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ABTC41794 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ABTC38899 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; end; Begin assumptions; Charset 1st=1-1047\3; Charset 2nd=2-1046\3; Charset 1stAnd2nd=1st 2nd; Charset 3rd=3-1045\3; End; [! ***** MrModeltest block -- Modified from MODELTEST 3.0 *****] [The following command will calculate a NJ tree using the JC69 model of evolution] BEGIN PAUP; Log file= mrmodelfit.log replace; DSet distance=JC objective=ME base=equal rates=equal pinv=0 subst=all negbrlen=setzero; NJ showtree=no breakties=random; Exclude 2nd 3rd; End; [! ***** BEGIN TESTING 24 MODELS OF EVOLUTION ***** ] BEGIN PAUP; Default lscores longfmt=yes; [Workaround for the bug in PAUP 4b10] Set criterion=like; [! ** Model 1 of 24 * Calculating JC **] lscores 1/ nst=1 base=equal rates=equal pinv=0 scorefile=mrmodel.scores replace; [! ** Model 2 of 24 * Calculating JC+I **] lscores 1/ nst=1 base=equal rates=equal pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 3 of 24 * Calculating JC+G **] lscores 1/ nst=1 base=equal rates=gamma shape=est pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 4 of 24 * Calculating JC+I+G **] lscores 1/ nst=1 base=equal rates=gamma shape=est pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 5 of 24 * Calculating F81 **] lscores 1/ nst=1 base=est rates=equal pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 6 of 24 * Calculating F81+I **] lscores 1/ nst=1 base=est rates=equal pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 7 of 24 * Calculating F81+G **] lscores 1/ nst=1 base=est rates=gamma shape=est pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 8 of 24 * Calculating F81+I+G **] lscores 1/ nst=1 base=est rates=gamma shape=est pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 9 of 24 * Calculating K80 **] lscores 1/ nst=2 base=equal tratio=est rates=equal pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 10 of 24 * Calculating K80+I **] lscores 1/ nst=2 base=equal tratio=est rates=equal pin=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 11 of 24 * Calculating K80+G **] lscores 1/ nst=2 base=equal tratio=est rates=gamma shape=est pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 12 of 24 * Calculating K80+I+G **] lscores 1/ nst=2 base=equal tratio=est rates=gamma shape=est pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 13 of 24 * Calculating HKY **] lscores 1/ nst=2 base=est tratio=est rates=equal pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 14 of 24 * Calculating HKY+I **] lscores 1/ nst=2 base=est tratio=est rates=equal pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 15 of 24 * Calculating HKY+G **] lscores 1/ nst=2 base=est tratio=est rates=gamma shape=est pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 16 of 24 * Calculating HKY+I+G **] lscores 1/ nst=2 base=est tratio=est rates=gamma shape=est pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 17 of 24 * Calculating SYM **] lscores 1/ nst=6 base=equal rmat=est rclass= (a b c d e f) rates=equal pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 18 of 24 * Calculating SYM+I **] lscores 1/ nst=6 base=equal rmat=est rates=equal pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 19 of 24 * Calculating SYM+G **] lscores 1/ nst=6 base=equal rmat=est rates=gamma shape=est pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 20 of 24 * Calculating SYM+I+G **] lscores 1/ nst=6 base=equal rmat=est rates=gamma shape=est pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 21 of 24 * Calculating GTR **] lscores 1/ nst=6 base=est rmat=est rates=equal pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 22 of 24 * Calculating GTR+I **] lscores 1/ nst=6 base=est rmat=est rates=equal pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 23 of 24 * Calculating GTR+G **] lscores 1/ nst=6 base=est rmat=est rates=gamma shape=est pinv=0 scorefile=mrmodel.scores append; [! ** Model 24 of 24 * Calculating GTR+I+G **] lscores 1/ nst=6 base=est rmat=est rates=gamma shape=est pinv=est scorefile=mrmodel.scores append; Log stop=yes; END;