACTATCTAGTTTTTTCCCCTAAGAATTTAAAACTAGAAACGGGATCAAGGAATTTGGTAGCTAGACAATGCCGGCCAACAAGAGTCAAGGAGCTAGTTATAGGTAAACCTATGCCTAAATATTTGTTTGTGAATCTATCAAGAAAAGGGATATGTCCATGAAAGGCAAGCAAGGTTAATGNCATGTCGTCCAT 585 A/G A G TACAAACCCAAGCATATGATCCTGTTCAAGAACAGAAAATCTACAAGATCCGCAAAGTGGTGGCATCGGGTGCAGGAAGTG MTGTACGTATTTAAATACTGTATTTTTTWWWAAAAATTTAATGTGTAAATGTTATTTTCAAAAACCACATCCACTTGAGAACCTGTAATAAGAAAGGAGAGACCTAAAGGGCCTTTTCTTTTGCTAGTCATCAACTGGTAGTAATGGTGCTTTCTTTTGTTTTATGTGGTGAACCTTGATTGAATCCATTATCATGTGCTCTCCATTTTCCTTTTTATGCCAATGTCTAGCTAGTCGCTTGGAAAAACGGGGAGTAAAATATCCTTTATTCCCTACTTTTGAACGAAATTATAACATGATCTTTCCTCTTTAAAAGCCTTAATTTAATCCCCTAATTGTTGTTTTCTGTTGATATTTCTTTTAAAGTTGATTGGTTCTTCTCTCAATCTTCACTATCTAGTTTTTTCCCCTAAGAATTTAAAACTAGAAACGGGATCAAGGAATTTGGTAGCTAGACAATGCCGGCCAACAAGAGTCAAGGAGCTAGTTATAGGTAAACCTATGCCTAAATATTTGTTTGTGAATCTATCAAGAAAAGGGATATGTCCATGAAAGGCAAGCAAGGTTAATGNCATGTCGTCCATATACAAACCCAAGCATATGATCCTGTTCAAGAACAGAAAATCTACAAGATCCGCAAAGTGGTGGCATCGGGTGCAGGAAGTG 666 G intron silent "1-2,401-493,615-666" 3 scaffold_166 262043 NA NA "3-400,494-614" NA NA POPTR_0015s05970.1 787123 GACCATTTTCTACTAATCCTGATCARCTTGGTGAGAATGGAGAGATAATTGAAAAGGAAAGCAATCTTCACAATTCAATTGATTTAGAAGGAAGTTTGCCAAGGCTGTAAGTATTTATGAAATRCTTTTGAATGCAATTKTTTTCAAGGGTCTTTTAGTGCAATGTTCAGTATTGTATTCAAAGCTGAAGCTCTGAGCTCTCAAGACTCGATTCTTATCTAAAGCATATCCTAGTGCATGATTTAAAATATGAAATGCTTGCAAAATAATTTCCTTTTTCTATCCAAGTTGTCTGAGGC 300 A/G A G TTGCCTTTCAACAGGAGCACTAGGAAAAGAGTGAGGGCCTTCAACAAAGATCAGGAGGAAATGATTAAAGYGTTATTTGAGCAGTGAGTGGTGTTTGATGTTGTAGCCTAAGATTTAATCCGATCCATTAACCTGTGTTCATGGTTCATTCTTACATTATCTTCATCCACCTATTAGATGCAGTAGTAGCACTAGGAAATGATTACTGCTCTATGCTTTAGCATTTATTTTCTTCATGTTCCAACTTATAAAAGCCTTGATTGAAGTAGTGGGATCTTTGTTTGTGGAATGATATAYTTAACTTGAGGACATTTTTTTATATACTTTCTACAGGTTCAA GACCATTTTCTACTAATCCTGATCARCTTGGTGAGAATGGAGAGATAATTGAAAAGGAAAGCAATCTTCACAATTCAATTGATTTAGAAGGAAGTTTGCCAAGGCTGTAAGTATTTATGAAATRCTTTTGAATGCAATTKTTTTCAAGGGTCTTTTAGTGCAATGTTCAGTATTGTATTCAAAGCTGAAGCTCTGAGCTCTCAAGACTCGATTCTTATCTAAAGCATATCCTAGTGCATGATTTAAAATATGAAATGCTTGCAAAATAATTTCCTTTTTCTATCCAAGTTGTCTGAGGCATTGCCTTTCAACAGGAGCACTAGGAAAAGAGTGAGGGCCTTCAACAAAGATCAGGAGGAAATGATTAAAGYGTTATTTGAGCAGTGAGTGGTGTTTGATGTTGTAGCCTAAGATTTAATCCGATCCATTAACCTGTGTTCATGGTTCATTCTTACATTATCTTCATCCACCTATTAGATGCAGTAGTAGCACTAGGAAATGATTACTGCTCTATGCTTTAGCATTTATTTTCTTCATGTTCCAACTTATAAAAGCCTTGATTGAAGTAGTGGGATCTTTGTTTGTGGAATGATATAYTTAACTTGAGGACATTTTTTTATATACTTTCTACAGGTTCAA 639 G intron silent "1-106,315-383,634-639" 2 scaffold_197 301049 NA NA "107-314,384-633" NA NA POPTR_0019s07840.1 788141 GCTTTTGGTGCATGAATTAATGTCAGGAGGCTCTCTGGAGGATCATCTCCTTGGTATTTCTCTTTCTTTTTCCCTTGGTCTCCTCWCTGCATTCAAACATAAATATGTGCACGTATATTCTTATAATCTGTAGTCGTTCTCTCACAAACTATCAAGATTCTAAGACGTCGCACGCATGCTGTGTGCACCTCACAAGTTTTCAAAAATATAATCCCTGTGTTGGTCTCGATTCTCCC 237 C/T C T ATGCTTTATTTTTKAATGAAAAGAAAGAGTAAGTTTATGTTCAGAATTCTTTGTGCACGAGAATAGGTGTTAATGAGTACAAAATTTAACGAATTTGCAGATATAGCAGCAGAACGAAAGCCATTGAACTGGTTTGCCAGAATGAAAGTAACTTTTGGTACCGCTAAAGGACTAGAATACCTGCATGAAAAAGCCGATCCCGCWGTTATATTTCGCGATTTAAAGCCCTCCAATATTTTTCTGGATGAAGATTTCACCCCCAAGCTCTCTGATTTCGGACTCGCCAAGCTTGGGCCTTCTGGGGACAAGATGCATCCTTCATCAAGAGTGATGGGAACTTATGGTTACTGTGCTCCAGAATATGCTAGAGCAGGTCATCTCACACAAAAATCA GCTTTTGGTGCATGAATTAATGTCAGGAGGCTCTCTGGAGGATCATCTCCTTGGTATTTCTCTTTCTTTTTCCCTTGGTCTCCTCWCTGCATTCAAACATAAATATGTGCACGTATATTCTTATAATCTGTAGTCGTTCTCTCACAAACTATCAAGATTCTAAGACGTCGCACGCATGCTGTGTGCACCTCACAAGTTTTCAAAAATATAATCCCTGTGTTGGTCTCGATTCTCCCCATGCTTTATTTTTKAATGAAAAGAAAGAGTAAGTTTATGTTCAGAATTCTTTGTGCACGAGAATAGGTGTTAATGAGTACAAAATTTAACGAATTTGCAGATATAGCAGCAGAACGAAAGCCATTGAACTGGTTTGCCAGAATGAAAGTAACTTTTGGTACCGCTAAAGGACTAGAATACCTGCATGAAAAAGCCGATCCCGCWGTTATATTTCGCGATTTAAAGCCCTCCAATATTTTTCTGGATGAAGATTTCACCCCCAAGCTCTCTGATTTCGGACTCGCCAAGCTTGGGCCTTCTGGGGACAAGATGCATCCTTCATCAAGAGTGATGGGAACTTATGGTTACTGTGCTCCAGAATATGCTAGAGCAGGTCATCTCACACAAAAATCA 630 C intron silent "1-53,338-630" 3 scaffold_258 33091 NA NA 54-337 NA NA POPTR_0019s13130.1 793307 TGTAACGAGGATAATAGYACTCTATCATCTGGTSTAATGAAGAAGAAGATGCCAGATAAGAAGAGTGCAGGACCATGTAAGAAGGTTAAAAGTTCAGAAAAGAAGGCTGATCATATGCCATATAACGAGGAAAATATTACTCCAGTACCAGATGAAGGTTTTGATTTCGAAAACTGGATTAC 183 C/T C T AGTGTTATGAGTGATTATAATAATATTATCGATAATAAAGGTGAGGTAGGAGGTTMAATTTGTCGTAATCTATTCATCAAGAAACAAAAATAATAATGTCATCTTGAAAATGAATATGCAGAACAGCAGACAGAAAAATCTACATTTGATAATGGCGGAACAAATTGCCTGAAGACTTCTTCTGCTTCTGTATACCATGTCGCAGATTCTACAACTCCAGAAGATCATCAGGTGAGACTTGAGGGCGGATTCTCATGGGAAACTTTCAATCTTTACATATATAAGCCTAATGCTTGGTTTTTTTGTTTCTCTCTACAGGGAGGCCCAGAAATACTACCACATCTGCAATCATTCTCTGGTTATGATCAGCAGGATCTTAGCCTTCATGACTTCACTCTAGATGATCTACCATTGATGCTTCCAGAGCAAGTCAACACTRRCAATGGCCCTGCAGGAACTTCCATGTCCGTACCGAAGGATGATCTTTACAT TGTAACGAGGATAATAGYACTCTATCATCTGGTSTAATGAAGAAGAAGATGCCAGATAAGAAGAGTGCAGGACCATGTAAGAAGGTTAAAAGTTCAGAAAAGAAGGCTGATCATATGCCATATAACGAGGAAAATATTACTCCAGTACCAGATGAAGGTTTTGATTTCGAAAACTGGATTACCAGTGTTATGAGTGATTATAATAATATTATCGATAATAAAGGTGAGGTAGGAGGTTMAATTTGTCGTAATCTATTCATCAAGAAACAAAAATAATAATGTCATCTTGAAAATGAATATGCAGAACAGCAGACAGAAAAATCTACATTTGATAATGGCGGAACAAATTGCCTGAAGACTTCTTCTGCTTCTGTATACCATGTCGCAGATTCTACAACTCCAGAAGATCATCAGGTGAGACTTGAGGGCGGATTCTCATGGGAAACTTTCAATCTTTACATATATAAGCCTAATGCTTGGTTTTTTTGTTTCTCTCTACAGGGAGGCCCAGAAATACTACCACATCTGCAATCATTCTCTGGTTATGATCAGCAGGATCTTAGCCTTCATGACTTCACTCTAGATGATCTACCATTGATGCTTCCAGAGCAAGTCAACACTRRCAATGGCCCTGCAGGAACTTCCATGTCCGTACCGAAGGATGATCTTTACAT 674 T ACU 3 THR SYN exon silent "1-223,305-414,502-674" 1 scaffold_6510 1471 (reverse complement) NA "224-304,415-501" NA NA POPTR_0001s45310.1 798230 TATTCATCGGGATAAGTGAGTTACRTCCTCAGAGGCTGTTAGGTTTTTTTATTGGAGAACTGATAAATAATTGTTGTTACTTGTTWGTAGTTGTGCCACGGGATTAGTCATGAATATGTTTTGTTGCAATGATAGTGATCATTCATATTCCAAGTGGCTGTCCATAATGTGTTGCACATCATCACCGATAAATAATTGCAGGCAAATAATGTCTTAAATTATGGTTTTGAACTAG 236 C/T C T AAGGATGTGTTCTTCCCAGCRGGGAATGGGTCCAACAGTGGGTAGACAGGGGGAGAAGCTGGATGCTTTCCTTGGCTGTTGTTTATTTATGTTTTTCTCTCTATTTCTTCTTATTCTTCATTTCTTTCACTTCTTTGAAATGAAGTTTTATGGTTTCACAGGTCCACTCTGGAATTACTGAAGGGAAATGTTGGGAAATCTTTTGGCACACCTCTGATAACTTACATGGATGATGACTCACCAACTGGAGCTGATATCTATTTAGCTGCTTGTAAACTTCTCTCACCTTTGAAAAGAGCATGTTCCCCTACTATGGCTCATAGTGGCAAGGA TATTCATCGGGATAAGTGAGTTACRTCCTCAGAGGCTGTTAGGTTTTTTTATTGGAGAACTGATAAATAATTGTTGTTACTTGTTWGTAGTTGTGCCACGGGATTAGTCATGAATATGTTTTGTTGCAATGATAGTGATCATTCATATTCCAAGTGGCTGTCCATAATGTGTTGCACATCATCACCGATAAATAATTGCAGGCAAATAATGTCTTAAATTATGGTTTTGAACTAGCAAGGATGTGTTCTTCCCAGCRGGGAATGGGTCCAACAGTGGGTAGACAGGGGGAGAAGCTGGATGCTTTCCTTGGCTGTTGTTTATTTATGTTTTTCTCTCTATTTCTTCTTATTCTTCATTTCTTTCACTTCTTTGAAATGAAGTTTTATGGTTTCACAGGTCCACTCTGGAATTACTGAAGGGAAATGTTGGGAAATCTTTTGGCACACCTCTGATAACTTACATGGATGATGACTCACCAACTGGAGCTGATATCTATTTAGCTGCTTGTAAACTTCTCTCACCTTTGAAAAGAGCATGTTCCCCTACTATGGCTCATAGTGGCAAGGA 568 T intron silent "1-15,382-388,420-568" 3 LG_I 33494873 NA NA "16-381,389-419" NA NA POPTR_0003s06440.1 799599 ATTCTGAGGTATGGAAATTCTATCTATAGATATTTATCAATCCCTTGGGTGTAGTTAACATTCTCCTTCCAAGGGTCTCTCTTTAAAGCAAATGATGAATRTATTTTTAGCTTCATTATATTAATTTTCCAGACATTGTTCAAGTTTTGGTTCTTAGAGTTTAAATGTTATCTTATGTGTGCYTGGATGGTAACTTTCMTGTCTGTTGCAAGANTATAAATTTGTGTGAAATTATGCTGCTATCCAATATTACTTCTACTTTTGTTTGCATCACATTGTTTCATGTACTATTTCATCACGGTGAAAGCATGCTCGATGGTGAAGTC 327 A/G A G YCATAATAGTTGGCAATTCAATTTTTTTCATCACAGTGAAAGCATGCTCAATGCACTTTGCAAATCTTGATTGACATACTATTTCAAATAAACTGAAAGTTGTTTTTCATTTAAAGTATCCTAGGCAAAATTCTTTATCTAAAGGTGATGCTCTGAACTATCTTGAATAAGGACCTGTTGACTTGGTTTGCAGGAAATTCGTGAATTACARGAACTCCAAAAAACAYTGTACACATTTCTTCATGTGATAACTACMCATGATCTATCTTCAGTCTTCCTTTCACCTAAGAGTAGA ATTCTGAGGTATGGAAATTCTATCTATAGATATTTATCAATCCCTTGGGTGTAGTTAACATTCTCCTTCCAAGGGTCTCTCTTTAAAGCAAATGATGAATRTATTTTTAGCTTCATTATATTAATTTTCCAGACATTGTTCAAGTTTTGGTTCTTAGAGTTTAAATGTTATCTTATGTGTGCYTGGATGGTAACTTTCMTGTCTGTTGCAAGANTATAAATTTGTGTGAAATTATGCTGCTATCCAATATTACTTCTACTTTTGTTTGCATCACATTGTTTCATGTACTATTTCATCACGGTGAAAGCATGCTCGATGGTGAAGTCAYCATAATAGTTGGCAATTCAATTTTTTTCATCACAGTGAAAGCATGCTCAATGCACTTTGCAAATCTTGATTGACATACTATTTCAAATAAACTGAAAGTTGTTTTTCATTTAAAGTATCCTAGGCAAAATTCTTTATCTAAAGGTGATGCTCTGAACTATCTTGAATAAGGACCTGTTGACTTGGTTTGCAGGAAATTCGTGAATTACARGAACTCCAAAAAACAYTGTACACATTTCTTCATGTGATAACTACMCATGATCTATCTTCAGTCTTCCTTTCACCTAAGAGTAGA 622 G intron silent "1-8,521-622" 2 LG_III 3669468 (reverse complement) NA 9-520 NA NA POPTR_0003s13540.1 799988 CCACTCAAATATCTACAATCCAACGAAGCAGCAATCGTCGGTGCAGCAACAGACAATTCAGCAGCTTGCTGAACAGTCCATTTCCCTGTCCCTTTCATTCCAGTCTTATCCAATATCTTATCAACCAAATCCCCATCAACCAAATTATCCTTGACCTTAAAAATATCACTCGTAATCTCAATCAAGAAACTCTCCAAYT 200 C/T C T CCCTCTATTCCACTCCCCAAAAATTTCCGCCAGTTCGCTATTCGAAAGCCCACCAACATTCTTCAAAACATCATAAGCTTCCGATATCAACTGCATATCTCCATACTCAATCCCATTATGAACCATTTTAACAAAATTTCCAGAACCCCCTTCGCCAATATAAGTAACACAAGGACCGTCATCAACTTGAGCAGCAACACTCTTCAAGACAGACTCAATATTCTTATACGCCTCAAAAGAACCACCAGGCATCAACGAAGGCCCGTGTCTTGCACCTTCTTCGCCACCGGAAACCCCCATGCCCAAATAAAGAATCCCTTTATCTGCCACCTGTTGAATTCTCCTCTCAGTATTCTGGTACCACTCATTCCCACCATCGATGAYAGTGTCACCAGGCTCCATGAACTCGGTCAGAGCAGAGATCGTTTGGTCAACTGGGTTTCCAGCTTTGACCAAGATGATGATGGATCTAGGCCTTTGG CCACTCAAATATCTACAATCCAACGAAGCAGCAATCGTCGGTGCAGCAACAGACAATTCAGCAGCTTGCTGAACAGTCCATTTCCCTGTCCCTTTCATTCCAGTCTTATCCAATATCTTATCAACCAAATCCCCATCAACCAAATTATCCTTGACCTTAAAAATATCACTCGTAATCTCAATCAAGAAACTCTCCAAYTCCCCTCTATTCCACTCCCCAAAAATTTCCGCCAGTTCGCTATTCGAAAGCCCACCAACATTCTTCAAAACATCATAAGCTTCCGATATCAACTGCATATCTCCATACTCAATCCCATTATGAACCATTTTAACAAAATTTCCAGAACCCCCTTCGCCAATATAAGTAACACAAGGACCGTCATCAACTTGAGCAGCAACACTCTTCAAGACAGACTCAATATTCTTATACGCCTCAAAAGAACCACCAGGCATCAACGAAGGCCCGTGTCTTGCACCTTCTTCGCCACCGGAAACCCCCATGCCCAAATAAAGAATCCCTTTATCTGCCACCTGTTGAATTCTCCTCTCAGTATTCTGGTACCACTCATTCCCACCATCGATGAYAGTGTCACCAGGCTCCATGAACTCGGTCAGAGCAGAGATCGTTTGGTCAACTGGGTTTCCAGCTTTGACCAAGATGATGATGGATCTAGGCCTTTGG 681 MINUS STRAND C GAG 1 GLU/LYS NONSYN exon replacement 1-681 3 LG_III 12662348 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0005s06510.1 800928 GATCGCAAGGCCTCTCTCTTACCTTGCCACCCTGACATCATTCCCGATCTTGGTCTTTATCCTCAGGATCCTTGGCAGCTTGAAGGTAATAATTATTTTATCCCTGTAMATMTTGATTGTTCTTCTTTTTTTCTCAACCTTTTCCTTCTYTCTCCTTTGATTTTTCTCCCCGTAAGTTATGTATTGCATTCTAGATCAAGCGGAGGTTTGTTTTCATTTTCTTAGACATAAAGAGGAAACAAAAAAYAAGAGAGTTGCATAAATTGGTTCAAAGAAATAGCTAACTAGTTGCTATCTTTTTGAGTGGACAGGCAGGGCTCTGTGGAGTGAAAACCAGTGGTACTACTTTAGTCGAGTGATGGAGAACCAAGCAACAGGAAATGGGTTTTGGAAGCCATTAGATATTGAAGAACCTATATTTAGTTCGAGT 431 A/G A G CTGGTAAGAAGGTTGGATTAAAGAAATACCTTGTGTACTGCATTGGTCCCGAAGGTGTAGAAACAAATTGGATGATGCAGGAATATCATCTTTGCAGTAGTAAGTCGAGCGGCAAATCCTACAAGAGAAAGCAAAAATTAGTAAGTAAAATCTTTTAGTTTCTTTTTTATATTCACAYACGTACATCATCARTTWTAAATATTSAATCTAATATTATGAYYTTTAATTGTCTGGTGCAGGATTG GATCGCAAGGCCTCTCTCTTACCTTGCCACCCTGACATCATTCCCGATCTTGGTCTTTATCCTCAGGATCCTTGGCAGCTTGAAGGTAATAATTATTTTATCCCTGTAMATMTTGATTGTTCTTCTTTTTTTCTCAACCTTTTCCTTCTYTCTCCTTTGATTTTTCTCCCCGTAAGTTATGTATTGCATTCTAGATCAAGCGGAGGTTTGTTTTCATTTTCTTAGACATAAAGAGGAAACAAAAAAYAAGAGAGTTGCATAAATTGGTTCAAAGAAATAGCTAACTAGTTGCTATCTTTTTGAGTGGACAGGCAGGGCTCTGTGGAGTGAAAACCAGTGGTACTACTTTAGTCGAGTGATGGAGAACCAAGCAACAGGAAATGGGTTTTGGAAGCCATTAGATATTGAAGAACCTATATTTAGTTCGAGTACTGGTAAGAAGGTTGGATTAAAGAAATACCTTGTGTACTGCATTGGTCCCGAAGGTGTAGAAACAAATTGGATGATGCAGGAATATCATCTTTGCAGTAGTAAGTCGAGCGGCAAATCCTACAAGAGAAAGCAAAAATTAGTAAGTAAAATCTTTTAGTTTCTTTTTTATATTCACAYACGTACATCATCARTTWTAAATATTSAATCTAATATTATGAYYTTTAATTGTCTGGTGCAGGATTG 675 A ACU 1 ALA/THR NONSYN exon replacement "1-85,312-571,671-675" 1 LG_V 345313 (reverse complement) NA "86-311,572-670" NA NA POPTR_0005s07680.1 800974 GGAAACAAAACCGATCTTGTTGATAAGAGGTAAGATATTAACTAATGAGAATAACATGATGGATGATGTTTCTTGGCTTGATATCCACATTACTTAGCTATGAGTGACCTCTCGGCTTTTGTTCTCTTACGTGGCACCTTGTGGGTGAGATCACTCTGGTTTTTAGCGTCTAGGAATGTCATTANNNNGAGAAGCGAGCATCATCTTCCATAAGAGAAATATGAACATCTTTATTAATTTGTATGCTCTCCTCTAGTCCTCTTGTTCTCATTTTTGTTTGAGCGARAAGACTGGGGAACTGTATCAGCAGTTCTACA 318 C/T C T AGTACTGCTGCCYRTTCGAYTCATGAAGTTAATTTTAGTTTCTGTTACATTCYGTGATTGAGAAGTGAAAGATGAATGCCTAGCCGCGCGTTTTAAATTTTATGAGGACGAAAGCTTTTCTTTGATTCTTTTAGTCTCTTTCWCTTTTGAAAAATTAAGAACTTTGCTGGTTGCGATCCTTTGTTTTGTTTAGAACTTGGAGTTAATAGTCCTCTCTGTTAGTTGCCTTCTGTATGTAGCTTGAAACAATTCAGCACTATTGTTATTTGTTTTTRTTTTCATTATGTTATTCGGTGATCAAACAGGCAAGTTTCAATAGAGGAAGGAGA GGAAACAAAACCGATCTTGTTGATAAGAGGTAAGATATTAACTAATGAGAATAACATGATGGATGATGTTTCTTGGCTTGATATCCACATTACTTAGCTATGAGTGACCTCTCGGCTTTTGTTCTCTTACGTGGCACCTTGTGGGTGAGATCACTCTGGTTTTTAGCGTCTAGGAATGTCATTANNNNGAGAAGCGAGCATCATCTTCCATAAGAGAAATATGAACATCTTTATTAATTTGTATGCTCTCCTCTAGTCCTCTTGTTCTCATTTTTGTTTGAGCGARAAGACTGGGGAACTGTATCAGCAGTTCTACACAGTACTGCTGCCYRTTCGAYTCATGAAGTTAATTTTAGTTTCTGTTACATTCYGTGATTGAGAAGTGAAAGATGAATGCCTAGCCGCGCGTTTTAAATTTTATGAGGACGAAAGCTTTTCTTTGATTCTTTTAGTCTCTTTCWCTTTTGAAAAATTAAGAACTTTGCTGGTTGCGATCCTTTGTTTTGTTTAGAACTTGGAGTTAATAGTCCTCTCTGTTAGTTGCCTTCTGTATGTAGCTTGAAACAATTCAGCACTATTGTTATTTGTTTTTRTTTTCATTATGTTATTCGGTGATCAAACAGGCAAGTTTCAATAGAGGAAGGAGA 647 T intron silent "1-29,624-647" 1 LG_V 1242603 (reverse complement) NA 30-623 NA NA POPTR_0008s04320.1 803189 CCGATTCTATTGCAAGAAGTCRTTTGCCCGTTTCAATGTCAAGGTTAGAAGTGATATTTTCACCTACAGTGTTAAATTTAYRAGAGATGGGCATTGATTTATTTAGTTCTAGCAATGCAATTTTTATAATTCCCACTTATTTRTCTAATATGTTTTTAGGA 162 C/T C T GTGCTAATATTTTGCAGAAAGTTGCGGCTAGCTGTGTATGGCTTGCATCTAAACTTGAGGAAAGTCCTAGGAAATCGAGGCAAGTCATCATTGTTTTCCACAGAATGGAGTGCAGGAGGGAAAACTTACCCTTGGAGTTTTTGGATCTGAATTCAAAGGTTAGAAATATGGTATCAYGTTTGCATAAAGATGCTTCAGTATCATTYTCTTCCCTTTGGCTCATAGCTGGTTTTAGTCCTTCTGGTGTTAGGCAYTTAGACTTTTCTCTCCGTGTCAATAGAAGTTTGCAGAGTTGAAGATTGAGTTGAGCAAAACAGAGAGGCATATATTGAAGGAAATGGGTTTTGTTTGTCATGTTGAGCATCCCCACAAATTCATTTCGAACTACCTAA CCGATTCTATTGCAAGAAGTCRTTTGCCCGTTTCAATGTCAAGGTTAGAAGTGATATTTTCACCTACAGTGTTAAATTTAYRAGAGATGGGCATTGATTTATTTAGTTCTAGCAATGCAATTTTTATAATTCCCACTTATTTRTCTAATATGTTTTTAGGACGTGCTAATATTTTGCAGAAAGTTGCGGCTAGCTGTGTATGGCTTGCATCTAAACTTGAGGAAAGTCCTAGGAAATCGAGGCAAGTCATCATTGTTTTCCACAGAATGGAGTGCAGGAGGGAAAACTTACCCTTGGAGTTTTTGGATCTGAATTCAAAGGTTAGAAATATGGTATCAYGTTTGCATAAAGATGCTTCAGTATCATTYTCTTCCCTTTGGCTCATAGCTGGTTTTAGTCCTTCTGGTGTTAGGCAYTTAGACTTTTCTCTCCGTGTCAATAGAAGTTTGCAGAGTTGAAGATTGAGTTGAGCAAAACAGAGAGGCATATATTGAAGGAAATGGGTTTTGTTTGTCATGTTGAGCATCCCCACAAATTCATTTCGAACTACCTAA 554 T intron silent "1-43,180-320,443-554" 3 LG_VIII 2256399 (reverse complement) NA "44-179,321-442" NA NA POPTR_0010s17480.1 805345 TTCTCCTCTTTGTGATTCTGTTGCCTCTGTGTTGAATCTTTCAGAGAAAACGCAAAATAGTGTTCGAAATGAGTATCACAGGCCTGAACATAGAATCTTTGTTCCTTGTGGAGGGGCGGGAAGTAATGGGGATGAT 137 C/G C G GCTCAAGTGGATCTCCCGCCACAGCTTCGGATTCATCAGAGAAGGGATGTAATGGTAATTCGAGAGAAGCAGTTAATAAGGATTATCAATCCTTTCCTCCCCAGGTTCCCTGCTTCCCCGGGCCTCCTTGGCCATATCAATGGAACTCTGCGCTGCCTCCACCTACGTTTTGCCCCCCAGGCTTTCCAGTATCGTTTTACCCTGCACCAACTTACTGGGGTTGTACTGTCCCGAGCCCTTGGAATGTACCGCCATGTGTATCCCCTCCATCAACCTCTCTAAAGCACTGTACCCTAGACTCCAGTCCTACTTCTACACTGGGTAAACATTCAAGGGATGGCAGCATCCTTCATCCAGCCTACTTAAAAGAGCCCTCGAGGGAGGGCACCAAATCAGTAAAAGGTGTTTTGGTTCCGAAGACATCGAGGATTGATGATCCTAGTGAAGCTGCAAAGAGCTCTATATGGGCGACCCTCGGGATCATGAGTGAAAAATCCAATTCTATTAATGGAGGAGGTCTCTTTAAGGGCTTTCAATCAAAAAACGAAG TTCTCCTCTTTGTGATTCTGTTGCCTCTGTGTTGAATCTTTCAGAGAAAACGCAAAATAGTGTTCGAAATGAGTATCACAGGCCTGAACATAGAATCTTTGTTCCTTGTGGAGGGGCGGGAAGTAATGGGGATGATCGCTCAAGTGGATCTCCCGCCACAGCTTCGGATTCATCAGAGAAGGGATGTAATGGTAATTCGAGAGAAGCAGTTAATAAGGATTATCAATCCTTTCCTCCCCAGGTTCCCTGCTTCCCCGGGCCTCCTTGGCCATATCAATGGAACTCTGCGCTGCCTCCACCTACGTTTTGCCCCCCAGGCTTTCCAGTATCGTTTTACCCTGCACCAACTTACTGGGGTTGTACTGTCCCGAGCCCTTGGAATGTACCGCCATGTGTATCCCCTCCATCAACCTCTCTAAAGCACTGTACCCTAGACTCCAGTCCTACTTCTACACTGGGTAAACATTCAAGGGATGGCAGCATCCTTCATCCAGCCTACTTAAAAGAGCCCTCGAGGGAGGGCACCAAATCAGTAAAAGGTGTTTTGGTTCCGAAGACATCGAGGATTGATGATCCTAGTGAAGCTGCAAAGAGCTCTATATGGGCGACCCTCGGGATCATGAGTGAAAAATCCAATTCTATTAATGGAGGAGGTCTCTTTAAGGGCTTTCAATCAAAAAACGAAG 686 Genbank gene model has no stop codons -- happens b/c 1st base is in 3rd (not 1st) position in reading frame C intron silent "1-122,210-686" 1 LG_X 15348772 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON 123-209 NA NA POPTR_0010s17480.1 805434 TCCTCTTTGTGATTCTGTTGCCTCTGTGTTGAATCTTTCAGAGAAAACGCAAAATAGTGTTCGAAATGAGTATCACAGGCCTGAACATAGAATCTTTGTTCCTTGTGGAGGGGCGGGAAGTAATGGGGATGAT 134 C/G C G GCTCAAGTGGATCTCCCGCCACAGCTTCGGATTCATCAGAGAAGGGATGTAATGGTAATTCGAGAGAAGCAGTTAATAAGGATTATCAATCCTTTCCTCCCCAGGTTCCCTGCTTCCCCGGGCCTCCTTGGCCATATCAATGGAACTCTGCGCTGCCTCCACCTACGTTTTGCCCCCCAGGCTTTCCAGTATCGTTTTACCCTGCACCAACTTACTGGGGTTGTACTGTCCCGAGCCCTTGGAATGTACCGCCATGTGTATCCCCTCCATCAACCTCTCTAAAGCACTGTACCCTAGACTCCAGTCCTACTTCTACACTGGGTAAACATTCAAGGGATGGCAGCATCCTTCATCCAGCCTACTTAAAAGAGCCCTCGAGGGAGGGCACCAAATCAGTAAAAGGTGTTTTGGTTCCGAAGACATCGAGGATTGATGATCCTAGTGAAGCTGCAAAGAGCTCTATATGGGCGACCCTCGGGATCATGAGTGAAAAATCCAATTCTATTAATGGAGGAGGTCTCTTTAAGGGCTTTCAATCAAAAAACGAAGA TCCTCTTTGTGATTCTGTTGCCTCTGTGTTGAATCTTTCAGAGAAAACGCAAAATAGTGTTCGAAATGAGTATCACAGGCCTGAACATAGAATCTTTGTTCCTTGTGGAGGGGCGGGAAGTAATGGGGATGATCGCTCAAGTGGATCTCCCGCCACAGCTTCGGATTCATCAGAGAAGGGATGTAATGGTAATTCGAGAGAAGCAGTTAATAAGGATTATCAATCCTTTCCTCCCCAGGTTCCCTGCTTCCCCGGGCCTCCTTGGCCATATCAATGGAACTCTGCGCTGCCTCCACCTACGTTTTGCCCCCCAGGCTTTCCAGTATCGTTTTACCCTGCACCAACTTACTGGGGTTGTACTGTCCCGAGCCCTTGGAATGTACCGCCATGTGTATCCCCTCCATCAACCTCTCTAAAGCACTGTACCCTAGACTCCAGTCCTACTTCTACACTGGGTAAACATTCAAGGGATGGCAGCATCCTTCATCCAGCCTACTTAAAAGAGCCCTCGAGGGAGGGCACCAAATCAGTAAAAGGTGTTTTGGTTCCGAAGACATCGAGGATTGATGATCCTAGTGAAGCTGCAAAGAGCTCTATATGGGCGACCCTCGGGATCATGAGTGAAAAATCCAATTCTATTAATGGAGGAGGTCTCTTTAAGGGCTTTCAATCAAAAAACGAAGA 684 C intron silent POPTR_0013s01820.1 806774 CTGTCTCTTGACAGGAGAAGATATCCAAGCAGCTTAGTTGTGAGACCTCATGATCTTAACAGACTGCTTGCCAATTTTCAGTCATCACTCCAGGAGATCACCATCATTGCAACAGAACGTGCATCCATGGCTTCCGACACTGAAAATGAAATAGGAGGAAAAGCAGTTGAACTYAGAAGTTACATAGACCCAACCAAGGGTGCGAACTCATGATTTTTTGCATTCCTGACCATTTCAAACAGGATATTCATGCTTCAAATTTTCAACTGCAGACAACGACTCTTCACTGCACACTCAGCTGTGGATAGATCCAGCTGAAGAATTTGTCCAGTATACTCACAGTGGAGACCCCGTGGA 358 C/T C T GTGACATTTGGTGTGAAGGAACTGAAGGTTTAGTGGTCCTGGTTCTCATCCCAAAGCATATCATTTTAGTTTTCATAACAGTTGTGCCATTTGCTCAAGTTGAYTAATCCTTATTCTTTTTAACAACCCTTTATGACATTTAAATGGAGATTAATGCCAGCTAATCATGGTTCCTGTTATAATTATTGTCATGTTATTTTCTGGTTTGATTTTTATATTTTGACCAAAGAGTTAACATGTCTATTTGGGGGATTTGTCATTATTTCTAAATTGCAGGCA CTGTCTCTTGACAGGAGAAGATATCCAAGCAGCTTAGTTGTGAGACCTCATGATCTTAACAGACTGCTTGCCAATTTTCAGTCATCACTCCAGGAGATCACCATCATTGCAACAGAACGTGCATCCATGGCTTCCGACACTGAAAATGAAATAGGAGGAAAAGCAGTTGAACTYAGAAGTTACATAGACCCAACCAAGGGTGCGAACTCATGATTTTTTGCATTCCTGACCATTTCAAACAGGATATTCATGCTTCAAATTTTCAACTGCAGACAACGACTCTTCACTGCACACTCAGCTGTGGATAGATCCAGCTGAAGAATTTGTCCAGTATACTCACAGTGGAGACCCCGTGGACGTGACATTTGGTGTGAAGGAACTGAAGGTTTAGTGGTCCTGGTTCTCATCCCAAAGCATATCATTTTAGTTTTCATAACAGTTGTGCCATTTGCTCAAGTTGAYTAATCCTTATTCTTTTTAACAACCCTTTATGACATTTAAATGGAGATTAATGCCAGCTAATCATGGTTCCTGTTATAATTATTGTCATGTTATTTTCTGGTTTGATTTTTATATTTTGACCAAAGAGTTAACATGTCTATTTGGGGGATTTGTCATTATTTCTAAATTGCAGGCA 637 T GAU 3 ASP SYN exon silent "1-199,273-385,635-637" 1 LG_XIII 1151942 (reverse complement) NA "200-272,386-634" NA NA POPTR_0013s07330.1 807023 GGCGTGCTGCCTCTGTTTCCAACTTCTCCTTCTCCTGCTGCAAGCTCATAGCAGTCTCCCTTTCATTCCTCAGATCTCTGTCAATCTTCTGTATATCAAGCTCTGCCAAATCCACGATCAACCTCACATTATGCTGAAGCTCTGGCATCGCAACATCATTCTCCTTCGCCTTCTCTTCTGCATTCAGATTCTCCAGATTTGTCAGCACCCTCACCTGCGGCCCTCGCATGTCAATCACCTTCTGAAAAACCTCAAAACCTTGTTCTTCCTTCTTTGCCAACAATTCATCTGCTGTTATATACTTCTCCTSCTTCTGCTTCTTCTTACCCTTCAACCATAGCTTCTCCTTCATTCTCCCC 360 A/G A G CCATCTGACCCTGGCTTTGGCTCACAGTTTCCTTCTCCTCAAATTGAGGCAACTTAGCTGATGTTTCTTTAAAATCATTGAACCCCATTCCCATATTTTTTGGCCTCATCTTTGCTTCAATTGGGGCTACAATTCCTTGCTGGTTCTTCCCCAATCCACCTCCCTTATAACCCATTTTCTCTAACAACTTCATCCCAATTCCTTTTACTGTATGCTTCTCAAACACCCCAACATCCCCATCTTTCACTTCCTTGTTTTTCCCCACTCCTTTTGCTTTCTTCTCCATTCTCTCCTGCTCTCTCCTTTCTGCCCCCTCCTTT GGCGTGCTGCCTCTGTTTCCAACTTCTCCTTCTCCTGCTGCAAGCTCATAGCAGTCTCCCTTTCATTCCTCAGATCTCTGTCAATCTTCTGTATATCAAGCTCTGCCAAATCCACGATCAACCTCACATTATGCTGAAGCTCTGGCATCGCAACATCATTCTCCTTCGCCTTCTCTTCTGCATTCAGATTCTCCAGATTTGTCAGCACCCTCACCTGCGGCCCTCGCATGTCAATCACCTTCTGAAAAACCTCAAAACCTTGTTCTTCCTTCTTTGCCAACAATTCATCTGCTGTTATATACTTCTCCTSCTTCTGCTTCTTCTTACCCTTCAACCATAGCTTCTCCTTCATTCTCCCCACCATCTGACCCTGGCTTTGGCTCACAGTTTCCTTCTCCTCAAATTGAGGCAACTTAGCTGATGTTTCTTTAAAATCATTGAACCCCATTCCCATATTTTTTGGCCTCATCTTTGCTTCAATTGGGGCTACAATTCCTTGCTGGTTCTTCCCCAATCCACCTCCCTTATAACCCATTTTCTCTAACAACTTCATCCCAATTCCTTTTACTGTATGCTTCTCAAACACCCCAACATCCCCATCTTTCACTTCCTTGTTTTTCCCCACTCCTTTTGCTTTCTTCTCCATTCTCTCCTGCTCTCTCCTTTCTGCCCCCTCCTTT 680 MINUS STRAND A GUG 2 VAL/ALA NONSYN exon replacement 1-680 3 LG_XIII 6557083 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0016s12120.1 808689 AGTGAGGAGGATGCAGACTACGAGAGTCGCGTCCAGTGGTKATAACAGAGTGAAGACATTGAGGCCGCCAATCGGAGATTTCTCTCCYAAAGTAATTTCTGGCAGATTCAAGTCGGAATCGACGGAGAGGATCCATCCTTACGATCTTGTCGAACCAATGCAGTATTTGTTCATCAGCATTGTCAAGGCKCGTGGTTTATCGCAAAACGAGAGT 215 C/T C T CTATCGTCAAGKTAAGGACCTCAACTCATTGTGTGAGGTCTAAACCAGCGAGTTACCGACCTGGTGCCTCACCGGATTCGCCTGAGTGGCACCAGGTTTTTGCATTGGGTCATAATAACAAGACTGACGGACAGCTCCCCAATGCAGCTGGCAACATAGAGATCTCAGTTTSGGACGCACGTTCGGAGCAGTTTCTCGGCGGTGTTTGCTTTGATATCTCTGAAGTTCCGGTGAGGGATCCGCCGGACAGTCCGCTTGCTCCTCAGTGGTACCGAWTGGAAAGTGACGCTGCCGCTGGTCAGATATGTAATAGGGTTTCTGGTGATATCCAGCTCTCTGTATGGATTGGGACTCAAGCTGATGATGCRTTTGCTGAAGCGTGGAGCTCAGACGCCCCTTACGTCTCTCACACGCGCTCAAAGGTTTACCAGTCCCCTAAGCTGTGGTATTTGAGAGTGACGGTTATTGAAGCT AGTGAGGAGGATGCAGACTACGAGAGTCGCGTCCAGTGGTKATAACAGAGTGAAGACATTGAGGCCGCCAATCGGAGATTTCTCTCCYAAAGTAATTTCTGGCAGATTCAAGTCGGAATCGACGGAGAGGATCCATCCTTACGATCTTGTCGAACCAATGCAGTATTTGTTCATCAGCATTGTCAAGGCKCGTGGTTTATCGCAAAACGAGAGTCCTATCGTCAAGKTAAGGACCTCAACTCATTGTGTGAGGTCTAAACCAGCGAGTTACCGACCTGGTGCCTCACCGGATTCGCCTGAGTGGCACCAGGTTTTTGCATTGGGTCATAATAACAAGACTGACGGACAGCTCCCCAATGCAGCTGGCAACATAGAGATCTCAGTTTSGGACGCACGTTCGGAGCAGTTTCTCGGCGGTGTTTGCTTTGATATCTCTGAAGTTCCGGTGAGGGATCCGCCGGACAGTCCGCTTGCTCCTCAGTGGTACCGAWTGGAAAGTGACGCTGCCGCTGGTCAGATATGTAATAGGGTTTCTGGTGATATCCAGCTCTCTGTATGGATTGGGACTCAAGCTGATGATGCRTTTGCTGAAGCGTGGAGCTCAGACGCCCCTTACGTCTCTCACACGCGCTCAAAGGTTTACCAGTCCCCTAAGCTGTGGTATTTGAGAGTGACGGTTATTGAAGCT 688 T CCU 1 PRO/SER NONSYN exon replacement 1-688 3 LG_XVI 10727319 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0018s11020.1 809312 TCCGATTGAATAAAAAGAGGCAGAACACTCACTCTTTTATCTTTTTCAAATTTGTCCTTAATTG 65 A/G A G ATTTGATGGAAGAATTATTCTGTTGTTGTTGATCATTGCAGGCTTGTTGTTGTTTTGCAAGAAAAGACTTATATCTATGATTCAAATACGCTGGCAATATTGGATGCCATCGATACAGTTCCTAATGTAAAAGGTGAGACAGAAGATCCTCGTTATGTGGGTTTTCGAGGTAGCTTTCACGACTGCTTTTATAGCTATCTATGTTTTATTACTAAATTGATGTTTAAACAGAAGTTCTTGCAGAATGAATTCAAACAGTTGTGAGTCAAAGGTTTGTTGTGACTAATTGCATGATCTTGCACATTCTAGAGATGGGTTATTGTATTTCTTGTCATGCCAATCTGTGCTTGTAAAAGAAAACACAAGTGATGAGTGCTGAGTTTATATAGTTCTACGAGGATGAGAGAAAGACTAATTAATCAAATCGTATTTGCCATTAATTGCCTTGTCATTTGTTTATCTTTTCCACAGGACTTTGTGCATTCTCTCCTAGTTTGGATGGCTGCTTCTTGGCTCTTCCTTCCAGCACGACCAAAGGATCTGTTTT TCCGATTGAATAAAAAGAGGCAGAACACTCACTCTTTTATCTTTTTCAAATTTGTCCTTAATTGAATTTGATGGAAGAATTATTCTGTTGTTGTTGATCATTGCAGGCTTGTTGTTGTTTTGCAAGAAAAGACTTATATCTATGATTCAAATACGCTGGCAATATTGGATGCCATCGATACAGTTCCTAATGTAAAAGGTGAGACAGAAGATCCTCGTTATGTGGGTTTTCGAGGTAGCTTTCACGACTGCTTTTATAGCTATCTATGTTTTATTACTAAATTGATGTTTAAACAGAAGTTCTTGCAGAATGAATTCAAACAGTTGTGAGTCAAAGGTTTGTTGTGACTAATTGCATGATCTTGCACATTCTAGAGATGGGTTATTGTATTTCTTGTCATGCCAATCTGTGCTTGTAAAAGAAAACACAAGTGATGAGTGCTGAGTTTATATAGTTCTACGAGGATGAGAGAAAGACTAATTAATCAAATCGTATTTGCCATTAATTGCCTTGTCATTTGTTTATCTTTTCCACAGGACTTTGTGCATTCTCTCCTAGTTTGGATGGCTGCTTCTTGGCTCTTCCTTCCAGCACGACCAAAGGATCTGTTTT 612 G intron silent "78-198,537-612" 1 LG_XVIII 10321081 (reverse complement) NA "1-77,199-536" NA NA POPTR_0006s05710.1 811528 CCTGGCCAAGATCCGTCGCAACGCTGGCCTCCCTCCAAGCCCCAGAGCCCTGCCAATCATTGGACATATGCACCTCCTTAGTCGTATCCCTCACCAAGCCTTCCACAAGCTATCAGCCCGCTATGGACCTTTGGTTTACTTCTTCATTGGCTCAAAACCTTGTCTYCTTGCTTCTACCCCAGAGGTTGCAAAAGAAATCCTCAAAATCAATGAAGCTAATTTCTTGAACCGTCCTAAAGTAGCCAACCTTGATTACCTTACATATGGCTCAGCTGATTTTGCTACCATATATTATGGACCTCATTGGAAGTTCATGAAGAAACTTTGCATGACTGAAATTCTAGGGAGTAGAACATTAACCCAGTTCCTTCCGATTAGATGCGAAGAGAGAGAWCGGTTCTTGAAGTTAGTGTTAAAGAG 421 A/C A C GCTGAGGCTAAAGAAGCTGTTGATGTWGGGGGAGAGTTGATGAGATTGACAAATAACATCATATCAAGAATGTTACTACGAACAAGGTGTTCTGATACTGAAAATGAAGCTGATGATGTAAGAGAGTTGGTGAAAGAGTTAAATACTCTAGGTGCCAAGTTTAATCTTTCAGATTCAATTTGGTTCTGCA CCTGGCCAAGATCCGTCGCAACGCTGGCCTCCCTCCAAGCCCCAGAGCCCTGCCAATCATTGGACATATGCACCTCCTTAGTCGTATCCCTCACCAAGCCTTCCACAAGCTATCAGCCCGCTATGGACCTTTGGTTTACTTCTTCATTGGCTCAAAACCTTGTCTYCTTGCTTCTACCCCAGAGGTTGCAAAAGAAATCCTCAAAATCAATGAAGCTAATTTCTTGAACCGTCCTAAAGTAGCCAACCTTGATTACCTTACATATGGCTCAGCTGATTTTGCTACCATATATTATGGACCTCATTGGAAGTTCATGAAGAAACTTTGCATGACTGAAATTCTAGGGAGTAGAACATTAACCCAGTTCCTTCCGATTAGATGCGAAGAGAGAGAWCGGTTCTTGAAGTTAGTGTTAAAGAGAGCTGAGGCTAAAGAAGCTGTTGATGTWGGGGGAGAGTTGATGAGATTGACAAATAACATCATATCAAGAATGTTACTACGAACAAGGTGTTCTGATACTGAAAATGAAGCTGATGATGTAAGAGAGTTGGTGAAAGAGTTAAATACTCTAGGTGCCAAGTTTAATCTTTCAGATTCAATTTGGTTCTGCA 611 A AGA 3 ARG/SER NONSYN exon replacement 1-611 3 scaffold_152 154010 NA NA NA NA NA POPTR_0005s12520.1 813485 CAAGCCCAAAACATCGCCTCCACAACAGCCTCCGCCAACAGTAAAAAACGAAGTCGTCGTTGGGTCTAAAGAAATAGTAGAGTTATCTTCGTCGCCGGTTTTGAAAGCACTTGTTGAGTGTGCTCAACTTGTCGAGTCCAAAGCTGATCAAGCTGTGAAATCATTGATTAGGTTCAARGAATCGGTGAGTGAGAACGGTGATCCAGGTGAGCGCGTTGGTTTCTACTTCGTTAAAGGATTATGCAGAAGAGTTGCTGTAGGAGAGCTTGATGACTTGAAAAACTTTCATCAGACAACAAGTGAAGAGTTCACTTTGTGTTATAAAGCTTTGAATGATGCTTGTCC 346 C/T C T TATTCAAAGTTTGCTCATTTGACAGCAAATCAAGCAATTCTKGAAGCGACCGAGAAAGCAAGCAAGATTCACATAGTTGATTTTGGTATCGTTCAAGGAATTCAATGGGCTGCTCTTTTACAAGCTTTAGCTACGCGTTCAGCTGGAAAACCTGTTAGAATCCGAATCTCAGGTATACCTGCTCCAGTTCTTGGTAAGAACCCAGCTGCTTCTCTTTTAGCTACTGGTAATAGGCTTCTTGATTTTGCAAAGCTTCTTGATTTGAATTTTGAGTTTGAGCCTATTCTGACTCCAATTCAGGAGTTAAATGAATCTTGTTTTCGGGTTGAGCCGGATGAGGTTTTGGCTGTCAATTTCATGC CAAGCCCAAAACATCGCCTCCACAACAGCCTCCGCCAACAGTAAAAAACGAAGTCGTCGTTGGGTCTAAAGAAATAGTAGAGTTATCTTCGTCGCCGGTTTTGAAAGCACTTGTTGAGTGTGCTCAACTTGTCGAGTCCAAAGCTGATCAAGCTGTGAAATCATTGATTAGGTTCAARGAATCGGTGAGTGAGAACGGTGATCCAGGTGAGCGCGTTGGTTTCTACTTCGTTAAAGGATTATGCAGAAGAGTTGCTGTAGGAGAGCTTGATGACTTGAAAAACTTTCATCAGACAACAAGTGAAGAGTTCACTTTGTGTTATAAAGCTTTGAATGATGCTTGTCCCTATTCAAAGTTTGCTCATTTGACAGCAAATCAAGCAATTCTKGAAGCGACCGAGAAAGCAAGCAAGATTCACATAGTTGATTTTGGTATCGTTCAAGGAATTCAATGGGCTGCTCTTTTACAAGCTTTAGCTACGCGTTCAGCTGGAAAACCTGTTAGAATCCGAATCTCAGGTATACCTGCTCCAGTTCTTGGTAAGAACCCAGCTGCTTCTCTTTTAGCTACTGGTAATAGGCTTCTTGATTTTGCAAAGCTTCTTGATTTGAATTTTGAGTTTGAGCCTATTCTGACTCCAATTCAGGAGTTAAATGAATCTTGTTTTCGGGTTGAGCCGGATGAGGTTTTGGCTGTCAATTTCATGC 707 T CCU 3 PRO SYN exon silent 1-707 3 scaffold_57 1590817 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s14300.1 814873 GCATGTGGTGGAATGTATACAGCTAACACCATGGCTTCTGCTATTGAAGCCTTGGGAATGTCTCTTCCTTACAGGTAGAAATGTATCCTCGTGGAAACAGTTGGATTTGGGTGTGTAAGCAATTTTTTACGCTCTCTTTATTCTTTCCTTGCAGCTCCTCAATMCCCGCTGAAAACCAATTGAAGTTGGATGAGTGCCGTTTAGCTGGAAAATATCTGCTAGAACTATTGAAGATGGACTTGAAACCACGAGATATTATCACTCGCAAGTCACTAYGTAATGCAATGGTTATTGTCATGGCACT 305 A/T A T GGTGGCTCTACTAATGCTGTGTTACACTTAATTGCGATCGCAAGGTYAGTAGAGTTCTCTTTTATTCCAWTRGTAATTGCATTTTATGGGGATGACTCAAGAGAACTTGGCAGGTCTGTYGGATTGGAGTTGACCCTTGATGATTTCCAGAAGGTCAGTGATGAGGTTCCATTCCTTGCAGATCTGAAGCCTAGYGGAAAATATGTCATGGAGGATGTGCATAAGGTCAGAAYTTTTCATTCATAACTGTTTGGATTATTCTACGGTAATCAATGCAGCACTGTGCCTTGCAATATTTGTTGTACATGACACATTTATAGAGATTGCTGAACTCGATTTGTTTAGCATCCTTTTCTCTTTGTTTCCTTGTGCGTAAATTCTTTTTTGATAGATTGGGGGAACACCTGCTGTCCTTCGCTACCTTTT GCATGTGGTGGAATGTATACAGCTAACACCATGGCTTCTGCTATTGAAGCCTTGGGAATGTCTCTTCCTTACAGGTAGAAATGTATCCTCGTGGAAACAGTTGGATTTGGGTGTGTAAGCAATTTTTTACGCTCTCTTTATTCTTTCCTTGCAGCTCCTCAATMCCCGCTGAAAACCAATTGAAGTTGGATGAGTGCCGTTTAGCTGGAAAATATCTGCTAGAACTATTGAAGATGGACTTGAAACCACGAGATATTATCACTCGCAAGTCACTAYGTAATGCAATGGTTATTGTCATGGCACTAGGTGGCTCTACTAATGCTGTGTTACACTTAATTGCGATCGCAAGGTYAGTAGAGTTCTCTTTTATTCCAWTRGTAATTGCATTTTATGGGGATGACTCAAGAGAACTTGGCAGGTCTGTYGGATTGGAGTTGACCCTTGATGATTTCCAGAAGGTCAGTGATGAGGTTCCATTCCTTGCAGATCTGAAGCCTAGYGGAAAATATGTCATGGAGGATGTGCATAAGGTCAGAAYTTTTCATTCATAACTGTTTGGATTATTCTACGGTAATCAATGCAGCACTGTGCCTTGCAATATTTGTTGTACATGACACATTTATAGAGATTGCTGAACTCGATTTGTTTAGCATCCTTTTCTCTTTGTTTCCTTGTGCGTAAATTCTTTTTTGATAGATTGGGGGAACACCTGCTGTCCTTCGCTACCTTTT 731 A CUA 3 LEU SYN exon silent "1-74,155-349,419-530,697-731" 1 LG_I 3696444 (reverse complement) NA "75-154,350-418,531-696" NA NA POPTR_0001s25500.1 815314 TACTGCAGGATTACATCGCCAGTTTATTTACGGTGGCTTAAGGATAGGATTATATGAACCGGTATGTCTTGGATGCTCTCCTTCCATACATGGGATTTAACTGTTAGCAGAGTATTAATGATGGAGATGTTGAATGCTGGTTGAACAGGTTAWATCTTTTTTGGTTGGCAGTGATTTTGTTGGGGACATTCCTTTGTACCAGAAAATACTTGCAGCTTTGTTAACTGGTTGGTGCATTTGGTTACTGTCTGAATGCTCTAAATTATGTT 270 A/G A G TAATTGTCTTTAGTGTTATCCATGGTTTTTT TACTGCAGGATTACATCGCCAGTTTATTTACGGTGGCTTAAGGATAGGATTATATGAACCGGTATGTCTTGGATGCTCTCCTTCCATACATGGGATTTAACTGTTAGCAGAGTATTAATGATGGAGATGTTGAATGCTGGTTGAACAGGTTAWATCTTTTTTGGTTGGCAGTGATTTTGTTGGGGACATTCCTTTGTACCAGAAAATACTTGCAGCTTTGTTAACTGGTTGGTGCATTTGGTTACTGTCTGAATGCTCTAAATTATGTTATAATTGTCTTTAGTGTTATCCATGGTTTTTT 301 G intron silent "1-61,149-227" 3 LG_I 17062134 (reverse complement) NA "62-148,228-301" NA NA POPTR_0001s45360.1 815839 TTGCGCCAAGGAACTCATMTGTGAGCAGCCATGGATCAGAAACAACGGAAAATTTTGGTCAAATTGGGTTAAGGAGCCAAAGCATGACTCACAGTGGTTTAAGGTCACTGAACATGGTGGACAAGCTGCAATTTAAGACTCAAGCATTTGCAAGGAAGTCTGTCAAAAAGGCCTATGCTACTGGGAATGACACTTCTGGAAAAATTGTTTGTCTACAAGGAGGAATGACTGTGGT 236 A/C A C TTTGTTGCCACTGAGGTAGCTCCTTGGAGCAAAACTGGTGGTCTTGGTGATGTTCTTGGTGGACTTCCCCCAGCAATGGCTGTGAGTAGAGGGTTTCTGATACTTAGTTTCATCTTTGAAAAATGTCAGGCACGGCTTGTGTTTGATCAATTTTACTGTGGTATTGTTGTGCAGGCAAGAGGCCACCGGGTTATGACAATCTCTCCACGATTT TTGCGCCAAGGAACTCATMTGTGAGCAGCCATGGATCAGAAACAACGGAAAATTTTGGTCAAATTGGGTTAAGGAGCCAAAGCATGACTCACAGTGGTTTAAGGTCACTGAACATGGTGGACAAGCTGCAATTTAAGACTCAAGCATTTGCAAGGAAGTCTGTCAAAAAGGCCTATGCTACTGGGAATGACACTTCTGGAAAAATTGTTTGTCTACAAGGAGGAATGACTGTGGTATTTGTTGCCACTGAGGTAGCTCCTTGGAGCAAAACTGGTGGTCTTGGTGATGTTCTTGGTGGACTTCCCCCAGCAATGGCTGTGAGTAGAGGGTTTCTGATACTTAGTTTCATCTTTGAAAAATGTCAGGCACGGCTTGTGTTTGATCAATTTTACTGTGGTATTGTTGTGCAGGCAAGAGGCCACCGGGTTATGACAATCTCTCCACGATTT 449 C GUC 3 VAL SYN exon silent "1-317,411-449" 2 LG_I 33520456 (reverse complement) NA 318-410 NA NA POPTR_0002s00200.1 815928 GATTGGGTTGATGGAGTCAAATTRAATGAACAAGATGCTATTGAGAGACAAGGTTTAAAGGTTCTCGATCTAGTCAACACAGGTATACAATGCAGCCTCAGACAGCTACTTGAGTATGGATACTTTCATGCAGATCCTCACCCTGGCAATCTCCTGGCAACACCCGAGGGAAAGCTTGCTTTTCTTGATTTTGGAATGATGAGTGAGACCCCAGAAGAAGCAAGATTTGCGATAATTGGTCATGTGGTTCACATGGTTAATAGGGATTACGAAGCCATGGCCCGTGATTACTATGCTCTAGATTTCTTGTCACGGGATGTAGATGTGTCTCCAATTGTTCCAGCACTGCGTAACTTCTTTGATGACGCACTCAATTACACTGTGAGCGAACTAAACTTCAAAACTCTAGTGAATGGTCTGGGTGCTGTTTTTTATCAGTATCCGTTTAATGGTAAGTTATGTTTATTTTTTAACATTTCCGTAGATAAATACAACATAATTATTTAATTGGTCACAAAATAGCCAGTGAA 531 G/T G T GCAGTGCTTGTGTAATCTGATTGTCTGGCTTGTCAATTAACCTGCAGTTCCAGCTTATTATGCTTTGATATTGAGGTCACTCACTGTACTTGAAGGCCTAGCCC GATTGGGTTGATGGAGTCAAATTRAATGAACAAGATGCTATTGAGAGACAAGGTTTAAAGGTTCTCGATCTAGTCAACACAGGTATACAATGCAGCCTCAGACAGCTACTTGAGTATGGATACTTTCATGCAGATCCTCACCCTGGCAATCTCCTGGCAACACCCGAGGGAAAGCTTGCTTTTCTTGATTTTGGAATGATGAGTGAGACCCCAGAAGAAGCAAGATTTGCGATAATTGGTCATGTGGTTCACATGGTTAATAGGGATTACGAAGCCATGGCCCGTGATTACTATGCTCTAGATTTCTTGTCACGGGATGTAGATGTGTCTCCAATTGTTCCAGCACTGCGTAACTTCTTTGATGACGCACTCAATTACACTGTGAGCGAACTAAACTTCAAAACTCTAGTGAATGGTCTGGGTGCTGTTTTTTATCAGTATCCGTTTAATGGTAAGTTATGTTTATTTTTTAACATTTCCGTAGATAAATACAACATAATTATTTAATTGGTCACAAAATAGCCAGTGAAGGCAGTGCTTGTGTAATCTGATTGTCTGGCTTGTCAATTAACCTGCAGTTCCAGCTTATTATGCTTTGATATTGAGGTCACTCACTGTACTTGAAGGCCTAGCCC 635 T intron silent "1-451,579-635" 1 LG_II 4484 (reverse complement) NA 452-578 NA NA POPTR_0002s02080.1 816004 GGGCTGCTCAAGAGGCGAAAATAATGCTCAAAGGGGATTTAATTAAACTGATGGGAGGTTTGATTAATTCATCACATTTRATTCTGGAAAWTTTTTAGTAGAAGTTGTAAAAAAAGGGACTCTCTGATTTCGATCATATTTTGCAGGTTTCAAGTTAAATCCTAAGCCTTGTCTTGATACAAACCATGCCGGTTTAAGAGAAGAAAGGGTGCCTGATGTTAATGAAATCACATCTTGCACATTTCGAAGAATTGAAGAGGTATCAAGAGATGACAGTGCTTACTTGAAAGACAGCAATGGTTACAAGGCAAAAGTTACTTTYAGATCAATTTCTGTAATCAGAAGAGCGCTGCC 355 C/T C T GAGTCAGAGCTTGGTTGGCCTCTTCTTCMAAGAACCAATCGTTCAGCTCTGGACACGTTGAGAAATTCGGAAGTAGGGAATATGTCACTGGTCGAAAGGAATTCAAATGAAATGAAGATTCCTTCTAATCTCAAAACAGATTATTCTATTGTCAAGGAATGCAAGATTGAAGGGACTGTTATCCAATTGTTTCATWCCTCTGAAAATCGGTCAAGAGA GGGCTGCTCAAGAGGCGAAAATAATGCTCAAAGGGGATTTAATTAAACTGATGGGAGGTTTGATTAATTCATCACATTTRATTCTGGAAAWTTTTTAGTAGAAGTTGTAAAAAAAGGGACTCTCTGATTTCGATCATATTTTGCAGGTTTCAAGTTAAATCCTAAGCCTTGTCTTGATACAAACCATGCCGGTTTAAGAGAAGAAAGGGTGCCTGATGTTAATGAAATCACATCTTGCACATTTCGAAGAATTGAAGAGGTATCAAGAGATGACAGTGCTTACTTGAAAGACAGCAATGGTTACAAGGCAAAAGTTACTTTYAGATCAATTTCTGTAATCAGAAGAGCGCTGCCCGAGTCAGAGCTTGGTTGGCCTCTTCTTCMAAGAACCAATCGTTCAGCTCTGGACACGTTGAGAAATTCGGAAGTAGGGAATATGTCACTGGTCGAAAGGAATTCAAATGAAATGAAGATTCCTTCTAATCTCAAAACAGATTATTCTATTGTCAAGGAATGCAAGATTGAAGGGACTGTTATCCAATTGTTTCATWCCTCTGAAAATCGGTCAAGAGA 573 T CCU 3 PRO SYN exon silent "1-57,147-573" 2 LG_II 1108169 (reverse complement) NA 58-146 NA NA POPTR_0002s05540.1 816152 ACCGTTTCAAACTATTCTTTGAYGTGTTATCAAAACACTCAAATGAATCACAAGTGATGARCTTGCATTTGTTGAATGTGACAAGCATGTCAGCCCGGAGAAAGGATGGCCATGCATCCTTATACTATCTWGGACCAGGTAGTGGTCCAGCCTCCCTACACCGTCAAGACTGCAGCCATTGGTGCCTGCCTGGTGTACCTGATTCCTGGAATGAGCTTCTTTATACACTTCTTTTGAAGCAGGRGTTGGTTCATGCACAAGATTTAACAGAATCTTCTCAAGCTCCTTTTGTGACCGCTTAAGAAGTAATCTGTTTGGACCAACATGATTAAAGAACGGCAGTTCATAAATCAAAGGTTGCAGTTTCCTCAAACATATCAG 382 C/G C G AAAGTCATCATTTGCTGAGTTGGATGCRGTGCTTTGCTTCTAGACCATCCATTTAATCATCAGTTGCCTTCAGCAATCCTTGGCAAAATTTAAGTTATACCATTTTTCAGTGAATTTTGTTTTCTGAATGATCGGGGACAGTTCACAGGCATCGTGATAAGAAGGCAAAGTTGATAGTTGAGAAGAGATATACACAAAGGCATGCTTTTCTTTTTGTTATACARGCTGTATTCCTTGGACAGAACAAAAATRGAAAAAATCYTGATCACGCCGCTTGTAAATTGTATAT ACCGTTTCAAACTATTCTTTGAYGTGTTATCAAAACACTCAAATGAATCACAAGTGATGARCTTGCATTTGTTGAATGTGACAAGCATGTCAGCCCGGAGAAAGGATGGCCATGCATCCTTATACTATCTWGGACCAGGTAGTGGTCCAGCCTCCCTACACCGTCAAGACTGCAGCCATTGGTGCCTGCCTGGTGTACCTGATTCCTGGAATGAGCTTCTTTATACACTTCTTTTGAAGCAGGRGTTGGTTCATGCACAAGATTTAACAGAATCTTCTCAAGCTCCTTTTGTGACCGCTTAAGAAGTAATCTGTTTGGACCAACATGATTAAAGAACGGCAGTTCATAAATCAAAGGTTGCAGTTTCCTCAAACATATCAGCAAAGTCATCATTTGCTGAGTTGGATGCRGTGCTTTGCTTCTAGACCATCCATTTAATCATCAGTTGCCTTCAGCAATCCTTGGCAAAATTTAAGTTATACCATTTTTCAGTGAATTTTGTTTTCTGAATGATCGGGGACAGTTCACAGGCATCGTGATAAGAAGGCAAAGTTGATAGTTGAGAAGAGATATACACAAAGGCATGCTTTTCTTTTTGTTATACARGCTGTATTCCTTGGACAGAACAAAAATRGAAAAAATCYTGATCACGCCGCTTGTAAATTGTATAT 671 C UTR silent 1-302 2 LG_II 3611137 (reverse complement) NA NA 303-671 3 POPTR_0004s14110.1 818024 CTTATGAAACTTTTTATATTTGTTAGGATTTTGCTCTCAAGGTTCGTGAAAATGAAGAAGAGATTATGCAGTTAAGGAAACATCTTGCTGACTATTCTGTCAAGGTAGAATTAACATAACTAATCATCATTTGCTCACTCTGTGCTCACAT 152 G/T G T ACATCATGGAAATTCATTTGTGTAATTTGGTTTTTGTTTATAGGAAGCACAAATTCGGAATGAAAAGTATGTTCTGGAAAAGCGCATTGCTTACATGCGACTGGCAAGTGTACCTTTTTTCCTTCTTTGCTTTGATCAAGAANCCCCCCCTCCCATCGCTTTCTCTTCTAGTTTTTTCGAGGAGTATTTCACACAAATTTTAAATGAGCTTCATGCTGCAGGCCTTTGATCAACAGCAACAGGACCTTGTTGATGCTGCATCAAAAGCTCTATCATACAGACAAGATATAATCGAGGAGAACATACGTCTTACATATGAATTGCAAGTAGGTCTCTTCTTTTTTATTTCATTGTTTTGGGGTTGATTTTATGTTTTCTATTTCTTTCTTGGATATTTTCACTGTTTTATCCACCTTTAAACCAGAGAATTTG CTTATGAAACTTTTTATATTTGTTAGGATTTTGCTCTCAAGGTTCGTGAAAATGAAGAAGAGATTATGCAGTTAAGGAAACATCTTGCTGACTATTCTGTCAAGGTAGAATTAACATAACTAATCATCATTTGCTCACTCTGTGCTCACATGACATCATGGAAATTCATTTGTGTAATTTGGTTTTTGTTTATAGGAAGCACAAATTCGGAATGAAAAGTATGTTCTGGAAAAGCGCATTGCTTACATGCGACTGGCAAGTGTACCTTTTTTCCTTCTTTGCTTTGATCAAGAANCCCCCCCTCCCATCGCTTTCTCTTCTAGTTTTTTCGAGGAGTATTTCACACAAATTTTAAATGAGCTTCATGCTGCAGGCCTTTGATCAACAGCAACAGGACCTTGTTGATGCTGCATCAAAAGCTCTATCATACAGACAAGATATAATCGAGGAGAACATACGTCTTACATATGAATTGCAAGTAGGTCTCTTCTTTTTTATTTCATTGTTTTGGGGTTGATTTTATGTTTTCTATTTCTTTCTTGGATATTTTCACTGTTTTATCCACCTTTAAACCAGAGAATTTG 584 T intron silent "27-104,374-478" 1 LG_IV 11418748 NA NA "1-26,105-373,479-584" NA NA POPTR_0008s19040.1 820859 TTTTTTCGGKAGCGAAAGGAAGGCCCTRATCTTTAAAGATGCAGTCGGGGTTGCTGCTCCTGCTCGATCGTATTCCTCGATGAGATTTGCTAGATCCTCATCCGAGGTGATCGATACCAGAGCGTCTAGATCTTCTTTTGGCAACTGACAACGGAGACTCACTGATGTGCCACACAAMTCTCCAAGCTTCAACAATAACTCTGTATGCCACACATGCAAAAATATTCCACCCCATATCACTTACTCCATCATCAT 256 A/T A T TATCCACACACATACATAACAAAAGCAYAACATTTGATACAGGTAAAGCTAAAAAATGAATTACCAAAAGTMAAGGAAAGGGGAGATGGTGGAAATTCATATAGAAAACACTGACCAGCAAAGGAGATGGAACGGTCGACGCCGATGACACGGGTCTCGCCACCTTGATAACGGAGTTTACCATCGGGAAAACGGGGGATGATCTTGCCACCATAACTGCAGAGGAACTTGATGGTGGCAGGGGCAGAGGAGGGGGCTTTGAGGTGAAGCTTGGTGGTGTCAAGTGAAGGTCCGACCATACTTGAGTAATAAGAGAAATGGGGTCCAGTCGATCTAGTGAGAGAAGGAGGGAGAGAGAGCTAGCTAGTTTTGAGAAGCKMAGAGGTTGAAG TTTTTTCGGKAGCGAAAGGAAGGCCCTRATCTTTAAAGATGCAGTCGGGGTTGCTGCTCCTGCTCGATCGTATTCCTCGATGAGATTTGCTAGATCCTCATCCGAGGTGATCGATACCAGAGCGTCTAGATCTTCTTTTGGCAACTGACAACGGAGACTCACTGATGTGCCACACAAMTCTCCAAGCTTCAACAATAACTCTGTATGCCACACATGCAAAAATATTCCACCCCATATCACTTACTCCATCATCATATATCCACACACATACATAACAAAAGCAYAACATTTGATACAGGTAAAGCTAAAAAATGAATTACCAAAAGTMAAGGAAAGGGGAGATGGTGGAAATTCATATAGAAAACACTGACCAGCAAAGGAGATGGAACGGTCGACGCCGATGACACGGGTCTCGCCACCTTGATAACGGAGTTTACCATCGGGAAAACGGGGGATGATCTTGCCACCATAACTGCAGAGGAACTTGATGGTGGCAGGGGCAGAGGAGGGGGCTTTGAGGTGAAGCTTGGTGGTGTCAAGTGAAGGTCCGACCATACTTGAGTAATAAGAGAAATGGGGTCCAGTCGATCTAGTGAGAGAAGGAGGGAGAGAGAGCTAGCTAGTTTTGAGAAGCKMAGAGGTTGAAG 647 T intron silent "93-276,448-647" 1 LG_VIII 12690528 (reverse complement) NA 277-447 1-92 5 POPTR_0008s20590.1 820918 GCTAGTAAATCTGAGGTAAGAAGACAATACCTTTCTCTAATATATCAAGTGCCTTTTGTAATGTTTTCCTGTGATCCTAGTTACTGGATAGTCTTTCAGTAGTTTCTTTAGGCAGCAGTATGATATGTAAGACGGGCAAATGATAACTTTGTAGCAGCATTTCAGAGCTRGTGCCCTTTCATTTATTTATTTTTCTTGTCCTATGTAGTAACATGAAAAGACATACAAACTAGAAATTTGTAGCAAAACTGTGGAATTCCAC 263 A/T A T GGAATTTATCTTTATTTTTGTTTTCCTAGGTAGTAGTATGATAAGACATACAAACTAGGAATTTGTAGCAAAACTGTTGAATTCCACTGGAATTTTCTGTTTTTTYTCTCAATCTGGCTACCAAATCTCAATGTACCAGGGAAAAAATAATCTGTGTAGTTTGTGGCTCTTAAATTGTTTATCATTGATACATGTACACAATTAAATATGTAGGCCTTCGTCCCAGATGAACCTATTGTTTTCTATCCAAAATATAAGATAGTGGTGATACTAACCTAATACCAATCACATTTTTATTGCACACATAAATTGTTTTTCCTGTGGAACTGATGTATTCTTTATTGGTTAGCATTCAGCAYTTTCAATCTCTACTTTTCCATCCGTATTTGTTCTTTGYTTACTTTGGAACACCTATGACATCTACTTCTTTACATGTTGGAATGTTTCTTTA GCTAGTAAATCTGAGGTAAGAAGACAATACCTTTCTCTAATATATCAAGTGCCTTTTGTAATGTTTTCCTGTGATCCTAGTTACTGGATAGTCTTTCAGTAGTTTCTTTAGGCAGCAGTATGATATGTAAGACGGGCAAATGATAACTTTGTAGCAGCATTTCAGAGCTRGTGCCCTTTCATTTATTTATTTTTCTTGTCCTATGTAGTAACATGAAAAGACATACAAACTAGAAATTTGTAGCAAAACTGTGGAATTCCACAGGAATTTATCTTTATTTTTGTTTTCCTAGGTAGTAGTATGATAAGACATACAAACTAGGAATTTGTAGCAAAACTGTTGAATTCCACTGGAATTTTCTGTTTTTTYTCTCAATCTGGCTACCAAATCTCAATGTACCAGGGAAAAAATAATCTGTGTAGTTTGTGGCTCTTAAATTGTTTATCATTGATACATGTACACAATTAAATATGTAGGCCTTCGTCCCAGATGAACCTATTGTTTTCTATCCAAAATATAAGATAGTGGTGATACTAACCTAATACCAATCACATTTTTATTGCACACATAAATTGTTTTTCCTGTGGAACTGATGTATTCTTTATTGGTTAGCATTCAGCAYTTTCAATCTCTACTTTTCCATCCGTATTTGTTCTTTGYTTACTTTGGAACACCTATGACATCTACTTCTTTACATGTTGGAATGTTTCTTTA 714 A intron silent 1-15 1 LG_VIII 14007182 (reverse complement) NA 16-714 NA NA POPTR_0009s17050.1 820963 ACCTATGCCCGACTCTAAAAGCCTCTCATACTAGAATTGCTTGCCTTCAAATATCTGGCCAAATTGCCAGTTTGCTGGTGCAACATTGTAAGATGTGAGTGTTCTTCTGCTGCTGGTAGTCACCTCGAAAGATAGAGGCTGTCCAATAAGGTTGATATTGGATTGCCAGTTTTGTCCCCAGTTTCTTGCCATAGGTATCCACGCTGTTCTTGATCCCTTCACTTTCACAGCAATCACCTCACCATCCAATCCCACATTGCTGATGAGTACTTGATAAAAGTGAAAATTTCCACTCATTGTGAATCT 307 C/T C T AGCCCACCCCTTCTATCACACTTCACCCTACAAAAATTGGCATAAACAATGTTCGCCCAGCCAAGGAGTTAGGAAATAGAGAGGCCTATACTCATTTGACTCATGTGACCAAGTAATTGTACATTGATTGGTGATACCTTCTGTGTTGAACTGGCACAACATCAGCCTTTTTCTCT ACCTATGCCCGACTCTAAAAGCCTCTCATACTAGAATTGCTTGCCTTCAAATATCTGGCCAAATTGCCAGTTTGCTGGTGCAACATTGTAAGATGTGAGTGTTCTTCTGCTGCTGGTAGTCACCTCGAAAGATAGAGGCTGTCCAATAAGGTTGATATTGGATTGCCAGTTTTGTCCCCAGTTTCTTGCCATAGGTATCCACGCTGTTCTTGATCCCTTCACTTTCACAGCAATCACCTCACCATCCAATCCCACATTGCTGATGAGTACTTGATAAAAGTGAAAATTTCCACTCATTGTGAATCTCAGCCCACCCCTTCTATCACACTTCACCCTACAAAAATTGGCATAAACAATGTTCGCCCAGCCAAGGAGTTAGGAAATAGAGAGGCCTATACTCATTTGACTCATGTGACCAAGTAATTGTACATTGATTGGTGATACCTTCTGTGTTGAACTGGCACAACATCAGCCTTTTTCTCT 483 T CUA 3 LEU SYN exon silent "1-39,150-453" 3 LG_IX 97153 (reverse complement) NA 40-149 454-483 3 POPTR_0009s12740.1 821135 CAAATCATCAGGCATGGGTGATCCTCATTATCTGAATGGAGGTGCTGGAAAGTTTGGCCCTGCTTGTTATGGTGGAGACAGTGGGAGCAATGATGRGGAACCCTACTGTCTTCTTGACAAAACCRACAGACATGGTTTATCTRATGATACTTCTCCTCCAATGTCAATTGGAAAGAAGATTGTCAGATACAATTCATCTCAGAGTCTAGAGGATGCTGCAGAAGATGCTGATGWCTACTGCAAGGAAGTCCAGTGTATTGAAATGGAAGAGACAAGGAACGGGAGCAATTTCAGACACCATTCAGTATCAAAYGGTGRGAATGAAGGAACTTTGGCTTTGACAGCATTCAGGGACG 357 A/G A G WGCCACAGCAGGTACCGGAATATCCACTCCAGTTAATAGAGATAGAGAAGGGAGTCAYGTGCAAAATGGATATAATGTGTTGGAGCAGAGATTGCATCATGTGCAAAGGACCATTGATGCTCTGGTCAGTCCTTACCCTGATGAATCATCTCCACAGTCCTCAGCAGCTGATATGTCTACTTCTAGAAACCTGAACTTAACAAGGAGCARGAGTTGTAGAGAGAATTTCATGAATGACCCTTCTCCTGGATTTGAGAAGGCAGAACAAATTGATAGCACACCACCTAATGGATCTRGGAAAAAATTTACCGGGAGACCAGCAGGACCCCGA CAAATCATCAGGCATGGGTGATCCTCATTATCTGAATGGAGGTGCTGGAAAGTTTGGCCCTGCTTGTTATGGTGGAGACAGTGGGAGCAATGATGRGGAACCCTACTGTCTTCTTGACAAAACCRACAGACATGGTTTATCTRATGATACTTCTCCTCCAATGTCAATTGGAAAGAAGATTGTCAGATACAATTCATCTCAGAGTCTAGAGGATGCTGCAGAAGATGCTGATGWCTACTGCAAGGAAGTCCAGTGTATTGAAATGGAAGAGACAAGGAACGGGAGCAATTTCAGACACCATTCAGTATCAAAYGGTGRGAATGAAGGAACTTTGGCTTTGACAGCATTCAGGGACGAWGCCACAGCAGGTACCGGAATATCCACTCCAGTTAATAGAGATAGAGAAGGGAGTCAYGTGCAAAATGGATATAATGTGTTGGAGCAGAGATTGCATCATGTGCAAAGGACCATTGATGCTCTGGTCAGTCCTTACCCTGATGAATCATCTCCACAGTCCTCAGCAGCTGATATGTCTACTTCTAGAAACCTGAACTTAACAAGGAGCARGAGTTGTAGAGAGAATTTCATGAATGACCCTTCTCCTGGATTTGAGAAGGCAGAACAAATTGATAGCACACCACCTAATGGATCTRGGAAAAAATTTACCGGGAGACCAGCAGGACCCCGA 688 G intron silent "1-17,78-314,390-688" 3 LG_IX 2567432 (reverse complement) NA "18-77,315-389" NA NA POPTR_0009s06020.1 821436 GGTCTTTGAGCAACCCCTGCATGTACAGGCCTAAATCCCATTGGTGTTGGGCCAGGAGCAGCAACTTGTGGAATTCCATGGCCRGGAATTGCACCCACCTGAGATRTAATAGGTCCKTGAGAACCAGTTGGGGGTTGTACAGGATTATAAGCAGAAG 158 C/T C T AGCAGTTCCCTGAAACAAGCAAGCAAWTTTTTTAGTGTATCACTCAGAAACATTAACACCAGATTTGCWATCCACAGTAAAAACACAGACTGGATATAACTGAGAACCCAATGTGGGTTGCTGATACTGTTGTGCATTTCTTAGACTGGGAACATTTGCTGGAACGAAAGTCCTGGTGGCTTGTTGAGTACCAGCATGAGGTGCAGGTGGAGCAAAACTTGGCTGTAAGAACAAAGGTGAAGTGATGAGTGGTAGTAACAAGTAGCACTAACTATTGACACAATTGTCRWTATCTATYCCAAAGAACAAAGAGAACATAATTCAAGCTTCAATCAACACATCTATATGCAAACAATCTCTTCCAGAAAAACTACAGTTTGAATGTCTTGGTACATMAAGGATATCACCAAGTCAGGAAATAAATCATATGTATATAACATGCAGGTGAACTATGTGATAAGTTATCTTTTACATCAAACAAAATCAAGATAAAGAAAACAGAATAC GGTCTTTGAGCAACCCCTGCATGTACAGGCCTAAATCCCATTGGTGTTGGGCCAGGAGCAGCAACTTGTGGAATTCCATGGCCRGGAATTGCACCCACCTGAGATRTAATAGGTCCKTGAGAACCAGTTGGGGGTTGTACAGGATTATAAGCAGAAGCAGCAGTTCCCTGAAACAAGCAAGCAAWTTTTTTAGTGTATCACTCAGAAACATTAACACCAGATTTGCWATCCACAGTAAAAACACAGACTGGATATAACTGAGAACCCAATGTGGGTTGCTGATACTGTTGTGCATTTCTTAGACTGGGAACATTTGCTGGAACGAAAGTCCTGGTGGCTTGTTGAGTACCAGCATGAGGTGCAGGTGGAGCAAAACTTGGCTGTAAGAACAAAGGTGAAGTGATGAGTGGTAGTAACAAGTAGCACTAACTATTGACACAATTGTCRWTATCTATYCCAAAGAACAAAGAGAACATAATTCAAGCTTCAATCAACACATCTATATGCAAACAATCTCTTCCAGAAAAACTACAGTTTGAATGTCTTGGTACATMAAGGATATCACCAAGTCAGGAAATAAATCATATGTATATAACATGCAGGTGAACTATGTGATAAGTTATCTTTTACATCAAACAAAATCAAGATAAAGAAAACAGAATAC 664 MINUS STRAND T ACU 1 THR/ALA NONSYN exon replacement "285-416,498-664" 1 LG_IX 7011614 NA NA "1-284,417-497" NA NA POPTR_0010s23010.1 822568 ACCACCAGTTCCAGACTTCCAGCCCAGTTTCTGTCCTTGAGAGCAGTAGCGACTGCTCAGGAGAGAAAAATGCACCTCGCAGCCCTGAAATTGTTGCTTCTGGCAAATGTGGGCGTGCTCGCAGCAAGCGTCCTCGCCCTGCTGCGTTCACTCCTCGCCCTGCAATGCAACTCGTTTCGCCAACATC 188 A/G A G TCGATCACTGAGGTGCCCCAGCAATTTGTTTCCCCTAGGGTCCCTTCAGATTCTGAGAGCTTTGCCGAGTCAAGACTTGTGATCAAGATACCAGAGCATGTTGACCCAGAACACAAGAAGAAGAAGAAAATTAAGTTTATTGTTCCGTCAGGTACTGTGGAGATGAATCAAAACTCACAGCCACAGCAAGCAGTTAGGAAATGCATGCATTGTGAGATAACCAAGACCCCACAATGGAGAGCAGGACCAATGGGTCCAAAAACCCTTTGCAATGCCTGCGGTGTTCGATACAAGTCGGGCCGGCTTTTCCCCGAGTACCGGCCTGCAGCCAGTCCAACCTTTGTTCCTTCCCTGCACTCTAATTCGCATAAGAAAGTTGTTGAGATGAGAGCAAAGGCTGGGGAGAAAATTACTACCAGCAGACCTGCTACAATGATGGTCAACTCGCCAGAGTTTATTCCAAATGAGAGCAACCCTGCAATGGATTACATGTGAGGGAGGATGTAGGGAACAGTGTTCCTGTTGGATCATTTCACTTTG ACCACCAGTTCCAGACTTCCAGCCCAGTTTCTGTCCTTGAGAGCAGTAGCGACTGCTCAGGAGAGAAAAATGCACCTCGCAGCCCTGAAATTGTTGCTTCTGGCAAATGTGGGCGTGCTCGCAGCAAGCGTCCTCGCCCTGCTGCGTTCACTCCTCGCCCTGCAATGCAACTCGTTTCGCCAACATCATCGATCACTGAGGTGCCCCAGCAATTTGTTTCCCCTAGGGTCCCTTCAGATTCTGAGAGCTTTGCCGAGTCAAGACTTGTGATCAAGATACCAGAGCATGTTGACCCAGAACACAAGAAGAAGAAGAAAATTAAGTTTATTGTTCCGTCAGGTACTGTGGAGATGAATCAAAACTCACAGCCACAGCAAGCAGTTAGGAAATGCATGCATTGTGAGATAACCAAGACCCCACAATGGAGAGCAGGACCAATGGGTCCAAAAACCCTTTGCAATGCCTGCGGTGTTCGATACAAGTCGGGCCGGCTTTTCCCCGAGTACCGGCCTGCAGCCAGTCCAACCTTTGTTCCTTCCCTGCACTCTAATTCGCATAAGAAAGTTGTTGAGATGAGAGCAAAGGCTGGGGAGAAAATTACTACCAGCAGACCTGCTACAATGATGGTCAACTCGCCAGAGTTTATTCCAAATGAGAGCAACCCTGCAATGGATTACATGTGAGGGAGGATGTAGGGAACAGTGTTCCTGTTGGATCATTTCACTTTG 728 G intron silent "1-145,227-683" 2 LG_X 19103890 (reverse complement) NA 146-226 684-728 3 POPTR_0011s02610.1 822837 ATGGTTTGATCACAAATTAACTCATTTGCTTTCACTTTATTTTTKACGCAAATCTTTGATCTTGGACATCAATGGCTTCTTAAGGAGGCATATGTAAGCTGAAATGCAAAATGAGAAAGCAATTGTGTTGCCATGTTAACAAGACTGWTGGTCTTTACAGGTGGAAATTGGAAATTATGATTCGTTTTATGATCAAGGAGTGGTTTTCTCTCCAGAGAAGGTATCAATCAACTCTTTATATGATCAYGAGAAAGTWTTTTCTTCAGTTATAATTGATTTCTGGGGTTGAACCTTACTCTACACGGTACTTTGAGCAAACACTGTTTCCAATTTCAGGACTTTCCAGTTCTCATTGTCATCAATTATCTACACTGTATAGTCCATCCTGTTCCC 394 A/T A T ACATCTGTCACTAATGCCCCAAAATAAAAAGGCCTCGGATATTACTTTTTCCAACTGTCCAGATTAGTCTTTCTGGTTTCWACAGTTCTGTTTCTGCTTTCTTAGTTATAGAAGAAACTTGTGCAGATATTAAATCTGACAAAGGAGACTAAAAGGATTCTTCCATCCGTGACATTATCAGTCACTGTTCCTC ATGGTTTGATCACAAATTAACTCATTTGCTTTCACTTTATTTTTKACGCAAATCTTTGATCTTGGACATCAATGGCTTCTTAAGGAGGCATATGTAAGCTGAAATGCAAAATGAGAAAGCAATTGTGTTGCCATGTTAACAAGACTGWTGGTCTTTACAGGTGGAAATTGGAAATTATGATTCGTTTTATGATCAAGGAGTGGTTTTCTCTCCAGAGAAGGTATCAATCAACTCTTTATATGATCAYGAGAAAGTWTTTTCTTCAGTTATAATTGATTTCTGGGGTTGAACCTTACTCTACACGGTACTTTGAGCAAACACTGTTTCCAATTTCAGGACTTTCCAGTTCTCATTGTCATCAATTATCTACACTGTATAGTCCATCCTGTTCCCAACATCTGTCACTAATGCCCCAAAATAAAAAGGCCTCGGATATTACTTTTTCCAACTGTCCAGATTAGTCTTTCTGGTTTCWACAGTTCTGTTTCTGCTTTCTTAGTTATAGAAGAAACTTGTGCAGATATTAAATCTGACAAAGGAGACTAAAAGGATTCTTCCATCCGTGACATTATCAGTCACTGTTCCTC 587 A intron silent "1-3,161-220,521-587" 1 LG_XI 4704961 (reverse complement) NA "4-160,221-520" NA NA POPTR_0015s01570.1 824531 TGGAGGCTCAAGTTCCAGCCTTTTAAATCTTGGAATGGTGAAAGCCTGTTCAAACAGAGGCATAATTTCYCTTCCATCGATCAAGGAGCAGAGCAAAACTCTAGGGGGACAATCGAGGGAATCRTGGATATCAACAAAATTCTGCAAGTGGTGATCAAGCACAACCGAGTGTTTCCCCTTACCATTTGTTAATCTCACTGGAGCCTGCAAGGCGTTTTTTTCATCTGGGAACAGTTTAGCACGATAAAGATGCGATTCCAATGG 265 C/T C T CCATCTCGAGTTGCAGTAAAATATATCATTCCRGCAGCCTCATTTACACCAGCAATTTGCTCAACCATCCAGTCACCTTCAGTAATTGGTCCTAAGCATGTCCCATTTGCATCATGCAGATACAAATGTCTAAATCCTGTCTTTTCACTCGCCCAAATGAATCCTTCAGAATATTTAGTGATTCCTTTGTCCAGAGGAGTGAAGCAGTCATGTAAATTAATCCATGGGAATTGTTCTT TGGAGGCTCAAGTTCCAGCCTTTTAAATCTTGGAATGGTGAAAGCCTGTTCAAACAGAGGCATAATTTCYCTTCCATCGATCAAGGAGCAGAGCAAAACTCTAGGGGGACAATCGAGGGAATCRTGGATATCAACAAAATTCTGCAAGTGGTGATCAAGCACAACCGAGTGTTTCCCCTTACCATTTGTTAATCTCACTGGAGCCTGCAAGGCGTTTTTTTCATCTGGGAACAGTTTAGCACGATAAAGATGCGATTCCAATGGCCCATCTCGAGTTGCAGTAAAATATATCATTCCRGCAGCCTCATTTACACCAGCAATTTGCTCAACCATCCAGTCACCTTCAGTAATTGGTCCTAAGCATGTCCCATTTGCATCATGCAGATACAAATGTCTAAATCCTGTCTTTTCACTCGCCCAAATGAATCCTTCAGAATATTTAGTGATTCCTTTGTCCAGAGGAGTGAAGCAGTCATGTAAATTAATCCATGGGAATTGTTCTT 503 MINUS STRAND C GGG 3 GLY SYN exon silent 1-503 2 LG_XV 910362 NA NA NA NA NA POPTR_0016s03590.1 825048 ATCTCTTGGGTTTCGCATAGAAGATGCTGTTGATCTTAGCAGAAGTATGTAATTGAAATCTTGACATCCTTCAAAAGCAGATTTTMTTTGTATTGGTGATCCTTAGACTTCTAATTTTATTTCCATGTCTTTGGTTTCTTTTAACCATCTAAMGTTGTGTCATGGCATGTCTAATTTCACAAAATCATGCATAAGACATAGCTATTTAACCTTTTTATCAAATATTGTAGCKTAGGGGGTACTTGATTGTTATTCTCAATTTTCCATTTGGGATTRCAGTCAATCTGT 289 C/T C T AGTTGCCAAGACATCATGTCTCGGTCAGATTTTTAGCCTGGKGTGGAGTTCTCAACATGGGTCCTTTTTCTCTATAACATCTTTCCTTAACTACATTACTTAAAGCATTGATTTTTGATYTGRTCATCTTCTGGTTGAAACATCATCAGCACATCCATGCATGACGTTGTAGGTAGATTGCATACCAGATAATTTCAGCTTGCAGCATGATCCATTGAGCTCACATTGCATAGACTGCYATATGATTATGCTCTTGATCTTTTTAAATTTTCTCTTGATATTGATATAGTTTCWTGTATTCTTAGTCATTTATATTGTCTTTCAGATCCTCTTTTTCATCAATTAAAATCYAGCG ATCTCTTGGGTTTCGCATAGAAGATGCTGTTGATCTTAGCAGAAGTATGTAATTGAAATCTTGACATCCTTCAAAAGCAGATTTTMTTTGTATTGGTGATCCTTAGACTTCTAATTTTATTTCCATGTCTTTGGTTTCTTTTAACCATCTAAMGTTGTGTCATGGCATGTCTAATTTCACAAAATCATGCATAAGACATAGCTATTTAACCTTTTTATCAAATATTGTAGCKTAGGGGGTACTTGATTGTTATTCTCAATTTTCCATTTGGGATTRCAGTCAATCTGTCAGTTGCCAAGACATCATGTCTCGGTCAGATTTTTAGCCTGGKGTGGAGTTCTCAACATGGGTCCTTTTTCTCTATAACATCTTTCCTTAACTACATTACTTAAAGCATTGATTTTTGATYTGRTCATCTTCTGGTTGAAACATCATCAGCACATCCATGCATGACGTTGTAGGTAGATTGCATACCAGATAATTTCAGCTTGCAGCATGATCCATTGAGCTCACATTGCATAGACTGCYATATGATTATGCTCTTGATCTTTTTAAATTTTCTCTTGATATTGATATAGTTTCWTGTATTCTTAGTCATTTATATTGTCTTTCAGATCCTCTTTTTCATCAATTAAAATCYAGCG 644 C intron silent "1-44,615-644" 3 LG_XVI 2135242 (reverse complement) NA 45-614 NA NA POPTR_0018s08050.1 825674 TGTGAAGGTGGCATGTGGAAGTGAACATGTTGTCGCCCTGGTTAGTGCTGGAGAAACATATAAAGGTGAGGATCTAGTATGCTACTC 88 A/G A G TGGGGTAATAATAACCATGGCCAGTTGGGTCTGGGAGATAGAGAGAGCAGAGTCCATCCTGAGATTGTTGAAATGTTTAACAAGGACTCTTCTTGGGATGTTTATGAGGTAGCATGTGGAGCATATCACACAGCTTTACTCACTCGCAAAAGGAGAACAGTTGACCCATTAGAAAGTGTGTGTTGGACATTTGGCCTTGGGGATAACGGGCAGCTTGGGCATGGAACTACCCAAAGTGTGCTAAAACCTGAGCCTGTAAAAGAATTGCCAGGACAAGCCTACCTGATCTCTGTTGACTGTGGTTTATTTCACACTAGTGTTGTTTCGTCTGTGGGAGATGTTTGGTCATGGGGAATGGAAAAGGGTCTTGGCCTGTGCCCAGATGCTAGTTTTACTGGAACAGACGCAGGGGATGCTGCTTCTCCCCTRCTAATGTCAGGCTATGGAGTAGATGGGCCCATATTTCACAATCCAATTCA TGTGAAGGTGGCATGTGGAAGTGAACATGTTGTCGCCCTGGTTAGTGCTGGAGAAACATATAAAGGTGAGGATCTAGTATGCTACTCATGGGGTAATAATAACCATGGCCAGTTGGGTCTGGGAGATAGAGAGAGCAGAGTCCATCCTGAGATTGTTGAAATGTTTAACAAGGACTCTTCTTGGGATGTTTATGAGGTAGCATGTGGAGCATATCACACAGCTTTACTCACTCGCAAAAGGAGAACAGTTGACCCATTAGAAAGTGTGTGTTGGACATTTGGCCTTGGGGATAACGGGCAGCTTGGGCATGGAACTACCCAAAGTGTGCTAAAACCTGAGCCTGTAAAAGAATTGCCAGGACAAGCCTACCTGATCTCTGTTGACTGTGGTTTATTTCACACTAGTGTTGTTTCGTCTGTGGGAGATGTTTGGTCATGGGGAATGGAAAAGGGTCTTGGCCTGTGCCCAGATGCTAGTTTTACTGGAACAGACGCAGGGGATGCTGCTTCTCCCCTRCTAATGTCAGGCTATGGAGTAGATGGGCCCATATTTCACAATCCAATTCA 567 G UCG 3 SER SYN exon silent 1-567 3 LG_XVIII 3940386 NA NA NA NA NA POPTR_0015s05600.1 827747 TTATGATAGATATGCTTACAAGGAATTTGTTTAGCTACCTCCCCTAGCTCAAAACTATCCTTACAAACTGCACACTGTGAAGAATCCGATTGCATTAATTCCTCTGTTACCTTGACATCAGGAAGATTTTCAACCGCARATTTGGCGGCCGGCGGAGTTCCATACCTATTAGGATCATTCTCCGCAAGCTGTTGAATTAGTTGTTCTAACCCTGGTCCGATAAAGTAATCTCCGAGATTCGCCGGAACACGAAATCCGGYGGGGTCCATTCCKCCCATACCAGGATTATTTTCAATCACAAACTGAATATTCGCTCCGCCGGCCCTCATGGTTTGCAGGTAATTTTGCAGGAACACGAAGGGATTGAAACCGTCGGGATCTTGAAATAGTGGCGACGCAGAGGAGGAGTTTGTTG 416 C/T C T TGTTGTTGAGGTGGTCGATGATCGAGGAGTGGGGTTCATGCCGCCRAAAATGGAGGCGAAGTCGTCGAGTAAGAGGGCGGGGCCGAGACCAGCATCGAAAGGGTTAGGGCTAGGGTTTGGAGAATCSAGTTCTTCGAGRAAACCTTCGTGACAGTTAGGGCA TTATGATAGATATGCTTACAAGGAATTTGTTTAGCTACCTCCCCTAGCTCAAAACTATCCTTACAAACTGCACACTGTGAAGAATCCGATTGCATTAATTCCTCTGTTACCTTGACATCAGGAAGATTTTCAACCGCARATTTGGCGGCCGGCGGAGTTCCATACCTATTAGGATCATTCTCCGCAAGCTGTTGAATTAGTTGTTCTAACCCTGGTCCGATAAAGTAATCTCCGAGATTCGCCGGAACACGAAATCCGGYGGGGTCCATTCCKCCCATACCAGGATTATTTTCAATCACAAACTGAATATTCGCTCCGCCGGCCCTCATGGTTTGCAGGTAATTTTGCAGGAACACGAAGGGATTGAAACCGTCGGGATCTTGAAATAGTGGCGACGCAGAGGAGGAGTTTGTTGCTGTTGTTGAGGTGGTCGATGATCGAGGAGTGGGGTTCATGCCGCCRAAAATGGAGGCGAAGTCGTCGAGTAAGAGGGCGGGGCCGAGACCAGCATCGAAAGGGTTAGGGCTAGGGTTTGGAGAATCSAGTTCTTCGAGRAAACCTTCGTGACAGTTAGGGCA 578 MINUS STRAND C GCA 1 ALA/THR NONSYN exon replacement 1-578 1 scaffold_122 257269 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0011s16800.1 828145 GAGCAAATCAAAGGTGGCAGTACTAGAAGCACAGCAGAATCTCAAAGAACAAGAGCAGTTTCTCCTTTCTATGTGCCAAGATATGGTGCAAGTGCCAACTTAAAATCCGAGACATCTCACAGGCCAATTGATGACTCYAGAAGCTCAGAGGTAAAACAAAACAAGAGACTATTTCATTTGCTGCCATCTTTGAGCTGTTTCTATTCTTAAGGAATATCCTGAAGGGTTGATTTTGATTTTCAGGCTAGAAGTTGTTCTTCGGGTAAGCAAAGGAGATCAAGTTTTCCTTCTTCACTCACAGACAAGGAAACATTACCAAGGATTCCTTTCCTAGGCGA 339 A/G A G GAGAGGTTAGCAAGCTCCGCAAAACCAAGATCACCATCCCCTCCTGTTAGGAGATCAACCTCAACAGATAGAGGAGCCCTCAGTAGAAGCAGGGTCAAGGAGAGAGTTGAGAATCAACCAGTTGCAAGAGTACCCTTTCCAGCTATAGTGCCTGTCAACAAATCCATAGCTGCAATTCCAGTGATCCCATCAGCAGATAACAGCTCAAAAGGTCCATATATAGGCTCACAAGAAGYGCTGAAGCAGGATAACATCTCCAAAGCATTCTATAACCTCCAAAAGGTTAGCACCAGGAAATATTACCCGGAACACGAAGAGGAGCAGTGTA GAGCAAATCAAAGGTGGCAGTACTAGAAGCACAGCAGAATCTCAAAGAACAAGAGCAGTTTCTCCTTTCTATGTGCCAAGATATGGTGCAAGTGCCAACTTAAAATCCGAGACATCTCACAGGCCAATTGATGACTCYAGAAGCTCAGAGGTAAAACAAAACAAGAGACTATTTCATTTGCTGCCATCTTTGAGCTGTTTCTATTCTTAAGGAATATCCTGAAGGGTTGATTTTGATTTTCAGGCTAGAAGTTGTTCTTCGGGTAAGCAAAGGAGATCAAGTTTTCCTTCTTCACTCACAGACAAGGAAACATTACCAAGGATTCCTTTCCTAGGCGAAGAGAGGTTAGCAAGCTCCGCAAAACCAAGATCACCATCCCCTCCTGTTAGGAGATCAACCTCAACAGATAGAGGAGCCCTCAGTAGAAGCAGGGTCAAGGAGAGAGTTGAGAATCAACCAGTTGCAAGAGTACCCTTTCCAGCTATAGTGCCTGTCAACAAATCCATAGCTGCAATTCCAGTGATCCCATCAGCAGATAACAGCTCAAAAGGTCCATATATAGGCTCACAAGAAGYGCTGAAGCAGGATAACATCTCCAAAGCATTCTATAACCTCCAAAAGGTTAGCACCAGGAAATATTACCCGGAACACGAAGAGGAGCAGTGTA 667 A GAA 3 GLU SYN exon silent "1-150,244-667" 1 scaffold_140 331808 (reverse complement) NA 151-243 NA NA POPTR_0018s06940.1 828212 GCTTTTTTTTCTTTGCCCWATTCTGTTATGTTTTTCTCATCTTCCAGTACAAAGTTTTGTTTTACTACAAACAGTGAAATCCAGTGAGTCAAGGGAACCTATTTTATCATGGGCTAGCATTACAACTGCTCCTTTCCATGAAATGGCTCATGTCATGGGTAAATAAGCTTCTATAAGCTCCATCACTTGATTGTGGTGATGCACAA 207 A/G A G TAATTTTAATATTTGTGAAGCTCAAAAGTAACTATCTCTAACACTGAGGTAGAGAGTACTGCTTTNNAGTTTCTGAGAGTGTATTCTCAATGAAATACTATCATAAAATAAGCACAAGTAAACACAGAAATCAGAAATCAAACCTGCCAGTTAACAGTCCAGTGAAATGCATAAATAACCTTCCTGATGAACTTGTATGATGCAGGGCCCAGATCACGAGCTACACACTGGAAGCAAACAGTCTTGTACCTAGAAGATGTGCTAACCATTTGTCAAGGGGAGGCAATAAGTGGAAGTATGACTGTGGCGCCGAACAAAAAGAATCMTCGTGACATTGACATAATGATCAATTATTCATTGAATGGTCGACGTTGTGTGGCCTCAAGAACTCAACATTATAAAATGCGA GCTTTTTTTTCTTTGCCCWATTCTGTTATGTTTTTCTCATCTTCCAGTACAAAGTTTTGTTTTACTACAAACAGTGAAATCCAGTGAGTCAAGGGAACCTATTTTATCATGGGCTAGCATTACAACTGCTCCTTTCCATGAAATGGCTCATGTCATGGGTAAATAAGCTTCTATAAGCTCCATCACTTGATTGTGGTGATGCACAAATAATTTTAATATTTGTGAAGCTCAAAAGTAACTATCTCTAACACTGAGGTAGAGAGTACTGCTTTNNAGTTTCTGAGAGTGTATTCTCAATGAAATACTATCATAAAATAAGCACAAGTAAACACAGAAATCAGAAATCAAACCTGCCAGTTAACAGTCCAGTGAAATGCATAAATAACCTTCCTGATGAACTTGTATGATGCAGGGCCCAGATCACGAGCTACACACTGGAAGCAAACAGTCTTGTACCTAGAAGATGTGCTAACCATTTGTCAAGGGGAGGCAATAAGTGGAAGTATGACTGTGGCGCCGAACAAAAAGAATCMTCGTGACATTGACATAATGATCAATTATTCATTGAATGGTCGACGTTGTGTGGCCTCAAGAACTCAACATTATAAAATGCGA 615 premature stop codons not found based on given annotation A intron silent "1-15,433-615" 2 scaffold_145 376566 NA PREMATURE_STOP_CODON 16-432 NA NA POPTR_0012s11950.1 828666 TGTCTTTTGGGATGATGACAATTCTGAAKATTTGGTCACCCAATCATTTCAAGAATCAGAACAATGGGCATGGGAGACTTTTAATTCACTACCCATGCTTATGGATGCATACTCAGAACAAGAGAGATCGCAGYTGGAACTAATTCAAAGATTCCTTGCTGGGGGTTTCAGTCTGAGTGACCACCATCCATACCAATCTCCACCCCGCTGTACAGACTCATATGTAGATGCGATAAAGGATCTTCATCAGCTTCCTTGGCTTGAGAGGTTTGTCTCTGTAATAAGCGACAATTATTACGAAGACTATATCTAATGAAAGCTAATATAGGACTGCTAATAAACTAGGAAAAAAGTTGCTTATCTTCTCAACAATGCTCAAGGGAGGTAAAAGAGCTTCTCACTCTATTTACTCCATTTGCATTTACATGAGAAGTGCAGAAATTGGCGCCTCTTTTTCCTTTATAGCCTTTTCATCATCSCTGCTGGWCGATGTGTGACCTTCTTGAAGGTCCATAAGATGGAAGCAGAAGAAT 534 A/G A G AATGCTTGATTCATTGCATTCATCTAGAAAGAAACAGAAAATAGATCAAACATTTACTRCATTCGTAAATTGAAAGAAAATGAAAAAGATGGTAATCTTTTCCKTWCTCTCTATTGTGAATTCTTGTAATGAAGGGAAGGTTT TGTCTTTTGGGATGATGACAATTCTGAAKATTTGGTCACCCAATCATTTCAAGAATCAGAACAATGGGCATGGGAGACTTTTAATTCACTACCCATGCTTATGGATGCATACTCAGAACAAGAGAGATCGCAGYTGGAACTAATTCAAAGATTCCTTGCTGGGGGTTTCAGTCTGAGTGACCACCATCCATACCAATCTCCACCCCGCTGTACAGACTCATATGTAGATGCGATAAAGGATCTTCATCAGCTTCCTTGGCTTGAGAGGTTTGTCTCTGTAATAAGCGACAATTATTACGAAGACTATATCTAATGAAAGCTAATATAGGACTGCTAATAAACTAGGAAAAAAGTTGCTTATCTTCTCAACAATGCTCAAGGGAGGTAAAAGAGCTTCTCACTCTATTTACTCCATTTGCATTTACATGAGAAGTGCAGAAATTGGCGCCTCTTTTTCCTTTATAGCCTTTTCATCATCSCTGCTGGWCGATGTGTGACCTTCTTGAAGGTCCATAAGATGGAAGCAGAAGAATAAATGCTTGATTCATTGCATTCATCTAGAAAGAAACAGAAAATAGATCAAACATTTACTRCATTCGTAAATTGAAAGAAAATGAAAAAGATGGTAATCTTTTCCKTWCTCTCTATTGTGAATTCTTGTAATGAAGGGAAGGTTT 677 G UTR silent 1-313 3 scaffold_200 188968 (reverse complement) NA NA 314-677 3 POPTR_0001s05070.1 829302 ATCGCTCTTCTCCTCCATCTGTGAAGTCCCGTTTGTGCAATAAATACAACACAGTTGAAGGTTGCAAGTTTGGTGATAAATGCCA 86 C/T C T TTTGCCCATGGTGAGTGGGAGCTTGGGAAGGCTTCTGCTGCTCCATCATATGAGGATCCTCGTGCCATGGGGCCAATTCCAGGCAGGATGAGTAGACACATGGAGCATCCACACCAAGGTCATGGTGCTGCAGCCAGCTTTGGGTCCTCTGCAACTACTAAGATCAGTATTGATGCATCACTTGCTGGAGCCATCATTGGAAAAAACGGTGTTAACTCGAAGCATATTTGTCGTGTTACTGGAGCCAAGCTTTCCATAAGGGATCATGAGGCAGACCCTAAAAAGAGGAGCATAGAGCTCGAGGGTTCATTTGATCAGATCAGTCAAGCAAGTGACATGGTTCGCCAGCTTATTTCAAATGTCGGTCAAGCCTCTGGGCCTCCCATAAAAAACCAAGCAATGCACTCTTCTGGTGGATCAAACAACTTCAAGACCAAGATCTGTGAGAACTTCAACAAAGGATCTTGCACTTTTGGGGATAGGTGCCA ATCGCTCTTCTCCTCCATCTGTGAAGTCCCGTTTGTGCAATAAATACAACACAGTTGAAGGTTGCAAGTTTGGTGATAAATGCCACTTTGCCCATGGTGAGTGGGAGCTTGGGAAGGCTTCTGCTGCTCCATCATATGAGGATCCTCGTGCCATGGGGCCAATTCCAGGCAGGATGAGTAGACACATGGAGCATCCACACCAAGGTCATGGTGCTGCAGCCAGCTTTGGGTCCTCTGCAACTACTAAGATCAGTATTGATGCATCACTTGCTGGAGCCATCATTGGAAAAAACGGTGTTAACTCGAAGCATATTTGTCGTGTTACTGGAGCCAAGCTTTCCATAAGGGATCATGAGGCAGACCCTAAAAAGAGGAGCATAGAGCTCGAGGGTTCATTTGATCAGATCAGTCAAGCAAGTGACATGGTTCGCCAGCTTATTTCAAATGTCGGTCAAGCCTCTGGGCCTCCCATAAAAAACCAAGCAATGCACTCTTCTGGTGGATCAAACAACTTCAAGACCAAGATCTGTGAGAACTTCAACAAAGGATCTTGCACTTTTGGGGATAGGTGCCA 574 C CAC 3 HIS SYN exon silent 1-574 2 LG_I 896698 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s34730 829721 CCCAGAGTTGAAGGAGTTACTTCTACAGGATAATCTTGTTATATTTCTGCATTTACTTGGCTGTGATTCAAATGGTCATGCACATCGCCCCTTTTCTTCCATTTATCTCAATAATGTCAAAGTTGTGGACCACATTGCGGAACGAGTTTATTCTCTCCTTGAAMATTACTACAAGGACAATCGCACATCATATATATTTACAGCCGATCATGGAATGAGTGACAAAGGTTGGTACTATCTTGTATTTCTGCTTGAGAGTTTTCTCTGCTTCWTTGCAATTCATCAGTTTCTGTGTTTTCCRACCGTTTACATGGTAATTTC 322 A/G A G TGRATGATTGTGGACTTATTCGTATGTGAATGGACTGAGCTGGTYTCCAATAACTTCACCAAATTCATGTCRGGGCCATAATTCAAAGTGTGACTTCCAAGGCCTAAATTCAACATGATTAAGATGCTTTCTGATTTTCTGTCCATATGCTACTTTATACCYTTTGGTYGGGTCRTTTTTCATCTCAAAGAATTCTGTTTATGGTGCCCTTCCRAGTTACAGATGCTGACATGCTATGGTTCTACCCAGGTAGTCATGGAGATGGGCATCCTTCGAATACAGATACTCCCCTTGTTGT CCCAGAGTTGAAGGAGTTACTTCTACAGGATAATCTTGTTATATTTCTGCATTTACTTGGCTGTGATTCAAATGGTCATGCACATCGCCCCTTTTCTTCCATTTATCTCAATAATGTCAAAGTTGTGGACCACATTGCGGAACGAGTTTATTCTCTCCTTGAAMATTACTACAAGGACAATCGCACATCATATATATTTACAGCCGATCATGGAATGAGTGACAAAGGTTGGTACTATCTTGTATTTCTGCTTGAGAGTTTTCTCTGCTTCWTTGCAATTCATCAGTTTCTGTGTTTTCCRACCGTTTACATGGTAATTTCATGRATGATTGTGGACTTATTCGTATGTGAATGGACTGAGCTGGTYTCCAATAACTTCACCAAATTCATGTCRGGGCCATAATTCAAAGTGTGACTTCCAAGGCCTAAATTCAACATGATTAAGATGCTTTCTGATTTTCTGTCCATATGCTACTTTATACCYTTTGGTYGGGTCRTTTTTCATCTCAAAGAATTCTGTTTATGGTGCCCTTCCRAGTTACAGATGCTGACATGCTATGGTTCTACCCAGGTAGTCATGGAGATGGGCATCCTTCGAATACAGATACTCCCCTTGTTGT 620 A intron silent "1-227,572-620" 3 LG_I 21336097 (reverse complement) NA 228-571 NA NA POPTR_0002s03480.1 830057 GTTCACACATTTTCAGTTCTTTTTCTCCTAAATTATTGYCAGCCAGTGAAAAAATTTGATCTTTTTAGTCTCCTTTTGTTTTCTGGACCATTTGGATTCTGATATTCAAAGCTTTAGATTTAACAGGGTGGCTTTTGTCTCTCATCATTTTTGCATCTGCTCTGGTTTCTGACTATTTAGGGACCTTCAAGAAAACATTTTTACATTTTGGAATTGCCATGATACTAATCTCTTAGGATTCCAAATTTCTTGGATCTTACATTTAAAGAAAGGGAAAAATAGTTGGGGTTGTAG 295 G/T G T TCCTTNNNNNNNNNGGTTTGATTCAAAGATGGATTCTTTCTGTGGTGCCTTGATGGCAAGTGCTGGCGCCAATGCGGTAAATTTTAASMAAGGAGGTATTGGAAATGATGGGACTATCTTTTGGGG GTTCACACATTTTCAGTTCTTTTTCTCCTAAATTATTGYCAGCCAGTGAAAAAATTTGATCTTTTTAGTCTCCTTTTGTTTTCTGGACCATTTGGATTCTGATATTCAAAGCTTTAGATTTAACAGGGTGGCTTTTGTCTCTCATCATTTTTGCATCTGCTCTGGTTTCTGACTATTTAGGGACCTTCAAGAAAACATTTTTACATTTTGGAATTGCCATGATACTAATCTCTTAGGATTCCAAATTTCTTGGATCTTACATTTAAAGAAAGGGAAAAATAGTTGGGGTTGTAGGTCCTTNNNNNNNNNGGTTTGATTCAAAGATGGATTCTTTCTGTGGTGCCTTGATGGCAAGTGCTGGCGCCAATGCGGTAAATTTTAASMAAGGAGGTATTGGAAATGATGGGACTATCTTTTGGGG 421 T UTR silent 324-421 1 LG_II 2156714 NA NA "35-57,80-103,185-242" "1-34,58-79,104-184,243-323" "5,5,5,5" POPTR_0002s13530.1 830316 CTCAGTCCCTTAAAATATCTGCTGTGCGACATGACCYCTGCGGCCAACCTTATGACAGTGAGAGGAGAAGGTTGAGAAACGCTTTTAGTTGCCTGTCTTCAATCTCAATGCGACAAAAGCAGCTGTCAACATCTTCGTTATTGCTACAATCGCCGTTGAAAGGCTGCTTACCATGGGAATTGAGAAGGTCTATGAATGGTTCCTTAAAAGAAAGATGAAAACTACTTCCCGAACGGTTTCTTTAGCATCCATTGAGGCATTGATACCTCTGCGTAGTGATTGGCGACCAAGTCCTATATGGTTAACTGGTGGGTTTGTTCAAATGAATGGTTTTTGTATGTGGTGATTTTAGCACT 357 A/G A G TTCTGCTGTTGAAAACCATTAAAATGCTAATTAAATTCTCCCCGGTCTGAGAAGAAGCCATAACCATTGGAGCACCCTTGTGAGTAGTGAGTTGTGCTTGATCTTTTTTTAA CTCAGTCCCTTAAAATATCTGCTGTGCGACATGACCYCTGCGGCCAACCTTATGACAGTGAGAGGAGAAGGTTGAGAAACGCTTTTAGTTGCCTGTCTTCAATCTCAATGCGACAAAAGCAGCTGTCAACATCTTCGTTATTGCTACAATCGCCGTTGAAAGGCTGCTTACCATGGGAATTGAGAAGGTCTATGAATGGTTCCTTAAAAGAAAGATGAAAACTACTTCCCGAACGGTTTCTTTAGCATCCATTGAGGCATTGATACCTCTGCGTAGTGATTGGCGACCAAGTCCTATATGGTTAACTGGTGGGTTTGTTCAAATGAATGGTTTTTGTATGTGGTGATTTTAGCACTATTCTGCTGTTGAAAACCATTAAAATGCTAATTAAATTCTCCCCGGTCTGAGAAGAAGCCATAACCATTGGAGCACCCTTGTGAGTAGTGAGTTGTGCTTGATCTTTTTTTAA 469 A UTR silent 1-218 2 LG_II 10046927 (reverse complement) NA NA 219-469 3 POPTR_0002s18590.1 830425 CAGGTTGGATGCAGAGGGTTTTTTTGCACCCTGTGACCCAATTGGCATGGCAAGGTAGGGAGCCAAAGTTTCGGACAGAAGCCTCAAGGAATTGCCTTGAATCAGGGCCATCARAGGGCGAGTATGTGAACATTCGCAACTTGCAATGGGCTCATGGCAAGGCTGGGGAAGATAGGGTTCATGTTGTGCTTTGTGATGAGCAAGGATGGTTRTTTATTGGGATATATGATGGCTTTAGTGGTCCAGATGCGCCAGATTTTCTGATGAGCCATCTCTATAGAGCTATAGATAGGGAGTTAGAAGGACTGCTGTGGGATTATGAACATAAATCTTCCAATGATCCTATAAAACCTGAACTGTCGAGGAGTAGAATTGTTGAGGCTGGTTC 389 A/G A G GGGTGCAGCAAGGAAGAGCAGCCAAACTCGAGTCAAGTAACTTCTTGCAGTTTAAACAAATTGCGTAATCCTGGAGATGTCAGGGGTCAATCTTCTAATTGTGAGATAGTGGAGGAAAGTGATGTCCGGGGCAGTTGGCAACAAACATCTAATTGTGAAACGCATAGMAGCTCAGGCTCTGCTTCTGCCTCTATTCCAACTGCCAACTTGGCTGGCAAAGGAAGGAAAAGCATGCGACTTTATGAGCTGCTGCAGATGGAATCATGTGAA CAGGTTGGATGCAGAGGGTTTTTTTGCACCCTGTGACCCAATTGGCATGGCAAGGTAGGGAGCCAAAGTTTCGGACAGAAGCCTCAAGGAATTGCCTTGAATCAGGGCCATCARAGGGCGAGTATGTGAACATTCGCAACTTGCAATGGGCTCATGGCAAGGCTGGGGAAGATAGGGTTCATGTTGTGCTTTGTGATGAGCAAGGATGGTTRTTTATTGGGATATATGATGGCTTTAGTGGTCCAGATGCGCCAGATTTTCTGATGAGCCATCTCTATAGAGCTATAGATAGGGAGTTAGAAGGACTGCTGTGGGATTATGAACATAAATCTTCCAATGATCCTATAAAACCTGAACTGTCGAGGAGTAGAATTGTTGAGGCTGGTTCAGGGTGCAGCAAGGAAGAGCAGCCAAACTCGAGTCAAGTAACTTCTTGCAGTTTAAACAAATTGCGTAATCCTGGAGATGTCAGGGGTCAATCTTCTAATTGTGAGATAGTGGAGGAAAGTGATGTCCGGGGCAGTTGGCAACAAACATCTAATTGTGAAACGCATAGMAGCTCAGGCTCTGCTTCTGCCTCTATTCCAACTGCCAACTTGGCTGGCAAAGGAAGGAAAAGCATGCGACTTTATGAGCTGCTGCAGATGGAATCATGTGAA 659 A intron silent "1-358,440-659" 2 LG_II 14493860 (reverse complement) NA 359-439 NA NA POPTR_0002s22090.1 830497 TTCCAGGACTATCGCTGCCCAGTTTAATACCAGTTGCCCATCCAGCAACCCCAACTGCGTAACCAGAAGTTTGGCAAATAGCATGCAGGTAAAACCATGCTGGGCCTGCTGACTTGAACACCTTAAGGTACCTAGCTATAATGATTCCCACGGGCATAAGGATTCCCCAACTCACTGCGTTTAACACTCCATGAACCTGAAAAAATCAATTTCATTCACCTTTAGAATAATTATTTAAGCTGAATTCATGTCTA 255 C/G C G CAAGCATCCTATACCAACAAATACTGCATAATTAATTGACCATCCACTTACATTTCTCTTGCGGGCTTTTGAGCTAGTTCCTCCTCCAGTTGAAGTTACTGATCCAGAAACAAAATCCACAGTCCCCACTGATTGCAAATTTTGTCCAGTGGTAGGATGTGGACCAGGACTACCTCCACTCAGAGAACCTTCTTGCCAAACTTGGTTGGTCGACACCAAGCTAGCAGAAAGCTGAAGTGTTGCAAAAATTATCATATCCCCTCCTGTGTACTCTGCACTAATATTGGGAACCCCAAAACTCA TTCCAGGACTATCGCTGCCCAGTTTAATACCAGTTGCCCATCCAGCAACCCCAACTGCGTAACCAGAAGTTTGGCAAATAGCATGCAGGTAAAACCATGCTGGGCCTGCTGACTTGAACACCTTAAGGTACCTAGCTATAATGATTCCCACGGGCATAAGGATTCCCCAACTCACTGCGTTTAACACTCCATGAACCTGAAAAAATCAATTTCATTCACCTTTAGAATAATTATTTAAGCTGAATTCATGTCTACCAAGCATCCTATACCAACAAATACTGCATAATTAATTGACCATCCACTTACATTTCTCTTGCGGGCTTTTGAGCTAGTTCCTCCTCCAGTTGAAGTTACTGATCCAGAAACAAAATCCACAGTCCCCACTGATTGCAAATTTTGTCCAGTGGTAGGATGTGGACCAGGACTACCTCCACTCAGAGAACCTTCTTGCCAAACTTGGTTGGTCGACACCAAGCTAGCAGAAAGCTGAAGTGTTGCAAAAATTATCATATCCCCTCCTGTGTACTCTGCACTAATATTGGGAACCCCAAAACTCA 557 G intron silent "1-251,362-557" 2 LG_II 18360924 NA NA 252-361 NA NA POPTR_0005s23170.1 831588 CACGTGTAAGCCTCTCCTTGTTCCTTGCTTTGACCTARAGAGCTCTGCTCCTTTTGTTTTCTCCCGAGCAGACGCGACCGAATCACCAAGTTTTAACTTCGAGCTCTGGAAAGTCTGCCGTGCCACGTCAGCGACTCCAAGCCTCTTCAAGCCGTTTAACTTAACGTCAGTTGATGGCAAAACMTCGTGCTCCGCAATTGACGGAGGTCTCGTGATGAACAATCCAACAGCAGCGGCAGTTACACACGTGCTCCACAACAAGCGTGATTTCCCCACCGTTAATGGCGTAGAGGATCTGTTGGTTCTGTCATTAGGAAACGGAAGTGGATCGCTGACTGGAAGGAAGCTCCGTCATAACGGCGAGTGCTCGACGTCGTCTRTTGTTGACATTGTGCTCGACGGAGTCTCAGAGACTGTTGACCAAATGCTGGGTAACGCATTCTGTTGGAACCGTAATGATTACGTCAGAATTCAGGTATTTGCTGNTTTTTTGAAAAAAAATTCAAGTTTTAGTGATTTCCATTTTCTATGCTTGATCTTTGTTGACGGAGTTAACTGTGGGTAGGCAAACGGATTAGCGAGCG 585 C/T C T GGAGGAGGAGGTGCTAAAGGAGAGAGGAGTGGAAACGTTACCGTTTGGYGGGAAGCGGTTATTGACGGAGACCAACGCCGGAAGAATAGAGAGCTTTGTGCAACGACTTGTTGCTTCAGGGAA CACGTGTAAGCCTCTCCTTGTTCCTTGCTTTGACCTARAGAGCTCTGCTCCTTTTGTTTTCTCCCGAGCAGACGCGACCGAATCACCAAGTTTTAACTTCGAGCTCTGGAAAGTCTGCCGTGCCACGTCAGCGACTCCAAGCCTCTTCAAGCCGTTTAACTTAACGTCAGTTGATGGCAAAACMTCGTGCTCCGCAATTGACGGAGGTCTCGTGATGAACAATCCAACAGCAGCGGCAGTTACACACGTGCTCCACAACAAGCGTGATTTCCCCACCGTTAATGGCGTAGAGGATCTGTTGGTTCTGTCATTAGGAAACGGAAGTGGATCGCTGACTGGAAGGAAGCTCCGTCATAACGGCGAGTGCTCGACGTCGTCTRTTGTTGACATTGTGCTCGACGGAGTCTCAGAGACTGTTGACCAAATGCTGGGTAACGCATTCTGTTGGAACCGTAATGATTACGTCAGAATTCAGGTATTTGCTGNTTTTTTGAAAAAAAATTCAAGTTTTAGTGATTTCCATTTTCTATGCTTGATCTTTGTTGACGGAGTTAACTGTGGGTAGGCAAACGGATTAGCGAGCGCGGAGGAGGAGGTGCTAAAGGAGAGAGGAGTGGAAACGTTACCGTTTGGYGGGAAGCGGTTATTGACGGAGACCAACGCCGGAAGAATAGAGAGCTTTGTGCAACGACTTGTTGCTTCAGGGAA 708 T GUG 2 VAL/ALA NONSYN exon replacement "1-475,566-708" 3 LG_V 14484999 (reverse complement) NA 476-565 NA NA POPTR_0006s24960.1 832106 TGCTCGATATCTCCAATGAGCGGTTTGTTCTCGTATCTGAATCTTGCATTCCTCTCTATAATTTCAGTGTCATCTATGACTACATGATGAGATCCAAGTATAGCTTCATTGGTGCATTTGATGATCATGGGCCATATGGGAGAGGACGGTATAATGAGAACATGGCACCTGAGGTGAAYATTACCCAGTGGCGCAAAGGATCTCAATGGTTTGAGATCAACCGAAAGCTTGCAGTCAACGTAGTGGAAGATGCTAGATATTACCCAAAATTTGAAGAATTCTGTAAGCC 290 A/G A G AGTTGTTATGTTGATGAACATTATTTCCCCACCATGTTAACCATTGAAGCAGCACCTCTCTTRGCTAACAGAACCCTTACTTGGGTGGACTGGTCAAGGGGCGGGGCTCACCCAGCCACCTTCGGAAGAGCGGACATAACCAAGGAGTTCTTCAAAAAGATTCGTGAAGATACGCATTGCGTTTACAATAATCAATCCTCCCCGGTTTGCTTTCTTTTTGCGAGGAAGTTTGCGCCGAGCGCTTTGGAACCTCTGTTACAGGTATCACAAAACGTATTGGGATTTTGATAAATGGAATCGCCAGCCAAGTTCTAGCAGTTGTGAATGGTTGGGAGGAACATGCTACTTTCATTCGTTGCATTTTATGTTA TGCTCGATATCTCCAATGAGCGGTTTGTTCTCGTATCTGAATCTTGCATTCCTCTCTATAATTTCAGTGTCATCTATGACTACATGATGAGATCCAAGTATAGCTTCATTGGTGCATTTGATGATCATGGGCCATATGGGAGAGGACGGTATAATGAGAACATGGCACCTGAGGTGAAYATTACCCAGTGGCGCAAAGGATCTCAATGGTTTGAGATCAACCGAAAGCTTGCAGTCAACGTAGTGGAAGATGCTAGATATTACCCAAAATTTGAAGAATTCTGTAAGCCAAGTTGTTATGTTGATGAACATTATTTCCCCACCATGTTAACCATTGAAGCAGCACCTCTCTTRGCTAACAGAACCCTTACTTGGGTGGACTGGTCAAGGGGCGGGGCTCACCCAGCCACCTTCGGAAGAGCGGACATAACCAAGGAGTTCTTCAAAAAGATTCGTGAAGATACGCATTGCGTTTACAATAATCAATCCTCCCCGGTTTGCTTTCTTTTTGCGAGGAAGTTTGCGCCGAGCGCTTTGGAACCTCTGTTACAGGTATCACAAAACGTATTGGGATTTTGATAAATGGAATCGCCAGCCAAGTTCTAGCAGTTGTGAATGGTTGGGAGGAACATGCTACTTTCATTCGTTGCATTTTATGTTA 660 A CCA 3 PRO SYN exon silent 1-578 2 LG_VI 15645198 (reverse complement) NA NA 579-660 3 POPTR_0012s08120.1 834328 CCAATCCCCTCACCGTTTCCAATCCCCTCACCGATCCGACTATGGCGACCCTCTCGAAAGCCCTCCCTACGCCTCTCCCTCTGCTTCCCCTGAAAAGTCACTCTCTCCGCTCCAAAAMTCCATGGCCGTCGTTGCCGTTGACAC 145 C/T C T CACAAGTCTACTCAGTACTCCCCCGCACTTTCCTCTTTCCCGCCGGATAACCTCTCTGCGCCTCCTGAGCTGGTGCTGAACAAGGTGGCGAGGGAGAGAGTGGCAGATGGGGTGGTGAGGAAGGTGGGGACGGCGTCGGTGGYGAGGAGGTCGAGGAAAGAAGAGAAGATGAGGACTGGTGAATTAGGGTTTAGGGTTAGTGAGATTATCATGTGTTTGATATCTTTTGCTGTTATGGCTGCTGATAAGACTCAGGGATGGAGTGGTGATTCCTTTTATAGATATATAGAGTATAGGTAGGCAGTGATGATTAATTGCTAGTTTTTAATGTTTGTGTYATTTATTTTATTTTAAAAATAATAATTAATGCAGGTATTGTTTGGCCGTGAATGTGATTGGGTTTGTGTATGCTGGATTTCAAGCTTATGATTTAAGC CCAATCCCCTCACCGTTTCCAATCCCCTCACCGATCCGACTATGGCGACCCTCTCGAAAGCCCTCCCTACGCCTCTCCCTCTGCTTCCCCTGAAAAGTCACTCTCTCCGCTCCAAAAMTCCATGGCCGTCGTTGCCGTTGACACCCACAAGTCTACTCAGTACTCCCCCGCACTTTCCTCTTTCCCGCCGGATAACCTCTCTGCGCCTCCTGAGCTGGTGCTGAACAAGGTGGCGAGGGAGAGAGTGGCAGATGGGGTGGTGAGGAAGGTGGGGACGGCGTCGGTGGYGAGGAGGTCGAGGAAAGAAGAGAAGATGAGGACTGGTGAATTAGGGTTTAGGGTTAGTGAGATTATCATGTGTTTGATATCTTTTGCTGTTATGGCTGCTGATAAGACTCAGGGATGGAGTGGTGATTCCTTTTATAGATATATAGAGTATAGGTAGGCAGTGATGATTAATTGCTAGTTTTTAATGTTTGTGTYATTTATTTTATTTTAAAAATAATAATTAATGCAGGTATTGTTTGGCCGTGAATGTGATTGGGTTTGTGTATGCTGGATTTCAAGCTTATGATTTAAGC 581 C ACC 3 THR SYN exon silent "1-441,518-581" 3 LG_XII 9740840 NA NA 442-517 NA NA POPTR_0014s10820.1 834830 ACACTTGTCAATGAATCATCATGTGCTTTGTTCTCTGCTCACAAGGTATCTCTATCATTCTCTCTCCTGTTCAAACTGAAGGCACCRATTGTTGTGGGGATTTTTTTTCTTTTTTGTCTTTTATGAGATTGTTGTTATGATTTTGAGA 149 G/T G T YACCTTTTTGTTTGGTTAATAAATTGTTGTCTGATTATCCTTTCTTTCCAAATGCCTCGCCTATATATATGCTTGAATCTTGTGATTTTTTTGTTTACATTAAAGTTGCARTTTTCAATTGAACTTGAGCTCGGCTCATTTTGTTATTAGGTCTTGAAGCAAAAGAAACTAACAAATGTTCCAAGTTTGGGCTTTGGGGCATTATTTTCTCCTGGGAGAGAGATTTTTCCAGGTCCTCAAATATTACAGCGTGATCCTCATCGTTGCCRCAATTGTGGAGCTTATGCAAATCTTTATTGCAAGATATTACTTGGTTCAGGCCAGTGGCAATGTGTGATTTGCCGGAAACTGAATGGAAGTGAAGGTGAATATGTAGCTCCAAGCAAAGAAGATCTTCGCAACTTTCCAGAACT ACACTTGTCAATGAATCATCATGTGCTTTGTTCTCTGCTCACAAGGTATCTCTATCATTCTCTCTCCTGTTCAAACTGAAGGCACCRATTGTTGTGGGGATTTTTTTTCTTTTTTGTCTTTTATGAGATTGTTGTTATGATTTTGAGAGYACCTTTTTGTTTGGTTAATAAATTGTTGTCTGATTATCCTTTCTTTCCAAATGCCTCGCCTATATATATGCTTGAATCTTGTGATTTTTTTGTTTACATTAAAGTTGCARTTTTCAATTGAACTTGAGCTCGGCTCATTTTGTTATTAGGTCTTGAAGCAAAAGAAACTAACAAATGTTCCAAGTTTGGGCTTTGGGGCATTATTTTCTCCTGGGAGAGAGATTTTTCCAGGTCCTCAAATATTACAGCGTGATCCTCATCGTTGCCRCAATTGTGGAGCTTATGCAAATCTTTATTGCAAGATATTACTTGGTTCAGGCCAGTGGCAATGTGTGATTTGCCGGAAACTGAATGGAAGTGAAGGTGAATATGTAGCTCCAAGCAAAGAAGATCTTCGCAACTTTCCAGAACT 562 GENBANK DID NOT RETURN A MATCH FOR bp 101-165. BLAST RESULTS OBTAINED FROM JGI G intron silent "1-45,300-562" 1 LG_XIV 4738473 (reverse complement) NA 46-299 NA NA POPTR_0016s07220.1 835469 GATTCCACTGGTTCTGCTACCAAACTGAATATAAGCAGGACACCGAACATTCAAATGATATTTCGCAGAAATAAAGGTTCCAACTTTGAATCGGACACGACCATCAATCTTGATCATCAGCAACACAGTTCCTGTAGCTTGGTCTTGACTTAATGCAACTGAATTGTACGGAGATACAGGCACGGCGCTGCCGTAGATAAAAGGGGACCAAACATCAATTTCTTTGTGTCCTTGGTAAGAAGTAGGTATGGAAGTACG 259 C/T C T AGAGTTATTTGTTGGTTACGGTATGTGGCATAAACATCGAGTTTATCATAGTAGATCCCGACTTTGTCATTGGGGTTGCGAGAGGATAAGGTGACTTGGAAGTTGGAAGTGAGAACATTTGGAGATGAAACGTTGAAGGCGTAAACTGTAGCATCTTGGAGGATGAATTTTGGTTTTGAAGGACGGAGGATGGCCCAAACTAAGAGAATTATGATGAGGACTATGAGGAGGAAGATTAGGATTCCGGCGAAGATTCGACGGAAGATTCTTCGGCGTCTGTGGCC GATTCCACTGGTTCTGCTACCAAACTGAATATAAGCAGGACACCGAACATTCAAATGATATTTCGCAGAAATAAAGGTTCCAACTTTGAATCGGACACGACCATCAATCTTGATCATCAGCAACACAGTTCCTGTAGCTTGGTCTTGACTTAATGCAACTGAATTGTACGGAGATACAGGCACGGCGCTGCCGTAGATAAAAGGGGACCAAACATCAATTTCTTTGTGTCCTTGGTAAGAAGTAGGTATGGAAGTACGCAGAGTTATTTGTTGGTTACGGTATGTGGCATAAACATCGAGTTTATCATAGTAGATCCCGACTTTGTCATTGGGGTTGCGAGAGGATAAGGTGACTTGGAAGTTGGAAGTGAGAACATTTGGAGATGAAACGTTGAAGGCGTAAACTGTAGCATCTTGGAGGATGAATTTTGGTTTTGAAGGACGGAGGATGGCCCAAACTAAGAGAATTATGATGAGGACTATGAGGAGGAAGATTAGGATTCCGGCGAAGATTCGACGGAAGATTCTTCGGCGTCTGTGGCC 543 MINUS STRAND T CUA 3 LEU SYN exon silent 1-543 1 LG_XVI 5123161 NA NA NA NA NA POPTR_0001s07750.1 837084 GTCATGTTTCAGACCCTCCTGATAAGTTTCCAAAGCTTTATCATACTCTTTCATAAAGAATTGAACAGCACCTTTTCTTGTATAACCCTTGGAAAAAGTTGGATCAAGTTCAATGCACTTCTCTGCATCCTTCAATCCCTCAGGCAGAGCTCCTAGTTTAGTGTAGCATGCAGCTCTGTTACTATATGCCTGAAAATAGCAACCAGCCATGAATTAGAGTTGAACAGCTGAAACTTGTCGCCTAAATAAGAAAATGCTTGGATGGCTATTATTACCTTGGGATCTTTAGGATCCCTTCTCAAAGATTCTGTGTAGTGCTTCACAGCCTCTGGATACTTTTGCTGCTTGAAATATTCATTGCCTGCAGAAAA 372 C/T C T GCATAAAAACACAATATGCATATATGTGAGGAAATGTATTAATTAAGTGCCATTCAAAGGAATGACCAGCAACTGAATATTAATAAAGAATGGCTACCTTTCTCACGCTCTTCCTCAGCCAATTTTGGATCAAAGTATTCTTGTTGCTCAAGATCCTTCTTTGCTTTCTCTGCGTCGTTTAGTTTCTTCAATGTGTCAGGATTGCGATGCTCTGTCAGGGCCTTCTGGAAGG GTCATGTTTCAGACCCTCCTGATAAGTTTCCAAAGCTTTATCATACTCTTTCATAAAGAATTGAACAGCACCTTTTCTTGTATAACCCTTGGAAAAAGTTGGATCAAGTTCAATGCACTTCTCTGCATCCTTCAATCCCTCAGGCAGAGCTCCTAGTTTAGTGTAGCATGCAGCTCTGTTACTATATGCCTGAAAATAGCAACCAGCCATGAATTAGAGTTGAACAGCTGAAACTTGTCGCCTAAATAAGAAAATGCTTGGATGGCTATTATTACCTTGGGATCTTTAGGATCCCTTCTCAAAGATTCTGTGTAGTGCTTCACAGCCTCTGGATACTTTTGCTGCTTGAAATATTCATTGCCTGCAGAAAACGCATAAAAACACAATATGCATATATGTGAGGAAATGTATTAATTAAGTGCCATTCAAAGGAATGACCAGCAACTGAATATTAATAAAGAATGGCTACCTTTCTCACGCTCTTCCTCAGCCAATTTTGGATCAAAGTATTCTTGTTGCTCAAGATCCTTCTTTGCTTTCTCTGCGTCGTTTAGTTTCTTCAATGTGTCAGGATTGCGATGCTCTGTCAGGGCCTTCTGGAAGG 604 T intron silent "1-135,244-329,416-604" 2 scaffold_127 353474 (reverse complement) NA "136-243,330-415" NA NA POPTR_0001s25980.1 172256_2 TGTCTGTTGGTCTATAATGGTTCTTCTGCTCATCTATTCATCCTATGTTTTTGACCCTGTCCAAGTGCTTAAGATCCATGGTGTTCCGTACTTGGTGAGTYACTTTACCCCATAAATCTTGGATTTCCTACTTGTCACTGCTGAAATCACTT 153 A/G A G AGTTTTAATACAATTTGCAGATATTTGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACATACCTGCACCACCAYGGCCATGAGCAGAAACTTCCCTGGTACCGCGGCAAGGTACACTGATGTTATTATA TGTCTGTTGGTCTATAATGGTTCTTCTGCTCATCTATTCATCCTATGTTTTTGACCCTGTCCAAGTGCTTAAGATCCATGGTGTTCCGTACTTGGTGAGTYACTTTACCCCATAAATCTTGGATTTCCTACTTGTCACTGCTGAAATCACTTAAGTTTTAATACAATTTGCAGATATTTGTTATGTGGCTGGACTTTGTTACATACCTGCACCACCAYGGCCATGAGCAGAAACTTCCCTGGTACCGCGGCAAGGTACACTGATGTTATTATA 273 A intron silent "1-94,174-254" 3 LG_I 16603286 NA NA "95-173,255-273" NA NA POPTR_0001s26820.1 172979_3 TTTTTTTTCTTTGTTCTTTGGGTTAGATGTTGCCAATGTATCAATARTTGTGCTGGTTGTTTCTAGTTTCTACCACTCATTACTTCACCTTTTTTTTCTTGCAGACAAATTTTGCTCCMCCTCCACCTCATGCTGCTGCCTCTCAACAGCCTACGAGGCCTTT 164 C/T C T GTCCCTGCAAATGTTCCCATGCTAAGAAATGCAGAACAGTATCAGCAACCCACATTGGGCTCTCAGTTATATCCTGTCTGTATATTTTCTGTGGATTACAATTTAGTGTTAACTGGTATATTTCTGAGGATGCACTRAAAGTTTTGCTTGCTTGTTTTAGGGGACTGCCAATCCTGCCTATAATCCTGTACAACC TTTTTTTTCTTTGTTCTTTGGGTTAGATGTTGCCAATGTATCAATARTTGTGCTGGTTGTTTCTAGTTTCTACCACTCATTACTTCACCTTTTTTTTCTTGCAGACAAATTTTGCTCCMCCTCCACCTCATGCTGCTGCCTCTCAACAGCCTACGAGGCCTTTCGTCCCTGCAAATGTTCCCATGCTAAGAAATGCAGAACAGTATCAGCAACCCACATTGGGCTCTCAGTTATATCCTGTCTGTATATTTTCTGTGGATTACAATTTAGTGTTAACTGGTATATTTCTGAGGATGCACTRAAAGTTTTGCTTGCTTGTTTTAGGGGACTGCCAATCCTGCCTATAATCCTGTACAACC 359 T UUU 3 PHE SYN exon silent "150-239,325-359" 1 LG_I 18889906 (reverse complement) NA "1-149,240-324" NA NA POPTR_0001s28780.1 173631_2 TTTCAAGGTAAGAACCCTTCTGATTACTCGGTCAAATAATTGGCAAAAATACTACCAATCATCACTYTCATGGACTCGACATCTGGAGGAGCCACTGCACCCGGCCCGAATAGTGGAGAACCTTGTCCATCAGCAGCAACAGCAGGATCGTCTTCAGCATC 162 C/G C G CAGCCACAACAGCAACCGGAGGGATCATCACCGCCAGCACCACCAAGTAGATACGAGTCACAGAAGAGGAGAGACTGGAACACTTTCTTACAGTACATAAAGAACCACAAGCCACCTTTAACCCTAGCTCGTTGCAGTGGTGCACATGTGATTGAGTTCTTGAAATACTTGGATCAATTTGGTAAGACTAAAGTCCACATAACGGGTTGTCCTTATTTTGGGCACCCGAACCCGCCAGCACCTTGTTCTTGTCCACTAAAGCAGGCTTGGGGTAGTCTTGATGCGCTAATCGGACGGCTTAGAGCTGCTTATGAAGAAAACGGTGGACTGCCAGAATCAAACCCTTTTGGGGCTAGAGCTGTTAGGATTTATTTGAGGGAAGTTCGAGAAGGTCAAGCTAAAGCMAGAGGG TTTCAAGGTAAGAACCCTTCTGATTACTCGGTCAAATAATTGGCAAAAATACTACCAATCATCACTYTCATGGACTCGACATCTGGAGGAGCCACTGCACCCGGCCCGAATAGTGGAGAACCTTGTCCATCAGCAGCAACAGCAGGATCGTCTTCAGCATCCCAGCCACAACAGCAACCGGAGGGATCATCACCGCCAGCACCACCAAGTAGATACGAGTCACAGAAGAGGAGAGACTGGAACACTTTCTTACAGTACATAAAGAACCACAAGCCACCTTTAACCCTAGCTCGTTGCAGTGGTGCACATGTGATTGAGTTCTTGAAATACTTGGATCAATTTGGTAAGACTAAAGTCCACATAACGGGTTGTCCTTATTTTGGGCACCCGAACCCGCCAGCACCTTGTTCTTGTCCACTAAAGCAGGCTTGGGGTAGTCTTGATGCGCTAATCGGACGGCTTAGAGCTGCTTATGAAGAAAACGGTGGACTGCCAGAATCAAACCCTTTTGGGGCTAGAGCTGTTAGGATTTATTTGAGGGAAGTTCGAGAAGGTCAAGCTAAAGCMAGAGGG 573 G UCG 3 SER SYN exon silent 1-387 1 LG_I 20620198 NA NA NA NA NA POPTR_0001s35660.1 174078_3 TTTCCTGGTTGTTTCCTAAACATCGACCTGCTTTCTTACAGCAAGCTTCCCTTATCTATTATATTAGTTGGGGTGGGAGATGGGCCCTGGGATATGATGAGGGAGTTTGATGATAACATTCCTGCTCGAGATTTTGATAATTTCCAGGTAAGTWTTTGGGGTGTTATTTGATTTCCATCTTAATTACTCTTTTGTTTTTAGAAACRGTGGTTTTTGACATATGCTTCTTCAATGGCTGCTTCTCTCCAGTTTGTGAATTTCACAGAAATAATGTCAAAGAATGTGGACACATCAAGAAAGGAGACAGAATTTGCGCTTTCTGCTCTGATGGAAATTCCTTC 342 C/T C T CAGTACAAGGCAACTATAGAGCTTAGTATATTGGGGTAATGCACGCTTCCCCCTCTGGMTAGTTTCAAA TTTCCTGGTTGTTTCCTAAACATCGACCTGCTTTCTTACAGCAAGCTTCCCTTATCTATTATATTAGTTGGGGTGGGAGATGGGCCCTGGGATATGATGAGGGAGTTTGATGATAACATTCCTGCTCGAGATTTTGATAATTTCCAGGTAAGTWTTTGGGGTGTTATTTGATTTCCATCTTAATTACTCTTTTGTTTTTAGAAACRGTGGTTTTTGACATATGCTTCTTCAATGGCTGCTTCTCTCCAGTTTGTGAATTTCACAGAAATAATGTCAAAGAATGTGGACACATCAAGAAAGGAGACAGAATTTGCGCTTTCTGCTCTGATGGAAATTCCTTCCCAGTACAAGGCAACTATAGAGCTTAGTATATTGGGGTAATGCACGCTTCCCCCTCTGGMTAGTTTCAAA 411 T UCU 3 SER SYN exon silent "42-147,250-377" 3 LG_I 22354068 NA NA "1-41,148-249,378-411" NA NA POPTR_0001s33900.1 174433_2 GAAATATAATCCAGATACTAAATCATGGGAAGACCTTCCAAGGATGCGGCAAAGAAGAAAGCTTTGCTCTGGTTGTTTCATGGAYAACAAATTTTATGTGATTGGAGGACGGAACGA 118 G/T G T GAGGGAAATGTTCTGACTTGTGCTGAAGCCTATGATGAGGATAAAAAGGCATGGGACCTGATCCCAGACATGTTGGAGGATACACCAATCGCTACTTTCCAATCTCCACCCCTCATTGCTGTTGTGAACAATGAGCTTTACTCCCTWGARCCTTCATCAAACCAGTTGAAGGTATACTTGAAAAAGAGCAGAACATGGAAGAAATTAGGAGCAGTGCCGGTAAGAGCAGATTCTAACAAAGGATGGGGTGTAGCCTTCAAGTCTCTGGGCAATGAACTACTTGTAATAGGTGCATCTACATCCACAGTTTCTTATTCCGGGGATGGCATGGCTATATACACCTGCAGACCTGATTCTGAA GAAATATAATCCAGATACTAAATCATGGGAAGACCTTCCAAGGATGCGGCAAAGAAGAAAGCTTTGCTCTGGTTGTTTCATGGAYAACAAATTTTATGTGATTGGAGGACGGAACGAGGAGGGAAATGTTCTGACTTGTGCTGAAGCCTATGATGAGGATAAAAAGGCATGGGACCTGATCCCAGACATGTTGGAGGATACACCAATCGCTACTTTCCAATCTCCACCCCTCATTGCTGTTGTGAACAATGAGCTTTACTCCCTWGARCCTTCATCAAACCAGTTGAAGGTATACTTGAAAAAGAGCAGAACATGGAAGAAATTAGGAGCAGTGCCGGTAAGAGCAGATTCTAACAAAGGATGGGGTGTAGCCTTCAAGTCTCTGGGCAATGAACTACTTGTAATAGGTGCATCTACATCCACAGTTTCTTATTCCGGGGATGGCATGGCTATATACACCTGCAGACCTGATTCTGAA 478 G GAG 3 GLU/ASP NONSYN exon replacement 1-478 3 LG_I 23902925 NA NA NA NA NA POPTR_0001s31720.1 175036_2 TTCCATTGCATCTCCTTCACCTTCWGGTAACATCCAAGATCCATTGAATCCTAATGCCAATGGCGATAAGCACTTCGA 79 C/T C T ATAAATGTTGTTATGGTCCTCATAGTCCTAATATGTGCACTYSTTGTTTCACTTGGACTAAATTCTTTCATAAGGTGTGCAGTAAGGTGCTCATATTTAAATGGAAATTCTTCCAATAGWGGGATCAAGAAAAAAGCCTTGAGAACTTTTCCTATAGAGAATTACTCCCCAGAGAAGAGTAAATTGCCAGGGCTGGACACACAATGTGTCATATGCATATCAGAGTTTGTACATGGTGATCGAGTTCGAATTTTGCCCAAGTGTAGCCATGGATTTCATGTGAAGTGCATTGATGAGTGGCTTAGCTCACACTCATCTTGCCCTACATGCAGGCACTGCCTTATGGAGACGTGCCAAAAGATTGCTGGTGTTAGTCAGGCTAGCTCATCGGAACAAC TTCCATTGCATCTCCTTCACCTTCWGGTAACATCCAAGATCCATTGAATCCTAATGCCAATGGCGATAAGCACTTCGACATAAATGTTGTTATGGTCCTCATAGTCCTAATATGTGCACTYSTTGTTTCACTTGGACTAAATTCTTTCATAAGGTGTGCAGTAAGGTGCTCATATTTAAATGGAAATTCTTCCAATAGWGGGATCAAGAAAAAAGCCTTGAGAACTTTTCCTATAGAGAATTACTCCCCAGAGAAGAGTAAATTGCCAGGGCTGGACACACAATGTGTCATATGCATATCAGAGTTTGTACATGGTGATCGAGTTCGAATTTTGCCCAAGTGTAGCCATGGATTTCATGTGAAGTGCATTGATGAGTGGCTTAGCTCACACTCATCTTGCCCTACATGCAGGCACTGCCTTATGGAGACGTGCCAAAAGATTGCTGGTGTTAGTCAGGCTAGCTCATCGGAACAAC 476 T GAU 3 ASP SYN exon silent 1-476 3 LG_I 25870141 NA NA NA NA NA POPTR_0001s14810 178844_4 GCCCTCGCATTCCTCTTTGATAAGTTGAAATTGTGARTGTTGAATTGAAGAATTATTGATTGGTGATTACAAATCATCTTTACTTGTTATGTTCTAGAGAATATCAATGAAATTGKGTRTTAGCGAGTGACAGTACC 138 A/G A G TGTTATTGTTAGTGGTTTTTGAAAACTTGTAATTTTCTTGACAAAACTTATCTTGTTGAATCACCTAATCGATGAATTCAAGTACTACATTTGAATGATCTCATTGTCAGTAGAAAATTTCAGTCTGTTAATTTTGCAGGATCAACCTGAGCGTGCTGTGCRGATGTTGGCTAAAATGAAAAAATTAAAGATTCAGCCAGATATCAGGACATATCAGCAACTGTTTTCATTAGTTGGCAATACAAATGCTCCATAYGAGGATGGTGATATGTTGTCACGTGTAGACTCTGCT GCCCTCGCATTCCTCTTTGATAAGTTGAAATTGTGARTGTTGAATTGAAGAATTATTGATTGGTGATTACAAATCATCTTTACTTGTTATGTTCTAGAGAATATCAATGAAATTGKGTRTTAGCGAGTGACAGTACCATGTTATTGTTAGTGGTTTTTGAAAACTTGTAATTTTCTTGACAAAACTTATCTTGTTGAATCACCTAATCGATGAATTCAAGTACTACATTTGAATGATCTCATTGTCAGTAGAAAATTTCAGTCTGTTAATTTTGCAGGATCAACCTGAGCGTGCTGTGCRGATGTTGGCTAAAATGAAAAAATTAAAGATTCAGCCAGATATCAGGACATATCAGCAACTGTTTTCATTAGTTGGCAATACAAATGCTCCATAYGAGGATGGTGATATGTTGTCACGTGTAGACTCTGCT 430 G intron silent 278-430 1 LG_I 3275928 (reverse complement) NA 1-277 NA NA POPTR_0001s16970.1 180750_3 TATTTTATTTTATTTTTTCTTACRAAGGAAATAAACAACTTACGACCCAAGTTGAATTATGTGTGCTCTGTATTGTGATCTAAYTCAAGCTTGATGTGTCTTTGAATTTTCGCAGCTCTCAATAGGTGTGGTAAGAGTTGCAGGCTAAGATGGTTGAATTATTTAAGACCAAACATCAAGAGAGGCAATATATCTGACCAAGAAGAGGACCTCATACTTAGGCTTCATAAACTACT 237 A/G A G GGAAACAGGTAATTATTGTTATCCAAACATCAACGGCAAATAGTTATAMACTCCCAATTGCTTTAATTATTACTCTTGCTTAGCAGTACCTTTTCTGGGG TATTTTATTTTATTTTTTCTTACRAAGGAAATAAACAACTTACGACCCAAGTTGAATTATGTGTGCTCTGTATTGTGATCTAAYTCAAGCTTGATGTGTCTTTGAATTTTCGCAGCTCTCAATAGGTGTGGTAAGAGTTGCAGGCTAAGATGGTTGAATTATTTAAGACCAAACATCAAGAGAGGCAATATATCTGACCAAGAAGAGGACCTCATACTTAGGCTTCATAAACTACTAGGAAACAGGTAATTATTGTTATCCAAACATCAACGGCAAATAGTTATAMACTCCCAATTGCTTTAATTATTACTCTTGCTTAGCAGTACCTTTTCTGGGG 337 A CUA 3 LEU SYN exon silent 116-245 2 LG_I 8960196 NA NA "1-115,246-337" NA NA POPTR_0004s16895 195673_2 AGTTTCTTTTCCTTTTATGTGCTTTGCAAGTGGCCTAGATGAGCAAACTAACAGTGTTAGAGTTTAGTAAAGAATTTCATTTCATCTGATGGTGTCATGGAGAGTGAAAATCTGTGGTTATGGGATGGGAGATTCTTAAATTTTTGCTATT 152 G/T G T CCAGGTTGTGCAATTGTAACAGCTTTGTGTTCCAAGTCAAAGAAATGCACAGCTCTGGTGTTTCTGCTGCTTCTTCTAGATTGTGATTGAATGCTAGCTTTCATTCATGGAATAAGGATGTGGCCATACTTATTTTTTATTTAGATTTATTTTTTGATAAGTGGTGCTATTGGGTGCTGTTCCATTTCCTTCTTTGTTGTGGTATTTGGTTAGACAACAATTTGTGTGGAGAAGTATGGAATCAACTCTCTCTCT AGTTTCTTTTCCTTTTATGTGCTTTGCAAGTGGCCTAGATGAGCAAACTAACAGTGTTAGAGTTTAGTAAAGAATTTCATTTCATCTGATGGTGTCATGGAGAGTGAAAATCTGTGGTTATGGGATGGGAGATTCTTAAATTTTTGCTATTGCCAGGTTGTGCAATTGTAACAGCTTTGTGTTCCAAGTCAAAGAAATGCACAGCTCTGGTGTTTCTGCTGCTTCTTCTAGATTGTGATTGAATGCTAGCTTTCATTCATGGAATAAGGATGTGGCCATACTTATTTTTTATTTAGATTTATTTTTTGATAAGTGGTGCTATTGGGTGCTGTTCCATTTCCTTCTTTGTTGTGGTATTTGGTTAGACAACAATTTGTGTGGAGAAGTATGGAATCAACTCTCTCTCT 407 G noncoding silent NA 3 LG_IV 15034783 (reverse complement) NA 1-408 NA NA POPTR_0004s08980.1 198395_2 TTCTCTCATTTTTCCTTTACTTATGACTGGCCTTTGAACTTTTAATTCTAAATKATGTAAATTCTGTTGTGCTTTAGGGGATGCAAACCAATCAGTTCATCTGGTTGCCAGTGAGGGACTAGAAGCTTATCTTCCTCTTGCAGATATGGTTGATATATCTGCTGAGGTAGAACGCCTTTCAAAGCGCCTCTCCAAGATGCAAGTAGAGTATGATGGACTTGTTGCTCGTCTCAGTTCTCAAAAACTATGAGCATCTTTCTACTCAACTTTTACATGTGTTTATGCCCACAAATCTCCCCCTCAAAATAAGGGATTGCTGAACCATGATCATTATGGATTTTGTATGATCCAAGGTTATAATTTTCTAGGCCCCAGCACATCTTGATGT 389 C/T C T AAGTAAAGACTGCTAGTGCTAGTCTCTTACCCTAGGATAAATCTATTTTAACATTCATAGCTCTTGATATCACTTTTGCAACATGCTTACAATCTACCTCACTTTATAGTTTGTAGAGAAAGCYCCCGAGGATGTTGTCCATGGGGTTCGAGAAA TTCTCTCATTTTTCCTTTACTTATGACTGGCCTTTGAACTTTTAATTCTAAATKATGTAAATTCTGTTGTGCTTTAGGGGATGCAAACCAATCAGTTCATCTGGTTGCCAGTGAGGGACTAGAAGCTTATCTTCCTCTTGCAGATATGGTTGATATATCTGCTGAGGTAGAACGCCTTTCAAAGCGCCTCTCCAAGATGCAAGTAGAGTATGATGGACTTGTTGCTCGTCTCAGTTCTCAAAAACTATGAGCATCTTTCTACTCAACTTTTACATGTGTTTATGCCCACAAATCTCCCCCTCAAAATAAGGGATTGCTGAACCATGATCATTATGGATTTTGTATGATCCAAGGTTATAATTTTCTAGGCCCCAGCACATCTTGATGTCAAGTAAAGACTGCTAGTGCTAGTCTCTTACCCTAGGATAAATCTATTTTAACATTCATAGCTCTTGATATCACTTTTGCAACATGCTTACAATCTACCTCACTTTATAGTTTGTAGAGAAAGCYCCCGAGGATGTTGTCCATGGGGTTCGAGAAA 544 T noncoding silent "78-233,376-386,499-544" 2 LG_IV 6382429 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON "1-77,234-375,387-498" NA NA POPTR_0005s15810.1 209853_5 TTTACTGCTCATATATAGTTTCTTACAGGAGGGTAGAAGGYTTTGAGTACATAAATTAATACTAAGATTTGTTGAAATGTGTCGATTTTGGTTCAGTCATTTACTTTGAAGAAATACCCAGCAGAGCTTTCTCTCACAGCATTGATATGCGTGATGGGCGTAGTGGAAGGTGCAGCAGTGTCCCTTGTTATGGAACGTGACATGGGTGCCTGGAAAATAGGCTTTGACTCTCGGCTTCTTGCTGCTGCTTACTCTGTGAGTACATATGTTTTTCTTAATTMATTGTTTCAGGTGAGTGTWGGATAGTTTTTTAACAAATTTWTTATTTTTTTTCGTTACACCTTCAATCATGTAAATAGGGAGTGGTTTGTTCTGGAATTGCATATTATGTGCAAGGTGTGGTAATAAGGGAACGAGGCCCTGTCTTTGTAACTTCTTTTAGCCCTCTTTGCATGATCACCACTGCAGCTCTTGGATCCCTTGTTCTAG 490 A/C A C GGAGCAAATCCACCTTGGAAGGTATACATGTAATTGT TTTACTGCTCATATATAGTTTCTTACAGGAGGGTAGAAGGYTTTGAGTACATAAATTAATACTAAGATTTGTTGAAATGTGTCGATTTTGGTTCAGTCATTTACTTTGAAGAAATACCCAGCAGAGCTTTCTCTCACAGCATTGATATGCGTGATGGGCGTAGTGGAAGGTGCAGCAGTGTCCCTTGTTATGGAACGTGACATGGGTGCCTGGAAAATAGGCTTTGACTCTCGGCTTCTTGCTGCTGCTTACTCTGTGAGTACATATGTTTTTCTTAATTMATTGTTTCAGGTGAGTGTWGGATAGTTTTTTAACAAATTTWTTATTTTTTTTCGTTACACCTTCAATCATGTAAATAGGGAGTGGTTTGTTCTGGAATTGCATATTATGTGCAAGGTGTGGTAATAAGGGAACGAGGCCCTGTCTTTGTAACTTCTTTTAGCCCTCTTTGCATGATCACCACTGCAGCTCTTGGATCCCTTGTTCTAGAGGAGCAAATCCACCTTGGAAGGTATACATGTAATTGT 527 C GCG 2 ALA/GLU NONSYN exon replacement "97-255,360-511" 1 LG_V 11368278 NA NA "1-96,256-359,512-527" NA NA POPTR_0007s06510.1 217827_4 ATCKTGTGATGATTTTGGTAATCAGCCCGTGGAGCGAGCTCTTGAATATATCTTTGGTCTCTCAAACAAATCACTTGGTCCATTGACTGGTYCAGTTGACACTAAATTAGTTCGCTCTATTTTAAAAAATGAGTTTTCYAAGTTTTGTATCAAATCTGGTGATTTGGTTGATAATAGAGACGGGATTCATATCAGTAAAGATGGTTGTGAATCTCAGGTGGT 223 C/T C T GGGCTTGAAGAAGTGAGCATCTGTGGTGATATTRGAATCATTAAACACCCTTTGCATGTAGAAAGCTTAGCAATGTTCAGTAGTGCTAGGTCCAATGSTTGTGTTTGGAAAGGGAAATGGATGTATGAAGTTCTATTGGAAACTTGTGGTGTACAGCAGCTTGGATGGGCAACTCGTTCTTGTCCTTTTACTGATCACAAGGGTGTAGGTGATGCAGATGATTCATATGCATTCGATGGGAAAARGGTTAGTAAGTGGAACAAGGAYGCTGAGCCATATGGTCAGCCATGGGTTGTTGGTGATGTCATTGGATGTTGCATTAATCTGGATCATGATGAGATATTGTTCTATAGAAATGGTGTATCCCTTGGAGTGGCCTTTCGTGGTATCCGCAAGATGGGACCTGGATCTGGGTATTACCCAGCAATCTCTCTTTCTCAAGGTGAACGYTGTGAATTAAATTTTGGGGCTCGTCCCTTCAAGTACCCCATTCAGGGG ATCKTGTGATGATTTTGGTAATCAGCCCGTGGAGCGAGCTCTTGAATATATCTTTGGTCTCTCAAACAAATCACTTGGTCCATTGACTGGTYCAGTTGACACTAAATTAGTTCGCTCTATTTTAAAAAATGAGTTTTCYAAGTTTTGTATCAAATCTGGTGATTTGGTTGATAATAGAGACGGGATTCATATCAGTAAAGATGGTTGTGAATCTCAGGTGGTCGGGCTTGAAGAAGTGAGCATCTGTGGTGATATTRGAATCATTAAACACCCTTTGCATGTAGAAAGCTTAGCAATGTTCAGTAGTGCTAGGTCCAATGSTTGTGTTTGGAAAGGGAAATGGATGTATGAAGTTCTATTGGAAACTTGTGGTGTACAGCAGCTTGGATGGGCAACTCGTTCTTGTCCTTTTACTGATCACAAGGGTGTAGGTGATGCAGATGATTCATATGCATTCGATGGGAAAARGGTTAGTAAGTGGAACAAGGAYGCTGAGCCATATGGTCAGCCATGGGTTGTTGGTGATGTCATTGGATGTTGCATTAATCTGGATCATGATGAGATATTGTTCTATAGAAATGGTGTATCCCTTGGAGTGGCCTTTCGTGGTATCCGCAAGATGGGACCTGGATCTGGGTATTACCCAGCAATCTCTCTTTCTCAAGGTGAACGYTGTGAATTAAATTTTGGGGCTCGTCCCTTCAAGTACCCCATTCAGGGG 721 C GUC 3 VAL SYN exon silent 1-721 3 LG_VII 5011034 NA NA NA NA NA POPTR_0010s22230.1 227771_5 CATCCCAAACAGTCTCTCTTCTAACAAAAAGAATGANGTCATCTATGANACCAANGAGATGCCTTCTCTTGAACTGGTTTTGAAAAGGCTGAGAGATACTGGAGATGCTTGGGCCAGTGCCAATGACCGAAATGTGTTGAGACATTCAGACCTTTCAGCATTCTCAAGGTAGGATAAATTTGGATTCTGACCATATCCATTCTTTGGTCCTTCAATGGAGGTACATCCTAAAGTTGAATCTTCATTACTATGCAGGTATAATTCTGCTTCAACCGCTGNTCAGGCTCCAACAGGGAATGTAGGTANCTGTTCTCTGCTTGATAATTGTTCAGAAGCAGCAAAAACAAAATCAATGCAAAATCTTCAATCCAACTCAAATAGCACACCTCGTAATCTATGTTCCAATGGAAGTAGTAACAACAATGATGTGGGCTCTACAACTAATAATGCTTTCGCCAAACCTTTGGTAATCAGAGACAAGCCAACACCAAAATC 496 A/T A T ACAGTTAAATGCCTCCATCCTTCTTCTGCCTTCCAGCCAGTGCAGAATGACTATACACATCTTCCTCAGCCTGTAATACAGGGTAAGGGTGATGCTCYAATCGCTAACACAATTCTGGCTCAATCAAGAGGCATGAACCAGCAAGGCCAAGTGCAACACCATCGTCACTGTGTTCATAACATGCCTCTCACC CATCCCAAACAGTCTCTCTTCTAACAAAAAGAATGANGTCATCTATGANACCAANGAGATGCCTTCTCTTGAACTGGTTTTGAAAAGGCTGAGAGATACTGGAGATGCTTGGGCCAGTGCCAATGACCGAAATGTGTTGAGACATTCAGACCTTTCAGCATTCTCAAGGTAGGATAAATTTGGATTCTGACCATATCCATTCTTTGGTCCTTCAATGGAGGTACATCCTAAAGTTGAATCTTCATTACTATGCAGGTATAATTCTGCTTCAACCGCTGNTCAGGCTCCAACAGGGAATGTAGGTANCTGTTCTCTGCTTGATAATTGTTCAGAAGCAGCAAAAACAAAATCAATGCAAAATCTTCAATCCAACTCAAATAGCACACCTCGTAATCTATGTTCCAATGGAAGTAGTAACAACAATGATGTGGGCTCTACAACTAATAATGCTTTCGCCAAACCTTTGGTAATCAGAGACAAGCCAACACCAAAATCAACAGTTAAATGCCTCCATCCTTCTTCTGCCTTCCAGCCAGTGCAGAATGACTATACACATCTTCCTCAGCCTGTAATACAGGGTAAGGGTGATGCTCYAATCGCTAACACAATTCTGGCTCAATCAAGAGGCATGAACCAGCAAGGCCAAGTGCAACACCATCGTCACTGTGTTCATAACATGCCTCTCACC 688 T UCU 3 SER SYN exon silent "1-168,256-688" 3 LG_X 18604785 (reverse complement) NA 169-255 NA NA POPTR_0018s10900.1 262492_2 GGTCGTTGANTCTCAAAGCATTTGATTTCAGTATCAAGAAATTATCATCTATAGAGGTAGTTTTATTG 69 C/T C T ATTTACACATGTTATGTTGTTGTCTTTGAATCATTTTTTGCGCCTATTTTACGTGGATATGATTTCTATAGGAAAATCGCTACGCATATACATGATTATAAATGCATATTTAACCAATGTTTTCTGCTCCTACAAAAAGANAAGAGAGGAGGGAGGAGTAGGTTTCGAACCCATATTTTTGCTCTTTATGAAGAATTACAAARAAAAAAA GGTCGTTGANTCTCAAAGCATTTGATTTCAGTATCAAGAAATTATCATCTATAGAGGTAGTTTTATTGCATTTACACATGTTATGTTGTTGTCTTTGAATCATTTTTTGCGCCTATTTTACGTGGATATGATTTCTATAGGAAAATCGCTACGCATATACATGATTATAAATGCATATTTAACCAATGTTTTCTGCTCCTACAAAAAGANAAGAGAGGAGGGAGGAGTAGGTTTCGAACCCATATTTTTGCTCTTTATGAAGAATTACAAARAAAAAAA 279 C intron silent 1-56 2 LG_XVIII 10249103 NA NA 57-279 NA NA POPTR_0008s08940.1 263099_4 AACTAGTCATGGTATAGAAGCTAGCAAATTNGCATGCAATCAGAGTTTAACGAAAGRCAATCCTGAATCTTAAACCAGGAAAATGTAGTGAAGATAAAATCTGCGAAAACACACCAGCACCAATGCAAGATCACAATTTTATGTCACAGGCACAACTATAAAATCAAAGGATGGTGATAAAAATAGCATATGCTGTTGGCAGCAGGGGAAATATCAGAATATAATCAGGATTATAGCAAGGTAGCATCATTTTTGTCAATGGAATACTGTGCAGTAAGTTAAATCCTGAATGTTTCATGGACAATTTGGACATGAATGTGAACGCTTCTCTCTCCTAGGATCCTTCTTGTTTACATGGAATCACGTGTTGAGGTAACATGATTTCCAAGTGTTTGGTGCAACTATATGACTTTCCATATTTAGTCACGTTCTCGACTAGTTTTGAATGTGATTCTCCTTYTAATAGATAGAAAAAAACAAAAGGGATTATTTGTCCAACATGAAACTTTCACGACATGCATGAACATCAGTATTGCTATTTATTCTCAAAATTCTGTCATGCTTTG 567 C/T C T GGTGAAGGATAATTTGCATATAAAGGCATAGAGACANNGCCGCAGAGCAAGCTGCAGTCAAAATGATTCTAGAAGTAGAGAGGATTGGATAATCAGAAAAAGTTATTACATACGTTGACTTGAATGGTGCAC AACTAGTCATGGTATAGAAGCTAGCAAATTNGCATGCAATCAGAGTTTAACGAAAGRCAATCCTGAATCTTAAACCAGGAAAATGTAGTGAAGATAAAATCTGCGAAAACACACCAGCACCAATGCAAGATCACAATTTTATGTCACAGGCACAACTATAAAATCAAAGGATGGTGATAAAAATAGCATATGCTGTTGGCAGCAGGGGAAATATCAGAATATAATCAGGATTATAGCAAGGTAGCATCATTTTTGTCAATGGAATACTGTGCAGTAAGTTAAATCCTGAATGTTTCATGGACAATTTGGACATGAATGTGAACGCTTCTCTCTCCTAGGATCCTTCTTGTTTACATGGAATCACGTGTTGAGGTAACATGATTTCCAAGTGTTTGGTGCAACTATATGACTTTCCATATTTAGTCACGTTCTCGACTAGTTTTGAATGTGATTCTCCTTYTAATAGATAGAAAAAAACAAAAGGGATTATTTGTCCAACATGAAACTTTCACGACATGCATGAACATCAGTATTGCTATTTATTCTCAAAATTCTGTCATGCTTTGCGGTGAAGGATAATTTGCATATAAAGGCATAGAGACANNGCCGCAGAGCAAGCTGCAGTCAAAATGATTCTAGAAGTAGAGAGGATTGGATAATCAGAAAAAGTTATTACATACGTTGACTTGAATGGTGCAC 699 T intron silent 1-19 2 scaffold_1023 337 (reverse complement) NA 20-699 NA NA POPTR_0006s16200.1 273284_2 TCCCAGCAAATGGAAATCCTAAAAGAGTGYGGATCACGAGAGGAGATTTTA 52 G/T G T AAATGATTGTTGAAATTTGAAGTAAATTTTGGAGTTGCAAGTTATTAAGTGAAGCGAGTTTGTGGAGTCTATGRGGACAAATATGTTTTAAGGGCATTTCTTAAATACAATGAGTTTCTATCTTGTGATTGATTTTGTGTTGTGAACATTTATGAAATAGTTTCAGGATTTAGTGTTCGAACCCTAATGTGATAGGCTTCCTTTTTTGACTAATTTCTGTTTGTTTTGATGATCGCTAATAGTATATGAGTGATAAATATGTGTCCTTGTACCTTGCTGGCTCAAATTTCTCTCATAGTGGGTGTAACTGATGCAAATTGATGCAGGAACCAGGTTCATTCTGCTAATGTTTGCTCTACATCT TCCCAGCAAATGGAAATCCTAAAAGAGTGYGGATCACGAGAGGAGATTTTAGAAATGATTGTTGAAATTTGAAGTAAATTTTGGAGTTGCAAGTTATTAAGTGAAGCGAGTTTGTGGAGTCTATGRGGACAAATATGTTTTAAGGGCATTTCTTAAATACAATGAGTTTCTATCTTGTGATTGATTTTGTGTTGTGAACATTTATGAAATAGTTTCAGGATTTAGTGTTCGAACCCTAATGTGATAGGCTTCCTTTTTTGACTAATTTCTGTTTGTTTTGATGATCGCTAATAGTATATGAGTGATAAATATGTGTCCTTGTACCTTGCTGGCTCAAATTTCTCTCATAGTGGGTGTAACTGATGCAAATTGATGCAGGAACCAGGTTCATTCTGCTAATGTTTGCTCTACATCT 415 G intron silent 379-415 3 scaffold_157 163326 (reverse complement) NA 1-378 NA NA POPTR_0003s02530.1 288856_5 CCGAGCTTTTGCCAATGTTGGTTTGCTTTCTTCCAAGTTCCAGCCATTCTCTTTTGTTGCATTTGTTTTGAAATCAATTGGCTTGCTATTTGCCTTCGGTTTGTAATTGATGRATGTGTTGCTGTGGTTACTACAGGCATATGATTCCCTTATGAAGGCTTTTGTAGAGCATAATAAGGTCAACTTCTTATACTCATTTAATATAATATAGACTTTTGCCATAGACATCATTACTGTTTTGAAGGCAAAACATATGTGACANNTCTTRTGWTTTTGCTTCTTCCTTTCCAGTTYGGTAATCTTCCTTACGGATTTCGTGCAAATACATGGCTTGTTCCTCCATCTGTTGCAGACTC 357 C/T C T CCATCAAACTTTCCATCCCTTCCTGTAGAAGACGAGAGCTGGGGTGGCAATGGTGGAGGGCAAGGAAGATATGGTGGATATGATCTTCGACCTTGGGCCACTGATTTYGCGATATTGGCTAGCCTAYCATGCAAGACAGAGGAGGAGAGAGTGGTGCGAGACCGGAAGGCCCTTTTGCTTCATAGTCAATTTGTTGATGTTTCAATTTTTAAAGCTGTTGGAGCGATACAAGGTGTTATTGATTCCAATCTTCAAGCAAGAGATACAATTTCAGGCTCTTTCTTGCTTGAAGATCATGTAGGAGAC CCGAGCTTTTGCCAATGTTGGTTTGCTTTCTTCCAAGTTCCAGCCATTCTCTTTTGTTGCATTTGTTTTGAAATCAATTGGCTTGCTATTTGCCTTCGGTTTGTAATTGATGRATGTGTTGCTGTGGTTACTACAGGCATATGATTCCCTTATGAAGGCTTTTGTAGAGCATAATAAGGTCAACTTCTTATACTCATTTAATATAATATAGACTTTTGCCATAGACATCATTACTGTTTTGAAGGCAAAACATATGTGACANNTCTTRTGWTTTTGCTTCTTCCTTTCCAGTTYGGTAATCTTCCTTACGGATTTCGTGCAAATACATGGCTTGTTCCTCCATCTGTTGCAGACTCCCCATCAAACTTTCCATCCCTTCCTGTAGAAGACGAGAGCTGGGGTGGCAATGGTGGAGGGCAAGGAAGATATGGTGGATATGATCTTCGACCTTGGGCCACTGATTTYGCGATATTGGCTAGCCTAYCATGCAAGACAGAGGAGGAGAGAGTGGTGCGAGACCGGAAGGCCCTTTTGCTTCATAGTCAATTTGTTGATGTTTCAATTTTTAAAGCTGTTGGAGCGATACAAGGTGTTATTGATTCCAATCTTCAAGCAAGAGATACAATTTCAGGCTCTTTCTTGCTTGAAGATCATGTAGGAGAC 663 T noncoding silent "1-16,137-178,292-663" 3 scaffold_44 294087 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON "17-136,179-291" NA NA POPTR_0017s01880.1 289216_2 TTTTTTTAATCAATTCCAGTCATATGTGCATAACTCCTGAACATAAATATGTGAAAATCGCATTGGTRGGTCACATTCAAGATTTGCATAAGTTATTAACTGAGCAATTTCAGTCCGTCAATGCATG 128 C/T C T GCGCATATTCTGATGAATTTTATACCCACATGTCACATATATGGGATTGCTACGTTGCCTGCATCATGCCTTTAACAGCATTGGATTTGACGTTGGTAATACCTTTTAACCAATGATCCAACCAGCATCGGCTTTGGGACGATGCTGACACTCTAGACTTCCCCATGTGTAGKATTAAATTAGTGTCAGGCCKCAATACTGTAATGGTAMTGATTTCCCTTTT TTTTTTTAATCAATTCCAGTCATATGTGCATAACTCCTGAACATAAATATGTGAAAATCGCATTGGTRGGTCACATTCAAGATTTGCATAAGTTATTAACTGAGCAATTTCAGTCCGTCAATGCATGCGCGCATATTCTGATGAATTTTATACCCACATGTCACATATATGGGATTGCTACGTTGCCTGCATCATGCCTTTAACAGCATTGGATTTGACGTTGGTAATACCTTTTAACCAATGATCCAACCAGCATCGGCTTTGGGACGATGCTGACACTCTAGACTTCCCCATGTGTAGKATTAAATTAGTGTCAGGCCKCAATACTGTAATGGTAMTGATTTCCCTTTT 351 C noncoding silent NA 3 scaffold_44 1884185 NA NA 1-351 NA NA POPTR_0004s23940.1 297333_2 CAATGGGCTTGGGTTTAGGTTTAGGAAGGGATGATGTTGTAGAGCAATCTGATGATACTGAAGAATATAGTAATTCAGAGTACTTAAGRAAGATTTCTGGGGCATCCCCATTGCTGTTAAAACTTAAGCATAAGAATCGGTCA 144 C/T C T ATTCTCCATCYAAATTATTGAGAACTACTCGAAAAGAGGACTCTTCTTATTCTCACAGCACACCTGCACTATCAGCTAGTTCTTATGATAAGTATCGTAAGCGCAATCCGAGCAATGTTGGATCTTGGGATGCCACCACAACCTCAGTGAATGATGGGGAT CAATGGGCTTGGGTTTAGGTTTAGGAAGGGATGATGTTGTAGAGCAATCTGATGATACTGAAGAATATAGTAATTCAGAGTACTTAAGRAAGATTTCTGGGGCATCCCCATTGCTGTTAAAACTTAAGCATAAGAATCGGTCACATTCTCCATCYAAATTATTGAGAACTACTCGAAAAGAGGACTCTTCTTATTCTCACAGCACACCTGCACTATCAGCTAGTTCTTATGATAAGTATCGTAAGCGCAATCCGAGCAATGTTGGATCTTGGGATGCCACCACAACCTCAGTGAATGATGGGGAT 305 C CAU 1 HIS/LEU NONSYN exon replacement 1-305 2 scaffold_86 749665 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0002s21510.1 422295_4 AGCTGCATCAGAATTCAGAGGATCCTCATGATTTGGTTGCTGCACATTAAGACATTCAAGATCACAAGTCATCAAAGGGTCTTGTTTCTTGTGGGCTAAATGGTTAGATAAAGTTAGTTGTAAAGTAGATACCGTGAATAGGTTAAACAATCCATAGATGATGATGTTTATATTTAGGATAGGTGTCCAGTCTTCTCGAAGAATATTTAGGCACACATTGCCTTCCAGATCAMTATTAGGATGGTAGACCTGCAAACAGCAAAGAAATTCCGYGTGATCACAATGCTTMGGCAAGTACTGTCGTTGAGAGAGATTGATGGCAGA 325 A/G A G CCAAACATCGCATCCATTCCTTCGTCTTGCATTTGACCTTATGGCGCGTCATGAGGATAGAGAGGTGAAACTTGAAATGAGAACACAAATTTGCCACCCCTATGACAAGGTAAAARGAGWGTTTTTGAAGAAAAAGGCAATTCCATAGGTAAGGGAATGAGCCAGAGATTTTGAGCACAGGTGTAAGGGTTTTTYAAATTACTTGTAATATCCTTCGCCAGGCTTAATGGTGACCTCGAAGTTCATCAGGCTGTCCTTTCC AGCTGCATCAGAATTCAGAGGATCCTCATGATTTGGTTGCTGCACATTAAGACATTCAAGATCACAAGTCATCAAAGGGTCTTGTTTCTTGTGGGCTAAATGGTTAGATAAAGTTAGTTGTAAAGTAGATACCGTGAATAGGTTAAACAATCCATAGATGATGATGTTTATATTTAGGATAGGTGTCCAGTCTTCTCGAAGAATATTTAGGCACACATTGCCTTCCAGATCAMTATTAGGATGGTAGACCTGCAAACAGCAAAGAAATTCCGYGTGATCACAATGCTTMGGCAAGTACTGTCGTTGAGAGAGATTGATGGCAGAACCAAACATCGCATCCATTCCTTCGTCTTGCATTTGACCTTATGGCGCGTCATGAGGATAGAGAGGTGAAACTTGAAATGAGAACACAAATTTGCCACCCCTATGACAAGGTAAAARGAGWGTTTTTGAAGAAAAAGGCAATTCCATAGGTAAGGGAATGAGCCAGAGATTTTGAGCACAGGTGTAAGGGTTTTTYAAATTACTTGTAATATCCTTCGCCAGGCTTAATGGTGACCTCGAAGTTCATCAGGCTGTCCTTTCC 586 "HITS SCAFFOLD 40, NOT LG_II. REGION IS ANNOTATED AS NONCODING." A noncoding silent 65-128 1 LG_II 19188865 NA NA 1-64 NA NA POPTR_0002s13590.1 422497_2 GTAGACTTTTAATTTGTATCCTTTTCTGGCCATGCAGCCAGCTATATTCAGGACATTGCCCTCCTAAATTCAGAACATACTTGCTCTTTTACCAACTTTATGTCACTAACTGATGTGATCATTTSTGAGTAGTGTT 137 G/T G T TATTAATCATTCCATTTAATGATCAGTGRGTACCATGATTTGAAAACTTCCGTATATAATGAGTAGTATCGCCAGCATT GTAGACTTTTAATTTGTATCCTTTTCTGGCCATGCAGCCAGCTATATTCAGGACATTGCCCTCCTAAATTCAGAACATACTTGCTCTTTTACCAACTTTATGTCACTAACTGATGTGATCATTTSTGAGTAGTGTTGTATTAATCATTCCATTTAATGATCAGTGRGTACCATGATTTGAAAACTTCCGTATATAATGAGTAGTATCGCCAGCATT 216 G noncoding silent NA 1 LG_II 10083583 (reverse complement) NA 1-216 NA NA POPTR_0002s11550.1 423507_4 TGATGGCTTTCACTCTCCTCTGTCTGTTATGCCCCTCAAGTCTGATGGGTCTCTTTGTATCATGGAAGCTCTCACTAGATCACAACCTGAAGGTTTGCTTTGTGCTTCCTTATTTCTTGTTTAGTTCCTTGTNTTTTTTTCCCTCTTGGTTTGAAACACTGCTTTAAAGCATATGCGTTTRTGTTTTCAAGGAATGGTGTCGAGTCCGTCACCGAAACTGGAGGACTTCCTAGGTGGTGCAACTATAGAAAGTCATCAGTACAGTAGCCATGAAAGGGAAGCTATGGCCTTAAGCCTAGACAGCTTGTACTACCATCAAAACTCAGAGCCATCAACTAATAGACAACATTCGCTYGACCTTCACGAA 368 A/C A C CATTTAGGCAGCAAGACCAGCAGTTTTCAGTTCAGCCCCACCCATACTATTCTGGAATAGCATTCCAAGGTCTWTATCAGGCCCCACTGGAGGGGGAAACCAAGGGTACTCAGCTTGCAGATTGTAATTCACATATTCCTCAAATGGGAGACGATGAATTGCCTTGCTTAAAAAACTGGGTTGCTAGACACTATTCCTCCCAAAGTGCACTGGAGCAGCAGATTAATAGTAGTATGGTTAATGATGGCGGG TGATGGCTTTCACTCTCCTCTGTCTGTTATGCCCCTCAAGTCTGATGGGTCTCTTTGTATCATGGAAGCTCTCACTAGATCACAACCTGAAGGTTTGCTTTGTGCTTCCTTATTTCTTGTTTAGTTCCTTGTNTTTTTTTCCCTCTTGGTTTGAAACACTGCTTTAAAGCATATGCGTTTRTGTTTTCAAGGAATGGTGTCGAGTCCGTCACCGAAACTGGAGGACTTCCTAGGTGGTGCAACTATAGAAAGTCATCAGTACAGTAGCCATGAAAGGGAAGCTATGGCCTTAAGCCTAGACAGCTTGTACTACCATCAAAACTCAGAGCCATCAACTAATAGACAACATTCGCTYGACCTTCACGAAACATTTAGGCAGCAAGACCAGCAGTTTTCAGTTCAGCCCCACCCATACTATTCTGGAATAGCATTCCAAGGTCTWTATCAGGCCCCACTGGAGGGGGAAACCAAGGGTACTCAGCTTGCAGATTGTAATTCACATATTCCTCAAATGGGAGACGATGAATTGCCTTGCTTAAAAAACTGGGTTGCTAGACACTATTCCTCCCAAAGTGCACTGGAGCAGCAGATTAATAGTAGTATGGTTAATGATGGCGGG 619 C intron silent "1-92,192-397,587-619" 3 LG_II 8710514 (reverse complement) NA "93-191,398-586" NA NA POPTR_0003s11720.1 423919_2 TTCCTTTTGGTCTAATTTCAGGTATTATGCTCCTGCATTAGGGTTTTTGATGTTTGCAGTTGGGGTTAATTCCAGTGAAAAGGATTTTCTTGAAGCGTTCAACAGACCAGCAGCTATATTGGCTGGGTATGTTGGCCAGTTTGTTGTGAAGCCAATTCTTGGATATCTGTTTGGTATAATTTCAGTGTCAGTATTTGGGCTTCCTACTCCAATAGGTAAGATTGTATTTAYCTGATTTCCAAAA 245 C/T C T AGTTGAGACGGTACCAACACWTTTGTGAATCTATGTATCAGGTGCTGGGATCATGTTGGTATCTTGTGTTAGTGGGGCTCAGCTTTCAAATTATGCTACTTTTCTGACAGACCCTCCAATGGCTCCTCTAAGCATTGTCATGACATCAATGTCCACGGCTACTGCAGTTTTTGTTA TTCCTTTTGGTCTAATTTCAGGTATTATGCTCCTGCATTAGGGTTTTTGATGTTTGCAGTTGGGGTTAATTCCAGTGAAAAGGATTTTCTTGAAGCGTTCAACAGACCAGCAGCTATATTGGCTGGGTATGTTGGCCAGTTTGTTGTGAAGCCAATTCTTGGATATCTGTTTGGTATAATTTCAGTGTCAGTATTTGGGCTTCCTACTCCAATAGGTAAGATTGTATTTAYCTGATTTCCAAAACAGTTGAGACGGTACCAACACWTTTGTGAATCTATGTATCAGGTGCTGGGATCATGTTGGTATCTTGTGTTAGTGGGGCTCAGCTTTCAAATTATGCTACTTTTCTGACAGACCCTCCAATGGCTCCTCTAAGCATTGTCATGACATCAATGTCCACGGCTACTGCAGTTTTTGTTA 421 T intron silent "22-215,287-421" 3 LG_III 11293635 (reverse complement) NA "1-21,216-286" NA NA POPTR_0006s10710.1 427273_3 GCCTGCTTTTGTGGGAAATGAGTTAAATTGTTGCACAGGTCTAGCAGCTTGCACCGGTGTATAAGATGCAGTTTTGTTGGCCCGGGGAGATGAAAACATATTATTTGTAGCANACATGTGATTTTGGTTGTTGAGATTACCAGTTGTAGCTGCCCAGGGTGGAGGTGGGTAGCAAGACGAGTACCGAGGATGTTGCAACTGGAACTGAGGTTGTAATTGTGGTTGAGATTGGGGCTGCAAGTACAGYTGAGGCTGAGGCACTGCTTGCTGCTGGGGTTGAGGTT 285 G/T G T CAACTGTTGCAGCGGTTGAGATGGAGGTGGTAACTGGTGCTGCTGAGTTTGATGCTGTAACTGGGGTTGAGATGGAGGTCGTACTTGGTGCTGCTGAGTTTGAKGCTG GCCTGCTTTTGTGGGAAATGAGTTAAATTGTTGCACAGGTCTAGCAGCTTGCACCGGTGTATAAGATGCAGTTTTGTTGGCCCGGGGAGATGAAAACATATTATTTGTAGCANACATGTGATTTTGGTTGTTGAGATTACCAGTTGTAGCTGCCCAGGGTGGAGGTGGGTAGCAAGACGAGTACCGAGGATGTTGCAACTGGAACTGAGGTTGTAATTGTGGTTGAGATTGGGGCTGCAAGTACAGYTGAGGCTGAGGCACTGCTTGCTGCTGGGGTTGAGGTTGCAACTGTTGCAGCGGTTGAGATGGAGGTGGTAACTGGTGCTGCTGAGTTTGATGCTGTAACTGGGGTTGAGATGGAGGTCGTACTTGGTGCTGCTGAGTTTGAKGCTG 393 MINUS STRAND G CAA 1 GLN/LYS NONSYN exon replacement 1-393 1 LG_VI 7446644 NA NA NA NA NA POPTR_0006s02440.1 427853_3 CTCCGTTTAAGGAACTTCTTGCAAARCTTGTGAATCCTCCGGTGACTTGCATAGTTTCTGATGCTTTCATGCCGTTCACCRTCACAGCTGCTGAAGAAGCTGGACTCCCAGTTGTGATGTTCGTCACCATGTCCGCATGTGGATA 146 C/T C T ATGGGATACAAACAACTTCATGGCCTCAAGGAGAAGGGCTTCGTTCCACTTMAAGGTACTTTTATTWWAGGAATTTTTATGAGATCTCTAGTGTTACAGTGTACAATTCMACAATCCTTTTCAGTTTGTTTATAAGAGYTTTAGAGTATTTCTTGTGTTCTAAGCCTAAGGTGATGAGGCTTTTGTACACGGATGTTTGGCTCTGTCCAACCTMCCAT CTCCGTTTAAGGAACTTCTTGCAAARCTTGTGAATCCTCCGGTGACTTGCATAGTTTCTGATGCTTTCATGCCGTTCACCRTCACAGCTGCTGAAGAAGCTGGACTCCCAGTTGTGATGTTCGTCACCATGTCCGCATGTGGATACATGGGATACAAACAACTTCATGGCCTCAAGGAGAAGGGCTTCGTTCCACTTMAAGGTACTTTTATTWWAGGAATTTTTATGAGATCTCTAGTGTTACAGTGTACAATTCMACAATCCTTTTCAGTTTGTTTATAAGAGYTTTAGAGTATTTCTTGTGTTCTAAGCCTAAGGTGATGAGGCTTTTGTACACGGATGTTTGGCTCTGTCCAACCTMCCAT 364 T UAU 3 TYR SYN exon silent 1-201 2 LG_VI 1591292 NA NA 202-364 NA NA POPTR_0008s14860.1 430288_1 AGGCATAGGTCTACCGGACTTGGTCCCTCCCAGGTTCTTGTCTTTACCTCTCCTGAACATGCATCCACTGTTCAGCAAACATGCACTTCACCAGAAGAAGGTCAAATTTTAAGTTATGGGTCATCAGTGATTAATTCATCAACTCCTGG 150 G/T G T ACACCATCAGTTAAAATTCAAAATTTGTCATCCGTGGCCCCTCCTGTTGTGAACCAAGTCTCCACCACTGCTGTCAATAGCCCTTTTAAACCCAGGTATTATTCTTTTAATTGCAACTTTCGATGCAGACATTGTTTGTCATCTGGCTAGGTGACTAGTCGAACCATGGGTTGAATGGGTCAGAACATCTGAGAATAACTGAAAACAATAGGGAGAAAAATAAGAATGACCCTTCCAAAGCAAATGCCCTTKTTTTTTACTTTATAGCCAACCTCCATTTTCCTCCCTCGTTATCGTCTAACTGGTGGCATCATTGGATGAATGGCATTTCTTKAACAGAATTCTTCTGCGGTAGATTGATATGGCATGTTTCTTGTTGTCTGTAGCTGGACTCTCTCTCTCTATCTCACACACACACGTGCATTC AGGCATAGGTCTACCGGACTTGGTCCCTCCCAGGTTCTTGTCTTTACCTCTCCTGAACATGCATCCACTGTTCAGCAAACATGCACTTCACCAGAAGAAGGTCAAATTTTAAGTTATGGGTCATCAGTGATTAATTCATCAACTCCTGGGACACCATCAGTTAAAATTCAAAATTTGTCATCCGTGGCCCCTCCTGTTGTGAACCAAGTCTCCACCACTGCTGTCAATAGCCCTTTTAAACCCAGGTATTATTCTTTTAATTGCAACTTTCGATGCAGACATTGTTTGTCATCTGGCTAGGTGACTAGTCGAACCATGGGTTGAATGGGTCAGAACATCTGAGAATAACTGAAAACAATAGGGAGAAAAATAAGAATGACCCTTCCAAAGCAAATGCCCTTKTTTTTTACTTTATAGCCAACCTCCATTTTCCTCCCTCGTTATCGTCTAACTGGTGGCATCATTGGATGAATGGCATTTCTTKAACAGAATTCTTCTGCGGTAGATTGATATGGCATGTTTCTTGTTGTCTGTAGCTGGACTCTCTCTCTCTATCTCACACACACACGTGCATTC 576 T GGU 3 GLY SYN exon silent 1-198 1 LG_VIII 10072871 (reverse complement) NA 199-576 NA NA POPTR_0012s13760.1 433713_2 ATTACATAGTCATAGGTGGAGGAACCTYAGGCTGTCCACTAGCTGCAACGCTCTCACAAGGTGCGAGCGTTCTAGTCCTCGAAAGAGGTGGCTCTCCATATGGAAATCCTAAAATAATGAACATAGCCAACTTTGCAGACTCGCTCTCCGATACCTCTCCAAATTCGGCTTCCCAGCAATTCATCTCCGATGATGGAGTCTATAATGCTCGCGCGCGTGTCTTAGGTGGTGGAAGCGCCTTGAATGCAGGATTTTACACTCACGCG 267 A/G A G GTGTTGATTATGTGAGGAAAGCTGGTTGGAATCCAGAATTCGTTGATGAGTCTTATGCATGGGTTGAGRACAAGGTAGCCTTCGAGCCACCAATGTTGCAATGGCAATCAGCTGTTAGAGATGGGTTGRTAGAAGTTGGAGTGTTGCCTTACAATGGATTTACATATGATCATATTCATGGGACTAAAGTTGGAGGGTCGATTTTTGACAAGTATGGTCATAGA ATTACATAGTCATAGGTGGAGGAACCTYAGGCTGTCCACTAGCTGCAACGCTCTCACAAGGTGCGAGCGTTCTAGTCCTCGAAAGAGGTGGCTCTCCATATGGAAATCCTAAAATAATGAACATAGCCAACTTTGCAGACTCGCTCTCCGATACCTCTCCAAATTCGGCTTCCCAGCAATTCATCTCCGATGATGGAGTCTATAATGCTCGCGCGCGTGTCTTAGGTGGTGGAAGCGCCTTGAATGCAGGATTTTACACTCACGCGAGTGTTGATTATGTGAGGAAAGCTGGTTGGAATCCAGAATTCGTTGATGAGTCTTATGCATGGGTTGAGRACAAGGTAGCCTTCGAGCCACCAATGTTGCAATGGCAATCAGCTGTTAGAGATGGGTTGRTAGAAGTTGGAGTGTTGCCTTACAATGGATTTACATATGATCATATTCATGGGACTAAAGTTGGAGGGTCGATTTTTGACAAGTATGGTCATAGA 491 A noncoding silent 1-491 2 LG_XII 13160876 (reverse complement) PREMATURE_STOP_CODON NA NA NA POPTR_0012s12800.1 433897_2 CAAGGTTTGTTGGAGGAGATGGTGTCATGTTCTACTTCCACGGCAAGACAAACGAGCATTTTAGCTTAGTATCTGACTCTAATCNTCAAATAAATGCTCGATTCATTGGACGCCGACCTTCTGGAAGATCCCGTGACAACACATGGATTCAAGCCTTAGGTCTCATGTTCGACTTTCACTCGTTCACTCTAGCAGCAAACAAGGTGGCACAATGGGACGACCAAGTCGACCAACTCCTCTTCACCTATGATGGCACACCATTCAACATTCCTCAAGGTCACCTCTCTA 289 C/T C T TTGGACTAGTCCTGACCTAAATAATATTGTGGTGGAGAGGACAACAAAGTACAATAGCGTTACWGTTACATTGCGCAATGTTGTTGAGATATCTGTGAAAATTGTTCCCATAACCAAGGAAGACGACCRCATACACAAGTATGAAATACCATCTGATGATTGTTTTGCACAT CAAGGTTTGTTGGAGGAGATGGTGTCATGTTCTACTTCCACGGCAAGACAAACGAGCATTTTAGCTTAGTATCTGACTCTAATCNTCAAATAAATGCTCGATTCATTGGACGCCGACCTTCTGGAAGATCCCGTGACAACACATGGATTCAAGCCTTAGGTCTCATGTTCGACTTTCACTCGTTCACTCTAGCAGCAAACAAGGTGGCACAATGGGACGACCAAGTCGACCAACTCCTCTTCACCTATGATGGCACACCATTCAACATTCCTCAAGGTCACCTCTCTACTTGGACTAGTCCTGACCTAAATAATATTGTGGTGGAGAGGACAACAAAGTACAATAGCGTTACWGTTACATTGCGCAATGTTGTTGAGATATCTGTGAAAATTGTTCCCATAACCAAGGAAGACGACCRCATACACAAGTATGAAATACCATCTGATGATTGTTTTGCACAT 461 C ACU 2 THR/ILE NONSYN exon replacement 1-461 2 LG_XII 12600228 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0001s02710.1 434585_4 ACAGAAAAAGAACCACTCCATATCCCGTTTCGGCAGGAATGACTTCTCTGCAAATCACATATTGAAAGTCATATTTCCGAATTCCTAGAACAACGTGATCCATAGGAAAATTAGAGGGTGGAGCTGTTTCTAATAGTGCTTTCCTTAGAATAAACTGTTACTGAAGATGAAGGAATCCGGTTGAACCGGACTTTGTAAGGAAAAAGTTCCAGGCCCCTGTTACGTGAGCTCCATTGATAAATGTAATCAATAAAAAAACAAAACAAAGAGGATACTCTTATCAAGAATAAACAAAAACTTGCTTTTCCAATACTAAAAAAATCTGTGTTCAGACTTCAGACTGTAATGAAGCTACTTTCCCACCATAACAGCTGACATCTACAGAGCAACAACATATGAATTGATTGAGNNTCGGTCAAAACTTGCCCACCAAAAACTAATTCATACTCCATGGATWTCTAAAAGSCAGGTAGCATTTTATGTGTCATATTCACCTCTCTCAAACCAAAGGGGTATTAATTAACAATTCACGTTCTCATGCCGATCATTTTTTGGACAGGAATGAAGAACTTCGACGAAACATTAACTGCTCCATAACAA 601 A/T A T TTAGATCTTAATTACATGGAGTARATTTAACAGAATATGGGTTAGAAGAAGAGTTACCTGGCAATTCCCATGGATCAAATTTGTACAAATCGATCACGGGGATC ACAGAAAAAGAACCACTCCATATCCCGTTTCGGCAGGAATGACTTCTCTGCAAATCACATATTGAAAGTCATATTTCCGAATTCCTAGAACAACGTGATCCATAGGAAAATTAGAGGGTGGAGCTGTTTCTAATAGTGCTTTCCTTAGAATAAACTGTTACTGAAGATGAAGGAATCCGGTTGAACCGGACTTTGTAAGGAAAAAGTTCCAGGCCCCTGTTACGTGAGCTCCATTGATAAATGTAATCAATAAAAAAACAAAACAAAGAGGATACTCTTATCAAGAATAAACAAAAACTTGCTTTTCCAATACTAAAAAAATCTGTGTTCAGACTTCAGACTGTAATGAAGCTACTTTCCCACCATAACAGCTGACATCTACAGAGCAACAACATATGAATTGATTGAGNNTCGGTCAAAACTTGCCCACCAAAAACTAATTCATACTCCATGGATWTCTAAAAGSCAGGTAGCATTTTATGTGTCATATTCACCTCTCTCAAACCAAAGGGGTATTAATTAACAATTCACGTTCTCATGCCGATCATTTTTTGGACAGGAATGAAGAACTTCGACGAAACATTAACTGCTCCATAACAAATTAGATCTTAATTACATGGAGTARATTTAACAGAATATGGGTTAGAAGAAGAGTTACCTGGCAATTCCCATGGATCAAATTTGTACAAATCGATCACGGGGATC 705 T intron silent "1-47,659-705" 3 scaffold_29 1913211 NA NA 48-658 NA NA POPTR_0001s13220.1 548079_1 CAACAACAACTAGTACTTGATCCTACAACTAGAAGAGGAGGGTTGATTGAGCTTGATCTACTACCAGGTAGCATTAGTAGTATTTCACATCAAGCAAGACCTTTGAGTACTCCTATGTTTCAT 124 A/G A G TTCCTGATTTTAGAACTCCTCCAAGGCCAGTCATGAACATTGCTGCAAGTCATGCCACTAATTTTGGCACTACATCTTTATTCTTTCrACACCATCCAGCAGCAACTAGCTCAACCTATCCTCTTCATCAAGAGATAAACTGGCCATTTAGGCCTATGTTGCATAATATAGCGAC CAACAACAACTAGTACTTGATCCTACAACTAGAAGAGGAGGGTTGATTGAGCTTGATCTACTACCAGGTAGCATTAGTAGTATTTCACATCAAGCAAGACCTTTGAGTACTCCTATGTTTCATATTCCTGATTTTAGAACTCCTCCAAGGCCAGTCATGAACATTGCTGCAAGTCATGCCACTAATTTTGGCACTACATCTTTATTCTTTCrACACCATCCAGCAGCAACTAGCTCAACCTATCCTCTTCATCAAGAGATAAACTGGCCATTTAGGCCTATGTTGCATAATATAGCGAC 299 G GUU 1 VAL/ILE NONSYN exon replacement 1-299 1 LG_I 4640889 NA NA NA NA NA POPTR_0001s10770.1 548324_6 ATCTTGGTTTATCTTTGGGCTGTTCTTCATCTGGTAATTATGCATGTGTAATATTTGTTCATCTTTCCTTTTCATCCACACAATAAAACATAAGTGATAGTTTTGTCTCTTTTGCATGCTTGAAAGTGTCTAATTGCAAGATTGTTTTTGTGCTATTAACAGGTTACATTAAGACCAATGAAACTGAAGATCAAGGGACCATTGAAGTACAACAGCAAAGTCTTTCTGAAGAATCTTTGCTAAGAAGAGGTATTGANNANNCTGTTTCAMACATTAAAAGGAATCCATCCAGACCAATATTTGG 305 A/C A C TGTGGAAAGTTAAATGAATTTCTTGTAGGAAACTAGTTCACATTTTGTTGACATTTGGATATGTGTATTTCATTAACTGTCCTATTTCTAAAATGTTTTTCAGATGARAAGATTCTACCAGTTGCTAATGAGGAGGCCATGAAAATTATTGGTGTGAAGAGAAAGCATGCCACTTGCAGGTTACTTGAAATTGAGT ATCTTGGTTTATCTTTGGGCTGTTCTTCATCTGGTAATTATGCATGTGTAATATTTGTTCATCTTTCCTTTTCATCCACACAATAAAACATAAGTGATAGTTTTGTCTCTTTTGCATGCTTGAAAGTGTCTAATTGCAAGATTGTTTTTGTGCTATTAACAGGTTACATTAAGACCAATGAAACTGAAGATCAAGGGACCATTGAAGTACAACAGCAAAGTCTTTCTGAAGAATCTTTGCTAAGAAGAGGTATTGANNANNCTGTTTCAMACATTAAAAGGAATCCATCCAGACCAATATTTGGATGTGGAAAGTTAAATGAATTTCTTGTAGGAAACTAGTTCACATTTTGTTGACATTTGGATATGTGTATTTCATTAACTGTCCTATTTCTAAAATGTTTTTCAGATGARAAGATTCTACCAGTTGCTAATGAGGAGGCCATGAAAATTATTGGTGTGAAGAGAAAGCATGCCACTTGCAGGTTACTTGAAATTGAGT 501 C GGC 3 GLY SYN exon silent "1-33,163-341" 2 LG_I 6549724 (reverse complement) NA 34-162 342-501 3 POPTR_0001s27620.1 549337_7 TTCTTAAAAAAAACAAAAACAAAACAKCAAACATAACTCCGGTAAAGCACAATAATTGCCATGAYAATAATAATAATATTAATAATAATCTTWCATTTCTGAAGAAATGCAAAAWAAAAWAAAATTATAGATTGATCCAACACGAATAATTTCAATCTTGATCTCGGTCTTTAAACATCTTGATAACTTGAAATCCATGGTGA 204 C/T C T TCAACGGCATGCCTTGCTAGCACGCMCTCGATCGAGATCTACTGGGTTTAGATCGAGAGAATCGATCAACCAGATGTTTTGCAAGYACGAACAACACGTTCTTTTTCTTGTTTCAAACTCTAACAATCTTTGCAGCTTTCACAACAGGATTCTCTCTCGCGATAGCTTCGCGACCTACAGTTTTGTAATCGTAACTACAATCATGTCGATCTGAGTACCGGTGCTCCCAGCAAAAAAGCTCCCCACAACGACATCGGAATCCGGTCAACCCTACCCTTCGTCGGCACCCTGAGCACCTGTTCACCTCTTTCTTCGCCAC TTCTTAAAAAAAACAAAAACAAAACAKCAAACATAACTCCGGTAAAGCACAATAATTGCCATGAYAATAATAATAATATTAATAATAATCTTWCATTTCTGAAGAAATGCAAAAWAAAAWAAAATTATAGATTGATCCAACACGAATAATTTCAATCTTGATCTCGGTCTTTAAACATCTTGATAACTTGAAATCCATGGTGACTCAACGGCATGCCTTGCTAGCACGCMCTCGATCGAGATCTACTGGGTTTAGATCGAGAGAATCGATCAACCAGATGTTTTGCAAGYACGAACAACACGTTCTTTTTCTTGTTTCAAACTCTAACAATCTTTGCAGCTTTCACAACAGGATTCTCTCTCGCGATAGCTTCGCGACCTACAGTTTTGTAATCGTAACTACAATCATGTCGATCTGAGTACCGGTGCTCCCAGCAAAAAAGCTCCCCACAACGACATCGGAATCCGGTCAACCCTACCCTTCGTCGGCACCCTGAGCACCTGTTCACCTCTTTCTTCGCCAC 523 T UTR silent 1-207 1 LG_I 19564372 NA NA NA 208-523 3 POPTR_0002s11150.1 551709_3 AATTMCACCCGAGATTCGCCAATGTACACTCCCTCGCAGCCTATGAACGTTCACAATCAGATCGTCTCTCCTGGCGYTGACGACGACGGTGCCCCAGCCGATCCTATCGACCACCACCATCACATTCACTACGAAGACGGCACCCCTGCAGTCGTTGTCGAAGACGTCTCTCC 174 A/C A C GATTCCGTCTACGTTACCGCCGGTGTCGCTGCGTCGGAACTCGGGATTCAGCCTAGTGATGGTTCGAGTCAGCTCACCCTGACGTTTCGTGGACAAGTTTATGTTTTCGATTCCGTTACTCCTGACAAGGTACTGTTTATGTCCCTGAATTATGCAATTTAGGGTTTTCTTTTATATATATAT AATTMCACCCGAGATTCGCCAATGTACACTCCCTCGCAGCCTATGAACGTTCACAATCAGATCGTCTCTCCTGGCGYTGACGACGACGGTGCCCCAGCCGATCCTATCGACCACCACCATCACATTCACTACGAAGACGGCACCCCTGCAGTCGTTGTCGAAGACGTCTCTCCAGATTCCGTCTACGTTACCGCCGGTGTCGCTGCGTCGGAACTCGGGATTCAGCCTAGTGATGGTTCGAGTCAGCTCACCCTGACGTTTCGTGGACAAGTTTATGTTTTCGATTCCGTTACTCCTGACAAGGTACTGTTTATGTCCCTGAATTATGCAATTTAGGGTTTTCTTTTATATATATAT 357 C CCA 3 PRO SYN exon silent 22-303 1 LG_II 8156742 (reverse complement) NA 304-357 1-21 5 POPTR_0003s16620.1 554742_3 AAATGCTTTNAAACATTGCTACGGAGGATCTCATTTGTTACTTGTAATACAGGAGTATTTTATTAGGCATATGGATGGGTCCCCAATTAATTCCGAAGCAGAGAGGCAAAGACTAATTAATTGCTTGGAGGCTGCTATTAGGAGGAGAACTTCTGAGGTACAGATWTGCTCATGTTTGATTTTAATGCTAGTTTCAAACTTGTCAACATCTCACTAGTATTTGATTTATTGAACTGTCTTGATGCAGGGCGTAAGATTGGAACTTTGTTCTGAGGATAGGGT 283 C/T C T GGCCTTTTGTCTGACGTGACTCGCATTTTTAGGGAAAACGGTCTTTCAGTCACTCGAGCTGAGGTTACTACCAGAGGTTCCCAGGCTGTGAATGTTTTCTTCGTCACTGATTCATCAGGACATCCAGTGAAGAGTGAAACTATTGAAGCAGTTAGAAAAGAGATCGGTTTGACTATACTTAATGTGAATGATGATGCTTACTCG AAATGCTTTNAAACATTGCTACGGAGGATCTCATTTGTTACTTGTAATACAGGAGTATTTTATTAGGCATATGGATGGGTCCCCAATTAATTCCGAAGCAGAGAGGCAAAGACTAATTAATTGCTTGGAGGCTGCTATTAGGAGGAGAACTTCTGAGGTACAGATWTGCTCATGTTTGATTTTAATGCTAGTTTCAAACTTGTCAACATCTCACTAGTATTTGATTTATTGAACTGTCTTGATGCAGGGCGTAAGATTGGAACTTTGTTCTGAGGATAGGGTCGGCCTTTTGTCTGACGTGACTCGCATTTTTAGGGAAAACGGTCTTTCAGTCACTCGAGCTGAGGTTACTACCAGAGGTTCCCAGGCTGTGAATGTTTTCTTCGTCACTGATTCATCAGGACATCCAGTGAAGAGTGAAACTATTGAAGCAGTTAGAAAAGAGATCGGTTTGACTATACTTAATGTGAATGATGATGCTTACTCG 487 C GUC 3 VAL SYN exon silent "53-157,248-487" 1 LG_III 15012609 (reverse complement) NA "1-52,158-247" NA NA POPTR_0009s10750.1 557360_3 GGACTTTAGTAGGTTTTTTATGGGCGGGGATAGYGGTGGAGCTAATATGTCCAATTTCCTGGCAGTTCAGATSGGGTCATACGGGTTGCCTGGG 95 C/G C G TGAGGCTTATTGGAATGATCATGGTGCACCCGTTTTTTGGTGGTATGGAGGATGACGAAATGTGGATGTTTATGTATCCAACAAACTGTGGGAAGCAAGACCCTAAGCTAAAGCCGCCACCAGAGGATTTGGCGAAGTTAGGGTGCGAGAAGGTGTTGSTGTTTCTTGCCGAGAAGGATCATCTAAGAGAAGTAGGTGGGATCTTTTACGAGGACTTGAAAAGAAGTGGGTATAAAGGGGCTTTGGAGGTTGTGGAACATGAWGGTGTGGCGCATGAGTTCCATCTCTTTGATCCTGCTCATGACRAGTCTCTAAGTTTGGTAAAAAAGTTTGCTTCCTTTCTCAATGAGGTGTAGGTCAAGCTTCTTCTTTTTTCTCTCTCGGGTGTGAGCAGAATATCCTCCTTTCGTTTCCAAGAGTG GGACTTTAGTAGGTTTTTTATGGGCGGGGATAGYGGTGGAGCTAATATGTCCAATTTCCTGGCAGTTCAGATSGGGTCATACGGGTTGCCTGGGCTGAGGCTTATTGGAATGATCATGGTGCACCCGTTTTTTGGTGGTATGGAGGATGACGAAATGTGGATGTTTATGTATCCAACAAACTGTGGGAAGCAAGACCCTAAGCTAAAGCCGCCACCAGAGGATTTGGCGAAGTTAGGGTGCGAGAAGGTGTTGSTGTTTCTTGCCGAGAAGGATCATCTAAGAGAAGTAGGTGGGATCTTTTACGAGGACTTGAAAAGAAGTGGGTATAAAGGGGCTTTGGAGGTTGTGGAACATGAWGGTGTGGCGCATGAGTTCCATCTCTTTGATCCTGCTCATGACRAGTCTCTAAGTTTGGTAAAAAAGTTTGCTTCCTTTCTCAATGAGGTGTAGGTCAAGCTTCTTCTTTTTTCTCTCTCGGGTGTGAGCAGAATATCCTCCTTTCGTTTCCAAGAGTG 516 G GUG 1 VAL/LEU NONSYN exon replacement 1-451 3 LG_IX 3761524 NA NA NA 452-516 3 POPTR_0009s00920.1 558338_1 GAAACTTGTTCGAATCATAGTTGTAGTCATACTAGCTTTAATTGTTCTTCTTGGTTTAGCAGTCCTCATCACTTGGCTAATAATCAAGCCCAAACAGCTTGTTTACAGGATTGATAGCGCGTCAGTCCACAATTTCAACCTCAAGAATAACCACCTCAATGCCACGTTTGATCTTCTCATAAAAGCTCATAATCCTAATAGCAGGATCTCCGTATACTATGATCCAATCGAAGTGTCCGT 241 G/T G T GCATATGATGGTCAAACCATCGCGTTCAACACCCTCGAGCYATTCCATCAACCCCGTAGAAACGTGACTCGACTAGATGCTACACTCGTGGCTCGTGACGCGGCATTGTCAGGGGCTTTGTCCAGAGACTTGAGGGTTCAAAAAARGTCAGGAAACATTGGATNGGATGTCAGAATCAAGGCAAGAATTCGGTTTAAGGTAGGAATATTCAAGCTGAAGCATCATACGTTAAGGATCTCATGCTCTCCAGTGAAAGTGCAAATGTCTTCATTAAAAAATTTCGAGA GAAACTTGTTCGAATCATAGTTGTAGTCATACTAGCTTTAATTGTTCTTCTTGGTTTAGCAGTCCTCATCACTTGGCTAATAATCAAGCCCAAACAGCTTGTTTACAGGATTGATAGCGCGTCAGTCCACAATTTCAACCTCAAGAATAACCACCTCAATGCCACGTTTGATCTTCTCATAAAAGCTCATAATCCTAATAGCAGGATCTCCGTATACTATGATCCAATCGAAGTGTCCGTGGCATATGATGGTCAAACCATCGCGTTCAACACCCTCGAGCYATTCCATCAACCCCGTAGAAACGTGACTCGACTAGATGCTACACTCGTGGCTCGTGACGCGGCATTGTCAGGGGCTTTGTCCAGAGACTTGAGGGTTCAAAAAARGTCAGGAAACATTGGATNGGATGTCAGAATCAAGGCAAGAATTCGGTTTAAGGTAGGAATATTCAAGCTGAAGCATCATACGTTAAGGATCTCATGCTCTCCAGTGAAAGTGCAAATGTCTTCATTAAAAAATTTCGAGA 527 G GUG 3 VAL SYN exon silent 1-527 3 LG_IX 11908331 NA NA NA NA NA POPTR_0005s19515 558978_3 CACATTTCTCCTGTCCACTYTTAAATTTGGGCAATGTGCTAAATTGCTATYTTAAACTGGATGAGGATGCCATTCTATCTTTTTGTTTCAATAGCTGCTTCTATGTGTTGTCTTTGCCAGCAGATATTCGAGCCCAATCATGACCTCGTGGAGGAGGAAATT 163 A/G A G CTGGGCCAACAAGTCCAAAGAAAGTTCAAAAGGAGTGGAGCTGTGCTGTTTGTCTGTTCAGCACTTCCAGCGAAWTTTTTTTGAAGAAACACTTTCAAGGGAAGGAACACGAGACTAATGAAGAAAATCTACGTGCAGAAGAACTGGCGAGGGACACTTCCAAGTCTCTTCT CACATTTCTCCTGTCCACTYTTAAATTTGGGCAATGTGCTAAATTGCTATYTTAAACTGGATGAGGATGCCATTCTATCTTTTTGTTTCAATAGCTGCTTCTATGTGTTGTCTTTGCCAGCAGATATTCGAGCCCAATCATGACCTCGTGGAGGAGGAAATTACTGGGCCAACAAGTCCAAAGAAAGTTCAAAAGGAGTGGAGCTGTGCTGTTTGTCTGTTCAGCACTTCCAGCGAAWTTTTTTTGAAGAAACACTTTCAAGGGAAGGAACACGAGACTAATGAAGAAAATCTACGTGCAGAAGAACTGGCGAGGGACACTTCCAAGTCTCTTCT 335 G GCU 1 ALA/THR NONSYN exon replacement 121-335 1 LG_V 7000934 (reverse complement) NA 1-120 NA NA POPTR_0006s10680.1 560968_4 TTTTCGTTAATGTAAATTTGATAGTGCATTGCCGCGTTCTGAWTTTGATATCTTGCYTTTTCTTTCCATTAACATGTCAAACTTGCAYGTAGTATTAAGCTTCACAATATGAATTGAGATGCTATTGTTCTATTGGCTGATTGATGTTCATCATGGGACTGCATTACTAGGACTACCTCTGTAAAGCCTGT 192 A/G A G TTGGTGTTAATCATGGACCCACATGTTCTCCATTTTCACAGAGCATTGGCAGATTAAAGGATCTGTACTTAGGCAACCAACATCGTACTTGTCTAAAAAGCTT TTTTCGTTAATGTAAATTTGATAGTGCATTGCCGCGTTCTGAWTTTGATATCTTGCYTTTTCTTTCCATTAACATGTCAAACTTGCAYGTAGTATTAAGCTTCACAATATGAATTGAGATGCTATTGTTCTATTGGCTGATTGATGTTCATCATGGGACTGCATTACTAGGACTACCTCTGTAAAGCCTGTATTGGTGTTAATCATGGACCCACATGTTCTCCATTTTCACAGAGCATTGGCAGATTAAAGGATCTGTACTTAGGCAACCAACATCGTACTTGTCTAAAAAGCTT 295 A noncoding silent NA 2 LG_VI 7418494 NA NA 1-295 NA NA POPTR_0006s19750.1 561339_4 ACCTRTTGTCAGTGGGAATATAGAAATAAATGRTGTAAAGAGATAYAAGGGAGTTGTATTA 62 G/T G T TGAACTTTTGGTTGGAGTTTTGGCACGCCTATGAAGCATCTTGAATTTTATGATTTGCAGGGAGATGGTAATAGTGAATTTTGWTAAGATGTTTTTGCTACWGAATACTATTGGTTGGTAAATTAACAGTGTTAAACAAAGCACTCTTTATCTTTACTGTGAATAGGTGCAATCGAGTTAGTTGGATAAAGAATTATCATGGGGAATTCAACCTTCGTGGTGAATATGGTCTCTCCTCATGG ACCTRTTGTCAGTGGGAATATAGAAATAAATGRTGTAAAGAGATAYAAGGGAGTTGTATTAGTGAACTTTTGGTTGGAGTTTTGGCACGCCTATGAAGCATCTTGAATTTTATGATTTGCAGGGAGATGGTAATAGTGAATTTTGWTAAGATGTTTTTGCTACWGAATACTATTGGTTGGTAAATTAACAGTGTTAAACAAAGCACTCTTTATCTTTACTGTGAATAGGTGCAATCGAGTTAGTTGGATAAAGAATTATCATGGGGAATTCAACCTTCGTGGTGAATATGGTCTCTCCTCATGG 304 G noncoding silent NA 3 LG_VI 12043505 NA NA 1-304 NA NA POPTR_0008s11890.1 564524_3 TTGTAGGCATCCTCCAAGTCAAGCAAAATAACAAAATCTACGGTCCTGATATCCCCCTCTTGCAGCTCTATGTCAAGTAAGCTCTTTTACCGTYGTTTTCATGTTTGTCACGTCCAGGGCTCCCAGAGCACCTTACTCTAAAGACTNAACGTTATTAAACTTGCGCAGGCATGAAACACAGGATCGTTTAAGGGTCCATATTACTGATGCAGAGAAGCAGAGATGGGAAGTGCCATACAATCTGTTACCAAGAGAGAAAGCACAAGCATTGAAGCAAACAATAGGGAGATCAAGAAAGAACCCAATAACTGTTCAGGAATACTCAGGCTCTGAGCTAATTTTTAGCTACATAGCAGACCCTTTTAGTTTTGCAGTGAAGAGAAAATCAAATGGGCAGACCCTTTTCAATTCAAGCTCTGACGGTTCAG 429 A/G A G GTCATTTGGTGAAATGGTGTTTAAAGATCAGTACTTGGAGATATCAACACAGTTGCCTAAAGATGCTTCATTGTACGGTCTTGGAGAGAACACACAGCCGCATGGTATTAAGCTGTACCCTGGAGATCCATACACCTTGTATACAACTGATAT TTGTAGGCATCCTCCAAGTCAAGCAAAATAACAAAATCTACGGTCCTGATATCCCCCTCTTGCAGCTCTATGTCAAGTAAGCTCTTTTACCGTYGTTTTCATGTTTGTCACGTCCAGGGCTCCCAGAGCACCTTACTCTAAAGACTNAACGTTATTAAACTTGCGCAGGCATGAAACACAGGATCGTTTAAGGGTCCATATTACTGATGCAGAGAAGCAGAGATGGGAAGTGCCATACAATCTGTTACCAAGAGAGAAAGCACAAGCATTGAAGCAAACAATAGGGAGATCAAGAAAGAACCCAATAACTGTTCAGGAATACTCAGGCTCTGAGCTAATTTTTAGCTACATAGCAGACCCTTTTAGTTTTGCAGTGAAGAGAAAATCAAATGGGCAGACCCTTTTCAATTCAAGCTCTGACGGTTCAGAGTCATTTGGTGAAATGGTGTTTAAAGATCAGTACTTGGAGATATCAACACAGTTGCCTAAAGATGCTTCATTGTACGGTCTTGGAGAGAACACACAGCCGCATGGTATTAAGCTGTACCCTGGAGATCCATACACCTTGTATACAACTGATAT 582 Genbank gene model has no stop codons -- happens b/c 1st base is in 2nd (not 1st) position in reading frame G GGG 2 GLY/GLU NONSYN exon replacement "1-146,239-582" 1 LG_VIII 7688751 NA PREMATURE_STOP_CODON 148-238 NA NA POPTR_0014s11310.1 572584_2 ATGACACTYTGGTGGAAAATCAGTCTGTACCTTTTGTAAAGAGGTCTCCAGTTTGGAACACGATTGAATCTATGGAAGTATTCCGAGCCATCCCGCAAAAACTGCATTTTCATCCTTTGACTGAATGTAAAGAAGAGTATCGTGAAGGATCAGCCATTGGTATTATGGTAACATTTGCTAGTTTGTTTGATAAGATAACCTCACTTCAGTTTGATGATTGTAGAAGCATATTAGAGAGCACATTGGAAAGTCTTCTTGACTTGGAGAAGCATGGATTTGATATCACTGTGCCACGTGGTAGGTTGAATGAATTGCTTTCAATTAAAGATGGGCAAGGGGAGGTACTAAATGAATCCAAAGATGCTGAAGGGAAATTACGAG 382 A/T A T GCATACYGATGAGAAAAGAAAGCTGGAAGAGAAGAGGAACGATATTGAAAAGAAGATTACTGAGCTACAGGAAGAACTTGCTTTAACCAWGGCAAAGATGGRGGTTAAGAACCTTGATCTTTCCAAGTTGCAATCCCATGCTAATGCCATAAATGAACGGATTAAAAATGCTCGGGATCATTTCGGAAAAGTAGCCTCTGCCCCTTGGAACCCGCCYTGATGCACTGTAATCTC ATGACACTYTGGTGGAAAATCAGTCTGTACCTTTTGTAAAGAGGTCTCCAGTTTGGAACACGATTGAATCTATGGAAGTATTCCGAGCCATCCCGCAAAAACTGCATTTTCATCCTTTGACTGAATGTAAAGAAGAGTATCGTGAAGGATCAGCCATTGGTATTATGGTAACATTTGCTAGTTTGTTTGATAAGATAACCTCACTTCAGTTTGATGATTGTAGAAGCATATTAGAGAGCACATTGGAAAGTCTTCTTGACTTGGAGAAGCATGGATTTGATATCACTGTGCCACGTGGTAGGTTGAATGAATTGCTTTCAATTAAAGATGGGCAAGGGGAGGTACTAAATGAATCCAAAGATGCTGAAGGGAAATTACGAGAGCATACYGATGAGAAAAGAAAGCTGGAAGAGAAGAGGAACGATATTGAAAAGAAGATTACTGAGCTACAGGAAGAACTTGCTTTAACCAWGGCAAAGATGGRGGTTAAGAACCTTGATCTTTCCAAGTTGCAATCCCATGCTAATGCCATAAATGAACGGATTAAAAATGCTCGGGATCATTTCGGAAAAGTAGCCTCTGCCCCTTGGAACCCGCCYTGATGCACTGTAATCTC 616 T GUG 2 VAL/GLU NONSYN exon replacement 1-602 2 LG_XIV 5082133 NA NA NA 603-616 3 POPTR_0014s15190.1 572962_1 TTTCTAGGAATAATTCCTGGATCAATTGTACTAACCAGAAACAGGTTGACCAGAACCTGTATTCCCAATAAAATAAAATAAAATAAATTTGATCCTTGCCGATAAATATTAATTACTGCTAATTTTATCGAATGAGAGGGACTGACAGTTACTGTTAACATCAAGGAAAAGGCTGTGAT 180 A/T A T AGACCAGAATCGTGCGGCAAATCATCCTCACTATACATGGCAAAAACCCAACTTGAGAGTATTATTGAAACAGTTGTCAACAGCAATCCCCTAGGATCTGGGCCACATATGAGTCGTCCATGGAAAAAAAACACCTGCATGCACATAAAGTTAAGCGGCAATCAATTTTAGCAGTGCAGACTGCAGACAGATTATACAAGGTGATTGCTAATTGTTATAGATTGTTGNANTTCGAAAGTGAGAACAAGTATTKGAACGTACATTATTCCCTGGCCAAACCTGGTAAGCCCTTGTTATGTCTGGATCGCCTKCACATCCATATTGTCGTAGCCACAGATCCTCAACAAACCTCTGGACTGCCACAAGATTCTGTCTTATCGTGTCCATAAACCTAGCCAACTTCATAGCCACTTTGTTGTGTAAACCTT TTTCTAGGAATAATTCCTGGATCAATTGTACTAACCAGAAACAGGTTGACCAGAACCTGTATTCCCAATAAAATAAAATAAAATAAATTTGATCCTTGCCGATAAATATTAATTACTGCTAATTTTATCGAATGAGAGGGACTGACAGTTACTGTTAACATCAAGGAAAAGGCTGTGATAAGACCAGAATCGTGCGGCAAATCATCCTCACTATACATGGCAAAAACCCAACTTGAGAGTATTATTGAAACAGTTGTCAACAGCAATCCCCTAGGATCTGGGCCACATATGAGTCGTCCATGGAAAAAAAACACCTGCATGCACATAAAGTTAAGCGGCAATCAATTTTAGCAGTGCAGACTGCAGACAGATTATACAAGGTGATTGCTAATTGTTATAGATTGTTGNANTTCGAAAGTGAGAACAAGTATTKGAACGTACATTATTCCCTGGCCAAACCTGGTAAGCCCTTGTTATGTCTGGATCGCCTKCACATCCATATTGTCGTAGCCACAGATCCTCAACAAACCTCTGGACTGCCACAAGATTCTGTCTTATCGTGTCCATAAACCTAGCCAACTTCATAGCCACTTTGTTGTGTAAACCTT 608 T CUA 3 LEU SYN exon silent "1-167,295-462,553-608" 2 LG_XIV 8029306 NA NA "168-294,463-552" NA NA POPTR_0016s02920.1 576095_3 GTGGTCCTTCATATYATTACAATGAWAGCACTGGAAACAACCAGTGGGAAATGTC 56 A/T A T AATGATACACCTTCAGTTACACACTCCATCTCCTTTACCTCTTTTAGAAGATTGGGTGGAGGCTTTGGACGAATCTACTGGTATGCCATATCAAGCACAGTAACATCTCCTGTGTGAGGGAGTAGAATCTCGGTTTGCATYGACATCTTCCTCTCGCTCTAGATTGTTGCDGTGTTTTAATTTTATACAATTCAAGCTCTATCCCTTWGAGGTGAAGATGTAGACTATGTTGATTCTGGTCAATATATGTCAAAGTAATGTGGCATTTCATTTG GTGGTCCTTCATATYATTACAATGAWAGCACTGGAAACAACCAGTGGGAAATGTCAAATGATACACCTTCAGTTACACACTCCATCTCCTTTACCTCTTTTAGAAGATTGGGTGGAGGCTTTGGACGAATCTACTGGTATGCCATATCAAGCACAGTAACATCTCCTGTGTGAGGGAGTAGAATCTCGGTTTGCATYGACATCTTCCTCTCGCTCTAGATTGTTGCDGTGTTTTAATTTTATACAATTCAAGCTCTATCCCTTWGAGGTGAAGATGTAGACTATGTTGATTCTGGTCAATATATGTCAAAGTAATGTGGCATTTCATTTG 330 A UCA 3 SER SYN exon silent 1-155 2 LG_XVI 1456556 (reverse complement) NA 156-330 NA NA POPTR_0017s07040.1 577299_5 CCTCTGTTTTTGGGTTGTAGTGGAGTCTAACTARTTACGATAGGAGAAAATAAWGAAAAAARCTTGTGCCTTTATRGTATATTGGATTGTAAGGTCCTTGATATTTGAGGGTTTCCTGTTGTGTTTATGAAGCTAATGCTTCTTTCATAACACATGCAAACTTTATTTGGTAGT 175 C/G C G TTGGAGTGGMCCCCGCWTATATATAGCCATTTTCCATCTTATGATGTTTAGTTATGCCTTCACAGTATGTTGCATTCTAAGGTCTTAATATTTTTCTGGTTTGAAAGTTTTAGTCGTAGACTTTTCAAGTTTTGAAGGTAATTGTTGATTGTGGCATAGAGTGGAGT CCTCTGTTTTTGGGTTGTAGTGGAGTCTAACTARTTACGATAGGAGAAAATAAWGAAAAAARCTTGTGCCTTTATRGTATATTGGATTGTAAGGTCCTTGATATTTGAGGGTTTCCTGTTGTGTTTATGAAGCTAATGCTTCTTTCATAACACATGCAAACTTTATTTGGTAGTCTTGGAGTGGMCCCCGCWTATATATAGCCATTTTCCATCTTATGATGTTTAGTTATGCCTTCACAGTATGTTGCATTCTAAGGTCTTAATATTTTTCTGGTTTGAAAGTTTTAGTCGTAGACTTTTCAAGTTTTGAAGGTAATTGTTGATTGTGGCATAGAGTGGAGT 342 G noncoding silent NA 1 LG_XVII 504984 (reverse complement) NA 1-342 NA NA POPTR_0018s02510.1 578278_6 TTTGTTATAATTCCGTACMTCTTGTGATCGGATGTRTTTTGYTTCTTGATGTATACAAGAAAGGTTTTTTTACATGGTTRATGTTGTTGTCTTCAAAATATHTGCAGAACAGTGTAACAGGGAGGCTACTGTCAACCTTGGAGTTGGATGTTGTCTATTACATTTAATTGCAGCGAGTAAAAATGAACTTGATAAGATGTTGGAAATGCGAATGCAAATGGAGAAGCTTCTTGAAAA 238 C/T C T GTGAGAGAGGAATTGCGAAAGAAAGATGGTCTCTCTAAGCCATCTAACGTGTGTGCTTATTCAACCACGCACATTGTAGAYGGTCCGGATTTTGAGAYCCAACTYTCTCCGCAAATATTTACATCGTCATATGTTTTGCCAGGGTCGTCAGCRATTACCGTTT TTTGTTATAATTCCGTACMTCTTGTGATCGGATGTRTTTTGYTTCTTGATGTATACAAGAAAGGTTTTTTTACATGGTTRATGTTGTTGTCTTCAAAATATHTGCAGAACAGTGTAACAGGGAGGCTACTGTCAACCTTGGAGTTGGATGTTGTCTATTACATTTAATTGCAGCGAGTAAAAATGAACTTGATAAGATGTTGGAAATGCGAATGCAAATGGAGAAGCTTCTTGAAAACGTGAGAGAGGAATTGCGAAAGAAAGATGGTCTCTCTAAGCCATCTAACGTGTGTGCTTATTCAACCACGCACATTGTAGAYGGTCCGGATTTTGAGAYCCAACTYTCTCCGCAAATATTTACATCGTCATATGTTTTGCCAGGGTCGTCAGCRATTACCGTTT 401 T AAU 3 ASN SYN exon silent 108-401 2 LG_XVIII 6278779 NA NA 1-107 NA NA POPTR_0006s18410.1 580469_2 GGAGCCMCAGGAATGAGGTGGAGGCTCTCAATTCAGTCCTTTCACTTATTAACAGCTACTCCTCTTATGAA 72 A/C A C GACAGAAGGAAGTGAACTTCTTGCAAACCTTGCAAGATGAAGTTCTTAAAAGGATCCAGGAATTCACAGACAAGAACAAAGTGGAGAGTAGAATTGATAGAAGCTGCAGTTGTGACAAAGAAAAGTGTTTAGAAAAATGGGGGGAGAGCAATGGTGTAAAAACAAGCTTGAAGATAGCATGTAAGTTCCAATATTAGTTTAAGACTTCACATCCAACAAAAAATGCATATAAGAGGGTTTTTTTT GGAGCCMCAGGAATGAGGTGGAGGCTCTCAATTCAGTCCTTTCACTTATTAACAGCTACTCCTCTTATGAAAGACAGAAGGAAGTGAACTTCTTGCAAACCTTGCAAGATGAAGTTCTTAAAAGGATCCAGGAATTCACAGACAAGAACAAAGTGGAGAGTAGAATTGATAGAAGCTGCAGTTGTGACAAAGAAAAGTGTTTAGAAAAATGGGGGGAGAGCAATGGTGTAAAAACAAGCTTGAAGATAGCATGTAAGTTCCAATATTAGTTTAAGACTTCACATCCAACAAAAAATGCATATAAGAGGGTTTTTTTT 317 A AGA 1 ARG SYN exon silent 1-252 2 scaffold_121 192183 NA NA 253-317 NA NA POPTR_0005s00890.1 581642_2 CCTATTTTTTCCACTTCTAKTCATCATTSTCTTGACCAACCCTACCTTAAGTGAAGCCCAAGATTCCCAAGWTTTAATCGACGAMGTATGTCGACAAATGGAAGACTA 109 C/T C T GGTTTCTGCAACAGGGTTTTTCATGAGAACATGAAAAGCCCGTCAATAGACTATGTTGGTCTCACAGCAATAGCAATGGAYCAGACAATAACAAACGCAACCAACACTTACGAGTATATTTTGGGTCTTCTAAAGAACACGACTGACCAATCATTGAGGAATGTTCTTGTTGCATGTGAGAATGCTTTTGGTATAGTGAAGTCGTCTTTCGGGGCTGCCTTGCAATCTTTTRACAGGAAAGATTATGATGATATGTTCAAGCTTGAACGGGTTGCACCGAGAGCACAAGCCAGCTGTGAAACGAGTTTCACTGCACCACCAAGTCCTCCAAATCCTTTGGCTGAAAGGAATAGGGAGATGAGGATTCTGATTACCATG CCTATTTTTTCCACTTCTAKTCATCATTSTCTTGACCAACCCTACCTTAAGTGAAGCCCAAGATTCCCAAGWTTTAATCGACGAMGTATGTCGACAAATGGAAGACTACGGTTTCTGCAACAGGGTTTTTCATGAGAACATGAAAAGCCCGTCAATAGACTATGTTGGTCTCACAGCAATAGCAATGGAYCAGACAATAACAAACGCAACCAACACTTACGAGTATATTTTGGGTCTTCTAAAGAACACGACTGACCAATCATTGAGGAATGTTCTTGTTGCATGTGAGAATGCTTTTGGTATAGTGAAGTCGTCTTTCGGGGCTGCCTTGCAATCTTTTRACAGGAAAGATTATGATGATATGTTCAAGCTTGAACGGGTTGCACCGAGAGCACAAGCCAGCTGTGAAACGAGTTTCACTGCACCACCAAGTCCTCCAAATCCTTTGGCTGAAAGGAATAGGGAGATGAGGATTCTGATTACCATG 487 T UAU 3 TYR SYN exon silent 1-487 3 scaffold_131 423500 NA NA NA NA NA POPTR_0018s06860.1 582957_4 GCTCGCCACTTTTTTCCCATATGTATATAATTGCTTAGAACTCGAACAAAAAATGACTTGATAATTGCAGCAGAGGAGATTGCTGATCATGTAGTTTGTCTTAATAGGTAATGCAACCTTTTTAGTTGGCATCATCAATCATGAAAGGGAGTAATTGTGGCACATAACGTATCTAGATGCCATGGAAAGAATGATCAAAATTCTCCTCTTTTTGGTCTTACAATCTGCTACTTGCTTTGTTCTTTTTGTGGAAGVTGATGACCAATTTGATGTCGAAGGACCTTTCTATTTTTCCAACGCTTTAGAATCAATCAAAGCAAAGAGAATTGTGRGTTGATTTCTGATTGTTATTTMTGTGATCCGTAGGGGTCTCCTTTAAAAAGAATCCAAGATCAATTTGATATTTTACCAAATATTATCATGCTTGATTTCTTCCAGGACTTTCATGTTTATAATTGAATTGTT 466 C/T C T AGATATCAGTTATAGTGTGGAAATATTTTCAGATCAGTTARTGGTCGTTTGTTCTCAAACTGGAAGAATTAAATCTGTGTTTACCGTGGTAGATTCCAATTGCCTGAATCGTTGGCACACAGTTCAATTCTTGCTGCAAACAATAAGCATTTAGTTTCATGCTGATTTTGTTGTAATATTTTTTACCAGG GCTCGCCACTTTTTTCCCATATGTATATAATTGCTTAGAACTCGAACAAAAAATGACTTGATAATTGCAGCAGAGGAGATTGCTGATCATGTAGTTTGTCTTAATAGGTAATGCAACCTTTTTAGTTGGCATCATCAATCATGAAAGGGAGTAATTGTGGCACATAACGTATCTAGATGCCATGGAAAGAATGATCAAAATTCTCCTCTTTTTGGTCTTACAATCTGCTACTTGCTTTGTTCTTTTTGTGGAAGVTGATGACCAATTTGATGTCGAAGGACCTTTCTATTTTTCCAACGCTTTAGAATCAATCAAAGCAAAGAGAATTGTGRGTTGATTTCTGATTGTTATTTMTGTGATCCGTAGGGGTCTCCTTTAAAAAGAATCCAAGATCAATTTGATATTTTACCAAATATTATCATGCTTGATTTCTTCCAGGACTTTCATGTTTATAATTGAATTGTTCAGATATCAGTTATAGTGTGGAAATATTTTCAGATCAGTTARTGGTCGTTTGTTCTCAAACTGGAAGAATTAAATCTGTGTTTACCGTGGTAGATTCCAATTGCCTGAATCGTTGGCACACAGTTCAATTCTTGCTGCAAACAATAAGCATTTAGTTTCATGCTGATTTTGTTGTAATATTTTTTACCAGG 656 T intron silent 656 3 scaffold_145 465293 (reverse complement) NA 1-655 NA NA POPTR_0017s13440.1 583858_3 TGGTATGCTTCCCCTCCTGCATTTCCTCATGGCAATAGGATTAGAKGTCTTATGCGGTGTATCATATATTACTATATTTTTTTATGGCTGTTGACTGKGTTTTTTATTTAACCTGTGAGGTATAAAATGGATGAGTGAAAGA 143 A/G A G TGTGAAGGAAAGAATGATGCCTNAAGATGAAAGGCATCTGCATTGTTTTGCTCTTGAATGTTGGTTYTTAATGGTTGACAAATTAATGATTGTTAAAGGCATAGATATCTTAGTGATCTAAAGGACGAGCTAAATACACCCATTAGCTGGTTAAGGTACTATTTTTTTTACATGTAACATTGTTGCTGCCACTTTTGAGCACATGACTCCTCTATATTRCTATTGGTATTTACCACCATGGTAATGCAATGGGTGGTAGAAGTTGGAAAGAAATGAAAGCATATTGGTTGGTGCGCTTCTTACCATGGAGAGTCCTCCAGATTATTAGTTTTAGCTAAAGTGAATTTTTGATTGCAATGCATTTGTTTGATTTTATTTGTACGAGCATCACGNTTATATGAAAAAGTGTTTATTCAGAACTTCCAAGTTGATTTGCATGGAATTAGAAATGCAATTCARTATTARTTCATATTCCTTCTAATGGAGTTCTAAATATTATCTTTCYTCTTTCTTTTCCCTCA TGGTATGCTTCCCCTCCTGCATTTCCTCATGGCAATAGGATTAGAKGTCTTATGCGGTGTATCATATATTACTATATTTTTTTATGGCTGTTGACTGKGTTTTTTATTTAACCTGTGAGGTATAAAATGGATGAGTGAAAGAATGTGAAGGAAAGAATGATGCCTNAAGATGAAAGGCATCTGCATTGTTTTGCTCTTGAATGTTGGTTYTTAATGGTTGACAAATTAATGATTGTTAAAGGCATAGATATCTTAGTGATCTAAAGGACGAGCTAAATACACCCATTAGCTGGTTAAGGTACTATTTTTTTTACATGTAACATTGTTGCTGCCACTTTTGAGCACATGACTCCTCTATATTRCTATTGGTATTTACCACCATGGTAATGCAATGGGTGGTAGAAGTTGGAAAGAAATGAAAGCATATTGGTTGGTGCGCTTCTTACCATGGAGAGTCCTCCAGATTATTAGTTTTAGCTAAAGTGAATTTTTGATTGCAATGCATTTGTTTGATTTTATTTGTACGAGCATCACGNTTATATGAAAAAGTGTTTATTCAGAACTTCCAAGTTGATTTGCATGGAATTAGAAATGCAATTCARTATTARTTCATATTCCTTCTAATGGAGTTCTAAATATTATCTTTCYTCTTTCTTTTCCCTCA 664 G intron silent 1-2 1 scaffold_155 288272 (reverse complement) NA 3-664 NA NA POPTR_0018s14880.1 584519_6 TTTTTCTCTAACCAGCTTGATTAATTATATCAWATAGCAGCTGCTAACTTTTTATTCCATCTGCAAARTTGCTAAATTTGGATTTTTATAGTTGAGGGAAAAAATTGTYAGTTTAAGACAACGAAATAAAATAAAAGGGGCTAGTGATTACTTTGACTTGTCAACTTATCATGAAAATTGATTACTTTGATGCGACTTCAAGGTTCATCACTGATATTGTTTTTYAGTAAAAATTTTGGGATGCTGTGCAAAGTTGAAGTGYAGATACATTTTCCTGTATTC 283 A/G A G ATTTGGACGCCTAGAAAGTTATTCGAAGTTGATGAGGAAATTGGAGATTGTTCTTGCATGAAGTGCCCACTTTTAAGATTATACCTACTTTCAGACATTGTCATCATTGGTAGTAAATTTGAAGACCACAATTTTGTGTGGAATCTTACCAATGCTTTGATAGCATTGAATGAGTTCTATGTTGTGTTAATAAGAAAGTTATTGTGGGACCGAATTATTATATTGCCATTACCTTTTACAGGTATAGGGAAACR TTTTTCTCTAACCAGCTTGATTAATTATATCAWATAGCAGCTGCTAACTTTTTATTCCATCTGCAAARTTGCTAAATTTGGATTTTTATAGTTGAGGGAAAAAATTGTYAGTTTAAGACAACGAAATAAAATAAAAGGGGCTAGTGATTACTTTGACTTGTCAACTTATCATGAAAATTGATTACTTTGATGCGACTTCAAGGTTCATCACTGATATTGTTTTTYAGTAAAAATTTTGGGATGCTGTGCAAAGTTGAAGTGYAGATACATTTTCCTGTATTCAATTTGGACGCCTAGAAAGTTATTCGAAGTTGATGAGGAAATTGGAGATTGTTCTTGCATGAAGTGCCCACTTTTAAGATTATACCTACTTTCAGACATTGTCATCATTGGTAGTAAATTTGAAGACCACAATTTTGTGTGGAATCTTACCAATGCTTTGATAGCATTGAATGAGTTCTATGTTGTGTTAATAAGAAAGTTATTGTGGGACCGAATTATTATATTGCCATTACCTTTTACAGGTATAGGGAAACR 537 G intron silent 525-537 3 scaffold_164 73245 (reverse complement) NA 1-524 NA NA POPTR_0011s08320.1 586125_1 CTCTCTTAAGCTCACAAAGGCAAGAATCTACGACACCAATCCTCAAATATTGACAGCATTTTCCAACTCCAATGTTGAGCTGATTGTGACTATAGAAAACCAAATGCTAGCTGTTCTAATGGACCCTCAACAAGCTCTTCAGTGGGTTAGTACCCACATCAAGCCATATTTTCCGGCCACGAGAATCACAGGAATCGCTGTAGGAAATGAGGTCTTCACTGATGATGACACAA 234 C/T C T ATTACTAGCCTATCTTGTTCCAGCTGTAGTCAACATTCATAGCGCACTTGCTCAATTAGGCCTAGATAGATACATTCAAGTCTCAACACCCAATTCTTTAGCGGTGCTCGCGGAATCATTCCCTCCTTCAGCGGGCACTTTCAAAACTGAGGTCTCAGGAGTTATGTCGCAATTTTTACACTTCTTGTCAAACACAAAATCACCATTTTGGATCAATGCATATCCATATTTTGCTTACAAGGATAAACCTGATGACATACCCTTGGATTATGTRCTTTTTAAACCTAATTCAGGCATGGTTGACCCTTACA CTCTCTTAAGCTCACAAAGGCAAGAATCTACGACACCAATCCTCAAATATTGACAGCATTTTCCAACTCCAATGTTGAGCTGATTGTGACTATAGAAAACCAAATGCTAGCTGTTCTAATGGACCCTCAACAAGCTCTTCAGTGGGTTAGTACCCACATCAAGCCATATTTTCCGGCCACGAGAATCACAGGAATCGCTGTAGGAAATGAGGTCTTCACTGATGATGACACAACATTACTAGCCTATCTTGTTCCAGCTGTAGTCAACATTCATAGCGCACTTGCTCAATTAGGCCTAGATAGATACATTCAAGTCTCAACACCCAATTCTTTAGCGGTGCTCGCGGAATCATTCCCTCCTTCAGCGGGCACTTTCAAAACTGAGGTCTCAGGAGTTATGTCGCAATTTTTACACTTCTTGTCAAACACAAAATCACCATTTTGGATCAATGCATATCCATATTTTGCTTACAAGGATAAACCTGATGACATACCCTTGGATTATGTRCTTTTTAAACCTAATTCAGGCATGGTTGACCCTTACA 545 C ACA 2 THR/ILE NONSYN exon replacement 1-545 3 scaffold_188 299534 NA NA NA NA NA POPTR_0001s42950.1 586879_4 AATTGGGGAGGGTGGTTTTGGTTCTGTATACAAGGTAACYGTATGAYTGTTATTATAATACATGACTAATGATATCAAAGTAGTTTTATATGGTATTTTTGTRTTTCTTTTAATTGTGAATGGTACTTAAGAAATGATTATGGATGTTCAGGGACGGCTGAAACATGGGAAGATAGCTGCTATAAAAGTTCTTTCAGCCGAGTCGAGACAAGGGGTGGAAGAGTTCTTAGCAGAGATTAAAGCAATGTCAGAGATAGAGCATGAAAACTTGGTTAAGCTGTATGGATGTTGCGTAGAAGATAATCACAGAATTTTAGTTTACAATTACCTTG 333 A/T A T GAACAATAGCCTTGCGCAAACTCTTCTTGGTAATTCTTGAATATCTTCTTCTTTTGAAATACTGATGTTTTGGTTTACACCATTGAAAAATAGTTCTGCCTTTTTGAGCTTGAAACTTCATGAACAATTCATGTATATATTCCTCTCAAAATATACTTATCTGCTTTTATTACACTGAGAATCTTGGTACCAGTAAACATATATGCACATGCATATGCATATGAACCCATATGATTTATGCRAAGCTTGCTTTTATTCCATGAATCGATTGGCATCTGAGYGCTCAAGTATTTTTTCACTTTCAGATGGAGGTCATAGKCACAGCAATATCCAGTTTAGTTGGAGAACACGGACTAAGATATGC AATTGGGGAGGGTGGTTTTGGTTCTGTATACAAGGTAACYGTATGAYTGTTATTATAATACATGACTAATGATATCAAAGTAGTTTTATATGGTATTTTTGTRTTTCTTTTAATTGTGAATGGTACTTAAGAAATGATTATGGATGTTCAGGGACGGCTGAAACATGGGAAGATAGCTGCTATAAAAGTTCTTTCAGCCGAGTCGAGACAAGGGGTGGAAGAGTTCTTAGCAGAGATTAAAGCAATGTCAGAGATAGAGCATGAAAACTTGGTTAAGCTGTATGGATGTTGCGTAGAAGATAATCACAGAATTTTAGTTTACAATTACCTTGAGAACAATAGCCTTGCGCAAACTCTTCTTGGTAATTCTTGAATATCTTCTTCTTTTGAAATACTGATGTTTTGGTTTACACCATTGAAAAATAGTTCTGCCTTTTTGAGCTTGAAACTTCATGAACAATTCATGTATATATTCCTCTCAAAATATACTTATCTGCTTTTATTACACTGAGAATCTTGGTACCAGTAAACATATATGCACATGCATATGCATATGAACCCATATGATTTATGCRAAGCTTGCTTTTATTCCATGAATCGATTGGCATCTGAGYGCTCAAGTATTTTTTCACTTTCAGATGGAGGTCATAGKCACAGCAATATCCAGTTTAGTTGGAGAACACGGACTAAGATATGC 697 A GAG 2 GLU/VAL NONSYN exon replacement "1-34,152-362,639-697" 3 scaffold_202 234714 NA NA "35-151,363-638" NA NA POPTR_0005s05660.1 595409_1 TCTTTTTTCCCATGCACTGCTTCTATGTTTTTGGTTTTGTGTTGGCTTTCCACG 55 G/T G T TGTTGCTATTGGTTAGTGCCTTGGTTTGTGATTTGGGAGGTTGGCTCTTTAACTTGCTCCTCTGTKCCATTTTCTGTTTGGTGTGATGTGTTTGATTTTAGGTGCTTCTTTTGGTTTACCTGTATAAGATTTCTACCCAAGTTTTTGTTTTTTTTTT TCTTTTTTCCCATGCACTGCTTCTATGTTTTTGGTTTTGTGTTGGCTTTCCACGGTGTTGCTATTGGTTAGTGCCTTGGTTTGTGATTTGGGAGGTTGGCTCTTTAACTTGCTCCTCTGTKCCATTTTCTGTTTGGTGTGATGTGTTTGATTTTAGGTGCTTCTTTTGGTTTACCTGTATAAGATTTCTACCCAAGTTTTTGTTTTTTTTTT 212 T noncoding silent NA 2 scaffold_70 337024 (reverse complement) NA 1-212 NA NA POPTR_0001s37020.1 642244_1 CAGAGGAATCAAAAGATGCCATAGCAAATGCGCTAAAGGGATCAGACCTTGTCTTTATAACAGCTGGTATGGGTGGAGGTACGGGATCCGGTGCTGCCCCAGTTGTAGCTCAGATATCAAAGGAGGCAGGATATTTGACTGTTGGTGTGGTTACGTATCCTTTCAGCTTCGAGGGGCG 179 A/G A G AAAAGATCCTTGCAGGCAGGTGGTGTTGTTGGTTTCATCGCATGAAAGATTTTTACTTGTGAARTATTGTTCCGAGGAGGAAAAAAAAGARATCATAATTAGAGAAAAGTTTGCTCCTTTTTTTGTTACTAATAGCTGTTTCCATTCCTTTAGCCTGCTGTAGAAACTGGTGTTTCTTAGATGTGCTTATTAAAATAGAATGAACTTTCTTTCCTCCAAAGGTCAATTATTGAGAGTATAGACAATTTTCATGCTTGCAGGCATTARAGGCTATTGAAAAWTTGCAAAAAAATGTGGATACTCTAATAGTGATCCCCAATGACCGCCTGCTTGATATTGCTGATGAGCAGACACCCCTCCAGGA CAGAGGAATCAAAAGATGCCATAGCAAATGCGCTAAAGGGATCAGACCTTGTCTTTATAACAGCTGGTATGGGTGGAGGTACGGGATCCGGTGCTGCCCCAGTTGTAGCTCAGATATCAAAGGAGGCAGGATATTTGACTGTTGGTGTGGTTACGTATCCTTTCAGCTTCGAGGGGCGAAAAAGATCCTTGCAGGCAGGTGGTGTTGTTGGTTTCATCGCATGAAAGATTTTTACTTGTGAARTATTGTTCCGAGGAGGAAAAAAAAGARATCATAATTAGAGAAAAGTTTGCTCCTTTTTTTGTTACTAATAGCTGTTTCCATTCCTTTAGCCTGCTGTAGAAACTGGTGTTTCTTAGATGTGCTTATTAAAATAGAATGAACTTTCTTTCCTCCAAAGGTCAATTATTGAGAGTATAGACAATTTTCATGCTTGCAGGCATTARAGGCTATTGAAAAWTTGCAAAAAAATGTGGATACTCTAATAGTGATCCCCAATGACCGCCTGCTTGATATTGCTGATGAGCAGACACCCCTCCAGGA 543 A CGA 3 ARG SYN exon silent "1-194,440-543" 2 LG_I 28974381 (reverse complement) NA 195-439 NA NA POPTR_0003s11790.1 646517_1 GGGCATGGCTGGATTCGCGGTTACAATCATGGGTGTGGTGCTTTACAGCGAGGCAAAGAAGAGATCTAAGGTCACAACTCACTGAGAGATGATATAACGATTCATTTTGATTGCCACAAACACTGGTGAGGCTTTT 137 A/G A G TTTTTTATTTTATTTTTTGCTYTATTTACTATTGATTCAATGTTTTAGTTTTTTACTGTTAGATTTTAATGGAAGAAAAGAAGGGAAATTTGGATCGATTGGATTGTACAGGATGGTGGAGAAAAGGGAAAGAGTTRGCTC GGGCATGGCTGGATTCGCGGTTACAATCATGGGTGTGGTGCTTTACAGCGAGGCAAAGAAGAGATCTAAGGTCACAACTCACTGAGAGATGATATAACGATTCATTTTGATTGCCACAAACACTGGTGAGGCTTTTATTTTTTATTTTATTTTTTGCTYTATTTACTATTGATTCAATGTTTTAGTTTTTTACTGTTAGATTTTAATGGAAGAAAAGAAGGGAAATTTGGATCGATTGGATTGTACAGGATGGTGGAGAAAAGGGAAAGAGTTRGCTC 278 GENBANK DID NOT RETURN A MATCH FOR bp 137-148 (where SNP is located). JGI DOESN'T HAVE IT EITHER. ? UTR silent 1-85 1 LG_III 11335648 (reverse complement) NA NA 86-278 3 POPTR_0003s15250.1 646870_5 TCAAATCGGGTTAGTTGTAAGATTAATTCCAGTAATTTGTATAATTGTATTTYTGCGGTGAGTTTGTTAGGGACGATGGACGAGGAAGGAAGGGRAGGATCCTTCCCTATTCTTTCTTCACTTCCAATTTGGGTGGAKAGGCTTGCTTGCTGCAWCCTTTCCTTTCCTCGTCAGCAAAGCAACTAGAT 189 A/G A G GATGGGTCGTTTTATGTTCATGCTCRGTGGAAGTTTACTTCCAATTTTAACAAATTCAACCCATAATTGCATGCTTTTATGTTAGTTCACCTTTAATTATAGAGTTATTCATAGAGGAGTGCTMGACCATTAATGTGATGCATTTGTTGTATG TCAAATCGGGTTAGTTGTAAGATTAATTCCAGTAATTTGTATAATTGTATTTYTGCGGTGAGTTTGTTAGGGACGATGGACGAGGAAGGAAGGGRAGGATCCTTCCCTATTCTTTCTTCACTTCCAATTTGGGTGGAKAGGCTTGCTTGCTGCAWCCTTTCCTTTCCTCGTCAGCAAAGCAACTAGATAGATGGGTCGTTTTATGTTCATGCTCRGTGGAAGTTTACTTCCAATTTTAACAAATTCAACCCATAATTGCATGCTTTTATGTTAGTTCACCTTTAATTATAGAGTTATTCATAGAGGAGTGCTMGACCATTAATGTGATGCATTTGTTGTATG 342 A noncoding silent NA 3 LG_III 13922520 NA NA 1-342 NA NA POPTR_0005s26310.1 652105_4 GAAAGACTTCATGTGGAAGTTCTTAGTTCCTCAAAGATGTMTCTACTTCACTCTAAGGTATATACATTGCGTTAGCTAAATGCCYTGATACCATCGTTAGCATGCCTGATCCARCAATCGAACATAAACAAGAAGTTAAAACCATTATGGTTCCTCTGGAAATTTTGAGAAAAAAGTGTGTTGTATCCTGTTGAAT 197 G/T G T TTGATCATTGTCTAACTCGTTTATGTTCCTTCATTCTTCATAATTTCCAATCAGGAAAACCTGGGTTATGTGATTATAAACCTAGCAGATGTCGTGACAAACAGGAGAATCAACGAGAAGTACAATCTCATTGACTCCAGGAATGGTCAAATYCAAATTGAGCTGCAATGGAAAACATCTTGAGGGCACRCTCATTTTGTTTTTTAGTAGGTATTGGTCAAAACATAAGASATTTCCTTCT GAAAGACTTCATGTGGAAGTTCTTAGTTCCTCAAAGATGTMTCTACTTCACTCTAAGGTATATACATTGCGTTAGCTAAATGCCYTGATACCATCGTTAGCATGCCTGATCCARCAATCGAACATAAACAAGAAGTTAAAACCATTATGGTTCCTCTGGAAATTTTGAGAAAAAAGTGTGTTGTATCCTGTTGAATGTTGATCATTGTCTAACTCGTTTATGTTCCTTCATTCTTCATAATTTCCAATCAGGAAAACCTGGGTTATGTGATTATAAACCTAGCAGATGTCGTGACAAACAGGAGAATCAACGAGAAGTACAATCTCATTGACTCCAGGAATGGTCAAATYCAAATTGAGCTGCAATGGAAAACATCTTGAGGGCACRCTCATTTTGTTTTTTAGTAGGTATTGGTCAAAACATAAGASATTTCCTTCT 438 G intron silent "1-57,252-380" 1 LG_V 16857396 (reverse complement) NA "58-251,404-438" 381-403 3 POPTR_0006s10550.1 653171_1 TTTGGTGAGCTGGTATCCATTGGTGGCCTTGGCCCTGATGTAAACAAGAATCTGAGCTTTGCAATTGCATCAATTCTGGAGAAAAAGTTGTCAGTACCCAAGTCACGGCTCTTCCTTAAATTCTATGACTCTCAGGCAAGCCATCTCAACTTTTAATTGTCACCAAGAACAT 173 C/T C T GATTATTGCRGTGCACATTTTTCTTCGCATTGCATTCTTTCTGTTGTTTGGCCGGCCGGTCATAGCCAAGAAAATGCCTGATTTTCGYTTGCTTCTTATCAGCATTAATTCCTGTAAAAAAAACAATYTTTTTTTT TTTGGTGAGCTGGTATCCATTGGTGGCCTTGGCCCTGATGTAAACAAGAATCTGAGCTTTGCAATTGCATCAATTCTGGAGAAAAAGTTGTCAGTACCCAAGTCACGGCTCTTCCTTAAATTCTATGACTCTCAGGCAAGCCATCTCAACTTTTAATTGTCACCAAGAACATCGATTATTGCRGTGCACATTTTTCTTCGCATTGCATTCTTTCTGTTGTTTGGCCGGCCGGTCATAGCCAAGAAAATGCCTGATTTTCGYTTGCTTCTTATCAGCATTAATTCCTGTAAAAAAAACAATYTTTTTTTT 309 C intron silent 1-135 1 LG_VI 7297935 (reverse complement) NA 136-309 NA NA POPTR_0007s01040.1 654383_6 ATTCCTTAAATGATTTTTTCTTGAGAAGCAGGATTGAAGTTATTATTCCGCAATACTTGGTTTATTTTTCTTGATRGAACACTAGAATTATAACCCTTGAACTGAGGAAAATCAATCAATCWAGACWGACATTGCTTTTGGCAACAGTGGCTAGCAAGCCTCATTTAGTCCTATTCTACTCTATGTATCGGTGGAACCTAGTGAAACTTCTAAAACTAGCCAAATTTGACCATGATTCTAACCTGCTATTCTGAATGGCTTATGCTAAGCCCAATTAACGTGCATTTCTGAAAAWGTTTTAAGAGTGCCTTGATGCATAAGCATGTCTCAAAGCATGATGCTTCATATTCCAGCATTCATGGTTTTTACAATGCTGGGGAAGTTTCTACGCCAGCACGATGTATGGCCCCGCTTTTTCCTTGGCCAATATTGATTTNTAATCCTGAAATGATGTTGGTAAGCCTTGTGTTTGTGCTTAAT 481 C/G C G TTTTTGCTAAATGGCATCAACAACATGTGGTCTGACCCGAACTGTGACGCGGCTCTCCTTGTTTTTTTACKCCTCAATTTCTTTACGAGGCN ATTCCTTAAATGATTTTTTCTTGAGAAGCAGGATTGAAGTTATTATTCCGCAATACTTGGTTTATTTTTCTTGATRGAACACTAGAATTATAACCCTTGAACTGAGGAAAATCAATCAATCWAGACWGACATTGCTTTTGGCAACAGTGGCTAGCAAGCCTCATTTAGTCCTATTCTACTCTATGTATCGGTGGAACCTAGTGAAACTTCTAAAACTAGCCAAATTTGACCATGATTCTAACCTGCTATTCTGAATGGCTTATGCTAAGCCCAATTAACGTGCATTTCTGAAAAWGTTTTAAGAGTGCCTTGATGCATAAGCATGTCTCAAAGCATGATGCTTCATATTCCAGCATTCATGGTTTTTACAATGCTGGGGAAGTTTCTACGCCAGCACGATGTATGGCCCCGCTTTTTCCTTGGCCAATATTGATTTNTAATCCTGAAATGATGTTGGTAAGCCTTGTGTTTGTGCTTAATCTTTTTGCTAAATGGCATCAACAACATGTGGTCTGACCCGAACTGTGACGCGGCTCTCCTTGTTTTTTTACKCCTCAATTTCTTTACGAGGCN 573 G noncoding silent NA 1 LG_VII 545412 NA NA 1-573 NA NA POPTR_0008s08730.1 656445_2 TAACTCTTGTTCATGAATAATTGCTACRACTGTTTCATTCTGTTGATTGCATTTACAGGGACTGGAGATGATCTATTATATAATAGTCAAGATATGCTATCTCCTGATCGGAACACCCAGCACCAGGTACCGTTCATGGGCTAAGTGGTTTGTCAGTGGGCTCTTTTATATTAATTGAA 180 A/C A C CTAGGAATGAGGAAAGCAAATTAATNTACGATTTCTTTTGACATCTGAAAATGCAGACAATCACAAAGCGAGGCGCCGGGAGGGAGAATCTGGAGTACACTGATTATTCAGGAACAGGACCCAATAACCGCCACACTCCTGAGCCGCCTTCTGGCCAGGGGGGGAACTAATTAAGCTCAGTCAGTTCAAGGATTGCACGGTAGATTTGTAAACAAAAAAAGGGCCCTTCTGCTCAGTTCCTCCAGGCAAAGGTTAAGTTTATGTAGGCAGAATAAAGCCGGGAGCTTATTAGGGTTAAAACCACTAGTGGAAGAATATGTAGACTGAAGTAACTTGAAATGTTAATTATCTGCTTTGCCATGTTTATC TAACTCTTGTTCATGAATAATTGCTACRACTGTTTCATTCTGTTGATTGCATTTACAGGGACTGGAGATGATCTATTATATAATAGTCAAGATATGCTATCTCCTGATCGGAACACCCAGCACCAGGTACCGTTCATGGGCTAAGTGGTTTGTCAGTGGGCTCTTTTATATTAATTGAAACTAGGAATGAGGAAAGCAAATTAATNTACGATTTCTTTTGACATCTGAAAATGCAGACAATCACAAAGCGAGGCGCCGGGAGGGAGAATCTGGAGTACACTGATTATTCAGGAACAGGACCCAATAACCGCCACACTCCTGAGCCGCCTTCTGGCCAGGGGGGGAACTAATTAAGCTCAGTCAGTTCAAGGATTGCACGGTAGATTTGTAAACAAAAAAAGGGCCCTTCTGCTCAGTTCCTCCAGGCAAAGGTTAAGTTTATGTAGGCAGAATAAAGCCGGGAGCTTATTAGGGTTAAAACCACTAGTGGAAGAATATGTAGACTGAAGTAACTTGAAATGTTAATTATCTGCTTTGCCATGTTTATC 548 C intron silent "59-126,237-350" 2 LG_VIII 5432552 (reverse complement) NA "1-58,127-236" 351-548 3 POPTR_0005s02270.1 671710_4 ATTTTGCACTRTTTTGATTGGTTATCCTATCTAGAAGTGATCACTAGTTAATTCAAAATTGTTGAGAGTAGATGTATACATGTAATTTCAATATTTGAGATACTTACATTAAGTTTTTGCCTGTGTTATGGTTGGCTCTTCGAAAATTGGAGCTGGGGCCTGGGACATGATGTCTGGGTGCTTGGTTGGTTTGCCTGGATTTTGTTTCAGCAGCAGGACGAGAGGAATAGCAGCCCTGTACAGCTTTCTAAGGTATATAKCAGTTTAGTGAATTRTGATTTGCTTTCTACCTTTTGCTCTCTTAGTTTTCATTAACCTTGTTATTATCATGCCCTTGTAACAGTTTCTAGGGCGTGACAAAGAGGATGGTGTGCGTCGTAG 382 C/T C T GCTGTTTCTGGTAAAAAGGTGAGTCTTCACTCCTTTACTTTGCTGTGAACTTTAGAGAGATYGAGAGGTACACTGATATTTAGCATCCTTTCTCCAATTTTCCTCTAGATTTTATTGAAACTTGAGAAATCAAAGGAGGACAAGGCGGCAGAAAATAAAAGGA ATTTTGCACTRTTTTGATTGGTTATCCTATCTAGAAGTGATCACTAGTTAATTCAAAATTGTTGAGAGTAGATGTATACATGTAATTTCAATATTTGAGATACTTACATTAAGTTTTTGCCTGTGTTATGGTTGGCTCTTCGAAAATTGGAGCTGGGGCCTGGGACATGATGTCTGGGTGCTTGGTTGGTTTGCCTGGATTTTGTTTCAGCAGCAGGACGAGAGGAATAGCAGCCCTGTACAGCTTTCTAAGGTATATAKCAGTTTAGTGAATTRTGATTTGCTTTCTACCTTTTGCTCTCTTAGTTTTCATTAACCTTGTTATTATCATGCCCTTGTAACAGTTTCTAGGGCGTGACAAAGAGGATGGTGTGCGTCGTAGCGCTGTTTCTGGTAAAAAGGTGAGTCTTCACTCCTTTACTTTGCTGTGAACTTTAGAGAGATYGAGAGGTACACTGATATTTAGCATCCTTTCTCCAATTTTCCTCTAGATTTTATTGAAACTTGAGAAATCAAAGGAGGACAAGGCGGCAGAAAATAAAAGGA 545 C AGC 3 SER SYN exon silent "214-252,344-400,491-545" 1 scaffold_133 398126 (reverse complement) NA "1-213,253-343,401-490" NA NA POPTR_0013s13220.1 672284_5 AAAGATTTCATGCAGTCAATTTTATCAATTATGTGGAAAATGTGTTAATGCAATTATATTTGAAATATTGCTCTCATTGGTTTTATTTGATTAGAAGTTGCAGTTGACATTTTCAGTATACCATCCATNNNNATGGATGGACCTTTGTTTTMCTTTCCATGAAGTAAATATTTTATGCCCTTGGCTGTTTGCTTTTT 198 A/G A G TATTTGTAGTTCAGGATAGTCATTTAGTCTCTTTGAATTTCAATGTTATACATGTGAGTGCACATCATCATTTATTCATGGTAGTTGAATYGTGCTTTGATGTTTTTCATTTAAYTAATTCGTGCTGTTTGCTGTTATAGGGAGCTCTTGATGGTGGTTTGGATATTCCTCACAGTGAAAAGAGGTTTGCTGGCTTTGGAAAGGACAATAAGCAGCTCGATGCTGAAGT AAAGATTTCATGCAGTCAATTTTATCAATTATGTGGAAAATGTGTTAATGCAATTATATTTGAAATATTGCTCTCATTGGTTTTATTTGATTAGAAGTTGCAGTTGACATTTTCAGTATACCATCCATNNNNATGGATGGACCTTTGTTTTMCTTTCCATGAAGTAAATATTTTATGCCCTTGGCTGTTTGCTTTTTATATTTGTAGTTCAGGATAGTCATTTAGTCTCTTTGAATTTCAATGTTATACATGTGAGTGCACATCATCATTTATTCATGGTAGTTGAATYGTGCTTTGATGTTTTTCATTTAAYTAATTCGTGCTGTTTGCTGTTATAGGGAGCTCTTGATGGTGGTTTGGATATTCCTCACAGTGAAAAGAGGTTTGCTGGCTTTGGAAAGGACAATAAGCAGCTCGATGCTGAAGT 427 G intron silent 339-427 1 scaffold_142 276344 (reverse complement) NA 1-338 NA NA POPTR_0001s16770.1 673194_6 ATGGCTCAAGATCATCACCRAATCCCTCCCAGGAACACCGATCTCACCACCACCTCCCGGTGGCCGCTTCGACGGAGACTTTCCCTACGTAGGCGTAAACTGCCCATAATACGTCTAGGAGGAGAGAAGCMTCGACGACGAAGGATGYYTTTATTGAGGATSTTAAGAGGAACGCGGTTGAGGTGGCTAAAATTGCGATACCTATGCATGTTAAAGAAGCTCAAGGAATGTTATCGTAATTTTATTAACGATCTGTCGG 260 C/T C T ATCTGGAGCAACTATAGAGGYTTATCAACAAAGGCTTTTAATGGAGACCTCTTTTGCTGTTCCTGGCATGGGYATTACTTTCTCCAACTTTCTTTCCGTTCAGGCTGGATCCAATCCCTCTCGATCGTTCAYGGTGTAAAACGT ATGGCTCAAGATCATCACCRAATCCCTCCCAGGAACACCGATCTCACCACCACCTCCCGGTGGCCGCTTCGACGGAGACTTTCCCTACGTAGGCGTAAACTGCCCATAATACGTCTAGGAGGAGAGAAGCMTCGACGACGAAGGATGYYTTTATTGAGGATSTTAAGAGGAACGCGGTTGAGGTGGCTAAAATTGCGATACCTATGCATGTTAAAGAAGCTCAAGGAATGTTATCGTAATTTTATTAACGATCTGTCGGCATCTGGAGCAACTATAGAGGYTTATCAACAAAGGCTTTTAATGGAGACCTCTTTTGCTGTTCCTGGCATGGGYATTACTTTCTCCAACTTTCTTTCCGTTCAGGCTGGATCCAATCCCTCTCGATCGTTCAYGGTGTAAAACGT 404 C GCA 2 ALA/VAL NONSYN exon replacement 1-399 1 scaffold_158 113413 (reverse complement) NA NA 400-404 3 POPTR_0001s38080.1 707742_5 AAGGTCCTGCCAAAGATATTCTAGGACAGTTAATGNMTAATAAATCATCATGTGATGCAAATTATATCCACTANCCCATTCCAAGAAGCACCCGAGACAATCCTAACAACATTTCATGTGTTTTACCAGCAATTTGGAGACTAANAGATTGTTTGGCATGAGTTATAGATTGCTCAAAGTCATGACAA 189 A/C A C AAAATTACTTTAAGCCAAATGCTTTTAAATTGAATGGTATATKTGATAACAGTGTCATAATAATAGTTTAAAACAAGAMTTTGATTTAAATCTAAAAGTAGCTCATGAATCAATCAACCTTGAGTAAAAAGTCAACAATCAAAAG AAGGTCCTGCCAAAGATATTCTAGGACAGTTAATGNMTAATAAATCATCATGTGATGCAAATTATATCCACTANCCCATTCCAAGAAGCACCCGAGACAATCCTAACAACATTTCATGTGTTTTACCAGCAATTTGGAGACTAANAGATTGTTTGGCATGAGTTATAGATTGCTCAAAGTCATGACAAAAAAATTACTTTAAGCCAAATGCTTTTAAATTGAATGGTATATKTGATAACAGTGTCATAATAATAGTTTAAAACAAGAMTTTGATTTAAATCTAAAAGTAGCTCATGAATCAATCAACCTTGAGTAAAAAGTCAACAATCAAAAG 334 A intron silent 329-334 2 LG_I 30298099 NA NA 1-328 NA NA POPTR_0001s12640.1 708892_5 TGGGCTTTTGACCACATYAAGTACTTCAATGGAGGCTCAGAGATACAGCTCCAGTTGGATAATTACACGGGTATATTATAATCAGATCAATCATTTTTTTTTGCTATCCATCGTTCATTGCATTTCAACACAGCTTCCTGGCTTTTTATTTCTTGTTTTTCTTCATCAAAACATAGTATATCGTGCTAACATTAGGGGGTTTGATATTGCGAAGGTACTGGTTTCCAATCAAAAGGGTCATACTTATTTGGCCATTTCAGTATGCAAATGAAGTTGGTTCCTGGTGATTCAGCTGGAACAGTTACTGCTTTCTATGTAAGCGTTTCTCATCACATCGTGACTGATCATTTTCATCTCACTTCNNNAGGATTTTAGAAGATCTTTCCCTTTATCATCATTCCCAACTTCTAAGTTCTAATTCC 423 A/G A G TTTTTTTAWCATCAAGTTATTATTCGCGTGKTTCTTTGGCAGCTWTCTTCACAAAACTCAGAGCATGATGAGATAGACTTTGAGTTCTTAGGAAACAGGACTGGCCAGCCTTACATTTTGCAGACAAATGTTTTCACAGGAGGCAAGGGAGACAGAGAACAGAGGATTTACCTCTGGTTTGACCCAACCATA TGGGCTTTTGACCACATYAAGTACTTCAATGGAGGCTCAGAGATACAGCTCCAGTTGGATAATTACACGGGTATATTATAATCAGATCAATCATTTTTTTTTGCTATCCATCGTTCATTGCATTTCAACACAGCTTCCTGGCTTTTTATTTCTTGTTTTTCTTCATCAAAACATAGTATATCGTGCTAACATTAGGGGGTTTGATATTGCGAAGGTACTGGTTTCCAATCAAAAGGGTCATACTTATTTGGCCATTTCAGTATGCAAATGAAGTTGGTTCCTGGTGATTCAGCTGGAACAGTTACTGCTTTCTATGTAAGCGTTTCTCATCACATCGTGACTGATCATTTTCATCTCACTTCNNNAGGATTTTAGAAGATCTTTCCCTTTATCATCATTCCCAACTTCTAAGTTCTAATTCCATTTTTTTAWCATCAAGTTATTATTCGCGTGKTTCTTTGGCAGCTWTCTTCACAAAACTCAGAGCATGATGAGATAGACTTTGAGTTCTTAGGAAACAGGACTGGCCAGCCTTACATTTTGCAGACAAATGTTTTCACAGGAGGCAAGGGAGACAGAGAACAGAGGATTTACCTCTGGTTTGACCCAACCATA 615 A intron silent "1-70,215-315,466-615" 1 LG_I 5147453 NA NA "71-214,316-465" NA NA POPTR_0007s06650.1 718924_2 ATTGAATGAATTGTAAGCATTCTTTCTCTTACTAAACAGGATTGGCCTTTTCCTGCCGARAACTTAGCACCCAATTTGCTTATTTGTGGTGCTTGTGGAAGTAAGCTCTGTCTTGTTGCCCAGGT 126 A/T A T TGTCTTTGTATATCTTTTTGAAAGTGAATTGATGGGTCTTTTCTGGAGAATTATTTTTGTTAAAAAAGTTTTGTACTTTCTCTCTAGGTTTACGCTCCAATTTCTAGTGGAACTTTAAACATTGAAGATCGARCTATTTTAGTGTTTGGTTGTATAATACCAAATTGTGGGAACACCCCTCTTAGGTATTTTCAGTTTCAGTATTCTGTCAATCAT ATTGAATGAATTGTAAGCATTCTTTCTCTTACTAAACAGGATTGGCCTTTTCCTGCCGARAACTTAGCACCCAATTTGCTTATTTGTGGTGCTTGTGGAAGTAAGCTCTGTCTTGTTGCCCAGGTATGTCTTTGTATATCTTTTTGAAAGTGAATTGATGGGTCTTTTCTGGAGAATTATTTTTGTTAAAAAAGTTTTGTACTTTCTCTCTAGGTTTACGCTCCAATTTCTAGTGGAACTTTAAACATTGAAGATCGARCTATTTTAGTGTTTGGTTGTATAATACCAAATTGTGGGAACACCCCTCTTAGGTATTTTCAGTTTCAGTATTCTGTCAATCAT 342 T intron silent "40-123,214-311" 1 LG_VII 5181676 NA NA "1-39,124-213,312-342" NA NA POPTR_0009s03500.1 723298_3 CAAGAGCACGCAATTACAGCGCTTCTTAAYCTCTCCATATGTGAAGAAAACAAAGGAAGCATTGTTTCAGCTGGGGCAGTTCCTGGTATAGTGCATGTGCTCAAGAAGGGCAGTATGGAAGCTCGAGAAAATGCTGCAGCCACCCTTTTCAGCCTTTCAGTTGTGGATGAAAATAAGGTTACAATTGGTTCTTTGGGGGCCATCCCTCCACTGGTGACTCTTCTAAGTGAAGGAACACAAAGGGGGAAGAAGGATGCCGCRACTGCACTTTTCAACTTGTGCATTTATCAGGGGAACAAGGGAAAGGCAGTGAGGGCAGGAGTTGTGCCCACATTGATGCGTCTATTGACGGAAACAGGTGGTGGAATGGTTGATGAGGCAATGGCTATACTAGCAATACTGGCTAGCCAC 412 C/T C T CTGAAGGGAAGGCAATCATTGGAGCWGCGGAGGCTGTCCCGGTTTTGGTGGAAGTTATCAGGAATGGGTCACCCAGGAACAGAGAGAATGCAGCAGCAGTGTTGGTGCATCTTTGTTCTGGAGACCAAAAACATCTGGTAGAGGCACAAGAGCATGGAGTGATGGGGCCGCTGGTGGATTTGGCACAAAATGGCACAGACCGGGGAAAGAGGAAGGCTCAACAGTTGCTTGAGCGTATAAGCAGATTCTTTGAGCAACAAAAGCACACYCAGKCACAAATCGAKGCTCAC CAAGAGCACGCAATTACAGCGCTTCTTAAYCTCTCCATATGTGAAGAAAACAAAGGAAGCATTGTTTCAGCTGGGGCAGTTCCTGGTATAGTGCATGTGCTCAAGAAGGGCAGTATGGAAGCTCGAGAAAATGCTGCAGCCACCCTTTTCAGCCTTTCAGTTGTGGATGAAAATAAGGTTACAATTGGTTCTTTGGGGGCCATCCCTCCACTGGTGACTCTTCTAAGTGAAGGAACACAAAGGGGGAAGAAGGATGCCGCRACTGCACTTTTCAACTTGTGCATTTATCAGGGGAACAAGGGAAAGGCAGTGAGGGCAGGAGTTGTGCCCACATTGATGCGTCTATTGACGGAAACAGGTGGTGGAATGGTTGATGAGGCAATGGCTATACTAGCAATACTGGCTAGCCACCCTGAAGGGAAGGCAATCATTGGAGCWGCGGAGGCTGTCCCGGTTTTGGTGGAAGTTATCAGGAATGGGTCACCCAGGAACAGAGAGAATGCAGCAGCAGTGTTGGTGCATCTTTGTTCTGGAGACCAAAAACATCTGGTAGAGGCACAAGAGCATGGAGTGATGGGGCCGCTGGTGGATTTGGCACAAAATGGCACAGACCGGGGAAAGAGGAAGGCTCAACAGTTGCTTGAGCGTATAAGCAGATTCTTTGAGCAACAAAAGCACACYCAGKCACAAATCGAKGCTCAC 702 T UCU 1 SER/PRO NONSYN exon replacement 1-702 1 LG_IX 8823224 NA NA NA NA NA POPTR_0010s00900.1 725612_1 TGCCAAGAAACGTTGCATCTTGGGTCCTGAAACGGCTGCTATGGCTAGTTTTGAGCAAATCTTGAACTTGGAGTCGTTTCATGGCCTGGAAACGAAGCAGACGGCGGCCCAGCTGAGTTGTGACGGAGGTGGAAGTGGTGATTATAATTGTGACTCTGTGGACCCTTGGATGCTTGATGATCTTATCAACATCAGCTTAATTATTAGTAAAATATAATTAACTCCTAATCTGGCTAGTGATGCATGCATGTTCACTGC 259 C/T C T TAATGTATTAAGACCCTGTTTTATTAATGTTGGTGCTTGATGTTTAATGCTTTAATTAAGYTATTGGTGTTTGGTTGYCGAACATRGTTGTGTAATAGACTATG TGCCAAGAAACGTTGCATCTTGGGTCCTGAAACGGCTGCTATGGCTAGTTTTGAGCAAATCTTGAACTTGGAGTCGTTTCATGGCCTGGAAACGAAGCAGACGGCGGCCCAGCTGAGTTGTGACGGAGGTGGAAGTGGTGATTATAATTGTGACTCTGTGGACCCTTGGATGCTTGATGATCTTATCAACATCAGCTTAATTATTAGTAAAATATAATTAACTCCTAATCTGGCTAGTGATGCATGCATGTTCACTGCCTAATGTATTAAGACCCTGTTTTATTAATGTTGGTGCTTGATGTTTAATGCTTTAATTAAGYTATTGGTGTTTGGTTGYCGAACATRGTTGTGTAATAGACTATG 363 T UTR silent 1-217 3 LG_X 616547 (reverse complement) NA NA 218-363 3 POPTR_0018s02000.1 737259_2 GCTCTCCTTTAAGTCACAAAATCTTTGAACTGGAACTTCAGGGARCTTTGACGAAAAAAGGCAGTGAACTGGACCTTACATCTTCAGAAGAAGGAAGGCCTTTAGTTTCTAGACACAAGGATGATTTGAATGTTCTGAAACATGAAAAAGAGCTCACAGCCAGAGAAATTGCTATGTGTGGTTTTTATATTGCCCCTATCTGGTTTGTAACAGAGGTAAGGCTTCTTCAGGATTATCTTTTCCTTTATGCCTTTTGGCACTATAACAATCCATTTAATGTATCTAATATTGATCAAGGGAAAATACCAACATTGCTTTAAAATGCATGTACAAAACGAAGATAAGA 347 A/G A G TGTTTCTATWTTGCTTGTCCATGTATGTATGCTAGGTTCACTCYTCTTTTTTMGTAAAGGCTTTCAGTTCATAAAATTAACAGGAATTCAAGAAGGTTCTTAGTTAACCTCTTTTGTTGTGGGCAGTACCTATCAAATGCTGCACTAGCACGAACGAGTGTTGCGAGTACTACMGTTTTGT GCTCTCCTTTAAGTCACAAAATCTTTGAACTGGAACTTCAGGGARCTTTGACGAAAAAAGGCAGTGAACTGGACCTTACATCTTCAGAAGAAGGAAGGCCTTTAGTTTCTAGACACAAGGATGATTTGAATGTTCTGAAACATGAAAAAGAGCTCACAGCCAGAGAAATTGCTATGTGTGGTTTTTATATTGCCCCTATCTGGTTTGTAACAGAGGTAAGGCTTCTTCAGGATTATCTTTTCCTTTATGCCTTTTGGCACTATAACAATCCATTTAATGTATCTAATATTGATCAAGGGAAAATACCAACATTGCTTTAAAATGCATGTACAAAACGAAGATAAGAATGTTTCTATWTTGCTTGTCCATGTATGTATGCTAGGTTCACTCYTCTTTTTTMGTAAAGGCTTTCAGTTCATAAAATTAACAGGAATTCAAGAAGGTTCTTAGTTAACCTCTTTTGTTGTGGGCAGTACCTATCAAATGCTGCACTAGCACGAACGAGTGTTGCGAGTACTACMGTTTTGT 528 A intron silent "1-215,474-528" 2 LG_XVIII 5787381 NA NA 216-473 NA NA POPTR_0014s03090.1 740368_1 ACTGCAATGCTGGGGAAGCAGCAGGTGATCCTTCATTCCATTAATACT 49 -/C - C CACATTTTTTCAAGCTGCAATTTTTGAGGCCTTTTAAATTTCTTTTTCCAATTTCCTTCTATTTTCAAGTGGTGATTGCTTGAAATTATGTTGCTTAACAGGTTGATGCRAGAATTTATCTGTGGAAATGGAACACTCACATAGTGATCTCCGATGTTGATGGGACGATTACAAGGCAAGTTTAATAAGATTTCTTACATCTTTTGCATTTTCAAATAATAATAAGTTGAAGTTTCATGTTTAAGTTCTGA ACTGCAATGCTGGGGAAGCAGCAGGTGATCCTTCATTCCATTAATACT-CACATTTTTTCAAGCTGCAATTTTTGAGGCCTTTTAAATTTCTTTTTCCAATTTCCTTCTATTTTCAAGTGGTGATTGCTTGAAATTATGTTGCTTAACAGGTTGATGCRAGAATTTATCTGTGGAAATGGAACACTCACATAGTGATCTCCGATGTTGATGGGACGATTACAAGGCAAGTTTAATAAGATTTCTTACATCTTTTGCATTTTCAAATAATAATAAGTTGAAGTTTCATGTTTAAGTTCTGA 300 C intron silent "1-24,151-224" 1 scaffold_40 2014459 NA NA "25-150,225-303" NA NA POPTR_0019s09140.1 743910_1 ATGGCTTCCCTGGCAGCATCCAGAGCAGCTGCCTCCCTTGGAGTGTCTGAAATGCTAGGAAACCCTCTCAACTTCAGCGGAGCCACCAGGTCTGCTTCTCCGGCTGCATCAACTCCTGCCACGTTCAAGACTGTTGCTCTCTTTTCCAAGAAGAAGCCCGCTCCTAAACCAAAGCCTTCTGCTGTTTCACCAGCTGATGTGGAGCTCGCCAAGTGGTA 219 C/T C T GGTAAGTGATCCATCTTTCCGTCCATCCTCTCTTCTTCAACTTGGTGAAGTTGAGTTCTATATGCTTAAAAAAANTGCTATTCCTTTGGTGGTTTCAGGTCCTGACAGAAGAATCTTCTTGCCGGATGGGCTCTTGGACCGGTCTGAGATCCCAGAATACTTGACTGGAGAAGTCCCTGGAGAGTAAGATCACTTTTCTTGCTCTTTATCTTAACTGGATCTTGGTTATTATTCCATTAAACTACAACTATGGTTTCTAAATTTACTGTCATGATTATATATGTTGACTGATAGCTATATATATTAATGATGTGTTTACATGTGACTTGCAGCTATGGTTACGATCCTTTTGGTCTCAGCAAGAAGCCAGACGACTTCGAAAAGTATGTTCAGTGTGACTCTAKCTTTTCTTTCTTAAACATGTCGATTTTTCTGATGGAGATTATACTTTTTATTAC ATGGCTTCCCTGGCAGCATCCAGAGCAGCTGCCTCCCTTGGAGTGTCTGAAATGCTAGGAAACCCTCTCAACTTCAGCGGAGCCACCAGGTCTGCTTCTCCGGCTGCATCAACTCCTGCCACGTTCAAGACTGTTGCTCTCTTTTCCAAGAAGAAGCCCGCTCCTAAACCAAAGCCTTCTGCTGTTTCACCAGCTGATGTGGAGCTCGCCAAGTGGTACGGTAAGTGATCCATCTTTCCGTCCATCCTCTCTTCTTCAACTTGGTGAAGTTGAGTTCTATATGCTTAAAAAAANTGCTATTCCTTTGGTGGTTTCAGGTCCTGACAGAAGAATCTTCTTGCCGGATGGGCTCTTGGACCGGTCTGAGATCCCAGAATACTTGACTGGAGAAGTCCCTGGAGAGTAAGATCACTTTTCTTGCTCTTTATCTTAACTGGATCTTGGTTATTATTCCATTAAACTACAACTATGGTTTCTAAATTTACTGTCATGATTATATATGTTGACTGATAGCTATATATATTAATGATGTGTTTACATGTGACTTGCAGCTATGGTTACGATCCTTTTGGTCTCAGCAAGAAGCCAGACGACTTCGAAAAGTATGTTCAGTGTGACTCTAKCTTTTCTTTCTTAAACATGTCGATTTTTCTGATGGAGATTATACTTTTTATTAC 677 C UAC 3 TYR SYN exon silent "1-220,318-402,552-602" 1 scaffold_125 744811 NA NA "221-317,403-551,603-677" NA NA POPTR_0018s07160.1 745105_5 AAAGAAAGCTTCTTGTTGAGTASAGAGAGCAGACGCGAAGATTAAAGAAAGAAATGGCTTCAACTTCAGCTGTTTCAATGGCCATGCCATTAACTCATGCGAGCCSAAAGGCGGCCCCAACCTCCGAGGCTTTCTTCAAGCCACTCCCAGTGAGGCCATCTAAGGCTATTGCGGCGGCATCAAGATGCAATGGTRGGTTTCAAGTCARGGCTTCATTGAAGGAGAAGGTAGTCACTGGATTGACAGCAGGTGCACTCACGGTTTCCATGGTGAT 275 C/T C T CCAGAGGTAGCCGAAGCTGCTGGGCCTGGGGTTTCTCCGTCTCTCAATAACTTCTTGCTCAGCATTGTGGCTGGTGGAGTTGTGYTTGYTGCCATTGCCGGTGCAGTGGTAGGAGTCTCCAATTTCGACCCGGTCAGGCGGAGTTAAGAGATGTATAATCCTGAGRTTGCTTGGACTTCTTTTTACAAACTTTATGTCATAAATCTGTGTTTCAATGAAGATSTGCGTCTTTTGTGTGTTTTCTGTGACTCGCCCTTAGACGTAACTTGGTCCAAAACTAGTGAATTCTAAAAATTAATT AAAGAAAGCTTCTTGTTGAGTASAGAGAGCAGACGCGAAGATTAAAGAAAGAAATGGCTTCAACTTCAGCTGTTTCAATGGCCATGCCATTAACTCATGCGAGCCSAAAGGCGGCCCCAACCTCCGAGGCTTTCTTCAAGCCACTCCCAGTGAGGCCATCTAAGGCTATTGCGGCGGCATCAAGATGCAATGGTRGGTTTCAAGTCARGGCTTCATTGAAGGAGAAGGTAGTCACTGGATTGACAGCAGGTGCACTCACGGTTTCCATGGTGATCCCAGAGGTAGCCGAAGCTGCTGGGCCTGGGGTTTCTCCGTCTCTCAATAACTTCTTGCTCAGCATTGTGGCTGGTGGAGTTGTGYTTGYTGCCATTGCCGGTGCAGTGGTAGGAGTCTCCAATTTCGACCCGGTCAGGCGGAGTTAAGAGATGTATAATCCTGAGRTTGCTTGGACTTCTTTTTACAAACTTTATGTCATAAATCTGTGTTTCAATGAAGATSTGCGTCTTTTGTGTGTTTTCTGTGACTCGCCCTTAGACGTAACTTGGTCCAAAACTAGTGAATTCTAAAAATTAATT 575 C AUC 3 ILE SYN exon silent 54-422 1 scaffold_145 107086 NA NA NA "1-53,423-575" "5,3" POPTR_0001s08890.1 751366_1 TCATTGGAGATTTTGTTGGATACTCGAATATTCCATCATTTGAGGACTTCTA 53 C/T C T CTCGTCATTCCAAGGCAGGTATGCCTCCCTCACTAATATGATTACCATGGAAGTGTGCTAGCCTAAGGGGAAAGAAGCAGAACTTTTTATCAAGTTARTTATRCATGTSAAATTTCTCAAGATGTTTTTCTTAGAAATAATATCTTTTTACCAATAGCTTATAGCGCAATGGTAATGAAATCAATGGTAAAGGGAATGATATGTAATTCAAATCTCTATCATTGTATCCAAATAA TCATTGGAGATTTTGTTGGATACTCGAATATTCCATCATTTGAGGACTTCTACCTCGTCATTCCAAGGCAGGTATGCCTCCCTCACTAATATGATTACCATGGAAGTGTGCTAGCCTAAGGGGAAAGAAGCAGAACTTTTTATCAAGTTARTTATRCATGTSAAATTTCTCAAGATGTTTTTCTTAGAAATAATATCTTTTTACCAATAGCTTATAGCGCAATGGTAATGAAATCAATGGTAAAGGGAATGATATGTAATTCAAATCTCTATCATTGTATCCAAATAA 288 C UAC 3 TYR SYN exon silent 1-71 2 LG_I 8132387 NA NA 72-288 NA NA POPTR_0003s03950.1 756666_2 GACCGCCATTTGCCAYGAGGAAAATCAGACAGCGAAGGCGTTGGAATTTTTCGACAAAATTAAGCTGAAAATCCCCCCCAATGCGGATACTTTTGCTATTTTGCTGGAAGGATGGGAGAAAGAAGGCGACGTGGCCAAAGCCAAGACTACATTTGGTGAGATGGTGATTAAAGTTGGATGGAGTCCAGAGAATATGTCAGCATATGATTCTTTTTTGACAACACTTGTTCGTGGGTCGCAAGCAGATGAAGCTGTCAAGTTCCTTCGGGTGATGA 276 A/T A T GGGGAAGAATTGCTTGCCAGGTTTGAAATTTTTCTCTAATGCTCTTGAWATGCTTGTTAAGCAGAATGATTCTACCCATGCCATCCCTCTGTGGGATATAATGGTGGGTAGTGGTTTGTTGCCTAATTTGATCATGTATAATGCAATGATTGGCTTGCATTGCAACAACAATGRTGTTGACAATGCATTTCGGTTGCTTGATGAGATGGTTTTCAATGGAGCTTTCCCAGATTGTTTGACCTTCAACATAATTTTCCGATGTTTGATCAAGAACAAGAAAGTTCACCGAGTAGGCAAATTCTTCTACGAGATGATAAAAAAYGAAAGCCCTCCAACACATTTTGATT GACCGCCATTTGCCAYGAGGAAAATCAGACAGCGAAGGCGTTGGAATTTTTCGACAAAATTAAGCTGAAAATCCCCCCCAATGCGGATACTTTTGCTATTTTGCTGGAAGGATGGGAGAAAGAAGGCGACGTGGCCAAAGCCAAGACTACATTTGGTGAGATGGTGATTAAAGTTGGATGGAGTCCAGAGAATATGTCAGCATATGATTCTTTTTTGACAACACTTGTTCGTGGGTCGCAAGCAGATGAAGCTGTCAAGTTCCTTCGGGTGATGAAGGGGAAGAATTGCTTGCCAGGTTTGAAATTTTTCTCTAATGCTCTTGAWATGCTTGTTAAGCAGAATGATTCTACCCATGCCATCCCTCTGTGGGATATAATGGTGGGTAGTGGTTTGTTGCCTAATTTGATCATGTATAATGCAATGATTGGCTTGCATTGCAACAACAATGRTGTTGACAATGCATTTCGGTTGCTTGATGAGATGGTTTTCAATGGAGCTTTCCCAGATTGTTTGACCTTCAACATAATTTTCCGATGTTTGATCAAGAACAAGAAAGTTCACCGAGTAGGCAAATTCTTCTACGAGATGATAAAAAAYGAAAGCCCTCCAACACATTTTGATT 623 A AAG 2 LYS/MET NONSYN exon replacement 1-623 3 LG_III 2605259 NA NA NA NA NA POPTR_0005s18170.1 760468_2 GTAGATAAAAGAGCCACTGTGATTAGGTGGTCCAAARGGCCTGGTTCTCGCAGAATTAAGAGGGGACAGCCAGATGTCGAGGAATTCAATCCAAATGCTGCTGACGCTCACTCCTCATCTTGGGATATTTCAGAGGAAGTATCAGACTTTTCAAAGTACGTTCCATTTGCATCATTTTGTTTTGTATATGGGCGGGAAACATAAATCTTGAAATCACACCACTGCTAG 229 C/G C G TCATTCTGGTTTAGAAGCCTTAATCTGACTCCCAWCATATATTTTGTACAAAAACAAGTGATTACAAAATTAGATTGGCTGTCGGCTTTACTGCCTAGTGAAAATATGTCATGAAATGTATAGGATTGTTGGAGATCAGGTGAAGTTGACCATGGAAGCTGTGTTTTTTAAGATATCTAAAGAATTTTCCAAGCAACATATGCACATTTTTGAGCTTTCGATGGCTGTCATTTTCCCTGAAGCTTGCAGTTAAAGGCAAGCATGTTTTCTTTATCCTATTATACCTTTCCAAATACCAACTGTTCTTGATGCAGGTTGCAAAGAGAGGAAGCCAAGATCACTGCATGGGAGAAC GTAGATAAAAGAGCCACTGTGATTAGGTGGTCCAAARGGCCTGGTTCTCGCAGAATTAAGAGGGGACAGCCAGATGTCGAGGAATTCAATCCAAATGCTGCTGACGCTCACTCCTCATCTTGGGATATTTCAGAGGAAGTATCAGACTTTTCAAAGTACGTTCCATTTGCATCATTTTGTTTTGTATATGGGCGGGAAACATAAATCTTGAAATCACACCACTGCTAGCTCATTCTGGTTTAGAAGCCTTAATCTGACTCCCAWCATATATTTTGTACAAAAACAAGTGATTACAAAATTAGATTGGCTGTCGGCTTTACTGCCTAGTGAAAATATGTCATGAAATGTATAGGATTGTTGGAGATCAGGTGAAGTTGACCATGGAAGCTGTGTTTTTTAAGATATCTAAAGAATTTTCCAAGCAACATATGCACATTTTTGAGCTTTCGATGGCTGTCATTTTCCCTGAAGCTTGCAGTTAAAGGCAAGCATGTTTTCTTTATCCTATTATACCTTTCCAAATACCAACTGTTCTTGATGCAGGTTGCAAAGAGAGGAAGCCAAGATCACTGCATGGGAGAAC 583 C intron silent "1-155,544-583" 1 LG_V 4920643 NA NA 156-543 NA NA POPTR_0006s20940.1 762809_3 CTGATGAAAGAAGTACTGTCACTTCCAAGCTTAGAAGTAGATACATATGTTCACTTTGTGACAGAGAATTCAAGAGYGGGCATGCATTAGGTGGCCATTATAATGCCCACAGTAAAAAWAGAAAAAGAAAATACGTGCCCGGAACTGTAGGAAGGGTTATAAGAGTCCATGTTCCTTCCATTGATGTTGAGCCACCAGTTGCACCACGACATGGATCCGAGTTCACTCATGGTGCTCCGACCCCAGGGGTGCAGTCTGGTGTCGATTATGAAACTGGAGACGAATCCTCGTCTACACGACCACAAGGGGGCCTTAAGAAAAATATAAAGTTAAATATTGAATCTCATCGTTCTCATCCTTACGAGAGGGCTGTGAATAATGAGGCTCCTCGAGGTGGGAGA 402 C/G C G TACTAAATTTAACGACACYGATTCATGGTGTCAAGATTAATAACGGGRTAGATATGGATCTTGCGAGAACCATAACTAATCCTATTGTTGAGGTTTCTAGGAAAGAAAATGGTGATACCAAGTTCACCTCTGGTAAAAATGGCGATGAAGACTTGGACTTG CTGATGAAAGAAGTACTGTCACTTCCAAGCTTAGAAGTAGATACATATGTTCACTTTGTGACAGAGAATTCAAGAGYGGGCATGCATTAGGTGGCCATTATAATGCCCACAGTAAAAAWAGAAAAAGAAAATACGTGCCCGGAACTGTAGGAAGGGTTATAAGAGTCCATGTTCCTTCCATTGATGTTGAGCCACCAGTTGCACCACGACATGGATCCGAGTTCACTCATGGTGCTCCGACCCCAGGGGTGCAGTCTGGTGTCGATTATGAAACTGGAGACGAATCCTCGTCTACACGACCACAAGGGGGCCTTAAGAAAAATATAAAGTTAAATATTGAATCTCATCGTTCTCATCCTTACGAGAGGGCTGTGAATAATGAGGCTCCTCGAGGTGGGAGACTACTAAATTTAACGACACYGATTCATGGTGTCAAGATTAATAACGGGRTAGATATGGATCTTGCGAGAACCATAACTAATCCTATTGTTGAGGTTTCTAGGAAAGAAAATGGTGATACCAAGTTCACCTCTGGTAAAAATGGCGATGAAGACTTGGACTTG 563 C CUA 1 LEU/VAL NONSYN exon replacement 1-563 2 LG_VI 10853168 (reverse complement) NA NA NA NA POPTR_0008s01870.1 765130_8 CATCTTGAATGTTGTTTAATGAAATGAATGCGATCCTYCAGAAATAATTAAATTATGTGGWCACAAAAAAGAGTGACAWTAGATTGCACAGCAAATACCCCCAGAACTTATTCTATCTGACATCAGATATCCCCAAATGTTAATCTATACAGGCCTATCATAAGCCAGTAAAACTTAAAAARTCATTGAGAACATGCAAGCTTGTTGGCTGTGAGATGAGCAAGCTGGAGCNNGCAATGTCTCATGGAACCAGCTTTCTTTCCAACATCATAAGGAGTACATTACCACAGAYAACTACCAG 302 G/T G T TGACACATAGAGGAATATTAAATATCATCAGTGTAAAATAGAAGCACCAGTTGGTAAAAAAGGCAGAAGAATTAGCAATACACCAGTTAAAGTACCAAGCATGCAATGTGAAAAGCATCAA CATCTTGAATGTTGTTTAATGAAATGAATGCGATCCTYCAGAAATAATTAAATTATGTGGWCACAAAAAAGAGTGACAWTAGATTGCACAGCAAATACCCCCAGAACTTATTCTATCTGACATCAGATATCCCCAAATGTTAATCTATACAGGCCTATCATAAGCCAGTAAAACTTAAAAARTCATTGAGAACATGCAAGCTTGTTGGCTGTGAGATGAGCAAGCTGGAGCNNGCAATGTCTCATGGAACCAGCTTTCTTTCCAACATCATAAGGAGTACATTACCACAGAYAACTACCAGGTGACACATAGAGGAATATTAAATATCATCAGTGTAAAATAGAAGCACCAGTTGGTAAAAAAGGCAGAAGAATTAGCAATACACCAGTTAAAGTACCAAGCATGCAATGTGAAAAGCATCAA 423 T intron silent NA 3 LG_VIII 797573 (reverse complement) NA 1-423 NA NA POPTR_0008s13760.1 766217_4 CATTGCATCTGATAGCACTTGTGGCTGGAGTAGWGGGTGTTTATACRGCTTTCAAGTTTAAGCATGAGGTGRAGGAAAAAGACATGACTAGTTTACATTCCTGGCTTGGCATGATCACCATCTGTTTATTTGGTTTACAGGTATTTTTTTTTCTTGCGAGTATAAGATGTACCATTTGTTACCTTTTCTTAATATTCTGATCACTGATTAACACAAAATGGGACGCTGGGCAGTGGTTGTTGGGATTCTTCTCATTTGTGTTCCCGGGCGCAGAAATGTCAGCAAGAGGCTCGTACAGGCCATGGCACGTTTTTGGTGGTTTGGCCATATTTTTCCTTGCTATAAGCGCAGCCCAGACGGGTT 364 A/T A T GCTGGAAACTTCAATTTTCTTAGAACTAGGCCTCAGCCAAGAAGGACTTATTGTCAACTTCACTGCACTCTTGCTTTTTTT CATTGCATCTGATAGCACTTGTGGCTGGAGTAGWGGGTGTTTATACRGCTTTCAAGTTTAAGCATGAGGTGRAGGAAAAAGACATGACTAGTTTACATTCCTGGCTTGGCATGATCACCATCTGTTTATTTGGTTTACAGGTATTTTTTTTTCTTGCGAGTATAAGATGTACCATTTGTTACCTTTTCTTAATATTCTGATCACTGATTAACACAAAATGGGACGCTGGGCAGTGGTTGTTGGGATTCTTCTCATTTGTGTTCCCGGGCGCAGAAATGTCAGCAAGAGGCTCGTACAGGCCATGGCACGTTTTTGGTGGTTTGGCCATATTTTTCCTTGCTATAAGCGCAGCCCAGACGGGTTAGCTGGAAACTTCAATTTTCTTAGAACTAGGCCTCAGCCAAGAAGGACTTATTGTCAACTTCACTGCACTCTTGCTTTTTTT 445 SNP goes to STOP; premature truncation of protein T UUG 2 LEU/STOP NONSYN exon replacement "1-140,234-445" 2 LG_VIII 9126237 (reverse complement) NA 141-233 NA NA POPTR_0009s08880.1 767717_5 CTAGAAGGACATGCAGTTTTCTTTCCACTTCAAATTAATTGTGTTTTACGAGTCACAAATTGATTTCCATGCTAAATGCTATATTTTATCATTTGTCCTGTAATTGTCTTATTTGTGGAACTTTCATGAATAACCATATCCATTATCTGAGCTGTACTTTATTTGTAATATCATTTTGCTTGATGTTTTGYTGTAGTTCCATTGGTGAAGAAGCCTTCTGCAGGGAGATGTTTGAGGAATATATATCCCAACTGAAAGAACAGGAGAAGGAGAATGAGCGGAAACRAAAGGAGGAAAAGGTATGAACTGGTTTCGTGTRAATTTAARCAACGTTCAAAACTCAAAACCATGGTCCTGTCTGTTA 365 G/T G T TTATGAAATAATATTTGAACCATGATTATTACATATGTGAGCTTTGGTCACTTCCCATCAGGTACTTGCAAAACAAATAAACTTGGATAGTTAAACTTAAATTTCTGGTTTTGATATTCTGCAGGCWAAAAAGGAAAAAGAGAGAGAGGAAAGAGATTGGAGGAAAGCTAAGC CTAGAAGGACATGCAGTTTTCTTTCCACTTCAAATTAATTGTGTTTTACGAGTCACAAATTGATTTCCATGCTAAATGCTATATTTTATCATTTGTCCTGTAATTGTCTTATTTGTGGAACTTTCATGAATAACCATATCCATTATCTGAGCTGTACTTTATTTGTAATATCATTTTGCTTGATGTTTTGYTGTAGTTCCATTGGTGAAGAAGCCTTCTGCAGGGAGATGTTTGAGGAATATATATCCCAACTGAAAGAACAGGAGAAGGAGAATGAGCGGAAACRAAAGGAGGAAAAGGTATGAACTGGTTTCGTGTRAATTTAARCAACGTTCAAAACTCAAAACCATGGTCCTGTCTGTTAGTTATGAAATAATATTTGAACCATGATTATTACATATGTGAGCTTTGGTCACTTCCCATCAGGTACTTGCAAAACAAATAAACTTGGATAGTTAAACTTAAATTTCTGGTTTTGATATTCTGCAGGCWAAAAAGGAAAAAGAGAGAGAGGAAAGAGATTGGAGGAAAGCTAAGC 538 T intron silent "1-275,395-514,609-646" 3 LG_IX 4900476 NA NA "276-394,515-608" NA NA POPTR_0010s05430.1 769113_2 TGGCTTCTAGTTGGTGTTATAAGAAGATGTCACCAATCATTTCGGTTTTTTTATGCTWTCTTCTTGTTGCTTCTTCAAATATCTGTCCTGTTTTCTCCTCGGAAACCCGCAGTGGCCATGCAACCAACCAAACTTTCCGACCCCAAGAAGAGTTACAAAAGTTGAAGATTATAAGAGAGCGTCTTGATAAGATTAACAAGCC 203 C/T C T GCTGTCAAGTCAATTCAGGCATTCGACTCTTGTCCCTAATACTATATAACCCCATTTGACTTCATTTCCCCTGTTTCTGTTCTGTTCTTGGAGGTTTAACATGTAGTTGTTTGGTTCTTGTTTGTCACTGCANAGTCCTGATGGTGATCTTATAGACTGTGTTTTGTCCCATCTGCAACCAGCTTTTGATCACCCTCAACTGAAAGGACAAAAACCGTTGGTACTTGAATTATAGCGTACTACTTCATACATTTCGAATTCTTCTTG TGGCTTCTAGTTGGTGTTATAAGAAGATGTCACCAATCATTTCGGTTTTTTTATGCTWTCTTCTTGTTGCTTCTTCAAATATCTGTCCTGTTTTCTCCTCGGAAACCCGCAGTGGCCATGCAACCAACCAAACTTTCCGACCCCAAGAAGAGTTACAAAAGTTGAAGATTATAAGAGAGCGTCTTGATAAGATTAACAAGCCCGCTGTCAAGTCAATTCAGGCATTCGACTCTTGTCCCTAATACTATATAACCCCATTTGACTTCATTTCCCCTGTTTCTGTTCTGTTCTTGGAGGTTTAACATGTAGTTGTTTGGTTCTTGTTTGTCACTGCANAGTCCTGATGGTGATCTTATAGACTGTGTTTTGTCCCATCTGCAACCAGCTTTTGATCACCCTCAACTGAAAGGACAAAAACCGTTGGTACTTGAATTATAGCGTACTACTTCATACATTTCGAATTCTTCTTG 470 C CCC 3 PRO SYN exon silent "1-206,337-423" 2 LG_X 7216610 (reverse complement) NA "207-336,424-470" NA NA POPTR_0019s03390.1 780043_3 TGGAAGTCATAAAGTTKGGAAYAGAAGACAGAAAAGTAAGATACATAAATGGCATGATCAAGAAGAACTGACAGAAACATGTGGAATAATAAAAATGGGCAGTTGCAATGACGCATCCTGGAAAACAACAATAACTGCACTGCAATTTAATTAAGTTTGCAAGACCTTAAAAACCTGTTTATCAGTAGGCTTGTAACTTTGTAGGCAGTTGTGGCCCAATGTATAGTGT 230 C/T C T TGAAACATGAATAAGATCCCTTTTCATTATTCCAGATCATTCAGGGGTTTATCCTCGATTGAATTTTATGCGGGGAGCAGATCCAAAGTTTATCAAAATAATTKTCGACATGGGAGCAGCCAACGTAATCTATTTGTCTCCAGGAGCAGAGGAATTAAATGAGCTRCCAGTTATCAGAAAATGTGTAATGGAGTACAGACAAAATTCCCCAGTAGTCAAGAAGGACACACTCCTCTTCGTCAAGATATTTAGCGCTRGCCCAGATTGGGAAGGCAACAAGTTTAATCCAGCTCTGCATCTTGGGCAGATTGGTTTTTGTTCATTCCCCATGATAGTAGACKAAAAGTTTGTCA TGGAAGTCATAAAGTTKGGAAYAGAAGACAGAAAAGTAAGATACATAAATGGCATGATCAAGAAGAACTGACAGAAACATGTGGAATAATAAAAATGGGCAGTTGCAATGACGCATCCTGGAAAACAACAATAACTGCACTGCAATTTAATTAAGTTTGCAAGACCTTAAAAACCTGTTTATCAGTAGGCTTGTAACTTTGTAGGCAGTTGTGGCCCAATGTATAGTGTCTGAAACATGAATAAGATCCCTTTTCATTATTCCAGATCATTCAGGGGTTTATCCTCGATTGAATTTTATGCGGGGAGCAGATCCAAAGTTTATCAAAATAATTKTCGACATGGGAGCAGCCAACGTAATCTATTTGTCTCCAGGAGCAGAGGAATTAAATGAGCTRCCAGTTATCAGAAAATGTGTAATGGAGTACAGACAAAATTCCCCAGTAGTCAAGAAGGACACACTCCTCTTCGTCAAGATATTTAGCGCTRGCCCAGATTGGGAAGGCAACAAGTTTAATCCAGCTCTGCATCTTGGGCAGATTGGTTTTTGTTCATTCCCCATGATAGTAGACKAAAAGTTTGTCA 583 C intron silent "1-35,266-583" 3 LG_XIX 2133390 (reverse complement) NA 36-265 NA NA POPTR_0005s14100.1 801108_3 TTATTATTAAAAGATAAAGAGGAGATATAAATAGACTATTTTAGCTTTTTGGAGTATTATTTCTCACTGAATTTATTTATTTTTTGTTTATTAAAATTAAATATTGAGGGGACGATRATTAGATTATGGAATTCCTGAAGTTTTTNTGATGGGGTATTATTGTGTTATAGATTGATGAAAATGTTCAGAGAGAAATAATAAATCATAGGTCATTGAGGCATCCCAATATTGTGAGGTTTAAAGAGGTTAGTTTACTTGTTTCTTTATTATTATTATTATGAGATTGTTGGT 292 A/G A G TTTTAAAGGGATGCTGGTTTAAGCTATATGTATGCATTGATATAAATCTAACTCCAGGTGATTTTAACACCGACCCATTTGGCA TTATTATTAAAAGATAAAGAGGAGATATAAATAGACTATTTTAGCTTTTTGGAGTATTATTTCTCACTGAATTTATTTATTTTTTGTTTATTAAAATTAAATATTGAGGGGACGATRATTAGATTATGGAATTCCTGAAGTTTTTNTGATGGGGTATTATTGTGTTATAGATTGATGAAAATGTTCAGAGAGAAATAATAAATCATAGGTCATTGAGGCATCCCAATATTGTGAGGTTTAAAGAGGTTAGTTTACTTGTTTCTTTATTATTATTATTATGAGATTGTTGGTATTTTAAAGGGATGCTGGTTTAAGCTATATGTATGCATTGATATAAATCTAACTCCAGGTGATTTTAACACCGACCCATTTGGCA 376 G intron silent "171-245,350-376" 1 LG_V 4343094 (reverse complement) NA "1-170,246-349" NA NA POPTR_0008s16790.1 803757_7 TCTGATTTTTAGTTAAYAAACAATTTTTTTCTTTAATWTTTTGATCAAGTGAACTGCYGATGAATGCCTGGACATGMTATCTGAAGTGTTGATGGGTAATTCATTTGTTGCTTGNTTTGCTATTCCCTAGTATAGATTAATATTTAGCATGACATTCATGGTACTATTTTGTTGCCCCCTCACYTTTGACAAAAAGAGATTCCTGGGCTACTTTCTCGTGTTTGAGACAATTTTATTTTTATCCAGTAGGCCAGGAAGTCCGAGACAGATTCTCTGGTGGAGTTGAGGCATTTGCTCGAAGGAATAGCTCTGGACATGCTTTGCACAGCGATCAGTCCAGGCACAGGTCCTCAGATGATG 361 C/T C T GCCATCATCCAAGGATGTGGTGAGTATTGCAAGAGAAATTATGTACCTTTTAATTTTGGTGGAGTTGGTCGCCCTTTTGCCCTGGATTTTAGCTTCACTTCTCAACTGCCTGCTACTTTTCTTCTATCCCCATCCTTTCTACAGCATCCCGATTCAGAAAGGCCCCGTTCGT TCTGATTTTTAGTTAAYAAACAATTTTTTTCTTTAATWTTTTGATCAAGTGAACTGCYGATGAATGCCTGGACATGMTATCTGAAGTGTTGATGGGTAATTCATTTGTTGCTTGNTTTGCTATTCCCTAGTATAGATTAATATTTAGCATGACATTCATGGTACTATTTTGTTGCCCCCTCACYTTTGACAAAAAGAGATTCCTGGGCTACTTTCTCGTGTTTGAGACAATTTTATTTTTATCCAGTAGGCCAGGAAGTCCGAGACAGATTCTCTGGTGGAGTTGAGGCATTTGCTCGAAGGAATAGCTCTGGACATGCTTTGCACAGCGATCAGTCCAGGCACAGGTCCTCAGATGATGCGCCATCATCCAAGGATGTGGTGAGTATTGCAAGAGAAATTATGTACCTTTTAATTTTGGTGGAGTTGGTCGCCCTTTTGCCCTGGATTTTAGCTTCACTTCTCAACTGCCTGCTACTTTTCTTCTATCCCCATCCTTTCTACAGCATCCCGATTCAGAAAGGCCCCGTTCGT 533 C GCG 2 ALA/VAL NONSYN exon replacement "247-380,506-533" 2 LG_VIII 11340274 NA NA "1-246,381-505" NA NA POPTR_0010s07420.1 804847_2 AAATGKTGGGTTGGAGTTTAAAATTGAGTTTTGATTAATCTTATGTTACAAGTGCATCTGTGCATGTTAGATTTGCTACA 81 C/G C G AATGTGTGCTTGCTTGGTCTATTCGTGAAGTGATGATCTGGAGTGACGGGTTGAAAAGTTGAGAAAAACAATTTAATTTACTGCCAAGCKTGCAAGTGAAATAATGGTAAAGCAGAATTTCATATGATTTTGCATGTCAGGTGAAATTCAGAAWGTAATMGATGCGTGACTTTTGCTTGCAACTATGCCATAGACAAATGCAGCTCTTGTAATCACACTRTGTTTTCSTAAAGAAATTWTGTGGCATCTGTATGGTCATGAKAA AAATGKTGGGTTGGAGTTTAAAATTGAGTTTTGATTAATCTTATGTTACAAGTGCATCTGTGCATGTTAGATTTGCTACACAATGTGTGCTTGCTTGGTCTATTCGTGAAGTGATGATCTGGAGTGACGGGTTGAAAAGTTGAGAAAAACAATTTAATTTACTGCCAAGCKTGCAAGTGAAATAATGGTAAAGCAGAATTTCATATGATTTTGCATGTCAGGTGAAATTCAGAAWGTAATMGATGCGTGACTTTTGCTTGCAACTATGCCATAGACAAATGCAGCTCTTGTAATCACACTRTGTTTTCSTAAAGAAATTWTGTGGCATCTGTATGGTCATGAKAA 345 G intron silent NA 3 LG_X 5555643 (reverse complement) NA 1-345 NA NA POPTR_0001s12230.1 814965_1 TCCTCCTATGCTAGCTGGTACGAGAAAATATATAAAAACAGTAGCTTCT 50 G/T G T GGTTGTATTTTGAATATCTGACATCAACCATGTTATCTTTGATGGATTTTAGGTGGAAAACGTAAAYTSAAGCTCCCTCCAGAACTGGCATATGGCATGAGAGGGGCTGGATGCAAAGGAGGTGATTAAGCATCCYCTTGGTTCACAGATACTTCACAACTAAATATAATTTTGCACTTGTTATATATAAATA TCCTCCTATGCTAGCTGGTACGAGAAAATATATAAAAACAGTAGCTTCTGGGTTGTATTTTGAATATCTGACATCAACCATGTTATCTTTGATGGATTTTAGGTGGAAAACGTAAAYTSAAGCTCCCTCCAGAACTGGCATATGGCATGAGAGGGGCTGGATGCAAAGGAGGTGATTAAGCATCCYCTTGGTTCACAGATACTTCACAACTAAATATAATTTTGCACTTGTTATATATAAATA 243 T intron silent "1-17,103-171" 3 LG_I 5458117 NA NA "18-102,172-243" NA NA POPTR_0001s32530.1 815631_2 GTTTGATTTTTAACTRGGAAATTTGTTGGTGTAGATGCATACTTAGCACACTTGAAAGAGGAGCTTGACGCGGCAGA 78 A/G A G GCTGAGAGTGYAAAGATCTCTAATGAAATTGAGTTGCTCAATAGAACATGTATGGAAGGTAAAAAATTTATGATATTTATATTTTGAAATACATTTATAACAAGTTTAAAATATTAGAGAAACTGAGATTATTTGTGATTTTTTGCAGATTCT GTTTGATTTTTAACTRGGAAATTTGTTGGTGTAGATGCATACTTAGCACACTTGAAAGAGGAGCTTGACGCGGCAGAAGCTGAGAGTGYAAAGATCTCTAATGAAATTGAGTTGCTCAATAGAACATGTATGGAAGGTAAAAAATTTATGATATTTATATTTTGAAATACATTTATAACAAGTTTAAAATATTAGAGAAACTGAGATTATTTGTGATTTTTTGCAGATTCT 231 G GAG 3 GLU SYN exon silent "35-136,227-231" 2 LG_I 25138059 (reverse complement) NA "1-34,137-226" NA NA POPTR_0009s07020.1 821385_4 CGGAATCAATGGCTCCCAGGAAGACACCACAGGTATCCAGAAACCCAGATCTGGTTCGAGGGATCGGTAAGTACTCGAGGTCACAGATGTACCACAAGAGAGGGTTGTGGGCTATCAAGGCCAAAAACGGCGGTGTTTTCCCTAAACACGCTCCTAAAGTTAAAGACGCTGCCCCTGCTGAGAAACCACCTAAGTTTTACCCGGCTGATGATGTCAAGAAGCCACTGCCTAACAGGCGCAAGCCTAAGCCCACCAAGCTCAGGTCCTTACCTTTAGCTATATTGCTTTCTTTATGGATTCATTTATTGAATTTTAAAATGTTTTATCGGTTGCTTTTTAGTCTATTTCGTGGTATTGTTTTKCTCTCTTTWCGAGTTTGTGTATAATGTGGTTTTGAGTTATGTGTTTCCTATTGACTATTTCATTTTGAAATGGTAGAGATTTAWTGTATTAGAAAGGTTCATTTATGGGTAGTTTTGGCTGCTGAAGCATCAGCGATGTG 503 C/T C T TATTTAAGGCATGCTGTAATCTATTTTTTCTTTGTTGTTTATTTGATGTTGTAGGGATAGTATTACTCCAGGGACTGTTTTGAT CGGAATCAATGGCTCCCAGGAAGACACCACAGGTATCCAGAAACCCAGATCTGGTTCGAGGGATCGGTAAGTACTCGAGGTCACAGATGTACCACAAGAGAGGGTTGTGGGCTATCAAGGCCAAAAACGGCGGTGTTTTCCCTAAACACGCTCCTAAAGTTAAAGACGCTGCCCCTGCTGAGAAACCACCTAAGTTTTACCCGGCTGATGATGTCAAGAAGCCACTGCCTAACAGGCGCAAGCCTAAGCCCACCAAGCTCAGGTCCTTACCTTTAGCTATATTGCTTTCTTTATGGATTCATTTATTGAATTTTAAAATGTTTTATCGGTTGCTTTTTAGTCTATTTCGTGGTATTGTTTTKCTCTCTTTWCGAGTTTGTGTATAATGTGGTTTTGAGTTATGTGTTTCCTATTGACTATTTCATTTTGAAATGGTAGAGATTTAWTGTATTAGAAAGGTTCATTTATGGGTAGTTTTGGCTGCTGAAGCATCAGCGATGTGCTATTTAAGGCATGCTGTAATCTATTTTTTCTTTGTTGTTTATTTGATGTTGTAGGGATAGTATTACTCCAGGGACTGTTTTGAT 587 T intron silent "9-262,558-587" 1 LG_IX 6312622 NA NA 263-557 1-8 5 POPTR_0011s16030.1 823135_1 GGTGAGTTTTCACTAGGGTGGCAGGATCTAGGGTTTTGGGTTGCTCTCTATTTTGTCCTTTTCCCCATCATTTATAACCGGCAACCAATGTACATTTTGTAAAAATAAACTTATTCTCAATCGAGTGTTGTGGTATAAACCCAGAAGGGAGACAATAAAAATGAGGGAAGAAAAGGAAGAATCTAGGCAGGACGTGGTCCTTGTTTCAACTACCAGGGAGGGCTTTTAGGGTGATATATGATACGGTTCAGGATAACAAGTTTACATGATGTTAAGCTGCTATGAAATTTATTTCTGCTAATTCATTTGTGTCATCATTGCTTTTCGGGGCCAACAAA 339 C/T C T TTTAACCCCTAACCTCCATGTCCACACTGTATGGATTGGTGTTTGTCGTTTATCTTAGTGTCAGGGACARCCTTCTCTGAGCATGTAGTTTCATGTTTGT GGTGAGTTTTCACTAGGGTGGCAGGATCTAGGGTTTTGGGTTGCTCTCTATTTTGTCCTTTTCCCCATCATTTATAACCGGCAACCAATGTACATTTTGTAAAAATAAACTTATTCTCAATCGAGTGTTGTGGTATAAACCCAGAAGGGAGACAATAAAAATGAGGGAAGAAAAGGAAGAATCTAGGCAGGACGTGGTCCTTGTTTCAACTACCAGGGAGGGCTTTTAGGGTGATATATGATACGGTTCAGGATAACAAGTTTACATGATGTTAAGCTGCTATGAAATTTATTTCTGCTAATTCATTTGTGTCATCATTGCTTTTCGGGGCCAACAAACTTTAACCCCTAACCTCCATGTCCACACTGTATGGATTGGTGTTTGTCGTTTATCTTAGTGTCAGGGACARCCTTCTCTGAGCATGTAGTTTCATGTTTGT 439 T intron silent 1 3 LG_XI 14696283 (reverse complement) NA 2-439 NA NA POPTR_0012s04150.1 823253_1 AGGTAGCTTTAGAATGCTTTGTGTATTTTGATGTTTATCCTTGCATAGGTCAGTT 56 A/C A C TAAATGAACCAGTCTCTATAATCCATAATGGTCTGTACTTTTTAAATTCTTATGTTCCAAGCAGGAAAAACAGACTGTTCATTTTGTCATTCTCCAACTGGTGTTTTCTGTCGAGGTTGTCTCMAGGTCAGGTATGGTGAAGGTGAGTCCTTCCACCAAAAAAGAACCAGCTGGTACAAAACCAC AGGTAGCTTTAGAATGCTTTGTGTATTTTGATGTTTATCCTTGCATAGGTCAGTTATAAATGAACCAGTCTCTATAATCCATAATGGTCTGTACTTTTTAAATTCTTATGTTCCAAGCAGGAAAAACAGACTGTTCATTTTGTCATTCTCCAACTGGTGTTTTCTGTCGAGGTTGTCTCMAGGTCAGGTATGGTGAAGGTGAGTCCTTCCACCAAAAAAGAACCAGCTGGTACAAAACCAC 241 A intron silent "1-2,121-198" 3 LG_XII 3471651 NA NA "3-120,199-241" NA NA POPTR_0001s37760.1 829891_3 TTCGATAAACTTATTAATCATTCAGCTTATYGATTCAAATCCAATCCTTTAAATTCCAATAATTCAATGGTAAATTACCTTCACTTATCTTTTCTTTCTTTGATCGATTTGTTAATGAAGGAGTGATTTGATCCCTTTCTTTTTAATTATTATTGTTGCTGTYGTTTTAGCTTCAGAAGAAGAAAACCCTTTTCATTTCCTTGTTTCTCT 211 C/T C T GGCAAGCAATCATAAGATCTAATGTAAATTATTGCTATGATTGTTAGGTTATTTTGATCYCTTCCTTTCTGTTTTCTYTTTGAAACACMATCTAATCTTTATTTTYATGAGCTAAATTTAATTATGGG TTCGATAAACTTATTAATCATTCAGCTTATYGATTCAAATCCAATCCTTTAAATTCCAATAATTCAATGGTAAATTACCTTCACTTATCTTTTCTTTCTTTGATCGATTTGTTAATGAAGGAGTGATTTGATCCCTTTCTTTTTAATTATTATTGTTGCTGTYGTTTTAGCTTCAGAAGAAGAAAACCCTTTTCATTTCCTTGTTTCTCTCGGCAAGCAATCATAAGATCTAATGTAAATTATTGCTATGATTGTTAGGTTATTTTGATCYCTTCCTTTCTGTTTTCTYTTTGAAACACMATCTAATCTTTATTTTYATGAGCTAAATTTAATTATGGG 339 T intron silent 67-69 1 LG_I 30010124 (reverse complement) NA 70-339 1-66 5 POPTR_0003s13580.1 830855_7 TTGCCCCTATGCAAGTTTGGAAAATTGTTTGTGTAGTTGGTGGTGGTTATTGATATAGGTGTTGGATTTCTTGACATGGCAGTAGAGTGCAATGTAGATCACTGATTGTATATAGATTTATGTGGNNNAAAGGAGGGGTGTCTGGGCATCATAATTCTTGCAACAATAGTTTTACTTGTCTGAGCAGAATTTTGGCAGGGTTTTTCATGTTGAGAGAGTACTAAACATTTCCGTAAGATTGGTCTTTAGTTGTACTATTTATAAGAATGTTAGTATGCTCCCAACATGGAGGAATTTGCTAGTGTAAAACTAACAGTTACTAGAATTGATATATGATTTGGTGGGTATAGCTAATTTAGTGAGTACCGAGAAAGGTCTCTGATAATGGCCTTGGGGATTGTTTGAAGGCTGATTACTTCTATGATAGAGAGCTTATGTTGCATCCATCTTTTATACATCTGAGGCCTTTTAAATGTATTACTATATACGTTTGGTTGCTTCTTTGGATGGTAGTTAACCTACAGTTGCAATATGTGCAGGTGCAGCCCTAAAAAAAATGGANNNTGAAAAGGGCATTGTTTTGCGATTTGTAATAGGAAGAAGGTTTCTGTTCGATGGTTTATTTTCATTTTAGAGAGA 640 C/G C G ACTAGCTTCTTCTTTTTCTAATTCTGTCTTCAGAAAATCTTGGGGTCATTCTG TTGCCCCTATGCAAGTTTGGAAAATTGTTTGTGTAGTTGGTGGTGGTTATTGATATAGGTGTTGGATTTCTTGACATGGCAGTAGAGTGCAATGTAGATCACTGATTGTATATAGATTTATGTGGNNNAAAGGAGGGGTGTCTGGGCATCATAATTCTTGCAACAATAGTTTTACTTGTCTGAGCAGAATTTTGGCAGGGTTTTTCATGTTGAGAGAGTACTAAACATTTCCGTAAGATTGGTCTTTAGTTGTACTATTTATAAGAATGTTAGTATGCTCCCAACATGGAGGAATTTGCTAGTGTAAAACTAACAGTTACTAGAATTGATATATGATTTGGTGGGTATAGCTAATTTAGTGAGTACCGAGAAAGGTCTCTGATAATGGCCTTGGGGATTGTTTGAAGGCTGATTACTTCTATGATAGAGAGCTTATGTTGCATCCATCTTTTATACATCTGAGGCCTTTTAAATGTATTACTATATACGTTTGGTTGCTTCTTTGGATGGTAGTTAACCTACAGTTGCAATATGTGCAGGTGCAGCCCTAAAAAAAATGGANNNTGAAAAGGGCATTGTTTTGCGATTTGTAATAGGAAGAAGGTTTCTGTTCGATGGTTTATTTTCATTTTAGAGAGACACTAGCTTCTTCTTTTTCTAATTCTGTCTTCAGAAAATCTTGGGGTCATTCTG 693 C intron silent 541-604 2 LG_III 12688892 NA NA "1-540,605-694" NA NA POPTR_0004s16840.1 831273_2 AATTTTTTTCCTGATCTTCGATCTGCAGCAATCATCCTCTGCATTTGACAACATGCAGTGCAAAACATACACTCAAAACAAAATCCTCTGCCCAAAAGCCAACGCAGAAGAAAACTCTAGAACACTTCAGCTATTTTGCTWGCGAGAACACGGTCCCTTCTTTCAATGTACCCATATGG 180 A/G A G AACCAGCCTGCTTTACCCTTGCATTCTCCTTCAGCCCAGCCATTGTTTGTCACCTATCAAGAATGCATGGCAGAACATTAAACCTTGCAAAGATTTTAGCAGACATAATGCATAAAAAGAAGTGGTTTCAGAATGCTTKAAACCTTTCGAACAACAACAAAGTCACCAATTGACAAAGTCAGCTCCACATCARATTGACCTTGATATGAATGCATGACCTGCAGTAAAAAGCAAATGAGGGCACTCRATAAATAAAATCAATAAGCCACCATCAAGGTGCAANTTTGTAAGAATATAAGGTAACATTAACAGCGAGATAAATTTGATTCCTCACCTCCCCTAAAAAGTAACCCATGCTGT AATTTTTTTCCTGATCTTCGATCTGCAGCAATCATCCTCTGCATTTGACAACATGCAGTGCAAAACATACACTCAAAACAAAATCCTCTGCCCAAAAGCCAACGCAGAAGAAAACTCTAGAACACTTCAGCTATTTTGCTWGCGAGAACACGGTCCCTTCTTTCAATGTACCCATATGGAAACCAGCCTGCTTTACCCTTGCATTCTCCTTCAGCCCAGCCATTGTTTGTCACCTATCAAGAATGCATGGCAGAACATTAAACCTTGCAAAGATTTTAGCAGACATAATGCATAAAAAGAAGTGGTTTCAGAATGCTTKAAACCTTTCGAACAACAACAAAGTCACCAATTGACAAAGTCAGCTCCACATCARATTGACCTTGATATGAATGCATGACCTGCAGTAAAAAGCAAATGAGGGCACTCRATAAATAAAATCAATAAGCCACCATCAAGGTGCAANTTTGTAAGAATATAAGGTAACATTAACAGCGAGATAAATTTGATTCCTCACCTCCCCTAAAAAGTAACCCATGCTGT 540 G GGG 3 GLY SYN exon silent "1-26,143-217,308-424" 2 LG_IV 14960719 (reverse complement) NA "27-142,218-307" 425-540 3 POPTR_0014s07410.1 834729_3 TACCAGAAGGAACTGTAAGGAATATACTAGAACAAGACACACTCAAGTGGGTTTTTGTTGGAGGCAAAGGTGGTGTAGGCAAAACGACATGCAGTTCGATCCTTTCAATTCTYTTGGCTCAAGTCANATC 131 C/T C T TCTGTTTTAATCATATCTACTGATCCAGCTCATAATCTTAGTGATGTGTTTCAACAAMGATTTACAAAGACTCCTACTTTGGTTAATGGGTTCAGCAATCTGTATGCTATGGTAAAGTTTGGATCTTTTTTGGTTTCGTTATTGGGGGTTTGAAAGGATTTTTCTTTTCTTTTTGGATTTGAAGATGAGTAGTTG TACCAGAAGGAACTGTAAGGAATATACTAGAACAAGACACACTCAAGTGGGTTTTTGTTGGAGGCAAAGGTGGTGTAGGCAAAACGACATGCAGTTCGATCCTTTCAATTCTYTTGGCTCAAGTCANATCCTCTGTTTTAATCATATCTACTGATCCAGCTCATAATCTTAGTGATGTGTTTCAACAAMGATTTACAAAGACTCCTACTTTGGTTAATGGGTTCAGCAATCTGTATGCTATGGTAAAGTTTGGATCTTTTTTGGTTTCGTTATTGGGGGTTTGAAAGGATTTTTCTTTTCTTTTTGGATTTGAAGATGAGTAGTTG 326 T UCU 3 SER SYN exon silent 1-242 2 LG_XIV 2073520 NA NA 243-326 NA NA POPTR_0014s04370.1 836411_5 TTTTYTTTCTTTTGGGTGRCCCATGCACAATCAGTAATGCCACTCACTTGTGCTCCCTCCCTTGATCATCTGAGAACTTRAGTGGATGAAGGCGTTTYTTTTTCATRGAGGCAGGGATGGAAAATGTTTACGGAAAMAATGCTGTATCTGAAACTTAATATGGAAACTAGGATG 175 C/T C T GACTGCCTTGTTTGCCATACAGTAGTGAATTGGAACTGGTTATATGAAGTTTCTCATGATTCATACAAATTACTYGTGCTCCCTTTTTTCTTTTCATTCTCCTTTTTGAAAGAAAGTTCCGCTTTGCAATTTKTTWCTGGCTTCTTATTATACTAATATTTGTA TTTTYTTTCTTTTGGGTGRCCCATGCACAATCAGTAATGCCACTCACTTGTGCTCCCTCCCTTGATCATCTGAGAACTTRAGTGGATGAAGGCGTTTYTTTTTCATRGAGGCAGGGATGGAAAATGTTTACGGAAAMAATGCTGTATCTGAAACTTAATATGGAAACTAGGATGCGACTGCCTTGTTTGCCATACAGTAGTGAATTGGAACTGGTTATATGAAGTTTCTCATGATTCATACAAATTACTYGTGCTCCCTTTTTTCTTTTCATTCTCCTTTTTGAAAGAAAGTTCCGCTTTGCAATTTKTTWCTGGCTTCTTATTATACTAATATTTGTA 339 T intron silent NA 2 scaffold_40 1121280 (reverse complement) NA 1-339 NA NA POPTR_0003s08770.1 836933_3 GTATAGAGTATAGACTAATAGGAATAGTTAGCTTGTCCAATTCCCCATGTTGTTTTCTAGTGTCCTCTAACTCTGCTGCTTGTCCATCCATGCTTCTRTTTCTTGCATCTTTTTAACAATGTGATTCACCCATGTGTGTTTCCGGTCTYATTTATTGGTTTTTAATATTGCAGCGCGTATTCTATCTTCAATGAAGACTTTAGGGAGCTTCCTGGGACCCTTAACGCAGATCGCCTGGATAGAGACATTCGGGCCGGCCAGTT 264 A/T A T TGAACCTTAGACGGGTTACATCAGTGCTACTTTCAGGCCATGCATGCTGTAACAATGTATACTCACAACTTTTTGATGTATGTGTATACCATCTGCACAGAGAGTCGCTTGACTTGTACTAACAAATTTCCACCCACATTTTTCCTTCACTATGTTTCTCGCCKTAAGATTTTAAACTGCTT GTATAGAGTATAGACTAATAGGAATAGTTAGCTTGTCCAATTCCCCATGTTGTTTTCTAGTGTCCTCTAACTCTGCTGCTTGTCCATCCATGCTTCTRTTTCTTGCATCTTTTTAACAATGTGATTCACCCATGTGTGTTTCCGGTCTYATTTATTGGTTTTTAATATTGCAGCGCGTATTCTATCTTCAATGAAGACTTTAGGGAGCTTCCTGGGACCCTTAACGCAGATCGCCTGGATAGAGACATTCGGGCCGGCCAGTTATGAACCTTAGACGGGTTACATCAGTGCTACTTTCAGGCCATGCATGCTGTAACAATGTATACTCACAACTTTTTGATGTATGTGTATACCATCTGCACAGAGAGTCGCTTGACTTGTACTAACAAATTTCCACCCACATTTTTCCTTCACTATGTTTCTCGCCKTAAGATTTTAAACTGCTT 446 T UUU 3 PHE/LEU NONSYN exon replacement 174-267 3 scaffold_118 322183 (reverse complement) NA 1-173 268-446 3 1