BLASTN 2.2.26+ Reference: Zheng Zhang, Scott Schwartz, Lukas Wagner, and Webb Miller (2000), "A greedy algorithm for aligning DNA sequences", J Comput Biol 2000; 7(1-2):203-14. Database: sgem_consensus_t3p.fasta 1,891 sequences; 354,969,467 total letters Query= fragment_C_Si_gnG.scaffold01957 Length=599 Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value lcl|000043F|quiver 841 0.0 >lcl|000043F|quiver Length=1521520 Score = 841 bits (455), Expect = 0.0 Identities = 582/635 (92%), Gaps = 41/635 (6%) Strand=Plus/Minus Query 1 ATTATACGATTTAATACTGATTATAGGTTATGCTGACTGGAATTTTACGCATGTCGCTCG 60 ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| Sbjct 1256818 ATTATACGATTCAATACTGATTATAGGTTATGCTGACTGCAATTTTACGCATGTCGCTCG 1256759 Query 61 ACAGTACGAACACGACGAACACTGACTAAG---TATTAAAGATCGACAATCTTATGATTA 117 |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256758 ACAGTACGAACATGACGAACACTGACTAAGTATTATTAAAGATCGACAATCTTATGATTA 1256699 Query 118 ATTTAATTTTATGA--T-TTATTATCTTCATATTTAAATATACATATGTTTACAACTAAC 174 |||||||||||||| | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256698 ATTTAATTTTATGATTTATTATTATCTTCGTATTTAAATATACATATGTTTACAACTAAC 1256639 Query 175 ATTCGGttttttaaacctttattattatttatattttattatttattatatatgtgatat 234 ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256638 ATTCGGTTTTTCAAACCTTTATTATTATTTATATTTTATTATTTATTATATATGTGATAT 1256579 Query 235 ttatataaatatatacttatatttata-aa-tttataaattgctaattgcaaaatttaaa 292 |||||||||||||| |||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||| ||| Sbjct 1256578 TTATATAAATATATGCTTATATTTATATAAATTTATAAATTGCCAATTGCAAAATTAAAA 1256519 Query 293 actgtaataattatccctaac--tta-----aa-a-t--tta------a---tttaatt- 331 |||| |||||||||||||||| ||| || | | ||| | ||||||| Sbjct 1256518 ACTGCAATAATTATCCCTAACAATTATCCCTAACAATAATTATCCCTTACAATTTAATTT 1256459 Query 332 aa-----aaa--tttttttattattaatttaaagcatttattaattgaaatattaattta 384 || ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| Sbjct 1256458 AATTCGTAAAAATTTTTTTATTATTAATTTAAAGCATTTATTAATTGAAATA--A-TTTA 1256402 Query 385 aagtgtgtattttaCATAATCAATTATAATTTGCGGAAAATAGTCAAGGAAAACAAAATA 444 ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256401 AAGTGTGTATTTTACATAAACAATTATAATTTGCGGAAAATAGTCAAGGAAAACAAAATA 1256342 Query 445 CGATCAATTTTAAATCTTGAGTTGGTTATTTTTAAATTTAATTCGTaaaaaaaTGTATTA 504 ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| Sbjct 1256341 CGATCAATTTTAAATCTTGAGTTGGTTATTTTTTAATTTAATTTGTAAAAAA-TGTATTA 1256283 Query 505 ATCACAGTTAAATGTAAAAATAATCGATAATAATTGATCACCAATAGATCGGGCTGAAGA 564 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| Sbjct 1256282 ATCACAGTTAAATGTAAAAATAATCGATAATAATTGATCACCAATA-ATCGGGCTGAAGA 1256224 Query 565 TAGCAGTGGAAGAGGGGATGAGATGGTGCTCGAAT 599 ||||||||||||||||||||||||||||||||||| Sbjct 1256223 TAGCAGTGGAAGAGGGGATGAGATGGTGCTCGAAT 1256189 Lambda K H 1.33 0.621 1.12 Gapped Lambda K H 1.28 0.460 0.850 Effective search space used: 203013330520 Database: sgem_consensus_t3p.fasta Posted date: Mar 16, 2018 5:49 PM Number of letters in database: 354,969,467 Number of sequences in database: 1,891 Matrix: blastn matrix 1 -2 Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5