Supplemental Data. Ruelens et al. Plant Cell (2017) 10.1105/tpc.16.00366 >AAR06673_PISTILLATA-like_protein_[Asimina_longifolia] -------------------------GGIMKKAKEISVLCE-AEVSLVIFSS-S--GKM--SEYCSPS------------T --------TLPKILDRYQKS--S--------GKK--LWDAKHEHLSNELERIKKENDSMQIKLR----HLKGQD-LN-SL NPRELIPIEEALENGLANVREKQMDYVK----MKKKN----TRALEEENK------------------RLNYLT------ -----DQQH--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMAG-N----------------------------------VR---GLEH----------G--------- --Y-H-----QR--------E-S---E-C------Q----P------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAR87682_PISTILLATA-like_protein_PI_[Asimina_triloba] ---------------------SKRRGGIMKKAKEISVLCE-AEVSLIIFSS-S--GKM--SEFCSPS------------T --------TLPKILDRYQKS--S--------GKK--LWDAKHEHLSNELERIKKENDSMQIKLR----HLKGQD-LN-SL NPRELIPIEDALENGLANVREKQMDYVK----MKKKN----TRALEEENK------------------RLNYLT------ -----DQQH--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMAG-N----------------------------------VR---GLEH----------G--------- --Y-H-----QR--------E-R---E-C------Q----P------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ABQ85947_MADS-box_transcription_factor_PI-like_2_[Trochodendron_aralioides] MGRGKIEIKRIENSSNRQVTYSKRKNGILKKAREITVLCD-AQVSLVILAS-S--GKM--HYYCSPS------------T --------TLTEILDRYHKN--A--------GEK--LWDAKHEYLSNEVERIKKENDRMQIELR----HLKGED-I---- -FNMHSHKELISIEEALENGLANVRYKTMEYVEKRRKN---ERKLEEENK------------------QLTYYL------ -----HQQQ--------------------------------------------------------M-------------- -----------AMDG-S----------------------------------VR---EMEN----------E--------- --Y-H-----EK--------E-R---G-Y------P----P------------------QM------------------- --------------PF-----TF----RVL------PM--------QP--------NL-----Q---E-----------R --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAC42578_PISTILLATA_homolog_MfPI-1_[Michelia_figo] -------------------------GGILKKAKEITVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKM--SEYCSPS------------T --------ELVNVLDRYHKS--A--------GKK--LWDAKHEHLSNELERIKKENDSMHVKLR----HLKGED-IT-SL HPKELIPIEEALENGLACVRSRQMQCLK----MLKKN----ERSLEEENR------------------RLSYIL------ -----QHQQ----Q---------------------------------------------------L-------------- -----------AMDV-N----------------------------------VR---EMDH----------G--------- --Y-H-----QR--------E-R---E-Y------H----P------------------QM------------------- --------------PF-----TF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAC42579_PISTILLATA_homolog_LtPI-1_[Liriodendron_tulipifera] -------------------------GGILKKAKEITVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKI--SEYCSPS------------T --------TLVKILDRYQKS--S--------GKK--LWDAKHEHLSNEVERIKKENDSMQIKLR----HLKGED-IT-SL HPRELIPIEEALQNGLACVRSKQMEYLK----MLKKN----ERTLEEENK------------------RLSYIL------ -----HQQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-N----------------------------------AR---EMDH----------G--------- --Y-N-----QR--------E-R---E-Y------H----Q------------------QL------------------- --------------PF-----TF----RLQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------N --Q----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAR87673_PISTILLATA-like_protein_PI_[Meliosma_dilleniifolia] ---------------------SKRRNGILKKAREITVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKM--SEYCSPS------------T --------TLIKTLDRYQRT--S--------GKK--LWDAKHEYLSTEVDRIKKENDSMQIELR----HLNGED-LT-SL QPKELIPIEDALKNGLDSVRAKLMEDFK----TLKKN----ERMLEEENK------------------QLRFFL------ -----QHQE--------------------------------------------------------M-------------- -----------AMDG-N----------------------------------VR---ELDT----------D--------- --Y-H-----PK--------E-R---D-F------H----S------------------PV------------------- --------------PF-----AY----RLQ------PI--------QP--------NL-----Q---------------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAR87679_PISTILLATA-like_protein_PI_[Saruma_henryi] ----------------------KRRGGILKKAKEISVLCD-SHVSLVVFSS-T--GKM--SEYCSPS------------T --------TLVKVLDRYQKT--S--------GKK--LWDAKHEYLSNEVERIKKENDSMQIKLR----HLKGED-IT-SL NPKELIAIEEGLQDGLAGVRAKQVEFLK----ILKKN----ERALEEENK------------------RLTYIL------ -----HHQH--------------------------------------------------------I-------------- -----------AMDE-N----------------------------------ER---EMEN----------G--------- --Y-H-----KR--------D-K---E-Y------S----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----CVQ------PM--------QP--------NL-----H---Q-----------K --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAR87695_PISTILLATA-like_protein_PI-1_[Illicium_henryi] ------------------------RGGIIKKAKEISVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKM--SEYCSPS------------T --------NLMKLLDRYQNT--S--------GKR--LWDARHEYLKNEVDRVRKENESMQIELK----HLEGED-LS-SL TTHELSAIEESLQNGIANVRMTQMELLN----MLKKS----ERDLEDENK------------------RLNSIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-N----------------------------------VR---ELDP----------G--------- --Y-H-----QR--------G-R---D-F------T----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---E-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAX53101_PI-like_protein_[Magnolia_grandiflora] ---------------------------ILKKAKEITVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKM--SEYCSPS------------T --------ELVKILDRYHKS--A--------GKK--LWDAKHEHLSNELERIKKENDSMHIKLR----HLKGED-IT-SL HPKELIPIEEALQNGLACVRSKQMEYLK----MLKKN----ERCLEEENK------------------RLSYIL------ -----QHQQ----Q---------------------------------------------------L-------------- -----------AMDV-N----------------------------------VR---EMDH----------G--------- --Y-H-----QR--------E-R---E-Y------H----P------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---HE----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAY25570_PI_[Illicium_floridanum] --------KRIENSASRQVTYSKRRGGIIKKAKEITVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKM--SEFCSPS------------T --------NLMKLLDRYQNT--S--------GKR--LWDARHEYLKNEVDRVRKENENMQIELK----HLEGED-LS-SL TTHELSAIEESLQNGIANVRMTQMELLN----MLKKS----ERDLEEENK------------------RLNSIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-N----------------------------------VR---ELDP----------G--------- --Y-H-----QR--------G-R---D-F------T----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---E-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ABD62863_PI.2_[Persea_americana] MGRGKIEIKRIENSTNRQVTYSKRRNGLLKKAKEITVLCD-ADVSLVIFSA-T--GKM--SEYCSSS------------A --------TMIKMLDRYQKA--S--------GNR--LWDAKHEYLSMEVDRIKKENDSMQIELR----HLKGED-LT-SL HPKELIHIEEALENGLTGVRDKQEELLS----ILKKN----ERILEEENM------------------RLMYML------ -----HHHH--------------------------------------------------------L-------------- -----------AIDG-N----------------------------------VR---DVEQ----------G--------- --C-Q-----QK--------E-R---D-C------S----S------------------QM------------------- --------------QF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---------------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ABQ85946_MADS-box_transcription_factor_PI-like_1_[Trochodendron_aralioides] MGRGKIEIKRIENVSNRQVTYSKRKNGIIKKAREIAVLCD-AQVSLVIISS-N--GRM--AEFCSPS------------T --------TLTKFLDRYHRS--S--------ATK--LWDAKHEYLSKEVDRIKKENDNMQIELR----HLKGED-IV-SL KLEELISLEEALQNGVTNIRHKPMELWK----TLKKK----ETMLEEENK------------------HLSYML------ -----HQQE--------------------------------------------------------M-------------- -----------AMDG-R----------------------------------LR---EMEN----------G--------- --Y-A-----PK--------M-R---D-Y------L----P------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RLQ------PM--------QP--------NL-----Q---D-----------K --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ABR09369_PISTILLATA-like_protein_PI_[Asarum_splendens] -------------------------GGILKKAREISILCG-AQVALIVVSS-T--GKV--YDFCSPS------------T --------PLVEILDRYHGS--S--------ENR--LWDPKHEYLSNEVKRIKKENDSMRIKLG----HLKGED-VN-SL HLNELIPIEEALQDGLDGVRAKQAELLK----ILKKN----GRALEDENK------------------RLAYIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------I-------------- -----------AMDE-N----------------------------------KR---EMEN----------G--------- --Y-H-----ER--------E-----E-Y------A----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----CVQ------PM--------QP--------NL-----H---Q-----------K --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ABR09370_PISTILLATA-like_protein_PI_[Asarum_speciosum] -------------------------GGILKKAREISILCG-AQVALIVVSS-T--GKV--YDFCSPS------------T --------PLVEILDRYHGS--S--------ENR--LWDPKHEYLSNEVKRIKKENDSMRIKLG----HLKGED-VN-SL HLNELIPIEEALQDGLDGVRAKQAELLK----ILKKN----GRALEDENK------------------RLAYIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------I-------------- -----------AMDE-N----------------------------------KR---EMEN----------G--------- --Y-H-----KR--------E-----E-Y------P----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----CVQ------PM--------QP--------NL-----H---Q-----------K --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AF230707_1_MADS_box_containing_protein_PI_[Asarum_europaeum] -------------------------GGILKKAREISILCG-AQVSLIIVSS-T--GKV--YDFCSAS------------T --------PLADILDKYHSS--S--------ENK--LWDPKHEYLSNEVKRIKKENDSMQIKLG----HLKGED-VN-SL HLNELIPIEEALQDGLDGVRAKQAELLK----TLKKN----GRALEDENK------------------RLAYIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------I-------------- -----------AMDE-N----------------------------------KR---EMDN----------G--------- --Y-H-----KR--------E-----E-Y------P----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----CVQ------PM--------QP--------NL-----H---Q-----------K --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AF230708_1_MADS_box_containing_protein_PI-1_[Calycanthus_floridus] -------------------------GGILKKAKEITVLCD-AQVSLVIFSS-T--GKM--SEYCSPS------------T --------TLVKILDRYQKA--S--------GKR--LWDAKHEYLNNEVERIKKENDSMQIKLR----HLKGED-LT-SL HPKELIPIEEALENGLASVRDRQMECLR----IYKKN----ERTLEDENK------------------RLTYIL------ -----HQQQ----Q---------------------------------------------------M-------------- -----------AMDG-N----------------------------------VR---EVDH----------G--------- --Y-H-----HK--------I-R---D-Y------S----N------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RIQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------D --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AF230709_1_MADS_box_containing_protein_PI-2_[Calycanthus_floridus] -------------------------SGLLKKAKEITVLCD-ADVSLIIFSA-T--GKM--SEYCSPS------------T --------SLIKILDRYQKA--S--------GNK--LWDAKHEYLSMEVERIKKENDSMQIELR----HLKGED-LT-SL RPKELIPIEEALQNGLTNVRERQEELLK----ILKKN----EKVLEEENM------------------RLSYIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-S----------------------------------MR---EMEQ----------G--------- --Y-H-----HE--------E-S---D-Y------P----S------------------DM------------------- --------------QL-----AF----RVQ------PL--------QP--------NL---------Q-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AF230710_1_MADS_box_containing_protein_PI_[Chloranthus_spicatus] ----------IENSTNRQVTFSKRRNGIVKKAKEITVLCD-AKVSFIIFST-T--GKM--FEFVSPS------------T --------TLMDMLERYQTN--S--------GKR--LWDAKHERLSAELDRIKKENDSMQIELR----HLKGED-IN-SL HPKELIPIEEALQSGLTNVRAKQMDFLK----MLKKN----ERTLEDENK------------------RLSYIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------ALDG-N----------------------------------MR---DLDN----------G--------- --F-H-----PK--------E-R---D-Y------S----S------------------QM------------------- --------------PF-----IF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---Q-----------S --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >BAB91551_MADS-box_transcription_factor_[Lilium_regale] MGRGKIEIKRIENSTNRQVTFSKRRNGIIKKAREISVLCE-AQVSVVIFSS-S--GKM--SEYCSPS------------T --------SLPKILERYQVN--C--------GKK--IWDPKHEHLSAEIDRIKKENDNMQIQLR----HLKGED-LN-SL QPKELIPIEEALENGIRGVREKQNDFLR----MLKKN----ERILEEDNK------------------RLTYIL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDE-N----------------------------------MR---NLEF----------A--------- --Y-H-----HK--------D-G---D-F------S----S------------------QM------------------- --------------PM-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---E-----------D --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >BAC75972_MADS-box_transcription_factor_[Tulipa_gesneriana] MGRGKIEIKRIENSTNRQVTFSKRRNGIIKKAREISVLCD-AWVSVVIFSS-S--GKM--SEYCSPT------------I --------TLPKMLDKYQQN--C--------GNK--LWDAKHQNLSEEIDRIKKENDNMQIELR----HLKGED-LN-SL QPKELIPIEEALENGFRSVREKQDDVLM----TRKKN----MRLMEEDNK------------------RLNYVL------ -----HHQQ--------------------------------------------------------Q---------Q---- -----------AMDE-N----------------------------------IR---DMEL----------A--------- --Y-H-----QK--------H-R---E-F------N----S------------------QM------------------- --------------PM-----TF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---E-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >BAD42442_PISTILLATA-like_protein_[Kadsura_japonica] -------------------------------------------------------------EYLSPS------------T --------NLMKLLDRYQTA--S--------GKR--LWDARHEYLKNEVDRIKKENDSMQTQLR----HLEGED-LS-SL TTQELNSIEEVLTNGYANVRTAQNEF?K----LLKKK----ERALEDENK------------------RLRFIL------ -----HQQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-S----------------------------------VR---DLDP----------G--------- --Y-H-----QR--------G-R---D-Y------A----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---Q-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >BAD83696_PISTILLATA-like_protein_[Kadsura_japonica] ---------------------SKRRGGIIKKAKEITVLCD-AEVSLIIFSS-T--GKM--SEYLSPS------------T --------NLMKLLDRYQTA--S--------GKR--LWDARHEYLKNEVDRIKKENDSMQTQLR----HLEGED-LS-SL TTQELNSIEEVLTNGYANVRTAQNEFAK----LLKKK----ERALEDENK------------------RLRFIL------ -----HQQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-S----------------------------------VR---DLDP----------G--------- --Y-H-----QR--------G-R---D-Y------A----S------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---Q-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >BAF46355_MADS-box_transcription_factor_[Alstroemeria_ligtu_subsp._ligtu] MGRGKIEIKRIENSTNRQVTFSKRRNGIIKKAREISVLCE-AQVSVVIFSS-S--GKM--SEYCSPS------------T --------SLPNILERYQHN--S--------GKK--LWDAKHESLHAEIDRIKKENDNMQIELR----HLKGQD-LN-SL NPKELMPIEDALQNGLTGVRDKQMDFLK----MLKKN----ERLLEEENK------------------RLTYIL------ -----HHQH--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMDG-G----------------------------------VR---EMEM----------G--------- --Y-H-----QK--------E-R---E-F------A----A------------------QM------------------- --------------PM-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----Q---E-----------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ACC94191_PISTILLATA-like_protein_[Euptelea_polyandra] -------------------------NGIIKKAKEISVLCD-AEVSLVIFSS-T--GKL--SEYCS--------------T --------TLMHALDRYNES--S--------GKK-KLWDAKHEHLSNEVNRIKKENDNMMIELR----HLKGED-IT-PL HYKELIPLEEALENGLANVRAKQMEFFK----MRKKN----EIMLEDENK------------------YLRYIL------ -----HQQE--------------------------------------------------------I-------------- -----------AMDG-N----------------------------------VR---ELD--------------------- ----H-----EK--------G-R---D-Y--------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >ADC79697_PISTILLATA-like_protein_[Euptelea_pleiosperma] MGRGKIEIKRIENSTNRQVTYSKRRNGIIKKAKEISVLCD-AEVSLVIFSS-T--GKL--SEYCS--------------T --------TLMHALDRYNES--S--------GKK-KLWDAKHEHLSNEVNRIKKENDNMMIELR----HLKGED-IT-PL HYKELIPLEEALENGLANVRAKQMEFFK----MRKKN----EIMLEDENK------------------YLRYIL------ -----HQQE--------------------------------------------------------I-------------- -----------AMDG-N----------------------------------VR---ELD--------------------- ----H-----EK--------G-R---D-Y--------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- -------------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >BAF46354_MADS-box_transcription_factor_[Alstroemeria_ligtu_subsp._ligtu] MGRGKIEIKKIENTTNRQVTYSKRRTGIMKKANELTVLCD-AEVSLIMFSS-T--GKL--SEYCSPS------------T --------DTKRIVDRYEKV--S--------GIN--LWSAQYEKMHRTLNHLKEINSNLRKEIR----NRIGED-LD-GL DINELRGLEQNLDETLKIVRQRKYHVISTQTETYKKK----LKNSYEAHK------------------GLLREM------ ---------------------------------------------------E--------------MND--EQP------ ----IY---GFANDD-P--------------------------------------------------------------- --------------------------N-Y------E----N-------------------------VIA-VT----N--- --GG-------DH-VY-----EY----RVQ------PS--------QP--------NL-----H---R-----------M 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--------TLVKILDRYQKS--S--------GKK--LWDAKHENLSNEVERIKKENDNMQIKLR----HLKGED-LT-SL HPKDLIPIEEALQNGLAGVRAKQMDYLK----MLKKN----ERVLEEENK------------------RLSYIL------ -----HQQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMEG-N----------------------------------IR---ELEH----------G--------- --Y-H-----QR--------E-R---E-G------P----P------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------N --Q----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAX53100_PI-like_protein_[Eupomatia_laurina] -----------------------------------TVLCD-AQVSLVIFSS-S--GKM--SEYCSPS------------T --------TLVKILDRYQKS--S--------GKK--LWDAKHENLSNEVERIKKENDNMQIKLR----HLKGED-LT-SL HPKDLIPIEEALQNGLAGVRAKQMDYLK----MLKKN----ERVLEEENK------------------RLSYIL------ -----HQQQ--------------------------------------------------------L-------------- -----------AMEG-N----------------------------------IR---ELEH----------G--------- --Y-H-----QR--------E-R---E-G------P----P------------------QM------------------- --------------PF-----AF----RVQ------PI--------QP--------NL-----H---Q-----------N --Q----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAR87677_APETALA3-like_protein_AP3_[Thottea_siliquosa] -------------------------SGIFKKARELTVLCD-AEVSLIMFSS-T--GKL--SEYCSPS------------T --------TTKKMYDKYQEV--S--------QIN--LWSSHYEKMQAHLNKLKEDNSNLRKEIR----QRMGEN-LN-GL HMEELRGLEQNMDLALKVVRERKYHVIQTQCDTYKKK----IRNLEDTNK------------------RFIRAL------ ---------------------------------------------------E--------------GRD--ENG------ ----EL---LFADGS-G--------L------------------------------------------------------ --------------------------D-Y------E----S-------------------------ALA-LS----S--- --GG-------AN-LF-----AF----RLQ------PF--------QP--------NL-----H---DD--A-------G -------------------YG-TQDLRLA--------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAR87700_PISTILLATA-like_protein_PI-2_[Lindera_erythrocarpa] ---------------------SKRRNGLLKKAKEITVLCD-SDVSLVIFSA-T--GKM--SEYCSSS------------T --------TLIKMLDRYQKA--S--------GNR--LWDAKHEYLSMEIDRIKKENDTMQIELR----HSKGED-LT-SL HPKELIHIEEALENGLTGVRDKQEELLS----ILKKN----ERILEEENK------------------RLTYML------ -----HHHH--------------------------------------------------------L-------------- -----------AIGG-N----------------------------------VR---DVEQ----------G--------- --C-Q-----QK--------E-R---D-C------S----S------------------QM------------------- --------------QF-----AY----RVQ------PV--------QP--------NL-----Q---------------N --K----------------------------------------------------------------------------- --------------------------------------- >AAO26486_AP3-2_type_2_[Akebia_quinata] -------------------------AGIMKKAQELTVLCD-AEVSLIMFSN-T--GKF--TEYISPS------------V 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