###merge seurat objects that come from the same sample but different sequencing lanes ##these objects are #seurat.2mFB_406RR2_0303 and seurat.2mFB_406RR2_0306 #seurat.2mFB_406RW2_0303 and seurat.2mFB_406RW2_0306 #seurat.3mFB_406RR2_0404 and seurat.3mFB_406RR2_0406 #seurat.3mFB_406RW2_0404 and seurat.3mFB_406RW2_0406 #seurat.2mFB_406RR1_0908 and seurat.2mFB_406RR1_0909 #seurat.2mFB_406RW1_0908 and seurat.2mFB_406RW1_0909 #seurat.6mFB_337VV1_0707 and seurat.6mFB_337VV1_0713 #seurat.6mFB_337VM1_0707 and seurat.6mFB_337VM1_0713 #seurat.8mFB_406RR1_1010 and seurat.8mFB_406RR1_1013 #seurat.8mFB_406RW1_1010 and seurat.8mFB_406RW1_1013 #seurat.6mFB_406RR1_0605 and seurat.6mFB_406RR1_0612 #seurat.6mFB_406RW1_0605 and seurat.6mFB_406RW1_0612 #seurat.6mFB_337VV2_0808 and seurat.6mFB_337VV2_0813 #seurat.6mFB_337VM2_0808 and seurat.6mFB_337VM2_0813 seurat.2mFB_406RR2_03 <- merge(seurat.2mFB_406RR2_0303, seurat.2mFB_406RR2_0306, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.2mFB_406RW2_03 <- merge(seurat.2mFB_406RW2_0303, seurat.2mFB_406RW2_0306, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.3mFB_406RR2_04 <- merge(seurat.3mFB_406RR2_0404, seurat.3mFB_406RR2_0406, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.3mFB_406RW2_04 <- merge(seurat.3mFB_406RW2_0404, seurat.3mFB_406RW2_0406, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.2mFB_406RR1_09 <- merge(seurat.2mFB_406RR1_0908, seurat.2mFB_406RR1_0909, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.2mFB_406RW1_09 <- merge(seurat.2mFB_406RW1_0908, seurat.2mFB_406RW1_0909, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.6mFB_337VV1_07 <- merge(seurat.6mFB_337VV1_0707, seurat.6mFB_337VV1_0713, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.6mFB_337VM1_07 <- merge(seurat.6mFB_337VM1_0707, seurat.6mFB_337VM1_0713, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.8mFB_406RR1_10 <- merge(seurat.8mFB_406RR1_1010, seurat.8mFB_406RR1_1013, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.8mFB_406RW1_10 <- merge(seurat.8mFB_406RW1_1010, seurat.8mFB_406RW1_1013, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.6mFB_406RR1_06 <- merge(seurat.6mFB_406RR1_0605, seurat.6mFB_406RR1_0612, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.6mFB_406RW1_06 <- merge(seurat.6mFB_406RW1_0605, seurat.6mFB_406RW1_0612, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.6mFB_337VV2_08 <- merge(seurat.6mFB_337VV2_0808, seurat.6mFB_337VV2_0813, add.cell.ids = c("R1", "R2")) seurat.6mFB_337VM2_08 <- merge(seurat.6mFB_337VM2_0808, seurat.6mFB_337VM2_0813, add.cell.ids = c("R1", "R2")) rm(seurat.2mFB_406RR2_0303) rm(seurat.2mFB_406RR2_0306) rm(seurat.2mFB_406RW2_0303) rm(seurat.2mFB_406RW2_0306) rm(seurat.3mFB_406RR2_0404) rm(seurat.3mFB_406RR2_0406) rm(seurat.3mFB_406RW2_0404) rm(seurat.3mFB_406RW2_0406) rm(seurat.2mFB_406RR1_0908) rm(seurat.2mFB_406RR1_0909) rm(seurat.2mFB_406RW1_0908) rm(seurat.2mFB_406RW1_0909) rm(seurat.6mFB_337VV1_0707) rm(seurat.6mFB_337VV1_0713) rm(seurat.6mFB_337VM1_0707) rm(seurat.6mFB_337VM1_0713) rm(seurat.8mFB_406RR1_1010) rm(seurat.8mFB_406RR1_1013) rm(seurat.8mFB_406RW1_1010) rm(seurat.8mFB_406RW1_1013) rm(seurat.6mFB_406RR1_0605) rm(seurat.6mFB_406RR1_0612) rm(seurat.6mFB_406RW1_0605) rm(seurat.6mFB_406RW1_0612) rm(seurat.6mFB_337VV2_0808) rm(seurat.6mFB_337VV2_0813) rm(seurat.6mFB_337VM2_0808) rm(seurat.6mFB_337VM2_0813) gc()