[Supplemental Data 3, trees recovered from parsimony analysis of Diplobathrids, Cleiocrinus excluded] #NEXUS Begin trees; [ >Data file = DiploMatrix_Stem 2 taxa added.txt >Heuristic search settings: > Optimality criterion = parsimony > Character-status summary: > Of 135 total characters: > All characters are of type 'unord' > All characters have equal weight > 10 characters are constant (proportion = 0.0740741) > 2 variable characters are parsimony-uninformative > Number of parsimony-informative characters = 123 > Gaps are treated as "missing" > Multistate taxa interpreted as polymorphism > Starting tree(s) obtained via stepwise addition > Addition sequence: random > Number of replicates = 10000 > Starting seed = generated automatically > Number of trees held at each step = 1 > Branch-swapping algorithm: tree-bisection-reconnection (TBR) with no reconnection limit > Steepest descent option not in effect > Time limit of 3 seconds (per addition-sequence replicate) imposed > Initial 'Maxtrees' setting = 3700 (will be auto-increased by 100) > Branches collapsed (creating polytomies) if maximum branch length is zero > 'MulTrees' option in effect > Keeping only trees compatible with constraint-tree "ConstraintTree" > Trees are unrooted > >Heuristic search completed > Total number of rearrangements tried = 1.6270e+010 (time or rearrangement limit was hit in 10000 replicates) > Score of best tree(s) found = 1598 > Number of trees retained = 15 > Time used = 11:12:13 (CPU time = 08:21:59.9) ] Translate 1 Acanthocrinus, 2 Aishacrinus, 3 Allozygocrinus, 4 Ambicocrinus, 5 Ambonacrinus, 6 Anthemocrinus, 7 Anthracocrinus, 8 Apoarchaeocrinus, 9 Apurocrinus, 10 Archaeocrinus, 11 Atactocrinus, 12 Balacrinus, 13 Becsciecrinus, 14 Bogotacrinus, 15 Bromidocrinus, 16 Bucucrinus, 17 Cadiscocrinus, 18 Callistocrinus, 19 Cefnocrinus, 20 Condylocrinus, 21 Cotylacrinna, 22 Cribanocrinus, 23 Crinerocrinus, 24 Cybelecrinus, 25 Cyphocrinus, 26 Dalicrinus, 27 Deocrinus, 28 Diabolocrinus, 29 Diamenocrinus, 30 Dimerocrinites_brachiatus, 31 Dimerocrinites_decadactylus, 32 Duncanicrinus, 33 Elpidocrinus, 34 Emperocrinus, 35 Eodimerocrinites, 36 Eucrinus, 37 Eudimerocrinus, 38 Euptychocrinus, 39 Fombuenacrinus, 40 Gazacrinus, 41 Gilbertsocrinus_tuberculosus, 42 Gilbertsocrinus_tuberosus, 43 Gnarycrinus, 44 Goyacrinus, 45 Griphocrinus, 46 Gustabilicrinus, 47 Hercocrinus, 48 Hiiumaacrinus, 49 Hollowaycrinus, 50 Kyreocrinus, 51 Lampterocrinus, 52 Lemennocrinus, 53 Lutocrinus, 54 Luxocrinus, 55 Lyriocrinus, 56 Macarocrinus, 57 Maquoketocrinus, 58 Moniellocrinus, 59 Neoarchaeocrinus, 60 Nexocrinus, 61 Nyctocrinus, 62 Ophiocrinus, 63 Opsiocrinus, 64 Orthocrinus, 65 Ortsaecrinus, 66 Paradiabolocrinus, 67 Paragazacrinus, 68 Pararchaeocrinus, 69 Paulocrinus, 70 Pelidocrinus, 71 Peremocrinus, 72 Perunocrinus, 73 Pidelocrinus, 74 Pregazacrinus, 75 Preschericrinus, 76 Probalocrinus, 77 Proexenocrinus, 78 Pterinocrinus, 79 Ptychocrinus, 80 Rhachicrinus, 81 Rhaphanocrinus, 82 Rheocrinus, 83 Rhipidocrinus, 84 Rhodocrinites_kirbyi, 85 Rhodocrinites_nortoni, 86 Shidianocrinus, 87 Silfonocrinus, 88 Simplococrinus, 89 Siphonocrinus, 90 Sphaerotocrinus, 91 Spyridiocrinus, 92 Stereoaster, 93 Thylacocrinus, 94 Tormosocrinus, 95 Trichinocrinus, 96 Turbocrinus, 97 Ursucrinus, 98 Visocrinus, 99 Wilsonicrinus, 100 Yunnanocrinus, 101 Abludoglyptocrinus, 102 Celtocrinus, 103 Glyptocrinus, 104 Pycnocrinus, 105 Reteocrinus, 106 Rosfacrinus, 107 Gaurocrinus, 108 Eknomocrinus, 109 Sakucrinus, 110 Priscillacrinus ; tree 'PAUP_1' = [&U] (1,((((((((((((((((((((((((((((2,6),99),(40,96)),54),(61,94)),91),55),67),((17,((((28,83),72),((41,42),100)),58)),75)),52),43),31),(((((((3,64),74),(34,71)),(33,(70,73))),56),25),((((9,14),86),78),(13,(24,38))))),((((4,(37,(45,51))),(60,79)),30),(((32,106),49),89))),36),48),35),((((((20,53),93),21),88),76),(69,82))),62),((((5,95),(((63,109),87),(77,(((101,104),(102,103)),((105,107),108))))),80),44)),16),((((26,(50,92)),110),98),97)),23),(((((7,46),39),18),((((11,57),65),(15,(27,47))),12)),8)),81),(((19,68),66),90)),((29,85),84)),(10,59)),22); tree 'PAUP_2' = [&U] (1,((((((((((((((((((((((((((((2,6),99),(40,96)),54),(61,94)),91),55),67),((17,((((28,83),72),((41,42),100)),58)),75)),52),43),31),(((((((3,64),74),(34,71)),(33,(70,73))),56),25),((((9,14),86),78),(13,(24,38))))),(((4,((37,(45,51)),(60,79))),30),(((32,106),49),89))),36),48),35),((((((20,53),93),21),88),76),(69,82))),62),((((5,95),(((63,109),87),(77,(((101,104),(102,103)),((105,107),108))))),80),44)),16),((((26,(50,92)),110),98),97)),23),(((((7,46),39),18),((((11,57),65),(15,(27,47))),12)),8)),81),(((19,68),66),90)),((29,85),84)),(10,59)),22); 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